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　　　　　　　主　　　文
１　原告の請求をいずれも棄却する。
２　訴訟費用は原告の負担とする。
　　　　　　　事実及び理由
第１　当事者の求めた裁判
（原告）
１　被告国は，原告に対し，金３９９０万５８００円及びこれに対する平成９年１
０月４日から支払済みに至るまで年７．３パーセントの割合による金員を支払え。
２　被告登記官が，原告に対し，平成９年１２月９日付け通知書（通知第１７５
号）をもってした，東京法務局品川出張所平成８年１０月４日受付第２８１６４号
及び同日受付第２８１６５号の各登記に係る登録免許税について還付通知をすべき
理由がない旨の通知を取り消す。
（被告国）
１　本案前の答弁　本件訴えを却下する。
２　本案の答弁　原告の請求を棄却する。
（被告登記官〉
　原告の請求を棄却する。
第２　事案の概要
　原告は，固定資産課税台帳（地方税法３４１条９号。以下「課税台帳」とい
う。）に価格が登録されていない土地の所有権移転登記を受けるに際して納付した
登録免許税の課税標準及び税額の計算に誤りがあり，登録免許税の誤納があった旨
主張して，登録免許税法（以下「法」という。）３１条２項に基づき，被告登記官
に対し，所轄税務署長に誤納金の還付を通知すべき旨の請求をした。これに対し，
同被告は，誤納の事実は認められず，当該通知をすべき理由はない旨の通知（以下
「本件通知」という。）をした。
　本件は，原告が，本件通知は違法である旨主張してその取消しを求めるととも
に，被告国に対し，誤納したと主張する登録免許税相当額の還付を求めるものであ
る（以下，被告登記官に対し本件通知の取消しを求める請求を「本件取消請求」，
被告国に対し誤納金の還付を求める請求を「本件還付請求」という。）。
１　法律の定め
（１）不動産の登記を申請する者は，所定の登録免許税を納付し，当該申請書に，
課税標準の価格及び登録免許税の額を記載して，当該登録免許税額に相当する金額
の納付に係る領収証書又は収入印紙を貼付して提出しなければならない（法３条，
２１条，２２条，登録免許税法施行令（以下「法施行令」という。）１８条，不動
産登記法施行細則３８条）。
　登録免許税の課税標準及び税率は，法別表第一に掲げる登記，登録，特許，免
許，許可，認可，指定及び技能証明（以下「登記等」という。）の区分に応じて課
せられ（法２条，９条），売買による不動産の所有権移転登記の場合における登録
免
許税の課税標準は不動産の価額とされ，その税額は，課税標準に１０００分の５０
を乗じた金額とされている（法別表第一の一（二）ニ）。
　そして，登録免許税の課税標準たる不動産の価額は，当該登記又は登録の時にお
ける不動産等の価額によることとされているが（法１０条１項），当分の間，地方
税法３４１条９号に掲げる課税台帳に登録された当該不動産の価格（以下「登録価
格」という。）を基礎として政令で定める価額によることができるとされている
（法附則７条）。
（２）これを受けて，登録価格のある不動産については，その課税標準は，登録価
格に１００分の１００を乗じて計算した金額に相当する価額とされている（登録免
許税法施行令附則（以下「法施行令附則」という。）３項前段）。
　これに対し，登録価格のない不動産については，その課税標準は，当該不動産の
登記の申請の日において当該不動産に類似する不動産で登録価格のあるものの当該
申請の日の区分に応じた金額を基礎として，当該登記に係る登記機関が認定した価
額（以下「認定価額」という。）とされている（法施行令附則３項後段）。
　しかしながら，租税特別措置法（平成９年法律第２２号による改正前のもの。以
下同じ。以下「措置法」という。）８４条の２及び租税特別措置法施行令（平成９
年政令第１０６号による改正前のもの。以下同じ。以下「措置法施行令」とい
う。）４４条の２第１項１号により，前記の原則は大きく修正されており，平成８
年４月１日から平成９年３月３１日までの間に登記を受ける場合における不動産の
価額は，法附則７条の規定にかかわらず，平成８年度の登録価格のある土地につい
ては，その登録価格に１００分の４０を乗じた金額とされ，平成８年度の登録価格
のない土地については，当該不動産の登記の申請の日において当該不動産に類似す
る不動産の平成８年度の登録価格を基礎として当該登記に係る登記官が認定した価
額（認定価額）に１００分の４０を乗じた金額とされている。
（３）登記官に対してする還付通知の請求について
　登記機関は，過大に登録免許税を納付して登記を受けたという事実があるとき
は，遅滞なく，当該過大に納付した登録免許税の額その他法施行令２０条で定める
事項を登記の申請をした者又は登記を受けた者（これらの者が２人以上ある場合に
は，そのうち登記機関の選定した者）の当該登録免許税に係る納税地の所轄税務署
長に通知
しなければならない（法３１条１項３号）。
　登記等を受けた者（以下「登記申請者」という。）は，当該登記の申請書に記載
した登録免許税の課税標準又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていな
かったこと又は当該計算に誤りがあったことにより，登録免許税の過誤納があると
きは，当該登記を受けた日から１年を経過する日までに，法施行令２０条２項で定
めるところにより，その旨を登記機関に申し出て，法３１条１項に定める通知をす
べき旨の請求（以下「還付通知請求」という。）をすることができる（法３１条２
項）。
２　前提となる事実等（各事実は末尾掲記の証拠等によって認定した。）
（１）登記の申請及び登記
　原告は，平成８年１０月４日，東京法務局品川出張所に対し，東京都品川区α２
９８番１０の土地（以下「甲土地」という。），同区α２９８番４の土地（以下
「乙土地」という。）及び同区α２９８番９の土地（以下「丙土地」といい，甲土
地及び乙土地と併せて「本件各土地」という。）について，同日付け売買を登記原
因とし，登記権利者を原告，登記義務者をＡ（甲土地に係る登記申請），Ｂ・Ｃ・
Ｄ（乙土地及び丙土地に係る登記申請）とする所有権移転登記申請をしたところ，
同出張所は，同日受付第２８１６４号（甲土地に係る登記申請）及び同日受付第２
８１６５号（乙土地及び丙土地に係る登記申請）をもって受付けをした（以下，こ
れらの登記申請をまとめて「本件各登記申請」といい，これらの登記をまとめて
「本件各登記」という。）。
（争いのない事実）
（２）本件各土地の分合筆の経緯等
　本件各土地の分合筆の経緯は次のとおりである（いずれも東京都品川区αの土地
である。）。
ア　乙土地（２９８番４）
（ア）　昭和４０年１月２３日２９８番４，２９８番６に分筆，地積６０１．２８
平方メートル
（イ）　平成８年９月３日２９８番４，２９８番８に分筆，地積３７５．８３平方
メートル
（東京都品川区α２９８番８の土地（２２５．４４平方メートル）を以下「丁土
地」といい，上記分筆前の東京都品川区α２９８番４の土地を以下「２９８番４の
土地」という。）
（ウ）　平成８年９月１１日３００番１を合筆，地積５８６．０１平方メートル
（上記合筆前の東京都品川区α３００番１の土地を以下「３００番１の土地」とい
う。）
（エ）　平成８年９月１９日２９８番４，２９８番９（丙土地），２９８番１０
（甲土地），２９８
番１１に分筆，地積２４１．２７平方メートル
（品川区α２９８番１１の土地（１１１．２７平方メートル）を以下「戊土地」と
いう。）
イ　甲土地（２９８番１０）
　前記ア（エ）記載のとおり，平成８年９月１９日２９８番４から分筆，地積５
３．５３平方メートル
ウ　丙土地（２９８番９）
　前記ア（エ）記載のとおり，平成８年９月１９日２９８番４から分筆，地積１７
９．９４平方メートル
　本件各土地は，いずれも，本件各登記申請及び本件各登記がなされた時点におい
て，登録価格のない土地であった。
　そのため，本件各登録免許税に係る課税標準額は，措置法８４条の２及び措置法
施行令４４条の２第１項により，当該不動産に「類似する不動産」の登録価格を基
礎として被告登記官が認定した価額に１００分の４０を乗じた金額として算定され
ることになる。
（２９８番４の土地と３００番１の土地とを合わせた部分の土地，すなわち，甲土
地，乙土地，丙土地，丁土地及び戊土地を合わせた部分の土地を以下「分合筆前の
土地」という。）
（甲４，甲５，乙１の１ないし３，乙２の１及び２，争いのない事実）
（３）登記申請書の記載
　甲土地に係る登記申請書には，課税の価格を１億１０８４万１０００円及び登録
免許税の額を５５４万２０００円と記載され，乙土地及び丙土地に係る登記申請書
には，課税の価格を８億７２１７万２０００円及び登録免許税の額を４３６０万８
６００円と記載されており，それぞれ当該税額に相当する収入印紙が貼付されてい
た。
　これら本件各登記に係る登記申請書（以下「本件各登記申請書」という。）に
は，本件各土地に「類似する不動産」として，本件各土地の分合筆前の土地である
２９８番４の土地と３００番１の土地が記載され，これらの土地について平成８年
９月２６日付けで東京都品川都税事務所長が発行した固定資産課税評価証明書が添
付されていた。そして，２９８番４の評価証明書には，「地目，宅地」，「地積，
６０１．２８平方メートル」，「価格，３０億９６３５万１４８０円」と記載さ
れ，３００番１の土地の評価証明書には，「地目，宅地」，「地積，２１０．１８
平方メートル」，「価格，１１億４２４万３６８０円」と記載されていた。
（弁論の全趣旨）
（４）被告登記官による課税標準等の計算
　被告登記官は，分合筆前の土地の１平方メートル当たりの価格は，前記（３）記
載の両土地の価格（３０億９６３５万１４
８０円と１１億４２４万３６８０円）の合算額４２億５９万５１６０円を両土地の
面積６０１．２８平方メートルと２１０．１８平方メートルの合計面積８１１．４
６平方メートルで除した５１７万６５８９円であるとした上，本件各土地の１平方
メートル当たりの価額は，分合筆前の土地のそれと同一であると認定し，甲土地の
価額は，その面積５３．５３平方メートルを５１７万６５８９円に乗じた２億７７
１０万２８０９円であり，乙土地及び丙土地の価額の合計は，乙土地及び丙土地の
合計面積４２１．２１平方メートルを５１７万６５８９円に乗じた２１億８０４３
万１０５２円であると認定した。そして，これらの価額を基に，本件各登記申請に
係る課税標準額及び登録免許税額（以下「本件各登録免許税」という。）を以下の
とおり計算し，本件各登記申請書の記載がこの計算結果に合致したことから，平成
８年１０月４日，本件各登記を完了した。
ア　課税標準額
（ア）甲土地に係る登記申請
　２億７７１０万２８０９円に１００分の４０（措置法８４条の２）を乗じると，
１億１０８４万１０００円（ただし，国税通則法（以下「通則法」という。）１１
８条１項の規定により，１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）となる。
（イ）　乙土地及び丙土地に係る登記申請
　２１億８０４３万１０５２円に１００分の４０（措置法８４条の２）を乗じる
と，８億７２１７万２０００円（ただし，通則法１１８条１項の規定により，１０
００円未満の端数を切り捨てた後のもの）となる。
イ　登録免許税額
（ア）　甲土地に係る登記申請
　前記アの（ア）の課税標準の価額１億１０８４万１０００円に１０００分の５０
（法９条別表第一の一（二）のニ）を乗じると，５５４万２０００円となる（ただ
し，通則法１１９条１項の規定により，１００円未満の端数を切り捨てた後のも
の）。
（イ）　乙土地及び丙土地に係る登記申請
　前記アの（イ）の課税標準の価額８億７２１７万２０００円に１０００分の５０
（法９条別表第一の一（二）のニ）を乗じると，４３６０万８６００円となる。
（争いのない事実）
（５）原告による還付通知請求
　原告は，甲土地の課税標準額は３０１９万円が適正であり，これに対する登録免
許税額は１５０万９５００円となるとし，また，乙土地及び丙土地の課税標準額は
合計２億３７５６万２０００円が適正であり，これに対する登録免許税額は合計１
１８７万８
１００円となるとして，これら登録免許税額の金額を超える部分については誤納金
として還付されるべきであると主張して，法３１条２項の規定に基づき，平成９年
１０月３日付けで，被告登記官に対し還付通知請求をした。
（甲２，甲３）
（６）被告登記官による通知
　これに対し，被告登記官は，本件各登録免許税に係る納付税額は適正であり過誤
納の事実はないとして，還付すべき理由がない旨の平成９年１２月９日付け通知書
を原告あてに同日発出した（本件通知）。
（争いのない事実）
（７）不服申出の経緯
　原告は，本件通知を不服として，平成１０年２月５日付けで審査請求をしたが，
国税不服審判所長は，平成１１年３月２５日付けでこれを棄却する旨の裁決をし
た。
　なお，還付通知請求，審査請求，本訴請求において原告が主張した本件各土地の
課税標準額及び登録免許税額の金額は，それぞれ別紙１記載のとおりである。
（甲１ないし３及び当裁判所に顕著な事実）
３　争点
（本案前）
（１）　本件通知は取消訴訟の対象となる「処分」（行政事件訴訟法３条２項。以
下「行政処分」という。）に当たるか否か
（２）　本件還付請求に係る訴えは訴えの利益を欠くものであるか否か（本案）
　本件各登録免許税額の適否
４　当事者の主張
（１）　争点１（本件通知が取消訴訟の対象となる行政処分に当たるか否か）につ
いて
（原告の主張）
ア　登録免許税は，源泉徴収による国税等と同じく，納税義務の成立と同時に特別
の手続を要しないで納付すべき税額が確定する国税であるから（通則法１５条３項
５号），登録免許税を還付しない旨の通知は，これによって納税すべき税額を確定
させるものではなく，行政処分には当たらないものである。
　なお，原告は，本件通知を行政処分と捉え，これに対する取消訴訟を提起すべき
との立場もあることにかんがみ，本件取消請求に係る訴えをも提起しているもので
ある。
イ　被告らの主張について
　法は，登録免許税の課税標準を「登記又は登録の時における不動産の価額」との
み規定しているのであって，これを登録価格とするのは，法施行令附則に基づく取
扱いにすぎないことにかんがみれば，被告らのように「通則法１５条３項により自
動確定する登録免許税は，登録価格のある不動産に係るもののみである。」とする
解釈を採れないことは明らかである。
（被告らの主張）
ア　登録価格のない不動産の場合には，登録価格のある類似不動産の価
格を基礎として登記官が登録免許税額の課税標準たる不動産の価額を認定するもの
とされている（法施行令附則３項，措置法施行令４４条の２第１項）ほか，当該登
記の目的となる不動産について増築，改築，損壊，地目の変換その他これらに類す
る特別の事情があるため，固定資産評価額により計算した金額に相当する価額を課
税標準の額とすることを適当でないと認めるときは，課税標準たる不動産の価額
は，当該事情を考慮して当該登記官が認定した価額とすることとされている（法施
行令附則４項，措置法施行令４４条の２第２項）。さらに，登記等の申請書に記載
された登録免許税の課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額が国税に関す
る法律の規定に従っていなかったとき，その他当該課税標準の金額若しくは数量又
は登録免許税の額が登記機関の調査したところと異なるときは，その調査したとこ
ろにより，登記機関たる登記官が認定した課税標準の金額若しくは数量又は登録免
許税の額を当該登記を受ける者に通知するものとされている（法２６条１項）。
　これは，一定の場合，登記機関たる登記官の認定によらなければ課税標準が定ま
らないことを法が予定しているというべきであり，このような場合には，登記申請
者がこれと異なる課税標準の価額を基に税額を計算し，その税額分を納付しても，
その額が登記官が認定した登録免許税に不足する場合には「登録免許税ヲ納付セサ
ルトキ」（不動産登記法４９条９号）に該当するものとして，当該登記申請は却下
されることとなる。したがって，登録免許税の課税標準について登記官の「認定」
に任されている場合には，登記官の認定によって，登記申請に当たり，登録免許税
として先納付すべき義務という国民（登記申請者）の権利義務の範囲が具体的に決
まることになるというべきであり，登記官の課税標準の認定は，正しく公権力の主
体たる国が行う行為によって，直接国民の権利義務を形成し又はその範囲を確定す
ることが法律上認められているものということができる。
イ　前記１（３）記載のとおり，登記申請者は，一定の場合に，登記官に対し還付
通知請求をすることができる（法３１条２項）が，この請求に対する応答として，
登記機関が登記申請者に対してする通知，すなわち税務署長に還付通知をすべき理
由がない旨の通知（以下「拒否通知」という。）については，法文上明確には規定
されていない。しかし，登記機
関が，還付通知請求に対する応答として，法３１条１項の通知すべき理由があれば
所轄税務署長に通知し，その理由がなければ拒否通知をすることは，法が登記申請
者に還付通知請求権を認めている当然の帰結といわざるを得ない。そして，還付通
知は，あらかじめ登記申請者が納付した税額を登記官が確認することによって生じ
た過誤納金について還付を受けるための唯一の手段であるから，拒否通知は，これ
によって，登記申請者に対し，税務署長からの過誤納金の返還を受け得なくするも
のである。
　よって，拒否通知は，行政庁が法律上の根拠に基づいて行うもので，かつ，個人
の権利義務に対し具体的な変動を与えるという法律上の効果を伴うものといえるか
ら，行政処分というべきである。なお，拒否通知にこのように処分性を認めること
は，前記のように請求者が過誤納金の返還請求を否定されるという直接の不利益を
受ける意味においてであるから，登録免許税が自動確定の租税であること（通則法
１５条２項１２号，３項５号）と矛盾するものではない。
（２）　争点２（本件還付請求に係る訴えは訴えの利益を欠くものであるか否か）
について
（被告国の主張）
　一般に国税に関する処分については，徴税行政の安定及びその円滑な運営の要請
等から，審査請求前置主義が採られるとともに，処分に対する不服申立てには申立
期間が定められており（通則法７７条），また，行政処分一般についても取消訴訟
の出訴期間が定められているところ（行政事件訴訟法１４条），法３１条２項が，
還付通知請求の期間を登記を受けた日から１年間と限定していること，登録免許税
の還付金には民事法定利息よりも高率である年７．３パーセントの還付加算金が付
されること（法３１条６項，通則法５８条１項）からして，登録免許税に係る過誤
納金については，同条２項を契機とした一連の手続，すなわち，まず還付通知請求
を行い，これが拒否された場合には審査請求・取消訴訟によって拒否通知の取消し
を求めるという手続によってその返還を求めるべきである。
　原告は，本件訴訟において，本件取消請求に係る訴えを提起しているから，本件
還付請求に係る訴えは，訴えの利益を欠くことが明らかである。
（原告の主張）
　被告国の主張によれば，納税者が登録免許税の返還を求めようとする場合に，登
録価格のある不動産については，誤納金の還付を請求する訴訟を提起し，登録価格
のない不動産
については，国税不服審判所長に対して審査請求をした上（通則法１１５条），拒
否通知に対する取消訴訟を提起すべきことになり，同種の訴訟でありながら，納税
者の危険において，複数の訴訟手続のいずれかの手続を選択しなければならなくな
る。そして，訴えが却下される危険を免れようとすれば，本件の原告のように，常
に複数の訴訟を併合して提起せざるを得ないこととなるが，このように複雑かつ不
明確な争訟手続の選択を原告に強いるような解釈は，許されないといわなければな
らない。
（３）　争点３（原告につき，本件各登録免許税に係る誤納金があるか否か）につ
いて
（原告の主張）
ア　本件各土地は，本件各登記がされた時点で登録価格のない土地であったから，
本件各登録免許税の課税標準たる本件各土地の価額は，本件各土地に類似する不動
産で課税台帳に登録された価格のある不動産の価格を基礎として被告登記官が認定
した価額となる。
　ここにいう「類似する不動産」とは，価額において類似する不動産であると解す
べきであり，登録価格は固定資産評価基準及び東京都固定資産（土地）評価事務取
扱要領（以下「取扱要領」という。）によって定められることから，価額における
類似性は，評価基準及び取扱要領に基づき判断されなければならない。このよう
に，登記官に課税標準の認定に関する裁量権はなく，価格の類似性を無視した課税
標準の認定は違法である。
　また，不動産に関する登記は各筆ごとにされるものであるから，法１０条１項が
規定する「不動産の価額」も各筆ごとに評価されるべきであり，複数の筆の土地を
一体として評価することができるのは，評価基準及び取扱要領によってそれが認め
られている場合に限られるのであって，当該一筆の土地だけでは単独利用が困難で
あるとして，登記官が筆の異なる土地を一体として評価して価額を決定することは
許されないというべきである。単独では利用できない土地については，その分評価
減を行うべきであり，他の土地と一体として評価をすべきというのは，本末転倒で
ある。
　また，登記官が，近傍類似の不動産の価格から本件各土地の価額を認定するに際
しても，登録価格のある土地とない土地とで課税の公平を害することのないよう，
評価基準や取扱要領に従い，その価格を修正しなければならない。
イ　しかして，本件各土地は，本件各登記がされた時点において，更地であり，利
用されておらず，取扱
要領により複数の筆の土地を一体として評価すべきとされている例外的場合には当
たらないものであった。このように，本件各土地は，登録価格の決定に当たり，一
体として評価されないのであるから，本件各登録免許税額の算定に当たっても，本
件各土地を一体として評価すべきではない（後述のとおり，評価基準に従って行わ
れた東京都品川都税事務所長による不動産取得税に係る評価においても，各筆ごと
の評価がなされた。）。
　また，乙土地及び丙土地は，本件各登記申請の当時無道路地であり，甲土地は間
口狭小，奥行長大かつ不整形の土地であったから，「当該不動産に類似する不動
産」とは，無道路地又は間口狭小，奥行長大，不整形地の各補正を受けて評価さ
れ，課税台帳に登録されるべき土地でなければならず，二方路線に沿接した整形地
たる分合筆前の土地が本件各土地に「類似する不動産」でないことは明らかであ
る。しかも，正面道路と乙土地及び丙土地との間には高低差があるため，本件各土
地上に建てた建物の建築費がその分増加したり，ガス・上下水道等を正面道路から
配管することができなかったり，前記建物の全体が正面道路の商況を利用できなか
ったりすることから，本件各土地について，その全体が正面道路に沿接するものと
して評価するのは誤りであり，適正な評価減が行われるべきである。
　ところで，本件各土地に係る不動産取得税（課税標準たる不動産の価格は，登録
価格又は固定資産評価基準によって決定される価格である。地方税法７３条の２１
第１項，２項）において，東京都品川都税事務所長は，甲土地については，間口狭
小補正率０．９０と奥行長大補正率０．９８を乗じて，乙土地及び丙土地について
は，０．７０の無道路地補正率と０．８８の通路開設補正率を乗じて，それぞれ評
価されており，本件各土地の登録価格があったとしたならば，間口狭小補正，奥行
長大補正，無道路地補正又は通路開設補正等の補正がされた評価をされていたこと
は明らかというべきである。
　以上によれば，被告登記官は，「当該不動産に類似する不動産」（措置法施行令
４４条の２）の価格を基礎として本件各土地の価額の認定及び本件各登録免許税の
税額の算定をしたものとはいえないのみならず，前記の各補正がなされずにされた
課税が公平を害することは明らかである。
ウ　登録免許税の課税標準は，「当該登記又は登録の時における不動産等の価額」
（法１０
条１項）であるから，措置法８４条の２が規定する「課税台帳に登録された当該不
動産の価額を基礎として政令で定める価額」とは，登記申請時点までの地価下落率
を考慮した価額でなければならない。
　しかして，被告登記官が行った本件各登録免許税の課税標準の認定は，分合筆前
の土地の登録価格によっているところ，これは平成６年度の評価替えにおいて課税
台帳に登録された価格であり，平成５年１月１日時点までの地価変動のみが考慮さ
れた価格である。しかし，本件各土地及びその近隣地域においては，平成５年１月
１日から本件各登記申請がされた平成８年１０月４日までの間に，地価が７０．４
６パーセントも下落しているのであり，このような地価の下落を全く考慮せずに，
平成５年１月１日時点の分合筆前の土地の登録価格を基礎として行われた本件各土
地の価額の認定及び本件各登録免許税の税額の算定は違法である。
　なお，仮に平成８年１０月４日までの地価の下落が考慮されないとしても，固定
資産税における不動産の価格は，基準年度の賦課期日における価格でなければなら
ない（地方税法３４９条１項）から，本件各土地の評価時点である平成５年１月１
日から基準年度の賦課期日たる平成６年１月１日までの地価が２９．１２パーセン
ト下落したことは，考慮されなければならないというべきであり，少なくともこの
点において，前記認定は違法であるといわざるを得ない。
エ　被告国の主張ア及びイについて
　被告国の主張アの適否をしばらく措いたとしても，前示のとおり，被告の認定行
為は合理性のないものであり，違法である。
　また，法２６条が，「登記機関は，…当該課税標準の金額若しくは数量又は登録
免許税の額がその調査したところと異なるときは，その調査したところにより認定
した課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額を当該登記を受ける者に通知
するものとする。」と定め，法施行令附則４項が，「法別表第一の第１号に掲げる
登記で不動産の価額を課税標準とするものについて登録免許税を課税する場合にお
いて，登記官が当該目的となる不動産について増築，改築，損壊，地目の変換その
他これに類する特別の事情があるため前項の規定により計算した金額に相当する価
額を課税標準の額とすることを適当でないと認めるときは，同項の規定にかかわら
ず，法附則７条に規定する政令で定める価額は，同項の規定により計算した金額を
基礎と
し当該事情を考慮して登記官が認定した価額とする。」と定めているとおり，法及
び法施行令は，登記の目的となる不動産について特別の事情があるため課税台帳に
登録された価格を基礎とした金額に相当する価額を課税標準の額とすることが適当
でない場合は，登記官が当該事情を考慮し，調査を行った上，課税標準たる不動産
の価額を認定すべきことを規定しているのである。かかる規定にかんがみれば，法
は，権利に対する登記申請についても，登記官が申請書及びその添付書類並びに登
記簿以外の資料であってもこれを考慮・調査して，課税標準を定めなければならな
い場合があることを予定しているのである。
オ　以上を基に，本件各登記申請時の本件各土地の状況及び地価の下落を考慮する
と，本件各登録免許税の課税標準及び税額は，次の各金額を上回ることはない。
甲土地につき　　　　　　課税標準　　　２６４０万２０００円
　　　　　　　　　　　　税　額　　　　　１３２万０１００円
乙土地及び丙土地につき　課税標準　１億５８４９万５０００円
　　　　　　　　　　　　税　額　　　　　７９２万４７００円
合計登録免許税額　　　　　　　　　　　　９２４万４８００円
　したがって，被告国に対して納付した登録免許税額合計４９１５万０６００円と
前記合計登録免許税額金９２４万４８００円との差額金３９９０万５８００円が，
本件各登録免許税に係る原告の誤納金である。
（被告らの主張）
ア　前記１（１）及び（２）に記載のとおり，登録免許税の課税標準たる不動産の
価額を登録価格に基づいて求めることとされているのは，登記の都度，登記官にお
いて個々の不動産の価額を評価することは実際的でないばかりか，評価が区々とな
るおそれがあることなどから，課税の公平・納税者の便宜等を考慮したためであ
り，登録価格のある不動産は，仮にその登録価格が当該不動産の客観的に適正な時
価と一致していなかったとしても，専らその価格によって登録免許税の課税標準を
決するものとされていることは規定上明らかである。また，登録価格のない不動産
について，類似する不動産の登録価格を基礎としてその価額を認定するものとされ
ているのは，登録価格のある不動産とこれがない不動産の価額の間で不均衡が生じ
ないよう，課税の公平を図るために，あくまで登録価格に依拠してその価額を求
め，登録免許税の課税標準を決しようとする趣旨に出たものと解される
。したがって，登記官による認定価額は，それが当該不動産に類似する不動産の登
録価格を基礎として合理的に算定されたものであれば，登録価格のある場合と同様
に，必ずしもそれが当該不動産の客観的に適正な時価と一致していることまで要求
されているものではないと解するのが相当である。
イ　不動産登記法は，膨大な数の事件数を迅速に処理するために，いわゆる形式審
査主義を採用し，登記申請書とこれに添付されるべき限定された書面及び登記簿の
みによって登記申請の適否を判断すべきこととしているのであるから，「類似する
不動産」（措置法施行令４４条の２）の選定においても，当該登記申請書とその添
付書類並びに登記簿，地図及び地積測量図等登記所に備え付けられた資料に基づい
て選定することができるにすぎないといえる。
　しかして，被告登記官は，登記申請書とその添付書類並びに登記簿，地図及び地
積測量図等登記所に備え付けられた資料に基づいて本件各土地に「類似する不動
産」の選定をした結果，本件各土地は，南側全部が公道に面している上，すべて原
告の所有に帰属する隣接地であることから一体をなしていると認められると判断
し，甲土地のみを取り上げて，間口狭小，奥行長大，不整形と認定するのは相当で
ないことからすれば，本件各土地と分合筆前の土地との間に差異はないこと，分筆
の前後において地目の変更はなく，いずれも宅地であること，本件各土地と正面道
路との高低差は，分筆によって新たに生じたのではなく，本件各土地は，分合筆前
の土地の公道等隣接地との位置関係をそのまま承継したにすぎないこと，分合筆前
の土地の登録価格には，当然のこととして本件各土地の評価も含まれていることか
ら，分合筆前の土地が，その位置関係及び形質等において分筆後の本件各土地と
「類似する不動産」ではないと判断すべきほどにまで異なっているとはいえないと
して，本件各土地に「類似する不動産」として分合筆前の土地を選定したものであ
り，その選定に合理性がないといえないことは明らかである。
　原告は，分合筆前の土地の登録価格を評価基準及び取扱要領に従い補正ないし修
正して課税標準を認定すべき旨主張するが，法にはそのような補正に関する規定は
存しないのであって，補正ないし修正に係る事情は，当該土地に「類似する不動
産」の選定に当たり考慮すべきであるというのが法の趣旨と解すべきである。しか
も，原告の主張
は，本件各土地の位置関係及び形質が分合筆前の土地と異なることを前提としてい
るが，そもそも本件各土地は一体として評価されるべきであり，そのような評価に
よれば，本件各土地の位置関係及び形質等は分合筆前の土地と異なるものと認めら
れないことは前示のとおりであるから，原告の主張は失当である。
ウ　原告の主張ウについて
　措置法８４条の２は，課税標準となる不動産の価額について，「…政令で定める
価額によることができる」とする法附則７条とは異なり，登録価格を基礎として
「政令で定める価額に１００分の４０を乗じて計算した金額とする」と一義的に定
めているから，措置法施行令４４条の２第２項所定の「特別の事情」が存しない限
り，登録価格又は当該不動産に類似する不動産の登録価格を基礎として登記官が認
定した価額によって定まることになるのである。
　しかして，前記「特別の事情」とは，課税台帳に不動産の価格を登録した後，当
該不動産自体につき，規定に列挙する事由である損壊，地目の変換その他これに類
する事情によって，質的又は量的な形状の変化が生じたために，当該不動産の価額
が登録価格により難い程度に変動した場合に限定されるのであって，地価の下落と
いう事情は「特別の事情」には該当しないというべきである。
　したがって，被告登記官は，本件各登記申請時までの地価下落率を考慮した価額
というような，登録価格以外の価額を基礎として認定した価額を課税標準とするこ
とも，また，登録価格の妥当性について判断する余地もないといわざるを得ない。
エ　以上によれば，本件各登録免許税に係る課税標準及び税額の認定行為は合理的
であり，その計算結果は前記２（４）記載のとおりとなるから，原告が本件各登記
申請書に記載した課税標準及び税額の計算に誤りはなく，納付された本件各登録免
許税に過誤納はない。
第３　当裁判所の判断
１　争点１（本件通知が取消訴訟の対象となる行政処分に当たるか否か）について
　原告は，登録免許税がいわゆる自動確定の国税（通則法１５条３項５号）である
ことを理由に，登録免許税を還付しない旨の通知は行政処分に当たらないと主張す
る。
　確かに，自動確定の国税においては，納付すべき税額は特別の手続を要せずに納
税義務の成立と同時に確定するのであるから，納税者において誤納をした場合にお
いても，納付の時点で誤納額は確定し，還付手続について特段の定めがないとき
には，納税者は直接国に対して誤納金の還付請求権を行使し得ることとなる。しか
し，法が，還付手続を円滑に進めることなどの必要から，その手続を定め，その手
続によってのみ還付を行うこととしている場合には，誤納をした納税者は当該手続
によらなければ還付請求権を行使できないのであり，その手続を定める法令におい
ては，手続の明確化のために，誤納金還付請求権の発生を行政処分に係らせる旨の
規定を設けることも可能であると解すべきである。したがって，登録免許税を還付
しない旨の通知が行政処分に当たるか否かについては，登録免許税が自動確定の国
税であることから当然に結論が導かれるものではなく，当該通知について規定して
いる法３１条が，上記のように還付手続についていわば排他的な定めをし，かつ還
付請求権の発生を行政処分に係らせる趣旨を含むものか否かによって決せられるべ
きものである。
　そこで，法３１条の趣旨について検討するに，法１条は，同法の趣旨として，
「この法律は，登録免許税について，課税の範囲，（中略），納付及び還付の手続
並びにその納税義務の適正な履行を確保するために必要な事項を定めるものとす
る」と規定しており，法３１条は，法１条にいう還付の手続を定めたものというこ
とができるところ，一般に，ある行政事務について手続が法定されているときに
は，特段の規定がない以上，当該手続に則らなければ当該事務が行われない趣旨と
いうのが通常であり，登録免許税の還付手続のうち，少なくとも過誤納が国税に関
する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことに由来す
る場合については，法３１条に定める手続以外の方法によることを想定した規定は
見当たらないし，同条２項が還付通知請求の期間を限定していることからすると，
登録免許税の還付手続は同条の定める手続によってのみ行うというのが法の趣旨で
あると解するのが相当である。そして，還付通知請求について定める同条２項の文
言をみると，更正の請求に関する通則法２３条１項のそれに類似しており，双方の
請求期間についての定めは，いずれも，立法当初には原則１月とされていたもの
が，昭和４５年法律第８号によって１年に改められたことなどからすると，立法担
当者の意思は，法３１条２項の還付通知請求を通則法２３条１項の更正の請求と類
似の制度とし，請求に対する応答を行政処分とすることにあったものと窺われ
るところである。しかも，過誤納が国税に関する法律の規定に従っていなかったこ
と又は当該計算に誤りがあったことに由来する場合における還付加算金の起算日に
ついては，還付通知請求又は還付通知があった日の翌日から起算して１月を経過す
る日の翌日とされており（通則法５８条１項３号，同法施行令２４条２項４号），
還付通知には還付加算金請求権を発生させる効果が付与されていることが明らかで
ある。
　これらのことからすると，法３１条は，過誤納が国税に関する法律の規定に従っ
ていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことに由来する場合について，登録
免許税の還付手続は同条の定める手続によってのみ行い，しかも還付加算金請求権
の発生を還付通知という行政処分に係らせる趣旨とみるのが相当であり，同条２項
によって還付通知請求という申請権が法定されているのであるから，その申請を拒
否する行為もまた行政処分であると解すべきであって，結局のところ，還付請求権
自体も還付通知という行政処分によって発生するというのが法の趣旨であると解す
るのが相当である。
２　争点２（本件還付請求に係る訴えは訴えの利益を欠くものであるか否か）につ
いて
（１）　被告国は，登録免許税に係る過誤納金については，まず還付通知請求を行
い，これが拒否された場合には審査請求・取消訴訟によって拒否通知の取消しを求
める手続によってその返還を求めるべきである，原告は，本件訴訟において，本件
取消請求に係る訴えを提起しているから，本件還付請求に係る訴えは，訴えの利益
を欠くことが明らかである旨主張する。
（２）　確かに，還付通知請求に対する拒否通知に行政処分性があるとすると，こ
れを取り消して還付通知がされない限り，還付請求権は発生しないといわざるを得
ない。
　しかしながら，本件還付請求に係る訴えは，給付訴訟の一種であるから，原告主
張の請求権が発生していないとしても，単に請求に理由がないというにとどまり，
訴え自体が不適法となるものではない。また，原告は，本件訴訟において本件拒否
通知の取消しを求めており，これについて本案の判断がされるならば，これに加え
て本件還付請求に係る訴えを提起すべき実質的必要性があるとは認め難いが，両者
の訴えはその訴訟物を異にするものであるし，特に後者の訴えは給付訴訟という権
利行使の形式として最も直截的な形態を取っているのであるから，これを不適法と
いうこ
とはできない。
　したがって，被告国の主張は採用できない。
３　争点３（本件各登録免許税に係る誤納金があるか否か）について
（１）　前記第２の２（２）記載のとおり，本件各土地は，本件各登記申請及び本
件各登記がされた時点において，登録価格のない土地であったから，本件各登録免
許税に係る課税標準は，本件各登記申請の日において本件各土地に類似する不動産
の登録価格を基礎として登記官が認定した価額に１００分の４０を乗じた金額とな
る（法施行令附則３項後段，措置法８４条の２及び措置法施行令４４条の２第１
項）。
（２）　証拠（甲１，甲４，甲５，甲７，甲９ないし１２，乙１の１ないし３，乙
２の１，２，乙４）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。この認
定を左右するに足りる証拠はない。
ア　分合筆前の土地は，Ｅが所有していたが，平成６年１０月１８日，同人の死亡
に伴い，Ａ，Ｂ，Ｃ及びＤが本件各土地を相続した。しかし，その旨の登記はしば
らくなされず，いついかなる遺産分割が行われたのかは必ずしも明らかではない
が，前記第２の２（２）記載のとおり２９８番４の土地及び３００番１の土地の分
合筆が行われ，本件各土地が独立の筆となった後の平成８年９月２４日になってよ
うやく，Ａが甲土地を単独相続し，Ｂ，Ｃ及びＤが乙土地及び丙土地を共同相続す
る旨の登記がなされた。
イ　原告は，平成８年１０月４日，甲土地をＡから，乙土地及び丙土地をＢ，Ｃ及
びＤから，当時本件各土地上にあった建物とともに，合計１０億５０００万円で購
入した。原告は，同日，本件各土地を共同担保として，これらについて，株式会社
東京三菱銀行を根抵当権者とする極度額１６億円の根抵当権を設定した。
ウ　本件各土地の位置関係及び形状は別紙２記載のとおりであり，前記第２の２
（２）記載の分合筆の結果，分合筆前の土地が本件各土地，丁土地及び戊土地に分
筆されたのと同様な結果となった。なお，この一連の分合筆の前後を通じて，前記
各土地の地目はいずれも宅地であった。
エ　分合筆前の土地は，甲土地，乙土地，戊土地の部分において，南側の正面道路
に約２０メートルにわたって高低差なく接し，また，北東側の裏面道路に甲土地及
び戊土地の部分で９．１９５メートル接していた。
オ　甲土地は，正面道路に３．０１６メートル，裏面道路に５．５３７メートル接
する，Ｌ字形に近い不整形の土地（面積５３．５３平方メ
ートル）である。
カ　乙土地は，正面道路に１３．４０５メートル接する台形状の土地（面積２４
１．２７平方メートル）であるが，正面道路が西側に向かって高くなっているた
め，正面道路と高低差なしに接する部分の長さは約５メートル余しかなく，他に公
道及び私道には接していない。
キ　丙土地は，正面道路に１０．０２５メートル接する台形状の土地（面積１７
９．９４平方メートル）であるが，正面道路が西側に向かって高くなっているた
め，正面道路と高低差なしに接する部分はなく，正面道路との高低差はすべての地
点で２メートル以上ある。他に公道及び私道には接していない。
ク　甲土地及び丙土地は，本件各登記がなされた１０日あまり後の平成８年１０月
１６日，乙土地に合筆された。
（３）ア　以上によれば，本件各土地は，一連の分合筆を通じて，一貫してその地
目は宅地であり，大局的にみるとＥの単独所有から原告の単独所有へと移っている
のであって，分合筆前の土地から丁土地及び戊土地を除いたにすぎないと評価し得
るものである。ところで，丙土地は正面道路と高低差なしに接する部分はなく，他
に公道及び私道に一切接していないから，乙土地内に敷地内通路を設けるか，工事
をして正面道路との高低差をなくしたり階段等を設けたりする以外は，乙土地と一
体として利用するしかその有効利用法はないのであり，そもそも，乙土地と丙土地
を分筆した合理性は乏しいといわざるを得ない。これに加えて，甲土地は狭小で不
整形地であって，単独では使用収益しにくい土地であること，乙土地が正面道路と
実質的に接している部分の長さは約５メートル余しかなく，同土地からわずか３メ
ートルほどしか離れていないところにある裏面道路への通行を確保することが土地
の合理的な利用であると考えられることなどからして，本件各土地の所有者である
原告にとって，これらの土地を一体として利用することが合理的であると考えられ
るし，実際にも，原告にはその意思があったものと推認できる。しかも，現実に，
これらの土地を一体として価値を把握して根抵当権を設定していること，原告は本
件各土地をその敷地上にあった建物とともに買い受けていること，本件各登記がな
された約１０日後には本件各土地は一筆に合筆されていることからして，本件各土
地の価額を評価するに当たっては，筆ごとに個別に捉えるのではなく，一体として
捉えるのが相当である。
イ　そ
して，本件各土地と分合筆前の土地とを比較するに，本件各土地は分合筆前の土地
から丁土地及び戊土地を除いた中央部分であり，その主たる部分と評価し得るこ
と，本件各土地は，分合筆前の土地と同様，正面道路及び裏面道路に接しており，
奥行距離は変わらないこと，正面道路と接する部分の長さは，約５０メートルから
２６．４４６メートルに減ったが，固定資産評価基準における間口狭小補正の対象
とならないこと，正面道路と高低差なしに接する部分の長さは，かなり減少したも
のの，なお約８メートルあること，裏面道路と接する部分の長さは，９．１９５メ
ートルから５．５３７メートルに減ったにすぎないこと，このように接道条件に変
化があったのは，その点で最も利用価値が高いと考えられる戊土地（１１１．２７
平方メートル）が分筆される一方，その２倍の面積を有し接道の関係では最も条件
の悪い丁土地（２２５．４４平方メートル）も分筆されたことによるものであっ
て，本件各土地と正面道路との高低差は，分合筆前からあったもので，分筆によっ
て増大したものではないこと，分合筆前の土地と比べ不整形の程度が増したものと
はいえないことからして，分合筆前の土地は，位置関係，立地条件及び形状のいず
れの点からみても，本件各土地と価額の均衡が図られている近傍類似の不動産と解
するのが相当である。
　そうすると，被告登記官が分合筆前の土地を措置法施行令４４条の２第１項にい
う「当該不動産に類似する不動産」としたことに誤りはないし，上記の諸事情に照
らすと，本件各土地の１平方メートル当たりの価額は，分合筆前の土地のそれと同
じとみるのが相当である。
ウ　平成８年度における２９８番４の土地（６０１．２８平方メートル）の登録価
格は３０億９６３５万１４８０円，３００番１の土地（２１０．１８平方メート
ル）の登録価格は１１億４２４万３６８０円であるから，これらの土地を合わせた
分合筆前の土地（合計８１１．４６平方メートル）の価格は４２億５９万５１６０
円であって，同土地の１平方メートル当たりの価格は５１７万６５８９円である。
　本件各土地の１平方メートル当たりの価格は，前示のとおり，類似する不動産で
ある分合筆前の土地のそれと同じとみるべきであるから，結局，本件各土地の価格
は，１平方メートル当たりの価格である５１７万６５８９円に面積を乗じて，
　甲土地　　　　　　　　　　　　　　　２億
７７１０万２８０９円
　乙土地及び丙土地　　　　　　　合計２１億８０４３万１０５２円
となる。そうすると，本件各登記申請に係る課税標準額及び登録免許税額は，
（ア）　課税標準額
　甲土地に係る登記申請　　　　　　　　１億１０８４万１０００円
　乙土地及び丙土地に係る登記申請　合計８億７２１７万２０００円
（イ）　登録免許税額
　甲土地に係る登記申請　　　　　　　　　　　５５４万２０００円
　乙土地及び丙土地に係る登記申請　　　合計４３６０万８６００円
となる。
（４）ア（ア）　これに対し，①原告は，「類似する不動産」（措置法施行令４４
条の２第１項）とは，価額において類似する不動産であると解すべきであり，価額
における類似性は，評価基準及び取扱要領に基づき判断されなければならない，②
不動産に関する登記は各筆ごとにされるものであるから，法１０条１項が規定する
「不動産の価額」も各筆ごとに評価されるべきであり，複数の筆の土地を一体とし
て評価することができるのは，評価基準及び取扱要領によってそれが認められてい
る場合に限られる，③登記官が近傍類似の不動産の価格から本件各土地の価額を認
定するに際しても，登録価格のある土地とない土地とで課税の公平を害することの
ないよう，評価基準や取扱要領に従い，その価格を修正しなければならないとした
上で，④本件各土地は，本件各登記がされた時点において，更地であって利用はさ
れておらず，取扱要領によって複数の筆の土地を一体として評価すべきとされてい
る例外的場合には当たらないものであったから，本件各登録免許税額の算定に当た
っても，本件各土地を一体として評価すべきではない，⑤乙土地及び丙土地は，本
件各登記申請の当時無道路地であり，甲土地は間口狭小，奥行長大かつ不整形の土
地であったから，「当該不動産に類似する不動産」とは，無道路地又は間口狭小，
奥行長大，不整形地の各補正を受けて評価され，課税台帳に登録されるべき土地で
なければならず，二方路線に沿接した整形地たる分合筆前の土地が本件各土地に
「類似する不動産」でないことは明らかである，⑥正面道路と乙土地及び丙土地と
の間には高低差があるため，本件各土地上に建てた建物の建築費がその分増加した
り，ガス・上下水道等を正面道路から配管することができなかったり，前記建物の
全体が正面道路の商況を利用できなかったりすることから，本件各土地について，
そ
の全体が正面道路に沿接するものとして評価するのは誤りであり，適正な評価減が
行われるべきである，⑦本件各土地に係る不動産取得税においては，甲土地につい
ては，間口狭小補正率０．９０と奥行長大補正率０．９８を乗じて，乙土地及び丙
土地については，０．７０の無道路地補正率と０．８８の通路開設補正率を乗じ
て，それぞれ評価されており，本件各土地の登録価格があったとしたならば，同様
の補正がされた評価がされていたはずであるから，登録価格のある土地の評価と比
べて課税の公平を害するなどと主張する。
（イ）　しかしながら，複数の不動産を一括して登記申請をすることは登記実務上
認められており（乙２の２及び弁論の全趣旨），一体として利用されている等特殊
の関係にある複数の不動産が一括して登記申請された場合に，これらの不動産を一
体として評価してはならないと解すべき理由はないし，同一人が同時に隣接する複
数の土地を取得した場合には，それぞれが別個の建物の使用に供されているなど一
体として利用されないことが明らかでない限りは，むしろ各土地が一体として利用
されるものと推認するのが相当であって，そのような特殊な関係にある複数の不動
産が個別に登記申請された場合には，これを一体として評価することが許されると
解される。
　しかも，前示のとおり，本件各土地は，大局的にみると，一連の分合筆によりＥ
の単独所有から原告の単独所有へと移っており，分合筆前の土地から丁土地及び戊
土地を除いたにすぎないと評価し得ること，そもそも，乙土地と丙土地を分筆した
合理性は乏しいこと，甲土地は狭小で不整形地であって，単独では使用収益しにく
い土地であること，乙土地は正面道路と実質的に接している部分の長さは約５メー
トル余しかなく，裏面道路への通行を確保することが土地の合理的な利用であると
考えられることなどからして，本件各土地を同時に取得した者としては，これらの
土地を一体として利用することが合理的であると考えられるし，実際にも，これら
の土地を一体として価値を把握して根抵当権を設定していること，原告は本件各土
地をその敷地上にあった建物とともに買い受けていること，本件各登記がなされた
約１０日後には本件各土地は一筆に合筆されていることなどからして，原告にはそ
の意思があったものと推認できるし，仮にそのような意思がなかったとしても，客
観的な状況からして一体としての
利用が可能である以上，価額の評価に当たっては最も合理的な利用を前提とするの
が合理的であることからすると，本件各土地の価額を評価するに当たっては，筆ご
とに個別に捉えるのではなく，一体として捉えるのが妥当であるというべきであ
る。
　そうであるとすれば，本件各土地を個別に取り出して，補正の必要があるとする
原告の前記主張は，その前提において失当であるといわざるを得ない。
　実質的に考えても，土地を分筆して複数の不整形地等に分筆した場合に，これら
を個別に評価し補正すべきとすると，それによって登録免許税の合計額が異なるこ
とがあり得るところであるが，土地の所有及び利用関係に変動がないのにことさら
に分筆することによって土地の価額や登録免許税額が異なってくることとなるとい
うのは，極めて不合理であるといわざるを得ない。
　原告は，正面道路と乙土地，丙土地との高低差について縷々主張するが，かかる
高低差は本件における一連の分合筆の前からあったものであり，分合筆前の土地の
評価において既に織り込まれているべきものであるから，本件各土地の価額を分合
筆前の土地の登録価格を基礎として評価する以上，さらに何らかの補正をする必要
性は見当たらない。
　原告は，不動産取得税における評価方法との違い等を引き合いに出して，本件各
土地に登録価格があった場合と比較して課税の公平を害する旨主張する。しかしな
がら，評価基準においても，隣接する２筆以上の宅地について，その形状，利用状
況等からみて，これらを合わせる必要がある場合においては，その一体をなしてい
る部分の宅地ごとに一画地とすることを認めており，前記の諸事情に照らすと，本
件各土地は評価基準に照らしても一体として評価すべきものと認めるのが相当であ
る。原告は，本件各土地が取扱要領において一体として評価すべきものとして列挙
されている各項のいずれにも該当しないと主張するが，取扱要領は評価基準に基づ
く評価を実施するための要領を示した東京都の内部的な取り決めにすぎないのであ
るから，これに直接記載がないとしても一体としての評価が許されないものではな
い。また，不動産取得税においては，登録価格のない不動産につき，固定資産評価
基準によって課税標準となるべき価格を決定することとされている（地方税法７３
条の２１第２項）のに対し，登録免許税においては，登録価格のない不動産の価格
は，登記の時において
類似する不動産の台帳価格を基準として認定することとされている（法施行令附則
３項，措置法施行令４４条の２第１項）のであって，両者は，法令上算定の方法を
異にしているから，本件各土地に係る不動産取得税における評価が本件各登録免許
税における本件各土地の価額の評価と異なっているとしても，そのことをもって直
ちに課税の公平を害するものということはできないというべきである。原告の前記
主張は失当である。
イ（ア）　原告は，登録免許税の課税標準は，「当該登記又は登録の時における不
動産等の価額」（法１０条１項）であるから，措置法８４条の２が規定する「課税
台帳に登録された当該不動産の価額を基礎として政令で定める価額」とは，登記申
請時点までの地価下落率を考慮した価額でなければならないところ，本件各登録免
許税に係る課税標準の認定は，分合筆前の土地の登録価格を基礎として行われてお
り，平成５年１月１日時点までの地価変動のみが考慮された価格である，しかし，
本件各土地及びその近隣地域においては，平成５年１月１日から本件各登記申請が
された平成８年１０月４日までの間に，地価が７０．４６パーセントも下落してお
り，平成５年１月１日から基準年度の賦課期日たる平成６年１月１日だけでも地価
が２９．１２パーセント下落したのであって，このような地価の下落を全く考慮し
ない本件各土地の価額の認定及び本件各登録免許税の税額の算定は違法である旨主
張する。
（イ）　しかし，措置法８４条の２の趣旨は，登録免許税の課税標準が法１０条１
項にいう「当該登記又は登録の時における不動産等の価額」と異なることを容認す
るものであると解すべきであるから，原告の主張は，その前提において誤っている
というほかない。
　また，実質的にみても，平成６年度の固定資産税（土地）の評価替えに当たり，
①自治事務次官が発した通知（平成４年１月２２日自治固第３号）により，宅地の
評価に当たっては，地価公示法による地価公示価格，国土利用計画法施行令による
都道府県地価調査価格及び不動産鑑定士又は不動産鑑定士補による鑑定評価から求
められた価格を活用することとし，これらの価格の７割程度を目途とすることとさ
れたこと，及び②自治省税務局資産評価室長が発した通知（平成４年１１月２６日
自治評第２８号）により，平成５年１月１日時点における地価の動向も勘案し，地
価変動に伴う修正を行うこととされた
ことから，平成５年１月１日までの地価下落を踏まえた時点修正が行われ，結局の
ところ，平成６年度の宅地の登録価格は，平成５年１月１日時点における当該土地
の価格の約７割として評価されているものと評価することができるのであり，しか
も，前示のとおり，措置法８４条の２及び措置法施行令４４条の２第１項１号によ
り，平成８年４月１日から平成９年３月３１日までの間に土地の所有権移転登記等
を受ける場合は，原則として登録価格又は認定価額の１００分の４０が不動産の価
額として登録免許税の課税標準となっていることをも併せて考えると，前記期間に
宅地の所有権移転登記等を受ける場合の登録免許税の課税標準となる土地の価額
は，平成５年１月１日時点における価格の約２８パーセントの価格をもって評価さ
れているとみることができるのである。
　そうすると，仮に原告の主張するように，本件各土地について，①平成５年１月
１日から本件各登記申請がされた平成８年１０月４日までの間に，地価が７０．４
６パーセント下落しており，また，②平成５年１月１日から平成６年１月１日まで
の間に地価が２９．１２パーセント下落していたとしても，それだけでは，本件各
登録免許税に係る課税標準が，それぞれ，平成８年１０月４日時点又は平成６年１
月１日時点における本件各土地の価格を上回るものとは認められないというべきで
ある。
　したがって，原告の前記主張はいずれも失当であるといわざるを得ない。
（５）　以上によれば，本件各登録免許税額は，いずれも本件各登記申請に際して
原告が納付した登録免許税の金額と同一であるから，本件各登録免許税に係る誤納
金はないというべきである。
第４　結論
　以上の次第で，本訴請求はいずれも理由がないから，これを棄却することとし，
訴訟費用の負担について，行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して主文
のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官　藤山雅行
裁判官　谷口豊
裁判官　篠田賢治

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