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主文
１第１事件被告が第１，第２，第４事件原告に対して平成１４年６月７日付け
でした納税者Ｐ１の滞納国税に係る第二次納税義務による納付告知処分（ただ
し，納付限度額について，同１６年１月２９日付け審査裁決により一部取り消
された後のもの）を取り消す。
２品川税務署長が第１，第２，第４事件原告に対して平成１４年３月２６日付
けでした同原告の同１１年分の所得税についての更正処分のうち，総所得金額
１１億３５９３万２０７７円，納付すべき税額２２億５６５７万２６００円を
超える部分及び過少申告加算税賦課決定（ただし，いずれも同１６年１月２９
日付け審査裁決により一部取り消された後のもの）をいずれも取り消す。
３第３事件被告が第３事件原告に対して平成１４年３月２９日付けでした同原
告の同１０年４月１日から同１１年３月３１日までの事業年度の法人税につい
ての更正処分のうち，所得金額５５５億２１１６万５８３９円，納付すべき税
額２１４億３８０３万６２００円を超える部分，及び過少申告加算税賦課決定
のうち，１６９万１０００円を超える部分（ただし，いずれも同１６年１月２
９日付け審査裁決により一部取り消された後のもの）をいずれも取り消す。
４麹町税務署長がＰ１に対して平成１４年３月２９日付けでした同社の同１０
年７月１日から同１１年６月３０日までの事業年度の法人税についての決定処
分及び無申告加算税賦課決定をいずれも取り消す。
５第３事件原告のその余の請求を棄却する。
６訴訟費用は，全事件を通じて，第１，第２，第４事件原告と第１事件被告，
第２事件被告及び第４事件被告との間においては，その全部を同被告らの負担
とし，第３事件原告と第３事件被告との間においては，第３事件原告及び第３
事件被告に生じた費用の各２００分の３を第３事件原告の負担とし，第３事件
原告及び第３事件被告に生じた費用の各２００分の１９７を第３事件被告の負
担とする。
事実及び理由
第１請求
１第１事件
主文第１項と同旨。
２第２事件
主文第２項と同旨。
３第３事件
第３事件被告が第３事件原告に対して平成１４年３月２９日付けでした同原
告の同１０年４月１日から同１１年３月３１日までの事業年度の法人税につい
ての更正処分のうち，所得金額５５４億７７９９万６８８５円，納付すべき税
額２１４億２１１２万６１００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定
（ただし，いずれも同１６年１月２９日付け審査裁決により一部取り消された
後のもの）をいずれも取り消す。
４第４事件
主文第４項と同旨。
第２事案の概要
(1)第１事件
第１，第２，第４事件原告（以下「原告Ｐ２」という。）がオーストラリ
ア連邦法人であるＰ１からＰ３株式会社の株式（以下，同社を「Ｐ３」とい
い，その株式を「Ｐ３株式」という。）６００株を譲り受けたところ，麹町
税務署長がＰ１に対して，上記Ｐ３株式の譲渡価額は時価に比し低額である
から，法人税法３７条７項に基づき譲渡価額と時価との差額が寄附金の額に
参入されるとして，法人税の決定処分及び無申告加算税の賦課決定処分を行
い，さらに，第１事件被告（以下「被告国税局長」という。）が，原告Ｐ２
に対し，上記Ｐ３株式の譲受け価額は，国税徴収法（以下「徴収法」とい
う。）３９条にいう著しく低い額の対価に当たるとして，第二次納税義務の
納付告知処分を行ったため，原告Ｐ２が，上記Ｐ３株式の譲渡は，株式の売
買という法形式が採られているものの，その実質は，第３事件原告（以下
「原告会社」という。）の株式公開の円滑な実現を目的とした，株式会社Ｐ
４の株式（以下，同社を「Ｐ４」といい，その株式を「Ｐ４株式」とい
う。）の一時的な預託行為の一部としての株式の返還にほかならず，このよ
うな株式の預託行為全体を一連の取引行為として見れば，上記Ｐ３株式の譲
受け価額は徴収法３９条にいう著しく低い額の対価に当たらないなどと主張
して，上記第二次納税義務納付告知処分の取消しを求めている事案である。
(2)第２事件
品川税務署長が，原告Ｐ２に対し，Ｐ１から原告Ｐ２が前記(1)のとおり譲
り受けたＰ３株式６００株の譲受け価額が時価に比し低額で，譲受け価額と
時価との差額が所得税法３６条１項に規定する経済的利益に当たり，一時所
得に該当するとして，所得税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分
を行ったところ，原告Ｐ２が，上記Ｐ３株式の譲受け価額は時価に比し低額
ではないなどと主張して，これらの処分の取消しを求めている事案である。
(3)第３事件
第３事件被告（以下「被告江東西税務署長」という。）が，原告会社に対
し，原告会社が原告Ｐ２外４名からそれぞれ譲り受けたＰ３株式計７００株
の譲受け価額が時価に比し低額であるとして，譲受け価額と時価との差額に
つき受贈益と認定し，法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分
をしたところ，原告会社が，上記Ｐ３株式の譲受け価額は通常の対価である
と主張して，これらの処分の取消しを求めている事案である。
(4)第４事件
Ｐ１からＰ３株式６００株を譲り受けた原告Ｐ２が，麹町税務署長がＰ１
に対してした法人税の決定処分及び無申告加算税の賦課決定処分に基づく滞
納国税につき，前記(1)のとおり，徴収法３９条に基づく第二次納税義務の納
付告知処分を受けたため，上記Ｐ３株式の譲渡価額を時価に比し低額である
と認定した麹町税務署長の上記決定処分等は違法であると主張して，これら
の処分の取消しを求めている事案である。
１前提事実
本件の前提となる事実は，以下のとおりである。いずれも当事者間に争いの
ない事実又は証拠及び弁論の全趣旨等により容易に認めることのできる事実で
あるが，争いのない事実を除き，括弧内に認定根拠を付記している。
(1)当事者等
ア原告Ｐ２
原告Ｐ２は，コンピューター式パチスロ機の開発に初めて成功した技術
者で，パチスロ機についてプレーヤーの技術介入の影響を極力軽減するこ
とができる「前段判定方式」を考案して，特許を取得したものである。原
告Ｐ２は，原告会社の設立後，長くその代表取締役を務めていたが，平成
１６年９月に代表取締役を辞任した。その後，同１８年１月に再び代表取
締役に就任したが，同年６月に退任し，現在は代表権のない取締役会長を
務めている。（甲５４，原告Ｐ２本人，弁論の全趣旨）
イ原告会社
原告会社は，パチスロ機の開発，製造及び販売等を目的とする株式会社
である。原告会社の以前の商号は「Ｐ５株式会社」であったが，平成１０
年４月１日，株式会社Ｐ６と合併するとともに，商号を「Ｐ７株式会社」
に変更した。また，原告会社は，同年９月１日，Ｐ８株式会社（現在の株
式会社Ｐ９）の開設する株式店頭市場において株式を公開した。（甲５４，
５５，原告Ｐ２本人，弁論の全趣旨）
ウＰ１
Ｐ１は，平成７年１２月２２日にオーストラリア連邦ニューサウスウェ
ールズ州において設立された同国法上の株式会社である。Ｐ１の設立当初
の発行済株式総数は２株で，出資金の額は２オーストラリアドル（日本円
に換算すると約１５０円）であったが，同９年８月ころ，増資により発行
済株式総数が１０株となった。その後，Ｐ１は，同１４年３月ころ解散し，
清算手続が行われた。（甲５１，５４，５８，６１，６９）
エＰ３
Ｐ３は，平成３年８月２０日に設立されたパチスロ機の製造及び販売等
を営む株式会社である。Ｐ３の設立当時の資本の額は３０００万円で，発
行済株式総数は６００株であり，英国及びキプロス共和国の国籍を有する
Ｐ１０が代表取締役を務めていた。
Ｐ３においては，平成１０年１月１５日に第三者割当増資が行われ，発
行済株式総数が７００株，資本の額が４５２４万２９００円となった。な
お，上記第三者割当増資により発行された新株１００株は，Ｐ１１に５０
株，Ｐ１２に２２株，Ｐ１３及びＰ１４（以下これら４名の者を総称して
「Ｐ１１ら」という。）に各１４株がそれぞれ割り当てられた。
同１１年５月３１日，Ｐ１０はＰ３の代表取締役を辞任し，代わって，
Ｐ１５が代表取締役に就任した。
同１２年４月１０日，Ｐ３は，原告会社と合併して解散した。（甲５４，
６０，６１，乙２６，６３，６５の１，６５の２，証人Ｐ１０，弁論の全
趣旨）
(2)事実経過
ア原告Ｐ２からＰ３に対するＰ４株式の譲渡
原告Ｐ２とＰ３は，平成９年６月１１日付けで，原告Ｐ２の保有するＰ
４株式３万６０００株を代金９億０６４４万４０００円で同月２３日にＰ
３に譲渡する旨の契約を締結し，これに基づき，原告Ｐ２は，Ｐ３に対し，
Ｐ４株式３万６０００株を譲渡した（以下，これを「本件Ｐ４株式譲渡」
という。）（甲２０，５４，６１）。
イＰ１から原告Ｐ２に対するＰ３株式の譲渡
Ｐ１と原告Ｐ２は，平成１１年１月１２日付けで，Ｐ１が保有するＰ３
株式６００株を代金１３億８０００万円で原告Ｐ２に譲渡する旨の契約
（以下「本件契約１」という。）を締結し，これに基づき，Ｐ１は，原告
Ｐ２に対し，Ｐ３株式６００株を譲渡した（以下，これを「本件譲渡１」
という。）（甲２５，乙４，証人Ｐ１０）。
ウ原告Ｐ２から原告会社に対するＰ３株式の譲渡
原告Ｐ２と原告会社は，平成１１年２月２日付けで，原告Ｐ２が保有す
るＰ３株式６００株を代金１２１億９１７８万２８００円で原告会社に譲
渡する旨の契約（以下「本件契約２」という。）を締結し，これに基づき，
原告Ｐ２は，原告会社に対し，Ｐ３株式６００株を譲渡した（以下，これ
を「本件譲渡２」という。）（甲２７，乙５の１）。
エＰ１１らから原告会社に対するＰ３株式の譲渡
Ｐ１１らと原告会社は，以下のとおり，いずれも平成１１年２月２日付
けで，Ｐ１１らがそれぞれ保有するＰ３株式を，いずれも１株当たりの代
金２０３１万９６３８円で原告会社に譲渡する旨の契約を締結し，これに
基づき，Ｐ１１らは，原告会社に対し，Ｐ３株式をそれぞれ譲渡した（以
下，Ｐ１１らが原告会社にＰ３株式合計１００株を譲渡したことを総称し
て，「本件譲渡３」という。）（乙５の２から５の５まで）。
(ア)Ｐ１１と原告会社間の契約
株式５０株代金１０億１５９８万１９００円
(イ)Ｐ１２と原告会社間の契約
株式２２株代金４億４７０３万２０３６円
(ウ)Ｐ１３と原告会社間の契約
株式１４株代金２億８４４７万４９３２円
(エ)Ｐ１４と原告会社間の契約
株式１４株代金２億８４４７万４９３２円
(3)課税処分等の経緯
アＰ１に対する決定処分等（原告Ｐ２に対する第二次納税義務の納付告知
処分を含む。）
(ア)麹町税務署長は，本件契約１に基づくＰ１から原告Ｐ２に対するＰ
３株式６００株の譲渡が低額譲渡に当たるとして，Ｐ１に対し，平成１
４年３月２９日付けで，Ｐ１の同１０年７月１日から同１１年６月３０
日までの事業年度（以下「平成１１年６月期」という。）の法人税につ
いて，納付すべき税額を４８億５２２７万０１００円とする決定処分
（以下「本件決定処分」という。）及び無申告加算税の額を７億２７８
４万０５００円とする賦課決定処分（以下，本件決定処分と併せて「本
件決定処分等」という。）を行った。なお，本件決定処分等の経緯につ
いては，別紙１の別表１−１記載のとおりである。
(イ)麹町税務署長は，Ｐ１が本件決定処分等に係る法人税をその納期限
までに完納しなかったことから，平成１４年５月２０日，Ｐ１に対し，
国税通則法（以下「通則法」という。）３７条に基づき督促状を送付し，
同月２８日，通則法４３条３項に基づき，被告国税局長に対して，徴収
の引継を行った。
(ウ)被告国税局長は，平成１４年６月７日，Ｐ１に属する財産が少額の
普通預金の払戻請求権のみであり，Ｐ１の滞納国税につき滞納処分を執
行してもなお徴収すべき額に不足すると認められ，また，本件譲渡１が
著しく低い額の対価による譲渡であり，かつ，その不足すると認められ
ることが本件譲渡１に基因すると認められるため，徴収法３９条の要件
に該当するとして，原告Ｐ２に対し，徴収法３２条１項に基づき，第二
次納税義務者として，納付限度額を１２８億８６７８万３０００円とす
る納付通知書による告知（以下「本件納付告知処分」という。）を行っ
た。なお，本件納付告知処分の経緯については，別紙１の別表１−２記
載のとおりである。
(エ)Ｐ１は，平成１４年７月２２日，被告国税局長に対し，本件決定処
分等に不服があるとして異議申立てを行ったが，同年１０月２２日，被
告国税局長は，申立期間の徒過を理由としてＰ１の異議申立てを却下し
た。このため，Ｐ１は，国税不服審判所長に対し，本件決定処分等に不
服があるとして審査請求を行ったが，その後これを取り下げた。
(オ)原告Ｐ２は，平成１４年８月６日，被告国税局長に対し，本件納付
告知処分に対する異議申立てを行うとともに，本件決定処分等に対して
も異議申立てを行った。
(カ)被告国税局長は，本件納付告知処分に係る異議申立てについて，平
成１４年１０月１１日，納付限度額を１０７億９９５９万１８００円に
減額する異議決定をしたが，本件決定処分等に対する異議申立てについ
ては，同月１７日，不服申立期間は本件決定処分等がＰ１に送達された
日の翌日から起算して２か月を経過する同年６月３日までであり，異議
申立ては不服申立期間の経過後にされたものであるとして，通則法８３
条１項に基づき，これを却下する旨の決定を行った。
(キ)そこで，原告Ｐ２は，平成１４年１１月８日，国税不服審判所長に
対し，本件決定処分等について審査請求をしたが（なお，同日，本件納
付告知処分についても審査請求をしている。），国税不服審判所長は，
同１５年４月７日，本件決定処分等に対する異議申立ては不服申立期間
の経過後にされた不適法なものであり，本件決定処分等に係る審査請求
は適法な異議申立てを経ないでされた不適法なものであるとして，通則
法９２条に基づき，これを却下する旨の裁決を行った。
(ク)原告Ｐ２は，上記(キ)の裁決の取消しを求める訴訟を提起し，平成
１８年１月１９日，最高裁判所第一小法廷において，徴収法３９条所定
の第二次納税義務者は，主たる課税処分につき通則法７５条に基づく不
服申立てをすることができるものと解するのが相当であり，その場合，
通則法７７条１項所定の「処分があったことを知った日」とは，当該第
二次納税義務者に対する納付告知（納付通知書の送達）がされた日をい
い，不服申立期間の起算日は納付告知がされた日の翌日であると解する
のが相当であるとして，請求認容の判決の言渡しを受けた。
(ケ)また，国税不服審判所長は，平成１６年１月２９日，原告Ｐ２に対
し，納付限度額を１０７億９９５９万１１００円に減額する裁決をした。
これを受けて，原告Ｐ２は，同年４月２７日，上記裁決後の本件納付告
知処分について，なお不服があるとして，第１事件に係る訴えを提起し
た。（当裁判所に顕著な事実）
(コ)前記(ク)のとおり，最高裁平成１８年１月１９日第一小法廷判決に
より，前記(キ)の裁決が取り消され，原告Ｐ２の本件決定処分等に対す
る審査請求は，現在，国税不服審判所において審査中であるところ，当
該審査請求をした日の翌日から起算して３月を経過しても裁決がないこ
とから，原告Ｐ２は，通則法１１５条１項１号に基づき，同年５月１８
日，第４事件に係る訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
(サ)なお，原告Ｐ２は，第二次納税義務に係る租税債務合計６２億９２
６８万９７００円（本税４８億５２２７万０１００円，無申告加算税７
億２７８４万０５００円及び延滞税７億１２５７万９１００円）を完納
している。
イ原告Ｐ２に対する更正処分等
(ア)原告Ｐ２は，平成１２年３月１４日，品川税務署長に対し，同１１
年分の所得税について，総所得金額を１１億３５９３万２０７７円，株
式の分離譲渡所得の金額を１０７億９９５９万１１００円，納付すべき
税額を２２億５６５７万２６００円とする確定申告書（以下「本件所得
税申告書」）を提出して確定申告を行い，これに伴う税額を納付した。
(イ)品川税務署長は，平成１４年３月２６日，原告Ｐ２に対し，同１１
年１月１２日付けでされたＰ１から原告Ｐ２への本件譲渡１について，
その譲受け時点におけるＰ３株式の時価と譲受け価額との差額が一時所
得に当たるとして，総所得金額を７５億８５１６万９０７７円，株式の
分離譲渡所得の金額を０円，納付すべき税額を２４億８２８７万２１０
０円とする更正処分（以下「本件所得税更正処分」という。）及び過少
申告加算税の額を２２６２万９０００円とする賦課決定処分（以下，本
件所得税更正処分と併せて「本件所得税更正処分等」という。）を行っ
た。なお，本件所得税更正処分等の経緯については，別紙２の別表記載
のとおりである。
(ウ)原告Ｐ２は，平成１４年５月２４日，被告国税局長に対し異議申立
てをし，同年１２月１３日に棄却決定を受けたため，同１５年１月１０
日，国税不服審判所長に対し，審査請求を行い，同１６年１月２９日，
本件所得税更正処分等につき，一部取消しの裁決がされた。この結果，
総所得金額を７５億７７８７万７５７７円，納付すべき税額を２４億８
０１７万４１００円，過少申告加算税を２２３６万円と変更された。
(エ)原告Ｐ２は，平成１６年４月２７日，上記裁決後の本件所得税更正
処分等について，なお不服があるとして，第２事件に係る訴えを提起し
た（当裁判所に顕著な事実）。
ウ原告会社に対する更正処分等
(ア)原告会社は，平成１１年６月３０日，同１０年４月１日から同１１
年３月３１日までの事業年度（以下「平成１１年３月期」という。）の
法人税について，所得金額を５５４億７７９９万６８８５円，納付すべ
き税額を２１４億２１１２万６１００円とする確定申告書(以下「本件法
人税申告書」という。)を提出し，確定申告をした。
(イ)上記確定申告に対し，被告江東西税務署長は，平成１２年１２月２
６日付けで，所得金額を５６５億２７３０万４８３９円，納付すべき税
額を２１５億４５９８万１９００円とする更正処分及び重加算税を４３
６９万７５００円加算税の賦課決定処分を行った。なお，原告会社に対
する更正処分等の経緯については，別紙３の別表記載のとおりである。
(ウ)被告江東西税務署長は，原告会社に対し，平成１４年３月２９日付
けで，所得金額を５９５億１９６８万７８９３円，納付すべき税額を２
２７億１８１４万９３００円，過少申告加算税を１億１７２１万６００
０円とする増額再更正処分(以下「本件法人税更正処分」という。)及び
賦課決定処分（以下，本件法人税更正処分と併せて「本件法人税更正処
分等」という。）を行った。
(エ)被告江東西税務署長は，原告会社に対し，平成１５年２月１３日付
けで，所得金額を５８４億４７７２万４９３９円，納付すべき税額を２
２５億８４４１万９０００円，過少申告加算税を１億１６３２万８００
０円とする減額再更正処分及び加算税の賦課決定処分を行った。
(オ)原告会社は，平成１３年２月２３日，国税不服審判所長に対し，前
記(イ)の更正処分等に不服があるとして審査請求を行い，また，同１４
年５月２４日，本件法人税更正処分等について，被告国税局長に対し異
議申立てを行い，その後，上記異議申立ては，国税不服審判所長に対す
るみなし審査請求に移行し，同１６年１月２９日，これらの更正処分等
について，一部取消しの裁決がされた。
この結果，原告会社の平成１１年３月期の法人税については，所得金
額が５８４億３１３７万３６３９円，納付すべき税額が２２５億７８０
１万４２００円，過少申告加算税が１億１５６８万８０００円と変更さ
れた。
(カ)原告会社は，平成１６年４月２７日，上記裁決後の本件法人税更正
処分等について，なお不服があるとして，第３事件に係る訴えを提起し
た（当裁判所に顕著な事実）。
２被告らが主張する原告らの税額等
被告らが本件訴訟において主張するＰ１，原告Ｐ２及び原告会社の各所得金
額及び各納付すべき税額等は，それぞれ以下のとおりである。
本件の争点は，本件譲渡１が譲渡時におけるＰ３株式６００株の適正な価額
より低い対価をもってする資産の低額譲渡に当たるかなど，後記３のとおりで
あり，これらに関連する部分を除き，原告らは，その余の被告ら主張の課税根
拠及び計算関係を争っていない。
(1)Ｐ１について
被告国税局長及び被告国が本訴において主張するＰ１の平成１１年６月期
の所得金額及び納付すべき税額は，別紙４の別表２のとおりであり，その詳
細は，次のとおりである。
ア所得金額１４０億９０３３万１２４３円
上記金額は，次の(ア)及び(イ)の各金額を合計した金額である。
(ア)申告所得金額０
円
Ｐ１は，平成１１年６月期に係る法人税の確定申告書を提出していな
い。
(イ)所得金額に加算すべき金額
１４０億９０３３万１２４３円
上記金額は，次のａの金額からｂ及びｃの各金額を減算し，ｄの金額
を加算した金額である。
ａ有価証券売却収入として益金の額に算入されるべき金額
１４３億０２８４万９２００円
上記金額は，平成１１年１月１２日時点におけるＰ３株式１株当た
りの適正な価額（時価）２３８３万８０８２円に，Ｐ１が原告Ｐ２に
譲渡したＰ３株式の数６００株を乗じて算出した金額である。
ｂ有価証券売却収入に係る原価として損金の額に算入されるべき金額
３４１５万９３３４円
上記金額は，Ｐ１がＰ３株式を取得するに当たって支出したと認め
られる金額であり，Ｐ３株式の金額４１万１３６０オーストラリアド
ルに，平成８年３月末の電信売買相場のオーストラリアドル１ドル当
たりの仲値８３．０４円を乗じて邦貨換算した金額である。
ｃ原告Ｐ２に対する寄附金として損金の額に算入されるべき金額
１２９億２２８４万９２００円
上記金額は，前記ａの有価証券売却収入として益金の額に算入され
るべき金額１４３億０２８４万９２００円から，本件譲渡１に係る譲
渡価額１３億８０００万円を差し引いた金額である。
当該金額は，本件譲渡１に係る適正な価額（時価）と譲渡価額との
差額であり，Ｐ１が原告Ｐ２に対して実質的に贈与したと認められる
金額であるから，Ｐ１の原告Ｐ２に対する寄附金と認められ，Ｐ１の
平成１１年６月期の所得の金額の計算上，損金の額に算入されるべき
ものである。
ｄ寄附金のうち損金の額に算入されない金額
１２７億４４４９万０５７７円
上記金額は，前記ｃの原告Ｐ２に対する寄附金として損金の額に算
入されるべき金額のうち，法人法３７条３項（平成１４年法律第７９
号による改正前のもの）の規定により，損金の額に算入されない金額
である。
イ所得金額に対する法人税額
４８億６０４０万４１９５円
上記金額は，法人法６６条１項及び２項の規定に基づき，前記アの所得
金額（ただし，通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数
金額を切り捨てた後のもの）のうち，①８００万円に１００分の２５の税
率を乗じて算出した金額２００万円と，②１４０億９０３３万１０００円
から８００万円を減算した金額に１００分の３４．５の税率を乗じて計算
した金額４８億５８４０万４１９５円との合計額である。
ウ確定申告に係る法人税額０円
Ｐ１は，平成１１年６月期に係る法人税の確定申告書を提出していない。
エ差引納付すべき法人税額
４８億６０４０万４１００円
上記金額は，前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（ただし，
通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた
後のもの）である。
オ本件決定処分の適法性
本訴において被告が主張する平成１１年６月期におけるＰ１の法人税に
係る所得金額及び納付すべき法人税額は，前記のとおりであり，本件決定
処分におけるＰ１の法人税に係る所得金額及び納付すべき法人税額は，い
ずれも，これらの金額の範囲内である。
カ無申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性
前記のとおり，本件決定処分は適法であるところ，Ｐ１は平成１１年６
月期に係る法人税の確定申告書を提出していないことから，通則法６６条
１項の規定により，本件決定処分によってＰ１が新たに納付すべきことと
なった税額４８億５２２７万００００円（ただし，通則法１１８条３項の
規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の１
５の割合を乗じて計算した金額に相当する無申告加算税が課されることと
なる。そして，これにより算出される金額は７億２７８４万０５００円で
あり，無申告加算税賦課決定処分によってＰ１が納付すべきこととなった
無申告加算税の額はこれと同額である。
(2)原告Ｐ２について
第２事件被告（品川税務署長事務承継者）（以下「被告渋谷税務署長」と
いう。）が本訴において主張する原告Ｐ２の平成１１年分の所得金額及び納
付すべき税額は，別紙５の別表１のとおりであり，その詳細は，次のとおり
である。
ア総所得金額７５億９７１０万６６７７円
上記金額は，所得税法２２条２項の規定に基づき，次の(ア)から(エ)ま
での各金額を合計した金額である。
(ア)配当所得の金額７億９２２７万
円
上記金額は，本件所得税申告書の配当所得の金額欄に記載した金額と
同額である。
(イ)給与所得の金額３億２２２５万
円
上記金額は，原告Ｐ２が本件所得税申告書の給与所得の金額欄に記載
した金額と同額である。
(ウ)雑所得の金額２１４１万２０７７
円
上記金額は，原告Ｐ２が本件所得税申告書の雑所得の金額欄に記載し
た金額と同額である。
(エ)一時所得の金額６４億６１１７万４６００
円
上記金額は，原告Ｐ２が，Ｐ１からＰ３株式（時価１４３億０２８４
万９２００円）を低額（１３億８０００万円）で譲り受けたことに伴い，
当該株式の時価と当該譲受け価額との差額（１２９億２２８４万９２０
０円）が所得税法３６条に規定する経済的な利益に該当することから，
一時所得として算定したものである。
なお，上記金額は上記の経済的な利益の金額から所得税法３４条３項
に規定する特別控除額５０万円を控除した後の金額に，同法２２条２項
２号の規定を適用した後の金額（一時所得の金額の２分の１に相当する
金額）である。
イ所得控除の合計額２０１万６７０４円
上記金額は，原告Ｐ２が本件所得税申告書の所得控除の合計額欄に記載
した金額と同額である。
ウ課税総所得金額７５億９５０８万９０００円
上記金額は，上記アの総所得金額から上記イの所得控除の合計額を控除
した後の金額（ただし，通則法１１８条１項により１０００円未満の端数
金額を切り捨てた後の金額）である。
エ納付すべき税額２４億８７２８万８８００円
上記金額は，次の(ア)の金額から(イ)から(エ)までの各金額を控除した
金額（ただし，通則法１１９条１項により，１００円未満の端数金額を切
り捨てた後の金額）である。
(ア)課税総所得金額に対する税額
２８億０７６９万２９３０円
上記金額は，上記ウの課税総所得金額に，所得税法８９条に規定する
税率（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の
負担軽減措置に関する法律（平成１１年法律第８号，以下「負担軽減措
置法」という。）４条の特例を適用したもの。）を乗じて算出した金額
である。
(イ)配当控除３９６１万３５００
円
上記金額は，所得税法９２条の規定に基づいて計算した控除額であり，
原告Ｐ２が本件所得税申告書の配当控除欄に記載した金額と同額である。
(ウ)定率減税額２５万円
上記金額は，負担軽減措置法６条の規定による定率減税額であり，原告
Ｐ２が本件所得税申告書の定率減税額欄に記載した金額と同額である。
(エ)源泉徴収税額２億８０５４万０５８０
円
上記金額は，原告Ｐ２が本件所得税申告書の源泉徴収税額欄に記載し
金額と同額である。
オ本件所得税更正処分の適法性
本訴において，被告渋谷税務署長が主張する原告Ｐ２の平成１１年分所
得税の納付すべき税額は，上記のとおり２４億８７２８万８８００円であ
るところ，本件所得税更正処分により原告Ｐ２が納付すべき所得税額２４
億８０１７万４１００円（ただし，平成１６年１月２９日付け裁決により
一部取り消された後の金額）は，被告渋谷税務署長が本訴において主張す
る金額の範囲内である。
カ過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性
過少申告加算税賦課決定処分により，原告Ｐ２が納付すべき過少申告加
算税の額は，２２３６万円（ただし，平成１６年１月２９日付け裁決によ
り一部取り消された後の金額）であるところ，当該金額は，通則法６５条
１項の規定により，本件所得税更正処分によって原告が新たに納付すべき
こととなった税額２億２３６０万円（ただし，平成１６年１月２９日付け
裁決により一部取り消された後の金額について，通則法１１８条３項の規
定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の１０
の割合を乗じて算出した金額と同額である。
(3)原告会社について
被告江東西税務署長が本訴において主張する原告会社の平成１１年３月期
の所得金額及び納付すべき税額は，別紙６の別表１のとおりであり，その詳
細は，次のとおりである。
ア所得金額５８４億９８２３万５０００円
上記金額は，次の(ア)及び(イ)の各金額を合計した金額（ただし，通則
法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の
金額）である。
(ア)申告所得金額５５４億７７９９万６８８５
円
上記金額は，本件法人税申告書に記載された所得金額である。
(イ)所得金額に加算すべき金額３０億２０２３万８８５４
円
上記金額は，次のａ及びｂの各金額を合計した金額である。
ａ受贈益として益金の額に算入されるべき金額
２９億７７０６万９９００円
上記金額は，平成１１年２月２日時点におけるＰ３株式１株当たり
の価額２４５７万２５９５円に原告Ｐ２及びＰ１１らから譲り受けた
Ｐ３株式の数７００株を乗じて算出した価額１７２億００８１万６５
００円から，原告会社が上記譲渡人から譲り受けたＰ３株式の譲受け
価額の合計額１４２億２３７４万６６００円を控除した金額である。
当該金額は，Ｐ３株式の低額譲受けに係る受贈益の計上漏れ相当額
であり，原告会社の平成１１年３月期の所得の金額の計算上，益金の
額に算入されるべきものである。
ｂ減価償却超過額４３１６万８９５４円
上記金額は，平成１１年３月期の減価償却費の計算について，パチ
ンコ機及びパチスロ機の製造設備の耐用年数の適用誤りを是正して再
計算し，算出された減価償却の償却超過額であるから，原告会社の平
成１１年３月期の所得の金額の計算上，損金の額に算入されないもの
である。
イ所得金額に対する法人税額２０１億８１８９万１０７５円
上記金額は，前記アの所得金額に，法人税法６６条に規定する税率を乗
じて計算した金額である。
ウ課税留保金額１２２億５８６４万６０００円
上記金額は，新たに留保金額となる前記(イ)の受贈益計上漏れ額及び減
価償却超過額の合計金額３０億２０２３万８８５４円を，本件法人税申告
書に記載された留保所得金額５４３億７８２４万１３５７円に加算し，そ
の合計額である留保所得金額５７３億９８４８万０２１１円(別紙７の別表
２の①)を基に再計算した課税留保金額１２２億５８６４万６０００円(た
だし，通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り
捨てた後のもの（別紙７の別表２の⑯)）である。
エ課税留保金額に対する税額２４億４５２２万９２００円
上記金額は，前記ウの課税留保金額に法人税法６７条に規定する税率を
乗じて計算した金額(別紙７の別表２の<23>)である。
オ法人税額から控除される所得税額等２２９１万５０８３円
上記金額は，法人税法６８条（ただし，平成１５年法律第８号による改
正前のもの。）に規定する法人税額から控除される所得税額として本件法
人税申告書に記載された金額である。
カ納付すべき法人税額２２６億０４２０万５１００円
上記金額は，前記イの金額に前記エの金額を加算し，前記オの金額を差
し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金
額を切り捨てた後のもの）である。
キ確定申告に係る法人税額２１４億２１１２万６１００円
上記金額は，本件法人税申告書に記載された法人税額である。
ク差引納付すべき法人税額１１億８３０７万９０００円
上記金額は，前記カの金額から前記キの金額を差し引いた金額である。
ケ本件法人税更正処分の適法性
本訴において被告江東西税務署長が主張する，平成１１年３月期におけ
る原告会社の法人税に係る所得金額及び納付すべき法人税額は，前記のと
おりであり，本件法人税更正処分（ただし，平成１５年２月１３日付け更
正処分及び同１６年１月２９日付け裁決により一部取り消された後のもの。
後記コにおいて同じ。）における原告会社の法人税に係る所得金額及び納
付すべき法人税額は，いずれも，これらの金額の範囲内である。
コ過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性
上記のとおり，本件法人税更正処分は適法であるところ，通則法６５条
１項の規定により，原告会社に係る本件法人税更正処分によって原告会社
が新たに納付すべきこととなった税額１１億５６８８万００００円(ただし，
通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後の
もの)に対して，１００分の１０の割合を乗じて算定した金額は１億１５６
８万８０００円であり，原告会社に係る賦課決定処分により原告会社が納
付すべき過少申告加算税の額は，これと同額である。
３争点
(1)第１事件について
ア本件譲渡１は，徴収法３９条に規定する「著しく低い額の対価による譲
渡」に当たるか。
イＰ１の徴収不足が生じたのは，本件譲渡１に基因するか。
ウ本件納付告知処分は，本件所得税更正処分等とともに原告Ｐ２に対し実
質的な二重課税をして，課税権を著しく濫用したものとして，違法である
か。
(2)第２事件について
ア本件譲渡１は，譲渡の時におけるＰ３株式の適正な価額より低い対価を
もってする資産の低額譲渡に当たるか。
イ本件譲渡１の時におけるＰ３株式の評価においては，法人税額等相当額
を控除すべきか。
ウ本件譲渡１の時におけるＰ３株式の適正な価額と対価との差額は，所得
税法３６条１項に規定する「経済的な利益」に当たるか。
エ本件所得税更正処分等は，本件納付告知処分とともに原告Ｐ２に対し実
質的な二重課税として，課税権を著しく濫用したものとして，違法である
か。
(3)第３事件について
原告会社が平成１１年２月２日に原告Ｐ２及びＰ１１らから譲り受けたＰ
３株式計７００株の譲受け価額が，時価に比して低額か否かであり，具体的
には，以下のとおりである。
ア本件譲渡２及び本件譲渡３に際してＰ１６税理士の作成したＰ３株式の
鑑定評価書（乙８。以下「Ｐ１６評価書」という。）におけるＰ３株式の
評価額は，本件譲渡２及び本件譲渡３の時におけるＰ３株式の適正な価額
であるといえるか。
イ本件譲渡２及び本件譲渡３の時におけるＰ３株式の評価において，財産
評価基本通達（以下「評価通達」という。）１７４(1)のロではなくイを適
用して原告会社の株式を評価すべきか。
ウ本件譲渡２及び本件譲渡３の時におけるＰ３株式の評価においては，法
人税額等相当額を控除すべきか。
(4)第４事件について
本件譲渡１は，譲渡の時におけるＰ３株式の適正な価額より低い対価をも
ってする資産の低額譲渡に当たるか。
４当事者の主張の要旨
(1)第１事件について
（被告国税局長の主張）
ア本件譲渡１が徴収法３９条に規定する「著しく低い額の対価による譲
渡」に当たること
(ア)本件譲渡１は，以下のとおり，原告Ｐ２が主張するところの再売買
予約付き譲渡契約に基づいてされたものとは認められず，原告Ｐ２は，
Ｐ３株式を，平成１１年１月１２日，適正な価額（時価）である１４３
億０２８４万９２００円の１割にも満たない１３億８０００万円でＰ１
から譲り受けているものであって，本件譲渡１が徴収法３９条に規定す
る「著しく低い額の対価による譲渡」に当たることは明白である。
(イ)Ｐ４株式の譲渡は原告Ｐ２とＰ３との取引であり，本件譲渡１は原
告Ｐ２とＰ１との取引であって，両取引は，売買の当事者も目的物も異
なるのであるから，原告Ｐ２が主張するところの再売買予約があったと
は認められない。
(ウ)「MEMORANDUM」と題する文書（甲２１の１。以下「覚書１」とい
う。）は原告Ｐ２，Ｐ１０及びＰ１７との間で，「Agreement」と題する
文書（甲２１の２。以下「覚書２」という。）は原告Ｐ２とＰ１０との
間でそれぞれ交わされているのであって，いずれにおいてもＰ３又はＰ
１の法人としての意思表示はされていないから，覚書１又は覚書２の合
意が原告Ｐ２とＰ３又は原告Ｐ２とＰ１との間で有効に成立したものと
はいえない。
(エ)また，本件Ｐ４株式譲渡に係る売買契約書（甲２０。以下「Ｐ４株
式売買契約書」という。）には，覚書１又は覚書２についての記載がな
い上，覚書１及び覚書２は，Ｐ４株式の売買の３か月後である平成９年
９月１７日に作成されたものであって，本件譲渡１は，Ｐ１と原告Ｐ２
との間の取引であるところ，Ｐ４株式の売買契約並びに覚書１及び覚書
２がＰ１以外の者を当事者として締結されていることをも併せ考えれば，
原告らが主張するようにＰ４株式の売買契約が再売買予約付きでされ，
これが原告Ｐ２，Ｐ３及びＰ１の三者間で成立したとは解し得ない。
(オ)Ｐ１においては，名義上の取締役が必要だった合理的理由は存在し
ないのであるから，Ｐ１０が本件譲渡１の時に，Ｐ１の事実上の業務執
行取締役であったと認めることはできない。また，Ｐ１０がＰ１の実質
株主であることを明らかにする客観的な根拠は何ら示されていないばか
りか，Ｐ１の会社履歴情報抜粋の記載，Ｐ１７とＰ１３との間にＰ１株
式の売買契約が存在すること，Ｐ１からＰ１７に平成１０年９月に１８
万オーストラリアドルの配当金が支払われていることなどを考慮すると，
Ｐ１３とＰ１１がいずれもＰ１の実質株主であると認められ，Ｐ１０が
実質株主であったと認めることはできない。
したがって，Ｐ１０が，本件譲渡１の時に，Ｐ１の実質株主ないし実
質的支配者であったとは認められない。
(カ)仮に，再売買予約が原告Ｐ２，Ｐ３及びＰ１の三者間で成立してい
たとしても，「Agreement」と題する文書（乙２４。以下「覚書３」とい
う。）によれば，原告Ｐ２とＰ１０は，覚書１等において合意したＰ３
株式の譲渡価額について，日本の国税当局に否認される可能性を予想し，
その場合にはその売買価格を変更して差額を支払うことを予定していた
ことが認められるから，Ｐ３株式の再売買価格なるものが，Ｐ４株式の
譲渡時点においてはもちろん，覚書１ないし覚書３の作成時点において
も１３億８０００万円に確定したものではなかったことは明らかである。
(キ)Ｐ３は，Ｐ４の発行済株式の１００パーセントを保有しているので
あるから，Ｐ１１らに対する第三者割当増資に伴い，Ｐ１が間接的に保
有するＰ４株式の割合も１００パーセントから約８５．７パーセントに
減少することとなり，本件譲渡１によっても，原告Ｐ２が間接的にＰ４
株式の全部を買い戻すことはできなくなる。
仮に，原告Ｐ２が，Ｐ１との間の取引によって，間接的にＰ４株式の
全部を買い戻すことができるとしても，それは，Ｐ１がＰ３の発行済株
式の１００パーセントを保有していることが前提となる。
したがって，上記前提を欠いた本件譲渡１が，再売買予約付き譲渡契
約に基づく譲渡であると解することはできない。
イＰ１の徴収不足が生じたのは，本件譲渡１に基因すること
(ア)徴収法３９条にいう徴収不足と無償譲渡等の処分との間の基因関係
については，その無償譲渡等の処分がなかったならば，現在の徴収不足
は生じなかったであろうという場合に認められるのであり，Ｐ１の滞納
処分においては，Ｐ１が国内財産として６１万円余の銀行預金のほかに
財産を有していなかったことが認められ，主要な財産であるＰ３株式を
著しく低い額の対価によって譲渡したために，そのような財産状況に至
ったことが認められることから，Ｐ１の徴収不足は，Ｐ３株式の譲渡に
基因することが明らかである。
(イ)徴収法３９条に規定する徴収不足が無償又は著しく低い額の対価に
よる譲渡に「基因すると認められるとき」とは，その無償又は著しく低
い額の対価による譲渡がなかったならば，現在の徴収不足は生じなかっ
たであろうということができれば足り，その判定は，第二次納税義務の
納付告知をする時の現況によるべきものであることから，無償又は著し
く低い額の対価による譲渡の行為の前に滞納国税が存在していたことを
要すると解すべき必然性はない。
そして，Ｐ３株式の譲渡がなかった場合とは，Ｐ３株式について無償
又は著しく低い額の対価による譲渡等がなかった場合を指すのであって，
Ｐ３株式の譲渡行為そのものがなかったとする場合だけではなく，Ｐ３
株式を著しく低い額の対価による譲渡ではなく，時価相当額で譲渡する
場合なども含むものである。
ウ本件納付告知処分は，本件所得税更正処分等とともに原告Ｐ２に対する
実質的な二重課税には当たらず，かつ，課税権の濫用でもないこと
(ア)本件において，原告Ｐ２に課せられた第二次納税義務は，著しく低
い額の対価による譲渡である本件譲渡１によって得た利益が存する限度
で，Ｐ１の滞納国税の納税義務について納付責任を負わせるものである
のに対し，本件所得税更正処分等は，原告Ｐ２自身の所得について税額
を確定する処分であって，全く別の法律関係に基づくものであることか
ら，何ら二重課税というべきものは存在しない。
このように全く異なる法律関係に基づいて，納付税額が多額に上った
からといって，これが課税権の濫用になるものではない。
(イ)また，第二次納税義務者が主たる納税義務者の滞納国税を納付した
場合，第二次納税義務者は，主たる納税義務者に対する求償権の行使を
認められていることに照らしても（徴収法３２条５項），実質的な二重
課税であるといったことは存在しない。
（原告Ｐ２の主張）
ア本件譲渡１が徴収法３９条に規定する「著しく低い額の対価による譲
渡」に当たらないこと
(ア)本件譲渡１は，その客観的な事実経過に照らすならば，株式の売買
という法形式が採られているものの，その実質が，原告会社の株式公開
の円滑な実現を目的とした，Ｐ４株式の一時避難的な預託行為の一部
（預託株式の返還）であることは明らかであり，これをその法形式に着
目して経済的取引行為ととらえたとしても，この株式預託行為全体を一
連の取引行為として見るべきことは当然である。
すなわち，原告Ｐ２は，自ら代表者を務める原告会社の株式公開の準
備をしていたところ，役員が公開予定の会社と同業のＰ４株式を保有す
ることは公開の支障となるおそれがあるため，Ｐ４株式を第三者に売却
すべきである旨を株式公開の専門家から助言されたが，将来の事業の拡
大を図る上でＰ４株式を手放すことは到底できないと考えたため，上記
専門家の助言に従いつつＰ４株式を手放さないで済む方法として，Ｐ４
株式を一時的に譲渡して原告会社の株式公開後に買い戻すことを考案し，
Ｐ３の代表者であるとともにＰ１の実質的な代表者であったＰ１０に対
し，事情を説明して一時的にＰ４株式をＰ３において保有してもらうこ
とを依頼し，Ｐ１０がこれを了解したことから，Ｐ１及びＰ３との間で
再売買予約付き譲渡契約を締結するに至ったものである。
したがって，本件Ｐ４株式譲渡とその返還方法として行われた本件譲
渡１は，原告会社の株式公開の円滑な実現を目的とした，Ｐ４株式の一
時避難的な預託行為であり，Ｐ４株式の譲渡と本件譲渡１は，正しく一
体的な取引行為である。
(イ)本件譲渡１は，再売買予約付き譲渡契約に基づいてされた契約履行
行為の一部分であり，より具体的にいうならば，主契約たるＰ４株式の
譲渡に付随してされた特約たる再売買予約等に基づいてされたものであ
る。
そして，本件譲渡１が再売買予約付き譲渡契約に包含される特約に基
づく法律行為であることは，契約を締結した当事者，とりわけ，契約を
申し込んだ原告Ｐ２の明確な意思より明らかであるが，その合意内容か
らも客観的に明らかということができる。
なぜならば，原告Ｐ２は，Ｐ４株式をＰ３に対して売却するに当たり，
将来，必ずこれを一定の金額で買い戻すことをＰ１０との間で合意して
いるからである。すなわち，買戻しの金額や方法については，原告会社
及びＰ３の各株式公開の実現の有無によって変動する約定であったもの
の，再売買予約付き譲渡契約における特約は，あらゆる場合を網羅的に
定めたものであるから，各株式公開の実現いかんにかかわらず，将来必
ず買い戻すことが合意されていたということができるのである。
そして，現実には，原告会社が株式公開を実現させ，Ｐ３が株式公開
を断念したことから，再売買予約付き譲渡契約の特約②に基づき，これ
によって定められていた範囲内の譲渡価額にて本件譲渡１がされたので
ある。
したがって，本件譲渡１は，再売買予約付き譲渡契約に基づく義務の
履行行為としてされたものであり，原告Ｐ２にとっては上記買戻し義務
を履行するものとして，また，Ｐ１にとっては上記売戻し義務を履行す
るものとして，それぞれされたものである。
なお，再売買予約付き譲渡契約は，Ｐ３の代表者であるとともにＰ１
の実質的な代表者であったＰ１０の地位に照らし，原告Ｐ２とＰ３とＰ
１との３者間で成立した契約と解すべきであるが，これを原告Ｐ２とＰ
３との間で締結された契約であり，その特約部分の一部に第三者のため
にする契約を包含するものと解したとしても，本件譲渡１が再売買予約
付き譲渡契約に基づく債務の履行行為としてされたものであるとの点に
変わりはないということができる。
(ウ)本件譲渡１が徴収法３９条にいう「著しく低い額の対価による譲
渡」に当たるかどうかは，本件の取引の実態に即して契約の全内容から
判断すべきところ，上記(ア)及び(イ)のとおり，本件譲渡１は，合理的
かつ相当な再売買予約付き譲渡契約に基づいてされたものであるから，
「著しく低い額の対価による譲渡」に当たらないことは明らかである。
イＰ１の徴収不足が生じたのは，本件譲渡１に基因しないこと
(ア)徴収法３９条にいう「基因する」とは，当該無償譲渡等がなかった
ならば，国税の徴収不足を生じなかったであろうことをいうものであり，
いわゆる条件関係があることを意味すると解される。このような条件関
係を要するという観点からも，「基因性」があるというためには，顕著
な低額譲渡が行われる前に，滞納者に納付すべき国税が存在していたか，
あるいは，その発生が見込まれる状況にあったかのいずれかの場合であ
ることを要するといわなければならない。
(イ)以上のような観点から本件を見ると，本件譲渡１がなかったならば，
Ｐ１に対する本件課税はなく，徴収不足となる国税も存在しないことに
なるから（外国法人であるＰ１の国内源泉所得は，本件譲渡１に係るも
ののみである。），上記条件関係が存在するという前提が欠けているこ
とになる。このような条件関係を肯定するためには，本件譲渡１がなか
ったならば，実際に時価による譲渡があったはずであることが認められ
るか，税法上の法理により，同譲渡を否認して時価による譲渡があった
ものとみなすことができるということが加わらなければならないが，本
件譲渡１をめぐるいきさつや事情に照らすと，原告Ｐ２がＰ１からＰ３
株式を時価で譲り受ける可能性は全くなかったし，同譲渡を否認して時
価による譲渡があったとみなし得る税法上の法理についての主張も被告
からされていない。
ウ本件納付告知処分は，本件所得税更正処分等とともに原告Ｐ２に対し実
質的な二重課税をして，課税権を著しく濫用したものとして，違法である
こと
(ア)原告Ｐ２は，Ｐ１に対しＰ４株式を売却して，代金９億０６４４万
４０００円から取得価額２億５４６０万１０００円及び有価証券取引税
１９０万３５００円を差し引いた６億４９９３万９５００円を得た。そ
して，Ｐ１からＰ３株式を買い戻して代金１３億８０００万円を支払っ
た。その後，原告会社に対してＰ３株式を売却して，１２１億９１７８
万２８００円を得た。
したがって，上記一連の取引によって原告Ｐ２が得た収益は，合計１
１４億４９５３万０６００円である。
(イ)これに対して，原告Ｐ２は，原告Ｐ２に対する本件所得税更正処分
等，Ｐ１に対する本件決定処分等及び原告Ｐ２に対する本件納付告知処
分並びにこれに伴う住民税の納付により，上記収益額の８４．８９パー
セントに及ぶ９７億１９４３万４７００円を課税された。
このような不当な結果を生じた最大の原因は，本件譲渡１による１つ
の利益について，一方では原告Ｐ２の一時所得とし，他方では顕著な低
額譲渡による第二次納税義務の対象として，原告Ｐ２１人に対して実質
的に二重に課税したことにある。しかも，本件譲渡１に係る利益は，Ｐ
１に対する寄附金課税の対象ともなっており，この意味で三重課税の実
体さえある。このような課税は，決して健全な納税者の理解を受けられ
ないというべきである。
(2)第２事件について
（被告渋谷税務署長の主張）
ア本件譲渡１は，譲渡時におけるＰ３株式の適正な価額より低い対価をも
ってする資産の低額譲渡に当たること
(ア)前記(1)の被告国税局長の主張アのとおり，本件譲渡１は，再売買予
約に基づいてされたものとはいえず，原告Ｐ２が時価１４３億０２８４
万９２００円のＰ３株式を１３億８０００万円で譲り受けたことは適正
な価額よりも低い対価をもってする資産の低額譲渡に当たる。
(イ)仮に，原告Ｐ２の主張するような再売買予約が存在したとしても，
本件譲渡１が，時価１４３億０２８４万９２００円の株式を１３億８０
００万円で譲渡したものには変わりはなく，原告Ｐ２がＰ３株式の時価
と譲受金額との差額相当額を所得税法３６条１項に規定する経済的な利
益として享受したことは明らかである。
イ本件譲渡１の時点におけるＰ３株式の評価においては，法人税額等相当
額を控除すべきでないこと
(ア)原告らは，最高裁平成１４年(行ヒ)第１１２号同１７年１１月８日
第三小法廷判決・裁判集民事２１８号２１１頁（以下「最高裁１７年判
決」という。）及び最高裁平成１６年(行ヒ)第１２８号同１８年１月２
４日第三小法廷判決・裁判集民事２１９号２８５頁（以下「最高裁１８
年判決」といい，最高裁１７年判決と併せて「本件各最高裁判決」とい
う。）の判示は，平成１２年通達改正前のすべての取引における取引通
念においても妥当することを明らかにしたものであり，平成１１年に行
われた本件におけるＰ３株式の一連の取引にも妥当するものであるとし
て，Ｐ３株式の純資産価額の算定に当たっては，評価差額に対する法人
税額等相当額を控除すべきである旨主張する。
しかしながら，本件各最高裁判決は，純資産価額の算定に当たって法
人税額等相当額を控除すべきとする判断が，平成１２年通達改正前のす
べての取引における取引通念においても妥当することを明らかにしたも
のではない。そして，本件各最高裁判決の判示に照らしても，本件譲渡
１の時点におけるＰ３株式の適正な価額（時価）は，法人税額等相当額
を控除しない純資産価額方式により算定すべきである。
(イ)本件各最高裁判決は，所得税基本通達については平成１２年課資３
−８，課所４−２９による改正により，法人税基本通達については平成
１２年課法２−７による改正により，所得税及び法人税の課税における
１株当たりの純資産価額の評価に当たり法人税額等相当額を控除しない
ことが規定されるに至ったのであって，所得税又は法人税の課税処分の
起因となった株式の取引時点において，評価通達（平成１２年課評２−
４，課資２−２４９による改正前のもの）１８５が定める１株当たりの
純資産価額の算定方式のうち法人税額等相当額を控除する部分が，所得
税課税あるいは法人税課税における評価に当てはまらないということを
関係通達から読み取ることが，一般の納税義務者にとって不可能である
旨判示した。
しかしながら，本件譲渡１がされた平成１１年１月以前から，所得税
課税に関し，取引相場のない株式の売買を行う場合の適正な価額（時
価）の算定に当たって，法人税額等相当額を控除しないとする裁決例や
裁判例が公表されていたこと，さらには，所得税基本通達の一般的な解
説書である「所得税基本通達逐条解説」においても，所得税法３６条２
項に規定する収入金額の算定について定めた所得税基本通達２３∼３５
共−９の解説の中で同様の裁決例を紹介する解説が記載されていること
から，本件譲渡１の時点において，法人税額等相当額を控除すべきでな
いと認識することが，一般の納税者にとって不可能ではなかったといえ
る。
そして，原告らが正当とするＰ１６評価書においても，本件取扱いを
適用してＰ３株式の純資産価額を算定しているのであって，Ｐ１６税理
士は，関係通達がそのように解釈されており，その解釈に従って課税実
務が行われていることを了知しており，本件の取引においても，法人税
額等相当額を控除しない意思であったことが示されているといわなけれ
ばならない。
(ウ)本件各最高裁判決は，法人税額等相当額を控除するに当たり通常の
取引における当事者の合理的意思を重視したものであるが，この当事者
の合理的意思は，その当時に公表されていた通達の定めを前提にして，
当該通達の定めとかけ離れたところに取引通念があるとは考えられない
ことを根拠に法人税額等相当額を控除するのが当事者の合理的意思であ
ると結論づけたものである。
しかしながら，Ｐ３株式は，Ｐ１から原告Ｐ２が譲り受けた平成１１
年１月１２日（本件譲渡１）に近接した時期（同年２月）に，本件取扱
いを適用して算定した同年１月７日付けのＰ１６評価書による価額で，
原告Ｐ２から原告会社に譲渡されているところ（本件譲渡２），第３事
件の譲受人である原告会社の代表取締役は第２事件の譲受人である原告
Ｐ２であること，第３事件の譲渡人であるＰ１３は，第２事件の譲渡人
であるＰ１の代表取締役であることに照らせば，第２事件の取引当事者
であるＰ１及び原告Ｐ２は，第３事件におけるＰ３株式の価額が本件取
扱いを適用して算定されることを認識し，法人税額等相当額を控除しな
い意思であったと認められる。
したがって，原告ら自身が，法人税額等相当額の控除をしない取扱い
をすべきことを認識し，この取扱いによる評価を適正な時価として取引
価格の基礎とする意思で取引をしたと認められる。
(エ)以上のとおり，所得税法３６条２項所定の経済的利益を算定する際
の，本件譲渡１の時点におけるＰ３株式の適正な価額（時価）は，法人
税額等相当額を控除しない純資産価額方式により算定すべきである。
また，Ｐ３が間接保有する原告会社株式を評価通達１７４(1)ロを準用
して評価すべきことについては後記第３事件の場合と同様であり，原告
会社株式の適正な価額（時価）は，Ｐ１８により公表されている本件譲
渡１時の取引価格となる。
したがって，本件譲渡１の時点におけるＰ３株式の適正な価額（時
価）は，別紙８の別表２のとおり，Ｐ３株式１株当たりの評価額は２３
８３万８０８２円となり，原告Ｐ２の平成１１年１月１２日時点におけ
る株式保有数は６００株であるから，当該株式の評価額は１４３億０２
８４万９２００円である。
ウ本件譲渡１の時点におけるＰ３株式の適正な価額と対価との差額は，所
得税法３６条１項に規定する「経済的な利益」に当たること
所得税法３６条１項は，人の担税力を増加させる経済的利得をすべて所
得として課税の対象とし，時価よりも低い価額で金銭以外の物又は権利そ
の他経済的な利益を得た場合についても，当該低額譲渡により得た時価と
の差額が課税の対象となるのである。つまり，原告Ｐ２は，Ｐ１が所有す
る時価１４３億０２８４万９２００円のＰ３株式を１３億８０００万円で
譲り受けたのであるから，当該取引により，Ｐ３株式の時価と対価との差
額に相当する経済的利益を受けたのは明らかであって，Ｐ３株式の所有権
がＰ１から原告Ｐ２に移転し，その結果，原告Ｐ２に経済的利益が発生し
たことに変わりはない。
したがって，本件譲渡１の時点におけるＰ３株式の適正な価額と対価と
の差額は，所得税法３６条１項に規定する「経済的な利益」に当たる。
エ本件所得税更正処分等は，本件納付告知処分とともに原告Ｐ２に対し実
質的な二重課税には当たらず，かつ，課税権の濫用でもないこと
前記(1)の被告国税局長の主張ウのとおり，原告Ｐ２に課された第二次納
税義務は，著しく低い額の対価による譲渡である本件譲渡１によって得た
利益が現存する限度で，Ｐ１の滞納国税の納税義務について納付責任を負
わせるものであるのに対し，本件所得税更正処分等は原告Ｐ２自身の所得
について税額を確定する処分であって，全く別の課税関係に基づくもので
あるから，何ら二重課税というべきものではないし，何ら課税権を濫用し
たものでもない。
（原告Ｐ２の主張）
ア本件譲渡１は，譲渡時におけるＰ３株式の適正な価額より低い対価をも
ってする資産の低額譲渡に当たらないこと
本件譲渡１は，合理的かつ相当な再売買予約付き譲渡契約に基づいてさ
れたものであるから，適正な価額より低い対価をもってする資産の低額譲
渡に当たらないことは明らかである。
イ本件譲渡１の時点におけるＰ３株式の評価においては，法人税額等相当
額を控除すべきであること
(ア)本件各最高裁判決によれば，評価通達（平成１２年課評２−４，課
資２−２４９による改正前のもの）１８５にいう「課税上弊害」とは，
法人税額等相当額を控除することが，評価において著しく不合理な結果
を生じさせることである。具体的には，例えば，取引当事者双方が，当
該株式の価額は，法人税額等相当額を控除しないで算定しなければ適正
に評価できないことを認識しながら，意図的に法人税額等相当額を控除
して価額を決定したというような価額設定過程における積極的意思ない
し明白な認識がある場合に，そのような実情を無視して評価通達（平成
１２年課評２−４，課資２−２４９による改正前のもの）１８５の規定
を機械的に適用して法人税額等相当額を控除して算定することは，当事
者の合理的意思からかい離しており，ひいてはその評価が著しく不合理
な結果を生じさせることとなり，所得税あるいは法人税の課税上弊害が
あることになると解される。
言い換えれば，当該取引についてこのような株式評価上の特別の事情
がない限り，法人税額等相当額を控除して算定された純資産価額が一般
に通常の取引における当事者の合理的意思に合致するというのが，本件
各最高裁判決の判断の中核である。
(イ)本件譲渡１並びに本件譲渡２及び本件譲渡３の各取引において，原
告Ｐ２を始めとする当事者が，法人税額等相当額を控除しない意思があ
ったという事実はないし，法人税額等相当額を控除しないで算定した額
が適正額であることを認識していたということもない。
また，本件譲渡１におけるＰ３株式の譲受価格は，本件Ｐ４株式譲渡
の譲渡価格を基準として，覚書１及び覚書２により，その１５０パーセ
ント以内（最大額１４億円）の範囲内で定められたものであり，本件譲
渡１においては，Ｐ１及び原告Ｐ２としては，結果において法人税額等
相当額を控除して算定した価額よりずっと低い価額で取り引きする意思
であったのである。そして，その価格決定の基になった税理士のＰ１９
（以下「Ｐ１９税理士」という。）が作成した鑑定評価書は，保有株式
の時価の算定につき，法人税額等相当額を控除した価格及び簿価で算定
している。
以上のとおり，本件譲渡１並びに本件譲渡２及び本件譲渡３の各取引
において，法人税額等相当額を控除した算定額で課税することが課税上
の弊害を生じさせることにはならない。
ウ本件譲渡１の時点におけるＰ３株式の適正な価額と対価との差額は，所
得税法３６条１項に規定する「経済的な利益」に当たらないこと
前記(1)の原告Ｐ２の主張アのとおり，本件譲渡１は，合理的かつ相当な
再売買予約付き譲渡契約に基づいてされたものであり，その法律行為とし
ての意義は，本件再売買予約付譲渡契約に基づく債務の履行行為としてさ
れたものである。すなわち，取引当事者間には，一定の場合には最大金額
１４億円でＰ１から原告Ｐ２に再売買すべき契約上の権利義務が生じてい
たところ，その権利義務に基づいてされたものであるから，譲渡価額と時
価との差額相当額は，「収入すべき金額」としての経済的利益の「価額」
には該当しない。
エ本件所得税更正処分等は，本件納付告知処分とともに原告Ｐ２に対し実
質的な二重課税をして，課税権を著しく濫用したものとして，違法である
こと
前記(1)の原告Ｐ２の主張ウのとおり，原告Ｐ２は，原告Ｐ２に対する本
件所得税更正処分等，Ｐ１に対する本件決定処分等及び原告Ｐ２に対する
本件納付告知処分並びにこれに伴う住民税の納付により，上記収益額の８
４．８９パーセントにも及ぶ９７億１９４３万４７００円を課税されたも
のであり，このような不当な結果を生じた課税は，決して健全な納税者の
理解を受けられないというべきである。
(3)第３事件について
（被告江東西税務署長の主張）
アＰ１６評価書におけるＰ３株式の評価額は，本件譲渡２及び本件譲渡３
の譲渡時におけるＰ３株式の適正な価額であるといえないこと
(ア)一般に財産の時価とは，一定時における客観的交換価値をいい，当
該財産につき，不特定多数の当事者間において自由な取引が行われる場
合に通常成立すると認められる価額をいうものと解され，法人税法上も，
同様に解される。
(イ)被告江東西税務署長が主張するＰ３株式の純資産価額方式による評
価額が，子会社株式（Ｐ４株式）のほか，前払費用，投資有価証券，出
資金，投資不動産の各科目を除いて，Ｐ１６評価書による評価額と一致
していることからも明らかなように，被告江東西税務署長は，Ｐ１６評
価書による評価方法の合理性を否定するものではない。
しかしながら，本件譲渡２及び本件譲渡３の各当事者は，利害関係の
相反する独立した第三者の関係にないこと，並びにＰ１６評価書は，評
価時点を平成１０年１２月１日として作成されていることから，Ｐ１６
評価書におけるＰ３株式の評価額は，本件譲渡２及び本件譲渡３の譲渡
時における適正な価額（時価）としては認められない。
イ本件譲渡２及び本件譲渡３の譲渡時におけるＰ３株式の評価において，
評価通達１７４(1)ロを準用して原告会社の株式を評価すべきこと
(ア)Ｐ３株式の価額を純資産価額方式で評価するに当たっては，評価通
達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改正前のもの）１８
５の定めを準用し，Ｐ３株式の純資産価額を算定することとなる。そし
て，Ｐ３株式の純資産価額を算定するに当たっては，同通達の定めを準
用し，各資産の「この通達に定めるところにより評価した価額」を算定
することとなる。
そこで，Ｐ３が間接保有する原告会社株式の価額について，評価通達
の定めを準用し評価することとなるが，原告会社株式は，本件譲渡２及
び本件譲渡３が行われた当時，店頭銘柄として登録されていたから，本
件譲渡２及び本件譲渡３の譲渡時における原告会社株式の価額は，評価
通達１７４の定めを準用して算定することとなる。
(イ)評価通達１７４は，気配相場のある株式の評価についての定めであ
り，評価通達の(1)イにおいては，登録銘柄及び店頭管理銘柄の評価額に
ついて，Ｐ１８により公表されている課税時期の取引価格によって評価
することを原則としつつ，そのただし書において「その取引価格が課税
時期の属する月以前３か月間の毎日の取引価格の各月ごとの平均額のう
ち最も低い価額を超える場合には，最も低い価額によって評価する」と
定めている。このただし書が設けられている趣旨は，偶発的な財産の無
償取得である相続や贈与においては，課税要件事実が臨時偶発的に発生
するため課税時期を選べず，株式の時々の値動きの影響が偶発的に作用
することに配慮し，一定の期間における取引価格の実勢をも考慮するこ
ととしたものである。
しかし，負担付贈与又は個人間の対価を伴う取引により取得した登録
銘柄及び店頭管理銘柄の評価額については，負担付贈与等による財産の
取得は，一般の売買取引に準じた対価を伴う経済取引行為であり，一般
の相続や贈与による財産の取得のような偶発的な無償取引であること等
に配慮した評価上のしんしゃくは不要であると考えられることから，評
価上のしんしゃくを行わず，原則的な評価方法であるＰ１８により公表
されている課税時期の取引価格によって評価することとしている（評価
通達１７４(1)ロ）。
(ウ)原告会社は，原告会社株式の適正な価額（時価）の算定に当たって
は，評価上のしんしゃく又は評価の安全性を考慮すべきであり，評価通
達１７４(1)イただし書により，本件譲渡２及び本件譲渡３を行った月以
前３か月間の毎日の取引価格の各月ごとの平均額のうち最も低い価額と
Ｐ１８により公表されている課税時期の取引価格のうち低い価額により
評価すべきである旨主張する。
しかしながら，評価通達にただし書が設けられている趣旨は，前記
(1)で述べたとおりであり，本件譲渡２及び本件譲渡３のような一般の売
買取引については，評価通達(1)ロの場合と同様に，一般の相続や贈与に
よる財産の取得のような偶発的な無償取引であること等に配慮した評価
上のしんしゃくは不要であるから，原告会社の主張は理由がない。
したがって，原告会社株式の適正な価額（時価）の算定に当たり，評
価通達を準用するに当たっては，本件譲渡２及び本件譲渡３が一般の売
買取引であることにかんがみて，評価通達１７４(1)ロにより，原則的な
評価方法であるＰ１８により公表されている課税時期の取引価格によっ
て評価すべきである。
(エ)また，原告会社は，第三者割当増資，株式交換及びＴＯＢ等を行う
場合の株式の価格決定に，一定期間の取引相場の平均値が用いられた事
例が存在することを根拠として，原告会社株式の評価方法として，３か
月間の取引価格の平均値を用いる方法，具体的には，平成１０年１０月
２２日から，本件譲渡２及び本件譲渡３に係る取締役会決議の日の前日
である同１１年１月２１日までの３か月間の原告会社株式の取引価格の
平均値により評価すべきである旨主張する。
しかしながら，そもそも，本件譲渡２及び本件譲渡３は，本件各譲渡
人と原告会社との間の相対の売買取引であり，第三者割当増資等を行う
場合と同列に扱うべきではない。すなわち，第三者割当増資等を行う場
合の株式の価格決定に，一定期間の取引相場の平均値が用いられた事例
が存在し，仮に，それが，原告会社が主張するように，「株価は，会社
の業績のほか，為替や金利といった経済的要因，政局や天災といった経
済的要因以外の要因，そのほか市場関係者の思惑といった種々雑多なも
のの影響を受け，時に急激に値を上げ，あるいは値を下げることがある
ため，そのような不安定要素を排除する目的から，一時点ではなく一定
期間の平均値を用いることが一般化している」としても，これは，利害
関係の相反する当事者間の取引を前提としているのであって，そのこと
を根拠に，いわゆる特殊関係のある当事者間の相対取引における上場株
式の適正な価額（時価）を３か月の株価の平均によって算定すべきであ
るという結論は，直ちには導かれないのであるから，原告会社の主張は
理由がない。
そして，一定期間の株価の平均値は，飽くまでも，一定期間における
株式の取引価格の中間的な値でしかなく，取引時点の適正な価額（時
価）を表しているとはいえないから，本件譲渡２及び本件譲渡３の譲渡
時における原告会社株式の適正な価額（時価）の算定に当たり，３か月
間の取引価格の平均値を用いることはできない。
(オ)以上のとおり，法人税法上，本件譲渡２及び本件譲渡３の譲渡時に
おけるＰ３株式の評価においては，評価通達１７４(1)ロを準用して原告
会社の株式を評価すべきであり，Ｐ３が間接保有する原告会社株式の適
正な価額（時価）は，Ｐ１８により公表されている本件譲渡２及び本件
譲渡３の譲渡時の取引価格に基づいて評価すべきである。
ウ本件譲渡２及び本件譲渡３の譲渡時におけるＰ３株式の評価において，
法人税額等相当額を控除すべきでないこと
(ア)関係会社間等において非上場株式の売買を行う場合における適正な
価額（時価）の算定に評価通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４
９による改正前のもの）を準用する場合の留意点については，本件譲渡
２及び本件譲渡３が行われた当時，法人税基本通達の一般的な解説書に，
「合理的な理由があると認められるときを除き，評価差額に対する法人
税相当額を控除しないところで純資産価額を計算すべき」と解説されて
おり，関係会社間等において非上場株式の売買を行う場合における適正
な価額（時価）を純資産価額方式で算定するに当たり，法人税額等相当
額を控除しない取扱いは，課税実務として一般に定着していた。
また，上記当時の租税関係誌において，関係会社間等において非上場
株式の売買を行う場合における適正な価額（時価）を純資産価額方式で
算定するに当たり，法人税額等相当額を控除すべきでないとする記載が
散見されることからも，平成１１年当時，法人税課税に関し，取引相場
のない株式の売買を行う場合の適正な価額（時価）の算定に当たっては，
合理的な理由があると認められない限り，法人税額等相当額を控除しな
い取扱いが，課税実務として一般に行われていたことは明らかである。
そして，これらの雑誌は一般に入手可能なものであることから，法人税
額等相当額を控除すべきでないとする課税実務の取扱いを認識すること
は，一般の納税者にとって不可能ではなかったといえる。
以上のとおり，本件譲渡２及び本件譲渡３が行われた当時において，
気配相場のない株式の売買を行う場合の適正な価額（時価）の算定に当
たって，評価通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改正
前のもの）１８５を準用する際の留意点，すなわち，評価通達が定める
１株当たりの純資産価額の算定方式のうち法人税額等相当額を控除する
部分が，合理的な理由がない限り法人税課税における評価に当てはまら
ないということを認識することは，一般の納税義務者にとっては不可能
ではなかったのであり，本件各最高裁判決の判示に照らしても，本件譲
渡２及び本件譲渡３の譲渡時におけるＰ３株式の適正な価額（時価）を
純資産価額方式で算定するに当たり，評価差額に対する法人税額等相当
額を控除すべき理由はない。
(イ)Ｐ１６評価書におけるＰ３株式の価額の算定においては，評価差額
に対する法人税額等相当額は控除されていない。そして，原告Ｐ２は，
専門分野については専門家に任せていた旨証言しており，原告会社及び
本件各譲渡人のいずれも，Ｐ３株式の評価について，評価差額に対する
法人税額等相当額を控除しない純資産価額方式で評価したＰ１６評価書
を容認しているのである。
したがって，原告会社と本件各譲渡人は，本件譲渡２及び本件譲渡３
に当たり，評価差額に対する法人税額等相当額を控除しない純資産価額
方式で評価されたＰ３株式の価額により取引する意思を有していたもの
と認められる。
以上のとおり，本件においては，Ｐ３株式の適正な価額（時価）を純
資産価額方式で算定するに当たり，法人税額等相当額を控除しないこと
が，当事者の合理的意思と認められるのであり，取引当事者の合理的意
思を重視した本件各最高裁判決の判示に照らしても，本件譲渡２及び本
件譲渡３の譲渡時におけるＰ３株式の適正な価額（時価）を純資産価額
方式で算定するに当たり，評価差額に対する法人税額等相当額を控除す
べき理由はない。
(ウ)原告会社は，Ｐ３株式の価額を純資産価額方式で評価するに当たり，
評価通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改正前のも
の）１８５及び１８６−２に従って，Ｐ３が保有するＰ４株式の含み益
に対する法人税額等相当額をＰ３の純資産価額から控除すべきである旨
主張する。
しかしながら，Ｐ３は，子会社株式として，Ｐ４の全株式を所有して
いるところ，Ｐ４株式は，評価会社が有する取引相場のない株式に該当
するから，評価通達によれば，その評価は，評価通達１８６−３（評価
会社が有する株式等の純資産価額の計算）の定めによることとなる。そ
して，評価通達１８６−３によれば，当該株式については，評価差額に
対する法人税額等相当額は控除しない旨定められているから，本件にお
いても，当該通達を準用し，Ｐ４株式の価額の算定に当たっては，評価
差額に対する法人税額等相当額は控除されないこととなる。
(エ)以上のとおり，本件譲渡２及び本件譲渡３の譲渡時におけるＰ３株
式の適正な価額（時価）を純資産価額方式で算定するに当たり，評価差
額に対する法人税額等相当額を控除すべき理由はない。
このような考え方に基づき，平成１１年２月２日時点におけるＰ３株
式の時価を算定すると，別紙９の別表３のとおり１株当たり２４５７万
２５９５円となり，その総額は，当該１株当たりの金額に原告会社が取
得した株式の数７００株を乗じた１７２億００８１万６５００円となる。
（原告会社の主張）
アＰ１６評価書におけるＰ３株式の評価額は，本件譲渡２及び本件譲渡３
の譲渡時におけるＰ３株式の適正な価額であること
(ア)原告会社は，Ｐ１６評価書による評価額が適正価格であると判断し
て取引をしたものであり，原告会社株式が高騰した時を狙って取引をし
たものではなく，また，Ｐ１６評価書も，故意に原告会社株式の時価の
低い時を狙って鑑定をしたものではなく，本件取引時点からかけ離れた
過去の時点をとらえて鑑定をしたものではない。そして，原告会社株式
の取引価格と被告江東西税務署長の認定した取引価格の差額は，わずか
２割にすぎないのである。
(イ)本件においては，独立第三者の関係にないことを意識して，特に低
額の譲渡をしたものではない。租税回避の目的を持って不公正な鑑定に
基づき，著しく低い額をもって不自然な代金額を定めたという特段の事
情があれば格別，そのような特段の事情が認められない本件のような事
例においては，私的自治を尊重し，売買当事者が定めた売買代金をもっ
て適正価格と認めるべきである。
イ本件譲渡２及び本件譲渡３の譲渡時におけるＰ３株式の評価において，
評価通達１７４(1)イを適用して原告会社の株式を評価すべきこと
(ア)Ｐ４が保有する原告会社株式については，評価通達１７４(1)イが適
用されるというのが素直な解釈であり，そうすると，「課税時期の属す
る月以前３か月間の毎日の取引価格の各月ごとの平均額のうち最も低い
価額を超える場合には，最も低い価額によって評価」されることになる。
しかるに，被告江東西税務署長は，評価通達１７４(1)ロを適用すべき
とし，平成１１年２月２日の原告株式の高値３３４０円及び安値３２１
０円の平均値である３２７５円を一株当たりの評価額としている。
評価通達１７４(1)ロが設けられた趣旨は，３か月の各月ごとの平均額
のうちで最も低い価額によって評価され得ることを利用して，租税回避
を図る事案が出てきたことを受けて，そのような事案については通常の
評価額と異なる評価を可能とし，もって租税回避を防ぐことにあった。
すなわち，評価通達１７４(1)イを原則とし，その原則を不当な租税回避
に用いるケースについては，例外的に評価通達１７４(1)ロを適用するこ
ととしたのである。とすれば，評価通達１７４(1)ロが適用されるのは，
不当な租税回避が行われるケースに限定すべきであって，上記通達が適
用される範囲をむやみに広げ，本件のように法令を遵守して株式譲渡を
行ったようなケースにまでこれを適用することは認められてはならない。
(イ)上記のとおり，被告江東西税務署長の認定する価格は，誤った通達
の解釈に基づく点でも問題であるが，取引実務にも反するものであり，
およそ客観的交換価値すなわち時価とは認め難いものである。
実務の世界においては，株式の評価につき確立した評価方法が存在す
るわけではなく，不動産鑑定等と同じく，個々の専門家により評価額は
おのずと異なってくるものである。ただ，上場株式を評価するに際して
は，評価の安全性の観点から，一定期間の平均値を用いることが多い。
すなわち，株価は，会社の業績のほか，為替や金利といった経済的要因，
政局や天災といった経済的要因以外の要因，そのほかの市場関係者の思
惑といった種々雑多なものの影響を受け，特に急激に値を上げ，あるい
は値を下げることがあるため，そのような不安定な要素を排除する目的
から，一時点ではなく一定期間の平均値を用いることが一般化している
のである。
(ウ)被告江東西税務署長は，本件取引日である平成１１年２月２日の株
価をもって原告会社株式を評価すべきであるとする。
しかし，株式の取引において，取引の日に株価を決めるということは，
通常では考えられない。株価は，契約に先立つ取引の交渉の中で決めら
れるのが一般的である。加えて，本件のように取引相場のない株式が取
引の対象となっている場合に，その鑑定評価には相当の時間を要するの
で，評価の時点は，取引日から見てある程度前の日とならざるを得ない。
したがって，仮に前述の３か月平均の方法を用いないという結論に至
ったとしても，株式の評価時点は本件取引の日としてはならず，原告会
社が依頼した鑑定において用いられた評価時点をもって税法上の評価時
点とすべきである。
ウ本件譲渡２及び本件譲渡３の譲渡時におけるＰ３株式の評価において，
法人税額等相当額を控除すべきであること
(ア)前記(2)の原告Ｐ２の主張イと同旨。
(イ)Ｐ３株式の価額を純資産価額方式で評価するに当たっては，評価通
達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改正前のもの）１８
５及び１８６−２に従って，Ｐ３が保有するＰ４株式の含み益に対する
法人税額等相当額をＰ３の純資産価額から控除すべきである。
(4)第４事件について
本件譲渡１は，譲渡時におけるＰ３株式の適正な価額より低い対価をもっ
てする資産の低額譲渡に当たるか。
（被告国の主張）
前記(2)の被告渋谷税務署長の主張アと同旨。
（原告Ｐ２の主張）
前記(2)の原告Ｐ２の主張アと同旨。
第３争点に対する判断
１認定事実
前記前提事実に加えて，証拠及び弁論の全趣旨を総合すると，以下の事実を
認めることができる。なお，括弧内に認定根拠を付記している。
(1)原告Ｐ２とＰ１０の交友関係並びにＰ３の設立及び事業拡大等
ア原告Ｐ２は，昭和４８年ころ，英国で開催されたアミューズメント・シ
ョーにおいて，英国のゲーム機メーカーであるＰ２０社の代表者であるＰ
１０と知り合った。それ以来，原告Ｐ２は，海外におけるビジネスについ
てＰ１０から協力を得たり，Ｐ１０の経営するＰ２０社が欧州における原
告会社の商品の取扱い代理店となるなど，Ｐ１０と公私にわたり親密な交
友関係を続けてきた。（甲５４，６１，証人Ｐ１０，原告Ｐ２本人）
イＰ１０は，平成３年８月，資本金３０００万円の全額を出資して，自ら
が代表取締役となって，パチスロ機の製造販売を目的とするＰ３を設立し
た。原告Ｐ２は，Ｐ３の設立に際して，英国在住のＰ１０から，Ｐ３が日
本の閉鎖的なパチスロ市場に参入することができるように，指導及び支援
をすることを依頼され，これを了承した。（甲５４，６１，乙２６，証人
Ｐ１０，原告Ｐ２本人）
ウパチスロ業界においては，パテント・プール方式が採用されており，Ｐ
２１協同組合（以下「Ｐ２１」という。）に加入している数社が，特許管
理会社に特許権等を実施許諾し，同特許管理会社は，Ｐ２１に加入してい
る約２０社に限って，当該特許権等の再実施許諾をしていた。このため，
Ｐ２１に加入しない限り，有用な特許権等の再実施許諾を受けることがで
きず，事実上，パチスロ機の製造及び販売はできない状態にあった。Ｐ２
１は，長年にわたり新規加入の申込みを拒否し続けており，このため，パ
チスロ市場は閉鎖的かつ排他的な市場となっていた。
原告Ｐ２は，平成４年の前半ころから，開発，製造，販売及び市場参入
等の全般にわたって，全面的にＰ３の指導及び支援を開始した。また，原
告Ｐ２は，Ｐ１０との共通の知人であって，沖縄県内における原告会社の
機器の販売を行っていた株式会社Ｐ２２の代表者を務めていたＰ１７にも
協力を依頼し，これを受けて，Ｐ１７は，Ｐ３の開発するパチスロ機が風
俗営業等の規制及び業務の適正化等に関する法律の規定に適合しているか
否かの検定を行う機関に対して，繰り返し陳情を行い，適合承認を得るな
ど尽力した。
原告Ｐ２の指導や支援の成果により，平成５年１０月，Ｐ３はＰ２１に
準組合員（外資系組合員）として加入が認められたが，加入の条件として
海外においてパチスロ機を製造することを求められたため，原告Ｐ２は，
Ｐ１０の依頼に応じて，Ｐ３に対し，原告Ｐ２が代表者を務めるアメリカ
合衆国法人Ｐ２３,Inc.グループのオーストラリア法人をＰ３のための製
造工場として提供した。（甲５４，５９，６１，証人Ｐ１０，原告Ｐ２本
人）
エまた，原告会社は，金融機関から容易に融資を受けることができなった
Ｐ３に対し，平成６年３月期までに２６億円もの巨額の融資を行い，資金
面においてもＰ３を援助した（乙５２，原告Ｐ２本人）。
オＰ３は，Ｐ２１の準組合員となってから，原告Ｐ２の指導の下に本格的
な営業活動を開始し，原告会社と協力して他社の製品に対抗する新規パチ
スロ機種を開発して販売し，これを大ヒットさせるなどした。こうして，
Ｐ３は，平成９年３月期には経常利益が１５億円を超えるようになり，こ
のころからは，安定して大きな利益を生む企業となった。（甲５４，５９，
６１，７０の１及び２，７１の１から３まで，乙５２，原告Ｐ２本人）
(2)Ｐ１０からＰ１に対するＰ３株式の譲渡等
アＰ１０は，平成７年１２月２２日，資本金２オーストラリアドルの全額
を出資して，オーストラリア法人であるＰ１を設立した（甲５１，５４，
５８，６１，乙５３，証人Ｐ１０）。
イ平成８年上半期に，Ｐ１０は，Ｐ１に対し，自己が保有するＰ３株式６
００株の全部を代金３０００万円で譲渡し，Ｐ１をＰ３株式の持株会社と
した。この時以降，Ｐ１は，商取引などをすることはなく，専らＰ３株式
を保有するための持株会社として運営されるようになった。
なお，上記Ｐ３株式の購入資金は，Ｐ１０がＰ１のために，原告Ｐ２の
長男のＰ２４及びＰ３の日本における責任者であったＰ１１から借り入れ
たもので，Ｐ１０は，平成１０年７月ころ，上記両名にこれを完済した。
（甲５８，６１，証人Ｐ１０）
ウＰ１の株主は，①設立当初は，Ｐ２４及びＰ１１がそれぞれ１株ずつの
名義株主となり，②平成９年８月６日，Ｐ２４に代わってＰ１７が名義株
主となったが，その際，Ｐ１１名義の１株はＰ１１が実質的に保有する株
式に変更されるとともに，Ｐ１０の出資により８株が増資され，Ｐ１７は
９株の名義株主となり，③同１０年６月ころ，Ｐ１７に代わってＰ１３が
９株の名義株主となった。
また，Ｐ１の取締役については，①設立当初は，Ｐ２４とＰ２５O'kee
ffeが務めていたが，②平成９年８月６日，Ｐ２４に代わってＰ１７が取締
役となり，③同１０年６月ころ，両名に代わってＰ１３とＰ２６が取締役
となった。なお，いずれの取締役とも，名目的な取締役であり，報酬も受
け取っていない。（甲５４，５８から６１まで，６９，乙５３，証人Ｐ１
０，原告Ｐ２本人）
(3)原告会社の株式公開の準備とＰ４株式の取扱い
ア原告Ｐ２は，平成８年ころ，企業発展に必要な人材及び資金を確保する
ために資すると考えて，原告会社の株式をいわゆる店頭登録銘柄として公
開することを決意し，Ｐ２７株式会社（以下「Ｐ２７」という。）のＯＢ
で，パチンコ業界大手の株式会社Ｐ２８の株式公開を実現させた実績を持
つＰ１２を原告会社の顧問に招き，そのアドバイスに従って原告会社の株
式公開の準備を進めた（甲５４から５６まで，原告Ｐ２本人）。
イところで，パチスロ機の製造及び販売を目的とする原告会社の代表取締
役である原告Ｐ２は，パチンコ機及びパチスロ機の製造を目的とする同種
の競争企業であるＰ４の全株式を保有しており，また，Ｐ４は，原告会社
の株式の約５パーセントを保有していた。
そこで，Ｐ１２は，原告Ｐ２に対し，「株式公開ルールの審査基準を満
たすためには，Ｐ４を原告会社に合併するか，又はＰ４株式を第三者に売
却する必要がある。しかし，株式公開の申請を平成１０年３月期にする場
合には，既に合併による株式の移動が制限される時期に入っているため，
Ｐ４を原告会社に合併する方法は採ることができない。したがって，第三
者にＰ４株式を売却するほかにはない。この意見は，株式公開の主幹事証
券会社であるＰ２７の指摘と同じである。」旨指導し，原告Ｐ２は，Ｐ１
２の同指導に従うこととした。（甲５４から５６まで，原告Ｐ２本人）
ウところで，原告Ｐ２には，Ｐ４をどうしても手放し難い理由があり，仮
に，原告会社の株式公開のために一時的にＰ４株式を手放すとしても，同
株式公開後には必ずこれを買い戻したいと考えた。すなわち，当時，パチ
ンコ業界においても，パチスロ業界と同様に，パテント・プール方式が採
用されており，Ｐ２９協同組合（以下「Ｐ２９」という。）の組合員に限
って特許権等の再実施許諾が特許管理会社からされており，Ｐ２９は組合
への新規加入を拒否していたため，排他的な市場となっていた。このよう
な状況の中で，原告Ｐ２が努力して交渉を行った結果，Ｐ４がＰ２９から
新規加入を約束されたため，将来においてＰ４を原告会社に合併すること
により，原告会社がパチンコ業界にも進出する足掛かりを得ることができ
ることとなっていた。
このように，Ｐ４は，Ｐ２９に新規加入することが約束されているとい
う，金銭に評価することができないほどの貴重な価値を有しており，原告
Ｐ２としても，Ｐ４を手放したくなかったため，Ｐ１２に対し，いったん
Ｐ４株式を手放した上で原告会社の株式公開後にこれを買い戻すことに問
題がないかと尋ねたところ，Ｐ１２から，特に問題がない旨の回答を得た。
（甲５４から５６まで，原告Ｐ２本人）
エそこで，原告Ｐ２は，Ｐ１２の上記回答を受けて，Ｐ４株式を信頼する
ことのできる第三者に一時的に売却し，原告会社の株式公開後にこれを買
い戻した上，Ｐ４を原告会社に合併することを決めた。そして，原告Ｐ２
は，上記の信頼することのできる第三者としては，長年，公私にわたり親
密な交友関係を続けており，かつ，原告Ｐ２がＰ３を全面的に指導し，支
援して成長させたことに多大な感謝をしているＰ１０が代表取締役を務め
ているＰ３以外にはあり得ないと考えた。（甲５４，原告Ｐ２本人）
(4)平成９年２月の合意について
アＰ１０は，当時，定期的に開催されるアミューズメント機器のショーの
見学と商用とを兼ねて，毎年２月と９月に来日していた。そこで，原告Ｐ
２は，平成９年２月１６日にＰ１０が来日した際に，東京都港区所在のＰ
３本社会議室において，Ｐ１１及びＰ１７の同席の下，Ｐ１０に対し，原
告会社が株式公開の準備を進めていること，及びそのためには関係会社で
あるＰ４の全株式を一時的に売却する必要があることを説明した上で，原
告Ｐ２が保有するＰ４株式を一時的に買い受け，原告会社の株式公開後に
買戻しに応じてほしい旨の申入れをした。
そして，原告Ｐ２は，Ｐ１０に対し，原告会社が株式を公開することが
できた場合には，原告Ｐ２は公開会社の代表取締役となるため，同業他社
であるＰ３に対する指導や支援を行うことはできなくなるので，その場合
には，①Ｐ３も株式を公開し，原告Ｐ２の指導や支援を受けることなく，
営業を続けていくか，②原告会社の株式公開後に，Ｐ１が原告会社に対し
Ｐ３の全株式を売却し，Ｐ３が原告会社の子会社となるかのいずれかを選
択する以外に方策はない旨を説明した。
これに対して，Ｐ１０は，原告Ｐ２に対し，長年にわたる信頼関係と原
告Ｐ２がＰ３を全面的に指導し，支援して成長させたことへの感謝の念か
ら，原告会社の株式公開に協力しようと考えて，Ｐ４の全株式を一時的に
買い受けた上，買戻しに応ずることを承諾した。そして，Ｐ１０は，原告
Ｐ２に対し，Ｐ３に対する原告Ｐ２の指導や支援がなくなった場合にＰ３
が経営不振に陥ることを懸念して，Ｐ３が株式を公開することができなか
ったときには，Ｐ４の全株式を保有することになるＰ３の全株式をＰ１か
ら買い受けてほしい旨要請し，原告Ｐ２はこれを承諾した。（甲５４，５
７，６１，７２，証人Ｐ１０，原告Ｐ２本人）
イさらに，原告Ｐ２とＰ１０は，Ｐ３株式の譲渡代金の額について協議し，
要旨，次のとおり合意した。
(ア)Ｐ４株式の売買（以下「本件主契約」ということがある。）につい
て
原告Ｐ２は，Ｐ３に対し，Ｐ４株式３万６０００株を，鑑定評価額を
基に確定した代金で売り渡し，Ｐ３はこれを買い受ける。
(イ)Ｐ４株式の再売買等の予約（以下「本件特約」ということがあ
る。）について
ａ原告会社とＰ３が共に株式公開をした場合には，原告Ｐ２は，Ｐ３
から，Ｐ４株式３万６０００株を本件主契約の価格の１１０パーセン
トから１３０パーセントの範囲の価格で買い受けることができる。
ｂ原告会社が株式公開をし，Ｐ３が株式公開を断念した場合には，原
告Ｐ２は，Ｐ１から，Ｐ４株式３万６０００株を保有するＰ３株式６
００株を本件主契約の価格の５０パーセントから１５０パーセントの
範囲の価格で買い受けることができる。
ｃ原告会社が株式公開を断念した場合には，原告Ｐ２は，Ｐ３から，
Ｐ４株式３万６０００株を本件主契約の価格で買い受けることができ
る。
原告Ｐ２は，Ｐ１２から本件主契約の調印を急ぐようアドバイスを受け
ていたため，Ｐ１０との間で，原告Ｐ２が依頼するＰ４株式の鑑定評価書
が提出され次第，代金額についてＰ１０の了解を得た上で，本件主契約に
係る株式売買契約書に調印することを合意した。また，本件特約について
は，Ｐ１０が次回に来日する平成９年９月に，同年２月の本件合意内容を
覚書に書面化することを合意した。（甲５４，５７，６１，証人Ｐ１０，
原告Ｐ２本人）
(5)本件主契約に係る株式売買契約書（Ｐ４株式売買契約書）への調印等
ア平成９年２月にされた前記合意に従い，原告Ｐ２は，顧問税理士であっ
たＰ１９税理士にＰ４株式の鑑定評価を依頼し，同年５月２６日，同税理
士から，Ｐ４株式３万６０００株の価格を同月２０日現在で９億６４４万
４０００円（１株当たり２万５１７９円）とする鑑定評価書の提出を受け
た（甲９，３７，５４，原告Ｐ２本人）。
イ前記鑑定評価書が提出されたことを受けて，原告Ｐ２は，平成９年６月
上旬ころ，英国在住のＰ１０に電話を架けて，鑑定評価額が９億０６４４
万４０００円となったことを伝えて，本件主契約の代金額を上記鑑定評価
額と同額とすることについての了解を得た。これにより，本件主契約の内
容が確定し，また，本件特約の内容も確定した。（甲５４，６１，証人Ｐ
１０，原告Ｐ２本人）
ウ平成９年６月１１日，Ｐ３の日本における責任者であったＰ１１が，Ｐ
１０の指示を受けてＰ１０の記名押印を代行し，原告Ｐ２と共に，「原告
Ｐ２は，Ｐ３に対し，Ｐ４株式３万６０００株を代金９億０６４４万４０
００円で，譲渡日を平成９年６月２３日として売り渡し，Ｐ３はこれを買
い受ける。」旨の内容の本件主契約に係る株式売買契約書（Ｐ４株式売買
契約書）に調印した（甲２０，５４，６１，証人Ｐ１０，原告Ｐ２本人）。
エこうして，平成９年６月ころ，原告Ｐ２は，Ｐ３に対し，Ｐ４株式３万
６０００株を代金９億０６４４万４０００円で譲渡した（弁論の全趣旨）。
(6)本件特約に係る覚書の作成
Ｐ１０は，平成９年９月１４日に来日し，同月２０日まで日本に滞在した。
この間，原告Ｐ２とＰ１０は，同月１７日，東京都港区所在のＰ３本社会議
室において，次のとおり，各覚書に調印した。（甲２１の１から３まで，５
４，５７，６１，７２，乙２４，６５の１及び２，証人Ｐ１０，原告Ｐ２本
人）
ア覚書１（MEMORANDUM。甲２１の１）
原告Ｐ２とＰ１０及びＰ１７は，平成９年９月１７日付けで，要旨以下
のとおり記載されている覚書１を作成した。
(ア)原告Ｐ２は，原告会社が株式を公開した後，Ｐ１０から，Ｐ４株式
を元の価格の１１０パーセントから１３０パーセントまでの価格で購入
する。
(イ)Ｐ１０は，原告会社が株式を公開することができ，Ｐ３が株式を公
開することができなかった場合には，原告Ｐ２にＰ３株式とＰ４株式に
加えてＰ４が保有している原告会社の株式を元の価格の１５０パーセン
ト以内の価格で売却する（なお，訳文では「１５０パーセントの価格」
とされているが，「１５０パーセント以内の価格」が正しい）。
(ウ)原告Ｐ２は，原告会社が株式を公開することができなかった場合に
は，Ｐ４株式を平成９年６月２３日に取引したのと同一の条件及び価格
で買い戻す権利を有するものとする。
イ覚書２（Agreement。甲２１の２）
原告Ｐ２とＰ１０は，平成９年９月１７日付けで，要旨以下のとおり記
載されている覚書２を作成した。
(ア)Ｐ１０は，９億６４４万４０００円の価格でＰ４株式を取得する。
(イ)原告Ｐ２が原告会社の株式を公開することができ，Ｐ３株式を取得
するとの申出をした場合には，原告Ｐ２は，Ｐ１から，Ｐ４株式を保有
するＰ３株式６００株を，原告Ｐ２がＰ４株式をＰ３に売却する価格の
５０パーセントから１５０パーセントの範囲内（最大額は１４億円とす
る。）で買い受けることができる。
ウ覚書３（Agreement。乙２４）
原告Ｐ２とＰ１０は，平成９年９月１７日付けで，要旨以下のとおり記
載されている覚書３を作成した。
原告Ｐ２とＰ１は，覚書２の中の価格決定基準に従った価格でＰ３株式
を取得する選択権を持っている｡しかし，Ｐ３株式について，日本の国税当
局が独自に決定した価値を主張し，原告Ｐ２が当該価値を採用することを
要求された場合には，Ｐ３株式の価値は下記のように再評価され，訂正さ
れる。
(ア)新たな価値は会計監査人により決定された価値であるものとする。
(イ)原告Ｐ２は，新たな価値を受け入れ，覚書２の価格決定基準に従っ
た価格と新たな価値との差額を早急にＰ１に支払うものとする。
(ウ)Ｐ１は上記の差額を受け取り，オーストラリアの税務署に差額の授
受を申告するものとする。
(7)Ｐ３の第三者割当増資
平成９年ころから株式公開を目指していたＰ３は，Ｐ１１らをもって株式
公開のプロジェクトチームを編成し，同チームメンバーに対してインセンテ
ィブを与えるため，前記前提事実のとおり，同１０年１月１５日，Ｐ１１ら
に対する第三者割当増資を実施した。
これにより，Ｐ３の発行済株式総数が７００株，資本の額が４５２４万２
９００円となるとともに，Ｐ１１が５０株，Ｐ１２が２２株，Ｐ１３及びＰ
１４が各１４株のＰ３株式をそれぞれ取得した。（甲５４，６０）
(8)Ｐ１から原告Ｐ２へのＰ３株式の譲渡
ア前記前提事実のとおり，原告会社は，平成１０年９月１日，当時のＰ８
株式会社の開設する株式店頭市場において，株式を公開した。他方で，Ｐ
１０は，原告会社の株式公開が実現した同月ころまでに，Ｐ３株式公開を
断念した。（甲５４，６１，証人Ｐ１０，原告Ｐ２本人）
イそこで，Ｐ１の実質的な代表者であるＰ１０と原告Ｐ２は，平成１０年
９月１８日，本件特約に基づき，Ｐ１がその保有するＰ３株式６００株を
代金１３億８０００万円で原告Ｐ２に売り渡す旨の株式売買契約書を作成
し，上記売買契約を締結した。
なお，上記代金額については，原告Ｐ２とＰ１０が協議の上，本件特約
において定められた範囲内において，１３億８０００万円と合意したもの
である。（甲２３，５４，証人Ｐ１０，原告Ｐ２本人）
ウそして，Ｐ１の名義上の代表者であったＰ１３と原告Ｐ２は，平成１１
年１月１２日付で，上記イと同内容の株式売買契約書に調印した。（甲２
５，５４，６０，６１，証人Ｐ１０，原告Ｐ２本人）
エＰ３の定款においては，株式の譲渡制限の定めがされていたため，Ｐ１
は，Ｐ３の取締役会に対し，上記イの株式譲渡の承認を請求し，平成１０
年１２月２２日，同取締役会はこれを承認した（甲２６，５４）。
(9)原告Ｐ２及びＰ１１らから原告会社へのＰ３株式の譲渡
ア原告会社の管理本部は，原告Ｐ２及びＰ１１らからＰ３株式を買い受け
ることを予定して，Ｐ１６税理士に対し，同売買のための時価の算定を評
価の目的として，Ｐ３株式の鑑定評価を依頼した。
これを受けて，Ｐ１６税理士は，Ｐ３株式の鑑定評価をした上で，原告
会社に対し，平成１１年１月７日付けの鑑定評価書（Ｐ１６評価書）を提
出した。Ｐ１６評価書においては，同１０年１２月１日現在で，Ｐ３株式
が１株当たり２０３１万９６３８万円と評価されており，その概要は下記
のとおりである。（甲３６，乙８，原告Ｐ２本人）
記
(ア)評価に当たっては，法人税法基本通達９−１−１４「非上場株式で
気配相場のないものの価額」及び９−１−１５「気配相場のない株式の
特例」によった。
(イ)Ｐ３は株式保有特定会社に該当するため，純資産価額方式による評
価額となる。
(ウ)時価評価額によると，Ｐ３の資産の総額は２０３億１２６９万３０
００円，負債の総額は６０億８８９４万６０００円，純資産額は１４２
億２３７４万７０００円である。なお，このうち，Ｐ４株式の時価評価
額は，１３３億０６３５万６０００円である。
(エ)Ｐ４株式の評価方法は，純資産価額方式によるものであり，時価評
価額によると，Ｐ４の資産の総額は１３９億８２３０万４０００円，負
債の総額は６億７５９３万９０００円，純資産額は１３３億０６３５万
６０００円である。
(オ)Ｐ３株式及びＰ４株式のいずれの評価においても，法人税額等相当
額は控除されていない。
イ原告Ｐ２が原告会社にＰ３株式６００株を譲渡することは，会社と取締
役との間の利益相反取引に当たるところ，原告会社の取締役会は，平成１
１年１月２２日，上記Ｐ３株式の譲渡について，Ｐ１６評価書による鑑定
評価額が適正な範囲内にあると判断し，これを承認する決議をした（甲２
９，原告Ｐ２本人）。
ウ原告Ｐ２は，原告会社に対し，平成１１年２月２日，Ｐ３株式６００株
を，代金１２１億９１７８万２８００円（１株当たり２０３１万９６３８
万円）で売り渡した（甲２７）。
エ前記のとおり，Ｐ１１らは平成１０年１月１５日にＰ３株式を取得して
いたところ，Ｐ３が同年９月までに株式公開を断念したため，Ｐ１１らは，
同１１年２月２日，Ｐ１６評価書による評価額をもって，すなわち，Ｐ１
１は代金１０億１５９８万１９００円で，Ｐ１２は代金４億４７０３万２
０３６円で，Ｐ１３及びＰ１４はいずれも代金２億８４４７万４９３２円
で，原告会社に対し，Ｐ３株式をそれぞれ売り渡した（乙５の２から５ま
で，弁論の全趣旨）。
オ前記のとおり，Ｐ３は株式の譲渡制限の定めを置いていたため，原告Ｐ
２及びＰ１１らは，平成１１年２月２日，それぞれＰ３の取締役会に対し，
上記株式譲渡の承認を請求し，同取締役会はこれを承認した（甲３０）。
２認定事実の補足説明
(1)Ｐ１の取締役及び株主の状況について
被告らは，Ｐ１の会社履歴情報抜粋（乙５３）によれば，Ｐ１の取締役は，
①設立当初は，Ｐ２４とＰ２５が務めていたが，②平成９年８月６日，Ｐ２
４に代わってＰ１７が取締役となり，③同１０年６月ころ，両名に代わって
Ｐ１３とＰ２６が取締役となり，④本件譲渡１の後である同１１年４月１日
に，Ｐ１０が取締役に就任したものであって，Ｐ１において名義上の取締役
が必要であった合理的理由は存在しないとして，Ｐ１０が本件譲渡１の当時
にＰ１の事実上の業務執行取締役であったと認めることはできないとし，ま
た，Ｐ１の株主の状況についても，Ｐ１０がＰ１の実質株主であることを裏
付ける客観的な根拠が見当たらないことなどから，Ｐ１０が本件譲渡１の当
時にＰ１の実質株主又は実質的支配者であったとは認められないとする。
確かに，本件譲渡１の当時，Ｐ１０がＰ１の実質株主又は実質的支配者で
あり，また，事実上の業務執行取締役であったことを裏付ける会社履歴情報
抜粋その他の客観的な証拠は見当たらない。
しかしながら，前記前提事実及び前記認定事実並びに弁論の全趣旨による
と，①Ｐ３株式は，第三者割当増資が行われるまではすべてＰ１が保有して
おり，同増資後も，本件譲渡１によりＰ１から原告Ｐ２に株式が譲渡される
まで，その大半をＰ１が保有していたこと，②Ｐ３は，平成３年の設立以来，
Ｐ１０が代表取締役を引き続き務めており，本件譲渡１の後である同１１年
５月になって，Ｐ１０が代表取締役を辞任していること，③Ｐ１０は，英国
のゲーム機メーカーであるＰ２０社の代表者であり，Ｐ１０が長く代表取締
役を務めていたＰ３（Ｐ３株式会社）においても「○○」という名称が使用
されていることからすると，Ｐ１についても，その名称からＰ１０が実質的
な支配者であることがうかがわれること，④Ｐ１の実質的な支配者あるいは
事実上の業務執行取締役であったことをうかがわせる者は，Ｐ１０以外には
見当たらないこと，⑤覚書１には，「Ｐ１の真の所有者であるＰ１０は，Ｐ
１の真の権限者としての権利をもって」という記載や「Ｐ１の真の所有者で
あるＰ１０は，Ｐ１の名義株主としてＰ１７の名を使用する」という記載が
あること，⑥原告Ｐ２とＰ１０がそれぞれ署名している覚書２及び株式売買
契約書（甲２３）には，Ｐ１が保有しているＰ３株式を原告Ｐ２に売却する
際の価格等の売却条件に関する記載があるところ，原告Ｐ２とＰ１０との間
で，Ｐ１が保有しているＰ３株式を売却する際の条件について記載したこれ
らの書面が作成されていることからすると，Ｐ１０がＰ１の実質的な支配者
であるとうかがわれることを認めることができる。
これらの諸点を総合すれば，Ｐ１は，Ｐ１０が資本の全部を出資して設立
した会社であって，本件譲渡１の当時においても，Ｐ１０はＰ１の実質株主
及び実質的支配者であって，事実上の業務執行取締役でもあったと認めるの
が相当である。
(2)本件譲渡１が再売買予約付き譲渡契約に基づいて行われたものであること
について
被告らは，①本件Ｐ４株式譲渡は原告Ｐ２とＰ３との取引であり（甲２
０），本件譲渡１は原告Ｐ２とＰ１との取引であって，両取引は売買の当事
者も目的物も異なること，②いずれの覚書においてもＰ３又はＰ１の法人と
しての意思表示はされていないから，覚書１又は覚書２の合意が原告Ｐ２と
Ｐ３又は原告Ｐ２とＰ１との間で有効に成立したものとはいえないこと，③
Ｐ４株式売買契約書には，各覚書についての記載がない上，覚書１及び覚書
２は，Ｐ４株式の売買の３か月後である平成９年９月１７日に作成されたも
のであること，④覚書３によると，Ｐ３株式の譲渡価額は１３億８０００万
円に確定したものではなく，原告会社株式の店頭公開に伴う値上がり益を反
映させて，譲渡価額を変更することが可能であったこと，⑤Ｐ３は，Ｐ４の
発行済株式の１００パーセントを保有しているのであるから，第三者割当増
資に伴い，Ｐ１が間接的に保有するＰ４株式の割合も１００パーセントから
約８５．７パーセントに減少することとなり，本件譲渡１によっても，原告
Ｐ２が間接的にＰ４株式の全部を買い戻すことはできなくなることなどを挙
げて，本件譲渡１が再売買予約付譲渡契約に基づく譲渡であると解すること
はできない旨主張する。
しかしながら，本件譲渡１の当時，Ｐ１０は，Ｐ３の代表取締役を務めて
おり，前記(1)において判示したとおり，Ｐ１の実質株主及び実質的支配者並
びに事実上の業務執行取締役でもあって，さらに，原告Ｐ２はこれらの事情
をいずれも認識していたこと（甲５４及び原告Ｐ２本人の供述により認めら
れる。）からすると，Ｐ１０が行ったこれらの意思表示は，Ｐ３又はＰ１に
対して直接に効力を生ずると認めるのが相当であるから（民法１００条ただ
し書，９９条１項参照），被告らの上記①及び②の主張はいずれも失当であ
る。
また，Ｐ４株式売買契約書は，前記認定事実のとおり，原告会社の株式公
開を進めている中で，Ｐ１２からＰ４株式を処分するようアドバイスを受け
ていた原告Ｐ２が，顧問税理士のＰ１９税理士からのＰ４株式の鑑定評価書
の提出を受けて，平成９年２月の合意に基づき，Ｐ３の日本における責任者
であったＰ１１がＰ１０の記名押印を代行する方式により調印したものであ
る。このような作成経緯に照らすと，Ｐ４株式売買契約書は，原告会社の株
式公開の支障となる事情を取り除くために，対外的に，Ｐ４株式を譲渡した
という形式を整えることを主な目的として作成された書面であると見るのが
相当であるから，Ｐ４株式の買戻しの合意などというような上記目的に反す
る事項が記載されていないのは，何ら不合理なことではなく，むしろ，上記
作成経緯に照らすと合理的なことであるとさえいうことができる。
さらに，覚書３によるとＰ３株式の売買価格は１３億８０００万円に確定
したものではなかったとされる点についても，覚書３の記載内容等を子細に
検討すれば，覚書３は，万が一にも国税当局からＰ３株式の譲渡が資産の低
額譲渡に当たるなどの指摘を受けた場合に備えて，上記売買価格の変更につ
いて定めたものであって，被告らの主張するように，原告会社株式の店頭公
開に伴う値上がり益を反映させて譲渡価額を変更することを予定したもので
はなく，国税当局からの指摘等がない限り，上記売買価格を変更することは
許されないものというべきであるから，覚書３が存在することを考慮に入れ
ても，Ｐ３株式の売買価格は１３億８０００万円に確定したものと認めるの
が相当である。
加えて，Ｐ３の第三者割当増資に伴い，Ｐ１が間接的に保有するＰ４株式
の割合が１００パーセントから約８５．７パーセントに減少した点について
も，上記第三者割当増資後においてもＰ１がＰ４株式の大部分を間接的に保
有するという状況に変わりはないのであって，本件譲渡１によりＰ１が保有
するＰ３株式を譲り受けることにより，原告Ｐ２はＰ４株式の大部分を取得
することができ，Ｐ４の支配権を回復することが可能になるのであって，上
記第三者割当増資により株式の割当てを受けた者がいずれも原告Ｐ２と親し
い関係にある者ばかりであることも考慮に入れると，上記第三者割当増資が
行われたことは，本件譲渡１が再売買予約付譲渡契約に基づく譲渡であると
認めることを妨げるものではないというべきである。
そして，前記認定事実のとおり，①Ｐ４は，原告Ｐ２の交渉により，Ｐ２
９に新規加入することが約束されているという，金銭に評価することが困難
なほどの貴重な価値を有しており，原告Ｐ２としてもＰ４を手放したくはな
かったこと，②Ｐ１０は，平成９年当時，定期的に開催されるアミューズメ
ント機器のショーの見学と商用とを兼ねて，毎年２月と９月に来日していた
こと，③Ｐ１０が同年９月に来日した際，原告Ｐ２からＰ３へのＰ４株式の
譲渡とその買戻しに関する覚書等が作成されていることなどを総合すると，
Ｐ１０が同年２月に来日した際，Ｐ４株式の売買及びその再売買等の予約に
ついて口頭による合意が成立し，同年９月に来日した際に，その合意内容を
覚書等に記載して明確化を図ったものと認めるのが合理的である。
したがって，本件譲渡１は，再売買予約付き譲渡契約に基づいて行われた
ものであるというべきである。
３本件譲渡１は，徴収法３９条に規定する「著しく低い額の対価による譲渡」
に当たるかについて（第１事件の争点ア）
(1)前記１の認定事実及び前記２において判示したところに照らすと，本件譲
渡１は，株式の売買という法形式が採られているものの，その実質は，原告
会社の株式公開の円滑な実現を目的とした，Ｐ４株式の一時避難的な預託行
為の一部としての，預託株式の返還と見ることができる。
すなわち，原告Ｐ２は，自ら代表者を務める原告会社の株式公開の準備を
していたところ，原告Ｐ２が原告会社と同業のＰ４株式を保有することは株
式公開の支障となるおそれがあるため，Ｐ４株式を第三者に売却すべきであ
る旨を株式公開の専門家であるＰ１２から助言されたが，将来の事業の拡大
を図る上でＰ４株式を手放すことは到底できないと考えたことから，Ｐ４株
式を一時的に譲渡して原告会社の株式公開後に買い戻すことを考案し，Ｐ３
の代表取締役であるとともにＰ１の実質的な代表者であったＰ１０に対し，
事情を説明して一時的にＰ４株式をＰ３において保有してもらうことを依頼
し，Ｐ１０がこれを了解したことから，Ｐ１及びＰ３との間で再売買予約付
き譲渡契約を締結するに至ったものである。
したがって，本件Ｐ４株式譲渡とその返還方法として行われた本件譲渡１
は，原告会社の株式公開の円滑な実現を目的とした，Ｐ４株式の一時避難的
な預託行為であり，本件Ｐ４株式譲渡と本件譲渡１は，一体的な取引行為と
して評価するのが相当である。
(2)このように，本件譲渡１は，再売買予約付き譲渡契約に基づいてされた契
約履行行為の一部分であり，本件主契約たるＰ４株式の売買に付随してされ
た本件特約たる再売買予約等に基づいてされたものであるから，本件譲渡１
は，再売買予約付き譲渡契約に基づく義務の履行行為としてされたものとい
うことができる。
(3)そうすると，本件譲渡１が徴収法３９条にいう「著しく低い額の対価によ
る譲渡」に当たるかどうかは，本件における一連の取引の実態に即して，取
引全体を総合的に検討して判断するのが相当であるところ，①上記のとおり，
本件譲渡１は，再売買予約付き譲渡契約に基づいてされたものであること，
②本件譲渡１の譲渡価額は，本件Ｐ４株式譲渡の譲渡価額の約１．５倍であ
ること，③Ｐ１６評価書によると，Ｐ３の資産総額は２０３億１２６９万３
０００円，負債総額は６０億８８９４万６０００円，純資産額は１４２億２
３７４万７０００円であって，また，Ｐ３が保有するＰ４株式の価額は１３
３億０６３５万６０００円であり（いずれも時価評価額による。），本件譲
渡１当時のＰ３の資産の大半は，Ｐ４株式が占めていたということができる
こと，④前記認定事実のとおり，Ｐ３の成長は原告Ｐ２の指導及び支援によ
るところが極めて大きいから，原告会社の株式公開により原告Ｐ２からの支
援が受けられなくなるとＰ３が経営不振に陥る可能性が高く，このため，Ｐ
１０としても，原告会社が株式公開をしたときには，Ｐ４株式の再譲渡に代
えてＰ３株式を譲渡する方が好都合であることなどの諸点を総合的に考慮す
ると，本件譲渡１の譲渡価額は，合理的かつ相当な理由に基づき決定された
ものというべきであって，「著しく低い額の対価による譲渡」に当たらない
と認めるのが相当である。
(4)以上のとおり，本件譲渡１は，徴収法３９条にいう「著しく低い額の対価
による譲渡」には当たらないから，その余の争点について検討するまでもな
く，本件納付告知処分は違法であって，取消しを免れない。
４本件譲渡１は，譲渡の時におけるＰ３株式の適正な価額より低い対価をもっ
てする資産の低額譲渡に当たるかについて（第２事件の争点ア）
(1)前記３において判示したとおり，Ｐ４株式の譲渡とその返還方法として行
われた本件譲渡１は，原告会社の株式公開の円滑な実現を目的とした，Ｐ４
株式の一時避難的な預託行為であり，本件Ｐ４株式譲渡と本件譲渡１は，一
体的な取引行為として評価するのが相当であって，本件譲渡１は，本件再売
買予約付き譲渡契約に基づいてされた契約履行行為の一部分であり，本件主
契約たるＰ４株式の売買に付随してされた本件特約たる再売買予約等に基づ
いてされたものであるということができる。
(2)このように，本件譲渡１は，再売買予約付き譲渡契約に基づく義務の履行
行為としてされたものであって，これに加えて，前記３(3)の②から④までの
諸点も考慮に入れると，本件譲渡１の譲渡価額のみに着目して，原告Ｐ２が
Ｐ３株式の時価と譲受金額との差額相当額を所得税法３６条１項に規定する
経済的な利益として享受したものと見るのは相当でない。
したがって，本件譲渡１は，譲渡時におけるＰ３株式の適正な価額より低
い対価をもってする資産の低額譲渡には当たらないというべきである。
(3)以上のとおり，原告Ｐ２が本件譲渡１によりＰ３株式の時価と譲受金額と
の差額相当額を所得税法３６条１項に規定する経済的な利益として享受した
ものと認めることはできないから，被告渋谷税務署長が本件所得税更正処分
の適法性の根拠として主張する各金額のうち，一時所得の金額６４億６１１
７万４６００円は失当である。
そして，被告渋谷税務署長が主張するその余の課税根拠の金額は，前記の
とおり，すべて本件所得税申告書に記載した金額と同額であるから，その余
の争点について判断するまでもなく，本件所得税更正処分は本件所得税申告
書に記載された額を上回る部分につき違法であり，また，本件所得税更正処
分に係る過少申告加算税賦課決定処分も違法であって，いずれも取消しを免
れないというべきである。
５本件譲渡２及び本件譲渡３の時におけるＰ３株式の評価においては，法人税
額等相当額を控除すべきかについて（第３事件の争点ウ）
(1)事案にかんがみ，第３事件の争点ウについて判断する。
法人税額等相当額の控除の要否に関しては，①本件譲渡２及び本件譲渡３
の時点におけるＰ３株式の評価において，法人税額等相当額を控除すべきか，
及び②上記の時点におけるＰ３株式７００株の評価に際し，Ｐ３が保有する
Ｐ４株式の評価において，法人税額等相当額を控除すべきかの２点が争点と
されているが，まず，①の点について検討する。
(2)法人税基本通達（平成１２年課法２−７による改正前のもの）９−１−１
４(4)は，法人税法（平成１７年法律第２１号による改正前のもの）３３条２
項の規定を適用して非上場株式で気配相場のないものについて評価損を計上
する場合に，当該株式に売買実例がなく，その公開の途上になく，その発行
法人と事業の種類，規模，収益の状況等が類似する法人がないときは，事業
年度終了の時における当該株式の価額は，当該事業年度終了の日又は同日に
最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当
たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額による旨を
定めている。
もっとも，このような一般的，抽象的な評価方法の定めのみに基づいて株
式の価額を算定することは困難であり，他方，評価通達の定める非上場株式
の評価方法は，相続又は贈与における財産評価手法として一般的に合理性を
有し，課税実務上も定着しているものであるから，これと著しく異なる評価
方法を法人税の課税において導入すると，混乱を招くこととなる。このよう
な観点から，法人税基本通達（平成１２年課法２−７による改正前のもの）
９−１−１５は，評価通達の定める非上場株式の評価方法を，原則として法
人税課税においても是認することを明らかにするとともに，この評価方法を
無条件で法人税課税において採用することには弊害があることから，１株当
たりの純資産価額の計算に当たって株式の発行会社の有する土地を相続税路
線価ではなく時価で評価するなどの条件を付して採用することとしている。
したがって，評価通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改正
前のもの）１８５が定める１株当たりの純資産価額の算定方式を法人税課税
においてそのまま採用すると，相続税や贈与税との性質の違いにより課税上
の弊害が生ずる場合には，これを解消するために修正を加えるべきであるが，
このような修正をした上で評価通達所定の１株当たりの純資産価額の算定方
式にのっとって算定された価額は，一般に通常の取引における当事者の合理
的意思に合致するものとして，法人税基本通達（平成１２年課法２−７によ
る改正前のもの）９−１−１４(4)にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌
して通常取引されると認められる価額」に当たるというべきである。そして，
このように解される同通達９−１−１４(4)，９−１−１５の定めは，法人の
収益の額を算定する前提として株式の価額を評価する場合においても合理性
を有するものとして妥当するというべきである。
ところで，評価通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改正
前のもの）１８５が，１株当たりの純資産価額の算定に当たり法人税額等相
当額を控除するものとしているのは，個人が財産を直接所有し，支配してい
る場合と，個人が当該財産を会社を通じて間接的に所有し，支配している場
合との評価の均衡を図るためであり，評価の対象となる会社が現実に解散さ
れることを前提としていることによるものではない。したがって，営業活動
を順調に行って存続している会社の株式の相続及び贈与に係る相続税及び贈
与税の課税においても，法人税額等相当額を控除して当該会社の１株当たり
の純資産価額を算定することは，一般的に合理性があるものとして，課税実
務の取扱いとして定着していたものである。
法人税基本通達については，平成１２年課法２−７による改正により，法
人税課税における１株当たりの純資産価額の評価に当たり法人税額等相当額
を控除しないことが規定されるに至ったのであって，この改正前の平成１１
年２月ころに，評価通達（平成１２年課評２−４，課資２−２４９による改
正前のもの）１８５が定める１株当たりの純資産価額の算定方式のうち法人
税額等相当額を控除する部分が，法人税課税における評価に当てはまらない
ということを関係通達から読み取ることは，一般の納税義務者にとっては不
可能である。取引相場のない株式の取引は，法人税額等相当額を控除した純
資産価額を上回る価額でされることもあり得るが，一般にその取引の当事者
は上記関係通達の定める評価方法に関心を有するものであり，その評価方法
が取引の実情に影響を与え得るものであったことは否定し難く，これとかけ
離れたところに取引通念があったということはできない。
したがって，企業の継続を前提とした株式の評価を行う場合であっても，
法人税額等相当額を控除して算定された１株当たりの純資産価額は，平成１
１年２月当時において，一般には通常の取引における当事者の合理的意思に
合致するものとして，法人税基本通達（平成１２年課法２−７による改正前
のもの）９−１−１４(4)にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常
取引されると認められる価額」に当たるというべきである。このように解釈
される上記「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認めら
れる価額」によって株式の価額を評価し，これを前提に法人の収益の額を算
定することは，法人税法の解釈として合理性を有するということができる。
そうであるとすると，平成１１年２月当時におけるＰ３株式の１株当たり
の純資産価額の評価において，企業の継続を前提とした価額を求める場合で
あることのみを根拠として，法人税額等相当額を控除することが不合理であ
って通常の取引における当事者の合理的意思に合致しないものであるという
ことはできず，他に上記控除が上記の評価において著しく不合理な結果を生
じさせるなど課税上の弊害をもたらす事情がうかがわれない本件においては，
これを控除して１株当たりの純資産価額を評価すべきである（本件各最高裁
判決参照）。
(3)これに対して，被告江東西税務署長は，関係会社間等において非上場株式
の売買を行う場合における適正な価額（時価）の算定に前記通達を準用する
場合の留意点については，本件譲渡２及び本件譲渡３が行われた当時，法人
税基本通達の一般的な解説書に，「合理的な理由があると認められるときを
除き，評価差額に対する法人税相当額を控除しないところで純資産価額を計
算すべき」と解説されており，関係会社間等において非上場株式の売買を行
う場合における適正な価額（時価）を純資産価額方式で算定するに当たり，
法人税額等相当額を控除しない取扱いは，課税実務として一般に定着してお
り，上記当時において，気配相場のない株式の売買を行う場合の適正な価額
（時価）の算定に当たって，評価通達（平成１２年課評２−４，課資２−２
４９による改正前のもの）１８５を準用する際の留意点，すなわち，評価通
達が定める１株当たりの純資産価額の算定方式のうち法人税額等相当額を控
除する部分が，合理的な理由がない限り法人税課税における評価に当てはま
らないということを認識することは，一般の納税義務者にとっては不可能で
はなかったとし，また，原告会社と本件各譲渡人は，本件譲渡２及び本件譲
渡３に当たり，評価差額に対する法人税額等相当額を控除しない純資産価額
方式で評価されたＰ３株式の価額により取引する意思を有していたものと認
められるとして，本件においては，Ｐ３株式の適正な価額（時価）を純資産
価額方式で算定するに当たり，法人税額等相当額を控除しないことが，当事
者の合理的意思と認められるのであり，取引当事者の合理的意思を重視した
本件各最高裁判決の判示に照らしても，上記当時におけるＰ３株式の適正な
価額（時価）を純資産価額方式で算定するに当たり，評価差額に対する法人
税額等相当額を控除すべき理由はない旨主張する。
しかしながら，本件各最高裁判決の趣旨に照らすと，法人税基本通達の一
般的な解説書に上記のような記載があることを考慮に入れても，なお，平成
１２年課法２−７による法人税基本通達の改正前の平成１１年２月ころに，
評価通達１８５が定める１株当たりの純資産価額の算定方式のうち法人税額
等相当額を控除する部分が，法人税課税における評価に当てはまらないとい
うことを関係通達から読み取ることは，一般の納税義務者にとっては不可能
と認めるのが相当であり，また，本件において問題とされているのは，法人
税額等相当額を控除して算定された１株当たりの純資産価額は，一般に通常
の取引における当事者の合理的意思に合致するか否かであって，取引当事者
の具体的な意思を問題とするものではないから，被告江東西税務署長の上記
主張はいずれも失当というべきである。
(4)以上によれば，①評価通達１７４(1)のロではなくイを適用して原告会社
の株式を評価すべきか，及び②Ｐ４株式の含み益に係る法人税額等相当額を
控除すべきかの２点について，いずれも被告江東西税務署長の主張を採用す
るとしても，被告江東西税務署長の主張するＰ３の純資産価額（別紙９の別
表３参照）を基礎として（ただし，簿価純資産価額については，被告江東西
税務署長の主張からは明らかでないので，Ｐ１６評価書記載の価額を採用し
た。），財産基本通達１８６−２の規定する割合（平成１１年２月の時点に
おいては４７パーセント）に基づき計算した法人税額等相当額を控除し，Ｐ
３株式１株当たりの純資産価額を算定すると，次のとおり，本件譲渡２及び
本件譲渡３の時点におけるＰ３株式１株当たりの適正な価額（時価）は，本
件譲渡２及び本件譲渡３におけるＰ３株式１株当たりの譲渡価額である２０
３１万９６３８円を下回るものと認めることができる。
ア時価純資産価額１７２億００８１万７０００円
イ簿価純資産価額１７億５２９４万７０００円
ウ評価差額１５４億４７８７万００００円
エ法人税額等相当額７２億６０４９万８０００円
オ法人税額等相当額控除後の額９９億４０３１万９０００円
カ発行済株式数７００株
キ１株当たり純資産価額１４２０万０４５５円
そうすると，上記①及び②などの点について判断するまでもなく，本件譲
渡２及び本件譲渡３に係るＰ３株式計７００株の譲受け価額が適正な価額
（時価）に比して低額であるということはできないから，本件法人税更正処
分において受贈益として益金の額に算入された金額である２９億７７０６万
９９００円は，益金の額に算入することができない。
(5)以上に述べたところに従い，原告会社の所得金額及び納付すべき法人税額
並びに過少申告加算税額を算定すると，次のとおりとなる。
ア所得金額５５５億２１１６万５８３９円
上記金額は，次の(ア)及び(イ)の各金額を合計した金額である。
(ア)申告所得金額５５４億７７９９万６８８５
円
上記金額は，本件法人税申告書に記載された所得金額である。
(イ)所得金額に加算すべき金額４３１６万８９５４
円
上記金額は，次のａ及びｂの金額を合計した金額である。
ａ受贈益として益金の額に算入されるべき金額０円
ｂ減価償却超過額４３１６万８９５４円
イ所得金額に対する法人税額１９１億５４８０万１９２５円
上記金額は，前記アの所得金額（通則法１１８条１項の規定に基づき１
０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に，法人税法６６条に規
定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ課税留保金額１１５億６３２４万７０００円
上記金額は，新たに留保金額となる前記(イ)の金額４３１６万８９５４
円を，本件法人税申告書に記載された留保所得金額５４３億７８２４万１
３５７円に加算し，その合計額である留保所得金額５４４億２１４１万０
３１１円を基に，次のとおり再計算した課税留保金額１１５億６３２４万
７０００円(ただし，通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端
数金額を切り捨てた後のもの）である。
(ア)留保所得金額５４４億２１４１万０３１１
円
(イ)法人税額１９１億５４８０万１９２５
円
(ウ)控除所得税額２２９１万５０８３
円
(エ)住民税額３９億６５０４万３９９８
円
(オ)当期留保金額３１３億２４４７万９４７１
円
(カ)所得金額総額５６４億６０６６万２６７９
円
(キ)所得基準額１９７億６１２３万１９３７
円
(ク)留保控除額１９７億６１２３万１９３７
円
(ケ)課税留保金額１１５億６３２４万７０００
円
エ課税留保金額に対する税額２３億０６１４万９４００円
上記金額は，前記ウの課税留保金額に法人税法６７条に規定する税率を
乗じて計算した金額である。
オ法人税額から控除される所得税額等２２９１万５０８３円
上記金額は，本件法人税申告書に記載された金額である。
カ納付すべき法人税額２１４億３８０３万６２００円
上記金額は，前記イの金額に前記エの金額を加算し，前記オの金額を差
し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金
額を切り捨てた後のもの）である。
キ確定申告に係る法人税額２１４億２１１２万６１００円
上記金額は，本件法人税申告書に記載された法人税額である。
ク差引納付すべき法人税額１６９１万０１００円
上記金額は，前記カの金額から前記キの金額を差し引いた金額である。
ケ過少申告加算税額１６９万１０００円
新たに納付すべきこととなった税額１６９１万００００円(ただし，通則
法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のも
の)に対して１００分の１０の割合を乗じて算定した金額は，１６９万１０
００円である。
(6)したがって，原告会社に対する本件法人税更正処分等は，所得金額５５５
億２１１６万５８３９円，納付すべき税額２１４億３８０３万６２００円及
び過少申告加算税額１６９万１０００円を超える部分が違法であり，取り消
されるべきことになる。
６第４事件の当否について
前記４において判示したとおり，本件譲渡１は，譲渡時におけるＰ３株式の
適正な価額より低い対価をもってする資産の低額譲渡に当たらないというべき
であり，そして，本件譲渡１が上記低額譲渡に当たらない場合におけるＰ１の
課税関係及びその計算根拠についての被告国からの主張及び立証はないので，
Ｐ１に対する本件決定等については，いずれも取消しを免れないことになる。
第４結論
よって，原告Ｐ２の請求は，いずれも理由があるから認容し，原告会社の請
求は，主文第３項の限度で理由があるからその限度で認容し，その余は理由が
ないから棄却し，訴訟費用の負担につき，行政事件訴訟法７条，民訴法６１条，
６４条本文，６５条１項本文を適用して，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
杉原則彦裁判長裁判官
市原義孝裁判官
島村典男裁判官

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