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平成２５年３月１８日判決言渡
平成２４年（行ケ）第１０２５２号審決取消請求事件
平成２５年２月６日口頭弁論終結
判決
原告タカラバイオ株式会社
訴訟代理人弁理士伊藤晃
同冨田憲史
同澤本真奈美
被告特許庁長官
指定代理人冨永みどり
同鵜飼健
同瀬良聡機
同中島庸子
同芦葉松美
主文
１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
特許庁が不服２００９－１７６６６号事件について平成２４年５月２８日にした
審決を取り消す。
第２争いのない事実
１特許庁における手続の経緯
原告は，平成１８年６月１６日，発明の名称を「耐熱性リボヌクレアーゼＨ」と
する発明について，特許出願（特願２００６－１６７４６５号。平成１３年９月１
３日を国際出願日とする出願である特願２００２－５２７２７３号（優先権主張平
成１２年９月１４日）の分割出願。以下「本願」という。）をしたが，平成２１年
６月１９日付けで拒絶査定を受けたので，同年９月１８日，これに対する不服の審
判（不服２００９－１７６６６号事件）を請求するとともに，手続補正書を提出し
た（以下「本件補正」という。）。特許庁は，平成２４年５月２８日，本件補正を
却下した上，「本件審判の請求は，成り立たない。」との審決（以下「審決」とい
う。）をし，その謄本は，同年６月１２日，原告に送達された。
２特許請求の範囲
(1)本件補正に基づく本願の特許請求の範囲における請求項１の記載は次のとお
りである（甲５。以下，この発明を「本願補正発明」という。また，本件補正に基
づく本願の特許請求の範囲，発明の詳細な説明（甲３，甲５）を総称して「本願明
細書」ということがある。）。
【請求項１】下記の群より選択され，かつ，耐熱性リボヌクレアーゼＨ活性を有す
ることを特徴とするポリペプチド：
（ａ）配列表の配列番号４７に示されるアミノ酸配列を有するポリペプチド；
（ｃ）配列表の配列番号４６に示される塩基配列を有する核酸にコードされるポリ
ペプチド。
(2)本件補正前の平成２１年５月２８日付け手続補正に基づく本願の特許請求の
範囲における請求項１の記載は次のとおりである（甲４。以下，この発明を「本願
発明」という。）
【請求項１】下記の群より選択され，かつ，耐熱性リボヌクレアーゼＨ活性を有し，
一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうち，ＲＮＡ鎖を含む鎖を切断するこ
とができることを特徴とするポリペプチド：
（ａ）配列表の配列番号４７又は５７に示されるアミノ酸配列を有するポリペプチ
ド；
（ｂ）配列表の配列番号４７又は５７に示されるアミノ酸配列において，少なくと
も１つのアミノ酸残基の欠失，付加，挿入又は置換を有するポリペプチド；
（ｃ）配列表の配列番号４６又は５６に示される塩基配列を有する核酸，当該核酸
又はその相補鎖とストリンジェントな条件下にハイブリダイズしうる核酸にコード
されるポリペプチド。
３審決の理由
(1)別紙審決書写しのとおりである。その概要は以下のとおりである。
本願補正発明は，本願出願日前に頒布された刊行物であるJ.Bacteriol.(1998)
vol.180,no.23,p.6207-6214（甲１。以下「引用文献３」という。）に記載され
た発明に基づいて，当業者が容易に発明することができたものであるから，特許法
２９条２項の規定により，特許出願の際独立して特許を受けることができず，本件
補正は，平成１８年法律第５５号改正附則３条１項によりなお従前の例によるとさ
れる同法による改正前の特許法１７条の２第５項において準用する同法１２６条５
項の規定に違反するので，同法１５９条１項において読み替えて準用する同法５３
条１項の規定により却下されるべきものである。
本願発明は，本願補正発明を含むものであり，同様の理由により，引用文献３に
記載された発明に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものである。
したがって，本願発明は，特許法２９条２項の規定により特許を受けることがで
きない。本願は拒絶すべきものである。
(2)審決は，引用文献３にＲＮａｓｅＨＩＩＰｋの発明が記載されるとする。
また，審決の認定したＲＮａｓｅＨＩＩＰｋの発明と本願補正発明との一致点及
び相違点は，以下のとおりである。
ア一致点
両者は，耐熱性リボヌクレアーゼＨ活性を有するポリペプチドである点。
イ相違点
本願補正発明のポリペプチドが，配列表の配列番号４７に示されるアミノ酸配列
を有するものであるのに対し，引用文献３の図１に記載されるＲＮａｓｅＨＩＩ
Ｐｋのアミノ酸配列の７０％弱は，本願補正発明のものと一致しているものの，そ
の余の配列は相違している点。
第３当事者の主張
１審決の取消事由に係る原告の主張
審決は，引用文献３に記載された発明の認定の誤り（取消事由１），顕著な作用
効果の看過（その１）（取消事由２），顕著な作用効果の看過（その２）（取消事
由３）があり，これらの誤りは，審決の結論に影響を及ぼすから，審決は取り消さ
れるべきである。
(1)引用文献３に記載された発明の認定の誤り（取消事由１）
ア審決は，「本願明細書の実施例１１の記載をみると，Ｐｆｕ（パイロコッカ
スフリオサス），Ｐｈｏ（パイロコッカスホリコシイ）などのＲＮａｓｅＨＩ
Ｉは３’側のＲＮＡの５’側を切断するものであり（段落０２５１），２本鎖の一
方の鎖にＲＮＡを３つ，あるいは，２つ含むＤＮＡ断片であるＶＦＮ３やＶＦＮ２
においては，ＤＮＡ－ＲＮＡ，ＲＮＡ－ＤＮＡの接合部を切断しないものであって，
引用文献３に記載される『ＲＮａｓｅＨＩＩＰｋ及び大腸菌ＲＮａｓｅｓＨＩ
Ｉは，ＲＮＡ-ＤＮＡ接合部の最後のリボヌクレオチドの５’端で，２９－ｂｐの
ＤＮＡ-ＲＮＡ-ＤＮＡ－ＤＮＡ基質を開裂できる』ものと何ら違いがないものであ
る。また，本願明細書の実施例１１には，引用文献３に記載されるＰｙｒｏｃｏｃ
ｃｕｓｋｏｄａｋａｒａｅｎｓｉｓＫＯＤ１株と同じパイロコッカス属に属す
る，Ｐｆｕ（パイロコッカスフリオサス），Ｐｈｏ（パイロコッカスホリコシ
イ）のＲＮａｓｅＨＩＩが，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮ
Ａを含む鎖を切断することが記載されているのであるから，引用文献３に記載され
るＲＮａｓｅＨＩＩＰｋも同様に，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡの
うちＲＮＡを含む鎖を切断することができると推認することができ，・・・本願補
正発明のポリペプチドが，引用文献３に記載されるＲＮａｓｅＨＩＩＰｋと，格
別な違いがあることにはならない」と認定した。
しかし，本願明細書の実施例１１に記載されたＰｆｕおよびＰｈｏのＲＮａｓｅ
ＨＩＩが一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断す
ることができるという事実は，本願補正発明によって初めて見出された事項であっ
て，本願の優先権主張日当時の当該分野の技術常識ではない。本願明細書（甲３）
の段落【０２５１】に「ＲＮＡが１つでも切断するＲＮａｓｅＨは報告されていな
い」と記載があるように，本願の優先権主張日当時，ＲＮＡを１つだけ含むＤＮＡ
鎖であっても切断する耐熱性リボヌクレアーゼＨは報告されていなかった。
特許出願の審査においては，特許出願前の技術常識を参酌して，引用発明から本
願発明を容易に想到できたか否かが判断されるべきであり，本願出願前には知られ
ていなかった事実を参酌して判断することは違法である。しかるに，審決は，Ｐｆ
ｕおよびＰｈｏのＲＮａｓｅＨＩＩが一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡ
のうちＲＮＡを含む鎖を切断することができるという本願補正発明によって初めて
見出された事実，すなわち，本願補正発明の内容を，あたかも出願前の技術常識で
あったかのごとく参酌している。このような本願明細書から得た知識，いわゆる後
知恵を根拠として引用文献３に記載された発明を認定する手法は，特許法の趣旨に
反するものであり，違法である。
したがって，本願明細書の記載に基づいて引用文献３に記載された発明の酵素の
基質切断特異性を推認できるとした審決の判断は誤りである。
イ審決は，「本願の出願後の文献FEBSLetters,531(2002)p.204-208のＦｉｇ．
１には，引用文献３に記載されるＲＮａｓｅＨＩＩＰｋが，一方の鎖にＲＮＡを
１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断することが示されていることか
らも，本願補正発明のポリペプチドが，引用文献３に記載されるＲＮａｓｅＨＩ
ＩＰｋと比べて，格別な違いはない」と認定した。
しかし，本願の出願後の文献FEBSLetters,531(2002)p.204-208（甲２）の図１
に示される一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡに対する実験結果は，甲２で
初めて確認された事項である。すなわち，甲２が公表された２００２年１０月まで，
Ｔ．ｋｏｄａｋａｒａｅｎｓｉｓのＲＮａｓｅＨＩＩが一方の鎖にＲＮＡを１つ
含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断することは当該分野で知られていな
かったのであるから，本願の出願後に公表された文献である甲２の図１は，本願の
出願後の技術を示しているのである。
しかも，本願の親出願である国際出願に基づく特願２００２－５２７２７３号は，
甲２の論文受領日である２００２年７月２３日より前の２００２年３月２１日に国
際公開されているから，当該国際公開された明細書の記載内容に依拠して甲２の実
験が行われた可能性を否定できず，甲２の図１の記載内容を根拠として引用文献３
に記載された発明を認定することは，いわゆる後知恵であり，許されない。
したがって，本願の出願後に公表された文献である甲２に基づいて引用文献３に
記載された発明の酵素の基質切断特異性を推認できるとした審決は誤りである。
(2)顕著な作用効果の看過（その１）（取消事由２）
審決は，上記(1)のとおり，引用文献３に記載された発明の酵素の基質切断特異
性について誤認した結果，本願補正発明のポリペプチドの「一方の鎖にＲＮＡを１
つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断する」という顕著な作用効果を看
過した誤りがある。
すなわち，引用文献３には，ＲＮａｓｅＨＩＩＰｋがＲＮＡを１つしか含まな
いＤＮＡ鎖を切断することは記載されておらず，示唆もなく，ＲＮａｓｅＨＩＩ
Ｐｋが，一方の鎖にＲＮＡを４個含む２９塩基対の２本鎖ＤＮＡ基質において，Ｄ
ＮＡ－ＲＮＡ接合点またはＲＮＡ－ＤＮＡ接合点のいずれも切断できないと記載さ
れる（甲１の６２１３頁左欄１５ないし２０行（訳文の項目５の１ないし５行））。
ＲＮＡを１つしか含まないＤＮＡ鎖の場合，ＤＮＡとＲＮＡの接合部はＤＮＡ－Ｒ
ＮＡ接合点及びＲＮＡ－ＤＮＡ接合点のみから構成されるので，引用文献３の上記
記載は，ＲＮＡを１つしか含まないＤＮＡ鎖を切断しないことを示している。そう
すると，引用文献３には，「一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮ
Ａを含む鎖を切断する」という基質切断特異性を否定する記載があるというべきで
ある。
また，本願優先権主張日当時において，ＲＮＡを１つしか含まないＤＮＡ鎖であ
っても切断する耐熱性リボヌクレアーゼＨは報告されておらず（甲３の【０２５
１】），ＲＮＡを一つしか含まないＤＮＡ鎖を切断する耐熱性リボヌクレアーゼＨ
は存在しないであろうというのが技術常識であった。そうすると，本願優先権主張
日当時の技術常識を参酌しても，引用文献３記載のＲＮａｓｅＨＩＩＰｋが「一
方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断する」という
基質切断特異性を有することは示唆されない。むしろ，当業者ならば，引用文献３
の記載内容及び技術常識に基づいて，ＲＮａｓｅＨＩＩＰｋは，一方の鎖にＲＮ
Ａを含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを４個含む鎖を切断することができるが，ＲＮ
Ａの両端がＤＮＡに接している，ＲＮＡを１個しか含まない鎖を切断することはで
きないと理解する。
一方，本願補正発明の耐熱性リボヌクレアーゼＨ活性を有するポリペプチドは，
一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうち，ＲＮＡを含む鎖を切断すること
ができるという格別顕著な作用効果を奏する。すなわち，本願補正発明のサーモコ
ッカスリトラリス（ＴＬＩ）由来のＲＮａｓｅＨＩＩ（ＴｌｉＲＮａｓｅ
ＨＩＩ）は，本願明細書の実施例１ないし実施例７に記載される様々な耐熱性ＲＮ
ａｓｅＨＩＩのアミノ酸配列の間で保存されている部分をもとにしてオリゴヌク
レオチドプライマーを合成し，遺伝子をクローニングして得られたものであるから
（【０２０２】ないし【０２１０】），これらの耐熱性ＲＮａｓｅＨＩＩが共通
の性質を有することは，当業者であれば推認できる。また，本願明細書の実施例１
１（２）では，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ（パイロコッカスフリオサス由来の
ＲＮａｓｅＨＩＩ），ＰｈｏＲＮａｓｅＨＩＩ（パイロコッカスホリコシ
イ由来のＲＮａｓｅＨＩＩ），およびＡｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ（アルカエオ
グロバスフルギダス由来のＲＮａｓｅＨＩＩ）の作用機作について試験された
結果（【０２４８】ないし【０２５１】），ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩおよびＰ
ｈｏＲＮａｓｅＨＩＩが，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡ基質を切
断することが示されたが（【０２５０】，【０２５１】），ＡｆｕＲＮａｓｅ
ＨＩＩは，当該基質を切断しなかった。本願補正発明のＴｌｉＲＮａｓｅＨＩ
Ｉは，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩと６５％のアミノ酸配列相同性を有し，Ｐｈｏ
ＲＮａｓｅＨＩＩは，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩと６９％のアミノ酸配列相同
性を有するが（【０２４０】），ＡｆｕＲＮａｓｅＨＩＩは，ＰｆｕＲＮａ
ｓｅＨＩＩに対し，４５％のアミノ酸配列相同性しか示さない。そして，本願明
細書の実施例１１（２）の結果，ＴｌｉＲＮａｓｅＨＩＩと６５％のアミノ酸
配列相同性を有するＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ及びＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ
に対してＴｌｉＲＮａｓｅＨＩＩと同程度に高いアミノ酸配列相同性を有する
ＰｈｏＲＮａｓｅＨＩＩもまた，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩと同様に，「一
方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうち，ＲＮＡ鎖を含む鎖を切断する」特
性を示したのであるから，当業者は，当該実施例において見出された耐熱性ＲＮａ
ｓｅＨＩＩにおける「一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうち，ＲＮＡ
鎖を含む鎖を切断する」という基質切断特異性に関し，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩ
Ｉに対してアミノ酸配列相同性が４５％より高く，６９％前後のアミノ酸配列相同
性を有する耐熱性ＲＮａｓｅＨＩＩであれば，当該特性を有していると予測する
ことができる。そうすると，本願明細書の上記記載から，当業者は，本願補正発明
のＴｌｉＲＮａｓｅＨＩＩも，基質切断特異性を有すると推認できる。
上記のとおり，引用文献３は，「一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのう
ちＲＮＡを含む鎖を切断する」という基質切断特異性を全く示唆せず，かえって，
ＲＮＡを１つしか含まないＤＮＡ鎖を切断しないことを示すから，引用文献３はむ
しろ，本願補正発明のポリペプチドの基質切断特異性を想起するに至る阻害要因と
なる。加えて，本願優先権主張日当時の技術常識において，ＲＮＡを一つしか含ま
ないＤＮＡ鎖を切断する耐熱性リボヌクレアーゼＨは存在しないと考えられていた
から，当業者は，ＲＮａｓｅＨＩＩＰｋが一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖Ｄ
ＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断するだろうとは予測し得ないし，Ｐｙｒｏｃｏｃ
ｃｕｓｋｏｄａｋａｒａｅｎｓｉｓと同じＴｈｅｒｍｏｃｏｃｃａｃｅａｅに属
する他の古細菌由来の耐熱性リボヌクレアーゼＨが一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２
本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断するだろうとは全く予測し得ない。そうす
ると，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断する
という本願補正発明のポリペプチドの作用効果は，本願優先権主張日当時の技術常
識を参酌しても，引用文献３に記載された発明から予想できない格別顕著な作用効
果であり，このような作用効果については実証されている（甲９の３頁下から５行
ないし４頁下から９行）。
したがって，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を
切断することができるという基質切断特異性の点で，本願補正発明のポリペプチド
が引用発明と比べて格別な違いがないとした審決の判断は，その顕著な作用効果を
看過した誤りがある。
(3)顕著な作用効果の看過（その２）（取消事由３）
審決は，「本願明細書の段落０２１９には，実施例３－（５）に記載の方法によ
り酵素活性を測定した結果，酵素活性が認められたことが記載され，・・・４ｍＭ
酢酸マグネシウムを含む反応液が記載されてはいるものの，その活性がどの程度の
ものであるのかについての記載はない。」，「請求人は，・・・審判請求の理由に
おいて，実験データを提出しているが，そのようなデータに基づく効果は明細書に
記載されているとはいえない」，「本願補正発明のポリペプチドが，４ｍＭ酢酸マ
グネシウムの反応液でリボヌクレアーゼＨ活性があることを，単に見出したからと
いって，それが従来技術からは予想できない顕著な効果であるということはできな
い」，「本願補正発明のポリペプチドが４ｍＭ酢酸マグネシウムの反応液でリボヌ
クレアーゼＨ活性があったというだけでは，引用文献３に記載されるＲＮａｓｅ
ＨＩＩＰｋを，最適化して用いる場合と比較して，格別顕著な効果が奏されている
ものと認めることはできない」と認定した。
しかし，審決の認定は，以下のとおり誤りである。
ア本願明細書の記載から，本願補正発明が顕著な効果を奏することは明らかで
ある。
(ｱ)本願明細書には，本願補正発明のポリペプチドの酵素活性を実施例３－
（５）に記載の方法により測定した結果，リボヌクレアーゼＨ活性が認められたこ
とが記載され（【０２１３】），実施例３－（５）には，４ｍＭ酢酸マグネシウム
の存在下で酵素反応を行ったことが記載される（【０１３３】）。本願明細書には，
測定された酵素活性がどの程度のものであるかについての具体的な記載はないが，
得られた酵素標品が所望の活性を有するかどうかを確認する目的で酵素反応を行う
場合，予め，複数の条件を検討して，十分に高い活性が得られる最適又は最適に近
い条件を用いることが当該技術分野における常法であるから，当業者は，本願明細
書の上記記載から，本願補正発明のポリペプチドが４ｍＭマグネシウム濃度条件下
で最大又は最大に近いリボヌクレアーゼＨ活性を有していると理解する。
従来のＲＮａｓｅＨの場合，例えば，ＲＮａｓｅＨＩＩＰｋでは１０ｍＭマ
グネシウム濃度条件下（甲１の６２１１頁表１（訳文の項目２）），大腸菌及びＢ．
ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来のＲＮａｓｅＨでは１０ｍＭ又は５０ｍＭマグネシウム濃
度条件下（拒絶査定の拒絶の理由における引用文献２（甲１１）の６１２頁表３
（訳文の項目３））でリボヌクレアーゼＨ活性を測定している。このように，本願
優先権主張日当時に知られていたＲＮａｓｅＨの活性測定には，４ｍＭよりもは
るかに高濃度のマグネシウムが使用されていたから，当業者が，４ｍＭマグネシウ
ムの存在下で酵素活性測定を行ったという本願明細書の上記記載を見れば，本願補
正発明のポリペプチドが従来のＲＮａｓｅＨと比べて非常に低いマグネシウム濃
度条件下で最大又は最大に近いリボヌクレアーゼＨ活性を有しており，４ｍＭ等の
低いマグネシウム濃度条件下において十分に高いリボヌクレアーゼＨ活性を有する
ことを明確に把握できる。
一方，引用文献３に記載のＲＮａｓｅＨＩＩＰｋは，２０ｍＭマグネシウム濃
度条件下で最大のリボヌクレアーゼＨ活性を示し，５ｍＭマグネシウム濃度条件下
で最大活性の５０％の活性，２．５ｍＭマグネシウム濃度条件下で最大活性の約１
６％の活性を示す（甲１の図３（訳文の項目３））。すなわち，４ｍＭマグネシウ
ム濃度条件下でのＲＮａｓｅＨＩＩＰｋのリボヌクレアーゼＨ活性は，最大活性
の半分にも満たない低い活性であるといえる。
本願補正発明のポリペプチドにとって４ｍＭマグネシウム濃度という反応条件は，
最適又は最適に近い条件なので，４ｍＭマグネシウム濃度下における本願補正発明
のポリペプチドの酵素活性は，最大活性又は最大活性に近いものであり，最大活性
の５０％未満というような低い酵素活性であるはずがない。
したがって，４ｍＭ等の低いマグネシウム濃度条件下において十分に高い活性を
示すという本願補正発明のポリペプチドの効果は，引用文献３に記載された発明と
比較して有利な効果であり，同発明から予想できない顕著な作用効果である。
(ｲ)当初明細書に，「発明の効果」に関し，何らの記載がない場合はさておき，
当業者において「発明の効果」を認識できる程度の記載がある場合やこれを推論で
きる記載がある場合には，記載の範囲を超えない限り，出願の後に補充した実験結
果等を参酌することは許されるというべきであり，許されるか否かは，公平の観点
に立って判断すべきである。上記(ｱ)のとおり，当業者ならば，本願明細書の記載
から，４ｍＭ等の従来のＲＮａｓｅＨと比べて非常に低いマグネシウム濃度条件
下において十分に高いリボヌクレアーゼＨ活性を示すという本願補正発明のポリペ
プチドの効果を合理的に推論することができ，かかる効果は本願明細書に開示され
ているに等しいものであるから，実験データは参酌されるべきである。そして，審
判手続において提出した実験データにおける（Ｂ）実験結果から明らかなように，
本願補正発明のポリペプチドは，１～４ｍＭマグネシウム濃度条件下で高い活性を
示し，２ｍＭマグネシウム濃度条件下において最大のリボヌクレアーゼＨ活性を示
す（甲９の４頁の（Ｂ）実験結果）。
一方，引用文献３に記載のＲＮａｓｅＨＩＩＰｋは，上記(ｱ)のとおり，２０
ｍＭマグネシウム濃度条件下で最大のリボヌクレアーゼＨ活性を示し，４ｍＭマグ
ネシウム濃度条件下では，最大活性の半分にも満たない低い活性しか示さない。
そうすると，本願補正発明のポリペプチドは，引用文献３に記載された発明と比
べて，極めて低濃度のマグネシウム濃度条件下でリボヌクレアーゼＨ活性を示すと
いう格別顕著な作用効果を奏するといえる。４ｍＭ等の低いマグネシウム濃度条件
下における本願補正発明のポリペプチドのリボヌクレアーゼＨ活性は，十分に高い
活性であり，「４ｍＭ酢酸マグネシウムの反応液でリボヌクレアーゼＨ活性がある
ことを単に見出した」という程度のものではない。しかも，本願補正発明のリボヌ
クレアーゼＨ活性は，４ｍＭマグネシウム濃度条件下で最大活性の半分にも満たな
い引用文献３に記載のＲＮａｓｅＨＩＩＰｋの活性と比べて，顕著に高い活性で
あるといえる。
イまた，４ｍＭ等の低いマグネシウム濃度条件下で十分なリボヌクレアーゼＨ
活性があるという本願補正発明のポリペプチドの特徴は，以下のような場面におい
て格別顕著な作用効果を奏する。
すなわち，ＲＮａｓｅＨとＤＮＡポリメラーゼを同一の反応液中に共存させて
使用する場合，ＲＮａｓｅＨの至適マグネシウム濃度の違い，例えば４ｍＭと１
０ｍＭとの違いは，大きな意味を有する（甲１２）。２０ｍＭマグネシウム濃度を
最適条件とする引用文献３に記載のＲＮａｓｅＨＩＩＰｋをはじめ，１０ｍＭ以
上のマグネシウム濃度を最適条件とする従来のＲＮａｓｅＨは，ＴａｑＤＮＡ
ポリメラーゼとの共存下で使用することができない（甲１の図３（訳文の項目３），
甲１１の６１１頁右欄下から２０ないし１７行，表３（訳文の項目２，３））。こ
れに対し，本願補正発明のポリペプチドは，４ｍＭ等の低いマグネシウム濃度条件
下で十分なリボヌクレアーゼＨ活性を有するので，ＴａｑＤＮＡポリメラーゼと
の共存下での使用が可能である。
このように，本願発明のポリペプチドは，引用文献３に記載されたＲＮａｓｅ
ＨＩＩＰｋを最適化して用いる場合と比較しても，格別顕著な効果を奏する。
ウしたがって，本願補正発明のポリペプチドは，引用文献３に記載された発明
を含めた従来技術と比べて，格別顕著な作用効果を奏するのであり，これを看過し
た審決には誤りがある。
２被告の反論
原告の主張する取消事由は，以下のとおり，いずれも理由がなく，審決に取り消
されるべき違法はない。
(1)取消事由１（引用文献３に記載された発明の認定の誤り）に対し
原告は，本願明細書の記載に基づいて引用文献３に記載された発明の酵素の基質
切断特異性を推認できるとした審決の判断は誤りである，本願の出願後に公表され
た文献である甲２に基づいて引用文献３に記載された発明の酵素の基質切断特異性
を推認できるとした審決の認定は誤りである旨主張する。
しかし，原告の主張は以下のとおり失当である。
ア審決は，引用文献３から，「Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓｋｏｄａｋａｒａｅｎ
ｓｉｓＫＯＤ１株由来のリボヌクレアーゼＨＩＩ」（「ＲＮａｓｅＨＩＩＰ
ｋ」）という物の発明が１つの独立した技術思想として把握できるとしたものであ
り，原告も，この認定を認めており，引用文献３に記載された発明の認定について
実質的に争っていない。
イ「一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断す
る」という酵素の基質切断特異性は，酵素という物質の発明の構成自体ではなく，
それが奏する作用・効果である。
引用文献３に記載された発明であるＲＮａｓｅＨＩＩＰｋは，引用文献３に記
載されたその構造（化学構造であるアミノ酸配列）により特定できるものであり，
その構造を有するものが本来有している作用・効果については，物の発明である引
用発明を特定する事項として認定する必要はない。言い換えれば，物の作用・効果
を物の発明を特定する事項として認定したところで，それはその物であれば当然に
有する作用・効果であるから，物の発明として何ら相違することにはならない。
また，引用文献３に記載されたＲＮａｓｅＨＩＩＰｋが「一方の鎖にＲＮＡを
１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断する」という基質切断特異性を
有するか否かは引用文献３において具体的に確認はされていないが，基質切断特異
性は，ＲＮａｓｅＨＩＩＰｋが本来的に有している性質である（甲２）。原告が
主張する本願補正発明の基質切断特異性に係る効果は，引用文献３に記載された発
明の物が本来有していた効果と同様の効果を単に発見したに過ぎないものである。
そして，引用文献３に記載された発明の物が本来どのような作用・効果を奏するも
のであったのかの認定において，出願後の知見や文献を考慮することは認められる
べきである。なぜならば，一般に，技術的貢献のない発明に対しては保護を与えな
いという進歩性の要件の趣旨からみて，効果の顕著性により進歩性を認めるのは，
引用発明との構成の相違により新たな効果が奏される場合に限られるべきであり，
そうでなければ，引用発明の物が本来有していた作用・効果を後に発見したことに
より，後に出願された発明が進歩性を有することになり不合理な結果となるからで
ある。
さらに，進歩性の存在を推認するために必要な顕著な効果が存在することを主張
・立証する責任は原告にあるところ，本願補正発明の酵素が有する基質切断特異性
を引用文献３に記載された発明の酵素が有さないという具体的な根拠を原告は何ら
示していない。
したがって，審決には，引用文献３に記載された発明の内容，作用効果の認定に
ついて誤りはない。
(2)取消事由２（顕著な作用効果の看過（その１））に対し
原告は，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断
することができるという基質切断特異性の点で，本願補正発明のポリペプチドが引
用文献３に記載された発明と比べて格別な違いがないとした審決の判断は，その顕
著な作用効果を看過した誤りがある旨主張する。
しかし，本件において，原告が本願で初めて見出したと主張する「一方の鎖にＲ
ＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断する」という基質切断特
異性は，引用文献３に記載されたＲＮａｓｅＨＩＩＰｋも本来有していた性質で
あるから（甲２），本願は，Ｐｆｕ（パイロコッカスフリオサス）及びＰｈｏ
（パイロコッカスホリコシイ）由来のＲＮａｓｅＨＩＩがその基質切断特性を
有することを単に開示しただけであって，進歩性を認めるに足る技術的貢献をした
ものとはいえない。
また，本願明細書において，「一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうち
ＲＮＡを含む鎖を切断する」という基質切断特異性を有することを具体的に確認し
たのは，Ｐｆｕ及びＰｈｏ由来のＲＮａｓｅＨＩＩのみである（甲３の段落【０
２５０】）。一方，本願明細書の実施例８の段落【０２０１】，【０２１０】の記
載から，本願補正発明は，サーモコッカスリトラリス（ＴＬＩ）由来のＲＮａｓ
ｅＨＩＩに係る発明であるところ，本願明細書には，ＴＬＩ由来のＲＮａｓｅ
ＨＩＩについては，「一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含
む鎖を切断する」という基質切断特異性は具体的に確認されておらず，実際にこの
基質切断特異性を有するかは本願明細書の記載からは不明である。
したがって，本願補正発明の酵素が，「一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮ
ＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断する」という基質切断特異性を有するものであった
としても，このことから本願補正発明が格別顕著な効果を奏するとはいえず，本願
補正発明のポリペプチドが基質切断特異性の点で引用文献３に記載されているＲＮ
ａｓｅＨＩＩＰｋと比べて格別な違いはないとした審決の判断に誤りはない。
(3)取消事由３（顕著な作用効果の看過（その２））に対し
原告は，①４ｍＭ等の低いマグネシウム濃度条件下において十分に高い活性を示
すという本願補正発明のポリペプチドの効果は，引用文献３に記載された発明と比
較して有利な効果であり，同発明から予想できない顕著な作用効果である，②本願
補正発明のポリペプチドは，４ｍＭ等の低いマグネシウム濃度条件下で十分なリボ
ヌクレアーゼＨ活性を有するので，ＴａｑＤＮＡポリメラーゼとの共存下での使
用が可能であり，引用文献３に記載されたＲＮａｓｅＨＩＩＰｋを最適化して用
いる場合と比較しても，格別顕著な効果を奏するとして，本願補正発明のポリペプ
チドの格別顕著な作用効果を看過した審決には誤りがある旨主張する。
ア上記①の主張について
本願明細書には，本願補正発明の酵素は４ｍＭ酢酸マグネシウム濃度条件下で単
に「ＲＮａｓｅＨ活性が認められた。」（甲３の実施例８の段落【０２１９】及
び実施例３－（５）の段落【０１３３】）と記載されているだけで，本願補正発明
の酵素が最大活性となるマグネシウム濃度を決定する実験はなされておらず，本願
補正発明の酵素が特に４ｍＭで最大活性を示すことは示されていない。
本願明細書では，実施例２ないし９において８種類のＲＮａｓｅＨを取得して
いるが，これらはそれぞれ由来も異なり，また，ＲＮａｓｅＨのクラスもＩＩま
たはＩＩＩと異なるものである。本願明細書では，これらの８種類すべてのＲＮａ
ｓｅＨにおけるリボヌクレアーゼＨ活性の確認において，実施例３－（５）の４
ｍＭマグネシウム濃度条件を一律に適用していることからみても，本願補正発明の
酵素が４ｍＭマグネシウム濃度において最大又は最大に近いリボヌクレアーゼＨ活
性を有していることは，本願明細書の記載からは推認できるものではない。
また，甲９に記載されたその後の実験結果によれば，最大活性を示す酵素の濃度
は４ｍＭではなく２ｍＭと認められ，このことからも，本願明細書の実施例におけ
るマグネシウム濃度は，最大活性となる濃度を示しているわけではないことが裏付
けられる。
一方，引用文献３の図３によれば，ＲＮａｓｅＨＩＩＰｋは，４ｍＭマグネシ
ウム濃度条件下においても酵素活性があることが確認できるから，本願補正発明が
この点において引用文献３に記載されたＲＮａｓｅＨＩＩＰｋに比して格別顕著
な効果を奏するものとは認められない。
イ上記②の主張について
引用文献３に記載されたＲＮａｓｅＨＩＩＰｋも４ｍＭマグネシウム濃度条件
下においてそれなりの活性を有するから（甲１の図３），４ｍＭのマグネシウム濃
度条件でＴａｑＤＮＡポリメラーゼとの共存下で使用することができる。
なお，本願補正発明のＲＮａｓｅＨは，審判手続において提出された実験デー
タによれば，引用文献３に記載されたＲＮａｓｅＨＩＩＰｋがリボヌクレアーゼ
活性を発揮できないほど，極めて低いマグネシウム濃度条件で活性を有するＤＮＡ
ポリメラーゼと共存下で使用することができる可能性はあるかもしれないが，ＲＮ
ａｓｅＨは，ＲＮＡを切断する活性を有する酵素であり，ＤＮＡポリメラーゼは，
核酸を鋳型にしてＤＮＡ鎖を合成する酵素であって，両者は，必ずしも共存下で使
用するものとは限らないのであるから，極めて低いマグネシウム濃度条件で活性を
有するＤＮＡポリメラーゼと共存下で使用することができるとしても，そのことが
進歩性を認めるに足る顕著な効果とまではいえない。
また，本願明細書には，本願補正発明が，１～４ｍＭマグネシウム濃度条件下で
高い活性を示し，２ｍＭマグネシウム濃度条件下において最大のリボヌクレアーゼ
Ｈ活性を有することは記載されておらず，このような極めて低いマグネシウム濃度
条件下で活性を有することは審判手続において提出された実験データにより示され
た事項である。このような場合に，後で提出された実験データに基づき顕著な効果
を認めて進歩性の存在を推認することは，出願人と第三者との公平の観点からもで
きないというべきであり，かかる実験データは進歩性の判断において参酌すること
ができない。
ウしたがって，本願補正発明のポリペプチドの格別顕著な作用効果を看過した
審決には誤りはない。
第４当裁判所の判断
当裁判所は，以下のとおり，原告主張の取消事由はいずれも理由がなく，審決に
取り消すべき違法はないものと判断する。なお，本来なら順序として取消事由１か
ら判断すべきところであるが，事案にかんがみ，まず，取消事由２から検討する。
１取消事由２（顕著な作用効果の看過（その１））について
原告は，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断
することができるという基質切断特異性の点で，本願補正発明のポリペプチドが引
用文献３に記載された発明と比べて格別な違いがないとした審決の判断は，その顕
著な作用効果を看過した誤りがある旨主張する。これに対し，被告は，本願補正発
明が上記基質切断特異性を有するかは本願明細書の記載からは不明である旨主張す
るので，以下，検討する。
(1)認定事実
本件補正に基づく本願明細書の特許請求の範囲の請求項１の記載は，上記第２の
２(1)のとおりである。また，発明の詳細な説明には，以下の記載がある（甲３）。
【発明が解決しようとする課題】【００１１】本発明の目的は，遺伝子工学におい
て利用価値の高いＲＮａｓｅＨ活性を有するポリペプチド，該ポリペプチドをコー
ドする遺伝子ならびに該ポリペプチドの遺伝子工学的製造方法を提供することにあ
る。
【００６７】ないし【００７６】
実施例１
好熱菌バチルスカルドテナックス由来のＲＮａｓｅＨの調製
・・・耐熱性ＲＮａｓｅＨ活性は，次の方法により測定した。
ポリ（ｒＡ）及びポリ（ｄＴ）（ともにアマシャムファルマシアバイオテク
製）１ｍｇをそれぞれ１ｍＭＥＤＴＡを含む４０ｍＭトリス－ＨＣｌ（ｐＨ７．
７）１ｍｌに溶解し，ポリ（ｒＡ）溶液及びポリ（ｄＴ）溶液を調製した。
次に，４ｍＭＭｇＣｌ２，１ｍＭＤＴＴ，０．００３％ＢＳＡ，４％グリセ
ロールを含む４０ｍＭトリス－ＨＣｌ（ｐＨ７．７）に，終濃度２０μｇ／ｍｌと
なるようポリ（ｒＡ）溶液を，終濃度３０μｇ／ｍｌとなるようポリ（ｄＴ）溶液
を加え，３７℃で１０分間反応後，４℃に冷却し，ポリ（ｒＡ）－ポリ（ｄＴ）溶
液を調製した。
ポリ（ｒＡ）－ポリ（ｄＴ）溶液１００μｌに酵素液１μｌを加え，４０℃で１
０分間反応させ，０．５ＭＥＤＴＡ１０μｌを加えて反応を停止させた後，２
６０ｎｍの吸光度を測定した。対照として，上記反応液に０．５ＭＥＤＴＡ１０
μｌを加えた後，４０℃で１０分間反応させ，吸光度を測定した。その後，ＥＤＴ
Ａ非存在下で反応させ求めた吸光度から対照の吸光度を引いた値（吸光度差）を求
めた。すなわち，酵素反応によってポリ（ｒＡ）－ポリ（ｄＴ）ハイブリッドから
遊離したヌクレオチドの濃度を吸光度差から求めた。ＲＮａｓｅＨの１単位は，１
ｎｍｏｌのリボヌクレオチドが遊離したのに相当するＡ２６０を１０分間に増加させ
る酵素量とし，下記の式に従って算出した。なお，酵素液を希釈した場合は，下記
式の値を希釈率で補正した。
単位（unit）＝〔吸光度差×反応液量（ｍｌ）〕／０．０１５２
【００７７】ないし【０１０９】
実施例２
バチルスカルドテナックスＲＮａｓｅＨＩＩ遺伝子のクローニング
・・・（６）精製ＲＮａｓｅＨＩＩ標品の調整・・・上記で得られたＢｃａＲＮ
ａｓｅＨＩＩ標品を用いて，以下の方法により酵素活性を測定した。
ＢｃａＲＮａｓｅＨＩＩ標品１μｌに４０℃であらかじめインキュベーションし
た反応液〔２０ｍＭヘペス－水酸化カリウム（ｐＨ７．８），０．０１％牛血清ア
ルブミン（宝酒造社製），１％ジメチルスルホキシド，１０ｍＭ塩化マンガン，２
０μｇ／ｍｌポリ（ｄＴ）（アマシャムファルマシアバイオテク社製），３０
μｇ／ｍｌポリ（ｒＡ）（アマシャムファルマシアバイオテク社製）〕１００
μｌを添加し，４０℃で１０分間反応さた後，０．５ＭＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）
１０μｌで反応を停止し，２６０ｎｍの吸光度を測定した。
その結果，ＢｃａＲＮａｓｅＨＩＩ標品にＲＮａｓｅＨ活性が認められた。
【０１１０】ないし【０１３４】
実施例３
バチルスカルドテナックスＲＮａｓｅＨＩＩＩ遺伝子のクローニング
・・・（５）精製ＲＮａｓｅＨＩＩＩ標品の調整・・・上記で得られたＢｃａＲ
ＮａｓｅＨＩＩＩ標品を用いて，以下の方法により酵素活性を測定した。
ＢｃａＲＮａｓｅＨＩＩＩ標品１μｌに４０℃であらかじめインキュベーション
した反応液〔２０ｍＭヘペス－水酸化カリウム（ｐＨ７．８），０．０１％牛血清
アルブミン（宝酒造社製），１％ジメチルスルホキシド，４ｍＭ酢酸マグネシウム，
２０μｇ／ｍｌポリ（ｄＴ）（アマシャムファルマシアバイオテク社製），３０
μｇ／ｍｌポリ（ｒＡ）（アマシャムファルマシアバイオテク社製）〕１００μ
ｌを添加し，４０℃で１０分間反応さた後，０．５ＭＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）１
０μで反応を停止し，２６０ｎｍの吸光度を測定した。
その結果，ＢｃａＲＮａｓｅＨＩＩＩ標品にＲＮａｓｅＨ活性が認められた。
【０１３５】ないし【０１５０】
実施例４
ピロコッカスフリオサスのＲＮａｓｅＨＩＩ遺伝子のクローニング
・・・上記で得られたＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ標品を用いて，実施例３－（５）
に記載の方法により酵素活性を測定した結果，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ標品にＲＮ
ａｓｅＨ活性が認められた。
【０１５１】ないし【０１７０】
実施例５
サーモトガマリティマＲＮａｓｅＨＩＩ遺伝子のクローニング
・・・上記で得られたＴｍａＲＮａｓｅＨＩＩ標品を用いて，実施例２－（６）
に記載の方法で酵素活性を測定した結果，ＴｍａＲＮａｓｅＨＩＩ標品にＲＮａｓ
ｅＨ活性が認められた。
【０１７１】ないし【０１８６】
実施例６
ピロコッカスホリコシイのＲＮａｓｅＨＩＩ遺伝子のクローニング
・・・上記で得られたＰｈｏＲＮａｓｅＨＩＩ標品を用いて，実施例３－（５）
に記載の方法により酵素活性を測定した結果，ＰｈｏＲＮａｓｅＨＩＩ標品にＲＮ
ａｓｅＨ活性が認められた。
【０１８７】ないし【０２００】
実施例７
アルカエオグロバスフルギダスのＲＮａｓｅＨＩＩ遺伝子のクローニング
・・・上記で得られたＡｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ標品を用いて，実施例３－（５）
に記載の方法により酵素活性を測定した結果，ＡｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ標品にＲＮ
ａｓｅＨ活性が認められた。
【０２０１】ないし【０２１９】
実施例８
サーモコッカスリトラリスＲＮａｓｅＨＩＩ遺伝子のクローニング
・・・得られた塩基配列の結果を解析したところ，ＲＮａｓｅＨＩＩをコードす
ると考えられるオープンリーディングフレームが見出された。ｐＴＬＩ２０４のオ
ープンリーディングフレームの塩基配列を配列表の配列番号４６に示す。また，該
塩基配列から推定されるＲＮａｓｅＨＩＩのアミノ酸配列を配列表の配列番号４７
に示す。・・・上記で得られたＴｌｉＲＮａｓｅＨＩＩ標品を用いて，実施例３－
（５）に記載の方法により酵素活性を測定した結果，ＴｌｉＲＮａｓｅＨＩＩ標品
にＲＮａｓｅＨ活性が認められた。
【０２２０】ないし【０２３８】
実施例９
サーモコッカスセラーＲＮａｓｅＨＩＩ遺伝子のクローニング
・・・上記で得られたＴｃｅＲＮａｓｅＨＩＩ標品を用いて，実施例３－（５）
に記載の方法により酵素活性を測定した結果，ＴｃｅＲＮａｓｅＨＩＩ標品にＲＮ
ａｓｅＨ活性が認められた。
【０２３９】ないし【０２４３】
実施例１０
実施例２から実施例９において得られたバチルスカルドテナックス（以下ＢＣ
Ａとする），ピロコッカスフリオサス（ＰＦＵ），サーモトガマリティマ（ＴＭ
Ａ），アルカエオグロバスフルギダス（ＡＦＵ），サーモコッカスリトラリス
（ＴＬＩ），サーモコッカスセラー（ＴＣＥ），ピロコッカスホリコシイ（ＰＨ
Ｏ）のアミノ酸配列と塩基配列について，ホモロジー検索を行なった。検索プログ
ラムは，ＤＮＡＳＩＳ－Ｍａｃ（宝酒造社製）のＭａｘｉｍｕｍＭａｔｃｈｉｎ
ｇとコンピュータアルゴリズムＦＡＳＴＡ(バージョン3.0；パーソン(Pearson，W．
R.)ら，Pro．Natl．Acad．Sci.，85:2444-2448，1988)で算出した。
まず，ＤＮＡＳＩＳによりＰＦＵに対するＰＨＯ，ＡＦＵ，ＴＬＩ，ＴＣＥのア
ミノ酸配列の相同性はそれぞれ６９％，４５％，６５％，５８％，塩基配列の相同
性はそれぞれ６８％，６０％，６５％，６１％であった。・・・
【０２４４】ないし【０２５１】
実施例１１
各種ＲＮａｓｅＨの作用機作と性質・・・
（２）Ｐｆｕ，Ｐｈｏ，ＡｆｕＲＮａｓｅＨＩＩの作用機作
Ｐｆｕ（パイロコッカスフリオサス），Ｐｈｏ（パイロコッカスホリコシイ），
Ａｆｕ（アルカエオグロバスフルギダス）のＲＮａｓｅＨＩＩの切断様式を解析
するため，以下のように基質を調整した。・・・
以上のことより，Ｐｆｕ，Ｐｈｏ，ＡｆｕのＲＮａｓｅＨＩＩは３’側のＲＮＡ
の５’側を切断した。ＰｆｕとＰｈｏのＲＮａｓｅＨＩＩはＲＮＡが１つの場合で
もＲＮＡの５’側を切断した。ＲＮＡが１つでも切断するＲＮａｓｅＨは報告され
ていない。切断された場合のシグナル強度はＲＮＡの数にかかわらず同様の強さを
示し，ＲＮＡの数による切断効率に差がないことが示された。また，一旦現われた
シグナルが経時的に減少したり，さらに短いシグナルが現われないことより，ＲＮ
Ａの３’側にＤＮＡが結合していないと切断されないことが示された。
(2)判断
ア上記(1)認定の事実によれば，本願明細書には，①本願補正発明のポリペプ
チドは，様々な耐熱性ＲＮａｓｅＨＩＩのアミノ酸配列の間で保存されている部分
の配列情報に基づいてクローニングされた遺伝子がコードするサーモコッカスリ
トラリス由来ＲＮａｓｅＨＩＩ（ＴｌｉＲＮａｓｅＨＩＩ）であって，ＲＮａｓ
ｅＨ活性を有することが確認されたこと（実施例８），②ＰｆｕＲＮａｓｅ
ＨＩＩ（パイロコッカスフリオサス由来のＲＮａｓｅＨＩＩ）に対するアミノ
酸配列相同性は，ＰｈｏＲＮａｓｅＨＩＩ（パイロコッカスホリコシイ由来
のＲＮａｓｅＨＩＩ）が６９％，本願補正発明であるサーモコッカスリトラリ
ス由来のＲＮａｓｅＨＩＩが６５％，ＴｃｅＲＮａｓｅＨＩＩ（サーモコッカ
スセラー由来のＲＮａｓｅＨＩＩ）が５８％，ＡｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ（ア
ルカエオグロバスフルギダス由来のＲＮａｓｅＨＩＩ）が４５％であること
（実施例１０），③一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む
鎖を切断するという基質切断特異性を，ＰｈｏＲＮａｓｅＨＩＩ及びＰｆｕ
ＲＮａｓｅＨＩＩは有することが確認され，ＡｆｕＲＮａｓｅＨＩＩは有さ
ないことが確認されたことが記載されていると認められるが（実施例１１），本願
補正発明であるサーモコッカスリトラリス由来ＲＮａｓｅＨＩＩ及びＴｃｅ
ＲＮａｓｅＨＩＩについて，基質切断特異性を有することが確認されたことの記
載はない。
したがって，本願明細書には，本願補正発明が，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２
本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断するという基質切断特異性を有しているこ
とが開示されているとはいえない。
イこの点，原告は，本願補正発明のＴｌｉＲＮａｓｅＨＩＩは，本願明細
書の実施例１ないし実施例７に記載される様々な耐熱性ＲＮａｓｅＨＩＩのアミ
ノ酸配列の間で保存されている部分をもとにしてオリゴヌクレオチドプライマーを
合成し，遺伝子をクローニングして得られたものであり，これらの耐熱性ＲＮａｓ
ｅＨＩＩが共通の性質を有すると推認できること，本願明細書の実施例１１
（２）では，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ及びＰｈｏＲＮａｓｅＨＩＩが，一
方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡ基質を切断することが示されたが，Ａｆｕ
ＲＮａｓｅＨＩＩは，当該基質を切断しなかったこと，ＴｌｉＲＮａｓｅＨ
ＩＩは，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩと６５％のアミノ酸配列相同性を有し，Ｐｈ
ｏＲＮａｓｅＨＩＩは，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩと６９％のアミノ酸配列
相同性を有するが，ＡｆｕＲＮａｓｅＨＩＩは，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ
に対し，４５％のアミノ酸配列相同性しか示さないことから，当業者は，当該実施
例において見出された耐熱性ＲＮａｓｅＨＩＩにおける「一方の鎖にＲＮＡを１
つ含む２本鎖ＤＮＡのうち，ＲＮＡ鎖を含む鎖を切断する」という基質切断特異性
に関し，ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩに対してアミノ酸配列相同性が４５％より高
く，６９％前後のアミノ酸配列相同性を有する耐熱性ＲＮａｓｅＨＩＩであれば，
当該特性を有していると予測することができ，本願明細書の上記記載から，本願補
正発明のＴｌｉＲＮａｓｅＨＩＩも，基質切断特異性を有すると推認できる旨
主張する。
しかし，２つのポリペプチドの間のアミノ酸配列相同性が６５％であることは，
全体のアミノ酸配列の３分の１以上が異なることでもあり，一般的には，このよう
な場合に両者の構造上の差異が小さいとは言い難く，両者のアミノ酸配列相同性が
６５％であるというだけでは，両者が同じ活性を有しているか否かは不明と考えざ
るを得ない（当業者が，両者のアミノ酸配列相同性が６５％であれば同じ活性を有
していると解し得ることを認めるに足りる証拠はない。）。また，本願において，
ＰｈｏＲＮａｓｅＨＩＩ及びＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩというアミノ酸配列
相同性が６９％のものが，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡ
を含む鎖を切断するという基質切断特異性を共有していることが確認されたことは，
ともにパイロコッカス属に属する耐熱性微生物である２種に由来するポリペプチド
においては３０％超のアミノ酸配列に変異があっても上記基質切断特異性に関わる
部分の構造は保存されていたという事実を示すにとどまり，本願補正発明のように
パイロコッカス属以外の微生物由来であっても，その微生物が耐熱性であり，ポリ
ペプチドが上記２種のいずれかと６５％程度のアミノ酸配列相同性を有するもので
さえあれば，基質切断特異性を有するとまでは認められない。仮に，基質切断特異
性を有する可能性が示唆されるとしても，上記のとおり，２つのポリペプチドの間
のアミノ酸配列相同性が６５％であるというだけでは，両者が同じ活性を有してい
るか否かは不明であるから，このような場合，実験等による確認なくしては，基質
切断特異性の有無は不明というほかなく，本願補正発明が基質切断特異性を有して
いるとまでは認められない。加えて，原告主張のように，本願出願時までに基質切
断特異性を有する耐熱性ＲＮａｓｅＨは報告されておらず，そのようなものは存在
しないであろうという技術常識があるならば，なおさらである。
以上のとおり，本願明細書の記載から，本願補正発明が，一方の鎖にＲＮＡを１
つ含む２本鎖ＤＮＡのうちＲＮＡを含む鎖を切断するという基質切断特異性を有し
ていることが推認されるとはいえない。
なお，原告は，審判段階でこの点についての審理が尽くされなかったとも主張す
るが，当審において主張立証が尽くされているので，結論を左右するものではない。
ウしたがって，本願補正発明が基質切断特異性という効果を有することを前提
とする原告の取消事由２の主張は，前提を欠き，理由がない。
２取消事由１（引用文献３に記載された発明の認定の誤り）について
原告は，本願明細書の記載に基づいて引用文献３に記載された発明の酵素の基質
切断特異性を推認できるとした審決の判断は誤りである，本願の出願後に公表され
た文献である甲２に基づいて引用文献３に記載された発明の酵素の基質切断特異性
を推認できるとした審決の認定は誤りである旨主張する。
一般に，発明の進歩性の判断は，審査を行う時点ではなく，出願日（優先権主張
がなされている場合は優先権主張日）を基準になされるものであるから（特許法２
９条２項），発明の進歩性の有無を判断するにあたって参酌することができる知見
は，出願前までのものであって，このことは，発明の構成の容易想到性判断のみな
らず，発明の効果の顕著性の判断に関しても同様である。また，特許出願された発
明に関する明細書に記載された知識に基づいて出願前の発明ないし技術常識を認定
することは，後知恵に基づいて特許出願された発明の進歩性を判断することになり
かねず，同項の趣旨に反するものであり，許されない。
本件において，審決が，本願明細書の記載に基づいて，「引用文献３に記載され
るＲＮａｓｅＨＩＩＰｋも同様に，一方の鎖にＲＮＡを１つ含む２本鎖ＤＮＡの
うちＲＮＡを含む鎖を切断することができると推認することができ」とし，あるい
は，本願出願後の文献である甲２に基づいて，「本願補正発明のポリペプチドが，
引用文献３に記載されるＲＮａｓｅＨＩＩＰｋと比べて，格別な違いはない」と
した判断手法は，誤りである。
しかし，上記１のとおり，「本願補正発明が基質切断特異性を有する」との効果
が認められないので，このことを考慮すると，上記の誤りは，審決の結論に影響を
及ぼすものではないというべきである。
したがって，原告の取消事由１の主張も理由がない。
３取消事由３（顕著な作用効果の看過（その２））について
原告は，①４ｍＭ等の低いマグネシウム濃度条件下において十分に高い活性を示
すという本願補正発明のポリペプチドの効果は，引用文献３に記載された発明と比
較して有利な効果であり，同発明から予想できない顕著な作用効果である，②本願
補正発明のポリペプチドは，４ｍＭ等の低いマグネシウム濃度条件下で十分なリボ
ヌクレアーゼＨ活性を有するので，ＴａｑＤＮＡポリメラーゼとの共存下での使
用が可能であり，引用文献３に記載されたＲＮａｓｅＨＩＩＰｋを最適化して用
いる場合と比較しても，格別顕著な効果を奏するとして，本願補正発明のポリペプ
チドの格別顕著な作用効果を看過した審決には誤りがある旨主張するので，以下，
検討する。
(1)上記①の主張について
本願明細書には，本願補正発明のポリペプチドが，４ｍＭ酢酸マグネシウム濃度
条件下でどの程度の大きさのＲＮａｓｅＨ活性を示したかについて直接的な記載は
ないが，原告は，得られた酵素標品が所望の活性を有するかどうかを確認する目的
で酵素反応を行う場合，予め複数の条件を検討して，十分に高い活性が得られる最
適又は最適に近い条件を用いることが当該技術分野における常法であることから，
４ｍＭ程度のマグネシウム濃度条件下の活性が最大又はそれに近いと理解できる旨
主張する。
そこで，本願明細書の記載を検討すると，上記１(1)のとおり，本願補正発明の
ポリペプチドであるＴｌｉＲＮａｓｅＨＩＩ（実施例８）以外に，ＢｃａＲＮ
ａｓｅＨＩＩＩ（実施例３），ＰｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ（実施例４），Ｐｈｏ
ＲＮａｓｅＨＩＩ（実施例６），ＡｆｕＲＮａｓｅＨＩＩ（実施例７），及び，
ＴｃｅＲＮａｓｅＨＩＩ（実施例９）について，４ｍＭ酢酸マグネシウムを含む
反応液中でＲＮａｓｅＨ活性を確認したこと，ＢｃａＲＮａｓｅＨ（実施例１）
について，４ｍＭ塩化マグネシウム（ＭｇＣｌ２）を含む反応液中でＲＮａｓｅＨ
活性を確認したことが，それぞれ記載されている。上記実施例において，本願補正
発明を含む上記７種類のＲＮａｓｅＨは，それぞれ由来が異なり，クラスもＩＩ又
はＩＩＩと異なるから，イオン要求性等の性質も異なると考えられるにもかかわら
ず，一律に４ｍＭマグネシウム濃度条件下でＲＮａｓｅＨ活性が確認されている。
そうすると，上記各実施例において，必ずしも，十分に高い活性が得られる最適又
は最適に近い条件を用いて酵素の活性が確認されたとは考え難く，本願補正発明の
酵素が４ｍＭマグネシウム濃度条件下において最大又は最大に近いＲＮａｓｅ活性
を有するか否かを，本願明細書の記載から推認することはできないから，４ｍＭ等
の低いマグネシウム濃度条件下において十分に高い活性を示すという効果が，本願
補正発明のポリペプチドにおける格別顕著な作用効果であるとは認められない。
また，原告は，甲９に記載された実験データを参酌すべきである旨主張する。し
かし，上記のとおり，本願補正発明について，４ｍＭ等の従来のＲＮａｓｅＨと
比べて非常に低いマグネシウム濃度条件下において十分に高いＲＮａｓｅＨ活性を
示すという効果が本願明細書に開示されているとはいえないから，その効果につい
て示す上記実験データは本願明細書の記載から当業者が推認できる範囲を超えるも
のであって，参酌することはできないというべきである。
したがって，原告の上記①の主張は理由がない。
(2)上記②の主張について
上記(1)のとおり，４ｍＭ等の低いマグネシウム濃度条件下において十分に高い
活性を示すという効果が，本願補正発明のポリペプチドにおける格別顕著な作用効
果であるとは認められないから，これを前提とする上記②の原告の主張は採用でき
ない。
(3)以上のとおり，原告の主張はいずれも採用できず，取消事由３は理由がない。
４なお，原告は，取消事由として，本願補正発明についての上記１ないし３の
主張に加えて，「本願発明の進歩性にかかる判断の誤り」をも主張するのか，明瞭
ではない。しかし，仮にその主張をしていると解されるとしても，本願発明は本願
補正発明を含むものであるから，本願補正発明についての上記判断と同様の理由に
より，原告の主張は理由がない。
第５結論
以上のとおり，原告主張の取消事由はいずれも理由がなく，審決に取り消すべき
違法はないものと判断される。原告は，他にも縷々主張するが，いずれも採用の限
りでない。
よって，原告の請求を棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第３部
裁判長裁判官
芝田俊文
裁判官
岡本岳
裁判官
武宮英子

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