戻る

平成２０年５月１４日判決言渡
平成１９年（ネ）第１０００８号職務発明対価支払等請求控訴事件（原審・東京
地裁平成１７年（ワ）第１２５７６号）
口頭弁論終結日平成２０年２月２７日
判決
控訴人・附帯被控訴人Ｘ
（一審原告）
訴訟代理人弁護士新保克芳
同高崎仁
同大久保暁彦
同洞敬
同井上彰
被控訴人・附帯控訴人三菱化学株式会社
（一審被告）
訴訟代理人弁護士飯田秀郷
同栗宇一樹
同早稲本和徳
同鈴木英之
同和氣満美子
同隈部泰正
同大友良浩
同戸谷由布子
主文
１一審原告の控訴に基づき，原判決を次のとおり変更する。
(1)一審被告は，一審原告に対し，４５００万円及びこれに対する平
成１７年７月２日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払
え。
(2)一審原告のその余の請求を棄却する。
２一審被告の附帯控訴を棄却する。
３訴訟費用は，第１，２審を通じてこれを３分し，その１を一審被告
の負担とし，その余を一審原告の負担とする。
４この判決の第１項(1)は，仮に執行することができる。
事実及び理由
第１控訴の趣旨（一審原告）
１原判決中，一審原告敗訴部分を取り消す。
２一審被告は，一審原告に対し，１億円及びこれに対する平成１７年７月２日
から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
３訴訟費用は，第１，２審とも一審被告の負担とする。
４仮執行宣言
第２附帯控訴の趣旨（一審被告）
１原判決中，一審被告敗訴部分を取り消す。
２一審原告の請求を棄却する。
３訴訟費用は，第１，２審とも一審原告の負担とする。
第３事案の概要
【以下，略称は原判決の例による】。
１一審被告は，昭和２５年６月１日に設立された株式会社であり，平成６年１
０月以前の旧商号は三菱化成工業株式会社であって，医薬品等の製造・加工・
販売等を目的とする法人である。後に述べる三菱ウェルファーマは一審被告の
関連会社である。
一審原告は，学習院大学理学部博士課程修了後の昭和４０年に一審被告に入
社し，平成９年９月に退社したが，その間，医薬研究所長，医薬事業本部製品
計画部長，企画部長等を歴任し，一審被告退社後の平成１１年１０月にはその
関連会社である三菱東京製薬株式会社（平成１３年１０月に三菱ウェルファー
マへ吸収合併）に移籍し，常務取締役等を経て平成１３年９月に退社した。
２一審原告は，一審被告在社中の昭和５５年，Ｎ−アリールスルホニル−Ｌ２
−アルギニンアミド類の製造方法（本件発明）を職務上発明した。同発明は，
抗血栓薬などの医薬の成分として有用なアルガトロバンを工業的な規模で効率
的に製造する方法等に関する発明である（ただし，物質発明や用途発明ではな
い。。）
一審被告は，本件発明を利用して，慢性動脈閉塞症を適応症とする抗血液凝
固剤（薬品名「アルガトロバン，商品名「ノバスタン注）を，薬事法による」」
承認を得た上，平成２年６月から平成１１年９月までは自ら製薬販売し（この
間の総売上高は３１４億円余，平成１１年１０月１日からは三菱ウェルファ）
ーマ又はその前身のティーティーファーマに独占的実施許諾・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・をし
ている。
３(1)本件発明については，優先権主張の基礎となる特許出願が平成８年８月１
（），，１日に行われた上特願平８−２０８０８７号平成９年８月１日に至り
一審原告を発明者，発明の名称を「Ｎ−アリールスルホニル−Ｌ−アルギ２
ニンアミド類の製造方法」として一審被告から特許出願がなされた。その詳
細は下記のとおりである。
記
・日本出願日平成９年８月１日（特願平９−２０７５０８号）
（）出願公開平成１０年４月２１日特開平１０−１０１６４９号
審査請求平成１６年７月２１日
現在審査係属中
・米国出願日平成９年８月４日
特許日平成１１年７月２０日
特許番号第５９２５７６０号
・欧州出願日平成９年８月４日
特許日平成１３年１０月２４日
特許番号ＥＰ０８２３４３０Ｂ１
(2)本件発明に関し，一審原告は，平成４年３月「選択的抗トロンビン剤の薬，
物設計とアルガトロバンの開発」に関する技術につき，O.S・O.T・O.A・T.Y
とともに，大河内記念技術賞を受けた。また一審原告は，一審被告から，平
成８年中に「職務発明取扱規則（平成６年１０月１日施行）に基づき・・」
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・受け取っている。
４本件訴訟は，一審原告が一審被告に対し，平成１６年法律第７９号による改
正前の特許法３５条（以下「旧３５条」ということがある）に基づき，一審。
原告が一審被告に承継させた上記職務発明について，相当対価である１６１億
２５８９万１９１２円又は１２０億３１６５万８３５５円（以上につき原判決
別紙１１参照）の内金２億５０００万円及びこれに対する平成１７年７月２日
から支払済みまで年５分の割合による遅延損害金の支払を，予備的に会社内規
又は承継の無効を主張して日本でなされている上記特許出願出願人たる地位の
移転手続を（ただし，この予備的請求は，当審において取り下げられた，そ。）
れぞれ求めた事案である。
５原審の東京地裁は，平成１８年１２月２７日，相当対価１２００万円とこれ
に対する平成１７年７月２日から支払済みまで年５分の割合による遅延損害金
の支払を求める限度で認容し，その余の請求を棄却した。そこで，これを不服
とする一審原告が，１億円及びこれに対する平成１７年７月２日から支払済み
まで年５分の割合による遅延損害金の支払を求める限度で控訴を提起した。
これに対し一審被告も，一審原告の全部請求の棄却を求める附帯控訴を提起
した。
原判決が上記結論を出すに至った論旨の骨子は，次のとおりである。
「」①特許法旧３５条４項所定の発明により使用者等が受けるべき利益の額
は，使用者が「受けた利益」そのものではなく「受けるべき利益」であ，
る。
②受けるべき利益の算定基準時は，使用者が特許を受ける権利を承継した
時であり，本件では，本件発明が日本で特許出願された平成９年８月１日
である。
③一審原告は，一審被告が外国（米国及び欧州）に出願した外国特許につ
いても，特許法旧３５条により請求することができる。
④平成２年６月から平成１１年９月までの一審被告の自社売上高は３１４
億２１４０万円であるが，
ａ本件発明等による超過売上高（独占による寄与率）は４０％である。
ｂ本件発明についての一審被告の独占的利益算定方法としては，本件に
おいては仮想実施料率算定方式によるのが相当であり，その率は３％で
ある。
ｃ本件のような新薬開発が成功する確率は１万分の１未満であるから，
上記ｂの試算額から９０％の減額（成功確率減額）を行うべきである。
ｄ本件発明は製造方法の特許であるが，上記独占の効果はアルガトロバ
ン関連６発明等により生じており，本件発明の寄与度はそのうちの２０
％である。
ｅ上記金額の算定に当たっては，平成９年８月１日を基準として将来分
につき年５分の割合による中間利息を控除すべきである。
ｆ本件発明がなされるに至るまで，一審原告は一審被告に雇用され，一
審被告の人的・物的施設・既存の特許等を利用していたから，本件発明
に関し一審被告が貢献した程度は７５％である。
⑤一審被告は平成１１年１０月１日から三菱ウェルファーマ（又はその前
身のティーティーファーマ）に本件発明の実施許諾をしているが，
「」，，ａ相当の対価を定めるに当たっては三菱ウェルファーマの売上は
一審被告の売上と同視できる。
ｂ仮想実施料率は，平成１５年度までは３％であり，物質特許１及び２
の特許期間が切れる平成１６年以降は１％である。
ｃ成功確率による減額は９０％である。
ｄ本件発明の寄与度は，上記物質特許１・２が存続する平成１５年度ま
では２０％，それが消滅した平成１６年度以降は１００％である。
ｅ対価算定基準時を平成９年８月１日として，将来分につき年５分の中
間利息の控除をすべきである。
ｆ本件発明に対する一審被告の貢献度は７５％である。
⑥自社実施期間（平成２年６月から平成１１年９月）につき実施料算定方
式によった場合，その試算額は約１８３万円となり，また実施権付与期間
（平成１１年１０月以降）における試算額は約９５７万円（合計１１４０
万円）となるが，そのほか本件において現れた一切の事情を考慮すると，
「相当な対価」は１２００万円と認めるのが相当である。
６本件訴訟の争点は，特許法旧３５条３項にいう相当の対価の額である。
第４当事者の主張
１当事者双方の主張は，当審における主張として次に付加するほか，原判決の
「事実及び理由」欄の第２，３「争点に関する当事者の主張」のとおりである
から，これを引用する。
２一審原告（控訴人・附帯被控訴人）
(1)原判決は，概略，次のような算式で一審原告が得る対価を算定した。
売上（①）×０．４（本件特許による独占割合②）×０．０３（仮想
）．（）．（）実施料率③×０１成功確率④×０２本件発明の寄与率⑤
×０．２５（１−使用者貢献割合⑥）
これら各項目に対する一審原告の主張の詳細は，(2)以下に述べるとおり
であるが，これをまとめると次のとおりである。
①売上
中間利息の控除を行うべきではなく，また，三菱ウェルファーマが米
国企業から得たロイヤリティについては，それ自体が利益であり，それ
に対する利益率（仮想実施料率）を観念すべきではない。
②本件特許による独占割合
ロイヤリティ収入以外の売上について，本件発明による独占力を４０
％とする点は争わない。
③仮想実施料率
本件発明によって使用者が受けるべき利益を売上の３％と仮想してい
るのは誤りであり，３５％（研究開発費以外の経費を考慮した売上高利
益率）又は１５％（売上高営業利益率）によって判断すべきである。
④成功確率
医薬品であるからという理由で成功確率なる概念を持ち込むべきでは
ない。とりわけ，アルガトロバンは最初から成功が約束され，また，本
件は製法発明であり，本件製造法による工業的な製造が可能であること
が明らかであった。さらに，営業利益率で利益を計算すれば，研究開発
費を二重控除することになる。以上を考慮すれば，本件で成功確率によ
る減額をすること自体，根拠がない。
⑤本件発明の寄与率
本件発明の寄与度を２０％とする点は敢えて争わない。ただし，物質
特許及び用途特許の存続期間が満了した後は１００％とすべきである。
⑥使用者貢献割合
使用者の貢献を７５％とする点は特に争わない。
(2)売上について
ア中間利息を控除すべきでないこと
原判決は，使用者の受けるべき利益の算定に当たり，本件発明について
特許出願がされた平成９年８月１日をもって相当の対価の算定基準時期と
なる旨認定し，同基準日以降の実際の売上高から中間利息を控除する。
しかし，相当対価の算定基準時期を起点とした中間利息の控除は「使，
用者の受けるべき利益」の算定を厳密に行っているようで，その実は予測
，。にすぎないものに中間利息といういわば屋上屋を重ねているにすぎない
中間利息の控除は様々な理論的な問題をはらむ上，相当の対価を求めてい
る従業員の利益を著しく害するだけである。
また，権利承継時点以降に相当対価の請求がなされた場合，既にその間
の実績が存在するが，その実績は必ずしも権利承継時の将来予測と合致し
たものでもない。それにもかかわらず，当該実績から中間利息を控除して
も，それにより権利承継時の将来予測値が厳密に導かれるものではない。
大阪地裁平成１７年９月２６日判決（判例タイムズ１２０５号２３２頁）
はこの点を認識して「受けるべき利益』は，そもそも将来の予測にすぎ，『
ず，後から振り返ってみた場合に，後日の特定時点で特定の利益が得られ
ていたとしても，そのことから直ちに，権利承継時点において，当該特定
時点で当該特定の利益が見込まれていたともいえないから，後日の収益か
ら単純に中間利息を控除しても『受けるべき利益』が一義的に算出され，
るものではない」旨判示し，中間利息の控除を否定している。。
原判決の認定する上記相当対価の算定基準時から将来分につき年５分の
割合による中間利息の控除をするとなれば，一方ではその基準日以降当該
対価支払について遅延損害金が発生することになる。訴状送達後の遅延損
害金の支払を求めていても，それは決してそれ以前の遅延損害金を放棄し
たものではなく，原判決のような中間利息の控除が行われるのであれば，
別途，当該訴訟内又は別訴として算定基準日以降の遅延損害金請求が行わ
れることになる。中間利息控除を行うことはこのような徒な結果を招くだ
けである。
この点，一審被告は，対価請求権が期限の定めのない債務であり，請求
がない限り遅滞にならないとして，遅延損害金を想定することはできない
と主張する。しかし，そもそも，職務発明における相当対価の支払とは，
使用者とそこで働く従業員との内部関係における分配を本質とするのであ
って，単なる外部の第三者との債権債務関係とは異なる。雇用関係にある
従業員の請求がなければ相当対価の支払をしないということが著しく不公
平であることは明らかである。しかも，一審被告において発明の効果が顕
著であると認められた場合にはその職務発明を行った従業員に対し褒賞金
を「支払う」との職務発明取扱規則を設けているのであるから，一審被告
は進んで相当対価を支払うべきなのである。したがって，発明の効果が顕
著であると認められた時から遅滞すると考えるのが妥当であって，従業員
からの催告がなされない限り遅延損害金は生じない旨の一審被告の反論
は，このような使用者・従業員間の内部的な公平分配という職務発明対価
の本質と，実際の一審被告の職務発明取扱規則を無視したものであって，
失当である。
加えて，原判決は使用者等が受けるべき利益の算定において，三菱ウェ
ルファーマの将来売上高は現状から大幅に減少していくと認定している。
すなわち，原判決は本件対価請求の対象となる三菱ウェルファーマの売上
高について，平成１４年度は３５億円，平成１５年度は４３億円，平成１
６年度は４２億円，平成１７年度は５４億円と，直近４年間において約５
４％も売上高が増加していることを認定しながら，将来分については何ら
具体的根拠を示すことなく，平成１９年度∼２３年度は約４５億円，平成
２４年度は約４０億円，平成２５年度∼２８年度は約３５億円，平成２９
年年度は約１２億円に売上高が減少していくと認定しており，その上更に
中間利息を控除すべき理由は見出せない。将来分について，将来分の売上
げであるからとしてその額を謙抑的に認定しつつ，さらに将来分であると
いう理由で中間利息を控除することは二重の減額を行うものであって，使
用者と発明者間の利害を調整する旧３５条の精神に明らかに反するもので
ある。
イ一審被告と三菱ウェルファーマの一体性について
(ｱ)三菱ウェルファーマと一審被告との関係は次のとおりである。
①一審被告は，平成１１年９月３０日，東京田辺製薬と合併するに際
し，同社の１００％子会社であったティーティーファーマに対して一
審被告の医薬品事業全部を譲渡した。
②一審被告と東京田辺製薬との合併により，ティーティーファーマは
一審被告の１００％子会社となった。
③同社は，平成１３年１０月，ウェルファイド株式会社と合併し，三
菱ウェルファーマへと商号が変更された。この合併後も発行済株式の
４５．０８％を一審被告が保有し筆頭株主であった（第２位の武田医
薬品工業株式会社の保有割合は１０％にも満たなかった。。）
④平成１５年１２月，株式の公開買付けにより一審被告は三菱ウェル
ファーマの発行済み株式の５８．９４％を保有する親会社となり，さ
らに，平成１７年１０月には，株式移転により，一審被告と三菱ウェ
ルファーマを完全子会社とする三菱ケミカルホールディングスが設立
され，一審被告と三菱ウェルファーマは完全な兄弟会社となった。
⑤上記③の時代，すなわち一審被告が三菱ウェルファーマの１００％
親会社でない時代においても，同社が一審被告の医薬部門であること
，「（）」（）。は一審被告自ら決算短信連結甲３４で明らかにしている
⑥三菱ウェルファーマは本件アルガトロバン事業を一審被告から譲り
受けたが，特許権が一審被告に残ったのはあくまで管理上の理由から
にすぎない。
(ｲ)以上によれば，一審被告と三菱ウェルファーマは，少なくとも本件発
明に係るアルガトロバン事業に関しては実質的に一体であり，アルガト
ロバン事業による利益は事業譲渡後は三菱ウェルファーマに主に存在す
，，るが一審被告が三菱ウェルファーマの売上の・・を得ることによって
結局，両社で本件アルガトロバン事業の利益を分け合っている。
，，しかも両社は共同持株会社三菱ケミカルホールディングスを設立し
現在その完全子会社となっており，両社の利益は最終的に一体化されて
いる。
このように，一審被告と三菱ウェルファーマは本件実施許諾契約時に
おいて完全親子関係であって，現在は完全兄弟会社であるという強固な
資本関係にある。一つの事業を親子会社で行う場合，子会社にその利益
の大半を取得させたとしても，それは子会社からの配当や子会社株式の
価値の向上として親会社にも反映されるのであるから，子会社の得た利
益が親会社と全く切り離されることなどあり得ない。
そして，たとえ両社が法人格としては別であるとしても，本件のよう
な職務発明の相当対価請求事件においては，職務発明を譲り受けた使用
者が自ら事業を実施するか，その事業を子会社に移したかにより「使用
者の受けるべき利益の額」には差がないのであって，使用者の資本政策
により発明者が受けるべき対価額が変わるのは明らかに不当である。
よって，本件では，一審被告と三菱ウェルファーマは一体のものとし
て扱うべきであり，両者間の・・という医薬品としては異例に低い実施
料率を尺度にすることは間違いであるし，また，三菱ウェルファーマに
事業譲渡された後は，同社の利益と一審被告が実施料として得る利益の
合計が本件発明によって「使用者が受けるべき利益」である。
(ｳ)この点，日立製作所の職務発明事件に関する最高裁判所平成１８年１
０月１７日第三小法廷判決（民集６０巻８号２８５３頁）は，外国出願
についての対価請求にも特許法旧３５条３，４項の類推適用を認めてお
，，（）り本件とは事案が異なるものの権利を承継した使用者の行為判断
によって発明者が受けるべき対価が違うのは妥当でなく，社会的事実と
して実質的に１個と評価される行為に基づく場合には対価請求できると
いう，旧３５条３，４項の基本理念が明確に示されている。本件では一
審被告が最後まで自ら製造するか，子会社である三菱ウェルファーマに
事業を営ませるかは，すべて使用者である一審被告が任意に決定してい
る。一審原告が受けるべき対価が，このような使用者だけの判断によっ
て左右されるべきでないことは，上記最高裁判所の判例によっても明ら
かである。
ウ三菱ウェルファーマのロイヤリティ収入の性質について
(ｱ)三菱ウェルファーマは，テキサス・バイオテクノロジー社（現エンサ
イシブ・ファーマシューティカルズ社）に対して，アルガトロバンの米
国・カナダにおける独占的な使用・販売権をライセンスしており，同社
は，スミスクライン・ビーチャム社（現グラクソスミスクライン社）に
対して，その使用・販売権をサブライセンスしている。
原判決は，このロイヤリティに対しても３％ないし１％の実施料率を
（），。乗じている７２頁１９行∼７３頁４行がこれは明らかにおかしい
このような多額のロイヤリティを三菱ウェルファーマのみが得ることが
できて，特許権者である一審被告がその３％しか得られないということ
は考えられない。このロイヤリティは，前記イのような両社の関係から
して，その全額が「使用者が得るべき利益」そのものであり，更に３％
の実施料率を乗じることは妥当でない。
(ｲ)これに対し一審被告は，三菱ウェルファーマが受領しているロイヤリ
ティ収入は本件発明に基づく利益ではない旨主張する。
しかし，上記各ライセンス契約の前提となる基本的な契約は，一審被
告の前身である三菱化成工業株式会社（平成６年１０月に商号変更，以
下「三菱化成」という）とジェネンテック社が１９８７年（昭和６２。
年）６月３０日付けで締結したライセンス契約（以下「第１ライセンス
契約」という。乙２７）であるところ・・・・・・・・・・・・・・，
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
これらの事実に鑑みれば，期間満了を迎えた特許について敢えてロイ
ヤリティを支払うことはおよそ考えられないことから，各契約に基づく
，，ロイヤリティの対象として各契約当時に対象とされた特許のみならず
その後特許出願された本件発明（米国特許）も含まれていることは疑い
がない。
(ｳ)また一審被告は，ロイヤリティ収入は薬理・安全性データや製剤特許
等に関するものであって，本件発明とは関係がないと主張する。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・原薬の製造に係る本件発明
がロイヤリティの対象に含まれていることは明らかである。
(ｴ)さらに一審被告は，ライセンス料はライセンスに伴い得られる情報や
データ等に莫大な価値があるからこそ支払われていると主張する。
しかし，すべてのライセンス契約において何らかの情報やデータの提
供が伴うものであり，現に本件発明の存在によってライセンス料が得ら
れているときに，そのライセンス料を「使用者等の受けるべき利益」と
考えることはすでに確定した考えであり，一審被告の主張は独自の見解
にすぎない。
しかも，一審被告が主張するデータの保護は，アメリカにおいて「Ｄ
ａｔｅＥｘｃｌｕｓｉｖｉｔｙ」の制度によりＦＤＡによる承認から
５年間保護されるにすぎない・・・・・・・・・・・・・・・・・・。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・データではなく特許権がライセンス料の根拠であることは明
らかである。
なお，一審被告は，ライセンス契約におけるロイヤリティ及び原薬の
売買代金が別々に定められている以上，本件発明の実施に関する対価は
原薬代金に含まれており，仮に本件製法特許に関するものとしてさらに
別途ロイヤリティを徴収すれば二重取りになってしまうとも主張する
が，当事者間のライセンス契約の内容として原薬の販売と別途ロイヤリ
ティの支払が合意されていても，それは全体として特許権に基づきライ
センス料を支払う場合の支払方法の問題にすぎない。それは一審被告の
いう「二重取り」ではなく「二つの項目に分けた支払」が合意されて，
いるにすぎない。
エ公開情報との不一致
三菱ウェルファーマの売上は，上場企業であった同社の公開情報として
開示されている（決算参考資料・決算概要〔甲６の１∼５，財務・業績〕
の概況〔３１の１∼３。その数字に比べ，一審被告が三菱ウェルファー〕）
マの売上として開示する数字は明らかに少ない。この点，原判決は，本件
実施許諾契約に基づいて支払を受けることができる額について虚偽がある
と認めることはできない旨判示する（原判決５９頁１行∼１４行）が，両
社間の契約書（乙１１）第１条(4)の「実販売額」の定義を見ても・・・，
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・輸送費等を考慮して９９％を乗じていることから，公開情報よ
り１％低いことが理解できるだけである。また，平成１２年にはロイヤリ
ティ収入がない。この矛盾の理由は何ら明らかになっていない。
(3)自社実施期間の独占的利益について
ア原判決は，自社実施期間の一審被告の売上のうち，本件特許権に基づ
く超過売上高をその４割とする（原判決６８頁１４行。アルガトロバン）
について実質的に唯一の工業的製造方法を提供する本件発明の存在が他
メーカーの参入を阻んでいることは原判決認定のとおりでありただ製，，「
法」に関する特許であることから，原判決は「物質」に関する特許（発，
明による独占力は５０％以上と想定できる）に比べていくらか低く判断
したものと思われ，この認定については一審原告は特に争わない。
イ実際の利益率によるべきこと
(ｱ)問題は，この４割を前提として，一審被告が得た利益を算定する方法
。，，であるこの点については①売上高に対する利益率で算定する方法と
②他社に本件発明を実施許諾した場合に得られるであろう実施料率によ
り算定する方法が考えられる。原判決は，一審原告が上記①を主張した
のに対し，上記①の試算を行うにしても証拠が不足しており，粗利益
率及びその他の差し引かれるべき費用（輸送費，販売関係費等）の認
定は困難であるとして，②によって利益を算定している（原判決６９
頁２行∼３行。）
しかし，一審被告は東京田辺製薬との合併前に社内カンパニー制を採
用していたから，医薬品事業部門としての利益集計に必要な主な製品毎
の利益も計算していたはずであり，また，それらの証拠類も保存されて
いるはずである。もっとも，そうした文書の提出がなくても，上記①の
，。利益率が１５％を下回らないことは以下に述べるとおり明らかである
(ｲ)一審被告の利益率について，一審被告は全体として３．７５％である
と主張するのみで，医薬事業部門の利益率は明らかにしないが，化成品
と医薬品とでは利益率が大きく異なることは明らかであり，一審被告全
体の事業にかかる営業利益率は本件では全く参考にはならない。
そこで，一審被告から医薬品事業を譲り受けた三菱ウェルファーマに
ついて，２００２年度（平成１４年）から２００４年度（平成１６年）
における平均原価率等を「製薬企業の実態と展望（甲３５の１∼３）」
により集計すると次のとおりである（単位＝％）。
200220032004平均三菱ウェルファーマ
売上原価率43.0035.4734.8837.78
売上販管費比率研究開発費除く29.3230.7430.3130.12（）
売上研究開発費比率17.1921.4621.5520.07
売上高営業利益率10.4912.2013.2511.98
売上高利益（研究開発費除く）率27.6833.7934.8132.09
これによれば，三菱ウェルファーマの売上原価率は平均約３７．７８
％であり，粗利益率は６０％を超える。また，同社の売上高営業利益率
，．。は平均約１２％であり３７５％などという低い利益率などではない
また，医薬品大手１４(１３)社の２００２年度（平成１４年）から２
００４年度（平成１６年）における平均値も，次のとおりである（単。
位＝％）
200220032004平均医薬品大手１４（１３）社平均
売上原価率37.5535.2934.3635.73
売上販管費比率研究開発費除く31.2731.4230.9931.23（）
売上研究開発費比率14.1515.2615.0114.81
売上高営業利益率17.0318.0319.6618.24
売上高利益（研究開発費除く）率31.1833.2934.6533.04
売上高営業利益率でみると，三菱ウェルファーマは業界平均より約６
％低いが，これは同社の研究開発費が他社より高いことと，一審被告に
対して・・程度の実施料を支払う等によって，医薬品事業の利益を２社
で分け合っている結果であり，この意味からも，一審被告と三菱ウェル
ファーマの利益を合体させて初めて医薬品事業の利益として他の医薬品
大手と対比できることになる。
したがって，一審被告自らが医薬品事業を営んでいた場合の営業利益
は，一審被告から医薬品事業を譲り受けた三菱ウェルファーマの営業利
，，益及び同社から一審被告が得る実施料の合計と異なるはずはなくまた
そのうち本件アルガトロバンについての利益もそれと同等であることは
合理的に推認できるところである。よって，本件アルガトロバン事業に
よって，一審被告が得る利益は，売上の１５（１２＋３）％である。
(ｳ)ところで，粗利益から販管費（販売管理費）を控除したものが営業利
益であり，販管費には研究開発費が含まれるから，売上高営業利益率を
用いると使用者における他の研究開発に対する費用が控除されている。
旧３５条４項は，相当の対価の算出に当たって考慮すべき事由につい
て「その発明がされるについて使用者等が貢献した程度」と規定し，，
明確に「その発明」に関する事由に限定しているから「その発明」以，
外の発明に関する使用者の貢献などは考慮される余地はない。職務発明
の対価請求とは「その発明」を行った従業員と使用者との個別の利害，
調整の問題なのであるから「その発明」を行った従業員と関係のない，
他の従業員が行った発明に関する事由は当該従業員の求める対価の算出
に当たり考慮されないはずである。当該対価請求の根拠となる発明以外
の事由を対価算出に当たり考慮するならば，発明者である従業員として
は，現に自身の研究開発が成功しているにもかかわらず，自身の対価請
求とは何ら関係のない失敗した他の発明に関する責任を負わされること
になり，これが職務発明について相当の対価を請求する従業員に対して
著しく不合理であることは明らかである。
したがって，使用者が当該事業によって得た利益を算定する際には，
他の研究開発費を除いた売上高利益率を用いるべきである。
しかも，原判決は，成功した本件以外にも使用者が多数の失敗に終わ
る研究開発費を負担しているとして，成功した研究開発の利益から当該
負担分を回収させるべきであるとの発想から「成功確率」による減額を
行っている。このようにして使用者が負担した他の研究開発費を考慮す
るのであればなおのこと，使用者が得た利益算定段階においては研究開
発費を控除する理由は全くない。それは，使用者が負担した研究開発費
について①使用者の得た利益の算定段階において控除しさらに②成，，「
功確率」による減額によって控除し，さらには，③使用者貢献でも判断
するという三重の控除を行うことにほかならず，明らかに不当である。
(ｴ)一審原告は，使用者が受けるべき利益が粗利益率によって算定される
べき旨の原審での主張は撤回するが，上記のとおり他の研究開発費は考
慮すべきでないから，これを控除しない売上高利益率（３５％）によっ
て算定すべきであり，これによれば，一審被告が自社実施していた時期
の，使用者が受けるべき利益は，４３億９９０８万円（＝３１４億２２
００万円×０．４×０．３５）となる。仮に他の研究開発費をも考慮し
て売上高営業利益率によって算定するとしても１８億８５３２万円（＝
３１４億２２００万円×０．４×０．１５）となる。
ウ仮想実施料率による場合
(ｱ)仮に，仮想実施料率算定方式によるとしても，医薬品関連特許権の実
施料率が２０∼３０％であることは，原裁判所が一審被告に釈明を求め
た際に原裁判所が自ら指摘しているところである。原判決は，一審被告
と三菱ウェルファーマとの間の本件実施許諾契約で定められた・・とい
う実施料率が不合理であるということはできないとしているが，２０％
が顕著なときに・・であっても合理的である理由などどこにも存在し，
ない。
原判決は，一審被告が三菱ウェルファーマと締結した本件実施許諾契
約（乙１１）における実施料率を何よりの根拠としているが，前記のと
おり，三菱ウェルファーマは一審被告の医薬品部門であって，実質的に
社内にあるのと何ら変わるところがないこの実施料の設定もいわば管。「
理上の都合」で設定されたものであり，およそ独立した経済主体間でな
される実施契約で規定される実施料率とは全く異なるものである。この
ような特殊な事情のある実施料率を基礎として一審被告が得ることので
きる利益を判断するのは妥当でない。むしろ，本件で仮想実施料率を用
いるなら，三菱ウェルファーマが更に第三者に実施許諾をしている実施
料率を基礎にすべきである。
(ｲ)一審被告は，本件以外の薬のライセンス契約における実施料を次のと
おり開示している。
・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・
以上からすれば，仮想実施料率による場合であっても，本件発明に対
する実施料率として，１５％を下回ることはないというべきである。
(ｳ)この点，原判決は，一般の実施料率を示すものとして，実施料に関す
「〔〕」る一般的な実例を調査した社団法人発明協会発行の実施料率第５版
（甲１６）も引用するが，本件発明のように製造承認が得られた医薬品
の実施料率が高率となるのは通例であり，一審被告の他の契約では製造
承認が得られていなくとも１０％以上の実施料率となっていることから
すれば，このような一般的な実施料率を本件に当てはめることは間違い
である。
また原判決は，実施料率が２０％を下回ることはないとした一審原告
の主張について「原告の主張は，臨床試験を経て製造承認を得た医薬，
品についての実施許諾においては，化合物を合成し，動物での非臨床試
験を通過したことにより得られた価値，その後に第１相，第２相，第３
相の臨床試験をそれぞれ通過したことにより積み重ねられた価値，現実
に審査を経て製造承認に至ったことにより更に積み重ねられた価値があ
ることを十分区別していないものといわざるを得ず，採用することがで
きない（６９頁１７行∼２２行）と判示して，排斥している。。」
しかし，本件発明については，現実に審査を経て製造承認に至ったこ
とにより更に積み重ねられた価値があるのに・・という低率である点が
問題なのである。あるいは原判決は，特許の承継は化合物合成段階で行
われるからその後に高まった価値で判断すべきではないと判断している
のかもしれない。しかし，ここで問題としているのは特許権を承継した
会社の独占利益を算定するときに，いかなる利益率を用いるのが適当か
という点であり，そこでは実際の自己実施を前提にしているのであるか
ら，そのような発想は明らかに間違っている。しかも，原判決は，その
上成功確率や一審被告の貢献を考慮した減額も行っているのであり，使
用者が受けるべき利益の判断をする際に，このような発想を持つ必要性
はどこにもない。
(4)三菱ウェルファーマ実施期間の独占的利益について
上記のように，一審被告の医薬品部門であり，本件発明に係るアルガトロ
バン事業を承継した三菱ウェルファーマの売上利益は１２％であり，一審被
告は売上の・・の実施料を得ている。上記のような事実関係にある本件の場
合，三菱ウェルファーマの実施は，少なくとも職務発明の対価額の判断にお
いては一審被告の実施と同視すべきであり，結局，両社の得た利益の合計が
「使用者の受けるべき利益」である。
したがって，三菱ウェルファーマの売上（米国から受け取るロイヤリティ
を除く）について，研究開発費を控除しない売上高利益率（３５％）によっ
て算定すべきであり，仮に他の研究開発費を考慮するとしても，売上高営業
利益率１５％によって算定すべきである。
なお，原判決は「…物質特許１，２が存続している平成１５年度までは，
３％，それが期間途中で満了した平成１６年度から本件特許の満了する平成
。」（）２９年までは１％として算定するのが相当である６９頁１４行∼１６行
と判断し，物質特許が切れた後の仮想実施料率は切れる前の３分の１である
とするが，製法特許発明の対価請求事件である本件において，物質特許が切
れるか否かは本来関係がない。一審被告と三菱ウェルファーマ間の本件実施
許諾契約は，物質特許等の存続期間の満了によって実施料を変えているが，
そもそも，両社間の本件実施契約自体依拠すべきものでないことは前記のと
おりであるし，実質的に唯一というべきアルガトロバン原薬の工業的製造方
法である本件発明による独占力は物質特許の存続期間満了によって消えるも
のではなく，また，原判決が本件発明の独占力を売上げの５割ではなく４割
に限定しているのも，本件が製法特許であることを考慮したはずであり，こ
こで再度考慮して１５％を５％に減額する必要は全くない。
(5)「成功確率」による減額について
ア原判決は，創薬事業において失敗に終わる研究開発が多数存在すること
から「成功確率」による減額を行っている。，
しかし，一審原告が一審被告在社中に行った各特許発明は，いずれも，
一審被告が医薬品事業を立ち上げた創業時のものであり，各特許発明時ま
での間に実施に至ることのなかった多数の研究が存在しているものではな
い。一審原告が昭和４７年に一審被告の医薬部門に移り，創薬研究に従事
するようになったとき，一審被告においては新しい医薬品となり得る候補
化合物は全くなく，そもそも新薬開発に向けた研究開発投資は行われてい
なかったのである。それまでの多数の失敗の上に当該発明が完成したとい
う場合ならともかく，本件では他の発明の失敗を理由に成功確率なる減額
を行うべき事情は全く存在しない。
イしかも，本件発明は以下述べるように，成功が約束されていたものであ
る。
(ｱ)新薬開発は次のプロセスで行われる。
Ⅰ合成（抽出）化合物の創製段階（化合物数４万４３６５）
Ⅱ前（非）臨床試験段階（同２２３）
Ⅲ臨床試験段階（治験（同１４９））
Ⅳ承認申請段階（同７５）
Ⅴ承認取得段階（同３６）
上記Ⅱの段階に至った化合物については，その約６６．８％が次のⅢ
の段階まで進んでおり，上記Ⅱの段階の約２４．２％が最終的な承認を
取得している。
(ｲ)上記(ｱ)ⅠとⅡの段階における化合物数から明らかなように，一般的
に新薬開発の成功率が低いとされる最大の原因は，新規化合物のうち前
（非）臨床試験の対象に至るものが極端に少ない点にある。
これは，上記(ｱ)Ⅰの段階においては，①化合物ライブラリーの作成
（数十万から数百万の化合物の収集，②標的分子の探索（病態に関わ）
ると考えられる標的分子を見つけ出す，③スクリーニング（新薬のも）
ととなるリード化合物を見つけ出し，薬効安全性の両面から最適な化合
物を選び出す。この段階をパスするものはわずか，④最適化のための）
化合物修飾（リード化合物の周辺化合物を数多く作る，の各工程が行）
われ，上記③のハイスループット・スクリーニングにおいて，数十万か
ら数百万個の既存の化合物の中からリード化合物が偶然発見される手法
が一般的に採られているためであり，単に創製され，その性状が全くの
，，未知である新規化合物のほとんどは医薬品としての資質が認められず
リード化合物として選び出されないからである。
逆に，設定された研究目標に対し，疾患や疾病に関わる生体反応や生
理現象における有機化学反応を１つ１つ考察し，これらを有機化学構造
式で示した上で，それらの化学反応をいかにコントロールしていくかに
ついて様々な仮説を立て，検証しながら新たな化合物を合成していく手
法の場合には，研究者の知識，経験，発想力及び高度の合成技術が要求
されるものの，明確な１つの目標に突き進むことから，その成功確率に
ついては無目的にリード化合物を求めるハイスループット・スクリーニ
ングと同列に論じることはできない。また，リード化合物の選択に当た
って対象となる生理現象のメカニズムについて多くの知見が存在する場
合には，薬理薬効を及ぼすべき対象（すなわち，当該メカニズム）が明
確である。さらに，薬理薬効が明確な場合には上記(ｱ)Ⅱの段階や同Ⅲ
の段階で行うべき内容が明らかとなることから，それらの試験を念頭に
置いた薬物設計を行い，かつ，非臨床試験を見据えた簡略試験を行うこ
とが可能となり，無目的に創製された新規化合物などとは異なり高い蓋
然性をもって同Ⅱの段階に進むことが予想されるのである。
(ｳ)加えて，上記(ｱ)Ⅱの段階は動物（主にラット，イヌ）を対象とした
新規化合物の有効性及び安全性試験であり，同Ⅲの段階はヒトを対象と
した新規化合物の有効性及び安全性試験であるところ，両者は対象をラ
ット（動物）又はヒトとする点で異なるが，ともに新規化合物の有効性
及び安全性を確認する点では同一である。この点，例えば，中枢系薬物
のように中枢（脳）に作用する化合物については中枢（脳）の機能が哺
乳動物によって全く異なっていることから，ラットによる試験結果（前
臨床試験結果）からヒトによる試験結果（臨床試験結果）を判断するこ
とは極めて難しい。
しかし，血液の機能及び血液凝固システムは哺乳動物の種類にかかわ
らず基本的に同じであることから，ラットの血液に対して認められた薬
理薬効はヒトの血液にも認められる可能性が高い。このように，新規化
合物が影響する体組織についてラットとヒトがその構造・性質において
類似している場合には，ラットによって得られた薬理薬効はヒトにも同
様に得られる可能性が高く，前（非）臨床試験結果からほぼ臨床試験の
結果が予測できる。
(ｴ)一審原告によるアルガトロバンの開発は，このようなアプローチによ
って，行うべき非臨床試験や臨床試験を絶えず念頭において薬物設計を
行ったものである。すなわち，一審原告は前（非）臨床試験に入る前段
階において既に動物を使った静注投与や連続投与などの毒性測定，猫の
脳波による中枢毒性（痙攣）測定等を行い，クリアーしなければならな
い重要な試験を既に行い有効な結果を得ており，アルガトロバンは上記
（）。(ｱ)Ⅱの段階である前非臨床試験に進むことは確実だったのである
そして，アルガトロバンは，その機能が哺乳動物に基本的に同じであ
る血液に薬理薬効を及ぼすものであるところ，既にラットによる毒性値
が低いこと，ラット及び猫の電気生理試験が痙攣波を発生しないこと，
薬物動態性が優れていることなどの多くの知見が確認されていたのであ
るから，上記(ｱ)Ⅲの臨床試験段階において同様の効果を出すことは明
確であったのである。
ウ以上のとおり，創薬であっても，新規化合物合成のアプローチ，対象と
なる新規化合物の特質，あるいは研究開発の内容によっては相当程度に高
い成功率が望めるのであって，様々な薬理薬効作用が確認されていた完成
度の高いアルガトロバンは，何らの知見も確認されていない新規化合物と
は全く異なり，臨床試験においても有効な結果を出すことが高い確率で見
込まれていたのである。このようなアルガトロバン（しかも，その製法）
に関する発明と単なる新規化合物とを同一視して成功確率を論ずること
は，それ自体大きな誤りである。
(6)本件発明の寄与度について
ア原判決は，商標権も本件実施許諾契約の対象とされていることを理由と
して，本件発明の寄与度を２０％とする（７０頁２０∼２５行。）
この点，商標権は特許権の存続期間満了後も独占的な実施・販売を可能
とするために付加されたものにすぎないし，商標権については対価請求と
いうことも行われないのであるから，複数の特許権が存在する場合の特許
発明間の寄与率の算定根拠に含ませるべきものではなく，原判決の上記判
。，，，断は明らかに誤っているしかし本件において他に物質特許用途特許
中間体特許の存在することを考慮すると，結論として２０％というのも一
応合理性があるので，一審原告は敢えて争わない。ただし，他の特許がす
べて切れて本件発明のみとなった後の実施については，本件発明の寄与度
は１００％になるはずである。
，，，イこれに対し一審被告は本件発明が製法発明であることを強調して
原判決の認定した寄与度２０％が高すぎると主張する。
しかし，医薬品の製法特許に非常に高い価値があることは「実施料率，
〔第５版（甲１６）７０頁に「医薬品の実施料率８％以上の１１４件〕」
のうち，５０％の契約２件を含む１９件の技術内容はＤＮＡ，遺伝子関
（，）。連の技術ＤＮＡの増幅遺伝子組替え医薬品に関するものであった
他の実施料率５０％の契約の技術内容は，血圧降下剤，消炎鎮痛剤等，
全て医薬品の製造技術に関するものであった」とされていることから明。
らかである。すなわち，ある医薬品が開発され特定の薬効が確認されて
もそれだけでは医薬品として完成せず，例えば重篤な薬害や副作用を引
き起こす可能性のある不純物をできる限り取り除き，純度の高い医薬品
を工業的に製造することは医薬品事業にとって必要不可欠である。しか
も，不純物の多寡は開発後の試験の難易を左右するものであり，医薬品
の非臨床・臨床試験にとっても決定的な影響を及ぼすことになる。医薬品
として販売し，利益を上げるためには，上記高純度の製品を大量に安価で
製造できる方法の存在が不可欠なのであり，医薬品にとって製造方法と
は単なる手段ではなく，医薬品の価値を大きく左右する生命線となるの
である。
アルガトロバンの製造方法としては，物質特許１（特許第１３８２３
７７号）及び用途特許（特許第１６１６９５０号）で開示されている製
造方法（旧製造方法）もあるが，これは研究用サンプルを得る製造方法
にすぎず，工業的な規模での生産に適した方法ではない。これに対し，
本件発明は，医薬品としてのアルガトロバンを純度９９％以上という高純
度で，かつ工業的な規模で製造することができる唯一の製造方法であり，
アルガトロバンを製造・販売するために非常に重要な価値のある発明であ
る。本件発明なくしてアルガトロバンを工業的に生産することは不可能で
あり，アルガトロバン事業において今日得ている莫大な利益を得ることは
なかったのであるから，アルガトロバン事業において本件発明に高い寄与
があることは明らかである。
かかる本件発明の重要性という個別の事情を全く考慮せず，一般論を
展開するにすぎない一審被告の主張は失当である。
ウまた，一審被告は，設定登録により権利化されていない段階での本件
発明の寄与率は低く評価せざるを得ないと主張する。
しかし，本件発明は，米国では平成１１年７月２０日に，欧州では平
成１３年１０月２４日に特許化されており，日本でも特許として登録さ
れることは確実である。第三者としては，特許査定が確実な本件発明を
侵害した場合に補償金の支払請求を受けることからすれば，特許査定後
は本件方法を中止せざるを得ず，その場合再度承認申請が必要となるこ
とが容易に理解されることとなる。したがって，特許査定前であっても本
件発明の排他的効力は強く，寄与率を減額すべき要因とならないことは明
らかである。
(7)一審被告の貢献度について
ア原判決は，以下の理由をあげて，一審被告の貢献した程度を７５％と判
断する（原判決７１頁９行∼下２行，なお，下記②等の番号は原判決のも
のであり，下記以外は一審原告にとって有利な事情である。。）
「②一審原告は，昭和４０年に化学会社である一審被告に入社して以来，研究の仕
事に従事し，昭和４７年からは合成班のグループリーダーとして創薬研究に従
事し，本件発明は一審原告の職務の遂行そのものの過程でされたものであるこ
と
③立場の違いにより貢献度の評価が異なるとしても，一審原告は，一審被告に蓄
積されていた化学会社としての知識及び技術並びに物質特許１，２及び用途特
許等を利用し，一審被告の設備を使用して，一審被告の研究者等のスタッフの
助力を得て，本件発明を完成したものであること
⑤一審被告の三菱ウェルファーマとの実施許諾契約の締結や，三菱ウェルファー
マの米国企業との独占販売契約の締結は，一審被告や三菱ウェルフアーマの経
営努力によるところが大きいこと
⑥一審原告は，一審被告において研究開発の要職を歴任し，役員待遇の理事役と
なり，退職時には正規の慰労金の１割相当額の特別加給を受け，その後も関連
会社で常務取締役を務めるなど恵まれた処遇を受けていること」
イ一審原告は，前記「成功確率による減額」が行われないのであれば，使
用者の貢献が７５％であるという点は敢えて争わないこととするが，以下
述べるように，上記の各事情は一審被告の貢献の根拠とするには不適当で
ある。
(ｱ)②につき
一審被告が医薬事業に進出したのは，昭和４６年，中央研究所内に医
薬研究部を設置したことに始まるが，昭和４７年に一審原告が医薬部門
に移った当時は一審被告の医薬事業の立ち上げ時期であり，十分な図書
・研究設備もなく，また，医薬品の研究開発に十分な経験を持つ研究者
も多くなかった。そのため，一審原告の創意工夫により研究開発を進め
ていくしかなく，会社から研究開発に関する具体的な指示や命令を受け
たことはなかった。一審被告は一審原告の研究成果を聞いて研究開発を
続行すべきかどうかを判断していたにすぎない。原判決は，本件発明が
一審原告の「職務の遂行そのものの課程」でされたものにすぎないと評
価するが，実質的には新規事業の立ち上げであり，既存の基盤があって
その上でただ職務遂行していれば本件発明に至るというのではない。
(ｲ)③につき
一審原告が一審被告の設備を使用し，一審被告の研究者等のスタッフ
の助力を得て本件発明を完成したものであることは否定しないが，設備
については一審被告にとって医薬事業を立ち上げたばかりであったため
十分なものではなく，また，医薬の研究を進めていくためには先発会社
と比べて社内の技術・経験が乏しく，本件開発に役立つような化学会社
としての先行技術の蓄積は全くなかった。
(ｳ)⑤につき
原判決は「被告の三菱ウェルファーマとの実施許諾契約の締結」を，
一審被告の貢献として挙げているが，両社の実施許諾契約は一審被告を
中心とする企業グループにおいて特許管理の都合上締結されたものにす
ぎず，独立の経済主体間において締結された契約ではないから，契約締
結のための交渉等，一審被告の貢献度として挙げるべき事情は全く存し
ない。
また，原判決は，三菱ウェルファーマが米国企業との独占販売契約を
締結したことに関する三菱ウェルファーマの貢献まで判断要素として挙
げている。仮に三菱ウェルファーマは一審被告とは別主体であるという
のであれば，同社の貢献を一審被告の貢献理由として考慮することは失
当である。
(ｴ)⑥につき
一審原告が研究開発の要職を歴任したことが使用者の貢献度として認
定されているが，一審原告は本件発明を理由として優遇されたことはな
いし，それを示す証拠も存在しない。いかに優れた発明をしても管理職
に登用されない者が多数いるのであり，一審原告の場合は管理職として
の能力・識見を評価されて要職を歴任したにすぎない。したがって，一
審原告の職務歴を使用者の貢献度とすることはできない。
ウなお，本件発明に関する一審被告の貢献としては，本件発明の実施化の
際の費用，すなわち非臨床・臨床試験，製造承認というプロセスに要した
費用が考えられる。これらは確定した金額として算出されているはずであ
り，一審被告がその具体額を主張することは可能である。一審被告がこの
具体的な主張をしないのは，研究開発費が第一製薬株式会社と折半である
ためと思われる。もっとも，使用者が受けるべき利益の算定に際して，研
究開発費を除いた利益率３５％で算定判定するのであれば別として，研究
開発費も利益から控除した利益率１５％で判断する場合は，もはや臨床試
験等の費用の主張はできないというべきである。
(8)結論
以上を基礎にして一審原告の対価主張額を表にまとめると（別紙１「控，）
訴人原告主張の相当対価」のとおりであり，過去分と将来分を合計して４７
億４０００万円となる。本件発明がアルガトロバン事業の実質的な独占力を
今後も一審被告及び三菱ウェルファーマに与え続ける唯一のものであるこ
と，一審原告が本件発明の唯一の発明者であることからすると，この額は決
して高額なものではない。
３一審被告（被控訴人・附帯控訴人）
(1)職務発明の対価の本質
ア特許法は，職務発明の帰属について，自然人としての発明者個人への原
始的帰属を原則とするいわゆる発明者主義を採用している。他方，特許法
は，職務発明については使用者等に法定通常実施権を認めるとともに，契
約，勤務規則その他の定めにより，特許を受ける権利又は特許権を使用者
等に移転することができる旨を定めている。すなわち，特許法は，職務発
明の取扱についてその帰属と利用に関して発明者（従業者等）と使用者等
との調整を図るものである。それとともに，当該特許を受ける権利又は特
許権が処分可能な財産権である以上，その財産権の移転（権利の承継）が
あるときは当該財産権の経済価値と等価の対価が支払われるべきところ，
従業者等と使用者等との間の雇用関係等の労働法制上の要請により，その
移転の対価が「相当の対価」であることを要すると規定していると解すべ
きである。そして，その「相当の対価」とは，前記のように，職務発明の
利害調整規定によって使用者等は法定の通常実施権を有するから，かかる
通常実施権の負担付の特許を受ける権利又は特許権と等価な価値額を指称
すると解される。多くの判例が相当の対価の考慮要素（３５条４項）とし
ての「利益」について「特許権の取得により当該発明を実施する権利を，
独占することによって得られる利益（独占の利益）と解するのが相当であ
る」とする所以である。
特許を受ける権利又は特許権が職務発明にかかるものであって使用者等
に移転した以上，当該権利をどのように利用するかは専ら譲渡を受けた使
用者等の自由な処分に委ねられているのであって，特許権者として最適化
した利益を上げようと努力した成果である使用者等が得た利益を，共有者
ではない従業者に対して配分するという法的根拠も経済的根拠も全くな
い。経済的根拠については，当該権利を使用した事業の実施に参画する事
業者（共同事業者）が存在する場合を考えるとより一層明白になる。かか
る共同事業者は事業が成功するか否かわからない時点で参画し，その事業
実施のコストを相応に負担するというリスクを負った上で権利者と事業を
共に遂行していくのであるから，成功した場合には応分に利益の分配を受
けることが合理的であるが，企業における発明者は将来における事業リス
クを負わない（事業化できなくとも，コストを分担するわけではない）。
のであり，仮に事業が成功したとしても単純にその利益の分配を受けると
いう経済的根拠がないことは明らかである。青色ＬＥＤ事件における東京
高等裁判所の和解に対する考え方は「企業の共同事業者が好況時に受け，
る利益の額とは自ずから性質の異なるものと考えるのが相当である」とし
ているが，正に「相当の対価」の支払は共同事業者が共有特許権について
他になんら補填すべきものがないとき（好況時）にその利益を配分するよ
うなものとは全く次元が異なることを的確に示したものというべきであ
る。
イ算定基準時
前記のように，職務発明における「相当の対価」が，利害調整規定によ
って法定通常実施権という負担付権利として特許を受ける権利（登録され
れば特許権）が従業者に発生すると規定されているのであり，かかる負担
付権利であるにしてもその財産権の移転がある以上，等価価値の交換とし
て「相当の対価」が評価できなければならないとの制度趣旨であるから，
その等価性は権利移転時に確保されなければならないのは当然である。
，「，そして旧３５条３項が特許を受ける権利若しくは特許権を承継させ
又は使用者等のため専用実施権を設定したときは，相当の対価の支払を受
ける権利を有する」と規定していることから，相当の対価の算定基準時。
は特許を受ける権利又は実用新案登録を受ける権利を承継した時点である
と解すべきである（青柳怜子「職務発明(2)−対価請求権」裁判実務体系
９工業所有権訴訟法２９４ページ，中山信弘編著・注解特許法第３版【上
巻】３５３ページ（中山信弘，福田親男「職務発明」民事弁護と裁判実）
務８知的財産権３７３ページ。）
もっとも，職務発明に基づく特許を受ける権利の承継後，長期間を経過
した後に相当の対価を巡る紛争が生じた場合，当該職務発明にかかわる事
業収益や実施許諾契約に基づく実施料収入は，権利承継後の事情ではある
にしても，紛争解決時においてはいずれも過去の事実として判明している
事柄であるから，これら事情を総合して前記算定基準時における相当の対
，，価算定の参考にするべきであることは多くの判例が認めるところであり
一審被告も参考とされるべきこと自体を否定するものではない。
しかし，特許権者である使用者等の行う事業が成功するか否か，実施の
事業による売上がどの程度上がるのか，また開始した当該事業を継続する
か否か，当該事業を他の企業に譲渡するか否か，そもそもかかる事業を行
う母体である企業そのものが存続できるのか否か等のリスクは権利承継時
には不明な事情であるのであって，相当の対価の算定を後日行うことにな
った場合には既に超過売上高やライセンス料の実績があることから，単に
資料として用いることができるにすぎないというべきである。
ウ不確定要素の考慮
，，前記のように相当の対価の算定基準時は当該権利の移転時であるから
当該権利（通常実施権の負担付権利）の対価の算定をするに際しては，将
来どのように展開するか全く不明であるという不確定要素，換言すると権
利化失敗のリスクや事業化に対する投資リスクを適正に評価する必要があ
。，る相当の対価を巡る紛争が顕在化した時点では既に実施の事業が成立し
その事業の売上による利益が過去の事実として存在するが，それらはいず
れも当該特許を受ける権利が移転した時点では将来の不確実な事象であっ
て，これらが１００％の確率で実現することを断言できる者は誰もいなか
ったことを看過してはならない。
また，職務発明が生まれるまでのコスト，すなわち使用者等の研究開発
投資及び当該研究に従業者等を従事させることによる機会損失も，コスト
として適正に評価する必要がある。
こうした不確定要素や開発コストがあるにもかかわらず，使用者等が実
施の事業で得た独占的利益を積算し，これに発明者貢献割合を単純に乗じ
て「相当の対価」を算定する方式は，権利承継後に使用者等が得た独占的
利益を「発明者貢献度」と称する割合によってあたかも配分するかのよう
な結果をもたらしてしまい，その本質に反することになることを銘記すべ
きである。前記のとおり「相当の対価」の支払は独占的利益の配分では，
ないからである。
エ種々のリスクに関する確率要素を考慮することが不可欠であること
新技術を探索する研究開発には技術的なリスクが存在する。また，研究
開発には競争が存在し，競争企業によって特許が先取りされてしまうリス
クもある。ある発明を事業化するにはそれを商業化するに必要な補完的技
術の開発・導入投資，生産と販売体制の確立などのための投資が必要であ
るが，こうした投資が収益をもたらすかどうかにも大きなリスクが存在す
る。技術的に優れた発明でも補完的な資産への投資が適切に行われないと
発明実施事業は利益を生まない。
以下では，企業が負担しているこのようなリスクの大きさを確率的に把
握して，発明完成時に当該発明の実施事業による利益（粗利益）の総計の
期待値がどのようになるかを検討する。
研究者の研究を当該発明に振り向けると他の研究開発の機会が失われ
る。この機会損失を研究者の研究努力の機会費用という。この研究努力の
機会費用は研究者が他の研究という仕事をした場合に企業が得られる利益
である。以上から，研究開発における費用は直接に行われる研究開発費用
及びこの研究者の研究努力の機会費用の合計額である。研究開発の成功確
率（発明が得られる確率）をφとする（０＜φ＜１。）
研究開発が成功すれば企業はさらに事業化投資を行う。この投資によっ
て発明はθの確率で粗利益（収入から事業化投資以外の費用を控除）をも
たらすが（＜θ＜１（−θ）の確率で失敗し収入をもたらさない。01），
この結果，企業と発明者全体として，以下の表に示す利益が実現する。
この表が示すように，研究開発のみが失敗する場合よりそれが成功して事
業化に失敗した場合の方が損失は大きい。
各場合の利益
事業化成功事業化失敗
（確率θ）（確率１−θ）
開発成功利益−（研究開発費用＋研究者の研究ー(研究開発費用+研究者の研究
（確率φ）努力の機会費用＋事業化投資）努力の機会費用+事業化投資)
開発失敗−（研究開発費用＋研究者の研究努力なし
（確率１−φ）の機会費用）
利益（期待値）＝φθ（利益−（研究開発費用＋研究者の研究努力の機会費用＋事業化
投資））
＋φ（１−θ）（−(研究開発費用+研究者の研究努力の機会費用＋事業化
投資)）
＋（１−φ）θ（−（研究開発費用＋研究者の研究努力の機会費用））
＝φθ利益−（研究開発費用＋研究者の研究努力の機会費用）
−φ事業化投資
この分析から，発明完成時における利益の期待値は研究開発確率及び事
業化成功確率に依存することがわかる。つまり，種々のリスクに関する確
率要素を考慮することが不可欠であることがわかるのである。
(2)独占利益算定の基礎となる事実の誤認
ア一審被告と三菱ウェルファーマを一体とみることの誤り
(ｱ)原判決は，使用者が他の企業との間で実施許諾契約を締結し，同契約
に基づいて実施料を取得した場合には，この実施許諾契約により取得し
た実施料額を算定の資料として用いるとの基準を示す（原判決６３頁７
行∼１１行。本件で「使用者」とは一審被告であるから，原判決が示）
した上記基準によれば，当然ながら三菱ウェルファーマとの実施許諾契
約に基づき一審被告が取得した実施料額を算定の資料としなければなら
ないはずである。
しかし，原判決は，一審被告が「実施許諾契約により取得した実施料
額」ではなく，突如として三菱ウェルファーマの売上（原判決別紙１３
の三菱ＷＰに独自に設定した仮想実施料率なるものを乗じて仮「」），「
想実施料額」を算出して，相当の対価算定の資料とする。このように，
原判決が「一審被告が取得した実施料額」ではなく「三菱ウェルファ，，
ーマの売上高を基礎とした仮想実施料額」と誤った認定をする理由は，
一審被告の主張する具体的数値は厳しすぎるとの発想のもとに，後述す
るように，合理的な根拠もないままに三菱ウェルファーマがエンサイシ
ブ・ファーマシューティカルズ社等から受け取ったロイヤリティ収入の
額を一審被告が受けるべき利益の判断において考慮しようとしたからに
ほかならない。そのために，原判決は「三菱ウェルファーマの正味販，
売高」を算定の基礎として「三菱ウェルファーマがエンサイシブ・フ，
ァーマシューティカルズ社等から受け取ったロイヤリティ収入の額」を
も考慮し，さらに「三菱ウェルファーマがエンサイシブ・ファーマシュ
ーティカルズ社等から将来受け取るロイヤリティ収入」も含めて推定す
るという判断の誤りをしたのである。
このように，原判決は，算定のための資料を取り違えた違法があると
いわざるを得ない。
(ｲ)そもそも一審被告が原審で主張したとおり，実施許諾料率は経済原則
に従って定められるものであるが，使用者が「実施許諾契約により取得
した実施料額」を資料とするのではなく，原判決のように他の会社の売
上に仮想実施料率なるものを設定して乗じた「仮想実施料額」を資料の
一つとすることは，企業の経済原則に裁判所が規範的に介入する結果を
もたらすことになり，特段の事情のない限り妥当でないし，また，本件
実施許諾契約における実施料率・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・の設定は合理的
なものである。
したがって「使用者が受けるべき利益の額」を算定するに際して，，
一審被告が三菱ウェルファーマとの間で実施許諾契約を締結し，同契約
に基づいて実施料を取得した場合には，この実施許諾契約により取得し
た実施料額を算定の基礎とすべきであるから，原判決別紙１２のロイヤ
リティ欄記載の実施料額に基づいて算定されるべきである。
また，一審被告と三菱ウェルファーマとの間で合理的な経済原則に基
づき実施料の支払は・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・以降は三菱ウェルファーマから一審被告への実施
料が入らず，算定の基礎となる実施料額は０である。
(ｳ)これに対し一審原告は，職務発明を譲り受けた使用者が自ら事業を実
施するか，あるいはその事業を子会社に移したかにより使用者が受ける
べき利益の額に差がないにもかかわらず，使用者の資本政策によって，
発明者が受けるべき対価額が変わるのは不当であると主張する。
確かに，職務発明を譲り受けた使用者が自ら事業を実施するかその事
業を子会社に移すかは権利継承時には不明な将来の事情であるから，こ
れにより権利承継時における「使用者に受けるべき利益の額」に差はな
い。相当の対価額は，事業が成功するか否か，売上がどの程度上がるの
か，企業が事業を継続するか否か，事業を他の企業に譲渡するか否か，
企業が存続するかどうか等のリスクを考慮して，権利継承時における対
価額を算出せざるを得ないからである。そして，相当の対価の算定を後
日行うことになった場合には，すでに実績があることから「使用者が，
受けるべき利益の額」を算定するに際しては，自己実施した場合の超過
売上高や実施許諾をした場合のライセンス料を資料として用いることが
できるにすぎないのであって，決してそのような実績に基づく利益を再
分配するという制度ではない。一審原告の主張は，既に得た利益が現実
化しているのであるからその利益を分配するべきであるとの発想であ
り，相当の対価の算定とは相容れない主張である。
また，一審原告の主張からすれば，発明者である従業員から特許を受
ける権利を譲り受けた使用者である法人がその権利を第三者である別法
人に譲渡した場合，相当対価の算定に当たってその譲渡先の法人の売上
をも合算するのが論理的ということになるが，このような合算は旧３５
条の予定するものでないし，解釈から導き出すこともできない。
なお，一審原告が引用する日立製作所の職務発明に関する最高裁判決
は，外国の特許を受ける権利についても旧３５条３項，４項の類推適用
によって相当の対価を請求することができる旨を判示したものであっ
，，。て本件とは全く事案が異なるものであるから何ら参考とはならない
イ三菱ウェルファーマのロイヤリティ収入に本件発明の対価が含まれてい
ないこと
(ｱ)原判決は，三菱ウェルファーマがエンサイシブ・ファーマシューティ
カルズ社等から支払を受けているロイヤリティ収入は，アルガトロバン
に関して支払われる収入であることに変わりはないから，一審被告と三
菱ウェルファーマとの間の本件実施許諾契約の内容に関わりなく，一審
被告が受けるべき利益の判断において考慮すべきであるとするが（６７
頁９行∼１３行，以下に述べるとおり誤りである。）
(ｲ)ａ第１ライセンス契約の背景及び趣旨につき
第１ライセンス契約を締結した昭和６２年当時，一審被告の前身で
ある三菱化成は医薬事業の揺籃期にあり，独力で海外市場において医
薬品事業を展開できる実力はなく，医薬品事業の海外における事業化
は適切なパートナーに対してライセンスを許諾することにより行わざ
るを得ない状況にあった。
すなわち，医薬は，周知のとおり，化合物の発見及びその製造方法
の確立だけでは石油化学等の他の化学製品と何ら異なるところはな
く，これだけで医薬品としての事業化ができるものではない。得られ
た化合物のスクリーニングを行い，その後薬効薬理試験，薬物動態試
験や安全性試験（安全性薬理試験，一般毒性試験及び特殊毒性試験を
。），（，含むからなる前臨床試験を行いその後更に３段階フェーズ１
フェーズ２及びフェーズ３）に及ぶ臨床試験を行った上で承認申請を
し，これに認められて初めて医薬としての事業化ができることになる
のである。当時の三菱化成は既にアルガトロバンについて日本で臨床
試験を行っていたが，その製造承認が得られるか否かは不透明な段階
にあったこと及び独力で日本だけでなく米国での事業化を行うことは
現実には困難であったことがライセンスの背景にあったのである。
その上で，三菱化成では，今後自社による開発・事業化をするとし
ても，このライセンス方式により海外での事業が成功すればロイヤリ
ティや原薬供給対価の収入が期待でき，全体として医薬開発に要した
経費の一部還元に結びつけることも可能となるものと考えていたこと
から，開発途上のものであったアルガトロバン等の包括ライセンスに
踏み切ったものである。それというのも，たとえ三菱化成においてそ
の後の研究開発を断念したとしても，ジェネンテック社において最終
的に事業化に至ればライセンス料収入は得られることになり，それま
での三菱化成における研究開発が無駄になることはないとの考えがあ
ったのである。
一方，ジェネンテック社においても，遺伝子工学を駆使した開発に
より次々と新薬候補となる遺伝子操作品を生み出していたが，自社で
の医薬品の事業化には至っておらず，他社からの医薬品の導入を強く
希望していた。ジェネンテック社にとっても化合物について米国にお
ける独占的な実施権を取得できれば自社開発の製品と同等な扱いとな
る上に，ライセンス時点までの三菱化成が保有しているデータ等を入
手することができ，今後の研究開発経費を大幅に省くことができると
ともに成功確率が向上するという大きなメリットがあったのである。
ジェネンテック社にとっては，膨大な化合物から候補となる化合物
を逐一スクリーニングすること及び前臨床試験を行う労力と時間を省
き，米国においてはジェネンテック社だけが商品化する権利があると
いうことが何よりも大きなメリットだったということができる。
このように両社の希望と意向が一致して，三菱化成にて開発中の化
合物について包括ライセンス契約が締結されることとなったのであ
る。
ｂ特許・データのライセンスと原薬の製造権につき
第１ライセンス契約におけるジェネンテック社に対する化合物の供
与は，製剤の製造，使用，販売権の許諾と製剤に必要な原薬の全量供
給という基本方針の下に行われた。すなわち，原薬については相手方
に製造権の許諾をせず，三菱化成において必要量全量を供給するとい
うものであった。
こうした取組みは医薬業界ではごく普通に行われており，本件の第
１ライセンス契約においてもアルガトロバンだけが特別にこの取り組
みになっているのではなく，ライセンス対象となったすべての化合物
についてこの取組みにしている。この取組みでは，原薬の売買と製造
法以外の特許・データ等のライセンスが別立てとなっており，対価も
各々別々に取り決めることになる。三菱化成が原薬を製造するので，
その売買代金の中にはその製造ノウ・ハウ等に基づく対価に相当する
ものが当然に含まれることになる。
ただ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・，
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
ジェネンテック社が三菱化成の主張を受け入れ，原薬の供給を受け
ることで合意したのは，自ら製造設備を建設するなどの投資を行うよ
りは三菱化成において製造を集約化した方が効率的であると考えたか
らであると思われる。
第１ライセンス契約でライセンスの対象となったのは許諾製品又は
配合製品の本分野における使用又は販売のための特許権であって，原
薬については必要量全量を三菱化成が供給することを前提にしていた
から，三菱化成もジェネンテック社もアルガトロバンという化合物の
製造方法や製造ノウ・ハウはライセンス対象にならないことをよく理
解していた。それだからこそ，対価もライセンスに関するものと原薬
の売買に関するものとを別々に取り決めることになったのである。
すなわち・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・，
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・
なお，そもそも第１ライセンス契約時である１９８７年（昭和６２
年）６月３０日当時は，本件発明については日米欧とも未だ出願され
てもおらず，ライセンス対象になるはずもない。
ｃライセンス料につき
本件製法特許以外の特許やノウ・ハウ等のライセンスに伴う対価す
なわちライセンス料を決めるに際し，特許による保護が望ましいこと
は三菱化成及びジェネンテックの両社とも認識していた。
しかし，だからといって特許権が存在するか否かによってライセン
ス料率を変えようとの意向は，三菱化成にもジェネンテック社にもな
かった。それは，ライセンシーであるジェネンテック社にとって膨大
な化合物の開発及びそのスクリーニング並びに前臨床試験，臨床試験
を実施する労力に要する費用と時間を節約できるとともに，成功確率
の上昇した医薬候補品を手にすることができるからであり，しかもそ
れが米国においては自社だけで実施することが可能となるからであ
る。これにより得られるメリットを考えれば，特許の有無よりも，ラ
イセンスに伴い得られる情報やデータ等に莫大な価値があることは明
らかである。
第１ライセンス契約においては，このようなデータ等の高い価値に
鑑みて，特許の成立・未成立にかかわらず，ライセンス料は支払うべ
きものとする規定を入れたのである。さらに，これらの考え方に基づ
き，第１ライセンス契約におけるすべてのライセンス対象化合物につ
いて同一の取り決めをしており，アルガトロバンのみが特別というわ
けではなかった・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
ｄその後のライセンス契約
ジェネンテック社は，１９９３年（平成５年）５月２７日，テキサ
スバイオテクノロジー社（現エンサイシブ社）に対して，上記第１ラ
イセンス契約で実施許諾を与えられている権利（本件発明は包含され
ていない）につき再実施許諾をし，テキサスバイオテクノロジー社は
最終投与製剤を製造するためのアルガトロバン原薬の全量を三菱化成
から購入することとされた（以下「第２ライセンス契約」という。乙
２８。）
その後，一審被告（平成６年に三菱化成から商号変更）は，１９９
７年（平成９年）４月３０日，ジェネンテック社及びテキサスバイオ
テクノロジー社との間で，①ジェネンテック社はアルガトロバンに関
する契約関係から離脱し，②一審被告がテキサスバイオテクノロジー
社に対する直接の実施許諾権者となることを合意した（以下「第３ラ
イセンス契約」という。乙２９。）
また，一審被告及びテキサスバイオテクノロジー社は，１９９７年
（平成９年）８月５日，スミスクラインビーチャム社（現グラクソス
ミスクライン社）との間で，①テキサスバイオテクノロジー社が上記
第３ライセンス契約により一審被告から実施許諾された権利（本件発
明は包含されていない）について，スミスクラインビーチャム社に対
し再実施許諾をし，②一審被告は，スミスクラインビーチャム社に対
しアルガトロバンの原薬を供給すること等を合意するとともに（以下
「第４ライセンス契約」という。乙３０。なお一審被告とスミスクラ
インビーチャム社間で同日締結されたアルガトロバン原薬の製造供給
に関する合意は乙３１。）
以上の経過の後，一審被告は，ティー・ティー・ファーマ（現三菱
ウェルファーマ）に対し，平成１１年９月３０日，一審被告が有する
医薬に係る特許権等を独占的に実施許諾し，一審被告が契約当事者と
なっている医薬事業に係る契約について契約上の地位を譲渡した（以
下「第５ライセンス契約」という。乙１１。）
これら第２ライセンス契約以降のライセンス契約においても第１ラ
イセンス契約の趣旨が踏襲されている。
(ｳ)上記のとおり，一連の実施許諾契約の根本である第１ライセンス契約
においては，本件発明はライセンスの対象とはなっていなかったことが
契約当事者双方の認識であり，その後の契約においても前提とされてい
たのである。
したがって，上記ライセンス契約の各条項からは，三菱ウェルファー
マがエンサイシブ・ファーマシューティカルズ社等から得ているロイヤ
リティ収入は薬理・安全性データや製剤特許等に関するものであって，
本件発明が実施許諾の対象とされていないことは明らかであるし，契約
締結に至る背景及びその趣旨からすれば，本件製法特許は将来にわたり
実施許諾の対象から明確に除外されていたことは明らかである。本件発
明の実施（三菱ウェルファーマが日本国内で製造方法を使用している）
に関する価格は原薬の代金に含まれており，仮に本件発明に関するもの
として更に別途グラクソスミスクライン社等からロイヤリティを徴収す
るとすれば二重取りになってしまう。
結局原判決は，一審被告が主張する「三菱ウェルファーマがエンサイ
シブ・ファーマシューティカルズ社等から得ているロイヤリティ収入は
本件製法特許のロイヤリティではないこと」について判断せず，前記の
ように「アルガトロバンに関して支払われる収入であることに変わり，
はない」と判断するのみで，何らの根拠なく本件製法特許権の実施の対
価として訴外会社が受領していると判断してしまっている。
これを本件製法特許の実施料であると認定したものとすれば証拠に基
づかない判断であり，また，そのように解すべき根拠を示さない点で理
由不備である。また，この判断が「アルガトロバンに関する」もので，
あれば製法特許と関係なくても訴外会社の売上であり三菱ウェルファー
マから一審被告が受領すべき実施料の一部として加算するべきであると
いうのであれば，なぜ直接の製法特許に関する実施料でないものを加算
するのか根拠がなく，理由不備である。さらに「アルガトロバン」に，
（）「」，関する発明７件ある全体の独占の利益を算定したのだとすれば
これを含むアルガトロバン全体の「使用者が受けた利益」を製法に係る
本件発明（１件）の全体に占める割合によって案分すべきである。いず
れにしても，全く論拠がない判示であって，違法である。
(3)自己実施分における相当の対価の判断の誤り
ア超過売上高について
(ｱ)受けるべき「利益」
原判決は，一審被告の自己実施期間の超過売上高について，①自己実
施期間中の売上高３１４億２１４０万円を基礎として，②その４割相当
額が超過売上高である，と認定した。
しかし，そもそも「使用者が受けるべき利益の額」は，飽くまで「利
益」である「利益」とは売上から諸経費を控除して算定するものであ。
り，この諸経費中には，アルガトロバンを売り上げるための直接的な原
価や販売経費だけでなく，莫大な開発費も原価として算入されなければ
ならない。原判決が「１つの新薬の開発には１０年∼１８年を要し，研
究費は１５０∼２００億円，対売上高比率でみると全産業の平均値の約
３倍を要する上，その成功の確率も１万分の１未満であり，運良く臨床
試験に到達したものであっても最終的に製造承認がされる確率は１１∼
１３％である（６９頁下３行∼７０頁１行）と認定するように，新薬」
の莫大な開発費をごくまれな成功製品の売り上げでまかなう必要がある
からである（なお，原判決はこの点を捉えて，成功確率による減額とし
て９０％の減額を行っているが，それを考慮するのであれば成功確率が
１万分の１未満である以上，９９．９９％減額すべきである。。）
もっとも，上記開発経費のうちからアルガトロバンの原価に算入すべ
きものを特定して算出することは不可能である。そうすると，一審被告
が原審で主張したとおり，一審被告が医薬事業を行ってきた営業年度に
おける売上高に対する営業利益の占める割合である営業利益率は，医薬
関連事業における売上と経費との関係を総合的に表しているものという
，，ことができるからこれをアルガトロバンの売上高に乗じることにより
開発経費等を含む諸々の経費をアルガトロバンの売上に応じて振り分け
て控除することができると考えられる。一審被告が医薬事業を行ってき
た長年にわたる営業年度の営業利益率は平均３．７５％であるから，ア
ルガトロバンに関する利益を算定するに際し，これに振り向けられるべ
き開発経費等を算定し，これを売上から控除するために売上に乗ずべき
利益率は３．７５％程度であるというべきである。
(ｲ)再審査期間中の排他力
原判決は，再審査期間中に受けた一審被告の利益も「使用者が受ける
べき利益」に含むとした（原判決６５頁９行∼２０行。）
しかし「再審査期間中であっても，他者が承認申請に必要な試験を，
自力で行って資料を揃えて申請することは禁じられていない」との認定
は，論理的にはあり得るとしても，実務を全く理解していない机上の空
論である。再審査期間中に後発医薬品を製造しようとする会社は製造承
，。，認を得ることが必要であるがそれは事実上不可能であるこれに対し
再審査期間経過後には，後発医薬品会社が製造承認を得ることは事実上
もあり得る。これは，後発医薬品会社は，再審査期間中に製造承認を得
るためには先発会社と同等又はそれ以上の資料を揃える必要があるが，
再審査期間経過後では揃えるべき必要な資料が格段に少なくなるためで
ある。
したがって，一審被告が原審で主張したとおり，再審査期間中に他社
の侵入を妨げているのは薬事法上の再審査期間制度であるから，再審査
期間中の特許権の独占力というのは存しないか，存したとしてもゼロに
等しいものである。
(ｳ)特許権が利益に寄与する割合
原判決は，一審被告が競業他社にアルガトロバン関連６発明及び本件
発明の特許又はノウ・ハウとしての秘匿により得ることができた超過売
上高は４割であるとする。
しかし，一審被告が原審で主張したとおり，一審被告の利益は特許権
のみによって生まれるものではなく，会社資本（設備，費用，人（従）
業員，特許権が相まって生まれるものである（いわゆる３分説。原判））
決も「被告は，被告の利益は会社資本(設備，費用)，人(従業員)，特，
許権が相まって生まれるものであり，被告のアルガトロバン関連の利益
に対するすべてのアルガトロバン関連特許発明全体の寄与割合は多くと
も３分の１にすぎない旨主張する。事業化は，被告が事業化の危険を負
担した上，自らの会社資本(設備，費用)及び人(従業員)を投入して行っ
たものであるから，…被告の上記主張は，基本的に採用することができ
る（原判決７２頁６行∼１２行）としてこれを是認している。。」
したがって，一審被告のアルガトロバン関連の利益に対するすべての
アルガトロバン関連特許発明の寄与割合は３分の１にすぎないことは明
らかである。
(ｴ)特許権の超過利益に寄与する割合
原判決（６２頁下８行∼５行）が判示するとおり，職務発明がされた
場合，使用者は無償の通常実施権(特許法３５条１項)を取得するから，
使用者が当該発明に関する権利を承継することによって「受けるべき利
益」とは，当該発明を実施して得られる利益ではなく，使用者が従業者
から特許を受ける権利を承継することにより，当該発明を実施し得る権
利を独占することによって受けることが見込まれる利益(独占の利益)を
いうものと解される。
一審被告が原審で主張したとおり，一審被告が自己実施をしていた時
期に後発医薬品が存在したとしても，その割合は現在の後発医薬品メー
カーの売上状況に鑑み多めに想定してもせいぜい市場の１割程度に過ぎ
ない。したがって，一審被告の通常実施権を超える独占的利益が仮に存
在したとしてもそれはせいぜい１割程度にすぎないというべきである。
イ仮想実施料率について
原判決は，自己実施をしている場合の「使用者が受けるべき利益の額」
を算定するに際しては使用者が当該発明を自ら実施し，他社に実施許諾し
ていない場合には，競業他社に発明の実施を禁止していることによる通常
実施権の行使による売上高を上回る売上額(超過売上高)はいくらか，ある
いはその売上げに係る想定実施料収入を資料の一つとする基準（原判決６
３頁１１行∼１５行）のもとに，仮想実施料率なるものを算定している。
しかし，自己実施の場合には実施許諾をして実施料収入を得ているわけ
ではないから，仮想実施料率を基準とした想定実施料収入を算定すること
は，自己実施の場合の「使用者が受けるべき利益の額」を合理的に反映し
ていないことは明らかである。
したがって，自己実施の場合の「使用者が受けるべき利益の額」を算定
するに当たり仮想実施料率を算定することは必要ではなく，一審被告が算
出したように，売上高から合理的な利益を算出し，さらに特許権が利益に
，，，寄与する割合特許権の超過利益に寄与する割合本件製法特許の寄与度
一審被告の貢献度，開発リスクの特殊事情等を総合考慮して算出するのが
合理的であることは明らかである。
ウ成功確率による減額
原判決が新薬の開発リスクを考慮して成功確率による減額を行った趣旨
は相当である。
ただし，原判決は，一審被告の貢献度の検討の際に成功確率による減額
を考慮した一審被告の貢献度は９７．５％であると認定したが，新薬の開
発が成功する確率は１万分の１未満であり，その中でも最終的に製造承認
がされる確率は１１∼１３％であるから，９９．９％の成功確率減額を行
うべきであり，これを一審被告の貢献度として考慮するとしても，一審被
告の貢献度は９９．９％とすべきである。
エ本件発明の寄与度
原判決は，物質特許１，２が存続していた自社実施期間における本件発
明の寄与度を２０％と認定する（原判決７０頁下７行∼下２行。）
しかし，アルガトロバンの関連特許としては合計７件の特許権が存在す
る（物質特許が２件，用途特許が１件，中間体特許が３件，製法特許が１
件。原判決は，２件の物質特許と本件製法特許のみを検討しているが，）
。，他の特許権の寄与度については検討すらしていない単純に７分割しても
１つの特許権の寄与度は約１４．３％であり，さらに原判決も「本件発明
は製造方法の発明であり，物質特許等との比較において重要度は下がると
認めざるをえない（原判決７０頁下５行∼下４行）と認定しているので」
あるから，用途特許や中間体特許が全くの無価値であると認定される等の
特段の事情があれば格別，そのような特段の事情のない限りは本件製法特
許の寄与度が約１４．３％から下がることはあっても，上がることはあり
得ない。
医薬業界においては特許発明の排他力に関し物質発明用途発明承，，，（
認用途のみ）は強く，製法は弱いとの共通認識がある（室伏良信「医薬品
」〔．〕とバイオ製品についての特許戦略日経バイオビジネス２００３０８
１５４頁，乙１９。そして，医薬業界におけるリーディングカンパニー）
である武田薬品工業株式会社においては，カテゴリー別ウェイト（評価・
配分の算定方式）の原則として，基本物質を１．０とした場合，製剤０．
３，用途０．５，製造方法０．３とされており（ＬＥＳ月例研究会「実績
補償制度についての考え方」１４頁，乙２０，これに従った製造方法の）
カテゴリー別ウェイト（アルガトロバンでは製剤特許が存在しない）は，
０．３／（１．０＋０．５＋０．３）＝１／６となる。
そして，中間体に関してのカテゴリー別ウェイトの記載は存しないが，
製造に関連することから製造方法と同様に考慮すると，中間体と製法で４
件の特許権があるから，本発明の寄与割合は，カテゴリー別ウェイト×１
／４＝１／６×１／４＝１／２４＝０．０４となる。
なお，以上はすべての発明が権利化している場合を前提とした寄与率で
あって，本発明は未だ権利化されていないことからすると，本発明の寄与
率はさらに低くなってしかるべきである。
オ中間利息の控除
原判決は，中間利息の控除について，本件発明について特許出願がされ
た平成９年８月１日が本件における相当の対価の算定基準時期となるか
ら，その時を基準として将来分につき年５分の割合による中間利息を控除
すべきであるとする。
しかし「特許法３５条は，相当の対価の算定基準となる時期を特許を，
受ける権利を承継した時と規定していると考えられる」が「勤務規則等，
に職務発明の対価の支払時期が定められている場合には，特段の事情のな
い限り，相当対価は当該支払時期を基準として算定された額であることが
予定されているもの」とは解されない。
原判決は，特許を受ける権利の承継時はある一定の時期としているもの
の，権利の承継時と相当の対価の支払時期が異なる場合には，権利の承継
，。，時ではなく支払時期を相当の対価の算定基準とするものであるしかし
これが合理的な解釈ではないことは売買契約を例に取れば明らかである。
すなわち，ある土地を購入する場合には，売り主と買い主との間で売買契
約を締結するがその場合には売買契約締結時に売買の対象となる土地本，（
件では特許を受ける権利）を特定し，売買代金（本件では相当の対価）が
決定される。そして，この売買代金の支払時期を半年後とした場合に，売
買契約締結時よりも支払時期である半年後の地価が上昇したり下降したり
しても，売買代金は変更されないことは明らかである。
特許法旧３５条も，相当の対価の算定基準となる時期を特許を受ける権
利を承継した時と規定しているものと解すべきであり（そのことは原判決
も認定している，承継時と支払時期が異なるだけで，何故その支払時期。）
が相当の対価の算定基準時となるのかその合理的な根拠は全くないといわ
ざるを得ない。
したがって，一審被告が原審で主張したとおり，相当の対価の算定基準
の時期は，例外なく特許を受ける権利の承継時であると解すべきであり，
中間利息の控除も特許を受ける権利の承継時を基準として将来分につき年
５分の割合による中間利息を控除すべきである。
なお，一審原告は中間利息の控除を上記のように解すると，遅延損害金
との関係について徒な結果を招くと主張するが，相当の対価の請求権は期
限の定めのない債権であって，債務者は債権者の履行の催告時から遅滞に
陥るのであり，それに従って遅延損害金が発生するだけであるから，全く
問題はない。
カ一審被告の貢献度
原判決は，一審被告の貢献度について７５％と認定し（７１頁，成功）
確率による減額を一審被告の貢献度で考慮した場合の一審被告の貢献度は
９７．５％であると認定する（７２頁。）
しかし，一審被告の貢献度が７５％であるとの認定は明らかな事実誤認
である。一審被告が原審で主張したとおり，一審被告の貢献度は９５％を
，，下ることはないし原判決が認定した成功確率による減額をも考慮すれば
一審被告の貢献度は９９．９％を下ることはない。
(4)実施権付与期間分における相当の対価の判断の誤り
ア受けるべき利益の額
実施権付与期間について一審被告の受けるべき利益の額は，前記(2)の
とおり，一審被告が実際に得た実施許諾料を基準とすべきであり，三菱ウ
ェルファーマの売上を基礎とすべきではない。
そして，一審被告が三菱ウェルファーマから得た実施許諾料は原判決別
紙１２（被告主張対価算定表）のとおりである。
なお，一審被告と三菱ウェルファーマとの間で，実施料の支払は・・・
・・・・・・・・・・・・・・までと定められたのであるから・・・・，
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
イ実施料率
原判決は，物質特許１，２の存続期間が満了した平成１６年度から本件
特許の満了する平成２９年までの実施料率を１％とする。
しかし，そもそも一審被告が実際に得た実施許諾料を基準とすべきであ
るから，仮想の実施料率を認定する必要は全くないといわざるを得ない。
原判決は，算定の基礎とすべき売上について，使用者の一審被告の売上
高ではなく，実施権者の三菱ウェルファーマの売上高を基準としている事
実誤認をしたがために，本来であれば検討する必要のない仮想実施料率ま
でを算定するという誤りを犯したのである。
ウ本件発明の寄与度
原判決は，７０頁以下で「実施許諾を開始した平成１１年度後半以降，
の利益の算定に当たり採用すべき本件発明の寄与度について判断しておく
と，物質特許１，２につき特許期間が満了していなかった平成１５年度ま
では２０％，それ以降は１００％であると認めるのが相当である」と判。
断している。
しかし，物質特許が有効期間満了か否かによって，本件製法特許の寄与
度を変更するのは明らかな判断の誤りである。
そもそも発明の寄与度は，当該発明固有のものであるはずであり，他の
発明が有効であるか否か，他の発明が有効期間満了であるか否かにより左
右されるべき性質のものではない。原判決のように，あたかも共有の弾力
性のごとき判断を行うのは，発明の寄与度に対する理解を完全に誤ってい
るものである。
既に主張したとおり，本件発明の寄与度は，０．０４である。
エ一審被告の貢献度（成功確率による減額，中間利息の控除）
既に主張したとおり，成功確率による減額を踏まえた一審被告の貢献度
は９９．９％を下らない。
また，既に主張したとおり，特許を受ける権利の承継時を基準として将
来分につき年５分の割合による中間利息を控除すべきである。
第４当裁判所の判断
１当裁判所は，一審原告の本訴請求は主文第１項(1)掲記の職務発明対価及び
，。遅延損害金の支払を求める限度で理由がありその余は理由がないと判断する
その理由は，以下に述べるとおりである。
２本件における基礎的事実関係
当裁判所の基礎的事実関係は，原判決第３，１（事実認定（４４頁１４行）
∼６２頁１５行）記載のとおりであるから，これを引用する（ただし「原，
告」を「一審原告」と「被告」を「一審被告」と読み替える。以下同じ），。
３本件における「相当の対価」の額について
(1)特許法旧３５条３，４項の意義
ア一審原告の本訴請求は，平成１６年法律第７９号による改正前の特許法
３５条（旧３５条）３項に基づく職務発明対価支払請求であるところ，旧
３５条３項は「従業者等は，契約，勤務規則その他の定により，職務発明
について使用者等に特許を受ける権利若しくは特許権を承継させ，又は使
用者等のため専用実施権を設定したときは，相当の対価の支払を受ける権
利を有する」と，４項は「前項の対価の額は，その発明により使用者等が
受けるべき利益の額及びその発明がされるについて使用者等が貢献した程
度を考慮して定めなければならない」と定めている。
イところで，旧３５条３項及び４項の規定は，職務発明の独占的な実施に
係る権利が処分される場合において，職務発明が雇用関係や使用関係に基
づいてされたものであるために，当該発明をした従業者等と使用者等とが
対等の立場で取引をすることが困難であることにかんがみ，その処分時に
おいて，当該権利を取得した使用者等が当該発明の実施を独占することに
よって得られると客観的に見込まれる利益のうち，同条４項所定の基準に
従って定められる一定範囲の金額について，これを当該発明をした従業者
等において確保できるようにして当該発明をした従業者等を保護し，もっ
て発明を奨励し，産業の発展に寄与するという特許法の目的を実現するこ
とを趣旨とするものである。
ウそして，旧３５条３項にいう特許を受ける権利は，各国ごとに別個の権
利として観念し得るものであるが，その基となる発明は，共通する一つの
技術的創作活動の成果であり，職務発明とされる発明については，その基
となる雇用関係も同一であって，これに係る各国の特許を受ける権利は，
社会的事実としては，実質的に１個と評価される同一の発明から生じるも
のであるということができるところ，これによれば，前記のとおり一審原
告によりなされた本件発明が一審被告により日本，米国，欧州に特許出願
されたとしても，本件発明は社会的事実としては１個のものとして旧３５
条３項により米国及び欧州の分も含めてその対価の額を算定すべきものと
解される。
エまた上記対価は，従業者等が有していた発明を受ける権利を使用者等に
承継譲渡したことによる対価であるからその算定基準時は承継時譲（），（
渡時）ということになるが，権利承継後の事情が口頭弁論終結時までに判
明しているときは，これらの事情も総合して算定基準時における相当対価
を認定することも許されると解する。
オそこで，以上の見地に立って本件における「相当の対価」の額について
検討するが，原判決は，争点１（相当の対価の額）について「(1)相当，
の対価の額（６２頁下１０行∼６３頁下３行「(2)『発明により使」）」，
用者等が受けるべき利益の額』の算定上の問題（６３頁下２行∼６７頁」
１３行「(3)『その発明がされるについて使用者等が貢献した程度』），
の判断において考慮すべき事項（６７頁１４行∼６８頁１行「(4)自」），
社実施期間（平成１１年９月まで）における算定（６８頁２行∼７２頁」
１７行「(5)実施権付与期間における算定（７２頁１８行∼７３頁１），」
５行「(6)試算のまとめ（７３頁１６行∼末行）に分けて説示してい），」
るので，当裁判所も，基本的に上記順序で検討することとする。
(2)「発明により使用者等が受けるべき利益の額」の算定上の問題
ア算定基準時
原判決６４頁１行∼１０行は，本件発明に特許出願がされた平成９年８
月１日が本件における相当の対価の算定基準時となるとするが，次のとお
り改める。
すなわち，前記２（本件における基礎的事実関係）によれば，一審被告
の従業員であった一審原告は昭和５５年ころ本件発明を完成し，一審被告
は平成２年６月から本件発明を自ら実施して「ノバスタン注」及びアルガ
トロバン原薬の製造・販売を開始したのであるから，一審原告は一審被告
に対し遅くとも上記平成２年６月までに本件発明を譲渡したと認めるのが
相当であり，そうすると本件における相当の対価の算定時期は平成２年６
月というべきである。
イ特許登録前の利益
，。原判決６４頁１２行∼６５頁８行のとおりであるからこれを引用する
ウ再審査期間内の排他力
原判決６５頁１０行∼下７行のとおりであるから，これを引用する。
エ外国の特許を受ける権利の譲渡の対価（一部再論）
，。原判決６５頁下５行∼６７頁８行のとおりであるからこれを引用する
ただし「裁判所時報１４２２号（６６頁下６行∼下５行）とあるのを，」
「民集６０巻８号２８５３頁」と改め，また６７頁９行∼１３行は引用し
ない。
(3)「その発明がされるについて使用者等が貢献した程度」の判断において考
慮すべき事項
，。原判決６７頁下１１行∼６８頁１行のとおりであるからこれを引用する
(4)自社実施期間（平成２年６月∼平成１１年９月まで）における算定
ア売上高
原判決８頁３行∼６行のとおり，一審被告は，平成２年６月から平成１
１年９月（以下，当該期間を「自社実施期間」という）まで，本件発明。
を自ら実施して「ノバスタン注」及びアルガトロバン原薬を製造，販売し
ており，この間の一審被告の売上げは，原判決別紙１２「被告主張対価算
定表」の「被告の自己実施分について」の「売上高」欄記載のとおり，合
計３１４億２１４０万円である。
イ超過売上高
アルガトロバンは，大河内記念技術賞を受賞するなど高く評価され，上
記アのとおり，一審被告の自社実施期間中の売上高は，第一製薬への原薬
販売分を含めて，上記のとおり３１４億２１４０万円(年平均３３億６０
００万円以上)であること，アルガトロバンの物質特許１，２及び用途特
許の存続期間満了後における後発医薬品の市場占有率は１０％程度に留ま
るが，これは，他の医薬品の場合と同様に，一審被告が第一製薬と共に平
成２年６月から平成１２年７月に後発医薬品が発売されるまで約１０年間
市場を独占していた結果，それ以降も先発品メーカーとして市場における
優位な地位を保持しているためであると考えられることからすると，上記
アの売上高のうち，一審被告が競業他社にアルガトロバン関連６発明及び
本件発明により得ることができた超過売上高（競業他社に発明の実施を禁
），止していることによる通常実施権の行使による売上高を上回る売上額は
原判決と同じくその４割と認めるのが相当である。
ウ独占的利益の算定
(ｱ)利益率算定方式か仮想実施料率か
ａ本件発明についての一審被告の独占的利益の算定方法としては，上
記イに認定した超過売上高に対し，①現実の利益率を乗じて算定する
方式（利益率算定方式）と，②仮に本件発明を他社に実施許諾した場
合に得られるであろう実施料率を乗じて算定する方式（仮想実施料率
算定方式）が考えられるところ，原判決認定（６８頁下９行∼６９頁
５行）のとおり，自社実施期間において本件発明に係る一審被告の医
薬事業部門における現実の利益率を認定することは困難であるから，
本件においては仮想実施料率算定方式によるのが相当である。
ｂこの点，一審原告は，三菱ウェルファーマや医薬品大手数社平均に
おける売上原価率，売上販管費比率，売上研究開発費比率，売上高営
業利益率，売上高利益（研究開発費を除く）率を挙げて，利益率算定
方式による一審被告の利益率は１５％を下回らない旨主張する。しか
し，一審原告の主張する上記利益率等は，自社実施期間ではなくそれ
以後の平成１４年∼平成１６年のものであり，内容も本件発明ないし
アルガトロバン関連事業に限定されない平均値であることからすれ
ば，上記三菱ウェルファーマの利益率等は，後記のとおり，仮想実施
料率算定方式による場合における料率の考慮要素の一つに止まると解
するのが相当である。
他方，一審被告は，一審被告の売上高に占める営業利益率が３．７
５％であると主張する。しかし，一審被告が営業利益率を３．７５％
とする根拠は昭和５４年∼平成１１年における一審被告の決算業績に
おける売上高と営業利益を比較し，売上高営業利益率を算出すると同
割合になるというものであり，これが直ちに一審被告における本件発
明に係る医薬部門の営業利益率を表すものということはできない。し
たがって，利益率算定方式を前提とする一審被告の主張は，一審被告
の利益におけるアルガトロバン関連特許発明の寄与割合が３分の１
（設備や費用などの会社資本，従業員などの人，特許権の３分説）で
あるなどといったその余の主張を含め，採用することができない。
，，，なお医薬事業を行う上で必要とされる諸経費の多寡や会社資本
従業員等の要素，ひいては開発に至るリスク等の諸事情については，
後記のとおり，本件発明に関係する限度で，一審被告の貢献度におい
て考慮するのが相当である。
(ｲ)仮想実施料率方式に基づく算定
ａ以上を前提に本件における仮想実施料率について検討する。
前記２（本件における基礎的事実関係）に加え，証拠（甲１６，３
４，３５，乙２７∼３７，４０∼４２，証人Ａ。なお，書証は枝番を
含む）及び弁論の全趣旨によれば，次の事実が認められる。。
(a)実施料に関する一般的な実例を調査した社団法人発明協会発行の
「実施料率〔第５版（甲１６）によれば，医薬品その他の化学製〕」
品の分野において，実施料率の平成４年度から平成１０年度におけ
る平均値は，ペイメント条件(イニシャル)有りが６．７％，無しで
７．１％であること，実施料率８％以上の契約１３７件のうち１１
４件が医薬品であり，そのうち，８∼１０％のものが６０件，１１
∼２０％のものが３５件，２１∼３０％のものが９件，３１∼５０
％のものが１０件(うち２件は５０％)であった。
(b)三菱ウェルファーマの平成１４年度（２００２年度）から平成１
６年度（２００４年度）における平均売上高営業利益率を「製薬企
業の実態と中期展望（甲３４の１∼３）により集計すると１１．」
９８％となる。
また，医薬品大手１４(１３)社の平成１４年度（２００２年度）
から平成１６年度（２００４年度）における平均売上高営業利益率
は１８．２４％である。
（，。）(c)一審被告平成６年１０月の商号変更前は三菱化成以下同じ
は，昭和６２年当時，医薬事業の揺籃期にあり，独力で海外市場に
おいて医薬品事業を展開できる実力はなかったことから，医薬品事
業の海外における事業化を適切なパートナーに対するライセンスの
許諾により行うことを検討し，１９８７年（昭和６２年）６月３０
日，ジェネンテック社との間で第１ライセンス契約（乙２７）を締
結した。
第１ライセンス契約の概要は，次のとおりである。
①第１条「定義」
「バイオ製品」とは，一つ又は複数の異種の複製された遺伝子
を導入した宿主を慎重に操作することを通して，蛋白又はペプチ
ドがそこから利用可能となるところの「研究品目」をいう。
「合剤」とは「許諾製品」と少なくとももう一つの治療上の活
性を有する成分からなる製品をいう。
「本分野」とは「バイオ製品」については「研究品目」にお，，
いて，ヒト疾患の予防又は治療用の使用をいい「許諾製品」に，
対する反応性をスクリーニングするための当該「許諾製品」の使
用を含み，さらには，スクリーニング用として三菱化成により提
供された受容体の使用を含む「バイオ製品」ではない「許諾製。
品」については，人間の心臓血管及び免疫疾患に限定されるもの
とする。
「ジェネンテック社の地域」とは，米国及びカナダ並びにそれ
らの領土及び保有地をいう。
「ノウハウ」とは，特許化可能か否かにかかわらず，三菱化成
が保有しているすべての情報であって「本分野」における「許，
諾製品」の使用又は販売のための物質，方法，工程，技術及びデ
ータからなるものであり，かつ第三者に対する契約上の義務に違
反せずに三菱化成が自由に譲渡又は開示できるものをいう「ノ。
ウハウ」は「許諾製品」に関する市場調査，市場戦略及び分析，
並びに他の商業的情報を含むが，これに限られない。
許諾製品とは許諾期間中に譲渡日に到達した研「」，「」「」「
究品目」をいう「許諾製品」は，第１ライセンス契約に添付さ。
れた別紙Ｂ記載の化合物（アルガトロバン）を含むが，同別紙Ｃ
記載の化合物を含まない「許諾製品」には「許諾期間」の満了。，
前に「譲渡日」に達した「バイオ製品」のアミノ酸の異種体，高
分子，集合体，合成体及び断片並びにそれら物質と同一源の蛋白
が更に含まれるものとするがこれらのアミノ酸異種体等は(１)，，
，，研究目的のために十分な数量に同定され単離されたものであり
かつ（２「許諾期間」及びその後３年間において「譲渡日」に，）
達したものでなければならない。
「許諾期間」とは，第１ライセンス契約発効日から始まり，１
９９２年（平成４年）６月３０日に終了する期間をいう。なお，
第２ライセンス契約以下で延長されている。
「許諾特許」とは「許諾製品」又は「合剤」の「本分野」に，
おける使用又は販売に係るものであって，三菱化成が現在又は今
後所有又は管理している若しくは三菱化成が現在又は今後再実施
許諾権を有する「ジェネンテック社の地域」におけるすべての特
許（発明者証を含む）及び特許出願並びに変更，延長，再登録，
更新，分割，継続又は一部継続をいう。別紙Ｂに示されている物
質（アルガトロバン）の「ジェネンテックの地域」における使用
又は販売に適用される「許諾特許」で第１ライセンス契約日に存
在するものは，同契約別紙Ｄに列挙されている（なお，別紙Ｄに
列挙された特許の中に本件発明及びアルガトロバン関連６発明は
含まれていない。。）
「譲渡日」とは「バイオ製品」については，その品目が(１)，
クローンされ，(２)発現又は化学的に合成され，かつ，(３)研究
委員会によって承認された試験管モデル又は生体内モデルにおい
て生物学的活性を有すると証明された「許諾期間」中の最初の，
日をいう「バイオ製品」ではない「許諾製品」については，あ。
る品目が含まれるより大きな階層又はグループの物質群の中から
特定されたある品目について，三菱化成がＧＬＰの条件下で心臓
血管又は免疫疾患用途の前臨床試験を最初に開始することを決定
する日をいう。
②第２条「実施許諾」
「２．０２三菱化成による許諾(a)本契約の条件に従い，
，『』，三菱化成はジェネンテック社に対して三菱化成の許諾特許
『ノウハウ』及び３．０３項に基づきジェネンテック社に譲渡さ
れるべき『改良技術』に基づき『ジェネンテック社の地域』に，
おいて『本分野』で『許諾製品』を使用又は販売するため権利を
許諾する。本２．０２(a)項で許諾された権利は，ジェネンテッ
ク社が三菱化成から購入する『許諾製品』の原薬を用いて『許諾
製品』の最終投与製剤を製造する権利を含むものとする。…」
③第５条「ライセンスに対する補償」
「５．０１三菱化成への支払５．０２項に基づき発生する
ロイヤリティに加えて，ジェネンテック社は，１９８７年７月２
９日に・・・・・・・・を三菱化成に支払うものとする。…」
「５．０２三菱化成へのロイヤリティ(a)５．０１項に記
載される支払に加えて，各半年の終了後９０日以内に，ジェネン
テック社は当該半年中の『許諾製品』及び『配合製品』の全『正
』。味売上高についてロイヤリティを三菱化成に支払うものとする
各『許諾製品』に適用される『独占期間』中において，当該『許
諾製品』の『正味売上高』についてのロイヤリティ率は・・・と
する。…」
④第７条「原薬の供給」
「７．０１許諾製品の供給三菱化成は，ジェネンテック社
が『ジェネンテックの地域』において商業的に使用，販売するた
めに必要な『許諾製品の全量』をジェネンテック社に供給するも
のとし，ジェネンテック社はこれを三菱化成から買い受けるもの
。『』とする三菱化成からジェネンテック社に供給される許諾製品
は原薬の形態でジェネンテック社が申入れし，三菱化学が承諾し
た数量及び納期に従って供給される。…」
「７．０２許諾製品のコスト６．０４項及び７．０１項に
従いジェネンテック社に供給されるすべての『許諾製品』の価格
は・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・，
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・６．０４項及びこの７．０２項の目的のために『許，
諾製品の製造コスト』とは，当該『許諾製品』のための三菱化成
のすべての製造コストを意味するものとし，これには直接の材料
費，直接労務費及び製造の管理費が含まれる。…」
(d)ジェネンテック社は，平成５年５月２７日，テキサスバイオテク
ノロジー社（現エンサイシブ社）に対して，第１ライセンス契約で
実施許諾を与えられている権利につき再実施許諾をし，テキサスバ
イオテクノロジー社は最終投与製剤を製造するためのアルガトロバ
ン原薬の全量を三菱化成から購入することとされた（第２ライセン
ス契約，乙２８。）
その後一審被告は，平成９年４月３０日，ジェネンテック社及び
テキサスバイオテクノロジー社との間で，①ジェネンテック社はア
ルガトロバンに関する契約関係から離脱し，②一審被告がテキサス
バイオテクノロジー社に対する直接の実施許諾権者となることを合
意した（第３ライセンス契約，乙２９。）
また一審被告及びテキサスバイオテクノロジー社は，平成９年８
月５日，スミスクラインビーチャム社（現グラクソスミスクライン
社）との間で，テキサスバイオテクノロジー社が第３ライセンス契
約により一審被告から実施許諾された権利について，スミスクライ
ンビーチャム社に対し再実施許諾をし，一審被告は，スミスクライ
ンビーチャム社に対しアルガトロバンの原薬を供給すること等を合
意した（第４ライセンス契約，乙３０。）
(e)以上の経過の後，一審被告は，平成１１年９月３０日，同年４月
に東京田辺製薬の１００％子会社として設立されたティーティーフ
，，ァーマに対し医薬事業を譲渡するとともに原判決別紙６のとおり
，，，，本件発明アルガトロバン関連６発明の特許データノウ・ハウ
商標権等を含む医薬に係る知的財産についての独占的実施権を許諾
することで上記各ライセンス契約に基づく契約上の地位を移転し，
その対価として・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・，
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・の支払を受
ける旨の実施許諾契約(本件実施許諾契約)を締結した。その結果，
一審被告は以後上記各ライセンス契約に基づくアルガトロバン原薬
の供給を直接行うことはなく，同供給及びその対価の受領は専らテ
ィーティファーマ（三菱ウェルファーマ）が行うこととなった。
ｂ以上によれば，前記ａ(a)，(b)のとおり，医薬品その他の化学製品
の分野における実施料率は事例に応じて数％から５０％までばらつき
，，があり一般的な基準が確立しているとは認め難いところであるから
仮想実施料率を定めるとしても，類似事例等における実施料率その他
の事情を総合考慮の上決するほかない。
この点，本件においては，一審被告はジェネンテック社に対し，第
１ライセンス契約に基づき米国及びカナダにおけるアルガトロバンの
使用及び販売，すなわち，アルガトロバン原薬を製剤化し，これを販
売する権利等を許諾し，その際，製剤に必要なアルガトロバン原薬は
一審被告が全量供給するものとされたこと，また，ジェネンテック社
から一審被告に交付される対価は，主として５．０１項の定める一時
金及び５．０２項の定めるロイヤリティと７．０２項の定めるアルガ
トロバン原薬の対価により構成されていることが認められる。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・すなわち，第１ライセンス契約においては，原薬を供給す
る対価は一定の利益を加算して支払うべきことが規定されており，そ
の性質について，三菱化成において第１ライセンス契約の締結に関与
したＡは，その陳述書（乙４０）において「…三菱化成が原薬を製，
造しますから，その売買代金の中には，その製造ノウハウ等に基づく
対価に相当するものが当然に含まれることになります（２頁下１６。」
行∼１４行）と陳述し，また，その後のライセンス契約により第１ラ
イセンス契約の実質的な契約関係を引き継いだグラクソスミスクライ
ン社も「…ＢＵＬＫＭＡＴＥＲＩＡＬ（判決注：アルガトロバン原，
薬）製造のためのロイヤルティはＢＵＬＫＭＡＴＥＲＩＡＬの対価
」（〔〕に含まれている…グラクソスミスクライン社からの書簡乙４２
翻訳下４行∼下３行）との認識を表しているところである。
以上のようなアルガトロバン原薬の供給を一審被告に独占的に留保
し，他方でその対価に「製造ノウハウ等に基づく対価」ないし「ロイ
ヤルティ」を上乗せするという第１ライセンス契約のスキーム及び上
記契約関係者の認識等に鑑みれば，上記原薬供給の対価は，ジェネン
テック社が一審被告からアルガトロバン原薬の独占的供給を受けるこ
とに対する「ロイヤルティ，すなわち実施料相当分を含むものと解」
するのが相当である。
ｃそこで，上記原薬供給の対価における実施料相当分の割合について
検討する。
上記実施料相当分について・・・・・・・・・・・・・・・・・，
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・具体的な実施料相当分の割合は１０％を下回る
ものと解さざるを得ない。
しかし，原判決４６頁下１０行以下及び原判決別紙８の１「アルガ
トロバンの製造方法」記載のとおり，本件発明は，従前の製造方法と
比べて，製造工程が２工程短縮した点，精製が容易であり純度の高い
化合物を合成することができる点，嵩高く立体障害性の高い化合物同
士を効率良く円滑に縮合させることを可能にしている点に特徴がある
製造方法に関するものであって，従前の製造方法の欠陥・問題点を解
決し，医薬として使用できる純度の高い(９９％以上)アルガトロバン
，，，を大量安価に製造することができる画期的なものでありそのため
本件発明の存在が他の後発医薬品メーカーの市場参入を思い止まら
せ，旧製造方法又はそれに近い製造方法を採用している既参入後発医
薬品メーカーに規模の拡大を思い止まらせる効果を有していると認め
られる（原判決４９頁８行∼１３行。）
このような本件発明の意義を考慮すれば，実施料相当分の割合が少
ないとは評価し難いのであって，これに上記のような第１ライセンス
契約の内容，医薬品分野における実施料の実例，三菱ウェルファーマ
や他の医薬品業界における売上高営業利益率等を併せて総合考慮すれ
ば，上記原薬供給の対価に占める実施料相当分の割合は５％と認める
のが相当である（原判決は３％とするが相当でない。。）
なお，上記ａ(e)のとおり，一審被告の有していた第１ライセンス
契約上の地位は本件実施許諾契約において最終的に三菱ウェルファー
マに移転され，これにつき一定の実施料率・・・・・・・・が定めら
れていることから，自社実施期間における仮想実施料率もこれによる
べきであるとの考えがあり得るが，この点は上記実施料率の相当性の
有無について後記(5)アにおいて説示するとおりであり，採用するこ
とができない。
(ｳ)本件発明の寄与度
ａ原判決４頁１４行以下のとおり，本件発明に関連する発明として，
物質特許１，２，用途特許，中間体製法特許１∼３からなるアルガト
ロバン関連６発明があり，それとの関係において本件発明の寄与度を
定めるのが相当である。
そして，上記のとおり，本件発明は医薬品としてのアルガトロバ
ンを純度９９％以上という高純度で，かつ工業的な規模で製造するこ
とができる方法として画期的なものであり，アルガトロバンを製造・
販売する上で非常に重要な価値のある発明であり，我が国において特
許出願中であるものの米国や欧州において既に特許化されていること
からすれば，本件発明が物質特許ではなく製法の発明であることや，
我が国において未だ設定登録により権利化されていないこと等を考慮
に入れたとしても，自社実施期間における本件発明の寄与度は２０％
を下らない（原判決と同旨）ものと認めるのが相当である。
ｂこれに対し一審被告は，医薬業界における各種発明の後発品排除効
果について「物（選択発明含む』強「用途発明強（承認用，『）」，
途のみ「製法の発明弱（回避容易・発見困難（室伏良信「医）」，）」
薬品とバイオ製品についての特許戦略」日経バイオビジネス〔２００
３．０８〕１５８頁，乙１９）などとして，物質発明，用途発明は強
く，製法発明は弱い旨の認識が示されていることや「１つの製品に，
複数の発明…が寄与している場合，他社牽制力及び特許性の観点から
個々の発明の点数を算出した後，カテゴリー別ウエイトを乗じ各発明
への配分比率を算出…。カテゴリー別ウェイト（原則として）基本
（．），（．），（．），（．）」物質１０製剤０３用途０５製造方法０３
（ＬＥＳ月例研究会「実績補償制度についての考え方」１４頁，乙２
０）として，武田薬品工業株式会社における複数の発明間の配分比率
として，基本物質を１．０とした場合，製剤０．３，用途０．５，製
造方法０．３とする例があることを挙げて，本件発明の寄与度は４％
であると主張するが，飽くまでも一般論であって，本件発明の寄与度
は本件における個別具体的事情に基づいて決せられるべきところ，ア
ルガトロバンの製造方法として本件発明の有する上記個別的な意義
を考慮すれば，一審被告の上記主張は採用することができない。
(ｴ)中間利息の控除
ａ前記(2)ア記載のとおり，本件における相当な対価の算定基準時は
平成２年６月ころと解される。しかし，原判決５５頁１３行以下並び
に原判決別紙２及び３のとおり，被告取扱規則（乙２の２，３）にお
いては，職務発明に対する補償金は「職務発明についての出願…がな
された場合」に支払われるものとされ，また，被告取扱規則の「職務
発明に対する補償金の基準」においては，補償金の対象は日本出願の
みであり，優先権主張出願等については除外されており，日本出願で
ある本件発明について特許出願がされたのは平成９年８月１日であ
る。このように，一審原告は本件発明について日本国において出願さ
れた平成９年８月１日までは上記対価の支払を一審被告に請求するこ
とはできないのであるから，上記時期までは中間利息の控除をすべき
でないが，その経過後はその経過時を基準として対価の将来分につき
年５分の割合による中間利息を控除すべきである。
ｂこれに対し一審原告は，将来分につき中間利息の控除をすべきでな
いと主張するが，相当対価の請求をすることが可能となった時点から
遅延損害金が発生することは当然であるから，一審原告の上記主張は
採用することができない。
エ一審被告の貢献度
ａ原判決４４頁以下に認定のとおり，一審被告が医薬事業を開始したば
かりの揺籃期において，一審原告の高い能力及び技術が本件発明の完成
に大きく貢献していること，他方，一審原告は，昭和４０年に化学会社
である一審被告に入社して以来，研究の仕事に従事し，昭和４７年から
は合成班のグループリーダーとして創薬研究に従事し，本件発明は一審
原告の職務の遂行そのものの過程でされたものであること，一審被告は
本件発明の権利化にさほど熱心ではなかったところ，一審原告が特許出
願を勧め，自ら明細書等の作成を行い，出願審査の請求も，請求期間満
了直前に一審原告が催促して行わせたものであること，他方，一審原告
は，一審被告に蓄積されていた化学会社としての知識及び技術並びに物
質特許１，２及び用途特許等を利用し，一審被告の設備を使用して，一
審被告の研究者等のスタッフの助力を得て，本件発明を完成したもので
あり，原判決５０頁１７行以下のとおり，新薬の研究開始から承認取得
は，原判決別紙１０の２「新薬開発のプロセスと期間」記載の様々なス
テップから構成され，それらのステップに応じた業務内容が決められて
おり，研究開発や上市，さらには上市後の対応までも含めて，多くの専
門家が関わっていること，実際に，一審被告の米国企業との独占販売契
約（第１ライセンス契約等）の締結等，アルガトロバン事業の販路拡大
は一審被告の経営努力によるところが大きいことが認められる。このよ
うに，本件発明を含むアルガトロバン事業の事業化，販路拡大ないし成
功には一審被告の経営努力によるところが大であるということはできる
ものの，前記のとおり，本件発明は極めて有効かつ価値の高いものであ
り，このような発明が成立するに当たり一審原告が課題の設定・課題の
解決に果たした役割等の事情に照らせば，従業者たる一審原告の上記の
ような企業内での職務と地位を考慮に入れたとしても，本件発明におけ
る一審原告の貢献を過小評価することも相当でない。
ｂまた，平成１０年版厚生白書によれば，１つの新薬の開発には１０年
∼１８年を要し，１５０∼２００億円を要するとされていること，日本
製薬工業協会の２００５年のパンフレット(乙５)によれば「多くの新，
薬の候補化合物を合成しても新薬の成功確率は，１２，３２４分の１」
であり「１成分当たりの研究開発費は，日本の調査データによると５，
００億円にのぼ」り，臨床試験に到達したものでも，最終的に製造承認
がされる確率は１１∼１３％であること，平成１４年の総務省「化学技
術研究調査報告」によれば，研究費の対売上高比率は全産業が３．０６
％であるのに対し，医薬品産業は８．９１％であること(乙５)，新薬の
，，，探索研究は合成研究者が単独で実施できるものではなく薬理研究者
薬物動態研究者，安全性研究者との協力体制が必要であり，実際の研究
活動では正確かつ安定した評価結果を得るための測定系を作成すること
は無論のこと，より人疾患に近い試験系を組み立てる能力も要求される
こと(乙５，弁論の全趣旨)が認められ，これによれば，医薬品業界にお
ける企業の成功確率は決して高いものではなく，したがって，一審被告
の貢献度を考慮する上でそのような事情は十分考慮に値するというべき
ではあるが，他方で，本件発明は一審被告が医薬事業を開始したばかり
の揺籃期に完成されたものであり，必ずしも上記のような一般論が全面
的に妥当するものともいい難い。
ｃなお原判決は，６９頁下４行以下及び７１頁下１行∼７２頁２行にお
いて，創薬事業においては失敗に終わる研究開発が多数存在するという
事情があることから，相当対価の算定に際し「成功確率による減額」を
行うべきであるとするが，上記のような事情は，独立の減額事由ではな
く，一審被告の貢献度を考慮する際の１要素と把握すべきものである。
ｄ以上述べた，本件発明がなされるに至った経緯，一審原告がこれに関
与するに至った事情，本件発明の他の発明との比較における位置付け，
一審被告の販売努力の内容，新薬開発における研究開発の事情等を総合
的に考慮すると，一審被告の貢献度は９０％と認めるのが相当である。
オ小括
以上によれば，自社実施期間における本件発明の相当対価額は（別紙，
２「相当対価額・自社実施分（平成２年６月∼平成１１年９月」記載の））
とおり，１２１８万０４８１円となる。
(5)実施権付与期間（平成１１年１０月∼平成２９年７月）における算定
ア実施料算定の基礎となる三菱ウェルファーマの売上高
，，，(ｱ)ａ原判決８頁８行以下のとおり一審被告は平成１１年９月３０日
ティーティーファーマ（現三菱ウェルファーマ）に対し，本件発明，
アルガトロバン関連６発明の特許，データ，ノウ・ハウ，商標権等を
含む医薬に係る知的財産について独占的実施権を許諾し（本件実施許
諾契約，その対価として実施料を得ているところ・・・・・・・・），
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・というものである。
これによると，一審被告は，本件実施許諾契約を締結した結果，従
前アルガトロバン事業を実施したことで得ていた利益を喪失し，その
代わりに本件実施許諾契約に基づく実施料収入を得たことになる。
しかるに，例えば自社実施期間である平成１０年度の一審被告の売
上高（４３億０９６０万円）における超過売上高（４０％）に一審被
告主張に係る営業利益率（３．７５％）を乗じて得られた利益は６４
６４万４０００円であるのに対し，一審被告主張に係る実施権付与期
間における実施料収入は，平成１２年度が４８０４万９０００円，平
成１３年度は４１９５万６０００円というものであり（原判決別紙１
２「被告主張対価算定表」参照，単純に比較しても両者間に上記の）
ような差が生じていることになる上，弁論の全趣旨によれば，上記実
施料支払期間は平成２１年９月３０日〔平成２１年度〕に満了すると
認められ，以後は実施料収入自体も喪失することになる。
そして，本件において，一審被告における上記のような著しい利益
の喪失を正当化するような事情（例えば，上記利益喪失の経済的合理
性を基礎付けるような本件実施許諾契約以外の対価ないし補償関係の
存在など）は見当たらず，本件実施許諾契約だけでは，その実施料が
合理性を有すると認めることはできない。
ｂ他方，一審被告と三菱ウェルファーマの関係についてみると，一審
被告は，平成１１年９月３０日，同年４月に東京田辺製薬の１００％
子会社として設立されたティーティーファーマに対し医薬事業を譲渡
するとともに，本件実施許諾契約を締結して本件発明を含むアルガト
ロバン関連事業の実施権を許諾したこと，ティーティーファーマは翌
１０月１日に社名を三菱東京製薬に変更したこと，その後ウェルファ
イド株式会社は平成１３年１０月三菱東京製薬を吸収合併し，三菱ウ
，。ェルファーマに商号変更したことはいずれも当事者間に争いがない
また，弁論の全趣旨によれば，一審被告は平成１１年９月３０日に東
京田辺製薬と合併し，その結果，ティーティーファーマは一審被告の
１００％子会社となったこと，その後ティーティーファーマがウェル
ファイド株式会社と合併し，三菱ウェルファーマへと商号変更した後
も，一審被告は三菱ウェルファーマの発行済株式の４５．０８％を保
有する筆頭株主であったこと，平成１５年１２月には株式の公開買付
けにより一審被告が三菱ウェルファーマの発行済み株式の５８．９４
％を保有する親会社となり，さらに，平成１７年１０月には，株式移
転により，一審被告と三菱ウェルファーマを完全子会社とする株式会
社三菱ケミカルホールディングスが設立され，一審被告と三菱ウェル
ファーマは完全な兄弟会社となったことが認められ，一審被告の平成
１４年３月期の「決算短信（連結（甲３３）によれば，平成１４年）」
５月１４日当時，三菱ウェルファーマは一審被告を中心とする企業集
団において一審被告の医薬部門として位置付けられていたことが認め
られる。
これによれば，本件実施許諾契約に基づき三菱ウェルファーマが一
審被告から承継したアルガトロバン事業等による利益は，単に本件実
施許諾契約に基づく実施料として一審被告に直接的に還元されるだけ
ではなく，これに加えて，一つの企業グループにおける親子ないし兄
弟会社間における利益配分の過程を通じて，間接的に一審被告に還元
されることも予定されているものと解することができ，上記(ｱ)に述
べた本件実施許諾契約における実施料の経済的合理性も，このような
間接的な利益の還元を加味して初めて合理的に説明できるものという
べきである。
ｃそうすると，実施権付与期間に係る本件発明の相当対価額を算定す
るに当たっては，上記のように直接的及び間接的に還元される利益の
総体をもって一審被告の利益と解し，これをもって一審被告の得た実
施料相当額であると解すべきであり，本件実施許諾契約に基づく実施
料のみを基礎として本件発明の相当対価額を算定することは相当でな
い。
そして，本件において上記のような間接的に還元される利益の額を
個別具体的に確定することは困難であるから，相当対価額の基礎とな
る実施料相当額の認定は，三菱ウェルファーマの売上額のうちアルガ
トロバン事業に係るものを抽出した上で，これに他社にライセンスし
た場合の実施料率に相当する仮想実施料率を乗じることにより算定す
るのが相当である。
ｄこれに対し一審被告は，本件実施許諾契約に基づく実施料は経済原
則に基づく合理的なものである旨主張するが，上述したところに照ら
し採用することができない。
なお一審被告は，上記のように解した場合，論理的には発明者であ
る従業員から特許を受ける権利を譲り受けた使用者である法人がその
権利を第三者である別法人に譲渡した場合にも，その譲渡先の法人の
売上を合算して相当対価の算定をすべきことになり，このような帰結
は不当であると主張する。
しかし，本件実施許諾契約に基づき直接的に支払われる実施料額以
上の額を実施料相当額とみることができることは，上記ｃに述べたと
おり，三菱ウェルファーマの利益が一審被告に還元される関係にある
ことを根拠とするものであって，そのような関係にない純然たる第三
者の利益を合算するというものではないから，一審被告の上記主張は
採用することができない。
(ｲ)そこで，以上を前提にアルガトロバン事業に係る三菱ウェルファーマ
の売上額について検討する。
ａまず，国内分の三菱ウェルファーマの正味販売高（平成１１年度な
いし平成１７年度）及び売上推定額（平成１８年度以降）は，原判決
５７頁下１０行∼５８頁下８行のとおりである。すなわち，平成１１
年度∼平成１７年度における国内の自社販売分は原判決別紙１３「裁
判所認定対価算定表」の「三菱ＷＰ（三菱ウェルファーマを指す。」
以下同じ）における「内ノバスタン国内」欄，平成１１年度∼平成。
１７年度における国内の対第一製薬販売分は同別紙１１「原告主張対
」【】〈〉価算定表における三菱ウェルファーマに対する実施許諾国内
「総売上高（内原薬）の平成１１年度∼平成１７年度の欄，平成」
１８年度以降における国内の全販売分は同別紙１３「裁判所認定対価
算定表」の「三菱ＷＰ」における「国内売上」欄に記載のとおりであ
る。
次に，海外分の三菱ウェルファーマの正味販売高（平成１１年度な
いし平成１７年度）及び売上推定額（平成１８年度以降）は，原判決
（，。）５９頁下５行∼６２頁５行ただし６０頁１２行∼２２行を除く
のとおりである。すなわち，平成１１年度ないし平成１７年度におけ
る販売分は原判決別紙１１「原告主張対価算定表」の【三菱ウェルフ
ァーマに対する実施許諾海外総売上高内アメリカ欄米】〈〉「」（）（
国における販売分（内ドイツ）欄（欧州における販売分（内），），
ノバスタン）欄（中国等における販売分）の平成１１年度∼平成１７
年度の欄に記載のとおりであるまた平成１８年度以降の販売分米。，（
国分以外）については同別紙１３「裁判所認定対価算定表」の「三菱
ＷＰ」における「内欧州」欄（欧州における販売分「内ノバスタン），
海外」欄（中国等における販売分）に記載のとおりである。
さらに，三菱ウェルファーマの米国における売上推定額のうち，第
１ライセンス契約第５条の５．０１項の一時金及び５．０２項のロイ
（「」。），ヤリティ以下第５条ロイヤリティというを含まないものは
平成１８年度及び平成１９年度は１４億円，平成２０年度から平成２
３年度までは年１５億円，平成２４年度から平成２８年度までは年１
２億円，平成２９年度（７月まで）は４億円と認められる。
以上をまとめると（別紙３「三菱ウェルファーマ売上高」の「国，）
内分「海外分」欄記載のとおりである。」，
ｂところで，既に述べたところから明らかなとおり，一審被告は医薬
事業部門を切り離して三菱ウェルファーマ（ティーティーファーマ）
に譲渡しており，一審被告自らはアルガトロバン事業から撤退してい
ることからすれば，実質的に，上記事業譲渡の際，一審被告の通常実
施権も譲渡されたものと認められるから，上記ａに述べた三菱ウェル
ファーマの売上の中には本件特許に基づく独占的な売上に係るもの
（自社実施期間における超過売上高部分に相当する）のほか，上記通
常実施権に基づく売上も含まれているものと解される。
そうすると，本件発明の相当対価額算定の基礎となるべき一審被告
の実施料収入額を算定するに当たっては，上記ａに述べた三菱ウェル
ファーマの全売上に仮想実施料率を乗ずるのではなく，同売上から通
常実施権に基づく売上部分を控除した残額に仮想実施料率を乗じて算
定すべきことになる。
そして，前記(4)イのとおり，一審被告の売上に係る超過売上高は
４０％，通常実施権に基づく売上部分は６０％と解するのが相当であ
り，実施権者が一審被告から三菱ウェルファーマになったことにより
この点を別異に解すべき事情は見当たらないことからすれば，三菱ウ
ェルファーマの売上に係る超過売上高部分（全売上から通常実施権に
基づく売上部分を控除した残額部分）もまた４０％と認めるのが相当
である。
したがって，上記ａに認定した売上高に４０％を乗じたものをもっ
て実施料収入額算定の基礎となる売上高とし，これに仮想実施料率を
乗じて実施料額を算定することにする（別紙４「相当対価額・実施（）
権付与期間分（平成１１年１０月∼平成２９年７月」における「三）
菱ＷＰ超過売上高」欄参照。）
ｃ以上に対し一審原告は，三菱ウェルファーマの売上高のうち「ロイ
ヤリティ」に該当する部分に本件発明の対価が含まれていると主張す
る。
上記主張におけるロイヤリティとは，第１ライセンス契約における
第５条ロイヤリティを指すものと理解することができるところ，前記
のとおり，第１ライセンス契約において，一審被告はジェネンテック
社に対し米国及びカナダにおけるアルガトロバンの使用及び販売，す
なわち，アルガトロバン原薬を製剤化し，これを販売する権利等を許
諾するものであり，第５条ロイヤリティは「当該半年中の『許諾製，
品』及び『配合製品』の全『正味売上高』について」支払うものとさ
れている。本件発明の米国特許は第１ライセンス契約当時未出願であ
ったものの，前記のとおり，この「許諾特許」には三菱化成が将来的
に取得する特許を含み，また「許諾製品」にはアルガトロバンが含，
まれていることからすれば，本件発明の米国特許成立後は，第５条ロ
イヤリティにおける「正味販売高」の中に本件発明に基づくものが含
まれるようにも考えられる。
しかし，前記のとおり，第１ライセンス契約及びその後のライセン
ス契約においては，ライセンシー（サブライセンシーを含む）から一
審被告ないし三菱ウェルファーマに交付される金員は，主として５．
．，０１項の定める一時金及び５０２項の定める第５条ロイヤリティと
７．０２項の定めるアルガトロバン原薬の対価とにより構成されるも
のであるところ，各ライセンス契約のスキームにおいて製剤に必要な
アルガトロバン原薬は一審被告が独占的に全量供給するものとされ，
その実施料相当分は原薬供給対価の中に含まれていることからすれ
ば，一審被告（ないし三菱ウェルファーマ）がジェネンテック社（な
いしグラクソスミスクライン等）に対しアルガトロバン原薬の製造方
法に係る本件特許の実施を許諾することは考えられず，第５条ロイヤ
リティにおける「正味販売高」に本件発明に基づくものが含まれると
解することはできない。
したがって，一審原告の上記主張は採用することができない。
ｄまた一審原告は，上記各ライセンス契約において，実施許諾の対象
となり得る特許のうち本件発明の米国特許以外の関連特許の存続期間
が満了したにもかかわらず，第５条ロイヤリティの支払が存続するこ
とや，同契約の文言上，特許権の範囲について本件発明を除くことが
明示されていないことからすれば，第５条ロイヤリティには本件発明
の米国特許が含まれると解すべきである旨主張する。
しかし，前記のとおり，第５条ロイヤリティの中には，アルガトロ
バン関連特許以外のアルガトロバン原薬の製剤化に関するデータ，ノ
ウ・ハウ等の供与を受けることに対する対価も含まれているのである
から，本件発明の米国特許以外のアルガトロバン関連特許の特許期間
満了後になお第５条ロイヤリティの支払が存続するとしても，そのた
めに同ロイヤリティが本件発明に対するものであるということはでき
ない。
また，第１ライセンス契約の文言上，特許権の範囲について本件発
明を除くことが明示されていない点は一審原告主張のとおりである
が，上記のとおり，第１ライセンス契約の各条項を総合すれば，第５
条ロイヤリティの対象から本件発明が除外されるものと解すべきこと
は明らかである。
したがって，一審原告の上記主張は採用することができない。
イ仮想実施料率
上記のとおり，本件における相当対価の算定に当たっては，本件実施許
諾契約の定める実施料率ではなく，三菱ウェルファーマの売上のうち間接
的に一審被告に還元される部分を考慮して仮想実施料率が想定されるべき
である。
そして，前記のとおり，この場合の仮想実施料率は５％と認めるのが相
当である。
もっとも，物質特許が満了した後の実施料率は低減されるものと解する
のが相当であるから，物質特許１，２の延長期間が満了した平成１６年度
以降の仮想実施料率は半額の２．５％と認めるのが相当である。
なお，本件実施許諾契約は・・・・・・・・・・・満了するが，これに
より本件発明に係るアルガトロバン原薬の供給が終了することを窺わせる
事情は見当たらず，その意味で上記満了時以降も本件発明による利益は継
続的に生じ，これが前記企業グループにおける利益配分の過程を通じて一
審被告に還元されるというべきであるから，上記２．５％の仮想実施料率
は平成２９年度まで存続するものと認めるのが相当である。
ウ本件発明の寄与度
(ｱ)本件発明の寄与度は，前記のとおり，アルガトロバン関連６発明との
関係において本件発明の寄与度を定めるのが相当である。
そして，実施権付与期間（平成１１年１０月∼平成２９年７月）のう
ち物質特許１，２について特許期間が満了していなかった平成１５年度
までの本件発明の寄与度は，上述したところに照らし２０％と認めるの
が相当である。
他方，原判決４頁１４行以下のとおり，用途特許は平成１１年１２月
２５日に，中間体製法特許１∼３は遅くとも平成１５年３月３１日まで
に特許期間が満了していることからすれば，物質特許１，２の特許期間
が満了する平成１６年度以降の本件発明の寄与度は１００％と認めるの
が相当である。
(ｲ)これに対し一審被告は，発明の寄与度は当該発明固有のものであり，
他の発明が有効であるか否か等により左右されるべき性質のものではな
いと主張するが，ここで問題とする発明の寄与度とは，ある発明に加え
てこれに関連特許が総体となって独占的な利益が生じている場合に，当
該利益に占めるある発明それ自体の寄与度をいうものであるから，関連
特許の消長によりその寄与度が異なるのは当然というべきであって，一
審被告の上記主張は採用することができない。
エ中間利息の控除，一審被告の貢献度
中間利息の控除，一審被告の貢献度については，前記(4)ウ(ｴ)及びエに
述べたとおりである。
オ小括
以上によれば，実施権付与期間（平成１１年１０月∼平成２９年７月）
における本件発明の相当対価額は，本判決別紙４「相当対価額・実施権付
与期間分（平成１１年１０月∼平成２９年７月」記載のとおり，３３５）
９万８１９８円となる。
(6)まとめ
以上によると，自社実施期間（平成２年６月∼平成１１年９月）に係る相
当額は１２１８万０４８１円であり，実施権付与期間（平成１１年１０月∼
平成２９年７月）に係る相当額は３３５９万８１９８円であり，これを合計
すると４５７７万８６７９円となる。そして，これに一審原告が一審被告か
らこれまでに補償金等として合計１万３０００円を受領していること及びこ
れまでに一審原告が一審被告から受けた処遇等の一切の事情を総合考慮する
と，本件における対価額は４５００万円と認めるのが相当である。
４結論
そうすると，一審原告の本訴請求は，職務発明譲渡の対価金として４５００
万円及びこれに対する訴状送達の翌日である平成１７年７月２日から支払済み
まで民法所定年５分の割合による遅延損害金の支払を求める限度で理由があ
り，その余は理由がないことになる。
よって，一審原告の本件控訴に基づき原判決を主文第１項(1)(2)のとおり変
更することとし，一審被告の附帯控訴は理由がないからこれを棄却して，主文
のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官中野哲弘
裁判官森義之
裁判官澁谷勝海

戻る