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平成２６年３月１８日判決言渡
平成２３年（行ウ）第６９８号法人税更正処分等取消請求事件
平成２４年（行ウ）第４３８号法人税更正処分等取消請求事件
平成２５年（行ウ）第３１１号法人税更正処分等取消請求事件
主文
１原告の請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
１平成２３年（行ウ）第６９８号事件
(1)四谷税務署長が原告に対して平成２３年３月１５日付けでした原告の平
成２１年２月２日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税の更
正処分のうち，所得金額マイナス９６５７万８９８７円を超える部分，差引
納付すべき法人税額マイナス３万８８５０円を超える部分及び翌期へ繰り
越す欠損金９６５７万８９８７円を下回る部分並びに過少申告加算税賦課
決定処分をいずれも取り消す。
(2)四谷税務署長が原告に対して平成２３年３月１５日付けでした原告の平
成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度の法人税の更
正処分のうち，所得金額マイナス４億７３０４万７６４９円を超える部分，
差引納付すべき法人税額マイナス４１万１６８２円を超える部分及び翌期
へ繰り越す欠損金５億６９６２万６６３６円を下回る部分並びに過少申告
加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
２平成２４年（行ウ）第４３８号事件
四谷税務署長が原告に対して平成２４年１月２７日付けでした原告の平成２
２年４月１日から平成２３年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分
のうち，所得金額マイナス８億０２６２万０２１９円を超える部分，差引納付
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すべき法人税額マイナス６４万９９６３円を超える部分及び翌期へ繰り越す
欠損金１３億７２２４万６８５５円を下回る部分並びに過少申告加算税賦課
決定処分をいずれも取り消す。
３平成２５年（行ウ）第３１１号事件
四谷税務署長が原告に対して平成２４年１２月２１日付けでした原告の平成
２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処
分のうち，所得金額マイナス６億８７０３万４７０６円を超える部分，差引納
付すべき法人税額マイナス３５万７１１０円を超える部分及び翌期へ繰り越
す欠損金２０億５９２８万１５６１円を下回る部分並びに過少申告加算税賦
課決定処分をいずれも取り消す。
第２事案の概要
１原告は，平成２１年２月２日，Ｐ１株式会社（以下「Ｐ１」という。）の完
全子会社であったＰ２株式会社（同日までの商号は「Ｐ３株式会社」。以下，
商号変更の前後を通じて「Ｐ２」という。）から分社型分割である新設分割（以
下「本件分割」という。）により設立された。その後，Ｐ２は，同月１９日，
Ｐ４株式会社（以下「Ｐ４」という。）に対し，原告の発行済株式全部の譲渡
（以下「本件譲渡１」という。）を行い，Ｐ１は，同月２３日，Ｐ４に対し，
Ｐ２の発行済株式全部の譲渡（以下「本件譲渡２」という。）を行い，Ｐ４は，
同年３月３０日，同社を合併法人，Ｐ２を被合併法人とする吸収合併（以下「本
件合併」という。）を行った。そして，原告は，本件分割が非適格分割に該当
し，資産調整勘定の金額が生じたとして，法人税法（平成２２年法律第６号に
よる改正前のもの。以下「法」という。）６２条の８第１項，４項及び５項に
基づき，原告の①平成２１年２月２日から同年３月３１日までの事業年度，②
同年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度，③同年４月１日から
平成２３年３月３１日までの事業年度に係る各法人税の確定申告に当たり，資
産調整勘定の金額からそれぞれ所定の金額を減額し，損金の額に算入した。
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これに対し，処分行政庁は，本件分割の時点で本件譲渡１が見込まれていた
ものとして本件分割を非適格分割とした上で，本件分割により原告が資産及び
負債等の移転を受け，これにより資産調整勘定の金額を生じさせたことは，法
人税法施行令（平成２２年政令第５１号による改正前のもの。以下「施行令」
という。）４条の２第６項１号に規定する要件を形式的に満たさないこととす
ることにより本件分割を非適格分割とした上で，原告に資産調整勘定の金額を
生じさせてこれを減額して損金の額に算入することを目的とした異常ないし
変則的なものであり，これを容認した場合には，法人税の負担を不当に減少さ
せる結果となると認められるとして，法１３２条の２の規定に基づき，上記の
行為及び計算を否認する旨の各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）
及び各過少申告加算税賦課決定処分（以下，「本件各賦課決定処分」といい，
本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）をした。
本件は，原告が，本件更正処分等は同条の要件が満たされていなかったにも
かかわらずされた違法なものであると主張して，本件各更正処分の一部及び本
件各賦課決定処分の取消しを求める事案である。
２関係法令の定め
別紙２のとおり。なお，その要旨は，以下のとおりである。
(1)適格分割及び非適格分割
ア法２条１２号の１１は，適格分割について，同号イからハまでのいずれ
かに該当する分割をいう旨規定し，同号イは，その分割に係る分割法人と
分割承継法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式等
の全部を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める関係がある
場合の当該分割を掲げている。（なお，同号イからハまでのいずれの要件
も満たさず，適格分割に該当しない分割を，以下「非適格分割」という。）
イ法２条１２号の１１イの規定を受けて，施行令４条の２第６項は，法２
条１２号の１１イに規定する政令で定める関係は，同項１号又は２号に掲
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げるいずれかの関係とする旨規定し，①同項１号は，当該分割が単独新設
分割である場合にあっては，当該分割後に当該分割法人と分割承継法人と
の間に「当事者間の完全支配関係」が継続すること（分割後に当該分割法
人を被合併法人とする適格合併が予定されている場合は，上記に加えて，
合併後，合併法人と分割承継法人との間に上記の関係が継続すること）が
見込まれている場合における当該分割法人と分割承継法人との間の関係
を掲げ，②同項２号は，当該分割が単独新設分割である場合にあっては，
当該分割後に当該分割法人と分割承継法人との間に「同一者による完全支
配関係」が継続することが見込まれている場合における当該分割法人と分
割承継法人との間の関係を掲げている。
(2)非適格分割により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等
ア資産調整勘定
法６２条の８第１項は，内国法人が非適格分割により当該非適格分割に
係る分割法人から資産又は負債の移転を受けた場合において，当該内国法
人が当該非適格分割により交付した金銭の額及び金銭以外の資産の価額
の合計額が当該移転を受けた資産及び負債の時価純資産価額を超えると
きは，その超える部分の金額のうち政令で定める部分の金額は，資産調整
勘定の金額とする旨規定する。
イ資産調整勘定の取崩し
法６２条の８第４項は，同条１項の資産調整勘定の金額を有する内国法
人は，各資産調整勘定の金額に係る当初計上額を６０で除して計算した金
額に当該事業年度の月数を乗じて計算した金額に相当する金額を，当該事
業年度において減額しなければならない旨規定する。
ウ資産調整勘定の金額の損金算入
法６２条の８第５項は，同条４項の規定により減額すべきこととなった
資産調整勘定の金額に相当する金額は，その減額すべきこととなった日の
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属する事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入する旨規定する。
(3)組織再編成に係る行為又は計算の否認
法１３２条の２は，税務署長は，合併等に係る①合併等をした一方の法人
又は他方の法人（同条１号），②合併等により交付された株式を発行した法
人(同条２号)，③上記①及び②に掲げる法人の株主等である法人(同条３号)
の法人税につき更正又は決定をする場合において，その法人の行為又は計算
で，これを容認した場合には，合併等により移転する資産及び負債の譲渡に
係る利益の額の減少又は損失の額の増加，法人税の額から控除する金額の増
加，上記①又は②に掲げる法人の株式(出資を含む。)の譲渡に係る利益の額
の減少又は損失の額の増加，みなし配当金額の減少その他の事由により法人
税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは，そ
の行為又は計算にかかわらず，税務署長の認めるところにより，その法人に
係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することが
できる旨規定する。
３前提事実（当事者間に争いがないか，文中記載の証拠及び弁論の全趣旨により
容易に認定することができる事実）
(1)当事者等
ア原告
原告は，平成２１年２月２日，Ｐ１の完全子会社であったＰ２から本件
分割により設立された。原告は，Ｐ２の完全子会社であったが，Ｐ２が，
Ｐ４に対し，同月２０日，保有していた原告の発行済株式全部を譲渡し（本
件譲渡１），Ｐ４の完全子会社となった。当時，原告は，情報通信事業用
施設の保守，管理及び運営に関するサービス提供等を目的とする株式会社
であった。（甲３６，甲Ａ２）
イＰ２
Ｐ２は，昭和６１年に設立され，情報通信事業用施設の保守，管理及び
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運営等を目的とする株式会社であった（甲Ａ３）。
Ｐ２は，Ｐ１の完全子会社であったが，Ｐ１が，Ｐ４に対し，平成２１
年２月２４日，保有していたＰ２の発行済株式全部を譲渡し（本件譲渡
２），Ｐ４の完全子会社となり，同年３月３０日，Ｐ２を被合併法人，Ｐ
４を合併法人とする合併（本件合併）により解散した（甲３７，３８，甲
Ａ３）。
ウＰ４
Ｐ４は，平成８年に設立され，情報処理サービス業及び情報提供サービ
ス業等を目的とする株式会社であり，「Ｐ５」ブランドで行う個人向け及
び小規模事業者向けのインターネットサービス事業を主力としている（甲
Ａ４，弁論の全趣旨）。
Ｐ４の議決権の所有割合は，Ｐ１が約４２．１パーセント，米国のＰ６
Ｉｎｃ．（以下「Ｐ６」という。）が約３４．９パーセント，多数の少数
株主を含むその他の株主が約２３．０パーセントであった（甲５）。
本件分割当時，Ｐ７（以下「Ｐ７氏」という。）がＰ４の代表取締役社
長を，Ｐ８（以下「Ｐ８氏」という。）がＰ４の取締役会長を，それぞれ
務めていた（甲Ａ４）。
エＰ１
Ｐ１は，昭和５６年に設立され，コンピュータ，その周辺機器・関連機
器及びそのソフトウェアの開発，設計，製造，販売並びに輸出入業務等を
営む会社及びこれに相当する業務を行う外国会社の株式又は持分を取
得・所有することにより，当該会社の事業活動を支配・管理することを目
的とする株式会社である。Ｐ１は，ブロードバンド・インフラ事業を営む
会社，移動体通信事業を営む会社，固定通信事業を営む会社など，多くの
グループ子会社を傘下に抱えている。
本件分割当時，Ｐ８氏がＰ１の代表取締役社長を，Ｐ７氏はＰ１の取締
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役を，それぞれ務めていた。（甲Ａ６，弁論の全趣旨）
(2)本件分割及び本件合併に至る経緯
ア本件提案
Ｐ１の代表取締役社長であり，かつ，Ｐ４の取締役会長でもあるＰ８氏
は，Ｐ７氏らＰ４の常勤取締役に対し，平成２０年１０月２７日，Ｐ２の
株式の譲渡等を提案した。その後，Ｐ１は，Ｐ４に対し，同年１１月２１
日，上記の提案を改めて書面により行い，①Ｐ２から新会社（原告）を新
設分割すること（本件分割に相当するもの），②Ｐ２がＰ４に対して新会
社（原告）の株式を譲渡すること（本件譲渡１に相当するもの），③Ｐ１
がＰ４に対してＰ２の株式を７００億円で譲渡すること（本件譲渡２に相
当するもの），④Ｐ４がＰ２を合併すること（本件合併に相当するもの）
などの組織再編成に係る手順を示した（以下，上記の提案を「本件提案」
という。）。（甲１４，１５，７７，７９，８０，乙７）
本件提案における組織再編成の手順は４段階で構成されており，その概
要は以下のとおりである（甲１５）。
(ｱ)ステップ①（本件分割に相当するもの）
Ｐ２は，新設分割により，簿価３４億円の新会社（原告）を設立する。
(ｲ)ステップ②（本件譲渡１に相当するもの）
ａＰ２は，Ｐ４に対し，新会社（原告）の発行済株式全部を１７４億
円で譲渡する。
ｂＰ２は，新会社（原告）の株式譲渡益１４０億円(譲渡価額１７４億
円と簿価３４億円との差額)を，Ｐ２の未処理欠損金額１６５億円（平
成１４年３月期の１２４億円及び平成１５年３月期の４１億円の合
計額）の一部と相殺する。
(ｳ)ステップ③（Ｐ２株式の譲渡。本件譲渡２に相当するもの）
Ｐ１は，Ｐ４に対し，Ｐ２の発行済株式全部を７００億円(税務上資産
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２００億円，事業資産３２６億円及び現金１７４億円の合計額)で譲渡
する。上記「税務上資産２００億円」は，Ｐ２（本件分割後のもの）か
らＰ４に引き継がれる未処理欠損金額約５００億円に税率４０パーセ
ントを乗じて算出した額である。
(ｴ)ステップ④（本件合併に相当するもの）
ａＰ４は，平成２１年３月末までに，Ｐ４を存続会社，Ｐ２を消滅会
社とする吸収合併を行う。
ｂＰ４は，Ｐ２の未処理欠損金額を承継し，Ｐ４の事業収益と相殺す
る。
イＰ７氏のＰ２取締役副社長就任
Ｐ８氏は，Ｐ７氏に対し，平成２０年１１月２７日，Ｐ２の取締役副社
長に就任するように依頼し，Ｐ７氏はこれを了解した。そして，Ｐ７氏は，
同年１２月２６日，株主総会の決議及び取締役会の決議を経て，Ｐ２の取
締役副社長に選任された（以下「本件副社長就任」という。）。（甲７７，
８０）
ウ本件分割
Ｐ２は，平成２１年１月７日，データセンターの営業・販売及び商品開
発に係る事業に関する権利義務を新設分割により新たに設立する会社に
承継させる旨の新設分割計画を作成した（甲４１，乙１）。そして，同年
２月２日，原告が本件分割により設立され，Ｐ２の取締役が原告の取締役
にも就任した（甲Ａ２，３，弁論の全趣旨）。
エ原告株式の譲渡（本件譲渡１）
Ｐ２は，Ｐ４との間で，平成２１年２月１９日，Ｐ４に対して保有する
原告の発行済株式全部を１１５億円で譲渡する旨の株式譲渡契約を締結
し，Ｐ４に対し，同月２０日，譲渡代金の支払を受けるのと引換えに，保
有する原告の発行済株式全部を譲渡した（甲３６，４２）。
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オＰ２株式の譲渡（本件譲渡２）
Ｐ１は，Ｐ４との間で，平成２１年２月２３日，Ｐ４に対して保有する
Ｐ２の発行済株式全部を４５０億円で譲渡する旨の株式譲渡契約を締結
し，Ｐ４に対し，同月２４日，譲渡代金の支払を受けるのと引換えに，保
有するＰ２の発行済株式全部を譲渡した（甲３７）。
カ本件合併
Ｐ４は，平成２１年２月２５日，Ｐ４を存続会社，Ｐ２を消滅会社とす
る吸収合併を行い，Ｐ４がＰ２の権利義務全部を承継し，Ｐ２が本件合併
後に解散する旨の合併契約を締結し，本件合併は，同年３月３０日に効力
を生じた。Ｐ７氏以外のＰ２の取締役は，本件合併に伴って全員退任し，
Ｐ４の取締役には就任しなかった。（甲３８，甲Ａ４）
(3)本件各更正処分等
ア資産調整勘定の計上
原告は，本件分割当時，Ｐ４が原告の株式を取得すること(本件譲渡１)
が見込まれており，本件分割後に，Ｐ２と原告との間に，法施行令４条の
２第６項に規定する当事者間の完全支配関係が継続することが見込まれ
ておらず，本件分割が非適格分割に該当するなどとして，本件分割に係る
非適格合併等対価額（Ｐ２に交付された原告の株式の評価額）１１５億円
と原告が本件分割により移転を受けた資産及び負債の時価純資産価額１
４億６６０６万１６４０円との差額１００億３３９３万８３６０円を法
６２条の８第１項に規定する資産調整勘定の金額（以下「本件資産調整勘
定の金額」という。）とした(甲Ａ４８の１，２，甲Ｂ４８，甲Ｃ４８)。
イ平成２１年３月期確定申告書の提出
原告は，本件資産調整勘定の金額１００億３３９３万８３６０円のうち，
平成２１年３月期に対応する３億３４４６万４６１２円を減額して(法６
２条の８第４項)，同額を損金の額に算入した上(同条５項)，平成２１年
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６月２９日，平成２１年３月期確定申告書を処分行政庁に提出した(甲Ａ
４８の１)。
ウ平成２２年３月期確定申告書の提出
原告は，本件資産調整勘定の金額１００億３３９３万８３６０円のうち，
平成２２年３月期に対応する２０億０６７８万７６７２円を減額して(法
６２条の８第４項)，同額を損金の額に算入した上(同条５項)，平成２２
年６月２８日，平成２２年３月期確定申告書を処分行政庁に提出した(甲
Ａ４８の２)。
エ平成２３年３月期確定申告書の提出
原告は，本件資産調整勘定の金額１００億３３９３万８３６０円のうち，
平成２３年３月期に対応する２０億０６７８万７６７２円を減額して(法
６２条の８第４項)，同額を損金の額に算入した上(同条５項)，平成２３
年６月２９日，平成２３年３月期確定申告書を処分行政庁に提出した(甲
Ｂ４８)。
オ平成２４年３月期確定申告書の提出
原告は，本件資産調整勘定の金額１００億３３９３万８３６０円のうち，
平成２４年３月期に対応する２０億０６７８万７６７２円を減額して(法
６２条の８第４項)，同額を損金の額に算入した上(同条５項)，平成２４
年６月２９日，平成２４年３月期確定申告書を処分行政庁に提出した(甲
Ｃ４８)。
カ本件各更正処分等
処分行政庁は，平成２１年３月期及び平成２２年３月期の法人税につい
ては，平成２３年３月１５日付けで，平成２３年３月期の法人税について
は，平成２４年１月２７日付けで，平成２４年３月期の法人税については，
平成２４年１２月２１日付けで，「本件譲渡１，本件譲渡２及び本件合併
は本件分割の時点であらかじめ計画されていたものであり，本件分割の時
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点で本件譲渡１が見込まれていたものとして，非適格分割とした本件分割
により原告が分割対象資産等（本件分割に係る新設分割計画書の別紙「承
継権利義務明細表」に定める資産及び負債等）の移転を受け，これによっ
て本件資産調整勘定の金額を生じさせたことは，施行令４条の２第６項１
号に規定する要件を形式的に満たさないこととすることにより本件分割
を非適格分割とした上で，原告に本件資産調整勘定の金額を生じさせてこ
れを減額して損金の額に算入することを目的とした異常ないし変則的な
ものであり，これを容認した場合には，本件資産調整勘定の金額を減額し
て損金の額に算入することにより原告の法人税の負担を不当に減少させ
る結果となると認められることから，法１３２条の２の規定により，本件
分割の時点で本件譲渡１が見込まれることなく，適格分割となる本件分割
により原告が本件分割対象資産等の移転を受けたものとし，これによって
本件資産調整勘定の金額は生じなかったこととして，各事業年度の所得金
額を計算する」旨の理由により，原告が損金の額に算入した本件資産調整
勘定の金額に係る「資産調整勘定取崩」は，損金の額に算入されず，各事
業年度の所得金額に加算する旨の本件各更正処分等をした(甲Ａ１の１，
２，甲Ｂ１，甲Ｃ１。別表１－１，２，別表３，５)。
キ審査請求
原告は，平成２１年３月期及び平成２２年３月期の法人税についての各
更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分に対しては，平成２３年５月
１３日付けで（甲Ａ４９。別表１－１，２），平成２３年３月期の法人税
についての更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分に対しては，平成２
４年２月２４日付けで（甲Ｂ４９。別表３），平成２４年３月期の法人税
についての更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分に対しては，平成２
５年２月１４日付けで（甲Ｃ４９。別表５），審査請求を国税不服審判所
長にそれぞれ行った。
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ク本件各訴えの提起
原告は，いずれも審査請求をした日の翌日から起算して三月を経過して
も裁決がされなかったため，平成２１年３月期及び平成２２年３月期の法
人税の各更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分については，平成２
３年１１月３０日に，平成２３年３月期の法人税の更正処分及び過少申告
加算税賦課決定処分については，平成２４年７月３日に，平成２４年３月
期の法人税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分については，平成
２５年５月３０日に，各処分の取消しを求め，本件各訴えを提起した。
４被告が主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性
被告が主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性は，別紙３のとおりであ
る（なお，別紙中の略語は本文においても同様に用いる。）。
被告は，本件各更正処分について，本件分割後にＰ４とＰ２の間で本件譲渡
１を行うという計画（以下「本件計画」という。）を前提とした原告の分割承
継行為を法１３２条の２の規定に基づき否認し，本件譲渡１を行わないという
計画を前提とする原告の分割承継行為に引き直すものである旨主張している。
５争点
本件の主たる争点は，以下のとおりである。
(1)法１３２条の２の意義（争点１）
すなわち，①同条に規定する「その法人の行為」で，「これを容認した場
合には，（中略）法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められる
もの」とはどのような行為をいうか。また，②同条の規定に基づき否認する
ことができる行為又は計算は，法人税につき更正又は決定を受ける法人の行
為又は計算に限られるか否か。
(2)本件計画を前提とした分割承継行為を法１３２条の２の規定に基づき否
認することができるか否か（争点２）。
すなわち，①本件計画を前提とした分割承継行為は，「その法人の行為」
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で，「これを容認した場合には，（中略）法人税の負担を不当に減少させる
結果となると認められるもの」に該当するか否か。また，②本件計画を前提
とした分割承継行為は，原告の行為か否か。
６争点についての当事者の主張
別紙４のとおり
第３当裁判所の判断
１認定事実
上記前提事実，争いのない事実，文中記載の証拠及び弁論の全趣旨によれば，
以下の事実が認められる。
(1)Ｐ２の事業内容，未処理欠損金額の処理に関する検討等
アＰ２の事業内容等
Ｐ１は，平成１７年２月，英国のＰ９グループから，Ｐ２の発行済株式
の全部を取得し，Ｐ２を完全子会社とした。Ｐ２は，同年５月，通信事業
を分割して，これをＰ１０株式会社に対して売却し，他方，Ｐ１１株式会
社から，データセンター事業を行っていたＰ１２株式会社の株式を譲り受
け，以後，データセンター事業に特化して事業を行っていた。当時，Ｐ２
の代表取締役はＰ１３（以下「Ｐ１３氏」という。）であり，平成１８年
３月期における従業員数は約１１５名であった（甲７の１，甲８，１５，
乙１５）。なお，「データセンター」とは，一般に，サーバー類を収容す
る建物や部屋などの施設及びそこに収容されるサーバー類を一体として
指し示す言葉であるが，施設とサーバー類を別の者が整備する場合は，施
設のみを指してデータセンター（狭義のデータセンター）と呼ぶことがあ
る。そして，「データセンター事業」とは，サーバー類の収容のために施
設を貸し出す役務（「ハウジング」又は「コロケーション」）や，データ
センターに収容したサーバー類を貸し出す役務（「ホスティング」）など
を提供する事業をいう（弁論の全趣旨）。
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Ｐ２は，東京都や大阪府などにデータセンターを保有して，データセン
ター事業を展開し，業界３位（専業では１位）の地位を占めていた（甲７
の１から３まで，甲９，乙１５）。Ｐ２の主要な売上は，コロケーション
によるものであって，ホスティングは少なく，Ｐ２の事業の本質は不動産
賃貸業であり，インターネットビジネスに精通した者は少なかった。また，
平成２０年度において，Ｐ２の取引先のうちの２５パーセントがＰ１４グ
ループ各社であった。（甲３３の３，甲７７）。
イＰ２の未処理欠損金額
Ｐ２には，平成１４年３月期から平成１８年３月期までに欠損金が発生
し，その額は，①２００１年度(平成１４年３月期)が１２４億円，②２０
０２年度(平成１５年３月期)が４１億円，③２００３年度(平成１６年３
月期)が１０６億円，④２００４年度(平成１７年３月期)が２９億円，⑤
２００５年度(平成１８年３月期)が３６６億円であったところ，Ｐ２の利
益は，平成１９年３月期以降，毎年約２０億円であり，上記未処理欠損金
額を控除するには相当な期間が掛かることが見込まれていた。そして，上
記未処理欠損金額のうち平成１４年３月期に発生した１２４億円につい
ては，平成２１年３月末で繰り越しができなくなる状況にあった（甲１５，
乙５，８，１５）。
ウＰ２の株式上場計画と分社化案
Ｐ２は，平成２０年３月頃，データセンターに係る設備投資資金の調達
と，Ｐ１への財務面の寄与を目的として，株式公開を行うことを検討し，
これをＰ１財務部の一部門である関連事業室に対して説明した（甲９，７
９，乙８）。これによれば，株式公開のメリットは，①調達した資金を活
用して建設されるデータセンターの利用促進により，Ｐ１４グループのネ
ット事業の拡大，競争力確保，②Ｐ２の収益性等の拡大，③繰越欠損金の
最大活用の３点であるとされていた。そして，株式の公開に当たっては，
－15－
Ｐ２を分社することが予定されており，具体的には，①Ｐ２の主要な資産
及び負債を承継する新設分割設立会社を新設分割により設立する，②Ｐ２
がＰ１に対して新設分割設立会社の株式の一定割合を現物配当する，③そ
の後，新設分割設立会社の株式上場を行うというスキームが計画されてい
た。この計画において，上記未処理欠損金額は，Ｐ１への新設分割設立会
社の株式の現物配当による譲渡益などとの相殺により処理することとさ
れていた。
上記の株式公開については，平成２０年３月２７日のＰ１取締役会にお
いて，その準備に着手することが承認されたが，株式上場の是非及び具体
的時期については再度審議することとなったことから，Ｐ２は，同年７月
１６日の取締役会において，上記の分社化案に修正を加えた新たな案（７
月１６日分社化スキーム案）を決定し，これをＰ１の取締役会に諮ること
とした。（甲９，１０，１１の１，２，甲７９，乙１１）
もっとも，その頃，Ｐ２は，評価算定会社に依頼して，新設分割設立会
社の事業価値を算定したところ，２９２億７３００万円ないし３５７億７
９００万円との報告（甲７８）を受けた。そして，Ｐ１の関連事業室から
は，①Ｐ８氏は子会社の株式を上場するならば少なくとも１０００億円以
上の事業価値になってから行うべきであると考えていること，②上記７月
１６日分社化スキーム案では上記未処理欠損金額の全てを処理すること
はできないと見込まれることなどの指摘を受けたことから，同案は，同年
７月２９日に開催されたＰ１の取締役会には上程されず，再度検討するこ
とになった。（甲１２，７７，７９）
エＰ１財務部における分社化案等の検討
Ｐ１の関連事業室は，平成２０年１０月頃までに，上記の７月１６日分
社化スキーム案に代わるものとして，事業譲渡案と単純分社化案を作成し
た。前者は，Ｐ２が新設分割により新会社を設立するが，Ｐ２には資産と
－16－
してのデータセンター設備（土地・建物等）を残し，新会社に対して営業・
販売などの事業を譲渡するというものであり，後者は，前者同様にＰ２に
は資産としてのデータセンター設備（土地・建物等）を残すような新設分
割を行って新会社を設立するというものであった。そして，Ｐ２の未処理
欠損金額のうち，平成２１年３月末にまでに消滅する分は，事業譲渡か非
適格合併により処理し，それ以外の分は，Ｐ２とＰ１の他の子会社（Ｐ１
１株式会社及びＰ１５株式会社）との適格合併により処理するという内容
であり，Ｐ１４グループ内でＰ２の未処理欠損金額を全て処理することが
できるものであった。Ｐ１からこれらの案を示されたＰ２は，上記の７月
１６日分社化スキーム案で進めるべき旨の意見を出したが，Ｐ１の財務部
としては，事業譲渡案又は単純分社化案のいずれかの案を採用するという
基本方針を決定した。（甲１３，７９）
(2)Ｐ１による本件提案とＰ４における検討
アＰ１における資金需要
Ｐ１においては，平成２０年９月頃，同社の資金ミーティングにおいて，
同月１５日のいわゆるリーマン・ショック後の厳しい金融情勢の下で，手
元流動性を高めておく必要があるという合意がされた（乙５）。また，Ｐ
１は，平成１５年１２月３０日に「２０１５年満期ユーロ円建転換社債型
新株予約権付社債」（以下「本件ＣＢ」という。）を発行していたところ，
本件ＣＢは，その所持人がＰ１に対し平成２１年３月３１日にその額面金
額に償還日までの経過利息を付して繰上償還することを請求する権利を
有するものであり，同年に入ってから本件ＣＢの市場価格が１００円を下
回っているか，同年年初のＰ１の株価が約１１００円以下の水準である場
合には，投資家から最大５００億円の償還請求を受ける可能性があった。
そして，平成２０年１０月２７日の本件ＣＢ価格の終値は９０．５０円，
同日のＰ１の株価の終値は７３６円となっており，同月２８日に開催され
－17－
たＰ１の取締役会においては，同社財務部が作成した資料により，上記の
請求を受ける可能性についての報告がされた（甲８０，乙５，１３，１４，
弁論の全趣旨）。
イＰ８氏の発案に基づく本件提案
Ｐ８氏は，財務部担当取締役であるＰ１６から，平成２０年１０月中旬，
Ｐ２に関する上記(1)エの事業譲渡案又は単純分社化案について報告を受
けた。しかし，Ｐ８氏は，Ｐ２とＰ１１株式会社等とを合併させるのでは
なく，Ｐ２をインターネットサービス企業であるＰ４に売却し，Ｐ４と合
併させることが適切であると考えた。その理由は，Ｐ２としては，Ｐ４か
ら顧客の紹介とノウハウの提供を受けることで，Ｐ４との関係でより高い
シナジー効果を生むことができる点，クラウドコンピューティング事業
（データセンターに顧客のサーバーを預かるのではなく，データを預か
り，それに付加価値を付けて顧客に役務を提供する事業）を開始すること
で企業価値を増加させることができる点，Ｐ４としても，自社で大型のデ
ータセンターを保有することで，Ｐ１７に対抗するために安価な検索サー
バーを安定的に確保することができる点などにあった。
そこで，Ｐ８氏は，平成２０年１０月２７日，Ｐ７氏らＰ４の常勤取締
役に対し，Ｐ２の買収を提案し，さらに，同年１１月２１日，Ｐ１は，Ｐ
４に対し，書面（「プロジェクト“○”ご提案資料」と題するもの）によ
り，Ｐ４がＰ２を７００億円で買収する旨の提案（本件提案）をした。同
書面において，本件提案に係る買収の目的は，①Ｐ４とＰ２とのシナジー
効果を得ること（具体的には，オープンプラットフォームの実現，データ
センター自社保有によるコスト削減など），②Ｐ１４グループ全体での税
務メリットを享受することとされた。また，本件提案において示された組
織再編成に係る手順は前提事実(2)アのとおりであり，Ｐ２の資産価値は，
株式価値５００億円に繰越欠損金の価値２００億円を加えた７００億円
－18－
であるとされ，Ｐ２の未処理欠損金額のうち，平成１４年３月期及び平成
１５年３月期の分はＰ２において処理し，その余のものはＰ４において処
理することとされていた。（甲７７，７９，８０，乙５，８）
ウＰ１の資金繰り計画等
Ｐ１の財務部は，平成２０年１１月１１日付け「Ｐ１資金繰り計画」（乙
１３）を作成し，資金調達をしない場合には，同年１２月の段階で６５９
億円の不足，翌年３月の段階で１３９８億円の不足となり，Ｐ４に対して
平成２１年３月にＰ２の株式を売却することが確度の高い資金調達手段
であるとの指摘をしていた。また，同部は，同年１２月１１日付け「単体
資金計画サマリー」（乙１４）を作成し，同年１１月末時点では実質使用
可能残高が－１１５億円であり，以降の不足により，本年度中には１００
０億円の資金調達が必要であるところ，Ｐ４に対して平成２１年３月にＰ
２の株式を５００億円で売却することが確度の高い資金調達手段である
との指摘をしていた。もっとも，これらは，Ｐ１の財務部が，保守的な判
断を示したものであった（甲７７）。
エＰ４における本件提案の検討
(ｱ)Ｐ４は，インターネットサービス事業を行うため，多数のデータセン
ターを必要としており，複数のデータセンター事業者との間で利用契約
を締結し，データセンターを確保していた。Ｐ４は，従前，データセン
ターを自社保有するよりも，複数のデータセンター事業者と利用契約を
締結するほうが，事業規模やサービスの拡大に応じて適宜サーバーの借
り増し等を行うことにより，必要な容量を確保しつつ，コストも削減で
きることから，これを事業戦略上の基本的な方針としていた。そして，
Ｐ４は，平成１７年７月には株式会社Ｐ１８などと契約し，同社がＰ４
専用に設立したデータセンターに一定の規模の容量を確保するなどして
いた。その後，更にデータセンターを確保する必要が生じたので，Ｐ４
－19－
は，Ｐ２との間で，平成１９年９月に契約を締結し（甲１９，２０），
Ｐ２が北九州市に大規模なデータセンターを建築すること，その完成後，
Ｐ２がＰ４に対してデータセンターに係る役務を提供することなどを合
意した。そして，同契約に基づいて，平成２０年１０月頃，Ｐ１９デー
タセンターに１００ないし２００サーバーが導入されたが，本格稼働の
状態ではなかった。なお，それ以前は，Ｐ２のデータセンターは価格競
争力が劣ることから，Ｐ４が利用することはなかった。（甲８０，８４）
(ｲ)以上のとおり，Ｐ４は，平成２０年頃までの時期において，データセ
ンターを自社保有しないという方針をとっていたが，上記イのとおり，
同年１０月２７日，Ｐ７氏は，Ｐ８氏から，Ｐ２をＰ４が買収すべきで
ある旨の提案を受けた。そして，その際，Ｐ８氏は，Ｐ４は自前のデー
タセンターを保有すべきであり，Ｐ６がＰ１７に検索サービスの競争で
後れを取ったのは，データセンターへの投資が規模においても時期にお
いても遅れたからであるとの考え方を説明した。そこで，Ｐ７氏は，こ
れを検討し，当時，増加の一途を辿っていたデータセンター需要に対応
する必要が生じていた上，今後，クラウドコンピューティング事業へ参
入するに際して，データセンターを自社保有すれば，先進的なデータセ
ンターを保有するＰ６の運営技術を利用でき，余剰があれば第三者に賃
貸すれば全体としてコスト削減できるという考え方にも合理性があると
考えたが，他方，Ｐ４においては，ＲＯＡ（総資産利益率）との関係か
ら不動産などの資産保有を避けていたことなどから，事業戦略や経営面
での影響や，Ｐ２の企業価値などを検討した上で，Ｐ８氏からの提案を
受けるかどうか判断することとし，関係部署に対して種々の検討をさせ
た。そして，Ｐ７氏は，Ｐ１から同年１１月２１日時点で受けた本件提
案における譲渡価額７００億円について，高額であると考えていた。（甲
７７，８０）
－20－
(3)本件提案に沿った組織再編成の実行
ア本件副社長就任
Ｐ８氏は，Ｐ７氏に対し，平成２０年１１月２７日，Ｐ２の取締役副社
長に就任するように依頼し，Ｐ７氏はこれを了解した。また，Ｐ８氏は、
Ｐ２の代表取締役であるＰ１３氏に対し，同年１２月１０日頃，本件提案
を実行する旨告げたところ，Ｐ１３氏は，①株式上場の可能性を担保する
こと，②Ｐ２の顧客に迷惑を掛けないこと，③Ｐ２の社員が不利益を蒙ら
ないこととするという要望を述べた上，これを了解した。また，Ｐ１３氏
は，Ｐ７氏がＰ２の取締役副社長に就任することを了解した。そして，Ｐ
７氏は，同年１２月２６日，株主総会の決議及び取締役会の決議を経て，
Ｐ２の取締役副社長に選任された（甲Ａ３，４１，７７，８０，８４，乙
１１，１２）。
イＰ７氏のＰ２における職務遂行
Ｐ７氏は，Ｐ２の取締役副社長に選任された後，主として，コスト構造
の改善と営業協力に関してＰ２の経営に参加した（甲８０）。
ウ本件分割と原告の設立
(ｱ)Ｐ２は，平成２１年１月７日，データセンターの営業・販売及び商品
開発に係る事業に関する権利義務を新設分割により新たに設立する会社
（原告）に承継させる旨の新設分割計画を作成した（乙１）。そして，
同月２１日に開催された取締役会において，新設会社の成立の日を同年
２月２日とすることが決定された（弁論の全趣旨）。
(ｲ)平成２１年２月２日，原告が本件分割により設立され，Ｐ２の取締役
が原告の取締役にも就任した（甲Ａ２，３）。
(ｳ)原告は，本件分割により，①Ｐ２の流動資産，②データセンターの営
業・役務提供及びサービスの開発に係る事業に係る契約（顧客との間の
契約を含む。），③事業に属する知的財産権等，④従業員との間の労働
－21－
契約を承継し，それ以外の資産（データセンターを構成する不動産）や
契約上の地位（データセンターの賃貸借，建設，運用，保守及び施設管
理に関する事業に関する契約）は，Ｐ２に残された（乙１，７）。また，
原告は，Ｐ２との間で，業務委託契約を締結し，従業員をＰ２に出向さ
せて，データセンターの設備構築，保守運用に係る事業を行わせること
とし，Ｐ２が原告に対して業務委託料を支払うこととした（甲３６，３
９の３，８０，８４，乙７）。
エ本件譲渡２に係る契約の成立
(ｱ)本件譲渡２に係る交渉等の状況
Ｐ４とＰ１との間では，Ｐ２の買収価額をめぐって交渉が続けられ，
Ｐ８氏は，平成２１年１月１５日，Ｐ４に対し，Ｐ１としては４５０億
円を最低譲渡価額とすることを伝えた（甲７７，８０）。
他方，Ｐ４は，Ｐ２の買収に関するデュー・ディリジェンスを経た後，
同月２７日に開催された取締役会において，Ｐ２の買収の当否について
協議を行い，同年２月１９日に開催される取締役会で承認を求める予定
とされた（甲３１の１，２）。その後，Ｐ４とＰ１との間で，Ｐ２の買
収の当否及び内容について更に詳細な検討が行われ，Ｐ７氏は，同年１
月末頃までには，本件譲渡２及び本件合併を行う意思を固めつつあった
（甲８０，弁論の全趣旨）。そして，同年２月１７日，Ｐ４の大株主で
あるＰ６の取締役であり，かつ，Ｐ４の取締役でもあったＰ２０から，
本件譲渡２に賛同する旨の連絡があった（甲３４）。
そこで，Ｐ４は，同月１９日に開催された取締役会において，Ｐ２か
ら原告の発行済株式全部を１１５億円で買収すること，Ｐ１からＰ２の
発行済株式全部を４５０億円で買収することをそれぞれ正式に決定し
た。なお，同取締役会においては，実際の買収価格は４５０億円であり，
上記１１５億円は短期間でＰ４に戻ることが確認され，また，繰越欠損
－22－
金の活用が税務当局から否認された場合にはＰ１がそれを補償する旨
の条項を契約書に盛り込む予定であることが確認された。そして，同取
締役会に提出された資料においては，上記取引については４通の契約
書，すなわち，①税務リスク（繰越欠損金承継）の手当てのための差入
書，②取引のフレームワークに関する合意書，③Ｐ２株式の譲渡契約書，
④原告株式の譲渡契約書が作成される旨の記載がされていた（甲３３の
１から３まで）。
なお，上記①の差入書として，Ｐ１は，Ｐ４に対し，平成２１年２月
１８日付け書面を交付し，同書面により，Ｐ４によるＰ２の未処理欠損
金額の承継が税務当局により否定され，更正の処分がされた場合には，
Ｐ４が支払を要する額の全額をＰ１がＰ４に支払う旨を約し，また，資
産調整勘定の償却額が税務当局により否定され更正の処分がされた場
合，原告が支払を要する額の全額につき，Ｐ１がＰ４に対して支払う旨
を約し，これらの書面に基づくＰ４の請求は，株式譲渡契約に基づく権
利とは別個の請求権として独立してなしうることが確認された（甲３５
の１，２）。
(ｲ)原告株式の譲渡（本件譲渡１）
Ｐ２は，Ｐ４との間で，平成２１年２月１９日，保有する原告の発行
済株式全部をＰ４に対して１１５億円で譲渡する旨の株式譲渡契約を
締結し，同月２０日，譲渡代金の支払を受けるのと引換えに，保有する
原告の発行済株式全部を譲渡した。なお，上記契約では，原告の株式の
譲渡が実行された後，同月２４日までに，Ｐ１からＰ４に対するＰ２の
発行済株式全部の譲渡が実行されなかった場合には，上記株式譲渡契約
が同日付けで自動的に解除される旨の合意がされていた（甲３６）。
(ｳ)Ｐ２株式の譲渡（本件譲渡２）
Ｐ１は，Ｐ４との間で，平成２１年２月２３日，保有するＰ２の発行
－23－
済株式全部をＰ４に対して４５０億円で譲渡する旨の株式譲渡契約を
締結し，同月２４日，譲渡代金の支払を受けるのと引換えに，保有する
Ｐ２の発行済株式全部を譲渡した。なお，上記契約では，上記(ｲ)の株
式売買契約に基づき原告の発行済株式全部の譲渡が実行されているこ
とを条件としてＰ２の株式の譲渡及び譲渡代金の支払の義務を履行す
る旨の合意がされていた（甲３７）。
オ本件合併
(ｱ)Ｐ４は，平成２１年２月２５日に開催された取締役会において，Ｐ２
との合併を正式に決定した（甲３９の１から３）。
(ｲ)Ｐ４は，同日，Ｐ４を存続会社，Ｐ２を消滅会社とする吸収合併を行
い，Ｐ４がＰ２の権利義務全部を承継し，Ｐ２が本件合併後に解散する
旨の合併契約を締結し，本件合併は，同年３月３０日に効力を生じた（甲
３８）。
(ｳ)Ｐ７氏を除くＰ２の取締役は，本件合併に伴って全員退任し，いずれ
の者も，本件合併の直後の時点では，Ｐ４の取締役には就任しなかった
（甲Ａ４）。なお，本件合併後，原告は，データセンターに関する設備
投資案件のうち，１億円を超えるものについては，Ｐ４の承認を要する
こととされた（弁論の全趣旨）。また，当時，原告の株式の上場につい
て具体的な計画が存在していたことを認めるに足りる証拠はない。
２法１３２条の２の意義（争点１）について
(1)組織再編税制の基本的な考え方（甲６３，乙２）
経済の国際化が進展するなど，我が国企業の経営環境が急速に変化する
中，企業の競争力を確保し，企業活力が十分発揮できるよう，旧商法の見直
しが行われ，平成９年には合併法制の合理化，平成１１年には持株会社創設
のための株式交換・株式移転の制度の導入，平成１２年には企業の組織再編
成を容易にするための会社分割法制の創設を内容とする改正が行われた。
－24－
税制においても，これらの法整備に則した対応が求められることとなった
ところ，政府税制調査会は，企業の組織再編成に係る税制について法人課税
の在り方を検討し，平成１２年１０月，その基本的な考え方を明らかにした
（「会社分割・合併等の企業組織再編成に係る税制の基本的考え方」）。そ
の概要は以下のとおりである。
ア現行の現物出資，合併等に係る税制を改めて見直し，全体として整合的
な考え方に基づいて整備する必要がある。第一に，例えば分割型の吸収分
割と合併では法的な仕組みが異なるものの実質的には同一の効果を発生
させることができるところ，同じ効果を発生させる取引に対して異なる課
税を行うこととすれば，租税回避の温床を作りかねないなどの問題があ
る。第二に，現行の税制においては，営業譲渡により企業買収を行う場合
には，資産の時価取引として譲渡益課税が行われるが，他方，合併により
企業買収を行う場合には，課税が繰り延べられるなどの問題がある。
イ会社分割・合併等の組織再編成に係る法人税制の検討の中心となるの
は，組織再編成により移転する資産の譲渡損益の取扱いと考えられるが，
法人がその有する資産を他に移転する場合には，移転資産の時価取引とし
て譲渡損益を計上するのが原則であり，この点については，組織再編成に
より資産を移転する場合も例外ではない。ただし，組織再編成により資産
を移転する前後では経済実態に実質的な変更が無いと考えられる場合に
は，課税関係を継続させるのが適当と考えられる。したがって，組織再編
成において，「移転資産に対する支配が再編成後も継続していると認めら
れるもの」については，移転資産の譲渡損益の計上を繰り延べることが考
えられる。すなわち，①企業グループ内の組織再編成により資産を企業グ
ループ内で移転した場合には，一定の要件の下，移転資産をその帳簿価額
のまま引き継ぎ，譲渡損益の計上を繰り延べることが考えられる。また，
②共同で事業を行うために組織再編成により資産を移転した場合にも，移
－25－
転の対価として取得した株式の継続保有等の要件を満たす限り，移転資産
に対する支配が継続していると考え，譲渡損益の計上を繰り延べることが
考えられる。
ウ会社分割・合併等により移転する資産の譲渡損益の計上が繰り延べられ
る場合には，その資産に関して適用される諸制度や引当金等の引継ぎにつ
いても，基本的に従前の課税関係を継続させるとの観点から，組織再編成
の形態に応じて必要な措置を考えるべきである。このうち，繰越欠損金に
ついては，合併の場合には，租税回避行為を防止するための措置を講じた
上，被合併法人の繰越欠損金を引き継ぐことが適当である。
エ組織再編成の形態や方法は，複雑かつ多様であり，資産の売買取引を組
織再編成による資産の移転とするなど，租税回避の手段として濫用される
おそれがあるため，繰越欠損金等を利用した租税回避行為の防止規定に加
え，企業組織再編成に係る包括的な租税回避防止規定を設ける必要があ
る。
(2)組織再編税制の概要（乙２）
平成１３年度税制改正（以下「本件改正」という。）における企業組織再
編成に係る税制の構築は，上記（1）の考え方に基づいて行われ，その内容
は，これに沿ったものとなっているところ，本件に関連する部分の概要は以
下のとおりである。
ア本件改正においては，①組織再編成により移転する資産等について，原
則として，その譲渡損益を計上しなければならないこととし（法６２条），
②合併・分割・現物出資及び事後設立という４種類の組織再編成のうち，
「企業グループ内の組織再編成」及び「共同事業を行うための組織再編成」
であって一定の要件を満たすもの（適格組織再編成）について，帳簿価額
の引継ぎによる課税の繰り延べが認められた（法６２条の２以下）。
イまた，本件改正においては，欠損金の繰越控除について，従来の規定（法
－26－
５７条１項，５８条１項）をほぼそのまま存続させることとした上で，組
織再編税制の一環として，新しい規定を設け，適格合併又は合併類似適格
分割型分割が行われた場合において，一定の範囲で繰越欠損金額（未処理
欠損金額）等を引き継ぐこととができることとした（法５７条２項）。も
っとも，共同で事業を行うことを目的としないグループ内適格合併等につ
いて，グループ関係が生じる前に生じた被合併法人等の欠損金額等を繰越
控除の対象から除外することによって，租税回避に対処することとした
（法５７条３項）。
ウ法人の組織再編成においては種々の租税回避行為が行われることに鑑
み，組織再編成に関する行為・計算の包括的否認規定が設けられた（法１
３２条の２）。
すなわち，組織再編成を利用した租税回避行為の例として，①繰越欠損
金や含み損のある会社を買収し，その繰越欠損金や含み損を利用するため
に組織再編成を行う，②複数の組織再編成を段階的に組み合わせることな
どにより，課税を受けることなく，実質的な法人の資産譲渡や株主の株式
譲渡を行う，③相手先法人の税額控除枠や各種実績率を利用する目的で，
組織再編成を行う，④株式の譲渡損を計上したり，株式の評価を下げるた
めに，分割等を行うなどの方法が考えられるところ，このうち，繰越欠損
金や含み損を利用した租税回避行為に対しては，個別に防止規定（法５７
条３項，６２条の７）を設けるが，これらの組織再編成行為は上記のよう
なものにとどまらず，その行為の形態や方法が相当に多様なものと考えら
れることから，これに適正な課税を行うことができるように包括的な組織
再編成に係る租税回避防止規定が設けられた。
(3)法１３２条の２にいう「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認
められるもの」（以下「不当性要件」という。）の解釈について
ア上記(1)及び(2)のとおり，①法１３２条の２は，組織再編税制の導入と
－27－
共に設けられた個別否認規定と併せて新たに設けられた包括的否認規定
であること，②組織再編税制において包括的否認規定が設けられた趣旨
は，組織再編成の形態や方法は複雑かつ多様であり，ある経済的効果を発
生させる組織再編成の方法は単一ではなく，同じ経済的効果を発生させ得
る複数の方法があり，これに対して異なる課税を行うこととすれば，租税
回避の温床を作りかねないという点などにあることが認められる。そし
て，組織再編税制に係る個別規定は，特定の行為や事実の存否を要件とし
て課税上の効果を定めているものであるところ，立法時において，複雑か
つ多様な組織再編成に係るあらゆる行為や事実の組み合わせを全て想定
した上でこれに対処することは，事柄の性質上，困難があり，個別規定の
中には，その想定外の行為や事実がある場合において，当該個別規定のと
おりに課税上の効果を生じさせることが明らかに不当であるという状況
が生じる可能性があるものも含まれているということができる。
以上のような法１３２条の２が設けられた趣旨，組織再編成の特性，個
別規定の性格などに照らせば，同条が定める「法人税の負担を不当に減少
させる結果となると認められるもの」とは，（ⅰ）法１３２条と同様に，
取引が経済的取引として不合理・不自然である場合（最高裁昭和５０年（行
ツ）第１５号同５２年７月１２日第三小法廷判決・裁判集民事１２１号９
７頁，最高裁昭和５５年（行ツ）第１５０号同５９年１０月２５日第一小
法廷判決・裁判集民事１４３号７５頁参照）のほか，（ⅱ）組織再編成に
係る行為の一部が，組織再編成に係る個別規定の要件を形式的には充足
し，当該行為を含む一連の組織再編成に係る税負担を減少させる効果を有
するものの，当該効果を容認することが組織再編税制の趣旨・目的又は当
該個別規定の趣旨・目的に反することが明らかであるものも含むと解する
ことが相当である。このように解するときは，組織再編成を構成する個々
の行為について個別にみると事業目的がないとはいえないような場合で
－28－
あっても，当該行為又は事実に個別規定を形式的に適用したときにもたら
される税負担減少効果が，組織再編成全体としてみた場合に組織再編税制
の趣旨・目的に明らかに反し，又は個々の行為を規律する個別規定の趣
旨・目的に明らかに反するときは，上記（ⅱ）に該当するものというべき
こととなる。
イこれに対し，原告は，法１３２条の２の不当性要件は，法１３２条と同
様に，上記（ⅰ）の場合，すなわち，私的経済取引として異常又は変則的
で，かつ，租税回避以外に正当な理由ないし事業目的が存在しないと認め
られる場合に限られる旨主張し，その理由として，①法１３２条の枝番と
して１３２条の２が規定され，両者の規定ぶりが酷似し，否認の要件の文
言も同様であることなどから，両者を別異に解すべき理由はないこと，②
租税回避の概念は，私法上の選択可能性を利用し，私的経済取引として合
理性がないのに，通常用いられない法形式を選択するものとして定義され
ており，法の定める課税要件自体を修正するものは含まれず，法制度の濫
用はこれとは別の概念であるというべきこと，③上記（ⅱ）を含めるとい
う解釈は，個別規定の要件を実質的に拡張して適用するものであり，納税
者の予測可能性を著しく害し，租税法律主義に反することを指摘し，これ
に沿う意見書を提出する（甲５７（Ｐ３１意見書），甲８５（Ｐ２１意見
書））。
しかしながら，上記（2）ウのとおり，法１３２条の２により対処する
ことが予定されている第１の類型は，繰越欠損金等を利用する組織再編成
における租税回避行為であるところ，そもそも，繰越欠損金自体には資産
性はなく，それが企業間の合併で取引の対象となり得るのは，租税法がそ
の引継ぎを認めることの反射的な効果にすぎないのであり，企業グループ
内における繰越欠損金の取引を含む組織再編成それ自体についていかに
正当な理由や事業目的があったとしても，法５７条３項が定める要件を満
－29－
たさないのであれば，未処理欠損金額の引継ぎは認められない。したがっ
て，上記の類型に属する租税回避行為の不当性の有無については，経済合
理性の有無や事業目的の有無といった基準のみによって判断することは
できず，「租税回避以外に正当な理由ないし事業目的が存在しないと認め
られる」か否かという基準は，それのみを唯一の判断基準とすることは適
切ではないといわざるを得ない。
また，上記基準を採るべき理由として挙げられている①の点について検
討するに，法１３２条は，同族会社においては，所有と経営が分離してい
る会社の場合とは異なり，少数の株主のお手盛りによる税負担を減少させ
るような行為や計算を行うことが可能であり，また実際にもその例が多い
ことから，税負担の公平を維持するため，同族会社の経済的合理性を欠い
た行為又は計算について，「不当に減少させる結果となると認められるも
の」があるときは，これを否認することができるものであるとしたもので
あり，法１３２条の２とはその基本的な趣旨・目的を異にする。したがっ
て，両者の要件を同義に解しなければならない理由はなく，原告の上記①
の主張は採用することができない。
次に，②の点について検討するに，法１３２条の２により対処すること
が予定されている第２の類型は，複数の組織再編成を段階的に組み合わせ
ることなどによる租税回避行為であるところ，組織再編成の形態や方法
は，複雑かつ多様であり，同一の経済的効果をもたらす法形式が複数存在
し得ることからすると，そもそも，ある経済的効果を発生させる組織再編
成の方法として何が「通常用いられるべき」法形式であるのかを，経済合
理性の有無や事業目的の有無という基準により決定することは困難であ
り，これらの基準は，上記の類型に属する租税回避行為の判定基準として
十分に機能しないものといわざるを得ない。他方，組織再編税制に係る個
別規定は，特定の行為や事実の存否を要件として課税上の効果を定めてい
－30－
るものであるところ，立法時において，複雑かつ多様な組織再編成に係る
あらゆる行為や事実の組み合わせを全て想定した上でこれに対処するこ
とは，事柄の性質上，困難があり，想定外の行為や事実がある場合には，
当該個別規定を形式的に適用して課税上の効果を生じさせることが明ら
かに不当であるという状況が生じる可能性があることは上記アで判示し
たとおりである。組織再編成とそれに伴い生じ得る租税回避行為に係るこ
れらの特性に照らすと，同条の適用対象を，通常用いられない異常な法形
式を選択した租税回避行為のみに限定することは当を得ないというべき
である。したがって，原告の上記②の主張は採用することができない。
さらに，③の点について検討するに，一般に，法令において課税要件を
定める場合には，その定めはなるべく一義的で明確でなければならず，こ
のことが租税法律主義の一内容であるとされているところ，これは，私人
の行う経済取引等に対して法的安定性と予測可能性を与えることを目的
とするものと解される。もっとも，税法の分野においても，法の執行に際
して具体的事情を考慮し，税負担の公平を図るため，何らかの不確定概念
の下に課税要件該当性を判断する必要がある場合は否定できず（法１３２
条がその典型例であるということができる。），このような場合であって
も，具体的な事実関係における課税要件該当性の判断につき納税者の予測
可能性を害するものでなければ，租税法律主義に反するとまではいえない
と解されるところである。しかるところ，法１３２条の２は，上記（ⅱ）
のとおり，税負担減少効果を容認することが組織再編税制の趣旨・目的又
は当該個別規定の趣旨・目的に反することが明らかであるものに限り租税
回避行為に当たるとして否認できる旨の規定であると解釈すべきもので
あり，このような解釈は，納税者の予測可能性を害するものではないから，
これをもって租税法律主義に反するとまではいえないというべきである。
この点に関する原告の上記③の主張は採用することができない。
－31－
なお，法１３２条の２を上記のように解釈するとしても，その具体的な
適用の在り方（すなわち，包括的否認規定の適用を行えるかどうか）は，
当該事案において否認された行為を規律する個別規定の趣旨・目的に応じ
て定まるものであるというべきであり，当該個別規定の趣旨・目的の内容
によっては，形式的な適用を貫くべき場合もあるということができる。本
件で問題となる個別規定については，後記３(1)及び(2)において検討す
る。
(4)「その法人の行為又は計算」の意義について
ア法１３２条の２は，税務署長は，合併等（合併，分割，現物出資若しく
は事後設立又は株式交換若しくは株式移転）に係る「次に掲げる法人」の
法人税につき更正又は決定をする場合において，「その法人の行為又は計
算」で，これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果と
なると認められるものがあるときは，その行為又は計算にかかわらず，税
務署長の認めるところにより，「その法人に係る法人税」の課税標準若し
くは欠損金額又は法人税の額を計算することができる旨規定する。
同条の適用対象は，合併，分割，現物出資若しくは事後設立又は株式交
換若しくは株式移転という各種の組織再編成が行われ，これらの合併等を
した一方の法人又は他方の法人（同条１号），これらの合併等により交付
された株式を発行した法人（同条２号），前二号に掲げる法人の株主等で
ある法人（同条３号）に対して更正又は決定がされる場合とされていると
ころ，同条３号との関係においては，合併等をした一方又は他方の法人の
行為を否認して，その株主等（法人税法２条１４号）の法人税につき更正
又は決定をする場合を予定していると解される。したがって，同条の規定
は，否認することができる行為又は計算の主体である法人と法人税につき
更正又は決定を受ける法人とが異なる場合も予定しているということが
できる。
－32－
また，同条の文言上，否認の対象とすることができる「その法人の行為
又は計算」の「その法人」とは，その前の「次に掲げる法人」を受けてい
ると解釈することができるから，「その法人の行為又は計算」とは，「次
に掲げる法人」の行為又は計算，すなわち，同条各号に掲げられている法
人の行為又は計算を意味するものと解される。そして，その後の「その法
人に係る法人税」の「その法人」は，同条各号に掲げられている法人であ
って，法人税につき更正又は決定を受けるものを意味するものと解釈する
ことができるから，「その法人に係る法人税」は，更正又は決定を受ける
法人に係る法人税を意味するものと解される。
さらに，平成１９年法律第６号による改正前の法人税法１３２条の２
は，税務署長は，合併等をした一方の法人若しくは他方の法人又はこれら
の法人の株主等である法人の法人税につき更正又は決定をする場合にお
いて，「これらの法人」の行為又は計算で，これを容認した場合には，法
人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるとき
は，その行為又は計算にかかわらず，税務署長の認めるところにより，そ
の法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算
することができる旨規定していた。上記の改正により，同条の規定の対象
となる法人に，いわゆる三角合併の場合における合併法人の親法人等が追
加され，同条の規定の対象となる法人が同条各号において掲げられること
となったものであるが，上記の改正が，同条の規定により否認することが
できる行為又は計算の主体である法人と法人税につき更正又は決定を受
ける法人との関係を変更することを意図してされたことはうかがわれな
い。
以上の点に加え，組織再編成の形態や方法の多様化に対応するために設
けられたという同条の趣旨に鑑みれば，法１３２条の２の「その法人の行
為又は計算」の「その法人」は，その前の「次に掲げる法人」を受けてお
－33－
り，「その法人の行為又は計算」は，「次に掲げる法人」の行為又は計算
と読むべきであって，同条の規定により否認することができる行為又は計
算の主体である法人と法人税につき更正又は決定を受ける法人とは異な
り得るものと解すべきである。
イこれに対し，原告は，同条の規定により否認することができる行為又は
計算は，「法人税につき更正又は決定」を受ける法人の行為又は計算のみ
であると主張する。
しかしながら，同条の文言について，原告の主張のとおり解釈しなけれ
ばならないものではないことは上記アで判示したとおりである。また，同
条は，同族会社に関する法１３２条とはその基本的な趣旨・目的を異にす
ることは上記(3)イで判示したとおりであるから，法１３２条の適用上，
否認対象が同族会社の行為に限定されると解釈すべきであるとしても，法
１３２条の２についてこれと同一の解釈をしなけばならないとまではい
えない。
したがって，原告の上記主張は採用することができない。
３本件計画を前提とした分割承継行為を法１３２条の２の規定に基づき否認
することができるか否か（争点２）について
(1)適格分割及び非適格分割における譲渡損益等の取扱い
ア法６２条及び法６２条の３の趣旨
法６２条は，内国法人が分割（非適格分割）によりその有する資産及び
負債の移転をしたときは，その移転資産等を時価により譲渡したものとす
ること（同条１項），譲渡利益又は譲渡損失が生じたときは，これらを益
金の額又は損金の額に算入すること（同条２項）を定める。他方，法６２
条の３第１項は，内国法人が適格分社型分割によりその有する資産及び負
債の移転をしたときは，上記の規定にかかわらず，当該分割承継法人にそ
の移転資産等を帳簿価額による譲渡をしたものとして，各事業年度の所得
－34－
の金額を計算することを定める。
これらの規定は，上記２(1)イのとおり，法人がその有する資産を他に
移転する場合には，移転資産の時価取引として譲渡損益を計上するのが原
則であり，組織再編成により資産を移転する場合も例外ではないが，組織
再編成により資産を移転する前後では経済実態に実質的な変更が無いと
考えられる場合には，課税関係を継続させるのが適当と考えられることか
ら，組織再編成の１つである会社分割があった場合において，「移転資産
に対する支配」が分割後も継続していると認められるものについては，移
転資産の譲渡損益の計上を繰り延べることにしたものと解される。
イ法２条１２号の１１，施行令４条の２第６項の趣旨等
法２条１２号の１１イは，その分割に係る分割法人と分割承継法人との
間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式等の全部を直接又は
間接に保有する関係その他の政令で定める関係がある場合の当該分割が
適格分割に当たる旨を定める。そして，これを受けて，施行令４条の２第
６項１号は，当該分割が単独新設分割である場合にあっては，当該分割後
に当該分割法人と分割承継法人との間にいずれか一方の法人が他方の法
人の発行済株式等の全部を直接又は間接に保有する関係（以下「当事者間
の完全支配関係」という。）が継続すること（分割後に当該分割法人を被
合併法人とする適格合併が予定されている場合は，上記に加えて，合併後，
合併法人と分割承継法人との間に上記の関係が継続すること。以下同じ。）
が見込まれている場合における当該分割法人と分割承継法人との間の関
係がそれに当たる旨を定めている。また，同項２号は，当該分割が単独新
設分割である場合にあっては，当該分割後に当該分割法人と分割承継法人
との間に同一者によってそれぞれの法人の発行済株式等の全部を直接又
は間接に保有される関係（以下「同一者による完全支配関係」という。）
が継続することが見込まれている場合における当該分割法人と分割承継
－35－
法人との間の関係がそれに当たる旨を定めている。
これらの規定は，分割の時点で，分割後に当事者間の完全支配関係等が
継続することが見込まれていれば，「移転資産に対する支配」が分割後も
継続していると認められることから，そのような分割を適格分割として取
り扱うものとしたものと解される。そうすると，施行令４条の２第６項に
いう「見込まれている」とは，当事者間の完全支配関係等が継続すること
が具体的に予定されていることをいうと解することが相当である。
他方，上記の規定によれば，分割の時点で，当事者間の完全支配関係等
が継続していることが見込まれているとは認められない場合，当該分割
は，非適格分割として取り扱うこととなる。
ウ法６２条の８の趣旨等
本件改正においては，適格組織再編成に係る資産及び負債等の取扱いが
規定される一方，非適格組織再編成に係る取扱い等については，従来から
の営業譲受けの場合と基本的に同様となることから，特段の規定が設けら
れず，企業会計における実務的な対応に委ねられることとなった。しかる
に，その後，平成１５年に企業結合会計基準等が公表され，これらの基準
等は，平成１８年４月１日以降に開始する事業年度から適用されることと
なり，個々の資産や負債の取得価額については個別時価を付すとともに，
これらの合計額と取得対価との間に生じる差額を「（差額）のれん」とし
て計上することとされた。そこで，これらのことを勘案して，平成１８年
度税制改正において，非適格組織再編成や営業譲受けの場合の取扱いの明
確化を図るため，資産調整勘定の制度が導入された（乙４）。
すなわち，法６２条の８は，内国法人が非適格分割により当該非適格分
割に係る分割法人等から資産又は負債の移転を受けた場合において，当該
内国法人が当該非適格分割により交付した金銭の額及び金銭以外の資産
の価額の合計額が当該移転を受けた資産及び負債の時価純資産価額を超
－36－
えるときは，その超える部分の金額のうち政令で定める部分の金額は，資
産調整勘定の金額とすること（１項），資産調整勘定の金額を有する内国
法人は，当初計上額を６０で除して計算した金額に当該事業年度の月数を
乗じて計算した金額に相当する金額を当該事業年度において減額し（４
項），減額した金額を損金の額に算入すべきこと（５項）を定めた。
もっとも，上記の制度においては，分割法人の欠損金が分割承継法人の
資産調整勘定に置き換わって取り扱われ，課税上の弊害が生じることが想
定されるところ，このような欠損金相当額につき，資産調整勘定の金額と
は異なる取扱いをすることが必要であることから，施行令１２３条の１０
は，資産調整勘定の金額には，資産等超過差額その他財務省令で定める金
額を含まないとする旨を規定し，これを受けて，法人税法施行規則２７条
の１６第２号は，資産調整勘定の金額には，当該分割により移転を受ける
事業により見込まれる収益の額の状況その他の事情からみて実質的に当
該分割に係る分割法人の欠損金額に相当する部分から成ると認められる
金額を含まないとする旨を規定した。同号は，欠損金額が租税回避に利用
されることを防止するために設けられた個別否認規定であると解される。
(2)施行令４条の２第６項１号に係る法１３２条の２の適用の在り方
ア上記のとおり，施行令４条の２第６項１号は，分割後も「当事者間の完
全支配関係」が継続することが見込まれるという要件（以下「完全支配関
係継続見込み要件」という。）が充足されるのであれば，「移転資産に対
する支配」が継続していると評価することができ，適格合併として取り扱
うことが妥当であるという考え方を基礎として設けられたものと解され
る。
しかるに，同号において，完全支配関係継続見込み要件の充足の有無は，
分割を含む一連の組織再編成が行われることが計画されていても，分社型
分割の直接の当事者である分割法人と分割承継法人との間において局所
－37－
的に判定されるものとされている（分割後に適格合併を行うことが見込ま
れる場合にも，当該合併後における各法人の関係が局所的に判定されるも
のとされている）ところ，組織再編成の形態や方法は複雑かつ多様であり，
ある経済的効果を発生させる組織再編成の方法は単一ではなく，同じ経済
的効果を発生させ得る複数の方法があることに照らすと，局所的にみると
「当事者間の完全支配関係」の継続の見込みがないと判定される（すなわ
ち，非適格分割であるとされる）事実関係があるとしても，当該分割を含
む組織再編成の組み合わせ方や組織再編成に係る具体的な事情次第では，
一連の組織再編成を全体としてみると「移転資産に対する支配」が継続し
ていると評価すべき場合（すなわち，適格分割であるとすべき場合）が生
じ得るのであり，このような場合にも上記の局所的な判定を貫徹するとす
れば，課税上の公平を実現することができないおそれがあるということが
できる。
加えて，上記２(2)のとおり，本件改正時において，組織再編成を利用
した租税回避の代表例として，「複数の組織再編成を段階的に組み合わせ
ることなどにより，課税を受けることなく，実質的な法人の資産譲渡を行
うこと」が挙げられていること，また，立法担当者は，本件改正に合わせ
て出版された「企業組織再編成に係る税制についての講演録集」（同書７
０頁）において，「本来は適格組織再編成に該当するものを非適格組織再
編成として移転資産等の譲渡損を計上するようなもの－「適格外し」と呼
ぶのが良いのかもしれませんが－についても，租税回避行為として否認さ
れることがあり得ます。」との見解を述べていたこと（弁論の全趣旨）か
らすると，局所的に完全支配関係継続見込み要件の充足の有無を判定する
だけでは，組織再編成の性格決定（適格か非適格か）が適切には行えない
ことがあり得ることが明らかにされていたということができる。
これらのことを勘案すれば，同号における完全支配関係継続見込み要件
－38－
については，それが局所的にみると充足されないのであれば，当該分割を
含む組織再編成の組み合わせ方や組織再編成に係る他の具体的な事情を
一切問わずに（すなわち，例えば，①一連の組織再編成を構成する行為全
体により，移転資産に対する支配の状況がどのように変化することが予定
されていたのか，②分割自体により，移転資産に対する支配の状況や事業
の内容がどのように変更されることが予定され，そのことに十分な事業目
的又は事業上の必要性が認められるか，③完全支配関係継続見込み要件に
該当する行為又は事実につき，十分な事業目的又は事業上の必要性が認め
られるか否かなどの事情を一切問わずに），当該分割を非適格分割と認め
るべきものとして定められたとはいえず，完全支配関係継続見込み要件が
局所的にみると充足されない場合において包括否認規定を適用すること
は排除されない趣旨のものと解することが相当である。
以上の点と，上記２(3)で判示したところを総合すれば，施行令４条の
２第６項１号の完全支配関係継続見込み要件については，当該要件が局所
的にみて充足されない場合であっても，それによる課税上の効果が明らか
に不当であるという状況が生じる可能性があることを前提に規定された
ものであるというべきであるから，組織再編成の組み合わせ方や組織再編
成に係る他の具体的な事情（上記で例示したもののほか，事案によっては
それ以外の事情も含まれ得る。）を総合考慮すると，分割の前後を通じて
「移転資産に対する支配」が継続しているということができ，同号の趣
旨・目的に明らかに反すると認められるときは，法１３２条の２の規定に
より，完全支配関係継続見込み要件が充足されないことの原因となってい
る行為又は計算を否認することができると解すべきである。
イこれに対し，原告は，非適格分割に伴って分割承継法人に生じる資産調
整勘定に係る課税上の弊害については，法人税法施行規則２７条の１６に
より対処されており，その文言上の射程を拡張した形で法１３２条の２を
－39－
適用することはできない旨主張する。
しかしながら，上記の規定は，当該分割により移転を受ける事業により
見込まれる収益の額の状況その他の事情からみて実質的に当該分割に係
る分割法人の欠損金額に相当する部分から成ると認められる金額がある
場合に，これを否認しようとするものであって，上記アで指摘したような，
当該分割を含む組織再編成の組み合わせ方や組織再編成に係る他の具体
的な事情により，適格分割か非適格分割かの判定に問題が生じる場合を想
定したものではなく，否認の場面を異にすることが明らかである。したが
って，原告の上記主張は採用することができない。
(3)本件の組織再編成における不当性要件の充足の有無について
ア本件の組織再編成に係る具体的な事情をみると，上記１の認定事実によ
れば，①Ｐ２は，データセンター事業を行っていたところ，平成２０年３
月頃，その設備資金の調達と，未処理欠損金額の有効利用を行うことを目
的として，分社を含む株式上場計画案を策定したこと（上記１(1)イ，ウ），
②これに対し，親会社であるＰ１は，Ｐ２には上場するのに適切な企業価
値が不足している上，上記計画では未処理欠損金額の一部しか利用できて
いないとの指摘を行い，財務部において，未処理欠損金額の全額を有効に
利用できるよう，Ｐ１の子会社間における非適格合併等と適格合併を併用
した組織再編成（事業譲渡案，単純分社化案等）の手順を案出したこと（同
エ），③Ｐ８氏は，同年１０月中旬頃，上記手順の説明を受けたが，Ｐ１
の子会社間でデータセンターを集約するのではなく，Ｐ２のデータセンタ
ーをＰ４の自社保有とすることによりＰ４のインターネットサービスの
競争力を向上させることが適切であることなどから，Ｐ４にＰ２を売却す
べきであるとの考えを表明し，このことを前提として，Ｐ１において，Ｐ
４によるＰ２株式の買収，本件合併などから構成される本件提案を作成し
たところ，本件提案は，Ｐ１の資金需要の一助となるものであり，また，
－40－
Ｐ２の未処理欠損金額を有効に利用し尽くすことができるものであった
こと（上記１(2)アないしウ），④Ｐ１は，Ｐ４に対し，同月２７日，本
件提案を行い，Ｐ４は，これを受けて，従前の方針を転換してデータセン
ターを自社保有するかどうかの検討を開始したこと（同エ），⑤Ｐ７氏は，
Ｐ８氏から，同年１１月２７日，Ｐ２の取締役副社長に就任するように依
頼を受け，これを了解し，Ｐ１３氏は，同年１２月１０日頃，本件提案を
実行すること及びＰ７氏がＰ２の取締役副社長に就任することを了解し
たこと（上記１(3)ア），⑥Ｐ８氏は，平成２１年１月１５日，本件買収
（本件譲渡１及び２）におけるＰ１としての最低譲渡価額が４５０億円で
あることを伝え，同月中には，Ｐ１及びＰ４の双方の取締役会で本件提案
についての詳細な検討が行われ，Ｐ７氏は，同月３０日頃までには，本件
買収及び本件合併を行う意思を固めつつあったこと（同エ），⑦同年２月
２日に効力を生じた本件分割により，原告が設立され，これにより，Ｐ２
には，データセンターを構成する不動産とそれに関連する契約上の地位が
残される一方，データセンターの営業や開発は原告が担うこととなり，旧
Ｐ２の従業員はすべて原告に雇用されることとなったこと（同ウ），⑧Ｐ
２は，Ｐ４に対し，同月２０日，原告株式の譲渡（本件譲渡１）を行い，
また，Ｐ１は，Ｐ４に対し，同月２４日，Ｐ２株式の譲渡（本件譲渡２）
を行ったところ，本件譲渡１の代金１１５億円は本件合併によりＰ４に戻
ることとなっており，Ｐ４が支払う金額は実質的には本件譲渡２に係る代
金である４５０億円とされていたこと（同エ），⑨さらに，Ｐ４は，同年
３月３０日，本件合併を行い，Ｐ２の権利義務を全部承継したが，Ｐ１３
氏やＰ２２はＰ４の取締役に就任することはなく，データセンターに関す
る設備投資案件についての原告の権限も限定されることとなったこと，ま
た，当時，原告の株式の上場について具体的な計画は存在していなかった
こと（同オ）が認められる。
－41－
イ以上で認定した本件の組織再編成に係る具体的な事情を検討すると，以
下の点を指摘することができる。
まず，一連の組織再編成に係る計画の全体についてみると，①本件分割
を含む組織再編成の端緒は，Ｐ２が計画した株式上場計画案であったが，
同案は，親会社であるＰ１の反対により実行されず，Ｐ１は，本件提案に
沿って組織再編成を行うことを決定し，Ｐ２もこれを了承したこと，②そ
の後に行われた実際の組織再編成は，本件提案に沿った内容のものであっ
たこと，③本件分割が効力を発生した平成２１年２月２日当時，本件譲渡
１及び２に係る金額は実質的に決定しており，Ｐ４の代表取締役であるＰ
７氏は，必要な調査及び検討を経て，本件買収及び本件合併を行う意思を
固めつつあったことが認められるところ，以上の諸点からすると，本件分
割の時点においては，本件分割後，本件提案の内容に沿って，Ｐ４が原告
の株式全部及びＰ２の株式全部の譲受けを受けた上でＰ２を合併するこ
とがほぼ確実に実現する見込みがあったということができる。そして，本
件分割の時点における爾後の組織再編成に係る計画の内容は，原告は，本
件分割の時点から本件譲渡１の時点まではＰ２の完全子会社であり，本件
譲渡１の時点（同年２月２０日）でＰ４の子会社になることによりＰ２と
の間の「当事者間の完全支配関係」は一時的に切断されるが，その約１か
月後である本件合併の時点（同年３月３０日）からは，Ｐ４がＰ２を吸収
合併して原告を完全子会社とすることにより，Ｐ４との間で「当事者間の
完全支配関係」が生じることを予定するものであったということができ
る。したがって，この計画は，本件分割後に本件譲渡１が行われることの
みを局所的に取り出してみれば，「当事者間の完全支配関係」の継続の見
込みがないとの判定がされるものの，「移転資産に対する支配」が継続し
ているか否かの指標とされる「当事者間の完全支配関係」が一時的に切断
されるが短期間のうちに復活することが予定されているものであり，一連
－42－
の組織再編成の計画を全体としてみると，Ｐ２の分割は，実質的にみて，
分割会社による「移転資産に対する支配」が継続する内容のものであると
評価すべき場合であることは明らかである。
また，本件分割自体についてみると，④Ｐ２は，本件分割前，データセ
ンターの設備とそれを利用した営業等とを一体的に行うデータセンター
事業を行っており，Ｐ２が計画した株式上場計画案（７月１６日分社化ス
キーム案）は，これを一体として引き継ぐ内容の会社分割を行うことを予
定していたのに対し，本件提案は，一体的な事業をデータセンター設備を
保有する会社とデータセンターの営業等を行う会社とに分割するという
ものであるところ，それ自体，Ｐ２として事業上の必要性に疑問があるも
ので（Ｐ２が本件提案に反対の意向であったことは上記１(1)エのとおり
である。），Ｐ１４グループ全体で繰越欠損金を有効利用するという目的
が優先されたものであったと評価することができる。また，⑤旧Ｐ２が策
定した株式上場計画とは異なり，本件提案には，原告の株式上場を実行す
る具体的な計画が含まれておらず，また，Ｐ４においても，原告の株式上
場を行う具体的な計画を有していたとは認められない。以上のとおりであ
るから，本件分割の態様は，Ｐ２にとって，事業上の必要性よりも，Ｐ１
４グループ全体での租税回避の目的を優先したものであるとの評価を免
れないことは明らかである。
さらに，本件譲渡１を行うこと自体の事業上の必要性をみると，⑥旧Ｐ
２にとっても，Ｐ４にとっても，データセンター設備を保有する会社の譲
渡を行う数日前に，データセンターの営業等を行う会社の譲渡を行うこと
につき，何らかの事業上の意義があるとは評価し難い。また，⑦Ｐ４がＰ
２に対して本件譲渡１の対価として支払った１１５億円は，その後，Ｐ４
がＰ２を合併することでＰ４に戻ることとなっており，Ｐ４が支払う金額
は実質的には本件譲渡２に係る代金である４５０億円であって，本件譲渡
－43－
１に係る独自の対価の支払があるとは評価できない。これらの点からすれ
ば，本件譲渡１を行うこと自体の事業上の必要性は，極めて希薄であった
ことは明らかである。
加えて，⑧本件提案がされた目的の１つは，Ｐ２の未処理欠損金額を余
すことなく処理することにあったこと，他方，⑨本件買収及び本件合併に
当たり，Ｐ１とＰ４との間では，税務上，本件分割後，原告において資産
調整勘定の計上ないし償却が認められるかどうかについて明示的な検討
が行われ，取引に係る契約書のほかに，差入書が作成されて，資産調整勘
定の計上ないし償却が認められない場合の対処方法が合意されていたこ
とに照らすと，一連の組織再編成に関与する法人は，資産調整勘定の計上
が認められない可能性が相当程度あることを認識していたということが
できる。
以上のような本件における諸事情を総合勘案すると，分割後に本件譲渡
１を行うという計画（本件計画）を前提とした分割行為は，局所的にみれ
ば完全支配関係継続見込み要件を充足しないものではあるものの，それに
よりもたらされる税負担減少効果を容認することは，完全支配関係継続見
込み要件を定めた施行令４条の２第６項１号が設けられた趣旨・目的に反
することが明らかであるということができる。したがって，本件計画を前
提とした分割行為は，法１３２条の２にいう「法人税の負担を不当に減少
させる結果となると認められるもの」に該当すると解することが相当であ
る。
ウこれに対し，原告は，上記イ③の点に関し，本件分割は実質的にみて適
格分割であるとはいえず，その理由として，本件のような分社型分割では
なく，分割型分割を利用した組織再編成を行うこと（Ｐ２が分割型分割を
行って原告を設立し，Ｐ１がＰ４に対してＰ２及び原告の株式全部を譲渡
し，Ｐ４がＰ２を吸収合併するもの）によっても，本件と同一の組織再編
－44－
成の結果を得ることができるところ，分割型分割の場合は非適格分割とさ
れる旨主張する。
しかしながら，本件と同一の組織再編成の結果を得る方法としては，他
に，本件分割を行う以前にＰ４がＰ２を吸収合併し，その後，分割を行っ
て原告を設立する方法も考えられるところ，この場合は適格分割となるも
のと考えられる。このように，抽象的に設定された他の組織再編成の方法
を検討してみても，結論は区々なものとなることからすると，他の組織再
編成との比較をするだけでは組織再編成の実質的な性質決定をすること
はできないというべきであり，当該事案における組織再編成の方法を前提
として，その具体的な事情を基礎として検討を行うほかはないといわざる
得ない。そして，本件におけるＰ２の分割は，実質的にみて，分割会社に
よる「移転資産に対する支配」が継続する内容のものであると評価すべき
ことは上記で判示したとおりである。したがって，上記の原告の主張は採
用することができない。
また，原告は，上記イ④の点に関し，本件分割の目的は原告の株式上場
に向けた準備にあり，未処理欠損金額の活用が主眼であったわけではな
く，本件分割は株式上場の可能性を維持することを主眼に置いて採用され
たものである旨主張し，これに沿うものとしてＰ２３の陳述書（甲７９）
の記載及びＰ８氏の証言の供述部分（甲７７）などを挙げる。
しかしながら，Ｐ２が作成した株式上場計画は，企業価値が不足してい
るなどの理由で親会社であるＰ１が反対したことにより実行されず，それ
に代えて実行された本件提案には，株式上場について具体的な記載がない
ことは上記のとおりであるし，原告がＰ４の子会社となった現時点におい
ても，株式上場について具体的な計画があることを認めるに足りる証拠は
ない。また，原告の企業価値を増加させるものとして本件分割後に行って
いくとされているクラウドコンピューティング事業についても，上記の株
－45－
式上場計画の策定当時においては，成長戦略として位置付けられるものに
とどまっており（甲１１の２・１４頁），これが直ちに株式上場に結び付
くものであることを認めるに足りる的確な証拠はない。そうすると，Ｐ２
が会社分割を行うに当たり基本的な考え方として挙げていた「株式上場の
可能性が担保されること」という点（甲４１，７９）は，将来の抽象的な
計画をいうにとどまるものとみるほかはない。したがって，上記の原告の
主張は採用することができない。
さらに，原告は，上記イ⑥の点に関し，Ｐ２株式譲渡（本件譲渡２）に
先立って原告株式譲渡（本件譲渡１）を行い，原告をＰ４の直接の子会社
とすることにより，原告をＰ４の孫会社とすることから生じる事業上の不
都合を避けることができたと主張し，これに沿う陳述書（甲７４，７５，
７６）の記載がある。
しかしながら，原告が主張する事業上の不都合とは，（ⅰ）事業展開の
観点から，原告をＰ４の直接の子会社とすることが自然であり，一般の信
用を得やすいこと，（ⅱ）統一的な情報セキュリティ管理を行うという観
点から，原告をＰ４の直接の子会社とする必要性があったこと，（ⅲ）社
内システムへのアクセス権限を与えるため，原告をＰ４の直接の子会社と
する必要性があったことであるところ，本件分割及び本件譲渡１が実行さ
れるに至るまでの間，Ｐ４において上記のような観点から本件譲渡１の必
要性が実際に検討されていたことを示す的確な証拠はないことからする
と，上記各陳述書の記載は，直ちには，信用することができない。また，
Ｐ１又はＰ２において本件の組織再編成に関与した者からの聴取書（乙
７，１０，１１，１２）によれば，Ｐ２においては，本件譲渡２に先立っ
て本件譲渡１を行うことについてＰ１から一方的に通知を受けたにすぎ
ず，営業部門である原告のみを譲渡する事業上の必要性等は認識されてい
なかったことが認められる。したがって，原告の上記主張は，採用するこ
－46－
とができない。
(4)本件計画を前提とした分割行為は否認の対象となる行為か否かについて
ア否認対象行為について
被告は，本件で否認の対象となる行為は，本件計画を前提とした「原告
の分割承継行為」である旨主張する。
そこで検討するに，分割とは，株式会社又は合同会社がその事業に関し
て有する権利義務の全部又は一部を分割後他の会社又は分割により設立
する会社に承継させることをいうと解される（会社法２条２９号，３０号
参照）。そして，新設分割をする場合においては，分割法人は，新設分割
計画を作成し（同法７６２条），これを備え置き（同法８０３条），株主
総会の決議によって，その承認を受ける（同法８０４条）などしなければ
ならない。そして新設分割の効力は，分割承継法人の設立の登記による成
立（同法４９条）によって生じ（同法７６４条，７６６条），分割承継法
人は，新設分割計画の定めに従い，分割法人の権利義務を承継することと
されている（同法７６４条，７６６条）。
以上のような会社分割に関する定めによれば，分割承継法人が分割法人
の権利義務を承継するのは，分割による法的効果にすぎず，分割承継法人
において，同法人が行う何らかの承継行為が観念できるものではない。し
たがって，否認の対象は「原告の分割承継行為」であるとする被告の主張
は，採用することができず，本件において否認の対象とすべきものは，分
割法人であるＰ２の分割行為であると解すべきである。
しかるに，上記２(4)のとおり，法１３２条の２の規定により否認する
ことができる行為又は計算は，法人税につき更正又は決定を受ける法人の
行為又は計算に限られず，同条の規定により否認することができる行為又
は計算には，法人税につき更正又は決定を受ける法人以外の法人であっ
て，同条各号に掲げられているものの行為又は計算が含まれるというべき
－47－
である。したがって，否認の対象を，本件計画を前提とするＰ２の分割行
為であると解するとしても，同条の規定により否認することができるとい
うべきである。
イ否認の態様からみた否認対象行為としての適格性について
原告は，法１３２条の２の規定は，納税者が私法上の法形式を濫用した
場合に，私法上の法律関係はそのままにしておきながら，租税法の適用上
のみにおいて，正常な私法上の法形式に引き直した上で，租税法を適用し
て課税するものであるから，否認の対象となる行為は，納税者が選択した
私法上の法形式をもつ行為であって，引き直される正常な法形式は，納税
者が選択した私法上の法形式とは別の法形式を持つ私法上の行為でなけ
ればならず，私法上の法形式としては同一であるものは否認の対象となら
ない旨主張する。
しかしながら，組織再編税制においては，同じ法形式を有する分割行為
であっても，特別に設けた要件に該当する行為又は事実関係の有無に従
い，税法上の法律効果として，適格分割となる場合と非適格分割となる場
合とを区別することになっており，法形式ごとに法律効果が結び付けられ
ているものではない。そして，上記２で判示したとおり，法１３２条の２
の規定は，組織再編成の形態や方法が相当に複雑かつ多様となっており，
組織再編成が租税回避の手段として濫用されるおそれがあるため，適正な
課税を行うことができるように包括的な組織再編成に係る租税回避防止
規定として設けられたものである。こうしたことからすると，法１３２条
の２の規定により否認され，引き直されるのは，法形式を異にするものに
は限られず，事実行為としてその内容を異にするものも含むと解すること
が相当である。
しかるところ，分割後に本件譲渡１を行うという計画（本件計画）を前
提とした分割行為と，本件計画を前提としない分割行為とでは，事実行為
－48－
として内容を異にするものであって，税法上の効果において異なるもので
あるから，法１３２条の２の規定に基づき，前者を否認して後者に引き直
すことは許されるというべきである。
したがって，原告の上記主張は採用することができない。
(5)小括
以上のとおりであるから，分割後に本件譲渡１を行うという計画（本件計
画）を前提とした分割行為は，「その法人の行為（中略）で，これを容認し
た場合には，（中略）法人税の負担を不当に減少させる結果となると認めら
れるもの」（法１３２条の２）に該当し，同条の規定に基づき否認すること
ができるというべきである。
４本件更正処分等の適法性について
以上によれば，分割後に本件譲渡１を行うという計画（本件計画）を前提と
した分割行為及び本件資産調整勘定の金額を減額して損金の額に算入する計
算は，法１３２条の２の規定に基づき否認することができ，これまでに述べた
ところ及び弁論の全趣旨によれば，本件各更正処分等は，別紙３のとおりいず
れも適法なものと認められる。
５結論
よって，原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，訴訟費用
の負担について行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して，主文のと
おり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官谷口豊
－49－
裁判官竹林俊憲
裁判官貝阿彌亮
－50－
別紙２
関係法令の定め
第１平成２２年法律第６号による改正前の法人税法
１２条（定義）
この法律において，次の各号に掲げる用語の意義は，当該各号に定めるとこ
ろによる。
一から九まで（略）
十同族会社会社の株主等（その会社が自己の株式又は出資を有する場合の
その会社を除く。）の３人以下並びにこれらと政令で定める特殊の関係のあ
る個人及び法人がその会社の発行済株式又は出資（その会社が有する自己の
株式又は出資を除く。）の総数又は総額の１００分の５０を超える数又は金
額の株式又は出資を有する場合その他政令で定める場合におけるその会社
をいう。
十一被合併法人合併によりその有する資産及び負債の移転を行つた法人を
いう。
十二合併法人合併により被合併法人から資産及び負債の移転を受けた法人
をいう。
十二の二分割法人分割によりその有する資産及び負債の移転を行つた法人
をいう。
十二の三分割承継法人分割により分割法人から資産及び負債の移転を受け
た法人をいう。
十二の四から十二の七の五まで（略）
十二の八適格合併次のいずれかに該当する合併で被合併法人の株主等に合
併法人株式（合併法人の株式又は出資をいう。）又は合併親法人株式（合併
法人との間に当該合併法人の発行済株式又は出資（自己が有する自己の株式
又は出資を除く。以下この条において「発行済株式等」という。）の全部を
－51－
保有する関係として政令で定める関係がある法人の株式又は出資をいう。）
のいずれか一方の株式又は出資以外の資産（当該株主等に対する剰余金の配
当等（株式又は出資に係る剰余金の配当，利益の配当又は剰余金の分配をい
う。第１２号の１１において同じ。）として交付される金銭その他の資産及
び合併に反対する当該株主等に対するその買取請求に基づく対価として交
付される金銭その他の資産を除く。）が交付されないものをいう。
イその合併に係る被合併法人と合併法人（当該合併が法人を設立する合併
（以下この号において「新設合併」という。）である場合にあつては，当
該被合併法人と他の被合併法人）との間にいずれか一方の法人が他方の法
人の発行済株式等の全部を直接又は間接に保有する関係その他の政令で
定める関係がある場合の当該合併
ロその合併に係る被合併法人と合併法人（当該合併が新設合併である場合
にあつては，当該被合併法人と他の被合併法人）との間にいずれか一方の
法人が他方の法人の発行済株式等の総数（出資にあつては，総額。以下第
１２号の１６までにおいて同じ。）の１００分の５０を超え，かつ，１０
０分の１００に満たない数（出資にあつては，金額。以下第１２号の１６
までにおいて同じ。）の株式（出資を含む。以下第１２号の１６までにお
いて同じ。）を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める関係が
ある場合の当該合併のうち，次に掲げる要件のすべてに該当するもの
(1)当該合併に係る被合併法人の当該合併の直前の従業者のうち，その総
数のおおむね１００分の８０以上に相当する数の者が当該合併後に当
該合併に係る合併法人の業務に従事することが見込まれていること（当
該合併後に当該合併法人を被合併法人とする適格合併を行うことが見
込まれている場合には，当該相当する数の者が，当該合併後に当該合併
法人の業務に従事し，当該適格合併後に当該適格合併に係る合併法人の
業務に従事することが見込まれていること。）。
－52－
(2)当該合併に係る被合併法人の当該合併前に営む主要な事業が当該合
併後に当該合併に係る合併法人において引き続き営まれることが見込
まれていること（当該合併後に当該合併法人を被合併法人とする適格合
併を行うことが見込まれている場合には，当該主要な事業が，当該合併
後に当該合併法人において営まれ，当該適格合併後に当該適格合併に係
る合併法人において引き続き営まれることが見込まれていること。）。
ハその合併に係る被合併法人と合併法人（当該合併が新設合併である場合
にあつては，当該被合併法人と他の被合併法人）とが共同で事業を営むた
めの合併として政令で定めるもの
十二の九分割型分割分割により分割法人が交付を受ける分割承継法人の株
式その他の資産（次号及び第１２号の１１において「分割対価資産」という。）
のすべてがその分割の日において当該分割法人の株主等に交付される場合
の当該分割をいう。
十二の十分社型分割分割により分割法人が交付を受ける分割対価資産がそ
の分割の日において当該分割法人の株主等に交付されない場合の当該分割
をいう。
十二の十一適格分割次のいずれかに該当する分割（分割型分割にあつては
分割法人の株主等に分割承継法人の株式又は分割承継親法人株式（分割承継
法人との間に当該分割承継法人の発行済株式等の全部を保有する関係とし
て政令で定める関係がある法人の株式をいう。以下この号において同じ。）
のいずれか一方の株式以外の資産（当該株主等に対する剰余金の配当等とし
て交付される分割対価資産以外の金銭その他の資産を除く。）が交付されず，
かつ，当該株式が当該株主等の有する分割法人の株式の数の割合に応じて交
付されるものに，分社型分割にあつては分割法人に分割承継法人の株式又は
分割承継親法人株式のいずれか一方の株式以外の資産が交付されないもの
に限る。）をいう。
－53－
イその分割に係る分割法人と分割承継法人との間にいずれか一方の法人が
他方の法人の発行済株式等の全部を直接又は間接に保有する関係その他
の政令で定める関係がある場合の当該分割
ロその分割に係る分割法人と分割承継法人との間にいずれか一方の法人が
他方の法人の発行済株式等の総数の１００分の５０を超え，かつ，１００
分の１００に満たない数の株式を直接又は間接に保有する関係その他の
政令で定める関係がある場合の当該分割のうち，次に掲げる要件のすべて
に該当するもの
(1)当該分割により分割事業（分割法人の分割前に営む事業のうち，当該
分割により分割承継法人において営まれることとなるものをいう。ロに
おいて同じ。）に係る主要な資産及び負債が当該分割承継法人に移転し
ていること（当該分割後に当該分割承継法人を被合併法人とする適格合
併を行うことが見込まれている場合には，当該主要な資産及び負債が，
当該分割により当該分割承継法人に移転し，当該適格合併により当該適
格合併に係る合併法人に移転することが見込まれていること。）。
(2)当該分割の直前の分割事業に係る従業者のうち，その総数のおおむね
１００分の８０以上に相当する数の者が当該分割後に当該分割承継法
人の業務に従事することが見込まれていること（当該分割後に当該分割
承継法人を被合併法人とする適格合併を行うことが見込まれている場
合には，当該相当する数の者が，当該分割後に当該分割承継法人の業務
に従事し，当該適格合併後に当該適格合併に係る合併法人の業務に従事
することが見込まれていること。）。
(3)当該分割に係る分割事業が当該分割後に当該分割承継法人において
引き続き営まれることが見込まれていること（当該分割後に当該分割承
継法人を被合併法人とする適格合併を行うことが見込まれている場合
には，当該分割事業が，当該分割後に当該分割承継法人において営まれ，
－54－
当該適格合併後に当該適格合併に係る合併法人において引き続き営ま
れることが見込まれていること。）。
ハその分割に係る分割法人と分割承継法人（当該分割が法人を設立する分
割である場合にあつては，当該分割法人と他の分割法人）とが共同で事業
を営むための分割として政令で定めるもの
十二の十二適格分割型分割分割型分割のうち適格分割に該当するものをい
う。
十二の十三適格分社型分割分社型分割のうち適格分割に該当するものをい
う。
十二の十四から四十八まで（略）
２６２条（合併及び分割による資産等の時価による譲渡）
(1)１項
内国法人が合併又は分割により合併法人又は分割承継法人にその有する資
産及び負債の移転をしたときは，当該合併法人又は分割承継法人に当該移転
をした資産及び負債の当該合併又は分割の時の価額による譲渡をしたもの
として，当該内国法人の各事業年度の所得の金額を計算する。この場合にお
いては，当該合併により当該資産及び負債の移転をした当該内国法人（資本
又は出資を有しないものを除く。）は，当該合併法人から新株等（当該合併
法人が当該合併により交付した当該合併法人の株式（出資を含む。以下この
項及び次条において同じ。）その他の資産（第６１条の２第３項（有価証券
の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入）に規定する場合において同項の規
定により同項に規定する株式割当等を受けたものとみなされる当該合併法
人の株式その他の資産を含む。）をいう。）をその時の価額により取得し，
直ちに当該新株等を当該内国法人の株主等に交付したものとする。
(2)２項及び３項（略）
３６２条の３（適格分社型分割による資産等の帳簿価額による譲渡）
－55－
(1)１項
内国法人が適格分社型分割により分割承継法人にその有する資産及び負債
の移転をしたときは，第６２条第１項（合併及び分割による資産等の時価に
よる譲渡）の規定にかかわらず，当該分割承継法人に当該移転をした資産及
び負債の当該適格分社型分割の直前の帳簿価額による譲渡をしたものとし
て，当該内国法人の各事業年度の所得の金額を計算する。
(2)２項（略）
４６２条の８（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金
算入等）
(1)１項
内国法人が非適格合併等（適格合併に該当しない合併又は適格分割に該当
しない分割，適格現物出資に該当しない現物出資若しくは事業の譲受けのう
ち，政令で定めるものをいう。以下この条において同じ。）により当該非適
格合併等に係る被合併法人，分割法人，現物出資法人その他政令で定める法
人（以下この条において「被合併法人等」という。）から資産又は負債の移
転を受けた場合において，当該内国法人が当該非適格合併等により交付した
金銭の額及び金銭以外の資産（適格合併に該当しない合併にあつては，第６
２条第１項（合併及び分割による資産等の時価による譲渡）に規定する新株
等）の価額の合計額（当該非適格合併等において当該被合併法人等から支出
を受けた第３７条第７項（寄附金の損金不算入）に規定する寄附金の額に相
当する金額を含み，当該被合併法人等に対して支出をした同項に規定する寄
附金の額に相当する金額を除く。第３項において「非適格合併等対価額」と
いう。）が当該移転を受けた資産及び負債の時価純資産価額（当該資産（営
業権にあつては，政令で定めるものに限る。以下この項において同じ。）の
取得価額の合計額から当該負債の額（次項に規定する負債調整勘定の金額を
含む。以下この項において同じ。）の合計額を控除した金額をいう。第３項
－56－
において同じ。）を超えるときは，その超える部分の金額（当該資産の取得
価額の合計額が当該負債の額の合計額に満たない場合には，その満たない部
分の金額を加算した金額）のうち政令で定める部分の金額は，資産調整勘定
の金額とする。
(2)２項及び３項（略）
(3)４項
第１項の資産調整勘定の金額を有する内国法人は，各資産調整勘定の金額
に係る当初計上額（非適格合併等の時に同項の規定により当該資産調整勘定
の金額とするものとされた金額をいう。）を６０で除して計算した金額に当
該事業年度の月数を乗じて計算した金額（当該内国法人が自己を被合併法人
とする合併（適格合併を除く。）を行う場合にあつては，当該合併の日の前
日の属する事業年度終了の時の金額）に相当する金額を，当該事業年度（当
該内国法人が当該合併を行う場合にあつては，当該合併の日の前日の属する
事業年度）において減額しなければならない。
(4)５項
前項の規定により減額すべきこととなつた資産調整勘定の金額に相当する
金額は，その減額すべきこととなつた日の属する事業年度の所得の金額の計
算上，損金の額に算入する。
(5)６項から１２項まで（略）
５１３２条（同族会社等の行為又は計算の否認）
(1)１項
税務署長は，次に掲げる法人に係る法人税につき更正又は決定をする場合
において，その法人の行為又は計算で，これを容認した場合には法人税の負
担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは，その行為
又は計算にかかわらず，税務署長の認めるところにより，その法人に係る法
人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。
－57－
一内国法人である同族会社
二イからハまでのいずれにも該当する内国法人
イ３以上の支店，工場その他の事業所を有すること。
ロその事業所の２分の１以上に当たる事業所につき，その事業所の所長，
主任その他のその事業所に係る事業の主宰者又は当該主宰者の親族そ
の他の当該主宰者と政令で定める特殊の関係のある個人（以下この号に
おいて「所長等」という。）が前に当該事業所において個人として事業
を営んでいた事実があること。
ハロに規定する事実がある事業所の所長等の有するその内国法人の株式
又は出資の数又は金額の合計額がその内国法人の発行済株式又は出資
（その内国法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額
の３分の２以上に相当すること。
(2)２項及び３項（略）
６１３２条の２（組織再編成に係る行為又は計算の否認）
税務署長は，合併，分割，現物出資若しくは事後設立（第２条第１２号の６
（定義）に規定する事後設立をいう。）又は株式交換若しくは株式移転（以下
この条において「合併等」という。）に係る次に掲げる法人の法人税につき更
正又は決定をする場合において，その法人の行為又は計算で，これを容認した
場合には，合併等により移転する資産及び負債の譲渡に係る利益の額の減少又
は損失の額の増加，法人税の額から控除する金額の増加，第１号又は第２号に
掲げる法人の株式（出資を含む。第２号において同じ。）の譲渡に係る利益の
額の減少又は損失の額の増加，みなし配当金額（第２４条第１項（配当等の額
とみなす金額）の規定により第２３条第１項第１号（受取配当等の益金不算入）
に掲げる金額とみなされる金額をいう。）の減少その他の事由により法人税の
負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは，その行為
又は計算にかかわらず，税務署長の認めるところにより，その法人に係る法人
－58－
税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。
一合併等をした一方の法人又は他方の法人
二合併等により交付された株式を発行した法人（前号に掲げる法人を除く。）
三前二号に掲げる法人の株主等である法人（前二号に掲げる法人を除く。）
第２平成２２年政令第５１号による改正前の法人税法施行令
１４条の２（適格組織再編成における株式の保有関係等）
(1)１項から５項まで（略）
(2)６項
法第２条第１２号の１１イに規定する政令で定める関係は，次に掲げるい
ずれかの関係とする。
一分割前に当該分割に係る分割法人と分割承継法人（当該分割が法人を設
立する分割（以下この号において「新設分割」という。）で２以上の法人
が行うもの（第８項までにおいて「複数新設分割」という。）である場合
にあつては，当該分割法人と他の分割法人）との間にいずれか一方の法人
が他方の法人の発行済株式等の全部を直接又は間接に保有する関係（以下
この号において「当事者間の完全支配関係」という。）があり，かつ，当
該分割後に当該分割法人と分割承継法人との間に当事者間の完全支配関
係が継続すること（当該分割後に当該分割法人を被合併法人とする適格合
併を行うことが見込まれている場合には当該分割後に当該分割法人と分
割承継法人との間に当事者間の完全支配関係があり，当該適格合併後に当
該適格合併に係る合併法人と当該分割承継法人との間に当事者間の完全
支配関係が継続することとし，当該分割後に分割承継法人を被合併法人と
する適格合併を行うことが見込まれている場合には当該分割の時から当
該適格合併の直前の時まで当該分割法人と分割承継法人との間に当事者
間の完全支配関係が継続することとする。以下この号において同じ。）が
見込まれている場合（当該分割が新設分割で複数新設分割に該当しないも
－59－
の（以下この項及び次項において「単独新設分割」という。）である場合
にあつては，当該分割後に当該分割法人と分割承継法人との間に当事者間
の完全支配関係が継続することが見込まれている場合）における当該分割
法人と分割承継法人との間の関係（次号に掲げる関係に該当するものを除
く。）
二分割前に当該分割に係る分割法人と分割承継法人（当該分割が複数新設
分割である場合にあつては，当該分割法人と他の分割法人）との間に同一
の者（当該者が個人であるときは，当該個人及びこれと前条第１項に規定
する特殊の関係のある個人）によつてそれぞれの法人の発行済株式等の全
部を直接又は間接に保有される関係（以下この号において「同一者による
完全支配関係」という。）があり，かつ，当該分割後に当該分割法人と分
割承継法人との間に同一者による完全支配関係が継続すること（当該分割
後に当該同一の者を被合併法人とする適格合併を行うことが見込まれて
いる場合には当該分割後に当該分割法人と分割承継法人との間に同一者
による完全支配関係があり，当該適格合併後に当該適格合併に係る合併法
人によつて当該分割法人と分割承継法人の発行済株式等の全部を直接又
は間接に保有される関係が継続することとし，当該分割後に当該分割法人
又は分割承継法人を被合併法人とする適格合併を行うことが見込まれて
いる場合には当該分割の時から当該適格合併の直前の時まで当該分割法
人と分割承継法人との間に同一者による完全支配関係が継続することと
する。以下この号において同じ。）が見込まれている場合（当該分割が単
独新設分割である場合にあつては，当該分割後に当該分割法人と分割承継
法人との間に同一者による完全支配関係が継続することが見込まれてい
る場合）における当該分割法人と分割承継法人との間の関係
(3)７項
法第２条第１２号の１１ロに規定する政令で定める関係は，次に掲げるい
－60－
ずれかの関係（前項各号に掲げる関係に該当するものを除く。）とする。
一分割前に当該分割に係る分割法人と分割承継法人（当該分割が複数新設
分割である場合にあつては，当該分割法人と他の分割法人）との間にいず
れか一方の法人が他方の法人の発行済株式等の総数の１００分の５０を
超える数の株式（次号において「支配株式」という。）を直接又は間接に
保有する関係（以下この号において「当事者間の支配関係」という。）が
あり，かつ，当該分割後に当該分割法人と分割承継法人との間に当事者間
の支配関係が継続すること（当該分割後に当該分割法人を被合併法人とす
る適格合併を行うことが見込まれている場合には当該分割後に当該分割
法人と分割承継法人との間に当事者間の支配関係があり，当該適格合併後
に当該適格合併に係る合併法人と当該分割承継法人との間に当事者間の
支配関係が継続することとし，当該分割後に分割承継法人を被合併法人と
する適格合併を行うことが見込まれている場合には当該分割の時から当
該適格合併の直前の時まで当該分割法人と分割承継法人との間に当事者
間の支配関係が継続することとする。以下この号において同じ。）が見込
まれている場合（当該分割が単独新設分割である場合にあつては，当該分
割後に当該分割法人と分割承継法人との間に当事者間の支配関係が継続
することが見込まれている場合）における当該分割法人と分割承継法人と
の間の関係（次号に掲げる関係に該当するものを除く。）
二分割前に当該分割に係る分割法人と分割承継法人（当該分割が複数新設
分割である場合にあつては，当該分割法人と他の分割法人）との間に同一
の者（当該者が個人であるときは，当該個人及びこれと前条第１項に規定
する特殊の関係のある個人）によつてそれぞれの法人の支配株式を直接又
は間接に保有される関係（以下この号において「同一者による支配関係」
という。）があり，かつ，当該分割後に当該分割法人と分割承継法人との
間に同一者による支配関係が継続すること（当該分割後に当該同一の者を
－61－
被合併法人とする適格合併を行うことが見込まれている場合には当該分
割後に当該分割法人と分割承継法人との間に同一者による支配関係があ
り，当該適格合併後に当該適格合併に係る合併法人によつて当該分割法人
と分割承継法人の支配株式を直接又は間接に保有される関係が継続する
こととし，当該分割後に当該分割法人又は分割承継法人を被合併法人とす
る適格合併を行うことが見込まれている場合には当該分割の時から当該
適格合併の直前の時まで当該分割法人と分割承継法人との間に同一者に
よる支配関係が継続することとする。以下この号において同じ。）が見込
まれている場合（当該分割が単独新設分割である場合にあつては，当該分
割後に当該分割法人と分割承継法人との間に同一者による支配関係が継
続することが見込まれている場合）における当該分割法人と分割承継法人
との間の関係
(4)８項
法第２条第１２号の１１ハに規定する政令で定めるものは，同号イ又はロ
に該当する分割以外の分割のうち，次に掲げる要件（当該分割が分割型分割
であり，かつ，当該分割に係る分割法人の株主等の数が５０人以上である場
合には，第１号から第５号までに掲げる要件）のすべてに該当するものとす
る。
一分割に係る分割法人の分割事業（当該分割法人の当該分割前に営む事業
のうち，当該分割により分割承継法人において営まれることとなるものを
いう。以下この項において同じ。）と当該分割に係る分割承継法人の分割
承継事業（当該分割承継法人の当該分割前に営む事業のうちのいずれかの
事業をいい，当該分割が複数新設分割である場合にあつては，他の分割法
人の分割事業をいう。次号及び第５号において同じ。）とが相互に関連す
るものであること。
二分割に係る分割法人の分割事業と当該分割に係る分割承継法人の分割承
－62－
継事業（当該分割事業と関連する事業に限る。）のそれぞれの売上金額，
当該分割事業と分割承継事業のそれぞれの従業者の数若しくはこれらに
準ずるものの規模の割合がおおむね５倍を超えないこと又は当該分割前
の当該分割法人の役員等（役員及び第４項第２号に規定するこれらに準ず
る者で法人の経営に従事している者をいう。以下この号において同じ。）
のいずれかと当該分割承継法人の特定役員（当該分割が複数新設分割であ
る場合にあつては，他の分割法人の役員等）のいずれかとが当該分割後に
当該分割承継法人の特定役員となることが見込まれていること。
三分割により分割法人の分割事業に係る主要な資産及び負債が分割承継法
人に移転していること（当該分割後に当該分割承継法人を被合併法人とす
る適格合併を行うことが見込まれている場合には，当該主要な資産及び負
債が，当該分割により当該分割承継法人に移転し，当該適格合併により当
該適格合併に係る合併法人に移転することが見込まれていること。）。
四分割に係る分割法人の当該分割の直前の分割事業に係る従業者のうち，
その総数のおおむね１００分の８０以上に相当する数の者が当該分割後
に当該分割に係る分割承継法人の業務に従事することが見込まれている
こと（当該分割後に当該分割承継法人を被合併法人とする適格合併を行う
ことが見込まれている場合には，当該相当する数の者が，当該分割後に当
該分割承継法人の業務に従事し，当該適格合併後に当該適格合併に係る合
併法人の業務に従事することが見込まれていること。）。
五分割に係る分割法人の分割事業（当該分割に係る分割承継法人の分割承
継事業と関連する事業に限る。）が当該分割後に当該分割承継法人におい
て引き続き営まれることが見込まれていること（当該分割後に当該分割承
継法人を被合併法人とする適格合併を行うことが見込まれている場合に
は，当該分割事業が，当該分割後に当該分割承継法人において営まれ，当
該適格合併後に当該適格合併に係る合併法人において引き続き営まれる
－63－
ことが見込まれていること。）。
六次に掲げる分割の区分に応じそれぞれ次に定める要件
イ分割型分割当該分割型分割の直前の当該分割型分割に係る分割法人
の株主等で当該分割型分割により交付を受ける分割承継法人の株式又
は法第２条第１２号の１１に規定する分割承継親法人株式（以下この号
において「分割承継親法人株式」という。）のいずれか一方の株式（議
決権のないものを除く。）の全部を継続して保有することが見込まれる
者（当該分割型分割後に当該者を被合併法人とする適格合併を行うこと
が見込まれている場合には当該分割型分割後に当該者が当該株式の全
部を保有し，当該適格合併後に当該適格合併に係る合併法人が当該株式
の全部を継続して保有することが見込まれるときの当該者とし，当該分
割型分割後に当該分割承継法人（当該分割法人の株主等が当該分割型分
割により分割承継親法人株式の交付を受ける場合にあつては，同条第１
２号の１１に規定する全部を保有する関係として政令で定める関係が
ある法人）を被合併法人とする適格合併を行うことが見込まれている場
合には当該分割型分割の時から当該適格合併の直前の時まで当該株式
の全部を継続して保有することが見込まれるときの当該者とする。）及
び当該分割型分割に係る分割承継法人（当該分割法人の株主等が当該分
割型分割により分割承継親法人株式の交付を受ける場合にあつては，同
号に規定する全部を保有する関係として政令で定める関係がある法人
を含む。）が有する当該分割法人の株式（議決権のないものを除く。）
の数を合計した数が当該分割法人の発行済株式等（議決権のないものを
除く。）の総数の１００分の８０以上であること。
ロ分社型分割当該分社型分割に係る分割法人が当該分社型分割により
交付を受ける分割承継法人の株式又は分割承継親法人株式のいずれか
一方の株式の全部を継続して保有することが見込まれていること（当該
－64－
分社型分割後に当該分割法人を被合併法人とする適格合併を行うこと
が見込まれている場合には当該分社型分割後に当該分割法人が当該株
式の全部を保有し，当該適格合併後に当該適格合併に係る合併法人が当
該株式の全部を継続して保有することが見込まれていることとし，当該
分社型分割後に当該分割承継法人（当該分割法人が当該分社型分割によ
り分割承継親法人株式の交付を受ける場合にあつては，法第２条第１２
号の１１に規定する全部を保有する関係として政令で定める関係があ
る法人）を被合併法人とする適格合併を行うことが見込まれている場合
には当該分社型分割の時から当該適格合併の直前の時まで当該分割法
人が当該株式の全部を継続して保有することが見込まれていることと
する。）。
(5)９項から２４号まで（略）
２１２３条の１０（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の
損金算入等）
(1)１項から３項まで（略）
(2)４項
法第６２条の８第１項に規定する政令で定める部分の金額は，同項に規定
する超える部分の金額のうち，資産等超過差額（同項に規定する非適格合併
等（以下この条において「非適格合併等」という。）により交付された同項
の内国法人の株式その他の資産の当該非適格合併等の時における価額が当
該非適格合併等により当該株式その他の資産を交付することを約した時の
価額と著しい差異を生じている場合におけるこれらの価額の差額その他の
財務省令で定める金額に相当する金額をいう。次項及び第６項において同
じ。）に相当する金額以外の金額とする。
(3)５項から１５項まで（略）
第３法人税法施行規則
－65－
２７条の１６（資産等超過差額）
令第１２３条の１０第４項（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る
調整勘定の損金算入等）に規定する財務省令で定める金額は，次の各号に掲げ
る場合の区分に応じ当該各号に定める金額（当該各号に掲げる場合のいずれに
も該当する場合には，当該各号に定める金額の合計額）とする。
一法第６２条の８第１項（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調
整勘定の損金算入等）に規定する非適格合併等により交付された同項の内国
法人の株式その他の資産（以下この号において「非適格合併等対価資産」と
いう。）の当該非適格合併等の時における価額（以下この号において「交付
時価額」という。）が当該非適格合併等により当該非適格合併等対価資産を
交付することを約した時の価額（以下この号において「約定時価額」という。）
と著しい差異を生じている場合（当該非適格合併等対価資産の交付時価額が
約定時価額の２倍を超える場合に限る。）イ又はロに掲げる金額（当該内
国法人がイに掲げる金額の算定をしていない場合又はその算定の根拠を明
らかにする事項を記載した書類及びその算定の基礎とした事項を記載した
書類を保存していない場合にあつては，ロに掲げる金額）
イ当該非適格合併等対価資産の交付時価額から当該非適格合併等により移
転を受けた事業の価値に相当する金額として当該事業により見込まれる
収益の額を基礎として合理的に見積もられる金額を控除した金額
ロ当該非適格合併等対価資産の交付時価額から約定時価額を控除した金額
（法第６２条の８第１項に規定する時価純資産価額が当該約定時価額を
超える場合にあつては，当該交付時価額から当該時価純資産価額を控除し
た金額）
二法第６２条の８第１項に規定する非適格合併等が適格合併に該当しない合
併又は適格分割に該当しない分割である場合において同項に規定する超え
る部分の金額が当該合併又は分割により移転を受ける事業により見込まれ
－66－
る収益の額の状況その他の事情からみて実質的に当該合併又は分割に係る
被合併法人又は分割法人の欠損金額（当該移転を受ける事業による収益の額
によつて補てんされると見込まれるものを除く。）に相当する部分から成る
と認められる金額があるとき当該欠損金額に相当する部分から成ると認
められる金額
－67－
別紙３
本件各更正処分等の根拠及び適法性
第１平成２１年３月期及び平成２２年３月期各更正処分等の根拠及び適法性
１平成２１年３月期及び平成２２年３月期各更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２１年３月期及び平成２２年３月
期の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額は，それぞれ次に述べるとおり
である。
(1)平成２１年３月期
ア所得金額(別表２－１③欄)２億３７８８万５６２５円
上記金額は，次の(ｱ)の金額に(ｲ)の金額を加算した金額である。
(ｱ)申告所得金額(別表２－１①欄)△９６５７万８９８７円
上記金額は，原告が，四谷税務署長に対し，平成２１年６月２９日に
提出した平成２１年３月期の法人税の確定申告書(以下「平成２１年３
月期確定申告書」という。甲４８の１)に記載された所得金額と同額で
ある。
(ｲ)損金の額に算入されない資産調整勘定取崩の金額(別表２－１②欄)
３億３４４６万４６１２円
上記金額は，原告が，平成２１年２月２日，Ｐ２株式会社(同日付け
商号変更前のＰ３株式会社，以下「Ｐ２」という。)を分割法人，原告
を分割承継法人とする分社型分割(法人税法(平成２２年法律第６号に
よる改正前のもの。以下同じ。)２条１２号の１０，以下「本件分割」
という。)により設立された際に，本件分割が法人税法施行令(平成２２
年政令第５１号による改正前のもの。以下同じ。)４条の２第６項１号
の要件を満たさない非適格分割に当たるとして，法人税法６２条の８第
１項に規定する資産調整勘定(以下「本件資産調整勘定」という。)の金
額とした１００億３３９３万８３６０円(本件分割に係る非適格合併等
－68－
対価額(Ｐ２に交付された原告の株式の評価額)１１５億円と原告が本
件分割により移転を受けた資産及び負債の時価純資産価額１４億６６
０６万１６４０円との差額)のうち，法人税法６２条の８第４項の規定
により減額し，同条５項の規定により損金の額に算入したものである
が，本件資産調整勘定の金額を減額して損金の額に算入することを容認
した場合には，法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められ
ることから，法人税法１３２条の２第１項の規定により損金の額に算入
されない金額である。
イ所得金額に対する法人税額(別表２－１④欄)７１２５万８８６０円
上記金額は，次の(ｱ)の金額に(ｲ)の金額を加算した金額である。
(ｱ)所得金額のうち年８００万円相当額以下の金額に対する法人税額
２９万３２６０円
上記金額は，法人税法６６条２，４及び５項の規定により，上記アの
所得金額のうち，８００万円を１２で除し，これに平成２１年３月期の
月数である２を乗じて計算した金額１３３万３０００円(国税通則法
(以下「通則法」という。)１１８条１項及び法人税基本通達１６－４－
１の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額)に税率
１００分の２２を乗じて計算した金額である。
(ｲ)所得金額のうち年８００万円相当額を超える金額に対する法人税額
７０９６万５６００円
上記金額は，法人税法６６条１及び２項の規定により，上記アの所得
金額のうち，１３３万３０００円(所得金額のうち年８００万円相当額，
上記(ｱ))を超える金額２億３６５５万２０００円(通則法１１８条１項
の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額)に税率１
００分の３０を乗じて計算した金額である。
ウ控除所得税額等(別表２－１⑤欄)３万８８５０円
－69－
上記金額は，平成２１年３月期確定申告書に記載された所得税額等の還
付金額と同額であり，法人税法６８条１項の規定により，所得金額から控
除される金額である。
エ差引所得に対する法人税額(別表２－１⑥欄)７１２２万円
上記金額は，上記イの金額から上記ウの金額を控除した金額(通則法１
１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額)で
ある。
オ申告による還付金額(別表２－１⑦欄)３万８８５０円
上記金額は，平成２１年３月期確定申告書に記載された還付金額と同額
である。
カ差引納付すべき法人税額(別表２－１⑧欄)７１２５万８８００円
上記金額は，上記エの金額に上記オの金額を加算した金額(通則法１１
９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額)であ
り，平成２１年３月期において原告が新たに納付すべき法人税額である。
(2)平成２２年３月期
ア所得金額(別表２－２④欄)１５億１０９０万３１２３円
上記金額は，次の(ｱ)の金額に(ｲ)の金額を加算し，(ｳ)の金額を減算し
た金額である。
(ｱ)申告所得金額(別表２－２①欄)△４億７３０４万７６４９円
上記金額は，原告が，四谷税務署長に対し，平成２２年６月２８日に
提出した平成２２年３月期の法人税の確定申告書(以下「平成２２年３
月期確定申告書」という。甲４８の２)に記載された所得金額と同額で
ある。
(ｲ)損金の額に算入されない資産調整勘定取崩の金額(別表２－２②欄)
２０億０６７８万７６７２円
上記金額は，原告が，本件分割により設立された際に，本件分割が法
－70－
人税法施行令４条の２第６項１号の要件を満たさない非適格分割に当
たるとして，本件資産調整勘定の金額とした１００億３３９３万８３６
０円のうち，法人税法６２条の８第４項の規定により減額し，同条５項
の規定により損金の額に算入したものであるが，本件資産調整勘定の金
額を減額して損金の額に算入することを容認した場合には，法人税の負
担を不当に減少させる結果となると認められることから，法人税法１３
２条の２第１項の規定により損金の額に算入されないものである。
(ｳ)損金の額に算入される事業税の金額(別表２－２③欄)
２２８３万６９００円
上記金額は，平成２１年３月期の所得金額が発生したことに伴い生じ
た事業税の金額であり，損金の額に算入される金額である。
イ所得金額に対する法人税額(別表２－２⑤欄)
４億５２３１万０９００円
上記金額は，次の(ｱ)の金額に(ｲ)の金額を加算した金額である。
(ｱ)所得金額のうち年８００万円以下の金額に対する法人税額
１４４万円
上記金額は，法人税法６６条２項及び租税特別措置法(平成２２年法
律第６号による改正前のもの。以下同じ。)４２条の３の２第１項の規
定により，上記アの所得金額のうち，８００万円以下の金額に税率１０
０分の１８を乗じて計算した金額である。
(ｲ)所得金額のうち年８００万円を超える金額に対する法人税額
４億５０８７万０９００円
上記金額は，法人税法６６条１及び２項の規定により，上記アの所得
金額のうち，８００万円(上記(ｱ))を超える金額１５億０２９０万３０
００円(通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数を切
り捨てた後の金額)に税率１００分の３０を乗じて計算した金額であ
－71－
る。
ウ控除所得税額等(別表２－２⑥欄)４１万１６８２円
上記金額は，平成２２年３月期確定申告書に記載された所得税額等の還
付金額と同額であり，法人税法６８条１項の規定により，所得金額から控
除される金額である。
エ差引所得に対する法人税額(別表２－２⑦欄)
４億５１８９万９２００円
上記金額は，上記イの金額から上記ウの金額を控除した金額(通則法１
１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額)で
ある。
オ申告による還付金額(別表２－２⑧欄)４１万１６８２円
上記金額は，平成２２年３月期確定申告書に記載された還付金額と同額
である。
カ差引納付すべき法人税額(別表２－２⑨欄)
４億５２３１万０８００円
上記金額は，上記エの金額に上記オの金額を加算した金額(通則法１１
９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額)であ
り，平成２２年３月期において原告が新たに納付すべき法人税額である。
２平成２１年３月期及び平成２２年３月期各更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成２１年３月期及び平成２２年３月
期の所得金額及び納付すべき法人税額は，それぞれ上記１のとおりであり，こ
れらの額は，平成２１年３月期及び平成２２年３月期各更正処分における平成
２１年３月期及び平成２２年３月期の所得金額及び納付すべき法人税額とい
ずれも同額であるから，平成２１年３月期及び平成２２年３月期各更正処分は
いずれも適法である。
３平成２１年３月期及び平成２２年３月期各賦課決定処分の根拠
－72－
平成２１年３月期及び平成２２年３月期各更正処分に伴って賦課される過
少申告加算税の各金額は，それぞれ次に述べるとおりである。
(1)平成２１年３月期
上記２のとおり，平成２１年３月期更正処分は適法であるところ，平成２
１年３月期において原告が新たに納付すべき法人税額の計算の基礎となっ
た事実のうち，原告がこれを法人税額の計算の基礎としなかったことについ
ては，いずれも通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められ
ない。
したがって，原告に課されるべき過少申告加算税の額は，差引納付すべき
法人税額(上記１(1)カ)７１２５万円(通則法１１８条３項の規定により１
万円未満の端数を切り捨てた後の金額)に１００分の１０の割合を乗じて計
算した金額７１２万５０００円(通則法６５条１項)に，差引納付すべき法人
税額(上記１(1)カ)のうち５０万円を超える金額７０７５万円(通則法１１
８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額)に１００分
の５の割合を乗じて計算した金額３５３万７５００円(通則法６５条２項)
を加算した金額１０６６万２５００円となる。
(2)平成２２年３月期
上記２のとおり，平成２２年３月期更正処分は適法であるところ，平成２
２年３月期において原告が新たに納付すべき法人税額の計算の基礎となっ
た事実のうち，原告がこれを法人税額の計算の基礎としなかったことについ
ては，いずれも通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められ
ない。
したがって，原告に課されるべき過少申告加算税の額は，差引納付すべき
法人税額(上記１(2)カ)４億５２３１万円(通則法１１８条３項の規定によ
り１万円未満の端数を切り捨てた後の金額)に１００分の１０の割合を乗じ
て計算した金額４５２３万１０００円(通則法６５条１項)に，差引納付すべ
－73－
き法人税額(上記１(2)カ)のうち５０万円を超える金額４億５１８１万円
(通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金
額)に１００分の５の割合を乗じて計算した金額２２５９万０５００円(通
則法６５条２項)を加算した金額６７８２万１５００円となる。
４平成２１年３月期及び平成２２年３月期各賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する平成２１年３月期及び平成２２年３月期各更
正処分に伴って賦課される過少申告加算税の各金額は，それぞれ上記３のとお
りであり，平成２１年３月期及び平成２２年３月期各賦課決定処分における過
少申告加算税の各金額といずれも同額であるから，平成２１年３月期及び平成
２２年３月期各賦課決定処分はいずれも適法である。
第２平成２３年３月期更正処分等の根拠及び適法性
１平成２３年３月期更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２３年３月期の法人税に係る所得
金額及び納付すべき税額は，次に述べるとおりである。
(1)所得金額(別表２④欄)１２億２７００万４３５３円
上記金額は，次のアの金額にイ及びウの金額を加算した金額である。
ア申告所得金額(別表２①欄)△８億０２６２万０２１９円
上記金額は，原告が，平成２３年３月期確定申告書(甲４８)に記載した
所得金額と同額である。
イ損金の額に算入されない資産調整勘定取崩の金額(別表２②欄)
２０億０６７８万７６７２円
上記金額は，原告が，平成２１年２月２日，Ｐ２を分割法人，原告を
分割承継法人とする分社型分割(本件分割)により設立された際に，本件
分割が法人税法施行令４条の２第６項１号の要件を満たさない非適格
分割に当たるとして，法人税法６２条の８第１項に規定する資産調整勘
定(本件資産調整勘定)の金額とした１００億３３９３万８３６０円(本
－74－
件分割に係る非適格合併等対価額(Ｐ２に交付された原告の株式の評価
額)１１５億円と原告が本件分割により移転を受けた資産及び負債の時
価純資産価額１４億６６０６万１６４０円との差額)のうち，法人税法
６２条の８第４項の規定により減額し，同条５項の規定により損金の額
に算入したものであるが，本件資産調整勘定の金額を減額して損金の額
に算入することを容認した場合には，法人税の負担を不当に減少させる
結果となると認められることから，法人税法１３２条の２第１項の規定
により損金の額に算入されない金額である。
ウ損金の額に算入されない事業税の金額(別表２③欄)
２２８３万６９００円
上記金額は，原告が，平成２１年３月期更正処分に伴い生じた事業税と
して納付し，損金の額に算入した金額であるが，当該金額は，平成２２年
３月期更正処分において所得金額から減額されているため，平成２３年３
月期の損金の額に算入されない金額である。
(2)所得金額に対する法人税額(別表２⑤欄)３億６８１０万１２００円
上記金額は，平成２３年法律第８２号による改正前の法人税法６６条１及
び２項並びに同条６項２号イの規定により，上記(1)の所得金額１２億２７
００万４０００円(通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端
数を切り捨てた後の金額)に税率１００分の３０を乗じて計算した金額であ
る。
(3)控除所得税額等(別表２⑥欄)６４万９９６３円
上記金額は，原告が，平成２３年３月期確定申告書に記載した所得税額等
の還付金額と同額であり，法人税法６８条１項の規定により，所得金額から
控除される金額である。
(4)差引所得に対する法人税額(別表２⑦欄)３億６７４５万１２００円
上記金額は，上記(2)の金額から上記(3)の金額を控除した金額(通則法１
－75－
１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額)であ
る。
(5)申告による還付金額(別表２⑧欄)６４万９９６３円
上記金額は，原告が，平成２３年３月期確定申告書に記載した還付金額と
同額である。
(6)差引納付すべき法人税額(別表２⑨欄)３億６８１０万１１００円
上記金額は，上記(4)の金額に上記(5)の金額を加算した金額(通則法１１
９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額)であ
り，平成２３年３月期において原告が新たに納付すべき法人税額である。
２平成２３年３月期更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成２３年３月期の所得金額及び納付
すべき法人税額は，それぞれ上記１のとおりであり，これらの額は，平成２３
年３月期更正処分における平成２３年３月期の所得金額及び納付すべき法人
税額と同額であるから，平成２３年３月期更正処分は適法である。
３平成２３年３月期賦課決定処分の根拠
上記２のとおり，平成２３年３月期更正処分は適法であるところ，平成２３
年３月期において原告が新たに納付すべき法人税額の計算の基礎となった事
実のうち，原告がこれを法人税額の計算の基礎としなかったことについては，
いずれも通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められない。
したがって，原告に課されるべき過少申告加算税の額は，差引納付すべき法
人税額(上記１(6))３億６８１０万円(通則法１１８条３項の規定により１万
円未満の端数を切り捨てた後の金額)に１００分の１０の割合を乗じて計算し
た金額３６８１万円(通則法６５条１項)に，差引納付すべき法人税額(上記１
(6))のうち５０万円を超える金額３億６７６０万円(通則法１１８条３項の規
定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額)に１００分の５の割合を乗
じて計算した金額１８３８万円(通則法６５条２項)を加算した金額５５１９
－76－
万円となる。
４平成２３年３月期賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する平成２３年３月期更正処分に伴って賦課され
る過少申告加算税の金額は，上記３のとおりであり，平成２３年３月期賦課決
定処分における過少申告加算税の金額と同額であるから，平成２３年３月期賦
課決定処分は適法である。
第３平成２４年３月期更正処分等の根拠及び適法性
１平成２４年３月期更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２４年３月期の法人税に係る所得
金額及び納付すべき税額は，次に述べるとおりである。
(1)所得金額(別表２③欄)１３億１９７５万２９６６円
上記金額は，次のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア申告所得金額(別表２①欄)△６億８７０３万４７０６円
上記金額は，原告が，平成２４年３月期確定申告書(甲Ｃ４８)に記載し
た所得金額と同額である。
イ損金の額に算入されない資産調整勘定取崩の金額(別表２②欄)
２０億０６７８万７６７２円
上記金額は，原告が，平成２１年２月２日，Ｐ２を分割法人，原告を分
割承継法人とする分社型分割(本件分割)により設立された際に，本件分割
が法人税法施行令４条の２第６項１号の要件を満たさない非適格分割に当
たるとして，法人税法６２条の８第１項に規定する資産調整勘定(本件資産
調整勘定)の金額とした１００億３３９３万８３６０円(本件分割に係る非
適格合併等対価額(Ｐ２に交付された原告の株式の評価額)１１５億円と原
告が本件分割により移転を受けた資産及び負債の時価純資産価額１４億６
６０６万１６４０円との差額)のうち，法人税法６２条の８第４項の規定に
より減額し，同条５項の規定により損金の額に算入したものであるが，本
－77－
件資産調整勘定の金額を減額して損金の額に算入することを容認した場合
には，法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められることから，
法人税法１３２条の２第１項の規定により損金の額に算入されない金額で
ある。
(2)所得金額に対する法人税額(別表２④欄)３億９５９２万５６００円
上記金額は，平成２３年法律第８２号による改正後の法人税法６６条１及
び２項並びに同条６項２号イの規定により，上記(1)の所得金額１３億１９
７５万２０００円(通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端
数を切り捨てた後の金額)に税率１００分の３０を乗じて計算した金額であ
る。
(3)控除所得税額等(別表２⑤欄)３５万７１１０円
上記金額は，原告が，平成２４年３月期確定申告書に記載した所得税額等
の還付金額と同額であり，法人税法６８条１項の規定により，所得金額から
控除される金額である。
(4)差引所得に対する法人税額(別表２⑥欄)３億９５５６万８４００円
上記金額は，上記(2)の金額から上記(3)の金額を控除した金額(通則法１
１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額)であ
る。
(5)申告による還付金額(別表２⑦欄)３５万７１１０円
上記金額は，原告が，平成２４年３月期確定申告書に記載した還付金額と
同額である。
(6)差引納付すべき法人税額(別表２⑧欄)３億９５９２万５５００円
上記金額は，上記(4)の金額に上記(5)の金額を加算した金額(通則法１１
９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額)であ
り，平成２４年３月期において原告が新たに納付すべき法人税額である。
２平成２４年３月期更正処分の適法性
－78－
被告が本訴において主張する原告の平成２４年３月期の所得金額及び納付
すべき法人税額は，それぞれ上記１のとおりであり，これらの額は，平成２４
年３月期更正処分における平成２４年３月期の所得金額及び納付すべき法人
税額と同額であるから，平成２４年３月期更正処分は適法である。
３平成２４年３月期賦課決定処分の根拠
上記２のとおり，平成２４年３月期更正処分は適法であるところ，平成２４
年３月期において原告が新たに納付すべき法人税額の計算の基礎となった事
実のうち，原告がこれを法人税額の計算の基礎としなかったことについては，
いずれも通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められない。
したがって，原告に課されるべき過少申告加算税の額は，差引納付すべき法
人税額(上記１(6))３億９５９２万円(通則法１１８条３項の規定により１万
円未満の端数を切り捨てた後の金額)に１００分の１０の割合を乗じて計算し
た金額３９５９万２０００円(通則法６５条１項)に，差引納付すべき法人税額
(上記１(6))のうち５０万円を超える金額３億９５４２万円(通則法１１８条
３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額)に１００分の５の
割合を乗じて計算した金額１９７７万１０００円(通則法６５条２項)を加算
した金額５９３６万３０００円となる。
４平成２４年３月期賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する平成２４年３月期更正処分に伴って賦課され
る過少申告加算税の金額は，上記３のとおりであり，平成２４年３月期賦課決
定処分における過少申告加算税の金額と同額であるから，平成２４年３月期賦
課決定処分は適法である。
－79－
別紙４
当事者の主張
第１法１３２条の２の意義（争点１）について
１被告の主張
(1)法１３２条の２にいう「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認
められるもの」（不当性要件）の解釈について
法１３２条の２は，平成１３年度税制改正において創設されたものであり，
組織再編成に関する行為計算の一般的否認規定である。組織再編税制は，商
法等において柔軟な組織再編成を可能とするための法制等の整備が進めら
れたことに伴い，税制上も，組織再編成により資産の移転を行った場合にそ
の取引の実態に合った課税を行うなど，適切な対応が求められることとな
り，平成１３年度税制改正において，組織再編成により移転する資産の譲渡
損益を，一定の要件の下に繰り延べる措置を講じたものである。もっとも，
組織再編成を租税回避の手段として濫用されるおそれが懸念されたため，そ
の対応策として，繰越欠損金等を利用した租税回避行為等の類型的な租税回
避行為に対しては，各個別規定に租税回避防止規定を設けることとした。し
かし，組織再編成の形態や方法が複雑かつ多様なものとなることから，立法
に当たって，あらゆる事態を想定して，個別具体的に明文規定を設けること
は不可能であり，個別否認規定のみでは適正な課税を行うことに限界がある
ことは明らかであったため，組織再編税制を導入する際に，併せて，包括的
な租税回避防止規定として法１３２条の２の規定が創設されたのである。
法１３２条の２の趣旨・目的を踏まえると，同規定の「不当」該当性の判
断に係る抽象的な基準としては，法人の特定の行為又は計算を容認した場合
に生じる法人税の負担を減少させる結果が，その負担の減少を生じさせてい
る組織再編税制に関連する個別規定を租税回避の手段として濫用し，税負担
の公平を著しく害するような行為又は計算によって生じたものであるか否
－80－
か，すなわち，法人税の負担の減少が「組織再編税制の趣旨・目的に鑑みて，
不合理・不自然な行為又は計算」によって生じたものと評価できるか否かで
決すべきである。
被告の主張は，納税者の行為又は計算が組織再編税制に係る個別規定の趣
旨・目的に反することが，一般の納税者にとっても客観的に明らかであるも
のについて「不当」であるとして，納税者の行為又は計算を否認するもので
あり，否認すべき事案は課税庁のみならず納税者にとっても，租税法規を形
式的に適用すべき事案でないということが十分に認識し得るものであれば，
明確性を欠くことはなく，租税法律主義に何ら反するものではない。
(2)「その法人の行為又は計算」の意義について
平成１３年度税制改正では，企業組織再編成により移転する資産の譲渡損
益を，一定の要件の下に繰り延べる措置を講じた一方で，企業組織再編成を
租税回避の手段として濫用されるおそれがあることから，繰越欠損金等を利
用した租税回避行為の防止規定など，各個別規定にそれぞれ防止規定を設け
るとともに，それらの防止規定をかいくぐる租税回避行為に対処するために，
包括的な租税回避防止規定として，法１３２条の２の規定を創設したもので
ある。
この場合，異常ないし変則的な行為又は計算が行われている場合でも，必
ずしもそれを行う法人と，法人税の負担が不当に減少する法人(更正対象法
人)とが同一でない場合もあり得る。
そして，法１３２条の２の規定は，それを包含する組織再編税制が，法人
の税務処理に関し，他の法人の行為の如何によって取扱いが変わることがあ
る仕組みとして構築されているものであることから，組織再編成に関係する
法人のすべてを掲げた上で，これらの法人のいずれかの行為によって当該法
人だけでなく他の法人の法人税の負担が不当に減少するという事態が生じ
た場合には，その法人税の負担が不当に減少した法人について更正又は決定
－81－
を行い得るように制定されたものである。
上記のような法１３２条の２の趣旨に鑑みれば，同条において否認の対象
となる「その法人」の行為とは，その直前にある「次に掲げる法人」の行為，
すなわち，「同条１号から３号までに掲げるいずれかの法人」の行為と解釈
することになる。
さらに，法１３２条の２の規定の変遷からしても，上記解釈が妥当である
のは明らかである。すなわち，法１３２条の２の「その法人」とされている
部分は，平成１３年度税制改正による創設時には，対象法人を同条の柱書き
の文章中に規定した上で「これらの法人」としていたものであり，平成１８
年度税制改正においても，このような用い方が踏襲されていたが，平成１９
年度税制改正においては，三角合併に対応する改正が行われ，それに伴って
対象法人を各号列記とする規定の整備が行われただけであり，従来，「これ
らの法人」とされていたものについて，その内容を変更し，「更正又は決定
をする法人」のみに限定するというような重要な改正は行われておらず，平
成１９年度税制改正に至る過程における検討記録等にも，そのような改正が
行われることをうかがわせるものは，全く見受けられない。
以上によれば，法１３２条の２において否認の対象となる「その法人」の
行為とは，その直前にある「次に掲げる法人」の行為，すなわち「同条１号
から３号までに掲げるいずれかの法人」の行為と解釈することができる。
そして，Ｐ２は，法１３２条の２第１号の「合併等をした一方の法人又は
他方の法人」に当たり，法１３２条の２柱書きの「その法人」に当たる。
したがって，仮に，本件分割がＰ２の行為であって，原告の行為でもある
と評価することができないとしても，処分行政庁は，原告が本件計画（Ｐ４
とＰ２の間で本件譲渡１を行うという計画）を前提に分割承継行為を行った
ことを対象として，法１３２条の２が適用して否認し，本件計画を前提とし
た原告の分割承継行為を，本件計画を前提としない原告の分割承継行為に引
－82－
き直し，原告に係る法人税の課税標準等を計算することができる。
２原告の主張
(1)法１３２条の２にいう「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認
められるもの」（不当性要件）の解釈について
ア「法人税の負担を不当に減少させる」の要件は私的経済取引としての合
理性の観点から解釈すべきであること。
法１３２条の２は，法人の行為が「法人税の負担を不当に減少させる結
果となる」ことが適用要件とされている。「不当に減少させる」との文言
は不確定概念であるが，法１３２条の２が法人の組織再編成において種々
の租税回避行為が行われる可能性のあることに鑑み設けられた，組織再編
成に関する行為・計算の一般的・包括的否認規定であることからすれば，
純経済人の行為として不合理・不自然な行為によって法人税の負担が減少
した場合を指し，純経済人の行為として不合理・不自然とは，行為が異常
ないし変則的で，かつ，租税回避以外に正当な理由ないし事業目的が存在
しない場合をいうと解すべきである。
すなわち，法１３２条の２のような租税回避行為の一般的・包括的否認
規定は，納税者の私法上の行為を，税法上，別の通常行われる仮定の私法
上の行為に置き換えることにより，遡及的に課税関係を作り出すものであ
るから，課税要件法定主義の観点からして厳格な解釈適用が行われるべき
であり，判断基準が客観的，合理的でなければならない。
この点，まず，「不当」性の要件は，「純経済人の行為として不合理・
不自然な行為によって法人税の負担が減少した場合」をいうとの原告の解
釈は，納税者の行為の客観的性質に着目するものであるから，客観的に判
定可能な基準であるといえる（客観的基準）。
しかも，経済取引に参加する法人は，すべて「純経済人としての合理性」
という基準を内在化していることが期待され得るのであり，かかる合理性
－83－
の有無の判定を納税者に求めることは酷ではなく，また，私的経済取引と
しての合理性は納税者の行為そのものに内在する特質であることも併せ
て考慮すれば，基準の内容も合理的であるといえる（合理的基準）。
以上のとおり，原告が主張する法１３２条の２の「不当」性の要件の解
釈は，同条を客観的，合理的基準に従って厳格に解釈適用するものであり，
包括的否認規定に求められる租税法律主義に合致する解釈である。
イ原告の解釈は多数の先例，文献等により支持されていること。
原告の解釈は，法１３２条の２と条文構造及び立法趣旨を共通とする法
１３２条１項における「法人税の負担を不当に減少させる結果」の裁判例
及び学説からも裏付けられる。すなわち，法１３２条１項における「法人
税の負担を不当に減少させる結果」とは，裁判例上，「専ら経済的実質的
見地において，法人の行為，計算が経済人の行為として不合理，不自然な
ものと認められるかどうかを基準として判断されるべきものである」（福
岡高裁昭和５５年９月２９日判決・行政事件裁判例集３１巻９号１９８２
頁。当該判決は，最高裁昭和５９年１０月２５日判決でも維持されてい
る。）と判断されている。
この点について，我が国における租税法の権威である金子宏東京大学名
誉教授は，「法人税の負担を不当に減少させる結果」とは，「ある行為ま
たは計算が経済的合理性を欠いている場合に否認が認められる」というこ
とを意味しており，行為が経済的合理性を欠いている場合とは，「異常な
いし変則的で租税回避以外に正当な理由ないし事業目的が存在しないと
認められる場合」をいうと解している（金子宏『租税法（第１６版）』４
２０頁から４２１頁まで）。これは，①行為が異常ないし変則的であるか
否かを客観面で観察した上で，仮に異常ないし変則的といえる場合は，次
に，②正当な理由ないし事業目的が存在するか否かという行為の周辺事情
を観察し，それが存在しない場合に限り否認を認めるという趣旨と解さ
－84－
れ，極めて合理的な解釈である。
したがって，法１３２条の２にいう「法人税の負担を不当に減少させる
結果」とは，法１３２条１項と同様に，専ら経済的実質的見地において，
経済人の行為として不合理，不自然なもの，すなわち，①行為が異常ない
し変則的で，②租税回避以外に正当な理由ないし事業目的が存在しない場
合に限って該当すると解すべきである。
このような原告の「不当」の解釈は，我が国の有力な租税法学者（Ｐ３
１名誉教授，Ｐ２１Ｐ２４大学商学部教授）の意見によっても裏付けられ
ている。
ウ原告の資産調整勘定を否認できないことは資産調整勘定に係る資産等超
過差額の規定が当然に予定していること。
資産調整勘定制度の立法時において，分割法人の未処理欠損金額が資産
調整勘定の金額に置き換わって取り扱われる可能性があることは，既に立
案当局において十分認識されていた。平成１８年度税制改正により，その
対応措置として，「資産等超過差額」（施行令１２３条の１０第４項）の
制度が設けられ，資産等超過差額に相当する金額は，資産調整勘定から控
除されることになった（法６２条の８第１項）。
そして，これを受けた法人税法施行規則２７条の１６に規定する資産等
超過差額に該当する額があると認められる限度で，当該部分が資産調整勘
定から控除されるという形で，個別規定により対処されているのである。
同条の１６に規定する資産等超過差額があると認められない場合には，た
とえ分割法人において非適格分割に係る譲渡益が分割法人の期限切れ間
近の未処理欠損金額と置き換わっているという事情があったとしても，当
然に，資産調整勘定の全額の計上が認められるのである。
このように個別規定の課税要件を充足しない取引に対して，包括否認規
定を適用し，当該取引を税務上否認することは許されない。
－85－
Ｐ２１教授も，原告の上記主張を支持している。
(2)「その法人の行為又は計算」の意義について
法１３２条の２は，「次に掲げる法人の法人税につき更正又は決定をする
場合において」，「その法人の行為又は計算」にかかわらず，税務署長の認
めるところにより法人税の額を計算すると定めており，文理上，「その法人
の行為又は計算」という文言は，「次に掲げる法人の法人税につき更正又は
決定をする場合において」という文言を受けている。そして，「次に掲げる
法人」と「法人税につき更正又は決定」を受ける法人とが同一の法人である
ことは文言上一義的に明らかである。そうすると，「その法人」が，「次に
掲げる法人」，すなわち「法人税につき更正又は決定」を受ける法人のみを
指すことは文言上一義的に明らかである。したがって，法１３２条の２によ
って税務署長による否認の対象となるのは，「法人税につき更正又は決定」
を受ける法人の「行為又は計算」のみであることは明らかである。かかる文
理上の解釈を拡張する根拠はないし，この文理解釈を拡張・逸脱した解釈を
することは，租税法律主義（憲法８４条）に反して許されない。
また，法１３２条の２は，法１３２条１項及び相続税法６４条１項と条文
構造及び立法趣旨が共通している。したがって，法１３２条１項及び相続税
法６４条１項と別異に解釈する合理的理由はなく，否認の対象は同様に解釈
すべきである。この点，法１３２条１項に関し，裁判例は，株式の資産価値
の移転が同族会社の行為によるものとは認められないことを理由に法１３
２条１項の適用を否定しており（東京地裁平成１３年１１月９日判決・判例
タイムズ１０９２号８６頁），法１３２条１項に列挙されている法人の行為
又は計算のみが否認の対象となることを明らかにしている。さらに，相続税
法６４条１項に関しても，裁判例は「一定の要件のもとにおいて税務署長に
同族会社の行為又は計算を否認できる旨を定めた規定であるが，同条１項に
いう『同族会社の行為』とは，その文理上，自己あるいは第三者に対する関
－86－
係において法律的効果を伴うところのその同族会社が行う行為を指すもの
と解するのが当然である。」として，否認できるのは同族会社の行為又は計
算のみであると判断しており（浦和地裁昭和５６年２月２５日判決・判例時
報１０１６号５２頁），学説もかかる解釈は妥当であるとして判決を肯定し
ている（碓井光明「本件判例評釈」判例評論２８０号１５８頁以下（甲５０），
畠山武道「租税判例研究」ジュリスト７７８号１１２頁以下（甲５１））。
そして，原告の解釈は，Ｐ２１教授が同様の見解を表明されていることから
も，その正当性は明らかである。
以上のとおり，裁判例及び学説は，共に法１３２条の２と条文構造及び立
法趣旨が共通である法１３２条１項及び相続税法６４条１項について，否認
の対象となる「行為又は計算」を文理に忠実に解釈しているのである。
さらに，法１３２条の２は，「法人税につき更正又は決定」を受ける法人
と合併等の他方の当事者である法人との間に支配関係があること等を要件
としていないから，別法人の行為を否認することにより法１３２条の２が適
用されるとすれば，法人は，当該法人と完全に独立した第三者の行為により
法１３２条の２の適用を受けることになる。かかる帰結は，納税者の予測可
能性及び法的安定性を著しく害するというほかない。
よって，法１３２条の２は，法１３２条１項及び相続税法６４条１項と同
様に，法１３２条の２各号に掲げる法人のその「行為又は計算」のみを否認
できる規定であると解釈すべきである。すなわち，本件においても，「合併
等をした一方の法人又は他方の法人」（同条１号）である原告の「行為又は
計算」のみが否認の対象となり得ると解すべきである。
第２本件計画を前提とした分割承継行為を法１３２条の２の規定に基づき否認す
ることができるか否か（争点２）について
１被告の主張
(1)組織再編税制の基本的な考え方について
－87－
平成１３年度改正後の新しい組織再編成に係る税制の基本的な考え方は，
実態に合った課税を行うという税制の基本を踏まえ，原則として，組織再編
成により移転する資産等についてその譲渡損益の計上を求めつつ，特例とし
て，移転資産等に対する支配が継続している場合には，その譲渡損益の計上
を繰り延べて従前の課税関係を継続させるというものである。
そして，このような考え方は，組織再編成による資産等の移転が形式と実
質のいずれにおいてもその資産等を手放すものであるとき(非適格組織再編
成)は，その資産等の譲渡損益の計上を求めるが，他方，その移転が形式の
みで実質においてはまだその資産等を保有しているということができるも
のであるとき(適格組織再編成)は，その資産等の譲渡損益の計上を繰り延べ
ることができると考えられることによるものである(財団法人大蔵財務協会
発行「平成１３年改正税法のすべて」１３４頁参照（乙２）)。
(2)適格組織再編成と非適格組織再編成について
ア適格組織再編成とは，①企業グループ内の組織再編成と②共同事業を営
むための組織再編成をいうものである。
イ①企業グループ内の組織再編成とは，まず，１００パーセントの持分関
係にある法人間で行う組織再編成をいう。
また，５０パーセント超１００パーセント未満の持分関係にある法人間
で行う組織再編成のうち一定の要件に該当するものも①企業グループ内
の組織再編成に含まれる。その趣旨は，移転資産等に対する支配が継続し
ていてその譲渡損益の計上を繰り延べることができると考えられる企業
グループ内の組織再編成とは，本来，完全に一体と考えられる持分割合が
１００パーセントの法人間で行うものとすべきであると考えられるもの
の，５０パーセント超１００パーセント未満の持分関係にある法人間で行
う組織再編成についても，現に企業グループとして一体的な経営が行われ
ている単位という点を考慮すれば，移転する事業に係る主要な資産及び負
－88－
債を移転していること等の一定の要件を付加することにより，適格組織再
編成としての企業グループ内の組織再編成に含めることもできると考え
られることによるものである。
ウ②共同事業を営むための組織再編成とは，組織再編成のうち①企業グル
ープ内の組織再編成に該当するもの以外で，資産等の移転の対価として取
得した株式を継続保有すること等の一定の要件に該当するものをいう。こ
の②共同事業を営むための組織再編成が適格組織再編成とされている趣
旨は，主に，企業グループを超えた組織再編成が行われている実態が考慮
されたことによるものである(以上，前掲平成１３年改正税法のすべて１
３６頁参照（乙２）)。
エそして，適格組織再編成に該当しない組織再編成は，非適格組織再編成
として取り扱われることとなる。
(3)組織再編税制における移転資産等の譲渡損益の取扱いについて
組織再編成が非適格組織再編成に該当する場合には，その移転資産等を時
価により譲渡したものとされ，譲渡益又は譲渡損が生じた場合，これらを益
金の額又は損金の額に算入しなければならない(法６２条)。
一方，適格組織再編成に該当する場合には，その移転資産等について帳簿
価額による引継ぎをしたものとされ(法６２条の２以下)，譲渡損益のいずれ
も生じない。
(4)分割における適格要件について
ア原告は，本件分割が法２条１２号の１１イないしハのいずれの要件も満
たさない非適格分割であるとして，本件各事業年度の所得金額の計算を行
っている。
本件分割においては，分割法人であるＰ２が分割承継法人である原告の
発行済株式の全部を直接保有する関係があるため，同号ロの要件(５０パ
ーセント超１００パーセント未満の持分関係がある場合で一定の要件に
－89－
該当するもの)を満たさないことは明らかである。また，本件分割は，同
号ハの共同で事業を営むための分割として政令で定めるものとされるた
めの施行令４条の２第８項に定める要件を満たすものにも該当しない。
そうすると，本件分割が適格分割に該当するか否かの判断に当たって，
検討すべきは，法２条１２号の１１イの要件を充足するか否かという点に
あるといえる。
イ法２条１２号の１１イは，その分割に係る分割法人と分割承継法人との
間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式等の全部を直接又は
間接に保有する関係その他の政令で定める関係がある場合の当該分割は，
適格分割に該当する旨規定している。
ウそして，法２条１２号の１１イに規定する政令で定める関係について，
施行令４条の２第６項は，本件分割のように当該分割が単独新設分割(新
設分割で複数新設分割に該当しないもの)である場合にあっては，①当該
分割後に当該分割法人と分割承継法人との間に，当事者間の完全支配関係
(いずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式等の全部を直接又は間接
に保有する関係)が継続することが見込まれている場合(同項１号括弧書
き)における当該分割法人と分割承継法人との間の関係，又は②当該分割
後に当該分割法人と分割承継法人との間に，同一者による完全支配関係
(同一の者によってそれぞれの法人の発行済株式等の全部を直接又は間接
に保有する関係)が継続することが見込まれている場合(同項２号括弧書
き)における当該分割法人と分割承継法人との間の関係のいずれかの関係
がこれに該当する旨規定している。
エこのように，単独新設分割の場合において，当該新設分割が「非適格」
と「適格」のいずれに該当するかは，分割後に「当事者間の完全支配関係」
又は「同一者による完全支配関係」が継続することが見込まれているか否
かにより判定されることになる。
－90－
この「見込まれている」とは，分割の時点で当事者間の完全支配関係又
は同一者による完全支配関係の継続が具体的に予定されていることをい
うのであり，例えば，「希望している」，「目標となっている」，「目指
している」といった抽象的な域に止まる限りはこの「見込まれている」に
該当することはない。他方，分割後において，事後的に，株式等を売却す
ることが決定されるなどして，当事者間の完全支配関係又は同一者による
完全支配関係が継続しないこととなったとしても，このことが「非適格」
と「適格」の判定を左右することはない。
(5)非適格組織再編成における資産調整勘定について
ア法６２条の８第１項は，内国法人が非適格合併等(適格合併に該当しない
合併又は適格分割に該当しない分割等)により当該非適格合併等に係る被
合併法人，分割法人，現物出資法人その他政令で定める法人から資産又は
負債の移転を受けた場合において，当該内国法人が当該非適格合併等によ
り交付した金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額が当該移転を受
けた資産及び負債の時価純資産価額を超えるときは，その超える部分の金
額のうち政令で定める部分の金額は，資産調整勘定の金額とする旨規定し
ている。
イそして，法６２条の８第４項は，同条１項の資産調整勘定の金額を有す
る内国法人は，各資産調整勘定の金額に係る当初計上額を６０で除して計
算した金額に当該事業年度の月数を乗じて計算した金額に相当する金額
を，当該事業年度において減額しなければならない旨規定し，同条５項は，
同条４項の規定により減額すべきこととなった資産調整勘定の金額に相
当する金額は，その減額すべきこととなった日の属する事業年度の所得の
金額の計算上，損金の額に算入する旨規定している。
ウこの資産調整勘定は，非適格組織再編成や営業譲受けの場合の取扱いの
明確化を図り，これらの場合の処理について，企業会計と比較的調和の取
－91－
れた取扱いとするために，平成１８年度税制改正で創設されたものであ
る。
平成１３年度に創設された組織再編税制においては，適格組織再編成に
係る取扱いが規定される一方，非適格組織再編成に係る取扱いについては
従来からの営業譲受けの場合の取扱いと基本的に同様となることから特
段の規定は設けられなかったが，企業会計の分野において，平成１５年に
企業結合会計基準，その後事業分離等に関する会計基準及びこれらの基準
の適用指針が公表され，これらの基準等が平成１８年４月１日以後に開始
する事業年度から適用することとされたことから，これらと調和の取れた
取扱いが図られ，平成１８年度税制改正における創設に至ったものであ
る。
そして，企業結合会計基準等では，個々の資産や負債の取得価額につい
ては個別時価を付すとともに，これらの合計額が取得対価の金額を上回る
場合には，会計上，その差額を「(差額)のれん」として資産に計上し，２
０年以内のその効果の及ぶ期間にわたって，定額法その他の合理的な方法
により規則的に償却することとされたのである。
このような企業結合会計基準等における取扱いなどを勘案し，非適格組
織再編成や営業譲受けにより移転を受けた資産及び負債の取得価額は個
別時価を付すとともに，退職給付債務等に相当する負債を認識した上で，
これら資産及び負債の時価純資産価額と非適格組織再編成等の対価との
差額について資産又は負債の調整勘定を計上することとされたものであ
り，資産調整勘定の金額は，企業結合会計における(正の)差額のれんに相
当するものといえる(以上，財団法人大蔵財務協会発行「平成１８年税制
改正の解説」３６５及び３６６頁参照（乙４）)。
エこのように，資産調整勘定は，適格組織再編成に該当しない場合(すなわ
ち，非適格組織再編成に該当する場合)に生じる可能性があり，資産調整
－92－
勘定が生じた場合には，その事業年度以後の各事業年度において，当該事
業年度の期間に対応する金額が減額され，損金の額に算入されることとな
る。
他方，適格組織再編成に該当する場合には，資産調整勘定は生じ得ない
から，当然に，これが減額され損金の額に算入されることはない。
(6)本件における組織再編税制の関連規定の適用関係について
ア当該分割法人が法５７条１項に係る期限切れ間近の未処理欠損金額を多
額に有している場合，当該分割が適格分割に該当するか，非適格分割に該
当するかによって，その未処理繰越欠損金額の取扱いや課税上の効果が大
きく異なる結果となる。
法２条１２号の１０の分社型分割に該当する分割において，分割法人が，
法５７条１項に係る期限切れ間近の多額の未処理欠損金額を有している
場合，当該分割が法２条１２号の１１イ及び施行令４条の２第６項に規定
する「適格分割」に該当するときには，分割に伴って分割承継法人に移転
する資産及び負債は，分割法人の帳簿価額による引継ぎがなされたものと
して，その譲渡損益を分割法人において認識することはなく(法６２条の
３第１項)，当該分割法人の未処理欠損金額は使用されることなく法５７
条１項に従って消滅することとなる。
そして，分割承継法人において，分割法人から移転を受けた資産及び負
債の取得価額は，分割法人の帳簿価額を引き継ぐこととなり(法６２条の
３第２項及び施行令１２３条の４)，分割承継法人に，非適格合併等によ
り移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等(法６２条の８)の規
定の適用はないから，分割の日の属する事業年度以後の各事業年度におい
て，損金の額に算入される資産調整勘定の金額は生じ得ないこととなる。
イ他方，当該分割が「適格分割」に該当しない場合(すなわち，「非適格分
割」に該当する場合)には，分割法人が分割承継法人に移転した資産及び
－93－
負債については，分割の時の価額(時価)による譲渡をしたものとして所得
金額を計算することとなり(法６２条１項)，移転資産の分割時の価額(時
価)が取得価額より高い場合には，分割法人において譲渡益が認識される
場合が生じる。ただし，当該法人において，当該譲渡益と相殺できるだけ
の期限切れ間近の未処理欠損金額を有している場合には，結果的に，分割
法人において新たな税負担は生じないこととなる。
これに対し，分割に伴う資産の移転を受ける分割承継法人においては，
分割法人に交付した分割承継法人株式の価額(時価)の合計額が，当該移転
を受けた資産及び負債の時価純資産額を超える場合には，その超える部分
の金額は，法６２条の８の「資産調整勘定の金額」となり，当該金額の計
上の日の属する事業年度以後６０か月(５年)にわたって，分割承継法人の
所得金額の計算上，損金の額に計上すべきこととなる(法６２条の８第１
項，４項，５項)。
ウしかるに，新設分割後に，分割法人と分割承継法人との間に当事者間の
完全支配関係又は同一者による完全支配関係が実質的に継続しているに
もかかわらず，それが非適格分割として取り扱われることによって，上記
イのような課税関係が生じる場合には，当該事業年度の経過によって，本
来は期限切れにより消滅するはずであった分割法人の未処理欠損金額が，
分割承継法人において，損金の額に算入することができる資産調整勘定に
移転する形で存続することとなり，分割法人と分割承継法人が属する企業
グループという単位で考えれば，あたかも分割法人の未処理欠損金額の繰
越期限が延長されたかのような課税上の効果が生じたものと見ることも
できる。
(7)実質的に「適格分割」に該当する分割について，「非適格分割」の法形式
を作出する行為は，組織再編税制の趣旨・目的を没却する結果をもたらすこ
とになることについて
－94－
ア実質的に，分割後に当事者間の完全支配関係又は同一者による完全支配
関係が継続する分割であるにもかかわらず，特段の事業上の必要のない取
引を行うことによって，法人税法上，「非適格分割」としての規定の適用
を受けることが容易に許されるとすれば，組織再編成において実態に合っ
た課税を行うため，資産等の移転が形式のみで実質においてはまだその資
産等を保有しているということができるものであるとき，すなわち，移転
資産等に対する支配が継続している場合には，その譲渡損益の計上を繰り
延べて従前の課税関係を継続させるという法６２条の２及び６２条の３
の趣旨は没却されることになる。そして，分割によって，分割承継法人に
移転する資産等について譲渡益が生じる場合には，「適格分割」の規定に
より課税の繰延べを受け，逆に分割により譲渡損が発生する見込みがある
場合には，実態に反する形で「非適格分割」の形式を作出することにより，
作為的に譲渡損を早期に認識させるなど，組織再編成が利益調整の手段と
して使われることも十分に想定され，課税上の弊害が生じることは明らか
である。
また，このことは，分割を行うに際して，事業上の必要のない取引を組
み込むことによって，容易に「適格分割」を「非適格分割」に転換する手
段を有する法人とこれを有しない法人との間において，課税の公平という
観点から問題を生じさせるものともいえる。
イ上記(6)で述べたように，分割において，分割法人が期限切れ間近の未処
理欠損金額を有していた場合，分割後も，実質的に当事者間の完全支配関
係又は同一者による完全支配関係が維持されるにもかかわらず，それが
「非適格分割」と扱われることによって，未処理欠損金額と相殺される分
割法人の分割益に対応する形で，分割承継法人に資産調整勘定が新たに生
じることとなる。そして，これは，期限切れにより消滅するはずであった
分割法人の未処理欠損金額が，完全支配関係にある分割承継法人におい
－95－
て，分割された事業から生じる益金と相殺することが可能な資産調整勘定
に振り替えられたものと同様に考えることができ，グループ単位で考えれ
ば，未処理欠損金額の使用期限が延長されたのと同様の効果が生じたもの
と見ることができる。
このようなことを容認すれば，未処理欠損金額を損金の額に算入するこ
とができる期限を設けた法５７条１項の趣旨を没却することになるし，上
記のような取引を行うことができない法人グループ，すなわち，同項の規
定により，期限の経過による分割法人の未処理欠損金額の消滅を甘受せざ
るを得ない法人グループとの間の課税の公平を考えた場合，看過できない
課税上の弊害を生じさせることは明らかである。
(8)上記のような取引が制度の趣旨・目的に照らして濫用と評価されるべきこ
とは，関係法令の規定からして，一般の納税者であれば自ずと明らかである
ことについて
上記(7)で述べたとおり，上記のような取引を容認すれば，移転資産等に対
する支配が継続している場合には，譲渡損益の計上を繰り延べることとした
組織再編税制の趣旨を没却することになると評価すべきであるが，このこと
は，法６２条の３の規定振りからして明らかである。
すなわち，法６２条の３は，適格分社型分割により資産及び負債を移転し
たときは，「帳簿価額による譲渡をしたものとして，(中略)所得の金額を計
算する。」と規定しており，「所得の金額を計算することができる。」とは
規定していないことから明らかなように，同条は，適格分社型分割であれば，
移転資産等の帳簿価額による引継ぎを強制した規定であって，譲渡損益の計
上について納税者の選択を認めていない。よって，実態としては「適格分割」
であるにもかかわらず，特段の事業上の必要のない取引を行うことによっ
て，それを「非適格分割」にすることを容認すれば，それは，適格分割にお
いて譲渡損益の計上に係る納税者の選択を認めていない法の規定の潜脱を
－96－
許す結果になることは，一般の納税者も当然に認識し得るところである。そ
して，そのような潜脱を許せば，適格分割において譲渡益が計上される場合
は課税を繰り延べ，譲渡損が計上される場合はそれを実現するといった利益
調整が可能になることも，誰もが思い至るところである。
以上のとおり，実質的に「適格分割」に該当する分割について，「非適格
分割」の法形式を作出する行為は，それが組織再編税制に係る規定の趣旨・
目的に反する濫用的な行為であり，これを容認すれば課税の公平の観点から
弊害をもたらし得ることは，法令の規定からして自ずと明らかというべきで
ある。
(9)まとめ
したがって，移転資産等に対する支配が継続している場合において，適格
分割として譲渡損益の計上を繰り延べることが組織再編税制の趣旨及び目
的に適うにもかかわらず，適格分割として取り扱わないことは組織再編税制
の趣旨を没却することになることは明らかである。このことは，組織再編税
制における移転資産等の譲渡損益の取扱いについて定めた法６２条，６２条
の３等の規定の文言や上記のような組織再編税制の制度の仕組み，趣旨等か
らも明確であり，組織再編成を行う一般の納税者であれば十分認識できるも
のというべきであり，租税法律主義に何ら反するものではない。
(10)本件の組織再編成における不当性要件の充足の有無について
ア本件分割は，実質的に「適格分割」に該当する分割であるにもかかわら
ず，あえて適格要件を外して「非適格分割」の形式を作出するものであっ
て，これを容認すれば，組織再編税制の趣旨・目的を没却し，課税上の弊
害をもたらすことは明らかであること。
本件における組織再編成の一連の過程は，Ｐ１が本件提案書(甲１５)で
Ｐ４に提示した平成２０年１１月２１日付けストラクチャー案(プロジェ
クト"○"の「ストラクチャー案」(同７枚目))の内容(Ｐ２の新設分割によ
－97－
る新会社[原告]設立を経て，Ｐ１が支配するＰ２(正確には本件分割後の
Ｐ２と原告)をＰ４の傘下に収めるというもの)のとおりに行われたこと
からすれば，本件分割時には，Ｐ４が旧Ｐ２事業を買収した(本件譲渡１
及び本件譲渡２)上でＰ２を吸収合併すること(本件合併)が高い蓋然性を
もって見込まれていたというべきである。
本件譲渡２ないし本件合併の後に，原告，Ｐ２及びＰ４の間で，当事者
間の完全支配関係ないし同一者による完全支配関係が継続している状況
に鑑みれば，本件分割は，原告，Ｐ２及びＰ４の間での完全支配関係を実
質的に継続することを計画して行われたものであることは明らかであり，
これはまさに，実質的には「適格分割」に該当する分割について，「非適
格分割」の形式を作出したものというほかない。
そして，このような行為を容認するとすれば，上記第２の１(7)アで述べ
たとおり，組織再編成において実態に合った課税を行うという趣旨の下，
移転資産等に対する支配が継続している場合には，譲渡損益の計上を繰り
延べるという法６２条の３の趣旨を没却し，課税上の弊害を生じさせるこ
とになる。
また，上記第２の１(7)イで述べたとおり，完全支配関係にある法人のグ
ループ全体としての課税関係を考えた場合，本件分割は，あたかも法人グ
ループ内において，期限切れで消滅するはずの未処理欠損金額を，他のグ
ループ内法人の資産調整勘定とする形で期限を延長させるような効果を
有するものであり，このようなことを容認すれば，他の法人グループとの
間の課税の公平という観点から，到底容認することができない事態を引き
起こすことにもなる。
更に付言すれば，Ｐ４についてみると，本件分割を非適格分割とした場
合，Ｐ４においても，原告の法人税の課税標準等の計算に対応して，原告
の発行済株式の全部を譲渡時の価額(時価)である１１５億円で取得した
－98－
ものとして経理されることになるところ，このことは，仮に，将来，Ｐ４
が原告の株式をグループ外の他の法人に譲渡することとなった場合，Ｐ４
における同株式の譲渡損益の計算に関して，譲渡原価が１１５億円とされ
るが，これもまた，課税上の弊害を生じかねないものといわなければなら
ない。
すなわち，本件において，Ｐ４は，その実態をみると，Ｐ２との適格合
併により，そもそも，本件譲渡１により１１５億円を支払うことなく，原
告の発行済株式の全部を取得することができたのである。そして，仮に，
Ｐ２との適格合併によって原告株式を取得した場合には，Ｐ４が保有する
原告の発行済株式の全部の税務上の帳簿価額(取得原価)は，Ｐ４によって
取得される直前のＰ２の帳簿価額である１５億円となるはずである。とこ
ろが，本件においては，Ｐ４は，本件譲渡１において対価として１１５億
円をＰ２に支払っているが，この金額はＰ２に留保され，結局，Ｐ２をＰ
４が吸収合併したことに伴って同社に還流しているといえる。
よって，そのような行為を行った場合と比較して，Ｐ４が保有する原告
株式の帳簿価額が不当にかさ上げされているものと評価することができ
る。そして，このことは，仮に，将来，Ｐ４が原告株式を譲渡した場合に
は，その譲渡損益の計算上，譲渡原価がより大きく計算されることになる
という形で，課税の公平上の問題を生じさせることとなる。
もちろん，本件処分は，Ｐ４における原告株式の帳簿価額を引き直すも
のではない。しかしながら，原告及びＰ４らの関係者が，Ｐ４における上
記の将来的効果を当然に認識し得る状況の中で本件分割が計画され，計画
が実行されたという点も，本件における不当性を根拠付ける事実の１つに
なるというべきである。
イ原告が本件譲渡２に先立ち本件譲渡１を行うことを計画したのは，「非
適格分割」の形式を作出するためであり，客観的に見て，本件譲渡１には
－99－
事業上の必要が認められないこと。
本件分割から本件合併に至る一連の取引の計画の中に本件譲渡１を組
み込んだことは，本件分割について「非適格分割」の形式を作出するため
にこそ必要不可欠の要素という意味合いを持つものであり，客観的に見
て，税負担軽減以外に，特段の事業上の必要は認められない。
本件における一連の組織再編成は，分割前のＰ２が行っていたデータセ
ンター事業を一括してＰ１からＰ４に譲渡するというものであるが，本件
分割は，その過程においてＰ２の資産の一部(現金１５億円)とデータセン
ターの営業・販売及び商品開発を原告に移転し，その対価として，原告の
株式(ＤＣＦ法による評価額で約１１５億円)がＰ２に交付されるという
ものであった。これは，原告が，従前どおりデータセンターの営業・販売
及び商品開発を行うが，その設備はＰ２に残り，同社と原告が，業務委託
契約を締結し，原告の従業員をＰ２に出向させてデータセンター事業を行
うというものである。
しかしながら，本件譲渡１が行われたのは，平成２１年２月２０日であ
るが，この日は，本件譲渡２が行われた同月２４日から，わずか４日前に
しかすぎない。本件分割前は，その設備を所有するＰ２が一体としてデー
タセンター事業を行っていたところ，これを「データセンター設備を所有
する法人」と「データセンターの営業・販売及び商品開発を行う法人」に
分けた上で，本件譲渡１が行われた時点において，Ｐ２は，本件譲渡２に
より，Ｐ４の完全子会社となることが予定されていたにもかかわらず，「デ
ータセンター設備を所有する法人」を譲渡するわずか４日前に，あえて「デ
ータセンターの営業・販売及び商品開発を行う法人」を譲渡しなければな
らない事業上の必要性があるとはおよそ考えられない。形式的に見れば，
Ｐ２(同社が吸収合併された後はＰ４)と原告という別個の法人間で業務
委託契約を締結している形態を取っているが，経済的・実質的に見れば，
－100－
本件分割以降，本件譲渡１から本件譲渡２までのあらかじめ計画された４
日間を除いては，Ｐ２(同社が吸収合併された後はＰ４)と原告の双方の法
人は，完全支配関係にあるグループ内の法人として，一体となってデータ
センター事業を継続しているものと評価できる。このようなことが当初か
ら計画されていた本件の実態に鑑みれば，本件分割後においても，Ｐ２の
移転資産等に対する同社(同社が吸収合併された後は合併法人であるＰ
４)の支配が継続することが見込まれていたことは明らかである。
このことは，原告はもとよりＰ１の関係者が本件譲渡１に特段の事業上
の必要がないことを明言していることから明らかである。このように，原
告，更には税務ストラクチャーを考案，実行する側であるＰ１の関係者は，
いずれも本件譲渡１に特段の事業上の必要を認識していないことを明ら
かにしており，かかる各関係者の供述からしても特段の事業上の必要がな
いことが認められるのである。
ウ原告の株式上場の可能性は抽象的なものにすぎず，本件分割の主眼はＰ
２の未処理欠損金額の活用であったこと。
旧Ｐ２が本件提案がされる以前において，会社分割を含めて株式公開に
向けた検討を行っていたことは認められる。しかしながら，その後，Ｐ１
の税務室，関連事業室にて検討した結果，上記検討結果をＰ１取締役会へ
上程することを取りやめ，旧Ｐ２においてスキームの再検討を行うことと
なり，その結果，本件分割の時点に至るまで，原告の株式上場がＰ１取締
役会に上程される段階に至ることはなく，株式上場を実行段階に移すこと
ができるような具体的な計画は存在していなかった。
したがって，本件分割の時点において，本件分割後に原告が株式上場す
る可能性は，完全に否定できないにしても抽象的なものにすぎなかったと
いえるのであり，このことは，本件分割後現在に至るまで，原告はＰ４の
完全子会社のままであり，株式上場はいまだに行われていないことからも
－101－
明らかである。
しかるに，上記第２の１(5)エで述べたとおり，新設分割が「非適格」及
び「適格」のいずれに該当するかは，分割後に完全支配関係が継続するこ
とが「見込まれている」か否かにより判定されるところ，「見込まれてい
る」とは単に，希望している，目標となっているといった抽象的な域に止
まっている場合には，これに該当しないと解されるから，本件分割時にお
いて原告が主張する株式上場の可能性は，分割後に完全支配関係が継続す
ることが「見込まれている」(施行令４条の２第６項１号)との評価を覆す
ものではない。
本件分割の検討資料に係る具体的証拠に鑑みれば，以下のとおり，本件
分割の主眼は，Ｐ１４グループ内において繰越欠損金を有効利用すること
にあったことは明らかである。
まず，原告は，新設分割を行って新設分割設立会社を上場させるという
スキーム案について，まだ検討の余地があるとしてＰ１取締役会に諮るこ
とを見送ったとしている。
その際の検討資料として，原告が提出した資料(平成２０年７月２４日付
けパワーポイント資料（甲１２）)を見ると，その１枚目の「【理由】」
欄には，「現状算定されているＩＰＯ時の時価総額(３５０億)では，今回
の分社・株式移動により今年度期期限切れの繰越欠損金(１２４億)は処理
できるものの，来年度以降の残り４４２億円関してＩＰＯによる処理が見
込めないため」と記載されている。これによれば，新設分割設立会社の上
場によって本件分割後のＰ２に発生する利益と繰越欠損金を相殺するこ
とを念頭に置いた上で，想定される新設分割設立会社の株式の時価総額か
らすると，旧Ｐ２の有する欠損金をすべて活用すること(すなわち，繰越
欠損金全額を本件分割後のＰ２に発生する利益と相殺すること)はできな
いことが判明したため，上場計画を見送るべきとの判断に至ったことがう
－102－
かがえる。
すなわち，旧Ｐ２は，新設分割により設立した原告を上場することを検
討していたといっても，上場によって旧Ｐ２の有する繰越欠損金をもれな
く有効に活用できることを前提としていたのであり，これができない場合
には上場を行う意思はなかったものというべきである。
以上からすると，Ｐ１が，Ｐ２の分社について主眼を置いていたのは，
同社の抱える繰越欠損金をＰ１４グループ内で活用することにあったこ
とは明らかであり，結局，本件分割が，原告の株式上場の可能性を維持す
ることを主眼としたものとは認められず，仮に株式上場の可能性を維持し
ようとしたとの事実があったとしても，それは，抽象的なものにすぎなか
ったというべきである。
エ原告を含む関係法人は，本件分割が適格分割の要件を定めた施行令４条
の２第６項１号の規定を濫用するものとの評価がなされることを十分認
識できる状況の下において，グループ内の法人税の負担を軽減する目的を
もって，本件提案に基づき，あえて一連の行為を計画したものであること。
上記のとおり，本件分割は，それ自体何ら事業上の必要を見いだせない
本件譲渡１をあえて計画に組み入れることによって，実質的に適格分割に
該当する分割について，非適格分割の形式を作出したものである。そして，
上記第２の１(9)で述べたとおり，このような行為は，組織再編税制に係
る規定を濫用する行為と評価せざるを得ないものであり，これを容認すれ
ば，課税上の弊害をもたらす結果となることは，一般の納税者であれば自
ずと認識すべきものである。
そして，原告らは，このような状況の中で，Ｐ２が有していた期限切れ
間近の未処理欠損金額を原告の資産調整勘定という形で，あたかも期限が
延長されたのと同様の効果を得て，完全支配関係を有するグループ法人の
間で利用しようとする目的をもって，用意周到に計画を策定した上で，あ
－103－
らかじめ計画されたスケジュールどおりの行為を行ったものである。
すなわち，Ｐ１の税務室長であるＰ２５（以下「Ｐ２５氏」という。）
は，Ｐ２の有する未処理欠損金額約６６６億円をＰ１４グループ内で有効
活用しなければならないと考え，Ｐ４がＰ２を吸収合併するに当たり，上
記未処理欠損金額をＰ２からＰ４へ引き継ぐことを計画したが，平成１４
年３月期において発生した未処理欠損金額約１２４億円については，法律
上，それが不可能であった(法５７条２項)。そこで，Ｐ２５氏は，本件譲
渡１を本件譲渡２の前に行うことを計画し，本件分割を非適格分割として
組成することを計画したのである。
これにより，Ｐ２には本件分割に係る分割益１００億円が生じるが，平
成２１年３月期の約２３億円の営業利益と併せて，平成２１年３月期で期
限切れとなる平成１４年３月期において発生した未処理欠損金額約１２
４億円と相殺され，結果的に課税所得金額は生じないこととなる。他方，
原告には１００億円の資産調整勘定が生じ，これを平成２１年３月期以後
の５年間にわたって減額し，損金の額に算入することによって，原告の法
人税の負担が減少することとなる。
しかしながら，本件分割から本件合併までの一連の行為は，本件提案の
時点であらかじめ計画されていたものであり，Ｐ２は，本件譲渡２により，
Ｐ４の完全子会社となることが予定されていたのであるから，そのわずか
４日前に，あえて本件譲渡１を行い，原告がＰ４の完全子会社となること
に，特段の事業上の必要がないことは明らかである(上記イ)。本件譲渡１
は，本件分割が非適格分割であるかのような外形を作出することにより，
平成２１年３月期で期限切れとなる平成１４年３月期において発生した
未処理欠損金額約１２４億円をＰ２においてもれなく利用するとともに，
原告に資産調整勘定を生じさせ，これを５年間にわたって減額し損金の額
に算入することで，原告の法人税の負担を減少させるために計画されたも
－104－
のである。
オまとめ
以上のとおり，原告の法人税の負担を減少させる結果を生じさせた原告
の行為又は計算，すなわち，実質的に適格分割としての実態を有する本件
分割の計画において，本件分割を非適格分割とすることにより，原告の法
人税の負担を減少させる効果を得ることを目的として，本件譲渡１を組み
込んだ行為は，上記で述べた種々の事実を総合勘案すれば，組織再編税制
の趣旨・目的に鑑みて，不合理・不自然な行為又は計算に該当するか否か
という基準に照らして，法１３２条の２における「不当」な税負担の減少
をもたらす行為又は計算と評価されなければならない。
(11)本件計画を前提とした分割行為は否認の対象となる行為か否かについて
施行令４条の２第６項１号は，分割が適格分割に該当するための要件とし
て法２条１２号の１１イが規定する「政令で定める関係」につき，分割が単
独新設分割（法人を設立する分割で二以上の法人が行うもの以外のもの）で
ある場合にあっては，当該分割後に分割法人と分割承継法人との間に，当事
者間の完全支配関係（いずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式等の全
部を直接又は間接に保有する関係）が継続することが見込まれている場合に
おける当該分割法人と分割承継法人との間の関係である旨規定する。
そして，施行令４条の２第６項１号括弧書きは，当該分割後に当該分割法
人を被合併法人とする適格合併を行うことが見込まれている場合には，当該
分割後に当該分割法人と分割承継法人との間に当事者間の完全支配関係が
あり，当該適格合併後に当該適格合併に係る合併法人と当該分割承継法人と
の間に当事者間の完全支配関係が継続することが見込まれている場合にお
ける当該分割法人と分割承継法人との間の関係がこれに該当する旨規定し
ている。
このように，分割が「適格分割」に該当するための要件は，分割時におい
－105－
て，分割後（ないし分割後に見込まれる適格合併後）に当事者間の完全支配
関係が継続する「見込み」があることであると規定されているが，これは，
「適格分割」と「非適格分割」の区分が，分割後における当事者間の完全支
配関係の継続という，分割時からみた事後の関係を，飽くまで分割時を基準
に判断されるものであることに鑑み，「見込まれている場合」と規定してい
るのである。
そして，「見込まれている場合」とは，分割の時点で当事者間の完全支配
関係の継続が具体的に予定されている場合をいい，例えば，「希望してい
る」，「目標となっている」，「目指している」といった抽象的な域にとど
まる限りはこの「見込まれている場合」に該当することはない。他方，分割
時には予見できなかった事後的な事情によって，当事者間の完全支配関係が
継続し，又は継続しないこととなったとしても，このことが「適格」と「非
適格」の判断を左右することはない。
組織再編税制は，私法上の分割を，税法上，適格分割と非適格分割に区分
した上で，それぞれに対して課税上異なる取扱いをする制度であり，上記の
とおり，分割が適格分割と非適格分割のいずれに該当するかを判断する上で
は，「見込み」の有無が要件とされ，「見込まれている場合」に該当する分
割（適格分割）とこれに該当しない分割（非適格分割）は，組織再編税制上，
それぞれ異なる取扱いとなる。
そして，分割後に，当事者間の完全支配関係が継続することが見込まれて
いるか否かは，分割の時点で，当事者間の完全支配関係の継続が具体的に予
定されているか否かによって判断する。
このように，いかなる「見込み」の下の分割であるかにより，組織再編税
制上，分割は「適格分割」又は「非適格分割」に区分された上で，それぞれ
分割後における課税上の取扱いを異にすることから，分割の時点における組
織再編成に係る「計画」はその内容によって，「見込み」の有無に直接影響
－106－
を及ぼすものになるといえる。そうすると，「計画」は，法１３２条の２の
適用上，「見込み」を具体的に判断する上で基準になるものとして，分割と
不可分な関係にあると解さなければならない。したがって，否認の対象を
「（ある）計画の下での分割承継行為」ないし「（ある）計画を前提とした
分割承継行為」とすることは，同条の解釈適用上何ら問題のないものと解さ
れる。
したがって，組織再編成に係る計画の内容が課税要件である「見込み」の
有無の判断基準となり，その有無が課税上影響を及ぼす場合には，「（ある）
『計画』の下での分割承継行為」，換言すると，「（ある）計画を前提とす
る分割承継行為」は，法１３２条の２にいう「法人の行為又は計算」として
否認の対象となり得るものである。
そして，施行令４条の２第６項１号は，「当事者間の完全支配関係が継続
することが見込まれている場合」と規定しており，同号にいう「見込み」の
有無は，飽くまで分割の当事者（分割法人と分割承継法人）双方の関係によ
り判断されるべきものであり，また，一般に，組織再編成がいかなる過程を
たどって行われるかということについては，分割の時点において，分割法人
と分割承継法人の双方が共通に認識する事情とされているものである。した
がって，「見込み」要件に影響を及ぼす計画は，分割法人のみならず，分割
承継法人のものでもあると観念されてしかるべきであり，分割前に立てられ
た計画を前提とする分割承継行為であることをもって否認の対象となるこ
とが否定されるものではない。
本件計画は，本件分割が適格分割と非適格分割のいずれに該当するのかを
判断するに当たり直接影響を及ぼすものであり，原告の代表取締役であるＰ
１３氏等は，本件計画が存在しており，これが遂行されることを十分に認
識・了知した上で，これを前提として分割承継行為を行っているのであるか
ら，本件計画の下での分割承継行為は，分割承継法人である原告の行為とし
－107－
て否認の対象となるものである。
２原告の主張
(1)平成２０年１０月２７日の本件提案に至るまでの経緯
平成２０年１０月２７日以前，Ｐ１の実務部門とＰ２においては，Ｐ２の
株式上場に向けた企業価値向上のため，クラウドコンピューティング事業へ
の参入を検討し，関連してＰ２の分社化及びＰ１１らとの合併による未処理
欠損金額の処理方法につき，基本方針を確定していた。一方，Ｐ８氏は，か
ねてから，検索サービスにおいてシェアを拡大していたＰ１７への対抗並び
に近い将来において成長の見込めたクラウドコンピューティングサービス
の品質確保及びデータセンターに係るコストの更なる削減のため，Ｐ４はデ
ータセンターを自社保有すべきであると考えていたところ，Ｐ２によるイン
ターネットビジネスのノウハウの獲得等によるシナジー効果を考えた場合，
Ｐ２の合併先はＰ１１らではなくＰ４であるべきと考えるに至っていた。
Ｐ４においては，従来，データセンターの自社保有についてコスト面での
大きなメリットはないと認識していたところ，平成１９年後半から，予想を
はるかに上回るペースで増加したデータ流通量に対応するだけのデータセ
ンター容量の確保及びＰ１７に対抗するための検索サーバ（ＹＳＴ）の移設
等の議論がなされるに至り，またそれと前後してＹＳＴを管理しているＰ
６・インクの買収報道がなされたところでもあり，Ｐ４のデータセンターを
めぐる事業環境は大きく変化した。また，上記のとおり，Ｐ４では新規事業
であるクラウドコンピューティング事業への参入に向けた検討も行ってい
たところであったうえ，（結果として本件で買収を検討することになる）協
業関係にあるＰ２の北九州のデータセンターの稼動開始が迫るなど，Ｐ４の
事業においても，データセンターの事業上の位置づけの見直しを迫られてい
た。
Ｐ８氏からＰ４への本件提案は，上記各当事者の事情が重なり合っていた
－108－
ところに，行われたものなのである。
(2)平成２０年１０月２７日の本件提案以降の経緯，平成２１年４月１日以降
のＰ２の買収及び合併の成果
Ｐ２の株式上場の可能性・将来のクラウドコンピューティング事業の展開
可能性という事情及びＰ４におけるインターネットサービス事業者として
のデータセンター自社保有の必要性と自らのクラウドコンピューティング
事業へのシナジー効果の可能性を根拠に，Ｐ１は原告に対して本件提案を行
い，Ｐ４は本件提案の事業上の必要性の検討及び買収価額交渉を経て，本件
提案を受け入れて本件買収及び本件合併を実行することになったのである。
(3)本件取引についてのＰ２の対応
Ｐ１（Ｐ８氏）からＰ４になされた本件提案及びその取引スキームについ
て，Ｐ２の代表取締役社長であったＰ１３氏は，平成２０年１２月１０日，
Ｐ８氏から本件提案の内容を初めて伝えられた。
Ｐ１３氏としても，既にデータセンター事業の「その上のサービス」とし
てクラウドコンピューティング事業への本格的な参入を検討していたとこ
ろであり，Ｐ４において上記のようなメリットが見込まれていたのと同様
に，Ｐ２とインターネットサービス企業であるＰ４との協業シナジー効果は
高いと考えた。また，北九州のデータセンターにおける協業等により，Ｐ２
の最大顧客となっていたＰ４と資本関係を持つことも，Ｐ２にとって事業上
のメリットが大きいと判断し，本件提案自体について，賛同の意を表明した。
ただし，Ｐ１３氏は，仮に本件提案が実施されたとしても，①既に検討を
進めてきた株式上場の可能性を担保すること，②従業員の不利益にならない
こと，③顧客に迷惑がかからないこと，の３つの条件が満たされることが，
Ｐ２の事業上非常に重要であると考えていた。そこで，Ｐ１３氏は，Ｐ８氏
及びＰ７氏に対して，かかる３つの条件が満たされるべきことを要請した。
この点，本件提案の内容は，Ｐ１３氏が示した３つの条件に正に適うもので
－109－
あった。
なお，Ｐ２（Ｐ１３氏）としては，平成２０年１１月２１日にＰ１がＰ４
に示した取引スキームの中における原告株式譲渡を実施することについて
は，特段の意見・関心を有していなかった。すなわち，原告株式譲渡の実施
如何に拘わらず，本件提案はＰ１３氏の上記①から③までの条件に適うもの
であったし，また本件提案で達成される最終的な経済的効果（取引の出来上
がり）も同一であったため，本件買収に関する実質的な当事者であり，当時
のＰ２の親会社であったＰ１が，Ｐ４との交渉の結果合意した内容に反対を
する理由もなかったのである。
そこで，Ｐ２は，平成２１年１月７日に取締役全員の同意をもって本件分
割に係る新設分割計画を作成して平成２１年２月２日に本件分割の効力を
生じさせたうえ，平成２１年２月１８日の取締役会において，利害関係を有
するため欠席したＰ７氏を除く取締役全員の賛成をもって原告の株式全部
をＰ４に譲渡することを承認し，翌１９日に株式譲渡契約を締結した。また，
平成２１年１月７日，Ｐ１３氏は，上記取締役会の後，Ｐ２の臨時の臨時社
員集会を開催し，上記①から③までの条件及びそれらを担保するための必要
な選択肢の１つとして，本件分割を行うことをＰ２社員に対して説明を行っ
た。
(4)本件買収及び本件合併の成果
以上のような経緯及びそれぞれの事情により，Ｐ４，Ｐ１，並びにＰ２及
び原告は本件取引を実行した。そして，現時点において，本件買収及び本件
合併の成果は以下のとおり達成されつつある。
まず，Ｐ２のデータセンターを自社で保有したことに関連するＰ４でのコ
スト削減効果は，Ｐ４全体で，平成２２年度の実績値で，年間約１７億円，
平成２３年度の実績値で，年間約２１億５０００万円，平成２４年度の実績
値で，年間約２１億８０００万円にも及ぶ。また，次年度以降も平成２５年
－110－
度には約２２億円のコスト削減効果が見込まれており，仮にこのほか上記デ
ータセンター移設のための一時費用が掛かるとしても，今後，継続的なコス
ト削減効果だけで少なくとも年間２０億円超のプラス面での本件買収及び
本件合併の効果が生じることになり，概ね想定通りのコスト削減効果が得ら
れている。
また，原告としては，下記定性的効果として挙げたクロスセルによる効果
もあり，平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度にお
いて，約１０８億円の売り上げと，約１４億円の営業利益を計上している。
次に，Ｐ４は，原告を買収し，Ｐ２を買収及び合併したことにより，まず，
Ｐ４の顧客（一般事業者）に対して，従前のＰ４のサービスだけでなく，原
告のハウジングサービス（コロケーションサービス）やＰ２６（仮想化サー
ビス）をも提案材料，商品として組み込むことが可能になった。その結果，
単に定性的にＰ４のインターネットサービス企業としてサービスの幅を広
げただけでなく，従来の顧客に対する上記原告の商材の紹介及び販売（クロ
スセル）により，平成２１年度乃至平成２２年度上半期の間に，約８億８０
００万円（８０社）の実績（契約金額）をあげることに成功した。
また，現在原告は，次世代クラウドシステムの検討をＰ４と共同で推進中
である。今後も，クラウドスタックやマルチクラウドコントロールの技術検
討を共同で進めながら，次世代クラウドサービスの企画，開発を行っていく
予定となっている。
さらに，Ｐ２が積極的に働きかけを行って設立したＰ２７協会（Ｐ２７）
にＰ４が会員となり，Ｐ４のオペレーション統括本部本部長Ｐ２８が理事と
して参画している。この協会ではデータセンター事業者だけでなく，データ
センター利用者の立場からも政策提言を行うことができるなど，従来Ｐ４だ
けではできなかった活動が可能となっている。
(5)本件分割によりＰ２から原告が分社化されたそもそもの目的ないし理由
－111－
本件分割によりＰ２から原告が分社化されたそもそもの目的ないし理由
は，本件買収及び本件合併に際してＰ２のＰ１３氏がＰ８氏に提示した３要
件，つまり「①ＩＰＯ（株式上場）の可能性を担保すること，②お客様にご
迷惑をお掛けしないこと，③社員が不利益を蒙らないこと」を担保するため
であった。すなわち，Ｐ２から原告を分割して繰越欠損金のない法人を新設
して，原告が将来株式上場を行う可能性を担保した。そして，かかる株式上
場のための本件分割による原告の分社化を前提に，従業員については全て原
告に転籍させることにより（つまり本件合併によりＰ４に雇用関係が承継さ
れるのではなく）従前のＰ２におけるのと同様の雇用関係を確保して従業員
に迷惑を掛けないという条件を担保しつつ，Ｐ２におけるサーバの保守等の
事業にも支障が生じないように，出向基本契約及び覚書に基づき，従業員の
籍を原告に置きつつＰ２への出向という形で労務提供が行われた。さらに，
顧客に迷惑を掛けないという点については，やはり原告の分社化を前提にし
つつそれでも顧客への影響を最小限に留める方法として，営業会社たる原告
が顧客から受託した業務のうちサーバ等の設備に関連する部分について，業
務委託契約に基づき，原告がＰ２に対し業務委託を行い，Ｐ２が原告から一
定の業務委託料の支払を受けるというスキームが採用された。
このように，上記の出向基本契約と業務委託契約は，本件分割の不合理性
を示すものでは全くないばかりか，上記Ｐ１３氏の３要件を可能な限り遵守
するため，つまり株式上場担保という条件のための原告の分社化を前提に，
他の２つの条件を最大限遵守するために実務上なされた最大限の工夫なの
である。
(6)原告株式譲渡を行うことはＰ４にとって事業上好都合であった。
本件取引は，以下の４段階により実行されている。
①Ｐ２が分社型新設分割により原告を設立し，Ｐ２のデータセンターの営
業等に係る事業に関して有する権利義務を原告に承継させる（本件分割）。
－112－
②Ｐ４が，Ｐ２から，原告の発行済株式全部の譲渡を受ける（原告株式譲
渡）。
③Ｐ４が，Ｐ１から，Ｐ２の発行済株式全部の譲渡を受ける（Ｐ２株式譲
渡）。
④Ｐ４が，Ｐ２株式譲渡によりＰ４の完全子会社となったＰ２との間で吸
収合併を行う（本件合併）。
かかるスキームは，平成２０年１１月２１日付でＰ１からＰ４に提案され
たスキームであったが，このスキームは，③のＰ２株式譲渡に先立って②の
原告株式譲渡を行うことにより，原告をＰ４の孫会社とすることなく買収後
直ちに原告をＰ４の直接の子会社とすることができるため，Ｐ４にとっても
以下のとおり好都合なものであった。
ア事業展開の観点
Ｐ４では，Ｐ４と共同して事業を展開するＰ４のグループ会社について
は，Ｐ４のサービス，ネットワーク等との連携，役員派遣等の人的支援の
提供等の観点から，直接の子会社とする方針をとっていた。原告の事業は，
大規模データセンターの営業販売，データセンターソリューションの開発
提供，クラウドコンピューティング事業等であって，Ｐ４のサービス運営
上極めて重要な会社であったため，孫会社とするのでは十分ではなく，直
接の子会社とすることが自然であった。また，Ｐ４の直接の子会社とした
方が，孫会社とするよりも一般的に信用を得やすく，顧客獲得や人材確保
等にメリットがあると考えられていた。
イ情報セキュリティの観点
Ｐ４は，インターネット関連事業というその事業の性格上，及び過去の
「Ｐ２９」の個人情報漏洩問題を踏まえ，情報セキュリティ対策に力を入
れており，統一的なセキュリティポリシーの浸透・適用の観点から，個人
情報その他の重要な経営情報を大量に保有し，慎重な情報管理が必要とな
－113－
る会社については，Ｐ４が直接に監視・監督し，情報管理を徹底できるよ
う，Ｐ４の直接の子会社とする方針をとっていた。原告は，Ｐ４のサービ
ス及びネットワークシステムとの関連性が強い事業を行っており，また，
その事業内容から大量の顧客情報を有しているため，強固で統一的な情報
セキュリティ管理を行う必要性が極めて高いといえる会社であった。その
ため，Ｐ４としては，原告の買収にあたり，原告を当初から直接の子会社
とすることがごく自然であり，一時的であれ孫会社とすることは考え難か
った。
ウ社内システムへのアクセス
本件取引当時，Ｐ４のセキュリティポリシー上，Ｐ４の社内システムに
アクセスできる関係会社は，Ｐ４が直接管理・監督でき，かつＰ４と業務
上の関わりが深い，Ｐ４の直接の子会社に限られており，本件取引当時，
孫会社等の間接的な資本関係にとどまる会社に対して，Ｐ４の社内システ
ムへのアクセス権限を付与することはなかった。原告は，上記の基準を満
たしているため，本件買収の直後からＰ４の社内システムへのアクセスが
認められていた。仮に原告株式譲渡が行われず，本件合併までの間，Ｐ２
がＰ４の孫会社となっていたとすれば，原告にはＰ４の社内システムのア
クセス権限は与えられず，社内システムを利用することができなかったは
ずである。しかし，原告のデータセンターの営業販売，クラウドコンピュ
ーティング事業等といったＰ３０グループにおける重要性に鑑みると，仮
に原告が孫会社となり，アクセス権限が与えられなかった場合には，Ｐ４
と原告の連携について重大な悪影響が生じていたことは明らかである。
エ小括
以上のとおり，仮に原告株式譲渡が行われず，本件合併までの間，原告
がＰ４の孫会社となった場合には，上記①から③記載の点を実現すること
ができず，Ｐ４と原告の事業上の連携等に支障が生ずるおそれがあったの
－114－
である。
このように，原告株式譲渡は，買収後直ちに原告をＰ４の直接の子会社
とすることにより，かかる事業上の不都合が生ずるおそれを回避し，上記
アからウまでに記載の事業上の目的を達成することができるという点で，
Ｐ４にとっても好都合なものであった。
(7)原告株式譲渡は何ら「異常ないし変則的」な行為ではない。
ア原告株式譲渡が「異常ないし変則的」か否かは，通常のＭ＆Ａ・組織再
編成取引において一般的に行われているスキームとの比較により判断さ
れるべきである。
法１３２条の２の「不当」性の判断に当たり，ある行為が私的経済取引
の観点からみて「異常ないし変則的」との評価を受けるか否かは，通常の
経済人（Ｐ３１名誉教授の言う平均的事業家）が現に行っている行為との
比較により判断するほかない。そして，本件のような連続した組織再編成
取引が「異常ないし変則的」と評価されるか否かに関しては，まさに通常
の経済人や平均的事業家が現に行っている通常のＭ＆Ａ・組織再編成取引
において一般的に行われているスキームとの比較により判断するのが，最
も適切である。
イ判例及び通常のＭ＆Ａ・組織再編成取引の実務に照らし，原告株式譲渡
は「異常ないし変則的」ではない。
本件の事案は，本件分割後に原告株式譲渡を１つ加えただけ（原告株式
譲渡を前提に本件分割を行っただけ）であるところ，近時の通常のＭ＆
Ａ・組織再編成取引においては，「株式買取（公開買付け含む）＋合併」，
「全部取得条項付種類株式を用いた完全子会社化＋合併」，「配当又は自
己株式取得＋株式譲渡」など，省略可能な取引（意図する経済的成果（取
引の出来上がり）を達成するためには必須とはいえない取引）を，税務上
の考慮から１つ加えることは，ごく一般に行われている。
－115－
また，原告株式譲渡を前提に本件分割を行えば，適格要件へのあてはめ
としては非適格分割にしかなり得ず，原告株式譲渡を行うことを前提に本
件分割を行う（もって非適格分割とする）ということは，まさに適格要件
に係る法令の規定が正面から予定している完全に想定可能な行為である。
これらを考慮すると，通常の経済人や平均的事業家や「一般の納税者」
を基準とした判断としては，本件の事案も，同様に，節税に留まるもので
あり租税回避行為ではないと評価するのが極めて自然かつ合理的である。
Ｐ２１教授も，原告株式譲渡が行われたことは，法１３２条の２の「不
当」性を満たさない旨述べており，上記の原告の主張を支持している。
ウ原告株式譲渡はそれ自体経済的な損失を生じさせる異常な取引とはいえ
ないため，「不当」ではない。
原告株式譲渡は，原告はもちろんＰ２又はＰ４にとっても，経済的に見
合わない又は損失若しくは利益の逸失を生じさせるなどということは一
切なく，株式譲渡契約の準備及び当該契約への捺印という極めて低いコス
トによってＰ４において事業上生じ得る不都合を回避することができる
合理的な行為である。このように，原告株式譲渡を行うことのコスト負担
は上記のとおり極めて小さく，省略可能な取引（つまり意図する経済的成
果（取引の出来上がり）を達成するためには必須とはいえない取引）があ
えて挿入されている例において必要とされる費用・手間と何ら変わらない
か，より負担が少ないとさえいえる。
このように，原告株式譲渡は，経済的合理性を有しない行為などと評価
することはできず，私的経済取引の観点からみて「異常ないし変則的」と
はいえないのであって，「不当」性の要件を充足しない。
エ「異常ないし変則的」でない他のスキームを選択した場合にも本件分割
は非適格合併となり得たのであるから，「不当」でない。
本件取引と同様の経済的効果を達成するために，分社型分割に代えて分
－116－
割型分割のスキームを用いることが可能である。すなわち，①Ｐ２が分割
型新設分割により原告を設立し，Ｐ２のデータセンターの営業等に係る事
業に関して有する権利義務を原告に承継させる（分割型分割），②Ｐ４が，
Ｐ１から，Ｐ２及び（Ｐ１が分割型分割により割当てを受けた）原告の発
行済株式全部の譲渡を受ける（原告株式及びＰ２株式譲渡），③Ｐ４が，
Ｐ２株式譲渡及び原告株式譲渡によりＰ４の完全子会社となったＰ２と
の間で吸収合併を行う（本件合併），という三段階の取引から構成される
スキームによって，Ｐ４によるＰ１からのＰ２の買収を実行することも本
件では選択可能であった。かかる分割型分割スキームも，本件のスキーム
と同様，Ｐ４が本件合併の効力発生を待たずに，直ちに原告をその直接の
子会社とすることができるスキームであり，かかるスキームは何ら異常で
も変則的でもないといえるところ，当該分割型分割のスキームを選択した
場合にも，Ｐ２による分割は非適格分割となる。すなわち，１００パーセ
ントの持分関係にある法人間での分割に係る適格要件（法２条１２号の１
１イ），５０パーセント超１００パーセント未満の持分関係にある法人間
での分割に係る適格要件（法２条１２号の１１ロ），及び共同事業を営む
ための組織再編成に係る適格要件（法２条１２号の１１ハ）のいずれも充
足しないため，当該分割型分割スキームは非適格分割となる。そうである
とすると，原告株式譲渡を前提に本件分割を行い本件分割が非適格分割と
なったからといって，「通常用いられる法形式に対応する課税要件の充足
を免れ」たとはいえない。上記の非適格分割となる分割型分割のスキーム
も，「通常用いられる法形式」のうちの１つといい得るからである。した
がって，本件分割については，「通常用いられる法形式に対応する課税要
件の充足を免れ」たという租税回避と評価される事実が存在しないため，
「租税回避以外に正当な理由ないし事業目的が存在しない場合」には該当
しない。
－117－
加えて，上記のとおり，原告株式譲渡を行うことは，Ｐ４が原告を直接
の子会社とすることができる点において事業上も有益であったことから，
この点においても「租税回避以外に正当な理由ないし事業目的が存在しな
い場合」には該当しない。
以上より，本件の事実関係からして「不当」性の要件を充足する事実は
存在せず，法１３２条の２により本件分割を適格分割と引き直して課税す
ることはできない。
Ｐ２１教授も，他の合理的なスキームによって非適格分割とすることが
可能である以上，本件分割のみを取り出して法１３２条の２によって否認
することはできない，と述べており，原告の主張を支持している。
オ原告株式譲渡を前提とする本件分割に係る分割承継行為は，「節税」行
為である。
「節税」とは，租税法規が予定しているところに従って税負担の減少を
図る行為をいう。
本件のスキームにおいては，原告は，原告株式譲渡を前提に本件分割に
係る分割承継行為を行い，本件分割を非適格分割として組成して資産調整
勘定を計上したのであるが，かかる行為は，適格要件や資産等超過差額に
係る法令の個別規定の文言が当然に予定している行為であるというほか
なく，原告株式譲渡を前提とする本件分割に係る分割承継行為は，「節税」
行為に該当し，租税法規の文言に従って租税負担の軽減（資産調整勘定の
減額による損金算入）が認められるべきである。
加えて，そもそも本件では，原告株式譲渡を前提とする本件分割に係る
分割承継行為については，原告株式譲渡によりＰ４が様々な事業上の目的
を達成できたこと，また，通常のＭ＆Ａ・組織再編成取引において一般的
に行われているスキームに照らし通常の経済人を基準にみた場合には原
告株式譲渡を１つ加えることも私的経済取引として合理性を有すること，
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という各事情が存在するのであって，原告株式譲渡を前提とする本件分割
に係る分割承継行為は，異常ないし変則的とはいえず，私的経済取引とし
ての合理性を有する行為であると優に評価することができる。
そうすると，原告株式譲渡を前提とする本件分割に係る分割承継行為は，
①適格要件や資産等超過差額に係る法令の個別規定の文言が当然に予定
している行為であるとともに，②異常ないし変則的とはいえず，私的経済
取引としての合理性を有する行為であるといえるから，なおのこと「節税」
行為に該当するものにほかならないのである。
(8)本件計画を前提とした分割行為は否認の対象となる行為か否かについて
被告は，「本件計画を前提とする分割承継行為」を「本件計画を前提とし
ない分割承継行為」に引き直すものであると主張する。
この点，法１３２条の２は，納税者の私法上の行為を，税法上，別の通常
行われる仮定の私法上の行為に置き換えることにより，遡及的に課税関係を
作り出すものである。すなわち，法１３２条の２は，納税者が私法上の法形
式を濫用した場合に，私法上の法律関係はそのままにしておきながら，租税
法の適用上のみにおいて，正常な私法上の法形式に引き直した上で，租税法
を適用して課税するものである。したがって，法１３２条の２による否認の
対象となる行為は，納税者が選択した私法上の法形式をもつ行為であって，
引き直される正常な法形式は，納税者が選択した私法上の法形式とは別の法
形式を持つ私法上の行為でなければならない。
しかし，会社法は，新設分割に関し，「新設分割設立株式会社は，その成
立の日に，新設分割計画の定めに従い，新設分割会社の権利義務を承継す
る。」としか定めておらず（会社法７６４条１項），会社分割後に分割承継
会社の株式が譲渡されるかどうかによって，会社法上の会社分割という行為
ないし法形式が区別されることは全く予定されていない。すなわち，「本件
計画を前提とする分割承継行為」であろうが，「本件計画を前提としない分
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割承継行為」であろうが，私法上の法形式としては会社分割（による分割承
継行為）という点で全く同一である。このような行為は，上記に述べた法１
３２条の２の否認の対象たる異常な法形式をもつ行為及び引き直される正
常な法形式をもつ行為として観念できない。したがって，被告の主張は，同
条の解釈適用を誤るものである。
被告は，この点を自覚してか，「ある計画の下に行われる分割承継行為と，
これと異なる計画の下に行われる分割承継行為は，税法上別個の行為として
みるべきである」と主張する。しかし，ここでの問題は，両者が，「税法上」
ではなく，「私法上」異なる法形式を持つ行為であるのか否かである。租税
法においては，あくまでも私法上の法律関係を前提として課税関係が決せら
れるのであり，私法上の法律関係から離れた「税法上別個の行為」なるもの
を観念する余地はない。法１３２条の２は，私法上の法形式を他の正常な私
法上の法形式に引き直して課税することを認める規定であり，同条の適用に
おいて「税法上の行為」なる概念が意味を持つことはありえない。上記のと
おり，法１３２条の２による否認は，私法上の法律関係はそのままに専ら租
税法の適用上のみにおいて法形式の引き直しを認めるものであるが，このこ
とと，同条の否認の対象たる行為及び引き直される行為はいずれも純然たる
私法上の法形式を意味するものであることを混同してはならない。
結局，被告は，法１３２条の２の「行為」が法人税の更正又は決定を受け
る法人に限られていることから，（主位的な主張としては）原告株式譲渡を
否認すると主張することができず，無理に「本件計画を前提とする分割承継
行為」などという私法上の法律関係からかけ離れた行為を否認の対象として
想定しなければならなかったものといえる。更にいえば，被告がいみじくも
「税法上別個の行為」との主張を展開していることから明らかなとおり，被
告が主張する引き直しは，法１３２条の２が想定している私法上の法形式の
引き直しではなく，結局は租税法のみの世界の否認，つまり，本件分割とい
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う私法上の行為の法形式は何ら引き直すことなく，法令上の適格要件に照ら
し非適格分割でしかない本件分割を適格分割であると否認するものに他な
らないものである。要は，被告の主張は，Ｐ２と原告の完全支配関係の継続
の見込みという法令上規定された明示の課税要件を全く無視しているだけ
ということにほかならない。これは正に，法令上の課税要件自体の拡張・縮
小ないし書き換えにほかならない。そのような効果は法１３２条の２が意図
するところでは全くない。
本件計画を前提とした分割承継行為は，否認の対象とならない。

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