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主文
１本件控訴をいずれも棄却する。
２控訴費用は控訴人らの負担とする。
事実及び理由
第１控訴の趣旨
１原判決を取り消す。
２国土交通大臣が，平成１７年１２月１９日付けで沖縄県に対してした空港設
置許可処分（同日付け国空管第○号）を取り消す。
３訴訟費用は第１，２審とも被控訴人の負担とする。
第２事案の概要等
１本件は，沖縄県が同県石垣市に設置しようとする公共の用に供する飛行場
（以下「本件空港」という。）の敷地の一部の土地の共有者である控訴人ら
が，処分行政庁が平成１７年１２月１９日付け国空管第○号をもって沖縄県に
対してした本件空港の設置を許可する旨の処分（以下「本件許可処分」とい
う。）につき，航空法（平成２０年法律第７５号による改正前のもの。以下同
じ。）３８条２項，３項（航空法施行規則７８条１項，７６条１項４号），３
９条１項又は環境影響評価法（平成２０年法律第７５号による改正前のもの。
以下「評価法」という。）３３条１項の規定に違反する瑕疵があるなどとし
て，本件許可処分の取消しを求める事案である。
原審は，本件許可処分は適法であるとして，控訴人らの請求をいずれも棄却
したところ，これを不服として控訴人らが控訴した。なお，原審において，本
件空港予定地の敷地の共有者でない原判決別紙当事者等目録２記載の原告らの
訴えについては，原告適格が認められないとして，いずれも却下されたが，同
原告らからの控訴は，なされなかった。
２関係する法令の定め，前提事実，本件許可処分の根拠及び適法性に関する当
事者の主張，争点及び争点に関する当事者の主張は，次の３ないし５のとお
り，当審における控訴人らの主張を付加するほか，原判決「事実及び理由」の
「第２事案の概要」１ないし５（原判決２頁２行目冒頭から１４頁３行目末
尾まで及び同１５２頁冒頭から同４０７頁末尾まで）に記載のとおりであるか
ら，これを引用する。ただし，専ら原判決別紙当事者等目録２記載の当事者に
関する部分を除く。
３本件許可処分は，航空法３９条１項１号並びに同法施行規則７９条１項４号
及び７号イに違反する。
(1)本件許可処分がされた当時の計画が実現した場合における滑走路等の直
下の客観的強度は設置許可申請の審査対象となるものというべきであり，原
判決が，設置しようとする滑走路等が有すべき性能としての強度の計画が十
分な強度を有する計画になっていれば航空法３９条１項１号違反の問題は生
じないとした点は，不当である。
本件許可処分時点での審査内容に滑走路直下の地盤の客観的強度が含まれ
ることは，平成２０年の航空法施行規則一部改正により，同規則７９条１項
４号及び７号が改められ，強度を要求される滑走路等には「基礎地盤を含
む」ことが明記され（同４号），滑走路等の性能について「自重，土圧，地
震動…，水圧，波浪…等による損傷等が当該施設の機能を損なわず，継続し
て使用することに影響を及ぼさないこと」とされた（同７号）ことにより明
らかになった。これらの強度に関する規定は，新たに追加された規定ではな
く，これまでも黙示的な規定として存在しており，本件許可処分にかかる審
査の中では基礎地盤等の強度については当然ながら十分な審査がなされなけ
ればならないものであった。特に滑走路が自重，土圧，地震動等による損傷
によっても影響を受けず，継続して使用できるか否かについては，滑走路直
下の地盤の客観的強度抜きには判断できない。
(2)原判決の説示する「二段階審査」の不当性
ア原判決（３３頁）が，航空法は，第１段階の飛行場設置許可申請の審査
の段階では，施設の設置の計画が基準に適合するものであるかについて審
査し，基準に適合しない計画による飛行場の施設の設置工事が行われるこ
とを防ぐとともに，第２段階の完成検査の審査の段階では，完成した施設
がその設置の計画に適合するものであるかについて審査することにより，
設置の計画に適合せず，ひいては基準に適合しない施設が供用されること
を防ぐことによって，航空機の航行の安全及び航空機の航行に起因する障
害の防止（航空法１条参照）を図ろうとしているものと解されるとして，
本件許可処分がされた当時の計画が実現した場合における滑走路等の直下
の客観的強度は事実上設置許可申請の審査対象とならず，実際に設置され
る滑走路等が計画された強度を有するものであるかどうかは，第２段階で
ある完成検査の審査事項であるとした点は，不当である。原判決が「二段
階審査」を要求している点は甚だ失当であり，あくまで，設置許可処分の
審査は，航空法３９条の定める審査によって完結するものというべきであ
り，完成検査の役割は，２度のチェックを通じて安全性の確保を図ること
にある。
そもそも，行政処分は，申請，申請に対する審査，処分の順に行われる
のが通常であり，本件の場合，航空法３８条２項に基づく飛行場の設置許
可申請がなされ，これを受けた国土交通大臣が同法３９条に基づき審査を
行い，その結果に基づいて設置許可処分をするか否かを決定する。しかる
に原判決は，同法４２条に基づく飛行場完成時の検査をあたかも設置許可
申請に対する第２段階の審査であるかのように位置づけている。かかる原
判決の論理に従えば，飛行場の設置については，申請，申請に対する審査
（第１段階），処分，申請に対する審査（第２段階）の順に行われること
になり，行政処分の順序立てに反するものである。
イ航空法４８条は，同法４２条１項の検査（飛行場完成時の検査）の結
果，飛行場が申請書に記載した設置又は変更の計画に適合していないと認
めるときは，設置許可を取り消し，又は期間を定めて，空港等の全部若し
くは一部の供用の停止を命ずることができると定めている。すなわち，同
法４２条１項の飛行場完成時の検査は，それ以前に確定している設置許可
処分の取消処分又は供用停止処分を行うための行政手続として位置づけら
れている。
ウ原判決を前提にすると，飛行場の設置許可処分の適法性を争う際には，
原則として飛行場の滑走路直下の地盤の客観的強度を理由にして争うこと
ができないことになる。そうすると，飛行場の滑走路直下の地盤の客観的
強度について争う機会がどこかの段階で与えられなければならない。原判
決が航空法４２条に基づく飛行場完成時の検査を重視していることを踏ま
えるならば，国土交通大臣が完成検査に合格した（航空法４２条２項）と
することについての処分性を肯定し，その処分の適法性を争う際にかかる
機会が与えられることになるはずである。しかし，東京地方裁判所平成２
０年１月２９日判決（判例時報２０００号２７頁）は，鉄道施設変更工事
の完成検査に関する事案において，かかる検査を定めた規定は，安全な輸
送及び安定的な輸送を確保することによって公共の福祉を増進することを
目的とするものであって，周辺住民の利益を保護したものではないという
ことを理由に，完成検査の結果，当該鉄道施設を合格とした処分の適法性
を周辺住民が争うことはできないとした。これを前提とすれば，控訴人ら
のような者が飛行場の完成検査後の合格通知処分の適法性を争うことがで
きないことになり不当である。
エ完成検査の役割
滑走路直下の地盤の客観的強度が完成時に不足していれば，そのような
滑走路を持つ飛行場を開港させるべきではないから，滑走路直下の地盤の
客観的強度は，完成検査時の審査対象となる。この点は原判決も認めると
ころであるが，それはそもそも，滑走路直下の地盤の客観的強度が設置許
可申請時の審査対象になっているからだというべきである。実際，滑走路
直下の地盤の客観的強度が不足していた場合，滑走路の陥没により航空機
の離着陸時に死傷者が出る恐れがあるのであって，完成検査の役割は，２
度のチェックを通じて安全性の確保を図ることにあるというべきである。
したがって，完成時の検査ではなく，あくまで設置許可申請時の審査がメ
インであるというべきである。
(3)原判決が，滑走路等の設置の計画と滑走路等の直下の地盤の客観的強度
とを対比，区別して考えるべきものでない理由として，「飛行場の設置の許
可の申請時における滑走路等の直下の地盤の強度について，これを滑走路そ
れ自体等の強度と区別して申請書の記載事項とし又はこれを明らかにする資
料を添付書類とする航空法及び航空法施行規則等の関連法令の規定は見当た
らないこと」を挙げているが，飛行場の設置が想定される場所では直下地盤
の強度が問題になることが稀であるために法令上の規定が存在しなかったに
過ぎない一方，滑走路直下の地盤の強度を明らかにする資料は飛行場の工事
設計と密接不可分の関係にある以上，航空機の航行の安全を重視する航空法
の趣旨に照らせば，かかる資料を空港等の工事設計図書（航空法施行規則７
６条２項３号）の一部として申請書に添付することが黙示の要件であったと
理解すべきである。
(4)原判決は，滑走路等の強度の変更（同法施行規則８５条１号）には国土
交通大臣の許可が必要であるが（航空法４３条１項），「滑走路等の構造等
をどのようなものとするかについての具体的な計画（設計図書等）を変更す
ることについては国土交通大臣の許可を必要としていないこと」（原判決３
７頁）を挙げているが，変更に許可を要する対象としての「滑走路の強度」
には「滑走路直下の地盤の強度」も含まれると理解すべきである。
(5)原判決は，本件許可処分に際しては基礎地盤の点も考慮しているという
具体的な根拠を何ら示すことなく，かかる点も考慮しているとしているが，
実際には基礎地盤の強度を考慮していない。
(6)本件洞窟等の危険性について
ア本件許可処分当時の計画によっては完成時（計画実現時）の本件空港滑
走路及び誘導路等の直下の地盤が十分な強度を有しているとは言えず，本
件空港の滑走路及び誘導路等が航空機の想定される運航状況に十分耐える
だけの強度を欠いていることは明らかである。本件許可処分は，Ｅ洞窟，
Ｂ１洞窟，Ａ１洞窟及び現存すると考えられる未知の空洞の存在並びにド
レーンの設置により，これらの洞窟及び空洞が崩落して滑走路が陥没する
危険性を看過し，航空法３９条１項１号並びに同法施行規則７９条１項４
号及び７号イに違反した違法なものであるから，同処分は取り消されるべ
きである。
各洞窟等の問題点はイ以下のとおりである。
イＥ洞窟についての問題点
(ア)Ｅ洞窟崩壊のプロセス
名蔵礫層と琉球石灰岩層（秋吉台等に比べ，強度が不均質で強度が低
い部分も含んでいる。）の境目から名蔵礫層にかけて広がっている。琉
球石灰岩は，古くても２００万年前と新しく，強い圧力や熱を受けてい
ないために強度が不均質であり，強度が低い部分も含んでいる（甲２０
２・４頁，ａ５，６頁，）。またＥ洞窟の下半分を構成する名蔵礫層の
強度は，スコップ等で容易に削り取ることができるほどで，琉球石灰岩
に比べてかなり弱い（甲１５２・１２頁以下，ａ３４頁）。
本件空港が設置されると滑走路の下には雨水が浸透せず，滑走路の下
に位置する洞窟周辺の地層が乾燥する（甲１５１・１頁，２１９・２０
頁）。乾燥により，鍾乳石の接着力が弱まり，鍾乳石と琉球石灰岩との
接着面が剥がれ，鍾乳石剥離が発生する。鍾乳石剥離が起きると，基盤
が収縮して亀裂が広がり，広がった亀裂のために接着力がなくなった部
分が層理剥離を起こし，洞窟が拡大する（甲１５１・１頁，甲１７８・
１３頁，甲１８２・２頁）。Ｅ洞窟には，このような剥離現象を起こし
ている部分が３６か所あり，そのうち特に５か所が危険であり，そのい
ずれもが本件空港の滑走路予定地直下にある（甲１８４・１頁）。
本件空港の滑走路周辺には，内陸部地域の雨水も集まり，地下川とな
って流れ込んでくるのに加えて，本件空港設置工事が開始されると，設
置工事現場周辺の雨水は，浸透ゾーンⅡを含む浸透ゾーンに集められ，
そこから地下に浸透させるものとされている。しかし，浸透ゾーンⅡ内
には吸い込み穴が９つ以上存在し，そのうち５つについては一体のケイ
ブシステムであるＣ洞ないしＥ洞につながっている（甲１８９・４
頁）。
以上からすれば，本件空港設置工事が開始されると，通常時は乾燥が
進む一方，大雨などの増水時には，大量の水がＥ洞窟を流れることにな
る。増水時には洞窟内の水が地下水として浸透することはなく，その結
果，本件空港設置工事が開始されると，増水によりＥ洞窟内での砂層剥
離が誘発される（甲１９６・１頁）。これらの剥離現象により，Ｅ洞窟
内の強度は低下する。Ｅ洞窟上には盛土をするため，圧力がかかり，さ
らに，本件空港の開港後には航空機の着陸による圧力がかかる。かかる
圧力は，空洞に集中し，岩層の耐久力を超えると，空洞が崩落する。
現在，滑走路の強度を確保するという理由で，構造物をＥ洞窟の上に
設置しているが，これにより，Ｅ洞窟の天板に強い圧力が掛かる上，Ｅ
洞窟の乾燥が進み，また，沖縄県が，Ｅ洞窟の支流に浸透ゾーンⅡの水
を流すことにし，Ｅ洞窟の吐水口の穴も大きくしたことにより，空気が
流れ，Ｅ洞窟内の乾燥に拍車がかかる（甲１９３・３頁，１９５，１９
９・３頁）。剥離現象が進行し，Ｅ洞窟の天井崩落により，水流が変化
し，大雨等で増水する等の事態が発生することにより，Ｅ洞窟の名蔵礫
層部分が削られれば，Ｅ洞窟は広がり，構造物の幅を超え，盛土の圧力
によってＥ洞窟が崩壊し，また，構造物の基礎が損壊し，構造物自体が
崩れ，滑走路が陥没する（甲１９３・４頁，１９６・１頁，２００・１
頁，６頁）。
(イ)国土交通大臣は，Ｅ洞窟の安定性を確保できないためにＥ洞窟が崩
壊し，その上にある本件空港の滑走路が陥没するおそれを看過し，本件
許可処分をした。
ｂ氏の平成１６年８月から９月にかけての洞窟調査により（甲１４
９，１５２），Ｅ洞窟が本件空港滑走路の直下に存在することが平成１
６年１１月までに明らかになった。沖縄県は，平成１６年１２月に，国
土交通大臣に対し，滑走路等の強度について，新石垣空港建設工法検討
委員会資料（甲１４，１５議事録）及び変形解析結果資料（甲１４６）
をもとに説明した（甲１４７）。Ｅ洞窟を対象とした変形解析結果資料
によれば，沖縄県は，Ｅ洞窟の下半分が名蔵礫層で構成されていた場
合，Ｅ洞窟崩壊に関する安全率が１．０１と最低限の基準１．００をク
リアしているか否かといえる数値となっており，再度Ｅ洞窟についての
洞窟内変位を計測する必要があることを認識していた（甲１４６）。
平成１７年１１月２１日，沖縄県，ｂ及びｃの打合せにおいて，既往
調査では，空洞周辺地盤は琉球石灰岩と想定されていたが，Ｅ洞窟にお
ける地盤調査では石灰岩（粘土質礫）あるいは，礫混じり粘土であり，
既往の空洞影響検討時の地盤条件と比べ，かなり弱い地盤と想定される
とされ，Ｅ洞窟に対する地盤調査及び影響対策の検討が提案されていた
（甲１５７，１５８）。沖縄県は，滑走路直下に存在する名蔵礫層の強
度について十分検討することを怠って設置許可申請をしたのである。
国土交通大臣は，沖縄県に確認することにより，遅くとも本件許可処
分当時までにはかかるリスクを容易に知ることができたはずである。に
もかかわらず，国土交通大臣は，平成１７年１２月１９日に本件許可処
分をするまでの間，同年９月の本件空港設置許可申請時に舗装構造の確
認を行うことしかせず（甲１４７），Ｅ洞窟の安全性に対する不安を解
消することなく，本件許可処分をした。
(ウ)沖縄県は，平成１９年７月２３日に開催された第１０回新石垣空港
建設工法検討委員会において「空洞の崩壊の可能性があることが判明し
た」として「空洞崩壊対策工事」を実施する予定であるとしている（甲
１１）。被控訴人は，遅くとも平成１９年７月２３日の工法検討委員会
の開催時以降，直ちに本件許可処分を取り消す義務を負っていたといわ
ねばならない。
(エ)違法な本件許可処分につき瑕疵の治癒を認める余地はない。
本件許可処分後に出された対策，すなわちＥ洞窟の上に構造物を置
き，本件空港の滑走路の強度を確保する対策によっても，本件空港の滑
走路の陥没を防ぐことはできず，かかる対策は無意味である。
ウＢ１洞窟崩壊による滑走路崩壊のおそれ
浸透ゾーンⅡには周辺の雨水が流れ込み，また，浸透ゾーンⅡ内の吸い
込み穴の１つはＢ１洞窟につながっており，Ｂ１洞窟へ雨水が流れ込む
（甲１８９・４頁，１９０・３０頁，１９４・１頁，１９７・３頁）。そ
のため，増水時には，Ｂ１洞窟が海抜２６ｍの高さまで冠水し，Ｂ１洞窟
は透水性の高い琉球石灰岩でできていることから，冠水時に洞窟周辺の土
壌に高い水圧が掛かり，土壌が滑走路を支えきれなくなり，滑走路は崩壊
する（甲１８７・２頁，１９３・５頁，１９４・１頁，１９６・１８頁，
２００・２頁，７頁，２２４・１頁）。ｂ氏は，Ｂ１洞窟に伴う危険を繰
り返し沖縄県に訴えたが，沖縄県はこれを無視し，Ｂ１洞窟を破壊した
（甲１９４・１頁）。国土交通大臣はかかる危険を看過し，本件許可処分
をした。
エＡ１洞窟崩壊による滑走路崩壊のおそれ
浸透ゾーンⅡには周辺の雨水が流れ込み，また，浸透ゾーンⅡ内の吸い
込み穴の１つはＡ洞窟につながっており，Ａ洞窟を通じてＡ１洞窟へ雨水
が流れ込む（甲１９０・２９頁）。Ａ１洞窟は本件空港の滑走路の下を走
っており，その吐水口は滑走路の下にあるから，浸透ゾーンⅡに流れ込ん
だ水は，地下水として滑走路の直下に溜まり，そこから粘土を巻き込んで
流れることになり，滑走路の直下で粘土が削れた分の空間が生じ，結果と
して滑走路は陥没する（甲２００・２頁）。国土交通大臣はかかる危険を
看過し，本件許可処分をした。
オ不適切なドレーン設置による滑走路崩壊のおそれ
本件空港設置にあたり，排水処理にドレーンが３つ使用されているが，
そのうちの１つは，本件空港付近のケイブシステムを流れる水の吐出口と
重なっており，増水時には大量の水が流れ，かかるドレーンに流れる水が
周囲に漏れ出し，周辺の土壌を崩す可能性が高い（甲１９３・３頁）。ま
た，残りの２つのドレーンは盛土内に設置されることになるが，浸透ゾー
ンⅠに近いところに設置されているため，ドレーンに土が詰まった場合に
は，水の力により滑走路が破壊される可能性が高い（甲１９３・３頁）。
このように不適切なドレーンの設置により，滑走路が崩壊する危険があ
る。国土交通大臣はかかる危険性を看過し，本件許可処分をした。
カＪ洞窟について
本件空港の用地の直下をＪ洞窟が走っているが，沖縄県は，Ｊ洞窟の存
在を見落として，本件設置許可申請をした（甲１８９・１頁，１９２・１
頁，２２５・１頁）。
キＫ洞窟について
もともとＫ洞窟を流れていた地下水は，Ｂ１洞窟の方向に流れ込んでい
たが，本件空港の建設工事によりＫ洞窟が埋設されたため，浸透ゾーンⅡ
に流れ込むことになり（甲２２３・１頁，２２５・２頁），流れ込んだ水
がＥ洞窟，Ｂ１洞窟，Ａ１洞窟の崩壊を導くことになる。Ｋ洞窟は，本件
空港の用地の直下を走っているが，沖縄県は，Ｋ洞窟の存在を見落とし
て，本件設置許可申請をした（甲２２５・１頁）。
ク未知の洞窟について
本件空港用地内の地下に未知の洞窟が多数あることが推測されていたが
（甲１４３，ａ），沖縄県は十分な洞窟調査をしないまま本件設置許可申
請をした。その結果，本件許可処分後にＢ１洞窟，Ｊ洞窟，Ｋ洞窟，Ｃ１
洞窟等が発見され，さらにｂ氏らの調査において，滑走路の下に「小規模
な地下水系の可能性」のある箇所が明らかになった（甲１４４）。これら
の事実は，本件空港用地内の地下，とりわけ滑走路下に未知のまま存在し
ている洞窟が多数あることを示唆している（ａ）。
このような洞窟には，本件空港の設置に伴い，滑走路を整備するための
盛土や航空機の着陸による圧力が掛かる。そのためこれら未知の洞窟は，
将来的に崩壊する可能性があり，かかる崩壊は，本件空港の滑走路の陥没
につながる（ａ３２頁）。
４５号要件（航空法３９条１項５号の要件）の充足の有無について
(1)原審が，５号要件の充足の有無につき，当事者の主張立証がほとんどな
いまま，土地収用法上の事業認定要件の充足の有無を決定的争点として位置
づけて判断をしたことは弁論主義違反である。
(2)設置許可時における５号要件の充足の有無は，土地収用法の手続によら
ず，任意買収等の交渉により確実に土地の所有権その他の使用権原を取得で
きるか否かにかかっている。
航空法３９条１項５号は，土地収用法３条の特則であるから，航空法３９
条１項５号の趣旨は，「飛行場の設置においては，土地収用法の手続によら
ず，任意買収等の交渉により確実に土地の所有権その他の使用の権原を取得
できることが認められなければならない」ことにある。
本件では，平成１７年１２月１９日時点で，本件空港建設予定地内にある
１５５６㎡の土地を６５４名の地主が共有しており，そのほぼ全員が未同意
地権者となっていた。その上，これら未同意地権者のうち，少なくとも約３
００名が，平成１７年８月から１２月ころにかけて，国土交通大臣に対し，
「新石垣空港建設用地の不提供に関する通知」と題する内容証明郵便によっ
て，自ら所有する土地を本件空港建設用地に提供しない旨の意思を表示して
いる。
(3)本件事業は，次のとおり，土地収用法２０条３号の要件に適合しない。
ア同号の判断には，裁量権限の相応の制限が生じるものである（東京高裁
昭和４８年７月１３日判決参照）。
イ本件空港の需要が高いとは見込まれないこと
現空港については，平成１８年度ないし１９年度をピークとして，近年
は利用者の減少する傾向がみられ，現空港の利用客が減少傾向にあるの
は，日本国内の経済情勢の低迷，少子高齢化及び人口減少傾向といった構
造的な要因によるものであり，今後需要が大きく増加することは考えがた
く，本件空港建設の前提となっている需要予測は過大なものと認められ
る。国土交通省の国内空港需要予測は破綻している。
ウ国土交通大臣による本件許可処分は，滑走路の強度，乱気流や津波への
対応等について，航空法及び施行規則の数々の規定に違反していることか
ら，沖縄総合事務局長による事業認定処分により空港運営上の問題が生じ
るといえ，本件起業地が本件事業の用に供されることによって得られる公
共の利益があるとはいえず，事業認定処分は土地収用法２０条３号の要件
に適合しない。
エ現空港でのオーバーラン事故の危険性について
被控訴人は，昭和５７年８月２６日のｆ航空機オーバーラン事故につい
て，事故の直接の原因が機長の制動停止動作の不適切さにあったことを認
めながら，滑走路長が短いことによる過重な精神的負担が影響しているこ
とも否定できないと主張する。しかし，実際には１５００ｍの滑走路で小
型ジェット機を就航させており，同年以降には同種の事故は発生していな
いのである。もし危険であるならただちに対策を講じなければならず，そ
の場合，現空港の滑走路を少し斜めにして，遺跡を回避して滑走路を延長
する工事をすることは容易に出来ることである。空港整備特別会計の適切
な支出の観点から言っても２０００ｍの滑走路を確保するには，現空港拡
張案がもっとも妥当である。
オ航空機騒音問題について
現空港周辺の騒音は嘉手納基地，普天間基地に比べれば，早急な対策が
必要とされるレベルではなく，土地収用法２０条３号で考慮すべきレベル
にない。現空港周辺については，航空機にかかる環境基準はそもそも指定
されていない。沖縄県が公表している騒音コンターでは，うるささ指数
（ＷＥＣＰＮＬ値）で７５を超える地区は，現空港のごく近くの部分にか
ぎられている。石垣市に対する騒音の苦情も少なく，嘉手納基地，普天間
基地の周辺の騒音コンターとは比較にならないものである。現空港が，暫
定ジェット化された後も同空港周辺に居住する住民が増えていることから
（甲２４８），騒音被害があるとしても，受忍限度内と感じる者が多数お
り，同法２０条３号の評価に当たり考慮すべきレベルの騒音被害とはいえ
ない。
(4)本件事業による絶滅危惧種である小型コウモリ類に対する影響及び赤土
流出によるサンゴ礁に対する影響から，本件許可処分には，評価法３３条
（横断条項）違反があり，事業認定処分は土地収用法２０条３号の要件に適
合しない。
(5)事業計画策定及び事業認定に至るまでの経緯について
沖縄県は，当初からα岳陸上案（本件起業地）を選択することを前提とし
ていたものであって，合理的な位置選定は行われていない。平成１１年８月
に設置された選定委員会において，α岳東側，α岳陸上，β，γの４案を候
補地として審議されたが，既存施設を有効活用でき，自然環境への負荷や事
業費が少なくて済む現空港の拡張案（北側・南側拡張）は含まれていなかっ
た。
(6)本件起業地が本件事業の用に供されることによって失われる利益が大き
い。
ア自然的価値・ヤエヤマコキクガシラ等の小型コウモリ３種及びサンゴ類
は取り返しのつかない重大な影響を受けるおそれがある。
イ文化的価値
本件起業地内洞窟（Ｃ１洞窟，後にｄ洞穴と命名）で発見された人骨等
は，極めて高い公共性が認められ，十分な調査をする必要がある。
沖縄県は，平成１６年１１月の時点で，洞窟の測量調査を依頼したｂか
ら，「Ａ洞，Ｅ洞などには堆積層があり相当な化石が存在している」「Ｄ
洞は遺跡で人骨を発見している」などの調査報告の概要を受け，平成１７
年１月にｂから，化石調査の必要性を要請されていた。しかし，沖縄県が
平成１７年９月に縦覧させたアセス補正書には，国内最古の人骨やその出
土遺跡については一切の言及がない。事業認定の告示においてもこの件は
全く触れられていない。その後，平成１９年８月の浸透ゾーンⅡの掘削工
事において，Ｃ１洞窟が発見され，ｂがその洞窟調査を行い，同年１２月
にＣ１洞窟（埋設本洞）から人の頭蓋骨などが発見された。そして，翌平
成２０年５月の調査において，「化石のホール」と呼ばれる場所から，国
内最古と分かったものを含む人骨５点とイノシシの骨などが出土したが，
その約２か月弱後の平成２０年８月２７日に事業認定処分が下された。
ウ得られる利益と失われる利益との衡量について，選択の基準が一切明示
されておらず，客観的基準を見いだすことは不可能であって，本件起業地
の選定におよそ合理性が認められない。
エ本件事業が土地収用法２０条３号への該当性を欠くことは明らかであ
る。
(7)本件事業が土地収用法２０条４号の要件に適合しない。
申請事業を早期に施行する必要性は認められない。本件起業地の範囲及び
収用又は使用の別の合理性を議論する余地はない。そもそも本件起業地への
空港設置自体が不合理なのであるから，上記合理性を議論するまでもない。
５評価法違反の点について
(1)原判決は，保全されるべき対象の取捨選択及び選択された対象の保全方
法の選択については，もっぱら免許等を付与する者の合理的な裁量に委ねら
れている旨説示し，免許等を付与する者の判断が社会通念上著しく妥当性を
欠くことが明らかな場合でない限り，免許等を付与する者の判断を尊重して
いるが，免許等を付与する者の判断が違法となる場合について，司法審査の
対象をあまりに狭く解しすぎている。評価法は，保全すべき環境対象や保全
のための手段方法の選択に際し，免許等を付与する者の裁量を常に「ベスト
追求」という観点から羈束していると解すべきであり，この点でその裁量に
は限界が存する。
(2)原判決（６３頁）が，環境影響評価を行うにあたって検討すべき「環境
保全措置」に，事業計画地についての代替案検討は含まれないと解している
が，評価法自体の解釈から，「環境保全措置」の中に事業計画地について代
替案の検討が含まれるか否かを検討する必要があり，評価法の趣旨は「ベス
ト追求」であり，立地についての代替案検討は，環境影響の回避・低減に資
する程度が著しく大きく，事業者が地方公共団体の場合，事業計画地を選定
することは十分に可能なのであるから，評価法は事業計画地について代替案
の検討をも義務付けていると解すべきである。
(3)原判決は，いわゆる２３条意見ないし２４条意見に事業者が合理的理由
を示さずに対応しなくとも，免許等を付与する者が環境配慮審査適合性を認
めるに際し特段問題はない旨説示しているが，不当であり，事業者は，合理
的理由が存在しない限り，２４条意見に対応しなければならず，２４条意見
に対応しない場合，事業者が対応しない合理的理由を明示しなければならな
いと解すべきである。また，評価法２５条の「前条」には，同法２３条も含
まれるのであり，事業者は２３条意見を勘案すべきであり，２３条意見は，
免許等を行う者による環境配慮審査の際に審査の基礎とされるものである。
(4)本件国土交通大臣意見１ないし１０について
原判決は，国土交通大臣の２４条意見に対応していないことを理由とする
控訴人らの主張を採用することができないとするが，以下のとおり誤ってい
る。各国土交通大臣意見は，環境配慮として必要不可欠な意見としてなされ
た可能性があるとみるべきであるから，事業者が対応しない理由を明示しな
ければならないことになるところ，このような理由を明示していないのであ
るから，国土交通大臣の裁量は拘束され，本件許可処分は，裁量権を逸脱，
濫用したものと評価すべきである。
ア本件国土交通大臣意見１について
原判決は，本件国土交通大臣意見１は，同意見２以下で求めるものに対
する取組とは別個独立の取組を求める趣旨であると解することはできない
と説示するが，同意見１は，同意見２と区別して意見が述べられているの
であるから，同２以下とは別の取組みを求める趣旨と解すべきである。
イ本件国土交通大臣意見２について
原判決は，本件国土交通大臣意見２は，Ｂ洞窟，Ｃ洞窟及びＥ洞窟を可
能な限りコウモリ類が利用できる状態で保全することを求める趣旨であ
り，コウモリ類の利用がなくなってしまったところにコウモリ類を戻って
こさせる方策を求める趣旨ではないと説示したが，同意見２にはない「状
態で」との文言を付加しており，同意見２が環境保全のために要求してい
る水準を低く変容しており失当である。同意見２は，工事期間中にコウモ
リ類の利用がなくなってしまった空洞や滑走路の直下に残された空洞をコ
ウモリ類が利用できるようになる方策を要求しているとみるのが自然であ
るが，本件補正書はこれに対応していない。
ウ本件国土交通大臣意見３について
原判決は，本件補正書は，本件国土交通大臣意見３に対応していないと
は認め難いと説示するが，事業者の行った調査は，年間を通じた調査でな
いことが明らかであり，コウモリ類の生態を調査する場合に，通常は複数
年にわたる調査，最低でも１年を通じた調査が不可欠であり，コウモリ類
の生態を調査して保全の要否を検討すべきとした同意見３の趣旨に反す
る。
エ本件国土交通大臣意見４について
原判決は，Ａ洞窟奥部の地下水に影響を与えないためにより万全な対策
が検討され，これが講じられることとされたと説示しているが，本件国土
交通大臣意見４で要求されている浸透方法についての再検討は行われてい
ない。また，ドレーン層を１０ｍ下流に動かしても，結局Ａ洞窟の上部に
ドレーン層があり，ドレーン層を通じてＡ洞窟内に赤土を含む雨水が流入
することに変わりはない。沖縄県の対応は，同意見４に全く対応していな
いに等しい。
オ本件国土交通大臣意見５について
原判決は，本件国土交通大臣意見５がコウモリ類の生息継続を達成する
こと自体を直接求めているわけではないとした上で，本件補正書が同意見
５に対応していないということはできないと説示したことは失当である。
カ本件国土交通大臣意見６について
原判決は，本件国土交通大臣意見６が，その余の意見に対する対応とは
切り離した別個独立の対応を求める趣旨であるとは認められないとする
が，法律が大臣意見制度を設けた趣旨を没却するような解釈は許されな
い。また，原判決は，本件補正書が，Ａ及びＤ洞窟を対象として，建設機
械の稼働による騒音・振動レベルが最大となる３年次ないし５年次の出
産・ほ育時期及び冬眠時期に，事後調査を行い，環境影響の程度が著しい
ことが明らかになった場合には，洞窟付近での作業を一旦休止し，専門家
の指導・助言を得た上で適切な措置を講じることとしていること（８－９
ないし１１）から，同意見６に対応していないということはできないとす
るが，機械的に出産時期を判定することはできず，事後調査といっても形
式的なものにすぎず，工事を休止することなどできないから，事後調査を
評価するのは誤っている。
キ本件国土交通大臣意見９について
原判決は，本件国土交通大臣意見９について，どのような内容の人工洞
窟を設置整備するのが相当かの検討経過や具体的な設置整備の内容を評価
書に示すことまでは求めていないとして，本件補正書が同意見９に対応し
ていることは明らかであるとしたが，同意見９は，整備することを要求し
ているのに，本件補正書の記載は整備を検討するというだけのものであっ
て，同意見９に対応したとは評価できない。また，現在の人工洞について
は，コウモリ類が生息しているという報告はなく，人工洞穴の整備は極め
て困難であることは明らかである。
ク本件国土交通大臣意見１０について
原判決は，本件国土交通大臣意見１０が，要するに，当該情報の提供，
関係機関への要請などを行う措置を採ることとして，その旨を評価書に記
載することを求めるにとどまるものであるとして，控訴人らが指摘するよ
うな記載がないとしても，そのことをもって同意見１０への対応が不十分
であるということはできないと説示するが，本件補正書には，事業実施区
域や事業者が取得する地域の周辺の洞窟の保全や採餌場所としての林地に
該当するいかなる区域において，潜在的なものも含めいかなる形態の土地
利用について，いかなる権限を有するいかなる機関の部署に対して，いか
なる土地利用上の配慮を要請しようとしているのかについての具体的な記
載が全くないから，同意見１０への対応として不十分である。
(5)本件国土交通大臣意見１１について
事業者の赤土流出防止対策の主要な一つが表流水を浸透ゾーンに集めて地
下浸透させるというものであるところ，浸透ゾーンの設置にあたっては，浸
透した水が直接洞窟に入り込まないように，設置位置を検討するとしてお
り，その際には，地下川となる地下洞窟の位置や流れ方を把握しなければ洞
窟に入り込まないような位置に浸透ゾーンを設置することはできない。国土
交通大臣意見１１は，このような事業実施区域及び周辺地域の特性と，地下
浸透させる方法の赤土流出防止対策が採られていることを踏まえて，「海域
に浸出する経路」の記載を求めたのであって，ここでいう「経路」は，具体
的な地下洞窟の走り方を調査の上記載することを求めたことは明らかであ
る。しかるに，沖縄県は，地表からの浸透という「入口」だけの調査及び評
価書への記載に止まっており，そこから先の具体的な経路について対応せ
ず，対応しない理由は一切明示されていない。したがって，大臣意見１１に
対応していないことは明らかである。
(6)赤土流出防止対策について
ア原判決は，浸透ゾーンの地盤の目詰まりの危険，岩盤の割れ目などがあ
ること，パイピング空洞等による海域への赤土流出，地下川の調査がない
ことについて，浸透ゾーンによる赤土対策の有効性が一応認められ，相応
の対策は講じられているとした。しかし，沖縄県の赤土流出等防止対策
は，地表だけの対策でしかなく，地下浸透後のことは何一つ考慮していな
い。琉球石灰岩自体にろ過機能が存在せず，「緩速ろ過方式」により，水
流を限界流速以下に落とすことで懸濁物質を沈殿させるという機能が確保
される保証はなく，沖縄県の透水実験でも，濁水の注入量の増加に従い，
透水係数が徐々に低下する傾向が確認され（本件補正書６－１－２４），
これは濁水による目詰まりが生じていることを示すものである。
イ本件補正書では，工事により発生した濁水を，沈殿池，浸透ゾーンに集
めることが計画されているが，その途中で石灰岩層の表面の亀裂や土で覆
われている部分には無数の割れ目や穴があいており，全ての濁水を浸透ゾ
ーンへ導くことは不可能である（ａ１２頁）。本件補正書等に岩盤の切れ
目の存在が記載されていないことをもって，その危険性は存在しないと判
断した国土交通大臣の判断の誤りは明らかである。原判決は，仮に切れ目
が見つかったとしても，被覆シート，その他の適切な対応が取られるもの
と考えられるから，控訴人らが指摘するような危険性は認められないと判
断しているが，無数に存在する切れ目からの洞窟への流入を防ぐという沖
縄県の対応には現実性がないことは明らかである。現状の赤土防止策のま
までは，大雨のときに発生した濁水が地下川を通ってそのまま海中に流出
し，サンゴ礁への重篤な影響を与える危険がある。すなわち，名蔵礫層及
び沖積層には，Ａ１洞窟及びＥ洞窟から海岸湧水帯に向かって最短距離を
進むパイピング現象によって形成された水みちが存在し，洞窟地下川の水
は，そこを通って海岸から湧き出している。パイピング現象は，傾斜がな
くとも，大雨による大量の水が流れ込んだ洞窟の地下川には，逃げ場をな
くし非常に高い水圧が生じることとなり，この圧力をもって，水流が沖積
層にぶつかり，そこに小さな穴や切れ目があると水圧が集中することによ
って生じるのである。沖縄県の赤土流出防止策は，パイピング現象につい
て，全く考慮していなかったため，調査及び対策が講じられていない。本
件アセスメントは，δ地域の環境の重大な要素となっている地下川の調
査・予測・評価を欠いており，アセスメントとして欠陥がある。これを看
過した国土交通大臣の判断及びこれを追認した原判決の誤りは明らかであ
る。
ウ本件許可処分の違法
評価書に記載された赤土等流出防止対策では赤土の流出という環境保全
上の重大な支障を生じさせることが判明し，「環境の保全についての適正
な配慮を欠く結果，環境保全上の支障を生ずる場合」であるにもかかわら
ず，国土交通大臣は，赤土流出の防止によるサンゴ礁の保全が図られると
判断したことは，明らかに評価法３３条に違反し，事実誤認，判断過程に
裁量を逸脱した違法があり，本件許可処分が違法となることは明らかであ
る。また，赤土が流出した場合の被害拡大の防止，あるいは，所期の対策
が想定通り機能しているかを確認するための検証可能性や実効性確認の手
段も欠いている点からも不十分である。本件事業に対する環境影響評価手
続は，調査の不足，事実評価の誤り等により，影響評価を著しく誤ったも
のであり，その誤った環境影響評価が記載された評価書に基づいて下され
た本件許可処分は，環境保全上の支障が生ずるか否かに関わらず，違法と
なる。
(7)原判決が，本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全に関する
本件許可処分の違法性がないと判断したことは誤りである。
アＢ，Ｃ及びＥ洞窟の保全対策について
Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟が本件工事によって改変されることになり，コウモリ
類が生育できない状況が生まれるものであるところ，原判決は次のとおり
誤っている。
(ア)原判決は，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の保全対策を評価しているが，コウモ
リ類の生態に対する無理解に起因するものであり，同保全対策は，コウ
モリ類の保全には全く役立たない。
(イ)原判決は，コウモリ類のねぐらを変えていることから，洞窟の減少
が直ちに個体数の減少につながるとまでいえる根拠は見当たらないとす
るが，δ地域の一体性を過少評価し，かつ，環境収容力についての理解
の欠如を示すものであり，失当である。
(ウ)原判決は，コウモリ類が本件事業予定地から相当距離のある洞窟に
も移動しているとして，洞窟の減少が直ちにコウモリ類の絶滅あるいは
激減するといった関係は認められないとするが，非科学的な判断をして
いる本件補正書に基づく誤った判断である。
(エ)原判決は，コウモリ類の保全を石垣島全体で考慮していく視点が重
要とする点に合理性が認められるとするが，本件補正書の記載は，単な
る主観的憶測を記述したレベルのものにすぎず，科学的でない。
イＡ及びＤ洞窟の環境保全について
原判決は，本件補正書の出産・ほ育及び冬期の休眠時期の工事中の騒
音・振動の影響の低減の措置について，騒音・振動の点を過小評価してい
る。
ウ原判決が，ｅ委員会の報告書を考慮しなくても裁量逸脱等にならないと
するが，確定評価書等外の事実であったとしても，処分行政庁がこの点を
考慮していないことについて，裁量権の範囲の逸脱又は濫用を帰結しない
とはいえない。
エ原判決が，コウモリ類の個体数が減少傾向といえないとするのは誤りで
ある。
オ原判決は，本件補正書が，航空機の離発着に伴う騒音・振動によるコウ
モリ類に対する影響に関し，相応に適切な対応を取っているとするが，ヤ
エヤマコキクガシラコウモリが出産・ほ育場所として利用しているＡ洞の
最奥部（滑走路の中心まで１２０ｍしかない。）と，現空港から洞口まで
約２５０ｍの洞窟でのコウモリ類（生息しているのはほんの少しであ
る。）の利用状況を比較するのは不適切である。
カ採餌場所となる緑地と移動経路の創出のための樹木を植栽する環境保全
措置についての原判決の説示は誤りである。
キＡ洞窟をユビナガの出産・ほ育場所と評価できるかについて，原判決
が，県はＡ洞窟がユビナガの出産・ほ育場所でもあるという調査結果を把
握していながら，事実を黙殺したとか，意図的に事実を隠ぺいしたとかい
うことはできないとした判断は失当である。
ク石垣島全体での保全を考えるならば，石垣島全体のコウモリ類が利用す
る洞窟についての調査をすべきであるのに，そのような調査をしないま
ま，本件事業地及びその周辺で生息できなくなったコウモリ類がほかの場
所で生息できるはずという本件補正書を鵜呑みにした原判決の説示は失当
である。
ケ原判決（１１１頁）が指摘するコウモリ類調査の方法は，生態研究では
あり得ない不適切な調査方法である。小型コウモリ類検討委員会の委員の
構成が極めて恣意的で公正な選任が行われたとは言い難い。
ココウモリ類の生息する洞窟の調査にあたり，控訴人らの主張する上記洞
内環境調査をとることは標準的なものであり，洞窟内の空気の流れなどの
洞内環境調査をしなかったことの評価についての原判決の判断は誤りであ
る。
サＡ１洞窟のコウモリ類調査の方法の評価についての原判決の判断は誤り
である。Ａ１洞窟は，コウモリ類に利用される可能性はなく，保全措置と
しては，相当な配慮をしたとはいえない。
シ平成１９年８月２３日本件空港の滑走路予定地の北側で洞窟が発見され
たことは本件許可処分後の確定評価書等外の事実であるとしても，事後的
に本件設置許可を見直すべき根拠として考慮されるべきである。
ス平成１８年以降にコウモリ類以外の好洞窟性動物等が複数種発見された
ことの評価についての原判決の判断は，事業者が当然になすべきことをし
ていれば認識できたはずのことを外部者に責任転嫁するような態度であ
り，失当である。
第３当裁判所の判断
１当裁判所は，原判決の結論は正当であると判断する。その理由は，次の２な
いし４のとおり，当審における控訴人らの主張に対する判断を付加するほか，
原判決「事実及び理由」の「第３当裁判所の判断」に記載のとおりであるか
ら，これを引用する。ただし，専ら原判決別紙当事者等目録２記載の当事者に
関する部分を除き，原判決９４頁２４行目の「Ｄ」を「Ｅ」に改め，同１１５
頁３行目の「コウモリ」の次に「類」を加える。
当審において控訴人らが主張する本件許可処分の違法事由は，第１に航空法
３９条１項１号（同法施行規則７９条１項４号及び７号イ）違反（滑走路の地
盤の強度不足をいう点を含む。），第２に同項５号違反をいうもの及び第３に
評価法３３条１項違反をいうものである。以下，順次判断する。
２航空法３９条１項１号（同法施行規則７９条１項４号及び７号イ）違反につ
いて
(1)控訴人らは，本件許可処分において，計画が実現した場合における滑走
路等の直下の基礎地盤の客観的強度は，本件設置許可申請の審査対象であ
り，当該基礎地盤の客観的強度が不足していたのになされた本件許可処分
は，航空法３９条１項１号並びに同法施行規則７９条１項４号及び７号イに
違反する違法なものであるから，取り消されるべきであると主張する。
航空法３８条２項は，飛行場の設置許可の申請をしようとする者は，「当
該施設について，位置，構造等の設置の計画，管理の計画，工事完成の予定
期日その他国土交通省令で定める事項」等を記載した申請書を提出しなけれ
ばならないとし，同法３９条１項は，国土交通大臣は，飛行場の設置許可申
請があったときは，その申請が同項１号ないし５号に適合しているかどうか
を審査しなければならないと定め，同項１号は，「当該飛行場…の位置，構
造等の設置の計画が国土交通省令で定める基準に適合するものであること」
と定めている。これを受けて航空法施行規則７９条１項は，設置基準を定
め，同項４号で，飛行場の滑走路，誘導路及びエプロン（以下「滑走路等」
という。）について，「これらを使用することが予想される航空機の予想さ
れる回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであること」と定めて
いる。同施行規則７６条は申請書の記載事項並びに添付すべき書類及び図面
を定め，同条５号は，「飛行場の種類，着陸帯の等級及び滑走路の強度」を
申請書の記載事項としており，このうち本件設置許可申請における「滑走路
の強度」については，「単車輪荷重３１．５ｔ」「舗装体の設計強度Ｌ
Ａ－１２」の記載がなされている（原判決２頁，乙３・Ⅰ－４）。なお，Ｌ
Ａ－１２は，航空機の機種（Ｂ７６７等）を基準にした舗装の設計荷重の区
分である（甲２５０）。
これらの規定の仕方を参酌すると，設置許可申請に対する審査としては，
申請に係る計画と国土交通省令（航空法施行規則）で定める基準とを照らし
合わせて，適合性を審査すべきものと法令上位置付けられているものと解さ
れ，控訴人らが主張するように滑走路直下の基礎地盤の客観的強度が審査の
対象となっているとはいえない。
この点に関し，本件許可処分の後に，航空法施行規則の一部を改正する省
令（平成２０年国土交通省令第５４号，平成２０年７月１日施行）により，
同号の滑走路等には，「基礎地盤」を含むこととされたが，基礎地盤を含む
滑走路等が航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有する
ことを設置基準とすることを明確化したものと解せられるのであって，実質
的な改正ではないと解される（引用に係る原判決３５頁１５行目ないし２１
行目及び甲１１６）。そして，同省令による改正後の施行規則７９条１項７
号イは，滑走路について，「次の性能を有するものであること」として，
「自重，土圧，地震動（当該施設を設置する地点において発生するものと想
定される地震動のうち，地震動の再現期間と当該施設の設計供用期間（当該
施設の設計に当たつて，当該施設に求められる性能を満足し続けるものとし
て設定される期間をいう。以下同じ。）との関係から当該施設の設計供用期
間中に発生する可能性の高いものに限る。以下同じ。），水圧，波浪（当該
施設を設置する地点において発生するものと想定される波浪のうち，当該施
設の設計供用期間中に発生する可能性の高いものに限る。以下同じ。）等に
よる損傷等が当該施設の機能を損なわず，継続して使用することに影響を及
ぼさないこと。」と定めている（着陸帯，誘導路，エプロンについても同様
である。同号ロないしニ）。上記改正後の施行規則７９条１項７号イは，改
正前の空港の設置基準が，施設に求められる性能を定めるとともに，標準的
な設計方法等（「空港土木施設設計基準」（編・国土交通省航空局））を示
していたのに対し，このような基準・運用では，新技術や新工法は採用され
にくくなる可能性があるとして，技術革新に柔軟に対応するために，施設に
求められる性能のみを定めることとし，その性能の照査に際し考慮すべき基
本的事項，性能の照査に必要な作用等の設定及び性能の照査の要件（性能規
定）を定めることとしたものである（甲１１６）。この改正後の設置基準
は，滑走路等が本来備えるべき性能を表示したものであって，従前の設置基
準により滑走路の備えるべき強度を実質的に変更したものではないと解する
余地がある。しかしながら，基準として考慮すべき事項が具体的に示される
こととなっており，本件許可処分時に本件空港の滑走路について，上記改正
後の施行規則７９条１項７号イの基準に沿う形式で具体的な検討がなされて
いなかったとしても，本件許可処分の違法をもたらすものとは言えないとい
うべきである。この点は，改正後においても，地盤の強度を具体的に示す資
料が申請書の添付資料とされていないことからも裏付けられる。そうする
と，本件許可処分について，上記改正後の施行規則７９条１項７号イ違反を
いう控訴人らの主張部分は，採用することができない。
(2)控訴人らが指摘する原審の二段階の審査の誤りについて
ア控訴人らは，原判決は，航空法４２条に基づく飛行場完成時の検査をあ
たかも設置許可申請に対する第２段階の審査であるかのように位置づけて
おり，原判決の論理に従えば，飛行場の設置については，申請，申請に対
する審査（第１段階），処分，申請に対する審査（第２段階）の順に行わ
れることになり，通常の行政処分の順序立てに反するものであると主張す
る。
飛行場の設置者は，許可に係る施設の工事が完成したときは，遅滞なく
国土交通大臣の検査を受けなければならず，国土交通大臣は，検査の結果
当該施設が申請書に記載した設置の計画に適合していると認めるときは，
これを合格としなければならず（航空法４２条１項，２項），検査の結
果，当該施設が申請書に記載した設置計画に適合していないと認めるとき
は，相当の期間を定めて，当該施設を申請書に記載した計画若しくは３９
条１項１号の基準に適合させるための措置をとるべきことを命じ，その期
間内に飛行場の設置者が，その命令に従わなかった場合に，飛行場の設置
の許可を取り消し，又は期間を定めて，飛行場の全部若しくは一部の供用
の停止を命ずることができると定められている（航空法４８条本文，ただ
し書，２号）。
航空法上，設置許可処分と，許可に係る施設の工事が完成したときに国
土交通大臣の検査の結果によりこれを合格とし又は計画に適合していない
と認めて設置の許可を取り消す処分とは別個の行政処分として位置付けら
れていると解すべきであるから，行政処分の順序立てに反するとする控訴
人らの主張は当を得ないものである。控訴人らは，原判決の説示を捉え
て，一つの申請に対する２段階の審査を想定しているかのように主張する
が，控訴人ら独自の解釈と言わざるを得ない。
イ控訴人らは，航空法４８条が，同法４２条１項の検査（飛行場完成時の
検査）の結果，飛行場が申請書に記載した設置又は変更の計画に適合して
いないと認めるときは，設置許可を取り消し，又は期間を定めて，空港等
の全部若しくは一部の供用の停止を命ずることができると定めていること
から，同項の飛行場完成時の検査は，それ以前に確定している設置許可処
分の取消処分又は供用停止処分を行うための行政手続として位置づけられ
ており，条文上からも原判決の論理構成は不当であると主張する。しかし
ながら，上記のとおり，設置許可の申請について審査後にする処分と完成
後の検査に基づく処分とは別個の行政処分であり，同法４８条は，完成時
の検査による場合に限られず，飛行場の供用が開始された後の場合（同条
４号，５号）についても設置許可の取消等の処分ができると規定している
のであって，控訴人らが主張するように解することはできない。
ウ控訴人らは，原判決の判断を前提にすると，飛行場の設置許可処分の適
法性を争う際には原則として飛行場の滑走路直下の地盤の客観的強度を理
由にして争うことができないことになり，国土交通大臣が完成検査に合格
した（航空法４２条２項）とする処分の適法性を争う際に飛行場の滑走路
直下の地盤の客観的強度について争う機会が与えられなければならないと
ころ，東京地裁平成２０年１月２９日判決（判例時報２０００号２７頁）
の説示を援用して，控訴人らのような者が飛行場の完成検査後の合格通知
処分の適法性を争うことができないことになり，不当である旨主張する。
しかしながら，控訴人らが援用する東京地裁判決は，周辺住民の原告適
格に関するものであるところ，控訴人らの本件訴訟における原告適格は，
本件空港予定地に共有土地を有していることを理由とするものであるか
ら，同判決の場合とは事案が異なる。また，完成検査による合格の処分を
争う訴訟において，控訴人らの当事者適格が認められるかどうかによっ
て，本件許可申請の審査対象が決定されるという関係にないので，控訴人
らの主張は失当である。
エ控訴人らは，滑走路直下の地盤の客観的強度が完成時に不足していれ
ば，そのような滑走路を持つ飛行場を開港させるべきではないから，滑走
路直下の地盤の客観的強度は，完成検査時の審査対象となるところ，それ
はそもそも，滑走路直下の地盤の客観的強度が，設置許可申請時の審査対
象になっているからだと主張する。
しかしながら，許可申請時の審査と完成時の審査とでは，同じく滑走路
の強度が審査の対象となるといっても，審査の方法が異なる。すなわち，
申請時の審査が，計画と国土交通省令の定める基準とを対照して適合性を
審査するものであるのに対し，完成時の審査においては，申請時に基準と
適合するとされた計画に対して，現実に工事がなされ完成した施設の内容
がこれに適合するかを審査すべきものである。その際に，基準及び計画に
対して，滑走路直下の地盤の客観的強度が不足していないかどうかが審査
されるべきものである。このように，審査の対象及び方法が異なるのであ
るから，控訴人らが主張するように滑走路直下の地盤の客観的強度が，設
置許可申請時の審査対象になっているとはいえない。
ところで，完成検査においては，現に工事の完成した飛行場について，
設置の計画に適合しているかどうかを検査することとなり，設置基準に定
められた「予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの
強度」の有無を検査することとなる。そして，その際には，平成２０年改
正後の設置基準（航空法施行規則７９条７号イ要件）により，滑走路，着
陸帯，誘導路及びエプロンについて有することとされた性能，すなわち，
「自重，土圧，地震動（当該施設を設置する地点において発生するものと
想定される地震動のうち，地震動の再現期間と当該施設の設計供用期間と
の関係から当該施設の設計供用期間中に発生する可能性の高いものに限
る。），水圧，波浪（当該施設を設置する地点において発生するものと想
定される波浪のうち，当該施設の設計供用期間中に発生する可能性の高い
ものに限る。）等による損傷等が当該施設の機能を損なわず，継続して使
用することに影響を及ぼさないこと」，及び「自然状況，利用状況その他
の当該施設が置かれる諸条件を勘案して，適当な表面を有すること」とい
う性能を有しているかが検査の基準となると解せられる（平成２０年国土
交通省令第５４号の附則において，航空法施行規則７９条１項４号に関す
る経過措置はなく，同項７号については，現に存する滑走路等のみに関し
て経過措置が設けられているだけであって，設置途上にあって，未だ飛行
場完成検査を受けていないものについての経過措置はない。実質的にも，
これらの性能基準の内容からみて，完成検査においては，航空機の航行の
安全のために飛行場が当然に有していなければならない性能であるから，
設置許可時点での改正前の規則において，これらの性能基準が定められて
いなかったことは，性能基準が完成検査において適合性判断の基準となる
ことを否定する理由とはならないと考えられる。）。このような性能基準
に照らして，本件空港の地盤に含まれるＥ洞窟初め，各洞窟の存在及び防
護工の工法及び施工内容等について，完成検査において適合性の有無を審
査すべきこととなる。その意味において，滑走路直下の地盤の客観的強度
も完成検査の対象として考慮されることとなる。しかし設置許可申請時の
審査において，完成検査におけると同様の意味では，滑走路直下の地盤の
強度が具体的な審査の対象となるものでないことは既に述べたとおりであ
る。
(3)控訴人らは，原判決が，「飛行場の設置許可申請時における滑走路等の
直下の地盤の強度について，これを滑走路それ自体等の強度と区別して申請
書の記載事項とし又はこれを明らかにする資料を添付書類とする航空法及び
航空法施行規則等の関連法令の規定は見当たらないこと」を挙げている点に
ついて，飛行場の設置が想定される場所では直下地盤の強度が問題になるこ
とが稀であるために法令上の規定が存在しなかったに過ぎない一方，滑走路
直下の地盤の強度を明らかにする資料は飛行場の工事設計と密接不可分の関
係にある以上，航空機の航行の安全を重視する航空法の趣旨に照らせば，か
かる資料を空港等の工事設計図書（同施行規則７６条２項３号）の一部とし
て申請書に添付することが黙示の要件であったと理解すべきであると主張す
る。
しかし，法令上の規定が存在しないことについて，控訴人らの主張のよう
に解するのは無理があり，控訴人らの主張するように解する根拠はないとい
うべきである。
(4)控訴人らは，原判決が，滑走路等の強度の変更（同施行規則８５条１
号）には国土交通大臣の許可が必要であるが（航空法４３条１項），「滑走
路等の構造等をどのようなものとするかについての具体的な計画（設計図書
等）を変更することについては国土交通大臣の許可を必要としていないこ
と」（原判決３７頁）を挙げていることについては，変更に許可を要する対
象としての「滑走路の強度」には「滑走路直下の地盤の強度」も含まれると
理解すべきであると主張する。しかし，控訴人らの主張は，「滑走路直下の
地盤の強度」の変更に許可が必要であるというものにほかならず，法律上の
根拠を欠くものである。
(5)控訴人らは，原判決が，本件許可処分に際しては基礎地盤の点も考慮し
ているという具体的な根拠を何ら示すことなく，かかる点も考慮していると
するが，実際には基礎地盤の強度を考慮していないと主張する。
しかし，引用に係る原判決が説示するとおり（３７頁ないし３９頁），本
件空港は，滑走路の単車輪荷重は３１．５ｔ，舗装体の設計強度はＬＡ－１
２等として設計，計画されており，そのようなものとして本件空港の滑走路
等は十分な強度を有するとして本件許可処分がなされたことを原判決が認定
しているのであって，控訴人らの主張には理由がない。
(6)以上によれば，設置許可申請の審査段階における地盤を含む滑走路の強
度の審査の対象は，申請書に記載された計画上の強度であって，滑走路等予
定地の実際の地盤そのものの強度の審査を含まないことは明らかである。
控訴人らは，本件許可処分の審査対象が現実の地盤の強度に及ぶことを前
提として，本件空港の滑走路の客観的強度が十分でなく，滑走路が陥没する
危険性があるとして，具体的には，Ｅ洞窟，Ｂ１洞窟，Ａ１洞窟及び現存す
ると考えられる未知の空洞の存在並びにドレーンの設置により，これらの洞
窟及び空洞が崩落して滑走路が陥没する危険性があるのに，本件許可処分は
これらの危険を看過した違法があると主張する。控訴人らの主張は，本件許
可処分の審査対象が現実の地盤の強度に及ぶことを前提とする点で失当であ
るが，申請段階における計画の審査においても基礎地盤を含む滑走路等の強
度が不足し，計画において予定した強度を完成時に確保できないことが明ら
かである場合，すなわち，空港設置予定地の地盤等を考慮し，空港設置工事
において採用されることが予想される工法及び技術水準を考慮に入れても，
申請書及び添付書類等から滑走路の地盤の強度が計画上の強度を満たすこと
ができないと判断される場合には，「予想される航空機の予想される回数の
運航に十分耐えるだけの強度を有するものであること」（航空法施行規則７
９条１項４号）といえないこととなり，設置基準を満たさないこととなるか
ら，そのような場合に設置を許可することは違法の評価を受けることとな
る。以下，このような観点から，控訴人らの指摘する本件空港予定地の地下
に存在する洞窟（以下「本件洞窟」という。）等の危険性について検討す
る。
(7)控訴人らが指摘する本件洞窟等の危険性について
ア本件空港予定地について，掲記の証拠により認められる事実及び証人ａ
並びに証人ｂが指摘する危険性の概要は次のとおりである。
(ア)本件空港予定地のδは，サンゴ礁が隆起した，長くても２００万年
程度の若い琉球石灰岩から成る，０．６ｋ㎡程度の狭いカルスト地形で
あり，洞窟，地下水系，ドリーネ（石灰岩地域で見られるすり鉢状のく
ぼ地），カレンフェルト（石塔原）等が発達し，特に地下には，様々な
形状の洞窟が密集し，バリエーションに富んでおり，浸食が進みやす
く，地下川でつながっているという特徴がある。琉球石灰岩は，圧密を
受けておらず，隙間が多いのが特徴であり，性質は均一ではなく，かつ
てサンゴの骨格であった部分は強い層であるが，サンゴとサンゴの間部
分等はサンゴの破片や砂が詰まっただけの弱い層となっていることがあ
る（甲１４０・８頁，ａ５頁以下）。
(イ)沖縄県は，本件環境影響評価でＡ－Ａ１－Ａ２洞窟の地下水系と，
Ｂ－Ｃ－Ｅ洞窟の地下水系の２水系を予測したが，ａが行った調査によ
り，Ｂ洞地下水系は，Ｃ－Ｅ洞地下水系とは別の水系をなしていること
が明らかとなり，その後の調査により，沖縄県もＢ洞地下水系とＣ－Ｅ
洞地下水系とが別の水系であることを確認した(甲６３・平成２０年２
月学術調査報告書，１４０・１２頁)。
(ウ)証人ｂ及び同ａは，本件洞窟に崩落の危険性があると指摘してお
り，崩落の形態としては次の２種類のものが想定されるという（甲
５）。
①平成１１年に岡山県ε町で起こった空洞陥没と同様な陥没
甲２７１（平成１２年３月岡山県土地陥没事象調査報告書）によれ
ば，岡山県ε町ζ地区において，平成１０年８月から平成１１年１０
月までの間に断続的に土地陥没事象が発生した。岡山県土地陥没事象
調査委員会の調査によると，同地区の基盤岩は古生代に形成された石
灰岩であり，その上に崩積土が長期に亘り堆積している状態であり，
陥没発生のメカニズムとしては，初期段階において，石灰岩層中の深
層地下水位の変動（低下）に伴う地下水の流れによって崩積土中の土
粒子の一部が石灰岩層中の割れ目を通じて流失し，凹地あるいは凹地
縁辺部の崩積土中に空隙が形成され，空隙の上部が崩壊し，次第に大
きくなるとともに上方へ移動し，崩積土層が厚い場合には，地表面が
長期間にわたりゆるやかに地盤の変状が生じ，崩積土層の厚さが薄い
場合には，短時間のうちに地表で陥没が発生すると推定された。
証人ｂは，岡山の崩落事故と同じタイプとして，深刻なのは，Ａ１
洞からの水の出口の問題とＢ洞であるとして，地下水路の中に堆積土
壌が流れ込み，土壌陥没が生じる危険性を指摘する（ｂ３２頁，３６
頁，ａ３３頁も同旨）。
②証人ｂの供述する剥離現象による洞窟崩壊
滑走路の下には雨水が浸透せず，洞窟が乾燥してくると，鍾乳石が
重さで剥離し，石灰岩（裸岩）が露出し，基盤が収縮して亀裂が広が
り，石灰岩と石灰岩の間の土壌などが落ち込んで，石灰岩が非常に剥
離し易い状態となり（層理剥離），これが進行すると，洞窟の中にド
ーム状の煙突ができ，崩壊に至る（甲１５１，ｂ９頁）。Ｅ洞窟の中
で層理剥離が３６か所あり，そのうち５か所は特に危険であり，ほと
んど滑走路真下にある（甲１８２，ｂ１１頁）。
名蔵礫層は砂であるので，水流によって水平方向に削られ，名蔵礫
層と石灰岩との間に大きなフローストン（壁に付く鍾乳石）が発達
し，その重量で凹んだ部分の礫層が剥離することがあり，また，増水
により名蔵礫層の幅が段々と広くなり，防護工の幅を超えるようなこ
とも想像される（ｂ１１，１４頁）。
本件空港の地盤に設置された防護工によって，Ｅ洞窟の崩壊を防ぐ
ことはできず，洞窟内の乾燥を進めるのでより危険な状況になってい
る（ｂ１４頁）。
もっとも，証人ｂは洞窟内の湿度管理及び点検により管理可能であ
ることを否定していない(ｂ３３，３９頁)。
(エ)ｂは，平成１６年に，沖縄県に対し，滑走路予定地の真下にあるＥ
洞窟をどのように崩壊から守るかについての検討が必要である旨を指摘
し，平成１７年４月２６日頃，沖縄県に対し，洞内の空気，水の状態そ
の他の調査を提案し，平成１７年１１月２１日，沖縄県との「新石垣空
港洞窟保全対策について」の会合において，滑走路下の洞窟は乾燥する
ことが予想され，Ｅ洞窟のホール部に落石があり，もたないのではない
かなど，洞窟専門家としての意見を述べている（甲１５３，１５６，１
５７）。
(オ)沖縄県は，平成１５年１１月１日に開催された第８回新石垣空港建
設工法検討委員会において，滑走路下に存在する空洞に対して盛土荷
重，重機荷重，航空機荷重による空洞崩落の影響はないと結論づけてい
たが，平成１９年７月２３日に開催された第１０回新石垣空港建設工法
検討委員会において「空洞の崩壊の可能性があることが判明した」とし
て「空洞対策工法」の検討を行い，防護工を設置することとした（甲１
１）。
イ控訴人らが主張するＥ洞窟が崩壊し，その上にある本件空港の滑走路が
陥没するおそれについて
(ア)前記認定のとおり，Ｅ洞窟については，本件許可申請段階におい
て，本件空港の滑走路予定地直下に存在することは，ｂの調査によっ
て，明らかになっていたが，崩落の危険性が，沖縄県及び国土交通大臣
に明らかになっていたと認めるに足る証拠はない。そして，ａ及びｂ
は，Ｅ洞窟崩落の危険性があると述べているが，いずれも洞窟研究者と
しての危惧感を表明するものであっても，それ以上に，その危険性の程
度が本件空港の安全性に具体的な影響を及ぼす程度の危険があることを
根拠付ける内容ではない。仮に，ａ及びｂの述べる危険性があるとして
も，ｂ自身も洞窟内を管理することが可能であると述べており（いかな
る管理方法が妥当であり，どのように管理していくかは，本件空港完成
後において事業者（管理者）の責任において適切に検討，実施されるべ
き事柄であり，設置許可申請において問題とすべきものではない。），
空港建設において対処ができない程の危険があるとは認められない。そ
して，前記認定のとおり，沖縄県は，本件許可処分後の第１０回新石垣
空港建設工法検討委員会において，何らの措置を取らない場合には崩落
の危険があるとして，対策を検討し，防護工を設置することとしたもの
である。防護工の効果については，ｂは，洞窟内の乾燥を招きかえって
洞内の鍾乳洞剥離及び層理剥離を進行させるものとして批判している
が，その批判の当否は，本件証拠上，明らかではなく，また，本件許可
処分後に取られた防護工設置の措置の当否が本件許可処分の違法性判断
に影響を及ぼすものでないことは明らかである。
(イ)控訴人らは，被控訴人は，遅くとも平成１９年７月２３日の工法検
討委員会の開催時以降，直ちに本件許可処分を取り消す義務を負ってい
たと主張するが，工法検討委員会は，危険性を認識して，対策を検討し
ていたのであって，このような場合に，本件許可処分を取り消すことを
根拠付ける法令上の根拠はなく，控訴人らの主張を採用することはでき
ない。
(ウ)控訴人らは，ｂの平成１６年８月から９月にかけての洞窟調査によ
り（甲１４９，１５２），Ｅ洞窟が本件空港滑走路の直下に存在するこ
とが平成１６年１１月までに明らかになり，沖縄県は，平成１６年１２
月に，国土交通大臣に対し，滑走路等の強度について，工法検討委員会
資料（甲１４，１５議事録）及び変形解析結果資料（甲１４６）をもと
に説明し（甲１４７），Ｅ洞窟を対象とした変形解析結果資料によれ
ば，沖縄県は，Ｅ洞窟の下半分が名蔵礫層で構成されていた場合，Ｅ洞
窟崩壊に関する安全率が１．０１と最低限の基準１．００をクリアして
いるか否かといえる数値となっており，再度Ｅ洞窟についての洞窟内変
位を計測する必要があることを認識していたから（甲１４６），国土交
通大臣は，Ｅ洞窟が崩壊するおそれを看過したと主張する。
この点，甲１４６によれば，「検討結果」として「点安全率の最小値
は，航空機荷重載荷時に洞窟周辺の名蔵礫層において１．０１であり，
破壊には至っていない」とされ，「洞窟の安定性評価」として，「下半
が名蔵礫層で構成された洞窟においても，今回想定した規模（横幅９
ｍ，高さ６ｍ）以下であれば，施工時の重機荷重，盛土荷重および航空
機荷重のいずれに対しても応力・変形上の安定性は確保されるものと評
価される」「ただし，洞窟周辺の名蔵礫層には安全率≒１．０となる領
域が存在することから，施工時には洞窟内変位を計測する必要がある」
とされたことが認められるが，これらの事実を参酌しても，直ちにＥ洞
窟が崩壊するおそれがあるとは認められず，国土交通大臣がＥ洞窟が崩
壊するおそれを看過したとする控訴人らの主張を採用することはできな
い。
(エ)控訴人らは，違法な本件許可処分につき瑕疵の治癒を認める余地は
ないと主張するが，そもそも本件許可処分が違法とはいえないから，控
訴人らの主張は前提を欠く。
ウ控訴人らは，Ａ１洞窟及びＢ１洞窟の崩壊により，滑走路が崩壊する危
険があると主張する。
しかしながら，これらの具体的な危険があると認めるに足る証拠はな
い。証人ｂらが述べる，浸透ゾーンⅡに流れ込んだ雨水が，Ｂ１洞窟及び
Ａ１洞窟へ流れ込み，水圧又は土壌の浸食により，洞窟及び滑走路が崩壊
する危険があるというのは，１つの推論に過ぎず現実的な危険があるとは
認められない。また，証人ｂは，Ａ洞窟及びＢ１洞窟について，岡山の崩
落事故と同様の危険がある旨述べているが，岡山の崩落事故は，石灰岩層
の上の堆積土が，地下水位の変動（低下）により，流失したことが原因で
あるとされているところ，本件空港予定地で，工事により，土壌流失を生
じるような地下水位の変動（低下）が生じるという証拠はなく，直ちに岡
山と同様の陥没事故が起きる危険があるとは認められない。よって，控訴
人らの主張を採用することはできない。
エ控訴人らは，ドレーンの不適切な設置による危険を主張する。
しかしながら，ドレーン設置を含む工事方法が，本件許可申請の審査対
象に含まれるものではないところ，ドレーンの設置が不適切であると認め
るに足る証拠もないから，控訴人らの主張を採用することはできない。
オ控訴人らは，Ｊ洞窟，Ｋ洞窟及び未知の空洞の存在及び崩壊の危険を主
張するが，これらは本件許可申請時に存在が明らかでなく審査対象に含ま
れるものではないところ，これらの洞窟の存在によって，本件空港に危険
を生じることを認めるに足る証拠もないから，控訴人らの主張を採用する
ことはできない。
(8)航空法３９条１項１号違反の主張についての結論
上記説示のとおり，航空法３９条１項１号並びに同法施行規則７９条１項
４号及び７号イ等の条文の建て方等からすれば，完成検査においては，現に
工事の完成した飛行場について，設置基準に定められた「予想される航空機
の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度」（航空法施行規則７９条
１項４号）の有無を検査することとなり，その際には，平成２０年改正後の
設置基準により，滑走路直下の地盤の客観的強度が不足していないかどうか
も審査されるべきであるとしても，設置許可申請の審査段階における地盤を
含む滑走路の強度の審査の対象は，申請書に記載された計画上の強度であっ
て，滑走路等予定地の実際の地盤そのものの強度の審査を含まないものとい
うべきである。もっとも，申請段階における計画の審査においても基礎地盤
を含む滑走路等の強度が不足し，計画において予定した強度を完成時に確保
できないことが明らかである場合は，設置基準を満たさないこととなるか
ら，そのような場合に設置を許可することは違法の評価を受けることとなる
が，本件では，滑走路等の下にある洞窟については，崩落の危険性があると
の意見もあるが，その危険性の程度が本件空港の安全性に具体的な影響を及
ぼす程度の危険があることを根拠付ける内容ではないことや，その後の沖縄
県の検討結果，防護工を設置したことからすれば，違法ということができな
い。
３５号要件（航空法３９条１項５号の要件）の充足の有無について
(1)控訴人らは，原審が，５号要件の充足の有無につき，当事者の主張立証
がほとんどないまま，土地収用法上の事業認定要件の充足の有無を決定的争
点として位置づけて判断をしたことは弁論主義違反であると主張する。
しかしながら，原審において，被控訴人は，国土交通大臣が，本件空港の
建設予定地のうち，敷地面積の９９．６％については，地権者から用地取得
の同意が得られていたこと，同意が得られていない用地のうち，０．３％は
所在不明者２名が所有し，残り０．１％は空港建設に反対する６５４名が共
有している状況であること，同意の得られていない地権者については，沖縄
県が，ねばり強く説得にあたり，本件事業への理解と協力を求めていくこと
等により，県の責任において当該土地を取得する旨を確約していること，仮
に同意が得られなかった場合でも，空港建設事業の公共性に基づき，土地収
用法の適用が可能であること等の諸般の諸事情を総合勘案し，沖縄県が，本
件空港の敷地について，使用権原を取得することが確実であると判断して，
５号要件に適合すると認めたと主張していたものであり（被控訴人の平成１
９年１月１７日付け準備書面(1)），これに対し，控訴人らは，５号要件の
用地取得の確実性は，任意取得の確実性によると主張し，仮に，土地収用法
による取得が航空法３９条１項５号の充足性の判断について考慮されうると
しても，任意取得の状況及び任意取得に応じない地権者の意思，反対理由等
あらゆる事情を考慮すると，国土交通大臣が本件空港につき，同法３９条１
項５号を充たすと判断し，本件許可処分をしたのは裁量権を逸脱していると
して５号要件の充足を争っていたものである（控訴人らの平成１９年５月２
１日付け準備書面４）。更に，控訴人らは，土地収用のための事業認定を受
けるための要件である土地収用法２０条３号及び４号の要件の充足を具体的
な主張をもって争っていたものであり（控訴人らの平成２２年９月２２日付
け最終準備書面４４頁以下），要件該当性において問題となる具体的な事実
について，双方で主張立証を尽くしていたと認められるから，弁論主義違反
の問題が生じるものではない。よって，弁論主義違反をいう控訴人らの主張
は採用できない。
(2)控訴人らは，航空法３９条１項５号が土地収用法３条の特則であり，航
空法３９条１項５号の趣旨は，「飛行場の設置においては，土地収用法の手
続によらず，任意買収等の交渉により確実に土地の所有者その他の使用権原
を取得できることが認められなければならない」ことにあると主張する。
しかしながら，土地収用法３条１２号は，航空法による飛行場等で公共の
用に供するものを，土地を収用し，又は使用することができる公共の利益と
なる事業として，定めているところであって，航空法３９条１項５号が，土
地収用法による収用を除外すべきことを定めていると解すべき根拠はない。
控訴人らの主張によれば，飛行場の設置を許可すべき場合に，土地収用法を
適用することがほとんど考えられないこととなる一方，飛行場設置予定地の
権利者の一部が反対する限り，航空法３９条１項５号の要件を充たさないも
のとして，設置を許可できないこととなり，極めて不合理な結果となる。
控訴人らの上記主張は，およそ採用することができない。
(3)控訴人らは本件事業が土地収用法２０条３号の要件に適合しないと主張
する。
ア同号の判断には，裁量権限の相応の制限が生じるとして，東京高裁昭和
４８年７月１３日判決を援用するが，本件において，判断を左右するもの
ではない。
イ控訴人らは，本件空港建設の前提となっている需要予測は過大であり，
本件空港の需要が高いとは見込まれないと主張する。
証拠（甲２４２ないし２４５，２７０）によれば，現空港の利用状況，
航空会社の現空港への航空便の搭乗率及び八重山地域への観光客数は，平
成１８，１９年頃をピークとしてその後は減少傾向にあり，その理由が日
本経済の低迷など構造的な要因にあるとする控訴人らの主張を否定するこ
とはできない。本件設置許可申請時の旅客利用に関する需要予測が些か過
大である可能性は否定できない。しかしながら，そうであるとしても，証
拠（甲２４２）によれば，一般貨物利用については漸増していることが認
められるのであって，現空港の諸問題を参酌すると，本件空港の設置事業
の相当性及び必要性は肯定されるところであり，旅客利用に関する需要予
測が些か過大であることから本件事業の土地収用法２０条３号要件該当性
が否定されるとはいえない。
ウ控訴人らは，国土交通大臣による本件許可処分は，滑走路の強度，乱気
流や津波への対応等について，航空法及び同法施行規則の数々の規定に違
反していることから，沖縄総合事務局長による本件事業認定処分により空
港運営上の問題が生じるといえ，本件起業地が本件事業の用に供されるこ
とによって得られる公共の利益があるとはいえず，本件事業認定処分は土
地収用法２０条３号の要件に適合しないと主張するが，控訴人らが主張す
る航空法及び同法施行規則違反は認められないから，控訴人らの主張には
理由がない。
エ控訴人らは，現空港でのオーバーラン事故の危険性について，実際には
１５００ｍの滑走路で小型ジェット機を就航させており，同年以降には同
種の事故は発生していないのである。もし危険であるならただちに対策を
講じなければならず，その場合，現空港の滑走路を少し斜めにして，遺跡
を回避して滑走路を延長する工事をすることは容易に出来ることであり，
２０００ｍの滑走路を確保するには，現空港拡張案がもっとも妥当である
と主張する。
しかし，現空港でのオーバーラン事故の潜在的な危険性があることは否
定できず，控訴人らが主張する現空港拡張案は，現空港及びその周辺住民
の置かれた状況を考慮しないものであって，実現可能性の裏付けのない現
空港拡張案が妥当であるとは到底いえないものである。
オ控訴人らは，石垣空港周辺の騒音は嘉手納基地，普天間基地に比べれ
ば，早急な対策が必要とされるレベルではなく，現空港周辺については，
航空機に係る環境基準はそもそも指定されておらず，現空港周辺の騒音
は，周辺に居住する者が増えていることや，嘉手納基地，普天間基地の周
辺の騒音と比較すると，同法２０条３号の評価に当たり考慮すべきレベル
の騒音被害とはいえないと主張する。
しかしながら，土地収用法２０条３号該当性を判断する際に，現空港周
辺の騒音を本件空港設置の相当性，必要性の要素の一つとして考慮するこ
とが妥当であり，周辺に居住する者が増えていることや，沖縄県の他の基
地周辺の騒音と比較することにより，現空港周辺において，同号の評価に
当たり考慮すべき騒音被害がないとする控訴人らの主張は，現空港周辺に
おいて現に騒音を受忍している周辺住民の住環境を軽視するものであって
採用できない。
カ控訴人らは，評価法３３条（横断条項）違反があると主張するが，同法
違反は認められない。
キ控訴人らは，事業計画策定及び本件事業認定に至るまでの経緯につい
て，沖縄県は，当初からα岳陸上案（本件起業地）を選択することを前提
としたものであって，合理的な位置選定は行われていないと主張する。
しかしながら，沖縄県が，当初の白保海上案を撤回し，紆余曲折を経
て，他の案との比較検討をしたうえ，α岳陸上案を選定するに至った経緯
及び内容を斟酌すると同案選定には十分な合理性がある。
ク控訴人らは，本件起業地が本件事業の用に供されることによって失われ
る利益として，自然的な価値であるヤエヤマコキクガシラ等の小型コウモ
リ類３種及びサンゴ類は取り返しのつかない重大な影響を受けるおそれが
あること，文化的価値である本件起業地内洞窟（Ｃ１洞窟，後にｄ洞穴と
命名）で発見された人骨等は，極めて高い公共性が認められ，十分な調査
をする必要があると主張する。
控訴人らが主張する自然的価値については，本件環境影響評価において
考慮されたものであり，引用に係る原判決記載のとおり，小型コウモリ類
３種及びサンゴ類は取り返しのつかない重大な影響を受けるおそれがある
とは認められない。控訴人らが主張する文化的価値である国内最古の人骨
発見に関する事情は，本件許可処分後の事情であり（甲１９１，１９６，
２６０等），本件処分時に事業認定が得られるか否かの判断において考慮
することは困難であったと認められ，その点を十分考慮しなかったとして
も本件許可処分の違法性の有無の判断に影響しない。
ケ控訴人らは，得られる利益と失われる利益との衡量について，選択の基
準が一切明示されておらず，客観的基準を見いだすことは不可能であっ
て，本件起業地の選定におよそ合理性が認められないと主張する。
しかしながら，石垣島住民の多数が本件空港を切望する状況において，
他の案と比較検討した結果α岳陸上案を選定したことには，合理性がある
から，控訴人らの主張を採用することはできない。
(4)控訴人らは，申請事業を早期に施行する必要性は認められず，本件事業
が土地収用法２０条４号の要件に適合しないと主張するが，本件空港の設置
のため本件空港予定地を収用することに公益上の必要性が認められるから，
控訴人らの主張を採用することはできない。
(5)引用に係る原判決が認定するとおり，本件空港の建設予定地について
は，敷地面積１４２万０４４２㎡うち１４１万５０５７㎡（９９．６％）に
ついては，沖縄県が所有し，又は地権者から用地取得の同意が得られてお
り，同意の得られていない地権者については，沖縄県が，ねばり強く事業へ
の理解と協力を求めていくこと等により当該土地を取得する旨を確約してい
るのである。そして，仮に同意が得られなかった場合でも，上記説示のとお
り，土地収用法３条１２号は公共の用に供する飛行場に関する事業を土地収
用可能の事業と定めており，本件許可申請時の旅客利用に関する需要予測が
些か過大であるとしても，一般貨物利用については漸増していることが認め
られること，現空港でのオーバーラン事故の潜在的な危険性があることや現
空港周辺の騒音のため現空港拡張案は妥当であるとは到底いえないこと等か
らすれば，新空港の設置のため新空港予定地を収用することに公益上の必要
性が認められ，土地収用も可能であるから，本件空港の設置については，航
空法３９条１項５号の要件を満たしているというべきである。
４評価法違反の主張について
(1)控訴人らは，原判決が，免許等を付与する者の判断が違法となる場合に
ついて，司法審査の対象をあまりに狭く解しすぎていると主張する。
しかしながら，引用に係る原判決が説示するとおり，①評価法は，事業者
による方法書作成以後，意見を有する者及び関係都道府県知事等外部者から
の意見を受け，これを勘案して検討を加えた上，環境影響評価の実施方法を
選定して，環境影響評価を実施し，更に，事業者は，当該環境影響評価の結
果について環境の保全の見地からの意見を聞くために準備書を作成し，外部
者からの意見を受け，これを勘案して，記載事項について検討を加え，修正
を必要と認めるときは修正に応じた措置をとった上で評価書を作成し，免許
等を行う者等の意見（環境大臣の意見を勘案したもの）を勘案し，記載事項
について検討を加え，修正を必要と認めるときは修正に応じた措置をとった
上で評価書を補正して，確定評価書を作成し，これらの書面の送付，公告及
び縦覧をするといった段階を踏んだ評価書確定手続を定めていること，②同
法が，免許等に係る審査について，対象事業に係る免許等を行う者は，当該
免許等の審査に際し，確定評価書及び同法２４条の書面に基づいて，当該対
象事業につき環境の保全についての適正な配慮がなされるものであるかどう
かを審査し，当該免許等に係る当該規定に定める当該基準に関する審査と環
境の保全に関する審査の結果を併せて判断するものとし，免許等基準審査に
適合している場合であっても，当該判断に基づき，当該免許等を拒否する処
分を行い，又は当該免許等に必要な条件を付することができるものとすると
定めていること，③環境配慮審査は，環境の保全についての適正な配慮がさ
れるものであるかどうかの審査であり，対象事業により環境の構成要素の一
部が必ず変動することを前提とするため，保全されるべき対象を取捨選択す
ることの当否の判断を必然的に含む審査であるところ，この当否を判断する
際によるべき基準について直接定めた法令の規定は見当たらないことからす
れば，同法は，当該免許等を行う者が，環境の保全に関する審査の結果を判
断して，免許等を行うか否か，又は当該免許等に条件を付すか否かについて
は，免許等を行う者の合理的な裁量に委ねていると解すべきである。
控訴人らは，評価法が，「ベスト追求」という観点から免許等を付与する
者の裁量を常に羈束していると解すべきであると主張する。しかしながら，
評価法が「ベスト追求型」（甲２５２，２５３）とされるのは，評価法以前
のいわゆる閣議要綱アセスにおいて，環境基準等あるいは事業者が設定した
目標をクリアできればよいとされがちな「基準クリア型」であったこととの
対比において，事業者が実行可能な範囲で環境影響をできる限り回避・低減
しているかという観点からの評価を指向していることをいうものであって，
そこには，環境の保全等のため常に最高水準を講じるべきであるとする等の
絶対的基準があるわけではないから，免許等を行う者の合理的な裁量を否定
するものとは考えられない。
よって，原審の判断は妥当であり，控訴人らの上記主張を採用することは
できない。
(2)控訴人らは，評価法の趣旨が，「ベスト追求」であることから，事業者
が地方公共団体の場合，事業計画地について代替案の検討をも義務付けてい
ると解すべきであると主張する。
しかし，評価法の「ベスト追求」の趣旨は，上記のとおりであり，評価法
自体が事業計画地についての代替案検討を義務付けていると解することには
無理があり，控訴人らの主張に法律上の根拠があるとはいえない。
(3)控訴人らは，事業者が，合理的理由が存在しない限り，２４条意見に対
応しなければならず，２４条意見に対応しない場合，合理的理由を明示しな
ければならないと解すべきであり，また，事業者は２３条意見を勘案すべき
であり，２３条意見は，免許等を行う者による環境配慮審査の際に審査の基
礎とされるものであると主張する。
しかしながら，事業者は，２４条意見を勘案して，評価書の記載事項に検
討を加え，当該事項の修正を必要とすると認めるときは，修正の区分に応じ
て，評価書の補正又は修正に係る部分について環境影響評価を行う等の措置
をとらなければならないのであって（同法２５条１項），２４条意見に従わ
ない場合には，環境の保全についての適正な配慮がなされるものであるかど
うかの環境配慮審査（同法３３条１項）において，審査の対象となり，免許
等を拒否する処分等がなされることがあるが（このことから，同法上，事業
者は２４条意見を尊重することを要請されているといえる。），事業者に２
４条意見に従うべきことや，従わない場合に合理的理由を示すことを義務付
ける規定が見当たらないことは，引用に係る原判決が説示するとおりであ
る。また，環境大臣の２３条意見は，免許等を行う者に対する意見であり，
免許等を行う者が２４条意見を述べる場合に勘案すべきものであって（同法
２３条，２４条），事業者がこれを勘案し，環境配慮審査の際に審査の基礎
とされるものとされていないことは法文上明らかである。よって，控訴人ら
の上記主張を採用することはできない。
(4)国土交通大臣の２４条意見（１ないし１０）への対応について
ア本件国土交通大臣意見１について
控訴人らは，本件国土交通大臣意見１は，同２以下とは別の取組みを求
める趣旨と解すべきであると主張する。
本件国土交通大臣意見１を控訴人ら主張のように解するとしても，乙２
３によれば，同意見１に対して，事業者の対応として，本件補正書の記載
に関して「Ａ，Ｄ洞窟について，小型コウモリ類の採餌場への移動経路及
び洞口環境並びに周辺環境の保全に万全を期すために，Ａ，Ｄ洞口周辺の
土地を取得することを追記した。」などの記載があり（１３－５），該当
箇所（６－１２－２５６等）にその旨の記載があることが認められ，事業
者が同意見１に対応していないとはいえない。控訴人らの主張は前提を欠
き，失当である。
イ本件国土交通大臣意見２について
控訴人らは，原判決が，本件国土交通大臣意見２が環境保全のために要
求している水準を低く変容しており失当であり，同意見２は，工事期間中
にコウモリ類の利用がなくなってしまった空洞や滑走路の直下に残された
空洞をコウモリ類が利用できるようになる方策を要求していると見るのが
自然であるが，本件補正書はこれに対応していないと主張する。
乙２３（１３－５）によれば，同意見２に対して，事業者の対応とし
て，本件補正書の記載に関して，Ｂ洞窟に新たな洞口を創設し，Ｃ洞窟は
トンネルを設け，敷地外に創出する緑地に新たな洞口を創設し，Ｅ洞窟
は，小型コウモリ類の利用に配慮して，ボックスカルバート内の工夫，洞
口付近への樹林の植栽等を行うこと，及び専門家の助言を得た上で，具体
的な形状等を決定することを追記した旨の記載があり，該当箇所（７－６
８以下）にその旨及び工事中は小型コウモリ類のねぐらとして利用できな
くなるが，供用後において小型コウモリ類の利用を期待できるとして保全
対策を講じる旨の記載があることが認められる。そうすると事業者が同意
見２に対応していないとはいえない。控訴人らの主張を採用することはで
きない。
ウ本件国土交通大臣意見３について
控訴人らは，事業者の行った調査は，年間を通じた調査でなく，最低で
も１年を通じた調査をして，コウモリ類の生態を調査して保全の要否を検
討すべきとした同意見３の趣旨に反すると主張する。
しかしながら，同意見３は，「小型コウモリ類の利用について，追加調
査を行うこと」とするものであって，１年以上の生態調査をした上で保全
の要否を検討すべき旨を示していないのであるから，控訴人らの主張を採
用することはできない。
エ本件国土交通大臣意見４について
控訴人らは，同意見４で要求されている浸透方法についての再検討は行
われていないこと，及びドレーン層を１０ｍ下流に動かしても，ドレーン
層を通じてＡ洞窟内に赤土を含む雨水が流入することに変わりはないと指
摘し，沖縄県の対応は，同意見４に全く対応していないに等しいと主張す
る。
しかしながら，同意見４は，「Ａ洞窟奥部の上部にドレーン層が設置さ
れる場合は，Ａ洞窟奥部の地下水に影響を及ぼすことがないよう，ドレー
ン層の位置，浸透方法についてさらに検討を行い，それらの見直しを含め
た適切な措置を講じること」とするものであって，ヤエヤマコキクガシラ
コウモリの出産・ほ育が確認されたＡ洞窟奥部付近のドレーン層を１０ｍ
地下水の下流側（海側）に移動することにより（乙２３・６－１２－２５
６ないし２５８），同意見４の「Ａ洞窟奥部の上部にドレーン層が設置さ
れる場合」には当たらなくなると解することができ，また，ドレーン層を
移動してもドレーン層を通じてＡ洞窟内に赤土を含む雨水が流入すること
に変わりはないとする控訴人らの指摘の裏付けはないから，控訴人らの主
張を採用することはできない。
オ本件国土交通大臣意見５について
控訴人らは，原判決が，本件国土交通大臣意見５がコウモリ類の生息継
続を達成すること自体を直接求めているわけではないとした上で，本件補
正書が同意見５に対応していないということはできないと説示したことは
失当であると主張する。
乙２３によれば，同意見５に対して，事業者の対応として，本件補正書
の記載に関して，「小型コウモリ類の移動経路及び餌場として事業実施区
域西側及び北側に約５０ｍ幅の緑地を創出すること，また，Ａ，Ｄ洞窟の
洞口周辺から国道周辺の樹林に至る範囲に緑地を創出することを追記し
た。」「事業による土地改変は段階的に実施し，樹林の伐採は，全体を一
度に行わず，２～４年次に段階的に行うこと，また採餌場所，移動経路と
なる緑地を早期に創出することを追記した。」との記載（１３－５）があ
り，該当箇所（６－１２－３１８・３１９，７－６３）にその旨の記載が
されていることが認められる。そうすると事業者が同意見５に対応してい
ないとはいえない。控訴人らの主張を採用することはできない。
カ本件国土交通大臣意見６について
控訴人らは，原判決が，本件国土交通大臣意見６について，その余の意
見と別個独立の対応を求める趣旨であるとは認められないとする点及び，
本件補正書において，騒音・振動レベルの事後調査を行い，環境影響の程
度が著しいことが明らかになった場合には，洞窟付近での作業を一旦休止
し，専門家の指導・助言を得た上で適切な措置を講じることとしているこ
とを評価することは誤りであると主張する。
しかしながら，国土交通大臣の意見としては別個であっても，事業者が
必ずしも別個の対応をしなければならないとまでは言えず，事後調査によ
って環境影響に配慮することが国土交通大臣意見に対応することにならな
いともいえないから，控訴人らの主張を採用することはできない。
キ本件国土交通大臣意見９について
控訴人らは，本件国土交通大臣意見９は，人工洞窟を整備することを要
求しているのに，本件補正書の記載は整備を検討するというだけのもので
あって，同意見９に対応したとは評価できないと主張する。
乙２３によれば，同意見９に対して，事業者の対応として，本件補正書
の記載に関して，「できる限り早い段階で設置することを追記した」との
記載があり（１３－６），該当箇所（７－７１）にはその旨の記載がある
ことが認められるから，控訴人らの主張を採用することはできない。控訴
人らは，人工洞でコウモリ類が生息しているという報告はなく，人工洞の
整備は極めて困難であると主張するが，同意見９は，「人工洞窟について
は，専門家の指導・助言を得た上で，補正評価書の公告後のできる限り早
い段階で設置すること」を求めているのであるから，人工洞でのコウモリ
類の生息例が乏しいとしても，人工洞を設置することが同意見９に対応し
ていないとはいえない。控訴人らの主張を採用することはできない。
ク本件国土交通大臣意見１０について
控訴人らは，本件補正書には，事業実施区域や事業者が取得する地域の
周辺の洞窟の保全や採餌場所としての林地に該当するいかなる区域におい
て，潜在的なものも含めいかなる形態の土地利用について，いかなる権限
を有するいかなる機関の部署に対して，いかなる土地利用上の配慮を要請
しようとしているのかについての具体的な記載が全くないから，同意見１
０への対応として不十分であると主張する。
乙２３によれば，同意見１０に対する事業者の対応として，本件補正書
の記載に関して，「本事業において実施された小型コウモリ類の調査結
果，事後調査結果の情報を石垣市や沖縄県等の関係機関へ提供し，小型コ
ウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が図られるよう要請など
を行うことを追記した」との記載があり（１３－６），該当箇所（７－７
３）にはその旨の記載があることが認められるから，同意見１０に対する
対応として不十分ということはできず，控訴人らの主張を採用することは
できない。
(5)本件国土交通大臣意見１１について
控訴人らは，本件国土交通大臣意見１１は，事業実施区域及び周辺地域の
特性と，地下浸透させる方法の赤土流出防止対策が採られていることを踏ま
えて，「海域に浸出する経路」の記載を求めたのであって，ここでいう「経
路」は，具体的な地下洞窟の走り方を調査の上記載することを求めたのであ
ることは明らかであるのに，沖縄県は，地表からの浸透という「入口」だけ
の調査及び評価書への記載に止まっており，そこから先の具体的な経路につ
いて対応せず，対応しない理由は一切明示されていないから，同意見１１に
対応していないことは明らかであると主張する。
確かに，同意見１１は，「海域に浸出する経路」について把握し，その結
果を評価書に記載することとしているのに対し，引用に係る原判決（７５
頁）が指摘するとおり，本件補正書にはこの点の記載がなく，同意見１１に
対する対応は不十分である。ところで，同意見１１の趣旨を検討すると，国
土交通大臣が意見を述べる際に勘案したとみられる環境大臣意見（乙２０）
における，本件国土交通大臣意見１１と同趣旨の意見は，「２．サンゴ礁生
態系への影響」の表題と「濁り，栄養塩などの水質の変化，赤土等の堆積が
サンゴ礁生態系に影響を与えることが懸念されるため，以下の措置を講じる
こと」との文章の次に最初の項目として記載されており，これを勘案した本
件国土交通大臣意見１１も同趣旨と解されるから，同意見１１は，本件空港
設置工事により，「事業実施区域及びその周辺区域への降雨及び流入水」が
サンゴ礁生態系へ与える影響を評価するための前提として，「η川に流入
し」又は「海域に浸出する」経路及びその量について把握し，その結果を評
価書に記載することを求めたものと考えられる。しかしながら，同意見１１
及びその他の国土交通大臣意見には，事業実施区域等への降雨等の海域への
流出経路について，河川及び地下水への言及はあるが，地下川又は地下水流
についての言及がない（ケイブシステムについての言及もない。）ことから
すると，同意見１１が地下川又は地下水流の経路を特定して把握することま
で求めていたと考えることには疑問がある。そうすると，本件補正書の同意
見１１への対応の不十分さは，国土交通大臣が，当該事業につき，環境の保
全についての適正な配慮がなされるものかどうかを審査する際に，それ自体
で直ちに問題とされるものではなく，サンゴ礁生態系についての環境影響評
価全体の中で考慮されるべきものである。
(6)赤土流出防止対策について
ア控訴人らは，琉球石灰岩自体にろ過機能がなく，「緩速ろ過方式」によ
り，水流を限界流速以下に落とすことで懸濁物質を沈殿させるという機能
が確保される保証はなく，沖縄県の透水実験でも，濁水の注入量の増加に
従い，透水係数が徐々に低下する傾向が確認され（本件補正書６－１－２
４），濁水による目詰まりが生じていることを示すものであると指摘す
る。
しかしながら，控訴人らの主張する浸透ゾーンのろ過機能がないという
主張については，浸透ゾーンの仕組みが緩速ろ過方式（乙４８）であると
いうことを考慮すると，控訴人らの主張を裏付ける具体的な根拠はないと
いうべきである。濁水の注入量増加に従い透水係数が低下するという透水
実験の結果についても直ちにろ過機能を否定するものとは考えられない。
本件補正書（乙２３の６－１－４４）によれば，浸透ゾーンへは，場内で
設置される仮設調整池において自然沈降により濁度低減を図るとともに，
ろ過沈殿処理施設を経由して，地下浸透させることで，工事区域内の雨水
を処理するものとし，ろ過沈殿処理施設は，浸透ゾーンの直前に設置し，
浸透ゾーンに流入する濁水の濁度を２００ｍｇ/Ｌ以下に低減する機能を
もつものとされ，浸透ゾーンの流入口で濁水の濁度が目標値を満足するか
管理するものとされている。そして，ろ過沈殿処理施設と浸透ゾーン等の
施設を点検し，維持管理するものとされていることを参酌すると，国土交
通大臣が，浸透ゾーンのろ過機能について，環境の保全の見地から問題視
しなかったことをもって，その裁量権の行使の逸脱又は濫用があるとはい
えない。よって控訴人らの主張を採用することはできない。
イ控訴人らは，大雨のときに工事現場において発生した濁水が，石灰岩層
の表面の亀裂や土で覆われている部分に存在する無数の割れ目や穴から洞
窟地下川に流入し，ろ過機能のない地下川及びパイピング現象によって形
成された水みちを通って濁水が海岸から湧き出し，サンゴ礁への重篤な影
響を与える危険があると主張する。
しかしながら，控訴人らが主張するように石灰岩層の亀裂や割れ目等か
ら，一定程度雨水が浸透し，濁水がそのままろ過されずに海岸から湧き出
し，サンゴ礁に重篤な影響を与える危険があることは，本件補正書等から
これを窺うことはできず，その他の証拠によっても控訴人らの主張が裏付
けられているとはいえない。
甲１２８，１３２によれば，平成２０年６月に，大雨により本件空港工
事現場周辺の赤土を含む濁水が海域へ流失する事態が生じ，海水がにごっ
たことが認められるが，海水の濁りの大部分はη川から流入した赤土によ
るものと思われ（甲１２８・２１頁），どの程度の濁水がＡないしＥ洞窟
を経由し，Ａ１洞窟とＥ洞窟の海側の先に存在する海岸湧水帯から湧出し
たと考えられるかは不明であり，控訴人らの上記主張が裏付けられるとは
いえない。
よって，控訴人らの主張は採用できない。
ウ控訴人らは，評価書に記載された赤土等流出防止対策では赤土の流出と
いう環境保全上の重大な支障を生じさせることが判明し，「環境の保全に
ついての適正な配慮を欠く結果，環境保全上の支障を生ずる場合」である
にもかかわらず，国土交通大臣は，赤土流出の防止によるサンゴ礁の保全
が図られると判断したことは，明らかに評価法３３条に違反し，事実誤
認，判断過程に裁量を逸脱した違法があり，本件許可処分が違法となるこ
とは明らかであると主張する。
しかしながら，控訴人らの主張する赤土等流出防止対策では赤土の流出
という環境保全上の重大な支障を生じさせることが判明したことを認める
に足る証拠はない（白保のサンゴが減少したこと（アオサンゴを除く。甲
２６３，２６４）と本件工事による赤土流出を関連づけるに足る証拠はな
い。）。
(7)控訴人らは，原判決が，本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の
保全に関する本件許可処分の違法性がないと判断したことは誤りであると主
張する。
ア控訴人らは，原判決が，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の保全対策を評価している
が，コウモリ類の生態に対する無理解に起因するものであり，同保全対策
は，コウモリ類の保全には全く役立たないとして種々主張する。
しかしながら，原判決は，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟についてもできる限りコウ
モリ類が継続してそれらを利用できるよう，専門家の指導・助言を受けて
保全策が検討され，洞窟に変更が加えられ，新たな洞口は採餌場所や移動
経路とのつながりに配慮して設けられることを考慮して判断しているので
あり，誤りはない。
イ控訴人らは，Ａ洞窟及びＤ洞窟の環境保全等について種々批判し，コウ
モリ類の減少がみられると主張する。
しかしながら，控訴人らの主張は，実質的に原審における主張の繰り返
しであり，これに対する当裁判所の判断は引用に係る原判決記載のとおり
である。甲２７３によれば，カグラコウモリの冬季の休眠時期におけるＡ
ないしＥ洞窟での最大個体数が経年変動の範囲を下回っていること及び石
垣島の主な利用洞窟における総個体数が工事開始後減少傾向にあることが
認められ，事業実施による影響であると考えられる場合にあっては，専門
家の助言を受け，適切な環境保全措置を実施することとされたことが認め
られる。甲２９６（資料－２）によれば，ＡないしＥ洞窟内でカグラコウ
モリ等の減少傾向が認められるが，石垣島島内における総個体数に明らか
な減少傾向が認められるとはいえない（なお，控訴人らは，乙１９・資－
４５３の「９８％以上」との記載に依拠して，２％の相違が重要であると
して，石垣島全体でコウモリ類を見るのは誤っていると主張するが，同書
証は，石垣島全体で一つの個体群を形成しているとみることができる確率
が９８％以上あることを述べるものであって，同主張に理由がない。）。
本件空港建設工事によりＡないしＥ洞窟内の小型コウモリ類に影響を与え
たことが認められるが，石垣島全島の観点からみた場合に本件環境影響評
価及びこれに基づく本件許可処分に瑕疵があるとまでは認められない。よ
って，控訴人らの主張は採用できない。
ウ控訴人らは，その他るる主張するが，原判決又は本件に提出された書証
を正解しないものであって，いずれも採用することができない。
(8)控訴人らは，原判決は控訴人らが指摘した点を無視し，本件補正書に記
載されたもののみ，記載があるという事実のみを考慮の対象としたが，これ
は誤っていると主張する。
しかしながら，許可処分の審査の際に本件補正書の記載事項及び２４条書
面に基づいて対象事業につき，環境の保全についての適正な配慮がなされる
ものであるかを審査すべきことは法律上の要請であり，それが将来の事態に
対する対応であってもその内容に照らして評価し，許可処分の審査をすべき
であると考えられる。原判決が，本件補正書の記載内容に照らして，相応の
配慮をしていると判断したことに誤りがあるとはいえない。控訴人らの主張
は採用し得ない。
そうすると，控訴人らの評価法違反の主張についても理由がない。
５以上によれば，原判決は相当であり，本件控訴はいずれも理由がないからこ
れを棄却することとし，主文のとおり判決する。なお，控訴人らは，静岡空港
の完成検査の内容によれば被控訴人の完成検査に関する主張は虚偽であるとし
て弁論再開を申し立てたが，検査内容は法律事項である上，事案も異なるので
弁論は再開しなかった。
東京高等裁判所第１７民事部
裁判長裁判官南敏文
裁判官江口とし子
裁判官野村高弘

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