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主文
１原告の請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
（「」。）１被告が平成１４年１１月２９日付けで株式会社Ａ以下破産会社という
に対してした破産会社の平成１１年１月１日から同年１２月３１日までの事業
年度（以下「平成１１事業年度」という）の法人税についての更正処分のう。
ち，所得金額マイナス２億７５７９万６７２９円及び納付すべき法人税額０円
を超える部分並びにこれに伴う過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２被告が平成１４年１１月２９日付けで破産会社に対してした破産会社の平成
１２年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１２事業年
度」という）の法人税についての更正処分のうち，所得金額マイナス２億４。
７３７万６０２５円及び納付すべき法人税額０円を超える部分並びにこれに伴
う過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
３被告が平成１４年１１月２９日付けで破産会社に対してした破産会社の平成
１３年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１３事業年
度」という）の法人税についての更正処分のうち，所得金額マイナス６１６。
１万３２７４円及び納付すべき法人税額０円を超える部分並びにこれに伴う過
少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
４被告が平成１４年１１月２９日付けで破産会社に対してした破産会社の平成
１１年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１１課税期
間」という）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という）につい。。
ての更正処分（ただし，審査裁決により一部取り消された後のもの）のうち，
納付すべき税額１７０万６２００円を超える部分並びに消費税等の過少申告加
算税の賦課決定処分（ただし，審査裁決により一部取り消された後のもの）を
取り消す。
５被告が平成１４年１１月２９日付けで破産会社に対してした破産会社の平成
１２年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１２課税期
間」という）の消費税等についての更正処分（ただし，審査裁決により一部。
取り消された後のもの）のうち，納付すべき税額９４万０５００円を超える部
分並びに消費税等の過少申告加算税の賦課決定処分（ただし，審査裁決により
一部取り消された後のもの）を取り消す。
６被告が平成１４年１１月２９日付けで破産会社に対してした破産会社の平成
１３年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１３課税期
間」という）の消費税等についての更正処分のうち，納付すべき税額８０万。
１０００円を超える部分並びに消費税等の過少申告加算税の賦課決定処分を取
り消す。
第２事案の概要
１本件は，破産会社の破産管財人である原告が，被告が破産会社に対して平成
１４年１１月２９日付けで行った，破産会社の平成１１事業年度，平成１２事
（，「」。）業年度及び平成１３事業年度以下これらを総称して各事業年度という
の法人税額，破産会社の平成１１課税期間，平成１２課税期間及び平成１３課
税期間（以下，これらを総称して「各課税期間」という）の消費税額等につ。
いての更正処分及び法人税，消費税等についての過少申告加算税賦課決定処分
，，（，が違法であるとしてこれらの処分のうち確定申告額を超える部分ただし
審査裁決により一部取り消された後のもの）及びそれに係る過少申告加算税賦
課決定処分の取消しを求める事件である。
２基礎となる事実（当事者間に争いのない事実）
()当事者1
破産会社は，不動産の売買及び仲介，ショッピングセンターの開発，賃貸
，，マンションの建設等を目的とする同族会社であったが平成１７年３月１日
破産手続開始決定を受け，原告が破産管財人に選任された。
()本件訴訟に至る経緯2
ア確定申告
破産会社は，被告に対し，各事業年度の法人税について，各法定申告期
限までに別表１「課税の経緯（法人税」の「確定申告」欄記載の金額を）
記載した確定申告書を提出した。
破産会社は，被告に対し，各課税期間の消費税等について，各法定申告
期限までに別表２「課税の経緯（消費税等」の「確定申告」欄記載の金）
額を記載した確定申告書を提出した。
イ各処分
被告は，平成１４年１１月２９日付けで，破産会社に対し，別表１「課
税の経緯（法人税」の「更正処分等」欄記載の金額で，各事業年度の法）
人税の更正処分（以下「本件各法人税更正処分」という）及び同処分に。
係る過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各法人税に係る賦課決定
処分」といい「本件各法人税更正処分」と併せて「本件各法人税更正処，
分等」という）をした。。
被告は，平成１４年１１月２９日付けで，破産会社に対し，別表２「課
税の経緯（消費税等」の「更正処分等」欄記載の金額で，各課税期間の）
消費税等の更正処分（以下「本件各消費税等更正処分」という）及び同。
処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各消費税等に係る
賦課決定処分」といい「本件各消費税等更正処分」と併せて「本件各消，
費税等更正処分等」という）をした。。
ウ不服申立て
破産会社は，平成１４年１２月１９日に，本件各法人税更正処分等に対
して審査請求を行うとともに，本件各消費税等更正処分等に対して異議申
立てを行った。この異議申立ては，平成１５年１月２７日に国税通則法８
９条１項の規定に基づき審査請求がされたものとみなされ，本件各法人税
更正処分等についての審査請求と併合審理がされた。
国税不服審判所長は，平成１６年３月２６日付けで別表２「課税の経緯
（消費税等」の「裁決」欄記載のとおり，平成１１課税期間及び平成１）
２課税期間の消費税等についての更正処分の一部を取り消したが，その余
の審査請求はいずれも棄却した。なお，国税不服審判所長は，平成１６年
４月１２日付けで裁決書の訂正を行った。
そこで，被告は，平成１６年４月１３日付けで別表２「課税の経緯（消
費税等」の「再更正処分等」欄のとおり，平成１１課税期間及び平成１）
２課税期間の消費税等の減額更正処分並びに過少申告加算税の減額賦課決
定処分をした。
エ本件訴訟
原告は，本件訴訟においては，次の「３争点及びこれに関する当事者
の主張」で取り上げるもののほかは，別表１「課税の経緯（法人税」の）
更正処分等欄記載の金額及び別表２課税の経緯消費税等の再「」「（）」「
更正処分等」欄（平成１３課税期間については「更正処分等」欄）記載の
金額を争っていない。
()株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という）の破産会社に対する債権回収措置3。
アＢは，株式会社Ｃが株式会社Ｄ（以下「Ｄ」という）に対して有して。
いた貸金債権を譲り受けた。
Ｂは，破産会社を債務者として，上記貸金債権について，法人格否認の
法理によって破産会社に対して同額の債権を有すると主張し，これを被保
全権利として不動産仮差押命令及び債権仮差押命令の申立てを行った。京
都地方裁判所は，平成１０年６月３０日，破産会社所有に係る別紙物件目
録記載１から８までの各建物（以下，同目録記載１の建物を「Ｅ，同目」
録記載４の建物を「Ｆ，同目録記載５の建物を「Ｇ，同目録記載６の」」
建物を「Ｈ」という，同目録記載３の建物についての賃料債権等につ。）
いて仮差押命令を発した。Ｂの各申立てに基づいて，同裁判所は，同日，
Ｆ，Ｇ及びＨについて強制管理開始決定をし，大津地方裁判所は，同年７
月２日，Ｅについて強制管理開始決定をした（以下，強制管理の対象とな
った上記の建物を総称して「本件各強制管理物件」という。。）
イ京都地方裁判所は，平成１５年３月２８日，Ｂを原告，破産会社を被告
とする貸金請求事件（アの保全処分の本案訴訟。以下，この訴訟を１，２
審を通じて「別件訴訟」という）において，Ｂの請求を認容し，破産会。
社に対し，貸金残元金１７８億７２２５万７７７３円，未払利息及び上記
貸金の残元金に対する年１４％の割合による約定遅延損害金の支払を命じ
る判決を言い渡した。破産会社は，この判決に対して控訴したが，大阪高
等裁判所は，平成１６年９月１５日，控訴を棄却する判決（請求の減縮に
より，貸金残元金１７８億７１６７万４０８３円，未払利息及び上記貸金
の残元金に対する年１４％の割合による約定遅延損害金の支払に変更）を
言い渡した。破産会社は，この判決に対し，上告及び上告受理の申立てを
したが，同年１１月１７日，上告状及び上告受理申立書がいずれも却下さ
れた。
ウ上記判決に従い破産会社がＢに対して支払うべき遅延損害金以下本，（「
件損害金」という）の額は，各事業年度において，それぞれ２２億６７。
６１万６０８８円である。
()本件各強制管理物件の収支管理4
本件各強制管理物件についての収支管理は，執行裁判所の監督の下，各強
制管理人が行っていた。各強制管理人は，裁判所に対し，別表３「収支計算
報告書等の各裁判所提出日」のとおり，Ｅについては毎月，Ｆ，Ｇ，Ｈにつ
いては四半期ごとに収支決算報告書等を提出していた。
３争点及びこれに関する当事者の主張
()本件損害金の額を各事業年度の損金に算入することの可否−本件損害金1
債務の確定時期（争点１）
ア被告の主張
(ア)本件損害金債務の確定時期は，別件訴訟の判決確定日である平成１
６年１１月１７日である。だから，本件損害金は，各事業年度終了まで
には確定していないから，各事業年度における損金には該当しない。そ
うすると，破産会社が納付すべき法人税額は，別表１「課税の経緯（法
人税」の「更正処分等」記載のとおりとなるから，本件法人税各更正）
処分は適法である。
(イ)上記のとおり本件法人税各更正処分は適法であるから，本件各法人
税に係る賦課決定処分は適法である。
イ原告の主張
(ア)法人税法は，償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務
の確定しないものは，当該事業年度における損金の額に算入することを
認めないこととしており（法人税法２２条３項２号，債務確定基準を）
採用している。法人税法が，債務確定基準を採用したのは，企業の恣意
を排除し，ひいては課税の公平を確保するためである。
また法人税基本通達２−２−１２は法人税法２２条３項２号の当，，「
該事業年度終了までに債務が確定しているもの」とは，①当該事業年度
終了の日までに当該費用に係る債務が成立していること，②当該事業年
度終了の日までに当該債務に基づいて具体的な給付をすべき原因となる
事実が発生していること，③当該事業年度終了の日までにその金額を合
理的に算定することができるものであることの３要件をすべて満たすも
のとしており，裁判上の債務名義確定までは要求していない。
さらに，国税通則法２３条２項１号は，判決確定後の更正を容認して
おり，訴訟上争われている債務につき判決の確定を待たずに課税標準等
の計算の基礎とすることが予定されている。
これらの法の趣旨，解釈等からすると，納税者の恣意を排除し，課税
の公平を確保できる程度に，債務成立，具体的給付原因事実の発生及び
金額の算定可能性が認められれば，法人税法上の債務の確定を認めるべ
きである。
本件では，ＤがＢに対して負う債務の成立，具体的給付原因事実の発
生及び金額は各消費貸借契約の内容等から明らかである。そして，裁判
所が各保全命令を出した時には，裁判所が相当程度確実に被保全権利が
認められると判断したものと考えられ，破産会社がＢに対していわゆる
法人格否認の法理により弁済責任を負うことは相当程度確実になってい
たということができるから，債務が確定したというべきである。
そうすると，本件損害金は各事業年度終了までに確定していたから，
各事業年度の損金の額に算入されることになり，これを損金の額に算入
しないでされた本件各法人税更正処分は違法である。
(イ)上記のとおり，破産会社が納付すべき法人税額は当初の申告納税額
と同額であるから，過少申告加算税を賦課すべきでなく，本件各法人税
に係る賦課決定処分は取り消されるべきである。
()本件各課税期間の消費税に係る確定申告が過少であったことにつき国税2
通則法６５条４項にいう「正当な理由」の有無（争点２）
ア原告の主張
破産会社は，各課税期間の消費税等の申告に際し，本件各強制管理物件
の賃料収入等について収支に計上していない。
しかし，強制管理人が裁判所に対して本件各強制管理物件についての各
課税期間の収支報告書等提出を完了したのは，平成１１課税期間について
（）は確定申告書提出期間各事業年度の翌年の１月１日から２月２８日まで
経過後，平成１２課税期間及び平成１３課税期間についてはそれぞれ申告
期間満了日の２２日前，２８日前であった。そして，強制管理人の収支報
告だけでは課税，非課税取引の分類ができないこと，課税，非課税取引の
分類は税務署長と国税不服審判所長との判断が分かれるほど複雑であるこ
とを考慮すると，適正な計算のためには様々な調査手続が不可欠であり，
強制管理に係る不動産の賃料収入等の収支を当初の税額の基礎とすること
は物理的又は実質的に不可能であった。
このように，破産会社が強制管理に係る賃料収入等を更正前の税額の計
算の基礎としなかったことについて国税通則法６５条４項にいう「正当な
理由」があるから，これを過少申告加算税の計算の基礎とすべきでなく，
本件各消費税等に係る賦課決定処分は取り消されるべきものである。
イ被告の主張
以下のとおり，破産会社が行った各課税期間の消費税等に係る確定申告
，「」が過少であったことについて国税通則法６５条４項にいう正当な理由
があったとはいえない。
(ア)破産会社は，審査請求段階及び本件訴訟において，本件各強制管理
物件の収支は破産会社に帰属せず，実際の収益者であるＢに帰属する旨
の主張をした。これからすると，破産会社は，各課税期間の消費税の確
定申告に当たっては，本件各強制管理物件の収支を把握できなかったこ
とから申告額が過小となったものではなく，上記のような法令解釈ある
いは事実認定を誤って，強制管理物件に係る収支が自己に帰属しないも
のとして各課税期間の消費税等に係る確定申告を行ったために，それが
過少になったものである。
(イ)また，破産会社は，各課税期間終了までに，本件各強制管理物件に
ついて９か月分なしい１１か月分の収支を把握することが可能であった
から，そこから１年分の収支を見積もって期限内に申告を行うことが可
能であった（消費税法基本通達１０−１−２０は「事業者が資産の譲，
渡等を行った場合において，その資産の譲渡等をした日の属する課税期
間の末日までにその対価の額が確定していないときは，同日の現況によ
りその金額を適正に見積もるものとする。この場合において，その後確
定した対価の額が見積額と異なるときは，その差額は，その確定した日
の属する課税期間における資産の譲渡等の額に加算し，又は当該対価の
額から控除するものとする」としている。。。）
(ウ)さらに，強制管理人は，平成１４年２月１日には，本件のすべての
課税期間についての本件各強制管理物件についての収支報告書等を裁判
所に提出し終えている。したがって，破産会社は，平成１４年１１月２
９日の本件各消費税等更正処分を受けるまでの間に，これらの収支報告
書等を閲覧謄写して，それに基づいて修正申告をすることが可能であっ
たのに，これをしなかった。
第３当裁判所の判断
１本件損害金の額を各事業年度の損金に算入することの可否−本件損害金債務
の確定時期（争点１）
()内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に1
算入すべき金額は，別段の定めがあるものを除き，法人税法２２条３項各号
に掲げる額であり，同項各号に掲げる額は，一般に公正妥当と認められる会
計処理の基準に従って計算される（同条４項。すなわち，ある金額をどの）
事業年度の損金として計上すべきかは，一般に公正妥当と認められる会計処
理の基準に従うべきであり，それは，損金についての義務が確定した時の属
する年度に計上すべきとするものというべきである。
そして，その趣旨は，納税者の恣意を排除し，公平な課税と法的安定性を
維持するところにあると解されるから，義務が確定した時とは，単にその義
務が発生しているだけでは足りず，客観的に見て義務の存在が確定している
ことを要する。
本件についてみると，各事業年度において，ＤのＢに対する貸金返還債務
及びその不履行による損害賠償債務も，破産会社の法人格を否認し，Ｄの債
務について破産会社も責任を負うべき根拠事実も既に発生していた。
しかし，破産会社は，別件訴訟において，ＤのＢに対する債務及び破産会
社の法人格が否認されＤの債務について破産会社が責任を負うことを争って
おり（弁論の全趣旨，各事業年度においては，別件訴訟は，なお第１審に）
係属中であったというのであるから，本件各事業年度においては，破産会社
が本件損害金の支払義務を負うことが客観的に見て確定したということはで
きない（破産会社が本件損害金の支払義務を負うことは，遅くとも別件訴訟
についての控訴審判決に対する上告状及び上告受理申立書が却下された平成
１６年１１月１７日には確定したことは明らかである。。）
むしろ，破産会社が，別件訴訟において，ＤのＢに対する債務及び破産会
社の法人格が否認されるべきことを争いながら，一方で，本件損害金を各事
業年度の損金の額に算入することを認めることは，実質的には，将来別件訴
訟において敗訴することにそなえた引当金等を損金の額に算入することを認
めることと変わりがない（破産会社は，金額もさることながら，ＤのＢに対
する債務につき，破産会社も責任を負うことを争っていたのであり，ＤがＢ
に対して負う債務の金額等が明らかであるとしても，破産会社がその金額の
債務を負うか否かは明らかとはいえない。なお，ＢがＤに対して有す。）
る貸金債権について，法人格否認の法理によって破産会社に対して有する同
額の債権を被保全権利とする仮差押命令が発せられている。しかし，仮差押
命令は，債権者の疎明に基づき発せられるものであり，通常，債務者を審尋
することもないから，仮差押命令が発せられたからといって，客観的に見て
被保全権利（別件訴訟で請求されたものの一部である。甲３，甲４，甲７）
についての債務者の債務が確定したとはいうことができない。
()()のとおりであるから，破産会社が納付すべき法人税額は，本件法人税各21
，。更正処分のとおりであって本件各法人税に係る賦課決定処分は適法である
２本件各課税期間の消費税に係る確定申告が過少であったことにつき国税通則
法６５条４項にいう「正当な理由」の有無（争点２）
破産会社は，本件各消費税等更正処分等に対する審査請求手続及び破産手続
開始前の本件訴訟においては，本件各強制管理物件に係る収支は破産会社に帰
，（。）。属せず実際の収益者であるＢに帰属する旨の主張をしていた争いがない
そうすると，破産会社は，上記の見解に基づいて本件各強制管理物件の賃料収
入等を収支に計上しなかったもの，すなわち，本件各強制管理物件に係る収支
の帰属者についての認識の相違の結果，各課税期間の消費税等の申告額が過少
になったものと推認することができる。
ところで，過少申告加算税が，申告に係る納付すべき税額が過少であった場
合に，当初から適法に申告，納税した者とこれを怠った者との間に生ずる不公
平を是正することによって申告納税制度の信用を維持し，もって適正な期限内
申告の実現と公平な税負担を図ろうとするものであることに照らすと，国税通
則法６５条４項にいう「正当な理由」とは，申告当時適法とみられた申告が，
その後の事情の変更により，納税者の故意又は過失に基づかないで，過少申告
となった場合のような真にやむを得ない理由をいうのであって，納税者の法令
の解釈ないし事実の認識に誤りがあったため申告額が過少となったような場合
には，上記「正当な理由」があるということはできないから，破産会社の各課
税期間の消費税等の申告額が過少になったことにつき上記「正当な理由」があ
るということはできない。
また，本件各強制管理物件に係る収支は，別表３「収支計算報告書等の各裁
判所提出日」のとおり，その収支報告書等が裁判所に提出されていたのであっ
て，各課税期間の収支報告書等のすべてが申告期限内に裁判所に提出されてい
たわけではないが，各課税期間中の相当部分は，申告期限内に裁判所に提出さ
れ，残りの期間の分もそれほどは時間をおかずに提出されているから，破産会
社としては，既に提出されている収支報告書等を基に年間の収支を見積もって
申告し，各課税期間の収支報告書等が出そろった後に，必要に応じて修正申告
（ないしは更正の請求）をすることも不可能ではなかったのであるから（国税
通則法１９条，２３条，６５条５項，消費税法基本通達１０−１−２０，上）
記収支の帰属者についての認識の相違がなかったとしても，これらをせず，本
件各強制管理物件に係る収支のすべてを申告しなかったことについて，破産会
「」，。社に国税通則法６５条４項にいう正当な理由があったとは認められない
３以上のとおり，第２「事案の概要」１記載の各処分は適法であるから，原告
の請求は理由がない。
第４結論
以上の次第で，原告の請求はいずれも理由がないからこれを棄却し，訴訟費
用の負担について行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条に従い，主文のとお
り判決する。
京都地方裁判所第３民事部
裁判官下馬場直志
裁判官豊田里麻
裁判長裁判官水上敏は，転補のため署名押印することができない。
裁判官下馬場直志

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