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平成２４年１１月２７日判決言渡
平成２２年（行ウ）第６１号国家賠償等請求事件
主文
１原告らの請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は，補助参加によって生じた費用は原
告ら補助参加人の負担とし，その余は原告らの負
担とする。
事実及び理由
第１請求
被告は，原告らそれぞれに対し，１０００万円及びこれに対する平成２２年
１０月１４日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２事案の概要
１原告らの請求の骨子
本件は，主に社会保険診療等を業として行う民間病院等の開設者である原告
らが，健康保険法等の法律により診療報酬が公定価格とされているため，社会
保険診療等について消費税額相当額を価格に上乗せすることが認められていな
いにもかかわらず，消費税法が非課税取引である社会保険診療等の仕入れに係
る消費税額について仕入税額控除を認めなかった結果，原告らにおいて，同消
費税額相当額を消費者に転嫁することもできず，強制的に負担させられる仕組
みとなっていることは，憲法１４条１項，２２条１項，２９条１項及び８４条
に違反していると主張して，主位的に国家賠償法１条１項に基づく損害賠償請
求として，予備的に不当利得返還請求（民法７０３条）及び損失補償請求（憲
法２９条３項）として，原告らが平成２０年度から平成２２年度の３年間に負
担した上記消費税額相当額の一部（各１０００万円）及びこれらに対する本件
訴状送達の日の翌日である平成２２年１０月１４日から支払い済みまで民法所
定の年５分の割合による遅延損害金の支払を求める事案である。
原告らは，国家賠償法上の違法行為として，①国会議員による消費税法（昭
和６３年１２月３０日号外法律第１０８号）の立法行為及び国会議員が遅くと
も平成９年に行われた消費税の税率改定時（平成６年法律第１０９号による改
正）に原告ら主張の負担を解消する措置を採らなかったという立法不作為（以
下，これと上記消費税法の立法行為とを併せて「本件立法行為等」という。）
並びに②平成２０年度及び平成２２年度の厚生労働大臣の告示による診療報酬
改定行為（以下「本件改定行為等」という。）を挙げている。
なお，以下，社会保険診療等を非課税取引と定め（消費税法６条１項，別表
第１の６号及び７号），課税期間における課税売上割合が９５パーセントに満
たない事業者には，上記非課税取引の仕入れに係る消費税額につき仕入税額控
除を認めていない（同法３０条１，２項）という消費税法の仕組みを，「本件
仕組み」といい，当該仕組みを構成する上記の消費税法の規定を「本件各規
定」という。また，本件仕組みによって病院等の経営主体が負担していると原
告らが主張する不利益を，「原告ら主張の負担」という。
２関連する法令の定め
(1)税制改革法
ア税制改革法は，昭和６３年６月１５日に行われた税制調査会の答申の趣
旨に則って行われる税制の抜本的な改革の趣旨，基本理念及び方針を明ら
かにし，かつ，簡潔にその全体像を示すことにより，同改革についての国
民の理解を深めるとともに，同改革が，整合性をもって，包括的かつ一体
的に行われることに資するほか，同改革が我が国の経済社会に及ぼす影響
にかんがみ，国等が配慮すべき事項について定めることなどを目的とする
（１条）。
イ同法は，消費税が「消費に広く薄く負担を求めるもの」であり，その仕
組みについては「事業者による商品の販売，役務の提供等の各段階におい
て課税し，経済に対する中立性を確保するため，課税負担の累積を排除す
る方式によるもの」とするなどと定め（１０条１，２項），累積排除型の
多段階課税方式について言及している。また，「事業者は，消費に広く薄
く負担を求めるという消費税の性格にかんがみ，消費税を円滑かつ適正に
転嫁するものとする。…」と定めて（１１条１項），消費税の担税者が消
費者となることを予定している。
(2)消費税法（昭和６３年１２月３０日法律第１０８号）等
一般概念としての消費税は，物品やサービスの消費に担税力を認めて課さ
れる租税であり，最終的な消費行為そのものを対象として課される租税であ
る直接消費税と，最終的な消費行為よりも前の段階で物品やサービスに対す
る課税が行われ，税負担が物品やサービスのコストに含められて最終的に消
費者に転嫁することが予定されている租税である間接消費税とに区分され
る。そして，間接消費税は，法令の定めによって特に課税の対象とされた物
品やサービスに対してのみ課される租税である個別消費税と，原則として全
ての物品及びサービスの消費に対して課され，法令の定めによって課税対象
から除外されない限り，課税の対象とされる一般消費税とに区別される。ま
た，間接消費税には，製造から小売に至る１個の取引段階でのみ課税する単
段階消費税と，複数の段階で課税する多段階消費税の区別があり，多段階一
般消費税には，各段階の売上金額を課税標準として課税する取引高税と，各
段階の付加価値を課税標準として課税する付加価値税の区別がある。我が国
の消費税は，以上の区別のうち付加価値税の性質を持つ多段階課税一般消費
税である。
以下，税率を除いて内容に変更がないので，現行の条文によることとす
る。
ア課税対象等
(ア)消費税法は，「国内において事業者が行った資産の譲渡等」（４条
１項）を課税対象としており，ここにいう「資産の譲渡等」とは，「事
業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供
（代物弁済による資産の譲渡その他対価を得て行われる資産の譲渡若し
くは貸付け又は役務の提供に類する行為として政令で定めるものを含
む。）をいう。」と定められている（２条１項８号）。
(イ)国内において行われる資産の譲渡等のうち別表第１に掲げるものは
非課税と定められているところ（６条１項），資産の譲渡等のうち６条
１項の規定により消費税を課さないこととされるもの（以下，「非課税
取引」といい，別表第１の６号及び７号（健康保険法等の公的な医療保
障制度や介護保険等に係る療養の給付等）で規定されている資産の譲渡
等のうち，健康保険法等の規定によってその対価となるべき金額が公定
されているものを，「社会保険診療等」という。）以外のものを「課税
資産の譲渡等」という（２条１項９号）。なお，以下，非課税取引以外
の取引を「課税取引」ということがある。
イ納税義務者
国内において課税資産の譲渡等を行った事業者（事業を行う個人及び法
人をいう。以下同じ。）は課税資産等の譲渡について，消費税の納税義務
を負う（５条１項，２条１項３，４号）。
ウ課税標準等
課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は，課税資産の譲渡等の対価
の額（対価として収受し，又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若
しくは権利その他の経済的な利益の額とし，課税資産の譲渡等につき課さ
れるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消
費税額に相当する額を含まないものとする。）と定められ（２８条１項本
文），これに税率を乗じて税額の計算がされる（２９条）。
消費税の税率は，消費税法施行当初は３パーセントであったが（平成６
年法律第１０９号による改正前の消費税法２９条），同改正により，平成
９年４月１日以後は４パーセントに引き上げられている。また，平成６年
法律第１１１号による地方税法の改正において地方消費税が導入されたと
ころ，同税の税額は消費税額を課税標準としてその２５パーセント（した
がって，課税資産の譲渡等の対価の合計額の１パーセント）であるため
（同法７２条の８２，８３），消費税及び地方消費税の税額の合計は５パ
ーセントである。以下，消費税と地方消費税について特に区別はしない。
エ仕入税額控除制度
(ア)９条１項の規定により消費税の納税義務を免税されている事業者
（免税事業者）を除く事業者が，国内において「課税仕入れ」を行った
場合には，その課税仕入れを行った日の属する課税期間（法人の場合
は，法人税法に規定する事業年度が課税期間となる（１９条１項２
号））の課税標準額に対する消費税額から，その課税期間中に国内にお
いて行った課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価
の額に１０５分の４を乗じて算出した額をいう。以下「仕入税額」とい
う。）を控除して，消費税の納付税額を算出することと定められており
（３０条１項），ここにいう「課税仕入れ」とは，「事業者が事業とし
て他の者から資産を譲り受け，若しくは借り受け，又は役務の提供を受
けること…をいう」と定められ（２条１項１２号），「課税標準額」と
は，「その課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等…に係る
課税標準である金額の合計額」をいうと定められている（４５条１項１
号）。
(イ)３０条１項柱書きは，事業者の課税期間中の課税標準額に対する消
費税額（４５条１項２号）からの仕入税額控除のみを定めているとこ
ろ，上記のとおり，非課税取引は課税資産の譲渡等に当たらないことか
ら，その対価の額は課税標準額に含まれない。
もっとも，３０条１項は，仕入税額控除の対象となる課税仕入れに係
る消費税については課税資産の譲渡等に対応するものに限定して規定し
ていないことから，同項の規定上は，非課税取引に対応する仕入税額も
含めて控除することができる。しかし，同条２項は，課税期間における
課税売上割合が９５パーセントに満たない場合には，仕入税額のうち控
除できる対象を課税資産の譲渡等を行うために要する部分に限定して定
めており，ここにいう「課税売上割合」とは，「当該事業者が当該課税
期間中に国内において行った資産の譲渡等の対価の額の合計額のうちに
当該事業者が当該課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等の
対価の額の合計額の占める割合…」とされている（同条６項）。
したがって，課税期間中の国内における資産の譲渡等の対価の額の合
計額のうち非課税取引に係る対価の合計額の占める割合が５パーセント
を超える場合には非課税取引に対応する部分の仕入税額を控除対象から
除いていることとなるから，消費税法上，社会保険診療等に関する仕入
税額は，仕入税額控除の対象とならないこととなる。
オ還付
免税事業者以外の事業者は，その課税期間分の消費税につき課税標準額
に対する消費税額から仕入税額等を控除した場合において，なお不足額が
あるときは，税務署長に申告を行うことにより，当該不足額に相当する消
費税の還付を受けることができる（４６条１項，４５条１項２，３，５
号，５２条１項）。
カ輸出免税
免税事業者以外の事業者が国内において課税資産の譲渡等を行った場合
において，それが輸出として行われる資産の譲渡又は貸付等に該当する場
合には消費税が免除される（以下「輸出免税取引」という。７条１項１
号，２項，消費税法施行令１７条）。輸出免税取引は，課税資産の譲渡等
が行われたことを前提として消費税の課税を免除するものであるから，同
取引に対応する仕入税額は，仕入税額控除の対象となる。
(3)健康保険法
ア健康保険法は，全国健康保険協会及び健康保険組合を保険者，健康保険
法に定められた適用事業所に使用される者及び任意継続被保険者を被保険
者と定め（３条１項，３項，４条。なお，平成１８年法律第８３号による
改正以前の健康保険法では，政府及び健康保険組合が保険者とされてい
る。），被保険者は，厚生労働大臣（厚生大臣を含む。以下同じ。）の指
定を受けた病院等（以下「保険医療機関等」という。）のうち自己が選定
したものから疾病又は負傷に関する療養の給付を受けるものと定められて
おり（６３条３項１号），ここにいう「療養の給付」としては，「診察」
（同条１項１号），「薬剤又は治療材料の支給」（同項２号），「処置，
手術その他の治療」（同項３号）等が挙げられている。
イ保険医療機関等から療養の給付を受ける者は，その給付を受ける際，療
養の給付に要する費用（以下「診療報酬」という。）の額に所定の割合を
乗じて得た額を一部負担金として当該保険医療機関等に対して支払わなけ
ればならないものと定められ（７４条１項），保険者は，診療報酬の額か
ら，上記一部負担金を控除した額を療養の給付に関する費用として当該保
険医療機関等に支払うものと定められている（７６条１項）。診療報酬の
額に係る具体的な算定方法は，厚生労働大臣の定めに委ねられており（同
条２項。いわゆる公定価格），同項の委任を受けて厚生労働大臣が定めた
「診療報酬の算定方法」（平成２０年厚生労働省告示第５９号。ただし，
平成２２年厚生労働省告示第６９号によって一部が改正されている。）
は，上記療養の給付に要する費用の額の算定方法について，点数制度をも
って具体的に定めている（なお，同項の委任を受けた厚生労働大臣の定め
としての告示は，消費税法施行時以前から現在に至るまで幾度の改正等を
経ているものの，診療報酬の算定方法について点数制度をもって具体的に
定めている点は共通している。以下，これらの告示による診療報酬の額の
改定を「診療報酬改定」という。）。
ウ診療報酬改定にあたっては，中央社会保険医療協議会（以下「中医協」
という。）に諮問するものと定められ（８２条１項），諮問を受けた中医
協は，同事項について審議し，文書をもって答申するほか，自ら，厚生労
働大臣に文書をもって建議することができると定められている（社会保険
医療協議会法２条１号）。
３前提事実
(1)当事者等
ア原告らは，保険医療機関等として主に社会保険診療等を業として行う民
間病院等の開設者であり，兵庫県内において当該病院等を経営している医
療法人である。（弁論の全趣旨）
イ原告ら補助参加人（以下，原告らと併せて「原告ら」ということがあ
る。）は，民間病院の管理及び経営についての指導及び研究に関する事業
等や民間病院相互の親睦を図ることを目的とする社団法人であり，兵庫県
下の民間病院等によって組織されている。（弁論の全趣旨）
(2)原告らによる確定申告
原告らは，平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度
（平成２０年３月期。他の年度も同様に表記する。），平成２１年３月期及
び平成２２年３月期に係る消費税について，別紙１記載のとおり確定申告又
は修正申告を行った。原告らは，上記確定申告等において，上記各事業年度
における課税売上割合が９５パーセント未満であったため（別紙１「課税売
上割合」欄参照），課税仕入れ等に係る消費税額に課税売上割合を乗じた仕
入控除税額を控除対象仕入税額としていた（以下，原告らのように，保険医
療機関等として主に社会保険診療等を業として行っているもので，その課税
期間における課税売上割合が９５パーセント未満であるために，消費税法
上，社会保険診療等の売上げに対応する仕入税額について控除が認められて
いない民間の病院や診療所等の開設者である事業者を「医療法人等」とい
う。また，医療法人等以外の事業者を「一般の事業者」ということがあ
る。）。（弁論の全趣旨）
(3)消費税の納付
被告は，社会保険診療等に係る医療法人等の課税仕入れにつき，同仕入先
業者から，消費税として，原告らを含む医療法人等の当該仕入額の４パーセ
ントに相応する額の納付を受けている。（争いがない）
(4)訴訟提起等
原告らは，平成２２年９月２８日，本件訴訟を提起し，原告ら補助参加人
は，同日，原告らを補助するため本件訴訟に補助参加した。（当裁判所に顕
著）
４争点
(1)本件仕組みは，憲法１４条１項，２２条１項，２９条１項及び８４条に
違反するか否か（本件仕組みの憲法適合性。争点１）。
(2)本件立法行為等及び本件改定行為等に係る国家賠償請求の当否（争点
２）。
(3)不当利得返還請求の当否（争点３）。
(4)損失補償請求の当否（争点４）。
(5)原告らの損害額又は損失額（争点５）。
５争点に対する当事者の主張
(1)本件仕組みの憲法適合性（争点１）
【原告らの主張】
ア本件仕組みの不合理性
(ア)本件仕組みがもたらす医療法人等の現状
消費税法は，取引の性格又は社会的政策への配慮から一部の取引を非
課税取引と定めており，医療法人等が行う社会保険診療等も非課税取引
とされているものであるが，非課税取引については，そもそも消費税が
発生しないために，消費税法上，原則として仕入税額控除ができない。
また，我が国では国民皆保険制度が採用され，その保険給付は主として
医療法人等の開設する病院等で行われることが予定されているため，医
療法人等が行う事業は健康保険制度等の医療保険制度に基づいて行わざ
るを得ないが，社会保険診療等を通じて医療法人等が受け取る診療報酬
は，公定価格とされている。そして，一般の事業者は，非課税取引を行
っても，仕入税額相当額を取引価格に転嫁するという選択をすること
で，仕入税額相当額を負担させられることを回避できるが，医療法人等
は，診療報酬の額が公定されている結果，消費者に転嫁することによっ
て仕入税額相当額の負担を避けることはできない。
すなわち，原告らのような医療法人等は，社会保険診療等に関する取
引が非課税取引であるために仕入税額控除ができず（本件仕組み），か
つ，診療報酬の額が公定されているため，消費者への転嫁によってその
負担を回避することができない結果，仕入税額相当額の負担が滞留し，
これを強制されるという極めて不利益な状況に置かれているのである。
このように，医療法人等は，消費税法における社会保険診療等を非課
税取引とする施策と国民皆保険制度における診療報酬を公定価格とする
施策との狭間で，一般の事業者には見られない著しい不利益が課せられ
ており，この状態が放置されている。
(イ)仕入税額控除制度の趣旨等
ａ消費税法は，原則として全ての物品とサービスの消費に「広く薄
く」課税することを目的とするものであり，消費税は，転嫁を通じて
最終的には消費者に負担を求めることを予定する間接税である。仕入
税額控除制度の趣旨は，税負担の累積の防止であるが，これには，①
税の二重課税（タックス・オン・タックス）の防止と，②事業者の実
質的な消費税負担の防止（事業者は消費税によって損も得もしない）
という２個の意味・側面がある。
被告は，税負担の累積の防止を①の意味のみで理解しているが，消
費税法は，課税取引であってもたまたま無償で譲渡された場合（別紙
２図［丁］）や免税取引の場合（別紙２図［戊］）において，仕入税
額相当額の還付を認めているのであって，このように税の二重課税が
生じない場合にも仕入税額控除の適用があるものとして還付を認めて
いるということは，税負担の累積の防止という仕入税額控除制度の趣
旨において，上記①の意味のみならず②の意味も含まれていることを
示すものである。
ｂこのように，事業者が課税仕入れを行った場合には仕入税額控除が
できるということ，すなわち事業者には消費税を実質的に負担させな
いということは，消費税法の基本的仕組みと解すべきであり，社会保
険診療等を非課税取引と定め，その課税仕入れに対応する仕入税額相
当額の負担（原告ら主張の負担）を医療法人等が強制されているとい
う現状は，消費税法の基本的仕組みに明らかに反している。
イ憲法１４条１項違反
(ア)原告らが問題とする取扱いの区別
ａ消費税法は，課税取引に係る仕入税額控除を認める一方で，課税期
間における課税売上割合が１００分の９５に満たない事業者について
は，仕入税額控除の対象を課税資産の譲渡等を行う部分に限定してい
る。その結果，医療法人等は，社会保険診療等に関する仕入税額を控
除することができず（本件仕組み），また，診療報酬の額は健康保険
法等において公定されているため，仕入れの際に負担する仕入税額相
当額を値上げによって転嫁することが法律上不可能な状況に置かれて
いる。
原告らは，別紙２図［甲］のとおり，仕入先業者に交付した仕入税
額相当額の全額について負担している。これに対し，一般の事業者の
場合，仕入税額控除が認められるため，別紙２図［乙］のとおり，消
費者から受け取った消費税額から仕入税額を控除した額のみ納付する
こととなる。また，一般の事業者は，売上額に含まれる課税標準額に
対する消費税額よりも仕入税額の方が多ければ，別紙２図［丙］及び
［丁］のとおり，その差額に相当する消費税額の還付を受けることが
できる。このように，一般の事業者については，仕入税額控除が認め
られることから，消費税法によって負担が生じることはない。
また，輸出免税取引を行う事業者も，別紙２図［戊］のとおり，輸
出免税取引に係る仕入税額について還付を受けることができるので，
この場合も消費税法により負担が生じることはない。
ｂ以上のとおり，医療法人等は，一般の事業者と同じく仕入れ段階に
おいて仕入税額相当額を支出しているにもかかわらず，仕入税額控除
が認められていないために，医療法人等のみが仕入税額相当額の負担
（原告ら主張の負担）を強いられるという扱いを受けている（以下，
一般の事業者には原告ら主張の負担がなく医療法人等にはあるという
取扱いの違いを「原告ら主張の区別」という。）。そして，消費税の
課税標準である課税資産の譲渡等の対価の額には，法律上，１０５分
の５の消費税額が含まれ，消費税法は，税の二重課税を防止するため
に，同消費税額相当額の控除（仕入税額控除）を認めているところ
（２８条１項，３０条１項，４５条１項２号），これは，事業者が仕
入れ段階で消費税額相当額の法的負担をしていることを，消費税法自
身が認めていることに他ならないのであるから，原告ら主張の区別
は，消費税法自身が原告ら主張の負担を与え，法律の適用の結果とし
て必然的に生じている法律上の差別である。仮に，法律上の差別でな
いとしても，憲法１４条１項で禁止される差別は法律上の取扱いに限
定されるものではなく，事実行為による差別も含まれる。
(イ)違憲審査基準
ａ憲法１４条１項は国民に対して合理的理由のない差別を禁止してい
るところ，国民に対する取扱いについて区別がある場合，そのような
区別した取扱いをする目的が正当であり（立法目的の正当性），か
つ，その目的実現のための手段が当該目的に正しく適合したもの（立
法目的と手段との間の合理的関連性）でなければ，合理的理由のない
差別として違憲となる。
ｂこの点について，被告が租税法分野に関する立法一般について立法
府に広い裁量を認めた判決として指摘する最高裁判所昭和６０年３月
２７日判決・民集３９巻２号２４７頁（以下「昭和６０年判決」とい
う。）は，租税法分野に関する立法一般について立法府の広い裁量を
認めたものではなく，立法府の政策的ないし技術的な理由に基づく区
別であると認められた場合に広い裁量を認めたものにすぎないとこ
ろ，社会保険診療等を非課税取引として医療法人等に仕入税額控除を
認めないという立法をするか否かということについて，政策的・技術
的理由があるとは認められない。したがって，本件において昭和６０
年判決の審査基準を援用するのは相当でない。
(ウ)本件への当てはめ
ａ消費税法において，社会保険診療等を非課税取引とした立法目的
は，消費税による負担を診療報酬に上乗せしないことにより，社会的
弱者であっても必要な診療を受けることができるようにする点にあ
る。しかるに，消費税法が施行される以前から診療報酬は公定価格と
されていたのであるから，消費税法が社会保険診療等を非課税取引と
するか否かによって，患者が負担することとなる診療報酬の額に差異
は生じ得ない。そうすると，上記の立法目的の正当性を支える立法事
実は存在しないことになるから，立法目的の正当性が存在しないこと
は明らかである。被告は，社会保険診療等を非課税取引とすることと
仕入税額控除制度を採用したこととの間に関連性はなく，これらの規
定が憲法に適合するか否かは別個独立に検討すべきと主張するが，あ
る規定だけをみれば違憲にならない場合であっても他の制度と合わせ
て検討することにより違憲となり得る。
ｂ仮に，本件について上記のような立法目的に正当性が認められると
しても，当該立法目的と原告ら主張の区別との間には，何ら関連性が
認められないというべきである。すなわち，上記のとおり，社会保険
診療等を非課税取引とするか否かによって患者が負担することとなる
診療報酬の額に差異は生じ得ないのであるから，消費税による負担を
診療報酬に上乗せしないことによって社会的弱者であっても必要な診
療を受けることができるようにするという立法目的は，社会保険診療
等に関する取引を非課税取引としなくても達成できる。
この点について，被告は，価格への影響という観点からすれば，課
税取引とするよりも非課税取引とした方が価格（公定価格）を低額に
することが可能となる旨主張する。しかし，仮にこのような事情が認
められたとしても，その結果医療法人等に仕入税額控除を認めないで
仕入税額相当額の負担（原告ら主張の負担）を課するということは，
事業者に消費税を実質的に負担させないという消費税法の基本的仕組
みに反するものであるから，立法目的との間に合理的関連性はないと
いうべきである。
ウ憲法２２条１項違反
憲法２２条１項は職業選択の自由を定めるところ，これには選択した職
業を遂行する自由も含まれるから，原告らが病院等を経営するということ
が職業選択の自由に含まれることは明らかである。しかるに，本件仕組み
により生じた原告ら主張の負担は莫大な額になっており，その結果，原告
らの病院等の経営が強く圧迫され，職業遂行の自由が制限されている。こ
のような制限は，仮にその目的において正当性が認められたとしても，当
該目的を達成するための手段として，社会保険診療等を非課税取引とせず
に免税取引とする方法，非課税取引について仕入税額控除を認める方法等
の，より医療法人等の負担とならない簡明かつ公平な方法が存在するか
ら，目的と手段との間に合理的な関連性があるとはいえず，公共の福祉に
よる制限として正当化し得ないものである。
エ憲法２９条１項違反
本件仕組みにより生じた原告ら主張の負担が，原告らの財産権を制約す
ることは明らかであって，これが公共の福祉による制限として正当化し得
ないものであることは，イで述べた点から明らかである。
オ憲法８４条違反
(ア)憲法８４条は租税法律主義を定め，租税法律主義の内容として課税
要件法定主義が導かれるところ，税の減免等の問題も，税負担の公平の
観点から法律で決めなければならない。
ところで，上記のとおり，消費税法施行当時，診療報酬は公定価格と
されていたから，医療法人等が，自らの判断で非課税売上げに対応する
仕入税額相当額を消費者に転嫁することは法的に不可能であり，これに
より医療法人等には原告ら主張の負担が発生し，一般の事業者との間で
取扱いの区別を受けている。医療法人等が仕入先業者に支払う仕入税額
相当額は，消費税そのものではないものの消費税法の規定によって生じ
ている法的な負担であって，消費税法自身，事業者が仕入れ段階でこの
ような負担をしていることを認めていること（上記イ(ア)ｂ）に照らす
と，税負担の公平という観点からは消費税に準じて扱われるべきもので
ある。
したがって，原告ら主張の負担を解消するための措置は，消費税の減
免の内容や程度を決める場合に準じて扱われるべきものであり，消費税
法自体又は少なくとも他の法律によって定めなければならず，これを行
政処分に委ねることは許されない。被告は，原告ら主張の負担を，厚生
労働大臣が行う診療報酬改定によって是正・解消している旨主張する
が，このような主張が租税法律主義に反することは明らかである。
(イ)よって，社会保険診療等を非課税取引としておきながら，これに対
する是正の手当を抽象的に診療報酬改定に委任している現行消費税法
は，診療報酬改定の内容如何にかかわらず，憲法８４条に明白に違反し
ている。
【被告の主張】
ア本件仕組みが不合理ではないこと
(ア)仕入税額控除制度の趣旨等
ａ仕入税額控除制度は，非課税取引とされるものを除く取引の各段階
で消費税が課税されることにより，最終的に消費者に求める税負担が
取引経路にかかわらず公平なものとなるように，すなわち，税負担の
累積を排除・防止することを目的として，その納付税額の計算に当た
って前段階の取引に係る消費税額を控除することとしたものである。
このように，あくまで課税対象となる取引において生じ得る税負担の
累積を排除する必要から仕入税額控除制度が設けられたという趣旨を
踏まえれば，非課税取引に対応する仕入税額については，このような
意味での税負担の累積を排除する必要がないから，本来的に仕入税額
控除をすることはできない。
ｂ非課税取引に対応する仕入税額については，当該取引の価格引上げ
によって転嫁するというのが消費税法の基本的な考え方である。すな
わち，消費税は，最終的には物品やサービスの消費者に負担を求める
ことを予定する間接消費税としての性質があるところ，事業者は，消
費税額分を他の様々なコストと共に販売価格に織り込むことによっ
て，他の事業者あるいは消費者に転嫁していくことが，経済活動とし
て事実上予定されている。
また，医療法人等が，社会保険診療等に係る仕入税額を控除するこ
とも診療報酬を値上げすることも認められていないという問題に対し
ては，診療報酬改定による制度的な手当がされているところ，現に，
消費税が導入された平成元年度やその税率の引上げが行われた平成９
年度には，通常は診療報酬改定が行われない年度であるにもかかわら
ず，消費税導入や税率引上げが医療法人等に与える影響に配慮して，
臨時特例的に診療報酬の引上げが行われている。なお，診療報酬は，
通常２年に１度改定を行っているが，その改定に際しては，物価・賃
金の動向や保険財政の影響に加え，医療現場が抱える課題や消費税負
担も含めた保険医療機関等の経営状況を総合的に勘案して全体の改定
率を設定しており，消費税により医療法人等が負う負担についても改
定の都度考慮しているものである。
(イ)原告らの主張に対する反論
ａ原告らは，消費税法が最終的には消費者に税負担を求めていること
から，最終的に事業者に消費税を負担させないことが消費税法の基本
的な考え方であるとか，仕入税額控除制度の趣旨である税負担の累積
の防止には，消費税の二重課税の防止と事業者の実質的な消費税負担
の防止の双方が含まれていると主張し，消費税法が，事業者という主
体に着目して事業者に対し消費税の負担をさせないことを本来的な目
的にしているとする。
しかし，消費税は「取引」を課税対象としているものであり，消費
税法上，事業者の所得や財産などに着目して制度を組み立てているこ
とをうかがわせる規定はなく，「事業者」という主体に着目していな
いことはもとより，事業者に税負担をさせないという基本的考え方を
採用しているものでもない。事業者が仕入税額相当額の負担を負わな
いかのような外観を呈するのは，消費者への販売価格等に対する税負
担の累積を防止する目的で仕入税額控除がされた結果として生じた現
象にすぎず，仕入税額控除制度が事業者の税負担の防止を目的として
いるからではない。控除の対象とならない仕入税額について何らかの
調整を行うことが，消費税の性格や仕組みなどから当然に要求される
ものではない。
ｂ原告らは，事業者が仕入税額相当額を全く転嫁していない場合（別
紙２図［丁］）と輸出免税取引（別紙２図［戊］）の場合を例に挙げ
て，仕入税額控除制度の趣旨である税負担の累積の防止には，事業者
の税負担の防止という意味も含まれているなどと主張する。
しかし，消費税は，取引に対して課税を行うものであり，最終的に
は消費者に転嫁されることを予定する間接税であるところ，事業者の
課税資産の譲渡等に対応する仕入税額について仕入税額控除を認めな
ければ，税負担の累積の問題が生じることが当然に想定されることか
ら仕入税額控除を認めたものである。そして，仮に贈与等のみをして
いる事業者であればその贈与等は「資産の譲渡等」に当たらず仕入税
額控除の対象とはならないし，現実の事業者は一般的には事業全体で
所要の利益等を確保しようとするものであり，一部で贈与等を行った
としてもその仕入れに係る費用はその他の商品等の販売価格等に転嫁
していることが想定されるのであって，その部分で贈与等の仕入れに
係る税負担の累積の問題が生じることになるのであるから，個別的か
つ一面的な取引のみを殊更に取り上げ，仕入税額控除制度の趣旨が税
負担の累積排除の点以外に事業者の税負担防止にもあるとする主張は
失当である。また，輸出免税取引の場合には，我が国の国内取引に限
って考えれば税負担の累積が生じないとみられるし，輸出相手国の税
制によっては結果として税負担の累積が生じないという場合もあり得
るが，このような場合があるからといって，直ちに仕入税額控除制度
の趣旨に事業者の税負担の防止が含まれるということはできない。輸
出免税取引について，その取引に対応する仕入税額を控除しないとい
うことにすると，当該消費税額分について輸出相手国の消費者に日本
の消費税の負担が及ぶこととなるため，そのような負担を求めないと
いう輸出免税制度の趣旨を達成できなくなる。
イ憲法１４条１項違反
(ア)原告らは，医療法人等が消費税法により社会保険診療等が非課税取
引とされることによって仕入税額控除が認められない立場に置かれ，ま
た，診療報酬が公定価格とされていることによって仕入れの際に取引価
格の一部として支払っている仕入税額相当額を自らの意思により転嫁す
ることができず，その結果，原告ら主張の負担を強いられているなどと
主張する。
しかし，仕入税額は販売価格の一部を構成するものにすぎず，消費税
法が事業者に直接課した法的負担ということもできないし，上記のとお
り，仕入税額控除制度はあくまで消費者の公平な税負担の観点から税負
担の累積を排除することを目的とした制度であり，事業者の税負担を排
除することを目的としたものではない。消費税法が最終的に消費者に転
嫁することを予定しているということは，事業者が，現実の経済活動
上，販売価格等の設定に当たって，消費税額分を販売価格等に織り込む
ことによって転嫁していくことが必要になるということを示したものに
すぎず，事業者に対し，転嫁を法的に保障することまでの意味を有する
ものではない。
また，このような仕入税額控除制度の趣旨に照らせば，非課税取引に
対応する仕入税額については，そもそも税負担の累積を排除する必要が
ないから，仕入税額控除の対象とならないことは当然である。消費税法
はあくまで課税対象である「取引」の性質に着目して制度を構築してい
るから，消費税法が，非課税取引を多く行っている原告らのような医療
法人等と一般の事業者との間に取扱いの区別をしているなどとする原告
らの主張は，その前提を欠くものである。
さらに，ある法律に基づく法的効果が憲法に反する結果となっている
からこそ，当該法的効果を導く法律の条項が違憲であるとの判断が導か
れるものであるから，当該法律の法的効果として生じているわけではな
い単なる事実上の負担があることをもって，当該法律を違憲とすること
はできないところ，仮に医療法人等が原告ら主張の負担を負っていると
しても，それは事実上の負担にすぎず，これにより消費税法において違
憲の問題が生じることはない。
(イ)憲法１４条１項が定める平等の保障は，国民に対し絶対的な平等を
保障したものではなく，合理的理由なくして差別することを禁止する趣
旨であって，国民各自の事実上の差異に相応して法的取扱いを区別する
ことは，その区別が合理性を有する限り，何ら同条に違反するものでは
ない。
そして，昭和６０年判決の示すとおり，租税法の定立については，立
法府の政策的，技術的な判断に委ねるほかはなく，裁判所は，基本的に
はその裁量的判断を尊重せざるを得ないというべきであるから，当該立
法の立法目的が正当なものであり，かつ，当該立法において具体的に採
用された区別の態様が上記目的との関連で著しく不合理であることが明
らかでない限り，その合理性を否定することはできず，これを憲法１４
条１項の規定に違反するものということはできないと解するのが相当で
ある。
(ウ)ａ仕入税額控除制度は，我が国の消費税が取引の各段階で課税され
ることに鑑み，その納付税額の計算に当たって税負担が累積すること
を防止する目的から設けられたものであって，このような立法目的は
正当である。そして，上記の仕入税額控除制度の趣旨に照らすと，非
課税取引に対応する仕入税額については，税負担の累積を考慮する必
要がなく，仕入税額控除の根拠を欠くから，社会保険診療等について
仕入税額控除ができないことが上記立法目的との関連で著しく不合理
でないことは明らかである。
ｂまた，社会保険診療等が非課税取引とされているのは，国民の生
命・健康の維持に直接関わるものであることや，医療を必要とする者
の社会的弱者としての立場を考慮すべきであることなどの社会政策上
の目的によるものであり，このような立法目的が正当であることは明
らかである。また，価格への影響という観点からすれば，非課税取引
とした方が診療報酬を抑制することが可能となるから，社会保険診療
等を非課税取引とすることは，上記目的を達成するための手段として
合理的関連性があることも明らかである。なお，社会保険診療等を非
課税取引としたことについては，消費税創設時において社団法人日本
医師会からも要望されていたのであり，そのような要望も踏まえて政
策判断されたものである。
ｃこの点について，原告らは，社会保険診療等を非課税とすることと
仕入税額控除を採用したことについて，別々に憲法適合性の判断をす
ることは適当ではないなどとした上で，社会保険診療等を非課税とし
た立法目的と，医療法人等が仕入税額控除をできないことによって原
告ら主張の負担を強いられることとの合理的関連性は全くないと主張
する。
しかし，上記のとおり，これらは，趣旨目的を異にする別個の制度
であり，それぞれの立法目的や法的効果には何ら関連性がないのであ
るから，これらを関連づけて一つの仕組みと捉えて憲法適合性の判断
をすることはできない。また，消費税法は，社会保険診療等を非課税
取引とした立法目的を達成するための手段として医療法人等に仕入税
額控除を認めないという手段を採用したものではないから，原告らの
問題設定自体が誤っているというべきである。
ウ憲法２２条１項違反，２９条１項違反
(ア)上記のとおり，租税法の定立については，立法府の政策的・技術的
な判断に委ねるほかはなく，裁判所は，基本的にはその裁量的判断を尊
重せざるを得ないというべきであるところ，非課税取引である社会保険
診療等について仕入税額控除を認めないことは当然である。また，仕入
税額控除を認めないことに対する手当はそれを行うか否かを含めて立法
政策に委ねられるべき問題である上，診療報酬改定による制度的な手当
がされているから，消費税法３０条２項の規定が憲法２２条１項及び２
９条１項に違反するとはいえない。
(イ)仮に事業者が仕入れ段階で事実上負担している仕入税額相当額があ
るとしても，これは取引価格の一部を構成するものでしかなく，仕入税
額そのものではない。原告ら主張の負担とは，消費税法により直接課さ
れる法的な負担ではなく，事実上の負担にすぎないから，消費税法３０
条２項の規定により原告らの職業遂行の自由及び財産権が侵害されてい
るとはいえない。
エ憲法８４条違反
原告らの主張は，憲法８４条にいう「あらたに租税を課し，又は現行の
租税を変更する」場合について述べるものではないから，同条の規律は及
ばない。また，原告らのいう是正のための手当を設けるか否か，設けると
してどのような内容にするかは立法政策に委ねられている問題であって，
消費税法又は憲法８４条の規定から，当然に手当を設けることが要求され
るわけではない。
(2)本件立法行為等及び本件改定行為に係る国家賠償請求の当否（争点２）
【原告らの主張】
ア本件立法行為等について
立法の内容又は立法不作為が国民に憲法上保障されている権利を違法に
侵害するものであることが明白な場合や，国民に憲法上保障されている権
利行使の機会を確保するために所要の立法措置を執ることが必要不可欠で
あり，それが明白であるにもかかわらず，国会が正当な理由なく長期にわ
たってこれを怠る場合などには，例外的に，国会議員の立法行為又は立法
不作為は，国家賠償法１条１項の規定の適用上，違法の評価を受けるもの
というべきである（最高裁判所平成１７年９月１４日大法廷判決・民集５
９巻７号２０８７頁。以下「平成１７年判決」という。）。しかるに，前
記(1)のとおり，本件仕組みは憲法に明白に違反しているから，国家賠償
法１条１項の規定の適用上，本件立法行為等は違法と評価されるべきであ
る。そして，原告ら主張の負担に対する国会の議論の経緯に照らすと，本
件立法行為等について，公務員たる国会議員に故意過失が認められること
は明らかである。
イ本件改定行為等について
(ア)消費税法は，事業者を納税義務者と定めているものの，消費税を納
付することによる事業者の負担は消費者に円滑かつ適正に転嫁すること
が予定されているから，このような転嫁がされていない場合において是
正措置をとらないということは，国家賠償法１条１項の規定の適用上，
違法となる。そして，前記(1)のとおり，医療法人等が仕入税額相当額
につき円滑かつ適正な転嫁を行うためには適正な診療報酬改定が必要不
可欠であるから，厚生労働大臣は，消費税導入及び引上げの際の診療報
酬改定において消費税を円滑かつ適正に転嫁するという趣旨目的に沿っ
た診療報酬改定をすべき法的義務がある。
(イ)被告は，診療報酬改定は厚生労働大臣の広範な裁量に委ねられてい
るなどと主張する。しかし，診療報酬改定の目的が原告ら主張の負担を
除去するというところにあることからすれば，この目的を達成していな
い診療報酬改定は，裁量権の濫用であって違法であるところ，平成元年
度及び平成９年度に行われた診療報酬改定では，原告ら主張の負担が全
く解消されていない。
(ウ)平成元年度及び平成９年度の診療報酬改定の際に，実際に診療報酬
が上乗せされた項目は別紙３のとおりであるところ，被告が説明するよ
うな消費税の影響が大きいと考えられる項目を「代表的」な項目と捉え
たとみることはできない。
被告は，消費税による影響があると考えられる項目を全て選び出して
消費税分と見込まれるものを上乗せすることとした場合には，上乗せ分
が１点に満たない項目が多く生じることになってしまい合理的ではない
として，「代表的」な項目に限定された診療報酬項目に上乗せすること
の合理性を強調する。しかし，平成元年度及び平成９年度に上乗せされ
た具体的項目によれば，このような限定をしたことについて合理性は見
い出せない。
(エ)さらに，診療報酬改定の前提となる改定率の算出手法（別紙４）に
ついても不合理な点が多数存在する。
(オ)被告の主張によれば，基本的には，平成元年度及び平成９年度の上
乗せ分が，消費税による影響分として，それ以後もそのまま残っている
ということを前提として，上記年度以後の診療報酬改定がされているも
のと考えられる。しかし，仮に上記上乗せ分が平成２０年度ないし平成
２２年度における診療報酬項目に全て残っていると仮定したとしても，
別紙５のとおり，原告らが受けることができた上乗せ改定分（上乗せ保
険収入①ないし上乗せ保険収入②の各欄記載の額）は，診療報酬に相応
する仕入税額には到底及ぶものではないのであって，消費税による影響
分は全く解消されていない。
ウ以上のとおり，仮に本件仕組みが違憲ではなく，本件立法行為等が国家
賠償法１条１項の規定の適用上違法と評価されないとしても，平成元年度
及び平成９年度の診療報酬改定によって原告ら主張の負担は全く解消され
ていないのであるから，これを前提とした本件改定行為等は，税制改革法
１１条１項や健康保険法，消費税法に違反する違法なものである。したが
って，本件改定行為等は，国家賠償法１条１項の規定の適用上違法という
べきであり，これについて厚生労働大臣には故意過失が認められる。
【被告の主張】
ア本件立法行為等について
前記のとおり，消費税法は何ら憲法に違反するものではないから，本件
立法行為等は違法性を有しない。
イ本件改定行為等について
(ア)診療報酬改定については中医協への諮問と中医協からの答申以外に
法令上の規定がないから，診療報酬改定が厚生労働大臣の広範な裁量に
委ねられていることは明らかである。実質的にみても，診療報酬改定
は，保険者の財政状況，医療法人等の経営状況，国の財政状況等諸般の
事情を総合的に考慮して行う必要があり，極めて専門技術的かつ政策的
な要素が大きいものである。このような性質を踏まえ，健康保険法は，
保険医療行政の円満な運営という見地から診療報酬改定について重大な
利害関係を有する保険者，事業主，被保険者等の支払者側と医療法人等
側の対立する利害を調整し，もって関係当事者の権利利益を担保してい
るものであるから，他の法令により，診療報酬改定に係る厚生労働大臣
の広範な裁量が拘束されると解することはできない。
(イ)診療報酬改定は，慣行により２年に１度行っており，平成において
は偶数年に改定を行うところ，平成元年度及び平成９年度においては，
消費税法の制定又は改正により，保険医療機関等のコストが増大するこ
とが想定されたことから，これに対応するという政策的な理由から，健
康保険法の規定に基づき，診療報酬改定を行ったものである。
(ウ)平成元年度及び平成９年度における診療報酬の改定率は，別紙４の
とおりであるが，これは消費税導入や税率引上げが医療法人等に与える
影響分について診療報酬の増額改定により予算上確保すべき総額を算定
するために算出した数値である。
このように確保した予算上の額を，具体的に個々の診療項目につきど
の診療項目の点数にどのように反映させるかは，予算配分の問題であ
る。医薬品等については，保険償還価格（薬価や材料価格等）の再算定
の際に当該消費税額分を含めて保険償還価格を決定するという方法で，
消費税額分を全て手当てし，医療に係る各種費用と技術料とが混在して
いる診療項目に係る診療報酬の点数については，医薬品等のように直接
的に勘案することができないところ，消費税の影響により費用が増加す
る代表的な項目に集中して診療報酬を引き上げることにより，上記のと
おり確保した予算上の額が，保険医療機関等に全体として配分されるよ
うに措置をしたものである。
(エ)以上のとおり，平成元年度及び平成９年度になされた診療報酬改定
は適法に行われたものであって，原告らの主張はその前提を欠くもので
ある。本件改定行為等は，予算編成過程を通じて内閣が決定した改定率
及び社会保障審議会においてまとめられた診療報酬改定の基本方針等に
基づき，中医協の答申を経て，病院等の経費の実態を調査する医療経済
実態調査等により消費税額分を含んだ医療法人等の支出を把握し，当該
調査を踏まえ，中医協の答申等を経て決定されるものであり，何ら違法
な点はない。
(3)不当利得返還請求の当否（争点３）
【原告らの主張】
医療法人等は，社会保険診療等に関する薬剤等の仕入取引について仕入額
の４パーセントに相応する消費税を仕入先業者に支払い，被告は，医療法人
等の仕入先業者から同額の納付を受けて保持している。しかし，この仕入税
額は，本来，仕入れをした医療法人等において仕入税額控除の対象となるべ
きものであるところ，これを認めていない本件仕組みは憲法に違反している
から，被告が医療法人等の仕入先業者から納付を受けた仕入税額は，法律上
の原因のない利得となる。
したがって，原告らは，被告に対し，上記仕入税額に相当する額に係る不
当利得返還請求権を有するところ，原告らが過去３年間に負担してきた仕入
税額相当額は，後記(5)記載のとおりである。
【被告の主張】
社会保険診療等に係る仕入税額について，仕入税額控除の対象とならない
ことが憲法に違反するものでないことは，前記(1)のとおりである。
また，消費税は，課税資産の譲渡等を行う事業者を納税義務者として課さ
れる間接税であり，事業者は取引の相手方である事業者又は消費者が支払う
消費税額相当額の金員を売買等の契約という法律上の原因に基づいて取得す
るものであるから，原告らと被告との間で，原告らが売買契約の相手方に支
払った消費税額相当額の金員について不当利得関係が生じるものではない。
(4)損失補償請求の当否（争点４）
【原告らの主張】
社会保険診療等を非課税取引とすることの目的が患者の負担軽減という社
会政策にあるのであれば，その実現は国民全体の負担において行うべきであ
る。消費税法は，原告らを含む医療法人等という特定の集団の負担（特別の
犠牲）のもとで上記公益を実現しているのであるから，正当な補償がされな
い限り違憲であるというべきである。
医療法人等が原告ら主張の負担を強制されてきたことによる損失は，下記
(5)記載のとおりである。
【被告の主張】
原告らが特別の犠牲とする原告ら主張の負担は，消費税法により直接課さ
れる法的な負担ではなく，事実上の負担にすぎないから，消費税法によって
原告らの財産権が侵害されているとはいえない。
また，消費税法上，非課税取引に対応する仕入税額が控除できないとされ
ていることにより，原告らに事実上の経済的不利益が生じているとしても，
租税は，およそ民主主義国家にあっては国家の維持及び活動に必要な経費で
あって，これは主権者たる国民が共同の費用として自ら負担すべきものであ
るところ，租税立法による経済的損失は一般的に当然受忍すべきものとされ
る制限の範囲を超えることはないというべきである。
(5)原告らの損害額又は損失額（争点５）
【原告らの主張】
原告らが，違法な本件立法行為等ないし本件改定行為等によって被った過
去３年間の損害又は損失は，次のとおり，それぞれ１億円を超えているので
あって，本件訴訟ではその一部である各１０００万円を請求する。
ア原告医療法人Ａ（合計１億０４５９万６６９２円）
平成２０年度：３５３０万６８１８円
平成２１年度：３７０９万４７１３円
平成２２年度：３２１９万５１６１円
イ原告医療法人Ｂ（合計２億８８８７万３９５２円）
平成２０年度：１億１５５４万４３１０円
平成２１年度：８７３２万１７８１円
平成２２年度：８６００万７８６１円
ウ原告医療法人Ｃ（合計１億００８２万１３８０円）
平成２０年度：３５９６万５３２６円
平成２１年度：３１６９万７１１１円
平成２２年度：３３１５万８９４３円
エ原告医療法人Ｄ（合計５億０８８８万５７０９円）
平成２０年度：１億３８８６万０４８７円
平成２１年度：１億４８１７万０１９６円
平成２２年度：２億２１８５万５０２６円
【被告の主張】
争う。
第３当裁判所の判断
１仕入税額控除の趣旨・目的について
(1)消費税法は，消費に広く薄く負担を求めることを目的とするもので，原
則としてすべての財貨・サービスの国内における販売，提供などを課税の対
象とし，生産，流通，販売などの全段階において，他の事業者や消費者に財
貨やサービスの販売，提供などを行う事業者を納税者としてその売上げに対
して課税を行う，いわゆる多段階課税方式を採用している間接税であり，そ
の税負担は，他のコストと共に販売価格に織り込まれることで，最終的には
消費者に転嫁されることが予定されているものである（税制改革法１１条，
乙１，３，１１）。
このような多段階課税方式を採用すると，取引の各段階で消費税に対して
さらに消費税が課されるという税の二重課税（タックス・オン・タックス）
が生じる。そのため，たとえば，製造から小売りに至るまでの各段階を一貫
して行う事業者は，累積した税負担が少ないために消費者に対する価格設定
を低く抑えることが可能になるのに対して，小売りのみを営む事業者は，各
取引段階において累積した税負担を消費者に転嫁するために累積税額を加え
た価格設定を余儀なくされたり，価格の上昇を抑制するために価格への転嫁
をあきらめざるを得なくなり，取引の各段階を一貫して行う事業者とそうで
ない事業者との間に税負担の相違が生じて事業者間で不公平な状況が生じ得
るとともに，ひいては，取引経路の違いによって，最終的に消費者に転嫁さ
れる消費税の負担が増大しかねないこととなる。
そこで，このような税負担の累積を防止し，適正な転嫁が行われるように
することを目的として，前段階の取引において生じた（前段階の取引から転
嫁されてきた）税額を控除することとする仕入税額控除制度が設けられたも
のと解される。仕入税額控除制度により，我が国の消費税は実質的に付加価
値税（各取引段階の付加価値を課税標準として課税するもの）としての性格
を有することとなり，経済活動に対する中立性を維持することができるので
ある。
(2)ア上記のとおり，仕入税額控除制度は，付加価値税としての消費税の性
質上，本質的に必要とされる制度であるところ，仕入税額控除制度の趣
旨・目的が，「税負担の累積の防止」にあること，それが少なくとも上述
した税の二重課税の防止を意味するものであることは，当事者間に特に争
いがないところである。他方で，原告らは，上記「税負担の累積の防止」
には，事業者の実質的な消費税負担の防止という意味も含まれている旨主
張し，非課税取引に関して仕入税額控除制度が認められないことの不合理
性を指摘する。しかし，この主張は採用できない。その理由は，以下のと
おりである。
イ(ア)原告らは，上記主張の根拠として，課税取引であってもたまたま無
償で譲渡された場合（別紙２図［丁］）や輸出免税取引の場合（別紙２
図［戊］）を例に挙げ，これらの場合については税の二重課税が生じて
いないにもかかわらず，仕入税額控除が認められ，仕入税額について還
付が行われていることを挙げる。すなわち，消費税法は，課税標準額に
対する消費税額から仕入税額を控除した場合に不足があるときに当該不
足額に相当する消費税分を還付することして（消費税法５２条１項，４
６条１項，４５条１項５号），仕入税額控除制度に関して還付の規定を
定めているところ，別紙２図［丁］，同［戊］の場合は，税の二重課税
が生じていないにもかかわらず，還付を受けることによって結果的に事
業者が仕入税額相当額の負担を免れているというのである。
(イ)ところで，消費税法は，課税取引の場合には，通常，税の二重課税
が生じ得ることに鑑みて課税標準額に対する消費税額から仕入税額を控
除し，不足がある場合には還付するという仕組み（仕入税額控除制度）
を採用しているものと解される。そして，消費税法は，転嫁を行うこと
によって最終的に消費者が消費税額相当分を負担することを予定してい
るから，事業者が全く負担を転嫁しないで（あるいは全く転嫁できず
に）課税取引を行うということは，法制度上，極めて例外的な場面であ
るといえる（税制改革法１１条１項参照）。そうすると，別紙２図
［丁］に係る原告らの主張は，課税取引につき税の二重課税を防止する
ために採用された仕入税額控除の仕組みにおいて，税の二重課税が生じ
ないという極めて例外的な場面に対応する規定が設けられていないこと
を理由として仕入税額控除制度の趣旨を導こうとするものに等しいとい
うべきであって，採用し難い。
さらに，別紙２図［丁］のような贈与等の取引を，宣伝等として一
時的に行うのであればともかくとして，当該取引のみを行う事業者が
存在するとは到底想定し難く，仮にこのような贈与等の取引に関する
仕入税額について控除を認めないとすれば，事業者において，当該仕
入税額相当額の負担を当該贈与等以外の取引に係る販売価格に更に転
嫁することで，負担を免れようとする事態が容易に想定できる。そう
すると，当該贈与等以外の取引に係る販売価格に転嫁された額につい
て消費税が課されることになり，結局，税の二重課税が生じることは
避けられないから，贈与等の取引において仕入税額控除を認めるとい
うことは税の二重課税の防止に沿うものであるともいうことができる
のであって，仕入税額控除制度の趣旨として事業者の実質的な消費税
負担の防止が含まれているとする原告らの主張を根拠付けるものとは
いい難い。
(ウ)また，消費税法は，生産地（輸出国）では課税せず，消費地（輸入
国）において課税するという消費地課税主義を採用し，輸入貨物に対し
ては消費税を課税する一方，輸出免税取引については免税とするととも
に売上げに対応する仕入税額の控除を認めており，本来仕入税額控除が
認められないはずの非課税取引についても，消費税法７条１項各号に該
当するものであってその証明がされたものについては輸出免税取引に該
当するものとみなして特に仕入税額控除制度の適用を認める（３１条１
項）ことで，国内において発生した消費税の負担を完全に除去すること
としている。このように，本来であれば販売価格に仕入税額相当額の費
用を織り込んで消費者に転嫁することで消費税の負担を免れることが想
定されているはずの非課税取引についても特に仕入税額控除を認めてい
ることに照らせば，消費税法は，仮に輸出免税取引とみなされる取引に
つき仕入税額控除ができず，その結果還付も認められないとすると，事
業者において転嫁されてきた仕入税額相当額の負担を免れるために，こ
れを上乗せした価格で資産の譲渡等を行うこと（国外消費者への転嫁）
が容易に想定され，その結果，実質的に国外の消費者が我が国の消費税
の負担を負うという事態が生じかねないということを考慮して，国境税
調整の観点から輸出免税取引とみなされる取引について仕入税額控除の
適用を認めているものと解される（乙１１参照）。
原告らは，輸出免税の制度趣旨が消費地課税主義の採用にあることを
認めながら，そのためには仕入税額控除（及びその結果としての還付）
は不要である旨主張するものであるが，上記のとおり，輸出免税取引と
みなされる取引について仕入税額控除を認めないとするならば，消費地
課税主義を採用した消費税法の趣旨は没却されてしまうのである。
ウしたがって，原告らが指摘する点は，いずれも，仕入税額控除が事業者
に対する消費税の実質的な負担の防止という意味があるとの原告らの主張
を積極的に根拠付けるものではなく，ほかに消費税法において事業者の消
費税の実質的な負担に着目した規定も認められないから，結局，上記主張
は採用し難いというべきである。
なお，原告らは「事業者は，消費に広く薄く負担を求めるという消費税
の性格にかんがみ，消費税を円滑かつ適正に転嫁するものとする。…」と
いう税制改革法１１条１項にも言及する。しかし，後述のとおり，消費税
法の規定上，事業者は，仕入税額相当額の負担を，他の事業者や消費者に
対して転嫁する権利や義務を有しているとは解されず，実際に転嫁できる
か否かは当該事業者の経営状態，市場環境等の影響を受けざるを得ないこ
とに照らせば，上記条項は，転嫁を通じて最終的に消費者が消費税を負担
することが予定されているという消費税法の基本的な考え方を宣言したも
のにとどまるというべきであって，原告らが主張するような事業者に係る
消費税の実質的な負担の防止を根拠付ける規定とは解せないものである。
課税取引の事業者は，仕入税額控除によって，仕入れ段階で支払った仕
入税額相当額の負担を解消されることとなるが，これは，あくまで消費税
の適正な転嫁が行われるようにするために，仕入税額控除によって税負担
の累積（税の二重課税）を防止した結果にすぎないというべきである。
２本件仕組みの憲法適合性（憲法１４条１項，争点１）
以上を踏まえて，本件仕組みの憲法適合性について検討する。
(1)問題となる取扱いの区別について
ア原告らは，医療法人等は課税取引を行う一般の事業者と同じく仕入税額
を負担しているにもかかわらず仕入税額控除が認められていないために，
仕入税額相当額の負担（原告ら主張の負担）を強いられるという取扱いを
受けているとして，このような取扱いの区別が平等原則に違反する旨主張
する。
イ(ア)消費税法の適用において原告らのような医療法人等が置かれている
状況について検討するに，証拠（乙４の２，５）及び弁論の全趣旨によ
れば，消費税法施行当初から，事業者が仕入れ段階で支出した仕入税額
相当額の負担を免れる手段としては，仕入税額控除によるか，仕入税額
控除が認められていない非課税取引については，自らの販売価格に仕入
税額相当額の費用を織り込んで最終消費者に転嫁することで負担を免れ
るかの２通りの方法が想定されていたことが認められる。しかるに，医
療法人等については，そもそも消費税法施行時以前から診療報酬が公定
価格とされていたため，社会保険診療等において医療法人等が自由に価
格を引き上げることができないという状況にあったところ，このような
状況下において，消費税法が社会保険診療等を非課税取引と規定し，ま
た，非課税取引について仕入税額控除を認めていない結果（本件仕組
み），医療法人等が仕入税額相当額の負担を免れる方法は，消費税法に
おいて用意されていないという状況が生じている。
原告らは，このような状況を踏まえて，原告ら主張の負担は本件仕組
みにより生じた法的な負担であって，消費税法がこのような負担を医療
法人等にのみ強いているとして，一般の事業者との取扱いの区別を問題
にしているものと解される。
(イ)この点について，被告は，消費税法は「事業者」の性質に着目して
取扱いの区別をしているわけではなく，課税対象である「取引」の性質
に着目して制度を構築しているのであるから，消費税法は，非課税取引
を多く行っている医療法人等と一般の事業者との間に取扱いの区別をし
ているわけではないと主張するところ，確かに，社会保険診療等を非課
税取引とし，非課税取引については仕入税額控除の対象としていない消
費税法の各規定は，その趣旨等に照らすと，いずれも事業者の性質に着
目したものではなく，あくまで取引の性質に着目して異なる取扱いを定
めていると解される。しかし，上記のとおり，本件で問題となっている
取扱いの区別は，診療報酬を公定価格とする健康保険法等の規定及び本
件各規定によって生じていると認められるところ，たとえ事業者一般に
平等に適用され得る規定であったとしても，それが適用されることによ
って生じた区別が合理的な理由のない差別的取扱いとなるときにおいて
も，憲法１４条１項違反となり得ないとするのは相当ではない。
したがって，この点に関する被告の主張は採用できない。
ウ(ア)イ(ア)の状況を踏まえて，消費税法の適用において原告らに生じて
いる取扱いの差異について検討するに，上記のとおり，仕入税額控除制
度は，税負担の累積を防止することにより消費税の適正な転嫁を行うた
めの仕組みと解することができ，消費税法は，このような仕入税額控除
あるいは価格の引上げを通じて仕入税額相当額の転嫁が図られることを
想定しているものということができる。そうすると，医療法人等が置か
れている上記の状況は，消費税法上，仕入税額相当額を転嫁するための
仕組みとして想定されている仕入税額控除あるいは価格の引上げによる
転嫁という方法について，一般の事業者であればいずれかの方法を採る
ことができるにもかかわらず，公定価格とされる社会保険診療等を主た
る業としていることに基づいて，いずれの方法も採ることができないこ
とによるものであるということができる。そうすると，医療法人等は，
消費税法上，仕入税額相当額を転嫁する方法について一般の事業者とは
異なる取扱いがされているといえ，その点において区別が生じているも
のと認められる（以下「転嫁方法の区別」という。）。
(イ)この点について，原告らは，消費税法が課税資産の譲渡等の対価の
額に１０５分の５の消費税額（仕入税額）が含まれていることを前提と
した規定を置き，同仕入税額を控除することとしていることを挙げ（仕
入税額控除），消費税法自身，事業者が仕入れ段階で仕入税額相当額の
法的負担をしていることを認めているなどとして，原告ら主張の負担を
強制されていることが，一般の事業者との取扱いの区別であるなどと主
張する（原告ら主張の区別）。
しかし，このように仕入税額相当額の負担（原告ら主張の負担）の有
無に着目し，これが原告らを含む医療法人等と一般の事業者との間の取
扱いの区別であると理解する原告らの主張は採用できない。その理由
は，次のとおりである。
ａ原告らは，課税資産の譲渡等の対価の額には１０５分の５の消費税
が含まれていることを前提として当該消費税額（仕入税額）の控除を
認めている消費税法の規定（２８条１項，３０条１項）は，課税仕入
れを行った事業者が同取引に係る仕入税額相当額を法的に負担してい
ることを認める規定であるから，本件仕組みによって医療法人等につ
いてのみ仕入税額相当額の負担を転嫁する方法が制限されている結
果，一般の事業者との比較において，同負担が法的に強制されている
こととなる旨主張するようである。
ところで，仕入れを行った事業者が同取引につき負担する仕入税額
相当額が課税資産の譲渡等の対価の額（取引価格）の一部を構成する
ものにすぎないという点について当事者間に争いはないところ，現実
には，市場の状況や両事業者間の力関係その他の事情により，仕入先
業者において当該仕入取引に係る消費税額相当額（仕入税額相当額）
の負担を取引価格に適切に転嫁できないという事態も当然に想定し得
る。しかるに，消費税法２８条１項は，課税標準額たる課税資産の譲
渡等の対価の額につき，「対価として収受し，又は収受すべき一切の
金銭…」と定めているところ，これによれば，上記のように，実際に
は仕入先業者が仕入れに係る消費税を取引価格に適切に転嫁できてい
ない場合であっても，当該取引価格には仕入税額が適切に転嫁されて
いるものとして，消費税額の計算をすべきものと解される。以上から
すれば，事業者が仕入れ段階で支払う対価から仕入税額を除いた額を
課税標準とする消費税法の上記規定（２８条１項）は，消費税法の適
用によって，事業者に新たに仕入税額相当額の法的負担が生じること
を意味するものではなく，同項は，あくまで，事業者が納付すべき消
費税額を算定するために，計算上，当該仕入取引に係る仕入税額の全
てが取引価格に含められることで他の事業者又は消費者に適正に転嫁
されていることを前提とする技術的な規定にすぎないと解するのが相
当であって，事業者が仕入れ段階において仕入税額相当額の法的負担
をしていることを認める旨の規定とは解し難い。
ｂ次に，医療法人等が一般の事業者との比較において仕入税額相当額
の負担を強制されているか否かという点について検討するに，前記の
とおり確かに医療法人等については仕入税額控除が認められておら
ず，その結果，医療法人等が当該取引に係る仕入税額相当額を負担し
ているかのような外観が認められるとしても，上記のとおり，市場の
状況や両事業者間の力関係その他の事情によっては，実質的に見て，
当該取引につき医療法人等が負う経済的な負担が，仕入税額控除が認
められている一般の事業者のそれと変わらないという事態も十分に想
定できる。また，一般の事業者のうち価格の引上げにより仕入税額の
転嫁を図る事業者についても，上記同様の理由によって取引価格を引
き上げることができず，その結果，自ら仕入税額相当額を負担せざる
を得なくなる（仕入税額相当額の負担が滞留する）ことによって，実
質的に見て，当該取引につき医療法人等が負う経済的な負担と変わら
ないという事態も十分に想定できる。
そうすると，本件仕組みが，一般の事業者との比較において，医療
法人等に対してのみ仕入税額相当額の負担を法的に強制しているとは
認められないというべきである。
エしたがって，本件において問題となり得る原告らに対する取扱いの区別
の実態は転嫁方法の区別であって，原告ら主張の区別（仕入税額相当額の
負担に関する区別）ではない。以下，転嫁方法の区別を生じさせている本
件仕組みが，憲法１４条１項に違反するかにつき検討する。
(2)憲法適合性について
ア憲法１４条１項の規定は，国民に対し絶対的な平等を保障したものでは
なく，合理的理由なくして差別することを禁止する趣旨であって，国民各
自の事実上の差異に相応して法的取扱いを区別することは，その区別が合
理性を有する限り，何ら上記規定に違反するものではない（最高裁判所昭
和３９年５月２７日大法廷判決・民集１８巻４号６７６頁，最高裁判所昭
和４８年４月４日大法廷判決・刑集２７巻３号２６５頁参照）。
転嫁方法の区別は，診療報酬を公定価格とする健康保険法等の規定が存
在する状況下において，本件仕組みが採られたことにより生じたものであ
り，本件仕組みは本件各規定によって構成されているものである。そし
て，本件各規定の立法目的は，後記のとおり，それぞれ異なるものであっ
て，いずれも転嫁方法の区別を生じさせることを直接の目的としたもので
はないと認められるところ，転嫁方法の区別は，異なる立法目的を有する
別個の規定の効果が組み合わさった結果として生じた区別ということがで
きる。
この点について，原告らは，仮に社会保険診療等を非課税取引とした立
法目的の正当性が認められるとしても，当該目的を達成するための手段と
して，本件仕組みを採用することとの間には合理的関連性はないなどとし
て，これらの規定をあたかも一体のものと捉えて合理性を検討すべきであ
ると主張する。しかし，規定の目的がそれぞれ異なる以上，たとえば，非
課税取引に関する規定の目的を達成することとその達成手段として仕入税
額控除に関する規定を採用することとの間に合理的な関連性が存在しない
ことは当然であって，原告らの主張は採用し難い。
そこで，転嫁方法の区別が憲法１４条１項に違反する差別的な取扱いで
あるか否かという点について判断するに当たり，まず，転嫁方法の区別と
いう効果をもたらしている本件各規定について，個別に目的及び手段の観
点から合理性を検討することとする。
イ本件各規定について
(ア)租税は，国家の財政需要を充足するという本来の機能に加え，所得
の再分配，資源の適正配分，景気の調整等の諸機能をも有しており，国
民の租税負担を定めるについて，財政・経済・社会政策等の国政全般か
らの総合的な政策判断を必要とするばかりでなく，課税要件等を定める
について，極めて専門技術的な判断を必要とするものであるから，租税
法の定立については，国家財政，社会経済，国民所得，国民生活等の実
態についての正確な資料を基礎とする立法府の政策的，技術的な判断に
委ねるほかはないところ，後記のとおり，本件各規定はいずれも課税要
件に関わる政策的ないし技術的判断に基づき定められた規定と解される
から，本件各規定が合理的なものといえるかについて，裁判所は，基本
的には立法府の裁量的判断を尊重せざるを得ないというべきである。し
たがって，本件各規定については，その立法目的が正当なものであり，
かつ，当該規定が目的との関連で著しく不合理であることが明らかでな
い限り，その合理性を否定することはできないものと解するのが相当で
ある（昭和６０年判決参照）。
この点について，原告らは，社会保険診療等を免税取引として医療法
人等に仕入税額控除を認める立法をするか，それとも，非課税取引とし
て医療法人等に仕入税額控除を認めないという立法をするかということ
について，上記のような観点による政策的・技術的理由があるとは認め
られないなどと主張するものであるが，このように本件各規定を一体の
ものとして捉える考え方が相当でないことは上記のとおりであるから，
原告らの主張は採用できない。
(イ)社会保険診療等に関する規定（消費税法６条１項，別表第１の６号
及び７号）
ａ原告らは，社会保険診療等を非課税とした立法目的は消費税による
負担を診療報酬に上乗せしないことによって社会的弱者であっても必
要な診療を受けることができるようにする点にあると理解した上で，
診療報酬は，消費税法が施行される以前から公定価格とされており，
消費税法が社会保険診療等を非課税取引と規定しても患者の負担につ
いて差異は生じ得ないのであるから，上記立法目的の正当性を支える
立法事実は存在しないなどとして，社会保険診療等を非課税取引とし
た消費税法の規定が不合理である旨主張する。
ｂ消費税法は，消費に対して負担を求めるという消費税としての性格
から課税の対象とすることになじまない取引や，社会政策的な配慮か
ら課税することが適当でない取引について，非課税取引として消費税
を課税しないこととしているものであるところ，社会保険診療等は後
者の類型に当たると解される。これに加え，日本医師会において，社
会保険診療等が国民の生命と生活に関わるものであることを理由に社
会保険診療等を非課税取引とすることを積極的に要求していたという
事情（乙１０）に照らせば，社会保険診療等を非課税取引とする規定
が設けられた立法目的は，専ら社会保険診療等に係る患者の費用負担
の抑制を図る点にあると解される。
そして，原告らが指摘するとおり，消費税法施行時において診療報
酬を公定価格とする健康保険法等の規定が既に存在していたため，消
費税法の導入によって，直ちに診療報酬が増額して社会保険診療等に
係る国民の負担が増大するという関係になかったとしても，仮に社会
保険診療等が課税取引であるとすると，医療法人等は仕入税額控除後
の消費税額相当分について納税が必要となるところ（仕入れに係る消
費税額よりも売上げに係る消費税額の方が高額であるのが通常の取引
であると考えられる。），非課税取引とした場合には当該納税分を考
慮する必要がなくなるのであるから，その分だけ診療報酬価格を引き
下げることが可能となる。このように社会保険診療等を非課税取引と
した場合には，課税取引の場合に比べて診療報酬を低額に抑制するこ
とが可能となるのであるから，上記立法目的の正当性が認められ，社
会保険診療等を非課税取引とする消費税法の規定が，社会保険診療等
に係る患者の費用負担の抑制という上記立法目的を達成するための手
段として著しく不合理なものであることが明らかであるとはいえな
い。
ｃしたがって，社会保険診療等を非課税取引とする消費税法の規定は
合理性を有するものと認められる。
(ウ)仕入税額控除制度（消費税法３０条）
ａ前記のとおり，消費税法は，我が国の消費税が取引の各段階で課
税（多段階課税）されることによって生じる税負担の累積を排除・
防止することを趣旨として，仕入税額控除の規定（３０条１項）を
定めたものと解され，上記の趣旨に基づき，消費税法は，仕入税額
の全額を控除するのではなくて，課税取引に対応する仕入税額につ
いてのみ控除の対象とすることとしたものであるが，例外的に，課
税期間における課税売上割合が９５パーセント以上の事業者につい
ては，事務処理を簡易なものとする見地から仕入税額の全額を控除
できるとしているものと解される（同条２項）。したがって，上記
各規定は，いずれも課税要件に関わる専門技術的な判断ないし政策
的な判断に基づき定められた規定であるといえる。
ｂ上記各規定の立法目的は，いずれも合理的であって正当というべ
きであるところ，仕入税額控除制度の趣旨に照らすと，非課税取引
に対応する仕入税額については税負担の累積を考慮する必要がな
く，仕入税額控除を行う根拠を欠くことになるから，社会保険診療
等の非課税取引については仕入税額控除をできないとされているこ
とが，上記立法目的との関連で著しく不合理なものであることが明
らかであるとはいえない。
ｃしたがって，仕入税額控除制度に関する消費税法の規定はいずれ
も合理性を有するものと認められる。
ウ転嫁方法の区別について
(ア)上記のとおり，本件各規定はいずれも合理性を有するものと認め
られる。もっとも，転嫁方法の区別は本件各規定の効果が組み合わさ
った結果として生じているものであるところ，個々の規定自体は合理
的であるとしても，結果として不合理な差別的取扱いが生じているよ
うな場合には，その原因となった仕組み全体について平等原則違反の
問題が生じ得るというべきである。そこで，本件仕組みによって転嫁
方法の区別を生じさせていること，また，この仕組みを変更していな
いことが，立法裁量として許容されるものであるか否かについて検討
する。
(イ)この点について，前記のとおり，消費税法は仕入税額相当額の転
嫁をする権利又は義務に係る規定を置いていないし，事業者が仕入税
額相当額の負担が生じた場合にこれを解消する権利を有していること
をうかがわせる規定も見当たらないから，原告らが仕入税額相当額の
負担の転嫁（解消）に関する権利を有しているとは認め難く，したが
って，転嫁方法の区別によって，原告らが上記権利を制限されている
とはいえない。
また，転嫁方法の区別は，本件仕組みによって，仕入税額相当額の
負担を転嫁する方法として消費税法が想定する仕入税額控除又は価格
の引上げという方法を，医療法人等だけが採ることができないという
点において，医療法人等につき異なる取扱いをするものであるが，証
拠（乙４の１・２，５）によれば，消費税法の制定当初から，消費税
の導入による医療法人等の仕入れ価格の上昇に対する手当としては，
健康保険法等における診療報酬の適切な改定によって対応することと
されていたことが認められるのであるから，消費税法が想定する仕入
税額相当額の負担を転嫁する方法に代替する手段は，法制度上，確保
されているものと評価できる。
(ウ)以上によれば，転嫁方法の区別は医療法人等に対する仕入税額相
当額の負担の転嫁等に関する権利の制限を伴うものではなく，法制度
上，当該区別を解消するための代替手段も確保されていることが認め
られるのであるから，これが立法裁量として許容することができない
ほどの不合理な差別的取扱いに当たるとは解せないというべきであ
る。
したがって，転嫁方法の区別が憲法１４条１項に違反するとはいえ
ないというべきである。
エなお，原告らは診療報酬改定によっては原告ら主張の負担が解消されな
いなどと主張するものであるが，前記のとおり，医療法人等と一般の事業
者との取扱いの区別は，仕入税額相当額の負担の有無ではなく転嫁方法の
区別であると認められるところ，転嫁方法の区別に係る代替手段として
は，法制度上，診療報酬改定が想定されているのであるから，少なくと
も，これがその仕組みにおいて代替手段として機能し得るものである限り
においては，本件仕組み自体が憲法１４条１項に違反するとはいえないと
いうべきである。
原告らは，仕入税額控除の例外を定めた消費税法３０条２項を医療法人
等には適用しないこととする条項を設け，又は，診療報酬に関する取引を
非課税取引とせずに，同法７条１項所定の免税取引とすることで，原告ら
主張の負担を容易に避けることができたなどとも主張するが，このような
制度の優劣に関する問題は専ら立法府において判断すべき事項であるか
ら，上記主張は採用できない。
(3)まとめ
よって，本件仕組みは，憲法１４条１項に違反するものではない。
３本件仕組みの憲法適合性（憲法２２条１項，２９条１項。争点１）
原告らは，本件仕組みによって原告ら主張の負担を強制されているとして，
このような仕組みは憲法２２条１項又は２９条１項に違反するものであるなど
と主張する。
しかし，本件仕組みが医療法人等に対して仕入税額相当額の負担を法的に強
制するものではないことや，本件仕組みを構成する本件各規定がいずれも合理
性を有することは，前記のとおりであり，他に本件仕組みが憲法１４条１項に
違反するものではなくても，憲法２２条１項又は２９条１項に違反すると認め
るに足りる主張立証はない。
したがって，本件仕組みは，憲法２２条１項及び２９条１項のいずれにも違
反するものではない。
４本件仕組みの憲法適合性（憲法８４条。争点１）
(1)原告らは，医療法人等が仕入先業者に支払う仕入税額相当額は，消費税
そのものではないものの消費税法の規定によって生じている法的な負担であ
って，消費税法自身，事業者が仕入段階で仕入税額相当額の法的負担をして
いることを認めていることに照らすと，税負担の公平という観点からは消費
税に準じて扱われるべきものであるとした上で，租税法律主義（憲法８４
条）はその内容として課税要件法定主義を定めており，税の減免等の問題
も，税負担の公平の観点から法律で決めなければならないのであるから，原
告ら主張の負担を解消するための措置は，消費税法自体又は少なくとも他の
法律によってなされなければならず，これを行政処分に委ねることは許され
ないなどと主張する。
しかし，上記のとおり，原告らが仕入先業者に支払う仕入税額相当額が，
本件仕組みによって生じている法的な負担であるとは認められないから，上
記主張はその前提を欠くものというべきであり，採用できない。そして，他
に上記仕組みが憲法８４条に違反していると認めるに足りる主張立証はな
い。また，原告ら主張の負担を解消するための措置を設けるか，設けるとし
ていかなる法形式，内容によるかは，立法政策に委ねられている問題であっ
て，憲法８４条から消費税法ないし他の法律にそのような措置を設けるべき
ことが当然に要求されているとはいえない。
(2)したがって，本件仕組みは，憲法８４条に違反するものではない。
５本件立法行為等及び本件改定行為等に係る国家賠償請求の当否（争点２）
(1)本件立法行為等に係る国家賠償法上の違法性
原告らの主張によれば，本件立法行為等が国家賠償法１条１項の適用上違
法であるというためには，本件仕組みを定めた本件立法行為等が違憲である
ことが前提となるところ（平成１７年判決参照），前記（第３の２ないし
４）のとおり，本件仕組みは，原告らが主張する憲法の各条項に違反するも
のとは認められないのであるから，本件立法行為等は，いずれも国家賠償法
１条１項の規定の適用上，違法と評価できない。
(2)本件改定行為等に係る国家賠償法上の違法性
ア(ア)原告らは，消費税を納付することによる事業者の負担が消費者に円
滑かつ適正に転嫁されていない場合において，これを是正する措置をと
らないことは国家賠償法１条１項の適用上違法と評価されるとした上
で，厚生労働大臣は消費税導入及び税率引上げに際し，消費税を円滑か
つ適正に転嫁するという税制改革法１１条１項の趣旨目的に沿う告示
（厚生労働省告示）を行うべき法的義務があるなどとして，平成元年度
及び平成９年度に行われた診療報酬改定によって原告ら主張の負担は全
く解消されていないから，これを前提とした本件改定行為等は違法であ
る旨主張する。
(イ)健康保険法は，厚生労働大臣が定めるところにより診療報酬の額を
算定するものと定めているところ（７６条２項），当該算定方法を具体
的に定めるに当たっては，厚生労働大臣が中医協に諮問を行うことと定
められている（８２条１項）ほかに規定は設けられていない。また，税
制改革法や消費税法は，健康保険法等に優位する規範ではないから，診
療報酬価格の改定に係る厚生労働大臣の裁量権の行使について制約を加
えるものとは，直ちには解されない。そして，厚生労働大臣は，後記の
とおり，診療報酬改定に際し，医療機関側の委員を始めとする診療報酬
の内容に利害関係を有する各委員によって構成される中医協に対する諮
問等の所定の手続を経た上で，保険者の財政状況，医療機関の経営状
況，国の財政状況等諸般の事情を総合考慮して健康保険法等において診
療報酬が公定価格と定められた趣旨に沿って，具体的な診療報酬の額を
決定することが求められており，診療報酬の改定は，極めて専門的技術
的であり，かつ政策的な要素が大きいことは明らかである。したがっ
て，原告ら主張の負担，すなわち個別の仕入税額分が診療報酬に機械的
に上乗せされていないことをもって，本件改定行為等が違法であると直
ちに評価することはできない。
もっとも，前記のとおり，消費税法の施行により医療法人等と一般の
事業者との間に転嫁方法の区別が生じており，転嫁方法の区別に対して
は，消費税法施行当初から，代替手段として厚生労働大臣による診療報
酬改定が想定されていたことに照らせば，厚生労働大臣が本件改定行為
等に係る裁量権の行使に当たり，これを全く考慮しないということは，
医療法人等の仕入税額相当額の負担に関する制度の整合性を損なうもの
であって許されないというべきである。
そこで，厚生労働大臣は，診療報酬改定に際し，個別の医療法人等に
係る原告ら主張の負担を解消すべき義務を負うとまでは解されないもの
の，医療法人等の仕入税額相当額の負担に関する制度の整合性の見地に
照らし，上記改定が転嫁方法の区別を解消するための代替手段として想
定されていることに鑑みて，医療法人等が負担する仕入税額相当額の適
正な転嫁という点に配慮した診療報酬改定をすべき義務を負うものと解
するのが相当であり，このような配慮が適切に行われていない場合に
は，当該診療報酬改定は，裁量権を逸脱又は濫用するものと評価するこ
とができる。
イ証拠（乙４の２，５，１０，１２，１３ないし１６の各１・２）及び弁
論の全趣旨によれば，平成元年度，同９年度，同２１年度及び同２２年度
に行われた診療報酬改定につき，次の事実が認められる。
(ア)診療報酬改定について
診療報酬を改定する場合，まず，内閣において，予算編成過程を通じ
て，予算上確保すべき総額を算定するための数値である「改定率」が決
定され，次に，厚生労働大臣から診療報酬改定について諮問を受けた中
医協が，社会保障審議会医療保険部会及び医療部会において策定された
基本方針に基づき，当該改定率に基づき算定した予算上の額を原資とし
て，具体的な診療報酬点数の設定や算定条件等について審議して，その
結果を厚生労働大臣に答申し，当該答申を受けた厚生労働大臣が診療報
酬の算定方法を厚生労働省告示として定め，同告示に基づき診療報酬の
額が決定されることとなる。（乙１２，弁論の全趣旨）
(イ)平成元年度及び平成９年度の診療報酬改定
診療報酬改定は，慣行として２年に１度行われているところ，平成
においては偶数年に改定が行われることとされていたが，消費税の導
入及び税率の増加によって保険医療機関等における仕入れ価格の上昇
分を勘案して，平成元年度及び平成９年度にも診療報酬改定が行われ
た。（乙４の２，５，１０，１４の１・２，弁論の全趣旨）
平成元年度及び平成９年度における診療報酬の改定率を定めるに当
たり，当時の各内閣は，昭和６２年と平成７年の課税費用割合（消費
税が課税されると考えられる項目（医薬品や食事材料等）の費用の占
める割合）及び上記各年に行われた医療経済実態調査のデータに基づ
き，平成元年と平成９年の課税費用割合につき，別紙６のとおり推計
し，ここから，別紙４のとおり，平成元年度については，薬価基準分
及び診療報酬分を基に予算ベース（４月から翌年の２月までの１１か
月間の診療分を対象とした数値。以下同じ。）０．７６パーセント
（満年度０．８４パーセント），平成９年度については，薬価基準
分，特定保険医療材料分及び診療報酬分を基に予算ベース０．７１パ
ーセント（満年度０．７７パーセント）として改定率を算定した。な
お，平成元年度以降も，診療報酬改定においては，医療経済実態調査
に基づき消費税分を含めた費用の動向を把握し，これを踏まえた上で
改定率が決定されている。（乙１０，１３の１・２，弁論の全趣旨）
厚生労働大臣は，中医協への諮問及び答申を経て，平成元年度及び平
成９年度に，それぞれ別紙３のとおり，診療報酬改定を行った。これ
らの診療報酬改定は，診療報酬のうち消費税による影響が明らかであ
ると考えられる項目を全て列挙し，そこから代表的である項目を選び
出して点数を加算しているものではなく，診療報酬のうち，たとえば
「物」代が含まれているため消費税の影響が大きいと考えられる項目
を代表的な項目と捉え，その点数について改定を行ったものであり，
技術の要素が大きく消費税による影響が大きいとはいえないような項
目については，改定が行われていない。（乙４の２，５，１０，１４
の１・２，弁論の全趣旨）
(ウ)平成２０年度及び同２２年度の診療報酬改定
厚生労働大臣は，平成２０年度及び平成２２年度についても，決定さ
れた改定率を踏まえ，中医協に対して諮問を行い，その答申を受けて診
療報酬改定を行ったものであるが，平成元年度及び平成９年度とは異な
り，個別の項目について消費税の負担を考慮して診療報酬改定を行うと
いうことはしていない。（乙１５及び１６の各１・２，弁論の全趣旨）
ウ(ア)上記認定事実によれば，消費税法が施行された平成元年度及び税率
引上げの改正がされた平成９年度は，それによって医療法人等が支出
する費用（仕入税額相当額）の上昇が見込まれることを考慮して，当
該費用上昇分に対応する診療報酬改定が行われていること，同診療報
酬改定に当たっては，診療報酬のうち消費税による影響が大きいと考
えられる項目を選別して点数を改定していることが認められるところ，
これらの事実によれば，厚生労働大臣は，平成元年度及び平成９年度
の診療報酬改定に際して，診療報酬改定が転嫁方法の区別を解消する
ための代替手段であることに鑑みて，医療法人等が負担する仕入税額
相当額の適正な転嫁が図られるように配慮していたものとみることが
できる。
(イ)上記認定事実によれば，平成２０年度及び平成２２年度になされ
た診療報酬改定については，個別の項目に着目した改定こそなされて
いないものの，内閣において医療経済実態調査に基づき消費税分を含
めた費用の動向を把握した上で決定した改定率を前提として，中医協
の答申を通じて行われたものと認められ，また，中医協の委員は，健
康保険等の保険者及び被保険者等を代表する委員７名（社会保険医療
協議会法２条１号），医師等を代表する委員７名（同項２号）及び公
益を代表する委員７名（同項３号）の合計２０名で構成されており，
厚生労働大臣は，上記２号の委員を任命するに当たっては，地域医療
の担い手の立場を適切に代表し得ると認められる者の意見に配慮する
ものとされている（同条３項）ところ，このような委員によって構成
される中医協における審議に当たっては，消費税が医療法人等に与え
る影響についても議論されていることが推認される。
以上の点に照らすと，厚生労働大臣は，平成２０年度及び平成２２
年度のいずれの診療報酬改定（本件改定行為等）においても，医療法
人等が負担する仕入税額相当額の適正な転嫁について一定程度の配慮
をしていたものと認めるのが相当である。
(ウ)以上によれば，本件改定行為等は，医療法人等が負担する仕入税額
相当額の適正な転嫁という点に配慮した診療報酬改定を行っているも
のというべきであり，裁量権を逸脱又は濫用するものではないという
ことができる。
エ原告らは，診療報酬改定の目的は個々の病院等が負う原告らの負担を解
消するというところにあるとして，当該目的を達成していないことは明ら
かであるなどと主張するほか，改定率の不合理性についても主張する。
しかし，前記のとおり，厚生労働大臣には，診療報酬改定において個々
の医療法人等が実際に負担する仕入税額相当額の負担を解消する義務があ
るとは解されないし，上記認定事実のとおり，改定率は内閣において決定
されるものであって，厚生労働大臣の診療報酬改定は，当該改定率の枠内
で行われるものであると認められる上，改定率により確保された予算の制
約があることに照らせば，仮に個々の医療法人等の負担が解消されていな
くても，また，改定率が個々の医療法人等にとって不合理であったとして
も，本件改定行為等が違法になると断定することはできないというべきで
ある。上記主張は採用できない。
オしたがって，本件改定行為等は，いずれも国家賠償法１条１項の規定の
適用上，違法とは評価できない。
(3)まとめ
よって，本件立法行為等及び本件改定行為等は，いずれも国家賠償法１条
１項の規定の適用上違法とは評価できないものであるから，これらに係る原
告らの国家賠償請求は認められない。
６不当利得返還請求の当否（争点３）
(1)原告らは，医療法人等が社会保険診療等に関する仕入取引について仕入
額の４％に相応する消費税を仕入先業者に支払い，被告が同額について仕入
先業者から納付を受けて保持しているところ，上記消費税相当額は，本来，
仕入れをした医療法人等において仕入税額控除の対象となるべきであるにも
かかわらず，これを認めていない消費税法は憲法に違反しているとして，被
告が医療法人等の仕入先業者から納付を受けた仕入税額相当額が法律上の原
因のない利得になるなどと主張する。
しかし，前記（第３の２ないし４）のとおり，消費税法が，医療法人等に
対して仕入税額控除を認めていない（その結果，還付も認めていない。）こ
とは，憲法に違反するものでないから，上記主張はその前提を欠くものであ
る。
(2)したがって，原告らの不当利得返還請求は認められない。
７損失補償請求の当否（争点４）
(1)原告らは，被告が患者の負担軽減という公益を実現しようとするのであ
れば，それは国民全体の負担において行うべきであり，これを医療法人等と
いう特定の集団の負担（特別の犠牲）の下で行う以上，正当な補償をすべき
である旨主張する。
(2)前記のとおり，消費税法は，医療法人等と一般の事業者について，仕入
税額相当額の法的負担の有無という点で異なる取扱いをするものではない
し，本件仕組みが原告らの財産権を侵害しているとも認められないものであ
る。
また，原告らの主張する負担は，広く一般に適用される消費税法の仕組み
自体に起因するものであるし，仕入税額相当額の負担が事業者において滞留
するという事態は，前記のとおり，一般の事業者にも同様に生じうるもので
ある。さらに，実際上，原告らが，仕入先業者から仕入税額相当額を転嫁さ
れているのか否か，また，転嫁が行われているとしてどの程度を負担してい
るのか，そのうち診療報酬改定によってどの程度解消されているのかという
点は，本件全証拠に照らしても明確ではない上，仕入税額控除の対象となら
ない仕入税額については，法人税法において，損金に算入することが認めら
れている（法人税法施行令１３９条の４参照）。
このような事情に照らせば，原告ら主張の負担が存在するとしても，一般
的に当然受忍すべきものとされる制限の範囲を超えているということはでき
ず，これをもって直ちに原告らが特別の犠牲を負うものとは認め難いという
べきである。
(3)したがって，原告らの損失補償請求は認められない。
第４結論
よって，その余の争点について判断するまでもなく，原告らの主位的請求
及び予備的請求はいずれも理由がないから，これを棄却することとして，主
文のとおり判決する。
神戸地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官栂村明剛
裁判官福島かなえ
裁判官小西俊輔

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