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主文
１原告の請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は，原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
川崎南税務署長が株式会社ａ（本件訴訟の承継前の原告。以下「旧ａ」とい
う）に対して平成２０年６月２４日付けでした，同社の平成１７年４月１日。
から平成１８年３月３１日までの連結事業年度の法人税の更正処分のうち連結
所得の金額２８億０４７９万４０１３円及び納付すべき税額６億４８８１万２
１００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消
す。
第２事案の概要
本件は，旧ａが，平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの連結
事業年度（以下「本件連結事業年度」という）の法人税について，平成１７。
（「」。）年４月１日を合併期日として吸収合併をしたｂ株式会社以下ｂという
の本件連結事業年度開始の日前７年以内に開始した各事業年度において生じた
欠損金額を法人税法（ただし，平成１８年法律第１０号による改正前のもの。
以下同じ）８１条の９第２項に規定する連結欠損金額とみなされる金額とし。
て連結所得の金額の計算において損金の額に算入したのに対し，川崎南税務署
長がその算入を否認して更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分をしたこと
から，旧ａが同各処分の取消しを求めた事案である。
原告は，平成２１年３月１日，旧ａを吸収合併し，本件訴訟上の旧ａの地位
を承継した。
１関係する主な法令の定め
(1)いわゆる単体納税制度における繰越欠損金
ア法人税法５７条１項は，確定申告書を提出する内国法人の各事業年度開
始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額がある場合
には，当該欠損金額に相当する金額は，当該各事業年度の所得の金額の計
算上，当該欠損金額を控除する前の所得の額を限度として，損金の額に算
入する旨を定める。
イ法人税法５７条２項は，適格合併（２条１２号の８）等が行われた場合
において，当該適格合併等に係る被合併法人等の当該適格合併等の日前７
年以内に開始した各事業年度（以下「前７年内事業年度」という）にお。
いて生じた欠損金額（当該被合併法人等が当該欠損金額（５７条５項又は
９項の規定によりないものとされたものを除く）の生じた前７年内事業。
年度について青色申告書である確定申告書を提出していること等の要件を
満たしているもの及び同条１項による繰越控除の対象とされていないもの
に限る。以下「未処理欠損金額」という）があるときは，当該適格合併。
等に係る合併法人等の当該適格合併等の日の属する事業年度以後の各事業
年度における同項の規定の適用については，当該前７年内事業年度におい
て生じた未処理欠損金額は，それぞれ当該未処理欠損金額の生じた前７年
内事業年度開始の日の属する当該合併法人等の各事業年度において生じた
欠損金額とみなす旨を定める。
ウ法人税法５７条９項２号は，連結子法人（(2)イ参照）である５７条１
項の内国法人が最初連結親法人事業年度において当該内国法人を被合併法
人とする合併を行った場合の当該合併の日の前日の属する事業年度におけ
る同項の適用については，当該最初連結親法人事業年度開始の日に行う合
併であるとき等を除き，当該事業年度前の各事業年度において生じた欠損
金額は，ないものとする旨を定める。
(2)連結納税制度における損金の額の計算等
ア法人税法４条の２は，内国法人及び当該内国法人との間に当該内国法人
による完全支配関係（自己株式等を除く発行済株式等の全部を直接又は間
接に保有する関係として政令で定める関係）がある他の内国法人のすべて
が当該内国法人を納税義務者として法人税を納めることにつき国税庁長官
の承認を受けた場合には，これらの法人は，当該内国法人を納税義務者と
して法人税を納めるものとする旨を定める。
イ法人税法２条は，連結親法人とは，４条の２の承認を受けた同条に規定
する内国法人をいう旨（１２号の７の２）を，連結子法人とは，同承認を
受けた４条の２に規定する他の内国法人をいう旨（１２号の７の３）を，
連結法人とは，連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係
（１２号の７の５）がある連結子法人をいう旨（１２号の７の４）を，連
結欠損金額とは，各連結事業年度の連結所得の金額の計算上当該連結事業
年度の損金の額が当該連結事業年度の益金の額を超える場合におけるその
超える部分の金額をいう旨（１９号の２）をそれぞれ定め，１５条の２第
１項は，連結事業年度とは，連結法人に係る連結親法人の事業年度（連結
）。親法人事業年度開始の日からその終了の日までの期間とする旨を定める
ウ法人税法８１条の３第１項は，連結法人の連結事業年度の期間を各事業
年度の所得の金額の計算上の事業年度として当該事業年度の所得の金額を
計算するものとした場合の個別益金額又は個別損金額（同法３７条の規定
その他政令で定める規定を適用しないで計算した場合に損金の額となる金
額に限る）は，別段の定めがあるものを除き，当該連結事業年度の連結。
所得の金額の計算上，益金の額又は損金の額に算入する旨を定め，法人税
法施行令（ただし，平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。以下
同じ）１５５条は，法人税法８１条の３第１項に基づき個別損金額を計。
算する場合において適用しない規定として，同法５７条等を定める。
エ法人税法８１条の９第２項は，同条１項の連結親法人又は連結子法人が
次に掲げる場合等に該当するときは，その該当することとなった日の属す
る連結事業年度以後の各連結事業年度における同項の規定の適用について
は，次に掲げる欠損金額等は，当該欠損金額等が生じた連結事業年度とし
て政令で定める連結事業年度において生じた連結欠損金額とみなす旨（以
下，同項の規定により連結欠損金額とみなされる欠損金額を「みなし連，
結欠損金額」という）を定める。。
(ア)最初連結親法人事業年度（各連結事業年度の連結所得に対する法人
税を課される最初の連結親法人事業年度）開始の日前７年以内に開始し
た当該連結親法人の各事業年度において生じた５７条１項に規定する欠
損金額（同条２項又は６項の規定により欠損金額とみなされたものを含
み，同条５項又は９項の規定によりないものとされたものを除く。(イ)
において同じ）等がある場合には，当該欠損金額等（１号）。
(イ)最初連結親法人事業年度開始の日の５年前の日から当該開始の日ま
での間に行われた株式移転に係る完全子会社であった連結子法人（その
発行済株式の全部が当該株式移転により設立された完全親会社であった
当該連結親法人によって当該株式移転の日から当該開始の日まで継続し
，。），て保有されているものに限るものとし政令で定めるものを除くに
当該開始の日前７年以内に開始した当該連結子法人の各事業年度におい
て生じた５７条１項に規定する欠損金額等がある場合には，当該欠損金
額等（２号）
オ法人税法施行令１５５条の１９第５項は，法人税法８１条の９第２項２
号（前記エ(イ)）に規定する政令で定める連結子法人について，同号の株
式移転の直前に，当該株式移転に係る完全子会社となる法人と他の法人と
の間に当該他の法人が当該完全子会社となる法人の発行済株式（当該完全
子会社となる法人が有する自己株式を除く）の総数の１００分の５０を。
超える数の株式を直接又は間接に保有する関係があった場合の当該完全子
会社となる法人とする旨を定める。
２争いのない事実等（各項の末尾に記載した証拠により容易に認められる事実
又は弁論の全趣旨により認められる事実を含む）。
(1)旧ａに関連する株式移転，合併等の経過
アｂは，昭和２１年５月１０日に設立された株式会社である。平成１４年
５月１３日の時点において，外国法人であるｃは，ｂの発行済株式総数か
らｂが保有する自己株式数を除いた２２２４万３７７４株（以下「ｂの発
」。），（．行済株式総数というのうち１１１２万６６４０株保有割合５０
０２パーセント）を保有していた（甲３，弁論の全趣旨）。
イ株式会社ｄ（以下「ｄ」という）は，平成元年３月１６日に設立され。
た株式会社である（甲２）。
ウ旧ａは平成１４年５月１４日ｂとｄとが共同して株式移転以下本，，（「
件株式移転」という）により設立した株式会社（内国法人）であり，旧。
ａは，同日から継続的に，上記の株式移転に係る完全子会社となったｂ及
びｄの各発行済株式の全部を保有していた（甲１）。
エｄは，平成１５年１１月５日，株式会社ｅ（以下「ｅ」という）を新。
設分割により設立した。旧ａは，同日から継続的に，ｅの発行済株式の全
部を保有していた（乙１，弁論の全趣旨）。
オ旧ａは，平成１７年２月９日，ｂ，ｄ及びｅとの間で，同年４月１日を
合併期日として，旧ａを合併法人，ｂ，ｄ及びｅを被合併法人とする吸収
合併（法人税法２条１２号の８に規定する適格合併）をする旨の契約（以
下「本件合併契約」という）を締結し，同月４日までに，上記合併（以。
下「本件合併」という）の登記がされた（甲２，３，７，乙１）。。
カ旧ａは，平成１７年２月９日付けで作成した分割計画に基づき，同年４
月１日付けで，株式会社ｆ（以下「ｆ」という）及び株式会社ｇ（以下。
「」。）。，，ｇというを新設分割により設立した旧ａは同日時点において
ｆ及びｇの発行済株式の全部を保有していた（弁論の全趣旨）。
(2)更正処分等に至る経緯
ア旧ａとそれによる完全支配関係にあるｂ，ｄ及びｅ，株式会社ｈ（以下
「ｈ」という）及び株式会社ｉ（以下「ｉ」という）は，平成１６年。。
９月２８日付けで，法人税法４条の３第１項の規定により，相模原税務署
長を経由して国税庁長官に対し，同法４条の２の規定に基づき，連結親法
人となる旧ａの平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業
年度を最初の連結事業年度（本件連結事業年度）とし，旧ａを納税義務者
として法人税を納めることにつき承認を求める旨の申請（以下「本件連結
納税承認申請」という）をした（甲８の１）。。
イ国税庁長官は，平成１７年２月２５日付けで，旧ａに対し，本件連結納
税承認申請について承認（以下「本件連結承認」という）をした旨を通。
知した（甲８の２）。
ウ旧ａは，平成１７年６月１日，相模原税務署長に対し，本件合併に伴い
同年４月１日付けで連結子法人である(1)オ記載の被合併法人３社が旧ａ
との間に連結完全支配関係を有しなくなった旨を記載した書面を提出し
た（乙５）。
エ旧ａは，(1)カ記載の新設分割に関し，平成１７年６月１日，相模原税
務署長に対し，同年４月１日付けで旧ａがｆ及びｇとの間に完全支配関係
を有することとなった旨を記載した書面を提出した（乙６）。
オ旧ａは，申告期限の延長の特例に基づく申告期限内の平成１８年７月２
８日，相模原税務署長に対し，本件連結事業年度（平成１７年４月１日か
ら平成１８年３月３１日までの法人税について連結確定申告書以下本）（「
件連結確定申告書」という）を提出して連結確定申告をした。。
本件連結確定申告書においては，最初連結親法人事業年度である本件連
結事業年度開始の日前７年以内に開始したｂの後記の各事業年度において
生じた法人税法５７条１項に規定する欠損金額の合計額３８億９３２８万
２１０７円（以下「本件青色欠損金額」という）について，旧ａの同法。
８１条の９第２項に規定するみなし連結欠損金額として本件連結事業年度
の法人税に係る連結所得の金額の計算において損金の額に算入した上，連
結所得の金額を２８億０４７９万４０１３円，納付すべき法人税額を６億
４８８１万２１００円と申告していた（甲４の１及び２，甲９，弁論の。
全趣旨）
（ｂの本件青色欠損金額の内訳）
①平成１４年１月１日から同年９月３０日までの事業年度
青色欠損金額６億３０４３万４８４０円
②平成１４年１０月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度
青色欠損金額１億９８４８万１８７７円
③平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度
青色欠損金額９億０４３２万４１７１円
④平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度
青色欠損金額２１億６００４万１２１９円
合計（本件青色欠損金額）３８億９３２８万２１０７円
ただし，④の事業年度については，平成２０年６月２４日付けで，青
色欠損金額を２１億８３２１万５４８１円とし，これに伴って他の事業
年度の分を含めた本件青色欠損金額を３９億１６４５万６３６９円とす
る再更正処分がされている。
カ川崎南税務署長は，本件連結事業年度の法人税について，本件青色欠損
金額をみなし連結欠損金額として本件連結事業年度の連結所得の金額の計
算において損金の額に算入したことを否認し，平成２０年６月２４日付け
，，，（「」。）で旧ａに対し別表のとおり更正処分以下本件更正処分という
をするととともに，過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定
処分」という）をした。。
本件更正処分等における更正の理由は，本件株式移転の直前において，
ｂは，その発行済株式総数の５０パーセント超の株式をｃに保有されてい
たので，法人税法施行令１５５条の１９第５項に規定する法人に該当する
ため，法人税法８１条の９第２項２号の規定における連結子法人から除か
れており，ｂの本件青色欠損金額は，みなし連結欠損金額に当たらず，損
金の額に算入することができないというものであった（甲５）。
(3)本件更正処分等の後の事情
ア旧ａは，本件更正処分等を不服として，平成２０年７月２３日付けで，
国税不服審判所長に対し，審査請求をした（甲６の１及び２）。
イ旧ａは，平成２０年１２月１日，本件訴えを提起した。
ウ原告（旧商号は「株式会社ｊ」という）は，平成２１年３月１日，商。
号を「株式会社ａ」に変更した上，原告を合併法人，旧ａを被合併法人と
する吸収合併をし，旧ａは，解散した（弁論の全趣旨）。
３本件各更正処分の根拠等
被告の本件更正処分等の根拠及び適法性に関する主張は，別紙「本件更正処
分等の根拠及び適法性」に記載のとおりである。本件青色欠損金額をみなし連
結欠損金額として本件連結事業年度の連結所得の金額の計算において損金の額
に算入したことを否認したことを除いて，納付すべき税額の計算の基礎となる
金額及び計算方法に争いはない。
４争点及び争点に関する当事者の主張
本件の争点は，ｂの本件青色欠損金額について，法人税法８１条の９第２項
１号又は２号の規定によりみなし連結欠損金額として本件連結事業年度の連結
所得の金額の計算において損金の額に算入することができるか否かである。
具体的には，①本件青色欠損金額は，法人税法８１条の９第２項１号の規定
により旧ａのみなし連結欠損金額に当たるといえるか否か（争点１，②法人）
税法施行令１５５条の１９第５項が法人税法８１条の９第２項２号の委任の範
囲を逸脱したものである否か（争点２）である。
(1)争点１（本件青色欠損金額は，法人税法８１条の９第２項１号の規定に
より旧ａのみなし連結欠損金額に当たるといえるか否か）について
（被告の主張）
ア連結欠損金額は，各連結事業年度の連結所得の金額の計算上，当該連結
事業年度の損金の額が当該連結事業年度の益金の額を超える場合における
その超える部分の金額をいい，各連結事業年度において発生するものであ
るから，最初連結親法人事業年度開始前に発生した単体納税における欠損
金額については，一定限度で連結欠損金額とみなされるものを除き，原則
として，連結納税の下で繰越控除することは認められていない。
法人税法８１条の９第２項１号の規定により連結欠損金額とみなされる
欠損金額は，最初連結親法人事業年度開始の日「前」７年以内に開始した
当該連結親法人の各事業年度において生じた欠損金額でなければならず，
税法上「前」は基準点となる日時を含まず，それよりも前を意味する用語
である。同号の規定によりｂの本件青色欠損金額が旧ａの連結欠損金額と
みなされるためには，本件青色欠損金額が最初連結親法人事業年度開始の
日（平成１７年４月１日）前に開始した事業年度において行われた適格合
併等を理由に，同法５７条２項の規定により連結親法人である旧ａの欠損
金額とみなされている必要がある。本件合併は，最初連結親法人事業年度
である本件連結事業年度開始の日に行われたものであり，本件連結事業年
度開始の日前に開始した事業年度において旧ａの欠損金額とみなされてい
なかったのであるから，ｂの本件青色欠損金額は，同法８１条の９第２項
１号の規定により旧ａの連結欠損金額とみなすことはできない。
イ原告は，法人税法１４条２号の規定を根拠として，本件合併の効力の方
が本件連結承認の効力よりも先に発生したとして，同法５７条２項，８１
条の９第２項１号の規定により，ｂの本件青色欠損金額は，旧ａの連結欠
損金額とみなされると主張する。しかしながら，同法１４条２号は，法人
が事業年度の中途において合併により解散した場合の事業年度について，
「その事業年度開始の日から合併の日の前日までの期間」をその法人の事
業年度とみなす旨規定しているにすぎず，合併の効力発生の時期を規定し
たものではない。本件合併に適用される平成１９年課法２−３による改正
前の法基通１−２−３及び連基通１−４−３において，法人税法上の「合
併の日」とは，実質的な効力発生の日である「合併契約において合併期日
として定めた日」をいうものとされており，本件合併の日は，本件合併契
。，約において合併期日として定められた平成１７年４月１日であるそして
，「」「」同法５７条９項２号本文は連結子法人が最初連結親法人事業年度
において当該法人を被合併法人とする合併を行った場合の規定であるとこ
ろ，同規定によれば，最初連結親法人事業年度開始の日に合併が行われた
場合も同条項が適用されるものとした上で，被合併法人を「連結子法人」
としているのであるから，同号は，最初連結親法人事業年度開始の日に合
併が行われた場合には，連結納税の承認の効力の方が合併の効力よりも先
に発生することを前提としており，被合併法人は連結子法人となり，連結
子法人として吸収合併されるというべきである。法人税法施行令１５５条
の１９第３項も，このことを前提している。
また，原告は，法人税法５７条９項２号イの規定により，最初連結親法
人事業年度開始の日に行う合併については同号が適用されず，合併の日の
前日に属する事業年度前に生じた欠損金額がないものとされないことか
ら，子会社に欠損金額が存続し，合併により親法人に承継されて親法人の
欠損金額とみなされ，同法８１条の９第２項１号の規定により，連結欠損
金額にみなされると主張する。しかしながら，原告の主張は，合併の効力
の方が連結納税の承認の効力よりも優先して発生することを前提とするも
のであり，前提において失当である。同法５７条９項２号は，連結子法人
が合併により解散をしたことに基因して単体納税を行う場合など，連結納
税の承認の効力が生じた後に単体納税を行うこととなる場合において，連
結納税の承認の効力発生前の単体納税における欠損金額を切り捨てるため
の規定であり，同項２号イもそのことを前提とする規定であるから，連結
納税の承認の効力発生前に合併の効力が発生する場合について定めたもの
ではない。
（原告の主張）
ア法人税法８１条の９第２項第１号は「最初連結親法人事業年度開始の，
日前７年以内に開始した当該連結親法人の各事業年度において生じた欠損
金額」を連結欠損金額とみなすと規定しているにとどまり，同号を適用す
るためには，最初連結親法人事業年度開始の日前に適格合併が行われ，連
結親法人の欠損金額とみなされていなければらないと解釈すべき根拠はな
い。そして，同法５７条２項は，適格合併等が行われた場合には，被合併
法人の当該適格合併の日前７年以内に開始した各事業年度において生じた
欠損金額は，当該合併法人の各事業年度において生じた欠損金額とみなす
こととしている以上，同項により最初連結事業年度開始の日前に開始した
連結親法人の当該事業年度において生じた欠損金額とみなされることにな
る欠損金額についても，上記の同法８１条の９第２項第１号のみなし欠損
金額に含まれるというべきである。このように，本件青色欠損金額は，同
法５７条２項の規定により，本件連結事業年度開始の日前７年以内に開始
した旧ａの欠損金額とみなされるのであるから，同法８１条の９第２項１
号の規定により旧ａのみなし連結欠損金額に当たり，本件連結事業年度の
連結所得の金額の計算において損金の額に算入することができるというべ
きである。
イ連結親法人となる法人と連結子法人となる会社とが合併する合併期日と
同日付けで連結納税の承認の効力が発生する場合について，それらの先後
関係ないし優先関係を直接定めた規定はないのであるから，相互に矛盾の
ない限り，納税者に不利にならず，納税者に予測可能な解釈をすべきであ
る。そして，法人税法１４条２号が被合併法人の事業年度について合併の
日の前日までの期間と規定しているとおり，吸収合併の税務上の効力は，
合併の日の前日の終了をもって発生するのであるから，被合併法人が合併
の日の前日の終了をもって消滅して，合併により移転する権利義務から生
じる所得の帰属が合併の日の零時をもって変更し，同時に欠損金額の承継
等の効果が発生するのであり，合併の日に合併法人と被合併法人が併存す
るということはない。他方で，連結納税の承認の効力発生の日に合併によ
り解散消滅する連結子法人となるべき法人については，連結納税の承認の
効力発生の日にそれが取り消されたものとみなされ（同法４条の５第２項
４号，連結事業年度が生じないこと（同法１５条の２第１項３号）から）
すれば，連結納税の効果は一切生じなかったというべきである。適格合併
である本件合併の日は平成１７年４月１日であり，ｂは，その前日の同年
３月３１日の終了をもって消滅し，ｂの繰越欠損金額が同法５７条２項の
規定により旧ａ（単体）の欠損金額とみなされる。したがって，本件青色
欠損金額は，最初連結親法人事業年度開始の日（同年４月１日）前７年以
内に開始した旧ａの事業年度において生じた同法５７条１項の欠損金額
（同条２項により欠損金額とみなされたものを含む）に該当し，同法８。
１条の９第２項１号の規定により旧ａのみなし連結欠損金額に当たるとい
うべきである。
ウ法人税法５７条９項２号は，連結子法人である内国法人が最初連結親法
人事業年度において当該連結子法人を被合併法人とする合併を行った場合
について，当該連結子法人の合併の日の前日の属する事業年度における欠
損金額を計算するに当たり，当該事業年度前に生じた欠損金額を，ないも
のと取り扱う旨を明らかにする一方で，同号のイは，最初連結親法人事業
年度開始の日に合併が行われた場合については，被合併法人である子会社
において最初連結親法人事業年度開始の日より前に生じた欠損金額を，な
いものとされる欠損金額から除外しており，その欠損金額は子会社に存続
することとなる。その子会社に存続する欠損金額は，当該子会社が適格合
併により親会社に合併されたときは，同条２項の規定により，親会社の欠
損金額とみなされる。したがって，最初連結親法人事業年度開始の日に合
併が行われた場合，被合併法人の欠損金額は，同法８１条の９第２項１号
の規定によりみなし連結欠損金額に当たるというべきである。
(2)争点２（法人税法施行令１５５条の１９第５項が法人税法８１条の９第
２項２号の委任の範囲を逸脱したものである否か）について
（被告の主張）
ア法人税法８１条の９第２項２号イは，最初連結親法人事業年度開始の日
の５年前の日から当該開始の日までの間に，株式移転により新会社が設立
され，同新会社が連結親法人，株式を移転した会社が連結子法人となった
場合には，連結子法人に最初連結親法人事業年度開始の日前７年以内に開
始した当該連結子法人の各事業年度において生じた同法５７条１項に規定
する欠損金額がある場合には，当該欠損金額を連結欠損金額とみなしてい
る。もっとも，同号の規定の委任を受けた法人税法施行令１５５条の１９
第５項は，法人税法８１条の９第２項２号の規定により連結欠損金額とみ
なされるためには，株式移転の直前に，当該株式移転に係る完全子会社と
なる法人と他の法人との間に当該他の法人が当該完全子会社となる法人の
発行済株式（当該完全子会社となる法人が有する自己株式を除く）の総。
数の１００分の５０を超える数の株式を直接又は間接に保有する関係にな
いことを必要としている。
，，ｂは本件株式移転に係る完全子会社であった連結子法人であるものの
本件株式移転の直前である平成１４年５月１３日において，他の法人であ
るｃがｂの発行済株式総数の５０．０２パーセントを保有していたのであ
るから，法人税法施行令１５５条の１９第５項の規定により，ｂは，法人
税法８１条の９第２項２号の対象となる連結子法人には該当せず，本件青
色欠損金額については同号の適用を受けず，みなし連結欠損金額に該当し
ないこととなる。
イ法人税法８１条の９第２項２号が，原告の主張するように，株式移転を
利用して本来控除することができない子会社の欠損金額を連結欠損金額と
扱うという租税回避を防止する必要があり，また，連結納税制度の整合性
を保つ必要があることから，一定の連結子法人を政令の規定により排除し
ようとしていることは否定するものではない。しかしながら，同号が株式
移転に係る完全子会社の欠損金額を連結欠損金額とみなしているのは，そ
の完全子会社までを含めて親会社とみるのが実態に合うと考えられること
によるものであり，同号は，その適用を受けるべき連結子法人について，
株式移転に係る完全親会社たる連結親法人と当該株式移転に係る完全子会
社たる連結子法人の完全支配関係が継続的に維持され，連結グループ間の
一体性を保持することを要求していることからすれば，連結子法人が連結
親法人の実像を有していない場合には，その適用を排除すべきであり，同
条項の政令委任の趣旨には，その点も含まれているというべきである。そ
して，法人税法施行令１５５条の１９第５項は，株式移転直前に，他の法
人に発行済株式総数の５０パーセントを超える数の株式を直接又は間接に
保有されている法人は，そもそも当該他の法人の子会社であり，親会社の
実像を有しておらず，このようなものまでも対象法人とするのは適当では
ないことから，法人税法８１条の９第２項２号の適用を排除したものであ
り，同号の委任の趣旨に沿うものである。このことは，株式移転直前に当
該株式移転に係る完全子会社の株式を保有する他の法人が外国法人であっ
ても異なることはない。したがって，法人税法施行令１５５条の１９第５
，。項は法人税法８１条の９第２項２号の委任の範囲を超えるものではない
（原告の主張）
ア法人税法８１条の９第２項２号の趣旨は，株式移転に係る完全子会社で
あった連結子法人について，株式移転の日以後，株式移転に係る完全親会
社であった連結親法人との間の完全支配関係が一度も崩れていなければ，
当該株式移転に係る完全親会社と同視することができることから，当該連
結子法人の欠損金額を連結納税の下で損金として算入することを認めるこ
とにある。同号は，政令で定める法人については，同号の適用を除外して
いるところ，その趣旨は，親子関係にある複数の会社が共同株式移転によ
り新設の株式移転に係る完全親会社の子会社になった場合にも，連結親法
人となる当該株式移転に係る完全親会社の連結欠損金額として当該子会社
の繰越欠損金額を算入することができるとすると，親会社が子会社を単純
に完全子会社化して連結納税を開始した場合には，連結親法人の連結欠損
金額として子会社の繰越欠損金額を算入することが制限されていること
（同法８１条の９第２項及び第３項）との整合性を保つことができないこ
とから，上記のような共同株式移転を用いた制限規定の潜脱や不整合の防
止を図ることにあり，この目的を達成するのに必要な範囲で，除外すべき
一定の連結子法人を具体的に定めることを政令に委任したものである。
他の法人（Ａ）に発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有
されている法人（Ｓ）が完全支配関係を有する子会社（Ｔ）とともに連結
納税の承認を受けた場合には，連結親法人となるＳの繰越欠損金額は，法
人税法８１条の９第２項１号の規定により，連結欠損金額とみなされ，損
金として算入することができる。これに対し，Ｓが株式移転によりＸを設
立しただけで，ＳとＸとは同視し得る状態であるにもかかわらず，同項の
規定により，ＡがＳの発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保
有されていることのみをもって，Ｓの繰越欠損金額は，連結欠損金額とみ
なされないことになるが，これは，同項が連結欠損金額とみなす趣旨であ
，。る欠損金額をみなし連結欠損金額から除外しており同項の趣旨に反する
他の法人の発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有している
からといって，単独で株式移転等の組織再編行為を行うことができるもの
ではなく，他の法人が株式移転に係る完全子会社の発行済株式総数の５０
パーセントを超える株式を保有しているという単純な基準を用いたことに
は疑問がある。このように，法人税法施行令１５５条の１９第５項が，他
の法人が株式移転に係る完全子会社の発行済株式総数の５０パーセントを
超える株式を保有しているという形式的要件を用いている点で，法人税法
８１条の９第２号の委任の範囲を超えて，過度に広範な欠損金額をみなし
連結欠損金額から除外するものであって，違法，無効というべきである。
法人税法施行令１５５条の１９第５項が，個人が株式移転に係る完全子
会社の発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有していた場合
を除外しているのと同様に，連結法人となり得ない法人が保有していた場
合には，上記の共同株式移転を用いた制限規定の潜脱や不整合といった事
態は生じないのであるから，この場合には，同項の適用対象に含まれるべ
きではない。そして，連結親法人は，内国法人に限定され（法人税法２条
１２号の７の２，４条の２，外国法人は，連結親法人となり得ないので）
あるから，上記と同様に解すべきである。Ａが外国法人である場合，Ｓが
株式移転によりＸを設立しても，ＳはＸと同視すべき存在である。また，
外国法人であるＡは，Ｓと共同株式移転をすることができないのであり，
ＡがＳの発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有していたと
，。しても上記の共同株式移転を用いた制限規定の潜脱や不整合は生じない
このように，法人税法施行令１５５条の１９第５項が，外国法人をも適用
対象としている点で，法人税法８１条の９第２号の委任の範囲を超えて，
過度に広範な欠損金額をみなし連結欠損金額から除外するものであって，
違法，無効というべきである。
イ以上によれば，法人税法施行令１５５条の１９第５項は，法人税法８１
条の９第２項２号の委任の範囲を逸脱しており，無効である。本件株式移
転の直前にｂの発行済株式総数を５０パーセントを超える株式を保有して
いたのは，連結グループ外の外国法人ｃであり，ｂは，単に本件株式移転
により旧ａを設立したにすぎず，旧ａと同視すべき立場にあったのである
から，同号が防止しようとした弊害は生じず，少なくとも法人税法施行令
１５５条の１９第５項は，ｂに適用する限度で無効と解すべきである。し
たがって，法人税法８１条の９第２項２号の規定により，本件青色欠損金
額は連結欠損金額とみなされ，損金として算入することができる。
第３争点についての判断
１争点１（本件青色欠損金額は，法人税法８１条の９第２項１号の規定により
旧ａのみなし連結欠損金額に当たるといえるか否か）について
(1)法人税法は，内国法人がそれ自体（いわゆる単体）として納税義務者と
なること（同法４条）だけでなく，当該内国法人及び当該内国法人との間に
それによる完全支配関係がある他の内国法人について，国税庁長官の承認を
得て当該内国法人（連結親法人）を納税義務者として法人税を納めることを
認め（同法４条の２，それらの連結法人のグループを一体として取り扱っ）
て所得の金額を計算し法人税を課す連結納税制度を導入している。
この連結納税制度において，連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額
は，当該連結事業年度の益金の額から当該連結事業年度の損金の額を控除し
た金額とし（同法８１条の２，この連結所得の金額は，別段の定めがある）
場合を除き，同法第１章第１節第２款から第８款までの規定により内国法人
が単体として納税するときにおける計算と同様の方法により計算するものと
しているところ（同法８１条の３，その計算における繰越欠損金の取扱い）
，（）については同法５７条青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し
を適用せず（法人税法施行令１５５条，同法８１条の９を適用することと）
している。そして，同法２条１９号の２は，連結欠損金額とは，各連結事業
年度の連結所得の金額の計算上，当該連結事業年度の損金の額が当該連結事
業年度の益金の額を超える場合において，その超える部分の金額をいうと定
義し，連結欠損金額は連結事業年度において発生するものとしている。
このように，法人税法は，連結納税制度の適用の開始に際して，連結納税
の承認の効力が発生して最初の連結事業年度が開始する前の単体としての事
業年度において生じた欠損金額については，原則として連結欠損金額に当た
らないものとして，連結納税の下で繰越控除をすることを認めず，一定の場
合に限り連結欠損金額とみなすこととしている。その例外の場合の一つとし
て，同法８１条の９第２項１号は，最初連結親法人事業年度開始の日「前」
７年以内に開始した当該連結親法人の各事業年度において生じた同法５７条
１項に規定する欠損金額（同条２項又は６項の規定により欠損金額とみなさ
れたものを含み，同条５項又は９項の規定によりないものとされたものを除
く）がある場合には，当該欠損金額について連結欠損金額とみなすことと。
している。
これは，連結納税制度の適用の開始に際していわゆる納税単位が単体から
連結法人に変更されるところ，このような場合には，単体としての事業年度
における事業活動による各法人の所得については各法人ごとに個別に課税す
るものとし，このような課税関係の清算をした後に，連結納税制度の適用を
受けることとするのが，制度の適用としては簡明であること，単体としての
事業年度において発生した欠損金額を連結事業年度における連結所得の金額
の計算に持ち込んで繰越控除をすることは，当然に連結法人のグループとし
ての事業活動による所得の実態に適合するとはいえず，いわゆる赤字会社を
連結子法人とすること等による租税回避行為を防止する必要もあることなど
を考慮する一方で，連結親法人とそれによる完全支配関係がある連結子法人
とから構成される連結法人のグループについては，全体として当該連結親法
人の実像を示していると考えられること，連結親法人の繰越欠損金について
は上記のような方法での租税回避の問題も生じないと考えられることなどを
考慮したものと解される。
以上に述べたところによれば，連結親法人となる内国法人が適格合併をし
た場合において，当該適格合併に係る被合併法人にあった未処理欠損金額が
同法８１条の９第２項１号の規定により当該連結親法人に係る連結事業年度
における連結欠損金額とみなされるためには，最初連結親法人事業年度開始
の日よりも「前」に適格合併が行われて同法５７条２項の規定により当該連
結親法人の欠損金額とみなされていたことを要するというべきである。
これに対し，原告は，同法８１条の９第２項１号の規定上，連結親法人が
適格合併をした場合において同号を適用するために，上記のように解すべき
根拠はなく，当該適格合併に係る被合併法人にあった未処理欠損金は，同法
５７条２項の規定により，当該連結親法人の欠損金額とみなされ，これに伴
い，同法８１条の９第２項１号のみなし連結欠損金額に含まれるというべき
であると主張する。
しかしながら，最初連結親法人事業年度開始の日と適格合併の実施との関
係については，上記のように解するのが相当であるのは，既に述べたとおり
であるから，次に，本件連結事業年度開始の日より前に本件合併が行われた
といえるか否かについて検討する。
(2)前記第２の２の争いのない事実等によれば，本件において，連結親法人
である旧ａの最初連結親法人事業年度開始の日及び旧ａとｂ等との間の本件
合併契約において合併期日とされた日は，暦上は，いずれも平成１７年４月
１日であるところ，法人税法５７条９項２号等の規定にいう「合併の日」に
つき上記の合併期日をもってこれに当たると解することについては，当事者
間に争いがなく，これと異なって解すべき事情等は格別見当たらない。
このように連結納税の承認の申請に係る各内国法人が最初連結親法人事業
年度開始の日とされる日に合併を行った場合において，法人税法上，合併の
効力の発生の方が，連結納税の承認の効力の発生による最初連結親法人事業
年度の開始よりも，法の適用上は先行すると解すべき規定は見当たらない。
そうすると，本件合併については，同法８１条の９第２項１号の規定にい
う最初連結親法人事業年度である本件連結事業年度開始の日「前」に行われ
たものとはいい難く，ｂの本件青色欠損金額については，同日「前」に同法
５７条２項の規定により連結親法人である旧ａの欠損金額とみなされていた
ということはできないから，同法８１条の９第２項１号の規定により，本件
青色欠損金額を本件連結事業年度における連結欠損金額とみなすことはでき
ないこととなる。
これに対し，原告は，本件のように連結親法人となる親会社と連結子法人
となる子会社とが合併する日と同日付けで連結納税の承認の効力が発生する
場合について，それらの先後関係ないし優先関係を直接定めた規定はないの
であるから，納税者に不利にならず，納税者に予測可能な解釈をすべきであ
るところ，同法１４条２号の規定によれば，本件合併の税務上の効力は，本
件合併の日の前日である平成１７年３月３１日の終了をもって発生し，他方
，（）でｂについては連結事業年度が生じないこと同法１５条の２第１項３号
からすれば，同日の終了をもって被合併法人であるｂが消滅し，繰越欠損金
額が同法５７条２項の規定により連結親法人となる前の単体としての旧ａの
欠損金額とみなされることになるから，本件青色欠損金額は，同法８１条の
９第２項１号の規定により旧ａのみなし連結欠損金額に当たるというべきで
あると主張する。
しかしながら，既に述べたように，同法８１条の９第２項１号の規定によ
れば，最初連結親法人事業年度開始の日「前」に合併が行われたということ
ができなければ，その適用はないことは明らかであり，最初連結親法人事業
年度開始の日と同日に合併が行われた場合について，合併の効力の方が連結
納税の承認の効力の発生による最初連結親法人事業年度の開始よりも法の適
用上は先行するといえない限り，同号の適用はないというべきである。そし
て，同法１４条２号は，法人が事業年度の中途において合併により解散した
場合について，その事業年度開始の日から合併の日の前日までの期間をもっ
てその法人の事業年度とみなすものとし，上記の場合における課税関係の整
理のためにその法人の事業年度の取扱いにつき定めたものにすぎないから，
同号の規定によって，合併の場合における連結納税の承認の効力の発生との
間の法の適用上の先後関係を決することはできないというべきである。さら
に，同法１５条の２第１項３号も，連結子法人が連結親法人事業年度の中途
において合併により解散した場合について，その連結親法人事業年度開始の
日から合併の日の前日までの期間は，その連結子法人にあっては連結事業年
度に含まないものとし，上記の場合における課税関係の整理のために当該連
結子法人に係る連結事業年度の取扱いにつき定めたものにすぎず，同号の規
定によっても，本件連結事業年度開始の日「前」にｂの本件青色欠損金額が
連結親法人である旧ａの欠損金額とみなされていた等ということはできな
い。他方で，同法５７条９項２号は，連結子法人が最初連結親法人事業年度
において当該連結子法人を被合併法人，連結親法人等を合併法人とする合併
を行った場合には，当該合併の日の前日の属する事業年度における同条１項
の規定の適用については，当該事業年度前の未処理欠損金額は，ないものと
取り扱うものとし，同号イは，最初連結親法人事業年度開始の日に行う合併
，。，，の場合には上記の取扱いをしないものとしているこの規定は文理上は
最初連結親法人事業年度開始の日に連結子法人と連結親法人との合併が行わ
れることがあるものとしており，同号をもって，合併の効力の発生の方が最
初連結親法人事業年度の開始よりも法の適用上は先行すると解することはで
きない。原告の上記の主張は，採用することができない。
(3)また，原告は，法人税法５７条９項２号イの規定によれば，最初連結親
法人事業年度開始の日に行う合併の場合には，被合併法人である子会社につ
き最初連結親法人事業年度開始の日より前に生じた欠損金額は，ないものと
される欠損金額から除外され，その欠損金額は当該子会社に存続することと
なるから，当該子会社が適格合併により親会社に合併されたときは，同条２
項の規定により親会社の欠損金額とみなされ，結局，当該子会社の欠損金額
は，同法８１条の９第２項１号の規定によりみなし連結欠損金額に当たると
いうべきであると主張する。
ところで，前記(2)に述べたとおり，同法５７条９項２号は，連結子法人
が最初連結親法人事業年度の中途において連結親法人等に合併された場合に
は，当該合併の日の前日の属する事業年度における同条１項の規定の適用に
ついては，当該事業年度前の未処理欠損金額は，ないものと取り扱うものと
する一方で，最初連結親法人事業年度開始の日に行う合併を，上記の取扱い
から除外している（同号イ。そして，連結親法人事業年度の中途において）
連結子法人が連結親法人等に合併されて解散した場合には，被合併法人であ
る当該連結子法人にあっては，当該連結親法人事業年度開始の日から合併の
日の前日までの期間は，連結事業年度に含まないものとされ（同法１５条の
２第１項３号，これを当該連結子法人の単体としての事業年度とみなすも）
のとされている（同法１４条１項１１号。以下，当該事業年度を「みなし事
業年度」という。。）
これらの規定は，連結親法人事業年度の中途において連結子法人が連結親
法人等に合併されて解散した場合における課税関係の整理のためのものであ
るところ，同法５７条９項２号をもって，当該合併が最初連結親法人事業年
度開始の日に行われたときに，合併の効力の発生の方が連結納税の承認の効
力の発生による最初連結親法人事業年度の開始よりも法の適用上は先行する
とは解し難いことは，先に述べたとおりである。その上で，まず，当該合併
が最初連結親法人事業年度開始の日の翌日以降に行われたときにあっては，
前記(1)で述べたとおり，法人税法は，連結納税の承認の効力の発生前の連
結子法人となる内国法人の単体としての事業年度において生じた欠損金額に
ついては，連結納税制度の適用の開始に際して課税関係の清算を終了したも
のとして，これを連結納税の下で繰越控除をすることを認めないことを原則
，，，としておりこのような取扱いとの均衡を図るため同法５７条９項２号は
連結子法人が，いったん連結納税の承認の効力が発生した後の連結事業年度
の中途において，連結親法人に合併されて解散し，連結納税制度の適用から
外れ，当該連結事業年度開始の日から合併の日の前日までのみなし事業年度
の所得について単体として納税すべきことになったとしても，上記の合併が
行われずに引き続き連結納税制度の適用があったとしたのと同様に，連結納
税の承認の効力の発生前のその単体としての事業年度において生じた欠損金
額については，当該みなし事業年度において改めて繰越控除をすることは認
めないとすることで，取扱いを一貫させたものと解される。これに対し，最
初連結親法人事業年度開始の日に連結親法人等と連結子法人との合併が行わ
れたときにあっては，被合併法人である連結子法人については，同法１４条
１項１１号及び１５条の２第１項３号が連結事業年度又は連結親法人事業年
「」，度の開始の日から合併の日の前日までの期間と規定していることに伴い
連結事業年度及びみなし事業年度に該当する期間は存在しないこととなっ
て，これらの規定は適用されず，最初連結親法人事業年度開始の日の前日ま
での連結子法人となる内国法人の事業年度について単体として納税の規定が
適用されることとなる。当該事業年度については，同法５７条１項の規定に
より欠損金額の繰越控除をすることができるものとしても特段の問題は生じ
ないはずであるにもかかわらず，上記の合併にも法の適用上は連結納税の承
認の効力が及ぶ可能性が排除されないものとすると，上記の繰越控除をする
ことができないとの疑義が生じることから，法人税法は，同号の適用対象か
ら上記の合併が行われたときを除外する旨を明らかにしたものと解される。
そうすると，同号イの規定について，以上に述べたところを超えて，連結
納税の承認の効力の発生による最初連結親法人事業年度の開始以後に連結親
法人が連結子法人を適格合併した場合に，当該連結子法人の欠損金額を連結
欠損金額とみなすことができるとしたものと解することはできないというべ
きである。原告の上記の主張は，採用することができない。
(4)以上によれば，ｂの本件青色欠損金額については，法人税法８１条の９
第２項１号の規定にいう連結親法人である旧ａの欠損金額に当たるというこ
とはできず，同項の規定に基づきみなし連結欠損金額として本件連結事業年
度連結所得の金額の計算において損金の額に算入することはできないという
べきである。
２争点２（法人税法施行令１５５条の１９第５項が法人税法８１条の９第２項
２号の委任の範囲を逸脱したものであるか否か）について
(1)法人税法８１条の９第２項２号イは，最初連結親法人事業年度開始の日
の５年前の日から当該開始の日までの間に行われた株式移転に係る完全子会
社であった連結子法人（その発行済株式の全部が当該株式移転により設立さ
れた完全親会社であった当該連結親法人によって当該株式移転の日から当該
開始の日まで継続して保有されているものに限るものとし，政令で定めるも
のを除く）に，当該開始の日前７年以内に開始した当該連結子法人の各事。
業年度において生じた同法５７条１項に規定する欠損金額等がある場合に
は，当該欠損金額を連結欠損金額とみなす旨を定めているところ，同号の規
定の委任を受けた法人税法施行令１５５条の１９第５項は，法人税法８１条
の９第２項２号の規定の適用を除外する連結子法人について，株式移転の直
前に，当該株式移転に係る完全子会社となる法人と他の法人との間に当該他
の法人が当該完全子会社となる法人の発行済株式（当該完全子会社となる法
人が有する自己株式を除く）の総数の１００分の５０を超える数の株式を。
直接又は間接に保有する関係があるものとする旨を定めている。
前記１(1)に述べたとおり，法人税法は，連結納税制度の適用の開始に際
して，それよりも前の単体としての事業年度における各法人ごとの課税関係
の清算をした後に連結納税制度の適用を受けることとするのが制度の適用と
しては適切であることなどから，原則として，単体としての事業年度におい
て生じた欠損金額を連結納税の下で繰越控除をすることを認めないこととし
，，，ているところその例外の場合の一つとして同法８１条の９第２項２号は
連結親法人が最初連結親法人事業年度開始の日前の一定期間内に株式移転に
より設立された内国法人であり，当該株式移転の日から当該株式移転に係る
完全子会社との間に完全支配関係が継続している場合には，当該株式移転に
係る完全子会社であった連結子法人については，最初連結親法人事業年度開
始の日前において，１に述べた合併が行われたとき等に類似する強い一体性
のあることが多く，そのようなものについては同項１号に準じて取り扱うの
が連結法人のグループとしての事業活動の所得の実態に適合することから，
当該完全子会社の単体としての事業年度において生じていた欠損金額を，一
定の限度で連結納税の下で繰越控除をすることを認めることとしたものと解
される。他方，同項２号は，連結子法人となる内国法人の単体としての事業
年度において生じた欠損金額を連結納税の下で繰越控除をすることを認める
ことはあくまで例外であることを前提として，上記の場合に係る連結子法人
であっても，連結親法人との間に上記のような強い一体性があったとは評価
することができないものがあることを考慮し，そのようなものを同号の適用
の対象から除外することとした上で，これを連結法人に係る各般の事情を踏
まえて特定することを政令に委任したものと解される。
そして，同号の委任を受けた法人税法施行令１５５条の１９第５項は，上
記のような法人税法８１条の９第２項２号の規定の趣旨に照らし，株式移転
の直前に他の法人の子会社となっており，当該他の法人のグループに属して
いたと評価し得る法人については，その後に株式移転により設立された法人
との間に連結法人となり得る関係が存するとしても，そのような法人の事業
活動の一般的な状況等にかんがみ，連結親法人となる内国法人との間に既に
述べたような強い一体性があるとまでは，当然には評価し難いことから，そ
のような連結子法人を同号の適用を除外する対象として定めたものと解され
る。このような法人税法施行令１５５条の１９第５項の規定の内容は，法人
税法８１条の９第２項２号の委任の趣旨に照らし，その合理性を肯認するこ
とが可能であり，同号の委任の範囲を逸脱したものとまではいうことができ
ないと解するのが相当である。
原告は，同号の委任の趣旨について，親子関係にある複数の会社が共同株
式移転により新設の完全親会社の子会社になるなどの方法による租税回避の
防止の目的を達成するのに必要な範囲に限られる旨主張するが，上記の委任
の範囲をそのようなものに限定して解すべき根拠は見いだし難く，他方，同
号の委任の趣旨については，法人税法の関係規定の内容等に照らし，既に述
べたように解することができ，租税法律主義との関係等で問題が生ずるもの
とも解し難いから，原告の上記の主張は，採用することができない。
(2)前記第２の２の争いのない事実等によれば，ｂは，最初連結親法人事業
年度である本件連結事業年度開始の日（平成１７年４月１日）の５年前の日
から当該開始の日までの間の平成１４年５月１４日に行われた本件株式移転
に係る旧ａの完全子会社であった連結子法人であり，その発行済株式の全部
について本件株式移転により設立された完全親会社であった連結親法人であ
る旧ａによって本件株式移転の日から継続的に保有されていていたものの，
本件株式移転の直前である同月１３日において，他の法人であるｃがｂの発
行済株式総数の５０．０２パーセントを保有していたのであるから，法人税
法施行令１５５条の１９第５項の規定により，ｂは，法人税法８１条の９第
２項２号の規定の適用を除外される連結子法人に当たるので，ｂの本件青色
欠損金額については，同号の規定に基づきみなし連結欠損金額として本件連
結事業年度の連結所得の金額の計算において損金の額に算入することはでき
ないというべきである。
３本件更正処分の適法性について
以上に述べたところによれば，ｂの本件青色欠損金額については，法人税法
８１条の９第２項１号又は２号の規定に基づきみなし連結欠損金額として本件
連結事業年度の連結所得の金額の計算において損金の額に算入することはでき
ないものであり，本件連結事業年度の所得につき旧ａの納付すべき税額は，別
紙「本件更正処分等の根拠及び適法性」の１に記載のとおりであるから（本件
青色欠損金額を損金の額に算入したことを否認したことを除いて，納付すべき
税額の計算の基礎となる金額及び計算方法に争いはない，本件更正処分は。）
適法である。
４本件賦課決定処分の適法性について
前記３に述べたとおり，本件更正処分は適法であるところ，本件更正処分に
より旧ａが新たに納付すべき税額については，旧ａがその計算の基礎となった
事実を計算の基礎としなかったことに国税通則法６５条４項に規定する「正当
な理由」があるとは認められない。そして，旧ａの本件連結事業年度の法人税
に係る過少申告加算税の額は，別紙「本件更正処分等の根拠及び適法性」の２
に記載したとおりであり（当事者間に争いがない，本件賦課決定処分にお。）
ける過少加算税の額と同額であるから，本件賦課決定処分は適法である。
第４結論
以上によれば，原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，訴
訟費用の負担について，行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して，
主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官谷口豊
裁判官高橋信慶
（別紙）
本件更正処分等の根拠及び適法性
１本件更正処分の根拠及び適法性
原告の本件連結事業年度の法人税に係る連結所得の金額及び納付すべき税額
は，以下のとおりであるところ（なお「△」は個別欠損金額を表す，本件，。）
更正処分における連結所得の金額及び納付すべき税額と同額であるから，本件
更正処分は適法である。
(1)連結所得の金額（別表⑧欄）６６億９８０７万６１２０円
以下のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア本件連結確定申告書における連結所得の金額（別表⑥欄）
２８億０４７９万４０１３円
旧ａが本件連結確定申告書に記載した連結所得の金額であり，以下の
(ア)ないし(オ)の本件連結確定申告書別表４の２付表に記載された各個別
所得金額の金額の合計額である。
(ア)旧ａの個別所得金額（別表①欄）２９億４７７９万３２５６円
(イ)ｇの個別所得金額（別表②欄）△９６５５万５０２０円
(ウ)ｆの個別所得金額（別表③欄）１億８３１０万６１８７円
(エ)ｈの個別所得金額（別表④欄）
△１億９５１７万８４２６円
(オ)ｉの個別所得金額（別表⑤欄）△３４３７万１９８４円
イ連結欠損金額として損金の額に算入されない金額（別表⑦欄）
３８億９３２８万２１０７円
(2)連結所得に対する法人税額（別表⑨欄）２０億０９４２万２８００円
前記(1)の連結所得の金額６６億９８０７万円（ただし，国税通則法１１
８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）。
に法人税法８１条の１２第１項に定める税率（ただし，経済社会の変化等に
対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６
条２項の規定により置き換えた後のもの）を乗じて計算した金額である。。
(3)法人税額の特別控除額（別表⑩欄）１億９１２３万１３５３円
連結所得に対する法人税の額から控除される租税特別措置法（ただし，平
成１８年法律第１０号による改正前のもの）６８条の９に規定する試験研。
究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除の額１億６８２８万７６４
０円及び同法６８条の１５に規定する情報通信機器等を取得した場合等の法
人税額の特別控除の額２２９４万３７１３円の合計額であり，本件連結確定
申告書に記載された金額と同額である。
(4)法人税額計（別表⑪欄）１８億１８１９万１４４７円
前記(2)の連結所得に対する法人税額から前記(3)の法人税額の特別控除額
を控除した金額である。
(5)法人税額から控除される所得税額等（別表⑭欄）３６４８万７２１４円
以下のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア本件連結確定申告書における控除所得税額等の額（別表⑫欄）
１３９万４７３９円
法人税法８１条の１４の規定に基づく本件連結確定申告書に記載された
控除所得税額等の金額である。
イ法人税額から控除される外国税額の増加額（別表⑬欄）
３５０９万２４７５円
本件連結確定申告書に記載された連結国外所得の金額に誤りが認められ
たことから，これを改めたところで再計算した法人税法８１条の１５に規
定する連結所得に対する法人税の額から控除される外国税額の控除額であ
る。
(6)納付すべき税額（別表⑮欄）１７億８１７０万４２００円
前記(4)の金額から前記(5)の金額を差し引いた金額（ただし，国税通則法
１１９条１項の規定により１００未満の端数金額を切り捨てた後のもの）。
である。
(7)既に納付の確定した本税額（別表⑯欄）６億４８８１万２１００円
本件連結確定申告書に記載された納付すべき法人税額である。
(8)差引納付すべき税額（別表⑰欄）１１億３２８９万２１００円
前記(6)の金額から前記(7)の金額を差し引いた金額である。
２本件賦課決定処分の根拠及び適法性
本件更正処分により旧ａが新たに納付すべき税額については，旧ａがその計
算の基礎となった事実を計算の基礎としなかったことに国税通則法６５条４項
に規定する「正当な理由」があるとは認められないから，旧ａの本件連結事業
年度の法人税に係る過少申告加算税の額は，以下の(1)及び(2)の合計額１億３
７４２万３０００円となるところ，本件賦課決定処分と同額であるから，本件
賦課決定処分は適法である。
(1)１億１３２８万９０００円
国税通則法６５条１項の規定により，前記１(8)の差引納付すべき税額１
１億３２８９万円（別表⑰欄。ただし，国税通則法１１８条３項の規定によ
り１万円未満の端数を切り捨てた後の金額）に１００分の１０の割合を乗じ
て算出した金額である。
(2)２４１３万４０００円
国税通則法６５条２項の規定により，前記１(8)の差引納付すべき税額の
うち同条３項２号に規定する期限内申告税額に相当する金額を超える部分の
金額４億８２６８万円（ただし，国税通則法１１８条３項の規定により１万
円未満の端数を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて算出し
た金額である。
以上

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