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平成２４年（行ヒ）第２４５号水俣病認定申請棄却処分取消等請求事件
平成２５年４月１６日第三小法廷判決
主文
原判決を破棄する。
本件を大阪高等裁判所に差し戻す。
理由
第１事案の概要
１亡Ｘ（平成２５年３月▲日に死亡。以下「本件申請者」という。）は，昭和
５３年９月３０日，熊本県知事に対し，公害健康被害補償法（昭和４８年法律第１
１１号。なお，同法の題名は，昭和６２年法律第９７号により「公害健康被害の補
償等に関する法律」に改められた。以下，改正の前後を問わず「公健法」とい
う。）４条２項の規定に基づく水俣病の認定の申請（以下「本件認定申請」とい
う。）をしたところ，同知事は，同５５年５月２日，本件認定申請を棄却する処分
（以下「本件処分」という。）をした。
本件は，本件申請者の子である上告人が，被上告人を相手に，本件処分の取消し
を求めるとともに，熊本県知事において，公健法５条及び４条２項に基づき，本件
申請者がそのかかっていた疾病が水俣市及び葦北郡の区域に係る水質の汚濁の影響
による水俣病である旨の認定を受けることができる者であった旨の決定をすること
の義務付けを求める事案である。
２原審の確定した事実関係等の概要は，次のとおりである。
(1)救済措置に係る法令制定前の状況
ア水俣湾周辺地域においては，昭和２８年頃から原因不明の中枢神経疾患にり
患した患者が散発的に現れていたところ，同３１年５月１日，原因不明の中枢神経
疾患が多発している旨の報告がチッソ株式会社（旧商号は新日本窒素肥料株式会
社。以下「チッソ」という。）水俣工場附属病院の医師から水俣保健所に対してさ
れたことによって，上記疾患が一つの特徴的な疾病として公に認知されることにな
り，その後，水俣病と呼ばれるようになった。
イチッソは，水俣工場において，昭和７年頃から，有機水銀化合物（以下「有
機水銀」という。）の一種であるメチル水銀化合物（以下「メチル水銀」とい
う。）が製造過程で生成されるアセトアルデヒドの製造を始め，同２４年頃からは
その製造量を増やした。当初は，同工場のアセトアルデヒド製造施設からの排水の
排出先は水俣湾内にある百間港であったが，昭和３３年９月，湾外の水俣川河口付
近に変更され，同３４年頃からは，水俣湾沿岸のみならず，その北東に位置する水
俣川河口付近の住民等にも上記疾病にり患する患者が発生するようになった。
チッソは，昭和４３年５月，水俣工場におけるアセトアルデヒドの製造を中止
し，これにより同工場からメチル水銀が含まれる排水が排出されることはなくなっ
た。
ウ国は，昭和４３年９月，上記アの疾病はチッソ水俣工場のアセトアルデヒド
製造施設内で生成され工場排水に含まれて排出されたメチル水銀が原因で発生した
ものである旨の政府見解を発表した。
エこのようにして，上記疾病は，チッソ水俣工場のアセトアルデヒド製造施設
内で生成され同工場の排水に含まれて水俣湾や水俣川河口付近に排出されたメチル
水銀が，魚介類に蓄積され，その魚介類を多量に摂取した者の体内に取り込まれて
大脳，小脳等に蓄積し，神経細胞に障害を与えることによって引き起こされる疾病
であると捉えられ，その主要な症状としては，感覚障害，運動失調，求心性視野狭
窄，聴力障害，言語障害等が確認されるに至っている。
(2)救済措置に係る関係法令等の定め
ア昭和４４年に制定された公害に係る健康被害の救済に関する特別措置法（昭
和４４年法律第９０号。昭和４８年法律第１１１号により廃止。以下「救済法」と
いう。）は，事業活動その他の人の活動に伴う相当範囲にわたる著しい大気の汚染
又は水質の汚濁の影響による疾病にかかった者の健康被害の救済を図ることを目的
とするものである（１条）ところ，同法２条１項は，同法において「指定地域」と
は，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水
質の汚濁が生じたため，その影響による疾病が多発している地域で政令で定めるも
のをいう旨規定し，同条２項は，前項の政令においては，併せて同項に規定する疾
病を定めなければならない旨規定していた。
また，救済法３条は，指定地域の全部又は一部を管轄する都道府県知事は，当該
指定地域につき，前条２項の規定により定められた疾病にかかっている者につい
て，その者の申請に基づき，公害被害者認定審査会の意見を聴いて，その者の当該
疾病が当該指定地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものである旨の
認定を行う旨規定していた。
救済法を受けて制定された公害に係る健康被害の救済に関する特別措置法施行令
（昭和４４年政令第３１９号。以下「救済法施行令」という。）１条及び別表は，
同法２条１項の政令で定める地域として「熊本県の区域のうち，水俣市及び葦北郡
の区域並びに鹿児島県の区域のうち，出水市の区域」を定め，同項に規定する疾病
として「水俣病」を定めていた。このように救済法施行令別表に「水俣病」が定め
られるようになったのは，昭和４４年８月に財団法人日本公衆衛生協会が厚生省か
ら研究の委託を受けて佐々貫之を委員長として設置した公害の影響による疾病の指
定に関する検討委員会（以下「佐々委員会」という。）によって，公害に係る健康
被害の救済制度の確立と円滑な運用に資するため，制度の対象とする疾病の名称，
続発症検査項目等の問題について検討が行われた結果，有機水銀関係について，政
令に織り込む病名としては「水俣病」を採用するのが適当であること，水俣病の定
義は「魚貝類に蓄積された有機水銀を経口摂取することにより起こる神経系疾患」
とすること等の意見が取りまとめられ，かかる佐々委員会の意見を受けて，救済法
施行令別表に「水俣病」が規定されるに至ったという経緯によるものであった。
イ昭和４８年に制定された公健法が翌年に施行されたことにより救済法は廃止
され（公健法附則２条），救済法による救済措置は，以下のとおり，公健法による
救済措置に連続性をもって切り替えられている。
公健法は，事業活動その他の人の活動に伴う相当範囲にわたる著しい大気の汚染
又は水質の汚濁の影響による健康被害に係る被害者等の迅速かつ公正な保護及び健
康の確保を図ることを目的とするものである（１条）ところ，同法２条１項は，同
法において「第一種地域」とは，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲にわ
たる著しい大気の汚染が生じ，その影響による疾病（次項に規定する疾病を除
く。）が多発している地域として政令で定める地域をいう旨規定し，同条２項は，
同法において「第二種地域」とは，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲に
わたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁が生じ，その影響により，当該大気の汚染
又は水質の汚濁の原因である物質との関係が一般的に明らかであり，かつ，当該物
質によらなければかかることがない疾病が多発している地域として政令で定める地
域をいう旨規定し，同条３項は，前２項の政令においては，併せて前２項の疾病を
定めなければならない旨規定している。そして，公害健康被害補償法施行令（昭和
４９年政令第２９５号。なお，同施行令の題名は，昭和６２年政令第３６８号によ
り「公害健康被害の補償等に関する法律施行令」に改められた。以下，改正の前後
を問わず「公健法施行令」という。）１条及び別表第２は，公健法２条２項の政令
で定める地域として「熊本県の区域のうち，水俣市及び葦北郡の区域並びに鹿児島
県の区域のうち，出水市の区域」を定め，同項に規定する疾病として「水俣病」を
定めている。
公健法４条１項は，第一種地域の全部又は一部を管轄する都道府県知事は，当該
第一種地域につき同法２条３項の規定により定められた疾病にかかっていると認め
られる者で，申請の当時当該第一種地域の区域内に住所を有し，かつ，申請の時ま
で引き続き当該第一種地域の区域内に住所を有した期間が一定期間以上であるなど
同法４条１項１号ないし３号の要件のいずれかに該当するものの申請に基づき，当
該疾病が当該第一種地域における大気の汚染の影響によるものである旨の認定を行
い，この場合においては，当該疾病にかかっていると認められるかどうかについて
は，公害健康被害認定審査会の意見を聴かなければならない旨規定している。
公健法４条２項は，第二種地域の全部又は一部を管轄する都道府県知事は，当該
第二種地域につき同法２条３項の規定により定められた疾病にかかっていると認め
られる者の申請に基づき，当該疾病が当該第二種地域に係る大気の汚染又は水質の
汚濁の影響によるものである旨の認定を行い，この場合においては，当該疾病にか
かっていると認められるかどうかについては，公害健康被害認定審査会の意見を聴
かなければならない旨規定している。
公健法附則３条は，同法の施行の際現に救済法３条１項の認定を受けている者
は，政令で定めるところにより，公健法による認定を受けた者とみなす旨規定する
ほか，同法附則４条１項，２項は，同法の施行の際現に救済法３条１項の認定の申
請をしている者に対しては，従前の例によりその認定をすることができ，この認定
を受けた者は，政令で定めるところにより，公健法による認定を受けた者とみなす
旨規定している。
ウ公健法及び公健法施行令並びに救済法及び救済法施行令（以下，併せて「公
健法等」という。）における水俣病の認定に係る所轄行政庁の運用の指針について
は，昭和４６年８月７日，認定に当たり留意すべき事項を示すものとして，各関係
都道府県知事及び政令市市長に宛てて「公害に係る健康被害の救済に関する特別措
置法の認定について」と題する通知（昭和４６年環企保第７号環境庁事務次官通
知。以下「昭和４６年事務次官通知」という。）が，同５２年７月１日，後天性水
俣病の判断条件を取りまとめたものとして，各関係都道府県知事及び政令市市長に
宛てて「後天性水俣病の判断条件について」と題する通知（昭和５２年環保業第２
６２号環境庁企画調整局環境保健部長通知。以下，同通知において示された判断条
件を「昭和５２年判断条件」という。）が，同５３年７月３日，認定に当たり留意
すべき事項を整理し再度明らかにするものとして，各関係都道府県知事及び政令市
市長に宛てて「水俣病の認定に係る業務の促進について」と題する通知（昭和５３
年環保業第５２５号環境事務次官通知。以下「昭和５３年事務次官通知」とい
う。）がそれぞれ発出された。
昭和５２年判断条件は，四肢末端の感覚障害，運動失調，平衡機能障害，求心性
視野狭窄，歩行障害，構音障害，筋力低下，振戦，眼球運動異常，聴力障害などの
症候は，それぞれ単独では一般に非特異的であると考えられるので，水俣病である
ことを判断するに当たっては，高度の学識と豊富な経験に基づき総合的に検討する
必要があるが，一定のばく露歴を有する者であって，①感覚障害があり，かつ，
運動失調が認められること，②感覚障害があり，運動失調が疑われ，かつ，平衡
機能障害あるいは両側性の求心性視野狭窄が認められること，③感覚障害があ
り，両側性の求心性視野狭窄が認められ，かつ，中枢性障害を示す他の眼科又は耳
鼻科の症候が認められること，④感覚障害があり，運動失調が疑われ，かつ，そ
の他の症候の組合せがあることから，有機水銀の影響によるものと判断される場合
であることのいずれかに該当する症候の組合せがある者については，通常，その者
の症候は，水俣病の範囲に含めて考えられるものであるとした。
昭和５３年事務次官通知は，水俣病の範囲に関する昭和４６年事務次官通知の趣
旨は，申請者が水俣病にかかっているかどうかの検討の対象とすべき全症候につい
て，水俣病に関する高度の学識と豊富な経験に基づいて総合的に検討し，医学的に
みて水俣病である蓋然性が高いと判断される場合には，その者の症候が水俣病の範
囲に含まれるというものであるとし，昭和５２年判断条件はこの趣旨を具体化及び
明確化するために示されたものであり，今後は同判断条件にのっとり申請者の全症
候について水俣病の範囲に含まれるかどうかを総合的に検討し判断するものとする
とした。
(3)本件訴訟に至る経緯等
ア本件申請者は，大正１４年の出生から昭和４６年に兵庫県尼崎市に転居する
までの間，水俣湾周辺に居住して日常的に魚介類を摂食していたところ，同４７年
頃から足のしびれ等を訴え，同４８年４月２７日，熊本県知事に対し，救済法３条
１項の認定の申請（１回目の申請）をしたが，同知事は，同５３年５月２１日，上
記申請を棄却する処分をした。
イ本件申請者は，昭和５３年９月３０日，熊本県知事に対し，公健法４条２項
の認定の申請（本件認定申請）をした。
ウ熊本県知事は，昭和５５年４月２１日，熊本県公害健康被害認定審査会に対
し，本件認定申請について公健法４条２項により意見を求めたところ，同審査会
は，同年５月１日，同知事に対し，本件申請者の症状が昭和５２年判断条件に適合
しないと認められることから，本件申請者は水俣病ではないと判定するとして，棄
却相当である旨の答申を行った。
エ熊本県知事は，上記答申を受けて，昭和５５年５月２日，本件申請者の申請
に係る疾病は魚介類に蓄積した有機水銀を経口摂取したことによって生じたものと
は認められないとして，本件認定申請を棄却する処分（本件処分）をした。
オ本件申請者は，本件処分を不服として，異議申立てを経て，公害健康被害補
償不服審査会に対し，審査請求をしたところ，同審査会は，平成１９年３月２２
日，本件申請者の同審査請求を棄却する裁決をした。
カ本件申請者は，平成１９年５月１６日，本件訴えを提起した。
なお，本件申請者は，昭和５６年１０月１１日付けで，熊本県知事に対し，公健
法４条２項の認定の申請（３回目の申請）をしたが，平成１０年３月３１日付け
で，同知事により，上記申請を棄却する処分がされている。
キ本件申請者は，原審口頭弁論終結後の平成２５年３月▲日，死亡し，本件申
請者の子である上告人が，同月１２日，熊本県知事に対し，公健法５条１項の申請
をした。
第２上告代理人小野田学ほかの上告受理申立て理由（ただし，排除されたもの
を除く。）について
１原審は，上記事実関係等の下において，要旨次のとおり判断して，上告人の
本件処分の取消しを求める請求を棄却すべきものとし，公健法４条２項の認定をす
ることの義務付けを求める訴えを却下すべきものとした。
本件処分の取消訴訟における裁判所の審理，判断は，熊本県公害健康被害認定審
査会の医学上の科学的，専門的な調査審議及び判断を基にしてされた熊本県知事の
判断に不合理な点があるか否かという観点から行われるべきであり，現在の最新の
医学水準に照らし，上記調査審議において用いられた具体的審査基準である昭和５
２年判断条件に不合理な点があり，あるいは本件認定申請が昭和５２年判断条件に
適合しないとした同審査会の調査審議及び判断の過程に看過し難い過誤，欠落があ
り，同知事の判断がこれに依拠してされたと認められる場合にはその判断に不合理
な点があるものとして，本件処分を違法と解すべきである。
しかるところ，昭和５２年判断条件に基づく判断の手法は，メチル水銀の影響を
判定するに当たり，当時の最新の医学上の科学的，専門的な知見に基づく検討の上
で策定された主要症候の組合せによってまず症候群診断を行い，次にこれから外れ
る事例について総合的に検討を進めるというものであり，十分な合理性がある。そ
して，上告人には，水俣病に見られる症候のうち四肢末梢優位の感覚障害以外の症
候は認められないから昭和５２年判断条件に規定する症候の組合せは認められず，
四肢末梢優位の感覚障害が一応認められるものの，これに係る本件申請者の症状が
昭和５２年判断条件に適合しないとした同審査会の調査審議及び判断の過程には，
大筋において特段の看過し難い過誤，欠落は認められない。熊本県知事は，同審査
会の上記判断に依拠して本件申請者について公健法４条２項の認定をしない旨の判
断をしたものであり，その他その判断に特段不相当な点も見当たらないから，その
判断に基づく本件処分は適法である。
２しかしながら，原審の上記判断は是認することができない。その理由は，次
のとおりである。
(1)ア公健法等は，水俣病がいかなる疾病であるかについては特段の規定を置
いていないところ，前記第１の２(1)エのとおり，水俣湾周辺地域において発生し
た疾病が，チッソ水俣工場から水俣湾や水俣川河口付近に排出されて魚介類に蓄積
されたメチル水銀が，その魚介類を多量に摂取した者の体内に取り込まれて大脳，
小脳等に蓄積し，神経細胞に障害を与えることによって引き起こされるものとして
捉えられたものであることに加え，救済法施行令別表を定めるに当たり参照された
同(2)アの佐々委員会の意見の内容や同イのとおり救済法と公健法とは連続性を有
していることに照らせば，公健法等にいう水俣病とは，魚介類に蓄積されたメチル
水銀を経口摂取することにより起こる神経系疾患をいうものと解するのが相当であ
り，このような現に生じた発症の機序を内在する客観的事象としての水俣病と異な
る内容の疾病を公健法等において水俣病と定めたと解すべき事情はうかがわれな
い。
イ公健法等が定める疾病の中には，発症の原因となる特定の汚染物質が証明さ
れていない慢性気管支炎，気管支ぜん息等のいわゆる非特異的疾患と，発症の原因
とされる汚染物質との間に特異的な関係があり，その物質がなければ発症が起こり
得ないとされている水俣病，イタイイタイ病等のいわゆる特異的疾患があるとこ
ろ，公健法は，大気の汚染と疾病との間の因果関係をその機序を含めて証明するこ
とは不可能に近いことなどから，４条１項において，当該疾病に「かかっていると
認められる」ことに加え，申請の当時当該第一種地域の区域内に住所を有し，か
つ，申請の時まで引き続き当該第一種地域の区域内に住所を有した期間が一定期間
以上であることなど類型的に当該第一種地域における大気の汚染による影響を相当
程度受けていたことの徴表となる要件を定め（同項１号ないし３号），これを満た
す者の申請に基づき，当該第一種地域における大気の汚染とかかっている疾病との
間の個別的な因果関係の有無を問うことなく，当該疾病が当該第一種地域における
大気の汚染の影響によるものである旨の認定を行う制度的な手当てを新たに設ける
に至ったものと解される。他方，公健法は，特異的疾患については，大気の汚染又
は水質の汚濁と疾病との間の因果関係をその機序を含めて証明することは，一定の
困難を伴うものであるにしても本来的には可能であって，当該疾病に「かかってい
ると認められる」ことがこれに内在する発症の機序が認められることを含むもので
あることから，同条２項において，非特異的疾患のような制度的な手当てを新たに
設けることはしておらず，個々の患者について，諸般の事情と関係証拠に照らし
て，当該第二種地域につき，当該大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質との
関係が一般的に明らかであり，かつ，当該物質によらなければかかることがない疾
病にかかっていると認められる者の申請に基づき，当該疾病が当該第二種地域に係
る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものである旨の認定を行うこととしてい
るものと解される。
ウそして，公健法等の制定の趣旨，規定の内容等を通覧しても，上記各法令に
いう水俣病の意義及びそのり患の有無に係る処分行政庁の審査の対象を前記アのよ
うな客観的事象としての水俣病及びそのり患の有無という客観的事実よりも殊更に
狭義に限定して解すべき的確な法的根拠は見当たらず，個々の具体的な症候が水俣
市及び葦北郡の区域において魚介類に蓄積されたメチル水銀という原因物質を経口
摂取することにより起こる神経系疾患によるものであるという個別的な因果関係が
諸般の事情と関係証拠によって証明され得るのであれば，当該症候を呈している申
請者のかかっている疾病が水俣市及び葦北郡の区域に係る水質の汚濁の影響による
特異的疾患である水俣病である旨の認定をすることが法令上妨げられるものではな
いというべきである。
なお，水俣病が昭和５２年判断条件を基準として認定されるものであることを前
提として公健法等の制定後の行政上の措置による救済や水俣病被害者の救済及び水
俣病問題の解決に関する特別措置法（平成２１年法律第８１号）に基づく救済が構
築されているとしても，公健法等の体系及び規定の意味内容がその制定後に採られ
た行政上の措置によって変容されるものではなく，上記特別措置法の規定にも公健
法等の体系及び規定の意味内容を変更する内容のものは見当たらない。
(2)また，公健法等において指定されている疾病の認定に際し，都道府県知事
が，公害健康被害認定審査会又は公害被害者認定審査会の意見を聴いて申請に係る
疾病が指定された地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものであるか
どうかの認定を行うことになるが，この場合において都道府県知事が行うべき検討
は，大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものであるかどうかについて，個々の
患者の病状等についての医学的判断のみならず，患者の原因物質に対するばく露歴
や生活歴及び種々の疫学的な知見や調査の結果等の十分な考慮をした上で総合的に
行われる必要があるというべきであるところ，公健法等にいう水俣病の認定に当た
っても，上記と同様に，必要に応じた多角的，総合的な見地からの検討が求められ
るというべきである。
そして，上記の認定自体は，前記(1)アのような客観的事象としての水俣病のり
患の有無という現在又は過去の確定した客観的事実を確認する行為であって，この
点に関する処分行政庁の判断はその裁量に委ねられるべき性質のものではないとい
うべきであり，前記(1)ウのとおり処分行政庁の審査の対象を殊更に狭義に限定し
て解すべきものともいえない以上，上記のような処分行政庁の判断の適否に関する
裁判所の審理及び判断は，原判決のいうように，処分行政庁の判断の基準とされた
昭和５２年判断条件に現在の最新の医学水準に照らして不合理な点があるか否か，
公害健康被害認定審査会の調査審議及び判断の過程に看過し難い過誤，欠落があっ
てこれに依拠してされた処分行政庁の判断に不合理な点があるか否かといった観点
から行われるべきものではなく，裁判所において，経験則に照らして個々の事案に
おける諸般の事情と関係証拠を総合的に検討し，個々の具体的な症候と原因物質と
の間の個別的な因果関係の有無等を審理の対象として，申請者につき水俣病のり患
の有無を個別具体的に判断すべきものと解するのが相当である。
上記の認定に係る所轄行政庁の運用の指針としての昭和５２年判断条件に定める
症候の組合せが認められない四肢末端優位の感覚障害のみの水俣病が存在しないと
いう科学的な実証はないところ，昭和５２年判断条件は，水俣病にみられる各症候
がそれぞれ単独では一般に非特異的であると考えられることから，水俣病であるこ
とを判断するに当たっては，総合的な検討が必要であるとした上で，上記症候の組
合せが認められる場合には，通常水俣病と認められるとして個々の具体的な症候と
原因物質との間の個別的な因果関係についてそれ以上の立証の必要がないとするも
のであり，いわば一般的な知見を前提としての推認という形を採ることによって多
くの申請について迅速かつ適切な判断を行うための基準を定めたものとしてその限
度での合理性を有するものであるといえようが，他方で，上記症候の組合せが認め
られない場合についても，経験則に照らして諸般の事情と関係証拠を総合的に検討
した上で，個々の具体的な症候と原因物質との間の個別的な因果関係の有無等に係
る個別具体的な判断により水俣病と認定する余地を排除するものとはいえないとい
うべきである。昭和５３年事務次官通知が，水俣病の範囲に関する昭和４６年事務
次官通知の趣旨は，申請者が水俣病にかかっているかどうかの検討の対象とすべき
全症候について，水俣病に関する高度の学識と豊富な経験に基づいて総合的に検討
し，医学的にみて水俣病である蓋然性が高いと判断される場合には，その者の症候
が水俣病の範囲に含まれるというものであるとし，昭和５２年判断条件はこの趣旨
を具体化及び明確化するために示されたものであるとしているのも，上記と同一の
理解に立つものであると解される。
(3)以上と異なる原審の判断には，判決に影響を及ぼすことが明らかな法令の
違反がある。論旨はこの趣旨をいうものとして理由があり，原判決は破棄を免れな
い。そして，本件申請者が水俣病にり患していたか否かについて更に審理を尽くさ
せるため，本件を原審に差し戻すこととする。
よって，裁判官全員一致の意見で，主文のとおり判決する。
(裁判長裁判官寺田逸郎裁判官田原睦夫裁判官岡部喜代子裁判官
大谷剛彦裁判官大橋正春)

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