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平成１７年(ネ)第１０００４号　特許権侵害差止等請求控訴事件
(旧事件番号・東京高裁平成１５年(ネ)第２５５８号，原審・東京地裁平成１４年
(ワ)第９５０３号)
口頭弁論終結日　平成１７年１０月２０日
判決
控訴人　　　日本バイオ・ラッド
ラボラトリーズ株式会社
代表者代表取締役　　　
訴訟代理人弁護士　　　鈴木　修
同　　　　深井俊至
訴訟復代理人弁護士　　　下田憲雅
同　　　　遠藤崇史
補佐人弁理士　　　伊藤　茂
同　　　　江　尻　ひろ子
同　　　　深澤憲広
ピーイーコーポレイション（エヌワイ）訴訟承継人（吸収合併）
被控訴人　　　アプレラコーポレイション
代表者　　　
訴訟代理人弁護士　　　木﨑　孝
同　　　　森岡　誠
補佐人弁理士　　　山本秀策
同　　　　森下夏樹
主文
１　原判決中，控訴人の敗訴部分を取り消す。
２　前項の取消しに係る被控訴人の請求を棄却する。
３　訴訟費用は，第１，２審とも被控訴人の負担とする。
４　この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０
日と定める。
事実及び理由
第１　控訴の趣旨
　主文同旨
第２　事案の概要
１　本件は，発明の名称を「核酸増幅反応モニター装置」とする特許権（特許第
３１３６１２９号。以下「本件特許権」又は「本件特許」という。）を承継取得し
たピーイーコーポレイション（エヌワイ）（１審原告。以下「ピーイー社」とい
う。）が，控訴人（１審被告）による原判決別紙物件目録記載の装置（核酸増幅を
解析するための装置。以下「被告製品」と総称する。）の輸入・販売が本件特許権
の侵害に当たると主張して，控訴人に対し，被告製品の輸入・販売の差止め及び廃
棄を求めた訴訟である。
２　平成１５年４月１４日になされた原判決は，ピーイー社の本訴請求中，輸
入・販売の差止請求は被告製品の全部につき，廃棄請求は被告製品のうち解析コン
ピュータ及びカラープリンターを除く部分につき，それぞれその請求を認容し，そ
の余を棄却したので，控訴人が敗訴部分の取消しを求めて本件控訴を提起した。
３　その後当審において，アプレラコーポレーションがピーイー社を吸収合併し
て本件を訴訟承継し，被控訴人となった。
４　なお，控訴人のいわゆる親会社であるバイオ－ラッド・ラボラトリーズ・イ
ンコーポレーテッド（以下「バイオ－ラッド社」という。）は，本件特許に関して
特許庁に対し，①平成１４年９月２０日（第１次請求）及び②平成１５年１０月３
０日（第２次請求）に，それぞれ特許無効審判請求をしたところ，特許庁は，①平
成１５年１２月２５日に第１次請求につき請求不成立の審決（第１次審決）をし，
②平成１７年３月２５日に第２次請求に基づき本件特許権を無効とする審決（第２
次審決）をした。
　そこで，上記①の第１次審決に対してはバイオ－ラッド社が（当庁平成１７
年（行ケ）第１００６５号，旧表示・東京高裁平成１６年（行ケ）第１９０号），
上記②の第２次審決に対しては被控訴人アプレラコーポレーションが（当庁平成１
７年（行ケ）第１０５７２号），それぞれ原告となって審決取消訴訟を提起し，本
件訴訟と並行的に審理が進められている。
第３　当事者の主張
１　当事者双方の主張は，次のとおり訂正付加するほか，原判決第２の１ないし
３に記載のとおりであるから，これを引用する。
　なお，以下においては，原判決の略語表示は，当審においてもそのまま用い
る（例えば，被告製品から解析用コンピュータ及びカラープリンタを除いた装置を
「被告装置」という。）。
２　訂正
(1)　原判決２頁２１行目から３頁１７行目までを次のとおり改める。
「(1)　特許庁等における手続の経緯
ア　本店所在地がスイス・シーエイチー４０７０バーゼル・グレンツア
ーヘルストラツセ１２４であるエフ．ホフマン－ラ　ロシュ　アーゲ
ー（F.HOFFMANN-LAROCHEAKTIENGESELLSHAFT）（国籍・スイス連邦。以下「ロシュ
社」という。）は，平成４年５月６日，パリ条約による優先権主張日を平成３年
（１９９１年）５月２日（米国）（以下「本件優先日」という。）とし，名称を
「核酸増幅反応モニター装置」とする発明について国際特許出願し，その後平成１
０年２月２日に至りその一部を新たな特許出願（特願平１０－２１２３６号）とし
たところ，これにつき平成１２年１２月１日，特許庁から特許第３１３６１２９号
として設定登録（請求項１ないし７。本件特許権）を受けた。
　その後，被控訴人と同じ場所に本店所在地を有するピーイー社（国
籍・アメリカ合衆国）は，ロシュ社から本件特許権の移転を受け，平成１３年５年
１７日（受付年月日　平成１３年４月２０日）その移転登録を受けた後，被控訴人
に吸収合併されて，被控訴人が本件特許権を承継し，平成１６年１０月６日（受付
年月日　平成１６年９月２１日）その移転登録を受けた。
イ　一方，控訴人の親会社であるバイオ－ラッド社（国籍・アメリカ合
衆国）は，平成１４年９月２０日，本件特許につき無効審判請求（被請求人ピーイ
ー社）をし，特許庁は，これを無効２００２－３５３９９号事件（第１次請求事
件）として審理した上，平成１５年１２月２５日，「本件審判の請求は，成り立た
ない。」との審決（第１次審決）をした。同審決に対してはバイオ－ラッド社がそ
の取消訴訟を提起し（当初の被告はピーイー社であったが，前記吸収合併により被
控訴人がピーイー社を訴訟承継した。），当庁平成１７年（行ケ）第１００６５号
（旧表示・東京高裁平成１６年（行ケ）第１９０号）事件として，係属中である。
　また，その間の平成１５年１０月３０日，バイオ－ラッド社は，本
件特許につき更に無効審判請求（被請求人ピーイー社）をした。特許庁は，同請求
を無効２００３－３５４４９号事件（第２次請求事件）として審理し，その係属中
の平成１６年６月２４日，被請求人ピーイー社は，請求項３の訂正等を内容とする
訂正請求をした（以下「本件訂正」という。）。その後，被控訴人は，前記のとお
りピーイー社を吸収合併して第２次請求事件の被請求人の地位を承継した。
　そして特許庁は，平成１７年３月２５日，「訂正を認める。特許第
３１３６１２９号の請求項１～７に係る発明についての特許を無効とする。」との
審決（第２次審決）をした。同審決に対しては被控訴人がその取消訴訟を提起し，
当庁平成１７年（行ケ）第１０５７２号事件として，係属中である。
(2)　発明の内容
ア　本件特許に係る発明の内容は，以下のとおりである。
(ア)　平成１２年１２月１日の設定登録時
　原判決末尾添付の別紙特許公報（甲２）の特許請求の範囲（請求
項１ないし７）のとおり。
(イ)　平成１６年６月２４日の本件訂正請求時（甲２４。下線部が前
記(ア)と異なる部分）
　次の請求項１ないし７に記載されたとおりであり，これらの発明
を，以下順次，「本件発明１ないし７」という（なお，本件訂正前の請求項（旧請
求項）３に記載された発明を訂正前発明３という。）。
【請求項１】　複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターす
るための装置であって，１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するための支持体
を有する熱循環器，及び前記１又は複数の核酸増幅反応混合物に光学的に連係され
る光学系を有し，ここで該光学系は，前記１又は複数の核酸増幅反応混合物を閉じ
たままで各反応混合物からの光シグナル測定するために作用し得る検出器を有し，
これにより，複数の循環期間にわたって各光学シグナルの循環依存的変化を測定す
ることが可能である，ことを特徴とする装置。
【請求項２】　単一の核酸増幅反応混合物のみを収容するようにさ
れた，請求項１に記載の装置。
【請求項３】　複数の核酸増幅反応混合物を収容するようにされ
た，請求項１に記載の装置であって，増幅前に存在する標的核酸量の定量のために
使用される，装置。
【請求項４】　前記検出器が蛍光発生シグナル検出するように作用
する，請求項１～３のいずれか１項に記載の装置。
【請求項５】　前記検出器が，各反応混合物からの光シグナルを集
めるための１又は複数の光ファイバーリードを有する，請求項１～４のいずれか１
項に記載の装置。
【請求項６】　前記１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するた
めの１又は複数の反応容器をさらに有する，請求項１～５のいずれか１項に記載の
装置。
【請求項７】　前記検出器が，各反応混合物からの光シグナルを集
めるための１又は複数の光ファイバーリードを有し，そして各光ファイバーリード
が，前記１又は複数の反応容器の各々の透明な又は半透明なキャップと光学的に連
係するようにされている，請求項６に記載の装置。
イ　本件発明１を構成要件に分説すると，次のとおりとなる（以下，
「構成要件Ａ」等という。）。
Ａ　複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターするための装置
であって，
Ｂ　１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するための支持体を有す
る熱循環器，
Ｃ　及び前記１又は複数の核酸増幅反応混合物に光学的に連係される
光学系を有し，
Ｄ　ここで該光学系は，前記１又は複数の核酸増幅反応混合物を閉じ
たままで各反応混合物からの光シグナル測定するために作用し得る検出器を有し，
Ｅ　これにより，複数の循環期間にわたって各光学シグナルの循環依
存的変化を測定することが可能である，
ことを特徴とする装置。
ウ　本件発明３を構成要件に分説すると，次のとおりとなる。
Ｆ　複数の核酸増幅反応混合物を収容するようにされた，
請求項１に記載の装置（Ａ～Ｅ）
Ｇ　であって，増幅前に存在する標的核酸量の定量のために使用され
る，装置。」
(2)　原判決第２の１(3)ないし３中の「本件発明」を「本件発明１」と，いず
れも改める。
(3)　原判決５頁１０行目の「(5)」を「(4)」と，１４行目の「(6)」を「(5)」
とそれぞれ改める。
(4)　原判決１０頁４行目及び１４頁１２行目の「興味」を「ご興味」と，いず
れも改める。
３　控訴人の主張
(1)　構成要件Ｃ，Ｄの不充足（争点(1)関係）
　本件特許の明細書(原判決末尾添付の別紙特許公報（甲２）掲載のもの。以
下「本件明細書」という。）の記載によれば，本件発明１における構成要件Ｃ，Ｄ
の｢光学系｣とは，光ファイバーを使用した光学系に限られるというべきである。し
かるに，被告装置は，光学的な連携手段として光ファイバーとは異なるＣＣＤ（電
荷結合素子　ChargedCoupledDevice）を備えており，本件発明１の構成要件Ｃ，D
を充足しないから(控訴人第１準備書面の第１，２)，本件発明１の技術的範囲に含
まれない。
　したがって，被告装置は，被控訴人の本件特許権を侵害しないというべき
である。
(2)　違法な分割出願（争点(2)イ関係）
　本件特許出願は，原出願（特願平４－１５４８４５４号）からの分割出願
であるところ，原出願に係る発明（原出願明細書（乙１）の請求項１１に，請求項
１３，１４及び１８の限定内容を加えた発明。原判決４頁７行～５頁９行）と本件
発明１とは，それぞれ，形式的に「方法の発明」と「物（装置）の発明」としてカ
テゴリーが異なる発明の体裁をとっているものの，それ以外には，発明の目的，解
決すべき課題，発明の構成，発明の作用効果において実質的に同一であり，両発明
は実質的に同一発明であって，一発明一特許の原則に反し，特許法４４条１項にい
う「二以上の発明」という分割出願の要件を充たさない。
　そうすると，本件特許の出願日は原出願の出願日に遡及せず，現実の出願
日である平成１０年２月２日が出願日となるが，原出願に係る発明は平成５年７月
２７日に出願公開されており（乙１），また，本件発明１の技術的範囲に含まれる
ことの明らかな装置発明が特開平７－１６３３９７号公報（乙２）として平成７年
６月２７日に公開されているので，本件発明１は，上記各発明との関係で新規性又
は進歩性がなく，特許を受けることができないものである。
(3)　特許法１０４条の３第１項に基づく権利行使の制限（当審における新たな
主張）
　本件発明１，３は，次に述べるとおり新規性又は進歩性が欠如し，かつ，
前記のとおり特許庁が平成１７年３月２５日に本件発明１ないし７についての特許
を無効とするとの審決（第２次審決）をし，特許無効審判により無効にされるべき
ものであるから，特許法（原判決言渡し後に施行された平成１６年法律第１２０号
による改正後のもの）１０４条の３第１項の規定により，特許権者たる被控訴人
は，控訴人に対し，その権利を行使することができない。
ア　新規性の欠如
　本件発明１，３は，本件優先日前である１９９１年（平成３年）４月１
８日から同月２０日に開催された国際会議”Selection-naturalandunnatural－in
biotechnology”」（以下「本件ワークショップ」という。）において頒布された刊
行物である「REPORTONEVOLUTIONRESEARCH，DEPARTMENTOFBIOCHEMICAL
KINETICSMAX－PLANCK－INSTITUTFURBIOPHYSIKALISCHECHEMIE
GOTTINGEN，1990」(乙２６。以下「本件報告書」という。)に記載された発明と同一
であるから，新規性がない。
(ア)　本件ワークショップにおける本件報告書の配布
ａ　本件ワークショップがドイツ国Ｊ市の「マックス・プランク生物物
理化学研究所」（以下「マックス・プランク研究所」という。）で１９９１(平成
３）年４月１８日から２０日に開催された。
　そして，本件報告書は，本件ワークショップの期間中，その主催ス
タッフによって，参加者に対しその他の書類及び名札と共に配布された。
　本件ワークショップには，マックス・プランク研究所の研究員のほ
か，ＢＡＳＦ社，ロシュ社等の製薬業界の人々や，ハーバード大学等の研究者が参
加しており（乙４０)，不特定人が参加した国際会議であった。また，本件報告書を
本件ワークショップで配布した目的は，研究結果を本件ワークショップで発表し，
研究結果について参加者と討論するためであり，本件報告書が参加者に手渡された
際，主催者などから，参加者に対し，本件報告書の取扱いについてこれを秘密とす
る旨の明示又は黙示の指示は一切なかった（乙４７）。
ｂ　本件ワークショップにおいて本件報告書が配布された事実は，Ｋ博
士の供述(乙２７)，Ｌ博士の供述（乙３７，３９，６２），Ｍ博士の供述(乙４７)
及び証言(乙６０の３，６１)，Ｎ博士の供述(乙６９)から，明らかである。
　Ｌ博士は，ノーベル賞を受賞するほどの高名な研究者であり，マッ
クス・プランク研究所にける本件ワークショップの主催及び本件報告書の作成の責
任者であり，また，Ｋ博士及びＭ博士は，著名な研究者であり，いずれもＬ博士の
下，グループリーダーとして本件報告書に係る研究に従事し，本件報告書中の論文
を執筆した。Ｋ博士及びＭ博士も本件特許及び本件訴訟に一切の利害関係を有して
いない。Ｎ博士は，マックス・プランク研究所に所属しない外部の者であり，本件
ワークショップで講演を行った。
　また，本件報告書が参加者に手渡された際，主催者などから，参加
者に対し，本件報告書の取扱いについてこれを秘密にする旨の明示又は黙示の指示
が一切なかったことは，ＢＡＳＦ社及び本件ワークショップに出席していない
Cepheid社が欧州特許庁に本件報告書の抜粋を提出したこと(乙４４，６３の各１，
２)，ロシュ社が被控訴人に本件報告書の抜粋を渡したこと，被控訴人が本件報告書
の少なくとも一部を所持していたこと，控訴人が本件報告書の写しを所持していた
ことからも明らかである。
ｃ　これに対し被控訴人が本件報告書の配布の事実を否定する根拠とし
て挙げるＯ博士の供述(甲１３，３２)，Ｐ博士の供述(甲１４)，Ｌ博士の秘書Ｑ氏
の回答(甲１６)及び供述（甲３６），Ｒ氏の供述(甲２５)，Ｓ氏の供述(甲２６)，
Ｔ博士の供述(甲２９)，Ｕ博士の供述(甲３１)，Ｖ博士の供述（甲３３），Ｗ博士
の供述（甲３４)，Ｘ氏の供述（甲３５），Ｙ博士の供述（甲３７），Ｚ博士の供述
(乙３８，４０)，本件報告書が特定の図書館に所蔵されていないという事実(甲１７
～１９)等は，いずれも根拠となるものではない。
(イ)　頒布刊行物該当性
ａ　内部資料であっても，それが秘密保持義務を有さないいわゆる「不
特定人」に配布する目的で複製され，頒布された文書は，その時点において秘密性
は解かれ，特許法２９条１項３号にいう「頒布された刊行物」に該当するというべ
きである（最高裁昭和５５年７月４日第二小法廷判決・民集３４巻４号５７０
頁）。
　したがって，何らの秘密保持義務を課されることなく，本件ワーク
ショップの参加者に配布する目的で相当部数作成され，現に参加者に配布された本
件報告書は，「頒布された刊行物」に該当することは明らかである。
ｂ　これに対し被控訴人は，「頒布された刊行物」というためには，公
衆が閲覧しようと思えば容易に閲覧できる状態になければならない旨主張する。し
かし，本件ワークショップの参加者に対し，積極的に配布された本件報告書は，｢公
衆に対し頒布により公開することを目的として複製された文書｣そのものであり，
「公衆からの要求をまってその都度原本から複写して交付されるもの」ではない。
したがって，「公衆の自由な閲覧に供され」るか否かの判断基準を適用するまでも
なく，本件報告書は，「頒布された刊行物」に該当するというべきである。
(ウ)　本件発明１の新規性の欠如
　本件発明１と本件報告書（乙２６）記載の発明を対比すると，次のと
おり，本件報告書記載の発明は本件発明１の構成要件をすべて充足しており，本件
発明１には新規性がない。
ａ　構成要件Ａ
　本件報告書（乙２６）では，「ＰＣＲを行うことができる装置」と
「蛍光計」とを組み合わせて，「核酸濃度を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲのあいだ
測定することができ」る装置を開示している（５５頁１６行～２４行）。
　ＰＣＲとは，「反応は（i）ＤＮＡ二本鎖の解離，（ii）オリゴヌク
レオチドとのアニーリング，（iii）ＤＮＡポリメラーゼによる相補鎖合成，の３反
応の繰返し（通常２０～３０回）から成る」，すなわち，複数の熱循環を伴う核酸
増幅反応の一態様である。
　そして本件報告書の装置は，そのような特徴を有する「ＰＣＲのあ
いだ」，蛍光指示薬を用いて核酸増幅のオンラインモニタリングが可能であること
が記載されている。
　したがって，本件報告書の装置は，「複数の熱循環を伴う核酸増幅
反応を，複数の熱循環を伴う核酸増幅反応のあいだ，オンラインでモニタリングす
る」ことを特徴とする装置であるから，本件発明１の構成要件Ａを備える。
ｂ　構成要件Ｂ
　本件発明１の構成要件Ｂの「支持体」は，本件明細書（甲２）の記
載（段落【００６６】），請求項６を併せ考慮すると，「加熱ブロック」を意味す
るものである。
　これに対し，本件報告書（乙２６）には，「実験の各ステップのた
めの複数ステーション」を構成として有し，さらに「全てのサーモスタット付きス
テーションは，高い熱容量を有する大きなアルミニウムブロックから構築され」，
「それらは，加熱装置または冷却装置を備え」ており，それぞれのアルミニウムブ
ロック上を，マルチウェル反応チャンバーを支持するサンプルキャリアを移送ユニ
ットを用いて移動させることにより，「複数の核酸増幅反応（ＰＣＲ）（Mulliset
al.,１９８７）を同時に行うことができるように容易に改造することができる」
（５５頁１６行～１８行）ことが記載されている。
　すなわち，本件報告書の装置は，マルチウェル反応チャンバーを支
持するサンプルキャリアをアルミニウムブロック上に載せて行う核酸増幅反応を可
能とした熱循環器を開示しているのであり，これは構成要件Ｂにいう「１又は複数
の核酸増幅反応混合物を収容するための支持体を有する熱循環器」に該当する。
ｃ　構成要件Ｃ
　本件報告書（乙２６）の装置では，「マルチチャンネル蛍光計」を
用いて測定を行っている。このマルチチャンネル蛍光計は，「励起光は，光ファイ
バーにより全てのサンプルに導かれ」（乙２６の５６頁５行～６行），「蛍光放射
は，独立した複数のファイバー（ウェーブガイド）により集められる。検出器部位
では，それらファイバーは一緒にまとめられて，規則的なパターンが得られる。ペ
ルティエ冷却型ＣＣＤカメラは，ファイバー末端から出射する光強度を測定する」
（５６頁１３行～１５行）という構成を有する。
　本件報告書（乙２６）の装置は，このような光ファイバーを含む光
学系の構成を採用することにより，「蛍光計により，核酸増幅のオンラインモニタ
リングが可能になる」（５５頁２０行～２１行）ものであるから，本件発明１の構
成要件Ｃに該当する。
ｄ　構成要件Ｄ
　本件報告書（乙２６）に，「薄い箔で中身が入ったマルチウェル反
応チャンバーをシールすることにより，交差夾雑を防止する。この箔は非常に光透
過性が高く，核酸の増加をマルチチャンネル蛍光計により観察することができる」
（５５頁１行～４行）と記載されているとおり，本件報告書の装置では，マルチウ
ェル反応チャンバーのそれぞれのサンプルは，開くことなく閉じたまま蛍光計で測
定されていることが示されている。さらに，本件報告書の光学系は，前記ｃのとお
りの特徴を有する。
　したがって，本件報告書の装置は，構成要件Ｄにいう「核酸増幅反
応混合物を閉じたままで各反応物からの光シグナル測定するために作用し得る検出
器を有する光学系」を備える。
ｅ　構成要件Ｅ
　構成要件Ｅにいう「これにより，複数の循環期間にわたって各光学
シグナルの循環依存的変化を測定することが可能である」とは，本件発明１の目的
を示している構成要件Ａ「複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターするた
めの装置」との要件に対応した本件発明１の効果を示したものであり，両者は表裏
一体をなすものである。
　したがって，本件報告書（乙２６）に開示された発明は，本件発明
１の構成要件Ｅを備える。
(エ)　本件発明３の新規性の欠如
　本件訂正前の請求項（旧請求項）３は，「複数の核酸増幅反応混合物
を収容するようにされた，請求項１に記載の装置」というものであり，これは，本
件報告書（乙２６）の装置において「マルチウェル反応チャンバー」とそれを支持
するアルミニウムブロック製の支持体及び「マルチチャンネル蛍光計」を使用して
いることと全く同じである。
　一方，本件訂正後の請求項（新請求項）３（本件発明３）の構成要件
Ｇは，単に装置を用いて得られた「データの用途」を特定しているにすぎず，「装
置の用途」を提供するものではなく，本件発明３の装置自体の構成は，本件発明１
の装置の構成と何ら変わるところはない。すなわち，本件報告書が開示する装置
は，本件発明１の構成をすべて充たすものであり，増幅反応前に存在する標的核酸
量を定量することができるという本件発明１と同一の作用効果を有することは明ら
かである。
　したがって，請求項３についての本件訂正によっても，装置の構成に
変更が加えられているわけではない以上，その本質は本件発明１の装置と全く異な
るところはないから，本件発明３は新規性がない。
(オ)　発明の実施可能性
　被控訴人は，本件報告書（乙２６）の「ＩＩ．３．４　大規模な平行進
化の実験　Ｈ」の項（５３頁９行～５５頁２８行，訳文９頁１５行～１３頁１行。
以下「Ｈ論文」という。）が，進化装置をＰＣＲに応用する場合に用いた「蛍光指
示薬」の種類及び蛍光指示薬を含む反応混合物の組成を一切開示していないため，
本件報告書から本件発明と同一の発明を実施することができないから，本件報告書
（刊行物）に本件発明１の技術的思想が記載（特許法２９条１項３号）されている
とはいえないと主張する。
　しかし，本件発明１は，特許請求の範囲等その他明細書の記載から判断
する限り，「装置」という「物」の発明であるから，「物の構成」が全て開示され
ていれば，発明の記載（特許法２９条１項３号）がされているとみるべきである。
また，「蛍光指示薬」及びその具体的な物である「エチジウムブロマイド」は，そ
もそも本件発明１の「核酸増幅反応モニター装置」を構成する物ではない。
　なお，当業者が本件報告書のＨ論文（５５頁）に「蛍光指示薬」とのみ
記載されていて，その「蛍光指示薬」の種類が明らかでないと判断した場合には，
同一刊行物中のその他の記載を参照するのは当然のことであるところ，本件報告書
の「ＩＩ．３．３　IN　VITROでの進化実験の制御と自動化　Ⅳ」の項（５１頁３０
行～５３頁８行，訳文７頁１４行～９頁１４行。以下「Ⅳ論文」という。）の５２
頁には蛍光指示薬としてエチジウムブロマイドを使用したことが明確に記載されて
いる。そして，本件報告書は，一研究室の業績をまとめたもので，個々の節の記載
が有機的に関連し，全体として一刊行物として開示されたものであるから，本件報
告書には，具体的に使用された蛍光指示薬について，実施可能な程度に記載されて
いるというべきである。また，本件優先日当時の技術常識として，ＤＮＡを定量す
る際の蛍光指示薬として「エチジウムブロマイド」が極めて一般的であったから，
本件報告書を構成するＨ論文中の「蛍光指示薬」との上記記載のみからも，当業者
は，これがエチジウムブロマイドを意味すると解することは自明であったというべ
きである。
(カ)　まとめ
　特許庁は，平成１７年３月２５日，本件特許に関する第２次審決におい
て，本件特許の請求項１～７に係る発明は，本件優先日前に頒布された刊行物であ
る本件報告書（乙２６）に記載された発明と同一であり，本件特許を無効とする判
断をした(乙６４)。また，欧州特許庁（ＥＰＯ）は，平成１６年１２月８日，被控
訴人が特許権者である本件特許に対応する欧州特許（欧州特許第０８７２５６２
号。以下「被控訴人欧州特許」という。）に対する異議手続において，本件報告書
は本件ワークショップの参加者に対し守秘義務が課されることなく配布されたこと
により公衆に対し頒布されたことを認定した上で，被控訴人欧州特許に係る発明は
いずれも本件報告書との関係で新規性を欠くとして，被控訴人欧州特許を取り消す
旨の決定をした（乙５９，６０の１，２）。
　以上のとおり，本件発明１，３には新規性がなく，特許法２９条１項３
号により特許を受けることができなかったものであるから，特許無効審判により無
効となるべきものである。
イ　進歩性の欠如
(ア)　本件特許に係る本件優先日（平成３年５月２日）当時，次に述べる
点は，既に公知であった。
ａ　生化学分野において，蛍光反応を利用したリアルタイム測定のため
の光学系（蛍光測定装置）(乙４～８)及びポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行う
ための装置(乙３)は，いずれも公知であった。
ｂ　加熱後にもポリメラーゼ活性を有している耐熱性ポリメラーゼ，Taq
ポリメラーゼが開発されており，各熱循環ごとに核酸ポリメラーゼを添加すること
なく，サーマルサイクラーを閉じたままで複数回の熱循環を繰り返し，ＰＣＲによ
り核酸増幅反応を行うことができることは公知であった（乙１５）。
ｃ　ＰＣＲ反応混合物中に予め標識を添加してＰＣＲ反応を行うという
概念も公知であった。例えば，本件明細書（甲２）には，従来技術として，放射同
位体により標識された増幅プライマーをＰＣＲ反応混合物中に添加して，同時的に
増幅と標識とが可能である（段落【０００７】）との記載がある。
ｄ　乙２４にはプライマーに蛍光性タグを導入することにより，ＰＣＲ
反応によるＤＮＡの増幅を観測することが記載されており，ＰＣＲ反応の当初より
蛍光性タグを持ったプライマーを用いることにより，ＤＮＡの増幅を蛍光の増大に
より観測することも公知であった。
(イ)　一方，本件明細書（甲２）には，乙１６（「ＤＮＡSynthesis」,
W.H.FREEMANANDCOMPANY.１９７４年発行）及び乙１７（「JournalofMolecular
Biology１９７３年７８号」）の文献を引用して，「核酸ポリメラーゼに対する挿
入試剤の阻害効果」が動機付けを阻害する要因であるかのような記載がある（段落
【００１９】）。
　しかし，乙１６には，エチジウムブロマイドが変異原性を有すること
の記載はあるものの，複製の進行自体を阻害するとの記載は一切なく，また，乙１
７には，エチジウムブロマイドがＲＮＡポリメラーゼに対する阻害効果を有してい
ることについての記載はあるものの，ＰＣＲ法において使用する「ＤＮＡポリメラ
ーゼ」に対する阻害効果に関する記載はなく，そもそもＰＣＲ法の原理，ＰＣＲ法
で使用される試薬，ＰＣＲ法が行われる条件など全く念頭に置かれたものではない
から，本件明細書の上記記載に接した当業者が，ＰＣＲ反応混合物中にエチジウム
ブロマイドを添加するとＰＣＲ法を行う際にＤＮＡの複製が阻害されるという認識
を持つことはない。また，このような解決課題があるとしても，それを解決すべく
研究するのは生化学者の領域であり，装置を製造・販売する業界の当業者の技術者
にとっては，装置開発の阻害要因にはならない。しかも，本件明細書（甲２）に
は，そのような「阻害効果」の問題があったとしても，解決のための何らかの技術
的努力を必要としたとの記載もなく，これは，取りも直さず，本件発明１において
は，エチジウムブロマイドを添加することに何ら阻害効果が存在しなか
ったことを意味している。
(ウ)　被控訴人が主張しているような定量等の種々の効果は，まさしく生
化学者が考え出したデータ処理方法（すなわち原出願に係る発明）によるものであ
り，当該装置としての技術的効果は，上記の如き本件優先日当時において公知の技
術を組み合わせるという単純な着想的発明の結果にすぎない。
　本件発明１は，装置として規定されてはいるが，装置としては極めて
抽象的かつ未成熟なレベルのものであり，本件発明１の装置が，単にＰＣＲを行う
ための装置とリアルタイム測定を行うための蛍光測定装置とを，その蛍光測定装置
に付属する光ファイバーにより接続しただけのものであり，従来の技術と比較した
場合に新規な特徴的な構成は何一つ存在しない。
(エ)　以上のとおり，本件優先日当時において公知のＰＣＲを行うための
装置と，リアルタイム測定を行うための光学系（蛍光測定装置）とを結びつけるこ
とは，装置を製造・販売する業界の当業者であれば当然に考えることであって容易
想到であったから，本件発明１には進歩性がなく，特許法２９条２項により特許を
受けることができなかったものであり，特許無効審判により無効となるべきもので
ある。
４　被控訴人の主張
(1)　本件発明３の構成要件充足性（当審における新たな主張）
ア　被告装置は，以下のとおり本件訂正後の請求項３（本件発明３）の構成
要件（Ａ～Ｇ）をすべて充足するから，本件発明３の技術的範囲に属する。
(ア)　構成要件Ａ～Ｅ
　本件発明３の構成要件Ａ～Ｅは，請求項１（本件発明１）と同一であ
るから，被告装置は，これらを充足する。
(イ)　構成要件Ｆ
　被告装置は，９６個のウエルを持つサンプルプレートを有しており，
複数の核酸増幅反応混合物を収容できるから，本件発明３の構成要件Ｆの「複数の
核酸増幅反応混合物を収容するようにされた」を充足する。
(ウ)　構成要件Ｇ
　被告装置は，「増幅前に存在する標的核酸量の定量のために使用さ
れ」るから，構成要件Ｇを充足する。
イ　したがって，控訴人による被告装置を含む被告製品の輸入・販売は本件
特許権の侵害に該当する。
(2)　控訴人の主張(1)に対し
　「光学系」の語義からすれば，光ファイバーを用いたもののほか，ＣＣＤ
を用いて光を反射させて伝達する方法も「光学系」に当然に含まれる。
　また，本件特許の出願経緯においても，「光学系」からＣＣＤを用いた蛍
光測定装置を除外したとの事情は一切存在しない。
　したがって，本件発明１の構成要件Ｃ，Ｄの「光学系」が，光ファイバー
を用いたものに限定されるものではない。
(3)　控訴人の主張(2)に対し
　原出願に係る発明は，ＰＣＲ反応前とＰＣＲ反応後の信号の差の有無を知
ることにより，試料中に標的核酸があるかどうかを知ることを測定の原理としてお
り，複数の熱循環にわたって測定を継続すべき必然性がない。これに対し本件発明
１（請求項１）は，光学シグナルの循環依存的変化を分析することにより，核酸増
幅反応をモニターするという測定原理に基づいているため，複数の熱循環にわたっ
て測定を行うこととされている点で相違する。
　また，原出願に係る発明は，核酸の測定をＰＣＲ反応前と反応後に行い，
その対比により増加を確認することが，二重核酸の増加を監視する方法の大前提と
なっている。これに対し本件発明１は，複数の熱循環にわたって蛍光の循環依存的
変化を観察することにより，ＰＣＲ反応前の標的核酸量を定量することを可能にす
る点で相違する。
　このように原出願に係る発明と本件発明１とは本質的に相違するから，両
発明が実質的に同一発明であって本件特許出願が分割出願の要件を充たさないとの
控訴人の主張は失当である。
(4)　控訴人の主張(3)に対し
ア　新規性の存在
(ア)　本件報告書の配布の事実の不存在
　本件報告書（乙２６）の配布の事実を裏付ける客観的な証拠は一切存
在しない。
　また，本件報告書の配布に関する控訴人主張の供述証拠は，以下のと
おり，いずれも信用することができない。
ａ　Ｌ博士の供述の問題点
　Ｌ博士は，本件報告書（乙２６）が，本件ワークショップ参加者に
利用可能になり，あるいは配布されたと供述（乙６２等）する。
　しかし，Ｌ博士の上記供述は，具体的な配布状況について一切触れ
ておらず，また，その供述内容は，Ｌ博士の秘書であるＱ氏が，Ｌ博士の指示に基
づいて，本件報告書のコピーの提供を拒否していること（甲１６，３６）と矛盾す
る。
ｂ　Ｍ博士の供述の問題点
①　Ｍ博士は，本件特許に対応する被控訴人欧州特許の欧州特許庁
（ＥＰＯ）における異議手続の証人尋問で，本件ワークショップにおいて配布され
た文書には図や写真があることを前提とした証言を行っているが（乙６１の１０
頁，訳文１０頁），実際には本件報告書には，図や写真が一切存在しないという矛
盾がある。
②　Ｍ博士は，本件ワークショップにおいて，本件報告書のほか，プ
ログラム，参加者リスト，名札が配布されたと供述するが，それらの提出は容易で
あるはずなのに一切提出がない。この点について，本件ワークショップに参加した
Ｏ博士（甲３２），Ｖ博士（甲３３）及びＹ博士（甲３７）並びにマックス・プラ
ンク研究所の秘書であったＸ氏（甲３５）は，名札が本件ワークショップで配布さ
れたことを否認している。
③　Ｍ博士は，乙４７においては，本件報告書（乙２６）は参加者の
机の上に名札とともに置かれたと供述しているのに対し，被控訴人欧州特許の異議
手続の証人尋問では，本件報告書が受付で名札と共に配布されたと供述（乙６１の
２頁，訳文２頁）しており，本件報告書の配布状況についての供述の変遷がみられ
る。
④　Ｍ博士は，被控訴人欧州特許の異議手続の証人尋問で，本件報告
書（乙２６）にはＬ博士の特許の詳細については含まれておらず，Ｉ博士には伝え
てはならなかったと供述する（乙６１の８頁，訳文８頁）。しかし，Ｌ博士は，乙
６２において，自身の特許の詳細が本件報告書に含まれていることを前提に，本件
報告書を本件ワークショップにおいて初めて開示することにより，自己の特許の有
効性を確保した旨の供述をしており，両博士の供述は矛盾している。
⑤　Ｏ博士（甲１３），Ｐ博士（甲１４），Ｚ博士（乙３８，４０）
は，いずれもマックス・プランク研究所の研究者であり，本件報告書（乙２６）の
研究に関与していた者であるにもかかわらず，いずれも本件報告書が配布された事
実を知らないと供述する。
ｃ　本件ワークショップの参加者らの供述
　Ｒ氏（「Nature」誌のジャーナリスト，甲２５），Ｓ氏（ドイツの
著名な科学系出版社の記者，甲２６），Ｔ博士（ノーベル医学・生理学賞受賞者，
甲２９），Ｕ博士（コロラド大学教授・本件ワークショップの発表者，甲３１），
Ｏ博士（甲３２)，Ｖ博士（甲３３)，Ｗ博士（甲３４)及びＹ博士（甲３７)は，本
件ワークショップの参加者であるにもかかわらず，いずれも本件報告書（乙２６）
を受け取っていないと供述する。また，マックス・プランク研究所の秘書であった
Ｘ氏も本件報告書の配布の事実を否認している（甲３５)。
　上記参加者らの地位や職業から考えて，あえて虚偽の供述を行わな
ければならない理由はない。また，ジャーナリストについては，資料収集整理を職
業柄当然にきちんと行うことが考えられること，研究者についても，自身の強く関
心のある分野の資料についての整理をあいまいにすることは考えにくいことからし
て，上記参加者らの供述の信用性は十分に信用できる。
ｄ　他の文献で本件報告書が一切触れられていないこと
　仮に本件報告書（乙２６）が本件ワークショップの参加者に配布さ
れたのであれば，本件ワークショップの発表の要旨をまとめた冊子である乙４０
（「REPORTONTHEINTERNATIONALWORKSHOPSELECTION-NATURALAND
UNNATURAL-INBIOTECHNOLOGY,HELDFROMAPRIL18TO20,1991ATTHEMAX－
PLANCK－INSTITUTFURBIOPHYSIKALISCHECHEMIEGOTTINGEN-GERMANY」）におい
て，何らかの形で本件報告書について触れられるはずであるが，そのような記載は
一切ない。また，参加者あるいは発表者がその後に発表した論文・記事にも，本件
報告書の存在は一切触れられていない。
(イ)　頒布刊行物に非該当
　特許法２９条１項３号の「頒布された刊行物」とは，公衆（不特定か
つ複数人）において閲覧しようと思えば容易に閲覧できる状態におかれた刊行物を
いう。
　しかし，本件報告書（乙２６）は，次に述べるとおり不特定かつ複数
人が閲覧できる状況にはなかったから，「頒布された刊行物」に該当しない。
ａ　ドイツ国内の主要な図書館（甲１８，１９）のみならず，マック
ス・プランク研究所附属図書館（甲１７）でも，本件報告書を所蔵しておらず，平
成１２年の時点でもなお，Ｌ教授の秘書Ｑ氏は，本件報告書（乙２６）のコピー要
求を拒否している（甲１６）。
　また，控訴人ですら，本件訴訟の提訴日である平成１４年５月７日
から２年半以上が経過した平成１６年１１月に至るまで本件報告書を証拠として提
出することができなかったものである。
ｂ　本件報告書（乙２６）の各論文は，本件ワークショップの参加者だ
けでなく，各論文執筆者自身によっても，本件ワークショップ後に刊行された文献
に一切引用あるいは紹介されていない。例えば，甲２３は，本件報告書の執筆者の
一人であるＨ博士が本件報告書の論文の内容をより詳細に説明したものであるが，
本件報告書を一切引用していない。このことは，公衆が上記論文を検索・閲覧する
可能性が全くなかったことを示すと同時に，本件報告書の各論文執筆者自身が乙２
６の各論文は公表すべきでないと考えていたことを示すものである。
ｃ　Ｏ博士（甲１３，３２）及びＰ博士（甲１４)は，本件報告書（乙２
６）が機密であったと供述している。加えて，Ｍ博士の供述（乙６１の訳文７頁）
においてすら，本件ワークショップにおける本件報告書の配布には機密性があり，
本件報告書が公表された書面でなかったことを認めている。
(ウ)　本件発明１の新規性
ａ　構成要件Ａ，Ｅの開示の欠如
　本件発明１は，構成要件Ａ（複数の熱循環にわたって），Ｅ（循環
依存的変化を測定すること）により，標的核酸からの光学シグナル（例えば，蛍
光）がプラトー相に達するまでのサイクル数に基づいて，あるいは，反応混合物の
光学シグナルが測定可能に増大を開始したサイクル数に基づいて，増幅反応前の混
合物中に存在した標的核酸を容易に定量することが可能になるという，当業者にと
って格別の効果が奏されるものである（本件明細書（甲２）の段落【００８５】，
【０１０３】）。
　一方，本件報告書（乙２６）のＨ論文において示された装置は，熱
サイクルのない一定温度におけるＲＮＡ増幅による分子レベルでの生物進化の仕組
みを解明する装置である。この装置においては，複数のステーションにおいて反応
が行われ，その後，サンプルが移送ユニットにより１つの測定ポジションに移送さ
れて蛍光測定が行われるものである（乙２６の５４頁）。Ｈ論文には，この装置を
ＰＣＲに応用することにより，従来のＰＣＲ装置に比較して，①全てのウエルにお
ける温度経過が一定になることが保証され，大幅で急速な温度変化が可能とされる
（５０℃を超える温度の急激な変化を数秒以内で行うことできる）こと，②「核酸
増幅のオンラインモニタリングが可能にな」り，「核酸濃度を蛍光指示薬を用いて
ＰＣＲの間測定することができ」ることが，推測されているにすぎない（乙２６の
５５頁，訳文１２頁）。
　そして，上記①は，平行進化装置が複数のサンプルについて同時に
温度変化を行うことができるということから生じるメリットであって，本件発明１
の構成要件Ａ，Ｅとは関係がない。
　また，上記②の「ＰＣＲの間測定することができ」とは，ＰＣＲ中
に１回蛍光測定を行うことにより実験が予想通りに進み始めたことを確認できるこ
とを意味しているのであって，Ｈ論文においては，複数の循環期間にわたって各光
学シグナルの循環依存的変化を測定することにより，初期核酸量の定量を行うこと
ができることについては一切触れられていない。
　したがって，本件報告書のＨ論文には構成要件Ａ，Ｅを開示してい
ない。また，本件報告書の他の論文にも，ＰＣＲの応用についての記載は一切な
い。なお，Ｈ論文は，装置を応用できると述べているが，Ｈの定温ＲＮＡ進化装置
に構成要件Ａ及びＥを含ませるためにどのように改造すべきかの教示はない。
ｂ　構成要件Ｄの開示の欠如
①　本件報告書（乙２６）では，マルチウェルのような多数の反応容
器を同時に用いる装置が開示されているが，このことは直ちに反応容器を本件発明
１の構成要件Ｄの「閉じたまま」で蛍光測定を行うことを意味するものではない。
　すなわち，本件報告書の装置に関しては，多数の反応容器を同時
に用いて行う測定方法として，一部の反応容器を開けて蛍光測定を行い，残りの反
応容器ではＰＣＲを継続することが示されている（例えば，本件明細書（甲２）の
実施例Ⅳ）。
　そして，本件特許に係る本件優先日（平成３年５月２日）当時，
ＰＣＲの蛍光測定は，反応終了後に容器を開けて行わなければならないという技術
常識があったから，本件報告書の記載を見た当業者は，マルチウェル反応チャンバ
ーの一部の反応容器のシールを開けてサンプルを測定ポジションに移動し，蛍光指
示薬を添加して測定を行うものと理解したと解される。
　このことは，Ｈ博士が，甲２３において，反応終了後に容器のシ
ールを開けて蛍光測定を行っていることからも明らかである。
　このように，当業者にとっては，本件報告書に記載された反応容
器が仮に透明であっても，蛍光測定を行う前にシールを開けて容器から反応混合物
を取り出すことが慣用的な方法であった。
②　また，本件報告書のＨ論文は，多数の核酸増幅反応を平行して行
う装置を記載するものであるが（乙２６の５５頁１６行～１８行），Ｈ論文に「全
てのサンプルが反応ステーションに設けられた測定ポジションで測定される」との
記載はない。
　多数のサンプルあるいは大量のサンプルを同時に用いて長時間の
実験を行う場合に，その実験途中に一部のサンプルを取り出して解析することによ
り，その実験途中の状態を分析することは，一般的に研究者が行う周知の実験手法
であり，ＰＣＲの場合も例外ではない（甲８，１２，３９）。そして，このように
ＰＣＲの途中で一部のサンプルを取り出して分析を行うことは，「閉じたまま」蛍
光測定を行うリアルタイムＰＣＲが周知になった平成１２年当時でさえも行われて
いた（甲３９）。
　そうすると，本件優先日（平成３年５月２日）当時，ＰＣＲにつ
いてはその反応終了後に蛍光測定を行うことが技術常識であり，ＰＣＲ反応開始前
に反応混合物に添加して反応容器を閉じたまま蛍光測定するための蛍光指示薬が知
られていなかったのであるから，ＰＣＲの分野の当業者は，Ｈ論文にはＰＣＲ実験
中に一部のサンプルを取り出して蛍光測定することが記載されているとしか理解で
きなかったというべきであり，Ｈ論文は，ＰＣＲ反応を継続しながら核酸増幅反応
混合物を「閉じたままで」反応混合物からの光シグナルを測定することの記載がな
い。
③　したがって，本件報告書には，本件発明１の構成要件Ｄ（「閉じ
たままで」）が開示されていない。
ｃ　実施可能性の欠如
①　控訴人の主張は，本件報告書（乙２６）のＨ論文の「蛍光指示
薬」がエチジウムブロマイドであることを前提とするものであるが，Ｈ論文には，
ＰＣＲ反応の際に用いた蛍光指示薬の種類及び蛍光指示薬を含む反応混合物の組成
が一切開示されていない。
　そして，本件優先日（平成３年５月２日）当時，エチジウムブロ
マイドが「ＤＮＡの正常な複製や転写を妨げる」ものと理解されていたため（甲１
１），エチジウムブロマイドは，ＰＣＲ反応後にのみ使用する蛍光指示薬として著
名だったのであり，ＰＣＲ反応前に添加できる蛍光指示薬であるとは理解されてい
なかった。
　このような本件優先日当時の技術常識によれば，当業者は本件報
告書の蛍光指示薬としてエチジウムブロマイドを理解できないのであり，本件報告
書の発明に実施可能性がないから，本件報告書に本件発明１の技術的思想の記載
（特許法２９条１項３号）があるということはできない。
②　これに対し控訴人は，本件報告書（乙２６）のⅣ論文中のエチジ
ウムブロマイドについての記載に基づいて，Ｈ論文において反応中の蛍光測定に用
いる蛍光指示薬がエチジウムブロマイドであると主張するが，Ⅳ論文はＨ論文とは
別個の独立した論文であり（乙２６の各論文の大項目は「Individual
Reports」），Ⅳ論文の「エチジウムブロマイド」は明らかにＨ論文の「蛍光指示
薬」と無関係である。
　そもそも，Ⅳ論文は，核酸増幅反応の終了後に容器を開けてエチ
ジウムブロマイドを添加して，その後に蛍光測定を行うことを記載している（乙２
６の５２頁，訳文８頁）のであるから，Ⅳ論文を考慮しても，当業者があえてエチ
ジウムブロマイドが増幅反応中の蛍光測定に適切な蛍光指示薬であると考えること
はなかったというべきである。
(エ)　本件発明３の新規性
　本件報告書（乙２６）には，本件発明３の構成要件Ｇの「増幅前に存
在する標的核酸量の定量」についての記載は一切ない。また，構成要件Ｇは，構成
要件Ａ，Ｅから直ちに導き出されるものではなく，核酸増幅の循環依存的変化を，
増幅前に存在する標的核酸量の定量に用いることができることに想到しなければ実
現されないのであるが，本件報告書には，これに関する記載は一切ない。
　したがって，本件報告書に本件発明３の構成要件Ｇの開示がないこと
は明らかである。
(オ)　まとめ
　以上によれば，本件発明１，３は，本件報告書（甲２６）に記載され
た発明と同一ではなく，新規性を有するから，特許法２９条１項３号に該当しな
い。
イ　進歩性の存在
　控訴人は，乙３ないし８，１５，２４等に基づいて，本件優先日当時に
おいてＰＣＲを行うための装置と，リアルタイム測定を行うための光学系（蛍光測
定装置）とを結びつけることは容易想到であったから，本件発明１は進歩性を欠く
旨主張する。
　しかし，原判決の認定するとおり，控訴人の上記主張は，本件発明１
が，複数の熱循環にわたる核酸増幅反応混合物の各光学シグナルの循環依存的変化
を測定するものである点を無視しており失当である。
　また，乙２４はＰＣＲ反応後に蛍光測定を行うことを開示するものでは
あるが，本件発明１のようなＰＣＲ反応中の蛍光測定を行うことを何ら示唆するも
のではないから，乙２４を考慮しても，本件発明１は進歩性を有するというべきで
ある。
　したがって，本件発明１は，特許法２９条２項に該当しない。
第４　当裁判所の判断
１　当裁判所は，本件訴訟において被控訴人が控訴人に対して被告製品の輸入・
販売の差止め及び廃棄を求める根拠とされている本件特許は，特許法２９条１項３
号に違反する事由（新規性の欠如）があり，特許無効審判により無効にされるべき
ものと認められるから，特許法１０４条の３第１項により，特許権者たる被控訴人
は，控訴人に対し，その権利を行使することができないものと判断する。その理由
は，以下のとおりである。
２　本件報告書の頒布刊行物該当性について
(1)　事実認定
　証拠（甲１ないし４０，乙１ないし６９（枝番のあるものは枝番を含
む。））及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実を認めることができる。
ア　本件報告書の作成時期
(ア)　本件報告書（乙２６）は，本文が７０頁の英語で書かれた文書であ
り，表紙には，「REPORTONEVOLUTIONRESEARCH，DEPARTMENTOFBIOCHEMICAL
KINETICSMAX－PLANCK－INSTITUTFURBIOPHYSIKALISCHECHEMIEGOTTINGEN　
1990」との記載（訳文「進化の研究についてのレポート」マックス・プランク生物
物理化学研究所生化学動態研究部　ゲッティンゲン　１９９０」）があり，その中
央には，ハイポキューブ（正方形の各辺にｎ次元的に正方形が接続している図形）
のイラストが配されている。
　また，表紙の次頁にＬ博士による巻頭言（乙２６の訳文１頁）があ
り，巻頭言には，「このリポートは，ゲッティンゲンのマックス・プランク生物物
理化学研究所，生化学動態研究部での分子自立形成に関して行われた研究を記載す
る。このリポートは，研究所メンバー全ての共同作業の産物である。」と記載さ
れ，巻頭言の末尾には，「ゲッティンゲン，１９９０年１２月２０日」との記載が
ある。
(イ)　１９７３年（昭和４８年）から１９９４年（平成６年）までマック
ス・プランク研究所（生物物理化学研究所）の生化学動態研究部の一員であったＭ
博士は，２００４年（平成１６年）１２月７日，欧州特許庁における本件特許に対
応する被控訴人欧州特許（欧州特許第０８７２５６２号）の異議手続の証人尋問に
おいて，本件報告書（乙２６）は，１９９１年１月に開かれたマックス・プランク
研究所の諮問委員会（Beirat）に進化バイオテクノロジーの計画を説明するために
作成されたこと，諮問委員会は諸国の科学者から構成されているため，諮問委員会
用の報告書は常に英語で作成される旨供述している（乙６１の訳文２頁，１０
頁）。
(ウ)　上記認定事実によれば，本件報告書（乙２６）は，１９９１年（平
成３年）１月までに作成されたことが認められる。
イ　本件報告書の作成目的
(ア)　Ｌ博士，Ｍ博士，Ｋ博士（１９６５年（昭和４０年）からマック
ス・プランク研究所のＬ博士の研究チームで研究者として勤務），Ｚ博士（１９８
９年（平成元年）春から１９９１年（平成３年）夏までＬ博士の上記研究チームで
共同研究者として勤務）は，それぞれ，宣誓供述書（乙２７，３７，３８，４７）
において，本件報告書（乙２６）は，生化学動態研究部のＬ博士の研究チームがＬ
博士の指揮の下に行った研究の成果を記載した論文の集成であり，内部研究記録と
して作成され，内部用としてのみ使用された旨供述している。
　また，Ｍ博士が，被控訴人欧州特許の異議手続の証人尋問で，本件報
告書（乙２６）がマックス・プランク研究所の諮問委員会用に作成された旨供述し
ていることは，前記認定のとおりである。
(イ)　上記各供述によれば，本件報告書（乙２６）は，当初，マックス・
プランク研究所の内部資料として作成されたことが認められる。
ウ　本件ワークショップの開催
(ア)　乙４０には，次のような記載がある。
①　表紙
　乙４０の表紙には，「REPORTONTHEINTERNATIONALWORKSHOP　
SELECTION-NATURALANDUNNATURAL-INBIOTECHNOLOGY,　HELDFROMAPRIL18TO
20,1991ATTHEMAX－PLANCK－INSTITUTFURBIOPHYSIKALISCHECHEMIE
GOTTINGEN-GERMANY」との記載があり，「国際会議」（THEINTERNATIONAL
WORKSHOP）が，１９９１年（平成３年）４月１８日から２０日までの間，ドイツ国
ゲッティンゲン市のマックス・プランク研究所において開催された旨記載されてい
る。また，乙４０の表紙には，本件報告書（乙２６）の表紙に描かれているハイポ
キューブのイラスト（前記ア(ア)）と同様のイラストが描かれている。
②　まえがき
　Ｌ博士による「まえがき」（Foreword）には，以下のような記載が
ある。
「“Selection-NaturalandUnnatural-inBiotechnology”という
表題のもと，国際ワークショップが１９９１年４月１９日および２０日にゲッティ
ンゲン／ドイツにおいて開催された。最新のトピックである“応用分子進
化（AppliedMolecularEvolution）”およびそのバイオテクノロジーにおける応用
の展望について議論するため，ヨーロッパ各国および米国の約３０人の科学者が，
マックス・プランク生物物理化学研究所の同業者および製薬業界を代表する人々と
一堂に会した。」，「国際レベルではこの種のものとしては初めての会議であり，
大きな期待が持たれた。」，「この会議が組織されたのは，非常に急なことであっ
た。招待状は，ついこの２月になってから発送した。」，「産業界からはBayerAG,
BASFAG,HoechstAG,およびHoffmannLaRocheという企業が追加の助成金を出し
てくれた。」，「ゲッティンゲン，１９９１年６月」（乙４０の訳文１頁～２
頁）。
③　参加者リスト
　乙４０の３１頁から３８頁までに，招待された参加者のリスト
（「LISTOFINVITEDPARTICIPANTS」）という表題のもと，参加者の氏名及び所属
が記載されており，Ｌ博士，Ｍ博士，Ｋ博士のほか，Ｚ博士等マックス・プランク
研究所の他のスタッフを含めた５８名の参加者が記載されている。その中には，ヨ
ーロッパ各国及びアメリカ合衆国内の大学・研究機関所属の研究者，ジャーナリス
ト，製薬会社に所属する者などが含まれており，本件特許の出願人であり，元の特
許権者であるロシュ社に所属するⅡ氏も参加者の一人である（乙４０の本文３６頁
３段目）。
④　日程
　乙４０の３９頁以下には，「PROGRAMOFTHEMEETING」という表題
のもと，１９９１年（平成３年）４月１８日から同月２０日までの会議の日程が記
載されており，Ｌ博士が担当する時間の割当て等が示されている。
(イ)　Ｌ博士，Ｍ博士及びＫ博士は，各宣誓供述書（乙２７，３７，３
８）において，ドイツ国ゲッテインゲン市のマックス・プランク研究所で１９９１
年（平成３年）４月１８日から同月２０日まで，国際会議“Selection-Natural
andUnnatural-inBiotechnology”（本件ワークショップ）が開催された旨供述
している。
(ウ)　以上の認定事実によれば，１９９１年（平成３年）４月１８日から
同月２０日までの間，ドイツ国ゲッティンゲン市のマックス・プランク研究所にお
いて，Ｌ博士が企画・主催した国際会議（本件ワークショップ）が開催されたこ
と，本件ワークショップには，主催者側と招待された者との合計５８名が参加した
ことが認められる。
(2)　本件ワークショップにおける本件報告書の配布
ア(ア)　Ｍ博士は，被控訴人欧州特許の異議手続の前記証人尋問において，
本件報告書（乙２６）が，本件ワークショップの受付で，参加者全員に対し，プロ
グラム，参加者リスト，名札とともに配布された旨，本件ワークショップは，必ず
しもマックス・プランク研究所の共同研究者全員がその研究を発表するわけではな
く，外部の人々による講演を聴くことができるためのものであった旨，本件報告書
の研究内容は講演においてではなく冊子（Buchlein）の形で提供することが本件ワ
ークショップの企画者であるＬ博士によって決定された旨供述している（乙６１の
訳文２頁，３頁，５頁ないし８頁）。
　また，Ｍ博士は，宣誓供述書（乙４７）において，本件報告書（乙２
６）の表紙，序文，目次及び論文本文の１頁から７０頁までが，本件ワークショッ
プの参加者に配布された旨，本件ワークショップの期間中，主催者のスタッフによ
って，参加者の数に対応する部数の本件報告書が会議の机上に置かれ，参加者に対
しその他の書類及び名札と共に手渡された旨供述している。
(イ)　Ｌ博士の２０００年（平成１２年）１２月２０日付け宣誓供述書
（乙３７）及びＫ博士の宣誓供述書（乙２７）には，本件報告書（乙２６）が本件
ワークショップの期間中に，初めて一般に公開された旨の各供述がある。
　乙２７，３７及び弁論の全趣旨によれば，上記各宣誓供述書は，Ｌ博
士自身の欧州特許第０５８３２６５号（「新規生体高分子の製造方法」。以下「Ｌ
特許」という。）に対する欧州特許庁における異議手続において，Ｌ特許の優先日
（１９９１年（平成３年）４月１６日）以前に本件報告書（乙２６）が公開されて
いたかどうかの争点に関して提出されたことが認められる。
(ウ)　Ｌ博士は，別の供述書（乙３９）において，本件報告書（乙２６）
が，１９９１年（平成３年）４月１８日から同月２０日に開かれた本件ワークショ
ップの参加者に配布された旨供述している。
　さらに，Ｌ博士は，被控訴人欧州特許の異議手続に提出する目的で作
成された２００４年（平成１６年）９月１９日付け宣誓供述書（乙６２）におい
て，本件報告書（乙２６）は，最初は内部研究記録として意図され，それに相応し
て内密に取り扱われたが，その後，Ｌ博士自身の特許出願がされたことにより守秘
の理由が存在しなくなったため，Ｌ博士の指示で，本件ワークショップの最初に招
待者リストに挙げた参加者に配布された旨供述している。
(エ)　前記(1)の認定事実と上記(ア)ないし(ウ)を総合すれば，本件報告書
（乙２６）は，１９９１年（平成３年）４月１８日から同月２０日にドイツ国ゲッ
テインゲン市のマックス・プランク研究所で開催された本件ワークショップにおい
て，各参加者に配布されたものと認められる。
イ　これに対し被控訴人は，本件ワークショップにおいて本件報告書（乙２
６）が配布された事実を争うので，以下，被控訴人の主張について検討する。
(ア)ａ　まず被控訴人は，本件ワークショップにおいて本件報告書が配布
された旨のＬ博士の供述（乙６２等）によっても，本件報告書の具体的配布状況が
明らかになっていないため，上記供述は信用することができない旨指摘する。
　しかし，①前記ア(ウ)のとおり，Ｌ博士は，２００４年（平成１６
年）９月１９日付け宣誓供述書（乙６２）において，本件報告書（乙２６）は，最
初は内部研究記録として内密に取り扱われたが，その後，Ｌ博士自身の特許出願が
されたことにより守秘の理由が存在しなくなったため，Ｌ博士の指示で，本件ワー
クショップの最初に参加者に配布された旨供述し，更に供述書（乙３９）において
も，本件報告書が本件ワークショップで参加者に配布されたことを明確に供述して
いること（なお，上記供述書（乙３９）は，その上端に示されたファクシミリ送信
記録から，２００３年（平成１５年）７月１日ころに，クライスラー特許事務
所（DOMPATENTVONKREISLERKOELN）から送信されたものであり，送信された基の
文書は，それ以前に同事務所とＬ博士との間で作成されたものと考えられる。），
②前記ア(イ)，(ウ)によれば，Ｌ博士の上記宣誓供述書（乙６２）で指摘するＬ博
士自身の特許は，Ｌ特許（欧州特許第０５８３２６５号）であり，その優先日が１
９９１年（平成３年）４月１６日であることが認められ，上記優先日は本件ワーク
ショップの開催日（１９９１年（平成３年）４月１８日から同月２０日）
より前の日付けであり，本件ワークショップで本件報告書を配布してもＬ特許の新
規性等に抵触することにならないから，Ｌ博士が，当初内密に取り扱われていた本
件報告書を本件ワークショップで配布することを指示するに至った経緯に不自然な
点はみられないことに照らすと，被控訴人の上記主張は採用することができない。
ｂ　また，被控訴人は，本件ワークショップにおいて本件報告書（乙２
６）が配布された旨のＬ博士の供述は，Ｌ博士の秘書であるＱ氏が，Ｌ博士の指示
に基づいて，本件報告書のコピーの提供を拒否していること（甲１６，３６）と矛
盾する旨主張する。
　証拠（甲１５，１６，３６）及び弁論の全趣旨によれば，Ｌ博士の
秘書であるＱ氏は，Ⅲ弁理士からＬ博士に対する本件報告書のコピー提供の依頼に
対し，Ｌ博士の指示により，本件報告書は，「マックス・プランク研究所の内部報
告書であり，この形式では公開されていないことをお知らせ致します。」と２００
０年９月５日付けで回答（甲１６）し，上記依頼に応じなかったことが認められ
る。
　しかし，Ｑ氏の上記回答は，本件報告書のコピーを作成して外部の
者に配布するという形式での公開はしていないことを意味するにとどまり，本件ワ
ークショップにおいて本件報告書が配布されたことと矛盾するということはできな
い。
　したがって，被控訴人の上記主張も採用することができない。
(イ)　次に被控訴人は，被控訴人欧州特許の異議手続の証人尋問における
Ｍ博士の供述（乙６１）について，同博士が本件ワークショップにおいて配布され
た文書に図や写真があることを前提とした供述をしているが，実際には本件報告書
には，図や写真が一切存在しないこと，同博士が本件ワークショップで本件報告書
とともに配布された供述する名札等が提出されていないこと，本件報告書の配布状
況について供述の変遷がみられること，同博士の上記供述にはＬ博士の供述と矛盾
する部分があること，Ｍ博士の記憶と相反するＯ博士等の供述があること等を指摘
して，Ｍ博士の上記供述の信用性に疑問がある旨主張する。
ａ　しかし，被控訴人欧州特許の異議手続の証人尋問におけるＭ博士の
供述（乙６１）は，本件報告書（乙２６）の配布の点において具体的かつ明確であ
り，その供述態度において特段不自然な点は認められず，また，部分的に記憶の誤
り等があるとしても，本件ワークショップがＭ博士の証言時（２００４年（平成１
６年）１２月７日）の１３年以上前に開催された点を考慮すれば，それによって，
本件報告書の配布に関する同博士の供述の信用性を否定するということはできな
い。
ｂ　また，Ｏ博士の２０００年（平成１２年）１２月１９日付け宣誓供
述書（甲１３）には，同博士は，マックス・プランク研究所でＬ博士の協力者とし
て働いていたが，本件報告書（乙２６）はＬ博士の部門の内部書類として作成さ
れ，その作成の前後において，Ｌ博士から，本件報告書そのもの又はその書類中の
情報を第三者（特にＩ博士又は同博士の協力者）が入手できるようにしてはならな
いと厳しく指示されていた旨，本件報告書が外部の人物に利用可能にされたことを
知らない旨の供述があり，Ｐ博士の２０００年（平成１２年）１２月１８日付け宣
誓供述書（甲１４）及びＺ博士の同年１２月２０日付け宣誓供述書（乙３８）に
も，これと同旨の供述がある。
　しかし，上記各宣誓供述書（甲１３，１４，乙３８）は，Ｌ特許に
対する欧州特許庁における異議手続において，その優先日（１９９１年（平成３
年）４月１６日）以前に本件報告書（乙２６）が公開されていたかどうかの争点に
関して提出されたものであり（甲１３，１４，乙３８，弁論の全趣旨），上記優先
日までの本件報告書の取扱いに主眼が置かれ，本件ワークショップとの関連は念頭
に置かれていないと解する余地がある。
　そして，Ｐ博士は本件ワークショップの参加者リスト（乙４０の３
１頁～３８頁）に掲載されておらず，本件ワークショップに参加していたことを認
めるに足りる証拠はない。もっとも，Ｏ博士の氏名は，上記参加者リストに掲載さ
れており，Ｏ博士の２００５年（平成１７年）９月７日付け宣誓供述書（甲３２）
には，同博士は，本件ワークショップのために，講堂の正面のロビーに展示された
２つのポスターを準備し，本件ワークショップの多くの講演に出席したが，本件報
告書が本件ワークショップの出席者又は他の外部の者に利用可能にされたことはな
いと記憶している旨の供述があるものの，Ｏ博士は，上記参加者リストに個別に氏
名，所属等が掲載されている者とは異なり，マックス・プランク研究所所属のスタ
ッフとして末尾に一括して記載されているにすぎないし，本件ワークショップの企
画全体に具体的にどの程度関与していたのか明確ではない。また，Ｚ博士の２００
５年（平成１７年）１０月１１日付け宣誓供述書（甲４０）には，同博士は，本件
ワークショップの際に，本件報告書を秘密に保持するようにとのＬ博士の指示が変
更されたことは知らない旨，Ｌ博士の指示に従って，本件報告書が本
件ワークショップの出席者又は他の外部の者に利用可能にされた記憶はない旨の供
述があるが，Ｚ博士も上記参加者リストに個別に氏名，所属等が掲載されている者
とは異なり，Ｏ博士と同様，マックス・プランク研究所所属のスタッフとして末尾
に一括して記載されているにすぎず，本件ワークショップの企画全体に具体的にど
の程度関与していたのか明確ではない。
　以上の諸点に照らすと，Ｏ博士，Ｐ博士及びＺ博士の上記各宣誓供
述書（甲１３，１４，３２，４０，乙３８）は，Ｍ博士の前記供述の信用性に疑問
を生じさせるものであるとはいえない。
(ウ)　次に，本件ワークショップに参加したＲ氏（甲２５），Ｓ氏（甲２
６），Ｔ博士(甲２９)，Ｕ博士(甲３１)，Ｖ博士（甲３３），Ｗ博士（甲３４)，Ｘ
氏（甲３５）及びＹ博士（甲３７）の各宣誓供述書中には，①本件報告書（乙２
６）は，本件ワークショップにおいて利用可能にされず，参加者に配布されなかっ
たと信じる旨（甲２５），②本件報告書のコピーを本件ワークショップ又はそれ以
外の時において受け取った記憶がない旨（甲２６），③本件ワークショップにおい
て本件報告書のコピーを絶対に受け取っておらず，私の知る限りでは，本件報告書
は，本件ワークショップで頒布されていない旨（甲２９），④本件報告書が本件ワ
ークショップで渡されたとは記憶していない旨（甲３１），⑤本件報告書が，本件
ワークショップの出席者に利用可能にされたという記憶を有さないし，その出席者
に利用可能にされたとは思わない旨（甲３３），⑥本件報告書が，本件ワークショ
ップの出席者に利用可能になったとも配布されたとも記憶していない旨（甲３
４），⑦本件報告書が本件ワークショップにおいて配布されたという記憶を有しな
い旨（甲３５），⑧本件報告書が本件ワークショップの参加者に利用可能に
されたかは覚えていない旨（甲３７）の供述がある。
　しかし，上記各供述は，上記③を除き，本件ワークショップにおける
本件報告書の配布の有無について明確な表現を用いていないこと，上記③には，本
件報告書を絶対に受け取っていないと断言する根拠等について述べられていないこ
と，上記各宣誓供述書は，それぞれ２００５年（平成１７年）２月から同年９月に
かけて作成されたものであり，その作成までに，本件ワークショップの開催日（１
９９１年（平成３年）４月１８日から同月２０日）から約１４年経過していること
に照らすと，上記各供述は，本件ワークショップにおいて本件報告書が配布された
旨のＬ博士及びＭ博士の前記各供述の信用性を左右するものではない。
(エ)　さらに，被控訴人は，本件ワークショップの発表の要旨をまとめた
冊子である乙４０に，本件報告書について触れた記載が一切ないこと，参加者ある
いは発表者がその後に発表した論文・記事にも，本件報告書の存在は一切触れられ
ていない旨主張するが，被控訴人主張の事実があるからといって，本件ワークショ
ップにおける本件報告書（乙２６）の配布が否定されるということはできない。
(オ)　以上によれば，被控訴人が指摘する諸点は，本件ワークショップに
おいて本件報告書（乙２６）が配布されたとの前記認定を覆すに足りない。
(3)　頒布刊行物該当性
ア　前記認定のとおり，本件報告書（乙２６）は，当初は，マックス・プラ
ンク研究所における内部資料として作成されたものであるが，１９９１年（平成３
年）４月１８日から同月２０日までの間に開催された本件ワークショップにおい
て，５８名の参加者に配布されたものである。
　そして，本件ワークショップの参加者は，招待された者であり，希望す
る者が自由に出席できる会議であったわけではないが，ヨーロッパ各国及びアメリ
カ合衆国内の大学・研究機関所属の研究者，ジャーナリスト，製薬会社に所属する
者で構成された国際会議の実質を有しており，しかも，本件ワークショップの企画
者・主催者であるＬ博士が，前述したＬ特許（優先日１９９１年（平成３年）４月
１６日）との関係で本件報告書の非開示厳守を指示した際に特に氏名を挙げたＩ博
士（乙６１）のほか乙４０の本文３４頁末尾），本件特許の出願人であり，元の特
許権者であるロシュ社に所属するⅡ氏も（乙４０の本文３６頁３段目），その中に
含まれていたのである。
　加えて，本件ワークショップにおいて前記のように配布された本件報告
書は，当初は内部資料として作成されたものの，本件ワークショップの主催者であ
るＬ博士が，自らの特許であるＬ特許につき１９９１年（平成３年）４月１６日に
優先日を確保したことから，本件報告書を秘密にしておく必要性がなくなったと判
断し，Ｌ博士の指示により，本件ワークショップにおける討論の質を上げるため，
各参加者に守秘義務を課すことなく配布されたものであり（乙６２，弁論の全趣
旨），これを受領した被配布者も，本件報告書を含む資料の利用は自由であると受
けとめた（乙６１）のである。
イ　ところで，特許法２９条１項３号にいう「頒布された刊行物」とは，公
衆に対し頒布により公開することを目的として複製された文書，図画その他これに
類する情報伝達媒体であって，頒布されたものを指すと解される（最高裁昭和５５
年７月４日第二小法廷判決・民集３４巻４号５７０頁，同昭和６１年７月１７日第
一小法廷判決・民集４０巻５号９６１頁参照）ところ，小冊子である本件報告書
（乙２６）は，前記アのとおり，ドイツ国ゲッテインゲン市で開催された国際会議
の実質を有する本件ワークショップにおいて，生物物理化学を専攻する欧州又は米
国の学者・研究者・ジャーナリスト・製薬会社担当者等の５８名の出席者（その中
には本件特許の出願人ないし元特許権者であるロシュ社の担当者も含まれてい
る。）に対し，何らの守秘義務を課すことなく配布され，これを受領した者もその
利用は自由であると受けとめていたというのであるから，本件報告書は，前記配布
により，特許法２９条１項３号にいう「外国において頒布された刊行物」に該当す
るに至ったと認めるのが相当である。
ウ　以上によれば，本件報告書（乙２６）は，本件発明１，３の優先日（本
件優先日）である平成３年５月２日前に外国において頒布された刊行物であると認
めるのが相当である。
３　本件発明１の新規性について
(1)　本件報告書の記載内容
ア　本件報告書（乙２６）の「ＩＩ．３．４　大規模な平行進化の実験　
Ｈ」（LARGESCALEPARALLELEVOLUTIONEXPERIMENTS,ANDREASSCHOBER）の項（Ｈ
論文）には，次のような記載があることが認められる。
①「進化装置の主要な特徴は：
－実験の各ステップのための複数ステーション；
－ステーション間でサンプルキャリアを移動させるための移送ユニッ
ト；
－２つの独立したピペッティングロボットを含む液体供給システム
（液体に接触するパーツは，交差夾雑を防止するため，使い捨てである）；
－交差夾雑を最小限にするために，中身が入ったマルチウェル反応プ
レートをシールするための収縮包装材；
－実験後にさらに解析するために反応用液を保存するための凍結保存
装置；
－マルチチャンネル蛍光計により実験中に核酸濃度を測定するための
測定ポジション；
－急激な温度変化を行うための，いくつかのサーモスタット装置；
－ＶＭＥデータバスに基づいてマスターコンピュータを介する，プロ
セスコントロールとリアルタイムデータ処理；
－ステーションに付属するコンピュータの相互作用的駆動；
である。」（５４頁１８行～３３行，訳文１１頁６行～２０行）。
②「マルチチャンネル蛍光計の小規模テスト版は，Ｚ博士により構築され
たものであり，そしてスケールアップされるだろう。」（５４頁３４行～３５行，
訳文１１頁２１行～２２行）。
③「全てのサーモスタット付きステーションは，高い熱容量を有する大き
なアルミニウムブロックから構築される。それらは，加熱装置または冷却装置を備
える。サンプルキャリアは，アルミニウムからできているが，しかし銀の熱伝導性
の方がより高いため，銀に置換したものも計画されている。サンプルキャリアは，
薄い（４μｍ）プラスチックでできた使い捨てマルチウェル反応チャンバーを支持
する。薄い箔で中身が入ったマルチ反応ウェルチャンバーをシールすることによ
り，交差夾雑を防止する。この箔は非常に光透過性が高く，核酸の増加をマルチチ
ャンネル蛍光計により観察することができる。サンプルキャリアは，アルミニウム
ブロックに一体的に組み込まれたバキュームシステムにより，アルミニウムブロッ
ク上に引きつけられる。したがって，急速な温度変化が行われるときに低い熱抵抗
が保証される。アルミニウムブロックの温度は，大きな熱容量を有するため，ほと
んど変化しない。この技術は，高速ポリメラーゼ連鎖反応を行うために構築された
プロトタイプではすでにうまく使用されている。」（５４頁３８行～５５頁１０
行，訳文１１頁末行～１２頁１１行）。
④「急速な温度変化をできるようにするこの進化装置は，複数の核酸増幅
反応（ＰＣＲ）（Mullisetal.,1987）を同時に行うことができるように容易に改
造することができる。他のＰＣＲ装置とは対照的に，この装置では，全てのウエル
における温度経過が一定になることが保証され，そして大幅で急速な温度変化が可
能とされる：５０℃を超える温度の急激な変化を数秒以内で行うことができる。さ
らに，蛍光計により，核酸増幅のオンラインモニタリングが可能になる。Ｏおよび
Ｚにより行われた予備的実験では，核酸濃度を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測
定することができ，そのことにより増幅反応は妨害されない，ということが示され
た。マルチチャンネル蛍光計は，ＰＣＲによる特異的な核酸の存在を検出しあるい
はその特異的な核酸の濃度を測定するために必要とされる努力を大幅に減少させる
だろう。」（５５頁１６行～２６行，訳文１２頁１６行～末行）。
イ　また，本件報告書（乙２６）中の「ＩＩ．３．５　マルチチャンネル蛍
光計　Ｚ」（MULTICHANNELFLURORIMETER,Ｚ)の項（以下「Ｚ論文」という。）に
は，「蛍光は，･･･高出力Ａｒ
+
－レーザ－により励起される。励起光は，光ファイ
バーにより全てのサンプルに導かれる。」（５６頁４行～５行，訳文１３頁１４行
～末行），「蛍光放射は，独立した複数のファイバー（ウェーブガイド）により集
められる。検出器部位では，それらファイバーは一緒にまとめられて，規則的なパ
ターンが得られる。ペルティエ冷却型ＣＣＤカメラは，ファイバー末端から出射す
る光強度を測定する。」（５６頁１３行～１５行，訳文１３頁２２行～末行）との
記載がある。
ウ　さらに，本件報告書（乙２６）中の「ＩＩ．３．３　IN　VITROでの進化
実験の制御と自動化　Ⅳ」（CONTROLLEDANDAUTOMATEDEVOLUTIONEXPERIMENTSIN
VITRO,Ⅳ)の項（Ⅳ論文）には，には，「この機械において，ＲＮＡ増加を，１チャ
ンネルの高感度グラスファイバー蛍光計を使用してオンラインでモニターする（例
えばＺによるリポート）。蛍光計は特に，少量サンプル中の蛍光を，溶液にふれる
ことなく測定し，したがって交差夾雑を回避するように構築した。ＲＮＡ濃度の測
定は，エチジウムブロマイドが核酸の二本鎖領域中に挿入された後における，エチ
ジウムブロマイドの蛍光増強に基づく。」（５２頁２１～２６行，訳文８頁１３～
１７行），「連続的トランスファー機械により得られた経験は，進化実験を平行し
て行うことができる機械の構築をサポートする（例えばＨによるリポート）。」
（５３頁６～８行，訳文９頁１２～１４行）との記載がある。
エ　本件報告書（乙２６）は，「Ｉ．Intoroduction」，「ＩＩ．Individual
reports」で構成され，「ＩＩ．Individualreports」は，「ＩＩ．
１．Evolutionarytheory」,「ＩＩ．２．Evolutionexperiments」,「ＩＩ．
３．Evolutionbiotechnology」,「ＩＩ．４．References」のセクションに区分さ
れている。Ｈ論文，Ｚ論文及びⅣ論文は，いずれも「ＩＩ．３．Evolution
biotechnology」（「ＩＩ．３．進化バイオテクノロジー」）のセクション中の一部
分を構成するものである。
(2)　本件発明１と本件報告書の対比
ア　構成要件Ａ，Ｅ
(ア)　前記(1)ア④によれば，本件報告書（乙２６）のＨ論文には，進化装
置を改造することにより，複数の核酸増幅反応（ＰＣＲ）を同時に行うことができ
ること，蛍光計により，核酸増幅のオンラインモニタリングが可能になること，予
備的実験により，核酸濃度を蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ，
そのことにより増幅反応は妨害されないということが示されたことが記載されてい
る。
　そして，①乙１８によれば，ＰＣＲとは，ＤＮＡ鎖の特定部位のみを
繰返し複製する反応であって，１)ＤＮＡ二本鎖の解離，２)オリゴヌクレオチドと
のアニーリング，３)ＤＮＡポリメラーゼによる相補鎖合成，の３反応の繰り返しか
らなるものであることが認められること，②甲９には，「２．ＰＣＲの基本反応条
件」として，「ＤＮＡの熱変性温度は９３℃程度にとどめるのがよい」（３６頁左
欄２１行～２２行），「アニーリングの温度設定は非特異的バンドの出現を抑える
上で重要である。・・・５５℃２分の条件を設定した。しかしいくつかの非特異的
バンドが見られたので，６５℃１分の条件にしたところ非特異的バンドは完全に消
失した」（３６頁左欄下から７行～右欄４行），「Taqポリメラーゼの反応は７０℃
で６０ヌクレオチド／秒／分子の速度で進行すると報告されているが，条件により
異なる。７２℃１分で１kbくらいが増幅されるのを目安とすればよいであろう」
（３６頁右欄７行～１０行）と記載されていることからすれば，ＰＣＲにおける上
記１)～３)の各反応は，温度変化を伴って繰り返されるものであると認められ，Ｐ
ＣＲは「複数の熱循環」を伴う「核酸増幅反応」であることが認めら
れる。
(イ)　以上の認定事実によれば，本件報告書（乙２６）には，複数の熱循
環を伴う核酸増幅反応であるＰＣＲの間，核酸増幅のオンラインモニタリングを行
う装置が記載されていると認められるから，本件発明１にいう「複数の熱循環にわ
たって核酸増幅反応をモニターするための装置」（構成要件Ａ）が記載されている
ものと認められる。
　そうすると，本件報告書には，複数の熱循環を伴う核酸増幅反応であ
るＰＣＲの間，蛍光指示薬を用いて核酸増幅のオンラインモニタリングを行うこと
が記載されているものと認められるから，複数の熱循環を伴うＰＣＲの間蛍光指示
薬からの光学シグナルの変化を測定すれば，必然的に複数の循環期間にわたる光学
シグナルの循環依存的変化を測定することになり，本件報告書には本件発明１にい
う「複数の循環期間にわたって各光学シグナルの循環依存的変化を測定することが
可能である」（構成要件Ｅ）ことについても記載されているものと認められる。
(ウ)　これに対し被控訴人は，本件報告書（乙２６）のＨ論文には，熱サ
イクルのない一定温度におけるＲＮＡ増幅による分子レベルでの生物進化の仕組み
を解明する装置をＰＣＲに応用することにより，従来のＰＣＲ装置に比較して，①
全てのウエルにおける温度経過が一定になることが保証され，大幅で急速な温度変
化が可能とされる（５０℃を超える温度の急激な変化を数秒以内で行うことでき
る）こと，②「核酸増幅のオンラインモニタリングが可能にな」り，「核酸濃度を
蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ」ることが，推測されているに
すぎず，上記①は，平行進化装置が複数のサンプルについて同時に温度変化を行う
ことができるということから生じるメリットであって，本件発明１の構成要件Ａ，
Ｅとは関係がないし，また，上記②は，ＰＣＲ中に１回蛍光測定を行うことにより
実験が予想通りに進み始めたことを確認できることを意味し，複数の循環期間にわ
たって各光学シグナルの循環依存的変化を測定することにより，初期核酸量の定量
を行うことができることについては一切触れられていないなどとして，本件報告書
に構成要件Ａ及びＥが開示されていない旨主張する。
　しかし，先に説示したとおり，本件報告書には，蛍光計により，核酸
増幅のオンラインモニタリングが可能になること，予備的実験により，核酸濃度を
蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ，そのことにより増幅反応は妨
害されないということが示されたことが記載されているのであり，これらの記載
は，複数の熱循環を伴う核酸増幅反応であるＰＣＲの間，継続的に蛍光指示薬から
の光シグナルの変化を測定することにより，核酸増幅のオンラインモニタリングを
行ったことを意味すると解するのが相当である。
　したがって，本件報告書の蛍光測定が，ＰＣＲ中に１回だけ行って増
幅が起きていることを確認するためのものであると解することはできず，被控訴人
の上記主張は採用することができない。
イ　構成要件Ｂ
　本件発明１の構成要件Ｂの「核酸増幅反応混合物を収容するための支持
体」については，請求項１において具体的な記載がないこと，本件明細書（甲２）
に「サーモサイクラーは，４８個の反応チューブを保持し得る加熱ブロックを使用
している」（段落【００６６】）と記載されていること，本件発明６（請求項６）
（「１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するための１又は複数の反応容器をさ
らに有する，請求項１～５のいずれか１項に記載の装置」）は，本件発明１（請求
項１）の装置に「反応容器」すなわち「反応チューブ」を構成要件として付加して
いることを総合すると，上記「加熱ブロック」（段落【００６６】）が，構成要件
Ｂの「核酸増幅反応混合物を収容するための支持体」に該当するものと解される。
　一方，前記(1)ア③によれば，本件報告書（乙２６）のＨ論文には，「核
酸増幅反応混合物」を直接収容するマルチウェル反応チャンバーをサンプルキャリ
アが支持し，このサンプルキャリアがアルミニウムブロック上に引きつけられるこ
とが記載されており，上記「アルミニウムブロック」は「核酸増幅反応混合物を収
容するための支持体」に相当するものと認められる。
　また，前記(1)ア③によれば，全てのサーモスタット付きステーションが
上記「アルミニウムブロック」から構築され，それらが加熱装置又は冷却装置を備
えることが記載されており，上記「サーモスタット付きステーション」は「熱循環
器」を備えているものと解される。
　したがって，本件報告書には，「１又は複数の核酸増幅反応混合物を収
容するための支持体を有する熱循環器」（構成要件Ｂ）が記載されているものと認
められる。
ウ　構成要件Ｃ
　本件明細書（甲２）に「好適な光学系は，光源からの励起光を反応チュ
ーブに導き，各チューブからの輻射光を測定する」（段落【００６６】）と記載さ
れている。
　そして，本件報告書（乙２６）のＨ論文には，マルチチャンネル蛍光計
の小規模テスト版がＺ博士により構築されたことが記載されているところ（前記(1)
ア②），Ｚ論文には，励起光が光ファイバーにより全てのサンプルに導かれるこ
と，蛍光放射は，独立した複数のファイバー（ウェーブガイド）により集められ，
ファイバー末端から出射する光強度をペルティエ冷却型ＣＣＤカメラによって測定
することが記載されており（前記(1)イ），上記「光ファイバー」及び「ＣＣＤカメ
ラ」は，それぞれ，励起光をサンプルに導くもの，蛍光放射を集めたファイバー末
端からの光強度を測定するものであるから，サンプルすなわち「核酸増幅反応混合
物」に光学的に連係された「光学系」を構成するものと認められる。
　したがって，本件報告書には，「１又は複数の核酸増幅反応混合物に光
学的に連係される光学系」（構成要件Ｃ）が記載されているものと認められる。
エ　構成要件Ｄ
(ア)　前記(1)アの認定事実によれば，本件報告書（乙２６）のＨ論文に
は，進化装置が，交差夾雑を最小限にするために，中身が入ったマルチウェル反応
プレートをシールするための収縮包装材を含んでいること（前記(1)ア①），この収
縮包装材は薄い箔であって非常に光透過性が高く，核酸の増加をマルチチャンネル
蛍光計により観察することができること（同③），蛍光計により，核酸増幅のオン
ラインモニタリングが可能となること，予備的実験では，核酸濃度を，蛍光指示薬
を用いてＰＣＲの間測定することができ，そのことにより増幅反応は妨害されなか
ったこと（同④）が記載されている。
　これらの記載を総合すると，本件報告書の装置においては，交差夾雑
を最小限にするために，核酸増幅反応混合物の入ったマルチウェル反応プレートが
収縮包装材でシールされているが，この収縮包装材は光透過性の高い薄い箔である
ことから，核酸増幅反応混合物の入ったマルチウェル反応プレートをシールしたま
ま，マルチチャンネル蛍光計によって，核酸増幅のオンラインモニタリングをする
ことができ，ＰＣＲの間核酸濃度を測定することが可能となることが認められる。
　したがって，本件報告書には，本件発明１の「光学系は，１又は複数
の核酸増幅反応混合物を閉じたままで各反応混合物からの光シグナル測定するため
に作用しうる検出器を有し」（構成要件Ｄ）が記載されているものと認められる。
(イ)　これに対し被控訴人は，多数のサンプルあるいは大量のサンプルを
同時に用いて長時間の実験を行う場合に，その実験途中に一部のサンプルを取り出
して解析することにより，その実験の途中の状態を分析することは，一般的に研究
者が行う周知の実験手法であり，本件特許に係る本件優先日（平成３年５月２日）
当時，ＰＣＲの蛍光測定は，反応終了後に容器を開けて行わなければならないとい
う技術常識があり，また，ＰＣＲ反応開始前に反応混合物に添加して反応容器を閉
じたまま蛍光測定するための蛍光指示薬が知られていなかったこと，本件報告書の
Ｈ論文には，多数の核酸増幅反応を平行して行う装置の記載があるが（乙２６の５
５頁１６行～１８行），「全てのサンプルが反応ステーションに設けられた測定ポ
ジションで測定される」との記載はないことなどからすれば，ＰＣＲの分野の当業
者は，Ｈ論文にはＰＣＲ実験中に一部のサンプルを取り出して蛍光測定することが
記載されていたとしか理解できなかったというべきであって，本件報告書には，Ｐ
ＣＲ反応を継続しながら核酸増幅反応混合物を「閉じたままで」反応混合物からの
光シグナルを測定することの記載がなく，構成要件Ｄが開示されてい
ない旨主張する。
ａ　しかし，前記(1)アのとおり，Ｈ論文には，蛍光計により，核酸増幅
のオンラインモニタリングが可能となること，予備的実験では，核酸濃度を，蛍光
指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ，そのことにより増幅反応は妨害さ
れなかったことが記載されているのであるから，被控訴人が主張するような技術常
識があったとしても，Ｈ論文を読んだ当業者（その発明の属する技術の分野におけ
る通常の知識を有する者）が，反応ステーションでの反応が終わった後，測定ポジ
ションで測定される前に蛍光指示薬が添加され，その後に光透過性の高いシールを
用いてオンラインで蛍光測定すると理解するものとは認め難い。
ｂ　また，Ｈ論文には，前記(1)ア①のとおり，「マルチチャンネル蛍光
計により実験中に核酸濃度を測定するための測定ポジション」（原文は，"a
measurementpositiontomeasurenucleicacidconcentrationsduringthe
experimentbyamultichannnelfluorimeter(cf.reportedbyＺ"）と記載されて
いることから，本件報告書（乙２６）の装置には，一つのマルチチャンネル蛍光計
によって実験中の核酸濃度を測定する測定ポジションが一つしかないことが認めら
れる。
　しかし，Ｈ論文の中で引用されているＺ論文には（前記(1)ア②のと
おり，Ｈ論文には「マルチチャンネル蛍光計の小規模テスト版は，Ｚにより構築さ
れたものであり」との記載がある。），マルチチャンネル蛍光計に関して，蛍光放
射は，独立した複数のファイバー（ウェーブガイド）により集められ，検出器部位
では，それらファイバーは一緒にまとめられて，ペルティエ冷却型ＣＣＤカメラに
よって，ファイバー末端から出射する光強度を測定すること（前記(1)イ）が記載さ
れている。
　そして，Ｈ論文には，サンプルが液体供給システムによりステーシ
ョンから測定ポジションに移動することを示す記載は認められない。
　そうすると，Ｈ論文における一つの測定ポジションにおいては，反
応ステーション上のすべての反応サンプルからの蛍光放射が複数のファイバーに集
められ，ＣＣＤカメラによって一度に蛍光測定されると解するのが相当であり，測
定ポジションが一つしかないからといって，「一部のサンプルが液体供給システム
により測定ポジションに移され，反応ステーションでは残りのサンプルの反応を進
めると同時に，測定ポジションにおいて蛍光測定を行うことができる」というよう
に解釈をすべき理由はない。
　したがって，被控訴人の上記主張は採用することができない。
オ　以上のとおり，本件報告書（乙２６）には，本件発明１の構成要件Ａな
いしＥがすべて開示されているものと認められる。
(3)　本件報告書記載の発明の実施可能性の有無
ア　被控訴人は，本件報告書（乙２６）のＨ論文には，ＰＣＲ反応の際に用
いた蛍光指示薬の種類及び蛍光指示薬を含む反応混合物の組成が一切開示されてお
らず，また，本件優先日（平成３年５月２日）当時，エチジウムブロマイドが「Ｄ
ＮＡの正常な複製や転写を妨げる」ものと理解されていたため，エチジウムブロマ
イドは，ＰＣＲ反応後にのみ使用する蛍光指示薬として著名だったのであり，ＰＣ
Ｒ反応前に添加できる蛍光指示薬であるとは理解されていなかったのが技術常識で
あったことなどからすれば，当業者は本件報告書の蛍光指示薬としてエチジウムブ
ロマイドを理解することができず，本件報告書の発明に実施可能性がないから，本
件報告書に本件発明１の技術的思想の記載（特許法２９条１項３号）があるという
ことはできない旨主張する。
イ　しかしながら，前記１(1)ウのとおり，Ⅳ論文には，「連続的トランスフ
ァー機械により得られた経験は，進化実験を平行して行うことができる機械の構築
をサポートする（例えばＨによるリポート）。」との記載があり，このようにⅣ論
文により得られた経験がＨ論文における機械の構築をサポートすることが明記され
ている以上，両論文が相互に関連づけて読まれるべきものであることは明らかであ
り（前記１(1)エのとおり，Ｈ論文，Ｚ論文及びⅣ論文は，いずれも「ＩＩ．３．進
化バイオテクノロジー」のセクション中の一部分を構成するものである。），Ｈ論
文において核酸増幅のオンラインモニタリングを可能とする蛍光指示薬の種類が具
体的に記載されていなくとも，当業者はⅣ論文で使用された，ＲＮＡの増加をオン
ラインでモニターを可能とする「エチジウムブロマイド」を使用すればよいことを
当然に理解することができるものと認められる。
　また，被控訴人は，エチジウムブロマイドが「ＤＮＡの正常な複製や転
写を妨げる」ことが周知であった旨主張するが，本件報告書（乙２６）のＨ論文
に，「予備的実験では，核酸濃度を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定すること
ができ，そのことにより増幅反応は妨害されない，ということが示された」（前
記(1)ア④）と明記されているのであるから，被控訴人の主張する周知事項が存在し
たとしても，当業者が上記のような理解をする妨げとなるものではない。
　したがって，被控訴人の前記主張は，その前提を欠くものであって採用
することができない。
４　本件発明３の新規性について
(1)　本件報告書（甲２６）に，本件発明３（本件訂正後の請求項３）の構成要
件ＡないしＥ（本件発明１と同一）が記載されていることは，先に説示したとおり
である。
　そして，前記３(1)ア④によれば，本件報告書（乙２６）には，改造された
装置は複数の核酸増幅反応（ＰＣＲ）を同時に行うことができるものであることが
記載されていることが認められるから，本件発明３の「複数の核酸増幅反応混合物
を収容するようにされた」（構成要件Ｆ）が記載されているものと認められる。
(2)　次に，本件訂正後の請求項３（本件発明３）は，その記載上，「増幅前に
存在する標的核酸量の定量のために使用される」（構成要件Ｇ）特有の「装置の構
成」を有するものと認めることはできない。
　また，本件発明３の構成要件Ｇは，装置の用途を示すものではなく，単
に，「光学シグナルの循環依存的変化」を測定することにより得られたデータの使
用目的を規定したものにすぎないと解するのが相当である。
　そして，請求項３が請求項１を引用して記載されていることによれば，本
件発明３に係る装置の用途が，本件発明１と同様に，「複数の熱循環にわたって核
酸増幅反応をモニターする」ことにあるものと認められる。
(3)　以上によれば，本件発明３の装置は本件報告書（乙２６）の装置と，構成
要件ＡないしＦの全てを備える点で一致しており，構成要件Ｇが加えられても，装
置としての同一性は何ら変わるものではないから，本件報告書には，本件発明３の
構成要件が全て開示されているものと認められる。
５　小括
　以上によれば，本件発明１，３は，本件報告書（乙２６）に記載された発明
と同一であって，本件特許は特許法２９条１項３号に違反する事由（新規性の欠
如）があり，特許無効審判により無効にされるべきものと認められるから，特許法
１０４条の３第１項の規定により，特許権者たる被控訴人は控訴人に対し，その権
利を行使することができないと解すべきこととなる。
６　結論
　そうすると，その余について判断するまでもなく，被控訴人の本訴請求は全
て理由がなく，これを一部認容した原判決は理由がなく，原判決中，控訴人敗訴部
分は取消しを免れない。
　よって，原判決中，控訴人敗訴部分を取り消し，上記取消しに係る被控訴人
の請求を棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官　　　　中野哲弘
裁判官　　　　大鷹一郎
裁判官　　　　長谷川　浩　二

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