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平成２２年（行ケ）第１００７３号審決取消請求事件（特許）
口頭弁論終結日平成２３年５月９日
判決
原告メルク・シャープ・エンド・
ドーム・コーポレイション
訴訟代理人弁理士川口義雄
同大崎勝真
同渡邉千尋
同倉持明子
同椎名佳代
被告特許庁長官
指定代理人深草亜子
同鵜飼健
同唐木以知良
同田村正明
主文
１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
３この判決に対する上告及び上告受理申立てのための
付加期間を３０日と定める。
事実及び理由
第１請求
特許庁が不服２００６−２８５６３号事件について平成２１年１０月１９
日にした審決を取り消す。
第２事案の概要
１本件は，原告が名称を「ヒトパピローマウイルス１８型をコードするＤＮＡ」
とする発明につき国際特許出願をし，平成１８年７月２４日付けで特許請求の
範囲の変更を内容とする手続補正（以下「本件補正」という。請求項の数１１，
甲３）をしたところ，拒絶査定を受けたので，これに対する不服の審判請求を
したが，特許庁から請求不成立の審決を受けたことから，その取消しを求めた
事案である。
２争点は，上記補正後の請求項７に係る発明（以下「本願発明」という。）が
下記引用例１との間で進歩性を有するか（特許法２９条２項），である。
記
・引用例１：「J.Mol.Biol.(1987),Vol.193,p599-608NucleotideSequence
andComparativeAnalysisoftheHumanPapillomavirusType18Genome
（訳：ヒトパピローマウイルス１８型ゲノムのヌクレオチド配列及び比較解
析）」（甲１）
第３当事者の主張
１請求の原因
(1)特許庁における手続の経緯
原告（旧商号「メルクエンドカンパニーインコーポレーテッド」）
は，１９９５年（平成７年）３月２２日の優先権（米国）を主張して，１９
９６年（平成８年）３月１８日，名称を「ヒトパピローマウイルス１８型を
コードするＤＮＡ」とする発明について国際特許出願（ＰＣＴ／ＵＳ９６／
０３６４９，日本における出願番号は特願平８−５２８５３５号）をし，平
成９年９月２２日に翻訳文を日本国特許庁に提出し（公表特許公報は特表平
１１−５０２７０４号，公表日平成１１年３月９日。甲２），その後，平
成１８年７月２４日付けで特許請求の範囲の変更を内容とする補正（請求項
の数１１。甲３）をしたが，拒絶査定を受けたので，これに対する不服の審
判請求をした。
特許庁は，上記請求を不服２００６−２８５６３号事件として審理した
上，平成２１年１０月１９日，「本件審判の請求は，成り立たない。」との
審決（出訴期間として９０日附加）をし，その謄本は同年１１月４日原告に
送達された。
(2)発明の内容
本件補正後の請求項の数は前記のとおり１１であるが，その請求項７であ
る本願発明の内容は，以下のとおりである。
「【請求項７】
下記の配列番号１で表されるヌクレオチド配列からなる単離精製された
ヒトパピローマウイルス１８型のＬ１ＤＮＡ分子または，下記の配列番号３
で表されるヌクレオチド配列からなる単離精製されたヒトパピローマウイ
ルス１８型のＬ２ＤＮＡ分子。」
記
（配列番号１）
（配列番号３）
(3)審決の内容
ア審決の内容は，別添審決写しのとおりである。その要点は，本願発明の
うち，二者択一の選択肢として含まれている「下記の配列番号３で表され
るヌクレオチド配列からなる単離精製されたヒトパピローマウイルス１
８型のＬ２ＤＮＡ分子」との発明（以下「本願発明７−２」という。）は
前記引用例１から認められる下記引用発明に基づいて当業者が容易に発
明することができたから，特許法２９条２項により特許を受けることがで
きない，というものである。
（引用発明）
，「図１（判決注：後記第４，２(2)記載の【図１】）の４２４４番目の
ヌクレオチドから５６３２番目のヌクレオチドで示される１３８９ｂｐ
のヌクレオチド配列を含むヒトパピローマウイルス１８型のＬ２ＤＮＡ
分子。」
イなお，審決が認定した本願発明７−２と引用発明との一致点及び相違点
(1)，(2)は，次のとおりである。
（一致点）
特定のヌクレオチド配列を含むヒトパピローマウイルス１８型のＤＮ
Ａ分子である点
（相違点(1)）
該特定の配列が，本願発明７−２においては，配列番号３で表されるヌ
クレオチド配列であるのに対して，引用発明においては，配列番号３で表
されるヌクレオチド配列とは１３８９ｂｐのうち３９ｂｐが相違してい
る（すなわち９７％が同一である）点
（相違点(2)）
該ＤＮＡ分子が，本願発明７−２においては単離精製されたＬ２ＤＮＡ
分子であるのに対して，引用発明においてはショットガンクローニング法
によって配列決定された全長ゲノムＤＮＡ分子の一部であり，実際にＬ２
ＤＮＡ分子を単離精製していない点
(4)審決の取消事由
しかしながら，審決には，以下のとおりの誤りがあるから，違法として取
り消されるべきである。
ア取消事由１（相違点(1)についての認定の誤り）
(ｱ)審決は，「３対比」において，「（１）該特定の配列が，本願発明７
−２においては，配列番号３で表されるヌクレオチド配列であるのに対
して，引用発明においては，配列番号３で表されるヌクレオチド配列と
は１３８９ｂｐのうち３９ｂｐが相違している（すなわち９７％が同一
である）点」を相違点(1)と認定している。
しかし，審決は，①相違する塩基対の数が３９ｂｐではなく４０ｂｐ
である点で認定すべき事実を誤認しているのみならず，②その塩基対の
相違に伴い１４個のアミノ酸が相違し，その中で，４個の相違がプロリ
ンに関するものであるという事実を看過し，③プロリンは，アミノ酸の
中で環状構造をとる唯一のアミノ酸であり，該環状構造をとるプロリン
がアミノ酸配列中に入ることにより，ねじれやターンに影響を及ぼし，
その結果，立体構造が大きく変化することが本願優先日当時の技術常識
であること（以下，「技術常識１」という。）を看過し，④上記②に記
載の事実及び上記③に記載の技術常識１に基づいて，本願発明７−２と
引用発明のそれぞれのヌクレオチド配列によってコードされるＬ２タ
ンパク質が著しい立体構造上の相違を示すという，本来認定すべきであ
った相違点を看過し，その結果，進歩性判断に影響を及ぼし，誤った結
論を導き出すに至ったものである。
(ｲ)この点に関し被告は，上記②ないし④の点は本願発明７−２と引用発
明がコードするタンパク質に関する主張であるが，本願発明７−２はあ
くまでもＤＮＡ分子そのものであって，該ＤＮＡ分子がコードするタン
パク質は発明を特定するための事項には含まれないのであって，そのよ
うなＤＮＡ分子の進歩性の判断は，そのＤＮＡ分子に到ることが容易か
否かで判断されるべきものであると主張する。
しかし，本願発明が目的とする課題は単に新規のＤＮＡ分子をクロー
ニングすることではなく，ヒトパピローマウイルス（以下「ＨＰＶ」と
いう場合がある。）１８型Ｌ１タンパク質とウイルス様粒体（以下「Ｖ
ＬＰ」という。）を形成するという観点から，構造上機能的なＨＰＶ１
８Ｌ２の配列を得ることである。したがって，被告の上記主張は失当で
ある。
イ取消事由２（容易想到性判断の誤り）
審決は，引用発明に対する本願発明７−２の容易想到性を判断するに当
たり，以下のとおり，①本来認定すべき事実を看過した相違点(1)に基づい
て容易想到性を判断したのみならず，②ＨＰＶのヌクレオチド配列及びそ
れらがコードするタンパク質についての本願優先日当時の後記各技術常
識を看過し，本願発明７−２の容易想到性を判断したものである。
(ｱ)相違点(1)についての容易想到性判断の誤り
審決は，相違点(1)に関し，次のとおり，判断している。
「この相違は，配列の解析に用いられたＨＰＶ１８型が，本願発明
では，明細書第２６頁第第８−９行に記載されているように，ヒト子
宮頸がん腫由来細胞系列ＳＷ７５６から得られたものであるのに対
し，引用発明では，請求人が平成１９年２月２８日付手続補正書に添
付して提出した参考資料１（EMBOJ.,1984,Vol.3,p.1151-1157）第１１
５６頁右欄MaterialsandmethodsのCloningofviralDNAの項に記載され
ているように，ＳＷ７５６とは異なる臨床サンプルＷＶ−３４１から
得られたものであるという相違に基づくものである。
一般的に，同じ型に属するウイルスにも複数のサブタイプが存在す
ることは広く知られており，種々のサブタイプについて解析がなされ
ている。よって，ＨＰＶ１８型についても，引用例１において配列が
解析された臨床単離株由来のＨＰＶ１８型とは異なる，周知の臨床単
離株であるヒト子宮頸がん腫由来細胞系列ＳＷ７５６（必要があれば，
InVitro,(1982),Vol.18,p.719-726，EMBOJ.,(1986),Vol.5,p.2285-2292，
J.Virol.,(1987),Vol.61,p.1682-1685を参照）由来のＨＰＶ１８型ゲノム
のヌクレオチド配列を解析することは，当業者が容易に想到し得るこ
とである。」（審決３頁７∼２２行。以下「審決における当該箇所」
という場合がある。）。
しかし，審決の上記相違点(1)に関する容易想到性の判断は，以下の
とおり，誤った事実認定を前提とし，かつその判断の際に本来考慮す
べきであった本願優先日当時の技術常識を看過したものである。
ａ審決は，相違点(1)について，「この相違は，配列の解析に用いら
れたＨＰＶ１８型が，・・・ヒト子宮頸がん腫由来細胞系列ＳＷ７
５６から得られたものであるのに対し，引用発明では，・・・ＳＷ
７５６とは異なる臨床サンプルＷＶ−３４１から得られたものであ
るという相違に基づくものである。」（審決３頁７∼１４行）と判
断しているが，この冒頭に記載された「この相違」は，本願発明７
−２と引用発明のヌクレオチド配列の相違のみを指すものである。
すなわち，審決は，両ヌクレオチド配列の高い相同性のみに着眼し，
①その塩基対の相違に伴い１４個のアミノ酸が相違し，かつ，その
うち４個の相違がプロリンに関するものであるという事実，並びに，
②上記①の事実及び技術常識１に基づき，本願発明７−２と引用発
明のそれぞれのヌクレオチド配列によってコードされるＬ２タンパ
ク質が著しい立体構造上の相違を示す点を考慮することなく，看過
したまま容易想到性を判断したものである。
ところで，甲１０ないし甲１７（各種文献）によれば，(ⅰ)一般
に，ＨＰＶに属するＬ２タンパク質が，同一のＨＰＶに属するＬ１
タンパク質と一緒にＶＬＰを形成することができ，ウイルスのカプ
シド構造を構成すること，及び(ⅱ)そのＶＬＰの表面において，Ｌ
２タンパク質が少なくとも１個の免疫原性エピトープを提供するこ
とは，本願優先日における技術常識であった（以下「技術常識２」
といい，そのうちの上記(ⅰ)を「技術常識２(ⅰ)」と，上記(ⅱ)を
「技術常識２(ⅱ)」という）。
そして，本件では，前記のとおり，本願発明７−２と引用発明の
それぞれのヌクレオチド配列によってコードされるＬ２タンパク質
が著しい立体構造上の相違を示す。したがって，この点につき，上
記技術常識２を考慮すれば，両Ｌ２タンパク質における構造上の相
違（４個のプロリン関連部位を含む１４個のアミノ酸の相違）は，
①Ｌ２タンパク質が，Ｌ１タンパク質と一緒に立体構造上うまく会
合してＶＬＰを形成できるかどうかという点のみならず，②仮にそ
のＶＬＰが形成できたとしても，その表面において，Ｌ２タンパク
質が少なくとも１個の免疫原性エピトープを提供できるかどうかと
いう点においても，影響を与え得ることが明らかである。
また，本願優先日当時，Ｌ２タンパク質単独又はＬ１及びＬ２で
構成されるウイルスカプシドタンパク質の結晶構造は何ら知られて
いなかった。そのため，当業者は，Ｌ２タンパク質のどのアミノ酸
が，ＶＬＰの表面における免疫原性エピトープとしての機能に影響
を与え得るのか全く予測することはできなかったのである。
このように，審決は，相違点(1)について誤って認定した事実に基
づいて容易想到性を判断したのみならず，本願優先日当時の技術常
識２を看過し，本願発明７−２と引用発明のそれぞれのヌクレオチ
ド配列によってコードされるＬ２タンパク質が著しい立体構造の相
違を示すことや，①Ｌ２タンパク質がＬ１タンパク質と一緒に立体
構造上うまく会合してＶＬＰを形成できるかどうかという点，及び
②仮にそのＶＬＰが形成できたとしても，その表面においてＬ２タ
ンパク質が少なくとも１個の免疫原性エピトープを提供できるかど
うかという点について全く考慮しないで容易想到性を判断したので
あるから，誤りである。
ｂ審決における当該箇所の３頁１５∼１６行には，「一般的に，同
じ型に属するウイルスにも複数のサブタイプが存在することは広く
知られており，種々のサブタイプについて解析がなされている。」
と指摘した上で，「よって，ＨＰＶ１８型についても，引用例１に
おいて配列が解析された臨床単離株由来のＨＰＶ１８型とは異な
る，周知の臨床単離株であるヒト子宮頸がん腫由来細胞系列ＳＷ７
５６（・・・）由来のＨＰＶ１８型ゲノムのヌクレオチド配列を解
析することは，当業者が容易に想到し得ることである。」（審決３
頁１６∼２２行）と記載されている。
しかし，甲１１，１３，１４及び１６によれば，(ⅲ)当業者が，
ＶＬＰ形成の観点から，ある特定のＨＰＶのヌクレオチド配列が機
能的であるかどうかを予測することは，その機能に関するデータが
明らかにされていないとき，本願優先日当時において極めて困難で
あったこと，及び(ⅳ)ある特定のＨＰＶのヌクレオチド配列からコ
ードされるタンパク質において，１個ないし数個のアミノ酸の変化
さえも，そのタンパク質のＶＬＰ形成能に影響し得，ひいてはワク
チンとしての有用性に影響を与え得ることは，本願優先日当時の技
術常識であった（以下「技術常識３」といい，そのうちの上記(ⅲ)
を「技術常識３(ⅲ)」と，上記(ⅳ)を「技術常識３(ⅳ)」という）。
そして，引用例１においては，引用発明であるＨＰＶ１８型のＬ
２のヌクレオチド配列及びその推定アミノ酸配列が記載されている
だけで，それがＶＬＰ形成能を有するかどうかという機能に関する
データは何ら記載も示唆もされていない。
一方，本願発明は，甲１７（宣誓供述書）において実証されてい
るとおり，本願優先日当時の技術常識３にもかかわらず，ＨＰＶ１
８型のヒト子宮頸癌腫由来細胞系列ＳＷ７５６由来のＨＰＶ１８型
ゲノムのヌクレオチド配列を解析し，米国及び欧州で最初に承認さ
れた極めて医学的貢献度の高い子宮頸癌ワクチンに含まれるＶＬＰ
を形成する，ＨＰＶ１８型のＬ１タンパク質とともにＶＬＰを形成
し得るＬ２タンパク質を見出したものである。
しかも，前記ａで主張したとおり，本願発明７−２と引用発明と
は，その塩基対の相違に伴い１４個のアミノ酸が相違し，そのうち
４個の相違がプロリンに関するものであることから，本願発明７−
２と引用発明のそれぞれのヌクレオチド配列によってコードされる
Ｌ２タンパク質は著しい立体構造上の相違を示しているのである。
このような状況下において，上記のような引用例１における記載
に基づいては，本願優先日当時において，引用発明であるＬ２ヌク
レオチド配列によってコードされるＬ２タンパク質が，Ｌ１タンパ
ク質と一緒にＶＬＰを形成し得るかどうかについて当業者が予測す
ることは極めて困難であり，まして本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分
子によってコードされるＬ２タンパク質に容易に想到し得たといえ
ないことは明らかである。
以上のとおり，審決における該当箇所は，容易想到性の判断の際
に考慮すべき本願優先日当時の技術常識３を看過してなされたもの
であって，誤りである。
ｃＨＰＶ１８型のＬ２タンパク質がＶＬＰを形成するという機能を
有するかについて何らの記載も示唆もない引用例１に基づいても，
上記技術常識３に鑑みれば，当業者は，引用例１に記載されたＬ２
ヌクレオチド配列を変化させて，本願発明７−２に係るＬ２ヌクレ
オチド配列に想到することを動機付けられるものでない。
ｄ引用例１に記載のＬ１及びＬ２の配列が，本件優先日当時のみな
らず現在に至っても，本願発明におけるＬ１及びＬ２の配列と同様
に，ＶＬＰ形成の観点から機能的であることは何ら知られていない。
審決は，この点を看過するものである。
ｅ審決は，「『より現実のウイルスに近いウイルス様粒子』の形成
に，本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によってコードされるＬ２タ
ンパク質がどの程度寄与しているのかが明らかにされていない。」
（審決３頁３７行∼４頁２行）と判断している。
しかし，「Ｌ２タンパク質の大部分はＬ１タンパク質より内側に
ある」（本件明細書〔甲２〕６頁１７行）との記載や技術常識２か
ら，当業者であれば，Ｌ１タンパク質のみのＶＬＰと比較して，Ｌ
２タンパク質がＬ１タンパク質と一緒になってよりネイティブなウ
イルスに近いＶＬＰを形成し得ることは，甲１０ないし甲１６で示
したとおり，本願優先日当時における技術常識である。
したがって，審決の上記判断は本願優先日当時の技術常識を看過
するものであって，誤りである。
ｆ審決は，「Ｌ２タンパク質については，その取得の困難性につい
ても，顕著な効果を奏するかどうかについても，具体的な主張がな
されていない」（審決４頁１４∼１７行）と判断している。
しかし，本願発明はＨＰＶ１８型の臨床単離株の中から特にＳＷ
７５６を選択し，ＶＬＰを形成し得るＬ１及びＬ２の配列を見出し
たものであることが本願明細書の実施例１及び５に記載されてい
る。
そして，技術常識３を考慮すれば，特定の位置のアミノ酸を変化
させることによって，Ｌ１タンパク質とともにＶＬＰを形成しうる
本願発明７−２に係るＬ２の配列は決して容易に想到しうるもので
はない。
したがって，審決の上記判断は妥当でない。
ｇ審決は，「『現実のＨＰＶ１８型により近いウイルス様粒子が提
供可能』である点については，・・・，本願発明７−２のＬ２ＤＮ
Ａ分子によってコードされるＬ２タンパク質がどの程度寄与してい
るのかが明らかにされていない。」（審決４頁１６∼１９行）と判
断している。
しかし，前記ａのとおり，そもそも本願優先日当時，技術常識２
が存在した。
したがって，Ｌ１タンパク質と共にＶＬＰを形成することができ
るＬ２タンパク質を見出すことで，より「現実のＨＰＶ１８型によ
り近いウイルス様粒子が提供可能」となることは当業者にとっては
十分に理解可能である。よって，審決の上記判断は妥当でない。
ｈ「審決における当該箇所」（審決３頁７∼２２行）は，以下のとお
り，本願優先日当時の重要な技術常識（技術常識４）を看過し，その
結果として，審決は，完全で機能的なＨＰＶＬ１及びＬ２のＤＮＡ配
列を本願優先日前に本願発明者らが見出すことに成功したＤＮＡ取
得源である，子宮頸癌由来細胞系列であるＳＷ７５６に過度に重点を
置くことにより，事後的分析（後知恵）をしたものであるから，審決
の判断は誤りである。
(a)甲２２ないし甲２４の２によれば，(ⅰ)不死化細胞系（樹立細胞
系）は無限増殖性でかつ未分化状態であることは，本願優先日当時
における技術常識であり，また，甲２４の２ないし甲３２，甲３７
によれば，(ⅱ)不死化細胞系においてＨＰＶの後期遺伝子（例えば，
Ｌ１及びＬ２遺伝子）の完全性が維持される必要のないことは，本
願優先日当時における技術常識であった（以下「技術常識４」とい
い，そのうち上記(ⅰ)を「技術常識４(ⅰ)」と，上記(ⅱ)を「技術
常識４(ⅱ)」という。）。
上記技術常識４(ⅰ)をより詳細に説明すると，①樹立細胞系は不
死化され（すなわち，無限に増殖する），かつ，未分化の状態にあ
る（すなわち，そのような細胞株は分化しない），②不死化細胞系
の状態は，例えば浸潤性の癌のように，癌の状態（悪性の状態）に
似ている，③子宮頸癌（悪性の状態）の場合には，病変部における
細胞は未分化の状態に保たれつつ増殖する，となる。
また，上記技術常識４(ⅱ)をより詳細に説明すると，①不死化細
胞系においてＨＰＶの後期遺伝子（例えば，Ｌ１及びＬ２遺伝子）
の完全性が維持される必要がないこと，すなわち，不死化細胞系に
おいては，ＨＰＶの後期遺伝子（例えば，Ｌ１及びＬ２遺伝子）の
存在又は不存在及び／又はこれらの遺伝子における変異は，その細
胞が生存する（すなわち，安定的に増殖する）能力に対し何らの影
響もしない，②一方，初期遺伝子（例えば，Ｅ６及びＥ７遺伝子）
の不存在は細胞を死滅させてしまう，となる。
(b)そして，上記の技術常識４(ⅰ)及び(ⅱ)に基づくと，以下の知見
が認められる。
①樹立細胞系は不死であり，かつ，分化しないため，実際には後
期タンパク質（例えば，Ｌ１及びＬ２タンパク質）を生産しない
（後期タンパク質が発現するには，分化が必要とされる）。
②Ｌ２の発現は不死化細胞が不死であることの維持には必要な
いのであるから，細胞系において，完全で機能的なＬ２が維持さ
れる必要はない。したがって，環状ＨＰＶゲノムの組込み切断点
がＬ２遺伝子内にあっても，及び／又は細胞の継代培養中にＬ２
遺伝子内にランダムな変異（再配列／欠失）が生じても，細胞の
癌状態における増殖持続能には影響を及ぼさない。
③細胞が継代培養されるとき，又は宿主のゲノムにウイルスゲノ
ムが組み込まれるとき，Ｌ２配列における変化／変異／再配列が
起こり得る。
④ＨＰＶ後期遺伝子（例えば，Ｌ１及びＬ２遺伝子）は，癌や不
死化細胞系では，しばしば欠失している。一方，ＨＰＶのＥ６及
びＥ７遺伝子は子宮頸癌に関連した癌タンパク質をコードする
から，癌の病変部から単離された不死化した細胞系において維持
される（以下，上記①ないし④を「技術常識４に基づく各知見」
と，個々の知見を「技術常識４に基づく知見①」などという。）。
(c)以上のような技術常識４に基づく各知見からすれば，「審決にお
ける当該箇所」は，当業者が，ＶＬＰをベースとしたワクチンに有
用である完全で機能的なＨＰＶ１８のＬ２配列を提供できること
を期待して，臨床サンプルであるＷＶ−３４１の代わりに子宮頸癌
由来の不死化細胞系列であるＳＷ−７５６を使用するという示唆
等が存在したことを何ら証明していないことが明らかである。
(d)したがって，本願優先日当時の技術常識４(ⅰ)及び(ⅱ)を考慮す
れば，単に子宮頸癌サンプルから不死細胞系が作製されたからとい
って，①そのような細胞系がＨＰＶ１８のＬ２遺伝子を含むであろ
うこと，②もしその細胞系がＨＰＶ１８のＬ２遺伝子を含むとした
場合，Ｌ２遺伝子の完全性は維持されていたであろうこと，及び③
そのＬ２遺伝子（もし存在するとした場合）が，適切な転写物のサ
イズで発現され，かつ，ＶＬＰを形成することができる，機能的な
Ｌ２タンパク質をコードするであろうことを，その当時の当業者が
容易に予測し得たということは決していえるものではない。
(e)そもそも引用例１は，単に引用発明であるＨＰＶ１８のＬ２のヌ
クレオチド配列及びその推定アミノ酸配列を記載しているにすぎ
ない。すなわち，ヒト子宮頸癌由来細胞系であるＳＷ７５６が，完
全なＤＮＡ配列（これは，ＨＰＶＤＮＡの宿主ゲノムへの組み込
みの結果として，又は，細胞の継代培養を続けるときに起こるラン
ダムな変異により，生じ得る欠失又は変異を全く有しない配列であ
る）を含んでいることの示唆は，引用例１において何ら示されてい
ない。
また，仮にＳＷ７５６中にＬ２配列が存在するとしても，そのＬ
２配列が，機能的なＨＰＶ１８のＬ２タンパク質をコードし，それ
によりＶＬＰに基づくワクチンを製造する上で有用であろうとい
う示唆も，引用例１に何ら示されていない。
さらに，引用例１には，本願発明が解決すべき課題，すなわちＨ
ＰＶ１８のＬ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成するとの観点か
ら構造上機能的なＨＰＶ１８のＬ２を取得することについての記
載も示唆も一切ない。
(f)これらの点に関し，審決は，参考文献（InVitro,(1982),Vol.18,
p.719-726，EMBOJ.,(1986),Vol.5,p.2285-2292，J.Virol.,(1987),
Vol.61,p.1682-1685）（審決３頁１９∼２１行）を参照し，子宮頸癌
由来の細胞系列であるＳＷ７５６が周知の臨床単離株であると述
べている。しかし，「審決における当該箇所」では，上記参考文献
を参照しつつ，子宮頸癌由来の細胞系列であるＳＷ７５６自体が周
知の臨床単離株であるとの単なる事実のみを認定しているにすぎ
ず，その認定事実を除けば，進歩性判断の基礎となる引用発明の認
定に関して，上記参考文献の記載に基づいて，他のいかなる事実も
認定していない。つまり，「審決における当該箇所」では，引用例
１に基づいて認定した引用発明を，子宮頸癌由来の細胞系列である
ＳＷ７５６自体が周知の臨床単離株であるとの単なる事実を組み
合わせることで，本願発明７−２の進歩性を判断しているにすぎな
い。
したがって，「審決における当該箇所」には，当該発明が容易想
到であると判断するために必要な「当該発明の特徴点に到達するた
めにしたはずであるという示唆等」の存在が証明されていないこと
が明らかである。
(g)以上要するに，審決は，本願優先日当時の技術常識（特に，技術
常識４(ⅰ)及び(ⅱ)）を看過したために，いわゆる事後的分析（後
知恵）に陥り，進歩性判断を誤ったものである。
ｉ甲３６及び上記技術常識４(ⅰ)及び(ⅱ)によれば，ＶＬＰの形成と
いう観点から構造上機能的なＨＰＶのＬ１及びＬ２ＤＮＡ配列を得
る場合において，当業者は臨床サンプルの代わりに，不死化細胞系の
使用を避ける傾向にあったということは，本願優先日当時の技術常識
であった（以下「技術常識４(ⅲ)」という。）。
そのため，上記のような場合，当業者は，臨床サンプルの代わりに
不死化細胞系を使用することを動機付けられることは決してなく，当
業者が不死化細胞系を使用することに阻害要因が存在した。
審決は，この点を看過しており，誤りである。
(ｲ)相違点(2)についての容易想到性の判断の誤り
審決は，相違点(2)について，「ゲノムＤＮＡ分子の全長ヌクレオチ
ド配列が開示されている場合に，適切なプライマー対を設計し，これを
用いて所望の遺伝子部分のみをクローニングすることは，本願優先日前
の周知技術を適用することにより，当業者が適宜なし得たことである。」
（審決４頁２１∼２４行）と判断している。
しかし，引用例１は，引用発明であるＨＰＶ１８型のＬ２のヌクレオ
チド配列及びその推定アミノ酸配列が記載されているのみで，当該ヌク
レオチド配列がコードするタンパク質の機能，すなわちＶＬＰ形成能を
有するかどうかを何ら明らかにするものではない。
したがって，たとえ「ゲノムＤＮＡ分子の全長ヌクレオチド配列が開
示されている場合に，適切なプライマー対を設計し，これを用いて所望
の遺伝子部分のみをクローニング」したとしても，本願優先日当時，当
業者が，Ｌ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成し得るＬ２タンパク質の
配列を見出すことは，技術常識３に鑑みれば，当業者が容易に想到し得
るとは決していえないというべきである。
ウ取消事由３（予測し得ない顕著な作用効果の看過）
審決は，「本願の発明の詳細な説明には，配列番号３で表されるヌクレ
オチド配列からなるＬ２ＤＮＡ分子が，異なるヌクレオチド配列からなる
Ｌ２ＤＮＡ分子に比べて，当業者の予測し得ない顕著な効果を奏すること
が具体的に示されていない。」（審決３頁２３∼２６行）と判断している。
しかし，単にショットガンクローニング法によりＨＰＶ１８型のＬ１及
びＬ２のヌクレオチド配列を見出したにすぎない引用例１とは異なり，本
願発明においては，特にＳＷ７５６由来のＨＰＶ１８型ゲノムのヌクレオ
チド配列を解析し，米国及び欧州で最初に承認された極めて医学的貢献度
の高い子宮頸癌ワクチンの構成成分であるＶＬＰを形成する，ＨＰＶ１８
型のＬ１タンパク質とともにＶＬＰを形成しうるＬ２タンパク質を見出
したのである。
すなわち，本願明細書に接した本願優先日当時の当業者は，以下に述べ
る事実に基づいて，本願発明のＬ１及びＬ２配列を共発現させることによ
り，ＶＬＰが形成されることを予測したはずである。つまり，当業者は，
本願明細書において，Ｌ１及びＬ２タンパク質からなるＶＬＰの形成が実
質的に確認されているに等しいことを理解したはずである。
まず，本願明細書の「発明の背景」の項，実施例１３及び実施例１６の
記載によれば，本願発明のＨＰＶ１８型Ｌ１及びＬ２配列が共発現された
ことが実施例１３において実際に確認されており，見掛けの分子量は予測
されたとおりであったこと，及び実施例１３において適切なサイズである
ことが判明したＬ１タンパク質からなるＶＬＰの形成が実施例１６にお
いて実際に確認されていることが認められる。
また，本件補正前の請求項１０，１２及び１６には，Ｌ１及びＬ２配列
によってコードされる組換えＬ１＋Ｌ２タンパク質からなるウイルス様
粒子（ＶＬＰ）を製造し得る方法が記載されている。
さらに，甲１７（宣誓供述書）にも，本願明細書に開示された実験条件
と実質的に同じ実験条件下で，本願発明のＬ１＋Ｌ２タンパク質からなる
ＶＬＰが形成したことが実際に確認されている。
特に，甲１７によれば，引用例１と異なり，本願発明においては，実際
にＬ１タンパク質及びＬ２タンパク質を取得することによって，本願発明
のＨＰＶ１８型のＬ１タンパク質及びＬ２タンパク質が一緒になってＶ
ＬＰを形成することが透過型電子顕微鏡により実際に確認され，本願発明
のＬ１タンパク質及びＬ２タンパク質からなるＶＬＰは，ネイティブのウ
イルスと同様にＣ３３Ａ（ヒト子宮頸部上皮細胞株）に感染することも確
認され，Ｃ３３Ａへの感染がＨＰＶ１８型特異的抗体によって阻害される
ことが確認されている。
このように，ＶＬＰにおいて，Ｌ１タンパク質のみならず，少なくとも
１個の免疫原性エピトープを有するＬ２タンパク質を組み合わせること
により，より真正のウイルスに近いＶＬＰが形成され得るのである。
以上のとおり，Ｌ２タンパク質は，極めて医学的貢献度の高い子宮頸癌
ワクチンを構成するＨＰＶ１８型のＬ１タンパク質からなるＶＬＰを，よ
り真正なウイルスに近いＶＬＰとなし，そのＶＬＰを安定化させるという
顕著な効果を奏するものである。そうである以上，このような子宮頸癌と
いう生命に関わる疾患の発症を効果的に抑制するワクチンの構成成分で
あるＨＰＶ１８型のＬ１タンパク質からなるＶＬＰを，より真正なウイル
スに近いＶＬＰとなし，そのＶＬＰを安定化させるというＬ２タンパク質
が奏する顕著な効果は決して看過されてはならないものである。
審決は，容易想到性の判断をする際に，本願発明７−２におけるＬ２タ
ンパク質の上記のような予測し得ない顕著な効果を看過したものである
から，審決は取り消されるべきものである。
２請求原因に対する認否
請求原因(1)ないし(3)の各事実は認めるが，(4)は争う。
３被告の反論
審決の認定判断に誤りはなく，原告主張の取消事由はいずれも理由がない。
(1)取消事由１に対し
ア原告の主張(ｱ)①につき
上記①の点については，本願発明７−２と引用発明で相違する塩基対の
数は３９ｂｐではなく４０ｂｐであり，審決において相違する塩基対の数
を誤認したという原告の主張は認める。
しかし，これは単に，本願発明７−２と引用発明で相違する塩基対の数
を数え誤ったにすぎず，その誤りにより，審決の相違点(1)に関する判断
が誤っているということにはならない。すなわち，塩基対の数の相違を誤
っていたとしても，引用例１に記載された臨床単離株サンプルＷＶ−３４
１の代わりに，周知の臨床単離株ＳＷ７５６を用いれば，本願発明７−２
の塩基配列が導き出されるという理由により，本願発明７−２が引用発明
に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであることに変
わりはない。
イ原告の主張ア②ないし④につき
(ｱ)上記②の点について，塩基対の相違に伴い１４個のアミノ酸が相違し，
その中で，４個の相違がプロリンに関するものであるという事実は認め
る。
(ｲ)上記③の点について，プロリン残基がポリペプチド鎖の向きを鋭く変
化させることは認めるが，タンパク質中の全てのプロリン残基が必ず，
「ねじれやターンに影響を及ぼし，その結果，タンパク質の立体構造に
大きな影響を与える」とはいえず，タンパク質の立体構造に大きく影響
を与える可能性が高いといえる程度である。
(ｳ)上記④の点については，上記③の点について述べたとおり，プロリン
に関する４個の相違に起因して，本願発明７−２と引用発明のそれぞれ
のヌクレオチド配列によってコードされるＬ２タンパク質が著しい立
体構造上の相違を示す可能性はあるが，実際に両者の立体構造の相違が
示されているわけではなく，両者が著しい立体構造上の相違を示すとい
う事実は見出されていない。
(ｴ)そして，そもそも上記②ないし④の点は，本願発明７−２と引用発明
がコードするタンパク質に関する主張であるが，本願発明７−２はあく
までもＤＮＡ分子そのものであって，該ＤＮＡ分子がコードするタンパ
ク質は発明を特定するための事項には含まれないのであって，そのよう
なＤＮＡ分子の進歩性の判断は，そのＤＮＡ分子に到ることが容易か否
かで判断されるべきものである。したがって，該ＤＮＡ分子がコードす
るタンパク質と引用発明がコードするタンパク質が，仮に立体構造上の
相違を示すとしても，それは，そのタンパク質をコードする本願発明７
−２であるＤＮＡ分子のクローニングが困難になるというものではな
い。したがって，相違点(1)が，本来認定すべき事実を看過していると
する原告の主張は失当であり，審決に誤りはない。
(2)取消事由２に対し
ア(ｱ)原告の主張(ｱ)ａにつき
原告の主張する技術常識２が，本願優先日当時の技術常識であること
は特に争わない。
原告は，技術常識２を看過して容易想到性を判断したため，審決は誤
りであると主張している。しかし，前記(1)イ(ｴ)のとおり，本願発明７
−２はあくまでもＤＮＡ分子そのものであり，その進歩性の判断はその
ＤＮＡ分子に到ることが容易か否かで判断されるべきものである。該Ｄ
ＮＡ分子がコードするタンパク質の特徴に関する技術常識２により，そ
のタンパク質をコードする本願発明７−２であるＤＮＡ分子のクロー
ニングが困難になるというものではない。
そもそも本願明細書の記載は，実施例１３においてＬ１タンパク質及
びＬ２タンパク質がそれぞれ発現していることが確認されているにと
どまっており，本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によってコードされる
Ｌ２タンパク質が，Ｌ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成し得るかどう
かは確認されていない。
また，本願発明７−２の進歩性を判断する上で，由来を異にするＬ１
タンパク質とのＶＬＰ形成能まで考慮する必要はなく，臨床単離株ＳＷ
７５６から得られる本願発明７−２がコードするＬ２タンパク質が，由
来を同じくする臨床単離株ＳＷ７５６のＬ１タンパク質と一緒にＶＬ
Ｐを形成するであろうという予測は，むしろ，新規なＬ２タンパク質を
得る目的で公知の臨床単離株ＳＷ７５６から本願発明７−２を得てみ
ようとする動機付けの１つとなることは明らかである。
よって，技術常識２を看過して容易想到性を判断したとする原告の主
張は失当であり，審決に誤りはない。
(ｲ)原告の主張(ｱ)ｂにつき
原告は，審決における該当箇所は，容易想到性の判断の際に考慮すべ
き本願優先日当時の技術常識３を看過してなされたものであって，誤り
である旨主張する。
ａしかし，そもそも，上記(1)アで主張したとおり，本願発明７−２
はあくまでもＤＮＡ分子そのものであり，その進歩性の判断は，その
ＤＮＡ分子に到ることが容易か否かで判断されるべきものであるか
ら，原告の上記主張は失当である。
ｂまた，原告の主張する技術常識３(ⅲ)及び(ⅳ)は，次のとおり，適
切でない。
すなわち，原告の主張する技術常識３(ⅲ)の主な根拠は，甲１３の
「Ｌ１及びＬ２遺伝子がこの分離株において機能的であること，即
ち，正しく会合して感染性ウイルス粒子を得ることができるタンパク
質を生成することができるという保証は全くない。」（９１１頁右欄
３∼６行）という記載である。しかし，甲１３の上記記載の直前の記
載（９１１頁左欄下から８行∼右欄３行。なお，訳文は乙１）によれ
ば，原告の引用箇所における「この分離株」とは，浸潤性の癌から分
離され，広く研究に用いられている分離株を意味する。よって，原告
が技術常識３(ⅲ)の主張の根拠とする記載は，浸潤性の癌から分離さ
れ，ＨＰＶ１６型の研究に広く用いられている特定の株に関するもの
であって，ウイルス粒子を産生する病変ではなく浸潤性の癌から得ら
れた分離株であるから感染性ウイルス粒子を産生できるという保証
はないという趣旨であると解される。したがって，ＨＰＶ１６型のＬ
１タンパク質に関する当該記載を，ＨＰＶ１８型のＬ２タンパク質を
含む一般論に拡張することは適切でなく，技術常識３(ⅲ)は失当であ
る。
また，そもそも，ＨＰＶはカプシドタンパク質で覆われたウイルス
であり，該カプシドタンパク質がＬ１タンパク質及びＬ２タンパク質
から構成されていることは，技術常識２(ⅰ)のとおり本願優先日当時
の技術常識なのであるから，人工的な配列変異を加えることなく，天
然に存在しているパピローマウイルスから単離されたヌクレオチド
配列がコードするＬ１タンパク質及びＬ２タンパク質がＶＬＰを形
成できないと予測するほうが不自然であり，この点からも，技術常識
３(ⅲ)は失当である。
さらに，原告が技術常識３の根拠を示すものとして提出している甲
１１，１３，１４及び１６の記載を通じて，ＶＬＰ形成能に大きな影
響を与えることが明らかにされているアミノ酸残基は，ＨＰＶ１６型
のＬ１タンパク質の２０２番目のみである。甲１３及び１４には，そ
の他のアミノ酸変異も記載されているが，それらが単独で，つまり２
０２番目のアミノ酸の変異と無関係に，ＶＬＰ形成能に大きな影響を
与えるかどうかは明らかにされていない。さらに，ＶＬＰ形成能が低
いとされている２０２番目のアミノ酸がヒスチジンであるＨＰＶ１
６型のＬ１タンパク質についても，形成が効率的でないだけであっ
て，ＶＬＰが完全に形成されないわけではない（甲１１表１）。
そして，ＨＰＶのＬ１タンパク質及びＬ２タンパク質から形成され
るＶＬＰの形成能に大きな影響を与えることが知られているアミノ
酸残基が，ＨＰＶ１６型のＬ１タンパク質のただ１つのアミノ酸のみ
では，原告の主張する技術常識３(ⅳ)のとおり，「ある特定のＨＰＶ
のヌクレオチド配列からコードされるタンパク質において，１個ない
し数個のアミノ酸の変化さえも，そのタンパク質のＶＬＰ形成能に影
響し得，すなわち効率的なＶＬＰ形成を妨げ，ひいてはワクチンとし
ての有用性に影響を与え得る」といえるとしても，これは，あるアミ
ノ酸の変化がＶＬＰ形成能に影響を与える可能性があるというだけ
であって，ＨＰＶ１８型のＬ２タンパク質のアミノ酸が１つでも変化
すればＶＬＰ形成能に影響を与える蓋然性が高い，とまではいえな
い。
以上のとおり，原告の主張する技術常識３(ⅲ)及び(ⅳ)は適切でな
い。
ｃ仮にそうでないとしても，該ＤＮＡ分子がコードするタンパク質の
特徴に関する技術常識３により，そのタンパク質をコードする本願発
明７−２であるＤＮＡ分子のクローニングが困難になるというもの
ではない。よって，技術常識３を看過して容易想到性を判断したとす
る原告の主張は失当であり，審決に誤りはない。
(ｳ)原告の主張(ｱ)ｃにつき
まず，前記(ｲ)のとおり，原告の主張する技術常識３は適切でない。
そして，審決に述べた判断は，周知の臨床単離株であるヒト子宮頸癌
腫に由来する細胞系列ＳＷ７５６由来のＨＰＶ１８型ゲノムのヌクレ
オチド配列を解析することにより，本願発明７−２に係るＬ２ヌクレオ
チド配列を得ることが容易であるというものであって，「引用例１に記
載されたＬ２ヌクレオチド配列を変化させて，本願発明７−２に係るＬ
２ヌクレオチド配列を想到する」というものではない。
そもそも，原告が，引用例１に記載されたＬ２のヌクレオチド配列と
相違すると主張する本願発明７−２に係るＬ２ヌクレオチド配列は，容
易に得られるＤＮＡ分子が本来有している化学物質の構造にすぎない
ところ，容易に得られるＤＮＡ分子の配列を決定しても化学物質として
は何ら相違を生じるものではなく，配列を決定することにより進歩性が
生じるということはない。
以上のとおり，この点に関する原告の主張は失当であり，審決に誤り
はない。
(ｴ)原告の主張(ｱ)ｄにつき
まず，前記(ｲ)のとおり，原告の主張する技術常識３は適切でない。
そして，原告が主張する技術常識２を前提にすれば，引用例１に記載
のＬ１及びＬ２の配列がＶＬＰ形成の観点から機能的であることが確
認されているか否かにかかわらず，本願発明７−２がコードするＬ２タ
ンパク質は，由来を同じくする臨床単離株ＳＷ７５６のＬ１タンパク質
と一緒にＶＬＰを形成でき，ウイルスのカプシド構造を構成し，そのＶ
ＬＰの表面においてＬ２タンパク質が少なくとも１個の免疫原性エピ
トープを提供すると期待されるものであるから，原告の主張は失当であ
り，審決に誤りはない。
そもそも，前記(ｱ)において述べたとおり，本願明細書において，本
願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によってコードされるＬ２タンパク質
が，Ｌ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成し得るかどうかは確認されて
いない。この点で，引用発明と本願発明７−２に差異はなく，引用発明
であるＬ２ヌクレオチド配列がＶＬＰ形成能を有するかどうかの機能
に関するデータが引用例１において明らかにされていないことに基づ
く原告の主張は，当を得ない。
(ｵ)原告の主張(ｱ)ｅにつき
原告が指摘する審決の記載は，平成１９年２月２８日付け手続補正
書（甲６）における，請求人（原告）の「ある臨床単離株由来のもの
が，より現実のウイルスに近いウイルス様粒子を提供し得，従来公知
の配列がアーティファクトであるか重要でないサブタイプのものであ
ることを初めて見出し，もって下記するように現実に子宮頸癌治療に
使用することのできるＦＤＡ承認ワクチンを提供した」（３頁１６∼
１９行）との主張に対するものであるが，本願明細書に，その主張を
裏付けるような「『より現実のウイルスに近いウイルス様粒子』の形
成に，本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によってコードされるＬ２タ
ンパク質がどの程度寄与しているのか」に関する記載がない。したが
って，この点に関する原告の主張は失当であり，審決の判断に誤りは
ない。
(ｶ)原告の主張(ｱ)ｆにつき
原告が主張する審決の記載は，平成２１年４月７日付け回答書（甲７）
における，請求人（原告）の「本願発明は，従来知られていたＨＰＶ１
８型のカプシドタンパク質であるＬ１及びＬ２タンパク質のアミノ酸
配列がアーティファクトであるか重要でないサブタイプのものである
ことを初めて明らかにし（例えば，本願明細書第３３頁∼第３４頁の実
施例５参照），臨床単離株由来ＨＰＶ１８型を用いた配列解析により正
確な配列を突き止めたものである。本願発明により，現実のＨＰＶ１８
型により近いウイルス様粒子が提供可能となり，当該ウイルス様粒子
は，より適切な抗体を誘導することができるという顕著な効果を奏する
ものである。」（２頁１２∼１８行）との主張，及び「引用文献１に開
示されたＬ１タンパク質とアミノ酸長が全く異なり，よってその相同性
も高いものではない本願発明におけるＬ１タンパク質は，ＨＰＶ１８感
染に対し極めて顕著な効果を奏するワクチンを提供するものである。」
（３頁１０∼１２行）との主張に対するものである。しかし，本願明細
書に上記各主張を裏付けるような，Ｌ２タンパク質の取得困難性や顕著
な効果に関する具体的な記載はない。
そして，前記のとおり，原告の主張する技術常識３は適切でない。
したがって，この点に関する原告の主張は失当であり，審決に誤りは
ない。
(ｷ)原告の主張(ｱ)ｇにつき
原告が主張する審決の記載は，平成２１年４月７日付け回答書（甲７）
における，請求人（原告）の「本願発明により，現実のＨＰＶ１８型に
より近いウイルス様粒子が提供可能となり，当該ウイルス様粒子は，よ
り適切な抗体を誘導することができるという顕著な効果を奏するもの
である。」（２頁１６∼１８行）との主張に対するものである。
しかし，前記(ｵ)で述べたとおり，本願明細書に，「『より現実のウ
イルスに近いウイルス様粒子』の形成に，本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ
分子によってコードされるＬ２タンパク質がどの程度寄与しているの
か」に関する記載はない。。
したがって，この点に関する原告の主張は失当であり，審決に誤りは
ない。
(ｸ)原告の主張(ｱ)ｈにつき
ａ(a)技術常識４(ⅰ)の存在は認める。
(b)技術常識４(ⅱ)のうち，②に関しては，そのような技術常識が
あることは認める。また，①に関して，不死化細胞系においては，
ＨＰＶの後期遺伝子（例えば，Ｌ１及びＬ２遺伝子）が存在しなか
ったり変異によって機能を失ったりすることにより，ＶＬＰを形成
する能力を有した状態で発現しなくてもその細胞が生存できるこ
とは認める。しかし，機能を失う以外の変異も考えられるため，そ
の変異の種類によっては，例えば細胞の生存に影響を与えるような
性質を獲得するような変異を生じた場合については，甲３７，甲２
４の２から甲３２には何ら示されていないから，この点は必ずしも
本願優先日当時の技術常識とはいえない。
ｂ原告の主張する技術常識４に基づく各知見については，それらを導
く根拠が見出せないから，原告の上記主張は失当である。例えば技術
常識４に基づく知見①については，「樹立細胞系は不死であり，かつ，
分化しない」ことは技術常識４(ⅰ)①に示されているが，そのような
細胞が「実際には後期タンパク質（・・・）を生産しない」ことも，
「後期タンパク質が発現するには，分化が必要とされる」ことも，技
術常識４(ⅰ)及び(ⅱ)のいずれにも述べられていない。技術常識４に
基づく知見②ないし④についても同様にその根拠を見出すことがで
きない。
ｃ原告は，技術常識４に基づく各知見からすれば，「審決における当
該箇所」は，当業者が臨床サンプルであるＷＶ−３４１の代わりに子
宮頸癌由来の不死化細胞系列であるＳＷ−７５６を使用するという
示唆等が存在したことを何ら証明していないことが明らかであると
主張する。
しかし，引用例１には，Ｅ６及びＥ７のゲノムの読み取り枠（以下
「ＯＲＦ」という。）に対応する領域のヌクレオチド配列を比較した
結果のみが示されているが，ＨＰＶ１８の抗原性に関与するＬ２遺伝
子についてもサブタイプによるヌクレオチド配列の違いを比較し，そ
れがコードするＬ２タンパク質の性質について研究を進めるために，
引用例１に記載されているヒト子宮頸癌細胞株であるＨｅＬａ，Ｃ４
−１及びＳＷ７５６細胞等に由来するＨＰＶ１８型ゲノムに含まれ
るＬ２遺伝子領域のヌクレオチド配列を解析することは，当業者にと
って自明な課題である。よって，原告の上記主張は失当であり，明示
的な示唆がないとしても，示唆がなされているに等しい状態であると
いうべきである。
ｄ原告は，本願優先日当時の技術常識４(ⅰ)及び(ⅱ)を考慮すれば，
単に子宮頸癌サンプルから不死細胞系が作製されたからといって，①
そのような細胞系がＨＰＶ１８のＬ２遺伝子を含むだろうこと，②も
しその細胞系がＨＰＶ１８のＬ２遺伝子を含むとした場合，Ｌ２遺伝
子の完全性は維持されていたであろうこと，及び③そのＬ２遺伝子
が，適切な転写物のサイズで発現され，かつ，ＶＬＰを形成すること
ができる機能的なＬ２タンパク質をコードするであろうことを，その
当時の当業者が容易に予測し得たとはいえないと主張する。
しかし，上記①の点については，審決及び引用例１において参考文
献として挙げられている乙６に，「図１子宮頸癌細胞株ＳＷ７５
６，Ｃ４−１及びＨｅＬａ中の宿主ゲノムに組み込まれたＨＰＶ１８
ＤＮＡの構成」（２２８５頁図１の説明１−２行）及び「ＨｅＬａ
及びＣ４−１細胞では，約２−３ｋｂのＨＰＶ１８配列（ＯＲＦＥ
２からＯＲＦＬ２）が欠失している。」（２２８５頁図１の説明
下から５行−下から３行）と記載されており，図１を参照すると，Ｈ
ｅＬａ及びＣ４−１と異なり，ＳＷ７５６はＯＲＦのＬ２と予測され
る部分も含んでいることがわかるので，不死化細胞系列ＳＷ７５６が
ＨＰＶ１８のＬ２遺伝子を含むであろうことを予測できなかったと
いう原告の主張は，当を得ないものである。
また，上記②の点については，「Ｌ２遺伝子の完全性」が，ヌクレ
オチド配列の欠失や変異を全く含まず，不死化細胞系が樹立されるも
ととなった子宮頸癌細胞が有していたヌクレオチド配列と完全に同
じものを維持していることを意味するのであれば，原告の主張するよ
うに，当業者は不死化細胞系ＳＷ７５６においてＬ２遺伝子の完全性
が維持されているかどうか予測できないといえる。一方，「Ｌ２遺伝
子の完全性」が，Ｌ２遺伝子がウイルス粒子を形成するという機能を
維持したＬ２タンパク質をコードしている状態を意味するのであれ
ば，その状態は，当業者が予測し得たといえるものである。
さらに，上記③の点については，乙６の図１を参照すれば，原告が
技術常識４(ⅱ)として主張するように，不死化細胞系においては，Ｈ
ＰＶの後期遺伝子（例えば，Ｌ１及びＬ２遺伝子）が，存在しなかっ
たり変異によって機能を失ったりすることにより，ＶＬＰを形成する
能力を有した状態で発現しなくてもその細胞が生存できるとしても，
ＳＷ７５６が含んでいるＯＲＦのＬ２と予測される部分が，その機能
を失うほどに変異していると予測する根拠はない。
以上のとおり，Ｌ２遺伝子が，機能的なＬ２タンパク質をコードす
るであろうことを，その当時の当業者が容易に予測し得たということ
は決していえるものではないという原告の主張は，当を得ないもので
ある。
ｅ原告は，仮にＳＷ７５６中にＬ２配列が存在するとしても，そのＬ
２配列が，機能的なＨＰＶ１８のＬ２タンパク質をコードし，それに
よりＶＬＰに基づくワクチンを製造するうえで有用であろうという
示唆は，引用例１に何ら示されていないと主張する。
しかし，引用例１の６０１頁左欄２ないし７行の記載によれば，同
じＨＰＶ１８型に属するウイルスでも，ヌクレオチド配列の異なるサ
ブタイプではその性質に違いが生じることが考察されており，そし
て，Ｌ１及びＬ２タンパク質はウイルスカプシドタンパク質でウイル
ス粒子の表面を覆うものであるから，ウイルスに対する免疫反応を担
う抗体分子が結合すると考えられ，甲３６にも「自己集合したＬ１粒
子及び自己集合したＬ１／Ｌ２粒子は共に，高い抗体価の中和抗体を
誘導し，したがってワクチン産生に適当であろう。」（１０頁１９∼
２０行）と記載されているとおり，免疫予防のための良好な標的とし
て同定されている。
したがって，Ｌ２遺伝子がコードする機能的なＬ２タンパク質を含
むＶＬＰがワクチン製造のための免疫源の候補となることも，当業者
であれば予測し得るというべきである。
以上のとおり，ＳＷ７５６中に存在する「Ｌ２配列が，機能的なＨ
ＰＶ１８Ｌ２タンパク質をコードし，それによりＶＬＰに基づくワ
クチンを製造するうえで有用であろうという示唆」が引用例１に明示
されていなくても，示唆がなされているに等しい状態であるといえる
から，原告の上記主張は失当である。
ｆ原告は，引用例１には，本願発明が解決すべき課題，すなわちＨＰ
Ｖ１８のＬ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成するとの観点から構
造上機能的なＨＰＶ１８のＬ２を取得することについての記載も示
唆も一切ないと主張する。
しかし，前記ａないしｅで主張した本願優先日当時の技術常識を考
慮すれば，新たなサブタイプに由来するＨＰＶ１８のＬ２遺伝子を取
得しようという課題は周知であったといえるから，引用例１には，Ｈ
ＰＶ１８Ｌ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成するとの観点から構
造上機能的な新たなＨＰＶ１８のＬ２を取得することが示唆されて
いるというべきである。
したがって，原告の上記主張は失当である。
ｇ原告は，「審決における当該箇所」では，引用例１に基づいて認定
した引用発明を，子宮頸癌由来の細胞系列であるＳＷ７５６自体が周
知の臨床単離株であるとの単なる事実を組み合わせることで，本願発
明７−２の進歩性を判断しているにすぎず，結局，「審決における当
該箇所」には，当該発明が容易想到であると判断するために必要な「当
該発明の特徴点に到達するためにしたはずであるという示唆等」の存
在が証明されていないと主張する。
しかし，前記ｅのとおり，Ｌ１及びＬ２タンパク質は免疫予防のた
めの良好な標的として同定されており，また，後期遺伝子であるＬ１
及びＬ２のＯＲＦに対応する領域についても，ヌクレオチド配列の異
なる複数のサブタイプが存在することが広く知られており，新たなサ
ブタイプに由来するＨＰＶ１８のＬ２遺伝子を取得しようという課
題は周知であったといえる。また，不死化細胞系列ＳＷ７５６が引用
例１に記載されたＨＰＶ１８ゲノムとは異なるヌクレオチド配列を
有するＨＰＶ１８ゲノムを含んでいることが引用例１には開示され
ていて，該ＳＷ７５６はＬ２領域を有している。さらに，Ｌ２遺伝子
が，機能的なＬ２タンパク質をコードするであろうことを，その当時
の当業者が容易に予測し得たとはいえないとの原告の主張は当を得
ないものであるから，ＳＷ７５６由来のＨＰＶ１８型ゲノムのヌクレ
オチド配列を解析することは，当業者が容易に想到し得ることである
といえる。
以上のことは，引用例１の記載に本願優先日当時の周知技術を加味
したものであり，当業者であれば，「審決における当該箇所」の記載
から充分読み取れる範囲の事項であるというべきであるから，原告の
上記主張は失当である。
(ｹ)原告の主張(ｱ)ｉにつき
原告は，甲３６及び技術常識４(ⅰ)及び(ⅱ)を示して技術常識４(ⅲ)
の存在を主張し，これに基づいて，当業者は，臨床サンプルの代わりに
不死化細胞系を使用することを動機付けられることは決してなく，当業
者が不死化細胞系を使用することに阻害要因が存在したと主張する。
しかし，原告が提出した証拠をみても，ＨＰＶのＬ２遺伝子をクロー
ニングするに際して，不死化細胞を用いることが不適切であることを明
確に記載したものはない。原告は，甲号証の記載から種々の論理を重ね
て技術常識４(ⅲ)を導き出しているが，その過程こそが後付けというべ
きである。したがって，原告主張の技術常識４(ⅲ)は，現時点で甲号証
の記載をみればそういえなくもないという程度のことにすぎず，本願の
優先日当時にそのような技術常識が存在していたということはできな
い。
また，原告のいう「臨床サンプル」とは，「臨床サンプルに代えて不
死化細胞系の使用」と述べており，引用例１で用いられた臨床サンプル
であるＷＶ−３４１を想定していることから，浸潤性の癌のような状態
（悪性の状態）のサンプルを意味していると解される。しかし，甲３６
における「最終的に分化した層」は，良性病変由来のものを意味してお
り，浸潤性の癌のような状態（悪性の状態）のサンプルを意味している
とはいえない。したがって，甲３６の記載に基づき臨床サンプルの代わ
りに不死化細胞を使用することに関する原告の主張は失当である。
確かに，甲３６によれば，良性病変においてウイルス粒子が産生され
ること，技術常識４(ⅰ)は，不死化細胞系は悪性の癌の状態と細胞が未
分化の状態に保たれる点で類似していること，技術常識４(ⅱ)は，不死
化細胞系においてはＨＰＶの後期遺伝子がＶＬＰを形成する能力を有
した状態で発現しなくてもその細胞が生存できることを示しているか
ら，これらの事実に基づくと，癌などの悪性病変や不死化細胞系よりも，
良性病変の方がウイルス粒子形成能を有するＬ２遺伝子を有している
可能性が高い，といえるかもしれない。しかし，良性病変に対するワク
チンではなく，癌などの悪性病変に対するワクチンを得るという目標か
ら考えれば，悪性病変に由来し，かつＶＬＰ形成能を維持しているＬ２
タンパク質をコードするＬ２遺伝子を求めて，悪性病変や不死化細胞系
に由来するＬ２遺伝子を得てみようと考えるであろうから，構造上機能
的なＨＰＶのＬ１及びＬ２ＤＮＡ配列を得る場合において，特に不死化
細胞系のみを避ける傾向にあったとまではいえないのであって，この点
からも，原告の主張する技術常識４(ⅲ)の存在を認めることはできな
い。
そして，前記のとおり，不死化細胞系のＬ２遺伝子が機能的なＬ２タ
ンパク質をコードするであろうことを，当業者が容易に予測し得なかっ
たとはいえない。
したがって，技術常識４(ⅲ)に基づき，当業者が不死化細胞系を使用
することに阻害要因が存在したという原告の主張は失当である。
イ原告の主張(ｲ)につき
前記のとおり，そもそも技術常識３が正しいことを前提とする原告の主
張は失当である。
また，本願明細書において，本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によって
コードされるＬ２タンパク質が，Ｌ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成し
得るかどうかは確認されていない。この点で，引用発明と本願発明７−２
に差異はない。
そして，技術常識２が正しいとすれば，引用例１に記載のＬ１及びＬ２
の配列がＶＬＰ形成の観点から機能的であることが確認されているかど
うかにかかわらず，本願発明７−２がコードするＬ２タンパク質は，由来
を同じくする，臨床単離株ＳＷ７５６のＬ１タンパク質と一緒にＶＬＰを
形成でき，ウイルスのカプシド構造を構成し，そのＶＬＰの表面において，
Ｌ２タンパク質が少なくとも１個の免疫原性エピトープを提供すると期
待されるものであるから，原告の主張は失当であり，審決に誤りはない。
(3)取消事由３に対し
ア原告は，甲１７に基づき，「Ｌ２タンパク質はＬ１タンパク質と会合し
ていることが確認されている」及び「本願発明のＨＰＶ１８型のＬ１タン
パク質及びＬ２タンパク質が一緒になってＶＬＰが形成することが，透過
型電子顕微鏡により実際に確認される」と主張している。
しかし，これらの効果は，原告の主張する技術常識２によれば当然予想
されるものであって，当業者の予測し得る範囲を超えるものではなく，進
歩性の存在を肯定的に推認できるほどの顕著な効果が奏されているとは
いえない。
また，原告は，甲１７に基づき，「本願発明のＬ１タンパク質及びＬ２
タンパク質からなるＶＬＰは，ネイティブのウイルスと同様にＣ３３Ａ
（ヒト子宮頸部上皮細胞株）に感染することも確認されたのである」及び
「Ｃ３３Ａへの感染がＨＰＶ１８型特異的抗体によって阻害されること
が確認された。」と主張する。
しかし，本願明細書には，Ｌ１タンパク質及びＬ２タンパク質からなる
ウイルス様粒子（ＶＬＰ）を含むワクチンが記載されているものの（請求
項１０），当該ＶＬＰがワクチンとして実際に機能することはもとより，
Ｃ３３Ａに感染したり，その感染がＨＰＶ１８型特異的抗体によって阻害
されたりするという実験結果も示されていない。当該ＶＬＰがＣ３３Ａに
感染したり，その感染がＨＰＶ１８型特異的抗体によって阻害されたりす
るという結果は，本願優先日当時の技術常識に基づいて予測される範囲を
超えるものであるから，本願明細書の記載から直ちに推測できるものとは
いえず，原告が主張する効果は，本願明細書の記載に基づかないものであ
る。
さらに，原告は，「本実験は，本願発明におけるＬ２タンパク質が本願
発明におけるＬ１タンパク質とともに，より真実のウイルスに近い立体構
造を有するＶＬＰを形成することを実証したものである。」と主張する。
しかし，甲１７には，「ＨＰＶ１８型特異的抗体」が認識するエピトー
プ部位が，Ｌ１タンパク質により構成されるものなのか，Ｌ２タンパク質
により構成されるものなのか，Ｌ１タンパク質及びＬ２タンパク質の両者
によって構成されるものなのかは示されていないし，Ｌ１タンパク質のみ
によって構成されるＶＬＰと，Ｌ１タンパク質及びＬ２タンパク質の両者
によって構成されるＶＬＰとで，Ｃ３３Ａへの感染や抗体による阻害の程
度に差があるのかどうかも示されていない。
よって，本願発明７−２に係るＤＮＡ分子によってコードされるＬ２タ
ンパク質が存在することによって，Ｌ１タンパク質のみによって構成され
るＶＬＰよりも，より真実のウイルスに近い，つまり感染能や抗体による
阻害の程度がより大きいＶＬＰが得られるのかどうかは明らかにされて
いないから，原告の上記主張は失当である。
イ原告は，本願発明７−２に係るＤＮＡ分子によってコードされるＬ２タ
ンパク質の顕著な効果として，「ＶＬＰにおいて，Ｌ１タンパク質のみな
らず，少なくとも１個の免疫原性エピトープを有するＬ２タンパク質を組
み合わせることにより，より真正のウイルスに近いＶＬＰが形成され得
る」と主張する。
しかし，そもそも，本願発明７−２はＬ２タンパク質をコードするＤＮ
Ａ分子であって，Ｌ２タンパク質及びＬ１タンパク質からなるＶＬＰの奏
する効果は本願発明の効果を示すものではなく，当該効果に関する原告の
主張は，請求項の記載に基づかないものである。
また，原告の当該主張の根拠は，本願明細書，技術常識２及び甲１６に
おける一般的な記載であるが，いずれも本願発明７−２に係るＤＮＡ分子
によってコードされるＬ２タンパク質固有の性質は示されていないから，
その効果の程度は当業者の予測し得る範囲を超えるものではなく，進歩性
の存在を肯定的に推認できるほどの顕著な効果が奏されているとはいえ
ない。
ウ以上のとおり，本願発明７−２に係るＤＮＡ分子及び該ＤＮＡ分子によ
ってコードされるＬ２タンパク質のいずれも，予測し得ない顕著な効果を
奏するとはいえず，審決に誤りはない。
第４当裁判所の判断
１請求原因(1)（特許庁における手続の経緯），(2)（発明の内容），(3)（審
決の内容）の各事実は，当事者間に争いがない。
２容易想到性の有無
審決は，本願発明（請求項７）は引用発明（甲１）に基づいて当業者（その
発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者）が容易に想到できる
とし，一方，原告はこれを争うので，以下検討する。
(1)本願発明の意義
ア・【請求項７】（本願発明）の記載は，前記第３，１(2)記載のとおりで
ある。
イ本願明細書（公表特許公報，甲２）には，次の記載がある。
・［発明の分野］
(ｱ)「本発明は，精製されたヒトパピローマウイルス１８型をコードする
ＤＮＡ分子及びその誘導体に関する。」（５頁４∼５行）
・［発明の背景］
(ｲ)「パピローマウイルスは小さく（５０−６０ｎｍ），エンベロープを
有せず，正二十面体のＤＮＡウイルスであって，８個までの初期遺伝子
と２個の後期遺伝子をコードする。このウイルスゲノムの読取り枠（Ｏ
ＲＦ）はＥ１∼Ｅ７，Ｌ１，Ｌ２と命名されている（“Ｅ”は初期(early)，
“Ｌ”は後期(late)を指す）。Ｌ１とＬ２はウイルスカプシドタンパク
質をコードする。初期（Ｅ）遺伝子は，ウイルス複製と細胞の形質転換
などの機能に関連している。」（６頁７∼１２行）
(ｳ)「Ｌ１タンパク質は主要カプシドタンパク質であり，分子量５５−６
０ｋＤａを有する。Ｌ２タンパク質は少量のカプシドタンパク質であ
り，予測分子量５５−６０ｋＤａを有し，ポリアクリルアミドゲル電気
泳動により測定された見掛けの分子量７５−１００ｋＤａを有する。免
疫学的データによると，ウイルスキャプソメア内でＬ２タンパク質の大
部分はＬ１タンパク質より内側にあることが示唆される。」（６頁１３
∼１９行）
(ｴ)「Ｌ１遺伝子とＬ２遺伝子は免疫予防のための良好な標的として同定
されている。綿尾ウサギパピローマウイルス（ＣＲＰＶ）とウシパピロ
ーマウイルス（ＢＰＶ）系での研究により，細菌で，又はワタシニアベ
クターを使用して発現されたＬ１及びＬ２タンパク質による免疫化は
ウイルス感染から動物を防御することが知見された。バキュロウイルス
発現系で，又はワクシニアベクターを使用してのパピローマウイルスＬ
１遺伝子の発現により，ウイルス様粒子（ＶＬＰ）のアッセンブリーが
起り，それを使用して，ウイルス攻撃からの防御と関連する高力価のウ
イルス中和抗体反応を誘起できた。」（６頁２１行∼７頁１行）
・［発明の詳細な説明］
(ｵ)「本発明は，精製されたヒトパピローマウイルス１８型（ＨＰＶ１８
型；ＨＰＶ１８）をコードするＤＮＡ分子及びその誘導体に関する。こ
のような誘導体には，該ＤＮＡによってコードされたペブチド及びタン
パク質，該ＤＮＡに対する抗体又は該ＤＮＡによってコードされたタン
パク質に対する抗体，該ＤＮＡを含むワクチン又は該ＤＮＡによってコ
ードされたタンパク質を含むワクチン，該ＤＮＡ又は該ＤＮＡによって
コードされたタンパク質を含む免疫的組成物，該ＤＮＡ又は該ＤＮＡ由
来のＲＮＡ又は該ＤＮＡによってコードされたタンパク質を含むキッ
トがあるが，これらに限定されない。」（７頁１７∼２４行）
(ｶ)「本発明の精製されたＨＰＶ１８ＤＮＡ又はそのフラグメントを使用
し，他の起源からのＨＰＶ１８の同族体及びフラグメントを単離精製で
きる。これを達成するために，適切なハイブリダイゼーション条件下に
最初のＨＰＶ１８ＤＮＡをＨＰＶ１８の同族体をコードするＤＮＡを
含むサンプルと混合できる。ハイブリダイズしたＤＮＡ複合体を単離
し，同族体ＤＮＡをコードするＤＮＡをそこから精製できる。」（９頁
２０∼２５行）
・［実施例１］
(ｷ)「ＨＰＶ１８ゲノムのクローニング
全ゲノムＤＮＡを標準的技術によりヒト子宮頚がん腫由来細胞系列
ＳＷ７５６から調製した（Freedman,R.S.ら，1982，InVitro，Vol18，
719-726頁）。該ＤＮＡをＥｃｏＲＩで消化し，０．８％低融点アガロ
ース分取ゲルで電気泳動を行った。約１２ｋｂｐの長さのＤＮＡフラグ
メントに対応するゲルスライスを切出した。アガロースをAgaraseTM
酵素
(BoehringerMannheim,Inc.)で消化し，サイズ分画されたＤＮＡを沈殿
させ，脱リン酸化し，ＥｃｏＲＩ消化ラムダEMBL4アーム
（Stratagene,Inc.）と連結させた。ラムダライブラリーをGigapaclII
Goldpackagingextract（Stratagene，Inc.）を用いてパックした。鋳
型としてのＳＷ７５６ＤＮＡ及び公表されたＨＰＶ１８Ｌ１ＤＮＡ配
列（ColeとDanos,1987,J．Mol．Biol.,Vol.193;599-608：Genbank
Accessin#X05015）に基づき設計されたオリゴヌクレオチドプライマー
を用いポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により産生された７００ｂｐの
ＨＰＶ１８Ｌ１ＤＮＡプローブを使用して，ＨＰＶ１８−陽性クローン
を同定した。１２ｋｂｐのＥｃｏＲＩフラグメント挿入配列を含み，#
１８７−１と命名したＨＰＶ１８−陽性ラムダクローンを単離した。」
（１９頁１２∼２７行）
・［実施例５］
(ｸ)「ＨＰＶ１８Ｌ２のヌクレオチド配列と推定ａａ配列はクローン＃１
８７−１とｐ１９５−１１のコンセンサス配列から得られるが，それを
図３に示す。Ｌ２ヌクレオチド配列と公表されているＨＰＶ１８配列
（Genbank受託番号＃Ｘ０５０１５）の比較により，１３８９ｂｐのう
ち４０ｂｐの変化が同定された。塩基対の差異によりａａレベルで１４
個の変化が起る：ａａ２９でのＰ→Ｓ，ａａ３３でのＰ→Ｎ，ａａ１７
７でのＡ→Ｓ，ａａ２６６でのＤ→Ｅ，ａａ２７０でのＤ→Ｎ，ａａ３
４６でのＤ→Ｇ，ａａ３５５でのＭ→Ｉ，ａａ３５９でのＶ→Ｍ，ａａ
３６５でのＳ→Ｐ，ａａ３６９でのＦ→Ｓ，ａａ３７１でのＦ→Ｖ，ａ
ａ３７２でのＦ→Ｓ，ａａ３７３でのＫ→Ｔ，及びａａ４０９でのＳ→
Ｐ。」（２４頁１３∼２２行）
・［実施例１３］
(ｹ)「酵母におけるＨＰＶ１８Ｌ１及びＬ２の発現
プラスミドｐ１９１−６（ｐＧＡＬ１−１０＋ＨＰＶ１８Ｌ１）及び
ｐ１９５−１１（ｐＧＡＬ１−１０＋ＨＰＶ１８Ｌ１＋Ｌ２）を用いて
S.cerevisiae株＃１５５８（ＭＡＴａ，ｌｅｕ２−０４，ｐｒｂ１::
ＨＩＳ３，ｍｎｎ９::ＵＲＡ３，ａｄｅｌ，ｃｉｒ0
）を形質転換させた。
クローン化単離株を，２％ガラクトースを含むＹＥＨＤ培地中で３０℃
で８８時間増殖した。細胞回収後，細胞ペレットをガラスビーズで破壊
し，イムノブロット分析によって細胞溶解液を，ＨＰＶ１８Ｌ１及び／
又はＨＰＶ１８Ｌ２タンパク質発現があるかどうかを解析した。全細胞
タンパク質２５μｇを含むサンプルを，変性条件下１０％Tris-グリシ
ンゲル（Novex,Inc.）で電気泳動を行い，ニトロセルロースフィルター
に電気ブロットした。第一次抗体としてｔｒｐＥ−ＨＰＶ１１Ｌ１融合
タンパク質に対するウサギ抗血清（Brownら，1994，Virology
201:46-54），第二次抗体として西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）
結合ロバ抗ウサギＩｇＧ（Amersham,Inc.）を用いて，Ｌ１タンパク質
を免疫検出した。化学発光ＥＣＬTM
検出キット（Amersham，Inc.）を用
いてフィルターの処理を行った。５０−５５ＫＤａのＬ１タンパク質バ
ンドは，Ｌ１及びＬ１＋Ｌ２共発現酵母クローン（それぞれ１７２５株
及び１７２７株）の両方で検出され，陰性対照（Ｌ１遺伝子もＬ２遺伝
子も含まないｐＧＡＬ１−１０）では検出されなかった（図４）。
第一抗体としてｔｒｐＥ−ＨＰＶ１８Ｌ２融合タンパク質に対して
作製されたヤギポリクローナル抗血清，次にＨＰＲ結合ウサギ抗ヤギＩ
ｇＧ（KirkegaardandPerryLaboratories,Gaithersburg,MD）を用い
るウエスタン分析によって，ＨＰＶ１８Ｌ２タンパク質を検出した。フ
ィルターを上記のように処理した。Ｌ１＋Ｌ２共発現酵母クローン（１
７２７株）で７５ｋＤａタンパク質バンドとしてＬ２タンパク質は検出
されたが，陰性対照でもＬ１発現クローンでも検出されなかった（図
５）。」（３０頁２５行∼３１頁２３行）
・［実施例１６］
(ｺ)「電子顕微鏡研究
ＥＭ分析のために（StructureProbe，WestChester,PA），各サンプ
ルのアリコートを２００メッシュの炭素被覆の銅グリッドの上に置い
た。２％リンタングステン酸（ＰＴＡ），ｐＨ７．０の一滴をグリッド
上に２０秒間置いた。グリッドを風乾し，次に透過型ＥＭ試験を行った。
加速電圧１００ｋＶでＪＥＯＬＩ００ＣＸ透過型電子顕微鏡(JEOL
USA，Inc.)を用いて，全ての顕微鏡観察を行った。顕微鏡写真の倍率は
１００，０００倍である。ＨＰＶ１８Ｌ１発現プラスミドを有する酵母
サンプルで直径５０−５５ｎｍサイズ範囲のウイルス様粒子が観察さ
れた（図６）。ＶＬＰは，酵母対照サンプルでは観察されなかった。」
（３５頁１６∼２２行）
ウ上記記載によると，本願発明は，精製されたヒトパピローマウイルス１
８型をコードする後期遺伝子であるＬ１及びＬ２ＤＮＡ分子に関し，該Ｄ
ＮＡによってコードされたペブチド及びタンパク質，該ＤＮＡに対する抗
体又は該ＤＮＡによってコードされたタンパク質に対する抗体，該ＤＮＡ
を含むワクチン又は該ＤＮＡによってコードされたタンパク質を含むワ
クチン，該ＤＮＡ又は該ＤＮＡによってコードされたタンパク質を含む免
疫的組成物等の形成を目的とする発明であって，特に，二者択一の選択肢
として含まれている本願発明７−２は，ヒト子宮頸がん腫由来細胞系列Ｓ
Ｗ７５６から単離精製された配列番号３で表されるヌクレオチド配列か
らなるヒトパピローマウイルス１８型のＬ２ＤＮＡ分子，という発明であ
ると認めることができる。
(2)引用発明の意義
ア引用例１（甲１）には，次の記載がある（ただし，すべて和訳による。）。
(ｱ)「ヒトパピローマウイルス１８型ゲノムのヌクレオチド配列及び比較
解析」（表題）
(ｲ)「Ｍ１３ショットガンクローニング法によって決定された，ＨＰＶ１
８ゲノム（Ｂｏｓｈａｒｔ他，１９８４年）の統合されたバージョンの
完全配列は，主な読み取り枠（ＯＲＦ）の推定産物と共に図１（Fig.１）
に示されている。」（原文６００頁右欄２２∼２７行）
・【図１】ＨＰＶ１８の完全なヌクレオチド配列
(ｳ)「８つの主要なＯＲＦは同じ鎖上に位置しており，ゲノムの主な特性
は表１（Table１）に要約されている。」（原文６００頁右欄３２∼３
５行）
・【表１】ＨＰＶ１８ゲノムの主要な特性
(ｴ)「子宮頸癌に由来するいくつかの細胞株で，ＨＰＶ１８特異的な転写
産物が検出されている。最近，いくつかのｃＤＮＡクローンが，ＨｅＬ
ａ，Ｃ４−１及びＳＷ５７６細胞から得られており（Schneider-Gadicke
&Schwarz,1986），対応する配列が利用できることは，我々に，独立
した起源のＨＰＶ１８の様々な組み込まれた形の一次構造を比較する
ことを可能にした。Ｅ６及びＥ７のＯＲＦに対応する領域に，５つの違
いが検出され，４つはトランジション（訳注：プリン塩基（アデニン，
グアニン）→プリン塩基の変化又はピリミジン塩基（シトシン，チミン）
→ピリミジン塩基の変化）に，１つはトランスバージョン（訳注：プリ
ン塩基→ピリミジン塩基の変化又はピリミジン塩基→プリン塩基の変
化）に対応する（表２）。」（原文６００頁右欄４８行∼６０１頁左欄
１行。訳文は乙５）
(ｵ)「興味深いことに，組み込まれたウイルスゲノムでは，Ｅ６のＡＴＧ
開始コドンに先行するチミジン残基がシトシンに変化していた。これに
よって，より良い翻訳開始シグナルが作り出され（Kozak,1986），こ
れらの細胞株においてはより多量に対応するポリペプチドが産生され
ることを示唆する。」（原文６０１頁左欄２∼７行。訳文は乙５）
イ上記記載によれば，引用例１には，Ｍ１３ショットガンクローニング法
によって決定された「図１の４２４４番目のヌクレオチドから５６３２番
目のヌクレオチドで示される１３８９ｂｐのヌクレオチド配列を含むヒ
トパピローマウイルス１８型のＬ２ＤＮＡ分子。」という発明が記載され
ていることが認められる。
また，上記ア(ｴ)の記載によれば，引用例１には「子宮頸癌由来の不死
化細胞系列であるＳＷ−７５６」が記載されていると認められ，（なお，
引用例１における「ＳＷ５７６細胞」は「ＳＷ７５６細胞」の誤記である
認められる。），また上記ア(ｵ)の記載によれば，引用例１においては，
同じＨＰＶ１８型に属するウイルスでも，ヌクレオチド配列の異なるサブ
タイプではその性質に違いが生じることが考察されていることが認めら
れる。
(3)原告主張の取消事由に対する判断
ア取消事由１（相違点(1)についての認定の誤り）について
(ｱ)原告の主張(ｱ)①につき
本願発明７−２のヌクレオチド配列と引用発明のヌクレオチド配列
との相違する塩基対の数が３９ｂｐではなく４０ｂｐであることは当
事者間に争いがない。したがって，相違する塩基対の数について「１３
８９ｂｐのうち３９ｂｐが相違している」とする審決の相違点(1)の認
定に誤りがあることは事実である。
しかし，上記認定の誤りは，塩基対の数をわずか１ｂｐ数え間違った
ものにすぎない。そして，審決が対比し，相違点(1)を認定しようとし
ているのは，ＳＷ７５６に由来する本願発明のＬ２ＤＮＡ分子と，ＷＶ
−３４１に由来する引用発明のＬ２ＤＮＡ分子についてであり，審決は
両者の塩基配列が一部相違していることを説明するために，相違する塩
基対の数を記載したにすぎず，記載したｂｐ数が誤認により１ｂｐ異な
っていたことは，審決の相違点(1)の認定自体における大きな問題とは
いえない。したがって，塩基対の数を１ｂｐ数え間違った点は，相違点
(1)に関する進歩性の判断に影響を与えるものとはいえないから，審決
の相違点(1)の認定に上記のような誤りがあったとしても，そのことは
審決の結論に影響を及ぼすものではない。
(ｲ)原告の主張(ｱ)②につき
本願発明７−２のヌクレオチド配列と引用発明のヌクレオチド配列
との間の塩基対の相違に伴い１４個のアミノ酸が相違し，その中で，４
個の相違がプロリンに関するものである点は当事者間に争いがない。
本願明細書（甲２）の記載（前記(1)イ(ｸ)）によれば，アミノ酸配列
の２９，３３，３６５，４０９の位置でプロリンが相違していることが
認められる。
しかし，アミノ酸の相違がタンパク質の機能に大きな影響を与えるか
否かは，着目する機能の種類，タンパク質の分子における変異の部位，
どのアミノ酸からどのアミノ酸に変異しているか，などによって異なる
と考えられるから，プロリンに関して４個の相違があることのみを根拠
として，タンパク質の機能の相違を論じることは技術的に見て適当では
ないというべきである。
(ｳ)原告の主張③につき
ａ甲９（「GENESＩＶ；１９９０，OxfordUniversityPress」）には，
次の記載がある。
「例外的なアミノ酸はプロリンであり，プロリンにおいてはアミノ基
の窒素原子が環の中に取り込まれている。結果として，プロリン残基
はポリペプチド鎖の向きを鋭く変化させ，図1.6に示すようにポリペ
プチドの主鎖の通常の構造を乱すこととなる。したがって，プロリン
の存在は，いかなる規則的な繰り返し構造の形成を乱すのである。」
（訳文による。６頁２４∼３０行）
ｂ上記記載によれば，原告の主張する技術常識１のうち，「プロリン
は，アミノ酸の中で環状構造をとる唯一のアミノ酸であり，該環状構
造をとるプロリンがアミノ酸配列中に入ることにより，ねじれやター
ンに影響を及ぼし，その結果，立体構造が変化する可能性がある」こ
とが本願優先日当時（１９９５年〔平成７年〕３月２２日）の技術常
識であることが認められる。
しかし，アミノ酸の相違によって生じる立体構造の変化の大小は，
相違しているアミノ酸の種類や位置とタンパク質の全体構造との関
係を解析したり，実際にタンパク質を発現させて確認したりしなけれ
ば知ることができない。つまり，原告の主張する技術常識１にいうよ
うに立体構造が必ず「大きく」変化することが当業者の技術常識と認
めることはできず，単にタンパク質の立体構造に影響を与える可能性
が高いという程度にすぎないというべきである。
したがって，上記技術常識をもってしても，タンパク質中の全ての
プロリン残基が必ずポリペブチド鎖のねじれやターンに影響を及ぼ
し，その結果，必ずタンパク質の立体構造に大きな影響を与えるとま
ではいえず，本件全証拠を精査してもそのような知見は認められない
から，この点に関する原告の主張は採用することができない。
(ｴ)原告の主張④につき
原告の主張④の点については，上記③の点について述べたとおり，プ
ロリンに関する４個の相違に起因して，本願発明７−２と引用発明のそ
れぞれのヌクレオチド配列によってコードされるＬ２タンパク質が立
体構造上の相違を示す可能性はあるが，実際に両者の立体構造の相違が
示されているわけではなく，両者が著しい立体構造上の相違を示すとい
う事実が見出されているとは認められない。したがって，この点に関す
る原告の主張は採用することができない。
(ｵ)仮に，プロリンがアミノ酸配列中に入ることによりねじれやターンに
影響を及ぼしその結果立体構造が大きく変化するという原告の主張が
正しいとしても，上記主張は本願発明７−２と引用発明がコードするタ
ンパク質に関する主張にすぎないところ，本願発明７−２はあくまでも
ＤＮＡ分子そのものに関する発明であって，ＤＮＡ分子がコードするタ
ンパク質は発明を特定するための事項には含まれない。このことは，た
とえ本願発明の目的が，原告が主張するように，ＨＰＶ１８Ｌ１タンパ
ク質とＶＬＰを形成するという観点から，構造上機能的なＨＰＶ１８Ｌ
２の配列を得ることであったとしても，本願発明７−２はＬ２ＤＮＡ分
子という物の発明であるから，そのことは発明を特定するための事項に
は含まれないというべきである。
したがって，該ＤＮＡ分子がコードするタンパク質と引用発明がコー
ドするタンパク質が立体構造上の相違を示すか否かは，本来本願発明７
−２の進歩性の判断に影響を与える事項ではないというべきである。
以上のとおり，相違点(1)の認定に誤りがあるとの原告の上記主張は
採用することができない。
イ取消事由２（容易想到性の判断の誤り）について
(ｱ)原告の主張(ｱ)ａにつき
ａ原告は，審決が相違点(1)について誤って認定した事実に基づいて容
易想到性を判断したと主張するが，前記アのとおり，相違点(1)に関
する審決の認定に誤りはないから，原告の上記主張は採用することが
できない。
ｂまた，本願発明のＬ２ＤＮＡ分子と引用発明のＬ２ＤＮＡ分子との
間に，４０ｂｐの相違があることや４つのプロリンの相違があること
などは，本願発明のＬ２ＤＮＡ分子の配列が決定されて初めて知るこ
とができる事項であり，引用例１の記載からは知ることができない
し，そもそも，両者の間に「著しい立体構造の相違」があることを認
めるに足りる証拠はない。
したがって，本願発明のＬ２配列と引用発明のＬ２配列，それぞれ
によってコードされるＬ２タンパク質の間に「著しい立体構造の相
違」があることを前提として，審決の引用発明に基づく容易想到性の
判断の誤りを主張する原告の主張は採用することができない。
ｃ技術常識２が，本願優先日（１９９５年〔平成７年〕３月２２日）
当時の技術常識であることは，当事者間に争いがない。
原告は，審決が本願優先日当時の技術常識２を看過し，本願発明７
−２と引用発明のそれぞれのヌクレオチド配列によってコードされ
るＬ２タンパク質が著しい立体構造の相違を示すことや，①Ｌ２タン
パク質がＬ１タンパク質と一緒に立体構造上うまく会合してＶＬＰ
を形成できるかどうかという点，及び，②仮にそのＶＬＰが形成でき
たとしても，その表面においてＬ２タンパク質が少なくとも１個の免
疫原性エピトープを提供できるかどうかという点について全く考慮
しないで容易想到性を判断したと主張する。
しかし，技術常識２は，ＨＰＶに属するＬ２タンパク質の構成やそ
のもたらす作用に関する技術的事項であるところ，本願発明７−２は
あくまでもＤＮＡ分子そのものに関する物の発明であるから，その進
歩性の有無はそのようなＤＮＡ分子に到ることが容易か否かで判断
されるべきものである。すなわち，ここでは，本願発明７−２である
ＤＮＡ分子をクローニングすることが引用発明との関係において容
易想到か否かが問題となるにすぎないところ，そのＤＮＡ分子がコー
ドするタンパク質の特徴に関する技術常識２の存在が，そのタンパク
質をコードする本願発明７−２であるＤＮＡ分子のクローニングを
困難にするとの証拠はないから，技術常識２は，本願発明７−２の進
歩性の判断に何ら影響を及ぼすものではないというべきである。
ｄまた，原告の主張は，本願発明においては，Ｌ２タンパク質がＬ１
タンパク質と一緒に立体構造上うまく会合してＶＬＰを形成でき，そ
の表面においてＬ２タンパク質が少なくとも１個の免疫原性エピト
ープを提供できることを前提とするものであるが，本願明細書の記載
を精査しても，実施例１３においてＬ１タンパク質及びＬ２タンパク
質がそれぞれ発現していることは確認できるものの，さらに進んで，
本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によってコードされるＬ２タンパ
ク質がＬ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成し得ること，及びその表
面においてＬ２タンパク質が少なくとも１個の免疫原性エピトープ
を提供できることを確認できる記載は見当たらない。この点に関し，
原告は，本願発明が，ＨＰＶ１８型のヒト子宮頸癌腫由来細胞系列Ｓ
Ｗ７５６由来のＨＰＶ１８型ゲノムのヌクレオチド配列を解析し，そ
の結果，米国及び欧州で最初に承認された極めて医学的貢献度の高い
子宮頸癌ワクチンに含まれるＶＬＰを形成する，ＨＰＶ１８型のＬ１
タンパク質とともにＶＬＰを形成し得るＬ２タンパク質を見出した
ものであることは甲１７によって実証されている旨主張するが，甲１
７は本願優先日以後の平成２２年（２０１０年）６月に作成された研
究者の宣誓供述書にすぎず，しかも本願明細書に記載されていない技
術的事項が多く含まれているから，甲１７の記載をもって本願発明の
内容を論じる原告の上記主張は失当である。
以上のとおり，審決が本願優先日当時の技術常識２を看過して容易
想到性を判断したとの原告の上記主張は採用することができない。
(ｲ)原告の主張(ｱ)ｂにつき
原告は，引用例１（甲１）においては，引用発明であるＨＰＶ１８型
のＬ２のヌクレオチド配列及びその推定アミノ酸配列が記載されてい
るだけで，それがＶＬＰ形成能を有するかどうかという機能に関するデ
ータは何ら記載も示唆もされていないから，技術常識３を考慮すれば，
引用例１における記載に基づいては，本願優先日当時において，引用発
明であるＬ２ヌクレオチド配列によってコードされるＬ２タンパク質
が，Ｌ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成し得るかどうかについて当業
者が予測することは極めて困難であり，まして本願発明７−２のＬ２Ｄ
ＮＡ分子によってコードされるＬ２タンパク質に容易に想到し得たと
いうことはできない旨主張する。
確かに，引用例１には，引用発明のＬ２配列がコードするタンパク質
がＶＬＰ形成能を有するかどうかという「機能に関するデータ」は明ら
かにされていない。しかし，前記(ｱ)ｄで認定したとおり，本願明細書
の記載を精査しても，本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によってコード
されるＬ２タンパク質がＬ１タンパク質と一緒にＶＬＰを形成し得る
こと，及びその表面においてＬ２タンパク質が少なくとも１個の免疫原
性エピトープを提供できることを確認できる記載は見当たらない。すな
わち，本願明細書にも「機能に関するデータ」は記載されていないので
ある。
したがって，仮に原告の主張する技術常識３が本願優先日当時の技術
常識として存在していたとしても，引用例１についてのみ技術常識３を
適用し，審決の判断の誤りを主張する原告の上記主張は採用することが
できない。
また，前記(ｱ)ｃで認定したとおり，本願発明７−２はあくまでもＤ
ＮＡ分子そのものに関する物の発明であるから，その進歩性の有無はそ
のようなＤＮＡ分子に到ることが容易か否かで判断されるべきもので
あるところ，技術常識３は，技術常識２と同様，そのＤＮＡ分子がコー
ドするタンパク質の特徴に関する技術常識にすぎないから，そもそも技
術常識３を看過して容易想到性を判断したとする原告の上記主張は失
当であり，採用することができない。
(ｳ)原告の主張(ｱ)ｃにつき
原告は，技術常識３に鑑みれば，当業者は，引用例１に記載されたＬ
２ヌクレオチド配列を変化させて，本願発明７−２に係るＬ２ヌクレオ
チド配列に想到することを動機付けられるものでないと主張する。
しかし，技術常識３を前提とする原告の主張が失当であることは，上
記(ｲ)で述べたとおりである。
(ｴ)原告の主張(ｱ)ｄにつき
原告は，引用例１に記載のＬ１及びＬ２の配列が，本願優先日当時の
みならず現在に至っても，本願発明におけるＬ１及びＬ２の配列と同様
に，ＶＬＰ形成の観点から機能的であることは何ら知られていないと主
張する。
しかし，前記(ｲ)のとおり，そもそも本願明細書にも「機能に関する
データ」は記載されていないのであるから，原告の上記主張はその前提
において誤っており，採用することができない。
(ｵ)原告の主張(ｱ)ｅにつき
この点に関する原告の主張は，「『より現実のウイルスに近いウイル
ス様粒子』の形成に，本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によってコード
されるＬ２タンパク質がどの程度寄与しているのかが明らかにされて
いない。」（審決３頁３７行∼４頁２行）との審決の認定を論難するも
のであるが，本願明細書を精査しても，「『より現実のウイルスに近い
ウイルス様粒子』の形成に，本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によって
コードされるＬ２タンパク質がどの程度寄与しているのか」に関する記
載の存在を認めることはできないから，上記審決の認定に誤りはなく，
この点に関する原告の主張は採用することができない。
(ｶ)原告の主張(ｱ)ｆにつき
この点に関する原告の主張は，「Ｌ２タンパク質については，その取
得の困難性についても，顕著な効果を奏するかどうかについても，具体
的な主張がなされていない」（審決４頁１４∼１７行）との審決の認定
を論難するものであるが，この審決の記載は平成２１年４月７日付け回
答書（甲７）における原告に主張に対応するものであるところ，同回答
書には，Ｌ２タンパク質についての取得の困難性やその顕著な効果につ
いて具体的な主張がなされていないことは事実であるから，原告の上記
主張は理由がなく，採用することができない。
(ｷ)原告の主張(ｱ)ｇにつき
原告は，審決が「本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子によってコードさ
れるＬ２タンパク質がどの程度寄与しているのかが明らかにされてい
ない。」（審決４頁１６∼１９行）と判断したことに関し，技術常識２
によれば，Ｌ１タンパク質と共にＶＬＰを形成することができるＬ２タ
ンパク質を見出すことで，より「現実のＨＰＶ１８型により近いウイル
ス様粒子が提供可能」となることは当業者にとっては十分に理解可能で
あると主張する。
しかし，前記(ｵ)のとおり，本願明細書に，「『より現実のウイルス
に近いウイルス様粒子』の形成に，本願発明７−２のＬ２ＤＮＡ分子に
よってコードされるＬ２タンパク質がどの程度寄与しているのか」に関
する記載はないのであるから，審決の判断に誤りはなく，原告の上記主
張は採用することができない。
(ｸ)原告の主張(ｱ)ｈにつき
ａ技術常識４(ⅰ)及び(ⅱ)②が本願優先日当時の技術常識であった
こと，並びに技術常識４(ⅱ)①に関し，不死化細胞系においては，Ｈ
ＰＶの後期遺伝子（例えば，Ｌ１及びＬ２遺伝子）が存在しなかった
り変異によって機能を失ったりすることにより，ＶＬＰを形成する能
力を有した状態で発現しなくてもその細胞が生存できることについ
ては当事者間に争いがない。
ｂ原告は，技術常識４(ⅱ)①に関し，不死化細胞系においてＨＰＶの
後期遺伝子（例えば，Ｌ１及びＬ２遺伝子）の完全性が維持される必
要がなく，ＨＰＶの後期遺伝子における変異は，その細胞が生存する
能力に対し何らの影響もしないことが，本願優先日当時の技術常識で
あったと主張する。
しかし，仮に原告の上記主張が技術常識と認められるとしても，原
告の提示する甲２４の２ないし甲３２，甲３７（各種文献）には，不
死化細胞系であれば後期遺伝子の不存在（欠失）や後期遺伝子部分に
おける大きな変異のような，Ｌ１やＬ２タンパク質の機能が失われる
ような変異が必ず起こっているという事実は示されておらず，またそ
のような変異が必ず起こることが本願優先日当時の技術常識である
ともいえない。
かえって，細胞増殖の際の遺伝子の複製において，塩基配列に起こ
る変異は不規則であるから，不死化細胞系であっても，後期遺伝子の
特定配列が維持されている場合と変異が起こっている場合とがある
と考えられる。つまり，Ｌ２遺伝子に変異が起こる可能性があること
と，Ｌ２遺伝子が実際に変異することとは区別されるべきであり，Ｌ
２遺伝子の完全性が維持される必要がないことと，Ｌ２遺伝子が変異
してＬ２タンパク質が機能を失うこととは必ずしも同じではない。
したがって，技術常識４(ⅰ)及び(ⅱ)が本願優先日当時の技術常識
であったとしても，そのことから，直ちに原告が主張するところの技
術常識４に基づく各知見が導かれると認めることはできない。すなわ
ち，被告が主張するように，例えば技術常識４に基づく知見①につい
ては，技術常識４(ⅰ)①から「樹立細胞系は不死であり，かつ，分化
しない」とはいえても，そのような細胞が「実際には後期タンパク質
を生産しない」ことや「後期タンパク質が発現するには，分化が必要
とされる」ことが本願優先日当時の技術常識であるとはいえず，また，
そのように認めるに足りる証拠もないというべきである。
したがって，この点に関する原告の主張は採用することができな
い。
ｃ原告は，技術常識４に基づく各知見からすれば，「審決における当
該箇所」（審決３頁７∼２２行）は，当業者が臨床サンプルであるＷ
Ｖ−３４１の代わりに子宮頸癌由来の不死化細胞系列であるＳＷ−
７５６を使用するという示唆等が存在したことを何ら証明していな
いことが明らかである，したがって，本願優先日当時の技術常識４
(ⅰ)及び(ⅱ)を考慮すれば，単に子宮頸癌サンプルから不死細胞系が
作製されたからといって，①そのような細胞系がＨＰＶ１８のＬ２遺
伝子を含むであろうこと，②もしその細胞系がＨＰＶ１８のＬ２遺伝
子を含むとした場合，Ｌ２遺伝子の完全性は維持されていたであろう
こと，及び③そのＬ２遺伝子（もし存在するとした場合）が，適切な
転写物のサイズで発現され，かつ，ＶＬＰを形成することができる，
機能的なＬ２タンパク質をコードするであろうことを，その当時の当
業者が容易に予測し得たということは決していえるものではないと
主張する。
しかし，そもそも技術常識４(ⅰ)及び(ⅱ)から原告の主張する技術
常識４に基づく各知見が直ちに導き出されるものでないことは上記
ｂで述べたとおりである。
また，前記(2)ア(ｴ)によれば，引用例１には，Ｅ６およびＥ７に
ついてではあるが，子宮頸癌に由来するいくつかの異なる細胞株の遺
伝子領域のヌクレオチド配列を解析し，一次構造を比較，研究するこ
とに関して記載されていることが認められる。すなわち，分子生物学
におけるウイルス研究においては，ここに記載されるような，異なる
細胞株の特定の領域の遺伝子配列を解析し，比較するような研究を行
うことは，引用例１が刊行された時点（１９８７年〔昭和６２年〕当
時）において既に知られていたと考えられる。
そして，ウイルスに感染した細胞から不死化細胞系として確立する
過程での継代培養において，遺伝子が不規則に変異することは起こり
得るが，必ずＬ２遺伝子の部分に変異が起こるという証拠はない。
また，Ｌ２遺伝子の部分に変異が起こった場合であっても，その変
異によって，コードされるＬ２タンパク質の機能が維持される場合と
機能が失われる場合とがあると考えられるところ，ある不死化細胞系
において発現していない遺伝子のコードするタンパク質の機能が維
持されているか否かは，当該遺伝子を解析し，タンパク質を発現させ，
その機能を確認してみて初めて分かることであるから，当業者はその
ことを知るために当該遺伝子の解析，発現等を試みると考えられる。
そして，研究対象の細胞としての臨床サンプルと不死化細胞系とを
比較した場合，両者それぞれに長所と短所とがあるといえるから，入
手の容易性や取扱いのし易さなどの点で不死化細胞系に長所がある
と考えれば，当業者は不死細胞系を研究対象として検討するであろう
と推認される。
したがって，上記「審決における当該箇所」に記載されているよう
に，引用例１に接した当業者は，そこに記載されている臨床サンプル
であるＷＶ−３４１の代わりに，周知の臨床単離株である子宮頸癌由
来の不死化細胞系列であるＳＷ−７５６のヌクレオチド配列の解析
を容易に想到しうるものと認めるのが相当である。
ｄ原告は，上記「審決における当該箇所」には，当該発明が容易想到
であると判断するために必要な「当該発明の特徴点に到達するために
したはずであるという示唆等」の存在が証明されていないと主張す
る。
しかし，前記のとおり，分子生物学におけるウイルス研究において
は，異なる細胞株の特定の領域の遺伝子配列を解析し，比較するとい
った研究を行うことは１９８７年（昭和６２年）には知られているこ
とから，そのような研究は本願優先日当時（１９９５年〔平成７年〕
当時）においては一般的であり，ＨＰＶ１８型に関連するヒト子宮頸
癌腫由来細胞においても同様と考えられる。そして，Ｌ２遺伝子はＥ
６，Ｅ７遺伝子と同様に，引用例１にＯＲＦの１つとして明記されて
いるのであるから，当業者は引用例１の記載から，引用例１に具体的
に示されているＯＲＦについて，異なるサブタイプの配列が存在する
ことを期待して，他の公知の細胞株を研究対象として解析してみよう
という示唆を得ることができる。そうであれば，当業者は，そのよう
な示唆に基づき，引用例１のＷＶ−３４１と同じくヒト子宮頸癌腫由
来細胞であって，入手可能な公知の細胞であるＳＷ７５６のＬ２遺伝
子を解析しようとすると考えられるから，原告の上記主張は採用する
ことができない。
(ｹ)原告の主張(ｱ)ｉにつき
原告は，ＶＬＰの形成という観点から構造上機能的なＨＰＶのＬ１及
びＬ２ＤＮＡ配列を得る場合において，当業者は臨床サンプルの代わり
に，不死化細胞系の使用を避ける傾向にあった（技術常識４(ⅲ)）と主
張する。
しかし，原告が提出した証拠によっても，ＨＰＶのＬ２遺伝子をクロ
ーニングするに際して，不死化細胞を用いることが不適切であることを
明確に記載したものはない。
また，前記(ｸ)ｂで判断したとおり，不死化細胞系であれば後期遺伝
子の不存在（欠失）や後期遺伝子部分における大きな変異のような，Ｌ
１やＬ２タンパク質の機能が失われるような変異が必ず起こっている
という証拠は示されておらず，またそのような変異が必ず起こることが
本願優先日当時の技術常識であるともいえない。
したがって，当業者は臨床サンプルの代わりに，不死化細胞系の使用
を避ける傾向にあったという技術常識４(ⅲ)が本願優先日当時に存在
したと認めることはできないから，当業者は臨床サンプルの代わりに不
死化細胞系を使用することを動機付けられることはなく当業者が不死
化細胞系を使用することに阻害要因が存在した旨の原告の主張は採用
することができない。
(ｺ)原告の主張(ｲ)につき
原告は，相違点(2)についての審決の判断に関し，たとえ「ゲノムＤ
ＮＡ分子の全長ヌクレオチド配列が開示されている場合に，適切なプラ
イマー対を設計し，これを用いて所望の遺伝子部分のみをクローニン
グ」したとしても，本願優先日当時，当業者が，Ｌ１タンパク質と一緒
にＶＬＰを形成し得るＬ２タンパク質の配列を見出すことは，技術常識
３に鑑みれば，当業者が容易に想到し得るということは決してできない
と主張する。
しかし，前記のとおり，本願明細書において，本願発明７−２のＬ２
ＤＮＡ分子によってコードされるＬ２タンパク質が，Ｌ１タンパク質と
一緒にＶＬＰを形成し得るかどうかについても確認されていないので
あるから，原告の上記主張はその前提において誤っており，採用するこ
とができない。
ウ取消事由３（顕著な作用効果の看過）について
(ｱ)原告は，本願発明においては，特にＳＷ７５６由来のＨＰＶ１８型ゲ
ノムのヌクレオチド配列を解析した結果，ＨＰＶ１８型のＬ１タンパク
質とともにＶＬＰを形成しうるＬ２タンパク質を見出したとし，そのＬ
２タンパク質は，極めて医学的貢献度の高い子宮頸癌ワクチンを構成す
るＨＰＶ１８型のＬ１タンパク質からなるＶＬＰを，より真正なウイル
スに近いＶＬＰとなし，そのＶＬＰを安定化させるという顕著な効果を
奏するものであるのに，審決は，本願発明７−２におけるＬ２タンパク
質の上記のような予測し得ない顕著な効果を看過したものである等と
主張する。
しかし，前記原告の主張のうち，まず，本願明細書において，Ｌ１及
びＬ２タンパク質からなるＶＬＰの形成が実質的に確認されているに
等しいとの点については，ＶＬＰを形成しているのはＬ１タンパク質の
みであって，Ｌ２タンパク質については何ら記載されていないと認めら
れ，Ｌ２タンパク質のＶＬＰ形成の観点からの機能とは，Ｌ２タンパク
質単独の機能，例えばＬ２タンパク質がＬ１タンパク質と共同してより
優れたＶＬＰが形成される（Ｌ１タンパク質のみから形成されたＶＬＰ
に比べて，より天然のウイルスに近いＶＬＰが形成される等）といった
機能が考えられるが，本願明細書には，そのようなＬ２タンパク質のＶ
ＬＰ形成の観点からの機能についても何ら記載されていないと認めら
れる。
(ｲ)また，本願発明のＬ１及びＬ２配列を共発現させることにより，当業
者はＶＬＰが形成されることを予測したはずであるとの点については，
本願明細書の「発明の背景」，実施例１３及び１６においては，前記(1)
イ(ｹ)及び(ｺ)記載のとおり，単にタンパク質が共発現されたことが記載
されているに止まり，Ｌ２タンパク質のＶＬＰ形成の観点からの機能が
記載されているわけではない。
(ｳ)そして，本件補正前の請求項１０，１２及び１６には，Ｌ１及びＬ２
配列によってコードされる組換えＬ１＋Ｌ２タンパク質からなるウイ
ルス様粒子（ＶＬＰ）を製造し得る方法が記載されているとの点につい
ては，その内容は甲２（公表特許公報）によれば下記のとおりのもので
あるところ，製造しうる方法が記載されていることは，単にここに記載
された方法によれば製造できるかもしれないということにすぎず，本願
明細書には実際にＬ２タンパク質を用いてＶＬＰを製造したことに関
する記載がないのであるから，Ｌ２のＶＬＰ形成の観点からの機能が記
載されていることにはならないというべきである。
記
・請求項１０
ヒトパピローマウイルス１８型の組換えＬ１タンパク質，又は組
換えＬ１＋Ｌ２タンパク質からなるウイルス様粒子であって，その
粒子の純度が少なくとも６０％であることを特徴とする上記粒子。
・請求項１２
請求項１０に記載のウイルス様粒子の製造方法であって，
(a)パピローマウイルスＬ１タンパク質又はパピローマウイルスＬ
２タンパク質又はパピローマウイルスＬ１＋Ｌ２タンパク質を
コードする組換えＤＮＡ分子で酵母を形質転換すること；
(b)組換えＤＮＡ分子を発現させる条件下で形質転換酵母を培養
し，組換えパピローマウイルスタンパク質を生産させること；及
び
(c)組換えパピローマウイルスタンパク質を単離して，請求項１０
に記載のウイルス様粒子を生産させること；
を特徴とする上記方法。
・請求項１６
ウイルス様粒子に組み立てられた酵母由来組換えパピローマウ
イルスカプシドタンパク質の製造方法であって，
(a)少なくとも一つのパピローマウイルスカプシドタンパク質をコ
ードするパピローマウイルス遺伝子をベクターにクローニング
すること；
(b)そのベクターを宿主細胞に移入させて，組換え宿主細胞を生産
すること；
(c)パピローマウイルスカプシドタンパク質を産生させる条件下で
組換え宿主細胞を培養すること；及び
(d)ウイルス様粒子を生成させる条件下でパピローマウイルスカ
プシドタンパク質を精製すること；
を包含する上記方法。
(ｴ)さらに，甲１７（宣誓供述書）によれば，本願発明においては，実
際にＬ１タンパク質及びＬ２タンパク質を取得することによって，本願
発明のＨＰＶ１８型のＬ１タンパク質及びＬ２タンパク質が一緒にな
ってＶＬＰを形成することが透過型電子顕微鏡等により実際に確認さ
れたとされているが，甲１７は本願優先日以後（２０１０年〔平成２２
年〕）に作成された宣誓供述書であって，甲１７において初めて確認さ
れたＬ２タンパク質からのＶＬＰ形成は本願明細書には記載されてい
なかった事項であるから，甲１７に示されたＬ２のＶＬＰ形成の観点か
らの機能を本願発明の効果として参酌することはできないというべき
である。
(ｵ)以上のとおり，審決は，容易想到性の判断をする際に，本願発明７−
２におけるＬ２タンパク質の上記のような予測し得ない顕著な効果を
看過したものであるとの原告の主張は採用することができない。
３結論
以上のとおりであるから，二者択一の選択肢として含まれている本願発明７
−２は引用発明に基づいて当業者が容易に想到できるとした審決の結論に誤り
はなく，原告主張の取消事由はいずれも理由がない。
よって，原告の請求を棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第１部
裁判長裁判官中野哲弘
裁判官東海林保
裁判官矢口俊哉

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