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平成３０年（行ヒ）第４２２号所得税更正処分取消等請求事件
令和２年３月２４日第三小法廷判決
主文
原判決中上告人敗訴部分を破棄する。
前項の部分につき，本件を東京高等裁判所に差し戻す。
理由
上告代理人清野正彦ほかの上告受理申立て理由について
１本件は，法人に対する株式の譲渡につき，被上告人らが，当該譲渡に係る譲
渡所得の収入金額を譲渡代金額と同額として所得税の申告をしたところ，当該代金
額が所得税法５９条１項２号に定める著しく低い価額の対価に当たるとして，更正
処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたことから，これらの各処分（更正
処分については修正申告又は先行する更正処分の金額を超える部分）の取消しを求
める事案であり，当該株式の当該譲渡の時における価額が争われている。
２(1)所得税法５９条１項は，同項各号に掲げる事由により譲渡所得の基因と
なる資産の移転があった場合には，譲渡所得の金額の計算については，その事由が
生じた時に，その時における価額に相当する金額により，これらの資産の譲渡があ
ったものとみなす旨を定め，２号において，著しく低い価額の対価として政令で定
める額による譲渡（法人に対するものに限る。以下「低額譲渡」という。）を掲げ
る。
所得税法施行令１６９条は，上記政令で定める額は，所得税法５９条１項に規定
する譲渡所得の基因となる資産の譲渡の時における価額の２分の１に満たない金額
とする旨を定める。
(2)所得税基本通達（昭和４５年７月１日付け直審（所）３０国税庁長官通
達）５９－６（平成２１年課資３－５ほかによる改正前のもの。以下同じ。）は，
所得税法５９条１項の規定の適用に当たって，譲渡所得の基因となる資産が株式で
ある場合の同項に規定する「その時における価額」とは，同通達２３～３５共－９
に準じて算定した価額によるものとする。同通達２３～３５共－９（平成１９年課
個２－１１ほかによる改正前のもの。以下同じ。）は，株式を取得する権利の価額
の算定の基礎となる株式の価額に関し，(4)ニにおいて，取引相場のない株式のう
ち，売買実例のある株式等に該当しないものについては，その株式の発行法人の１
株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額とするものと
する。そして，同通達５９－６は，同法５９条１項の規定の適用に当たり，上記の
通常取引されると認められる価額とは，原則として，同通達５９－６の(1)～(4)に
よることを条件に，財産評価基本通達（昭和３９年４月２５日付け直資５６，直審
（資）１７国税庁長官通達。以下「評価通達」という。）の１７８から１８９－７
まで（取引相場のない株式の評価）の例により算定した価額とするとした上で，所
得税基本通達５９－６の(1)において，評価通達１８８の(1)に定める同族株主に該
当するかどうかは，株式を譲渡又は贈与した個人の当該譲渡又は贈与直前の議決権
の数により判定するものとする。
(3)評価通達は，相続税及び贈与税の課税価格計算の基礎となる財産の評価に
関する基本的な取扱いを定めたものである。取引相場のない株式の評価について，
評価通達１７８本文，１７９（いずれも平成２９年課評２－１２ほかによる改正前
のもの）は，評価しようとする株式の発行会社（以下「評価会社」という。）が大
会社（従業員数が１００人以上の会社等），中会社又は小会社のいずれに該当する
かに応じて，原則的な評価方法を区別し，大会社の株式の価額は，類似業種比準価
額によって評価するものとする（以下，この評価方法を「類似業種比準方式」とい
う。）。
これに対し，評価通達１７８ただし書（平成２９年課評２－１２ほかによる改正
前のもの），１８８，１８８－２は，上記の原則的な評価方法の例外として，「同
族株主以外の株主等が取得した株式」の価額は，その株式に係る年配当金額を基と
して算定する配当還元価額によって評価するものとする（以下，この評価方法を
「配当還元方式」という。）。そして，評価通達１８８は，「同族株主以外の株主
等が取得した株式」につき，評価通達１８８の(1)～(4)のいずれかに該当する株式
をいうものとし，その内容について大要以下のとおり定める（以下，評価通達１８
８の(1)～(4)が掲げる株式を保有する株主を「少数株主」という。）。
ア同族株主のいる会社の株主のうち，同族株主以外の株主の取得した株式（１
８８の(1)）
この場合における同族株主とは，課税時期における評価会社の株主のうち，株主
の１人及びその同族関係者（法人税法施行令４条に規定する特殊の関係のある個人
又は法人をいう。以下同じ。）の有する議決権の合計数がその会社の議決権総数の
３０％以上（その評価会社の株主のうち，株主の１人及びその同族関係者の有する
議決権の合計数が最も多いグループの有する議決権の合計数が，その会社の議決権
総数の５０％超である会社にあっては，５０％超）である場合におけるその株主及
びその同族関係者をいう。
イ中心的な同族株主のいる会社の株主のうち，中心的な同族株主以外の同族株
主で，その者の株式取得後の議決権の数がその会社の議決権総数の５％未満である
もの（評価会社の役員等を除く。）の取得した株式（１８８の(2)）
ウ同族株主のいない会社の株主のうち，課税時期において株主の１人及びその
同族関係者の有する議決権の合計数が，その会社の議決権総数の１５％未満である
場合におけるその株主の取得した株式（１８８の(3)）
エ中心的な株主がおり，かつ，同族株主のいない会社の株主のうち，課税時期
において株主の１人及びその同族関係者の有する議決権の合計数がその会社の議決
権総数の１５％以上である場合におけるその株主で，その者の株式取得後の議決権
の数がその会社の議決権総数の５％未満であるもの（評価会社の役員等を除く。）
の取得した株式（１８８の(4)）
３原審の確定した事実関係等の概要は，次のとおりである。
(1)Ａ株式会社の代表取締役であったＢは，平成１９年８月１日，有限会社Ｃ
（以下「Ｃ」という。）に対し，所有していたＡの株式のうち７２万５０００株
（以下「本件株式」という。）を，代金額を１株当たり７５円，合計５４３７万５
０００円として譲渡した（以下，この譲渡を「本件株式譲渡」という。）。この１
株当たり７５円という代金額は，本件株式を配当還元方式により算定した額と同額
であった。
(2)Ａは，金属製品及び消防器材の製造及び販売等を業とする資本金４億６０
００万円の株式会社で，本件株式譲渡直前の事業年度である平成１９年１月期の売
上金額は約２３６億５０００万円，平成１９年１月時点の従業員数は４４９人であ
り，評価通達１７８にいう大会社に該当する。
本件株式譲渡の時点において，Ａの発行済株式総数は９２０万株であり，Ａの株
主は，１株につき１個の議決権を有する。Ａにおいては，定款において株式の譲渡
につき取締役会の承認を要する旨が定められており，その株式は，所得税基本通達
２３～３５共－９の(4)ニの株式及び評価通達における取引相場のない株式に該当
する。
(3)Ｃは，平成１６年２月に金銭の貸付業，株式投資業等を目的として設立さ
れた会社である。
(4)本件株式譲渡の直前におけるＡの株主が有する議決権の割合は，Ｂが単独
で１５．８８％，Ｂとその同族関係者を合計すると２２．７９％であった。本件株
式譲渡により，議決権の割合は，Ｂが単独で８．００％，Ｂとその同族関係者を合
計すると１４．９１％，Ｃが７．８８％となった。本件株式譲渡の前後を通じて，
株主の１人及びその同族関係者の有する議決権の合計数が議決権総数の３０％以上
となる株主，すなわち評価通達１８８の(1)にいう同族株主に当たる株主はいなか
った。
(5)Ｂは，平成１９年１２月２６日に死亡した。Ｂの相続人である被上告人ら
は，平成２０年３月１３日，Ｂの平成１９年分の所得税につき，本件株式譲渡に係
る譲渡所得の収入金額を，その代金額と同額の１株当たり７５円，合計５４３７万
５０００円として，所得税法１２５条１項による申告書を提出した。
(6)所轄税務署長は，平成２２年４月２１日付けで，被上告人らに対し，本件
株式譲渡の時における本件株式の価額は類似業種比準方式により算定した１株当た
り２９９０円，合計２１億６７７５万円であり，本件株式譲渡は低額譲渡に当たる
として，Ｂの平成１９年分の所得税に係る各更正処分及び過少申告加算税の各賦課
決定処分をした。
被上告人らは，平成２２年６月，上記各更正処分等を不服として，東京国税局長
に異議申立てをした。東京国税局長は，上記各更正処分における本件株式の価額算
定に当たり類似業種の選定に誤りがあり，その価額は１株当たり２５０５円，合計
１８億１６１２万５０００円であるとして，上記の各更正処分及び各賦課決定処分
の一部を取り消す旨の決定をした（以下，同決定により一部が取り消された後の被
上告人らに対する各更正処分及び各賦課決定処分を併せて「本件各更正処分等」と
いう。）。
(7)被上告人らは，評価通達１８８の(1)～(4)の少数株主のうち，所得税基本
通達５９－６の(1)において触れられていない評価通達１８８の(2)～(4)の少数株
主に該当するか否かの判定は，株式の取得者の取得後の議決権の割合により行うべ
きであり，Ｃは評価通達１８８の(3)の少数株主に当たるとして，本件株式譲渡時
における本件株式の価額につき，配当還元方式により算定した額を主張する。これ
に対し，上告人は，譲渡所得に対する課税の場面において，評価通達１８８の(1)
～(4)の少数株主に当たるか否かの判定は，株式の譲渡人の譲渡直前の議決権の割
合により行うべきであるところ，Ｂは少数株主に当たらないとして，本件株式譲渡
時における本件株式の価額につき，原則的な評価方法である類似業種比準方式によ
り算定した額を主張する。
４原審は，上記事実関係等の下において，所得税基本通達５９－６が定める条
件の下に適用される評価通達に定められた評価方法が，取引相場のない株式の譲渡
時における客観的交換価値を算定する方法として一般的な合理性を有するものであ
れば，これによって算定された価額は，原則として所得税法５９条１項にいう「そ
の時における価額」として適正なものと認められ，評価通達において定められた評
価方法自体は一般的な合理性を有するとした上で，要旨次のとおり判断して，被上
告人らの請求を一部認容した。
通達の意味内容については，課税に関する納税者の信頼及び予見可能性を確保す
る見地から，その文理に忠実に解釈するのが相当であり，評価通達１８８の(2)～
(4)の「株主が取得した株式」などの文言を「株主が譲渡した株式」などと殊更に
読み替えることは許されない。そうすると，譲渡所得に対する課税においても，評
価通達１８８の(2)～(4)の少数株主に該当するかどうかは，その文言どおり株式の
取得者の取得後の議決権の割合により判定されるというべきであり，所得税基本通
達５９－６はこのことを定めたものとして合理性を有するところ，本件株式の譲受
人であるＣは評価通達１８８の(3)の少数株主に該当するから，本件株式の価額は
配当還元方式によって算定した１株当たり７５円であると認められる。したがっ
て，本件株式譲渡が低額譲渡に当たらないにもかかわらず，これに当たるとしてさ
れた本件各更正処分等は違法である。
５しかしながら，原審の上記判断は是認することができない。その理由は，次
のとおりである。
(1)譲渡所得に対する課税は，資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属
する増加益を所得として，その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会
に，これを清算して課税する趣旨のものである（最高裁昭和４１年（行ツ）第８号
同４３年１０月３１日第一小法廷判決・裁判集民事９２号７９７頁，最高裁同４１
年（行ツ）第１０２号同４７年１２月２６日第三小法廷判決・民集２６巻１０号２
０８３頁等参照）。すなわち，譲渡所得に対する課税においては，資産の譲渡は課
税の機会にすぎず，その時点において所有者である譲渡人の下に生じている増加益
に対して課税されることとなるところ，所得税法５９条１項は，同項各号に掲げる
事由により譲渡所得の基因となる資産の移転があった場合に当該資産についてその
時点において生じている増加益の全部又は一部に対して課税できなくなる事態を防
止するため，「その時における価額」に相当する金額により資産の譲渡があったも
のとみなすこととしたものと解される。
(2)所得税法５９条１項所定の「その時における価額」につき，所得税基本通
達５９－６は，譲渡所得の基因となった資産が取引相場のない株式である場合に
は，同通達５９－６の(1)～(4)によることを条件に評価通達の例により算定した価
額とする旨を定める。評価通達は，相続税及び贈与税の課税における財産の評価に
関するものであるところ，取引相場のない株式の評価方法について，原則的な評価
方法を定める一方，事業経営への影響の少ない同族株主の一部や従業員株主等にお
いては，会社への支配力が乏しく，単に配当を期待するにとどまるという実情があ
ることから，評価手続の簡便性をも考慮して，このような少数株主が取得した株式
については，例外的に配当還元方式によるものとする。そして，評価通達は，株式
を取得した株主の議決権の割合により配当還元方式を用いるか否かを判定するもの
とするが，これは，相続税や贈与税は，相続等により財産を取得した者に対し，取
得した財産の価額を課税価格として課されるものであることから，株式を取得した
株主の会社への支配力に着目したものということができる。
これに対し，本件のような株式の譲渡に係る譲渡所得に対する課税においては，
当該譲渡における譲受人の会社への支配力の程度は，譲渡人の下に生じている増加
益の額に影響を及ぼすものではないのであって，前記の譲渡所得に対する課税の趣
旨に照らせば，譲渡人の会社への支配力の程度に応じた評価方法を用いるべきもの
と解される。
そうすると，譲渡所得に対する課税の場面においては，相続税や贈与税の課税の
場面を前提とする評価通達の前記の定めをそのまま用いることはできず，所得税法
の趣旨に則し，その差異に応じた取扱いがされるべきである。所得税基本通達５９
－６は，取引相場のない株式の評価につき，少数株主に該当するか否かの判断の前
提となる「同族株主」に該当するかどうかは株式を譲渡又は贈与した個人の当該譲
渡又は贈与直前の議決権の数により判定すること等を条件に，評価通達の例により
算定した価額とする旨を定めているところ，この定めは，上記のとおり，譲渡所得
に対する課税と相続税等との性質の差異に応じた取扱いをすることとし，少数株主
に該当するか否かについても当該株式を譲渡した株主について判断すべきことをい
う趣旨のものということができる。
ところが，原審は，本件株式の譲受人であるＣが評価通達１８８の(3)の少数株
主に該当することを理由として，本件株式につき配当還元方式により算定した額が
本件株式譲渡の時における価額であるとしたものであり，この原審の判断には，所
得税法５９条１項の解釈適用を誤った違法がある。
６以上によれば，原審の判断には判決に影響を及ぼすことが明らかな法令の違
反がある。論旨は理由があり，原判決中上告人敗訴部分は破棄を免れない。そし
て，本件株式譲渡の時における本件株式の価額等について更に審理を尽くさせるた
め，上記部分につき本件を原審に差し戻すこととする。
よって，裁判官全員一致の意見で，主文のとおり判決する。なお，裁判官宇賀克
也，同宮崎裕子の各補足意見がある。
裁判官宇賀克也の補足意見は，次のとおりである。
私は法廷意見に賛成するものであるが，原審の通達に関する判示について，一言
述べておきたい。
原審は，租税法規の解釈は原則として文理解釈によるべきであり，みだりに拡張
解釈や類推解釈を行うことは許されないとし，通達の意味内容についてもその文理
に忠実に解釈するのが相当であり，通達の文言を殊更に読み替えて異なる内容のも
のとして適用することは許されないという。原審のいう租税法規の文理解釈原則
は，法規命令については，あり得べき解釈方法の一つといえよう。しかし，通達
は，法規命令ではなく，講学上の行政規則であり，下級行政庁は原則としてこれに
拘束されるものの，国民を拘束するものでも裁判所を拘束するものでもない。確か
に原審の指摘するとおり，通達は一般にも公開されて納税者が具体的な取引等につ
いて検討する際の指針となっていることからすれば，課税に関する納税者の信頼及
び予測可能性を確保することは重要であり，通達の公表は，最高裁昭和６０年（行
ツ）第１２５号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁
にいう「公的見解」の表示に当たり，それに反する課税処分は，場合によっては，
信義則違反の問題を生ぜしめるといえよう。しかし，そのことは，裁判所が通達に
拘束されることを意味するわけではない。さらに，所得税基本通達５９－６は，評
価通達の「例により」算定するものと定めているので，相続税と譲渡所得に関する
課税の性質の相違に応じた読替えをすることを想定しており，このような読替えを
することは，そもそも，所得税基本通達の文理にも反しているとはいえないと考え
る。
もっとも，租税法律主義は課税要件明確主義も内容とするものであり，所得税法
に基づく課税処分について，相続税法に関する通達の読替えを行うという方法が，
国民にとって分かりにくいことは否定できない。課税に関する予見可能性の点につ
いての原審の判示及び被上告人らの主張には首肯できる面があり，より理解しやす
い仕組みへの改善がされることが望ましいと思われる。
裁判官宮崎裕子の補足意見は，次のとおりである。
私は，法廷意見に賛成であるとともに，宇賀裁判官の補足意見に同調するもので
あるが，さらに以下の点を敷衍しておきたい。
法廷意見で指摘しているとおり，所得税法に基づく譲渡所得に対する課税と相続
税法に基づく相続税，贈与税の課税とでは，課税根拠となる法律を異にし，それぞ
れの法律に定められた課税を受けるべき主体，課税対象，課税標準の捉え方等の課
税要件も異にするという差異がある。その点を踏まえると，所得税法適用のための
通達の作成に当たり，相続税法適用のための通達を借用し，しかもその借用を具体
的にどのように行うかを必ずしも個別に明記しないという所得税基本通達５９－６
で採られている通達作成手法には，通達の内容を分かりにくいものにしているとい
う点において問題があるといわざるを得ない。本件は，そのような通達作成手法の
問題点が顕在化した事案であったということができる。租税法の通達は課税庁の公
的見解の表示として広く国民に受け入れられ，納税者の指針とされていることを踏
まえるならば，そのような通達作成手法については，分かりやすさという観点から
改善が望まれることはいうまでもない。
さて，所得税基本通達５９－６には上記の問題があることが認められるものの，
より重要なことは，通達は，どのような手法で作られているかにかかわらず，課税
庁の公的見解の表示ではあっても法規命令ではないという点である。そうであるか
らこそ，ある通達に従ったとされる取扱いが関連法令に適合するものであるか否
か，すなわち適法であるか否かの判断においては，そのような取扱いをすべきこと
が関連法令の解釈によって導かれるか否かが判断されなければならない。税務訴訟
においても，通達の文言がどのような意味内容を有するかが問題とされることはあ
るが，これは，通達が租税法の法規命令と同様の拘束力を有するからではなく，そ
の通達が関連法令の趣旨目的及びその解釈によって導かれる当該法令の内容に合致
しているか否かを判断するために問題とされているからにすぎない。そのような問
題が生じた場合に，最も重要なことは，当該通達が法令の内容に合致しているか否
かを明らかにすることである。通達の文言をいかに文理解釈したとしても，その通
達が法令の内容に合致しないとなれば，通達の文理解釈に従った取扱いであること
を理由としてその取扱いを適法と認めることはできない。このことからも分かるよ
うに，租税法の法令解釈において文理解釈が重要な解釈原則であるのと同じ意味
で，文理解釈が通達の重要な解釈原則であるとはいえないのである。
これを本件についてみると，本件においては，所得税法５９条１項所定の「その
時における価額」が争われているところ，同項は，譲渡所得について課税されるこ
ととなる譲渡人の下で生じた増加益の額を算定することを目的とする規定である。
そして，所得税基本通達２３～２５共－９の(4)ニは，取引相場のない株式のうち
売買実例のある株式等に該当しないものの価額を「１株又は１口当たりの純資産価
額等を参酌して通常取引されると認められる価額」とし，さらに同通達５９－６
は，その価額について，原則として，同通達(1)～(4)によることを条件に評価通達
の例により算定した価額とするとしていることは，法廷意見のとおりである。そし
て，先に述べたように，通達に従った取扱いは，当該通達が法令の内容に合致して
いない場合には，適法とはいえず，本件の場合，譲渡所得に対する所得税課税につ
いて相続税法に関する通達を借用した取扱いが適法となるのは，そのような借用が
所得税法に合致する限度に限られる。
所得税基本通達５９－６は，取引相場のない株式に係る所得税法５９条１項所定
の「その時における価額」について，無限定に評価通達どおりに算定した額とする
ものとしているわけではなく，評価通達の「例により」算定した価額としているこ
とは，法廷意見が指摘するとおりである。これは，同項の「その時における価額」
の算定について評価通達を借用するに当たっては，少なくとも，譲渡所得に対して
課される所得税と評価通達が直接対象としてきた相続税及び贈与税との差異から，
所得税法の規定及びその趣旨目的に沿わない部分については，これを同法５９条１
項に合致するように適切な修正を加えて当てはめるという意味を含んでいると理解
することができ，このことは，所得税基本通達５９－６に，個別具体的にどのよう
な修正をすべきかが明記されているか否かに左右されるものではない。このような
理解を前提とする限り，所得税基本通達５９－６による評価通達の借用は，所得税
法５９条１項に適合しているということができる。因みに，同項の「その時におけ
る価額」の算定においても評価通達の文言通りの取扱いをすべきとする根拠は，同
項にもその他の関連する法令にも存在しない。
そして，所得税基本通達５９－６の(1)は，少数株主に該当するか否かの判断の
前提となる「同族株主」に該当するかどうかにつき株式を譲渡又は贈与した個人
（すなわち，株式を取得した者ではなく，株式の譲渡人）の当該譲渡又は贈与直前
の議決権の数によると明記していることは原審判決も摘示しているとおりである
が，これは所得税法５９条１項が譲渡所得に対する課税に関する規定であるため，
同項に合致するよう評価通達に適切な修正を加える必要があるという理由から定め
られたものであることは明らかである。この理由は，評価通達１８８の(3)の少数
株主の議決権の割合に言及している部分についても同様に当てはまる。なぜなら
ば，譲渡人に課税される譲渡所得に対する所得税課税の場合には，譲渡の時までに
譲渡人に生じた増加益の額の算定が問題となるのであるから，その額が，譲渡人が
少数株主であったことによって影響を受けることはあり得るとしても，当該譲渡に
よって当該株式を取得し，当該譲渡後に当該株式を保有することとなる者が少数株
主であるか否かによって影響を受けると解すべき理由はないからである。したがっ
て，所得税法５９条１項所定の「その時における価額」の算定に当たってなされる
評価通達１８８の(3)を借用して行う少数株主か否かの判断は，当該株式を取得し
た株主についてではなく，当該株式を譲渡した株主について行うよう修正して同通
達を当てはめるのでなければ，法令（すなわち所得税法５９条１項）に適合する取
扱いとはいえない。
(裁判長裁判官林景一裁判官戸倉三郎裁判官宮崎裕子裁判官
宇賀克也裁判官林道晴)

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