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平成２０年（行ウ）第２３号納税告知処分等取消請求事件（第１事件）
平成２０年（行ウ）第３７号過誤納金返還請求事件（第２事件）
判決
主文
１処分行政庁が，平成１８年５月３１日付けで原告に対してした別紙１「納
税告知処分等の内訳」記載の各年月分（平成１７年３月分∼平成１８年３月
分）の源泉徴収に係る所得税の各納税告知処分及び各不納付加算税賦課決定
処分をいずれも取り消す。
２(1)被告は，原告に対し，１３５４万９２１６円を支払え。
(2)被告は，原告に対し，３５万２５００円を支払え。
３原告のその余の請求を棄却する。
４訴訟費用は被告の負担とする。
５この判決は，第２項に限り，仮に執行することができる。
事実及び理由
第１請求
１第１事件
主文１項同旨
２第２事件
(1)主文２項(1)同旨
(2)被告は，原告に対し，別紙２「本件還付源泉所得税等一覧表」記載の「計
算の基礎となる還付金等(円)｣，平成１８年度∼平成２２年度の各「特例基準
割合(％)」及び｢日数(日)｣について下記計算式に基づき計算した額の金員を支
払え。
【計算式】
別紙２の番号１ないし２１の計算の基礎となる還付金等それぞれについて
(｢計算の基礎となる還付金等」×「平成１８年度の特例基準割合」(４．１％)×
「日数」／３６５日）
＋(｢計算の基礎となる還付金等」×「平成１９年度の特例基準割合｣(４．４％）×
「日数」／３６５日）
＋(｢計算の基礎となる還付金等」×「平成２０年度の特例基準割合｣(４．７％）×
「日数」／３６６日）
＋(｢計算の基礎となる還付金等」×「平成２１年度の特例基準割合｣(４．５％）×
「日数」／３６５日）
＋(｢計算の基礎となる還付金等」×「平成２２年度の特例基準割合｣(４．３％）×
「日数」／３６５日）
（計算結果１００円未満の端数が生じた場合には端数切捨て）
第２事案の概要
原告は，原告の理事長，かつ，原告の設置するＡ学院ａ校の校長の地位にあ
ったＢが，平成１５年１２月末日付けでａ校の校長及びＡ学院の学院長の地位
を辞したとして，Bに対し，退職金として３億２０００万円（以下「本件金員」と
いう。）を支給し，平成１６年２月１０日，処分行政庁に対し，本件金員が退職所
得であることを前提とした源泉所得税５２５１万０５００円を納付した。
これに対し，処分行政庁は，Bは平成１５年１２月末日以降も引き続き原告の
理事長の地位に就いており，Bが原告を退職した事実は認められず，本件金員は
賞与たる給与所得に当たるとして，原告に対し，給与所得に係る源泉所得税額と
退職所得に係る源泉所得税額の差額について，平成１８年５月３１日付けで，別
紙１「納税告知処分」欄記載のとおり平成１７年３月から平成１８年３月までの各
月分給与所得の源泉所得税の各納税告知処分（以下「本件各納税告知処分」とい
う｡),平成１７年３月から平成１８年３月までの各月分の不納付加算税の各賦課
決定処分（以下,｢本件各賦課決定処分」といい，本件各納税告知処分と本件各賦課
決定処分を併せて「本件各納税告知処分等」という。）を行った。
原告は，平成１８年６月１２日，本件各納税告知処分等が適法である場合に納
付すべき源泉所得税４７６９万２５２０円及び不納付加算税４７６万６０００円
を処分行政庁に納付した。さらに，原告は，同年６月から平成１９年１２月にか
けて，処分行政庁に対し，本件各納税告知処分等が適法である場合に納付すべき
源泉所得税１１６５万３３００円(別紙２の番号１∼２０の合計金)及び延滞税１
９０万２９００円（別紙２の番号２１及び２２の合計金）をそれぞれ自主納付し，
不納付加算税２万９０００円（別紙２の番号２３）を平成１８年７月３１日付け
賦課決定処分に基づき納付した。
本件は，原告が，本件金員が退職所得に当たるとして，本件各納税告知処分等
の取消しを求めるとともに，国税通則法５６条に基づき，自主納付にかかる源泉
所得税(別紙２の番号１∼２０)及び延滞税(別紙２の番号２１及び２２)の合計金
１３５５万６２００円から，処分行政庁から既に還付を受けた６９８４円を控除
した１３５４万９２１６円の還付，及び，同法５８条に基づき，それぞれ別紙２
の「計算の基礎となる還付金等(円)」，平成１８∼２２年度の各「特例基準割合
(％)」及び「日数(日)」について，上記第１の２(2)記載の計算式のとおり，自主
納付分源泉所得税(別紙２の番号１∼２０)に係る過誤納金及び本件各納税告知処
分に係る延滞税(別紙２の番号２１)に係る過誤納金について，それぞれ還付加算
金の支払を求める事案である（別紙３参照）。
１前提事実(争いのない事実並びに各項掲記の各書証及び弁論の全趣旨によって
認められる事実）
(1)当事者
原告は，学校教育を行うことを目的とし，学校教育法(平成１６年４月１日
から施行される平成１５年法律第１１９号による改正前のもの。以下「学校教
育法」という。）８２条の２に規定する専修学校として，A学院b校（以下「b
校」という｡)及びA学院a校（以下「a校」という。）を設置する学校法人であ
る。
原告と関連する専修学校として，Bの息子であるC個人が設置者であるA
学院c校（以下「c校」という。）がある。
Ｂは，原告の設立者であるＤの妻であり，昭和７年１１月１日生まれの
女性である。
(2)原告設立の経緯及び学院長の地位
ア昭和３８年，D及びBは，２人で開講していた私塾「E」の京都教室にお
いて，「Q研究会」を立ち上げ，京都大学学術研究者を対象に「電子計算機
プログラミング講習会」を開催するようになった。
昭和４４年ころ，Dは，Bとともに，全日制で日本最初の情報処理教育
機関として「A学院｣(現在のc校）を設立し，昭和５１年に京都府知事から
専修学校の認可を受け，Ｄが初代理事長に就任した。さらに，Ｄは，昭
和５５年１月８日，原告を設立して理事長に就任し，原告は，同年にｂ
校を，昭和６０年にA学院情報工学専門学校（以下「d校」という｡)を設置
した。他方で，Ｄは，個人設置校として，昭和５５年にＡ学院ｅ校（以下
「e校」という｡)を，昭和５９年にA学院ｆ校（以下｢ｆ校｣という｡)を，昭
和６０年にA学院a校（現在のa校）をそれぞれ設置した。
上記原告設置各校及びD個人設置各校は，法形式的には設置者が異な
るものの，いずれもDの教育理念のもとに設置された学校であり，Dに
よって一体として管理・運営されていた（以下，原告設置各校及びDの個
人設置各校を加えた教育機関の集合体を，「A学院」という。なお，Dの死
去後，a校が平成２年に個人設置から原告設置に変更され，平成４年にf
校が，平成５年にd校が，平成６年にe校がそれぞれ廃止認可を受け
た。）。そして，Dは，c校の創始者であり，c校を含むA学院各校の設置
者でもあったことから，A学院において学院長と呼称されていた。（甲４）
イ昭和６１年７月２日，Dが死去し，当時，同人が個人で設置していたc
校，ｅ校，ｆ校及びａ校の４校のうち，ｃ校をＣが，その他の３校をＢが
相続した。同相続により，A学院には，原告，C，Bという３つの設置主
体が併存するようになったが，A学院各校は，教育理念及び淵源を同じく
し，社会的にも「A学院」との名称で一体のものと認識されていたことから，
原告，Ｃ及びＢの３者は，Ｄの死去後も，定期的にＡ学院各校の校長に
よる校長会議を開催するなどして，上記各校を緊密な連携のもと一体とし
て運営することを取り決めた。
また，原告，C及びBは，平成４年ころより，A学院における事務処
理を統一し，合理化を図るため，A学院各校における学校運営に関する事
務を，①教学(カリキュラムの設計・実施などの教育に関する事務），②教
務・就職(進路指導を含む学生への指導に関する事務)，③総務(対外的な折
衝業務や組織管理に関する事務。経理，雇用，契約書作成等の経営に関す
る事務についても，総務部内に人事室，経理室，法務室などが設けられ
た｡),④情報システム(コンピュータシステムに関する事務），⑤広報(学生
募集活動に関する事務)に再分類し，適切な部署を設けて専門的，横断的に
処理することとした（以下①∼⑤に係る事務を，単に「学校運営上の事務」
ともいう。）。
さらに，A学院全体の方向性や教学・学生募集に関する学校運営の重要
事項を決定する機関として，従来の校長会議に代わり，各校の校長及び各
部署の部長が定例で集まる部長会議が設置され，それぞれの校舎，部署の
報告，懸案事項の討議等を行うようになった。学院長は，部長会議の議長
を務めるとともに，部長会議を通じてＡ学院全体を統括し，学校運営上
の事務に係る最終的な決裁権限を有していた（以下，学院長を頂点とす
るA学院の学校運営上の事務を扱う組織を，単に「学校運営組織」という。）。
(3)法令の定め等
ア退職金に係る所得税法の定め
(ア)所得税法３０条１項は，退職所得とは，退職手当，一時恩給その他
の退職により一時に受ける給与及びこれらの性質を有する給与に係る所
得をいうとし，所得税法２８条１項は，給与所得とは，俸給，給料，賃
金，歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得をいうと
している。
(イ)所得税法３０条２項は，退職所得の金額を，その年中の退職手当等
の収入金額から退職所得控除額を控除した残額の２分の１に相当する金
額として，課税対象額が一般の給与所得に比較して少なくなるようして
おり，また，同条３項は，退職所得控除額を，政令で定める勤続年数（所
得税法施行令６９条。原則として退職手当等の支払を受ける居住者が退
職手当の支払者の下においてその退職手当の支払の基因となった退職の
日まで引き続き勤務した期間とする｡)が２０年以下である場合は４０万
円に当該勤続年数を乗じて計算した金額，勤続年数が２０年を超える場
合は８００万円と７０万円に当該勤続年数から２０年を控除した年数を
乗じて計算した金額との合計額とし，勤務年数に応じて退職所得控除額
が増加することを規定している。
さらに，税額の計算についても，他の所得と分離して課税することに
より，累進税率の緩和を図っている（所得税法２２条１項，２０１条２
項）。
イ退職金に係る通達
(ア)所得税基本通達３０−１（退職手当等の範囲）
退職手当等とは，本来退職しなかったとしたならば支払われなかった
もので，退職したことに基因して一時に支払われることとなった給与を
いう。したがって，退職に際し又は退職後に使用者等から支払われる給
与で，その支払金額の計算基準等からみて，他の引き続き勤務している
者に支払われる賞与等と同性質であるものは，退職手当等に該当しない
ことに留意する。
(イ)所得税基本通達３０−２（引き続き勤務する者に支払われる給与で退
職手当等とするもの）
引き続き勤務する役員又は使用人に対し退職手当等として一時に支払
われる給与のうち，次に掲げるものでその給与が支払われた後に支払わ
れる退職手当等の計算上その給与の計算の基礎となった勤続期間を一切
加味しない条件の下に支払われるものは，３０−１にかかわらず，退職
手当等とする。
（⑴，⑵，⑸，⑹省略）
⑶役員の分掌変更等により，例えば，常勤役員が非常勤役員(常時勤務
していない者であっても代表権を有する者及び代表権は有しないが実
質的にその法人の経営上主要な地位を占めていると認められるものを
除く｡)になったこと，分掌変更等の後における報酬が激減(おおむね５
０％以上減少)したことなどで，その職務の内容又はその地位が激変し
た者に対し，当該分掌変更等の前における役員であった勤続期間に係
る退職手当等として支払われる給与
⑷いわゆる定年に達した後引き続き勤務する使用人に対し，その定年
に達する前の勤続期間に係る退職手当等として支払われる給与
ウ理事会及び理事長職
(ア)私立学校法上の定め
平成１６年法律第４２号による改正前の私立学校法３５条１項は，学
校法人には，役員として，理事５人以上及び監事２人以上を置かなけれ
ばならないことを，同条２項は，理事のうち１人は寄附行為の定めると
ころにより理事長となることを定めており，同法３６条は，学校法人の
業務は寄附行為に別段の定めがないときは理事の過半数をもって決する
ことを，同法３７条１項本文は，理事はすべて学校法人の業務について，
学校法人を代表することを，同条２項は，理事長はこの法律に規定する
職務を行いその他学校法人内部の事務を総括することを定めている。
なお，平成１６年法律第４２号による改正後の私立学校法は，同法３
６条１項が，単に，学校法人に理事をもって組織する理事会を置くこと
を，同条４項が，理事会に議長を置き，理事長をもって充てることを，
同法３７条１項が，理事長が学校法人を代表し，その業務を総理するこ
とを規定している。
(イ)原告の寄附行為（乙９。以下「本件寄附行為」という。）
本件寄附行為は，原告の理事会は，理事７人，監事２人の役員を置い
て組織し，そのうち１人を理事長として選任すること(５条１項，１３条
２項)，原告の業務は理事会で決定し，理事会の議決は，本件寄附行為に
特別の定めがある場合を除き，理事総数の３分の２以上の出席を要し，
法令及び本件寄附行為に特別の定めがある場合を除き，理事総数の過半
数で決すること(１３条９，１１項，１４条），理事長は，理事会の議長
を務めるとともに，法令及び同寄附行為に規定する職務を行い，原告内
部の事務を総括し，原告の業務について原告を代表し，理事長以外の理
事は原告を代表しないこと（１３条７項，１５条，１６条），a校の校長
は理事となり，同校の校長の職を退いたときは，理事の職を失うこと（１
６条１項１号，２項）などを規定する。
また，本件寄附行為は，校長その他教職員としての勤務に対する給与
を除き，校務を担当する常勤の役員以外の役員は，その地位について報
酬（給与に準ずるものに限る｡)を受けることができないとする（１２条）。
エ校長職
(ア)学校教育法及び同法施行規則
原告は，学校教育法８２条の２に規定する専修学校に該当するところ，
同法８２条の７第１項は，専修学校には校長及び相当数の教員を置かな
ければならないことを規定し，同法施行規則(平成１６年文部科学省令第
１５号による改正前のもの。以下同じ｡)は，専修学校の校長は，専修学
校の全課程修了者に卒業証書を授与すること（７７条の１１，２８条），
専修学校の生徒の入学，退学，休学等について定めること（７７条の３），
専修学校学年の始期及び終期を定めること（７７条の６）を定めている。
(イ)a校学則（乙１４。以下，単に「学則」という。）
学則１４条２項は，a校の校長は，同校の校務を掌り，所属教職員を監
督すると定めている。
(4)本件金員支給の経緯
Bは，Dの死去後である昭和６１年１１月，Dの後任としてA学院の学
院長に就任し，同月６日，原告の理事長に就任した。また，Bは，昭和６２
年から平成４年８月３１日までb校の校長を，昭和６３年から平成４年ま
でd校の校長を務め，平成４年からはa校の校長を務めていた。（甲３）
原告は，平成１５年１１月２９日開催の理事会において，Bが学院長の地
位を辞し，学院長に伴う権限及び業務を後任に譲り現役を引退すること及び
a校校長の地位を退職すること，Bが原告の最高顧問に就任することを決議
により承認し，さらに同年１２月１３日開催の理事会において，Bに対し本
件金員を支給することを決定した。（乙６，７）
また，原告は，平成１５年１２月２０日開催の理事会において，学院長を，
それまでの学校運営上の事務に係る最終決裁権を有する地位から，創立者に
専属する象徴的な地位と再定義した上(以下，再定義後の｢学院長｣を，再定義
前の「学院長」と区別して,｢再定義後の学院長」という｡),再定義後の学院長
の職務を，入学式及び卒業式等の学校行事においてＡ学院の代表者として
参列すること，B以外の者には代替不可能な個人的人脈を活かした国際交流
をすること等の創立者の象徴的な役割に限定すること，Bが平成１６年１月
１日以降，再定義後の学院長となることを決議により承認した。（甲５）
Ｂは，平成１５年１２月末日付けで学院長及びａ校校長の地位を退き，平
成１６年１月１日以降再定義後の学院長に就任した。また，原告理事長の地
位は，平成１８年６月５日まで継続し，同日退任した。（乙１）
(5)Fの設置及び同センター長への就任
原告は，平成１５年１２月２０日開催の理事会において，原告がF（以下
「本件センター」という｡)を設置し，Bが本件センター・センター長に就任す
ること，原告が，Ｂ所有の建物の半分を借り受け，Ｂが同所において，本件
センター・センター長としての職務を行うことを決定した。
原告とBは，平成１６年１月１日付けで，本件センター・センター長の業
務に関し，嘱託職員雇用契約を締結し，Bは，同日付けで本件センター・セ
ンター長に就任した。（甲５５）
(6)本件納税告知処分等
原告は，平成１６年２月１０日，左京税務署に対し，本件金員が退職所得
であるとして，退職所得に係る源泉所得税５２５１万０５００円を納付した
が，処分行政庁は，Ｂがａ校校長及びＡ学院の学院長の地位を辞したとさ
れる平成１５年１２月末日以降も，従前と同様に原告の理事長の地位にあ
り，引き続き原告において職務を遂行するなどその原告における地位に変わ
りはないことから，Bが原告を退職したとは認められず，本件金員は所得税法
１８６条に規定する賞与たる給与所得であると認定した上，平成１８年５
月３１日，原告に対し，別紙１のとおり，本件金員のうち，平成１７年３月
から平成１８年３月までの間にBに分割支給された部分の金額に係る源泉所
得税について，本件各納税告知処分等をした。
(7)不服申立て
原告は，平成１８年７月２８日，本件各納税告知処分等を不服として左京
税務署長に異議申立てをしたが，左京税務署長は，同年１０月２７日付けで
これを棄却する決定をした。
さらに原告は，平成１８年１１月２７日，上記異議決定を不服として国税
不服審判所長に審査請求をしたが，国税不服審判所長は，平成１９年１１月
１９日付けでこれを棄却する決定をした。
２争点（第１事件）
本件においては,本件金員が，所得税法３０条１項の「退職手当，一時恩給そ
の他の退職により一時に受ける給与」又は｢これらの性質を有する給与｣に該当す
るかが争われている。
（被告の主張）
(1)「退職手当，一時恩給その他の退職により一時に受ける給与」
退職金の功労報償的かつ賃金後払的性質及び退職後の生活保障という機能
にかんがみ，特別に税負担が軽減され優遇措置が図られているという立法趣
旨を踏まえると，所得税法３０条１項にいう｢退職」という概念は，民法上の
雇用契約(役員の場合は委任契約）の終了というような私法上の法律関係に即
した観念として理解すべきではなく，雇用関係ないしそれに準ずる関係の終
了ないしはそれらの関係からの離脱を意味するところの社会通念として理解
すべきであり，租税法上の固有概念である。
そして，ある金員が｢退職手当，一時恩給その他の退職により一時に受ける
給与｣に当たるというためには，それが①退職すなわち勤務関係の終了という
事実によって初めて給付されること，②従来の継続的な勤務に対する報償な
いしその間の労務の対価の一部の後払いの性質を有すること，③一時金とし
て支払われることとの要件を備えることが必要であり，特に①すなわち，実
質的にその事業所等との勤務関係を終了するという実体を伴うことが必要か
つ不可欠である。
そうすると，退職所得に当たるかの判定は，給与支払者たる事業主等との
勤務関係の終了，すなわち雇用主等との勤務関係からの離脱という実質を備
えた「退職｣が前提となるべきであって，勤務関係が継続している事実がある
にもかかわらず，支給された金員を退職所得として特別に税負担を軽減する
ことは，退職金の性質及び機能にかんがみ，社会政策上の観点から特別に軽
減措置が設けられた法の趣旨を没却することになる。
したがって，本件金員が退職所得として特別に税の減免を享受し得るため
には，Ｂが原告を退職したという実体，すなわち原告との勤務関係の終了
（原告からの離脱）という事実が必要である。
(2)「これらの性質を有する給与」
また，所得税法３０条１項の｢これらの性質を有する給与」については厳格
に判断されなければならない。すなわち，退職所得に優遇措置が講じられて
いるのは，それが一時的にまとめて支給されること，退職後の生活の糧とな
るものであって，担税力が極めて弱いことにかんがみ，他の一般の給与所得
と同様に一律に累進税率による課税の対象とし，一時に高額の所得税を課し
たのでは公正を欠き，かつ，社会政策的にも妥当ではない結果を生じること
になることから，そのような結果を避けるためというものである。一時的に
まとめて精算的に支給される点では，賞与にも同様の面があるのであって，
実質的に退職したとみるべき事情がなければ，それが退職後の生活の糧とな
り担税力が低くなるとは直ちにはいえないものである。
そうすると社会通念上の「退職」に当たるとみられる事情がない場合には，
原則として，著しい優遇措置を採るべきではなく，特別な事実関係があるた
め優遇措置を採らなければ公正を欠き，かつ，社会政策的にも妥当でない結
果を生ずる場合に限り，例外として優遇措置を認めるのが相当というべきで
ある。
結局，「これらの性質を有する給与｣に当たるかは，所得税法が，退職金の
性質及び機能に着目し，退職所得について特別に税を減免している立法趣旨，
目的に照らし，厳格に判断されなければならない。
(3)退職の事実が存在しないこと（退職所得要件①）
ア役員（理事長）としての地位に変動がないこと
(ア)Bは，平成１５年１２月末日以降，引き続き，対外的に唯一原告を
代表し，原告内部のすべての事務を統括する理事長職の地位にあった。
そうすると，Bについて退職の事実はなく，退職所得要件①に該当せ
ず，役員としての地位について，分掌変更もない。
(イ)Bは，平成１５年１２月末日以降も，以下のとおり，名実ともに理
事長として職務に従事していた。
ａBは，平成１７年８月２７日開催の理事会において，a校の夜間学
科設置の提案説明を行い(乙１１)，平成１８年５月２０日開催の理事
会においては，原告の評議員の推薦並びに選任，理事･理事長・監事の
選任，教育･学習環境整備の財源とする寄附金募集についての施策を議
長として議決するなどしており(乙１２），原告の運営に関する重要事
項に関し，理事長としての職務を遂行していた。
ｂBは，平成１５年１２月末日以降も，対外的に理事長であると称し，
原告を代表して行為していた。
ｃ平成１８年５月２０日開催の理事会において，Bの理事長退任に関
する議事の際に，G理事が，「今日の本学園の発展は，B理事長に依
るところが大きいものと思います。先生には理事長職を退任されまし
た後も，引き続き本学園の教育活動へのご指導･ご助言をいただきたく
名誉理事長として留まっていただけるよう提案します｡｣と発言してい
ることからも，原告の他の理事も，Bが平成１８年５月２０日までは，
理事長としての職務を遂行していたとの認識を有していたといえる。
ｄBは，平成１８年６月５日に理事長を退任したが，上記ａ∼ｃから，
Bが同日までの間，名実ともに原告の理事長としての職責を果たして
いたことは明白である。もとより，実際に法人の代表行為を行う者が，
名目的であることなどおよそありえないし，理事長の職務は，本件寄
附行為に定められているとおり｢原告を代表すること」であり，かかる
代表行為は，理事長の有する本来の職務の一環として，Bが行っていた
ものである。
また，原告は，本件寄附行為において，理事長のみに代表権を与え，
理事には代表権を与えないことにしているところ，平成１５年１２月
末日以降も，Bを理事長とする体制を維持し，実質的にも形式的にもB
を代表者として擁してきたといえる。
仮に実質が異なっていたのであれば，平成１７年４月１日の時点に
おいて，制度改正(私立学校法６４条５項により，原告のような専修学
校のみを営む同条４項の法人にも準用される２８条により委任された
組合等登記令２条６号別表１の改正により，理事の代表権についての
制約が新たに登記事項とされた。)に伴い，原告の法人登記を整理する
に当たり，Bのみを原告の代表権を有する者として登記したとは考え
難い。すなわち，このような機会に本件寄附行為を見直すことをせず，
名目的な存在であるはずのBのみに代表権を維持し続ける理由はな
く，このことからしても，Bは理事長としての職務を遂行していたも
のと認められる。
イ従業員としての地位について退職と認めるに足りる変動がないこと
(ア)a校校長の地位に留まっていたこと
平成１５年１２月末日において，Bはa校校長の地位にあったが，以
下のとおり，Bは，平成１６年１月１日以降も同地位に留まっていた。
ａ学校教育法８２条の１１が準用する１０条において，専修学校は校
長を定め，都道府県知事に届けなければならないと定められていると
ころ，原告は，任命年月日を平成１６年４月１日としてＭがＢの後
任の校長としてa校に就任したと京都府知事に届けている。そうす
ると，Bがa校の校長を退職したのは，法的には平成１６年３月末日
となる。
ｂまた，平成１６年３月に行われた卒業式においても，a校の校長欄
に，Bの氏名が記載された卒業証書が卒業生に授与されその職務を遂
行していた。そもそも，専修学校の校長は専修学校の全課程を修了し
たと認めた者には卒業証書を授与しなければならないと規定されてい
るのであるから(学校教育法施行規則２８条，７７条の１１，学則２１
条１号様式），卒業証書に校長名が記載されていること自体，Bが，a
校校長を退職したのが，平成１６年３月末日であることの証左である。
(イ)a校校長としての職務は狭小であったこと
学則１４条２項によれば，｢校長は，校務を掌り，所属教職員を監督す
る｣と規定しているが，物的施設管理をはじめ，人事権限についても，学
校運営組織との関係で，a校校長の権限は明確ではなく，その職責は，学
校教育法２８条３項に規定する小学校の校長の職責と同一視できるほ
ど重要性の高いものとはいえないことはもちろんのこと，一般の専修学
校と比較しても重要性は高くなかった。
また，Bが，平成４年４月１日から同年８月３１日の間，a校とb校
の校長を兼務していたこと，平成１６年１月１日から同年３月３１日ま
での間，a校校長と本件センター・センター長を兼務していたことから
すれば，原告が設置する専修学校の校長の地位は，就任と辞任を繰り返
し，あるいは，２校の校長を兼務することができる程度の地位にとどま
るものであって，その職務内容は狭小であり，Bの原告への関与は，a校
校長としてよりも，理事長として深く関与していたものと考えられ，a校
校長を離職したとしても，職務内容が大きく変動するものではない。
(ウ)本件センター・センター長への就任が再雇用とはいえないこと
ａBは，平成１６年１月１日から，新たに設置された本件センター・
センター長に就任しているところ，引き続き，原告の従業員としての
地位を有している上，原告の関連業務中，相当重要な職務を行う地位
に就任したものであって，退職と認められる地位の変更はなく，本件
センター・センター長への就任は，再雇用と評価することはできない。
ｂ再雇用された場合の勤務条件は，従前のものと異なるものとなり，
継続性が認められないのが通常であり，職務内容が変わったとしても，
職務の軽重やこれに見合う報酬等において変化がないのであれば，そ
れは単に従業員の人事異動により職務内容が変わったに過ぎないとい
うべきである。少なくとも賃金については，年功賃金制の下において，
一旦退職して中途採用される場合には，当初は賃金が低めに抑えられ
ているのが通常であるし，一般に行われている定年退職後の再雇用の
場合は賃金が低下するのが通常である。
本件において，Bの行っていたa校校長の職務は，平成４年ころから
の組織改革により，その一部が部長及び学院長に委譲されており，a校
校長の職務は限定的なものであった。
これに対し，本件センター・センター長の職務は，①Bがイニシア
ティブをとって実施してきた海外コンピュータ教育支援活動（ＩＤＣ
Ｅ）を継続すること及び当該教育支援活動に基づく国際交流として各国
からの来賓や在日大使の接待などを行うこと，②海外提携諸大学より
の来訪者を招いて国際ＩＴ教育に関するミーティングや懇親会などを
実施すること，③関連校であるH大学院大学に海外から就任した教
授等を招いて国際ＩＴ教育に関するミーティングや懇親会などを実施
することとされているところであり，接待の相手方や会合の内容それ
自体から，原告の事業における重要性が推察される。
ｃBは，平成１６年１月１日以降も理事長職に在職していることから，
本件センター･センター長に係る平成１６年１月１日付け嘱託職員雇用
契約を締結したからといって，いわゆるパートタイマー（臨時職員）に
みられるような不安定な地位になったものではない。また，同嘱託職
員雇用契約は，原告とBとの間で別段の意思表示をしない限り，自
動的に更新されるものとされており，雇用期間も相当期間となること
が想定されていた。
さらに，Bは，平成１５年１２月２０日開催の原告理事会において，
Bが再定義された学院長の地位に就くこと及び再定義された地位に基
づく業務の内容及び執務室として本件センターを設置することが承認
されており，本件センター･センター長の職務は，再定義後の学院長の
業務であって，従前の学院長の地位に匹敵する安定性を有していた。
ｄBの本件センター・センター長の平成１６年１月分の給与（嘱託料）
は７０万円（基本給６０万円及び部長手当１０万円）であるところ，C
の月額給与１２０万２５００円(基本給１２０万円及びその他手当２５
００円）についで高額であり，A学院の他の原告設置校又は個人設置
校の校長及び副校長の給与と比較しても高額である。このことから，
本件センター・センター長の職務は，原告設置校の校長の職務と同等
又はそれ以上のものであった。
また，Bが，平成１５年１２月末日以降も，従前と変わらない部長
手当を受領していることは，｢職務の内容，責任の度合」が従前と同じ
であることを意味している。
ｅこのように，Bが本件センター・センター長へ就任したことにより，
Bの地位が雇用期間等の点から実質的に格別不安定なものになったと
は評価できず，職務の軽重を検討しても，本件センター･センター長へ
の就任は，a校校長から本件センター・センター長への内部異動であ
って，従事する職務内容の変更に過ぎないとみるのが相当であって，
この程度の変更では，Bが原告を退職し，再雇用された場合と同様の
事情があるとは認められない。
(エ)学院長の地位について
ａ学院長の地位は，学校教育法により配置することが定められた職務
上の地位ではなく，原告の組織上の地位でもない個人的･抽象的な地位
であり，もとより原告に従属して原告から退職金を受領できるような
法的地位ではない。
学院長とは，c校の創始者として，A学院の教育理念を体現するD
の呼称であった。
Bは，Dの死去に伴って，A学院の教育理念を体現する者となり，
学院長の呼称をDから引き継いだものであって，学院長はもとより
原告内の地位ではなく，原告に従属するような地位でもない。
ｂDは，原告の理事長及び個人で設置した学校の設置者の地位を兼
任していたため，これらのすべての法的地位に基づいて，原告設置か
個人設置かを区別することなく，A学院に属する学校のすべての事務
を統括していた。しかし，D死去に伴い，Dの個人設置であったc校
はCが相続し，「A学院」という名称に関する権利についても，本家
であるc校を相続したCに帰属することとなり，c校は形式的にも実
質的にもCにより経営されていた。また，平成４年ころからのA学
院における組織改革を中心となって行ったのもCであった。
すなわち，Bは，Dのように，法的にも，実質的にも，A学院に属
する校務の全般を統括していたわけではなく，Dの死去後以降は，A
学院の創始者の１人であることから，その教育理念を体現する者とし
て学院長を名乗り，本来の象徴的な役割を果たしていたものであって，
個別の実務には関わってこなかった。
むしろ，学院長室が設置されるまでは，A学院に属する各学校の足
並みは揃っておらず，学院長室設置後においては，学院長室室長であ
るCが中心となって学校事務運営を司っていたと認められるような
具体的事情がある。また，Bは，法的にはc校からは給与の支給を受
けておらず，学院長として給与を受領していたということはできない。
ｃこのように，学院長の地位は，Dが学院長であったころのような
実質を伴う統括者という地位ではなく，A学院の抽象的理念的代表と
いったようなものであり，再定義後においても，｢最高顧問」となった
ことにより学院長の地位を保留し，A学院の対外的な職務を従来どお
り執り行っている以上，再定義の前後で職務内容に大きな変動は認め
られない。
ウ以上のとおり，Bは，平成１５年１２月末日で，原告における何らかの
地位を離職した事実がなく，むしろ，平成１６年１月１日付けで，新たな
地位に異動した上で，原告の理事長として，その重責を果たしていたこと
から，原告を退職した事実が存在しない。
(4)従来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部の後
払いの性質を有しないこと（退職所得要件②）
ア本件金員が退職金規定に基づいていないこと
原告の退職金規程によれば，教職員の退職金は，退職時の基本給の額に
勤続年数と退職事由に応じて定められた支給基準率を掛け合わせて決定し
(同規程３４条），特に功労のあった者については退職慰労金が支払われる
とされている（同規程９条）。Bの退職金が校長の地位に伴って支出された
ものであるのであれば，同規程の算出根拠に依拠すべきであるのに，これ
に依拠していない点において，他の職員の退職金支給手続と異なる。
また，本件金員の支給額は，本件寄附行為２１条の「(1)予算，借入金
(括弧内省略）および基本財産の処分並びに運用財産中の不動産および積
立金の処分｣に該当し，評議員会の同意が必要な事項として，平成１５年１
２月１３日開催の原告理事会において決せられたものであるようだが，同
理事会の議事録には，本件金員の計算過程が示されておらず，通常の理事
の退職金支給手続とも異なる。
さらに，原告は本訴訟において，本件金員の算定根拠を示すに至ったが，
算定において，在任期間の基礎に個人設置校の期間を含めていること，退
職者の功績を考慮して１．５倍の係数を掛け合わせているのにもかかわら
ず，さらに功労金額においても同じ功績要素を重複して計算しているなど，
金額の算定に根拠のない恣意的な係数や数値が混入しており，結果として，
算出された金額が後述するBの銀行からの借入金の合計額に近似し，融
資契約の額がそもそもの根拠であったことが推察される。その他，法的に
も退職となっていない｢理事長職経験者の功績倍率」として１．５倍をして
いるなど，理事長としての退職を前提とした計算であることもうかがわれ，
本件金員の算定根拠は，不自然で不合理なものである。
イ支給理由がBの従来の勤務に基づくものでないこと
(ア)Bは平成１５年１２月末日以降も原告の理事長の地位にあった上，
同日をもってa校校長の職を辞したものでもなく，本件退職金は，a校
の退職給与規程に基づいて支給額が算出されたものでもない。
(イ)BがDから引き継いだ学院長の地位は，もともと象徴的な存在で
しかなく，再定義後も，最高顧問として学院長の地位を保留したのであ
るから，再定義の前後でBの学院長としての地位に変化はなく，退職
とはいえず，本件金員の支給も従前の勤務に基づくものということもで
きない。
(ウ)上記(ア)(イ)によれば，本件金員は，Bの退職した地位に係る勤務
を評価して支給されたものではなく，Bの勤務に対する報償ないし給与
の一部の後払いの性質を有しない。
(5)一時金として支払われていないこと（退職所得要件③）
ア原告は，Bとの間で交わした平成１６年１月３０日付け同意書（乙３０）
に基づき，本件金員のうち２億２０００万円について，Bが京都中央信用
金庫からの借入金２口（Bが住宅土地購入費用に充てるため，平成１４年
１１月２１日に京都中央信用金庫から借り入れた１億円及び平成１５年６
月２５日に同金庫から借り入れた１億２０００万円）を，原告がBに代わ
って弁済する方法により分割支給した。
このことから，本件金員の額は，当時のBの借入金の額を参考にした
ことが推察され，さらには，本件金員が，Bの借入金の返済に充てる必要
があることを主たる要因として，平成１５年に支払及び支給額を決したも
のであることを推認する余地を否定できない。
イ退職所得の｢一時に受ける給与」は，一時的な給付を指し，退職を基因と
して支払われる金員であっても，年金の形式で定期的，継続的に支給され
るものは排除される。
本件金員は，平成１６年２月∼平成１９年１１月にかけて長期にわたり
毎月支給されているから，もはや｢一時に受ける給与」ということはできな
い。
(6)「これらの性質を有する給与」に該当しないこと
上記(3)記載のとおり，Bが平成１５年１２月末日に原告を離職した事実
はなく，分掌変更の事実もない。
Bが，原告を代表し，原告内部の事務を統括する理事長職から法的に離職
したのは平成１８年６月５日であり，本件金員の給付を受けてから離職まで
の間，名実ともに理事長としての職務に従事したのであって，平成１５年１
２月末日をもって，経営上の重要な地位が他者へ引き継がれたということも
ない。
Bが，平成１６年１月１日以降原告から支給されていた給与は，月額７０
万円と，原告設置の他校の校長の給与額と比較しても高額であり，そのうち
１０万円はそれ以前と変わらず部長手当として支給されているのであるから，
かかる給与額からすれば，原告を実質的に退職したと評価できない。
さらに，上記(4)記載のとおり，本件金員は，原告の就業規則や退職金規
程に従って支給されたものではなく，原告の他の教職員の支給額の算定根拠，
決議内容，決議経過と比較してみても，本件金員の算定根拠が客観性，一見
明白性を欠くことが明らかである。
以上のとおり，本件金員は，｢これらの性質を有する給与」にも該当しない。
(7)本件金員支払が損益通算のためであること
ア課税標準
本件金員は，原告の平成１５年１２月１３日開催の理事会において，退
職金として支払を確定させたものとされているが，原告はその支払確定金
額を３億２０００万円とし，勤続年数を４１年として計算した退職所得控
除額２２７０万円を当該支払金額から控除し，当該控除した残高２億９７
３０万円の２分の１の金額である１億４８６５万円が退職所得の金額(以下
で述べる損益通算前の課税標準）となるものとして，源泉徴収すべき所得税
額を計算している。
イ平成１５年度の譲渡所得に係る損失
Bが平成１６年３月１５日に左京税務署長に提出した平成１５年分の所
得税の確定申告書とともに提出した「損益の通算の計算書」によれば，Bが
自己の保有する土地等又は建物等を譲渡したことにより，譲渡所得の金額
の計算上，短期譲渡所得(所有期間が５年以下であるものの譲渡に係る譲渡
所得)に係る損失が１２５９万３７１４円，長期譲渡所得（所有期間が５年
を超えるものの譲渡に係る譲渡所得）に係る損失が１億２０５３万６６１９
円生じたと記載されており，これらの譲渡所得の金額の計算上生じた損失
の金額の合計額１億３３１３万０３３３円は，まず経常所得の金額２２７
８万５６２６円から控除し，なお，控除しきれなかった金額１億１０３４
万４７０７円は，退職所得の金額１億４８６５万円から控除することがで
き，その結果，損益通算後の所得金額の合計額は，３８３０万５２９３円
と計算された。
すなわち，Bは，平成１５年１２月末日に原告を退職したとして退職所
得を発生させることにより，平成１５年分の退職所得を，譲渡所得の金額
の計算上生じた損失の金額と損益通算することができる状況にあった。
ウ上記ア及びイの事実によれば，原告が平成１５年１２月１３日開催の理
事会において，平成１５年中にBに対する本件金員の支給を確定させ，
その額を３億２０００万円としたのは，平成１５年において発生したB
の譲渡所得に係る損失と損益通算できるようにすることを念頭に置き，当
該退職所得の金額から逆算した場合の退職所得に係る支払額を考慮したも
のである。その上で，原告は，Bが平成１５年１２月末において実際に退
職したと判断される事実を創出するために，上記理事会において，A学院
の学院長，a校校長の職を辞することを決定したものと推測することがで
き，本件金員は，同時期にBが原告を退職したことに基因して支払われ
たものではない。
(8)所得税法上，退職所得には，累進課税の緩和を図るなどして，特別に税
の減免を図る著しい優遇措置が講ぜられており，かかる軽課措置が講ぜられ
ているのは，一般的に，退職手当等の名義で退職を原因として一時に支給さ
れる金員は，その内において，退職者が長期間特定の事業所等において勤務
してきたことに対する報償及びその期間中の就労に対する対価の一部分の累
積たる性質をもつとともに，その機能において，受給者の退職後の生活を保
障し，多くの場合いわゆる老後の生活の糧となるものであって，他の一般の
給与所得と同様に一律に累進課税による課税の対象とし，一時に高額の所得
税を課することとしたのでは公正を欠き，かつ社会政策的にも妥当でない結
果を生ずることを避ける趣旨に出たものである。
また，もとより，租税法規は，究極的には租税正義の実現を図ろうとする
ものであって，租税の公共性，公平負担の原則等，租税法の基本原則を踏ま
えつつ，法規の目的に照らし，その経済的，実質的意義を考慮して，合理的，
客観的に解釈すべきものである。
本件においては，原告からBに支給された本件金員が，退職所得に該当
するか，若しくは賞与たる給与所得に該当するかが争点となっているところ，
Bが同族会社と同一視し得る原告において引き続き勤務し，理事長として原
告を代表していることから，本件金員が退職所得と認められるためには，退
職金の性質及び機能にかんがみ，また，社会通念に即しても欠けることのな
い客観的かつ明白な根拠が求められるのはいわば当然のことである。
また，そのように解さなければ，租税法規上，納税者の恣意の介在によっ
て，退職の時期が如何様にも変容することをみだりに許容することとなり，
租税法規の求める租税正義に反する。
（原告の主張）
(1)「退職手当，一時恩給その他の退職により一時に受ける給与」
「退職手当，一時恩給その他の退職により一時に受ける給与｣に当たるため
には，①退職すなわち勤務関係の終了という事実によって初めて給付される
こと，②従来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部
の後払いの性質を有すること，③一時金として支払われることの要件を備え
る必要がある。
(2)「これらの性質を有する給与」
上記(1)記載の①∼③の要件をすべて備えていなくても，実質的にみてこ
れらの要件の要求するところに適合し，課税上，上記｢退職により一時に受け
る給与」と同一に取り扱うことを相当とするものである場合には，｢これらの
性質を有する給与」に当たる。
そして，形式的には退職したとはいえない場合であっても，勤務関係の性
質，内容，労働条件等において重大な変動があって，形式的には継続してい
る勤務関係が実質的には単なる従前の勤務関係の延長と認められない等の事
実があれば，継続的な勤務の途中で支給される退職金名義の金員は，｢これら
の性質を有する給与」に当たる。
(3)本件について
ア「退職手当，一時恩給その他の退職により一時に受ける給与」該当性
本件金員は，以下の(ア)∼(ウ)のとおり，上記(1)記載の①∼③の要件
を満たすので「退職手当，一時恩給その他の退職により一時に受ける給与」
に当たる。
(ア)勤務関係の終了（退職所得要件①）
Bの原告を含むA学院との関わり合いは，平成１５年１２月末日の
前後で大きく変化し，退職，すなわち勤務関係の終了という事実が認め
られる。
すなわち，A学院においては，個人設置校，原告設置校を含めた複数
の学校が一つのグループを形成しつつ発展してきており，A学院全体の
学校運営上の事務を統括する者(平成１５年１２月末日以前は学院長，平
成１６年１月１日以降は統括本部長である。）が，A学院の実質的な学校
運営上の事務に係る権限を掌握していたところ，Bは，Dの死去後学院
長に就任し，平成１５年１２月末日をもって学院長を退任した。
なお，A学院において，平成１６年１月１日以降もBが「学院長」とし
て紹介されることなどがあったが，ここにいう「学院長」は，再定義後
の学院長であり，A学院の象徴的な役割しか有しない地位である。
また，同日，Bは，a校校長も退任した。
ところで，Bは，学院長及びa校校長退任後である平成１６年１月１
日以降平成１９年９月３０日までの間，原告とBとの間の嘱託職員雇
用契約に基づき，本件センター･センター長を務めているが，これは，
原告・B間の労働契約関係が一旦終了し，退職となった後に，改めて再雇
用したものであって，かかる再雇用によって，平成１５年１２月末日
にBが原告を退職した事実は否定されない。
さらに，Bは，平成１６年１月１日以降も一定期間原告の理事長の地
位にあったが，理事長の地位は無給であり，その地位に基づいて給与及
び退職金が支払われることがない上，理事長の地位と学校運営組織上の
地位は全く根拠を異にしており，前者は寄附行為に基づくものであるの
に対し，後者は学則及び就業規則等に基づく点においても，理事長の地
位にあることは退職の事実に影響しない。
(イ)従来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部
の後払いの性質を有すること（退職所得要件②）
原告の理事会は以下ａ記載の諸事情を考慮してｂ記載の計算により本
件金員を算出したものであり，本件金員が，Bの従来の継続的な勤務に
対する報償ないしその間の労務の対価の一部の後払いの性質を有するこ
とは明らかである。
ａ①Bが原告の創設者であり，原告を発展させたこと，Bの原告に
対する貢献には，平成２年におけるコンピュータ設備等の特別寄附（簿
価約６２８１万円），長年にわたり，Bが原告の借入債務の連帯保証
責任を負ったことが含まれること，②原告の理事会は，前理事長のD
に支払われた弔慰金･退職功労金総額を４億円（ただし保険金１億円を
含む。）としたところ，Bの原告に対する功労は，職務内容及び職務従
事期間双方の観点から，Dを上回るものであること，③原告の支払
能力等。
ｂ支出した額は，１５０万円にBの職務従事期間４０年（在任期間で
ある昭和３８年５月１日∼平成１５年１２月末日までの４０年８か月。
ただし，法人の前身である個人設置校における従事期間を含む。)を乗
じた６０００万円に，学校法人の理事長経験者の通常の慣例とされて
いる功績倍率１．５を乗じた９０００万円と，功労金年間１０００万
円(一般の専門学校の創業者理事長クラスの報酬が，少なくとも，年額
３０００万円であるのが一般的であることを考慮して年間１０００万
円とした。)に，原告が法人化された昭和５５年４月から平成１５年３
月までの２３年間を乗じた２億３０００万円との合計額３億２０００
万円である。
(ウ)一時金として支払われること
本件金員の支給総額はあらかじめ決まっており，一時金としての性質
を有する。
なお，原告の支払能力等の諸事情から，原告とＢは，平成１６年１
月３０日付けの同意書により，本件金員の支払方法について，Bが，京
都中央信用金庫から平成１４年１１月２１日付けで借り入れた１億円（最
終返済期限平成１９年１１月３０日）及びBが同金庫から平成１５年６
月２５日付けで借り入れた１億２０００万円（最終返済期限平成１７年３
月３１日）を，原告がBに代わり，同金庫に返済することにより，本件
金員の一部と相殺することを同意したが，本件金員の一時金としての性
質に影響するものではない。
イ「これらの性質を有する給与」該当性
仮に，形式的には，Bが平成１５年１２月末日をもって原告を退職した
と認められないとしても，以下のとおり，Bと原告との関わり合いは，同
日を基準として大きく変化しており，単なる職務分掌の異動にとどまらず，
当該勤務関係の性質，内容，労働条件等において重大な変動があって，単
なる従前の勤務関係の延長とは認められないから，本件金員は，所得税法
３０条１項の「これらの性質を有する給与」に当たる。
(ア)学院長の地位からの退任
ａ学院長の地位
A学院においては，学校組織上の最高位は学院長であるとされてき
た。これは，カリスマ性を有し，無一文に近い境遇から，日本最初の
コンピュータ教育機関を創設したDの強烈な印象もあり，学院長が
学院組織の最高位であるという観念が，教職員の中に形成され，あら
ゆる権限が学院長に集中していたため，A学院においては，教職員の
意識においても，学校運営の実際の場面においても，後発の設置主体
である原告の理事長よりも，学院長の地位が高かったからである。昭
和３８年の学院創設時から，平成１５年までの４０年間，学院長とい
う地位は，学校運営上の事務について最高かつ最終の決定権を有する
地位であった。
ｂBからCへの権限の委譲
Bは,７０歳をめどに，学院長の地位から退くつもりであり，Bは，D
とＢの長男であるCを後継者として育成し，学院長の権限を委譲す
ることを，かねてより企図していた。
Bは，学院長の地位は，A学院の学校運営上の事務に係る最高権限
を有する反面，重責を負う激務であるところ，初代学院長のDは，
このような激務の最中，５６歳の若さで急逝し，A学院内外に大きな
混乱が生じたこと，そのことを踏まえると，学院長の権限をBからC
に漸次的に委譲することが望ましいこと，A学院各校の事務を統一す
ることが学校運営の合理化に資することなどから，平成４年ころから
A学院の組織改革を図り，平成６年には，学院長を補佐する学院長室
を設置し，Cを同室長として，漸次的に権限を委譲していった。
さらに，平成１５年秋ころには，Bが学院長を辞することを前提と
して，学院長室を統括本部に組織変更し，Cを同本部長とすることに
より，Bが学院長として担ってきたA学院の学校運営上の事務に係
る権限をすべて統括本部長であるCに委譲した。
ｃ学院長の地位の再定義
原告は，平成１５年１２月２０日開催の理事会において，学院長を，
それまでの学校運営上の事務に係る最高かつ最終の決定権を有する地
位から，創立者に専属する象徴的な地位へと再定義し，その職務を，
入学式及び卒業式等の学校行事においてA学院の代表者として参列
すること，B以外の者には代替不可能な個人的人脈を活かした国際交
流をすること等の創立者の象徴的な役割に限定した。これにより，B
は，平成１５年１２月末日以降も，引き続き再定義後の学院長の地位
に就くこととなったが，従前行っていたA学院全体を統括する職務
はすべて統括本部長であるCに委譲し，象徴としての職務のみを行
うこととなった。
ｄ私立学校においては，創立者が，退任，退職したからといって，学
内に留めないようにするのではなく，学内に然るべきポジションを設
けて，創立者の功績を讃えて，名誉を維持することが一般的である。
すなわち，私立学校は，創立者の教育哲学及び建学の理念とともに始
まり，長年の積み重ねにより，創立者の教育哲学及び建学の理念は，
当該学校のアイデンティティを支える。そのため，私立学校では，創
立者個人を，当該学校の教育哲学及び建学の理念を具体化した人格的
な象徴として，崇敬し続ける。ただし，崇敬の対象であるからといっ
て，現役を退いた創立者が実際の学校運営全般に対して実権をふるう
といった立場にあるわけではない。A学院における再定義後の学院長
は，そのような象徴的な地位であって，学校運営上の事務に係る権限
は一切付与されておらず，原告からBに対し，再定義後の学院長の
職務に対して対価も支払っていない。
ｅこのように，Bが，平成１５年１２月末日をもって学院長の地位を
辞し，A学院全体を統括する職務をすべて統括本部長であるCに委
譲したことにより，Bの地位に大きな変動が生じた。
(イ)a校校長の退職
原告において，設置校の校長は，所属学生の指導及び管理といった教
務，所属職員の管理，監督等の学校管理者としての業務を行い，それら
に関して最終的な決定権限を有している。
A学院では，かつては各校ごとに事務を処理し，校長が校内の業務を
統括していたが，平成４年ころからの組織改革により，学校運営上の事
務に係る業務の処理や遂行は各部署が行うこととなり，各部署の長が，
所属する教職員を直属の上司として管理･監督することが原則となったが，
教育の現場としての学校の責任はあくまで校長にあって，校長が原告の
校務に関する枢要な地位にあることに変わりはない。
Bは，平成１５年１２月末日をもってa校校長を退職しており，地位
に大きな変動があった。
(ウ)平成１６年１月１日以降の職務
ａ私立学校等の私立教育機関が，功績のあった創立者，総長及び教授
等の退職後に，その功績を讃えて，新規に研究所やセンター等を設置
し，創立者，総長及び教授等の退職後のポジションを設けることはよ
くある。原告においても，Bが中心となって行っていた，非営利の純
粋なボランティア活動である国際コンピュータ教育開発支援事業(後に
「国際コンピュータ教育開発事業」となる。）が，学院の教育事業とは一
線を画する性質のものであったが，対象国及び日本政府から高い評価
を受けることにより，学院の教育機関としての評価を高めることとな
った。同事業は，Bのパーソナリティや人脈と切り離せないものであ
ったこと，Bがライフワークとして継続する意向を示すなどしたこと
から，原告は，本件センターを設置し，Bを本件センター・センター
長として，同事業を継続することとした。
ｂ原告は，原告が，Bに対し，契約期間１年（特段の意思表示がない
限り自動更新される。）による嘱託職員雇用契約により，本件センタ
ー･センター長の職務を委嘱すること，本件センターが，来客の接客対
応によるＩＴ教育開発談話室として機能すること，職務は，A学院の
校舎ではなく，B個人所有の建物で行うこと，職務はA学院の組織
及び指揮命令系統から切り離し，担当部署を設置しないでBが１人
で行うことを前提として，Bとの間で，平成１６年１月１日付けで嘱
託職員雇用契約を締結した。
ｃ本件センターに専属の職員はおらず，Bの息子であるIが，親子関
係に基づく個人的な関係から秘書となり，業務の補助をしているほか，
アメリカで活動していたBの長女であるJが業務を手伝っていた。
ｄBは，平成１９年１１月に７５歳を迎え，高齢になったこと，国際
交流の相手も高齢となり，Bの果たすべき役割が終焉を迎えたこと，I
が国際交流の役割を果たすようになったことなどを理由として，平成
１９年９月末日をもって，本件センター･センター長を退任し，原告と
Bとの間の嘱託職員雇用契約は終了した。原告からBに対し，嘱託
職員雇用契約終了に伴う退職金は支払われていない。
(エ)このように，Bは，平成１５年１２月末日をもって，a校の校長及
びA学院全体を統括する地位である学院長をいずれも退任して実質的
には実務の第一線から退き，平成１６年１月１日以降は再定義後の学院
長として象徴としての職務を行うとともに，本件センター･センター長と
して再雇用され，ライフワークとして行っていた国際交流活動の一部を
継続することとなったもので，平成１５年１２月末日の前後で，その職
務には大きな変動があったばかりではなく，平成１５年１２月当時は１
か月当たり１６０万円(基本給１５０万円及び部長手当１０万円）であっ
た賃金が，平成１６年１月１日以降，１か月当たり７０万円(基本給６０
万円及び手当１０万円)となり，約５６％減額されることとなり，所得税
基本通達３０−２(3)の運用指針の要件を満たす程度の賃金の減額があ
り，従前の勤務関係の延長とは認められない。
(オ)理事長職の継続について
ａBは，平成１８年６月５日まで原告の理事会の理事長を務めたが，
それはBが平成１５年１２月末日に退職したことに影響しない。
ｂ本件寄附行為１５条によれば，原告の理事長は，対内的には法人内
の事務を統括し，対外的には法人を代表することになっているが，原
告における学校運営上の事務に係る最終的な決裁権限は，平成１５年
１２月末日以前は学院長，平成１６年１月１日以降は統括本部長にあ
り，多額の金銭を要する事項及び新学科の設置等の重大な事項につい
てのみ，理事会に上程されていた。
なお，学校運営組織から理事会に上程される審議事項は，学校運営
組織において十分に内容を検討して調整しているため，理事会がこれ
を否決することもほとんどなかった。
ｃ学校運営組織が常時機能しているのに対し，理事会は定期的に開催
されるわけではなく，議題があるときに不定期に開催されるため，理
事長としての執務時間は学校職員の執務時間に比して極めて短い。ま
た，本件寄附行為には，理事の職務については無給であることが定め
られており，退職金についても支給されない。
ｄBが，平成１６年１月１日から理事長を退職する平成１８年６月５
日までに，理事長としてした職務は，いずれも対外的に原告を代表す
る地位にあったことに伴う形式的なものに止まり，学校運営上の事務
について実質的に決定し，最高権限を行使するということはなかった。
また，理事会において，学校運営に関与しなくなったBが議長を務
めることが適切ではない議案等については，実質的な決裁権者である
統括本部長の地位にあったCがBに代わって議長を務めることもあ
った。このように，平成１６年１月１日以降のBの理事長としての
地位は名目的なものであった。
ｅBが，平成１５年１２月末日に理事長を退任しなかったのは，Dの
死去後，Bが原告の金融機関（京都中央信用金庫，協和銀行（現在のり
そな銀行))からの借入れについて連帯保証をしていたところ，それら
の金融機関が，Bが理事長を退職して連帯保証を解除することに対し
て難色を示し，それらの金融機関と原告との与信に不可欠な信頼関係
を維持するために，Bを引き続き理事長としておくことが必要となっ
たためである。
なお，Bは，平成１８年３月，経済産業省が信用保証制度における
法人代表者の個人保証を原則廃止する方針を打ち出したことを受けて，
同年６月５日に理事長を退任した。
(カ)Bの体調について
学院長の職務は，A学院全体を統括する激務であり，高齢の身におい
ては，その職務を遂行することは到底できない。Bは，加齢に伴い，遅
くとも平成１４年ころには，慢性疾患である，高脂血症，高血圧症及び
糖尿病を患うようになり，平成１３年１２月ころには，脳梗塞の診断を
受け，平成１５年２月にも，脳梗塞の発作に襲われたほか，そのころ，
椎骨脳底動脈循環不全症の診断も受けた。このように，Bは平成１５年
ころには満身創痍の状態にあり，学院長の職務を遂行できる状態ではな
かった。
(キ)退職時期が予定よりも延期した事情
Bは，体調の問題もあり，７０歳となる平成１４年を目途に学校運営
及び教務から退き，Cに権限を委譲する予定であったが，以下の事情に
より平成１５年１２月末日まで延期となっていたものである。
ａ専門職大学院の設置
平成１５年施行の改正学校教育法(平成１４年法律第１１８号）によ
り，高度で専門的な職業能力を有する人材の養成を目的とする専門職
大学院制度が創設され，A学院は，日本初のＩＴ専門職大学院の設置
を目指すこととなった。そして，同大学院設置のためには，Bの実績
が必要不可欠であった。
また，当初は，原告がＩＴ専門職大学院の設置主体となる予定であ
ったが，平成１５年６月下旬，専門職大学院設置のためには，別途，
学校法人の設立を要するとの行政指導を受け，Bは，２億３０００万
円を新学校法人の設立費用として拠出し，設立資金の残部はCとIが
拠出した。
ＩＴ専門職大学院の設立認可申請手続は平成１５年１１月までに完
了し，平成１６年４月１日，Bらの設置したＩＴ専門職大学院（「H
大学院」）は，日本最初のＩＴ専門職大学院として開講した。Bは，上
記手続の完了後である平成１５年１２月末日をもって退職した。
なお，Bの退職金のほとんどは上記大学院設置のための資金の借入
れの返済に充てられた。同大学院の設立は，時代の変化の中で，高度
ＩＴ人材の育成という社会的要請に応えるためのものであり，いずれ
も私利私欲ではなく公益を追及する行為であって，退職金が上記各借
入れの返済に充てられていることをもって，本件金員が退職金である
ことが否定されるものではない。
ｂA学院は，平成１５年に創立４０周年を迎えたところ，従来５年毎
に創立記念行事を大々的に執り行ってきたことから，同年１１月１日
に創立４０周年記念式典を執り行うこととなった。４０周年の持つ重
みから，これまで学院を発展させてきたBが，退職者ではなく，現
職者として，記念式典に参加することが望ましく，A学院の教職員も
そのことを望み，Bに要請したため，Bは，退職を１年延期し，同記
念式典に現職者として列席した後，平成１５年１２月末日に退職した。
(ク)損益通算をしたことについて
Bは自己の意思により，平成１５年１２月末日に現実に退職したので
あり，損益通算をしたことに何ら違法はない。
(ケ)以上のように，平成１５年１２月末日の前後で，原告におけるB
の地位には，実質的には従来の勤務関係の延長と認められない大きな地
位の変動があった。原告が，Bに対し，本件金員の他に退職金を支給す
る機会はなく，本件金員を退職金に当たらないとして，優遇課税をしな
いとすると，Bは一度も優遇課税の恩恵に与ることができず，公平に反
する。また，老後の生活の糧を確保することができず，ひいては，所得
税法３０条１項が，退職金についてその他の給与所得に比較して優遇措
置を定めている趣旨に反する。
３争点（第２事件）
自主納付分源泉所得税に係る過誤納金に対する還付加算金の起算日がいつに
なるかについて争いがある。
（被告の主張）
源泉徴収による国税に係る過誤納金(源泉徴収による国税に係る延滞税を含
む。）に係る還付加算金の起算日については，国税通則法５８条１項３号及び
国税通則法令２４条２項２号の規定により，「税務署長がその過誤納の事実を
確認した日の翌日から起算して１月を経過する日の翌日」であるとされている。
源泉徴収による国税として納付された金員そのものが過誤納金に当たるか
否かについての訴訟が提起された場合で，かつ，当該納付された金員が税務
署長の告知処分によるものではなく源泉徴収義務者が自主的に納付したもの
である場合においては，そもそも訴訟上において，国側が当該納付された金
員は過誤納金ではないと主張して争っている状況下で，当該訴訟に係る判決
により当該納付された金員が過誤納となると確定するより前に，税務署長が，
当該納付された金員が過誤納であると確認することは不可能であるから，源
泉所得税として自主的に納付された金員につき過誤納金返還請求訴訟が提起
された場合の｢税務署長が過誤納の事実を確認した日｣とは，｢当該納付された
金員が過誤納であると認める判決確定の日」であると解される。
したがって，自主納付分源泉所得税に係る過誤納金に対する還付加算金の
起算日は「判決確定の翌日から起算して１月を経過する日の翌日」となる。
（原告の主張）
自主納付分源泉所得税に係る過誤納金に対する還付加算金の起算日は，国
税通則法５８条１項３号及び国税通則法令２４条２項２号の規定により，税
務署長が過誤納の事実を確認した日の翌日から起算して１月を経過する日の
翌日であるが，本件において，原告が平成１８年４月分から平成１９年１１
月分までの源泉所得税等を納付したのは，これを納付しないと不利益な処分
を受けることが予想されたからである。また，本件のような場合に，税務署
長が過誤納の事実をどのようにして確認するのか定かではないから，上記法
令をそのまま適用するのは相当ではなく，過誤納の日の翌日から起算するべ
きである。
第３争点に対する判断
１前提事実並びに各項掲記の証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実
(1)A学院の管理・運営（甲５，６８の１∼１２，９１，１１１，１１２，乙
３∼７，２１，原告代表者C，証人B）
アDの生存中，原告設置の２校（b校，d校）とそれ以外の個人設置の４校
（c校，e校，f校，a校）とは，それぞれ異なる学則を有していたものの，D
が，６校すべての校長並びに原告及び個人設置校の代表を務め，６校すべ
てを一体として管理・運営していた。Dは，６校すべての学校運営上の事
務について最終的な決裁権限を有し，A学院において，学院長との名称で
呼称されていた。
イ昭和６１年７月２日にDが死去した後，c校をCが，e校，f校及びa
校をBが相続したことにより，A学院内に原告，C及びBという３つの
設置主体が併存するようになった。もっとも，A学院各校は教育理念及び
淵源を同じくし，社会的にも「A学院」との名称で一体のものと認識されて
いたことから，原告，Ｃ及びＢの３者は，Ｄの死去後もＡ学院各校の教
育事業を，緊密な連携のもとに展開することとして，以下のとおり確認
した。
(ア)「A学院」という名称に関する権利については，c校を相続したCが
有し，他の設置主体は名称使用契約を締結して「A学院」の名称を使用す
る。
(イ)広報・学生募集活動はA学院全体として行い，経費については各校
の学生数による按分比例で各設置主体が負担する。
(ウ)教育実習設備等の導入については，当該設備等が設置されている学
校の設置主体が負担することを原則とする。ただし，その使用に当たっ
ては，他校の学生の使用に関しても便宜を図る。
(エ)各校の連携を図り，A学院全体としての運営を円滑に進めるために，
定例で校長会議を開催し，懸案事項の討議を行うものとする。校長会議
の議長は学院長が務め，学院長は校長を兼ねなければならない。
(オ)学院長は，A学院各校の代表であり，A学院全体を統括する地位と
して，学校運営上の諸事項に関して，最終的な決裁権限を有する。その
地位にはBが就任する。
Bは，昭和６１年１１月６日，学院長及び原告の理事長に就任した。
ウ平成２年にa校が個人設置から原告設置に変更され，平成４年にf校が，
平成５年にd校が，平成６年にe校が随時廃止認可を受けたことにより，
平成６年以降，A学院の設置主体はC及び原告となった。
エ平成４年ころ，Cの提案で，それまでA学院各校が個別に行っていた
学校運営上の事務処理を統一し，合理化を図るための組織改革が行われる
こととなった。同改革では，まず，若手の教員からなる｢合理化委員会」を
発足させ，A学院各校の学校運営上の事務を，原告設置の学校であるか，
個人設置の学校であるかを問わず，①教学(カリキュラムの設計・実施など
の教育に関する事務),②教務・就職(進路指導を含む学生への指導に関する
事務),③総務（対外的な折衝業務や組織管理に関する事務),④情報システ
ム（コンピュータシステムに関する事務),⑤広報(学生募集活動に関する事
務)に再分類し，適切な部署を設けて専門的，横断的に処理することとした。
また，経理，雇用，契約書作成等の経営に関する事務についても，A学院
各校が個別に処理するのではなく，学校運営組織の総務部内に人事室，経
理室，法務室などを設けて統一的に処理されることとなった。
さらに，A学院全体の方向性，教学，学生募集に関する学校運営の重要
事項を決定する機関として，従来の校長会議に代わり，各校校長及び各部
署の部長が定例(２週間に１回）で集まる部長会議が設置され，各校及び各
部署の報告並びに懸案事項の討議などを行うようになった。
Bは，学院長として部長会議の議長を務め，議事の進行をするとともに，
各校及び各部署からの報告に対して，具体的に問題点や改善すべき事項を
指摘し，担当者に対して再検討，再調査等の指示を出すなどしていた。部
長会議では，学校運営上の事務に係る各校及び各部署からの提案事項につ
いて，出席者間で討議を行い，Bは，部長会議を通じて，各校及び各部署
の状況を把握し，学院長として学校運営上の事務に係る最終的な決裁権限
を行使していた。
オBは，平成６年ころ，学校運営上の事務をより円滑に行うため，学院長
の職務を補佐する秘書室の機能を有する部署として学院長直下の学院長室
を設置し，Cを学院長室長に就任させた。
なお，Bは，そのころより，７０歳となる平成１４年ころの引退を希望
していたところ，学院長室の設置及びCの同室長への就任は，Bの引退
時における権限交代に伴うA学院内における混乱を避け，後継者であるC
に学院長の権限を円滑に委譲するための準備の一環でもあった。
カCは，平成１１年ころから，A学院において，若手の教職員のリーダー
候補を集めた｢プロジェクト２１」という委員会を設置し，学校運営組織の
活性化に努めるとともに，学校運営組織の中核を担う人材を育成し，Bか
らCへの世代交代に備えるなどした。
キ平成１５年９月，A学院において，学院長室に代わって統括本部が設置
され，統括本部長にCが就任し，それまでBが学院長として行っていた
学校運営上の事務に係る職務は，事実上ほぼすべて統括本部及び統括本部
長であるCに引き継がれた。
ク平成１５年１１月１日，A学院創立４０周年記念式典が開催された。同
式典には，卒業生，企業関係者，学会関係者，各国政府関係者等が参列し，
同式典においてBが学院長としてA学院４０年の歩みを総括するなどし
た。
ケ平成１５年１１月２９日に開催された原告の理事会において，Bは，理
事らに対し，古希を迎え，A学院創立４０周年記念式典及び祝賀会を終え
たのを機に，平成１５年末をもってa校校長を退職し，学院長としての
権限を後任に譲り現役から引退する意思を表明した。また，Bは，Bの引
退後もA学院の対外的な信頼を維持するためにBの学院長の地位は名目
的なものとして残すこと，学院長の職務を遂行する「ＣＥＯ（Chief
ExecutiveOfficer，最高経営責任者）」としてCを，a校の校長として原
告理事で当時a校副校長であったMを推薦することについても説明し，
同日，原告理事会は，全員一致でBの平成１５年１２月末日付け退職並
びにCの統括本部長への就任及びMの京都駅校校長への就任を決議によ
り承認した。
コ平成１５年１２月１３日，原告の理事会は，Bの退職金・功労金として，
３億２０００万円を支給すること及びBをA学院の最高顧問とすること
を決定した。
サ平成１５年１２月２０日，原告理事会は，Bが引退後に就任することと
なる最高顧問の地位について，学院長との名称は残したまま，学院長の再
定義を行うこととした。すなわち，それまでA学院関連校全体の統括的
な地位であった学院長を，創立者に専属する象徴的な地位として再定義し，
A学院全体を統括する地位を統括本部長と呼称するよう改めた。
また，同日，原告の理事会は，学院長の再定義に伴い，①Bが再定義
後の学院長に就任すること，②再定義後の学院長の典型的職務を，入学式
及び卒業式等の学校行事において学院の代表者として参列すること並びに
B以外の者には代替不可能な職務（Bの個人的な人脈を活かした国際交流，
国内における学会及び産業界との交流，創設者としての学院の歴史編纂の
仕事）とすること，③原告が本件センターを設置し，Bが本件センター・セ
ンター長に就任すること，④原告が，Bが同人の名義及び計算で建築した
新築建物の半分を借り受け，Bが同所において本件センター・センター長
としての職務を行うことを承認した。
(2)Bの職務（甲５，７，１０∼２８，５５，５６，７２，１１１，１１２，
乙１，８，９，１１，１２，２０，２１，原告代表者C，証人B）
ア学院長としての職務
学院長は，A学院の学校運営上の事務に係る最終的な決裁権限を有し，A
学院全体を統括する地位であったところ，Bは，学院長として，以下の職
務を行っていた。
(ア)A学院の学校運営上の事務に係る最終決裁を行っていた。
(イ)部長会議に出席し，議長を務め，同会議を通じてA学院全体の状
況を把握し，必要な指示を出していた。
(ウ)A学院においては，金融機関関係者，業界関係者，学界関係者等を
多数招待して行われる創立記念行事が５年毎に開催されるところ，同記
念行事の開催に当たっては，A学院に実行委員会が設置され，学院長が
統括して開催していた。
(エ)A学院においては，A学院各校校長が１年に２∼３回集まり，学生
の卒業の可否及び課程修了を認めるか否かを決定する卒業判定会議(単位
を満たしているかという形式審査だけではなく，卒業認定が難しい学生
や，就職が決まっているが，単位が不足している学生の処置等の実質的
な審査も行う。）を開いているところ，Bは，学院長として同会議に出席
し，議長を務めていた。
(オ)新規学科の設置に際し，プロジェクトリーダーとして，自ら基本コ
ンセプトの立案，学内外の人材の確保を行うほか，カリキュラムや設備
導入などに関する最終的な決裁を行うなどして，学科設置を実現してき
た。
(カ)A学院の存続及びさらなる発展を目指し，新事業の企画・立案を行
った。実現には至らなかったものの，国内事業に関して，平成５年には，
通信制短期大学の設立を企画した。また，国際事業に関しては，平成元
年に米国のボストンにボストン校を開設し，国際情報処理科の学生が国
際経験を積むことを可能にし，平成８年にはL大学と姉妹校提携をし，A
学院の学生が同大学へ短期留学をすることを可能とするなどした。
(キ)その他
Bは，その他，学院長として，A学院の教職員の採用に係る最終決定
を行うほか，必要に応じて職員通達を出し，全教職員が集まる全体会議
において，A学院の学校運営の方向性について話すなどもしていた。
また，A学院の代表者として対外的に接客をしたり，入学案内，校友
会機関誌などのために，学院長として，学院の将来的な展望等について
文章を執筆したり，入学式や卒業式などの式典において学院長としてお
祝いの言葉を述べるなどしていた。
イ再定義後の学院長としての職務
平成１５年１２月２０日開催の原告理事会において，再定義後の学院長
の職務は，入学式及び卒業式等の学校行事において学院の代表者として参
列すること，B以外の者には代替不可能な職務（Bの個人的な人脈を活か
した国際交流，国内における学会及び産業界との交流，創設者としての学
院の歴史編纂の仕事）をすること等に限られるとされた。
Bは，平成１５年秋ころ，入学式や卒業式などの式典において，学院創
立者としてお祝いの言葉を述べることや，ボランティア活動としての国際
活動を行うことを除いた上記ア(ア)∼(キ)の職務を，統括本部ないし統括
本部長であるCに委譲した。平成１５年１２月末日以降，Bが実際に再
定義後の学院長として行った職務は，入学式及び卒業式の祝辞を述べるこ
と，A学院のパンフレットの冒頭の原稿を書くことなどにとどまっており，
その対価として給与を受けたことはなく，平成１５年１２月末日以降の職
務に対し，退職金が支払われることもない。
また，Bは，オブザーバーとして出席する例外的な場合を除いては，原
則として部長会議にも出席しなくなり，平成１６年１月１日以降は，CがB
に代わり，部長会議の議長を務め，各校及び各部署に必要な指示を出して
いた。
ウa校校長としての職務
(ア)Bは，平成４年にa校校長に就任した。
(イ)a校の校長は同校の校務を掌り，所属教職員を監督することとされ
ているところ（学則１４条２項），具体的にBが行っていた職務として
は，①入学・編入学の審査及び許可(学則１７条，１８条)，②休学･退学
の許可(学則１９条，２０条),③休業日等の決定(学則７条１項７号，同
条２項),④成績優秀者や顕著な成果を修めた学生の選定及びそれらの者
に対する表彰(学則２３条),⑤学生に対する指導及び懲戒処分（学則２４
条),⑥校舎設備等の利用の方法や授業態度などについて学生に注意喚起
するための告示,⑦卒業認定（卒業判定会議に校長として出席することを
含む｡)及び卒業証書の授与（学則２１条),⑧校舎設備の利用許可などが
ある。
なお，a校の学校運営上の事務については，学校運営組織が行ってお
り，平成１５年１２月末日までは学院長が，平成１６年１月１日以降は
統括本部長が最終的な決裁権限を有していた。
(ウ)平成１６年３月に行われたa校の卒業式においては，a校校長欄に，
手書きの書体でBの氏名が印刷された卒業証書が卒業生に授与された。
(エ)原告は，平成１６年２月２日開催の理事会において，Bの後任とし
てMをa校校長に任命することを決定した上，同年３月２日付けで，
京都府知事に対しMをa校校長に任命したことを届け出た。そして，M
は同年４月１日付けで同校校長に就任した。
なお，平成１６年１月１日から同年３月３１日までは，当時a校の
副校長であったMが同校校長を代行していた。
エ本件センター・センター長としての職務
(ア)A学院においては，Bが中心となって，平成元年から，国際コンピ
ュータ教育開発支援事業（後に，国際コンピュータ教育開発事業に改名
した。以下,｢国際コンピュータ教育開発事業」という｡)を行い,ＩＴ教育
を国際的に広める活動を行ってきた。これは，A学院所蔵の使用済みの
教育用コンピュータを，アジア，アフリカ，東欧等のＩＴ発展途上国に
寄贈し，現地の教育省･科学技術省等と協力しながら，当該国のコンピュ
ータ･リテラシー教育の開発及び浸透を図るものである。単に，ハードに
当たるコンピュータを寄贈するのではなく，対象国のコンピュータ教育
担当教員の養成も行うことに特徴がある。
国際コンピュータ教育開発事業は，非営利の純粋なボランティア活動
であり，本来の教育事業とは異質であるため，本件センターの設置まで，
A学院の学校運営組織内に担当部署はなく，BとJが中心となって活動
を推進していた。
Bは，原告に対し，平成１５年１２月末日以降も，個人的立場におい
て，ライフワークとして国際コンピュータ教育開発事業を継続したい意
向を示すとともに，Bの所有する建物を原告が賃借し，Bが国際コンピ
ュータ教育開発事業を行うための執務場所とすることを提案した。原告
は，Bが個人的に築き上げてきた国内外の人脈の活用は原告の発展にと
り不可欠であること，１５年間にわたり行われた同事業が原告の教育機
関としての評価を高めたこと，同事業はBが主導権を発揮して行って
きたところ，同事業対象国における効果が画期的であったことから，現
地の要人・関係者等とBとの絆は強く，原告の国際交流の推進にBが果
たすべき役割は依然大きいものがあると判断したこと，Bが同事業を継
続することは，原告にとっても利点があると考えたことなどから，Bの
提案を承認し，Bの引退に際し，原告の附属機関として本件センターを
設置した上，Bを本件センター・センター長とすることとした。
(イ)原告とBは，平成１６年１月１日付けで，嘱託職員雇用契約を締
結し，Bは，同日付で本件センター・センター長に就任した。同嘱託職
員雇用契約において，原告とBは，①Bは，契約期間中，嘱託として，
原告の定める諸規定を守り，常に業務の能率を高め，業務上の指示命令
を遵守して，原告の業務に従事すること，②原告がBに嘱託する業務
は，本件センター・センター長としての業務とすること，③雇用期間は，
平成１６年１月１日から同年１２月３１日までとすること，④別段の意
思表示がされなければ，自動更新すること，⑤嘱託料は１か月７０万円
とすることを合意した。勤務形態(勤務時間等）については特に定められ
ていない。
また，職務は，学校の校舎ではなく，B個人所有の建物で行うことと
し，原告は，Bと，平成１５年１２月２６日付けで，B所有の建物のう
ち１９０㎡を１か月当たり５０万円の賃料で借り受けるとの賃貸借契約
を締結した。
(ウ)Bは，平成１６年１月１日以降，本件センターにおいて，本件セン
ター･センター長として，各国からの来賓や在日大使の接待などを行うほ
か，海外提携諸大学の関係者，H大学院大学に就任した海外の教授，
助教授，講師などを招いて，国際ＩＴ教育に係るミーティングや懇親会
などを実施するほか，本件センター内の執務室において，A学院の歴史に
関する著述活動等を行った。
なお，本件センターに専属の職員はおらず，Iが秘書となり，業務を
補助するほか，必要に応じてA学院の職員が職務を補助し，本件セン
ターにおける接待等に関して国際交流に係る現実的な業務が生じた場合
には，その具体化，実施は統括本部が統括する国際業務室が遂行してい
た。
(エ)原告とBとの間の嘱託職員雇用契約において退職金に係る合意は
なく，同契約は平成１９年９月３０日をもって終了したが，その際，原
告からBに同契約終了に伴う退職金は支払われていない。
オ理事長としての職務
(ア)Bは，昭和５５年に原告の理事に就任し，昭和６１年に原告理事会
の理事長に就任した。
(イ)本件寄附行為１４条は，原告の業務は理事会で決定すると定めてい
るが，原告の学校運営上の事務については原則として学院長(平成１６年
１月１日以降は統括本部長）が最終的な決裁権限を有し,その都度理事会
に上程し，承認を得る運用とはなっておらず，原告理事会は，主に役員
の選任・解任，原告の経営に係る事項，予算の編成（本件寄附行為３１
条),予算外の新たな義務の負担又は権利の放棄を伴う事項（本件寄附行
為３２条),決算，新たな学科の設置等の重要事項についてのみ審議及び
決議を行っていた。
理事会は，必要に応じて理事長が招集することとされており(本件寄附
行為１３条３項），理事長としての勤務は非常勤かつ不定期であった。
(ウ)Bは，平成１５年１２月末日の前後を通じて，原告の理事長として
理事会の開催案内をするほか，議長として議案の提案説明等を行うなど
して議事を進行し，理事として審議及び決議に参加した。また，原告に
おいて，理事長は原告を代表し，理事長以外の理事は原告の業務につい
て原告を代表しないとされていたことから（本件寄附行為１５条，１６
条），対外的に原告の代表として行為をした。
(エ)原告理事会は，平成１８年５月２０日，Bの理事及び理事長の各退
任を決議し，原告は，同年６月２７日，同月６日付けでBが理事長を
退任し，Cが同日付けで理事長に就任したとの登記を経由した。
(オ)原告の理事は，校長その他教職員としての勤務に対する給与を除き
無報酬であり，退職金の支給もない（本件寄附行為１２条）。
(3)Bの体調（甲５３，５４，１１１，証人B）
Bは，平成１３年１２月ころ，M神経内科で脳梗塞の診断を受け，遅く
とも平成１４年ころには，慢性疾患である高脂血症，高血圧症及び糖尿病を
患うようになった。また，平成１５年２月ころには，椎骨脳底動脈循環不全
症を発症した。
退職後の平成１６年１月，Bは，N眼科クリニックで白内障の手術を受け
た。
平成１６年１月以降，Bの高脂血症及び糖尿病は薬を服用することにより
落ち着いている。
(4)給与の変動（甲８，乙２２，２３，）
原告は，Bに対し，平成１５年１２月末日まで，基本給として１か月当た
り１５０万円，部長手当として１か月当たり１０万円を支払っていた。
これに対し，平成１６年１月１日以降は，原告とBとの間の嘱託職員雇
用契約に基づき，給与として，１か月当たり７０万円を支払っていた。
(5)退職金の算定根拠（甲９，１１４，乙７，５５）
アa校就業規則５９条及び退職金規程によれば，原告は，満３年以上勤務
する正社員（嘱託職員,日々雇い入れられる者，期間を定めて使用する臨時
の者，パートタイマー，アルバイトは含まれない｡)が退職するときに，同
職員に対して退職金を支給することとされ（同規程１条，２条),支給額の
算定は，退職事由に応じ，退職時における基本給の額に同規程別表に掲げ
る勤続年数に応じて定めた支給基準率を乗じた額とされている(同規程３条，
４条）。定年退職の場合，勤続年数４０年の支給基準率は４０である。
また，在職中に勤務成績が優秀であった者，および特に功労のあった者
に対しては慰労金を支給することがあり，その額についてはその都度定め
ることとされている（同規程９条）。
イBの退職金の算定根拠
本件金員は，上記ア記載の退職金規程による算定ではなく，原告理事会
において，以下の(ア)∼(ウ)を考慮して，(エ)の計算方法により決定され
た。
(ア)Bが原告の創設者の１人であり，これまで原告の発展に多大な貢献
をしたこと（平成２年のコンピュータ設備等の特別寄附（甲１０４,薄価
約６２８１万円),多年にわたる原告の金融機関に対する借入れの連帯保
証をしたことを含む。）。
(イ)Dの弔慰金及び退職慰労金が総額４億円（保険金１億円を含む。）で
あったところ，Bの原告の対する功労は，職務内容及び職務従事期間双
方においてDを上回ること。
(ウ)原告の支払能力等の諸事情
(エ)計算方法
ａ１５０万円×４０年（在任期間昭和３８年５月１日∼平成１５年１２
月末日）（α）
ｂ学校法人の理事長経験者の通常の慣例とされている功績倍率１．５
倍（β）
ｃ（α）×（β）＝９０００万円・・・①
ｄ年間１０００万円(ただし功労金。一般の専門学校創業者理事長の年
収が３０００万円程度であることから算定したもの。）×２３年（原告が
法人化された昭和５５年４月∼平成１５年３月）＝２億３０００万
円・・・②
ｅ①＋②＝３億２０００万円
ウ支給方法
本件金員は，平成１６年２月に１億２５００万５０００円が支給され，
平成１６年３月から平成１９年１１月まで，平成１７年３月に１億２１６
６万７０００円が支給されたのを除き，毎月１６６万７０００円ずつ分割
支給された。
(6)金融機関への連帯保証等（甲５７∼６７）
ア原告及びBは，昭和６２年８月２８日付けで，協和銀行（現在のりそな
銀行）に対し,原告が同行に別に差し入れた銀行取引約定書に規定する取引
に関する一切の債務について，Bが原告と連帯して保証債務を負う旨の保
証約定書を差し入れた。
イ(ア)原告は，平成４年１０月３０日，伏見信用金庫から，a校の建築資
金として，２７億８０００万円を借り受け，Bが同債務につき連帯保証
した。
(イ)原告は，平成１３年９月２８日，京都中央信用金庫から，６億８５
００万円を借り受け，Bが同債務につき連帯保証した。
(ウ)原告は，平成１５年７月３１日，京都中央信用金庫から，１億５０
００万円を借り受け，Bが同債務につき連帯保証した。
ウBは，京都中央信用金庫に対し，平成１５年１２月２５日，上記(イ)及
び(ウ)の連帯保証契約を解除することを申し入れたが，これを拒否された。
エ平成１８年３月２０日ころ，経済産業省が，国が認可する信用保証協会
が手がける信用保証制度で,｢連帯保証」を原則として廃止する方針を決め
たことを受けて，京都中央信用金庫は，原告の同金庫からの借入れについ
て，Bの連帯保証を解除した。
また，同じころ，りそな銀行も，原告の同銀行からの借入れについて，B
の連帯保証を解除した。
(7)専門職大学院の設立（甲５２，１１１，１１２，原告代表者C，証人B）
平成１４年の秋から冬にかけて，A学院において専門職大学院（平成１５
年施行の改正学校教育法（平成１４年法律第１１８号)によって始まった制度
であり，高度で専門的な職業能力を有する人材の養成を目的とする大学院で
ある。）としてＩＴ専門職大学院を創設する計画が浮上した。
A学院は，これまでの実績を踏まえて，今後のA学院のさらなる発展を
期するために，日本で最初のＩＴ専門職大学院の認可を得ようと考えた。
原告は，当初原告が設置主体となって，専門職大学院を設置することを計
画していたが，平成１５年６月下旬，文部科学省より，専門職大学院の設置
には，別の学校法人の設立が必要との行政指導を受けた。そして，そのため
には，同行政指導から２週間以内に３億円の資金を調達する必要があったと
ころ，Bは京都中央信用金庫から，平成１５年６月２５日，１億２０００万
円を個人で借り入れ，さらに自己資金１億１０００万円を合計した２億３０
００万円を,学校法人の設立資金として拠出した｡また，設立資金の残部を，C
とIが拠出した。
同学校法人によりH大学院大学が設置され，平成１６年４月１日，全国
初かつ唯一のＩＴ専門職大学院として開校した。
(8)借入金との相殺（乙２４の１・２，２５∼３０）
ア原告は，本件金員について，平成１６年１月において退職金として３億
２０００万円を計上し，源泉所得税預り金５２５１万０５００円，住民税
預り金１７１１万３０００円を差し引き，実際にBに支給すべき金額２
億５０３７万６５００円を未払金とし，以降，Bに対しては上記(5)ウ記
載のとおり支給した。
イBは，平成１４年１１月２１日，住宅土地購入費用に充てるため，京都
中央信用金庫から１億円の融資を受け，平成１５年１月６日以後，毎月，
元本返済額１６６万７０００円に約定利息を加算した金額を返済すること
とした。
また，上記(7)記載のとおり，平成１５年６月２５日，京都中央信用金
庫から１億２０００万円を借り入れ，平成１７年３月３１日に約定利息
を含めて一括返済することとした。
ウ原告とBは，平成１６年１月３０日，本件金員のうち未払金として計
上した２億５０３７万６５００円中２億２０００万円について，Bの京都
中央信用金庫からの上記イ記載の２口の借入れを原告が返済することを約
し，原告のBに対する退職金の一部と相殺することとした。
２検討
(1)争点(1)について
ア所得税法において，退職所得とは,｢退職手当，一時恩給その他の退職に
より一時に受ける給与及びこれらの性質を有する給与」に係る所得をいうも
のとされている（３０条１項）。そして，同法は，退職所得につき，上記第
２の１(3)記載のとおり，課税対象額が一般の給与所得に比較して少なく
なるようにしており，また，税額の計算についても，他の所得と分離して
累進税率を適用することとして（２２条１項，２０１条），税負担の軽減を
図っている。このように，退職所得について，所得税の課税上，他の給与
所得と異なる優遇措置が講ぜられているのは，一般に，退職手当等の名義
で退職を原因として一時に支給される金員は，その内容において，退職者
が長期間特定の事業所等において勤務してきたことに対する報償及びその
期間中の就労に対する対価の一部分の累積たる性質をもつとともに，その
機能において，受給者の退職後の生活を保障し，多くの場合いわゆる老後
の生活の糧となるものであって，他の一般の給与所得と同様に一律に累進
税率による課税の対象とし，一時に高額の所得税を課することとしたので
は，公正を欠き，かつ社会政策的にも妥当でない結果を生ずることになる
ことから，かかる結果を避ける趣旨に出たものと解される。従業員が退職
に際して支給を受ける金員には，普通，退職手当又は退職金と呼ばれてい
るもののほか，種々の名称のものがあるが，それが法にいう退職所得に当
たるかどうかについては，その名称にかかわりなく，退職所得の意義につ
いて規定した同法３０条１項の規定の文理及び退職所得に対する優遇課税
についての立法趣旨に照らし，これを決するのが相当である。かかる観点
から考察すると，ある金員が，上記規定にいう「退職手当，一時恩給その他
の退職により一時に受ける給与」に当たるというためには，それが，①退職
すなわち勤務関係の終了という事実によって初めて給付されること，②従
来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部の後払い
の性質を有すること，③一時金として支払われること，との要件を備える
ことが必要であり，また，上記規定にいう「これらの性質を有する給与」に
当たるというためには，それが，形式的には上記①∼③の要件のすべてを
備えていなくても，実質的にみてこれらの要件の要求するところに適合し，
課税上，「退職により一時に受ける給与」と同一に取り扱うことを相当とす
るものであることを必要とすると解すべきであり，具体的には，当該金員
が定年延長又は退職年金制度の採用等の合理的な理由による退職金支給制
度の実質的改変により精算の必要があって支給されるものであるとか，あ
るいは，当該勤務関係の性質，内容，労働条件等において重大な変動があ
って，形式的には継続している勤務関係が実質的には単なる従前の勤務関
係の延長とはみられないなどの特別の事実関係があることを要する（最高裁
判所昭和５８年９月９日第二小法廷判決・民集３７巻７号９６２頁，最高裁
判所昭和５８年１２月６日第三小法廷判決・裁判集民事１４０号５８９頁参
照）。
本件において，Bは平成１５年１２月末日の前後を通じ，原告の理事長
職に就いており，形式的には原告を退職したとはいえないところ，本件金
員が上記①∼③の要件の要求するところに適合し,｢退職により一時に受け
る給与」と同一に取り扱うことを相当とするものとして,｢これらの性質を
有する給与」に当たるかを検討する。
イ退職と同視できる事情の有無（退職所得要件①）
(ア)学院長の地位について
本件において，Bは平成１２年末日をもってA学院学院長の地位を
辞しているところ，被告は，A学院の学院長の地位は学校教育法により
配置することが定められた職務上の地位ではなく，原告の組織上の地位
でもない個人的･抽象的な地位であり，もとより原告に従属して原告から
退職金を受領できるような法的地位ではないから，Bが学院長の地位を
辞したことは，原告における地位の変動を意味しないと主張するから，
その点についてまず検討する。
たしかに，A学院の学校運営組織及び学院長の地位は，法律，本件寄
附行為又は学則等において明示的に定められた地位ではない。
しかし，上記１(1)ア，イ記載のとおり，A学院においては，Dの生
存中，Dが原告及び個人設置校すべての代表を務め，Dの教育理念に
基づき，A学院各校を一体的に管理・運営し，社会的にも「A学院」との
名称で一体のものと認識されていたという実態があったことから，A学
院各校の設置主体となった原告，C及びBは，Dの死去後も，A学院
各校の教育事業を緊密な連携のもと展開することとし，A学院各校の校
長が定例で開催する校長会議を設け，同会議においてA学院の学校運
営上の事務に係る懸案事項等を協議することや，学院長がA学院の学
校運営上の事務に係る最終的な決裁権限を行使することなどを取り決
めた。
また，上記１(1)エ記載のとおり，A学院においては，平成４年ころ
から，A学院各校が個別に行っていた学校運営上の事務を統一し，合理
化を図るための組織改革が行われ，本来A学院各校校長が処理すべき
学校運営上の事務及び原告理事会ないし各校設置者が処理すべき学校
経営に係る事務の一部を，学校運営組織が設置主体を超えて専門的，横
断的に処理するようになったものである。
そうすると，学院長の地位及び学校運営組織の設置は，上記３設置主
体間（平成６年以降は原告及びCの２者となる。）における上記取決め及
びその後の明示ないし黙示の合意に基づき形成されたものであるという
のが相当である。
そして，学校運営組織においては，本来A学院各校において処理す
べき学校運営上の事務及び原告理事会ないし各校設置者が処理すべき学
校経営に係る事務の一部が処理されていたものであるが,証拠（乙３∼５，
原告代表者C，証人B）及び弁論の全趣旨によれば，かかる学校運営組
織の活動に要する費用(教職員の職務の対価を含む｡)についても，原告内
部に事務局等は存在せず，学校運営組織の総務部内に設けられた経理室
において統一的に処理され，c校設置者であるCの補助のもと，学院長
であるBが最終的な決裁を行った上で，原告の予算を伴う事項につい
ては，さらに原告理事会に上程されていたことが認められる。このよう
な経理の仕組みに鑑みれば，学校運営組織の活動に要する費用について
は，原告，C及びBの合意のもと，必要に応じて各設置主体が適宜負
担することとされていたものということができる。
また，証拠（原告代表者C，証人B）によれば，学校運営組織において
活動する職員は，A学院のいずれかの設置主体に雇用され，それぞれの
雇用先から給与の支給を受けていたものであることが認められる。とり
わけ，学院長については，上記１(1)イ記載のとおり，上記昭和６３年
の３設置主体間における取決めにおいて校長を兼ねることとされてお
り，Bは，昭和６２年から継続して原告設置校の校長を務めていたところ，
証拠（甲３，４，証人B）によれば，Bは，Cの個人設置校であるc校と
の間には雇用関係がなく，平成２年まではa校から，平成４年まではf
校から，平成６年まではe校から，それぞれ設置者として利益を収受
していたのを除けば，もっぱら雇用先である原告のみから給与の支給
を受けていたことが認められる。
このように，学院長及び学校運営組織は，A学院の設置主体間による
合意により形成された地位及び組織であり，原告が，Bの学院長の職務
の対価を負担することについても同設置主体間の明示又は黙示の合意が
あったことが推認されるから，原告が，Bの学校運営組織における学院
長の職務に対する報償ないし対価の後払いとして，退職金等を支給する
ことに法的な根拠がないということはできないし，原告を退職したと同
視し得る事情の有無の判断において，学院長の地位ないし職務にかかる
変動を判断要素として考慮することも許されるというべきである。
(イ)平成１５年１２月末日の前後における職務内容の変動
ａ上記１(1)エ及び(2)記載のとおり，A学院の学院長は，A学院の
学校運営上の事務に係る最終的な決裁権限を有し，A学院全体を統括
する地位であり，その職務は極めて広範かつ膨大であったということ
ができるところ，Bは，平成４年ころより，７０歳を迎える平成１４
年ころの引退を希望しており，権限交代に伴う混乱を避けるため，平
成６年にはCを学院長室長に就任させ，Bの学院長としての職務を
補佐させるなどして段階的に権限委譲を図っていた。そして，上記１
(1)ケ記載のとおり，Bは，平成１５年秋ころ，Bが学院長として行
っていた学校運営上の事務に係る職務及び権限を実質的にはほぼすべ
て統括本部長であるCに委譲した上，平成１５年１１月２９日に開
催された原告の理事会において，同年１２月末日をもって学院長の地
位を辞することの承認を受けたことにより，同年１２月末日をもって
手続的にも学院長の地位を辞した。
また，Bは，平成４年以降，a校校長として上記１(2)ウ記載の職
務を行っていたが，平成１５年１１月２９日に開催された原告の理事
会において，平成１５年１２月末日をもってa校の校長を退職する
ことの承認を受け，同年１２月末日をもってa校の校長を退職した。
そして，平成１６年１月１日以降，Bは，上記１(2)イ記載の再定
義後の学院長の職務及び上記１(2)エ記載の本件センター・センター
長の職務のみを行うようになった。
ｂそこで，かかるBの平成１５年１２月末日の前後における職務の
変動について，従前の勤務関係の延長とは認められないなどの特別の
事情があるかを検討するに，再定義後の学院長の職務は，A学院の教
育の長として行う象徴的な業務に限定され，給与等の対価は支払われ
ず，従前の学院長の職務内容及び法的地位とはその性質を大きく異に
するものである。
また,本件センター・センター長の職務についても，その職務は本件
センターにおいて各国からの来賓や在日大使の接待を行うほか，海外
の関係者との懇談会を行うことなどであって，上記学院長ないしa
校校長の職務とはその内容を大きく異にし，給与についても，対価と
して月額７０万円の給与が支払われていたものの，従前の月給１６０
万円と比較すれば約５６％の減額となる上，自動更新を原則とすると
はいえ，契約期間を１年とする嘱託職員雇用契約という雇用形態にな
ったことにかんがみれば，その法的地位に重大な変動があったという
ことができる。
さらに，証拠（甲７２，１１１，乙２０，証人B）によれば，Bは，
全国の大学に先駆けてコンピュータ教育機関を立ち上げた創立者とし
ての使命感から，日本に対して世界から期待される国際貢献として，
発展途上国及び東欧圏に対し，A学院の保有するコンピュータを利用
したコンピュータ教育普及のための支援活動を行っていたところ，同
活動はA学院に対する国際的な評価を高めることとなり，Bは日本
及び支援国の同活動関係者との間に多くの人脈を形成し，B自身のい
わばライフワークとなったものであること，本件センターは，A学院
を創立し，多大な功績を残したBが，同事業を引退後も何らかの形
で継続したいとの意向を示したことから，Bのために設置された新た
な原告の附属機関であることが認められる。そうすると，本件センタ
ー・センター長は，原告が，Bの引退を前提として，引退後の名誉職
として新たに設置した地位というべきであって，本件センター･センタ
ー長への就任を，従前の勤務関係の延長ないし単なる原告内における
内部異動ということはできない。
(ウ)その他の事情
ａ理事長職の継続
被告は，Bが平成１５年１２月末日以降，引き続き，対外的に唯一
原告を代表し，原告内部の事務を統括する理事長職の地位にあったか
ら，退職の事実はないと主張する。
たしかに，上記１(2)オ記載のとおり，Bは平成１５年１２月末日
以降も原告の理事長職の地位にあり，対外的に原告を代表し，理事
会を開催し，議長として議事を進行し，理事として審議及び決議に参
加するなどしていた。しかし，理事会は必要に応じて開催されるもの
であり，勤務形態としては非常勤であって，特に，原告においては，
人事，経理等，本来であれば理事会が審議すべき学校法人固有の事務
の一部をA学院の学校運営組織が処理していた上，証拠（原告代表者C，
証人B）によれば，理事会に上程される審議事項は予算を伴う事項や
新たな学科の設置等の重要事項に限られていたことが認められ，他の
学校法人に比べてその職務の範囲は狭小であったことがうかがわれる。
加えて，上記１(2)ア記載の学院長の職務内容並びに証拠（甲１１
１，証人B）及び弁論の全趣旨によれば，平成１５年１２月末日まで
のBの職務は，学院長としての職務がその大半を占め，理事長とし
ての職務の負担はそれほど大きくなかったことが認められるから，
理事長職を継続していたことは，平成１５年１２月末日の前後におい
て，Bの職務に大きな変動があったとの認定を左右しない。
なお，原告の金融機関からの借入れについてBが理事長として連
帯保証をしていたところ，それらの金融機関が，Bが理事長を退職し
て連帯保証を解除することに対して難色を示したことも，Bが引き続
き理事長に止まった理由の一つであると原告が主張するのも，上記１
(6)記載の経緯に照らし，不自然とはいえない。
ｂa校校長の退職時期
被告は，平成１６年３月に行われたa校の卒業式において，a校校
長の欄にBの氏名が記載された卒業証書が卒業生に交付されたこと，
Mがa校校長に就任したのが同年４月１日であることをもって，B
が平成１５年１２月末日以降もa校校長の地位に留まっていたと主
張する。
しかし，証拠（証人B）によれば，平成１６年３月のa校の卒業式
で授与された卒業証書のBの氏名の記載は，手書き書体で印刷され
たものであり，各枚ごとにBが署名をしたものではないこと，平成
１５年１０月ころには既に刷り上がっていたこと，Bが，平成１６年
１月１日以降a校に赴いて執務をしたことはほとんどなかったこと
が認められるところ，同卒業式にBの氏名が記載された卒業証書が
授与されたのは，同卒業式開催日において校長が不在であったことや，
既にBの氏名が記載された卒業証書が刷り上がっていたことなどか
ら，便宜上の措置であったというべきであり，同卒業式にBの氏名
が記載された卒業証書が授与されたとの事実により，同日Bがa校
校長を退職したとの認定は妨げられない。
また，被告は，a校校長の職は狭小であり，a校校長の地位を離職
したからといって，職務内容が大きく変動するものではないとも主張
するが，a校校長の職務は上記１(2)ウ記載のとおりであり，職務の
範囲が狭小であるということはできないから，被告の主張は採用でき
ない。
(エ)以上によれば，平成１５年１２月末日の前後において，Bの勤務関
係は，学院長及びa校校長からの退職並びに再定義後の学院長及び本
件センター･センター長への就任により，その性質，内容，労働条件等に
おいて重大な変動があったということができる。
そして，原告の就業規則１８条１項において定年は原則満６０歳とさ
れているところ（甲１１４），Bは，平成１５年１２月末日当時，既に７
１歳となっていたこと，上記１(3)記載のとおり，Bは，平成１３年こ
ろから脳梗塞等の診断を受け，平成１４年ころには高脂血症，高血圧及
び糖尿病を患うなどしており，平成１５年１２月末日の時点で体力的に
学院長の職務を継続することが困難となっていたことは明らかであって，
社会的にみても退職するのに相当な事情があったということができるし，
今後理事長ないし本件センター・センター長の地位においてBが退職金
の支給を受けることはなく，Bの平成１５年１２月末日までの勤務が別
の機会に退職金の算定根拠となる可能性がないことからすれば，所得税
基本通達３０−２⑷の趣旨に照らしても，本件金員を退職所得として扱
うことが相当であるということができるから，退職と同視し得る特別の
事実関係があったというべきである。
ウ従来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部の後
払いの性質の有無（退職所得要件②）
(ア)本件金員は，上記１(5)記載の根拠により算定されており，Bの従
来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部後払的
な性質を有することは明らかである。
(イ)被告は，本件金員がa校の退職金規程に基づいていない上，平成
１５年１２月１３日に開催された原告理事会の議事録において算定根拠
が示されておらず，本訴訟において原告が示した本件金員の算定根拠に
ついても，根拠のない恣意的な係数や数値が混入しており，結果として
算出された金額が，Bが銀行等から借り入れている借入額の合計額に近
似するなど，その算定が不自然かつ不合理であると主張する。
たしかに，本件金員は，上記１(5)記載のとおり，a校の就業規則及
び退職金規程に基づいて算定されたものではなく，同理事会における議
事録（乙７）にも，詳細な算定根拠が記録されていない。
しかし，BがA学院の創立者であること，昭和６３年から学院長と
して原告設置校を含むA学院全体を統括していたことからすれば，就
業規則及び退職金規程によらず，他の従業員とは異なる算出根拠により
退職金を特別に支給することが不合理であるとまではいえない。また，
同理事会では，利害関係人であるBが退席して，その他の在席する理
事４名により審議が行われており，手続上何らの問題はない上，同議事
録によれば，本件金員の額を決定するに当たっては，①DとともにB
がA学院を設立し，４０年にわたってA学院におけるコンピュータ技
術教育に尽力したこと，②BがA学院設立以降A学院の教育基盤を築
き，大学院大学の設置認可申請に際して個人的にも多大な尽力をし，多
くの功績を残したこと，③原告の財政状況，④Dに支給された退職金
の額等が考慮されたことが認められるところ，全く根拠なく本件金員が
算定されたとまでいえない。
加えて，同じくA学院の創立者であるDの死去時に支給された退職
金等の合計額が４億円(保険金１億円，弔慰金１０００万円，退職金２億
９０００万円）であったこと（甲９），BがA学院に多大な貢献をしたこ
と(コンピュータ設備等薄価にして６２８１万円の特別寄附したことを含
む。），Bが長期間にわたり原告の金融機関に対する債務を個人で保証し
ていたことなどを併せ考慮すれば，その額が高額に過ぎるとまでもいえ
ず，仮にその算定式に，根拠のない係数や数値が混入し，又は，結果と
して算出された金額が，Bが銀行等から借り入れている借入額の合計額
に近似していたとしても，本件金員が，Bの従前の勤務に対する報償及
び就労に対する対価の一部後払いとしての性質を失うものではない。
(ウ)また，被告は，本件金員の支払は，Bが平成１５年度分の退職所得
を，譲渡所得に係る損失と損益通算するためであったと主張する。
しかし，Bが，平成１５年１２月末日に退職したと同様の事情がある
限り，他に譲渡所得の損失との損益通算をするという動機が存したとし
ても，同時期の退職金の支給が違法となることはないから，被告の主張
は採用できない。
エ一時金として支払われること（退職所得要件③）
退職後，定期的，継続的に支給を受けるものは年金たる雑所得に該当す
るところ（所得税法３５条１項，所得税法基本通達３５−５等），被告は，
本件金員について，上記１(5)ウ記載のとおり分割支給されたから，一時
金として支払われたとはいえないと主張する。
ここに，退職所得の「一時に受ける給与｣は，一時的な給付を指し，退職
を基因として支払われる金員であっても，年金の形式で定期的，継続的に
支給されるものは排除される。
本件金員は，上記１(5)ウ記載のとおり，平成１６年２月∼平成１９年
１１月にかけて分割して支払われたものであるが，原告の年金制度等に基
づき支払われたものでないことはもとより，平成１５年１２月１３日開催
の原告理事会において本件金員の総額が決定されていたこと，年金と同視
し得る程度に長期に及んでいたとまでいうことはできないことを併せ考慮
すれば,｢一時金として支払われること」との要件を欠くものではないと解
される。
（なお，原告は，本件金員が上記退職所得要件③を満たないとの上記被告
の主張は，時機に後れた攻撃防御方法であり却下されるべきであると主張
するが，本件金員が分割支給されていたことは双方当事者により主張され
ていた事実であるし，弁論の全趣旨からすれば，被告が上記退職所得要件
③を争っていなかったとまでは認められないから，主張が時機に後れたも
のということはできない。）
オ以上より，本件金員は｢これらの性質を有する給与」に当たり，退職所得
となる。
カ(ア)ところで，退職所得への課税に優遇措置が講ぜられている趣旨には，
前記アのとおり，退職所得が，受給者の退職後の生活を保障し，多くの
場合いわゆる老後の生活の糧となるものであるから，一時に累進税率に
よる高額の所得税を課することにより，公正を欠き，かつ社会政策的に
も妥当でない結果を生ずることを避けるという点がある。この点，Bが
支給された３億２０００万円という金額をみると，そのうち退職所得控
除額及びその額を控除した残額の２分の１が非課税となるというのは，
上記の趣旨を超える優遇であるようにもみえる。
しかし，所得税法及び同法基本通達において，優遇措置の対象となる
退職所得の額に上限は定められておらず，退職金額が高額であることの
みで，退職金としての性質が否定されるものではない。
(イ)次に，前記１(4)のとおり，Bは退職をしたとはいえ，平成１６年
１月以降も，１か月当たり７０万円の給与を支給されており，この点も，
上記の趣旨に合致しないように思える。
また，前記１(7)，(8)のとおり，Bが専門職大学院の設立のために
借り入れた債務を原告が返済することで，退職金の支給と相殺している
ことからすると，Bに支給された退職金が，実質的に，専門職大学院の
設立資金とされているともいえる点も，上記の趣旨に反するように思え
る。
さらにいうなら，原告が公益法人たる学校法人であり，課税に優遇措
置が講ぜられた結果形成されたともいえる原告の資産から，Bへの退職
金が捻出されている点も，過剰な優遇のようにみえなくはない。
しかし，これらの点をもって，所得税法その他の法令や通達に反する
といえるものではなく，また，実質的にこれらの規範を潜脱するものと
もいえず，租税法制の選択の結果にすぎないというほかない。
(ウ)そうすると，以上の諸点を考慮しても，Bに支給された退職金を退
職所得とすることに何らかの問題があるとはいえないところである。
(2)争点(2)について
ア国税通則法５８条１項１号に規定されている過誤納金は，税務署長によ
る更正，決定，賦課決定，納税の告知等に起因して発生するものであるた
め，還付加算金の起算日を，過納となった金員の納付の日の翌日とするの
に対して，同項２号及び３号に規定されている過誤納金は，税務署長によ
る何らかの処分に起因して発生するものではないため，また，過誤納の各
種の態様により，課税庁が過誤納の事実を確認し，過誤納金として還付で
きるのに必要な時期が異なるため，それぞれ一定の期間を経過した後の日
を還付加算金の起算日としている。
イ源泉徴収による国税に係る過誤納金(延滞税を含む｡)に係る還付加算金の
起算日については，国税通則法５８条１項３号及び国税通則法施行令２４
条２項２号の規定により，「税務署長がその過誤納の事実を確認した日の翌
日から起算して１月を経過する日の翌日」であるとされている。
そもそも，源泉徴収による国税の納税義務は，源泉徴収の対象となる所
得の支払の時に成立し同時に納付すべき税額が確定するものであって，当
該源泉徴収税額を自主納付した場合には，税務署長は税額の確定手続とし
て，何らの処分を行うものではないから，当該納税時点において，通常当
該源泉徴収額として納付された金員が過誤納である事実を確認し得るもの
ではない。
そのため，源泉所得税として自主納付された金員が過誤納となった場合
に，還付加算金をどの時点にさかのぼって納付するかについて，国税通則
法は,｢納付の日の翌日」ではなく,｢税務署長がその過誤納の事実を確認し
た日の翌日から起算して１月を経過する日の翌日｣と定め，一定の期間経過
後から還付加算金を付することにしているのである。
そして，源泉徴収による国税として納付された金員そのものが過誤納金
に当たるか否かについての訴訟が提起された場合で，かつ，当該納付され
た金員が税務署長の告知処分によるものではなく源泉徴収義務者が自主的
に納付したものである場合においては，上記の｢税務署長がその過誤納の事
実を確認した日」がいつになるか問題となるところ,そもそも訴訟上におい
て，国側が当該納付された金員は過誤納金ではないと主張して争っている
状況下で，当該訴訟に係る判決により当該納付された金員が過誤納となる
と確定するより前に，税務署長が，当該納付された金員が過誤納であると
確認することは不可能であるから，源泉所得税として自主的に納付された
金員につき過誤納金返還請求訴訟が提起された場合の｢税務署長が過誤納の
事実を確認した日」とは，「当該納付された金員が過誤納であると認める判
決確定の日」であると解される。
したがって，自主納付分源泉所得税（別紙２の番号１∼２０)に係る過誤
納金に対する還付加算金の起算日は｢判決確定の日の翌日から起算して１月
を経過する日の翌日」となる。
ウまとめ
本件において，原告は，①自主納付分源泉所得税（別紙２の番号１∼２
０),②本件各納税告知処分に係る延滞税(別紙２の番号２１）について，そ
れぞれ還付加算金の支払を請求しているところ，上記①については，平成
２２年度までに本訴訟の判決が確定していないことは明らかであって還付
加算金は発生しないから，原告の上記①に係る還付加算金の支払を求める
請求には理由がない。
また，上記②については，国税通則法５８条１項１号ロに規定する納税
の告知があったものに係る過誤納金に該当することから，国税通則法５８
条１項１号本文により｢過誤納金に係る国税の納付があった日の翌日」が起
算点となるところ，本件では，納付のあった平成１８年８月３１日の翌日
である同年９月１日から還付加算金が発生する。また，本件各納税告知処
分等に係る延滞税の計算の基礎となる金額は，国税通則法１２０条４項に
より，１８３万円となる。
よって，上記②に係る平成１８年度から平成２２年度までの各還付加算
金は，別紙４記載のとおり，合計３５万２５００円となる。
３結論
以上より，第１事件については，本件金員は退職所得に当たり，処分行政
庁が，平成１８年５月３１日付けで原告に対してした本件各納税告知処分等
をいずれも取り消すのが相当であるから，原告の請求を認容し，第２事件に
ついては，源泉所得税１１６５万３３００円（別紙２の番号１∼２０の合計
金)及び延滞税１９０万２９００円(別紙２の番号２１及び２２の合計金)の合
計金１３５５万６２００円から，既に還付を受けた６９８４円を控除した１
３５４万９２１６円の還付を求める部分並びに本件各納税告知処分に係る延
滞税に係る過誤納金に対する還付加算金３５万２５００円の支払を求める部
分については理由があるから認容し，自主納付分源泉所得税に係る過誤納金
に対する還付加算金の支払を求める部分には理由がないから棄却する。
京都地方裁判所第３民事部
裁判長裁判官瀧華聡之
裁判官奥野寿則
裁判官碩水音
（別紙１∼４省略）

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