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主文
１原告の請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
１山形税務署長（麴町税務署長がその権限を承継。以下同じ。）が原告に対し
て平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１１年１月１日から同年１２月
３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額２１８５万７６
２０円及び納付すべき税額７５１万２７００円を超える部分並びに過少申告加
算税賦課決定処分を取り消す。
２山形税務署長が原告に対して平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１
２年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分の
うち所得金額５６９７万５６５５円及び納付すべき税額１６３６万４５００円
を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
３山形税務署長が原告に対して平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１
３年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分の
うち所得金額２３８８万５５９２円及び納付すべき税額６４６万６９００円を
超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
４山形税務署長が原告に対して平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１
４年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分の
うち所得金額マイナス（欠損金額）１０６万７４４５円及び納付すべき税額マ
イナス（還付金に相当する税額）６万５３２０円を超える部分並びに過少申告
加算税賦課決定処分を取り消す。
５山形税務署長が原告に対して平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１
５年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分の
うち所得金額マイナス（欠損金額）２６１９万５３９１円及び納付すべき税額
マイナス（還付金に相当する税額）３万６１８７円を超える部分並びに過少申
告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２事案の概要
１事案の要旨等
本件は，原告がその国外関連者であるＰ１（香港法人。平成１５年３月にＰ
２から商号変更。以下「Ｐ１社」という。）との間でしたパチスロメーカー向
けコインホッパー用モーター（以下「本件モーター」という。）の仕入取引
（以下「本件取引」という。）に関し，山形税務署長が，平成１６年法律第１
４号による改正前の租税特別措置法（以下「租特法」という。）６６条の４
（同条は，平成１１年１月１日以降上記改正までに，数次にわたる改正を経て
いるが，これらの改正は，いずれも本件に影響しないため，これらの改正前の
同条が適用されるべき場合も区別せず「租特法６６条の４」という。）第１項
に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる帳簿書類等が遅
滞なく提示又は提出されなかったとして同条７項により算定した価格を本件取
引の独立企業間価格と推定して平成１１年１月１日から同年１２月３１日まで
の事業年度（以下「平成１１年１２月期」といい，平成１２年１２月期，平成
１３年１２月期，平成１４年１２月期及び平成１５年１２月期についても同様
にいう。）ないし平成１５年１２月期の各事業年度（以下「本件各事業年度」
という。）の法人税についての更正処分（以下「本件各更正処分」という。）
及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい，本件
各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）をしたのに対し，原告が，
同項による推定の要件を欠き，推定された独立企業間価格は相当なものではな
く，税務調査手続に重大な違法があったなどとして，本件各更正処分等の取消
しを求める事案である。
２関係法令の定め
本件に関係する租特法６６条の４及び平成１６年政令第１０５号による改正
前の租税特別措置法施行令（以下「租特令」という。）３９条の１２（同条は，
平成１１年１月１日以降上記改正までに，数次にわたる改正を経ているが，こ
れらの改正は，いずれも本件に影響しないため，これらの改正前の同条につい
ても区別せず「租特令３９条の１２」という。）の定めは，別紙２のとおりで
ある（以下，同別紙で定義した略語を本文中においても使用する。）。
３前提事実（争いのない事実，顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨
により容易に認められる事実）
(1)原告等
ア原告は，精密小型モーター・送風機・制御基板等の販売，海外委託生産
品の販売並びに高性能モーター及び各種制御基板の設計・開発等を行って
いる株式会社であり，平成６年７月からパチスロ台用モーターの製造及び
販売を行っている。
イＰ１社は，平成１０年６月５日に設立された香港所在の外国法人である。
ウＰ１社と原告は，いずれも原告代表者及びその親族によって全株式を保
有されており，Ｐ１社は，租特令３９条の１２第１項２号（別紙２の２
(1)イ）により，租特法６６条の４第１項に規定する原告の国外関連者に
該当する。
(2)本件取引等
ア原告は，平成１１年１２月２８日以降，Ｐ１社から本件モーターを購入
して，これをコインホッパーメーカー等に販売している。本件モーターは，
原告における型番が○（製造業者であるＰ３株式会社（以下「Ｐ３社」と
いう。）での型番は○），○（Ｐ３社の型番は○），○（○），○（Ｐ３
社の型番は○）という４種類のモーター（以下，いずれも原告における型
番で称する。）から成る。
○は，○をマイナーチェンジしたものであり，原告は，Ｐ１社から，○
を，単価８９０円で，平成１１年に２万７９６２個，平成１２年に２４万
５４２５個，平成１３年に４万２０００個購入し，○を，単価８７０円で，
平成１２年に２３万１８００個，平成１３年に２１万９１７６個，平成１
５年に１３万０２００個購入した。また，○及び○をＰ１社から購入した
原告は，これを原告の関連会社である株式会社Ｐ４（以下「Ｐ４社」とい
う。）に転売し，Ｐ４社等でギアを取り付けるなどの加工を行った上で原
告が買い戻し，パチンコ台メーカーであるＰ５株式会社（以下「Ｐ５社」
という。）に販売していた。
○は，○の改良型である。原告は，Ｐ１社から，○を，単価９７０円で
購入していた。また，原告は，Ｐ１社から，○を，単価５００円で購入し，
株式会社Ｐ６（以下「Ｐ６」という。）に，平成１３年５月頃までは単価
５５５円，同年６月頃から平成１４年８月頃まで単価５２５円，同年９月
頃以降は単価５００円で販売した。Ｐ６は，○をコインホッパーのメーカ
ーであるＰ７株式会社（以下「Ｐ７社」という。）に単価９１０円（原告
がＰ６に対し単価５５５円で販売したもの），単価８８０円（原告がＰ６
に対し単価５２５円で販売したもの）又は単価８５５円（原告がＰ６に対
し単価５００円で販売したもの）で転売していた。原告は，Ｐ６に対し，
○を，平成１２年に９万３５９０個，平成１３年に単価９１０円で７万４
９００個，単価８８０円で８万７２００個，平成１４年に単価８８０円で
１４万９８００個，単価８５５円で５万個，平成１５年に３３万４０００
個それぞれ販売した。
（以上，甲４０，乙１５，１６，１９，
２１，２７，２８，４４，６２の２）
イ原告が，Ｐ１社から本件モーターを購入する取引（本件取引）は，租特
法６６条の４第１項に規定する国外関連取引に該当する。
(3)原告の本件各事業年度に係る法人税の申告状況等
ア原告は，平成１１年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１１年
１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出
して，別紙３の確定申告欄のとおり，平成１１年１２月期の法人税の確定
申告を行った。
イ原告は，平成１２年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１２年
１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出
して，別紙４の確定申告欄のとおり，平成１２年１２月期の法人税の確定
申告を行った。
ウ原告は，平成１３年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１３年
１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出
して，別紙５の確定申告欄のとおり，平成１３年１２月期の法人税の確定
申告を行った。
エ原告は，平成１４年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１４年
１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出
して，別紙６の確定申告欄のとおり，平成１４年１２月期の法人税の確定
申告（以下「平成１４年１２月期確定申告」という。）を行った。
オ原告は，平成１５年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１５年
１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出
して，別紙７の確定申告欄のとおり，平成１５年１２月期の法人税の確定
申告（以下「平成１５年１２月期確定申告」という。）を行った。
(4)国税当局による原告に対する調査の経緯等
ア山形税務署職員は，平成１４年４月頃から，原告に対する調査を行い，
その結果，原告は，同年８月２６日，平成１２年１２月期及び平成１３年
１２月期の法人税につき，修正申告書（以下，順に「平成１２年１２月期
修正申告書」及び「平成１３年１２月期修正申告書」という。）を提出し
て，別紙４及び別紙５の各修正申告欄のとおり，修正申告（以下，順に
「平成１２年１２月期修正申告」及び「平成１３年１２月期修正申告」と
いう。）を行った。（乙１２４ないし１２６）
また，山形税務署長は，平成１４年８月３０日付けで，原告の平成１１
年１２月期の法人税につき，別紙３の更正処分欄のとおり，減額更正処分
（以下「平成１１年１２月期前回更正処分」という。）を行った。
上記調査を通じて，山形税務署職員及び同職員を指導する立場にあった
仙台国税局職員は，原告がパチスロメーカー等に販売するための小型モー
ターをＰ３（なお，実際にモーターを生産しているのは，中華人民共和国
広東省所在のＰ８有限公司（以下「Ｐ３社中国工場」という。）であ
る。）から直接仕入れていたが，平成１１年１２月に原告とＰ３社との取
引にＰ１社を介在させて原告がＰ１社から本件モーターを仕入れるように
なり，その後は，その仕入価格は２倍強に高騰したとの事実を把握した。
（乙１２４）
イ(ア)山形税務署職員は，平成１４年６月１０日，原告代表者及び原告の
専務取締役であるＰ９（以下「Ｐ９専務」といい，原告代表者と併せて
「原告代表者ら」という。）に対し，口頭で，本件モーターの仕入価格
が上記アのように高騰した理由の説明を求めるとともに，Ｐ１社の財務
諸表及び本件取引の価格算定資料の提示を求めた。（乙１２４）
(イ)上記(ア)に対して，原告代表者は，仕入価格が高騰した理由につい
ては，Ｐ３社の納期遅延，品質管理を原因とするユーザーからのクレー
ム及び損害賠償に対応するためのものであると説明するとともに，平成
１４年７月１日，「香港取引の経緯について」と題する書面（乙１７。
以下「香港取引の経緯書面」という。）を提出した。（乙１２４）
ウ(ア)仙台国税局のＰ１０国際税務専門官（当時。以下「Ｐ１０調査官」
という。）は，平成１５年１月３１日，原告に対し，①Ｐ１社の決算
書写し及び納税申告書写し，②本件取引に係る契約書写し，③本件
取引の取引価格の設定理由を記載した資料，④本件取引の取引価格の
決定に関する社内検討資料等の提示を求める「資料提示の依頼につい
て」と題する文書をファクシミリで送信した。（乙１８，１２４）
(イ)Ｐ１０調査官及び仙台国税局のＰ１１国際税務専門官（当時。以下
「Ｐ１１調査官」という。）は，平成１５年２月１７日及び同月１８日
に，原告の事務所に臨場し，原告代表者らと面接した。その際，原告代
表者らは，本件取引の価格設定はＰ１社の担当者との間での口頭での価
格交渉の結果合意したもので，検討資料は作成せず，Ｐ１社からのＱｕ
ｏｔａｔｉｏｎ（見積書）があるだけである旨回答し，当該見積書（乙
１９ないし２３）や原告とＰ１社との間で取り交わされた１９９８年
（平成１０年）６月付けの取引条件を記載した書面等を提出したが，上
記(ア)の①，③，④の書類は提示されなかった。このため，Ｐ１０調査
官及びＰ１１調査官は，口頭で，上記書類の提示を求めた。（乙１２
４）
(ウ)Ｐ１０調査官及びＰ１１調査官は，平成１５年３月１７日，原告の
事務所に臨場し，原告代表者らと面接した。この時も，原告からは，Ｐ
１社の決算書等の提示がなかったことから，Ｐ１０調査官は，口頭で，
Ｐ１社の決算書類の提示を求めた。（乙１２４）
(エ)Ｐ１０調査官とＰ１１調査官は，平成１５年３月２５日Ｐ３社の事
務所に臨場し，Ｐ１２総務部長（以下「Ｐ１２部長」という。）及びＰ
１３営業管理課長（以下「Ｐ１３課長」という。）と面接した。（乙５
７，１２４）
(オ)Ｐ１０調査官とＰ１１調査官は，平成１５年４月１０日，原告の事
務所に臨場し，原告代表者らと面接をした。原告からは，Ｐ１社の決算
書等の提示はなく，Ｐ１０調査官とＰ１１調査官は，同月２５日を期限
としてＰ１社の決算書等の提示を求めるとともに，提示がない場合には，
推定課税による方法で課税される可能性があることを説明した。（乙１
２４）
(カ)Ｐ１０調査官とＰ１１調査官は，平成１５年４月１８日，Ｐ３社の
事務所に臨場し，Ｐ１２部長，Ｐ１３課長及びＰ１４営業部営業課長
（以下「Ｐ１４課長」といい，Ｐ１２部長，Ｐ１３課長と併せて「Ｐ３
社の担当者ら」という。）と面接した。（乙５４，１２４）
(キ)Ｐ１０調査官は，平成１５年６月９日，原告に対し，Ｐ１社の決算
書写し及び納税申告書写し等の準備を求める旨記載した「資料の準備依
頼について」と題する文書（乙２４）をファクシミリで送信した。（乙
１２４）
(ク)Ｐ１０調査官とＰ１１調査官は，平成１５年６月１６日，原告の事
務所に臨場し，原告代表者らと面接した。この際も，原告から，Ｐ１社
の決算書等の提示はなかった。また，この際，原告のＰ９専務から，Ｐ
５社への反面調査はしばらく待ってほしい旨の申入れがあった。（乙１
１０，１２４）
(ケ)仙台国税局のＰ１５国際税務専門官（当時。以下「Ｐ１５調査官」
という。）とＰ１０調査官は，平成１６年３月９日及び１０日，原告の
事務所に臨場し，原告代表者らと面接した。この際も，原告から，Ｐ１
社の決算書等の提示はなかった。また，同日の面接の際，原告代表者は，
途中で退席した。（乙１２４，１２５）
(コ)Ｐ１５調査官とＰ１０調査官は，平成１６年３月３１日，Ｐ３社の
事務所に臨場し，Ｐ３社の担当者らと面接した。（乙１２４）
(サ)Ｐ１５調査官及びＰ１０調査官とＰ３社の担当者らは，平成１６年
４月２日付けで，これまでの聴取事項を書面にまとめた確認書（乙４
４）を作成した。（乙１２４，１２５）
(シ)原告の委任を受けた税理士法人Ｐ１６の担当者は，平成１６年４月
７日，Ｐ１社の株主であり取締役であるＰ１７に対して，Ｐ１社の２０
０２年１０月期（２００１年（平成１３年）１１月１日から２００２年
（平成１４年）１０月３１日までの会計年度のことをいう。以下，２０
０１年１０月期及び２００３年（平成１５年）１０月期を含め同様にい
う。）及び２００３年１０月期の損益計算書等を提供するよう依頼する
書面を送付したが，Ｐ１７は，その依頼に応じなかった（甲２７，１９
２。なお，Ｐ１社の財務書類に関しては，平成１７年３月２３日に原告
からＰ１０調査官及びＰ１５調査官に対して提出された文書に添付され
た同月２１日付けのＰ１７作成の書面（甲２２１）において，Ｐ１社の
２００１年１０月期，２００２年１０月期及び２００３年１０月期の対
売上高販管費率のみが明らかにされ（乙１２６），その後，本件の弁論
準備手続が終結した平成２３年４月２０日の第１２回弁論準備手続期日
において，Ｐ１社の２００２年１０月期及び２００３年１０月期の財務
諸表（甲２６１，２６２。それぞれ前年度分の数値も記載されてい
る。）が提出されるに至った（顕著な事実）。）。
(ス)Ｐ１５調査官とＰ１０調査官は，平成１６年４月９日付けで，国税
当局と原告との間の見解の相違を明らかにするための意見書（乙２５。
以下「第１意見書」という。）を作成し，原告に送付したところ，原告
は，第１意見書に対する回答書（乙２６。以下「第１回答書」とい
う。）を作成し，Ｐ１５調査官及びＰ１０調査官は，同年５月２４日，
第１回答書を受領した。（乙１２４，１２５）
第１意見書には，担当者の意見として，本件取引の取引価格をどのよ
うに算定したかについて具体的資料により説明を求める旨の記載がある。
これに対し，第１回答書には，取引価格の算定資料は存在しない旨の記
載がある。（乙２５，２６）
(セ)Ｐ１５調査官とＰ１０調査官は，平成１６年６月２日付けで，第１
回答書に対する意見書（乙２７。以下「第２意見書」という。）を作成
し，原告に送付したところ，原告は，第２意見書に対する回答書（乙２
８。以下「第２回答書」という。）を作成し，Ｐ１５調査官及びＰ１０
調査官は，同月２１日，第２回答書を受領した。（乙１２４，１２５）
第２意見書には，調査担当者再質問等の欄に，独立企業間価格の算定
手法は，本件取引に対して最も合理的方法を適用するというベストメソ
ッドルールによるべきであり，これを求めるために取引価格の算定資料
が必要であると考えている旨の記載があり，これに対し，第２回答書に
は，ベストメソッドルールは，入手可能なデータの中でどの方法が合理
的な結果をもたらすのかを求める方法であるので，算定資料がない現状
では，どのような方法を採るべきか検討する必要がある旨の記載がある。
（乙２７，２８）
(ソ)Ｐ１５調査官とＰ１０調査官は，平成１６年６月３日，Ｐ３社に対
し，臨場時における質問事項をあらかじめ知らせる文書（甲２８。以下
「本件質問書」という。）をファクシミリにより送信した。この文書に
は原告が仕入れるＰ３社製のモーターがＰ５社向け及びＰ７社向けのも
のであることが記載されていた。（乙１２４，１２５）
(タ)Ｐ１５調査官とＰ１０調査官は，平成１６年６月４日，Ｐ３社の事
務所に臨場し，Ｐ３社の担当者らと面接した。
(チ)Ｐ１５調査官とＰ１０調査官は，平成１６年６月２４日，原告の事
務所に臨場し，原告代表者らと面接した。この際も，原告からは，Ｐ１
社の決算書等の提示はなかった。また，原告代表者らから，仙台国税局
の職員が，Ｐ３社に対して，原告の取引先がＰ７社であることを漏らし
たのではないか，もしそうであれば，守秘義務に反する旨の指摘があっ
た。（乙１２４，１２５）
(ツ)Ｐ１５調査官は，平成１６年８月２３日，Ｐ１２部長に電話連絡し，
本件質問書を回収しようとしたが，Ｐ１２部長が本件質問書を既に廃棄
した旨返答したため，回収できなかった。
(テ)Ｐ１５調査官と仙台国税局のＰ１８国際税務専門官（当時。以下
「Ｐ１８調査官」という。）は，平成１６年９月２日付けで意見書（乙
２９。以下「第３意見書」という。）を作成し，原告に送付したところ，
原告は，第３意見書に対する回答書（乙３０。以下「第３回答書」とい
う。）を作成し，Ｐ１５調査官及びＰ１８調査官は，同月２１日，第３
回答書を受領した。（乙１２５）
第３意見書には，元々原告が直接Ｐ３社と取引をしていたところにＰ
１社が加わることによって，原告が負担していたリスクがＰ１社に移転
したと原告が説明しているところ，そのリスクをどのように算定し，仕
入価格にどう加味させたのかについて説明を求める旨の内容があり，こ
れに対し，第３回答書には，平成１６年３月９日に説明済みである旨の
回答が記載されている。（乙２９，３０）
(5)本件各更正処分等の経緯等
ア山形税務署長は，平成１７年３月２５日付けで，本件取引に租特法６６
条の４第７項を適用して本件各更正処分等をした。本件各更正処分等の内
容は，別紙３ないし別紙７の各「本件更正処分等」の欄のとおりである。
イ原告は，平成１７年５月１８日付けで，国税通則法７５条２項１号によ
り，仙台国税局長に対し，本件各更正処分等に対する異議申立てをしたが，
仙台国税局長は，同年８月９日付けで，異議申立てをいずれも棄却する旨
の決定をした。
ウ原告は，平成１７年９月５日付けで，国税不服審判所長に対し，上記イ
の異議決定を経た本件各更正処分等に対する審査請求をしたが，国税不服
審判所長は，平成１８年９月４日付けで，審査請求をいずれも棄却する旨
の裁決（以下「本件裁決」という。）をし，本件裁決の裁決書謄本は，同
月５日以降，原告に送達された。
(6)原告は，平成１９年３月４日，本件訴えを提起した。（顕著な事実）
４被告が主張する本件各更正処分等の根拠
(1)被告が主張する原告の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び納付
すべき税額の計算は別紙８のとおりである。
(2)被告が主張する原告の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び納付
すべき税額は，次のとおりであるところ，これらの金額は，本件各更正処分
における所得金額及び納付すべき税額といずれも同額であるから，本件各更
正処分はいずれも適法である。
事業年度所得金額納付すべき税額
平成１１年１２月期３８８３万４３３３円
（別紙８の１(１)）
１２６６万２９００円
（別紙８の１(５)）
平成１２年１２月期３億４４７９万０５６１円
（別紙８の２(１)）
１億０２６７万７７００円
（別紙８の２(４)）
平成１３年１２月期１億８９２０万５０３８円
（別紙８の３(１)）
５６０６万２９００円
（別紙８の３(４)）
平成１４年１２月期３１５７万２７７０円
（別紙８の４(１)）
８７６万６２００円
（別紙８の４(４)）
平成１５年１２月期１億１８９７万７９５２円
（別紙８の５(１)）
３５０１万６９００円
（別紙８の５(４)）
(3)上記(2)のとおり，本件各更正処分は適法であるところ，原告は，本件各
事業年度の法人税につき，納付すべき税額を過少に申告していたものであり，
納付すべき税額を過少に申告していたことについて，国税通則法６５条４項
に規定する正当な理由は存在しない。
そして，原告に課されるべき過少申告加算税の額の計算は，別紙９のとお
りであり，原告に課されるべき過少申告加算税の額は，次のとおりであると
ころ，これらの金額は，本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額と
いずれも同額であるから，本件各賦課決定処分はいずれも適法である。
事業年度過少申告加算税額
平成１１年１２月期４３万６０００円（別紙９の１）
平成１２年１２月期１２２９万６０００円（別紙９の２）
平成１３年１２月期７２１万９５００円（別紙９の３）
平成１４年１２月期１２９万９５００円（別紙９の４）
平成１５年１２月期５２３万２５００円（別紙９の５）
５争点
(1)原告は，独立企業間価格を算定するために必要と認められる帳簿書類又
はその写しを遅滞なく提示又は提出しなかったといえるかどうか（租特法６
６条の４第７項の適用の可否）
(2)山形税務署長が推定した独立企業間価格は適法なものかどうか（租特法
６６条の４第７項所定の算定方法の要件を満たすかどうか）
(3)原告が提示したＰ６とＰ７社との間の取引は独立企業間価格に基づくも
のといえるかどうか
(4)本件各更正処分等の前提となる調査手続における違法の有無
６争点に関する当事者の主張の要旨
別紙１０のとおり（以下，同別紙で定義した略語を本文中においても使用す
る。）
第３当裁判所の判断
１前記前提事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば，次の事実が認め
られる。
(1)本件類似３法人の選定に至る経過
ア租特法６６条の４第２項の独立企業間価格算定のための比較対象取引の
選定を試みた経過
(ア)Ｐ１０調査官とＰ１１調査官（以下，アにおいて「Ｐ１０調査官
ら」という。）は，原告代表者から聴取したり，インターネットで検索
したりして知った原告の同業者に対し取引内容を照会する文書（乙３３
の１及び２）を送付し，また，その中から抽出した８法人については臨
場調査を行うことにより，本件取引に係る独立企業間価格を算定する上
で比較対象となる取引を探索したが，この方法では，上記比較対象とな
る取引を行う法人を見つけることはできなかった。
(イ)そこで，Ｐ１０調査官らは，東京国税局調査第一部国際情報課（以
下「東京国税局国際情報課」という。）から紹介された小型モーターの
取引業者に関する情報誌である小型モータ需給動向報告書（乙３２）に
着目し，小型モータ需給動向報告書に掲載されている情報を活用して，
本件取引に係る独立企業間価格を算定する上で比較対象となる取引を探
索しようとした。
(ウ)Ｐ１０調査官らは，小型モータ需給動向報告書に掲載されている小
型モーターの国内メーカーのリストを利用して，本件モーターと同種又
は類似の小型モーターを中国で生産する国内メーカーを抽出し，当該国
内メーカーに対する情報収集を行うことにより，本件取引の比較対象と
なる取引を行う法人を探索することを試みた。具体的には，本件モータ
ーが属するＤＣ（コアド）モーターのパワーモーター型を扱う法人又は
ステッピングモーターを扱う法人を抽出することとして，次の作業を行
った。
ａＰ１０調査官は，小型モータ需給動向報告書に掲載された情報に基
づき，以下の方法で３６法人を抽出した。
(a)小型モータ需給動向報告書の「ＤＣ（コアド）モータ／２００
１年生産実績」から，パワーモーターを製造販売し，かつ，海外生
産がある２１法人を抽出した。
(b)小型モータ需給動向報告書の「ステッピングモータ／メーカー
別生産実績」から，ステッピングモーターを製造販売し，かつ，海
外生産がある２０法人を抽出した。
(c)小型モータ需給動向報告書の「パチンコ・パチスロ機用ステッ
ピングモータ／２００２年」から，パチンコ・パチスロ機用ステッ
ピングモーターの製造メーカーとして把握されている１０法人を抽
出した。
(d)上記⒜ないし⒞により抽出した計５１法人から重複している法
人を除いた結果，３６法人となった。
(e)小型モータ需給動向報告書に掲載されている小型モーターメー
カーのリストから，上記⒟の３６法人以外に海外でＤＣ（コアド）
モーターのパワーモーター型又はステッピングモーター（以下「対
象小型モーター」という。）を生産していると見込まれる２法人を
抽出した結果，抽出した法人は合計３８法人になった。
(f)上記⒠の３８法人のうちの２法人については，既に臨場調査を
行っており，そのときに収集した情報により，本件取引の比較対象
取引となる取引を行う法人に該当しないことが判明していたため，
当該２法人を除外して，結局３６法人を抽出した。
ｂＰ１０調査官は，上記ａの３６法人のうち，中国に小型モーターの
製造拠点を有していると認められる法人から，次の⒜又は⒝に該当す
る法人を除外し，１２法人を抽出した。
⒜対象小型モーター単体ではなく他の部品と一体で出荷する法人
⒝小型モータ需給動向報告書に記載された売上高に対して対象小型
モーターの取引の占める割合が小さい法人
ｃさらに，Ｐ１０調査官は，上記ｂ⒜又は⒝に該当するとして除外し
た法人のうち，アミューズ市場向けのモーターを取り扱う５法人を再
度抽出した。
(エ)Ｐ１０調査官とＰ１５調査官は，上記(ウ)のとおり抽出した１７法
人について，照会文書（乙３４）を送付したり，また，必要に応じて臨
場調査を行うなどしたものの，本件取引に係る独立企業間価格を算定す
ることはできなかった。
（以上，乙１２４，１２５）
イ公開データベースを用いて，Ｐ１社の同種事業類似法人の選定を試みた
経過
(ア)東京国税局国際情報課職員は，Ｐ１９社が提供する世界中の上場企
業，未上場企業及び上場廃止企業約３万７０００社の財務データ等の情
報を収録するデータベースである「Ｐ２０」を活用して，Ｐ１社と同業
種で香港に所在する法人を抽出するため，米国の産業分類を表すＳＩＣ
コード表から，Ｐ１社と同種の業種に該当すると判断した「卸売業（耐
久消費財）」（ＳＩＣコード５０＊＊）に属する企業を絞り込み，香港
に所在する１７法人を抽出した。しかし，同データベースに登録されて
いる情報やインターネットで収集した情報によりこれらの法人の事業概
況を確認したところ，いずれの法人も，取扱製品及び事業内容がＰ１社
と大きく異なっていた。
(イ)Ｐ１８調査官は，Ｐ１９社が提供する日本企業の財務情報を収録し
たデータベースである「Ｐ２１」を活用して，Ｐ１社と事業内容が類似
する法人の抽出を試みた。Ｐ１８調査官は，Ｐ２２産業分類コード表の
「パチンコ・娯楽機械・同付属品卸売業」（Ｐ２２産業分類コード○）
による絞り込みを行い，決算情報が掲載されている２８法人を抽出した。
しかし，これらの法人について，同データベースに登録されている企業
情報や「Ｐ２２企業年鑑」に掲載されている事業概況などの内容を確認
したところ，いずれの法人も，取扱製品や取引段階などがＰ１社と大き
く異なっていた。
(ウ)以上のことから，Ｐ１８調査官及びＰ１５調査官は，公開データベ
ースに基づきＰ１社の同種事業類似法人を選定することができなかった。
（以上，乙１２６）
ウ上記アの調査結果を活用して，本件類似３法人を抽出した経過
(ア)Ｐ１８調査官は，上記アで抽出された１７法人について，上記ア
(エ)の照会文書に対する回答の内容，上記１７法人の所轄税務署から入
手した当該各法人の申告内容等の情報及びＰ１５調査官とＰ１０調査官
又はＰ１８調査官が行った臨場調査により把握した情報に基づき，上記
１７法人から香港に所在する法人と取引を行う国内メーカー１１法人を
抽出した。
これらの１１法人の取引先である香港の法人（以下「香港関連法人」
という。）は，いずれも当該１１法人の関連法人であった。
(イ)Ｐ１８調査官とＰ１５調査官は，上記(ア)の香港関連法人のうち，
業種，業態，決算状況等が明らかでないものについて，その事業内容及
び決算状況等を把握するため，その親会社に該当する内国法人に対して
書面（乙３５）で照会するとともに，必要に応じて臨場調査を行った。
(ウ)Ｐ１８調査官は，上記(イ)により把握した情報に基づき，次のａな
いしｃに該当する法人を除外し，５法人を抽出した。
ａ中国にモーターの委託製造工場を持ち，香港の子会社の財務諸表に
当該中国の委託製造工場の製造原価を含めて計上しており，香港での
卸売事業に係る損益のみを抽出することができなかった子会社
ｂ小型モーター以外に付加価値の高い電子機器用部品等の卸売業を営
んでいる子会社
ｃ小型モーターその他の製造事業を行う子会社
(エ)Ｐ１８調査官は，Ｐ１社の平成１１年から平成１５年にかけての各
事業年度における本件取引に係る売上規模は１億円から５億円程度であ
ると推測した上で，上記(ウ)の５法人とＰ１社の売上規模を比較した。
上記(ウ)の５法人のうち，２法人については，１００億円を超える事業
年度があり，これらの法人の売上規模は，Ｐ１社と比較して大きく異な
っていたことから，Ｐ１８調査官は，これら２法人を除外することとし
た。
このようにして選定されたのが，本件類似３法人である。
（以上，乙１２６）
(2)本件類似３法人について
本件類似３法人の事業規模や事業内容等は次のとおりである。
ア事業規模について
ａ社は，本件各事業年度に相当するいずれの事業年度においても１０名
を超え２０名以下の従業員を有し，売上高は，上記各事業年度のうち最も
多い事業年度で５０億円を超え６０億円以下，最も少ない事業年度で３０
億円を超え４０億円以下であった。
ｂ社は，平成１４年から平成１５年にかけての２事業年度において，い
ずれも１０名以下の従業員を有し，売上高は，いずれも１０億円以下であ
った。
ｃ社は，平成１４年から平成１５年にかけての２事業年度において，い
ずれも１０名以下の従業員を有し，売上高は，多い事業年度で１０億円を
超え２０億円以下，少ない事業年度で１０億円以下であった。
イ業種について
ａ社は，中国に所在する製造会社で製造された小型モーター等を日本の
親会社を通じて仕入れて，加工しないまま香港等に所在する電子機器等製
造会社に再販売する卸売業を営んでいた。
ｂ社は，中国に所在する製造会社から小型モーター等を仕入れて，加工
しないまま日本の親会社に再販売する卸売業を営んでいた。
ｃ社は，中国に所在する製造会社から小型モーター等を仕入れて，加工
しないまま香港，中国，タイ，フィリピン，台湾等の電子機器等製造会社
等（以前は日本の親会社と取引をしていた得意先である。）に再販売する
卸売業を営んでいた。
ウ取扱製品について
ａ社は，主に小型モーターに属するステッピングモーターを取り扱って
いた。当該モーターは，ａ社の標準的なステッピングモーターに得意先の
仕様に合わせる程度の加工が行われた上でＯＡ機器等の部品として使用さ
れる汎用的なものであった。ａ社は，その他に，スイッチング電源やコン
バーター等の電子部品を取り扱っていた。
ｂ社は，主に小型モーターに属するＤＣモーターを取り扱っていた。当
該モーターは，ｂ社の標準的なＤＣモーターに得意先の仕様に合わせる程
度の加工が行われた上でカメラの部品として使用される汎用的なものであ
った。ｂ社は，その他に，ＤＣモーターの構成部品であるケース，ステー
ターマグネット，整流子等及びモーター関連部品である歯車等を取り扱っ
ていた。
ｃ社は，主に小型モーターに属するステッピングモーターを取り扱って
いた。当該モーターは，ｃ社の標準的なステッピングモーターに得意先の
仕様に合わせる程度の加工が行われた上でＯＡ機器の部品として使用され
る汎用的なものであった。ｃ社は，その他に，ステッピングモーターにギ
アを取り付けたモーターを取り扱っている。
エ事業内容等について
ａ社は，得意先から確定注文を受けて仕入先である日本の親会社に発注
する業務及び日本の親会社の指示に基づき中国に所在する製造会社から製
品を受け取り，得意先へ製品を発送するための手続業務や手配業務を行っ
ている。ａ社は，得意先から生産計画等の情報を収集し，これを日本の親
会社や製造会社へ情報提供する業務を行っているが，独自の判断で注文内
容を決定して発注をしたり，得意先に対して積極的な売り込みを行うなど
の営業活動を行っていない。ａ社は，日本の親会社が得意先の日本本社と
の間で事前交渉を行って決定した金額を元に取引価格の交渉を行い，また，
それ以外の取引条件については，取引を引き継ぐ前の日本の親会社と得意
先との間の取引条件を元にして，日本の親会社を介して交渉を行っている。
ａ社は，製品の品質・納期に関するトラブルを製造会社の担当者に連絡す
る業務は行っているが，品質・納期に問題が生じた場合の対応は製造会社
の担当者が行うこととなっている。また，ａ社は，原則として在庫を保有
していない。
ｂ社は，日本の親会社の指示に基づき，製品を仕入先である中国の製造
会社から納入先である中国等に所在する製造会社等へ配送するための手続
業務及び手配業務を行っていた。ｂ社は，得意先の生産計画等に合わせて
仕入先に対し直接発注内容を伝えており，ｂ社が独自の判断で仕入先への
注文内容を決定し，発注を行うことはしていなかった。また，納入先に対
し積極的な売り込みをするなどの営業活動も行っていなかった。ｂ社は，
製品の価格交渉には関与しておらず，その他の取引条件については，取引
を引き継ぐ以前の仕入先と日本の親会社との間の取引条件を元に，日本の
親会社を介して交渉を行っていた。ｂ社は，品質管理を行っておらず，品
質に関するクレーム等に対しては，日本の親会社が対応していた。そして，
ｂ社は，在庫リスクを負っていなかった。また，本件類似３法人の営む事
業の内容は，いずれも親会社の指示に基づき，中国に所在する製造会社が
製造した小型モーターを指定された得意先に引き渡すというものであった。
ｃ社は，得意先から注文を受けて日本の親会社に発注する業務及び日本
の親会社の指示に基づき，中国等に所在する製造会社から製品を仕入れ，
得意先へ発送するための手続業務や手配業務を行っている。ｃ社は，得意
先から生産計画等の情報を収集し，これを日本の親会社及び製造工場へ情
報提供する業務を行っている。ｃ社は，独自の判断で注文内容を決定して
発注を行ったり，得意先に対して積極的な売り込みを行う等の営業活動は
していない。ｃ社は，製品の価格交渉には関与しておらず，それ以外の取
引条件については，取引を引き継ぐ前の日本の親会社と取引先との間の取
引条件を元に，日本の親会社を介して交渉を行っている。ｃ社は製品の品
質管理は行っておらず，品質に問題が生じた場合には，日本の親会社から
担当者が派遣されることになっている。また，ｃ社は在庫を保有していな
い。
また，本件類似３法人については，いずれも重要な無形資産を保有した
り，無形資産の使用許諾を有したりしている事実はない。
（以上，甲１の１ないし５，乙１２６ないし１２９）
(3)Ｐ１社について
アＰ１社は，１９９８年（平成１０年）６月５日，香港法人として設立さ
れた。同月２２日にＰ１社の株式が，原告代表者，Ｐ９専務，Ｐ２３及び
Ｐ１７に合計２２万９９９８株（額面金額１香港ドル）割り当てられた。
また，設立時の，Ｐ１社の代表取締役は，原告代表者，取締役はＰ９専務，
Ｐ２３及びＰ１７であった。なお，原告代表者は，同年９月２２日，Ｐ１
社に対し，資本金として，２６万９８００香港ドルを送金している。（乙
６，１０）
イ２００３年（平成１５年）３月２０日，Ｐ１社は，商号を設立時の商号
であるＰ２からＰ１に改めた。また，２００４年（平成１６年）６月５日，
原告代表者及びＰ９専務がＰ１社の取締役を辞任し（Ｐ２３は死亡してい
る。），同年１０月２０日，原告代表者及びＰ９専務が所有していたＰ１
社の株式は，Ｐ１７に譲渡された。（甲１９４，１９５，乙９）
ウ本件取引の取引額は，平成１１年１２月期が３４３０万５８５０円，平
成１２年１２月期が５億０２３５万８８４０円，平成１３年１２月期が３
億０１６６万５１２０円，平成１４年１２月期が１億１４５２万５０００
円，平成１５年１２月期が２億６３２７万４０００円である。また，Ｐ１
社の総売上高は，２００１年１０月期において２７７５万９４０１香港ド
ル（同期間中の各月の平均レートの平均値で円換算すると４億２４１６万
２６４７円），２００２年１０月期において８８２万７４１８香港ドル
（同様の方法で円換算すると１億４２３８万６２５２７円），２００３年
１０月期において１５５１万１１２５香港ドル（同様の方法で円換算する
と２億３５３０万３７６６円）である。Ｐ１社の平成１２年１２月期ない
し平成１５年１２月期に相当する各年度の売上高は１億円ないし５億円程
度であると認められ，また，本件取引が開始されたのが平成１１年１２月
２８日であり（前記前提事実(2)ア），平成１１年１２月期の本件取引の
額を１２倍したものが４億１０００万円余であることからすれば，仮に，
平成１１年１月から本件取引が開始されていたとすれば，平成１１年１２
月期に相当する期間の売上高も，１億円ないし５億円程度のものであった
と推認される。（甲１の１ないし５，同２６１，２６２，乙１３０）
エＰ１社の財務諸表に記載された２００１年１０月期ないし２００３年１
０月期の売上高，販売費と一般管理費の合計額及び一般管理費の額のうち
の取締役の報酬の額等は次のとおりである。（甲２６１，２６
２）
2001年10月期2002年10月期2003年10月期
売上高〔Ａ〕（香港ドル）2775万9401882万74181551万1125
販売費と一般管理費の合計額
〔Ｂ〕（香港ドル）
445万2534447万1602428万3475
取締役の報酬の額〔Ｃ〕（香
港ドル）
139万0100284万0300294万4000
ＢからＣを控除した額〔Ｄ〕306万2434163万1302133万9475
Ｄの額のＡの額に対する割合
（Ｄ／Ａ）〔Ｅ〕（％）
11.0318.488.64
(4)Ｐ１社の業務内容等について
アＰ３社は，以前から原告に対し，モーター等を販売してきたが，平成１
１年６月頃，Ｐ９専務から，モーターの販売先をＰ１社にしてほしい旨の
連絡を受けた。同年１１月頃，Ｐ３社の担当者は，Ｐ９専務，Ｐ１７等と
の間で，販売先をＰ１社に変更することに伴う契約条件の変更について交
渉した。その結果，引渡場所は，従前の山形から，Ｐ１社がその都度指定
する香港の乙仲業者となった。また，販売価格も引渡場所が香港となりＰ
３社側で山形までの運送賃を負担しなくてよくなったことや支払条件が手
形から振込に変更されたことなどから，○が従前の４５０円から４００円
になり，○が従前の４４０円から４０２円になった。Ｐ３社が○及び○と
いう新たな機種を納入するに至るまでの技術的な交渉は，原告との間で行
っており，また，その際の価格交渉も実質的には，Ｐ９専務との間で行っ
ている。新たな機種のＰ３社からＰ１社への販売価格は，２８０円又は２
４５円となっているが，これは，Ｐ３社側でモーターに付けるピニオンに
つき，従前は原告及びＰ１社側から有償で支給されていたものが無償で支
給されるようになったことによるものである。（乙４４）
イ平成１３年１０月１７日頃，Ｐ３社中国工場からのモーターの出荷が予
定どおり進んでいないという事態が発生し，Ｐ９専務がＰ３社の本社に問
い合わせたところ，中国の通関業務が停止しているためであるとの回答が
あった。そこで，Ｐ９専務がＰ１社の社員であるＰ２４に対し電子メール
で問い合わせたところ，Ｐ２４がＰ３社中国工場の担当者にファクシミリ
を送るなどして，その理由が，実際には，Ｐ３社中国工場が中国当局の発
行する書類を取得していないことであることが判明した。その後，原告の
Ｐ９専務，Ｐ２４及びＰ３社の間での連絡により，当該製品が香港に到着
するのは，同月１９日の朝より後になり，納期に間に合わない可能性があ
ることが判明した。それを受けて，Ｐ２４は，Ｐ９専務に対し，より早く
到着させるため，日本側から働き掛けることができないかと尋ねる電子メ
ールを送付している。（甲１３２，１３３，１９２）
ウＰ１７が平成１４年７月３日から同年１０月２０日まで使用していたノ
ートにおいて，本件取引に関する記載と思われる記載がされているのは，
同年７月の出来事について記載された４頁（なお，同月の出来事について
記載されているのは同頁のみである。）の「ＦＭの懸案調整依頼」とある
部分，同年８月の出来事について記載された５頁の「○出荷→８／２３
○出荷の話，中国では聞いていない」とある部分，同年１０月１７日の
出来事について記載された２８頁にＰ１７がＰ３社中国工場の担当者とミ
ーティングを行った旨記載されている部分（ミーティングの内容は，①
Ｐ３社側に製品の納期を守るよう指示したこと，②Ｐ３社中国工場の製作
するモーターに発生するノイズの改善についての報告書の納期を確認した
こと，③不良品を返品し代金を支払わないこととしたこと，④注文か
ら納品までの時間を短縮するための取組を求めたこと，⑤製造工程の検
査の改善を求めたことである。）である。（甲２５５）
エ平成１３年頃，Ｐ２５という会社が生産した原告向けモーターに問題が
生じた。この問題について，Ｐ１７は，問題点を整理し，原告に対し，対
処方針をアドバイスした。（甲２５７の１ないし５。もっとも，この問題
に係る取引については，甲第２５７号証の１の問題点を知らせる電子メー
ルが，Ｐ２５の担当者から原告のＰ２６に送信されていること，問題の発
端は原告とＰ２５のコミュニケーション不足にあったとされていることか
らして，当初からＰ１社が関わっていた取引であるかどうか定かではない。
また，甲第２５７号証の５においては，Ｐ１７がこの問題の解決方法を示
しているが，その内容は，交渉の進め方等について原告の意向を事細かに
確認する内容となっており，Ｐ１社が独自の立場で問題の解決に当たって
いるというよりは，原告の実質的な判断に基づく指示に従ってＰ１７が行
動しているようにみえる。）
オＰ１７は，Ｐ３社に代わるモーターの調達先を開拓するため，中国国内
のモーター工場の訪問を行っていた。その中で，Ｐ１社は，中国の広東省
にあるＰ２７社に対する資本参加を検討したことがあったものの，資本参
加には至らなかった。なお，このとき，Ｐ１社は，主として，Ｐ２７社に
ＡＣブラシレスモーターや三相モーターの生産を行わせることを検討して
いた。また，Ｐ１社は，Ｐ２８（以下「Ｐ２８社」という。）というモー
ターメーカーに新しいモーターを生産させることとし，平成１４年１２月
頃に原告にその費用を出させてＰ２８社にモーター製作のための金型を作
らせ，平成１５年頃，Ｐ２８社にモーターの試作品を作らせた。そして，
その品質改善に向けてＰ１７を含むＰ１社の社員とＰ２８社の社員で会議
を行うことがあった。Ｐ１７は，平成１９年頃にも，Ｐ２８社の製作する
モーターの不良品に対して，Ｐ２８社との間で原因を分析したり，対策を
検討したりして，原告に報告することがあった。さらに，Ｐ１７は，平成
１４年頃，モーターに付けるピニオンの調達先について原告の依頼を受け
て探していた。（甲１９２，１９６，１９７，２４６の１ないし４，同２
４７，２４８，２５０，２５２，２５５）
カ原告とＰ１社との間で締結された契約書（乙１３）によれば，Ｐ１社は，
納期遅延の場合の補償義務を負っており，また，不良品や不良在庫につい
ての補償義務を負っていた。もっとも，Ｐ１社が原告に対する補償をした
ことが客観的証拠により認められるのは，平成１６年９月頃，①本件モ
ーターに不良品があり，原告側でその検査を行ったことから，Ｐ１社がそ
の検査等に要した費用約１８６８万円を負担したこと，②原告に生じた
デッドストックを処理する費用約１７７７万円をＰ１社が負担したこと，
③発泡スチロールの処理代９５万円を負担したこと，平成１９年７月頃，
不良モーター（本件モーターであるかどうかは明らかでない。）の代金及
び再検査費用を負担したことであった。（甲１３４の１ないし４，同１９
２，２５１）
キＰ１社は，Ｐ２９と題する月刊のレポートを遅くとも平成１４年頃以降
作成していた。その内容は，モーター等のメーカーの紹介の他は中国の経
済や一般情勢に関する話題を紹介するものが中心であった。原告は，Ｐ１
社に対し，上記レポートの代金として月額２０００米ドルを支払っていた。
（甲１９８の１ないし４，乙２８，１１７）
２(1)移転価格税制は，国際的経済活動の活発化に伴って，我が国の企業が，
国外の関連企業（親会社，子会社等）に時価よりも低い対価で資産の譲渡等
を行い，又は国外の関連企業から時価よりも高い対価で資産の譲渡等を受け
ることによって，所得が我が国から国外に移転し，その結果租税債務がゆが
められるという事態に対処するため，国外関連企業との間の取引（国外関連
取引）における上記のような価格設定の結果，所得が国外に移転していると
みられる場合には，その取引を正常な状態に引き直して課税所得を算定する
ことにより，租税債務のゆがみを取り除く制度として設けられたものである。
租特法６６条の４第１項は，法人が国外関連者との間で独立企業間価格と異
なる対価で取引（国外関連取引）をした場合には，その取引は独立企業間価
格で行われたものとみなして法人税関係法令を適用するものと定めているが，
この規定によれば，法人は，その国外関連取引の対価が独立企業間価格と異
なる場合には，独立企業間価格で申告しなければならないことになるのであ
り，このことからすれば，我が国の移転価格税制は申告調整型の制度である
ということができる。
また，租特法６６条の４第７項は，推定による課税の制度を設けているが，
これは，主として，国外関連取引における独立企業間価格の算定の根拠とな
る帳簿書類等の提示又は提出についての納税者の協力を担保する趣旨で設け
られたものである。すなわち，独立企業間価格の算定に必要な帳簿書類等の
入手は，国外関連者からのものを含めて移転価格税制の適用に必要不可欠の
ものであり，そのような帳簿書類等の提供又は提出について納税者側からの
協力が得られない場合に，税務当局が何の手だてもなくこれを放置せざるを
得ないということになれば，移転価格税制の適正公平な執行が不可能となる
ことから，推定による課税の制度が設けられたものと解される。
(2)税務署長が同項に基づいて更正処分等を行った場合に，その処分に不服
のある納税者としては，推定課税が行われる要件が満たされていないにもか
かわらず推定課税が行われたことや推定課税の方法（同種事業類似法人の選
定方法等）が違法であること等を主張して当該更正処分の適法性を争うか
（この場合には，更正処分の適法性については被告に主張立証責任があ
る。），当該国外関連取引に係る適正な独立企業間価格を自ら主張立証して，
同項の推定を破るかのいずれかの方法を採ることが考えられる。
原告は，①原告が独立企業間価格を算定するために必要と認められる帳
簿書類又はその写しを遅滞なく提示又は提出しなかったといえるかどうか
（争点(1)），②山形税務署長が推定した独立企業間価格は適法なものか
どうか（争点(2)）について被告の主張を争うほか，③Ｐ６とＰ７社との
間の取引を提示して，この取引が独立企業間価格に基づくものであると主張
し（争点(3)），かつ，上記Ｐ６とＰ７社との間の取引が独立企業間価格に
基づくものであり，原告がその算定のために必要な書類を提出している以上，
原告は，独立企業間価格を算定するために必要と認められる帳簿書類又はそ
の写しを遅滞なく提示又は提出しなかったとはいえないと主張するので，ま
ず，争点(1)及び争点(3)について一括して検討する。
３争点(1)（原告は，独立企業間価格を算定するために必要と認められる帳簿
書類又はその写しを遅滞なく提示又は提出しなかったといえるかどうか（租特
法６６条の４第７項の適用の可否））及び争点(3)（原告が提示したＰ６とＰ
７社との間の取引は独立企業間価格に基づくものといえるかどうか）について
(1)前記前提事実(4)イ，ウによれば，山形税務署の職員又は仙台国税局の職
員は，原告に対し，少なくとも，平成１４年６月１０日，平成１５年１月３
１日，同年２月１７日又は同月１８日，同年３月１７日，同年４月１０日，
同年６月９日の６回にわたり，文書又は口頭で，Ｐ１社の財務書類の提示を
求め，また，平成１４年６月１０日，平成１５年１月３１日，同年２月１７
日又は同月１８日，平成１６年４月９日の４回にわたり，文書又は口頭で，
原告における本件取引の価格算定の根拠となった資料の提示を求めたが，原
告は，これらの書類を提示しなかったことが認められる。独立企業間価格の
算定のためには，租特法６６条の４第２項及び租特令３９条の１２第８項に
定めるいずれの方法による場合でも，当該国外関連取引と比較対象取引の差
異を調整するため（独立価格比準法の場合）や，通常の利益率（再販売価格
基準法及び原価基準法の場合）並びに所得の発生に寄与した程度（利益分割
法の場合）を算定するために，本件取引の当事者である原告及びＰ１社が本
件取引においてどのような役割を果たしていたかを客観的に把握することが
必要であるところ，Ｐ１社の財務書類はＰ１社の機能を端的に知ることを可
能とする客観的な書類として，また，原告における本件取引の価格算定のた
めの資料は原告とＰ１社の役割を原告がどのように見積もっていたかを知る
ための資料として，いずれも独立企業間価格の算定に必要な書類であり，こ
れらを提示しなかったことにより，原告は，独立企業間価格を算定するため
に必要と認められる帳簿書類又はその写しを遅滞なく提示又は提出しなかっ
たものというべきである。乙第１７号証，第２６号証，第２８号証及び第３
０号証によれば，原告が提出した香港取引の経緯書面，第１回答書，第２回
答書，第３回答書は，いずれも本件取引における原告とＰ１社の役割を客観
的な数値に基づいて検討したものということはできず，これらの書面が提出
されたからといって，上記のＰ１社の財務書類や原告における本件取引の価
格算定のための書類の代替となる書類が提出されたということもできない。
(2)この点，原告は，本件取引に関し，原告が有する書類はすべて提出して
いるから，租特法６６条の４第７項の推定課税の要件を満たさない旨主張す
るが，同項の文言及び上記のとおり本邦における移転価格税制が申告調整型
の制度であることからすれば，同項にいう独立企業間価格の算定に必要な書
類とは，納税者が現に所持したり，作成したりしている書類に限られるもの
ではないのであって，提示を求められた書類が納税者の現に所持していない
ものであったとしても，当該納税者において新たに作成し又は入手した上で
提出することも不可能ではなく，その書類が独立企業間価格の算定に必要と
認められる以上は，特段の事情がない限り，その書類が提出されない場合に
は，同項の推定課税の要件は満たされるというべきである。これを本件につ
いてみると，山形税務署の職員又は仙台国税局の職員が原告に対して提示を
求めた書類のうち，Ｐ１社の財務書類は，原告代表者及びその親族がその全
株式を保有する，原告の国外関連者であるＰ１社の財務書類であり，弁論の
全趣旨によれば，同社はその当時，当該財務書類を既に作成し所持していた
と認めることができるから，それが原告の現に所持していないものであった
としても，原告においてＰ１社から入手した上で提出することは可能であっ
たと認められ，Ｐ１７が損益計算書等の提供依頼に応じなかったなどという
だけで上記特段の事情があったということはできない（現に前記前提事実
(4)ウ(シ)のとおり，これらの書類の一部は本件訴訟において提出されるに
至っている。）。また，原告における本件取引の価格算定のための資料は，
原告自身のものであり，弁論の全趣旨によれば，原告は本件取引を行うに当
たり当然にその価格算定をしていたと認めることができるから，それが原告
の現に所持していないものであったとしても，原告において本件取引に関す
る記録に基づいて新たに作成した上で提出することは可能であったと認めら
れ，上記特段の事情があったとはいえない。
さらに，原告は，原告が租特法６６条の４第８項後段の努力義務を尽くし
ているから，同条７項の適用の前提を欠く旨主張するが，同項（「独立企業
間価格を算定するために必要と認められる帳簿書類」としており，原告の主
張に沿うような限定又は除外をしていないこと等）及び同条８項（法人と当
該法人に係る国外関連者との間の取引に関する調査について必要があるとき
は」としており，必要性の範囲が同条７項よりも広いこと等）の文言，上記
２の推定による課税の制度が設けられた趣旨並びに同項が同条７項の後に配
列されていること（原告は，このことをもって，国外関連者のみが所持して
いる書類を提出していないことは同項の推定課税の前提とされていないと主
張するが，同項の文言に照らして採用し難い。）からすれば，同項の推定課
税は当該法人が同項所定の帳簿書類等を遅滞なく提示又は提出しなかったこ
とを要件としているのであって，当該法人において同条８項後段の義務を尽
くしたが，国外関連者からその保存する帳簿書類等を入手することができな
かったときは，この限りでないと解すること，すなわち，同条８項後段の入
手義務が尽くされないことが推定課税の要件となると解することはできず，
原告の上記主張は失当である。
加えて，原告は，本邦の移転価格税制が申告調整型であることを理由に納
税者に書類提出の負担を負わせることは相当ではない旨主張するが，上記に
照らし，採用できない。
なお，原告は，移転価格事務運営要領に記載されていることを根拠にその
提出を求めることは，租税法律主義に反する旨主張するが，上記のとおり，
租特法の定める推定課税が行われる要件は，独立企業間価格を算定するため
に必要と認められる帳簿書類等を遅滞なく提示又は提出しなかったことであ
り，本件においても，その要件を満たすとして推定課税が行われたものであ
って，移転価格事務運営要領に記載されていることを根拠に帳簿書類の提出
を求めたものではないから，原告の上記主張はその前提を欠き失当である。
(3)アしたがって，本件取引に関しては，租特法６６条の４第７項の推定課
税を行う要件が満たされていることになるが，原告は，Ｐ６とＰ７社との
間の○の取引価格を用いて独立企業間価格を算定することができるのであ
り，この価格を本件取引に係る独立企業間価格として課税を行うべきであ
ると主張するので，この点について検討する。推定課税を行う要件が満た
された場合，推定課税の制度が，同項に基づいて計算された価格を独立企
業間価格と推定するものであることからして，納税者側が推定された金額
と異なる金額が適正な独立企業間価格であることを立証すれば，推定は破
られ，租特法６６条の４第７項に基づいて算定された金額を独立企業間価
格と推定することは許されないこととなる。しかし，法律に定められた推
定を破るという法律効果が生ずるものであることからして，納税者側が主
張する金額が適正な独立企業間価格であることの立証責任は，納税者側が
負うと解するのが相当であり，納税者側は，その主張する金額が，同条２
項に定める方法に従って計算された適正な独立企業間価格であることを立
証する必要がある。
原告は，Ｐ６とＰ７社との間の○に係る取引（以下「Ｐ６及びＰ７社間
の比較対象取引」という。）の取引価格を用いて独立価格比準法により独
立企業間価格を算定することができると主張する。そうすると，原告は，
本件取引とＰ６及びＰ７社間の比較対象取引が，①同種の棚卸資産を対
象とし，②取引段階，取引数量その他が同様の状況の下における売買で
あることを立証しなければならないと解される（租特法６６条の４第２項
１号イ参照）。
イしかしながら，前記前提事実(2)アのとおり，本件取引は，メーカーで
あるＰ３社から本件モーターを購入した卸業者であるＰ１社が，同じく卸
業者である原告に対し転売する取引であり（その後，原告は，関連会社で
あるＰ４社に本件モーターを転売して，Ｐ４社がコインホッパーにするた
めの加工を行う。），一次卸業者の二次卸業者に対する売買取引であるの
に対し，Ｐ６及びＰ７社間の比較対象取引は，○のメーカーであるＰ３社
から，卸業者であるＰ１社，原告を経てＰ６に転売されたものをＰ７社に
転売するもので，三次卸業者が当該製品を加工して新たな部品を製造する
業者に対して販売する取引であるから，両者は取引段階を異にする取引で
あることになる。したがって，Ｐ６及びＰ７社間の比較対象取引の取引価
格を用いて，本件取引の独立企業間価格を算定することはできないという
べきである。
この点，原告は，本件取引におけるＰ１社と，Ｐ６及びＰ７社間の比較
対象取引におけるＰ６は，いずれもパチスロ筐体メーカーにコインホッパ
ーを納入する業者に対してモーターを納入する業者であり，パチスロ筐体
メーカーから数えた取引段階が同一であるから，取引段階は同一であると
主張する。しかし，租特法６６条の４第２項１号イが，国外関連取引が棚
卸資産の販売又は購入に該当する場合の独立企業間価格の算定方法の一つ
である独立価格比準法について，国外関連取引に係る棚卸資産と同種の棚
卸資産を「当該国外関連取引と取引段階が同様の状況の下で」売買した取
引の対価の額に相当する金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする
方法と定めたのは，一般に，棚卸資産を売買した取引の対価の額は，卸売
段階から小売段階に進むに従って各事業者の経費や利潤に相当する金額が
累積することにより上昇するので，国外関連取引に係る棚卸資産と同種の
棚卸資産を売買した取引の対価の額に相当する金額をもって当該国外関連
取引の対価の額とするためには，同種の棚卸資産を売買した取引が当該国
外関連取引と取引段階が同様の状況の下で行われたものであることを必要
とするからであると解されるところ，当該国外関連取引に係る棚卸資産の
製造業者から数えた取引段階が異なる場合には，同棚卸資産の消費者ない
し同棚卸資産を利用して新たな資産を製造する業者から数えた取引段階が
同一であるとしても，上記棚卸資産を売買した取引の対価の額の中に累積
されている各事業者の経費や利潤に相当する金額に差異が生ずることにな
るから，その取引段階で上記棚卸資産を売買した取引の対価の額に相当す
る金額をもって当該国外関連取引の対価の額とすることはできないという
べきである。前記のとおり，Ｐ３社から数えると，Ｐ１社は一次卸業者で
あるのに対して，Ｐ６は三次卸業者であり，棚卸資産の製造業者であるＰ
３社から数えた取引段階が異なるというべきであるから，Ｐ６及びＰ７社
間の比較対象取引の取引価格をもって本件取引の独立企業間価格を算定す
ることはできない。
もっとも，当該同種の棚卸資産を売買した取引が当該国外関連取引と取
引段階に差異のある状況の下で行われたものであるとしても，その差異に
より生ずる対価の額の差を調整することができるときは，その調整を行っ
た後の対価の額に相当する金額をもって当該国外関連取引の対価の額とす
ることができるものである（租特法６６条の４第２項１号イ括弧書き）が，
本件全証拠によるも，一次卸業者であるＰ１社及び二次卸業者である原告
の経費や利潤に相当する金額をにわかに認めることはできず，しかも，Ｐ
６及びＰ７社間の比較対象取引は，メーカーからＰ６に至る間にＰ１社と
原告との間の関連者取引を経ている上，平成１４年９月以降は，原告のＰ
１社からの購入価格とＰ６への転売価格が同額（単価５００円）となって
いることからすれば，租特法６６条の４第２項１号イ括弧書きの差異調整
をすることができる取引であるとは解されず（この点についての差異調整
が可能である旨の原告の主張もない。），その差異により生ずる対価の額
の差を調整することができないから，上記棚卸資産を売買した取引の対価
の額に相当する金額をもって当該国外関連取引の対価の額とすることはで
きないというべきである。
また，パチスロ筐体メーカーから見た取引段階が同一であるから取引段
階が同一である旨の原告の主張は，本件取引におけるＰ１社と，Ｐ６及び
Ｐ７社間の比較対象取引におけるＰ６がそれぞれの取引において同一の役
割を負っていることを前提とすると考えられる（原告は，これらの会社が，
厳しい納期を守るサプライヤーとしての役割を負っている旨主張する。）
が，後記ウで検討するとおり，Ｐ１社は，本件取引において，厳しい納期
を守るサプライヤーとしての役割を負っていると認めることはできず，ま
た，本件取引におけるＰ１社の役割と，Ｐ６及びＰ７社間の比較対象取引
におけるＰ６の役割が同一であると認めることもできないし，他に，本件
取引とＰ６及びＰ１社間の比較対象取引の取引段階が同一であることを認
めるに足りる証拠もない。
そして，前記のとおり，これらの取引の取引段階の相違が調整可能なも
のであることを認めるに足りる証拠もないから，結局，Ｐ６及びＰ１社間
の取引を比較対象取引として，本件取引の独立企業間価格を求めることは
できないといわざるを得ない。
ウ本件取引におけるＰ１社の役割について検討する。前記１(4)アの事実
によれば，本件取引は，従前Ｐ３社と原告との間では，本件モーターを直
接売買する取引が行われていたところ，原告の申入れによりＰ３社と原告
との間にＰ１社が加わるようになったものであって，Ｐ１社が独自に開拓
した取引関係ではないことが認められ，かつ，その際の売買価格等に関す
る交渉も原告のＰ９専務及びＰ１７とＰ３社の担当者との間で行われたと
いうのであるから，取引開始に当たっては，Ｐ１社が果たした役割は極め
て小さいといえる。また，前記１(4)アによれば，本件モーターの機種が
新しくなった際の価格交渉も実質的にはＰ３社の担当者と原告のＰ９専務
との間で行われたこと，同ウによれば，Ｐ１社がＰ３中国工場への働き掛
けをたびたび行っていたとは認め難いことからすれば，取引中においても，
Ｐ１社が独自の立場で本件モーターの本件取引に関わっていたとは認め難
い。
さらに，原告は，本件取引に当たっては，納期管理が極めて重要であり，
納期管理のために，Ｐ３社と原告との間にＰ１社を介在させることとした
旨主張するが，前記１(4)イのとおり，納期に遅延しそうになった場合の
対応は，最終的には原告が行っていると考えられるし（電子メールのやり
とりは，Ｐ１社のＰ２４が原告に対しＰ３社への働き掛けを依頼するとこ
ろで終わっている。），原告は，Ｐ１社が①発注予定を見越してＰ３社
に対する発注をしたり，②香港の乙仲業者の倉庫を利用して納期の調整
をしたりしていた旨主張するが，上記①については，Ｐ１７の陳述書（甲
１９２）によっても，Ｐ１社が行っていたのは，原告からの指示を受けた
場合に，正式な発注に先立ってＰ３社にモーターを発注してＰ３社に保管
させていたというものにすぎず，Ｐ１社の判断で行われていたものとは評
価し難い（乙第４４号証によれば，製品を在庫として保管していたのは，
むしろＰ３社側の判断によるものと解することもできる。）し，上記②に
ついても，Ｐ１７の陳述書（甲１９２）によれば，乙仲業者の倉庫を利用
できることは暗黙の慣行となっていたというのであり，Ｐ１社が納期に間
に合わせるために特別な手配をしていたという事情はうかがわれない。加
えて，納期を守れなかったことや不良品が発生したことによる責任につい
ても，Ｐ１社が損害賠償等をしたことを客観的証拠により認めることがで
きるのは，前記１(4)カのとおり，本件各事業年度より後の年度のことで
あり（平成１６年９月頃にＰ１社が責任を負った旨の客観的証拠が残され
ているのは，当時，既に本件取引の移転価格税制上の問題に関する税務調
査が開始されており（前記前提事実(4)），Ｐ１社の機能や責任が問題と
なっていた（乙２５，２６など）ことから，Ｐ１社が損害を賠償した実績
を殊更に作出したのではないかとさえ疑われる。），本件各事業年度にお
いて，Ｐ１社が具体的に納期遅延や不良品についての責任を負っていたと
は認め難い上，原告のＰ９専務が，陳述書（甲４０）において，本件モー
ターの納期遅延の責任は原告が第一次的に負うとしていることなどからし
て，Ｐ１社が納期遅延や不良品発生に対する責任を負うのは，専ら原告か
らの求償に基づく請求を受けたことによるものであると考えられるところ，
そのような請求を受けたＰ１社としては，納期遅延や不良品発生の原因が
Ｐ３社にある場合は，Ｐ３社に対して更に損害賠償を行えばよいのであり
（原告は，Ｐ１社がＰ３社に対して損害賠償を請求できないことによるリ
スクがあると主張するようにも思われるが，そのようなリスクは，Ｐ１社
に対する損害賠償を請求できないことによるリスクとして原告も負ってい
るはずであり，Ｐ１社が主として責任を負っていることの根拠となるもの
ではない。なお，上記の本件取引におけるＰ１社の役割に照らし，Ｐ１社
に納期遅延や不良品発生の最終的な責任があり，Ｐ３社にその責任を追及
できない事態はにわかに想定し難い），Ｐ３社がＰ１社からの責任を負わ
ない事情があるともうかがわれないことからすれば，Ｐ１社が納期遅延や
不良品発生についてのリスクを負っていたと解すべき根拠は見当たらない。
そうすると，Ｐ１社は，厳しい納期を守るサプライヤーとしての役割を
負っているとは認め難い（原告は，Ｐ１社が新たな取引先の開拓や新製品
の開発に係る活動を行っていたなどと主張するが，これらの活動は，本件
取引におけるＰ１社の役割とは直接関係がないというべきである。）。
また，Ｐ６及びＰ７社間の比較対象取引におけるＰ６の役割についても
的確に認める証拠はなく，結局，本件取引におけるＰ１社の役割と，Ｐ６
及びＰ７社間の比較対象取引におけるＰ６の役割が同一であることを認め
るに足りる証拠はないというべきである。
(4)上記のとおり，原告は，Ｐ６及びＰ７社間の比較対象取引により本件取
引の適正な独立企業間価格を算定したとはいえないから，本件取引の独立企
業間価格の算定のために必要な書類を原告が提出したとはいえず，上記(1)
のとおり，本件取引について推定課税をする要件は満たされているというべ
きであるし，また，Ｐ６及びＰ７社間の比較対象取引により算定した価格が
適正な独立企業間価格であるとして，推定の効果が破られることもないとい
うべきである。
４争点(2)（山形税務署長が推定した独立企業間価格は適法なものかどうか
（租特法６６条の４第７項所定の算定方法の要件を満たすかどうか））につい
て
(1)ア租特法６６条の４第７項は，同項に基づく推定課税の方法として，
当該法人の当該国外関連取引に係る事業と同種の事業を営む法人で事業規模
その他の事業の内容が類似するものの売上総利益率等を基礎として算定した
金額を当該独立企業間価格と推定して更正処分等をすることができる旨規定
する。したがって，本件各更正処分等が適法であるためには，本件類似３法
人が，本件取引に係る事業と同種の事業を営む法人で事業規模その他の事業
の内容が類似するものであることが必要である。そして，同項に基づく推定
課税の制度の趣旨が前記２で説示したとおりのものであり，同項の構造は，
独立企業間価格の算定に必要な帳簿書類等が提示又は提出されなかった場合
に，課税庁において「推定」した一応独立企業間価格と認められる金額を基
に更正処分等をできるものとしつつ，納税者側が適正な独立企業間価格の立
証をすることにより，その推定を破ることを認めるというものであることか
らすれば，この規定は，納税者側の書類の不提示，不提出という事情が存す
る場合に，独立企業間価格の立証責任を課税庁側ではなく納税者側に負わせ
ることとする一種の立証責任の転換を定めた規定であると考えられ，同項に
基づいて推定される金額は，同項所定の算定方法に従って算定された一応独
立企業間価格と認められる金額であれば同項の趣旨に反するものではないと
考えられること，同項の趣旨からは，同項による推定課税が不可能又は著し
く困難となる場合が多くなることは移転価格税制の制度の意義を没却するこ
とにつながりかねないことからすると，当該国外関連取引に関する事業と推
定課税の基礎となる法人の営む事業との間で事業が同種であること（事業の
同種性）及び事業規模その他の事業の内容が類似するものであること（事業
内容の類似性）については，それほど高度で厳格なものは要求されていない
と解するのが相当である。同項が「同種の事業」とか「事業の内容が類似す
るもの」という比較的幅があることを前提とした文言を用いているのもその
趣旨と解される。納税者側は，独立企業間価格の算定のために必要な書類を
提出すれば推定課税の適用を免れることができるし，仮に，何らかの事情で
遅滞なくこれらの書類を提出できなかった場合でも，自ら適正な独立企業間
価格を主張立証することにより，推定を破ることができることからすると，
このように解することが，納税者側にとって過酷なものであって不当である
ということはできない。
イこの点に関し，原告は，推定課税の適法性を判断する場合にも独立企業
原則が適用されると主張し，関連者間取引を主として行っている企業を同
種事業類似法人とすることは許されないとする。しかし，租特法６６条の
４第７項及び租特令３９条の１２第１１項には，その文言上，同種事業類
似法人を選定する場合に関連者取引を行っている法人を除外すべきことは
規定されていない。そして，租特法６６条の４第７項の推定課税の制度の
趣旨が前記２で説示したものであることからすれば，上記アで説示したと
おり，推定課税の適用が認められる場合における独立企業間価格と推定さ
れる金額の算定については，同項所定の算定方法に反しない限り，その要
件を厳格に解する必要は必ずしもないというべきであり，同項の金額の算
定に当たり，関連者取引を含んだ金額を基礎とすることが直ちに許されな
いものではないと解すべきである。
ウさらに，原告は，推定課税において，関連者取引を主として行っている
企業を同種事業類似法人とすることは許されないとして，下記のとおり，
種々主張するので，これについて検討する。
(ア)原告は，ＯＥＣＤガイドラインが，独立企業間価格の算定に当たっ
ては，非関連者取引を比較対象とするものとしており，推定課税におい
ても非関連者取引を行う法人を同種事業類似法人としなければならない
ことを前提としている旨主張するが，上記のとおり，独立企業間価格そ
れ自体の算定とは異なる推定課税の適用に当たっては，独立企業原則を
厳密に適用する必要は必ずしもないと解すべきであるから，原告の上記
主張は前提を欠き，失当である。
(イ)原告は，租特法６６条の４第７項と同条２項が，「独立企業間価
格」という同一の文言を用いていることから，同条７項の独立企業間価
格を算定する際に非関連者取引に基づくことが必要であると主張する。
しかし，同項に規定する方法によって算定される金額は，独立企業間価
格と推定されるべき金額にすぎないのであり，推定の前提となる事実で
ある同種事業類似法人の売上総利益率等を用いて算定した金額は独立企
業間価格そのものではないのであるから，独立企業間価格という文言が
用いられているからといって，同項における同種事業類似法人の行う取
引が非関連者取引でなければならないことが当然に導かれるものではな
い。
(ウ)原告は，租特法６６条の４第２項１号に規定された独立企業間価格
の算定方法も推計的な方法である点で同条７項に規定された算定方法と
本質的に差はないと主張するが，同項は，所定の方法により算定した金
額を独立企業間価格と推定するものと定めており，同条２項とは明らか
に規定の仕方が違うのであり，原告の上記主張は失当である。
(エ)原告は，租特法６６条の４第７項は，同条２項１号ロ又はハに掲げ
る方法を用いることを定めているところ，同号ロ及びハは通常の利潤の
額という文言を用い，この通常の利潤の額の算定方法を定める租特令３
９条の１２第６項及び７項は，通常の利益率という文言を用い，非関連
者間の独立企業間価格を算定することを明らかにしていると主張するが，
租特法６６条の４第７項は，同条２項１号ロ又はハに規定された通常の
利潤の額に代えて同種事業類似法人の売上総利益率等を用いた上でこれ
らの規定に掲げられた方法を用いて推定の基礎となる金額を算定する旨
を定める規定であると解すべきであり，通常の利潤の額を用いて推定の
基礎となる金額を算定すべきものとしているのではないから，そのこと
を前提として，同項が非関連者間の独立企業間価格を算定することを予
定しているとする原告の上記主張は，その前提を欠き，失当である。
(オ)原告は，本件租特法通達(2)－３が租特法６６条の４第７項におい
ても適用されることを前提として，上記通達に従って，非関連者取引と
の類似性の検討が必要とされている旨主張するが，乙第６９号証によれ
ば，上記通達は，比較対象取引に該当するかどうかの判断基準を定めた
ものであるところ，乙第１０５号証によれば，本件租特法通達(2)－１
は，比較対象取引とは同条１項の独立企業間価格の算定の基礎となる比
準取引をいうと定めており，同条７項の推定に用いられる同種事業類似
法人の選定の際には，本件租特法通達(2)－３の規定は関係のないもの
であることが明らかであるから，原告の上記主張は，その前提を欠き，
失当である。
(カ)原告は，法令上比較可能性又は類似性について言及されていない利
益分割法（租特法６６条の４第２項１号ニ，租特令３９条の１２第８
項）に属する残余利益分割法について本件租特法通達(4)－５が非関連
者取引を比較対象取引として選定すべきである旨定めていることからす
れば，法令上非関連者間の通常の利益率に基礎を置くものと規定された
推定課税においては，なおさら非関連者取引を行う同種事業類似法人が
選定されなければならない旨主張するが，上記(エ)のとおり，推定課税
においては，通常の利益率を基礎として推定の基礎となる金額を算定す
るものではないから，原告の上記主張は，その前提を欠き，失当である。
(キ)原告は，取引単位営業利益法を定める平成１６年政令第１０５号に
よる改正後の租税特別措置法施行令３９条の１２第８項２号及び３号に
は非関連者取引に限る旨の文言はないが，通達等によれば，同号に係る
比較対象取引が非関連者取引によるものであることは当然の前提とされ
ていることからすれば，法令において非関連者取引を基礎として独立当
事者間価格を算定又は推定すべき旨が規定されていないとしても，移転
価格税制において非関連者取引を用いるべきことは当然の前提とされて
いる旨主張するが，上記改正後の同項２号の「再販売者」及び同項３号
の「販売者」の定義には，いずれも非関連者との取引であることが含ま
れている（同条６項，７項）のであって，このような限定が明記されて
いない推定課税の規定の解釈において非関連者取引を用いるべきことが
当然の前提とされているということはできないというべきであり，原告
の上記主張は，その前提を欠き，失当である。
(ク)原告は，法律上の推定規定が経験則を法規化したものであるから同
種企業類似法人の粗利益率から国外関連取引の独立当事者間価格を合理
的に推定できるという判断が成り立つことが前提である旨主張するが，
ある事実から他の事実を推定できる旨の法律の規定には，立証責任の転
換を定めたものなどもあり，全ての場合が経験則を法規化した場合であ
るとは限らず，租特法６６条の４第７項に基づく推定課税も，上記アの
とおり，立証責任の転換の規定と解することができ，国外関連取引に関
する事業と推定課税の基礎となる法人の営む事業との間の事業の同種性
及び事業内容の類似性について，高度なものは要求されていないと解す
るのが相当であることからすれば，同項が「推定」という文言を用いて
いることから直ちに推定課税の基礎となる法人が非関連者取引を行って
いる法人でなければならないことが導かれるとはいえない。
(ケ)原告は，租特法６６条の４第７項の推定課税と法人税法１３１条，
所得税法１５６条等に基づく推計課税が同一の構造を有することから，
真実の独立当事者間価格と合致又は近似する蓋然性が必要であると主張
するが，租特法６６条の４第７項に基づく推定課税は移転価格税制の制
度であり，原告主張の推計課税が用いられる場面と異なることからすれ
ば，推計課税における原則が直ちに推定課税に当てはまるとはいえず，
原告の主張は失当である。
エいわゆるシークレットコンパラブルを用いたことについて
本件類似３法人について，被告は，その事業内容や財務状況等を開示し
ていない。原告は，このように事業内容や財務状況等の同種性，類似性に
ついて検証することができない法人を用いて推定課税を行うことは，納税
者側の防御の機会を奪うものであり，相当ではない旨主張する。しかし，
租特法６６条の４第９項は，推定課税を行う際に，税務当局の職員が同種
事業類似法人に対する質問検査権を行使することを認めているところ，こ
のことは，この質問検査権で得られた情報を推定課税において用いること
が前提とされていると解するのが相当である。他方，これらの企業は，納
税者とは関係のない第三者であることからすれば，その事業内容や財務状
況等の詳細について，税務当局の職員が守秘義務を負っていることは当然
である。
これらによれば，租特法は，税務当局がその事業内容や財務状況等につ
いて開示することができない同種事業類似法人を用いて推定課税をするこ
とを予定しているというべきである。原告は，そのような制度は納税者の
防御の機会を奪うもので相当ではない旨主張するが，それは，立法政策の
当否を問うものにすぎないし，また，税務当局の職員が負っている守秘義
務に反しない限度で，同種性，類似性についての立証をし，これに対して
納税者がその信用性を争うなどすることは可能であるから，そのような制
度を採ったからといって納税者の防御の機会が奪われるものではない。前
記のとおり，推定課税の制度が，主として，国外関連取引における独立企
業間価格の算定の根拠となる帳簿書類等の提示等についての納税者の協力
を担保する趣旨で設けられたものであること，推定課税による更正処分等
を受けた納税者は，自ら独立企業間価格を立証して推定を破る方法を採る
ことができることからすれば，このような制度になっていることが納税者
にとって過酷であるとはいえない。そして，本件において，被告は，乙第
１２４号証及び第１２６ないし第１２９号証等によって，守秘義務に反し
ない限りで本件類似３法人に関する情報を開示しているのであり，以上に
よれば，本件類似３法人の事業内容や財務状況等の詳細が開示されていな
いことをもって，本件各更正処分等が違法となるものではない。
また，上記のとおり，事業内容や財務状況等の詳細が開示されていない
同種事業類似法人を用いて推定課税を行うことは法が予定していることで
あることからすれば，これらの情報が明らかにされていなかったとしても，
本件各更正処分等の理由付記に不備があるということはできない。
(2)前記２及び上記(1)のとおり，推定課税が適法であるためには，事業の同
種性及び事業内容の類似性が必要であり，これらについては，推定課税の適
法性を主張する被告に立証責任があるというべきであるところ，その立証に
当たっては，行政処分の適法性の判断の一般原則に従い，処分時に存した全
ての事情を基礎にして当該処分時を基準として判断すべきである（この点，
被告は，処分時に税務署長が把握していた，あるいは容易に把握し得た具体
的事情を基礎として判断すべきである旨主張するが，行政処分の適法性に関
する一般的な判断基準と異なり，その範囲を限定して事業の同種性及び事業
内容の類似性を判断すべきとする根拠は見当たらない。）。
上記(1)で説示したように，推定課税の趣旨からすれば，事業の同種性及
び事業内容の類似性について高度なものを要求するのは相当ではなく，推定
課税が同種事業類似法人の利益率を用いていることからすれば，事業及び事
業内容の差異が粗利益率レベルでかなりの差をもたらすものでないことが事
業の同種性及び事業内容の類似性を認めるための一応の判断基準になるとい
うべきである（租特法６６条の４第７項の文言によれば，立証の対象として
の事実は事業の同種性及び事業内容の類似性であり，粗利益率レベルでかな
りの差をもたらすものでないことを事実として立証する必要があるとは解さ
れない。）。そして，同種事業類似法人の選定の作業は，独立当事者間価格
を求めるに当たっての比較対象取引の選定の作業と判断の手法が類似するこ
とからすれば，事業の同種性及び事業内容の類似性の判断に当たっては，比
較対象取引の判断基準である本件租特法通達(2)－３に掲げられた要素が参
考になるというべきである（ただし，前記のとおり，租特法６６条の４第７
項による推定課税の趣旨が同条２項の独立企業間価格を求める趣旨とは異な
ることからすれば，ある要素が同項の比較対象取引の判断基準として重視さ
れているからといって同条７項の同種事業類似法人の判断基準として重視さ
れるとはいえないし，また，その判断基準も相当緩和されたものになるとい
うべきである。）から，以下，同通達に掲げられた要素を含め事業の同種性
及び事業内容の類似性を判断するための要素について検討することとする。
ア租特法６６条の４第７項に定められた事業の同種性とは，同項の趣旨が
前述のようなものであることからすれば，一般的には，例えば，問題とな
っている取引の対象資産と似かよった資産の卸売業者であるとか製造業者
であるとかいったレベルで共通していることをいうと解すべきであるとこ
ろ，前記１(2)イによれば，本件類似３法人は，いずれも小型モーター等
を仕入れて加工しないまま再販売する卸売業を営んでおり，甲第１９２号
証によれば，Ｐ１社は，小型モーター等を仕入れて再販売する卸売業を営
んでいることが認められるから，本件類似３法人とＰ１社は，小型モータ
ーを中心とする商品を仕入れて加工しないまま再販売する卸売業を営んで
いるという点で共通点を有し，事業の同種性が一応認められるといえる。
イＰ１社と本件類似３法人の取り扱う製品について
前記１(2)ウ及び乙第５５号証によれば，本件類似３法人のうちａ社と
ｃ社は主としてステッピングモーターを取り扱っており，ｂ社とＰ１社は，
主としてＤＣモーターを取り扱っていたことが認められる。原告は，小型
モーターの中でもＤＣモーターとステッピングモーターでは製品が異なる
と主張するが，これらのモーターは「小型モーター」という種類に含まれ，
乙第３２号証のようにＤＣモーターやステッピングモーターのメーカーを
まとめて掲載している資料も存在すること，乙第３２号証によれば，ＤＣ
モーターとステッピングモーターの双方を生産しているメーカーも少なか
らず存在することが認められること，ＤＣモーターの卸売事業とステッピ
ングモーターの卸売事業において粗利益率でかなりの差が生ずることを的
確に認めるに足りる証拠がないことからすれば，Ｐ１社及びｂ社が主とし
て小型モーターのうちＤＣモーターを取り扱い，ａ社及びｃ社が主として
小型モーターのうちステッピングモーターを取り扱っていることは，事業
の同種性の判断基準が上記(1)アのようなものであることに鑑み，事業の
同種性を否定する要素となるとは言い難い。なお，原告は，本件類似３法
人の取扱製品についての被告の説明が変遷を重ねており，信用性に乏しい
旨主張するが，被告の説明は，その表現に異同はあるものの，本件類似３
法人の取扱製品の中心が小型モーターであることと矛盾するものではない
という点において一貫しており，原告の主張は，些末な点を殊更に取り上
げて変遷であるというものか，より詳細な説明をした点を変遷であるとい
うものにすぎず，原告主張に係る記載があることをもって，本件類似３法
人の取扱製品に関する乙第１２６号証ないし乙第１２９号証の記載が信用
性に乏しいということはできない。
ウ事業規模について
甲第１９２号証によれば，Ｐ１社の従業員数は数名から多くても７，８
名であったことが認められ，前記１(2)アのとおり，本件類似３法人の従
業員数（ａ社は１０名を超え２０名以下，ｂ社及びｃ社は１０名以下）と
大きく異ならない。また，前記１(2)アによれば，本件類似３法人の売上
高は，最も規模の大きいａ社の最も売上高の多い年度において５０億円を
超え６０億円以下であることが認められ，前記１(3)ウによれば，Ｐ１社
の年間売上高は，本件各事業年度に相当する決算期において，いずれも１
億円ないし５億円程度であると認められ又は推認されるところ，乙第３２
号証によれば小型モーターのメーカーには，売上高数億円規模の企業から
売上高１０００億円を超える企業まであることに鑑みれば，本件類似３法
人とＰ１社の売上高の規模が大きく異なるとまではいい難い。
なお，原告は，Ｐ１社の売上規模を算定するに当たっては，移転価格調
整によって調整された後の取引価格を基準とすべきである旨主張するが，
租税特別措置法６６条の４の制度は，独立企業間価格で取引が行われたも
のとみなして課税を行う制度であり，移転価格調整によって直ちに国外関
連取引の相手方の売上高が減少するものではないことからすれば，失当で
ある。
エＰ１社と本件類似３法人が担う機能及び負うリスクについて
前記１(2)イ，エのとおり，本件類似３法人は，主として親会社の指示
に基づいて中国に所在する製造会社が製造した小型モーター等を指定され
た得意先に引き渡すという限定された業務を行っているのであり，この業
務の内容からして特段のリスクも負っていないものと推認される。他方，
Ｐ１社は，前記３(3)ウで説示したとおり，本件各事業年度における本件
取引に関して，自ら主体的な役割を担っていたとはいえず，リスクも負っ
ていたとはいい難い。また，本件各事業年度においてＰ１社の取引のほと
んどは，原告が相手方となったものであると認められるところ（甲１９
２），本件取引における原告とＰ１社との関係に照らし，本件取引以外の
取引においてもＰ１社が主体的な役割を果たしていなかったことが推認さ
れる（例えば，甲第１９６号証によれば，Ｐ２８社との取引を開始するに
当たっても，その仕様については原告に確認することとされており，Ｐ１
社がどれだけ主体的な役割を担っていたかどうかは不明である。）ことか
らすれば，Ｐ１社は，その事業全体について，上記のような限定的な業務
しか行っていなかったというべきである。したがって，この点に関して，
本件類似３法人とＰ１社の間に大きな違いはなかったものというべきであ
る。
なお，原告は，Ｐ１社の販売管理費が２００１年１０月期から２００３
年１０月期までの３年間の平均で約２６％であり，本件類似３法人の販売
管理費と比べてかなり高かったことは，Ｐ１社と本件類似３法人が機能及
びリスクの面で異なっていることを表している旨主張するが，この販売管
理費は，前記１(3)エのとおり，Ｐ１７に対する報酬を含んでおり（甲第
１９２号証によれば，Ｐ１社から取締役報酬を受け取っていたのはＰ１７
のみであると認められる。），この報酬額を控除した額（前記１(3)エの
表のＤ）の売上高に対する割合（同表のＥ）は，約８％ないし約１８％で
あるところ，Ｐ１７は，原告並びに原告の関連会社であるＰ４社及びＰ３
０社から平成１３年３月３１日頃まで取締役の報酬を受け取っていた反面，
Ｐ１社からは報酬を受け取っていなかったことが認められ（乙１１２の１
ないし７，同１２３），Ｐ１社が活動を開始した直後には取締役報酬を受
け取っていなかったものの，平成１３年４月頃になって突如としてＰ１社
から報酬を受け取るようになったものであることからして，Ｐ１社からＰ
１７に対する報酬が支払われるようになったのは，Ｐ１社の利益を減らす
ための工作であることが強く疑われるから，上記のとおり，財務諸表に記
載された販売管理費が高かったとしても，そのことから，Ｐ１社の機能及
びリスクが本件類似３法人と大きく異なるといえるわけではない。
オ本件類似３法人とＰ１社の取引段階について
卸売業を営む法人がメーカーから小売までのどの段階にあるかによって
粗利益率にどれだけの差が生ずるのかを的確に認めるに足りる証拠はない。
租特法６６条の４第２項により独立企業間価格を求める際には，国外関連
取引と比較すべき取引を選定しなければならないことから取引段階の差異
が問題となり，比較対象取引の選定に当たって取引段階の差異を適切に調
整することが必要となるが，同条７項による推定課税を行う際には，国外
関連取引に係る事業と同種の事業を選定するのであり，事業という文言が
各種の取引を包括したものであることは明らかであり，ある事業に属する
取引は各種の取引段階にあるものが含まれているのが通常であると考えら
れること，上記(1)のとおり，同項にいう事業の同種性及び事業内容の類
似性として高度なものが要求されているとはいい難いことからすれば，取
引段階が異なることによって粗利益率に多少の差が生ずることがあっても，
同種事業類似法人として選定することの大きな障害になるとはいえないと
いうべきである。
カ本件類似３法人とＰ１社が扱うモーターの用途について
小型モーターの卸売業において，取り扱うモーターの用途によって粗利
益率レベルでかなりの差が生ずることを認めるに足りる証拠はない。原告
は，用途によって価格が異なるから，粗利益率が異なると主張するが，租
特法６６条の４第７項においては，同種の事業を営む法人で事業の内容が
類似するものを選定することが必要とされているのであり，小型モーター
の卸売業を営む者は，複数の用途のモーターを取り扱うのが通常であると
考えられること（甲第１９２号証によれば，Ｐ１社もコインホッパー以外
の用途のモーターをも取り扱っていたことが認められる。）からすれば，
用途が異なるモーターを取り扱うことによる差異があっても同項の同種事
業類似法人と認めることの大きな障害にはならないと考えられることに加
え，乙第５５号証及び第９５号証によれば，小型モーターは，それが組み
込まれる製品の仕様によって細かな差異はあるものの，一般的には汎用性
のある製品であることが認められ，かつ，乙第５４号証によれば，Ｐ１社
が取り扱うモーターは汎用的な製品と異なる特殊なものではないことが認
められることからすれば，原告の上記主張によっても，同種性類似性が直
ちに認められなくなるものではない。
キ本件類似３法人とＰ１社が取り扱うモーターの市場の地理的条件につい
て
前記１(2)イによれば，本件類似３法人の事業における小型モーターの
販売先は，ａ社については香港等に所在する法人，ｂ社については日本国
内の法人，ｃ社についてはアジア各国の法人であることが認められ，また，
前記前提事実(2)によれば，Ｐ１社の本件取引における小型モーターの販
売先は日本国内の法人である原告であることが認められるから，ａ社及び
ｃ社とＰ１社との間で，販売先の市場は異なっている。この点につき，原
告は，販売先の市場によって一般的に利益率は異なり，また，販売先の市
場によって小型モーターの製品の価格が異なるから利益率は異なるはずで
あると主張するが，同種の小型モーターについて販売先の市場の違いによ
って粗利益率にかなりの差が生ずることを的確に認めるに足りる証拠はな
く，かえって，小型モーターの卸売業の粗利益は，販売先の市場のみなら
ず，小型モーターが組み込まれた最終的な商品の市場がどこであるかにも
影響されると解するのが相当であること，小型モーターの卸売業は通常複
数の市場に存在する買主に対し小型モーターを売却しているものと解され
るところ，租特法６６条の４第７項は同種の事業を営む法人で事業内容が
類似するものを選定することを求めていることからすれば，販売先の市場
が地理的に異なることは同項の同種事業類似法人を選定することの障害と
ならないとするのが同項の趣旨であると解されるのであって，原告の主張
する上記の点によっても，直ちに同種性類似性が認められなくなるものと
はいえない。
ク風営法による規制について
原告は，本件取引の対象製品であるパチスロ台用の小型モーターが，風
営法により国家公安委員会からの指定を受けたＰ３１の規制対象になって
おり，これが参入規制として機能しているから，そのような規制がない製
品を対象とする本件類似３法人の事業とは粗利益率が大きく異なると主張
する。しかし，風営法によるパチスロ台の規制は，同法２０条等によれば，
著しく客の射幸心をそそるおそれがあるものを排除するために設けられて
いるものであることが認められ，その観点からは，コインの排出確率やそ
の枚数を決定するコンピューター等の部分については厳しい検査がされる
ものと解されるが，本件取引の対象となる小型モーターが組み込まれるコ
インホッパーに関しては，コンピューター部分の指令に基づき正確な枚数
のコインが排出される機能さえ備わっていればその規制の趣旨は十分果た
されることに加え，甲第２１１号証，乙第１２４号証によれば，本件モー
ターのような部品については，Ｐ３１の検査があることにより，一旦ある
パチスロ台用として製造した部品を当該パチスロ台については変更するこ
とができないという以上の規制はなく，そのことは部品の製造業者や供給
業者にとってはかえってやりやすい面でもあることが認められる（乙第８
２号証によれば，平成１１年から平成１５年までの各年においては，毎年
約２００種類から３００種類のパチスロ機（回胴式遊技機）が新たにＰ３
１から認定を受けていたのであり，毎年相当数のパチスロ機が新たに発売
されていたと認められることからすれば，ある機種のパチスロ機が生産さ
れる期間は比較的短いものと考えられ，ある機種用に同じ部品を生産し続
けなければならないことによる負担は小さいものと思われる。現に，平成
１２年頃，Ｐ３社の生産するモーターは，○から○に，また，○から○に
それぞれ変更され（乙４４），前記前提事実(2)アによれば，当該変更後
も新機種と旧機種の両方が供給されていたものの，そのことに関連して特
に問題が生じていたとか，特に高いコストを要したとかいう事情は，乙第
４４号証その他本件全証拠によっても認められない。）。そうすると，Ｐ
３１による規制があることは，本件取引に係る事業と一般的な小型モータ
ーを対象とする卸売取引との間で粗利益率にかなりの差を生じさせる点で
あるとはいい難い。
ケパチスロ台の部品市場が寡占的な市場であったかどうかについて
原告は，パチスロ台の部品市場が寡占的な市場であったと主張し，甲第
１４８号証には，その趣旨の内容があるが，これと反対の趣旨の証拠（乙
第８２号証によれば，パチスロ台メーカーとして参入する業者も少なくな
いことが認められ，前述のとおりパチスロ台用の小型モーターが一般的な
製品であることからすれば，少なくともパチスロ台の小型モーターの市場
への参入は容易であったと推認される。）が存在することに照らし，他の
用途の小型モーターの市場と比べてパチスロ台用の小型モーター市場が特
に寡占的な市場であったことを的確に認める証拠はないというべきである。
原告は，パチンコ台業界においては，パテントプールといった慣行により，
寡占性が維持されていたと主張するが，これは，パチンコ台メーカーの寡
占性であり，上記のとおり，本件モーターが一般的なモーターであること
に鑑みれば，このことから直ちにパチスロ台に組み込まれるコインホッパ
ー用モーターの市場が寡占的であったとまでいうことはできない。少なく
とも，前記１(4)アのとおり，本件取引が，従前Ｐ３社と原告との間で直
接行われていた本件モーターの取引と特に変わらない条件（条件が変更さ
れた部分については，原告のＰ９専務も交渉に当たっている。）において，
Ｐ１社を介して取引をするようになったものであり，また，上記(2)エの
とおり，Ｐ１社が本件取引において限定的な機能しか果たしていないにも
かかわらず，Ｐ１社が介在したことによって，原告の本件モーターの仕入
れ値が高騰したという事情（前記前提事実(4)ア）の下では，本件モータ
ーの市場が寡占的であることによって，本件類似３法人との間の事業の同
種性及び事業内容の類似性が否定されることになるとはいえない。また，
原告は，寡占的な市場であることの理由として，短い納期に対応できる業
者でなければならないことを理由として挙げるところ，原告が，短い納期
の例として提出する甲第２４５号証の１及び２は，翌日又は翌々日までに
Ｐ３社製のモーターに原告側で加工を施したものを納入することを求める
ものであるところ，翌日又は翌々日という納期に照らし，このような発注
は，発注後にＰ３社からモーターが出荷されることを前提とするものでは
なく，原告が在庫として保有する加工後の製品の出荷を求めるものか，せ
いぜい原告に既に納入されていた本件モーターに加工を施して出荷するこ
とを求めるものと解するのが相当であり，前記３(3)ウ及び乙第４４号証
に照らし，Ｐ１社及びＰ３社が短い納期に対応する必要があったとは認め
難いことによれば，少なくとも本件モーターのようなパチスロ台に直接組
み込まれる部品を構成する部品については，短い納期に対応できる業者で
なければこれを取り扱うことができない旨の原告の主張は採用できない。
コその他，原告は，契約条件が異なることが本件類似３法人の事業と本件
取引に係る事業との間の事業の同種性及び事業内容の類似性に影響を与え
る旨主張するが，租特法６６条の４第７項においては，国外関連取引に係
る事業と同種類似の事業における利益率等を算定すればよいのであり，
個々の契約条件の異同は，特段の事情のない限り事業の同種性及び事業内
容の類似性に影響を与えないと解すべきであり，本件においてそのような
特段の事情が存することを認めるに足りる事情はうかがわれない。
また，原告は，本件類似３法人の財務諸表が開示されていないため，本
件類似３法人の粗利益率の算定が正確であるかどうかや本件類似３法人と
Ｐ１社との間で会計処理に整合性があるかどうかが明らかではないと主張
するが，上記(1)エのとおり，租特法は，税務当局が守秘義務の関係でそ
の財務状況について開示することができない同種事業類似法人を用いて推
定課税をすることを予定していることからすれば，本件類似３法人の粗利
益率が正確であるかどうかや本件類似３法人とＰ１社との間の会計処理の
整合性について，被告側担当者の主張，陳述書，証言等によってしか検証
できないからといって，事業の同種性及び事業内容の類似性が認められな
いということはできない。
さらに，原告は，本件類似３法人が主として行っている取引が関連者取
引であることから，事業の同種性及び事業内容の類似性が認められないと
主張するが，関連者取引であることそれ自体が，租特法６６条の４第７項
の趣旨に照らし，粗利益率にかなりの差をもたらすものであることについ
て的確に認めるに足りる証拠はない。
(3)上記(2)で検討した点を総合し，特に，前記１(4)アのとおり，本件取引
が従前Ｐ３社と原告との間で直接行われていた本件モーターの取引と特に変
わらない条件（条件が変更された部分については，原告のＰ９専務も交渉に
当たっている。）においてＰ１社を介して取引をするようになったものであ
り，また，上記(2)エのとおり，Ｐ１社が本件取引において限定的な機能し
か果たしていないという事情を考慮すれば，本件類似３法人は，Ｐ１社との
間で，租特法６６条の４第７項にいう同種の事業を営む法人で事業規模その
他の事業内容が類似するものであるということができる。そして，前記１
(1)によれば，本件類似３法人の選定方法に不当な点は見当たらない（原告
は，小型モータ需給動向報告書の記載に信用性がない旨主張するが，前記１
(1)ア(ウ)によれば，仙台国税局の職員は，小型モーターの国内メーカーの
抽出のためのリストとして小型モーター需給動向報告書を使用しているとこ
ろ，原告が小型モータ需給動向報告書の信用性がないことの根拠として主張
する点は，他の報告書の記載と生産台数が異なるという点にとどまり，本来
抽出されるべきメーカーが記載されていなかったことや本来抽出されるべき
でないメーカーが記載されていたことをうかがわせるものではないから，原
告の上記主張は失当である。）。そうすると，平成１１年１２月期ないし平
成１３年１２月期について，これに相当する決算期のａ社の利益率を用い，
また，平成１４年１２月期及び平成１５年１２月期においてａ社，ｂ社，ｃ
社の利益率の平均値を用いてＰ１社の本件取引に係る製品の取得金額から独
立企業間価格を推定したことは，適法であり，甲第１号証の１ないし５によ
れば，本件各事業年度について算定された本件取引に係る独立企業間価格も，
租特法６６条の４第７項，同条２項１号ハによっていずれも適法なものであ
る。
５争点(4)（本件各更正処分等の前提となる調査手続における違法の有無）に
ついて
(1)原告は，仙台国税局職員が，Ｐ３社に宛てた本件質問書に，原告製品
の納入先がＰ７社であることを明らかにする記載をし，秘密を漏らしたこと
が本件各更正処分等の前提となる調査手続における違法であると主張し，甲
第３１号証には，上記主張に沿うＰ３社担当者による記載がある。前記前提
事実(4)ウ(ソ)によれば，本件質問書は，平成１６年６月３日にＰ１５調査
官とＰ１０調査官がＰ３社に対して送信したものであるところ，乙第１２４
号証には，平成１５年４月１８日の時点で，Ｐ３社の担当者が，原告向けに
出荷するモーターの一部が最終的にはＰ７社に納入されるものであることを
知っていた旨の記載があり，また，平成１６年４月２日付けで作成された乙
第４４号証の確認書には，○型（○のことと解される。）がＰ７社向けの製
品である旨が記載されており，さらに，乙第５５号証には，○の改良前の製
品である○型（○）の寸法を表す図にＰ７社を示す文字が記載されている。
これらによれば，Ｐ３社は，本件質問書を受け取るより前から，Ｐ３社が原
告に対して販売したモーターの一部がＰ７社向けのものであることを知って
いたと認められるのであり，原告の上記主張はその前提を欠くというべきで
ある。
原告は，仙台国税局職員が本件質問書を発出したことを否定したことや本
件質問書を回収しようとしたことからすれば，仙台国税局職員が秘密を漏ら
したことは明らかである旨主張する。しかし，原告が仙台国税局職員が本件
質問書を発出したことを否定したとすることの根拠として提出する甲第３４
号証は原告のＰ９専務のメモであり，その内容からすれば，上記のとおり本
件モーターの一部がＰ７社向けであることをＰ３社の担当者が従前から知っ
ていたことを認識している仙台国税局職員が，秘密を漏らすような文書を発
出したことはない旨回答したにすぎないものとも思われるから，このことを
もって，仙台国税局職員が本件質問書を発出したことを否定したとはいえな
い。また，仙台国税局職員が本件質問書を回収しようとしたのは，乙第１２
５号証によれば，本件質問書の記載内容がＰ３社から更に他社に知られるこ
とになっては困るという原告代表者らの要求を受けてのものと認められるの
であり，このことが，仙台国税局職員が秘密を漏らしたことを認める根拠に
なるとはいえない。
(2)税務調査の手続の瑕疵が当該税務調査を基礎とした更正処分の適法性に
与える影響については，税務調査手続の単なる瑕疵は更正処分に影響を及ぼ
さないものと解すべきであり，調査の手続が刑罰法規に触れ，公序良俗に反
し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び，何
らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り，
その処分に取消原因があるものと解するのが相当である。原告は，本件の税
務調査の手続において，仙台国税局職員が，①同じことを何度も繰り返し
て質問し，回答を誘導しようとした，②必要以上に調査を長引かせた，③
原告代表者らの了解を得ずに反面調査等を行った，④平成１６年３月１０
日にＰ１５調査官が原告代表者に対しどう喝行為を繰り返すという違法な有
形力の行使をしたなどといった違法行為があった旨主張し，甲第４０号証に
は，上記④に沿った内容がある。しかし，前記前提事実(4)及び弁論の全趣
旨によれば，仙台国税局職員は，原告に対し，Ｐ１社の決算書等の提示を求
めたが，原告がその一部についてしか応じなかったことから，繰り返し質問
等をせざるを得なかったものであること，仙台国税局職員の調査は，原告が
上記提示の求めの一部についてしか応じなかったことから，独立企業間価格
の算定のための調査及び検討に手間取り，その結果長期間を要したものであ
ることを認めることができ，また，仙台国税局職員が原告代表者らに対し原
告の取引先に反面調査等をする際には原告代表者らの了解を得る旨約束した
こと，Ｐ１５調査官が原告代表者に対し違法な有形力の行使をしたことは，
本件全証拠によってもこれを認めるに足りない。そうすると，仙台国税局職
員が，同じことを何度も繰り返して質問したこと，長期間にわたり調査をし
たこと，原告代表者らの了解を得ずに反面調査等を行ったことにつき，それ
らを違法ということはできないし（そもそも，納税者の了解を得なければそ
の取引先に対する反面調査等を行うことができないものではない。），Ｐ１
５調査官が原告代表者に対し違法な有形力の行使をしたということもできな
いのであり，上記の点をもって本件各更正処分が取り消されるべき手続上の
違法を含むということはできない。
６本件各更正処分等の適法性について
以上によれば，本件各事業年度の原告の所得に関し，本件取引の独立企業間
価格として山形税務署長が推定した金額は適法なものであり，また，本件各更
正処分等に至る手続についても違法な点はない。そうすると，原告の本件各事
業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額の計算は，別紙８のとおり
である（原告は，本件取引に係る独立企業間価格以外の点の所得金額等及び税
額の計算について特に争っていない。）。また，原告は，本件各事業年度の法
人税につき，納付すべき金額を過少に申告していたものであり，納付すべき金
額を過少に申告していたことについて，国税通則法６５条４項に規定する正当
な理由は認められないから，原告に課されるべき過少申告加算税の額の計算は
別紙９のとおりである（原告は，本件取引に係る独立企業間価格に関連する部
分を除き，過少申告加算税の額の計算について特に争っていない。）。これら
によれば，原告の本件各事業年度に係る納付すべき税額は，いずれも当該事業
年度の本件各更正処分に係る納付すべき税額と同額であるから，本件各更正処
分は適法である。また，原告に課されるべき本件各事業年度の法人税に係る過
少申告加算税の額は，いずれも本件各賦課決定処分における過少申告加算税の
額と同額であるから，本件各賦課決定処分は適法である。
第４結論
よって，原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，訴訟費用の
負担について，行政事件訴訟法７条，民訴法６１条を適用して，主文のとおり判
決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官川神裕
裁判官内野俊夫
裁判官須賀康太郎は，異動のため署名押印することができない。
裁判長裁判官川神裕
（別紙２）
関係法令の定め
１租特法６６条の４
(1)法人が，昭和６１年４月１日以後に開始する各事業年度において，当該法
人に係る国外関連者（外国法人で，当該法人との間にいずれか一方の法人が他
方の法人の発行済株式の総数又は出資金額（当該他方の法人が有する自己の株
式又は出資を除く。）の１００の５０以上の株式の数又は出資の金額を直接又
は間接に保有する関係その他の政令で定める特殊の関係（後記(2)において
「特殊の関係」という。）のあるものをいう。以下同じ。）との間で資産の販
売，資産の購入，役務の提供その他の取引を行った場合に，当該取引（当該国
外関連者が法人税法１４１条１号から３号までに掲げる外国法人のいずれに該
当するかに応じ，当該国外関連者のこれらの号に掲げる国内源泉所得に係る取
引のうち政令で定めるものを除く。以下「国外関連取引」という。）につき，
当該法人が当該国外関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格に満た
ないとき，又は当該法人が当該国外関連者に支払う対価の額が独立企業間価格
を超えるときは，当該法人の当該事業年度の所得及び解散（合併による解散を
除く。以下同じ。）による清算所得（清算所得に対する法人税を課される法人
の清算中の事業年度の所得及び同法１０３条１項２号の規定により解散による
清算所得とみなされる金額を含む。後記(3)において同じ。）に係る同法その
他法人税に関する法令の規定の適用については，当該国外関連取引は，独立企
業間価格で行われたものとみなす（１項）。
(2)上記(1)に規定する独立企業間価格とは，国外関連取引が次のア及びイに掲
げる取引のいずれに該当するかに応じア及びイに定める方法により算定した金
額をいう（２項）。
ア棚卸資産の販売又は購入次に掲げる方法（(エ)に掲げる方法は，(ア)か
ら(ウ)までに掲げる方法を用いることができない場合に限り，用いることが
できる。）（１号）
(ア)独立価格比準法（特殊の関係にない売手と買手が，国外関連取引に係
る棚卸資産と同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階，取引数量そ
の他が同様の状況の下で売買した取引の対価の額（当該同種の棚卸資産を
当該国外関連取引と取引段階，取引数量その他に差異のある状況の下で売
買した取引がある場合において，その差異により生ずる対価の額の差を調
整できるときは，その調整を行った後の対価の額を含む。）に相当する金
額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）（同号イ）
(イ)再販売価格基準法（国外関連取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係
にない者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額（以下「再販売価格」
という。）から通常の利潤の額（当該再販売価格に政令で定める通常の利
益率を乗じて計算した金額をいう。）を控除して計算した金額をもって当
該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）（同号ロ）
(ウ)原価基準法（国外関連取引に係る棚卸資産の売手の購入，製造その他
の行為による取得の原価の額に通常の利潤の額（当該原価の額に政令で定
める通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。）を加算して計算した金
額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）（同号ハ）
(エ)(ア)から(ウ)までに掲げる方法に準ずる方法その他政令で定める方法
（同号ニ）
イアに掲げる取引以外の取引次に掲げる方法（(イ)に掲げる方法は，(ア)
に掲げる方法を用いることができない場合に限り，用いることができる。）
（２号）
(ア)上記ア(ア)から(ウ)までに掲げる方法と同等の方法（同号イ）
(イ)上記ア(エ)に掲げる方法と同等の方法（同号ロ）
(3)国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当
該職員が，法人にその各事業年度における国外関連取引に係る上記(1)に規定
する独立企業間価格を算定するために必要と認められる帳簿書類（その作成に
代えて電磁的記録（電子的方式，磁気的方式その他の人の知覚によっては認識
することができない方式で作られる記録であって，電子計算機による情報処理
の用に供されるものをいう。）の作成がされている場合における当該電磁的記
録を含む。後記(4)，(5)において同じ。）又はその写しの提示又は提出を求め
た場合において，当該法人がこれらを遅滞なく提示し，又は提出しなかったと
きは，税務署長は，当該法人の当該国外関連取引に係る事業と同種の事業を営
む法人で事業規模その他の事業の内容が類似するものの当該事業に係る売上総
利益率又はこれに準ずる割合として政令で定める割合を基礎として上記(2)ア
(イ)若しくは(ウ)に掲げる方法又は上記(2)イ(ア)に掲げるこれらの方法と同
等の方法により算定した金額を当該独立企業間価格と推定して，当該法人の当
該事業年度の所得の金額若しくは欠損金額又は解散による清算所得の金額につ
き法人税法２条４３号に規定する更正又は同条４４号に規定する決定をするこ
とができる（７項）。
(4)国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当
該職員は，法人と当該法人に係る国外関連者との間の取引に関する調査につい
て必要があるときは，当該法人に対し，当該国外関連者が保存する帳簿書類又
はその写しの提示又は提出を求めることができる。この場合において，当該法
人は，当該提示又は提出を求められたときは，当該帳簿書類又はその写しの入
手に努めなければならない（８項）。
(5)国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当
該職員は，法人が上記(3)に規定する帳簿書類又はその写しを遅滞なく提示し，
又は提出しなかった場合において，当該法人の各事業年度における国外関連取
引に係る上記(1)に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるとき
は，その必要と認められる範囲内において，当該法人の当該国外関連取引に係
る事業と同種の事業を営む者に質問し，又は当該事業に関する帳簿書類を検査
することができる（９項）。
(6)上記(5)の規定による質問又は検査の権限は，犯罪捜査のために認められた
ものと解してはならない（１０項）。
(7)国税庁，国税局又は税務署の当該職員は，上記(5)の規定による質問又は検
査をする場合には，その身分を示す証明書を携帯し，関係人の請求があったと
きは，これを提示しなければならない（１１項）。
２租特令３９条の１２
(1)前記１(1)に規定する政令で定める特殊の関係は，次に掲げる関係とする
（１項）。
ア（略）（１号）
イ二の法人が同一の者（当該者が個人である場合には，当該個人及びこれと
法人税法２条１０号に規定する政令で定める特殊の関係のある個人）によっ
てそれぞれその発行済株式等の１００分の５０以上の株式の数又は出資の金
額を直接又は間接に保有される関係（上記アに掲げる関係に該当するものを
除く。）（２号）
ウ（略）（３号）
(2)前記１(2)ア(イ)に規定する政令で定める通常の利益率は，国外関連取引に
係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を，特殊の関係（前記１(1)に規定す
る特殊の関係をいう。）にない者（以下「非関連者」という。）から購入した
者（以下「再販売者」という。）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に
対して販売した取引（以下(2)において「比較対象取引」という。）に係る当
該再販売者の売上総利益の額（当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による
収入金額の合計額から当該比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計額を
控除した金額をいう。）の当該収入金額の合計額に対する割合とする。ただし，
比較対象取引と当該国外関連取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を非関
連者に対して販売した取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場
合には，その差異により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合と
する（６項）。
(3)前記１(2)ア(ウ)に規定する政令で定める通常の利益率は，国外関連取引に
係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を，購入（非関連者からの購入に限
る。），製造その他の行為により取得した者（以下(3)において「販売者」と
いう。）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以
下(3)において「比較対象取引」という。）に係る当該販売者の売上総利益の
額（当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額から当該
比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計額を控除した金額をいう。）の
当該原価の額の合計額に対する割合とする。ただし，比較対象取引と当該国外
関連取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には，その差異
により生ずる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合とする（７項）。
(4)前記１(3)に規定する売上総利益率又はこれに準ずる割合として政令で定め
る割合は，前記１(3)に規定する同種の事業を営む法人で事業規模その他の事
業の内容が類似するものの前記１(3)の国外関連取引が行われた日を含む事業
年度又はこれに準ずる期間内の当該事業に係る売上総利益の額（当該事業年度
又はこれに準ずる期間内の棚卸資産の販売による収入金額の合計額（当該事業
が棚卸資産の販売に係る事業以外の事業である場合には，当該事業に係る収入
金額の合計額。以下(4)において「総収入金額」という。）から当該棚卸資産
の原価の額の合計額（当該事業が棚卸資産の販売に係る事業以外の事業である
場合には，これに準ずる原価の額又は費用の額の合計額。以下(4)において
「総原価の額」という。）を控除した金額をいう。）の総収入金額又は総原価
の額に対する割合とする（１１項）。
（別紙８）
原告の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額の計算
１平成１１年１２月期
(1)所得金額３８８３万４３３３円
上記金額は，次のアの金額に同イの金額を加算した金額である。
ア更正処分前の所得金額２１８５万７６２０円
上記金額は，本件各更正処分のうち平成１１年１２月期に係るもの（以下，
「本件平成１１年１２月期更正処分」といい，他の事業年度についても同様
にいう。）前の所得金額であり，平成１１年１２月期前回更正処分における
所得金額と同額である。
イ国外関連者への所得移転額１６９７万６７１３円
原告が平成１１年１２月期において原告の国外関連者であるＰ１社との間
で行った棚卸資産の購入は租特法６６条の４第１項に規定する国外関連取引
に該当するところ，上記金額は，原告から独立企業間価格を算定するために
必要と認められる帳簿書類等が遅滞なく提示又は提出されなかったことから，
山形税務署長が同条７項の規定に基づいて推定した独立企業間価格１７３２
万９１３７円と，当該国外関連取引について原告が支払った対価の額３４３
０万５８５０円との差額であり，同条１項により所得金額に加算すべき金額
である。
(2)所得金額に対する法人税額１２６３万７７３０円
上記金額は，上記(1)の所得金額３８８３万４０００円（ただし，国税
通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後の
もの。以下同じ。）のうち，８００万円については，法人税法（平成１８
年法律第１０号による改正前のもの。以下，特に断らない限り同じ。）６
６条２項の規定により１００分の２５の税率を，残額の３０８３万４００
０円については，同条１項の規定により１００分の３４．５の税率を，そ
れぞれ乗じて計算した各金額の合計額である。
(3)課税留保金額に対する税額３万４９００円
上記金額は，法人税法６７条の規定に基づき，以下のとおり算出した金額で
ある。
ア当期留保金額１５３４万９４４０円
上記金額は，法人税法６７条（平成１４年法律第７９号による改正前のも
の）２項の規定により，平成１１年１２月期に係る所得金額（上記(1)の所
得金額）のうち留保した金額３０５９万３４９２円から，上記(2)の法人税
額１２６３万７７３０円から下記(4)の控除所得税額９６８８円を控除した
金額１２６２万８０４２円と，上記(2)の法人税額に法人税法施行令１４０
条（平成１４年政令第１０４号による改正前のもの）に規定する１００分の
２０．７を乗じて算出した金額２６１万６０１０円の合計額を控除した後の
金額である。
イ留保控除額１５００万円
上記金額は，法人税法６７条３項の規定により算出した留保控除額であり，
同項２号の適用による金額である。
ウ課税留保金額３４万９０００円
上記金額は，上記アの金額から同イの金額を控除した後の金額（ただし，
国税通則法１１８条１項の規定に準じて１０００円未満の端数を切り捨てた
後のもの。以下同じ。）である。
エ課税留保金額に対する税額３万４９００円
上記金額は，上記ウの課税留保金額に対する税額であり，法人税法６７条
１項の規定により，当該課税留保金額３４万９０００円に１００分の１０を
乗じて計算した金額である。
(4)控除対象所得税額９６８８円
上記金額は，法人税法６８条１項（平成１５年法律第８号による改正前のも
の。以下同じ。）の規定に基づき法人税額から控除される所得税の額であり，
平成１１年１２月期確定申告書に記載された金額と同額である。
(5)納付すべき法人税額１２６６万２９００円
上記金額は，上記(2)の金額に上記(3)の金額を加算し，上記(4)の金額を控
除した金額（ただし，国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端
数を切り捨てた後のもの）である。
２平成１２年１２月期
(1)所得金額３億４４７９万０５６１円
上記金額は，次のアの金額に同イの金額を加算し，同ウの金額を減算した金
額である。
ア申告所得金額５６９７万５６５５円
上記金額は，平成１２年１２月期修正申告書に記載された所得金額と同額
である。
イ国外関連者への所得移転額２億８９４４万４５０６円
上記金額は，前記１(1)イと同様に，原告が平成１２年１２月期において
国外関連者であるＰ１社との間で行った棚卸資産の購入（国外関連取引）に
ついて，山形税務署長が租特法６６条の４第７項の規定に基づいて推定した
独立企業間価格２億１２９１万４３３４円と，当該国外関連取引について原
告が支払った対価の額５億０２３５万８８４０円との差額であり，同条１項
により所得金額に加算すべき金額である。
ウ損金の額に算入される事業税相当額１６２万９６００円
上記金額は，本件平成１１年１２月期更正処分に伴い納付することとなっ
た事業税相当額である。
(2)所得金額に対する法人税額１億０２７９万７０００円
上記金額は，上記(1)の所得金額３億４４７９万円のうち，８００万円につ
いては，法人税法６６条２項，並びに経済社会の変化等に対応して早急に講
ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１１年法律第８
号。平成１８年法律第１０号により廃止。以下「負担軽減法」という。）１
６条１項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの。以下４までにおい
て同じ）の規定により１００分の２２の税率を，残額の３億３６７９万円に
ついては，法人税法６６条１項及び負担軽減法１６条１項の規定により１０
０分の３０の税率を，それぞれ乗じて計算した各金額の合計額である。
(3)控除対象所得税額１１万９２３８円
上記金額は，法人税法６８条１項の規定に基づき法人税額から控除される所
得税額であり，平成１２年１２月期確定申告書に記載された金額と同額である。
(4)納付すべき法人税額１億０２６７万７７００円
上記金額は，上記(2)の金額から上記(3)の金額を控除した金額（ただし，国
税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のも
の）である。
３平成１３年１２月期
(1)所得金額１億８９２０万５０３８円
上記金額は，次のアの金額に同イの金額を加算し，同ウの金額を減算した金
額である。
ア申告所得金額２３８８万５５９２円
上記金額は，平成１３年１２月期修正申告書に記載された所得金額と同額
である。
イ国外関連者への所得移転額１億９２９４万９５４６円
上記金額は，前記１(1)イと同様に，原告が平成１３年１２月期において
国外関連者であるＰ１社との間で行った棚卸資産の購入（国外関連取引）に
ついて，山形税務署長が租特法６６条の４第７項の規定に基づいて推定した
独立企業間価格１億０８７１万５５７４円と，当該国外関連取引について原
告が支払った対価の額３億０１６６万５１２０円との差額であり，同条１項
により所得金額に加算すべき金額である。
ウ損金の額に算入される事業税相当額２７６３万０１００円
上記金額は，本件平成１２年１２月期更正処分に伴い納付することとなっ
た事業税相当額である。
(2)所得金額に対する法人税額５６１２万１５００円
上記金額は，上記(1)の所得金額１億８９２０万５０００円のうち，８００
万円については法人税法第６６条２項及び負担軽減法１６条１項の規定により
１００分の２２の税率を，残額の１億８１２０万５０００円については，法人
税法６６条１項及び負担軽減法１６条１項の規定により１００分の３０の税率
を，それぞれ乗じて計算した各金額の合計額である。
(3)控除対象所得税額５万８５７５円
上記金額は，法人税法６８条１項の規定に基づき法人税額から控除される所
得税額であり，平成１３年１２月期確定申告書に記載されていた金額と同額で
ある。
(4)納付すべき法人税額５６０６万２９００円
上記金額は，上記(2)の金額から上記(3)の金額を控除した金額（ただし，国
税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のも
の）である。
４平成１４年１２月期
(1)所得金額３１５７万２７７０円
上記金額は，次のアの金額に同イの金額を加算し，同ウの金額を減算した金
額である。
ア申告所得金額（欠損金額）△１０６万７４４５円
上記金額は，平成１４年１２月期確定申告書に記載された所得金額（欠損
金額）と同額である。
イ国外関連者への所得移転額４８５１万０８１５円
上記金額は，前記１(1)イと同様に，原告が平成１４年１２月期において
国外関連者であるＰ１社との間で行った棚卸資産の購入（国外関連取引）に
ついて，山形税務署長が租特法６６条の４第７項の規定に基づいて推定した
独立企業間価格６６０１万４１８５円と，当該国外関連取引について原告が
支払った対価の額１億１４５２万５０００円との差額であり，同条１項によ
り所得金額に加算すべき金額である。
ウ損金の額に算入される事業税相当額１５８７万０６００円
上記金額は，本件平成１３年１２月期更正処分に伴い納付することとなっ
た事業税相当額である。
(2)所得金額に対する法人税額８８３万１６００円
上記金額は，上記(1)の所得金額３１５７万２０００円のうち，８００万円
については，法人税法第６６条２項及び負担軽減法１６条１項の規定により１
００分の２２の税率を，残額の２３５７万２０００円については，法人税法６
６条１項及び負担軽減法１６条１項の規定により１００分の３０の税率を，そ
れぞれ乗じて計算した各金額の合計額である。
(3)控除対象所得税額６万５３２０円
上記金額は，法人税法６８条１項の規定に基づき法人税額から控除される所
得税額であり，平成１４年１２月期確定申告書に記載された金額（所得税額等
の還付金額）と同額である。
(4)納付すべき法人税額８７６万６２００円
上記金額は，上記(2)の金額から上記(3)の金額を控除した金額（ただし，国
税通則法第１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のも
の）である。
５平成１５年１２月期
(1)所得金額１億１８９７万７９５２円
上記金額は，次のアの金額に同イの金額を加算し，同ウの金額を減算した金
額である。
ア申告所得金額（欠損金額）△２６１９万５３９１円
上記金額は，平成１５年１２月期確定申告書に記載された所得金額（欠損
金額）と同額である。
イ国外関連者への所得移転額１億４８０３万０７４３円
上記金額は，前記１(1)イと同様に，原告が平成１５年１２月期において
国外関連者であるＰ１社との間で行った棚卸資産の購入（国外関連取引）に
ついて，山形税務署長が租特法６６条の４第７項の規定に基づいて推定した
独立企業間価格１億１５２４万３２５７円と，当該国外関連取引について原
告が支払った対価の額２億６３２７万４０００円との差額であり，同条１項
により所得金額に加算すべき金額である。
ウ損金の額に算入される事業税相当額２８５万７４００円
上記金額は，本件平成１４年１２月期更正処分に伴い納付することとなっ
た事業税相当額である。
(2)所得金額に対する法人税額３５０５万３１００円
上記金額は，上記(1)の所得金額１億１８９７万７０００円のうち，８００
万円については，法人税法第６６条２項及び負担軽減法１６条１項の規定によ
り１００分の２２の税率を，残額の１億１０９７万７０００円については，法
人税法６６条１項及び負担軽減法１６条１項の規定により１００分の３０の税
率を，それぞれ乗じて計算した各金額の合計額である。
(3)控除対象所得税額３万６１８７円
上記金額は，法人税法６８条１項の規定に基づき法人税額から控除される所
得税額であり，平成１５年１２月期確定申告書に記載された金額（所得税額等
の還付金額）と同額である。
(4)納付すべき法人税額３５０１万６９００円
上記金額は，上記(2)の金額から上記(3)の金額を控除した金額（ただし，国
税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のも
の）である。
（別紙９）
原告に課されるべき過少申告加算税の額の計算
１平成１１年１２月期４３万６０００円
上記金額は，本件平成１１年１２月期更正処分により新たに納付すべきことと
なる法人税額５１５万０２００円（別紙３）から，平成１１年１２月期前回更正
処分により減少した税額７８万０９００円（同別紙）を控除（当該税額について
は，過少申告加算税の計算上，その対象となる金額から控除される（国税通則法
６５条４項））した残額（ただし，同法１１８条３項により１万円未満の端数を
切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合（同法６５条１項）を乗じて計算
した金額である。
２平成１２年１２月期１２２９万６０００円
上記金額は，本件平成１２年１２月期更正処分により新たに納付すべきことと
なる法人税額８６３１万円（ただし，国税通則法１１８条３項により１万円未満
の端数を切り捨てた後のもの。別紙４）に１００分の１０の割合（同法６５条１
項）を乗じて計算した金額（８６３万１０００円）と，当該新たに納付すべきこ
ととなった法人税額８６３１万３２００円のうち期限内申告税額１３０１万１１
３８円を超える金額である７３３０万円（ただし，同法１１８条３項により１万
円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合（同法６５条２項）
を乗じた金額（３６６万５０００円）との合計額である。
３平成１３年１２月期７２１万９５００円
上記金額は，本件平成１３年１２月期更正処分により新たに納付すべきことと
なる法人税額４９５９万円（ただし，国税通則法１１８条３項により１万円未満
の端数を切り捨てた後のもの。別紙５）に１００分の１０の割合（同法６５条１
項）を乗じて計算した金額（４９５万９０００円）と，当該新たに納付すべきこ
ととなった法人税額４９５９万６０００円のうち期限内申告税額４３８万４０７
５円を超える金額である４５２１万円（ただし，同法１１８条３項により１万円
未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合（同法６５条２項）を
乗じた金額（２２６万０５００円）との合計額である。
４平成１４年１２月期１２９万９５００円
上記金額は，本件平成１４年１２月期更正処分により新たに納付すべきことと
なる法人税額８８３万円（ただし，国税通則法１１８条３項により１万円未満の
端数を切り捨てた後のもの。別紙６）に１００分の１０の割合（同法６５条１
項）を乗じて計算した金額（８８万３０００円）と，当該新たに納付すべきこと
となった法人税額８８３万１５００円のうち５０万円を超える金額である８３３
万円（ただし，同法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のも
の）に１００分の５の割合（同法６５条２項）を乗じた金額（４１万６５００
円）との合計額である。
５平成１５年１２月期５２３万２５００円
上記金額は，本件平成１５年１２月期更正処分により新たに納付すべきことと
なる法人税額３５０５万円（ただし，国税通則法１１８条３項により１万円未満
の端数を切り捨てた後のもの。別紙７）に１００分の１０の割合を乗じて計算し
た金額（３５０万５０００円）と，当該新たに納付すべきこととなった法人税額
３５０５万３０００円のうち５０万円を超える金額である３４５５万円（ただし，
同法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の
５の割合（同法６５条２項）を乗じた金額（１７２万７５００円）との合計額で
ある。
（別紙１０）
争点に関する当事者の主張
１争点(1)（原告は，独立企業間価格を算定するために必要と認められる帳簿書
類又はその写しを遅滞なく提示又は提出しなかったといえるかどうか（租特法６
６条の４第７項の適用の可否））について
(1)被告
ア山形税務署職員及び仙台国税局職員は，原告に対し，本件取引の取引価格
の算定根拠を明らかにする資料や国外関連者（Ｐ１社）の財務諸表のほか同
社の業務内容を明らかにする資料など，本件取引の独立企業間価格を算定す
るために必要と認められる資料を提示又は提出するよう口頭又は文書により
要請したが，原告は，それらの資料を提示又は提出しなかった。よって，本
件においては，租特法６６条の４第７項の推定課税の要件を充足する。
イ租特法６６条の４第７項の文理及び同項の趣旨や我が国の移転価格税制が
申告調整型の制度であることからして，同項にいう「帳簿書類又はその写
し」とは，当該法人が現に保有するものに限定されるものでないことは明ら
かである。原告は，原告が租特法６６条の４第８項の努力義務を尽くしてい
るから，同条７項の適用の前提を欠く旨主張するが，同項は，同条８項の努
力義務の履行の有無を要件としていない。
なお，香港の会社法によれば，原告の代表者及び親族が株主となっている
Ｐ１社の財務諸表を原告が入手できなかったとの主張はにわかに信じ難い。
Ｐ１社は，その設立経緯，事業内容，役員構成等からして，形式的にも実質
的にも原告の支配下にあったことが優に推認され，その支配関係を通じてＰ
１社がその財務諸表等を提出することにつき原告は客観的に期待することが
できる地位にあった。また，従来Ｐ３社と直接行っていた取引について，Ｐ
１社を新たに介在させるに当たり，原告においても，Ｐ３社中国工場との取
引に要した人件費や物件費等を把握しており，これに基づき本件取引の取引
価格を算定したはずであるから，価格算定資料を作成していない旨の原告の
主張は信用できない。
ウ原告が独立企業間価格に基づく取引として指摘するＰ６とＰ７社との間の
取引は，後記のとおり，本件取引に係る比較対象取引としての類似性（比較
可能性）を有するとは認められず，これによって本件取引の独立企業間価格
を算定することはできない。我が国が採用する移転価格税制が申告調整型の
制度であることからすれば，税務職員が提示又は提出を求める独立企業間価
格を算定するために必要な帳簿書類とは，当該法人が申告した独立企業間価
格が，当該法人が自ら選択した算定方法に基づいた適正な独立企業間価格で
あることを検証するに足りる資料全てをいうと解されるところ，原告は，上
記Ｐ６とＰ７社との間の取引に関して，独立価格比準法による独立企業間価
格の算定に必要な資料である「法人が採用した比較対象取引の選定過程を記
載した書類等」（平成１３年６月１日付け査調７－１，官際３－１，官協１
－１６，課法６－７国税庁長官から国税局長沖縄国税事務所長宛て「移転価
格事務運営要領の制定について（事務運営指針）」（以下「移転価格事務運
営要領」という。）２－４(2)イ）や「法人が独立企業間価格算定の際に作
成した書類等」（同ハ）を提示又は提出しておらず，原告が提出した上記比
較対象取引に関する資料は，独立価格比準法による独立企業間価格の算定に
も不十分なものである。なお，原告は，Ｐ７社に質問検査権を行使すれば再
販売価格基準法と原価基準法とを併用する方法により独立企業間価格の算定
が可能であったと主張するが，租特法６６条の４第７項の規定から明らかな
ように，同項の推定課税を行うためには，質問検査権の行使による独立企業
間価格の算定可能性の検証の必要はない。山形税務署長は，上記方法の適用
も検討したが，原告の非協力により当該方法を適用することができなかった。
エ本件各更正処分等の通知書には，租特法６６条の４第２項各号に定める方
法のいずれの方法によっても独立企業間価格を算定するに足りる資料の提示
又は提出がなかったことが記載されており，法人税法１３０条２項により求
められる理由の付記として十分な記載がある。
(2)原告
ア原告は，仙台国税局の職員により提示又は提出を求められた帳簿書類のう
ち，原告が保有するものはすべて提示又は提出しているから，本件取引につ
いて租特法６６条の４第７項を適用することはできない。具体的には，原告
は，本件取引に関して，見積書，発注書，請求書及び契約書並びに仕入先元
帳を提出し，本件取引に関する書類はこれで全てである。さらに，原告は，
「香港取引の経緯について」と題する書面（乙１７）を提出し，本件取引の
相手方をＰ１社に変更しなければならなかった必要性や本件取引においてＰ
１社が負っているリスク及び本件取引の価格の妥当性等について説明するな
ど必要な書類を提出した。
イ租特法６６条の４第８項後段の入手義務が努力義務にとどまることからす
れば，同条第７項により提示又は提出が求められる帳簿書類は当該法人が現
に保有しているものに限られる。原告は，Ｐ１社に対し，財務諸表等の提出
を要請したものの同社が応じなかったことからすれば，原告は帳簿書類の入
手についての努力義務を果たしており，租特法６６条の４第７項の適用の前
提を欠く。Ｐ１社の株主は設立当初よりＰ１７のみであり，経営も同人によ
って行われていたので，同人の協力を得ない限り，Ｐ１社の財務諸表を入手
することはできなかった。移転価格税制が申告調整型の制度であることを根
拠に，納税者に責任を転嫁することは不当である。
仮に，国外関連者の保存する資料がこれに含まれるとしても，それは，国
外関連者が法人格否認の法理により法人格を否認されるような場合に限られ
るべきである。
ウまた，原告は，独立企業間価格の算定に必要なＰ６とＰ７社との間の取引
に関する資料を提出している。後記のとおり，山形税務署長はこれによって
独立価格比準法による独立企業間価格の算定をすることができたはずである。
仮に，独立価格比準法の適用が認められないとしても，Ｐ７社を比較対象企
業として，再販売価格基準法と原価基準法の併用（いわゆる基本三法に準ず
る方法）により独立企業間価格を算定することが可能であったから，やはり
推定課税の必要性を欠く。すなわち，原告は，○及び○について，Ｐ１社か
らＤＣモーターを仕入れコインホッパーに必要な他の部品を他社から仕入れ
て組立てを行い，Ｐ５社に販売する。他方，Ｐ７社は，○について，Ｐ６か
らＤＣモーターを仕入れコインホッパーに必要な他の部品を他社から仕入れ
て組立てを行い，Ｐ３２社にホッパーとして販売する。したがって，山形税
務署長が質問検査権を行使して，原告の製作するコインホッパーに必要な他
の部品の原価とコインホッパーの組立てを行うＰ７社の通常の利潤の額が分
かれば，原告のＰ５社へのコインホッパーの販売価格から上記他の部品の原
価とＰ７社における通常の利潤の額を控除して，本件取引におけるＤＣモー
ターの独立企業間価格を算定することができる。
Ｐ１社の財務諸表及び本件取引の算定根拠資料は，原告が主張していたＰ
６とＰ７社との間の取引を比較対象取引として独立価格比準法を適用して独
立企業間価格を算定する際に必要な書類ではなく，それらの不提出を理由に
推定課税をすることは許されない。移転価格事務運営要領の書類の例示は不
明確であり，これを根拠に書類の提出を求めることは租税法律主義に反する。
納税者が算定した独立企業間価格が提示されている場合，それが納税者に
おいて収集可能な財務データを基礎として合理的に算定されている限り，最
終的に合理的な独立企業間価格として承認されるかどうかは別としても，少
なくとも租特法６６条の４第７項の要件には当たらないと解すべきである。
納税者が自己の独立企業間価格の算定に用いた書類等を提示したとしても，
その用いたデータが不適当と認められるときは独立企業間価格の算定に必要
と認められる書類を提示したことにはならないとの被告の主張は，課税当局
の権限を余りに広く認めるもので不合理である。
エ本件各更正処分等の通知書には，具体的にどの書類を原告が提示又は提出
しなかったかが示されておらず，推定課税における重要な課税要件である不
提示又は不提出の具体的な内容を看取することができないので，同通知書に
は理由付記不備の違法がある。
２争点(2)（山形税務署長が推定した独立企業間価格は適法なものかどうか（租
特法６６条の４第７項所定の算定方法の要件を満たすかどうか））について
(1)被告
ア租特法６６条の４第７項の推定課税の制度は，(ア)移転価格税制が，海
外に所在する関連企業との取引について，多様な要因により決定される取引
価格の妥当性を問題とする制度であり，問題となる取引価格の決定過程や他
の通常の取引価格に関する情報について，納税者側から資料提供という形で
協力が行われることが極めて重要であること，(イ)仮に，納税者からこの
ような協力が行われない場合に課税当局が何らの手だてもなくこれを放置せ
ざるを得ないことになれば，移転価格税制の適正公平な執行を担保し難いこ
とといった理由から設けられたものであり，推定課税の規定は，納税者側か
らの資料提供という協力を担保するために設けられたものであって，我が国
の申告調整型の移転価格税制の適正公平な執行を担保する上で重要な意味を
有するものであるといえる。
そうすると，推定課税が適法といえるためには，①推定に係る独立企業
間価格が再販売価格基準法若しくは原価基準法又はこれらと同等の方法によ
り算定されていること，②当該算定が，他の法人（以下「同種事業類似法
人」という。）の，当該国外関連取引が行われた日を含む事業年度又はこれ
に準ずる期間内の当該同種事業類似法人の事業に係る売上総利益の額（当該
事業年度等の当該事業に係る収入金額の合計額から総原価の額を控除した金
額）の総収入金額又は総原価の額に対する割合を基礎としていること，③
上記②の同種事業類似法人が，当該国外関連取引に係る事業と同種の事業を
営み，事業規模その他の事業の内容が類似する法人であることの要件が必要
である。
イ同種事業類似法人の抽出方法について
(ア)ａ山形税務署長は，租特法６６条の４第７項及び租特令３９条の１２
第１１項により，Ｐ１社の同種事業類似法人の「本件取引が行われた日
を含む事業年度又はこれに準ずる期間内の当該事業に係る売上総利益の
額の総原価の額に対する割合」（以下「本件対原価利益率」という。）
を基礎として，原価基準法により算定した金額を独立企業間価格と推定
した。その経緯は，以下のとおりである。
ｂ仙台国税局職員は，「２００３年版小型モータ需給動向－調査報告
書」（以下「小型モータ需給動向報告書」という。）に基づき，次のい
ずれかに該当する者を抽出する作業を行い，その中から既に本件取引の
比較対象となる取引を行う法人に当たらないことが判明していた２法人
を除外し，その結果３６法人を抽出した。なお，小型モータ需給動向報
告書は信頼性のあるものである。
⒜パチスロ機のメダル払出用ホッパーに一般的に使用されているパワ
ーモーターを取り扱う者で，かつ，海外生産のある者
⒝パチンコやパチスロの駆動部に使用されるステッピングモーターを
取り扱う者で，かつ，海外生産のある者
⒞パチンコ・パチスロ機用ステッピングモーターの製造メーカーとし
て把握されている者
⒟上記⒜ないし⒞のほかに海外でパワーモーター又はステッピングモ
ーターを生産していると見込まれる者
ｃ仙台国税局職員は，本件モーターが中国で製造されていることから，
上記ａで抽出された３６法人のうち，中国で製造されたモーターを輸入
し，又は，アミューズ用モーターの取扱いのある１７法人を抽出した。
ｄ仙台国税局職員は，上記ｃで抽出した１７法人につき，書面により照
会をし，また，必要に応じて臨場による調査を実施した。
ｅ仙台国税局職員は，以下のとおり，上記ｄの調査を基に独立企業間価
格の算定を試みたが，独立企業間価格を算定することはできなかった。
⒜租特法６６条の４第２項１号イに規定する独立価格比準法の適用に
ついて，非関連者取引としては取引段階の異なる取引しか把握できず，
Ｐ１社と当該製造業者の機能の差異による調整に必要な資料も提出さ
れなかったため，独立企業間価格を算定できなかった。
⒝同号ロによる再販売価格基準法については，原告は，本件モーター
をそのまま販売する取引と本件モーターに減速機を取り付けて販売す
る取引をしているところ，後者の取引について非関連者から仕入れを
行っている取引が把握されなかったため，これを用いることはできな
かった。
⒞同号ハによる原価基準法については，本件取引に類似する可能性の
ある非関連者取引は把握できなかったため，これを用いることはでき
なかった。
⒟同号ニの政令で定める方法である利益分割法については，本件取引
に係る所得を原告及びＰ１社のそれぞれ支出した費用額，使用した固
定資産の価額その他当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足り
る要因に応じて分割して本件取引に係る独立企業間価格を算定するこ
とになるところ，原告からＰ１社の財務情報が提示又は提出されなか
ったため，これを用いることができなかった。
ｆ仙台国税局職員は，租特法６６条の４第７項に定める方法により独立
企業間価格の推定を試みることにした。推定課税において独立企業間価
格と推定される金額を算定する方法については，租特法６６条の４第７
項及び租特令３９条の１２第１１項に規定する原価基準法及び再販売価
格基準法のいずれに準拠する方法も可能であるところ，仙台国税局職員
は，Ｐ２０及びＰ２１といった公開データにおける企業情報を基に，同
種事業類似法人の抽出を試みたが，取扱製品や事業規模等の事業内容が
大きく異なる法人しか把握できなかった。そこで，調査の過程において，
①Ｐ１社における本件取引に係る本件モーターのＰ３社からの取得価
額を把握していたこと，②上記ｄの調査において，日本法人と香港法
人との間の小型モーターの売買取引を把握していたこと，③本件取引
に係る事業について，香港に所在する法人で同種の事業を営み，事業内
容が類似する法人の情報を把握することが可能であると予想されたこと
から，Ｐ１社の本件モーターの取得価額に関連者間取引から算定される
通常の利潤の額を加算することにより本件取引に係る独立企業間価格を
推定することの適否を検討することとした。
ｇ仙台国税局職員は上記ｃの１７法人から，香港に所在する法人と取引
を行う国内の製造メーカー１１法人を抽出し，書面照会及び必要に応じ
て臨場による調査を行った。これら１１法人の香港の取引先法人はいず
れも当該国内の製造メーカーの子会社であったが，これは，結果的にそ
のような法人が抽出されたのであり，山形税務署長において意図的に子
会社を選定しようとしたものではない。むしろ，国内法人の子会社でな
い法人の場合，必要な情報を入手する方法は容易には想定し難く，その
ような法人を選定することは困難であった。また，山形税務署長は，Ｐ
１社の設立経緯は，原告が，仕入先であるＰ３社の工場の中国移転に伴
い，香港に関連法人を設立して，それまで原告が行っていた購買業務を
移転したのと同じ状況であると判断し，そのような状況からすれば，把
握された香港の子会社の中にこそ，本件取引に係る事業と事業の同種性
及び事業内容の類似性の要件を満たす法人が存在する蓋然性が高いと見
込まれる事情も存在した。
ｈ仙台国税局職員は，上記ｇの１１法人から，①中国にモーターの委
託製造工場を持ち，香港の子会社の財務諸表に中国の委託製造工場の製
造原価が含まれており，香港での卸売事業に係る損益のみを抽出するこ
とができなかった子会社，②小型モーター以外の付加価値の高い電子
機器用部品等の卸売を営んでいる子会社，③小型モーターその他の製
造事業を行う子会社については，粗利益率レベルでかなりの差を生じさ
せる相違があると認められたことから，これらを除外することとし，残
る５法人を抽出した。
ｉ仙台国税局職員は，上記ｈの５法人のうち売上高が１００億円を超え
る年度がある２法人については，粗利益率に一定の影響を与える可能性
を否定しきれないと判断して除外することとし，最終的に３法人（以下
「本件類似３法人」といい，本件類似３法人に属する３社をそれぞれ
「ａ社」，「ｂ社」，「ｃ社」という。）を抽出した。
ｊそして，本件類似３法人とＰ１社とを比較したところ，後記カのとお
り，①従業員数が大きく異ならないこと，重要な無形資産を保有して
いないこと，②一般の卸売業と異なり限定的な業務のみ行っているこ
と（Ｐ１社については，事業を開始する時点で，仕入先をＰ３社，販売
先を原告とする取引の枠組みが決まっており，原告とＰ３社との間に立
って輸出手続及び香港の乙仲業者の手配等のごく単純で限定的な業務を
行うのみであること。）において類似していた。Ｐ１社が原告主張のよ
うな機能を有していたとはいえない。
ｋそして，各事業年度におけるこれらの同種事業類似法人の売上総利益
率の平均値である平均売上総利益率から本件対原価利益率を算出し，Ｐ
１社の本件モーターの取得原価の額に本件対原価利益率を乗じて算出し
た金額を当該取得原価の額に加えて独立企業間価格を推定し，それを基
に国外関連者への所得移転額を算出した。
(イ)原告が被告の主張に変遷があると主張する点のうち，選定過程の説明
については，訴訟の進行に応じて選定過程等をより詳細に主張していく
必要性が高まったことからより詳細に説明したにすぎないか，明らかな
誤記を訂正したものにすぎない。また，同種事業類似法人の事業内容及
び取扱製品については，守秘義務の関係から，その都度主張立証の必要
性に応じて次第に詳細に主張していったにすぎない。
原告は，卸売業については商品の販売先が重要であるから，上海や台
湾から日本向けにモーター等の卸売業を行っている非関連者間取引企業
を選定する方が類似性の点で優れていると主張するが，市場の状況につ
いては，事業活動を行う国又は地域の比較が重要であるから，非関連者
取引を行う法人を選定できないからといって，他の国又は地域に選定の
範囲を広げて同種事業類似法人を抽出する必要はない。
原告は，原告の同種事業類似法人の選定作業を行うべきであった旨主
張する。山形税務署長は，原告の同種事業類似法人を選定することも検
討したが，本件取引の一部について，原告の再販売先が関連者であるた
め再販売価格基準法を準用して独立企業間価格を算定することができず，
断念したものであり，原告の主張は失当である。
ウ関連者取引を主として行っている企業を同種事業類似法人として選定する
ことができるかどうか
(ア)租特法６６条の４第７項は，同条１項によって取引金額とみなされる
独立企業間価格を直接算定する方法を定めた規定ではなく，納税者側の資
料提供についての協力を担保し，移転価格税制の適正・公平な執行をする
ために設けられた規定であり，所定の要件の下で，所定の算定方法によっ
て，独立企業間価格を推定して課税することを認めた規定であるから，独
立企業間価格の算定方法について考慮される独立企業原則と直接の関係は
ない。また上記の趣旨からすれば，比較可能性のある資料として関連者間
取引の資料しか得られない場合に推定課税の方法を採り得なくなるのは相
当ではないし，そもそも，関連者間取引を用いて独立企業間価格を推定す
ることは調査対象法人にとって特に不利になるとは考えられない。
(イ)租特法６６条の４第２項１号ハ及び租特令３９条の１２第７項の規定
の文言と租特法６６条の４第７項及び租特令３９条の１２第１１項の文言
を比較すれば，租特法６６条の４第７項の文言上，推定課税の際の比較対
象取引は非関連者取引に限定されていないというべきである。また，同項
は同条２項１号ハの「通常の利益率」を準用しているわけではない。
なお，平成１６年政令第１０５号による改正後の租税特別措置法施行令
３９条の１２第６項及び７項の規定によれば，同条８項２号及び３号の規
定が比較対象取引を非関連者取引に限定していることは明らかであるから，
同項２号及び３号の規定が比較対象取引を非関連者取引に限定しているこ
とを明記していないとした上で，それにもかかわらず非関連者取引である
ことが前提となっている旨の原告の主張は失当である。租税特別措置法
（法人税関係）通達６６の４（以下「本件租特法通達」という。）(2)－
３にいう「比較対象取引」とは，本件租特法通達(2)－１において定義さ
れているように，租特法６６条の４第２項及び平成１６年政令第１０５号
による改正後の租税特別措置法施行令３９条の１２第８項に規定する独立
企業間価格の各算定方法に応じた各比較対象取引のみを意味するのであり，
推定課税における比較対象取引がこれに含まれないことは明らかである。
また本件租特法通達(4)－４及び(4)－５に定められている利益分割法は，
基本三法及び基本三法に準ずる方法の使用が困難な場合に適用されるもの
で，その方法からしても，独立企業原則とは若干離れた方法であるが，上
記通達の趣旨は国外関連取引を通じて関連者内に生じた合算利益について
①比較利益分割法及び②残余利益分割法が我が国の移転価格税制上認めら
れるかどうかについて必ずしも明確でなかったことから，一定の要件の下
でこれらの算定方法を利用できることを明らかにしたものであり，利益分
割法一般において，非関連者間取引以外の取引を用いてはならないという
ことを意味するものではない。
(ウ)租税条約上定められている独立企業原則は，独立企業間価格の算定方
式以外の国内法には直接の関係がなく，推定課税を定めた租特法６６条の
４第７項の規定を解釈する際に独立企業原則を考慮する必要はない。
ＯＥＣＤの移転価格ガイドライン（以下「ＯＥＣＤガイドライン」とい
う。）も，申告調整型の移転価格税制の適正公平な執行を担保するために
設けられた我が国の租特法６６条の４第７項のような執行上の担保措置の
規定について独立企業原則が考慮されるべきである旨の規定を設けている
わけではない。
推定課税は法人税法１３１条及び所得税法１５６条等の推計課税と本質
的に異なり，推計課税の議論を推定課税の適法性の判断に用いることはで
きない。推定課税においては，推計課税の合理性のような要件を観念する
余地はなく，またその必要もない。
エいわゆるシークレットコンパラブルを利用して推定を行ったことについて
租特法６６条の４第９項は，移転価格税制の執行に不可欠な比較対象企業
からの情報収集に法的根拠を与えるために定められた規定であるが，同項の
規定に基づく質問・検査権限の行使により得られた資料情報には，法人税の
調査対象法人とは関係のない第三者の営業上の秘密に関する事項が当然に含
まれているため，税務職員は当該事項について守秘義務を負い，これが解除
されるなどしない限り，当該事項を開示することはできない。法は，同項に
規定する質問・検査権限を行使して入手した，守秘義務を負う資料情報を用
いて，同条７項の推定課税により更正をすることを当然に予定しているから，
課税庁が，同条９項所定の要件を満たす場合に，同項に規定する質問・検査
権限を行使して収集した非公開情報を用いて更正を行うことは適法である。
これを非難する原告の主張は立法政策の当否を述べるものにすぎない。この
ようにして収集された資料情報によって得られる独立企業間価格は国外関連
者が合理的な経済人として行動すれば到達するであろう結果と一致するはず
であり，租特法６６条の４第７項が定める要件の下で，調査担当者が同業の
事業を営む第三者に対する調査権を行使して得られた資料情報に基づいて移
転価格課税を行うことは合理性を有する。
さらに，租特法６６条の４第７項によって算定された価格が同項の要件を
満たす適法なものであることは課税庁に主張立証責任があり，同項によって
算定された価格は推定にすぎず納税者の反証を許すことからすれば，納税者
の反論が事実上不可能になるとか，適正手続を害するとかいうことはできな
い。
なお，課税庁では，非公開情報を知ることができない納税者に対して可能
な限りの配慮を行っている。
また，本件各更正処分等の通知書に記載された理由は，法人税法１３０条
２項により求められる理由の付記の程度として十分であるから，納税者が更
正に係る通知書に記載された事実を確認することができないからといって，
本件各更正処分等が理由付記を欠くものであるとはいえない。
オ同種事業類似法人の同種性類似性の判断基準
推定課税の制度の趣旨が上記アのとおりであることからすれば，租特法６
６条の４第７項は，推定規定の発動要件を充足した場合に，税務署長に対し，
その入手した資料その他の個別具体的な事情に即して，社会通念上「同種の
事業を営む法人で事業規模その他の事業の内容が類似する」と認められるも
のを選定し，推定課税を行う権限を付与したものと解される。そうすると，
推定課税においては，租特法６６条の４第２項各号において比較対象取引を
選定する場合のような厳密な同種性や類似性が求められているものではない。
仮にこのような厳密な同種性や類似性が必要であると解すると，納税者か
ら十分な協力を得られない上，特に国外関連者に関しては十分な資料を入手
することができるとは限らない立場にある税務署長において，同種事業類似
法人に該当する法人を発見，選定することが不可能又は著しく困難となるこ
ともあり得る。そのような事態は，法が税務署長に推定課税を行う権限を与
えた趣旨を没却するものであり，ひいては，多国籍企業グループを構成する
特殊関係企業間の取引を通じた所得の海外移転を防止し，適正な国際課税を
実現しようとする移転価格税制の趣旨をも没却することになりかねない。他
方で，推定課税に上記のような厳密な同種性や類似性は求められないと解し
たとしても，納税者は，租特法６６条の４第２項各号に定める方法によって
算定した独立企業間価格を再抗弁として主張立証して，推定課税の効果を覆
すことができる。そもそも国外関連取引を行う法人は，その国外関連取引の
対価が独立企業間価格と異なる場合には，独立企業間価格で申告する義務を
負っていることからして，納税者に上記の主張立証を要求しても困難を強い
るものではなく，納税者にとって酷なものとはいえない。
したがって，事業の同種性及び事業内容の類似性の要件該当性は，処分当
時において税務署長が把握していた，あるいは容易に把握し得た具体的事情
を基礎として，選定過程の相当性も踏まえて，社会通念に従って判断すべき
ものであり，その際に，社会通念上有意とはいえない差異をとらえて事業の
同種性ないし事業内容の類似性を否定することは，上記の推定課税の趣旨目
的に反するというべきである。
そして，被告は，事業の同種性及び事業内容の類似性について，処分当時
に税務署長が把握し又は容易に把握し得た具体的事情のうち，事業の同種性
及び事業内容の類似性を基礎付ける事実を主張立証することを要し，原告は，
粗利益率レベルでかなりの差を生じさせる事情があれば，事業が同種である
こと，事業内容が類似していることの評価を妨げる事情として主張立証すべ
きである。
なお，原告は，粗利益率レベルでかなりの差が生じないことを基礎付ける
事実を被告が主張立証すべきであると主張するが，差が生じないことを立証
を求めるのは被告に不可能を強いるものであるから，上記主張は失当である。
カ同種事業類似法人の同種性類似性の判断要素
(ア)同種性類似性を認めるにつき，積極的に働く要素
ａＰ１社と本件類似３法人の業種について
Ｐ１社は，本件モーターを仕入れて，加工しないままこれを原告に再
販売する卸売業を営み，本件類似３法人は，いずれも小型モーター等を
仕入れて，加工しないままこれを電子機器等製造会社等（ａ社，ｃ社の
場合）又は日本の親会社（ｂ社の場合）に再販売する卸売業を営んでい
る。Ｐ１社と本件類似３法人は，いずれも棚卸資産である小型モーター
等を仕入れ，加工することなく再販売する卸売業を営んでいることから，
業種が同一である。
ｂＰ１社と本件類似３法人の取扱製品について
Ｐ１社の取扱製品は小型モーター（ＤＣモーター）であり，ａ社及び
ｃ社が主力とする取扱製品は小型モーター（ステッピングモーター），
ｂ社が主力とする取扱製品は小型モーター（ＤＣモーター）である。卸
売業における事業の同種性をみるに当たっては，対象資産と同種の資産
の卸売業者といえるかどうかが重要であるところ，Ｐ１社が取り扱う本
件モーターと本件類似３法人が取扱製品の主力としている小型モーター
は，いずれも電子機器等の部品に用いられる汎用性のある中間製品であ
り，特殊な加工が施されたものでもなく，性状，構造，機能等の物理
的・化学的な面において，一定程度の類似性を有する資産であるから，
本件類似３法人はＰ１社と同様の資産を取り扱うものである。ステッピ
ングモーターはＤＣモーターと同様に安価で汎用性のある小型モーター
である。なお，本件類似３法人は，いずれも汎用性のある小型モーター
を取扱製品の主力としており，他に電子部品等の取扱いがあっても，粗
利益率レベルでかなりの差を生ずることが見込まれるとはいえない。
ｃＰ１社と本件類似３法人の事業規模について
Ｐ１社は，売上高１億円ないし５億円程度（年換算額）と推定され，
従業員数名程度の規模の法人である。ａ社は，売上高については，多い
事業年度で５０億円を超え６０億円以下，少ない事業年度で３０億円を
超え４０億円以下，従業員１０人を超え２０人以下の規模の法人である。
ｂ社は，いずれの事業年度においても売上高１０億円以下，従業員１０
人以下の規模の法人である。ｃ社は，売上高については，多い事業年度
で１０億円を超え２０億円以下，少ない事業年度で１０億円以下，従業
員１０人以下の規模の法人である。電気機械器具卸売業で本件類似３法
人と同じ程度に販売管理費比率が低い法人の売上規模別平均粗利益率に
よれば，限定的な業務しか行わないＰ１社について，ａ社程度までの規
模の差であれば，粗利益率レベルでかなりの差を生ずることが見込まれ
るとはいえない。
(イ)同種性類似性を認めるにつき，消極的に働く要素についての原告の主
張に対する反論
ａＰ１社と本件類似３法人が行う機能及び負うリスクについて
Ｐ１社は，典型的な卸売業を営む法人と異なり，限定的な業務を行う
法人である。本件類似３法人は，典型的な卸売業を営む法人と異なり，
中核的な業務をごくわずかしか行わない（ａ社）又は全く行わず（ｂ社，
ｃ社），限定的な業務のみを行う法人である。Ｐ１社及び本件類似３法
人は，いずれも事業活動において果たす機能や負担するリスクに大きな
相違はないから，粗利益率レベルでかなりの差が見込まれるような相違
はない。仮に，Ｐ１社が原告の主張する機能を果たし，リスクを負担し
ているとしても，山形税務署長は，原告の非協力により，その裏付けと
なる事実を確認することができなかったのであるから，原告の主張する
事実を同種性類似性を認めるに当たり消極的に働く事情として考慮すべ
きではない。
ｂＰ１社と本件類似３法人の取引段階について
Ｐ１社は，Ｐ３社の中国における委託加工先から製品を引き取り，原
告に納品している。本件類似３法人は，いずれも小型モーター製造会社
から製品を引き取り，電子機器等製造会社等に納品している。Ｐ１社と
本件類似３法人は，いずれも引き取った製品を顧客に納品するという取
引段階の業務を行っており，粗利益率にかなりの差を生ずるような相違
はない。小型モーターの卸売業において，取引段階の相違により，必然
的に粗利益率レベルにかなりの差を生ずることが見込まれるとは解され
ない。
ｃＰ１社と本件類似３法人が扱う製品の用途について
汎用性のある中間製品である小型モーターの卸売業において，用途の
相違により，粗利益率レベルにかなりの差を生ずることが見込まれると
はいえない。
ｄＰ１社と本件類似３法人が扱う製品の市場の地理的条件について
Ｐ１社及び本件類似３法人のように，専ら通関及び配送等に係る手配
業務等を行っている法人においては，そのような業務を行う場所が事業
活動を行う場所であり，Ｐ１社及び本件類似３法人が事業活動（販売活
動）を行っている国又は地域は，いずれも香港である。したがって，粗
利益率レベルでかなりの差を生ずることが見込まれるような相違はない。
また，汎用性のある中間製品である小型モーターの卸売業において，製
品の販売先の地理的条件の相違により，必然的に粗利益率レベルでかな
りの差を生ずることが見込まれるとはいえない。
ｅＰ１社と本件類似３法人が扱う製品の風俗営業等の規制及び業務の適
正化等に関する法律（以下「風営法」という。）による規制の影響につ
いて
財団法人Ｐ３１協会（以下「Ｐ３１」という。）の型式試験は，遊技
機の認定及び型式の検定等に関する規則の規格に適合するかどうかを判
断するものである。Ｐ３１の型式試験は，部品（小型モーター）の価格
や数量を一定の水準又は範囲に収まるように規制するものではなく，政
府が部品業者に対して及ぼす経済政策に関連する規制ではないから，粗
利益率レベルに影響を及ぼすことが裏付けられているものではない。Ｐ
１社のように，単にパチスロ機に組み込まれる部品を調達するだけの業
務内容では，Ｐ３１の型式試験の存在がその粗利益率レベルに大きな影
響を与えることはない。
ｆＰ１社と本件類似３法人が扱う製品の市場の寡占性等の影響について
パチスロ機の部品供給業者においては，新規参入の余地はあり，市場
の閉鎖性や寡占性は認められない。また，原告やＰ３社が取引価格を値
下げしていることからして，パチスロ機の部品供給業者が常に高い利益
率の獲得が保障された取引を行っているとも推認できないから，原告の
主張する事情が粗利益率レベルに大きな影響を与えているとは解されな
い。汎用性のある中間製品である小型モーターの卸売業において，最終
製品の市場の閉鎖性，市場の寡占性及び市場の競争性の相違により，必
然的に粗利益率レベルにかなりの差を生ずることが見込まれるとは解さ
れない。
ｇＰ１社と本件類似３法人が行う取引の会計処理及び契約条件について
原告の後記(2)カ(イ)ｇの主張は何ら具体的な相違の指摘がなく，い
かなる点で粗利益率にかなりの差が生ずる可能性があるのか明らかでは
ない。
ｈ本件類似３法人が行っている取引が主として関連者取引であることに
ついて
上記ウのとおり，非関連者と取引を行う法人であることが同種事業類
似法人の要件ではない。
また，本件類似３法人が行う関連者取引においては，本件類似３法人
の業務内容に相当する利益が得られるような価格設定になっており，取
引価格がゆがめられていたとはいえない。電気機械器具を取り扱う卸売
業者で本件類似３法人と同じ程度に販売管理費比率が低い法人（非関連
者取引のみを行う法人を含む。）の粗利益率レベルは，本件類似３法人
の粗利益率レベルと近似していたから，本件類似３法人の売上総利益率
を基礎として独立企業間価格を推定しても，不合理であるとはいえない。
原告は，関連者取引であるかどうかが粗利益率レベルでかなりの差を生
じさせるような相違であるかどうかについて具体的な主張立証をしてい
るとはいえない。なお，租特法６６条の４第７項の事業規模その他の事
業の内容とは，事業の規模や具体的な業態に関する事情を意味するので
あり，国外関連者との取引の有無やその割合は事業の内容とは無関係で
ある。さらに，上記イのとおり，山形税務署長は，一般に移転価格税制
を適用する場合に要求される手順に従って本件類似３法人を選定してお
り，その過程に照らしても，恣意的に関連者取引を選んだなど適法性を
疑わせる点はない。
(2)原告
ア我が国の移転価格税制は，国外関連取引と同様な取引が比較可能な状況下
において独立企業間で行われたとした場合に成立する取引価格を意味する独
立企業間価格を根幹とする。そして，この独立企業間価格を算定するための
基本原則が独立企業原則（独立当事者間基準）であるから，独立企業間価格
の算定は独立企業原則と密接不可分の関係に立つ。したがって，独立企業間
価格を合理的に推定するための方法である推定課税が適法か違法かを判断す
る際においても，我が国移転価格税制の根幹を成す独立企業原則及び同原則
を適用する上での核心である比較可能性分析に基づいてこれを行う必要があ
る。
イ関連者取引を主として行っている企業を同種事業類似法人とすることがで
きるかどうか
(ア)ＯＥＣＤガイドラインによれば，独立企業原則を適用し，関連者間の
取引条件を独立企業間の取引条件に引き直す上での最も重要なステップは，
比較可能性のある独立企業間の取引を選定することである。そして，この
比較可能性とは，独立企業間（非関連者間）取引との比較可能性なのであ
るから，比較可能性が緩和されている場合であっても，比較の対象が独立
企業間（非関連者間）取引であるという大前提を崩すことはできない。
租特法６６条の４は，１項及び２項と７項とで全く同じ「独立企業間価
格」という文言を用いており，７項の「独立企業間価格」は，１項及び２
項の「独立企業間価格」，すなわち，独立企業原則に基づいて算定される
特定の独立企業間価格を意味することは明らかである。
独立価格比準法，再販売価格基準法，原価基準法といった各方法に基づ
く独立企業間価格の算定も，推計的な課税であるという性格を内包してい
るので，いずれも推計的課税であるという点で租特法６６条の４第７項に
より独立企業間価格を推定する場合と本質的な差異はなく，程度の差があ
るにすぎない。被告は，同項に規定する推定課税は，納税者側の資料提供
についての協力を担保し，移転価格税制の適正・公平な執行をするために
設けられたものであるから，当該規定を解釈するに当たり，独立企業原則
の趣旨を考慮すべき必要性はない旨主張する。しかし，独立企業間価格の
算定に必要な資料を提出しない場合には推定課税を行うことができるとい
う制度は，納税者側の資料提供についての協力を担保する機能をも有する
としても，一旦推定課税を行うに至った際は，推定課税規定も独立企業間
価格を算定（合理的に推定）するものと位置付けられ，独立企業原則の趣
旨が適用される。したがって，被告の上記主張は，移転価格税制の根幹を
見誤り，推定課税制度を誤解するものである。
本件推定課税に係る規定は，原価基準法の計算方法を準用しているが，
準用によって原価基準法の本質が変更されているわけではなく，移転価格
税制の根幹を成す独立企業原則及び独立企業間価格の考え方は，これらの
条項に取り入れられている。すなわち，租特法６６条の４第７項の規定は，
推定課税の方法を「売上総利益率又はこれに準ずる割合として政令で定め
る割合を基礎とした第２項第１号ロ又はハに掲げる方法」と定め，再販売
価格基準法又は原価基準法を用いることを定めている。そして，これらの
方法においては，通常の利潤の額（租特法６６条の４第２項１号ロ及び
ハ）並びに通常の利益率（租特令３９条の１２第６項及び７項）という文
言を用いることによって，独立企業原則に基づいて比較可能な非関連者間
の独立企業間価格を算定するものであることが明確に規定されている。そ
して，租特法６６条の４第７項１号及び租特令３９条の１２第１１項は，
このような独立企業間の通常の利益率について，取引単位ではなく，事業
単位に基づき算定するとの変更を加えた売上総利益率又はこれに準ずる割
合を基礎とした再販売価格基準法又は原価基準法が推定課税において用い
られることを示すことにその趣旨があるというべきである。
また，本件租特法通達(2)－３は，租特法６６条の４第７項について特
に適用を除外していないので，同項の推定課税についても国外関連取引を
行っている対象企業と非関連者間取引を行っている比準対象の間の類似性
の検討が要請されていると解するのが合理的である。
さらに，法令上，比較可能性又は類似性について全く言及していない利
益分割法（租特法６６条の４第２項１号ニ，租特令３９条の１２第８項）
に属する残余利益分割法の基本的利益算定においてさえ，独立企業原則に
基づく独立企業間価格を算定するという目的上，非関連者間取引において
通常得られる利益を算定するに足りる比較対象取引を選定すべきであると
しているのである（本件租特法通達(4)－５）から，法令上，非関連者間
の通常の利益率に基礎を置く再販売価格基準法又は原価基準法であると明
らかに規定された推定課税においては，なおさら非関連者間取引において
通常得られる利益を合理的に推定するに足りる同種事業類似法人が選定さ
れなければならない。
取引単位営業利益法を定める平成１６年政令第１０５号による改正後の
租税特別措置法施行令３９条の１２第８項２号及び３号には非関連者取引
に限る旨の文言はないが，同号による比較対象取引は非関連者取引による
ものであることは当然の前提とされている（本件租特法通達(2)－１(4)及
び(5)，ＯＥＣＤガイドライン）。利益分割法を定める租税特別措置法６
６条の４第２項１号ニ及び同改正後の租税特別措置法施行令３９条の１２
第８項１号と本件租特法通達(4)－４及び６６の４(4)－５も同様である。
(イ)法律上の推定規定は経験則を法規化したものであるから，租特法６６
条の４第７項についても，同種事業類似法人の選定が同条の規定に従って
適正に行われ，その同種事業類似法人の粗利益率を基礎として算定すれば，
検証対象となる国外関連取引の独立企業間価格を合理的に推定することが
できるという判断が成り立つことが推定規定が適用される前提であり，同
種性及び類似性の解釈においても，経験則が本来想定しているような，独
立企業間価格を合理的に推定することを可能とするような法人，すなわち，
粗利益率レベルで近似する見込みのある法人を選択すべきである。そして，
推定の合理性は，推定課税規定の中に包摂されているというべきである。
推定課税と法人税法１３１条，所得税法１５６条等に基づく推計課税は
同一の構造を有するから，後者における解釈が前者においても参考となる
ところ，推計課税が適法であるためには，推計課税の必要性の要件を満た
し，かつ，その内容が合理的なものでなければならないとされており，推
定課税においても，真実の独立企業間価格と合致する蓋然性又は一応最良
のもので真実の独立企業間価格に近似する蓋然性が存在しなければならな
い。
推定課税は，取引単位ではなく事業単位での比較可能性に基づき算定す
るので，原則的な原価基準法に比べて比較可能性の精度が低くなり，独立
企業間価格を常に算定できるものではない。そして，検証対象法人と同種
事業類似法人との間で粗利益率レベルでかなりの差が生ずると見込まれる
場合には，もはや推定事実である独立企業間価格に合理的に近似できると
いう前提が成り立たなくなるため，推定規定の射程外となる。したがって，
推定規定の適用においては，粗利益率レベルでの近似性の見込みのある同
種事業類似法人を選定しなければならない。
(ウ)このように，本来，推定課税規定においても独立企業原則が当てはま
ることからすれば，推定課税においても非関連者間取引を行う法人を同種
事業類似法人としなければならない。売上又は仕入れの主たる部分が親会
社との取引である法人を同種事業類似法人として選定することは，むしろ
関連者間取引を選定したと評価されるので，独立企業原則の本質に反する。
したがって，本件類似３法人は，推定課税における同種事業類似法人とし
ての適格性を欠くものとして，除外されなければならないのであり，本件
推定課税はこれらを除外していないことからすれば，違法である。
仮に，被告が主張する執行の担保の観点からこのような法人を直ちに除
外しないとしても，同種事業類似法人において関連者間取引を行っている
場合，特に，関連者間取引を主として行っている場合は，当該関連者間取
引の存在が，同種事業類似法人の事業における粗利益率をゆがめていない
ことを検証した上で，比較可能性のある非関連者間取引を行う事業の場合
と比べて粗利益率レベルでかなりの差を生ずると見込まれるものではない
という事実を被告において立証しなければならない。粗利益率レベルでか
なりの差を生じさせるような事実は全て租特法６６条の４第７項の事業の
内容に含まれ，これらが類似していなければ同項による推定をすることは
できない。
なお，被告は，電気機械器具を取り扱う卸売業者のうち，販売管理費比
率２．５０％から５．５０％の範囲に属する３８法人を抽出してその粗利
益率レベルを確認したことを根拠に，本件類似３法人と各親会社との間の
取引価格がゆがめられていないことが推測される旨主張する。しかし，こ
の調査対象には関連者間取引を行う法人が含まれており，そのような法人
において関連者間取引が売上高のどの程度の割合を占めるのか，また，そ
もそも関連者間取引を行う法人が調査対象の法人のうちどの程度の割合を
占めるのかが明らかではなく，さらに，本来の独立企業間価格の算定に求
められるような検証を行っているのではないから，これをもって，独立企
業間価格であることの確認や証明がされたとはいえない。そもそも，被告
の主張は，日本の法人に関するデータに基づく分析によるものであり，香
港法人には当てはまらないから，これをもってＰ１社に当てはめるのは不
適切である。
ウいわゆるシークレットコンパラブルを利用して推定を行ったことについて
被告は，同種事業類似法人（シークレットコンパラブル）についての主張
事実を支持する客観的証拠を裁判において一切提出せず，かつ，原告にも全
く開示していない。このため，原告は，独立企業間価格の基礎となる財務上
の数値並びに事業の同種性及び事業規模その他の事業内容の類似性について，
十分な検討と反論を行うための情報がほとんど与えられておらず，適正な手
続保障を与えられていない。本件では，特に，粗利益率レベルでかなりの差
が生ずると見込まれるかどうかが問題となっており，それを支える具体的な
事実及びその認定を妨げる具体的な事実の認定は非常に重要であるから，そ
れが立証されたといえるためには，それを争う原告に対して具体的な事実が
提示され，原告に十分な反論の機会が与えられなければならない。
本件類似３法人は，いずれもその具体的な事業内容や財務状況が開示され
ていないシークレットコンパラブルであり，原告において，それらの法人が
Ｐ１社と事業内容において類似しているかどうかについて，検証を行うこと
ができない。これは，納税者である原告から防御する機会を奪うもので著し
く不公平である。そもそも，本件類似３法人が実在して，被告主張のような
事業を行っているのかどうかも不明であり，本件類似３法人の財務諸表が客
観的に信頼できるものなのかどうかについても検証する手段が原告には全く
与えられていないから，納税者は，自己の立場を擁護するための機会や，課
税の相当性について公平な司法判断を受ける機会が与えられておらず，予見
可能性を欠く状態に置かれている。調査担当者の陳述書も，実質的には被告
の主張の延長にすぎないのであり，これにより客観的証拠に基づき具体的事
実が提示されたとは到底いえない。
また，これらの３社の原価，売上及び売上総利益等が現地の一般に公正妥
当と認められる会計基準に従って適切に記録されているかどうかを確認する
ことができず，差異調整の必要性が不明である。
さらに，このことからすれば，本件各更正処分等の通知書は，更正の理由
の付記を欠いているというべきである。
エ本件類似３法人の選定過程について
本件類似３法人の選定過程につき，選定基準の合理性の有無のみならず，
現に比較対象とされた法人についての実体的な比較可能性の検討こそが不可
欠である。
仮に，選定過程を示すことにより類似性の立証が可能であるとする被告の
立場に立つとしても，山形税務署長は，本件租特法通達(2)－３記載の要素，
特に，パチスロ業界特有の風営法による規制やそれに伴うリスク等について
認識しながらも，選定過程においては，その点をほとんど無視して本件類似
３法人の選定に至った。このほか，パチスロ部品市場の閉鎖性及び競争状況，
地理的市場，Ｐ１社と本件類似３法人の機能，リスクの差異などの点につい
て十分な検証を行わず，その要素を考慮していない。また，被告は，最初の
段階から関連者取引を行う会社のみを対象として選定したという独立企業原
則に反する誤りを犯し，非関連者間取引を行う同種事業類似法人を選定する
ために適切な努力は行われていないというべきである。また，山形税務署長
が利用した小型モータ需給動向報告書は信頼性を欠く。さらに，同種事業類
似法人の選定過程についての被告の説明においては，粗利益率にかなりの差
が生ずる事業内容の相違，公開財務データの使用，日本標準産業分類の参照，
香港法人と日本法人の取引が関連者取引であるかどうかといった点について
変遷を重ねており，かつ，これらの点に関する客観的な証拠は提出されてい
ないことからすると，山形税務署長が被告の説明どおりの選定を行ったかど
うかは疑わしい。
Ｐ１社の比較対象企業を抽出するのであれば，香港企業のデータベースを
出発点とすべきであったにもかかわらず，日本のモーターメーカーを中心と
する情報を掲載する報告書や我が国の企業財務データベースを利用したのは
相当ではない。また，抽出方法を変えれば，日本向けの非関連者取引を行っ
ている企業を発見できた可能性がある。また，事業の同種性及び事業内容の
類似性は原告の事業ではなく，Ｐ１社の事業に焦点を当てて検討されなけれ
ばならないにもかかわらず，山形税務署長はそのような観点を欠いており，
本件類似３法人の選定に当たっては，本来選定されるべきであった法人（特
に非関連者取引を行う法人）が調査対象から抜け落ちてしまった可能性を否
定できない。さらに，山形税務署長は，原告の比較対象企業を選定して再販
売価格基準法に準拠して推定課税をすることも，Ｐ１社の比較対象企業を選
定して原価基準法に準拠して推定課税をすることも可能であったにもかかわ
らず，それらを怠り，関連者取引を行っている比較対象企業を選定して推定
課税をしたものである。山形税務署長は，Ｐ４社も税務調査の対象としてお
り，Ｐ４社等の原価及び利潤の額を把握できたはずである。
オ同種事業類似法人の同種性類似性の判断基準について
(ア)租特法６６条の４第７項の文言上，事業の同種性に加えて，事業内容
の類似性が別個独立の要件として要求されていることは明らかである。事
業の同種性と同様，事業内容の類似性も，推定課税における課税要件であ
り，被告がそれを根拠付ける評価根拠事実について主張立証責任を負う。
本件について，粗利益率レベルでの近似性を支持する具体的事実について
は被告が主張立証責任を負う。
同種性及び類似性は，いわゆる評価的，規範的構成要件要素であるとこ
ろ，被告は類似という評価をもたらすような具体的事実を評価根拠事実と
して主張しなければならず，そのような事実が主張されなければ，仮に被
告が主張する事実が立証されたとしても類似との評価が認められないので
あるから，主張自体失当となる。
上記イのとおり，推定課税規定の適用においても，独立企業原則が当て
はまると解すべきであるから，独立企業間価格の原則的な算定方法の一つ
である原価基準法の適用において類似性を判断する重要な要素を列挙した
本件租特法通達(2)－３は，当然に，原価基準法を準用している推定課税
規定においても適用されると解すべきである。同通達は，個別取引の類似
性に影響を及ぼす事項を列挙したものではあるが，推定規定の対象となる
事業は個別の取引の集積したものにすぎない以上，これらの事項は，事業
にも同様に影響を及ぼす可能性があると解するのが合理的である。さらに，
租特法６６条の４第７項１号とほぼ同様の文言を定めて事業内容の類似性
を検証する残余利益分割法の基本的利益の算定においても同号及び上記通
達に掲げられた事項と似た事項が類似性の判断において重要と解されてい
る。
本件において，本件租特法通達(2)－３の各要素についての主張立証の
状況をみると，被告の主張する評価根拠事実は，①卸売業を営む法人で
あること，②主力とする取扱製品が小型モーター（ステッピングモータ
ー又はＤＣモーター）であること及び③事業規模の三つにとどまり，こ
れらの事実が立証されたとしても，被告は，本件租特法通達(2)－３の各
要素の検討をほとんど行っておらず，これらの各要素が粗利益率に重大な
影響を及ぼす可能性が否定されていないことからすれば，これらの事実が
認められたとしても，その事実に経験則を適用して，類似との判断には至
らないと解すべきである。特に，同種事業類似法人についてシークレット
コンパラブルしか提示されず，しかも，上記通達の各要素に関する重要な
事実が開示されていない以上，被告が主張立証責任を負う積極的に働く事
実のみをもってしても類似するとの判断に到達するには不十分である。そ
れに加えて，原告が主張する消極的に働く事実は，類似性という判断を強
く否定するものである。これらの立証の状況等によれば，Ｐ１社と本件類
似３法人が類似するとの判断には到底至らない。
(イ)被告は，事業の同種性及び事業内容の類似性の評価の基礎となる事実
は，処分当時に税務署長が把握していた，あるいは容易に把握し得た具体
的事情に限られると主張するが，そのように解釈すべき法令の文言上の根
拠を欠くばかりでなく，行政庁のき束行為に関する裁判所による判断代置
的司法審査及び自由心証主義を損なうものであり，許されない。なお，被
告の主張を前提としても，山形税務署長は，本件各更正処分等当時，パチ
スロ業界の特殊性等を把握しており，この点は，同種性類似性の判断の基
礎となる。
また，独立企業間価格の反証が許されているから推定課税の要件該当性
について緩やかに解してもよいとする法律上の根拠はない。
カ同種事業類似法人の同種性類似性の判断要素について
(ア)同種性類似性を認めるにつき，積極的に働く要素についての被告の主
張に対する反論
ａＰ１社と本件類似３法人の業種について
Ｐ１社は，被告主張のとおりの事業をしているが，Ｐ１社は，後記
(イ)ａ記載の各機能を有し，リスクを負担している。本件類似３法人の
事業については，何ら客観的証拠が提出されておらず，具体的な事業の
内容が不明であるので，同種であることの判断を行うことはできない。
また，被告が主張する「棚卸資産である小型モーター等を仕入れ，加工
することなく再販売する卸売業」というだけでは，事業の範囲が広すぎ，
Ｐ１社と本件類似３法人の事業がいずれもこれに当たるからといって同
種であるとはいえない。
ｂＰ１社と本件類似３法人の取扱製品について
被告は，Ｐ１社が取り扱う本件モーターと本件類似３法人が取り扱う
製品が粗利益率レベルでかなりの差が生ずるとは見込まれないと主張す
るが，モーターは，用途，メーカー系統（韓国系，台湾系など）により
異なっており，ＤＣモーターとステッピングモーターにつき価格に大き
な差がないという被告の主張は全く証拠に基づかないものである。さら
に，Ｐ１社の扱うパチスロ用のＤＣモーターとｂ社の扱うカメラ用モー
ターは，ＤＣモーターであるとしても，物理的，化学的な面（形状，機
構，寸法等）において大きく異なるので，粗利益率レベルでかなりの差
が生ずると見込まれる。ａ社の扱うＯＡ機器用及び車載用モーターやｃ
社の扱うＯＡ機器用モーターについても，ステッピングモーターである
こと以外には，具体的にどのようなモーターであるか特定されていない
が，Ｐ１社が取り扱うＤＣモーターとは，価格に大きな差が認められる
ことに加えて，ａ社及びｃ社が取り扱うモーターは，Ｐ１社が取り扱う
ＤＣモーターと比較して，物理的，化学的な面が異なる。このように，
品目（ＤＣモーターかステッピングモーターか）及び用途（パチスロ機
用かカメラ又はその他の用途か）によって，価格は大きな違いをもたら
す。
本件類似３法人は，いずれも他の製品の再販売も行っている。被告は，
ａ社，ｂ社及びｃ社がいずれも小型モーターを主力としている旨主張し
ているが，何ら具体的な数値を示していない。さらに，本件類似３法人
の取扱製品について，被告の説明は変遷を重ねており，原告には，本件
類似３法人の取扱製品，主力製品が何であるか確かめる方法がない。本
件類似３法人についても，モーター以外の製品の売上，粗利益率の影響
を受けているとすれば，モーターの完成品の販売を行うＰ１社との間で，
粗利益率レベルでの近似性は認められない。
Ｐ１社の取扱製品は，Ｐ３１の型式試験に適合するためのカスタムメ
イドされた製品であり，単なるモーターとは異なる。
これらの点によれば，粗利益率レベルで近似性を認めるには足りない
というべきである。
ｃＰ１社と本件類似３法人の事業規模について
租特法６６条の４第７項が，事業内容の類似性に関し，特に事業規模
を明記してその類似性を要求していることからすれば，類似性の判断に
おいて，事業規模が特に重視されるべきであり，事業規模が類似しない
場合には類似性が否定される趣旨であると解すべきである。また，租税
法律主義（課税要件明確主義）の観点からは，「事業規模」が条文上特
に明記されている以上，他の事業内容の要素とは異なり，売上規模の倍
率等で客観的かつ容易に判断されるべきものと解すべきである。
乙第１２１号証によれば，事業規模は粗利益率に対して重大な影響を
与えるものであり，類似性の判断において極めて重要である。特に，電
気機械器具卸売業における売上規模と粗利益率との間には密接な関係が
あるから，事業規模については，基本的には売上規模をもって判断する
のが合理的である。
Ｐ１社の売上は，本件各事業年度において，２０００万円から２億円
程度であった。Ｐ１社の売上高については，被告は，原告の仕入高（Ｐ
１社の売上高）についての移転価格調整を主張している以上，それによ
るＰ１社の売上高の減少を反映した売上高を基準として判断すべきであ
る。そして，被告は，本件類似３法人の売上高及び従業員数を裏付ける
客観的証拠を一切提出していないが，被告の主張によっても，ａ社及び
ｃ社の売上高とＰ１社の売上高との間には１０倍をはるかに超える差異
があるのであり（事業規模は，各事業年度ごとに評価しなければならず，
被告が売上高に対応する事業年度を明らかにしていない以上，被告が主
張する最も売上高が多い事業年度における売上高とＰ１社の売上高を比
較すべきである。），ａ社及びｃ社とＰ１社との間で事業規模その他の
事業の内容が類似するとは認められない。このことは，被告が類似性の
判断基準とすべきと主張する社会通念に従ったとしても同様である。
なお，被告は，販売管理費比率が低ければ，事業規模が大きく異なる
法人の売上総利益率を使用することも許される旨の主張をするものと解
されるが，このような解釈は，事業規模の類似性という要件について，
法律の文言に表示されていない例外要件を解釈により恣意的に付加する
もので，租税法律主義に反する。
また，被告は，本件類似３法人と同じ程度に販売管理費比率が低い法
人であれば，売上規模が粗利益率に与える影響が限定的なので，ａ社程
度の売上規模であれば，Ｐ１社との比較において粗利益率レベルでかな
りの差を生ずる相違に当たらない旨主張する。しかし，Ｐ１社の販売管
理費比率は約２６％であり，被告が主張する本件類似３法人の販売管理
費比率である２．５０％ないし５．５０％（被告は，本件類似３法人の
販売管理費比率を裏付ける客観的証拠を一切提出していない。）に比べ
て明らかに大きく，Ｐ１社は本件類似３法人と同じ程度に販売管理費比
率が低い法人とはいえない。したがって，仮に，売上規模が異なっても
粗利益率レベルの近似性が失われないとの被告の立場を採用したとして
も，Ｐ１社には該当しない。
(イ)同種性類似性を認めるにつき，消極的に働く要素
ａＰ１社と本件類似３法人が行う機能及び負うリスクについて
⒜本件租特法通達(2)－３は，売手又は買手の果たす機能と売手又は
買手の負担するリスクを類似性の判断要素として挙げている。
機能及びリスクが販売管理費に現れる傾向があることは一般的に認
められている。乙第１２１号証によっても，電気機械器具卸売業にお
いては，販売管理費比率が粗利益率に重大な影響を与えることは明白
である。
本件類似３法人は，販売管理費比率が２．５０％から５．５０％ま
での法人グループ（平均粗利益率５．３７％）に含まれるのに対し，
Ｐ１社の販売管理費比率は，２００１年（平成１３年）ないし２００
３年（平成１５年）の平均で約２６％であるから，Ｐ１社は，同号証
の全１１７２社のグループ（平均粗利益率１９．０３％）に含まれ，
粗利益率レベルで重大な差があることは明白である。さらに，事業規
模も併せて考慮に入れれば，この点は更に顕著である。
なお，Ｐ１７の報酬を，香港における標準的な報酬と置き換えたと
しても，上記の分析に変化はない。また，為替差損の取扱いを論難す
る被告の主張は的はずれであるが，仮に上記の標準報酬額に置き換え
た後の販売管理費から更に為替差損を控除して販売管理費比率を計算
しても，上記の分析に変化はない。
また，被告は，Ｐ１社の上記機能及びリスクを税務調査段階におい
て十分に認識し又は認識することができたので，同種性類似性を認め
るにつき消極的な事情となる。
⒝Ｐ１社は，納期管理，品質管理，新製品開発，仕入先の開拓，販売
先の開拓，在庫管理などの機能を果たしていた。
Ｐ１社は，Ｐ３社中国工場の現地担当者との密接な連絡を通じ，納
期厳守を要求するとともに，同社の具体的な取組を求め，他方で，不
良品については，その原因について同社における製造工程にまでさか
のぼって原因究明を行い，検査表の見直しを提案するなど積極的に品
質管理を図っていた。Ｐ５社の急な発注を受けた原告からの発注に対
応するために，倉庫を保有しないながらも，Ｐ３社中国工場に在庫を
管理させることなどによって，実質的な在庫管理機能を果たしていた。
Ｐ１社は，自らも仕様書の作成に取り組み，他のメーカーと共同し
ての新製品の開発にも取り組んでいた。
また，Ｐ１社は，様々なメーカーの調査，工場監査を行っていた。
なかでも，中国広東省のモーターメーカーであるＰ２７有限公司（以
下「Ｐ２７社」という。）に対して資本参加することを具体的に検討
し，その実現の目前にまで至ったこともあった。
Ｐ１社は，仕入先のみならず，原告以外の販売先の開拓も行ってい
た。さらには，不良品をめぐるトラブルに関し，技術的な問題点の解
明を図るほか，仕入先のモーターメーカーと顧客である原告の間に立
って，独立した立場から解決のための提案を行うなど，品質管理を行
うとともに，取引を仲介する機能を果たしていた。
このような機能は，Ｐ１社が製造現場の近くで指示を出して納期履
行や品質維持，向上を牽制していることにより，初めて可能になるも
のであった。
これらに対し，本件類似３法人は，手続業務や手配業務が中心の限
定的な業務を行うのみであったというのであり，Ｐ１社と本件類似３
法人との間には機能において大きな差異があり，粗利益率レベルでか
なりの差を生ずる。
⒞Ｐ１社は，Ｐ５社の指定した短納期に違反した場合やＰ３１による
部品均一性の厳格な要請に従った規格，品質に違反した場合に負うか
もしれない巨額の賠償責任のリスク並びにパチスロ筐体に対する人気，
不人気及びその大きな変化に伴う発注量の大幅な変動，特に発注量の
大幅な減少に伴う売上及び利益の大幅な減少といったリスクを負担し
ていた。
これに対し，本件類似３法人は，上記のようなリスクを負っていな
かったと合理的に推測されるから，Ｐ１社とは負担するリスクの面で
大きな差異がある。
ｂＰ１社と本件類似３法人の取引段階について
本件租特法通達(2)－３は，取引段階を類似性の判断要素として挙げ
ている。
ａ社及びｃ社はメーカーから数えて二次卸に相当するが，Ｐ１社はメ
ーカーであるＰ３社中国工場からの一次卸であり，相違がある。ｂ社に
ついても，同社の事業内容はモーター部品販売とされており，完成品モ
ーターを取引対象とするＰ１社とは取引段階が異なる。取引段階が異な
れば，粗利益率が異なるから，この相違から，粗利益率レベルでかなり
の差を生ずることが見込まれる。
なお，被告は，従来，「必然的に」粗利益率レベルにかなりの差が生
ずるものではないことを同種性類似性の判断の基準とはしていなかった。
ｃＰ１社と本件類似３法人が扱う製品の用途について
本件租特法通達(2)－３は，棚卸資産の種類を類似性の判断要素とし
ている。これには，棚卸資産の用途も含まれると合理的に推測される。
Ｐ１社が扱うモーターはパチスロ用である。本件類似３法人が扱うモ
ーターは，被告の主張によれば，ＯＡ機器用・車載用（ａ社），カメラ
用（ｂ社）又はＯＡ機器用（ｃ社）である。本件類似３法人の扱うモー
ターの用途とＰ１社の扱うモーターは用途（最終製品市場）が異なる。
例えば，ＯＡ機器やカメラといった用途の違いでも，モーターの価格は
大きく異なっており，そうであるとすれば，それらとは業態が全く異な
るパチスロ業界のパチスロ筐体向け用途のモーターの価格が，更に大き
く異なっていることは合理的に推測される。そして，価格の大きな違い
は，粗利益率の差をもたらす。
ｄＰ１社と本件類似３法人が扱う製品の市場の地理的条件について
本件租特法通達(2)－３は，市場の状況を類似性の判断要素として挙
げる。
本件国外関連取引において，Ｐ１社が原告に本件モーターを販売した
先は日本であるところ，本件類似３法人のうち，ａ社の営む事業は香港
を販売先市場とし，ｃ社の営む事業は東南アジア各国を販売先市場とし
ているから，地理的市場は全く異なる。
被告は，事業活動を行う国又は地域のみを重視すべきであると主張す
るが，市場という場合には販売先市場を問題とすべきであり，このこと
はＯＥＣＤガイドラインの記載等からも明らかである。また，残余利益
分割法の基本的利益の算定においても，類似性の判断において，海外売
上比率が重視されている。
一般的に，販売先市場によって企業の利益率は異なる。また，製品価
格は，当該製品の需給によって定まるところ，本件国外関連取引の対象
製品であるＤＣモーターの需給は地域によって異なり，香港を含めたア
ジアと日本とでは大きく異なっている。現に，地域によって，モーター
の価格は異なっている。
Ｐ１社と本件類似３法人は，いずれも中国における製造業者からモー
ターを購入しており，これらの法人が仕入れるモーターの原価は同等の
水準であると推察されるから，販売先市場の相違による製品価格の相違
は，粗利益率の相違に直結する。したがって，上記のような地理的市場
の差異が粗利益率レベルでかなりの差を生じさせると見込まれる。
なお，被告は，従来，「必然的に」粗利益率レベルにかなりの差が生
ずるものではないことを同種性類似性の判断の基準とはしていなかった。
ｅＰ１社と本件類似３法人が扱う製品の風営法による規制の影響につい
て
本件租特法通達(2)－３は，政府の規制を類似性の判断要素として挙
げる。
この点につき，パチスロ業界においては，風営法により，パチスロ用
モーター取引は，国家公安委員会からの指定を受けたＰ３１の規制対象
となっており，このような規制が参入規制として機能し，パテントプー
ルのように閉鎖的な市場慣行によって寡占性が維持されていることと併
せて，パチスロ業界においては高い利益率が確保されているという状況
にあり，そのような市場の状況に置かれているとはいえない本件類似３
法人とは類似性を欠く。
被告は，Ｐ３１の型式試験が価格や数量を一定の水準又は範囲内に収
まるよう規制するものではないし，経済政策に関連する規制でもないな
どとして，粗利益率に影響を及ぼさない等と主張するが，価格に影響を
及ぼす限り，いかなる政府規制であっても比較可能性の要素となるので
ある。
そして，このような政府規制の影響は，部品業者にまで及んでいる。
最終製品であるパチスロ筐体と，パチスロ筐体を構成する各部品との結
びつきが極めて強いため，たとえ機能，品質が酷似していたとしても，
他のメーカーの類似製品や同一メーカーの類似部品によって代替するこ
とは事実上不可能であり，各部品メーカーは筐体メーカーに密着した製
造，販売活動を行うことになる。したがって，同一機種に関する限り，
新規参入は事実上不可能となっている反面，ある機種について部品を供
給している場合，その機種が製造される限り，他社との競争は存在しな
いことになり，事実上独占的な供給が保障されることになる。このよう
に，Ｐ３１の型式試験制度のため，特定のパチスロ機に使用される部品
は，カスタムメードされた部品となるのであり，パチスロ部品の標準性，
汎用性を指摘する被告の主張は実態を無視する誤ったものである。また，
パチスロ機は，上記Ｐ３１の型式試験の結果によって販売スケジュール
が左右されるため，筐体メーカーは，即時的な対応が可能であり，厳格
な納期及び品質の管理を行うことができ，Ｐ３１の規制を含めた業界事
情を熟知し，臨機応変な対応ができる部品メーカーでなければ通常は取
引を行わない。さらに，本件対象事業年度の当時，筐体メーカーにとっ
ては，部品の確保が最優先事項であり，価格に対する圧力は相対的に高
くなかった。このことは，特に，最大のパチスロ機メーカーであったＰ
５社についてはよく当てはまり，同社と取引を行う部品メーカーも，Ｐ
５社からの納期，品質を厳守すべき旨の要求を果たすため，自己の取引
先である供給業者に対しても購入価格を引き下げるよう要求する圧力は
相対的に低く，供給業者もより多くの利益を上げられる状態にあったと
合理的に推測される。パチスロ筐体メーカーは，Ｐ３１の規制の結果，
型式試験に合格したパチスロ機に組み込まれた部品と同一の部品を納品
することを同一の部品業者に対しても求め，その結果として，部品業者
も，その制度を通過した企業のみが営業活動を行うことができることに
なって，この規制の効果を受けるのであるから，この規制は，部品業者
にとっても参入規制となり，価格に影響を及ぼす。さらに，規制への対
応の困難さも参入障壁を事実上強化するものとして機能していた。
ｆＰ１社と本件類似３法人が扱う製品の市場の寡占性等の影響について
本件租特法通達(2)－３は，市場の状況を類似性の判断要素として挙
げる。
パチスロ業界は，パテントプールにみられるように閉鎖的な体質を有
しており，それが参入障壁となって，高い利益率を維持する背景となっ
ていた。
また，パチンコ，パチスロ用部品については，他の用途向けに比べて
パチンコ，パチスロ用途向けの粗利益率等の利益率が非常に高い。これ
は，パチンコ，パチスロ業界のみに当てはまるＰ３１の規制の存在及び
運用が参入障壁となり，筐体メーカーに寡占体質をもたらして筐体の販
売価格が維持され，その結果，他の業界では考えられないような非常に
高い利益率が確保されていたことによる。これに加えて，筐体メーカー
は，Ｐ３１の規制を熟知した部品メーカーとの取引を望むことから，両
社の関係が密となり，さらに，Ｐ３１の試験完了時期を予測することは
困難であるところ，一旦合格すると人気機種であれば短い納期での大量
発注に応じ，部品のほんのわずかの差も認められないという厳格な規格，
品質基準に応じることができれば，大きな利益を上げることができるも
のの，これらの厳しい要求に応じることができなかったり，該当機種の
人気が急になくなれば発注が突然急減するという，ハイリスク，ハイリ
ターンの業界体質をもたらしていた。そして，パチスロ筐体業者ではな
く，他の部品業者に販売する部品メーカーについても，規制を受け，寡
占的，閉鎖的であってハイリスク，ハイリターンであるというパチスロ
機市場の特質による影響を受けていた。
これに対して，本件類似３法人が属するＯＡ機器用・車載用モーター
市場（ａ社），カメラ用モーター市場（ｂ社），ＯＡ機器用モーター市
場（ｃ社）は，競争的である。
なお，被告は，従来，「必然的に」粗利益率レベルにかなりの差が生
ずるものではないことを同種性類似性の判断の基準とはしていなかった。
ｇＰ１社と本件類似３法人が行う取引の会計処理及び契約条件について
本件租特法通達(2)－３は，類似性判断の重要な要素として，契約条
件を明記している。
被告は，本件類似３法人の契約条件を開示していないので，被告が，
契約条件に実質的に差異がないこと，仮に差異があったとしても粗利益
率レベルで近似性の見込みがあることについて立証しなければならない。
また，被告は，本件類似３法人の財務諸表を開示していないので，被告
が主張する本件類似３法人の粗利益率の算定が正確なものであるかどう
か検証できないし，これらの財務諸表の元になっている数値が信頼でき
るものであるかどうかも不明である。また，Ｐ１社と本件類似３法人と
の間で整合性のある会計処理が行われているかどうかも明らかではない。
ｈ本件類似３法人が行っている取引が主として関連者取引であることに
ついて
本件類似３法人は，主として親会社との間で取引を行っている。その
ため，その取引価格については粗利益率にかなりのゆがみが生じている
可能性は否定できず，また，被告は，取引価格にゆがみが生じていない
ことの検証を行ったともいえないから，Ｐ１社の本来の独立企業間価格
との間の粗利益率レベルの近似性が認められず，類似性は認められない
というべきである。
３争点(3)（原告が提示したＰ６とＰ７社との間の取引は独立企業間価格に基づ
くものといえるかどうか）について
(1)原告
ア原告は，Ｐ１社（売主）と原告（買主）との間の○（○型）取引及び○
（○）取引を検証対象取引とし，Ｐ６とＰ７社との間の○（○型）取引を比
較対象取引とする独立価格比準法による独立企業間価格の算定を再抗弁とし
て主張する。
イ本件取引には，○のモーターに係る転売取引（原告において加工等をせず
そのまま販売するもの）と○及び○のモーターに係る加工販売取引（原告に
おいてモーターを加工し販売するもの）があり，税務調査において調査の中
心とされたのは後者の加工販売取引であるところ，原告は，税務調査の段階
で○のモーターに関し，筐体メーカーに対する直接の販売業者に対する販売
という点で本件取引と取引段階が同一であるＰ６からＰ７社への取引を指摘
し，その取引に関する資料を仙台国税局職員に提出した。
そうすると，上記取引に必要な差異の調整を加えた上で独立価格比準法
（租特法６６条の４第２項１号イ）により独立企業間価格を算出することが
できる。すなわち，○と○のモーターはほとんど同じものであるから，○に
係る本件取引と○に係るＰ６とＰ７社間の取引を比較すると，①製品自体
は，構造，性状及び材質等は物理的にほぼ同一であり，ホッパー用モーター
としての機能の観点からも類似していること（これらのモーターに係る価格
の差は，買主の立場から見た場合に性能，機能差をもたらすものではな
い。），②取引段階もパチスロ完成機メーカーに供給するホッパー用コイ
ン払出枚数を制御するギアモーター（又はこれを含んだホッパー）を製作す
るパチスロ機部品メーカーに対するＤＣモーターの販売取引であり，最終ユ
ーザー（筐体メーカー）からさかのぼった取引段階も同一であること，③
取引数量に大きな差異が認められないこと，④取引時期が重複しているこ
と，⑤取引市場も日本所在の同一の公安規制に服するパチスロ部品メーカ
ー向け販売取引という点において同一であることがいえ，運賃・保険料及び
支払条件の差異についてのみ調整を要する。そして，その調整を行った結果，
本件取引の独立企業間価格は平成１１年度及び平成１２年度について８９５．
４円，平成１３年度において８７９．３円，平成１５年度において８４０．
５円と求められる。
このように独立企業間価格を算定できる以上，推定課税を行う必要はなく，
また，○及び○に係る本件取引における取引価格は，平成１１年度分及び平
成１２年度分については，この独立企業間価格を下回るので租特法６６条の
４の適用はなく，また，平成１３年度分の○取引及び平成１５年度の○取引
については，これらの取引価格は，上記独立企業間価格を上回るが，その価
格を上回る部分以外の部分については，同条の適用はない。
ウ被告は，本件取引とＰ６とＰ７社との間の比較対象取引は取引段階が異な
ると主張するが，本件においては，部品価格に大きな影響を及ぼすパチスロ
業界の特殊事情（Ｐ３１の規制による参入障壁の結果競争が激しくなく，ま
た筐体の販売価格が一定額以上で安定している一方，納期と規格品質同一性
の厳守が求められ，これに適切に対応できるならば大きな利益が得られるも
のの，対応できなければ莫大な金額の損害賠償請求を受けたり発注量が急減
するというリスクも存在すること）が反映されているかどうかが重要であり，
当該特殊事情は完成機メーカーに納入するモーターのユーザーである筐体メ
ーカーの段階で発生するのであるから，筐体メーカーからさかのぼってみた
場合に同じ段階にあるから同じ取引段階にあると考えるのが相当である。取
引段階は，取引の実質に着目して判断されるべきである。被告は，比較対象
取引の上流にＰ１社と原告との取引が存在することから比較対象取引とする
ことができない旨主張するが，上記のとおり，パチスロ部品においては，筐
体メーカーからさかのぼって取引段階を規定するのが相当であり，その上流
にある取引については比較可能性の観点から関係がない。また，被告は，取
引市場が異なると主張するが，本件取引も，Ｐ６とＰ７社との間の比較対象
取引も，日本に所在するパチスロ部品メーカー向けの販売取引であり，日本
という同一の地理的市場において競争しているということからすれば，販売
市場は同一である。さらに，独立価格比準法においては，売主や買主の機能
は重視されていない。Ｐ１社及びＰ６が売主として果たしている機能並びに
原告及びＰ７社が買主として果たしている機能（いずれもモーターの販売業
者から加工を行っていないモーターを購入し，これにギアを付してギアモー
ターに加工の上，筐体メーカーに販売する。）に差はない。
また，○と○及び○が異なるとの被告の主張は正確ではなく，棚卸資産の
同種性は認められる。
被告は，本件取引とＰ６とＰ７社との間の比較対象取引との間の差異が価
格に明らかに影響を及ぼしていることを証明しておらず，比較可能性を否定
するほどの差異があるとはいえない。
エなお，租特法６６条の４第７項の規定を満たさず独立企業間価格が合理的
に推定されない場合に，原告が独立価格比準法を用いて算定した価格が独立
企業間価格である旨の証明ができなくても，その価格が山形税務署長が行っ
た推定課税に基づく価格と比較して独立企業間価格に近いと証明できれば，
独立価格比準法を用いて計算した金額を超える部分については，更正処分は
取り消されるべきである。本件では，推定課税の結果は，関連者取引を主と
する類似性の程度も低い本件類似３法人の粗利益率を使用して算定した結果
は，むしろ，独立企業間価格からかい離していることが合理的に推定される
一方，原告の主張した上記独立価格比準法に基づく価格は，本件推定課税の
基礎となった価格よりも合理性を有する。
(2)被告
ア原告の主張する独立企業間価格の算定方法では，租特法６６条の４第２項
１号イにおいて比較対象取引を選定する場合の厳密な同種性や類似性が求め
られる。原告とＰ１社との間の本件取引は，Ｐ１社がメーカーから仕入れを
行う一次卸売業者であるのに対し，Ｐ６とＰ７社との間の取引においては，
Ｐ６は二次卸売業者である原告から仕入れをする三次卸売業者であって取引
段階が異なるし，比較対象取引の仕入価格に本件各更正処分の対象とされ，
独立企業間価格であることの立証ができていない国外関連取引の取引価格が
含まれている。また，Ｐ１社の原告に対する売上は輸出取引であるのに対し
Ｐ６のＰ７社に対する売上は国内取引であって取引市場も異なるから，原告
の指摘する取引は本件取引の比較対象取引としての類似性を有するとは認め
られず，同様の状況の下で売買した取引とはいえない。取引段階の同一性は
客観的な流通過程から判断するものであって，パチスロ業界特有の事情など
を考慮して判断する合理的理由は全く認められない。Ｐ１社，Ｐ６及びＰ７
社の機能が明らかにされなかったため，機能の差異による調整をすることが
できず，独立価格比準法を適用することができなかった。さらに，○は，○
及び○と仕様が異なり，独立価格比準法の要件である同種の棚卸資産とはい
えない。
イ租特法６６条の４第７項の推定規定が適法に適用されて更正決定が行われ
た場合には，納税者は，自己の主張する価格が法定された方法により計算さ
れた独立企業間価格であることを立証しない限り，当局の算定した価格が独
立企業間価格になるのであり，原告は，本件取引において原告が支払った対
価の額が租特法６６条の４第２項所定の方法により適法に算定された独立企
業間価格を上回らないことを証明しなければ本件各更正処分を覆すことはで
きない。
ウ租特法６６条の４第７項の規定によれば，原告は，同条２項各号に定める
方法によって算定した独立企業間価格を主張立証しなければならない。推定
課税の制度は山形税務署長が推定した独立企業間価格と原告が算定した独立
企業間価格を比較してより合理的な価格を採用するというものではない。
４争点(4)（本件各更正処分等の前提となる調査手続における違法の有無）につ
いて
(1)原告
ア原告がＰ７社に対しパチスロ台用モーターを供給する際の契約条件として，
原告製品の納入先がＰ７社であることを原告の仕入先であるＰ３社に知られ
ないようにすることというものがあったが，本件各更正処分等に先立つ仙台
国税局職員によるＰ３社への税務調査において，同職員は，Ｐ３社に対する
本件質問書に，原告の製品の販売先としてＰ７社及びＰ６の名称を記載し交
付した。この行為は国家公務員法１００条１項の守秘義務に反し，また，法
人税法１６３条に違反する。
被告は，上記事実を否認するが，仙台国税局職員が当初，上記質問状を発
したこと自体を否定していたこと，Ｐ３社に対し，一度渡した本件質問書を
回収しに行っていることからして，上記事実は明らかである。
イ本件各更正処分等に先立ち行われた税務調査において，仙台国税局職員は，
①原告代表者らから意に沿わない回答があると同じことを何度も繰り返し
て質問し，回答を誘導しようとすること，②必要以上に調査を長引かせて
原告代表者らに不当な負担を強いること（税務調査に３年間要している。），
③反面調査等を行う際には原告代表者らの了解を得てから行うという約束
をしたにもかかわらずこれを無視したこと，④平成１６年３月１０日にＰ
１５調査官が原告代表者に対しどう喝行為を繰り返すという違法な有形力の
行使をするなど質問検査権の行使に当たり原告代表者らに対し社会通念上相
当な限度を超える行為が行われた。
ウ以上のように本件各更正処分等に先立つ税務調査においては，重大な違法
があるため，そのような調査結果に基づく本件各更正処分等も違法性を帯び
る。
(2)被告
ア本件の調査担当者は，Ｐ７社の名称が記載された質問状をファクシミリに
よりＰ３社に送信しているが，調査担当者は，当該ファクシミリの送信に先
立つ聴取り調査の際にＰ３社の担当者からＰ７社の名称を用いた説明を受け
ており，Ｐ３社の担当者がＰ７社の名称を発言する前に，調査担当者がＰ３
社に対し，Ｐ７社の名称を発言した事実はない。平成１５年４月１８日の調
査時には，Ｐ１４課長からＰ７社向けのモーターである旨の発言があり，平
成１６年４月２日の確認書にもＰ７社向けモーターという趣旨の記載がある。
また，仙台国税局職員は，本件質問書を回収していない。
イ原告が主張する上記イ①については，仙台国税局職員が資料の提出等を求
めたが，これに対して，原告はほとんど回答せず，わずかにされた回答も不
十分であったため繰り返し質問事項等に対する回答や資料の提出を求めたも
のにすぎない。同②については，仙台国税局職員が調査を実施したが，原告
から必要と認められる資料の提出等がなかったため調査を進展させることが
できず，独立企業間価格算定のための調査又は検討に時間を要したもので，
必要以上に調査を長引かせた事実はない。同③については，仙台国税局職員
が原告代表者に対し同業者や取引先への反面調査の必要性を説明した際に，
原告代表者から「やむを得ないものと思われるが，Ｐ５社への調査はできれ
ば控えてもらいたい」旨の要請に対し，「質問検査権に基づいて行うもので
必要な確認まで控えるわけにはいかないが，確認する場合には相手方に加重
な事務負担を強いることのないよう確認していきたい」旨返答したにとどま
る。そもそも反面調査については，納税者の承諾を得る必要はない。また，
同④についても，Ｐ１５調査官が原告の主張するような違法な有形力の行使
をした事実はない。
ウ仮に，原告が主張するような事実が存在したとしても，そのような事情は
本件の調査手続が重大な違法を帯び，何らの調査なしに処分をしたに等しい
ものとの評価を受けるまでのものではなく，本件各更正処分等の取消原因に
はなり得ない。

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