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平成２６年１０月２７日判決言渡
平成２５年（行ケ）第１０２１１号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成２６年１０月８日
判決
原告アンチキャンサーインコーポレーテッド
訴訟代理人弁理士柴田富士子
柴田五雄
被告特許庁長官
指定代理人田中晴絵
鈴木恵理子
瀬良聡機
堀内仁子
主文
原告の請求を棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０日と
定める。
事実及び理由
第１原告の求めた裁判
特許庁が不服２０１０－７４０１号事件について平成２５年３月１２日にした審
決を取り消す。
第２事案の概要
本件は，特許出願拒絶査定不服審判請求に対する不成立審決の取消訴訟である。
争点は，進歩性の有無である（なお，特に断らない限り，証拠番号には枝番号を含
む。）。
１特許庁における手続の経緯
原告は，平成１５年（２００３年）８月１８日，名称を「細胞応答のリアルタイ
ム測定」とする発明につき国際特許出願（特願２００４－５２９５５９号。特表２
００５－５３５３４８号。優先権主張日：２００２年８月１６日（以下「本願優先
日」という。）米国，２００２年１１月１８日米国。甲１，５９）をしたが，平
成２１年１２月４日，拒絶査定を受けたので，平成２２年４月８日，不服の審判を
請求するとともに，同日付け手続補正書（甲１）により特許請求の範囲を変更する
手続補正をし，さらに，平成２５年１月１７日付け手続補正書（甲１１）により，
特許請求の範囲を変更する手続補正（以下「本件補正」という。）をした。
特許庁は，平成２５年３月１２日，「本件審判の請求は成り立たない。」との審決
をし（附加期間９０日），その謄本は，同月２７日に送達された。
２本願発明の要旨
本願発明に係る明細書（甲１）及び手続補正書（甲１１。以下，甲１と併せて「本
願明細書」という。）によれば，本件補正後の請求項５（本願発明）は，以下のとお
りである。
「【請求項５】
細胞核を標的とする配列と融合した第１蛍光タンパク質，及び標的とするアミノ
酸配列を欠く第２蛍光タンパク質を産生するように安定的にトランスフェクトされ
た生細胞であって，該第１及び第２蛍光タンパク質が異なる波長で可視光を放出し，
細胞が増殖を続けている，上記生細胞。」
３審決の理由の要点
本願発明は，以下の引用例５及び周知技術に基づいて，当業者が容易に発明をす
ることができたものである。
(1)引用発明について
引用例５には，以下の引用発明（以下「引用発明」という。）が記載されている。
引用例５（甲５）：CurrentBiology1998，Vol.8，№７pp.377-385
“Histone-GFPfusionproteinenablessensitiveanalysisofchromosomedynamicsin
livingmammaliancells”
「ヒストン-GFP融合タンパク質が，生哺乳類細胞において，染色体のダイナミク
スの感度よい分析を可能とする」と題した文献
①「H2B-GFPを構成的に発現するステーブルな株を産生するために，ヒトヒストン
H2B遺伝子は，Aequoreavictoriaの緑色蛍光蛋白質（GFP)をコードする遺伝子と融
合され，ヒトHeLa細胞へトランスフェクトされた。H2B-GFP融合タンパク質は，
細胞周期の進行に影響を与えることなく，ヌクレオソームに取り込まれた。共焦点
顕微鏡を用いて，H2B-GFPは有糸分裂染色体及び間期のクロマチン両者の高解像度
の像を可能とし，そして，後者は，生細胞における様々なクロマチンの凝縮を明ら
かにした。」
②「H2B-GFPは，生細胞における染色体を修飾する
H2B-GFPを発現した細胞は，間期及び有糸分裂におけるクロマチン染色のパター
ンを決定するために，共焦点顕微鏡を用いて観察された。Figure5に示されるよう
に，H2B-GFPは，細胞周期の全てのフェーズにおいて，高感度のクロマチン検出を
可能とした。そのような像を得るために，細胞内構造の人工的な破壊を引き起こし
かねない細胞の固定及び可透過性化は，必要とされなかった。細胞質において蛍光
は全く観察されなかったので，H2B-GFPは核クロマチンに高度に特異的であった。」
③「H2B-GFPタンパク質の局在。(a-h)種々の細胞周期フェーズにおけるH2B-GFP
を発現する生きたHeLa細胞の共焦点顕微鏡像。(a，c，e，g)GFPの蛍光及び(b，d，
f，h)対応する微分干渉コントラスト像が，(a，b)中間期，(c，d)前期，(e，f)中期，(g，
h)後期細胞として示されている。」と記載され，Figure5には，それぞれ，HeLa細
胞の像が示されており，これらの像から，細胞周期の各フェーズにおける，細胞全
体及びGFPの局在の様子（b，d，f，h)，並びに，GFPの局在の様子(a，c，e，g)を
読み取ることができる。
(2)本願発明との一致点及び相違点
【一致点】
「細胞核を標的とする配列と融合した第１蛍光タンパク質を産生するように安定的
にトランスフェクトされた生細胞であって，該第１蛍光タンパク質が可視光を放出
し，細胞が増殖を続けている，上記生細胞。」
【相違点】
「本願発明は，生細胞が，第１蛍光タンパク質に加え，第１蛍光タンパク質と異な
る波長で可視光を放出する第２蛍光タンパク質であって，標的とするアミノ酸配列
を欠く第２蛍光タンパク質をも産生するように安定的にトランスフェクトされたも
のであるのに対し，引用例５の生細胞は，そのような第２蛍光タンパク質を産生す
るように安定的にトランスフェクトされたものではない点。」
(3)相違点についての判断
ア構成の容易想到性について
(a1)細胞周期を観察する場合に，各フェーズにおいて，染色体の形態のみなら
ず細胞全体の形態も合わせて観察することは当業者が通常行うことであり，引用例
５のFigure5のb，d，f，hからも，細胞周期の各フェーズの，細胞核及び細胞全体
の形態がみて分かる。
(a2)観察対象をより明瞭に観察可能とすることは，当業者にとって自明の技術
的課題である。
(a3)細胞の形態や構造の観察を容易にするために，核と細胞質とを異なる色素
で染め分けるパパニコロウ染色法は，本願優先日前の当業者の周知・慣用技術であ
ったことからも，細胞核と細胞質とをそれぞれ色の異なる複数の物質で染め分ける
という課題も周知であった。
(a4)以下の引用例１，２及び６にあるように，発光波長（色）の異なる２つの
蛍光タンパク質を，細胞の異なる部位に標的化することで，細胞を固定化させずに，
生きたままの細胞の動態を観察するという手法は，本願優先日当時の周知技術であ
った。
引用例１（甲３）：CurrentBiology1996，Vol.6，No.2，pp.183-188
“Doublelabelingofsubcellularstructureswithorganelle-targetedGFPmutantsinvivo”
「オルガネラを標的としたGFP変異体を用いた細胞内構造の生体内における二重
標識」
引用例２（甲４）：trendsinCELLBIOLOGY1999，Vol.9，Februarypp.52-56，
“Dual-colorimagingwithGFPvariants”
「GFB変異体を用いた二色イメージング」
引用例６（甲６）：クロンテクニーク，2000年4月号
“LivingColorsTM
SubcellularLocalizationVectors”
「細胞生物現象のinvivo解析を支援する新たなベクター」
(a5)以下の引用例７，８及び１０にあるように，局在化の配列を有さない赤色
蛍光タンパク質を発現させることで細胞質を染色することも周知技術であった。
引用例７（甲７）：クロンテクニーク，2001年7月号
“LivingColorsTM
DsRed2”
「生きた細胞で使用可能な赤色蛍光タンパク質をさらに改良」
引用例８（甲８）：クロンテクニーク，2002年7月号
“LivingColorsTM
DsRed-Express”
「迅速な蛍光検出のために改良されたベクター」
引用例１０（甲１０）：クロンテクニーク，2000年1月号
“LivingColorsTM
DsRedC-TerminalFusionVector”
「赤色蛍光タンパクを用いた新規ベクター」
(a6)そうすると，引用例５の，H2B-GFPにより核を緑に蛍光染色し，顕微鏡観
察により細胞周期の各フェーズにおける細胞核及び細胞全体の形態を観察を可能と
するFigure5のb，d，f，hの像に接した当業者であれば，より観察しやすい画像を
得ることは，容易に着想することである。
(a7)そして，細胞観察の技術分野において，細胞核及び細胞質を異なる物質で
染め分けるという課題が当業者に周知であり，さらには，
(a7:ｱ)２色の蛍光蛋白質で単一細胞内の異なる部位を染め分けるという技術が
周知であったこと，及び，
(a7:ｲ)局在化配列を有さない蛍光タンパク質により細胞質を染める技術も周知
であったという技術水準のもと，
(a7:ｳ)細胞質部分をGFPとは異なる他の色の蛍光タンパク質で染色しようとする
ことは，当業者であれば，容易に着想し得たことである。
したがって，上記の相違点は，引用例５に対し，上記の周知技術を適用すること
で，当業者が容易に導き出せるものである。
イ効果について
本願発明の細胞増殖（細胞周期）のモニタリング可能となるという効果，及び，
様々な薬剤が細胞周期に及ぼす効果を評価することもできるという効果は，細胞を
二重に標識したことによる効果とはいえず，引用例５において，細胞周期を，蛍光
タンパク質により観察することが可能であることが既に示されているのであるから，
予想外の効果ではない。
また，本願発明の細胞が，生存生物中に存在しているうちに観察することが可能
であるという効果については，本願発明の生細胞それ自体の効果ではないし，さら
に，引用例５において確認されていないものの，引用例５に記載される細胞も本願
発明と同じく安定的に蛍光タンパク質を発現しているものであるから，同様に，生
存生物中に存在しているうちに観察することが可能であって，本願発明が，この点
で，引用例５に比して予想外の効果を奏するものとも認められない。
したがって，本願発明が，引用例５及び周知技術から，予想外の有利な効果を奏
するとも認められない。
第３原告主張の審決取消事由
審決は，引用発明に，前記第２，３，(3)ア(a1)～(a7)に記載の周知技術に基づい
て，当業者が容易に発明をすることができたものであると判断したが，以下のとお
り，この判断は誤りである。
１審決の引用する周知の課題及び周知技術について
(1)「細胞観察の技術分野において，細胞核と細胞質とをそれぞれ色の異なる
複数の物質で染め分けるという課題は周知」(a3，a7)との認定は誤りであること。
ア審決は，「細胞観察の技術分野において，細胞核と細胞質とをそれぞれ色
の異なる複数の物質で染め分けるという課題は周知」(a3，a7)であるとする。
しかし，「細胞観察」は研究や病理診断等を行うためになされるものであり，
細胞核と細胞質を異なる物質で染め分けるのは，癌細胞等の異型細胞を検出する
等という特定の目的を達成するためのものであるから，何らの目的を特定するこ
となく，技術分野を「細胞観察」に広げることは行きすぎであり，審決の上記認
定は，技術分野を広く捉えすぎたものといわざるを得ない。
審決で上記課題が周知であることの根拠として指摘した「パパニコロウ染色
法」は，色素で細胞を着色し，エタノール等で細胞を固定化して，死んだ細胞を
観測する細胞診という技術分野における周知・慣用技術である。一方，本願発明
は，蛍光タンパク質で標識して細胞を生きたまま観測する技術分野に属する。本
願発明の課題は，「様々なステージにおける核／細胞質比の変化を使用すること
によって，細胞周期の観察をも含めて，リアルタイムで生体内又は生体外におけ
る細胞の増殖その他の活性を観察できる機会を提供する」ことであり，細胞が増
殖を続けられるように，複数の蛍光タンパク質で細胞核及び細胞質を標識するこ
とが必要となるものである。したがって，本願発明の技術分野では，細胞を死ん
だ状態で「染め分ける」ことはしないし，できないのである。
以上によれば，本願発明が属する技術分野において，「細胞核と細胞質とをそ
れぞれ色の異なる複数の物質で染め分けるという課題が周知」であるとはいえな
い。
イまた，被告が上記課題が周知であることを示す補充の証拠として提出
した乙２～乙４は，審査・審判手続において引用文献として挙げられていなかっ
たものであるから，これを参酌することはできないものである。
仮に，参酌するとしても，乙２～４（その全文は甲４１～４３）には，「生き
た細胞において，細胞核と細胞質を異なる二つの物質で染め分けること」は記載
されておらず，まして，本願発明のように「安定的に」染められているものでも
ない。
(2)審決の「引用例１，２及び６に示されるように，２色の蛍光タンパク質
を，細胞の異なる部位に標的化することで，細胞を固定化させずに，生きたまま
の細胞の動態を観察するという手法は周知」（a4，a7ア）との認定は誤りである
こと。
ア引用例１（甲３）について
引用例１の図３で使用したnuGFPは，蛍光が弱い上にデキサメサゾン補助が
ないと核へ完全に移行できず，nuGFP及びmtGFP（Y66H/Y145F）も一過性に発
現されたものである。また，引用例１では，細胞をカバースリップ上に付着させ
て観察しているから，細胞の大きな変形を観察することは想定していない。
また，引用例１は，「UV領域で励起され，それぞれ緑色及び青色の光を発する」
キメラが使用されているが，「コトランスフェクトしたときに，両方のタンパク
質が発現し，ミトコンドリアの蛍光は，GFPとGFP(Y66H/Y145F)との中間の『ア
クアマリン』色を示した（図4a）」とあり，それぞれが本来有している蛍光色は
観察されないようなキメラが使用されており，このようなキメラでは，二重標識
をする意味がない。
したがって，引用例１に記載の複数の蛍光を発するGFPを用いたイメージン
グは，「生きたままの細胞の動態（ダイナミズム）を観察する」ために使用でき
るものではない。
イ引用例２（甲４）について
引用例２の図２を見ると，LBR-10C，GT-W7，H2B-ECFPを別々に観察した像（図
２の(a)及び(b)の左側及び中央の写真）では，蛍光の発色は見られず，別々に撮
影した結果を重ね合わせて処理した後に，はじめて赤と緑に標識されたことが分
かるようになっている。また，図３では，それぞれのGFPが発した蛍光を，所定
の時間ごとに別々にコマ撮り撮影しており，「生きたままの細胞の動態」のうち，
有糸分裂を十分単位でコマ撮り撮影はできても，細胞の動きを連続的に捉える
「マルチカラーイメージング」ができるとはいえない。さらに，引用例２で観察
している有糸分裂は１時間もあれば終了するため，一過性に発現できれば十分で
あり，安定的にGFPを発現したとはどこにも記載はされていないことからすると，
安定的に発現したものではない。
したがって，引用例２では，有糸分裂以外の細胞の動態（ダイナミズム）の観
察はできない。
ウ引用例６（甲６）について
引用例６の図２は，細胞を固定化したグレースケールの写真であるから，「細胞を
固定化させずに観察したマルチカラーイメージング」の画像ではない。図３は，細
胞を固定化処理しており，また，重ね合わせ処理及び彩色処理を施さないと観察で
きないということは，これでは蛍光強度が低く鮮明な観察が得られないことを示す
ものである。さらに，図２及び図３における標識は，いずれも一過的なものであり
安定的に発現されるようにはなっていない。
したがって，引用例６には，「生きたままの細胞の動態（ダイナミズム）を観察す
るマルチカラーイメージング」は記載されているとはいえない。
エ以上によれば，上記文献は，上記の周知技術を裏付けるものとはいえな
い。
また，周知技術とは，「その技術分野において一般的に知られている技術であって，
例えば，これに関し，当時相当多数の公知文献が存在し，又は業界に知れわたり，
あるいは例示する必要がない程よく知られている技術」をいう。このため，本願優
先日当時の周知技術であるならば，教科書，参考書又は実験の手引き等にも掲載さ
れているはずである。しかし，平成１２年から平成１６年のこうした書籍を見ても，
インデックスにすら，蛍光観察に関連する用語が掲載されておらず（甲３８の１～
４），周知であったということもできない。
(3)引用例７，８及び１０に示されるように，局在化の配列を有さない赤色蛍
光タンパク質を発現させることで細胞質を染色することは周知」（a5，a7イ）との
認定は誤りであること。
引用例７（甲７），８（甲８）及び１０（甲１０）に記載されるような，局在
化配列を含まないベクターでトランスフェクトした細胞では，細胞質のみではな
く核も含めた細胞全体を標識することになるから，本願発明の第２蛍光タンパク
質のように細胞質のみを染色するものではない。
また，引用例１０の図１の蛍光像では，標識された部分以外は全く観察できず，
細胞のどの部分が標識されているか不明であり，蛍光タンパク質が「細胞質を染
色する」ことは記載されていない。
さらに，引用例７の図３，引用例８の図２及び引用例１０の図１，２には，一
過的に（一時的に，一過性に）発現させたことが記載されており，本願発明の「安
定的にトランスフェクトされた」との文言を無視している。
以上によれば，審決の「局在化の配列を有さない赤色蛍光タンパク質を発現さ
せることで細胞質を染色することは周知」との認定は誤りである。
２引用発明に周知技術を組み合わせて本願発明とすることは容易ではないこと
(1)動機付けについて
ア引用例５において細胞質を蛍光標識することの動機付けがあるとはいえ
ない。
すなわち，引用例５は，「ヒストン－GFP融合タンパク質は，生きている哺乳細胞
中における染色体のダイナミクスの感度のよい分析を可能にする」と題する学術論
文である。その目的は，「単に対象物を観察すること」ではなく，高感度な方法を開
発して，正常細胞では見られない，癌遺伝子の増幅に関わる無動原体染色体である
DMs（二重微小染色体）の細胞分裂の際の不均等な分配がなぜ起こるのかを検討する
ために，その不均等な分配に至る重要なファクターである，有糸分裂中の細胞にお
ける「DMsの特徴的なクラスター形成の挙動」を明らかにすることである。
引用例５の筆者らが確立したのは，「ヒストンH2BとGFPとの融合タンパク質を用
いる，生きている細胞中におけるクロマチンの標識のための新規な系」であり，細
胞全体の標識のための系ではなく，また，「結果」の欄には，染色体を高解像度で画
像化することのみが記載されており，細胞全体の形状を観察することは想定されて
おらず，記載されてもいない。
確かに，引用例５のFigure５には，蛍光顕微鏡像(a，c，e，g)と，この蛍光顕微
鏡像と光学顕微鏡像（微分干渉コントラスト像）とを重ね合わせた像（b，d，f，h）
とが対になるように示されているが，これらの像(b，d，f，h)は，染色体が間違い
なく染色されていることを確認するためのものにすぎない。
したがって，引用例５においては，細胞全体の形状を観察することは想定されて
おらず，細胞全体の形状を更に観察しやすくするという必要性がないから，引用例
５において，細胞全体の形状を更に観察する目的で，細胞質を何らかの手段で可視
化しようとする動機付けがない。
イ被告は，引用例５に，染色体のダイナミクスを研究するための広範な応
用がある旨の記載などを指摘し，細胞全体の形状及びDMsに限定されない染色体全
体を観察することが記載されていると主張するが，上記記載は，アポトーシスのリ
アルタイム分析等の応用が理論上可能であることを示しているにすぎず，実際にで
きるかどうかはやってみなければわからないのであり，細胞全体を観察することに
ついては根拠となる記載がない。
二色の蛍光タンパク質で標識するといっても，励起波長が大きく異なるＧＦＰバ
リアントを使用すると，いったん，いずれかの蛍光タンパク質に励起光を照射して
発光させ，次いで，異なる波長の励起光を照射してもう一方の蛍光を発光させなけ
ればならない。励起波長が低波長側にずれればずれるほど，紫外光を含む割合が上
昇するために，測定する試料へのダメージが大きくなる。また，市販されている蛍
光顕微鏡で使用できる励起光の波長は，範囲が限られている。
このため，引用例５のFigure5のb，d，f，hの像に接した当業者は，蛍光測定
の技術的な課題と，それを解決することが困難であったため，より観察しやすい画
像を得ることを望むまでで終わっていたのであり，技術を具体化することは極めて
困難である。
(2)阻害要因について
蛍光観察法は，暗視野で蛍光標識の存在を観察することから，蛍光標識された対
照物が，バックグラウンドの黒と鮮やかな対照をなして浮かび上がり，高精度の観
察が可能となる。染色体をGFPで緑色で蛍光標識し，細胞質を赤色で蛍光標識する
と，染色体の背景は黒ではなく赤色となり，小さなDMsの観察が非常に難しくなる。
したがって，引用例５において，細胞質を蛍光標識することはDMsを観察する上
での阻害要因となる。
３顕著な効果の看過があること
本願明細書には，本願発明の生細胞を用いると，「様々な薬剤が細胞周期に及
ぼす効果を観察でき，そこから得られる情報が細胞核と細胞質を別々に標識する
ことによって増大する」，「生存および様々な細胞周期のステージを経ている間の
細胞を観察できる」，「アポトーシスでのリアルタイムでの視覚化ができる」とい
う優れた効果を奏することが記載されている。
また，本願発明の細胞によって，甲４８～５０に示されているように，細胞質
のみならず細胞核までもが，組織の中や血管内で大きく変形していることが分か
る。このようなドラスティックな変形は，２つの蛍光タンパク質を発現している
本願発明であればこそ，観察できるものであり，蛍光色素で染色した細胞等では
このような状態を見ることは決してできない。
審決は，「細胞増殖（細胞周期）のモニタリング可能となるという効果，及び，
様々な薬剤が細胞周期に及ぼす効果を評価することもできるという効果は，細胞
を二重に標識したことによる効果とはいえ」ないと判断している。
本願明細書には，「細胞増殖のモニタリング」と「細胞の生涯における事象の
モニタリング」の両方が可能となると記載されているが，審決の認定では，「細
胞増殖（細胞周期）のモニタリングが可能となるという効果」と一まとめにされ
ており，「細胞増殖」と「細胞の生涯」とは異なることを看過している。審決で
引用されたいずれの文献にも，「細胞の生涯における事象を観察できる」という
ことに関する記載もなく，その示唆もない。
したがって，上記審決の効果に関する判断は誤りである。
第４被告の反論
１原告の主張１に対し
審決のした周知の課題及び周知技術の認定に誤りはない。
(1)原告の主張１(1)に対し
原告も認めるように，観察対象を明瞭に観察できるようにすることは，当業者が
望むものである。これは，観察対象が何であれ，その目的が対象物を観察すること
であるから，それぞれの観察対象を目前にした当業者にとって，より明瞭に観察可
能とすることは，当たり前の技術的課題である。あるいは，観察対象を何にするか
は，当業者が必要に応じて選択し得る事項である。
審決は，「パパニコロウ染色法は，本願優先日前の当業者の周知・慣用技術であっ
たことからも」と記載しており，パパニコロウ染色だけでなく，死んだ細胞及び生
きた細胞を含め，細胞核と細胞質とをそれぞれ色の異なる複数の物質で染め分ける
という課題が周知であると認定したものである。
そして，乙２～４（甲４１～４３），乙１２に記載されるように，生きた細胞にお
いて細胞核と細胞質を異なる２つの物質で染め分けることも周知である。
そうすると，これらにより，細胞の生死に関わらず，細胞核と細胞質とを異なる
複数の物質で染め分けることは周知の課題であるといえ，技術分野を広く捉えすぎ
たなどということはない。
(2)原告の主張１(2)に対し
引用例１の図３には，nuGFP（緑）とmtGFP（青）をトランスフェクトし，生きた
HeLa細胞の核とミトコンドリアを異なる色で染め分けていることが示されている。
引用例２の図３には，重ね合わせ処理した後に，赤と緑に標識されたことが分か
るようになっている。像を同日に撮影できず順番に撮影しなくてはいけないとして
も，波長の異なる２つの蛍光タンパク質を，核エンベロープマーカーであるラミン
Ｂ受容体とヒストン２Ｂをそれぞれ標識して，生きたままの細胞の有糸分裂の様子
（動態）を観察することが示されている。
引用例６には，「細胞内における細胞骨格ネットワークやオルガネラの動態を，固
定化や化学染色を用いずに細胞を生かしたまま，リアルタイムで研究したい場合に
最適です。」と記載されているので，掲載された写真が固定化された細胞のものであ
っても，「細胞を固定化させずに，生きたままの細胞の動態を観察する」技術が記載
されているといえる。
したがって，引用例１，２及び６には，２色の蛍光タンパク質を，細胞の異なる
部位に標的化することで，細胞を固定化させずに，生きたままの細胞の動態を観察
する技術が記載されているから，審決の認定に誤りはない。
(3)原告の主張１(3)に対し
審決は，細胞質を染色することが当業者の周知技術であったと認定したのであっ
て，細胞質のみを染色することが当業者の周知技術であったと認定したわけではな
い。
そして，引用例７（甲７）には，「細胞質局在試験ではNIH3T3細胞にpDsRed1-N1
又はpDsRed2-N1をトランスフェクトしています。DsRed１を発現する核および細
胞質の画像ではタンパク質の凝集が見られているのに対し，DsRed2発現細胞の画像
ではタンパク質の凝集は見られません。」（図１の説明の項）と，局在化配列のない
DsRedをコードする遺伝子を含むプラスミドをトランスフェクトすることで，「細胞
質」の画像が得られたと記載されている。そして，その画像からも（図１下段の２
枚の写真），発現後，細胞質を染色したことが確認できる。
また，引用例８（甲８）及び引用例１０（甲１０）にも，局在化配列を有さない
DsRedを用いて，細胞質を染色したことが示されている（特に，甲８の図２，甲１
０の図１）。
よって，引用例７，８及び１０より，局在化配列を有さない蛍光タンパク質を用
いて，当該蛍光タンパク質を主に細胞質に発現させることは，本願優先日前の周知
技術であると認められる。
さらに，本願優先日前に公知となった一般的な技術を示す刊行物である乙７（２
６頁左欄３行～右欄３行，及び，図２・２参照）に記載されるように，サイトゾル
（cytosol）とは細胞質のことを意味するが，乙２の２の表１（５６頁）にも，「サイ
トゾル容量マーカー」（サイトゾル（細胞質）の容量を量るマーカー）として緑色蛍
光タンパク質を用いることが記載されていることからも，局在化配列を有さない蛍
光タンパク質を発現させることで，細胞質を染色することは，当業者の周知技術で
あったと十分にいえる。
加えて，引用例７の図２の説明には，G418という選択薬剤を用いて計６週間培養
しているので，安定的にトランスフェクトしたものと認められる。
したがって，引用例７（甲７）より，局在化配列を有しない蛍光タンパク質を安
定的に発現させて細胞質を染色（標識）する技術は周知であるといえる。
２原告の主張２に対し
(1)原告の主張２(1)に対し
引用例５には，この報告で紹介した方法が従来の蛍光色素による染色体標識法よ
りも優れていることが述べられており，「この報告で記載したH2B-GFPの戦略には，
染色体のダイナミクスを研究するための広範な応用がある。例えば，トランスフェ
クションマーカーとして使用し，蛍光顕微鏡を使用して有糸分裂細胞の同定を可能
にした。・・・。本方法は，生きている細胞中におけるクロマチンの断片化及び過剰
凝縮の可視化を可能にすることによる，アポトーシスのリアルタイム分析，及び腫
瘍の進行中の染色体の安定性に対する癌遺伝子の効果の研究に，特に有用であるか
もしれない。」という記載があり，図５の細胞を観察した像から，観察対象は「細胞
全体」及び「DMsに限定されない染色体全体」を観察することが記載されている。
仮に，DMsのみを観察対象とするのであれば，蛍光染色（標識）された染色体の
像であるa，c，e，gのみを撮像すればよいにもかかわらず，これらの蛍光画像に対
応する細胞全体の形態も示したb，d，f，hを，併せて撮像し並べて示しているのだ
から，観察対象は細胞全体及び染色体であることは自明である。
したがって，原告も認めるように，観察対象を明瞭に観察できるようにすること
は，当業者が望むものであるから，引用例５のFigure5のb，d，f，hの像に接した
当業者は，必要があればより観察しやすい画像を得ることを望むものである。引用
例５では，共焦点顕微鏡を使用して微分干渉コントラスト像が得られることで，細
胞全体の形が観察できるものの，例えば，細胞全体の形により着目して，細胞全体
の形を更に観察しやすくしようとすることは，当業者が必要に応じて期待すること
である。
その際には，引用例５のFigure５の微分干渉コントラスト像に代えて，検出感度
が他の観察手法に比べて格段に高いことが技術常識である蛍光観察を用いることが
動機付けられる。
そして，そのようにして得られた，蛍光タンパク質により多重染色（標識）され
た細胞は，染色体のみ，細胞全体の形状のみ，あるいは両者を同時に観察すること
が可能であって（乙１３参照），引用例５の主な目的であるDMsの観察に特段の悪
影響はないことは，当業者にとって明らかである。
そうすると，引用例５のFigure5に接した当業者が，より細胞全体の形を観察し
やすくしたいのであれば，本願優先日前における上記の周知技術である，２色の蛍
光タンパク質で単一の生きた細胞内の異なる部位を染め分ける技術（引用例１，２
及び６），及び，局在化配列を有さない蛍光タンパク質により細胞質を染める技術（引
用例７，８及び１０）を適用して，細胞質に細胞核とは色の異なる第２の蛍光タン
パク質を発現させることは，容易になし得たことである。
そして，安定的発現法によれば，一過性発現と異なり，子孫の細胞もその遺伝子
による形質が維持されたものとして継続的に使用可能なことが技術常識であるから，
既に安定的発現法により，染色（標識）され，染色体のダイナミクスが継続的に観
察可能なことが当業者に明らかなHeLa細胞の像である引用例５の図５に接するこ
とで，細胞全体の形状をも蛍光観察するよう動機付けられた当業者が，第２の蛍光
タンパク質により細胞質を染色（標識）するに際し，細胞全体の形状も継続的に蛍
光観察可能な実験ツールとして使えるように，引用例５において，局在化配列を有
さない蛍光タンパク質を産生するように安定的にトランスフェクトさせる技術にか
かる周知技術（引用例７）を適用し，「安定的に」発現させることは，当然なのであ
る。
(2)原告の主張２(2)に対し
乙１３に「５－１－３多重染色標本を観察するときの選択標本が２種類以上の
蛍光色素で標識されている場合には，１種類ごとに分けて観察することも可能であ
り，また，複数の蛍光色素を同時に観察することも可能である（図１０）。」と記載
されていることから理解できるように，２種類以上の蛍光色素で標識されている場
合には，染色体のみ，細胞全体の形状のみ，あるいは，両者を同時に観察すること
が可能であり，引用例５の主な目的であるDMsの観察に特段の悪影響はないことは，
当業者には明らかである。
３原告の主張３に対し
本願発明は，生細胞に係るものであり，これをどのように使用するかは，生細胞
自体の構成でも効果でもないから，「細胞の生涯における事象を観察できる」という
使用方法に係る効果の原告主張は，前提において失当である。
仮に，それを効果として考慮しても，２つの色の異なる蛍光タンパク質により細
胞周期を観察可能とした細胞について，その生涯における事象を観察できることは，
引用例５並びに引用例１，２及び６の記載並びに当業者の技術常識から自明の事項
である。
したがって，細胞質を核とは異なる色の蛍光タンパク質で染色してなる本願発明
が，細胞質全体をも蛍光タンパク質で染色されることで，より細胞増殖（細胞周期）
の像を明瞭に把握することができるという本願発明において奏される効果は，引用
例５及び上記の周知技術から，予測できる範囲のものである。
第５当裁判所の判断
１本願発明について
本願明細書（甲１，１１）によれば，本願発明について，以下のとおり認められ
る。
本願発明は，生体内及び生体外における細胞増殖，薬剤感受性，細胞周期位置，
その他細胞応答のリアルタイム観察に用いることができる生細胞に関するものであ
る。マーカーとしての蛍光タンパク質の使用による細胞，特に生細胞の直接的観察
に際し，細胞周期における細胞の状態は，細胞核及び細胞質を別々に標識すること
によりモニターすることができる。（【０００１】，【００１０】）
従来，Aequoreavictoria由来の緑色蛍光タンパク質（GFP）や珊瑚由来のDsRed
野生型及び突然変異体は，多色性レポーターとして広く用いられており，例えば，
ヒトのヒストンＨ２Ｂ遺伝子とGFPとの融合タンパク質（Ｈ２Ｂ－GFP）を用いて，
有糸分裂期の染色や間期のクロマチンの凝縮状態を観測すること等が行われている。
しかし，二重に標識された細胞は，生体内，生体外のいずれにおいても使用されて
いない。また，増殖をモニターする従来技術は，正常の細胞代謝の破壊を伴い，細
胞死さえ生じさせる（【０００２】～【０００９】）。
そこで，本願発明の目的とするところは，リアルタイムで生体外及び生体内にお
ける増殖その他の細胞活性を観察する手段を提供することにあり，そのために，「細
胞核を標的とする配列と融合した第１蛍光タンパク質と，標的とするアミノ酸配列
を欠く第２蛍光タンパク質を産生するように安定的にトランスフェクトされた生細
胞であって，該第１タンパク質と第２タンパク質が異なる波長で可視光を放出し，
細胞が増殖を続けている上記生細胞」とするものであり，本願発明の生細胞は，細
胞核と細胞質の両方をそれぞれ異なる色で視覚化できるという効果を奏する（【００
１０】～【００１２】，【００１６】，【００２２】，【００２９】）。
そして，本願発明の生細胞を用いることにより，様々な細胞核－細胞質ダイナミ
クスをリアルタイムで観察することができ，具体的には，細胞核と細胞質の比を測
定することによる細胞周期位置の判定や，細胞核の形態変化を見ることによるアポ
トーシスの観察，薬剤の細胞周期に及ぼす効果の評価などの「細胞増殖のモニタリ
ング」，及び「細胞の生涯における事象のモニタリング」を行うことができる（【０
０１７】，【００１８】，【００２９】，【００４０】，【００６６】）。
また，本願発明の生細胞を，培養中に顕微鏡下で直接観察することもできるし，
生存動物にこの生細胞が存在している様子をリアルタイムで観察することもできる
（【００３２】）。
２周知の課題及び周知技術について
原告は，審決における周知の課題と周知技術の認定が誤りであると主張するので，
まず，この点について検討する。
(1)審決の「細胞観察の技術分野において，細胞核と細胞質とをそれぞれ色の
異なる複数の物質で染め分けるという課題は周知」(a3，a7)との認定について
ア細胞核と細胞質をそれぞれ異なる複数の物質で染め分けることについて
（ア）パパニコロウ染色について
甲２１，２２及び２４によれば，パパニコロウ染色法は，細胞を固定化した後，
正荷電のヘマトキシリン染色液により核を染め，負荷電の酸性色素で細胞質を染め
るものであり，細胞診検査に用いられるものとして周知である。
（イ）甲４１の２及び乙２の２（国際公開０１／０１１３４０号に対応
する公表特許公報）には，以下の記載がある。
【請求項１】神経突起成長を解析する自動化された方法であって，
細胞の位置を報告する少なくとも１つの第１の発光標識したレポータ分子と，前記神経突起
成長を報告する少なくとも１つの第２の発光標識したレポータ分子を有し，ニューロンを含む
細胞を含む位置のアレイを提供し，
複数の細胞を含む各位置において，前記複数の細胞を画像化または走査して，前記第１およ
び前記第２の発光標識したレポータ分子から発光シグナルを得，
前記発光シグナルを，デジタルデータに変換し，
前記細胞上または前記細胞内の，前記第１および前記第２の発光標識レポータ分子の分布，
環境，または活性の変化を自動的に計算し，前記計算した変化が前記ニューロンからの前記神
経突起成長の測定値を提供する自動測定に，前記デジタルデータを使用する
ことを含むことを特徴とする方法。
【請求項４】前記第１の発光標識したレポータ分子が，ＤＮＡ結合化合物を含むことを特徴
とする請求項１に記載の方法。
【請求項５】前記第２の発光標識したレポータ分子が，細胞質，膜，ニューロン特異的細胞
成分，および細胞タンパク質からなる群から選択した細胞成分を選択的に検出する化合物を含
むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【００２７】
別の好ましい実施形態において，転写因子活性，・・・細胞形態，微小管構造，アポトーシス，・・・
および神経突起成長に影響する化合物を解析し，同定するためのスクリーニングを含めた種々
の細胞スクリーニング方法を提供することである。
【００６２】
走査細胞アッセイ
図９を参照し，実行されるべきアッセイに基づいて選択されるべき・・・。ある範囲の試料
を取り扱う柔軟性のためには，ソウトウェアは，核および細胞質を同定するのに使用される種々
のパラメータ設定の選択および異なる蛍光試薬の選択，形態または明るさに基づく注目する細
胞の同定，およびウェル当たりの分析すべき細胞の数の同定を可能とする。・・・
【００９３】
・・・図１０Ａは，青色フルオロフォアで標識したその核２００および緑色フルオロフォアで
標識した細胞質２０１における転写因子を備えた未刺激細胞を示す。・・・
【０１１８】
全細胞面積は，ＤＮＡ標識と組み合わせて，細胞骨格マーカ，サイトゾル容量マーカ，細胞
表面マーカを用いて全細胞体または細胞質を標識することによってモニターすることができる。
そのような標識（・・・）の例は以下のものを含む。
【０１１９】【表１】
これらの種々の剤での細胞染色のためのプロトコルは当業者によく知られている。細胞を生
きたまま，または固定後に染色し，細胞面積を測定することができる。例えば，ＤｉＩＣ１６
で染色した生細胞は均一に標識された原形質膜を有し，細胞の突出した断面積は色素の蛍光強
度によってバックグラウンドから均一に区別される。ＣＭＦＤＡ等のサイトゾル染料で染色し
た生細胞は，細胞の厚みに比例する蛍光強度を生じる。・・・固定細胞は，重合されたアクチン
を標識するALEXATM
488ファロイジン等の細胞骨格マーカで染色することができる。・・・
【０１８４】
実施形態１０神経突起成長・・・
【０１８５】
・・・本発明は，神経突起成長を解析するための，自動化された方法，キットおよびコンピュ
ータで解読可能な媒体を提供する。この実施形態の方法は，
－細胞を含む位置のアレイを提供し，ここでの細胞は，細胞数を報告する少なくとも１つの第
１の発光標識したレポータ分子，および，神経突起成長を報告する少なくとも１つの第２の発
光標識したレポータ分子を有し，
－複数の細胞を含む各位置における複数の細胞を画像化または走査して，第１および第２の発
光標識したレポータ分子から発光シグナルを得，
－発光シグナルを，デジタルデータに変換し，そして
－デジタルデータを使用して，自動的に測定を行ない，ここでの測定を使用して，細胞上また
は細胞内の，第１および第２の発光標識レポータ分子の分布，環境または活性の変化を自動的
に計算し，ここでの計算した変化は，神経突起成長の測定値を提供することを含む。
【０１８９】
本明細書に使用したような「細胞は，１つ以上の発光レポータ分子を有する」なる語は，発
光レポータ分子は，細胞により，発光レポータ分子として発現させ得るか，発光レポータ分子
として細胞に加え得るか，または，細胞を，レポータ分子に結合する，色素または抗体などの
レポータ分子に結合する発光標識分子と接触させることにより，発光標識し得ることを意味す
る。発光レポータ分子は，試験物質で処理する前，同時，または後に，発現または添加できる。
【０１９１】
好ましい実施形態において，第１の発光標識レポータ分子は，ＤＮＡ結合化合物を含む。さ
らなる好ましい実施形態において，第２の発光標識レポータ分子は，細胞質，膜および細胞タ
ンパク質からなる群から選択した細胞成分を選択的に検出する化合物を含む。・・・
【０１９８】
ニューロンの同定
１つの実施形態において，試料中の全細胞を，発光レポータ分子マーカで標識して，その位
置を同定する。一旦細胞の位置が同定されると，細胞を計測できる。典型的には，核酸色素ヘ
キスト３３３４２を発光レポータ分子として使用して，全細胞の核を同定する。・・・さらに，
ニューロンを低密度で蒔いた場合，細胞質などの細胞の他の部分を標識して，培養液中の全て
の細胞を同定できる。好ましい実施形態において，核標識を使用する。いくつかの細胞質染色
の例を以下に示す。
【０２０１】
（１）細胞質染色：細胞質を，任意の標準的な細胞質染色で染色できる。かかる染色の例は，
ＣＭＦＤＡ・・・である。別法として，細胞を工学して，緑蛍光タンパク質（GFP）などの自己
蛍光タンパク質を発現させ得る。細胞質中に発現されたGFPにより，ニューロンのプロセスを
可視化できる。
【０２０２】
（２）膜染色・・・
【０２０３】
（３）細胞タンパク質の染色・・・
【０２０４】
（４）全てのこれらの染色戦略の組合せを使用して，ニューロンプロセスおよび成長している
神経突起をより良く同定できる。
上記によれば，生きたままの細胞において，細胞面積を測定したり，ニューロン
プロセスを観察するために，核と細胞質をそれぞれ異なる蛍光試薬により染色した
りすること，具体的には，核酸色素ヘキスト33342等のＤＮＡ標識と組み合わせて，
緑色蛍光タンパク質等のサイトゾル容量マーカ等により，全細胞体又は細胞質を標
識することが記載されている。
（ウ)甲４２の２及び乙３（特表２０００－５０９８２７号公報）には，
以下の記載がある。
【特許請求の範囲】
１．細胞を解析するための下記のステップを含む方法：
（ａ）細胞が１種以上の蛍光レポーター分子を含有するときに複数の細胞を含有する場所
の配列を提供するステップ，
（ｂ）細胞内の蛍光レポーター分子からの蛍光シグナルを入手するために細胞を含有する
場所各々に含まれる多数の細胞をスキャンするステップ，
（ｃ）蛍光シグナルをデジタルデータに変換するステップ，及び
（ｄ）細胞内の蛍光レポーター分子の分布，環境又は活性を測定するためにデジタルデー
タを利用するステップ。
・・・・
６．コンピューター手段がデジタルデータを平均細胞質レポーター分子蛍光強度と平均核蛍
光レポーター分子強度との差分に変換する請求項１に記載の方法。
「発明の分野
本発明は，新薬発見を目的とした蛍光に基づく細胞及び分子の生化学的アッセイの分野にあ
る。」（８頁）
「生きている細胞のアッセイは，必要な試薬を含有している生きている細胞の配列を経時的並
びに空間的にスクリーニングできるので，より洗練されたかつ強力なアッセイである。経時的
な多重蛍光測定のためには細胞の生理学的健康状態を維持しなければならないので，測定中に
は細胞の環境調節（温度，湿度及び二酸化炭素）が必要とされる。」（１４頁）
「最も好ましい実施態様では，細胞プロセスにはタンパク質の核トランスロケーション，細胞
肥大，アポトーシス（断片化），及びタンパク質のプロテアーゼ誘発性トランスロケーションが
含まれるが，これらに限定されない。」（１９頁）
「蛍光レポーター分子
新薬発見範例の主要構成要素は，細胞内イオン，代謝物，高分子及びオルガネラの時間的及
び空間的分布，含量及び活性を測定するために使用される，持続的に増え続けている蛍光及び
発光試薬ファミリーである。これらのクラスの試薬には，生きている細胞及び固定化細胞中の
分子の分布及び量を測定する標識試薬，時間及び空間におけるシグナルトランスダクションイ
ベントを報告するための環境指示薬，及び生きている細胞内のターゲット分子活性を測定する
蛍光タンパク質バイオセンサーが含まれる。単一細胞内で数種の試薬を組み合わせる多重パラ
メーターアプローチは，新薬発見にとって新規の強力なツールである。・・・発光プローブは小
分子，標識高分子，又は緑色蛍光タンパク質キメラ類を含むがこれらに限定されない遺伝子工
学によって作り出されたタンパク質であってよい。」（３０～３１頁）
上記によれば，新薬発見を目的とした蛍光に基づく生きている細胞を解析するた
めの方法において，細胞質蛍光レポーター分子と核蛍光レポーター分子を用いるこ
とが記載され，当該蛍光レポーター分子として，緑色蛍光タンパク質キメラ類等の
遺伝子工学によって作り出されたタンパク質が例示されている。
（エ）甲４３の２及び乙４の２（国際公開０２／０３７９４４号に対応す
る公表特許公報）には，以下の記載がある。
【請求項１】多重細胞実験を実施するためのシステムであって，検出可能に明瞭な第１のコ
ードをそれぞれが有する第１のマイクロキャリヤー・クラスと，検出可能に明瞭な第２のコー
ドをそれぞれが有する第２のマイクロキャリヤー・クラスとを含むマイクロキャリヤー・セッ
トを含み，第１のマイクロキャリヤー・クラスが第１の細胞集団を担持し，第２のマイクロキ
ャリヤー・クラスが第２の細胞集団を担持し，そのため，それぞれのマイクロキャリヤー上の
コードに従って細胞集団を識別することによって，マイクロキャリヤー・セットを同じ多重実
験で分析することができるシステム。
【請求項２１】細胞の形態変化を検出するために，少なくとも１つの細胞集団が少なくとも２
種類の異なる標識を有する，請求項１に記載のシステム。
【請求項２２】細胞質分裂モジュレーションの指標として細胞当たりの核数を検出するため
に，１つまたは複数の細胞集団が細胞質標識および核標識で標識される，請求項１に記載のシ
ステム。
【００７９】
ｉ．ＤＮＡおよびＲＮＡ標識
染料などの任意の適当な標識を使用して，細胞中の完全なＤＮＡまたはＲＮＡの分布および
存在量を測定することができる。一般に染料は，２重らせんへのインターカレーションによっ
て，または副溝（minorgroove）の中での相互作用によって２本鎖ＤＮＡまたはＲＮＡに結合
する。適当な染料は，米オレゴン州EugeneのMolecularProbes社から販売されており，これ
には例えば，DAPI，Hoechst33258，臭化エチジウム，ヨウ化プロピジウムおよび／またはエチ
ジウム・ホモダイマーなどが含まれる。
【０１２２】
細胞特性は直接にまたは間接的に検出することができる。直接に検出される細胞特性は，例
えば位相差顕微鏡，蛍光顕微鏡などの光学的手段によって測定することができ，このような細
胞特性には例えば，細胞数，細胞分布，細胞形態，細胞外基質構造，GFP信号，または直接に
測定される細胞の他の態様が含まれる。直接に測定される細胞特性を使用すると，細胞を生き
たまま分析することができる。対照的に，間接的に検出される細胞特性は，検出可能な信号を
提供しまたは生成する１種または数種の標識で細胞を標識した後に測定することができる。使
用する標識の型に応じて，標識化は，生きた細胞，あるいは固定しかつ／または膜透過性にし
た細胞に実施することができる。
【０１２４】
・・・本発明で使用するのに適した直接に検出可能なレポーターの例は緑色蛍光タンパク質（GFP）
である。適当なGFP変異体も，・・・市販されている。これらのGFP変異体は，青色，黄色およ
び赤色光の優勢な放射を含む，GFPとは大幅に異なった発光スペクトルを有することがある。
【０１２７】
・・・異なった光学的特性を有する標識，例えば実質的に重なり合わない励起および／また
は発光スペクトルを有する蛍光染料を適当に選択することによって，コード付き細胞集団の２
つ以上の細胞特性を測定することができる。
上記によれば，生きた細胞において細胞分裂モジュレーションを観察するに当た
り，細胞質標識及び核標識で細胞を標識することが開示され，Hoechst33258や緑
色蛍光タンパク質（GFP）を標識に用いることが記載されているといえる。
（オ）乙１２の２（国際公開０１／０９４５２８号に対応する公表特許
公報）には，以下の記載がある。
【００６２】
発明の詳細な説明
本発明は，細胞種間の差異を知識ベースで発見および最適化するための方法および装置を提
供する。・・・。本発明は，数百の個々の生細胞を経時的に詳しくモニターする手段；多チャネ
ルにおける動的生理学的反応の定量化；リアルタイムのデジタル画像分割および分析；・・・
を提供する。
【００６５】
・・・この状況下で，個々の細胞を検出しかつデジタル画像内で分割するという細胞ごとの形
態学的測定も可能であるため，形状，面積，テクスチャ，および核－細胞質比など細胞の形態
学的な特徴をモニターすることもできる。
【００８１】
３．蛍光フォーマット・・・
【００８２】
染料と蛍光試薬とによる細胞の処理および細胞の撮像・・・，ならびに，レポーター分子と
して修飾緑色蛍光タンパク質（GFP）などの蛍光タンパク質を生成させるための細胞の遺伝子操
作は有用な検出方法である。・・・
【０１１９】
・・・前述のように，核および細胞質の自動描写は，細胞反応を特定の細胞区画にマッピン
グする上で重要な段階である。
【０１２０】
多チャネル画像の分析では，・・・このシナリオでは，細胞の異なる構成要素を強調するため，
異なる蛍光プローブを用いかつ異なる励起フィルタを使用して細胞が撮像される。・・・
【０１２１】
・・・理想的な条件下では，Ｍ個の異なる様式（例えば，青，緑，および赤の蛍光発光にそれ
ぞれ対応する３つの蛍光画像）でＺを観察することにより，画像システム中の種々のノイズに
より破損されるデータの理想的な表現Ｘｉが特定される。・・・ある分類が細胞質としてラベル
付けされるのであれば，緑チャネル（すなわち細胞質）および青チャネル（すなわち核）の理
想的反応は互いに影響しないので，これは妥当である。・・・
上記によれば，生きている細胞を経時的にモニターするに当たり，核を青色，細
胞質を緑色で蛍光標識することが記載されている。
（カ）以上によれば，細胞診検査に用いるために細胞を固定化して蛍光
色素で染める手法（パパニコロウ染色法）だけでなく，生きたままの細胞において
様々な事象を観察するために，細胞核と細胞質を異なる色とする手法は，本願優先
日当時，広く行われていたものということができる。
イ原告の主張について
（ア）原告は，審決で上記課題が周知であることの根拠として指摘した
「パパニコロウ染色法」は，色素で細胞を着色し，エタノール等で細胞を固定化し
て，死んだ細胞を観測する細胞診という技術分野における周知・慣用技術であり，
蛍光タンパク質で標識して細胞を生きたまま観測する技術分野に属する本願発明と
は異なるものであるから，技術分野が異なる周知技術を根拠として「課題が周知」
とすることはできないと主張する。
しかし，後記のとおり，「細胞を生かしたままリアルタイムで研究」する場合に最
適なベクターを紹介する引用例６において，固定化処理した画像である図３等を掲
載しているように，固定化して撮像し観察するか，あるいは，生きたままの細胞を
撮像し観察するかは，必要に応じて選択可能なものであり，細胞観察の各々の目的
ごとに技術分野が個別に存在するという原告の主張に合理的な根拠は見出せない。
また，審決は，パパニコロウ染色を，生細胞，死細胞を問わず，その両者を含め
た細胞観察の技術分野における一例として挙げたにすぎないものである。
そして，乙２～４，乙１２は，パパニコロウ染色法とは異なり，生きた細胞を観
察することに関する文献であるが，上記に示されるように様々な目的に応じた「細
胞観察」という技術分野において，細胞核と細胞質を異なる色として観察すること
が裏付けられている。
したがって，細胞を固定化するか生きたまま用いるかは，検査や観察の目的等に
より，必要に応じて選択されるものであり，原告の主張には理由がない。
（イ）原告は，乙２～４，１２は，審査・審判手続において一度も引用
文献として挙げられておらず，訴訟において提出することは許されないものである
と主張する。
しかし，審判で審理判断されなかった公知事実を当該審決の取消訴訟で主張する
ことは許されないとしても，審決において示された，細胞核と細胞質をそれぞれ異
なる複数の物質で染め分けるとの周知の課題について，取消訴訟において，当該周
知の事実の存在を立証するために，審判での審理に供された証拠以外の証拠の申し
出をすることは，当然許されるものであるから，原告の主張は失当である。
（ウ）原告は，乙２～４，１２を参酌するとしても，乙２～乙４の全文
にあたる甲４１～４３には，「生きた細胞において，細胞核と細胞質を異なる二
つの物質で染め分けること」は記載されておらず，まして，本願発明のように「安
定的に」染められているものでもないと主張する。
しかし，前記アに摘記したとおり，上記各文献には，生きた細胞において，細
胞核と細胞質を異なる色で着色したことが記載されていることが明らかである
し，上記の周知の課題の認定において，安定的にトランスフェクトされているか
否かは無関係であるから，上記主張は採用できない。
ウ以上によれば，種々の目的を有する細胞観察という技術分野において，
細胞核と細胞質を異なる色とするという課題は周知であったとの審決の認定に誤り
はない。
(2)審決の「引用例１（甲３），２（甲４）及び６（甲６）に示されるように，
２色の蛍光タンパク質を，細胞の異なる部位に標的化することで，細胞を固定化さ
せずに，生きたままの細胞の動態を観察するという手法は周知」（a4，a7ア）との
認定について
ア引用例１（甲３）について
（ア）甲３には，以下の記載がある。
「オルガネラを標的としたGFP変異体を用いた細胞内構造の生体内における二重標識」（１頁）
「結果：ここで，我々は，生体内での細胞生物学の研究にとってのGFP突然変異体の有用性を，
野生型のGFP，『蛍光の強い』GFP突然変異体（Ｓ65Ｔ）及び青色にシフトした励起光及び照射
スペクトルを有するGFP突然変異体（Y66H/Y145F）の使用によって証明した。我々は，ミトコ
ンドリアをターゲティングする２つのGFPキメラ，mtGFP(S65T)及びmtGFP(Y66H/Y145F)を，以
前にmtGFP用に使用したと同じストラテジーを用いて構築した。さらに，核をターゲティング
する２つのGFPキメラuGFPとnuGFP(S65T)を，野生型のGFP又はS65T突然変異体を，ラット
のグルココルチコイド受容体に融合させることによって構築した。mtGFP（Y66H，Y145F）とnuGFP
とをコトランスフェクトすることによって，核とミトコンドリアとが，生きている細胞中で同
時に可視化される。」（日本語訳文の１頁。以下，外国語文献の日本語訳文の摘記箇所末尾に記
載された頁数は，日本語訳文の頁数を指す。）
「はじめに・・・・
適当なキメラを構築することによって，我々は，損傷のない（intact）生きている細胞内で，
異なる細胞内構造を同時に標識した。生きている真核細胞中における突然変異体の発現の成功
は，GFP及びその改変体を「二重標識」実験又は蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）実験に
使用できること，及び多くの生理学的事象を直接的にモニタリングするための強力なツールで
あることを示すであろう。」（１，２頁）
「図３nuGFPとmtGFPと（Y66H/Y145F）を同時導入し，紫外光を照射した，生きているHeLa
細胞の蛍光画像。細胞は図２と同じように分析した。スケールバーは10μｍ。」（８頁）
（イ）以上のとおり，核を標的とする青色蛍光タンパク質であるnuGFP
と，ミトコンドリアを標的とする緑色蛍光タンパク質であるmtGFP(Y66H，Y145F)
を，同時にトランスフェクトした生細胞が記載されるとともに，核とミトコンドリ
アを同時に可視化することで，多くの生理学的事象を直接的にモニタリングするた
めのツールとなることが記載されている。
イ引用例２（甲４）について
（ア）甲４には，以下の記載がある。
「GFP変異体を用いた二色イメージング」（１頁）
「緑色蛍光タンパク質（GFP）は，細胞生物学における重要なツールとなり，生きている細胞内
のタンパク質及び構造をイメージングするレポーターとして広く使用されている。近年，赤色
及び青色にシフトした光を有するGFPのスペクトル変異体が特徴付けされ，２つの異なる色の
GFP融合タンパク質を用いた二重標識の可能性を開いた。本稿は，この技術の最近の進展を，
生きている細胞のコマ撮りイメージングの応用への特別な注目とともにレビューした。」（１頁）
表1–二重標識GFPイメージング文献サーベイa
文
献
GFPs適用利点及び欠点(+/–)
15wtGFP(緑)，
rsGFP4(緑)
変異体を別々に発現し
ている大腸菌及びCHO細
胞の単一の二重標識画
像
-wtGFPは不鮮明，かつ速やかに光褪色す
る。青色励起要セットアップは同程度に
双方の変異体を検出するから分離はほと
んどできない
13P4-3(青)，
W7(シアン)，
S65T(緑)
変異体を別々に発現し
ている大腸菌の1つの三
重標識画像
＋3種類の区別可能なGFPのデモンスト
レーション
－青色の変異体は不鮮明で速やかに光
褪色する；
かなりの交差の計量不可
17P4-3(青)，
wtGFP(緑)
核質及びミトコンドリ
アを標的としたGFP変異
体を同時発現している
HeLa細胞の単一の二重
標識画像
＋明確な分離
－青色は速やかに光褪色する，鮮明で
ない；高い発現レベルが必要
18P4-3(青)，
S65T(緑)
単一の生きているHeLa
細胞中におけるミトコ
ンドリア及びERの高解
像度3-D再構成
＋明確な分離により，生きている細胞
中における高品質の3-Dが可能となる
－青色は速やかに光褪色し不鮮明；非
常に高度なイメージングセットアップ及
び高発現が必要
19W2(シアン)，
S65T(緑)
変異体を別々に発現し
ているタマホコリカビ
（Dictyostelium）細胞
のコマ撮り画像
＋変異体は非常に光に安定で画像化可
能
－緑色チャネル中でのシアン励起の有
意な交差には，定量的な画像処理が必要。
カスタマイズされたCLSMが必要。
21sg50(青)，
sg25(緑)
HIV-1Rev及びGag融合体
を同時発現している293
細胞の単一の二重標識
画像
＋標準CLSMを用いて明確な分離
－青色(至適ではあるが)は速やかに光
褪色し，不鮮明。
23W7(シアン)，
10C(黄)
ゴルジ複合体及び核膜
を標的としたGFP変異体
を同時発現しているCOS
７細胞のコマ撮り画像
＋変異体は非常に光に対して安定で有
意な交差をシンプルな顕微鏡のセットア
ップで分離できる
－画像は時系列に得なければならな
い。
a略号：+，利点；–，欠点；CLSM，共焦点レーザー走査型顕微鏡；E.coli，大
腸菌；GFP，緑色蛍光タンパク質；3-D，三次元；wt，野生型。
b時系列画像撮影は，音響光学的可変フィルタを用いて細かく励起レーザーを切り替え
ることができるCLSM系上では，避けることができる
表2–二重標識に使用された幾つかのGFP変異体及びそれらの命名a
変異体名励起／発光アミノ酸変異市販品
の有無
文献
P4-3381/445Y66H，Y145FNo13
BFPsg50/BFP387/450F64L，Y66H，V163AQ21
EBFP380/440F64L，S65T，Y66H，Y145Fc，d
C20
W2432/480Y66W，I123V，Y145H，H148R，
M153T，V163AN212K
No13
W7434/474Y66W，N146I，M153T，V163A，
N212Kb
No13
ECFP434/474K26R，F64L，S65T，Y66W，N146I，
M153T，V163A，N164HN212Kc，d
C14
S65T489/511S65TC16
GFPsg25/rsGFP473/509F64L，S65C，I167T，K238NQ21
EGFP488/507F64L，S65Tc，d
C20
10C514/527S65G，V68L，S72A，T203Y12
EYFP514/527S65G，V68L，S72A，T203Yc，d
C14
a略号：Ex，励起ピーク；Em，発光ピーク；GFP，緑色蛍光タンパク質。提供者：C，
クローンテック社米国カリフォルニア州パロアルト；Q，クアンタム・バイオテクノロ
ジーズ，カナダ国モントリオール。太字は，哺乳類の細胞の二重標識に，特に有用なGFP
変異体を示し，この変異体は，ヒト化コドンの使用（「増強された」変異体，E_FP）又は
mRNAの安定性(rsGFPandBFP)と同様に，37°Cで改良された折りたたみ特性を有する。
bQ80Rの変異を有する。この変異は，スペクトルを変化させない。
c変異体は，2位に挿入された1個のバリン残基を有する。これはカウントされない。
d変異体はH231L変異を有する。この変異は，スペクトル特性に影響しない。
（以上，５～６頁）
「Fig.3は，LBR-10C及びH2B-ECFPで標識したNRK細胞の低速度撮影の像を示している。最
初の像は，前中期にある細胞を示しており，ヒストン標識が凝縮した染色体を明確に可視化し
ている一方，LBR-10CはER（合議体注：小胞体）全体に拡散している。細胞の有糸分裂が進行
するにつれ，核膜が再構成され，染色体が脱凝縮する。共焦点顕微鏡により，数百の連続的な
二重標識の対を得ることができた。そのような共焦点の一連のものを得るに際し，両方の蛍光
色素分子がUV光を用いることなく，撮像された。有糸分裂（光傷害に対して非常に感受性で
あるプロセス）の完了が見られたように，このような撮像条件は，細胞に害を及ぼさないと思
われた。」（３頁）
「FIGURE３核膜の再構築の二重標識のコマ撮り画像。
緑色蛍光タンパク質の10C変異体に融合された，核膜マーカーであるラミンB受容体（LBR-10C，
左側のカラム），及びECFPに融合されたクロマチンマーカーである，ヒストン2B（H2B-ECFP，
中央のカラム）を同時発現している，生きているNRK細胞のコマ撮り撮影，及びこれらの重ね
合わせ画像（右側のカラム）；各段は，ある時点の同じ細胞を表わす。・・・invivoでのクロ
マチンと核膜との共局在化により，核膜再構築における厳格な細胞周期のイベントのタイミン
グを可能にする。・・・」（１０頁）
（イ）以上のとおり，生きている細胞に，２つの異なる色のGFP融合
タンパク質を用いて二重標識する技術について，先行文献及び最近の進展が網羅
的にまとめられており，具体的には，クロマチンを標的とする赤色蛍光タンパク
質であるH2B-ECFPと，核膜を標的とする緑色蛍光タンパク質であるLBR-10Cを
同時に発現している生きた細胞を用いて，有糸分裂を時系列的に観察したことが
記載されている。
ウ引用例６（甲６）について
（ア）甲６には，以下の記載がある。
「弊社LivingColorsSubcellularLocalizationVectorは細胞内における細胞骨格ネットワ
ークやオルガネラの動態を，固定化や化学染色を用いずに細胞を生かしたまま，リアルタイム
で研究したい場合に最適です。
図１はクロンテックのベクターが標的とする各細胞内要素（アクチン，チューブリン，ミト
コンドリア，核，小胞体，ゴルジ体，細胞膜，そして新たに加わったペルオキシソーム）を示
しています。これらのベクターを利用して，各オルガネラが時間経過や様々な処理に応じてど
のように変化するかを観察でき，また，任意のタンパク質を各構造体へ局在化させることも可
能です。・・・
ミトコンドリアを赤く染める
新発売のpDsRed1-MitoVectorは，DsRedを生きた細胞のミトコンドリアへと運びます。こ
の製品は優れたinvivo透化特性を有する新たな赤色蛍光タンパク質，DsRedを利用した最初
の局在化ベクターであり，正常状態と疾患状態のミトコンドリアの形態的・機能的相違の解析
や，細胞分裂時におけるミトコンドリアの分離の観察といった生細胞中のミトコンドリア動態
の研究に有用です。・・・
多彩な局在化ベクターシリーズ
表１には，細胞内構造を望みの蛍光タンパク質で標識するのを可能にする広範かつ多彩な弊
社細胞内局在ベクター製品群をまとめました。異なる色の標識を持つベクターを複数用いるこ
とで，細胞内構造同士あるいは細胞内構造と蛍光標識タンパク質との相対的な位置関係を観察
できます。・・・
LivingColorsのタンパク質は多重標識への応用時にも極めて有用です（図３）。二重標識
を行なう際には，はっきりとした放射スペクトルを有し，最も鮮やかなタンパク質であるEGFP
とDsReDの組みあわせによる使用をお奨めしています。このペアはタンパク質の重なり部分が
黄色に見えるという利点も有しており，個々の色と重複部分とを明確に区別できます。・・・」
（以上，２４頁）
「
ＡＢ
図３.LivingColorsTM
タンパク質による二重標識と三重標識。ＨｅＬａ細胞をpDsRed1-Mito，
pEYFP-Tub，pECFP-Nucで一過的にトランスフェクトし，図２と同様に固定しました。・・・パ
ネルＡ．pDsRed1—MitoとpECFP-Nuc。パネルＢ．pDsRed1-Mito，pEYFP-TubおよびpECFP-Nuc。」
（２５頁）
（イ）以上によれば，平成１２年４月には，核，細胞膜，アクチン，ミ
トコンドリア，小胞体，ゴルジ体等様々な細胞の部位に，赤，緑，青，黄色等の蛍
光体タンパク質で標識するためのベクターが市販されており（図１），このようなベ
クターを用いれば，細胞内における細胞骨格ネットワークやオルガネラの動態を，
固定化や化学染色を用いずに細胞を生かしたまま，リアルタイムで研究できること
が記載され，また，図３には，ミトコンドリアと核を二重標識した細胞，及びミト
コンドリアと核とチューブリンを三重標識した細胞を固定化した後，重ね合わせ処
理，色彩処理を施した画像が記載されている。
エ以上の各記載に照らせば，核，細胞質，アクチン，ミトコンドリア，小
胞体，ゴルジ体等様々な細胞の部位に着色するためのベクターが市販されており（引
用例６），核とミトコンドリア（引用例１，引用例６），核膜とクロマチン（引用例
２）等の細胞の異なる部位に複数の蛍光タンパク質で色を付ける「多重標識」を行
うことにより，細胞の様々な生理学的事象を生きたまま観察することは周知であっ
たということができる。
したがって，審決の「２色の蛍光タンパク質を，細胞の異なる部位に標的化する
ことで，細胞を固定化させずに，生きたままの細胞の動態を観察するという手法は
周知である」との認定に誤りはない。
オ原告の主張について
（ア）一過性に発現している点について
原告は，引用例１のnuGFP及びmtGFP（Y66H，Y145F）は，一過性に発現され
たものであるし，引用例２で観察している有糸分裂は１時間もあれば終了するため，
一過性に発現できれば十分であり，安定的にGFPを発現したとはどこにも記載はさ
れておらず，引用例６の図２及び図３における標識は，いずれも一過的なものであ
り安定的に発現されるようにはなっていないことから，「生きたままの細胞の動態を
観察する」という細胞のダイナミズムの観察（マルチカラーイメージング）に適す
るものではなく，これらを周知技術とするのは誤りであると主張する。
しかし，上記の周知例は，２色の蛍光タンパク質を，細胞の異なる部位に標的化
することで，細胞を固定化させずに，生きたままの細胞の動態を観察するという手
法が周知であるという周知技術を認定するに必要な限りにおいて摘示されたもので
あるから，本願発明における蛍光タンパク質との相違点（本願発明は，安定的にト
ランスフェクトされている点）をすべて充足する必要がないことは明らかである。
そして，一般に「細胞の動態を観察する」とは，その字義どおり，細胞の動く様や
変化を観察するという非常に広い概念であり，生体外における細胞増殖等を含むも
のであって，一過性に蛍光タンパク質を発現したものすべてが観察対象として不適
当とはいえないから，原告の上記主張は失当である。
（イ）引用例１について
原告は，引用例１では，「UV領域で励起され，それぞれ緑色及び青色の光を発す
る」キメラが使用されているが，「コトランスフェクトしたときに，両方のタンパク
質が発現し，ミトコンドリアの蛍光は，GFPとGFP(Y66H/Y145F)との中間の『アクア
マリン』色を示した（図４（a）」とあり，それぞれが本来有している蛍光色は観察
されないようなキメラが使用されており，このようなキメラでは，二重標識をする
意味がないと主張する。
しかし，引用例１の図３においては，核とミトコンドリアの二つの構造が鮮明に
解像されたことが明確に記載されており，上記周知技術が裏付けられている。原告
が指摘する図４は，「第２の例」に係るものであり，ミトコンドリアに２つの蛍光タ
ンパク質を利用したものであって，図３の例とは異なるから，原告の指摘は，上記
認定を左右するものではない。
また，原告は，nuGFPが核へ移行するためにデキサメサゾン補助を必要とするこ
とや，細胞をカバースリップ上に付着させていることなどを指摘するが，上記の周
知技術の認定には関係がない。
したがって，原告の主張にはいずれも理由がない。
（ウ）引用例２について
原告は，引用例２の図２を見ると，LBR-10C，GT-W7，H2B-ECFPを別々に観察した
像（図２の(a)及び(b)の左側及び中央の写真）では，蛍光の発色は見られず，別々に
撮影した結果を重ね合わせて処理した後に，はじめて赤と緑に標識されたことが分
かるようになっていると主張する。
しかし，一度に励起することにより同時に赤と緑の発色を見ることができないと
しても，「２色の蛍光タンパク質を，細胞の異なる部位に標的化することで，細胞を
固定化させずに，生きたままの細胞の動態を観察するという手法は周知」である点
に変わりがなく，当該周知技術の認定には問題がない。
また，原告は，図３では，それぞれのGFPが発した蛍光を，所定の時間ごとに別々
にコマ撮り撮影しており，「生きたままの細胞の動態」のうち，有糸分裂を十分単位
でコマ撮り撮影はできても，細胞の動きを連続的に捉える「マルチカラーイメージ
ング」ができるとはいえないと主張する。
しかし，本願明細書の実施例４においても「２時間毎に，フラスコを蛍光ステレ
オ顕微鏡下に置き，リアルタイム像を各時点で記録した。」と記載されていることか
らみて，引用例２で有糸分裂を十分単位でコマ撮りすることも，本願明細書でいう
「リアルタイム観察」に包含されると解されるから，細胞の動きを連続的に捕らえ
ていなければ「生きたままの動態の観察」でないということはない。
したがって，原告の主張にはいずれも理由がない。
（エ）引用例６について
原告は，図３は，細胞の固定化処理がなされており，また，重ね合わせ処理及
び彩色処理を施さないと観察できないということは，蛍光強度が低く鮮明な観察
が得られていないことを示すものであるから，引用例６には，「生きたままの細
胞の動態（ダイナミズム）を観察するマルチカラーイメージング」は記載されて
いるとはいえないと主張する。
しかし，同引用例には，「固定化や化学染色を用いずに細胞を生かしたまま，リ
アルタイム研究したい場合に最適です。」と記載され，「細胞生物現象のinvivo解
析を支援する新たなベクター」として紹介されているものであることからすると，
細胞を固定化せず，生かしたまま観察できることが記載されていることは明らかで
ある。確かに，引用例６の図２及び図３には固定化処理した旨の記載があるが，こ
れは，細胞に固定化処理を施すことにより，紙面上において標識化が顕著に現れる
ようにしたにすぎないものと考えられ，図２及び図３の存在から，同引用例を生き
たままの細胞の動態を観察するものではないと認定することはできないから，原告
の主張は採用できない。
（オ）さらに，原告は，本願優先日当時の教科書，参考書等（甲３８の
１～４）に上記周知技術の掲載がなく，周知であったともいえないと主張する。
しかし，上記周知技術の周知性は，引用例１，２及び６によって十分に裏付けら
れているのであり，しかも，引用例６によれば，平成１２年４月には，核，細胞膜，
アクチン，ミトコンドリア，小胞体，ゴルジ体等様々な細胞の部位に，赤，緑，青，
黄色等の蛍光体タンパク質で標識するためのベクターが市販されていることが認め
られているのだから，周知であったことは明らかである。原告の指摘する特定の文
献に記載がないことは，周知性に関する判断を左右するものではなく，原告の主張
は採用できない。
(3)「引用例７，８及び１０に示されるように，局在化の配列を有さない赤色
蛍光タンパク質を発現させることで細胞質を染色することは周知」（a5，a7イ）と
の認定について
ア引用例７（甲７）について
（ア）甲７には，以下の記載がある。
「今回LivingColorsTM
シリーズに加えられた新製品，DsRed2は蛍光タンパク質の有用性をさ
らに拡張するレポーターです。DsRed2はオリジナルの蛍光タンパク質（DsRed1）にいくつかの
点変異を加えて改良した変異体タンパク質です。これらの変異により，タンパク質凝集の傾向
が抑えられ，DsRed2の可溶性が高められていると同時に，トランスフェクションから検出まで
の待ち時間もわずか２４時間に短縮されています。・・・
DsRed2は転写効率の測定や細胞内タンパク質局在の分析，試験対象のタンパク質を特異的に産
生する細胞の分離などに単独で利用できます。また，DsRed2をEGFP・・や他のGFP変異体と組
み合わせることにより，混在する細胞集団のフローサイトメトリー分析・・・や異なるプロモ
ーターからの遺伝子発現の観察などにも使用できます。また，数種の蛍光レポーターを組み合
わせて，単一の細胞内における複数の融合タンパク質の同時局在を観察することも可能です。
・・・図１は細胞質または核を標的としてDsRed１を発現させた場合，細胞で凝集塊が生じる
ことを明瞭に示しています。対照的に，DsRed2を細胞質または核に発現させた細胞では，タン
パク質の凝集はまったく確認されません。・・・
図１DsRed2は検出可能な凝集塊を形成しません。トランスフェクションから72時間後に
NIH3T3細胞におけるDsRed1およびDsRed2発現の顕微鏡写真を撮影しました。核局在試験では
NIH3T3細胞にpDsRed1-NucまたはpDsRed2-Nucをトランスフェクトし，細胞質局在試験では
NH3T3細胞にpDsRed1-N1またはpDsRed2-N1をトランスフェクトしています。DsRed1を発現す
る核および細胞質の画像ではタンパク質の凝集が見られているのに対し，DsRed2発現細胞の画
像ではタンパク質の凝集は見られません。」
（以上，２頁）
（イ）以上によれば，赤色蛍光タンパク質であるDsRed1又はDsRed2を
発現させるベクターにより細胞質を標識すること，及びDsRed2を発現させるベクタ
ーが市販されていることが記載され，数種の蛍光レポーターを組み合わせて，単一
の細胞内における複数の融合タンパク質の同時局在を観察することにも用いること
ができることが記載されている。また，細胞質局在試験において，局在化配列を有
するものでないベクターpDsRed2-N1を使用し，DsRed2により細胞質を含めた細胞全
体が赤色に標識されていることが記載されている。
イ引用例８（甲８）について
（ア）甲８には，以下の記載がある。
「クロンテックは新たにDiscosomaの赤色蛍光タンパク質のバリアントDsRed-Expressを発売
します（ＤｓＲｅｄ；１）。DsRedExpressは９種類のアミノ酸が置換されており，これによ
ってトランスフェクションから赤色蛍光検出までの時間を劇的に短縮し，緑色放射のレベルを
低下させています（２）。・・・
図２pCMV-DsRed-Expressをトランスフェクションして１４時間後のHeLa細胞の顕微鏡写真
HeLa細胞に一時的にpCMV-DsRed-Express（＃6995-1）０．７μｇをトランスフェクションし，
１４時間生育させました。・・・」
（以上，１６頁）
（イ）以上によれば，赤色タンパク質であるDsRed－Expressを発現させ
るベクターが市販されていることが記載され，図２には，DsRed－Expressを発現
させて赤色に標識された細胞の画像が記載されている。
ウ引用例１０（甲１０）について
（ア）甲１０には，以下の記載がある。
「クロンテックの新製品pDsRed1-C1Vectorにより，DsRedのC末端融合タンパクの作製が可
能になりました。・・・
図１．DsRed1の蛍光。HEK293細胞をpDsRed1-C1で一過性にトランスフェクトした。３７℃
で２４時間培養した後に３．７％ホルムアルデヒド（PBS中の溶液）で細胞を固定し，・・・を
用いて蛍光顕微鏡観察を行ったところ，明るい蛍光が認められた。」
（以上，２０頁）
（イ）以上のとおり，赤色蛍光タンパク質であるDsRed１を発現させる
ベクターが市販されていることが記載され，図１には，DsRed1を発現させて赤色に
標識された細胞の画像が記載されている。
エ以上の各文献の記載によれば，引用例７，８及び１０において発現させ
たDsRed1，DsRed2又はDsRed-Expressは，特定のタンパク質と融合させたものでは
ないことから，「局在化の配列を有さない（すなわち標的とするアミノ酸配列を欠く）
赤色蛍光タンパク質」に相当し，また，引用例７の図１のDsRed1又はDsRed2を発
現させた画像，及び引用例８の図２のDsRed-Expressを発現させた画像は，いずれ
も細胞質を含んだ細胞全体を赤色に標識されていると認められ，引用例１０は引用
例７と同じDsRed1を発現させていること，しかも，引用例７のDsRed2及び引用例
１０のDsRed1をそれぞれ発現させるベクターは市販されていることが認められる
から，「局在化の配列を有さない赤色蛍光タンパク質を発現させることで細胞全体を
標識すること」は，当業者の周知技術であったということができる。
したがって，この点に係る審決の認定に誤りはない。
オ原告の主張について
原告は，引用例７及び８に記載の赤色蛍光タンパク質は，本願発明の第２蛍光タ
ンパク質のように細胞質のみに色を付けるものではないから，審決の上記周知技術
の認定は誤りであると主張する。
しかし，本願発明において，第２蛍光タンパク質は，「標的とするアミノ酸配列を
欠く」ものであるが，細胞質のみに色を付ける，すなわち，細胞核や他のオルガネ
ラには色を付けないことを特定しているわけではない。また，審決で認定した周知
技術は，細胞質のみを染めると限定しているものでもなく，「局在化の配列を有さな
い赤色蛍光タンパク質を発現させることで細胞質を染色する」手法であるから，原
告の上記主張は採用できない。
また，原告は，引用例１０の図１は色が付いている部分が細胞のどの部分である
のか記載されていないから，引用例１０には細胞質を染めることは記載されていな
いと主張する。
しかし，引用例１０に記載のDsRed1は，引用例７のDsRed1と同じ局在化のため
の配列を有しない赤色蛍光タンパク質であるところ，標的とするアミノ酸配列を欠
くものである結果，特定のオルガネラを標識するのではなく，細胞全体を標識化し
ていることが明らかであるから，上記主張は採用できない。
さらに，原告は，引用例７，８及び１０は，蛍光タンパク質を一過的に発現させ
たものであり，審決の上記周知技術の認定は，本願発明の「安定的にトランスフェ
クトされた」の文言を無視していると主張する。
しかし，前記(2)オ（ア）において述べたとおり，引用例７，８及び１０は，上記
の周知技術を認定するのに必要な限りで摘示されているものであり，本願発明との
間に含まれる相違点をすべて包含しなければならないものではない。審決の周知技
術の認定において蛍光タンパク質を安定的にトランスフェクトしたか否かを認定し
ていないことは，当該認定自体が誤りであることの根拠となるものではなく，原告
の主張は採用できない。
(4)小括
以上によれば，審決において認定した周知の課題及び周知技術には，いずれも誤
りはない。
３容易想到性判断について
(1)引用発明について
ア引用例５（甲５）には，以下の記載がある。
「ヒストン-GFP融合タンパク質は，生きている哺乳細胞中における染色体のダイナミクスの感
度のよい分析を可能にする」
「背景：癌細胞における癌遺伝子の増幅は，しばしば，対になった無動原体染色体（二重微小
染色体（DMs）と呼ばれる）によってメディエートされる。DMsは，細胞周期におけるＤＮＡ合
成期の間の自律的複製と，有糸分裂の間の娘細胞への不均等な分配とのために，高コピー数に
なることがある。ＤＭ分離を制御する機構を調査することは難しいが，生細胞中でのDMsの直
接可視化は，それらが正常な染色体よりも非常に小さいためにできなかった。我々は，生細胞
中における染色体のダイナミクスを観察するための高感度の方法を開発することによって，DMs
を可視化した。
結果：ヒトヒストンH2B遺伝子をオワンクラゲ（Aequoreavictoria）の緑色蛍光タンパク質（GFP)
をコードする遺伝子と融合させ，ヒトHeLa細胞中にトランスフェクトして構造的にH2B-GFPを
発現する安定な株を作製した。H2B-GFP融合タンパク質は，細胞周期の進行に影響を与えるこ
となく，ヌクレオソーム中に取り込まれた。共焦点顕微鏡の使用により，H2B-GFPが，分裂期
染色体及び間期染色体の両方の高解像度画像化が可能となり，間期クロマチンの高解像度像は，
生細胞中における様々なクロマチンの凝集状態を明らかにした。H2B-GFPを使用することによ
って，我々は，生癌細胞中におけるDMsを直接観察；DMsがしばしば後期にクラスターを形成
すること，及び分離された娘細胞の間に染色体の「橋」を形成することを観察した。細胞分裂
は，DMsを娘細胞中へ不均等に分配しながら，DM橋を切断した。
結論：H2B-GFP系は，核及び染色体の構造を含むことなく，DMsを含めた染色体の高解像度の画
像化を可能にし，有糸分裂中の細胞におけるDMsの独特のクラスタリング挙動（娘細胞中への
非対称な分布への関与）を明らかにした。」
（以上，１頁）
「結果
HeLa細胞中でのH2B-GFPの安定な発現
ヒトのH2BをコードしているcDNAは，そのカルボキシ末端にコドン最適化された，増強され
たGFPをコードするDNAをタグ付けし[18]（図１），キメラ遺伝子を哺乳類の発現ベクター中に
サブクローニングした。構築物は一過性の形質転換によってヒトのHeLa細胞株へ導入した。蛍
光顕微鏡の観察により，H2B-GFPタンパク質は間期の核と有糸分裂染色体（データ非掲載）と
に局在していることが示された。細胞周期の進行における構成的なH2B-GFP発現の効果を分析
するために，我々は，HeLa細胞に形質導入を行い，薬剤（ブラスチシジン）選択の下でそれら
を培養し，H2B-GFP導入遺伝子を安定して発現するクローンを得た。ブラスチシジン耐性コロ
ニーの約10％がGFP陽性コロニーとなっていたが，他のコロニー（～約90％）は，理由は不明
であるが，GFP陰性であった。我々は，H2B-GFPを発現するいくつかの安定な細胞株を得た。
H2B-GFPを均一かつ高レベルに発現する細胞株を，さらなる分析によって選択した（図２）。こ
の細胞株におけるH2B-GFPの発現レベルは，継続的なブラスチシジン選択を行わなくとも，3
か月以上安定であった。選択なしで組み込まれたH2B-GFP遺伝子の高度な安定は，構成的な
H2B-GFPの発現によって染色体の安定が損なわれていないことを強く示唆していた。この細胞
株の分裂指数と増殖速度は親のHeLa細胞のそれらと似ていた（データ非掲載）。我々はまた，
アミノ末端でGFPと融合したH2Bの融合タンパク質を安定して発現する細胞株を使用し，本質
的に同じ結果を得た（データ非掲載）。」（２～３頁）
「H2B-GFPは生きた細胞の染色体を彩る
H2B-GFP発現細胞を，共焦点顕微鏡で観察し，間期及び有糸分裂におけるクロマチンの染色
パターンを決定した。図５に示されるように，H2B-GFPにより，細胞周期の全てのフェーズに
おいて，クロマチンの高感度検出が可能となった。細胞内構造の人工的な破壊を引き起こしか
ねない細胞の固定及び膜透過処理は，そのような像を得るためには不要であった。細胞質にお
いて蛍光が全く観察されなかったように，H2B-GFPは，核クロマチンに対して非常に特異的で
あった。
さらに，H2B-GFPは，驚くべきレベルの感度を提供した。例えば，セントロメアのくびれ
（constriction）を有するラギング娘クロマチドの対と思われるクロマチン構造が，容易に観
察された（図５e）。H2B-GFPで可視化された間期の核における小さな核内クロマチン構造は，4’，
6'－ジアミノ－2－フェニルインドール（DAPI）染色によって得られた固定された核について，
以前に報告された・・・。H2B-GFP発現細胞の染色体スプレッドもまた，GFPの蛍光パターンが
DAPIを用いて得られたパターンと同一であることを示した（図５i，j）。
我々は，H2B-GFPで濃く染色された核周辺領域が，間期の核内での染色体中心と似ているこ
とも観察した(図５ａ)。すでに報告された染色体中心の特徴は，それらがヘテロクロマチン様
であり，しばしばセントロメアを含むということである［21，22］。セントロメア抗体とH2B-GFP
とによる二重染色により，濃くH2B-GFPで染色されたある領域は多数のセントロメアを含むこ
とが示された（図６）。この結果から，H2B-GFP染色及びDAPI染色の一致と関連して（図5ｉ，
ｊ），我々は，H2B-GFP染色が核内の異なる領域中のDNAの詰め込みの密度を反映しているとい
う結論に達した。こうして，固定された細胞中でしか以前は試験されなかった染色体のドメイ
ンが，生きている細胞中で，H2B-GFPを用いてモニターされた。
我々は，生細胞におけるDMsの分析に，我々の高感度H2B-GFPクロマチン標識技術を応用し
た。・・・我々は，共焦点顕微鏡を使用して，H2B-GFPを発現しているCOLO320DM生細胞のシリ
アルセクショニング像（試料の断片と顕微鏡観察を繰り返して，得られた画像から構築された
三次元画像）を撮像した。我々は，小さな蛍光の点がしばしば有糸分裂細胞中で観察されるこ
とに気付いた（図７a，b）。・・・
これらの点様クロマチンがDMsであることを確認するために，有糸分裂期のCOLO320DM細胞
をコルセミド処理なしで固定し，DM分布をc-mycコスミドプローブを用いた蛍光insituハ
イブリダイゼーション（FISH）で分析した。コルセミド処理した細胞の染色体では，DMsは通
常分散されていた（図７ｃ）が，未処理の有糸分裂期の細胞中ではDMsはクラスターを形成し
ていることが観察された（図７d，e）。・・・これらの結果は，上記の生細胞中で観察された点
様クロマチンがDMsであることを強く示唆した。我々は，観察された有糸分裂細胞の多くが，
細胞によって個数にばらつきがあるものの，DMsのクラスターを含んでいることを見出した。
約３０％の後期の細胞が，DMsを含む架橋形成を示した。このため，我々は，DMsのクラスター
形成と，分裂中の娘細胞中でのそれらのアンバランスな分配は，この細胞系では非常に普通に
起こるイベントであると結論付けた。」（４～５頁）
「議論
我々は，生きている細胞中において蛍光標識した染色体に対する新規な戦略を記載し，この
戦略をうまく応用して生きている細胞中におけるDMsを観察した。・・・
本稿に記載した戦略は，他のクロマチン標識法を超える有意な利点を提供する。生きている
細胞中における哺乳の染色体の蛍光標識はヘキスト33342で示された・・・Hoechst33342は，
ほぼ３５０ｎｍ付近で最大に励起され，高い紫外線（ＵＶ）照射強度によって細胞が傷害され，
細胞周期が遅れるか止まるため，ＵＶ励起のレベルを注意深く制御しなければならない。加え
て，ヘキスト33342は，細胞周期の進行に影響を与え，Ｇ２期で細胞を停止させる〔29〕。・・・
この方法と対照的に，この研究で用いられた増強されたGFP［18］は，青色光（490nm）で励起
され，ヘキストで要求されるUV光励起よりもダメージが少ない。さらに,統合された導入遺伝
子からのH2B-GFPの構成的な発現は，細胞周期の進行を乱すことなく，長時間の分析を可能に
した（図４）。・・・
この報告で記載したH2B－GFPの戦略には，染色体のダイナミクスを研究するための広範な応
用がある。例えば，トランスフェクションマーカーとして使用し，蛍光顕微鏡を使用して有糸
分裂細胞の同定を可能にした。・・・本方法は，生きている細胞中におけるクロマチンの断片化
及び過剰凝集の可視化を可能にすることによる，アポトーシスのリアルタイム分析，及び腫瘍
の進行中の染色体の安定性に対する癌遺伝子の効果の研究に，特に有用であるかもしれない
［31］。」（５～６頁）
「結論
我々は，ヒストンH2BとGFPとの融合タンパク質を用いる，生きている細胞中におけるクロ
マチンの標識のための新規な系を確立した。このH2B-GFP系は，DMsを含む染色体を，細胞周
期の制御又は細胞内の構造を乱すことなく高い解像度で撮像することを可能にする。この系の
応用は，生きている有糸分裂細胞中におけるDMsの特徴的なクラスター形成の挙動を明らかに
した。我々は，DMのクラスター形成が娘細胞中へのそれらの非対照な分配に至る重要なファク
ターであるということを提案する。」（７頁）
「
図1H2B–GFPキメラタンパク質。H2Bタンパク質のC末端にGFPでタグ付けした；各領域の
長さ，及びH2BとGFPとの間のジャンクションの長さは，アミノ酸（a.a）長で示す。融合タ
ンパク質のアミノ末端(N)及びカルボキシ末端(C)を示す。
図2H2B–GFPを発現している細胞。構成的にH2B–GFPを発現している，生きているHeLa細胞
の共焦点顕微鏡画像；GFPの蛍光(緑色)を，微分干渉顕微鏡像に重ねた。この図は，H2B-GFPが
細胞周期の全てのフェーズで非常に効率よく検出されたこと，及びH2B-GFPが1つの核を含ん
でいたことを示す。スケールバーは25μm。」（９頁）
「
図5H2B-GFPタンパク質の局在化。(a-h)さまざまな細胞周期の段階においてH2B-GFPを発現
している，生きているHeLa細胞の共焦点顕微鏡像。(a，c，e，g)GFPの蛍光と，(b，d，g，h)
対応する微分干渉コントラスト像は，(a，b)間期と，(c，d)前期と，(e，f)中期と，(g，h)後
期の細胞を示している。H2B-GFPの核周辺領域の濃く着色された領域を，(a)において矢印の頭
で示す。セントロメアの狭窄を有するラギング姉妹染色体を，(e)の矢印で示す。スケールバー
は10μmである。H2B-GFPを発現しているHeLa細胞の(i)GFPの局在，(j)固定された染色体の
広がりのDAPI染色。
図6H2B-GFPで濃く着色された核周辺領域には，多数のセントロメア（動原体）がある。H2B-GFP
を発現しているHeLa細胞中におけるセントロメアの立体画像。セントロメアは，ヒト抗セント
ロメア抗血清を用いた免疫染色によって検出された。セントロメアの局在(赤)及びH2B–GFP(緑)
を示す。核周辺領域のヘテロクロマチンドメインを，矢印の頭で示す。スケールバーは10μm。
図7後期細胞中のDMsクラスター。
(a，b)H2B–GFPを発現している，生きているCOLO320DM細胞の立体画像。クラスター化した点
様のクロマチン本体(矢印の頭で示す)と分離している娘染色体を，GFPの蛍光（緑色）で可
視化した。スケールバーは5μm。
(c)DMsを，ビオチン化c-mycコスミドプローブ及びフルオレセイン－イソチオシアネート－
アビジンを用いたinsituハイブリダイゼーション(FISH)で，蛍光によって，コルセミド処理
したCOLO320DM細胞の間期スプレッド（metaphasespread，訳者注：間期細胞分裂で，染色体
が赤道板状に並んだ時期間期の拡散）で検出した。染色体を，PIで対比染色した。
(d，e)同調せずに生長しているCOLO320DMを，コルセミド処理（訳者注：コルセミドによって
細胞周期をM期で停止させ，M期の細胞数を増加させる処理。処理時間が長いと染色体が縮ん
で解析ができなくなる。）せずに，チャンバースライドグラス上に直接固定し，c-mycコスミド
プローブでFISH分析した。クラスター化したDMs(矢印の頭)及び分離している娘染色体(PI染
色；赤色)を示す。蛍光画像は，落射蛍光顕微鏡で撮像した。」（１２～１３頁）
イ以上によれば，引用例５には，引用発明に関して，以下のように記載さ
れている。
従来，無動原体染色体（二重微小染色体（DMs））のような非常に小さいものにつ
いて，生細胞内で直接可視化することはできなかったことから，生細胞中における
染色体のダイナミクスを観察するために高感度の方法を開発することが望まれてい
た。そこで，引用発明は，生きている細胞中において染色体を蛍光タンパク質で標
識する新規な手段として，ヒストンH2Bとオワンクラゲの緑色蛍光タンパク質（GFP）
との融合タンパク質（H2B-GFP）を安定して発現するHeLa細胞株を樹立した。これ
により，引用発明においては，当該HeLa細胞株を用いて，DMsを含む染色体を細胞
周期の制御又は細胞内の構造を乱すことなく高い解像度で撮像することができ，生
細胞中における様々なクロマチンの凝縮状態を明らかにするという効果を奏する。
当該HeLa細胞株は，染色体のダイナミクスを研究するために，アポトーシスのリア
ルタイム分析など広範に応用することができる。
(2)引用発明からの容易想到性について
原告は，引用例５においては，細胞全体の形状を観察することは想定されておら
ず，細胞全体の形状を更に観察しやすくするという必要性がないから，細胞全体の
形状を更に観察する目的で，細胞質を何らかの手段で可視化しようとする動機付け
がない旨主張する。
しかし，引用例５には，上記のとおり，生きている細胞中において染色体を蛍光
標識する新規な手段である，H2B-GFPを安定的に産生するHeLa細胞株を樹立したと
の発明が開示されている。そして，当該生細胞を用いて，図７等において主にDMs
を観察することが記載されているが，他にも，図５において有糸分裂の細胞周期に
おける染色体全体の様子を観察することや，アポトーシスのリアルタイム分析等の
「染色体のダイナミクスを研究するための広範な応用」ができることも記載されて
いる。この引用例５において，蛍光タンパク質による識別化がなされたのは，クロ
マチンのみであるが，図５には，GFPの蛍光(a，c，e，g)にそれぞれ対応する微分
干渉コントラスト像(b，d，g，h)が示されているほか，図６には，セントロメアが
ヒト抗セントロメア抗血清を用いた免疫染色によって赤色に着色された様子が示さ
れているように，当業者が，染色体のダイナミクスを観察するに際して，染色体の
みを着色して観察するだけではなく，その一部分を別の色で着色したり，別の方法
で撮像したりするなど，様々な方法を用いて，その動態を把握したいと考えるのは
極めて自然に想起されることである。
そして，前記２(2)のとおり，蛍光タンパク質を用いて細胞を観察するに当たり，
本件優先日当時，核，細胞質，アクチン，ミトコンドリア，小胞体，ゴルジ体等の
様々な細胞の部位に色つけるためのベクターが市販されており（引用例６），核とミ
トコンドリア（引用例１，引用例６），核膜とクロマチン（引用例２）等の細胞の異
なる部位に複数の蛍光タンパク質で色を付ける「多重標識」を行うことにより，細
胞の様々な生理学的事象を生きたまま観察することは周知であった。
そうすると，引用例５の記載に接した当業者であれば，H2B-GFPを安定的に産生
する生細胞を用いて，染色体の様々なダイナミクスを観察する際に「多重標識」を
行う，すなわち，染色体を標識する緑色のH2B-GFPに加えて，他の色の蛍光タンパ
ク質を細胞の適当な部位に発現させることは，容易に試みることであるといえる。
一方，前記２(1)のとおり，細胞核と細胞質を異なる色として様々な目的で細胞を
観察することは一般的であり，また，前記２(3)のとおり，細胞質に色を付けるため
の手段として，標的化アミノ酸配列を有さない赤色蛍光タンパク質であるDsRed変
異体を発現させるためのベクターが市販され（引用例７，８及び１０），細胞質を含
めて細胞全体を赤色蛍光タンパク質で標識することは周知となっており，特に引用
例７には多重標識への応用も記載されている。
そうすると，引用発明の生細胞を「多重標識」するに当たり，細胞核を標的とす
る緑色蛍光タンパク質であるH2B-GFPに加えて，かかる周知の標的化配列を有しな
い赤色蛍光タンパク質DsRed変異体を発現させることにより，細胞質と細胞核を異
なる色で多重標識することは，当業者が容易に想到することができたものといえる。
そして，実験プロトコールを開示する乙１１によれば，蛍光タンパク質を安定的
に発現させるか否かは，その使用目的との関係で，適宜選択できるものであるとこ
ろ，引用発明の生細胞においてはH2B-GFPを安定的に発現させるようにしており，
生細胞における染色体の様々なダイナミズムを核と同時に観察しようとすれば，赤
色蛍光タンパク質についても安定的に発現させることは，当業者が当然に行う技術
的事項にすぎない。そして，本願明細書に「蛍光タンパク質を産生する形質転換細
胞を得るための方法は，現在当技術分野で周知である。」（【００２５】）と記載され
ていることや，引用例７のDsRed変異体のトランスフェクト方法から，安定的に発
現している生細胞を得ていることが窺われることに照らすと，DsRed変異体を，
H2B-GFPと同様に安定的に発現させた生細胞とすることには，格別の困難性はない
といえる。
以上によれば，本願発明は，引用発明及び上記の周知技術に基づいて，相違点に
係る構成を容易に発明することができたものである。
そして，本願発明の効果は，引用発明に相違点に係る構成を組み合わせることに
より当然に予測可能なものにすぎず，当業者が予測できない格別の効果が導かれる
ものではない。
(3)原告の主張について
ア原告は，染色体をGFPで緑色に蛍光標識し，細胞質を赤色で蛍光標識す
ると，染色体の背景が黒ではなく赤色となり，小さなDMsの観察が非常に難しくな
るから，細胞質を蛍光標識することはDMsを観察する上での阻害要因となる旨主張
する。
しかし，上記に認定したとおり，引用発明は，DMsのみを観察するものではなく，
アポトーシスのリアルタイム分析等の染色体の様々なダイナミクスの観察に応用で
きるものであるから，DMsの観察に支障が生じることが直ちに阻害要因となるとは
いえない。また，蛍光観察は，励起波長等の調整により，観察したい分子のみを選
択的に見ることができるものであり，バックグラウンドを黒にすることも可能であ
るから（乙１３参照），DMsのみを観察することも容易であり，常に阻害要因が生じ
るとはいえない。
したがって，原告の主張は採用できない。
イ原告は，引用例５において，核孔を通過できる引用例７と引用例８に記
載の蛍光タンパク質を用いると，核内の第１の蛍光タンパク質の蛍光強度が十分で
ない限り，第１蛍光タンパク質で標識された核を観察することはできないから，細
胞核を第１の蛍光タンパク質で標識し，細胞質のみを第２の蛍光タンパク質で標識
するという本願発明は，容易になし得るものではない旨を主張する。
しかし，そもそも「細胞質のみを第２の蛍光タンパク質で標識する」ことは本願
発明の発明特定事項ではない。本願発明の第２の蛍光タンパク質と引用例７，８及
び１０に記載のDsRed変異体は，ともに「標的とするアミノ酸配列を欠く」点で同
じであり，本願発明の第２の蛍光タンパク質は，核孔を通過しないとは特定されて
いないため，細胞核に第１と第２の蛍光タンパク質が共存する場合も含まれる。
よって，上記原告の主張は，本願発明の発明特定事項に基づかない主張であり，
その根拠を欠く。
ウ原告は，本願明細書には，本願発明の生細胞を用いると，「様々な薬剤が
細胞周期に及ぼす効果を観察でき，そこから得られる情報が細胞核と細胞質を別々
に標識することによって増大する」，「生存および様々な細胞周期のステージを経て
いる間の細胞を観察できる」，「アポトーシスでのリアルタイムでの視覚化ができる」
という優れた効果を奏し，甲４８～５０に示されているように，細胞質のみならず
細胞核までもが，組織の中や血管内でドラスティックに変形していることが分かる
のであり，蛍光色素で染色した細胞等ではこのような状態を見ることは決してでき
ないなどと主張する。
しかし，上記主張は，いずれも，「異なる波長で可視光を放出する」，「細胞核を標
的とする第１蛍光タンパク質と標的とするアミノ酸配列を欠く第２蛍光タンパク質
を産生するように安定的にトランスフェクト」したことに付随するものであり，こ
の効果は，引用発明に相違点に係る構成を組み合わせることにより，当業者が予測
可能なものにすぎない。この点，原告は，「細胞の増殖のモニタリング」と「細胞の
生涯のモニタリング」とは異なると主張するが，ある細胞が数回の細胞分裂を繰り
返し，最終的にはアポトーシスを起こして死滅するまでの過程を観察するという「細
胞の生涯のモニタリング」が可能となるのは，一過性ではなく，安定的にトランス
フェクトしたことによるものであるから，やはり，上記の組合せから予測可能であ
って，顕著な効果と見ることはできない。
さらに，生体内（マウス等の生存動物中の細胞）においても，細胞周期位置の特
定やアポトーシス過程などを含む細胞核－細胞質ダイナミクスのリアルタイム観察
を行うことができるとの点については，同時観察が可能かどうかは，当該蛍光タン
パク質の観察に必要となる励起光の波長やフィルターによって異なるものと解され
るところ，本願明細書中の請求項５である本願発明は，蛍光タンパク質の種類を何
ら特定するものではないから，上記の点が本願発明の顕著な効果であるということ
はできない。
その他，原告は縷々主張するが，上記の主張を含めて取消事由を理由付けるもの
ではないか，又は上記認定に反するものであるから，いずれも採用することができ
ない。
第６結論
以上によれば，原告主張の取消事由には理由がないから，原告の請求を棄却する
こととして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官
清水節
裁判官
中村恭
裁判官
中武由紀

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