戻る

平成２３年８月１９日判決言渡同日原本領収裁判所書記官
平成２０年（ワ）第２８９６７号特許権侵害差止等請求事件
口頭弁論終結日平成２３年５月１９日
判決
大阪府茨木市＜以下略＞
原告株式会社日本生物科学研究所
同訴訟代理人弁護士竹田稔
同木村耕太郎
同服部謙太朗
東京都千代田区＜以下略＞
被告株式会社ホンダトレーディング
同訴訟代理人弁護士田中康久
同園部洋士
同林太郎
同眞鍋涼介
同伊藤周作
同訴訟復代理人弁護士片岡直輝
同訴訟復代理人弁理士岡田希子
同補佐人弁理士飯塚雄二
同田治米惠子
同柿本邦夫
主文
１原告の請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
１被告は，別紙被告製品目録記載の食品を製造し，販売してはならない。
２被告は，被告が保管する第１項記載の食品を廃棄せよ。
３仮執行宣言
第２事案の概要
本件は，「納豆菌培養エキス」に関する特許権を有する原告が，被告に対し，
被告が製造販売する別紙被告製品目録記載の食品（以下「被告製品」という。）
が，上記特許権に係る発明の技術的範囲に属し，上記特許権を侵害すると主張
して，特許法１００条１項，２項に基づき，被告製品の製造販売の差止及び廃
棄を求める事案である。
１前提となる事実（争いのない事実以外は，証拠を項目の末尾に記載する。た
だし，書証は枝番を含む。）
(1)原告の特許権（甲３，４）
ア原告は，次の特許権（以下「本件特許権」といい，本件特許権に係る特
許を「本件特許」という。）を有している。
特許番号特許第３８８１４９４号
発明の名称納豆菌培養エキス
出願日平成１２年４月２１日
登録日平成１８年１１月１７日
特許請求の範囲
請求項１（請求項１に係る発明を「本件発明」という。）
「ナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを
含有する納豆菌培養液またはその濃縮物を含む，ペースト，粉末，顆粒，
カプセル，ドリンクまたは錠剤の形態の食品。」
イ本件特許に係る明細書（以下「本件明細書」という。）によると，本件
発明は，血栓溶解酵素であるナットウキナーゼを含有するが，血液凝固因
子であるビタミンＫ２をほとんどあるいは全く含有しない食品に関する
ものであり（段落【０００１】），従来，納豆菌が血栓溶解酵素であるナ
ットウキナーゼを生産し，ナットウキナーゼは，それ自身が線溶酵素とし
て作用することが知られており，食品として摂取されると，血栓を溶解す
る（段落【０００２】）ことから，ナットウキナーゼを多量に含む食品が
販売されている（段落【０００３】）が，他方で，納豆菌は，培養によっ
てビタミンＫ２を多く生産し，ビタミンＫ２は，血液凝固系の必須成分と
して知られており（段落【０００４】），血栓予防のため，ビタミンＫ依
存性凝固因子の合成抑制剤を服用している患者が，血栓予防等を目的とし
て血栓溶解酵素であるナットウキナーゼを含む納豆又は納豆菌培養エキ
スを摂取すると，ビタミンＫ２も同時に摂取することになり，ビタミンＫ
依存性凝固因子の合成抑制剤の効果が打ち消されるという問題点が生じ
るため（段落【０００６】），本件発明は，ナットウキナーゼと，特定の
量以下のビタミンＫ２とを含有する納豆菌培養エキス等を提供し，これに
より，従来のナットウキナーゼを含有する食品が有していた問題点が解決
され，栄養分に優れ，血液凝固因子であるビタミンＫ２がほとんどあるい
は全く含まれないため，ビタミンＫ２の過剰摂取を心配することのないナ
ットウキナーゼ活性が強化され，また，血液凝固系の疾患を有する患者に
も最適な食品が提供される（段落【００１０】）というものである。
(2)訂正請求（甲３５）
原告は，後記のとおり，特許庁に対し，平成２３年２月２４日付けで，本
件発明について特許法１３４条の２に基づく訂正請求をした。訂正に係る請
求項１は，次のとおりである（以下，請求項１の訂正に係る発明を「本件訂
正発明」という。）。
「５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥
重量以下のビタミンＫ２とを含有する納豆菌培養液またはその濃縮物を含
む，ペースト，粉末，顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の形態の食品。」
(3)構成要件の分説
ア本件発明を構成要件に分説すると，次のとおりとなる。
Ａナットウキナーゼと
Ｂ１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを
Ｃ含有する納豆菌培養液またはその濃縮物を含む，
Ｄペースト，粉末，顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の形態の
Ｅ食品。
イ本件訂正発明を構成要件に分説すると，次のとおりとなる。
Ａ’５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼと
Ｂ’１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを
Ｃ’含有する納豆菌培養液またはその濃縮物を含む，
Ｄ’ペースト，粉末，顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の形態の
Ｅ’食品。
(4)被告の行為
被告は，被告製品を製造販売している（なお，被告は，被告製品の販売の
事実は認めるものの，被告製品の製造については第三者に委託して製造させ
ているとしてこれを否認する。しかし，製造委託の事実を法的に評価すれば，
被告自身が製造していることになることは認めている。）。
(5)被告製品の構成
被告製品は，「ａナットウキナーゼと」，「ｂ１μｇ／ｇ乾燥重量以
下のビタミンＫ２とを」，「ｃ含有する納豆菌培養物を含む」，「ｄ粉
末の形態の」，「ｅ食品」である。
なお，原告は，被告製品は「ｂ０．００４６μｇ／ｇ乾燥重量のビタミ
ンＫ２とを」含有する構成であると主張し，被告は，これについて不知とす
るが，「ｂ１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを」含有する構成で
あることについては認めており，上記ｂの構成であることには争いがない。
また，被告は，ｃ～ｅの構成について，不知とするが，被告製品がｃないし
ｅの構成を充足しないことについて特段の主張をしていないので，弁論の全
趣旨により上記の構成と認めるのが相当である。
(6)被告製品の本件発明，本件訂正発明の構成要件充足性
ア被告製品は，本件発明の構成要件Ａ，Ｂ，Ｄ，Ｅを充足する。
なお，被告は，本件発明の構成要件Ｃについて，平成２０年１１月２５
日付け被告準備書面(1)においては，被告製品が，構成要件Ｃを充足する
ことを認めていたが，平成２１年７月１７日付け被告準備書面(5)におい
て，これを争うようになった。
イ被告製品は，本件訂正発明の構成要件Ｂ’，Ｄ’，Ｅ’を充足する（被
告は，本件訂正発明の構成要件充足性について，否認し争うとするが，本
件訂正発明の構成要件と被告製品の構成の対比からすると，構成要件Ｂ’，
Ｄ’，Ｅ’の充足が認められる。）。
(7)無効審判請求及び訂正請求等（甲２０，２３，３５，乙３５～３７）
ア(ア)審判請求人（被告）は，特許庁に対し，平成２０年１１月６日，本
件発明に係る特許についての無効審判を請求したところ（無効２００８
－８００２４６号），特許庁は，平成２１年７月７日付けで請求不成立
の審決をし，その謄本は，同月１７日，審判請求人（被告）に送達され
た。
(イ)審判請求人（被告）は，知的財産高等裁判所（以下「知財高裁」と
いう。）に対し，(ア)の審決について審決取消訴訟を提起したところ（平
成２１年（行ケ）第１０２４０号），知財高裁は，平成２２年９月１５
日付けで請求を棄却する旨の判決を言い渡し，同判決は，その後確定し
た。
イ(ア)審判請求人（被告）は，特許庁に対し，平成２１年５月１８日，本
件発明に係る特許に対する無効審判を請求したところ（無効２００９－
８００１０２号），特許庁は，平成２２年１月５日付けで請求不成立の
審決をし，その謄本は，同月１５日，審判請求人（被告）に送達された。
(イ)審判請求人（被告）は，知財高裁に対し，(ア)の審決について審決
取消訴訟を提起したところ（平成２２年（行ケ）第１００３８号），知
財高裁は，平成２２年９月１５日付けで審決を取り消す旨の判決を言い
渡した（以下「本件知財高裁判決」という。）。
(ウ)審判被請求人（原告）は，最高裁に対し，(イ)の判決について上告
（最高裁平成２２年（行ツ）第４４１号）及び上告受理申立（最高裁平
成２２年（行ヒ）第４７４号）をしたが，最高裁は，平成２３年１月２
５日，上告棄却及び上告不受理の決定をした。
(エ)審判被請求人（原告）は，特許庁に対し，本件発明について，平成
２３年２月２４日付けで特許法１３４条の２に基づく訂正請求をした。
ウ上記訂正請求における訂正の内容は，次のとおりである。
(ア)訂正事項ａ
本件明細書中の特許請求の範囲の請求項１を，「５０００ＦＵ／ｇ乾
燥重量以上のナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミン
Ｋ２とを含有する納豆菌培養液またはその濃縮物を含む，ペースト，粉
末，顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の形態の食品。」に訂正する。
(イ)訂正事項ｂ
本件明細書中の発明の詳細な説明の段落番号【００１１】を，「本発
明は，５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼと１μｇ／ｇ
乾燥重量以下のビタミンＫ２とを含有する納豆菌培養液またはその濃
縮物を含む，ペースト，粉末，顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の
形態の食品に関する。」に訂正する。
(ウ)訂正事項ｃ
本件明細書中の発明の詳細な説明の段落番号【００１２】を，「また，
本発明は，納豆菌を液体培養する工程および，得られた培養液をキトサ
ン処理する工程を含む方法で得られる，ナットウキナーゼ１μｇ／ｇ乾
燥重量以下のビタミンＫ２とを含有する納豆菌培養エキスに関する。」
に訂正する。
(エ)訂正事項ｄ
本件明細書中の発明の詳細な説明の段落番号【００１５】を，「また，
本発明は，ビタミンＫ２含有量が低下した納豆菌培養液の製造方法であ
って，納豆菌培養液をキトサンで処理する工程を含む方法に関する。」
に訂正する。
(8)本件訴訟の経過（当裁判所に顕著な事実）
ア原告は，当裁判所に対し，平成２０年１０月１４日，本件訴訟を提起し
た。
イ被告は，平成２１年２月３日の第１回弁論準備手続期日において陳述さ
れた平成２０年１１月２５日付け被告準備書面(1)において，被告製品の
本件発明の構成要件充足性に関して上記(6)アの認否をするとともに，新
規性の欠如について，後記新規性欠如①（乙１），新規性欠如②（乙２），
新規性欠如③（乙３）の主張を，進歩性欠如について，後記進歩性欠如①
（主引用例乙３）のうちの副引用例乙４と組み合わせた無効理由の主張及
び進歩性欠如②（主引用例乙５）の無効理由の主張をした。
ウ被告は，平成２１年４月２４日の第３回弁論準備手続期日において陳述
された同月２３日付け被告準備書面(3)において，被告製品の本件発明の
構成要件充足性に関して上記(6)の主張をするとともに，後記特許法３６
条６項１号違反，同２号違反の無効理由の主張をした。また，被告は，同
弁論準備手続期日において，「本件発明の無効の主張については，従前の
主張及び被告準備書面(3)で主張した特許法３６条６項１号，同２号違反
以外の主張はしない。」と述べた。
エ原告は，平成２１年６月３０日の第４回弁論準備手続において陳述され
た同年５月２９日付け原告第３準備書面において，本件発明の構成要件Ｃ
の「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義について，納豆菌培養液に通
常含まれる栄養分の全部又は相当部分が含まれていることであると主張
した。
オ被告は，平成２１年８月３１日の第５回弁論準備手続期日において陳述
された同年７月１７日付け被告準備書面(5)において，被告製品の構成要
件Ｃ充足性についての自白の撤回の主張をするとともに，新たに後記進歩
性欠如③（主引用例乙１９）の無効理由の主張をした。
カ被告は，平成２１年１１月１０日の第７回弁論準備手続期日において陳
述された同月４日付け被告準備書面(9)において，新たに，後記進歩性欠
如①（主引用例乙３）のうち副引用例乙１９，２０，１，２，５を組み合
わせた無効理由の主張をした。
キ原告は，平成２３年４月８日の第１６回弁論準備手続期日において陳述
された同年３月３１日付け原告第１３準備書面において，新たに，本件発
明についての訂正請求に基づく主張をした。
２争点
(1)被告製品の構成
(2)本件発明の侵害の有無
(2)－１本件発明の構成要件充足性
(2)－１－１本件発明の構成要件Ｃの解釈
(2)－１－２本件発明の構成要件Ｃの充足性
(2)－２本件発明の無効理由の有無
(2)－２－１特許法３６条６項１号違反
(2)－２－２特許法３６条６項２号違反
(2)－２－３①新規性欠如①（乙１）
(2)－２－３②新規性欠如②（乙２）
(2)－２－３③新規性欠如③（乙３）
(2)－２－４①進歩性欠如①（主引用例乙３）
(2)－２－４②進歩性欠如②（主引用例乙５）
(2)－２－４③進歩性欠如③（主引用例乙１９）
(3)本件訂正発明の侵害の有無
(3)－１訂正請求の適否
(3)－２訂正請求による無効理由の解消の有無
(3)－３本件訂正発明の構成要件充足性
(4)差止・廃棄請求の可否
３争点に対する当事者の主張
(1)被告製品の構成
（原告）
本件訂正発明の構成要件Ａ’に関し，被告製品は，「ａ２５８７１ＦＵ／
ｇ乾燥重量のナットウキナーゼと」を含有する構成を有する。すなわち，被
告製品のナットウキナーゼ活性は２４５００ＦＵ／ｇであり，被告製品の固
形分量は９４．７％であるから，被告製品は，２５８７１ＦＵ／ｇ＝２４５
００ＦＵ／ｇ÷０．９４７乾燥重量のナットウキナーゼを含有している（甲
１９）。
（被告）
被告製品がナットウキナーゼを含有することは認めるが，原告がどのよう
にして被告製品を入手して，実際に分析をしたかは不明であるため，原告の
主張するナットウキナーゼの含有量は知らない。
(2)本件発明の侵害の有無
(2)－１本件発明の構成要件充足性
(2)－１－１本件発明の構成要件Ｃの解釈
（原告）
ア本件発明の構成要件Ｃ「納豆菌培養液またはその濃縮物」は，「納豆菌
培養液に通常含まれる栄養分の全部または相当部分が含まれているもの」
を意味する。
(ア)本件発明の「納豆菌培養液またはその濃縮物」が「ナットウキナー
ゼ」と「１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２」を含有する状態のも
のであることは特許請求の範囲の記載上一義的に明確であるが，「納豆
菌培養液またはその濃縮物」自体の意義について明細書の発明の詳細な
説明を参酌する必要があるか否かは別問題である。「ナットウキナーゼ
と…ビタミンＫ２を含有する」は，「納豆菌培養液またはその濃縮物」
の修飾語であり，その語自体の意義を明らかにするものではない。「納
豆菌またはその濃縮物」自体の意義が特許請求の範囲の記載からは一義
的に明確でない以上，明細書の発明の詳細な説明の記載を参酌して理解
すべき特段の事情がある。
(イ)本件明細書には，本件発明が「栄養分に優れ，血液凝固因子である
ビタミンＫ２がほとんどあるいは全く含まれないため…血液凝固系の
疾患を有する患者にも最適な食品」であることが記載されている（段落
【００１０】）。
「栄養分」の意義については，本件明細書に定義はないが，一般的に
「栄養素」ともいい，生物が生命を保ち，健康的生活を営むため，ある
いは成長・発育のために体外から取り入れる物質をいい，蛋白質，炭水
化物，脂質，灰分（「無機質」または「ミネラル」ともいう。），ビタ
ミンなどであることは，周知の事項であるから（甲１８），本件発明の
「納豆菌培養液またはその濃縮物」には，栄養分として，試験結果報告
書（甲１５）例示の蛋白質，炭水化物，灰分（ミネラル）などの成分が
含まれていることが必要である。
納豆菌培養液に含まれる具体的な成分（栄養分）は，納豆菌の種類，
培養条件などで変化するので（本件明細書段落【００２０】），納豆菌
培養液中の具体的成分（栄養分）を特定することは，本件発明の構成要
件を特定するうえで不要であり，構成要件の充足性とは関係がない。
したがって，本件発明の特許請求の範囲の「納豆菌培養液またはその
濃縮物」は，納豆菌培養液に通常含まれる（納豆菌からの分泌物及び培
地成分の残渣に由来する）種々の栄養分のうちの全部又は相当部分（有
意な量）が残存しているものであることと理解される。
(ウ)原告が「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義を上記(イ)のよう
に解することは，「納豆菌培養液またはその濃縮物」の技術用語として
の意味に本来含まれない要素を付加して限定解釈しているものではな
い。
本件明細書には，本件発明が「栄養分に優れ，血液凝固因子であるビ
タミンＫ２がほとんどあるいは全く含まれないため…血液凝固系の疾
患を有する患者にも最適な食品」であることが記載されているから（段
落【００１０】），本件発明の「納豆菌培養液またはその濃縮物」を，
納豆菌培養液に通常含まれる種々の栄養分のうちの全部または相当部
分が含まれるものをいうと解することは，「納豆菌培養液またはその濃
縮物」の通常の技術的意義の範囲内の解釈である。
イ被告の主張に対する反論
(ア)「納豆菌培養液またはその濃縮物」は「納豆菌を培養した液体のう
ちナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２を含有
する状態のもの」であるとする被告の解釈によると，本件発明は「ナッ
トウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを含有する，
ペースト，粉末，顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の形態の食品」
と記載されたはずであり，「納豆菌培養液またはその濃縮物」との構成
要件を無視することに帰する。
(イ)仮に，「納豆菌培養液またはその濃縮物」を原告のように解する場
合には，特許請求の範囲としてその精製方法を加えるべきであるとする
被告の主張は誤りである。本件発明は物の発明であり，本件特許出願以
前に，キトサン処理によるものであろうと，その他の方法によるもので
あろうと，「ナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ
２とを含有する納豆菌培養液またはその濃縮物を含む…食品」は公知で
はないから，本件発明の技術的範囲は，キトサン処理による方法によっ
て得られた物に限定されない。キトサン処理によるものであろうと，そ
の他の方法によるものであろうと，本件発明は，ナットウキナーゼ及び
納豆菌培養液に由来する栄養分の全部又は相当部分を残存させつつ，ビ
タミンＫ２を選択的に除去して１μｇ／ｇ乾燥重量とした食品である。
特許庁審査官は，かかる物の発明について新規性を認めたものであり
（乙８），原告の意見書（乙７）も，本件発明は，引用発明と異なり，
ナットウキナーゼを納豆菌培養液から分画するものでないと述べるに
すぎない。
ウ時機に後れた攻撃防御方法
構成要件Ｃ「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義が，キトサン処理
されたものに限定解釈されるべきであるとの被告の主張は，平成２１年１
０月１日付け被告準備書面(8)で初めて主張されたものであり，審理を不
当に遅延させる目的をもってする防御方法であって，時機に後れた防御方
法（民訴法１５７条）として却下されるべきである。
（被告）
ア本件発明の構成要件Ｃ「納豆菌培養液またはその濃縮物」は，特許請求
の範囲の記載からすると，「納豆菌を培養した液体のうちナットウキナー
ゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２を含有する状態のもの」であ
ることが一義的に明確であり，本件明細書の記載からしても，それ以上の
要件を読み取ることはできない。すなわち，「納豆菌培養液またはその濃
縮物」は，ナットウキナーゼを含有し，かつビタミンＫ２含量１μｇ／ｇ
乾燥重量以下を満たすように処理したものであり，納豆菌培養液に通常含
まれる栄養分の全部又は相当部分が含まれるものではない。
イ仮に，本件発明の構成要件Ｃ「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義
を，原告が主張するように，納豆菌培養液またはその濃縮物に通常含まれ
る栄養分の全部又は相当部分が含まれるものとした場合には，納豆菌培養
液またはその濃縮物に栄養分を残しつつ，ビタミンＫ２のみを選択的に除
去することができる方法が明らかでない限り，本件発明は不明確となる。
原告はその方法として特殊な精製方法を用いることによって行うとして
いるから，「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義は，その特殊な精製
方法を明らかにすることによって初めて不明確でないものとして特定す
ることになる。そして，本件明細書においては，その精製方法としてキト
サンによる方法が示されているのみである。そうすると，「納豆菌培養液
またはその濃縮物」を原告のように理解した上で，本件発明が不明確とさ
れないためには，「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義は，「納豆菌
を培養した培養液を，キトサンを用いてビタミンＫ２含量１μｇ／ｇ乾燥
重量以下を満たすように処理したもの」として特定されるべきことになる。
このように，精製方法による限定をしない限り不明確となる理由は，次の
とおりである。
(ア)そもそも納豆菌培養液は，培養液として使用する成分が限定される
ものではなく，培養液の栄養分その他の成分により特定することはでき
ない。培養液中の状態は，納豆菌の培養時間によっても変化するので，
培養液の成分・構成や培養時間の限定をせずに「納豆菌培養液またはそ
の濃縮物」とした場合には，培養液の成分を特定することはできない。
従来の技術によって当業者が適宜なしうる範囲内の納豆菌培養液と，構
成要件Ｃの納豆菌培養液を区別するには，分離するための方法を限定す
ることで特定するほかない。
(イ)本件明細書において，本件発明が解決しようとする課題は，「有機
溶媒などを用いることなく，簡便にビタミンＫ２を除去できる方法」及
び「その方法で生産される，ビタミンＫ２含量が低減された納豆菌培養
エキス」（段落【０００９】）とされ，「その方法」としては，発明の
実施形態において「ビタミンＫ２の除去はキトサンを用いて行う」（段
落【００１９】）とキトサン処理による方法が記載されているのみであ
る。本件発明は，キトサンを用いた処理によってビタミンＫ２を除去す
る点に本質があり，特許庁審査官も，その点に特許性を認めている（乙
８）。原告も，意見書（乙７）において，納豆菌培養液からナットウキ
ナーゼを精製する方法が引用発明との差異であることを自認している。
(ウ)以上の理由から，原告のような解釈をする場合には，本件発明の「納
豆菌培養液またはその濃縮物」の意義については，精製方法を含めて理
解すべきことは明らかである。
ウ本件明細書からみても，原告の解釈は，相当ではない。
(ア)本件明細書には「本発明により…栄養分に優れ…食品が提供され
る。」（段落【００１０】）とあるのみであり，「栄養分に優れ」は「食
品」を修飾している。栄養分に優れた納豆菌培養液またはその濃縮物が
提供されるとの記載は存在しない。段落【００１０】は，「本発明」に
ついての説明であり，本発明は「納豆菌培養エキス及びその製造方法を
提供する」というものであるから，段落【００１０】は，納豆菌培養エ
キスについての説明であり，納豆菌培養液についての説明ではない。本
件発明において，納豆菌培養液と納豆菌培養エキスは明確に区別されて
おり，納豆菌培養エキスの説明を納豆菌培養液の説明に用いるべきでは
ない。
出願経過をみても，原告は，意見書（乙７）において，「納豆菌培養
エキス」を「納豆菌培養液またはその濃縮物を含む…形態の食品」と補
正している。したがって，本件発明の「納豆菌培養液またはその濃縮物」
について，「納豆菌培養液に通常含まれる栄養分の全部または相当部分
が含まれている」ものとすることは，特許請求の範囲に記載されていな
い発明の構成要件を発明の詳細な説明の記載から不要に付加するもの
である。
(イ)本件明細書の発明が解決しようとする課題（段落【０００９】）に
は，栄養分に関する記載がない。納豆菌培養液の栄養分を残したままビ
タミンＫ２のみが除去された物が本件発明の特徴点であれば，残される
栄養分の内容が詳細な説明において示されているべきであるが，何の示
唆もない。
(ウ)本件明細書の段落【００２０】～【００２８】には，ナットウキナ
ーゼを産生できる微生物として納豆菌を培養し，得られた培養液にキト
サン処理を行い，次いで濾過助剤などを用いて精密濾過し，さらにメン
ブレンフィルター等を用いて濾過することにより「納豆菌培養液または
その濃縮物」が得られること，この濃縮液中のビタミンＫ２の濃度は１
μｇ／ｇ乾燥重量以下となることが記載されている。また，本件明細書
の段落【００２８】の納豆菌培養液の濃縮液は，本来の納豆菌培養液（納
豆菌を培養した培養液であり，培養後に何らかの成分を追加したり除去
したりしていないもの）自体ではなく，本来の納豆菌培養液にキトサン
処理等の精製処理を重ねたものである。そして，キトサンは，蛋白質凝
集回収助剤等として（乙１６），あるいはジュースや糖液の精製，下水
や産業排水の処理，汚泥の脱水などの凝集剤として広く使用されている
ものであるから（乙１７），キトサンを用いて納豆菌培養液に凝集沈殿
処理を行う前後で，蛋白質等の組成にほとんど変化がないことはありえ
ない。したがって，構成要件Ｃの「納豆菌培養液またはその濃縮物」に
「納豆菌培養液に通常含まれる栄養分の全部または相当部分」が含まれ
ることはない。試験結果報告書（甲１５）は，本件特許の実施例に準じ
ているとはいえない。
(2)－１－２本件発明の構成要件Ｃの充足性
（原告）
ア被告製品は，構成要件Ｃを充足する。
(ア)被告製品の成分分析（甲１９）によると，被告製品は，灰分，蛋白
質，脂質及び炭水化物といった，納豆菌培養液に通常含まれる栄養分の
うち少なくとも相当部分を含有するものである。そして，被告製品は納
豆菌培養液またはその濃縮物を乾燥処理により粉末化したものである
以上，上記栄養分は納豆菌培養液またはその濃縮物に由来する。したが
って，被告製品は，本件発明における「納豆菌培養液またはその濃縮物」
を含むものであるから，構成要件Ｃを充足する。
(イ)ポリアミンは例示にすぎず，これが納豆菌培養液に特徴的な栄養成
分であるとしても，そのことから直ちに，これが検出されなければ本件
発明の構成要件Ｃに該当しないというものではないが，実際には，被告
製品にポリアミンが含まれることは，立証済み（甲１９）である。
イ自白の成立及び自白の撤回
被告が，平成２０年１１月２５日付被告準備書面(1)により構成要件Ｃ
の充足を認めたことは裁判上の自白に該当する。
また，被告が，平成２１年４月２３日付け被告準備書面(3)においてこ
れを否認したことは，自白の撤回に該当するが，原告は同意しないし，自
白の撤回の要件も具備しない。
(ア)反真実性
被告は，被告製品においては，「納豆菌培養液またはその濃縮物」に
ついて，栄養分の相当部分が残っているとはいえないと主張するが，被
告製品は食品として販売されており，医薬品と同様の高度な「精製」を
しているわけではないから，「精製」をしていることの一事をもって，
その「過程においてナットウキナーゼを除くほとんどの蛋白質，糖分，
脂質の相当程度は除去されてしまうことは明白」とはいえない。被告製
品のパンフレットにも「茶褐色粉末で，わずかに発酵臭（納豆臭）を有
する」と記載されており，納豆菌培養液に通常含まれる栄養分のうち少
なくとも相当部分が被告製品に残存していることは明らかである。した
がって，被告の自白内容が真実に反するとは言えない。
(イ)錯誤
被告製品が構成要件を充足しない理由となる「納豆菌培養液またはそ
の濃縮物」に精製方法を加えてこれを限定する解釈は，本来，答弁書の
段階で被告において主張すべきものである。したがって，原告が「納豆
菌培養液またはその濃縮物」について，被告が想定していない解釈をし
たからといって，自白の撤回を正当化しうる「錯誤」となるものではな
い。
（被告）
ア被告製品は，構成要件Ｃを充足しない。
(ア)構成要件Ｃ「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義が，「納豆菌
を培養した培養液を，ナットウキナーゼを含有し，かつビタミンＫ２含
量１μｇ／ｇ乾燥重量以下を満たすように処理した物」（納豆菌培養液
に通常含まれる栄養分の全部または相当部分は含まない）と解する場合
は，被告製品は構成要件Ｃを充足する。被告が，当初，構成要件Ｃの充
足性を認めたのはこの趣旨である。
(イ)しかし，構成要件Ｃ「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義が，
原告のいうように「納豆菌培養液またはその濃縮物に通常含まれる栄養
分の全部又は相当部分が含まれるもの」であるとするならば，前記のと
おり，「キトサンを用いてビタミンＫ２含量１μｇ／ｇ乾燥重量以下を
満たすように処理したもの」という要件を付加して理解されるべきであ
るから，キトサン処理をしない被告製品は，構成要件Ｃを充足しない。
イ自白の不成立
(ア)構成要件の意義は，特許の技術的範囲の客観的な解釈であり，当事
者の主張に限定されるものではない。また，構成要件の充足性に関する
陳述は，法的評価に係るものであるから，構成要件の意義ごとに対応し
た認否が認められるべきであり，本件においても自白は成立しない。
(イ)前記のとおり，被告は構成要件Ｃの「納豆菌培養液またはその濃縮
物」の意義について，ナットウキナーゼを含有し，かつビタミンＫ２含
量１μｇ／ｇ乾燥重量以下を満たすように処理した物を含み，かつ納豆
菌培養液に通常含まれる栄養分の全部又は相当部分は含まれないもの
との解釈の下で構成要件Ｃの充足性を認めたものである。したがって，
自白に拘束力が生じるとしても，被告製品に「納豆菌を培養した培養液
を，ナットウキナーゼを含有し，かつビタミンＫ２含量１μｇ／ｇ乾燥
重量以下を満たすよう処理した物で，かつ納豆菌培養液に通常含まれる
栄養分の全部または相当部分は含まない物」を含有しているという事実
である。この部分に自白が認められたとしても，構成要件Ｃの充足性が
認められることにはならないから，構成要件Ｃの充足性についての自白
は成立しない。
ウ自白の撤回
仮に，構成要件Ｃの充足性についての自白が成立するのであれば，撤回
する。
(ア)反真実性
①本件明細書に基づいて調製したとされる試料についての試験結果報
告書（甲１５）の試料①，②がキトサン処理前後の納豆菌培養液であ
り，少なくとも納豆菌培養液の８５～９０重量％の栄養分が残ってい
るとすれば「相当部分」の栄養分が残っていることになる。しかし，
被告は，納豆菌を培養した液体を精製して製品化しており，被告製品
は精製の過程においてナットウキナーゼを除くほとんどの蛋白質，糖
分，脂質の相当程度は除去されるから，構成要件Ｃが原告の主張する
意義である場合には，被告の自白は客観的事実に反する。
②分析試験成績書（乙２４）では，納豆菌を培養した液体を精製処理
しビタミンＫ２を除去・減量したもの（濃縮液）において，納豆菌が
生産する代表的な機能性成分であるポリアミン（スペルミジン，プト
レッシン，カダベリン）が検出されていないから，納豆菌培養液に通
常含まれる栄養分であるポリアミンが全く含まれていないか，極めて
微量だけ含まれていることになり，「相当部分」が残っているとはい
えない。したがって，構成要件Ｃが原告の主張する意義である場合に
は，被告の自白は客観的事実に反する。
③原告の意見書（乙７）によると，本件発明は，納豆菌培養液を分画
することなく，そのまま濃縮し食品の形態とするが，被告製品は，キ
トサンを用いずにナットウキナーゼを分画することでビタミンＫ２
を除去しているから，被告の自白は客観的事実に反する。
(イ)錯誤
前記のとおり，被告は，被告製品の製造に使用される「納豆菌を培養
した培養液」が，「ナットウキナーゼを含有し，かつビタミンＫ２含量
１μｇ／ｇ乾燥重量以下を満たすように納豆菌培養液を処理したもの」
であることを認める意思で被告製品が構成要件Ｃを充足するとの答弁
をしたが，その後，原告の主張が変遷した。構成要件Ｃに「納豆菌培養
液に通常含まれる栄養分の全部または相当部分」が含まれている必要が
あるという原告の主張が認められる場合には，被告は錯誤により被告製
品が構成要件Ｃを満たすことを認めたことになる。
(2)－２本件発明の無効理由の有無
(2)－２－１特許法３６条６項１号違反
（被告）
ア本件発明には，次のとおり，特許法１２３条１項４号，３６条６項１号
違反の無効理由がある（本件発明の課題を解決する手段の反映の欠如）。
(ア)本件発明は，ナットウキナーゼを摂取することを目的とする納豆菌
培養エキス製品において，ナットウキナーゼの血栓溶解作用を強力にす
るため，その阻害因子となるビタミンＫ２を除去することに着目した発
明であり（段落【０００２】～【０００４】，【０００７】参照），本
件発明の解決しようとする課題は，「有機溶媒を用いることなく，簡便
にビタミンＫ２のみを選択的に除去できる方法」及び「その方法で生産
されるビタミンＫ２含量のみが低減された納豆菌培養エキス」を提供す
ることである（段落【０００９】）。
(イ)本件発明の課題を解決するための手段としては，本件明細書の段落
【００１９】及び実施例や，本件出願時の技術常識を参酌すると，キト
サンを用いることは必須であるから，本件発明の本質は，キトサン処理
を用いた納豆菌培養液の精製方法にある。
(ウ)本件では，本件発明の課題である「有機溶媒を用いることなく，簡
便にビタミンＫ２を除去できる方法」について，当該課題を解決するた
めの手段として「キトサンを用いた処理」の記載が特許請求の範囲にお
いて欠落しており，本件発明の特許請求の範囲の記載は，発明の詳細な
説明に記載された発明の課題を解決するための手段が反映されていない
ため，発明の詳細な説明に記載した範囲を超えて特許を請求する場合に
該当し，特許法３６条６項１号に反する。
(エ)仮に，本件発明の技術的意義に「納豆菌培養液に含まれる『栄養分』
をなるべく維持すること」が含まれる場合には，ビタミンＫ２を除去す
る処理の前後で栄養分含量がどの程度変化するのかが記載されてしか
るべきであるが，本件明細書には，栄養分に相当するものの例示を含め
て記載がない。また，仮に「栄養分に優れている」ことの具体的内容が，
キトサン処理を選択した場合に，納豆菌培養液（培養上清）中に残存し
ている栄養分の状態（種類及び量）を指すのであれば，請求項１におい
て「納豆菌培養液またはその濃縮物」がキトサン処理工程を経て得られ
たものであることを明示する必要があるが，その記載もない。
イ原告の主張に対する反論
(ア)原告は，本件発明をプロダクト・バイ・プロセス・クレームとして
理解したとしても，権利範囲は同一であると主張するが，プロダクト・
バイ・プロセス・クレームの効力がそのプロセスで製造された物だけに
及ぶか否かの技術的範囲の問題（特許法７０条）と，特許請求の範囲に
係る発明と，発明の詳細な説明に発明として記載したものとが実質的に
対応しているかについての記載不備の問題（同法３６条６項１号）とは
異質の問題であるから，技術的範囲が及ぶことをもって，記載不備にな
らないことはない。
(イ)本件明細書段落【０００８】の「栄養学上の問題」とは，その記載
からみて，ビタミンＫ２以外の脂溶性の栄養分が抽出されるという問題
であり，すべての栄養分の抽出についてではない。したがって，段落【０
０１０】の「栄養分に優れ」も，納豆菌培養液をキトサン処理すること
によって脂溶性の栄養分のうちビタミンＫ２のみが抽出されたという
結果を表しているにすぎない。本件発明は，納豆菌培養液におけるビタ
ミンＫ２に着目したものであり，本件発明の課題の解釈に当たり，ビタ
ミンＫ２以外の栄養分の残存について考慮することはできない。
（原告）
ア本件明細書に記載された特許発明の課題は，①「有機溶媒などを用いる
ことなく，簡便にビタミンＫ２を除去できる方法」の提供及び②「その方
法で生産される，ビタミンＫ２含量が低減された納豆菌培養エキス」の提
供（段落【０００９】）であり，課題①に対応して，方法の発明である請
求項４，５の発明が，課題②に対応して，物の発明である請求項１～３に
記載された発明が開示されている。本件発明（請求項１）は，発明の詳細
な説明に記載した方法により簡便にビタミンＫ２を除去した食品という
物の発明を記載したものであって，物の発明において，その製造方法を特
許請求の範囲に記載しないのは，当然のことである。そして，「キトサン
処理によってビタミンＫ２を１μｇ／ｇ乾燥重量以下に減少させた」とい
う限定を付すか否かにかかわらず権利範囲に差異はないから，そのような
限定を付さなかったことをもって，特許法３６条６項１号違反の無効理由
は存在しない。
イ(ア)仮に，被告が主張するように，「キトサン処理によってビタミンＫ
２を１μｇ／ｇ乾燥重量以下に減少させた」という限定を請求項１の特
許請求の範囲に付したとしても，製造方法によって特定した物の発明
（プロダクト・バイ・プロセス・クレーム）であって，ビタミンＫ２含
量を「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」まで減少させた点に物の発明としての
本件発明の新規な特徴があり，製造方法による特定の有無にかかわらず，
権利範囲は同一である。
(イ)本件明細書段落【０００８】において「脂溶性の栄養分」が除かれ
るという問題点を記載したのは，段落【０００７】の「ヘキサンなどの
有機溶媒」を用いる方法で除去されるものが脂溶性の栄養分だからであ
り，それ以外の栄養分の除去が問題とならないという趣旨ではない。本
件発明は「食品」の発明である以上，「栄養分に優れ」（段落【００１
０】）ていることが商品価値に直結するのであり，脂溶性以外の栄養分
の残存の有無は当然問題となる。不純物を含まないことが重要である医
薬品の場合とは，技術思想において異なる。
(2)－２－２特許法３６条６項２号違反
（被告）
本件発明には，次のとおり，特許法１２３条１項４号，３６条６項２号違
反の無効理由がある（記載の明確性の欠如）。
ア構成要件Ｃの不明確性
(ア)「納豆菌培養液」は，文言上は，単に納豆菌を培養するためまたは
培養した液体の培地を意味することは明白である。それにもかかわらず，
特許請求の範囲の解釈において，「栄養分の相当部分が含まれているこ
と」という要件を後付けしなければ，本件明細書の段落【００２８】の
「納豆菌培養液の濃縮液」との整合性をとることができず，また，他の
先行技術及び特許の効力の範囲が明確にならないということは，構成要
件Ｃが不明確であることを表している。
(イ)構成要件Ｃについて，原告の解釈による「納豆菌培養液に通常含ま
れる栄養分」とは，どの納豆菌をどの程度培養したときに含まれている
どの栄養分なのか不明であり，「相当部分」も，成分の含量，または，
成分の種類を指すのか不明である。「相当部分」の判断の際，精製前後
の納豆菌培養液を比較し相対的に判断されるものか，特定の含量または
種類が含まれているかにより絶対的に判断されるものかも不明であり，
原告自身，精製前後の納豆菌培養液の組成の変化について，どの程度で
あれば相当部分といえるか明らかにしていない。
イ各構成要件の関係の不明確性本件発明の構成要件Ｃ「納豆菌培養液また
はその濃縮物」を「納豆菌を培養するためまたは培養した液体状の培地」
と解釈した場合，製造方法を特定しない限り，構成要件Ａ～Ｃの関係が不
明確となる。すなわち，本件特許の請求の範囲の記載からだけでは，納豆
菌培養液を精製した結果，構成要件Ａ～Ｃが残存した状態を意味すること
は明らかではなく，構成要件Ａ～Ｃを混ぜ合わせたものまでも特許発明の
技術的範囲に属することになる。
（原告）
ア構成要件Ｃ「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義は明確である。本
件発明は「食品」であり，その製造過程において納豆菌培養液から一定の
不純物が除去されることは当然である。ビタミンＫ２だけでなく，それ以
外の一定の不純物等が除去された結果として，ナットウキナーゼのほか，
納豆菌培養液に通常含まれる栄養分（納豆菌からの分泌物または培地成分
の残渣に由来する栄養分）が有意な量含まれていることを要し，それで足
りる。しかも，本件発明は「納豆菌培養液またはその濃縮物を含む，ペー
スト，粉末，顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の形態の食品」と記載
されており，「納豆菌培養液」自体の文言上の意味が単に「納豆菌を培養
するためまたは培養した液体状の培地」であるとしても，それがそのまま
の形で最終的な「食品」に残っているものでないことは特許請求の範囲の
記載上も明らかであり，不明確な点はない。納豆菌培養液またはその濃縮
物に含まれる種々の栄養分が相当部分含まれていると言えるかについて
は，当業者であれば技術常識に従って容易に判断が可能であり，具体的に
いかなる量のいかなる成分が含まれているかを特定しなければ明確性要
件に反するというものではない。
イ被告が納豆菌培養液を納豆菌を培養する前の培地と理解しているので
あればその理解は誤りである。また，納豆菌を培養した後の液状の培地と
理解しているのであれば，もともとナットウキナーゼとビタミンＫ２を含
有している納豆菌培養液にわざわざナットウキナーゼとビタミンＫ２と
を加えるということになり，当業者の技術常識からはあり得ないことを主
張していることになる。
(2)－２－３①新規性欠如①（乙１）
（被告）
ア本件特許の出願日前である昭和６１年７月２２日に頒布された公開特
許公報昭６１－１６２１８４号（乙１。以下「乙１文献」という。）には，
本件発明がすべて開示されているから，本件発明には，新規性欠如の無効
理由（特許法１２３条１項２号，２９条１項３号）がある。
(ア)納豆菌の培養液から得られる「線溶酵素」とは，「ナットウキナー
ゼ」を意味するから，乙１文献は，本件発明の構成要件Ａを開示する。
(イ)「線溶酵素」は，「納豆菌の培養液をそのまま，または適当な時間，
適当な温度に保持した後，濃縮，透析または乾燥した後，極性有機溶媒，
塩析，限外濾過，吸着剤，イオン交換クロマトグラフィー，ゲル濾過，
アフィニティークロマトグラフィー又は等電点電気泳動の組み合せで
処理することにより得ることができる。即ち，この新規な線溶酵素は納
豆，納豆菌由来であり，強い線溶活性を有する」（２頁左下欄２０行～
同頁右下欄８行）と記載され，実施例２（４頁左上欄６行～同頁右上欄
１行）は，納豆菌を培養し，その「培養液を集め…ゲル濾過にかけ…線
溶活性は約８．０ＣＵ／ｍｇ蛋白」の蛋白質を得たことが記載されてい
るから，納豆菌培養液に精製処理を適宜組み合わせることにより，線溶
酵素を（ビタミンＫ２を含有しない）精製物として得られることを開示
しており，乙１文献は，本件発明の構成要件Ｂ，Ｃを開示する。
また，構成要件Ｃ「納豆菌培養液またはその濃縮物」には，納豆菌培
養液の蛋白質等の組成に変化を与えるキトサン処理をしたものが含ま
れるから，本来の納豆菌培養液に任意の精製処理を施したものが含まれ
ると解されるから，乙１文献の実施例で得られる蛋白質等も「納豆菌培
養液またはその濃縮物」となる。これに対し，原告は，乙１文献の実施
例で得られる精製品が医薬に適する程度までに高度に精製された場合
には，構成要件Ｃの「納豆菌培養液またはその濃縮物」に当たらないと
主張するが，乙１文献の実施例で得られる蛋白質等の比活性は３．６～
３８ＦＵ／ｍｇ蛋白であるのに対し，本件明細書の実施例に準じた試験
結果報告書（甲１５）の試料③の比活性は８９．８ＦＵ／ｍｇ蛋白であ
り，前者の方がナットウキナーゼの蛋白質純度が低い上，乙１文献の実
施例１において，蛋白１ｍｇに含まれるナットウキナーゼは０．００５
ｍｇにすぎず，残り０．９９５ｍｇは納豆菌培養液由来の他の蛋白質で
ある（乙１８）から，乙１文献の実施例で得られる精製品は，原告の主
張する構成要件Ｃの要件をも充足しており，乙１文献は，本件発明の構
成要件Ｃを開示する。
(ウ)「線溶酵素」は，「白色無定形粉末」（３頁左上欄５行）として得
ることができ，「経口投与を行うことによって，特に長時間投与して害
のないことから血栓症などの治療のみならず，その予防薬としても期待
される」（３頁左下欄１５～１７行）と記載される。そして，「経口投
与」は，一般に医薬だけでなく機能性食品についても使用され（乙１３，
甲６の１～４），また，ある有効成分が医薬にも機能お機能性食品にも
使用される例は多数存在する（例えば乙１５）から，乙１文献は，本件
発明の構成要件Ｄ，Ｅを開示する。
イビタミンＫ２の含量が「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」であることについて
は，後記(2)－２－３③（被告）イ記載のとおりである。
（原告）
ア乙１文献に開示されている発明は「精製されたナットウキナーゼを含有
する粉末状の形態の医薬品」であるにすぎず，次に述べるとおり，少なく
とも構成要件Ｂ，Ｃ，Ｅに係る構成を充足しない。
イ(ア)乙１文献は，「新規な線溶酵素」のビタミンＫ２含有量について何
ら言及しておらず，蛋白質として「精製」しているからといって当然に
ビタミンＫ２含有量が「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」となるものではない。
乙１文献には，当業者が実施可能な程度に，当該精製物からビタミンＫ
２を本件発明の程度まで除去することが具体的に記載されていない。
(イ)そもそも本件発明は「ナットウキナーゼ…を含有する納豆菌培養液
またはその濃縮物を含む」食品であって「ナットウキナーゼを含む」食
品ではない。ナットウキナーゼを酵素として「精製」すれば，最終製品
に「納豆菌培養液またはその濃縮物」は含まないことになり，本件発明
とは異なるものになる。
(ウ)また，「精製」されたナットウキナーゼ（酵素）は「医薬品」であ
り，「食品」ではない。「経口投与」は，専ら医薬ないし医学の分野で
用いられる用語であり，健康食品ないし機能性食品の分野で用いられる
ことはないから，乙１文献は，構成要件Ｅに係る構成（ペースト，粉末，
顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の形態の食品）を開示していない。
(2)－２－３②新規性欠如②（乙２）
（被告）
ア本件特許の出願日前である平成元年７月１８日に頒布された公開特許
公報平１－１８０８３４号（乙２。以下「乙２文献」という。）には，本
件発明がすべて開示されているから，本件発明には，新規性欠如の無効理
由（特許法１２３条１項２号，２９条１項３号）がある。
(ア)乙２文献には，「納豆菌の生産する線溶酵素はナットウキナーゼと
呼ばれ，その製法や物理化学的性状が本発明者らにより」，乙１文献及
び「Ｅｘｐｅｒｉｅｎｔｉａ４３，１１１０～１１１１（１９８７）
に発表されている。」ことが記載され（２頁左下欄６行～１０行），「線
溶酵素」（ナットウキナーゼ）が経口用血栓溶解剤として使用できるこ
とが記載されているから，乙２文献は，本件発明の構成要件Ａを開示す
る。
(イ)乙２文献には，「線溶酵素は納豆，納豆菌またはその培養物中に含
まれ…納豆菌の培養物が液体培養物である場合は濾過して上清をとる。
これらの抽出液や上清はそのまゝ用いてもよいが，アセトンやエタノー
ルを加えて析出するたん白を除去したり，あるいはゲル濾過して精製す
ることができる。…これらの精製法は単独もしくは組合せて行うことが
できる」（２頁左下欄１１行～同頁右下欄８行）と記載され，納豆菌培
養液の精製処理を適宜組み合わせることにより，ナットウキナーゼを
（ビタミンＫ２を含有しない）精製物として得られることを開示するか
ら，乙２文献は，本件発明の構成要件Ｂを開示する。
(ウ)乙２文献には「上記のようにして得られる粗製もしくは精製酵素は
そのまゝまたは減圧乾燥，凍結乾燥などにより乾燥または濃縮物として
供用することができる」こと（２頁右下欄９～１１行），ナットウキナ
ーゼを腸溶製剤とする場合の形態の例として「酵素含有粉末ないし顆粒
をエンテリックコーティングし，あるいは腸溶カプセルに充填する」こ
と（３頁左上欄１～６行）が記載され，これらが「経口的に投与して，
毒性を示さず，有効である」こと（２頁右下欄１２～１３行）が記載さ
れているから，乙２文献は，本件発明の構成要件Ｃ～Ｅを開示する。
イビタミンＫ２の含量が「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」であることについて
は，後記(2)－２－３③（被告）イ記載のとおりである。
（原告）
ア乙２文献に開示されている発明は，「精製されたナットウキナーゼを含
有する粉末，顆粒またはカプセルの形態の医薬品」であり，次に述べると
おり，少なくとも構成要件Ｂ，Ｃ，Ｅに係る構成を充足しない。
イ(ア)乙２文献は，「納豆菌の生産する線溶酵素」（ナットウキナーゼ）
のビタミンＫ２含有量について何ら言及しておらず，「精製」している
からといって当然にビタミンＫ２含有量が「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」
となるものではない。乙２文献には，当業者が実施可能な程度に，当該
生成物からビタミンＫ２を本件発明の程度まで除去することが具体的
に記載されているわけではない。
(イ)本件発明は，「ナットウキナーゼ…を含有する納豆菌培養液または
その濃縮物を含む」食品であって，「ナットウキナーゼを含む」食品で
はない。本件発明は，最終製品に「ナットウキナーゼ…を含有する納豆
菌培養液またはその濃縮物」が含まれていることを要する。
(ウ)乙２文献の「本発明の血栓溶解剤は経口的に投与して，毒性を示さ
ず，有効である」との記載は，乙２文献の酵素が「血栓溶解剤」（医薬）
として経口投与されることを意味している。ナットウキナーゼを酵素と
して「精製」すれば，「医薬品」であり「食品」ではない。
(2)－２－３③新規性欠如③（乙３）
（被告）
ア本件特許の出願日前である平成８年８月１３日に頒布された公開特許公
報平８－２０８５１２号（乙３。以下「乙３文献」という。）には，本件
発明がすべて開示されているから，本件発明には，新規性欠如の無効理由
（特許法１２３条１項２号，２９条１項３号）がある。
(ア)乙３文献には，「納豆菌の生産する線溶酵素についてはその抽出，
精製法，性状，物性および用途が前記数種の文献に発表され，多くの場
合ナットウキナーゼと呼ばれている」（段落【０００９】）こと，「ナ
ットウキナーゼは納豆または納豆菌の培養物に含まれ，中性もしくは弱
塩基性の水または塩化ナトリウムや塩化カリウムなどを含む，リン酸緩
衝液（ｐＨ６～８），トリス緩衝液（ｐＨ７～９）を用いて抽出するこ
とができる。抽出液中のナットウキナーゼはメタノール，エタノールの
ような低級脂肪族アルコールを６０～８０ｖ／ｖ％となるように，また
は硫酸アンモニウムを４０～６０ｗ／ｖ％となるように，加えれば沈澱
させることができる。この沈澱中のナットウキナーゼは…強塩性陽イオ
ン交換体に吸着及び溶出させるクロマトグラフィで精製することがで
き，あるいは陰イオン交換体に不純物を吸着，除去して精製できる。さ
らに…ゲル濾過クロマトグラフィにより精製することができる。これら
のクロマトグラフィは前記の発表された方法またはそれに準じた方法
の１または２以上を用いることができる」（段落【００１０】）と記載
され，「参考例２（培養ナットウキナーゼ精製物の製造）」には，実際
に「…培地１００ｍｌを５００ｍｌ容三角フラスコに入れ，納豆菌であ
るバチルス・ズブチリスＢ－４０７株（微工研条寄４０４３号）を接種
して，…ゲル濾過を行い単一のピークを示す活性画分として精製ナット
ウキナーゼを得た」こと（段落【００１８】）が記載され，納豆菌培養
液に対して精製処理を適宜組み合わせることにより，ビタミンＫ２を含
有しない精製物としてナットウキナーゼを得られることを開示してい
るから，乙３文献は，本件発明の構成要件Ａ～Ｃを開示する。
(イ)乙３文献には，ナットウキナーゼの精製物の投与形態について，
「本発明の酵素剤は経口投与に適しているが胃酸によりナットウキナ
ーゼが分解することを防ぐため，腸溶製剤の形で投与することが好まし
い。腸用製剤は，酵素含有粉末，顆粒または溶液を腸溶カプセルに充填
し，あるいは顆粒や錠剤をエンテリックコーティングすることで調製し
うる。本発明の酵素剤は，血中フィブリノーゲンを分解し，血栓の形成
もしくは一旦溶解した血栓の再閉塞を防ぐために精製物として成人１
日あたり，１～３ｇを１回もしくは数回経口投与することができる」
（段落【００１４】）と記載され，ペースト，粉末，顆粒，カプセル，
ドリンクまたは錠剤の形態について開示するから，本件発明の構成要件
Ｄを開示し，経口投与可能な医薬品に適用可能であることを開示するか
ら，実質的に本件発明の構成要件Ｅを開示する。
イビタミンＫ２の含量が「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」であること
(ア)乙３文献の精製方法によれば，ビタミンＫ２を含有しない「単一の
ピーク」（段落【００１８】）のナットウキナーゼを得られる。「単一
のピーク」とは，蛋白質が単一のピークで得られたこと，すなわち，ビ
タミンＫ２を含有しない蛋白質が得られたことを意味する。そして，同
様の精製方法が開示されている乙１文献，乙２文献においても，精製度
を上げることにより，ビタミンＫ２の含有量が「１μｇ／ｇ乾燥重量以
下」のナットウキナーゼを得ることができる。
(イ)本件明細書における従来技術（段落【０００７】，【０００８】）
によれば，従来より納豆菌培養液からビタミンＫ２を除去することが行
われており，ヘキサンでビタミンＫ２を抽出除去する従来の方法につい
ては，栄養学上の問題や製造コストアップの問題等は指摘されているも
のの，処理後のビタミンＫ２含量低減については問題点として指摘され
ていない。一方，乙１文献～乙３文献の精製方法にも有機溶媒による処
理が含まれているから，これらの精製方法によれば，ビタミンＫ２含量
が「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」のナットウキナーゼを得ることができる。
(ウ)本件発明に係る食品が精製方法としてのキトサン処理を要件とし
ないとすれば，本件発明の食品は，濾過助剤を使用することにより夾雑
物を捕捉し，濾過や精密濾過を重ね，逆浸透圧濃縮も用いることにより，
夾雑物を除去し，結果的にビタミンＫ２も除去された精製物であること
になる。乙１文献～乙３文献においても，ビタミンＫ２を含有しないナ
ットウキナーゼの精製物を作ることができるから，本件発明と乙１文献
～乙３文献で取得されたナットウキナーゼの精製物を区別することは
できない。
(エ)本件特許の出願人（原告）も，審査過程における意見書において，
本件発明の物質は，引用文献（乙１文献～乙３文献）で得られるナット
ウキナーゼの精製物と比較して，ビタミンＫ２含量が相違するとは主張
しておらず，ビタミンＫ２含量では区別できないことを自認している
（乙７）。
ウ原告の主張に対する反論
(ア)乙３文献の段落【００１８】は，イオン交換クロマトグラフィーと
ゲル濾過による各精製とを行っているところ，仮に，ビタミンＫ２が水
溶性ミセルを形成したとしても，上記精製方法によれば，水溶性ミセル
は疎水性クロマトグラフィーにおいて疎水性担体に保持されず，また，
ビタミンＫ２が本来の疎水性の分子として含まれる場合には，イオン交
換クロマトグラフィーにおいて強塩基性陽イオン交換体に保持されず，
いずれも速やかに溶出されるから，ビタミンＫ２は分離される。
(イ)乙３文献の「単一のピーク」（段落【００１８】）とは，ゲル濾過
においてフラクションに含まれる蛋白質の濃度をフラクション番号に
対してプロットした場合の蛋白質のピークのことを意味するのであっ
て，ナットウキナーゼの溶出画分を確認する指標「合成基質Ｓｕｃ－Ａ
ｌａ－Ａｌａ－Ｐｒｏ－Ｐｈｅ－ｐＮＡに対する水解活性」自体がピー
クになるのではない。蛋白質が単一のピークとして溶出したことは，ク
ロマトグラフィーの分離性能がよかったことを意味し，ビタミンＫ２の
混入はますます起こり得ない。
(ウ)乙３文献の再現試験においても，ビタミンＫ２の含量が１μｇ／ｇ
乾燥重量以下となることが確認されている。
(エ)原告は，ビタミンＫ２が蛋白質ないし糖ペプチドと複合体を形成し
ミセル化していると主張するが，ミセル化の可能性を示すものとして原
告が提出する甲１３は，ミセル化の事実を証明するものではない。仮に
ミセル化していたとしても，線溶酵素（ナットウキナーゼ）の分子量と
ビタミンＫ２の分子量の相違から，乙１文献のゲル濾過により線溶酵素
を分画する手法により，ビタミンＫ２を明確に分離することができる。
（原告）
ア乙３文献に開示されている発明は，「精製されたナットウキナーゼを含
有する顆粒，カプセルまたは錠剤の形態の医薬品」であり，次に述べると
おり，少なくとも構成要件Ｂ，Ｃ，Ｅに係る構成を充足しない。
イ(ア)乙３文献の「単一のピーク」（段落【００１８】）は，「合成基質
Ｓｕｃ－Ａｌａ－Ａｌａ－Ｐｒｏ－Ｐｈｅ－ｐＮＡに対する水解活性」
のピークを指し，ビタミンＫ２含有の有無はこれに影響を与えないから，
「単一のピーク」が得られたことと，ビタミンＫ２が除去されたか否か
は関係がない。参考例２では，蛋白質がビタミンＫ２を含有しているか
否か，どの程度含有しているかは明らかではないから，構成要件Ｂのビ
タミンＫ２を含有することは開示も示唆もなく，当業者に自明ともいえ
ない。
(イ)本件発明は，「ナットウキナーゼ…を含有する納豆菌培養液または
その濃縮物を含む」食品であって「ナットウキナーゼを含む」食品では
ない。本件発明は，最終製品に「ナットウキナーゼ…を含有する納豆菌
培養液またはその濃縮物」が含まれていることを要する。
(ウ)ナットウキナーゼを酵素として「精製」すれば，「医薬品」であり
「食品」ではない。法律上，「医薬品」と「食品」は明確に区別されて
いる。
ウビタミンＫ２の含量が「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」であることについて
(ア)食品分野において「従来より納豆菌培養液からビタミンＫ２を除去
することが行われている」事実はない。食品としての酵素は，医薬品の
ような高度な精製は行わない。本件明細書にも「食品に有機溶媒が残留
する可能性，有機溶媒の使用に対する消費者の抵抗感」（段落【０００
８】）と記載されており，本件明細書の有機溶媒を用いたビタミンＫ２
の除去は，単に技術的な可能性を述べたにすぎない。
乙１文献～乙３文献には，有機溶媒を用いてビタミンＫ２を減少また
は除去するという記載はない。
本件発明のキトサン処理後の夾雑物を除去することは，キトサン処理
によってビタミンＫ２を除去した後の補助的な処理にすぎず，そのこと
によって「結果的にビタミンＫ２も除去」しているのではない。
(イ)蛋白質として「精製」されたか否かと，ビタミンＫ２が除去された
か否かは観点が異なる問題であり，乙１文献～乙３文献に蛋白質として
「精製」されることが開示されているからと言って，ビタミンＫ２が「１
μｇ／ｇ乾燥重量以下」となることが当然に開示されていることにはな
らない。原告は，被告が主張するように，乙７において，本件発明の物
質と乙１文献～乙３文献のナットウキナーゼの精製物とはビタミンＫ
２含量では区別できないことを自認しているものではない。
(ウ)乙３文献の段落【００１８】の精製方法によれば，ビタミンＫ２が
分離されるとの被告の主張は，納豆菌培養液中においてビタミンＫ２の
多くがビタミンＫ結合性因子（ＫＢＦ）のような蛋白質や細胞膜成分と
複合体を形成し，水溶性ミセル状態となる事実を無視している。ビタミ
ンＫ２が蛋白質と複合体を形成して水溶性ミセル化している場合は，全
体的には親水性であっても，なお疎水性領域を有するから，疎水性担体
と結合すると考えられ，被告が主張するように速やかに溶出されるもの
ではない。
(2)－２－４①進歩性欠如①（主引用例乙３）
（被告）
乙３文献を主引用例とした場合，本件発明には進歩性欠如の無効理由（特
許法１２３条１項３号，２９条２項）がある。
ア乙３文献に開示されている発明と本件発明とは，①納豆キナーゼを含有
すること（構成要件Ａ），②ペースト，粉末，顆粒，カプセル，ドリンク
又は錠剤の形態であること（構成要件Ｄ）で一致し，以下の点において相
違点する。
(ア)相違点１
本件発明は納豆菌培養液中のビタミンＫ２含量を１μｇ／ｇ乾燥重
量以下にする（構成要件Ｂ）のに対し，乙３文献には示されていない点
(イ)相違点２
本件発明は，これを正しく理解すれば，「納豆菌を培養した液体のう
ちナットウキナーゼを含みビタミンＫ２の含量が１μｇ／ｇ乾燥重量
以下の状態となったもの」（構成要件Ｃ）の構成であるが，この点につ
いて，乙３文献には示されていない点で相違する。仮に，原告が主張す
るように，本件発明は「納豆菌培養液に通常含まれる栄養分の全部また
は相当部分を含むもの」と解するか，又は甲２０の審決のように「少な
くとも納豆菌からの分泌物及び培地成分の残渣からなる種々の栄養分
が有意な量含まれているもの」（構成要件Ｃ）と解するとすれば，乙３
文献にはこの構成が示されていない点で相違する。
(ウ)相違点３
本件発明は「食品」（構成要件Ｅ）であるのに対し，乙３文献に開示
されている発明は「医薬品」である点
イ相違点１の検討
主引用例乙３と副引用例乙４を組み合わせることにより，当業者は，本
件発明の構成要件Ｂを容易に想到し得る。
(ア)副引用例乙４
①課題の共通性
本件特許の出願日前である平成３年１２月２７日に頒布された公
開特許公報平３－２９７３５８号（乙４。以下「乙４文献」という。）
には，「ビタミンＫは血液凝固因子でもあることから，例えば手術後
血栓症の発生を予防する抗凝固療法を行っている患者や血栓症の危
険性のある人は，納豆を食することを通常控えるのが望ましいとされ
ている。それ故，ビタミンＫの含量が低い納豆を提供し得るならば，
一般の消費者は無論このような症状に悩んでいる人も安心して食す
ることができ，産業上益することは多大である」（１頁右下欄１１～
１９行）ことが記載されているから，乙３文献に記載の血栓形成阻害
剤や血栓再閉塞阻害剤を形成する納豆菌培養液またはその濃縮物に
ついてもビタミンＫ２を取り除くという課題は生じる。したがって，
乙４文献には本件発明の課題が十分に示唆されている。
原告は，乙４文献には，納豆菌培養液にナットウキナーゼが含まれ
ていることについて開示も示唆もないから本件発明の課題を開示・示
唆するものではないと主張するが，納豆又は納豆菌培養液にナットウ
キナーゼが含まれていることは技術常識である。したがって，乙４文
献には，ナットウキナーゼを摂取しつつビタミンＫ２を同時に摂取す
ることを避けるという本件発明の課題が開示又は示唆されている。
②容易想到性
乙３文献の明細書段落【００１０】には，ナットウキナーゼの精製
度を高める方法が記載されており，精製度が高まるほどビタミンＫ２
の含量も減少するから，乙４文献で示唆される課題により，乙３文献
のナットウキナーゼの精製度を高め，ビタミンＫ２含量を１μｇ／ｇ
乾燥重量以下にすることは，当業者には容易である。
(イ)副引用例乙１，２，５，１９，２０
主引用例乙３と副引用例乙１，２，５，１９，２０を組み合わせるこ
とにより，当業者は本件発明の構成要件Ｂを容易に想到し得る。
①課題の共通性
本件特許の出願日前である昭和６３年９月２４日に刊行された日
本医事新報Ｎｏ．３３６１（乙２０。以下「乙２０文献」という。）
には，ナットウキナーゼとビタミンＫ２を含有する納豆菌培養液から，
ビタミンＫ含量は低減させるが，ナットウキナーゼは含まれるように
するという本件発明の課題が示唆されている。また，本件特許の出願
日前である平成１０年９月８日に頒布された公開特許公報平１０－
２３４３４３号（乙１９。以下「乙１９文献」という。）では，ナッ
トウキナーゼの線溶活性に着目しているから，同様の課題が示唆され
ている。
②容易想到性
ビタミンＫ２含量を１μｇ／ｇ乾燥重量以下とする方法について
は，乙１文献，乙２文献，本件特許の出願日前である平成１１年４月
６日に頒布された公開特許公報平１１－９２４１４号（乙５。以下「乙
５文献」という。）にそれぞれ開示または示唆されている。
乙１文献には，納豆菌培養液の処理方法として，ゲル濾過，イオン
交換クロマトグラフィー，等電点電気泳動などが挙げられており，乙
２文献は，乙１文献の実施例１の記載を引用していることから，同様
の記載がされている。また，乙５文献には，ビタミンＫ２の抽出方法
が開示されているが，納豆菌培養液からビタミンＫ２を抽出すること
と，ビタミンＫ２を除去することとは，残された培養液に着目するか，
除去したビタミンＫ２に着目するかという視点の違いにすぎない。原
告は，乙５文献について，ナットウキナーゼ活性を有するものとして
残存している保証がないと主張するが，乙５文献が採用する硫酸アン
モニウムによる塩析は，蛋白質の溶解度の差を利用した分離方法であ
り，蛋白質を変性させ難いことが知られている（乙３０）。また，硫
酸アンモニウムの濃度を徐々に変えて，濃度ごとに沈澱する蛋白質を
分画する硫安分画も，一般的な分画手法である（乙３１）。したがっ
て，ビタミンＫ２含有水溶性ミセルを沈澱させ，ナットウキナーゼは
上清中に留まらせるように塩濃度を選択すれば，ビタミンＫ２含量が
ゼロ又はごく少量の納豆菌培養液を得ることができる。また，原告は，
濾液を「食品」として利用することは全く想定されていないと主張す
るが，塩析後において，上清を透析法，限外濾過法，ゲル濾過法等の
公知の脱塩方法に供することにより，硫酸アンモニウムを除去しなが
ら，他の成分は残存するようにすることが可能であり，「食品」とし
て利用することは想定される。
当業者は，本件発明を課題を共通にする乙１９，乙２０の文献に基
づいて，その方法を示す乙１，２，５の各文献を組み合わせることに
より，本件発明の構成要件Ｂに容易に想到することができる。
ビタミンＫ２の含量について，乙３文献に開示されていないとして
も，ビタミンＫ２の含量を１μｇ／ｇ乾燥重量以下とする点について
は，乙１，５，２０の各文献に開示又は示唆されている。
(ウ)ビタミンＫ２の含有量「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」の意義
本件発明において，ビタミンＫ２の含有量「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」
という数値は特別な意義を有するものではない。すなわち，本件発明は
「血栓予防のため，ビタミンＫ２依存性凝固因子…の合成抑制剤を服用
している患者が，血栓予防等を目的として血栓溶解酵素であるナットウ
キナーゼを含む…納豆菌培養エキスを摂取すると，ビタミンＫ２も同時
に摂取することになり，そのビタミンＫ依存性凝固因子合成抑制剤の効
果が打ち消されるという問題が生じる」（段落【０００６】）ことから，
血液凝固因子であるビタミンＫ２を除去することでナットウキナーゼ
活性が強化されるとの効果が特徴となっているが，納豆菌を培養しただ
けの液体に含まれるビタミンＫ２の含量については「培養終了後の培養
物上清中には…ビタミンＫ２が約１０～１００μｇ／ｇ乾燥重量含ま
れている。」（段落【００２４】）との記載があるのみで，ビタミンＫ
２の含量によってどの程度の血液凝固がなされ，ナットウキナーゼの血
栓溶解活性の効果が阻害されているかについては記載がない。また，本
件明細書において，ビタミンＫ２の含量がどの程度以下であれば，ビタ
ミンＫ依存性凝固因子合成抑制剤の効果が打ち消されることがなくな
るのかについての記載も示唆もない。したがって，本件明細書には，ビ
タミンＫ２の含量が単純に納豆菌を培養した液体の上清に含まれる１
０～１００μｇ／ｇ乾燥重量よりもビタミンＫ２の含量が低いという
ことが示されているだけであり，ビタミンＫ２の含量を１μｇ／ｇ乾燥
重量以下にすることによって，ビタミンＫ２の含量が５μｇ／ｇ乾燥重
量のものよりも特徴的な効果が生じるというものではない。すなわち，
構成要件Ｂの「１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２」との記載は，
臨界的意義を有するものではなく，ビタミンＫ２を除去し，ビタミンＫ
２の含量を減少させるという本件発明の目的が記載されているにすぎ
ない。
したがって，引用発明において厳密にビタミンＫ２の含量が１μｇ／
ｇ乾燥重量以下であるか否かは単に技術上の設計事項にすぎず，納豆菌
を培養した液体中のビタミンＫ２の含量を減少させることについて記
載され，示唆されていれば進歩性は否定される。
ウ相違点２の検討（副引用例乙１，１９）
(ア)構成要件Ｃについては「納豆菌を培養した液体のうちナットウキナ
ーゼを含みビタミンＫ２の含量が１μｇ／ｇ乾燥重量以下の状態とな
ったもの」と解すべきであり，この場合は，乙１文献等によりビタミン
Ｋ２の含量が１μｇ／ｇ乾燥重量以下とすることができるのであるか
ら，当業者は，乙１文献等により本件発明の構成要件Ｃを容易に想到す
ることができたものである。
(イ)仮に，構成要件Ｃを「納豆菌培養液に通常含まれる栄養分の全部ま
たは相当部分を含むもの」，「少なくとも納豆菌からの分泌物及び培地
成分の残渣からなる種々の栄養分が有意な量含まれているもの」と解す
る場合は，次に述べるとおり，乙１文献，乙１９文献にその構成が開示
されており，当業者が容易に想到することができる。
①乙１文献において開示された物には，ナットウキナーゼの完全な精
製物ではなく，少なくとも複数の蛋白質と複数のポリアミンが含まれ
ているから，「少なくとも納豆菌からの分泌物及び培地成分の残渣か
らなる種々の栄養分が有意な量含まれているもの」が開示されている。
②乙１９文献には，納豆菌培養液からなる液体納豆を含む液体または
固体等の食品が記載されているから，「納豆菌培養液に通常含まれる
栄養分の全部または相当部分を含むもの」が開示されている。そして，
乙１９文献においても，納豆菌培養液に含まれる線溶酵素の利用は認
識されており，乙４文献において，納豆菌培養液からビタミンＫ２含
量を低減させる課題が示唆されているから，当業者は，構成要件Ｃに
ついて容易に想到できる。
エ相違点３の検討（副引用例乙１）
主引用例乙３と副引用例乙１を組み合わせることにより，当業者は，本
件発明の構成要件Ｅを容易に想到し得る。
(ア)乙１文献に開示されている線溶酵素は「経口投与を行うことによっ
て，特に長時間投与して害のないことから血栓症などの治療のみならず，
その予防薬としても期待される」ことが記載されており，医薬品のみに
使用されるとの記載はない。「経口投与」という言葉は，甲６の１～４
に示されるように，医薬だけでなく機能性食品にも使用されている。
(イ)乙３文献には，医薬品としての用途しか記載されていないとしても，
医薬品として使用しうる程度まで精製した培養ナットウキナーゼ精製
物を機能性食品等に用いることは何の支障もないから（乙１５），乙３
文献に記載の培養ナットウキナーゼ精製物を食品として使用すること
は，当業者が容易に想到することができる。
（原告）
ア時機に後れた攻撃防御方法
被告は，従前，乙３文献を主引用例とし，副引用例を乙４文献とする進
歩性欠如の主張をしていたが，平成２１年４月２４日の第３回弁論準備手
続期日において，「本件発明の無効の主張については，従前の主張及び被
告準備書面(3)で主張した，特許法３６条６項１号，同２号違反以外の主張
はしない」と陳述した後，乙３文献を主引用例としつつ，構成要件Ｂの相
違点について乙１９文献及び乙２０文献を動機付けの根拠とし，乙１文献，
乙２文献及び乙５文献を副引用例とし，構成要件Ｃの相違点について乙１
文献及び乙１９文献を副引用例とし，構成要件Ｅの相違点について乙１文
献を副引用例とする新たな進歩性欠如の主張をした。これは，審理を不当
に遅延させることを目的として提出されたものであり（特許法１０４条の
３第２項），または被告が故意または重過失により時機に後れて提出した
防御方法であるから（民訴法１５７条１項），却下されるべきである。
イ仮に時機に後れた攻撃防御方法に該当しないとしても，理由がない。
(ア)本件発明と乙３文献に開示された発明の相違点は，次のとおりであ
る。
①相違点１は，（被告）ア(ア)のとおりである。
②相違点２は，本件発明は「ナットウキナーゼを含有する納豆菌培養
液またはその濃縮物を含む」食品であるのに対して，乙３文献に開示
された発明は「精製されたナットウキナーゼを含有する」医薬品であ
って，最終製品に「納豆菌培養液またはその濃縮物」を含まないこと
である。
③相違点３は，（被告）ア(ウ)のとおりである。
(イ)相違点１（副引用例乙４）について
本件発明は，ナットウキナーゼは含有するがビタミンＫ２を実質的に
除去した納豆菌培養液またはその濃縮物を得ることを課題とする。
これに対し，乙３文献は，血栓溶解剤としての「納豆菌の生産する線
溶酵素」（ナットウキナーゼ）を開示しているだけで，ビタミンＫ２含
量については開示も示唆もない。他方，乙４文献は，納豆中のビタミン
Ｋ２を低下させることを課題とはしているものの，ナットウキナーゼの
有無を問題としていない。また，本件発明は，血栓溶解作用のあるナッ
トウキナーゼを積極的に摂取すべき場合についての発明であるが，乙４
文献は，納豆を食すべき積極的理由について「栄養上の観点から納豆を
食することは一般に推奨されている」と記載するにすぎず，本件発明と
同様の課題を示唆しているとはいえない。そうすると，乙３文献と乙４
文献は発明の課題が共通せず，組合せの動機付けはない。
課題を解決する手段についても，乙４文献は「納豆を製造するに際し
て，ビタミンＫ低生産性である納豆菌変異株Ａ－１…を使用することを
特徴とするビタミンＫ含量の低い納豆の製造方法を提供するものであ
る」としており，ビタミンＫ２を除去することについて開示も示唆もな
く，ビタミンＫ２の含量について触れることのない乙３文献とは課題を
解決する手段が共通せず組合せの動機付けがない。
以上のとおり，乙４文献は「納豆」に関するものであってナットウキ
ナーゼに関する発明ではなく，乙３文献と乙４文献の組合せの動機付け
はなく，組み合わせたとしても，本件発明の構成にはならない。
(ウ)相違点１（副引用例乙１，２，５，１９，２０）について
①乙２０文献は，単に，納豆がビタミンＫを産生するから，抗凝血（薬）
療法を実施中の患者は安全上納豆を食べさせないことが肝要である
ことを示唆するのみで，ナットウキナーゼを含む納豆の摂取を積極的
に勧めるものではない。すなわち，乙２０文献には，納豆菌培養液が
ナットウキナーゼを含有するため積極的に摂取する理由があるとし
つつ，そのビタミンＫ２含量を低下させるという技術思想の記載はな
い。
②乙１９文献は，「納豆菌と，その代謝産物である人体に有用な機能性
物質を含有する納豆菌培養液とからなることを特徴とする液体納豆」
に関するものであり，納豆菌培養液にナットウキナーゼとビタミンＫ
２が含まれることが記載されている（段落【００２１】，【００２５】）。
そして，ビタミンＫ２は１３μｇ／ｍｌ含まれ（段落【００２１】），
培地中には１リットル当たり７９ｇの培地成分（固形分）が含まれる
（段落【００１９】）から，培養液１ｍｌあたりの固形分含量（乾燥
重量）は０．０７９ｇとなる。したがって，上記は１３／０．０７９
＝約１６５μｇ／ｇ乾燥重量に相当する。これは，納豆菌培養液に
もともと含まれているビタミンＫ２（約１０～１００μｇ／ｇ乾燥重
量。本件明細書段落【００２４】参照）が，何ら除去または低減され
ることなく残存していることを示している。そうすると，乙１９文献
に記載の納豆菌培養液は「ビタミンＫ含量は低減させるが，ナットウ
キナーゼは含まれるようにするということが課題」とはなっておらず，
乙３文献において，ビタミンＫ２を除去または減少させる動機付けを
与えるものではない。
③乙１文献に開示のビタミンＫ２除去方法のうち，ゲル濾過及びイオ
ン交換クロマトグラフィーの手法は，上記のとおり，乙３文献におい
てビタミンＫ２含量を１μｇ／ｇ乾燥重量以下とすることは可能で
ない。等電点電気泳動によって蛋白質とビタミンＫ２を確実に分離す
ることが妥当しうるのは，水溶液中にビタミンＫ２単体で存在する場
合のみであり，納豆菌培養液中のビタミンＫ２の多く（８０％以上）
が，ミセル状態，または蛋白質あるいは細胞膜成分と複合体を形成し，
水溶化した状態で存在していることからすると，ビタミンＫ２含量を
１μｇ／ｇ乾燥重量以下とすることが当然に可能とはいえない。
④乙２文献は，実質的に乙１文献と同様の記載をしているから，ビタ
ミンＫ２の含量が１μｇ／ｇ乾燥重量以下となることの根拠はない。
⑤乙５文献において納豆菌培養液からビタミンＫ２を抽出した後の濾
液は，①ナットウキナーゼが活性を有するものとして残存している保
証がない上（ビタミンＫ２とともに凝集し沈澱しているか，濾液中に
残存していても活性を失っている可能性がある），②濾液を「食品」
として利用することは想定されていない。すなわち，食品の製造過程
において高濃度の塩を添加することは，塩による食味もしくは食品機
能の変性のおそれ，最終製品に塩が残存するおそれがあることから，
商品の製造方法としては不適当であり，当業者は，食品に，蛋白質等
の沈澱が生じる程に大量の塩を添加しようとは考えない。酸を加える
方法，有機溶媒を加える方法も同様である。よって，乙３文献に乙５
文献の手法を適用しようとは考えないものであり，適用しても，本件
発明に想到しない。なお，乙６文献は，本件特許出願後に公開された
文献である。
⑥本件発明の「１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを含有す
る」とは，本件明細書の「血液凝固因子であるビタミンＫ２をほとん
どあるいは全く含有しない。」（段落【０００２】，【００１０】）
の記載を定量化したにすぎない。本件発明以前は，ナットウキナーゼ
を含有し，かつ「ビタミンＫ２をほとんどあるいは全く含有しない」
納豆菌培養液またはその濃縮物を含む食品は公知でないから，ビタミ
ンＫ２が１μｇ／ｇ乾燥重量以下であることの臨界的意義は問題と
ならない。
(エ)相違点２（副引用例乙１，１９）について
①乙１文献には複数のポリアミンが検出された等の記載はなく，仮に
乙１文献に複数の蛋白質やポリアミンが含まれていることが開示さ
れているとしても，乙３文献に開示された発明である「精製されたナ
ットウキナーゼを含有する顆粒，カプセルまたは錠剤の形態の医薬
品」に乙１文献のビタミンＫ２を除去する手法を適用した場合に，納
豆菌培養液に通常含まれる栄養分の全部または相当部分を含むこと
になるわけではない。
②乙３文献と乙１９文献の組合せにより，「納豆菌培養液」からなる
液体納豆を含む液体または固体の食品が得られることについて，被告
は何ら説明していない。
(オ)相違点３（副引用例乙１）について
①乙３文献について医薬品の程度まで精製しないものを食品に添加
すると，乙３文献より精製の程度が落ち，構成要件Ｂの「１μｇ／ｇ
乾燥重量以下のビタミンＫ２とを」の要件を充足しない可能性が高く
なり，本件発明の目的の１つを達成できなくなるという阻害要因があ
るから，当業者がそのような構成に想到することは容易ではない。
②医薬品と食品は物質として異なる。乙３文献と乙１文献の組合せに
より，構成要件Ｅが容易想到であるとなぜ言えるのか不明である。
(2)－２－４②進歩性欠如②（主引用例乙５）
（被告）
ア乙５文献を主引用例とした場合，進歩性欠如の無効理由（特許法１２３
条１項３号，２９条２項）がある。
(ア)乙５文献に開示されている発明と本件発明との相違点は，次のとお
りである。
①相違点１
本件発明は納豆菌培養液からナットウキナーゼをペースト等の形
態の食品として取得することを目的とする（構成要件Ａ，Ｄ，Ｅ）の
に対し，乙５文献に開示されている発明はビタミンＫ２の取得を目的
としていること
②相違点２
本件発明は納豆菌培養液中のビタミンＫ２含量を１μｇ／ｇ乾燥
重量以下にする（構成要件Ｂ）のに対し，乙５文献には示されていな
い点
(イ)相違点の検討
①相違点１について
乙４文献には，(2)－２－４①（被告）イ(ア)①の記載があり，納
豆菌培養液にナットウキナーゼが含有され，ナットウキナーゼが血栓
溶解剤となることは周知（乙１文献～乙３文献）であるから，乙４文
献には，本件発明の課題である「ビタミンＫ２の含量が低減された納
豆菌培養エキス食品」と同一の課題が示唆されている。
乙５文献には，ビタミンＫ２取得のために納豆菌培養液を用いるこ
とが好ましいと記載され（段落【００１５】），ビタミンＫ２を回収
した残りの納豆菌培養液は，ビタミンＫ２の含有量が低下しているこ
とが自明であるから，乙４文献で示唆される課題の解決のために，乙
５文献に記載されている方法を使用し，ナットウキナーゼを含有し，
かつビタミンＫ２含量の低減された納豆菌培養液を得ることは，当業
者には容易である。
なお，納豆菌培養液からナットウキナーゼを含有する食品を得るこ
とは周知であり（本件明細書段落【０００３】等），食品の形態を，
ペースト，粉末，顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤のいずれにす
るかは設計事項である。
②相違点２について
乙５文献の実施例２には，塩類として硫酸アンモニウム（乙３０，
３１）を枯草菌培養液に加え，生じた沈殿物を遠心分離により分離し，
沈澱物中にビタミンＫ２を回収したこと（段落【００２１】），塩の
飽和度を６０％にすると沈殿物中のビタミンＫ２の回収率は９７．５
％であることが記載され，本件明細書の表１，実施例２のビタミンＫ
２の濾過率９９．７２％と質的に異ならない。乙５文献には，使用し
得る塩類が種々記載され，その添加量を４５％飽和以上にすることが
好ましいことも記載されており（段落【００１１】），使用する塩の
種類や添加量を変えることなどにより，納豆菌培養液からのビタミン
Ｋ２の回収率を上記数値よりもさらに向上させることは，当業者に容
易である（平成１８年７月１３日に頒布された公開特許公報２００６
－１８０７９０号，乙６参照）。そして，塩析後，公知の脱塩方法に
より硫酸アンモニウムを除去することができ，条件設定により，他の
成分は残存させることも可能であり，脱塩後の納豆菌培養液は，食品
としての使用も可能である。したがって，乙５文献に記載の方法によ
り，納豆菌培養液からナットウキナーゼ及び１μｇ／ｇ乾燥重量以下
のビタミンＫ２を含有する食品を取得することは容易である。
イ原告の主張に対する反論
(ア)納豆菌培養液からビタミンＫ２を抽出除去することは，残された培
養液に着目するか，除去したものに着目するかの視点の違いにすぎない。
(イ)乙５文献に記載された添加量（段落【００１０】，【００１２】）
が，なぜ培養液の食品としての再利用を想定しない大量の添加と評価で
きるか理由が明らかではない。
(ウ)酸，塩類，または有機溶媒を使用したから直ちにナットウキナーゼ
の活性が失われるものではない。
（原告）
ア乙５文献に記載された発明は，ビタミンＫ２を目的物として抽出するも
のであり，これが除去された納豆菌培養液またはその濃縮物を目的物とす
る本件発明とは関係がない。また，乙５文献記載の発明は，培養液中に酸，
塩類，または有機溶媒等を加えるから，ビタミンＫ２を回収した残りの納
豆菌培養液においてナットウキナーゼが活性を有する酵素として残存す
る保証はない。さらに，納豆菌培養液に硫酸アンモニウム等を添加すると，
ビタミンＫ２とナットウキナーゼがともに沈澱する可能性も排除されて
いない。
イ乙５文献では，大量の塩または有機溶媒等を添加するため，ビタミンＫ
２を除去した後の培養液を「食品」として再利用することは想定されてい
ない。よって，ビタミンＫ２の含有量の低い納豆を得ることを目的物とす
る乙４文献との組合せの動機付けはなく，仮に組み合わせたとしても，本
件発明の構成になるものではない。なお，乙６文献は，本件特許の出願日
後に公開された文献である。
ウ乙５文献には，ビタミンＫ２を不溶化，沈殿させて「分離，回収する」
方法が記載されており，ビタミンＫ２が，本件発明の程度まで「除去」さ
れるとする根拠はない。乙５文献の表３によれば，エタノールを添加した
場合の沈殿中のビタミンＫ２回収率は最大でも９１．５％である。
(2)－２－４③進歩性欠如③（主引用例乙１９）
（被告）
ア乙１９文献に記載された発明を主引用例とした場合，進歩性欠如の無効
理由（特許法１２３条１項３号，２９条２項）がある。
(ア)乙１９文献と本件発明との相違点は，次のとおりである。
乙１９文献には，①ナットウキナーゼが含まれること，②納豆菌培養
液からなる液体納豆を含む液体又は固体の食品が記載されていること，
③液体納豆を果汁飲料やその他の食品と混ぜたもの，液体納豆を乾燥粉
末にしたものが記載されていることから，本件発明の構成要件Ａ，Ｃな
いしＥを開示するものであり，これらの点で本件発明と一致する。本件
発明と乙１９文献に記載された発明との相違点は，本件発明が納豆菌培
養液中のビタミンＫ２含量を１μｇ／ｇ乾燥重量以下にする（構成要件
Ｂ）のに対し，乙１９文献にはビタミンＫ２含量が示されていない点で
ある。
(イ)相違点の検討
相違点については，乙１９文献と，乙４文献及び／又は乙２０文献並
びに，乙５文献及び／又は乙１文献を組み合わせることで，本件発明に
容易に想到し得る。
①乙４文献には，抗凝固療法を行う患者や血栓症の危険性のある人に
ついて，納豆菌培養液からビタミンＫ含量を低減させるという課題が
示唆されている。乙２０文献にも，納豆菌培養液からビタミンＫ含量
は低減させるがナットウキナーゼは含まれるようにするという本件
発明の課題が示唆されている。原告は，乙２０には納豆菌培養液がナ
ットウキナーゼを含有するから積極的に摂取する理由があるとする
ものではないと主張するが，乙２０にはその旨の記載がある（132頁
5欄3ないし6行）。よって，乙４文献及び／又は乙２０文献から，
血栓溶解酵素「ナットウキナーゼ」を含有する乙１９文献に記載の発
明の液体納豆を含む食品についても，同様の課題が想起される。
②乙５文献及び／又は乙１文献に記載されている各手法により，納豆
菌培養液からビタミンＫ２を含有する菌体やビタミンＫ２を除去す
ることは，当業者には容易である。塩や有機溶媒を添加する手法は，
蛋白質の濃縮，精製方法として周知であり（乙１，２１，２２），塩
や有機溶媒の種類や濃度を適宜変更することで，目的とする蛋白を凝
集沈澱させたり上清中に残したりすることは広く行われている。した
がって，納豆菌培養液に塩や有機溶媒を添加するに当たり，納豆菌培
養液からビタミンＫ２は沈澱させるがナットウキナーゼは上清中に
残存するように条件を見つけることは設計事項である。
③本件発明には，納豆菌培養液中のビタミンＫ２含量を１μｇ／ｇ乾
燥重量以下にするという数値限定について，何らの臨界的意義の説明
はなく，少なければ少ないほどよいとの意味しか認めることはできな
い。すなわち，本件明細書には，納豆菌培養液に対してキトサン処理
を行い，濾過助剤を用いて濾過し，さらに必要に応じて濾過助剤等を
用いて精密濾過し，逆浸透圧濃縮機を用いて分子量１００以下の物質
の大部分を除去し，さらに必要に応じてメンブレンフィルターで無菌
濾過して得られる濃縮液中のビタミンＫ２濃度が１μｇ／ｇ乾燥重
量以下になると記載されているにすぎない（段落【００２６】～【０
０２８】）。段落【００４２】の表１には，キトサン処理をしない比
較例１の濾過後のビタミンＫ２濃度が５４μｇ／ｇ培養液であった
のに対し，実施例２の濾過後のビタミンＫ２濃度が０．１５μｇ／ｇ
培養液であったことが記載されているが，液状の培養液の１ｇ当たり
のビタミンＫ２濃度の数値であるから，実施例と比較例を対比しても，
ビタミンＫ２が「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」という構成要件Ｂがサポ
ートされているか分からず，まして臨界的意義を見出すことはできな
い。したがって，本件発明における納豆菌培養液またはその濃縮液の
ビタミンＫ２含量の数値限定（構成要件Ｂ「１μｇ／ｇ乾燥重量以
下」）は，ビタミンＫ含量を低減させるという課題のもとに，乙５文
献または乙１文献に記載の手法により，ビタミンＫ含量を低減させて
いけば，容易に達成される数値である。
イ時機に後れた攻撃防御方法
被告が，平成２１年４月２４日の第３回弁論準備手続期日において，他
に新たな主張の追加をしないと釈明したのは，同期日で特許法３６条６項
１号，２号違反の主張を追加したことに関して，新規性・進歩性欠如以外
の理由の追加はないとの認識で応答したものである。被告は，新規性・進
歩性欠如に関しては新たな証拠等による主張の追加があり得ると回答し
ており，その後の進歩性欠如③（主引用例乙１９）の主張は，不当な訴訟
遅延を目的とする主張ではない。乙１文献，乙２文献，乙５文献は既に提
出しており，主引用例と副引用例の組替えは，著しく審理を遅滞させるも
のではない。
（原告）
ア時機に後れた攻撃防御方法
被告は，平成２１年４月２４日の第３回弁論準備手続期日において，
「本件発明の無効の主張については，従前の主張及び被告準備書面(3)で
主張した，特許法３６条６項１号，同２号違反以外の主張はしない」と陳
述した後，新たに，従前の新規性・進歩性欠如の主張と実質的に同一であ
る進歩性欠如③（主引用例乙１９）の主張をした。これは，審理を不当に
遅延させることを目的として提出されたものであり（特許法１０４条の３
第２項），または被告が故意または重過失により時機に後れて提出した防
御方法であるから（民訴法１５７条１項），却下されるべきである。
イ仮に時機に後れた攻撃防御方法に該当しないとしても，理由がない。す
なわち，乙４文献または乙２０文献には，ナットウキナーゼを積極的に摂
取することを前提として，納豆菌培養液中のビタミンＫ２含量を低減する
という本件発明の課題は示唆されておらず，仮にこれが示唆されていると
しても，乙１９文献に記載された発明の「食品」において，乙４文献及び
乙２０文献に示唆される課題と，乙５文献または／及び乙１文献の手法と
を組み合わせて，納豆菌培養液中のビタミンＫ２含量を低減させて「１μ
ｇ／ｇ乾燥重量以下」とした「納豆菌培養液またはその濃縮物を含む」「食
品」とすることは，当業者に容易に想到しえない。
(ア)乙４文献の課題は，本件発明の課題と無関係である。
乙４文献に記載された発明は，「納豆」の製造方法に関するものであ
って「納豆菌培養液」に関するものではなく，乙４文献には「納豆菌培
養液」からビタミンＫ２を低減させるという課題は示唆されていない。
そもそも乙４文献には納豆または納豆菌培養液にナットウキナーゼが
含まれることの開示も示唆もなく，ナットウキナーゼを摂取しつつビタ
ミンＫ２を同時に摂取することを避けるという本件発明の課題を示唆
するものではない。乙４文献には，納豆を食すべき積極的理由について
「栄養上の観点から納豆を食することは一般に推奨されている」（１頁
右欄８～９行）と記載するにすぎず，「栄養上の観点」というのは，文
脈上「ビタミンＫ２含量が多い」という趣旨を言い換えているだけであ
る。したがって，乙４文献に接した当業者は，ビタミンＫは一般的には
栄養価が高いが，「抗凝固療法を行っている患者や血栓症の危険性のあ
る人」（乙４文献１頁右欄１２～１４行）は，ビタミンＫの摂取を避け
るために納豆を食べるべきでないことを理解するだけであり，ナットウ
キナーゼを積極的に摂取することを前提としつつ，ビタミンＫ２を選択
的に除去した「納豆菌培養液またはその濃縮物」を得たいという本件発
明の課題とは関係がない。乙４文献には，納豆菌培養液中のビタミンＫ
２含量を１μｇ／ｇ乾燥重量以下とすることについての記載も示唆も
ない。
乙４文献の解決手段は，納豆菌変異株を用い，初めから特殊な「納豆」
を作るという観点の技術であり，本件発明のように，普通の納豆菌を用
いて得られる納豆菌培養液中のビタミンＫ２を低下させるという課題
及び解決手段を示唆していない。なお，乙４文献では，ビタミンＫ低生
産株を得るにあたって，「従来の市販の納豆菌の胞子を除いた栄養細胞
の懸濁液をＮ－メチル－Ｎ’－ニトロ－Ｎ－ニトロソグアニジンで処
理することにより，変異を誘発させる」（２頁左上欄１８行～同右上欄
１行）操作が行われている。このような変異剤を用いると，遺伝子が同
時に数か所変異を受けることは周知であるから，乙４文献で得られたビ
タミンＫ低生産株が，ナットウキナーゼの産生に関する遺伝子の変異を
同時に起こし，ナットウキナーゼが産生されなくなった可能性が否定で
きない。変異株のスクリーニングにおいては，ビタミンＫの濃度と，納
豆の糸引き性，香り，味等の品質を親株と比較した（３頁右上欄１６～
２０行）にすぎない。よって，乙４文献のビタミンＫ低生産株がナット
ウキナーゼを産生しているか否かは不明である。
したがって，乙４文献は，本件発明の課題を示唆しているとはいえな
い。仮に「乙４文献には，…『ビタミンＫの含量が少ない納豆を提供し
ようという課題』が開示されているといえる。してみれば，納豆と同様
にビタミンＫ含有量の多い液体納豆（納豆菌培養液）についても，…納
豆菌由来のビタミンＫであるビタミンＫ２を少なくしてみようとする
ことは，当業者に自明の課題であるといえる」としても，乙５文献また
は乙１文献の手法を乙１９文献の食品に組み合わせて初めて本件発明
の構成が得られるのであり，課題だけで本件発明の構成が得られるはず
はない。
(イ)乙２０の課題は，本件発明の課題と無関係である。
乙２０文献は，納豆摂取と血栓症についての解説記事であり，本件発
明の公報における従来技術の説明（公報段落【０００２】，【０００４】，
【０００６】）とほぼ同内容を記載しているにすぎない。
乙２０文献は，単に，納豆がビタミンＫ２を産生するから，抗凝血（薬）
療法を実施中の患者は安全上納豆を食べさせないことが肝要であるこ
とを示唆するのみで，納豆はナットウキナーゼを含むのでこれを積極的
に摂取する理由があることを前提とするものではない。したがって，乙
２０は本件発明の課題である，納豆菌培養液がナットウキナーゼを含有
するためにこれを積極的に摂取する理由があるとしつつ，そのビタミン
Ｋ２含量を低下させることを示唆するものではない。
(ウ)乙５文献または乙１文献の手法を，乙１９文献の食品に適用するこ
とは容易に想到し得ない
①乙５文献に記載された発明は「ビタミンＫ２濃縮物の製造法」（請
求項１）であり，「ビタミンＫ２を低含有とする納豆菌培養液」では
ない。すなわち，同請求項にいうビタミンＫ２含有水溶液ミセルを「不
溶化」し「分離，回収」するとは，ビタミンＫ２を目的物として納豆
菌培養液中から回収することを意味しており，ビタミンＫ２が除去さ
れた納豆菌培養液（またはその濃縮物）を目的物とし，食品として提
供する本件発明とは何の関係もない。このことは，乙５文献の「公知
の方法により菌体を回収したとしても，効率的にビタミンＫ２を集め
ることはできない。」（段落【０００５】），「我々は，…ビタミン
Ｋ２含有水溶性ミセルを種々の手段により不溶性化させると，ビタミ
ンＫ２の回収率が飛躍的に向上することを見出して本発明を完成さ
せた。すなわち，本発明は…ビタミンＫ２含有水溶性ミセルを不溶性
化した後，精製された水不溶物を分離，回収することを特徴とするビ
タミンＫ２濃縮物の製造法である」（段落【０００６】）という記載
からも明らかである。
乙５文献において「納豆菌培養液からビタミンＫ２を沈殿物として
回収」した後の濾液は，ナットウキナーゼが活性を有するものとして
残存している保証がない（ビタミンＫ２とともに凝集して沈殿してい
るか，または濾液中に残存していても，活性を失っている可能性があ
る。）上，濾液を「食品」として利用することについては，全く想定
されていない。すなわち，乙５文献では，ビタミンＫ２を凝集物とし
て沈澱させる手段としては，①酸を加えてｐＨを調整する方法，②塩
を添加する方法，③有機溶媒を添加する方法が開示されているが（段
落【０００６】～【００１２】），例えば塩を添加してビタミンＫ２
を沈殿させる方法では，納豆菌培養液からビタミンＫ２を目的物とし
て抽出（回収）した残りの納豆菌培養液には，高濃度の塩が含まれる。
食品の製造過程において高濃度の塩を添加することは，塩による食味
もしくは食品機能の変性のおそれ，あるいは最終製品に塩が残存する
おそれがあることから，食品の製造方法として好ましくない。当業者
であれば，食品に塩を添加することは極力避けることであり，まして
や，食品において蛋白質などの沈殿が生じる程に大量の塩を添加しよ
うとは考えないものである。酸を加える方法，有機溶媒を加える方法
についても同様である。
したがって，乙５文献に記載された発明において，納豆菌培養液か
らビタミンＫ２を目的物として抽出した残りの納豆菌培養液は廃棄
の対象にしかならない物であり，とても食品としては利用できないか
ら，乙１９文献の食品と組み合わせることには阻害要因がある。
②乙１文献に記載された「手法」は，納豆菌の培養液のまま，または
適当な温度に保持した後，濃縮，透析または乾燥した後，極性有機溶
媒，塩析，限外濾過，吸着剤，イオン交換クロマトグラフィー，ゲル
濾過，アフィニティクロマトグラフィーまたは等電点電気泳動の組合
せで処理するというものであるが，要するに物質の分離・精製の一般
的な手法をただ列挙しただけであり，これらの方法により本件発明の
程度までビタミンＫ２が除去されるのかまったく不明である。
さらに，乙１文献には，納豆菌培養液に種々の精製手段を適用して，
線溶酵素以外の不純物をできるだけ除去する方法が記載されている
から，乙１９文献に乙１文献の手法を適用した場合，納豆菌培養液中
に含まれる栄養分は不純物として除去される。したがって，得られる
ナットウキナーゼ生成物は，本件発明の「納豆菌培養液またはその濃
縮物」を含まないことになる。よって，乙１９文献に乙１文献の手法
を適用しても本件発明に想到することはない。
(3)本件訂正発明の侵害の有無
(3)－１訂正請求の適否
（原告）
ア前提となる事実(2)，(7)イ(エ)，(7)ウのとおり，原告は，平成２３年
２月２４日付けで本件発明について訂正請求を行った。
イ訂正事項ａは，特許請求の範囲の請求項１の「ナットウキナーゼ」を「５
０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼ」に限定するものである
から，特許請求の範囲の減縮を目的とするものである（特許法１３４条の
２第１項ただし書１号）。
上記訂正は，本件明細書の「ナットウキナーゼの含有量は…１ｇ当り…
より好ましくは１０００ＦＵ以上…乾燥粉末の場合は…５０００ＦＵ以
上であり得」（段落【００１８】）との記載及び実施例３（段落【００４
５】の【表２】）の納豆菌培養エキスのナットウキナーゼ活性２５００Ｆ
Ｕ／ｇ及び納豆菌培養エキス粉末のナットウキナーゼ活性１３０００Ｆ
Ｕ／ｇの結果に基づくものである。ここで「１ｇ当り…乾燥粉末の場合は
…５０００ＦＵ以上」（段落【００１８】）との記載が，訂正事項ａの直
接の根拠であり，実施例３の納豆菌培養エキス粉末のナットウキナーゼ活
性１３０００ＦＵ／ｇの結果がこの根拠を支持する。また，実施例３の結
果により，ナットウキナーゼ１ＦＵ／ｇは１３０００÷２５００＝約５Ｆ
Ｕ／ｇ乾燥重量であるから，「１ｇ当り…１０００ＦＵ以上」との記載も，
「乾燥粉末の場合は…５０００ＦＵ以上」を意味し，上記訂正事項ａの根
拠となる。したがって，本件訂正は，願書に添付した明細書に記載した事
項の範囲内においてするものである。さらに，本件訂正は，特許請求の範
囲に数値限定を加えようとするものであるから，実質上特許請求の範囲を
拡張または変更するものではない。
（被告）
ア原告の主張は争う。本件訂正請求は，訂正の要件を充足しない。
イ訂正要件の不充足
訂正事項ａ，ｂは，特許法１３４条の２第５項，１２６条３項を充足し
ない。
(ア)訂正事項ａ，ｂは，願書に添付した明細書等に記載した事項の範囲
内においてされた訂正ではない。すなわち，段落【００１８】には「納
豆菌培養液」という用語も「その濃縮物」という用語も記載されていな
い。段落【００１８】には，「乾燥粉末の場合は…５０００ＦＵ以上で
あり得」との記載はあるが，「乾燥粉末」は，「納豆菌培養液」とも「そ
の濃縮物」とも同義ではない。したがって，段落【００１８】には「５
０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼと…とを含有する納
豆菌培養液またはその濃縮物」は記載されていない。
(イ)仮に「納豆菌培養エキス」が「納豆菌培養液」と同義であると認定
されたとしても，段落【００１８】に記載されているのは「（納豆菌培
養エキス）１ｇ当たり，２０ＦＵ以上が好ましく，より好ましくは１０
００ＦＵ以上，さらにより好ましくは２５００ＦＵ以上である」こと，
即ち液体１ｇ当たりのナットウキナーゼ活性であり，この記載は，納豆
菌培養液の乾燥重量１ｇ当たりのナットウキナーゼ活性を示してはい
ない。実施例３では，乾燥粉末の調製に際し，水溶性食物繊維を添加し
ているから，原告の示した計算式は正しくない。さらに，納豆菌培養エ
キスのナットウキナーゼ含有量は様々であるし，かつ，当該エキスの乾
燥粉末の調製に際し，種々の添加剤を添加し得るのであるから，実施例
３の表２に示された数値のみをもってして，ナットウキナーゼ１ＦＵ／
ｇは約５ＦＵ／ｇ乾燥重量であるとはいえず，よって「１ｇ当たり…１
０００ＦＵ以上」の記載が「乾燥粉末の場合は…５０００ＦＵ以上」を
意味するともいえない。仮に，「乾燥粉末」が「納豆菌培養液またはそ
の濃縮物」の一例であるとして，段落【００１８】には「納豆菌培養液
またはその濃縮物」について，乾燥重量１ｇ当たりのナットウキナーゼ
活性が記載されていると認定される場合でも，同段落に記載されている
のは，「５０００ＦＵ以上であり得」ること，すなわち，ナットウキナ
ーゼ活性が５０００ＦＵ以上である可能性があることのみであり，現に
ナットウキナーゼ活性が５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上である「乾燥粉
末」が記載されているわけではない。
さらに，実施例３の表２には，ナットウキナーゼ活性が１３０００Ｆ
Ｕ／ｇである納豆菌培養エキス粉末が記載されているが，この一例のみ
の記載から，ナットウキナーゼ活性が「５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上」
であることは導き出され得ない。よって，実施例３にも「５０００ＦＵ
／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼと…とを含有する納豆菌培養液
またはその濃縮物」は記載されていないことは明らかである。
(3)－２訂正請求による無効理由の解消の有無
（原告）
ア本件訂正により，本件訂正発明は，前提となる事実(7)イ(イ)の本件知
財高裁判決の主引用例とされた乙１９文献及びこれと組合せが容易とさ
れた乙４文献との関係において無効理由を回避できる。
(ア)本件訂正発明の課題
納豆菌は，血栓溶解酵素であるナットウキナーゼを生産する（本件訂
正明細書の段落【０００２】）が，血栓凝固系の必須成分であるビタミ
ンＫ２をも生産することから，納豆菌培養エキスにはナットウキナーゼ
とビタミンＫ２がともに含まれている（段落【０００４】）。この納豆
菌培養エキスを，血栓予防のため，ビタミンＫ依存性凝固因子の合成抑
制剤を服用している患者が，ナットウキナーゼを含む納豆菌培養エキス
を摂取すると，ビタミンＫ２も同時に摂取することになり，ビタミンＫ
依存性凝固因子合成抑制剤の効果が打ち消されるという問題があった
（段落【０００６】）。そこで，ビタミンＫ２が低減された納豆菌培養
エキスが望まれていた（段落【０００９】）。
したがって本件訂正発明の課題は，「血栓溶解酵素であるナットウキ
ナーゼを含有するが，血液凝固因子であるビタミンＫ２をほとんどある
いは全く含有しない食品」（段落【０００１】）を提供することである。
ここで，「ナットウキナーゼを含有する」とは，血栓溶解酵素としての
ナットウキナーゼの機能を期待できる程度に，活性を有するナットウキ
ナーゼを有意な濃度で含有するという意味であり，本件訂正発明は，ナ
ットウキナーゼを有意な濃度で含有するが，ビタミンＫ２をほとんどま
たは全く含有しない食品に関するから，ナットウキナーゼの含有量とビ
タミンＫ２の含有量との比率が問題となる。したがって，本件訂正発明
の課題は，ビタミンＫ２当たりのナットウキナーゼを高濃度で含有する
食品を提供することである。
この課題を解決するために，本件訂正発明は，前提となる事実(2)の
とおり，ビタミンＫ２１μｇあたり５０００ＦＵ以上のナットウキナ
ーゼを含有する食品を提供する。
本件訂正発明によれば「従来のナットウキナーゼを含有する食品が有
していた問題点が解決され，栄養分に優れ，血液凝固因子であるビタミ
ンＫ２がほとんどあるいは全く含まれないため，ビタミンＫ２の過剰摂
取を心配することのないナットウキナーゼ活性が強化され，また，血液
凝固系の疾患を有する患者にも最適な食品」が提供される（段落【００
１０】）。
(イ)乙１９文献に記載された発明と本件訂正発明の対比
①乙１９文献に記載された発明と本件訂正発明は，「ナットウキナー
ゼを含有する納豆菌培養液を含む粉末又はドリンクの形態の食品」で
ある点で一致し，以下の点で相違する。
本件訂正発明の納豆菌培養液またはその濃縮物は，「５０００ＦＵ
／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼ」を含有し，かつ「１μｇ／ｇ
乾燥重量以下のビタミンＫ２」を含有するのに対し，乙１９文献に記
載された発明の納豆菌培養液またはその濃縮物は，５０００ＦＵ／ｇ
乾燥重量未満の「約１０９０～１５４０ＦＵ／ｇ乾燥重量」のナット
ウキナーゼを含有し，かつ，１μｇ／ｇ乾燥重量を超える「約１６５
～２８６μｇ／ｇ乾燥重量」のビタミンＫ２を含有する点
②相違点の検討
本件訂正発明の納豆菌培養液またはその濃縮物は，ビタミンＫ２あ
たりのナットウキナーゼを「ビタミンＫ２１μｇあたり５０００Ｆ
Ｕ以上」という高濃度で含有することに特徴がある。この特徴により，
ビタミンＫ２の過剰摂取を心配することなく活性の高いナットウキ
ナーゼを摂取することが可能となり，血液凝固系の疾患を有する患者
にも最適な食品が提供される。乙１９文献には，ビタミンＫ２あたり
のナットウキナーゼを上記の高濃度で含有する納豆菌培養液または
その濃縮物について記載も示唆もなく，ビタミンＫ２あたりのナット
ウキナーゼを高濃度で含有する食品を提供することについても記載
も示唆もない。「ビタミンＫ２１μｇあたり５０００ＦＵ以上」と
いう高濃度でナットウキナーゼを含有する本件訂正発明の納豆菌培
養液またはその濃縮物は，乙１９文献の記載から当業者が予測できる
範囲を超えた格別顕著な効果を奏することは明らかである。
一方，本件知財高裁判決が示すように，乙４文献に記載された発明
の技術思想が「血栓症の発生を予防する抗凝固療法を行っている患者
や血栓症の危険性のある人にも安心して食することができるように
するために，納豆におけるビタミンＫ２の含量を低くすること」であ
るとしても，乙４文献には，そもそも納豆または納豆菌培養液にナッ
トウキナーゼが含有されることについて記載も示唆もなく，ナットウ
キナーゼを摂取しつつビタミンＫ２を同時に摂取することを避ける
という課題は開示も示唆もなく，まして，ビタミンＫ当たりのナット
ウキナーゼを高濃度で含有する食品を提供するという本件訂正発明
の課題について開示も示唆もない。したがって，乙１９文献に記載さ
れた発明と乙４文献に記載された発明に基づいて当業者が容易に発
明をすることができたものではない。
仮に，乙１９文献に記載された発明と乙４文献に記載された発明を
組み合わせることが当業者に容易であるとしても，これを組み合わせ
たところで「５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼと１
μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを含有する納豆菌培養液ま
たはその濃縮物を含む」食品という本件訂正発明の具体的構成が得ら
れるわけではない。
また，乙２０文献，乙５文献，乙１文献にも上記のような食品につ
いて記載も示唆もないので，本件訂正発明は，副引用例に基づいて当
業者が容易に発明をすることができたものでもない。
イ被告の主張は争う。
（被告）
ア原告の主張は争う。本件訂正請求により，本件発明の無効理由は解消さ
れない。
(ア)原告の主張する本件訂正発明の課題は否認する。本件明細書には，
ナットウキナーゼの含有量とビタミンＫ２の含有量との比率が問題と
されているとの記載も，ビタミンＫ２あたりのナットウキナーゼを高濃
度で含有する食品を提供するとの記載もなく，かかる課題は示されてい
ない。
(イ)原告の主張する乙１９文献に記載された発明のナットウキナーゼ
含有量のＦＵ単位への換算は正しくない。また，乙４文献には，血栓症
の発生を予防する抗凝固療法を行っている患者や血栓症の危険性のあ
る人も安心して食することができるようにするために，納豆におけるビ
タミンＫの含量を低くするとの技術思想が開示されている。
(ウ)原告の主張する乙１９文献に記載された発明と本件訂正発明の相
違点は否認する。相違点についての被告の主張は，後記イで述べるとお
りである。対比については争う。
イ進歩性欠如（主引用例乙１９）
乙１９文献を主引用例とした場合，進歩性欠如の無効理由（特許法１２
３条１項３号，２９条２項）がある。
(ア)乙１９文献に記載された発明と本件訂正発明との相違点は，次のと
おりである。
①相違点１
本件訂正発明の納豆菌培養液は「５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上の
ナットウキナーゼを含有」するのに対し，乙１９文献に記載された発
明の納豆菌培養液は「ＦＵ／ｇ乾燥重量単位で表したナットウキナー
ゼ含有量が不明」である点。
②相違点２
本件訂正発明の納豆菌培養液は「１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミ
ンＫ２を含有する」のに対し，乙１９文献に記載された発明の納豆菌
培養液は「１μｇ／ｇ乾燥重量を超えるビタミンＫ２を含有する」点。
(イ)相違点の検討
①相違点１について
相違点１については，本件訂正発明の課題は，原告が主張するよう
な「ビタミンＫ２あたりのナットウキナーゼを高濃度で含有する食品
を提供すること」ではなく，「血栓溶解酵素であるナットウキナーゼ
を含有するが，血液凝固因子であるビタミンＫ２をほとんどあるいは
全く含有しない食品」（段落【０００１】）の提供であるところ，本
件訂正発明と乙１９文献に記載された発明は，「血栓溶解酵素である
ナットウキナーゼを含有する食品の提供」という課題が共通している。
相違点１について，本件訂正発明に進歩性があるとされるのは，有
利な効果について，その数値限定の内と外で量的に顕著な差異がある
場合である（審査基準）。しかし，本件明細書において，５０００Ｆ
Ｕ／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼ活性を有することが示され
ているのは，実施例３の表２中の納豆菌培養エキス粉末（活性値１３
０００ＦＵ／ｇ）のみであり，本件明細書には，ナットウキナーゼ活
性が５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上の納豆菌培養液（またはその濃縮
物）を含む食品が，ナットウキナーゼ活性が５０００ＦＵ／ｇ乾燥重
量未満の納豆菌培養液（またはその濃縮物）を含む食品と比べて，量
的に顕著な差異がある有利な効果を示すことは記載されていない。し
たがって，本件訂正発明は特定のナットウキナーゼ活性値を有するも
のであるとしても，その観点から，乙１９文献に記載された発明と比
べて本件訂正発明に進歩性があるとはいえない。
②相違点２について
ビタミンＫ２の含量については，本件明細書の記載からは，数値限
定をすることの臨界的意義を認めることはできず，少なければ少ない
ほどよいとの意味しか認めることはできない（乙３６）。また，ビタ
ミンＫ２含量に関しては，乙４文献に記載された発明に本件訂正発明
と同様の課題及び解決手段が示されており，乙１９文献に記載された
発明に乙４文献に記載された発明を組み合わせることに阻害事由も
ないから，ビタミンＫ２含量の観点からも，乙１９文献に記載された
発明及び乙４文献に記載された発明の組合せから，本件訂正発明に容
易に想到することができたといえる。
ウ特許法３６条６項１号違反
本件訂正発明には，次のとおり，特許法１２３条１項４号，３６条６項
１号違反の無効理由がある。
(ア)本件明細書には，実施例１～４の記載があるが，５０００ＦＵ／ｇ
乾燥重量以上のナットウキナーゼ活性を有することが示されているの
は，実施例３の表２中の納豆菌培養エキス粉末（活性値は１３０００Ｆ
Ｕ／ｇ）のみであり，ナットウキナーゼ活性に上限値も設定されていな
いことからすると，ナットウキナーゼ活性の値がどのような範囲である
場合に一定の効果が示されるのかは不明であり，上記一点の開示をもっ
て，本件訂正発明に係る食品が含有する納豆菌培養液またはその濃縮物
として「５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上のナットウキナーゼ活性を有す
るもの」にまで拡張ないし一般化することはできない。
(イ)実施例３では，納豆菌培養エキス粉末の調製に際して水溶性食物繊
維を加えていることから，納豆菌培養エキス粉末のビタミンＫ２含量は，
納豆菌培養エキスのビタミンＫ２含量と比べて小さな値でなければな
らないが，表２には，前者の方が後者より大きな値が記載されているか
ら，表２のデータは信憑性がなく，表２のデータを除くと，本件訂正発
明の実施例はない。したがって，本件訂正発明は，いわゆるサポート要
件を充足していない。
エ特許法３６条６項２号違反
本件訂正発明には，次のとおり，特許法１２３条１項４号，３６条６項
２号違反の無効理由がある。
(ア)(2)－２－２（被告）記載のとおり。
(イ)本件訂正発明には「５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上のナットウキナ
ーゼ」との記載があり，ナットウキナーゼ活性の下限値のみが示され，
上限値が示されていないが，有用な成分であっても過剰摂取は問題とな
る場合があり，上限値が示される必要があることからすると，本件訂正
発明は，上限値が示されていないために発明の範囲が不明確となってい
る。よって，本件訂正発明は，いわゆる明確性要件を充足していない。
(3)－３本件訂正発明の構成要件充足性
（原告）
ア前提となる事実(5)及び実験結果（甲１９）によると，被告製品は，次
の構成を有する。
ａ’２５８７１ＦＵ／ｇ乾燥重量のナットウキナーゼと
ｂ’０．００４６μｇ／ｇ乾燥重量のビタミンＫ２とを
ｃ’含有する納豆菌培養物を含む，
ｄ’粉末の形態の
ｅ’食品
イ被告製品は，構成要件Ｂ’，Ｄ’，Ｅ’を充足する。
ウ被告製品の構成ａ’は，構成要件Ａ’を充足する。
エ被告製品の構成ｃ’は，構成要件Ｃ’を充足する。構成要件Ｃの充足
性については，裁判上の自白が成立している。
（被告）
ア被告製品のナットウキナーゼ活性がａ’の値であること，ビタミンＫ
２含有量がｂ’の値であることは，いずれも不知。
イ被告製品の本件訂正発明の構成要件充足性については，いずれも争う。
(4)差止・廃棄請求の可否
（原告）
被告は，本件発明又は本件訂正発明の技術的範囲に属する被告製品を製造
販売している。したがって，原告は，被告製品の製造販売を差し止める請求
権を有するとともに（特許法１００条１項），本件特許権に対する侵害の行
為を組成する物である被告製品の廃棄を求める請求権を有する（同条２項）。
（被告）
原告の主張は争う。
第３当裁判所の判断
１事案にかんがみ，まず，争点(2)本件発明の侵害の有無，(2)－１本件発
明の構成要件充足性，(2)－１－１本件発明の構成要件Ｃの解釈について検
討する。
(1)本件発明の構成要件Ｃには「納豆菌培養液またはその濃縮物」と記載され
ているところ，その意義について，原告は，「納豆菌培養液に通常含まれる
栄養分の全部または相当部分が含まれているもの」であると主張し，被告は，
「納豆菌を培養した液体のうちナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以
下のビタミンＫ２とを含有する状態のもの」を意味すると主張する。
原告と被告の主張の相違点は，被告が「納豆菌培養液またはその濃縮物」
について，ナットキナーゼ及びビタミンＫ２を含むこと以外の意義を認めな
いのに対し，原告は，「納豆菌培養液またはその濃縮物」について，ナット
ウキナーゼ及びビタミンＫ２を含むほかに，納豆菌培養液に通常含まれる栄
養分の全部又は相当部分が含まれていることを意味するという点にある。
(2)本件発明（請求項１）を含む本件特許の特許請求の範囲の記載は，次の通
りである。
ア「【請求項１】ナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミン
Ｋ２とを含有する納豆菌培養液またはその濃縮物を含む，ペースト，粉末，
顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の形態の食品。」
イ「【請求項２】納豆菌を液体培養する工程および，得られた培養液をキ
トサン処理する工程を含む方法で得られる，ナットウキナーゼと１μｇ／
ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを含有する納豆菌培養エキス。」
ウ「【請求項３】前記納豆菌培養エキスが，濃縮エキス，ペースト，粉末，
顆粒，カプセル，ドリンクまたは錠剤の形状である，請求項２に記載の納
豆菌エキス。」
エ「【請求項４】納豆菌を液体培養し培養液を得る工程，該得られた培養
液をキトサン処理する工程を含む，ナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重
量以下のビタミンＫ２とを含有する納豆菌培養エキスの製造方法。」
オ「【請求項５】ビタミンＫ２含有量が低下した納豆菌培養液の製造方法
であって，納豆菌培養液をキトサンで処理する工程を含む方法。」
上記本件特許の特許請求の範囲をみると，本件発明（請求項１）以外の請
求項は，物の発明であれ，方法の発明であれ，いずれも納豆菌培養液をキト
サン処理する工程が含まれているが，本件発明のみは，キトサン処理する工
程は含まれていない。しかし，後にみる明細書の発明の詳細な説明の記載を
みても，本件発明の「納豆菌培養液またはその濃縮物」がキトサン処理する
工程により得られた物質であることを除くとする記載は見当たらず，本件発
明は，キトサン処理する工程で得られる物質を含むものとして，特許請求の
範囲に記載されているものと認められる。また，他方，本件発明においては，
処理方法の限定はされていないのであるから，キトサン処理以外の方法によ
りビタミンＫ２含有量を低下させた「納豆菌培養液またはその濃縮物」も含
むものと解される。
(3)ところで，本件発明の特許請求の範囲に記載された文言からは，「納豆菌
培養液またはその濃縮物」の意義は必ずしも明らかでないところから，本件
明細書の記載をみると，次のとおりである。
ア発明の技術分野，課題，解決手段等に関する記載
(ア)「【発明の属する技術分野】本発明は，血栓溶解酵素であるナット
ウキナーゼを含有するが，血液凝固因子であるビタミンＫ２をほとんど
あるいは全く含有しない食品に関する。」（段落【０００１】）
(イ)「【従来の技術】納豆菌が血栓溶解酵素であるナットウキナーゼを
生産することは，須見らによって発見され（Ｅｘｐｅｒｉｅｎｔｉａ４
３巻，１１１０頁（１９８７）），納豆の栄養価はもちろん，健康食品
としての価値が見直されている。ナットウキナーゼは，それ自身が線溶
酵素として作用することが知られており，食品として摂取されると，血
栓を溶解する。このナットウキナーゼは，半減期が長く，長時間効果が
持続するという，極めて優れた特徴を有している。…」（段落【０００
２】）
(ウ)「他方で，血栓予防のため，ビタミンＫ依存性凝固因子（例えば，
プロトロンビンⅦ，Ⅸ，Ⅹなど）の合成抑制剤を服用している患者が，
血栓予防等を目的として血栓溶解酵素であるナットウキナーゼを含む
納豆あるいは納豆菌培養エキスを摂取すると，ビタミンＫ２も同時に摂
取することになり，そのビタミンＫ依存性凝固因子合成抑制剤の効果が
打ち消されるという問題が生じる。」（段落【０００６】）
(エ)「そこで，血栓形成予防のため，ビタミンＫ２含量が減量された納
豆菌培養エキス食品が望まれており，ビタミンＫ２を減少させる方法が
試みられている。ビタミンＫ２を減少させる方法としては，ヘキサンな
どの有機溶媒を用いて脂溶性のビタミンＫ２を抽出する方法がある。」
（段落【０００７】
(オ)「しかし，この方法では，ビタミンＫ２以外の脂溶性の栄養分も抽
出されて除かれるという栄養学上の問題，ヘキサンなどの有機溶媒の除
去が必要となるため，製造コストアップにつながるなどの製造技術面で
の問題，さらに，食品に有機溶媒が残留する可能性，有機溶媒の使用に
対する消費者の抵抗感などの問題がある。」（段落【０００８】）
(カ)「【発明が解決しようとする課題】そこで，有機溶媒などを用いる
ことなく，簡便にビタミンＫ２を除去できる方法，およびその方法で生
産される，ビタミンＫ２含量が低減された納豆菌培養エキスが求められ
ている。」（段落【０００９】）
(キ)「【課題を解決するための手段】本発明は，上記問題点を解決する
ことを目的として行われたものであり，ナットウキナーゼと，特定の量
以下のビタミンＫ２とを含有する納豆菌培養エキス，およびその製造方
法を提供する。本発明により，従来のナットウキナーゼを含有する食品
が有していた問題点が解決され，栄養分に優れ，血液凝固因子であるビ
タミンＫ２がほとんどあるいは全く含まれないため，ビタミンＫ２の過
剰摂取を心配することのないナットウキナーゼ活性が強化され，また，
血液凝固系の疾患を有する患者にも最適な食品が提供される。」
本件明細書の上記発明の属する技術分野，従来技術，発明が解決しよう
とする課題及び課題を解決するための手段についての記載によれば，本件
発明は，血栓溶解酵素であるナットウキナーゼを含有するが，血液凝固因
子であるビタミンＫ２をほとんどあるいは全く含有しない食品について，
従来技術であるヘキサンなどの有機溶媒を用いて脂溶性のビタミンＫ２
を抽出する方法ではなく，有機溶媒などを用いることなく，簡便にビタミ
ンＫ２含量が低減された食品を提供するものであり，その食品は栄養分に
優れ，血液凝固系の疾患を有する患者にも最適なものであるとされている。
ここでは，本件発明に係る食品が栄養分に優れていることが記載されて
いるが，以下においては，その記載と構成要件Ｃの「納豆菌またはその培
養液」との関係について，明細書の発明の詳細な説明の記載から検討する。
イ「納豆菌培養液またはその濃縮物」に関する記載
そこで，次に，上記「栄養分に優れ」との本件発明による食品の特徴が
「納豆菌培養液またはその濃縮物」についてみられるものであるか否かに
ついて，本件明細書の記載をみることとする。
(ア)「好ましい実施態様においては，納豆菌を液体培養する工程および，
得られた培養液をキトサン処理する工程を含む方法で得られる」（段落
【００１２】）
(イ)「納豆菌培養エキスの形態には，納豆菌を培養し，培養液から菌体
がすべて除去され，またビタミンＫ２のほとんど，またはすべてが除去
された培養液自体を含む。納豆菌培養エキスの形態は，液体，粉末，固
形であり得る。液体としては，培養液の濃縮液，あるいはペーストであ
り得る…」（段落【００１７】）
(ウ)「納豆菌培養エキスの製造に用いられる微生物は，納豆菌に分類さ
れ，ナットウキナーゼを生産できる微生物であれば，いずれの微生物も
使用できる。市販の納豆から分離した納豆菌を用いてもよい。」（段落
【００２１】）
(エ)「納豆菌の培養に用いる培地には特に制限はないが，濃縮液自体が
食品になることを考慮して決定することが望ましい。澱粉（例えば，コ
ーンスターチ），グルコース，蔗糖などの炭素源，脱脂大豆，肉エキス
などの窒素源，炭酸カルシウム，塩化マグネシウムなどの無機塩，必要
に応じて脂肪酸などを培地成分として用いて，納豆菌を培養する。これ
らの培地に使用される成分は，食品添加物グレードであることが好まし
い。」（段落【００２２】）
(オ)「培養終了後の培養物上清中には，一般的には，ナットウキナーゼ
活性が約３００～６００ＦＵ／ｍｌ，ビタミンＫが約１０～１００μｇ
／ｇ乾燥重量含まれている。この培養物をキトサンと接触させて，ビタ
ミンＫ２をキトサンに吸着させる。キトサンは溶液でもよく，固体でも
よいが溶液状で加えるのが好ましい。」（段落【００２４】）
(カ)「キトサン処理として，キトサン単独で培養液を処理する場合…の
キトサンを含むキトサン水溶液を用いることが好ましい…キトサン単
独では溶解しない場合，…キトサン－酢酸混合溶液…を用いることがよ
り好ましい」（段落【００２５】）
(キ)「培養液に対して上記キトサン水溶液またはキトサン－酢酸混合溶
液を…添加し，攪拌して十分に反応させる。その後，例えば,パーライ
ト，珪藻土などの濾過助剤を用いて，加圧型濾過機で濾過して清澄な濾
液を得る。また，キトサン溶液あるいはキトサン－酢酸水溶液を培養液
に添加した後，パーライト，珪藻土などの濾過助剤を添加して，適切な
時間，攪拌して，加圧型濾過機で濾過し，濾液を得ることができる。本
明細書でキトサン処理とは，上記いくつかの方法に限定されることなく，
キトサンと培養液とを接触させることをいう。」（段落【００２６】），
(ク)「なお，キトサンは，水溶液中に溶解しているものの，培養液中の
菌体などを吸着し，濾過助剤で除去され，濾液中にはほとんど含まれな
い。上記キトサン処理により，濾液中のビタミンＫ２は…％以上除去さ
れる。」（段落【００２７】）
(ケ)「得られた濾液は，そのまま，あるいはさらに濾過助剤などを用い
て精密濾過された後，濃縮機，例えば，逆浸透圧濃縮機を用いて濃縮さ
れる。…さらに，必要に応じて，メンブレンフィルター…を用いて濃縮
液を無菌濾過することにより，納豆菌培養液の濃縮液が得られる…」
（段落【００２８】）
(コ)「得られた濃縮液は，さらに濃縮されてペースト状となる。また，
得られた濃縮液に対し適切な量の食品添加物，例えば，水溶性食物繊維，
乳糖，セルロースなどを加え，凍結乾燥して，粉末状，あるいは顆粒状
の納豆菌培養エキスが製造される。…」（段落【００２９】）
(サ)「【実施例】…（実施例１～２，比較例１～２）ポリペプトン…，
グルコース…，肉エキス…，ＮａＣｌ…，ｐＨ７．０の培地を含む丸底
フラスコにＢａｃｉｌｌｕｓＮａｔｔｏを接種後，３７℃で１８時間
培養した。得られた培養液を，同じ組成の培地を含むシード培養槽に接
種し，２２時間培養してシード培養液を得た。」（段落【００３９】）
(シ)「他方で，コーンスターチ…，脱脂大豆…，食品添加物グレードの
炭酸カルシウム…，大豆油…，シリコン…を含む，ｐＨ７．３の本培養
培地を準備し，これに上記シード培養液を添加して，通気量０．５ＶＶ
Ｍ，温度３７℃で，６９時間培養した。得られた培養液中には，…のナ
ットウキナーゼと５５μｇ／ｇ培養液のビタミンＫ２が含まれてい
た。」（段落【００４０】）
(ス)「得られた培養液の一部をとり，培養液…に対して，キトサン…，
酢酸…を含むキトサン水溶液を…加え，さらにパーライトを…添加し，
攪拌した（実施例１）。別の培養液…にはこのキトサン水溶液を…のみ
を添加し，攪拌した（実施例２）。さらに別の培養液２００Ｌにはパー
ライト…のみを添加する（比較例１）か，珪藻土…のみを添加した（比
較例２）。それぞれの培養液を１時間攪拌後，加圧型濾過機で濾過して
濾液を得た。なお，実施例２では，珪藻土を濾過助剤として濾過した。
それぞれの濾液についてビタミンＫ２量を測定した結果を表１に示
す。」（段落【００４１】）
(セ)「段落【００４２】【表１】」には，各実施例，比較例について，
濾過助剤，濾過の前後の「ビタミンＫ２（μｇ／ｇ培養液）」，濾過率
が表形式で記載されている。
以上のとおり，本件明細書の各記載によると，本件明細書における「納
豆菌培養液」，「培養液」の文言は，上記(ア)の２行目，(イ)の１行目，
(カ)の１行目，(キ)の１行目，４行目，８行目，(ク)の１行目，(サ)の４
行目，５行目，(シ)の３行目，４行目，５行目，(ス)の１行目，３行目，
４行目，６行目，(セ)の２行目の各「培養液」の文言においては，「納豆
菌を培養して得られる培養液」の意味として使用されているが，他方，「培
養液から菌体がすべて除去され，またビタミンＫ２のほとんど，またはす
べてが除去された」（段落【００１７】参照）ものとしても使用されてい
る（具体的には，上記(イ)の３行目，４行目，(ケ)の４行目，(セ)の２行
目。このほか，上記(キ)の３行目，６行目，(ク)の２行目，３行目，(ケ)
の１行目，(ス)の６～７行目，８行目の各「濾液」についても，「培養液」
と同旨の文言として使用されているものと解される。）。このように，本
件明細書における「納豆菌培養液」，「培養液」の文言は，「納豆菌を培
養して得られる培養液」の意味だけではなく，「納豆菌を培養して得られ
る培養液の組成成分を低減した液」の意味をも含むものとして使用されて
いると解するのが相当である。
そして，本件発明の構成要件Ｃの「納豆菌培養液」についても，「ナッ
トウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２を含有する」もの
として記載されているのみであるから，上記のとおり，「納豆菌を培養し
て得られる培養液」または「納豆菌を培養して得られる培養液の組成成分
を低減した液」を意味するものと解され，本件明細書における「納豆菌培
養液」の意義とも整合する。
(4)原告は，前記のとおり，構成要件Ｃの「納豆菌培養液またはその濃縮物」
は，「納豆菌培養液に通常含まれる栄養分の全部または相当部分が含まれて
いるもの」を意味するとし，出願段階における平成１８年６月１５日付け意
見書においても，「非常に単純な方法で，納豆菌培養液中のビタミンＫ２を
除去するとともに，納豆菌培養液中に含まれる有効成分をほとんど損なうこ
となく，栄養価に優れた食品が提供されます。」（乙７）と述べている。そ
して，本訴において，試験結果報告書（甲１５）を提出し，同報告書に例示
の蛋白質，炭水化物，灰分（ミネラル）などの成分が含まれていることを要
する等と主張する。
しかしながら，原告がその根拠とする本件明細書の「本発明により…栄養
分に優れ，血液凝固因子であるビタミンＫ２がほとんどあるいは全く含まれ
ないため…血液凝固系の疾患を有する患者にも最適な食品」（段落【００１
０】）との記載は，「納豆菌培養液またはその濃縮物」の定義の記載ではな
く「食品」の定義として記載されているものである。実際，上記明細書段落
【００２９】の記載においては，キトサン処理により得られた濃縮液に「水
溶性食物繊維，乳糖，セルロースなど」が加えられることが記載されている。
また，上記意見書の記載は，審査官が引用文献を指摘して進歩性が認められ
ないとの拒絶理由通知を発したのに対して提出されたものであるが，原告は
同意見書において，引用文献との相違点としては，「引用文献１～３におい
ては，ナットウキナーゼを納豆菌培養液から分画し，その分画の過程でビタ
ミンＫ２が除去されます。このナットウキナーゼを納豆菌培養液から分画す
る点で，本願発明と引用文献１～３とは，明らかに異なります。引用文献１
～３では，ナットウキナーゼを含むが，ビタミンＫ２を実質的に含まない納
豆菌培養液を記載も示唆もしていません。」と述べているのであって，同意
見書から，本件発明の構成要件Ｃと栄養分との関係が導き出されるものでは
ない。さらに，原告は，試験結果報告書（甲１５）を提出し，本件明細書に
基づいて調製し，キトサン処理によって精製された物質に蛋白質，炭水化物，
灰分（ミネラル）等がキトサン処理後においても豊富に含まれていることを
立証するが，仮に，それが立証されているものとしても，前記のとおり，本
件発明の「納豆菌培養液またはその濃縮物」はキトサン処理する工程により
得られた物質に限定されないのであるから，キトサン処理以外の場合の栄養
分の有無，残存の程度は不明であり，上記一例をもって，本件発明の「納豆
菌培養液またはその濃縮物」が「納豆菌培養液に通常含まれる栄養分の全部
または相当部分が含まれているもの」を意味するものとはいえない。
そうすると，前記のとおり，「納豆菌を培養して得られる培養液の組成成
分を低減した液」と解される構成要件Ｃの「納豆菌培養液」を原告の主張す
るような意味であると解することはできない。
(5)ア他方，被告は，前記のとおり，「納豆菌培養液またはその濃縮物」は，
「納豆菌を培養した液体のうちナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量
以下のビタミンＫ２とを含有する状態のもの」を意味すると主張する。し
かしながら，本件発明の特許請求の範囲において，構成要件Ａ，Ｂの「ナ
ットウキナーゼと…ビタミンＫ２とを含有する」は，構成要件Ｃの「納豆
菌培養液またはその濃縮物」を修飾するものではあるが，構成要件Ｃの「納
豆菌培養液またはその濃縮物」自体の意義を明らかにするものではないか
ら，被告の上記主張を採用することはできない。
イまた，被告は，仮に構成要件Ｃの「納豆菌培養液またはその濃縮物」の
意義を原告の主張するように解するのであれば，構成要件Ｃは「納豆菌を
培養した培養液を，キトサンを用いてビタミンＫ２含量１μｇ／ｇ乾燥重
量以下を満たすように処理したもの」として特定されるべきであると主張
する。
しかしながら，「納豆菌培養液」の意義を原告の主張のように解すべき
でないことは，前記のとおりである。
なお，被告は，上記主張の根拠として，原告（出願人）の前記意見書（乙
７）を提出し，同書面には，「本願発明では，まず，『ビタミンＫ２が実
質的に除去された，ナットウキナーゼを含む納豆菌培養液』を調製します。
これは…調製されます。そして，この納豆菌培養液をさらに分画すること
なく，そのまま濃縮，ペースト，カプセル，ドリンクなどの食品の形態と
します。従って，非常に単純な方法で，納豆菌培養液中のビタミンＫ２を
除去するとともに，納豆菌培養液中に含まれる有効成分をほとんど損なう
ことなく，栄養価に優れた食品が提供されます。」，「一方，引用文献１
～３においては，ナットウキナーゼを納豆菌培養液から分画し，その分画
の過程でビタミンＫ２が除去されます。このナットウキナーゼを納豆菌培
養液から分画する点で，本願発明と引用発明１～３とは，明らかに異なり
ます。」と記載されており，原告（出願人）は，本件発明は，ナットウキ
ナーゼを含む納豆菌培養液をさらに分画することはないが，引用文献１～
３の発明は，ナットウキナーゼを納豆菌培養液から分画するので，本件発
明と引用文献１～３の発明は物として異なるとの認識であったと解する
のが相当であり，原告（出願人）が，本件発明の「納豆菌培養液またはそ
の濃縮物」を，キトサン処理する工程により得られた物質に限定する意思
であったと認めることはできないというべきである。また，被告は，特許
庁審査官の平成１８年１０月２６日付け「特許メモ」と題する書面（乙８）
を提出し，同書面には，「いずれの参考文献にも，納豆菌培養エキスをキ
トサンで処理することについて，記載も示唆もされていない。」との記載
があるが，これは，原告（出願人）の本件発明（請求項１）についての認
識を示すものではなく，原告（出願人）の意見書（乙７）の「新たに追加
した請求項５に記載の発明は，納豆菌培養液をキトサンで処理することを
特徴としますが，この特徴について，引用文献１～３には記載も示唆もあ
りません。」との記載に対応するものと考えられるから，同書面の記載に
よっても，本件発明の「納豆菌培養液またはその濃縮物」について，キト
サン処理する工程により得られた物質に限定すると解することはできな
い。
したがって，被告の上記主張を採用することはできない（なお，原告は，
被告の上記イの主張は，平成２１年１０月１日付け被告準備書面(8)で初
めて主張されたから，時機に後れた攻撃防御方法（民訴法１５７条１項）
に該当すると主張するが，前提となる事実(8)の本件訴訟の経緯からする
と，被告によるイの主張がこれに該当するということできず，原告の上記
主張を採用することはできない。）。
(6)以上によれば，構成要件Ｃの「納豆菌培養液またはその濃縮物」の意義に
ついては，前記(3)のとおりであって，原告が主張するように，「納豆菌培
養液に通常含まれる栄養分の全部または相当部分が含まれているもの」とも，
被告が主張するように，「納豆菌を培養した液体のうちナットウキナーゼと
１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを含有する状態のもの」とも解す
ることはできない。
２争点(2)本件発明の侵害の有無，(2)－１本件発明の構成要件充足性，(2)
－１－２本件発明の構成要件Ｃの充足性について
(1)証拠（甲５，乙２４）及び弁論の全趣旨によると，被告は，被告製品が，
納豆菌を培養した液体を精製処理し，ビタミンＫ２を除去，減量したものを
使用していることを認めていたものであり（平成２１年８月２８日付け被告
準備書面(7)），製品としては，ナットウキナーゼ含有納豆菌培養物であり，
茶褐色粉末で，わずかに発酵臭（納豆臭）を有することが認められる。そし
て，上記操作により製造される被告製品における「ナットウキナーゼ」及び
「発酵臭（納豆臭）」成分は，納豆菌を培養した液体の組成成分と認められ
るから，被告製品は，「納豆菌を培養して得られる培養液の組成成分を低減
した液」または「その濃縮物」を含むものに該当すると認めるのが相当であ
る。
したがって，被告製品は，本件発明の構成要件Ｃを充足する。
(2)原告は，本件発明の構成要件Ｃに関する原告の解釈に基づき，被告製品は
同構成要件を充足すると主張するが，上記のとおり，同構成要件の「納豆菌
培養液」の意義については，前記１(3)のとおりであって，このような解釈
を前提としない原告の上記主張については，これを採用することができない。
(3)被告は，本件発明の構成要件Ｃに関する被告の解釈に基づき，被告製品
は同構成要件を充足しない，又は，原告の解釈に基づくとしても，被告製品
は同構成要件を充足しない等と主張するが，上記のとおり，同構成要件の「納
豆菌培養液またはその濃縮物」は，「納豆菌を培養して得られる培養液もし
くはその組成成分を低減した液」，「またはその濃縮物」をも意味すると解
されるから，このような解釈を前提としない被告の上記主張については，こ
れを採用することができない。
(4)なお，原告は，被告は，平成２０年１１月２５日付け被告準備書面(1)に
より，被告製品の構成要件Ｃの充足性を認めたから，自白が成立すると主張
する。しかしながら，本件の審理の経過に照らすと，被告は，「納豆菌培養
液またはその濃縮物」の意義について，「納豆菌を培養した液体のうちナッ
トウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とを含有する状態
のもの」との理解の下に構成要件充足性を認めたものと理解されるのであっ
て，上記認定のとおり，その解釈を前提とした自白は真実に反し，錯誤に出
たものと認められるから，自白の成立は認められない。したがって，原告の
上記主張を採用することはできない。
(5)そして，前提となる事実(6)アのとおり，被告製品は，本件発明の構成要
件Ａ，Ｂ，Ｄ，Ｅを充足する。したがって，被告製品は，本件発明のすべて
の構成要件を充足するから，本件発明の技術的範囲に属する。
３争点(2)本件発明の侵害の有無，(2)－２本件発明の無効理由の有無，(2)
－２－４③進歩性欠如③（主引用例乙１９）について
(1)乙１９発明
乙１９文献（発明の名称「液体納豆」）には，次のとおりの記載がある。
ア「納豆菌と，その代謝産物である人体に有益な機能性物質を含有する納
豆菌培養液とからなることを特徴とする液体納豆。」（【特許請求の範囲】，
【請求項１】）
イ「請求項１から３のいずれかに記載の液体納豆を含有することを特徴と
する液体または固形等の食品。」（【請求項４】）
ウ「請求項１から３のいずれかに記載の液体納豆の乾燥粉末。」（【請求
項５】）
エ「請求項５記載の乾燥粉末を含有することを特徴とする食品。」（【請
求項６】
オ「【発明の属する技術分野】この発明は，納豆菌と，食品栄養上許容さ
れる納豆菌培養液とからなる液体納豆に関するものである。さらに詳しく
は，この発明は，納豆の栄養成分および酵素等の機能性成分を全て含んだ
新規の液体納豆に関するものである」（段落【０００１】）
カ「【従来の技術】我が国の代表的な伝統食品のひとつである納豆は，そ
の独特な旨みと香り，食感（粘性など）に加え，蛋白質，ビタミン類，無
機塩類，食物繊維等を多く含む栄養価の高い食品である。特に，ビタミン
類については，骨繊維へのカルシウムの吸着に効果のあるビタミンＫ２
（特に，メナキノン－７），子供の成長に不可欠なビタミンＢ２，皮膚の
代謝促進に有効なビタミンＢ６等が他の食品に比べ格段に多く含まれて
おり，また必須アミノ酸の含有量も豊富である…。」（段落【０００２】）
キ「また近年，納豆中に含まれる酵素の一種（ナットウキナーゼ）が血栓
溶解作用を有するという報告…もなされ，その機能性が特に注目を集めて
いる。」（段落【０００３】）
ク「納豆を製造する場合には，従来より，原料となる大豆を浸漬，蒸煮し，
これに納豆菌を接種して発酵させる方法が採られてきた。すなわち，納豆
菌による発酵の過程で…ナットウキナーゼやビタミン類等もこの過程で
産生される。」（段落【０００４】）
ケ「【発明が解決しようとする課題】しかしながら，従来の納豆は，…特
有の旨みと粘性に加え，発酵によって弱アルカリ性…になり独特の納豆臭
を呈するようにもなる。また，製造後，時間を経るに従い基質中の糖質が
減少するために納豆菌の自己消化（オートリーゼ）作用により遊離アンモ
ニアが生成し，これによって納豆臭とは別の臭いが発生するようにもなっ
ている。…このような臭いが納豆の消費を抑制する原因になっている。」
（段落【０００５】）
コ「また，…従来の納豆製造工程は，…好気性細菌である納豆菌は大豆表
面だけを栄養基質として利用しているに過ぎず，大豆の中心部は完全に利
用されない。…」（段落【０００６】）
サ「この発明は，以上のとおりの事情に鑑みてなされたものであって，従
来の納豆製品（以下，固体納豆と記載することがある）の問題点を解消し，
固体納豆の栄養成分および酵素類等を豊富に含み，しかも誰にでも容易に
摂取可能な新しい食品を提供することを目的としている。」（段落【００
０７】）
シ「【課題を解決するための手段】この発明は，上記の課題を解決するも
のとして，納豆菌と，その代謝産物である人体に有益な機能性物質を含有
する納豆菌培養液とからなることを特徴とする液体納豆を提供する。納豆
菌は，…この発明の出願人等が単離し，既に特許出願（特願平５－５７４
８２号）したＢａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓＮａｔｔｏＴｏ－
９株（ＦＥＲＭＰ－１３１６４）は，ナットウキナーゼ産生能に優れて
いるため，この発明の組成物の成分として特に好ましい。」（段落【００
０８】）
ス「納豆菌培養液の培地は，納豆菌の生育およびその活性を良好に維持す
る成分を含むものであれば，どのようなものでもよい。すなわち，培地の
成分としては，炭素源としては蔗糖，フラクトース，ブドウ糖等の糖類，
窒素源としてはグルタミン酸，大豆ミール等，その他ミネラル類を例示す
ることができる。また，総合的に納豆菌の産生に最も適した大豆そのもの
でもよい。培養液の組成および各成分の含有量の調整によって最終製品の
旨味，香り，臭い（アンモニア臭等の好ましくない臭い），粘性等の程度，
あるいはビタミン類や酵素類等の含有量を随意に調節することができ
る。」（段落【０００９】）
セ「さらにこの発明は，上記の納豆菌とその培養液とからなる液体納豆の
乾燥粉末と，この乾燥粉末を含有する食品を提供する。」（段落【００１
１】）
ソ「【発明の実施の形態】この発明の液体納豆は，納豆菌を液体培養し，
培養後の培養液のまま製品化することができる。この液体培養では，通気
攪拌条件等を自在に設定することができるため，納豆菌の増殖や代謝に応
じて最適な条件のもとで発酵を行わせることができる。また，培養液中の
ほとんど全ての栄養源が基質の内部まで納豆菌に取り込まれるため，効率
よく発酵が行われるので，少ない資源で収率よく有益な機能性物質を得る
ことができる。」（段落【００１２】）
タ「培養液には，納豆菌によって産生させることを目的とする物質（ビタ
ミン類，アミノ酸類，ナットウキナーゼ等の酵素類など），および固体納
豆の特徴を再現するために必要とされる特性（香りや粘性等）に応じて，
それらの必要基質を選択して添加すればよい。…」（段落【００１３】）
チ「この発明の液体納豆は，また，例えば，スプレードライ等により乾燥
粉末の状態で製品化することもできる。このような粉末は，そのまま食品
として販売することもでき，…」（段落【００１５】）
ツ「【実施例】実施例１ＢａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓＮａｔ
ｔｏＴｏ－９株（ＦＥＲＭＰ－１３１６４）を表２に組成を示した寒
天平板培地に接種し…培養し，菌コロニーを得た。次いで，コロニーから
菌体を剥がし，表３の改変ブイヨン培地に植菌して…震盪培養（前培養）
した。」，「この前培養液を表４に…組成を示した生産用の準合成培地…
に植菌し…深部培養（液体培養）した。」，「また，培養液の性状は表５
のとおりであった」，「【表５】…ナットウキナーゼ活性４，８００Ｉ
Ｕ…ビタミンＫ２１３μｇ／ｍｌ（ＭＫ－７として１２μｇ／ｍｌ）」
（実施例１，段落【００１６】～【００２１】）
テ「実施例２実施例１の寒天平板培地の菌コロニーを表６に組成を示し
た大豆培地に接種し…震盪培養（前培養）した。」，「この前培養液を表
７に…組成を示した生産用の大豆天然培地…に植菌し…深部培養（液体培
養）した。」，「また，培養液の性状は表８のとおりであった」，「【表
８】…ナットウキナーゼ活性１，２００ＩＵ…ビタミンＫ２４μｇ／
ｍｌ（ＭＫ－７として１μｇ／ｍｌ）」（実施例２，段落【００２１】～
【００２５】）
ト「【発明の効果】…この発明によって，従来の固体納豆の栄養成分およ
び酵素類等をより豊富に含み，しかも誰にでも容易に摂取可能な新しい液
体納豆が提供される。この液体納豆によって奏せられる効果は以下のとお
りである。(1)血栓溶解酵素「ナットウキナーゼ」およびビタミンＫ２を
個体培養の納豆よりも高濃度に産生し，一般の消費者に嫌われる納豆臭お
よび粘り等も皆無であるので，納豆の嫌いな人でも食間，食後を問わず容
易に食用することができる…」（段落【００２７】）
以上のとおり，乙１９文献の特許請求の範囲に記載された液体納豆等（ア
～エ）は，その実施例において，納豆菌の代謝産物である人体に有益な機能
性物質としてナットウキナーゼとビタミンＫ２を含有するものとして開示
され（ツ～ト），かかる液体納豆又はその乾燥粉末のほか，これらを含有す
る食品としてもよい（ア～エ，シ，サ，チ）とされ，ビタミンＫ２の含有量
については，実施例では，１３μｇ／ｍｌ，４μｇ／ｍｌとされるが，これ
を乾燥重量に換算すれば，いずれも１μｇ／ｇ乾燥重量を超えるものといえ
る。したがって，乙１９文献の記載からすると，同文献に記載された乙１９
発明は，次のとおりのものと認められる。
「納豆菌と，その代謝産物である人体に有益な機能性物質としてナットウ
キナーゼとビタミンＫ２を含有する納豆菌培養液とからなることを特徴と
する液体納豆またはその乾燥粉末及びこれらを含有する食品」
(2)本件発明と乙１９発明の対比
ア本件発明は，前提となる事実(1)，(3)ア及び第３，１で判示したとおり
であり，これと乙１９発明を対比すると，両者は「ナットウキナーゼとビ
タミンＫ２とを含有する納豆菌培養液を含む，粉末，ドリンクの形態の食
品」（構成要件Ａ，Ｃ，Ｄ，Ｅ）である点で一致し，本件発明の納豆菌培
養液が含有するビタミンＫ２は「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」（構成要件Ｂ）
であるのに対し，乙１９発明のそれは「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」でない
点で相違する。
イ本件発明において，ビタミンＫ２含有量が「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」
であることについては，本件明細書には，納豆菌の「培養終了後の培養物
上清中には，一般的には，…ビタミンＫ２が約１０～１００μｇ／ｇ乾燥
重量含まれている。」（段落【００２４】），「キトサン処理により，濾
液中のビタミンＫ２は，９９％以上，場合によっては９９．９％以上除去
される。」（段落【００２７】），「【実施例】…得られた培養液中には，
…５５μｇ／ｇ培養液のビタミンＫ２が含まれていた。」，実施例１～２
の「濾液についてビタミンＫ２量を測定した結果を表１に示す。」との記
載があり，表１では，実施例１は，濾過後のビタミンＫ２（μｇ／ｇ培養
液）含量が，０．００２であり，実施例２は，濾過後のビタミンＫ２（μ
ｇ／ｇ培養液）含量が，０．１５である（段落【００３９】～段落【００
４２】）とされ，また，濾液を処理して「得られた納豆菌培養エキス及び
その粉末中の…ビタミンＫ２の含量を表２に示す。」との記載があり，表
２では，納豆菌培養エキスのビタミンＫ２（μｇ／ｇ乾燥重量）含量が，
０．０１であり，納豆菌培養エキス粉末のビタミンＫ２（μｇ／ｇ乾燥重
量）含量が，０．０５である（段落【００４４】，【００４５】）とされ，
さらに「市販の納豆が１ｇ当り，６～１２μｇのビタミンＫ２を含むのに
対して，本発明の納豆菌培養エキスおよびその粉末には，それぞれ，０．
０１μｇ，０．０５μｇ／ｇのビタミンＫ２が含まれるに過ぎない。すな
わち，本発明の納豆菌培養エキスおよびその粉末には，それぞれ，市販の
納豆の約１／５００～１／１０００のビタミンＫ２が含まれているにす
ぎない」（段落【００４７】），「【発明の効果】…この納豆菌培養エキ
スは，ビタミンＫ２含量が極めて少ないため，健康人のビタミンＫ２過剰
摂取と血栓形成を予防できるとともに，ビタミンＫ２の摂取を制限されて
いる人も安心してナットウキナーゼを摂取できる優れた食品である。」
（段落【００５０】）との記載があるが，これらの本件明細書の記載にお
いて，ビタミンＫ２の含量を「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」とすることの意
義については何らの記載も示唆もなく，それによって，特徴的な効果が生
じるということはできないものである。したがって，本件明細書の記載か
らは上記数値限定をすることの臨界的意義を認めることはできず，本件発
明１のビタミンＫ２の数値については，少なければ少ないほどよいとの意
味しか認めることはできない。
(3)相違点の検討
ア乙４発明の技術思想
乙４文献（発明の名称「ビタミンＫ含量の低い納豆の製造方法」）には，
以下のとおりの記載がある。
(ア)「納豆を製造するに際して，ビタミンＫ低産生性である納豆菌変異
株Ａ－１（Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．Ａ－１）を使用することを特徴と
するビタミンＫ含量の低い納豆の製造方法。」（【特許請求の範囲】，
【請求項１】）
(イ)「【産業上の利用分野】本発明は，ビタミンＫ産生能の低い納豆菌
変異株を利用したビタミンＫ含量の低い納豆の製造方法に関するもの
である。」（１頁左欄１３行～１６行）
(ウ)「【従来の技術】納豆菌は，枯草菌の一種で，ビタミンＫの産生作
用は非常に強く，一般にビタミンＫ産生作用が強いと言われている大腸
菌の１２～１３倍にも達する。よって，納豆中には多量のビタミンＫが
存在し（６０００～８０００ｎｇ／ｇ納豆），これは通常ビタミンＫを
多く含む緑色野菜や海草よりはるかに多量である。それ故，栄養上の観
点から納豆を食することは一般に推奨されている。」（１頁右欄１行～
９行）
(エ)「【発明が解決しようとする課題】…ビタミンＫは血液凝固因子で
もることから，例えば手術後血栓症の発生を予防する抗凝固療法を行っ
ている患者や血栓症の危険性のある人は，納豆を食することを通常控え
るのが望ましいとされている。それ故，ビタミンＫの含量が低い納豆を
提供し得るならば，一般の消費者は無論このような症状に悩んでいる人
も安心して食することができ，産業上益することは多大である。」（１
頁右欄１０行～１９行）
(オ)「【課題を解決するための手段】本発明者等は，納豆の原料である
大豆は，それ自体ビタミンＫ含量は非常に低いことから，ビタミンＫの
産生能の低い納豆菌を開発するならば，ビタミンＫ含量の低い納豆を製
造することができるのではないかと，着目し…研究を重ねたところ，従
来の市販の納豆菌を変異処理して得られた変異株が所期の目的を達成
し得る細菌であることを見出し，本発明を完成するに至った。本発明は，
納豆を製造するに際して，ビタミンＫ低産生性である納豆菌変異株Ａ－
１（Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｐ．Ａ－１）を使用することを特徴とするビ
タミンＫ含量の低い納豆の製造方法を提供するものである。」（２頁左
上欄３行～１５行）
以上のとおり，乙４文献の記載によると，納豆に含まれるビタミンＫは，
血液凝固因子であり，血栓症の発生を予防する抗凝固療法を行っている患
者や血栓症の危険性のある人も安心して食することができるようにする
ために，納豆におけるビタミンＫの含量を低くするとの技術思想（乙４発
明）が開示されているといえる。
イ乙１９発明と乙４発明等の組合せ
乙１９発明は「液体納豆」に関する発明であり，乙４発明は「ビタミン
Ｋ含量の低い納豆の製造方法」に関する発明であるから，乙１９発明と乙
４発明は，共通の技術分野に属しているといえる。
そして，乙１９発明においては，「固体納豆の栄養成分および酵素類等
を豊富に含み」（(1)サ），ビタミンＫ２を含有するが，「最終製品の旨
味，香り，臭い（アンモニア臭等の好ましくない臭い），粘性等の程度，
あるいはビタミン類や酵素類等の含有量を随意に調節することができ
る。」（(1)ス）とされている。
また，乙４発明は，上記のとおり，手術後血栓症の発生を予防する抗凝
固療法を行っている患者や血栓症の危険性のある人も安心して食するこ
とができるようにするという課題を解決するために，納豆におけるビタミ
ンＫの含量を低くするというものである。
そうすると，かかる乙４発明の課題を適用し，手術後血栓症の発生を予
防する抗凝固療法を行っている患者や血栓症の危険性のある人も，固体納
豆の栄養成分でもあるビタミンＫ２を含有する乙１９発明の「液体納豆」
を摂取できるよう，乙１９発明の含有するビタミンＫ２を低減することは，
当業者が容易に想到することができるといえる。そして，乙１９発明の含
有するビタミンＫ２の低減は，慣用技術である抽出（甲９の「ビタミンＫ」
の項，甲１３の２(3)参照）により，技術常識を有する当業者が適宜なし
得ることであり，また，上記のとおり，本件発明におけるビタミンＫ２含
有量「１μｇ／ｇ乾燥重量以下」には，少なければ少ないほどよいという
以上の特段の意義を見出すことはできない。
(4)したがって，本件発明は，乙１９発明，乙４発明及び慣用技術に基づい
て，当業者が容易に発明できたものであるから，進歩性欠如（特許法１２３
条１項２号，２９条２項）の無効理由を有する。
(5)原告は，被告の進歩性欠如③（主引用例乙１９）の主張は，平成２１年
４月２４日の第３回弁論準備手続期日において，被告が主張を追加しない旨
陳述した後，新たに主張されたから，時機に後れた攻撃防御方法（民訴法１
５７条１項）に該当すると主張するが，前提となる事実(8)の本件訴訟の経
緯からすると，被告による上記主張がこれに該当するということできず，原
告の上記主張を採用することはできない。
原告は，乙４発明は，「納豆」の製造方法に関するものであって「納豆菌
培養液」に関するものではなく，乙４発明には「納豆菌培養液」からビタミ
ンＫ２を低減させるという課題は示唆されていないと主張する。しかしなが
ら，上記(3)アのとおり，乙４文献には，納豆に含まれるビタミンＫは，血
液凝固因子であり，手術後血栓症の発生を予防する抗凝固療法を行っている
患者や血栓症の危険性のある人も安心して食することができるようにする
ために，納豆におけるビタミンＫの含量を低くするとの技術思想が開示され
ており，上記(1)サのとおり，乙１９発明は，固体納豆と同様の栄養成分お
よび酵素類等を豊富に含むから，乙４発明により，納豆だけではなく，乙１
９発明についても，ビタミンＫ２を低減させる課題が示唆されるというべき
である。したがって，原告の上記主張を採用することはできない。
また，原告は，乙４文献に接した当業者は，「抗凝固療法を行っている患
者や血栓症の危険性のある人」は，ビタミンＫの摂取を避けるために納豆を
食べるべきでないことを理解するだけであり，本件発明の課題とは関係がな
いと主張する。しかしながら，上記(3)ア(エ)のとおり，乙４文献は，「ビ
タミンＫの含量が低い納豆を提供し得るならば，一般の消費者は無論このよ
うな症状に悩んでいる人」すなわち，例えば手術後血栓症の発生を予防する
抗凝固療法を行っている患者や血栓症の危険性のある人「も安心して食する
ことができ」るとしているから，このような「抗凝固療法を行っている患者
や血栓症の危険性のある人」においても，ビタミンＫ２を低減しつつ納豆を
食することの示唆はされているということができる。したがって，原告の上
記主張を採用することはできない。
さらに，原告は，仮に乙４発明が本件発明の課題を示唆しているとしても，
解決手段を示唆しておらず，当業者において相違点について容易に想到でき
ないと主張する。しかしながら，上記のとおり，乙４発明に具体的な解決手
段が記載されていないとしても，本件発明は，乙１９発明，乙４発明及び慣
用技術に基づいて，当業者が容易に発明できたということができるから，原
告の上記主張を採用することはできない。
４争点(3)本件訂正発明の侵害の有無，(3)－１訂正請求の適否について
(1)ア前提となる事実(2)，(3)のとおり，原告は，本件発明について，特許
庁に対し，平成２３年２月２４日付けで特許法１３４条の２に基づく訂正
請求を行い，本件訂正発明（訂正事項ａ）は，本件発明（請求項１）の構
成要件Ａ「ナットウキナーゼと」を「５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以上のナ
ットウキナーゼと」に限定する内容となっている。したがって，本件訂正
請求は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものと認められる（特許法１
３４条の２第１項，ただし書１号）。
イ本件明細書には，「納豆菌培養エキスには，ナットウキナーゼと，１μ
ｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ２とが含有されている。」（段落【００
１６】），「納豆菌培養エキスの形態には，納豆菌を培養し，…またビタ
ミンＫ２のほとんど，またはすべてが除去された培養液自体を含む。納豆
菌培養エキスの形態は，液体，粉末…であり得る。液体としては，培養液
の濃縮液，…であり得る。粉末としては，濃縮液…をさらに乾燥した粉末
…であり得る。」（段落【００１７】），「本発明の納豆菌培養エキスに
は，ナットウキナーゼが含まれる。ナットウキナーゼの含有量は特に制限
がないが，１ｇ当り，…である。…乾燥粉末の場合は，上記濃度に加え，
５０００ＦＵ以上であり得，１００００ＦＵ以上であり得る。」（段落【０
０１８】）と記載されており，これらの記載からすると，納豆菌培養エキ
スは，液体の「ナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下のビタミンＫ
２とを含有する納豆菌培養液またはその濃縮物」や，濃縮液をさらに乾燥
した粉末でよく，前者の液体のものを，後者の粉末にすれば，後者のナッ
トウキナーゼの含有量は１ｇ当たり５０００ＦＵ以上になり得ると解さ
れる。
そうすると，請求項１の「ナットウキナーゼと１μｇ／ｇ乾燥重量以下
のビタミンＫ２とを含有する納豆菌培養液またはその濃縮物」のナットウ
キナーゼ含有量が，乾燥したときの含有量「５０００ＦＵ／ｇ乾燥重量以
上」でよいということは，当業者が本件明細書の記載から理解できること
であり，本件訂正発明（訂正事項ａ）は，本件明細書に記載した事項の範
囲内においてしたものと認められる（特許法１３４条の２第５項，１２６
条３項）。
ウ本件訂正発明（訂正事項ａ）は，実質上特許請求の範囲を拡張し，又は
変更するものには該当しない（特許法１３４条２第５項，１２６条４項）。
エしたがって，本件訂正発明（訂正事項ａ）に関する訂正請求は適法と認
めるのが相当である。
(2)被告は，本件訂正発明（訂正事項ａ）の訂正請求は，特許法１３４条の２
第５項，１２６条３項の要件を充足しないと主張し，本件明細書の段落【０
０１８】の記載を根拠として挙げるが，上記のとおり，上記訂正請求は，本
件明細書の記載（段落【００１６】～段落【００１８】）によれば，本件明
細書に記載した事項の範囲内においてしたものと認められるから，被告の上
記主張を採用することはできない。
５争点(3)本件訂正発明の侵害の有無，(3)－２訂正請求による無効理由の
解消の有無について
(1)そこで，上記訂正請求によって，本件発明の無効理由（進歩性欠如③の
無効理由）が解消されるかについて検討する。本件訂正発明と乙１９発明を
対比すると，両者は，「ナットウキナーゼとビタミンＫ２とを含有する納豆
菌培養液を含む，粉末，ドリンクの形態の食品」（構成要件Ｃ’，Ｄ’，Ｅ
’）である点で一致し，次の点で相違する。
ア相違点１
本件訂正発明の納豆菌培養液が含有するナットウキナーゼは「５０００
ＦＵ／ｇ乾燥重量以上」（構成要件Ａ’）であるのに対し，乙１９発明に
は，それについて記載がない点
イ相違点２
本件訂正発明の納豆菌培養液が含有するビタミンＫ２は「１μｇ／ｇ乾
燥重量以下」（構成要件Ｂ’）であるのに対し，乙１９発明のそれは「１
μｇ／ｇ乾燥重量以下」でない点
(2)相違点１の検討
ア上記３(1)のとおり，乙１９発明は，「従来の納豆製品…の問題点を解消
し，固体納豆の栄養成分および酵素類等を豊富に含み，しかも誰にでも容
易に摂取可能な新しい食品を提供することを目的として」（上記３(1)サ）
おり，「近年，納豆中に含まれる酵素の一種（ナットウキナーゼ）が血栓
溶解作用を有するという報告…もなされ，その機能性が特に注目を集めて
いる。」（上記３(1)キ），「この発明は…，納豆菌と，その代謝産物で
ある人体に有益な機能性物質を含有する納豆菌培養液とからなることを
特徴とする液体納豆を提供する。納豆菌は，…は，ナットウキナーゼ産生
能に優れている…」（上記３(1)シ），「培養液の組成および各成分の含
有量の調整によって最終製品の旨味，香り，臭い（アンモニア臭等の好ま
しくない臭い），粘性等の程度，あるいはビタミン類や酵素類等の含有量
を随意に調節することができる。」（上記３(1)ス），「さらにこの発明
は，上記の納豆菌とその培養液とからなる液体納豆の乾燥粉末と，この乾
燥粉末を含有する食品を提供する。」（上記３(1)セ）等のとおり，酵素
類としてナットウキナーゼが着目されていることが認められ，また，「液
体培養では，通気攪拌条件等を自在に設定することができるため，納豆菌
の増殖や代謝に応じて最適な条件のもとで発酵を行わせることができ
る。」（上記３(1)ソ），「培養液には，納豆菌によって産生させること
を目的とする物質（ビタミン類，アミノ酸類，ナットウキナーゼ等の酵素
類など），および固体納豆の特徴を再現するために必要とされる特性（香
りや粘性等）に応じて，それらの必要基質を選択して添加すればよい。」
（上記３(1)タ）等のとおり，納豆菌によって産生されるナットウキナー
ゼ等の目的物質に応じて必要基質を添加し，通気攪拌条件等を自在に設定
して行うことができるとされるものである。
そうすると，好適な液体培養条件を設定して乙１９発明のナットウキナ
ーゼをより豊富なものとすることは当業者には容易に想到し得るものと
いうことができる。
イなお，本件訂正発明において，ナットウキナーゼの含有量を「５０００
ＦＵ／ｇ乾燥重量以上」と限定したことについて，本件明細書には，「１
ｇ当り，…乾燥粉末の場合は，…５０００ＦＵ以上であり得，１００００
ＦＵ以上であり得る。」（段落【００１８】）との記載の他，実施例３の
表２中に納豆菌培養エキス粉末の活性値として「１３０００ＦＵ／ｇ」と
の記載があるが，いずれもナットウキナーゼ活性が５０００ＦＵ／ｇ乾燥
重量以上の納豆菌培養液（またはその濃縮物）を含むか否かによって，量
的に顕著な差異があることを開示するものとはいえないものである。した
がって，本件明細書の記載からは上記数値限定をすることの意義は認める
ことはできない。
ウしたがって，相違点１は，乙１９発明に基づいて，当業者において容易
に想到しうるものである。
(3)相違点２について
上記５のとおり，相違点２は，乙１９発明，乙４発明及び慣用技術に基づ
いて，当業者が容易に相当し得るものである。
(4)以上のとおり，本件訂正発明は，乙１９発明，乙４発明及び慣用技術に基
づいて，当業者が容易に発明できたものであるから，原告の訂正請求によっ
ても，進歩性欠如（特許法１２３条１項２号，２９条２項）の無効理由は解
消されないというべきである。
６したがって，その余の点について判断するまでもなく，原告の請求はいずれ
も理由がない。
第４結論
以上により，原告の請求は，いずれも理由がないから棄却することとして，
主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２９部
裁判長裁判官大須賀滋
裁判官菊池絵理
裁判官小川雅敏
被告製品目録
被告が製造販売する「ＨＴＮＫ－Ｊ」（ナットウキナーゼ）との名称の食品

戻る