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主文
１　原告の請求を棄却する。
２　訴訟費用は，原告の負担とする。
事実及び理由
第１　請求
　原告の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費
税について，被告が平成１５年９月３０日付けでした無申告加算税の賦課決定処分を取り消
す。
第２　事案の概要
　本件は，原告の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの課税期間（以下「本件
課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）について，原告
がその法定申告期限及び法定納期限である同年６月２日までに消費税等として総額２４７億７
８５０万９７００円の納付はしたものの，その申告書の提出をしていなかったとして，被告
が，同年９月３０日付けで，国税通則法（平成１６年３月法律第１４号による改正前のもの。
以下「通則法」という。）６６条１項１号及び同条３項に基づいて，納付すべき消費税等の税
額に１００分の５の割合を乗じて計算した１２億３８９２万５０００円の無申告加算税の賦課
決定処分（以下「本件処分」という。）をしたのに対し，原告が本件処分の取消しを求めた事
案である。
　１　前提となる事実等
(1)　法令の定め
ア　通則法１５条１項は，国税を納付する義務（源泉徴収による国税については，これを徴収
して国に納付する義務）が成立する場合には，その成立と同時に特別の手続を要しないで納付
すべき税額が確定する国税を除き，国税に関する法律の定める手続により，その国税について
の納付すべき税額が確定されるものとする旨規定している。これを受けて，同法１６条におい
て，国税についての納付すべき税額の確定の手続については，①　納付すべき税額が納税者の
する申告により確定することを原則とし，その申告がない場合又はその申告に係る税額の計算
が国税に関する法律の規定に従っていなかった場合その他当該税額が税務署長又は税関長の調
査したところと異なる場合に限り，税務署長又は税関長の処分により確定する方式である申告
納税方式（同条１項１号）と，②　納付すべき税額がもっぱら税務署長又は税関長の処分によ
り確定する方式である賦課課税方式（同項２号）のいずれかの方式によるものとされ，このい
ずれの方式によるかについては，納税義務が成立する場合において，納税者が国税に関する法
律の規定により納付すべき税額を申告すべきものとされている国税は申告納税方式により（同
条２項１号），それ以外の国税は賦課課税方式による（同項２号）とされている。
イ　通則法１５条２項７号は，消費税等の納税義務は，課税資産の譲渡等をした時に成立する
旨規定しており，消費税法（平成１５年３月法律第８号による改正前のもの。以下同様）４５
条１項は，事業者は，課税期間ごとに，当該課税期間の末日の翌日から２月以内に，同項各号
に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない旨規定している。したが
って，消費税は，申告納税方式により納付すべき税額が確定する国税である。
ウ　申告納税方式による国税の納税者は，国税に関する法律の定めるところにより，納税申告
書を法定申告期限までに税務署長に提出しなければならず（通則法１７条１項），同項の規定
により提出する納税申告書は，期限内申告書という（同条２項）。これに対し，期限内申告書
を提出すべきであった者は，その提出期限後においても，同法２５条の規定に基づく税務署長
による課税標準等及び税額等の決定があるまでは，納税申告書を税務署長に提出することがで
き（同法１８条１項），同項の規定により提出する納税申告書は，期限後申告書という（同条
２項）。
　納税申告書とは，申告納税方式による国税に関し国税に関する法律の規定により，①　課税
標準（同法２条６号イ），②　課税標準から控除する金額（同号ロ），③　純損失等の金額
（同号ハ），④　納付すべき税額（同号ニ），⑤　還付金の額に相当する税額（同号ホ），⑥
　納付すべき税額の計算上控除する金額又は還付金の額の計算の基礎となる税額（同号ヘ）の
いずれかの事項その他当該事項に関し必要な事項を記載した申告書をいう（同条６号）。消費
税に係る納税申告書には，事業者は，消費税法４５条１項各号に掲げる事項，すなわち，①　
その課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等に係る課税標準である金額の合計額
（課税標準額）（同項１号），②　課税標準額に対する消費税額（同項２号），③　その課税
期間において同項２号に掲げる消費税額から控除をされるべき消費税額の合計額（同項３
号），④　これを控除した残額に相当する消費税額（同項４号），⑤　その事業者が当該課税
期間につき中間申告書を提出した事業者である場合には，同項４号に掲げる消費税額から当該
申告書に係る中間納付額を控除した残額に相当する消費税額（同項６号）等を記載しなければ
ならない（同条１項）。
　国税を納付しようとする者は，その税額に相当する金銭に納付書を添えて，これを日本銀行
（国税の収納を行う代理店を含む。）又はその国税の収納を行う税務署の職員に納付しなけれ
ばならない（通則法３４条１項）。この納付書には，納税者の納税地及び氏名又は名称，年
度，受入科目，取扱庁名，納付の目的並びに金額（本税，加算税，利子税，延滞税の各別の金
額とその合計額）を記載すべきものとされている（国税通則法施行規則６条）。
　期限内申告書を提出した者は，国税に関する法律に定めるところにより，当該申告書の提出
により納付すべきものとしてこれに記載した税額に相当する国税をその法定納期限までに国に
納付しなければならず（通則法３５条１項），期限後申告書の提出により納付すべきものとし
てこれに記載した税額に相当する国税の納税者は，その国税をその期限後申告書を提出した日
までに国に納付しなければならない（同条２項１号）。消費税についても，消費税法４９条
は，同法４５条１項による申告書を提出した者は，当該申告書に記載した同項４号に掲げる消
費税額があるときは，当該申告書の提出期限までに，当該消費税額に相当する消費税を国に納
付しなければならない旨規定している。
　期限後申告書の提出があった場合には，当該納税者に対し，同申告に基づき通則法３５条２
項の規定により納付すべき税額に１００分の１５の割合を乗じて計算した金額に相当する無申
告加算税を課する（同法６６条１項１号）。ただし，期限内申告書の提出がなかったことにつ
いて正当な理由があると認められる場合は，この限りでない（同項ただし書）。また，期限後
申告書の提出があった場合において，その提出が，その申告に係る国税についての調査があっ
たことにより当該国税について更正又は決定があるべきことを予知してされたものでないとき
は，その申告に基づき同法３５条２項の規定により納付すべき税額に係る上記同法６６条１項
の無申告加算税の額は，同項の規定にかかわらず，当該納付すべき税額に１００分の５の割合
を乗じて計算した金額とするとされている（同条３項）。
エ　国税は，納付すべき税額が確定し，その納期が到来したときに納付するのが建前であり，
その確定前又は納期到来前に納付がされた場合には，その納付は不適法な納付として過誤納金
となるべきものである。しかしながら，このような納付をすべて過誤納金として法定の還付又
は充当処理をすることは，かえって納税者及び税務官署にとって煩瑣である場合があり，既に
納付すべき税額が確定しその納期が到来していないだけの国税や，近い将来において納付すべ
き税額の確定することが確実な国税については，納税者が当該国税として納付する旨を申し出
る限り，適法な納付として扱うのが合理的である。そこで，通則法５９条は，納付すべき税額
の確定した国税で，その納期が到来していないもの（同条１項１号），及び最近において納付
すべき税額の確定することが確実であると認められる国税（同項２号）について納付する旨を
税務署長に申し出て納付した金額については，「予納」として扱い，これを納付した者は，そ
の還付を請求することができない旨規定している（同条１項）。
オ　道府県（地方税法（平成１５年３月法律第９号による改正前のもの。以下同様）１条２項
により都にも準用。以下同様）は，普通税として地方消費税を課するものとされる（同法４条
２項３号）。消費税法４５条１項４号に掲げる消費税額を課税標準として課する地方消費税を
譲渡割といい（地方税法７２条の７７第２号），事業者の行った消費税法２条１項９号に規定
する課税資産の譲渡等については，当該事業者（同法９条１項本文の規定により消費税を納め
る義務が免除される事業者を除く。）に対し，道府県（当該事業者が内国法人の場合，その本
店又は主たる事務所の所在地の所在する道府県（地方税法７２条の７８第２項５号））が譲渡
割によって，地方消費税を課すものとされている（同法７２条の７７第２号，７２条の７８第
１項）。
　譲渡割の徴収については，申告納税の方法によらなければならないとされ（地方税法７２条
の８６），消費税法４５条１項の規定により消費税に係る申告書を提出する義務がある事業者
は，当該申告書の提出期限までに，当該消費税額，これを課税標準として算定した譲渡割額そ
の他必要な事項を記載した申告書を譲渡割課税道府県の知事に提出し，及びその申告に係る譲
渡割額を当該譲渡割課税道府県に納付しなければならない（地方税法７２条の８８第１項）。
　なお，譲渡割の賦課徴収は，当分の間，国が，消費税の賦課徴収の例により，消費税の賦課
徴収と併せて行うものとされており（同法附則９条の４第１項），譲渡割の申告は，消費税の
申告の例により，消費税の申告と併せて，税務署長にしなければならず（同法附則９条の
５），また，譲渡割の納税義務者は，譲渡割を，消費税の納付の例により，消費税の納付と併
せて国に納付しなければならない（同法附則９条の６第１項）。そして，譲渡割及び消費税の
納付があった場合においては，その納付額を申告された譲渡割及び消費税の額にあん分した額
に相当する譲渡割及び消費税の納付があったものとされる（同条２項）。また，譲渡割に係る
延滞税及び加算税（その賦課徴収について消費税の例によることとされる譲渡割について納付
される延滞税及び課される加算税をいう。同法附則９条の９において同じ。）も，譲渡割とし
て，同法附則９条の４ないし９条の１６までの規定が適用され（同法附則９条の４第２項），
譲渡割に係る延滞税及び加算税並びに消費税に係る延滞税及び加算税並びにこれらの延滞税の
免除に係る金額（以下「延滞税等」という。）の計算については，譲渡割及び消費税の合算額
によって行い，算出された延滞税等をその計算の基礎となった譲渡割及び消費税の額にあん分
した額に相当する金額を譲渡割又は消費税に係る延滞税等の額とすることとされている（同法
附則９条の９第１項）。
　　(2)　本件処分に至る経緯等
ア　原告は，消費税等につき納付義務を負う事業者である。
（当事者間に争いのない事実）
イ　原告の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの課税期間（本件課税期間）の
消費税等の法定申告期限及び法定納期限は，同年６月２日であった。
（当事者間に争いのない事実）
ウ　原告は，本件課税期間の消費税等につき，平成１５年６月２日，指定金融機関であるみず
ほコーポレート銀行（大阪営業事務部），ＵＦＪ銀行（大阪営業部）及び三井住友銀行（大阪
本店営業部）の３行（以下「本件３行」という。）に対し，それぞれ納付書（以下「本件納付
書」という。）を添えて，本件納付書記載の金額合計２４７億７８５０万９７００円（みずほ
コーポレート銀行に１３７億２７３０万９７００円，ＵＦＪ銀行及び三井住友銀行に各５５億
２５６０万円）を納付（以下「本件納付」という。）した。
（甲１号証の２ないし４，当事者間に争いのない事実）
エ　平成１５年６月１２日，北税務署の職員が原告の従業員に対し，本件課税期間の消費税等
に係る申告書の提出の確認を行ったところ，原告が同申告書の提出を失念していたことが判明
した。
　原告は，同月１３日，被告に対し，本件課税期間の消費税等について，消費税の税額の計算
として，課税標準額を２兆５３８６億６３６５万５０００円，消費税額を１０１４億７５３８
万８０９４円，控除過大調整税額を１７８万１７９５円，控除税額を５１９億２３４８万６１
４８円，差引税額を４９５億５３６８万３７００円，中間納付税額を２９７億３１４１万４８
００円，納付税額を１９８億２２２６万８９００円等とし，地方消費税の税額の計算として，
地方消費税の課税標準となる消費税額の差引税額を４９５億５６３７万８３００円，譲渡割額
（納税額）を１２３億８９０９万４５００円，中間納付譲渡割額を７４億３２８５万３７００
円，納付譲渡割額を４９億５６２４万０８００円等とし，消費税及び地方消費税の合計納付税
額を２４７億７８５０万９７００円とする確定申告書（以下「本件申告書」という。）を提出
した。
（甲２号証，当事者間に争いのない事実）
オ　被告は，本件納付書の記載内容から，本件納付を本件課税期間に係る消費税等の予納とし
て扱い，本件申告書の提出により確定した上記消費税等の税額に充当した。
（当事者間に争いのない事実）
カ　被告は，本件申告書の提出をもって，通則法６６条１項１号及び３項により，期限後申告
書の自発的な提出に当たるものとして，平成１５年９月３０日，原告に対し，本件課税期間の
消費税等に係る無申告加算税として１２億３８９２万５０００円の賦課決定（本件処分）をし
た。
（当事者間に争いのない事実）
キ　原告は，平成１５年９月３０日，大阪国税局長に対し，本件処分について異議申立てをし
たが，大阪国税局長は，同年１２月１５日，同異議申立てを棄却する旨の異議決定をした。
（当事者間に争いのない事実）
ク　原告は，平成１５年１２月２６日，国税不服審判所長に対し，本件処分について審査請求
をしたが，国税不服審判所長は，平成１６年４月１６日，同審査請求を棄却する旨の裁決をし
た。原告は，同月２３日，同裁決書謄本の送達を受けた。
（甲５号証の１及び２，弁論の全趣旨，当事者間に争いのない事実）
ケ　原告は，平成１６年７月２０日，本件処分の取消しを求める本件訴えを当裁判所に提起し
た。
（当裁判所に顕著な事実）
　２　争点
(1)　本件納付書の提出等を「瑕疵ある申告」とみなし，本件申告書の提出によって同瑕疵が
治癒したものといえるか否か
(2)　本件納付を予納として扱ったことにより，加算税を賦課する根拠がなくなったものとい
えるか否か
(3)　本件について，通則法６６条１項ただし書にいう「正当な理由」が認められるか否か
　３　争点についての当事者の主張
(1)　争点(1)（本件納付書の提出等を「瑕疵ある申告」とみなし，本件申告書の提出によって
同瑕疵が治癒したものといえるか否か）について
（原告）
　本件においては，本件納付書の提出を「瑕疵ある申告」とみなすことができ，かつ，期限後
申告書（本件申告書）の提出によって同瑕疵が治癒したものといい得るから，「無申告」には
該当しない。したがって，本件処分は，通則法６６条の解釈適用を誤ったものである。
　すなわち，無申告加算税は，申告義務違反に対し特別の経済的負担を課すことによって違反
行為を防止し，申告納税制度の定着を図ることを目的とするものであり，一種の行政的制裁の
性質をもつとされているが，その究極的な目的は税額の徴収の確保であり，申告義務違反に対
する制裁もこの究極的目的のために設けられたものといえる。したがって，納税者に申告意思
が認められ，かつ，現実に納税が果たされている場合に，単なる形式的な申告手続違背に対す
る制裁として無申告加算税を賦課することは，実質的には法の趣旨，目的を逸脱した法の運用
であって，違法といわざるを得ない。
　これを本件についてみるに，原告は，法定申告期限及び法定納期限である平成１５年６月２
日に，本件納付書とともに所定の消費税等の税額を納付したものであるところ，納付書は，納
税者が記入し，収納機関である銀行を経由して，記載の税額の納付済みを税務署長に通知する
ことを目的とする書面であって，実質上税務署長に提出する書面ということができる上，申告
書と主要な記載事項を同じくし，機能的に多くの共通性をもった書面である。本件納付書には
課税期間，税目及び税額が記載されており，申告書に記載すべき事項を網羅するものではない
としても，本件納付書の提出及び納税の履行の事実によって，少なくとも税務当局は，原告が
自発的な申告意思を有することについて認識し，あわせて，申告書に要求される主要な記載項
目である課税期間，税目及び税額についてもこれを十分確認し得たはずである。したがって，
たとい適式の申告書の提出を欠いていたとしても，実質的には本件納付書が申告書の機能の相
当部分をカバーする役割を果たしたと見ることができるのであり，本件納付書の提出をもって
税額の確定という申告の法的効果が生じるものとまではいえないものの，これを「瑕疵ある申
告」とみなす余地は十分ある。
　さらに，申告書の提出忘れに気付いた原告は，直ちに自発的に期限後申告書（本件申告書）
を提出したのであるから，実質的にはこれによって申告に関する上記「瑕疵」は治癒されるに
至ったといえる。このように，実質的に申告書の機能の相当部分をカバーするに足りる納付書
の提出と税額の納付が履行されている場合において期限後申告書が提出されたときは，納付書
の提出を瑕疵ある申告とみなし，期限後申告書の提出によってこの瑕疵が治癒されたと解する
余地があり，期限内申告の有無につきこのような実質に即した柔軟な法解釈及び事実認定の余
地を認めることは，むしろ通則法６６条の趣旨，目的に適合した運用と考えられる。
　このような観点からすれば，実質的には「申告書」の機能の相当部分をカバーするに足る納
付書（本件納付書）の提出と税額の納付（本件納付）とが共に履行されたにもかかわらず，こ
れを全くの「無申告，無納税」のケースと同列に，原告に対し無申告加算税を課した本件処分
は，法の適正な運用を逸脱した違法な行政処分といわざるを得ない。
（被告）
　申告とは，納税申告書の提出によってする要式行為であり（通則法１７条１項），納税申告
書とは，申告納税方式による国税に関し国税に関する法律の規定により必要な事項を記載した
申告書をいう（同法２条６号）。そして，国税に関する法律である消費税法４５条１項は，１
号ないし８号に掲げる課税標準，課税標準に対する消費税額，課税標準に対する消費税額から
控除すべき消費税額，中間納付税額，納付すべき税額等を記載した申告書を税務署長に提出し
なければならない旨規定している。これに対し，納付書とは，国税を納付する場合に納付すべ
き税額に相当する金銭と共に日本銀行等の収納機関に提出する書面で，年度，税目，納付の目
的及び税額等が記載されている。したがって，納税申告書と納付書は，その形式からしても，
その提出先及び記載事項を異にする別個のものであることが明らかである。
　また，納税申告書は，その提出により申告納税方式による国税を納付すべき税額が確定する
（通則法２条６号，１６条１項１号及び１７条１項）という法的効果を有する。これに対し，
納付書は，国税の納付手続の履行を書面により明らかにするために，国税を納付するときに金
銭に添えるものとされている（同法３４条）にすぎず，通則法上，納税申告書と同様の法的効
果を有するものとは到底認められない。そもそも，申告納税制度を採る消費税等においては，
申告書の提出によって初めて納付すべき税額が確定し，租税債務となるところ，原告は，法定
申告期限までに，被告に消費税等の確定申告書を提出しなかったことから，原告の消費税等の
納付すべき税額は，法定申告期限においていまだ確定しておらず，原告は，同日において具体
的な租税債務を何ら負っていない。すなわち，原告が行った本件納付は，租税債務の消滅とし
ての納付にはなり得ない。
　さらに，納付という行為には，租税債務の消滅となる納付，誤納金となる納付，予納とされ
る納付があるところ，いずれの納付も，国税の収納機関に，納付書に記載された金額に相当す
る金銭に納付書を添えて払い込むことから，納付書はいずれの納付にも用いられる書面であ
る。納付書によって国税の納付手続の履行が明らかにされ，税務署長は，だれから，いつ，い
くら納付されたか，その納付の目的となった税目，課税期間等を認識することはできるが，納
付書の記載内容から，その納付額が，「確定された納付すべき税額」であると判断できるもの
ではない。これに対し，申告書の提出は，納付すべき税額を確定させる法的効果を有すること
から，申告書が提出されることによって初めて，税務署長はその納付が確定された納付すべき
税額の納付であると判断することができる。
　このように，本件において原告が提出した本件納付書は，申告書とは全くその機能及び法的
効果が異なるものであり，また，それは，金融機関に提出されたものであって，納税申告書の
提出先である税務署長に提出されたものではなく，消費税等の申告書の記載事項を満たしてい
るものでもない。
　したがって，原告が納付書の提出をしたということと申告とは明らかに異なるものであっ
て，これをもって「瑕疵ある申告」とみなすことは到底できない。
　また，原告自身，本件納付書の提出をもって申告を行ったものと認識していたとは到底認め
られない。
(2)　争点(2)（本件納付を予納として扱ったことにより，加算税を賦課する根拠がなくなった
ものといえるか否か）について
（原告）
　本件における納期限内の税額の納付は「予納金」に該当し，期限後申告書（本件申告書）の
提出によって予納時にさかのぼって本税に充当の取扱いがされているから，本件申告書に形式
上納付すべき税額が記載されていたとしても，期限後申告書の提出によって納税義務が確定す
ると同時にその納税義務は上記予納額の充当により予納時にさかのぼって消滅し，期限後申告
書の提出時には加算税の課税金額である通則法３５条２項の規定により納付すべき消費税額
（同法６６条１項）は既に存しないことになる。したがって，本件では，仮に同法６６条１項
に該当するとしても，もはや無申告加算税を賦課する余地は存しなかったというべきであっ
て，その意味においても本件処分は違法といわざるを得ない。
　すなわち，被告は本件納付を本件課税期間に係る消費税等の予納として扱っているところ，
通則法基本通達５９条関係４によれば，国税の予納をした場合において，その国税に延滞金が
課されるときは，その延滞金の終期は予納をした日とするとされている。この通達の趣旨は，
期限内申告書や期限後申告書の提出の時期とは無関係に，予納した時点に予納金が国税に充当
されたものとして取り扱い，翌日以降の延滞税は課されないということである。本件において
も，期限後申告として取り扱われているにもかかわらず延滞税が課されていないのは，本件納
付が予納金として扱われ，かつ，同通達にしたがって本件納付日において本件納付額が本件課
税期間に係る消費税等の税額に充当されたことを示している。
　そして，延滞税の納付に係る同法６０条１項２号及び無申告加算税の賦課に係る同法６６条
１項は，いずれも，同法３５条２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき国税
（税額）という全く同一の基準金額をもとに税額を計算することとしている。とすれば，延滞
税算定の基礎となる金額が本件納付日において原告の予納によって消滅している以上，無申告
加算税算定の基礎となる金額も本件予納によって消滅していると解すべきである。
　したがって，本件が同法６６条１項１号に該当するとしても，無申告加算税算定の基礎とな
る同法３５条２項の規定により納付すべき税額がゼロであるため，結局原告に無申告加算税は
課し得ないことになる。
（被告）
ア　通則法３５条２項１号は，期限後申告書の提出により納付すべきものとしてこれに記載し
た税額については，期限後申告書を提出した日までに国に納付しなければならない旨規定して
いるから，同法６６条１項が規定する同法３５条２項の規定により納付すべき税額とは，期限
後申告書に納付すべきものとして記載された税額，すなわち，期限後申告書の提出によって納
付すべきものとして確定した具体的な租税債務の額を意味している。通則法上，予納が認めら
れている趣旨は，納税者及び税務官署にとって煩瑣な事態が生ずることを避けるため，一定の
場合に，納税者が納付を申し出たものを適法な納付として扱うのが合理的であるという，いわ
ば事務処理上の便宜に基づくものであり，これは申告書が提出されて初めて納付義務が確定す
るという申告納税方式までをも否定する趣旨ではない。したがって，申告納税方式を採る消費
税等においては，原則どおり，申告書が提出されて初めて，当該申告書に記載された消費税等
の税額が確定し，当該消費税等の納付義務が確定するのであって，申告書提出前の納付すべき
税額が確定する前に生じてもいない租税債務が消滅することはあり得ず，予納がされているか
らといって，その時点で具体的に確定もしていない租税債務が消滅するものでもなく，また，
同法３５条２項の規定により納付すべき税額が予納時にさかのぼって消滅するものではないと
解すべきである。本件納付は予納として取り扱われているものの，税額はあくまで期限後申告
書の提出により確定したものであり，その時に予納額がその確定税額に充てられたことにな
る。したがって，予納がされた場合であっても，期限後申告書に納付すべきものとして記載さ
れた税額が存在すると認められ，同法６６条１項の要件を満たすというべきである。
イ　原告は，通則法基本通達５９条関係４が国税の予納をした場合の延滞税の終期を当該予納
をした日とするとしていることを挙げて，延滞税算定の基礎となる金額が本件納付日において
原告の予納によって消滅している以上，無申告加算税算定の基礎となる金額も本件予納によっ
て消滅していると解すべきである旨主張する。しかしながら，通則法５９条は，申告よりも先
に納付がされ，その後，申告がされた場合に，還付加算金を加算するなどして還付又は充当し
なければならないとすると，納税者及び税務官署にとって煩瑣な事態が生じるため，それを避
けるという事務処理上の便宜のために設けられた規定であり，このように還付加算金が加算さ
れない以上，延滞税も課されないとするのが，上記のような納税者及び税務官署にとっての煩
雑な事務処理を避けるという同条の趣旨に沿った解釈というべきである。また，国税の納付遅
延に対して延滞税が課されることとの権衡を考慮して，還付金等に対しても一種の利子として
還付加算金が課されることになっているところ，予納額には還付請求を認めず（同法５９条１
項），還付加算金が加算されないのであるから（同条２項，同法５８条１項参照），この場合
に延滞税を課すことは還付加算金との権衡を失することになり，予納がある場合には，予納が
された日を延滞税の計算の終期とすることが延滞税と還付加算金との権衡上相当であると解さ
れる。通則法基本通達５９条関係４は，このような同法５９条の趣旨及び延滞税と還付加算金
の権衡という理由から注意的に明らかにされたものにすぎない。すなわち，申告納税方式を採
る消費税等においては，あくまで申告書が提出されて初めて当該消費税等の納付義務が確定
し，その時に予納額がその確定税額に充てられることになるのであって，通則法基本通達５９
条関係４は，そのような申告納税方式を前提とした上で，上記記載の理由から，延滞税の計算
上，その終期を予納した日としたにすぎない。本件においては，法定納期限日に，期限後申告
による確定税額と同額の予納がされていたことから，上記通達に基づき，延滞税の計算上，法
定納期限の翌日からその国税を完納する日（延滞税の終期）までの期間がゼロであるとして，
延滞税が課されなかったものである。このように，上記通達は，申告よりも前の納付日におい
て予納額をもって税額に充当されたことを示すものではないのであるから，同法６６条１項に
いう同法３５条２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額が本件納付日に
消滅したと解することはできない。
(3)　争点(3)（本件について，通則法６６条１項ただし書にいう「正当な理由」が認められる
か否か）について
（原告）
ア　本件においては，無申告加算税の適用除外条項である通則法６６条１項ただし書にいう
「正当な理由」が認められる。
　同法６６条１項ただし書の「正当な理由」の有無を判定するに当たっては，期限内申告書の
不提出につき制裁を課すことが無申告加算税制度の趣旨，目的に照らして相当といえるか，広
く本件をめぐる諸般の事情を対象に取り上げて検討すべきである。
　すなわち，無申告加算税の立法の趣旨ないし目的は，直接的には，申告義務の違反に対して
特別の経済的負担を課すことによって，その義務の履行の確保を図り，申告納税制度の定着を
促進することにあるといわれているが，これは中間的目標であるにとどまり，究極的には税額
の徴収を確保することを目的としていることはいうまでもない。したがって，本件のように申
告書及び納付書は作成され，それに基づく税額も法定納期限内に納付されたが，申告書の提出
だけを失念したというような，申告意思の存在は明らかで，しかも既に徴税目的は達成されて
いるようなケースに関しては，行政上の制裁として無申告加算税を賦課すべき正当性，必要性
が全く存しないことは明白であり，本件のような場合は，当然同法６６条１項ただし書にいう
「正当な理由」が認められる場合に該当するものというべきである。
　しかるに，従来，上記「正当な理由」について，例えば災害，交通・通信の途絶等により法
定申告期限内に申告書を提出することができないケースのように，納税者の責めに帰すことが
できない外的事情がある場合に限定的に解釈されてきたように思われるが，このように狭く解
すべき合理的根拠はない。この点，同法１１条には「災害その他やむを得ない理由」により申
告等の行為をすることができないと認められる場合の期限延長に関する措置が定められてお
り，これは適用の対象を災害等納税者の責めに帰し得ない外的事情が存する場合に限定する趣
旨であるかのように受け止められやすいが，これは一定の事由に基づく一般的措置を定めるこ
とを目的とした同条の性質によるものである。これに対し，同法６６条１項ただし書は，個別
納税者を対象とし，個別の「正当な理由」の有無にしたがって，個別に加算税賦課の可否を決
定することを趣旨とする規定であるから，同条の「正当な理由」が上記のような外形的事情に
限定される必然性はなく，さらに広く納税者個別に「正当な理由」に該当する事情の有無を検
討するのが規定の趣旨に適うというべきである。
イ　通則法６６条の定める無申告加算税は，行政上の制裁の一種に属するところ，本件におい
ては，本税である消費税等の納期限内に正規の納付書に基づき正確に計算された税額の納付が
行われ，被告により予納として受け入れられた上，遅滞なく自発的に期限後申告書が提出され
たことにより，それまでの外形上の瑕疵は補完されているのであり，行政制裁としての無申告
加算税における保護法益，すなわち，納期限において申告に基づき当然実現するものとして予
定されている国税の税収確保の観点から見れば，税収は実質上確保されており，原告の納税意
思は明白であって，実質上上記の保護法益を侵害するところも，また侵害するおそれすらも存
しなかったことは明白である。そうだとすれば，本件は，実質上は同条の保護法益を侵害する
ものではなく，したがって，実質的違法性を欠くものとして，制裁の対象から除外されるべき
ことは，制裁法理上当然というべきであり，まさに，同条１項ただし書にいう「正当な理由」
に当たるものというべきである。また，行政制裁の一般原則の一つである罪刑均衡の原則に照
らしても，本件のように原告に巨額な制裁を課す本件処分は，この罪刑均衡の原則に大きく違
背し許されないものであることは明らかである。
ウ　ちなみに，不納付加算税に関する通則法６７条１項ただし書にも，無申告加算税と同様に
「正当な理由」に関する定めが設けられているが，これに対しては，平成１２年７月３日付け
の国税庁長官による「源泉所得税の不納付加算税の取扱いについて（事務運営指針）」（以下
「本件事務運営指針」という。）において，災害，交通・通信の途絶その他法定期限内に納付
しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められるときなど従来の先例を受け
たもの以外に，「偶発的納付遅延等によるものの特例」として，法定納期限の翌日から起算し
て１か月以内に納付され，かつ，その直前１年分について納付の遅延をしたことがないこと等
一定の要件を満たしている場合には「正当な理由」があると認められる場合に該当するものと
して取り扱うべき旨の運営指針が示されている。このような運営指針は，同法６７条１項本文
を形式的に適用した場合の不合理さを調整するものとして，もとより妥当なものであって，徴
税当局も必ずしも限定的解釈に固執するものではないことを示しているといえる。そして，不
納付加算税に関してこのような運用を妥当とする以上，無申告加算税に関しても同様の柔軟な
考え方に立った運用が可能なはずであって，この両者の間に差異を設けることは，むしろ公平
に反する取扱いといわなければならない。
エ　以上のように，本件においては，通則法６６条１項ただし書の「正当な理由」があると認
められる場合に該当するものとして取り扱われるべきケースであったにもかかわらず，実際に
は同ただし書は適用されず無申告加算税が賦課された。本件では，原告は，申告書を作成の上
法定納期限内に本件課税期間に係る消費税等の税額を全額納付済みであるにもかかわらず，申
告書の提出を失念し，提出が法定申告期限より１１日遅れたというだけで，１２億３８９２万
５０００円もの無申告加算税が課されている。申告を促し，これによって終局的には税額の徴
収を確保しようとする無申告加算税の目的にかんがみれば，上記のような巨額な賦課処分には
何らの合理性，妥当性をも見いだすことはできず，本件処分は，行政目的を逸脱し比例原則に
抵触する違法な課税処分というほかない。
（被告）
ア　申告納税制度は，納税者の自主的申告に租税債務確定の効果を認め，これに基づいて納
付，徴収の手続を進めることを予定した制度であり，申告がなければ税額は確定しない。よっ
て，この申告の意義は重要であって，申告の適正を担保するため，行政制裁として，申告書を
期限内に提出しない者に対して無申告加算税が課税されるものであり，このような趣旨から，
無申告加算税は，法定申告期限までに申告書の提出がなかったという客観的な事実があれば，
正当な理由があると認められる場合（通則法６６条１項ただし書）を除いて一律に課されるも
のである。
　ここにいう「正当な理由」とは，期限内に申告書が提出されなかったことが真にやむを得な
い事情をいうのであり，具体的には，災害，交通・通信の途絶等により期限内に申告すること
ができなかった場合，通常であれば期限内に到達すべき期間前に発送したと認められるにもか
かわらず，通信機関の事故により期限内に到達しなかった場合のほか，例えば，税務職員の申
告指導に不行届きがあった場合，税務職員が納税者の主張を認めるような発言をした場合が，
「正当な理由」に当たるとされている。
　このように，「正当な理由」が認められるためには，期限内に申告書が提出できなかったこ
とについて，原告の責めに帰することのできない真にやむを得ない事情が必要とされている。
イ　原告は，法定申告期限までに申告書及び納付書は作成され，それに基づく税額も法定納期
限内に納付されたが，申告書の提出だけを失念していたというような，申告意思の存在は明ら
かで，既に徴税目的は達成されているケースに関しては，「正当な理由」があると認められる
場合に該当する旨主張する。
　しかしながら，予納をしていたからといって，法律上，申告義務が免除されているものでは
なく，本件で申告書の提出を妨げるような事情は何ら認められないのであって，原告の主張す
るような上記事由はそもそも申告書を提出できなかったことの「正当な理由」にはなり得な
い。
　原告が申告書を提出しなかった理由は，要は「失念していた」ということに尽きるのであっ
て，原告が申告書の提出に当たり当然払うべき注意義務を怠ったことは明らかであって，「正
当な理由」に該当するような原告の責めに帰すことのできない真にやむを得ない事情があった
ものとは到底認められない。
　この点，原告は，本件納付が予納として取り扱われたことが「正当な理由」の有無の判定に
おいて特に重要な意味を持つとするが，原告が行った本件納付は国税の予納であり，それ自体
に租税債務の確定ないし消滅の効果は存しない。また，予納額は，申告書の提出によって確定
した納付すべき税額と必ずしも同額ではなく，申告書の提出によって初めて確定した税額に充
当され，充当された額の範囲で租税債務が消滅する。すなわち，予納は，その納付に適法性を
もたせているものの，申告納税制度における税額確定の意味は全くない。また，予納によって
納税者の納税の意思がうかがえるとしても，納税者の申告の意思や納付すべき税額が終局的に
明らかになるわけではない。
　無申告加算税は，申告納税制度が，納税者の自主的申告に租税債務確定の効果を認め，これ
に基づいて納付，徴収の手続を進めることを予定した制度であり，申告がなければ税額は確定
しないことから，この申告の意義の重要性にかんがみて，期限内申告の適正を担保するための
行政制裁として，申告書を期限内に提出しない者に対して課税されるものである。
　そして，本件納付額（予納額）と期限後申告書の提出によって確定した納付すべき税額が同
額であったことは，申告書の提出後に判明するもので，あくまで結果論にすぎない。
　このように，申告がなければ税額は確定せず，予納されていた金額がいくらであろうと，そ
の金額は税額の確定に何ら影響を与えるものではないことから，予納の制度趣旨，法的効果，
無申告加算税の制度趣旨，目的に照らせば，原告の主張する本件をめぐる諸般の事情は，「正
当な理由」に該当し得ない。
ウ　また，原告は，無申告加算税の立法趣旨ないし目的は，究極的には税額の徴収を確保する
ことを目的としているところ，本件のように申告意思の存在は明らかで，しかも既に徴税目的
は達成されているようなケースに関しては行政上の制裁として無申告加算税を賦課すべき正当
性，必要性が全くない旨主張する。
　しかしながら，申告納税制度の下では，たとい納付があったとしても，申告書が提出されな
ければ，納付すべき税額が確定せず，過誤納金の還付の問題となるのであり（申告書の提出が
あって初めて税の納付があったと判断することが可能となる。），いまだ究極的な徴税目的が
達せられたとは認められない。したがって，納付がされていても，無申告である場合には，な
お申告の適正を担保するための行政制裁である無申告加算税を課す必要性，正当性は十分に認
められる。
　原告の主張は，要するに，「納付さえしていれば，申告をする必要はない」というに等しい
のであって，このような主張は消費税等について申告納税方式を採用している我が国の租税制
度と明らかに矛盾する独自の見解にすぎない。
　また，原告が法定申告期限内に申告書提出の意思を有していたか否かや，実際に申告書が作
成済みであったか否かということについては，個々の納税者について課税庁が客観的に判断し
得る事柄ではないし，同じく申告書の提出の失念についても，単に忘れていただけなのか，意
図的に申告書を提出していないのかを客観的に区別することは困難であって，これらの事情
は，「正当な理由」の判断に何ら影響を与えるものではないというべきである。たとい申告書
を作成済みであったり，あるいは申告書の提出を失念していたという場合であっても，現に申
告書の提出がされない以上は，申告により納税義務を確定させるという申告納税制度の目的を
達し得ないことは明らかだからである。
エ　さらに，原告は，本件事務運営指針において「偶発的納付遅延等によるものの特例」が示
されているから，無申告加算税についても同様の柔軟な考え方に立った運営が可能なはずであ
る旨主張する。
　しかしながら，本件事務運営指針は通則法６７条に関する事務運営指針であって，源泉徴収
による国税（同法２条１項２号）（以下「源泉所得税」という。）に関するものである。源泉
所得税の納税義務は，源泉徴収をすべきものとされている所得の支払のときに成立し（同法１
５条２項２号），納付すべき税額は，納税義務の成立と同時に特別の手続を要しないで自動的
に確定する（同条３項２号）（以下「自動確定方式」という。）のであって，申告行為を要し
ない。そのため，納付が遅れれば，必ず不納付加算税が徴収される。また，源泉所得税の納期
限は，源泉徴収をすべきものとされている所得を支払った月の翌月１０日までとされており
（所得税法１８１条ほか），そのため納期限は毎月到来する一方で，必ずしも納付義務が毎月
発生するものとは限らず，その納付義務は不定期かつ頻繁に生じることとなる。そして，徴収
納付制度は，効率的かつ確実に租税を徴収するため，国の徴収義務を代替させている側面を有
する。これらのことから，源泉所得税の徴収義務者に過重な負担とならないよう「正当な理
由」の存否について判断されるべきであり，偶発的納付遅延が不納付加算税の「正当な理由」
に当たると解することは相当である。
　したがって，無申告加算税における「正当な理由」に，原告が主張するような申告書提出の
偶発的遅延を含まないとすることは，行政庁の恣意的解釈ではなく，各条文の立法趣旨，目的
に即した，「正当な理由」の合理的解釈にほかならない。
第３　当裁判所の判断
１　争点(1)（本件納付書の提出等を「瑕疵ある申告」とみなし，本件申告書の提出によって
同瑕疵が治癒したものといえるか否か）について
(1)　国税についての納付すべき税額の確定手続として申告納税方式と賦課課税方式があるこ
と，消費税については，消費税法４５条１項により，事業者は，課税期間ごとに，当該課税期
間の末日の翌日から２月以内に，同項各号に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出し
なければならないとされており，申告納税方式により納付すべき税額が確定する国税であるこ
と，申告納税方式による国税の納税者は，国税に関する法律の定めるところにより，納税申告
書（期限内申告書）を法定申告期限までに税務署長に提出しなければならず（通則法１７条１
項），期限内申告書を提出した者は，国税に関する法律に定めるところにより，当該申告書の
提出により納付すべきものとしてこれに記載した税額に相当する国税をその法定納期限までに
国に納付しなければならないこと（同法３５条１項），消費税についても，消費税法４９条に
より，同法４５条１項による申告書を提出した者は，当該申告書に記載した同項４号に掲げる
消費税額があるときは，当該申告書の提出期限までに，当該消費税額に相当する消費税を国に
納付しなければならないものとされていること，これに対し，期限内申告書を提出すべきであ
った者は，その提出期限後においても，通則法２５条の規定に基づく税務署長による課税標準
等及び税額等の決定があるまでは，納税申告書（期限後申告書）を税務署長に提出することが
でき（同法１８条１項），期限後申告書の提出により納付すべきものとしてこれに記載した税
額に相当する国税の納税者は，その国税をその期限後申告書を提出した日までに国に納付しな
ければならない（同法３５条２項１号）こと，期限後申告書の提出があった場合には，当該納
税者に対し，同申告に基づき同法３５条２項の規定により納付すべき税額に１００分の１５の
割合を乗じて計算した金額に相当する無申告加算税を課す（同法６６条１項１号）が，期限内
申告書の提出がなかったことについて正当な理由があると認められる場合は，この限りでなく
（同項ただし書），また，期限後申告書の提出があった場合において，その提出が，その申告
に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正又は決定があるべきこと
を了知してされたものでないときは，その申告に基づき同法３５条２項の規定により納付すべ
き税額に係る上記同法６６条１項の無申告加算税の額は，同項の規定にかかわらず，当該納付
すべき税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額とするとされている（同条３項）こと
は，前提となる事実等(1)アないしウ記載のとおりである。また，道府県の普通税としての地
方消費税（譲渡割）の徴収方法や，譲渡割の賦課徴収が当分の間，国が，消費税の賦課徴収の
例により，消費税の賦課徴収と併せて行うものとされ（地方税法附則９条の４第１項），譲渡
割の申告は，消費税の申告の例により，消費税の申告と併せて，税務署長にしなければならず
（同法附則９条の５），譲渡割の納税義務者は，譲渡割を，消費税の納付の例により，消費税
の納付と併せて国に納付しなければならない（同法附則９条の６第１項）こと，譲渡割及び消
費税の納付があった場合においては，その納付額を申告された譲渡割及び消費税の額にあん分
した額に相当する譲渡割及び消費税の納付があったものとされ（同条２項），また，譲渡割に
係る延滞税及び加算税も，譲渡割として，同法附則９条の４ないし９条の１６までの規定が適
用され（同法附則９条の４第２項），譲渡割に係る延滞税及び加算税並びに消費税に係る延滞
税及び加算税並びにこれらの延滞税の免除に係る金額（延滞税等）の計算については，譲渡割
及び消費税の合算額によって行い，算出された延滞税等をその計算の基礎となった譲渡割及び
消費税の額にあん分した額に相当する金額を譲渡割又は消費税に係る延滞税等の額とすること
とされている（同法附則９条の９第１項）ことは，前提となる事実等(1)オ記載のとおりであ
る。
(2)ア　(1)記載のように，消費税等は，申告納税方式により納付すべき税額が確定するもので
あり，税務署長に提出すべき納税申告書には，消費税法４５条１項１号ないし８号に各記載の
事項，すなわち，課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等に係る課税標準である金
額の合計額（課税標準額）（同項１号），課税標準額に対する消費税額（同項２号），その課
税期間において同項２号に掲げる消費税額から控除されるべき消費税額の合計額（同項３
号），これを控除した残額に相当する消費税額（同項４号），その事業者が当該課税期間につ
き中間申告書を提出した事業者である場合には，同項４号に掲げる消費税額から当該申告書に
係る中間納付額を控除した残額に相当する消費税額（同項６号）等，さらには，消費税額を課
税標準として算定した譲渡割額等（地方税法７２条の８８第１項）を記載しなければならな
い。
イ　この点，原告は，本件においては，本件納付書の提出と本件納付をもって「瑕疵ある申
告」とみなすことができ，かつ，期限後申告書（本件申告書）の提出によって同瑕疵が治癒し
たものといい得るから，「無申告」には該当しない旨主張する。
　しかしながら，そもそも，納税申告書は，申告納税方式による国税に関し国税に関する法律
の規定により課税標準，課税標準から控除する金額及び納税すべき税額等の事項等を記載した
申告書をいい（通則法２条６号），その税務署長への提出によって納付すべき税額が原則とし
て確定する法的効果を有するものである。これに対し納付書は，国税を納付する場合に，国税
の納付の手続の履行を書面により明らかにするため，納付すべき税額に相当する金銭に添え
て，日本銀行（国税の収納を行う代理店を含む。）又はその国税の収納を行う税務署の職員に
提出する書面であって，年度，税目，納付の目的及び税額等が記載されるものであり，課税標
準や課税標準から控除する金額等は記載されない。本件納付書も，税目として消費税及び地方
消費税の，また，納期等の区分として，平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの
期間（本件課税期間）に係る確定申告である旨の各記載がされるとともに，納付金額として，
本税として本件３行分で合計２４７億７８５０万９７００円を納付する旨の各記載がされた
上，収納機関としての本件３行に提出されたものであって，ア記載の消費税等に係る納税申告
書に記載すべき事項である課税標準額や課税標準額に対する消費税額，これに対し控除される
べき消費税額の合計額とこれらを控除した残額に相当する消費税額，同額から中間納付額を控
除した残額，あるいは，地方消費税に係る譲渡割額等の記載がされていないものである。
　このように，納税申告書と納付書とは，その機能及び法的効果が全く異なるものである。し
たがって，本件納付書をもって本件課税期間に係る消費税等の納税申告書とみることは到底で
きない（なお，原告自身，本件納付書をもって納税申告書に当たるものとまで主張するもので
はない。）。
　また，本件納付は，いまだ納税申告書が提出されていないため本件課税期間に係る消費税等
の税額が確定していない段階でされた納付であって，過誤納金に該当すべきところ，被告によ
り通則法５９条１項２号に該当するものとして，同消費税等の予納として扱われたものにすぎ
ない（前提となる事実等(2)オ）。すなわち，当該税額も確定していない段階でされた本件納
付それ自体が同消費税等に係る租税債務を消滅させるものではなく，後に本件申告書が提出さ
れたことにより初めて本件課税期間に係る消費税等の税額が確定され，その額が本件納付に係
る金額と同額であったことなどから，本件納付に係る金額の全額が上記確定された消費税等の
税額に充当されたにすぎないのである。
　さらに，そもそも，消費税等のように申告納税方式により納付すべき税額が確定するものと
されている国税等については，納税義務者によって法定申告期限内に適正な申告が自主的にさ
れることが納税義務の適正かつ円滑な履行に資し，税務行政の公正な運営を図る上での大前提
となるのであり，納税申告書を法定申告期限内に提出することは，正に申告納税方式による国
税等の納税手続の根幹を成す納税義務者の重要な行為であるといわなければならない。そのた
め，このような納税申告書の期限内提出の重要性にかんがみて，通則法は，納付すべき税額の
確定のための納税申告書の期限内提出という納税義務者に課された税法上の義務の不履行に対
する一種の行政上の制裁として，納付すべき税額をその法定納期限までに完納すると否とにか
かわりなく，無申告加算税を課すこととしているものと解されるのである（同法６６条１項，
３項）。
　以上の諸点にかんがみれば，たとい本件課税期間に係る消費税等の全額に相当する金額が本
件納付書を添えてその法定納期限までに収納機関に納付（本件納付）された上，法定申告期限
のわずか１１日後に本件申告書が提出されているとしても，法定申告期限内に提出すべきもの
とされている納税申告書と見ることはおよそできない本件納付書の提出及び本件納付書の提出
を受けて予納として扱われたにすぎない本件納付をもって「瑕疵ある申告」とみなした上，法
定申告期限後に本件申告書が提出されたことをもって上記「瑕疵」が治癒したものと解するこ
とは，上記説示のような申告納税方式により納付すべき税額が確定するものとされている国税
等の納税手続における納税義務者による法定申告期限内の納税申告書の提出の重要性をないが
しろにし，申告納税制度を定めた法の趣旨を没却するものというべきである。
　以上から，本件納付書の提出及び本件納付を「瑕疵ある申告」とし，期限後申告書（本件申
告書）の提出によって同瑕疵が治癒したものとして，本件は「無申告」には該当しないとする
原告の主張は理由がない。
２　争点(2)（本件納付を予納として扱ったことにより，加算税を賦課する根拠がなくなった
ものといえるか否か）について
(1)　被告が本件納付を本件課税期間に係る消費税等の予納として扱い，本件申告書の提出に
より確定した上記消費税等の税額に充当したことは，前提となる事実等(2)オ記載のとおりで
ある。
　この点，原告は，期限後申告書（本件申告書）の提出によって予納時にさかのぼって本税に
充当の取扱いがされているとして，期限後申告書の提出時には加算税の課税金額である通則法
３５条２項の規定により納付すべき消費税額（同法６６条１項）は既に存しないことになる旨
主張する。
　しかしながら，１(2)イで説示したように，消費税等の申告納税方式により納付すべき税額
が確定するものについては，納税申告書の提出によって納付すべき税額が確定する（同法２条
６号，１６条１項１号，１７条１項）ものであり，納税申告書の提出なくしてされた本件納付
は，いまだ本件課税期間に係る消費税等の税額も確定していない段階でされた納付にすぎず，
同消費税等に係る租税債務を消滅させるものではない。このような納付は，不適法な納付とし
て過誤納金となるべきところ，このような納付をすべて過誤納金として法定の還付又は充当処
理をすることは，かえって納税者及び税務官署にとって煩瑣である場合があり，既に納付すべ
き税額が確定しその納期が到来していないだけの国税や，近い将来において納付すべき税額の
確定することが確実な国税については，納税者が当該国税として納付する旨を申し出る限り，
適法な納付として扱うのが合理的であることから，同法５９条１項により，納付すべき税額の
確定した国税で，その納期が到来していないもの（同項１号），及び最近において納付すべき
税額の確定することが確実であると認められる国税（同項２号）について，当該国税として納
付する旨を税務署長に申し出て納付した金額については，「予納」として扱い，これを納付し
た者は，その還付を請求することができないものとされているのである（前提となる事実
等(1)エ）。本件納付も，本件納付書の記載内容に照らして，原告において本件課税期間に係
る消費税等として納付しようとするものであると認められたことから，被告は，同法５９条１
項２号の規定により，これを予納として扱ったものである。
　以上のとおり本件納付は予納として適法な納付とされたものの，１(2)イ説示のように，本
件納付によりその時点で直ちに本件課税期間に係る消費税等の租税債務が消滅するものではな
く，後に本件申告書が提出されたことにより本件課税期間に係る消費税等の納付すべき税額が
確定され，その額が本件納付に係る金額と同額であったことから，その時点において被告によ
り本件納付に係る金額の全額が上記確定された消費税等の税額に充当され，その結果，上記消
費税等に係る租税債務が消滅するに至ったものというべきである。すなわち，国税の納付義務
の確定に関する通則法の規定からすれば，被告による本件納付の上記消費税額への充当は，本
件申告書が提出され，本件課税期間に係る消費税等の納付すべき税額が確定した時点におい
て，当該税額の確定した租税債務についてされたものと解するほかなく，また，その充当の効
果についても，原告の主張のように，いまだ本件課税期間に係る消費税等の納税申告書の提出
もなく，したがってその納付すべき税額も確定していない本件納付時点にさかのぼって，上記
消費税等に係る租税債務が消滅したものと解することはできないというべきである。
(2)　原告は，通則法基本通達５９条関係４によれば，国税の予納をした場合において，その
国税に延滞金が課されるときは，その延滞金の終期は予納をした日とするとされていることを
根拠に，本件納付日において本件納付額が本件課税期間に係る消費税等の税額に充当されたも
のといえる旨主張する。
　しかしながら，通則法５９条が予納を認めた趣旨は前提となる事実等(1)エ記載のとおりで
あって，当該予納に係る納付を不適法な納付とし，過誤納金として還付等の処理をすること
は，かえって納税者及び税務官署にとって煩瑣である場合があることから，一定の場合にこれ
を「予納」として扱い，当該納付に係る金員の還付請求をすることができないとしたものであ
る。このように，予納として扱われた場合には，過誤納があったものとはみなされず（同条２
項参照），還付加算金（同法５８条）が加算されることはない。通則法基本通達５９条関係４
は，このように予納として扱われた場合に還付加算金が加算されないこととの権衡を考慮し
て，予納がされた場合には，当該予納がされた日を当該予納に係る国税の延滞税の終期とした
ものと解されるのであって，上記通達の定めが，当該予納に係る国税が当該予納がされた日に
おいて当該予納額が当該国税に充当されることにより消滅することを前提としたものであると
解することはできない。そうであるとすれば，上記通達の定めを根拠に本件納付日において本
件納付額が本件課税期間に係る消費税等の税額に充当されたものと解すべきであるとする原告
の前記主張は，採用することができない。
(3)　以上から，期限後申告書（本件申告書）の提出時には通則法３５条２項の規定により納
付すべき税額は存在せず，無申告加算税を賦課する余地はなかった旨の原告の主張は，理由が
ない。
３　争点(3)（本件について，通則法６６条１項ただし書にいう「正当な理由」が認められる
か否か）について
(1)　１(1)記載のとおり，消費税を含む申告納税方式に係る国税について，期限後申告書の提
出があった場合には，当該納税者に対し，同申告に基づき通則法３５条２項の規定により納付
すべき税額に１００分の１５（ただし，その提出が，その申告に係る国税についての調査があ
ったことにより当該国税について更正又は決定があるべきことを了知してされたものでないと
きは，１００分の５（同法６６条３項））の割合を乗じて計算した金額に相当する無申告加算
税を課す（同法６６条１項１号）こととされており，また，道府県の普通税としての地方消費
税（譲渡割）の賦課徴収は，当分の間，国が消費税の賦課徴収の例により消費税の賦課徴収と
併せて行うものとされ（地方税法附則９条の４第１項），譲渡割の申告は，消費税の申告の例
により，消費税の申告と併せて，税務署長にしなければならず（同法附則９条の５），期限後
申告書の提出があった場合には，消費税の場合と同様無申告加算税が課されるものとされてい
る（同法附則９条の４第１項）。
　そして，１(2)イ記載のとおり，消費税等のように申告納税方式により納付すべき税額が確
定するものとされている国税等については，納税義務者によって法定申告期限内に適正な申告
が自主的にされることが納税義務の適正かつ円滑な履行に資し，税務行政の公正な運営を図る
上での大前提となるのであり，納税申告書を法定申告期限内に提出することは，正に申告納税
方式による国税等の納税手続の根幹を成す納税義務者の重要な行為であることから，このよう
な納税申告書の期限内提出の重要性にかんがみて，通則法は，納付すべき税額の確定のための
納税申告書の期限内提出という納税義務者に課された税法上の義務の不履行に対する一種の行
政上の制裁として，納付すべき税額をその法定納期限までに完納すると否とにかかわりなく，
無申告加算税を課すこととしているものと解される。
　これに対し，同法６６条１項ただし書は，期限内申告書の提出がなかったことについて正当
な理由があると認められる場合には，無申告加算税を課さない旨規定しているが，上記のよう
な納税申告書を期限内に提出しなかった場合に無申告加算税を課すものとしている法の趣旨に
かんがみれば，同項ただし書にいう「正当な理由」とは，期限内申告書の提出をしなかったこ
とについて納税者の責めに帰すべき事由がなく，上記のような制裁を課すことが不当と評価さ
れるような場合をいうものと解するのが相当である。
　これを本件についてみるに，原告は，本件課税期間の消費税等の法定申告期限及び法定納期
限が平成１５年６月２日であったことから，同日，本件３行に対し，本件納付書を添えて，本
件納付書記載の金額合計２４７億７８５０万９７００円を納付（本件納付）したものの，上記
法定申告期限までに納税申告書の提出をしなかったものであり，同月１２日に北税務署の職員
が原告の従業員に対し，本件課税期間の消費税等に係る申告書の提出の確認を行ったところ，
原告が同申告書の提出を失念していたことが判明し，原告は同月１３日本件申告書を提出した
ものである（前提となる事実等(2)イないしエ）。以上の事実経過に照らせば，原告が本件課
税期間に係る消費税等についてその法定申告期限内に納税申告書（期限内申告書）を提出しな
かったのは，原告が同申告書の提出を失念していたということに尽きるのであって，これは納
税者である原告の責めに帰すべき事由に基づくものにほかならず，このように失念して期限内
に納税申告書を提出しなかった原告に対し行政制裁として無申告加算税を課すことは，前記法
の趣旨に照らして何ら不当と評価されるものではない。
　この点，原告は，本件のように申告書及び納付書は作成され，それに基づく税額も法定納期
限内に納付されたが，申告書の提出だけを失念したというような，申告意思の存在は明らか
で，しかも既に徴税目的は達成されているようなケースに関しては，行政上の制裁として無申
告加算税を賦課すべき正当性，必要性が全く存しないことは明白である旨主張する。
　しかしながら，これまで説示したような納付書と納税申告書との機能及び法的効果の差異，
本件納付の性格，及び，申告納税方式により納付すべき税額が確定する税についての納税申告
書の期限内提出の重要性等にかんがみれば，納税申告書の提出を失念し，これを法定申告期限
内に提出しなかったこと自体が，申告納税方式による租税の納税手続の根幹を成す納税義務者
の重要な義務の不履行といえるのであって，原告主張の諸点を考慮してもなお，このような原
告の義務違反は行政制裁としての無申告加算税を賦課するに値するものというべきである。
(2)　また，原告は，不納付加算税に関する通則法６７条１項ただし書が規定する「正当な理
由」に関する本件事務運営指針において，「偶発的納付遅延等によるものの特例」として，法
定納期限の翌日から起算して１か月以内に納付され，かつ，その直前１年分について納付の遅
延をしたことがないこと等一定の要件を満たしている場合には「正当な理由」があると認めら
れる場合に該当するものとして取り扱うべき旨の運営指針が示されていることを挙げ，不納付
加算税に関してこのような運用を妥当とする以上，無申告加算税に関しても同様の柔軟な考え
方に立った運用が可能なはずであって，この両者の間に差異を設けることは，むしろ公平に反
する取扱いといわなければならない旨主張する。
　しかしながら，本件事務運営指針は，源泉徴収による国税（源泉所得税）がその法定納期限
までに完納されなかった場合に関する通則法６７条が定める不納付加算税に係る「正当な理
由」についての事務運営指針であるところ，源泉徴収とは，租税を徴収するに当たって，徴税
の便宜上，本来の納税義務者から直接国に納税させず，納税義務者に対して課税標準となるべ
き金銭等の支払を行う者（源泉徴収義務者）をして，その税金相当額を天引徴収させ，その徴
収した金額を国に納付させる方式をいい，源泉所得税の納税義務は源泉徴収をすべきものとさ
れている所得の支払のときに成立し（同法１５条２項２号），納税義務の成立と同時に特別の
手続を要しないで納付すべき税額が確定する（同条３項２号。自動確定方式）のであって，消
費税等のような申告納税方式による税（同法１６条１項１号）とは納付すべき税額の確定の方
式を異にするものである。また，源泉所得税の法定納期限は，源泉徴収をすべきものとされて
いる所得を支払った月の翌月１０日までとされており（所得税法１８１条，１８３条，１９９
条，２０４条等），源泉所得税が上記法定納期限までに完納されなかったときは，税務署長
は，当該納税者から，通則法３６条１項２号の規定による納税の告知に係る税額又はその法定
納期限後に当該告知を受けることなく納付された税額に１００分の１０の割合を乗じて計算し
た金額に相当する不納付加算税を徴収するものとされている（同法６７条１項本文）。以上の
ように，源泉所得税については，徴税の便宜上源泉徴収方式が採用されていること，その税額
の確定方式が申告行為を要しない自動確定方式であること，さらにその納付義務が頻繁かつ不
定期に生じるものであることといったことをふまえ，源泉所得税に係る不納付加算税における
「正当な理由」（同項ただし書）について，本件事務運営指針において，「偶発的納付遅延等
によるものの特例」として，法定納期限の翌日から起算して１か月以内に納付され，かつ，そ
の直前１年分について納付の遅延をしたことがないこと等一定の要件を満たしている場合には
「正当な理由」があると認められる場合に該当するものとして取り扱うべき旨の運営指針が示
されているものと解される。これに対し，(1)で説示したような申告納税方式による国税にお
いて納税申告書を法定申告期限内に提出しない場合に無申告加算税を課すものとしている法の
趣旨に照らせば，同法６６条１項ただし書にいう「正当な理由」については，本件事務運営指
針にいうような偶発的納付遅延等が期限内申告書の提出がなかったことについての「正当な理
由」に当たるものと解することはできない。
(3)　さらに，原告は，通則法６６条の定める無申告加算税が行政上の制裁の一種に属すると
ころ，本件においては実質的違法性を欠くとし，また，罪刑均衡の原則ないし比例原則にも違
背，抵触するなどと主張する。
　しかしながら，納税申告書の提出を失念し，これを法定申告期限内に提出しなかったこと自
体が，申告納税方式による租税の納税手続の根幹を成す納税義務者の重要な義務の不履行とい
えることは(1)で説示したとおりであるから，たとい本件課税期間に係る消費税等の全額に相
当する金額がその法定納期限までに収納機関に納付（本件納付）されているとしても，原告の
上記義務違反が無申告加算税を定めた法の趣旨に照らして，実質的違法性を欠くということは
到底できない。
　また，本件処分に係る無申告加算税の額は１２億３８９２万５０００円であって，高額であ
ることは原告主張のとおりであるが，これは，原告が期限内申告書の提出を怠った本件課税期
間に係る消費税等の税額が２４７億７８５０万９７００円と高額であったことから，これに対
し同条１項及び３項の規定に基づいて１００分の５の割合を乗じて計算した無申告加算税の額
も上記のとおり高額になったものにすぎず，上記１００分の５の割合が原告の上記義務違反に
比して重きに過ぎるということもできないから，罪刑均衡の原則ないし比例原則違背等をいう
原告の主張も理由がない。
(4)　以上から，本件について，通則法６６条１項ただし書にいう「正当な理由」は認められ
ない。
４　以上検討した結果によれば，本件申告書の提出によって確定した納付すべき税額２４７億
７８５０万９７００円中，通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨て
た２４７億７８５０万円に同法６６条１項及び３項の規定により１００分の５の割合を乗じて
計算された１２億３８９２万５０００円に相当する無申告加算税を課した本件処分は適法であ
る。
５　よって，原告の本訴請求は理由がないからこれを棄却することとし，主文のとおり判決す
る。
　　大阪地方裁判所第２民事部
　　　　　　裁判長裁判官　　　　西　　　川　　　知　一　郎
　　　　　　　　　　裁判官　　　　田　　　中　　　健　　　治
　　
　　　　　　　　　　裁判官　　　　石　　　田　　　明　　　彦

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