戻る

平成１７年(行ケ)第１０５７２号　審決取消請求事件
口頭弁論終結日　平成１７年１０月２０日
判決
原告　　　アプレラコーポレイション
代表者　　　
訴訟代理人弁護士　　　木﨑　孝
同　　　　森岡　誠
同　　　　弁理士　　　山本秀策
同　　　　森下夏樹
被告　　　バイオ－ラッド・ラボラトリ
ーズ・インコーポレーテッド
代表者　　　
訴訟代理人弁護士　　　鈴木　修
同　　　　深井俊至
同　　　　下田憲雅
同　　　　遠藤崇史
同　　　　弁理士　　　伊藤　茂
同　　　　江　尻　ひろ子
同　　　　深澤憲広
主文
１　原告の請求を棄却する。
２　訴訟費用は原告の負担とする。
３　この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０
日と定める。
事実及び理由
第１　請求
　特許庁が無効２００３－３５４４９号事件について平成１７年３月２５日に
した審決を取り消す。
第２　事案の概要
　本件は，原告の有する後記特許につき，被告が無効審判請求をしたところ，
特許庁が無効とする審決をしたことから，特許権者である原告がその取消しを求め
た事案である。
　なお，本件特許に関連する事件として，当庁平成１７年（行ケ）第１００６
５号　審決取消請求事件（旧表示・東京高裁平成１６年（行ケ）第１９０号，原告
バイオ－ラッド・ラボラトリーズ・インコーポレーテッド・被告アプレラ　コーポ
レイション），当庁平成１７年(ネ)第１０００４号　特許権侵害差止等請求控訴事
件(旧表示・東京高裁平成１５年(ネ)第２５５８号，控訴人日本バイオ・ラッド・ラ
ボラトリーズ株式会社，被控訴人アプレラ　コーポレイション）等がいずれも当庁
に係属中である。
第３　当事者の主張
１　請求の原因
(1)　特許庁等における手続の経緯
　本店所在地がスイス・シーエイチー４０７０バーゼル・グレンツアーヘル
ストラツセ１２４であるエフ．ホフマン－ラ　ロシュ　アーゲー（F.HOFFMANN-LA
ROCHEAKTIENGESELLSHAFT）（国籍・スイス連邦。以下「ロシュ社」という。）は，
平成４年５月６日，パリ条約による優先権主張日を平成３年（１９９１年）５月２
日（米国）（以下「本件優先日」という。）とし，名称を「核酸増幅反応モニター
装置」とする発明について特許を国際出願し，その後平成１０年２月２日に至りそ
の一部を新たな特許出願（特願平１０－２１２３６号）としたところ，これにつき
平成１２年１２月１日，特許庁から特許第３１３６１２９号として設定登録を受け
た（請求項の数７。甲２，３。以下「本件特許」という。）。
　その後，原告と同じ場所に本店所在地を有するピーイーコーポレイション
（エヌワイ）（国籍・アメリカ合衆国。以下「ピーイー社」という。）は，ロシュ
社から本件特許権の移転を受け，平成１３年５年１７日（受付年月日　平成１３年
４月２０日）その移転登録を受けた後，原告に合併されて原告が本件特許権を承継
し，平成１６年１０月６日（受付年月日　平成１６年９月２１日）その移転登録を
受けた（甲２，３）。
　被告は，平成１４年９月２０日，本件特許につき無効審判請求（被請求人
ピーイー社。以下「第１次無効審判事件」という。）をし，特許庁は，これを無効
２００２－３５３９９号事件として審理した上，平成１５年１２月２５日，「本件
審判の請求は，成り立たない。」との審決（第１次審決）をした（甲２，乙３
３）。同審決に対しては被告がその取消訴訟を提起し，当庁平成１７年（行ケ）第
１００６５号（旧表示・東京高裁平成１６年（行ケ）第１９０号）事件として，係
属中である。
　前記第１次審決がなされる前の平成１５年１０月３０日，被告は，本件特
許につき更に無効審判請求（第２次無効審判事件）をした。特許庁は，同請求を無
効２００３－３５４４９号事件として審理し，その係属中の平成１６年６月２４
日，ピーイー社（その後，原告がその地位を承継）は，請求項３の訂正等を内容と
する訂正請求をした（甲２４。以下「本件訂正」という。）。その後，原告は，前
記のとおりピーイー社を合併して第２次無効審判事件の被請求人の地位を承継し
た。そして特許庁は，平成１７年３月２５日，「訂正を認める。特許第３１３６１
２９号の請求項１～７に係る発明についての特許を無効とする。」との審決（第２
次審決。以下「本件審決」という。）をし，その審決謄本は平成１７年３月２９日
原告に送達された。
(2)　発明の内容
　本件訂正後の発明の内容は，以下のとおりである（下線部は訂正部分。な
お，請求項１ないし７に記載された発明を，以下順次，「本件発明１ないし７」と
いう。）。
【請求項１】　複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターするための
装置であって，１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するための支持体を有する
熱循環器，及び前記１又は複数の核酸増幅反応混合物に光学的に連係される光学系
を有し，ここで該光学系は，前記１又は複数の核酸増幅反応混合物を閉じたままで
各反応混合物からの光シグナル測定するために作用し得る検出器を有し，これによ
り，複数の循環期間にわたって各光学シグナルの循環依存的変化を測定することが
可能である，ことを特徴とする装置。
【請求項２】　単一の核酸増幅反応混合物のみを収容するようにされた，請
求項１に記載の装置。
【請求項３】　複数の核酸増幅反応混合物を収容するようにされた，請求項
１に記載の装置であって，増幅前に存在する標的核酸量の定量のために使用され
る，装置。
【請求項４】　前記検出器が蛍光発生シグナル検出するように作用する，請
求項１～３のいずれか１項に記載の装置。
【請求項５】　前記検出器が，各反応混合物からの光シグナルを集めるため
の１又は複数の光ファイバーリードを有する，請求項１～４のいずれか１項に記載
の装置。
【請求項６】　前記１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するための１又
は複数の反応容器をさらに有する，請求項１～５のいずれか１項に記載の装置。
【請求項７】　前記検出器が，各反応混合物からの光シグナルを集めるため
の１又は複数の光ファイバーリードを有し，そして各光ファイバーリードが，前記
１又は複数の反応容器の各々の透明な又は半透明なキャップと光学的に連係するよ
うにされている，請求項６に記載の装置。
(3)　審決の内容
　審決の内容の詳細は，別紙審決写しのとおりである。
　その要旨は，本件訂正請求を認めた上で，請求項１ないし７に係る本件発
明１ないし７は，本件優先日（１９９１年（平成３年）５月２日）前に頒布された
下記の刊行物に記載された発明と同一であるから，特許法２９条１項３号に違反す
る等としたものである。
記
・刊行物
　「進化の研究についてのレポート，マックス・プランク生物物理化学研
究所，生化学動態研究部」表紙，巻頭言，目次および本文（審判甲８・本訴甲８。
原文の題名等「REPORTONEVOLUTIONRESEARCH，DEPARTMENTOFBIOCHEMICAL
KINETICSMAX－PLANCK－INSTITUTFURBIOPHYSIKALISCHECHEMIE
GOTTINGEN，1990」。以下，単に「甲８」という。）
(4)　審決の取消事由
　しかしながら，本件審決は，甲８が本件優先日前に外国において頒布され
た刊行物であると誤って認定判断した上，本件発明１ないし７が甲８に記載された
発明と同一であるとして，その新規性の判断を誤ったから，違法として取り消され
るべきである。
ア　取消事由１（頒布刊行物該当性の判断の誤り）
　審決は，１９９１年（平成３年）４月１８日から２０日までの間に，ド
イツ国ゲッテインゲン市の「マックス・プランク生物物理化学研究所」（以下「マ
ックス・プランク研究所」という。）で「国際会議”Selection-naturaland
unnatural－inbiotechnology”」（以下「本件ワークショップ」という。）が開催
され，「本件配布冊子は，複数部数が，本件ワークショップにおいて，本件配布冊
子の内容に関連の深い企業，雑誌，大学等の研究機関からの出席者に対し，その利
用処分につき何らの制限も加えることなく配布されたものと認めることができる。
　そして，このような守秘義務のない出席者は，配布冊子について，配布者に対し
てその処分について何の義務も負わないという点から見て，公衆に該当するものと
認められる。　したがって，甲第８号証は，「公衆に対し頒布により公開すること
を目的として複製された文書であって，頒布されたもの」といえるから，特許法第
２９条第１項第３号の頒布された刊行物に該当するものである。」（２３頁１９行
～２８行）と認定したが誤りである。
(ア)　配布の事実の不存在
　甲８の配布の事実を裏付ける客観的な証拠は一切存在しない。
　なお，審決は，Ｋ博士（本訴甲４・審判甲９），Ｌ博士（本訴甲５・
審判甲１１，本訴甲６・審判甲１３），Ｍ博士（本訴甲７・審判甲２１）の各宣誓
供述書（供述書を含む。）における，甲８が本件ワークショップにおいて配布され
たとの供述に信用性が認められるとして，その配布の事実を認定しているが，以下
のとおり，これらの供述はいずれも信用することができない。
ａ　Ｌ博士及びＫ博士の供述の問題点
　甲８の配布について，Ｌ博士（本訴甲５・審判甲１１，本訴甲６・
審判甲１３）及びＫ博士（本訴甲４・審判甲９）は各宣誓供述書で「zuganglich」
などと述べるだけで，具体的な配布の状況について各宣誓供述書に一切記載されて
いないから，その証拠力は極めて限定的にしか評価できない。なお，欧州特許条約
５４条の「zuganglich」とは，「配布」のみならず，「口頭による伝達」をも含む
ものであって，必ずしも「配布」を意味するものではない。
b　Ｍ博士の供述の問題点
①　Ｍ博士は，本件特許に対応する原告の欧州特許（欧州特許第０８
７２５６２号。以下，単に「原告欧州特許」という。）の欧州特許庁（ＥＰＯ）に
おける異議手続の証人尋問で，本件ワークショップのポスター及び甲８に図の記載
があることを前提として，甲８が本件ワークショップで配布された旨供述している
が（本訴甲９・審判甲３４），その供述には，甲８にそのような図が存在しないと
いう致命的な矛盾がある。
②　Ｍ博士は，甲８の配布場所について，甲７の宣誓供述書において
は，「会議の机」に置かれ，その他の書類及び名札とともに配布されたと供述して
いるの対し，原告欧州特許の異議手続の証人尋問では，「受付で名札と共に配布さ
れ」た（甲９の２頁，訳文２頁）と供述しており，配布状況についての供述に変遷
がみられ，このような変遷があるようでは，Ｍ博士の供述が具体的かつ明確である
ということはできない。
③　Ｍ博士は，原告欧州特許の異議手続の証人尋問で，Ｌ博士の特許
の詳細に関することは甲８に含まれておらず，本件ワークショップにおいても，
「その情報はＩ博士に回してはならなかった」旨供述する（甲９の８頁，訳文８
頁）。しかし，Ｌ博士は，甲５の宣誓供述書で，自己の欧州特許（欧州特許第０５
８３２６５号。以下「Ｌ特許」という。）の内容が甲８に含まれていることを前提
に，その特許の有効性を確保するために，本件ワークショップの開催前の時点では
Ｉ博士に甲８を示していなかったが，本件ワークショップ時には開示した旨供述し
ており，Ｍ博士の供述とＬ博士の供述内容は食い違っている。
ｃ　マックス・プランク研究所の他の研究者及び本件ワークショップ参
加者らの供述（弾劾証拠）
　Ｏ博士（本訴甲１３・審判乙１，甲２９），Ｚ博士(甲４０），Ｐ博
士(本訴甲１４・審判乙２）は，いずれもマックス・プランク研究所の研究者で，甲
８の作成者であり，本件ワークショップに参加していた者であるにもかかわらず，
各宣誓供述書において本件ワークショップで甲８が配布された事実を知らない旨供
述する。
　また，Ｒ氏（「Nature」誌のジャーナリスト）（本訴甲２５・審判
乙１３），Ｓ氏（ドイツの著名な科学系出版社の記者，本訴甲２６・審判乙１
４），Ｔ博士（ノーベル医学・生理学賞受賞者）（本訴甲２７・審判乙１６），Ｕ
博士（コロラド大学教授・本件ワークショップの発表者）（甲２８），Ｖ博士（甲
３０)，Ｗ博士（甲３１)及びＹ博士（甲３４)は，いずれも本件ワークショップの参
加者であるにもかかわらず，各宣誓供述書において本件ワークショップにおける甲
８の配布の事実を否定する供述している。また，マックス・プランク研究所の秘書
であったＸ氏も甲８の配布を否定する（甲３２)。
　同人らのその地位や職業から考えて，あえて虚偽の供述を行わなけ
ればならない理由はない。また，ジャーナリストについては，資料収集整理を職業
柄当然にきちんと行うことが考えられること，研究者についても，自身の強く関心
のある分野の資料についての整理は曖昧にすることは考えにくいことからしても，
その供述の信用性は十分に認められる。
ｄ　甲１０は甲８について一切触れていないこと
　仮に甲８が本件ワークショップの参加者に配布されたのであれば，
本件ワークショップの発表の要旨をまとめた冊子である甲１０(「REPORTONTHE
INTERNATIONALWORKSHOPSELECTION-NATURALANDUNNATURAL-IN
BIOTECHNOLOGY,HELDFROMAPRIL18TO20,1991ATTHEMAX－PLANCK－INSTITUT
FURBIOPHYSIKALISCHECHEMIEGOTTINGEN-GERMANY」）に，最も関連するテーマを取
り扱っている論文集である甲８を参考文献として引用するはずであるが，甲１０に
は，甲８を引用する記載は一切ない。
ｅ　甲８は図書館に所蔵されていないこと
　マックス・プランク研究所が甲８を配布したのであれば，少なくと
もマックス・プランク研究所附属図書館には甲８が所蔵されているはずであるが，
ドイツ国内の主要な図書館のみならず，マックス・プランク研究所にも所蔵されて
いない（本訴甲１７・審判乙５，本訴甲１８・審判乙６，本訴甲１９・審判乙
７）。
ｆ　甲８の原本の存在を確認できないこと
　甲８の原本（本件ワークショップで配布されたとされる原本）は現
在に至るまで提出されていない。もし甲８の原本が本件ワークショップの５８名の
参加者全員に配布されたのであれば，複数の原本が提出されてしかるべきである。
ｇ　Ｌ博士の秘書Ｑ氏の回答
　Ｌ博士の秘書Ｑ氏は，２０００年（平成１２年）の時点でもなお，
アプライドバイオ社の委任を受けたⅢ弁理士からの甲８のコピー提供の要請に対
し，甲８は内部文書であり，この形式（「indieserForm」）では公開されていな
いとして，上記要請を拒否している（本訴甲１５・審判乙３，本訴甲１６・審判乙
４）。もし甲８がいったん本件ワークショップにおいて公開されているのであれ
ば，Ｑ氏がⅢ弁理士の上記要請を拒否する理由はない。
(イ)　頒布刊行物に非該当
　審決は，甲８が本件ワークショップにおいて守秘義務のない出席者に
配布されたことを理由に，特許法２９条１項３号の「頒布された刊行物」に該当す
ると判断したが，次に述べるとおり誤りである。
ａ　特許法２９条１項３号の「頒布された刊行物」とは，少なくとも公
衆に対し頒布することを目的として複製された文書，図画その他これに類する情報
伝達手段をいい，不特定又は多数の者を対象しているという公開性と，配布の目的
という頒布性を有する必要がある。
　しかし，本件ワークショップでの配布を目的として甲８の複製がさ
れた事実はない。Ｍ博士の供述（甲９）によっても，甲８のコピーが３００部無料
見本として作成されたというにとどまり，本件ワークショップのため複製が行われ
たわけではない。
ｂ　次に，「頒布」とは，公衆により閲覧可能な状態で配布されること
が少なくとも必要である。「公衆」とは，不特定かつ多数人を意味するのであっ
て，多数であっても特定人であれば公衆とはいえない。したがって，本件ワークシ
ョップの参加者が５８名であったとしても，主催者が予め招待した者以外の者が参
加できなかった以上，甲８の配布の対象者は特定人であって公衆ではないから，参
加者の守秘義務の有無にかかわらず，甲８は頒布性を有しない。
　また，公衆からの要求を待ってその都度複写が成される文書につい
て頒布刊行物性を肯定した最高裁昭和５５年７月４日第二小法廷判決・民集３４巻
４号５７０頁は，頒布刊行物といえるためには公衆（不特定・複数人）が自由に入
手可能であることを当然の前提としている。誰であっても（利害対立する当事者で
あっても），入手しようと思えば入手できた文献だけが頒布刊行物に該当するので
あって，実際に配布された人物が守秘義務を負っていたかどうかは問題にならない
というべきである。
　しかし，甲８に関しては，前記のとおり，ドイツ国内の主要な図書
館のみならず，マックス・プランク研究所附属図書館でも所蔵しておらず，また，
平成１２年の時点でもなお，Ｌ博士の秘書は，Ⅲ弁理士からの甲８のコピー提供の
要請を拒否している。さらに，被告ですら，平成１６年１１月１９日に至るまで甲
８を証拠として提出することができなかったものである。
　このことは，Ｌ博士ら甲８の作成者が本件ワークショップ後も甲８
が公衆に利用されないように取り扱ったものと考えるのが自然である。
イ　取消事由２（本件発明１の新規性についての判断の誤り）
　本件発明１（請求項１）の構成要件を分説すると，次のとおりとなる。
「Ａ　複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターするための装置で
あって，
Ｂ　１又は複数の核酸増幅反応混合物を収容するための支持体を有する
熱循環器，
Ｃ　及び前記１又は複数の核酸増幅反応混合物に光学的に連係される光
学系を有し，
Ｄ　ここで該光学系は，前記１又は複数の核酸増幅反応混合物を閉じた
ままで各反応混合物からの光シグナル測定するために作用し得る検出器を有し，
Ｅ　これにより，複数の循環期間にわたって各光学シグナルの循環依存
的変化を測定することが可能である，ことを特徴とする装置。」
　しかし，以下のとおり，甲８には構成要件Ａ，Ｄ及びＥの開示がないか
ら，甲８に本件発明１が記載されているとして，「本件発明１と甲第８号証に記載
された発明を対比すると，両者の構成に差異はない。」とした審決の判断（２７頁
下から５行～２８頁４行）は誤りである。
(ア)　構成要件Ｄの開示の欠如
　審決は，甲８中の「ＩＩ．３．４　大規模な平行進化の実験　Ｈ」の
項（５３頁９行～５５頁２８行，訳文９頁１５行～１３頁１行。以下「Ｈ論文」と
いう。）の「薄い箔で中身が入ったマルチウェルチャンバーをシールすることによ
り，交差夾雑を防止する。この箔は非常に光透過性が高く，核酸の増加をマルチチ
ャンネル蛍光計により観察することができる。」との記載に基づいて，構成要件Ｄ
（「閉じたまま」）が甲８に記載されている（審決２７頁１５行～２４行）と認定
したが，誤りである。
ａ　Ⅳ論文の看過等
①　甲８の「ＩＩ．３．３　IN　VITROでの進化実験の制御と自動化　
Ｚ・Ⅳ」（CONTROLLEDANDAUTOMATEDEVOLUTIONEXPERIMENTSINVITRO,Ⅳ)の項
（５１頁３０行～５３頁８行，訳文７頁１４行～９頁１４行。以下「Ⅳ論文」とい
う。）には，シリアルトランスファー（連続的トランスファー）用の自動化機械に
ついての記載がある。シリアルトランスファーとは，ＲＮＡ増幅反応生成物を次の
容器に移動（トランスファー）して，新鮮な複製用混合物と混合してＲＮＡ増幅反
応を再開させるサイクルを連続的（シリアル）に繰り返すプロセスである（甲８の
５２頁１行～１８行，訳文７頁２３行～８頁１１行）。シリアルトランスファープ
ロセスにおいて，ＲＮＡ増幅反応試料を次の容器に移動する際には，ＲＮＡ増幅反
応が中断（interrupt）されることになるが，従来のシリアルトランスファー機械で
は，この移動工程を手作業で行っていたために長時間の中断が必要とされていた。
　この従来の機械の欠点について，Ⅳ論文は，オンラインモニタリ
ング装置を含むシリアルトランスファーの自動化装置によって，移動工程の差異の
ＲＮＡ増幅反応の中断がなくなったと記載している（甲８の５２頁１行～３２行，
訳文７頁２３行～８頁１９行）。しかし，Ⅳ論文は，エチジウムブロマイドが核酸
反応を妨害しないとは一切記載していない。
②　また，Ⅳ論文（甲８）には，「古くなった混合物は，後の実験解
析のために保存しておき」（５２頁８行～９行，訳文８頁２行～３行），「新規な
環境に対する適応の後に，保存したトランスファー混合物を解析することができ
る」（５２頁１４行～１５行，訳文８頁７行～８行），「ＲＮＡ濃度の測定は，エ
チジウムブロマイドが核酸の二本鎖領域中に挿入された後における，エチジウムブ
ロマイドの蛍光増強に基づく」（５２頁２４行～２６行，訳文１６行～１７行），
「この機械において，ＲＮＡ増加を，１チャンネルの高感度グラスファイバー蛍光
計を使用してオンラインでモニターする（例えばＺによるリポート。蛍光計は特
に，少量サンプル中の蛍光を，容器にふれることなく測定し，したがって交差夾雑
を回避するように構築した。」（５２頁２１行～２４行，訳文８頁１３行～１６
行）との記載がある（なお，下線部分は，甲８の原文が「after」であるため，訳文
を訂正した。）。
　このようにⅣ論文は，オンラインの蛍光計を用いる場合であって
も，シリアルトランスファープロセスにおける増幅反応が終了した後に容器を開け
て蛍光指示薬を添加し蛍光測定することが核酸増幅反応の分野の技術常識であるこ
とを記載し，蛍光測定の前に試料の容器をシールすれば交差夾雑を防げることを記
載している。しかし，審決は，上記技術常識の記載を看過している。
ｂ　Ｈ論文の看過等
①　Ｈ論文（甲８）は，測定ポジションを「ameasurement
position」と単数形で記載しているから，Ｈ論文の進化装置の測定ポジションは一
つであることが明らかである。この進化装置は，蛍光計が，ＰＣＲ反応を行う複数
のステーションではなく，一つの測定ポジションに接続されており，この進化装置
でＰＣＲを行う場合には，複数のステーションの間で移送ユニットによりサンプル
キャリアを移動させながら，ＰＣＲの各ステップの反応が行われ，そして，一部の
サンプルが液体供給システムにより測定ポジションに移され，反応ステーションで
残りのサンプルの反応を進めると同時に，測定ポジションにおいて蛍光測定を行う
ことができる。
　したがって，Ｈ論文における「オンラインモニタリング」との記
載は，蛍光計を測定ポジションに接続して測定を行うことを意味し，「核酸濃度
を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ」との記載は，ＰＣＲ反応
を複数のステーションで行っている間に，一部のサンプルを測定ポジションに移動
し，測定ポジションにおいて蛍光指示薬を添加して蛍光測定を行うことを説明して
いる。また，「そのことにより増幅反応は妨害されない」との記載は，測定ポジシ
ョンで蛍光測定を行っている間にも反応ステーションでは残りのサンプルで増幅反
応を継続できるから蛍光測定を行うことにより増幅反応が妨害されないことを説明
している。
　しかし，審決は，反応ステーションにおいて蛍光測定が行われる
との誤った解釈を加えて甲８記載の発明を認定している。
②　Ｈ論文（甲８）には，蛍光指示薬を添加するタイミングについて
の記載がないが，本件優先日（１９９１年５月２日）当時，ＰＣＲの当業者におい
ては，ＰＣＲ反応終了後蛍光測定を行う前に蛍光指示薬を添加することが技術常識
であった（甲２０，甲２２）。
　したがって，Ｈ論文を読んだ当業者は，反応ステーションでの反
応が終わった後，測定ポジションで測定される前に蛍光指示薬が添加されること，
及び蛍光指示薬の添加の後に光透過性の高いシールを用いてオンラインで蛍光測定
すれば，測定器が溶液に触れることによる交差夾雑を防ぐことができることを理解
することになる。
　このようにＨ論文には，核酸増幅反応混合物を閉じたまま測定を
行うこと（構成要件Ｄ）が記載されていない。
③　さらに，Ｈ論文（甲８）が，核酸増幅反応混合物を閉じたまま測
定を行うことを記載していないことは，１９９５年（平成７年）にＨ博士が甲８の
Ｈ論文をさらに詳細に説明した論文（原文の題名「MultichannelPCRandSerial
TransferMachineasaFutureToolinEvolutinaryBiotechnology」。本訴甲２
３・審判甲２３）からも明らかである。
　甲２３は，シリアルトランスファー装置について記載しており，
この装置においては，ＲＮＡの増幅の実験の際に，交差夾雑を最小にするために，
反応容器をシールし，液体供給システムのピペッティングロボットのアームにより
このシールに穴を開けて反応溶液を取り出し，その後，反応溶液を蛍光モニタリン
グする。また，ＰＣＲの実験に関しても，甲２３は，そのＰＣＲの実験結果を分析
するためにサンプルを取り出してＰＡＧＥ（ポリアクリルアミドゲル電気泳動）を
行ったと記載し，反応容器を開けて測定したことを記載している。
　さらに，甲２３に，試験管中の進化を直接的にモニターする方法
は実験中であると記載されているように，１９９５年（平成７年）当時，ＰＣＲ反
応中の蛍光を「閉じたまま」測定する方法は実験中であったのであるから，１９９
１年（平成３年）の甲８において「閉じたまま」の測定が開示されていないことは
明らかである。
　このように，甲２３において，容器をシールした後にそのシール
を開けて測定することのみが記載されているのであるから，甲８においてもシール
を開けて測定することが記載されていると当然に解釈されるべきである。
(イ)　構成要件Ａ，Ｅの開示の欠如
　審決は，Ｈ論文（甲８）の「核酸濃度をＰＣＲの間測定する。」，
「核酸増幅のオンラインモニタリングする」との記載に基づいて構成要件Ａが，
「核酸濃度を，蛍光指示薬を用いて測定する」，「蛍光計により，核酸増幅のオン
ラインモニタリングを行う」との記載に基づいて構成要件Ｅが，それぞれ甲８に記
載されている（審決の２７頁８行～１４行）と認定したが，いずれも誤りである。
ａ　Ｈ論文（甲８）には，核酸濃度の測定回数も，１回の測定時間も記
載されていない。
　また，２０００年（平成１２年）年８月１日発行の甲２０（「細胞
工学別冊　目で見る実験ノートシリーズ　バイオ実験イラストレイテッド　③新版
　本当にふえるＰＣＲ」株式会社秀潤社）によれば，１９８６年（昭和６１年）に
ＰＣＲが発表されてからおよそ１５年後においても，ＰＣＲは実験前の予想どおり
に反応が進まないことが多く，逆に増幅反応が起こらないはずのサンプルで増幅反
応が起こることさえあることが技術常識であったというべきであるから，本件優先
日当時の１９９１年（平成３年）の技術水準においては，実験前の予想どおりにＰ
ＣＲ反応が進まない可能性が非常に高いことが技術常識であったことは当然であ
る。
　したがって，実験前の予想どおりにＰＣＲ反応が始まるか否かは重
要な問題であったため，当業者は，Ｈ論文に記載されている実験中の蛍光測定と
は，ポジティブコントロールが増幅し始めたこと，及びネガティブコントロールが
増幅しないことを確認して，実験が予想どおりに進み始めたことを確認するために
行われるものと理解し，また，当該サンプルについては，ＰＣＲ中に１回蛍光測定
を行って順調に予定した増幅が起きていることを確認すれば足り，かつそれ以上測
定を行うことには意味がないと理解するというべきである。
ｂ　以上のとおり，甲８には，光学シグナルの循環依存的変化を複数サ
イクルにわたって測定することが全く示されておらず，本件発明１の構成要件Ａ，
Ｅについての開示がないから，これらの開示があるとする審決の認定は誤りであ
る。
(ウ)　実施可能性についての判断の誤り
ａ　審決は，甲８には増幅反応混合物を閉じたまま蛍光測定を行うため
に必要な蛍光指示薬についての具体的な記載がなく，実施可能性がないから，本件
発明１に対する先行技術文献ではないとの原告の主張について，Ⅳ論文（甲８）が
エチジウムブロマイドが増幅反応を妨害しないことを記載していると述べて，原告
の上記主張を否定した（審決２９頁の（５－２－４－２）項）。
　しかし，刊行物に発明の構成要件の全てが記載されているように見
えたとしても，発明を実際に実施するために必要な事項が記載されていなければ刊
行物に技術的思想が記載されている（特許法２９条１項３号）と認められない（東
京高判平成３年１０月１日・判時１４０３号１０４頁参照）。
　前述のとおり，Ⅳ論文には，エチジウムブロマイドが核酸反応を妨
害しないとは一切記載されておらず，むしろ，核酸増幅反応の終了後に，容器を開
けてエチジウムブロマイドを添加し，その後に蛍光測定を行うことを記載してい
る。
　そして，エチジウムブロマイドが核酸増幅反応を阻害することは技
術常識であったこと（本訴甲１１・審判乙１１），反応容器を閉じたまま核酸増幅
反応をモニターするための蛍光指示薬は知られていおらず，甲８にはこの「閉じた
まま」測定を行うために必要な蛍光指示薬の記載がないことからすれば，当業者
は，格別の思考を要することなく容易に甲８の技術的思想を実施することができな
かったものである。
ｂ　また，甲８のⅣ論文と，Ｈ論文中のＰＣＲについての記載を相互に
関連して読まれるべきであるとする審決の認定（２９頁２３行～２８行）も誤りで
ある。
　Ⅳ論文は熱サイクルを伴わないおよそ３０℃の一定温度で行われる
ＲＮＡ増幅反応を記載するのに対し，他方，Ｈ論文中のＰＣＲは，９０℃以上の高
温を含む熱サイクルを用いて行われる反応であって，Ⅳ論文のシリアルトランスフ
ァーとは全く異なる反応であるから，シリアルトランスファーで用いられる試薬が
そのままＰＣＲで用いることはできないと考えるのが当然である。
ウ　取消事由３（本件発明３の新規性についての判断の誤り）
(ア)　原告は，平成１６年６月２４日付けの本件訂正請求により，請求項
３を前述のとおり訂正した。本件発明３（本件訂正後の請求項３）の構成要件を分
説すると，次のとおりとなる。
「Ｆ　複数の核酸増幅反応混合物を収容するようにされた，
請求項１に記載の装置であって（本件発明１の構成要件Ａ～Ｅ），
Ｇ　増幅前に存在する標的核酸量の定量のために使用される装置。」
(イ)　審決は，構成要件Ｇについて，「本件発明３の「増幅前に存在する
標的核酸量の定量のために使用される」という事項は，本件発明３のモニター装置
によりモニターされた「光学シグナルの循環依存的変化」の測定値の使用目的を記
載したものにすぎず，本件発明３の装置は，当該測定値を用いて「増幅前に存在す
る標的核酸量の定量」を行うための手段を何も具備しないものであり，このような
定量に用いるのに特に適した物でも，またそのためにのみもっぱら使用される物で
もないから，これにより「複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターするた
めの装置」として，甲第８号証に記載されたものと異なることにはならない。」
（３０頁下から２行～３１頁７行）と判断した。
　しかし，構成要件Ｇにいう「増幅前に存在する標的核酸量の定量のた
めに使用される」とは，本件発明３の装置の用途を限定するものである。そして，
反応容器を開けて測定を行うタイプの装置では，増幅前に存在する標的核酸量の定
量を容易かつ迅速に行うことができないのに対し，本件発明３の装置は，「核酸反
応混合物に光学的に連係される光学系及び反応容器を閉じたまま測定を行う検出
器」という構成（構成要件Ｃ，Ｄ）を有することにより，増幅前に存在する標的核
酸量の定量を容易かつ迅速に行うことが可能であるから，本件発明３の装置は「こ
のような定量に用いるのに特に適した物」に該当し，これと異なる審決の上記認定
は誤りである。
　また，特許庁の審査基準（甲１２）は，特定の用途に特に適した物に
ついては用途限定により新規性が認められる旨説明しているところ，本件発明３の
構成要件Ｇは，甲８の装置の用途とは全く異なる新たな用途を提供するものである
から，本件発明３については，当然に用途限定による新規性が認められるべきであ
る。
２　請求原因に対する認否
　請求原因(1)ないし(3)の各事実は認めるが，同(4)は争う。
３　被告の反論
(1)　取消事由１に対し
ア　甲８の配布
(ア)　甲８は表紙に「１９９０」の文字が記載されているが，これがいつ
の時点で刊行されたかについては甲８自体は示していないが，甲８が本件ワークシ
ョップで配布されたことを裏付ける次のような客観的な事実がある。
　まず，本件ワークショップに参加したＢＡＳＦ社は，本件とは関係の
ない欧州特許庁におけるＬ特許（欧州特許第０５８３２６５号）に対する異議手続
の中で，２０００年（平成１２年）１０月１２日付け書簡に添付し，欧州特許庁に
対し，甲８の５３頁ないし５５頁を抜粋して提出している（乙１２の２）。また，
同様に本件ワークショップに出席したロッシュ社（乙３１，６頁）も，甲８を保有
していた。
　さらに，本件ワークショップに参加していないCepheid社も，本件特許
に対応する原告欧州特許（欧州特許第０８７２５６２号）に対する異議手続の中
で，甲８を証拠として欧州特許庁に提出している（乙２７。「Ｏ５」はCepheid社，
「Ｄ３０」は甲８を意味する。）。また，原告の代理人であるドイツのⅢ弁理士
が，Ｌ博士に対し，甲８のコピーの提供を依頼した２０００年（平成１２年）８月
３０日付け書簡（甲１５）には，「２０００年８月２９日の電話につきまし
て，「ReportonEvolutionResearch」のコピーを私共にご提供いただきますよう
依頼いたします。この報告書の最初の頁を添付します。さらに，この会議に誰が参
加したのかをご教示ください。」との記載がある上，同封物として甲８の１頁が添
付されており，本件ワークショップに参加していない原告は，遅くとも２０００年
（平成１２年）８月３０日の時点で，甲８の存在を知っていたことばかりか，所有
していたことも明白である。
　このように甲８が存在し，本件ワークショップに参加していない者の
間において転々流通していたことは客観的に明らかである。
　また，本件ワークショップのテーマ，内容（甲１０，乙３５）と甲８
の内容も一致している。
(イ)　Ｌ博士及びＫ博士の供述の信用性
ａ　Ｋ博士の２０００年１２月２０日付け宣誓供述書（甲４）及びＬ博
士の２０００年１２月２０日付け宣誓供述書（甲５）は，本件特許とは関係のな
い，欧州特許庁におけるＬ特許（欧州特許第０５８３２６５号）に対する異議手続
に使用される目的で作成されたものであり，被告はもちろんのこと，被告代理人も
その作成手続には一切関与していない。Ｌ博士の２００４年９月２９日付け宣誓供
述書（乙２６）は，欧州特許庁の異議手続において，本件特許に対応する原告欧州
特許（欧州特許第０８７２５６２号）に対する異議申立人の１人であるEppendorf　
AGから提出されたものであり，同様に被告及び被告代理人もその作成手続には一切
関与していない。
　Ｌ博士は，１９６７年（昭和４２年）に分子レベルの高速化学反応
の研究によりノーベル化学賞を受賞するほどの世界的に高名な研究者であり，ま
た，Ｋ博士は本件ワークショップが開催された当時，マックス・プランク研究所の
生化学動態研究部に所属し，責任者であるＬ博士の下，「化学分野」の唯一のグル
ープリーダーとして本件レポートに関する研究に従事し，また論文の執筆者として
本件レポートの作成に携わっていた。
　このような被告に関係のない複数の者による供述は，甲８が本件ワ
ークショップで配布されたことを証明する直接かつ客観的な証拠である。
ｂ　Ｋ博士の宣誓供述書(甲４)及びＬ博士の宣誓供述書(甲５)に
は，「Bericht（報告書）」が本件ワークショップにおいて「zuganglich」されたと
記載され，「zuganglich」される対象を「Bericht（報告書）」，すなわち文献とし
ており，Ｋ博士及びＬ博士が「zuganglich」なる言葉により，甲８が頒
布（zuganglich）された事実を供述していることに疑いなく，発明が口頭で説明さ
れたと解釈する余地はない。
　また，Ｌ博士は，上記宣誓供述書の後に作成された供述書（甲６）
で，甲８が「wasdistributed」（頒布）されたと明確に供述している。
(ウ)　Ｍ博士の供述の信用性
ａ　Ｍ博士は，本件ワークショップ開催当時，マックス・プランク研究
所の生化学動態研究部に所属し，Ｌ博士の下，「生化学分野」の唯一のグループリ
ーダーとして甲８に関する研究に従事し，論文の執筆者として甲８の作成に携わっ
ていた。
　Ｍ博士は，２００４年（平成１６年）１２月７日，欧州特許庁の原
告欧州特許に対する異議手続において証人として供述した。原告は，甲８にはいか
なる図も存在しないのに，Ｍ博士は甲８に図の記載があることを前提とする証言が
あることを理由に，Ｍ博士の証言全体が信用できない旨主張するが，その証人尋問
は，甲８が配布された１９９１年（３年）４月１８日ないし２０日より約１３年８
か月も経過した後に実施されたものであり，文献の内容について記憶に不正確な点
が出てくることは仕方のないことである。
　他方，Ｍ博士は，本件ワークショップで配布されたと記憶している
冊子の表紙にはハイポキューブが描かれていることを証言しているところ（甲９・
３頁７行～９行，訳文３頁７行～９行），甲８の表紙に描かれている図形はまさに
ハイポキューブであり，同博士の甲８に関する記憶は正確である。また，Ｍ博士
は，本件ワークショップに主催者側の一人として出席し，甲８と共に配布された
物，受付にいた２人の女性秘書が甲８を本件ワークショップの参加者に配布したこ
と等具体的な事実とともに本件ワークショップにおいて参加者に配布された資料が
甲８であると証言している（甲９）。
　以上のとり，原告が取り上げるＭ博士の記憶の誤りは，その他同博
士の記憶の内容と比較し，総合的に判断すると，非常に些細なものであり，同博士
の証言の信用性に影響を与えるものではない。
ｂ　Ｍ博士は，２００４年（平成１６年）６月１０日付け宣誓供述書
（甲７）において，「主催者のスタッフによって，参加者の数に対応する部数の上
記の冊子が，会議の机上に置かれ，参加者に対しその他の書類及び名札と共に手渡
されました。」（甲７）と供述し，その約半年後の２００４年（平成１６年）１２
月７日に実施された欧州特許庁の異議手続の証人尋問において，「この冊子は多数
作成され，私の知る限り，これは受付で名札と共に配布された」（甲９の２頁１０
行～１３行，訳文２頁１０行～１１行]）と供述している。上記宣誓供述書の「会議
の机」（conferencedesk）の意義は，その他の書類及び名札と共に，主催者のスタ
ッフにより甲８は参加者に手渡されたという後の証人尋問の供述内容から，受付と
して使用されていた会議場内にある机と解するのが合理的である。
　したがって，甲８が配布された場所を含む具体的状況につき，欧州
特許庁の異議手続におけるＭ博士の証言（甲９）と，同博士の上記宣誓供述書（甲
７）の間には表現上の微細な違いはあるものの，内容自体は同一であり，供述の変
遷はみられない。
ｃ　Ｌ博士は，２０００年１２月２０日付け宣誓供述書（甲５）におい
て，甲８は当初内部用として作成されたが，その後本件ワークショップにおいて配
布されたことのみを供述しており，上記宣誓供述書にはＬ特許に関する記載は認め
られず，Ｍ博士の証言（甲９）との間にそもそも矛盾が生じる余地はない。
　また，Ｍ博士は，上記証人尋問において，「本件ワークショップ時
においても」その情報はＩ博士には回してはならなかったとは述べておらず，かえ
って「私が彼（被告注：Ｉ博士）と話したとき，彼はこの冊子を知っており，ある
いはこの冊子の内容を彼が知っていたことも，私には分かっている」（甲９の訳文
８頁）と述べ，本件ワークショップ時において，Ｉ博士が甲８を入手していたこと
を明言しており，Ｍ博士の供述とＬ博士の供述との間に原告が主張するような食い
違いは存在しない。
(エ)　原告主張の弾劾証拠に対し
　Ｒ氏（甲２５）及びＳ氏（甲２６）の各宣誓供述書は，甲８が本件ワ
ークショップにおいて参加者に配布されたという審決の認定を妨げるものではな
い。
　また，Ｏ博士（甲１３）及びＰ博士（甲１４）の各宣誓供述書（甲１
３，甲１４）は，１９９１年（平成３年）４月１６日を優先日とするＬ欧州特許に
対する異議手続において提出された書面であって，上記異議手続では甲８が上記優
先日前に公開されたかどうかが争点となったため，甲８が前記優先日前には公開さ
れていなかったことを立証しようとするものである。したがって，上記各宣誓供述
書（甲１３，甲１４）には，争点となった日より後の事情である１９９１年（平成
３年）４月１８日から２０日に開催された本件ワークショップにおける甲８の配布
について一切言及されていないのは当然のことである。
　さらに，Ｔ博士（甲２７），Ｕ博士（甲２８），Ｖ博士（甲３０)，Ｗ
博士（甲３１)及びＹ博士（甲３４)上の各宣誓供述書も，同様に，甲８が本件ワー
クショップにおいて参加者に配布されたという審決の認定に影響を与えるものでは
ない。
　なお，本件ワークショップに招待されて，講演を行ったＮ博士は，２
００５年（平成１７年）７月１４日付け宣誓供述書（乙３５）で，本件ワークショ
ップにおいて甲８を受領したと明確に供述している。
(オ)　甲１０が甲８について触れていないことに対し
　甲１０は，本件ワークショップで行われた講演の要旨をまとめ，会議
についての記念とすることを目的として作成されたものであり，この作成経緯を考
えれば，甲１０において本件ワークショップでの配布物にまで言及する意味は存し
ない。また，論文の執筆者が，甲８を自らの論文に引用するか否かは，執筆者の自
由な裁量に委ねており，甲１０に掲載されている各論文が，甲８を参考文献として
引用されていないことは，甲８が本件ワークショップで配布されたか否とは関係が
ない。
(カ)　甲８が図書館に所蔵されていないことに対し
　甲８は，本件ワークショップに参加した者に対し受付において名札と
共に配布されたものであり，参加者は１部ずつしか受領していないものと思われ
る。また，甲８は約１００部ないし３００部作成されたものであるが（甲９の１０
頁６行～１３行，訳文１０頁１６行～２２行），マックス・プランク研究所の諮問
委員会用，本件ワークショップの参加者に対する配布用を除くと，マックス・プラ
ンク研究所としては，世界各国になる大学や研究機関に寄贈することは当初より予
定されていなかったものと考えられる。
　したがって，甲８がある図書館に所蔵されていないという事実が，甲
８が本件ワークショップで参加者に対し配布されたという事実認定に何らの影響も
与えるものではない。
(キ)　甲８の原本が確認できていないことに対し
　本件ワークショップが開かれたのは１９９１年（平成３年）４月とい
う，今から１４年以上も前であることを考えると，甲８が配布された事実を供述し
たＬ博士，Ｋ博士，Ｍ博士が，甲８の原本を保有していないために原本を提出する
ことができなかったとしても仕方がないことである。
　前記(ア)のとおり，原告は，遅くとも２０００年（平成１２年）８月
３０日の時点で，甲８の存在を知っていたのみならず，所有していたことも明白で
あり，また，本件ワークショップに参加したＢＡＳＦ社，ロシュ社や，本件ワーク
ショップに参加していないCepheid社及び被告も，甲８を保有している。加えて，Ｍ
博士の欧州特許庁の異議手続における供述（甲９の９頁１行～５行，訳文9頁１１行
～１５行]）によると，甲８は本件ワークショップに出席していないⅥ博士にも送付
されている。
(ク)　Ｑ氏の回答に対し
　Ｑ氏の回答（甲１６）は，原告代理人から求められていた甲８のコピ
ーの提供要請に対し，マックス・プランク研究所としては部外者に甲８のコピーを
作成・提供するという形では公開していないとしているだけである。原告代理人か
ら甲８が本件ワークショップで公開されたか否か問われていない以上（甲１５），
Ｑ氏の回答に本件レポートが本件国際会議において公開されたか否かについて言及
されていないのは極めて自然なことである。
イ　頒布刊行物該当性
(ア)　公開性
　前記アのとおり，甲８が，本件ワークショップにおいて参加者に配布
する目的で，必要部数作成されたことは明らかである。したがって，甲８は，本件
ワークショップでの配布を目的として複製された段階で，公開性を有するに至った
とする審決の認定は，適切かつ合理的である。
(イ)　頒布性
ａ　内部資料であっても，それが秘密保持義務を有さないいわゆる「不
特定人」に配布する目的で複製され，頒布された文書は，その時点において秘密性
は解かれ，特許法２９条１項３号にいう頒布された刊行物に該当するというべきで
ある（最高裁昭和５５年７月４日第二小法廷判決・民集３４巻４号５７０頁）。
　本件ワークショップの主催者であるマックス・プランク研究所は，
本件ワークショップの参加者に対し甲８を配布する際，甲８の取り扱いにつき何ら
の守秘義務を課しておらず，甲８が不特定人の間を転々流通することを認容した上
で相当部数の甲８を作成し，本件ワークショップの参加者に配布したのであるか
ら，本件ワークショップへの参加者があらかじめマックス・プランク研究所が招待
した研究者やメディア等であったとしても，これらの参加者は，数の多少に関わら
ず，「不特定人」に該当する。
　したがって，甲８は，「頒布された刊行物」（特許法２９条１項３
号）に該当するというべきである。
ｂ　また，本件特許の出願人であるロシュ社に所属する数名が本件ワー
クショップに実際に出席し（甲１０），甲８の配布を受けている。
　さらに，本件ワークショップの参加者はいかなる守秘義務も負わさ
れていない以上，甲８を受領した者はこれを公開したとしても，民事的にも刑事的
にも不利益を受けることはないから，少なくとも甲８が守秘義務を課さずに本件ワ
ークショップで配布された時点で，図書館に入れられ，雑誌で発表されたり，参加
者に頼めば閲覧することができる可能性が生じている。加えて，甲８は，ＢＡＳＦ
社やロシュ社のような甲８の記載内容と同種の研究を行っている企業にも配布され
たり，欧州特許庁の異議手続においても提出されるなど，甲８は現実に転々流通し
ており，参加者以外から隔絶された資料とはなっておらず，原告を含む一般公衆が
閲覧する可能性が常に存在していた。
　したがって，甲８は，本件優先日（１９９１年５月２日）の時点に
おいて，出願人及び原告が入手することが可能な文献であったことは明らかであ
り，甲８が，特許法２９条１項３号の「頒布された刊行物」に該当すると判断した
審決に誤りはない。
(2)　取消事由２に対し
ア　構成要件Ｄについて
(ア)　甲８は，マルチウェル反応チャンバーのそれぞれのサンプルが，開
くことなく閉じたまま蛍光計で測定することなどを開示しており（甲８の５５頁１
行～４行，訳文１２頁４行～６行，５６頁１３行～１５行，訳文１３頁下から３行
～末行），審決が認定したように，甲８の発明は，本件発明１の構成要件Ｄを備え
ていることは明らかである。
(イ)　Ⅳ論文に関する主張に対し
　原告は，Ⅳ論文（甲８）は，自動化装置によって，移動工程の際に生
じるＲＮＡ増幅反応の中断がなくなったと記載しているのであって，エチジウムブ
ロマイドが核酸反応を妨害していないとは一切記載していない旨主張するが，上記
主張は誤りである。
　また，原告は，Ⅳ論文は，オンラインの蛍光計を用いる場合であって
も，増幅反応が終了した後に容器を開けて蛍光指示薬を添加し蛍光測定することが
核酸増幅反応の分野の技術常識であることを記載している旨主張する。しかし，Ⅳ
論文（甲８）中の原告主張の記載部分は，いずれも，増幅反応後にエチジウムブロ
マイドを挿入することを意味するものではなく，原告の主張は，分子進化に関する
研究内容及び連続的トランスファーに関する誤解から生じたものである。
(ウ)　Ｈ論文に関する主張に対し
ａ　ＰＣＲとは，「(i)ＤＮＡ二本鎖の解離，(ii)オリゴヌクレオチドと
のアニーリング，(iii)ＤＮＡポリメラーゼによる相補鎖合成」の３反応の繰返し
（通常２０～３０回）から成る」ところ（乙７），(i)の段階（鋳型となる二本鎖Ｄ
ＮＡ分子が高熱に曝されて解離する段階）及び（ii）の段階（その後の低温に移さ
れてプライマーであるオリゴヌクレオチドとアニーリングさせる段階）では，二本
鎖が存在しないため二本鎖に挿入されて蛍光を発するような蛍光指示薬も蛍光を発
せず，(iii)の段階で，ポリメラーゼによる核酸の増幅が行われる温度条件に曝され
て初めて二本鎖核酸の形成が開始され，二本鎖核酸量が増加を始めるのであるか
ら，測定ポジションを，核酸の二本鎖が形成される反応ステーション（(iii)の段階
を行う反応ステーション)の上方に設定しておけば，ＰＣＲの間継続的にモニターし
ているのと同等の結果が得られることは，当業者にとっては当然のことである。
　原告は，Ｈ論文（甲８）における「オンラインモニタリング」との
記載は，ＰＣＲ反応を複数のステーションで行っている間に，一部のサンプルを測
定ポジションに移動し，測定ポジションにおいて蛍光指示薬を添加して蛍光測定を
行うことを説明していると主張するが，甲８には「一部のサンプルのみを測定ポジ
ションに移動する」などの記載はない。甲８では，全てのサンプルが移送ユニット
により各ステーション間を移動し，これにより温度循環がなされるのであり，当然
核酸の二本鎖が形成される反応ステーションに移動し，ここに設けられた測定ポジ
ションにより測定がなされ，増幅反応前に蛍光指示薬が添加されていることを前提
とするものであるから，原告の上記主張は誤りである。
　また，Ｈ論文（甲８）における「そのことにより増幅反応は妨害さ
れない」との記載にいう「そのことにより」は「蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測
定すること」を指しており，上記記載部分は，蛍光指示薬を用いて測定しているそ
のサンプルそのものの増幅反応が妨害されないこと，すなわち測定中も増幅反応が
妨害されることなく継続することを意味している。
ｂ　次に，原告は，Ｈ論文（甲８）に，蛍光指示薬を添加するタイミン
グが記載されていないと主張するが，蛍光指示薬は本件発明の構成要件ではないの
みならず，甲８の５５頁２１～２４行の記載から，増幅反応前，マルチウェル反応
プレートを薄い箔を用いてシールする前に増幅反応混合物に対して蛍光指示薬を添
加していることが明らかである。
ｃ　原告は，甲２３の著者が甲８の５３～５５頁の著者と同一であった
というだけの理由で甲２３の内容が甲８の内容と同一であったかのような議論をし
ているが根拠がない。甲２３では，主に９６０個もの多数のウェルを適切な温度に
管理する方法に関して述べられているのに対し，甲８では，オンラインモニタリン
グによりリアルタイムでＰＣＲ反応を観察する方法について述べられており，甲２
３は甲８をより詳細に論じた論文ではなく，両論文の研究内容は異なるものであ
る。
イ　構成要件Ａについて
(ア)　甲８は，「ＰＣＲを行うことができる装置」と「蛍光計」とを組み
合わせて，「核酸濃度を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ」る
装置を開示している（５５頁１６行～２４行，訳文１２頁１６行～２３行）。そし
て，ＰＣＲとは複数の熱循環を伴う核酸増幅反応の一態様であり，甲８が開示する
装置は，「複数の熱循環を伴う核酸増幅反応を，複数の熱循環を伴う核酸増幅反応
の間，オンラインでモニタリングする」ことを特徴とする装置であるから，本件発
明１の構成要件Ａを備えている。
(イ)ａ　原告は，甲８には，核酸濃度の測定回数も，１回の測定時間も記
載されていないと主張するが，本件特許発明に係る装置は，「複数の熱循環にわた
って核酸増幅反応をモニターするための装置」（構成要件A）で，「複数の循環期間
にわたって各光学シグナルの循環依存的変化を測定する」（構成要件D）装置であれ
ば足り，各モニター又は各測定の具体的継続時間は本件特許発明の構成要素とはな
っていない。甲８には，「核酸濃度を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定するこ
とができ」と記載されており，ＰＣＲとは「複数の熱循環」を有する増幅反応で
「１回の熱循環」しか有さない増幅反応は概念として含まれないから，上記記載
は，必然的に，複数の熱循環にわたってその熱サイクルごとに増加する核酸からの
光学的シグナルを，蛍光計を用いて測定することを意味している。
ｂ　また，原告は，甲２０を引用して，ＰＣＲの実験を行う場合予想ど
おりに増幅反応が進まないことがあることは周知であると主張するが，甲８の装置
は，反応チューブ内で生じている核酸の量の変化を蛍光指示薬を用いて実際に測定
したことが重要であり，反応チューブ内でうまく増幅反応が進行する条件を甲８に
記載したかどうかなどは，発明の本質とは無関係である。
ウ　構成要件Ｅについて
　本件発明１の構成要件Ｅは，本件特許発明の目的を示している構成要件
Ａの「複数の熱循環にわたって核酸増幅反応をモニターするための装置」に対応し
た効果を示すもので，両者は表裏一体をなすものである。
　したがって，構成要件Ａにおいて述べたのと同様の理由により，甲８の
発明は，構成要件Ｅを備えている。
エ　実施可能性について
(ア)　原告が引用する裁判例（東京高判平成３年１０月１日）は，原告の
指摘部分に引き続き，「本願発明は物の発明であるから，物としての同一性を判断
するにあたって，これと対比される刊行物の記載には物の構成が開示されておれば
十分とすべきであって，さらに進んで，その物を製造する具体的な方法（あるい
は，そのような具体的な方法を得る手掛り）まで開示されている必要は必ずしもな
いというべきである。」と判示しているところ，本件発明１は，「装置」というま
さに「物」の発明であるから，刊行物に「物の構成」が全て開示されていれば新規
性を否定するには十分であり，本件特許の請求項に記載されていない蛍光指示薬
は，物の発明である本件特許の構成要素ではなく，本件審決の判断に原告が主張す
るような誤りはない。
　また，甲８の１５頁に蛍光指示薬としてエチジウムブロマイドを使用
したことが明確に記載されており，それ以外の蛍光指示薬については言及されてい
ないから，当業者は甲８の５３～５５頁記載の「蛍光指示薬」とは「エチジウムブ
ロマイド」を意味すると理解すべきである。そして，核酸研究に従事する研究者で
あれば，甲８に「核酸濃度を蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ，
そのことにより増幅反応は妨害されない」と記載されている以上，エチジウムブロ
マイドをはじめ当業者にとってなじみのある各種の蛍光指示薬を試してみるはずで
あり，甲８の発明の実現可能性を否定する根拠は存在しない。
(イ)　また，原告は，Ⅳ論文とＨ論文とを相互に関連して読むべきである
とする審決の判断は誤りであると主張する。
　しかし，甲８は一研究室の業績をまとめたものであり，両論文（甲
８）は，特に「II.３.３　進化バイオテクノロジー」という一つのテーマの基に作
成されたもので，Ⅳ論文の末文に「連続的トランスファー機械により得られた経験
は，進化実験を平行して行うことができる機械の構築をサポートする（例えばＨに
よるレポート）。」（甲８の５３頁６行～９行，訳文９頁１２行～１４行）と記載
され，両論文は相互に有機的に関連していることが明らかである。
　さらに，原告は，Ｈ論文中のＰＣＲは，Ⅳ論文のシリアルトランスフ
ァーとは全く異なる反応であるから，シリアルトランスファーで用いられる試薬が
そのままＰＣＲで用いることはできないと考えると主張するが，研究者がある事象
で好ましい実験条件を見いだしたときに，それを他の似た事象に当てはめてみよう
とすることは，研究者としては極めて日常的なことであり，シリアルトランスファ
ーとＰＣＲとで温度条件が異なるとしても，単にそのことをもってシリアルトラン
スファーで用いられる試薬をそのままＰＣＲで用いることはできないと考えること
はありえない。
(3)　取消事由３に対し
ア　本件発明３の構成要件Ｇは，装置を用いて得られたデータの用途を特定
しているにすぎず，装置の用途を提供するものではない。
　本件訂正後の請求項３において特定される装置自体の構成は，本件発明
１の装置と何ら構成的に変わるところはない。
　そして，甲８の装置と本件発明１の装置とはその具体的な構成が全く同
一であるから，本件発明１の装置に何ら新たな機械的構成を追加することなく「増
幅前に存在する標的核酸量の定量」が可能であるとすれば，甲８の装置も当然にそ
のような機能を有し，「増幅前に存在する標的核酸量の定量」に用いることができ
ることになる。
　また，ＰＣＲ反応中にサイクル数に依存して核酸濃度が増加していくこ
とを示すデータに基づいて，増幅反応混合物中に反応前に存在していた初期標的核
酸量を定量する方法自体は，当該技術分野において公知であり（乙２１，乙２
２），ＰＣＲ反応がプラトーに達する点と初期核酸量とが関連することは，当該技
術分野において技術常識であった（乙６）。
　したがって，本件発明１の構成要件Ｇは，当業者にとって自明なもので
あり，何ら技術的に意味のあるものではなく，本件発明３に新規性はない。
イ　請求項３に対する訂正要件の具備について
　仮に本件訂正後の請求項３について新規性が認められるとすれば，原告
による本件訂正請求は，実質上特許請求の範囲の拡張または変更となり，特許法１
２６条３項に規定の訂正の要件を充足していないこととなる。
第４　当裁判所の判断
１　請求原因(1)（特許庁における手続の経緯），(2)（発明の内容），(3)（審決
の内容）の各事実は，いずれも当事者間に争いがない。
　本件特許は，前述のように，平成３年（１９９１年）５月２日を優先日（本
件優先日）としてロシュ社が取得した「核酸増幅反応モニター装置」に関する特許
であるが，本件審決は，本件特許と同一内容を記載した甲８（「REPORTON
EVOLUTIONRESEARCH」）が本件優先日以前の１９９１年４月１８日から２０日に，
ドイツ国ゲッテインゲン市でマックス・プランク研究所のＬ博士主催で開かれた国
際会議（本件ワークショップ）で頒布されていたから，特許法２９条１項３号にい
う新規性を欠く発明に対して特許権を賦与したことになるので無効であるとしたも
のであり，これに対し原告は，配布の有無・頒布性の有無・発明の同一性の有無等
を争うので，原告主張の取消事由（請求原因(4)）について，順次判断する。
２　取消事由１（頒布刊行物該当性の判断の誤り）について
(1)　事実認定
　証拠（甲１ないし４０，乙１ないし３６（枝番のあるものは枝番を含
む。））及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実を認めることができる。
ア　甲８の作成時期
(ア)　甲８は，本文が７０頁の英語で書かれた文書であり，表紙に
は，「REPORTONEVOLUTIONRESEARCH，DEPARTMENTOFBIOCHEMICALKINETICS
MAX－PLANCK－INSTITUTFURBIOPHYSIKALISCHECHEMIEGOTTINGEN　1990」との記載
（訳文「進化の研究についてのレポート」マックス・プランク生物物理化学研究所
生化学動態研究部　ゲッティンゲン　１９９０」）があり，その中央には，ハイポ
キューブ（正方形の各辺にｎ次元的に正方形が接続している図形）のイラストが配
されている。
　また，表紙の次頁にＬ博士による巻頭言（甲８の訳文１頁）があり，
巻頭言には，「このリポートは，ゲッティンゲンのマックス・プランク生物物理化
学研究所，生化学動態研究部での分子自立形成に関して行われた研究を記載する。
このリポートは，研究所メンバー全ての共同作業の産物である。」と記載され，巻
頭言の末尾には，「ゲッティンゲン，１９９０年１２月２０日」との記載がある。
(イ)　１９７３年（昭和４８年）から１９９４年（平成６年）までマック
ス・プランク研究所（生物物理化学研究所）の生化学動態研究部の一員であったＭ
博士は，２００４年（平成１６年）１２月７日，欧州特許庁における本件特許に対
応する原告欧州特許（欧州特許第０８７２５６２号）の異議手続の証人尋問におい
て，甲８は，１９９１年１月に開かれたマックス・プランク研究所の諮問委員
会（Beirat）に進化バイオテクノロジーの計画を説明するために作成されたこと，
諮問委員会は諸国の科学者から構成されているため，諮問委員会用の報告書は常に
英語で作成される旨供述している（甲９の訳文２頁，１０頁）。
(ウ)　上記認定事実によれば，甲８は，１９９１年（平成３年）１月まで
に作成されたことが認められる。
イ　甲８の作成目的
(ア)　Ｌ博士，Ｍ博士，Ｋ博士（１９６５年（昭和４０年）からマック
ス・プランク研究所のＬ博士の研究チームで研究者として勤務），Ｚ博士（１９８
９年（平成元年）春から１９９１年（平成３年）夏までＬ博士の上記研究チームで
共同研究者として勤務）は，それぞれ，宣誓供述書（甲４，５，７，乙８）におい
て，甲８は，生化学動態研究部のＬ博士の研究チームがＬ博士の指揮の下に行った
研究の成果を記載した論文の集成であり，内部研究記録として作成され，内部用と
してのみ使用された旨供述している。
　また，Ｍ博士が，原告欧州特許の異議手続の証人尋問で，甲８がマッ
クス・プランク研究所の諮問委員会用に作成された旨供述していることは，前記認
定のとおりである。
(イ)　上記各供述によれば，甲８は，当初，マックス・プランク研究所の
内部資料として作成されたことが認められる。
ウ　本件ワークショップの開催
(ア)　甲１０には，次のような記載がある。
①　表紙
　甲１０の表紙には，「REPORTONTHEINTERNATIONALWORKSHOP　
SELECTION-NATURALANDUNNATURAL-INBIOTECHNOLOGY,　HELDFROMAPRIL18TO
20,1991ATTHEMAX－PLANCK－INSTITUTFURBIOPHYSIKALISCHECHEMIE
GOTTINGEN-GERMANY」との記載があり，「国際会議」（THEINTERNATIONAL
WORKSHOP）が，１９９１年（平成３年）４月１８日から２０日までの間，ドイツ国
ゲッティンゲン市のマックス・プランク研究所において開催された旨記載されてい
る。また，甲１０の表紙には，甲８の表紙に描かれているハイポキューブのイラス
ト（前記ア(ア)）と同様のイラストが描かれている。
②　まえがき
　Ｌ博士による「まえがき」（Foreword）には，以下のような記載が
ある。
「“Selection-NaturalandUnnatural-inBiotechnology”という
表題のもと，国際ワークショップが１９９１年４月１９日および２０日にゲッティ
ンゲン／ドイツにおいて開催された。最新のトピックである“応用分子進
化（AppliedMolecularEvolution）”およびそのバイオテクノロジーにおける応用
の展望について議論するため，ヨーロッパ各国および米国の約３０人の科学者が，
マックス・プランク生物物理化学研究所の同業者および製薬業界を代表する人々と
一堂に会した。」，「国際レベルではこの種のものとしては初めての会議であり，
大きな期待が持たれた。」，「この会議が組織されたのは，非常に急なことであっ
た。招待状は，ついこの２月になってから発送した。」，「産業界からはBayerAG,
BASFAG,HoechstAG,およびHoffmannLaRocheという企業が追加の助成金を出し
てくれた。」，「ゲッティンゲン，１９９１年６月」（甲１０の訳文１頁～２
頁）。
③　参加者リスト
　甲１０の３１頁から３８頁までに，招待された参加者のリスト
（「LISTOFINVITEDPARTICIPANTS」）という表題のもと，参加者の氏名及び所属
が記載されており，Ｌ博士，Ｍ博士，Ｋ博士のほか，Ｚ博士等マックス・プランク
研究所の他のスタッフを含めた５８名の参加者が記載されている。その中には，ヨ
ーロッパ各国及びアメリカ合衆国内の大学・研究機関所属の研究者，ジャーナリス
ト，製薬会社に所属する者などが含まれており，本件特許の出願人であり，元の特
許権者であるロシュ社に所属するⅡ氏も参加者の一人である（甲１０の本文３６頁
３段目）。
④　日程
　甲１０の３９頁以下には，「PROGRAMOFTHEMEETING」という表題
のもと，１９９１年（平成３年）４月１８日から同月２０日までの会議の日程が記
載されており，Ｌ博士が担当する時間の割当て等が示されている。
(イ)　Ｌ博士，Ｍ博士及びＫ博士は，各宣誓供述書（甲４，５，７）にお
いて，ドイツ国ゲッテインゲン市のマックス・プランク研究所で１９９１年（平成
３年）４月１８日から同月２０日まで，国際会議“Selection-Naturaland
Unnatural-inBiotechnology”（本件ワークショップ）が開催された旨供述して
いる。
(ウ)　以上の認定事実によれば，１９９１年（平成３年）４月１８日から
同月２０日までの間，ドイツ国ゲッティンゲン市のマックス・プランク研究所にお
いて，Ｌ博士が企画・主催した国際会議（本件ワークショップ）が開催されたこ
と，本件ワークショップには，主催者側と招待された者との合計５８名が参加した
ことが認められる。
(2)　本件ワークショップにおける甲８の配布の有無
ア(ア)　Ｍ博士は，原告欧州特許の異議手続の前記証人尋問において，甲８
が，本件ワークショップの受付で，参加者全員に対し，プログラム，参加者リス
ト，名札とともに配布された旨，本件ワークショップは，必ずしもマックス・プラ
ンク研究所の共同研究者全員がその研究を発表するわけではなく，外部の人々によ
る講演を聴くことができるためのものであった旨，甲８の研究内容は講演において
ではなく冊子（Buchlein）の形で提供することが本件ワークショップの企画者であ
るＬ博士によって決定された旨供述している（甲９の訳文２頁，３頁，５頁ないし
８頁）。
　また，Ｍ博士は，宣誓供述書（甲７）において，甲８の表紙，序文，
目次及び論文本文の１頁から７０頁までが，本件ワークショップの参加者に配布さ
れた旨，本件ワークショップの期間中，主催者のスタッフによって，参加者の数に
対応する部数の甲８が会議の机上に置かれ，参加者に対しその他の書類及び名札と
共に手渡された旨供述している。
(イ)　Ｌ博士の２０００年（平成１２年）１２月２０日付け宣誓供述書
（甲５）及びＫ博士の宣誓供述書（甲４）には，甲８が本件ワークショップの期間
中に，初めて一般に公開された旨の各供述がある。
　甲４，５及び弁論の全趣旨によれば，上記各宣誓供述書は，Ｌ博士自
身の欧州特許第０５８３２６５号（「新規生体高分子の製造方法」。以下「Ｌ特
許」という。）に対する欧州特許庁における異議手続において，Ｌ特許の優先日
（１９９１年（平成３年）４月１６日）以前に甲８が公開されていたかどうかの争
点に関して提出されたことが認められる。
(ウ)　Ｌ博士は，別の供述書（甲６）において，甲８が，１９９１年（平
成３年）４月１８日から同月２０日に開かれた本件ワークショップの参加者に配布
された旨供述している。
　さらに，Ｌ博士は，原告欧州特許の異議手続に提出する目的で作成さ
れた２００４年（平成１６年）９月１９日付け宣誓供述書（乙２６）において，甲
８は，最初は内部研究記録として意図され，それに相応して内密に取り扱われた
が，その後，Ｌ博士自身の特許出願がされたことにより守秘の理由が存在しなくな
ったため，Ｌ博士の指示で，本件ワークショップの最初に招待者リストに挙げた参
加者に配布された旨供述している。
(エ)　前記(1)の認定事実と上記(ア)ないし(ウ)を総合すれば，甲８は，１
９９１年（平成３年）４月１８日から同月２０日にドイツ国ゲッテインゲン市のマ
ックス・プランク研究所で開催された本件ワークショップにおいて，各参加者に配
布されたものと認められる。
イ　これに対し原告は，本件ワークショップにおいて甲８が配布された事実
を争うので，以下，原告の主張について検討する。
(ア)ａ　原告は，Ｌ博士及びＫ博士の宣誓供述書（甲４，５）におい
て，「zuganglich」という言葉が用いられているが，この言葉は，口頭での伝達も
含むものであるから，これらの供述は甲８が配布されたことの根拠にはならない旨
主張する。
　しかし，上記各宣誓供述書には，甲８（の抜粋）が添付されてお
り，両博士はそれについて述べているのであるから，甲８が配布されたと解するの
が自然である。したがって，原告の主張を採用することはできない。
ｂ　また原告は，本件ワークショップにおいて甲８が配布された旨のＬ
博士の供述によっても，甲８の具体的配布状況が明らかになっていないため，上記
供述は信用することができない旨指摘する。
　しかし，①前記ア(ウ)のとおり，Ｌ博士は，２００４年（平成１６
年）９月１９日付け宣誓供述書（乙２６）において，甲８は，最初は内部研究記録
として内密に取り扱われたが，その後，Ｌ博士自身の特許出願がされたことにより
守秘の理由が存在しなくなったため，Ｌ博士の指示で，本件ワークショップの最初
に参加者に配布された旨供述し，更に供述書（甲６）においても，甲８が本件ワー
クショップで参加者に配布されたことを明確に供述していること（なお，上記供述
書（甲６）は，その上端に示されたファクシミリ送信記録から，２００３年（平成
１５年）７月１日ころに，クライスラー特許事務所（DOMPATENTVONKREISLER
KOELN）から送信されたものであり，送信された基の文書は，それ以前に同事務所と
Ｌ博士との間で作成されたものと考えられる。），②前記ア(イ)，(ウ)によれば，
Ｌ博士の上記宣誓供述書（乙２６）で指摘するＬ博士自身の特許は，Ｌ特許（欧州
特許第０５８３２６５号）であり，その優先日が１９９１年（平成３年）４月１６
日であることが認められ，上記優先日は本件ワークショップの開催日（１９９１年
（平成３年）４月１８日から同月２０日）より前の日付けであり，本件
ワークショップで甲８を配布してもＬ特許の新規性等に抵触することにならないか
ら，Ｌ博士が，当初内密に取り扱われていた甲８を本件ワークショップで配布する
ことを指示するに至った経緯に不自然な点はみられないことに照らすと，原告の上
記主張は採用することができない。
(イ)　次に原告は，原告欧州特許の異議手続の証人尋問におけるＭ博士の
供述（甲９）について，同博士が本件ワークショップにおいて配布された文書に図
があることを前提とした供述をしているが，実際には甲８には，図が存在しないこ
と，本件ワークショップにおける甲８の配布状況について供述の変遷がみられるこ
と，同博士の上記供述にはＬ博士の供述と矛盾する部分があること，Ｍ博士の記憶
と相反するＯ博士等の供述があること等を指摘して，Ｍ博士の上記供述の信用性に
疑問がある旨主張する。
ａ　しかし，原告欧州特許の異議手続の証人尋問におけるＭ博士の供述
（甲９）は，甲８の配布の点において具体的かつ明確であり，その供述態度におい
て特段不自然な点は認められず，また，部分的に記憶の誤り等があるとしても，本
件ワークショップがＭ博士の証言時（２００４年（平成１６年）１２月７日）の１
３年以上前に開催された点を考慮すれば，それによって，甲８の配布に関する同博
士の供述の信用性を否定するということはできない。
ｂ　また，Ｏ博士の２０００年（平成１２年）１２月１９日付け宣誓供
述書（甲１３）には，同博士は，マックス・プランク研究所でＬ博士の協力者とし
て働いていたが，甲８はＬ博士の部門の内部書類として作成され，その作成の前後
において，Ｌ博士から，甲８そのもの又はその書類中の情報を第三者（特にＩ博士
又は同博士の協力者）が入手できるようにしてはならないと厳しく指示されていた
旨，甲８が外部の人物に利用可能にされたことを知らない旨の供述があり，Ｐ博士
の２０００年（平成１２年）１２月１８日付け宣誓供述書（甲１４）及びＺ博士の
同年１２月２０日付け宣誓供述書（乙８）にも，これと同旨の供述がある。
　しかし，上記各宣誓供述書（甲１３，１４，乙８）は，Ｌ特許に対
する欧州特許庁における異議手続において，その優先日（１９９１年（平成３年）
４月１６日）以前に甲８が公開されていたかどうかの争点に関して提出されたもの
であり（甲１３，１４，乙８，弁論の全趣旨），上記優先日までの甲８の取扱いに
主眼が置かれ，本件ワークショップとの関連は念頭に置かれていないと解する余地
がある。
　そして，Ｐ博士は本件ワークショップの参加者リスト（甲１０の３
１頁～３８頁）に掲載されておらず，本件ワークショップに参加していたことを認
めるに足りる証拠はない。もっとも，Ｏ博士の氏名は，上記参加者リストに掲載さ
れており，Ｏ博士の２００５年（平成１７年）９月７日付け宣誓供述書（甲２９）
には，同博士は，本件ワークショップのために，講堂の正面のロビーに展示された
２つのポスターを準備し，本件ワークショップの多くの講演に出席したが，甲８が
本件ワークショップの出席者又は他の外部の者に利用可能にされたことはないと記
憶している旨の供述があるものの，Ｏ博士は，上記参加者リストに個別に氏名，所
属等が掲載されている者とは異なり，マックス・プランク研究所所属のスタッフと
して末尾に一括して記載されているにすぎないし，本件ワークショップの企画全体
に具体的にどの程度関与していたのか明確ではない。また，Ｚ博士の２００５年
（平成１７年）１０月１１日付け宣誓供述書（甲４０）には，同博士は，本件ワー
クショップの際に，甲８を秘密に保持するようにとのＬ博士の指示が変更されたこ
とは知らない旨，Ｌ博士の指示に従って，甲８が本件ワークショップの
出席者又は他の外部の者に利用可能にされた記憶はない旨の供述があるが，Ｚ博士
も上記参加者リストに個別に氏名，所属等が掲載されている者とは異なり，Ｏ博士
と同様，マックス・プランク研究所所属のスタッフとして末尾に一括して記載され
ているにすぎず，本件ワークショップの企画全体に具体的にどの程度関与していた
のか明確ではない。
　以上の諸点に照らすと，Ｏ博士，Ｐ博士及びＺ博士の上記各宣誓供
述書（甲１３，１４，２９，４０，乙８）は，Ｍ博士の前記供述の信用性に疑問を
生じさせるものであるとはいえない。
(ウ)　次に，本件ワークショップに参加したＲ氏（甲２５），Ｓ氏（甲２
６），Ｔ博士(甲２７)，Ｕ博士(甲２８)，Ｖ博士（甲３０），Ｗ博士（甲３１)，Ｘ
氏（甲３２）及びＹ博士（甲３４）の各宣誓供述書中には，①甲８は，本件ワーク
ショップにおいて利用可能にされず，参加者に配布されなかったと信じる旨（甲２
５），②甲８のコピーを本件ワークショップ又はそれ以外の時において受け取った
記憶がない旨（甲２６），③本件ワークショップにおいて甲８のコピーを絶対に受
け取っておらず，私の知る限りでは，甲８は，本件ワークショップで頒布されてい
ない旨（甲２７），④甲８が本件ワークショップで渡されたとは記憶していない旨
（甲２８），⑤甲８が，本件ワークショップの出席者に利用可能にされたという記
憶を有さないし，その出席者に利用可能にされたとは思わない旨（甲３０），⑥甲
８が，本件ワークショップの出席者に利用可能になったとも配布されたとも記憶し
ていない旨（甲３１），⑦甲８が本件ワークショップにおいて配布されたという記
憶を有しない旨（甲３２），⑧甲８が本件ワークショップの参加者に利用可能にさ
れたかは覚えていない旨（甲３４）の供述がある。
　しかし，上記各供述は，上記③を除き，本件ワークショップにおける
甲８の配布の有無について明確な表現を用いていないこと，上記③には，甲８を絶
対に受け取っていないと断言する根拠等について述べられていないこと，上記各宣
誓供述書は，それぞれ２００５年（平成１７年）２月から同年９月にかけて作成さ
れたものであり，その作成までに，本件ワークショップの開催日（１９９１年（平
成３年）４月１８日から同月２０日）から約１４年経過していることに照らすと，
上記各供述は，本件ワークショップにおいて甲８が配布された旨のＬ博士及びＭ博
士の前記各供述の信用性を左右するものではない。
(エ)　さらに，原告は，本件ワークショップの発表の要旨をまとめた冊子
である甲１０に，甲８について触れた記載が一切ない旨，マックス・プランク研究
所附属図書館やドイツ国内の主要な図書館に甲８が所蔵されていない旨，甲８の原
本が提出されていない旨主張するが，原告主張の事実があるからといって，本件ワ
ークショップにおける甲８の配布が否定されるということはできない。
(オ)　また，原告は，Ｌ博士の秘書であるＱ氏が，Ｌ博士の指示に基づい
て，甲８のコピーの提供を拒否していること（甲１６，３３）は，本件ワークショ
ップにおいて甲８が公開されたことと相反する旨主張する。
　証拠（甲１５，１６，３３）及び弁論の全趣旨によれば，Ｌ博士の秘
書であるＱ氏は，Ⅲ弁理士からＬ博士に対する甲８のコピー提供の依頼に対し，Ｌ
博士の指示により，甲８は，「マックス・プランク研究所の内部報告書であり，こ
の形式では公開されていないことをお知らせ致します。」と２０００年９月５日付
けで回答（甲１６）し，上記依頼に応じなかったことが認められる。
　しかし，Ｑ氏の上記回答は，甲８のコピーを作成して外部の者に配布
するという形式での公開はしていないことを意味するにとどまり，本件ワークショ
ップにおいて甲８が配布されたことと矛盾するということはできない。
　したがって，原告の上記主張も採用することができない。
(カ)　以上によれば，原告が指摘する諸点は，本件ワークショップにおい
て甲８が配布されたとの前記認定を覆すに足りない。
(3)　頒布刊行物該当性について
ア　前記認定のとおり，甲８は，当初は，マックス・プランク研究所におけ
る内部資料として作成されたものであるが，１９９１年（平成３年）４月１８日か
ら同月２０日までの間に開催された本件ワークショップにおいて，５８名の参加者
に配布されたものである。
　そして，本件ワークショップの参加者は，招待された者であり，希望す
る者が自由に出席できる会議であったわけではないが，ヨーロッパ各国及びアメリ
カ合衆国内の大学・研究機関所属の研究者，ジャーナリスト，製薬会社に所属する
者で構成された国際会議の実質を有しており，しかも，本件ワークショップの企画
者・主催者であるＬ博士が，前述したＬ特許（優先日１９９１年（平成３年）４月
１６日）との関係で甲８の非開示厳守を指示した際に特に氏名を挙げたＩ博士（甲
９）のほか乙４０の本文３４頁末尾），本件特許の出願人であり，元の特許権者で
あるロシュ社に所属するⅡ氏も（甲１０の本文３６頁３段目），その中に含まれて
いたのである。
　加えて，本件ワークショップにおいて前記のように配布された甲８は，
当初は内部資料として作成されたものの，本件ワークショップの主催者であるＬ博
士が，自らの特許であるＬ特許につき１９９１年（平成３年）４月１６日に優先日
を確保したことから，甲８を秘密にしておく必要性がなくなったと判断し，Ｌ博士
の指示により，本件ワークショップにおける討論の質を上げるため，各参加者に守
秘義務を課すことなく配布されたものであり（乙２６，弁論の全趣旨），これを受
領した被配布者も，甲８を含む資料の利用は自由であると受けとめた（甲９）ので
ある。
イ　ところで，特許法２９条１項３号にいう「頒布された刊行物」とは，公
衆に対し頒布により公開することを目的として複製された文書，図画その他これに
類する情報伝達媒体であって，頒布されたものを指すと解される（最高裁昭和５５
年７月４日第二小法廷判決・民集３４巻４号５７０頁，同昭和６１年７月１７日第
一小法廷判決・民集４０巻５号９６１頁参照）ところ，小冊子である甲８は，前記
アのとおり，ドイツ国ゲッテインゲン市で開催された国際会議の実質を有する本件
ワークショップにおいて，生物物理化学を専攻する欧州又は米国の学者・研究者・
ジャーナリスト・製薬会社担当者等の５８名の出席者（その中には本件特許の出願
人ないし元特許権者であるロシュ社の担当者も含まれている。）に対し，何らの守
秘義務を課すことなく配布され，これを受領した者もその利用は自由であると受け
とめていたというのであるから，甲８は，前記配布により，特許法２９条１項３号
にいう「外国において頒布された刊行物」に該当するに至ったと認めるのが相当で
ある。
ウ　以上によれば，甲８は，本件発明１，３の優先日（本件優先日）である
平成３年５月２日前に外国において頒布された刊行物であると認めるのが相当であ
る。
(4)　したがって，原告主張の取消事由１は理由がない。
３　取消事由２（本件発明１の新規性についての判断の誤り）について
(1)　甲８の記載内容
ア　甲８中の「ＩＩ．３．４　大規模な平行進化の実験　Ｈ」の項（Ｈ論
文）には，次のような記載があることが認められる。
①「進化装置の主要な特徴は：
－実験の各ステップのための複数ステーション；
－ステーション間でサンプルキャリアを移動させるための移送ユニッ
ト；
－２つの独立したピペッティングロボットを含む液体供給システム
（液体に接触するパーツは，交差夾雑を防止するため，使い捨てである）；
－交差夾雑を最小限にするために，中身が入ったマルチウェル反応プ
レートをシールするための収縮包装材；
－実験後にさらに解析するために反応用液を保存するための凍結保存
装置；
－マルチチャンネル蛍光計により実験中に核酸濃度を測定するための
測定ポジション；
－急激な温度変化を行うための，いくつかのサーモスタット装置；
－ＶＭＥデータバスに基づいてマスターコンピュータを介する，プロ
セスコントロールとリアルタイムデータ処理；
－ステーションに付属するコンピュータの相互作用的駆動；
である。」（５４頁１８行～３３行，訳文１１頁６行～２０行）。
②「マルチチャンネル蛍光計の小規模テスト版は，Ｚ博士により構築され
たものであり，そしてスケールアップされるだろう。」（５４頁３４行～３５行，
訳文１１頁２１行～２２行）。
③「全てのサーモスタット付きステーションは，高い熱容量を有する大き
なアルミニウムブロックから構築される。それらは，加熱装置または冷却装置を備
える。サンプルキャリアは，アルミニウムからできているが，しかし銀の熱伝導性
の方がより高いため，銀に置換したものも計画されている。サンプルキャリアは，
薄い（４μｍ）プラスチックでできた使い捨てマルチウェル反応チャンバーを支持
する。薄い箔で中身が入ったマルチ反応ウェルチャンバーをシールすることによ
り，交差夾雑を防止する。この箔は非常に光透過性が高く，核酸の増加をマルチチ
ャンネル蛍光計により観察することができる。サンプルキャリアは，アルミニウム
ブロックに一体的に組み込まれたバキュームシステムにより，アルミニウムブロッ
ク上に引きつけられる。したがって，急速な温度変化が行われるときに低い熱抵抗
が保証される。アルミニウムブロックの温度は，大きな熱容量を有するため，ほと
んど変化しない。この技術は，高速ポリメラーゼ連鎖反応を行うために構築された
プロトタイプではすでにうまく使用されている。」（５４頁３８行～５５頁１０
行，訳文１１頁末行～１２頁１１行）。
④「急速な温度変化をできるようにするこの進化装置は，複数の核酸増幅
反応（ＰＣＲ）（Mullisetal.,1987）を同時に行うことができるように容易に改
造することができる。他のＰＣＲ装置とは対照的に，この装置では，全てのウエル
における温度経過が一定になることが保証され，そして大幅で急速な温度変化が可
能とされる：５０℃を超える温度の急激な変化を数秒以内で行うことができる。さ
らに，蛍光計により，核酸増幅のオンラインモニタリングが可能になる。Ｏおよび
Ｚにより行われた予備的実験では，核酸濃度を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測
定することができ，そのことにより増幅反応は妨害されない，ということが示され
た。マルチチャンネル蛍光計は，ＰＣＲによる特異的な核酸の存在を検出しあるい
はその特異的な核酸の濃度を測定するために必要とされる努力を大幅に減少させる
だろう。」（５５頁１６行～２６行，訳文１２頁１６行～末行）。
イ　また，甲８中の「ＩＩ．３．５　マルチチャンネル蛍光計　
Ｚ」（MULTICHANNELFLURORIMETER,Ｚ)の項（以下「Ｚ論文」という。）には，「蛍
光は，･･･高出力Ａｒ＋－レーザ－により励起される。励起光は，光ファイバーによ
り全てのサンプルに導かれる。」（５６頁４行～５行，訳文１３頁１４行～末
行），「蛍光放射は，独立した複数のファイバー（ウェーブガイド）により集めら
れる。検出器部位では，それらファイバーは一緒にまとめられて，規則的なパター
ンが得られる。ペルティエ冷却型ＣＣＤカメラは，ファイバー末端から出射する光
強度を測定する。」（５６頁１３行～１５行，訳文１３頁２２行～末行）との記載
がある。
ウ　さらに，甲８中の「ＩＩ．３．３　IN　VITROでの進化実験の制御と自動
化　Ⅳ」（CONTROLLEDANDAUTOMATEDEVOLUTIONEXPERIMENTSINVITRO,Ⅳ)の項
（Ⅳ論文）には，には，「この機械において，ＲＮＡ増加を，１チャンネルの高感
度グラスファイバー蛍光計を使用してオンラインでモニターする（例えばＺによる
リポート）。蛍光計は特に，少量サンプル中の蛍光を，溶液にふれることなく測定
し，したがって交差夾雑を回避するように構築した。ＲＮＡ濃度の測定は，エチジ
ウムブロマイドが核酸の二本鎖領域中に挿入された後における，エチジウムブロマ
イドの蛍光増強に基づく。」（５２頁２１～２６行，訳文８頁１３～１７行），
「連続的トランスファー機械により得られた経験は，進化実験を平行して行うこと
ができる機械の構築をサポートする（例えばＨによるリポート）。」（５３頁６～
８行，訳文９頁１２～１４行）との記載がある。
エ　甲８は，「Ｉ．Intoroduction」，「ＩＩ．Individualreports」で構成
され，「ＩＩ．Individualreports」は，「ＩＩ．１．Evolutionarytheory」,
「ＩＩ．２．Evolutionexperiments」,「ＩＩ．３．Evolutionbiotechnology」,
「ＩＩ．４．References」のセクションに区分されている。Ｈ論文，Ｚ論文及びⅣ
論文は，いずれも「ＩＩ．３．Evolutionbiotechnology」（「ＩＩ．３．進化バイ
オテクノロジー」）のセクション中の一部分を構成するものである。
(2)　構成要件Ｄについて
ア　前記(1)アの認定事実によれば，甲８のＨ論文には，進化装置が，交差夾
雑を最小限にするために，中身が入ったマルチウェル反応プレートをシールするた
めの収縮包装材を含んでいること（前記(1)ア①），この収縮包装材は薄い箔であっ
て非常に光透過性が高く，核酸の増加をマルチチャンネル蛍光計により観察するこ
とができること（同③），蛍光計により，核酸増幅のオンラインモニタリングが可
能となること，予備的実験では，核酸濃度を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定
することができ，そのことにより増幅反応は妨害されなかったこと（同④）が記載
されている。
　これらの記載を総合すると，甲８の装置においては，交差夾雑を最小限
にするために，核酸増幅反応混合物の入ったマルチウェル反応プレートが収縮包装
材でシールされているが，この収縮包装材は光透過性の高い薄い箔であることか
ら，核酸増幅反応混合物の入ったマルチウェル反応プレートをシールしたまま，マ
ルチチャンネル蛍光計によって，核酸増幅のオンラインモニタリングをすることが
でき，ＰＣＲの間核酸濃度を測定することが可能となることが認められる。
　したがって，甲８には，本件発明１の「光学系は，１又は複数の核酸増
幅反応混合物を閉じたままで各反応混合物からの光シグナル測定するために作用し
うる検出器を有し」（構成要件Ｄ）が記載されているものと認められる。
イ　これに対し原告は，本件発明１の構成要件Ｄについて，①甲８中の「Ｉ
Ｉ．３．３　IN　VITROでの進化実験の制御と自動化　Ⅳ」の項（Ⅳ論文）には，オ
ンラインの蛍光計を用いる場合であっても，シリアルトランスファープロセスにお
ける増幅反応が終了した後に容器を開けて蛍光指示薬を添加して蛍光測定すること
が核酸増幅反応の分野の技術常識であるとの記載がある，②Ｈ論文には，甲８の進
化装置の測定ポジションは一つであり，蛍光計は一つの測定ポジションに接続され
ているから，この進化装置でＰＣＲを行う場合には，複数のステーションの間で移
送ユニットによりサンプルキャリアを移動させながら，ＰＣＲの各ステップの反応
が行われ，そして，一部のサンプルが液体供給システムにより測定ポジションに移
され，反応ステーションで残りのサンプルの反応を進めると同時に，測定ポジショ
ンにおいて蛍光測定を行うことができるのであり，また，ＰＣＲ反応終了後蛍光測
定を行う前に蛍光指示薬を添加することが技術常識であったから，Ｈ論文を読んだ
当業者は，反応ステーションでの反応が終わった後，測定ポジションで測定される
前に蛍光指示薬が添加されること，及び蛍光指示薬の添加の後に光透
過性の高いシールを用いてオンラインで蛍光測定すれば，測定器が溶液に触れるこ
とによる交差夾雑を防げることを当然に理解する，③甲８の内容をさらに詳細な論
文とした甲２３には，容器をシールした後そのシールを開けて測定することのみが
記載されており，試験管中の進化を直接的にモニターする方法は実験中であると記
載されているから，甲８においてもシールを開けて測定することが記載されている
と当然に解釈されるべきであり，甲８に構成要件Ｄは開示されていないと主張す
る。しかし，次に述べるとおり，原告の上記主張は採用することができない。
(ア)　原告の主張①について
ａ　確かに，Ⅳ論文（甲８）には，原告が指摘するように，「一定のＲ
ＮＡ濃度まで達した後，約１０
ＲＮＡ分子を含有する部分試料を，新鮮な複製用混
合物に移す。古くなった混合物は，後の実験解析のために保存しておき，」（５２
頁６行～９行，訳文８頁１行～３行），「新規な環境に対する適応の後に，保存し
たトランスファー混合物を解析することができる」（５２頁１４行～１５行，訳文
８頁７行～８行），「この機械において，ＲＮＡ増加を，１チャンネルの高感度グ
ラスファイバー蛍光計を使用してオンラインでモニターする。・・・蛍光計は特
に，少量サンプル中の蛍光を，溶液にふれることなく測定し，したがって交差夾雑
を回避するように構築した。ＲＮＡ濃度の測定は，エチジウムブロマイドが核酸の
二本鎖領域中に挿入された後における，エチジウムブロマイドの蛍光増強に基づ
く。」（５２頁２１行～２６行，訳文８頁１３行～１７行）などと記載されてい
る。
　しかし，この論文はシリアルトランスファー（ＲＮＡ増幅反応生成
物を次の容器に移動（トランスファー）して，新鮮な複製用混合物と混合してＲＮ
Ａ増幅反応を再開させるサイクルを連続的（シリアル）に繰り返すプロセス）につ
いて記載したものである以上，「一定のＲＮＡ濃度まで達した後，ＲＮＡ分子を含
有する部分試料を，新鮮な複製用混合物に移す」ために，一旦容器を開ける必要が
あることは当然であるところ，その際に蛍光指示薬を添加するとは記載されていな
いし，増幅反応終了後に蛍光指示薬を添加して蛍光を測定するとも記載されていな
い。
　むしろ，Ⅳ論文には，「ＲＮＡ増加を，１チャンネルの高感度グラ
スファイバー蛍光計を使用してオンラインでモニターする」と記載されていること
によれば，増幅反応当初から蛍光指示薬を添加しておいてＲＮＡ増加をオンライン
でモニターすると理解するのが相当である。
ｂ　したがって，Ⅳ論文が，オンラインの蛍光計を用いる場合であって
も，増幅反応が終了した後に容器を開けて蛍光指示薬を添加して蛍光測定すること
が核酸増幅反応の分野の技術常識であることを示しているとの原告の主張①は採用
することができない。
(イ)　原告の主張②について
ａ　Ｈ論文には，前記(1)ア①のとおり，「マルチチャンネル蛍光計によ
り実験中に核酸濃度を測定するための測定ポジション」（原文は，"ameasurement
positiontomeasurenucleicacidconcentrationsduringtheexperimentbya
multichannnelfluorimeter(cf.reportedbyＺ"）と記載されていることから，甲
８の装置には，一つのマルチチャンネル蛍光計によって実験中の核酸濃度を測定す
る測定ポジションが一つしかないことが認められる。
　しかし，Ｈ論文の中で引用されているＺ論文には（前記(1)ア②のと
おり，Ｈ論文には「マルチチャンネル蛍光計の小規模テスト版は，Ｚにより構築さ
れたものであり」との記載がある。），マルチチャンネル蛍光計に関して，蛍光放
射は，独立した複数のファイバー（ウェーブガイド）により集められ，検出器部位
では，それらファイバーは一緒にまとめられて，ペルティエ冷却型ＣＣＤカメラに
よって，ファイバー末端から出射する光強度を測定すること（前記(1)イ）が記載さ
れている。
　そして，Ｈ論文には，サンプルが液体供給システムによりステーシ
ョンから測定ポジションに移動することを示す記載は認められない。
　そうすると，Ｈ論文における一つの測定ポジションにおいては，反
応ステーション上のすべての反応サンプルからの蛍光放射が複数のファイバーに集
められ，ＣＣＤカメラによって一度に蛍光測定されると解するのが相当であり，測
定ポジションが一つしかないからといって，「一部のサンプルが液体供給システム
により測定ポジションに移され，反応ステーションでは残りのサンプルの反応を進
めると同時に，測定ポジションにおいて蛍光測定を行うことができる」というよう
に解釈をすべき理由はない。
ｂ　さらに，Ｈ論文には，蛍光計により，核酸増幅のオンラインモニタ
リングが可能となること，予備的実験では，核酸濃度を，蛍光指示薬を用いてＰＣ
Ｒの間測定することができ，そのことにより増幅反応は妨害されなかったことが記
載されているのであるから，原告主張②のような技術常識があったとしても，Ｈ論
文を読んだ当業者（その発明の属する分野における通常の知識を有する者）が，反
応ステーションでの反応が終わった後，測定ポジションで測定される前に蛍光指示
薬が添加され，その後に光透過性の高いシールを用いてオンラインで蛍光測定する
と理解するものとは認められない。
　したがって，原告の主張②は採用することができない。
(ウ)　原告の主張③について
　甲２３の要約には「インビトロにおける進化的最適化による機能性高
分子を作るための改良された戦略として，筆者らは，９６０サンプルまでを平行し
て処理することができる自動化機械を提案する。この機械は，特殊な密封されたプ
ラスチックの反応容器および適切な取り扱い装置を有する９６０ウェルのＰＣＲ機
械からなる。」（６５２頁左欄Abstract１行～８行，訳文１頁）との記載があり，
この記載に照らすと，甲２３は，「９６０サンプルまでを平行して処理することが
できる自動化機械」の提供を主題とした論文であると解され，甲８の内容をさらに
詳細に記述した論文であるものと認めることはできない。
　また，甲２３において「進行中である」とされる「試験管内の核酸分
子の進化を直接的に追跡する蛍光染料を使用することによってモニターされる実
験」とは，「我々のシステム」すなわち，甲２３によって提案された「９６０サン
プルまでを平行して処理できる自動化機械」が「蛍光測定を反応容器中で直接行う
のに適している」ことを確認するために行った実験を意味すると解され，この自動
化機械を使用しない同様の実験が甲２３の論文投稿以前に行われていなかったこと
までをも意味するものと認めることはできない。
　したがって，原告の主張③も採用することができない。
(3)　構成要件Ａ及びＥについて
ア　前記(1)ア④によれば，甲８中のＨ論文には，進化装置を改造することに
より，複数の核酸増幅反応（ＰＣＲ）を同時に行うことができること，蛍光計によ
り，核酸増幅のオンラインモニタリングが可能になること，予備的実験により，核
酸濃度を蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ，そのことにより増幅
反応は妨害されないということが示されたことが記載されている。
　そして，①乙７によれば，ＰＣＲとは，ＤＮＡ鎖の特定部位のみを繰返
し複製する反応であって，１)ＤＮＡ二本鎖の解離，２)オリゴヌクレオチドとのア
ニーリング，３)ＤＮＡポリメラーゼによる相補鎖合成，の３反応の繰り返しからな
るものであることが認められること，②乙６には，「ＰＣＲ法は，ＤＮＡサンプル
をオリゴヌクレオチドプライマー，デオキシヌクレオシド三リン酸および耐熱性の
TaqＤＮＡポリメラーゼと適切な緩衝液の中で混合し，次に必要な量が増幅されるま
で単にその混合液の加温と冷却を数時間繰り返し行うという方法である。」（１１
頁）と記載されていることからすれば，ＰＣＲは「複数の熱循環」を伴う「核酸増
幅反応」であるものと認められる。
イ　以上の認定事実によれば，甲８には，複数の熱循環を伴う核酸増幅反応
であるＰＣＲの間，核酸増幅のオンラインモニタリングを行う装置が記載されてい
ると認められるから，本件発明１にいう「複数の熱循環にわたって核酸増幅反応を
モニターするための装置」（構成要件Ａ）が記載されているものと認められる。
　そうすると，甲８には，複数の熱循環を伴う核酸増幅反応であるＰＣＲ
の間，蛍光指示薬を用いて核酸増幅のオンラインモニタリングを行うことが記載さ
れているものと認められるから，複数の熱循環を伴うＰＣＲの間蛍光指示薬からの
光学シグナルの変化を測定すれば，必然的に複数の循環期間にわたる光学シグナル
の循環依存的変化を測定することになり，甲８には本件発明１にいう「複数の循環
期間にわたって各光学シグナルの循環依存的変化を測定することが可能である」
（構成要件Ｅ）ことについても記載されているものと認められる。
ウ　これに対し原告は，構成要件Ａ及びＥについて，ＰＣＲは予想どおりに
反応が進まないことが多いというのが技術常識であったから，当業者は，甲８のＨ
論文に記載された蛍光測定とは実験が予想どおりに進み始めたことを確認するため
に行われるものと理解し，ＰＣＲ中に１回蛍光測定を行って順調に予定した増幅が
起きていることを確認すれば足りると理解するなどとして，甲８に構成要件Ａ及び
Ｅは開示されていない旨主張する。
　しかし，先に説示したとおり，甲８には，蛍光計により，核酸増幅のオ
ンラインモニタリングが可能になること，予備的実験により，核酸濃度を蛍光指示
薬を用いてＰＣＲの間測定することができ，そのことにより増幅反応は妨害されな
いということが示されたことが記載されているのであり，これらの記載は，複数の
熱循環を伴う核酸増幅反応であるＰＣＲの間，継続的に蛍光指示薬からの光シグナ
ルの変化を測定することにより，核酸増幅のオンラインモニタリングを行ったこと
を意味すると解するのが相当である。
　そうすると，原告の主張するような技術常識があったとしても，甲８の
蛍光測定が，ＰＣＲ中に１回だけ行って増幅が起きていることを確認するためのも
のであると解することはできない。
　したがって，原告の上記主張は採用することができない。
(4)　甲８記載の発明の実施可能性について
ア　原告は，甲８には増幅反応混合物を閉じたまま蛍光測定を行うために必
要な蛍光指示薬についての具体的な開示がなく，反応容器を閉じたまま核酸増幅反
応をモニターするための蛍光指示薬は知られていなかったのであるから，当業者
は，反応容器を閉じたまま蛍光測定を行うことができなかったと主張する。
　しかしながら，前記１(1)ウのとおり，Ⅳ論文には，「連続的トランスフ
ァー機械により得られた経験は，進化実験を平行して行うことができる機械の構築
をサポートする（例えばＨによるリポート）。」との記載があり，このようにⅣ論
文により得られた経験がＨ論文における機械の構築をサポートすることが明記され
ている以上，両論文が相互に関連づけて読まれるべきものであることは明らかであ
り（前記１(1)エのとおり，Ｈ論文，Ｚ論文及びⅣ論文は，いずれも「ＩＩ．３．進
化バイオテクノロジー」のセクション中の一部分を構成するものである。），Ｈ論
文において核酸増幅のオンラインモニタリングを可能とする蛍光指示薬の種類が具
体的に記載されていなくとも，当業者はⅣ論文で使用された，ＲＮＡの増加をオン
ラインでモニターを可能とする「エチジウムブロマイド」を使用すればよいことを
当然に理解することができるものと認められる。
イ　次に，原告は，エチジウムブロマイドが核酸の増幅反応を阻害すること
が周知であった旨主張するが，甲８のＨ論文自体に，「予備的実験では，核酸濃度
を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ，そのことにより増幅反応
は妨害されない，ということが示された」（前記(1)ア④）と明記されているのであ
るから，原告の主張する周知事項が存在したとしても，当業者が上記のような理解
をする妨げとなるものではない。
ウ　また，原告は，Ⅳ論文がエチジウムブロマイドが増幅反応を妨害しない
ことを記載しているとの審決の認定について，Ⅳ論文は自動化装置によって移動工
程の際のＲＮＡ増幅反応の中断がなくなったことを記載しているのであり，エチジ
ウムブロマイドが核酸反応を妨害しないとは記載していない旨主張する。
　しかしながら，前記認定のとおり，Ｈ論文自体に，「予備的実験では，
核酸濃度を，蛍光指示薬を用いてＰＣＲの間測定することができ，そのことにより
増幅反応は妨害されない，ということが示された」（前記(1)ア④）と明記されてい
るのであるから，Ⅳ論文にエチジウムブロマイドが核酸反応を妨害しないことが記
載されているか否かは，甲８の実施可能性を左右するものではない。
エ　さらに，原告は，Ⅳ論文とＨ論文とが相互に関連して読まれるべきもの
であるとの審決の認定について，Ｈ論文中のＰＣＲは，９０℃以上の高温を含む熱
サイクルを用いて行われる反応であり，熱サイクルを伴わないおよそ３０℃の一定
温度で行われるⅣ論文のシリアルトランスファーとは全く異なる反応であるから，
シリアルトランスファーで用いられる試薬がそのままＰＣＲで用いることはできな
いと考えるのが当然である旨主張する。
　しかしながら，先に説示したとおり，Ⅳ論文により得られた経験がＨ論
文における機械の構築をサポートすることが明記されている以上，両者が相互に関
連づけて読まれるべきものであることは明らかであり，このような明確な記載があ
るにもかかわらず，反応温度が異なるというだけの理由で，Ⅳ論文に記載された試
薬がＨ論文の機械に適用できないとすることはできない。
(5)　したがって，原告主張の取消事由２は理由がない。
４　取消事由３（本件発明３の新規性についての判断の誤り）について
(1)ア　甲８に，本件発明３（本件訂正後の請求項３）の構成要件Ａ，Ｄ，Ｅ
（本件発明１と同じ）が記載されていることは，先に説示したとおりであり，ま
た，甲８及び弁論の全趣旨によれば，甲８に構成要件Ｂ，Ｃ（本件発明１と同じ）
が記載されていることが認められる。
　そして，前記３(1)ア④によれば，甲８には，改造された装置は複数の核
酸増幅反応（ＰＣＲ）を同時に行うことができるものであることが記載されている
ことが認められるから，本件発明３の「複数の核酸増幅反応混合物を収容するよう
にされた」（構成要件Ｆ）が記載されているものと認められる。
イ　次に，本件訂正後の請求項３（本件発明３）は，その記載上，「増幅前
に存在する標的核酸量の定量のために使用される」（構成要件Ｇ）特有の「装置の
構成」を有するものと認めることはできない。
　また，本件発明３の構成要件Ｇは，装置の用途を示すものではなく，単
に，「光学シグナルの循環依存的変化」を測定することにより得られたデータの使
用目的を規定したものにすぎないと解するのが相当である。
　そして，請求項３が請求項１を引用して記載されていることによれば，
本件発明３に係る装置の用途が，本件発明１と同様に，「複数の熱循環にわたって
核酸増幅反応をモニターする」ことにあるものと認められる。
ウ　そうすると，本件発明３の装置は甲８の装置と，構成要件ＡないしＦの
全てを備える点で一致しており，構成要件Ｇが加えられても，装置としての同一性
は何ら変わるものではないから，甲８には，本件発明３の構成要件が全て開示され
ているものと認められる。
(2)　これに対し原告は，特許庁の審査基準（甲１２）は，特定の用途に特に適
した物については用途限定により新規性が認められる旨を説明しているところ，構
成要件Ｇは本件発明３の装置の用途を限定するものであり，本件発明３は，核酸反
応混合物に光学的に連係される光学系及び反応容器を閉じたまま測定を行う検出器
という構成を有することにより，増幅前に存在する標的核酸量の定量を容易かつ迅
速に行うことが可能となるものであるから，本件発明３はこのような定量に用いる
のに「特に適した物」に該当し，当然に用途限定により新規性が認められるべきで
ある旨と主張する。
　しかし，原告が指摘する審査基準は，ある物をその用途によって特定しよ
うとする明示の記載（用途限定）がある発明について，用途の限定があることによ
って，その用途のための特有の構造を有するという点で用途限定のない引用発明と
相違すると解される場合には，新規性が否定されないことを示したものと解され
る。
　そして，前記(1)イのとおり，本件発明３において「増幅前に存在する標的
核酸量の定量のために使用される」（構成要件Ｇ）は，装置の用途を示すものでは
なく，単に，「光学シグナルの循環依存的変化」を測定することにより得られたデ
ータの使用目的を規定したものにすぎないと解するのが相当であって，構成要件Ｇ
があることによって甲８に記載された装置と相違すると解することはできない。
　のみならず，本件発明３が，核酸反応混合物に光学的に連係される光学系
及び反応容器を閉じたまま測定を行う検出器という構成を有することにより，増幅
前に存在する標的核酸量の定量を容易かつ迅速に行うことが可能となるものである
という原告の主張に従えば，「増幅前に存在する標的核酸量を定量する」（構成要
件Ｇ）ための特有の構造とは，構成要件Ｃ及びＤに記載された光学系及び検出器と
解されるところ，甲８に構成要件Ｃ，Ｄが記載されていることは前記認定のとおり
であるから，本件発明３は，構成要件Ｇのための特有の構造を有する点で甲８記載
の装置と相違すると解することはできない。
　したがって，原告の上記主張は使用することができない。
(3)　そうすると，原告主張の取消事由３も理由がない。
５　結論
　以上によれば，本件審決の認定判断は正当として是認することができ，原告
の本訴請求は理由がないから棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官　　　　中野哲弘
裁判官　　　　大鷹一郎
裁判官　　　　長谷川　浩　二

戻る