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主文
１　本件訴えのうち，被告が平成８年５月２２日付けでした原告の平成７年
分の所得税に係る無申告加算税の賦課決定処分の取消を求める訴えを却下する。
２　原告のその余の請求を棄却する。
　　　　３　訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１　請求
　１　被告が原告に対し平成９年３月１４日付けでした原告の平成９年６月３０日
付け平成７年分所得税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分
を取り消す。
　２　被告が平成８年５月２２日付けでした原告の平成７年分所得税に係る無申告
加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２　事案の概要
　　　原告は，被告に対し，平成７年分所得税について，法定申告期限である平成
８年３月１５日の後である同年４月１９日に確定申告（以下「本件確定申告」とい
う。）をしたところ，被告は平成８年５月２２日付けで同申告に係る無申告加算税
の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」という。）をした。また，原告は，被
告に対し，平成９年３月１４日付けで同申告に係る課税標準及び納付すべき税額に
ついて更正すべき旨の請求（以下「本件更正請求」という。）をしたところ，被告
は，原告に対し，平成９年６月３０日付けで更正をすべき理由がない旨を通知した
（以下「本件通知処分」という。）。
　　　本件は，原告が，被告に対し，本件通知処分は事実を誤認した違法があり，
これに基づく本件賦課決定処分も違法であると主張して，両処分の取消しを求めた
事案である。
　１　争いのない事実
　　(1)　本件確定申告
　　　　原告は，訴外有限会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）に対し，平成元年６月２
２日，別紙物件目録記載１及び２の土地（以下，それぞれ「本件土地１」及び「本
件土地２」といい，これらを併せて「本件土地」という。）を代金３６６０万円で
売却した（以下「本件売買契約」という。）。
　　　　被告は，本件土地について平成７年５月１日付けで原告から訴外株式会社
Ｄ（以下「Ｄ」という。）に対する所有権移転登記がなされていることから，原告
には平成７年分の譲渡所得につき確定申告をする必要があると認め，原告に対し，
確定申告書用紙を送付した。
　　　　原告は，被告に対し，平成７年分所得税について，法定申告期限である平
成８年３月１５日の後である同年４月１９日，分離長期譲渡所得金額３２６５万
円，所得から控除される金額１８４万９７００円，納付すべき税額７６５万円とす
る本件確定申告をした。
　　(2)　本件賦課決定処分
　　　　被告は，平成８年５月２２日付けで本件確定申告に係る無申告加算税１１
４万７５００円の賦課決定処分をした。
　　(3)　本件通知処分
　　　　原告は，被告に対し，平成９年３月１４日付けで，平成７年における不動
産の譲渡所得がなかったことを理由として，分離長期譲渡所得金額０円，所得から
控除される金額０円，納付すべき税額０円とすることを求める本件更正請求をし
た。
　　　　被告は，原告に対し，同年６月３０日付けで，同請求に係る課税標準及び
税額について更正をすべき理由がないとする本件通知処分をしたが，その計算根拠
は次のとおりである。
　　　ア　分離長期譲渡所得の金額・・・・・・・・３２６５万円
　　　　　上記金額は，次のａの収入金額からｂの必要経費及びｃの特別控除額を
差し引いた額である。
　　　　ａ　収入金額・・・・・・・・・・・・・・３６６０万円
　　　　　　上記金額は，本件売買契約に係る本件土地の売却金額である。
　　　　ｂ　必要経費・・・・・・・・・・・・・・２９５万円
　　　　　　上記金額は，①本件土地の取得費１８３万円（租税特別措置法（以下
「措置法」という。）３１条の４）及び②原告が被告所部係官に説明した仲介料１
１２万円（所得税法３３条３項）の合計額である。
　　　　ｃ　特別控除額・・・・・・・・・・・・・１００万円
　　　　　　上記金額は，措置法３１条４項所定の特別控除額である。
　　　イ　所得控除額・・・・・・・・・・・・・・１８４万９７００円
　　　　　上記金額は，①社会保険料控除４９万４７００円（所得税法７４条），
②生命保険料控除５万円（同法７６条），③損害保険料控除１万５０００円（同法
７７条），④配偶者控除３８万円（同法８３条），⑤扶養控除５３万円（同法８４
条），及び⑥基礎控除３８万円（同法８６条）の合計額であり，被告所部係官に説
明した額である。
　　　ウ　課税される分離長期譲渡所得の金額・・・３０８０万円
　　　　　上記金額は，アの分離長期譲渡所得の金額からイの所得控除額を控除し
　　　　国税通則法１１８条１項による１０００円未満の端数を切り捨てた額であ
　　　　る。
　　　エ　納付すべき税額・・・・・・・・・・・・７６５万円
　　　　　上記金額は，次のａの算出税額からｂの特別税額を控除した額である。
　　　　ａ　算出税額・・・・・・・・・・・・・・７７０万円
　　　　　　上記金額は，上記ウの課税される分離長期譲渡所得の金額に措置法３
１条（平成７年法律第５５号による改正後のもの）を適用して算出したものであ
る。
　　　　ｂ　特別減税額・・・・・・・・・・・・・５万円
　　　　　　上記金額は，平成７年分所得税の特別減税のための措置法４条（平成
６年法律第１１０号による改正後のもの）を適用して算出したものである。
　　(4)　異議申立て
　　　　原告は，被告に対して，平成９年８月１９日，本件通知処分を不服とし
て，異議申立てをしたところ，被告は，平成１０年１月７日付けで，異議申立てに
理由がないとして，これを棄却する決定をした。
　　(5)　審査請求
　　　　原告は，本件通知処分及び本件賦課決定処分について不服があるとして，
国税不服審判所長に対し，平成１０年１月２８日，審査請求をしたが，同所長は，
平成１１年３月１６日付けで，本件通知処分に対する審査請求を棄却し，本件賦課
決定処分に対する審査請求を却下する旨の裁決をし，同月２３日頃，同裁決の裁決
書謄本が原告に送付された。
　２　争点
　　(1)　本件賦課決定処分取消しの訴えの適否
　　(2)　本件通知処分及び本件賦課決定処分の当否
　３　争点についての当事者の主張
　　(1)　争点１（本件賦課決定処分取消しの訴えの適否）について
　　　ア　被告の主張
　　　　ａ　国税に関する法律に基づく処分で不服申立てをすることができるもの
の取消しを求める訴えは，異議申立てをすることができる処分にあっては異議申立
てについての決定を，審査請求をすることができる処分にあっては審査請求につい
ての裁決をそれぞれ経た後でなければ提起することができないとされている（国税
通則法１１５条１項）。
　　　　　　ところで，本件賦課決定処分は，国税通則法７５条１項１号により，
被告に対して異議申立てができるとされているにもかかわらず，原告は同処分につ
いて，国税通則法７７条１項の定める２か月の不服申立期間内に異議申立てをしな
かった。
　　　　　　したがって，本件賦課決定処分の取消しを求める訴えは適法な不服申
立てを経ていないものであるから，不適法な訴えとして却下されるべきである。
　　　　ｂ　なお，原告は，後記イのとおり不服申立ての前置を欠いたことに正当
な理由（国税通則法１１５条１項３号）がある旨主張するが，本件賦課決定処分
は，本件通知処分を前提としてされた処分ではなく，両処分は目的，性質及び効果
が異なる別個独立の行政処分であり，一方に対する異議申立てが他方に対する異議
申立てを当然に含むという関係にはない。また，原告は，本件賦課決定処分の異議
申立期間中に本件更正請求をしたわけではないから，本件更正請求をもって本件賦
課決定処分をも併せて争う趣旨であると解することはできない。したがって，異議
申立てを経ていないことに正当な理由があるとはいえない。
　　　イ　原告の主張
　　　　　原告が本件賦課決定処分について国税通則法７５条１項１号に基づく異
議申立てをしていないことは認める。
　　　　　しかしながら，異議申立てを経ていないことについて，国税通則法１１
５条１項３号所定の正当な理由がある。すなわち，本件賦課決定処分と本件通知処
分は密接不可分の関係にあり，本件通知処分が否定されれば，本件賦課決定処分も
自動的に否定される関係にある。したがって，本件通知処分に対する異議申立ては
本件賦課決定処分に対する異議申立てを含むと解すべきである。また，原告は，本
件通知処分に対する異議申立てと別個に本件賦課決定処分に対する異議申立てが法
的に要請されることを知らなかったから，被告は，原告に対して本件賦課決定処分
の異議申立てを促す法的義務があった。また，原告は，被告に対し，平成８年５月
１１日，本件確定申告に係る所得税の納税義務がない旨の嘆願書を提出しているか
ら，被告はその時点で本件賦課決定処分の可否も審理し得た。
　　(2)　争点２（本件通知処分及び本件賦課決定処分の当否）について
　　　ア　原告の主張
　　　　ａ　立証責任
　　　　　　税務訴訟において，課税要件の立証責任は被告課税庁側が負担すると
解するべきである。
　　　　ｂ　所得税法３６条１項の「収入すべき金額」の計上時期の基準
　　　　　　本件売買契約について，所得税法３６条１項の「収入すべき金額」の
計上時期は，売主である原告，買主であるＣの代表取締役Ｅ（以下「Ｅ」とい
う。）及び隣地所有者ら立会いの下，国土調査による境界杭の打ち直しを行い，本
件土地の引渡しがなされた平成元年７月と解すべきである。仮にこれが認められな
いとしても，平成２年４月２６日には，Ｃから原告に対して本件売買契約の残代金
が完済され，所得が現実化しているから，その時点をもって，所得税法３６条１項
の「収入すべき金額」の計上時期と解すべきである。さらに，本件土地は，平成２
年７月にＣにより埋立てが行われ，非農地化しているから，本件売買契約は契約時
に遡って，又は埋立てのなされた平成２年７月にはその効力を生じ，収入すべき金
額の計上時期はそのいずれかの時点と解すべきである。
　　　　ｃ　除斥期間
　　　　　　国税通則法７０条４項は，課税標準申告書の提出を要する国税で当該
申告書の提出がなかったものに係る賦課決定は当該申告書の提出期限から５年を経
過した日以降はすることができない旨規定するところ，本件土地の譲渡に係る所得
を収入すべき金額として計上すべき時期は，上記ｂのとおり，平成元年７月又は遅
くとも平成２年７月であるから，その法定申告期限は，平成２年３月１５日又は平
成３年３月１５日であって，それから５年経過した日である平成７年３月１５日又
は平成８年３月１５日をもって無申告加算税の賦課決定権は消滅した。
　　　　ｄ　消滅時効
　　　　　　国税通則法７２条１項は，国税の徴収を目的とする国の権利は，当該
国税の法定納期限から５年間行使しないことにより，時効により消滅する旨規定す
るところ，本件土地の譲渡に係る所得を収入すべき金額として計上すべき時期は，
前記ｂのとおり，平成元年７月又は遅くとも平成２年７月であるから，その法定申
告期限は，平成２年３月１５日又は平成３年３月１５日であって，それから５年経
過した日である平成７年３月１５日又は平成８年３月１５日をもって，本件土地の
譲渡に係る所得税の徴収権は法律上消滅した。
　　　イ　被告の主張
　　　　ａ　立証責任
　　　　　　税務訴訟における課税要件については，原則として，被告課税庁側に
立証責任があるが，本件のように，納税者の確定申告書に記載された譲渡所得の金
額又は所得税額について，これらの減額を求めてなされた更正の請求について更正
をすべき理由がない旨の通知処分の取消しを求める訴訟においては，その請求の実
質は，同確定申告書に既に記載された所得金額又は所得税額の減税を求めるものに
ほかならず，納税者がいったん提出した確定申告書記載の所得金額が真実の所得金
額と異なる旨主張して，申告により確定した税額等を納税者に有利に変更すること
を求めるのであるから，納税者において，確定申告書の記載が真実と異なる旨の立
証責任を負うべきものである。
　　　　ｂ　所得税法３６条１項の「収入すべき金額」の計上時期の基準
　　　　　　譲渡所得は，資産の譲渡による所得，すなわち資産の取得時から譲渡
時までのその資産の増加益をいい，譲渡所得に対する課税は，資産の値上がりによ
り，その資産の所有者に帰属する増加益を所得として，その資産が所有者の支配を
離れて他に移転するのを機会にこれを精算して課税する趣旨のものであるから，所
得税法３６条１項の「収入すべき金額」の計上時期は，現実の収入がなくとも，そ
の収入の原因となる収入すべき権利が確定した場合には，その時点で所得の実現が
あったものとして同権利確定の日の属する年度を「収入すべき金額」の計上時期と
解すべきである（いわゆる権利確定主義）。
　　　　　　もっとも，権利の確定という法的基準で全ての場合を律するのは妥当
でなく，譲渡所得の収入すべき時期の判定は，資産の譲渡者が経済的にその資産の
価値の増加による利得を実際に自己のために享受し，それを支配管理しているか否
かという事実関係に着目して行うことが妥当である場合もあり，一例として，農地
の譲渡において，都道府県知事の許可がなされた年度よりも前の年度に引渡しと代
金の授受が完了し，譲渡人が自らそれを所得として申告しているような場合，その
支払期の属する年分の収入金額として所得を計上しても違法ではないと解される。
しかしながら，本件土地の譲渡については，上記のような事情はないから，収入す
べき金額を計上すべき時期は，本件土地の譲渡について茨城県知事の許可がなさ
れ，しかも，実質的に本件土地の引渡しがあった日の属する年度であり，それは，
以下述べるように平成７年度である。
　　　　　　すなわち，本件土地の取引については，①原告は，平成７年３月９
日，譲渡人を原告，譲受人をＤとして，売買による所有権移転に基づき本件土地を
農地以外に転用する目的で，茨城県知事に対し，農地法５条の規定による許可を申
請し（以下「本件５条許可申請」という。），同年４月１７日付けで同許可を受け
たこと，②原告は，地目が田である本件土地につき，平成７年５月１日売買を原因
として，同日付けで所有者をＤとする所有権移転登記を経由したこと，③本件土地
は，登記簿上，平成８年４月１０日に，田から雑種地に地目変更されていること，
④原告は，本件土地について，平成２ないし４年度においては，水田農業確立対策
事業，平成５及び６年度においては，水田営農活性化対策事業（以下，これらの事
業を併せて，「水田農業確立対策事業等」という。）に基づく転作等実施計画に本
件土地を自ら保全管理している旨記載し，署名捺印の上，阿見町役場に提出し，平
成２ないし６年分の水田農業確立対策事業等に基づく助成金の交付を受けていたこ
と，⑤原告は，本件売買契約締結後も平成７年まで，本件土地に係る固定資産税を
阿見町役場に納付し，本件土地の譲受人に対しては現在に至るまでその
精算を行っていないこと，⑥本件土地が埋め立てられた事実のみをもって，本件土
地が非農地化したとはいえないことなどの事実があり，これらに照らすと，原告
は，本件売買契約締結後も，本件土地を農地として自ら管理し，使用収益をしてい
たものと認められ，平成元年７月に本件土地について現実の引渡しが確定的に行わ
れたとか，平成２年７月に本件土地が非農地化した事実は認められない。
　　　　ｃ　除斥期間及び消滅時効について
　　　　　　以上のとおり，本件売買契約に係る所得を収入すべき金額として計上
すべき時期は，平成７年であるから，その法定申告期限は，平成８年３月１５日で
あって，原告の除斥期間及び消滅時効の主張は理由がない。
第３　争点に対する判断
　１　争点(1)（本件賦課決定処分取消しの訴えの適否）について
　　(1)　国税に関する法律に基づく処分で不服申立てをすることができるものの取
消しを求める訴えは，異議申立てをすることができる処分にあっては異議申立てに
ついての決定を，審査請求をすることができる処分にあっては審査請求についての
裁決をそれぞれ経た後でなければ提起することができないとされているところ（国
税通則法１１５条１項），本件賦課決定処分は，同法７５条１項１号によ
り，被告に対する異議申立てができるとされているにもかかわらず，原告は同処分
に対し，同法７７条１項の定める２か月の不服申立期間内に異議申立てをしていな
い。
　　　　したがって，本件賦課決定処分の取消しを求める訴えは適法な不服申立て
の前置を経ていないと解される。
　　(2)　なお，原告は，①本件賦課決定処分と本件通知処分は密接不可分の関係に
あり，本件通知処分が否定されれば，本件賦課決定処分も自動的に否定される関係
にあるから，本件通知処分に対する異議申立ては本件賦課決定処分に対する異議申
立てを含むと解すべきであること，②被告は原告に対し，本件賦課決定処分の異議
申立てを促す法的義務があったこと，③原告は，被告に対し，平成８年５月１１
日，本件確定申告に係る所得税の納税義務がない旨の嘆願書を提出しているから，
被告はその時点で本件賦課決定処分の可否も審理し得たことなどを主張する。
　　　　しかしながら，本件賦課決定処分は，本件通知処分を前提としてされた処
分ではなく，両処分は目的，性質及び効果が異なる別個独立の行政処分であり，一
方に対する異議申立てが他方に対する異議申立てを当然に含むという関係にないか
ら，上記①の主張には理由がない。また，甲第３号証によれば，原告は，本件賦課
決定処分の際，処分に不服がある場合は通知を受けた日の翌日から起算して２月以
内に被告に対して異議申立てできる旨教示されていると認められるから，上記②の
主張はその前提において失当である。さらに，上記嘆願書が提出されたのは，本件
賦課決定処分の前であり，原告が本件賦課決定処分後にこれを争うかどうかは当然
には明らかでないから，上記③の主張にも理由がない。
　　(3)　よって，本件賦課決定処分の取消しを求める訴えは，不適法な訴えであっ
て却下を免れない。
　２　争点(2)（本件通知処分の当否）について
　　(1)　立証責任
　　　　税務訴訟における課税要件については，原則として，被告課税庁側に立証
責任があるが，更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴
訟においては，申告により確定した税額等を納税者に有利に変更することを求める
のであるから，納税者において，確定申告書の記載が真実と異なる点についての立
証責任を負うものと解するのが相当である（最高裁判所平成元年４月１１日第３小
法廷判決・税務訴訟資料１７０号１頁）。
　　(2)　当裁判所の認定した事実
　　　　上記争いのない事実に加え，甲第１，第２及び第４号証，第５号証の２，
第６及び第７号証，第８号証の２，第９号証，第１０号証の２，第１２ないし第１
５号証，第１７号証の１及び２，第１８及び第１９号証，乙第１号証の１及び２，
第２号証の１及び２，第３号証の１ないし３，第４号証の１及び２，第５号証の１
及び２，第６号証の２及び３，第７号証の２及び３，第８号証，第９号証の３，第
１０号証，原告本人の供述，証人Ｅの証言並びに弁論の全趣旨を総合すれば，以下
の事実が認められる。
　　　ア　原告は，肩書住所地に居住し，農業を営む者である。Ｃは，不動産業を
営む有限会社，Ｄは，水槽清掃，廃棄物処理，土木工事等を業とする株式会社であ
り，Ｅが両社の代表取締役を務めていた。Ｃは，訴外株式会社Ｆ（以下「Ｆ」とい
う。）から，平成元年当時は水田であった本件土地を紹介され，国道１２５号線の
バイパス道路敷設予定地沿いの土地であり，バイパス道路の工事も開始されていた
ことから，将来の地価の上昇を見込み，建物を建築して売却する予定で購入を決意
した。
　　　イ　原告は，Ｆの仲介により，Ｃとの間で，平成元年６月２２日，以下の約
定で本件売買契約を締結し，同日第２条の約定に基づき手付金５００万円を受領し
た。その際，原告はＣに対し，農地法等の定める必要な手続について協力する旨約
した。
　　　　第１条　売買代金は３６６０万円とする。
　　　　第２条　買主はこの契約と同時に手付金として５００万円を売主に支払
う。
　　　　第４条　残金３１６０万円は，地目変更及び所有権移転登記手続完了と同
時に買主より売主に支払うものとする。この支払により所有権は移転するものとす
る。
　　　　第６条　売主は（中略）境界杭を敷設し完全なる所有権を買主に移転しな
ければならない。本件土地の地積は実測によるものとする。（過不足が有りたる場
合は残金にて精算する。）
　　　　第７条　売買物件に賦課される租税公課その他の賦課金等は所有権移転登
記完了の前日までの分は売主がこれを負担し，それ以後の分は買主がこれを負担す
る。
　　　　第11条　所有権移転登記申請に際し，買主の都合により登記名義人を自己
又は他の者の名義にすることは任意とする。
　　　　特約事項1)　本契約は平成２年４月末日までに地目が変更にならず，所有
権移転が出来ぬときは，その時点において，本契約を失効させるか，又は，仮登記
にて残金を決済するかの選択権は買主がもつ。但し，仮登記にて残金を決済した場
合は平成３年４月末日まで売主は買主に対し，地目変更の手続に協力する。
　　　　　　　　2)　地目変更が遂行できぬ理由にて第９条（契約違反による解
除）の規定は適用しない。
　　　　　　　　3)　引渡は現況渡しとし，瑕疵ある場合売主はその責を負わな
い。
　　　ウ　原告及びＣは，平成元年７月頃，隣地所有者の立ち会いを得て，本件土
地の境界を確認した。
　　　エ　原告は，平成元年８月１７日，昭和４７年５月２７日相続を原因とし
て，自己名義に本件土地の所有権移転登記を経由した。
　　　オ　原告は，本件土地にその資金で建物を建築し，非農地化した上で所有権
を取得することを企図したＣの依頼を受けて，訴外Ｇ建築事務所ことＨに委任し，
平成２年４月１０日，茨城県知事に対し，本件土地について，用途をライスセンタ
ー建築のためとして，農地法４条の規定による転用許可申請をした。同申請は，平
成２年５月１６日，許可後１年以内に申請書に記載された事業の用に供しないとき
は，この許可を取り消すことがあるとの条件を付し，許可された。同申請の際，本
件土地は休耕田であったが，原告の申請により，農業振興地域内の農用地区域外と
されていた。なお，原告は，同申請の際，本件土地についてライスセンター敷地以
外の目的への転用及び売買は一切しない旨の確約書を添付した。（なお，原告は，
農地法４条の許可申請手続はＣが勝手に行ったもので，原告は知らない旨主張し，
本人尋問においてこれに沿う供述をするが，証人Ｅの証言及び，原告がＨに対する
委任状に署名押印していること（乙第６号証の３）などに照らすと，原告は，Ｃに
依頼され，上記申請に協力するために手続に応じたものと認められる。）
　　　カ　Ｃは，平成元年終わり頃，原告から残金支払の要請を受け，本件土地の
農業振興地域内の農用地区域からの除外の手続が終了しており，将来的には農地法
５条許可が受けられ，所有権移転が可能になると判断したことから，本件売買契約
条項にかかわらず，残金を支払う旨約束し，平成２年４月２６日までに残金３１６
０万円を支払った。
　　　キ　本件土地は周囲の道路より約２メートル低かったが，平成２年７月頃，
Ｃは，訴外Ｉから余った土砂があるとして無償で本件土地の埋立工事を勧められ，
これを実施した結果，本件土地は道路とほぼ同じ高さに，平らにならされたが，Ｃ
は，それ以上に建物等を建てるための本件土地の整地等をすることはなく，いまだ
農地として利用することも可能な状態であった（原告本人尋問の結果）。その後
も，本件土地は，平成７年の農地法５条許可申請の頃，Ｄにより一時的に砂利等の
保管場所として利用されたほかは，平成９年９月頃にＤの倉庫が建築されるまで荒
れた休耕田として維持された。（原告は本人尋問において，Ｃにおいて草刈りをし
ていた旨主張するが，これを認めるに足る証拠はなく，信用できない。）
　　　ク　原告は，平成２年１２月頃，Ｃの依頼で本件土地及び隣接するＪ所有の
６４０番地の土地の一部について農業倉庫兼作業所（ライスセンター）を建築する
ため建築確認を申請し，これを受けたが，平成３年にはＣの経営状態が思わしくな
くなり，建築資金の確保が困難になり，結局，ライスセンターの建築はなされなか
った。また，地価が下落し，本件土地の売却も困難になった。そのため，Ｃは，本
件土地の所有権移転登記等の手続をしないまま，これを放置していた。
　　　ケ　平成６年頃，Ｃの事務所等が火災に遭い，本件契約の契約書等も焼失し
たことから，Ｃは，平成７年頃，Ｆから，権利関係を明確にしておくため，本件土
地の所有権移転登記手続等をした方がよい旨指摘された。Ｃは，建物の建築資金の
確保が困難であったことから，用途を資材置場として，本件土地につき農地法５条
の許可を受け，地目を雑種地にして所有名義を移転することとしたが，Ｃは土木工
事を業としておらず，用途を資材置場としたのでは許可が受けられない可能性があ
ったことから，土木工事等を業としている会社のＤの名義で農地法５条の許可申請
及び所有権移転登記手続を行うことにした。
　　　　　原告は，平成７年３月９日，茨城県知事に対し，本件土地の譲渡人を原
告，譲受人をＤとして，駐車場及び資材置場の用途で農地を転用するための所有権
移転の許可を求めて，農地法５条の許可を申請し，同年４月１７日に同許可を受け
た。（原告は同許可申請手続についても，Ｃに依頼されて説明を受けないまま応じ
たものであると主張し，それに沿う供述をするが，甲第１０号証及び証人Ｅの証言
等によれば，原告はＣに依頼され，非農地化に協力するために手続に応じたものと
認められる。）
　　　　　その後，本件土地については，平成７年５月１日売買を原因として，原
告からＤに所有権移転登記が経由され，原告からＤに本件土地の権利証が交付され
た。その後，平成７年６月２３日に真正な登記名義の回復を原因として，権利者を
Ｃとする所有権移転仮登記がなされた。
　　　　　また，平成８年４月１０日に，本件土地の地目が登記簿上「田」から
「雑種地」に変更された。
　　　コ　原告は，阿見町長に対し，平成２年ないし４年度及び６年度は本件土地
を原告が保全管理する旨，５年度は休耕である旨それぞれ記載した水田農業確立対
策事業等に係る各年度の転作等実施計画書を提出し，阿見町長の確認を受け，平成
２ないし４年度には，耕作面積８９３平方メートル（本件土地１及び２双方）につ
きそれぞれ，水田農業確立対策事業に係る助成金として平成２年に１万４０６４
円，平成３年に１万０５４８円，平成４年に１万０５４８円を，平成５及び６年度
には，水田営農活性化対策事業に係る助成金として，それぞれ，耕作面積４６２平
方メートル（本件土地２）につき平成５年に８７９０円，平成６年に４５５０円の
交付を受けた。なお，保全管理とは，原告が本件土地を常に耕作可能な状態に管理
していることをいい，市町村長が農協，食糧事務所等の協力を得て各年度ごとに助
成金の交付申請のあった土地につき保全管理期間及び良好な管理がなされているか
どうかを確認した上で助成金が交付されるものである（当裁判所に顕著であ
る。）。（なお，原告は，助成金については，昭和６０年頃より長期間にわたり交
付を受けていたもので，申請行為も単に申請書に署名するだけであって，毎年
漫然と不注意で申請していたものであり，原告による本件土地の保全管理という事
実は存在しない旨主張し，本人尋問において，これに沿う供述をするが，信用でき
ない。）
　　　サ　原告は，本件売買契約後平成７年度まで本件土地に係る固定資産税を納
付していたが，現在に至るまでＣとの間で既納付の固定資産税相当額の精算をして
いない。（なお，原告は，固定資産税についても，漫然と納付又は放置していた旨
主張し，本人尋問において，これに沿う供述をするが，信用できない。）
　　　シ　平成９年９月頃，本件土地上にＤの倉庫の建設が開始された。
　　(3)　判断
　　　　以上の事実を前提に本件通知処分の当否について判断する。
　　　ア　所得税法３６条１項の「収入すべき金額」の意義については，現実の収
入がなくとも，収入すべき権利が確定すれば，その段階で所得の実現があったと考
えるのが合理的であること，現実の収入の時点を基準とすると，課税を回避するた
め収入の時期を引き延ばし，あるいは人為的にその時期を操作する傾向が生じやす
いことなどにかんがみ，資産の譲渡によって発生する譲渡所得についての収入金額
の権利確定の時期は，当該資産の所有権その他の権利が相手方に移転するときであ
ると解するのが相当である（最高裁判所昭和４０年９月２４日第２小法廷判決民集
１９巻６号１６８８頁）。したがって，農地の譲渡の場合には，所有権の移転に都
道府県知事等の許可が必要であるから，原則として，現実の引渡や代金の授受が行
われていても，同許可があるまでは所得があったということはできない。もっと
も，都道府県知事等の許可がある前に代金の授受が完了し，譲渡人が自らそれを所
得として申告しているような場合には，例外的に利得が納税者の管理可能下に入
り，同年中に譲渡所得の実現があったものとして課税することも違法とはいえない
と解するのが相当である（最高裁判所昭和６０年４月１８日第１小法廷判
決・訟務月報３１巻１２号３１４７頁）。
　　　イ　そこで，まず，本件土地が平成６年以前に非農地化していたのであれ
ば，その時点で同土地の所有権は農地法上の許可がなくともＣに移転すると解する
余地があることから，本件土地が平成６年以前に非農地化したといえるか否かにつ
いて，検討する。
　　　　　前記認定のとおり，①本件土地については，平成２年５月１６日，用途
を建物の建築とする農地法４条の転用許可がなされ，建築確認もされたが，建物は
建設されなかったこと，②平成２年７月頃，本件土地には土砂が埋め立てられ，高
さが上げられ，平らにならされたが，それ以上に建物等を建てるための整地等はさ
れず，農地として使用することも可能な状態が継続し，平成９年９月頃にＤの倉庫
が建築される頃まで荒れた休耕田として維持されたこと，③本件土地の地目が登記
簿上「田」から「雑種地」に変更されたのは平成８年４月１０日であること，④原
告は，阿見町長に対し，平成２年ないし４年度及び６年度は本件土地を原告が保全
管理する旨，５年度は休耕である旨記載した水田農業確立対策事業等に係る各年度
の転作等実施計画書を提出し，平成６年度まで助成金を受領したところ，保全管理
とは，原告が本件土地を常に耕作可能な状態に管理していることをいい，保全管理
期間及び良好な管理がなされていることについて各年度とも，農協，食糧事務所等
による現地の確認がなされていること，⑤本件土地についても平成７年４月１７日
に農地法５条の許可がなされているところ，同許可申請に添付された
資材置場設置理由書によると休耕田として埋立てをしてあると記載され，阿見町農
業委員会の進達意見書によると，当時の本件土地の状況について荒地と記載されて
いること，⑥平成９年９月頃に至り，本件土地上にＤの倉庫の建設が開始されたこ
となどの事実が認められる。
　　　　　以上の事実に照らすと，本件土地の現況は，平成７年４月１７日に農地
法５条の許可がなされるまでの間，引き続き農地（休耕田）であったものと認める
のが相当であり，他に平成６年以前に本件土地が非農地化したことを認めるに足る
証拠はない。
　　　ウ　そうすると，本件土地につき所有権移転の効力が生ずるためには，本件
売買契約について農地法５条の許可がなされる必要がある。
　　　　　そして，①本件売買契約の第１１条において，所有権移転登記申請に際
し，買主の都合により登記名義人を自己又は他の者の名義にすることは任意とする
とされ，いわゆる中間省略登記の合意がなされていること，②ＣとＤは代表取締役
を同一人とする会社であること，③本件売買契約第４条により，残代金は，地目変
更及び所有権移転登記手続完了と同時に買主より売主に支払い，この支払により所
有権は移転するものとされ，同第７条により，売買物件に賦課される租税公課その
他の賦課金等は売買物件の所有権移転登記完了の前日までの分は売主がこれを負担
し，それ以後の分は買主がこれを負担するとされていたところ，Ｃは，原告から残
代金の支払の要請を受け，本件売買契約条項にかかわらず，残代金を支払ったが，
本件売買契約後平成７年度まで本件土地に係る固定資産税を納付していたのは原告
であり，Ｃとの間でその精算はなされていないことを考慮すると，本件において
は，原告の要請に応じて，Ｃの好意により，本件売買契約の効力が生じ所有権移転
がなされる前に，売買代金が支払われたものの，本件土地の所有権移転の効力は，
Ｃの意向により，中間省略登記を前提としてＤを譲受人とする農地法５
条の許可がなされた平成７年４月１７日に生じたものと認められる。
　　　エ　なお，農地の譲渡がなされた場合において都道府県知事等の許可がある
前に代金の授受が完了し，譲渡人がそれを所得として申告した場合に，申告年中に
譲渡所得の実現があったものとして課税することも違法といえないことは前判示の
とおりであるところ，本件においては平成２年４月２６日までには本件売買契約に
係る代金全額が支払われたことが認められるが，原告は，平成３年３月１５日まで
に，平成２年度分の所得として，同契約に係る所得税の確定申告をしていないので
あるから，原則どおり，収入すべき金額は農地法５条の許可のなされた平成７年分
の所得として計上すべきこととなる。したがって，除斥期間及び消滅時効に関する
原告の主張にも理由がない。
　　　オ　したがって，本件売買契約について，原告に所得が実現したのは，本件
売買契約が効力を生じた平成７年４月１７日であるから，これを平成７年度の所得
としてなされた本件通知処分は適法であって，他にこれを違法と認めるに足る証拠
はない。
　３　結論
　　　以上のとおり，本件賦課決定処分の取消しを求める訴えは不適法であるから
これを却下し，本件通知処分の取消しを求める請求は理由がないからこれを棄却す
ることとし，訴訟費用の負担について，行政事件訴訟法７条，民訴法６１条を適用
して主文のとおり判決する。
水戸地方裁判所民事第１部
裁判長裁判官　仙　波　英　躬
　　　裁判官　清　野　正　彦
裁判官日野直子は差し支えのため署名押印できない。
裁判長裁判官　仙　波　英　躬･
　　　　物　　件　　目　　録
１　　所　在　　　茨城県稲敷郡ａ町ｂ字下り
　　　地　番　　　１２５番１
　　　地　目　　　田（現況雑種地）
　　　地　積　　　４６２平方メートル
２　　所　在　　　茨城県稲敷郡ａ町ｂ下り
　　　地　番　　　１２６番１
　　　地　目　　　田（現況雑種地）
　　　地　積　　　４３１平方メートル

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