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主文
１原判決を次のとおり変更する。
(1)本郷税務署長が被控訴人に対し，平成１０年１２月１８日付けでし
た，被控訴人の平成６年１０月１日から平成７年９月３０日までの事
業年度に係る法人税の更正処分のうち，納付すべき税額８３億７０３
５万５４００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課処分のうち１
２億００８２万６５００円を超える部分を取り消す。
(2)被控訴人のその余の請求を棄却する。
２訴訟の総費用は，これを５分し，その１を控訴人の負担とし，その余
を被控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１当事者の求める裁判
１控訴の趣旨
(1)原判決を取り消す。
(2)被控訴人の請求をいずれも棄却する。
(3)訴訟の総費用は被控訴人の負担とする。
２控訴の趣旨に対する答弁
(1)本件控訴を棄却する。
(2)控訴費用は控訴人の負担とする。
第２事案の概要
被控訴人は，１００％出資の外国子会社ａを設立した。その後，同社は，増
資して新株全部を被控訴人の関連会社ｂに著しく有利な価額で割り当てたとこ
ろ，本郷税務署長は，被控訴人保有のａ株式の資産価値をｂに移転させたもの
であり，移転した資産価値相当額はｂに対する寄附金に当たるとして，平成１
０年１２月１８日付けで，被控訴人の平成７年９月期の法人税について更正
（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税賦課決定（以下「本件
賦課決定処分」といい，本件更正処分と本件賦課決定処分を併せて，以下「本
件各処分」という。）をした。本件は，被控訴人が本件各処分の取消しを求め
る事案である。
１本件訴訟の経過
(1)原審は，被控訴人の保有する資産価値がｂに移転したとしても，それはａ
とｂ間の行為であり，被控訴人はｂに対して何らの行為もしておらず，法人
税法（以下「法」という。）２２条２項（無償による資産の譲渡又はその他
の取引）にも法１３２条１項１号（同族会社の行為計算否認）にも該当しな
いとして，被控訴人の求める限度で本件各処分を取り消した。
(2)差戻前の控訴審は，被控訴人の請求を棄却すべきものと判断した。その要
旨は，①増資により法２２条２項に規定する事実が生じたものであり，②ａ
の資産を時価純資産価額方式（法人税等相当額を控除しないもの）で評価し
て，ｂへ移転した資産価値を算定すべきであるとするものである。
(3)上告審判決は，上記(2)の①の判断は是認することができるが，同②の資
産評価方法の判断については以下のとおりの問題があり，これについて更に
審理を尽くすべきであるとして，本件を当審に差し戻した。
アａ保有のｃ株式の評価については，特段の事情がない限り，取引通念上，
純資産価額方式によるときには法人税等相当額を控除するべきであるのに，
差戻前の控訴審はその点の検討をしていない。
イｃ及びｄ（ａ保有株式）保有のｅ株式の評価並びにａ保有のｆ株式の評
価については，配当還元方式を採用する余地があるところ，差戻前の控訴
審はその点の検討をしていない。また，ｆ株式を純資産価額方式で評価す
るとした場合，アと同様の問題を究明するべきである。
２争いのない事実等
(1)関係する法人と役員等
被控訴人（旧商号・株式会社ｇ）は，図書及び雑誌の出版並びに販売等を
目的とし，財団法人ｈ（言語及び言語に係わる文化の理解と普及を目的とし
て昭和５４年１１月設立。平成７年２月１５日当時，被控訴人の発行済株式
の内２５万０８８０株（４９．６％）を保有する筆頭株主），財団法人ｉ等
を主要株主とする法２条１０号所定の同族会社である。
ａは，平成３年９月４日，被控訴人の１００％出資により，ｂは，平成７
年２月１３日，ｈの１００％出資により，それぞれオランダにおいて設立さ
れた株式会社である。
平成７年２月当時の上記各法人の役員の概要は，下表のとおりである。
ｊｋ
被控訴人取締役相談役代表取締役
ｈ理事長評議員
ａ代表取締役代表取締役
ｂ取締役取締役
(2)ａの設立と出資金
ａは，設立時，被控訴人から，下記の現物（簿価）及び現金１億０６００
万円，計１６億５０００万円相当（計２２００万ギルダー。１ギルダー７５
円換算による。）全額の出資を受け，資本金を２０万ギルダー（同１５００
万円相当）とし，株式２００株（１株１０００ギルダー。額面総額２０万ギ
ルダー）を発行し，資本金の額を超える２１８０万ギルダー（同１６億３５
００万円相当）を資本準備金とした。（甲１，乙６１）
種類等受入価額等
ｆ株式３５５９株11億0500万円
出資ｃ株式１５万株4億3900万円
現金1億0600万円
(3)設立に伴う現物出資の課税の繰り延べ
被控訴人は，平成１０年法律第２４号による改正前の法５１条１項に基づ
き，同条項に規定する特定出資に当たる上記(2)の現物出資について，出資時
の帳簿価額と時価との差額邦貨換算約８１億３４００万円を圧縮記帳し，課
税の繰延べを受けた。（甲１，乙６１）
帳簿価額時価
ｆ株式3559株11億0574万5228円86億3472万4794円
ｃ株式15万株4億3956万2983円10億4430万円
合計15億4530万8211円96億7902万4794円
(4)本件増資（下記の増資をいう。以下同じ。）
ａは，平成７年２月１３日，株主総会において，３００万ギルダー増資し，
発行する３０００株（本件増資新株。１株の額面金額１０００ギルダー）全
部を３０３万０３０３ギルダー（１株当たり１０１０．１ギルダー）でｂに
割り当てる旨の決議（本件増資決議）をし，払込みを受けて同社に株式を発
行し（以下「本件新株発行」という。），３万０３０３ギルダーを資本準備
金に組み入れ，同年４月２０日，３００万ギルダーについての本件増資の登
記手続をした。（甲１８４）
(5)本件各処分の経緯等
被控訴人は，平成６年１０月１日から平成７年９月３０日までの被控訴人
の事業年度（以下「平成７年９月期」という。）の法人税について，同年１
２月２７日，青色申告書を提出して確定申告をした。その内容は，別紙２の
番号①，⑩記載のとおりである。
これに対し，本郷税務署長は，平成７年９月期の法人税について，平成１
０年１２月１８日付けで，本件各処分をした。その内容は，別紙２記載のと
おりである。
被控訴人は，平成１１年２月５日，本件各処分について国税不服審判所長
に対する審査請求をしたが，３か月が経過しても裁決がされなかった。
(6)国税庁長官の発出した昭和４４年５月１日付け直審（法）２５「法人税基
本通達」（平成１２年課法２−７による改正前のもの。以下同じ。）９−１
−１４(4)は，「売買実例のあるもの」，「公開途上にある株式で，当該株式
の上場又は登録に際して株式の公募又は売出が行われるもの」，「売買実例
のないものでその株式を発行する法人と事業の種類，規模，収益の状況等が
類似する他の法人の株式の価額があるもの」に該当しない非上場株式で気配
相場のないものにつき，法（平成１７年法律第２１号による改正前のもの）
３３条２項の規定を適用する場合の事業年度終了の時における当該株式の価
額は，「当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発
行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通
常取引されると認められる価額」によるものとしている。そして，同通達９
−１−１５は，法人が非上場株式で気配相場のないもの（売買実例があるも
のなどを除く。）について同項の規定を適用する場合において，事業年度終
了の時における当該株式の価額につき，国税庁長官の発出した昭和３９年４
月２５日付け直資５６，直審（資）１７「財産評価基本通達」の１７８から
１８９−６までの例によって算定した価額によっているときは，課税上弊害
がない限り，所定の条件を付してこれを認めるものとし，この条件の一つと
して，財産評価基本通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改
正前のもの）１８５本文に定める１株当たりの純資産価額の計算に当たり，
当該株式の発行会社が有する土地を相続税路線価ではなく時価により評価す
るものとしている。
(7)取引相場のない株式の価額について，財産評価基本通達（平成１０年課評
２−１０，課資２−２６４による改正前のもの）１７８本文，１７９は，評
価しようとする株式の発行会社（以下「評価会社」という。）を大会社，中
会社，小会社に区分し，類似業種比準価額による評価（以下「類似業種比準
方式」という。），１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算し
た金額）による評価等を定めているが，同通達１７８ただし書，財産評価基
本通達（平成１５年課評２−１５，課資２−５，課審５−９による改正前の
もの）１８８，財産評価基本通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９
による改正前のもの）１８８−２は，「同族株主以外の株主等が取得した株
式」については，配当還元価額による評価（以下「配当還元方式」とい
う。）によるものとしている。
(8)財産評価基本通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改正前
のもの）１８５は，上記の１株当たりの純資産価額を，課税時期における各
資産を同通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期にお
ける各負債の金額の合計額及び財産評価基本通達（平成１０年課評２−５，
課資２−２４０による改正前のもの）１８６−２により計算した評価差額に
対する法人税額等に相当する金額（以下「法人税額等相当額」という。）を
控除した金額を課税時期における発行済株式数で除して計算した金額とする
と定めている。そして，同通達１８６−２は，法人税額等相当額を，「課税
時期における各資産をこの通達の定めるところにより評価した価額の合計額
（中略）から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額」から
「各資産の帳簿価額の合計額（中略）から課税時期における各負債の金額の
合計額を控除した金額」を控除した残額に５１％を乗じて計算した金額とす
ると定めている。また，財産評価基本通達（平成１１年課評２−１２，課資
２−２７１による改正前のもの）１８６−３は，評価会社について上記の１
株当たりの純資産価額を算定するに当たって，評価会社が取引相場のない株
式を保有する場合には，同株式の１株当たりの純資産価額の算定において法
人税額等相当額を控除しないことを定めている。
(9)財産評価基本通達（平成１５年課評２−１５，課資２−５，課審５−９に
よる改正前のもの）１８８(1)は，配当還元方式により評価すべき「同族株主
以外の株主等が取得した株式」の一つとして，「同族株主のいる会社の株主
のうち，同族株主以外の株主が取得した株式」を挙げ，この同族株主とは，
評価会社の株主のうち，株主の１人及びその同族関係者（法人税法施行令
（平成１５年政令第１３１号による改正前のもの）４条に規定する特殊の関
係のある個人又は法人をいう。以下同じ。）の有する株式の合計数がその会
社の発行済株式数の３０％（評価会社の株主のうち，株主の１人及びその同
族関係者の有する株式の合計数が最も多いグループの有する株式の合計数が，
その会社の発行済株式数の５０％以上である会社にあっては，５０％）以上
である場合におけるその株主及びその同族関係者をいうものとされている。
３争点
(1)法２２条２項の適用について
ア控訴人の主張
(ア)本件増資は，被控訴人，ａ及びｂの合意に基づき，ａ株式の資産価
値を分割し，対価を得ることなくその資産価値の一部を被控訴人からｂ
に移転させたものにほかならないから，法２２条２項の無償による資産
の譲渡又はその他の取引及び法３７条２項の寄附金に該当する。
すなわち，被控訴人は，ａの１００％株主として，本件増資により，
自らの意思に基づき，被控訴人の保有するａ株式の資産価値の大半をｂ
に取得させた。一方，ｂは，本件増資の結果，ａ資産の帳簿価額（当時
約２５１５万ギルダー）の約１２％，時価相当額（約２億７２９６万ギ
ルダー）の約１％に相当する３０３万０３０３ギルダーの増資払込みに
よって発行済株式総数３２００株の９３％を超える３０００株を取得し
た。
(イ)後記被控訴人の主張に対する反論
①資産の譲渡に関する主張について
法２２条２項が，法人の有償又は無償による資産の譲渡等に係る収
益を益金に算入する旨定める趣旨は，法人が管理支配権を行使して資
産価値を他に移転し，資産が法人の支配を離脱し，他に移転する際，
これを契機として顕在化した資産の経済的価値の担税力に着目して清
算課税しようとするもので，上記規定は，いわゆるキャピタル・ゲイ
ンに対する課税を定めるものである。
資産の譲渡又はその他の取引とは，法人が資産に対する管理支配権
を行使してその資産価値の全部又は一部を他に移転すること，すなわ
ち所得を構成する資産の増加を認識すべき一切の場合を意味し，法律
行為的な取引に限定されない。
法２２条２項，３項及び５項は，資本等取引を課税所得から除外し，
会社の共同所有者である株主が拠出した資本を会社が利用したことに
よる資産の増減のみを所得計算に用い，会社と株主との間の出資や利
益配当に基づく会社の純資産の増減に対しては課税しないことを明ら
かにしている。
②法施行令１１９条の１１について
平成１２年の法人税法改正により期末に計上される有価証券の評価
に関する規定が設けられ，これに伴い，上記施行令の規定が設けられ，
資産の譲渡がされないものの，保有目的のみが変わった場合のみなし
譲渡についての課税が設けられたが，資産を社外に流出させた本件に
は関わりを有しない。
③新株の有利発行に関する主張について
資金調達のための新株の有利発行は，これにより，旧株主の有する
会社資産に対する割合的持分の移転が生じても，迅速な資金調達のた
めであり，経済的合理性を欠くとはいえず，これについては，無償取
引に係る収益として移転した資産価値が益金に計上される一方で，上
記の割合的持分の移転に伴う損金算入が否認されず，課税所得が生じ
ない。これに対し，本件増資は，旧株主と新株主の持株割合を１対１
５，出資比率を９９対１とし，無償で企業譲渡を行うもので，経済的
合理性を欠き，移転に伴う損金算入は認められず，寄附金に該当する。
④法５１条の改正経緯に関する主張について
本件と法５１条改正とは直接関係がない。すなわち，ａの資産が増
加すれば，同社株式に係る含み益は増加し，法５１条の圧縮記帳がな
ければ含み益が生じないということはないし，含み益が生じていれば，
法５１条の改正後に本件増資が行われても，本件と同じ問題が生ずる。
⑤二重課税の主張について
被控訴人に対する課税はキャピタル・ゲインによるものであるのに
対し，ｂの益金は受贈益であり，このような事態は，資産の無償譲渡
の場合に常に生じ，憲法２９条に違反するものではない。
⑥いわゆるＢ株について
被控訴人の主張するオランダの税務当局によるタックス・ルーリン
グは，税法の具体的取扱についての承認であって，背景となった具体
的事実の法律的効果を承認するものでなく，また，定款変更について
の記述は瑕疵に気付いて将来に向かって変更するというのに止まるも
のである。
イ被控訴人の主張
(ア)本件増資により，資産価値の移転はない。
①そもそも，キャピタルゲインへの課税は，株主が会社に対する管理
支配権を行使したかどうかではなく，当該キャピタルゲインが株主に
帰属したか否かによるものであるが，本件増資においては，被控訴人
の保有する旧株式２００株についてのキャピタルゲインの全部又は一
部が，抽象的所有権に止まったまま利得が実現されることなく，失わ
れたのであって，未だ実現していない利得に課税されるべきではない。
②法２２条２項は，すべての無償による資産の譲渡又はその他の無償
取引から必ず益金が発生する旨を規定しているのではなく，同条４項
の「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」に従って益金を計
算するに際し，「無償による資産の譲渡」又は「その他の無償取引」
から益金が発生する場合があり得ることを規定しているにすぎないと
ころ，会計学上，利益の実現があったといえるためには「資産」の移
転がなければならないとされており，「資産価値」の移転だけでは，
利益の実現が生じたことにはならない。
③法２２条２項の「取引」について税法上格別の規定がない以上，そ
の意味は，一般私法におけるのと同じと解すべきである。そして，法
人税法は法人単位で課税しているから，ａが出資資産を管理処分する
行為は，株主である被控訴人自身の割合的持分の管理処分とは評価さ
れないはずであるし，被控訴人保有のａ株式は，本件増資によって譲
渡されてもいない。
(イ)法施行令１１９条の１１について
増資等による持株比率の変化は，法２２条２項にいう資産の譲渡その
他の取引に当たらないとされてきたが，平成１２年の法施行令１１９
条の１１の創設により，初めて，それに当たるとみなされることにな
ったのであって，同条創設前の本件増資による持株比率の変化につい
ての課税は，租税法律主義に反するというべきである。なお，同条創
設後においても，本件増資により，被控訴人の株式保有割合は，２０
％未満（１００％から６．２５％）となり，「満期保有目的等有価証
券」から「その他の有価証券」に区分変更されるものの，課税対象と
はならない。
(ウ)新株の有利発行について
①新株の有利発行により旧株式の含み益が減少しても，減少した含み
益が実現されたものとして旧株式の帳簿価格を評価換えし，評価益が
計上されることはない。
②控訴人の主張する会計処理方法を法２２条４項の会計処理の基準と
解することは，広く一般社会において確立した会計慣行を排除するも
ので，憲法８４条，３０条に反し，また，被控訴人だけに課税するも
ので，憲法１４条１項に違反する。
③第三者有利発行の場合，法施行令３８条１項２号に基づき，新株主
が，払込価額と時価との差額を受贈益として課税されるのであり，本
件においても，新株主にのみ課税され，法２２条２項により旧株主に
は課税されないと解釈すべきである。
(エ)所得税法施行令８４条について
所得税法施行令８４条は，新株主が有利な発行価額により新株等を引
き受ける権利は，旧株主からではなく，新株の発行会社から与えられる
と規定しているところ，第三者有利発行の際，所得税法上，新株主が新
株の時価と払込価額の差額につき受贈益として課税されることとの対比
からしても，新株等は旧株主の被控訴人からではなく，新株発行会社の
ａから新株引受人のｂに与えられたものと解すべきである。本件増資に
ついては，憲法８４条の租税法律主義の要請を充たすべきで，旧株主で
ある被控訴人に対して法２２条２項により課税することはできない。
(オ)法５１条の改正経緯について
従前，特定現物出資により設立された海外子会社が第三者有利発行を
行った場合，当該出資資産の含み益に対して課税されず，平成１０年の
改正により課税されるようになった。上記改正前にされた本件増資につ
き，改正後と同じ結果となる課税を認めることは，改正経過を無視し，
法２２条２項及び４項の解釈を誤るもので，憲法１４条に違反する（適
用違憲）。
(カ)譲受人との二重課税について
控訴人の解釈によれば，法人間の資産の無償譲渡につき，譲渡法人に
は時価から取得原価及び寄附金の損金算入限度額を控除した金額に課税
され，両者に対する課税総額は，その担税力の総額である譲渡益相当額
を超え，私有財産権を保障した憲法２９条に違反する。
(キ)いわゆるＢ株について
本件増資新株は，額面金額の価値しか有しないＢ株（種類株）であり，
残余財産分配請求権が額面金額（払込金額）に限られ，被控訴人の有し
ていたａ株式の資産価値（含み益）は，本件増資によりｂに移転しない。
すなわち，被控訴人，ａ及びｂの三社は，本件増資時から，ｂの保有す
るａ株式を額面金額の価値しかないＢ株とするとの共通の認識を有して
いた。ただ，ａは，本件増資に際し，定款を変更してＢ株を創設すべき
ところ，事務手続上の過誤により，定款変更をせず，平成８年春，代表
取締役のｌがこれに気付き，上記三社は，平成９年７月２８日，増資時
から想定していたとおりの定款変更を確認する合意をし，平成１０年３
月１０日，定款変更がされた。そして，増資新株は，オランダ税務当局
によるタックス・ルーリングによっても，Ｂ株と認められている。
(2)法１３２条１項１号の適用について
ア控訴人の主張
本件増資決議における議決権の行使は，法１３２条１項１号の行為に当
たる。
本件において，被控訴人は，新株引受権を取得し，これをｂに額面額で
譲渡したのと同様の経済的効果を生じさせた。このような場合，通常の経
済人として採るべき合理的行為は，ｂから相当対価を受領することである
ところ，相当対価を受領しない本件増資によって，被控訴人の法人税負担
は不当に減少している。
イ被控訴人の主張
(ア)違法な租税回避行為を行い得るのは，同族会社に限られず，非同族
会社の同種行為の方が，容易にはなし得ない行為，計算を敢えて行うと
いう点で，より悪質であり，行為，計算の否認の対象を，同族会社等の
それに限定する法１３２条１項１号は，憲法１４条に違反する。
(イ)法１３２条１項１号は，税務署長が法人税の負担を不当に減少させ
ると判断した場合，裁量で課税できると定め，客観的，合理的基準によ
り課税される保障がなく，租税法律主義，課税要件明確主義を定めた憲
法８４条，３０条に違反する。
(ウ)株式の第三者有利発行の際，旧株主には課税されず，平成１０年の
法５１条改正前には，圧縮記帳された現物出資に係る資産の含み益に対
し，結果的に日本国の課税権が及ばなかったことなどの事情からみると，
本来課税できない被控訴人の行為，計算にのみ法１３２条１項１号を適
用した本件更正処分は，憲法１４条に違反する。
(エ)本郷税務署長は，被控訴人の法人税負担が最も重くなる行為，計算
を恣意的に設定して課税しており，本件更正処分は，課税要件明確主義
をその内容の一つとする租税法律主義を定めた憲法８４条，３０条に違
反する。
(オ)ｂは，増資の対価を支払うなら，被控訴人にではなく，保有株の価
値を高めるためにａに払い込むものであるから，控訴人の主張は，法１
３２条１項１号の前提を欠くものである。
(3)ｂへの移転資産の額について
ア控訴人の主張
(ア)気配相場のない非上場株式の価額評価の方法について，法人税基本
通達９−１−１４及びその特例として同９−１−１５が定められている
ところ，ａの株式は，独立当事者間の適当な売買実例がないこと，株式
公開途上にはなく，公募等の価格がないこと，同社と事業の種類や収益
の状況等において類似する法人がないことから，本郷税務署長は，上記
通達９−１−１４(4)に基づき，時価純資産価額方式（資産負債を時価評
価して純資産価額を算出し，１株当たりの価額を算出する方法）により
評価した。
ａの資産の大部分を占めるｆ株式及びｃ株式も，本件増資当時非上場
であるから，同税務署長は，同様に評価することとし，被控訴人の依頼
により株式会社ｍ（以下「ｍ」という。）が平成７年３月１日現在で時
価純資産価額方式により評価したｆ株式に係る株式評価書，被控訴人の
提出に係るｃ株式の１株当たりの純資産価額の計算明細書(2)，ｆ及びｃ
２社についての平成６年３月期の決算書，所有土地につき平成７年度の
路線価の０．８で割り戻した価額（地価公示価額と同水準の価額とする
ため），保有する投資有価証券の平成７年２月１５日の終値（上場株
式），又は同年１月１６日から同年２月１５日までに取引のあった日の
終値と気配相場の平均価額との合計額をその合計日数で除した平均価額
（店頭登録株式）を基礎に評価した。上記により評価すると，ａの純資
産価額は，別紙の１記載のとおり，ｆ株式１８８億５９１４万１０００
円，ｃ株式８２億５０００万円となり，その他の資産，負債を加減する
と，別紙１の５及び６記載のとおりとなる。そして，これに基づいて，
本件両処分の基礎となる被控訴人の所得金額，税額等を算定すると，別
紙の２のとおりとなる。
(イ)被控訴人は，①平成７年３月１３日，ｆ株式１２４２株を１株５４
０万円で株式会社ｎ（被控訴人１００％出資の子会社）に売却した際，
ｍによる同株式の時価純資産価額方式による評価（甲２３１）に沿い，
法人税等相当額を控除することなく売買代金額を算定したほか，②同年
９月２９日，ｏ株式会社株式７８万株を１株５１０円でｏ株式会社αに
売却した際，③平成８年９月３０日，株式会社ｐ株式４００株を１株２
６６万１０００円，株式会社ｑ株式２００株を１株２９０万９０００円
で株式会社ｒに売却した際，④同日，株式会社ｒ株式４３００株を１株
２８万８０００円でｏ株式会社から取得した際も，同様の評価方法に基
づいて代金を算定し，その際法人税等相当額を控除することがなく，こ
れらの売買対象株式は気配相場のない非上場のものであった。また，⑤
被控訴人の主要株主のｉは，平成７年３月２４日，ｆ株式３３５株を１
株５４０万円でｎに売却した際，①と同様の評価に沿い，法人税等相当
額を控除することなく売買代金額を算定した。
このように，被控訴人は，本件増資のころ，気配相場のない非上場株
式の取引に当たり，法人税等相当額を控除しないで算定した純資産価額
を正当な時価であるとの認識を有していたことが明らかであって，この
認識は，本件増資当時，被控訴人の１００％出資にかかるａにおいても，
ｃ株式及びｆ株式の評価の認識に当たって同様であったということがで
きる。
(ウ)①ｃは，昭和３２年のｅ設立に関与し，本件増資当時はｃ代表取締
役のｓ及び取締役の上記ｊがｅの取締役の地位にあった。また，ｃは，
平成６年３月３１日現在では株主８社の一員としてｄ（ｃの１００％
出資のオランダ法人）とともにｅの３１．８％の持株割合があり，筆
頭株主グループに次ぐ株主グループであり，その後平成７年３月の第
三者割当増資に伴い，株主５０名の一員として２８．４％の持株割合
となった。ｃは，取締役会において，同業のｅの経営方針について協
議し，上記増資に当たっても，上記ｓ及びｊが時価純資産価額に準拠
した価額で，しかも，法人税等相当額を控除しない前提の代金額でｅ
株式の割当てを受けていた。
このように，ｃ及びｄは，少なからぬｅ株式を保有している上，そ
の事業経営に影響力を持つ株主であるというべきであるから，ｅ株式
について単に配当を期待して保有しているものということはできず，
その評価について配当還元方式を採用することは不適当であり，時価
純資産価額方式によるべきである。
②また，本件増資当時，上記ｊがｆの取締役の地位にあり，平成７年
３月３１日現在のｆの株主のうちａ及びその同族関係者の持株割合は，
２１．４％で，筆頭株主に次ぐ株主グループであった。ａ保有のｆ株
式は，その後，ｄ（１株につき８０５万円）を経てｎ（１株につき約
８１２万９０００円）に譲渡されたが，同社は，(イ)の①，⑤のとお
り，時価純資産価額方式に近似した価額でｆ株式を取得している。
このように，被控訴人の１００％子会社のａは，少なからぬｆ株式
を保有している上，その後の関係会社への譲渡価額が配当還元方式に
よる価額に比して著しく高額なものであることやｆの事業内容にも照
らせば，同社株式についてａが単に配当を期待して保有しているもの
ということはできないから，その評価について配当還元方式を採用す
ることが不適当であり，時価純資産価額方式によるべきことは，①と
同様である。
(エ)被控訴人は，法人税基本通達９−１−１４又はその特例としての同
９−１−１５のいずれかを納税者が自由に選択できると主張する。しか
し，後者の通達は，財産評価基本通達に定める評価方式の例によって算
定しているときは，課税上の弊害がない場合に限り，これを是認すると
いうもので，課税上弊害がある場合には，前者が適用されるものである。
ｆ及びｃは，含み益を有する土地を所有しているから，市場価格ではな
く路線価で評価することは株式の評価に関する課税上の弊害が生じる。
(オ)被控訴人は，ｆ及びｃの株式の評価については類似業種比準方式に
よるべきで，上場している類似企業であるｔ及びｕに比準して評価すべ
きである旨主張する。しかし，対象会社とｔ及びｕとは類似法人には当
たらない。
(カ)被控訴人は，清算所得に対する法人税額等の控除を主張する。しか
し，時価純資産価額方式は企業の継続を前提とした客観的交換価値を求
める趣旨のものであり，これによることは妥当ではない。なお，財産評
価基本通達は，時価純資産価額方式により評価する場合に上記控除をす
る旨定めるが，これは，個人が資産を直接保有する場合と間接保有する
場合との違いにより価値が異ならないように評価の均衡を図る必要があ
るためである。
イ被控訴人の主張
(ア)法人税基本通達９−１−１４と同９−１−１５のうち，本件におい
ては被控訴人に有利な後者を適用し，ｆ株式及びｅ株式（ｃ保有）の価
額は配当還元方式，ｃ株式及びｄ株式（ｃが保有する外国株式）は時価
純資産価額方式を基礎として，ａの資産価額を算定すべきである。これ
によれば，被控訴人の有価証券に係る利益の計上もれは２４億４０４８
万０９７３円，法人税額は，７億８８８６万９８００円となる。
(イ)ｆ株式の評価を類似業種比準方式，ｅ株式を配当還元価額方式，ｄ
株式及びｃ株式を時価純資産価額方式により，評価し，ａの資産価額を
算定すると，被控訴人の有価証券に係る利益の計上もれは６９億００７
９万７７２２円，法人税額は，２４億４０５８万１０００円となる。
(ウ)また，ｆ及びｅ株式は，類似業種比準方式により評価すべきで，こ
れによりｄ株式及びｃ株式を評価し，ａの資産価額を算定すると，被控
訴人の有価証券に係る利益の計上もれは８５億４２５９万４５９８円，
法人税額は，３０億４８５５万９１００円となる。
(エ)なお，ａの保有株式をすべて時価純資産価額方式により評価する場
合，日本法人ではないｄを除き，清算所得に対する法人税額等（本件増
資当時５１％。財産評価基本通達１８５，１８６−２）を控除すべきで
ある。これによると，被控訴人の有価証券に係る利益の計上もれは１７
７億８４６５万６６８０円，法人税額は，６４億７１０１万０１００円
となる。
(オ)控訴人がア(イ)①で主張する株式の売買は認めるが，同株式の株式
会社ｎへの売却は，同族関係者間の「相対売買」であり，その取引の結
果は，被控訴人が保有していたｆの株式をｄの株式と等価交換したのに
等しく，当事者間で当該株価が通常の取引に通用する適正な時価という
認識はなかった。また，控訴人がア(イ)②以下で主張する株式の譲渡は，
本件と関係がない。その上，ｏ株式会社，株式会社ｑ，株式会社ｒの各
株式は，いずれも時価純資産価額が簿価純資産価額を下回っていて評価
差額が生じない実態にあり，株式会社ｐについても，時価純資産価額が
簿価純資産価額とほぼ同額になっており，これらの株式の評価に当たり
法人税相当額を控除するかどうかは，その評価にまったく影響を与えな
いものである。これらの株式の相対売買における株式の評価に当たって
は，法人税相当額を控除するかどうかは重要な事項ではないから，上記
株式の売買において，当事者が取引の対象である株式の評価につき法人
税相当額を控除すべきでないと認識していたということはできない。
(4)その余の争点について
ア被控訴人の主張
(ア)控訴人の主張は，時機に後れたものである。
控訴人は，本件更正処分（平成１０年１２月１８日付）の法的根拠と
して法１３２条１項１号を主張していたが，平成１３年７月３０日の原
審第６回口頭弁論期日において，法２２条２項を主位的に，法１３２条
１項１号を予備的に主張する旨を明らかにした。同主張は，故意又は重
過失により時機に後れて提出したものであり，本件訴訟の完結を遅延さ
せることは明白である。民訴法１５７条１項の適用は原審における訴訟
手続の経過をも通観して判断すべきであり，原審における口頭弁論の終
結直前になって更正処分の法的根拠の主張を変更することは，訴訟上の
信義則に反する。
(イ)本件更正処分は，下記の点で，法１３０条２項に定める理由附記に
不備がある。
①本件増資により，被控訴人保有のａ株式２００株の含み益をｂに移
転させたと認定した根拠を，帳簿書類以上の信憑性のある資料を摘示
して説明していない。
②被控訴人がｂから旧株の滅失価値相当額を受領したと認定したこと
につき，資料の摘示を欠く。
③被控訴人が，ｂから旧株の滅失価値相当額を受領したと認定しなが
ら，他方で，対価を得ずにｂに対して本件利益を贈与したと認定し，
理由齟齬がある。
④法１３２条１項１号により否認の対象とされた行為として，「資産
価値の減少を防止する行為を行わなかったこと」，「何らかの対価を
得なかったこと」，「ｂのために本件増資決議を行ったこと」及び
「本件利益を流出させた行為」の４行為（計算）が挙げられているが，
否認の対象がその全部であるのか，一部であるのか，株主としての議
決権行使又はａの株主総会の行為が被控訴人の行為，計算として否認
の対象となるかが，一義的に明らかでない。
(ウ)更正処分の理由の差替えを許容すると，税務署長は，取消請求をし
た納税者に対しては，期間経過後，新たに更正処分と同じ行為を行うこ
とができ，それ以外の納税者に対してはそれができず，著しく不合理な
差別で，憲法１４条１項に反する。
(エ)法２２条２項と法１３２条１項１号とは，適用される社会生活事実
が同一でも，適用条文，構成要件，攻撃防御方法を異にする別個の処分
である。本件増資決議は平成７年２月１３日にされたが，平成１３年７
月３０日（原審第６回口頭弁論期日）に至り，本件更正処分の根拠とし
て法２２条２項を追加主張することは，更正等の期間経過後に新たな処
分をするのと異ならず，更正期間経過の利益を奪い，被控訴人に不利益
を与え，法１３０条２項の趣旨に反し，許されない。
(オ)更正処分に期間制限が設けられていること，国税通則法２６条が数
次の更正処分がされることを予定していることに照らせば，更正処分の
理由の差替え及びその基礎にあるいわゆる総額主義の考え方は正当では
ない。納税者には抗告訴訟を要求して不当利得返還訴訟の途を封じなが
ら，税務署長には理由の差替えを許すことは，不公平である。個別の取
引事実に基づくことなく，税額を確定する総額主義の見解は，憲法３０
条，８４条に違反する。理由の差替えは，憲法３１条の適正手続保障の
見地に照らし，認められるべきではない。
イ控訴人の主張
(ア)控訴人の主張は，時機に後れたものでない。
控訴人は，ａ株式の価値の一部をｂに移転する行為に対する課税の法
的根拠につき，当初，法１３２条１項１号を主張していたが，後に法２
２条２項の主張を追加した。しかし，法２２条２項の課税要件事実は法
１３２条１項１号の課税要件事実に包含されているので，上記新主張は，
時機に後れた攻撃防御方法には当たらない。
(イ)本件更正処分は，書類に記載された事実自体を否認するいわゆる帳
簿否認ではないから，理由附記に当たり帳簿の記載以上に信憑力のある
資料を摘示する必要はない。
(ウ)本件増資により，被控訴人保有のａ株式の価値の一部がｂに贈与さ
れたのであり，これについては，法２２条２項による課税が可能である
とともに，被控訴人が同族会社であることなどの事実を付加すると，法
１３２条１項１号に基づく課税も可能となる。したがって，控訴人は，
法１３２条１項１号の適用を主張し，法２２条２項に基づく課税につい
ての法的主張を追加したにすぎず，理由の差替えには当たらないし，該
当するとしても，許される場合である。
第３当裁判所の判断
１本件においては，ａ，ｃ及びｄが保有していた株式について，法２２条２項
の適用の可否が主要な争点の一つであるから，まず，これについて検討する。
(1)本件においては，前記争いのない事実等記載のとおり，(1)ｊ及びｋが同
族会社である被控訴人とその関係法人（ａ，ｂ及びｈ）の代表取締役，理事
長，取締役等に就任し，同財団が被控訴人の株式の約５０％，被控訴人がａ
の株式の１００％を保有し，同財団の１００％出資により，本件増資決議の
日の平成７年２月１３日，ｂが設立されていたところ，(2)本件増資により，
ａの全株式２００株を保有していた被控訴人の持株割合が１００％から６．
２５％（１６分の１）に減少したのに対し，ｂのそれは９３．７５％（１６
分の１５）となった。そして，(3)甲１，乙２，３，１５によると，ａは，持
株会社としての活動，融資，投資等を目的とするが，平成３年に設立されて
から本件増資時の平成７年までは事業所を有せず，従業員のいないいわゆる
ペーパーカンパニーであったことが認められる。
上記事実によれば，被控訴人は，ａに対する持株割合を激減させ，ｂの持
分割合を９３．７５％とすることによって，ａの株式２００株に表章されて
いた同社の資産価値の大部分を対価を得ることなく，ｂに移転させることを
意図したものということができ，そして，上記事実関係に基づけば，本件新
株発行は，被控訴人，ａ，ｈ及びｂの各役員が意思を相通じて行ったものと
推認することができるから，ｂとしても，被控訴人の上記のような意図を了
解して，上記資産の移転を受けたものということができる。
そこで，ａの株式に表章された資産価値は，被控訴人において支配し，処
分することができたところ，被控訴人は，このような利益をｂとの合意に基
づいて同社に移転したものということができる。すると，この資産価値の移
転は，被控訴人が意図し，ｂが了解したところが実現したものということが
できるから，法２２条２項の取引，すなわち「無償による資産の譲渡」に当
たるということができる。
(2)その他，被控訴人の法２２条２項の適用についての主張について
ア法施行令１１９条の１１について
上記規定は，平成１２年の法人税法改正により期末に計上される有価証
券の評価に関する規定が設けられたことに伴って設けられたものであり，
資産の譲渡がされないが，保有目的のみが変わった場合のみなし譲渡につ
いての課税が設けられたものであって，本件に適用されるものではないか
ら，上記規定が設けられたことによって，本件課税が租税法律主義に反す
ることにはならないというべきである。
イ新株の有利発行との関係について
本件増資は，旧株主と新株主の持株割合を１対１５，出資比率を９９対
１とし，無償で資産の譲渡を行うものであって，経済的合理性を欠き，資
金調達のための新株の有利発行と異なるから，本件増資につき法２２条２
項を適用しても，憲法８４条，３０条，１４条に違反すると解することは
できない。
ウ所得税施行令８４条との関係について
本件においては，新株引受権自体は，ａからｂに付与されることを前提
として，本件増資，新株発行により，被控訴人とｂとの合意により，被控
訴人とｂにａの株式に表章された資産価値が移転した点を捉えて法２２条
２項が適用されるのであるから，憲法８４条に違反するものではない。
エ法５１条の改正経緯について
本件は，ａの含み益に対する課税ではないから，法５１条とは関係がな
く，したがって，憲法１４条も関係がないというべきである。
オ二重課税について
被控訴人に対する課税はキャピタル・ゲインによるものであり，他方，
ｂに対する課税は受贈益であり，このような事態は，資産の無償譲渡の場
合に常に生じ得るのであって，憲法２９条に違反すると解することはでき
ない。
カＢ株について
被控訴人は，被控訴人，ａ及びｂとの間で，本件増資時からｂが取得す
る株式はいわゆるＢ株とするとの共通の認識があった旨主張する。しかし，
乙１５によれば，本件増資当時のａの定款には株式に種類が定められてお
らず，本件増資に際し，資本金の増額について定款の変更がされたものの，
種類株を設けることについては，定款の変更がなされていないことが認め
られるから（甲６によっても，本件増資に当たり，種類株を設けることに
ついての定款変更がされなかったことを窺うことができる。），ｂの取得
した株式が増資当時定めのなかったＢ株であると認めることはできない。
なお，被控訴人は，ａ及びｂとの間で，平成９年７月２８日，本件増資時
から想定していた定款変更を確認する合意をし，平成１０年３月１０日，
これを具体化した定款変更がされたと主張するが，本件増資より事後に種
類株を設ける旨の定款の変更がされても，これによって既に発行された株
式の表章する権利内容に変更を生じないことは明らかである。
２そこで，次にａの資産額について検討する。
(1)甲２４９によれば，本件増資当時，①ａは，ｆ株式３５５９株及びｃ株式
１５万株を保有するほか，別紙１の３，４記載の額の資産及び負債があるこ
と，②上記ｃは，ｅ株式１万００２０株とｄ株式２００株を保有し，ｄは，
ｅ株式４５００株を保有していることが認められる。
(2)ところで，国税庁長官の発出した昭和４４年５月１日付け直審（法）２５
「法人税基本通達」（平成１２年課法２−７による改正前のもの）９−１−
１４(4)は，「売買実例のあるもの」，「公開途上にある株式で，当該株式の
上場又は登録に際して株式の公募又は売出が行われるもの」，「売買実例の
ないものでその株式を発行する法人と事業の種類，規模，収益の状況等が類
似する他の法人の株式の価額があるもの」などに該当しない非上場株式で気
配相場のないものにつき，法（平成１７年法律第２１号による改正前のも
の）３３条２項の規定を適用する場合の事業年度終了の時における当該株式
の価額は，当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の
発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して
通常取引されると認められる価額によるものとしている。上記通達の定める
非上場株式の評価方法は，相続又は贈与における財産評価方法として一般的
に合理性を有し，課税実務上も定着しているところである。しかし，このよ
うな評価方法を無条件で法人税課税において採用すると弊害が生ずるので，
同通達９−１−１５は，財産評価基本通達の定める非上場株式の評価方法を，
１株当たりの純資産価額の計算に当たって株式の発行会社の有する土地を相
続税路線価でなく，時価で評価するなどの条件を付して採用することにして
いる。そして，財産評価基本通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９
による改正前のもの）１８５が定める１株当たりの純資産価額の算定方式を
法人課税においてそのまま採用すると，相続税等との性質の違いにより課税
上の弊害が生ずる場合には，これを解消する修正を加えるべきであるが，こ
のような修正をした上で同通達所定の１株当たりの純資産価額の算定方法に
のっとって算定された価額は，一般に通常の取引における当事者の合理的意
思に合致するものとして，法人税基本通達（平成１２年課法２−７による改
正前のもの）９−１−１４(4)にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌して
通常取引されると認められる価額」に当たるというべきである。以上のよう
な同通達９−１−１４(4)，９−１−１５の定めは，法人の収益の額を算定す
る前提として株式の価額を評価する場合においても，合理性を有するものと
して妥当すると解することができる。
そこで，次項以下において，このような前提で，ｃ株式，ｅ株式，ｆ株式
の評価方法について検討する。
(3)ｃ株式の評価方法について
財産評価基本通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改正前
のもの）１８５は，企業の継続を前提とした場合においても，１株当たりの
純資産価額の算定に当たり法人税額等相当額を控除することとしており，こ
れは，平成７年２月当時において，一般に通常の取引における当事者の合理
的意思に合致するものとして，法人税基本通達（平成１２年課法２−７によ
る改正前のもの）９−１−１４(4)にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌
して通常取引されると認められる価額」に当たるというべきである。そして，
このような価額によって株式の価額を評価し，これを前提に法人の収益の額
を算定することは，法人税法の解釈として合理性を有するといい得る。そこ
て，本件においては，関係法人がｃ株式について法人税等相当額を控除しな
い方式で評価する方が適切であると認識していたことを窺い知る証拠はない
から，ｃの１株当たりの純資産価額の評価においては，法人税額等相当額を
控除すべきである。
(4)ｃ及びｄが保有するｅ株式の評価方法について
甲１５９の③，２４９，乙８６及び弁論の全趣旨によれば，平成７年２月
当時，ｅ株式は，非上場株式であり，気配相場や独立当事者間の適当な売買
実例がなく，その公開の途上になく，同社と事業の種類や収益の状況等にお
いて類似する法人がなかったと認められる。次に，甲１５６，１５９の③，
２４９及び弁論の全趣旨によれば，平成７年２月当時におけるｃ及びその同
族関係者に当たるｄのｅの株式の持株割合は，２８．４％ないし３１．８％
であり，他方その筆頭株主の持株割合は，５１．１％ないし４５．６％であ
ることが認められる。すると，ｃ及びｄは，財産評価基本通達（平成１５年
課評２−１５，課資２−５，課審５−９による改正前のもの）１８８(1)の同
族会社に当たらず，ｃ及びｄが保有するｅ株式は，同通達１８８(1)にいう
「同族株主のいる会社の株主のうち，同族株主以外の株主が取得した株式」
に当たるから，同通達１８８，財産評価基本通達（平成１０年課評２−５，
課資２−２４０による改正前のもの）１８６−２においては，配当還元方式
により評価すべきこととなる。
しかし，ｃ及びｄが保有するｅ株式の割合は，２８．４％ないし３１．８
％であることからすると，ｃ及びｄが単に配当を期待してｅ株式を保有して
いたといえないこともあり，このような場合には，同株式を配当還元方式に
よって評価することが著しく不合理な結果を生じさせるなど課税上の弊害を
もたらす場合もあると考えられる。
そこで，ｅ株式を配当還元方式によって評価することが著しく不合理な結
果を生じさせないかどうかについて検討すると，甲１５１，１５９の③，２
４９，乙７１，乙８５ないし８７，弁論の全趣旨によれば，(ア)ｃは，ｅの
設立に関与し，筆頭株主に次ぐ株主グループとして，ｃの代表取締役のｓ及
び取締役のｊが取締役に就任していたこと，(イ)平成７年３月のｅの第三者
割当増資の際，上記ｓ及びｊが株式の割当てを受けたこと，(ウ)ｃでは，同
業のｅの経営方針について取締役会で協議をするなど，同社の事業経営に関
心を有していたといい得ること，(エ)ｅ株式を配当還元方式で評価すると１
株につき約６万円であるのに対し，時価純資産価額方式で評価すると２６５
万円であること，(オ)被控訴人は，本件増資のころ，そのメディア事業の一
環として，１００％出資の株式会社ｎを設立し，テレビ・ラジオ等の情報媒
体の企画・制作及び販売等を事業目的としていたことが認められる。
このような事実によると，ｅの２８．４％ないし３１．８％の持株割合が
あり，筆頭株主グループに次ぐ株主グループであったｃ及びｄが単に配当を
期待してｅ株式を保有していたと解することは相当でなく，ｃ及びｄは，ｅ
の事業経営につき上記持株割合に基づく影響力を有していたと推認するの相
当である。そして，本件増資当時，ａが被控訴人の１００％出資のいわゆる
ペーパーカンパニーであったことは，前記第３の１記載のとおりである。し
たがって，ｃ及びｄが保有していたｅ株式を配当還元方式によって評価する
と著しく不合理な結果を生じさせて課税上の弊害をもたらすということがで
き，そして，上記のようにｅ株式は非上場株式であり，気配相場や独立当事
者間の適当な売買実例がなく，その公開の途上になく，同社と事業の種類や
収益の状況等において類似する法人がなかったと認められるから，上記ｅ株
式は時価純資産価額方式で評価するのが相当である。なお，上記のようにｃ
の純資産価額の算定において法人税額等相当額を控除するから，ｅの純資産
価額については，重ねて法人税額等相当額を控除することなく，これを算定
すべきである。
(5)ａが保有するｆ株式の評価方法について
甲１５４の①②，２４９及び弁論の全趣旨によれば，平成７年２月当時，
ｆ株式は，非上場株式であり，気配相場や独立当事者間の適当な売買実例が
なく，その公開の途上になく，同社と事業の種類や収益の状況等において類
似する法人がなく，そして，上記当時におけるａ及びその同族関係者のｆ株
式の持株割合は，２１．４％であり，他方その筆頭株主の持株割合は，３８．
３％であることが認められる。すると，ａ及びその同族関係者は，財産評価
基本通達（平成１５年課評２−１５，課資２−５，課審５−９による改正前
のもの）１８８(1)の同族会社に当たらず，ａ及びその同族関係者が保有する
ｆ株式は，同通達１８８(1)にいう「同族株主のいる会社の株主のうち，同族
株主以外の株主が取得した株式」に当たるから，同通達１８８，財産評価基
本通達（平成１０年課評２−５，課資２−２４０による改正前のもの）１８
６−２においては，配当還元方式により評価すべきこととなる。
しかし，ａ及びその同族関係者が保有するｆ株式の割合が２１．４％であ
ることからすると，ａが単に配当を期待してｆ株式を保有していたといえな
いこともあり，このような場合には，同株式を配当還元方式によって評価す
ることが著しく不合理な結果を生じさせるなど，課税上の弊害をもたらす場
合もあると考えられる。
そこで，ｆ株式を配当還元方式によって評価することが著しく不合理な結
果を生じさせないかどうかを検討すると，前記争いのない事実等，甲２４９
及び弁論の全趣旨によれば，(ア)本件増資当時，ａとその同族関係者は，筆
頭株主グループに次ぐ株主グループとして，その代表取締役のｊが取締役に
就任していたこと，(イ)ｆ株式を配当還元方式で評価すると１株につき８万
円であるのに対し，時価純資産価額方式で評価すると５２６万９３８４円で
あることが認められる。そして，本件増資のころ，(ウ)被控訴人が，メディ
ア事業の一環として，テレビ・ラジオ等の情報媒体の企画・制作及び販売等
を事業目的とする１００％出資の会社を設立したこと，(エ)ａが被控訴人の
１００％出資のいわゆるペーパーカンパニーであったことは，前記のとおり
である。加えるに，被控訴人が平成７年３月１３日にｆの株式１２４２株を
１株５４０万円で株式会社ｎ（被控訴人が１００％出資の子会社）に売却し
たことは，当事者間に争いがなく，甲１，２３１，乙７５ないし８２によれ
ば，上記ｆ株式の売買に当たり，被控訴人と株式会社ｎは，ｍによる同株式
の時価純資産価額方式による評価に沿い，法人税等相当額を控除することな
く売買代金額を算定したこと，さらに，被控訴人は，①平成７年９月２９日，
ｏ株式会社株式７８万株を１株５１０円でｏ株式会社αに売却した際，②平
成８年９月３０日，株式会社ｐ株式４００株を１株２６６万１０００円，株
式会社ｑ株式２００株を１株２９０万９０００円で株式会社ｒに売却した際，
③同日，株式会社ｒ株式４３００株を１株２８万８０００円でｏ株式会社か
ら取得した際も，ｍによる株式評価に沿い法人税等相当額を控除することな
く売買代金額が算定されことが認められる。
以上のような事実によれば，ａが単に配当を期待してｆ株式を保有してい
たと解するのは相当ではなく，ａは，ｆの事業経営につき上記持株割合に基
づく影響力を有していたと推認するのが相当であり，しかも，被控訴人と株
式会社ｎは，平成７年３月１３日にｆの株式１２４２株を１株５４０万円で
売買したのは，同株式を配当還元方式で評価するよりも時価純資産価額方式
（法人税等相当額を控除しない。）による方が適切であることを認識してい
たものということができ，被控訴人の１００％出資の子会社であるａも同様
の認識であったと推認することができる。したがって，ｆ株式を配当還元方
式で評価すると著しく不合理な結果を生じさせて課税上の弊害をもたらすと
いうことができ，そして，上記のように，ｆ株式は非上場株式であり，気配
相場や独立当事者間の適当な売買実例がなく，その公開の途上になく，同社
と事業の種類や収益の状況等において類似する法人がなかったから，同社の
株式は時価純資産価額方式によって評価するのが相当である。
(6)なお，甲２４９及び弁論の全趣旨によれば，ｄ株式も法人税額等相当額を
控除せず，時価純資産価額方式で評価するのが相当であると認められる。
(7)ところで，被控訴人は，ｆ株式とｅ株式は類似業種比準方式によって評価
するべきであると主張する。しかし，本件全証拠によっても，上記２社と類
似する法人といい得るような法人は認められない。また，被控訴人は，ｄを
除き清算所得に対する法人税額等の控除を主張するが，本件においては，企
業の継続を前提とした価値を求めるべきものであるから，清算所得に対する
法人税額等を控除しないのが相当である。
３被控訴人の納付すべき金額
(1)甲２４９によれば，平成７年２月当時，①ａは，ｆ株式３５５９株及びｃ
株式１５万株及び別紙１の３，４記載の額の資産及び負債があること，②ｃ
は，ｅ株式１万００２０株及びｄ株式２００株を保有し，ｄは，ｅ株式４５
００株を保有していることが認められる。
そして，上記１及び２によれば，上記各株式の評価方法は，ｃ株式につい
ては，法人税額等相当額を控除して純資産価額方式に，ｄ株式，ｅ株式及び
ｆ株式については，いずれも法人税額等相当額を控除せずに純資産価額方式
によるべきであるから，上記２の事実，甲２４９及び弁論の全趣旨によれば，
その価額は次のとおりとなる。
ｅ株式１株２６５万円
（１万００２０株２６５億５３００万円）
ｄ株式１株５４９６万２０５１円
（２００株１０９億９２４１万０２００円）
ｃ株式１株３万０９４８円
（１５万株４６億４２２０万円）
ｆ株式１株５２９万９３８４円
（３５５９株１８８億６０５０万７６５６円）
(2)被控訴人は，本件増資前，ａの全株式２００株の表章する別紙１の５記載
の資産を保有していたが，本件増資の結果，同社の発行済株式３２００株の
うち２００株の株主となり，その余の資産を喪失する一方，前記争いのない
事実等(3)(4)記載のとおり，ｂが３０３万０３０３ギルダー（１億７６２７
万２７２５円相当）を払い込み，ａの資産（別紙１の６記載）の３２００分
の３０００を取得したものである。
そこで，上記(1)及び甲２４９によれば，本件増資後のａの資産は，ｆ株式
１８８億６０５０万７６５６円，ｃ株式４６億４２２０万円，その他の資産
１億８７５０万２９６８円，合計２３６億９０２１万０６２４円であり，負
債が３４万１７４９円であることが認められる。したがって，ａの純資産価
額は，資産合計額から負債を控除した２３６億８９８６万８７５円に本件増
資払込額１億７６２７万２７２５円を加えた２３８億６６１４万１６００円
となる。
そして，ａの資産価値のうち，３２００株分の３０００株相当額からｂの
本件増資払込額１億７６２７万２７２５円を控除した残額２２１億９８２３
万５０２５円が被控訴人からｂに移転したというべきであり，被控訴人は，
本件事業年度において，同額の収益を得るとともに，ｂに対して同額の寄附
金を支出したこととなる。
したがって，被控訴人の納付すべき税額は，別紙３のとおり８３億７０３
５万５４００円となる。また，これに対する過少申告加算税を国税通則法６
５条１，２項に従って算出すると，１２億００８２万６５００円となる。
４その余の争点について
(1)法１３２条１項１号の適用について
以上によれば，本件においては，法１３２条１項１号を適用する場合に当
たらない。
(2)被控訴人は，控訴人の法２２条２項に関する主張が民訴法１５７条１項に
反するなどとして，許されないと主張する。
そこで検討すると，本郷税務署長は，平成１０年１２月１８日本件両処分
をした際，本件増資により被控訴人とｂの持株割合に変化を生じた事実（本
項において「対象事実」という。）が課税要件を満たすとし，審査請求及び
本件訴訟（平成１２年３月２４日提起）において，同族会社における行為計
算の否認（法１３２条１項１号）を主張しながら，平成１３年７月３０日
（原審第６回口頭弁論期日）になって，無償による資産の譲渡等（法２２条
２項）を主張するに至った。以上は，争いのない事実等か，記録上明らかな
事実である。
ところで，上記両規定による課税要件は，対象事実は共通であるものの，
それが，①資産の譲渡等に該当するものであるか（法２２条２項），②資産
の譲渡等に当たるかどうかはともかく，行為計算として否認されるべきもの
であるか（法１３２条１項１号）との点において，課税要件を異にしている
から，控訴人の主張するような専ら法的な主張の相違ということができない
ことは明らかである。もっとも，これら両規定は，対象事実によって被控訴
人が資産又は資産価値を失い，これをｂが取得するに至ったと評価し得ると
する点では要件を共通にし，資産等の喪失及び取得が両社の合意に基づくの
か（法２２条２項），合意を問うまでもなく，被控訴人の意思に基づくのか
（法１３２条１項１号），さらに，後者については被控訴人が同族会社であ
ることにより，課税要件が決せられる点において異なるものである。そして，
本件においては，本件両処分以来，対象事実そのものは当事者双方に明確で
あり，対象事実をどのように評価するかが論争の中心であったということが
できる。そうすると，本件両処分の前提となるべき重要な対象事実が当初か
ら明らかとなっている本件の審理経過にかんがみると，控訴人による法２２
条２項に基づく課税の主張は，本件訴訟の完結を遅延させるものでなく，時
機に後れた攻撃防御方法には当たらないというべきである。もとより，上記
のうち一方の規定に基づく課税要件を主張することが，他方の規定に基づい
て課税できないことの自白になる筋合いのものでもない。
(3)被控訴人は，本郷税務署長には本件更正処分に当たり法１３０条２項違反
があると主張する。
甲２４９によれば，控訴人は，本件更正処分の理由として，被控訴人の備
付けの帳簿類に基づき，有価証券に係る利益の計上もれを指摘し，被控訴人
が，保有するａ株式に生じていた経済的利益（本件利益）を何らの対価を得
ることなくｂに移転させて社外に流出させたことは営利を目的とする法人が
選択する行為としては不自然，不合理な行為であること，被控訴人が同族会
社で，ｂも被控訴人と人的，資本的に密接な関係にある法人であることから
成し得た行為で，営利を目的とする法人として合理的に行動すれば，本件増
資決議に際し，既存株主として，ｂから少なくとも喪失利益相当額に見合う
対価を受領するべきであるとし，本件利益の社外流出は被控訴人の利益とし
て計上すべきであったとして，法１３２条１項１号（同族会社の行為又は計
算の否認）の規定により課税する旨明らかにしている。
法１３０条２項が青色申告にかかる法人税申告について更正をする場合に
理由を付記すべきものとしているのは，法が，青色申告制度を採用し，青色
申告に係る所得の計算については，それが法定の帳簿書類による正当な記載
に基づくものである以上，帳簿の記載を無視して更正されることがないこと
を納税者に保障した趣旨にかんがみ，処分庁の判断の慎重，合理性を担保し
てその恣意を抑制するとともに，更正の理由を知らせて不服申立ての便宜を
与える趣旨に出たものである。したがって，帳簿書類の記載自体を否認する
ことなしに更正する場合，帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示すること
を要しないし，前記理由附記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示
するものである限り，法の要求する更正理由の付記として欠けるところはな
い。
本件についてこれをみると，本件更正処分は，帳簿の記載事実を否認する
ことなく，これを前提とし，被控訴人が何らの対価を得ることなく保有する
資産価値をｂに移転させたとして，法１３２条１項１号を根拠としたことを
示す趣旨が明らかであり，帳簿の記載以上の資料を摘示することを要しない
し，処分理由の記載としても，不備はない。
被控訴人のこの点についての主張は，理由がない。
(4)被控訴人は，本訴における控訴人の理由の差替え等が許されないと主張す
る。
しかし，前示(1)のとおり，法２２条２項及び法１３２条１項１号の規定の
課税要件の関係及び本件事実関係にかんがみると，本件においては，本件更
正処分における課税の根拠につき，訴訟に至って前者の要件を追加的に変更
し，更正の理由を変更することも許容されると解すべきである。それ故，被
控訴人は，更正処分の理由の差替えについて，るる主張するが，いずれも理
由がなく，また，総額主義が憲法１４条１項，３０条，３１条又は８４条に
違反するとの主張も，採用することができない。
５以上によれば，本件更正処分は，納付すべき税額８３億７０３５万５４００
円の限度で，本件賦課決定処分は１２億００８２万６５００円の限度で正当で
るが，これらを超える部分はいずれも違法というべきである。
第４結論
よって，原判決を変更し，本件更正処分のうち納付すべき税額８３億７０３
５万５４００円を超える部分及び本件賦課決定処分のうち１２億００８２万６
５００円を超える部分を取り消し，その余の本件請求を棄却することとし，訴
訟費用の負担につき行訴法７条，民訴法６７条２項，６１条，６４条を適用し
て，主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第２４民事部
裁判長裁判官大喜多啓光
裁判官園部秀穗
裁判官菅原崇
（別紙）
１ａの資産の評価額
│項目価額
１ｆ株式の価額(１株当たり)188億5914万1000円(529万9000円)
２ｃ株式の価額(１株当たり)82億5000万円(5万5000円)
３その他の資産価額1億8750万2968円
４その他の負債価額34万1749円
５純資産価額（増資前）272億9630万2219円
６純資産価額（増資後）274億7257万4944円
２本件更正処分等の基礎となる数額
項目番号金額
申告所得金額①0円
有価証券に係る利益の計上もれ②255億7926万6285円│
加算寄附金の損金不算入額③252億5952万5456円│
加算金額合計（②＋③）④508億3879万1741円│
寄附金として損金に算入すべき金額⑤255億7926万6285円│
減算繰越欠損金の当期控除額⑥3億0632万1105円│
減算金額合計（⑤＋⑥）⑦258億8558万7390円│
差所得金額（①＋④−⑦）⑧249億5320万4351円│
⑧についての法人税額⑨93億5745万1500円│
被控訴人の確定申告に係る法人税額⑩2億6494万2300円│
本件更正処分に係る法人税額（⑨＋⑩）⑪96億2239万3800円│
本件賦課決定処分に係る過少申告加算税額⑫13億8863万2500円│
３被控訴人の納付すべき税額
単位：円
金額項目
確定申告における課税所得金額①0
有価証券に係る利益の計上もれ額
②22,198,235,025
加算金額（別紙１３の③の金額）
１課税所得金額寄附金の損金不算入額③21,920,757,087（注１）
減算金額寄附金の損金算入額④22,198,235,025
損金の額に算入される欠損金額⑤306,321,105
課税所得金額（①＋②＋③−④−⑤）⑥21,614,435,982
２課税所得金額に対する法人税額⑦8,105,413,125（注２）
３課税土地譲渡利益金額に対する法人税額⑧299,700,000
４法人税額から控除される所得税額⑨34,757,636
５納付すべき税額（⑦＋⑧−⑨）⑩8,370,355,400（注３）
(注１）法人税法３７条（平成１０年法律２４号改正前のもの。）の規定に基づいて寄附金の損金算入
限度額を再計算した結果，新たに生じた寄附金の損金不算入額である。
(注２)⑥欄の金額に法人税法６６条（平成１０年法律２４号改正前のもの）に規定する税率を乗じた
ものである。
(注３)100円未満の端数は切り捨て

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