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　　　　　　　主　　　文
１　原判決を取り消す。
２　被控訴人らの請求をいずれも棄却する。
３　訴訟費用は、第１、２審とも、被控訴人らの負担とする。
　　　　　　　事　　　実
第一　当事者の求めた裁判
一　控訴人
　主文と同旨の判決を求める。
二　被控訴人ら
１　本件控訴を棄却する。
２　控訴費用は控訴人の負担とする。
との判決を求める。
第二　当事者の主張
一　被控訴人らの請求の原因
１　更正処分等の経緯
（一）　Ｐ１は、平成５年９月２４日に死亡したＰ２の長男であり、他の相続人５
名（Ｐ１と他の相続人５名を併せて、以下「本件相続人ら」という。）とともに、
Ｐ２の遺産を相続した（この相続を以下「本件相続」という。）。
（二）　Ｐ１は、平成６年４月２５日、本件相続について、課税価格を１２億８５
２９万８０００円、納付すべき税額を６億３９８４万３９００円とする相続税の申
告をし、さらに、平成７年３月１０日、課税価格を１３億２７１５万７０００円、
納付すべき税額を６億６４４２万１３００円とする修正申告（以下「本件修正申
告」という。）を行ったところ、控訴人は、同年５月１２日、Ｐ１に対し、過少申
告加算税を２４５万７０００円とする過少申告加算税賦課決定処分を行った上、さ
らに、同年６月５日、課税価格を１５億７５７４万９０００円、納付すべき税額を
８億０２５８万９９００円とする更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び
これに係る過少申告加算税を１３８１万６０００円とする過少申告加算税賦課決定
処分（以下「本件賦課決定処分」という。）を行い、その旨をＰ１に通知した。
（三）　Ｐ１は、本件更正処分及び本件賦課決定処分を不服として、平成７年７月
２８日、異議申立てをしたところ、控訴人は、同年１０月２３日付けでこれを棄却
する旨の異議決定をし、同決定書謄本は同月２５日にＰ１宛送達された。Ｐ１は、
これを不服として、同年１１月１５日国税不服審判所長に対し審査請求をしたが、
同所長は平成９年２月７日付けでこれを棄却する旨の裁決をし、裁決書謄本は、同
月８日、Ｐ１に送達されたため、Ｐ１は、同年５月６日、本件更正処分及び本件賦
課決定処分の各取消しを求める本件訴えを提起した。
（四）　Ｐ１は、平成１１年７月１７日に死亡し、妻であるＰ３、母であるＰ４が
相続した。
２　本件更正処分等の違法性
（一）　有限会社高芳管財に対する出資持分の評価に係る違法性
（１）　Ｐ１は、Ｐ２が所有していた有限会社高芳管財（以下「高芳管財」とい
う。）に対する出資持分（以下「本件出資」という。）を相続したところ、国税庁
長官通達である財産評価基本通達（昭和３９年４月２５日直資５６・直審（資）１
７による国税庁長官通達、平成６年６月２７日付け課評２－８・課資２－１１３に
よる改正前のもの。以下「評価基本通達」という。）によれば、取引相場のない小
会社の株式の価額は、１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金
額）によって評価するとされ（１７９（３））、１株当たりの純資産価額は、課税
時期における各資産をこの通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課
税時期における各負債の金額の合計額及び後記の評価差額に対する法人税額等に相
当する金額（以下「法人税額等相当額」という。）を控除した金額（課税時期にお
ける相続税評価額による純資産価額）を課税時期における発行済株式数で除して計
算した金額（１８５）、評価差額に対する法人税額等相当額は、（１）課税時期に
おける相続税評価額による総資産価額から課税時期における各負債の金額の合計額
を控除した金額から、（２）課税時期における各資産の帳簿価額の合計額から課税
時期における各負債の金額の合計額を控除した金額を差し引いて残額がある場合に
おける、その残額に５１パーセント（清算所得に対する法人税、事業税、道府県民
税及び市町村民税の税率の合計に相当する金額）を乗じて計算した金額とされ（１
８６－２）、さらに、有限会社に対する出資の価額は、取引相場のない株式に関す
る定めに準じて計算した価額によって評価するとされている（１９４）。
（２）　そこで、Ｐ１は、本件修正申告に際し、上記評価基本通達の定めに従っ
て、評価差額に対する法人税額等相当額の控除を行った上、１口当たりの本件出資
の純資産価額を４万３５２６円と評価したが、控訴人は、本件更正処分に当たり、
評価差額に対する法人税額等相当額を控除せず、１口当たり９万３４４４円と評価
した。
（３）　評価基本通達は、行政先例法又は行政慣習法と位置付けられるものであ
り、そうでないとしても課税当局が納税者に対して公表していることに鑑みれば、
評価基本通達の定めに従って評価を行い、評価差額に対する法人税額等相当額の控
除を行うべきであり、それを行わなかった本件の評価は違法といわざるを得ない。
　実質的にみても、課税時期において会社の資産が出資者に帰属した場合の価値を
評価するに当たっては、評価差額に対する法人税額等相当額の控除を行うのが合理
的であり、同控除は、純資産価額方式による評価の本質というべきものであり、そ
れを行わないことは許されない。
　そうすると、Ｐ１が行った本件修正申告の内容には誤りはなく、本件更正処分及
びこれを前提とする本件賦課決定処分は取り消されるべきである。
（二）　αの敷地持分等の評価に係る違法性
（１）　Ｐ２がαの敷地持分等を取得した経緯
　Ｐ２は、従前、東京都新宿区β３０番１、３１番、３２番１の各宅地（１５９
５．９７平方メートル、以下「本件従前地」という。）を所有し、その貸付けを行
っていたものであるが、昭和６１年４月２４日、本件従前地を含む約３．１ヘクタ
ールを施行地区としたβ東地区第一種市街地再開発事業（以下「本件事業」とい
う。）の基本計画が権利者に提示され、平成元年１１月２４日に建設大臣が同事業
の施行規程及び事業計画を認可し、平成２年９月２５日に権利変換計画を認可して
同年１０月１１日に権利の変換が行われ（以下「本件権利変換」という。）、さら
に、平成５年４月７日の権利変換計画の変更を経て、Ｐ２は、本件事業によって建
築されるα（以下「本件施設建築物」という。）のうち本館地上５階の住宅部分に
ある居宅（１－１街区Ａ棟５０１、以下「Ａ棟５０１」という。）の給付を受ける
権利及びその敷地持分並びに本館地上８階から１２階までの事務所部分全体（１－
１街区Ａ棟８０１、以下「Ａ棟８０１」という。）の共有持分の給付を受ける権利
及びその敷地部分の共有持分（以下、Ａ棟８０１とその敷地部分を合わせて「８０
１共有床」ともいう。）を取得した。
　本件施設建築物は、平成４年１１月１９日にその建築工事が起工され、平成７年
１月３１日までに建設工事が完了して、同年２月１日から使用が開始された。
（２）　小規模宅地の負担軽減措置の適用
ア　租税特別措置法（平成６年法律２２号による改正前のもの、以下「措置法」と
いう。）６９条の３第１項は、個人が相続又は遺贈により取得した財産のうちに、
当該相続の開始の直前において、当該相続若しくは遺贈に係る被相続人若しくは当
該相続人と生計を一にしていた当該被相続人の親族の事業の用若しくは居住の用に
供されていた宅地等（土地又は土地上に存する権利）で大蔵省令で定める建物若し
くは構築物の敷地の用に供されているものがある場合には、当該相続又は遺贈によ
り財産を取得したものに係る全てのこれらの宅地等の２００平方メートルまでの部
分のうち、当該個人が取得した宅地等で政令で定めるものについては、相続税の課
税価格に算入すべき価額は、当該小規模宅地等の価額に同項各号に掲げる場合の区
分に応じ、当該各号に定める割合を乗じて計算した金額とすると定め、同項１号
は、当該小規模宅地等に係る当該２００平方メートルまでの部分の全部が当該被相
続人等の事業の用に供されていた宅地等である場合には、その割合を１００分の３
０としている（以下「本件特例」という。）。そして、同条３項は、本件特例は、
その適用を受けようとする者の当該相続又は遺贈に係る相続税法２７条又は２９条
の規定による申告書に本件特例の適用を受けようとする旨を記載し、本件特例によ
る計算に関する明細書その他の大蔵省令で定める書類の添付がある場合に限り適用
するとしているが、同条４項は、税務署長は、相続税の申告書の提出がなかった場
合又は前項の記載若しくは添付がない相続税の申告書の提出があった場合において
も、その提出又は記載若しくは添付がなかったことについてやむを得ない事情があ
ると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び大蔵省令で定める
書類の提出があった場合に限り、本件特例を適用することができるとしている。
イ　Ｐ２が死亡した当時、本件施設建築物は建築の途上にあり、Ｐ１は、Ｐ２が権
利の変換によって取得した８０１共有床の敷地部分の共有持分を相続したが、相続
税の申告書の提出期限までに相続人らが現実に事業の用に供していなければ、本件
特例の適用を認めないというのが当時の課税庁の運用であったため、Ｐ１は、８０
１共有床の敷地持分に本件特例の適用を求めることはせず、やむなく控訴人Ｐ４が
相続した別の土地を本件特例の対象地に選別して本件修正申告を行った。
　しかしながら、Ｐ２は、本件事業の施行者である住宅都市整備公団の事業計画に
賛同して権利変換後共有床の共有者となることに同意しており、事業を継続させる
意思は明白であったから、相続開始時に本件施設建築物が完成せず、現実に事業の
用に供していなかったとしても、本件特例の適用が認められるべきであり、Ｐ１が
本件修正申告をした際、８０１共有床の敷地持分に本件特例の適用を求めなかった
ことには、措置法６９条の３第４項所定の「やむを得ない事情」が認められる。
ウ　８０１共有床の敷地持分に本件特例の適用が認められるとすると、仮に、本件
出資の評価に際して評価差額に対する法人税額等相当額の控除が認められなかった
としても、Ｐ１の課税価格及び納付すべき税額は、本件修正申告に係るものを下回
ることが明らかであるから、本件更正処分及びこれを前提とする本件賦課決定処分
は取り消されるべきである。
（３）　貸家建付地及び貸家としての評価
ア　評価基本通達２６、９３及び９４は、貸家建付地及び貸家の価額について、貸
家の目的に供されている宅地の価額は、その宅地の自用地としての価額から、その
自用地としての価額にその宅地に係る借地権割合と貸家に係る借家権割合との相乗
積を乗じて計算した価額を控除した価額により評価し、借家権の目的となっている
家屋については、その家屋の価額からその家屋に係る借家権の価額を控除した金額
により評価し、借家権価額は、その借家権の目的となっている家屋の借家権が設定
されていないものとした場合における価額に、借家権割合を乗じて計算した金額に
よって評価する旨を定めている。
イ　８０１共有床は、本件事業に係る事業計画によって当初から貸付けの用に供す
ることが確定しており、Ｐ２が貸付用以外の用途に供する土地として、これを自ら
利用し又は処分することは不可能であったから、本件相続開始時に実際に賃貸借が
行われていなかったとしても、Ａ棟８０１の共有持分の給付を受ける権利及びその
敷地部分の共有持分を評価するに当たっては、評価基本通達２６及び９３を適用し
て、貸家建付地及び貸家としての評価減をすべきであったところ、本件更正処分
は、同減額措置を講じないで本件敷地持分及び本件施設建築物持分を評価した。
ウ　控訴人は、本件更正処分において、本件施設建築物の敷地（１万９５１１．３
７平方メートル）を、別紙３のとおり、路線価に基づいて１平方メートル当たり１
０８６万３４８０円と評価したが、基準となる正面路線の位置を誤り、また、同敷
地には複数の路線価が付されているにもかかわらず、加算額の調整が不適正であっ
たほか、同敷地は、七角地の不整形地であるにもかかわらず、その補正もされてい
なかったもので、適正な評価がされていなかったところ、これらを考慮すると、同
敷地は１平方メートル当たり９７４万４０５５円と評価されるべきである。
エ　以上のとおり、本件施設建築物の敷地の価額を１平方メートル当たり９７４万
４０５５円と評価した上、Ａ棟８０１の共有持分の給付を受ける権利及びその敷地
部分の共有持分を評価する際に貸家建付地及び貸家としての評価減を行えば、仮
に、本件出資の評価に際して評価差額に対する法人税額等相当額の控除が認められ
ず、８０１共有床の敷地持分に本件特例の適用が認められなかったとしても、Ｐ１
の納付すべき税額は、本件修正申告に係るものを下回ることが明らかであるから、
本件更正処分及びこれを前提とする本件賦課決定処分は取り消されるべきである。
（三）　本件更正処分に更正の理由が付記されていなかった違法性
　本件更正処分に係る通知書には、更正処分を行う理由が十分に付記されておら
ず、本件更正処分には手続上の瑕疵があり、違法である。
３　したがって、本件更正処分及びこれを前提とする本件賦課決定処分は、いずれ
にしても違法であるから、本件更正処分のうち課税価格１３億２７１５万７０００
円、納付すべき税額６億６４４２万１３００円を超える部分及び本件賦課決定処分
の各取消しを求める。
二　請求原因に対する控訴人の認否
１　請求原因１の各事実は認める。
２　同２について
（一）　同（一）について
（１）　同（１）及び（２）の事実は認める。
（２）　同（３）の主張は争う。
　本件出資の評価に当たっては、評価基本通達に定める評価方法を形式的に適用す
ることなく、純資産価額方式を基本としつつ、法人税額等相当額を控除しないで評
価されるべきである。
（二）　同（二）について
（１）　（１）の事実は認める。
（２）　（２）のうちイ及びウの主張は争う。
　本件施設建築物は、本件相続開始当時には未だ完成されておらず、被相続人等の
事業の用に供されていた建物が存在しなかったのであるから、本件特例の適用はな
く、また、本件相続人らは、被控訴人Ｐ４が相続により取得した土地の一部につい
て、本件特例の適用を適法に受けているのであって、本訴においてその差し替えを
認めることは許されない。
（３）　（３）のうちイないしエの主張は争う。
　８０１共有床は、単に貸付用建物として利用されることが確実であったというも
のにすぎず、本件相続開始当時において、賃借人が存在したわけではないのであっ
て、借家権を消滅させるための立退料を必要としたり、本件施設建築物持分及び本
件敷地持分の利用について制約を受けることもなかったのであるから、交換価値が
下落するような事情は全くなかった。したがって、Ａ棟８０１の共有持分の給付を
受ける権利及びその敷地部分の共有持分を貸家及び貸家建付地と同様に評価する余
地はない。
（三）　同（三）について
　同（三）の主張は争う。
三　抗弁
１　本件更正処分の根拠
　Ｐ２の相続に係るＰ１の相続税の課税価格及び納付すべき相続税額の算出根拠
は、別紙１の「課税価格等の計算明細表」及び別紙２の「税額算出表」に記載のと
おりであり、課税価格は１５億７５７４万９０００円、納付すべき税額は８億０２
５８万９９００円となるところ、これは、本件更正処分の内容と一致するから、本
件更正処分は適法である。
２　本件賦課決定処分の根拠
　Ｐ１は、Ｐ２に係る相続税の課税価格及び納付すべき相続税額を過少に申告して
いたというべきであり、これについて国税通則法６５条４項にいう正当な理由も存
しないから、同条１項により、本件更正処分によってＰ１が新たに納付すべきこと
となった相続税額１億３８１６万円に１００分の１０を乗じて算出した１３８１万
６０００円を過少申告加算税として賦課決定した本件賦課決定処分は適法である。
四　抗弁に対する認否
　争う。
第三　証拠関係
　本件記録中の書証目録及び証人等目録記載のとおりであるから、これを引用す
る。
　　　　　　　理　　　由
一　本件相続及び本件更正処分等に至った経緯
　請求原因１、同２（一）（１）及び（２）、同（二）（１）の各事実は、当事者
間に争いがなく、証拠（甲第１及び第４号証、第９ないし第１１号証、第１７、第
１８、第２７及び第２９号証、乙第２号証の１ないし４、第３号証の１、２、証人
Ｐ５及び同Ｐ６の各証言）並びに弁論の全趣旨によれば、以下の事実を認めること
ができる。
１　Ｐ２（明治３３年７月２２日生まれ）は、本件従前地（１５９５．９７平方メ
ートル）を所有し、同所に所有していた居宅に居住するとともに、建物所有を目的
として他人に賃貸して地代を得てきたものであるが、昭和６１年４月２４日、都市
再開発法に基づき、本件従前地を含む約３．１ヘクタールを施行地区として高層ビ
ルを建築する本件事業の基本計画が権利者に提示され、平成２年１０月１１日に都
市再開発法所定の本件権利変換が行われた。Ｐ２の所有する本件従前地は、本件権
利変換の際、６６億６３８７万４０００円と評価され、Ｐ２は、そのうち３４億１
７４３万１０００円を補償金として受領したほか、残額の３２億４６４４万３００
０円を権利変換の対象とし、平成５年４月７日の権利変換計画の変更を経て、Ｐ２
は、本件事業によって建築される本件施設建築物のうち、居宅であるＡ棟５０１
（床面積１２８．７１平方メートル）の給付を受ける権利及びその敷地持分（３億
２５２９万６７４９分の１５万４５３３、都市再開発法７３条１項４号所定の価額
の概算額は、Ａ棟５０１の給付を受ける権利が１億４９３５万３０００円、その敷
地部分が１億５４５３万３０００円の合計３億０３８８万６０００円とされた。）
並びに８０１共有床であるＡ棟８０１（床面積１万２４６０．１７平方メートル）
の共有持分（１２４万６０１７分の８万０１５６）の給付を受ける権利及びその敷
地部分の共有持分（３億２５２９万６７４９分の２１３万４７８３、同概算額は、
Ａ棟８０１の共有持分の給付を受ける権利が８億０７７７万４０００円、その敷地
持分が２１億３４７８万３０００円の合計２９億４２５５万７０００円とされ
た。）を取得した。
２　Ｐ２は、本件権利変換がされた平成２年当時、既に９０歳に達していたため、
Ｐ２及びその親族は、近い将来、Ｐ２が死亡した際に課せられる相続税の負担を心
配するようになっていたところ、日本事業承継コンサルタント協会の担当者から、
相続税対策として同族会社を二社設立して相続税の課税対象額を減少させる概略次
のような方策の紹介を受けた。
ａ　親が多額の資金を出資して第１法人（Ａ社）を設立する。
ｂ　Ａ社の株式（出資）を著しく低い価額で現物出資することにより第２法人（Ｂ
社）を設立する。
ｃ　親から子へＢ社の株式（出資）を相続税評価額で売却する。
ｄ　上記売却後、Ｂ社がＡ社を帳簿価額で吸収合併する。
ｅ　子はＢ社を減資して資本の払い戻しを受け、親が出資した資金を子が取得す
る。
　Ｐ２は、相続税対策として上記方策を採用することを決断し、平成３年３月２２
日、資本金を５００万円とする有限会社である高巳投資を設立し、同月２５日、三
井信託銀行（当時）から、返済期限を平成８年３月末日、利率を年７．５パーセン
トとして５億２０００万円を借り受け、平成３年３月２５日、５億１０００万円を
三井信託銀行γ支店の高巳投資名義の普通預金口座に入金し、高巳投資の出資持分
５０００口のうち４９８０口（残余の２０口は、Ｐ１及び被控訴人Ｐ４が各１０口
ずつを取得した。）を取得し、高巳投資は、資本準備金に４億９５００万円を計上
した。
　Ｐ２は、平成３年３月２７日に、高巳投資の自己名義の出資口数４９８０口及び
被控訴人Ｐ４名義の出資口数１０口の合計４９９０口を現物出資することにより資
本金４９９万円の有限会社である高芳管財を設立し、Ｐ２及び被控訴人Ｐ４は、高
芳管財の出資持分４９９０口（Ｐ２が４９８０口、被控訴人Ｐ４が１０口）を取得
した。
３　一方、本件施設建築物は、平成３年２月１５日にその建設工事の発注が行わ
れ、平成４年１１月までに施行区域にある建物の解体撤去作業が終了したため、同
月１９日に本件施設建築物の起工式が行われて建設工事が着工され、平成７年１月
３１日に完成したが、Ｐ２は、本件施設建築物の完成を見ることなく、平成５年９
月２４日に死亡した。
　本件施設建築物の本館地上８階から１２階までの８０１共有床は、平成２年６月
１４日に認可された権利変換計画においても、Ｐ２を含む８０名がこれを共有し、
賃貸用事務所床として運用することが予定されていたところ、上記共有者（その相
続人を含む。）らは、平成６年１１月、共有床の共有持分全部を出資し、共同の事
業者の団体として新宿アイランド共有者組合を構成し、その管理のもとに共有床全
体を他に賃貸することによって事業収益を上げ、これを各共同の事業者に出資比率
に応じて分配すること、組合員は、組合の承認を得た上で共有持分を譲渡すること
ができることなどを内容とする組合契約（新宿アイランド共有者組合契約）を取り
交わし、本件施設建築物の完成後、実際に各テナントとの間において賃貸借契約が
締結され、８０１共有床は賃貸に供された。
４　Ｐ２の長男であるＰ１は、Ｐ２の遺産のうち、高芳管財に対する出資持分４９
８０口、有価証券、不動産を相続したほか、本件権利変換によってＰ２が取得した
Ａ棟８０１の共有持分の給付を受ける権利及びその敷地部分の共有持分を他の相続
人らと相続したたため、Ｐ１は、他の本件相続人らと共に平成６年４月２５日に相
続税の申告を行い、その後、平成７年３月１０日に本件修正申告を行った。
５　Ｐ１らは、その際、別紙３のとおり、本件施設建築物の敷地を一区画とし、そ
の価額を平成５年度の路線価に基づき評価基本通達の定めに従って１平方メートル
当たり１０８６万３４８０円と評価した上、土地区画整理事業施行中の宅地の評価
方法に準じて５パーセントを減じ、Ｐ２の各敷地持分に応じて、Ａ棟５０１の敷地
持分の価額を９５５６万６０３３円、Ａ棟８０１の敷地持分の価額を１３億２１４
１万１９８０円（合計１４億１６９７万８０１３円）と、また、別紙４のとおり、
本件権利変換において定められた都市再開発法７３条１項４号所定の価額の概算額
（Ａ棟５０１の給付を受ける権利１億４９３５万３０００円、Ａ棟８０１の共有持
分の給付を受ける権利８億０７７７万４０００円）を基礎とし、建築中の家屋の評
価方法に準じて３０パーセントを、さらに、使用収益が停止されていることを考慮
して５パーセントをそれぞれ減じてＡ棟５０１の給付を受ける権利を９９３１万９
７４５円、Ａ棟８０１の共有持分の給付を受ける権利を５億３７１６万９７１０円
（合計６億３６４８万９４５５円）とそれぞれ評価した。
　また、Ｐ１らは、控訴人Ｐ４が相続により取得した東京都中央区δ１８０１番１
号に所在する貸家建付地（２６０．３２平方メートル）を本件特例を適用する宅地
として選択し、当該土地のうち２００平方メートル部分について本件特例を適用し
て同土地を２億３７９７万３２０１円と評価した。
６　Ｐ１は、有価証券である本件出資４９８０口を評価する当たって評価差額に対
する法人税額等相当額の控除を行って、１口当たりの純資産価額を４万３５２６円
とし、その総額を２億１６７５万９４８０円と評価して本件修正申告をしたが、本
件相続によって取得したこれ以外の財産の価額及び債務等の額は、別紙１のＰ１欄
記載と同額の内容で本件修正申告をした。
７　本件相続開始当時における高芳管財の資産の相続税評価額は合計６億７１０４
万９０００円、同資産の帳簿価額は１億９４２７万３０００円、負債の相続税評価
額及び帳簿価額はいずれも２億０４７６万１０００円となり、高芳管財の純資産価
額は４億６６２８万８０００円となる。
二　本件出資の評価
　本件相続開始時における高芳管財の資産の相続税評価額が６億７１０４万９００
０円、同資産の帳簿価額が１億９４２７万３０００円、負債の相続税評価額及び帳
簿価額がいずれも２億０４７６万１０００円となり、高芳管財の純資産価額が４億
６６２８万８０００円となることは、前記認定のとおりであって、これによれば、
相続税評価額による純資産価額と帳簿価額による純資産額の評価差額は４億７６７
７万６０００円となるところ、平成６年６月２７日改正前の評価基本通達１８５及
び１８６－２の定めによれば、本件出資の１口当たりの時価は、課税時期における
各資産を評価基本通達に基づいて評価した価額の合計額（相続税評価額）から課税
時期における各負債の合計額及び評価差額に対する法人税額等相当額（評価差額に
５１パーセントを乗じた額）を控除した金額を課税時期における出資口数で除して
計算することになる。そこで、本件出資について、あくまで上記評価基本通達の定
めを適用して、その時価の評価につき前記の法人税額等相当額を控除するべきか
（被控訴人の主張）、それとも、上記評価基本通達の定めによって評価することが
著しく不適当と認められる特別の事情があるとして、評価基本通達６に基づき、法
人税額等相当額を控除しないなど他の合理的な評価方式によるべきか（控訴人の主
張）が、ここでの争点となる。
　そもそも、相続税法２２条は、相続、遺贈又は贈与により取得した財産の価額
は、特別に定める場合を除き、当該財産の取得の時における時価によるべきものと
定めるが、このような時価は、必ずしも一義的に確定することができるものではな
いため、国税庁長官の発出に係る評価基本通達において予め財産評価の一般的基準
を定め、課税庁は、これに定められた画一的な評価方式によって財産の時価の評価
をすべきものとされているところである。これは、財産の時価を個別に評価する方
法によるものとしたときには、その評価方式、基礎資料の選択の仕方等により異な
った評価額が生じることを避け難く、納税者の法的安定性及び予見可能性を損ね、
納税者間の公平を害する可能性があり、また、課税庁にとっても、事務の負担が大
きく、大量に発生する課税事務の迅速な処理が困難となるおそれがあることなどに
基づくものである。評価基本通達がこのようなものである以上、それはすべての納
税者に等しく適用されるべきものであって、特定の納税者又は財産についてのみ評
価基本通達に定める方式以外の方法によって評価することは、たとえそれが相続税
法２２条の定める時価としての評価に適合するものであったとしても許されないも
のというべきである。しかしながら、一方で、評価基本通達６は、「この通達の定
めによって評価することが著しく不適当と認められる財産の価額は、国税庁長官の
指示を受けて評価する。」旨を定めているところ、これは、評価基本通達に定める
個別の評価方式をすべて財産について画一的に適用するという形式的な平等を貫い
た場合にはかえって実質的な租税負担の公平を著しく害することが明らかであるな
どの特別の事情がある場合においては、評価基本通達に定める評価方式以外の他の
合理的な評価方式によることが許されるとしているものと解するのが相当であるか
ら、評価基本通達の個別の定めが上記のとおりすべての納税者に等しく適用される
べきものであるとはいっても、このことと、評価基本通達６の定める要件がある場
合において、評価基本通達の定める方式以外の方法によって評価することが許され
ることとは、自ずから別問題であるというべきである。
　そこで、取引相場のない株式や有限会社に対する出資の評価に関する評価基本通
達が定められた経緯についてみると、証拠（乙第１１号証及び第２０号証）及び弁
論の全趣旨によれば、もともと昭和４７年６月２０日の改正前の評価基本通達にお
いては、純資産価額方式による取引相場のない株式等（有限会社に対する出資も、
これに準じる。）の評価は、課税時期における各資産を評価基本通達により評価し
た価額（相続税評価額）の合計額から課税時期における債務の金額を控除した額に
よるとされていたにとどまっていたこと、ところが、評価理論上、個人が株式等を
通じて会社の資産を間接的に所有するときは、個人事業主が直接に事業用資産を所
有する場合と比較して、個人が自己のために会社の資産を処分するためには、会社
を解散し清算して株式数等に見合う財産を手にするほかないという点で、その処分
性等に難易差があると考えられ、両者の評価上の均衡を図る必要上、昭和４７年６
月２０日改正評価基本通達においては、課税時期における各資産を相続税評価額に
より評価した価額の合計額から課税時期における債務の金額及び相続税評価額への
評価替に伴って生じる評価益を法人税法における清算所得とみなして計算した法人
税等の税額に相当する金額を控除した額によるものとすることに改められたこと、
しかしながら、上記の評価基本通達の定める法人税額等相当額控除の取扱いを利用
して、借入金等で会社を設立し、その会社の株式等を著しく低い価額で現物出資し
て別会社を設立して、評価差額をいわば人工的に創出し、別会社の株式について、
法人税額等相当額の控除をし、あるいは、同族会社を設立して手持ちの上場株式を
現物出資し、取引相場のない株式に振り替えて、法人税額等相当額の控除をするな
どして、相続税評価額を圧縮するなどの事例がみられため、平成６年６月２７日改
正評価基本通達においては、取引相場のない株式等を純資産価額方式で評価する場
合において、その資産の中に、現物出資により著しく低い価額で受け入れた株式等
があるときは、原則として、法人税額等相当額は、純資産価額の計算上これを控除
しない旨が定められたことの各事実を認めることができる。
　このように、取引相場のない株式等の評価に当たり法人税額等相当額を控除すべ
きものとされた趣旨は、株式等の所有を通じて間接的に資産を所有している場合と
個人事業主が個々の事業用資産を直接所有している場合との評価上の均衡を図るこ
とにあったのであるから、評価基本通達のこの規定を利用して法人税額等相当額の
控除を受けて専ら相続税、贈与税等の租税回避を目的として、現物出資による会社
を設立し、個人の財産を一時的に間接的な所有形態に変更することにより、殊更に
評価差額を創出して贈与財産ないし相続財産の圧縮を図り、課税時期を経過する
や、減資を行うなどして再び直接的な所有形態に戻して従前と同様の財産価値を回
復させ、かつ、会社を解散した場合の清算所得に対する課税も行われないことを計
画するような場合において、評価基本通達をそのまま形式的、画一的に適用して、
取引相場のない株式等の評価に当たり法人税額等相当額を控除して課税標準を算出
することは、およそ法人税額等相当額を控除すべきものとされた趣旨に反するばか
りか、他の納税者との間での実質的な租税負担の公平を著しく害することが明らか
である。したがって、このような場合における当該株式等の評価については、評価
基本通達の定めによって評価することが著しく不適当と認められる特別の事情があ
る（評価基本通達６）ものとして、他の合理的な評価方式によって評価すべきこと
とするのが相当である。
　これを本件についてみると、先に認定したとおり、新宿区内の一等地に広大な土
地を所有し、本件事業によって、多額の補償金と併せて本件施設建築物の持分を取
得することになり、相続が発生すれば多額の相続税の負担を余儀なくされることを
危惧したＰ２は、相続税対策として同族会社を二社設立して相続税の課税対象額を
減少させる方策の紹介を受け、借り入れた５億１０００万円を拠出して高巳投資を
設立するとともに、取得した高巳投資の出資持分全部を現物出資して資本金４９９
万円の高芳管財を設立し、高芳管財に対する出資持分４９８０口を取得したもので
あり、高巳投資に対する出資持分を著しく低い価額で現物出資した結果、高芳管財
の相続税評価額による純資産価額と帳簿価額による純資産額との間に、意図的に４
億７６７７万６０００円もの高額の評価差額を生じさせたもので、その目的に鑑み
れば、相続が発生した後に高巳投資を吸収合併した高芳管財の減資が予定され、高
芳管財が解散した場合に清算所得が生じることはおよそ想定されていなかったもの
ということができ、現時点においては、高芳管財が高巳投資を吸収合併していない
からといって、それだけではこのことを左右するものではない。
　以上のような事情に照らすと、Ｐ１が相続した本件出資の時価の評価につき、評
価基本通達をそのまま適用して法人税額等相当額を控除することとすると、前記の
ような一連の行為の前後においてＰ２が直接又は間接に所有する財産の価値にはほ
とんど変動がなく、かつ、吸収合併後に存続する高芳管財が解散した場合に清算所
得が生じることは想定されていないにもかかわらず、本件相続において生じた財貨
の移転が著しく過少に評価されることになり、取引相場のない株式等の評価につき
法人税額等相当額を控除して課税標準を算出することとされた趣旨に反し、他の納
税者との間での実質的な租税負担の公平を著しく害することが明らかであるから、
評価基本通達の定めによって評価することが著しく不適当と認められる特別の事情
があるものというべきであり、したがって、評価基本通達を形式的、画一的に適用
することなく、他の合理的な評価方式によって評価すべきこととするのが相当であ
る。そして、本件出資の時価の評価については、評価基本通達１８５の趣旨に鑑み
て、結局、純資産価額方式に従って、本件譲受け当時における高芳管財の各資産を
評価基本通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各
負債の金額の合計額を控除して算定することとするのが相当であり、これによれ
ば、高芳管財に対する出資１口当たりの時価は、高芳管財の本件相続当時における
相続税評価額による純資産価額４億６６２８万８０００円を出資総数４９９０口で
除した９万３４４４円となり、本件出資４９８０口の総額は、４億６５３５万１１
２０円となる。
三　８０１共有床の持分の評価
１　８０１共有床の敷地持分に本件特例を適用することの適否
　被控訴人らは、８０１共有床の敷地持分も被相続人であるＰ２の事業の用に供さ
れる宅地であるから、その評価に当たっては本件特例が適用されるべきものと解す
べきところ、Ｐ１が、本件相続に係る申告の際、８０１共有床の敷地持分に本件特
例の適用を求めなかったのは、相続税の申告書の提出期限までに相続人らが現実に
事業の用に供していなければ、本件特例の適用を認めないとするのが当時の課税庁
の運用であったためであって、措置法６９条の３第４項所定の「やむを得ない事
情」が認められるものというべきであるから、本訴においてその適用を求め、本件
更正処分を取り消すべきである旨を主張する。
　本件特例を定めた措置法６９条の３第１項が、当該相続開始の直前において事業
の用に供されていた宅地について、課税価格に算入すべき価額に一定の割合を乗じ
る旨を定めているのは、被相続人の事業の用に供されていた宅地のうち面積２００
平方メートルまでの小規模宅地については、それが相続人等の生活の基盤の維持の
ために不可欠のものであって、その処分について相当の制約を受けるのが通常であ
ることから、その課税価格算入について政策的に特別の配慮を加え、個人事業者等
の円滑な事業の承継を可能とする趣旨に基づくものである。そして、同条３項は、
本件特例の適用を受けようとする者の当該相続又は遺贈に係る相続税法２７条又は
２９条の規定による申告書に本件特例の適用を受けようとする旨が記載され、計算
に関する明細書その他の大蔵省令で定める書類の添付がされた場合に限り、本件特
例を適用する旨を定め、相続税の申告時に本件特例の適用を受ける旨の申し出があ
ることを本件特例の適用を受ける要件としているのであるから、申告書に上記の記
載をせず、上記の書類を添付しないでした申告に対してされた更正処分の取消訴訟
において、本件特例が適用されるべき旨をその違法事由として主張することは許さ
れるところではない。
　もっとも、措置法６９条の３第４項は、税務署長は、相続税の申告書の提出がな
かった場合又は本件特例の適用を求める旨の記載等がない相続税の申告書の提出が
あった場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかったことについてや
むを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに計算に関する明
細書及び大蔵省令で定める書類の提出があった場合に限り、本件特例を適用するこ
とができる旨を定めているが、本件特例は、被相続人若しくは当該相続人と生計を
一にしていた当該被相続人の親族の事業の用若しくは居住の用に供されていた宅地
等のうち２００平方メートルまでの部分について、相続税の課税価格に算入すべき
価額において特例を認めるものであるところ、本件相続人らは、前記のとおり、本
件相続に係る相続税の申告の際、本件相続人らの一人である被控訴人Ｐ４が相続に
より取得した東京都中央区δ１８０１番１号に所在する貸家建付地（２６０．３２
平方メートル）を本件特例を適用する宅地として選択し、被控訴人Ｐ４は、当該土
地のうち２００平方メートル部分について本件特例を適用して同土地を２億３７９
７万３２０１円と評価し、それを前提とした相続税の申告をし、被控訴人Ｐ４の相
続税債務は既に確定をみているのであるから、もともと本件更正処分について同条
４項の規定を適用すべき前提を欠いているものである。
　したがって、被控訴人らの上記主張は採用することができない。
２　貸家建付地及び貸家としての評価の適否
　被控訴人らは、８０１共有床は、本件事業に係る事業計画によって当初から貸付
けの用に供することが確定していたから、本件相続開始時に実際に賃貸借が行われ
ていなかったとしても、本件敷地持分及び本件施設建築物持分を評価するに当たっ
ては、これらが貸家建付地及び貸家であるという前提で評価されるべきであった旨
を主張するところ、前記認定した事実関係によれば、もともと、Ｐ２は、本件従前
地を所有して、これを建物所有を目的として他人に賃貸して地代を得てきたもので
あるが、本件権利変換によって、Ａ棟８０１の共有持分の給付を受ける権利及びそ
の敷地部分の共有持分を取得したものであり、８０１共有床は、平成２年６月１４
日に認可された権利変換計画において、Ｐ２を含む８０名がこれを共有し、賃貸用
事務所床として運用することが予定され、実際、平成７年１月の本件施設建築物の
完成後に各テナントとの間において賃貸借契約が締結され、賃貸に供されたのであ
るから、本件相続が開始した平成５年９月２４日当時においても８０１共有床が将
来賃貸に供されることは確実であったともいうことができる。
　しかしながら、いかに８０１共有床が賃貸用事務所床として運用することが確実
であったとしても、現実に、賃貸借契約が締結されて借家権が設定されなければ、
借家権の設定に伴う法的制約が課せられることはないのであるから、借家権がある
ことを前提とした減額をすべき事情があるとはいえず、貸家建付地及び貸家の評価
基準を定めた評価基本通達２６及び９３も、課税時期において当該建物が現実に賃
貸に供されていることを前提として一定の減額を認めたものと解される。そうであ
る以上、本件相続が発生した時点においては、８０１共有床のある本件施設建築物
は建設の途上にあり、賃貸借契約も締結されていなかったのであるから、同時点に
おいて、８０１共有床が貸家に供されていたのも同然であるとして、貸家及び貸家
建付地としての評価をすることは相当ではない。
　被控訴人らは、Ｐ２や本件相続人らにおいて、８０１共有床を自ら使用し又は賃
貸以外の用途に供するものとしてこれを処分することはおよそ不可能であり、自用
の財産として評価することは不合理である旨を主張するが、本件相続が発生したの
は平成５年９月２４日であり、この時点では、８０１共有床の共有者らが同共有床
の具体的な運用方法を合意した新宿アイランド共有者組合契約すら締結されていな
かったもので、Ｐ２又は本件相続人らにおいて、８０１共有床内の事務所を自ら使
用する意思をもった第三者にＡ棟８０１の共有持分の給付を受ける権利及びその敷
地部分の共有持分を譲渡することができなかったともいえないから、被控訴人の上
記主張は採用することができない。
　これを実質的にみても、都市再開発法８０条１項は、権利変換の対象者が施行区
域内に有する宅地、借地権又は建築物の価額は、近傍類似の土地、近傍同種の建築
物又は近傍類似の土地若しくは近傍同種の建築物に関する同種の権利の取引価格等
を考慮して定める相当の価額とする旨を定めているところ、Ｐ２が所有していた本
件従前地は、本件権利変換の際、６６億６３８７万４０００円と評価され、Ｐ２
は、そのうち３４億１７４３万１０００円を補償金として受領したほか、残額の３
２億４６４４万３０００円を権利変換の対象とし、本件施設建築物のうち、同金額
に見合うように、居宅であるＡ棟５０１の給付を受ける権利及びその敷地持分並び
に８０１共有床であるＡ棟８０１の共有持分の給付を受ける権利及びその敷地部分
の共有持分を取得したものであり、都市再開発法７３条１項４号所定の価額の概算
額は、Ａ棟８０１の共有持分の給付を受ける権利について８億０７７７万４０００
円、その敷地持分について２１億３４７８万３０００円の合計２９億４２５５万７
０００円（これにＡ棟５０１に係る概算額を合計したものが上記３２億４６４４万
３０００円となる。）とされたところ（同概算額については、同法８１条が、第一
種市街地再開発事業に要する費用及び近傍類似の土地、近傍同種の建築物又は近傍
類似の土地若しくは近傍同種の建築物に関する同種の権利の取引価格等を考慮して
定める相当の価額を基準として定めなければならない旨を定めていることに照らし
ても、Ｐ２が取得した８０１共有床の持分が上記概算額に見合うものであったとい
うべきである。）、Ｐ１が本件修正申告をした際の評価額は、Ａ棟８０１の共有持
分の給付を受ける権利が５億３７１６万９７１０円、同敷地持分が１３億２１４１
万１９８０円であって、上記概算額を相当程度下回っており、Ｐ１を含む本件相続
人ら自身、申告時においては貸家建付地及び貸家としての評価をしていなかったこ
とに鑑みても、上記評価額を更に減額すべき事情は見出し難いというほかない。
３　本件敷地持分の評価
　被控訴人らは、本件更正処分においては、本件施設建築物の敷地（１万９５１
１．３７平方メートル）を路線価に基づいて１平方メートル当たり１０８６万３４
８０円と評価されたが、基準となる正面路線の位置を誤り、また、同敷地には複数
の路線価が付されているにもかかわらず、加算額の調整が不適正であったほか、同
敷地は、七角地の不整形地であるにもかかわらず、その補正もされておらず、適正
な評価がされていなかったというべきところ、これらを考慮すると、同敷地は１平
方メートル当たり９７４万４０５５円と評価されるべきであった旨を主張する。
　甲第４８号証及び弁論の全趣旨によれば、本件施設建築物の敷地は、四方を道路
に囲まれた土地であり、東側及び南側の通りの平成５年度の路線価は１３３９万
円、北側のε街道の路線価は１３３２万円であるものの、西側の道路は幅員の狭い
路地であるため、その路線価も２９７万円又は４２５万円と低額であること、路線
価が最も高い東側及び南側の各通りと本件施設建築物の敷地との接道関係を比べる
と、南側の通りの方が長いことの各事実を認めることができるところ、Ｐ１自身
は、本件修正申告をした際、別紙３のとおり、西側の通りを一路線（正面路線）、
南側の通りを二路線（側方路線）、北側の通りを三路線（側方路線）、西側の通り
を四路線（裏面路線）と定めて四路線影響加算を行って、本件施設建築物の敷地の
１平方メートル当たりの価額を１０８６万３４８０円と評価したことは前記認定の
とおりであるから、西側の路地を裏面道路と位置づけ、その反対側の東側の通りを
正面路線として四路線影響加算を行ったことは必ずしも不合理ではなく、そうであ
る以上、同加算額の調整が不適正ともいえず、また、本件施設建築物の敷地は、本
件事業遂行にとって十分な面積が確保され、宅地としての利用に支障が生じている
とはにわかにいい難く、不整形地であるとしてその補正を行わなかったことが不合
理であるとまではいえないから、被控訴人の上記主張は採用することができない。
四　本件更正処分に更正の理由が付記されていなかった違法性
　被控訴人らは、本件更正処分に係る通知書に更正処分を行う理由が十分に付記さ
れておらず、本件更正処分には手続上の瑕疵があり、違法である旨を主張するが、
税務署長が更正を行う場合において、その更正通知書に記載しなければならない事
項は、国税通則法２８条２項に規定されているところ、同条には更正の理由を付記
することは要求されておらず、青色申告書に係る申告に対する更正においてとは異
なって、相続税法上、更正処分に理由を付記しなければならない旨の規定はないの
であるから、被控訴人らの上記主張も採用することができない。
五　本件更正処分及び本件賦課決定処分の適法性
　以上によれば、Ｐ１が取得した財産の価額及び債務等の額の内訳並びに課税価格
は、別紙１「課税価格等の計算明細表」の「Ｐ１欄」記載のとおりとなるというべ
きであり、これを前提に算出したＰ１の納付すべき相続税額の算出過程は別紙２の
「税額算出表」のとおりとなるから、Ｐ２を被相続人とするＰ１の相続税の課税価
格は１５億７５７４万９０００円、納付すべき税額は８億０２５８万９９００円で
あるというべきところ、これは、本件更正処分の内容と一致するから、本件更正処
分は適法である。そうすると、Ｐ１は、本件修正申告において、相続税の課税価格
及び納付すべき相続税額を過少に申告していたというほかなく、これについて国税
通則法６５条４項にいう正当な理由も存しないから、同条１項により、本件更正処
分によってＰ１が新たに納付すべきこととなった相続税額１億３８１６万円に１０
０分の１０を乗じて算出した１３８１万６０００円を過少申告加算税として賦課決
定した本件賦課決定処分も適法である。
六　結論
　以上の次第で、被控訴人らの本訴請求は、いずれも理由がないから、これを認容
した原判決を取り消して、被控訴人らの請求をいずれも棄却することとし、主文の
とおり判決する。
東京高等裁判所第８民事部
裁判長裁判官　村上敬一
裁判官　水谷正俊
裁判官　永谷典雄

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