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主文
１Ａ事件被告徳島県知事Ｐ１がＡ事件及びＢ事件原告に対して平成１６
年６月２８日付けでした，小型機船底びき網漁業の起業認可申請の不認
可処分を取り消す。
２Ａ事件及びＢ事件原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３訴訟費用は，これを１０分し，その９をＡ事件及びＢ事件原告の負担
とし，その余をＡ事件被告徳島県知事Ｐ１の負担とする。
事実及び理由
第１請求
１Ａ事件
(1)Ａ事件被告徳島県知事Ｐ１（以下「被告県知事」という）がＡ事件及。
びＢ事件原告（以下「原告」という）に対して平成１６年６月２８日付け。
でした，小型機船底びき網漁業の許可申請の不許可処分を取り消す。
(2)被告県知事が原告に対して平成１６年６月２８日付けでした，漁船登録
申請の不許可処分を取り消す。
(3)主文１項と同じ。
２Ｂ事件
Ｂ事件被告徳島県（以下「被告県」という）は，原告に対し，３５４４万。
４０９５円及びこれに対する平成１６年９月１６日（Ｂ事件の訴状送達の日の
翌日）から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２事案の概要
本件は，原告が，被告県知事から小型機船底びき網漁業（以下「底びき網漁
業」という）の許可を受けていた者より船舶等を譲り受け，平成１１年に，。
被告県知事に対して底びき網漁業の許可（承継許可）を申請したのに対し，被
告県知事から，上記申請を不許可とする処分を受け，平成１６年にも，上記と
同様の許可，上記船舶の動力漁船登録の許可及び底びき網漁業の起業認可をそ
れぞれ申請したのに対し，被告県知事から，上記各申請をいずれも不許可ない
し不認可とする処分を受けたことについて，平成１１年及び平成１６年の各不
許可等処分が被告県知事における不合理な取扱いの方針等に基づくものである
など，漁業法や規則の解釈や適用を誤ったものであるから，いずれも違法であ
る，などと主張し，平成１６年の上記各不許可等処分をいずれも取り消すよう
求める（Ａ事件）とともに，被告県知事による違法な平成１１年及び平成１６
年の各不許可等処分の結果，上記漁業に従事することができないことなどによ
り損害を被ったと主張し，被告県に対して，国家賠償法１条１項に基づき，損
害（合計３５４４万４０９５円）の賠償を求めた（Ｂ事件）事案である。
１関連法令等
本件に関連する漁業法等の関連法規則等については，別紙１関連法令等記載
。，，。のとおりであるなお関連法規則等の略称については以下のとおりである
農林水産省告示「告示」
徳島県漁業調整規則「県調整規則」
平成１６年５月７日施行の底びき網漁業許可等に伴う取扱方針
「新県取扱方針」
新県取扱方針の施行前の昭和４６年１２月１５日底びき網漁業許可等に伴う
取扱方針「旧県取扱方針」
２争いのない事実等（認定事実については，証拠を掲記する。以下，併合前の
Ａ事件の証拠については，証拠番号の前に「Ａ」を付し，併合前のＢ事件の証
拠については，証拠番号の前に「Ｂ」を付す）。
(1)当事者等
ア原告は，徳島県板野郡αにおいて，同町の漁業協同組合（以下「漁協」
という）であるＰ２漁業協同組合（以下「Ｐ２漁協」という）に所属。。
しないで，漁業に従事している者である（Ａ及びＢの各甲２１及び２２，
原告本人。）
イ被告県は，農林水産部水産課漁業調整室を設置し，漁業法等に基づく底
びき網漁業の許可等に係る事務を担当しており，被告県知事が同許可等の
権限を有している（Ａ乙８。）
(2)船舶の購入等
アＰ３は，被告県知事から，平成１０年６月２９日，その所有する別紙２
先行承継許可申請目録の使用する船舶欄記載の船舶（以下「本件漁船」と
いう）について，有効期間を平成１０年７月１日から平成１３年６月３。
０日までとする底びき網漁業の許可（許可番号×××号。以下「Ｐ３漁業
許可」という）を受けていた（Ａ及びＢの各甲１１の１，３，Ａ乙３の。
１。）
イ原告は，Ｐ３から，平成１１年３月４日，本件漁船を代金３３０万円で
買い受けるとともに，本件漁船に係る権利を取得し，原告がＰ３漁業許可
を承継することの承諾を得た（Ａ及びＢの各甲１１の２，９及び１０。以
下「本件漁船売買契約」という。。）
(3)平成１１年の不許可処分
ア申請
原告は，被告県知事に対し，平成１１年４月１２日付けで，別紙２先行
承継許可申請目録記載のとおり，Ｐ３漁業許可と同じ内容で，底びき網漁
業の承継許可の申請をした（Ａ及びＢの各甲１１の１。以下「本件先行承
継許可申請」という。その際，原告は，被告県知事に対し，β海域の。）
，，底びき網漁業者の団体である徳島県Ｐ４協会の副申書を添付せずその後
原告が漁協の組合員でないために上記副申書を得ることができなかった旨
の同年７月１２日付けの書面（Ａ及びＢの各甲１１の６，Ａ乙３の５）を
提出した。
イ徳島県海区漁業調整委員会（以下「海区委員会」という）の意見。
海区委員会は，同年９月２１日付けで，被告県知事に対し，本件先行承
継許可申請について，現時点では不許可処分が相当であるものの，原告が
所定の手続を行った場合は許可されたい旨の意見を提出した（Ａ及びＢの
各甲１３。）
ウ不許可処分
被告県知事は，原告に対し，同月２９日，県調整規則２３条１項３号に
基づき，本件先行承継許可申請について不許可とした（以下「本件先行不
許可処分」という。。）
エ審査請求
原告は，同年１１月１１日付けで，農林水産大臣に対し，本件先行不許
可処分について審査請求を申し立てた（Ａ及びＢの各甲１７。以下「先行
審査請求」という。同大臣は，同請求について裁決をしなかった。。）
オ訴訟の経過
(ア)原告は，平成１２年８月１０日，本件先行不許可処分の取消しを求
める訴えを徳島地方裁判所に提起した（平成１２年（行ウ）第１７号小
型機船底びき網漁業不許可処分取消請求事件。以下「前訴取消訴訟」と
いう。徳島地方裁判所は，平成１４年３月２９日，本件先行不許可。）
処分が違法であるとして，これを取り消す旨の判決をした（Ａ及びＢの
各甲７，２２。以下「前訴１審判決」という。。）
(イ)被告県知事は，前訴１審判決を不服として，高松高等裁判所に控訴
をした（平成１４年（行コ）第３号。高松高等裁判所は，平成１４年）
９月２７日，Ｐ３漁業許可の有効期間である平成１３年６月３０日が経
過したことにより，前訴取消訴訟に係る訴えが訴えの利益を欠くに至っ
たとして前訴１審判決を取り消し訴えを却下する旨の判決をしたＡ，，（
及びＢの各甲８。以下「前訴控訴審判決」という。。）
(ウ)原告は，前訴控訴審判決を不服として，最高裁判所に上告及び上告
受理の申立てをした（平成１４年（行ツ）第２６０号，同年（行ヒ）第
３０２号。最高裁判所は，平成１５年２月２７日，上告を棄却すると）
ともに，上告審として上告を受理しない旨の決定をした（Ａ及びＢの各
甲９。以下「前訴上告審決定」という。。）
(4)平成１６年の不許可処分
ア申請
(ア)原告は，被告県知事に対し，平成１６年６月４日，別紙３起業認可
申請目録記載のとおり，底びき網漁業の起業の認可の申請をした（以下
「本件起業認可申請」という。。）
(イ)原告は，被告県知事に対し，同月１０日，別紙４承継許可申請目録
記載のとおり，Ｐ３漁業許可と同じ内容で，本件漁船について，底びき
網漁業の承継許可の申請をした（以下「本件承継許可申請」という。。）
(ウ)原告は，被告県知事に対し，同月１１日，別紙５漁船登録申請目録
記載のとおり本件漁船について動力漁船登録の申請をした以下本，，（「
件漁船登録申請」という。。）
イ照会
(ア)被告県知事は，原告に対し，同月１４日付けで，本件承継許可申請
及び本件起業認可申請について，以下のような照会をした（Ａ乙１。）
ａ本件承継許可申請について
(ａ)県調整規則２８条１項による申請であるか否か。
(ｂ)添付書類について，本件先行承継許可申請における添付書類と
同じであるか否か。
ｂ本件起業認可申請について
β海域を操業区域とするものか，γ海域を操業区域とするものか。
(イ)原告は，被告県知事に対し，前記(ア)の照会に対し，以下のような
回答をした（Ａ乙２。）
ａ本件承継許可申請について
(ａ)県調整規則２８条１項による申請である。
(ｂ)本件先行承継許可申請における添付書類と同じである。
ｂ本件起業認可申請について
β海域を操業区域とする。
ウ海区委員会の意見
海区委員会は，同年６月２５日付けで，被告県知事に対し，本件起業認
可申請について，県調整規則２３条１項３号に基づき認可しないものとす
る被告県知事との協議のとおりで異議がない旨の意見を提出した（Ａ及び
Ｂの各乙６。）
エ不許可処分
被告県知事は，原告に対し，同月２８日付けで，本件承継許可申請，本
件漁船登録申請及び本件起業認可申請について，それぞれ，以下のような
理由で，不許可ないし不認可とした（以下，これらの不許可処分又は不認
可処分を併せて「本件各不許可処分」という。本件各不許可処分の通。）
知は，平成１６年７月１日に原告に送達された（弁論の全趣旨。）
(ア)本件起業認可申請についての不認可処分（Ａ及びＢの各甲３。以下
「本件起業不認可処分」という）。
（理由）
底びき網漁業の許可（起業の認可を含む）の取扱いについては，。
新県取扱方針により，漁業調整又は資源保護培養上，原則として，許
可枠のγ海域とβ海域との相互間の移譲を認めないこと（４－３，）
県調整規則８条２項の，知事が定める許可申請の期間の開始日の前日
，，現在において許可又は起業の認可がされていない許可枠については
これを許可しないこと（４－１）とされている。今回，β海域を操業
海域とする許可申請数は，平成１６年５月３１日現在の許可数より１
件多くなったので，申請の優先順位について，現に当該漁業の許可を
受けている者を優先し，県調整規則２３条１項３号に基づき，本件起
業認可申請を認可しない。
(イ)本件承継許可申請についての不許可処分（Ａ及びＢの各甲１。以下
「本件承継不許可処分」という）。
（理由）
県調整規則２８条１項による許可等の特例は，元の許可の有効期間
中に許可の申請をしたことが要件である。元の許可（Ｐ３漁業許可）
の有効期間は平成１０年７月１日から平成１３年６月３０日までであ
り，本件承継許可申請は，元の許可の有効期間中にされたものではな
く，県調整規則２８条１項の要件に適合しないので，本件承継許可申
請を許可しない。
(ウ)本件漁船登録申請についての不許可処分（Ａ及びＢの各甲２。以下
「本件登録不許可処分」という）。
（理由）
漁船法１１条２号に該当するので，本件漁船登録申請について登録
を拒否する。
オ本件各訴えの提起等
(ア)原告は，農林水産大臣に対して本件各不許可処分について審査請求
をすることなく，平成１６年８月２日，被告県知事に対して本件各不許
可処分をいずれも取り消すことを求めるＡ事件を当庁に提起した。
(イ)原告は，同年９月８日，被告県に対して本件先行不許可処分や本件
各不許可処分が国家賠償法上違法であることを理由に損害の賠償を求め
るＢ事件を当庁に提起した。
，，。(ウ)当裁判所は平成１７年１０月１７日Ａ事件にＢ事件を併合した
(5)底びき網漁業の許可数
徳島県における底びき網漁業についての平成年代以降の許可数は，別紙６
（，，）。最高限度・許可数一覧表の許可数欄記載のとおりであるＡ乙８９１２
(6)他の府県における底びき網漁業の許可に係る条件等
徳島県以外の２２府県における底びき網漁業についての任意団体の有無，
同漁業の許可に当たっての要件等は，別紙７調査結果一覧表のとおりである
（Ａ事件及びＢ事件の各平成１７年５月２７日付けの２２府県に対する各調
査嘱託の結果，Ａ甲１９の１ないし２３，Ｂ乙３ないし１０の２。）
３争点
(1)本案前の争点（審査請求前置違反の有無（Ａ事件））
(2)本件先行不許可処分の違法性（Ａ事件及びＢ事件）
(3)本件承継不許可処分の違法性（Ａ事件及びＢ事件）
(4)本件起業不認可処分の違法性（Ａ事件及びＢ事件）
(5)本件登録不許可処分の違法性（Ａ事件及びＢ事件）
(6)国家賠償請求の可否（Ｂ事件）
ア原告が被告県に対して被告県知事による本件先行不許可処分及び本件各
不許可処分が違法であるとして国家賠償請求をすることができるか否か，
及びその損害額。
イ消滅時効の成否
４争点についての当事者の主張
(1)本案前の争点（審査請求前置違反）
【被告県知事の主張】
ア本件承継不許可処分及び本件起業不認可処分の各取消しを求める訴え
は，審査請求に対する裁決を経た後でなければ提起することができない
にもかかわらず（漁業法１３５条の２，原告は上記各不許可等処分の）
通知が原告に送達された平成１６年７月１日の翌日から６０日以内に審
査請求をしなかったのであるから，上記各不許可等処分の各取消しを求
める訴えは，審査請求前置（行政事件訴訟法８条１項ただし書）に違反
する不適法な訴えとして，いずれも却下されるべきである。
イ漁業法１３５条の２による審査請求は，処分後直ちに提起することが
できる上，行政事件訴訟法８条２項１号によれば，審査請求があった日
から３か月を経過しても裁決がないときには，裁決を経ないで取消訴訟
を提起することができるのであるから，単に審査請求に時間を要すると
いう見込みだけで同項２号及び３号に該当するとはいえない。
【原告の主張】
ア行政事件訴訟法８条１項本文は，処分について審査請求をすることが
できる場合においても，審査請求前置主義を採用することにより，国の
処分の取消しを求める訴えを提起する権利を行使することの妨げになる
ことが多いため，原則として，審査請求前置主義を採用せず，同項ただ
し書において，例外として，処分についての司法審査の前に，行政庁に
反省の機会を与え，その自主的解決を期待することとして，法律に特に
定めがある場合に限り，審査請求前置主義を採用しているにすぎない。
同条２項各号は，１項ただし書に該当する場合であっても，裁決を経な
いで処分の取消しの訴えを提起することができる旨を規定しており，こ
の同項２号又は３号に該当するか否かについては，上記法の趣旨を慎重
に検討した上で判断すべきであり，処分を受けた者に審査請求をするこ
とを要求することによって，上記法の趣旨の実現を期待することができ
ず，かえってその者に損害を被らせるなどの弊害が生じる場合には，同
項２号又は３号に該当するものと判断すべきである。
，，，イ同項２号は通常当該処分により著しい損害が生じるおそれがあり
当該処分の取消しの訴えを提起し，当該処分の執行停止を求める必要が
ある場合が，これに該当するとされているものの，必ずしも，そのよう
な場合に限られず，より広く事案の性質からみて早期に取消しの訴えを
提起しなければならない場合も，これに該当するというべきである。本
件承継許可申請及び本件起業認可申請に係る許可の有効期間は３年しか
なく，同期間を経過してしまうと，本件承継不許可処分及び本件起業不
認可処分の各取消しを求める訴えについては，訴えの利益を欠くことに
なってしまう。現に，本件先行不許可処分について取消しを求めた前訴
取消訴訟においては，その審理中に許可の有効期間が経過し，前訴１審
判決では原告が勝訴したものの，前訴控訴審判決では訴えの利益を欠く
，，ものとして訴えが却下されたのであり上記有効期間が経過した原因は
原告が本件先行不許可処分について速やかに先行審査請求をしたのに放
置されたことと，１審から上告審まで裁判の審理にある程度の時間がか
かったことにあるのであるから，原告が，一刻も早く，本件承継不許可
処分及び本件起業不認可処分の各取消しを求める訴えを提起しなけれ
，。ば裁判を受ける権利を実質的に行使することができなくなってしまう
これらの事情からすれば，原告において，本件承継不許可処分及び本件
起業不認可処分により生じる著しい損害を避けるため緊急の必要がある
ということができるから，同項２号に該当し，原告は，上記各処分につ
いて審査請求を経ないで，取消訴訟を提起することができる。
ウ同項３号に該当するか否かについては，裁決を経ることに相当の長い
年月を要する場合，手続を怠ったことに責められない事情がある場合，
行政庁の態度等から裁決の結果が予想される場合には，同項３号に該当
するというべきである。原告は，平成１１年９月２９日の本件先行不許
可処分について，農林水産大臣に対して直ちに先行審査請求をしたにも
かかわらず，同大臣においてＰ３漁業許可の有効期間である平成１３年
６月３０日までに裁決をせず，放置したのであり，このことについて，
原告が総務省の行政監察に調査してもらったところ，審査請求があって
も裁決をしなくてもよいとの回答であった。このため，本件先行不許可
処分がされてから前訴取消訴訟を提起するまで１１か月も経過した上，
，，前訴取消訴訟の審理中に上記有効期間が経過してしまったことにより
前訴取消訴訟に係る訴えは却下されてしまい，原告は，前訴取消訴訟の
審理中であったため，上記有効期間の終了に伴う新たな許可の申請もす
ることができなかった。また，本件承継不許可処分及び本件起業不認可
処分は，基本的に，Ｐ４協会の副申書がなければ不許可等とするという
点で，本件先行不許可処分と同じであるから，原告が上記各不許可等処
分について審査請求をしても，先行審査請求における上記の対応と異な
る対応を期待することはできず，裁決されずに放置されるだけである。
さらに，前記イのとおり，本件起業認可申請及び本件承継許可申請に係
る許可の有効期間は３年しかないため，審査請求を経なければならない
とすれば訴えの利益を欠くことになりかねず，仮に，勝訴判決が確定し
ても，原告が漁業に従事することができる期間はほとんどなくなる。こ
れらの事情からすれば，原告において，本件起業認可申請及び本件承継
許可申請について裁決を経ないことについて正当な理由があるといえる
，，，，ので同項３号に該当し原告は上記各処分について裁決を経ないで
取消しを求める訴えを提起することができる。
エ以上によれば，原告が裁決を経ないで本件起業認可申請及び本件承継
許可申請をしたことは，行政事件訴訟法８条２項２号又は３号に該当す
るものとして適法であり，審査請求前置に違反しない。
(2)本件先行不許可処分の違法性
【原告の主張】
ア本件先行不許可処分は，県調整規則２３条１項３号の「漁業調整又は
水産資源の保護培養上必要があると認める場合」に該当することを処分
理由としてされたものであり，その判断は，旧県取扱方針４(2)①に基
づき，原告が本件先行承継許可申請の際にＰ４協会の副申書を添付しな
かったことを唯一の理由としてされたものである。しかしながら，県調
整規則は，被告県知事が漁業の許可等をする際に，海区委員会の意見を
きくことを求めている（２３条４項）ものの，その賛成意見を漁業の許
可等の条件としているものではなく，あくまで資源保護又は漁業調整上
不許可とすべき合理的理由の存否を審査することを求めている。Ｐ４協
会は，県調整規則等に規定がなく，その設立，運営，加入等について何
ら法的規制を受けない任意団体にすぎず，その副申書とは，そのような
協会が上記許可等の申請に賛成するという趣旨を記載した書面であり，
その発行の手続についても何ら規制がされていないのであるから，Ｐ４
協会が県調整規則２３条１項３号の漁業調整等の事由とは無関係の事由
で副申書を発行しないことも十分考えられる。旧県取扱方針は，単なる
被告県知事の取扱いの内部指針であるにすぎず，法的拘束力がない上，
，，γ海域においてＰ５協会が設立されたのは平成４年でありそれ以前に
β海域においてのみＰ４協会の副申書を要求していたとは考えられない
から，旧県取扱方針４(2)①の上記副申書の添付を要求する指針は歴史
的にごく浅いものにすぎない。被告県知事が旧県取扱方針４(2)①に拘
束されるとしてＰ４協会の副申書が添付されていないことを理由に申請
を不許可とすることは，上記のようなＰ４協会の書面による賛成意見を
絶対要件とするものであって，県調整規則において全く要件とされてい
ない事由を上記許可等の条件とすることになるから，漁業法や県調整規
則に明らかに違反するものであり，適正な法令の執行義務を放棄するも
のといわざるを得ない。別紙７調査結果一覧表によれば，２２府県中，
Ｐ４協会のような任意団体の副申書がないかぎり，底びき網漁業の許可
等の申請について許可をしないところは皆無であり旧県取扱方針４(2)，
①に合理性がないことは明らかである。２２府県中には，漁協の組合員
であることやその副申書等を要件とするところがあり，これにより漁業
従事者としての最低限の条件を充足しているか否かを判断する上で便利
であるということができるとしても，漁協が漁業調整等の機能を果たし
ているようなことはなく，申請者が組合員であるか否かによって漁業調
整上の支障が生ずることはあり得ない上，申請者が組合員ではない具体
的事情を調査すれば足りるのであるから，組合員であることなどを絶対
的要件とする合理的理由はない。Ｐ４協会も漁業調整等の機能を果たし
ているとはいえないのであるから，漁協の副申書を要件とするよりもＰ
４協会の副申書を要件とする方が合理的であるともいえない。被告県知
事は，上記許可等の申請について，Ｐ４協会の副申書が添付されていな
い場合であっても，その理由を十分に調査した上，当該申請を許可する
ことについて，県調整規則２３条１項３号の事由に該当するか否かを合
理的に検討し，同事由に該当しないと判断する場合には当該申請を許可
しなければならないというべきである。
イ原告は，Ｐ２漁協に加入していた父と共に，昭和５４年ころから，漁
業を専業としてまじめに営んでおり，父が平成▲年▲月に死亡した際に
は，Ｐ２漁協に父の後継者として原告を組合員にするよう申請したもの
の，父が死亡する数年前から，父の属するグループとＰ２漁協の一部幹
部との間で漁業権漁業である海苔養殖に係る出荷問題について対立が生
じるようになり，Ｐ２漁協の一部幹部が原告に対して嫌悪感を示してい
たため，同幹部が原告を組合員とすることに強硬に反対し，父の組合員
資格について原告の母名義にするよう指示し，原告はやむなく上記指示
に従った。その後，Ｐ２漁協は，母が老齢化したとして組合員資格を剥
奪し，組合員資格の原告への名義変更を認めなかったため，原告は，漁
協の組合員であることを要する海苔養殖を断念し，同組合員であること
を要しない許可漁業である底びき網漁業を中心として営むことを決意し
て，その許可を受けているＰ３から本件漁船と許可の譲渡を受けて，本
件先行承継許可申請をしたものである。原告は，Ｐ４協会にあえて加入
しなかったのではなく，加入の申請をしたにもかかわらず，Ｐ４協会に
おいて原告が漁協の組合員でないことを唯一の理由として原告の加入を
拒否したものであり，原告がＰ４協会から副申書を得ることができない
理由は，原告が漁協の組合員ではないことだけにある。海区委員会も，
旧県取扱方針４(2)①を絶対視し，本件先行承継許可申請について，Ｐ
４協会の副申書がないことだけを理由に不許可処分が相当であるとの意
見を出したにすぎず，同副申書さえあれば，他に不許可にすべき理由が
ないことを前提とした意見を出している。そうである以上，原告の本件
先行承継許可申請については，県調整規則２３条１項３号の「漁業調整
又は水産資源の保護培養上必要があると認める場合」に該当しないので
あり，被告県知事が本件先行承継許可申請についてＰ４協会の副申書が
添付されていないことを理由に不許可とする本件先行不許可処分をした
ことは違法である。前訴１審判決も，本件先行不許可処分について違法
，，であるとして取り消す旨の判決をしており前訴控訴審判決においては
訴えの利益がないものとして却下判決がされたものの，本件先行不許可
処分が違法であることに変わりはない。
ウ以上によれば，本件先行承継許可申請について，県調整規則２３条１
項３号に該当する事由はなく，被告県知事が原告に対してした本件先行
不許可処分は，違法である。
【被告らの主張】
ア底びき網漁業は，原則として禁止され（漁業法６６条１項，許可に）
より禁止が解除される許可漁業である。県調整規則２３条１項３号は，
漁業調整又は水産資源保護培養上必要があると認める場合には，漁業の
許可や起業の認可をしないことができる旨，同８条６項は，許可等の判
断について必要と認める書類の提出を求めることができる旨規定してお
り，これらの規定に基づき，旧県取扱方針４(2)①は，県調整規則２３
条１項３号の該当性の判断資料として，β海域を操業区域とする許可に
ついてＰ４協会の副申書を添付することを求めている。漁業調整は，漁
業者の資格や資質とも関係する概念であるほか，現実に海洋上で操業さ
れる漁業の問題であるから，漁業者の自主的な，民主的な実現が求めら
れ，水産業協同組合法に基づく漁協が自主的な漁業調整の役割を果たし
ている。特に，底びき網漁業は，船舶数と比較して漁業資源が乏しく，
一定場所に操業が集中するなどの漁業調整上の問題を抱えており，漁業
者の協調やマナーの遵守を要する漁業であるから，漁業者による自主的
な規制が必要不可欠である。別紙７調査結果一覧表のとおり，徳島県を
除く２２府県のうち香川県及び鳥取県を除く府県は，過去に漁協の組合
員ではない者に許可した実例はなく，香川県及び鳥取県においても，許
可を受けていた者が漁協を脱退した場合に許可したことがあるにすぎな
い。許可の要件として漁協の組合員であることを要求している県が９県
存在するほか，その他の府県のうち１１県も漁協の意見書等の添付を要
求しており，事実上漁協の組合員であることを許可の前提としているな
ど，漁協の組合員であることを要件としていないのは１県にとどまる。
このように，ほとんどの県は，直接又は間接に，漁協の組合員であるこ
とを前提とするなどしており，このような取扱いは，申請者について漁
協の組合員であるか否かによって差別するものではなく，漁業調整等に
おいて重要な役割を果たしている漁協の組合員であるかどうかを重視し
。，，て判断しようとしているにすぎない徳島県には昭和４７年以前から
β海域においてＰ４協会が設立され，底びき網漁業についての紛争の防
止や解決のほか，操業自主規制，稚魚放流等の大きな役割を果たしてい
る。Ｐ４協会は，β海域の底びき網漁業者の全員が加入し，規約等も整
備され，その事業に公正に取り組んでいるのであり，漁港ごとの漁協よ
りも，底びき網漁業という漁業種別の広域的な団体として漁業調整等の
役割を果たすのに適した団体であり，徳島県としても，Ｐ４協会との間
で，紛争解決の協力，稚魚の放流，減船の要望等について連絡や協調を
図ってきているほか，Ｐ４協会が公共性や公正性を失うことのないよう
指導している。被告県知事は，県調整規則２３条１項３号に該当するか
否かの判断について相当程度広範な裁量権を有しており，底びき網漁業
における漁業調整等の必要性の判断について，Ｐ４協会の方が，漁協よ
りも，公正に，的確になし得るものと期待することができ，優れている
と考えたため，上記判断をＰ４協会に委ねることとして，底びき網漁業
の許可申請に副申書を添付させることにした方針を採用したものであ
り，上記裁量権の範囲内のものというべきである。
，，，イ原告は本件先行承継許可申請に際しＰ４協会の副申書を添付せず
被告県知事から，上記副申書を添付するよう指導されたものの，漁協の
組合員でないために上記副申書を得ることができなかった旨の書面を提
出した。Ｐ４協会としては，漁協の組合員ではない原告の加入を認める
と，まとまりがつかなくなるとの判断により，原告に対し，副申書を発
行しなかったのである。本件先行承継許可申請については，原告が本件
漁船売買契約の際にＰ３から許可を受けるために必要な手続について説
明を受けていたはずであるのに，本件先行承継許可申請の際にＰ４協会
の副申書が必要であることを知らなかったこと，Ｐ３も，漁協やＰ４協
会に対し，原告にＰ３漁業許可を譲渡したことを説明していないこと，
原告の底びき網漁業についての認識が実際の操業実態と全く異なってお
り，原告が底びき網漁業に従事した経験があるか否かが疑わしいこと，
原告において漁業調整上の協調精神等があることを確認することができ
ないこと，漁協の協力なく，水揚げ場所等を確保することができるか否
かの確認をすることができないことなどの疑念がある。被告県知事は，
原告が本件先行承継許可申請の際にＰ４協会の副申書を添付せず，旧県
取扱方針４(2)①の許可要件を充足しなかった上海区委員会の意見県，（
調整規則２３条４項）も，現時点では不許可処分が相当であるというも
のであったため，県調整規則２３条１項３号に基づき，本件先行承継許
，。可申請について本件先行不許可処分をしたものであるから違法はない
ウ以上によれば，本件先行不許可処分は，県知事が県調整規則２３条１
項３号に該当するものとしてしたものであり，適法である。
(3)本件承継不許可処分の違法性
【原告の主張】
ア県調整規則２８条１項の申請は，申請者が，承継した許可の有効期間
中に漁業の許可を譲り受けていれば足り，その有効期間が経過した場合
でも，再度申請時期となった場合には改めて申請をすることができると
いうべきである。前記(2)【原告の主張】のとおり，本件先行不許可処
分は違法であり，前訴１審判決において取り消す旨の判決がされている
のであり，前訴控訴審判決において訴えの利益を欠くとして却下判決が
，。されたものの本件先行不許可処分の違法性がなくなったわけではない
被告県知事は，本件先行不許可処分以外の承継許可の申請をすべて許可
し，その承継許可を得た者に継続して許可をしているのであるから，原
告は，違法な本件先行不許可処分を受けなければ，Ｐ３漁業許可につい
て承継許可を得た上，平成１３年６月及び平成１６年６月にいずれも許
可を得て，底びき網漁業に従事することができていた。原告は，Ｐ３漁
業許可の有効期間が満了した平成１３年６月に許可の申請をしなかった
ものの，原告に，前訴１審判決前に本件先行不許可処分が違法であると
の前提に立って許可の申請をするよう要求することは酷であるから，こ
れをしなかったことで一切許可を得ることができないというのはあまり
に形式的である。本件承継許可申請は，Ｐ３漁業許可の有効期間の経過
後にされたものであるものの，県調整規則２８条１項に基づく許可の申
請として有効であるというべきである。
イ漁業法及び県調整規則は，底びき網漁業の操業数に上限を設定するこ
，，とにより漁業調整又は水産資源の保護培養を図っているのであるから
被告県知事は，上記上限内であるかぎり，従前許可を受けていた者には
許可すべきである。告示によれば，漁業法６６条３項に基づき，徳島県
における底びき網漁業について，本件漁船が該当する総トン数５トン以
上１０トン未満の船舶の隻数を６３２隻と定めているのに対し，徳島県
において９９パーセントを占めるβ海域を操業海域とする上記船舶の許
可数については，平成４年が２６５隻，平成７年が２５１隻，平成１０
年が２４８隻，平成１３年が２３９隻となっており，農林水産大臣が定
めた上記隻数をはるかに下回っているのであるから，このような場合に
は，被告県知事において，特段の事情がないかぎり，許認可すべきであ
る。このような事情からすれば，仮に，本件承継許可申請が厳密には県
，，調整規則２８条１項の要件に該当しないとしても本件承継許可申請は
同項を準用して有効であるというべきである。
ウ以上によれば，本件承継許可申請は，県調整規則２８条１項又は同項
の準用により有効な申請ということができ，県調整規則２３条１項各号
にも該当しないのであるから，同申請について不許可とした被告県知事
による本件承継不許可処分は，違法である。
【被告らの主張】
本件承継許可申請は，県調整規則２８条１項に基づく申請である。同項
に基づく許可は，その申請者が譲り受けた船舶の受けていた従前の許可の
残存する有効期間について許可されるものにすぎず，従前の許可の有効期
間が経過してしまうと，同許可が消滅してしまって許可の対象がなくなっ
てしまうのでから，同項に基づく申請は，当然に，従前の許可の有効期間
中にされなければならない。原告は，Ｐ３漁業許可についての県調整規則
２８条１項に基づく申請を，その有効期間である平成１３年６月３０日ま
でに申請しなければならないのであり，本件承継許可申請は，同日経過後
に申請されたものであるから，被告県知事が本件承継許可申請について不
許可とする本件承継不許可処分をしたことは適法である。
(4)本件起業不認可処分の違法性
【原告の主張】
ア本件起業不認可処分は，県調整規則２３条１項３号の「漁業調整又は
水産資源の保護培養上必要があると認める場合」に該当することを処分
理由とし，その判断は，新県取扱方針４－１に基づき，知事が定める許
可申請の期間の開始日の前日現在において，許可又は起業の認可がされ
ていない許可枠については，これを許可しないこととされ，今回，β海
域を操業海域とする許可申請数は，平成１６年５月３１日現在の許可数
より１件多くなったので，申請の優先順位について，現に当該漁業の許
可を受けている者を優先したことによるものである。しかしながら，新
，，。県取扱方針４－１は単なる内部的な指針にすぎず法的拘束力はない
平成１６年５月７日に急きょ新県取扱方針４－１が定められる以前に
は，元々許可を有する者又はその者から譲り受けた者に対してのみ許可
するという方針が採られていたとはいえるものの，新県取扱方針４－１
によれば，許可申請の期間の開始日の前日現在に許認可されていない許
可枠については許可されないことになる以上，それ以前に許可を有しな
い原告の本件起業認可申請が許可されることはあり得ないことになる
上，上記の方針により許認可を受けることができないのは原告以外には
存在しないのであるから，新県取扱方針４－１は，原告による本件起業
認可申請を予想し，これを認可せざるを得ない事態を回避するために定
められたものであることは明らかである。底びき網漁業については，既
に許可された許可数以上に増大させないという現状維持が国の現在の基
本方針であり，一切新たな許認可を認めない新県取扱方針４－１は，国
の基本方針に沿うものではない。前記(3)【原告の主張】イのとおり，
徳島県における許可数は，告示の許可限度数と比較して余裕がある上，
年々減船数が増加する傾向にあるのに対し，被告らが適正な許認可数に
ついて何ら合理的な見解を有していないような状況であって，新県取扱
方針４－１に何ら合理性はなく，同方針に抵触するとしても，県調整規
則２３条１項３号に該当するとはいえない。
【】，，イ前記(2)原告の主張のとおり本件先行不許可処分は違法であり
原告は，違法な本件先行不許可処分を受けなければ，Ｐ３漁業許可につ
，。いて承継許可を得た上平成１３年６月に許可を受けていたはずである
その場合，平成１６年の許可申請の期間の開始日の前日における許認可
数が原告に対する許認可数も含んだ数（Ｘ）となるから，本件起業認可
申請について新県取扱方針４－１に抵触するような事態になることはな
く，当然に認可されていたはずである。ところが，被告県知事が違法な
本件先行不許可処分をしたため，平成１６年の許可申請の期間の開始日
の前日における許認可数が原告に対する許認可数を除いた数（Ｘ－１）
となったにすぎないのであって，本件起業認可申請について認可したと
しても，許認可数が本件先行承継認可申請について許可した場合の数
（Ｘ）を超えることはなく，何ら不合理な事態は生じない。被告県知事
が違法な本件先行不許可処分をした上，新県取扱方針４－１を機械的に
，。適用して本件起業不認可処分をすることは極めて不合理な結果となる
ウ以上によれば，被告県知事が本件起業認可申請について新県取扱方針
４－１に基づき県調整規則２３条１項３号に該当することを理由に不認
可とした本件起業不認可処分は，違法である。
【被告らの主張】
ア本件起業不認可処分は，県調整規則２３条１項３号に基づくものであ
り，その適用に当たっての知事の裁量権を行使する際の基準である新県
取扱方針では許可枠のγ海域β海域相互間の移譲を認めないこと４，，（
－３，県調整規則８条２項の知事が定める許可申請の期間の開始日の）
前日現在において，許可又は起業の認可がされていない許可枠について
は，これを許可しないこと（４－１）とされている。漁業法６６条３項
に基づく告示における底びき網漁業の隻数の最高限度については，別紙
６最高限度・許可数一覧表の最高限度欄記載のとおりであり，徳島県で
はγ海域とβ海域とで漁業形態が異なるので，被告県知事において，上
記各海域ごとに許可の枠数を事実上設定して同表の許可数欄記載のとお
り許可している。被告県知事は，底びき網漁業について，国の施策と同
じく，減船事業を推進してきており，その結果，β海域における許可数
は減少してきたものである。β海域の場合，γ海域の場合よりも大型の
船舶を用いており，別紙６最高限度・許可数一覧表の許可数記載のとお
り，告示が定める比較的大型の５トン以上の船舶の隻数は計２２６隻に
すぎないのであるから，β海域における平成１６年の許可申請期間の前
日の２２０という許可数は，上記最高限度と開きがあるとはいえない。
被告県知事は，従前から，上記新県取扱方針のとおり，いったん減少し
た許可を増加させない方針で許可又は起業の認可をしてきており，上記
新県取扱方針は，従前の取扱いの方針を明文化したものにすぎず，原告
に許可や起業の認可を与えない目的で定められたものではない。これに
より，底びき網漁業への新規参入は困難となるものの，漁業調整上の措
置としてやむを得ない。
イ本件起業認可申請が操業海域とするβ海域における平成１６年の許可
申請期間の前日である許可数には，平成１３年の許可申請期間にＰ３や
，。原告から申請がなかったためＰ３漁業許可の許可数が含まれていない
そのため，同海域を操業海域とする許可申請数は，本件起業認可申請を
含めて，平成１６年５月３１日現在の許可数を１件超えることになり，
申請優先順位について，現に当該漁業の許可を受けている者を優先し，
県調整規則２３条４項に基づき海区調整委員会の意見も不認可が相当で
あるとの意見であったので，本件起業認可申請について不認可とする本
件起業不認可処分をしたものである。
ウ以上によれば，被告県知事が本件起業認可申請について県調整規則２
３条１項３号に該当することを理由に不認可とした本件起業不認可処分
は，適法である。
(5)本件登録不許可処分の違法性
【原告の主張】
前記(3)【原告の主張】のとおり，本件承継不許可処分は違法であり，
，，，本件承継許可申請についてこれを不許可とする事由もないから原告は
本件承継許可申請について許可を受けることができたはずである。被告県
知事が本件漁船登録申請について漁船法１１条２号に該当することを理由
に不許可とした本件登録不許可処分は，違法である。
【被告らの主張】
本件漁船登録申請に係る本件漁船の従事する漁業は，漁船法５条３号に
該当する底びき網漁業であるから，同法１１条２号により，その漁業につ
いて起業の許可等がないときには，上記申請を不許可とすることになる。
被告県知事は，原告に対し，上記漁業の承継許可申請である本件承継許可
申請について不許可とする本件承継不許可処分をしたのであるから，本件
漁船登録申請については，同法１１条２号に該当する。被告県知事が本件
漁船登録申請を不許可とした本件登録不許可処分は適法である。
(6)国家賠償請求の可否
ア原告が被告県に対して被告県知事による本件先行不許可処分及び本件各
不許可処分が違法であるとして国家賠償請求をすることができるか否か，
及びその損害額。
【原告の主張】
前記(2)ないし(5)の各【原告の主張】によれば，被告県知事が原告に
対してした本件先行不許可処分及び本件各不許可処分は，いずれも国家
，。賠償法上違法である上被告県知事の故意又は過失に基づくものである
原告は，被告県に対し，上記各不許可処分により被った以下の損害の合
計３５４４万４０９５円の賠償を求めることができる。
(ア)逸失利益２７７３万４０９５円
ａ原告は，違法な本件先行不許可処分を受けたことにより，平成１
１年１０月１日から平成１３年６月３０日までのＰ３漁業許可の有
効期間分，本件先行承継許可申請について許可がされていれば，当
然に同許可が再度許可されたはずであるから，同年７月１日から平
成１６年６月３０日までの有効期間分，違法な本件各不許可処分を
受けたことにより，同年７月１日から少なくとも平成１７年６月３
０日までの間の合計５年９か月間，上記許可に係る底びき網漁業に
，。従事することができずこれによる利益を得ることができなかった
ｂ「平成１４年徳島県漁業の動き（中国四国農政局徳島統計・情」
報センター編集，徳島農林水産統計協会発行。以下「平成１４年統
計」という）によれば，平成１４年の徳島県の板びき網漁業（底。
びき網漁業）の生産額（漁獲高）は２１億６４００万円，漁労体数
（船舶数）は２８３であるから，１船舶当たりの生産額（漁獲高）
（），が年額７６４万６６４３円２１億６４００万円÷２８３となり
１船舶当たりの必要経費率を５０パーセントとして計算すると，１
船舶当たりの年間収益は３８２万３３２１円となる。平成１４年統
計によれば，Ｐ３漁業許可に含まれる手繰第２種漁業及び手操第３
（），（）種漁業の生産額漁獲高は２億４４００万円漁労体数船舶数
は１２２であるから，１船舶当たりの生産額（漁獲高）は２００万
円となり，同じく必要経費率を５０パーセントとして計算すると，
１船舶当たりの年間収益は１００万円となる。１船舶当たりの板び
き網漁業（底びき網漁業）の年間収益と手繰第２種漁業及び手操第
３種漁業の年間収益との合計額は，４８２万３３２１円となる。
ｃ以上によれば，原告は，違法な本件先行不許可処分及び本件各不
許可処分の結果，前記ｂのとおり，１年当たり４８２万３３２１円
の収益を得ることができなかったのであるから，前記ａの期間であ
る５年９か月分を計算すると，２７７３万４０９５円（４８２万３
３２１円×５．７５）の収益を喪失した。
(イ)本件漁船に係る損害３７１万円
原告は，本件漁船売買契約において本件漁船を３３０万円で購入し
たものの，違法な本件先行不許可処分及び本件各不許可処分の結果，
長期間にわたって本件漁船について操船することができず，係留させ
たままであったため，本件漁船は，事実上スクラップとせざるを得な
い状態となり，以下の各損害を被った。
ａ本件漁船購入代金相当額３３０万円
ｂドッグいれ１０万円
ｃローラー２０万円
ｄ柱修理代５万円
ｅバッテリー６万円
(ウ)補償金１００万円
原告は，本件先行不許可処分及び本件各不許可処分を受けることな
く，本件先行承継許可申請等について許可を得て，本件漁船について
操船していたならば，δの火力発電所の建設に伴う本船イカリ補償金
として１００万円を得られたはずであるから，違法な上記各不許可処
分の結果，同額の損害を被った。
(エ)弁護士費用３００万円
(オ)合計３５４４万４０９５円
【被告県の主張】
前記(2)ないし(4)の各【被告らの主張】のとおり，被告県知事による
本件先行不許可処分及び本件各不許可処分はいずれも違法ではなく，被
告県知事に故意又は重大な過失もない。仮に，本件先行不許可処分等が
違法であるとしても，何ら漁業調整上支障がない旨の説明をしない原告
が底びき網漁業の許可を得ることができるとはいえない上，仮に，原告
が底びき網漁業に従事したとしても，原告に底びき網漁業の経験がある
とは考え難く，現実的に漁協の協力がなく操業することができるとはい
えないから，上記各不許可処分により損害を被ったとはいえず，仮に，
何らかの損害があったとしても，上記各不許可処分と原告の損害との間
に相当因果関係はない。
イ消滅時効の成否
【被告県の主張】
(ア)仮に，原告が被告に対して被告県知事による本件先行不許可処分
及び本件各不許可処分を理由に損害賠償請求をすることができるとし
ても，原告がＢ事件を提起したのは平成１６年９月８日であるから，
平成１３年９月７日以前分の損害については，消滅時効が完成してい
る（国家賠償法４条，民法７２４条。）
(イ)被告県は，原告に対し，平成１６年１０月２５日の本件口頭弁論
期日において，上記時効を援用する旨の意思表示をした。
【原告の主張】
(ア)原告において，本件先行不許可処分が違法であり，被告県に対し
て損害賠償請求をすることができることを認識し得たのは，本件先行
不許可処分についての前訴１審判決がされた平成１４年３月２４日で
あるから，同日が消滅時効の起算日となり，消滅時効が完成するのは
平成１７年３月２４日である。原告は，時効完成前にＢ事件を提起し
ているから，消滅時効は完成していない。
(イ)本件先行不許可処分に係る経緯等に照らせば，被告県が消滅時効
を援用するのは，権利濫用として許されないというべきである。
第３当裁判所の判断
１本案前の争点（審査請求前置違反）について
(1)漁業法１３５条の２第１項は，被告県知事が同法６６条１項等（同法６
５条１項の規定に基づく農林水産省令及び規則を含む）によってした本件。
承継不許可処分及び本件起業不認可処分については，審査請求に対する裁決
を経た後でなければ提起することができないとしている。原告は，裁決を経
ないで上記各不許可等処分の各取消しの訴えを提起し，審査請求期間である
上記各不許可等処分の通知が送達された日である平成１６年７月１日の翌日
から６０日以内（行政不服審査法１４条１項）に審査請求をしなかったので
あるから，審査請求前置の要件（行政事件訴訟法８条１項ただし書）を充足
していないものということができる。
しかしながら，前記争いのない事実等によれば，原告は，本件先行不許可
処分に不服があるとして農林水産大臣に対して先行審査請求をしたものの，
結局，同請求について裁決がされなかったため，平成１２年８月に前訴取消
訴訟を提起し，平成１４年３月２９日に本件先行不許可処分を取り消す旨の
前訴１審判決を得たものの，控訴審においてＰ３漁業許可の有効期間である
平成１３年６月３０日が経過したことにより訴えが却下されてしまったもの
である。原告は，本件訴えにおいても，本件先行不許可処分について，先行
審査請求及び前訴取消訴訟と同じく，Ｐ４協会の副申書が添付されていない
ことを理由に不許可としたことが違法であるとの主張を前提として，本件承
継不許可処分及び本件起業不認可処分が違法であると主張しており，先行審
査請求の場合と違法事由を共通にしている上，前訴取消訴訟の終了後に，Ｐ
４協会の副申書を添付させる取扱いに係る事情や審査請求の手続に係る事情
に変更があったと認めることもできないことに照らすと，本件承継不許可処
分及び本件起業不認可処分について審査請求をしたとしても，農林水産大臣
において，先行審査請求の場合と異なる速やかな対応をとることは期待し難
いというべきである。上記各不許可等処分により不許可等とされた本件承継
許可申請及び本件起業認可申請に係る漁業の許可の有効期間が３年間に限ら
れていることから（県調整規則９条１項，審査請求の手続を経ていたので）
は，前訴取消訴訟と同様に，許可の有効期間を経過してしまう可能性が高い
というべきである。上記の事情にかんがみれば，原告が裁決を経ないで上記
各不許可等処分について取消訴訟を提起したことについては，行政事件訴訟
法８条２項２号の処分等により生ずる「著しい損害を避けるため緊急の必要
があるとき」に該当するとまではいえないとしても，同項３号の裁決を経な
「」。いことにつき正当な理由があるときに該当すると解するのが相当である
(2)以上によれば，原告が裁決を経ないで本件承継不許可処分及び本件起業
不認可処分の取消しの訴えを提起したことには，正当な理由があるから，上
記の訴えは，適法である。被告県知事の審査請求前置違反の主張は理由がな
い。
２本件先行不許可処分の違法性について
(1)認定事実
前記争いのない事実等並びに証拠（個別に記載するもののほか，Ａ及びＢ
の各１０，２１，２２，Ａ乙８，９，１２，証人Ｐ６，原告本人）及び弁論
の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。
ア原告の漁業従事歴等について
(ア)原告の父は，Ｐ２漁協の組合員として，漁業権漁業である海苔養殖
漁業を営んでおり，原告は，昭和５４年ころから，その父の漁業を手伝
っていた。原告の父ほか４名は，海苔の出荷問題を理由に，Ｐ２漁協に
より海苔の養殖漁場を減らされたため，原告の父を除く４名がＰ２漁協
を相手に訴訟を提起するなど，原告の父ほか４名とＰ２漁協とが深刻に
対立するようになり，原告もＰ２漁協の幹部の一部と口論となるなどし
ていた。原告の父は，上記訴訟が係属中の平成▲年に死亡したため，原
告やその母は，Ｐ２漁協に対し，Ｐ２漁協の組合員名義を原告の父から
原告に変更するよう求めたものの，Ｐ２漁協の理事等が原告をＰ２漁協
の組合員とすることに強硬に反対したため，Ｐ２漁協は，原告の母に対
し，平成元年１２月２日付けで，原告への組合員名義の変更について役
員会で結論が出なかったので，原告の父の組合員名義を一度原告の母名
義に変更しておき，原告に変更するかどうかについては，その後に理事
会の結論が出るまで留保する旨回答した（Ａ及びＢの各１８の１。原）
告の母は平成２年６月１９日Ｐ２漁協にその持分権を原告に譲渡名，，（
義変更）したいと申し込んだものの，Ｐ２漁協は，原告の母に対し，海
苔養殖漁業について原告の母でも操業することができること，原告が再
三にわたり組合理事者を罵る言動に及んでおり，このような者に組合加
入を認めることはできないことを理由に，上記申込みを承認することが
（）。，できない旨回答したＡ及びＢの各甲１８の２このような経緯から
原告は，Ｐ２漁協に加入することを断念し，漁協の組合員でなくとも営
むことができる自由漁業に従事することにした。
(イ)Ｐ２漁協は，平成６年６月１４日付けで，同月１１日開催の理事会
において，原告の母が正組合員の資格を満たしていないと判断した旨通
知した（Ａ及びＢの各甲１８の３。これに対し，原告の母は，同月２）
７日付けで，Ｐ２漁協に対し，上記通知に異議を申し立てた（Ａ及びＢ
の各甲１８の４。Ｐ２漁協は，同年７月１９日付けで，原告の母に対）
し，上記異議に理由がないと判断した旨通知した（Ａ及びＢの各甲１８
の５。原告の母は，Ｐ２漁協に対し，平成７年３月６日付けの内容証）
明郵便により，原告の母について，同人が購入した底びき網漁業の許可
の名義変更手続をしない理由について回答するよう求めたのに対し（Ａ
及びＢの各甲１８の７，Ｐ２漁協は，原告の母に対し，同月１６日付）
けで，上記理由について，底びき網漁業の業者の同意を得られなかった
と回答した（Ａ及びＢの甲１８の８。Ｐ２漁協は，原告の母に対し，）
同年６月２９日付けで，組合員の脱退の処理をした旨通知した（Ａ及び
Ｂの各甲１８の６。）
(ウ)原告は，平成２年以降，自由漁業に従事していたものの，許可漁業
，，である底びき網漁業を営むことを決意し平成１０年ころから約１年間
底びき網漁業を営むＰ７の漁船に乗り，底びき網漁業に従事した。原告
は，本件漁船について底びき網漁業の許可であるＰ３漁業許可を受けて
いたＰ３から，平成１１年３月４日，本件漁船やＰ３漁業許可を代金３
３０万円で購入する本件漁船売買契約を締結するとともに，原告がＰ３
漁業許可を承継することの承諾を得た（Ａ及びＢの各甲１１の１ないし
３，９及び１０，Ａ乙３の１，４。）
イ本件先行不許可処分について
(ア)原告は，被告県知事に対し，平成１１年４月１２日付けで，別紙２
先行承継許可申請目録記載のとおり，底びき網漁業の特例許可（承継許
可）である本件先行承継許可申請をした（Ａ及びＢの各甲１１の１。）
原告は，その申請において，原告がＰ３漁業許可を承継することを承諾
する旨のＰ３名義の承継承諾書（Ａ及びＢの各甲１１の２，原告がＰ）
７の底びき網漁業の漁船に１年間乗り子として乗っていたことを証明す
る旨のＰ７名義の漁業従事証明書（Ａ及びＢの各甲１１の５）等の書類
を添付したものの，旧県取扱方針４(2)①において添付することを求め
られているＰ４協会の副申書（賛成意見を記載した書面）は添付しなか
った。
(イ)被告県の担当職員は，原告が本件先行承継許可申請をした際，旧県
取扱方針４(2)①に基づき，原告に対し，Ｐ４協会の副申書を添付する
よう要請した。原告は，Ｐ４協会に対し，加入と副申書の発行を要請し
たものの，Ｐ４協会から，原告が漁協の組合員ではないことを理由に，
Ｐ４協会への加入を拒否され，その副申書も発行してもらえなかったた
め，被告県知事に対し，漁協の組合員でないためにＰ４協会の副申書を
得ることができなかった旨の同年７月１２日付けの書面を（Ａ及びＢの
各甲１１の６，Ａ乙３の５）提出した。その時点で，被告県の担当職員
は，本件先行承継許可申請について，旧県取扱方針４(2)①の例外とし
てＰ４協会の副申書を添付しなくても許可する場合があり得るとは全く
考えていなかったため，原告に対し，Ｐ４協会の副申書を提出すること
，，，ができない理由等について具体的に説明するよう指導せずＰ４協会
Ｐ２漁協等に対する調査等もしなかった。
，，，(ウ)被告県知事は県調整規則２３条４項に基づき海区委員会に対し
本件先行承継許可申請について意見を求め，海区委員会は，同年９月２
１日付けで，被告県知事に対し，現時点では不許可処分が相当であるも
のの，原告が所定の手続を行った場合には許可されたい旨の意見を提出
した（Ａ及びＢの各甲１３。）
(エ)被告県知事は，本件先行承継許可申請について，同月２９日，原告
がＰ４協会の副申書を添付しなかったことを理由に旧県取扱方針４(2)，
①に従い，県調整規則２３条１項３号に該当するとして，本件先行承継
許可申請について不許可とする本件先行不許可処分をした。
(オ)原告は，同年１１月１１日付けで，農林水産大臣に対し，本件先行
（）。不許可処分について先行審査請求を申し立てたＡ及びＢの各甲１７
(カ)原告は，平成１２年，本件先行不許可処分の取消しを求める前訴取
消訴訟を徳島地方裁判所に提起した。その審理中である平成１３年６月
ころ，原告は，被告県知事から，Ｐ４協会に再度加入申請をしてみたら
どうかと提案されたため，再度Ｐ４協会への加入と副申書の発行を要請
したものの，原告が漁協の組合員ではないことを理由に拒否された。原
告やＰ３は，Ｐ３漁業許可の有効期間の満了に伴う許可の申請をしなか
った。徳島地方裁判所は，平成１４年３月２９日，本件先行不許可処分
が違法であるとして，これを取り消す旨の前訴１審判決をした（Ａ及び
Ｂの各甲７。）
(キ)高松高等裁判所は，被告県知事の控訴に対し，平成１４年９月２７
日，Ｐ３漁業許可の有効期間である平成１３年６月３０日が経過したこ
，，とにより前訴取消訴訟に係る訴えが訴えの利益を欠くに至ったとして
前訴１審判決を取り消し，訴えを却下する旨の前訴控訴審判決をし（Ａ
及びＢの各甲８，最高裁判所は，原告の上告及び上告受理申立てに対）
し，平成１５年２月２７日，上告を棄却するとともに，上告審として上
告を受理しない旨の前訴上告審決定をした（Ａ及びＢの各甲９。）
ウＰ４協会等について
(ア)Ｐ４協会は，β等を操業区域とする底びき網漁業の業者を構成員と
して遅くとも昭和５０年代には設立されていた任意団体であり，平成５
年度中には，上記区域の許可を受けている全船が加入するに至った。Ｐ
４協会は，会費等をもって運営され，会長をはじめとする役員が選出さ
れ，役員会，委員会，総会等が開催されている。Ｐ４協会は，休漁日を
定めたり，クルマエビの放流をしたり，減船に備えた補償金の積立てを
したり，他の漁業の業者等との間で協定を結んだりするなどの活動を行
ってきた。
(イ)Ｐ５協会は，γ海域等を操業区域とする底びき網漁業の業者を構成
員として平成４年ころ設立された任意団体であり，平成６年３月ころ，
上記区域の許可を受けている全船が加入するに至った。
エ旧県取扱方針等について
(ア)被告県知事は，昭和４６年１２月ころ，海区委員会と協議した上，
漁業法６６条１項の許可等について，漁業法や県調整規則が定める許可
要件等を判断するための基準として，旧県取扱方針を定めた。
(イ)被告県知事は，県調整規則２３条１項３号の漁業調整又は水産資源
の保護培養上必要があると認める場合に該当するか否かを判断するため
の基準について，平成６年３月ころには，底びき網漁業の許可を受けた
全漁船がＰ４協会等に加入したことから，海区委員会と協議の上，旧県
取扱方針を一部変更して，承継許可（県調整規則２８条１項）の申請等
について，β海域を操業区域とする許可についてＰ４協会の副申書の添
付をしなければ許可等をしないことなどを定めた（旧県取扱方針４(2)
①等。Ａ及びＢの各甲１２。）
(ウ)β海域を操業区域とする底びき網漁業の承継許可については，平成
９年４月から平成１２年１０月までの間に本件先行承継許可申請を含む
５７件の申請があり，本件先行承継許可申請を除く申請については，い
ずれもＰ４協会の副申書が添付されており，そのすべてが許可されてい
る（Ａ及びＢの各甲１５。）
オ他の府県の取扱い
徳島県以外の２２府県における底びき網漁業についてのＰ４協会と同様
の任意団体の有無，同漁業の許可に当たっての要件等は，別紙７調査結果
一覧表のとおりである（Ａ事件及びＢ事件の各平成１７年５月２７日付け
，，，の２２府県に対する各調査嘱託の結果Ｂ甲１９の１ないし２３Ａ乙３
２６，Ｂ乙４，５，７ないし１０の各１，２。）
(2)本件先行不許可処分の違法性について
ア漁業法は，底びき網漁業について都道府県知事の許可を要する許可漁業
とし（６６条１項，農林水産大臣において都道府県ごとに上記許可をす）
ることができる船舶の隻数等の最高限度を定めることができ，都道府県知
事において上記により定められた最高限度を超える船舶について許可をす
ることができないとした上で（同条５項，都道府県知事は，漁業調整等）
のために，漁業者の数又は資格に関する制限等について規則を定めること
ができるとしている（６５条１項。被告県知事は，上記漁業法の規定に）
基づき，底びき網漁業の許可に関して県調整規則を制定し，同２３条にお
いて，上記許可の申請について不許可事由を定めており，その定めの内容
に照らすと，不許可事由に該当するか否かの判断について，裁量権を有す
るということができる。被告県知事が上記許可の申請について上記不許可
事由に該当することなどを理由にした不許可処分が，漁業法等に照らして
不合理であって，被告県知事が漁業法により委ねられた裁量権を逸脱又は
濫用したと評価される場合には違法になるというべきである。
イ前記(1)の認定事実によれば，被告県知事は，底びき網漁業の許可ない
し起業の認可の申請について，県調整規則２３条１項３号の不許可事由で
ある「漁業調整又は水産資源の保護培養上必要があると認める場合」に該
当するか否かの判断基準について，本件先行不許可処分の当時，旧県取扱
方針として定めており，本件先行承継許可申請について，旧県取扱方針４
(2)①に従って，原告がＰ４協会の副申書を添付しなかったことだけを理
由に，県調整規則２３条１項３号に該当するとして不許可にする本件先行
不許可処分をしたものである。
漁業調整及び水産資源の保護培養等は，水産行政上重要な課題であると
ともに，海洋上での実際の漁業の操業に係る事柄でもあるから，漁業者間
の協調，漁業者の自主的な規制の制定やその遵守等によって，自主的，民
主的に実現されることを期待すべき問題であるということができる。漁業
においては，水産業協同組合法に基づき設立される協同組合である漁協が
存在し，漁協は，漁業者を構成員とする組織として，自主的な取決めを定
めて，組合員にその遵守を求めたり，組合員間の人的関係を形成すること
によって，漁業者間の円満な操業の実現を図ったりするなど，自主的な漁
業調整の役割を果たすことを期待し得る組織であるということができる。
底びき網漁業の許可の申請をした者が漁協の組合員であることや，漁協の
副申書（賛成意見を記載した書面）を得ていることなどを根拠に，漁業調
整等において支障がないと判断するのは合理的であり，別紙７調査結果一
覧表のとおり，徳島県を除く府県中に，底びき網漁業の許可において，漁
協の組合員であることや漁協の副申書等を要件とするところがあるのも，
上記のような理由によるものであると思われる。また，前記(1)の認定事
実によれば，徳島県内には，β海域を操業区域とする底びき網漁業の漁業
者を構成員とするＰ４協会が遅くとも昭和５０年代に設立され，Ｐ４協会
は，法令に基づかない任意団体であるものの，組織としての体制を整え，
休漁日を定めたり，クルマエビの放流をしたり，減船に備えた補償金の積
立てをしたり，他の漁業の業者等との間で協定を結んだりするなどの漁業
調整等を目的とした活動をしてきており，平成５年度中には，上記区域の
許可を受けている全船が加入する団体となっている。Ｐ４協会は，底びき
網漁業という同種の漁業の漁業者が会員となっている団体であることか
ら，多種の漁業の漁業者が組合員となっている漁協に比べ，底びき網漁業
についての漁業調整等を図ることをより期待し得る団体ということができ
る。このような底びき網漁業の団体であるＰ４協会の性質，組織形態，活
動実績等に照らせば，徳島県において，底びき網漁業の許可の申請をした
者がＰ４協会の会員であることや，Ｐ４協会の副申書を得ていることなど
の事情をもって，漁業調整等において支障がないと判断するのは合理的で
ある。そうすると，被告県知事において，旧県取扱方針４(2)①の定める
判断基準に従って，底びき網漁業の承継許可等の申請について，Ｐ４協会
の副申書の提出を求め，これが提出された場合に，県調整規則２３条１項
３号の不許可事由に該当しないものとして，当該申請を許可することとし
ているのは，漁業法等に照らして合理性があるというべきである。
旧県取扱方針４(2)①は，β海域を操業海域とする底びき網漁業の許可
又は起業の認可について，Ｐ４協会の副申書を添付した場合のほかは「許
可又は起業の認可はしない」と規定し，被告県知事が，底びき網漁業の承
継許可等の申請（県調整規則２８条１項）についてＰ４協会の副申書が添
付された場合に県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当しないと判
断するにとどまらず，β海域を操業区域とするものについてＰ４協会の副
申書が添付されない場合には，例外なく，同号の不許可事由に該当すると
判断すべきものとしている。前記(1)の認定事実によれば，原告がＰ４協
会の副申書を発行してもらえない理由は，原告が漁協の組合員でないこと
にあるから，旧県取扱方針４(2)①は，上記許可等において，Ｐ４協会の
副申書の添付を絶対的な要件とすることによって，漁協の組合員であるこ
とをも絶対的な要件とする意味を含むことになる。
しかしながら，漁業法や県調整規則は，申請者が漁協ほか漁業者の団体
の構成員であることを許可漁業である底びき網漁業の許可の要件として明
示していない。申請者が漁協やＰ４協会に加入等の申込みをしたにもかか
わらず，申請者に必ずしも責任があるとはいえない事由等により，漁協や
Ｐ４協会の不公正ないし不平等な判断がされたために，漁協やＰ４協会に
加入することができない事態も想定し得るのであるから，申請者が漁協や
Ｐ４協会の構成員ではないことのみから，直ちに漁業調整等の実現に支障
をきたすおそれがあるとすることは必ずしも合理性があるとはいえない。
被告県知事は，底びき網漁業の承継許可等の申請において，当該申請者に
当該許可を受けることについて異議のないことの同意を得た旨の承継承諾
書（旧県取扱方針４(2)①参照。Ａ及びＢの各甲１１の２）や，当該申請
者が上記漁業に従事していたことを証明する漁業従事証明書の添付を要求
する取扱いとしている。これらの点を併せ考慮するならば，底びき網漁業
の承継許可等の申請をした者について，従前から漁業に従事して，漁協や
Ｐ４協会に加入の申込みをするなどしたにもかかわらず，申請者に必ずし
も責任があるとはいえない事由等により加入が認められず，そのためにＰ
４協会の副申書の発行を受けることができず，これを添付することができ
なかったことが認められる場合等においても，旧県取扱方針４(2)①を形
式的に適用して，一切の例外を認めず，Ｐ４協会の副申書の添付がされて
いないことだけを理由に，上記申請について，県調整規則２３条１項３号
の不許可事由に該当するとして不許可とすることは不合理であるというべ
きである。被告県知事は，底びき網漁業の承継許可等の申請について，Ｐ
４協会の副申書が添付されていない場合であっても，旧県取扱方針４(2)
①を形式的に適用して一律に不許可とすべきではなく，申請者に対して，
Ｐ４協会の副申書の発行を受けられないというのであれば，その理由につ
いて説明を求め，漁協やＰ４協会に加入することができない具体的な事情
について説明する書面や，底びき網漁業を営むに当たってＰ４協会等の方
針に沿った行動をとることを誓約する書面等を提出させるなどし，必要に
応じて，申請者，漁協，Ｐ４協会等に対して確認や調査をした上で，県調
整規則２３条１項３号の漁業調整等の観点から不許可とすべき事由がある
といえるか否かを具体的に検討した上で許可するかどうかを判断すべきで
ある。申請者は，底びき網漁業の許可等の要件や申請手続について十分に
認識しているとは考え難いから，申請者において，自発的に具体的な事情
について説明をせず，上記書面等を提出してこなかったとしても，申請者
に対して上記の説明や書面の提出を求めないまま，Ｐ４協会の副申書が添
付されていないことだけを理由に不許可とすることは，漁業法等に照らし
て不合理であり，被告県知事が漁業法により委ねられた裁量権を逸脱又は
濫用したものとして違法であるというのが相当である。
前記(1)の認定事実によれば，原告は，被告県知事に対し，県調整規則
２８条１項に基づき，底びき網漁業の承継許可申請である本件先行承継許
可申請をした際，原告がＰ３漁業許可を承継することを承諾する旨のＰ３
名義の承継承諾書や，原告が底びき網漁業の漁船に１年間乗り子として乗
っていたことを証明する旨のＰ７名義の漁業従事証明書等を添付しただけ
で，Ｐ４協会の副申書を添付しなかったため，被告県の担当職員によりこ
れを添付するよう要請され，副申書を取得しようと試みたものの，漁協の
組合員でないためにこれを得ることができず，その旨の書面を提出したも
のである。これに対し，被告県の担当職員は，旧県取扱方針４(2)①につ
いて例外を認めることは念頭になく，原告に対し，更に漁協やＰ４協会に
加入することができない具体的な事情について説明する書面を提出するよ
う求めることも，申請者，漁協，Ｐ４協会等に対して確認や調査もしない
まま，被告県知事において，Ｐ４協会の副申書が添付されていないことを
唯一の理由として，本件先行承継許可申請を不許可とする本件先行不許可
処分をしたものである。被告県知事が本件先行不許可処分をした際の海区
委員会の意見は，本件先行承継許可申請について不許可処分が相当である
としているものの，原告がＰ４協会の副申書を添付するという手続的な要
件を充たしていないことだけを理由としており，それ以外に漁業調整等の
観点から具体的に不許可事由があることを理由としているものではない。
そうである以上，被告県知事は，本件先行不許可処分について漁業法や県
調整規則によって委ねられた許可の権限を適正に行使しなかったものとい
うべきである。加えて，前記(1)の認定事実によれば，原告は，昭和５４
年ころから，その父と共に漁業に従事しており，その父の死亡に伴って，
Ｐ２漁協における父の組合員名義を原告に変更するよう申請したものの，
その父や原告自身がＰ２漁協の一部幹部と対立していたことを理由に加入
を拒否されたものであり，原告が自ら積極的に漁業に加入しなかったわけ
ではなく，原告が漁協に加入することができないことについて，必ずしも
原告に責任があるとは認め難い事情もうかがわれる上，本件先行不許可処
分に対する原告の先行審査請求の申請書に，水産資源の保護培養等のため
に漁業法令を遵守する旨の記載があることから（Ａ及びＢの各甲１７，）
本件先行承継許可申請の際にも，原告において，被告県の担当職員からの
求めがあれば，底びき網漁業を営むに当たってＰ４協会等の方針に沿った
行動をとることを誓約する書面を提出したであろうことが推測される。そ
うだとすれば，本件先行承継許可申請については，Ｐ４協会の副申書が添
付されていないものの，原告について，県調整規則２３条１項３号の不許
可事由があるとも，他の不許可事由があるともいうことはできない。
そうである以上，被告県知事による本件先行不許可処分は，漁業法等に
照らして不合理であって，被告県知事が漁業法により委ねられた裁量権を
逸脱又は濫用したものとして違法であると認めるのが相当である。
(3)以上によれば，被告県知事が原告に対して本件先行承継許可申請につい
て旧県取扱方針４(2)①に従って県調整規則２３条１項３号の不許可事由に
該当することを理由に本件先行不許可処分をしたことは，裁量権を逸脱又は
濫用したものであり，漁業法等に反し，違法である。
３本件承継不許可処分の違法性について
(1)原告は，違法な本件先行不許可処分を受けていなければ，Ｐ３漁業許可
について承継許可を得た上，平成１３年６月及び平成１６年６月にいずれも
漁業の許可を得ることができたはずであることなどを考慮すれば，①県調整
規則２８条１項の承継許可については，申請者が，有効期間中に漁業の許可
，，を譲り受けていれば足りその後に許可の有効期間が経過した後であっても
承継許可等の申請をすることができると解すべきであるから，本件承継許可
申請は，県調整規則２８条１項に基づく申請として有効であり，②仮に，本
件承継許可申請が同項の要件に該当しないとしても，徳島県内の底びき網漁
業の許可数については，漁業法６６条３項に基づき告示が定める隻数の最高
限度をはるかに下回っていることからすれば，違法な本件先行不許可処分を
受けなければ承継許可を得ていたはずの原告による本件承継許可申請は，同
項の準用により有効であるというべきであるから，被告県知事が本件承継許
可申請について県調整規則２８条１項に該当しないことを理由に不許可とし
た本件承継不許可処分は，違法である，と主張する。
しかしながら，本件承継許可申請は，県調整規則２８条１項に基づく申請
であり（前記争いのない事実等，同申請は，底びき網漁業等の許可を受け）
た者から，その許可の有効期間中に許可を受けた船舶を譲り受けるなどして
当該漁業を営もうとする者がする承継許可の申請である。県調整規則によれ
ば，底びき網漁業等の許可には，有効期間が定められ（９条１項，県調整）
規則２８条１項に基づく許可の有効期間については，従前の許可の残存期間
に限られるのであり（同項ただし書，有効期間が満了した際には，当該許）
可は失効し，改めて許可の申請をして新たな許可を得る建前になっている。
そうだとすれば，県調整規則２８条１項に基づく承継許可等の申請について
は，従前の許可の有効期間中に申請をしなければならないと解するのが相当
であり，従前の許可の有効期間の経過後には，当該許可が失効し，残存の有
，，効期間がなく承継すべき従前の許可が存在しないことになるのであるから
もはや申請をすることはできないというべきである。申請者において，従前
の許可の有効期間中に譲り受けていれば足り，その有効期間が経過した場合
であっても，承継許可等の申請をすることができるとの原告の上記主張を採
用することはできない。本件承継許可申請において原告が承継したＰ３漁業
許可の有効期間は，平成１３年６月３０日までであり（前記争いのない事実
等，Ｐ３が上記有効期間の満了の際に改めて許可を得ていない以上，Ｐ３）
漁業許可は有効期間の経過により失効しており，本件承継許可申請が原告が
Ｐ３漁業許可の有効期間の経過後にされたものであることは明らかであるか
ら，本件承継許可申請は，県調整規則２８条１項に基づく有効な申請である
とはいえない。
このように，県調整規則２８条１項の許可があくまで従前の許可の有効期
間について許可されるものであり，その有効期間満了後には，新たな許可を
得なければならないものである以上，上記許可の申請を従前の許可の有効期
間が経過した後にもすることができると解することはできず，そのような有
効期間経過後の申請については，県調整規則２８条１項の想定するところで
はないというべきである。前記２に説示したとおり，本件先行承継不許可処
分が違法であり，原告が被告県知事により本件先行承継許可申請について許
可を得ることができたならば，基本的に，Ｐ３漁業許可の有効期間の満了時
に新たな許可を得られたと考えられるほか，徳島県内の底びき網漁業の許可
数が漁業法６６条３項に基づき告示が定める隻数の最高限度を下回っている
といった事情があり，本件承継許可申請を許可することにより漁業調整上も
特段問題が生じることがうかがわれないということができるとしても，その
ことによって本件先行承継許可申請について許可があったとみなすことがで
きるようになるわけではないから，本件承継許可申請については，県調整規
則２８条１項の要件に該当しないというほかはなく，同項に基づく申請とし
て有効であるということはできないばかりか，同項を準用して，有効である
と解することもできないというべきである。
原告の上記主張は採用することができない。
(2)以上によれば，被告県知事が本件承継許可申請について県調整規則２８
条１項に該当しないことを理由に不許可とする本件承継不許可処分をしたこ
とは，違法とはいえない。
４本件起業不認可処分の違法性について
(1)前記争いのない事実等並びに証拠（個別に記載するもののほか，Ａ及び
Ｂの各甲２１，２２，Ａ乙８，９，１２，証人Ｐ６，原告本人）及び弁論の
全趣旨によれば，以下の各事実が認められる。
ア原告ないしＰ３は，被告県知事がした本件先行不許可処分の取消しを求
めて提起した前訴取消訴訟が審理中であったことなどから，被告県知事が
平成１３年５月２５日に県調整規則８条２項に基づき底びき網漁業の許可
について定めた許可の申請期間である同年６月１日から同月１５日までの
間に（Ｂ乙１４，Ｐ３漁業許可について，有効期間（同月３０日まで））
の満了に伴う許可の申請をしなかった。
（，），イ被告県の水産課漁業調整室の担当調整漁船担当職員であるＰ６は
，，平成１６年４月同年７月に予定されていた底びき網漁業の許可に先立ち
徳島県において従前から資源管理や漁業調整上採用されていた減船等の方
針に基づく取扱いについて明文化して誤解等が生じることを防ぐため，旧
県取扱方針を改定し，底びき網漁業（一般の底びき網漁業）について，減
船によって生じた許可の空き枠分の許可をしないようにするため，被告県
知事が県調整規則８条２項に基づき定める許可の申請期間の開始日現在に
おいて許可又は起業の認可がされていない許可枠については許可しない旨
の規定（４－１）等を設けることとし，このことについて海区委員会と協
議し，異議がない旨の回答を得た。被告県知事は，同年５月６日に上記の
規定を設けた新県取扱方針を定めた（Ａ乙４，Ｂ２の１ないし３。）
ウ原告は，被告県知事が県調整規則８条２項に基づき定めた許可の申請期
間内である平成１６年６月４日，被告県知事に対し，別紙３起業認可申請
目録記載のとおり，底びき網漁業の起業の認可の申請である本件起業認可
申請をした（Ａ及びＢの各甲６。被告県知事は，原告に対し，同月１４）
日付けで，本件起業認可申請について，β海域を操業区域とするものか，
，，，γ海域を操業区域とするものかについて照会をし原告は県知事に対し
，（，）。同月１７日付けでβ海域を操業区域とする旨の回答をしたＡ乙１２
エ前記ウの許可の申請期間の開始日の前日である平成１６年５月３１日現
在において，β海域を操業海域とする底びき網漁業の許可数（起業認可数
を含む）は２２０（うち５トン以上１０トン未満のものは６６）であっ。
たのに対し，上記の底びき網漁業の許可ないし起業の認可の申請数は本件
（）起業認可申請を含めて２２１うち５トン以上１０トン未満のものは６７
であり，上記許可の申請期間の開始日の前日現在の許可数よりも１件多く
なった。このため，被告県知事は，新県取扱方針における底びき網漁業の
許可（起業の認可を含む）については，許可枠のγ海域とβ海域との相。
互間の移譲を認めないこと（４－３，被告県知事が県調整規則８条２項）
に基づき定める許可の申請期間の開始日現在において許可又は起業の認可
（），がされていない許可枠については許可しない旨の規定４－１に従って
上記の底びき網漁業の許可ないし起業の認可の申請数（本件起業認可申請
を含む）のうち１件について，県調整規則２３条１項３号の不許可事由。
に該当するものとして，不許可ないし不認可とすることにし，その際に，
新県取扱方針には，上記の場合にどの申請を不許可ないし不認可にするか
について定めがないことから，実績者（現に当該漁業の許可又は起業の認
可を受けている者）を優先する旨の県調整規則２６条２項等に基づき，本
件起業認可申請以外の申請が実績者からの申請であったため，本件起業認
可申請を不認可とすることにした。
オ被告県知事は，県調整規則２３条４項に基づき，海区委員会に対し，本
件起業認可申請について意見を求め，海区委員会は，同年６月２５日付け
で，被告県知事に対し，本件起業認可申請について，県調整規則２３条１
項３号に基づき認可しないものとする被告県知事との協議のとおりで異議
がない旨の意見を提出した（Ａ及びＢの各乙６。）
カ被告県知事は，前記オの海区委員会の意見を踏まえた上，同年６月２８
日，本件起業認可申請について，前記エのとおり，新県取扱方針４－１等
に従って，県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当することを理由
に不認可とする本件起業不認可処分をした（Ａ及びＢの各甲３。）
キ徳島県における底びき網漁業についての平成年代以降の漁業法６６条３
項に基づく農林水産大臣の定める船舶の隻数の最高限度及び許可（起業の
認可を含む）については，別紙６最高限度・許可数一覧表記載のとおり。
である（Ａ乙８，９，１２。）
(2)前記(1)の認定事実によれば，被告県知事は，底びき網漁業の許可ないし
起業の認可の申請について，県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当
するか否かの判断基準として，平成１６年５月６日に改定した新県取扱方針
，，，を定めており本件起業認可申請について新県取扱方針４－１等に従って
県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当することを理由に不認可とす
る本件起業不認可処分をしたものである。既に説示したとおり，被告県知事
は，県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当するか否かの判断をする
に当たって裁量権を有しており，底びき網漁業の許可ないし起業の認可の申
請に対する不許可ないし不認可処分については，被告県知事が漁業法により
委ねられた裁量権を逸脱又は濫用したと評価される場合に違法となるという
べきである。被告県知事が定めた新県取扱方針４－１等についてはあくまで
県調整規則２３条１項３号の不許可基準の該当性の判断における内部指針に
すぎないものであるから，これに従って判断したからといって，必ずしも適
法になるものではない。
そこで検討すると，底びき網漁業については，農林水産大臣によって漁業
法６６条３項に基づき別紙６最高限度・許可数一覧表の最高限度欄記載のと
おり許可ないし起業の認可をすることができる船舶の隻数の最高限度が定め
られ，被告県知事が上記最高限度を超えて許可ないし起業の認可をすること
ができないことにして（漁業法６６条５項，資源保護や漁業調整等が図ら）
れているということができる。さらに，前記(1)の認定事実によれば，被告
県知事は，底びき網漁業について，従前から減船の方針を採用しており，底
びき網漁業の許可ないし起業の認可において，前回の許可数から廃業等によ
り減少した許可件数分について新規に許可ないし起業の認可をせず，いった
ん減少した許可数を増加させない取扱いを採用し，資源保護や漁業調整等を
図っているものといえる。被告県知事は，平成１６年５月，旧県取扱方針を
改定して新取扱方針を定め，被告県知事が県調整規則８条２項に基づき定め
る許可の申請期間の開始日の前日現在において許可又は起業の認可がされて
いない許可枠については許可しない旨（４－１）を定めており，このような
新取扱方針の定めは，従前から採用されていた減少した許可件数分を増加さ
せないという上記取扱いについて，許可の申請期間の開始日の前日現在の許
可数を基準とする点で，その趣旨を徹底し，これを明確化したものというこ
とができる。被告県知事が底びき網漁業について減船の方針を採用すること
自体は，資源保護や漁業調整等の観点から，不合理であるとはいえず，上記
の減船の方針に基づく具体的な取扱いとして，いったん減少した許可数を増
加させないことにすることについても，これによって底びき網漁業への新規
参入が事実上不可能となるものの，減船の方針を推進するに当たって当面の
間はやむを得ない措置であるということができる。徳島県内の底びき網漁業
の許可ないし起業の認可数が農林水産大臣によって定められた最高限度数を
下回っていること等の事情があるとしても，上記新県取扱方針４－１等が，
漁業法等に照らして，直ちに不合理であるとはいうことはできない。前記の
とおり，新県取扱方針が従前から採用されていた取扱いを明確化したもので
あると認められる以上，新県取扱方針が原告の本件起業認可申請の前月に定
められたものであるからといって，原告の主張するように，本件起業認可申
請を不認可とすることを目的として定められたものと認めることはできな
い。
しかしながら，前記２に説示したとおり，被告県知事が原告に対して平成
１１年９月２９日にしたＰ４協会の副申書の添付がないことのみを理由とし
た本件先行承継不許可処分は，被告県知事が裁量権を逸脱又は濫用したもの
として，違法であるというべきであり，本件先行承継許可申請については，
副申書の点を除けば県調整規則２３条１項３号の不許可事由があるとは認め
られない以上，許可されるべきものであったということができる。原告は，
前訴取消訴訟において，Ｐ３漁業許可の有効期間が経過してしまったために
訴えの利益を欠くことを理由として，訴えを却下する判決を受け，同判決が
確定したため，本件先行不許可処分が違法であったにもかかわらず，底びき
網漁業の許可を受けて営むことができないという原告にとって酷といえる状
況に陥っている。底びき網漁業について一度許可を得た者が有効期間満了時
に新たに許可の申請をした場合に許可されなかった者はいないと認められる
（），，，こと証人Ｐ６からすれば原告は本件先行承継許可を得られていれば
Ｐ３漁業許可の有効期間の満了の際に許可の申請をすることによって，その
許可を得ることができた可能性が高く，そうであれば，平成１６年の申請期
間の開始日の前日である平成１６年５月３１日現在の許可数（起業認可数を
含む）には，原告に対する許可分も含まれることになり，本件起業認可申。
請を含む許可ないし起業の認可の申請数が平成１６年５月３１日現在の許可
数を上回ることはなく，本件起業認可申請について，新県取扱方針４－１等
によって，県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当すると判断する理
由はないことになる。別紙６最高限度・許可数一覧表によれば，底びき網漁
業のβ海域を操業区域とする許可数については，平成１３年の２４２件から
平成１６年には２２０件に減少し，農林水産大臣が定める最高限度数に対し
てもある程度余裕がある状態であるということができる。
これらの事情を併せ考慮するならば，原告は，被告県知事による違法な本
件先行不許可処分を受けたにもかかわらず，底びき網漁業の許可を受けられ
ないという酷な状況に陥ったものであり，被告県知事において違法な本件先
行不許可処分をしていなければ，本件起業認可申請について新県取扱方針４
－１等によって県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当することには
ならなかったものであるということができる。被告県知事が違法な本件先行
不許可処分をしておきながら，本件起業認可申請について新県取扱方針４－
１等を形式的に適用して県調整規則２３条１項３号の不許可事由があると判
断することは，不公平ないし不合理であり，裁量権を逸脱又は濫用したもの
と評価するのが相当である。
(3)以上によれば，被告県知事が原告に対して本件起業認可申請について新
県取扱方針４－１等に従って県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当
することを理由に本件起業不認可処分をしたことは，裁量権を逸脱又は濫用
したものとして，違法である。
５本件登録不許可処分の違法性について
(1)本件漁船登録申請に係る本件漁船の従事する漁業は，底びき網漁業であ
るから，同漁業について許可又は起業の認可がない場合には，当該漁船の登
録申請を不許可にすることになる（漁船法１１条２号，５条３号，４条１項
１号。前記３に説示したとおり，被告県知事は，原告に対し，本件漁船に）
ついての底びき網漁業の許可の申請である本件承継許可申請について不許可
とする本件承継不許可処分をしており，同処分を違法ということはできない
から，本件漁船の従事する底びき網漁業については許可がないことになるの
で（なお，本件起業認可申請は，別紙３起業認可申請目録のとおり，本件漁
船を使用することを前提としたものではない，本件漁船登録申請につい。）
ては，漁船法１１条２号の不許可事由に該当する。
(2)以上によれば，被告県知事が原告に対して本件漁船登録申請について漁
船法１１条２号を理由に不許可とした本件登録不許可処分は，違法であると
はいえない。
６損害賠償請求の可否について
(1)前記２に認定説示したところによれば，本件先行不許可処分は，被告県
知事において，本件先行承継許可申請について，旧県取扱方針４(2)①を形
式的に適用して，県調整規則２３条１項３号の不許可事由に該当することを
理由に不許可としたものであって，その裁量権を逸脱又は濫用した違法なも
のであるということができる。
しかしながら，既に認定説示したところによれば，徳島県におけるβ海域
を操業区域とする底びき網漁業については，その漁業者のすべてが漁協の組
合員であって，Ｐ４協会に加入しているほか，本件先行不許可処分の当時，
底びき網漁業の承継許可等の申請においてＰ４協会の副申書が添付されてい
なかった事例はなかったことから（Ａ及びＢの各甲１５，被告県知事にお）
いて底びき網漁業の許可について，その申請にＰ４協会の副申書が添付され
ていない場合や，その申請者が漁協の組合員でない場合等に許可をすること
は，全く想定していなかったということができる。別紙７調査結果一覧表に
よれば，２２府県中，２県を除いて，漁協の組合員ではない者に対して底び
き網漁業の許可をした事例はなく，その許可をした２県についても，従前漁
協の組合員であった者がその後脱退した事例であるから，他の府県において
も，一般的に，漁協の組合員ではない者に対して許可をすることは想定され
ていないということができる。本件先行不許可処分の根拠となった旧取扱方
針４(2)①は，海区委員会と協議した上で定められたものであり，徳島県内
の漁業関係者において，底びき網漁業の許可の申請においてＰ４協会の副申
書を添付させても不当ではないとの共通認識が形成されていたものと考えら
れる。これらの本件先行不許可処分当時の底びき網漁業についての実情や許
可の状況等にかんがみるならば，原告が漁協の組合員ではなく，Ｐ４協会の
副申書を添付していないといった事情の下で，被告県知事において，本件先
行承継許可申請について，旧取扱方針４(2)①の定めを適用して県調整規則
２３条１項３号の不許可事由に該当すると判断することが違法であると認識
することができたとは考え難く，そのような判断をしたことは，結果的に，
裁量権を逸脱又は濫用したものとして違法と評価されたとしても，本件先行
不許可処分の当時にはやむを得なかったものというべきである。そうである
以上，被告県知事において本件先行不許可処分をしたことについて過失があ
るとはいえないというのが相当である。
(2)また，前記４に認定説示したところによれば，本件起業不認可処分も違
法であるということができる。
しかしながら，被告県知事において本件起業不認可処分の根拠とした新取
扱方針４－１等が内容的に不合理であるとはいえない上，本件先行不許可処
分については，前訴取消訴訟において却下判決が確定し，取り消すなどされ
ていなかったなどの事情にかんがみるならば，被告県知事が本件起業不認可
処分について新取扱方針４－１等を適用して県調整規則２３条１項３号の不
許可事由に該当すると判断したことについては，結果的に，裁量権を逸脱又
は濫用したものとして違法と評価されたとしても，本件起業不認可処分の当
時，被告県知事において，そのような判断をすることが違法であると認識す
ることができたとは考え難い。そうである以上，被告県知事において本件起
業不認可処分をしたことについて過失があるとということはできない。
(3)その余の各処分が違法といえないことは既に説示したとおりである。
(4)以上によれば，原告の被告県に対する本件先行不許可処分及び本件各不
許可処分についての国家賠償法１条１項に基づく損害賠償請求は，いずれも
理由がない。
７まとめ
以上のとおりであるから，原告は，被告県知事に対し，本件起業不認可処分
の取消しを求めることができる（Ａ事件。原告のその余の各処分の取消請求）
及び国家賠償法に基づく損害賠償請求は，いずれも理由がない。
第４結論
以上によれば，原告の請求は，被告県知事に対する請求のうち，本件起業不
認可処分の取消しを求める部分については理由があるから認容し，その余の被
告県知事に対する請求及び被告県に対する請求はいずれも理由がないから棄却
することとし，訴訟費用の負担について，行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６
１条，６４条本文を適用して，主文のとおり判決する。
徳島地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官阿部正幸
裁判官大西直樹
裁判官高橋信慶
（別紙１）
関連法令等
１漁業法
(1)漁業調整に関する命令（６５条１項）
農林水産大臣又は都道府県知事は，漁業取締その他漁業調整のため，以下
の事項に関して必要な農林水産省令又は規則を定めることができる。
ア漁具又は漁船に関する制限又は禁止（３号）
イ漁業者の数又は資格に関する制限（４号）
(2)許可を受けない中型まき網漁業等の禁止（６６条）
ア底びき網漁業等を営もうとする者は，船舶ごとに都道府県知事の許可を
受けなければならない（１項。）
イ農林水産大臣は，漁業調整のため必要があると認めるときは，都道府県
別に前記ア（１項）の許可をすることができる船舶の隻数，合計総トン数
若しくは合計馬力数の最高限度を定め，又は海域を指定し，その海域につ
き前記ア（１項）の許可をすることができる船舶の総トン数若しくは馬力
数の最高限度を定めることができる（３項。）
ウ都道府県知事は，前記イ（３項）により定められた最高限度を超える船
舶については，前記ア（１項）の許可をしてはならない（５項。）
(3)不服申立てと訴訟との関係（１３５条の２）
農林水産大臣又は都道府県知事が第２章から第４章まで（前記(2)ア（６
６条１項等）に基づく農林水産省令及び規則を含む）の規定によってした。
処分の取消しの訴えは，その処分についての異議申立て又は審査請求に対す
る決定又は裁決を経た後でなければ，提起することができない（１項。）
２農林水産省告示
底びき網漁業の前記１(2)イ（漁業法６６条３項）に基づき定められた最高
限度数は，別紙６最高限度・許可数一覧表の最高限度欄記載のとおりである。
３漁船法
(1)漁船の登録（１０条）
漁船（総トン数１トン未満の無動力漁船を除く）は，その所有者がその。
主たる根拠地を管轄する都道府県知事の備える漁船原簿に登録を受けたもの
でなければ，これを漁船として使用してはならない（１項。）
(2)登録の基準（１１条）
その申請に係る漁船の従事する漁業が，底びき網漁業等（５条３号，４条
２号，漁業法６６条１項）に該当する場合において，その漁業につき，起業
の認可又は許可その他の処分がないとき（２号）
４徳島県漁業調整規則（Ａ乙７，Ｂ乙１）
(1)許可の申請（８条）
ア前記１(2)ア（漁業法６６条１項）等による漁業の許可（以下「漁業の
許可」という）を受けようとする者は，前記１(2)ア（漁業法６６条１。
項）等による漁業（以下「船舶ごとに許可を要する漁業」という）にあ。
っては当該漁業ごと及び船舶ごとに，別記様式による申請書を知事に提出
しなければならない（１項。）
イ後記(5)（２５条）により定数が定められた漁業（以下「定数漁業」と
いう）に係る前記アの許可の申請は，知事が定める期間中にしなければ。
ならない。ただし，後記(7)（２８条１項）等により許可の申請をする場
合は，この限りでない（２項。）
ウ知事は，前記アの期間を定めたときは，これを公示する（３項。）
エ知事は，前記アの申請書のほか，許可をするかどうかの判断に関し必要
と認める書類の提出を求めることがある（６項。）
(2)許可の有効期間（９条）
漁業の許可の有効期間は，３年とする。ただし，後記(7)（２８条１項）
等によって許可した場合は従前の許可の残存期間とする（１項。）
(3)起業の認可
ア２１条
(ア)漁業の許可を受けようとする者であって現に船舶又はおもな漁具を
使用する権利を有しないものは，船舶の建造に着手する前又は船舶若し
くは漁具を譲り受け，借り受け，その返還を受け，その他船舶若しくは
漁具を使用する権利を取得する前に，船舶ごとに許可を要する漁業にあ
っては当該漁業ごと及び船舶ごとに，あらかじめ起業につき知事の認可
を受けることができる（１項。）
(イ)前記(ア)の認可を受けようとする者は，船舶ごとに許可を要する漁
業にあっては当該漁業ごと及び船舶ごとに，別記様式による申請書を知
事に提出しなければならない（２項。）
(ウ)前記(1)イないしエ等（８条２項ないし６項）は，前記(ア)の認可
の申請に準用する（３項。）
イ２２条
知事は，起業の認可を受けた者がその起業の認可に基づいて許可の申請
，，をした場合において申請の内容が認可を受けた内容と同一であるときは
後記(4)ア(ア)ないし(ウ)（２３条１項１号ないし３号）の一に該当する
場合を除き，漁業の許可をするものとする（１項。）
(4)許可等をしない場合（２３条）
ア知事は，次の各号の一に該当する場合は，漁業の許可又は起業の認可を
しない（１項。）
(ア)申請者が２４条に規定する適格性を有する者でない場合（１号）
(イ)その申請に係る漁業と同種の漁業の許可の不当な集中に至る虞があ
る場合（２号）
（）(ウ)漁業調整又は水産資源の保護培養上必要があると認める場合３号
イ知事は，前記ア(ウ)により許可又は認可をしないときは，海区漁業調整
委員会の意見をきくものとする（４項。）
(5)許可等の定数（２５条）
ア知事は，水産資源の保護培養又は漁業取締りその他漁業調整上必要があ
ると認めるときは，前記１(2)ア（漁業法６６条１項）に掲げる漁業のう
ち前記１(2)イ（同条３項）により知事が許可することができる船舶の隻
数の最高限度が定められた漁業以外の漁業につき，漁業の許可又は起業の
認可をする数の最高限度以下定数というを定めることがある１（「」。）（
項。）
イ前記１(2)イ（同条３項）により知事が許可をすることができる船舶の
隻数の最高限度が定められたときは，当該隻数の最高限度は前記アの規定
によって知事が定めた定数とみなす。
(6)許可等の基準（２６条）
知事は，定数漁業に係る許可又は起業の認可の申請をすべて認めるとすれ
ば当該漁業の定数を超えることとなる場合において，その申請のうちに現に
当該漁業の許可又は起業の認可を受けている者が当該漁業の許可の有効期間
の満了日の到来のため改めてした申請があるときは，その申請に対して，他
の申請に優先して許可又は起業の認可をするものとする（２項。）
(7)許可等の特例
知事は，定数漁業のうち船舶ごとに許可を要する漁業の許可を受けた者か
ら，その許可の有効期間中に許可を受けた船舶を譲り受けるなどして当該漁
業を営もうとする者が，当該船舶について漁業の許可又は起業の認可を申請
した場合において，その申請が次のいずれかの場合に該当し，かつ，その申
請の内容が従前の許可に係る漁業の許可の内容と同一であるときは前記(4)，
ア(ア)ないし(ウ)のいずれかに該当する場合を除き，漁業の許可又は起業の
認可をするものとする（２８条１項。）
・当該漁業の従事者が自立して当該漁業を営もうとする場合（４号）
５底びき網漁業許可等に伴う取扱方針
(1)平成１６年５月７日施行の底びき網漁業許可等に伴う取扱方針（新県取
扱方針。Ａ乙４）
ア許可の種類（１）
(ア)底びき網漁業の許可の分類は，枠内許可（昭和３８年４月１９日農
林省告示第４９９号による知事が許可することができる船舶の隻数）と
枠外許可（自家用釣餌料の採捕を目的とする底びき網漁業）とに分類す
る。
(イ)枠内許可は，瀬戸内海における第１種共同漁業権内におけて当該漁
業の内容となり得る水産動物の採補を目的とする底びき網漁業（貝けた
）（「」。）漁業とそれ以外の底びき網漁業以下一般の底びき網漁業という
とに分類する。
イ一般の底びき網漁業（４）
(ア)許可することができる隻数（４－１）
資源管理上，減船の取組みを促進する目的で，前記４(1)イ（県調整
規則８条２項）の，知事が定める許可申請の期間の開始日の前日現在に
おいて，許可又は起業の認可がされていない許可枠については，これを
許可しない。
(イ)トン数の階層（４－２）
許可は，次のトン数階層別許可とする。
ａ総トン数５トン未満の船舶。
ｂ総トン数５トン以上１０未満の船舶。ただし，γにおける総トン数
の最高限度は，６．５トン未満とする。
ｃ総トン数１０トン以上の船舶。ただし，βにおける総トン数の最高
限度は，１３．５トン未満とする。
(ウ)海域間の許可移譲等の禁止（４－３）
許可は，γ海域又はβ海域のいずれかを操業海域とするものとし，許
可枠のγ海域，β海域相互間の移譲は認めないものとする。ただし，知
事が認めた者は，その限りでない（(1)。）
(エ)許可又は起業の認可申請の際の添付書類（４－５）
許可又は起業の認可の申請をする者は，県調整規則２７条に規定する
場合を除き，βを操業区域とする許可については，徳島県Ｐ４協会，γ
を操業区域とする許可については，Ｐ５協会の副申書を添付するものと
する。
(2)新県取扱方針の施行前の昭和４６年１２月１５日底びき網漁業許可等に
伴う取扱方針（旧県取扱方針。Ａ甲１２）
４枠内許可にかかる底びき網漁業の許可又は起業の認可は，次による場合
のほか許可又は起業の認可はしない。
(2)承継許可
①漁業の許可を受けた者からその船舶を譲り受け，借り受け又はその
返還を受け，その他船舶を使用する権利を取得する前にこの漁業を営
もうとする者が，その船舶について当該船舶の所有者及び使用権利者
の廃業とあわせて申請者に当該漁業の許可を受けることについて異議
のないことの同意を得た場合であって，βを操業区域とする許可につ
いては，徳島県Ｐ４協会，γを操業区域とする許可については，Ｐ５
協会の副申書を添付し許可又は起業認可申請をしたとき
②漁業の許可を受けた者が，その許可を受けた漁業を廃止し，申請者
に当該漁業の許可を受けることについて異議のないことの同意をした
その申請者が他の船舶により，βを操業区域とする許可については，
徳島県Ｐ４協会，γを操業区域とする許可については，Ｐ５協会の副
申書を添付し許可又は起業の認可をしたとき

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