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主文
１原判決主文第１項を取り消し，控訴人の被控訴人県知事に対する小型機
船底びき網漁業の起業認可申請の不認可処分取消しの訴えを却下する。
２原判決のうち控訴人の被控訴人県知事に対する小型機船底びき網漁業の
許可申請の不許可処分取消請求に関する部分を取り消し，同部分に係る控
訴人の訴えを却下する。
３控訴人のその余の控訴をいずれも棄却する。
４訴訟費用は，控訴人と被控訴人県知事との関係では，第１，２審とも全
部控訴人の負担とし，控訴人と被控訴人県との関係では，当審で生じた費
用を控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１控訴の趣旨
１控訴人
(1)原判決のうち控訴人敗訴部分を取り消す。
(2)被控訴人県知事が控訴人に対して平成１６年６月２８日付けでした小
型機船底びき網漁業の許可申請の不許可処分を取り消す。
(3)被控訴人県知事が控訴人に対して平成１６年６月２８日付けでした漁
船登録申請の不許可処分を取り消す。
(4)被控訴人県は，控訴人に対し，３５４４万４０９５円及びこれに対す
る平成１６年９月１６日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払
え。
(5)(4)につき仮執行宣言
２被控訴人県知事
(1)原判決のうち被控訴人県知事敗訴部分を取り消す。
(2)ア前項の部分に係る控訴人の訴えを却下する。
イ前項の部分に係る控訴人の請求を棄却する。
第２事案の概要
１本件は，控訴人が，被控訴人県知事から小型機船底びき網漁業（以下「底
びき網漁業」という。）の許可を受けていた者より船舶等を譲り受け，平成
１１年に，被控訴人県知事に対して底びき網漁業の許可（承継許可）を申請
したのに対し，被控訴人県知事から上記申請を不許可とする処分を受け，平
成１６年にも，上記と同様の許可，上記船舶の動力漁船登録の許可及び底び
き網漁業の起業認可をそれぞれ申請したのに対し，被控訴人県知事から，上
記各申請をいずれも不許可ないし不認可とする処分を受けたことについて，
平成１１年及び平成１６年の各不許可等処分が被控訴人県知事における不合
理な取扱いの方針等に基づくものであるなど，漁業法や規則の解釈や適用を
誤ったものであるから，いずれも違法である，などと主張し，平成１６年の
上記各不許可等処分の取消しを求める（Ａ事件）とともに，被控訴人県知事
による違法な平成１１年及び平成１６年の各不許可等処分の結果，上記漁業
に従事することができないことなどにより損害を被ったと主張し，被控訴人
県に対して，国家賠償法１条１項に基づき，損害（合計３５４４万４０９５
円）の賠償を求めた（Ｂ事件）事案である。これに対し，被控訴人県知事は，
控訴人の上記承継不許可処分及び起業不認可処分の各取消しを求める訴えが
審査請求前置に違反する不適法な訴えであるとして，その却下を求めるとと
もに，被控訴人らは，上記各不許可等処分が適法であるとして，控訴人の請
求を棄却するよう求めて争っている。原審が，上記起業不認可処分の取消し
を認め，その余の控訴人の請求をいずれも棄却したため，控訴人と被控訴人
県知事が各敗訴部分を不服としてそれぞれ控訴した。
２本件における関連法令等，争いのない事実等，争点及び争点についての当
事者の主張は，原判決「事実及び理由」中の「第２事案の概要」１ないし
４に記載のとおりであるから，これを引用する。
３争点についての当審における当事者の付加的主張は次のとおりである。
(1)本件起業不認可処分取消しの訴えについての審査請求前置違反
（被控訴人県知事）
本件先行不許可処分が，控訴人の承継許可申請につき，ａの副申書の添
付がなく，かつ，海区委員会も現時点においては不許可を相当とする旨の
意見であったことから，これを不許可としたものであるのに対し，本件起
業不認可処分は，直接には隻数の枠外であること及び海区委員会の意見を
根拠とするものであって，本件先行不許可処分と本件不認可処分とは必ず
しも処分の理由が同一であるとはいえないし，両処分の対象は「承継」許
可申請と「起業」認可申請という異質のものである上，両処分の間には約
４年９か月の間隔があり，農林水産大臣が同じ対応をするとは限らない。
また，審査請求後３か月以内に裁決がされない場合には処分取消しの訴え
を提起することができるのであるから，それによって認可に係る有効期間
の残存期間を経過することにはならない。原判決のように行政事件訴訟法
８条２項３号にいう裁決を経ないことについての「正当な理由」の解釈を
緩やかなものにしてしまうと，漁業法が特に審査請求前置を定めた趣旨が
没却され，審査請求制度の意義を失わせることになり，不当である。
（控訴人）
審査請求前置が採られているのは，司法審査の前に当該処分の当否につ
き行政庁に見直しの機会を与えて，速やかな権利救済を図るためであると
ころ，漁業法上の許認可処分には期限付きのものも多く，取消訴訟による
救済では訴訟係属中に期限が経過してしまいかねないことから，漁業法が
定める審査請求前置については，原処分の明白な誤りにつき行政庁内部で
早期に是正を図ることのできるというメリットがあるといえるけれども，
本件では，本件先行承継許可申請をしたものの放置され，前訴取消訴訟の
提起が遅れた結果，同訴訟係属中にｂ漁業許可の有効期間が経過したこと
により，前訴取消訴訟に係る訴えは訴えの利益を欠くものとして却下され
て終了してしまったという経緯がある上，本件訴訟についても，平成１６
年６月２８日付けでされた本件各不許可処分の取消しを求める本件訴訟を
同年８月２日に提起し，その後迅速審理に努めてきたものの，許可の有効
期間はわずか１年を残すのみであって，その間に本件訴訟による終局的解
決が図られるかどうかさえ微妙であるし，仮に間に合ったとしても，実際
に控訴人が操業することができる期間は幾ばくもないというのが実情であ
る。この点を考慮するだけでも，行政事件訴訟法８条２項３号にいう裁決
を経ないことについての「正当な理由」があることは明白である。
(2)本件先行不許可処分の違法性
（被控訴人ら）
漁業法は，漁業の特殊性にかんがみ，漁業者及び漁業従事者を主体とす
る漁業調整機構を設けて，自主的な漁業調整を期待しているところ，各地
方に置かれる海区委員会は，知事の諮問・建議機関であるばかりでなく，
自ら裁定，指示，認定等を行う決定機関としての機能をも有し，広範かつ
強力な権限を付与された行政委員会であって，その漁業調整に関する意見
は最大限尊重されなければならない。他方，漁協は，漁民の自主的組織と
して水産資源の管理をはじめ，漁民の事業や生活に必要な物資の供給，漁
場の利用に関する施設や漁業に必要な設備の設置等の事業を行うとともに，
一定の水面における水産動植物の採捕の方法や期間等の事項を適切に管理
する任務を担うものであり，海区委員会が行う漁業調整には漁協の協力が
不可欠である。漁業法は，漁業権漁業や入漁権漁業，農林水産大臣の許可
による指定漁業や大臣承認漁業，知事許可漁業について定めるほか，これ
ら以外の漁業について，自由漁業を除いて，一般的に禁止しているところ，
本件で問題となっている底びき網漁業についても，水産資源保護を含めた
漁業調整上の必要性から一般的に禁止されており，漁業調整上問題がない
と被控訴人県知事が判断したときに初めて許可がされる仕組みになってい
る。そして，被控訴人県知事は，漁業法及び水産資源保護法の定めに基づ
いて県調整規則及び旧県取扱方針を定め，α海域を操業区域とする底びき
網漁業に係る承継許可については，ａの副申書の添付を要件としていたと
ころ，他の府県においても，漁業調整上の必要から，漁協組合員であるこ
とを許可の要件としているか，仮にそうでないとしても，漁協組合員でな
い者に対する許可は予定していないか，少なくとも許可するにつき極めて
慎重な姿勢をとっているのが実情である。徳島県がａの副申書を添付させ
ることとしているのは，漁業調整上の見地から，操業海域における全底び
き網漁業者が加入する広域団体であり，長年にわたって底びき網漁業に関
する漁業調整上の問題に継続的に取り組んできた実績を有するａの方が，
地域団体であり，自由漁業を含むあらゆる漁業種類の漁民から成る漁協よ
りも，柔軟で的確な判断ができると考えたからにほかならず，漁民の自主
的な団体に漁業調整を期待する漁業法の趣旨に照らしても適法かつ合理的
な制度である。
控訴人の本件先行許可申請について，ａが，控訴人が漁協組合員でない
からという理由で副申書の発行を拒み，海区委員会が，現時点では不許可
相当という意見を述べたのは，他府県におけると同様に，漁協組合員でな
い者に対して許可をすることが相当でないとの考えに基づくものと考えら
れる。漁業調整の問題は，水産資源の保護育成や減船事業の推進への協力，
法令や自主規制の遵守，他の漁業者との円滑な関係の維持等の様々な考慮
事項を含むものであって，そうした実情について最もよく知る立場にある
のは，底びき網漁業においてはａであるから，そのａが副申書発行を拒否
しており，法律上重要な調整機構として構成されている海区委員会も同意
見である以上，被控訴人県知事としては，漁業調整上何の問題もないこと
が明らかであるのに，ａの判断に欠陥があるか，海区委員会の意見に偏り
が見られるなどの特別の状況が存する場合に限って，許可申請について個
別具体的な検討を行った上で許否の判断をすべきものである。本件先行許
可申請に関してはこうした特別の状況は存しておらず，被控訴人県知事が
した本件先行不許可処分は適法である。
（控訴人）
漁業法は，大別して漁業権漁業と許可漁業と自由漁業に分け，漁業権は
漁協に与えるものとして漁協組合員でなければ漁業権漁業に従事すること
ができないこととし，漁協が管理支配することが不適切であるか，又はそ
こまでの必要がないものについて，農林水産大臣又は知事の許可制として
漁業調整を図ることとしている。底びき網漁業は，本来重要な国民の食用
水産物確保のために長年にわたって発展してきたものであり，無制限の自
由漁業とすることは妥当でなく，漁協あるいはその組合員にのみ漁業権を
認めることも適切でないとして，知事の許可制としたものであるから，知
事の許可処分は恣意的なものであってはならず，不許可とすべき事由が存
しない限り，許可しなければならないものである。
本件では，ａが副申書を発行しなかったのは，漁協組合員でない者の加
盟を認めておらず，控訴人が協会員でないからというにすぎず，そこでは，
漁業法や県調整規則上の要件具備の有無についての審査，検討は全くされ
ていないにもかかわらず，ａの副申書の添付がないことをもって不許可と
するのは，被控訴人県知事に付託された許可に際しての審査・判断義務を
放棄したに等しい。
また，他府県においても，漁協組合員であることを許可要件とするとこ
ろは少数であり，ましてやａのような任意団体への加盟やその副申書ない
し同意を許可要件とするところは皆無であるし，漁協組合員であるかどう
かを勘案するということとこれを許可要件とすることとは大いに異なるも
のである。漁協組合員でない者からの申請が許可されたことがないという
のは，たまたま漁協組合員でない者からの申請がなかったからにすぎない
にもかかわらず，漁協組合員でなければ申請が許可されないというのは論
理のすり替えである。
さらに，許可漁業である底びき網漁業について，漁協が資源保護や漁業
調整上コントロールをしているという実体はないし，漁協にそうした役割
を担わせるようなことをすれば，漁協管理の漁業権漁業と区別して知事所
管の許可漁業とした意味がなくなってしまう。漁協組合員であることを要
件としている他府県においても，その趣旨とするところは，漁業経験や操
業能力，漁業に従事する意思に関する審査を漁協組合員たることで代替し
ようとしているにすぎない。
県調整規則上，被控訴人県知事は許認可をしないときは海区委員会の意
見を聴くと定められているにすぎず，海区委員会の同意は許可の要件では
ない上，本件先行許可申請に対する海区委員会の意見は，ａの副申書不添
付という書類上の不備を指摘しているだけであって，漁業調整上の問題が
あるとは言っていないのである。
本件先行許可申請については，許可隻数が国の定める範囲内にあり，そ
の許可が従来の底びき網漁業者の権利を承継するものであって新たに増加
させるものではないのであるから，申請者が底びき網漁業の経験を持ち，
操業する意思と能力を有しているかどうかが審査の対象となるものであっ
て，その点についてすら個別審理を行うことができないとする被控訴人ら
の主張は無責任なものである。
(3)本件承継不許可処分及び本件登録不許可処分の違法性
（控訴人）
本件承継許可申請については，控訴人が承継したｂ漁業許可の有効期間
でなければ許可申請をすることができないと限定的に解すべき必然性はな
く，本件のように，ｂ漁業許可の有効期間内に本件先行不許可処分の取消
しのための手続を終了させることができずにその期間が経過してしまった
場合には，改めて期間経過後も許可申請をすることができるものと解すべ
きである。
本件登録不許可処分についても，上記と同様の理由により取消しを免れ
ない上，本件起業認可申請は認められるべきものであるから，これに並行
して本件漁船登録申請も認められるべきである。そうでなければ，仮に本
件起業認可申請が認められるべきものとされても，新たに漁船登録申請を
しなければならず，それがまた不許可とされればその処分を争ううちに起
業認可に係る許可の有効期間が経過してしまうことが明らかだからである。
（被控訴人ら）
いずれも争う。
(4)本件起業不認可処分の適法性
（被控訴人ら）
本件起業不認可処分は，「資源管理上，減船の取組みを促進する目的で，
県調整規則８条２項の知事が定める許可申請の期間の開始日の前日現在に
おいて，許可又は起業の認可がされていない許可枠については，これを許
可しない。」との新県取扱方針に基づくものである。
被控訴人県知事は，徳島県における底びき網漁業において，水産行政に
おける重要な方針として，長年にわたって減船を行ってきている。βにお
けるものとαにおけるものとでは，使用船舶につき前者が６．５トン未満
で後者が１３．５トン未満となっているほか，底びき網の構造，規模や漁
獲能力の点でも大きな差異があり，特に減船の必要があるのはαにおける
底びき網漁業であるとの認識に立っている。資源保護及び漁業調整の必要
から，特にαにおける底びき網漁業については，徳島県が外郭団体を通じ
て減船のための補助を行い，ａの会員に減船積立金の自主的支出を求めて，
「とも補償」による減船事業を推進してきている。平成元年以降のα海域
における底びき網漁業の許可隻数の推移は原判決別紙６「最高限度・許可
数一覧表」のとおりであり，平成元年の２８１隻から２２０隻まで減少さ
せたが，これは上記「とも補償」による減船事業の成果である。それでも
なお底びき網漁業の漁獲対象である底魚資源に対する漁獲圧力（隻数）が
高過ぎるため，今後とも稚魚放流等の資源育成や底魚資源の自然再生産の
保護を進める一方で，減船事業を続けていかなければならないと考えてい
る。漁業資源が少なくなればなるほど効率的な漁獲能力の向上が目指され，
それがまた資源減少を招くという悪循環を断つ必要があるところ，その要
請は比較的大型の船舶を使用するα海域において顕著であるからである。
他方で，「とも補償」の補償金を上回る金額で誰にでも自由に漁船の漁業
許可付き売買が行われたときに，これを許可しなければならないとすると，
減船に向けた水産行政の遂行は不可能となってしまう。
過去の底びき網漁業の許認可に際しては，現に許可又は認可がされてい
る数を増やすことのないような取扱いをしてきたものであって，このこと
は旧県取扱方針の当時においても同じであり，新県取扱方針ではこれを明
文化したにすぎない。このような行政の裁量に基づいて作成された新県取
扱方針が適法なものであることは疑いがなく，本件起業不認可処分もこれ
に基づいてされたものであるから，本件先行不許可処分の当否とは直接の
関係はないし，本件先行不許可処分の適否を本件起業不認可処分の適否に
関連させて判断することは誤りである。
（控訴人）
底びき網漁業の許可隻数については，全般的見地から各府県別に国が定
めているところ，県の許可方針もそれに基づくものであることが求められ
る。漁業法６６条１項による農水省告示の徳島県の許可最高限度数は，昭
和３９年まで４９３であったものが，昭和４４年には７７１と急増してお
り，その後は平成７年６３２，平成１５年６３２と高水準を保ったまま推
移してきており，やみくもな減船至上主義でなかったことは明らかである。
漁業法による漁業調整はあくまでも漁業の生産力を高め，その発展に資す
ることを目的とするものであるところ，指定漁業等の超大型漁業は別とし
て，底びき網漁業は，漁業従事者の高齢化，後継者不足により自然に減船
化傾向にあって，衰退の方向をたどっており，このまま推移すれば，県下
の底びき網漁業自体崩壊の危険性すらあるにもかかわらず，減船至上主義
に立つ新県取扱方針にはおよそ合理的根拠がないことは明らかである。し
かも，本件では，被控訴人県知事が違法に本件先行不許可処分をしたがた
めに，形式上許可申請の期間の開始日の前日現在の許可隻数を１隻上回る
ことになるから不認可にするというにすぎないものであって，本件起業不
認可処分の違法は明白である。
(5)損害賠償
（控訴人）
旧県取扱方針も新県取扱方針も法令としての効力を有するものではない
上，許可条件として申請人が漁協組合員であることを要件とはしていない
にもかかわらず，被控訴人県知事は，本件先行承継許可申請及び本件起業
認可申請に対し，ａの副申書が添付されていないという形式的要件の不充
足のみをもって，これらを不許可ないし不認可とする処分を行ったもので
あるところ，こうした取扱いは，任意団体にすぎないａの同意，実質的に
は漁協組合員であることを絶対的な要件とするものであって，上位規範で
ある漁業法や県調整規則に違反するものである。もともと底びき網漁業と
いう熟練を要する漁業の性格上，漁協組合員である者が許可申請をするの
が一般的であったことからくる反射的効果として，従来漁協組合員でない
者に対して許可した例がなかったというにとどまるにもかかわらず（他府
県でも漁業組合員であることを許可条件としているところは少ない。），
本件先行承継許可申請及び本件起業認可申請に際してａの副申書を添付す
ることができない控訴人側の事情を個別具体的に斟酌することなく，上記
副申書の添付がないことのみを理由にして本件先行不許可処分及び本件不
認可処分をした被控訴人県知事には過失がある。とりわけ，本件不認可処
分については，新県取扱方針に特段の合理性がないにもかかわらず，これ
を機械的に適用し，これまでの被控訴人県知事側の非違を一切考慮するこ
となく行われたものであって，被控訴人県知事に重大な過失があることは
明らかである。
（被控訴人県）
争う。
第３当裁判所の判断
１本案前の争点（審査請求前置違反）について
(1)漁業法１３５条の２第１項は，被控訴人県知事が同法６６条１項等
（同法６５条１項の規定に基づく農林水産省令及び規則を含む。）によっ
てした本件承継不許可処分及び本件起業不認可処分については，審査請求
に対する裁決を経た後でなければその処分の取消しの訴えを提起すること
ができないとしているところ，控訴人は，裁決を経ないで上記各不許可等
処分の各取消しの訴えを提起し，審査請求期間である上記各不許可等処分
の通知が送達された日である平成１６年７月１日の翌日から６０日以内
（行政不服審査法１４条１項）に審査請求をしなかったのであるから，審
査請求前置の要件（行政事件訴訟法８条１項ただし書）を充足していない。
(2)前記争いのない事実等によれば，本件承継不許可処分は，本件承継許
可申請が元の許可（ｂ漁業許可）の有効期間中にされたものでなく，県調
整規則２８条１項所定の要件に適合しないことを理由としてされたもので
ある。これに対し，控訴人は，本件訴えにおいて，本件先行不許可処分に
ついて，先行審査請求及び前訴取消訴訟におけると同様に，本件先行許可
申請にａの副申書が添付されていないことを理由に不許可としたことが違
法であるとの主張を前提として，違法な本件先行不許可処分を受けなけれ
ば，ｂ漁業許可について承継許可を得た上，平成１３年６月に許可を得る
ことができたはずであるのに，前訴取消訴訟係属中であったために許可申
請をしなかったものであるから，本件承継許可申請は，ｂ漁業許可の有効
期間経過後にされたものであるものの，県調整規則２８条１項に基づく許
可の申請として有効であり，県調整規則２３条１項各号所定の事由にも該
当しないから，本件承継不許可処分が違法であると主張している。しかし
ながら，本件先行不許可処分に対する先行審査請求が長期間放置されたと
いう経緯が存することなどから，控訴人において，審査請求の手続を経て
いたのでは，前訴取消訴訟と同様に，許可の有効期間を経過してしまう可
能性が高いと判断したとしても，本件承継不許可処分の処分理由は本件先
行不許可処分の処分理由と同じものとはいえないのであるから，控訴人が
裁決を経ないで本件承継不許可処分の取消しの訴えを提起したことについ
ては，行政事件訴訟法８条２項３号の裁決を経ないことにつき「正当な理
由がある」とは認められないといわなければならない。
(3)前記争いのない事実等によれば，本件起業不認可処分は，新県取扱方
針に基づき，漁業調整又は資源の保護培養上，知事が定める許可申請期間
の開始日の前日現在において，許可又は起業の認可がされていない許可枠
についてはこれを許可しないこととし，今回のα海域を操業海域とする許
可申請数が平成１６年５月３１日現在の許可数を１件上回ったため，申請
の優先順位につき現に当該漁業の許可を受けている者を優先すべきものと
する県調整規則２６条２項の趣旨に従い，本件起業認可申請を認可しない
こととしたものであるところ，控訴人は，本件訴えにおいて，本件先行不
許可処分について，先行審査請求及び前訴取消訴訟におけると同様に，本
件先行許可申請にａの副申書が添付されていないことを理由に不許可とし
たことが違法であるとの主張を前提として，本件起業不認可処分が違法で
あると主張している。
起業の認可は，新たに漁業の許可を受けようとする者であって現に船舶
等を使用する権利を有しないものが，あらかじめ起業につき知事の認可を
受けるものであるところ（県調整規則２１条１項），知事は，県調整規則
２３条１項各号の一に該当する場合には起業の認可をしないとされている
のであるから，起業の認可を受けた者がその起業の認可に基づいて許可の
申請をした場合において，申請の内容が認可を受けた内容と同一であると
きは，特段の事情がない限り，知事から漁業の許可を受けることが可能と
なるものである（県調整規則２２条１項）。起業の認可と承継許可とは別
個の処分である上，起業認可の申請は，新たに漁業の許可を受けようとす
る者が許可申請の前提として行うものであって，申請に対する被控訴人県
知事の審査・判断における考慮要素等の点で承継許可申請とは同一には論
じられない面を有していることは否めないところであって，上記のような
本件起業不認可処分の処分理由にもかんがみれば，前記のとおり本件先行
不許可処分に対する先行審査請求が長期間放置されたという経緯が存する
ことや，本件起業認可申請に係る漁業の許可の有効期間が最長で３年間に
限られていることから，控訴人において，審査請求の手続を経ていたので
は，前訴取消訴訟と同様に，許可の有効期間を経過してしまう可能性が高
いと判断したとしても，控訴人が，本件起業不認可処分に対する審査請求
を行うことなく，裁決を経ないでその取消しを求める訴えを提起したこと
については，行政事件訴訟法８条２項３号の裁決を経ないことにつき「正
当な理由がある」とは認められないといわなければならない。
(4)以上によれば，控訴人が裁決を経ないで本件承継不許可処分の取消し
の訴え及び本件起業不認可処分の取消しの訴えを提起したことには正当な
理由があるということはできないから，これらの訴えは，いずれも審査請
求前置に反する不適法なものとして却下を免れないものというべきである。
２本件先行不許可処分の違法性について
この点に関する当裁判所の判断は，以下のとおり補正するほか，原判決
「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の２に記載のとおりである
から，これを引用する。
(1)原判決２８頁１６行目の「各１０」を「各甲１０」に改め，３２頁１
７行目の「行ってきた」の次に「（Ｂ乙１５ないし１７，２０ないし２４，
２６ないし３３，３７ないし５５）」を加え，同２０行目の「ころ」を
「ころまでに」に改め，同行目の「至った」の次に「（Ｂ乙２５，３５，
３６）」を加える。
(2)原判決３６頁９行目から３９頁７行目までを次のとおり改める。
「漁業法や県調整規則は，申請者が漁協ほか漁業者の団体の構成員であ
ることを許可漁業である底びき網漁業の許可の要件として明示していな
いけれども，前記のようなａの性質，組織形態，活動実績等に照らせば，
徳島県において，底びき網漁業の許可の申請をした者がａの会員である
ことやａの副申書を得ていることをもって，漁業調整等において支障が
ないと判断することには合理性があり，換言すれば，許可申請に際して
ａの副申書の添付がないことは，漁業調整上の問題が存することを疑わ
せるに足りる事情であるということができる。しかしながら，底びき網
漁業の承継許可等の申請をした者について，従前から漁業に従事して，
漁協やａに加入の申込みをするなどしたにもかかわらず，申請者に必ず
しも責任があるとはいえない事由等により加入が認められず，そのため
にａの副申書の発行を受けることができなかったと認められる場合にま
で，旧県取扱方針４(2)①の適用につき一切の例外を認めず，ａの副申
書の添付がされていないことのみを理由に，上記申請について，県調整
規則２３条１項３号の不許可事由に該当すると判断して不許可処分をす
ることは不合理である。被控訴人県知事は，底びき網漁業の承継許可等
の申請について，ａの副申書が添付されていない場合であっても，申請
者から，ａの副申書の発行を受けられない理由や漁協やａに加入するこ
とができない事情についての具体的説明やこれを疎明する資料の提出を
求めるなどした上，その内容等に照らして必要があると認めるときには，
申請者，漁協，ａ等に対する確認や調査を行って，県調整規則２３条１
項３号に該当するか否かについて判断すべきである。
前記(1)の認定事実によれば，控訴人は，被控訴人県知事に対し，県
調整規則２８条１項に基づき，底びき網漁業の承継許可申請である本件
先行承継許可申請をした際，控訴人がｂ漁業許可を承継することを承諾
する旨のｂ名義の承継承諾書や，控訴人が底びき網漁業の漁船に１年間
乗り子として乗っていたことを証明する旨のｃ名義の漁業従事証明書等
を添付しただけで，ａの副申書を添付しなかったため，被控訴人県の担
当職員によりこれを添付するよう要請され，ａの副申書を取得しようと
試みたものの，漁協の組合員でないためにこれを得ることができず，そ
の旨の書面を提出したものである。
本来水産業協同組合法１８条１項１号所定の要件を充足する漁民は，
漁協の組合員たる資格を有するものとされ，その者が漁協に加入しよう
とするときは，漁協は，正当な理由なく，その加入を拒んではならない
旨規定されているところ（同法２５条），前記(1)の認定事実によれば，
控訴人が平成元年に控訴人の父が死亡した後ｄ漁協の組合員名義を控訴
人に変更することを求めたものの結論を留保され，平成２年６月に控訴
人の母がｄ漁協の持分権を控訴人に譲渡して組合員名義の変更を求めた
のに対して拒絶された背景には，控訴人の父とｄ漁協との対立関係及び
これに関連した控訴人とｄ漁協の理事等との間の口論等のトラブルが存
在しており，これがｄ漁協が控訴人の加入を拒む実質的理由であったも
のと推認されるけれども，こうしたｄ漁協の加入拒絶に正当な理由があ
ったといえるかどうかは判然としないところである。また，証拠（Ａ及
びＢの各甲７，１０）及び弁論の全趣旨によれば，控訴人は，前訴取消
訴訟係属中に，ａに対し，漁業調整又は水産資源の保護培養に関する必
要な措置を受け入れることを申し出て，ａへの入会及び副申書の発行を
申し入れたが，ａは，控訴人との協議を行うことなく，控訴人が漁協組
合員でないことのみを理由として，控訴人の上記申入れを拒絶したこと
が認められる。
前記のとおり，本件先行許可申請の際に，控訴人がａの副申書を添付
せず，漁協の組合員でないためにこれを得ることができなかった旨の書
面を提出したにとどまっていたとはいえ，上記の事情にもかんがみれば，
被控訴人県の担当職員において，控訴人に対し，更に漁協やａに加入す
ることができない具体的な事情についての説明等を求め，その内容に照
らして必要があるときには，ｄ漁協やａ等に対する確認や調査を行った
上で，県調整規則２３条１項３号に該当するか否かについて判断すべき
ものであったといわなければならない。しかしながら，本件先行承継許
可申請を取り扱った被控訴人県の担当職員においては，旧県取扱方針４
(2)①について例外を認めるべき場合があり得ることまでは念頭になく，
控訴人からの具体的な事情についての説明等を受けたり，必要に応じて
漁協やａ等に対して確認や調査を行うこともなかったものである。また，
被控訴人県知事が本件先行不許可処分をした際の海区委員会の意見は，
本件先行承継許可申請について不許可処分が相当であるとしているもの
の，控訴人がａの副申書を添付するという手続的な要件を充たしていな
いことだけを理由としており，それ以外に漁業調整等の観点から具体的
に不許可とすべき事由があるとまでは言明していない。さらに，本件先
行不許可処分に対する控訴人の先行審査請求の申請書に，水産資源の保
護培養等のために漁業法令を遵守する旨の記載があることからすれば
（Ａ及びＢの各甲１７），本件先行承継許可申請の際にも，控訴人にお
いて，被控訴人県の担当職員からの求めがあれば，底びき網漁業を営む
に当たってａ等の方針に従った行動をとる旨誓約する書面を提出したで
あろうと推測される。
これらの事情にかんがみれば，被控訴人県知事において，漁業法や県
調整規則によって委ねられた許可の権限を適正に行使せず，必要な手続
を尽くすことなく，ａの副申書が添付されていないことのみをもって直
ちに県調整規則２３条１項３号所定の事由があると即断して，本件先行
不許可処分をするに至ったものというべきであるから，本件先行不許可
処分については，被控訴人県知事において漁業法により委ねられた裁量
権を逸脱又は濫用した違法があると認めるのが相当である。」
３本件承継不許可処分の違法性について
この点に関する当裁判所の判断は，原判決「事実及び理由」中の「第３
当裁判所の判断」の３に記載のとおりであるから，これを引用する。ただし，
原判決４１頁５行目の「ほか，」から８行目の「できる」までを削る。
４本件起業不認可処分の違法性について
(1)本件起業不認可処分に至る経緯等に関する事実関係については，原判
決「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の４(1)に記載のとお
りであるから，これを引用する。ただし，原判決４３頁１５行目の「求
め」の次に「（Ａ及びＢの各乙５）」を加え，同２３行目から末行までを
次のとおり改める。
「キ昭和５８年１１月に設置された徳島県沿岸漁業等振興対策懇談会の
中間報告において，底びき網漁業については，漁獲努力量が資源量に
比べて過大であると考えられ，資源の動向に即応して，漁獲努力量を
合理的に見直す中で，その縮減を検討する必要があるとの認識が示さ
れ，とりわけα海域における底びき網漁業については，漁獲努力量縮
減の必要性についての業界の一応の合意がされていることから，今後
縮減方法等についての意見の集約を急ぐとともに，漁獲量の縮減を行
うべきであるとの提言がされていた（Ａ乙１３）。
クα海域における底びき網漁業の年間漁獲量（推定値）は，平成元年
・４８２４トン，平成４年・３８３５トン，平成７年・２６８３トン
と急激な減少を見せた後，平成８年・２９６８トン，平成９年・２７
８６トン，平成１０年・２９２６トン，平成１１年・３０９８トン，
平成１２年・２８０１トン，平成１３年・３０２０トンと若干持ち直
してはいるものの，３０００トン前後ないしこれをやや下回る水準で
推移している（Ａ乙１２）。被控訴人県知事は，β海域におけるもの
に比べてより大型の１３．５トン未満までの船舶を使用することが認
められているα海域における底びき網漁業につき，水産資源の保護及
び漁業調整上の観点から，減船の必要性が大きいとして，被控訴人県
が外郭団体を通じて減船のための補助を行うとともに，ａ所属の漁民
による減船補償のための積立金からの支出を行い，いわゆるとも補償
により減船事業を推進してきている（Ａ及びＢの各甲１０，Ｂ乙３２
ないし３４）。その結果，徳島県における底びき網漁業についての平
成年代以降の漁業法６６条３項に基づく農林水産大臣の定める船舶の
隻数の最高限度及び被控訴人県知事による許可（起業の認可を含
む。）数については，原判決別紙６最高限度・許可数一覧表記載のと
おりであって，平成元年から平成１６年までの間に上記許可数は２８
１から２２０へと減少しているところ，α海域における底びき網漁業
につき上記許可数の推移を船舶のトン数別に見ると，平成元年と平成
１６年とでは，１０トン以上１３．５トン未満のものについては同数
のままで，５トン以上１０トン未満のものが４，５トン未満のものが
５７，それぞれ減少となっている（Ａ乙８，９）。」
(2)漁業法６６条１項に規定する漁業及び県調整規則７条の規定による漁
業の許可は，法令によって一般的に禁止されている行為につき，特定の場
合にその禁止を解除して適法にその行為をすることができるようにする行
政行為（講学上の「許可」）であり，県調整規則２１条に規定する起業の
認可は，新たに漁業の許可を受けようとする者であって現に船舶等を使用
する権利を有しないものが，許可申請の前提としてあらかじめ知事の認可
を受けるものであるところ，県調整規則は，申請者が２４条に規定する適
格性を有する者でない場合，その申請に係る漁業と同種の漁業の許可の不
当な集中に至る虞がある場合及び漁業調整又は水産資源の保護培養上必要
があると認める場合には，知事は漁業の許可又は起業の認可をしないもの
としているだけでなく（２３条１項），知事が水産資源の保護培養その他
漁業調整のため必要があると認めるときは，漁業の許可若しくは起業の認
可につき，その内容を変更し，制限若しくは条件を付け，取り消し又は操
業を停止させることがあると定めており（３２条１項），被控訴人県知事
に対し，水産資源の保護培養及び漁業調整上の必要性にかんがみて，漁業
の許可ないし起業の認可に関して広範な権限を与えている。
前記(1)の認定事実によれば，被控訴人県知事は，底びき網漁業の許可
ないし起業の認可の申請について，県調整規則２３条１項３号の不許可事
由に該当するか否かの判断基準として，平成１６年５月６日に改定した新
県取扱方針を定めており，本件起業認可申請について，新県取扱方針４−
１等に従って，県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当することを
理由に不認可とする本件起業不認可処分をしたものである。既に説示した
とおり，被控訴人県知事は，県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該
当するか否かの判断をするに当たって裁量権を有しており，底びき網漁業
の許可ないし起業の認可の申請に対する不許可ないし不認可処分について
は，被控訴人県知事が漁業法により委ねられた裁量権を逸脱又は濫用した
と評価される場合に違法となるというべきである。
(3)底びき網漁業については，農林水産大臣によって漁業法６６条３項に
基づき原判決別紙６最高限度・許可数一覧表の最高限度欄記載のとおり許
可ないし起業の認可をすることができる船舶の隻数の最高限度が定められ，
被控訴人県知事が上記最高限度を超えて許可ないし起業の認可をすること
ができないこととして（漁業法６６条５項），水産資源の保護や漁業調整
が図られている。そして，前記(1)の認定事実によれば，被控訴人県知事
は，底びき網漁業について，従前から減船の方針を採用しており，底びき
網漁業の許可ないし起業の認可において，前回の許可数から廃業等により
減少した許可件数分について新規に許可ないし起業の認可をせず，いった
ん減少した許可数を増加させない取扱いを採用し，水産資源の保護や漁業
調整を図ってきていたところ，平成１６年５月，海区委員会との協議を経
て，旧県取扱方針を改定して新県取扱方針を定め，その中で，被控訴人県
知事が県調整規則８条２項に基づき定める許可の申請期間の開始日の前日
現在において許可又は起業の認可がされていない許可枠については許可し
ない旨（４−１）を明定したものである。このような新県取扱方針の定め
は，減少した許可数分を増加させないという従前から採用されていた取扱
いについて，許可の申請期間の開始日の前日現在の許可数を基準とする点
で，その趣旨を徹底し，これを明確化したものということができる。被控
訴人県知事が底びき網漁業について減船の方針を採用すること自体は，水
産資源の保護や漁業調整上の観点から，不合理であるとはいえず，上記の
減船の方針に基づく具体的な取扱いとして，いったん減少した許可数を増
加させないことにすることについても，これによって底びき網漁業への新
規参入が事実上不可能となるものの，減船の方針を推進するに当たって当
面の間はやむを得ない措置であるということができるのであって，徳島県
内の底びき網漁業の許可ないし起業の認可数が農林水産大臣によって定め
られた最高限度数を下回っていること等の事情があるとしても，上記新県
取扱方針４−１等が，漁業法等に照らして不合理であるということはでき
ない。なお，前記のとおり，新県取扱方針が従前から採用されていた取扱
いを明確化したものであると認められる以上，新県取扱方針が控訴人の本
件起業認可申請の前月に定められたものであるからといって，控訴人の主
張するように，本件起業認可申請を不認可とすることを目的として定めら
れたものと認めることはできない。
そうすると，被控訴人県知事が，α海域における底びき網漁業につき減
船の必要性が大きいとして，被控訴人県から外郭団体を通じて減船のため
の補助を行うなどして減船事業を推進する一方で，従来から，底びき網漁
業の許可ないし起業の認可において，前回の許可数から廃業等により減少
した許可件数分について新規に許可ないし起業の認可をせず，いったん減
少した許可数を増加させない取扱いを採用していることには，水産資源の
保護及び漁業調整上の必要性及び合理性があるというべきであって，上記
取扱いを明確化した新県取扱方針についてもその合理性を肯認することが
できる。なお，α海域における底びき網漁業につき，減船の方針が採られ
てきており，減船に伴って原判決別紙６の農林水産大臣が定める船舶隻数
の最高限度と実際の許可数との間の乖離が大きくなっているものの，水産
資源の保護及び漁業調整上の観点に基づく減船の必要性が乏しくなってい
るとは認められない。
前記(1)の認定事実によれば，本件においては，許可申請期間の開始日
の前日である平成１６年５月３１日現在において，α海域を操業海域とす
る底びき網漁業の許可数（起業認可数を含む。）は２２０であったのに対
し，上記の底びき網漁業の許可ないし起業の認可の申請数は本件起業認可
申請を含めて２２１であり，上記許可の申請期間の開始日の前日現在の許
可数よりも１件多くなったため，被控訴人県知事は，新県取扱方針に従っ
て，上記の底びき網漁業の許可ないし起業の認可の申請数（本件起業認可
申請を含む。）のうち１件について，県調整規則２３条１項３号の不許可
事由に該当するものとして，不許可ないし不認可とすることにし，その際
に，新県取扱方針には，上記の場合にどの申請を不許可ないし不認可にす
るかについて定めがないことから，実績者（現に当該漁業の許可又は起業
の認可を受けている者）を優先する旨の県調整規則２６条２項等に基づき，
本件起業認可申請以外の申請が実績者からの申請であったため，本件起業
認可申請を不認可とすることにし，県調整規則２３条４項に基づき，海区
委員会からも，本件起業認可申請について県調整規則２３条１項３号に基
づき認可しないものとする被控訴人県知事との協議のとおりで異議がない
旨の意見を徴した上で，本件起業不認可処分をしたものである。このよう
に県調整規則及び新県取扱方針に従ってされた本件起業不認可処分は，特
段の事情がない限り，違法となるものではないというべきである。
確かに，前記２に説示したとおり，本件先行承継不許可処分は，ａの副
申書が添付されていないことのみをもって直ちに県調整規則２３条１項３
号所定の事由があると即断してされたものであり，被控訴人県知事が必要
な手続を尽くすことなく不許可処分をした点において，裁量権の逸脱又は
濫用があるために違法とされるべきものであるけれども，他方で，本件先
行承継許可申請について，控訴人から説明等を受けた上で，漁協やａに対
する所要の確認や調査を行うなどしていれば，県調整規則２３条１項３号
所定の事由が存しなかったと確実に判断されたであろうとまでは断じ難い
ところである。本件先行承継許可申請に対する許可の可能性が相当程度あ
り，かつ，底びき網漁業について一度許可を得た者が有効期間満了時に新
たに許可の申請をした場合に許可されなかった者はいないと認められる
（証人ｅ）としても，本件起業認可申請について，県調整規則２３条１項
３号所定の事由がないと判断すべきであるとまではいえないから，本件起
業不認可処分を違法とすべき特段の事情があるとは認められないというべ
きである。
(4)以上によれば，被控訴人県知事が控訴人に対して本件起業認可申請に
ついて新県取扱方針４−１等に従って県調整規則２３条１項３号の不許可
事由に該当することを理由に本件起業不認可処分をしたことにつき，被控
訴人県知事に裁量権の逸脱又は濫用があったとまでは認められないという
べきであるから，本件起業不認可処分が違法であるとはいえない。
５本件登録不許可処分の違法性について
この点に関する当裁判所の判断は，原判決「事実及び理由」中の「第３
当裁判所の判断」の５に記載のとおりであるから，これを引用する。
６損害賠償請求の可否について
この点に関する当裁判所の判断は，原判決「事実及び理由」中の「第３
当裁判所の判断」の６に記載のとおりであるから，これを引用する。ただし，
原判決４８頁１１行目から１２行目及び同１８行目の「旧取扱方針」をいず
れも「旧県取扱方針」に改め，同２５行目から４９頁１０行目までを削り，
同１１行目の「(3)」を「(2)」に，同１２行目の「(4)」を「(3)」にそれぞ
れ改める。
７結論
以上の次第で，控訴人の本件各請求のうち，本件起業不認可処分取消請求
及び本件承継不許可処分取消請求に係る訴えについては不適法として却下を
免れず，その余の請求についてはいずれも理由がないから棄却すべきところ，
これと一部異なる原審の判断は相当でないから，原判決中本件起業不認可処
分取消請求及び本件承継不許可処分取消請求に関する部分を取り消して同請
求に係る訴えをいずれも却下することとし，控訴人のその余の控訴はいずれ
も理由がないから棄却することとし，主文のとおり判決する。
高松高等裁判所第４部
裁判長裁判官馬渕勉
裁判官豊澤佳弘
裁判官齋藤聡

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