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平成１８年（行ケ）第１０４１７号審決取消請求事件
平成２０年５月１４日判決言渡，平成２０年４月９日口頭弁論終結
判決
原告カイロンベーリングゲーエムベーハーアンドカンパニー
訴訟代理人弁護士城山康文，岩瀬吉和，山本健策
訴訟代理人弁理士山本秀策，駒谷剛志，長谷部真久
被告特許庁長官肥塚雅博
指定代理人種村慈樹，徳永英男，森山啓
主文
原告の請求を棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
この判決に対する上告及び上告受理の申立てのための付加期間を３０日と定める。
事実及び理由
第１原告の求めた裁判
「特許庁が不服２００１−１９３２４号事件について平成１８年５月９日にした
審決を取り消す。」との判決
第２事案の概要
本件は，特許出願の拒絶査定に対する不服審判請求を不成立とした審決の取消し
を求める事案である。
１特許庁における手続の経緯
(1)原告は，昭和６３年６月３日（パリ条約による優先権主張日・１９８７
（昭和６２）年６月３日（以下「本件優先日」という。），ドイツ連邦共和国），
名称を「シュードモナス・アエルギノザの外部膜タンパク質Ｆ」とする発明につき，
特許出願（特願昭６３−１３７２０６号）をし，さらに，同特許出願を原出願とし
て，平成１０年９月１４日，分割出願（特願平１０−２６０７０１号。以下「本件
出願」という。）をした（甲６，７の１）。
(2)原告は，平成１３年７月２５日付けで，本件出願につき拒絶査定（甲７の
６）を受けたため，同年１０月２９日，拒絶査定不服審判の請求（甲７の７）をし
（不服２００１−１９３２４号事件として係属），さらに，同年１１月２８日付け
手続補正書（甲７の８）により，明細書中の特許請求の範囲の補正（以下「本件補
正」といい，本件補正後の本件出願に係る明細書（甲６，７の８）を「本願明細
書」という。）をした。
(3)特許庁は，平成１８年５月９日，「本件審判の請求は，成り立たない。」
との審決をし，同月１９日，その謄本を原告に送達した。
２本願発明の要旨
審決が対象としたのは，本件補正後の請求項１に記載された発明（以下「本願発
明」という。）であり，その要旨は次のとおりである（なお，下記「配列番号１に
示したＤＮＡ配列」は，別紙配列表記載のとおりである。）。
「【請求項１】配列番号１に示したＤＮＡ配列を有する，Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎ
ａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａの外部膜タンパク質Ｆ（ＯＭＰＦ）をコードするヌク
レオチド，またはＥ．ｃｏｌｉ細胞に対して毒性である免疫原性ポリペプチドをコ
ードするそのフラグメント。」
３審決の理由の要旨
審決は，本願発明は，下記引用例に記載された発明に基づいて当業者が容易に発
明をすることができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許を受け
ることができないとした。
引用例１９８６（昭和６１）年８月発行の「JOURNALOFBACTERIOLOGY」１６７
巻２号の４７３頁から４７９頁までに掲載されたWendyA.Woodruff，ThomasR.
Parr,Jr.，RobertE.W.Hancock，LarryF.Hanne，ThaliaI.Nicas及びBarbaraH.
EscherichiacoliPseudomonasIglewskiによる「ExpressioninandFunctionof
OuterMembranePorinProteinF」と題する論文（甲８）aeruginosa
審決が上記のとおり判断した理由は，以下のとおりである（符号及び明らかな誤
記と認められる記載を改めた部分，略称を本判決が指定したものに改めた部分，引
用例の引用箇所に「原文」との断り書を付記した部分並びに本訴における書証番号
を冒頭に「本訴」との文言を付した上で付記した部分がある。）。
(1)本願発明には，配列番号１に示したDNA配列を有するP.aeruginosa由来OMPF遺伝子に係
る発明が典型的な発明として包含されているので，まず，本件優先日前に引用例の記載に基づ
いてP.aeruginosa由来OMPF遺伝子をクローニングし，配列決定することが当業者にとって容易
であるか否かについて検討する。
ア引用例には，P.aeruginosaのPAO1株由来のゲノムDNAコスミドバンクから，プロテインF
（OMPF）に特異的なモノクローナル抗体を用いてスクリーニングし，OMPF遺伝子を含むプラス
ミドpHN4を得てポリン不全大腸菌JF733を形質転換したこと（原文４７４頁右欄下から８行∼
４７５頁左欄２行）が記載されており，当該形質転換ポリン不全大腸菌JF733（pHN4）と共に，
正常な大腸菌宿主HB101株を形質転換したHB101（pHN4）株の発現産物のいずれもが，２種類の
エピト−プを認識するOMPF特異的モノクローナル抗体との反応性，及びSDSゲル電気泳動上で
の挙動が天然のP.aeruginosaの外膜蛋白OMPFと同一であったことをもって，大腸菌宿主におい
て天然と同一のOMPFが外膜蛋白として発現できたと結論づけている（原文４７３頁「要約」２
∼７行，４７５頁左欄３行∼最下行など）。
そして，プラスミドpHN4のサブクローニングにより11kbのEcoRI断片を得，当該断片を挿入
したプラスミドpWW13で形質転換した大腸菌HB101（pWW13）において，外膜でOMPFが発現する
ことを確認しているのだから，OMPF遺伝子は，既にその全長を含む11kbフラグメントとしてク
ローニングされているというべきである（原文４７６頁FIG.4など）。さらに，OMPF遺伝子の
うち，OMPF特異的エピトープの１つを有するポリペプチド（分子量24,000）をコードするDNA
を含む4.7kbのSalI断片及び同2kbのSalI-PstI断片がそれぞれpWW4及びpWW5に挿入されてサブク
ローニングされている（同FIG.4，左欄１∼２３行）。
また，引用例で用いられているPAO1株は本件優先日前の他の文献（例えば，J.Bacteriology,
vol.136,no.1(1978)p.381-390，J.Biochem.,vol.86,no.4(1979)p.979-989（本訴乙９
（本訴甲５２））等）においても典型的なP.aeruginosaに属する微生物として広く利用されて
おり，明らかに容易に入手できる微生物である。
そうしてみると，引用例に接した本件優先日前の当業者にとっては，公知微生物であるP.
aeruginosaに属するPAO1株ゲノムから，確実にOMPF遺伝子の全長を含むDNAが11kbのEcoRIフラ
グメントとしてクローニングされている上に，OMPF遺伝子の１部配列を確実に含むフラグメン
トも各種得られている以上，既にOMPF遺伝子自体がクローニングされているに等しいといえ，
その塩基配列及び推定アミノ酸配列を知りたければ，必要に応じてこれらのフラグメントから
適宜ルーチン的作業で機械的に読み取ればよいことであると理解するはずである。
してみれば，少なくとも，P.aeruginosaのPAO1株由来のOMPF遺伝子については，それをクロ
ーニングし，次いでDNA配列及び推定アミノ酸配列を決定することに何らの困難性を見いだす
ことはできない。
イところで，P.aeruginosaは周知の微生物であって多数の公知菌株が存在し，ATCCカタロ
グにおいても多数の菌株が販売されており，本願明細書で用いられた菌株（ATCC33354株）も
そのうちの１つである。
そして，引用例では，OMPF遺伝子の2.0kb部分断片から作成した標識プローブ
（「P-labeled-2.0kb-probe」）を用いてPAO1株由来ゲノムDNAの種々の制限酵素による分解
物とのハイブリダイゼーション実験を行い，その実験結果に基づいて，「これらのデータから，
P.aeruginosaPAO1株の染色体中に存在するプロテインF遺伝子は１コピ−のみであることを推
測させる。」とし，この観察が，従来からの大腸菌のポリンOmpF，OmpCおよびPhoEの構造遺伝
子がすべて単一コピーで存在するという知見と一致することも示されている。（原文４７６頁
右欄１∼１１行）
OMPFは外膜上に存在して菌体内の浸透圧などを調節するポリンチャンネルの１種であり，P.
aeruginosa微生物の生存にとって重要な蛋白質の１つであるといえるにもかかわらず，OMPF遺
伝子が染色体中に１コピーしか存在しないのであるから，当然に同属同種内での遺伝子の保存
性も高いと考えられる。塩基配列レベルでは菌株ごとに多少の相違が見られたとしても，アミ
ノ酸配列レベルでの大幅な相違，少なくとも活性に関わるような立体構造の主要部分での相違
が存在するとは考えにくい。
そうなので，引用例のP.aeruginosaに属するPAO1株以外の菌株，例えば本願明細書中の
ATCC33354株も，そのゲノム中には１コピーのOMPF遺伝子を有し，かつそのDNA配列はPAO1株由
来OMPF遺伝子と極めて相同性の高いものであると予測できるから，これらの菌株のゲノムDNA
をライブラリー化して，引用例中のOMPF遺伝子の全長もしくは部分長を含むフラグメントから
作成されたプローブ（例えば，上記「P-labeled-2.0kb-probe」）を用いるハイブリダイゼー
ション法，または引用例に記載されたと同様のOMPF特異的抗体を用いる抗体スクリーニング法
などを適用することで，P.aeruginosaに属するPAO1株以外の菌株由来のOMPF遺伝子をクローニ
ングすることも，さらにそのDNA配列を決定することも当業者が容易になし得ることである。
ウそして，このように，引用例に基づいてP.aeruginosaに属するPAO1株由来OMPF遺伝子の
みならず，同属同種内の他の菌株由来のOMPF遺伝子もクローニングし，配列決定することが当
業者にとって容易であるときに，その結果として，P.aeruginosaに属する公知菌株に由来する
OMPF遺伝子のDNA配列が「配列番号１」であると解析した程度のことをもって，進歩性を担保
するほどの格別の効果として評価することはできない。
しかも，当該DNA配列は，既に引用例でpHN4，pWW13中の挿入配列としてクローニングされて
いたPAO1株由来OMPF遺伝子のDNA配列とは，同一もしくはきわめて類似したDNA配列を有してい
ると予測されることは上述の如くであり，請求人は，当該DNA配列がPAO1株由来OMPF遺伝子と
比較して予測を超えるほどに多数の相違箇所を含むものであることを立証したわけではない。
むしろ，請求人自身が原審の拒絶理由通知（本訴甲７の２）に対する意見書（平成１３年１
月１７日付。本訴甲７の４）と共に提出した甲３（NCBIprotein検索：AAD11568。本訴甲３）
によれば，PAO1株由来OMPFのアミノ酸配列は本願明細書中の「配列番号１」（【表１】）のア
ミノ酸配列と同一であるから，まさに引用例で用いられたPAO1株由来OMPF遺伝子と本願発明の
OMPF遺伝子とは，同一のアミノ酸配列をコードする同一もしくはきわめて類似したDNA配列で
あったことが実証されたことになる。
以上述べたとおり，P.aeruginosaに属する微生物のOMPF遺伝子を取得し，そのDNA配列を決
定することは，本件優先日前の当業者であれば引用例の記載に基づいて容易になし得ることで
あり，そのDNA配列が「配列番号１」であったことをもって格別の効果とすることはできない。
したがって，本願発明は，引用例に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をするこ
とができるものである。
エところで，請求人は，審判請求書補正書（平成１４年２月１日付。本訴甲７の９）にお
いて，引用例の原文４７６頁左欄５−７行を示し，「引用例で単離された遺伝子は，引用例の
著者らがOMPFをコードする遺伝子として実際に単離した遺伝子とは異なる。」旨主張している。
なるほど，引用例の上記指摘箇所及びそれ以降の記載において，引用例の筆者は，pHN4を
XhoIで消化してHB101株に形質転換して得られた発現産物がOMPF特異的モノクローナル抗体で
あるMA5-8とは反応するがMA4-4とは反応しなかったという実験結果に基づき，OMPF遺伝子の
DNA配列中のC末側（3'側）にXhoI認識配列（CTCGAG）が存在する可能性を述べている。
しかしながら，上述の如く，引用例全体の記載からみて，P.aeruginosa（PAO1株）のゲノム
中に１コピーしか存在しないOMPF遺伝子の全長が，pHN4及びpWW13中に包まれていることを疑
うべき理由はない。
そして，上記指摘箇所は，pHN4のXhoI切断断片に対する実験結果を説明できる１つの可能性
を推定したに留まり，しかもその推定が後に立証されたわけでもないから，当該記載が引用例
に存在することによっては，何ら上記認定は左右されない。
そもそも，請求人の上記主張中の「引用例の著者らがOMPFをコードする遺伝子として実際に
単離した遺伝子」については，何ら配列情報を示していないのだから，「引用例で単離された
遺伝子」と対比すること自体が失当であり，上記甲３（NCBIprotein検索：AAD11568）に記載
されているものを指すと解したとしても，当該甲３でPAO1由来OMPF遺伝子に関して記載されて
いるのはアミノ酸配列のみであってDNA配列ではないから，引用例のPAO1由来OMPF遺伝子のDNA
配列中にXhoI認識配列（CTCGAG）が存在するか否かは不明であって，請求人の上記主張の根拠
とはなり得ない。
上述のように，本件出願後の上記甲３によれば，引用例におけるPAO1株由来OMPF遺伝子の
DNA配列も，「配列番号１」と同一のアミノ酸配列をコードするものであったといえるところ，
仮に引用例に記載されるPAO1由来OMPF遺伝子のDNA配列中にはXhoI認識配列が存在し，本願明
細書で取得されたOMPF遺伝子のDNA配列（配列番号１）中には存在しなかったことが立証でき
たとしても，このことは，単にXhoI認識配列（CTCGAG）に関連した塩基配列中にアミノ酸配列
には影響を与えない程度，すなわち１塩基程度の差異を有するアレル変異体が取得できたこと
でしかないから，格別の効果として評価できないことには変わりはない。
オまた，請求人は，上記意見書及び上記審判請求書補正書において，本願明細書【００１
６】の「この断片は遺伝子生成物が明らかに宿主細胞に対して毒性を有するために高コピー数
のベクターにクローニングすることができなかった。従って遺伝子を，約500bpの重複領域を
有する二つの重複断片にサブクローン化した。OMPF遺伝子と隣接領域のDNA配列をこれらの二
つのサブクローンから決定した。」の記載を示すと共に，本件出願後の甲１（本訴甲１）ない
し甲２（本訴甲２）中の同趣旨の記載を示して，本願明細書で得られたOMPF遺伝子の発現産物
が大腸菌宿主に対する「毒性」を有するために，OMPF遺伝子全長を含むDNA断片を高コピー数
ベクターを用いて増幅することができないことを主張し，あわせてそのことを理由として，P.
aeruginosaのOMPF遺伝子のクローニングが困難であったことを主張する。
そこで，「大腸菌宿主に対するOMPF遺伝子発現産物の毒性」の用語について検討するが，本
願明細書では【００２７】にも，「OMPFのE.コリにおける発現は，構造遺伝子がその自らのプ
ロモーターの制御下の中−コピー（pBR322）或いは高−コピー（pUCプラスミド）上に存在す
る場合には細菌に対して毒性を示すため，構造遺伝子は先ず誘導性プロモーターの制御下にお
かれる。」とも記載されており，本願明細書中でいう「毒性」とは，単に「大腸菌宿主細胞中
で強制的に大量に発現させると大腸菌宿主が生存できなくなる」程度の意味であると解するこ
とができる。
そして，当該「毒性」は既に引用例においても十分に認識されていたことであり，本願明細
書で用いられた特定の菌株においてはじめて見いだされた特別な性質というわけではない。
すなわち，引用例の「要約」の項（原文４７３頁）では，「プロテインFがポリン不全大腸
菌のバックグラウンドでは優勢な外膜蛋白として発現され，ポリンが十分なバックグラウンド
では一次元SDSポリアクリルアミドゲル上で明確に視認できた。」と記載されている。
さらに，同「考察」の項においても，「プロテインFに対する構造的遺伝子を大腸菌に導入
し，遺伝子産物の発現を調査した。大量のプロテインFが大腸菌の外膜中に発現した。クロー
ン化した蛋白の電気泳動的および免疫的特徴は，Pseudomonasaeruginosa（緑膿菌）中のプロ
テインFの場合と同一であった。これは，P.aeruginosaの遺伝子内の信号および合成，組み立
てまたは外膜への転座に関するmRNA転写物が認識され大腸菌中で機能的であったことを示唆す
る。ポリン不全突然変異大腸菌JF733（pHN4）中で，外膜中のプロテインFの量がポリンの十分
ある大腸菌HB101（pHN4）株中における場合より高かったことは興味深い。」（原文４７７頁
左欄３１−４３行）と記載されている。
そもそも各種ポリンはグラム陰性菌の外膜の内と外との環境を直接結ぶチャンネルであり，
浸透圧など菌の生存に関わる重要な調節機構を担うものであるところ，上記記載からみて，そ
のポリンの１種であるP.aeruginosa由来のOMPFが，大腸菌外膜中のポリンが大量に存在する通
常の大腸菌外膜内環境では発現量が少なく，ポリン不全大腸菌外膜内という，大腸菌由来の各
種ポリン類が極めて少ない環境では発現量が高かったのであるから，このことは，P.
aeruginosa由来のOMPFがアミノ酸一次配列の類似性はともかく，チャンネルを構成する三次元
構造的には極めて大腸菌のポリン類と類似していることを示唆するものであり，同時に，大腸
菌の外膜中では許容される全ポリン量には（外来のポリンも含めて）一定の上限値があること
も強く示唆するものである。
そうなので，反対に正常なポリン生産能を有する大腸菌宿主において，外来のポリンである
OMPFを高コピーのベクターなどを用いて半ば強制的に大量のOMPFを発現させようとすれば，今
度は大腸菌自身の生存に必要な本来の各ポリン類の発現が極度に抑制される可能性が高いこと
は充分に予測される。まさに，引用例の上記記載によれば，高コピーベクターを用いた場合に
大腸菌宿主の生存が阻害される可能性が高いことが示唆されていることに他ならない。
そして，OMPF遺伝子はP.aeruginosaの生存にとって重要な遺伝子であるといえるにもかかわ
らず，引用例には当該OMPF遺伝子がP.aeruginosaのゲノム中に１コピーしか存在しないとも記
載されている（原文４７６頁右欄１∼１１行）のだから，当該記載に接した当業者は，OMPF遺
伝子が本来有するプロモーター自体もかなり強力なプロモーターであると想定し，クローニン
グに際しても発現産物による大腸菌宿主への「毒性」を危惧するはずである。
そのような場合のクローニング手法として，遺伝子を含むDNAをフラグメント化してサブク
ローニングすることが本件優先日前の当業者にとって常套の手段であるばかりでなく，宿主と
して引用例で用いられたようなポリン不全大腸菌を用いることもできるから，OMPF遺伝子クロ
ーニングに格別の困難性があったとする特段の事情は見いだせない。
よって，この点についての請求人の主張も採用できない。
(2)付記
なお，上記した如く，請求人自身が提出した甲３に記載されるように，引用例のPAO1株由来
のOMPF遺伝子がコードするアミノ酸配列が，本願明細書の【表１】（配列番号１）に示される
ATCC33354株由来のOMPF遺伝子がコードするアミノ酸配列と一致していることからみて，両遺
伝子の遺伝子産物が同一物質であることは請求人自身が充分に認識していたことは明らかであ
る。そして，その前提にたって，請求人は当該審判請求書においては，引用例に記載される
OMPF遺伝子をクローニングすることの困難性のみを主張していたはずである。
そうであるにもかかわらず，請求人は，当審における平成１５年４月２１日付の審尋（本訴
甲７の１０）に対して，平成１５年７月１６日付回答書（本訴甲７の１１）において，「・・
・引用例に記載される遺伝子産物が，本願発明に係るOMPFとは全く異なること・・・したがっ
て，無関係なタンパク質に関して一部欠損した分子量のペプチドを得たことについて文献に記
載されていたとしても，そのような事項は全く本願発明には無関係です。（同５頁）」と述べ
ており，あたかも本願発明で発現産物として取得されたOMPFが，引用例に記載されるOMPF（プ
ロテインF）とは全く別異のタンパク質であるかのような主張をし，そのことを前提とした反
論を展開している。
このような主張が，請求人本人も十分に理解しているはずの真実を無視して当審の判断をあ
えてミスリードしようとしたのであれば，当業者としてあるまじき態度であり慎むべきである。
そうでないとしても，本件出願後には引用例のproteinFと本願発明のOMPFが同一アミノ酸配列
を有する同一のタンパク質であること，すなわち両者が「無関係なタンパク質」でなかったこ
とは明らかであるから，そもそも請求人の上記主張の前提が成り立たない。
そうなので，上記回答書における主張も，添付された補正案についても検討しない。
(3)結語
以上述べたとおりであるから，本願発明は，特許法２９条２項の規定により特許を受けるこ
とができないから，他の請求項に係る発明について検討するまでもなく，本件出願は拒絶され
るべきものである。
第３原告主張の審決取消事由の要点
審決は，以下のとおり，引用例の記載事項及び本件優先日前における技術的事項
の各認定並びに本願発明に係る進歩性の判断をそれぞれ誤ったものであるから，取
り消されるべきである。
１取消事由１（引用例の記載事項の認定の誤り）
審決は，引用例において，（シュードモナス・アエルギPseudomonasaeruginosa
ノザ（緑膿菌）。以下「」という。）の外部膜タンパク質Ｆ（以下P.aeruginosa
「ＯＭＰＦ」という。また，単に「ＯＭＰＦ」というときは，のＯP.aeruginosa
ＭＰＦを指す。）が発現されたものと認定したが，以下のとおり，引用例において
発現されたタンパク質はＯＭＰＦではないから，審決の当該認定は誤りである。
(1)引用例の著者らがＯＭＰＦ遺伝子であると考えて単離した遺伝子のＤＮＡ
配列に係る制限酵素認識部位と，本願発明のＤＮＡ配列に係る制限酵素認識部位と
が異なること（制限酵素地図の相違）について
ア制限酵素地図の情報は，遺伝子の構造に関し，配列情報に次いで信頼できる，
極めて信頼性の高い情報であって，モノクローナル抗体との反応性やＳＤＳゲル電
気泳動法などについての情報よりも格段に信頼性が高く，犯罪捜査時に「指紋」の
代わりに用いられることもある（甲３８（以下，書証中，書籍の抜粋（学術論文を
除く。）については，初出の場合も含め，「甲３８文献」などという。））。
ところが，引用例においてＯＭＰＦ遺伝子であるとして単離された遺伝子のＤＮ
Ａ配列に係る制限酵素認識部位（引用例の図４。制限酵素I及びIの認識部位PstXho
が存在するのに対し，制限酵素Iの認識部位が存在せず，また，制限酵素IのSalSma
認識部位が読み取り枠の外側か左端（５’末端）のぎりぎり内側に存在してい
る。）と，本願発明のＤＮＡ配列から導き出される制限酵素認識部位（配列番号１
のＤＮＡ配列によれば，制限酵素I及びIの認識部位を有しないが，制限酵素PstXho
I及びIの認識部位を有する。）とは全く異なるのであるから，このような制SalSma
限酵素地図（制限酵素認識部位）の相違は，引用例で単離された遺伝子がＯＭＰＦ
遺伝子ではないことを端的に示すものである。
イまた，甲１１の論文（以下，書証中，学術論文（引用例を除く。）について
は，初出の場合も含め，「甲１１論文」などという。なお，乙２０は，被告が追加
提出した甲１１論文の抄訳文である。）は，引用例の著者の１人が引用例頒布の後
に発表した博士論文であるところ，引用例とは異なる方法でクローニングが行われ
ており，ここではＯＭＰＦ遺伝子が正しくクローニングされている（甲１１論文の
３２頁図５に記載されたＤＮＡの読み枠（太い線で示される）周辺の制限酵素地図
は，本願発明に係るＯＭＰＦ遺伝子の制限酵素地図と同一である。）。
具体的には，
(ｱ)まず，コスミドベクターを用いたクローニングの段階において使用された
テトラサイクリンの濃度について，引用例においては１０μｇ／ｍｌであるのに対
し，甲１１論文においては２５μｇ／ｍｌである。甲１１論文の著者は，試行錯誤
を重ねてテトラサイクリン濃度の変更に至ったものと推測されるが，これにより，
ＯＭＰＦの毒性を回避ないし軽減させることに成功したものと思われる（甲４２論
文図９参照）。
(ｲ)次に，プラスミドpWW13のサブクローニングの段階において使用された大腸
菌宿主について，引用例においては大腸菌HB101が用いられているのに対し，甲１
１論文においては使用された大腸菌宿主について記載がされておらず，これについ
てもＯＭＰＦの毒性を回避ないし軽減させるために何らかの工夫がされたことをう
かがわせる。
このように，引用例と甲１１論文の著者は同じであるにもかかわらず，甲１１論
文においてクローニングの手法が変更されているのは，ＯＭＰＦの毒性を回避する
ための工夫がされ，その結果，甲１１論文においては，ＯＭＰＦ遺伝子が正しくク
ローニングされたと考えるのが合理的である。
ウさらに，仮に，引用例に記載されたプラスミドpWW13が，甲１１論文に記載
されたプラスミドpWW13と同じものであり，制限酵素地図の作成にのみ問題があっ
たとすると，被告が引用する甲３１（乙３）論文（以下「甲３１論文」という。）
及び乙１６論文に記載されるように，具体的に制限酵素地図のどの部分が正確であ
り，どの部分に誤りがあったかが明確にされてしかるべきである。すなわち，引用
例の著者らが自らの制限酵素地図の誤りに気付き，それを訂正しようとするならば，
「ＥＲＲＡＴＡ」（正誤表）として，その誤りを訂正するか（甲４３），あるいは
後の論文において誤りに言及するはずであるが，そのような手続は何ら行われてい
ない。
また，甲１１論文におけるプラスミドpWW13の制限酵素地図の作成においては，
引用例において用いられた制限酵素I（記号：Ｔ）及びI（記号：Ｘ）が用いSstXho
られていない。
これらの事実も，引用例においてクローニング又はサブクローニングされた遺伝
子がＯＭＰＦ遺伝子でなかったことを裏付けるものである。
エそして，上記アないしウを時系列順に整理すると，
(ｱ)１９８６年８月ころ引用例発表（ＯＭＰＦ遺伝子の制限酵素地図を開示
せず）
(ｲ)１９８７年６月３日本件優先日（ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を開示）
(ｳ)１９８８年８月甲１１論文発表（ＯＭＰＦ遺伝子の制限酵素地図を開
示）
となるところ，この事実経過と，甲１１論文において，引用例におけるのとは異な
るクローニング法が用いられた事実とを併せ考えると，引用例の著者らは，引用例
においてＯＭＰＦ遺伝子のクローニングに失敗したものの，その後，再度クローニ
ングを行った結果，ＯＭＰＦ遺伝子のクローニングに成功し，その結果を甲１１論
文に記載したものと推測するのが合理的である。
オなお，引用例においてサブクローニングされたpWW13が，甲１１論文におい
てサブクローニングされたpWW13と同一のプラスミドであるとすると，以下のとお
りの矛盾が生じることになる。
(ｱ)引用例に記載されたpWW13は，約２．０ｋｂのI-I断片を含む（引用SalPst
例の図４。また，引用例においては，このことが実験的に確認されているといえ
る。）にもかかわらず，甲１１論文に記載されたpWW13に含まれるI-I断片は，SalPst
約１．３ｋｂのものと約０．９ｋｂのものである。
(ｲ)引用例においては，pHN4及びpWW13が約２．０ｋｂのI断片を含むことがSma
実験的に確認されている（引用例の図４）にもかかわらず，甲１１論文に記載され
たI断片は，約１．７ｋｂのものと約４．３ｋｂのものであり，pHN4全体に占めSma
る同断片の位置も，引用例と異なる。
(ｳ)甲１１論文におけるpWW13の制限酵素地図を前提にして，引用例に記載され
たpWW1の調製方法（pHN4をIで切断して自己閉環させる方法）を適用すると，ＯXho
ＭＰＦ遺伝子を含んだ部分が切り取られてしまうことになるから，甲１１論文にお
けるpWW4及びpWW5には，ＯＭＰＦ遺伝子が含まれないことになる。
カ被告は，「テトラサイクリン濃度の変更・・・により，ＯＭＰＦの毒性を回
避ないし軽減させることに成功した」との原告の上記主張に対し，「憶測に過ぎず，
参酌に値しない」と主張する。
しかしながら，引用例の著者らに事実を確認することができず，また再試験を行
うこともできない以上，現時点において判明している当時の事実関係を斟酌して推
測を行う以外にないことは当然である。そして，重要な点は，かかる推測を行うこ
とで，
(ｱ)引用例においては，「ＯＭＰＦ遺伝子」であるとしながらもその制限酵素
地図はＯＭＰＦ遺伝子のものとは大きく異なること，
(ｲ)甲１１論文においては，引用例とは異なるクローニング法が採用されてい
ること，
(ｳ)甲１１論文においては，ＯＭＰＦ遺伝子の制限酵素地図が正しく開示され
ていること，
という原被告間で争いがなく，かつ，(ｱ)と(ｳ)という相矛盾する事実を合理的に説
明することができることである。
よって，被告の上記主張は誤りである。
キ被告が制限酵素地図の正確性（制限酵素地図が不正確なものであること）に
ついて援用する甲３１論文は，制限酵素HIを使用する際の反応液の濃度が低かBam
ったために，本来の認識部位以外を切断するというスター活性が生じた事例に関す
るものであるところ（甲４０参照），引用例の投稿日である１９８６（昭和６１）
年２月の時点では，制限酵素の適切な反応条件が既に確立されていたのであるから，
甲３１論文は，制限酵素地図の正確性についての証拠として適切なものではない。
また，乙１６論文については，「I部位が追加されている」との内容に照らし，Pst
従前の制限酵素地図のほうが正しかったという事例に関するものであるから（甲１
３文献及び甲４１（ヌクレオチド検索結果）参照），制限酵素地図が後になって覆
ることがあり得るとの根拠となるものではない。
クさらに，乙１７論文については，仮に，引用例においてサブクローニングさ
れたpWW5が，同論文の図４に示されるような欠失した構造を有するのであれば，引
用例の記載との間で，次のような矛盾が生じる。
(ｱ)乙１７論文の記載内容からすると，引用例においてサブクローニングされ
たpWW5は，共直線性を欠くことになるところ，引用例の図４によれば，pWW5内には
共直線性がない領域が存在しないこととされている。
(ｲ)乙１７論文の記載内容からすると，サザンハイブリダイゼーションに使用
するために，引用例においてサブクローニングされたpWW5からプローブを調製する
と，アミノ酸１∼１７０残基に対応するプローブ及びアミノ酸３０１∼３２６残基
に対応するプローブが生じることになるから，前者のプローブを用いてサザンハイ
ブリダイゼーションを行うとこれに対応するタンパク質断片が，後者のプローブを
用いてサザンハイブリダイゼーションを行うとこれに対応するタンパク質断片がそ
れぞれ検出されることとなるにもかかわらず（両断片はサイズを異にする。），引
用例には，pWW5から調製したプローブによってサザンハイブリダイズした場合に単
一のバンドが確認されたと記載されている。
ケなお，甲５（乙１５）論文（以下「甲５論文」という。）においては，本願
発明の発明者らがクローニングしたＯＭＰＦ遺伝子のクローンλF1に，引用例の著
者らのクローンであるpWW5がハイブリダイズした旨の記載があるが（乙１５の抄訳
４頁「６．第160頁左欄第３段落」），当該クローンpWW5は，引用例の発表後に正
しくクローニングされたもの（すなわち甲１１論文に係るクローンpWW5）である。
甲５論文が引用例を引用しているのは，甲１１論文が発表されていなかったため，
便宜的に，引用例を引用したにすぎない。このようなことは，本件優先日前におい
ても日常的に行われていたことであり，甲５論文の中でpWW5につき引用例が引用さ
れていることは，これが引用例に係るpWW5であることを必ずしも意味しないもので
ある。
(2)NationalCenterforBiotechnologyInformation（以下「ＮＣＢＩ」とい
う。）に登録されたＯＭＰＦのアミノ酸配列（甲３（ＮＣＢＩのタンパク質検索結
果。以下，書証中，ＮＣＢＩの検索結果については，初出の場合も含め，「甲３検
索結果」などという。）。１９９９年８月１９日登録）及びＯＭＰＦ遺伝子のＤＮ
Ａ配列（甲２２検索結果。同日登録）について
ア甲２２検索結果によれば，引用例の著者らが１９９９年８月１９日にＮＣＢ
Ｉ（データバンク）に登録したＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列から導き出される制限
酵素部位は，引用例（図４）に示された制限酵素部位と矛盾している。
イ被告は，「引用例の著者らは，PAO1株（セロタイプ５）のＯＭＰＦ遺伝子の
ＤＮＡ配列を，１９９２年５月１９日にＮＣＢＩに登録し（甲１８検索結果），そ
の後，一貫して，PAO1株のＯＭＰＦ遺伝子について，同じＤＮＡ配列を提出してい
た」と主張する。
しかしながら，引用例の著者らがＯＭＰＦのアミノ酸配列及びＯＭＰＦ遺伝子の
ＤＮＡ配列（以下，ＯＭＰＦのアミノ酸配列とＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を併せ
て「ＯＭＰＦのアミノ酸配列等」という。）をＮＣＢＩに登録した経緯に加え，甲
１８検索結果に供給源としてのプラスミドの記載がないこと，甲１８検索結果及び
甲１９検索結果には，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等の各全長が記載されているのに対
し，甲２０検索結果及び甲２１検索結果には，アミノ酸４残基及びこれに対応する
ＤＮＡ配列のみが記載されていることから，引用例の著者らは，後者に係る登録に
よって，前者に係る配列情報をいったん削除したものといえること，甲１９検索結
果には，「この記録は中断された。」との記載があることにかんがみれば，引用例
の著者らは，甲１８検索結果（１９９２年５月１９日登録。ＤＮＡ配列）及び甲１
９検索結果（同日登録。アミノ酸配列）に記載された配列とは別個独立の情報とし
て，甲２０検索結果（１９９８年１１月２０日登録。ＤＮＡ配列）及び甲２１検索
結果（同日（同検索結果に「１９９７」とあるのは，「１９９８」の誤記であると
考えられる。）登録。アミノ酸配列）に記載された配列を提出したものと考えるの
が合理的である。
仮に，引用例の著者らが，PAO1株のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を１９９２年５
月１９日にＮＣＢＩに登録し，その後は一貫してPAO1株のＯＭＰＦ遺伝子について
同じＤＮＡ配列を提出していたとしても，引用例の著者らが，同日以降，引用例と
は無関係に，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等を決定したことに変わりはなく，引用例に
おいて単離されたタンパク質がＯＭＰＦではなかったとの結論にも変わりはない。
ウまた，甲１８検索結果ないし甲２２検索結果のいずれにおいても，本願発明
の発明者らによる甲５論文が引用されているにもかかわらず，引用例は全く引用さ
れていない。仮に，引用例の著者らが，引用例において単離したプラスミドにＯＭ
ＰＦ遺伝子が含まれていると考えていたならば，これらの検索結果に係る登録にお
いても，引用例を引用したはずである。
エさらに，引用例の発表後，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列あるいはＯＭＰＦの
アミノ酸配列が明らかになるまで長期間（甲３検索結果及び甲２２検索結果に係る
登録まで１０年以上，甲１８検索結果及び甲１９検索結果に係る登録まででも，約
６年）が経過している。このことも，引用例の著者らが単離したタンパク質がＯＭ
ＰＦではなかったことを裏付けるものである。
オ①引用例の著者の１人が，引用例の発表後に再度クローニングを行い，その
結果を甲１１論文において発表したこと，②引用例の実験の後にその著者らがＮＣ
ＢＩに登録したＤＮＡ配列から導き出される制限酵素地図が，引用例においてクロ
ーニングされた遺伝子の制限酵素地図とは大きく異なる一方で，甲１１論文におい
てクローニングされた遺伝子の制限酵素地図とは一致すること，の２点を合理的に
説明するためには，引用例の著者らは，引用例においてクローニングされた遺伝子
ではなく，その後，クローニングし，甲１１論文に記載した遺伝子について配列決
定を行い，ＮＣＢＩに登録したと考えるほかない。
(3)引用例において用いられたＯＭＰＦの発現を確認する方法について
原告は，引用例において採用されたモノクローナル抗体を用いたスクリーニング
及びＳＤＳゲル電気泳動法の存在意義を否定するものではないが，これらの方法に
よる遺伝子やタンパク質の同定は，以下のとおり，制限酵素地図の作成や配列決定
による方法に比べて格段に精度の劣る手法である。よって，これらの手法のみによ
った場合には，遺伝子やタンパク質の同定につき誤った結果を導くおそれがある。
なお，本願発明においては，タンパク質の同定法として最も正確な方法であるア
ミノ酸配列（ペプチド配列）を決定することによってＯＭＰＦを正確に同定してい
る。
ア(ｱ)モノクローナル抗体を用いたスクリーニングとは，タンパク質中に存在
する抗原決定基（エピトープ）とモノクローナル抗体との特異的な抗原抗体反応を
利用した方法であるところ，別個のタンパク質であっても，同一又は類似のエピト
ープが存在する場合には，目的のタンパク質以外のタンパク質とも反応してしまう
ものであるという原理上の問題点（いわゆる「抗原・抗体の交差反応」。以下，単
に「交差反応」という。）を有する。
すなわち，ＯＭＰＦ特異的モノクローナル抗体と反応したということは，目的の
タンパク質が当該モノクローナル抗体に特異的なエピトープを有することを意味す
るにすぎず，当該タンパク質がＯＭＰＦであるとは限らない。
P.(ｲ)実際，引用例において用いられているモノクローナル抗体（MA4-4）は，
aeruginosaPseudomonasputidaP.に由来する外膜タンパク質のみならず，（以下「
」という。）に由来する外膜タンパク質とも反応している（甲１５（乙１putida
０）論文（以下「甲１５論文」という。））。
(ｳ)また，モノクローナル抗体の交差反応の例としては，甲１５論文のほか，
甲３４論文及び甲３５論文にも言及がある。
(ｴ)さらに，引用例の図３をみても，①「Ｆ」で示される位置より上に出現す
るバンド（パネルＡ及びＢの各レーン５。以下「①のバンド」という。）と，②
「Ｆ」と「Ｔ」の間の位置に出現するバンド（パネルＢのレーン５。以下「②のバ
ンド」という。）が検出されているところ，天然ののPAO1株に由来P.aeruginosa
するＯＭＰＦ（パネルＡ及びＢの各レーン１）については，これらのバンドが検出
されていない。これは，のPAO1株に由来するＯＭＰＦ（各レーンP.aeruginosa
１）と大腸菌HB101（pHN4）の発現タンパク質（各レーン５）が異なること又は使
用したモノクローナル抗体の交差反応によるものであるが，引用例においては，モ
ノクローナル抗体の交差反応についての言及が全くないから，引用例の著者らは，
モノクローナル抗体の交差反応の可能性を看過して実験を行っていたものと考えら
れ，この点でも，引用例において用いられたモノクローナル抗体によるスクリーニ
ングの正確性に疑義があるといえる。
イ(ｱ)ＳＤＳゲル電気泳動法とは，タンパク質の分子量に基づく挙動の相違を
目視により比較する方法であるところ，同程度の分子量を有する異なるタンパク質
は数多く存在するのであるし，目視による比較という点においても，タンパク質
（特に膜タンパク質）の同一性の確認方法としては，不十分なものである（甲１６
論文，甲３６文献）。
P.(ｲ)また，ＳＤＳゲル電気泳動法は，生体膜タンパク質（甲２９文献）や
のＯＭＰＦ（甲３７論文）の分子量を正確に測定することができないもaeruginosa
のである。実際，引用例においては，ＳＤＳゲル電気泳動法のデータから，ＯＭＰ
Ｆを構成するアミノ酸を約４１０個（正確には３５０個）としている。
ウ本件優先日前に一般的に行われていたクローニング法は，目的タンパク質を
精製し，その部分配列を決定し，その部分配列に基づいてクローニングをする方法，
すなわち，本願明細書に記載される方法であった。この一般的なクローニング法は，
困難な方法ではあったが，その正確性のために，一般に用いられていた。
これに対し，引用例において用いられたクローニング法は，本願発明に係る上記
クローニング法と比較して，発現したタンパク質と抗体との反応及びタンパク質の
分子量による推定に依存する点において，得られたデータに誤りが生じる可能性が
より高い方法であり，引用例におけるクローニング法の選択は，不適切であったと
いえる。
(4)ＯＭＰＦを構成するアミノ酸の個数に関する引用例の著者らの認識につい
て
ＯＭＰＦは３５０個のアミノ酸から構成されるタンパク質であるのに対し（甲３
検索結果），引用例（原文４７７頁右欄８∼９行）には「天然のタンパク質Ｆ（Ｏ
ＭＰＦ）における約４１０アミノ酸」と記載されている。よって，ＯＭＰＦを構成
するアミノ酸につき，引用例の著者らが認識していた個数は正確性を欠くものであ
る。引用例の著者らが認識していた個数と実際の個数が異なることは，引用例の著
者らが単離したタンパク質がＯＭＰＦではなかったことを裏付けるものである。
(5)引用例において単離されたＤＮＡによってコードされるタンパク質と，そ
の後に引用例の著者の１人が単離したＤＮＡによってコードされるタンパク質の機
能（チャネル伝導度）について
アタンパク質の機能，すなわちチャネル伝導度について，引用例には，約６５
％が４ｎＳよりも大きな単一チャネルを形成していることが記載されているのに対
し，甲１１論文においては，その大多数が０．６ｎＳ未満であったことが記載され
ている。また，甲２４論文においては，ＯＭＰＦのチャネル伝導度が０．９３∼１
ｎＳであると報告されている。
イまた，引用例においては，クローニングされた遺伝子がコードするタンパク
質は，「のタンパク質Ｆについて以前に報告された(3)のものと同じP.aeruginosa
大きさ」のチャネル伝導度を有することが明記されているのに対し（原文４７７頁
左欄１３∼１５行。なお，ここでいう「(3)」とは，引用例が引用する文献３
（Benz&Hancock,1981）である。），甲１１論文においては，「これらの観察は，
精製されたタンパク質Ｆの平均チャネル伝導度が５ｎＳだと報告されていた従来公
開された観察（Benz&Hancock,1981）に反している」（原文６３頁下から３行∼
末行）と明記されている。
ウ以上からすると，引用例において単離された遺伝子によってコードされるタ
ンパク質と，甲１１論文及び甲２４論文において単離された遺伝子によってコード
されるタンパク質（すなわちＯＭＰＦ）とは異なる機能を有するため，両者は異な
るタンパク質であるというべきである。
(6)引用例の発表後の著者らの態度について
ア引用例の著者らにとって，引用例は自ら著した論文なのであり，そこには，
著者らの述べるところの「ＯＭＰＦ」を発現させ，また「ＯＭＰＦ遺伝子」の制限
酵素地図を作成したとしているのであるから，後の論文における著者らの態度とし
ては，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等が問題になった場合，引用例を引用するのが自然
である。
しかしながら，引用例の著者らが後に発表したＯＭＰＦに関する論文（甲２（乙
１９）論文（以下「甲２論文」という。），甲１７論文）においては，ＯＭＰＦの
アミノ酸配列等に関する箇所に，引用例が一切引用されておらず，かえって，本願
発明の発明者らによる甲５論文が引用されている。
イまた，仮に，引用例の著者らが，自らもＯＭＰＦ遺伝子の配列決定を行った
のであれば，甲５論文の存在にかかわらず，自らの実験についても言及するはずで
あるし，さらに，甲１８検索結果に記載されたＤＮＡ配列と本願発明に係るＤＮＡ
配列とは異なるのであるから，その差異についての考察がされるはずである。
ウ以上からすると，引用例の著者らは，引用例において発現されたタンパク質
がＯＭＰＦでなかったことを認めているといえる。
(7)ＯＭＰＦの大腸菌に対する毒性について
ア引用例においては，ＯＭＰＦのサブクローニングの段階で高コピー数のベク
ター（pUC8及びpUC9）が用いられているところ，高コピーベクターを用いてＯＭＰ
Ｆ遺伝子を大腸菌等の宿主細胞に導入した場合，それらの遺伝子生成物（ＯＭＰ
Ｆ）により宿主細胞を死滅させるという毒性が存在するため，仮に，引用例におい
て，実際にＯＭＰＦのサブクローニングに成功し，ＯＭＰＦが発現されたとすると，
少なくともサブクローニングの段階で，宿主細胞はＯＭＰＦの毒性ゆえに死滅して
いたはずである。
なお，引用例においては，ＯＭＰＦ遺伝子の断片のサブクローニングがされてい
るが，たとえＯＭＰＦの断片であっても大腸菌に対して毒性を有するものと推測さ
れる（乙２論文）。
また，審決は，ＯＭＰＦがグラム陰性菌の外膜の内と外との環境を直接結ぶチャ
ネル，すなわちポリンとして機能し，浸透圧など菌の生存に関わる重要な調節機能
を担うものであるところ，大腸菌の外膜中では許容される全ポリン量には一定の上
限値があり，そのため，半ば強制的に大量のＯＭＰＦを発現させようとすれば，大
腸菌自身の生存に必要な本来の各ポリン類の発現が極度に抑制される可能性が高い
などと説示し，ＯＭＰＦの過剰発現が大腸菌宿主に対し毒性を有するとしていると
ころ，甲４４論文によれば，ＯＭＰＦは，Ｎ末端１−１６２のみでポリンとして機
能するのであるから，ＯＭＰＦ断片であっても，Ｎ末端１−１６２が含まれていれ
ば，大腸菌に対して毒性を有するものである。
イなお，乙５（甲５８）論文（以下「乙５論文」という。）によれば，大腸菌
のＯｍｐＡの場合には，たとえ短縮型であっても，毒性を有するとされている。
ウ以上からすると，ＯＭＰＦは，たとえ断片であっても，大腸菌に対して毒性
を有するため，ＯＭＰＦ遺伝子の断片がサブクローニングされていても，宿主細胞
が死滅することには相違ないといえるから，引用例に記載された実験方法によれば，
ＯＭＰＦを発現させることはできない。したがって，引用例において発現されたタ
ンパク質は，ＯＭＰＦではない。
エこれに対し，被告は，原告の上記主張によれば，本願発明を実施することも
できないなどと主張する。
しかしながら，本願発明におけるクローニング法は，タンパク質の発現を必要と
しない方法であり，しかも，宿主大腸菌を死滅させる方法であるため，クローニン
グされた遺伝子の毒性は問題とならず，また，サブクローニングにおいても，タン
パク質の発現を必要としないため，当該毒性が問題とならないものであるのに対し，
引用例に記載されたクローニング法及びサブクローニング法は，遺伝子によってコ
ードされるタンパク質を発現し，そのタンパク質と抗体との反応性を指標としてい
るために，目的遺伝子が毒性を有するタンパク質をコードする場合には，その影響
が生じることになるものであるから，被告の主張は，両者のクローニング法の根本
的な差異を看過するものであり，失当である。
(8)私的鑑定意見等について
ア京都大学大学院医学研究科教授長田重一作成の「鑑定意見書」と題する書面
（甲５５。以下「長田意見書」という。）には，の生体内に実在し，P.aeruginosa
ＯＭＰＦと同様にポリン活性を有すると推定され，モノクローナル抗体MA4-4及び
MA5-8と結合すると推定されるタンパク質（“hypotheticalprotein”）が，ＳＤ
Ｓゲル電気泳動法における挙動及び熱変更性タンパク質としての挙動において，Ｏ
ＭＰＦと同様であると推定されることから，引用例においては，ＯＭＰＦ遺伝子と
は異なる遺伝子をクローニングした可能性があると記載されている。
そして，長田意見書の上記記載は，コンフォメーショナルエピトープに結合する
モノクローナル抗体について述べる甲５６論文や，MA4-4の反応の非厳密性につい
て述べる甲１１論文，さらには，帝京大学薬学部長・東京大学名誉教授井上圭三作
成の「鑑定書」と題する書面（甲５３）からも裏付けられるものである。
イまた，甲１１論文の著者は，引用例においてＯＭＰＦとは異なるタンパク質
が混入したことを認めている。
ウ引用例は，複数のモノクローナル抗体との反応，ＳＤＳゲル電気泳動におけ
る挙動，熱変更性タンパク質としての挙動及びポリンとしての特性という４つの基
準において，発現させたタンパク質をＯＭＰＦと同定しているところ，これは，単
一のタンパク質が当該４つの基準を満たしたことを何ら意味するものではない。そ
して，複数のタンパク質が存在すれば，それだけ，上記４つの基準を満たす確率が
高くなる。
エなお，本件優先日前の当業者は，引用例におけるのと同様のクローニング法
を用いた場合には，目的の遺伝子とは異なる遺伝子をクローニングする可能性があ
ることを認識しており，甲３１論文，乙２論文，乙４（甲５７）論文（以下「乙４
論文」という。）及び乙５論文に記載されるように，クローニングした遺伝子が目
的のタンパク質をコードするものであるか否かを確認するため，目的のタンパク質
の部分アミノ酸配列と，クローニングした遺伝子がコードするアミノ酸配列とを比
較していたものである。
２取消事由２（本件優先日前における技術的事項の認定の誤り）
審決は，「引用例のP.aeruginosaに属するPAO1株以外の菌株，例えば本願明細
書中のATCC33354株も，・・・そのＤＮＡ配列はPAO1株由来ＯＭＰＦ遺伝子と極め
て相同性の高いものであると予測できる」と認定したが（以下，審決の上記認定に
係る技術的知見を「本件知見」という。），以下のとおり，本件知見は，技術的に
誤っているから，審決の上記認定も誤りである。
(1)ア本件優先日前において，には，少なくとも３０００種類以P.aeruginosa
上の株が存在し，株間で，病原性，薬剤抵抗等の性質が異なることが常識であり
（甲９論文），緑膿菌が染色体の再構成すらも行うことが知られており（甲１０論
文），細菌がポリンの変化を誘導することにより薬剤耐性を獲得することも周知の
事項であり（甲２７論文），また，引用例の著者の１人であるHancockは，自己が
作成したモノクローナル抗体が種々のタンパク質Ｆと異なる反応性を有することの
原因がアミノ酸配列の変化である可能性を認め（甲１５論文），その後，変異実験
によってのポリンの構造が変化することも既に確認されていた（甲P.aeruginosa
２８論文）。現に，引用例の著者の１人も，甲１１論文において，タンパク質Ｆに
多様性があると考え，ＯＭＰＦの構造解析を目的の１つとして，遺伝子変異（易変
異性）を含む薬剤耐性のメカニズムを解析しようとしていた。
イそして，当業者は，本件優先日前において，のＯＭＰＦは変P.aeruginosa
異を起こしやすいものと認識していた。
ウそうすると，本件優先日前の当業者は，の異なる株においてP.aeruginosa
はポリン構造が異なると予測していたものと考えられる。
(2)大腸菌ＯｍｐＡタンパク質と他のグラム陰性菌の熱変更性タンパク質との
比較をテーマとする甲４５論文（１９８０年８月発行）には，ＯｍｐＡや熱変更性
タンパク質についての議論のみならず，グラム陰性菌の外膜タンパク質全般にわた
る記載があり，その「考察」欄には，「ポリンタンパク質は，同種内においても，
また，異なる属または種の間においても，相同性をほとんど示さない。」との記載
がある（なお，ＯＭＰＦは，ポリンタンパク質の一種である。）。
(3)審決は，ＯＭＰＦが微生物の生存にとって重要なタンパク質P.aeruginosa
であると説示するが，以下の理由により，ＯＭＰＦは，の生存にとP.aeruginosa
って不可欠なタンパク質ではない。
ア菌株によっては，ポリンチャネルが複数個存在するものもある（甲２３論文
参照）。
イ大腸菌については，ポリン不全株（JF733）が生存している。
ウについても，タンパク質Ｆを欠失する株（H283）が存在するP.aeruginosa
（甲１５論文参照）。
(4)被告は，甲１５論文を援用して，モノクローナル抗体に対する反応性を理
由に，のセロタイプ間における外部膜タンパク質の保存性が高い旨P.aeruginosa
の主張をするが，モノクローナル抗体に反応することは，単に，同一又は類似のエ
ピトープが存在することを示すにすぎないから，被告の上記主張は，菌株が異なる
のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列における保存性を根拠付けるものでP.aeruginosa
はない。
(5)以上からすると，本件優先日前において，当業者は，ポリンタンパク質の
一種であるＯＭＰＦの保存性が極めて低いものと認識していたものであるから，本
件知見は，技術的な誤りを含んでいるというべきである。
３取消事由３（進歩性についての判断の誤り・その１）
審決は，引用例において単離されたコスミドクローン（pHN4）にＯＭＰＦ遺伝子
が含まれていたことを前提に，「P.aeruginosaに属する微生物のＯＭＰＦ遺伝子
を取得し，そのＤＮＡ配列を決定することは，本件優先日前の当業者であれば引用
例の記載に基づいて容易になし得ることであり，そのＤＮＡ配列が『配列番号１』
であったことをもって格別の効果とすることはできない。したがって，本願発明は，
引用例に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができるもので
ある。」と判断したが，以下のとおり，この判断は誤りである。
(1)取消事由１の(7)のとおり，本件優先日前においては，ＯＭＰＦ遺伝子の大
腸菌宿主に対する毒性は認識されておらず，仮に，引用例において単離されたコス
ミドクローン（pHN4）にＯＭＰＦ遺伝子が含まれていたとしても，ＯＭＰＦ遺伝子
の大腸菌宿主細胞に対する毒性ゆえに，本件優先日前の当業者にとって，引用例に
記載された方法でＯＭＰＦ遺伝子をクローニングし，そのＤＮＡ配列を決定するこ
とは容易でなかったものである。
(2)また，以下の各点からも，本件優先日前の当業者にとって，引用例に記載
された方法でＯＭＰＦ遺伝子をクローニングし，そのＤＮＡ配列を決定することは
容易でなかったといえる。
ア本件優先日前においては，ＤＮＡの配列決定が行われなくても，遺伝子をク
ローニングすれば，一流の科学雑誌に掲載され，学位論文として認められる程度の
価値があった。かかる事実は，本件優先日前の技術水準では，遺伝子をクローニン
グしてそのＤＮＡ配列を決定することが困難であったことを示すものである。
イ引用例の著者らは，本件優先日の２年後である１９８９（平成元）年６月に
発表した甲２論文において，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列につき，自ら決定した配
列ではなく，本願発明の発明者らによる甲５論文に記載された配列を引用している。
このことは，引用例の著者らでさえも，引用例の記載に基づいてＯＭＰＦ遺伝子の
ＤＮＡ配列を決定することが困難であったことを示すものである。
(3)本願発明は，引用例に記載された方法ではなく，ＯＭＰＦの部分配列を決
定し，ハイブリダイゼーションプローブを調製してファージベクターを用いる方法
を採用し，プロモーターを工夫するなどして，クローニング，配列決定等における
困難性を克服したものであり，この点において，本願発明には進歩性が認められる
べきである。
(4)また，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を正確に決定することは，ワクチンの
生産にとって重要であるから，本願発明において同ＤＮＡ配列が正確に決定された
こと自体が，顕著な作用効果であるというべきである。
(5)なお，引用例において実際にクローニング及びサブクローニングがされた
遺伝子は，読み取り枠中央のシステイン残基を含む部分を欠失し，そのために，ポ
リン活性を有さない短縮型タンパク質をコードする「変異体」遺伝子であり，その
ような「変異体」遺伝子であれば，たとえタンパク質が発現したとしても宿主細胞
に対して毒性を示さないということが十分考えられるから，引用例において，毒性
の問題が解決された上で，ＯＭＰＦ遺伝子がクローニングされたということはでき
ない。
４取消事由４（進歩性についての判断の誤り・その２）
審決は，「引用例に接した本件優先日前の当業者にとっては，公知微生物である
P.aeruginosaに属するPAO1株ゲノムから，確実にＯＭＰＦ遺伝子の全長を含むＤ
ＮＡが１１ｋｂのEcoRIフラグメントとしてクローニングされている上に，ＯＭＰ
Ｆ遺伝子の１部配列を確実に含むフラグメントも各種得られている以上，既にＯＭ
ＰＦ遺伝子自体がクローニングされているに等しいといえ，その塩基配列及び推定
アミノ酸配列を知りたければ，必要に応じてこれらのフラグメントから適宜ルーチ
ン的作業で機械的に読み取ればよいことであると理解するはずである。」と判断し
たが，以下のとおり，この判断は誤りである。
(1)仮に，引用例において単離された遺伝子がＯＭＰＦ遺伝子であったとして
も，本件優先日前の技術水準では，これを含むフラグメントのみからＯＭＰＦ遺伝
子のＤＮＡ配列を読み取ることは困難であったため，引用例の記載に基づいてＯＭ
ＰＦ遺伝子の配列を決定することは，本件優先日前の当業者にとって容易でなかっ
たものである。
すなわち，本件優先日前の技術水準では，ＯＭＰＦ遺伝子の全長を発現した場合
の毒性が認識されていなかった以上，ＯＭＰＦ遺伝子そのもの，または大腸菌宿主
に対して毒性を有するフラグメントをタンパク質として発現させて調製するために
用いる発現ベクターを調製することは不可能であったから，ＯＭＰＦ遺伝子そのも
のがクローニングされた状態及びその機能について確認することは不可能であった
といわざるを得ず，クローニングされたものが目的のタンパク質であることを知る
ことはできなかった。
(2)また，引用例に記載された制限酵素地図と甲１１論文に記載された制限酵
素地図とが異なることから，引用例に接した当業者は，たとえＯＭＰＦ遺伝子を含
むコスミドクローンを得たとしても，そこにはＯＭＰＦ遺伝子は含まれないものと
ミスリードされてしまい，そのコスミドクローン全長のＤＮＡ配列を決定すること
が必要と考えるところ，本件優先日前において，遺伝子をサブクローニングする技
術自体は確立していたものの，コスミドクローンの場合には，その全長が非常に長
かったため，ＤＮＡ配列の決定は困難であったものである。
同様に，引用例においては，単離されたタンパク質の全長の推定アミノ酸長が誤
って４１０アミノ酸とされており，これによれば，対応する遺伝子の全長は１２３
０塩基長と計算されるから，引用例の記載に基づいてタンパク質又は遺伝子を得た
当業者は，ＯＭＰＦ又はＯＭＰＦ遺伝子が得られなかったとミスリードされてしま
う。
(3)さらに，引用例の著者らが，引用例に基づいて速やかにＯＭＰＦ遺伝子の
ＤＮＡ配列を決定し，これをいち早く論文発表することができなかった（引用例の
発表からＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列の決定まで，１３年（甲１８検索結果に係る
ＤＮＡ配列の決定までであっても６年）もの長期間を要した）という事実も，ＯＭ
ＰＦ遺伝子を含むコスミドクローンが得られた場合にはＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配
列を決定することが容易であったとの被告の主張が誤りであることを強く裏付ける
ものである。
(4)加えて，本件優先日当時，ＤＮＡ配列を正確に決定するだけで，博士号を
授与されることが多かったことも，本件優先日当時の技術水準では，ＤＮＡ配列を
決定することが非常に困難であったことを裏付けるものである。
(5)なお，審決は，上記のとおり，引用例において「確実にＯＭＰＦ遺伝子の
全長を含むＤＮＡが１１ｋｂのEcoRIフラグメントとしてクローニングされてい
る」と認定するが，これは，制限酵素による認識・切断の正確性を前提とするもの
であって，引用例における制限酵素地図が正確なものではないとの被告の主張と矛
盾するものである。
(6)以上のとおり，仮に引用例において単離されたのがＯＭＰＦ遺伝子であっ
たとしても，これを含むフラグメントから，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を決定す
ることは困難であったのであるから，審決の上記判断は誤りである
第４被告の反論の要点
１取消事由１（引用例の記載事項の認定の誤り）に対し
以下のとおり，原告の主張はいずれも失当であり，引用例においては，ＯＭＰＦ
が発現され，クローニングされたといえるから，審決の認定に誤りはない。
(1)引用例の著者らがＯＭＰＦ遺伝子であると考えて単離した遺伝子のＤＮＡ
配列に係る制限酵素認識部位と，本願発明のＤＮＡ配列に係る制限酵素認識部位と
が異なること（制限酵素地図の相違）について
ア(ｱ)制限酵素地図は，クローニングによって得られた目的ＤＮＡ断片の配列
のおおよその構造を知るために作成し，目的ＤＮＡ断片が種々の制限酵素によって
どの部位で切断されるかを示す地図であり，その作成は，種々の制限酵素で目的Ｄ
ＮＡ断片を切断した後，ゲル電気泳動による移動度から推測される切断断片の長さ
に基づいて，当該切断断片が，目的ＤＮＡ断片のどの部分に相当するかを推測する
ものである（甲１２文献参照）から，作成された制限酵素地図は，推定されたおお
よそのものであり，その作成の際に，サブクローニングするＤＮＡの一部が脱落す
るなどの可能性も否定できず，後になって，正確なＤＮＡ配列が決定されれば，そ
の推測が覆ることも十分にあり得ることである（このようなことは，甲３１論文や
乙１６論文においても生じた事態であり，推測が覆る要因は，様々である。）。
なお，甲３８文献に記載された「制限酵素断片長多型」（ＲＦＬＰ）の検出は，
その存在を証明しようとする遺伝子について，制限酵素認識部位の存在（又は不存
在）があらかじめ分かっていることを前提とする技術であり，当該遺伝子のＤＮＡ
配列が正確に決定されていることを前提としているのに対し，引用例の制限酵素地
図は，遺伝子のＤＮＡ配列を決定する前段階において，当該遺伝子のおおよその構
造を決めたものであるから，制限酵素認識部位が存在するかどうかの信頼性は，甲
３８文献に記載された技術と比べて低いものであることは当然である。したがって，
甲３８文献を援用して，制限酵素地図の信頼性が格段に高い旨をいう原告の主張は，
失当である。
(ｲ)引用例のpWW13の制限酵素地図は，後に，引用例の著者らにより，訂正され
ている（甲１１論文）。また，引用例の著者らは，後に，pWW5について構造解析を
行っているところ（乙１７論文），乙１７論文には，pWW5が，のＯP.aeruginosa
ｐｒＦ（ＯＭＰＦ）のアミノ酸１７１∼３００の中間領域が欠失したものをコード
することが示されており，このことからすると，原告が主張する，本願発明の「配
列番号１」に制限酵素I及びIの認識部位が存在せず，他方，制限酵素I及PstXhoSal
びIの認識部位が存在するということに対して，合理的な説明が可能である。Sma
イ原告は，引用例の著者の１人が，後に発表した甲１１論文において，ＯＭＰ
Ｆの毒性を回避するための工夫がされた結果，初めて正しくＯＭＰＦ遺伝子をクロ
ーニングした旨主張する。
しかしながら，原告の上記主張は，甲１１論文の図２∼４に示される実験結果が，
引用例の図１∼３に示されるものと全く同じであることを見過ごしたものであり，
失当である。
また，甲１１論文の著者が「テトラサイクリン濃度の変更・・・により，ＯＭＰ
Ｆの毒性を回避ないし軽減させることに成功した」との原告の主張は，憶測にすぎ
ず，参酌に値しない。
さらに，甲１１論文に大腸菌宿主についての記載がないからといって，原告の主
張のように「ＯＭＰＦの毒性を回避ないし軽減させるために何らかの工夫がされ
た」とみるべき根拠はない。
ウ(ｱ)原告は，「引用例の著者らが自らの制限酵素地図の誤りに気付き，それ
を訂正しようとするならば，『ＥＲＲＡＴＡ』（正誤表）として，その誤りを訂正
するか，あるいは後の論文において誤りに言及するはずである」と主張するが，研
究者一人一人の思惑，行動等については，知る由もないのであるから，仮に，引用
例の著者らが原告が主張する誤りに気付いたとしても，原告が主張するような行動
をとるとは限らず，したがって，原告の上記主張は，憶測にすぎないというべきで
ある。
(ｲ)原告は，甲１１論文におけるpWW13の制限酵素地図の作成においては，引用
例において用いられた制限酵素I（記号：Ｔ）及びI（記号：Ｘ）が用いられSstXho
ていないと主張するが，引用例における制限酵素地図は，pWW5の約２．０ｋｂの
I-I断片がそのまま含まれているという誤った仮定に基づいて作成されたもSalPst
のであり，後日，正しいものに訂正されたのであるから，引用例における制限酵素
地図に原告が主張するような記載の誤りがあったとしても，そのことをもって，引
用例において発現されたタンパク質がＯＭＰＦではなかったということはできない。
エ原告は，引用例においてサブクローニングされたpWW13が，甲１１論文にお
いてサブクローニングされたpWW13と同一のプラスミドであるとすると，以下のと
おりの矛盾が生じることになると主張するが，いずれも理由がない。
(ｱ)原告は，引用例に記載されたpWW13は，約２．０ｋｂのI-I断片を含SalPst
む（引用例においては，このことが実験的に確認されているといえる。）にもかか
わらず，甲１１論文に記載されたpWW13に含まれるI-I断片は，約１．３ｋｂSalPst
のものと約０．９ｋｂのものであると主張するが，引用例には，pWW13が約２．０
ｋｂのI-I断片を含むことが「実験的に確認された」とは記載されていない。SalPst
(ｲ)原告は，引用例においては，pHN4及びpWW13が約２．０ｋｂのI断片を含Sma
むことが実験的に確認されているにもかかわらず，甲１１論文に記載されたI断Sma
片は，約１．７ｋｂのものと約４．３ｋｂのものであり，pHN4全体に占める同断片
の位置も，引用例と異なると主張するが，上記(ｱ)と同様，引用例において，pHN4
及びpWW13が約２．０ｋｂのI断片を含むことが「実験的に確認されている」とSma
はいえない。
(ｳ)原告は，甲１１論文におけるpWW13の制限酵素地図を前提にして，引用例に
記載されたpWW1の調製方法を適用すると，ＯＭＰＦ遺伝子を含んだ部分が切り取ら
れてしまうことになるから，甲１１論文におけるpWW4及びpWW5には，ＯＭＰＦ遺伝
子が含まれないことになると主張するが，その根拠は不明であるといわざるを得な
い。
オ原告は，仮に，引用例においてサブクローニングされたpWW5が，乙１７論文
の図４に示されるような欠失した構造を有するならば，以下のとおりの矛盾が生じ
ることになると主張するが，いずれも理由がない。
(ｱ)原告は，乙１７論文の記載内容からすると，引用例においてサブクローニ
ングされたpWW5は，共直線性を欠くことになるところ，引用例の図４によれば，
pWW5内には共直線性がない領域が存在しないこととされていると主張するが，pWW5
の正確なＤＮＡ配列は，乙１７論文において初めて明らかにされたものであり，
pWW5のＤＮＡ配列の情報が不明な状況下で推測された引用例の制限酵素地図に誤り
があったとしても，そのことをもって，引用例において発現されたタンパク質がＯ
ＭＰＦでなかったということはできない。
(ｲ)原告は，乙１７論文の記載内容からすると，サザンハイブリダイゼーショ
ンに使用するため，引用例においてサブクローニングされたpWW5からプローブを調
製すると，アミノ酸１∼１７０残基に対応するプローブ及びアミノ酸３０１∼３２
６残基に対応するプローブが生じることになり，これらを用いてサザンハイブリダ
イゼーションを行うと，前者に対応するタンパク質断片及び後者に対応するタンパ
ク質断片がそれぞれ検出されることとなるにもかかわらず，引用例には，pWW5から
調製したプローブによってサザンハイブリダイズした場合に単一のバンドが確認さ
れたと記載されていると主張する。
しかしながら，原告が主張する両断片の長さには，６倍以上の差があり，アミノ
酸１∼１７０残基に対応する断片のみがプローブによって検出されたものである。
カなお，甲５論文によれば，pWW5は，実際に本願発明のＯＭＰＦ遺伝子と強く
ハイブリタイズすることができるものであるから，引用例の制限酵素地図に誤りが
あったとしても，そのことにより，引用例において，ＯＭＰＦが得られなかったと
いうことにはならない。
(2)ＮＣＢＩに登録されたＯＭＰＦのアミノ酸配列等（甲３検索結果及び甲２
２検索結果）について
ア上記(1)において主張したところに照らせば，甲２２検索結果に記載（登
録）されたＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列から導き出される制限酵素部位が，引用例
に示された制限酵素部位と矛盾しているからといって，引用例の著者らが，引用例
においてクローニングされた遺伝子とは無関係にＯＭＰＦのアミノ酸配列等を決定
したことを裏付けるものではない。
イ(ｱ)甲１８検索結果ないし甲２２検索結果によれば，引用例の著者らは，
PAO1株（セロタイプ５）のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を，１９９２年５月１９日
にＮＣＢＩに登録し（甲１８検索結果），その後，一貫して，PAO1株のＯＭＰＦ遺
伝子について，同じＤＮＡ配列を提出していたことが分かる。したがって，遅くと
も同日時点においては，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列が明らかになっていたといえ
る。
(ｲ)これに対し，原告は，引用例の著者らがＯＭＰＦのアミノ酸配列等をＮＣ
ＢＩに登録した経緯，甲１８検索結果に供給源としてのプラスミドの記載がないこ
と，引用例の著者らは，甲２０検索結果及び甲２１検索結果に係る登録によって，
甲１８検索結果及び甲１９検索結果に係る配列情報をいったん削除したものといえ
ること，甲１９検索結果に「この記録は中断された。」との記載があることにかん
がみれば，引用例の著者らは，甲１８検索結果及び甲１９検索結果に記載された配
列とは別個独立の情報として，甲２０検索結果及び甲２１検索結果に記載された配
列を提出したものと考えるのが合理的であると主張する。
しかしながら，甲１８検索結果に係るＤＮＡ配列は，甲２０検索結果に係るＤＮ
Ａ配列によって差し換えられ，さらに，甲２２検索結果によって再度差し換えられ
たものであり，また，甲１８検索結果のコメント欄並びに甲２０検索結果及び甲２
２検索結果の各供給源欄には，いずれも，のPAO1株からのものであP.aeruginosa
ることが記載され，しかも，甲２０検索結果及び甲２２検索結果に記載されている
プラスミドのうち，pWW1901及びpWW2300は，引用例において用いられたpWW13から
派生するものである。さらに，甲１８検索結果に記載されたＤＮＡ配列と別紙配列
表記載のＤＮＡ配列とを比べると，ほぼ一致するものであり，甲１８検索結果に記
載されたＤＮＡ配列には，ＯＭＰＦ遺伝子の全長が含まれているといえる。加えて，
甲１８検索結果，甲２０検索結果及び甲２２検索結果に記載されたＤＮＡ配列を対
比すると，甲２２検索結果に記載されたＤＮＡ配列は，甲１８検索結果に記載され
たＤＮＡ配列（ＯＭＰＦ遺伝子の全長を含むもの）及び甲２０検索結果に記載され
たＤＮＡ配列（甲１８検索結果に記載されたＤＮＡ配列の５’末端の一部を含む同
末端上流域のＤＮＡ配列）を組み合わせたものである。
そうすると，原告の上記主張は，理由がない。
ウまた，上記イからすると，「引用例の発表後，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列
あるいはＯＭＰＦのアミノ酸配列が明らかになるまでに長期間が経過している」と
の原告の主張に理由がないことは，明らかである。
エ原告は，甲１８検索結果ないし甲２２検索結果のいずれにおいても，本願発
明の発明者らによる甲５論文が引用されているにもかかわらず，引用例は全く引用
されていないと主張するが，これらの検索結果に記載された参考文献は，ＮＣＢＩ
が，各研究主体の提出した配列を整理し，関連のある配列を掲載する文献等を参考
文献として掲載したものであり，具体的な配列情報が開示されていない引用例が参
考文献として掲載されるはずがないから，原告の上記主張は失当である。
(3)引用例において用いられたＯＭＰＦの発現を確認する方法について
ア(ｱ)モノクローナル抗体に交差反応の可能性があるとしても，引用例におい
ては，複数のＯＭＰＦ特異的なモノクローナル抗体との結合が確認されており，複
数のＯＭＰＦ特異的な抗体が，いずれもＯＭＰＦ以外のタンパク質を検出したとは
考えられない。
(ｲ)原告は，モノクローナル抗体の交差反応の例として，甲１５論文，甲３４
論文及び甲３５論文を挙げるが，交差反応の可能性はあったとしても，甲１５論文
及び甲３４論文は，モノクローナル抗体を用いて，目的とするタンパク質を検出す
ることができることを示しているし，甲３５論文も，そのことを否定するものでは
ない。なお，引用例の実験において，モノクローナル抗体MA4-4と反応するとされ
ているのタンパク質が混入する余地はなかったものである。P.putida
(ｳ)原告は，引用例の図３における①のバンド及び②のバンドの検出を根拠に，
引用例の著者らが，モノクローナル抗体の交差反応の可能性を看過して実験を行っ
たものと考えられると主張するが，引用例においては，①のバンドについては，天
然ののＯＭＰＦ調製物においてもしばしば観察されるものであり，P.aeruginosa
②のバンドについては，おそらくＯＭＰＦの分解産物であり，いずれもＯＭＰＦに
派生するものであろうとの，妥当な考察を加えているところである。また，レーン
１（のＯＭＰＦ）とレーン５（クローニングされたＯＭＰＦ）とのP.aeruginosa
違いについては，これらのレーンで用いた外部膜の調製物が，のもP.aeruginosa
のと大腸菌のものという違いがあり，レーン５の大腸菌の外部膜の調製物に含まれ
るのＯＭＰＦが，大腸菌宿主由来の組成により何らかの影響を及ぼP.aeruginosa
されて①のバンド及び②のバンドが生じ，わずかに見出されるに至ったとしても，
格別不思議なことではないから，原告の上記主張は，失当である。
イ(ｱ)また，ＳＤＳゲル電気泳動法によるタンパク質の同定に限界があるとし
ても，同じタンパク質であれば，同一条件下では，同じ位置に電気泳動されるはず
であるところ，引用例においては，クローニングされた遺伝子の発現産物が，天然
ののPAO1株由来のＯＭＰＦと比較して，同一条件下で，ＳＤＳゲルP.aeruginosa
電気泳動法における挙動が同じであることが示されている。
(ｲ)原告は，甲２９文献及び甲３７論文を根拠に，ＳＤＳゲル電気泳動法によ
る分子量の測定が不正確である旨主張するが，引用例においては，ＳＤＳゲル電気
泳動法により分子量を測定しているのではなく，クローニングした遺伝子の発現産
物が，天然ののPAO1株由来のＯＭＰＦと比較して，同一条件下で同P.aeruginosa
一の挙動（すなわち，見かけ上の分子量が同一であること）を示すか否かを観察し
ているのであるから，原告の上記主張は，不適切なものである。
ウ以上からすると，ＯＭＰＦ以外のタンパク質が大腸菌で発現した際に，複数
のＯＭＰＦ特異的な抗体と交差反応し，かつ，天然ののPAO1株に由P.aeruginosa
来するＯＭＰＦと同じ位置に電気泳動されるなどということは，およそあり得ない
ことであるから，引用例において得られたタンパク質がＯＭＰＦであったことは，
疑う余地のないところである。
エなお，原告は，本願発明において採用されたクローニング法（目的タンパク
質を精製し，その部分配列を決定し，その部分配列に基づいてクローニングする方
法）がより正確である旨主張する。
しかしながら，この方法においては，精製されたタンパク質がＯＭＰＦであるこ
とが前提とされているところ，本願発明においては，精製されたタンパク質がＯＭ
ＰＦであることをＳＤＳゲル電気泳動法によって同定しているのであるから，原告
の上記主張は失当である。
(4)ＯＭＰＦを構成するアミノ酸の個数に関する引用例の著者らの認識につい
て
ア引用例が頒布された時点において，ＯＭＰＦの分子量は，ＳＤＳゲル電気泳
動法により把握されていたのであるから，おおよその値であることは当然である
（甲２９文献参照）。
イそして，上記(3)において主張したとおり，引用例においては，クローニン
グされた遺伝子の発現産物が，天然ののPAO1株由来のＯＭＰＦと比P.aeruginosa
較して，同一条件下で，ＳＤＳゲル電気泳動法における挙動が同じであることが示
されているのであるから，分子量の把握が大雑把で正確性を欠くものであったとし
ても，引用例におけるタンパク質の同定が不確かなものであるとはいえない。
ウ以上からすると，引用例に「天然のタンパク質Ｆにおける約４１０アミノ
酸」との記載があることをもって，引用例において単離されたタンパク質がＯＭＰ
Ｆでなかったということはできない。
(5)引用例において単離されたＤＮＡによってコードされるタンパク質と，そ
の後に引用例の著者の１人が単離したＤＮＡによってコードされるタンパク質の機
能（チャネル伝導度）について
ア引用例及び甲１１論文には，いずれも，ＯＭＰＦのチャネル伝導度について
は，天然のから単離したＯＭＰＦについても，大腸菌において発現P.aeruginosa
させクローニングしたＯＭＰＦ遺伝子の産物についても，大多数のチャネルが小さ
な伝導度を有し，他方，低い頻度で，大きな伝導度のチャネルが存在すること，両
者において観察された小さな伝導度のチャネルは従来から報告されていた値（Benz
&Hancock,1981）と比べて小さいものであることが記載されているのであるから，
引用例に記載されたタンパク質と甲１１論文に記載されたタンパク質とが異なると
いうことはできない（引用例の「約６５％が４ｎＳよりも大きな」との記載は，
「平均伝導度０．３６ｎＳを有した。・・・それよりも大きなチャネルが，それよ
りも低頻度で観察された。」，「測定された大きなチャネルのうちの約６５％は４
ｎＳよりも大きな（のタンパク質Ｆについて以前に報告された(3)P.aeruginosa
（原告が主張する引用文献３）のものと同様の大きさ）単一チャネル伝導度を有し
た。」との文脈における記載であり，原告の主張は，引用例を誤って解釈するもの
である。）。
イまた，甲２４論文の記載によれば，同論文においては，のＯP.aeruginosa
ｐｒＦ（ＯＭＰＦ）のチャネル特性について，引用例の発表後，より詳細な実験系
を用いて調べたことが明らかであるほか，引用例の図６には，１ＭのＫＣｌ水溶液
中で形成されるチャネルが，伝導度０．１∼１．０ｎＳの範囲に分布することが示
されているのであるから，甲２４論文において，事後的に正確なチャネル伝導度の
測定が行われたからといって，それは，実験の制度，手法等の違いによるものにす
ぎないというべきである。
(6)引用例の発表後の著者らの態度について
ア引用例の著者らは，甲２論文及び甲１７論文において，引用例を引用してい
る。ただし，これらの論文においては，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列に関連して引
用例を引用するものではないが，引用例には，ＤＮＡ配列が記載されていないので
あるから，当然のことである。
イなお，本願発明は，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を決定した最初のものであ
るから，引用例の著者らが，甲２論文及び甲１７論文において，本願発明の発明者
らによる甲５論文を引用するのは，当業者として何ら不自然な点はない。
(7)ＯＭＰＦの大腸菌に対する毒性について
アＯＭＰＦの過剰発現が大腸菌に対して毒性があるとしても，乙６論文ないし
乙８論文に記載されているように，低コピー数の発現ベクターを用いることにより
全長の遺伝子をクローニングすることは可能であるところ，引用例におけるpHN4及
びpWW13のクローニングは，この手法でされている。
また，ＤＮＡ配列を決定するために多量のコピーを必要とする場合には，乙４論
文ないし乙７論文及び乙２１論文に記載されているように，発現させても毒性を示
さない部分長のものに全長遺伝子を断片化すれば，当該遺伝子を高コピー数のベク
ターを用いて大量に複製することができるから，ＯＭＰＦの過剰発現が大腸菌に対
して毒性を有するとしても，当該遺伝子のクローニング及びＤＮＡ配列の決定に格
別の支障があるとはいえない。
なお，引用例において，高コピーベクターを用いたサブクローニングが成功した
とされるpWW5は，既にＯＭＰＦ遺伝子の全長ではなく部分配列しか含んでいないこ
とが明らかとなった時点で，高コピーベクターにサブクローニングされているにす
ぎないところ，たとえ，高コピーベクターを用いたとしても，外部膜タンパク質の
部分ペプチドであれば，宿主を死に至らしめるようなことは起こらない場合もある
ことは，本件優先日前に知られていた事項である。
イ原告が指摘する乙２論文においても，ＯｍｐＦ合成が抑制された変異宿主細
胞（大腸菌のKY2562株）を用いて，高コピーベクターでＯＭＰＦ遺伝子がサブクロ
ーニングされたことが記載されている。
ウ本願発明においても，ＯＭＰＦ遺伝子の部分断片を高コピーベクターにサブ
クローニングしており，また，本願発明の対応論文である甲５論文においても，Ｏ
ＭＰＦ遺伝子を部分的に含む２つの重複断片をサブクローニングしていることが記
載されているのであるから，原告が主張するように「ＯＭＰＦは，たとえ断片であ
っても大腸菌に対して毒性を有する」のであれば，本願発明の実施は不可能となる
ものである。
(8)私的鑑定意見等について
ア長田意見書にいう“hypotheticalprotein”が引用例における発現産物であ
るという可能性は極めて低い。
イ長田意見書は，単に，モノクローナル抗体MA5-8を認識するかも知れない仮
想のアミノ酸配列について述べているにすぎず，引用例においては，そのようなタ
ンパク質は検出されなかったものである（引用例の図３）。
ウ長田意見書においては，実際に確認を行ったものではなく，以下のとおり，
根拠が希薄な事項について，これを「可能性がある」と述べているものである。
(ｱ)２つのシステイン残基に挟まれた１３残基であることをもって，モノクロ
ーナル抗体MA4-4が認識する部位であるとはいえない。また，仮に，モノクローナ
ル抗体MA4-4が非常に緩い特異性を有する（２つのシステイン残基に挟まれた１３
残基を認識する）のであれば，引用例の図３において，ＯＭＰＦ以外のバンドが検
出されたはずである。
(ｲ)４４９アミノ酸残基から成るタンパク質のＳＤＳゲル電気泳動における挙
動は，天然ののＯＭＰＦのそれと異なるものである。P.aeruginosa
(ｳ)“hypotheticalprotein”の熱変更性タンパク質としての挙動及びポリン
活性が，天然ののＯＭＰＦと同じであるとする理由がない。P.aeruginosa
エ仮に，の外膜に“hypotheticalprotein”が存在するとすると，P.aeruginosa
本願発明において，ＯＭＰＦを単一のものとして単離することができないことにな
る。
２取消事由２（本件優先日前における技術的事項の認定の誤り）に対し
以下のとおり，本件知見に係る審決の認定に誤りはない。
(1)ア一般に，ある生物由来のタンパク質のアミノ酸配列等の構造は，その生
物と同属同種に属する生物の対応するタンパク質の当該構造と類似しており，その
相同性は，別の属や別の種に属するものと比べて高いものであり，当該タンパク質
をコードする遺伝子のＤＮＡ配列も，同様に相同性が高いものと考えることは，当
業者にとって，自然なことである。
そして，本願発明のATCC33354株（セロタイプ６）由来のＯＭＰＦと，引用例の
PAO1株（セロタイプ５）由来のＯＭＰＦとは，という同種内のセロP.aeruginosa
タイプが異なるだけの株に由来するものであるから，両タンパク質をコードするＯ
ＭＰＦ遺伝子の相同性は高いものであると予測することができる。
イ(ｱ)また，本件優先日前において，ＯＭＰＦを含む外部膜タンパク質の保存
性が高いことは，当業者に知られていた事項である（のＯＭＰＦにP.aeruginosa
対する高度に特異的なモノクローナル抗体が，の１７の全セロタイP.aeruginosa
プに属する各株に反応すること，の外部膜タンパク質が，１７のセP.aeruginosa
ロタイプに属する株間において保存されていることが記載されている甲１５論文の
ほか，乙６論文及び乙７論文参照）。
(ｲ)原告は，甲９論文，甲１０論文，甲１５論文，甲２７論文及び甲２８論文
を根拠に，という同じ種に属する株であっても，遺伝子型が顕著にP.aeruginosa
異なると主張する。しかしながら，これらの論文は，以下のとおり，ＯＭＰＦが，
の株間において，その遺伝子の相同性が極めて低いといえるほどのP.aeruginosa
多様性があることを示すものではないし，かえって，甲２８論文は，当該相同性が
高いことを示すものである。
ａ甲９論文には，の株が３０００種類以上存在すること及び染P.aeruginosa
色体間を移動するトランスポゾンが存在することが記載されているだけである。
ｂ甲１０論文には，の染色体が再構成されることが記載されてP.aeruginosa
いるだけであり，外部膜タンパク質であるＯＭＰＦについて，顕著な遺伝子型の変
異があることを示すものではない。
ｃ甲１５論文は，のＯＭＰＦに特異的なモノクローナル抗体が，P.aeruginosa
にも結合することを示すだけであり，のＯＭＰＦが多様なP.putidaP.aeruginosa
変異をしていることを意味するものではない。
ｄ甲２７論文に記載されたβ−ラクタム因子によって誘導される「ポリン変
化」は，遺伝子型の変異に関するものではない。
ｅ甲２８論文には，抗生物質であるβ−ラクタムの浸透性が減じた変異体につ
いても，ポリンＦ（ＯＭＰＦ）のアミノ酸組成はほとんど変わることがなく，１つ
又は２つのアミノ酸変異に基づくものであることが記載されている。
ウまた，原告は，ポリン不全株が生存していることなどを根拠に，ＯＭＰＦが
の生存にとって不可欠なタンパク質ではないと主張する。しかしなP.aeruginosa
がら，ポリン不全株が生存しているといっても，そのような株は，野生型の株と比
較して，外部環境に対し生存能力が劣っていることが多いのであるから，ポリン不
全株が生存していることをもって，ＯＭＰＦがの生存にとって重要P.aeruginosa
でないということはできない。なお，いずれも本件優先日後に頒布された文献では
あるが，甲２論文には，ＯＭＰＦ欠損株が，特殊な培地環境でなければ生育が困難
であることが記載され，また，甲３０文献には，膜タンパク質のほとんどが生命の
維持に不可欠な機能を有していることが記載されている。
エ実際に，本件知見が誤りでなかったことは，後に，甲１７論文において，１
７のセロタイプのうち，１つを除いて制限酵素地図が一致するとされていることか
ら実証されているといえる。
(2)ア原告がその主張の根拠とする甲４５論文において，「同種内において相
同性をほとんど示さない」例として挙げられているのは，同種内であっても異なる
ポリンタンパク質であると認識されているＯｍｐＣとＯｍｐＦであるところ，審決
は，という同一の種に属する別のセロタイプ（血清型）の株由来のP.aeruginosa
同一タンパク質，すなわち，PAO1株（セロタイプ５）由来のＯＭＰＦとATCC33354
株（セロタイプ６）由来のＯＭＰＦとの相同性が高いと予測することができると認
定しているのであり，ＯＭＰＦと別の外部膜タンパク質との相同性について本件知
見を認定したものではない。
S.イなお，甲４５論文における大腸菌K-12のＯｍｐＣ及びＯｍｐＦと，
LT2の上記両タンパク質との間の相同性についての記載は，別の属にtyphimurium
おける対応するタンパク質の間の相同性について述べたものであり，同種の細菌に
おける同一タンパク質の間の相同性について述べたものではない。
ウ以上からすると，甲４５論文の記載により，のPAO1株（セロP.aeruginosa
タイプ５）由来のＯＭＰＦと，ATCC33354株（セロタイプ６）由来のＯＭＰＦの保
存性が低いと解することはできず，原告の主張は失当である。
３取消事由３（進歩性についての判断の誤り・その１）に対し
(1)上記１の(7)のとおり，引用例において，全長ＯＭＰＦ遺伝子のクローニン
グ（pHN4及びpWW13）は，低コピー数のベクターを用いて行われており，このよう
な方法であれば，原告が主張するような毒性があるとしても，全長ＯＭＰＦ遺伝子
のクローニングは可能である。
また，のＯＭＰＦが大腸菌宿主に対して毒性を有するかも知れなP.aeruginosa
いことは，当業者が容易に予測し得ることであり，仮に，当該毒性について予測し
ていなかったとしても，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列の決定のためのサブクローニ
ングの際には，当該毒性について認識することができるところ，これに対処する方
法は当業者に知られていた事項であるから，当該ＤＮＡ配列の決定に格別の困難性
はない。
(2)すなわち，乙１２文献及び乙１３文献によれば，クローニングの手法及び
ＤＮＡ配列の決定手法は，本件優先日前に汎用のものとなっており，また，甲３１
P.aeruginosa論文，乙２論文及び乙４論文ないし乙８論文に記載されるように，
のＯＭＰＦを含む外部膜タンパク質をコードする遺伝子のクローニングの際に，高
コピーベクターを用いた当該遺伝子の過剰発現が大腸菌宿主細胞に対して毒性を有
する現象については，当業者が容易に想到し得ることであり，そのような課題に対
する解決手段についても，十分に知られていたことであるから，乙２１論文に記載
された手法が本件優先日前に周知であったことをも併せ考慮すると，本願発明に係
るＯＭＰＦ遺伝子のクローニング及びそのＤＮＡ配列の決定は，引用例に基づいて，
当業者が容易になし得たことである。
(3)ア原告は，ＤＮＡ配列を決定していない引用例が科学雑誌に掲載されたこ
とが，本件優先日前の技術水準では，遺伝子をクローニングしてそのＤＮＡ配列を
決定することが困難であったことを示すと主張するが，科学雑誌への掲載とＤＮＡ
配列の決定の困難性との関係について，原告の主張の趣旨は不明である。
イ原告は，引用例の著者らが，本件優先日の２年後に発表した甲２論文におい
て，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列につき，自ら決定した配列ではなく，本願発明の
発明者らによる甲５論文に記載された配列を引用しており，このことからすると，
引用例の著者らでさえも，引用例の記載に基づいてＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を
決定することが困難であったことを示すと主張する。
しかしながら，取消事由１に対する反論の(6)で主張したとおり，当業者にとっ
て，のATCC33354株のＯＭＰＦ遺伝子の配列決定を最初に行った甲５P.aeruginosa
論文を引用することは，何ら不自然なことではなく，当該引用の事実は，ＯＭＰＦ
遺伝子のＤＮＡ配列の決定が困難であったことを意味するものとはいえない。
(4)原告は，本願発明は，引用例に記載された方法ではなく，ＯＭＰＦの部分
配列を決定し，ハイブリダイゼーションプローブを調製してファージベクターを用
いる方法を採用し，プロモーターを工夫するなどして，クローニング，配列決定等
における困難性を克服したものであり，この点において，進歩性が認められるべき
であると主張する。
しかしながら，本願発明のλファージベクターを用いたクローニング手法は，遺
伝子工学の技術分野における典型的な手法であり，その手法を採用することに何ら
技術的な意義は見出せず，また，本願発明において，タンパク質の単離・精製は，
公知の手法（乙９（甲５２）論文。以下「乙９論文」という。）を用いており，プ
ローブ作製は，この技術分野の常套手段を用いたにすぎないのであるから，本願発
明の手法を採用することに何ら困難性は見当たらない。
(5)原告は，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を正確に決定することは，ワクチン
の生産にとって重要であるから，本願発明において同ＤＮＡ配列が正確に決定され
たこと自体が，顕著な作用効果であると主張する。
しかしながら，のＯＭＰＦは，感染症を引き起こす外部膜タンパP.aeruginosa
ク質であり，そのＤＮＡ配列が決定されれば，その情報をワクチン生産に利用する
ことは，当業者が予測し得る範囲内のことであるから，本願発明におけるＤＮＡ配
列の決定が，ワクチン生産に寄与する可能性があることをもって，これを顕著な作
用効果であるということはできない。しかも，本願発明においては，実際にワクチ
ンを生産したわけでもなく，ＯＭＰＦの発現すらしていないのであるから，なおさ
ら，本願発明が顕著な作用効果を奏するということはできない。
４取消事由４（進歩性についての判断の誤り・その２）に対し
(1)上記３のとおり，全長遺伝子を含むフラグメントが得られていれば，それ
をサブクローニングして当該遺伝子の塩基配列を決定し，それがコードするアミノ
酸配列を決定する手法は，本件優先日前に周知の技術であり，のＯP.aeruginosa
ＭＰＦ遺伝子についても，格別の阻害事由がない限り，当業者がルーチンの作業に
よりこれを行い得たものである。
(2)原告は，「ＯＭＰＦ遺伝子の全長を発現した場合の毒性が認識されていな
かった以上，・・・クローニングされたものが目的のタンパク質であることを知る
ことはできなかった。」と主張する。
しかしながら，グラム陰性菌の外部膜タンパク質をクローニングする際に，当該
遺伝子の過剰発現により宿主が死に至ることがあることは，本件優先日前によく知
られていた事項であるところ，これを回避する方法についても，本件優先日前によ
く知られていた事項であるから，ＯＭＰＦ遺伝子の全長を発現した場合の毒性が認
識されていなかったことを前提とする原告の上記主張は，その前提を欠くものであ
る。
また，引用例においては，全長遺伝子をクローニング（pHN4及びpWW13）する際
に，複数のＯＭＰＦ特異的モノクローナル抗体及びＳＤＳゲル電気泳動法によりタ
ンパク質の同定を行っているのであるから，引用例においてクローニングされたも
のが目的のタンパク質であることを知ることができなかったということはできない。
以上からすると，原告の上記主張は理由がない。
(3)原告は，引用例に記載された制限酵素地図と甲１１論文に記載された制限
酵素地図とが異なることから，引用例に接した当業者は，たとえＯＭＰＦ遺伝子を
含むコスミドクローンを得たとしても，そこにはＯＭＰＦ遺伝子は含まれないもの
とミスリードされてしまうと主張するが，制限酵素地図は，ＤＮＡ配列が決定され
れば，その誤りが修正される類のものであるから，引用例に記載された制限酵素地
図と甲１１論文に記載された制限酵素地図が異なることをもって，引用例に接した
当業者にとって，のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列の決定が困難であP.aeruginosa
ったということはできない。
(4)原告は，引用例においては，単離されたタンパク質の全長の推定アミノ酸
長が誤って４１０アミノ酸とされており，これによれば，対応する遺伝子の全長は
１２３０塩基長と計算されるから，引用例の記載に基づいてタンパク質又は遺伝子
を得た当業者は，ＯＭＰＦ又はＯＭＰＦ遺伝子が得られなかったものとミスリード
されてしまうと主張する。
しかしながら，のATCC33354株からスクリーニングされた遺伝子がP.aeruginosa
ＯＭＰＦ遺伝子であることの確認を，アミノ酸長に基づくおおよその塩基長の一致
によってのみ行うということはあり得ず，例えば，引用例において行われたように，
当該遺伝子の発現産物について，ＳＤＳゲル電気泳動法による挙動や，ＯＭＰＦ特
異的モノクローナル抗体との反応性が，天然ののＯＭＰＦと一致すP.aeruginosa
るか否かによって，当該遺伝子がＯＭＰＦ遺伝子であると同定するものであるから，
原告の上記主張は失当である。
(5)原告は，引用例の著者らが，引用例の発表からＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配
列の決定まで長期間を要したとの事実も，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を決定する
ことが困難であったことを裏付ける旨主張する。
しかしながら，遺伝子のクローニングからそのＤＮＡ配列の決定までの期間の長
短が，当該ＤＮＡ配列の決定の困難さの程度を示すものではなく，原告の主張は，
憶測にすぎない。例えば，引用例の発表後，２年も経たないうちに，甲５論文によ
り，のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列が公知となっており，引用例のP.aeruginosa
著者らが，のセロタイプ間で，ＯＭＰＦ遺伝子が高度に保存されてP.aeruginosa
いることを知っていた状況下において（甲１１論文参照），のPAO1P.aeruginosa
株のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列の決定を優先して行う必要はないと考えてもおか
しくはない。
第５当裁判所の判断
１取消事由１（引用例の記載事項の認定の誤り）について
原告は，引用例において発現されたタンパク質がのＯＭＰＦであP.aeruginosa
ったとの審決の認定が誤りであると主張するので，以下，検討する。
(1)引用例における発現タンパク質の同定について
ア引用例には，以下の各記載がある（なお，以下，外国語で作成された書証中
の引用箇所を特定する場合には，特に断らない限り，訳文（当事者双方が訳文を提
出しているものについては，引用する訳文に係る書証番号を付記する。）の該当箇
所を示す。また，訳文中，明らかな誤訳等と認められる部分は，特に指摘すること
なく，適宜，加除訂正を行った上で引用することとする。）。
(ｱ)「この大腸菌クローンに由来するタンパク質Ｆおよび天然のタンパク質ＦP.aeruginosa
の同一性が，ドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル電気泳動におけるこれらのタ
ンパク質の移動度が同じであること，２−メルカプトエタノールによる改変可能性，およびタ
ンパク質Ｆの２つの別個のエピトープに対して特異的なモノクローナル抗体群との反応性によ
って実証された。」（４７３頁要約（「のポリンタンパク質ＦをコーPseudomonasaeruginosa
ドする遺伝子を，」で始まる段落）４∼７行）
(ｲ)「大腸菌（pHN4）におけるＦタンパク質の特徴付け外膜を，大腸菌HB101（pHN4）およ
び大腸菌JF733（pHN4）から単離した。これらの外膜の電気泳動プロフィールを，それぞれ，
図１のレーン２および図２のレーン７に示す。両方の株において，に由来するタP.aeruginosa
ンパク質Ｆ（図１のレーン１；図２のレーン５）と同様のタンパク質が，観察され，このタン
パク質は，大腸菌HB101（図１のレーン３）においても大腸菌JF733（図２のレーン３）におい
ても観察されなかった。株JF733（pHN4）において，タンパク質Ｆは，主要な外膜タンパク質
（図２のレーン７）であるようであった。
大腸菌HB101（pHN4）［および株JF733（pHN4）；データは示さない］の外膜プロフィールに
おける新しいバンドは，タンパク質Ｆ特異的モノクローナル抗体であるMA4-4およびMA5-8とそ
のバンドとの相互作用（図３Ａおよび図３Ｂのレーン５）によって，タンパク質Ｆと同定され
た。」（４７５頁左欄１０∼２６行）
(ｳ)「２−メルカプトエタノールに対する上記のクローン化タンパク質の応答もまた，調査
した。大腸菌HB101（pHN4）および大腸菌JF733（pHN4）における上記クローン化タンパク質は，
２−メルカプトエタノール中で加熱した後に，天然のタンパク質Ｆ(13)と類似する様式で，見
かけ上の分子量が増加した。この現象は，大腸菌JF733（pHN4）において最も容易に観察され
た（図２のレーン４およびレーン７）。なぜなら，その２−メルカプトエタノール還元された
タンパク質Ｆのバンドは，株HB101（pHN4）のOmpC-OmpFポリンバンドによって部分的に覆い隠
されたからである。上記のクローン化タンパク質は，その還元形態において，モノクローナル
抗体MA5-8と反応したが，MA4-4とは反応しなかった（データは示さない）。これは，天然のタ
ンパク質Ｆについて以前に観察された(23)通りである。」（４７５頁左欄３６∼５０行）
(ｴ)「図１．外膜調製物のＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動プロフィール。各サン
プルについて，１５μｇの外膜タンパク質を，８８℃にて１０分間，２−メルカプトエタノー
ルを用いずに可溶化した。レーン１：PAO1；レーン２：大腸菌HB101P.aeruginosa
（pHN4）；レーン３：大腸菌HB101；レーン４：大腸菌HB101（pWW1）；レーン５：大腸菌
HB101（pWW4）。分子量マーカー（×１０００［Ｋ］）が，右に示されている。タンパク質Ｆ
の位置（Ｆ）および短縮型タンパク質Ｆ遺伝子産物の位置（Ｔ）が，左に示されている。」
（４７５頁右欄図１脚注１∼９行）
(ｵ)「図２．大腸菌外膜調製物および外膜調製物におけるタンパク質Ｆの２−P.aeruginosa
メルカプトエタノールによる改変可能性を実証する，ＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳
動図。サンプルは，図１の脚注に記載される通りに処理したが，但し，５％２−メルカプトエ
タノールを，レーン２，レーン３，およびレーン４のサンプルに加熱前に添加した。レーン２
およびレーン５：PAO1；レーン３およびレーン６：大腸菌JF733；レーン４おP.aeruginosa
よびレーン７：大腸菌JF733（pHN4）。２−メルカプトエタノール改変形態のタンパク質Ｆ
（Ｆ）および非改変形態のタンパク質Ｆ（Ｆ）が，示されている。」（４７５頁右欄図２脚
＊
注１∼１０行）
(ｶ)「図３．ＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離された大腸菌HB101の外膜
タンパク質のウェスタン免疫ブロット。パネルＡ中のタンパク質は，タンパク質Ｆ特異的モノ
クローナル抗体MA5-8を用いてプロービングした。パネルＢ中のタンパク質は，モノクローナ
ル抗体MA4-4（これは，タンパク質Ｆの別のエピトープを認識する）を用いてプロービングし
た。レーン１：PAO1；レーン２：大腸菌HB101（pCP13）；レーン３：大腸菌P.aeruginosa
HB101（pWW4）；レーン４：大腸菌HB101（pWW1）；レーン５：大腸菌HB101（pHN4）。レーン５
における上側の微かなバンドは，タンパク質Ｆの不完全な熱改変に起因し，由来P.aeruginosa
のタンパク質Ｆ調製物においてしばしば観察される(13)。パネルＢのレーン５における分子量
が低い方のバンドは，おそらく，タンパク質Ｆのタンパク質分解産物である(22)。」（４７５
頁右欄図３脚注１∼１４行）
(ｷ)「大腸菌JF733（pHN4）（図５）または（データは示さない）のいずれかにP.aeruginosa
由来する少量（０．６ｎｇ／ｍｌ）の電気溶出済みタンパク質Ｆを，黒膜二重層を入れている
塩水溶液（１ＭＫＣｌ）中に添加すると，伝導度の段階的増加が生じた。他の脂質二重層の
実験結果から類推して，これらの伝導度の増加は，タンパク質Ｆの単一チャネル形成単位がこ
の膜中に段階的に組み込まれることを伴った。
使用した最低濃度（０．６ｎｇ／ｍｌ）において，高感度に設定した機器を使用すると，小
さなチャネルの組み込みが，主に観察された（図６Ａ及び図６Ｂ）。測定された伝導度の増加
の確率棒グラフ（図６）および１ＭＫＣｌ中での単一チャネルの平均伝導度（０．３４ｎＳ
∼０．３８ｎＳ）は，または上記の完全なクローン化タンパク質Ｆ遺伝子を保有P.aeruginosa
する大腸菌株のいずれかから単離されたタンパク質Ｆについて，同様であった。」（４７６頁
右欄下から４行∼４７７頁左欄１２行）
(ｸ)「大腸菌クローン（pHN4）およびから電気溶出したタンパク質ＦについてP.aeruginosa
の機能研究により，極めて類似する特性が明らかになった（図６）。」（４７７頁右欄下から
１１∼９行）
(ｹ)「図６．脂質二重膜を入れた１ＭのＫＣｌ水溶液に，PAO1（Ａ）または大P.aeruginosa
腸菌JF733（pHN4）（Ｂ）由来の精製ポリンタンパク質Ｆを添加した後に観察された伝導度の
段差の棒グラフ。・・・棒グラフの形状に基づいて，０．６ｎＳ未満のチャネルを選択し，０．
３８ｎＳ（タンパク質Ｆ；９２事象の平均）および０．３４ｎＳ（大腸菌由来のP.aeruginosa
タンパク質Ｆ；１９７事象の平均）という平均単一チャネル伝導度を測定した。」（４７７頁
右欄図６脚注１∼８行）
また，図１ないし図３には，以下の各事項が示されている。
(ｺ)図１
大腸菌HB101（pHN4）（天然ののPAO1株からＤＮＡを単離した上，P.aeruginosa
目的の遺伝子を制限酵素で切断してコスミドベクターに挿入し，さらに，これを大
腸菌HB101へ導入して形質転換した株）の発現タンパク質（レーン２）は，３６Ｋ
よりやや少ない分子量の付近で，大腸菌HB101に由来するタンパク質（レーン３）
とは異なるバンドを示す一方，天然ののPAO1株に由来するタンパクP.aeruginosa
質Ｆ（レーン１）のバンドと同じ位置（図左欄外に「Ｆ」と示された位置）にバン
ドが出現している。
(ｻ)図２
２−メルカプトエタノールを添加せずに加熱した場合，大腸菌JF733（pHN4）
（上記目的の遺伝子を制限酵素で切断してコスミドベクターに挿入し，さらに，こ
れをポリン欠損性大腸菌である大腸菌JF733へ導入して形質転換したもの）の発現
タンパク質（レーン７）は，大腸菌JF733に由来するタンパク質（レーン６）とは
異なるバンドを示す一方，天然ののPAO1株に由来するタンパク質ＦP.aeruginosa
（レーン５）のバンドと同じ位置（図右欄外に「Ｆ」と示された位置）にバンドが
出現している。他方，２−メルカプトエタノールを添加して加熱した場合，大腸菌
JF733（pHN4）の発現タンパク質（レーン４）は，大腸菌JF733に由来するタンパク
質（レーン３）とは異なるバンドを示す一方，天然ののPAO1株に由P.aeruginosa
来するタンパク質Ｆ（レーン２）のバンドと同じ位置（図右欄外の「Ｆ」と示され
た位置よりも分子量が大きい「Ｆ」と示された位置）にバンドが出現している。＊
(ｼ)図３
ＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離された後のモノクローナル
抗体に対する反応につき，図３のＡ（モノクローナル抗体MA5-8との反応）及びＢ
（同MA4-4との反応）とも，大腸菌HB101（pHN4）の発現タンパク質（各レーン５）
は，天然ののPAO1株に由来するタンパク質Ｆ（各レーン１）のバンP.aeruginosa
ドと同じ位置（図左欄外の「Ｆ」と示された位置）にバンドが出現している。
イ上記アの記載及び図示によれば，引用例において発現されたタンパク質（大
腸菌HB101（pHN4）及び大腸菌JF733（pHN4）の発現タンパク質）は，２種類の異な
るＯＭＰＦ特異的モノクローナル抗体に対する反応及びＳＤＳゲル電気泳動法にお
いて，いずれも，天然ののPAO1株に由来するＯＭＰＦと同様の結果P.aeruginosa
を示し，また，引用例において発現されたタンパク質（少なくとも大腸菌JF733
（pHN4）の発現タンパク質）は，２−メルカプトエタノールを添加して加熱した場
合のＳＤＳゲル電気泳動法による見かけ上の分子量の増加（以下「タンパク質の熱
変更性」という。）につき，天然ののPAO1株に由来するＯＭＰＦとP.aeruginosa
同様の結果を示し，さらに，チャネル伝導度についても，同様の又は類似した結果
を示したというのであるところ，異なるタンパク質の間において，上記各同定方法
ないし測定方法のすべてにおいて上記のような結果を示すということは，合理的に
P.みておよそあり得ないといえるから，引用例において発現されたタンパク質が
のPAO1株に由来するＯＭＰＦであったことは，優にこれを認めることがaeruginosa
できるというべきである。
(2)引用例における発現タンパク質の同定方法に係る原告の主張（取消事由１
の(3)）について
原告は，引用例における発現タンパク質の同定方法につき，種々の疑義がある旨
主張するので，以下，検討する。
アモノクローナル抗体に対する反応について
(ｱ)原告は，交差反応が生じることを根拠に，モノクローナル抗体を用いたス
クリーニングの信頼性に疑問を呈するが，上記(1)のとおり，引用例においては，
２種類の異なるＯＭＰＦ特異的モノクローナル抗体を用いているほか，ＳＤＳゲル
電気泳動法（タンパク質の熱変更性についての観察も含む。）をも用いて，引用例
において発現されたタンパク質がＯＭＰＦであると同定しているのであるし，さら
には，チャネル伝導度においても，引用例において発現されたタンパク質と天然の
に由来するＯＭＰＦは，同様の又は類似した結果を示しているのでP.aeruginosa
あるから，モノクローナル抗体を用いたスクリーニングに原告が主張するような一
般的な問題があるとしても，少なくとも引用例に関しては，上記(1)の認定を覆す
には足りないというべきである。
(ｲ)原告は，甲１５論文（１９８３（昭和５８）年１２月発行の「INFECTION
ANDIMMUNITY」４２巻３号の１０２７頁から１０３３頁までに掲載されたRobertE.
W.Hancockらによる「SurfaceLocalizationofOuterPseudomonasaeruginosa
MembranePorinProteinFbyUsingMonoclonalAntibodies」と題する論文）を援用
P.して，「引用例において用いられているモノクローナル抗体（MA4-4）は，
に由来する外膜タンパク質のみならず，に由来する外膜タンaeruginosaP.putida
パク質とも反応している。」と主張する。
確かに，甲１５論文には，「嚢胞性線維症単離物のＳＤＳポリアP.aeruginosa
クリルアミドゲル電気泳動の外膜タンパク質のパターンは，H103株のパターンと類
似していた・・・。これらの単離物由来のタンパク質Ｆは，・・・モノクローナル
Pseudomonas抗体MA4-4・・・と良好に相互作用した・・・。・・・MA4-4は，
外膜由来のタンパク質とは，強く相互作用した・・・。」（原告から提出さputida
れた２種類の抄訳文のうち，「［甲15抄訳］」で始まり「異なる抗原−抗体親和性
に起因する可能性がある。」で終わるもの（以下「甲１５抄訳」という。）・１丁
下から９行∼２丁１行）との記載がある。
しかしながら，引用例において発現されたタンパク質は，引用例の次の記載にみ
られるように，大腸菌を宿主としてのPAO1株の遺伝子に基づきタンP.aeruginosa
パク質を発現させており，の遺伝子が混在する可能性はなかったものとP.putida
認められ，加えて，引用例において，２種類の異なるＯＭＰＦ特異的モノクローナ
ル抗体を用いたスクリーニングが行われていることをも併せ考慮すると，引用例に
おいて発現されたタンパク質が，の遺伝子に由来するものであった可能P.putida
性はなく，甲１５論文の上記記載は，引用例におけるモノクローナル抗体を用いた
スクリーニングの信頼性を左右するものではない。
ａ「細菌株およびプラスミドを，本研究において使用した。」（４７３頁右P.aeruginosa
欄下から１２∼１１行）
ｂ「PAO1クローンバンクの構築・・・PAO1ゲノムＤＮＡを，RIで部P.aeruginosaEco
分切断し，・・・サイズ分画した。２０ｋｂ∼２５ｋｂのＤＮＡフラグメントを，コスミドベ
クターであるpLAFR1(10)のRI部位中に連結した。組換え分子を，ファージλ粒子中にインEco
ビトロパッケージングし，大腸菌HB101中に形質導入した。その形質導入体を，１０μｇ／ｍ
ｌのテトラサイクリンを含むＬ寒天上にプレーティングした。」（４７４頁左欄下から２１∼
１１行）
ｃ「クローニングストラテジーおよびコスミドクローンの同定PAO1ゲノムP.aeruginosa
ＤＮＡのコスミドバンクを，大腸菌HB101中にトランスフェクトした。得られた株を，シング
ルコロニーにするためにプレーティングし，タンパク質Ｆ抗原の生成についてスクリーニング
した。約３，５００個のコロニーをスクリーニングした。これらのうちの５個が，タンパク質
Ｆ特異的モノクローナル抗体と反応した。pHN4という名のプラスミドを含む１つのクローンを，
さらなる操作のために自由選択した。このプラスミドを単離し，ポリン欠損性大腸菌JF733中
に形質転換した。」（４７４頁右欄下から２行∼４７５頁左欄９行）
(ｳ)原告は，モノクローナル抗体の交差反応に言及した例として，甲１５論文
のほか，甲３４論文（１９８５（昭和６０）年８月２５日発行の「THEJOURNALOF
BIOLOGICALCHEMISTRY」２６０巻１８号の１０１１１頁から１０１１７頁までに掲
載されたLudwigM.G.Heilmeyer,Jr.らによる「MonoclonalAntibodiestoRabbit
SkeletalMusclePhosphorylaseKinase」と題する論文）及び甲３５論文（平成６
年１０月発行の「JpnJClinPathol」４２巻の１００３頁から１００９頁までに掲
載された高瀬幸次郎らによる「ＨＣＶ抗体の測定」と題する論文）を挙げる。
ａ確かに，甲３４論文には，「図１は，モノクローナル抗体KIN692/IVB5で
得られたパターンを示す。驚いたことに，α，β及びγの三つのサブユニットがこ
のモノクローナル抗体と強く反応した。」との記載（１丁６∼８行。なお，原文１
０１１３頁右欄図１脚注１∼２行（「FIG.1.ReactionofmonoclonalantibodyKIN
692/IVB5withthephosphorylasekinasesubunits.」）によれば，「図１」は「ホ
スホリラーゼキナーゼのサブユニットに対するモノクローナル抗体KIN692/IVB5
の反応」についての図である。）がある。
しかしながら，他方で，同論文には，「この状況においては，活性に影響を与え
るモノクローナル抗体の全てが，４つの構造的に異なるサブユニットのうち，α，
β及びγの三つに明らかに存在する構造と反応することは驚くべきことである。こ
れは免疫ブロット法（図１）に見られる交差反応によって明確に証明される。抗体
KIN692/IVB5が，ラクテートデヒドロゲナーゼや，アルドラーゼ，アルブミンの
ような他の関連しないタンパク質と反応しないことは，この交差反応はこのモノク
ローナル抗体の『一般的な多特異性』によるものではあり得ないことを示す。」と
の記載（１丁１７∼２３行）や，「おそらく，これらのサブユニットのそれぞれに
は，同一でないのであれば，非常に類似したエピトープが存在する。」との記載
（１丁下から３∼末行）もみられるところ，これらの記載によれば，甲３４論文は，
一のタンパク質（ホスホリラーゼキナーゼ）を構成する複数の異なる構造のサブユ
ニットに対するモノクローナル抗体の反応について論じたものであって，異なるタ
ンパク質の同定の際に生じる交差反応そのものについて論じたものではないし，し
かも，これらのサブユニットのそれぞれに同一又は非常に類似したエピトープが存
在することを示唆するものである。
ｂまた，甲３５論文には，「ＧＯＲはヒトおよびチンパンジーの誰でもが持っ
ている遺伝子の一つであり，ＧＯＲ遺伝子がコードする蛋白上にＧＲＲＧＱＫＡＫ
ＳＮＰＮＲＰＬ（ＧＯＲエピトープ）が存在し，この遺伝子を認識する抗体がＧＯ
Ｒ抗体である。ＧＯＲエピトープとＨＣＶcore蛋白とのホモロジーをみるとＨＣＶ
の１５個のアミノ酸残基であるＰＫＰＱＲＫＴＫＲＮＴＮＲＲＰの下線部にホモロ
ジーを認めており，ＨＣＶ感染に伴って産生されたcore抗体の一部がＧＯＲエピト
ープを交差認識すると理解されている。」との記載（１００５頁左欄下から８行∼
右欄３行）がある。
しかしながら，同論文は，モノクローナル抗体の交差反応が，特定のタンパク質
の間において，同一のエピトープを有する場合のみならず，エピトープのホモロジ
ーが認められる場合にも生じることを示唆するものにすぎない。
ｃそして，上記(1)のとおり，引用例においては，２種類の異なるＯＭＰＦ特
異的モノクローナル抗体を用いているほか，ＳＤＳゲル電気泳動法（タンパク質の
熱変更性についての観察も含む。）をも用いて，引用例において発現されたタンパ
ク質がＯＭＰＦであると同定していること，さらには，チャネル伝導度においても，
引用例において発現されたタンパク質と天然のに由来するＯＭＰＦP.aeruginosa
が同様の又は類似した結果を示していることをも併せ考慮すると，少なくとも引用
例に関しては，甲３４論文及び甲３５論文の記載をもって，上記(1)の認定を覆す
には足りないというべきである。
(ｴ)原告は，引用例の図３における①のバンド及び②のバンドの出現並びにこ
れに関するモノクローナル抗体の交差反応についての言及の欠如を根拠に，引用例
の著者らが，モノクローナル抗体の交差反応の可能性を看過して実験を行ったもの
と主張する。
しかしながら，上記(1)ア(ｶ)のとおり，引用例においては，文献の根拠を明示し
P.た上で，①のバンドについては，「タンパク質Ｆの不完全な熱改変に起因し，
由来のタンパク質Ｆ調製物においてしばしば観察される(13)。」と，②aeruginosa
のバンドについては，「おそらく，タンパク質Ｆのタンパク質分解産物である
(22)。」とそれぞれ説明しているのであり（なお，引用例中の引用文献「(13)」と
は，後記甲３７論文であり（引用例原文４７８頁右欄下から２３∼２１行参照），
同「(22)」とは，甲１５論文である（引用例原文４７９頁左欄１０∼１３行参
照）。），①のバンド及び②のバンドがモノクローナル抗体との反応において出現
しても不自然ではないと理解されるから，引用例の著者らが，①のバンド及び②の
バンドの出現に関し，モノクローナル抗体の交差反応について言及していないから
といって，同反応の可能性を看過して実験を行ったとみることはできない。
イＳＤＳゲル電気泳動法について
(ｱ)原告は，甲１６論文（２００５（平成１７）年発行の「Journalof
ChromatographyB」８１５号の２２７頁から２３６頁までに掲載されたKunio
Yamaneらによる「Effectivenessandlimitationoftwo-dimensionalgel
electrophoresisinbacterialmembraneproteinproteomicsandperspectives」と
題する論文）及び甲３６文献（１９８７（昭和６２）年３月１２日発行の社団法人
日本生化学会編「タンパク質の化学（上）」第１版の１３頁から１５頁まで）を根
拠に，ＳＤＳゲル電気泳動法がタンパク質（特に膜タンパク質）の同定方法として
不十分である旨主張する。
ａしかしながら，甲１６論文において論じられている電気泳動法は，「２Ｄ−
ＰＡＧＥは，多大な不利益を被る場合がある。その主要なものとしては，疎水性が
強いタンパク質に対してはロード許容量が低いことおよび不十分な分離となること
である。」との記載（１丁６∼８行）や，「１次元目で，ｐＨ勾配を固定して（Ｉ
ＰＧ）等電点電気泳動（ＩＥＦ）を利用し，２次元目で，Ｔｒｉ−グリシンＳＤＳ
−ＰＡＧＥ（ＩＰＧ−Ｄａｌｔ）を利用する２Ｄ−ＰＡＧＥは，疎水性膜タンパク
質を分離するには適さない。」との記載（１丁１３∼１６行）にみられるように，
２Ｄ−ＰＡＧＥ（２次元電気泳動。原理や条件が異なる２種の電気泳動を組み合わ
せてタンパク質を分離する方法）に関するものであり，１次元目の分離は，タンパ
ク質の電荷の違いを利用して行い，２次元目の分離は，タンパク質の分子量の違い
を利用して行うものである。そして，同論文の「これら膜タンパク質の多くのもの
は，ＩＥＦでのｐＨ勾配によっても可溶性とはなり得ない。膜タンパク質は，非イ
オン性界面活性剤または両性イオン性界面活性剤，特にイオン強度が低いものでは，
比較的不溶性である。仮にこれらの膜タンパク質が可溶となった場合でも，このよ
うなタンパク質は，その等電点に近いｐＨ値においては沈殿してしまうことが頻繁
に起こる。」との記載（１丁１６∼２１行）に照らせば，「疎水性膜タンパク質を
分離するには適さない」などの上記指摘は，タンパク質の電荷の違いを利用して行
う１次元目の分離における問題に係るものであって，タンパク質の分子量の違いを
利用して行われた引用例におけるＳＤＳゲル電気泳動法について，そのまま当ては
まるものではない。
ｂまた，甲３６文献には，ＳＤＳゲル電気泳動法に関する問題点の指摘として
は，「ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）存在下におけるポリアクリルアミドゲル
電気泳動（ＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動）は愛用者が着実に増加して
きている。従来，連続緩衝液系を用いる方式・・・が使用されていたが，最近では
一般的に分解能が高いとされている不連続緩衝液系を用いる方式・・・が広く使用
されている。しかし，後者においては緩衝液の境界に起こるＳＤＳのスタッキング
に由来する問題点が指摘されている。ＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動の
変法としてＳＤＳをドデシル硫酸リチウムで置き換えた手法が提案された。０℃付
近でも結晶の析出を見ることがないので，特に光合成の研究者の間でクロロフィル
タンパク質の分子集合体を解離させぬまま分離するために活用されている。しかし，
原報の処方によると泳動する試料タンパク質の周辺に存在するのはドデシル硫酸の
トリス塩であり，リチウムイオンは存在しない。この種の試料を対象とする低温で
のドデシル硫酸塩存在下のポリアクリルアミドゲル電気泳動においては陽イオンの
種類が泳動の結果を大きく左右することに注意を促したい。ゲル電気泳動において，
実験者の関心は“目に見える”タンパク質バンドに集中する。しかし，手法を最高
度に活用するためには，上記の二例のような見えない背景の事象にも十分な注意を
払う必要がある。」との記載（１４頁下から９行∼１５頁６行）や，「これほどま
でに各種の電気泳動法が広く活用されている今日において，タンパク質の電場の下
における移動速度の絶対測定を精度良く行える高性能装置が欠けているのは残念で
ある。」との記載（１５頁１７∼１９行）がみられる程度であり，同文献は，原告
が主張するように，ＳＤＳゲル電気泳動法が，その手法（タンパク質の分子量に基
づく挙動の相違を目視により比較するというもの）の故に信頼性を欠くとの趣旨を
述べるものではない。
ｃ以上からすると，甲１６論文及び甲３６文献の記載をもって，引用例におい
て用いられたＳＤＳゲル電気泳動法が十分な信頼性を有しないということはできな
いから，原告の上記主張は失当である。
(ｲ)原告は，甲２９文献（１９８５（昭和６０）年１２月１０日発行の泉美治
外２名編「生物化学実験のてびき２タンパク質の分離・分析法」第１版の５頁か
ら８頁まで，２１頁から８０頁まで，９９頁，１００頁，１０２頁）及び甲３７論
文（１９７９（昭和５４）年１２月発行の「JOURNALOFBACTERIOLOGY」１４０巻３
号の９０２頁から９１０頁までに掲載されたRobertE.W.Hancockらによる「Outer
Membraneof:Heatand2-Mercaptoethanol-ModifiablePseudomonasaeruginosa
Proteins」と題する論文）を根拠に，ＳＤＳゲル電気泳動法は生体膜タンパク質
（のＯＭＰＦを含む。）の分子量を正確に測定することができず，P.aeruginosa
実際，引用例においても，ＳＤＳゲル電気泳動法によりＯＭＰＦを構成するアミノ
酸の個数が誤って測定されている旨主張する。
確かに，甲２９文献には，「ＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動を用いる
と，・・・手軽にタンパク質の分子量を決定できる。そのため，生化学の研究にお
いては欠かすことのできない実験手法になっている。ただし，この手法にも幾つか
の制約や限界がある。得られる分子量はポリペプチド鎖のそれであり，何本かの鎖
が寄り集まって構成されているタンパク質のそれを求めることはできない。水に溶
けない生体膜タンパク質はＳＤＳで可溶化されるので，それらの分析にこの電気泳
動法はきわめて有用であるが，得られる分子量は多くの場合不確かなものであ
る。」との記載（３５頁下から１４∼７行）がみられる。
しかしながら，前記(1)のとおり，引用例においては，ＳＤＳゲル電気泳動法に
より，発現されたタンパク質（大腸菌HB101（pHN4）及び大腸菌JF733（pHN4）の発
現タンパク質）が天然ののPAO1株に由来するＯＭＰＦと同様の挙動P.aeruginosa
（タンパク質の熱変更性の観察も含む。）を示すとの結果が得られているのである
から，甲２９文献に，ＳＤＳゲル電気泳動法が分子量の確定につき不十分な点を有
している旨の上記記載があることや，引用例において測定されたＯＭＰＦを構成す
るアミノ酸の個数が誤りであること（引用例４７７頁右欄下から２６∼２５行及び
P.甲３検索結果参照）を考慮しても，引用例において発現されたタンパク質が
のPAO1株に由来するＯＭＰＦであったとの前記(1)の認定を覆すには足aeruginosa
りないといわざるを得ない。
なお，甲３７論文には，「可溶化における２−メルカプトエタノールの濃度を０
から５％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）に変えた場合，その後のＳＤＳポリアクリルアミドゲ
ル電気泳動において，ポリンタンパク質Ｆは，二つの明らかな移動度の変性を受け
た（表４）。」との記載（１丁下から３行∼末行）がみられるが，これは，要する
に，引用例においても観察されたタンパク質の熱変更性について言及したものにす
ぎず，前記(1)の認定を何ら左右するものではない。
以上のとおりであるから，甲２９文献等を根拠とする原告の上記主張は理由がな
い。
(3)その余の原告の主張（取消事由１の(1)，(2)及び(4)ないし(8)）について
原告は，上記(2)のほか，種々の根拠を挙げて，引用例において発現されたタン
パク質がＯＭＰＦであったことには疑義がある旨主張するので，以下，順次検討す
る。
ア制限酵素地図の相違（取消事由１の(1)）について
原告は，引用例に記載された制限酵素地図が，本願発明に係る制限酵素地図と異
なること，すなわち，引用例に記載された制限酵素地図が誤りであることを理由に，
引用例において発現されたタンパク質はＯＭＰＦではない旨主張する。
(ｱ)引用例に記載された制限酵素地図（図４）に誤りがあることについては，
当事者間に争いがない。
(ｲ)そこでまず，引用例の著者らによる学術論文の記載をみることとする。
ａ引用例（１９８６（昭和６１）年８月頒布）には，以下の各記載がある。
(a)「pHN4のサブクローニングプラスミドpHN4のサブクローンおよび欠失誘導体を，単離
した。そのタンパク質Ｆ遺伝子は，pLAFR1中にクローニングされた１１ｋｂRIフラグメンEco
ト上にて位置決めされた。このサブクローンを，pWW13と名付けた（図４）。大腸菌HB101
（pWW13）から単離された外膜は，大腸菌HB101（pHN4）におけるタンパク質Ｆと同じ電気泳動
特徴および免疫学的特徴を有するタンパク質を示した（データは示さない）。
親プラスミドpHN4もまた，Iで切断し，コンピテント大腸菌HB101細胞中に形質転換した。Xho
タンパク質Ｆ抗原を発現する陽性形質転換体を，モノクローナル抗体MA5-8を用いて検出した。
pWW1と名づけたプラスミド（図４）を含むそのようなあるＦ陽性サブクローンから単離された
外膜は，見かけ上の分子量が２４，０００であるタンパク質を示した。このタンパク質は，
MA5-8と反応したが，MA4-4とは反応しなかった（図１のレーン４；図３Ａおよび図３Ｂのレー
ン４）。この短縮型タンパク質Ｆは，２−メルカプトエタノールにより改変可能ではなかった
（データは示さない）。おそらく，タンパク質Ｆのカルボキシ末端をコードする遺伝子領域が，
pHN4をIで切断したときに欠失された（図４）。pWW1のIフラグメントを，pCP13のIXhoSalSal
部位中に連結して，プラスミドpWW4を生成した（図４）。大腸菌HB101（pWW4）外膜の短縮型
タンパク質Ｆ生成物は，大腸菌HB101（pWW1）と同じ電気泳動特徴および免疫ブロット特徴を
有した（図１のレーン４およびレーン５；図３Ａのレーン３およびレーン４）。
プラスミドpWW4に由来する２．０ｋｂのI-Iフラグメントを，pUC8およびpUC9（これSalPst
らは，対抗方向においてlacプロモーターを有する）中に連結して，それぞれ，プラスミド
pWW5およびpWW7を生成した（図４）。大腸菌TB1（pWW5）は，短縮型タンパク質Ｆフラグメン
トを生成した。一方，大腸菌TB1（pWW7）は，この短縮型タンパク質Ｆフラグメントを生成し
なかった。このことによって，この遺伝子の方向が決定された（図４）。pWW5により生成され
た短縮型タンパク質は，見かけ上の分子量が２４，０００を有し，大腸菌HB101（pWW1）およ
びHB101（pWW4）により生成されるペプチドと一緒に電気泳動した（データは示さない）。」
（４７５頁右欄図２脚注末行の次行∼４７６頁左欄下から３行）
(b)「ＤＮＡの特徴付け上記タンパク質Ｆサブクローンを，制限酵素を用いてマッピング
した。pWW5に由来する２．０ｋｂI-Iフラグメントを，ニックトランスレーションによSalPst
って放射標識し，それを使用して制限切断物をプロービングし，それらよりも大きなインサー
トのマッピングを促進した。上記のすべてのフラグメントの制限酵素地図を，図４に示す。
pHN4のI末端の連結から生じるpWW1およびpWW4のインサートの共直線性のない領域が，示さXho
れる。」（４７６頁左欄下から２行∼右欄７行）
(c)「インサートＤＮＡの制限酵素地図を，図４に示す。おそらく，上記の短P.aeruginosa
縮型タンパク質Ｆは，プラスミドpWW1およびプラスミドpWW4におけるI部位の下流にある，Xho
タンパク質Ｆのカルボキシ末端領域をコードしていた遺伝子部分の欠失により生じた。」（４
７７頁左欄本文下から３行∼右欄本文２行）
また，図４及びその脚注の記載（４７６頁上段）は，次のとおりである。
「図４．タンパク質Ｆをコードする組換えプラスミドまたは短縮型タンパク質Ｆ遺伝子産物を
コードする組換えプラスミドにおける，PAO1ＤＮＡインサートの制限酵素マッP.aeruginosa
プ。太い黒線は，ベクターＤＮＡ配列（pHN4およびpWW1についてのみ示される）を示す。細い
黒線は，ＤＮＡを示す。pHN4の白四角は，pWW1の構築において欠失されたＤＮP.aeruginosa
Ａを示す。pWW1およびpWW4の網掛け領域は，染色体上の共直線性のないＤＮＡをP.aeruginosa
示す。これらの組換えプラスミドのインサートサイズおよびベクターは，以下の通りである。
pHN4：pLAFR1中にインサート約３０ｋｂ；pWW13：pLAFR1中にインサート１１ｋｂ；pWW1：
pLAFR1中にインサート約１４ｋｂ；pWW4：pCP13中にインサート４．７ｋｂ；pWW5：pUC8中に
インサート２ｋｂ。プラスミドpWW7は，pWW5と同じインサートを有したが，使用したベクター
は，pUC9であり，その結果，そのインサートは，逆方向に存在するようになった。フラグメン
トは，タンパク質Ｆ遺伝子の転写が左から右へ（すなわち，反時計回り）になるように並べら
れている。制限部位が，以下のような１文字コードによって示されている：Ａ：I；Ｅ：Acc
RI；Ｍ：I；Ｐ：I；Ｓ：I；Ｔ：I；Ｘ：I。上記のインサートすべてに共EcoSmaPstSalSstXho
通するI部位がＳ’として示されている。読み易くするために，すべての制限部位を示したSal
わけではない。１．０ｋｂサイズの参照マーカーが，直線状フラグメントのために提供されて
いる。」
ｂ甲１１論文（１９８８（昭和６３）年８月にブリティッシュコロンビア大学
がＰＨＤ取得のための水準を満たすものと認めたWendyAnneWoodruffによる
oprFPseudomonas「CLONINGANDCHARACTERIZATIONOFTHEGENEFORPROTEINFFROM
」と題する博士論文）には，以下の各記載がある（なお，甲１１論文中aeruginosa
の「H103」とは，のPAO1株のことである（原文１２頁P.aeruginosaP.aeruginosa
表１参照））。
(a)「B.Screeningthegenebank
ThepLAFR1cosmidgenebankofPAO1DNAinHB101wasplatedforP.aeruginosaE.coli
singlecoloniesandscreenedfortheproductionofproteinFantigen.Ofapproximately
threethousandfivehundredcoloniesscreened,fivereactedwithmonoclonalantibodies
specificforproteinF.Oneofthesefivecolonieswasarbitrarilyselectedfor
characterizationandfurthermanipulations.TheplasmidinthisHB101clonewasE.coli
designatedpHN4.（Ｂ．遺伝子バンクのスクリーニング
大腸菌HB101中のPAO1ＤＮＡのpLAFR1コスミド遺伝子バンクは，シングルコロP.aeruginosa
ニーにするためにプレーティングし，タンパク質Ｆ抗原の生成のためにスクリーニングした。
スクリーニングした約３，５００個のコロニーのうち５個がタンパク質Ｆ特異的モノクローナ
ル抗体と反応した。これら５個のうち１個のコロニーを，特徴付けと更なる操作のために自由
選択した。この大腸菌HB101クローン中のプラスミドは，pHN4と名付けられた。）」（原文２
７頁１∼８行（引用例４７４頁右欄末行∼４７５頁左欄７行参照））
(b)「C.Characterizationoftheclonedgeneproduct
...
OutermembraneswereisolatedfromHB101(pHN4)andJF733(pHN4),aE.coli
porin-deficientstrainof.SDS-PAGEprofilesoftheseoutermembranesareshownE.coli
inFigures2and3,lanes4and7.Ineachprofile,aprotein,havingthesamemolecular
weightasnativeproteinF(Fig.2,lane1;Fig.3,lanes2&5),waspresentanditwasnot
foundinoutermembraneprofilesofstrainspHN4(Fig.2,lane3andFig.3,lanes3E.coli
&6).InJF733,theplasmid-encodedproteinwasthepredominantoutermembraneE.coli
protein.（Ｃ．クローニングされた遺伝子産物の特徴付け
・・・
外膜は，大腸菌HB101（pHN4）及びJF733（pHN4）（大腸菌のポリン欠損性株）から単離した。
これらの外膜のＳＤＳ−ＰＡＧＥプロフィールを，図２及び３，レーン４及び７（判決注：
『レーン２及び７』の誤記であると認められる。）に示す。いずれのプロフィールにおいても，
天然のタンパク質Ｆ（図２，レーン１；図３，レーン２及び５）と同じ分子量を有するタンパ
ク質が出現したが，pHN4を含まない大腸菌株（図２，レーン３並びに図３，レーン３及び６）
の外膜のプロフィールにおいては，そのようなタンパク質は見られなかった。大腸菌JF733に
おいては，このプラスミドによってコードされるタンパク質は，主要な外膜タンパク質であっ
た。）」（原文２７頁９∼２５行（引用例４７５頁左欄８∼２０行参照））
(c)「ThisnewproteinbandwasidentifiedasproteinFbyitsinteractionwiththe
proteinF-specificmonoclonalantibodiesMA4-4andMA5-8(Fig.4A&B,lanes5andFig.6A
&B,lanes2).IneachWesternblot,asinglemajorproteinbandreactedwithantibody.A
E.colifaintreactionoccurredwithaslightlyhighermolecularweightproteininthe
(pHN4)laneswithbothMA4-4andMA5-8.Thisphenomenonisoftenobservedinouter
membranepreparationsfromandispresumedtobetheresultofpartialheatP.aeruginosa
modification(Hancock&Carey,1979).InHB101(pHN4),(Fig.4B,lane5),alowerE.coli
molecularweightbandwasobservedwhichinteractedwithonlyMA4-4.Thisbandwas
presumablyaproteolyticbreakdownproductofproteinF.（この新しいタンパク質バンドは，
タンパク質Ｆ特異的モノクローナル抗体MA4-4及びMA5-8との相互作用（図４Ａ及びＢ，レーン
５並びに図６Ａ及びＢ，各レーン２）によって，タンパク質Ｆと同定された。いずれのウェス
タンブロットにおいても，一の主要なタンパク質バンドのみが抗体と反応した。大腸菌
（pHN4）のレーン中，若干分子量の大きいタンパク質について，MA4-4及びMA5-8の双方とのか
すかな反応が見られた。これは，由来の外膜調製物においてしばしば観察され，P.aeruginosa
部分的な熱改変の結果であると推定される現象である（Hancock&Carey,1979）。大腸菌HB101
（pHN4）（図４Ｂ，レーン５）においては，MA4-4のみと相互作用した分子量のより小さいバ
ンドが観察された。このバンドは，おそらく，タンパク質Ｆのタンパク質分解産物であろ
う。）」（原文２７頁下から４行∼２９頁７行（引用例４７５頁左欄２１∼２６行，右欄図３
脚注下から６∼２行参照））
(d)「Theeffectof2-mercaptoethanolontheclonedgeneproductwasalsoexamined.oprF
InbothHB101(pHN4)andJF733(pHN4),theproteinFbandincreaseditsE.coliE.coli
apparentmolecularweightafterheatingin2-mercaptoethanol.Thisphenomenonwas
difficulttoobserveinHB101(pHN4)becausethe2-mercaptoethanolmodifiedbandE.coli
comigratedwithOmpAandwasobscured.InJF733(pHN4)theeffectofE.coli
2-mercaptoethanolonproteinFwaseasilyobserved(Fig.3,lanes4&7)andwasidentical
totheshiftinmolecularweightobservedforproteinFin(Fig.3,lanes2&P.aeruginosa
5).（２−メルカプトエタノールがクローニングされた遺伝子産物に与える影響につｏｐｒＦ
いても調査した。大腸菌HB101（pHN4）及び大腸菌JF733（pHN4）の双方とも，タンパク質Ｆバ
ンドは，２−メルカプトエタノール中で加熱した後，見かけ上の分子量が増加した。この現象
は，大腸菌HB101（pHN4）においては，観察しづらいものであった。なぜなら，２−メルカプ
トエタノールで改変されたバンドは，ＯｍｐＡと共に移動し，不明瞭となるからである。大腸
菌JF733（pHN4）においては，２−メルカプトエタノールがタンパク質Ｆに与える影響は，容
易に観察され（図３，レーン４及び７），中のタンパク質Ｆについて観察されるP.aeruginosa
のと同様の分子量の位置まで移動した（図３，レーン２及び５）。）」（原文２９頁１２∼２
０行（引用例４７５頁左欄３６∼４６行参照））
(e)「Ｄ．サブクローニング方法および制限酵素地図
・・・精製されたpHN4ＤＮＡを，制限酵素で切断し，再結紮し，大腸菌のコンピテント細
胞に形質転換した。タンパク質Ｆ抗原発現形質転換体を，コロニーイムノブロットにおいて
MA5-8を用いて検出した。MA5-8と反応した形質転換体を，pHN4をIおよびRIで切断してXhoEco
単離した。サブクローンのI系統は，pWW4およびpWW5で終結した（図５）。これらのプラスXho
ミドは，短縮型の遺伝子産物をコードした（図２，レーン４および５；図４ＡおよびＢ，レー
ン３および４）。」（原告から提出された２種類の翻訳文のうち，「［甲11抄訳］」と題する
もの（以下，単に「甲１１抄訳」という。）・５丁８∼１７行）
(f)「サブクローンのRI系統（図５）は，pWW13およびpWW2200を含んでいた。これらのプEco
P.ラスミドの両方が，分子量およびモノクローナル抗体反応性に関して大腸菌（pHN4）および
の外部膜における遺伝子産物と同一である，その宿主株の外部膜における遺伝子産aeruginosa
物をコードした（図６ＡおよびＢ，レーン２，４，５および６）。」（甲１１抄訳・５丁下か
ら４行∼６丁１行）
(g)「Ｅ．pWW4，pWW5およびpWW12由来の新規な遺伝子産物の特徴づけ
サブクローニング実験の間，短縮された，あるいはわずかに変形したタンパク質産物を生成
した，数個のサブクローンが生成された。そのうちの２つであるpWW4およびpWW5は，MA5-8と
は相互作用するがMA4-4とは相互作用しない（図４ＡおよびＢ，レーン３および４）約２４，
０００ダルトン（図２，レーン４および５）のタンパク質をコードする。短縮型タンパク質は
外部膜へ運ばれたが，２−メルカプトエタノールによって修飾され得るものではな・・・かっ
た。」（甲１１抄訳・６丁下から５行∼７丁４行）
また，図５（原文３２頁）及びその脚注の記載（甲１１抄訳・８丁下から１２行
∼９丁３行）は，次のとおりである。
「図５．のサブクローニング方法遺伝子バンクから単離されたコスミドクローン，ｏｐｒＦ
pHN4を，円として示している。太線は，ベクター配列を示す。サブクローンpWW12は，pHN4の
１１．３キロベース（ｋｂ）断片，pWW13は，pHN4の１１．０ｋｂ断片であり，を含ｏｐｒＦ
んでいる。サブクローンpWW2200は，pWW13の２．４ｋｂI断片であり，遺伝子全体PstｏｐｒＦ
を含んでいた。サブクローンpWW4（４．７ｋｂ）およびpWW5（２．０ｋｂ）は，短縮された遺
伝子産物を生成し，この遺伝子産物は，タンパク質Ｆに対するモノクローナル抗体と反応した。
全てのサブクローンにおいて，タンパク質Ｆ遺伝子配列を，濃い黒四角として示してｏｐｒＦ
いる。pWW4およびpWW5の配列は，網掛けを施した四角として示してあり，染色体P.aeruginosa
において対応する要素が同一線上にない。直線状の断片に対して，１．０ｋｂの大きさの基準
マーカーを与えている。一文字のコードで示された制限酵素部位は，Ｅ：RI；Ｋ：I；EcoKpn
Ｍ：I；Ｐ：I；Ｓ：Iである。疑問符は，可能性のあるI部位の存在を示す。」SmaPstSalSal
さらに，図２ないし４は，それぞれ，引用例の図１ないし３と同一のものである
と認められるところ（なお，図２ないし４には，鮮明さに欠ける部分がみられるが，
原告は，これらがそれぞれ引用例の図１ないし３と同一のものであるとの被告の主
張を特段争っていない。），各図の脚注の記載（図３については，その抜粋）は，
以下のとおりである。
(h)「Figure2.SDS-PAGEprofilesofoutermembranepreparationsofcontainingE.coli
oprFP.aeruginosaE.coliE.coliclones.Lane1,H103;lane2,HB101(pHN4);lane3,
HB101;lane4,HB101(pWW4);lane5,HB101(pWW5).MolecularweightE.coliE.coli
markers,inthousands(K),areindicatedontheright.ThepositionofproteinF(F)and
thetruncatedproteinFgeneproduct(T)areindicatedontheleft.ThepositionsofOmpF,
OmpC,andOmpAinthestrainsareindicated.（図２．クローンを含む大腸菌E.coliｏｐｒＦ
の外膜調製物のＳＤＳ−ＰＡＧＥプロフィール。レーン１，H103；レーン２，P.aeruginosa
大腸菌HB101（pHN4）；レーン３，大腸菌HB101；レーン４，大腸菌HB101（pWW4）；レーン５，
大腸菌HB101（pWW5）。分子量マーカー（×１０００（Ｋ））が右に示されている。タンパク
質Ｆの位置（Ｆ）及び短縮型タンパク質Ｆ遺伝子産物の位置（Ｔ）が左に示されている。大腸
菌株のＯｍｐＦ，ＯｍｐＣ及びＯｍｐＡの位置が示されている。）」（原文２６頁図２脚注１
∼７行（引用例４７５頁右欄図１脚注１∼９行参照））
E.coliP.(i)「Figure3.SDS-PAGEprofilesofoutermembranepreparationsofand
showingthe2-mercaptoethanolmodifiabilityofproteinF.Samplesinlanes2,aeruginosa
3and4weretreatedwith5%2-mercaptoethanolbeforeleadingontothegel.Lanes2and5,
H103;lanes3and6,JF733;lanes4and7,JF733(pHN4).TheP.aeruginosaE.coliE.coli
2-mercaptoethanolmodified(F)andunmodified(F)formsofproteinFareindicated.（図３．
*
タンパク質Ｆの２−メルカプトエタノールによる改変可能性を示す大腸菌及びのP.aeruginosa
外膜調製物のＳＤＳ−ＰＡＧＥプロフィール。レーン２，３及び４のサンプルは，ゲル化する
前に５％の２−メルカプトエタノールで処理した。レーン２及び５，H103；レP.aeruginosa
ーン３及び６，大腸菌JF733；レーン４及び７，大腸菌JF733（pHN4）。２−メルカプトエタノ
ールの改変形態のタンパク質Ｆ（Ｆ）及び非改変形態のタンパク質Ｆ（Ｆ）が示されてい
＊
る。）」（原文２８頁図３脚注１∼６行（引用例４７５頁右欄図２脚注１∼１０行参照））
(j)「Figure4.WesternimmunoblotsofoutermembraneproteinsofH103andP.aeruginosa
strainscontainingthetruncatedencodingplasmids.TheproteinsinpanelAE.colioprF
P.werereactedwithMA5-8;theproteinsinpanelBwerereactedwithMA4-4.Lanes1,
aeruginosaE.coliE.coliE.H103;lanes2,HB101(pCP13);lanes3,HB101(pWW4);lanes4,
HB101(pWW5);lanes5,HB101(pHN4).ThepositionofproteinFisindicatedcoliE.coli
(F)andthatofthetruncatedgeneproductislabelledT.（図４．H103及び短P.aeruginosa
縮型をコードするプラスミドを含む大腸菌株の外膜タンパク質のウェスタン免疫ブロｏｐｒＦ
ット。パネルＡ中のタンパク質は，MA5-8と反応し，パネルＢ中のタンパク質はMA4-4と反応し
た。レーン１，H103；レーン２，大腸菌HB101（pCP13），レーン３，大腸菌P.aeruginosa
HB101（pWW4）；レーン４，大腸菌HB101（pWW5）；レーン５，大腸菌HB101（pHN4）。タンパク
質Ｆの位置は（Ｆ）に，短縮型の遺伝子産物の位置はＴにそれぞれ示される。）」（原文３０
頁図４脚注１∼７行（引用例４７５頁右欄図３脚注１∼９行参照））
ｃ乙１７論文（１９９２（平成４）年８月発行の「JOURNALOFBACTERIOLOGY」
１７４巻１５号の４９７７頁から４９８５頁までに掲載されたWendyA.Woodruff,
RobertE.W.Hancockらによる「AnalysisoftheMajorPseudomonasaeruginosa
OuterMembraneProteinOprFbyUseofTruncatedOprFDerivativesandMonoclonal
Antibodies」と題する論文）には，以下の各記載がある（なお，乙１７論文中の引
用文献「(40)」とは，引用例である（乙１７論文原文４９８５頁右欄下から７∼４
行参照。原文の当該部分に記載された引用例の表題は，誤記であると認められ
る。））。
(a)「pWW5が短縮型の生産物を発現する(40)ことは，以前に記述されている。」（１頁５∼
６行）
(b)「この研究によるpWW5・・・の配列決定により，・・・pWW5は，ＯｐｒＦのアミノ酸１
７１∼３００の中間領域が欠失したものをコードすることが明らかになった。」（１頁１１∼
１３行）
(c)「プラスミドpWW5は，のコーディング配列（全体で１，０５３塩基対）におけｏｐｒＦ
る５８３及び９７３のヌクレオチドの位置から始まる同一のＤＮＡ配列，ＣＣＧＧＴＴＧＣＣ
ＧＡＣ間の明らかな組換えによって中間領域の欠失したことによって起こった。その結果とし
て得られた欠失タンパク質は，ＯｐｒＦの４つのシステインをコードする領域とアミノ酸３０
１∼３２６を除く，ＯｐｒＦのＣ末端領域のほとんどの領域が欠失した。該欠失タンパク質は，
分子量が２２，０００と予測され，見かけ上の分子量は２４，０００であり(40)（図５），
MA7-1及びMA5-8との反応性のみを維持する。」（１頁下から７行∼末行）
また，図４（原文４９８２頁）及びその脚注の記載（２頁２∼８行）は，次のと
おりである。
「図４．のＯｐｒＦの直線的な地図上における融合物，サブクローン及びモノクP.aeruginosa
ローナル抗体のエピトープの位置についての要約。融合物が線の上に示され，黒い矢印はＰｈ
ｏＡの構造的な発現を示し，白い矢印はＸ−Ｐ培地における白いコロニーを示し，矢印の方向
は転移の開始を示す。ＯｐｒＦのと相同的な領域（網掛け領域）及びシステインｏｍｐＡ
（Ｃ）が，線の下に示されている。サブクローン及びそれらがコードするＯｐｒＦの一部が示
されている。モノクローナル抗体のエピトープは，実線で示されている（エピトープを含むと
ここで定義された領域を表す。）。」
(ｳ)次に，制限酵素地図の作成方法，正確性等に関し，以下の各証拠には，そ
れぞれ下記の各記載がある。
ａ甲１２文献（１９８６（昭和６１）年６月１日発行の泉美治外２名編「生物
化学実験のてびき３核酸の分離・分析法」第１版の１５頁，３７頁から６１頁ま
で及び６３頁から１０６頁まで）
(a)「クローニング・・・によって得られた目的ＤＮＡ断片（ＤＮＡの一部で，しかも，研
究対象の遺伝子を含むＤＮＡ断片である場合が多い）のおおよその構造を知るためには，まず，
目的ＤＮＡ断片が種々の制限酵素によってどの部位で切断されるか，を示す地図を作る必要が
ある。」（６５頁下から２行∼６６頁２行）
(b)「制限酵素は，ＤＮＡの特定のホスホジエステル結合・・・を加水分解し，新たに生じ
た３’末端にＯＨ基を，そして５’末端にリン酸基を生成させる酵素（エンドヌクレアーゼ）
である。エンドヌクレアーゼは，２本鎖ＤＮＡ中の特定の塩基配列を正確に認識し，その配列
の内部あるいは近傍のホスホジエステル結合を切断することによって，ＤＮＡ断片・・・を生
成させる。」（６６頁６行∼６７頁６行）
(c)「ここでは，例として，岡山−バーグ法・・・によってクローニングした目的ＤＮＡ断
片の切断地図の作成について述べる。」（６７頁下から４∼２行）
(d)「実験例
操作１RV（判決注：制限酵素の１つ。７０頁９∼１１行参照）によるpL-D66（判決Eco
注：ＴＭＶ−ＲＮＡ（タバコモザイクウイルスの１本鎖ＲＮＡ）中の５’末端側の約１，９０
０ヌクレオチドに相補性のＤＮＡ（ｃＤＮＡ）及びｃＤＮＡに対して相補性のＤＮＡの２本鎖
ＤＮＡをベクターＤＮＡに挿入し，作成した組換えＤＮＡ。６７頁末行∼６９頁本文８行参
照）の加水分解とアガロースゲル電気泳動
pL-D66をRVによって完全加水分解し，その分解物をアガロースゲル電気泳動にかけEco
る。」（７０頁１２∼１５行）
(e)「RVによるpL-D66の完全加水分解物は１本のゾーンとして泳動し，その泳動距離は未Eco
処理pL-D66のccc型とoc型の中間にある・・・。この事実は，RVがpL-D66のｃＤＮＡを１箇Eco
所で切断することによって，pL-D66は開環されて１本の直鎖状ＤＮＡ・・・になったことを示
す。また，そのゾーンの位置・・・から，直鎖状ＤＮＡの長さは約４．５ｋｂと測定される。
ベクターＤＮＡの長さ（２，６２８ｂｐ）は既知であるので，ｃＤＮＡの長さは約１，９００
ｂｐと計算される。」（７０頁本文下から３行∼７１頁末行）
(f)「操作２I-RVおよびⅡ（判決注：制限酵素の１つ。６９頁末行参照）-RVPstEcoPvuEco
の組合せによるpL-D66の加水分解とアガロースゲル電気泳動
この操作は，pL-D66において，I（２）（判決注：Iは，ベクターＤＮＡを２箇所で切PstPst
断するため，この実験例においては，各切断箇所を『I（１）』及び『I（２）』と指称PstPst
している。後記図３−６及びその脚注９∼１０行（６９頁）参照）およびⅡによるベクタPvu
ーＤＮＡの切断部位から，RVによるｃＤＮＡ上の切断部位までの長さを求めることを目的Eco
とする。まず，IとRVの両者を同時に用いることによってpL-D66を完全加水分解する。PstEco
・・・反応後，反応液をアガロースゲル電気泳動・・・にかける・・・。ゲル電気泳動によっ
て，完全加水分解物は３種のＤＮＡ断片に分離される（レーン５）。サイズマーカー（λＤＮ
Ａを制限酵素dⅢとRIの両者によって完全加水分解したもの）の長さ（レーン６のサイHinEco
ズマーカーのｋｂ数）と電気泳動での移動距離（レーン６での実測値）の相関曲線を作成する
・・・。レーン５の３種類のＤＮＡ断片のそれぞれの移動距離を実測し，実測値（３．２ｃｍ，
５．８ｃｍおよび８．３ｃｍ）を相関曲線と照合すると，ＤＮＡ断片の長さは，移動距離の短
いものから順に，約２，９００ｂｐ，約１，０７０ｂｐおよび約４８０ｂｐと求められる。こ
れら３種のＤＮＡ断片がpL-D66のどの部分に相当するかは，それぞれのＤＮＡ断片の長さから
推定する。pL-D66において，その環の右まわりの方向で，１，０７０ｂｐ断片はI（１）かPst
らI（２）の部位までのもの（文献上では１，０５７ｂｐ）に対応する。pL-D66全体の長さPst
は約４，５００ｂｐと測定されており，文献上で，ⅡからI（１）までのＤＮＡ断片のPvuPst
長さは１，５４３ｂｐ（判決注：『１，５４５ｂｐ』の誤記であると認められる。）であるこ
とがわかっている。したがって，I（２）からⅡまでのＤＮＡ断片（ｃＤＮＡを含む）PstPvu
の長さは１，９５０ｂｐと計算できる。総合すると，RVからI（１）までのＤＮＡ断片EcoPst
の長さは，当然，１，５４５ｂｐよりも長いはずである（判決注：後記図３−６参照）ので，
２，９００ｂｐ断片がRVからI（１）までのもの，また，４８０ｂｐ断片がI（２）EcoPstPst
からRVまでのものと判断できる。」（７２頁本文８行∼７３頁下から９行）Eco
なお，図３−６及びその脚注（抜粋）の記載（６９頁）は，次のとおりである。
ｂ甲３１論文（１９８２（昭和５７）年発行の「NucleicAcidsResearch」１
０巻２１号の６９５７頁から６９６８頁までに掲載されたShojiMizushimaらによ
る「PrimarystructureofthegenethatcodesforamajoroutermembraneompF
proteinofK-12」と題する論文。なお，甲３１論文中の引用文献Escherichiacoli
「(15)」とは，甲３９論文（１９８１（昭和５６）年２月発行の「JOURNALOF
BACTERIOLOGY」１４５巻２号の１０８５頁から１０９０頁までに掲載されたShoji
Mizushimaらによる「SpecializedTransducingBacteriophageLambdaCarryingthe
EscherichiacoliStructuralGeneforaMajorOuterMembraneMatrixProteinof
K-12」と題する論文）である（甲３１論文原文６９６７頁下から２行∼末行参
照）。）
(a)「のK-12株の主要な外部膜タンパク質をコードする遺伝子のヌクレオチE.coliｏｍｐＦ
ド配列が決定され，そこからＯｍｐＦタンパク質のアミノ酸配列が推定された。」（乙３・１
頁下から１５∼１４行）
(b)「制限酵素地図作成及びＤＮＡ配列決定
図２は，遺伝子周辺の制限酵素切断地図を示す。図１に示されるの染色体かｏｍｐＦE.coli
ら得られた領域に，一つのHI部位があることを報告した以前の論文は，誤りであった(15)。Bam
この領域には，HI部位は見当たらなかった。図３に示したヌクレオチド配列からもこの事Bam
実を確認できる。」（乙３・２頁５∼９行）
ｃ乙１６論文（１９８７（昭和６２）年５月発行の「ANTIMICROBIALAGENTS
ANDCHEMOTHERAPY」３１巻５号の７２８頁から７３４頁までに掲載されたRogerC.
Levesqueらによる「DevelopmentofNaturalandSyntheticDNAProbesforOXA-2
andTEM-1β-Lactamases」と題する論文）
(a)「ＯＸＡ−２βラクタマーゼをコードするR46から精製したプラスミドＤＮＡを，制限
酵素Ⅱで切断し，HIで処理したpACYC184に連結した。」（１頁下から１１∼９行）BglBam
(b)「制限酵素地図及び構造遺伝子の位置決めbla
制限酵素I，HI，RI，cⅡ，dⅢ，I，I及びIを用いて，pMON20の６．AvaBamEcoHinHinNruPstSal
３ｋｂⅡフラグメントの地図を決定した。・・・公表されたR46との唯一の相違点は，我々Bgl
がマッピングしたスルホンアミド遺伝子には，I部位が追加されていることである。」（１Pst
頁下から５行∼末行）
(ｴ)そこで，引用例における制限酵素地図の誤りが，前記(1)の認定を覆すに足
りるものであるか否かについて検討する。
ａ甲１１論文におけるＯＭＰＦ遺伝子のクローニングについて
原告は，甲１１論文においてはＯＭＰＦ遺伝子が正しくクローニングされている
旨主張し，被告も，この点を争うものではない。
そして，前記(ｲ)ｂのとおりの甲１１論文の記載及び図示によれば，同論文にお
いてクローニングされたpHN4（全長プラスミド。以下，甲１１論文においてクロー
ニング又はサブクローニングされたプラスミドと，引用例においてクローニング又
はサブクローニングされたプラスミドとを区別する必要があるときは，前者を「甲
１１pHN4」，後者を「引用例pHN4」などという。）の遺伝子産物（大腸菌HB101
（pHN4）及び大腸菌JF733（pHN4）の発現タンパク質）は，２種類の異なるＯＭＰ
Ｆ特異的モノクローナル抗体に対する反応及びＳＤＳゲル電気泳動法において，い
ずれも，天然ののPAO1株に由来するＯＭＰＦと同様の結果を示し，P.aeruginosa
また，甲１１pHN4の遺伝子産物（少なくとも大腸菌JF733（pHN4）の発現タンパク
質）は，タンパク質の熱変更性において，天然ののPAO1株に由来すP.aeruginosa
るＯＭＰＦと同様の結果を示し，さらに，甲１１pWW13（RI系統の全長プラスミEco
ド）についても，分子量及びモノクローナル抗体に対する反応において，pHN4及び
の外部膜に係る遺伝子産物と同一の遺伝子産物をコードしたというP.aeruginosa
のであるから，少なくともpHN4及びpWW13については，甲１１論文において正しく
クローニング又はサブクローニングされたものと認めるのが相当である。
ｂ引用例pHN4及びpWW13と甲１１pHN4及びpWW13との同一性について
(a)前記(1)ア及び(2)ア(ｲ)並びに前記(ｲ)ａのとおりの引用例の記載及び図示
の内容と，前記(ｲ)ｂのとおりの甲１１論文の記載及び図示の内容とを対比すると，
pHN4のクローニング方法はおおむね同様であるほか，pHN4の遺伝子産物に係るＳＤ
Ｓゲル電気泳動法，モノクローナル抗体に対する反応及びタンパク質の熱変更性に
ついての実験に至っては，引用例pHN4と甲１１pHN4は完全に同一の結果を示したと
いうのであるから，引用例pHN4と甲１１pHN4が同一のプラスミドであることは，動
かし難い事実としてこれを認めることができる。そして，pWW13についても，制限
酵素RIによりpHN4の同一箇所を切断するなどしてサブクローニングされた１１Eco
ｋｂのプラスミドであることなどに照らせば，引用例pWW13と甲１１pWW13は同一の
プラスミドであると認めるのが相当である。
(b)引用例において正しくクローニングされなかったＯＭＰＦ遺伝子が，甲１
１論文において初めて正しくクローニングされたとの原告の主張について
ｉ原告は，コスミドベクターを用いたクローニングの段階において使用された
テトラサイクリンの濃度が，引用例においては１０μｇ／ｍｌであるのに対し，甲
１１論文においては２５μｇ／ｍｌであり，これにより，甲１１論文においてはＯ
ＭＰＦの毒性が回避ないし軽減されたとして，引用例において正しくクローニング
されなかったＯＭＰＦ遺伝子が，甲１１論文においては正しくクローニングされた
と主張する。
確かに，上記テトラサイクリンの各濃度は，原告が主張するとおりであるが（引
用例４７４頁左欄下から１２行，甲１１論文原文１６頁９行），原告が援用する甲
４２論文（１９９５（平成７）年２月発行の「JOURNALOFBACTERIOLOGY」１７７巻
４号の９９８頁から１００７頁までに掲載されたHiroshiNikaidoらによる「Role
ofOuterMembraneBarrierinEfflux-MediatedTetracyclineResistanceof
」と題する論文）の図９（１丁）及びその脚注の記載（１丁下かEscherichiacoli
ら４行∼２丁末行）をみても，テトラサイクリンの濃度を上昇させることによりＯ
ＭＰＦの毒性が回避ないし軽減されるものと直ちに認めることはできず，その他，
テトラサイクリンの濃度を上昇させることによりＯＭＰＦの毒性の回避等が図られ
るものと認めるに足りる確たる証拠はないから，原告の上記主張は，全くあり得な
いとまではいえないとしても，推測される１つの可能性をいうものにすぎず，引用
例pHN4及びpWW13と甲１１pHN4及びpWW13がそれぞれ同一のプラスミドであるとの上
記認定を左右するに足りるものではない。
ii原告は，pWW13のサブクローニングの段階において使用された大腸菌宿主に
ついて，引用例においては大腸菌HB101が用いられているのに対し，甲１１論文に
おいては使用された大腸菌宿主についての言及がないことから，甲１１論文におい
ては，ＯＭＰＦの毒性を回避ないし軽減させるための何らかの工夫がされたことが
うかがわれると主張するが，前記(ｲ)ｂのとおり，甲１１論文においても，遺伝子
バンクのスクリーニングや，pHN4，pWW4又はpWW5を用いた遺伝子産物（タンパク
質）の発現の場面において，特段の留保なしに大腸菌HB101が用いられているので
あるから，pWW13のサブクローニングの段階のみを取り上げて，大腸菌宿主に関し，
甲１１論文においてはＯＭＰＦの毒性の回避等のための何らかの工夫がされたとみ
ることはできず，したがって，原告の上記主張は，これを採用することができない。
iii原告は，仮に，引用例において制限酵素地図の作成のみに問題があったの
であれば，「ＥＲＲＡＴＡ」（正誤表）による訂正又は後の論文における言及があ
るはずであるところ，引用例の著者らは，そのような手続をとっていない旨主張す
るが，前記(ｲ)ｃのとおり，引用例の著者らのうち，WendyA.Woodruff及びRobert
E.W.Hancockは，引用例の頒布から６年の後に頒布された乙１７論文において，
引用例pWW5がコードするアミノ酸に欠失があったことを論じているのであり，そう
すると，引用例の制限酵素地図にも当然に変更が生じること（後記ｄ参照）を公表
していることになるから，原告の上記主張は失当である。
iv原告は，甲１１pWW13に係る制限酵素地図の作成につき，引用例において用
いられた制限酵素I（記号：Ｔ）及びI（記号：Ｘ）が用いられていないと主SstXho
張する。
しかしながら，後記ｄにおいて詳述するとおり，引用例においては，pWW5の長さ
（ｂｐ（塩基対）数。以下同じ。）の認識について誤りがあり，このことが，
pWW13の制限酵素地図の内容を根本から誤らせたものであるところ，甲１１論文に
おいてpWW5が正しくサブクローニングされているとすれば（原告は，その旨主張し，
被告も，その点を争うものではない。また，前記(ｲ)ｃのとおり，乙１７論文によ
れば，引用例pWW5には，いわば突然変異に準ずるような事態が生じたといえるとこ
ろ，そのようなプラスミドが，甲１１論文においても同じようにサブクローニング
されたとは考え難い。），甲１１論文に係る最終的な結論としての制限酵素地図に
おいて，制限酵素I及びIの認識部位が記載されなかったとしても，何ら不合SstXho
理なことではない（なお，最終的な結論としての制限酵素地図に記号Ｔ及びＸが記
載されていないことは，制限酵素地図の作成過程で，制限酵素I及びIが用いSstXho
られなかったことを意味するものではない。）から，原告の上記主張は，pWW13が
甲１１論文において初めて正しくサブクローニングされたことの根拠となるもので
はない。
v原告は，引用例pWW13が甲１１pWW13と同一のプラスミドであるとすると，以
下の理由により矛盾が生じると主張するが，いずれも理由がない。
(i)原告は，引用例pWW13は，約２．０ｋｂのI-I断片を含む（引用例のSalPst
図４。また，引用例においては，このことが実験的に確認されているといえる。）
にもかかわらず，甲１１pWW13に含まれるI-I断片は，約１．３ｋｂのものとSalPst
約０．９ｋｂのものであると主張するが，引用例pWW13に含まれるI-I断片のSalPst
長さが約２．０ｋｂであるとの主張は，誤りを含んだ制限酵素地図（引用例の図
４）に基づくものであるし，引用例を精査しても，同断片の長さが約２．０ｋｂで
あることが実験により確認されたものであると認めることはできないから，原告の
主張は，その前提を欠くものとして失当である。
(ii)原告は，引用例においては，pHN4及びpWW13が約２．０ｋｂのI断片をSma
含むことが実験的に確認されている（引用例の図４）にもかかわらず，甲１１論文
に記載されたI断片は，約１．７ｋｂのものと約４．３ｋｂのものであり，pHN4Sma
全体に占める同断片の位置も，引用例と異なると主張するが，引用例における同断
片の長さが約２．０ｋｂであるとの主張が，制限酵素地図（引用例の図４）に基づ
くものであるならば，誤りを含んだ制限酵素地図に基づくものであるといわざるを
得ないし，また，引用例を精査しても，引用例における同断片の長さが約２．０ｋ
ｂであることが実験により確認されたものと認めることはできないから，原告の主
張は，上記(i)と同様，その前提を欠くものとして失当である。
(iii)原告は，甲１１pWW13の制限酵素地図を前提にして引用例に記載された
pWW1の調製方法（pHN4をIで切断して自己閉環させる方法）を適用すると，ＯＭXho
ＰＦ遺伝子を含んだ部分が切り取られてしまうことになるから，甲１１pWW4及び
pWW5にはＯＭＰＦ遺伝子が含まれないことになると主張する。
しかしながら，甲１１論文の図５及びその脚注の記載（前記(ｲ)ｂ）によれば，
pWW4及びpWW5について，染色体において対応する要素が同一線上にP.aeruginosa
ない部分（図５中の網掛けを施した四角部分）は，ＯＭＰＦ遺伝子を含む部分（図
５中の濃い黒四角部分）の下流側（右側）に存在しているのであるから，同論文に
おいて，I系統のサブクローニングを行う際に，Iによって切断された各部位XhoXho
は，ＯＭＰＦ遺伝子を含む部分よりも下流側（右側）に存在していたことになる。
そうすると，甲１１pWW4及びpWW5にＯＭＰＦ遺伝子が含まれないとの原告の主張は，
甲１１論文における制限酵素地図が誤りであるという趣旨を含むものとなり，同論
文においてＯＭＰＦ遺伝子が正しくクローニング又はサブクローニングされたとの
原告自身の主張と整合しないばかりか，引用例pWW13と甲１１pWW13との同一性を否
定する根拠ともなり得ないものであるから，これを採用することはできない。
vi原告は，ＯＭＰＦ遺伝子の制限酵素地図を開示しない引用例の発表の後，本
件優先日を経て，ＯＭＰＦ遺伝子の制限酵素地図を開示する甲１１論文が発表され
たとの事実経過等からみて，引用例の著者らは，引用例においてＯＭＰＦ遺伝子の
クローニングに失敗したものの，再度クローニングを行った結果，ＯＭＰＦ遺伝子
のクローニングに成功し，その結果を甲１１論文に記載したと主張するが，前記
(ｲ)ａのとおり，引用例には，誤りを含むものではあるものの，制限酵素地図が開
示されているのであるから，原告の上記主張は，その前提を誤るものとして失当で
ある。
vii以上のとおりであるから，引用例において正しくクローニングされなかっ
たＯＭＰＦ遺伝子が，甲１１論文において初めて正しくクローニングされたとの原
告の主張は，少なくともpHN4及びpWW13に関する限りにおいては，理由がない。
ｃ制限酵素地図及びその誤り（一般）について
(a)前記(ｳ)ａのとおり，制限酵素地図は，制限酵素によるＤＮＡの切断部位を
特定することにより，ＤＮＡの当該切断部位に特定の塩基配列（当該制限酵素が認
識する塩基配列）が存在するとの情報を得て，これを，線で表したＤＮＡ上に当該
制限酵素名（の省略記号）を記載することによって表現したものである。そして，
制限酵素認識部位を知るためには，目的とするＤＮＡ全体の長さや，各種制限酵素
によって切断された各ＤＮＡ断片の長さを測定することが必要であり，そのために
は，ゲル電気泳動における移動距離を実測するなどしなければならない。また，未
知の制限酵素認識部位を知るための前提として，ベクターＤＮＡの長さ，既に明ら
かになっている特定の制限酵素に係る制限酵素認識部位，ゲル電気泳動における移
動距離とＤＮＡの長さとの相関関係を示す相関曲線等の既知の情報を活用すること
が必要になる。
その上で，各種制限酵素に係る制限酵素認識部位の位置は，各ＤＮＡ断片を，目
的とするＤＮＡ全体に，いわばパズルのピースをはめ込むようにして推定されるこ
とになる。
そうすると，正確な制限酵素地図を作成するためには，各種制限酵素が正しく特
定の塩基配列を認識した上，必要な部分を欠失させることなく，正しい部位におい
てＤＮＡを切断すること，ＤＮＡ全体及び各ＤＮＡ断片のゲル電気泳動における移
動距離が正しく測定されること，活用される各種の既知の情報が誤りでないことな
ど，多様な要素についての正確さが要求されるものであるといえる。
(b)また，前記(ｳ)ｂ及びｃのとおり，甲３１論文及び乙１６論文は，従前の制
限酵素地図を訂正するものであり，引用例における制限酵素地図も，甲１１論文に
おいて訂正されているところである（前記(ｲ)ａ及びｂ）。
原告は，甲３１論文は，制限酵素HIを使用する際の反応液の濃度が低かったBam
ために，本来の認識部位以外を切断するというスター活性が生じた事例に関するも
のであると主張するが，仮にそうであるとすると，反応液の濃度という要素が正確
でないだけでも，制限酵素地図の正確さに影響を及ぼすことになる（なお，原告は，
引用例の投稿日時点では，制限酵素の正確な反応条件が既に確立していたと主張す
るが，引用例の投稿日時点において，引用例において用いられたすべての制限酵素
につき，原告が主張するような反応条件の確立があったものと認めるに足りる証拠
はない。また，原告は，乙１６論文に関し，従前の制限酵素地図のほうが正しかっ
たという事例に関するものであると主張するが，要するに，制限酵素地図が正確で
ない場合があるという事実に変わりはない。）。
(c)以上からすると，正確な制限酵素地図を作成するには，多様な要素におけ
る正確さが求められ，制限酵素地図が訂正されるということも普通に行われている
ところであるから，一般的には，制限酵素地図の正確性に大きな信頼を寄せること
はできず，したがってまた，制限酵素地図が誤っていることと，当該制限酵素地図
に係るＤＮＡが異なるものであることとの間の相関性は，さほど大きなものではな
いというべきである。
ｄ引用例における制限酵素地図の誤りについて
(a)ｉ前記(ｲ)ｃのとおり，乙１７論文には，引用例pWW5は，中間領域を欠失し
たものであり，その産物として得られたタンパク質も，アミノ酸１７１ないし３０
０の中間領域を欠くものであったことが明らかとなったこと，その原因は，特定の
塩基配列における組換えが起こったことであることが示されている
iiなお，原告は，仮に，引用例pWW5が，乙１７論文の図４に示されるような欠
失した構造を有するのであれば，共直線性を欠くことになるところ，引用例の図４
によれば，pWW5内には共直線性がない領域が存在しないこととされており，矛盾し
ていると主張する。
しかしながら，引用例の著者らが，引用例pWW5をサブクローニングした際，これ
が中間領域を欠くものと認識していなかったことは明らかであるから，引用例の図
４において，pWW5に共直線性がない領域が示されていないのは，むしろ当然のこと
であり，原告の上記主張は，理由がない。
iiiまた，原告は，仮に，引用例pWW5が，上記のような欠失した構造を有する
のであれば，引用例pWW5からプローブを調製すると，アミノ酸１ないし１７０残基
に対応するプローブ及びアミノ酸３０１ないし３２６残基に対応するプローブが生
じることとなり，引用例pWW5を用いてサザンハイブリダイゼーションを行うと，こ
れら２つのプローブに対応する２つのタンパク質断片が検出されることとなるにも
かかわらず，引用例には，単一のバンドが確認されたと記載されており，矛盾して
いる旨主張する。
しかしながら，引用例pWW5が中間領域を欠失したプラスミドであることは，それ
が構造的にも２つのＤＮＡ断片に分断されており，その産物たるタンパク質も構造
的に２つの断片に分断されるということを当然に意味するものではないから，原告
の上記主張は，前提を誤るものとして失当である。
(b)そうすると，引用例pWW5は，客観的には，中間領域（３９０ｂｐ（＝（３
００−１７１＋１）×３））を欠いたものであるにもかかわらず，引用例の著者ら
の主観においては，これを欠かないものであることを前提に，長さ２０００ｂｐ
（前記(ｲ)ａ）のＤＮＡ断片であると認識されていたものであるといえる。
このようなＤＮＡ断片の内容についての誤りは，上記ｃ(a)のとおりの制限酵素
地図の作成方法にも照らせば，一般的な観点からも，当該ＤＮＡ断片を含むＤＮＡ
全体についての制限酵素認識部位の正確性に影響を及ぼすものであるといえるとこ
ろ，とりわけ，引用例には，「pWW5に由来する２．０ｋｂI-IフラグメントSalPst
を，ニックトランスレーションによって放射標識し，それを使用して制限切断物を
プロービングし，それらよりも大きなインサートのマッピングを促進した。」との
記載（前記(ｲ)ａ(b)）があるのであるから，結局，引用例においては，pWW5の内容
についての誤りが，ＤＮＡ断片であるpWW5の制限酵素地図や，同じくＤＮＡ断片で
あるpWW1及びpWW4の制限酵素地図のみならず，全長プラスミドであるpHN4及び
pWW13の制限酵素地図についても，それらの内容を根本から誤らせたものと認める
のが相当である。
(c)以上に加え，上記ｃのとおりの制限酵素地図の正確性についての一般論を
も併せ考慮すると，引用例における制限酵素地図の誤りは，引用例pHN4及びpWW13
が正しくクローニング又はサブクローニングされたものである旨の前記ａ及びｂの
結論を左右するには不十分であるというほかなく，ひいては，引用例において発現
されたタンパク質がのPAO1株に由来するＯＭＰＦであったとの前記P.aeruginosa
(1)の認定を覆すには足りないといわざるを得ない。
(ｵ)小括
以上のとおりであるから，引用例に記載された制限酵素地図が誤りであることを
理由に，引用例において発現されたタンパク質がＯＭＰＦでない旨をいう原告の主
張は，理由がない。
イＮＣＢＩに登録されたＯＭＰＦのアミノ酸配列等（取消事由１の(2)）につ
いて
原告は，引用例の著者らがＮＣＢＩにＯＭＰＦのアミノ酸配列等を登録したのは，
引用例の頒布（１９８６（昭和６１）年８月）から１０年以上も経過した１９９９
（平成１１）年８月１９日のことであり，しかも，その内容は，引用例の制限酵素
地図に反するものであるから，引用例の著者らは，引用例とは無関係に，上記ＯＭ
ＰＦのアミノ酸配列等の登録をしたものであり，ひいては，引用例において発現さ
れたタンパク質は，ＯＭＰＦではなかった旨主張する。
(ｱ)そこで，引用例の著者らによるＯＭＰＦのアミノ酸配列等のＮＣＢＩへの
登録の経過についてみるに，甲３検索結果及び甲１８ないし甲２２検索結果には，
以下の各記載がある。
ａ甲１８検索結果及び甲１９検索結果（以下，これらに係るＮＣＢＩへの登録
を「１９９２年の登録」という。）
(a)甲１９検索結果（アミノ酸配列）
「１：１５１４０９．報告・・・［ｇｉ：１５１４０９］この記録は中断された。
・・・
ローカス１５１４０９３５０アミノ酸直線状１９９２年５月１９日
定義ｏｐｒＦ
受入番号
バージョンＧＩ：１５１４０９
出典データベースローカスＰＳＥＯＰＲＦＢ受入番号Ｍ９４０７８
・・・
引用文献１（サイト）
著者Duchene,M.・・・
タイトルSequenceandtranscriptionalstartsiteofthePseudomonas
aeruginosaoutermembraneporinproteinFgene（判決注：後記甲５論文
である。）
ジャーナルJ.Bacteriol.170,155-162(1988)
・・・
引用文献２（サイト）
著者・・・Woodruff,W.・・・
タイトルConservationoftheGeneforOuterMembraneProteinOprFinthe
FamilyPseudomonadaceae:SequenceofthePseudomonassyringaeoprF
Gene（判決注：後記甲１７論文である。）
ジャーナルJ.Bacteriol.173,768-775(1991)
・・・
引用文献３（１から３５０残基）
著者・・・Hancock,R.E.・・・
タイトルPseudomonasaeruginosaoutermembraneproteinOprF,proteinchemical
andimmunochemicalstudies
ジャーナル未発表（１９９２）
コメント以前に報告されたP.aeruginosaからの配列（Ｐ１３７９４，J.
Bacteriol.１７０巻１５５頁から１６２頁まで（１９８８年）（判決
注：後記甲５論文である。）において公表）はセロタイプ１２からであ
った。セロタイプ１２の制限パターンは他の１６のセロタイプとは異な
る（J.Bacteriol.１７３巻７６８頁から７７５頁まで（１９９１年）
（判決注：後記甲１７論文である。））。ここで報告された配列（Ｍ９
４０７８）はセロタイプ５である。
方法：概念上の翻訳
特性・・・
供給源１..３５０
／生物＝“Pseudomonasaeruginosa”
／菌株＝“PAO1”
／db_xref＝“分類群：２８７”
タンパク質１..３５０
／機能＝“主要な外部膜タンパク質”
／名称＝“ｏｐｒＦ”
・・・
コード１..３５０
／遺伝子＝“ｏｐｒＦ”
／“Ｍ９４０７８：７１..１１２３”によってコードされる
／transl_table＝１１」
(b)甲１８検索結果（ＤＮＡ配列）
「１：Ｍ９４０７８．報告・・・［ｇｉ：１５１４０８］この記録はＡＦ０２７２９０
に差し替えられた
・・・
ローカスＰＳＥＯＰＲＦＢ１４４９塩基対ＤＮＡ直線状ＢＣＴ
１９９２年５月１９日
定義PseudomonasaeruginosaＯｐｒＦ遺伝子，全長のコード
受入番号Ｍ９４０７８
バージョンＭ９４０７８ＧＩ：１５１４０８
・・・
引用文献１（サイト）
著者Duchene,M.・・・
タイトルSequenceandtranscriptionalstartsiteofthePseudomonas
aeruginosaoutermembraneporinproteinFgene（判決注：後記甲５論文
である。）
ジャーナルJ.Bacteriol.170,155-162(1988)
・・・
引用文献２（サイト）
著者・・・Woodruff,W.・・・
タイトルConservationoftheGeneforOuterMembraneProteinOprFinthe
FamilyPseudomonadaceae:SequenceofthePseudomonassyringaeoprF
Gene（判決注：後記甲１７論文である。）
ジャーナルJ.Bacteriol.173,768-775(1991)
・・・
引用文献３（１から１４４９塩基）
著者・・・Hancock,R.E.・・・
タイトルPseudomonasaeruginosaoutermembraneproteinOprF,proteinchemical
andimmunochemicalstudies
ジャーナル未発表（１９９２）
コメント［注意］１９９８年１１月２０日，この配列は新しいバージョンｇｉ：
２６２５００３に差し替えられた。
原文：Pseudomonasaeruginosa（菌株PAO1）ＤＮＡ
以前に報告されたP.aeruginosaからの配列（Ｐ１３７９４，J.
Bacteriol.１７０巻１５５頁から１６２頁まで（１９８８年）（判決
注：後記甲５論文である。）において公表）はセロタイプ１２からであ
った。セロタイプ１２の制限パターンは他の１６のセロタイプとは異な
る（J.Bacteriol.１７３巻７６８頁から７７５頁まで（１９９１年）
（判決注：後記甲１７論文である。））。ここで報告された配列（Ｍ９
４０７８）はセロタイプ５である。
特性・・・
供給源１..１４４９
／生物＝“Pseudomonasaeruginosa”
／mol_type＝“ゲノミックＤＮＡ”
／菌株＝“PAO1”
／db_xref＝“分類群：２８７”
・・・
コード７１..１１２３
／遺伝子＝“ｏｐｒＦ”
／機能＝“主要な外部膜タンパク質”
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／タンパク質ｉｄ＝“１５１４０９”
／db_xref＝“ＧＩ：１５１４０９”」
ｂ甲２０検索結果及び甲２１検索結果（以下，これらに係るＮＣＢＩへの登録
を「１９９８年の登録」という。）
(a)甲２１検索結果（アミノ酸配列）
「１：ＡＡＤ１１５６８．報告・・・［ｇｉ：２６２５００７］この記録は４１８６４
１９に差し替えられた
・・・
ローカス２６２５００７４アミノ酸直線状ＢＣＴ１９９７年１
１月２０日（判決注：『１９９８年１１月２０日』の誤登録と認められ
る。）
定義主要な外部膜タンパク質ＯｐｒＦ［Pseudomonasaeruginosa］
受入番号
バージョンＧＩ：２６２５００７
出典データベースローカスＡＦ０２７２９０受入番号ＡＦ０２７２９０
・・・
引用文献１（１から４残基）
著者・・・Hancock,R.E.W.・・・
タイトルRelationshipbetweenaproposednovelECFsigmafactorandtheouter
membraneproteinOprF,inPseudomonasaeruginosaandPseudomonas
fluorescens
ジャーナル未発表
引用文献２（１から４残基）
著者・・・Hancock,R.E.W.
タイトル直接投稿
ジャーナル１９９７年９月２４日投稿，微生物学・免疫学部，ブリティッシュコロ
ンビア大学・・・
コメント［注意］１９９９年１月２６日，この配列は新しいバージョンｇｉ：４
１８６４１９に差し替えられた。
方法：著者によって与えられた概念上の翻訳
特性・・・
供給源１..４
／生物＝“Pseudomonasaeruginosa”
／菌株＝“PAO1”
／db_xref＝“分類群：２８７”
／注記＝“実験室での菌株名：H103；重複プラスミドpWW1401，pWW1901，
pWW1701，及びpWW2300から配列が得られた”
タンパク質１..＞４
／生成物＝“主要な外部膜タンパク質ＯｐｒＦ”
コード１..４
／遺伝子＝“ｏｐｒＦ”
／“ＡＦ０２７２９０：３０２０..＞３０３１”によってコードされる
／注記＝“外部膜タンパク質；ポリン；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｍ９４
０７８のｏｐｒＦの全配列を参照”
／transl_table＝１１」
(b)甲２０検索結果（ＤＮＡ配列）
「１：ＡＦ０２７２９０．報告・・・［ｇｉ：２６２５００３］この記録は４１８６４
１７に差し替えられた
・・・
ローカスＡＦ０２７２９０３０３１塩基対ＤＮＡ直線状ＢＣＴ
１９９８年１１月２０日
定義Pseudomonasaeruginosaの推定細胞膜付随タンパク質，推定細胞膜タン
パク質，及び推定細胞外液シグマ因子Ｘ（ｓｉｇＸ），全長コード；主
要な外部膜タンパク質ＯｐｒＦ（ｏｐｒＦ）遺伝子，部分コード
受入番号ＡＦ０２７２９０Ｍ９４０７８
バージョンＡＦ０２７２９０ＧＩ：２６２５００３
・・・
引用文献１（１から３０３１塩基）
著者・・・Hancock,R.E.W.・・・
タイトルRelationshipbetweenaproposednovelECFsigmafactorandtheouter
membraneproteinOprF,inPseudomonasaeruginosaandPseudomonas
fluorescens
ジャーナル未発表
引用文献２（１から３０３１塩基）
著者・・・Hancock,R.E.W.
タイトル直接投稿
ジャーナル１９９７年９月２４日投稿，微生物学・免疫学部，ブリティッシュコロ
ンビア大学・・・
コメント［注意］１９９９年１月２６日，この配列は新しいバージョンｇｉ：４
１８６４１７に差し替えられた。
１９９８年１１月２０日，この配列バージョンはｇｉ：１５１４０８か
ら差し替えられた。
特性・・・
供給源１..３０３１
／生物＝“Pseudomonasaeruginosa”
／mol_type＝“ゲノミックＤＮＡ”
／菌株＝“PAO1”
／db_xref＝“分類群：２８７”
／注記＝“実験室での菌株名：H103；重複プラスミドpWW1401，pWW1901，
pWW1701，及びpWW2300から配列が得られた”
コード１２１..１１１９
／注記＝“ＯｒｆＵ１；主要な細胞質；カルボニル末端に二つの膜透過
αヘリックスを含み，これにより細胞膜に固定される；そのカルボニル
末端は大腸菌のマグネシウム／コバルト運搬タンパク質ＣｏｒＡに似て
おり，全長の長さはＧｅｎＢａｎｋの受入番号ＡＥ０００２３２によっ
てコードされる未同定大腸菌ＯＲＦｏ３２７に似ている”
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／生成物＝“推定細胞膜付随タンパク質”
／タンパク質ｉｄ＝“２６２５００４”
／db_xref＝“ＧＩ：２６２５００４”
・・・
コード１４２５..２２４９
／注記＝“ＯｒｆＵ２；少なくとも５個の膜透過ドメインを含む”
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／生成物＝“推定細胞膜タンパク質”
／タンパク質ｉｄ＝“２６２５００５”
／db_xref＝“ＧＩ：２６２５００５”
・・・
遺伝子２４３８..２９１１
／遺伝子＝“ｓｉｇＸ”
コード２４３８..２９１１
／遺伝子＝“ｓｉｇＸ”
／注記＝“細胞外因子ファミリーに属する他の細胞外液シグマ因子に似
ている；代わりの可能性があるGTG開始点はヌクレオチド位置２４１
４；この遺伝子を破壊するとＯｐｒＦの発現が減少する”
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／生成物＝“推定細胞外液シグマ因子Ｘ”
／タンパク質ｉｄ＝“２６２５００６”
／db_xref＝“ＧＩ：２６２５００６”
・・・
遺伝子３０２０..＞３０３１
／遺伝子＝“ｏｐｒＦ”
コード３０２０..＞３０３１
／遺伝子＝“ｏｐｒＦ”
／注記＝“外部膜タンパク質；ポリン；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｍ９４
０７８のｏｐｒＦの全配列を参照”
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／生成物＝“主要な外部膜タンパク質ＯｐｒＦ”
／タンパク質ｉｄ＝“２６２５００７”
／db_xref＝“ＧＩ：２６２５００７”」
ｃ甲３検索結果及び甲２２検索結果（以下，これらに係るＮＣＢＩへの登録を
「１９９９年の登録」といい，１９９２年の登録及び１９９８年の登録と併せて
「本件各登録」という。）
(a)甲３検索結果（アミノ酸配列）
「１：ＡＡＤ１１５６８．主要な外部膜・・・［ｇｉ：４１８６４１９］
ローカスＡＡＤ１１５６８３５０アミノ酸ＢＣＴ１９９９年８月１
９日
定義主要な外部膜タンパク質ＯｐｒＦ前駆体［Pseudomonasaeruginosa］
受入番号ＡＡＤ１１５６８
ＰＩＤｇ４１８６４１９
バージョンＡＡＤ１１５６８．１ＧＩ：４１８６４１９
出典データベースローカスＡＦ０２７２９０受入番号ＡＦ０２７２９０．１
・・・
引用文献１（１から３５０残基）
著者・・・Hancock,R.E.W.
タイトル直接投稿
ジャーナル１９９９年１月２６日投稿微生物学・免疫学部，ブリティッシュコロ
ンビア大学・・・
注釈配列は投稿者により更新された
コメント１９９９年１月２６日，ｇｉ：２６２５００７はこの配列バージョンに
差し替えられた。
方法：著者によって与えられた概念上の翻訳
特性・・・
供給源１..３５０
／生物＝“Pseudomonasaeruginosa”
／菌株＝“PAO1”
／セロタイプ＝“５”
／db_xref＝“分類群：２８７”
／注記＝“実験室での菌株名：H103；重複プラスミドpWW1401，pWW1901，
pWW1701，及びpWW2300，並びにpRW5から配列が得られた”
タンパク質１..３５０
／生成物＝“主要な外部膜タンパク質ＯｐｒＦ前駆体”
ｓｉｇペプチド１..７１
ｍａｔペプチド７２..３５０
／生成物＝“外部膜タンパク質ＯｐｒＦ”
コード１..３５０
／遺伝子＝“ｏｐｒＦ”
／“ＡＦ０２７２９０．１：３０２０..４０７２”によりコードされる
／transl_table＝１１
／注記＝“ポリンＦ；外部膜タンパク質Ｆ」
(b)甲２２検索結果（ＤＮＡ配列）
「１：ＡＦ０２７２９０．報告Pseudomonasaerug・・・［ｇｉ：４１８６４１７］
・・・
ローカスＡＦ０２７２９０４３９８塩基対ＤＮＡ直線状ＢＣＴ
１９９９年８月１９日
定義Pseudomonasaeruginosaの推定細胞膜付随タンパク質（ｃｍａＸ），仮
定的タンパク質，推定細胞膜タンパク質（ｃｍｐＸ），推定細胞外液シ
グマ因子Ｘ（ｓｉｇＸ），及び主要な外部膜タンパク質ＯｐｒＦ前駆体
（ｏｐｒＦ）遺伝子，全長コード
受入番号ＡＦ０２７２９０Ｍ９４０７８
バージョンＡＦ０２７２９０．１ＧＩ：４１８６４１７
・・・
引用文献１（２９５０から４３９８塩基）
著者Duchene,M.・・・
タイトルSequenceandtranscriptionalstartsiteofthePseudomonas
aeruginosaoutermembraneporinproteinFgene（判決注：後記甲５論文
である。）
ジャーナルJ.Bacteriol.170(1),155-162(1988)
・・・
引用文献２（２９５０から４３９８塩基）
著者・・・Woodruff,W.・・・
タイトルConservationofthegeneforoutermembraneproteinOprFinthe
familyPseudomonadaceae:sequenceofthePseudomonassyringaeoprF
gene（判決注：後記甲１７論文である。）
ジャーナルJ.Bacteriol.173(2),768-775(1991)
・・・
引用文献３（２９５０から４３９８塩基）
著者・・・HancockR.E.
タイトルConservationofsurfaceepitopesinPseudomonasaeruginosaouter
membraneporinproteinOprF
ジャーナルFEMSMicrobiol.Lett.113(3),261-266(1993)
・・・
引用文献４（１から３０３１塩基）
著者・・・HancockR.E.・・・
タイトルInfluenceofaputativeECFsigmafactoronexpressionofthemajor
outermembraneprotein,OprF,inPseudomonasaeruginosaand
Pseudomonasfluorescens
ジャーナルJ.Bacteriol.181(16),4746-4754(1999)
・・・
引用文献５（２９５０から４３９８塩基）
著者Hancock,R.E.
タイトル直接投稿
ジャーナル１９９３年４月２６日投稿微生物学・免疫学部，ブリティッシュコロ
ンビア大学・・・
引用文献６（１から３０３１塩基）
著者・・・Hancock,R.E.W.
タイトル直接投稿
ジャーナル１９９７年９月２４日投稿微生物学・免疫学部，ブリティッシュコロ
ンビア大学・・・
引用文献７（１から４３９８塩基）
著者・・・Hancock,R.E.W.
タイトル直接投稿
ジャーナル１９９９年１月２６日投稿微生物学・免疫学部，ブリティッシュコロ
ンビア大学・・・
注釈配列は投稿者により更新された
コメント１９９９年１月２６日，この配列バージョンはｇｉ：２６２５００３か
ら差し替えられた。
特性・・・
供給源１..４３９８
／生物＝“Pseudomonasaeruginosa”
／mol_type＝“ゲノミックＤＮＡ”
／菌株＝“PAO1”
／セロタイプ＝“５”
／db_xref＝“分類群：２８７”
／注記＝“実験室での菌株名：H103；重複プラスミドpWW1401，pWW1901，
pWW1701，及びpWW2300，並びにpRW5から配列が得られた”
遺伝子１２１..１１１９
／遺伝子＝“ｃｍａＸ”
コード１２１..１１１９
／遺伝子＝“ｃｍａＸ”
／注記＝“主要な細胞質；カルボニル末端に二つの膜透過αヘリックス
を含み，これにより細胞膜に固定される；そのカルボニル末端は大腸菌
のマグネシウム／コバルト運搬タンパク質ＣｏｒＡに似ており，全長の
長さはＧｅｎＢａｎｋの受入番号ＡＥ０００２３２によってコードされ
る未同定大腸菌ＯＲＦｏ３２７に似ている”
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／生成物＝“推定細胞膜付随タンパク質”
／タンパク質ｉｄ＝“ＡＡＤ１１５６５．１”
／db_xref＝“ＧＩ：２６２５００４”
・・・
コード１１７４..１４２２
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／生成物＝“仮定的タンパク質”
／タンパク質ｉｄ＝“ＡＡＤ１１５６９．１”
／db_xref＝“ＧＩ：４１８６４２０”
・・・
遺伝子１４２５..２２４９
／遺伝子＝“ｃｍｐＸ”
コード１４２５..２２４９
／遺伝子＝“ｃｍｐＸ”
／注記＝“少なくとも５個の膜透過ドメインを含む”
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／生成物＝“推定細胞膜タンパク質”
／タンパク質ｉｄ＝“ＡＡＤ１１５６６．１”
／db_xref＝“ＧＩ：２６２５００５”
・・・
遺伝子２３２１..２９１１
／遺伝子＝“ｓｉｇＸ”
コード２３２１..２９１１
／遺伝子＝“ｓｉｇＸ”
／推定＝“実験で得られた証拠はない，追加の詳細な記録はない”
／注記＝“細胞外因子ファミリーに属する他の細胞外液シグマ因子に似
ている；この遺伝子を破壊するとＯｐｒＦの発現が減少する”
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／生成物＝“推定細胞外液シグマ因子Ｘ”
／タンパク質ｉｄ＝“ＡＡＤ１１５６７．１”
／db_xref＝“ＧＩ：４１８６４１８”
・・・
コード３０２０..４０７２
／遺伝子＝“ｏｐｒＦ”
／注記＝“ポリンＦ；外部膜タンパク質Ｆ”
／コドン開始＝１
／transl_table＝１１
／生成物＝“主要な外部膜タンパク質ＯｐｒＦ前駆体”
／タンパク質ｉｄ＝“ＡＡＤ１１５６８．１”
／db_xref＝“ＧＩ：４１８６４１９”」
ｄなお，甲１９検索結果，甲２１検索結果（ただし，冒頭の４アミノ酸残基の
みである。）及び甲３検索結果に記載されたＯＭＰＦのアミノ酸配列は，すべて同
一のものであり，また，甲１８検索結果（７１塩基ないし１１２３塩基），甲２０
検索結果（３０２０塩基以降。ただし，冒頭の１２塩基のみである。）及び甲２２
検索結果（３０２０塩基ないし４０７２塩基）に記載されたＯＭＰＦ遺伝子のＤＮ
Ａ配列は，すべて同一のものである。
(ｲ)次に，１９９２年の登録（同年５月１９日）前に執筆された引用例の著者
らの学術論文の記載についてみるに，乙１８（甲６０）論文（１９８８（昭和６
３）年６月発行の「JOURNALOFBACTERIOLOGY」１７０巻６号の２５９２頁から２５
９８頁までに掲載されたWendyA.Woodruff及びRobertE.W.Hancockによる
「ConstructionandCharacterizationofProteinPseudomonasaeruginosa
F-DeficientMutantsafterInVitroandInVivoInsertionMutagenesisofthe
ClonedGene」と題する論文。以下「乙１８論文」という。）及び乙１７論文には，
以下の各記載がある。
ａ乙１８論文（なお，乙１８論文中の引用文献「３４」とは，引用例である
（乙１８論文原文２５９８頁左欄下から６∼３行参照）。）
「表１．菌株，プラスミド及びバクテリオファージ
株又はプラスミド特徴由来又は引用文献
・・・・・・・・・
プラスミド
・・・・・・・・・
pWW13遺伝子を含む１１ｋｂRIフラグメント３４ｏｐｒＦEco
を有するpLAFr1
・・・・・・・・・
pWW2200遺伝子を含むpWW13由来の２．５ｋｂIこの研究ｏｐｒＦPst
フラグメントを挿入したpRK404
・・・・・・・・・
pWW2300pWW2200由来のI-Iフラグメントを有するpUC18この研究PstSal
・・・・・・・・・
」（乙１８・１頁の表部分）
ｂ乙１７論文（１９９２（平成４）年１月２８日原稿受領。なお，乙１７論文
中の引用文献「(38)」とは，乙１８論文であり（乙１７論文原文４９８５頁右欄１
１∼１４行参照。当該部分に記載された乙１８論文の表題は，誤記であると認めら
れる。），引用文献「(40)」とは，引用例である（乙１７論文原文４９８５頁右欄
下から７∼４行参照。当該部分に記載された引用例の表題は，誤記であると認めら
れる。）。）
「プラスミドpWW2200がインタクトな遺伝子を発現し(38)，pWW5が短縮型の生産物ｏｐｒＦ
を発現する(40)ことは，以前に記述されている。・・・プラスミドpWW1901及びpWW1602は，プ
ラスミドpWW13(40)由来の３．０及び１．２ｋｂｐのIフラグメントを，プラスミドベクタSal
ーpUC8にサブクローニングすることにより得られた(20)。」（１頁５∼８行）
(ｳ)上記(ｱ)及び(ｲ)のとおり，引用例の著者らは，１９９２年の登録の際，既
に，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等の全長について，１９９９年の登録の際に提出した
ものと同一の配列を提出していたこと，本件各登録の際に提出された配列は，いず
れも，のPAO1株を供給源とするものであること，１９９８年の登録P.aeruginosa
及び１９９９年の登録については，いずれも，供給源欄中の注記欄に重複プラスミ
ドpWW1401，pWW1901，pWW1701，pWW2300等から配列が得られた旨の記載があるとこ
ろ，うちpWW1901及びpWW2300は，引用例においてサブクローニングされたpWW13に
由来するプラスミドであること，１９９２年の登録の際に提出されたＤＮＡ配列は，
ＯＭＰＦをコードする遺伝子全長のＤＮＡ配列を明らかにすることに主眼を置いた
ものであったのに対し，１９９８年の登録及び１９９９年の登録の際に提出された
各ＤＮＡ配列は，ＯＭＰＦをコードする遺伝子のＤＮＡ配列の前（上流側）に存在
するの推定細胞膜付随タンパク質等に係る遺伝子のＤＮＡ配列を明P.aeruginosa
らかにすることに主眼を置いたものであったと考えられることなどの事実に照らせ
ば，引用例の著者らは，１９９２年の登録の際，既に，引用例においてサブクロー
ニングされたpWW13に基づき，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等の各全長につき正しい結
論を得ていたものといえるから，本件各登録の経緯をもって，引用例の著者らが，
引用例におけるＯＭＰＦ及びその遺伝子のクローニング又はサブクローニングとは
独立して本件各登録を行ったものとみることはできず，ひいては，本件各登録の経
緯から，引用例において発現されたタンパク質がＯＭＰＦでなかったということは
できない。
(ｴ)ａ原告は，１９９２年の登録に係るＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列から導き
出される制限酵素認識部位が，引用例の図４に示された制限酵素認識部位と矛盾す
ると主張するが，引用例における制限酵素認識部位（制限酵素地図）の誤りが，引
用例において発現されたタンパク質がのPAO1株に由来するＯＭＰＦP.aeruginosa
であったとの前記(1)の認定を覆すに足りないことは，前記アにおいて詳論したと
おりであるところ，その理は，本件各登録の経緯及びその内容を理由とする原告の
主張についてもそのまま当てはまるものであるから，原告の上記主張は理由がない。
ｂ原告は，①甲１８検索結果の供給源欄にプラスミドの記載がないこと，②引
用例の著者らは，１９９８年の登録によって１９９２年の登録に係る配列情報をい
ったん削除したといえること，③甲１９検索結果に「この記録は中断された。」と
の記載があることから，引用例の著者らは，１９９２年の登録に係るＯＭＰＦのア
ミノ酸配列等とは別個独立の情報として，１９９８年の登録に係るＯＭＰＦのアミ
ノ酸配列等を提出したものと考えられると主張する。
(a)確かに，前記(ｱ)ａ(b)のとおり，甲１８検索結果の供給源欄には，プラス
ミドの記載がないが，他方で，当然ながら，甲２０検索結果や甲２２検索結果の供
給源欄に記載されているプラスミドと異なるプラスミドが記載されているわけでは
ない。そして，前記(ｱ)ｄのとおり，甲１８検索結果，甲２０検索結果（ただし，
配列の一部）及び甲２２検索結果に記載されたＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列は同一
のものであるし，また，前記(ｱ)ｂ(b)のとおり，供給源欄にプラスミドの記載のあ
る甲２０検索結果には，ＯＭＰＦ（ｏｐｒＦ）遺伝子のコード欄に，「注記」とし
て，「外部膜タンパク質；ポリン；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｍ９４０７８のｏｐｒ
Ｆの全配列を参照」との記載（ここでいう「受入番号Ｍ９４０７８」とは，甲１８
検索結果に係るものである。）があるのであるから，甲１８検索結果の供給源欄に
プラスミドの記載がないことをもって，１９９８年の登録に係る配列情報が１９９
２年の登録に係る配列情報と別個独立のものであるとみることはできない。
(b)また，上記(a)の各事情に加え，前記(ｳ)のとおり，１９９２年の登録の際
に提出されたＤＮＡ配列は，ＯＭＰＦをコードする遺伝子全長のＤＮＡ配列を明ら
かにすることに主眼を置いたものであったのに対し，１９９８年の登録及び１９９
９年の登録の際に提出された各ＤＮＡ配列は，ＯＭＰＦをコードする遺伝子のＤＮ
Ａ配列の前（上流側）に存在するの推定細胞膜付随タンパク質等にP.aeruginosa
係る遺伝子のＤＮＡ配列を明らかにすることに主眼を置いたものであったと考えら
れることをも併せ考慮すると，引用例の著者らが，１９９８年の登録により，１９
９２年の登録に係る配列情報をいったん削除したとみることはできない。
(c)さらに，上記(a)及び(b)の各事情に照らせば，甲１９検索結果に「この記
録は中断された。」との記載があることをもって，１９９８年の登録に係る配列情
報が１９９２年の登録に係る配列情報と別個独立のものであるとみることはできな
い。
(d)以上のとおりであるから，原告の上記主張は理由がない。
ｃ原告は，仮に，引用例の著者らが，引用例において単離したプラスミドにＯ
ＭＰＦ遺伝子が含まれていると考えていたならば，本件各登録においても，引用例
を引用したはずであると主張する。
これに対し，被告は，引用文献の掲載はＮＣＢＩ側が決定する事項である旨主張
する。
登録すべき引用文献をＮＣＢＩ側が決定するのか，登録を求める側が決定するの
かは，証拠上明らかではないが，仮に，後者であるとしても，前記ア(ｲ)ｃ及び前
記(ｲ)ｂのとおり，引用例の著者らは，１９９２年の登録前に乙１７論文を執筆し，
その中で，引用例pWW5が中間領域を欠失したものであることを論じているところ，
前記ア(ｴ)ｄのとおり，引用例pWW5の内容についての誤りは，全長プラスミドであ
るpHN4及びpWW13の制限酵素地図の内容を根本から誤らせるものと認められるから，
引用例の著者らが，そのような事実が判明した後である１９９２年の登録の際に引
用例を引用しないのは，当然のことといえる。
したがって，原告の上記主張は，いずれにせよ失当である。
ｄ原告は，引用例の発表後，１９９９年の登録まで１０年以上（１９９２年の
登録までであっても約６年）という長期間を要しているという事実は，引用例にお
いて発現されたタンパク質がＯＭＰＦでなかったことを裏付けると主張する。
しかしながら，まず，前記(ｳ)のとおり，引用例の著者らは，１９９２年の登録
の際，既に，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等の全長について，１９９９年の登録の際に
提出したものと同一の配列を提出しており，また，引用例の著者らが，引用例にお
けるＯＭＰＦ及びその遺伝子のクローニング又はサブクローニングとは独立して本
件各登録を行ったものとみることはできないから，引用例の発表後，ＮＣＢＩへの
配列登録まで１０年以上が経過したとの原告の主張は，その前提を欠くものとして
失当である。
また，引用例の発表から１９９２年の登録まで約６年の期間が経過していること
についても，前記(ｳ)のとおり，引用例の著者らは，引用例においてサブクローニ
ングされたpWW13に基づき，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等の各全長につき正しい結論
を得たのであるから，かかる期間の経過は，引用例において発現されたタンパク質
がＯＭＰＦであったとの前記(1)の認定を左右するものではない。
ｅ原告は，仮に，引用例の著者らが，PAO1株のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を
１９９２年５月１９日にＮＣＢＩに登録し，その後は一貫してPAO1株のＯＭＰＦ遺
伝子について同じＤＮＡ配列を提出していたとしても，引用例の著者らが，同日以
降，引用例とは無関係に，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等を決定したことに変わりはな
いと主張するが，原告の主張は，証拠に基づく合理的な根拠を欠き，単なる推測を
述べるにとどまるものであるから，これを採用することはできない。
(ｵ)小括
以上のとおりであるから，本件各登録の経緯及びその内容を根拠に，引用例にお
いて発現されたタンパク質がＯＭＰＦでない旨をいう原告の主張は，理由がない。
ウＯＭＰＦを構成するアミノ酸の個数に関する引用例の著者らの認識（取消事
由１の(4)）について
原告は，ＯＭＰＦを構成するアミノ酸につき，引用例の著者らが認識していた個
数は約４１０であり，実際の個数（３５０）と異なることを理由に，引用例におい
て発現されたタンパク質はＯＭＰＦでなかったと主張する。
確かに，引用例には，「天然のタンパク質Ｆにおける約４１０アミノ酸」との記
載（４７７頁右欄１０∼１１行）がある。
しかしながら，前記(1)のとおり，引用例においては，発現させたタンパク質を
構成するアミノ酸の個数の絶対値を測定し，これが約４１０であるからＯＭＰＦと
同定することができると結論付けたのではなく，モノクローナル抗体に対する反応，
ＳＤＳゲル電気泳動法における挙動及びタンパク質の熱変更性において，発現させ
たタンパク質が天然のＯＭＰＦと同様の結果を示したこと，すなわち，発現させた
タンパク質が天然のＯＭＰＦとの比較において同様の結果を示したことから，発現
させたタンパク質をＯＭＰＦと同定したものである。したがって，引用例の著者ら
が天然のＯＭＰＦを構成するアミノ酸の個数を誤解していたとしても，引用例にお
いて発現されたタンパク質がＯＭＰＦであるとの前記(1)の認定を左右するもので
はない。
なお，付言するに，本願明細書に次の各記載があることからすると，引用例の著
者らが引用例に記載された研究を行っていた当時，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等は研
究者らに明らかとなっておらず，したがってまた，ＯＭＰＦを構成するアミノ酸の
個数も正しく認識されていなかったものと認められるから，引用例の著者らが天然
のＯＭＰＦを構成するアミノ酸の個数を誤解していたからといって，引用例に記載
された研究がずさんなものであるなどと即断するのは相当でない。
(ｱ)「Ｗ．Ａ．ウッドラフ等（W.A.Woodruffetal.,J.Bacteriol,167(1986)473-479）は詳
細には規定されていないＰ．アエルギノザＰＡＯ１を出発菌株として用いるＥ．コリ（E.
coli）中における外部膜タンパク質Ｆ（ＯＭＰＦ，ポリンＦ）の発現を記載している。クロー
ン化されたＤＮＡ配列は極めて大雑把な制限酵素地図によってのみ特性化されているにすぎず，
ＤＮＡ配列或はアミノ酸部分配列は述べられて・・・いない。」（段落【０００３】）
(ｲ)「【発明が解決しようとする課題】本発明の目的は，シュードモナス・アエルギノザの
外部膜タンパク質Ｆ，それをコードするＤＮＡ・・・を提供することにある。」（段落【００
０４】）
(ｳ)「【課題を解決するための手段】本発明によれば，表１に示したアミノ酸配列を有する
シュードモナス・アエルギノザ（Pseudomonasaeruginosa）の外部膜タンパク質Ｆ（ＯＭＰ
Ｆ）が提供される。」（段落【０００５】）
(ｴ)「本発明によれば，ＯＭＰＦをコード化し，表１に示されたＤＮＡ配列（コード化鎖）
を有するＤＮＡが提供される。」（段落【０００７】）
エ引用例において単離されたＤＮＡによってコードされるタンパク質と，その
後に引用例の著者の１人が単離したＤＮＡによってコードされるタンパク質の機能
（チャネル伝導度）（取消事由１の(5)）について
原告は，引用例において単離されたＤＮＡによってコードされるタンパク質のチ
ャネル伝導度と，その後に引用例の著者の１人が甲１１論文において単離したＤＮ
Ａによってコードされるタンパク質のチャネル伝導度及び更にその後に頒布された
甲２４論文（２００６（平成１８）年６月１６日発行の「TheJOURNALOF
BIOLOGICALCHEMISTRY」２８１巻２４号の１６２３０頁から１６２３７頁までに掲
載されたSergeyM.Bezrukovらによる「PorinOprF:Pseudomonasaeruginosa
PROPERTIESOFTHECHANNEL」と題する論文）に記載されたＯＭＰＦのチャネル伝導
度とが異なることから，引用例において発現されたタンパク質はＯＭＰＦでないと
主張する。
(ｱ)そこでまず，上記各論文の内容をみることとする。
ａ引用例には，以下の各記載がある（なお，前記(1)ア(ｷ)ないし(ｹ)の各記載
を再掲する部分がある。）。
(a)「クローニング後にポリン機能が保持されていることを実証するために，上記の大腸菌
クローンに由来するタンパク質Ｆを，黒膜二重層中に組み込んだ。２種類の主要なチャネルが，
明らかにされた。優勢な種類のチャネルは，１ＭＫＣｌ中で平均伝導度０．３６ｎＳを有し
た。一方，それよりも大きなチャネル（４ｎＳ∼７ｎＳ）が，それよりも低頻度で観察され
た。」（４７３頁要約（「のポリンタンパク質Ｆをコードする遺伝子Pseudomonasaeruginosa
を，」で始まる段落）下から５∼２行）
(b)「大腸菌JF733（pHN4）（図５）または（データは示さない）のいずれかにP.aeruginosa
由来する少量（０．６ｎｇ／ｍｌ）の電気溶出済みタンパク質Ｆを，黒膜二重層を入れている
塩水溶液（１ＭＫＣｌ）中に添加すると，伝導度の段階的増加が生じた。他の脂質二重層の
実験結果から類推して，これらの伝導度の増加は，タンパク質Ｆの単一チャネル形成単位がこ
の膜中に段階的に組み込まれることを伴った。
使用した最低濃度（０．６ｎｇ／ｍｌ）において，高感度に設定した機器を使用すると，小
さなチャネルの組み込みが，主に観察された（図６Ａ及び図６Ｂ）。測定された伝導度の増加
の確率棒グラフ（図６）および１ＭＫＣｌ中での単一チャネルの平均伝導度（０．３４ｎＳ
∼０．３８ｎＳ）は，または上記の完全なクローン化タンパク質Ｆ遺伝子を保有P.aeruginosa
する大腸菌株のいずれかから単離されたタンパク質Ｆについて，同様であった。
より高濃度（７ｎｇ／ｍｌ）の大腸菌由来のタンパク質Ｆを使用し，上記機器を，より低感
度（その条件よりも下では，図５において観察されたチャネルは測定されない）に設定すると，
より大きな伝導度段差が観察された（データは示さない）。一連の実験において，測定された
大きなチャネルのうちの約６５％は，４ｎＳよりも大きな（のタンパク質ＦにつP.aeruginosa
いて以前に報告された(3)のものと同様の大きさ）単一チャネル伝導度を有した。」（４７６
頁右欄下から４行∼４７７頁左欄２０行）
(c)「大腸菌クローン（pHN4）およびから電気溶出したタンパク質ＦについてP.aeruginosa
の機能研究により，極めて類似する特性が明らかになった（図６）。しかしながら，主要なチ
ャネルが小さな伝導度を有したことの実証は，大きなタンパク質Ｆチャネルの存在を証明した
以前のモデル膜データ(3,24,25,33)に鑑みると，意外であった。」（４７７頁右欄下から１
１∼６行）
(d)「本論文に記載されたデータは，タンパク質Ｆチャネルの大多数は，機能しないのでは
なく，むしろ小さい（１ＭＫＣｌにおける平均の単一チャネル伝導度０．３６ｎＳ）という
ことを示唆する。・・・これらの小さな単一チャネル事象は，タンパク質Ｆのチャネルサイズ
が５．６ｎＳであると報告したBenz及びHancock(3)によっては観察され得なかった。」（４７
８頁１０∼１８行）
(e)「図６．脂質二重膜を入れた１ＭのＫＣｌ水溶液に，PAO1（Ａ）または大P.aeruginosa
腸菌JF733（pHN4）（Ｂ）由来の精製ポリンタンパク質Ｆを添加した後に観察された伝導度の
段差の棒グラフ。・・・棒グラフの形状に基づいて，０．６ｎＳ未満のチャネルを選択し，０．
３８ｎＳ（タンパク質Ｆ；９２事象の平均）および０．３４ｎＳ（大腸菌由来のP.aeruginosa
タンパク質Ｆ；１９７事象の平均）という平均単一チャネル伝導度を測定した。おそらく，約
０．７ｎＳ∼０．８ｎＳにおける他の伝導度増加ピークは，同時に膜に入っている２つのチャ
ネルを表している。」（４７７頁右欄図６脚注１∼１０行）
(f)「引用文献
・・・
3.Benz,R.,andR.E.W.Hancock.1981.Propertiesofthelargeion-permeableporesfrom
proteinFofinlipidbilayermembranes.Biochim.BiophysActa646:Pseudomonasaeruginosa
298-308.」（原文４７８頁右欄５∼１７行。以下，引用文献としてここに掲げられた論文を
「ハンコックらの１９８１年論文」という。）
ｂ甲１１論文には，以下の各記載がある（なお，甲１１論文中の引用文献
「Benz及びHancock，１９８１年」とは，ハンコックらの１９８１年論文であり
（甲１１論文原文８６頁７∼１０行参照），同「Woodruffら，１９８６年」とは，
引用例である（甲１１論文原文１０１頁下から１０∼７行参照）。）。
(a)「Thesedata,forproteinFpurifiedfromH103andJF733P.aeruginosaE.coli
(pWW2200),areshowninFigure16.Forbothpreparations,predominantlysmallchannels
wereobservedatsimilarfrequencies.（HB103及び大腸菌JF733（pWW2200）かP.aeruginosa
ら精製されたタンパク質Ｆに係るデータを図１６に示す。いずれの調製物においても，同様の
頻度で，小さなチャネルが主に観察された。）」（原文６３頁１５∼１７行）
(b)「天然のタンパク質Ｆの単一チャネル伝導度の平均は０．４１ｎＳであり，クローニン
グされたタンパク質Ｆは，０．３８ｎＳであった。天然のタンパク質Ｆの調製物において，い
くつかのより大きなチャネルが観察された（観察された全チャネルの５．２％が，１．２ｎＳ
より大きかった。）。一つの実験では，観察されたチャネルの１５％が，１．２∼４．０ｎＳ
の間であり，半分よりわずかに多い５２％が，１．２∼２．０ｎＳの間であった。クローニン
グされたタンパク質Ｆの調製物においては，観察された最大のチャネルは，３．４ｎＳの伝導
度であった。１．２ｎＳよりも大きいチャネルは，全体の６．８％の頻度で観察され，天然の
タンパク質Ｆで観察されたものと同様の結果であった。観察された１．２ｎＳよりも大きいチ
ャネルの６３パーセントが，１．２∼２．０ｎＳの間であった。それにもかかわらず，その天
然のバックグラウンドから単離されたタンパク質Ｆについて，また，大腸菌におP.aeruginosa
けるクローニングされた遺伝子から単離されたタンパク質Ｆについても，観察されたｏｐｒＦ
チャネルの大多数は０．６ｎＳ未満であった。これらの観察は，精製されたタンパク質Ｆの平
均チャネル伝導度が５ｎＳだと報告されていた従来公開された観察（Benz及びHancock，１９
８１年）に反している。」（乙２０・１頁下から２行∼２頁１３行）
(c)「本研究において，タンパク質Ｆについて，Parrによる予備的観察を確認し，生体にお
ける孔の機能を実証することを，試みた。およびJF733（pWW2200）由来P.aeruginosaE.coli
の精製タンパク質Ｆを，黒脂質二分子層システムにおいて試験した。Parrの結果と一致して
（Woodruffら，１９８６年），種々のチャンネルサイズが観察された。しかしながら，平均単
一チャンネル伝導度は，天然のタンパク質Ｆについて０．４１ｎＳであり，クローニングした
タンパク質Ｆについては，０．３８ｎＳであった。Parrの知見とは対照的に，観察されたチャ
ンネルのほんの５％のみが，１．２ｎＳを超え，そして，４ｎＳを超えるチャンネルは観察さ
れなかった。予備的研究よりも，本研究において，さらに多くのチャンネル事象をモニターし
た。黒脂質二分子層のデータは，タンパク質Ｆが孔を形成することを示した。この研究の結果
は，形成されるチャンネルが非常に小さいことを示す。黒脂質二分子層のデータを，ＭＩＣの
結果と組み合わせると，タンパク質Ｆの実際のサイズは，小さい，抗生物質不透過性の０．４
ｎＳチャンネルであるという可能性を考えなければならない。」（原告から提出された２種類
の抄訳文のうち，「［甲11追加抄訳］」と題するもの（以下「甲１１追加抄訳」という。）
・１丁下から２６∼１３行）
ｃ甲２４論文には，以下の各記載がある（なお，甲２４論文中の引用文献
「(6)」とは，ハンコックらの１９８１年論文であり（甲２４論文原文１６２３７
頁右欄下から３８行参照），同「(7)」とは，引用例である（甲２４論文原文１６
２３７頁右欄下から３７∼３６行参照）。）
(a)「のＯｐｒＦは，２つの異なる高次構造・・・，すなわち，稀なPseudomonasaeruginosa
単一ドメイン型および主要なものである２ドメイン型で存在することが示された・・・。単一
ドメイン型が激減している画分について，著者らは，十分に規定された伝導度レベルを有する
チャネルの形成を検出することができなかった。・・・しかし，ＯｐｒＦの単一ドメインに富
んだ画分について，著者らは，高い再現性の伝導度を有するチャネルの規則的な挿入を観察し
た。単一のＯｐｒＦチャネルは，イオン伝導度，および，高分子排除実験・・・において測定
される半径において差異がある数個の副次的高次構造・・・の間で，自発的な遷移を示す動力
学的挙動に富んでいることを示す。著者らは，最も伝導度の高い高次構造における有効半径が，
大腸菌のＯｍｐＦの一般的な外膜ポリンのものを上回ることを示したが，著者らはまた，単一
のＯｐｒＦチャネルは，主として，弱伝導性の副次的高次構造で存在し，そして，ほんの少し
の間のみ，完全に開いた状態に切り替わることを見出した。従って，以前に報告されたＯｐｒ
Ｆの低い透過性は，主として，ＯｐｒＦ集団において単一ドメイン型が不足していること，次
に，単一ドメイン型において弱伝導性の副次的高次構造が優勢であることの２つの要因による
ものであろう。」（原告から提出された２種類の抄訳文のうち，「［甲24抄訳］」で始まり最
終丁（５丁）が１５行のもの（以下同じ。）１丁下から２４∼３行）
(b)「BenzおよびHancockによる最初の研究(6)は，ＯｐｒＦを加えることで，大きな単一チ
ャネル伝導度（１ＭＫＣｌまたはＮａＣｌにおいて，数ナノジーメンス(ｎＳ)）のチャネル
を生じ・・・ることが報告されている。しかし，・・・後の研究において，極めて異なる結論
が導かれてきた。こうして，Woodruffら(7)は，ＯｐｒＦが，伝導度が１ＭＫＣｌにおいて，
０．１∼１ｎＳの範囲（平均０．３６ｎＳ）である，大部分は『低分子』チャネルを生成する
ことを報告した。殆ど存在しないそれよりも大きなチャネルの存在についても言及しているも
のの，実際の電流の記録も，この知見を示すような伝導度のヒストグラムも，示されていなか
った。Brinkmanらによるつい最近の研究(8)において，０．２∼０．８ｎＳの広い伝導度分布
を有する低分子チャネルが優勢であることが確認された。」（２丁１６行∼下から５行）
(c)「平面状の二層の研究の多くは，現在，２つの完全に異なる型の混合物であることが知
られている(9)，分画されていないＯｐｒＦについて行なわれているので，著者らは，異なる
型を濃縮した調製物を用いて，ＯｐｒＦにより形成されるチャネルの特性をより詳細に調べる
ことを試みた。」（２丁下から２行∼３丁２行）
(d)「我々は，ＯｐｒＦで誘導される最小限の伝導度のレベルでその測定の殆どを行った。
・・・代表的には，チャネル挿入は，その膜伝導度の小刻みな段階的上昇，振幅の電位依存性
により明確であって，この電位依存的な振幅は，−１５０ｍＶおよび１５０ｍＶで，それぞれ，
約６ｐＡ及び８ｐＡ（４０ｐＳ及び５５ｐＳ）に対応する。これらの小さな電流のステップは，
・・・Ｌとして示した。low
ＯｐｒＦをシス側に加えてその膜にＯｐｒＦチャネルを挿入することには，方向性がある・
・・。実際，負電圧では，低い伝導度レベル（Ｌ）が，常に，約１４０∼１５０ｐＡ（０．low
９３∼１ｎＳ）の振幅の高い伝導度レベル（Ｌ）へ強力に変動する・・・。high
時間分解した数個の変動事象を，２０μｓの時間分解能で図４の中央の２つのプロットで示
した。・・・興味深いことに，高伝導度変動の時間分解した事象のうちのいくつかは，振幅５
０∼７０ｐＡ（０．３∼０．４７ｎＳ）を伴う中間の伝導度レベル（Ｌ）を有していintermediate
る。」（３丁下から１１行∼４丁９行）
(e)「我々の分析から，図４における電流の記録が，１種のみのＯｐｒＦチャネルを示すも
のであり，２つ以上の異なるチャネルの重ね合わせを示すものではないことが示唆される。実
際，このチャネルは，常に，ゼロから低伝導度レベルとなり，その後に限ってより高いレベル
へと上がるステップとして出現する。さらに，負電圧，数秒の間隔での観察では，高い伝導度
レベル（Ｌ）のみを示すチャネル，または低い伝導度レベル（Ｌ）のみを示すチャネルはhighlow
観察されなかった。・・・ＯｐｒＦチャネルは，２つの伝導度レベルの間で変動するが，その
変動する周波数は，チャネルごとで変化し，いくつかのチャネルについては，時間依存的であ
る。この場合，高伝導度レベルへの変動は，相対的に変化のない短い時間区間によって区切ら
れる数秒間のバーストとして群発した。」（４丁１２∼２２行）
(f)「Brinkman(8)reportthemostfrequentOprFchannelconductanceof0.36nS.etal.
Thisisveryclosetotheamplitudeoffluctuationsbetweenthelowandintermediatelevels
ofthesinglechannelsubstatesfoundinthepresentstudy.（Brinkmanら(8)は，チャネル伝
導度０．３６ｎＳを有するＯｐｒＦが最も頻繁に観察されたと報告している。これは，この研
究で見られた単一チャネルの低レベル状態と中間レベル状態との間の変動の振幅に非常に近
い。）」（原文１６２３７頁左欄３０∼３３行）
また，図６Ｂには，低レベル（Ｌ）の伝導度として０．０３９±０．０１４low
（＝０．０２５∼０．０５３）ｎＳが，高レベル（Ｌ）の伝導度として０．９６high
±０．１６（＝０．８∼１．１２）ｎＳが，それぞれ示されている。
(ｲ)上記(ｱ)ａ及びｂによれば，引用例及び甲１１論文には，発現させたタンパ
ク質Ｆのチャネル伝導度について，以下の趣旨の記載があるものといえる。
ａ引用例
(a)主として観察されたチャネルは，伝導度が小さいものであり，その平均は，
０．３４ｎＳであること。
(b)上記(a)のように主要なチャネルが小さな伝導度を示したことは，ハンコッ
クらの１９８１年論文等の従前のデータと異なること。
(c)伝導度が大きいチャネル（４∼７ｎＳ）は，低頻度でしか観察されなかっ
たこと。
(d)観察された大きなチャネルのうち，約６５％は，４ｎＳよりも大きな伝導
度を有したが，これは，ハンコックらの１９８１年論文における伝導度（５．６ｎ
Ｓ）と同様の大きさであったこと。
ｂ甲１１論文
(a)観察されたチャネルの大多数は，０．６ｎＳ未満の伝導度を示す小さなも
のであり，平均チャネル伝導度は，０．３８ｎＳであったこと。
(b)上記(a)の結果は，ハンコックらの１９８１年論文における平均チャネル伝
導度（５ｎＳ）に反していること。
(c)観察された最大のチャネルの伝導度は，３．４ｎＳであったこと。
(d)１．２ｎＳよりも大きいチャネルは，全体の６．８％の頻度でしか観察さ
れなかったこと。
(e)上記(d)のチャネルのうち，６３％は，１．２∼２．０ｎＳの範囲の伝導度
を示したこと。
(ｳ)そうすると，発現させたタンパク質Ｆのチャネル伝導度に関する引用例の
記載と甲１１論文の記載は，①主として観察されたチャネルは伝導度が小さいもの
であること，②平均チャネル伝導度は０．３４ｎＳ（引用例）又は０．３８ｎＳ
（甲１１論文）であること（両者は，理論上の数値ではなく，実測された数値であ
り，かつ，多数のチャネルに係る平均値であることからすると，両者に有意な差は
ないというべきである。），③伝導度が大きいチャネルは低頻度でしか観察されな
かったこと，④これはハンコックらの１９８１年論文の内容と異なること，という
主要な部分において矛盾しない趣旨のものであるといえる。
他方，伝導度が大きいチャネルについての記載は，引用例においては，その伝導
度は４ないし７ｎＳの範囲に分布し，その約６５％は５．６ｎＳ程度の伝導度を示
したとされているのに対し，甲１１論文においては，１．２ｎＳよりも大きい伝導
度を示すチャネルのうち６３％は１．２ないし２．０ｎＳの範囲に分布し，最大の
伝導度は３．４ｎＳであったとされているが，これらは，上記のとおり低頻度（甲
１１論文によれば，１．２ｎＳより大きい伝導度を示したチャネルは，全体の６．
８％にすぎない。）で観察された例外的な事象に係るものであるし，また，引用例
においては，前記(ｱ)ａ(b)のとおり，これら伝導度の大きいチャネルを観察するた
めに特段の工夫がされているのに対し，甲１１論文においては，伝導度の大きいチ
ャネルの観察方法についての特段の言及がないことをも併せ考慮すると，伝導度が
大きいチャネルに関する記載についての上記差異は，引用例において発現させたタ
ンパク質と甲１１論文において発現させたタンパク質が異なるものであることを根
拠付けるには，不十分であるといわざるを得ない。
なお，甲２４論文は，単一のＯＭＰＦのチャネルが，主として弱伝導性の副次的
高次構造の状態で存在し，わずかの間，完全に開いた状態（伝導度が高い状態）に
切り替わることを見出したものであり，ＯＭＰＦのチャネル伝導度を静的に測定し
たものとはいえないし，「以前に報告されたＯｐｒＦの低い透過性」の原因につい
て合理的な説明をしているものであるから（上記(ｱ)ｃ(a)），引用例の記載と甲２
４論文の記載が矛盾しているということはできない。
(ｴ)原告は，引用例については，前記(ｱ)ａ(b)の「・・・約６５％は，４ｎＳ
よりも大きな（のタンパク質Ｆについて以前に報告された(3)のものP.aeruginosa
と同様の大きさ）単一チャネル伝導度を有した。」との記載を，甲１１論文につい
ては，前記(ｱ)ｂ(b)の「観察されたチャネルの大多数は０．６ｎＳ未満であった。
これらの観察は，精製されたタンパク質Ｆの平均チャネル伝導度が５ｎＳだと報告
されていた従来公開された観察（Benz及びHancock，１９８１年）に反してい
る。」との記載を，甲２４論文については，前記(ｱ)ｃ(c)の「低い伝導度レベル
（Ｌ）が，常に，約１４０∼１５０ｐＡ（０．９３∼１ｎＳ）の振幅の高い伝導low
度レベル（Ｌ）へ強力に変動する・・・。」との記載をそれぞれ抽出して，引用high
例において発現されたタンパク質が，甲１１論文において発現されたタンパク質及
び甲２４論文に記載されたＯＭＰＦと異なる旨主張するが，上記(ｳ)において説示
したところに照らせば，原告の主張は，引用例，甲１１論文及び甲２４論文の各記
載の内容を正解しないものとして，失当であるといわざるを得ない。
(ｵ)小括
以上のとおりであるから，チャネル伝導度についての引用例，甲１１論文及び甲
２４論文の各記載を根拠として，引用例において発現されたタンパク質がＯＭＰＦ
ではない旨をいう原告の主張は，理由がない。
オ引用例の発表後の著者らの態度（取消事由１の(6)）について
原告は，引用例の著者らが後に発表した甲２論文（１９８９（平成元）年６月発
行の「JOURNALOFBACTERIOLOGY」１７１巻６号の３３０４頁から３３０９頁までに
Pseudomonas掲載されたWendyA.Woodruff及びRobertE.W.Hancockによる「
OuterMembraneProteinF:StructuralRoleandRelationshiptotheaeruginosa
OmpAProtein」と題する論文）及び甲１７論文（１９９１（平成Escherichiacoli
３）年１月発行の「JOURNALOFBACTERIOLOGY」１７３巻２号の７６８頁から７７５
頁までに掲載されたWendyWoodruff，RobertE.W.Hancockらによる「Conservation
oftheGeneforOuterMembraneProteinOprFintheFamily:Pseudomonadaceae
SequenceoftheGene」と題する論文）において，ＯＭPseudomonassyringaeoprF
ＰＦのアミノ酸配列等に関する箇所に，引用例が一切引用されておらず，かえって，
本願発明の発明者らによる甲５論文（１９８８（昭和６３）年１月発行の
「JOURNALOFBACTERIOLOGY」１７０巻１号の１５５頁から１６２頁までに掲載され
たMichaelDuchêne，FriedrichLottspeich，Bernd-UlrichvonSpecht，Horst
PseudomonasDomdeyらによる「SequenceandTranscriptionalStartSiteofthe
OuterMembranePorinProteinFGene」と題する論文）が引用されていaeruginosa
るとして，引用例の著者らが，引用例において発現されたタンパク質がＯＭＰＦで
なかったことを自認している旨主張する。
(ｱ)そこでまず，甲２論文及び甲１７論文の記載をみることとする。
ａ甲２論文（１９８８（昭和６３）年１０月３１日原稿受領）には，以下の各
記載がある（なお，甲２論文中の引用文献「(5)」とは，甲５論文であり（甲２論
文原文３３０９頁左欄下から１９∼１５行参照），同「(22)」とは，引用例である
（甲２論文原文３３０９頁右欄下から４行∼末行参照。当該部分に記載された引用
例の表題は，誤記であると認められる。）。）。
(a)「タンパク質Ｆは，ポリンとして機能することが示された(14，16，22)。」（原告から
提出された３種類の抄訳文のうち，「［甲2抄訳］」で始まり「＊（訳注）文献22は引用文献1
（甲8）である。」で終わるもの（以下「甲２抄訳」という。）・１丁下から１７行）
(b)「さらに，遺伝子の近年入手可能な配列(5)は，タンパク質ＦとＯｍｐＡタンパｏｐｒＦ
ク質との間での限定された相同性の領域（これら２個の遺伝子の各々からの３０個のアミノ酸
ストレッチにおける１９個の直接的な一致）を実証した。」（甲２抄訳・１丁下から１４∼１
２行）
(c)「配列比較。公開されたＯｍｐＡ（２）およびタンパク質Ｆ(5)の配列を，プログラムＳ
ＥＱＮＣＥバージョンＰＣ３・・・およびＦＡＳＴ−Ｐアルゴリズムを用いることにより比較
した。」（甲２抄訳・１丁下から９∼６行）
(d)「ItshouldbenotedthatsincethegeneapparentlyconstitutesasinglegeneoprF
transcriptionalunit(5),theeffectsobservedinthisstudywererelatedtothepresence
orabsenceofproteinFratherthan....（遺伝子は，明らかに，単一の遺伝子転写ｏｐｒＦ
単位から構成されるので(5)，この研究において見られた効果は，・・・むしろ，タンパク質
Ｆの存在又は不存在に関連することに注意すべきである。）」（原文３３０５頁右欄２２∼２
６行）
(e)「タンパク質Ｆの，大腸菌ＯｍｐＡタンパク質に対する関係。Ducheneら(5)は，３０ア
ミノ酸のうちの１９アミノ酸が同じく配置されたという点で大腸菌ＯｍｐＡタンパク質の３０
アミノ酸ストレッチに対する相同性を強く示すタンパク質Ｆ配列由来の３０アミP.aeruginosa
ノ酸ストレッチが存在することを実証した。」（甲２抄訳・１丁下から３行∼２丁１行）
(f)「興味深いことに，導入された最も大きな２つのギャップは，タンパク質Ｆの４つのシ
ステイン（これは，ジスルフィド結合を形成する［22］）を含む領域においてであり，そして
ＯｍｐＡの２つのシステイン（これはジスルフィド結合を形成しない）付近の領域においてで
あった。」（甲２抄訳・２丁４∼７行）
(g)「コントロール実験では，我々は，C386（pWW2200）がタンパク質Ｆを，他の遺伝的バッ
クグラウンドにおいて以前に実証された（22；すなわち，タンパク質Ｆが，主な外膜タンパク
質であった）のと等しい量で生じることを実証した。」（甲２抄訳・２丁下から９∼７行）
(h)「タンパク質Ｆは，ポリンであることが示されており(9，16)，そしてそのポリン活性は，
クローン化された遺伝子を含む大腸菌株から精製されたタンパク質Ｆによって発現さｏｐｒＦ
れる(22)。」（甲２抄訳・２丁下から４∼２行）
ｂ甲１７論文（１９９０（平成２）年６月２７日原稿受領）には，以下の各記
載がある（なお，甲１７論文中の引用文献「(12)」とは，甲５論文であり（甲１７
論文原文７７４頁左欄下から１１∼７行参照），同「(39)」とは，引用例である
（甲１７論文原文７７５頁右欄３∼６行参照）。）。
P.syringae(a)「ゲルスライスからの電気溶出の代わりに受動溶出を利用したこと以外は，
ＯｐｒＦタンパク質を，ＯｐｒＦについて以前に記載された(39)とおり，ディP.aeruginosa
ファレンシャル可溶化，ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動，およびゲルスライスからの
溶出により精製した。」（１丁下から１９∼１６行）
(b)「興味深いことに，Ducheneらによって公開された配列(12)は，セロタイプ１２ｏｐｒＦ
単離体から得られ，そしてまた，図１で示す位置での遺伝子内の２つのI部位を特ｏｐｒＦKpn
徴とする。」（１丁下から１１∼９行）
(c)「小さなチャネルが観察され，１００個の記録された事象からの平均単一チャネル伝導
度は，０．２８ｎＳであった（小さなＯｐｒＦチャネルについての０．３５ｎＳの平均単一チ
ャネル伝導度(39)と比較して）。」（１丁下から３行∼末行）
P.syringaeｏｐｒＦP.aeruginosaｏｐｒＦP.aeruginosa(d)「遺伝子と遺伝子との比較。
遺伝子の配列は，Ducheneらによって以前に決定された(12)。そのサイズ（１，０５ｏｐｒＦ
０ｂｐ）は，上記の遺伝子のサイズと類似していた。これらの配列の比P.syringaeｏｐｒＦ
較は，この領域に隣接するアミノ酸配列の特別な特徴の保存が存在するという点で，I部位Sal
が両方の遺伝子において同様に配置されることを示した（特に，２つのジスルフィド結合を形
成する，間隔が近い４つのシステイン残基(16)およびアラニン−プロリンリッチ領域(12)）。
P.syringaeｏｐｒＦP.遺伝子の全体的なＧ＋Ｃ含量は５５．３％であった。これは，
遺伝子についての６０．２％という値(12)よりも低い。」（２丁７∼１５aeruginosaｏｐｒＦ
行）
(e)「ＯｐｒＦのカルボキシ末端側の半分は，ＯｍｐＡタンパク質のP.aeruginosaE.coli
等価な部分に相同性を有することが以前に示されており(4，12，38)，ＯｐｒＦのP.syringae
カルボキシ末端に非常に類似しており，８５％の同一性および１０％の保存的置換を有し
た。」（２丁下から７∼４行）
(f)「の配列（P.a.ＯｐｒＦ）は，参考文献12からのものである。」（３丁６P.aeruginosa
∼７行）
(ｲ)上記(ｱ)の各記載によれば，原告が主張するとおり，引用例の著者らが，引
用例の頒布（１９８６（昭和６１）年８月）後に執筆した甲２論文（１９８８（昭
和６３）年１０月３１日原稿受領）及び甲１７論文（１９９０（平成２）年６月２
７日原稿受領）は，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等に係る文脈において，甲５論文を引
用し，引用例を引用していない。
しかしながら，上記のとおり，甲２論文及び甲１７論文が執筆されたのは，いず
れも，甲５論文の頒布（１９８８（昭和６３）年１月）後であるところ，同論文が，
「ポリンＦは，の主要な外部膜タンパク質の一つである。Pseudomonasaeruginosa
・・・我々は，・・・ポリンＦについての遺伝子を・・・単離し，そのヌクレオチ
P.ド配列を決定した。」との記載（乙１５・１頁下から１６∼１０行）や，
ポリンタンパク質Ｆ遺伝子のヌクレオチド配列を示した図２（アミノ酸aeruginosa
配列も併記されている。原文１５８頁）のとおり，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等を決
定した論文であるのに対し，引用例は，同配列等を決定していない論文であるから，
引用例の著者らが，甲２論文及び甲１７論文の執筆当時，ＯＭＰＦのアミノ酸配列
等に係る文脈において甲５論文を引用したのは，極めて当然のことであるといえる。
(ｳ)原告は，引用例の著者らが，自らもＯＭＰＦ遺伝子の配列決定を行ってい
たものと仮定して，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等に係る文脈における引用例への言及
があるはずである旨の主張をするが，甲２論文及び甲１７論文の執筆当時，引用例
の著者らが，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等を自ら決定していたとの事実を認めるに足
りる証拠はない（なお，原告が指摘する甲１８検索結果は，前記イ(ｱ)ａのとおり，
１９９２年の登録に係るものである。）から，原告の上記主張は，その仮定を誤る
ものとして失当である。
(ｴ)小括
以上のとおりであるから，甲２論文及び甲１７論文における甲５論文の引用等を
根拠として，引用例の著者らが，引用例において発現されたタンパク質がＯＭＰＦ
でなかったことを自認している旨をいう原告の主張は，理由がない。
カＯＭＰＦの大腸菌に対する毒性（取消事由１の(7)）について
原告は，引用例においては，高コピーベクター（pUC8及びpUC9）が用いられてい
るところ，高コピーベクターを用いてＯＭＰＦ遺伝子又はその断片を大腸菌等の宿
主細胞に導入した場合，それらの遺伝子生成物（ＯＭＰＦ）の毒性のため，宿主細
胞が死滅したはずであるから，引用例に記載された方法ではＯＭＰＦを発現させる
ことはできず，したがって，引用例において発現されたタンパク質はＯＭＰＦでは
ない旨主張する。
(ｱ)そこで，引用例におけるpUC8又はpUC9（これらが高コピーベクターである
ことについては，当事者間に争いがない。）を用いたＤＮＡのクローニング又はサ
ブクローニングについてみるに，引用例には，前記(2)ア(ｲ)ｂ及びｃ並びに前記ア
(ｲ)ａ(a)のとおりの各記載に加え，前記ア(ｲ)ａのとおりの図４及びその脚注の記
載があり，これらによれば，引用例において，pWW5については，pUC8を用いてサブ
クローニングされたものであるが，その余のプラスミドpHN4（ベクター：pLAFR1），
pWW1（同），pWW4（ベクター：pCP13）及びpWW13（ベクター：pLAFR1）については，
高コピーベクターを用いてクローニング又はサブクローニングされたものではない
と認められる。
(ｲ)そうすると，引用例において発現されたタンパク質又は短縮型タンパク質
のうち，少なくとも，ＤＮＡ全長を含むプラスミドpHN4及びpWW13並びにＤＮＡ断
片であるプラスミドpWW1及びpWW4により発現されたものについては，いずれも，原
告が主張するような毒性の問題は生じないといえるから，当該毒性の存在を根拠と
して，引用例において発現されたタンパク質がＯＭＰＦでない旨をいう原告の主張
は，その前提を欠くものとして失当である。
キ私的鑑定意見等（取消事由１の(8)）について
原告は，長田意見書及び甲１１論文を根拠に，引用例において発現されたタンパ
ク質は“hypotheticalprotein”又は混入されたタンパク質であるなどと主張する
ので，以下，検討する。
(ｱ)長田意見書について
ａ長田意見書には，以下の各記載がある（なお，略称を本判決が指定したもの
に改めた部分がある。）。
(a)「第３結論
結論として，引用例において単離された遺伝子が何であるかについては，引用例には単離さ
れた遺伝子の核酸配列・アミノ酸配列が記載されていないため，不明です。引用例において単
離された遺伝子がＯＭＰＦ遺伝子とは異なる遺伝子である可能性が，あります。」（２頁８∼
１２行）
(b)「２．引用例に記載されるクローニングした遺伝子の同定法の基準を満たす他の遺伝子
引用例でクローニングされた遺伝子が，ＯＭＰＦ遺伝子以外にあり得ないのか否かについて
考察するために，引用例と同様のクローニング遺伝子の同定法の基準，すなわち，
①ＳＤＳゲル電気泳動での挙動，
②複数のモノクローナル抗体との反応性，
③熱変更性タンパク質としての挙動，および，
④ポリンとしての特性，
に関して，ＯＭＰＦ遺伝子と同様の特性を有するタンパク質をコードする遺伝子であって，こ
れらの基準を満たす可能性があり，かつ，ＯＭＰＦ遺伝子とは異なる遺伝子がP.aeruginosaゲ
ノム中に存在するか否かについて検討しました。
ＯＭＰＦ遺伝子と類似した構造を有する遺伝子は，ＯＭＰＦ遺伝子と同様にポリン活性を持
つことが予想されるので，最初に，P.aeruginosaPAO1株のゲノム配列中でＯＭＰＦ遺伝子と
相同性を有する遺伝子をサーチしました。」（３頁８行∼下から２行）
(c)「次に，サーチでヒットした候補遺伝子の中から，引用例で使用されたモノクローナル
抗体と反応する可能性のある遺伝子を選択しました。
引用例でスクリーニングに使用されたモノクローナル抗体は，MA4-4とMA5-8と呼ばれるもの
です。・・・MA4-4はコンフォメーショナルエピトープに結合し（コンフォメーショナルエピ
トープを認識する抗体とは，立体構造のエピトープを認識する抗体をいいます。），MA5-8は
直鎖状のエピトープに結合します（直鎖状のエピトープを認識する抗体とは，タンパク質のあ
る特定のアミノ酸配列を認識する抗体をいいます。）。MA5-8が認識するエピトープのアミノ
酸配列として，“ＴＡＥＧＲＡＩＮ”あるいは“ＮＡＴＡＥＧＲＡ”が記載されています。
ＯＭＰＦ遺伝子と相同性を有する遺伝子として上記の・・・サーチでヒットした遺伝子中，
P.aeruginosaPAO1株ゲノム核酸配列の９５０４８∼９６３９７に位置する遺伝子にコードさ
れる“hypotheticalprotein”，および，１５９１２８６∼１５９２１７６に位置する遺伝子
にコードされる“ＭｏｔＤ”は，アミノ酸配列“ＮＡＳＡＥＧＲＡ”を含んでいました。」
（４頁６行∼下から６行）
(d)「エピトープ内で，アミノ酸であるセリン“Ｓ”とスレオニン“Ｔ”との置換のような
保存的置換が１つだけ生じたに過ぎない場合には，なお抗体との反応性が維持されることが周
知です・・・。そのため，この“hypotheticalprotein”および“ＭｏｔＤ”をコードする遺
伝子はともに，MA5-8と反応性を有するタンパク質をコードすると考えられます。
引用例で使用されたもう一つのモノクローナル抗体であるMA4-4は，MA5-8とは異なり，コン
フォメーショナルエピトープ（立体構造のエピトープ）を認識するため，アミノ酸配列によっ
てエピトープを同定することはできません。しかし，MA4-4は，２つのシステイン残基に挟ま
れた１３残基のループ近傍に結合します。一方，この“hypotheticalprotein”も，２つのシ
ステイン残基に挟まれた１６残基のループを有することから，“hypotheticalprotein”は
MA4-4によって認識されるアミノ酸の立体構造（またはそれに類似した立体構造）を有し，
MA5-8の場合と同様に，MA4-4とも結合する可能性があります。
従って，この“hypotheticalprotein”は，P.aeruginosaのＯＭＰＦタンパク質と反応する
複数のモノクローナル抗体（MA5-8およびMA4-4）と反応する可能性があります。（前記②の基
準）
また，この“hypotheticalprotein”は，４４９アミノ酸残基からなりますが，ＯＭＰＦタ
ンパク質と同様にシグナル配列が切断された結果，ＳＤＳゲル電気泳動においてＯＭＰＦタン
パク質と同様の挙動をする可能性があります。（前記①の基準）
さらに，“hypotheticalprotein”中の３つのシステイン残基は，ジスルフィド結合を形成
し得ることから，この“hypotheticalprotein”は，２−メルカプトエタノール存在下で加熱
してＳＤＳ電気泳動を行った場合，移動度が変化する可能性が認められます。従って，この
“hypotheticalprotein”は，ＯＭＰＦタンパク質と同様に，熱変更性タンパク質としての挙
動を示す可能性があります。（前記③の基準）
加えて，ポリン活性を有するＯＭＰＦタンパク質のカルボキシル末端側は，ポリン活性を有
するＯｍｐＡタンパク質のカルボキシル末端側と相同性を有しますが・・・，この“hypothetical
protein”もまた，ＯＭＰＦタンパク質のカルボキシル末端側と相同性を有することから，ポ
リン活性を持つ可能性があります。（前記④の基準）」（５頁２行∼６頁９行）
(e)「３．まとめ
以上を考慮すると，引用例では，前記①ＳＤＳゲル電気泳動での挙動，②複数のモノクロー
ナル抗体との反応性，③熱変更性タンパク質としての挙動，および，④ポリンとしての特性と
いう４つの基準を指標としてクローニングした遺伝子を同定していますが，上記の“hypothetical
protein”もこれら①ないし④の基準を満たす可能性があります。そうすると，これらの基準
からでは，引用例でクローニングされた遺伝子がＯＭＰＦ遺伝子であるとは断定できず，実際
には，上記の“hypotheticalprotein”がクローニングされた可能性もあります。」（６頁１
０∼１７行）
ｂ長田意見書の上記記載は，要するに，“hypotheticalprotein”が，(a)そ
の遺伝子がＯＭＰＦ遺伝子と類似した構造を有すること及びそのカルボキシル末端
側がＯＭＰＦのそれと相同性を有することから，ＯＭＰＦと同様にポリン活性を持
つ可能性があること，(b)モノクローナル抗体MA5-8が認識するエピトープのアミノ
酸配列と１箇所においてのみ保存的置換が生じたアミノ酸配列を有することから，
同モノクローナル抗体と反応すると考えられること，(c)モノクローナル抗体MA4-4
が認識する立体構造のエピトープ（２つのシステイン残基に挟まれた１３残基のル
ープ近傍）と同一又は類似の立体構造のエピトープを有する（２つのシステイン残
基に挟まれた１６残基のループを有する。）ことから，同モノクローナル抗体と反
応する可能性があること，(d)４４９アミノ酸残基から成るものの，シグナル配列
が切断される結果，ＳＤＳゲル電気泳動においてＯＭＰＦと同様の挙動をする可能
性があること，(e)その３つのシステイン残基がジスルフィド結合を形成し得るこ
とから，熱変更性タンパク質としての挙動を示す可能性があること，を理由に，
“hypotheticalprotein”が，引用例において発現されたタンパク質であった可能
性もあるというものである。
しかしながら，長田意見書は，“hypotheticalprotein”が，ポリン活性を有す
ること，モノクローナル抗体MA4-4と反応すること，ＳＤＳゲル電気泳動において
ＯＭＰＦと同様の挙動を示すこと，熱変更性タンパク質としての挙動を示すことに
ついて，いずれも，その可能性を述べているものにすぎないし，ポリン活性及び熱
変更性タンパク質としての挙動に至っては，単に，「『同活性を持つ』可能性があ
る」，「『同挙動を示す』可能性がある」などと述べるのみで，同活性及び同挙動
の程度又は態様がＯＭＰＦと同様のものであるとは述べていない。また，長田意見
書の記載は，何ら実験において確認されたものではない。
そうすると，長田意見書の記載は，単に，机上において可能性や推測を幾重にも
重ねた結果として，“hypotheticalprotein”が引用例において発現されたタンパ
ク質であった可能性もある旨述べるにとどまるものであるから，その「可能性」は，
極めて小さいものと認めざるを得ず，引用例において発現されたタンパク質がＯＭ
ＰＦであったか否かを検討するに当たって，そのような“hypotheticalprotein”
の存在を考慮することは合理性を欠くものである。
ｃしたがって，長田意見書にいう“hypotheticalprotein”の存在を前提とす
る原告の主張は，すべて，その前提を欠くものとして，失当である。
(ｲ)甲１１論文について
ａ甲１１論文には，以下の記載がある（なお，前記エ(ｱ)ｂのとおり，甲１１
論文中の引用文献「Benz及びHancock，１９８１年」とは，ハンコックらの１９８
１年論文であり，同「Woodruffら，１９８６年」とは，引用例である。）。
(a)「蓄積しつつある証拠によって，人工膜システムにおいて観察された主要な小さなチャ
ンネルがタンパク質Ｆチャンネルの実際のサイズを示すということが，支持されている。
TritonX-100中でのゲル分子ふるいによって精製されたタンパク質Ｆの初期の調製物中にのみ
一貫して観察された大きなチャンネル（R.E.W.Hancock，私信）は，外膜中に非常に少量存
在する，混入したポリンを示すのであろう・・・。あるいは，黒脂質二分子層において増加す
る大きな伝導度の観察は，タンパク質の凝集の結果，または，複数のポリン分子が同時に進入
した結果である可能性がある・・・。前者の仮説が，以下の理由により，より魅力的である。
第一に，元の研究において使用されたタンパク質Ｆの調製物は，他の外膜タンパク質を少量
（ＳＤＳ−ＰＡＧＥで可視可能）混入していることが公知である。」（甲１１追加抄訳・１丁
下から１１行∼末行）
(b)「(Hancock,1979;Benz&Hancock,1981).Suchcontaminationwaslesslikelyetal.
inlaterpreparationsduetoachangeinpurificationmethodologyandtheisolationof
clonedproteinFfrom(Woodruff,1986).（（Hancockら，１９７９年；Benz及E.colietal.
びHancock，１９８１年）。そのような混入は，精製方法論の変更及びクローニングされたタ
ンパク質Ｆの単離を大腸菌から行うこと（Woodruffら，１９８６年）により，その後の調製物
においてはあまり生じなかった。）」（原文７８頁６∼９行）
ｂ甲１１論文の上記記載は，要するに，従前の研究においては，ＯＭＰＦでは
ない外膜タンパク質が少量混入していたが，引用例における工夫等により，そのよ
うなことはあまり生じなくなったというものであり，原告が主張するように，引用
例においてＯＭＰＦとは異なるタンパク質が混入したことを認めるものではない。
ｃしたがって，引用例においてＯＭＰＦとは異なるタンパク質が混入したこと
を前提とする原告の主張は，甲１１論文の記載内容を正解しないものとして，すべ
て失当である。
(ｳ)原告は，「本件優先日前の当業者は，引用例におけるのと同様のクローニ
ング法を用いた場合には，目的の遺伝子とは異なる遺伝子をクローニングする可能
性があることを認識しており，甲３１論文，後記乙２論文，後記乙４論文及び後記
乙５論文に記載されるように，クローニングした遺伝子が目的のタンパク質をコー
ドするものであるか否かを確認するため，目的のタンパク質の部分アミノ酸配列と，
クローニングした遺伝子がコードするアミノ酸配列とを比較していたものであ
る。」と主張する。
しかしながら，原告が援用する各学術論文において，原告が主張するような配列
比較の方法がとられていたとしても，前記ウのとおり，引用例に記載された研究が
行われていた当時，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等は研究者らに明らかとなっていなか
ったのであるから，引用例におけるタンパク質の同定において，配列比較の方法が
用いられていないのは，何ら不合理なことではない。
仮に，原告の上記主張が，引用例におけるタンパク質の同定方法についての疑義
をいう趣旨であるとしても，前記(2)のとおり，理由がない。
(ｴ)小括
以上のとおりであるから，引用例において発現されたタンパク質が“hypothetical
protein”又は混入されたタンパク質であるなどとする原告の主張を採用すること
はできない。
(4)取消事由１についての結論
前記(1)のとおり，引用例において発現されたタンパク質がのPAO1P.aeruginosa
株に由来するＯＭＰＦであったことは，優にこれを認めることができるところ，前
記(2)及び(3)のとおり，これに対する原告の各主張は，いずれも，上記認定を左右
するに足りるものではないから，結局，取消事由１は理由がない。
２取消事由２（本件優先日前における技術的事項の認定の誤り）について
原告は，本件知見についての審決の認定が誤りであると主張するので，以下，検
討する。
(1)問題の所在
は，科属に属する種の１つであって，P.aeruginosaPseudomonadaceaePseudomonas
その血清型（セロタイプ）により，更に分類されるものである。
また，の菌株とは，の具体的な個体の細胞（親細胞。P.aeruginosaP.aeruginosa
臨床的に採取されるのが通常である。）から分化した子孫であり，変異等がない限
り，親細胞と同じ遺伝形質を備えている。の菌株は，１９８２年８P.aeruginosa
月に頒布された後記甲９論文によれば，当時既に３０００種類以上存在するとされ
ているところ（１丁５∼７行），引用例において用いられた菌株は，セロタイプ５
に属するPAO1株であり，本願発明において用いられた菌株は，セロタイプ６に属す
るATCC33354株である（引用例４７４頁右欄末行∼４７５頁左欄１行，本願明細書
段落【００１５】，乙１１論文（１９８７（昭和６２）年５月発行の「INFECTION
ANDIMMUNITY」５５巻５号の１０５１頁から１０５７頁までに掲載されたJosephS.
Lamらによる「ProductionandCharacterizationofMonoclonalAntibodiesagainst
SerotypeStrainsof」と題する論文）１頁下から７∼５Pseudomonasaeruginosa
行）。
取消事由２においては，本件優先日当時の当業者において，といP.aeruginosa
う同種の細菌の菌株ではあるものの，セロタイプ及び菌株の種類が異なるPAO1株と
ATCC33354株につき，これらに係るＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列の相同性が極めて
高いものであると予測することができたか否か（本件優先日当時の当業者が本件知
見を有していたか否か）が問題となる。
(2)の外部膜タンパク質の相同性（保存性）に関連する学術論文P.aeruginosa
について
ア乙９論文（１９７９（昭和５４）年発行の「J.Biochem.」８６巻の９７９
頁から９８９頁までに掲載されたMakotoKageyamaらによる「Isolationand
PseudomonasaeruginosaCharacterizationofMajorOuterMembraneProteinsof
StrainPAOwithSpecialReferencetoPeptidoglycan-AssociatedProtein」と題す
る論文）には，以下の各記載がある（なお，乙９論文中の引用文献「(6)」とは，M.
Kageyamaらによる１９７８（昭和５３）年頒布の論文である（乙９論文原文９８９
頁右欄１２∼１３行参照）。）。
(ｱ)「のPAO株の外部膜には，６つの主要なタンパク質（タンパク質Pseudomonasaeruginosa
Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈ及びＩ）が含まれる。」（乙９・１頁下から１８∼１７行）
(ｲ)「タンパク質Ｆ及びＨの精製がなされた。他の３つの主要外部膜タンパク質であるＤ，
Ｅ及びＩもまた単離され，特徴づけられた。これらのアミノ酸成分が決定された。」（乙９・
１頁下から１４∼１２行）
(ｳ)「我々は，の外部膜が，少なくとも６つの主要なタンパク質（タンパク質P.aeruginosa
Ｄ−Ｉ）からなることを見出した(6)。」（乙９・１頁下から４∼３行）
イ甲１５論文（１９８３（昭和５８）年１２月頒布）には，以下の各記載があ
る。
(ｱ)「のポリンタンパク質Ｆに対する高度に特異的なモノクローナルPseudomonasaeruginosa
抗体を分泌するハイブリドーマが単離された。これらの抗体は，の１７のセロタP.aeruginosa
イプで代表される株から単離された外部膜中のタンパク質Ｆ及び嚢胞性線維症の患者由来の他
の１５の臨床単離体から単離された外部膜中のタンパク質Ｆと相互作用した。」（乙１０・１
頁下から１７∼１４行）
(ｲ)「我々は，以前，国際抗原性分類スキーム(19)の１７ののセロタイプ株にP.aeruginosa
ついて，ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動のタンパク質のパターンと，部分的に精製さ
れたタンパク質及び全膜タンパク質に対するウサギ血清によるこれらのセロタイプにおける主
要な外部膜タンパク質の交差反応性により，これらのセロタイプ株間で，いくつかの主要な外
部膜ポリペプチドが保存されていることを示した(20)。さらに，これらのセロタイプ株におけ
るタンパク質特異的なファージに対するレセプターに保存性があるという発見は，これらの保
存されたタンパク質のいくつかは，表面に曝されていることを示唆した(18)。」（乙１０・１
頁下から１２∼５行）
(ｳ)「モノクローナル抗体の特異性，並びに，セロタイプに分けられた株からの外部膜及び
嚢胞性線維症の単離体からの外部膜との相互反応P.aeruginosa
タンパク質Ｆに特異的なモノクローナル抗体が，の１７のセロタイプ株の外部P.aeruginosa
膜及び嚢胞性線維症の患者由来の１６の臨床単離体の外部膜との結合性が，ＥＬＩＳＡによっ
てテストされた。表２に，MA4-4及びMA2-10についての結果を示す。反応性は株やモノクロー
P.ナル抗体によって変化したが，これらのモノクローナル抗体は，テストされたすべての
株の外部膜と反応した。このように，タンパク質Ｆに対するこれらのモノクローナaeruginosa
ル抗体によって認識される抗原部位は，明らかにこれらの株間で共通している。P.aeruginosa
このことは，すべてのタンパク質Ｆ特異的モノクローナル抗体について，のセP.aeruginosa
ロタイプに分けられた株由来の外部膜タンパク質を分離した電気泳動ブロットとの相互反応に
よって確認された（図１）。」（乙１０・１頁下から３行∼２頁９行）
(ｴ)「図１．モノクローナル抗体MA5-8で処理後ののセロタイプに分けられた株P.aeruginosa
の外部膜のウェスタン電気泳動ブロット。ブロットは，ＳＤＳポリアクリルアミドゲルからニ
トロセルロース紙へ，分離された外部膜タンパク質を電気泳動移動することにより得られ
た。」（乙１０・２頁１１∼１４行）
(ｵ)「Outermembranesamplesare:lane1,serotype17;lane2,serotype16;lane3,
serotype15;lane4,serotype14;lane5,serotype13;lane6,serotype12;lane7,
serotype11;lane8,serotype10;lane9,purifiedproteinF;lane10,serotype9;lane11,
serotype8;lane12,serotype7;lane13,serotype6;lane14,serotype5;lane15,
serotype4;lane16,serotype3;lane17,serotype2;lane18,serotype1;lane19,
wild-typeH103.（外部膜のサンプルは次のとおりである。レーン１，セロタイプ１７；レーン
２，セロタイプ１６；レーン３，セロタイプ１５，レーン４，セロタイプ１４，レーン５，セ
ロタイプ１３；レーン６，セロタイプ１２；レーン７，セロタイプ１１；レーン８，セロタイ
プ１０；レーン９，精製されたタンパク質Ｆ；レーン１０，セロタイプ９；レーン１１，セロ
タイプ８；レーン１２，セロタイプ７；レーン１３，セロタイプ６；レーン１４，セロタイプ
５；レーン１５，セロタイプ４；レーン１６，セロタイプ３；レーン１７，セロタイプ２；レ
ーン１８，セロタイプ１；レーン１９，野生型H103。）」（原文１０３０頁左欄図１脚注１１
∼１９行）
また，図１には，レーン１ないし１９のすべてにつき，ほぼ同様の位置にバンド
が出現している様子が示されている。
ウなお，本件優先日後（１９９１（平成３）年１月）に頒布されたものではあ
るが，甲１７論文には，次の記載がある。
「Thegenewasmappedinseveralstrains....Comparisonsof...oprFP.aeruginosa
wild-typestrainH103(thesourceoftheclonedgene)with17typestrainsofthe
InternationalAntigenTypingSchemerevealedextensiveconservationoftherestriction
mapwithin1kbofthegene;onlyasinglestrain,theserotype12typestrain,hadanoprF
alteredmapforI....（数種の株において，・・・遺伝子がマッピKpnP.aeruginosaｏｐｒＦ
ングされた。・・・野生型の株H103（クローニングされた遺伝子の供給源である。）と，国際
抗原性分類スキームにおける１７タイプの株とを比較すると，１ｋｂ以内の遺伝子のｏｐｒＦ
制限酵素地図において，広範囲にわたる保存性が明らかとなった。唯一，セロタイプ１２の株
のみが，Iについて異なる制限酵素地図を示した・・・。）」（原文７７０頁左欄下から２Kpn
４∼１５行）
(3)ＯＭＰＦの機能について
ＯＭＰＦはポリンとして機能するタンパク質である。ポリンは，透過膜チャネル
（pore）を形成し，水，イオン等を通過させ，細胞内の浸透圧の調製等を行う機能
を有する（以上の事実は，当事者間に争いがないか，弁論の全趣旨によって認めら
れる。）。そして，前記１(3)エ(ｱ)のとおり，本件優先日前に，ＯＭＰＦのチャネ
ル伝導度の測定を試みた各種学術論文（ハンコックらの１９８１年論文，引用例
等）が存在したことなどに照らすと，ＯＭＰＦが上記機能を有することについては，
本件優先日前において，既に当業者が認識していたものと認められる。
(4)そこで検討するに，一般に，同一の種に属する細菌のタンパク質のうち，
少なくとも，当該細菌の生存にとって重要なタンパク質については，それをコード
するＤＮＡの配列は，菌株，すなわち，個体が異なっても，それほど大きく異なる
ことはなく，むしろ，極めて高い相同性を有するものと認識するのが通常であると
考えられる。
そして，上記(2)ア及び(3)によれば，ＯＭＰＦは，の生存においP.aeruginosa
て，極めて重要なタンパク質であるといえるし，また，上記(2)イのとおり，甲１
５論文の記載及び図示によれば，の１７のセロタイプに属する各株P.aeruginosa
のＯＭＰＦが，ＯＭＰＦ特異的モノクローナル抗体MA4-4及びMA2-10と反応するエ
ピトープを有し，ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動等においても，当該１７
のセロタイプに属する各株間において，いくつかの主要な外部膜ポリペプチドが保
存されることが示され，さらには，モノクローナル抗体MA5-8で処理した後の電気
泳動の結果は，１７のセロタイプに属する各株のＯＭＰＦについて，ほぼ同様の挙
P.動が示されたというのであるから，本件優先日当時の当業者は，同一の種（
）に属するPAO1株とATCC33354株が，そのＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列aeruginosa
において，極めて高い相同性を有することを予測することができたものと認めるの
が相当である。
したがって，本件優先日当時の当業者は，少なくとも，本件知見中，PAO1株と
ATCC33354株との相同性に係る部分について，その認識を有していたものと認めら
れる（なお，上記(2)ウのとおりの甲１７論文の記載によれば，のセP.aeruginosa
ロタイプ５及び６に属する株に係る遺伝子の１ｋｂ以内のＤＮＡ配列につき，本件
優先日当時においても，客観的には，広範囲にわたる相同性が存在していたものと
いえる。）。
(5)アこれに対し，原告は，ＯＭＰＦはの生存にとって不可欠なP.aeruginosa
タンパク質ではないと主張する。
(ｱ)すなわち，原告は，菌株によっては，ポリンチャネルが複数個存在するも
P.のもあると主張するが，そのことにより，ポリンとして機能するＯＭＰＦが
の生存にとって極めて重要なタンパク質であることが否定されるものでaeruginosa
はない。
P.aeruginosa(ｲ)また，原告は，大腸菌につきポリン不全株であるJF733が，
につきタンパク質Ｆを欠失する株であるH283が，それぞれ存在すると主張する。
しかしながら，上記(3)のとおりのポリンの機能に照らせば，これらの株が，そ
のような欠陥のない株と比較して，その生存能力において劣ることは，容易に認め
られるところであり，本件優先日当時の当業者も，そのように認識していたものと
認めるのが相当であるから，原告の上記主張は，ポリンとして機能するＯＭＰＦが
の生存にとって極めて重要なタンパク質であることを何ら否定するP.aeruginosa
ものではない（なお，本件優先日後に頒布されたものではあるが，甲２論文（１９
８９（平成元）年６月頒布）には，「の外部膜タンパク質Ｆ欠損−P.aeruginosa
Ω挿入変異体株H636は，タンパク質Ｆが十分な親株H103と比べて，プロテオースペ
プトンが追加されていないno.2培養液・・・で成長することができなかった。高濃
度のＮａＣｌ，ＫＣｌ，グルコース，スクロース又はコハク酸カリウムの追加によ
り，H636株は，親株のH103に近い割合で成長することができた。H636株細胞は，同
じ培地で同じ割合で成長させた親株よりも，３３％短く，断面積が４６％小さかっ
た。」との記載（乙１９・１頁下から７∼２行）が，甲３０文献（２００２（平成
１４）年１０月１５日発行の大島泰郎外３名編「ポストシークエンスタンパク質実
験法２試料調整法」第１版の９７頁から１０４頁まで）には，「細胞は細胞膜を
始めとして種々の膜構造をもっている。それらのほとんどは半透性の脂質二重層で
構成されており，種々のチャネルやポンプ機能をもった膜タンパク質が組込まれて
いる。これらの膜タンパク質のほとんどは生命の維持に不可欠な機能をもっている
・・・。」との記載（９７頁８∼１２行）がそれぞれあることからすると，ＯＭＰ
Ｆは，客観的に，の生存にとって極めて重要なタンパク質であるとP.aeruginosa
いえる。）。
(ｳ)そうすると，ＯＭＰＦがの生存にとって不可欠なものではなP.aeruginosa
いとの原告の上記主張は，少なくとも，ＯＭＰＦがの生存にとってP.aeruginosa
極めて重要なタンパク質であることを否定する限度において，失当である。
イまた，原告は，モノクローナル抗体に反応することは，単に，同一又は類似
P.のエピトープが存在することを示すにすぎないから，そのことは，菌株が異なる
のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列における保存性を根拠付けるものではなaeruginosa
いと主張する。
確かに，モノクローナル抗体に対する反応のみを取り上げれば，甲１５論文の記
載中，前記(2)イ(ｱ)及び(ｳ)に摘記した部分は，の１７のセロタイプP.aeruginosa
に属する各株のＯＭＰＦが当該モノクローナル抗体に反応するエピトープを有して
いることを示すにすぎないが，そのことは，菌株が異なるのＯＭＰP.aeruginosa
Ｆ遺伝子のＤＮＡ配列における相同性を肯定する方向に働くことはあっても，否定
する方向に働くことはないものであるし，前記(4)の認定は，モノクローナル抗体
に対する反応のみを理由にするものではないから，原告の上記主張は，前記(4)の
認定を覆すに足りるものではない。
(6)原告は，上記(5)のほか，種々の根拠を挙げて，本件優先日当時の当業者が
本件知見を有していなかった旨主張するので，以下，順次検討する。
ア原告は，甲９論文（１９８２（昭和５７）年８月発行の「JOURNALOFBACTERIOLOGY」
１５１巻２号の５６９頁から５７９頁までに掲載されたB.W.Hollowayらによる「A
ChromosomallyLocatedTransposonin」と題する論文）をPseudomonasaeruginosa
P.aeruginosa根拠に，本件優先日当時に存在した少なくとも３０００種類以上の
の株間で，病原性，薬剤抵抗性等の性質が異なることが常識であった旨主張する。
確かに，甲９論文には，「著者らは，臨床的供給源から単離された３０００株を
超えるを，抗生物質耐性のパターンについて試験し，このPseudomonasaeruginosa
ような耐性の遺伝的基礎を決定した。これらの株の約１％において，伝染性プラス
ミドが立証された・・・。さらに，８０％を超える株が多剤耐性を有したが，耐性
の接合伝達は検出できなかった。このような非伝達性耐性に関する２つの最もあり
そうな説明は，移動欠損プラスミドまたは染色体上に位置した耐性決定子であった。
いくつかの異なる病院から得た非伝達性耐性を有する株は，カルベニシリン・・・，
ストレプトマイシン・・・，スペクチノマイシン・・・，スルファニルアミド・・
・，および水銀・・・の耐性について共通の耐性パターンを有することが見出され
た。このような株を試験して，これらの株がトランスポゾンを有することを示した。
このトランスポゾン・・・は，カルベニシリン，ストレプトマイシン，スペクチノ
マイシン，およびスルファニルアミドの耐性をコードし，これらの臨床株の染色体
上に位置する。」との記載（１丁５∼末行）がある。
しかしながら，甲９論文は，薬剤耐性を決定付けるものがＯＭＰＦ遺伝子のＤＮ
Ａ配列であると論ずるものではないから（むしろ，トランスポゾン（染色体間を移
動する遺伝子単位）の果たす機能について論ずるものである。），同論文の上記記
載は，のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列が菌株ごとに異なることを何P.aeruginosa
ら根拠付けるものではない。
イ原告は，甲１０論文（１９８６（昭和６１）年発行の「Ann.Rev.Microbiol.」
４０巻の７９頁から１０５頁までに掲載されたB.W.Hollowayらによる「GENOME
ORGANIZATIONIN」と題する論文）を根拠に，緑膿菌が染色体の再構成PSEUDOMONAS
すらも行うことが知られていたと主張する。
確かに，甲１０論文には，「属の染色体は，さらなる機能および可Pseudomonas
変性を獲得し得るという物理的証拠および遺伝的証拠が増加してきている。」との
記載（１丁１４∼１６行）がある。
しかしながら，染色体が再構成を行うことは，一般に知られていた事象であると
ころ，甲１０論文の上記記載は，属の１つの種であるをPseudomonasP.aeruginosa
構成する１つのタンパク質であるＯＭＰＦについて，その遺伝子が特に変異しやす
いことまで論ずるものではないから，原告の上記主張は，のＯＭＰP.aeruginosa
Ｆ遺伝子のＤＮＡ配列が菌株ごとに異なることを根拠付けるに足りるものではない。
ウ原告は，甲２７論文（「TheAmericanJournalofMedicine」１９８４（昭和
５９）年７月３１日号の１１頁から２３頁までに掲載されたHaroldC.Neuによる
「ChangingMechanismsofBacterialResistance」と題する論文）を根拠に，細菌
がポリンの変化を誘導することにより薬剤耐性を獲得することが周知の事項であっ
たと主張する。
(ｱ)確かに，甲２７論文には，次の記載がある（なお，甲２７論文中の「β−
ラクタム」とは，ペニシリン等，β−ラクタム構造を有する抗生物質である。）。
「図２は，β−ラクタムが細菌の壁を通過してペリプラズム空間内に入る場合に，何が起こ
るかを示す。理想的反応は，最も右側の，ペニシリン結合タンパク質への迅速な結合および細
胞溶解である。・・・細胞溶解は，ペリプラズムのβ−ラクタマーゼ（特に，この酵素がβ−
ラクタムによって誘導された場合）を放出させ，そして放出された酵素は，残りの薬物を破壊
し，細菌の増殖を可能にする。別の可能性においては，誘導された酵素は，β−ラクタムが細
胞壁を通過するときにそれと結合し，そしてポリンの変化を誘導することにより，ペニシリン
結合タンパク質において少量の薬物を結合させ，したがって増殖は，ゆっくりした速度である
が，進行する。このβ−ラクタマーゼ誘導の後者の機序・・・は，第３世代のセファロスポリ
ンおよび第４世代のペニシリンに抵抗するために，エンテロバクター種，Citrobacter
freundii，およびP.aeruginosaにおいて発達した，新たな耐性の機序である。幸いなことに，
この耐性の形態は，まだ一般的でなく，複合感染を有する患者が多くの新型抗生物質で処置さ
れているセンターに限られているように見える。」（１丁１１∼末行）
また，図２には，外部β−ラクタムが，壁の孔からペリプラズム空間に入り，４
つの場合の１つとして，ポリン変化を誘導し，ゆっくりした増殖を導くとの機序が
示されている（２丁の図部分）。
(ｲ)しかしながら，上記の記載及び図示は，そこにいう「ポリンの変化」が，
ポリン（タンパク質）の遺伝子の変異であると論じるものではなく，単に，ポリン
のタンパク質としての二次構造，機能等の変化をいうにすぎないものと理解される
から，甲２７論文の上記の記載及び図示は，のＯＭＰＦ遺伝子のＤP.aeruginosa
ＮＡ配列が菌株ごとに異なることを根拠付けるに足りるものではない。
エ原告は，甲１５論文（１９８３（昭和５８）年１２月頒布）を根拠に，引用
例の著者の１人であるHancockが，その作成に係るモノクローナル抗体が種々のタ
ンパク質Ｆと異なる反応性を有することの原因がアミノ酸配列の変化である可能性
を認めていると主張する。
(ｱ)確かに，甲１５論文には，「我々は，タンパク質Ｆ特異的モノクローナル
抗体と，異なる株由来のタンパク質Ｆとの相互作用の差異を観察しP.aeruginosa
た。この結果は，種々の膜中のタンパク質Ｆの量の差異，または，モノクローナル
抗体によって認識される抗原性部位の変化のいずれかによって生じる，異なる抗体
−抗原親和性に起因する可能性がある。」との記載（甲１５抄訳・３丁下から４行
∼末行）がある。
(ｲ)しかしながら，同論文には，前記(2)イのとおりの各記載及び図示もみられ
るところであって，上記記載をこれらの記載及び図示と併せて考慮すると，甲１５
論文は，「ＯＭＰＦ特異的モノクローナル抗体は，の１７のセロタP.aeruginosa
イプに属する各株のＯＭＰＦと反応した。また，同モノクローナル抗体によって認
識される抗原部位は，これらの株間において共通していた。しかしP.aeruginosa
ながら，その反応性（反応の程度）は，株の種類や，抗体の種類によって差異があ
った。この差異は，①ＯＭＰＦの量の差異又は②モノクローナル抗体によって認識
される抗原部位の変化のいずれかに起因する可能性がある。」旨論じているものと
理解される。
(ｳ)そして，上記「差異」の原因のうち，①については，もとより，ＯＭＰＦ
のアミノ酸配列とは無関係のものであるし，他方，②については，「モノクローナ
ル抗体によって認識される抗原部位の変化（『thealterationoftheantigenic
siterecognizedbythemonoclonalantibody』（原文１０３２頁左欄下から３２∼
３１行））」が，抗体側に起因する事象をいうのか，抗原側に起因する事象をいう
のか判然とせず，また，いずれにせよ，甲１５論文は，当該変化の「可能性」を指
摘するにすぎない。したがって，上記「差異」及びその原因の可能性についての指
摘があることを考慮しても，のＯＭＰＦのアミノ酸配列が変化しやP.aeruginosa
すいものであるということはできない。
オ原告は，甲２８論文（１９８７（昭和６２）年８月発行の「ANTIMICROBIAL
AGENTSANDCHEMOTHERAPY」３１巻８号の１２１６頁から１２２１頁までに掲載された
PseudomonasaeruginosaA.J.Godfreyらによる「Penetrationofβ-Lactamsthrough
PorinChannels」と題する論文（１９８７（昭和６２）年１月２７日原稿受領））
を根拠に，変異実験によってのポリンの構造が変化することが確認P.aeruginosa
されていたと主張する。
(ｱ)甲２８論文には，以下の各記載がある。
ａ「β−ラクタム系抗生物質の取り込みは，ポリンチャネルを通っての侵入・・・に依存す
ること・・・が示されている。
著者らは，この文献において，主要なポリンタンパク質（タンパク質Ｆ）における変化に起
因して，透過性・・・に欠陥を有するの変異株を記載する。」（１丁５∼１０P.aeruginosa
行）
ｂ「トリプシン消化および結果として生じるペプチドの分析によって，ポリンのトリプシン
感受性部位が２つの株で異なっていることが示唆された。全アミノ酸組成は有意に異ならない
ので，消化実験のデータは，単一のアミノ酸変化または可能性としては二重のアミノ酸変化が
変異ポリンタンパク質に生じたことを示唆する。」（１丁下から４行∼末行）
(ｲ)上記各記載のとおり，確かに，甲２８論文には，ポリンタンパク質にアミ
ノ酸変化が生じたことを示唆するとの記載があるが，他方で，β−ラクタム系抗生
物質の取り込み（透過性）において欠陥を有するの変異株においてP.aeruginosa
さえ，ポリンタンパク質に生じるアミノ酸変化は単一又は二重のものにとどまり，
全アミノ酸組成は有意に異ならないとの記載もあるのであるから，甲２８論文は，
原告が意図するところとは逆に，のＯＭＰＦのアミノ酸配列の高いP.aeruginosa
保存性を示すものであるというべきである。
カ原告は，甲１１論文の著者がタンパク質Ｆに多様性があると考えていたと主
張するが，当該「多様性」が何を意味するのかについては，原告の主張によっても，
甲１１論文の記載によっても，判然としないから，原告の上記主張を採用すること
はできない。
キ原告は，甲４５論文（１９８０（昭和５５）年８月発行の「JOURNALOF
BACTERIOLOGY」１４３巻２号の９０６頁から９１３頁までに掲載されたMichaelG.
Beherらによる「MajorHeat-ModifiableOuterMembraneProteininGram-Negative
Bacteria:ComparisonwiththeOmpAProteinof」と題する論文）Escherichiacoli
を根拠に，グラム陰性菌の外膜タンパク質全般について，「ポリンタンパク質は，
同種内においても，また，異なる属または種の間においても，相同性をほとんど示
さない。」との記載があると主張する。
(ｱ)甲４５論文には，次の記載がある。
「ポリンタンパク質は，全てのグラム陰性菌がこれらのタンパク質と機能的な同等物を有し
ているはずであるにもかかわらず，進化を通じて保存されなかったと思われる。ポリンタンパ
ク質は，同種内においても，また，異なる属または種の間においても，相同性をほとんど示さ
ない。ＯｍｐＣ及びＯｍｐＦポリンタンパク質（いずれも大腸菌K-12により産生される）は，
共通の先祖遺伝子から進化したものと思われる。しかし，これらの非常によく似たタンパク質
は，同一のタンパク質分解ペプチドをほとんど持たない・・・。我々は，最近，大腸菌K-12の
ＯｍｐＣ及びＯｍｐＦポリンタンパク質と，LT2によって産生された遺伝的にS.typhimurium
同等のタンパク質とを比較し，これら二つの近縁種・・・によって産生された同じタンパク質
の間で，半分未満のタンパク質分解ペプチドが同一であることを見出した。」（１丁下から１
２行∼末行）
(ｲ)上記記載から明らかなとおり，甲４５論文が「相同性をほとんど示さな
い」としているのは，①ＯｍｐＣとＯｍｐＦという異なるタンパク質の間の相同性
及び②大腸菌（科属に属する種の１つ）K-12のＯEnterobacteriaceaeEscherichia
S.typhimuriumEnterobacteriaceaeSalmonellaSalmonellaentericaｍｐＣと（科属
種亜種に属する血清型の１つ（ネズミチSalmonellaentericasubspeciesenterica
フス菌））LT2によって産生された遺伝的に同等のタンパク質，大腸菌K-12のＯｍ
ｐＦとLT2によって産生された遺伝的に同等のタンパク質という異S.typhimurium
なる属に属するタンパク質の間の相同性についてであるから，といP.aeruginosa
う同一の種における同一のタンパク質であるＯＭＰＦについての，異なる菌株間に
おける相同性の有無に係る前記(4)の認定を左右するものではない。
ク以上のとおりであるから，原告の上記アないしキの各主張は，すべて理由が
ない。
(7)取消事由２についての結論
P.前記(4)のとおり，本件優先日当時の当業者は，少なくとも，本件知見中，
のPAO1株とATCC33354株との相同性に係る部分について，その認識を有aeruginosa
していたものと認められるところ，前記(5)及び(6)のとおり，これに対する原告の
各主張は，いずれも，上記認定を左右するに足りるものではないから，結局，取消
事由２は理由がない。
３取消事由３（進歩性についての判断の誤り・その１）及び取消事由４（進歩
性についての判断の誤り・その２）について
原告は，仮に，引用例において単離されたコスミドクローンpHN4にＯＭＰＦ遺伝
子が含まれていたとしても，本件優先日当時の当業者にとって，引用例に記載され
た方法でＯＭＰＦ遺伝子をクローニングし，そのＤＮＡ配列を決定することは容易
でなかったと主張し（取消事由３），また，仮に，引用例において単離された遺伝
子がＯＭＰＦ遺伝子であったとしても，本件優先日当時の技術水準では，これを含
むフラグメントのみから同遺伝子のＤＮＡ配列を決定することは容易でなかったと
主張する（取消事由４）ので，以下，検討する。
(1)引用例が開示する技術内容
P.ア前記１(1)並びに前記１(3)ア(ｴ)ａ及びｂのとおり，引用例においては，
のPAO1株に由来するＯＭＰＦ遺伝子のうち，少なくともpHN4及びpWW13aeruginosa
（いずれもＯＭＰＦのＤＮＡ全長を含むプラスミド）については，正しくクローニ
ング又はサブクローニングがされたものと認められる。
イまた，前記１(3)ア(ｲ)ａ(a)のとおり，引用例には，pWW1及びpWW4（いずれ
もＯＭＰＦのＤＮＡ断片であるプラスミド）のサブクローニングの方法が開示され
ている。
ウさらに，前記１(3)カのとおり，これらのプラスミドについては，これらに
より発現されたタンパク質又は短縮型タンパク質が大腸菌宿主細胞に与える毒性の
問題は生じないものである。
エ以上からすると，引用例には，のPAO1株に由来するＯＭＰＦP.aeruginosa
のＤＮＡ全長を含むプラスミド（pHN4及びpWW13）に加え，そのＤＮＡ断片である
プラスミド（pWW1及びpWW4）のクローニング及びサブクローニングの方法が開示さ
れているといえる（なお，本願発明の発明者らが執筆した甲５論文（１９８７（昭
和６２）年７月２日原稿受領。この原稿受領日は，本件優先日のわずか１か月後で
ある。）には，「この研究においては，タンパク質Ｆをコードする遺伝子の第一次
構造を決定するために，該遺伝子がλEMBL3ファージへクローニングされた。この
遺伝子は，最近，Woodruffらにより別途クローニングされている(53)（判決注：引
用例である（原文１６２頁右欄下から７∼４行参照）。）。」との記載（乙１５・
４頁８∼１０行）がある。）。
(2)本件優先日当時における遺伝子のＤＮＡ配列の決定に係る技術水準等につ
いて
ア菌株間のＤＮＡ配列の相同性について
前記２(4)のとおり，本件優先日当時の当業者は，のPAO1株とP.aeruginosa
ATCC33354株が，そのＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列において極めて高い相同性を有
することを予測することができたものと認められる（以下，この認定に係る技術的
知見を「本件認定知見」という。）。
イＤＮＡ配列の決定方法について
(ｱ)乙１３文献（１９８６（昭和６１）年６月２５日発行の社団法人日本生化
学会編「遺伝子研究法Ⅰ−核酸の化学と分析技術−」第１版の１頁から３３頁まで
及び１６６頁から２０１頁まで）には，ＤＮＡの塩基配列の決定方法として，「マ
クサム−ギルバート法」及び「ジデオキシ法」が紹介されているところ（１６７∼
２００頁），その概要は，以下のとおりである。
ａ「マクサム−ギルバート法では，３'−または５'−末端をＰで標識したＤＮＡ鎖を，塩
基に特異的な化学反応によって切断し，その産物をポリアクリルアミドゲル電気泳動法で分離
することによって塩基配列を決める。したがって，Sangerらによって開発された，ＤＮＡポリ
メラーゼを用いる酵素法（判決注：ジデオキシ法の別名である。）に対して化学分解法ともよ
ばれる。両法はほぼ同時期に発表されたが，初期にはマクサム−ギルバート法の方が一般性が
あり，より確実な方法として広く用いられた。しかしその後，酵素法は・・・改良が進んだ・
・・。・・・現在では酵素法がより簡便であり，配列決定の速度もマクサム−ギルバート法よ
り勝っているといえる。したがって，未知の塩基配列を決める目的にはマクサム−ギルバート
法は使用されなくなってきている。」（１６７頁本文下から１３∼３行）
ｂ「ＤＮＡポリメラーゼによる修復合成を利用することから酵素法ともよばれており，
Sangerらが１９７５年に発表したプラス−マイナス法を改良，発展させた方法である。大腸菌
のＤＮＡポリメラーゼⅠ・Klenow酵素（・・・以下Klenow酵素と略）またはＴ４ＤＮＡポリ
メラーゼは，ポリメラーゼとしての活性と３'→５'エキソヌクレアーゼ活性をもっており，鋳
型となる一本鎖ＤＮＡとプライマーの存在下で，ｄＮＴＰ（デオキシリボヌクレオシド三リン
酸）を加えると修復合成（プラス反応）が，ｄＮＴＰを除くと分解（マイナス反応）が起こる。
この原理をうまく利用したのがプラス−マイナス法である。しかし・・・あまり適用されなか
った。これに対して，同じころMaxam-Gilbertによって発表された化学分解法の方は，・・
1),2)
・１９８０年頃まではもっぱら使用された。このような状況下で酵素法は大きな改良が行われ
た。Sangerらは，Klenow酵素を用いるとジデオキシヌクレオチド（ｄｄＮＭＰ）がデオキシ
3)
ヌクレオチドと同じように取込まれるが・・・，いったん取込まれると３−ＯＨがブロックさ
れているためそこで合成が終止するという原理を導入した。つまりこの方法を用いれば，反応
液に加えるジデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄｄＮＴＰ）とｄＮＴＰの比を調節するだけで，
加えるｄｄＮＴＰの種類に応じてそれぞれのヌクレオチドが出現する位置で終止したＤＮＡ鎖
を得ることができる。一方，Messingらによって非常に便利なベクターが開発されたため，
4),5)
目的とするＤＮＡ領域が一本鎖ＤＮＡとして簡単にクローニングできるようになった。・・・
現在ではＤＮＡ塩基配列の決定にはもっぱらこの酵素法が使われるようになっている。
この方法の原理は，1)目的とするＤＮＡ断片を一本鎖ＤＮＡファージにクローニングし，2)
挿入したＤＮＡの近傍に１５塩基以上の長さのプライマーＤＮＡをはり付け，3)ｄｄＮＴＰ存
在下でKlenow酵素により修復合成を行う。合成されたＤＮＡを鋳型から外しシークエンスゲル
にかけて分析する。」（１８３頁本文下から１１行∼１８４頁本文下から５行）
ｃ「1)A.M.Maxam,W.Gilbert,,74,560(1977).Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.
2)A.M.Maxam,W.Gilbert,“MethodsinEnzymology”,ed.byL.Grossman,K.Moldave,
AcademicPress,NewYork,Vol.65,p.499(1980).
3)F.Sanger,S.Micklen,A.R.Coulson,,74,5463(1977).Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.
...
5)J.Messing,“MethodsinEnzymology”,ed.byR.Wu,L.Grossman,K.Moldave,Academic
Press,NewYork,Vol.101,p.20(1983).」（１８４頁脚注１∼７行）
(ｲ)乙４論文（１９８０（昭和５５）年発行の「Molec.gen.Genet.」１７９巻
の１３頁から２０頁までに掲載されたUlfHenningらによる「ClonedStructural
Gene()foranIntegralOuterMembraneProteinofK-12ompAEscherichiacoli
」と題するLocalizationonHybridPlasmidpTU100andExpressionofaFragmentoftheGene
論文）には，以下の各記載がある（なお，表題（副題を除く。）の訳は，「大腸菌
ｏｍｐのK-12株の不可欠な外部膜タンパク質のクローニングされた構造遺伝子（
）」である（乙４・１頁２∼３行）。）。Ａ
ａ「pTU100は，７．５ｋｂのEcoRIフラグメント（野生型の遺伝子を保持）のｏｍｐＡ
pSC101へのクローニングにより構築されたハイブリッドプラスミドである・・・。」（乙４・
１頁５∼７行）
ｂ「pTU102mutant...inpTU100（pTU102pTU100における変異体・・・）」ompAｏｍｐＡ
（原文１４頁左欄表２の「pTU102」の欄）
ｃ「pTU201RIfragmentwith31frompTU102clonedinpBR325（pTU201pBR325にEcoompA
おいてクローニングされたpTU102に由来する３１を有するRIフラグメント）」ｏｍｐＦEco
（原文１４頁左欄表２の「pTU201」の欄）
ｄ「ForDNA-sequencingendonucleasefragmentswere...furtherprocessedasdescribed
byMaxamandGilbert(1977).（ＤＮＡ配列決定のため，制限酵素切断フラグメントは，・・・
Maxam及びGilbert（１９７７年）に記述されているように更に処理された。）」（原文１４頁
右欄２１∼２４行）
IsolationandSequencingofRestrictionEndonucleaseFragmentsfrompTU201ｅ「
pTU201DNAwassubjectedtoHIdigestion.（pTU201に由来する制限酵素切断フラグメントBam
の単離及び配列決定
pTU201のＤＮＡがHIによって切断された。）」（原文１６頁右欄下から１７∼１５行）Bam
ｆ「８３ｂｐフラグメントのＤＮＡ配列決定によって（図２），６つの可能な読み取り枠の
１つにおいて，タンパク質Ⅱの２３０位∼２５５位のアミノ酸残基に対応する塩基配列が示
＊
された。５００ｂｐのフラグメントは，１８８位∼２２３位のアミノ酸残基に対応する配列を
含んでいた（図２）。」（甲５７（乙４）につき，原告から提出された２種類の抄訳文のうち，
「［甲57抄訳］」と題するもの・１丁３∼末行）
ｇ「Inthe500bpfragmenttheDNAsequencewasdetermined....（５００ｂｐフラグメント
において，ＤＮＡ配列が・・・決定された。）」（原文１７頁左欄４∼７行）
ｈ「Maxam,A.M.,Gilbert,W.:AnewmethodforsequencingDNA.Proc.Natl.Acad.Sci.
USA74,560-564(1977)」（原文２０頁左欄下から８∼７行）
(ｳ)乙５論文（１９８０（昭和５５）年発行の「NucleicAcidsResearch」８巻
１３号の３０１１頁から３０２７頁までに掲載されたE.Bremerらによる「Nucleotide
sequenceofthegeneompAcodingtheoutermembraneproteinIIofEscherichia*
coliK-12」と題する論文）には，以下の各記載がある（なお，表題の訳は，「大
腸菌K-12株の外部膜タンパク質ⅡをコードするｏｍｐＡ遺伝子のヌクレオチド配＊
列」である（乙５・１頁２∼３行）。）。
ａ「クローニングされた大腸菌のＤＮＡ（を含む。）から，２２７１塩基対のヌクｏｍｐＡ
レオチド配列が決定された。」（乙５・１頁６∼７行）
ｂ「...subfragmentswere...sequencedusingthechemicaldegradativemethodsofMaxam
andGilbert(17).（・・・サブフラグメントは，・・・Maxam及びGilbertの化学分解法(17)を
用いて配列決定された。）」（原文３０１５頁下から１３∼１０行）
ｃ「Maxam,A.M.andGilbert,W.(1977)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,560-564」（原74
文３０２３頁１０∼１１行）
(ｴ)乙２論文（１９８２（昭和５７）年１月発行の「FEBSLETTERS」１３７巻
２号の１７１頁から１７４頁までに掲載されたShojiMizushimaらによる「AMINO
ACIDSEQUENCEOFTHESIGNALPEPTIDEOFOmpF,AMAJOROUTERMEMBRANEPROTEINOF
」と題する論文）には，以下の各記載がある（なお，表題の訳は，ESCHERICHIACOLI
「大腸菌の主要な外部膜タンパク質であるＯｍｐＦのシグナルペプチドのアミノ酸
配列」である（１頁２∼３行）。）。
DNAsequencingａ「2.4.
Allsequencingmethodswereaccordingto[13].（２．４．ＤＮＡ配列決定
配列決定の方法は，すべて，引用文献［13］に従った。）」（原文１７１頁右欄下から３∼
２行）
ｂ「３．２．制限酵素地図とＤＮＡ配列決定
・・・我々は，・・・ＯｍｐＦのＮ末端配列を見つけた。そして，Ｎ末端配列の上流のＤＮ
Ａ配列を決定した。」（１頁下から５行∼２頁２行）
ｃ「[13]Maxam,A.M.andGilbert,W.(1980)MethodsEnzymol.65,499-560.」（原文１７
４頁右欄２６∼２７行）
(ｵ)乙７論文（１９８２（昭和５７）年発行の「NucleicAcidsResearch」１０
巻７号の２３６７頁から２３７８頁までに掲載されたStewartT.Coleらによる
「ThenucleotidesequencecodingformajoroutermembraneproteinOmpAof
」と題する論文）には，以下の各記載がある（なお，表題のShigelladysenteriae
訳は，「志賀赤痢菌の主要外部膜タンパク質ＯｍｐＡをコードするヌクレオチド配
列」である（１頁２∼３行）。また，志賀赤痢菌は，属（分類上，科Shigella
（）までは，大腸菌と同一である。）に属する種の１つであEnterobacteriaceae
る。）。
ａ「志賀赤痢菌の遺伝子のヌクレオチド配列が決定され・・・た。」（１頁６∼７ｏｍｐＡ
行）
DNASequenceAnalysisｂ「
TheDNAsequencingprocedureofMaxamandGilbert(25)wasemployedbutwiththe
modificationsofSmithandCalvo....（ＤＮＡ配列決定の手続については，Maxam及びGilbert
の方法(25)を，Smith及びCalvoによる改変を加えて採用した。）」（原文２３６９頁３∼６
行）
ｃ「ThecompositeDNAsequenceobtainedispresentedinFig.3.（得られた合成ＤＮＡ配
列を図３に示す。）」（原文２３７１頁２４∼２５行）
ｄ「25.Maxam,A.M.andGilbert,W.(1980)inMethodsinEnzymology,Colowick,S.P.and
Kaplan,N.O.Eds.,Vol.65,pp.497-560,AcademicPress,NewYork.」（原文２３７７頁下か
ら１９∼１７行）
(ｶ)甲３１論文（１９８２（昭和５７）年頒布）には，以下の各記載がある
ｏ（なお，表題の訳は，「大腸菌のK-12株の主要な外部膜タンパク質をコードする
遺伝子の一次構造」である（乙３・１頁２∼３行）。また，甲３１論文中のｍｐＦ
引用文献「(4)」とは，乙２論文である（甲３１論文原文６９６７頁下から１８行
参照）。）。
ａ「大腸菌のK-12株の主要な外部膜タンパク質をコードする遺伝子のヌクレオチドｏｍｐＦ
配列が決定され・・・た。」（乙３・１頁下から１５∼１４行）
ｂ「以前の研究(4)において，我々は，ＯｍｐＦのアミノ末端領域をカバーするＤＮＡ配列
を決定し・・・た。本論文において，我々は，遺伝子の全ＤＮＡ配列を示す。」（原ｏｍｐＦ
告から提出された２種類の抄訳文のうち，「［甲31追加抄訳］」と題するもの・１丁下から
３行∼末行）
ｃ「AllDNAsequencingmethodswereaccordingtoMaxamandGilbert(23).（ＤＮＡ配列決
定の方法は，すべて，Maxam及びGilbert(23)に従った。）」（原文６９５９頁下から１７∼１
６行）
ｄ「Thenucleotidesequenceof1807bpcoveringtheentireregionshowninFig.2was
determined(Fig.3).（図２に示されたすべての領域をカバーする１８０７ｂｐのヌクレオチ
ド配列が決定された（図３）。）」（原文６９６１頁下から１１∼１０行）
ompFｏｍｅ「Figure3.The1807basepairsDNAsequenceencompassingthegene.（図３．
遺伝子含む１８０７塩基対のＤＮＡ配列）」（原文６９６２頁図３脚注１行）ｐＦ
ｆ「23.Maxam,A.M.andGilbert,W.(1980)inMethodsEnzymol.,Grossman,LandMoldave,
K.Eds.,Vol65,pp.499-560,AcademicPressInc.,NewYork.」（原文６９６８頁１４∼１５
行）
(ｷ)乙６論文（１９８４（昭和５９）年発行の「MolGenGenet」１９５巻の３
２１頁から３２８頁までに掲載されたG.Braunらによる「DNAsequenceanalysisof
thegene:ImplicationsfortheorganisationofanSerratiamarcescensompA
enterobacterialoutermembraneprotein」と題する論文）には，以下の各記載が
ある（なお，表題の訳は，「セラチア菌遺伝子のＤＮＡ配列分析：腸内細ｏｍｐＡ
菌の外部膜タンパク質の編成への含意」である（１頁２∼３行）。また，セラチア
菌は，属（分類上，科（）までは，大腸菌と同一であSerratiaEnterobacteriaceae
る。）に属する種の１つである。）。
ａ「....SequenceanalysiswasperformedeitherbythemethodofMaxamDNAtechniques
andGilbert(1980)orbyusingthedideoxychain-terminationreactions(Sangeretal.
1977)withtheshot-guncloningapproachofSangeretal.(1980).（ＤＮＡ技術・・・配列
分析は，Maxam及びGilbertの方法（１９８０年）又はSangerらのショットガン・クローニング
・アプローチ（１９８０年）を加味したジデオキシ鎖停止反応（Sangerら，１９７７年）の使
用のいずれかにより実施された。）」（原文３２２頁左欄１∼６行）
ｂ「TotryandunderstandthebiologicalpropertiesoftheOmpAproteinweS.marcescens
determinedthenucleotidesequenceofitsgene....（セラチア菌のＯｍｐＡタンパク質の生
物学的特性を試し，理解するため，我々は，その遺伝子のヌクレオチド配列を決定し・・・
た。）」（原文３２３頁左欄下から１８∼１５行）
ｃ「MaxamAM,GilbertW(1980)SequencingendlabelledDNAwithbase-specificchemical
cleavages.In:ColowickSP,KaplanNO(eds)MethodsinEnzymology,vol65.AcademicPress,
NewYork,pp497-560」（原文３２８頁左欄１５∼１８行）
ｄ「SangerF,NicklenS,CoulsonAR(1977)DNAsequencingwithchainterminating
inhibitors.ProcNatlAcadSciUSA74:5463-5467
SangerF,CoulsonAR,BarrellBG,SmithAJH,RoeBA(1980)Cloninginsinglestranded
bacteriophageasanaidtorapidDNAsequencing.JMolBiol143:161-178」（原文３２８頁左
欄下から８∼３行）
(ｸ)乙２１論文（１９８６（昭和６１）年１２月発行の「JOURNALOFBACTERIOLOGY」
１６８巻３号の１２７７頁から１２８２頁までに掲載されたRichardS.Stephensら
による「SequenceAnalysisoftheMajorOuterMembraneProteinGenefrom
SerovarL」と題する論文）には，以下の各記載がある（なChlamydiatrachomatis2
お，表題の訳は，「クラミジア・トラコマチスの血清型Ｌ由来の主要な外部膜タ2
ンパク質の遺伝子の配列分析」である（１頁２∼３行）。また，クラミジア・トラ
コマチスは，分類上，Bacteria（真正細菌）界に属する点で，緑膿菌，大腸菌，志
賀赤痢菌，セラチア菌等と同一であるが，これらの細菌とは，属する門が異な
る。）。
ａ「クラミジア・トラコマチス由来の主要な外部膜タンパク質（ＭＯＭＰ）の構造遺伝子が
クローニングされ，配列決定された。」（１頁６∼７行）
ｂ「ＭＯＭＰ遺伝子は，３９４のアミノ酸をコードし，３つのストップコドンで終止する１，
１８２ｂｐのオープンリーディングフレームからなる。」（１頁１３∼１５行）
ｃ「DNAsequencing....theM13clonesweresequencedbythedideoxymethodas
previouslydescribed(16,23).（ＤＮＡ配列決定・・・M13クローンは，以前に記述された
ジデオキシ法(16，23)によって配列決定がされた。）」（原文１２７８左欄下から３８∼３３
行）
ｄ「16.Messing,J.1983.NewM13vectorsforcloning.MethodsEnzymol.101:20-78.」
（原文１２８２頁左欄５∼６行）
ｅ「Sanger,F.S.,S.Nicklen,andA.RCoulson.1977.DNAsequencingwith
chain-terminatinginhibitors.Proc.Natl.Acad.Sci.USA74:5463-5467.」（原文１２８２
頁左欄下から３行∼末行）
(3)本願発明の進歩性について
ア本願発明は，前記第２の２のとおり，「別紙配列表記載のＤＮＡ配列（以下
『本件ＤＮＡ配列』という。）を有する，のＯＭＰＦをコードするP.aeruginosa
ヌクレオチド」の発明を選択的に含むものであるから，以下，本件優先日当時の当
業者にとって，のＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列につき，これを本件P.aeruginosa
ＤＮＡ配列（これは，のATCC33354株に由来するＯＭＰＦ遺伝子のＤP.aeruginosa
ＮＡ配列である（本願明細書段落【００１５】参照）。）であると決定することが
容易に行い得たものであるか否かについて検討する。
イ(ｱ)前記(1)及び(2)アのとおり，引用例には，のPAO1株に由来P.aeruginosa
するＯＭＰＦのＤＮＡ全長を含むプラスミド及びそのＤＮＡ断片であるプラスミド
のクローニング及びサブクローニングの方法が開示されており，かつ，本件優先日
当時の当業者は，本件認定知見を有していたものであるから，のP.aeruginosa
ATCC33354株に由来するＯＭＰＦのＤＮＡ全長を含むプラスミド及びそのＤＮＡ断
片であるプラスミドをクローニング及びサブクローニングすることは，引用例に記
載された方法に本件認定知見を適用することにより，容易にこれを行い得たものと
認めることができる。
(ｲ)そして，前記(2)イのとおり，本件優先日当時，ＤＮＡ配列の決定方法とし
て，マクサム−ギルバート法及びジデオキシ法並びにこれらを改良した方法が知ら
P.aeruginosaれており，これらの方法を用いて，実際に，各種真正細菌（なお，
と同様，いずれも，グラム陰性菌である。）の外部膜タンパク質につき，クローニ
ングされたＤＮＡからその配列が決定された例が少なからず存在したのであるから，
本件優先日当時の当業者にとって，クローニングされたのATCC33354P.aeruginosa
株に由来するＯＭＰＦ遺伝子からそのＤＮＡ配列を決定する方法は，周知の技術で
あったと認めることができる。
そうすると，上記のとおり，引用例に記載された方法に本件認定知見を適用して，
のATCC33354株に由来するＯＭＰＦのＤＮＡ全長を含むプラスミド及P.aeruginosa
びそのＤＮＡ断片であるプラスミドを容易にクローニング及びサブクローニングす
ることができた本件優先日当時の当業者にとって，上記周知技術を適用することに
より，のATCC33354株に由来するＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を本件P.aeruginosa
ＤＮＡ配列であると決定することもまた，容易にこれを行い得たものと認めるのが
相当である（なお，本願明細書には，「・・・遺伝子を，約５００ｂｐの重複領域
を有する二つの重複断片にサブクローン化した。ＯＭＰＦ遺伝子と隣接領域のＤＮ
Ａ配列をこれらの二つのサブクローンから決定した。遺伝子の両ＤＮＡ鎖を完全に
配列決定した（Sanger法による）。」との記載（段落【００１６】）がある。）。
(ｳ)また，本願発明が奏する作用効果についても，原告は，「ＯＭＰＦ遺伝子
のＤＮＡ配列を正確に決定することは，ワクチンの生産にとって重要であるから，
本願発明において同ＤＮＡ配列が正確に決定されたこと自体が，顕著な作用効果で
あるというべきである」と主張するが，原告が主張する上記作用効果は，同ＤＮＡ
配列が正確に決定されることにより奏する作用効果として，当業者が当然に予測し
得る範囲内のものであって，これを格別顕著なものということはできない。
(ｴ)したがって，本願発明は，引用例に記載された発明，本件認定知見及び上
記周知技術に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものと認められ，
また，その奏する作用効果も，格別顕著なものとはいえないから，本願発明は，進
歩性を欠くものといわざるを得ない。
(4)これに対し，原告は，ＯＭＰＦないしその遺伝子の大腸菌宿主細胞に対す
る毒性を理由として，本件優先日当時の当業者にとって，引用例に記載された方法
でＯＭＰＦ遺伝子をクローニングし，そのＤＮＡ配列を決定することは容易に行い
得るものではなかった旨主張する。
しかしながら，引用例に記載されたプラスミドのうち，少なくとも，ＤＮＡ全長
を含むプラスミドpHN4及びpWW13並びにＤＮＡ断片であるプラスミドpWW1及びpWW4
について，原告が主張する毒性の問題が生じないことは，前記１(3)カのとおりで
あるから，当該毒性を理由とする原告の主張は，すべて採用することができない。
(5)原告は，上記(4)のほか，種々の根拠を挙げ，本件優先日当時の当業者にと
って，引用例に記載された方法でＯＭＰＦ遺伝子をクローニングし，そのＤＮＡ配
列を決定することは容易でなかったと主張するので，以下，順次検討する。
ア原告は，本件優先日前においては，ＤＮＡの配列決定が行われなくても，遺
伝子をクローニングすれば，一流の科学雑誌に掲載され，学位論文として認められ
る程度の価値があったのであるし，ＤＮＡ配列を正確に決定するだけで，博士号を
授与されることが多かったのであるから，これらの事実は，本件優先日前の技術水
準では，遺伝子をクローニングしてそのＤＮＡ配列を決定することが困難であった
ことを示すものであると主張する。
しかしながら，本件優先日当時，遺伝子をクローニングすること又は遺伝子のＤ
ＮＡ配列を正確に決定することに学術的な意義が認められるものであったとしても，
そのことにより当然に，遺伝子のＤＮＡ配列を決定することが当業者にとって困難
であったということはできないから，原告の上記主張は，前記(3)の結論を左右す
るに足りるものではない。
イ原告は，引用例の著者らが，本件優先日の２年後である１９８９（平成元）
年６月に発表した甲２論文において，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列につき，自ら決
定した配列ではなく，本願発明の発明者らによる甲５論文に記載された配列を引用
しているのであるから，引用例の著者らでさえも，引用例の記載に基づいてＯＭＰ
Ｆ遺伝子のＤＮＡ配列を決定することが困難であったと主張する。
しかしながら，引用例の著者らが，甲２論文の執筆の際，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮ
Ａ配列に係る文脈において，甲５論文を引用し，引用例を引用しなかったのが当然
であることは，前記１(3)オのとおりであるところ，本件認定知見を有していた当
業者である引用例の著者らにとって，甲２論文（１９８８（昭和６３）年１０月３
１日原稿受領）の執筆前に頒布されていた甲５論文（１９８８（昭和６３）年１月
頒布）において，のATCC33354株（甲５論文の下記各記載参照）に由P.aeruginosa
来するＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列が既に決定されていた以上，のP.aeruginosa
PAO1株に由来するＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列の決定を急がなかったとしても，特
段不合理ではないというべきであるから，引用例の著者らが，甲２論文の執筆時点
において，のPAO1株に由来するＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を決定P.aeruginosa
していなかったことをもって，直ちに，既にクローニング及びサブクローニングが
されていたＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を決定することが，本件優先日当時の当業
者にとって容易でなかったということはできない。
したがって，原告の上記主張を採用することはできない。
(ｱ)「Bacterialstrainsandgrowthconditions.serotype12(...;ATCCP.aeruginosa
33359)wasaclinicalisolate....serotype6wasobtainedfromtheAmericanP.aeruginosa
P.aeruginosaTypeCultureCollection,Rockville,Md.(ATCC33354).（細菌株及び培養条件
のセロタイプ１２（・・・ATCC33359株）は，・・・臨床単離体であった。のセP.aeruginosa
ロタイプ６は，Maryland州Rockville所在のtheAmericanTypeCultureCollectionから得た
（ATCC33354株）。）」（原文１５５頁右欄８∼１２行）
P.aeruginosaP.(ｲ)「IsolationofporinFclones.SincetheoriginalATCCstrain
serotype6becameavailabletousduringthesestudies,itwasdecidedtocarryaeruginosa
outalltheDNAworkonthisstrainratherthanontheclinicalisolate.（のポP.aeruginosa
リンＦのクローンの単離この研究中，のセロタイプ６に属するATCC原株が利用P.aeruginosa
可能となったので，前記臨床単離体ではなく，この株に基づき，ＤＮＡに係るすべての作業を
行うこととした。）」（原文１５６頁右欄下から２２∼１９行）
ウ原告は，また，引用例の著者らが，引用例の発表からＯＭＰＦ遺伝子のＤＮ
Ａ配列の決定まで，１３年（１９９２年の登録に係るＤＮＡ配列の決定までであっ
ても６年）もの長期間を要したことは，ＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列の決定が困難
であったことを裏付ける旨主張するが，上記イにおいて説示したところに照らせば，
引用例の著者らが，引用例の発表からＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列の決定（１９９
２年の登録に係るもの）まで６年の期間を要したことをもって，直ちに，既にクロ
ーニング及びサブクローニングがされていたＯＭＰＦ遺伝子のＤＮＡ配列を決定す
ることが，本件優先日当時の当業者にとって容易でなかったということはできない。
なお，引用例の著者らが，１９９２年の登録の際，既に，引用例においてサブク
ローニングされたpWW13に基づき，ＯＭＰＦのアミノ酸配列等の各全長につき正し
い結論を得ていたことは，前記１(3)イにおいて認定したとおりである。
したがって，原告の上記主張は理由がない。
エ原告は，引用例に記載された制限酵素地図と甲１１論文に記載された制限酵
素地図とが異なることから，引用例に接した当業者は，たとえＯＭＰＦ遺伝子を含
むコスミドクローンを得たとしても，そこにはＯＭＰＦ遺伝子は含まれないものと
ミスリードされてしまうと主張する。
しかしながら，甲１１論文は，ブリティッシュコロンビア大学が１９８８（昭和
６３）年８月にＰＨＤ取得のための水準を満たすものと認めた論文であり，また，
同論文の下記の記載のとおり，著者であるWendyAnneWoodruffが同論文の学術目的
の複製等に同意したのは，同年９月２１日のことであり，いずれにせよ，同論文は，
本件優先日（１９８７（昭和６２）年６月３日）当時には，当業者が利用すること
ができる状態に置かれていなかったのであるから，引用例に記載された制限酵素地
図と甲１１論文に記載された制限酵素地図との齟齬により，本件優先日当時の当業
者がミスリードされるということはあり得ない。したがって，原告の上記主張は，
失当である。
「Inpresentingthisthesis...,IagreethattheLibraryshallmakeitfreelyavailable
forreferenceandstudy.Ifurtheragreethatpermissionforextensivecopyingofthis
thesisforscholarlypurposesmaybegrantedbytheheadofmydepartmentorbyhisorher
representatives....
WendyWoodruff
DepartmentofMicrobiology
TheUniversityofBritishColumbia
...
DateSeptember21,1988（・・・この論文の提出に当たり，私は，大学図書館が，参考文献と
して，また，研究目的で，これを自由に利用可能な状態に置くことに同意します。さらに，私
は，学部長又はその代理人が，この論文を学術目的で広範囲に複製する許諾を与えることに同
意します。・・・
WendyWoodruff（判決注：署名である。）
微生物学部
ブリティッシュコロンビア大学
・・・
日付１９８８年９月２１日）」（原文２丁）
オ原告は，引用例においては，単離されたタンパク質の全長の推定アミノ酸長
が誤って４１０アミノ酸とされており，これによれば，対応する遺伝子の全長は１
２３０塩基長と計算されるから，引用例の記載に基づいてタンパク質又は遺伝子を
得た当業者は，ＯＭＰＦ又はＯＭＰＦ遺伝子が得られなかったとミスリードされて
しまうと主張する。
しかしながら，前記１(3)ウのとおり，引用例には，「天然のタンパク質Ｆにお
ける約４１０アミノ酸」との記載があるのみであり，これは，引用例の著者らが，
いまだＯＭＰＦのアミノ酸配列等も明らかでない状況下で推定した値であることは
明らかである。そして，そのようにＯＭＰＦのアミノ酸配列等が明らかでない状況
下で引用例に接した当業者は，得られたタンパク質又はその遺伝子がＯＭＰＦ又は
その遺伝子であると同定するためには，当該タンパク質の長さが約４１０アミノ酸
であるか否かを確認するのではなく，引用例に記載されたのと同様の方法，すなわ
ち，モノクローナル抗体に対する反応，ＳＤＳゲル電気泳動法における挙動及びタ
ンパク質の熱変更性において，発現させたタンパク質が天然のＯＭＰＦとの比較に
おいて同様の結果を示すか否かによると考えられるから，引用例に上記記載がある
としても，本件優先日当時の当業者が，引用例に記載された方法で真にＯＭＰＦ又
はその遺伝子を得たのであれば，それがＯＭＰＦ又はその遺伝子ではないとミスリ
ードされるとは考えられない。
したがって，原告の上記主張を採用することはできない。
カ原告は，本願発明は，引用例に記載された方法ではなく，ＯＭＰＦの部分配
列を決定し，ハイブリダイゼーションプローブを調製してファージベクターを用い
る方法を採用し，プロモーターを工夫するなどして，クローニング，配列決定等に
おける困難性を克服したものであり，この点において，本願発明には進歩性が認め
られるべきであると主張する。
しかしながら，本願発明は，前記第２の２のとおり，「本件ＤＮＡ配列を有する，
P.aeruginosaのＯＭＰＦをコードするヌクレオチド，またはE.coli細胞に対して
毒性である免疫原性ポリペプチドをコードするそのフラグメント」という物の発明
であるから，本願発明におけるＯＭＰＦ遺伝子の配列決定等の方法の優位性をいう
原告の上記主張は，本願発明の要旨に基づかないものとして，失当である。
(6)取消事由３及び４についての結論
前記(3)のとおり，本願発明は，引用例に記載された発明，本件認定知見及び本
件優先日当時の周知技術に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたもの
であり，また，その奏する作用効果も，格別顕著なものとはいえないから，本願発
明は，進歩性を欠くものといわざるを得ないところ，前記(4)及び(5)のとおり，こ
れに対する原告の各主張は，いずれも，上記判断を左右するに足りるものではない
から，結局，取消事由３及び４は，いずれも理由がない。
４結論
よって，審決取消事由はいずれも理由がないから，原告の請求は棄却されるべき
である。
知的財産高等裁判所第４部
裁判長裁判官
石原直樹
裁判官
榎戸道也
裁判官
浅井憲
（別紙）配列表
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cggatgaaactgaagaacaccttaggcgttgtcatcggctcgctggtt108
MetLysLeuLysAsnThrLeuGlyValValIleGlySerLeuVal
gccgcttcggcaatgaacgccttcgcccagggccagaactcggtagag156
AlaAlaSerAlaMetAsnAlaPheAlaGlnGlyGlnAsnSerValGlu
atcgaagccttcggcaagcgctacttcaccgacagcgttcgcaacatg204
IleGluAlaPheGlyLysArgTyrPheThrAspSerValArgAsnMet
aagaacgctgacctgtacggcggctcgatcggctacttcctgaccgac252
LysAsnAlaAspLeuTyrGlyGlySerIleGlyTyrPheLeuThrAsp
gacgtcgagctggctctgtcctacggtgagtaccacgatgttcgtggc300
AspValGluLeuAlaLeuSerTyrGlyGluTyrHisAspValArgGly
acctacgaaaccggcaacaagaaggtccatggcaacctgacctccctg348
ThrTyrGluThrGlyAsnLysLysValHisGlyAsnLeuThrSerLeu
gacgccatctaccacttcggtaccccgggcgtaggtctgcgtccgtac396
AspAlaIleTyrHisPheGlyThrProGlyValGlyLeuArgProTyr
gtgtcggctggtctggctcaccagaacatcaccaacatcaacagcgac444
ValSerAlaGlyLeuAlaHisGlnAsnIleThrAsnIleAsnSerAsp
agccaaggccgtcagcagatgaccatggccaacatcggcgctggtctg492
SerGlnGlyArgGlnGlnMetThrMetAlaAsnIleGlyAlaGlyLeu
aagtactacttcaccgagaacttcttcgccaaggccagcctcgacggc540
LysTyrTyrPheThrGluAsnPhePheAlaLysAlaSerLeuAspGly
cagtacggcctggagaagcgtgacaacggtcaccagggtgagtggatg588
GlnTyrGlyLeuGluLysArgAspAsnGlyHisGlnGlyGluTrpMet
gctggcctgggcgtcggcttcaacttcggtggttcgaaagccgctccg636
AlaGlyLeuGlyValGlyPheAsnPheGlyGlySerLysAlaAlaPro
gctccggaaccggttgccgacgtttgctccgactccgacaacgacggc684
AlaProGluProValAlaAspValCysSerAspSerAspAsnAspGly
gtctgcgacaacgtcgacaagtgcccggacaccccggccaacgtcacc732
ValCysAspAsnValAspLysCysProAspThrProAlaAsnValThr
gttgacgccaacggctgcccggctgtcgccgaagtcgtacgcgtacag780
ValAspAlaAsnGlyCysProAlaValAlaGluValValArgValGln
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LeuAspValLysPheAspPheAspLysSerLysValLysGluAsnSer
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TyrAlaAspIleLysAsnLeuAlaAspPheMetLysGlnTyrProSer
acttccaccaccgttgaaggtcataccgactccgtcggtaccgacgct924
ThrSerThrThrValGluGlyHisThrAspSerValGlyThrAspAla
tacaaccagaagctgtccgagcgtcgtgccaacgccgttcgtgacgta972
TyrAsnGlnLysLeuSerGluArgArgAlaAsnAlaValArgAspVal
ctggtcaacgagtacggtgtggaaggtggtcgcgtgaacgctgtcggt1020
LeuValAsnGluTyrGlyValGluGlyGlyArgValAsnAlaValGly
tacggcgagtcccgcccggttgccgacaacgccaccgctgaaggccgc1068
TyrGlyGluSerArgProValAlaAspAsnAlaThrAlaGluGlyArg
gctatcaaccgtcgcgttgaagccgaagtagaagccgaagccaag1113
AlaIleAsnArgArgValGluAlaGluValGluAlaGluAlaLys
taatcggctgagccttcaaagaaaaaccggcccaggccgggtttttctttgcctggaaaa1173
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