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主文
１処分行政庁が平成１９年３月１２日付けでした原告の平成１５年
分の所得税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分（平成１９
年８月２０日付けの減額更正処分及び変更決定処分により一部取り
消された後のもの）のうち，更正については所得金額３億４１１５
万９７２８円，納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）２４１
０万０８００円を超える部分及び賦課決定については７４万３００
０円を超える部分を取り消す。
２処分行政庁が平成１９年３月１２日付けでした原告の平成１６年
分の所得税の更正処分のうち，翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損
失の金額７億９４３４万７５３２円を下回る部分を取り消す。
３処分行政庁が平成１９年３月１２日付けでした原告の平成１７年
分の所得税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分（平成１９
年８月２０日付けの減額更正処分及び変更決定処分により一部取り
消された後のもの）のうち，更正については所得金額３億８０６３
万３９３４円，納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）９０７
０万１２００円を超える部分及び賦課決定については全部を取り消
す。
４訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
主文１項ないし３項と同旨
第２事案の概要
本件は，原告が，平成１５年分から平成１７年分までの各所得税について，
原告の出資先であるいわゆる任意組合等（所得税基本通達（昭和４５年７月１
日付け直審（所）第３０号）３６・３７共－１９の注１参照）から生じた利益
又は損失の額を同通達３６・３７共－２０（以下「本件通達」という。）の(3)
に定める方式（以下「純額方式」という。）により納付すべき税額等を計算し
て確定申告書を提出したところ，戸塚税務署長から，本件通達の(1)に定める方
式（以下「総額方式」という。）により納付すべき税額等を計算すべきである
として更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦
課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい，本件各更正処分と併せて「本
件各更正処分等」という。）を受けたことから，本件各更正処分等（ただし，
平成１５年分及び平成１７年分の所得税については，再更正処分及び変更決定
処分により所得金額及び納付すべき税額並びに過少申告加算税の額を減額され
た後のものであり，平成１６年分の所得税については，更正処分の翌年へ繰り
越す株式等に係る譲渡損失の金額７億９４３４万７５３２円を下回る部分のみ
である。）は違法であるとして，その取消しを求めている事案である（なお，
所得税法その他の租税関係法令については，以下，特に断らない限り，当該事
実に適用すべきその当時の有効な法令を指すものとし，その改正法令を特記し
ない。）。
１前提事実（争いのない事実，顕著な事実並びに末尾記載の証拠及び弁論の全
趣旨により容易に認められる事実）
(1)当事者等
ア原告は，次に掲げる組合（以下「本件各組合」という。）に出資する組
合員である。
①Ｐ１組合（以下「本件Ｐ１組合」という。）
本件Ｐ１組合は，民法６６７条１項（なお，同法は，平成１６年法律
第１４７号により改正されている（平成１７年４月１日施行）が，民法
６６７条その他本件で関係する規定は，いずれもその文体や用語の現代
語化が図られたにすぎないから，証拠等を引用する場合も含め，その施
行の前後で区別した表記はしない。）に規定する組合契約により成立す
る組合（以下「任意組合」という。）である。
②Ｐ２組合（以下「本件Ｐ２組合」という。）
本件Ｐ２組合は，投資事業有限責任組合契約に関する法律（同法は，
平成１６年法律第３４号により「中小企業等投資事業有限責任組合契約
に関する法律」の題名等が一部改正されたものであるが，以下では平成
１６年法律第３４号の施行前後で区別せず「投資事業有限責任組合法」
と表記する。）３条１項に規定する投資事業有限責任組合契約により成
立する組合（以下「投資事業有限責任組合」という。）である。
③Ｐ３組合（以下「本件Ｐ３組合」といい，本件Ｐ２組合と併せて「本
件各Ｐ４組合」という。）
本件Ｐ３組合は，投資事業有限責任組合である。
イ本件各更正処分等をした処分行政庁は，戸塚税務署長であったが，その
後原告の住所が異動したことに伴い，芝税務署長がその権限を承継した（行
政事件訴訟法１１条１項柱書き括弧内参照）。
(2)投資事業組合契約の締結等
ア本件Ｐ１組合契約の締結
平成１２年１１月６日，原告は，株式会社Ｐ５らとの間で，別紙１「本
件各組合契約の要旨」記載１の内容による本件Ｐ１組合に係る投資事業組
合契約（以下「本件Ｐ１組合契約」という。）を締結した。なお，原告は，
本件Ｐ１組合の一般組合員であり，株式会社Ｐ５がその業務執行組合員で
ある。
（乙１）
イ本件Ｐ２組合契約の締結
平成１２年１月２４日，原告らは，別紙１「本件各組合契約の要旨」記
載２の内容による本件Ｐ２組合に係るＰ２組合契約（以下「本件Ｐ２組合
契約」という。）を締結した。なお，原告は，本件Ｐ２組合の有限責任組
合員であり，Ｐ６らがその無限責任組合員である。
（乙２）
ウ本件Ｐ３組合契約の締結
平成１２年９月２６日，原告らは，別紙１「本件各組合契約の要旨」記
載３の内容による本件Ｐ３組合に係るＰ３組合契約（以下「本件Ｐ３組合
契約」という。）を締結した。なお，原告は，本件Ｐ３組合の有限責任組
合員であり，Ｐ６らがその無限責任組合員である。
（乙３）
エ本件各組合の会計報告等について
本件Ｐ１組合の業務執行組合員並びに本件各Ｐ４組合の各無限責任組合
員は，原告に対し，平成１５年１月１日から同年１２月３１日までの事業
年度，平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度及び平成
１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「本件各事業
年度」という。）につき，要旨別表３－１から別表３－６まで（なお，別
紙添付の別表については，例えば，別紙３の別表１であれば別表３－１と
し，以下この例により表記する。）のとおり，それぞれ本件各組合の利益
又は損失の額を原告の持分割合に応じて分割し，原告に帰属すべき本件各
組合の利益又は損失の額に基づいて作成した本件各組合の各報告書（本件
Ｐ１組合に係る報告書は会計報告書，本件各Ｐ４組合に係る報告書はいず
れも組合員別持分等計算書であり，以下これらを総称して「本件各組合員
別計算書」という。）を送付した。
（乙４～２１）
オ原告の本件各組合の事業に係る利益又は損失の額について
原告は，平成１５年分から平成１７年分までの各所得税の確定申告をす
る際，本件各組合の事業に係る利益又は損失の額について，本件各組合員
別計算書に基づき，次の計算方法により算出した。
(ｱ)本件Ｐ１組合
①平成１５年分及び平成１６年分純額方式
②平成１７年分総額方式
(ｲ)本件各Ｐ４組合
いずれの年度についても，純額方式
(3)原告の確定申告及び更正処分等の経緯
ア原告は，次のとおり，平成１５年分から平成１７年分までの各所得税に
ついて，別紙２「本件各更正処分等の経緯」の各「確定申告」欄記載のと
おり，確定申告書の提出をした（以下「本件各申告」という。）。
(ｱ)平成１５年分平成１６年３月１２日
(ｲ)平成１６年分平成１７年３月１１日
(ｳ)平成１７年分平成１８年３月１５日
（以上につき，甲１～３）
イ戸塚税務署長は，平成１９年３月１２日，原告に対し，別紙２「本件各
更正処分等の経緯」の各「更正処分等」欄記載のとおり，平成１５年分か
ら平成１７年分までの各所得税について，それぞれ更正処分（本件各更正
処分）及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件各賦課決定処分）をした。
（甲４の１，５，６の１）
ウ原告は，平成１９年３月３０日，別紙２「本件各更正処分等の経緯」の
各「異議申立て」欄記載のとおり，上記イの本件各更正処分等について異
議申立てをしたが，何ら審理・決定がされないまま３か月を経過したこと
から，同年７月１３日，国税不服審判所長に対し，審査請求をした。
（甲７～１０）
エ戸塚税務署長は，平成１９年８月２０日，原告に対し，別紙２「本件各
更正処分等の経緯」の各「再更正処分等」欄記載のとおり，平成１５年分
及び平成１７年分の所得税及び過少申告加算税につき，それぞれ（減額再）
更正処分及び過少申告加算税の変更決定をした。
（甲４の２，６の２）
オ国税不服審判所長は，平成２０年７月１４日，上記ウの審査請求につい
て，審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし，同月１６日，当該裁決書
を原告に送達したところ，同月１７日，原告は，当該裁決書を受領した。
（甲１１の１・２）
(4)本件訴訟の提起
原告は，平成２１年１月１５日，本件訴訟を提起した。
（顕著な事実）
(5)所得税法基本通達の定め
次に掲げる所得税法基本通達の定めのうち，原告の平成１５年分及び平成
１６年分の各所得税にはア(ｱ)及びイ(ｱ)の定めが，原告の平成１７年分の所
得税にはア(ｲ)及びイ(ｲ)の定めがそれぞれ適用されることとなる。
ア任意組合等の組合員の当該任意組合等において営まれる事業（以下「組
合事業」という。）に係る利益等の帰属
(ｱ)平成１７年１２月２６日付課個２－３９ほかにより一部改正前の所得
税法基本通達３６・３７共－１９
任意組合（民法６７７条《組合契約》の規定による組合をいう。以下
３６・３７共－２０において同じ。）の組合員の当該任意組合の事業に
係る利益の額又は損失の額は，当該組合の計算期間を基として計算し，
当該計算期間の終了する日の属する年分の各種所得の金額の計算上総収
入金額又は必要経費に算入する。ただし，当該組合が毎年１回以上一定
の時期において組合事業の損益を計算しない場合には，その年中におけ
る当該組合の事業に係る利益の額又は損失の額を，その年分の各種所得
の金額の計算上総収入金額又は必要経費に算入する。
(ｲ)上記一部改正後の上記所得税法基本通達に相当する部分
ａ所得税法基本通達３６・３７共－１９
任意組合等の組合員の当該任意組合等において営まれる事業（組合
事業）に係る利益の額又は損失の額は，当該任意組合等の利益の額又
は損失の額のうち分配割合に応じて利益の分配を受けるべき金額又は
損失を負担すべき金額とする。
ただし，当該分配割合が各組合員の出資の状況，組合事業への寄与
の状況などからみて経済的合理性を有していないと認められる場合に
は，この限りではない。
（注）１ここでいう「任意組合等」とは，民法６６７条１項に規定
する組合契約，投資事業有限責任組合法３条１項に規定する
投資事業有限責任組合契約及び有限責任事業組合契約に関す
る法律３条１項に規定する有限責任事業組合契約により成立
する組合並びに外国におけるこれらに類するものをいう。
２分配割合とは，組合契約に定める損益分配の割合又は民法
６７４条《組合員の損益分配の割合》，投資事業有限責任組
合法１６条《民法の準用》及び有限責任事業組合契約に関す
る法律３３条《組合員の損益分配の割合》の規定による損益
分配の割合をいう。以下３６・３７共－２０までにおいて同
じ。
ｂ所得税法基本通達３６・３７共－１９の２
任意組合等の組合員の組合事業に係る利益の額又は損失の額は，そ
の年分の各種所得の金額の計算上総収入金額又は必要経費に算入する。
ただし，組合事業に係る損益を毎年１回以上一定の時期において計
算し，かつ，当該組合員への個々の損益の帰属が当該損益発生後１年
以内である場合には，当該任意組合等の計算期間を基として計算し，
当該計算期間の終了する日の属する年分の各種所得の金額の計算上総
収入金額又は必要経費に算入するものとする。
イ任意組合等の組合員の組合事業に係る利益等の額の計算等（本件通達）
(ｱ)平成１７年１２月２６日付課個２－３９ほかにより一部改正前の所得
税法基本通達３６・３７共－２０
３６・３７共－１９により任意組合の組合員の各種所得の金額の計算
上総収入金額又は必要経費に算入する利益の額又は損失の額は，次の(1)
の方法により計算する。ただし，その者が継続して次の(2)又は(3)の方
法により計算している場合には，その計算を認めるものとする。
(1)当該組合の収入金額，支出金額，資産，負債等を，組合契約又は民
法６７４条《損益分配の割合》の規定による損益分配の割合（以下こ
の項において「分配割合」という。）に応じて各組合員のこれらの金
額として計算する方法（総額方式）
(2)当該組合の収入金額，その収入金額に係る原価の額及び費用の額並
びに損失の額をその分配割合に応じて各組合員のこれらの金額として
計算する方法
この方法による場合には，各組合員は，当該組合の取引等について
非課税所得，配当控除，確定申告による源泉徴収税額の控除等に関す
る規定の適用はあるが，引当金，準備金等に関する規定の適用はない。
(3)当該組合について計算される利益の額又は損失の額をその分配割合
に応じて各組合員にあん分する方法（純額方式）
この方法による場合には，各組合員は，当該組合事業に係る取引等
について，非課税所得，引当金，準備金，配当控除，確定申告による
源泉徴収税額の控除等に関する規定の適用はなく，各組合員にあん分
される利益の額又は損失の額は，当該組合事業の主たる事業の内容に
従い，不動産所得，事業所得，山林所得又は雑所得のいずれか一の所
得に係る収入金額又は必要経費とする。
(ｲ)平成１７年１２月２６日付課個２－３９ほかにより一部改正後の所得
税法基本通達３６・３７共－２０
３６・３７共－１９及び３６・３７共－１９の２により任意組合等の
組合員の各種所得の金額の計算上総収入金額又は必要経費に算入する利
益の額又は損失の額は，次の(1)の方法により計算する。ただし，その者
が継続して次の(2)又は(3)の方法により計算している場合には，その計
算を認めるものとする。
(1)当該組合事業に係る収入金額，支出金額，資産，負債等を，その分
配割合に応じて各組合員のこれらの金額として計算する方法（総額方
式）
(2)当該組合事業に係る収入金額，その収入金額に係る原価の額及び費
用の額並びに損失の額をその分配割合に応じて各組合員のこれらの金
額として計算する方法（前記(ｱ)(2)の方式も含め，以下「中間方式」
という。）
この方法による場合には，各組合員は，当該組合事業に係る取引等
について非課税所得，配当控除，確定申告による源泉徴収税額の控除
等に関する規定の適用はあるが，引当金，準備金等に関する規定の適
用はない。
(3)当該組合事業について計算される利益の額又は損失の額をその分配
割合に応じて各組合員にあん分する方法（純額方式）
この方法による場合には，各組合員は，当該組合事業に係る取引等
について，非課税所得，引当金，準備金，配当控除，確定申告による
源泉徴収税額の控除等に関する規定の適用はなく，各組合員にあん分
される利益の額又は損失の額は，当該組合事業の主たる事業の内容に
従い，不動産所得，事業所得，山林所得又は雑所得のいずれか一の所
得に係る収入金額又は必要経費とする。
（以上につき，甲１１の１，乙２４，２５）
２税額等に関する当事者の主張
被告及び原告が本件訴訟において主張する原告の総所得金額，納付すべき税
額及び過少申告加算税の額等は，それぞれ別紙３「被告主張に係る本件各更正
処分等の根拠及び計算」及び別紙４「原告主張に係る所得金額等」のとおりで
あり，本件の争点に関する部分を除き，計算の基礎となる金額及び計算方法に
争いはない。
３争点
(1)本件各更正処分の適法性
ア原告が本件各組合から分配を受けた利益又は損失の額に係る所得金額等
について，本件通達の純額方式の適用が認められるか否か。
イ本件通達の純額方式の適用が認められる場合においても，分離課税の対
象となる所得については，その他の所得と区分して計算されるべきか否か。
(2)本件各賦課決定処分の適法性
４争点に関する当事者の主張の要旨
(1)争点(1)（本件各更正処分の適法性）について
ア原告が本件各組合から分配を受けた利益又は損失の額に係る所得金額等
について，本件通達の純額方式の適用が認められるか否かについて
（被告の主張の要旨）
(ｱ)本件通達の解釈
任意組合等の組合事業から生じる損益の計算方法及びこれに対する課
税方法等については，所得税法及び法人税法に何ら規定がないため，専
ら解釈に委ねられているところ，所得税法の定める所得金額の計算方法
は組合事業に係る取引による収入及び支出はそれが生ずる都度分配割合
に従ってその構成員に帰属することを前提としていること，租税特別措
置法（以下「措置法」という。）等が各種所得と区分して所得金額の計
算及び税額の計算を行うとした所得（いわゆる分離課税の対象となる所
得）があること等に照らすと，所得税法の解釈上，総額方式によること
を原則とし，総額方式によることが事実上困難であるなど，総額方式に
よらないことにつき合理的な理由があると認められる場合に限り，中間
方式又は純額方式によることを許容しているものと解される。
そこで，本件通達は，上記のような所得税法の解釈を踏まえ，総額方
式によることを原則としつつ，総額方式による計算が困難である特段の
事情がある場合，又は，総額方式による計算が実際上困難とまでいえな
い場合であっても，納税者が総額方式と比較して簡易な計算方法である
中間方式及び純額方式を選択しても，当該納税者の租税負担が軽減され
ることがないなど，課税上の公平を害さない（課税上の弊害が生じない）
限度において，継続適用を条件に，中間方式又は純額方式による計算方
法を許容したものと解するのが相当である。
(ｲ)本件各更正処分の適法性
ａ本件において，原告は，本件各組合から，本件各組合員別計算書及
び本件各組合の財務諸表等といったその組合事業から生じる損益を総
額方式により計算することが十分可能な資料を受領しているから，上
記(ｱ)で述べた本件通達の解釈上純額方式により計算をすることがで
きる場合には該当せず，むしろ純額方式による計算を認めれば，次の
(a)及び(b)のとおり所得税法上認められない所得の種類の転換及び損
益通算がされることとなり，任意組合等を介さないで本件各組合と同
じ事業を行った納税者との課税の公平を害し，課税上の弊害を生じる
ことになるから，これを総額方式により計算することとした本件各更
正処分は適法である。
(a)本件Ｐ１組合ついて
〈ア〉平成１５年分
①総合課税の配当所得に該当する受取配当金（３４万８１８
０円）と総合課税の雑所得に該当する投資関連債権利息及び貸付
債権利息（合計：２億１０７５万３７２２円）並びに②源泉分
離課税の配当所得に該当する受益証券分配金（４６８２円）と同
利子所得に該当する預金利息（２９５円）及び有価証券利息（９
３５万１７８８円）が，③申告分離課税の株式等の譲渡に係る
雑所得に該当する有価証券売却損（上場分：△２９８１万９１３
７円，未公開分：△２億５５３万４０３３円）の損失と損益通算
されることとなる。
〈イ〉平成１６年分
組合損益に係る申告分離課税の株式等の譲渡に係る雑所得に該
当する有価証券売却益のうち上場分に係る有価証券売却益（６億
２７６５万８０３０円）と，原告が本件各組合を通じないで行っ
た取引に係る申告分離課税の株式等の譲渡に係る雑所得（△７億
６０４１万７２２８円）を差引きする計算が行われないこととな
る結果，原告の申告における上場株式等の譲渡に係る損失の金額
が過大となり，その結果，翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失
の金額（当初申告額：７億９４３４万７５３２円，原処分の額：
１億９６５０万８６３９円）も過大となり，所得税法及び措置法
等が許容していない損失の繰越しを認めることになる。
(b)本件各Ｐ４組合について
平成１５年分から平成１７年分までについて，本来は，申告分離
課税の株式等の譲渡に係る雑所得（未公開分）として区分されるべ
き組合損益が，総合課税の雑所得として計算される結果，総合課税
の配当所得と損益通算がされたことと同様の結果となる。
ｂ原告の主張に対する反論
(a)本件通達は，①所得税法等の趣旨に反しない範囲で適用される
ものであるから，任意組合等の組合事業による損益の計算につき，
上記(ｱ)のような純額方式によることができる場合以外の場合にま
で，継続適用の要件のみをもって純額方式によることを認めるもの
ではないし，②所得税法３６条及び３７条の規定を組合損益の計
算に適用する場合の解釈を示したにすぎず，法律の根拠のない新た
な課税を定めたものではないから，租税法律主義（憲法８４条）に
反するものでもない。また，③租税行政庁が本件通達の解釈（上
記(ｱ)参照）に反する場合を長期間にわたり容認し，このような取扱
いが法的確信を得ているというほど定着しているとはいえず，④
本件通達は，措置法が規定する分離課税の対象となる所得について
まで，それを総合課税の対象となる所得と合算して計算することま
で認めるとは記載しておらず，また，納税者がこれに基づいて任意
組合等に対して行動に及ぶものとも認められないから，行政上の信
義則違反を論じる前提を欠く。そして，⑤原告と同様の状況にあ
る者について，原告と同様の課税処分が行われていないという事実
もないから，平等原則に反するものではない。
(b)そもそも任意組合等の純資産を観念することは，組合自体が権利
義務の主体とならないこと（パス・スルー）と整合しないし，所得
税法及び措置法は，各種所得区分の規定及び損益通算の規定によっ
て各種所得や特に定めた所得についてそれぞれ担税力の調整を図り，
また，その適用により課税の公平を図っているから，ある者の純資
産の増加の有無・程度により担税力の大小を決定しているわけでは
なく，任意組合等の純資産が増加しない場合にその組合員に課税す
ることが所得税法の趣旨に反する旨の原告の主張は採り得ない。
なお，原告は，平成１７年分の本件Ｐ１組合の組合損益の計算方
法を純額方式から総額方式に変更しているが，これは，株式等の譲
渡所得等の金額が多額の黒字となり，純額方式によれば累進税率（３
７％。所得税法８９条１項，経済社会の変化等に対応して早急に講
ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律４条）の適用
があり，総額方式によれば７％の税率（措置法３７条の１１第１項）
があることを踏まえ，税額の多寡を確認した上，多額の税負担を免
れるためであると推認される。
ｃ以上によれば，本件各組合の損益計算に際し，純額方式によるべき
合理的理由はなく，むしろ，課税上の公平が害されるなどの課税上の
弊害が生じるのであるから，本件各組合の損益計算において，純額方
式によることは所得税法上，許容されず，所得税法上の原則である総
額方式に基づいて計算した本件各更正処分が適法であることは明らか
である。
（原告の主張の要旨）
(ｱ)本件通達の解釈
任意組合等の組合員が組合事業を通じて得た所得の計算方法について，
所得税法及び法人税法に明文の規定がなく，その解釈に委ねられている
ところ，本件通達は，その文理上，総額方式を原則としつつ，その例外
として，継続適用のみを要件として，中間方式又は純額方式の選択を認
めており，中間方式又は純額方式の選択に当たり，被告主張の「課税上
の弊害」を要件とはしていない。そして，任意組合等の組合財産が構成
員の共有（合有）として団体法的観点から一定の制約を受けること（民
法６７５条～６７７条），投資事業を行う任意組合等における担税力の
源泉はその事業全体での所得を一体としてとらえることが担税力の実態
に最も合致すること等に照らすと，純額法を許容する合理性があり，ま
た，任意組合等の構成員の具体的態様が自ら業務執行に当たる者から業
務執行に関与せず関心を持たない者まで様々である実態を併せ考慮すれ
ば，所得税法は，本件通達の３方式のいずれも採り得るとする趣旨であ
ると解すべきである。
したがって，本件通達によれば，任意組合等の組合員である原告は，
当該組合事業を通じて得た所得の計算について，継続適用の要件を充足
する限り，中間方式又は純額方式によることができるものというべきで
ある。
(ｲ)本件各更正処分の違法性
ａ課税実務では，任意組合等の組合員がその組合事業を通じて得た所
得の計算について，昭和４５年７月１日の所得税法基本通達制定時か
ら，一貫して本件通達の明文に従って行われており，被告主張のよう
な純額方式の適用を制限する公的な見解が示されたことはない。
それにもかかわらず，本件各更正処分は，①原告が本件各組合を
通じて得た所得の計算について純額方式を適用すべきところ総額方式
を適用した点で，当該所得に対する所得税の計算方法を誤った違法が
あるほか，②何らの法律上の根拠もなく，本件通達の明文にない要
件を付加した点で，法的安定性と予測可能性を著しく害しており，憲
法８４条の租税法律主義に反する違法が，③行政先例法として確立
した本件通達に反する違法が，④原告に対してのみ本件通達の明文
にない要件を付加した点で，不合理な差別的取扱いとして，平等原則
に反する違法が，⑤本件通達の明文を帰責事由なく信頼した原告の
信頼を著しく害した点で，行政上の信義則に反する違法があるという
べきである。
ｂ本件においては，①本件各組合の組合財産による投資等の業務執
行は原告以外の者が行っており，当該投資による損益は投資先のベン
チャー企業の業績に左右されるものでこれを恣意的に操作することは
できないこと，上記のような本件各組合の業務執行は異なる所得区分
に属する利益又は損失の発生を予定していること，②本件各組合は，
本件Ｐ１組合の平成１７年分を除き，純資産の増加がなく，平成１５
年から平成１７年まで（ただし，本件Ｐ１組合については平成１５年
及び平成１６年）純額方式を継続適用していたことから，原告が本件
各組合を通じて得た所得の計算について純額方式によったとしても，
「課税上の弊害」があるとはいえない。
ｃまた，任意組合等の財産は，資産及び負債を含んだ単一体であり，
その純資産が増加しない場合には，組合員の持分が増加しない以上，
所得税の課税対象とすべき組合員の担税力を増加させる経済的利得と
しての「所得」がないから，このような場合にその組合員に課税をす
ることは所得税法の趣旨に反するところ，本件においては，上記ｂ②
のとおり本件各組合の純資産が増加していない場合に総額方式を適用
して増額更正処分をすることは，所得税法の趣旨に反して違法である。
イ本件通達の純額方式の適用が認められる場合においても，分離課税の対
象となる所得については，その他の所得と区分して計算されるべきか否か
について
（被告の主張の要旨）
措置法に基づき分離課税の対象となる所得については，総合課税の対象
となる所得と区分して所得金額及び税額を計算し，その所得金額の計算上
生じた損失の金額は生じなかったものとみなされるから，当該損失の金額
について，他の所得と通算することはできない（同法３１条１項，３２条
１項，３７条の１０第１項，４１条の１４第１項等）。
したがって，原告が本件各組合を通じて得た所得の計算を純額方式によ
ることができるとしても，措置法等による損益通算の制限を潜脱する純額
方式の適用は許されないから，上記(1)（被告の主張の要旨）ア(ｲ)ａ(a)
及び(b)で指摘した各所得のうち，株式等に係る譲渡所得等の金額は措置法
の規定に基づく分離課税の対象となる所得としてその所得金額の計算をす
べきであり，その場合における原告の総所得金額，納付すべき税額及び過
少申告加算税の額等は別紙３「被告主張に係る本件各更正処分等の根拠及
び計算」添付の別表３－２３のとおりである。
（原告の主張の要旨）
純額方式によれば，組合事業から各種の所得が発生した場合には，結局
組合段階で計算された利益又は損失をいずれか一の所得に配分すべきこと
になり，また，組合の決算において常に異なる区分の所得間で損益通算を
行うことになるから，本件通達は，各種の所得が発生した場合に所得区分
が変更になることや異なる区分の所得間で損益通算を行うことを予定して
おり，その所得に分離課税の対象となる所得が含まれているとしても，こ
れをその他の所得と区分する必要はないというべきである。
(2)争点(2)（本件各賦課決定処分の適法性）について
（被告の主張の要旨）
ア前記(1)ア（被告の主張の要旨）のとおり，本件各更正処分はいずれも適
法である。
イ本件通達は，措置法が規定する分離課税の対象となる所得についてまで，
それを総合課税の対象となる取得と合算して計算することまで認めるとは
記載していないから，原告は，所得税法及び措置法の解釈を誤ったか，あ
えて本件通達の文言を自己に有利に解釈して，本件各組合を通じて取得し
た損益につき純額方式による申告を行ったものであり，本件通達の存在を
踏まえても，国税通則法（以下「通則法」という。）６５条４項の「正当
な理由」があるとは認められない。
ウしたがって，本件各賦課決定処分は，本件各更正処分により原告が新た
に納付すべきこととなった税額を基礎として計算したものとして，いずれ
も適法である。
（原告の主張の要旨）
ア本件各更正処分は，適法な所得金額及び所得税額を超える部分について
違法であるから，これを前提とする本件各賦課決定処分も，適法な過少申
告加算税を超える範囲において違法である。
イ仮に本件各更正処分が適法であったとしても，原告は，本件通達の文言
に従って本件各申告をしたもので，被告主張に係る本件通達の解釈に基づ
く申告を求めることは酷であったから，適法な過少申告加算税額を超える
部分については，真に原告に責めに帰することができない客観的な事情に
あり，なお原告に過少申告加算税を付加することが不当又は酷になる場合
として，通則法６５条４項の「正当な理由」があるから，本件各賦課決定
処分は，その限度で違法であるというべきである。
第３当裁判所の判断
１争点(1)（本件各更正処分の適法性）について
(1)任意組合等の組合損益の計算方法に関する所得税法の解釈について
ア任意組合について
(ｱ)任意組合（民法上の組合）は，①各当事者が出資して共同の事業を
営むことを約する組合契約（民法６６７条１項）に基づき創設される共
同事業のための団体であるが，②法人格は認められておらず，③組
合の業務執行は，原則として組合員の過半数で決し（同法６７０条１項），
全組合員のためにされるものと解され，④組合員の出資その他の組合
財産は，総組合員の共有に属する（同法６６８条。ただし，組合員は，
組合財産についてその持分を処分したとしても，その処分をもって組合
及び組合と取引をした第三者に対抗することができず（同法６７６条１
項），清算前に組合財産の分割を求めることができない（同条２項）。
さらに，組合の債務者は，その債務と組合員に対する債権とを相殺する
ことができない（同法６７７条）。）とされ，また，⑤当事者が損益
分配の割合を定めなかったときは，その割合は，各組合員の出資の価額
に応じて定める（同法６７４条１項）が，⑥組合の債権者は，その債
権発生の時に組合員の損失分担の割合を知らないときは，各組合員に対
して等しい割合でその権利を行使することができるとされている（同法
６７５条）。
以上によれば，任意組合は，法人格を有せず，組合財産が組合事業の
経営という目的のために各組合員個人の他の財産と独立の存在を認めら
れる（上記④ただし書等）とはいえ，法形式的には，権利義務の帰属主
体になり得ないため，任意組合の行う個々の事業活動から生じた損益（以
下「組合損益」という。）は，その組合員に帰属することになる。した
がって，組合損益に対する課税についても，任意組合が法人税法上の「人
格のない社団等（法人でない社団又は財産で代表者又は管理の定めがあ
るもの。同法２条８号）」に含まれないと解される限り（法人税基本通
達１－１－１，所得税基本通達２－５参照），これに対する法人税とし
ての課税はされず（法人税法４条１項参照），その組合員に対する所得
税又は法人税としての課税がされること（以下「構成員課税」という。）
になる。
そこで，本件のように，任意組合の組合員が法人ではなく個人である
場合には，当該組合員は，組合損益に対する構成員課税として，所得税
法により，所得税の納付義務を負うことになる（同法５条，２条１項３
号から５号まで）から，以下，組合損益に対する構成員課税に関する所
得税法上の解釈について検討する。
(ｲ)所得税法は，所得税の額を同法２１条１項に定める順序により計算す
る（同項）とし，具体的には，①個人の所得を，その源泉又は性質に
よって利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所
得，山林所得，譲渡所得，一時所得又は雑所得の１０種類の所得に区分
し，これらの所得ごとに所得の金額を計算し（同法２１条１項１号），
②これらの所得の金額を基礎として，同法２２条及び６９条から７１
条までの規定により同法２２条に規定する総所得金額，退職所得金額及
び山林所得金額を計算し（同法２１条１項２号），③これらから基礎
控除その他の控除をして同法８９条２項に規定する課税総所得金額，課
税退職所得金額及び課税山林所得金額を計算し（同法２１条１項３号），
④これらを基礎として，同法８９条等の規定により所得税の額を計算
すること（同項２１条１項４号。なお，配当控除及び外国税額控除を受
ける場合には，上記所得税の額に相当する金額からその控除をした後の
金額となる（同項５号）。）としている（以上の同法２１条１項に基づ
く税額の計算方法のうち退職所得及び山林所得の計算に関する部分を除
いたものを「総合課税」という。）。そして，総所得金額，退職所得金
額又は山林所得金額を計算する場合において，不動産所得の金額，事業
所得の金額，山林所得の金額又は譲渡所得の金額の計算上生じた損失が
あるときは，これを他の各種所得の金額から控除することができ（損益
通算。所得税法６９条１項），他方，土地等に係る譲渡所得（長期又は
短期。措置法３１条又は３２条），株式等に係る譲渡所得等（同法３７
条の１０，３７条の１１），先物取引に係る雑所得（同法４１条の１４）
等の一定の所得について，総合課税とは別個に税額を計算することとさ
れている。
しかしながら，所得税法は，任意組合の事業活動から生じる損益（組
合損益）及び個々の組合員に帰属すべき損益の計算方法及びこれに対す
る課税方法等については何ら規定していないため，これらについては専
ら解釈に委ねているものと考えられる。
(ｳ)そこで，組合損益及び個々の組合員に帰属すべき損益の計算方法を検
討するに，前記(ｱ)で指摘した任意組合の基本構造に加え，任意組合の組
合員には，共同事業者として任意組合の業務執行をする者から単に利益
の分配を期待する出資者にすぎない者まであり得ることをも併せ考慮す
れば，まず，①組合財産が組合員の共有とされており，組合損益は，
それが生ずるごとに実際の分配の有無を問わず（損益分配割合に応じて）
各組合員に帰属すると考えられる点に着目して，総額方式（損益計算書，
貸借対照表の各項目のすべてを各組合員に配分する方法）によることが
考えられ，これが原則的，論理的な考え方ということができる。しかし，
②任意組合が社団ではなく組合員間の共同事業を目的とする契約の形
態を採り，その業務執行が組合契約に基づく各組合員の共同事業として
行われるものであり，任意組合の組合財産が狭義の共有（民法２４９条
以下）ではなくいわゆる合有とされ（したがって，その組合員各自が組
合財産に対する自由な支配権を有しないという意味で，組合財産にある
程度の独立性があると解されている。），組合内部においては組合損益
のうち利益は各組合員に分配し，損失は各組合員が分担することが予定
され（同法６７４条はこれを前提としているものと解される。），特に
営利事業を主たる目的とする組合であれば，その存続中には，定期的に
損益の計算をして利益があればその都度組合員がその分配を受けること
を意図していることが通例であると解されること（この点からすると，
任意組合が多数の組合員から出資を募って共同事業を行う場合において
は，その出資者が単に利益の配分を期待する資本出資者という実態を持
つ場合には，その業務から生じる利益の配分として個人組合員が当該組
合から受ける所得は，出資・投資の対価として雑所得に該当するとも考
えられる。）に着目すれば，純額方式（任意組合の利益金額や損失金額
のみを各組合員に配分する方法）によることも考えられる。
そうであるとすれば，組合損益及び個々の組合員に帰属すべき損益の
計算方法としては，③上記のような総額方式と純額方式の中間の方式
である中間方式（損益計算書の項目だけ各組合員に配分する方法）も含
めた，以上の３つの方法のいずれもが所得税法上の解釈として許容され
るものと解すべきである。
(ｴ)これに対し，被告は，①措置法が各種所得と区分して所得金額の計
算及び税額の計算を行うとした一定の所得（いわゆる分離課税の対象と
なる所得。同法３１条１項，３２条１項，３７条の１０第１項及び４１
条の１４第１項等。）があり，②総額方式と純額方式とでは，適用さ
れる税率，損益通算の対象となる所得の範囲及び損失の繰越しの取扱い
が異なること等からすると，所得税法の解釈上，総額方式によることを
原則とし，総額方式によることが事実上困難であるなど，総額方式によ
らないことにつき合理的な理由があると認められる場合に限り，中間方
式又は純額方式によることを許容しているものと解される旨主張する。
確かに，任意組合の事業活動に被告指摘に係る措置法の各規定が形式
的に適用されるという前提に立ち，申告分離課税の対象となる所得が含
まれている場合において，任意組合等の組合事業に係る組合員の利益等
の額の計算方法を中間方式又は純額方式によることとすれば，形式的に
は，申告分離課税の対象となる所得を総合課税の対象となる所得として
把握することになり，申告分離課税の対象となる所得部分について適用
される税率，損益通算の対象となる所得の範囲及び損失の繰越しの取扱
いが異なることになり得る。
しかしながら，被告の主張によっても，上記の場合において，「総額
方式によることが事実上困難であるなど，総額方式によらないことにつ
き合理的な理由があると認められる」ときは，任意組合等の組合事業に
係る組合員の利益等の額の計算方法を中間方式又は純額方式によること
を許容し，被告指摘に係る措置法の各規定を潜脱したものとは評価しな
いというのであるから，これらの各規定は，必ずしも形式的に適用され
ることを予定してはいないと解され，さらに，上記(ｳ)②で指摘した任意
組合の特殊性のほか，被告指摘に係る措置法の各規定については任意組
合等の組合事業に関する適用関係を明示した通達がないことをも併せ考
慮すれば，上記の場合において，任意組合等の組合事業に係る組合員の
利益等の額の計算方法を中間方式又は純額方式によったことをもって，
直ちにこれらの各規定に反するとはいえないというべきである（なお，
任意組合等の組合損益の一部を措置法の規定により分離して課税する場
合には，後記(2)ア(ｴ)のとおり，その旨の課税上の取扱いが通達におい
て明示的に定められているが，このような場合にも上記一部も含めて純
額方式により計算して措置法の規定の適用を免れることは，正に課税上
の弊害を生ずることになろう。）。
そうすると，被告指摘に係る措置法の各規定の存在から，直ちに被告
主張に係る所得税法の上記解釈を導くことはできず，被告の上記主張は
採用することができない。
イ投資事業有限責任組合について
投資事業有限責任組合は，①事業者に対する投資事業を行うための組
合契約によって成立する無限責任組合員及び有限責任組合員からなる組合
であるが（投資事業有限責任組合法２条２項，３条），②法人格は認め
られておらず，③組合の業務は，無限責任組合員が執行し（同法７条１
項），④その組合財産が総組合員の共有とされ（同法１６条，民法６６
８条），また，⑤当事者が損益分配の割合を定めなかったときは，その
割合は，各組合員の出資の価額に応じて定める（投資事業有限責任組合法
１６条，民法６７４条１項）が，貸借対照表上の純資産額を超えて組合財
産を分配することはできず（投資事業有限責任組合法１０条１項），⑥無
限責任組合員及び有限責任組合員が組合の債務を弁済する責任を負うとさ
れており（投資事業有限責任組合法９条１項・２項。ただし，有限責任組
合員が組合の債務を弁済する責任は，その出資の価額を限度としている。），
その基本構造は，前記ア(ｱ)で判示した任意組合の基本構造と極めて類似し
ている。
以上のように，任意組合と投資事業有限責任組合との基本構造が類似し
ており，本件通達も投資事業有限責任組合の組合員の各種所得の金額の計
算上総収入金額又は必要経費に算入する利益の額又は損失の額の計算方法
を任意組合の組合員のそれと同一の取扱いとして定めていることに照らす
と，上記アで説示したことは，投資事業有限責任組合についても同様に当
てはまるものと解される（以下，任意組合（民法上の組合）及び投資事業
有限責任組合を併せて「任意組合等」という。）。
(2)本件通達（所得税法基本通達３６・３７共－２０）について
ア前記前提事実(5)並びに証拠（乙２３～２６）及び弁論の全趣旨によれば，
次の事実が認められる。
(ｱ)本件通達（所得税法基本通達３６・３７共－２０）は，任意組合等の
組合事業に係る組合員の利益等の額は，組合事業に係る収入の額，支出
の額，資産，負債等をその分配割合に応じて計算することを明らかにす
るとともに，その計算方法は，総額方式によることを原則とするが，こ
の方法ではそれぞれの組合員ごとに組合の各勘定を分割しなければなら
ないため，実際上困難な場合も生ずることから，継続適用を条件として，
中間方式及び純額方式によることも認めることとし，所得計算方法の簡
便化を図ったものである。
なお，①中間方式による場合には，各組合員は，当該組合事業に係
る取引等について非課税所得，配当控除，確定申告による源泉徴収税額
の控除等に関する規定の適用はあるが，引当金，準備金等に関する規定
の適用はなく，②純額方式による場合には，各組合員は，当該組合事
業に係る取引等について，非課税所得，引当金，準備金，配当控除，確
定申告による源泉徴収税額の控除等に関する規定の適用はなく，各組合
員にあん分される利益の額又は損失の額は，当該組合事業の主たる事業
の内容に従い，不動産所得，事業所得，山林所得又は雑所得のいずれか
一の所得に係る収入金額又は必要経費とするとされている。
(ｲ)本件通達については，平成１７年１２月２６日付け課個２－３９ほか
による一部改正として，任意組合に関する従前の規律を投資事業有限責
任組合法３条１項に規定する投資事業有限責任組合契約等により成立す
る組合等にも拡張することとされたが，その余の点は実質的な改正がさ
れておらず，上記改正の前後を通じて，本件通達による計算方法が課税
実務の取扱いとして定着している。
(ｳ)平成２１年度所得税基本通達逐条解説（乙２６）には，本件通達の解
説として，「なお，本通達は，専ら各組合員の所得計算が煩雑化するこ
とを緩和する見地から定められたものであることから，たとえ本通達の
定める計算方法を継続適用している場合であっても，その結果が，各法
令の規定等に反することとなるなど，課税上弊害があると認められる場
合には，本通達の適用はないこととなる」との記述があるが，このよう
な記述は，平成１４年度所得税基本通達逐条解説（乙２５）及び平成１
９年度所得税基本通達逐条解説（乙２４）における本件通達の解説とし
ては存在しなかった。
(ｴ)なお，法人税基本通達１４－１－２は，「法人が，組合事業に係る帰
属損益額を各事業年度の益金の額又は損金の額に算入する場合には，総
額方式により計算する。ただし，法人が中間方式又は純額方式により継
続して各事業年度の益金の額又は損金の額に算入する金額を計算してい
るときは，多額の減価償却費の前倒し計上などの課税上弊害がない限り，
これを認める。」旨定めている。また，法人の土地譲渡益に対する追加
課税制度を定める措置法６２条の３については，措置法（法人税関係）
通達６２の３(6)－１において「民法上の組合が土地等の譲渡をした場合
には，当該土地等の譲渡に係る対価の額，原価の額及び経費の額は，各
組合員の持分に応じ，それぞれ各組合員に対応する額を計算し，各組合
員において措置法６２条の３の規定を適用するものとする。」と定めら
れている。
イ以上によれば，本件通達は，任意組合等の組合員の各種所得の金額の計
算上総収入金額又は必要経費に算入する利益の額又は損失の額の計算方法
につき，総額方式によることを原則とし，例外的に，継続適用を条件とし
て，中間方式及び純額方式によることも認めるものであり，このような計
算方法の取扱いは，課税実務の取扱いとして定着しているところ，上記の
計算方法がどうあるべきかについては，前記(1)で説示したとおり，所得税
法の規定の文言及び解釈により一義的に決まらないことに照らし，所得税
法の解釈を踏まえて所得計算方法の簡便化を図ったものとして，合理性を
有するものであるといえる。
そして，本件通達は，その文言上，「その者が継続して次の(2)（注：中
間方式）又は(3)（注：純額方式）の方法により計算している場合には，そ
の計算を認めるものとする。」と明示的に定めている（法人税基本通達１
４－１－２のように「多額の減価償却費の前倒し計上などの課税上弊害が
ない限り」といった留保は一切されていない。）のであるから，上記認定
に係る平成２１年度所得税基本通達逐条解説における本件通達の解説の内
容を考慮しても，任意組合等の組合員の各種所得の金額の計算上総収入金
額又は必要経費に算入する利益の額又は損失の額の計算方法を中間方式又
は純額方式によるためには，中間方式又は純額方式を継続適用していれば
足り，少なくとも①総額方式による計算が困難であるなどの事情が存す
ることや②総額方式により計算した各種所得の額に基づく所得税額が中
間方式又は純額方式により計算した各種所得の額に基づく所得税額を超え
ないことは要しないと解すべきである（特に②の点を要件とすれば，中間
方式又は純額方式による計算をしようとする納税者は，①の総額方式によ
る計算が困難であるなどの事情がない限り，常に総額方式による計算と中
間方式又は純額方式による計算のいずれも行わなければならないことにな
るが，このような事態は本件通達が所得税法の解釈を踏まえて所得計算方
法の簡便化を図った趣旨に反するといわざるを得ない。）。
そうすると，平成１５年から平成１７年までの間に，後記ウの被告の主
張に係る「総額方式による計算が困難である特段の事情がある場合」又は
「総額方式による計算が実際上困難とまでいえない場合であっても，納税
者が総額方式と比較して簡易な計算方法である中間方式及び純額方式を選
択しても，当該納税者の租税負担が軽減されることがないなど，課税上の
公平を害さない（課税上の弊害が生じない）限度において」のみ認められ
るということを本件通達から読み取ることは，一般の納税義務者にとって
は不可能であったといわざるを得ない。
ウこれに対し，被告は，本件通達が中間方式又は純額方式による計算方法
を許容するのは，「総額方式による計算が困難である特段の事情がある場
合」又は「総額方式による計算が実際上困難とまでいえない場合であって
も，納税者が総額方式と比較して簡易な計算方法である中間方式及び純額
方式を選択しても，当該納税者の租税負担が軽減されることがないなど，
課税上の公平を害さない（課税上の弊害が生じない）限度において」，継
続適用を条件とするときに限られる旨主張する。
しかしながら，被告の上記主張が前提とする被告主張に係る所得税法の
解釈を採用することができないことは，上記(1)ア(ｴ)のとおりである上，
被告の上記主張は，所得税法の解釈を踏まえて任意組合等の組合事業に係
る組合員の利益等の額の計算方法を明らかにするとともに，その所得計算
方法の簡便化を図る趣旨で発出した本件通達について，本件通達に文言と
して表示されていない要件を（しかも抽象的な要件を）解釈として付加す
るものであり，それが通達の解釈に関するものであるとはいえ，実質的に
は，所得税法の解釈として課税要件明確主義（租税法律主義）の趣旨に反
するものであるというほかない（被告の主張に係る取扱いを採用しようと
するのであれば，法律又は法律の委任に基づく政省令において明確に定め
るべきであるし，その場合においても，「課税上の公平を害さない限度」
とか「課税上の弊害が生じない限度」といった不明確な基準によることは
不相当というべきである。）。
したがって，被告の上記主張は，理由がなく採用することができない。
(3)原告が本件各組合から分配を受けた利益又は損失の額に係る所得金額等に
ついて，本件通達の純額方式の適用が認められるか否かについて
ア前記前提事実によれば，原告の平成１５年分から平成１７年分までの各
所得税の計算に当たり，本件各組合の事業に係る利益又は損失の額につい
ては，本件Ｐ１組合に係るものは平成１５年分及び平成１６年分を，本件
各Ｐ４組合に係るものは平成１５年分から平成１７年分までの全てを，純
額方式により算出したというのであり，前記(2)イで判示した本件通達が純
額方式の適用条件とする「その者が継続して次の・・・(3)（注：純額方式）
の方法により計算している場合」に該当するから，後記イのとおり課税上
の弊害をもたらす事情がうかがわれないことをも併せ考慮すれば，これら
を純額方式により計算することを認めることができるというべきである。
イこれに対し，被告は，本件において，原告が本件各組合から入手した財
務諸表等の資料からすると，本件通達の解釈上純額方式により計算をする
ことができる場合には該当せず，むしろ純額方式による計算を認めれば，
所得税法上認められない所得の種類の転換及び損益通算がされることとな
り，任意組合等を介さないで本件各組合と同じ事業を行った納税者との課
税の公平を害し，課税上の弊害を生じることになるから，これを総額方式
により計算すべきである旨主張する。
しかしながら，そもそも被告の上記主張が前提とする本件通達の解釈を
採用することができないことは，上記(2)ウで判示したとおりであり，仮に
本件通達について被告主張の解釈が認められるとしても，上記(2)イのとお
り，平成１５年から平成１７年までの間に，上記解釈を本件通達から読み
取ることは一般の納税義務者にとって不可能であったから，少なくとも原
告の平成１５年分から平成１７年分までの所得税の計算に当たり上記解釈
によるべきとすることは，上記(2)ウで判示した課税要件明確主義（租税法
律主義）の趣旨に反して許されないというべきである。
なお，仮に本件通達が定める純額方式による計算も「課税上の弊害」が
ある場合には認めることができないと解したとしても，①上記(2)イのと
おり，本件通達の解釈上，総額方式により計算した各種所得の額に基づく
所得税額が中間方式又は純額方式により計算した各種所得の額に基づく所
得税額を超えないことは要しないと解すべきであり，②前記(1)ア(ｴ)の
とおり，任意組合等の事業活動に被告指摘に係る措置法の各規定を形式的
に適用すれば，申告分離課税の対象となる所得が含まれている場合におい
ても，任意組合等の組合事業に係る組合員の利益等の額の計算方法を中間
方式又は純額方式によったことをもって，直ちに被告指摘に係る措置法の
各規定に反するとはいえない。そして，③上記(2)ア(ｴ)のとおり法人税
基本通達１４－１－２では課税上の弊害として「多額の減価償却費の前倒
し計上など」といった積極的かつ不正な作為が想定されていると解される
ことに照らすと，単に本件各組合の事業に係る利益又は損失の額を本件通
達の定めるところに従って純額方式による計算を適正に行ったのであれば，
これを総額方式で計算し直した結果，〈ア〉総額方式により計算した各
種所得の額に基づく所得税額が中間方式又は純額方式により計算した各種
所得の額に基づく所得税額を超え，〈イ〉申告分離課税の対象となる所
得が含まれていたとしても，これらの点のみをもって，直ちに純額方式に
より計算することに「課税上の弊害」があるということはできないという
べきであり，本件においては，他に課税上の弊害をもたらす事情はうかが
われない。また，被告主張に係る任意組合等を介さないで本件各組合と同
じ事業を行った納税者との課税の公平を害するとの点も，そもそも被告指
摘の場合には，その納税者の事業活動から生じる損益は，前記(1)ウ②で指
摘した特殊性を有する組合損益ではないから，任意組合等を介した場合と
その損益の計算方法が異なることは当然ということもでき，これをもって
課税上の公平が害されるということはできない。
したがって，被告の上記主張は，理由がなく採用することができない。
(4)本件通達の純額方式の適用が認められる場合においても，分離課税の対象
となる所得については，その他の所得とは区分して計算されるべきか否かに
ついて
ア前記第２の２の税額等に関する当事者の主張によれば，原告の平成１５
年分から平成１７年分までの本件各組合の事業を通じて得た所得（ただし，
本件Ｐ１組合に係る平成１７年分のものを除く。この(4)において同じ。）
について，いずれも雑所得（の収入金額又は必要経費）として区分されて
おり，これを総額方式により計算し直すと，次のとおり，総合課税の対象
となる所得と申告分離課税の対象となる所得との損益通算等がされた状態
になること（別紙３記載第１の２参照）は，当事者間に争いがない。
(ｱ)本件Ｐ１組合ついて
ａ平成１５年分
①総合課税の配当所得に該当する受取配当金（３４万８１８０円）
と総合課税の雑所得に該当する投資関連債権利息及び貸付債権利息
（合計：２億１０７５万３７２２円）並びに②源泉分離課税の配当
所得に該当する受益証券分配金（４６８２円）と同利子所得に該当す
る預金利息（２９５円）及び有価証券利息（９３５万１７８８円）が，
③申告分離課税の株式等の譲渡に係る雑所得に該当する有価証券売
却損（上場分：△２９８１万９１３７円，未公開分：△２億５５３万
４０３３円）の損失と損益通算されている。
ｂ平成１６年分
組合損益に係る申告分離課税の株式等の譲渡に係る雑所得に該当す
る有価証券売却益のうち上場分に係る有価証券売却益（６億２７６５
万８０３０円）と，原告が本件各組合を通じないで行った取引に係る
申告分離課税の株式等の譲渡に係る雑所得（△７億６０４１万７２２
８円）を差引きする計算が行われないこととなる結果，原告の申告に
おける上場株式等の譲渡に係る損失の金額が過大となり，その結果，
翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額（当初申告額：７億９４
３４万７５３２円，原処分の額：１億９６５０万８６３９円）も過大
となり，所得税法及び措置法等が許容していない損失の繰越しを認め
ることになる。
(ｲ)本件各Ｐ４組合について
平成１５年分から平成１７年分までについて，本来は，申告分離課税
の株式等の譲渡に係る雑所得（未公開分）として区分されるべき組合損
益が，総合課税の雑所得として計算される結果，総合課税の配当所得と
損益通算がされたことと同様の結果となる。
イ本件通達（所得税法基本通達３６・３７共－２０）は，前提事実(5)のと
おり，任意組合等の組合事業に係る組合員の利益等の額を純額方式により
計算した場合，各組合員にあん分された利益の額又は損失の額は，当該組
合事業の主たる事業の内容に従い不動産所得，事業所得，山林所得又は雑
所得のいずれか一の所得に係る収入金額又は必要経費とする旨定めており，
これは，前記(2)イのとおり，所得税法の解釈（前記(1)ア(ｳ)参照）を踏ま
えて，所得計算方法の簡便化を図ったものと解されるところ，このような
本件通達の趣旨や前記(1)ア(ｳ)②で指摘した任意組合等の基本構造の特徴
に鑑みれば，①本来であれば複数の所得に区分されるものを単なる利益
の額又は損失の額として算出する以上，従来の所得区分を維持することは
困難であるから，これを一の所得として区分すべきであり，また，②そ
の区分を当該組合事業の主たる事業の内容に従い不動産所得，事業所得，
山林所得又は雑所得のいずれかとすることも，当該利益の額又は損失の額
が当該組合事業に由来することに照らして合理的であるから，いずれも所
得税法（措置法の関係規定を含む。以下(4)において同じ。）の解釈として
合理的であるというべきである。
そうであるとすれば，本件通達は，所得税法の適用に当たり，組合損益
を純額方式により各組合員にあん分された利益の額又は損失の額は，その
一部を純額方式によりあん分する場合であっても他の所得と区分して取り
扱う旨の別段の定め（例えば，前記(2)ア(ｴ)の措置法（法人税関係）通達
６２の３(6)－１によりその解釈が明示されている措置法６２条の３が想
定される。）がない限り，当該組合事業の主たる事業の内容に従い不動産
所得，事業所得，山林所得又は雑所得のいずれか一の所得に係る収入金額
又は必要経費として取り扱うとの所得税法の解釈を明らかにしたものと解
すべきである（このように解することは，前記(1)ア(ｴ)で指摘した点とも
整合する。また，平成１６年６月１８日付け国税庁課税部長回答「投資事
業有限責任組合及び民法上の任意組合を通じた株式等への投資に係る所得
税の取扱いについて」（乙２２）は，本件通達の総額方式による所得計算
を行っている場合の見解であるから（照会の頭書き参照），上記判示に係
る解釈と矛盾抵触するものではない。）。
ウこれを本件についてみると，前提事実及び上記アの事実によれば，原告
の平成１５年分から平成１７年分までの各所得税の計算に当たり，本件各
組合の事業に係る利益又は損失の額は，本件通達の定めに従って純額方式
によって計算され，（総合課税の）雑所得に係る収入金額又は必要経費と
されたところ，上記アで指摘した総合課税の対象となる所得（配当所得，
雑所得）や分離課税の対象となる所得（源泉分離課税の配当所得，申告分
離課税の株式等の譲渡に係る雑所得）は，これを純額方式により分配割合
であん分する場合であっても他の所得とは区分して取り扱う旨の別段の定
めがあるとはいえないから（前記(1)ア(ｴ)参照），これらを他の所得と区
分せずに（総合課税の）雑所得に係る収入金額又は必要経費としたことを
もって，所得税法に反するとはいえない。
エそうであるとすれば，これに反する被告の主張は，理由がなく採用する
ことができないものといわざるを得ない。
(5)本件各更正処分の適法性
ア以上によれば，原告の平成１５年分から平成１７年分までの所得税の計
算に当たり，本件各組合の事業に係る利益又は損失の額は，（総額方式に
よる計算が可能であるが，これによらずに）純額方式による計算をし，こ
れを雑所得に係る収入金額又は必要経費とすることができる。
イそこで，前記第２の２の当事者間に争いがない計算の基礎となる金額及
び計算方法によれば，原告の平成１５年分から平成１７年分までの各所得
金額及び納付すべき金額（予定納税額控除後のもの。なお，平成１６年分
については翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額。）は，次のとお
りとなる（別紙４参照）。
(ｱ)平成１５年分
所得金額３億４１１５万９７２８円
納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）２４１０万０８００円
(ｲ)平成１６年分
翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額７億９４３４万７５３
２円
(ｳ)平成１７年分
所得金額３億８０６３万３９３４円
納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）９０７０万１２００円
ウしたがって，本件各更正処分のうち，次の各部分は，所得税法その他の
法令及び本件通達の解釈を誤って総額方式により計算したことによるもの
で違法であるから，取り消されるべきである。
(ｱ)平成１５年分の所得税更正処分のうち，所得金額３億４１１５万９７
２８円，納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）２４１０万０８０
０円を超える部分
(ｲ)平成１６年分の所得税更正処分のうち，翌年へ繰り越す株式等に係る
譲渡損失の金額７億９４３４万７５３２円を下回る部分
(ｳ)平成１７年分の所得税更正処分のうち，所得金額３億８０６３万３９
３４円，納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）９０７０万１２０
０円を超える部分
２争点(2)（本件各賦課決定処分の適法性）について
(1)平成１５年分の過少申告加算税賦課決定処分について
前記１(5)ウのとおり，平成１５年分の所得税更正処分のうち，所得金額３
億４１１５万９７２８円，納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）２４
１０万０８００円を超える部分は違法であり，取り消されるべきであるとこ
ろ，前記第２の２の当事者間に争いがない計算の基礎となる金額及び計算方
法によれば，原告の平成１５年分の所得税に係る過少申告所得税の額は，７
４万３０００円となる（別紙４記載１の「加算申告加算税」欄参照。）。
したがって，平成１５年分の過少申告加算税賦課決定処分のうち７４万３
０００円を超える部分は，違法であるから，取り消されるべきである。
(2)平成１７年分の過少申告加算税賦課決定処分について
前記１(5)ウのとおり，平成１７年分の所得税更正処分のうち，所得金額３
億８０６３万３９３４円，納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）９０
７０万１２００円を超える部分は違法であり，取り消されるべきであるとこ
ろ，前記第２の２の当事者間に争いがない計算の基礎となる金額及び計算方
法によれば，原告の平成１７年分の所得税に係る過少申告所得税は，賦課さ
れるべきではないこととなる（別紙４記載３の「過少申告加算税」欄参照。）。
したがって，平成１７年分の過少申告加算税賦課決定処分は，違法である
から，全部取り消されるべきである。
３結語
よって，原告の本件請求はいずれも理由があるから認容することとし，訴訟
費用の負担について，行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して，主
文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官川神裕
裁判官林史高
裁判官新宮智之
（別紙１）
本件各組合契約の要旨
１本件Ｐ１組合契約の要旨
(1)設立（２条）
組合員は，２０００年１１月６日付で，日本国の民法上の組合として，本
組合を設立する。
(2)名称（３条）
本組合の名称は，「Ｐ１組合」（本件Ｐ１組合）とする。
(3)目的・事業（５条）
ア本組合は，本組合期間中に公開会社となる可能性のある国内外の未公開
会社の発行する投資証券に投資を行い，そのキャピタルゲイン等の利益を
得ることを目的として設立され，その出資金をもって，共同で次に掲げる
事業を国内において行うものである。
(ｱ)未公開会社の発行する投資証券の取得及び保有
(ｲ)未公開会社に対する融資
(ｳ)上記(ｱ)及び(ｲ)の会社に対する経営及び技術の指導
(ｴ)他の投資事業組合に対する出資
(ｵ)銀行その他の金融機関への預金又は郵便貯金等の方法による業務
の余裕金の運用
イ上記アに掲げる事業のうち，国外の投資先会社，融資先会社及び投資先
組合に対する投資及び融資並びに外貨建ての取引については，そのすべて
の合計額が本組合出資金総額の２０パーセントを超えない範囲で行うもの
とする。
ウ上記ア(ｴ)の事業については，そのすべての出資の合計額が本組合出資金
総額の２０パーセントを超えない範囲で行うものとする。
(4)出資（６条）
本組合設立日における本組合の出資１口の金額は金１０００万円とする。
(5)組合財産の帰属（７条）
ア本組合の組合財産は，払込済みの出資金，並びに本組合事業に関し，本
組合が取得した資産及び権利，並びに本組合が負担した債務及び義務とす
る。
イ組合財産は組合員全員の共有とし，組合財産に対する各組合員の持分は，
それぞれの出資口数の割合に応じるものとする。
ウ組合員は，組合財産に対する自己の持分につき，譲渡，質入れその他一
切の処分をすることができない。
エ組合員は，本組合の清算の開始前に組合財産の分割を請求することがで
きない。
(6)組合財産の運用（８条）
業務執行組合員は，本契約の定めるところに従い，組合財産を５条に定め
る目的のために運用するものとする。
(7)組合財産の分配（１１条）
ア業務執行組合員は，以下に定めるところに従って，各組合員に対し，出
資割合に応じた組合財産の分配を行うものとする。
(ｱ)分配の時期は，２５条６項に定める各事業年度の上半期に関する中間
財務諸表が確定した後，及び同条５項に定める各事業年度に関する
財務諸表が確定した後に行うものとする。
(ｲ)分配する金額は次の方法により定めるものとする。
①事業年度の上半期に関しては，２５条６項に定める当該上半期の中
間損益計算書の最終利益（未実現利益は含まないものとする。以下同
じ。）を基準額として，その５６パーセントに相当する金額
②事業年度の終了時に関しては，２５条５項に定める当該事業年度の
損益計算書の最終利益から当該事業年度の上記①の中間損益計算書
の最終利益を控除した残額を基準額として，その５６パーセントに相
当する金額
(ｳ)上記(ｲ)①②に定める各基準額（以下「分配金基準額」という。）のう
ち，その２０パーセントに相当する金額は，組合財産に留保し，再投資
に回すものとする。
(ｴ)分配金基準額のうち，その２４パーセントは１５条６項に定めるとこ
ろに従い，業務執行組合員が成功報酬として取得するものとする。
(ｵ)業務執行組合員は，組合員に対する分配及び業務執行組合員による成
功報酬の取得の前に，１７条２項に定める組合員総会において，前記(ｲ)
による分配額及び上記(ｴ)による成功報酬の額について，総出資口数の３
分の２以上の出資割合を有する組合員の承認を得るものとする。
(ｶ)組合員は，各自に分配される金額の全部又は一部について，新たな出
資として出資金に振り替えることができる。
(ｷ)上記(ｶ)により出資された出資口数の計算方法は，２８条２項に定める
中途加入の場合に準ずる。
イ本条の規定にかかわらず，２５条５項ないし６項に定める当該事業年度
又は当該上半期の各財務諸表により確定される本組合財産の純資産額が出
資金総額を下回る場合，又は分配金基準額がゼロ若しくはマイナスの場合
は，当該事業年度又は当該上半期には分配及び成功報酬は発生しないもの
とする。
(8)組合損益の帰属（２３条）
各事業年度の本組合収益から当該事業年度の本組合費用を控除した残額は，
組合員に出資割合に応じて帰属する。
(9)会計（２５条）
ア本組合の事業年度は，毎年１月１日から同年１２月３１日まで（ただし，
初年度は，平成１２年１１月６日から同年１２月３１日までの期間）とす
る。
イ業務執行組合員は，本組合の事業の執行に関するあらゆる取引について，
明瞭かつ正確な会計帳簿その他会計に関する記録を作成し，保管するもの
とする。
ウ業務執行組合員は，事業年度ごとに，日本において一般に公正妥当と認
められた会計原則に準拠して，その事業年度の貸借対照表，損益計算書及
び業務報告書並びにそれらの附属明細書（これらの書類を併せて，この項
において「財務諸表等」という。）を作成し，監査人による一般に公正妥
当と認められる監査基準に従った監査を経た後，組合員に対し，その事業
年度終了後６０日以内に，監査に関する意見書の写しとともに当該財務諸
表等を送付するものとする。
エ業務執行組合員は，上記ウに基づき各組合員に対し本組合の財務諸表等
を送付する場合には，同時に，本組合の収益金額，その収益金額に係る原
価の額及び費用の額並びに損失の額，資産及び負債等の各勘定を出資割合
に応じて分割し，当該組合員に帰属すべき本組合の収益金額，その収益金
額に係る原価の額及び費用の額並びに損失の額，資産及び負債等に基づい
て作成した当該組合員用の財務諸表を送付するものとする。
(10)本組合の存続期間（２６条）
本組合の存続期間は，本組合設立日（注：平成１２年１１月６日）から，
平成２２年１２月３１日までとする。ただし，組合員全員が書面により合意
した場合は，１年ごとに期間を延長することができる。
(11)「組合員名簿」
業務執行組合員は株式会社Ｐ５（住所神奈川県横浜市港北区α×番地１）
である旨，また，一般組合員は原告ほか２名（現在は，原告のほか９名）で
ある。
２本件Ｐ２組合契約の要旨
(1)目的（１条）
本組合は，中小企業等に対する投資事業を行う組合であり，円滑な資金提
供を通じた中小企業等の自己資本の充実を促進し，その健全な成長発展を図
り，もって我が国の経済活力の向上に資することを目的とする。
(2)組合契約の締結（３条）
組合員は，第１条の目的をもつ投資事業を行うため，以下の条項に従って
有限責任組合法（注：中小企業等投資組合事業有限責任組合契約に関する法
律であり，平成１６年法律第３４号による改正後の投資事業有限責任組合契
約に関する法律）３条１項に掲げる中小企業等投資事業有限責任組合契約を
締結する。
(3)名称（４条）
本組合の名称は，「Ｐ２組合」（登記名称：「Ｐ４投資事業有限責任組合」）
（本件Ｐ２組合）とする。
(4)組合の事業（７条）
組合員は，本組合の事業として，共同で次に掲げる事業を行いその投下資
本を回収することをその目的とすることを約する。
ア中小企業等の設立に際して発行する株式の取得及び保有
イ中小企業等の発行する株式，転換社債又は新株引受権付社債の取得又は
保有
ウ前２号の規定により本組合がその株式，転換社債又は新株引受権付社債
を保有している株式会社でその後の規模等の拡大により中小企業等に該当
しなくなった株式会社の発行する株式，転換社債又は新株引受権付社債の
取得又は保有
エ中小企業等又は前号の株式会社の有する工業所有権，著作権の取得及び
保有（これらの権利に関して利用を許諾することを含む。）
オ上記アないしウの各規定により本組合がその株式，転換社債，新株引受
権付社債を保有している株式会社又は上記エの規定により工業所有権又は
著作権を取得した株式会社に対して経営又は技術の指導，助言を行う事業
カ次に掲げる事業であって，下記(ｱ)の規定による取得及び下記(ｲ)の規定
による出資の価額の合計額の組合員の持分金額に対する割合が２分の１に
満たない範囲において行うもの
(ｱ)外国法人であって，その発行する株式が証券取引法（注：平成１８年
法律第６５号による改正前の金融商品取引法をいう。以下同じ。）２条
１１項に規定する証券取引所及びこれに類するものであって外国に所
在するものに上場されておらず，かつ，同法７５条１項の店頭売買有価
証券登録原簿及びこれに類するものであって外国に備えられるものに
登録されていないものの発行する株式，転換社債又は新株引受権付社債
の取得及び保有
(ｲ)組合又は外国に所在する組合に類似する団体に対する出資
キ本契約の目的を達成するため，銀行その他の金融機関への預金又は郵便
貯金等の方法により行う業務上の余裕金の運用
ク上記アないしキの各規定に付帯する業務
(5)組合契約効力発生日及び組合の存続期間（第８条）
ア本件組合の組合契約の効力は，平成１２年１月２４日をもって発生する
ものとする。
イ本組合の存続期間は，前項に定める日より１０年間とする。ただし，状
況により２年間に限り存続期間の延長もあり得るものとする。
(6)出資（１０条）
本組合の出資１口の金額は，１万円とする。ただし，各有限責任組合員の
出資額は１０００万円以上とする（１項）。
(7)無限責任組合員の権限（１６条）
無限責任組合員は，７条に規定する本組合の事業の遂行のため，本組合の
名称において本組合の業務を執行し，裁判上又は裁判外において本組合を代
表するものとする（１項柱書き）。
(8)有限責任組合員の権限（２０条）
有限責任組合員は，本組合の業務を執行し，又は本組合を代表する権限を
一切有しないものとする（１項）。
(9)組合財産の運用（２５条）
無限責任組合員は，組合財産のうち３項に定める部分及び３５条の費用を
控除した部分を本契約書７条の目的のため運用するものとする（１項）。
(10)会計（２７条）
ア本組合の事業年度は，毎年１月１日から１２月３１日までとする。ただし，
初年度は，組合契約の効力発生日（注：平成１２年１月２４日）から平成１
２年１２月３１日までの期間とする。
イ無限責任組合員は，中小企業等投資事業有限責任組合会計規則に準拠し，
無限責任組合員が別途定めたところに従い適切な会計処理を行うものとす
る。
ウ無限責任組合員は，本組合の事業に属するあらゆる取引に関する正確な
会計帳簿及び記録を作成し，保管するものとする。
(11)財務諸表等の作成及び組合員に対する送付（２８条）
無限責任組合員は，組合員に対し，毎事業年度終了後９０日以内に，中小
企業等投資事業有限責任組合会計規則に定めるところに従い，その事業年度
の貸借対照表，損益計算書及び業務報告書並びにそれらの附属明細書（以下
「財務諸表等」という。)を作成し，監査人による一般に公正妥当と認められ
る監査基準に従った監査を経た後，当該監査に関する意見書の写しとともに
当該財務諸表等を発送するものとする。なお，当該報告書には，①収益，費
用，資産及び負債等を組合持分の割合に応じて分割し，当該組合員に帰属す
べき収益，費用，資産及び負債等に基づいて作成した当該組合員用の財務諸
表，②本組合の投資パフォーマンスを判定するために無限責任組合員の全員
一致で決定した適切な評価方法により計算した累積内部収益率の結果，並び
にその他適切と考える事項が含まれるものとする（１項）。
(12)組合財産の所有権帰属（２９条）
ア組合財産は組合員の共有とする。
イ組合員は，組合の清算前に組合財産の分割を請求することができない。
(13)損益の帰属割合（３０条）
各事業年度末において，本組合の事業の結果生じた損益は，有限責任組合
員の持分金額が零を下回らない限り，各組合員の出資履行金額の割合に応じ
て各組合員に帰属するものとする。ただし，本組合損益を出資履行金額に応
じて帰属させた結果，有限責任組合員の持分金額が零を下回る場合，かかる
損失は，すべて無限責任組合員に帰属させるものとする。前文の規定に従い，
損失が無限責任組合員に帰属した結果その持分金額が零を下回ることとなっ
た場合，無限責任組合員の持分金額が零以上とならない限り本組合の利益は
すべて無限責任組合員に帰属する。
(14)分配割合（３１条）
ア組合財産の分配に関し，投資収益以外の部分は，上記(13)の規定に従い
組合財産を分配する。
イ組合財産の分配に関し，投資収益が発生した場合，その収益の７５パー
セントに該当する部分を各組合員に対して各組合員の出資履行金額の割合
に応じて分配し，２５パーセントに該当する部分を無限責任組合員に分配
する。
(15)持分処分の禁止（３７条）
組合員は，組合財産に対する共有持分を，裁判上又は裁判外の事由のいか
んを問わず，譲渡，質入れその他一切処分することができない。
３本件Ｐ３組合契約の要旨
(1)目的（１条）
本組合は，中小企業等に対する投資事業を行う組合であり，円滑な資金提
供を通じた中小企業等の自己資本の充実を促進し，その健全な成長発展を図
り，もって我が国の経済活力の向上に資することを目的とする。
(2)組合契約の締結（３条）
組合員は，第１条の目的をもつ投資事業を行うため，以下の条項に従って
有限責任組合法（注：中小企業等投資事業有限責任組合契約に関する法律で
あり，平成１６年法律第３４号による改正後の投資事業有限責任組合契約に
関する法律）３条１項に掲げる中小企業等投資事業有限責任組合契約を締結
する。
(3)名称（４条）
本組合の名称は，「Ｐ３組合」（登記名称：「Ｐ４弐号投資事業有限責任
組合」）（本件Ｐ３組合）とする。
(4)組合の事業（７条）
組合員は，本組合の事業として，共同で次に掲げる事業を行いその投下資
本を回収することをその目的とすることを約する。
ア中小企業等の設立に際して発行する株式の取得及び保有
イ中小企業等の発行する株式，転換社債又は新株引受権付社債の取得又は
保有
ウ前２号の規定により，本組合がその株式，転換社債又は新株引受権付社
債を保有している株式会社でその後の規模等の拡大により中小企業等に該
当しなくなった株式会社の発行する株式，転換社債又は新株引受権付社債
の取得又は保有
エ中小企業等又は上記ウの株式会社の有する工業所有権，著作権の取得及
び保有（これらの権利に関して利用を許諾することを含む。）
オ上記アないしウの各規定により本組合がその株式，転換社債，新株引受
権付社債を保有している株式会社又は上記エの規定により工業所有権又は
著作権を取得した株式会社に対して経営又は技術の指導，助言を行う事業
カ次に掲げる事業であって，下記(ｱ)の規定による取得及び下記(ｲ)の規定
による出資の価額の合計額の組合員の持分金額に対する割合が２分の１に
満たない範囲において行うもの
(ｱ)外国法人であって，その発行する株式が証券取引法２条１１項に規定
する証券取引所及びこれに類するものであって外国に所在するものに上
場されておらず，かつ，同法７５条１項の店頭売買有価証券登録原簿及
びこれに類するものであって外国に備えられるものに登録されていない
ものの発行する株式，転換社債又は新株引受権付社債の取得及び保有
(ｲ)組合又は外国に所在する組合に類似する団体に対する出資
キ本契約の目的を達成するため，銀行その他の金融機関への預金又は郵便
貯金等の方法により行う業務上の余裕金の運用
ク上記アないしキの各規定に付帯する業務
(5)組合契約効力発生日及び組合の存続期間（８条）
ア本組合の組合契約の効力は，平成１２年９月２６日をもって発生するも
のとする。
イ本組合の存続期間は，前項に定める日より１０年間とする。ただし，状
況により２年間に限り存続期間の延長もあり得るものとする。
(6)出資（１０条）
本組合の出資１口の金額は，１万円とする。ただし，各有限責任組合員の
出資額は１０００万円以上とする（１項）。
(7)無限責任組合員の権限（１５条）
無限責任組合員は，７条に規定する本組合の事業の遂行のため，本組合の
名称において本組合の業務を執行し，裁判上又は裁判外において本組合を代
表するものとする（１項）。
(8)有限責任組合員の権限（１９条）
有限責任組合員は，本組合の業務を執行し，又は本組合を代表する権限を
一切有しないものとする（１項）。
(9)組合財産の運用（２４条）
無限責任組合員は，組合財産のうち３項に定める部分及び３４条の費用を
控除した部分を本契約書７条の目的のため運用するものとする（１項）。
(10)会計（２６条）
ア本組合の事業年度は，毎年１月１日から１２月３１日までとする。ただ
し，初年度は，組合契約の効力発生日（注：平成１２年９月２６日）から
平成１３年１２月３１日までの期間とする。
イ無限責任組合員は，中小企業等投資事業有限責任組合会計規則に準拠し，
無限責任組合員が別途定めたところに従い適切な会計処理を行うものとす
る。
ウ無限責任組合員は，本組合の事業に属するあらゆる取引に関する正確な
会計帳簿及び記録を作成し，保管するものとする。
(11)財務諸表等の作成及び組合員に対する送付（２７条）
無限責任組合員は，組合員に対し，毎事業年度終了後９０日以内に，中小
企業等投資事業有限責任組合会計規則に定めるところに従い，その事業年度
の貸借対照表，損益計算書及び業務報告書並びにそれらの附属明細書（以下
「財務諸表等」という。）を作成し，監査人による一般に公正妥当と認めら
れる監査基準に従った監査を経た後，当該監査に関する意見書の写しととも
に当該財務諸表等を発送するものとする。なお，当該報告書には，①収益，
費用，資産及び負債等を組合持分の割合に応じて分割し，当該組合員に帰属
すべき収益，費用，資産及び負債等に基づいて作成した当該組合員用の財務
諸表，②本組合の投資パフォーマンスを判定するために無限責任組合員の全
員一致で決定した適切な評価方法により計算した累積内部収益率の結果，並
びにその他適切と考える事項が含まれるものとする（１項）。
(12)組合財産の所有権帰属（２８条）
ア組合財産は組合員の共有とする。
イ組合員は，組合の清算前に組合財産の分割を請求することができない。
(13)損益の帰属割合（２９条）
各事業年度末において，本組合の事業の結果生じた損益は，有限責任組合
員の持分金額が零を下回らない限り，各組合員の出資履行金額の割合に応じ
て各組合員に帰属するものとする。ただし，本組合損益を出資履行金額に応
じて帰属させた結果，有限責任組合員の持分金額が零を下回る場合，かかる
損失は，すべて無限責任組合員に帰属させるものとする。前文の規定に従い，
損失が無限責任組合員に帰属した結果その持分金額が零を下回ることとなっ
た場合，無限責任組合員の持分金額が零以上とならない限り，本組合の利益
はすべて無限責任組合員に帰属する。
(14)分配割合（３０条）
ア組合財産の分配に関し，投資収益以外の部分は，上記(13)の規定に従い
組合財産を分配する。
イ組合財産の分配に関し，投資収益が発生した場合，その収益の７５パー
セントに該当する部分を各組合員に対し，各組合員の出資履行金額の割合
に応じて分配し，２５パーセントに該当する部分を無限責任組合員に分配
する。
(15)持分処分の禁止（３６条）
組合員は，組合財産に対する共有持分を，裁判上又は裁判外の事由のいか
んを問わず，譲渡，質入れその他一切処分することができない。
（別紙３）
被告主張に係る本件各更正処分等の根拠及び計算
被告が本件訴訟において主張する原告の平成１５年分から平成１７年分まで
の所得税額等は，次のとおりである。
第１本件各更正処分等の根拠及び計算
１総額方式により計算した場合
(1)平成１５年分
ア総所得金額５億８０７５万３４２７円
上記金額は，次の(ｱ)ないし(ｴ)の各金額の合計額である。
(ｱ)不動産所得の金額１７２万１２９４円
上記金額は，原告が平成１６年３月１２日に戸塚税務署長に提出した
平成１５年分の所得税の確定申告書（以下「１５年分確定申告書」とい
う。）に記載した不動産所得の金額と同額である。
(ｲ)配当所得の金額２億３０３０万２１１０円
上記金額は，次のＡないしＤの各金額の合計額である。
Ａ本件Ｐ１組合に係るもの３４万８１８０円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における配当収入であり，
別表３－７の付表１「本件Ｐ１組合分の内訳」の「収入金額」欄に記
載のとおりである（別表３－１「平成１５年分」欄・順号３参照）。
Ｂ本件Ｐ２組合に係るもの１４万３３２２円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ２組合における配当収入であり，
別表３－７の付表２「本件Ｐ２組合分の内訳」の「収入金額」欄に記
載のとおりである。
Ｃ本件Ｐ３組合に係るもの６２０８円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ３組合における配当収入であり，
別表３－７の付表３「本件Ｐ３組合分の内訳」の「収入金額」欄に記
載のとおりである。
Ｄその他の配当所得２億２９８０万４４００円
上記金額は，原告が１５年分確定申告書に「㈱Ｐ７」からの配当と
して記載した配当所得の金額と同額である（別表３－７「①確定申告
額」欄・順号４参照）。
(ｳ)給与所得の金額９００８万４３４５円
上記金額は，原告が１５年分確定申告書に記載した給与所得の金額と
同額である。
(ｴ)雑所得の金額２億５８６４万５６７８円
上記金額は，次のＡないしＧの各金額の合計額である。
Ａ本件Ｐ１組合に係るもの２億１０７５万３７２２円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における雑所得の金額で
あり，次の(A)から(B)を差し引いた金額である（別表３－８「③被告
主張額」欄・順号１及び同表の付表１「本件Ｐ１組合に係る雑所得の
金額の内訳」）。
(A)収入金額３億３８６４万２８６１円
上記金額は，次のａ及びｂの各金額の合計額である。
ａ投資関連債権利息２億４８４４万２５７２円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号４に記載さ
れた金額である（別表３－８付表１・順号１）。
ｂ貸付債権利息９０２０万０２８９円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号７に記載さ
れた金額である（別表３－８付表１・順号２）。
(B)必要経費１億２７８８万９１３９円
上記金額は，次のａないしｃの各金額の合計額である。
ａ組合管理費１億２１２７万３４０７円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号１１のうち，
雑所得分としてあん分計算した金額である（別表３－８付表１・
順号４及び別表３－２１「平成１５年分」欄・順号１４）。
なお，別表３－２１及び２２におけるあん分計算は，国税庁が
ホームページ上で公開している文書回答事例（平成１６年６月１
８日付け回答「投資事業有限責任組合及び民法上の任意組合を通
じた株式等への投資に係る所得税の取扱いについて」（以下「任
意組合等に係る文書回答事例」という。乙２２）に基づいて計算
したものである。以下同じ。
ｂ支払手数料５２万９９４２円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号１６のうち，
雑所得分としてあん分計算した金額である（別表３－８付表１・
順号５及び別表３－２１「平成１５年分」欄・順号１７）。
ｃ消費税等６０８万５７９０円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号２０の金額
１１９２万８２７８円から，上場株式等の譲渡費用に係る消費税
等の額１万２８１３円（当該金額は，上場株式等の譲渡所得の計
算において控除すべきものであることから，後記エ(ｱ)Ｃ(D)にお
いて加算する。）を控除した残額１１９１万５４６５円（別表３
－２１「平成１５年分」欄・順号１８）のうち，雑所得分として
あん分計算した金額である（別表３－８付表１・順号６及び別表
３－２１「平成１５年分」欄・順号２０）。
Ｂオプション取引１０５５万９９６０円
上記金額は，原告が１５年分確定申告書に添付した「所得の内訳書」
（以下「１５年分所得内訳書」という。）に記載したオプション取引
の金額と同額である。
Ｃ為替差益３６６４万５０３５円
上記金額は，原告が１５年分所得内訳書に記載した為替差益の金額
と同額である。
Ｄ貸付利息５万５０００円
上記金額は，原告が１５年分所得内訳書に記載したＰ２１から受領
した貸付利息の金額と同額である。
Ｅ個人年金４４万９９１０円
上記金額は，原告が１５年分所得内訳書に記載したＰ２５社から受
領した個人年金の金額８９万９３９４円から，当該金額に係る必要経
費として年金の支払金額に対応する保険料額４４万９４８４円を差し
引いた後の金額である。
Ｆ講演料等６万６８０５円
上記金額は，原告が１５年分所得内訳書に記載した報酬等の金額を
合計した金額であり，その内訳は，別表３－８の付表２「講演料等に
係る収入金額の内訳」に記載のとおりである。
Ｇ公的年金１１万５２４６円
上記金額は，原告が１５年分確定申告書に記載した公的年金等の収
入金額１５１万５２４６円から，所得税法（平成１６年法律第１４号
改正前のもの。）３５条４項に規定する公的年金等控除額を控除した
後の残額である。
イ分離短期譲渡所得の金額１５８万９２６０円
上記金額は，原告が１５年分確定申告書に添付した「譲渡所得の内訳書」
（以下「１５年分譲渡内訳書」という。）に記載した収入金額４９００万
円から，同内訳書に記載した必要経費の額４７４１万０７４０円を差し引
いた後の金額である。
ウ株式等に係る譲渡所得等の金額（未公開分）０円
（△２億１９１４万５６４３円）
上記金額は，次の(ｱ)ないし(ｳ)の各金額の合計額である。
なお，所得金額の前の△は，損失の金額を表す。以下同じ。
また，上記損失の金額は，措置法（ただし，平成１６年法律第１４号改
正前のもの。なお，以下「措置法」といい,平成１５年分においては当該改
正前のものを，平成１６年分においては平成１７年法律第２１号による改
正前のものを，平成１７年分においては平成１８年法律第１０号による改
正前のものを指す。）３７条の１０第１項後段の規定により生じなかった
ものとみなされることから，当該金額は零円となる。
(ｱ)本件Ｐ１組合に係るもの△２億０５５３万４０３３円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における上場株式等以外の
株式の譲渡に係る雑所得の金額であり，次のＡからＢ及びＣの合計額を
差し引いた金額である（別表３－９「③被告主張額」欄・順号１及び同
表付表１「本件Ｐ１組合分の内訳」）。
Ａ売却収入７０４０万２００６円
上記金額は，株式会社Ｐ８（以下「㈱Ｐ８」という。）の株式を売
却した際の収入金額１億０１１０万円に，平成１５年分の本件Ｐ１組
合の有価証券売却損益に係る原告の分配割合（本件Ｐ１組合全体の有
価証券売却損益の金額１億８２４７万７９９５円に対する原告が本件
Ｐ１組合から受けた会計報告書中の損益計算書に記載された有価証券
売却損益１億２７０７万０３９５円の割合。以下「１５年分本件Ｐ１
組合分配割合」という。）を乗じて算出した金額である（別表３－９
付表１・順号１）。
Ｂ取得原価１億９４６７万０９４８円
上記金額は，所得税法施行令１１８条１項の規定に基づき計算した
㈱Ｐ８の株式の取得原価２億７９５５万５０００円に，１５年分本件
Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した金額である（別表３－９付表１・
順号２）。
Ｃ必要経費８１２６万５０９１円
上記金額は，次の(A)ないし(D)の各金額の合計額である。
(A)譲渡費用２９１万０７８５円
上記金額は，㈱Ｐ８の株式に係る売却手数料４１８万円に，１５
年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した金額である（別表３－
９付表１・順号３）。
(B)組合管理費７４３０万１０２２円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号１１の金額を
基に株譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平成
１５年分」欄・順号１３）のうち，上場株式等以外分としてあん分
計算した金額である（別表３－９付表１・順号４及び別表３－２２
「平成１５年分」欄・順号６）。
(C)支払手数料３２万４６８１円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号１６の金額を
基に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平
成１５年分」欄・順号１６）のうち，上場株式等以外分としてあん
分計算した金額である（別表３－９付表１・順号５及び別表３－２
２「平成１５年分」欄・順号９）。
(D)消費税等３７２万８６０３円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号２０の金額か
ら１万２８１３円を控除した残額（前記ア(ｴ)Ａ(B)c参照）を基に
株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平成１
５年分」欄・順号１９）のうち，上場株式等以外分としてあん分計
算した金額である（別表３－９付表１・順号６及び別表３－２２「平
成１５年分」欄・順号１２）。
(ｲ)本件Ｐ２組合に係るもの△１０７７万７４８６円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ２組合における上場株式等以外の
株式の譲渡に係る雑所得の金額であり，次のＡからＢ及びＣの合計額を
差し引いた金額である（別表３－９「③被告主張額」欄・順号２及び同
表付表２「本件Ｐ２組合分の内訳」）。
Ａ売却収入２３４円
上記金額は，株式会社Ｐ９（以下「㈱Ｐ９」という。）の株式を売
却した際の収入金額１６００円に，平成１５年分の本件Ｐ２組合の有
価証券売却損益に係る原告の分配割合（本件Ｐ２組合全体の有価証券
売却損益の金額４７９９万８４００円に対する原告の組合員別持分等
計算書に記載された有価証券売却損益の金額７００万７０６５円の割
合。以下「１５年分本件Ｐ２組合分配割合」という。）を乗じて算出
した金額である（別表３－９付表２・順号１）。
Ｂ取得原価７００万７２９９円
上記金額は，㈱Ｐ９株式の売却時における帳簿価額４８００万円に
１５年分本件Ｐ２組合分配割合を乗じて算出した金額である（別表３
－９付表２・順号２）。
Ｃ必要経費３７７万０４２１円
上記金額は，次の(A)ないし(C)の各金額の合計額である。
(A)組合管理費３６４万６７０５円
上記金額は，別表３－３「平成１５年分」欄・順号６に記載され
た金額である。
(B)組合経費１０８８円
上記金額は，別表３－３「平成１５年分」欄・順号７に記載され
た金額である。
(C)監査費用１２万２６２８円
上記金額は，別表３－３「平成１５年分」欄・順号８に記載され
た金額である。
(ｳ)本件Ｐ３組合に係るもの△２８３万４１２４円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ３組合における上場株式等以外の
株式の譲渡に係る雑所得の金額であるが，収入金額はないので，次のＡ
ないしＣの必要経費の合計額がそのまま損失額となる（別表３－９「③
被告主張額」欄・順号４及び付表３「本件Ｐ３組合分の内訳」）。
なお，当該金額は原告が本件Ｐ３組合から受領した本件組合員別計算
書に記載された各金額と同額である。
Ａ組合管理費２７５万１０７４円
上記金額は，別表３－５「平成１５年分」欄・順号７に記載された
金額である。
Ｂ組合経費１９２４円
上記金額は，別表３－５「平成１５年分」欄・順号８に記載された
金額である。
Ｃ監査費用８万１１２６円
上記金額は，別表３－５「平成１５年分」欄・順号９に記載された
金額である。
エ株式等に係る譲渡所得等の金額（上場分）０円
（△６３７４万９４４１円）
上記金額は，次の(ｱ)及び(ｲ)の各金額の合計額である。
上記損失の金額は，措置法３７条の１０第１項後段の規定により生じな
かったものとみなされることから，当該金額は零円となる。
なお，上場株式等に係る譲渡損失の金額については，同項後段の例外を
定めた措置法３７条の１２の２第１項及び２項の規定により，翌年以後３
年内の各年分の株式等に係る譲渡所得等の金額から繰越控除することがで
きる（下記ケ参照）。
(ｱ)本件Ｐ１組合に係るもの△２９８１万９１３７円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における上場株式等の譲渡
に係る雑所得の金額であり，次のＡからＢ及びＣの合計額を差し引いた
金額である（別表３－１０「③被告主張額」欄・順号１及び同表付表「本
件Ｐ１組合分の内訳」）。
Ａ売却収入３９６７万１６０７円
上記金額は，株式会社Ｐ１０（以下「㈱Ｐ１０」という。）の株式
を売却した際の収入金額５６９６万９９６０円に，１５年分本件Ｐ１
組合分配割合を乗じて算出した金額である（別表３－１０付表・順号
１）。
Ｂ取得原価２５０６万８９６４円
上記金額は，㈱Ｐ１０の株式の売却時における帳簿価額３６００万
円に，１５年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した金額である（別
表３－１０付表・順号２）。
Ｃ必要経費４４４２万１７８０円
上記金額は，次の(A)ないし(D)の各金額の合計額である。
(A)譲渡費用２５万６２３０円
上記金額は，㈱Ｐ１０の株式に係る売却手数料３６万７９５５円
に，１５年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した金額である（別
表３－１０付表・順号３）。
(B)組合管理費４１８６万８７０７円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号１１の金額を
基に株譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平成
１５年分」欄・順号１３）のうち，上場株式等分としてあん分計算
した金額である（別表３－１０付表・順号４及び別表３－２２「平
成１５年分」欄・順号５）。
(C)支払手数料１８万２９５８円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号１６の金額を
基に株譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平成
１５年分」欄・順号１６）のうち，上場株式等分としてあん分計算
した金額である（別表３－１０付表・順号５及び別表３－２２「平
成１５年分」順号８）。
(D)消費税等２１１万３８８５円
上記金額は，別表３－１「平成１５年分」欄・順号２０の金額か
ら１万２８１３円を控除した残額（前記ア(ｴ)Ａ(B)c参照）を基に
株譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平成１５
年分」欄・順号１９）のうち，上場株式等分としてあん分計算した
金額（別表３－１０付表・順号６及び別表３－２２「平成１５年分」
欄・順号１１）に，上場株式等の譲渡費用に係る消費税等の額１万
２８１３円を加算した金額である（別表３－１０付表・順号６）。
(ｲ)その他の株式等に係る譲渡所得等の金額△３３９３万０３０４円
上記金額は，原告が１５年分確定申告書に添付した「株式等に係る譲
渡所得等の金額の計算明細書」の差引金額欄（⑨）に「上場分」として
記載された金額と同額である。
オ所得控除の額の合計額２０６万１５０４円
上記金額は，原告が平成１５年分確定申告書に記載した所得控除の額の
合計額と同額である。
カ課税総所得金額５億７８６９万１０００円
上記金額は，前記アの総所得金額５億８０７５万３４２７円から前記オ
の所得控除の額の合計額２０６万１５０４円を控除した後の金額（ただし，
国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定により１００
０円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下，平成１６年分及び平成１７
年分において同じ。）である。
キ課税分離短期譲渡所得金額１５８万９０００円
上記金額は，前記イの分離短期譲渡所得の金額１５８万９２６０円（通
則法１１８条１項の規定を適用し，１０００円未満の端数を切り捨てた後
のもの。）と同額である。
ク納付すべき税額１億１２６２万８９００円
上記金額は，次の(ｱ)及び(ｲ)の合計額から(ｳ)ないし(ｶ)の各金額を差し
引いた後の金額である（ただし，通則法１１９条１項の規定により１００
円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）。
(ｱ)課税総所得金額に対する税額２億１１６２万５６７０円
上記金額は，前記カの課税総所得金額５億７８６９万１０００円に所
得税法８９条１項の税率（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき
所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１１年法律第８号。
ただし，平成１７年法律第２１号による改正前のもの。以下「負担軽減
措置法」という。）４条の特例を適用したもの。以下同じ。）を乗じて
算出した金額である。
(ｲ)課税分離短期譲渡所得金額に対する税額６３万５６００円
上記金額は，前記キの課税分離短期譲渡所得金額１５８万９０００円
に措置法３２条１項１号の税率を適用して算出した金額である。
(ｳ)配当控除の額１１５１万５１０６円
上記金額は，前記ア(ｲ)の配当所得の金額２億３０３０万２１１０円に，
所得税法９２条１項の規定により１００分の５の割合を乗じて算出した
金額である。
(ｴ)定率減税額２５万円
上記金額は，負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定率減税
額である。
(ｵ)源泉徴収税額７６１０万６８２６円
上記金額は，次のＡないしＤの各金額の合計額である。
Ａ本件Ｐ１組合に係るもの６万９６３６円
上記金額は，前記ア(ｲ)Ａの本件Ｐ１組合における配当所得に係る源
泉徴収税額であり，その内訳は，別表３－７の付表１の「源泉徴収税
額」欄に記載したとおりである。
Ｂ本件Ｐ２組合に係るもの２万５５５５円
上記金額は，前記ア(ｲ)Ｂの本件Ｐ２組合における配当所得に係る源
泉徴収税額であり，その内訳は，別表３－７の付表２の「源泉徴収税
額」欄に記載したとおりである。
Ｃ本件Ｐ３組合に係るもの１２４１円
上記金額は，前記ア(ｲ)Ｃの本件Ｐ３組合における配当所得に係る源
泉徴収税額であり，その内訳は，別表３－７の付表３の「源泉徴収税
額」欄に記載したとおりである。
Ｄその他の源泉徴収税額７６０１万０３９４円
上記金額は，原告が１５年分確定申告書に記載した源泉徴収税額と
同額である。
(ｶ)予定納税額１１７６万０４００円
上記金額は，原告が１５年分確定申告書に記載した予定納税額（第１
期分及び第２期分の合計額）と同額である。
ケ翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額６３７４万９４４１円
上記金額は，原告が１５年分確定申告書（第三表）に記載した翌年以後
に繰り越される損失の金額３３９３万０３０４円と，上記エ(ｱ)の本件Ｐ１
組合における上場分の株式等に係る譲渡所得等の損失の金額２９８１万９
１３７円との合計額である。
(2)平成１６年分
ア総所得金額３億２２４０万３７０６円
上記金額は，次の(ｱ)ないし(ｶ)の各金額の合計額である。
(ｱ)不動産所得の金額２８万３６１４円
上記金額は，原告が平成１７年３月１１日に戸塚税務署長に提出した
平成１６年分の所得税の確定申告書（以下「１６年分確定申告書」とい
う。）に記載した不動産所得の金額と同額である。
(ｲ)利子所得の金額６６４万６３６１円
上記金額は，原告の外国の国債等に係る受取利息の金額であり，その
内訳は別表３－１１に記載のとおりである。
(ｳ)配当所得の金額２億８９５８万５６８７円
上記金額は，次のＡないしＤの各金額の合計額である。
Ａ本件Ｐ１組合に係るもの２５３万８０９１円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における配当収入であり，
その内訳は，別表３－１２の付表１「本件Ｐ１組合分の内訳」の「収
入金額」欄に記載のとおりである（別表３－１「平成１６年分」欄・
順号３参照）。
Ｂ本件Ｐ２組合に係るもの８万３７５９円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ２組合における配当収入であり，
その内訳は，別表３－１２の付表２「本件Ｐ２組合分の内訳」の「収
入金額」欄に記載のとおりである。
Ｃ本件Ｐ３組合に係るもの６２０８円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ３組合における配当収入であり，
その内訳は，別表３－１２の付表３「本件Ｐ３組合分の内訳」の「収
入金額」欄に記載のとおりである。
Ｄその他の配当所得２億８６９５万７６２９円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書に「㈱Ｐ７」からの配当と
して記載した配当所得の金額と同額である（別表３－１２「①確定申
告額」欄・順号４参照）。
(ｴ)給与所得の金額６４９０万８０４４円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書に記載した給与所得の金額と
同額である。
(ｵ)総合長期譲渡所得の金額△３９０２万円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書（第二表）に記載したＰ１１
ゴルフクラブの会員権の譲渡収入金額１０１０万円から，同様に必要経
費等として記載された４９１２万円を差し引いた後の金額である。
(ｶ)雑所得の金額０円
（△１９億１４０５万１３１７円）
上記金額は，次のＡないしＧの各金額の合計額である。
なお，下段の金額は，下記Ａ(B)ａの貸倒損失の金額（２０億２６３３
万３２０２円）をすべて必要経費に算入した場合の金額である。以下，
この項において同じ。
Ａ本件Ｐ１組合に係るもの△１８３５万０９７０円
（△１９億３２４０万２２８７円）
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における雑所得の金額で
あり，次の(A)から(B)を差し引いた金額である（別表３－１３「③被
告主張額」欄・順号１及び同表付表１「本件Ｐ１組合に係る雑所得の
金額の内訳」）。
(A)収入金額１億８１４８万４４２６円
上記金額は，次のａないしｃの各金額の合計額である。
ａ投資関連債権利息１億２１０７万４３９７円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号４に記載さ
れた金額である（別表３－１３付表１・順号１）。
ｂ出資分配金５０万９４８５円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号５に記載さ
れた金額である（別表３－１３付表１・順号２）。
ｃ貸付債権利息５９９０万０５４４円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号７に記載さ
れた金額である（別表３－１３付表１・順号３）。
(B)必要経費１億９９８３万５３９６円
（２１億１３８８万６７１３円）
上記金額は，次のａないしｄの各金額の合計額である。
ａ貸倒損失１億１２２８万１８８５円
（２０億２６３３万３２０２円）
上記金額は，Ｐ１２株式会社（以下「Ｐ１２㈱」という。）及
び株式会社Ｐ１３（以下｢㈱Ｐ１３｣という。）に対する投資関連
債権に関して生じた貸倒損失の金額であり，次の(a)及び(b)の各
金額の合計額である。
ただし，当該合計額２０億２６３３万３２０２円のうち，必要
経費に算入される金額は，所得税法５１条４項の規定により，同
項の規定を適用しないで計算した雑所得の金額（１億１２２８万
１８８５円）が限度となる（別表３－１３付表１・順号５）。
(a)Ｐ１２㈱△１８億６３５４万３２３３円
上記金額は，貸倒れとなったＰ１２㈱に対する投資関連債権
の額２６９億３１５４万６９５８円に，本件Ｐ１組合全体の有
価証券売却損益の金額９億６３２１万２１６１円に対する原告
の会計報告書中の損益計算書に記載された有価証券売却損益６
億６６４９万９４０３円の割合。以下「１６年分本件Ｐ１組合
分配割合」という。）を乗じて算出した金額である。
(b)㈱Ｐ１３△１億６２７８万９９６９円
上記金額は，貸倒れとなった㈱Ｐ１３に対する投資関連債権
の額２億３５２６万０９４２円に，１６年分本件Ｐ１組合分配
割合を乗じて算出した金額である。
ｂ組合管理費８１８３万４４４１円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号１１のうち，
雑所得分としてあん分計算した金額である（別表３－１３付表
１・順号６及び別表３－２１「平成１６年分」欄・順号１４）。
ｃ支払手数料１５６万１７９６円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号１６のうち，
雑所得分としてあん分計算した金額である（別表３－１３付表
１・順号７及び別表３－２１「平成１６年分」欄・順号１７）。
ｄ消費税等４１５万７２７４円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号２０の金額
８９３万８６５３円から，上場株式等の譲渡費用に係る消費税等
の額８万４００７円（当該金額は，上場株式等の譲渡所得の計算
において控除すべきものであるから，後記ウ(ｱ)Ｃ(D)において加
算する。）を控除した残額８８５万４６４６円（別表３－２１「平
成１６年分」欄・順号１８）のうち，雑所得分としてあん分計算
した金額である（別表３－１３付表１・順号８及び別表３－２１
「平成１６年分」欄・順号２０）。
Ｂ為替差益５９２万円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書に添付した「所得の内訳書」
（以下「１６年分所得内訳書」という。）に記載した為替差益の金額
と同額である。
Ｃ不動産ファンド４３０万６９９８円
上記金額は，原告が平成１６年９月２１日に受領したＰ２６ファン
ドに係る分配金５万３０９．５３スイスフランに，当該受領日におけ
る為替レート８５．６１円／スイスフランを乗じて算出した金額であ
る。
Ｄ貸付利息７５５万５０００円
上記金額は，原告が１６年分所得内訳書に記載したＰ２１から受領
した貸付利息５万５０００円及びＰ２７リースから受領した貸付利息
７５０万円の各金額の合計額である。
Ｅ個人年金４６万３４１７円
上記金額は，原告が１６年分所得内訳書に記載したＰ２５社から受
領した個人年金の金額９２万６３９２円から，当該金額に係る必要経
費として年金の支払金額に対応する保険料額４６万２９７５円を差し
引いた後の金額である。
Ｆ講演料等１０万５５５５円
上記金額は，原告が１６年分所得内訳書に記載した出演料等の金額
を合計した金額であり，その内訳は，別表３－１３の付表２「講演料
等に係る収入金額の内訳」に記載のとおりである。
Ｇ公的年金０円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書に記載した公的年金等の収
入金額１２９万１６９８円から，所得税法（平成１６年法律第１４号
による改正前のもの）３５条４項に規定する公的年金等控除額を控除
した後の残額である。
イ株式等に係る譲渡所得等の金額（未公開分）０円
（△７０４９万９６２４円）
上記金額は，次の(ｱ)ないし(ｳ)の各金額の合計額である。
また，上記損失の金額は，措置法３７条の１０第１項後段の規定により
生じなかったものとみなされることから，当該金額は零円となる。
(ｱ)本件Ｐ１組合に係るもの△６０１７万０７８８円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における上場株式等以外の
株式の譲渡に係る雑所得の金額であり，次のＡからＢ及びＣの合計額で
ある（別表３－１４「③被告主張額」欄の順号１及び同表付表１「本件
Ｐ１組合分の内訳」）。
Ａ売却収入１０３７万９３２４円
上記金額は，Ｐ１４株式会社（以下「Ｐ１４㈱」という。）の株式
を売却した際の収入金額１５００万円に，１６年分本件Ｐ１組合分配
割合を乗じて算出した金額である（別表３－１４付表１順号１）。
Ｂ取得原価６９１９万５４９３円
上記金額は，Ｐ１４㈱の株式の売却時における帳簿価額１億円に１
６年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した金額である（別表３－
１４付表１順号２）。
Ｃ必要経費１３５万４６１９円
上記金額は，次の(A)ないし(C)の各金額の合計額である。
(A)組合管理費１２６万６１３４円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号１１の金額を
基に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平
成１６年分」欄・順号１３）のうち，上場株式等以外分としてあん
分計算した金額である（別表３－１４付表１順号３及び別表３－２
２「平成１６年分」欄・順号６）。
(B)支払手数料２万４１６４円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号１６の金額を
基に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平
成１６年分」欄・順号１６）のうち，上場株式等以外分としてあん
分計算した金額である（別表３－１４付表１順号４及び別表３－２
２「平成１６年分」欄・順号９）。
(C)消費税等６万４３２１円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号２０の金額か
ら８万４００７円を控除した残額（前記ア(ｶ)Ａ(B)ｄ参照）を基に
株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平成１
６年分」欄・順号１９）のうち，上場株式等以外分としてあん分計
算した金額である（別表３－１４付表１順号５及び別表３－２２「平
成１６年分」欄・順号１２）。
(ｲ)本件Ｐ２組合に係るもの△３３０万４４１９円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ２組合における上場株式等以外の
株式の譲渡に係る雑所得の金額であるが，収入金額はないので，次のＡ
ないしＣの必要経費の合計額がそのまま損失額となる（別表３－１４「③
被告主張額」欄・順号２及び同表付表２「本件Ｐ２組合分の内訳」）。
Ａ組合管理費３１８万１２５５円
上記金額は，別表３－３「平成１６年分」欄・順号６に記載された
金額である。
Ｂ組合経費５３６円
上記金額は，別表３－３「平成１６年分」欄・順号７に記載された
金額である。
Ｃ監査費用１２万２６２８円
上記金額は，別表３－３「平成１６年分」欄・順号８に記載された
金額である。
(ｳ)本件Ｐ３組合に係るもの△７０２万４４１７円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ３組合における上場株式等以外の
株式の譲渡に係る雑所得の金額であり，次のＡからＢ及びＣの合計額を
差し引いた金額である（別表３－１４「③被告主張額」欄・順号３及び
同表付表３「本件Ｐ３組合分の内訳」）。
Ａ売却収入９円
上記金額は，株式会社Ｐ１５（以下「㈱Ｐ１５」という。）の株式
を売却した際の収入金額４０円に，平成１６年分本件Ｐ３組合の有価
証券売却損益に係る原告の分配割合（本件Ｐ３組合全体の有価証券売
却損益の金額１９９９万９９６０円に対する原告の組合員別持分等計
算書に記載された有価証券売却損益の金額４４１万５００２円の割合。
以下「１６年分本件Ｐ３組合分配割合」という。）を乗じて算出した
金額である（別表３－１４付表３順号１）。
Ｂ取得原価４４１万５０１１円
上記金額は，㈱Ｐ１５株式の売却時における帳簿価額２０００万円
に１６年分本件Ｐ３組合分配割合を乗じて算出した金額である（別表
３－１４付表３順号２）。
Ｃ必要経費２６０万９４１５円
上記金額は，次の(A)ないし(C)の各金額の合計額である。
(A)組合管理費２５２万６７３６円
上記金額は，別表３－５「平成１６年分」欄・順号７に記載され
た金額である。
(B)組合経費１５５３円
上記金額は，別表３－５「平成１６年分」欄・順号８に記載され
た金額である。
(C)監査費用８万１１２６円
上記金額は，別表３－５「平成１６年分」欄・順号９に記載され
た金額である。
ウ株式等に係る譲渡所得等の金額（上場分）０円
（△１億３２７５万９１９８円）
上記金額は，次の(ｱ)及び(ｲ)の各金額の合計額である。
上記損失の金額は，措置法３７条の１０第１項後段の規定により生じな
かったものとみなされることから，当該所得金額は零円となる。
なお，上場株式等に係る譲渡損失の金額については，同項後段の例外規
定を定めた措置法３７条の１２の２第１項及び２項の規定により，翌年以
後３年内の各年分の株式等に係る譲渡所得等の金額から繰越控除すること
ができる（下記ケ参照）。
(ｱ)本件Ｐ１組合に係るもの６億２７６５万８０３０円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における上場株式等の譲渡
に係る雑所得の金額であり，次のＡからＢ及びＣの合計額を差し引いた
金額である（別表３－１５「③被告主張額」欄・順号１及び同表付表「本
件Ｐ１組合分の内訳」）。
Ａ売却収入７億４７６２万５４７１円
上記金額は，株式会社Ｐ１６（以下「㈱Ｐ１６」という。）及び株
式会社Ｐ１７（以下「㈱Ｐ１７」という。）の各株式を売却した際の
収入金額（㈱Ｐ１６１億５９３９万４０００円及び㈱Ｐ１７９億
２１０６万円）に１６年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した各
金額(㈱Ｐ１６１億１０２９万３４６４円及び㈱Ｐ１７６億３７
３３万２００７円）の合計額である（別表３－１５付表・順号１）。
Ｂ取得原価２１００万０１１８円
上記金額は，㈱Ｐ１６及び㈱Ｐ１７の各株式の売却時における帳簿
価額（㈱Ｐ１６２４７３万９６９５円及び㈱Ｐ１７５６０万９２
７２円）に，１６年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した各金額
（㈱Ｐ１６１７１１万８７５４円及び㈱Ｐ１７３８８万１３６４
円）の合計額である（別表３－１５付表・順号２）。
Ｃ必要経費９８９６万７３２３円
上記金額は，次の（A)ないし(D)の各金額の合計額である。
(A)譲渡費用１３０万９７８３円
上記金額は，㈱Ｐ１６及び㈱Ｐ１７の各株式の売却手数料（㈱Ｐ
１６５３万５３０２円及び㈱Ｐ１７１３５万７５７０円）に，
１６年分本件Ｐ１組合分配割合をそれぞれ乗じて算出した金額（㈱
Ｐ１６３７万０４０５円及び㈱Ｐ１７９３万９３７８円）の合
計額である（別表３－１５付表・順号３）。
(B)組合管理費９１１９万９９４７円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号１１の金額を
基に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平
成１６年分」欄・順号１３）のうち，上場株式等分としてあん分計
算した金額である（別表３－１５付表・順号４及び別表３－２２「平
成１６年分」欄・順号５）。
(C)支払手数料１７４万０５３５円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号１６の金額を
基に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平
成１６年分」欄・順号１６）のうち，上場株式等分としてあん分計
算した金額である（別表３－１５付表・順号５及び別表３－２２「平
成１６年分」欄・順号８）。
(D)消費税等４７１万７０５８円
上記金額は，別表３－１「平成１６年分」欄・順号２０の金額か
ら８万４００７円を控除した残額（前記ア(ｶ)Ａ(B)ｄ参照）を基に
株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平成１
６年分」欄・順号１９）のうち，上場株式等分としてあん分計算し
た金額（別表３－２２「平成１６年分」欄・順号１１）に，上場株
式等の譲渡費用に係る消費税等の額８万４００７円を加算した金額
である（別表３－１５付表・順号６）。
(ｲ)その他の株式等に係る譲渡所得の金額
△７億６０４１万７２２８円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書に添付した「株式等に係る譲
渡所得等の金額の計算明細書」の差引金額欄（⑨）に「上場分」として
記載された金額と同額である。
エ先物取引に係る雑所得等の金額２２１２万８７４５円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書（第三表）の分離課税の先物取
引欄に記載した所得金額と同額である。
オ所得控除の額の合計額３３７万４０３０円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書に記載した所得控除の額の合計
額と同額である。
カ課税総所得金額３億１９０２万９０００円
上記金額は，前記アの総所得金額３億２２４０万３７０６円から前記オ
の所得控除の額の合計額３３７万４０３０円を控除した後の金額である。
キ課税される先物取引に係る雑所得等の金額２２１２万８０００円
上記金額は，前記エの先物取引に係る雑所得等の金額２２１２万８７４
５円（通則法１１８条１項の規定を適用し，１０００円未満の端数を切り
捨てた後のもの）と同額である。
ク納付すべき税額６９９万０５００円
上記金額は，次の(ｱ)及び(ｲ)の合計額から(ｳ)ないし(ｶ)の各金額を差し
引いた後の金額である。
(ｱ)課税総所得金額に対する税額１億１５５５万０７３０円
上記金額は，前記カの課税総所得金額３億１９０２万９０００円に所
得税法８９条１項の税率を乗じて算出した金額である。
(ｲ)課税される先物取引に係る雑所得等の金額に対する税額
３３１万９２００円
上記金額は，前記キの課税される先物取引に係る雑所得等の金額２２
１２万８０００円に措置法４１条の１４の税率を適用して算出した金額
である。
(ｳ)配当控除の額１４４７万９２８５円
上記金額は，前記ア(ｳ)の配当所得の金額２億８９５８万５６８７円に，
所得税法９２条１項の規定により１００分の５の割合を乗じて算出した
金額である。
(ｴ)定率減税額２５万円
上記金額は，負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定率減税
額である。
(ｵ)源泉徴収税額７８４５万５０９６円
上記金額は，次のＡないしＤの各金額の合計額である。
Ａ本件Ｐ１組合に係るもの５０万７６１９円
上記金額は，前記ア(ｳ)Ａの本件Ｐ１組合における配当所得に係る源
泉徴収税額であり，その内訳は，別表３－１２付表１「本件Ｐ１組合」
の「源泉徴収税額」欄に記載したとおりである。
Ｂ本件Ｐ２組合に係るもの１万０４８９円
上記金額は，前記ア(ｳ)Ｂの本件Ｐ２組合における配当所得に係る源
泉徴収税額であり，その内訳は，別表３－１２付表２「本件Ｐ２組合」
の「源泉徴収税額」欄に記載したとおりである。
Ｃ本件Ｐ３組合に係るもの１２４１円
上記金額は，前記ア(ｳ)Ｃの本件Ｐ３組合における配当所得に係る源
泉徴収税額であり，別表３－１２付表３「本件Ｐ３組合」の「源泉徴
収税額」欄に記載したとおりである。
Ｄその他の源泉徴収税額７７９３万５７４７円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書に記載した源泉徴収税額と
同額である。
(ｶ)予定納税額１８６９万５０００円
上記金額は，原告が１６年分確定申告書に記載した予定納税額（第１
期分及び第２期分の合計額）と同額である。
ケ翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額
１億９６５０万８６３９円
上記金額は，前記(1)ケの平成１５年分の翌年へ繰り越す株式等に係る譲
渡損失の金額６３７４万９４４１円に，上記ウの株式等に係る譲渡所得等
の金額（上場分）△１億３２７５万９１９８円を加算した金額である。
(3)平成１７年分
ア総所得金額３億３７６１万２８４７円
上記金額は，次の(ｱ)ないし(ｵ)の各金額の合計額である。
(ｱ)不動産所得の金額１６万２１１４円
上記金額は，原告が平成１８年３月１５日に戸塚税務署長に提出した
平成１７年分の所得税の確定申告書（以下「１７年分確定申告書」とい
う。）に記載した不動産所得の金額と同額である。
(ｲ)利子所得の金額８４２万２４５８円
上記金額は，原告の外国債券等に係る利息の額であり，その内訳は別
表３－１６に記載のとおりである。
(ｳ)配当所得の金額２億９３００万０３２６円
上記金額は，次のＡないしＤの各金額の合計額である。
Ａ本件Ｐ１組合に係るもの５７８万３３５９円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における配当収入であり，
その内訳は，別表３－１７の付表１「本件Ｐ１組合分の内訳」の「収
入金額」欄に記載のとおりである（別表３－１「平成１７年分」欄・
順号３参照）。
Ｂ本件Ｐ２組合に係るもの２２万７８４６円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ２組合における配当収入であり，
その内訳は，別表３－１７の付表２「本件Ｐ２組合分の内訳」の「収
入金額」欄に記載のとおりである。
Ｃ本件Ｐ３組合に係るもの６２０８円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ３組合における配当収入であり，
その内訳は，別表３－１７の付表３「本件Ｐ３組合分の内訳」の「収
入金額」欄に記載のとおりである。
Ｄその他の配当所得２億８６９８万２９１３円
上記金額は，原告が１７年分確定申告書に「㈱Ｐ７」からの配当と
して記載した配当所得の金額と同額である（別表３－１７「①確定申
告額」欄・順号４参照）。
(ｴ)給与所得の金額３６０２万７９４９円
上記金額は，原告が１７年分確定申告書に記載した給与所得の金額と
同額である。
(ｵ)雑所得の金額０円
（△８３３２万２１５５円）
上記金額は，次のＡないしＨの各金額の合計額である。
なお，雑所得の金額に係る損失の金額は他の所得と損益通算できない
（所得税法６９条１項）ことから，総所得金額の計算上，当該所得金額
は零円とする。
Ａ本件Ｐ１組合に係るもの△１億２６５４万０７７５円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における雑所得の金額で
あり，次の(A)から(B)及び(C)の合計額を差し引いた金額である（別表
３－１８「③被告主張額」欄・順号１及び同表付表１「本件Ｐ１組合
に係る雑所得の金額の内訳」）。
(A)収入金額８６５８万２０４５円
上記金額は，次のａないしeの各金額の合計額である。
ａ投資関連債権売却収入７９万８６７９円
上記金額は，株式会社Ｐ１８（以下「㈱Ｐ１８」という。）及
びＰ１９株式会社（以下「Ｐ１９㈱」という。）に対する貸付債
権を売却した際の収入金額（㈱Ｐ１８１５万４２３７円及びＰ
１９㈱１００万円）に，平成１７年分の本件Ｐ１組合の有価証券
売却損益に係る原告に係る分配割合(本件Ｐ１組合全体の有価証
券売却損益の金額１２億３４４０万８５１３円に対する原告が本
件Ｐ１組合から受けた会計報告書中の損益計算書に記載された有
価証券売却損益の金額８億５４１５万５０５６円の割合。以下「１
７年分本件Ｐ１組合分配割合」という。)をそれぞれ乗じて算出し
た各金額（㈱Ｐ１８１０万６７２５円及びＰ１９㈱６９万１９
５４円）の合計額である（別表３－１８付表１・順号１）。
ｂ投資関連債権利息５３２６万５６８２円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号４に記載さ
れた金額である（別表３－１８付表１・順号２）。
ｃ出資分配金５１万７５８４円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号５に記載さ
れた金額である（別表３－１８付表１・順号３）。
ｄ貸付債権利息３１９８万５８４８円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号７に記載さ
れた金額である（別表３－１８付表１・順号４）。
ｅ雑収入１万４２５２円
上記金額は，平成１７年分の本件Ｐ１組合に係る損益計算書の
為替差益１４５３万４５９７円に含まれていたＰ２０からの雑収
入２万０５９７円に１７年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出
した金額である（別表３－１８付表１・順号５）。
(B)取得価額１億１３０９万１２４９円
上記金額は，㈱Ｐ１８及びＰ１９㈱に対する貸付債権の売却時に
おける帳簿価額（㈱Ｐ１８１億５４２３万７３０５円及びＰ１９
㈱９２０万円）に，１７年分本件Ｐ１組合分配割合をそれぞれ乗じ
て算出した各金額（㈱Ｐ１８１億０６７２万５２６４円及びＰ１
９㈱６３６万５９８５円）の合計額である（別表３－１８付表１・
順号７）。
(C)必要経費１億０００３万１５７１円
上記金額は，次のａないしｃの各金額の合計額である。
ａ組合管理費９５０９万９８６９円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号１１のうち，
雑所得分としてあん分計算した金額である（別表３－１８付表・
順号９及び別表３－２１「平成１７年分」欄・順号１４）。
ｂ支払手数料１６万８２９７円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号１６のうち，
雑所得分としてあん分計算した金額である（別表３－１８付表・
順号１０及び別表３－２１「平成１７年分」欄・順号１７）。
ｃ消費税等４７６万３４０５円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号２０の金額
１２７８万５７９３円から，上場株式等の譲渡費用に係る消費税
等の額２９万０７９４円（当該金額は，上場株式等の譲渡所得の
計算において控除すべきものであるから，後記ウ(ｱ)Ｃ(d)におい
て加算する。）を控除した残額１２４９万４９９９円（別表３－
２１「平成１７年分」欄・順号１８）のうち，雑所得分としてあ
ん分計算した金額である（別表３－１８付表・順号１１及び別表
３－２１「平成１７年分」欄・順号２０）。
Ｂ為替差益３１５６万６１１８円
上記金額は，原告が１７年分確定申告書に添付した「所得の内訳書」
（以下「１７年分所得内訳書」という。）に記載した為替差益の金額
と同額である。
Ｃ不動産ファンド８８６万２５２６円
上記金額は，原告が受領したＰ２６ファンドに係る分配金であり，
次の(A)及び(B)の各金額の合計額である。
(A)平成１７年４月２０日受領分４５１万０２４９円
上記金額は，原告が受領した５万３０９．５３スイスフランに当
該受領日における為替レート８９．６５円／スイスフランを乗じて
算出した金額である。
(B)平成１７年８月２５日受領分４３５万２２７７円
上記金額は，原告が受領した５万３０９．５３スイスフランに当
該受領日における為替レート８６．５１円／スイスフランを乗じて
算出した金額である。
Ｄ貸付利息５万５０００円
上記金額は，原告が１７年分所得内訳書に記載したＰ２１から受領
した貸付利息の金額と同額である。
Ｅ個人年金４７万７３１０円
上記金額は，原告が１７年分所得内訳書に記載したＰ２５社から受
領した個人年金の金額９５万４１６６円から，当該金額に係る必要経
費として年金の支払金額に対応する保険料額４７万６８５６円を差し
引いた後の金額である。
Ｆ講演料等２１６万５３３１円
上記金額は，原告が１７年分所得内訳書に記載した講演料等の金額
を合計した金額であり，その内訳は，別表３－１８の付表２「講演料
等に係る収入金額の内訳」に記載のとおりである。
Ｇ公的年金９万０７９８円
上記金額は，原告が１７年分確定申告書に記載した公的年金等の収
入金額１２９万０７９８円から，所得税法（平成１６年法律第１４号
改正後のもの。）３５条４項に規定する公的年金等控除額（措置法４
１条の１５の２第１項により読み替えた後のもの。）を控除した後の
残額である。
Ｈコールアカウント１５３７円
上記金額は，原告が受領した余剰資金の運用益であり，次の(A)ない
し(C)の各金額の合計額である。
(A)平成１７年４月２９日受領分６１円
上記金額は，原告が受領した０．７０スイスフランに当該受領日
における為替レート８８．２５円／スイスフランを乗じて算出した
金額である。
(B)平成１７年６月３０日受領分９５８円
上記金額は，原告が受領した１１．２２スイスフランに当該受領
日におけるの為替レート８５．４１円／スイスフランを乗じて算出
した金額である。
(C)平成１７年７月２２日受領分５１８円
上記金額は，原告が受領した６．０７スイスフランに当該受領日
における為替レート８５．４２円／スイスフランを乗じて算出した
金額である。
イ株式等に係る譲渡所得等の金額（未公開分）０円
（△１億４０９９万１２７３円）
上記金額は，次の(ｱ)ないし(ｳ)の各金額の合計額である。
なお，上記損失の金額は，下記ウの株式等に係る譲渡所得等の金額（上
場分）から差し引かれることとなるので，当該金額は零円となる。
(ｱ)本件Ｐ１組合に係るもの△１億２２４７万００１０円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における上場株式等以外の
株式の譲渡に係る雑所得の金額であり，次のＡからＢ及びＣの合計額を
差し引いた金額である（別表３－１９「③被告主張額」欄・順号１及び
同表付表１「本件Ｐ１組合分の内訳」）。
Ａ売却収入２３７８万８９９５円
上記金額は，㈱Ｐ１８及びＰ２２株式会社（以下「Ｐ２２㈱」とい
う。）の各株式を売却した際の収入金額（㈱Ｐ１８１６万３４００
円及びＰ２２㈱３４２１万６０００円）に，１７年分本件Ｐ１組合分
配割合をそれぞれ乗じて算出した金額（㈱Ｐ１８１１万３０６５円
及びＰ２２㈱２３６７万５９３０円）の合計額である（別表３－１９
付表１順号１）。
Ｂ取得原価１億４２４５万６９１３円
上記金額は，㈱Ｐ１８及びＰ２２㈱の各株式の売却時における帳簿
価額（㈱Ｐ１８１億８６０８万円及びＰ２２㈱１９７９万６０００
円）に，１７年分本件Ｐ１組合分配割合をそれぞれ乗じて算出した金
額（㈱Ｐ１８１億２８７５万８９７３円及びＰ２２㈱１３６９万７
９４０円）の合計額である（別表３－１９付表１順号２）。
Ｃ必要経費３８０万２０９２円
上記金額は，次の(A)ないし(C)の各金額の合計額である。
(A)組合管理費３６１万４６４３円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号１１の金額を
基に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平
成１７年分」欄・順号１３）のうち，上場株式等以外分としてあん
分計算した金額である（別表３－１９付表１順号３及び別表３－２
２「平成１７年分」欄・順号６）。
(B)支払手数料６３９７円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号１６の金額を
基に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平
成１７年分」欄・順号１６）のうち，上場株式等以外分としてあん
分計算した金額である（別表３－１９付表１順号４及び別表３－２
２「平成１７年分」欄・順号９）。
(C)消費税等１８万１０５２円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号２０の金額か
ら２９万０７９４円を控除した残額（前記ア(ｵ)Ａ(C)Ｃ参照）を基
に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平成
１７年分」欄・順号１９）のうち，上場株式等以外分としてあん分
計算した金額である（別表３－１９付表１順号５及び別表３－２２
「平成１７年分」欄・順号１２）。
(ｲ)本件Ｐ２組合に係るもの△２７２万１６４８円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ２組合における上場株式等以外の
株式の譲渡に係る雑所得の金額であるが，収入金額がないので，次のＡ
ないしＣの必要経費の合計額がそのまま損失額となる（別表３－１９「③
被告主張額」欄・順号２及び同表付表２「本件Ｐ２組合分の内訳」）。
Ａ組合管理費２５９万７７９４円
上記金額は，別表３－３「平成１７年分」欄・順号６に記載された
金額である。
Ｂ組合経費１２２６円
上記金額は，別表３－３「平成１７年分」欄・順号７に記載された
金額である。
Ｃ監査費用１２万２６２８円
上記金額は，別表３－３「平成１７年分」欄・順号８に記載された
金額である。
(ｳ)本件Ｐ３組合に係るもの△１５７９万９６１５円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ３組合における上場株式等以外の
株式の譲渡に係る雑所得の金額であり，次のＡからＢないしＥの各金額
の合計額を差し引いた金額である（別表３－１９「③被告主張額」欄・
順号３及び同表付表３「本件Ｐ３組合分の内訳」）。
Ａ売却収入６０１万７８０２円
上記金額は，株式会社Ｐ２３（以下「㈱Ｐ２３」という。）及び株
式会社Ｐ２４（以下「㈱Ｐ２４」という。）の各株式を売却した際の
収入金額（㈱Ｐ２３８６万０６４０円及び㈱Ｐ２４２６４０万円）
に，平成１７年分本件Ｐ３組合の有価証券売却損益に係る原告の分配
割合（本件Ｐ３組合全体の有価証券売却損益の金額２３１０万円に対
する原告の組合員別持分等計算書に記載された有価証券売却損益の金
額５０９万９３３８円の割合。以下「１７年分本件Ｐ３組合分配割合」
という。）をそれぞれ乗じて算出した各金額（㈱Ｐ２３１８万９９
８７円及び㈱Ｐ２４５８２万７８１５円）の合計額である（別表３
－１９付表３・順号１）。
Ｂ取得原価１９７５万７１７６円
上記金額は，㈱Ｐ２３及び㈱Ｐ２４の各株式の売却時における帳簿
価額（㈱Ｐ２３４０００万円及び㈱Ｐ２４４９５０万円）に，１
７年本件Ｐ３組合分配割合を乗じて算出した金額である（別表３－１
９付表３・順号２）。
Ｃ組合管理費１９７万７３７７円
上記金額は，別表３－５「平成１７年分」欄・順号７に記載された
金額である。
Ｄ組合経費１７３８円
上記金額は，別表３－５「平成１７年分」欄・順号８に記載された
金額である。
Ｅ監査費用８万１１２６円
上記金額は，別表３－５「平成１７年分」欄・順号９に記載された
金額である。
ウ株式等に係る譲渡所得等の金額（上場分）
１３億４８１４万２６１７円
上記金額は，次の(ｱ)及び(ｲ)の合計額から(ｳ)及び(ｴ)を差し引いた金額
である。
(ｱ)本件Ｐ１組合に係るもの８億１３９７万０６９７円
上記金額は，原告に帰属する本件Ｐ１組合における上場株式等の譲渡
に係る雑所得の金額であり，次のＡからＢ及びＣの合計額を差し引いた
金額である（別表３－２０「③被告主張額」欄の順号１及び同表付表１
「本件Ｐ１組合分の内訳」）。
Ａ売却収入９億９２０９万０３８０円
上記金額は，㈱Ｐ１７の株式を売却した際の収入金額１４億３３７
５万円に，１７年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した金額であ
る（別表３－２０付表・順号１）。
Ｂ取得原価１３４５万１１１５円
上記金額は，㈱Ｐ１７の株式の売却時における帳簿価額１９４３万
９２９３円に，１７年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した金額
である（別表３－２０付表・順号２）。
Ｃ必要経費１億６４６６万８５６８円
上記金額は，次の(A)ないし(D)の各金額の合計額である。
(A)譲渡費用５８１万６２９３円
上記金額は，㈱Ｐ１７の株式の売却手数料８４０万５５９４円に
１７年分本件Ｐ１組合分配割合を乗じて算出した金額である(別表
３－２０付表・順号３）。
(B)組合管理費１億５０７４万４１６９円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号１１の金額を
基に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平
成１７年分」欄・順号１３）のうち，上場株式等分としてあん分計
算した金額である（別表３－２０付表・順号４及び別表３－２２「平
成１７年分」欄・順号５）。
(C)支払手数料２６万６７７０円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号１６の金額を
基に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平
成１７年分」欄・順号１６）のうち，上場株式等分としてあん分計
算した金額である（別表３－２０付表・順号５及び別表３－２２「平
成１７年分」欄・順号８）。
(D)消費税等７８４万１３３６円
上記金額は，別表３－１「平成１７年分」欄・順号２０の金額か
ら２９万０７９４円を控除した残額（前記ア(ｵ)Ａ(C)Ｃ参照）を基
に株式譲渡等分としてあん分計算された金額（別表３－２１「平成
１７年分」欄・順号１９）のうち，上場株式等分としてあん分計算
した金額（別表３－２２「平成１７年分」欄・順号１１）に，上場
株式等の譲渡費用に係る消費税等の額２９万０７９４円を加算した
金額である（別表３－２０付表・順号５）。
(ｲ)その他の株式等に係る譲渡所得等の金額
８億７１６７万１８３２円
上記金額は，原告が１７年分確定申告書に添付した「株式等に係る譲
渡所得等の金額の計算明細書」の差引金額欄（⑨）の「上場分」の下段
括弧内に記載された１６億６３０５万１６３１円から，同計算明細書２
面の本件Ｐ１組合に係る株式等の譲渡による収入金額（上場分）として
記載された７億９１３７万９７９９円を差し引いた金額である。
(ｳ)平成１７年分の株式等に係る譲渡所得等の金額（未公開分）の損失の
金額１億４０９９万１２７３円
上記金額は，前記イの平成１７年分の株式等の譲渡所得等の金額（未
公開分）の損失の金額であり，平成１７年分の株式等に係る譲渡所得等
の金額（上場分）の金額から差し引く金額である。
(ｴ)平成１７年分の株式等に係る譲渡所得等の金額から差し引く繰越損失
額１億９６５０万８６３９円
上記金額は，前記(2)ケの平成１６年分において翌年へ繰り越す株式等
に係る譲渡損失の金額であり，措置法３７条の１２の２第１項及び２項
に基づき，平成１７年分の株式等に係る譲渡所得等の金額から差し引く
繰越損失額である。
エ所得控除の額の合計額１２４２万３４９４円
上記金額は，原告が１７年分確定申告書に記載した所得控除の額の合計
額と同額である。
オ課税総所得金額３億２５１８万９０００円
上記金額は，前記アの総所得金額３億３７６１万２８４７円から前記エ
の所得控除の額の合計額１２４２万３４９４円を控除した後の金額である。
カ課税される株式等の譲渡所得等の金額
１３億４８１４万２０００円
上記金額は，前記ウの株式等に係る譲渡所得等の金額（上場分）１３億
４８１４万２６１７円（通則法１１８条１項を適用して１０００円未満の
端数を切り捨てた後のもの）と同額である。
キ納付すべき税額１億１６０４万７０００円
上記金額は，次の(ｱ)及び(ｲ)の合計額から(ｳ)ないし(ｶ)の各金額を差し
引いた後の金額である。
(ｱ)課税総所得金額に対する税額１億１７８２万９９３０円
上記金額は，前記オの課税総所得金額３億２５１８万９０００円に所
得税法８９条１項の税率を乗じて算出した金額である。
(ｲ)課税される株式等の譲渡に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額
９４３６万９９４０円
上記金額は，前記カの課税される株式等の譲渡所得等の金額１３億４
８１４万２０００円に措置法３７条の１１第１項の税率を乗じて算出し
た金額である。
(ｳ)配当控除の額１４６５万００１７円
上記金額は，前記ア(ｳ)の配当所得の金額２億９３００万０３２６円に，
所得税法９２条１項の規定により１００分の５の割合を乗じて算出した
金額である。
(ｴ)定率減税額２５万円
上記金額は，負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定率減税
額である。
(ｵ)源泉徴収税額６８１５万７８０１円
上記金額は，次のＡないしＤの各金額の合計額である。
Ａ本件Ｐ１組合に係るもの５８万６３６３円
上記金額は，前記ア(ｳ)Ａの本件Ｐ１組合における配当所得に係る源
泉徴収税額であり，その内訳は，別表３－１７の付表１「本件Ｐ１組
合分の内訳」の「源泉徴収税額」欄に記載したとおりである。
Ｂ本件Ｐ２組合に係るもの２万０５７５円
上記金額は，前記ア(ｳ)Ｂの本件Ｐ２組合における配当所得に係る源
泉徴収税額であり，その内訳は，別表３－１７の付表２「本件Ｐ２組
合分の内訳」の「源泉徴収税額」欄に記載したとおりである。
Ｃ本件Ｐ３組合１２４１円
上記金額は，前記ア(ｳ)Ｃの本件Ｐ３組合における配当所得に係る源
泉徴収税額であり，その内訳は，別表３－１７の付表３「本件Ｐ３組
合分の内訳」の「源泉徴収税額」欄に記載したとおりである。
Ｄその他の源泉徴収税額６７５４万９６２２円
上記金額は，原告が１７年分確定申告書に記載した源泉徴収税額と
同額である。
(ｶ)予定納税額１３０９万５０００円
上記金額は，原告が１７年分確定申告書に記載した予定納税額（第１
期分及び第２期分の合計額）と同額である。
ク翌年へ繰り越す先物取引に係る損失の金額９６６９万６７１４円
上記金額は，原告が１７年分確定申告書（第三表）の分離課税の先物取
引欄に記載した金額は△９６６９万６７１４円であり，当該損失の金額は，
措置法４１条の１５第１項の規定により翌年以降に繰り越される金額であ
る。
２純額方式により計算した場合
純額方式を前提として計算した原告の平成１５年分から平成１７年分までの
所得税額等は，別表３－２３のとおりであり，原告の主張額と異なる点は，次
のとおりである。
(1)本件Ｐ１組合
原告は，平成１５年分及び平成１６年分の本件Ｐ１組合の組合損益の計算
について，純額方式を適用することによって株式等に係る譲渡所得等の金額
（上場分及び非公開分）（前記１(1)ウ(ｱ)及びエ(ｱ)並びに同(2)イ(ｱ)及びウ
(ｱ)各参照）を総合課税の対象となる所得と合算しているが，株式等に係る譲
渡所得等の金額は措置法の規定に基づき分離課税の対象となる所得として，
その所得金額の計算を行うこととなる。
本件Ｐ１組合の組合損益に係るその余の所得は，分離課税の対象となる利
子所得・配当所得と，総合課税の対象となる配当所得・雑所得（前記１(1)
ア(ｲ)Ａ及び(ｴ)Ａ，同(2)ア(ｳ)Ａ及び(ｶ)Ａ参照）であるところ，これらを合
計して雑所得として計算することとなる。
(2)本件各Ｐ４組合
原告は，本件各係争年分の本件各Ｐ４組合の組合損益の計算について，純
額方式を適用することによって，株式等に係る譲渡所得等の金額（非公開分）
（前記１(1)ウ(ｲ)及び(ｳ)，同(2)イ(ｲ)及び(ｳ)，同(3)イ(ｲ)及び(ｳ)各参照）
を総合課税の対象となる所得と合算しているが，株式等に係る譲渡所得等の
金額は措置法の規定に基づき分離課税の対象となる所得として，その所得金
額の計算を行うこととなる。
本件各Ｐ４組合の組合損益に係るその余の所得は，分離課税の対象となる
利子所得と総合課税の対象となる配当所得（前記１(1)ア(ｲ)Ｂ及びＣ，同(2)
ア(ｳ)Ｂ及びＣ，同(3)ア(ｳ)Ｂ及びＣ各参照）であるところ，これらを合計し
て雑所得として計算することとなる。
第２本件各賦課決定処分の根拠及び計算
(1)平成１５年分９５９万６０００円
上記金額は，平成１５年分の所得税の更正処分により原告が新たに納付す
べきこととなった税額９５９６万円（通則法１１８条３項の規定により，１
万円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）を基礎として，これに
同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額
である。
(2)平成１６年分１２万６０００円
上記金額は，平成１６年分の所得税の更正処分により原告が新たに納付す
べきこととなった税額１２６万円を基礎として，これに通則法６５条１項の
規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
(3)平成１７年分２５３万４０００円
上記金額は，平成１７年分の所得税の更正処分により原告が新たに納付す
べきこととなった税額２５３４万円を基礎として，これに通則法６５条１項
の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。

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