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平成１４年(ワ)第９５０３号特許権侵害差止等請求事件
口頭弁論終結日　平成１５年２月１７日
　　　　　　　　　　　　　判　　　　　　決
原　　　　　　告　ピーイーコーポレイション（エヌワイ）
訴訟代理人弁護士　　花　岡　　　巖
同木　崎　　　孝
　　　　　　同　　　　　　　　　　森　岡　　　誠
補佐人弁理士山　本　秀　策
　　　　　　同　　　　　　　　　　森　下　夏　樹
被　　　　　　告　日本バイオ・ラッドラボラトリーズ株式会社
訴訟代理人弁護士　　　鈴　木　　　修
同　　　　　　　　　　深　井　俊　至
同　　　　　　　　　　木　村　耕太郎
補佐人弁理士　　　　　伊　藤　　　茂
同　　　　　　　　　　江　尻　ひろ子
同　　　　　　　　　　深　澤　憲　広
　　　　　　　　主　　　　　　文
１　被告は，別紙物件目録記載の装置を輸入，販売してはならない。
２　被告は，その占有に係る別紙物件目録記載の装置のうち，解析コン
ピュータ及びカラープリンターを除く部分を廃棄せよ。
　　　　　３　原告のその余の請求を棄却する。
　　　　　４　訴訟費用は被告の負担とする。
５　この判決は，第１項及び第４項に限り，仮に執行することができ
る。
　　　　　　　事実及び理由
第１　請求
１　被告は，別紙物件目録記載の装置を輸入，販売してはならない。
２　被告は，その占有に係る別紙物件目録記載の装置を廃棄せよ。
第２　事案の概要
本件は，核酸増幅反応モニター装置に関する特許権を有する原告が，ポリメ
ラーゼ連鎖反応（以下「ＰＣＲ」という。）による核酸増幅を解析するための装置
を輸入，販売している被告に対して，被告が上記装置を輸入，販売することは，原
告の有する上記特許権の侵害に当たるとして，上記特許権に基づき，その輸入，販
売の差止め等を求めている事案である。
１　争いのない事実等
(1)　原告は，次の特許権（以下「本件特許権」といい，特許請求の範囲の請求
項１の発明を「本件発明」という。）を有している。
特許番号　　　　　第３１３６１２９号
発明の名称　　　　核酸増幅反応モニター装置
出願日　　　　　　　平成４年５月６日
登録日　　　　　　　平成１２年１２月１日
優先権主張日　　　　平成３年５月２日
優先権主張国　　　　米国
特許請求の範囲　　　別紙特許公報の該当欄記載のとおり（以下，同公
報掲載の明細書を「本件明細書」という。）
(2)　本件発明を構成要件に分説すると，次のとおりとなる。
Ａ　複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターするための装置であっ
て，
　　　Ｂ　１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するための支持体を有する熱循
環器
　　　Ｃ　及び前記１又は複数の核酸増幅反応混合物に光学的に連係される光学系
を有し，
　　　Ｄ　ここで該光学系は，前記１又は複数の核酸増幅反応混合物を閉じたまま
で各反応混合物からの光シグナル測定するために作用し得る検出器を有し，
　　　Ｅ　これにより，複数の循環期間にわたって各光学シグナルの循環依存的変
化を測定することが可能である
　　　ことを特徴とする装置。
(3)　本件発明に係る特許出願（以下「本件特許出願」という。）は，平成４年
（１９９２年）５月６日にされた出願（特願平４－１５８４５４号。以下「原出
願」という。）からの分割出願である。
ア　分割直前の原出願の明細書（以下「原出願明細書」という。乙１）の
「特許請求の範囲」の請求項１１は，以下のとおりである。
「試料中の標的核酸の増幅中，二重鎖核酸の増加を監視するに際し，
(ａ)　前記試料と，ＤＮＡ結合試剤であって，二重鎖核酸に結合した場
合に検出可能な信号を与え，該信号は該試剤が未結合の場合に該試剤により与えら
れる信号と区別可能であることをもって特徴付けられるＤＮＡ結合試剤とを含んで
なる増幅反応混合物を用意し，
(ｂ)　工程(ａ)の混合物により生じる前記信号の量を測定し，
(ｃ)　前記混合物を前記標的核酸の増幅条件下で処理し，そして，
(ｄ)　この処理工程(ｃ)の間に混合物により生じる前記信号の量を測定
する，
工程を含んでなる二重鎖核酸増大の監視方法」
イ　原出願に係る発明は，前記のアに，原出願の明細書の「特許請求の範
囲」の請求項１３，１４及び１８項の内容を加えて整理すると，以下のとおりとな
る（なお，加えた部分に下線を施した。）。
「試料中の標的核酸の増幅中，二重鎖核酸の増加を監視するに際し，
(ａ)　前記試料と，ＤＮＡ結合試剤であって，二重鎖核酸に結合した場
合に検出可能な信号を与え，該信号は該試剤が未結合の場合に該試剤により与えら
れる信号と区別可能であることをもって特徴付けられるＤＮＡ結合試剤とを含んで
なるポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）混合物を用意し，
(ｂ)　工程(ａ)の混合物により生じる前記信号の量を，光ファイバおよ
び分光螢光測定装置を使用して測定し，
(ｃ)　前記混合物を前記標的核酸の増幅条件下で処理し，そして，
(ｄ)　この処理工程(ｃ)の間に混合物により生じる前記信号の量を，光
ファイバ及び分光螢光測定装置を使用して，ＰＣＲ中継続的に測定する，
工程を含んでなる二重鎖核酸増大の監視方法」
ウ　上記のとおり整理した原出願に係る発明を，構成要件に分説すると，次
のとおりとなる。
　　　　Ａ’　試料中の標的核酸の増幅中，二重鎖核酸の増加を監視するに際し，
　　　　Ｂ’　前記試料と，ＤＮＡ結合試剤であって，二重鎖核酸に結合した場合
に検出可能な信号を与え，該信号は該試剤が未結合の場合に該試剤により与えられ
る信号と区別可能であることをもって特徴付けられるＤＮＡ結合試剤とを含んでな
るポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）混合物を用意し，
　　　　Ｃ’　工程Ｂ’の混合物により生じる前記信号の量を，光ファイバおよび
分光螢光測定装置を使用して測定し，
　　　　Ｄ’　前記混合物を前記標的核酸の増幅条件下で処理し，そして，
　　　　Ｅ’　この処理工程Ｄ’の間に混合物により生じる前記信号の量を，光フ
ァイバ及び分光螢光測定装置を使用して，ＰＣＲ中継続的に測定する，
　　　　工程を含んでなる二重鎖核酸増大の監視方法
(5)　被告は，業として，別紙物件目録記載の製品（以下「被告製品」という。
被告製品のうち，別紙物件目録添付の第１図面に記載された光学系及び熱循環器等
からなり，かつ，被告製品から解析用コンピュータ及びカラープリンタを除いた装
置を「被告装置」という。）を輸入，販売している。
　　(6)　被告装置の構成は以下のとおりである。
　①　複数の熱循環にわたってリアルタイムでＰＣＲによる核酸増幅を解析す
るための装置である。
　②　熱循環器（サーマルサイクラー部）がある。
　③　該熱循環器の中には，核酸増幅反応混合物（ＰＣＲで増幅させる標的核
酸，標的核酸に結合した場合に蛍光を発する蛍光試薬，核酸増幅用試薬等を含む水
溶液）を収容するための９６個のウェル（各ウェルの容量は０．２ml）を有するサ
ンプルプレートがある。
　④　装置内部に光源（タングステンハロゲンランプ），励起フィルター，ミ
ラー，測定フィルター，インテンシファイアー，ＣＣＤカメラからなる光学モジュ
ール部がある。
　⑤　光源から発せられた光は，励起フィルターを通過し，ミラーを介してサ
ンプルプレートのウェルに照射される。
　⑥　光を照射されたサンプルプレートのウェル内の標的核酸は，蛍光試薬で
標識されているので，ＰＣＲで標的核酸が増幅するに伴って増大した蛍光が発せら
れ，その蛍光は，ミラーを経て，測定フィルターを通過し，インテンシファイアー
によって光電子増幅され，ＣＣＤカメラで検出される。
　⑦　⑤項及び⑥項のＣＣＤカメラによる光学シグナルの検出は，サンプルプ
レートを閉じたままで行われるので，複数のサイクル（循環期間）にわたってサイ
クル依存的な光学シグナルの変化を測定することが可能である。
２争点
(1)　被告装置は，本件発明の構成要件Ｃ，Ｄの「光学系」を有するか。
(2)　本件特許には，明らかな無効理由が存在するか。
　　　ア　本件発明は，進歩性が欠如しているか。
イ分割出願には，原出願に係る発明と本件発明とが同一であるとの違法が
あるか。
ウ　分割出願には，本件発明の構成が原出願明細書に記載されていない事項
を含んでいるとの違法があるか。
(3)　被告製品全体を差止められるか。
　３争点に関する当事者の主張
(1)　被告装置は，本件発明の構成要件Ｃ，Ｄの「光学系」を有するか。（争
点(1)）
（原告の主張）
ア本件発明の構成要件Ｃ，Ｄの「光学系」とは，通常の解釈どおり，光の
屈折・反射などの性質を利用して光を伝達する系を意味するのであって，光の伝達
のために光ファイバーなどの物理的連結物を用いる場合のみならず，反射鏡等を利
用して光を伝達する場合を含む。また，本件明細書には，ＣＣＤを備えた蛍光測定
装置を除外するような趣旨の記載は全くない。
被告は，本件明細書に具体的に開示された構成を超えて本件発明の技術
的範囲を認めるべきではない旨主張する。しかし，「光学的に連係される光学系」
の意義は，一義的に明確であること，当業者は，本件発明の「光学的に連係される
光学系」の文言から，出願時の技術常識を考慮した上で当該機能を有する具体的な
構成を把握できることから，これを本件明細書の実施例に開示された構成に限定す
る必要はなく，被告の主張は理由がない。
　被告は，本件特許出願の後願である乙２の出願（以下「本件後願」とい
う。）の明細書の記載を根拠として，本件発明の「光学系」の意味を，光ファイバ
ーを使用した装置からなる光学系に限定すべきであり，ＣＣＤを使用した光学系を
含まないものに限定すべきである旨主張する。しかし，後願の記載により先願のク
レーム範囲が減縮されることはあり得ないこと，本件後願の明細書は，光ファイバ
ーを有する装置を開示しているだけで，本件発明の技術的範囲が光ファイバーを有
するものに限られる旨の記載は一切ないこと，本件発明と本件後願の発明とは，特
許請求の範囲の記載が明らかに異なることから，被告の上記主張は失当である。
イ　対比
　　　　　以上のとおり，構成要件Ｃ，Ｄにおける「光学系」は，ＣＣＤを備えた
ものを含む（光ファイバーを使用しているものに限定されない。）。これに対し，
被告装置の構成は，前記争いのない事実等のとおりＣＣＤを備えた検出器を使用す
るから，被告装置は，構成要件Ｃ，Ｄの「光学系」を具備する。
（被告の反論）
ア本件発明の構成要件Ｃ，Ｄの「光学系」は，以下のとおりの理由によ
り，光ファイバー及び分光蛍光測定装置からなる光学系に限定され，同分光蛍光測
定装置における「検出器」にはＣＣＤは含まれないと解すべきである。
　まず，本件明細書には，本件発明に係る装置の構造について，既存の蛍
光測定装置を付属の光ファイバーを使用してＰＣＲ装置に適用し，反応チューブの
上端を切除して，光ファイバーリードの先端をエポキシで接着したことしか開示さ
れていない（【０１１９】，【０１２０】）。
次に，本件発明と発明者及び当初の出願人が同一である本件後願の発明
は，「複増幅反応の同時観測および分析方法」であり，核酸増幅反応混合物からの
蛍光シグナルをリアルタイムで検出することにより定量を行なうための装置である
点で本件発明と共通しているところ，本件後願の明細書は，公知技術として，本件
特許の優先権主張の基礎となる米国出願に言及し，当該米国出願に記載された装置
は光学系として光ファイバーを使用するのに対し，本件後願の発明に係る装置は光
ファイバーを使用せず，かつ，光学系としてＣＣＤカメラを使用するという点で優
れていると強調している。すなわち，本件特許出願及び本件後願の当初出願人は，
上記米国出願に係る装置が光ファイバーを有する装置に限られると理解しているか
らこそ，本件後願の明細書中でその旨記載し，さらに光ファイバーの不要なＣＣＤ
カメラを使用した装置の優位性を主張している。そして，同一技術分野における同
一出願人に係る先願と後願が存在する場合，後願の内容は，先願の発明の技術的範
囲の解釈に影響を与えることは特許法の原則である。したがって，本件発明の技術
的範囲は，本件後願に係る発明以前の発明，すなわち，光学系として光ファイバー
を使用する態様に限定されたものとして解釈されるべきである。本件発明は光ファ
イバーを使用する態様に限定されるものではないとの原告の主張は，本件後願につ
いて特許を求める態度と矛盾するものであり，信義則ないし禁反言に反し許されな
い。
イ　対比
被告装置は，ＣＣＤを使用し，光ファイバーを用いていないので，構成
要件Ｃ，Ｄの「光学系」を具備しない。
(2)　本件発明は，進歩性が欠如しているか。（争点(2)ア）
（被告の主張）
ア　公知技術
　　　　(ア)　熱循環器について
　　　　　　「熱循環器」であるサーマルサイクラーが本件特許の優先権主張日当
時に公知であったことは，本件明細書の記載において当然の前提とされている。こ
のことは，平成２年当時に原告らが販売していた熱循環器（サーマルサイクラー）
のパンフレット（乙３）からも明らかである。
(イ)　蛍光測定装置について
蛍光測定装置が本件特許の優先権主張日当時に公知であったことは，
本件明細書に実施例Ⅷとして【０１１９】に「Spex-Fluorolog-2」蛍光測定装置及
び付属の光ファイバー（Spexカタログ番号１９５０）を使用する実施例が開示され
ていることや，「Spex-Fluorolog-2｣蛍光測定装置のパンフレット（乙４）及び同蛍
光測定装置の付属品である光ファイバー（カタログ番号１９５０）のパンフレット
（乙５，６）から明らかである。
イ蛍光測定装置をＰＣＲに適用することの容易性について
(ア)「Spex-Fluorolog-2」のようなの蛍光測定装置を，光ファイバーに
よりサーマルサイクラーと接続してＰＣＲのリアルタイム測定に応用することは，
当業者であれば容易に想到し得る。その理由は以下のとおりである。
　　　　ａ　蛍光測定装置の付属品の光ファイバーのカタログ（乙５）に，「生
化学（中略）に従事しておられる研究者の皆様は，このアクセサリーに興味がおあ
りでしょう」と示唆されている。
ｂ　蛍光測定装置の付属品の光ファイバーのカタログ（乙５）に，「２
５０ないし９００ナノメートル」の間の波長領域に対応すると記載されているとこ
ろ，優先権主張日当時ＰＣＲに最も典型的に用いられる蛍光試料であったエチジウ
ムブロマイド（本件明細書【００１３】参照）の蛍光波長は，検出波長として５７
０ナノメートルに設定することが可能であった（本件明細書【００７３】，【０１
１９】）。
　　　　ｃ　蛍光測定装置の付属品の光ファイバーのカタログ（乙５）に，対応
する温度領域として「マイナス３０℃ないし２００℃」とあり，これは，①９４℃
程度での熱変性，②５０℃から６０℃程度でのアニーリング，③７２℃程度での伸
長を一つのヒートサイクルとするＰＣＲをカバーするのに十分な温度領域である。
ｄ　乙４に示されるような蛍光測定装置は，そもそもリアルタイム測定
に使用されるものである。例えば，ヨーロッパ特許出願公開公報（第0266881A2号）
（乙７）及び「BioTechniques」８巻３号２９６－３０８頁に掲載された「生細胞の
リアルタイム複数波長蛍光の画像化」と題する論文（乙８）中には，反応ウェル中
に蛍光測定装置の光ファイバープローブを挿入して，反応中の検体からの蛍光を測
定することが記載されている。これらの記載は，蛍光測定装置がリアルタイム測定
に使用されるものであることを示している。
ｅ　仮に，「複数の熱循環にわたってリアルタイムに核酸増幅反応物を
測定すること」に進歩性が認められるとしても，それは原出願明細書の特許請求の
範囲に記載された発明の進歩性の根拠にはなり得ても，本件発明の進歩性の根拠に
はなり得ない。
(イ)　これに対して，原告は，以下のとおり主張するが，いずれも失当で
ある。
ａ　まず，原告は，本件特許の優先権主張日以前は，ＰＣＲによる核酸
増幅反応の定量は，ＰＣＲ反応の終了後に電気泳動を行い，その後に，蛍光染料を
用いて染色を行い，写真撮影することによって行われるのが技術常識であって，そ
の限りではＰＣＲによる核酸増幅反応の測定のための蛍光測定装置の必要性はなか
ったから，本件特許の優先権主張日当時，当業者がＰＣＲによる核酸増幅反応の定
量に蛍光測定装置を用いることは容易に想到できなかったと主張する。
　　　しかし，生化学の分野において，もともとリアルタイム測定に用い
られていた蛍光測定装置をＰＣＲの用途に用いることが当業者にとって容易に想到
し得たか否かが問題なのであって，電気泳動後の写真撮影という別個の方法を取り
得たか否かは，直接的な問題点ではないから，原告の主張は失当である。
ｂ　また，原告は，本件特許の優先権主張日当時，複数の熱循環にわた
ってリアルタイムに核酸増幅反応物を測定するという発想自体がなかったと主張す
る。しかし，「複数の熱循環にわたってリアルタイムに核酸増幅反応物を測定す
る」ことは，蛍光測定装置をＰＣＲの用途に用いることの必然的帰結であって，
「複数の熱循環にわたってリアルタイムに核酸増幅反応物を測定するという発想」
がなかったから蛍光測定装置をＰＣＲの用途に用いることを容易に想到できなかっ
たというのは，議論が逆である。
ｃ　さらに，原告は，ＰＣＲのような核酸増幅反応分野においては，複
数の熱循環により生成した核酸増幅反応混合物を評価するためには，核酸増幅反応
後の試料を電気泳動にかける必要があるという技術常識が存在していたにもかかわ
らず，この技術常識を打破した点に本件発明の進歩性が見出されると主張する。
　　　しかし，本件発明においても特異的に増幅された二本鎖ＤＮＡ（標
的核酸）を，非特異的に増幅された二本鎖ＤＮＡと区別して定量するためには電気
泳動が必要であり，本件発明において，打破された技術常識など何ら存在しない
し，また，「複数の熱循環」という構成及び「核酸増幅反応混合物」という構成
は，ＰＣＲ反応に当然に伴う構成であって，蛍光測定装置をＰＣＲの用途に応用す
ることについて，何らの妨げにもならない。
ｄ　原告は，本件発明が予定する核酸増幅反応における測定は，周期的
に標的核酸の化学構造が劇的に変化する条件を前提とするのに対して，乙７及び乙
８におけるリアルタイム測定は，測定時に生細胞が死ぬことのない極めて穏やかな
条件を前提としているから，当業者は，乙７及び乙８のような蛍光測定装置をＰＣ
Ｒに適用することを容易に想到することはできないと主張する。
　　　しかし，ＰＣＲの環境が周期的に標的核酸の化学構造が劇的に変化
する環境であるというのは，二本鎖ＤＮＡが熱変性（熱により２本の一本鎖に分か
れる）し，プライマーが結合（アニーリング）し，ＤＮＡ鎖が伸長するために適切
な反応条件であるということを意味しているにすぎず，蛍光測定装置のユーザーが
ＰＣＲへの適用を思い止まるような過酷な環境ではない。つまり，蛍光測定装置を
ＰＣＲに適用することについて，例えば光ファイバーケーブルの先端が熱で溶けて
しまうなどの具体的障害があったわけではなく，生細胞とＰＣＲの熱環境の相違な
どは，蛍光測定装置をＰＣＲに適用することの容易想到性の判断において，全く影
響のないことである。
したがって，原告の上記主張は失当である。
　　　ウ　以上のとおり，本件発明は，本件特許の優先権主張日である平成３年
（１９９１年）５月２日当時に我が国においても公知であったサーマルサイクラー
（請求項１の「熱循環器」に相当）と，同様に公知であった蛍光測定装置（請求項
１の「光学系」に相当）とを単に組み合わせたものにすぎず，両者を組み合わせる
ことは当業者が容易に想到し得ることであるから，特許法２９条２項に違反して登
録されたものであり，明らかな無効理由を有する。
　　（原告の反論）
ア本件特許の優先権主張日当時，被告が示すいずれの公知例によっても，
本件発明の独自の構成，すなわち，蛍光測定装置のような検出器と核酸重合反応を
行う際に使用される熱循環器とを組み合わせ，そして，この検出器が核酸増幅反応
混合物を閉じたままで各反応混合物からの光シグナルを測定できるという構成を容
易に想到できたとはいえない。特に，複数の熱循環にわたって核酸増幅反応混合物
を閉じたままで各反応混合物からの光シグナルを測定するという構成を想到するこ
とは容易でなかった。
　　　　　本件特許の優先権主張日前は，ＰＣＲによる核酸増幅反応物の定量は，
ＰＣＲ反応の終了後に電気泳動を行い，その後に，蛍光染料（例えば，エチジウム
ブロマイド）を用いて染色を行い，写真撮影をすることによって行われるのが技術
常識であったから，ＰＣＲによる核酸増幅反応の測定のために蛍光測定装置は必要
なかった。
また，本件特許の優先権主張日当時においては，複数の熱循環にわたっ
てリアルタイムに核酸増幅反応物を測定するというリアルタイムＰＣＲ法の発想自
体がなかったのであるから，仮に，蛍光測定装置と熱循環器とを組み合わせた装置
を考案したとしても，結局，その組合せ装置の熱循環器部分でＰＣＲを行った後に
蓋を開けて試料を取り出し，その組み合わせ装置の蛍光測定装置部分にその試料を
移動して蛍光を測定するという組合せ装置を想到するにすぎない。したがって，本
件特許の優先権主張日当時，当業者は，本件発明の構成のうち，核酸増幅反応混合
物を閉じたままで各反応混合物からの光シグナルを測定するという構成を容易に想
到することはできなかった。
したがって，そもそも，ＰＣＲによる核酸増幅反応の定量に蛍光測定装
置を用いることを想到することは，容易であったとはいえない。
　　　イ　この点について，被告は，以下のとおり主張するが，いずれも理由がな
い。すなわち，
ａ　被告は，本件発明の容易想到性の根拠として，乙５の「生化学（中
略）に従事しておられる研究者の皆様は，このアクセサリーに興味がおありでしょ
う」との記載，「２５０ないし９００ナノメートル」という対応波長領域の記載，
「マイナス３０℃ないし２００℃」という対応温度領域の記載を挙げる。
　　　　　しかし，乙５は，広範な技術分野において汎用的に使用される蛍光測
定装置の付属品である光ファイバーのカタログにすぎず，ＰＣＲ法については全く
記載がない。本件特許の優先権主張日前は，ＰＣＲによる核酸増幅反応物の定量
は，ＰＣＲ反応の終了後に電気泳動を行い，その後に，蛍光染料（例えば，エチジ
ウムブロマイド）を用いて染色を行い，写真撮影をすることによって行われるのが
技術常識であったから，広範な技術分野において汎用的に使用される蛍光測定装置
の付属品である光ファイバーのカタログに，当該光ファイバーで測定可能な波長領
域及び当該光ファイバーが使用可能な温度領域が記載され，それがＰＣＲ生成物の
測定をカバーし得るものであったとしても，上記技術常識に反して，当該光ファイ
バーを使ってＰＣＲ反応生成物の測定をリアルタイムで行うことの動機付けとなる
ことはない。
　　　　　したがって，被告の上記主張は失当である。
ｂ　また，被告は，乙７，乙８を根拠として，乙４のような蛍光測定装置
は，そもそもリアルタイム測定に使用されるものであると主張する。
　　　　　しかし，本件発明の特徴は，単なるリアルタイム測定ではなく，核酸
増幅反応後の試料を電気泳動にかける必要があると考えられていた従来の技術常識
を打破して，複数の熱循環にわたる核酸増幅反応混合物のリアルタイム測定を可能
にした点にある。また，本件発明が予定する核酸増幅反応における測定は，周期的
に標的核酸の化学構造が劇的に変化する条件を前提とするのに対して，乙７，８に
おける測定は，測定時に細胞が死ぬことのない，つまり生細胞の細胞膜及び細胞内
小器官の構造が破壊されず，タンパク質が変性しないような極めて穏やかな条件を
前提としており，同じリアルタイム測定であっても，複数の熱循環にわたる核酸増
幅反応混合物のリアルタイム測定の示唆にはならない。
　したがって，被告の上記主張は失当である。
(3)　分割出願には，原出願に係る発明と本件発明とが同一であるとの違法があ
るか。（争点(2)イ）
（被告の主張）
本件出願は，原出願から分割出願されたものである。本件発明と原出願に
係る発明とは，以下のとおりの理由により，実質的に同一であるから，上記分割出
願は，特許法４４条１項の分割出願の要件を充たさない。したがって，本件特許の
出願日は原出願の出願日に遡及しないことになり，本件発明は，特許法３９条１項
の要件を充たさず，進歩性も認められないから，明らかな無効理由が存在する。
　　　ア　原出願に係る発明と本件発明との一致点
(ア)　原出願に係る発明は，核酸増幅を行う際の増幅反応を監視する発明
であり，核酸増幅反応が「複数の熱循環にわたって」行われることは，原出願に係
る発明の「ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）中継続的に」との構成から明らかであ
るから，原出願に係る発明の構成要件Ｄ’の「前記混合物を前記標的核酸の増幅条
件下で処理」するとは，「複数の熱循環にわたる核酸増幅反応」を行うことを実質
的に意味している。したがって，原出願に係る発明の構成要件Ｄ’の「前記混合物
を前記標的核酸の増幅条件下で処理」するための手段は，本件発明の構成要件Ｂの
「熱循環器」に相当する。
　　　　(イ)　ＰＣＲはもともと複数の熱循環にわたるものであるから，原出願に
係る発明の構成要件Ｅ’の「ＰＣＲ中継続的に測定する」とは，「複数の熱循環に
わたって」核酸増幅反応をモニターすることと同義である。したがって，原出願に
係る発明における，構成要件Ｃ’は反応前の輻射光を測定し，構成要件Ｅ’は構成
要件Ｄ’での反応後の輻射光を測定し，それにより二重鎖核酸の増大を監視してい
るから，本件発明の構成要件Ｅの「光学シグナルの循環依存的変化を測定する」と
実質的に同一である。
(ウ)　原出願に係る発明の構成要件Ｃ’及びＥ’の「混合物により生じる
前記信号の量を，光ファイバおよび分光螢光測定装置を使用して（測定する）」
は，これは反応容器からの信号を光ファイバーを通じて分光蛍光測定装置という検
出器に導入することを意味しているから，反応容器，光ファイバー，検出器は「光
学的に連係」されていなければならない。したがって，原出願に係る発明の構成要
件Ｃ’及びＥ’は，本件発明の構成要件Ｃ及びＤと同一である。
　　　イ　原出願に係る発明と本件発明との相違点とその検討
(ア)　相違点
　原出願に係る発明と本件発明とは，原出願に係る発明は，本件発明の
構成要件Ｂの「核酸増幅反応混合物を収容するための支持体」との点，及び構成要
件Ｄの「閉じたままで」との点が明確にされていない点で相違する。
(イ)　相違点の検討
ａ　本件発明の構成要件Ｂの「核酸増幅反応混合物を収容するための支
持体」について
　本件発明に係る装置は「試料」，すなわち「核酸」の増幅反応をモ
ニターする装置であるから，「試料」である「核酸」自体が混合物中に含まれるこ
とは自明である。また，核酸自体は光シグナルを発することがないので，そのよう
な光シグナルを発生する「結合試剤」を混合物中に含めること，さらにこの混合物
を増幅反応に供するため，その反応に必要な他の要素，例えば「増幅用試薬」（ポ
リメラーゼ酵素など）を混合物中に含めることもまた自明である。したがって，原
出願に係る発明の構成要件Ｂ’の「ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）混合物」は，
本件発明の構成要件Ｂの「核酸増幅反応混合物」と実質的に同一である。
　また，原出願に係る発明の構成要件Ｂ’には，単に「ポリメラーゼ
連鎖反応（ＰＣＲ）混合物を用意」することしか記載されていないが，構成要件
Ｂ’で用意されたＰＣＲ混合物は，その後の構成要件Ｄ’の処理を行うために，必
ずＰＣＲ反応を行うための装置に収容する工程を経なければならないから，原出願
に係る発明の構成要件Ｂ’には，ＰＣＲ混合物をＰＣＲ反応を行うための支持体に
収容する工程を必然的に内包するものと考えるべきである。
　したがって，原出願に係る発明の構成要件Ｂ’は，本件発明の「支
持体を有する」という構成を実質的に包含する。
ｂ　本件発明の構成要件Ｄの「閉じたままで」について
　原出願に係る発明の構成要件Ｅ’において「ＰＣＲ中継続的に測
定」することが記載されていることに照らすならば，原出願に係る発明において，
仮に，反応容器を「開いて」測定するのであれば，ＰＣＲを中断せざるを得ず，
「ＰＣＲ中継続的に測定」するというその技術的課題を達成できないことになる。
　したがって，原出願に係る発明でも，反応容器を「開くことなく」
測定を行っていなければならない。
　　　ウ　これに対して，原告は，以下のとおり主張するが，原告の主張はいずれ
も理由がない。
(ア)原告は，原出願に係る発明は，反応開始前の標的核酸の信号量と反
応終了後の標的核酸の信号量とを比較し，増幅が行われたか否かを確認するものに
すぎないのに対して，本件発明は，ＰＣＲ反応中継続して信号量を測定でき，しか
も，どれだけ増えたかの定量まで行えるものである点において，相違すると主張す
る。
　　　　　　しかし，原出願に係る発明は，単に，反応開始前の標的核酸の信号量
と反応終了後の標的核酸の信号量を比較し，増幅が行われたか否かのみを確認する
ものではなく，また，本件明細書の【０１２２】に「螢光は，最終値が２５℃にお
ける初期値の３倍以上に増大した」と記載されているように，本件発明においても
反応開始前の標的核酸の信号量を測定していることは明らかである。
　　　　(イ)　また，原告は，本件発明では，検出器に具体的な限定がないのに対
し，原出願に係る発明では「分光螢光測定装置」との限定があること，本件発明で
は，光学系に具体的な限定がないのに対し，原出願に係る発明では，光学系は「光
ファイバー」に限定されている点において相違すると主張する。
　　　　　　しかし，前記のとおり，本件発明における「光学系」は光ファイバー
を備え，検出器は分光蛍光測定装置に限定して解釈すべきであるから，上記のよう
な相違点はない。また，仮に，本件発明の「光学系」を上記のように限定解釈すべ
きでないとしても，このように限定しない構成は，原出願に係る発明の構成の上位
概念であり，原出願に係る発明が下位概念であり分割出願に係る本件発明が上位概
念である場合は，分割要件との関係では同一発明と考えるべきであるから，本件出
願は，特許法４４条１項の分割出願の要件を充たさない。
　　（原告の反論）
　原出願に係る発明と本件発明とは，以下の点で相違する。そして，これら
の相違点は，当業者によって明白な技術的思想の差異として把握されるものである
から，両発明に実質的な同一性は認められない。したがって，本件特許出願は適法
な分割出願であるから，その出願日は原出願の出願日に遡及する。
ア　原出願に係る発明では，増幅反応開始前の信号の量を測定する構成要件
Ｃ’が必須とされているのに対して，本件発明では，増幅反応前の測定に関する構
成が一切ない。
イ　原出願に係る発明では，「複数の熱循環にわたって」との構成がないの
に対して，本件発明には同構成が存在する。
　この点，被告は，原出願に係る発明の構成要件Ｅ’に「ＰＣＲ中継続的に測定す
る」との構成があることを理由に原出願に係る発明にも「複数の熱循環にわたっ
て」との構成があると主張する。
　しかし，「ＰＣＲ中継続的に測定する」とは，一定期間測定を続けるこ
とを意味するのであって，測定期間が複数の熱循環にわたるかどうかには関わらな
いのであるから，「ＰＣＲ中継続的に測定する」ことと，「複数の熱循環にわたっ
て」核酸増幅反応をモニターすることとは相違する。
したがって，被告の上記主張は失当である。
ウ　原出願に係る発明には，「核酸増幅反応混合物を閉じたままで」との構
成が存在しないのに対して，本件発明には同構成が存在する。
　この点，被告は，反応容器を開いて測定すると，「ＰＣＲ中継続的に測
定する」（複数の熱循環にわたることを前提としている。）ことができなくなるか
ら，原出願に係る発明においても「核酸増幅反応混合物を閉じたままで」の構成が
ある旨主張する。
　しかし，原出願に係る発明における「継続的に測定」とは，複数の熱循
環にわたるものではなく，増幅反応開始前の測定結果と，増幅反応時の測定結果と
を比較することを前提としている。そして，増幅反応開始前の測定時と増幅反応中
の測定時との２回の測定の際に混合物が閉じられていれば，充分に「ＰＣＲ中継続
的に測定」することができるから，複数の熱循環にわたって混合物を閉じておく必
要性はない。
　したがって，原出願に係る発明においては，「核酸増幅反応混合物を閉
じたままで」との構成は一切認められず，被告の上記主張は失当である。
エ　本件発明においては，複数の熱循環にわたって核酸増幅反応混合物を閉
じたままで測定を行うことにより，ＰＣＲ反応の複数のサイクルにわたる増幅の様
子をリアルタイムで容易にかつ高精度で観察すること，及び試料中の微量の標的Ｄ
ＮＡを高精度で定量することなどが可能になる。
　したがって，「複数の熱循環にわたって」及び「核酸増幅反応混合物を
閉じたままで」との構成の組合せは，本件発明の技術的思想の本質的部分であり，
本件発明は，これらの構成のない原出願に係る発明とは明らかに異なる。
オ　本件発明では，検出器に具体的な限定がないのに対し，原出願に係る発
明では「分光螢光測定装置」との限定がある。
カ　本件発明では，光学系に具体的な限定がないのに対し，原出願に係る発
明では，光学系は「光ファイバー」に限定されている。
キ　本件発明では，「核酸増幅反応混合物」の構成に限定がないのに対し，
原出願に係る発明では，ＤＮＡ結合試剤の特定が行われている。
(4)　分割出願には，本件発明の構成が原出願明細書に記載されていない事項を
含んでいるとの違法があるか。（争点(2)ウ）
（被告の主張）
　　　　仮に，本件出願と原出願とが実質的に同一でないとされた場合には，原出
願明細書（乙１）には，本件発明の構成のすべてが記載されているとはいえない。
　したがって，本件特許出願は不適法な分割出願であり，本件特許出願の出
願日は原出願の出願日に遡及しない。本件発明は，特許法３９条１項の要件を充た
さず，進歩性も認められないから，本件発明には，明らかな無効理由が存在する。
　　（原告の反論）
本件発明の構成要件は，すべて原出願明細書に記載されているので，本件
特許出願は適法な分割出願である。
　　(5)　被告製品全体を差止められるか。（争点(3)）
（原告の主張）
被告製品のうちの解析用コンピュータ及びカラープリンターは，被告装置
にのみ使用されることが前提となっており，カタログ上も，解析用コンピュータ及
びカラープリンターを除いて測定機器を販売する扱いはされていない。
　　　　したがって，解析用コンピュータ及びカラープリンターも差止めの対象と
なる。
（被告の主張）
被告製品のうちの解析用コンピュータ及びカラープリンターは汎用品であ
って，顧客の便宜のために被告製品の中に含めて販売しているにすぎない。顧客が
希望すれば，被告製品から解析用コンピュータ及びカラープリンターを除外して販
売する用意がある。
　　　　したがって，解析用コンピュータ及びカラープリンターは，差止めの対象
とはならない。
第３　当裁判所の判断
１　被告装置は，本件発明の構成要件Ｃ，Ｄの「光学系」を有するか。（争
点(1)）
　　(1)　構成要件Ｃ，Ｄの「光学系」の意義
ア「光学系」とは，一般的に，「望遠，拡大，分光などの目的で，レン
ズ，反射鏡などを組み合わせた機器系」（「広辞苑」第５版）を意味する。本件明
細書中には，「光学系」の語に関して，一般的な意味と異なる特別の意味に理解す
べきことを示唆する記載はない（甲２）。そうであるとすると，構成要件Ｃ，Ｄの
「光学系」は，上記の一般的な意味である「望遠，拡大，分光などの目的で，レン
ズ，反射鏡などを組み合わせた機器系」を意味し，ＣＣＤを備えた検出器を含む
他，光学的な連携手段として光ファイバーを備えていないものも含むことになる。
イこれに対して，被告は，本件明細書には，光ファイバーを使用した光学
系しか開示されていないから，本件発明における「光学系」は光ファイバーを使用
した光学系に限定して解釈すべきであると主張する。
　しかし，証拠（乙８）及び弁論の全趣旨によれば，本件特許の優先権主張日前
に，光ファイバーを使用せず，ＣＣＤを備えた光学系が当業者に広く知られていた
事実が認められ，本件明細書には「表面または容器が加熱および冷却可能な分光螢
光測定装置においては，光ファイバは不要である。光ファイバは，サーモサイクラ
と分光螢光測定装置とが独立して装置される場合に必要となる。」（１５欄４３～
４６行）と記載されていることに照らすならば，当業者は，本件発明のおける「光
学系」について，光ファイバーを使用しないものを含む趣旨であることを容易に理
解できたものと認められるから，構成要件Ｃ，Ｄにおける「光学系」を，光ファイ
バーを使用した光学系に限定して解釈すべき理由はない。
　したがって，被告の上記主張は採用できない。
　また，被告は，本件後願の明細書において，本件特許の優先権主張の基礎となっ
た米国出願の明細書に記載された装置が光学系として光ファイバーを使用するのに
対し，本件後願の発明に係る装置は光ファイバーを使用せず，かつ，光学系として
ＣＣＤカメラを使用するという点で優れていると強調していることから，本件発明
の技術的範囲は，光学系として光ファイバーを使用し，かつ，ＣＣＤカメラを使用
しないものに限定され，本件においてこれに反する主張をすることは信義則等に反
し許されないと主張する。
　しかし，本件発明の技術的範囲は，本件明細書の特許請求の範囲の記載に基づい
て定めることを要し，その際に発明の詳細な説明の記載や図面を斟酌することはで
きるが，本件特許出願と別個の特許出願である本件後願の明細書の記載を斟酌する
ことには合理的な理由がない。また，仮に本件発明における「光学系」の意義につ
いて，本件後願の明細書の記載において異なる説明がされていたとしても，本件に
おいては，その点が禁反言の原則や信義側に反するということもできない。
　したがって，被告の上記主張は理由がない。
　　(2)　対比
　被告装置は，装置内部に光源（タングステンハロゲンランプ），励起フィ
ルター，ミラー，測定フィルター，インテンシファイアー，ＣＣＤカメラからなる
光学モジュール部を有し（構成④），光源から発せられた光は，励起フィルターを
通過し，ミラーを介してサンプルプレートのウェルに照射される（構成⑤）のであ
るから，構成要件Ｃの「（核酸増幅反応混合物）に光学的に連係される光学系を有
し」を充足する。また，被告装置においては，光を照射されたサンプルプレートの
ウェル内の標的核酸は，蛍光試薬で標識されているので，ＰＣＲで標的核酸が増幅
するに伴って増大した蛍光が発せられ，その蛍光は，ミラーを経て，測定フィルタ
ーを通過し，インテンシファイアーによって光電子増幅され，ＣＣＤカメラで検出
される（構成⑥）のであるから，被告装置は，構成要件Ｄの「該光学系は，・・・
（各反応混合物からの）光シグナル測定するために作用し得る検出器を有し」を充
足する。
　したがって，被告装置は，構成要件Ｃ，Ｄの「光学系」を充足する。
(3)　小括
　弁論の全趣旨によれば，被告装置は本件発明の構成要件Ａ，Ｂ，Ｅを充足
する。したがって，被告装置は，本件発明の技術的範囲に属する。
　なお，被告は，本件明細書で開示されているものは，複数のチューブでそ
れぞれ進行しているＰＣＲ反応からの蛍光信号を同時にリアルタイムで測定する装
置ではないのに対し，被告装置は，サンプルプレート上の９６のすべてのウェルに
ついて同時に蛍光信号を読み取るのであるから，被告装置は，技術思想において本
件発明とは全く異なり，本件発明の技術的範囲に含まれない旨主張する。
　しかし，本件明細書の特許請求の範囲には，複数の核酸増幅反応混合物の核酸増
幅反応を同時に測定することを除外する記載は一切なく，上記のとおり，被告装置
は本件発明の構成要件をすべて充足する以上，被告装置が本件発明の技術的範囲に
含まれないと解することはできないから，被告の上記主張は失当である。
２　本件発明は，進歩性が欠如しているか。（争点(2)ア）
(1)　乙３ないし乙８記載の技術と本件発明の対比
　　　　本件発明は，熱循環器のパンフレット（乙３）記載の技術
に「Spex-Fluorolog-2」蛍光測定装置のパンフレット（乙４），同蛍光装置の付属
品である光ファイバーのパンフレット（乙５，６），ヨーロッパ特許出願公開公報
（第0266881A2号）（乙７）及び「BioTechniques」８巻３号２９６－３０８頁に掲
載された「生細胞のリアルタイム複数波長蛍光の画像化」と題する論文（乙８）記
載の技術を組み合わせることによって当業者が容易に想到し得た発明であるといえ
るか否かについて判断する（なお，本件全証拠によっても，乙３ないし６の各パン
フレットが，本件特許の優先権主張日である平成３年５月２日より前に発行された
ことを認めるに足りない。しかし，以下においては，この点をさておいて検討す
る。）。
　　　ア乙３記載の技術と本件発明との対比
　　　　　乙３では，１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するための支持体を
有する熱循環器が開示されており，同構成において乙３と本件発明（構成要件Ｂ）
とは共通する。
　　　　　しかし，本件発明と乙３とは，本件発明が，①複数の熱循環にわたって
核酸増幅反応をモニターするための装置であること（構成要件Ａ），②１又は複数
の核酸増幅反応混合物に光学的に連係される光学系を有すること（構成要件Ｃ），
③光学系は，前記１又は複数の核酸増幅反応混合物を閉じたままで各反応混合物か
らの光シグナル測定するために作用し得る検出器を有すること（構成要件Ｄ），④
複数の循環期間にわたって各光学シグナルの循環依存的変化を測定することが可能
であること（構成要件Ｅ）という各構成を有しているのに対し，乙３では上記各構
成を有していない点で相違する。
　　　イ　乙４ないし８記載の技術内容
(ア)乙４ないし８には以下の記載がある。すなわち，
　　　　　ａ　乙４には，「フルオロログ－２　分光蛍光計システム」，「世界で
最も鋭敏な分子計数分光蛍光計」，「励起及び放射のピークに分光計を合わせるこ
とにより，フルオロログ－２システムは蛍光を時間の関数としてモニターすること
ができます。これによって，フルオロログ－２システムを反応－速度の判定に用い
ることができるので，蛍光種の形成又は崩壊をモニターすることができます。」，
「フルオロログ－２付属品　光ファイバー・サンプル・アクセサリー１９５０」と
の記載がある。
　　　　　ｂ　乙５には，「新しいＳＰＥＸ１９５０光ファイバー・アクセサリー
は，フルオロログ－２分光蛍光計システムと共に，２５０ないし９００ナノメート
ルの間の波長領域の光ファイバーによるリモートセンシングに用いることができま
す。このアクセサリーの主な利点は，試料を分光蛍光計の試料格納部に入れる必要
がないことです。」，「蛍光の強度の変化を，（中略）モニターします。」，「試
料格納部に入れることのできない試料に遠隔放射を行います。」，「オンラインの
品質管理又は検査工程のおいて蛍光強度の変化をモニターします。」との記載があ
る。
ｃ　乙７には，「複数アッセイのための方法及び装置であって，サンプ
ル混合物の少なくとも二つの構成要素を，異なるピーク吸光特性及び／又はピーク
放射光特性を有する蛍光物質のそれぞれのマーカーにより標識する。一例におい
て，ディファレンシャルに目印をつけた標的構成要素を有するサンプル混合物を，
光ファイバーにより，光照射手段及び複数の検出手段，光学システム中に組み込ん
だフィルターを結合したスキャニングヘッドを介して光を照射して，マーカーの異
なる吸光特性及び／又は放射光特性に対するそれぞれの検出器の反応を適合させ
る。」，「幼児性疾患抗体試験又はその他の対比に関する標準的方法と平行して，
複数－蛍光アッセイを行うことにより，疾患の進行をかなりの正確性をもって追跡
することができる。」，「低温蛍光において，驚くほどに多数のタンパク質及びそ
の他のより複雑な分子は，低温で自発的に蛍光発光し，そして蛍光の波長及び時間
経過は，蛍光を引き起こす特定のタンパク質の重要な指標である。」との記載があ
る。
　　　　　ｄ　乙８には，「イメージインテンシファイアー，ビデオカメラ，顕微
鏡及びコンピュータを融合して少量光デジタルビデオ画像を作成することにより，
生細胞から可視的情報を定量化するためのわくわくするような可能性を提供す
る。」，「光学経路は，Figure１に図示する。蛍光体の励起は，標準的なエピ蛍光
を介する。励起波長は，OsramXB075キセノン光源から，標準的なNikon“フィルタ
ーキューブ”中に含まれるバンドパスフィルター（ａ）により選択され，熱安定的
に制御された環境チャンバーのガラス底及び顕微鏡対物レンズを介して２色性ミラ
ー（ｃ）により細胞に対して投影される。蛍光は，対物レンズ，２色性ミラー及び
放射光フィルター（ｂ）を介して戻ってきて，顕微鏡の側面あカメラポートに導か
れる。第１放射光フィルター（ｂ）を通過してきた２種の色素からの放射光
を，Nikon“マルチ画像モジュール”内に設置した第２２色性ミラー（ｄ）により分
離する；長波長は，ミラーそしてバリアフィルター（ｆ）を通過し，そしてインテ
ンシファイアー／カメラ＃２の中に入る；短波長は，代にバリアフィルター（ｅ）
へ向けて反射され，インテンシファイアー／カメラ＃１の中に入る。」との記載
がある。
(イ)前記(ア)からすれば，乙４ないし８には，光学系により生細胞等の
生物学的試料をリアルタイムで測定することについての技術を開示していることが
認められる。
(2)　容易想到性についての判断
　前記のとおり，乙７，８にはフルオロログ－２分光蛍光計システムを生細
胞等の試料をリアルタイムで測定するために使用することが示唆されているが，上
記分光蛍光計システムにより核酸増幅反応をリアルタイム測定することを示唆する
記載はなく，上記分光蛍光計システム及び付属の光ファイバーのカタログ（乙４な
いし６）にも同様の記載はない。また，証拠（甲２，７，乙３）及び弁論の全趣旨
によれば，本件特許の優先権主張日前には，ＰＣＲによって増幅させた標的核酸
（ＰＣＲ生成物）の定量について，電気泳動により試料中の標的核酸とそれ以外の
核酸，不純物を分離して検出したり，標的核酸をプローブを用いて補足した後に検
出したりするなどの方法が知られ，ＰＣＲ後に標的核酸を検出する方法が技術常識
であったこと，ＰＣＲ中にＰＣＲ生成物である標的核酸を検出する方法は知られて
いなかったことが認められる。さらに，本件明細書には，ＰＣＲ中にＰＣＲ生成物
を検出するために，ＤＮＡ結合性染料などの挿入試剤を「核酸増幅反応混合物」に
含ませる必要がある（９欄２１ないし２２行）が，挿入試剤が，ＰＣＲで核酸を増
幅するための試剤である核酸ポリメラーゼに対する阻害効果を持つことが多くの文
献中に記述されている（６欄３０ないし４６行）と記載されている。
　以上の点を総合すると，乙７，８に上記のような示唆があったとしても，
本件特許の優先権主張日前には，ＰＣＲによるＰＣＲ生成物の定量については，Ｐ
ＣＲ中にこれを検出する方法は知られておらず，ＰＣＲ後に標的核酸を検出する方
法が技術常識であったのであり，しかも，ＰＣＲ中にＰＣＲ生成物を検出するため
の挿入試剤は核酸複写を阻害することが知られていたのであるから，乙３記載の技
術（前記ＤＮＡ増幅システム）と乙４ないし８記載の技術（光学系により生細胞等
の生物学的試料をリアルタイムで測定することについての技術）とを組み合わせる
ことは当業者にとって容易に想到し得ることではなかったと認めるのが相当であ
る。
(3)小括
　そうすると，本件発明は進歩性を欠くとは認められない。本件特許に無効
理由が存在することが明らかであるとする被告の前記主張は理由がない。
　３　分割出願には，原出願に係る発明と本件発明とが同一であるとの違法がある
か。（争点(2)イ）
(1)　原出願に係る発明と本件発明との相違点
　両者を対比すると，以下のとおりの相違点がある。
ア本件発明は，複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターする装置
であり（構成要件Ａ），複数の循環期間にわたって各光シグナルの循環依存的変化
を測定することが可能である（構成要件Ｅ）が，原出願に係る発明は，このような
構成を有していない。
　この点について，被告は，原出願に係る発明は，「前記信号の量を，・・・ＰＣ
Ｒ中継続的に測定する」（構成要件Ｅ’）ものであるところ，ＰＣＲはもともと複
数の熱循環にわたるから，「ＰＣＲ中継続的に測定する」とは，複数の熱循環にわ
たってＰＣＲ反応を測定することを意味し，これは本件発明の「複数の熱循環にわ
たって核酸増幅反応をモニターする」と実質的に同一であると主張する。
　しかし，ＰＣＲ反応によりＰＣＲ混合物から生じる信号をその「ＰＣＲ反応中継
続的に測定する」とは，一定時間測定を継続することを意味するのみで，複数の熱
循環にわたる測定のみならず，１回の熱循環における測定も含むものであるから，
本件発明の「複数の熱循環にわたって」測定することとは技術的意義が異なり，両
者を実質的に同一であるということはできない。
　したがって，被告の上記主張は採用できない。
イ　また，原出願に係る発明は，「前記試料と，ＤＮＡ結合試剤であって，
二重鎖核酸に結合した場合に検出可能な信号を与え，該信号は該試剤が未結合の場
合に該試剤により与えられる信号と区別可能であることをもって特徴付けられるＤ
ＮＡ結合試剤とを含んでなるポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）混合物を用意し」
（構成要件Ｂ’），「工程Ｂ’の混合物により生じる前記信号の量を，光ファイバ
および分光螢光測定装置を使用して測定し」（構成要件Ｃ’），「前記混合物を前
記標的核酸の増幅条件下で処理し」（構成要件Ｄ’），「この処理工程Ｄ’の間に
混合物により生じる前記信号の量を，光ファイバ及び分光螢光測定装置を使用し
て，ＰＣＲ中継続的に測定する」（構成要件Ｅ’）というものであり，ＰＣＲ反応
前にＰＣＲ混合物から生じる信号の量を測定することを必須の構成としている。こ
れに対して，本件発明は，ＰＣＲ反応前にＰＣＲ混合物から生じる信号を測定する
ことを必須の構成としていない。
　したがって，この点においても，本件発明は原出願に係る発明と相違する。
　　(2)　小括
　以上によれば，本件発明は，原出願に係る発明と同一とはいえない。した
がって，両者が同一であることを前提として本件特許に無効理由があるとする被告
の主張は理由がない。
　４　分割出願には，本件発明の構成が原出願明細書に記載されていないとの違法
があるか。（争点(2)ウ）
　　　当裁判所は，本件発明に係る装置の具体的な構成が，原出願明細書に記載さ
れていると解する。その理由は以下のとおりである。
(1)　構成要件Ａについて
　原出願明細書には，「本発明によれば，増幅生成物の生成が，反応の進行
中において監視され得る。結合試剤により生成される信号の検出装置は，増幅の
前，途中および後において信号の検出，測定および定量に使用され得る。・・・本
発明の好ましい実施態様において，ＰＣＲ生成物を標識するために，螢光ＤＮＡ結
合染料が使用され・・・得られる螢光が，二重鎖ＤＮＡの量の増大と共に増加す
る。」（１６欄３９ないし４８行）と，「例Ⅷにおいて，・・・信号生成が・・・
測定される」（１７欄２ないし４行），「ＰＣＲの好適な方法において，増幅反応
は自動化工程として実施される。・・・本発明は，試料操作，チューブの開放，ま
たは周期反応の中断なしに，４８の試料すべてにおいてＰＣＲ生成物の検出を可能
にする。」（１７欄１２ないし１８行）と，例Ⅷに関して，「図５は，ＤＮＡを含
まないＰＣＲ反応の結果を示す。図５Ａは，サーモサイクラが２５℃から始動し，
螢光が温度が９４℃まで上昇するに従って低下し，温度が５０℃に低下した場合に
再度螢光が上昇することを示している。このパターンは，サーモサイクラが再び２
５℃に達するまで残るサイクルについて繰り返され，螢光は，出発時の値にほぼ戻
った。図６は，適切な標的ＤＮＡを含むＰＣＲ反応の螢光プロフィールを示す。５
０℃における螢光強度は，二重鎖ＤＮＡ量の増加を反映してサイクル依存的な増大
を示している。３０サイクル完了後，サーモサイクラが２５℃に戻った際に，螢光
は，最終値が２５℃における初期値の３倍以上に増大した。」（３２欄７ないし１
９行）と，それぞれ記載されている。
　原出願明細書の上記各記載及び図５，６によれば，原出願明細書には，原出願に
係る発明を実施するために，「複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターす
るための装置」（構成要件Ａ）を使用する例が記載されているといえる。
(2)　構成要件Ｂについて
　原出願明細書には，「ＰＣＲの好適な方法において，増幅反応は自動化工
程として実施される。現実利用可能なサーモサイクラーは，４８個の反応チューブ
を保持し得る加熱ブロックを使用している。・・・本発明は・・・４８の試料すべ
てにおいてＰＣＲ生成物の検出を可能にする。・・・４８ウェルのサーモサイクラ
の記述は，本発明のこの側面を例示する役割をはたしている。」（１７欄１２ない
し３０行）と，「該反応物を，０．５mlポリエチレンチューブ内に設定した。」
（３１欄３２ないし３３行），「該反応物をサーモサイクラ内に設置した。」（３
１欄３９行）と，それぞれ記載されている。
　原出願明細書の上記各記載によれば，原出願に係る発明を実施するための前記(1)
の装置は，「１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するための支持体を有する熱
循環器」（構成要件Ｂ）を備えていることが記載されているといえる。
(3)　構成要件Ｃについて
　原出願明細書には，「例Ⅷは・・・オンラインＰＣＲ検出方法を示すもの
で，光ファイバリードが，加熱／冷却ブロック中のＰＣＲチューブに直接に励起光
を入力するために使用されている。同じ光ファイバが，帰還螢光輻射を値が読取ら
れる分光螢光測定装置に戻すために使用されている。」（１７欄６ないし１１
行），「好適な光学系は，光源からの励起光を反応チューブに導き，各チューブか
らの輻射光を測定する。」（１７欄１８ないし２０行）と，「表面または容器が加
熱および冷却可能な分光螢光測定装置においては，光ファイバは不要である。光フ
ァイバは，サーモサイクラと分光螢光測定装置とが独立して装置される場合に必要
となる。」（１７欄４２ないし４５行）と，例Ⅷに関して，「付属の光ファイ
バ・・・を備えたSpex-Fluorolog-2螢光測定装置を，５００ｎｍの励起光を～３．
４ｎｍのバンド幅をもって放射するように設定した。ＧＧ４３５ｎｍ遮断フィルタ
を，２次光除去のために使用した・・・。該放射光を，～１３．６ｎｍのバンド幅
をもって５７０ｎｍにて検出した。ＯＧ５３０フィルタ（５３０ｎｍ遮断）を，励
起光除去のために使用した。」（３１欄１８ないし２７行）と，それぞれ記載され
ている。
　原出願明細書の上記各記載によれば，原出願明細書には，原出願に係る発明を実
施するための前記(1)の装置が，「前記１又は複数の核酸増幅反応混合物に光学的に
連係される光学系を有し」ている（構成要件Ｃ）ことが記載されているといえる。
(4)　構成要件Ｄについて
　原出願明細書には，「例Ⅷにおいて，・・・信号生成が，反応試験管を開
くことなく測定される」（１７欄２ないし４行）と，「例Ⅷは，・・・光ファイバ
リードが，加熱／冷却ブロック中のＰＣＲチューブに直接に励起光を入力するため
に使用されている。同じ光ファイバが，帰還螢光輻射を値が読取られる分光螢光測
定装置に戻すために使用されている。」（１７欄６ないし１１行）と，それぞれ記
載されている。
　原出願明細書の上記各記載によれば，原出願明細書には，原出願に係る発明を実
施するための前記(1)の装置の光学系が，「前記１又は複数の核酸増幅反応混合物を
閉じこめたままで各反応混合物からの光シグナル測定するために作用し得る検出器
を」有する（構成要件Ｄ）ことが記載されているといえる。
(5)　構成要件Ｅについて
　原出願明細書には，「本発明によれば，増幅生成物の生成が，反応の進行
中において監視され得る。結合試剤により生成される信号の検出装置は，増幅の
前，途中および後において信号の検出，測定および定量に使用され得る。・・・本
発明の好ましい実施態様において，ＰＣＲ生成物を標識するために，螢光ＤＮＡ結
合染料が使用され・・・得られる螢光が，二重鎖ＤＮＡの量の増大と共に増加す
る。」（１６欄３９ないし４８行）と，「ＰＣＲの好適な方法において，増幅反応
は自動化工程として実施される。・・・本発明は，試料操作，チューブの開放，ま
たは周期反応の中断なしに・・・ＰＣＲ生成物の検出を可能にする。」（１７欄１
２ないし１８行）と，例Ⅷに関して，「図５は，ＤＮＡを含まないＰＣＲ反応の結
果を示す。図５Ａは，サーモサイクラが２５℃から始動し，螢光が温度が９４℃ま
で上昇するに従って低下し，温度が５０℃に低下した場合に再度螢光が上昇するこ
とを示している。このパターンは，サーモサイクラが再び２５℃に達するまで残る
サイクルについて繰り返され，螢光は，出発時の値にほぼ戻った。図６は，適切な
標的ＤＮＡを含むＰＣＲ反応の螢光プロフィールを示す。５０℃における螢光強度
は，二重鎖ＤＮＡ量の増加を反映してサイクル依存的な増大を示している。３０サ
イクル完了後，サーモサイクラが２５℃に戻った際に，螢光は，最終値が２５℃に
おける初期値の３倍以上に増大した。」（３２欄７ないし１９行）と，それぞれ記
載されている。
　原出願明細書の上記各記載及び図５，６によれば，原出願明細書には，原出願に
係る発明を実施するための前記(1)の装置は，「複数の循環期間にわたって各光学シ
グナルの循環依存的変化を測定することが可能である」（構成要件Ｅ）ことが記載
されているといえる。
(6)　小括
　以上のとおり，原出願明細書には，原出願に係る発明を実施するための装
置であって，本件発明の構成要件ＡないしＥを備えたものが記載されているから，
原出願明細書には本件発明に係る装置が具体的構成を示して記載されているといえ
る。
５　被告製品全体を差止められるか（争点(3)）について
　　　前記のとおり，被告装置は本件発明の技術的範囲に属する。そこで，差止め
の対象となる被告製品の範囲について検討する。証拠（甲３，乙１０）及び弁論の
全趣旨によれば，被告は，顧客の便宜のため，被告装置と解析用コンピュータ及び
カラープリンタ等を併せて被告製品として販売していること，被告製品中の解析コ
ンピュータ及びカラープリンターは，汎用品を用いていることが認められる。
　まず，被告が輸入，販売行為について不作為義務を負う範囲については，被
告製品全体であるとするのが相当である（なお，主文１項の趣旨について付言す
る。被告製品のうち，解析コンピュータ及びカラープリンターは，汎用製品である
から，これらのみの販売は本件特許権の侵害又は間接侵害に当たることはあり得な
い。解析コンピュータ又はカラープリンターを販売する行為は許される。）
　次に，被告が廃棄義務を負う対象は，本件特許権を侵害している部分，すな
わち，被告製品のうちの解析コンピュータ及びカラープリンターを除く部分である
とするのが相当である（ただし，廃棄請求を認める部分の仮執行宣言については，
相当でないからこれを付さないこととする。）。なお，訴訟費用は，全体を被告に
負担させることとした。
６よって，主文のとおり判決する。
　　　　東京地方裁判所民事第２９部
　　　　　　　　裁判長裁判官　飯　　村　　敏　　明
　　　　　　　　　　　裁判官　榎　　戸　　道　　也
　　　　　　　　　　　裁判官　佐　　野　　　　　信
物　件　目　録
(1)　ｉＣｙｃｌｅｒｉＱリアルタイムＰＣＲ解析システムＭＣ（４波長システ
ム）
(2)ｉＣｙｃｌｅｒｉＱリアルタイムＰＣＲ解析システムＤＣ（２波長システ
ム）
(3)ｉＣｙｃｌｅｒｉＱリアルタイムＰＣＲ解析システムＳＣ（１波長システ
ム）
［添付図面の説明］
第１図は，各装置共通の全体外観写真である。
第２図は，各装置の内部の光学モジュール部及びサンプルプレートの概略図であ
る。
目録添付図面

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