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主文
１本件訴えのうち，被告が平成１４年９月２４日付でした原告に対する
平成１３年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度に係る法人税
の更正処分のうち，所得金額１億２３８８万７４３６円，納付すべき税
額４００３万１１００円を超えない部分の取消しを求める部分を却下す
る。
２被告が平成１４年９月２４日付でした原告に対する平成１３年１月１
日から同年１２月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち，
所得金額１億２４９０万９９９９円，納付すべき税額４０３６万０７０
０円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分のうち，３万２０
００円を超える部分（いずれも裁決により一部取り消された後のもの）
をいずれも取り消す。
３原告のその余の請求をいずれも棄却する。
４訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１当事者の求めた裁判
１請求の趣旨
(1)被告が平成１４年９月２４日付でした原告に対する平成１３年１月１日か
ら同年１２月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分及び過少申告加
算税の賦課決定処分（いずれも裁決により一部取り消された後のもの）を取
り消す。
(2)訴訟費用は被告の負担とする。
２請求の趣旨に対する答弁
（本案前）
(1)主文第１項と同旨
(2)訴訟費用は原告の負担とする。
（本案）
(1)原告の請求をいずれも棄却する。
(2)訴訟費用は原告の負担とする。
第２当事者の主張
１請求原因
(1)原告は被告に対し，平成１３年１月１日から同年１２月３１日までの事業
年度（以下，本件事業年度という。）に係る法人税について，青色の確定申
告書により，所得金額を１億２３８８万７４３６円，納付すべき税額を４０
０３万１１００円として，法定申告期限までに確定申告をした。
(2)被告は，平成１４年９月２４日付で所得金額を２億１８１３万８２２２円
及び納付すべき税額を７２３５万５２００円とする更正処分及び過少申告加
算税の額を３２３万２０００円とする賦課決定処分（以下，本件更正処分等
という。）をした。
(3)原告は，平成１４年１１月２１日，国税不服審判所長に対し，審査請求を
したところ，同所長は，平成１５年６月１２日付で，本件更正処分等の一部
を取り消す旨の裁決をし（裁決により取り消す本税の額１０２万４９００円，
加算税の額１０万３０００円，以下，本件裁決という。），原告は，そのこ
ろ，裁決書の送達を受けた。
(4)しかしながら，被告のした本件更正処分等（いずれも本件裁決により一部
取り消された後のもの，以下，同じ）は，新工場建設にかかる開発行為の許
可を受ける際に支出した用水路整備費用（以下，本件用水路整備費用とい
う。）につき，これを繰延資産に該当するとしている点で違法である。
(5)よって，原告は，本件更正処分等の取消しを求める。
２本案前の答弁の理由
(1)更正処分は，当該納税者の当該年分の課税標準・税額を全体的に変更する
処分であり，その効力は，更正処分によって決定された税額の全部に及ぶも
のと解すべきである。そうすると，更正処分取消しの訴えの訴訟物は，当該
更正処分で決定された税額の全体に及ぶことになるが，その税額のうち，申
告税額を超えない部分については，納税者が自ら納税義務を確定させている
のであるから，その部分については，訴えの利益はない。
(2)よって，原告に対する平成１４年９月２４日付の更正処分のうち，原告の
申告額を超えない部分の取消しを求める部分については，却下されるべきで
ある。
３本案前の答弁の理由に対する認否・反論
本案前の答弁の理由は争う。
更正処分の後に増額再更正処分がなされた場合には，再更正処分によって全
体の税額が決定され，当初の更正処分は再更正処分に吸収されて消滅すること
になるから（吸収説），当初の更正処分に対する取消しの訴えが係属中に増額
再更正処分がなされると，その訴えは却下されるので，納税者は改めて再更正
処分に対する取消しの訴えを提起しなければならない。
しかしながら，納税申告の後に更正処分がなされた場合については，吸収説
によるのは正当ではない。納税申告と更正処分の場合においては，納税申告に
対する救済手続である「更正の請求」を棄却する処分に対する取消しの訴えの
係属中に増額再更正処分がなされても，従前の訴えはそのまま維持され，これ
に加えて増額再更正処分取消しの訴えが提起されると，２つの訴えは異なる要
件のもとにそれぞれ並行して審理されなければならない。
本件の場合，原告は確定申告によって確定された税額には不服がなく，更正
処分によって増額された税額に対してだけ訴訟を提起しているのであり，この
場合にも吸収説によるのが不当であることは，明らかである。
さらに，本件訴訟の審理の対象は，確定申告後の更正処分によって増額され
た部分（ただし，本件裁決によって一部取り消された部分を除く。）であるか
ら，被告の主張は理由がない。
４請求原因に対する認否
(1)請求原因(1)，(2)の各事実は認める。
(2)同(3)の事実のうち，原告がそのころ裁決書の送達を受けたことは不知，
その余は認める。
(3)同(4)は争う。
５被告の主張
(1)前提となる事実関係
①原告は，昭和２８年４月２４日に設立された清涼飲料水の製造販売を業
とする法人であり，代表取締役は，Ａである。
原告の本店所在地は，従前，福岡市α××番２７号であったが，平成１
４年６月３０日，肩書住所地に移転した。
②原告は，平成１２年１０月６日，肩書住所地付近に所在する土地に新工
場を建設するための開発行為の許可（以下，本件許可という。）を受け，
その後，同年１１月１５日，平成１３年１月１６日，同月２９日，同年８
月８日及び平成１４年２月８日，開発行為の変更許可を受けた。
なお，前原市長は，福岡県知事宛の本件許可に係る開発行為許可申請書
を平成１２年７月３１日に収受した。
③原告は，上記新工場建設用地を南北に流れる中央用水路の一部を通路と
して使用するため，前原市長に対し，平成１２年６月１６日付で占用申請
を行い，同市長は，平成１３年３月８日付で占用許可をした。
④ア原告は，平成１４年２月２１日，被告に，新工場建設に伴って支出し
た費用（本件用水路整備費用を含む。）の取扱いについて照会した。
イ被告は，法人税法基本通達７－３－１１の２に照らして，すべて繰延
資産として償却すべきであり，国等に対する寄附金とは認められないと
回答した。
ウ被告の回答にもかかわらず，原告は，本件事業年度において，本件用
水路整備費用１億０２１８万７６９７円を寄附金として損金の額に算入
した。
(2)課税の経緯
①原告は，本件事業年度に係る法人税について，法人税の確定申告をし
（請求原因(1)），被告は，本件更正処分等を行った（請求原因(2)）。
法人税法３７条４項（本件更正処分等の当時は，３項）１号には，「地
方公共団体に対する寄附金」の額については，その支出をした事業年度の
損金の額に算入される旨規定されているが，同号により損金の額に算入さ
れる寄附金とは，名義のいかんを問わず，対価性のない金銭その他の資産
又は経済的利益の給付又は供与をいうものと解されており，地方公共団体
に提供された金銭その他の資産又は経済的利益の給付又は供与であっても，
その寄附によって設けられた設備を専属的に利用することその他特別の利
益が寄附をした法人に及ぶと認められるものについては，対価性を有する
ため，同号により損金の額に算入される寄附金の額から除くこととされて
いる。被告は，原告の本件用水路整備費用については，対価性を有するこ
とから，寄附金に該当しないと判断した。
そして，被告は，法人税法施行令１４条１項９号イにより，上記費用は，
繰延資産に該当すると判断し，法人税法基本通達７－３－１１の２(3)（宅
地開発等に際して支出する開発負担金等）を適用し，償却期間を８年とし
た。
②原告は，審査請求を行い，国税不服審判所長は，本件裁決をしたが（請
求原因(3)），本件裁決も，本件用水路整備費用を寄附金ではなく，繰延資
産と認定したが，償却期間を６年としたため，一部取消がなされた。
③原告は，本件裁決を不服として，平成１５年９月１６日，福岡地方裁判
所に本件訴訟を提起した。
(3)本件更正処分等の適法性
①本件用水路の位置関係，機能による便益について
本件用水路（別紙図面１（甲１９の２９）の水色の線，このうち，工場
中央部に存在するのが中央用水路，南側に存在するのが南側用水路であ
る。）は，すべて原告の工場に接着しており，このような本件用水路の位
置関係及びその役割からすると，本件用水路の整備によって第１次的に便
益を受けるのは原告である。本件用水路の整備が不十分であれば，用水路
からの溢水，用水路の決壊などの被害が生ずる危険があり，これにより敷
地への浸水，地盤の崩壊等の被害に晒されるのは，原告の工場である。
なお，原告は，用水路からの溢水や工事用敷地への浸水はあり得ない旨
主張するが，用水路には，雨水のみならず，上流の土砂，木材，ごみ等が
流入することにより，容易に溢水することは，経験則上明らかであり，ま
た，工場の基礎工事が不十分であれば，地盤の崩壊の危険が生ずることも
あり得るのであって，本件用水路の整備によって，原告が便益を受けてい
るのは明らかである。
他方，原告は，新工場建設用地が埋立てにより堤防よりも１メートル高
くなったため，本件新工場建設用地南側の上流地域の水田に水没の危険を
生じさせたことを自認しているところ，南側用水路の水は，周囲の川原川，
端梅寺川には注がず，すべて中央用水路に注ぐ構造になっており（甲１９
の３，６），南側用水路及び中央用水路の深さ，幅が水量に応じて拡張さ
れていることから，河川氾濫による原告の損害を回避するとともに，周辺
住民に対する損害賠償責任を回避する役割を担っているのであり，将来の
賠償問題が生ずるおそれを極力回避することを視野に入れて，本件用水路
の整備を行ったものである。
②本件許可を受けるための不可欠の費用であること
前原市開発行為等に関する指導要綱１８条（乙７）は，事業主は，開発
事業施行前に地元住民及び利害関係者に対し，開発等の計画，工事の施工
方法，災害及び公害の防止対策，その他について協議し，開発事業に伴う
紛争が生じないように留意するとともに，紛争が生じた場合は責任をもっ
てこれを解決しなければならない（１項），事業主は前項の協議の際，必
要なものについては，同意又は承諾を得なければ開発事業に着手してはな
らない（２項）と定めている。また，都市計画法３２条１項は，開発許可
を申請しようとする者は，あらかじめ，開発行為に関係がある公共施設の
管理者と協議しその同意を得なければならないと定めている。したがって，
原告が本件許可を受けるためには，地元住民及び前原市の同意が不可欠で
あった。
そして，原告の新工場は，川原川，端梅寺川に挟まれた約７万平方メー
トルの中州部分を埋め立てて建設されたのであるが，中州部分は，従来，
大雨の際に遊水機能を果たしていたことから，新工場建設に当たって，近
隣の住民から，大雨等による洪水被害等の発生を懸念し，万全の対策を講
じることや被害発生時には十分な補償を行うことを要望する意見書が原告
に提出されていた（乙８，９）。そこで，原告は，近隣住民との協議を行
い，洪水被害等の発生を防止するための万全の対策を講じる約束をしなけ
れば，地元住民の同意，ひいては，前原市の同意を得ることはできなかっ
た。
こうした状況下において，原告は，近隣住民の水路の位置を変えないで，
しかも，水害発生防止のため，拡幅，補強をしてもらいたいとの強い要望
を受け入れ，本件用水路の拡幅，補強工事を行った。
そうすると，本件用水路の整備が地元住民の強い要望によるものである
としても，これを受け入れなければ，新工場建設用地の埋立ての同意を得
ることができず，ひいては，前原市から本件許可を得ることは不可能であ
った。したがって，本件用水路整備費用は，前原市から本件許可を受ける
ために不可欠の対価であった。
③暗渠構造について
建設省所管国有財産事務の手引（乙６，７７ページ）によれば，付替水
路は原則として開渠とすべきところ，原告は中央用水路に分断されている
新工場建設用地を有効利用するための通路を確保する必要から，地元住民
の了解を得て，前原市長に対し，原則に反した暗渠構造として許可するよ
う求めていた。すなわち，原告は，元々，新工場建設用地を分断する水路
の付替を希望していたが，地元住民の反対からこれが適わず，その代替手
段として，中央用水路を残し，原則として許可されない暗渠構造とするこ
とを計画し，地元住民の了解を得て，前原市長に許可を求めたのである。
このように，新工場建設用地を分断する中央用水路を暗渠構造にするこ
とによって，工場が東側と西側に分断されることを防ぎ，中央用水路の上
部を通路として有効利用することも可能になるのであるから（自動車加重
２５トンのトラックが通行可能の程度に整備された。），原告が便益を受
けるために中央用水路整備費用が支出されたことは明らかである。
原告は，原告が中央用水路の一部の上を通行しているのは，前原市長か
ら通路の占用許可を受け，３年間４０万０８７６円の使用料を支払って得
ている便益であり（甲１４の１），中央用水路から受ける便益には当たら
ないと主張するが，上記使用料は，中央用水路の上部の通路を原告が独占
的・排他的に使用することの対価に過ぎないのであり，中央用水路を暗渠
構造にしなければ，原告がその上部を通路として利用することはできず，
したがって，独占的・排他的使用の許可を得ることもできなかったのであ
るから，中央用水路を暗渠構造とするための費用が，原告に便益を与えて
いることは明らかである。
なお，原告は，暗渠構造にした理由の１つは，原告の従業員の転落防止
であり，まさに原告の便益を図ることにあったことを自認するものである。
また，付近住民の転落防止というもう１つの理由については，将来の賠償
問題を極力回避するという視点が含まれており，これも原告の便益と評価
することができる。
さらに，原告は，新工場建設の際，工場立地法による緑地の制限があり，
中央用水路上の通路部分以外が緑地帯であり，この緑地帯部分を含めて工
場立地法の制限をクリアすることを前提として，工場立地法に基づく申請
書等を作成していた。原告は，中央用水路を暗渠構造にすることによって，
その上部の通路以外の占用許可を受けていない部分を造成計画の段階で，
緑地帯として確保して，工場立地法に基づく緑地面積率をクリアしたので
あり，占用許可を受けていないといいながら中央用水路の通路部分以外の
緑地帯からも便益を受けているのである。
なお，β工場工場全体見取図（乙１１，５枚目）及び緑地求積図（乙１
３の３）によれば，工場の外縁部はすべて緑地帯となっており，しかも，
中央用水路が暗渠構造から開渠構造になる部分において，新たな建物が建
築中であり，新たに中央用水路上部の緑地帯部分に相当するだけの緑地帯
を設置すべき遊休地はない。
④中央用水路等に排水していること
原告は，工場用水，生活排水を浄化施設から中央用水路に，ボーリング
の水質検査の余水を南側用水路にそれぞれ排水しているのであり，この点
でも，原告が本件用水路から便益を得ていることは明らかである。
原告は，中央用水路に排水することにより便益を受けたのではなく，逆
に不利益を受けたと主張するが，原告主張のような行政指導がなされた事
実はない上，仮に，そのような行政指導があったとしても，原告は，前原
市から開発許可を受けるために，これに従い，福岡県知事に対しては，自
ら，「新工場の汚水は浄化槽にて処理を行い中央の水路に放流する」旨記
載した開発行為許可申請書を提出するなどこれを受忍しているのであるか
ら，行政指導に不満があるからといって，原告が便益を得ていることを否
定することはできない。
⑤以上のとおり，①本件用水路の位置関係，機能からみて，原告が第１次
的に便益を得ており，②本件用水路整備費用は，本件許可を受ける前提と
しての地元住民の同意を得るための不可欠の費用であり，③中央用水路を
暗渠構造にしたのは，原告が水路上部を通路等として有効利用するために
不可欠であり，④原告は工場排水等を中央用水路等に排水し便益を得てい
るのであるから，本件用水路整備費用は，原告が便益を受ける公共施設の
工事費用の支出であり（法人税法施行令１４条１項９号イ），当該支出に
は，対価性がある。
よって，本件用水路整備費用は，寄附金ではなく，繰延資産であるから，
本件更正処分等は適法である。
(4)法人税の計算過程及び根拠
別紙「法人税の計算過程及び根拠１」のとおり
(5)結論
以上のとおり，本件更正処分等は適法であって，原告の主張は理由がない。
６被告の主張に対する認否・反論
(1)被告の主張(1)，(2)の各事実は認める。
ただし，(1)④イ，(2)①については，被告が本件用水路整備費用を寄附金
とは認められないと回答したのは，更正処分に付記された理由によるもので
あった。
(2)①同(3)①の主張のうち，本件用水路の位置関係は認めるが，その余は争
う。
原告は，新工場建設用地を造成するに際し，その東側に接する川原川と
西側に接する端梅寺川の堤防より約１メートル高くなるように埋め立てた。
そのため，水路からの溢水や工場敷地への浸水はあり得ない。また，水路
自体の決壊や地盤の崩壊を防ぐためであれば，水路に沿って擁壁を設置す
ればよいのである。原告が本件用水路を整備したのは，大雨が降った場合
に新工場建設用地により雨水がせき止められ，南側上流地域にある水田が
水没することを防ぐためである。
なお，被告は，南側用水路の拡幅について，原告は河川氾濫の際の農作
物に対する被害の補償責任を回避するという意味で便益を受けていると主
張するが，原告は，付近の田畑の農作物に対する被害を防止すべく拡幅を
行ったのであり，それにより補償責任が回避されるというのは派生的効果
に過ぎない。
②同②の主張は争う。
被告の主張は，被告が本件更正処分において行った主張と同趣旨である
が，それが不当であることは，本件裁決の次の判断からも明らかである。
「原処分庁は，請求人が本件用水路整備費用の支出の対価として本件許
可を得るという特別の利益を受けていることを理由として，本件用水路整
備費用が繰延資産に該当し，寄附金には該当しないとしているが，宅地開
発等の許可を受けるために地方公共団体に対して，その宅地開発等に関連
して支出されたものであっても，開発地域外であり，かつ，利用関係もな
い公共的施設の建設等のように対価性の認められない支出があることにか
んがみれば，当該理由は相当でなく，その趣旨から法人税基本通達７－３
－１１の２は，本文かっこ書において，当該負担金等から純然たる寄附金
の性質を有するものを除いているところである。」
③同③の主張のうち，中央用水路の一部が暗渠構造であることは認めるが，
その余は争う。
中央用水路は，南側の暗渠部分と北側の開渠部分とがあるが，被告の主
張は，開渠部分には当てはまらない。
また，中央用水路のうち，暗渠部分は，現在，その上部は，通路部分と
緑地帯部分からなっている。通路部分については，通路として利用するた
めだけであれば，橋梁構造でもよく，現に，工場への引込み道路のうち，
川原川をまたぐ部分には橋が架けられている。被告の主張は，暗渠にしな
ければ通路にできないことを前提にするようであるが，そのようなことは
ない。
中央用水路のうちの南側部分は，造成計画の段階で，既にボックスカル
バートを採用することが決定され，暗渠構造にすることになっていたので
あり，それは，通路以外の部分を緑地帯にするためであったと考えられる。
すなわち，現在の工場用地の地表は，ボックスカルバートの底面（もとあ
った素堀の水路の底の高さと同じ）から計ると約３メートルの高さである
から，原告の従業員（工場用地に接する部分）や付近の住民（道路に接す
る部分）の転落を防ぐため，暗渠構造にし，地表に樹木を植栽して緑地帯
にすることにしたと考えられる。なお，原告は，緑地帯部分の占用許可を
受けておらず，同部分を使用することはできない。
大規模開発の場合，開発区域内にある水路や里道等の公共施設は付替又
は払下を行うのが通常である。本件の場合，里道については，払下がなさ
れたが，原告としては，水路についても付替を行い，中央用水路の位置に
あった素堀の水路を閉鎖し，上流（南側）からの水を川原川に排水する予
定であったが，周辺の住民が従前の位置に水路を残すように強く要望した
ため，原告がこれを受け入れて，中央用水路が設置されたのである。
したがって，中央用水路を暗渠構造にするかどうかという以前に，中央
用水路が残り，工場用地がこれによって２分されたこと自体が原告にとっ
て不利益となるのである。
なお，原告が中央用水路の一部の上を通行しているのは，前原市長から
通路の占用許可を受け，３年間４０万０８７６円の使用料を支払って得て
いる便益であり（甲１４の１），中央用水路から受ける便益には当たらな
い。
被告は，中央用水路の上に設置された緑地部分を加えないと全体の緑地
部分の面積が本件工場用地の面積の２０パーセントを超えないと主張する
もののようであるが，緑地部分の面積を工場用地の２０パーセント以上に
しさえすればよく，これをわざわざ工場用地の中央部に設置しなければな
らないということはなく，中央用水路が設置されていなければ，その上の
緑地部分に相当する分を工場の外縁部に設置すればよいのであるから，本
件工場用地を分断する中央用水路上の緑地部分は，本件工場の利便性を阻
害するものである。
④同④のうち，原告が工場用水，生活排水を浄化施設から中央用水路に，
ボーリングの水質検査の余水を南側用水路にそれぞれ排水していることは
認めるが，その余は争う。
原告としては，中央用水路の拡幅がなくても，これらの排水をすること
ができたのであるから，中央用水路の拡幅によって便益を受けたことには
ならない。
原告の浄化施設は，本件工場用地の南東角に位置しており，原告として
は，浄化施設から直接東側の川原川に放流する方が，パイプ敷設の距離が
短く費用も安いにもかかわらず，前原市の行政指導に従って（甲１０の５
項，甲１１の３項），浄化施設から遠い中央用水路までパイプを敷設せざ
るを得なくなり，そのための費用も増大したのであって，中央用水路に放
流することによって便益を受けるどころか，不利益を受けたのである。
ボーリングの水質検査の余水の排水は，一時的なものに過ぎず，南側用
水路の拡幅がなかったとしても可能なものである。
なお，中央用水路の機能は，主として，南側の田からの農業用水，雨水
の排水である。
⑤同⑤の主張は争う。
なお，本件における原告の確定申告は，青色であり（乙１），被告の本
件更正通知書（乙２）には，本件用水路整備費用が繰延資産に該当する理
由について，「用水路整備費用についても，新工場の建設に際して行った
開発許可申請において，都市計画法第３２条に基づき前原市の同意協議を
求めるために支出したものであり，自己が便益を受けるために支出する費
用であることから，繰延資産に該当することとなります」と附記されてい
るところ，被告は，本件訴訟において，被告の主張(3)①ないし④のとおり
主張しているが，②以外は，本件更正通知書に附記された理由と同一性の
ないものであり，②は，本件更正通知書に附記された理由を大幅に補充し，
拡張したものであって，同一性がなく，差し替えは許されない。
(3)同(4)については，本件用水路整備費用を繰延資産であるとし，寄附金と
認めていない点を争う。
(4)同(5)は争う。
第３判断
１被告の本案前の答弁について
請求原因(1)の事実は，後記２のとおり当事者間に争いがないから，申告税額
を超えない部分については，原告自らが納税義務を確定させているということ
になり，その部分については訴えの利益がないというべきである（福岡高等裁
判所平成元年３月１６日判決）。なお，原告も，本件訴訟が，右部分について
の取消しを求めるものではないことを認めている。
２請求原因(1)，(2)の各事実，同(3)の事実のうち，原告が平成１４年１１月２
１日，国税不服審判所長に対し，審査請求をしたところ，同所長が本件裁決を
したことは当事者間に争いがなく，証拠（甲１，２）と弁論の全趣旨によれば，
同裁決書謄本は，平成１５年６月１９日ころ，原告に送達されたことが認めら
れる。
３被告の主張(1)，(2)の各事実は，当事者間に争いがない。
４本件更正処分等の適法性について（被告の主張(3)）
本件の争点は，本件用水路整備費用が，繰延資産に該当するか（被告の主
張），寄附金に該当するか（原告の主張）である。
(1)上記２，３の争いのない事実と証拠（甲２，９ないし２５（枝番を含む。
以下，同じ），乙２，５，７ないし１５，原告代表者）及び弁論の全趣旨に
よれば，以下の事実が認められる。
①本件用水路整備費用は，本件許可にかかる開発地域内及び開発地域に隣
接している既存の用水路を拡幅整備した費用であり，その工事のうち，中
央用水路に施工された工事は，既存の用水路を掘削し，コンクリート製の
基礎を造り，その上部に１辺１．５メートルのボックスカルバート（暗
渠）を埋め込み，その上に約２．５メートル覆土し，表面をコンクリート
敷きとし，７か所の通路以外は，回りを縁石で囲い，その内側に植栽し，
緑地帯にするというものであった（なお，原告は，中央用水路上の緑地帯
の面積を含めて，工場立地法の緑地面積率２０パーセントを超えるとして，
工場立地法に基づく申請（乙１３）をしている。）。
②新工場建設用地付近の従前の状況は，別紙図面２（甲１５）のとおりで
あり，新工場建設後の状況は，別紙図面１（甲１９の２９）のとおりであ
る。本件用水路は，別紙図面１の水色線付近に存在し（工場中央部に存在
するのが中央用水路，南側に存在するのが南側用水路である。），矢印の
ように水が流れている。
本件新工場建設用地は，西側の瑞梅寺川と東側の川原川に挟まれた中州
部分（約７万平方メートル）であったため，原告は，河川が増水しても新
工場が冠水することのないよう，両川岸の堤防の高さより約１メートル高
くなるように埋め立てることにした。
また，原告の当初の計画では，水路については付替を行い，現在の中央
用水路の位置にあった素堀の水路を閉鎖し，上流（南側）から流れてくる
水を川原川に排水することになっていた。
③原告が，新工場建設用地の農業振興地域除外申請を行ったところ，近隣
に所在するγ町内会は，原告に対し，平成７年１０月，「農業振興地除外
申請の条件付承諾に対する意見書」（乙８）を提出し，農業環境及び災害
防止の観点から，用地を埋め立てるに際し，大雨による上流からの洪水に
より農地，農作物等に被害が発生しないよう，用水路の拡幅を含めての工
事について十分な調査を行い工事に着手すること，原告が埋立工事を行っ
た後，大雨等による河川決壊等で農地，農作物等に被害が発生した場合，
原告は，地権者に対し十分な補償を行うこと等の条件を付けて，農業振興
地域除外申請につき承諾した。
また，地元農業委員，δ行政区長，δ農区長，δ水利委員らも，平成７
年１１月６日，同趣旨の意見書（甲１２）を提出した。
そのため，原告は，近隣住民等の要望を受け入れ，水路の付替をしない
こととし，大雨が降った場合に，南側上流域の農地や農作物に水没による
被害が及ばないように，水害防止を可能とする程度の流量を確保した上で，
従前の水路の位置に中央用水路を設置するとともに，南側用水路を整備す
ることにした。
④原告は，平成１１年１０月１８日に，福岡県土木部用地課と協議を行っ
たが，その際，福岡県は，原告に，中央用水路は，計画では暗渠であるが，
管理上の問題があるため，原則として認められないものの，暗渠であって
も適切な維持管理ができる構造であれば認めることも考えられるため，暗
渠にできるのかどうか，できるとすれば，どのようなものかについて検討
すること，中央用水路には外部から入れるようにする必要があること，中
央用水路は，全面占用することはできないが，必要最小限の横断通路部分
の占用は可能であること等を伝えた。
⑤前原市開発行為等に関する指導要綱第５条には，「事業主は，関係法令
等による申請又は届出を行う前若しくは開発事業を施行する前に，本要綱
に基づく公共・公益施設の基本計画及び費用負担ならびに維持管理等につ
いて協議し，市長の同意を得なければならない」と規定されているところ，
原告は，前原市長に，平成１１年１１月８日付の「中央水路の暗渠化及び
堤防敷き埋立，公園の設置について協議書」（乙５）を提出した。その内
容は，用水路について，地元協議の中で，付替を含めたルートの変更を要
望してきたが，現況どおりとの地元の要望が強く，現在の位置を変えずに
施工することとする，新工場用地の利用の面から，中央用水路を暗渠構造
とすることで地元の了解を得ている，用水路敷きについて必要最小限の幅
を通路として占用許可を得たいというものであった。
⑥原告が前原市長に対し，平成１２年６月１２日，開発行為に関する協議
を求めたところ，前原市農林土木課長は，同月１３日，都市計画法３２条
の協議書締結の事前確認として，大雨等の被害に関し，関係者と十分協議
すること，中央用水路に布設するボックスカルバートについては，一体利
用しないこと（で施工に同意する），占用については，必要最小幅で申請
を行うことという条件を付して，協議事項に同意し，その旨の書面（乙１
０）を作成した。
⑦原告代表者は，平成１２年６月６日，新工場建設予定地内の里道につき，
国と売買契約を締結した（甲２５）。
また，原告は，中央用水路の上の一部を通路として使用するため，前原
市長に対し，平成１２年６月２２日付で占用申請（甲１４の２）を行い，
同市長は，平成１３年３月８日付で占用許可（甲１４の１）をした（占用
許可面積３７６．７平方メートル，占用許可期間平成１２年１１月１５日
から平成１５年３月３１日まで，使用料４０万０８７６円）。
⑧原告は，平成１２年１０月６日，新工場建設用地に新工場を建設するた
めの本件許可を受け，その後，同年１１月１５日，平成１３年１月１６日，
同月２９日，同年８月８日及び平成１４年２月８日，開発行為の変更許可
を受けた。なお，前原市長は，福岡県知事宛の本件許可に係る開発行為許
可申請書を平成１２年７月３１日に収受した。
⑨原告は，新工場の汚水を浄化槽で処理し，中央用水路へ放流することに
しており，福岡県知事に提出した本件許可に係る上記開発許可申請書にそ
の旨記載した。
原告の新工場の浄化施設は，本件工場用地の南東角に位置しており，原
告としては，浄化施設から直接東側の川原川に放流する方が，パイプ敷設
の距離が短く費用も安かったが，前原市の行政指導（甲１０の５項，甲１
１の３項）に従って，浄化施設から遠い中央用水路までパイプを敷設し，
中央用水路に排水することになった。
⑩前原市長は，平成１４年１１月１８日，原告が本件許可に当たり行った
本件用水路工事については，完成後，地元農業者の農業用水路として専ら
利用されており，原告は利用していないのであって，当初の工場建設に必
要があったためではなく，地元の要望にこたえるものであったとの原告の
申出（甲１３の１）に関し，そのとおり相違ない旨回答（甲１３の２）し
た。また，そのころ，前原市ε水利組合長，前原市ε行政区長会会長も，
前原市長と同様の見解（甲１３の３，４）を示した。
⑪前原市長は，審査請求手続の際の国税不服審判所からの照会に対し，用
水路の整備については，法令又は条例等を根拠とするものではないが，開
発区域及び隣接地に未整備水路があり，開発申請に当該未整備水路の整備
計画がない場合は，行政指導として整備を要請することとしており，また，
平成１４年１１月１８日，上記のとおりの回答をした理由について，中央
用水路等については，地元の要望どおり，付替を行わず現況の位置とし，
水路断面の決定が上流域からの流出量に大きく作用されており，開発区域
内の水路占用を車両通行部分しか許可せず，原告の敷地として一体利用で
きなくなっていることからである旨回答した（甲２）。
⑫原告は，現在，工場用水，生活排水を浄化施設から中央用水路に排水し
ており，ボーリングの水質検査の余水を一時的に南側用水路に排水してい
る。
(2)①繰延資産とは，法人が支出する費用のうち支出の効果がその支出の日以
後１年以上におよぶもので政令で定めるものをいい（法人税法２条２４
号），政令で定める費用のうちの１つとして，自己が便益を受ける公共的
施設又は共同的施設の設置又は改良のために支出する費用で支出の効果が
その支出の日以後１年以上に及ぶものと規定され（法人税法施行令１４条
１項９号イ），自己が便益を受ける公共的施設又は共同的施設の設置又は
改良のために支出する費用は，法人が自己の必要に基づいて行う道路，堤
防，護岸，その他の施設又は工作物の設置又は改良のために要する費用と
されている（法人税基本通達８－１－３）。
一方，寄附金とは，寄附金，拠出金，見舞金その他いずれの名義をもっ
てするかを問わず，法人がした金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与
又は無償の供与をいい，その額は，贈与した金銭の額若しくは金銭以外の
資産のその贈与の時における価額又は経済的な利益のその供与の時におけ
る価額によるとされ（法人税法３７条７項），法人が各事業年度において
支出した寄附金のうち，損金算入限度を超える部分の金額は，損金の額に
算入されないが（同法３７条３項），国又は地方公共団体に対する寄附金
の場合，寄附金の合計額（その寄附をした者がその寄附によって設けられ
た設備を専属的に利用することその他特別の利益がその寄附をした者に及
ぶと認められるものを除く。）は，寄附金の損金算入限度額の計算の基礎
となる寄附金に算入されず，その支出の時の損金の額に算入される（同法
３７条４項１号）。
②そこで，上記(1)認定の事実を前提として，本件用水路の整備が原告の必
要に基づいて行われたか否か，原告が本件用水路の整備により便益を受け
るか否かについて，以下，検討する。
原告の当初の計画では，水路については付替を行い，現在の中央用水路
の位置にあった素堀の水路を閉鎖し，上流（南側）から流れてくる水を川
原川に排水することになっていたものの，近隣住民等の強い要望等により，
原告が本件用水路の整備を行うことになったのであり，専ら原告の必要に
基づいて行われたとはいえない。しかしながら，本件用水路の整備につい
ては，近隣住民等の要望，前原市や福岡県の行政指導等の制約の下でのや
むを得ない選択であったとしても，原告の新工場建設用地の埋立てに始ま
る新工場建設計画の中に組み込まれたもので，最終的には，原告の意思に
基づくものであるというべきである。そうすると，原告にとっては，新工
場建設用地の分断を避け，一体的に利用することを可能にするため，本件
用水路の整備を選択する場合にも，可能な限り，当初の計画である本件水
路の付替の場合と近い状態が望ましいのであり（そのためにどのような工
事を，どのくらいの費用をかけて行うかも，最終的には，原告の判断によ
る。），これを実現するために，上記認定のとおり，中央用水路の上部を
通路として有効利用することを可能にするべく，占用許可を受けることを
予定した上で，中央用水路の一部を暗渠構造にするなどの工法を採用し，
本件用水路の整備を行ったものというべきであるから，原告にも，本件用
水路の整備の必要があったということができる。
また，原告の埋立てによって，新工場建設用地が両川岸の堤防より約１
メートルの高さにまでかさ上げされたことによって，南側上流域の農地等
が洪水等によって被害を受ける可能性が生じたため，これを回避し，水害
を防止するためにも，本件用水路の整備が必要とされたのであり，この点
から考えても，原告にも，本件用水路の整備の必要があったということが
できる。
しかも，前原市開発行為等に関する指導要綱１８条は，事業主は，開発
事業施工前に地元住民及び利害関係者に対し，開発等の計画，工事の施工
方法，災害及び公害の防止対策，その他について協議し，開発事業に伴う
紛争が生じないように留意するとともに，紛争が生じた場合は責任をもっ
てこれを解決しなければならない（１項），事業主は前項の協議の際，必
要なものについては，同意又は承諾を得なければ開発事業に着手してはな
らない（２項）と定めており（乙７），また，都市計画法３２条１項は，
開発許可を申請しようとする者は，あらかじめ，開発行為に関係がある公
共施設の管理者と協議しその同意を得なければならないと定め，また，上
記指導要綱第５条は，事業主は，関係法令等による申請又は届出を行う前
若しくは開発事業を施行する前に，本要綱に基づく公共・公益施設の基本
計画及び費用負担並びに維持管理等について協議し，市長の同意を得なけ
ればならないと定めているところ（上記認定のとおり），原告の新工場は，
中州部分を埋め立てて建設される計画であったため，近隣住民等が大雨に
よる洪水被害等の対策を講じることを要望していたことから，原告は，そ
の要望を受け入れ，水路の付替をしないで，水害発生防止のため，本件用
水路の整備を行ったものであり，本件用水路の整備をしなければ，新工場
建設用地の埋立ての同意を得ることが困難であり，ひいては，前原市から
本件許可を受けることも困難であったはずであるから，本件用水路の整備
は，前原市から円滑に本件許可を受けるという原告の必要に基づくもので
あったといえる。
さらに，原告は，現在，工場用水，生活排水を浄化施設から中央用水路
に排水しており，ボーリングの水質検査の余水を南側用水路にそれぞれ排
水していることは，上記のとおりであるから，原告は，本件用水路の整備
による便益を受けていることになる。
③もっとも，自己が便益を受ける公共的施設又は共同的施設の設置又は改
良のために支出する費用であっても，寄附金に該当するものは繰延資産と
はならないところ，国又は地方公共団体に対する寄附金の場合，原則とし
てその寄附金の合計額全額が損金に算入され，例外的に，その寄附をした
者がその寄附によって設けられた設備を専属的に利用することその他特別
の利益がその寄附をした者に及ぶと認められる場合は除かれていることか
らすれば（法人税法３７条４項１号），繰延資産となるのは，その費用を
負担した法人が，その施設を専ら使用する場合又は一般の者と比較して特
別の便益を受ける場合であって，一般の者と同程度の便益を受けるに過ぎ
ないものは寄附金になるものと解される。
これを本件についてみると，中央用水路には，本件工場用地の上流（南
側）から流れてくる水もあり，原告だけが専属的に利用しているものでは
ないこと，本件用水路の整備は，前原市から円滑に本件許可を受けるとい
う原告の必要に基づくものであったとしても，本件用水路の整備は，農業
環境及び災害防止の観点から，用地を埋め立てるに際し，大雨による上流
からの洪水により農地，農作物等に被害が発生しないよう，用水路の拡幅
を含めての工事について十分な調査を行い工事に着手するようにという周
辺住民の強い要望によりなされたものであって，水害の防止という便益は，
本件工場用地周辺住民の便益でもあり，原告がより多くの便益を受けると
まではいえないこと，原告が本件用水路の整備により本件許可を受けるこ
とができたという便益は，本件許可を受けるという単一の行為に向けられ
ているに過ぎず，費用の支出の効果がその支出の日以後１年以上に及ぶも
のという繰延資産の性質にそぐわないこと，生活排水，工場用水，ボーリ
ングの水質検査の余水を排水することは，用水路の通常の利用方法であっ
て，特別の便益とはいえないことは明らかであること，中央用水路の通路
部分以外の緑地帯により，工場立地法に基づく緑地面積率をクリアするこ
とができているという便益は，そもそも，中央用水路を暗渠構造にし，そ
の上部については，一部のみしか通路として利用できず，残部は緑地帯と
しなければならなくなった結果として，中央用水路上部の緑地帯を緑地面
積率の計算に加えることができるようになったというものであって，間接
的，反射的な便益に過ぎず，原告が特別の便益を受けているとまではいえ
ないこと，中央用水路により，本件工場用地は東西に２分され，原告は，
中央用水路の上部の一部についてだけ占有許可を受け，通路として利用し
ており，その他の部分は利用できず，本件工場用地の一体利用が妨げられ
ており，また，原告の浄化施設は，本件工場用地の南東角に位置しており，
原告としては，浄化施設から東側にある川原川に直接放流した方が，パイ
プ敷設の距離が短く，費用も安かったにもかかわらず，前原市の行政指導
に従い，浄化施設から遠い中央用水路までパイプを敷設せざるを得ず，そ
のために支出した費用も増大しており，原告は，本件用水路整備により，
むしろ不便を強いられているといえること，前原市長は，本件用水路は，
完成後，地元農業者の農業用水路として専ら利用されており，原告は利用
しておらず，当初の工場建設に必要があったためではなく，地元の要望に
こたえるものであったとの原告の申出に関し，そのとおり相違ない旨回答
していること，前原市ε水利組合長，前原市ε行政区長会会長も，前原市
長と同様の見解を示し，それに加え，原告は中央用水路から何らの便益も
受けていない旨回答していることからすれば，原告は，本件用水路を専ら
使用しているとはいえず，また，一般の者と比較して本件用水路から特別
の便益を受けているともいえないので，本件用水路整備費用は，繰延資産
とは認めることができず，寄附金であると認めるのが相当である。
(3)以上によると，本件用水路整備費用は，原告の主張するように寄附金に該
当し，これを繰延資産として税額を計算した本件更正処分は違法である。
５法人税の計算過程及び根拠
上記４で認定したとおり，本件用水路整備費用は，地方公共団体である前原
市に対する寄附金であり，法人税法３７条４項１号により，本件用水路整備費
用の全額は本件事業年度の損金の額に算入される。
また，原告は，原告の本件事業年度の法人税の確定申告において，所得金額
について，原告が本件許可を受けるために支出した公園整備費用４５８２万６
１６５円は繰延資産に該当し，その支出の効果が及ぶ期間が７２月（６年）で
あるとして算出した償却費５４３万８８４４円を損金の額に算入していたが
（乙１），本件更正処分では，その支出の効果の及ぶ期間は，法人税基本通達
７－３－１１の２(3)の定めにより９６月（８年）とされ，その結果，償却限度
額は４４１万６２８１円であり，原告が損金に算入した５４３万８８４４円と
の差額１０２万２５６３円は，本件事業年度における所得金額に含まれるとさ
れたところ（甲２４，乙２），原告は，かかる点について，国税不服審判所長
に対する審査請求及び本件訴訟において明らかには争っておらず，また，この
点に関して本件更正処分が違法であると認めるべき事情も存在しないので，上
記１０２万２５６３円は，原告の本件事業年度の所得金額に含まれる。
したがって，原告の本件事業年度における法人税の計算過程及びその根拠は，
別紙「法人税の計算過程及び根拠２」のとおりとなる（甲２，２４，乙１，
２）。
６以上によれば，原告の訴えのうち，主文第１項掲記の部分は不適法であるか
ら却下し，その余の部分については，主文第２項掲記の限度で理由があるから
認容し，その余は理由がないから棄却すべきことになる。
よって，訴訟費用の負担につき，行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条，
６４条を適用して，主文のとおり判決する。
福岡地方裁判所第６民事部
裁判長裁判官野尻純夫
裁判官川崎聡子
裁判官森中剛
別紙法人税の計算過程及び根拠１
原告の本件事業年度における法人税の計算過程及びその根拠は，以下のとおりで
ある。
なお，被告は，原告の本件事業年度の所得金額を２億１８１３万８２２２円及び
納付すべき税額を７２３５万５２００円とする更正及び過少申告加算税の額を３２
３万２０００円とする賦課決定を行ったものであるが，本件裁決により，本件用水
路整備費用の繰延資産としての耐用年数は６年（１５年の１０分の４）であるとし
て，原処分の一部が取り消され，それぞれの所得金額及び納付すべき税額が変更さ
れて認定されている。すなわち，本件用水路整備費用の繰延資産耐用年数について
は，減価償却資産の耐用年数表等に関する省令の別表第１に掲げる「構築物」の
「コンクリート造」の「下水道」に該当し，その耐用年数は１５年と定められてお
り，また，公共的施設の設置又は改良のために支出する費用は，法人税基本通達８
－２－３の規定によりその施設又は工作物の耐用年数の１０分の４に相当する年数
を基礎として償却することに取り扱われているため，これらの規定が適用された。
裁決は，関係行政庁を拘束する（国税通則法１０２条１項）ことから，原処分を
取り消し，又は変更する裁決があると，裁決自体の効力により違法又は不当であっ
た原処分は当然に取り消され，又は変更される。そこで，本件事業年度については，
本件裁決により変更された認定額を述べる。
①所得金額２億１５１５万１７３５円
本件更正処分の所得金額は，本件事業年度の法人税確定申告書に記載した所得
金額１億２３８８万７４３６円に，本件用水路整備費用に係る繰延資産の償却超
過額９０２４万１７３６円と公園整備費用に係るの繰延資産の償却超過額の合計
額１０２万２５６３円の合計金額９１２６万４２９９円を加算した金額２億１５
１５万１７３５円となる。
②納付すべき法人税額７２３５万５４００円
ア所得金額に対する法人税額６３９０万５３００円
本件事業年度の所得金額に対する法人税の額は，本来，所得金額（国税通則法
第１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のも
の）に法人税法６６条に規定する税率を乗じて法人税額を算出することになるが，
「経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置
に関する法律」１６条（法人税の税率の特例）により，平成１１年４月１日以降
に開始する事業年度から軽減税率を適用して計算した金額６３９０万５３００円
となる。
イ同族会社の課税留保金額に対する税額７４３万８３５０円
(ア)留保金額１億３５０３万４３３４円
本件事業年度の留保金額は，法人税法６７条２項の規定に基づき，本件事
業年度の法人税確定申告書に記載した所得金額のうち留保した金額１億２０
８９万０３８４円（乙１，法人税確定申告書別表三の１欄）に，本件裁決で
認定された増加する所得金額のうち留保した金額９１２６万４２９９円（本
件用水路整備費用及び公園整備費用に係る繰延資産の償却超過額の合計金額，
全額留保金額である。）を加算した金額２億１２１５万４６８３円から，法
人税額６３８９万１９５２円（②法人税額６３９０万５３００円から控除所
得税額１万３３４８円を控除した金額）と当該法人税額に係る地方税法の規
定による道府県民税の額として法人税法施行令１４０条の規定により計算し
た住民税額１３２２万８３９７円（上記アの所得金額に対する法人税額６３
９０万５３００円に０．２０７を乗じた金額）の合計額７７１２万０３４９
円を控除した１億３５０３万４３３４円となる。
(イ)留保控除額７５４４万４３９６円
また，本件事業年度の留保控除額は，法人税法６７条３項の規定に基づき，
同項１号ないし３号のうち最も多い金額となる。
同項１号は，上記１の所得金額２億１５１５万１７３５円に租税特別措置
法６２条の２の８項（平成１０年４月改正により削除）に基づく新規土地取
得に係る累積損金算入負債利子額の損金算入額４０万３６８４円を加算した
当該事業年度の所得等の金額２億１５５５万５４１９円の３５％に相当する
金額７５４４万４３９６円，同項２号は，１５００万円，同項３号は，零円
となり，最も多い金額である７５４４万４３９６円が留保控除額となる。
(ウ)課税留保金額５９５８万９０００円
よって，本件事業年度の課税留保金額は，上記(ア)の本件事業年度の留保
金額１億３５０３万４３３４円から，上記(イ)の本件事業年度の留保控除額
７５４４万４３９６円を控除した金額５９５８万９０００円（国税通則法第
１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のも
の）となる。
(エ)課税留保金額に対する税額７４３万８３５０円
課税留保金額に対する税額は，法人税法６７条１項の規定に基づき計算し
た７４３万８３５０円となる。
ウ法人税額計７１３４万３６５０円
差引法人税額は，法人税額等の特別控除額がないため上記アの所得金額に対
する法人税額６３９０万５３００円となる。法人税額計は差引法人税額６３９
０万５３００円と上記イの課税留保金額に対する税額７４３万８３５０円を加
算した金額７１３４万３６５０円となる。
エ納付すべき法人税額７１３３万０３００円
本件事業年度の納付すべき法人税額は，上記ウの法人税額計７１３４万３６
５０円から法人税法６８条により計算した控除所得税額１万３３４８円を控除
した金額７１３３万０３００円（国税通則法１１９条１項の規定により１００
円未満切捨てたもの）となる。
③既に納付の確定した本税額４００３万１１００円
既に納付の確定した本税額は，本件事業年度の法人税確定申告書（乙１）別表
１の１３欄の差引所得に対する法人税額４００３万１１００円となる。
④差引納付すべき税額３１２９万９２００円
差引納付すべき税額は，上記②のエの納付すべき法人税額７１３３万０３００
円から，上記③の既に納付の確定した本税額４００３万１１００円を差引いた３
１２９万９２００円となる。
⑤過少申告加算税の計算３１２万９０００円
過少申告加算税の額は，通則法６５条１項の規定に基づき過少申告加算税の賦
課決定処分の基礎となる上記④の本件更正処分により納付すべき税額３１２９万
９２００円から，通則法１１８条３項の規定に基づき計算した１万円未満の金額
を控除した金額３１２９万００００円に１０パーセントの税率を乗じた３１２万
９０００円となる。
別紙法人税の計算過程及び根拠２
①所得金額１億２４９０万９９９９円
原告の本件事業年度における所得金額は，本件事業年度の法人税確定申告書に
記載した所得金額１億２３８８万７４３６円に，公園整備費用に係る繰延資産の
償却超過額１０２万２５６３円を加算した１億２４９０万９９９９円となる。
②納付すべき法人税額４０３６万０７００円
ア所得金額に対する法人税額３６８３万２７００円
本件事業年度の所得金額に対する法人税の額は，本来，所得金額（国税通則
法第１１８条１項の規定に基づき，１０００円未満の端数を切り捨てた後のも
の）に，法人税法６６条に規定する税率を乗じて法人税額を算出することにな
るが，「経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担
軽減措置に関する法律」１６条（法人税の税率の特例）により，平成１１年４
月１日以降に開始する事業年度から軽減税率を適用して計算した金額３６８３
万２７００円となる。
イ同族会社の課税留保金額に対する税額３５４万１３５０円
(ア)留保金額７７４６万９２２７円
本件事業年度の留保金額は，法人税法６７条２項の規定に基づき，本件事
業年度の法人税確定申告書に記載した所得金額のうち留保した金額１億２０
８９万０３８４円に，本件裁決で認定され増加する公園整備費用に係る繰延
資産の償却超過額１０２万２５６３円（全額留保金額である。）を加算した
金額１億２１９１万２９４７円から，法人税額３６８１万９３５２円（上記
②アの法人税額３６８３万２７００円から控除所得額１万３３４８円を控除
した金額）と，当該法人税額に係る地方税法の規定による都道府県民税の額
として法人税法施行令１４０条の規定により計算した住民税額７６２万４３
６８円（法人税額３６８７万２７００円に０．２０７を乗じた金額）の合計
額４４４４万３７２０円を控除した７７４６万９２２７円となる。
(イ)留保控除額４３８５万９７８９円
本件事業年度の留保控除額は，法人税法６７条３項に基づき，同項１号な
いし３号のうち最も多い金額となる。
同項１号は，上記①の所得金額に租税特別措置法６２条の２の８項（平成
１０年４月改正により削除）に基づく新規土地取得に係る累積損金算入負債
利子額の損金算入額４０万３６８４円を加算した当該事業年度の所得金額１
億２５３１万３６８３円の３５％に相当する４３８５万９７８９円，同項２
号は，１５００万円，同項３号は０円となり，最も多い金額である４３８５
万９７８９円が留保控除金額となる。
(ウ)課税留保金額３３６０万９０００円
よって，本件事業年度の課税留保金額は，上記(ア)の留保金額から上記
(イ)の留保控除額を控除した金額３３６０万９０００円（国税通則法第１１
８条１項の規定に基づき，１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のも
の。）となる。
(エ)課税留保金額に対する税額３５４万１３５０円
課税留保金額に対する税額は，法人税法６７条１項の規定に基づき計算し
た３５４万１３５０円となる。
ウ法人税額計４０３７万４０５０円
差引法人税額は，法人税額等の特別控除額がないため，上記アの法人税額３
６８３万２７００円となる。法人税額計は，差引法人税額と上記イの課税留保
金額に対する税額３５４万１３５０円を加算した金額４０３７万４０５０円と
なる。
エ納付すべき法人税額４０３６万０７００円
本件事業年度の納付すべき法人税額は，上記ウの法人税額計４０３７万４０
５０円から法人税法６８条により計算した控除所得税額１万３３４８円を控除
した金額４０３６万０７００円（国税通則法１１９条１項の規定により１００
円未満の端数金額を切り捨てたもの。）となる。
③既に納付の確定した本税額４００３万１１００円
既に納付の確定した本税額は，本件事業年度の法人税確定申告書（乙１）別表
１の１３欄の差引所得に対する法人税額４００３万１１００円となる。
④差引納付すべき税額３２万９６００円
差引納付すべき税額は，上記②エの納付すべき法人税額４０３６万０７００円
から，上記③の既に納付の確定した本税額４００３万１１００円を差し引いた３
２万９６００円となる。
⑤過少申告加算税の計算３万２０００円
過少申告加算税の額は，国税通則法６５条１項の規定に基づき，過少申告加算
税の賦課決定処分の基礎となる上記④の差引納付すべき税額３２万９６００円か
ら，国税通則法１１８条３項の規定に基づき計算した１万円未満の金額を控除し
た３２万円に１０パーセントの税率を乗じた３万２０００円となる。

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