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主文
１原告の請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は，原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
１東村山税務署長が原告に対し平成１８年３月２８日付けでした，平成▲年▲
月▲日開始の被相続人をＡとする相続に係る相続税の更正処分（ただし，平成
１８年８月８日付け異議決定及び平成１９年８月９日付け裁決による一部取消
し後のもの）のうち，納付すべき税額２４３０万９２００円を超える部分を取
り消す。
２東村山税務署長が原告に対し平成１８年３月２８日付けでした，上記１の相
続税の更正処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分（ただし，平成１８年８
月８日付け異議決定及び平成１９年８月９日付け裁決による一部取消し後のも
の）を取り消す。
第２事案の概要
本件は，相続開始時に特別医療法人に貸借されていた別紙１物件目録記載の
各土地（以下「本件各土地」という。）に係る被相続人の共有持分（３分の
１）の時価（相続税法２２条）につき，その相続人（相続分２分の１）である
原告が，財産評価基本通達（昭和３９年直資５６，直審(資)１７。平成１６年
課評２−３ほかによる改正前のもの）２５(1)の貸宅地の評価に関する定めに
基づき，自用地として評価した価額から借地権割合７０％相当額を控除した後
の価額を評価額として，相続税の申告をしたところ，東村山税務署長が，土地
の無償返還に関する届出書（以下「無償返還届出書」という。）が提出されて
いる場合の貸宅地の評価に関する特例を定める通達の定め（「相当の地代を支
払っている場合等の借地権等についての相続税及び贈与税の取扱いについて」
（昭和６０年直資２−５８(例規)，直評９。平成１７年課資２−４ほかによる
改正前のもの。以下「相当地代通達」という。）８）に基づき，自用地として
評価した価額の８０％相当額を評価額として，相続税の更正処分（以下「本件
更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決
定処分」という。）をしたため，原告が，上記各処分はいずれも違法であると
して，本件更正処分のうち原告の修正申告した納付税額を超える部分及び本件
賦課決定処分（上記各処分のいずれも，異議決定及び裁決による一部取消し後
のもの。後記１(8)を除き，以下同じ。）の取消しを求めている事案である。
１前提事実（当事者間に争いのない事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨に
より容易に認定できる事実）
(1)原告の祖父（被相続人Ａの父）であるＢは，昭和▲年▲月▲日，家督相
続により，北多摩郡α（昭和４２年１月１日市制施行後は，東京都田無市
β）３９６番宅地８５９．５０平方メートル（以下「分筆前３９６番の土
地」という。），同所３９７番１宅地８９２．５６平方メートル（以下「分
筆前３９７番１の土地」という。）及び同所３９７番２宅地１５２．０６平
方メートル（以下「分筆前３９７番２の土地」という。）の各土地を取得し
た。
分筆前３９６番の土地は，昭和５７年５月２７日，同所３９６番１及び同
番２の各土地に分筆され，さらに，同所３９６番１の土地は，同年１０月２
０日，同所３９６番１及び同番３の各土地に分筆された。
また，平成３年９月１２日，分筆前３９７番１の土地が，同所３９７番１，
同番３及び同番４の各土地に分筆され，分筆前３９７番２の土地が，同所３
９７番２，同番５及び同番６の各土地に分筆された（以下，これらの各分筆
後の土地は，地番のみで表示する。）。
このうち，これらの分筆後の３９６番１，同番２，３９７番１及び同番２
の各土地が，本件各土地である。
（以上につき，乙２から５までの各１・２）
(2)昭和５８年１２月１３日，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ及びＡを理事として，医療法
人社団Ｆが設立された。同法人は，平成１５年４月３日，特別医療法人社団
Ｆに組織変更された（以下，その変更の前後を通じて「本件法人」とい
う。）。ＤはＢの妻であり，Ｃ及びＡは，ＢとＤとの間の子である。（甲６，
乙６の２）
(3)昭和６１年１０月３１日，下記の建物が建築された。（乙７）
記
所在田無市β（ただし，平成１３年１月２１日合併により西東
京市γに変更）３９７番地１（上記(1)の分筆後の３９７番
１，同番３及び同番４），３９６番地３，同番地１及び同
番地２（上記(1)の分筆後の３９６番３，同番１及び同番
２），３９７番地２（上記(1)の分筆後の３９７番２，同番
５及び同番６），３９５番地３，同番地５
家屋番号３９７番１
種類病院
構造鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付７階建
床面積１階１７４８．１９平方メートル
２階１７８５．０８平方メートル
３階１０５４．２６平方メートル
４階９７３．２６平方メートル
５階５３０．１２平方メートル
６階１９０．００平方メートル
７階１１６．０２平方メートル
地下１階８５１．７９平方メートル
(4)Ｂは，昭和▲年▲月▲日死亡し，その妻であるＤ並びにその子であるＡ
及びＣが同人を相続し，本件各土地（ただし，上記(1)のうち平成３年の分
筆前のもの）につき，それぞれ共有持分３分の１を取得した。
(5)Ｄは，平成▲年▲月▲日死亡し，Ｃが，本件各土地に係るＤの共有持分
を相続した。これにより，本件各土地に係るＣの共有持分は，３分の２とな
った。
(6)Ｃ及びＡと本件法人は，平成１５年３月１３日，所定の様式（後記２(2)
イ参照）に従い，東村山税務署長に対し，本件各土地に関する無償返還届出
書（以下「本件届出書」という。）を提出し，その際，その添付書類として，
平成１４年１２月２０日付け土地賃貸借契約書（以下「本件契約書」とい
う。）を添付した。（乙８，９）
ア本件届出書には，所定の様式に従い，土地所有者であるＣ及びＡが，本
件法人に本件各土地及び３９５番３の土地を使用させるに当たり，将来本
件法人から無償で土地の返還を受けることとなっていること及び土地の所
有又は使用に関する権利等に変動が生じた場合には速やかに届け出る旨が
記載されていた。（乙８）
イ本件契約書には，Ｃ及びＡが，本件法人に対し，西東京市γ３９５番３
ほか４筆宅地１５５８．２平方メートルを，普通建物所有目的で，期間を
平成１５年１月１日から平成３４年１２月末日までの２０年間，賃料を１
か月９３万５０００円（１平方メートルについて６００円）との定めで賃
貸する旨の記載があった。（乙９）
ウ本件契約書に係る賃貸借契約（以下｢本件賃貸借契約｣という。）を締結
する際，権利金の授受はされなかった。（乙９，１２の１・２）
(7)Ａは，平成▲年▲月▲日死亡し，原告及びＧが同人を相続した（以下，
この相続を「本件相続」という。）。これに伴い，原告及びＧは，本件各土
地の共有持分６分の１をそれぞれ取得した。
(8)原告は，財産評価基本通達２５(1)による本件各土地（共有持分）の時価
の評価を前提として，同年９月２１日，別紙２「課税処分等の経緯」の「申
告」欄記載のとおり，本件相続に係る相続税の申告をし，平成１７年１２月
２７日，同別紙「修正申告」欄記載のとおり，相続税の修正申告をした。
これに対し，東村山税務署長は，相当地代通達８による本件各土地（共有
持分）の時価の評価を前提として，平成１８年３月２８日，同別紙「更正処
分」欄記載のとおり，本件更正処分及び本件賦課決定処分をした。
原告は，同年５月８日，同別紙「異議申立て」欄記載のとおり，これに対
する異議申立てをし，同年８月８日，同別紙「異議決定」欄記載のとおり，
本件更正処分及び本件賦課決定処分の各一部につき税額を減額する旨の異議
決定を受け，同年９月４日，審査請求をし，平成１９年８月９日，本件更正
処分及び本件賦課決定処分（いずれも，上記異議決定による一部取消し後の
もの）の各一部を取り消す旨の裁決を受けた。
(9)原告は，平成２０年１月２９日，本件訴訟を提起した。
(10)相当地代通達８による本件各土地（共有持分）の時価の評価を前提とす
る場合，本件相続に係る相続税の課税の根拠及び計算は，別紙３「課税の根
拠及び計算」記載のとおりである。
２関連通達
(1)財産評価基本通達
財産評価基本通達によれば，借地権の設定に際しその設定の対価として通
常権利金その他の一時金を支払う取引慣行があると認められる地域における
借地権の価額は，その借地権の目的となっている宅地の自用地としての価額
に，その価額に対する借地権の売買実例価額，精通者意見価格，地代の額等
を基として評定した借地権の価額の割合がおおむね同一と認められる地域ご
とに国税局長の定める割合を乗じて計算した金額によって評価することとさ
れており（同通達２７），借地権の目的となっている宅地（貸宅地）の価額
は，その宅地の自用地としての価額から借地権の価額を控除した金額によっ
て評価することとされている（同通達２５）。
(2)相当地代通達
ア相当地代通達１は，借地権の設定に際しその設定の対価として通常権利
金その他の一時金を支払う取引慣行がある地域において，当該権利金の支
払に代え，当該土地の自用地としての価額に対しておおむね年６パーセン
ト程度の地代（以下「相当の地代」という。）を支払っている場合には，
借地権を有する者については，当該借地権の設定による利益はないものと
して取り扱うものとしている。
イ平成１３年課法３−５７ほか「法人課税関係の申請，届出等の様式の制
定について（法令解釈通達）」には，無償返還届出書の様式が定められて
おり（乙１５の１・２参照），土地所有者が借地権設定等の契約に際して
将来借地人等から無償で土地の返還を受ける旨の合意をした旨の届出（以
下「無償返還届出」という。）がその記載事項とされている。
相当地代通達５は，借地権が設定されている土地について，無償返還届
出書が提出されている場合の当該土地に係る借地権の価額は，零として取
り扱うものとしている。
そして，同通達８は，借地権が設定されている土地について，無償返還
届出書が提出されている場合の当該土地に係る貸宅地の価額は，当該土地
の自用地としての価額の１００分の８０に相当する金額によって評価する
ものとしている。
ウ相当地代通達７は，借地権が設定されている土地について，収受してい
る地代の額が相当の地代の額に満たない場合の当該土地に係る貸宅地の価
額は，当該土地の自用地としての価額から，その場合の借地権の評価に関
する同通達４に定める借地権の価額を控除した金額（ただし，その金額が
当該土地の自用地としての価額の１００分の８０に相当する金額を超える
場合は，後者の金額）によって評価するものとしている。
(3)法人税基本通達（昭和４４年直審（法）２５（例規））
なお，法人税基本通達１３−１−３は，法人が借地権の設定等により他人
に土地を使用させた場合において，これにつき通常収受すべき権利金を収受
せず，しかも相当の地代の額に満たない額の地代しか収受しないときは，原
則として権利金の認定課税（権利金相当額を贈与されたものと認定してこれ
に課税することをいう。以下同じ。）をすることとなるものとしているが，
同通達１３−１−７は，その場合でも，当該法人及び借地人等が遅滞なく無
償返還届出書を提出したときは，同通達１３−１−３にかかわらず，権利金
の認定課税を行わず，当該借地権の設定等をした日の属する事業年度以後の
各事業年度において，相当の地代の額から実際に収受している地代の額を控
除した金額に相当する金額を借地人等に対して贈与したものとして取り扱う
ものとしている。
また，法人税基本通達１３−１−１４(1)は，借地人である法人が借地を
返還するに当たり，通常立退料その他これに類する一時金（以下「立退料
等」という。）を授受する取引慣行のある地域において，立退料等の授受が
されなかった場合でも，当該法人及び土地所有者が借地権の設定後遅滞なく
無償返還届出書を提出しているときは，原則として行うべき立退料等の認定
課税（立退料等相当額を贈与されたものと認定してこれに課税することをい
う。以下同じ。）を行わないものとしている。
３争点及び争点に関する当事者の主張の要旨
本件の争点は，本件更正処分における本件各土地（共有持分）の時価（相続
税法２２条）の評価の相当性である。
具体的には，①本件各土地（共有持分）の時価の評価は，財産評価基本通達
２５(1)，相当地代通達８又は相当地代通達７のいずれの評価方法によるべき
か，②相当地代通達８の評価方法による評価の合理性（無償返還合意の私法上
の効力と無償返還届出の税法上の評価との関係等）が争われている。
（被告の主張）
(1)ア本件更正処分の適法性
相当地代通達８の評価方法による本件各土地（共有持分）の時価の評価
を前提とする場合，本件相続に係る原告の相続税の納付すべき税額は，別
紙３「課税の根拠及び計算」記載第１の２(4)のとおり，３０８１万０４
００円であるところ，この金額は，本件更正処分に係る原告の相続税の納
付すべき税額（別紙２順号８「審査裁決」欄の金額）と同額であるから，
本件更正処分は，適法である。
イ本件賦課決定処分の適法性
上記アのとおり，本件更正処分は適法であるところ，原告は，本件更正
処分の基礎となった本件相続に係る原告の相続税の納付すべき税額を過少
に申告した。したがって，国税通則法６５条１項の規定に基づき，本件更
正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額６５０万円（ただ
し，同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金
額）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額６５万円（別紙２順号
９「審査裁決」欄の金額）と同額の過少申告加算税を賦課決定した本件賦
課決定処分は，適法である。
(2)本件各土地の評価の相当性
ア相続税法２２条は，相続等により取得した財産の価額は，当該財産の取
得の時における時価によると定めている。
そして，財産評価基本通達は，借地権の設定に際しその設定の対価とし
て通常権利金その他の一時金（以下「権利金」という。）を支払う取引慣
行があると認められる地域において通常支払われる標準的な地代を支払っ
ている標準的な借地権についての評価の取扱いを示している。
イ他方，権利金の取引慣行のある地域において，権利金の支払に代えて，
①通常支払われる地代の額に比して高額な地代（相当の地代）が支払われ
ている場合又は②将来は無償で借地を返還する旨の合意をした上で借地を
している場合など特殊な賃貸借契約により借地権の設定がされている場合
については，相当地代通達が相続税の算定基礎となる土地の評価の取扱い
を定めている。
このうち，借地権が設定されている土地につき，上記②の合意に係る無
償返還届出書が提出されている場合については，同通達８が，貸宅地を，
自用地としての価額の１００分の８０に相当する金額によって評価するこ
ととしている。これは，無償返還届出書は，借地人と土地所有者との間の
将来無償で借地を返還する旨の合意に係るものであり，当事者双方がこの
ような土地の無償返還の合意をし，それを課税庁に対し積極的に表明して
課税上の選択をしている以上，借地人にその借地権の価値が生じないこと
として取り扱うことが当事者の取引の実態にかなうと考えられる一方で，
無償返還届出書が提出されている場合でも，借地借家法等の制約を受け，
また，相続等の時点で借地の返還がされるわけではなく，権利金の取引慣
行のない地域の借地の価額についても２０パーセントの借地権価額の控除
が容認されていることとの権衡上，貸宅地の価額の評価については２０パ
ーセントを控除することが適当であるとの考えによるものである。
(3)原告の主張に対する反論
ア原告は，無償返還の合意が借地借家法９条に違反する旨主張するが，同
法の趣旨からすれば，権利金の取引慣行のある地域において，権利金を授
受しないなど特殊な賃貸借契約を締結した当事者間に，同族会社とその役
員や関係会社間等のように利害関係の一致する関係がある場合に，当該賃
貸借契約の当事者双方が合意の上，当該土地の無償返還の合意をし，課税
上の選択として無償返還届出書を提出しているときは，必ずしも借地人に
不利益な特約であるとは考えられない。借地人に不利益な特約であるか否
かは，当該借地に係る事実関係を総合して判断すべきであって，当事者間
の関係，権利金に係る費用負担の回避，認定課税の回避等に係る利益も考
慮されるべきであり，無償返還届出書による課税上の合意が直ちに無効と
なるものではない。
イ相続人は，相続開始の時から，被相続人の一身に専属したものを除き，
その財産に属した一切の権利義務を承継するものであり（民法８９６条），
本件各土地の賃貸借契約に係る具体的な権利関係は，当然に原告に承継さ
れるものであるところ，本件各土地の賃貸借契約につき，無償返還届出書
の提出により課税上の選択をして課税関係を確定させた当事者が，当該届
出に係る合意が私法上無効であることを理由として課税関係における主張
を行うことは，信義則に反し，又は借地権に関する課税制度を濫用するも
のであって，許されないと解すべきである。
（原告の主張）
(1)本件各土地の評価
ア本件各土地の地代の年額は，本件各土地の自用地としての価額の約３．
３パーセントで，固定資産税及び都市計画税の年額の約２．９倍であり，
通常の地代といえる。そして，通常の地代による場合には，財産評価基本
通達２５によるものとされているから，本件各土地の評価は，本件各土地
の借地権割合である７０パーセントを控除した残額によるべきである。
イ被告は，無償返還届出書が提出されたことから，本件各土地の評価は，
相当地代通達８によるべきである旨主張する。
しかしながら，まず，そもそも土地の返還に当たって，借地人が賃貸人
に対し金員の請求をすることができる旨の法律上の規定は存在しないから，
無償返還の合意は無意味であり，私法上の効力を有しない。
また，借地契約の更新が有効に拒絶されるか否かが問題となる場合に，
賃貸人側の正当事由の有無の判断における補助的事情として，返還の対価
の提供があるか否かが斟酌されることがあるが，仮に，無償返還の合意が，
この意味での返還の対価の提供を不要とする旨の合意であるとすれば，そ
れは，借地人に不利益な定めであるから，借地法１１条及び借地借家法９
条により無効である。
このように，無償返還の合意は私法上無意味又は無効であるから，その
合意及び届出の有無によって税額計算の基礎となる財産の価額の評価に差
異を設けている相当地代通達８の定めは不合理である。したがって，本件
各土地をこれによって評価することは適当でない。
ウなお，相当地代通達においては，貸宅地の評価について，同通達８のみ
ならず，同通達７の定めもある。同通達７の定め（同通達４の計算方法＝
自用地としての価額×借地権割合×｛１−（実際に支払っている地代の年
額−通常の地代の年額）÷（相当の地代の年額−通常の地代の年額）｝）
は，通常の地代より高い地代が定められている借地権の価額は，通常の地
代の定めのある借地権より廉価であり，実際に支払っている地代の額が相
当の地代の額に達したときは借地権が無価値となるとするものであると考
えられ，通常の地代の定めがある本件でも適用できるものである。したが
って，仮に本件各土地を相当地代通達によって評価するとしても，同通達
８ではなく，同通達７（同通達４の計算方法）によるべきであり，その計
算結果は，財産評価基本通達２５による場合と同じになる。
(2)被告の主張に対する反論
仮に無償返還の合意が有効であったとしても，その基礎となる特殊な関係
は，一身専属的で相続性がないから，本件相続により無償返還の合意は無効
となったものと解すべきである。したがって，被相続人による無償返還の合
意及び届出がされたことを理由として，本件各土地の価額を相当地代通達８
により算定することはできない。
第３争点に対する判断
１前記前提事実，甲５及び弁論の全趣旨によれば，本件各土地は，借地権の設
定に際してその設定の対価として権利金を支払う取引慣行があると認められる
地域に存在すること，本件各土地に係る本件賃貸借契約の締結に当たり，権利
金の授受はされなかったこと，相当の地代とは土地の自用地としての価格の概
ね６％をいうところ，本件賃貸借契約に係る地代はこれに満たなかったこと，
本件賃貸借契約の当事者である本件法人（借地人）とＣ及びＡ（土地所有者）
が，平成１５年３月１３日，東村山税務署長に対し，無償返還届出書を提出し
たこと，以上の事実が認められる。
被告は，このような事実関係の下で，本件賃貸借契約の当事者である本件法
人とＣ及びＡが，当該契約においては権利金の支払に代えて将来無償で借地を
返還する旨の合意をした旨を記載した無償返還届出書を提出していることから，
本件各土地は，相当地代通達８に従い，自用地としての価額の１００分の８０
に相当する金額によって評価すべきである旨主張する。
これに対し，原告は，借地の無償返還の合意が私法上無効であることを前提
として，相当地代通達８の合理性を争い，財産評価基本通達２５又は相当地代
通達７により，本件各土地の評価は，自用地としての価額から，借地権相当額
（借地権の価額の割合は７０パーセント）を控除した金額によって評価すべき
である旨主張する。
２このように，本件では，借地権が設定されている土地の評価に関する通達の
合理性及びその適用関係が争われているため，まず，借地権が設定されている
土地の評価に関する法の定め及び各通達の内容について概観する。
(1)相続税の課税価格は，相続又は遺贈により財産を取得した者ごとに，そ
の取得した財産の価額を基礎として算定されるところ，当該財産の価額は，
当該財産の取得の時における時価によるとされており（相続税法２２条），
その時価の具体的な評価は解釈にゆだねられている。そして，ここにいう時
価とは，当該財産の取得の時において，その財産の現況に応じ，不特定多数
の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額を
いうものと解されている（財産評価基本通達１参照）。
(2)アそして，財産評価基本通達は，前記前提事実のとおり，借地権の設定
に際しその設定の対価として通常権利金を支払う取引慣行があると認めら
れる地域においては，当該借地権の目的となっている宅地の自用地として
の価額に，当該価額に対する借地権の売買実例価額，精通者意見価格，地
代の額等を基として評定した割合を乗じて計算した金額を借地権の価額と
し（同通達２７），借地権の目的となっている宅地（貸宅地）の価額は，
その貸宅地の自用地としての価額から借地権の価額を控除した金額によっ
て評価することとしている（同通達２５）。
イこの取扱いは，次の(ア)ないし(ウ)の考察に基づき，借地権の設定に当
たり権利金が支払われる取引慣行がある場合には，これを正常な取引条件
ととらえ，これを当該借地の評価に反映する趣旨のものであると解される。
(ア)土地所有者が借地権の設定等により他人に土地を使用させる場合に
は，借地人が借地借家法の保護を受けて強い権利を有することになるほ
か，将来，土地の価額の上昇に応じて地代の値上げができるという保証
がないこと等の理由から，当該土地の価額（交換価値）がいわゆる底地
価額（自用地としての価額から借地権価額を控除した金額）にまで低下
してしまうという現象が生ずるため，地域により，借地権の設定等に際
し，その設定の対価として相応の権利金を授受する取引慣行が存在する
ことがある。
(イ)これを借地人の側からみると，借地権の設定に当たり権利金が支払
われている場合には，土地所有者がこれに相当する土地使用の対価を取
得していることから，地代の額がそれだけ低く定められ，借地人は，適
正な土地使用の対価としての相当の地代を下回る地代を支払うことによ
って，当該土地を独占的に利用することができることとなる。
(ウ)このように，権利金の授受によって，賃借期間中，上記相当の地代
と実際に支払う地代との差額に相当する経済的利益が借地人に帰属する
ことになり，その反面，借地権の設定されている宅地の価額は，当該宅
地の自用地としての価額よりも，借地権の価額（その実態は，土地の適
正地代と実際に支払われる地代との差額に賃借権の存続期間を乗じた借
地人に帰属すべき利益の額がこれに相当する。）だけ低く評価されるこ
ととなるという経済的実態が生じる。そこで，課税関係上も，上記の取
引慣行を正常な取引条件としてとらえ，上記の経済的実態を当該借地の
評価に反映させることが取引の実態に合致することになる。
ウそして，このように権利金の授受をする取引慣行が正常な取引条件であ
るとの前提に基づき，借地権の設定に際しその設定の対価として通常権利
金を支払う取引慣行があると認められる地域であるにもかかわらず，権利
金の授受がなく，収受されている地代が相当の地代に満たない場合には，
権利金の授受があったものとして認定課税をすることとされている（法人
税基本通達（昭和５５年直法２−１５）１３−１−３）。
(3)アこれに対し，相当地代通達は，借地権の設定に際しその設定の対価と
して権利金を支払う取引慣行がある地域において，その権利金の支払に代
え，①相当の地代が支払われている場合，②支払われている地代は相当の
地代に満たないが，通常の地代を超えている場合及び③支払われている地
代は相当の地代に満たないが，無償返還届出書が提出されている場合とい
う，特殊な賃貸借契約により借地権が設定された場合について，当該土地
につき相続，遺贈又は贈与による移転があったときの借地権又は貸宅地の
評価の取扱いを定めている。（乙１３）
イこのうち，権利金の支払に代え，相当の地代が支払われている場合（上
記ア①の場合）には，借地権の設定による利益はなかったものと取り扱う
ものとされている（相当地代通達１）。これは，このような場合には，土
地所有者から見れば，当該土地の地代収受権としての経済的価値は減殺さ
れておらず，その土地に借地権が設定されてもなお更地としての経済的価
値が維持されているものと考えられ，上記(2)イ(イ)及び(ウ)にいう借地
人に帰属すべき利益の生ずる余地がないことによるものと解される。（乙
１３）
ウ(ア)これに対し，権利金の支払に代え，無償返還届出書が提出されてい
る場合（上記ア③の場合）には，当該土地の借地権の評価は，零として
取り扱うものとされている（相当地代通達５）。これは，借地権の設定
に際しその設定の対価として通常権利金を支払う取引慣行があると認め
られる地域であるにもかかわらず，権利金の授受がなく，しかも，土地
所有者が借地権設定契約の際に将来借地人から無償で土地の返還を受け
る旨の合意をし，両当事者がその合意をした旨の届出をしている場合に
は，土地所有者と借地人との間に，同族会社とその役員や関係会社間等
のように利害の共通する特殊な関係があり，利害対立のある第三者間の
ような権利主張がされることが想定されないため，収受される地代が相
当の地代に満たないときであっても，土地所有者から借地人に対し何ら
経済的利益が移転しておらず，前記(2)イ(イ)及び(ウ)にいう借地人に
帰属すべき利益もないという経済的実態が存在するとみるべきであり，
かつ，このことが両当事者による無償返還届出書の提出によって明らか
にされていることから，こうした経済的実態を課税関係においても反映
させる趣旨であると解される。
(イ)さらに，このような見地から，法人税基本通達１３−１−７におい
ても，法人が借地権の設定等により他人に土地を使用させた場合におい
て，これにつき権利金を収受せず，収受している地代が相当の地代に満
たないときであっても，無償返還届出書が提出された場合には，権利金
の認定課税を行わないものとされている。
(ウ)そして，土地の賃貸借契約に係る経済的実態は様々であり，上記の
ように土地所有者と借地人との間に利害の共通する特殊な関係がある場
合には，土地所有者と借地人との間の関係は，財産評価基本通達２５に
おいて想定されている通常の取引条件と異なる面があり，これを課税関
係に反映させることには，合理性があるということができる。
(エ)他方で，相当地代通達８は，無償返還届出書が提出されている場合
の貸宅地の価額の評価は，当該土地の自用地としての価額によるのでは
なく，自用地としての価額の１００分の８０に相当する金額によって評
価することとしている。（乙１３）
上記(ア)の趣旨からみれば，借地権が設定されている土地のうち，無
償返還届出書が提出されている場合の土地について課税関係が生じたと
きは，当該土地の自用地としての価額によるべきであるとも考えられる
が，他方で，当該土地は賃貸されていることから現にその利用は一定の
制限を受けており，相続開始の時に返還されるものではなく，その返還
に際しては借地借家法による制約も受け得ること，権利金の取引慣行が
ない地域でも貸宅地の評価額の算定において借地権の価額はある程度斟
酌されること（財産評価基本通達２５(1)参照）等の点が考慮されたも
のと解される。（乙１３）
そして，このような課税上の取扱いは，課税の内容を土地所有者と借
地人との間の経済的実態に即したものにするものとして，合理性がある
ということができる。
３これを本件についてみるに，前記１によれば，本件各土地は，借地権の設定
に際してその設定の対価として権利金を支払う取引慣行があると認められる地
域に存在したが，本件各土地に係る本件賃貸借契約の締結に当たり，権利金の
授受はされず，収受される地代も相当の地代に満たなかったが，権利金の授受
に代えて，本件賃貸借契約の当事者である本件法人（借地人）とＣ及びＡ（土
地所有者）が無償返還届出書を提出したことが認められる。
そして，上記２に検討したところによれば，このような事実関係の下では，
本件各土地（共有部分）の時価は，無償返還届出書が提出されている場合の貸
宅地の評価に関する特例を定める相当地代通達８によって評価されることとな
り，その評価方法は，土地所有者と借地人との間の経済的実態に即した土地の
評価の在り方として，合理性があるということができる。
４これに対し，原告は，本件各土地を相当地代通達８によって評価することの
合理性を争うので，以下，検討する。
(1)前記前提事実，掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば，本件においては，
以下の事実が認められる。
ア本件各土地の借地人である本件法人は，もともとＢが営んでいた個人病
院を経営するために，昭和５８年１２月１３日，設立されたものであり，
設立当初はＢ及びその家族が理事等を務めるものであった（ただし，平成
１５年の医療法人社団から特別医療法人社団への組織変更の際，本件法人
が経営する病院の職員等も理事に就任した。乙１０の１）。
なお，本件法人を設立するに当たり，Ｂが病院の施設として自己所有の
建物を出資したため，同建物は本件法人の所有となったが，その敷地であ
る本件各土地等は，Ｂの所有のままであった。（乙１０の１）
イ本件法人は，昭和５９年１月２７日，上記病院の敷地である各土地（本
件各土地を含む。）について，Ｂを代表者として，当時の所有者であった
Ｂとの間で，使用貸借契約を締結し，本件賃貸借契約が締結された平成１
４年１２月まで，無償で上記各土地を使用しており，かつ，上記使用貸借
契約の締結に伴い，東村山税務署長に対し，昭和６０年４月１日付けで無
償返還届出書が提出されていた。（乙１０の３，１６，１７）
ウ本件賃貸借契約は，平成１４年１２月２０日，本件法人の医療法人社団
から特別医療法人社団への組織変更に当たり，Ｃを本件法人の代表者とし
て，本件各土地等の当時の所有者であったＣ及びＡとの間で，上記使用貸
借契約の対象土地の一部である本件各土地等につき，締結された。（乙１
０の１）
エＡも，本件法人の理事であり，平成１５年１月３０日の臨時社員総会で
も理事として再任された。（乙１０の１）
オ本件届出書は，税理士の助言に基づき，本件法人につき認定課税を回避
する目的で，そのための無償返還届出書として提出されたものであった。
（乙１０の１・２）
なお，権利金を授受する取引慣行のある地域においては立退料等を授受
する取引慣行もあるものと推認される以上，本件届出書の提出は，本件法
人につき将来の土地返還時に立退料等の認定課税を回避し得る効果を伴う
ものであった（法人税基本通達１３−１−１４(1)）。
(2)上記(1)認定の事実によれば，本件賃貸借契約の経緯については，当初，
Ｂが個人で経営する病院の医療法人化に伴い，その敷地である本件各土地に
つき同人と本件法人との間で使用貸借契約が締結され，その後，本件法人の
特別医療法人への組織変更に伴い，上記使用貸借契約に代わり，本件賃貸借
契約が締結されたものであるところ，本件賃貸借契約の当事者は，Ｂから本
件各土地を相続したＣ及びＡと，同人らを理事（前者を代表者理事長）とす
る本件法人であることからすれば，本件賃貸借契約は，当事者間に利害の共
通する特殊な関係があり，その特殊な関係に基づいて締結されたものであっ
て，利害対立のある第三者間のような権利主張がされることが想定されない
場合に当たるということができる。このことによれば，本件賃貸借契約の締
結の際に権利金の授受がされなかったのは，当事者間の経済的実態として，
土地所有者と借地人の利害が共通しており，土地所有者から借地人に対し何
ら経済的価値が移転しておらず，前記２(2)イ(イ)及び(ウ)にいう借地人に
帰属すべき利益もなかったためであると認めるべき事情が存在するというこ
とができる。そして，この経済的実態は，両当事者により無償返還届出書が
提出されたことによって明らかにされているということができるから，本件
各土地の時価の評価が，財産評価基本通達２５でなく，相当地代通達８に従
ってされることには，合理性があるということができる。
(3)これに対し，原告は，無償返還届出書に係る無償返還合意は私法上無意
味又は無効であるとして，その有無によって税額計算の基礎となる財産の価
額の評価に差異を設けている相当地代通達８の定めは不合理である旨主張す
る。
しかしながら，前記２(2)ウ並びに同(3)ウ(ア)及び(イ)のとおり，法人税
基本通達では，権利金又は立退料等の取引慣行のある地域において，権利金
又は立退料等の授受がなく，本来であれば権利金又は立退料等の認定課税を
すべき場合（同通達１３−１−３，１３−１−１４）でも，無償返還届出書
が提出されている場合には，これらの認定課税を行わないものとされており
（同通達１３−１−７，１３−１−１４(1)），これらの取扱いを含め，無
償返還届出は，課税関係において，土地所有者と借地人との間に特殊な関係
があり，土地所有者から借地人に対し何ら経済的利益が移転していない経済
的実態があることを当事者が自ら明らかにする趣旨の届出として，課税関係
上一定の効果を有するものとされているということができ，しかも，上記
(1)オのとおり，本件届出書に係る無償返還届出は，本件賃貸借契約の当事
者自らにより，認定課税の回避という課税上の利益を享受するために課税庁
に対して行われ，現にこれを享受し得る効果を伴うものである以上，税法上
の行為として有効であり，税法上の意味・効果を有するものということがで
きる。
原告は，無償返還届出書に係る無償返還合意が，借地借家法の規定等に照
らし，私法上無意味又は無効であるとの主張を論拠とするが，以上に述べた
無償返還届出の税法上の性質・効果等に照らすと，本件届出書に係る無償返
還届出は，認定課税の回避という課税上の利益を享受するための公法上の行
為として課税庁に対して行われ，現にこれを享受し得る効果を伴うものとし
て有効に成立していると認められる以上，当該届出に係る当事者間の無償返
還合意の私法上の効力のいかんによって，当該届出の税法上の効果が左右さ
れるものではないというべきである。また，前記２(3)ウ(ア)のとおり，無
償返還届出書が提出されるのは，土地所有者と借地人との間に利害の共通す
る特殊な関係があり，利害対立のある第三者間のような権利主張がされるこ
とが想定されない場合であるところ，本件においても，前記（前提事実及び
上記(1)）のとおり，本件賃貸借契約の締結当時（組織変更前），借地人と
なる本件法人は，本件各土地の共有者であるＣが代表者理事長，他の共有者
で同人の妹であるＡが理事，同人らの家族が他の理事を務めており，同人ら
の亡父が本件法人の前代表者理事長として亡父個人との間で締結した使用貸
借契約を事実上継承する形で，本件賃貸借契約の締結がされたものであり，
このような特殊な人的関係に基づき無償返還届出書が提出され，同契約の締
結当時，利害対立のある第三者間のような権利主張がされることは想定され
ない状況にあったのであるから，本件届出書に係る無償返還合意が借地人で
ある本件法人にとって必ずしも現実に不利なものであったと認めるには足り
ず，その私法上の効力を否定すべき事情も認め難いので，いずれにしても，
原告の上記主張は理由がない。
(4)また，原告は，仮に本件において相当地代通達が適用されるとしても，
同通達８ではなく，相当の地代に満たない地代を収受している場合の貸宅地
の評価に関する同通達７が適用されるべきである旨主張する。
しかしながら，相当地代通達７及び８の文理並びに前記２(3)の同通達８
の趣旨等に照らすと，借地権が設定されている土地につき，無償返還届出書
が提出されている場合については，専ら同通達８が適用され，その結果，同
通達７は，借地権の設定に際しその設定の対価として通常権利金を支払う取
引慣行がある地域において，収受している地代の額が相当の地代に満たない
場合のうち，無償返還届出書の提出がない場合のみについて適用されるもの
と解するのが相当であり，したがって，現に無償返還届出書が提出されてい
る本件各土地については，専ら同通達８が適用され，同通達７の適用はない。
原告の上記主張は，本件届出書に係る無償返還合意が私法上無意味又は無効
であることを前提として，その提出があっても同通達８の適用を排除すべき
とする趣旨のものと解されるが，その前提を欠くことは上記(3)のとおりで
あり，他に同通達８の適用を排除すべき事情も認められない以上，上記主張
は理由がない。
(5)原告は，さらに，仮に本件届出書に係る無償返還合意が有効であっても，
その基礎となる特殊な関係は一身専属的で相続性がない旨主張する。
しかしながら，①上記(2)のとおり，本件賃貸借契約の締結に際し，土地
所有者から借地人に対し何ら経済的価値が移転しておらず，前記２(2)イ
(イ)及び(ウ)にいう借地人に帰属すべき利益もなかったという経済的実態が，
本件届出書の提出により，その時点における状況として明らかにされており，
また，②上記(3)のとおり，本件届出書に係る無償返還届出は，認定課税の
回避という課税上の利益を享受するための公法上の行為として課税庁に対し
て行われ，現にこれを享受し得る効果を伴うものとして有効に成立している
と認められる以上，当該届出に係る無償返還合意における一部当事者の私法
上の地位が相続によりＡから原告及びＧに承継されたことによって，上記①
の経済的実態が左右されるものではなく，また，上記②の届出の税法上の効
果が影響を受けるものでもないので，上記主張は理由がない。
５以上によれば，本件各土地（共有持分）時価の評価を相当地代通達８に従っ
て行うことは，合理的な評価方法による適正な評価であるというべきであり，
相当地代通達８による時価の評価を前提とする場合，本件相続に係る相続税及
び過少申告加算税の課税の根拠及び計算は，別紙３「課税の根拠及び計算」記
載のとおりである。そして，本件更正処分に係る原告の相続税の納付すべき税
額及び本件賦課決定処分に係る過少申告加算税の税額（別紙２順号９「審査裁
決」欄の「納付すべき税額」及び「過少申告加算税」の各欄に記載された金
額）は，上記「課税の根拠及び計算」による相続税の納付すべき税額及び過少
申告加算税の税額と同額であるから，本件更正処分及び本件賦課決定処分は，
適法である。
６よって，原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，訴訟費用
の負担について，行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して，主文の
とおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官岩井伸晃
裁判官本間健裕
裁判官倉澤守春
（別紙３）
課税の根拠及び計算
第１相続税の課税の根拠及び計算
１課税価格の合計額
３億０９０５万２０００円
上記金額は，次の(1)「本件相続により取得した財産の価額」から，次の(2)
「債務等の金額」を控除して算出した差引純資産価額（別紙４の別表２（以下
「別表２」という。）順号９の各金額）に，次の(3)「純資産価額に加算され
る贈与財産価額」を加算した各人の課税価格（ただし，国税通則法１１８条１
項の規定により，相続人ごとに１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額。
別表２順号１１の各金額）の合計額である。
(1)本件相続により取得した財産の価額（別表２順号７合計額欄の金額）
３億０７０１万９２５９円
上記金額は，本件相続人らが本件相続により取得した財産の総額であり，
その内訳は，次のとおりである。
ア土地等の価額（別表２順号１合計額欄の金額）
９７７３万６６９８円
上記金額は，次の(ア)及び(イ)の金額の合計額である。
(ア)課税価格に算入すべき本件各土地の価額
７９７２万９８２８円
上記金額は，別紙４の別表４−１（以下「別表４−１」という。）
「土地の明細」順号２（本件甲土地）及び順号３（本件乙土地）に記載
した各土地の価額の合計額である。
なお，本件各土地の計算は，本件甲土地については，別紙４の別表４
−２「本件甲土地（別表４−１順号２）の価額」に，本件乙土地について
は，別紙４の別表４−３「本件乙土地（別表４−１順号３）の価額」に，
それぞれ記載したとおりである。
(イ)課税価格に算入すべき本件各土地以外の土地の価額（別表４−１順
号１価額欄の金額）
１８００万６８７０円
上記金額は，原告が本件修正申告書（甲２）に記載した本件各土地以
外の土地の価額と同額である。
イ家屋・構築物の価額（別表２順号２合計額欄の金額）
５２７万０９５４円
上記金額は，原告が本件修正申告書に記載した家屋・構築物の価額と同額
である。
ウ有価証券の価額（別表２順号３合計額欄の金額）
４１１８万２７３８円
上記金額は，①Ｈの株式につき，財産評価基本通達１６９に基づき，課税
時期の最終価格又はその最終価格が課税時期の属する月以前３か月間の最終
価格の各月ごとの平均額のうち最も低い価額で評価した同株式の１株当たり
の価格２０９円に，本件相続人らが取得した３０００株を乗じて算定した価
額６２万７０００円と，②原告が本件修正申告書に記載したＨの株式以外の
有価証券の合計額４０５５万５７３８円を加算した金額である。
エ現金預貯金等の価額（別表２順号４合計額欄の金額）
９８４９万２１７５円
オ家庭用財産の価額（別表２順号５合計額欄の金額）
１００万円
カその他の財産の価額（別表２順号６合計額欄の金額）
６３３３万６６９４円
上記エないしカの各金額は，原告が本件修正申告書に記載した現金預貯金
等，家庭用財産及びその他の財産の各価額と同額である。
(2)債務等の金額（別表２順号８合計額欄の金額）
２３６万７０５２円
(3)純資産価額に加算される贈与財産価額（別表２順号１０合計額欄の金
額）
４４０万円
上記(2)及び(3)の各金額は，原告が本件修正申告書に記載した債務等，純資
産価額に加算される贈与財産価額の各金額と同額である。
２相続税の納付すべき税額
原告の本件相続に係る相続税の納付すべき税額は，相続税法１５条ないし１７
条の各規定に基づき，上記１の課税価格の合計額に基づき，次のとおり算定した
ものである。
(1)課税遺産総額（別紙４の別表３（以下「別表３」という。）順号３の金額）
２億３９０５万２０００円
上記金額は，上記１の課税価格の合計額３億０９０５万２０００円から，相
続税法１５条の規定により，５０００万円と１０００万円に本件相続に係る相
続人の数である２を乗じた金額２０００万円との合計額７０００万円を控除し
た後の金額である。
(2)法定相続分に応ずる取得金額（別表３順号５の各欄の金額）
ア原告（法定相続分２分の１）１億１９５２万６０００円
イ他の相続人（法定相続分２分の１）１億１９５２万６０００円
上記各金額は，相続税法１６条の規定により，本件相続人らが上記(1)の金
額を民法９００条の規定による相続分に応じて取得したものとした場合の各
人の取得金額（ただし，相続税法基本通達（昭和３４年直資１０。平成１６
年課資２−６ほかによる改正前のもの）１６−３により，各相続人ごとに
１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額）である。
(3)相続税の総額（別表２順号１２合計額欄及び別表３順号７の金額）
６１６２万０８００円
上記金額は，上記(2)のア及びイの各金額に，それぞれ相続税法１６条に定め
る税率を乗じて算出した金額の合計額である。
(4)原告の納付すべき税額（別表２順号１６原告欄の金額）
３０８１万０４００円
上記金額は，相続税法１７条の規定により，上記(3)の金額に，課税価格の合
計額３億０９０５万２０００円（別表２順号１１合計額欄の金額）のうち，原
告に係る課税価格１億５４５２万６０００円（別表２順号１１原告欄の金額）
の占める割合を乗じて算出した金額（ただし，国税通則法１１９条１項の規定
により，１００円未満の端数を切り捨てた後の金額）である。
第２過少申告加算税の課税の根拠及び計算
本件更正処分に係る税額（別紙２順号８「審査裁決」欄の金額）と原告の申
告に係る税額（別紙２順号８「修正申告」欄の金額）（ただし，いずれも，国
税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額）の
差額は６５０万円であるところ，同法６５条１項の規定に基づき，本件更正処
分により原告が新たに納付すべきこととなった同税額（同差額）に１００分の
１０の割合を乗じて算出した金額６５万円が，原告の納めるべき過少申告加算税
の税額となる。

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