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平成２５年２月２５日判決言渡
平成２４年（行ウ）第２６号更正をすべき理由がない旨の通知処分取消請求事件
主文
１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
豊島税務署長が原告に対し平成２２年２月３日付けでした，原告の平成１９
年９月１日から平成２０年８月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」
という。）の法人税に係る更正の請求については更正をすべき理由がない旨の
通知処分（以下「本件通知処分」という。）を取り消す。
第２事案の概要等
１事案の要旨
(1)原告は，家庭用電気製品の売買等を目的とする株式会社であり，本件事業
年度中の平成２０年６月以降その発行する株式を東京証券取引所市場第一部
に上場しているところ，これに先立つ平成１４年に，資金の調達等の目的で，
その所有する土地及び建物等を信託財産とする信託契約（以下「本件信託契
約」といい，これに係る信託財産を，以下「本件信託財産」という。）を締
結した上で，それに基づく受益権（以下「本件信託受益権」という。）を総
額２９０億円で第三者に譲渡すること等を内容とするいわゆる不動産の流動
化をし，これについて，法人税の課税標準である所得の金額の計算上本件信
託受益権の譲渡をもって本件信託財産の譲渡と取り扱った内容の会計処理を
して，以降，本件信託契約及びこれに関係する契約を終了させた本件事業年
度までの間，この会計処理を前提とした内容の法人税の各確定申告をしてい
たが，その後，上記の不動産の流動化について本件信託財産の譲渡を金融取
引として取り扱う会計処理をすべきである旨の証券取引等監視委員会の指導
を受け，過年度の会計処理の訂正をした。
(2)本件は，本件事業年度の法人税について，原告が，前記(1)のとおり，そ
の前提とした会計処理を訂正したことにより，同年度の法人税の確定申告
（以下「本件確定申告」という。）に係る確定申告書（以下「本件確定申告
書」という。）の提出により納付すべき税額が過大となったとして，国税通
則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下「通則法」とい
う。）２３条１項１号に基づき，更正をすべき旨の請求（以下「本件更正請
求」という。）をしたところ，豊島税務署長から更正をすべき理由がない旨
の通知（本件通知処分）を受けたため，その取消しを求めた事案である。
２関係法令等の定め
別紙「関係法令等の定め」に記載したとおりである（なお，同別紙で定める
略称等は，以下においても用いることとする。）。
３前提事実（証拠等の掲記のない事実は，当事者間に争いがないか，当事者に
おいて争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
(1)原告
原告は，家庭用電気製品の売買等を目的とする株式会社であり，平成２０
年６月以降，その発行する株式を東京証券取引所市場第一部に上場している。
(2)本件不動産流動化
原告は，平成１４年８月２３日，以下の各契約を締結し，その所有する不
動産についてのいわゆる不動産の流動化に係る各取引（以下の各契約による
一連の取引を総称して，以下「本件不動産流動化取引」という。）をした。
ア本件信託契約
原告とＡ信託銀行株式会社（現在のＢ信託銀行株式会社。以下「Ａ信託
銀行」という。）は，原告を委託者とし，Ａ信託銀行を受託者として，要
旨以下の記載のある契約書（乙５。以下「本件信託契約書」という。）を
もって，本件信託契約を締結した。
(ｱ)信託の目的
原告は，本件信託契約書の別紙１「不動産目録（Ｃ物件）」及び同２
「不動産目録（Ｄ物件）」に各記載の原告が所有する土地及びそれらに
付随する一切の権利並びに建物及びそれらに付随する一切の権利（本件
信託財産。なお，本件信託財産のうち建物及びそれらに付随する一切の
権利について，以下，上記「不動産目録（Ｃ物件）」に係るものを「Ｃ
建物」といい，上記「不動産目録（Ｄ物件）」に係るものを「Ｄ建物」
といい，Ｃ建物及びＤ建物を併せて「本件各建物」という。）を受益者
のために管理・運用・処分することを目的として，Ａ信託銀行に信託し，
同行はこれを引き受けた（１条）。
(ｲ)信託期間
本件信託契約の期間は，契約の締結日から平成３４年８月２２日まで
とする。ただし，本件信託契約書３６条の定め（受益者とＡ信託銀行と
の間で本件信託契約の解約について別途合意をした場合〔同条１項
(5)〕等）により当該期間が満了する前に終了する場合を除く。（以上
につき４条）
(ｳ)当初の受益者
本件信託受益権の当初の受益者は原告とする（２０条）。
イ本件各建物についての賃貸借契約
(ｱ)Ｃ建物
原告とＡ信託銀行は，本件信託契約に基づいて同行が所有するＣ建物
を原告に賃貸することにつき，要旨以下の記載のある契約書（乙６）を
もって，定期建物賃貸借契約を締結した。
ａ使用目的
原告は，Ｃ建物を自ら家電製品等の販売店として通常認められる目
的及びそれに関連した目的でのみ使用できるものとする（２条）。
ｂ賃料
賃料は１月当たり２億０８５０万円（消費税及び地方消費税を除
く。）とする（４条１項）。
ｃ敷金
敷金は２５億０２００万円とする（６条１項）。
ｄ賃貸借期間
本契約は，契約の締結日から法的な効力が生ずるものとし，平成３
４年８月２２日まで有効とする（３条）。
(ｲ)Ｄ建物
原告とＡ信託銀行は，本件信託契約に基づいて同行が所有するＤ建物
を原告に賃貸することにつき，要旨以下の記載のある契約書（乙７）を
もって，定期建物賃貸借契約（この契約と前記(ｱ)の定期建物賃貸借契
約を併せて「本件各建物賃貸借契約」という。）を締結した。
ａ使用目的
原告は，Ｄ建物を自ら本社事務所として通常認められる目的及びそ
れに関連した目的でのみ使用できるものとする（２条）。
ｂ賃料
賃料は１月当たり１４００万円（消費税及び地方消費税を除く。）
とする（４条１項）。
ｃ敷金
敷金は１億６８００万円とする（６条１項）。
ｄ賃貸借期間
本契約は，契約の締結日から法的な効力が生ずるものとし，平成３
４年８月２２日まで有効とする（３条）。
ウ本件信託財産についての管理委託契約
原告とＡ信託銀行は，同行を委託者とし，原告を受託者として，本件信
託財産の管理運営業務を委託する不動産管理委託契約（以下「本件管理委
託契約」という。）を締結した（乙８）。
なお，当該業務の対価は，平成３４年８月２２日までの管理委託期間
（２条）中の各信託計算期間（原則として毎年の２月１日から７月３１日
まで及び８月１日から翌年の１月３１日までをいう。本件信託契約書〔乙
５〕２６条１項参照）ごとに合計で１２００万円（消費税及び地方消費税
を除く。）とされた（７条及び同契約の契約書の別紙１）。
エ本件信託受益権の譲渡契約
(ｱ)原告と有限会社Ｅ（本件不動産流動化取引のために設立された。以下
「Ｅ」という。）は，要旨以下の記載のある契約書（乙９）をもって，
本件信託受益権をＥに譲渡する契約（以下「本件信託受益権譲渡契約」
という。）を締結した。
なお，Ａ信託銀行は，以下のｂに関し，本件信託契約において，本件
信託受益権を譲渡することについての承諾をした（本件信託契約書２２
条２項１号）。
ａ目的
原告は，本件信託受益権をＥに譲渡し，Ｅはこれを譲り受ける（２
条）。
ｂ譲渡の効力の発生時期
本件信託受益権の譲渡は，これについてのＡ信託銀行の承諾が取得
されたことを条件として，契約の締結日において，その全体について
効力を生じる（５条）。
ｃ買取代金
本件信託受益権の対価は，総額で２９０億円とし，Ｅは，契約の締
結日に使用可能な資金によって支払う（６条）。
(ｲ)Ｅは，以下のとおり，本件信託受益権譲渡契約に係る代金の調達をし
た（乙１０）。
ａ株式会社Ｆ（本件不動産流動化取引のために設立された。）からい
わゆる優先ローンとして１８０億円
ｂ銀行からいわゆる劣後ローンとして３０億円
ｃ株式会社Ｇ（以下「Ｇ」という。）からいわゆる優先匿名組合出資
金として７５億５０００万円
ｄ原告との間でＥを営業者とし原告を匿名組合員とする匿名組合契約
（以下「本件匿名組合契約」といい，本件信託契約，本件各建物賃貸
借契約，本件管理委託契約及び本件信託受益権譲渡契約と併せて「本
件各契約」という。）を締結したこと（乙１１）による原告からのい
わゆる劣後匿名組合出資金として１４億５０００万円
(3)本件信託受益権の買戻し及び本件各契約の終了
原告は，次のとおり，Ｅから本件信託受益権の買戻しをする等し，本件各
契約はいずれも終了した。
ア本件信託受益権についての停止条件付売買契約の締結（乙１２，１３）
原告とＥは，平成１９年９月２０日，本件信託受益権について，Ｅを売
主とし，原告を買主として，代金を３１１億円（消費税及び地方消費税を
除く。）とする，Ｅが前記(2)エ(ｲ)ａ及びｂの借入れを完済すること等を
条件とした停止条件付売買契約（以下「本件買戻契約」という。）を締結
した。
なお，当該条件は，同年１０月２２日に成就した。
イ本件信託契約の終了
原告とＡ信託銀行は，平成１９年１０月２２日，本件信託契約を終了さ
せることを合意した（乙１４）。
ウ本件各建物賃貸借契約の終了
原告とＡ信託銀行は，平成１９年１０月２２日，本件各建物賃貸借契約
及び本件管理委託契約を終了させることを合意した（乙１５ないし１７）。
エ本件匿名組合契約の終了
本件匿名組合契約は，同契約の定めに従い，本件信託財産等の全部の売
却等の処分が行われたことにより，平成１９年１０月２２日の後３０日が
経過した時に終了した。
(4)本件通知処分等の経緯
ア本件確定申告等
原告は，平成１４年８月期（平成１３年９月１日から平成１４年８月３
１日までの事業年度をいう。以下同じ。）において，①本件信託受益権の
譲渡を本件信託財産の譲渡と取り扱って（後記する売却取引処理），その
譲渡の対価の額である２９０億円から原価の額（帳簿上の取得価額）であ
る２６３億９０００万円を控除した２６億１０００万円を収益の額に，②
本件各建物賃貸借契約に基づく賃借料の額を費用の額に，③本件匿名組合
契約に係る配当金の額を収益の額に，それぞれ計上する会計処理をして，
上記の事業年度の法人税について，この会計処理を前提とした内容の確定
申告をした。
原告は，その後の各事業年度の法人税について，上記の会計処理を前提
とした内容の各確定申告をし，本件事業年度においては，上記のほか，前
記(3)アの本件買戻契約に基づいて本件信託受益権を取得したことに伴い，
これを財務諸表上資産の部に計上する会計処理をするとともに，本件匿名
組合契約の終了に係る配当金の額である３４億７０９９万６４６４円を収
益の額に計上する会計処理をして，別表の「確定申告」欄記載のとおり，
これらの会計処理も前提とした内容の本件確定申告をした。
イ証券取引等監視委員会の調査等
証券取引等監視委員会は，平成２０年１２月，調査の結果，本件不動産
流動化取引の会計処理について，本件信託受益権のＥへの譲渡を本件信託
財産の譲渡として取り扱い，本件信託財産である不動産を貸借対照表上の
資産の部に計上しないものとすること（このような取扱いを，以下「売却
取引処理」という。）は不適切であり，本件信託受益権の上記の譲渡を本
件信託財産である不動産の譲渡とは認識せずに金融取引として処理し，本
件信託財産である不動産を貸借対照表上の資産の部に計上すること（この
ような取扱いを，以下「金融取引処理」という。）が適切であるとの判断
をし，原告に対して，その旨の行政指導（以下「本件行政指導」とい
う。）をした。
原告は，本件行政指導を踏まえ，Ｇについては財務諸表等の用語，様式
及び作成方法に関する規則（以下「財務諸表等規則」という。）８条に基
づき子会社に認定すべきであったもので，これを前提とすると，不動産流
動化実務指針による原告と合わせてのリスク負担割合が５％を超過するこ
ととなる等として，同指針に従い，平成１４年８月期に遡って本件不動産
流動化取引に係る会計処理を金融取引処理に改めるなどし，平成２１年２
月２０日，関東財務局長に対し，上記の事業年度から本件事業年度までの
有価証券報告書の訂正届出書等を提出する等した（乙１８，１９）。
なお，原告は，同年７月３０日，金融庁長官から，有価証券報告書等に
虚偽の記載があったとして，納付すべき課徴金の額を２億５３５３万円と
する課徴金の納付命令の決定（以下「本件課徴金納付命令」という。）を
受けた。
ウ本件更正請求等
原告は，平成２１年６月１２日，本件事業年度の法人税について，前記
イの会計処理の訂正に伴い，本件確定申告書の提出により納付すべき税額
が過大となったとして，通則法２３条１項１号に基づき，別表の「更正の
請求」欄記載のとおり，本件更正請求をし，これに対し，豊島税務署長は，
同別表の「通知処分」欄記載のとおり，本件通知処分をした。
その後の本件通知処分についての異議申立て，異議決定，審査請求及び
審査裁決の経緯は，同別表の「異議申立」欄，「異議決定」欄，「審査請
求」欄及び「審査裁決」欄に，それぞれ記載されているとおりである。
(5)本件訴えの提起
原告は，平成２４年１月１９日，本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な
事実）。
４争点及びこれに関する当事者の主張
本件の争点は，本件通知処分の適法性であり，具体的には，原告の本件事業
年度の法人税の所得の金額を計算するに当たり，平成１４年８月期にされた本
件信託受益権の譲渡について，本件確定申告後に，不動産流動化実務指針に従
って金融取引処理に訂正した原告の会計処理が，法人税法上相当なものといえ
るか否かが争われているところ，これに関する当事者の主張の要点は，以下の
とおりである。
（原告の主張の要点）
(1)本件通知処分の違法性
ア法人税法２２条２項及び４項
法人税法２２条２項及び４項は，同法固有の考慮から「別段の定め」が
設けられている場合を除き，収益（益金）及び費用・損失（損金）の額は，
「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算」する旨を定
めているところ，ここにいう「一般に公正妥当と認められる会計処理の基
準」とは，平成１７年法律第８７号による改正前の商法（以下「旧商法」
という。）３２条２項の「公正なる会計慣行」（以下「公正会計慣行」と
いう。）と一致するから，上記「別段の定め」が存在しない限り，株式会
社がする税務処理は，公正会計慣行に従って当該会社がする会計処理と一
致することとなる（なお，原告の主張は，企業会計原則等の明文の会計基
準や確立した会計慣行であっても，これらが直ちに税会計処理基準に該当
するというものではなく，その時々の企業会計の考え方に照らして公正妥
当であると認められなければ，税会計処理基準には該当しない旨をいうも
のである。）。
イ本件通知処分に取り消されるべき違法があること
原告は，自社の所有する不動産の流動化をし，当該流動化に伴う本件信
託受益権の譲渡を不動産の売却取引とする会計処理をし，これを前提に税
務申告をしていたが，証券取引等監視委員会から本件行政指導を受け，そ
の指導の下，過年度の決算の訂正をした。
本件不動産流動化取引について，法人税法２２条２項にいう「別段の定
め」はないから，その税務処理は会計処理と一致することとなり，本件行
政指導及び本件課徴金納付命令における見解によれば，本件不動産流動化
取引については，税務処理においても，金融取引処理を前提とすべきこと
となる。
本件更正請求は，このような観点から，売却取引処理を前提とした本件
確定申告を金融取引処理を前提とするものに訂正するべくされたものであ
り，本件行政指導及び本件課徴金納付命令における見解を前提とする限り，
通則法２３条１項１号の要件を満たす適法なものである。
国の機関である金融庁の判断において，本件不動産流動化取引について
金融取引処理によるべきであるとの判断が確定した以上，同じく国の機関
である豊島税務署長及び国税庁がこれと異なる見解を前提とするというの
は，行政執行の一貫性を欠いた行政判断のいわゆるダブルスタンダードと
いうべきものであり，法的安定性，公平性及び予測可能性の見地から著し
く不当というべきである。
以上のとおり，本件更正請求は，通則法２３条１項１号の要件を満たす
適法なものであり，これに従った更正をしないでした本件通知処分には，
取り消されるべき違法がある。
(2)被告の主張について
ア被告の主張
被告は，①法人税法が企図する公平な税収の確保という観点から弊害が
ある会計処理の方式は，税会計処理基準に該当しない，②不動産流動化実
務指針は税会計処理基準に該当しない旨を，それぞれ主張するが，以下に
述べるとおり，いずれも理由がないものである。
イ前記ア①の点について
(ｱ)法律の解釈において最も尊重されるべきものが条文の文理であること
は，いうまでもないところ，法人税法２２条４項をその文言に従って素
直に解釈すれば，同項の税会計処理基準（「一般に公正妥当と認められ
る会計処理の基準」）は，企業会計における公正会計慣行（「公正なる
会計慣行」）と一致し，純然たる企業会計固有の立場から公正妥当とい
える会計処理の基準を指すものと解するほかない。税会計処理基準の内
容を検討するに当たって，法人税法固有の観点のみをもって，その基準
を公正会計慣行と異なるものと解釈する余地はない。
このような解釈をした場合，租税に係る政策上の観点から不都合が生
ずることはあり得るが，その点について，同条２項は，同法固有の考慮
からの「別段の定め」を置くことを許容しているのであって，被告の主
張するように同法固有の立場から公正会計慣行の一部が税会計処理基準
に該当しないと解することは，同項があえて「別段の定め」を設けた趣
旨を没却するものであり，文理解釈上も，租税法律主義の観点からも，
極めて不当というべきであって，これと同趣旨を指摘する文献（甲７）
も存在する。
「別段の定め」が設けられていない場合に被告の主張する「課税の公
平」が貫徹されない事態が生じたとしても，それは立法においてそもそ
も予定されたものというべきであり，そのような事態を理由に，法律の
解釈を課税庁側に有利に変更し，立法の不備による不利益を納税者側に
課すことは許されない。
(ｲ)ａ被告は，その主張の根拠として，ア判例や学説の存在，イ企業会計
と税法の関係の変容を指摘する。
ｂしかし，前記ａアについて，被告が挙げる判例（最高裁平成４年
（行ツ）第４５号同５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９
号５２７８頁。以下，「最高裁平成５年判決」という。）は，被告の
主張するところと異なる理解をすることも可能なものであるし，そも
そも，同判例は，企業会計と法人税法が対立する場面ではなく，同法
２２条４項の税会計処理基準の解釈について，税会計処理基準が企業
会計原則そのものないしはこれに適合する会計処理の基準のみを指す
か否かが争点とされた事案についてのものであって，本件とは事案を
異にするから，本件には適切ではない。
また，被告が挙げる下級審裁判例も，本件の先例としての価値は低
いものといわざるを得ない。
被告が挙げる学説（甲８，１７，乙３２）についても，一般論が述
べられているのみであり，被告の主張を基礎付けるものとはいえず，
その主張は我田引水の主張といわざるを得ない（甲８，１７）。
ｃ前記ａイについては，「企業会計と税法はそれぞれの固有の目的を
重視した立場を踏まえた関係に変容してきている」との被告の主張が，
具体的にいかなる意味であるか判然としない。
また，被告は，企業会計の分野では，国際会計基準との調和を図る
ために新たな企業会計基準が相次いで設定されているであるとか，中
小企業の会計に関する指針（乙２３）が制定されるようになった旨を
いうが，このような新基準は，税会計処理基準の内容となり得る（学
説もその旨を指摘している。甲９）のであるから，企業会計と法人税
法との関係のかい離を基礎付けるものではない。
さらに，被告は，同法においては，経済のグローバル化に対応した
独自路線を歩んでいるとするが，独自の路線を歩んでいるとされるの
は「別段の定め」についてであって，この「別段の定め」の存在が税
会計処理基準の解釈に何らの影響も与えないことは，前記(ｱ)に述べ
たところからも明らかである。
(ｳ)被告は，法人税法２２条４項の立法趣旨等からすれば，税会計処理基
準は同法固有の概念として定められたものであり，企業会計における公
正処理基準と完全に一致するものではない旨を主張する。
しかし，被告が挙げる文献において，税会計処理基準が同法固有の概
念である旨等の記載は見当たらず，むしろ，昭和４１年９月の政府税制
調査会の中間報告（乙２８）や，これを受けた昭和４２年発行の国税庁
の文献（甲１１）に記載された同項の立法の経緯や趣旨からすれば，同
項は，税法以前の概念や原理を前提とするもので，その計算は適切に運
用されている会計慣行に委ねることの方がより適当と思われる部分が相
当多いとの観点から定められた，納税者である企業が継続して適用する
健全な会計慣行によって計算する旨の基本規定であって，同項にいう
「一般に公正妥当と認められる」か否かの判断については，企業におい
て適切に運用されている会計慣行であるか否か，ないしは企業が継続し
て適用する健全な会計慣行であるか否かという企業会計の観点からの判
断が要求されていることは明らかである。
被告の主張によれば，税法独自の規制がされるべき分野について，
「別段の定め」による規制がされた上に，更に同法固有の観点から税会
計処理基準に該当するか否かが判断されることになるのであって，適切
に運用されている企業の会計慣行に委ねた同項の趣旨と明らかに矛盾す
るというほかない（なお，原告の主張する解釈は，学説における多数説
でもある。）。
(ｴ)被告は，株式会社の会計の原則について定める会社法４３１条の解釈
としても，ある会計慣行が「一般に公正妥当と認められる」ものかどう
かは，一般的には，同法の計算規定の目的に照らして判断されると解釈
されている旨を主張する。
しかし，法人税法においては，独自の規制をするため「別段の定め」
を設けることが予定されているのに対し，会社法では，このような規定
が置かれていないため，同法独自の規制があることを読み込まざるを得
ないにすぎない。
なお，同法及び法人税法と同様の文言を用いている金融商品取引法
（以下「金商法」という。）上の「一般に公正妥当と認められる企業会
計の基準」（財務諸表等規則１条１項等）においては，「企業会計審議
会により公表された企業会計の基準」等は，直ちに「一般に公正妥当と
認められる企業会計の基準」に該当するとされている（同規則１条２項，
３項等）。
(ｵ)被告は，企業会計が投資者保護の目的を有するのに対し，法人税法は
公平な所得の計算という企図を有していること等からすれば，税会計処
理基準の解釈・適用に当たって，企業会計上の公正妥当な会計処理の基
準（以下「公正会計基準」という。）の全てを取り込むことはできず，
税法独自の観点からこれらの会計基準のスクリーニングをする必要性が
増している旨を主張する。
しかし，そもそも，原告は国際会計基準等が直ちに税会計処理基準に
該当すると主張するものではないから，被告の上記の主張は，反論とな
っておらず，スクリーニングをする必要性をいう点も，「別段の定め」
を設けるべきこととなるにすぎない（なお，国際会計基準等の新たな会
計処理については，ほぼ全ての会計基準について「別段の定め」が手当
てされている。）。
(ｶ)被告は，その主張するところが租税法律主義に反するものではない旨
を主張するが，その根拠とする判例（最高裁平成２１年（行ヒ）第４０
４号同２４年１月１３日第二小法廷判決・民集６６巻１号１頁。以下
「最高裁平成２４年判決」という。）の須藤正彦裁判官の補足意見の理
解を誤っている。被告の主張によれば，税会計処理基準が不確定な概念
となることは明らかであり，企業会計の観点から会計処理の基準を確定
することができない法人税法２２条４項についての法的安定性等も失わ
れることとなる。被告の主張は，租税法律主義（課税要件明確主義）に
反するものというべきであり，このような結論は下級審裁判例からも裏
付けられる。
また，法人税はいわゆる申告納付制度に基づき納付されるところ，
この申告納付制度は，租税法の専門家ではない納税者が自ら税法を解
釈・適用して所得の金額を計算することができることを前提としている。
被告の主張によれば，「別段の定め」を超えて，同法の企図する公平な
所得の金額の計算という要請に反しないか，あるいは，適正公平な税収
の確保という観点から弊害がないかという極めて不明瞭な基準によって
企業利益の修正をすることが納税者に求められることとなり，一般の納
税者に不可能を強いることとなるのであって，その主張する解釈は，申
告納付制度の下では成り立ち得ないというべきである。
(ｷ)以上のとおり，税会計処理基準は，純然たる企業会計固有の立場から
公正妥当といえる会計処理の基準を指すのであって，租税の公平という
法人税法固有の観点のみをもって同基準を公正会計慣行と異なるものと
解釈する余地はなく，その結果，企業会計の観点からみて一般に公正妥
当な会計処理の基準に該当する不動産流動化実務指針は，同法上も適用
され，本件の事実関係の下では，本件不動産流動化取引について金融取
引処理を前提とした所得の金額の計算がされるべきである。
これについて，被告が主張するような弊害があると解されるのであれ
ば，「別段の定め」を設けるべきなのであって，これを設けない以上は，
同指針によって所得の金額を計算することが，同法２２条４項の予定す
るところというべきである。同指針が公表されてから既に相当の長期間
が経過しており，仮に，同指針による取扱いをすることが租税の公平に
反するというのであれば，それは，長年にわたって「別段の定め」を設
けることを怠った被告の落ち度というほかない。
ウ前記ア②の点について
(ｱ)被告は，法人税法においては，譲渡に係る収益の認識については，実
現主義ないし権利確定主義が妥当するところ，不動産流動化実務指針に
よる税務処理を認めると，これに反する処理を認めることとなり，課税
の公平に反する旨を主張する。
しかし，権利確定主義についての被告の主張（後記〔被告の主張の要
点〕(1)ア(ｳ)ｂ参照）については，例外を許容するようにもみえるが，
いかなる場合が例外に当たるのか明らかでなく，不動産流動化実務指針
が当該例外に当たるのかも検討していない。また，実現主義ないし権利
確定主義に沿う会計処理基準がただ一つしか存在しないと解すべき理由
はなく，この点，最高裁平成５年判決は，実現主義ないし権利確定主義
の立場からも，税会計処理基準に沿うものが複数存在し得ることを認め
ている。
翻って，同指針は，いわゆる不動産の流動化に係る取引の複雑さに由
来して，実現主義に基づく会計処理をする場合に収益をいつ認識すべき
かを判断することが容易でないとの問題意識から，実現主義からの収益
の認識時期についての帰結を明示することを目的として設けられたもの
である。同指針は，法律上どの時点で権利の行使が可能となるかという
基準とは異なるものの，不動産の流動化に係る取引の経済的な実態から
みて，実現主義ないし権利確定主義の観点から合理的といえる「リス
ク・経済価値アプローチ」による収益計上の基準を採用したものであり，
実現主義ないし権利確定主義に沿う会計処理基準ということができる。
(ｲ)被告は，法人税法が法人単位での課税を原則としていることからする
と，子会社を考慮する会計処理である不動産流動化実務指針を前提とし
て所得の金額の計算をすることは，同法の予定しないものというべきで
ある旨を主張する。
しかし，子会社を考慮する会計処理を前提とした税務処理を同法が想
定していないことと，そのような会計処理の方式が税会計処理基準に該
当しないとすることとの関係は全く不明であり，むしろ，前記(ｱ)に述
べたところからすれば，必要な範囲で子会社を考慮することを妨げる理
由はないというべきである。被告の主張は，詰まるところ，同指針に対
応する「別段の定め」を同法が定めていない旨をいうものにすぎないが，
これは，被告の落ち度というべきものである。
また，被告は，同指針はあくまで「譲渡人の会計処理」に関するもの
で，譲受人については定めていないため，譲渡人と譲受人とで不自然な
処理が生ずることになりかねない旨も主張するが，取引の当事者間で会
計処理が異なるということは，法人ごとにその独自の判断で採用する会
計基準を決定し，会計処理をするという同法の仕組み上，しばしば生じ
得る事態であり（法人税基本通達１２の５－２－３〔甲１０〕参照），
この点を理由に，不動産流動化実務指針を税会計処理基準として採用す
ることが不合理であるということもできない。
（被告の主張の要点）
(1)本件通知処分の根拠及び適法性
ア法令等の解釈
(ｱ)旧法人税法１２条１項本文
信託は，基本的には受託者が受益者のために資産の管理及び処分その
他の行為をする仕組みであり，実質的な利益を受益者に享受せしめよう
とするものであることから，旧法人税法１２条１項本文は，信託財産に
帰せられる収入及び支出の帰属者を，信託財産に係る法律上の帰属に関
わらず，その経済的実質に即して判断するため，受益者が特定している
場合には，受益者がその信託財産を有するものとみなして同法の規定を
適用する旨を定めていた。
そして，土地信託に関する通達は，法人税に関する規定の適用に当た
り，信託の設定による委託者から受託者への信託財産の移転等は資産の
譲渡等に該当しない（同通達３－１）とした上で，信託受益権が譲渡さ
れた場合にその目的となった信託財産が譲渡されたものとして取り扱う
旨（同通達３－２）を定めていた。
(ｲ)企業会計と税法の関係
法人税法における所得の金額の計算と企業会計における利益の計算と
の関係について，かつては，同法，商法及び企業会計原則の三者間の調
整のための改正が幾度もされており，これら三者間の関係は，一般にト
ライアングル体制と称せられ，相互の調和が重視されていた。
しかし，最近では，三者の会計処理は独自性が強調される傾向にあり，
具体的には，企業会計の分野では，国際会計基準との調和を図るために
新たな企業会計基準が相次いで設定され，商法においては，会社法制定
の前後において会社の計算規則と企業会計基準との新たな調和関係が構
築されるようになる一方で，中小企業の会計に関する指針（乙２３）が
制定されるようになり，法人税法においては，経済のグローバル化に対
応した「税率の引下げと課税ベースの拡大」という独自路線を歩んでい
るところである。
そして，企業会計と同法の関係について，最高裁平成５年判決は，
「法人税法２２条４項は，現に法人のした利益計算が法人税法の企図す
る公平な所得計算という要請に反するものでない限り，課税所得の計算
上もこれを是認するのが相当であるとの見地から，収益を一般に公正妥
当と認められる会計処理の基準に従って計上すべきものと定めたものと
解される」との解釈を示しており，その他の下級審裁判例や学説（なお，
原告は，各種の下級審裁判例や学説に関する被告の理解が誤っている旨
をいうが，いずれも理由がないものである。）に照らせば，同項の税会
計処理基準は，客観的な規範性をもつ公正妥当な会計処理の基準である
と認められる方式に基づいて所得の金額の計算がされている限り，これ
を認めようとするものと解されるが，同法の企図する公平な所得の金額
の計算という要請に反するもの，あるいは適正公平な税収の確保という
観点から弊害がある会計処理の方式は，税会計処理基準に該当しないと
したものと解するのが相当である。
また，企業会計と税法がそれぞれの固有の目的を重視した立場を踏ま
えた関係に変容してきていることからすれば，企業会計における会計処
理の方式が公正妥当であるといえるかどうかは，慎重に判断されるべき
である。
(ｳ)資産を譲渡した場合の収益の計上の時期
ａ前記(ｲ)のとおり，法人税法２２条４項は，収益の額等は税会計処
理基準に従って計算されるものとする旨を定めているから，法人の収
益の額をどの事業年度において計上すべきかについても，税会計処理
基準に従うべきこととなる。
そして，企業会計上，土地の売却取引に関しては，我が国には包括
的な会計基準がなく，一般的な実現主義（企業会計原則第二，損益計
算書原則三Ｂ）が適用ないし準用されると解されている（乙２１）と
ころ，ここにいう実現の意義については，「販売によって獲得した対
価が当期の実現した収益である。販売基準に従えば，一会計期間の収
益は，財貨又は役務の移転に対する現金又は現金等価物（手形，売掛
債権等）その他の資産の取得による対価の成立によって立証されたと
きにのみ実現する」との考え方が示されており（乙２２），実務的に
は，物件の移転がされた日，特に土地の場合には，契約による所有権
の移転の日（法的な権利の移転の日）をもって売却の会計処理がされ
ることが多い。
ｂ他方，法人税の所得の金額の発生の時点については，所得の実現の
時点を基準とすべきで，原則として，財貨の移転や役務の提供等によ
って債権が確定したときに収益が発生すると解されており，その意味
では，法人税法においては，権利確定主義が妥当するところ，ここに
いう権利の確定の意義について，不動産の譲渡に係る収益にあっては，
原則として，不動産譲渡契約に基づき不動産を引き渡すことによって
譲渡に係る対価を受領する権利（債権）が確定したときに，その金額
を同法２２条２項に規定する収益の額として益金の額に算入するのが
相当である。
そして，このような取扱いは，前記ａで述べたような企業会計原則
や会計慣行とも整合するものであり（なお，法人税基本通達２－１－
２及び２－１－１４〔乙３６〕参照），最高裁平成５年判決も，「あ
る収益をどの事業年度に計上すべきかは，一般に公正妥当と認められ
る会計処理の基準に従うべきであり，これによれば，収益は，その実
現があった時，すなわち，その収入すべき権利が確定したときの属す
る年度の益金に計上すべき」旨を判示しているところである。
(ｴ)不動産流動化実務指針の位置付け
事業活動や取引形態が多様化・複雑化していく中で，特定の取引につ
いては，個別の会計基準が設けられるに至っており，不動産流動化実務
指針はその一つであるところ，同指針は，「財貨の移転」等と「対価の
成立」の２つの要件によって具体化される企業会計における一般的な実
現主義の考え方とは異なり，リスク，経済価値といった異なる用語で説
明される考え方であって，法人税法の考え方と必ずしも整合するとは限
らないものである。
すなわち，同指針は，企業会計基準を実務に適用する際の指針として
日本公認会計士協会が公表したもので，主に，金商法に基づいて公開さ
れる財務諸表を作成するに当たっての実務上の指針といえるところ，同
法１条の規定からも明らかなとおり，企業会計基準も投資者の保護を主
要な目的としており，課税の公平を重視する法人税法とは異なる次元か
ら基準や指針の内容が検討される場面があり得るのである。そして，不
動産の売却取引の会計処理の在り方について，一般的な実現主義に基づ
く会計処理の方法によっては，投資者保護の観点からは必ずしも適切で
はないとの問題意識を同協会が有していること（乙２４）等からすれば，
同指針は，不動産の売却取引に係る統一的，包括的な会計基準が存在し
ない中で，特に具体的な判断基準を明示する必要がある特定の分野につ
いての実務上の指針として公表されたものであることがうかがわれる。
しかし，投資者保護のために特に必要な分野に限って一般的な実現主
義とは異なる基準で収益の認識に係る基準を適用するという考え方が，
課税の公平を重視して一般的な実現主義の考え方を基礎とした権利確定
主義を広く採用してきた法人税法の税会計処理基準と必ずしも合致する
とは限らないのであって，実務的にも，同指針は，同法における収益計
上の基準とは必ずしも整合性が取られているものではないことに留意し
なければならないとされているところである（乙２５）。
イ本件不動産流動化取引に係る税務上の取扱い
(ｱ)前記アに述べたところを本件についてみると，前提事実(4)アのとお
り，原告は，①平成１４年８月期の確定した決算において，本件信託受
益権を譲渡したことから，本件信託財産である不動産を譲渡したものと
して，その譲渡に係る対価の額を譲渡に係る収益の額として計上すると
ともに，当該不動産の取得価額を譲渡に係る原価の額として計上し，②
当該譲渡を前提として，本件事業年度までの間，確定した決算において，
本件各建物賃貸借契約に基づき支払った賃借料を費用として計上する一
方，本件管理委託契約に基づき収受した管理料の収入及び本件匿名組合
契約に基づき収受した出資配当を収益に計上し，③本件事業年度の確定
した決算において，本件買戻契約に基づき，本件信託受益権を取得した
ことに伴い，本件信託財産である不動産を財務諸表等の資産の部に計上
し，④これらの会計処理を前提として，各事業年度の法人税の所得の金
額を計算して確定申告をしたものであり，これらの税務処理は，いずれ
も，旧法人税法１２条１項本文，土地信託に関する通達及び法人税法２
２条２項ないし４項の規定に従った適正な所得の金額の計算であると認
められる。
加えて，不動産流動化実務指針が税会計処理基準に該当しないことは，
前記アで述べたとおりであり，また，現行の同法には，原告が主張する
ような処理を認めるべき「別段の定め」は設けられていない。
したがって，税務処理上は，本件信託受益権の譲渡を金融取引として
取り扱う会計処理によるのではなく，本件信託財産である不動産を譲渡
したものとする売却取引処理を前提として，原告の各事業年度の所得の
金額を計算するのが適正な所得の金額の計算であると考えられる。
(ｲ)不動産流動化実務指針では，不動産の売却を認識する基準をリスク負
担割合がおおむね５％の範囲内かどうかにより判断する旨を定めている
ところ，当該基準は，不適切な会計処理を防止することにより，財務情
報に基づき投資等をする株主や投資者の保護のためのものと認められる。
しかし，適正公平な税収の確保という観点からすれば，譲渡契約によ
り資産の移転が生じ，したがって，収入すべき権利が確定しているにも
かかわらず，不動産の流動化取引に限って，かつ，当該取引において一
定割合を超える経済的リスクが譲渡人に残されている場合に限って，譲
渡に係る収益を計上しないものと取り扱うことは，これ以外の場合と比
して所得の金額の計算にアンバランスが生ずる結果となり，ひいては課
税の公平を害する等の弊害が生ずることになりかねない。
また，同指針がリスク負担割合の判定に財務諸表等規則に基づく子会
社を考慮する点は，企業会計が企業グループ全体の経営成績や財政状態
に関する情報を開示することを基本的な目的としていることによるもの
と認められるところ，法人税法が連結納税制度の適用される場合を除け
ば法人単位での課税を原則としていることからすれば，子会社を考慮す
る会計処理を前提として所得の金額の計算をすることは，同法の予定し
ないところといわざるを得ない。
このように，同指針は，投資者保護の目的という観点から，会計処理
上，不動産の流動化取引を売却と認定する上での特別な基準を設けたに
とどまるものと解すべきであって，同法の適用場面としての信託財産の
譲渡の認定の場面においては，このような目的は妥当せず，かつ，当該
特別な基準を機械的に適用するのでは，上記の弊害等が生じかねないと
いうのであるから，こうした場面においてまで当該特別な基準が適用さ
れるという趣旨のものではないと解するのが相当である。
更にいえば，同指針は，あくまで「譲渡人の会計処理」に関する会計
基準を定めるもので，譲受人の会計処理については定めていないため，
仮に，同指針の下で譲受人の経理処理には何ら影響が及ばないとした場
合には，譲渡人については当該不動産を譲渡人が保有することとされる
一方，譲受人については当該不動産を譲り受けたものとした処理がされ
ることとなり，本件信託財産である不動産を譲渡人と譲受人の双方が保
有していることとなるのであって，例えば，保有資産の減価償却費を双
方で損金に算入することになる等の不自然な処理が生ずることになりか
ねない。
以上からすれば，法人税法上，本件信託受益権の譲渡については，売
却取引処理を前提とした所得の金額の計算をすることが相当であり，同
指針に定めるリスク負担割合を満たさない（同割合が５％を超える）こ
とを理由に，金融取引処理を前提とした所得の金額の計算をすることは
相当ではないというべきである。
(2)原告の主張について
ア原告は，法人税法２２条２項及び４項は，同法固有の考慮からの「別段
の定め」が設けられている場合を除き，所得の金額は税会計処理基準に従
って計算する旨を定めており，ここにいう「一般に公正妥当と認められる
会計処理の基準」は，旧商法３２条２項の公正会計慣行と一致するから，
「別段の定め」がない限り，株式会社がする税務処理は，公正会計慣行に
従って当該会社がする会計処理と一致することとなる旨を主張する。
しかし，前記(1)に述べたとおり，企業会計における会計処理の方式が
法人税法上公正妥当であるといえるかどうかは，慎重に判断されるべきで
あるところ，不動産流動化実務指針は，投資者保護の目的という観点から，
企業会計上，特別目的会社を活用した不動産の流動化取引における譲渡人
の会計処理に限り，これを売却と認定する上での特別な基準を設けたにと
どまるものと解すべきであり，また，同法の適用場面としての信託財産の
譲渡の認定の場面においては，このような目的は妥当せず，かつ，当該特
別の場合に限って，一般的な実現主義とは異なる基準により収益の認識を
判断することは，公平な課税を阻むことになりかねないのであるから，原
告の主張は理由がない。
イ原告は，本件不動産流動化取引に係る会計処理についての本件行政指導
及び本件課徴金納付命令における証券取引等監視委員会及び金融庁の見解
を前提とすれば，税務処理においてもこれと同じく金融取引処理を前提と
した処理をすべきであり，豊島税務署長等が売却取引処理を前提とした税
務処理をすべきとすることは，行政判断のダブルスタンダードというべき
ものであって，法的安定性，公平性及び予測可能性の見地から著しく不当
である旨を主張する。
しかし，前記(1)に述べたとおり，法人税法２２条４項は，税制の簡素
化のための規定であり（なお，後記ウ(ｲ)も参照），同法の企図する公平
な所得の金額の計算という要請に反するものでない限り企業会計の基準を
是認しているにすぎないのであるから，金商法に基づき投資者の保護を目
的として企業内容の開示基準を定める企業会計と判断基準が異なるとして
も，それは合理的な理由に基づくものといえる。また，不動産流動化実務
指針の下，特別目的会社を利用した不動産の流動化取引だけを特別扱いす
ることが，課税の公平性を失することになりかねないことも，前記(1)に
述べたとおりである。
さらに，法人税法の収益の計上の時期については，実現主義に基づいた
権利確定主義という原則を一貫して法令及び通達において明確に定めてい
るところであり，現に，原告も，被告が主張する売却取引処理を前提とす
る所得の金額の計算の方法により法人税の確定申告をしていたのであるか
ら，法的安定性及び予測可能性の見地からみて不当であるとする原告の主
張は失当である。
ウ(ｱ)原告は，税会計処理基準の解釈に係る被告の主張について，法律の解
釈において最も尊重されるべき文理解釈に従えば，法人税法２２条４項
の税会計処理基準は，企業会計における公正会計慣行と一致し，純然た
る企業会計固有の立場から公正妥当といえる会計処理の基準を指すもの
と解するほかなく，同法固有の観点のみをもって，税会計処理基準が公
正会計慣行と異なるものと解釈する余地はない旨を主張する。
しかし，被告は，以下に述べるとおり，同項にいう税会計処理基準の
判断に当たっては，租税法の目的である租税の公平負担の原則に沿うよ
うに，その基準ないし慣行が全ての納税者において画一的かつ統一的な
規範となり得るものかどうかを考慮しなければならないと主張するもの
である（なお，同項の税会計処理基準と旧商法３２条２項の公正会計慣
行が一致する旨をいう原告の主張は，企業会計上の公正妥当な会計処理
の基準〔公正会計基準〕は税会計処理基準に該当する旨をいうものと解
される。）。
(ｲ)法人税法２２条４項の立法経緯について，同法上の課税所得と企業の
利益との調整の問題は，古くから議論されており，経済安定本部企業会
計基準審議会（現在の企業会計審議会の前身）は，昭和２７年６月１６
日付けの中間報告（乙２２）において，企業会計原則を重視する見地か
らの税法との調整を要望し，これについて，税務当局は，同年７月，
「税法においては課税所得に対する固有の理論があるのであるから，企
業会計原則と税法の課税原則との間に本質的に一致に至らない部面のあ
ることはやむをえない」とする通達（乙２６）を発出して，同意見書の
内容については，更に十分な検討が必要であるとの見地に立っていた。
その後，多くの議論を経て，企業会計審議会は，昭和４１年１０月１
７日付けの中間報告（乙２７）において，「企業の採用する会計方法が
不適正なものでない限り，企業利益を課税所得の基礎とすることが適当
である」として，その趣旨を踏まえた同法の所得の金額の計算の総則的
な規定を設けることを提言し，こうした提言等に呼応して，政府税制調
査会は，同年９月の中間報告（乙２８）において，「税法においては，
企業会計に関する計算原理規定は除外して，必要最小限度の税法独自の
計算原理を規定することが適当である」とした上で，同年１２月，その
旨の「税制簡素化についての第一次答申」を発表した。
法人税法２２条４項の税会計処理基準は，上記の経緯を経て昭和４２
年に創設された規定であり，税制の簡素化にその狙いがあったというこ
とができる。
(ｳ)法人税法２２条４項の規定が創設されたことにより，企業会計と税法
との調整が図られたが，同項の「一般に公正妥当と認められる会計処理
の基準」との規定は，同法固有の概念として定められたものであり，企
業会計における公正処理基準と完全に一致するものではなく，このこと
は，その立法趣旨に照らしても明らかである。
すなわち，同項の規定が創設された趣旨については，「企業が会計処
理において用いている基準ないし慣行のうち，一般に公正妥当と認めら
れないもののみを税法で認めないこととし，原則としては企業の会計処
理を認めるという基本方針を示したもの」（国税庁「昭和４２年改正税
法のすべて」。乙３０）とされているところであり，また，税会計処理
基準は，租税法規や通達，商法の計算規定，企業会計原則等の諸規定や
裁判例を通じて集積された健全な会計慣行から帰納的に醸成されるもの
との指摘（乙２９）もされている。
さらに，税法が「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」と定
義したことについては，実質的な会計処理を重視する立場から「企業会
計の基準」としなかったものである等の指摘（乙３１）がされているし，
公正会計基準が必ずしも税会計処理基準と一致するものではないことは，
学説（乙３２）上も認められている。
加えて，法人税法，商法及び企業会計原則の三者の会計処理について，
最近においては，それら個々の独自性が強調される傾向にあるところ，
これら三者の会計が，それらの目的の違いから，必ずしも一致するもの
ではないことは，租税法の分野のみならず，商法（会社法）の分野にお
いても認められており，株式会社の会計の原則について定める会社法４
３１条に規定する「一般に公正妥当と認められる企業会計の慣行」と公
正会計基準との関係は，税会計処理基準と公正会計基準との関係と異な
るものではなく，ある会計慣行が上記の規定に定めるものに当たるかど
うかは，一般的には，会社法の計算規定の目的，すなわち会社の財産及
び損益の状況を明らかにするという目的に照らして判断されることとな
るとされている（乙３４）。
これらのことからすれば，税会計処理基準が公正処理基準に該当する
か否かは，租税の公平負担の原則に沿うという租税法の目的に照らして
判断されると解することは，何ら不自然なことではない。
(ｴ)公正会計基準は，証券市場における投資者の保護のため，有価証券の
公募をする会社や上場会社等の情報を開示することを目的として準拠す
べき基準として設けられているものであり，企業会計における国際会計
基準の導入もその例外ではなく，最近の企業会計基準の改正は，そのほ
とんどが国際会計基準との調和を図るものである。
この国際会計基準の導入については，会計基準の国際化が法人税の所
得の金額の計算に与える影響を踏まえた検討がされているが，例えば，
日本公認会計士協会が平成２２年５月１８日に公表した報告書（乙３
５）では，企業会計において国際会計基準を導入した場合，法人税法が
当該基準に歩み寄らなければかい離が進むと考えられるとされているの
であって，当該基準が直ちに同法にいう税会計処理基準と一致するもの
ではないことは当然の前提とされている。
また，中小企業の会計については，金商法の要請によって改正されて
きた「各種の企業会計基準とは別に，実務上の簡便性に配慮した会計処
理指針が要請され，それが制度としても確立されつつある」（甲９）と
されているところ，中小企業であっても大企業であっても公平な所得の
金額の計算を求めなければならない税務執行において，これらの会計基
準がそれぞれ税会計処理基準となり得るか否かを慎重に判断する必要が
あることは当然である。
このように，法人税法２２条４項は，その創設時点においてさえ，公
正会計基準の全てを受け入れていたわけではない。そして，今日におい
ては，企業会計がその固有の目的を重視する傾向にあるため，各種の公
正会計基準について，税法独自の観点からのスクリーニングをする必要
性は増していると考えられる。
(ｵ)これまでに述べたとおり，税会計処理基準は法人税法固有の基準であ
る。
したがって，税会計処理基準は，租税法の目的である租税の公平負担
の原則に沿うために，全ての納税者に画一的かつ統一的な規範である必
要があるのであって，税会計処理基準に該当するか否かは，その目的に
照らして判断されるべきである（なお，最高裁平成５年判決の原審にお
いても，その旨の判示がされている。）。
(ｶ)原告は，公正会計基準として定められている処理について，法人税法
上，別段の定めがないにもかかわらず，課税の公平の観点から，同法２
２条４項の税会計処理基準に該当しないと解することは極めて不当であ
るとして，不確定な概念の解釈により，企業会計において定められてい
る会計処理が課税標準等の計算に採用できないとして否定されることは，
租税法律主義の観点から許されないとする趣旨と解される主張をする。
しかし，複雑な社会経済関係から，あるいは税負担の公平を図る等の
趣旨から，不確定な概念を課税要件の一部とせざるを得ない場合でも，
租税法の趣旨・目的に照らす等して厳格に解釈し，そのことによって当
該条項の意義が確定的に明らかにされるのであれば，その条項に従って
課税要件の当てはめをすることは，租税法律主義に何ら反するものでは
ない（最高裁平成２４年判決における須藤正彦裁判官の補足意見参照）。
同法２２条４項の「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」と
の文言については，既に述べたところに照らして解釈すれば，それが，
企業が会計処理において用いる基準ないし慣行であって，かつ，公平な
所得の金額の計算等の同法独自の観点からみても，全ての納税者におい
て画一的かつ統一的な規範となり得るものを意味することは明白である。
加えて，本件では，被告が主張する取扱いは，法令及び通達において
明らかにされており，原告もこれを前提とした納税申告をしていたので
あるから，何ら予見可能性を害さず，その意味でも租税法律主義には反
しない。
エ(ｱ)原告は，不動産の譲渡による収益の計上の時期について，原則として
引渡し基準によるべきであるとの被告の主張に対し，いかなる場合が例
外に当たるのか明らかでなく，不動産流動化実務指針が当該例外に当た
るのかも検討していない旨を主張する。
しかし，法人税の所得の金額の計算における不動産の譲渡に係る収益
の計上の時期については，原則として引渡し基準によることとされるが，
現行の取扱いとしては，その固定資産が土地，建物その他これらに類す
る資産である場合においては，当該固定資産の譲渡に関する契約の効力
の発生の日の属する事業年度の益金の額に算入することも認められてい
る（法人税基本通達２－１－１４〔乙３６〕）。
これは，「引渡し」といっても，これが外形上明らかでないことが多
いため，客観的にみて規範性，合理性のある実現主義ないし権利確定主
義の基準として，譲渡契約の効力の発生の日に収益に計上するという，
いわゆる「契約基準」によることを認めるというものであり，一般的な
会計慣行としても確立しており，課税上の弊害も見いだせないところで
ある。
これに対し，同指針の取扱いについては，後記(ｲ)でも述べるとおり，
一定の取引に限って，一般的な実現主義（権利確定主義）とは異なるリ
スク・経済価値アプローチによる収益の認識をするというものであり，
実現主義（権利確定主義）の範囲から外れた基準というべきであって，
このような実現主義（権利確定主義）の例外というべき同指針の取扱い
を，「別段の定め」もなく，認めることは，租税の公平負担の見地から
認められるものではない。
(ｲ)原告は，①最高裁平成５年判決が税会計処理基準に該当するものが複
数存在し得ることを認めているとした上で，②不動産流動化実務指針は，
実現主義ないし権利確定主義の観点から合理的といえる「リスク・経済
価値アプローチ」による収益計上の基準を採用したものであるから，実
現主義ないし権利確定主義に沿う会計処理基準といえるもので，課税の
公平に反することにはならない旨を主張する。
しかし，①最高裁平成５年判決が収益の計上の時期に係る複数の合理
的な基準が存在し得ることを認めているとしても，そもそも，このよう
な複数の基準は，実現主義の範囲内で認められるものである。本件にお
ける不動産流動化実務指針による取扱いは，現に信託財産である不動産
の譲渡がされ，権利関係が移転し，その代金も授受しているにもかかわ
らず，これを金融取引として取り扱うというものであり，単に収益の計
上の時期を問題とするものではなく，会計処理の前提として，法人税法
上の所得の認識の前提となる納税者の締結した契約等の私法上の法律関
係までも変更するものであり，実現主義（権利確定主義）の範囲から外
れるものであるから，収益の計上の時期に係る複数の基準が存在すると
しても，そのことは，同指針の取扱いが税会計処理基準として認められ
ることの根拠となるものではない。
また，②同指針が採用するリスク・経済価値アプローチは，税務上の
収益の認識の基準とされてきた「財貨の移転」等と「対価の成立」の２
つの要件による基準とは異なる。一般的な実現主義の考え方を基礎とし
た権利確定主義の基準からすれば，財貨の移転がされ，対価としての代
金が既に受領されている本件においては，収入すべき権利が確定し，収
益が実現したものとして，その代金の額を収益に計上すべきこととなる。
不動産売買取引に係る企業会計にあっては，投資者保護のために特に
必要な分野に限って一般的な実現主義とは異なる基準で収益の計上がさ
れているが，これは，同様の経済的状況にあれば同様の課税をするとい
う意味での公平な所得の金額の計算を重視する税会計処理基準とは合致
しないものであり，同指針の適用対象となる取引についてのみ，一般的
な実現主義と異なる収益の計上の基準を用いることは，税会計処理基準
に適合しないというべきである。
(ｳ)原告は，子会社を考慮するという基準による会計処理を前提とした所
得の金額の計算を法人税法が想定していないことと，同法の企図する公
平な所得の金額の計算という要請に反する等の弊害がある会計処理の方
式は税会計処理基準に該当しないとすることとの関係が不明である旨を
主張する。
しかし，同法は，連結納税やグループ法人税制については，「別段の
定め」を設けている（同法８１条の１０等）ものの，それ以外の法人間
の売買取引については，子会社との取引であっても，譲渡損益を繰り延
べる旨の規定はなく，グループ会社を一体と見る規定も設けていない。
「別段の定め」のない資本関係のあるグループ会社間の売買取引につ
いては，第三者間の売買取引の場合と同様に取り扱うのが同法の原則で
あり，それが税会計処理基準の内容を成すものであるから，本件におい
て，本件信託受益権の譲受人の出資者に譲渡人の子会社が含まれていた
からといって，真正に成立した譲渡契約において，あえて譲渡に係る収
益を認識しないとすることは，税会計処理基準に反するものである。
(ｴ)原告は，取引の当事者間において会計処理が異なることは，しばしば
生じ得る事態であるとして，法人税基本通達１２の５－２－３（甲１
０）を挙げる。
しかし，同通達の取扱いは，法人税法６４条の２第２項の規定の適用
を受けるいわゆるリースバック取引について定めたものである。
すなわち，リースバック取引においては，資産の売買はなかったもの
とし，かつ，譲受人から譲渡人に金銭の貸付けがあったものとして所得
の金額の計算をすることとされており，その結果，リース料として一体
として支払われる金額について，これを貸付金の返済の部分と利息に相
当する部分とに区分した会計処理をする必要があるところ，その計算が
複雑であるため，本来の厳密な処理（いわゆる利息法）とは別に簡便な
処理（いわゆる定額法）をも合理的な方法として認めたものである。こ
のように，リースバック取引についての取扱いは，譲渡人も譲受人も当
該取引を金融取引と取り扱うことを前提に，同項の規定する計算方法の
範囲内で，細目的な部分につき，企業会計基準における取扱いと合わせ
る形で認められているものであり，不動産流動化実務指針が税会計処理
基準として許容されるか否かとは次元の異なる問題というべきである。
第３当裁判所の判断
１本件信託受益権の譲渡を含む本件不動産流動化取引に係る法人税法上の会計
処理の在り方について
(1)法人税法は，資産又は事業から生ずる収益に係る法律関係を基礎に，それ
が実質的には他の法人等がその収益として享受するものであると認められる
場合を除き，当該収益が法律上帰属する主体に着目して，法人税の課税に係
る同法の規定の適用の在り方を決するものとするところ（同法１１条），旧
法人税法１２条１項本文は，別紙「関係法令等の定め」２(1)記載のとおり，
信託財産に帰せられる収入及び支出について，受益者が特定している場合は，
その受益者が当該信託財産を有するものとみなして，法人税法の規定を適用
する旨を定めているが（なお，平成１９年法律第６号附則３４条の規定によ
り，本件信託契約に係る信託については，上記の規定が適用される。），こ
れは，信託が，財産の所有及びその管理等とその利益とを分離して，信託の
利益を受益者に享受させるものである（平成１８年法律第１０９号による改
正前の公益信託に関する法律〔いわゆる旧信託法〕１条，４条，７条，信託
法２条１項，５項ないし７項参照）ことから，このような実質に即し，法人
税法上，信託財産に帰せられる収入及び支出は受益者に帰属するものとして
取り扱うこととしたものと解される（なお，土地信託に関する通達３－１及
び３－２参照）。
そして，本件不動産流動化取引の経緯は，前提事実(2)及び(3)のとおりで
あり，平成１４年８月期から本件事業年度までの間の原告の各事業年度にお
いて，原告については，本件信託受益権譲渡契約及び本件買戻契約に基づく
本件信託受益権の各譲渡を含む本件不動産流動化取引及びその終了に係る取
引により，それらの取引に関してされた合意により形成された法律関係に従
って，本件信託受益権の譲渡の対価その他の各種の収入があったが，それら
が実質的には他の法人等がその収益として享受するものであったことや，上
記の各合意の内容と取引の実態との間にそごがあったこと等をうかがわせる
証拠ないし事情は見当たらない。その上で，原告は，前提事実(4)アに述べ
たように，上記のように既に収益として実現済みであるその収入したところ
を，旧法人税法１２条１項本文，法人税法２２条２項等の規定に従い，それ
らを収入する原因となった法律関係に従って，有償による本件信託受益権の
譲渡等の取引に係る各事業年度の収益の額に当たるものとして，各金額を当
該事業年度の益金の額に算入するなどし，各事業年度の所得の金額を計算し
て，法人税の確定申告をしたものである。
(2)アところで，本件においては，本件不動産流動化取引に係る会計処理につ
いて，前提事実(4)イのとおり，金融取引処理を前提とした会計処理をす
べきである旨の判断の下に本件行政指導及び本件課徴金納付命令がされて
おり，原告も，財務諸表等規則に基づく子会社の認定に誤りがあった等と
して，不動産流動化実務指針に従った内容の金融取引処理を前提とした過
年度の会計処理の訂正等をしたものであるところ，法人税の課税標準であ
る各事業年度の所得の金額の計算について，法人税法２２条４項は，別紙
「関係法令等の定め」２(2)ウ記載のとおり，益金の額の算定の基礎であ
る収益の額並びに損金の額の算定の基礎である原価，費用及び損失の額は，
「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」（税会計処理基準）に従
って計算されるものとする旨を定めている。
イ①法人税法２２条４項の定めは，税法といわゆる企業会計原則との調整
に関する議論を経て，政府税制調査会が，昭和４１年９月，「税制簡素化
についての中間報告」において，課税所得は，本来，税法・通達という一
連の別個の体系のみによって構成されるものではなく，税法以前の概念や
原理を前提とするものであるが，絶えず流動する社会経済の事象を反映す
る課税所得については，税法において完結的にこれを規制するよりも，適
切に運用されている会計慣行に委ねることの方がより適当と思われる部分
が相当多く，このような観点を明らかにするため，税法において，課税所
得は納税者たる企業が継続して適用する健全な会計慣行によって計算する
旨の基本規定を設けるとともに，税法においては，企業会計に関する計算
原理規定は除外して，必要最小限度の税法独自の計算原理を規定すること
が適当である旨の「税制簡素化についての中間報告」を発表し，次いで，
同年１２月，これと同旨の「税制簡素化についての第一次答申」を発表し
たことを受け，昭和４２年度の税制改正において新設されたものであり
（乙２０，２２，２６，２７ないし２９），②同項の税会計処理基準とは，
客観的な規範性を有する公正妥当と認められる会計処理の基準を意味し，
企業会計の実務の中に慣習として発達したものの中から一般に公正妥当と
認められたところを要約したものとされるいわゆる企業会計原則をいうも
のではなく，同項は，企業が会計処理において用いている基準ないし慣行
のうち，一般に公正妥当と認められないもののみを税法で認めないことと
し，原則としては企業の会計処理を認めるという基本方針を示したもので
ある（甲１１，乙２９，３０）。
このような同項の立法の経緯及び趣旨のほか，同項が，「企業会計の基
準」等の文言を用いず，「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」
と規定していることにも照らせば，同項は，同法における所得の金額の計
算に係る規定及び制度を簡素なものとすることを旨として設けられた規定
であり，現に法人のした収益等の額の計算が，適正な課税及び納税義務の
履行の確保を目的（同法１条参照）とする同法の公平な所得計算という要
請に反するものでない限り，法人税の課税標準である所得の金額の計算上
もこれを是認するのが相当であるとの見地から定められたものと解され
（最高裁平成５年判決参照），法人が収益等の額の計算に当たって採った
会計処理の基準がそこにいう「一般に公正妥当と認められる会計処理の基
準」（税会計処理基準）に該当するといえるか否かについては，上記に述
べたところを目的とする同法の独自の観点から判断されるものであって，
企業会計上の公正妥当な会計処理の基準（公正会計基準）とされるものと
常に一致することを前提とするものではないと解するのが相当である（な
お，同法，商法及び企業会計原則の三者の会計処理において，近年，それ
らの間の差異を縮小する調整よりも，それらの各会計処理それぞれの独自
性が強調され，三者間のかい離が進んでいる旨の指摘〔乙２０〕や，企業
会計にいわゆる国際会計基準を導入した場合，企業会計の指向と法人税の
理念とが相反することが予想される旨の日本公認会計士協会の研究報告
〔乙３５〕があり，同項の税会計処理基準が公正会計基準と常に一致する
ものではないことは，一般に当然の前提として理解されているものという
ことができる。）。
ウそして，不動産流動化実務指針が税会計処理基準に該当するか否かにつ
いては，同指針は，別紙「関係法令等の定め」３記載のとおり，①特別目
的会社を活用した不動産の流動化（不動産を特別目的会社に譲渡する〔不
動産の信託に係る受益権を譲渡した場合を含む。同指針１９項〕ことによ
り，当該不動産を資金化することをいう。同指針２項）に係る譲渡人の会
計処理についての取扱いを統一するために取りまとめられたものであり
（同指針１項），②当該不動産を売却したものとする取扱いをするか否か
については，当該不動産が法的に譲渡されていること及び資金が譲渡人に
流入していることを前提に，「リスク・経済価値アプローチ」によって判
断するものとし（同指針３項），③具体的には，当該不動産が特別目的会
社に適正な価額で譲渡されており，かつ，当該不動産のリスク（経済環境
の変化等の要因によって当該不動産の価値が下落することをいう。同指針
４項）及びその経済価値（当該不動産を保有，使用又は処分することによ
って生ずる経済的利益を得る権利に基づく価値をいう。同項）のほとんど
全てが譲受人である特別目的会社を通じて他の者に移転していると認めら
れる場合には，譲渡人は当該不動産の譲渡を売却取引として会計処理する
が，そのように認められない場合には，譲渡人は当該不動産の譲渡を金融
取引として会計処理するものとした上で（同指針５項），④このリスク及
び経済価値の移転の判断については，譲渡人に残るリスク負担割合がおお
むね５％の範囲内であれば，不動産のリスク及びその経済価値のほとんど
全てが他の者に移転しているものとして取り扱い（同指針１３項），⑤そ
の際，譲渡人の子会社等が特別目的会社に出資をしていること等により，
当該子会社等が当該不動産に関する何らかのリスクを負っている場合には，
当該子会社等が負担するリスクを譲渡人が負担するリスクに加えてリスク
負担割合を判定するものとする（同指針１６項）旨を定めている。
このように，同指針は，その対象を同指針にいう特別目的会社を活用し
た不動産の流動化がされた場合に限って，当該不動産又はその信託に係る
受益権の譲渡人の会計処理についての取扱いを定めたものであり，当該不
動産又はその信託に係る受益権の譲渡を当該不動産の売却として取り扱う
べきか否かについて，当該不動産等が法的に譲渡され，かつ，その対価を
譲渡人が収入しているときであっても，なお，子会社等を含む譲渡人に残
された同指針のいう意味での不動産のリスクの程度を考慮して，これを金
融取引として取り扱うことがあるとしたものである。
他方，法人税法は，既に述べたとおり，適正な課税及び納税義務の履行
を確保することを目的とし，資産又は事業から生ずる収益に係る法律関係
を基礎に，それが実質的には他の法人等がその収益として享受するもので
あると認められる場合を除き，基本的に収入の原因となった法律関係に従
って，各事業年度の収益として実現した金額を当該事業年度の益金の額に
算入するなどし，当該事業年度の所得の金額を計算すべきものとしている
と解されるところ，当該事業年度の収益等の額の計算に当たり，本件にお
けるように，信託に係る受益権が契約により法的に譲渡され，当該契約に
定められた対価を現に収入した場合（この場合に同法上収益の実現があっ
たと解すべきことは明らかである。）において，それが実質的には他の法
人等がその収益として享受するものであると認められる場合ではなくても，
また，同法において他の法人との関係を考慮することができると定められ
たときにも当たらないにもかかわらず，なお，他の法人との関係をも考慮
し，当該収入の原因となった法律関係を離れて，当該譲渡を有償による信
託に係る受益権の譲渡とは認識せず，専ら譲渡人について，当該譲渡に係
る収益の実現があったとしないものとする取扱いを定めた同指針について
は，既に述べたところを目的とする同法の公平な所得計算という要請とは
別の観点に立って定められたものとして，税会計処理基準に該当するもの
とは解し難いといわざるを得ないものである。
(3)ア原告は，税会計処理基準と公正会計基準が一致する旨をいうものと解さ
れる主張をし，その根拠として，①法人税法２２条４項を，その文理に従
って素直に解釈すれば，税会計処理基準とは公正会計基準をいうものと解
されるし，そのように解した場合に生ずる不都合については，同条２項の
「別段の定め」で対処すべきであり，同法固有の立場から公正会計基準の
一部が税会計処理基準に該当しないとすることは，「別段の定め」を置く
ことが認められた趣旨を没却するものである，②新たな企業会計の基準等
が設けられるにせよ，それらは，少なくとも，一定の範囲で，一定の条件
の下に，税会計処理基準の内容となり得るのであるから，このことは，企
業会計と同法上の税務処理とのかい離を基礎付けるものとはいえない，③
同条４項の立法の経緯や趣旨は，むしろ，税会計処理基準が公正会計基準
と一致すべきものであることを基礎付けるものといえる，④被告の主張に
よれば，税会計処理基準が不確定な概念となることは明らかであり，申告
納税方式の下においては，実質的にも，税会計処理基準の解釈及び適用に
ついて納税者に不可能を強いることとなるものであって，租税法律主義
（課税要件明確主義）に反する旨を，それぞれ主張する。
しかし，原告の上記①及び③の各主張に関する当裁判所の判断は，既
に前記(2)に述べたとおりであって，原告のこれらの主張は，いずれも採
用することができず，また，その余の主張についても，既に述べたところ
を前提に検討すれば，次に述べるとおり，いずれも採用することができな
いものというべきである。
すなわち，上記②の点については，新たに設けられた会計処理の基準
が公正会計基準に適合するものであったとしても，それが税会計処理基準
に該当するか否かは，前記(2)に述べたような法人税法としての観点から
の検討を要するものであるし，税会計処理基準に該当しない会計処理の基
準が生じ得ることは，上記②の原告の主張に照らし，原告も自認するとこ
ろであるから，その主張は，前提を欠くものというべきである。
また，上記④の点についても，本件不動産流動化取引との関係において
不動産流動化実務指針が税会計処理基準に該当するものであるか否かに関
して，前記(2)に述べたように同法２２条４項等の立法の経緯等を踏まえ
た解釈をすることをもって，課税要件明確主義に反するものとはいえない
と解されるし，旧法人税法１２条１項本文の規定や土地信託に関する通達
３－１及び３－２の定めがあったことに照らせば，前記(2)のように解釈
することをもって，申告納税制度の下における納税者に極めて困難な判断
を求めるものであるとか，予見可能性を害するものであるなどと評価する
ことも困難というべきである（なお，本件信託受益権の各譲渡について，
原告が本件信託財産である不動産を譲渡したものとする各確定申告をして
いたことは，前提事実(4)アのとおりである。）。
イ原告は，不動産流動化実務指針が税会計処理基準に該当するものである
旨を主張し，その根拠として，①法人税法が採る実現主義ないし権利確定
主義の立場に沿う会計処理基準は複数存在し得るところ，同指針は，実現
主義ないし権利確定主義の観点から合理的なものといえる「リスク・経済
価値アプローチ」の基準を採用したものであり，実現主義ないし権利確定
主義を採る税会計処理基準に該当するといえる，②同指針が，子会社等の
リスクを考慮してリスク負担割合を判定するものとしていることは，同指
針が税会計処理基準に該当しないものであることを基礎付けるものではな
く，仮に，子会社等のリスクを考慮することに問題があるとしても，それ
は同法２２条２項の「別段の定め」で対処すべきであるのにそれがされて
いないことによる結果である，③同指針の取扱いを前提とした会計処理を
した場合に譲渡人と譲受人との間での税務処理が異なることがあるとして
も，そのような事態は同法上しばしば生ずることであり，現に，法人税基
本通達１２の５－２－３（甲１０）もそのような税務処理を認めている旨
を，それぞれ主張する。
しかし，原告の上記①及び②の各主張に関する当裁判所の判断は，既
に前記(2)に述べたとおりであって，原告のこれらの主張は，いずれも採
用することができない。
また，原告の上記③の主張についても，既に述べたところを前提に検討
すれば，やはり採用し難いものというべきであり，原告が根拠として掲げ
る同通達の定めについても，金銭の貸借とされるリース取引について定め
る同法６４条の２第２項の規定の適用がある場合に，当該リース取引が金
融取引（金銭の貸付け）として取り扱われることに伴い，その譲渡人が譲
受人に支払う金額については，本来であれば通常の金融取引における元本
と利息の区分計算の方法に準じた処理をすべきところ，これとは異なる一
定の簡便な処理を認めたものであり，当該譲渡人及び譲受人が，当該リー
ス取引が金融取引であることを前提に，元本と利息の区分計算の方法につ
いてそれぞれ異なる処理をすることを認めるにとどまるものであるから，
その適用の対象となる場合と事案を明らかに異にする本件に直ちに妥当す
るものではなく，前記(2)に述べた当裁判所の判断を左右するには足りな
いものというべきである。
なお，原告は，本件不動産流動化取引に係る会計処理について売却取引
処理を前提とした税務処理をすべきであるとすることは，本件行政指導及
び本件課徴金納付命令における証券取引等監視委員会及び金融庁の見解と
異なるものであるから，行政判断のいわゆるダブルスタンダードというべ
きものというべきであって，著しく不当である旨を主張するが，適用され
る法律の定めが相違することを考慮することなくされたその主張を採用す
ることができないことは，既に述べたところに照らして明らかというほか
ない。
(4)以上に述べたとおり，本件不動産流動化取引との関係において，不動産流
動化実務指針は，法人税法２２条４項の税会計処理基準には該当せず，また，
当該取引について原告の主張するような取扱いをすべき同条２項の別段の定
めは見当たらない。
２本件通知処分の適法性
前記１に述べたところからすると，本件更正請求において更正の請求をする
理由とされたところは，通則法２３条１項１号所定の更正の事由に該当しない
から，本件更正請求について更正をすべき理由がないとしてされた本件通知処
分は，適法なものというべきである。
第４結論
以上の次第であって，原告の請求は理由がないからこれを棄却することとし，
主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官田中一彦
裁判官塚原洋一
（別紙）
関係法令等の定め
１通則法
通則法２３条１項は，納税申告書を提出した者は，同項各号のいずれかに該
当する場合には，当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り，
税務署長に対し，その申告に係る課税標準等又は税額等につき更正をすべき旨
の請求をすることができる旨を定めている。
１号当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する
法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことによ
り，当該申告書の提出により納付すべき税額が過大であるとき。
２号及び３号省略
２法人税法
(1)法人税法１２条１項本文（ただし，平成１９年法律第６号による改正前
のもの。以下「旧法人税法１２条１項本文」という。）は，信託財産に帰
せられる収入及び支出については，同項各号に掲げる場合の区分に応じ，
当該各号に定める者がその信託財産を有するものとみなして，この法律の
規定を適用する旨を定めている。
１号受益者が特定している場合その受益者
２号省略
(2)ア法人税法２２条２項は，内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上
当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は，別段の定めがあるものを
除き，資産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無
償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該
事業年度の収益の額とする旨を定めている。
イ法人税法２２条３項は，内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上
当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は，別段の定めがあるものを
除き，同項各号に掲げる額とする旨を定めている。
１号当該事業年度の収益に係る売上原価，完成工事原価その他これら
に準ずる原価の額
２号同項１号に掲げるもののほか，当該事業年度の販売費，一般管理
費その他の費用の額
３号当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの
ウ法人税法２２条４項は，同条２項に規定する当該事業年度の収益の額
及び同条３項各号に掲げる額は，一般に公正妥当と認められる会計処理
の基準（以下「税会計処理基準」という。）に従って計算されるものと
する旨を定めている。
３昭和６１年７月９日付け直審５－６ほか国税庁長官通達「土地信託に関する
所得税，法人税並びに相続税及び贈与税の取扱いについて」（ただし，平成１
９年６月２２日付け課審１－１６ほかによる廃止前のもの。乙１。以下「土地
信託に関する通達」という。）
(1)土地信託に関する通達３－１は，土地信託においては，信託の設定による
委託者から受託者への信託財産の移転又は信託の終了に伴う受託者から受益
者への信託財産の移転は，法人税に関する法令の規定の適用上，資産の譲渡
又は資産の取得には該当しないことに留意する旨を定めている。
(2)土地信託に関する通達３－２は，信託受益権の譲渡が行われた場合には，
その信託受益権の目的となっている信託財産の構成物の全部（譲渡された信
託受益権が割合をもって表示されているものであるときは，当該各構成物の
うちその割合に相当する部分）が一括して譲渡されたものとして取り扱う旨
を定めている。
４平成１２年７月３１日付け日本公認会計士協会「特別目的会社を活用した不
動産の流動化に係る譲渡人の会計処理に関する実務指針」（甲６。以下「不動
産流動化実務指針」という。）
(1)不動産流動化実務指針１項は，同指針は，特別目的会社を活用した不動産
の流動化に係る譲渡人の会計処理について，その取扱いを統一するために必
要と認められる事項を実務指針として取りまとめたものである旨を定めてい
る。
(2)不動産流動化実務指針２項は，特別目的会社とは，資産の流動化に関する
法律２条３項に規定する特定目的会社及び事業内容の変更が制限されている
これと同様の事業を営む事業体をいい，特別目的会社を活用した不動産の流
動化とは，特別目的会社に不動産を譲渡することにより，当該不動産を資金
化することをいう旨を定めている。
(3)不動産流動化実務指針３項は，不動産の売却の認識は，不動産が法的に譲
渡されていること及び資金が譲渡人に流入していることを前提に，譲渡不動
産のリスクと経済価値のほとんど全てが他の者に移転した場合に当該譲渡不
動産の消滅を認識する方法，すなわち，リスク・経済価値アプローチによっ
て判断することが妥当である旨を定めている。
(4)不動産流動化実務指針４項は，不動産のリスクとは，経済環境の変化等の
要因によって当該不動産の価値が下落することであり，不動産の経済価値と
は，当該不動産を保有，使用又は処分することによって生ずる経済的利益を
得る権利に基づく価値をいう旨を定めている。
(5)不動産流動化実務指針５項は，不動産が特別目的会社に適正な価額で譲渡
されており，かつ，当該不動産に係るリスクと経済価値のほとんど全てが譲
受人である特別目的会社を通じて他の者に移転していると認められる場合に
は，譲渡人は不動産の譲渡取引を売却取引として会計処理し（前段），不動
産が特別目的会社に適正な価額で譲渡されているが，当該不動産に係るリス
クと経済価値のほとんど全てが譲受人である特別目的会社を通じて他の者に
移転していると認められない場合には，譲渡人は不動産の譲渡取引を金融取
引として会計処理する（後段）旨を定めている。
(6)不動産流動化実務指針１３項は，流動化された不動産のリスクと経済価値
のほとんど全てが譲受人である特別目的会社を通じて他の者に移転している
ことを売却の認識の要件としたが，流動化スキームの構成上重要でない一部
のリスクが譲渡人に残ることが避けられない場合にまで，売却取引として会
計処理することを妨げることは実務上適切ではなく（前段），リスクと経済
価値の移転についての判断に当たっては，リスク負担を流動化する不動産が
その価値の全てを失った場合に生ずる損失であるとして，リスク負担割合
（流動化する不動産の譲渡時の適正な価額〔時価〕に対するリスク負担の金
額の割合をいう。以下「リスク負担割合」という。）によって判定し，リス
ク負担割合がおおむね５％の範囲内であれば，リスクと経済価値のほとんど
全てが他の者に移転しているものとして取り扱う（後段）旨を定めている。
(7)不動産流動化実務指針１６項は，不動産の流動化スキームにおいて譲渡人
の子会社又は関連会社が特別目的会社に出資を行っていること等により，当
該子会社又は関連会社が当該不動産に関する何らかのリスクを負っている場
合には，当該子会社又は関連会社が負担するリスクを譲渡人が負担するリス
クに加えてリスク負担割合を算定して判断する旨を定めている。
(8)不動産流動化実務指針１９項は，不動産信託受益権の譲渡についても，不
動産を特別目的会社に譲渡することによる流動化の場合と同様に，リスク・
経済価値アプローチに基づいて会計処理をし（前段），不動産信託受益権の
譲渡は，通常，信託財産である不動産を譲渡した場合と同一の効果を生ずる
ことから，譲渡人(委託者)が譲渡した信託受益権に含まれている不動産のリ
スクと経済価値の状況に基づいて，売却取引として会計処理を行うべきか否
かを判断することとなる旨を定めている。
以上

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