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平成１７年（行ケ）第１０１９７号（東京高等裁判所平成１６年（行ケ）第２１５
号）　審決取消請求事件
平成１７年３月２８日　口頭弁論終結
　　　　　　　　　　　　判　　　　　　　決
　　　　　　原告　　　　　　　　　　ニユー・イングランド・バイオレイブ
ズ・インコーポレイテツド
　　　　　訴訟代理人弁理士　　　　　小林純子
　　　　　　同　　　　　　　　　　　　押鴨涼子
　　　　　　同　　　　　　　　　　　　日野真実
　　　　　　訴訟代理人弁護士　　　　　大毅
　　　　　　訴訟復代理人弁護士　　　　長沢幸男
　　　　　　被告　　　　　　　　　　　特許庁長官　小川洋
　　　　　　指定代理人　　　　　　　　佐伯裕子
　　　　　　同　　　　　　　　　　　　種村慈樹
　　　　　　同　　　　　　　　　　　　涌井幸一
　　　　　　同　　　　　　　　　　　　一色由美子
　　　　　　同　　　　　　　　　　　　宮下正之
　　　　　　　　　　主　　　　　　　文
　　　１　原告の請求を棄却する。
　　　２　訴訟費用は原告の負担とする。
３　この判決に対する上告及び上告受理の申立てのための付加期間を３０日
と定める。
　　　　　　　　事実及び理由
第１　当事者の求めた裁判
１　原告
　特許庁が不服２００３－３８９５号事件について平成１６年１月７日にした
審決を取り消す。
　　　訴訟費用は被告の負担とする。
２　被告
　主文１，２項と同旨
第２　当事者間に争いのない事実
１　特許庁における手続の経緯
　　原告は，平成４年１２月１８日（優先権主張１９９１年１２月１８日（以下
「本願優先日」という。），米国。），名称を「古細菌からの組換え熱安定性ＤＮ
Ａポリメラーゼ」とする発明につき特許出願（平成４年特許願第３５５７５２号。
以下「本件出願」という。請求項の数は１５である。）をし，平成１４年１２月１
０日に拒絶査定を受けたので，平成１５年３月１０日，これに対する不服の審判を
請求した。
　特許庁は，これを不服２００３－３８９５号事件として審理し，その結果，
平成１６年１月７日，「本件審判の請求は，成り立たない。」との審決をし，同年
１月１９日，その謄本を原告に送達した。
２　特許請求の範囲【請求項１】（平成１４年１０月２３日付け手続補正後のも
の）
「古細菌由来の組換え熱安定性DNAポリメラーゼをコードする単離されたDNAで
あって，該単離されたDNAが
(i)　Fig.6に示された配列番号1によって表示されるヌクレオチド配列，
(ii)　少なくとも20ヌクレオチドである，配列番号1のヌクレオチド配列の一部
分，
(iii)　配列番号1のうち，1から1274までであるヌクレオチド，
(iv)　配列番号1のうち，1269から2856までであるヌクレオチド，
(v)　配列番号1のうち2851から4771までであるヌクレオチドからなる群から選
択されたヌクレオチド配列によって特定されたDNAに対して以下のサザンブロット法
の条件，
(a)ハイブリダイゼーション：0.75M　塩化水素，0.15M　トリス，10mM　
EDTA，0.1％ピロリン酸ナトリウム，0.1％SLS，0.03％BSA，0.03％　
Ficoll400，0.03％PVP及び100ug/mL　煮沸ウシ胸腺DNAで，ハイブリダイゼーション
を50℃で12時間行い，
(b)洗浄：0.1×SET，0.1％　SDS，0.1％　ピロリン酸ナトリウム，0.1M　燐酸
緩衝液で，45℃で洗浄を30分間を3回繰り返すことでハイブリダイズする（判決注・
以下，この条件を「本願ハイブリダイズ条件」という。）が，
ただし，以下の特定されたDNAを除いた，該単離されたDNA。
(a)配列番号1で示される配列，
(b)配列番号1のDNA配列の変異体，
(c)活性化熱安定性DNAポリメラーゼをコードする配列番号1のフラグメント，
(d)WO92/09689に記載の熱安定性Pyrococcus　furiosusDNAポリメラーゼIをコー
ドし，該WO92/09689で開示された配列番号1に示されるアミノ末端のアミノ酸1乃至
775残基を有する，DNA配列，
(e)EP-A1-0　547359で開示された大腸菌NEB＃720（ATCC＃68723）から得られう
る熱安定性Pyrococcus　spポリメラーゼであって，EP-A1-0　547359の図18に記載の
核酸配列を有するDNA配列及びEP-A1-0　547359の図19に記載された推定アミノ酸部
分配列（判決注・以下，これらの除外された配列を順次「配列(a)」，「配列(b)」
などという。）。」（以下「本願発明」という。）
３　審決の理由
　別紙審決書の写しのとおりである。要するに，本願発明は，欧州特許出願公
開第４５５４３０号明細書（以下，審決と同様に「引用文献１」という。）に記載
された発明（以下「引用発明」という。）に基づいて当業者が容易に発明をするこ
とができたものと認められるから，特許法２９条２項の規定に該当し，特許を受け
ることができない，とするものである。
　審決は，上記結論を導くに当たり，本願発明と引用発明との一致点・相違点
について，次のとおり認定判断した。
「引用文献１には，典型的な古細菌であるT.litoralis由来の，熱安定DNAポリ
メラーゼをコードする全配列（本件発明における「配列番号1」）およびその単離さ
れたDNA断片であるヌクレオチド1～1274，ヌクレオチド1269～2856，ヌクレオチド
2851～4771が記載されており，そのクローニング過程も詳細に記載されている。
　なるほど，本件請求項１の記載からは「ただし」以下の記載により配列番号
１のDNA配列，変異体及び配列番号１の１部フラグメントDNA自体は除かれていると
はいえる。
　しかしながら，本件発明には，当該「ただし」以下で除かれたDNAと極めて類
似性の高い天然に存在するDNA（いわゆる「ストリンジェントな条件でハイブリダイ
ズするDNA」）については依然として包含されており，それらのDNAについては，本
件優先日前の技術常識を勘案することで，引用文献１に記載される配列番号１及び
各フラグメントに対応するDNAの配列情報に基づき当業者が容易に想到し得るもので
ある。」
第３　原告主張の取消事由の要点
　　審決は，本願優先日における古細菌ＤＮＡポリメラーゼに関する当業者の認
識の認定を誤り（取消事由１），また，引用発明における介在配列の認定も誤った
ことにより（取消事由２），本願発明の容易想到性の判断を誤ったものであり，さ
らに，本件の審判手続には重大な手続上の瑕疵があり（取消事由３），これらの認
定判断の誤りあるいは手続上の瑕疵が結論に影響を及ぼすことは明らかであるか
ら，違法として取り消されるべきである。
１　取消事由１（本願優先日当時の古細菌ＤＮＡポリメラーゼに関する当業者の
認識についての認定の誤り）
　　審決は，上記のとおり，「本件発明には，当該「ただし」以下で除かれたＤ
ＮＡと極めて類似性の高い天然に存在するＤＮＡ(いわゆる「ストリンジェントな条
件でハイブリダイズするＤＮＡ」)については依然として包含されており，それらの
DNAについては，本件優先日前の技術常識を勘案することで，引用文献１に記載され
る配列番号１及び各フラグメントに対応するDNAの配列情報に基づき当業者が容易に
想到し得るものである。」と認定判断し，また，「引用文献１の配列情報に基づ
き，T.litoralis以外の同属もしくは類似古細菌に由来する類似耐熱性DNAポリメラ
ーゼ遺伝子をクローニングすることについては，何らの困難性を見出すことはでき
ない。したがって，本件発明は，引用文献１から当業者が容易に想到し得ることで
あると認められ，特許法第29条第2項の規定により特許を受けることはできない。」
と判断した。
　しかし，当業者は，本願優先日当時，サーモコッカス属リトラリス種のＤＮ
ＡポリメラーゼのＤＮＡと極めて類似性の高いＤＮＡが天然に存在するなどという
認識を有していなかったのであるから，審決の上記認定判断は誤りである。
　古細菌は，極端な環境で生育する微生物であり（例えば，サーモコッカス属
リトラリス種とピロコッカス属に分類される数種の株は，深海底の高温の熱水鉱床
に存在する超好熱古細菌の一種であり，１００℃を超える可能性のある環境に適応
するものである。），その発見及び研究が困難であることから，本願優先日当時，
古細菌のＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡは，引用発明のサーモコッカス属リトラリス
種のもの以外は同定されておらず，同リトラリス種以外の古細菌のＤＮＡポリメラ
ーゼの構造はそれと類似しないことが推測されたから，それらの古細菌のＤＮＡポ
リメラーゼのＤＮＡも類似しないことが推測されていた。
　本願優先日当時，古細菌に分類される互いに異なる属の間では，八つの古細
菌のＤＮＡポリメラーゼが発見され単離されていたものの，それらは，アフィディ
コリン阻害活性，Ｎ－エチルマレイミド阻害活性，ddTTP阻害活性，5'→3'エキソヌ
クレアーゼ活性，3'→5'エキソヌクレアーゼ活性，プライマーゼ活性のＤＮＡポリ
メラーゼを分類する一般的な各指標において異なる反応を示しており，そのＤＮＡ
ポリメラーゼの構造が類似しないことが強く推測されていた（甲１２の１・２の
表，以下「甲１２表」という。）。このような阻害活性等の各指標は，タンパク質
の構造の違いを表すものであり，タンパク質の構造が違えば，アミノ酸配列とその
アミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列の違いを強く推認させるものである。
　当業者が，本願優先日当時，サーモコッカス属リトラリス種のＤＮＡポリメ
ラーゼのＤＮＡと極めて類似性の高いＤＮＡが天然に存在するなどという認識を有
していなかったことは，Ａ教授の見解（甲３３，以下「甲３３見解書」とい
う。），陳述書（甲３６，以下「甲３６陳述書」という。），報告書（甲４２，以
下「甲４２報告書」という。）によっても裏付けられるものである。
　したがって，本願優先日当時，古細菌のＤＮＡポリメラーゼにあっては，そ
のＤＮＡ配列に相同性があり，それらがストリンジェントな条件下でハイブリダイ
ズするという当業者の認識は存在しなかったのである。本願発明についての審決の
上記認定判断は，誤りである。
２　取消事由２(引用発明のＤＮＡ配列における介在配列の認定の誤り)
　審決は，「請求人は，T.litoralis由来の全塩基配列中に引用文献１に記載さ
れた介在配列(IVS1)以外にさらなる介在配列（IVS2）が存在したことを発見したこ
と，及び当該IVS2を除去することによって，発現量が3～10倍増加することをもって
予期せぬ効果である旨主張している。しかしながら，引用文献１には下記〔４〕で
述べるように，当該IVS2介在配列については，その存在どころか，塩基配列上の位
置，長さ，及びその介在配列内の制限酵素様エンドヌクレアーゼ配列の存在につい
てまでも具体的に記載されているといえる以上，当該介在配列を除去することによ
る発現量の増大も充分に予測される範囲内のことであって格別の効果として検討す
る余地はない。そもそも，上述の保存領域からプローブを作製するに際しては当該
介在配列部分がプローブの候補からはずれることは明らかであることからみても，
上記認定を左右するものではないことは明らかである。」(審決書３頁７段～４頁１
段)と判断した。しかし，この認定判断は誤りである。
　引用文献１の実施例３には，あるインテインをコードする介在配列のう
ち，IVS1は同定されており，そのほかに，別のインテインをコードする介在配列
（本願明細書に記載されたIVS2）については，それが存在することは推測されてい
るものの，具体的にどの領域に存在しているかまでは明記されていない。したがっ
て，引用文献１に介在配列IVS2が具体的に記載されているとした審決の上記認定は
誤りである。また，介在配列IVS2を除去することによって発現量を増大させるとい
う発明は，IVS2が特定されなければ得られない発明であり，IVS2の特定が困難であ
ったのであるから，このようなＤＮＡポリメラーゼのためのプローブの設計及び構
築は，技術的に困難を極めるのであり（甲４，５），審決の上記判断は誤りであ
る。
３　取消事由３(審判における手続上の瑕疵)
(1)審査官は，本件出願に対する拒絶査定不服審判中の前置審査において，原
告と面接をし，資料の提出を受けたにもかかわらず（甲１４），この資料を，恣意
的に，又は過誤により，別の出願の面接記録に編綴した。この行為は不適法なもの
である。
(ｱ)審査官が面接の際に提出を受けた上記資料は，審査官が査定等の判断を
する際，あるいは前置審査における長官報告をする際の基礎となるべき資料である
から，出願記録中に編綴されるべきである。上記資料は，その後，審査官により特
許査定がされ，あるいは審判官によって審決がされ，特許が登録された後に，侵害
訴訟が提起された場合には，当該特許発明の技術的範囲を画するに際し，裁判官
が，出願経過の一部として参酌する証拠となり得るものである。審査官が，このよ
うな資料を，恣意的に，又は過誤により，別の出願記録に編綴することは，特許発
明の技術的範囲の判断を誤らせる，不適法な行為である。
(ｲ)審査官により拒絶査定がされ，出願人が不服の審判を請求した場合，あ
るいは査定不服審判中の前置審査において拒絶査定を維持する長官報告がされた場
合には，審判合議体は，審査の当否を判断するに際し，出願記録全部を判断の基礎
とするのであり，出願記録のうち，面接記録及び面接の際に提出を受けた資料を，
ことさら判断の基礎から排除するべきではない。審査官が，出願記録中の特定の書
類を恣意的に，又は過誤により，別の出願記録に編綴することは，審判における審
判合議体の判断を誤らせるという点で，不適法なものである。
(2)審決は，拒絶査定後の前置審査における上記瑕疵を承継し，審決の基礎と
すべき資料を看過してされたものであるから，審理不尽の違法があり，取消しを免
れない。
　　出願人は面接時に審査官が受領した資料は審判官が読むという信頼に基づ
いてその後の出願手続行為を行っているのであるから，本件においては出願人の手
続保障が害される程度は大きく，そのような審判は，手続上の違法性が高い。
第４　被告の反論の骨子
　審決の認定判断はいずれも正当であって，審決を取り消すべき理由はない。
１　取消事由１（本願優先日当時の古細菌ＤＮＡポリメラーゼに関する当業者の
認識についての認定の誤り）について
　当業者は，本願優先日当時において，本願発明の配列(a)ないし(e)で除外さ
れているＤＮＡと極めて類似性が高いＤＮＡが天然に存在するという認識を有して
いた。本願発明において除外されるＤＮＡの一つである配列(a)とは，引用文献１に
おいて，古細菌のサーモコッカス属リトラリス種という分類学上の種に属している
微生物群のうち，１菌株に相当する菌株ＮＳ-Ｃのゲノム中において，そのＤＮＡポ
リメラーゼの遺伝子が有していた５８３７塩基からなるＤＮＡ配列である。
　サーモコッカス属と同属内の異種の菌株や，同科内の別属菌株のＤＮＡポリ
メラーゼ遺伝子が天然に存在し，それらについて配列(a)と類似のＤＮＡポリメラー
ゼ遺伝子が天然に存在することが確実であると考えることこそ，当業者の認識に合
致するものである。
　すなわち，古細菌に属するある微生物が単離された場合に分類学上の同じ
「種」に属するような極めて近縁の微生物の存在を想定することは自然なことであ
り，ある微生物が有する有用遺伝子の配列について，その近縁微生物が，全く同一
の配列ではなく，かつ極めて相同性の高い配列からなる遺伝子を有していることを
想定することにも無理はない。
　現に菌株ＮＳ-Ｃとはゲノム全体のＤＮＡ配列が１０％程度異なる菌株Ａ３が
天然に存在している。菌株Ａ３のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子中に，配列(a)と「極め
て類似性が高いＤＮＡ」が存在するのである。
２　取消事由２(引用発明のＤＮＡ配列における介在配列の認定の誤り)について
　引用発明の配列(a)は，介在配列IVS1及びIVS2を含むものである。
　引用発明のサーモコッカス属リトラリス種の菌株ＮＳ-Ｃの配列(a)は，介在
配列IVS1及びIVS2を含め，菌株Ａ３のＤＮＡ配列と極めて類似したものであるか
ら，その配列(a)と極めて類似した配列を取得するに当たっては，配列(a)における
IVS2の配列(a)における位置を確定する必要も，その配列を除去する必要もない。
　したがって，配列(a)におけるIVS2の存在は，それに極めて類似する熱安定Ｄ
ＮＡポリメラーゼをコードするＤＮＡの取得に何ら障害となるものではない。
　そして，引用文献１には，菌株ＮＳ-Ｃから熱安定ＤＮＡポリメラーゼをコー
ドする配列(a)からなるＤＮＡを取得し，その塩基配列を決定する過程が実施例とし
て詳細に記載されている(乙１【００５６】～【００９２】など)。
　当業者は，近縁の菌株から，引用文献１の実施例と全く同じ手法，又は，そ
の他公知の手法を適用することにより，配列(a)と極めて類似したＤＮＡ配列でコー
ドされるＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡを容易に取得できるのである。
　したがって，本願発明のうち既に公知となった配列(a)などに極めて類似した
ＤＮＡ配列を有する発明については，何らの困難性を主張する余地はない。
３　取消事由３(審判における手続上の瑕疵)について
本件の審判の手続に違法とされる瑕疵はない。
第５　当裁判所の判断
１　取消事由１（本願優先日当時の古細菌ＤＮＡポリメラーゼに関する当業者の
認識についての認定の誤り）について
　本願発明のＤＮＡは，古細菌由来の組換え熱安定性ＤＮＡポリメラーゼをコ
ードする単離されたＤＮＡであって，本願ハイブリダイズ条件で配列(i)ないし(v)
のＤＮＡとハイブリダイズするものであり，かつ，そのようなＤＮＡから，配列(a)
ないし(e)のＤＮＡが除かれているものである。
　審決は「本件発明には，当該「ただし」以下で除かれたＤＮＡと極めて類似
性の高い天然に存在するＤＮＡ(いわゆる「ストリンジェントな条件でハイブリダイ
ズするＤＮＡ」)については依然として包含されており」（審決書３頁７～９行）と
認定し，それらのＤＮＡについては，「本件優先日前の技術常識を勘案すること
で，引用文献１に記載される配列番号１及び各フラグメントに対応するＤＮＡの配
列情報に基づき当業者が容易に想到し得るものである。」（同頁１０～１２行），
「上記引用文献１の配列情報に基づき，Ｔ．litoralis以外の同属もしくは類似古細
菌に由来する類似耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ遺伝子をクローニングすることについ
ては，何らの困難性を見出すことはできない。」(同頁２１～２３行)と認定判断し
ている。
　審決が本願発明に包含されると認定した上記ＤＮＡには，「T.litoralis」
（サーモコッカス属リトラリス種）以外のサーモコッカス属又は類似の古細菌に由
来するサーモコッカス属リトラリス種のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子と類似の耐熱性
ＤＮＡポリメラーゼ遺伝子，すなわち本願発明の用語でいえば，類似の熱安定性Ｄ
ＮＡポリメラーゼをコードするＤＮＡ，を包含するものであるといえる（なお，本
願発明の「古細菌由来の組換え熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ」とは，その「古細菌
由来の熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ」の製法が組換えによることを規定するものと
認められるから，両者は物質としては異なるものではない，同一のタンパク質であ
り，本願発明の「古細菌由来の組換え熱安定性ＤＮＡポリメラーゼをコードするＤ
ＮＡ」とは，その「古細菌由来の熱安定性ＤＮＡポリメラーゼをコードするＤＮ
Ａ」と同じか，少なくともそれを含むものであると認められる。）。したがって，
審決の上記判断は，サーモコッカス属の古細菌又は類似の古細菌に由来するサーモ
コッカス属リトラリス種のＤＮＡポリメラーゼと類似する熱安定性ＤＮＡポリメラ
ーゼのＤＮＡが天然に存在することを前提にするものである（以下，配列(a)，配
列(b)と極めて類似性の高いＤＮＡ配列を「配列(a')」，「配列(b')」などとい
う。）。
(1)原告は，本願優先日当時，古細菌のＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡは，引用
発明のサーモコッカス属リトラリス種のもの以外は同定されておらず，同リトラリ
ス種以外の古細菌のＤＮＡポリメラーゼの構造はそれと類似しないことが推測され
たから，それらの古細菌のＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡも類似しないことが推測さ
れていたとして，審決が本願発明に包含されると認定する配列(a')～配列(e')のＤ
ＮＡは，本願優先日当時，天然に存在するとの認識はなかったものであり，審決の
上記判断は誤りであると主張する。
　しかし，本願優先日当時において，(ｱ)サーモコッカス属の古細菌が，サー
モコッカス属リトラリス種の菌株ＮＳ-Ｃ（そのＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡが配列
番号１表示のヌクレオチド配列のもの）以外にも天然に存在するとの知見があり，
(ｲ)その古細菌に由来するＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡは熱安定性ＤＮＡポリメラー
ゼのＤＮＡであり，かつ，(ｳ)その古細菌に由来するＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡは
配列(a)と極めて類似性の高いＤＮＡである，との知見があったことから，少なくと
も配列(a')のＤＮＡは，天然に存在するとの知見があったと認められることは以下
のとおりである。
(ｱ)サーモコッカス属リトラリス種の菌株ＮＳ-Ｃ以外にもサーモコッカス属
の古細菌が天然に存在する，との本願優先日当時における知見について
(a)「Arch.Microbiol.,(1990)153:205-207」(乙１２，甲３３の別紙２。
以下「乙１２文献」という。)は，本願優先日当時公知の「超好熱性の海洋古細菌の
新種」と題する古細菌について記載する文献であり，次の記載がある。
①「二つの新しい単離体が，イタリアの浅い海底熱水源から得られた：
菌株ＮＳ-Ｃは，ナポリ付近のLucrinoの海浜から分離され，これの生理学的な特徴
が記述された(BelkinとJannasch　1985)。菌株Ａ３は，Vulcano島から単離された。
この二つの単離体は，Thermococcus属に属する新しい種であることが発見されてお
り，これについてこの文書の中で記述される。」(訳文１頁下から１４行～１０行)
②「菌株ＮＳ-Ｃは，５５℃と９８℃の間で成長し，８８℃のときに最適
な状態で，成長した(BelkinとJannasch　1985)。５０℃と９６℃の範囲で成長し，
最適な成長温度は８５℃である単離体Ａ３とは，わずかな違いが見つけられた。」
(訳文２頁「成長温度，ｐＨの範囲，イオン強度」の項)
③「単離体ＮＳ-Ｃと単離体Ａ３とは，Ｇ＋Ｃの含有量がそれぞれ３８モ
ル％と４０モル％とわずかな違いのみを示した。」(訳文３頁「ＤＮＡ塩基の構成」
の項)
④「菌株ＮＳ-Ｃと菌株Ａ３は，制限的なハイブリダイゼーション条件の
下にある場合であっても，高い度合いのＤＮＡの相同性を持つことが示しているよ
うに，同一の種に属している。」(訳文３頁「ＤＮＡの相同性」の項)
⑤「表１．菌株ＮＳ-Ｃ(Thermococcus　litoralis)，菌株Ａ
３，Thermococcus　celer(DSM2470)，Pyrococcus　furiosus(DSM3638)の間に見られ
るＤＮＡの相同性」において，菌株ＮＳ-Ｃと菌株Ａ３のＤＮＡの相同性について，
フィルターに拘束されたＤＮＡの供給源が菌株ＮＳ-Ｃのとき，菌株Ａ３から得られ
た３２Ｐで標識付けされたＤＮＡとの相同性（％）は「８６」，同様に供給源が菌
株Ａ３のとき，菌株ＮＳ-Ｃから得られた３２Ｐで標識付けされたＤＮＡとの相同性
（％）は「８９」であること，菌株ＮＳ-ＣとThermococcus　celerとの相同性につ
いてはそれぞれ「３」及び「１０」であることが記載されている。(訳文４頁)
⑥「以下に挙げる合成オリゴヌクレオチドのプライマーが，部分的な１
６ＳrRNAの配列を決めるのに使用されている：(1)・・・(2)・・・(3)・・・。約
３２０塩基の配列決定の結果は，菌株ＮＳ-ＣとThermococcus　celer（・・・）と
の間に相違がないことを示しており，このことは，新しい菌株がThermococcus属に
属していることを示唆している。・・・Pyrococcus　furiosusの１６ＳrRNAの１５
０の塩基は，Thermococcus　celer及び菌株ＮＳ-Ｃと比較すると違いが見られ
る・・・。鞭毛の欠如，成長の上限温度，成長に対して許容されるイオン強度のず
っと広い範囲，Ｇ＋Ｃの含有量，およびＤＮＡの相同性は，菌株ＮＳ-Ｃと菌株Ａ３
とが，Thermococcus　celerとは異なっていることを示唆している。部分的な１６Ｓ
rRNAの配列が，Pyrococcusに対してよりもThermococcus属の部分的な１６ＳrRNAの
配列と密接に関連付けられており，このことは，新しい単離体がThermococcus属に
属していることを示唆している。」（訳文４頁「部分的な１６ＳrRNAの配列決定」
の項）
⑦「Lucrino/ナポリとPortodiLevante/Vulcanoにある浅い海洋の硫気
孔から分離されたものである。典型的な菌株：Thermococcus　litoralis　ＮＳ－
Ｃ(DSM5473)。菌株Ａ３もまた，DSM　5474として，ドイツ微生物寄託機関(DSM)に寄
託されている。」(訳文４頁末～「新種の記述」の項)
(b)上記の記載によれば，菌株Ａ３と菌株ＮＳ-Ｃは，「Thermococcus属」
に属する種であり，菌株ＮＳ-Ｃはサーモコッカス属リトラリス種（「Thermococcus
　litoralis」）でありそのドイツ微生物寄託機関(DSM)の寄託番号は「DSM5473」で
あることが認められる。
　　一方，本願明細書においては，「天然のＴ．リトラリスＤＮＡポリメ
ラーゼの産生　Ｔ．リトラリスＤＮＡポリメラーゼは，Ｔ．リトラリス株ＮＳ-Ｃか
ら取得可能である（ＤＳＭNo.5473，この試料は，アメリカンタイプカルチャー
コレクションに，ATCC受託番号No.55233として，１９９１年９月１７日に寄託し
てもある）。Ｔ．リトラリスは，１９８５年，イタリア，ナポリ付近の海底熱火道
から単離された。この生物，Ｔ．リトラリスは，極度に好熱性であるイオウ代謝性
の古細菌であり，５５℃と９８℃との間に増殖範囲を有す
る。Neuner，etal.，Arch.Microbiol.（1990）。」（甲２【００２０】)と記載さ
れており，その末尾に記載されている文献が乙１２文献であり，その菌株名Ｔ．リ
トラリス株ＮＳ-Ｃ及び寄託番号は乙１２文献に記載されたものと全く同じものであ
ることが認められる。
　したがって，乙１２文献記載の「Thermococcus属」，「菌株ＮＳ-Ｃ」
は本願明細書の「サーモコッカス」属，「Ｔ．リトラリス株ＮＳ-Ｃ」とそれぞれ同
一であると認められ，また，菌株Ａ３も，本願明細書に記載されている菌株ＮＳ-Ｃ
と同様にサーモコッカス属の古細菌であるということができる。
　よって，本願優先日当時において，サーモコッカス属の古細菌が，本
願明細書に記載されている菌株ＮＳ-Ｃ以外にも，天然に存在するとの知見があった
ことが認められる。
(ｲ)菌株Ａ３に由来するＤＮＡポリメラーゼの熱安定性について
　　本願発明においては，ＤＮＡポリメラーゼの「熱安定性」が，どの程度
の温度におけるどの程度の安定性をいうか，について明確な記載はないものの，本
願明細書には，「Ｔ．アクティクス（T.aquaticus）ＹＴ１株からの８０℃の至適温
度を有するＤＮＡポリメラーゼ」（甲２【０００７】)を前提技術として「改善され
た熱安定性」（【００１０】)であって，「このような酵素の一つである（・・・)
セルモコッカス・リトラリス（Thermococuss　litoralis）」（【００１０】)と記
載されていることから，その熱安定性の程度はサーモコッカス・リトラリス，すな
わち菌株ＮＳ-ＣのＤＮＡポリメラーゼの熱安定性の程度を，含むものであると認め
られる。
　乙１２文献の前記記載によれば，菌株ＮＳ-Ｃは，５５℃と９８℃の間で
成長し，８８℃のときに最適な状態で成長したとされ，菌株Ａ３も，５０℃と９６
℃の範囲で成長し，最適な成長温度は８５℃であるとされており，菌株Ａ３の生育
温度環境は菌株ＮＳ-Ｃとほぼ同程度の高温であると認められる。
　そして，ＤＮＡポリメラーゼはそれが由来するもとの生物の中で最もよ
く機能するように進化してきており，高温で生育する生物から単離されたＤＮＡポ
リメラーゼは，同じような高温で最も活性である傾向にあるから，菌株Ａ３のＤＮ
Ａポリメラーゼは，菌株ＮＳ-ＣのＤＮＡポリメラーゼの熱安定性の程度と同程度の
熱安定性を具備していると認められる。
(ｳ)菌株Ａ３に由来するＤＮＡポリメラーゼをコードするＤＮＡと，配列(a)
との類似性について
(a)乙１２文献の前記記載によれば，菌株Ａ３と菌株ＮＳ-Ｃとは「制限的
なハイブリダイゼーション条件の下にある場合であっても，高い度合いのＤＮＡの
相同性を持つ」（前記(ｱ)(a)④）こと，「ＤＮＡの相同性（％）」は，「８６」又
は「８９」である（前記(ｱ)(a)⑤）ことからすれば，菌株Ａ３のＤＮＡは菌株ＮＳ-
ＣのＤＮＡとＤＮＡ配列の類似度が高いものである。
　そして，この相同性試験におけるハイブリダイズ条件は明確ではない
が，同じサーモコッカス属の菌であると認められるサーモコッカス・セラーとの相
同性の値が低いことから，制限的な条件，すなわちハイブリダイズが起こりにくい
条件で行われたものであると推認される。
　このことからすれば，菌株Ａ３と菌株ＮＳ-ＣのＤＮＡとは，同属であ
るサーモコッカス・セラーに比べても，非常に近縁であり類似したＤＮＡを有する
ということができる。
(b)甲４２報告書においては，ＤＮＡ－ＤＮＡハイブリダイゼーションに
よって測定される相同性と染色体ＤＮＡの塩基配列の類似度とは異なるものである
こと，乙１２文献の表中の菌株Ａ３の「８９」との数値は，菌株ＮＳ-Ｃの標識・断
片化ＤＮＡが同じ株のＤＮＡに対してハイブリダイズする割合を１００とした場合
の，菌株Ａ３からのＤＮＡに対してハイブリダイズする割合を示すものであって，
菌株ＮＳ-Ｃと菌株Ａ３の全染色体レベルでのＤＮＡの塩基配列の巨視的な相同性を
比較したものであるにすぎず，二つの株の完全長塩基配列を並べたとき，染色体全
体で９０％の類似度があるということを意味するものではないことが記載されてい
る（甲４２）。しかし，甲４２報告書のこの指摘は正確なものであるとしても，甲
４２報告書においては，上記の趣旨の記載があるだけであり，ＤＮＡポリメラーゼ
という遺伝子について，ハイブリダイゼーション実験における相同性が高いとして
も，そのＤＮＡ配列は類似性がない，あるいは，類似性が低いものであるというこ
とが記載されているわけではないし，まして菌株Ａ３と菌株ＮＳ-ＣのＤＮＡポリメ
ラーゼのＤＮＡ配列は類似性がない，あるいは，低いものであるということが記載
されているわけでもない（甲４２）。
　むしろ，本件の各証拠をみれば，菌株Ａ３と菌株ＮＳ-ＣとのＤＮＡポ
リメラーゼのＤＮＡ配列は，類似していると認められることは以下のとおりであ
る。
①　ＤＮＡポリメラーゼについて
　ＤＮＡポリメラーゼは，「ＤＮＡを鋳型にし，それに相補的なＤＮ
Ａ・・・を，ヌクレオチドをつぎつぎと重合することによって合成する酵素で，合
成ミスのほとんどない優れた酵素」（甲７・３４頁２行～４行）であり，また，細
胞分裂に伴う遺伝情報の受け渡しにおいて，ＤＮＡの複製は極めて正確に行われる
必要があって，古細菌のみならずＤＮＡを有する生物の種すべての生体内，例えば
真核生物であるヒト，真性細菌である大腸菌などの生体内に存在し（乙８Figure
1．，甲３３見解書の別紙４訳文），それらの生体内においてそれぞれ上記の機能を
同じように担う酵素であるから，ＤＮＡポリメラーゼは，そのＤＮＡ複製に直接関
与する酵素として，生体内で重要な機能を有する物質である。
　そして，生体内で重要な機能を有するものであって，その変異は生
物自体に大きな影響を与える物質をコードするＤＮＡの配列の保存性は，そのよう
な機能を有しない物質をコードするＤＮＡの配列の保存性よりも高いものであると
認められる（甲６・１７頁(1)，乙４・１２１頁～１２５頁，乙５・５８頁下から６
行。）。
　ＤＮＡポリメラーゼは，上記のとおり生体内で重要な機能を有する
物質であり，その変異は生物自体に大きな影響を与えるような物質であるから，Ｄ
ＮＡポリメラーゼをコードするＤＮＡの配列は，その生物のＤＮＡにおいて，より
高い配列の保存性を有するものである。
　なお，ＤＮＡポリメラーゼのうちでも，特に古細菌のＤＮＡポリメ
ラーゼがヒトなどの真核生物や真性細菌と異なる特殊な酵素であるとする技術常識
など上記認定を覆すに足る証拠も認められない。
②　本願明細書においてピロコッカス属に属する菌株ＧＢ－ＤのＤＮＡ
ポリメラーゼのＤＮＡ配列がリトラリス種のＤＮＡポリメラーゼの配列(a)に類似し
ていることが示されている（甲２【０１９３】）。すなわち，分類上は同科内でサ
ーモコッカス属と別属であるとされ（乙６），ＤＮＡポリメラーゼの表現形質は異
なるとされている（甲１２の１・２），ピロコッカス属に属する菌ですら，そのＤ
ＮＡポリメラーゼについてはＤＮＡ配列が配列(a)に類似しているのである。
③　菌株Ａ３と菌株ＮＳ-Ｃとは，同じサーモコッカス属のサーモコッカ
ス・セラーに比し，ＤＮＡの相同性が非常に高いこと，及び，ＤＮＡの塩基のＧ＋
Ｃの含有量（４０モル％）の値が菌株ＮＳ-Ｃのそれ（３８モル％）と「相違はわず
か」であると評価されるものであり（前記(ｱ)(a)③），さらに，「鞭毛の欠如，成
長の上限温度，成長に対して許容されるイオン強度のずっと広い範囲」でも類似す
ると認められるものである（前記(ｱ)(a)⑥）。
(c)以上からすれば，菌株Ａ３のＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡは，サーモ
コッカス・リトラリスのＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡと非常に類似性が高い，すな
わち配列(a)と極めて類似していると推認することが合理的である。
　したがって，当業者は，本願優先日当時において，菌株Ａ３に由来す
るＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡは配列(a)と極めて類似しているとの知見を有してい
たと認められる。
(ｴ)原告の前記主張は，主に甲１２表（「Ｂの供述書　表１：1991年12月以
前に開示された，古細菌から単離されたＤＮＡポリメラーゼ」）の記載並びにＡ氏
作成の甲３３見解書，甲３６陳述書及び甲４２報告書の記載を根拠とするものであ
る。しかし，これらの証拠は，次に示すとおり，いずれも原告主張の根拠とはなら
ないものである。
(a)甲１２表について
　甲１２表は，Ｂ博士が，サーモコッカス属リトラリス種のＤＮＡポリ
メラーゼ及び本願優先日当時に知られていたその他の７種類の古細菌，及びヒト，
大腸菌などに由来するＤＮＡポリメラーゼについてそれらの性質等（表現形質）を
対比させた表である。原告は，甲１２表の古細菌中のサーモコッカス属リトラリス
種とサーモコッカス属以外のＤＮＡポリメラーゼとでは，ＤＮＡポリメラーゼを分
類する一般的な各指標が類似していないことから，当業者はそれらのＤＮＡポリメ
ラーゼのＤＮＡ配列の類似性は低いと認識していたと主張する。
　しかし，甲１２表においては，リトラリス種以外のサーモコッカス属
の古細菌（例えば菌株Ａ３）に由来するＤＮＡポリメラーゼや，それをコードする
ＤＮＡについては，記載されておらず，リトラリス種以外のサーモコッカス属の古
細菌（例えば菌株Ａ３）に由来するＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡがサーモコッカス
属リトラリス種のＤＮＡポリメラーゼや，そのＤＮＡと異なることまでをいうもの
ではない。
　このような公知の古細菌のすべてのＤＮＡについて記載するものでな
い甲１２表を根拠に，「配列(a')のＤＮＡは，本願優先日当時に天然に存在すると
いう知見があったとはいえない」ということはできない。
　また，甲１２表に挙げられた８行目のピロコッカス・フリオサ
ス（Pyrococcus　furiosus）以外の各古細菌（１～７行目の古細菌）は，系統樹
上，本願優先日当時のサーモコッカス属とは別の目，科又は属に属する古細菌とさ
れているものであると認められる（甲６の１６頁～２１頁，図２．１（１９頁）。
甲８・２２頁）。そして，系統樹は「現存する生物の遺伝子の塩基配列（・・・）
を比較して，似ているものほど最近分岐した種であるとして作成される．この方法
は形態の特徴に基づく分類法や特定の物質，形質に基づく分類法に比べ，・・・判
断基準の恣意性が少なく，また，はるかに定量的である．」（甲８・２３頁３段
落。）ものであり，「１９８４年以降微生物の分類学分野では・・・homology値７
０％を境にして高い値なら同種，低い値を示せば別種と判断する」（甲４２・３頁
２段落，その添付資料１３４頁左欄１行～１１行）とされているのであるから，甲
１２表に記載された古細菌は，サーモコッカス属の古細菌とは相当に異なる古細菌
のものなのである。
　「岩波講座現代生物科学７　生命の起源と分子進化」（岩波書店
1976年3月12日発行。乙４・１１１頁５行～１０行）には，「この表（判決注・「表
３．２　ヘモグロビンとチトクロムｃの進化の速度およびその標準偏差」）からわ
かるように，進化速度のばらつきは全く偶然にもとづくものであると仮定するより
は大きく・・・．それでも表現型の進化に比べればおそろしく均一」と記載される
ように，タンパク質の表現形質の相違は，アミノ酸の相違，すなわちそのタンパク
質をコードするＤＮＡ配列の相違よりも非常に大きいものと認められる。（引用文
献１に，配列(a)５８３８塩基のうちの４塩基を変異させたＤＮＡポリメラーゼは，
活性は保持したままで「３'－５'エキソヌクレアーゼ活性」が失われる（乙１実施
例VI（【0122】～【0130】））ことが記載されている。すなわち，わずかな塩基の
相違であっても，それによって表現形質が大きく変わることが示されている。）
　したがって，甲１２表において，サーモコッカス属リトラリス種のＤ
ＮＡポリメラーゼの表現形質が，他の古細菌中のＤＮＡポリメラーゼと類似しない
ことは，むしろ当然のことであって，この表の記載が上記認定の妨げになるもので
はない。
(b)甲３３見解書について
　甲３３見解書は，本願優先日当時に，①当業者は，サーモコッカス属
リトラリス種のＤＮＡポリメラーゼをコードするＤＮＡとピロコッカス属の菌のＤ
ＮＡポリメラーゼをコードするＤＮＡが，本願ハイブリダイズ条件下でハイブリダ
イズするか否かを予測できたかとの質問（質問２）について，サーモコッカス属リ
トラリス種のＤＮＡポリメラーゼをコードするＤＮＡの塩基配列は解明されていた
ものの，ピロコッカス属の古細菌に由来するＤＮＡポリメラーゼをコードするＤＮ
Ａの塩基配列は解明されていなかったことなどから，両者のＤＮＡが本願ハイブリ
ダイズ条件下でハイブリダイズするかどうかは，予想し得なかったことであると述
べているものの，②当業者は，サーモコッカス属リトラリス種のＤＮＡポリメラー
ゼをコードするＤＮＡとサーモコッカスと同属若しくは類似古細菌に由来する類似
耐熱性ＤＮＡポリメラーゼをコードするＤＮＡが本願ハイブリダイズ条件下でハイ
ブリダイズするか否かを予測することができたかとの質問（質問３）については，
質問２について述べた理由と同様の理由により，予測し得なかったと述べているに
すぎないものである（甲３３）。このように，甲３３見解書は，質問３，すなわ
ち，サーモコッカス属リトラリス種のＤＮＡポリメラーゼをコードするＤＮＡとサ
ーモコッカスと同属若しくは類似古細菌に由来する類似耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ
をコードするＤＮＡについて，それらが本願ハイブリダイズ条件下でハイブリダイ
ズするか否かについては，具体的な理由を述べておらず，例えば，リトラリス種以
外のサーモコッカス属の古細菌の菌株Ａ３に由来するＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡ
がサーモコッカス属リトラリス種のＤＮＡポリメラーゼやそのＤＮＡと類似しない
ことまでをいうものではないし，両者が本願ハイブリダイズ条件下でハイブリダイ
ズするかどうかについて明確な意見を述べているものではない。
　したがって，甲３３見解書を根拠に，「配列(a')のＤＮＡは，本願優
先日当時に天然に存在するという知見があったとはいえない」ということはできな
い。
(c)甲３６陳述書について
　甲３６陳述書においては，本願優先日当時に「サーモコッカス属とピ
ロコッカス属との区分は１６ＳrRNAの塩基配列とＤＮＡ／ＲＮＡハイブリダイゼー
ションではなく，単に生育至適温度の違い（・・・）で区分されていました。」と
して，同じ科内であることを根拠にして「サーモコッカス属とピロコッカス属の種
の間でのＤＮＡ全体の塩基配列を類推することは不可能であった。」（４頁２段
落），「当時の私を含めて古細菌の研究に携わっていた当業者は，・・・同じ科の
中の古細菌のＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡ配列が類似していないと認識していまし
た。」（６頁２段落）と記載されている。
　しかし，甲３６陳述書も，サーモコッカス属とピロコッカス属のＤＮ
Ａの非類似性について述べるものであって，リトラリス種以外のサーモコッカス属
の古細菌（例えば菌株Ａ３）に由来するＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡがサーモコッ
カス属リトラリス種のＤＮＡポリメラーゼやそのＤＮＡと類似しないことをいうも
のではないし，両者が本願ハイブリダイズ条件下でハイブリダイズするかどうかに
ついて明確な意見を述べているものではない。。
　したがって，甲３６陳述書を根拠に，「配列(a')のＤＮＡは，本願優
先日当時に天然に存在するという知見があったとはいえない」ということもできな
い。
(d)甲４２報告書について
　甲４２報告書については，前記のとおりである。すなわち，ＤＮＡ－
ＤＮＡハイブリダイゼーションによって測定される相同性と染色体ＤＮＡの塩基配
列の類似度とは異なるものであるとしても，甲４２報告書には，菌株Ａ３に由来す
るＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡが，サーモコッカス属リトラリス種のＤＮＡポリメ
ラーゼのＤＮＡに類似しないものであるということが記載されていないことは甲４
２報告書自体から明らかである。甲４２報告書を根拠に，「配列(a')のＤＮＡは，
本願優先日当時に天然に存在するという知見があったとはいえない」とまでいうこ
とはできない。
(2)除かれた配列について
　本願発明においては，「ただし」として配列(a)ないし(e)のＤＮＡが除か
れている。請求項１によれば，配列(a')は配列(a)と異なるもの（類似のもの）であ
るとしても，他の除かれた配列(b)ないし(e)と同じである場合には本願発明のＤＮ
Ａから除かれることになるから，その場合には，配列(a')は本願発明に包含されな
いものになる。
　そこで，配列(a')に包含される配列であると認められる，菌株Ａ３のＤＮ
Ａ中におけるＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡ配列が配列(b)ないし(e)と同じであるか
どうかを念のため確認する。
(ｱ)配列(b)について
　配列(b)は「配列番号1のＤＮＡ配列の変異体」（請求項１）すなわち配
列(a)の変異体である。本願明細書には，配列(b)で規定する変異体について，その
実施例６に「Ｔ．リトラリスＤＮＡポリメラーゼの3'から5'へのエキソヌクレアー
ゼ変異体の産生」(甲２【０１４４】～【０１５２】)についての記載があり，その
変異体のＤＮＡポリメラーゼは，３′から５′方向へのエキソヌクレアーゼ活性を
持たないものであり，四つの塩基対が異なっていることなどが記載されている。た
だし，本願明細書には，配列(b)の変異体がこの実施例６のものに限られるなどの記
載はなく，配列(b)に規定する変異体についての明確な定義もない。
　本願発明において除かれている「配列番号1のＤＮＡ配列の変異体」の範
囲が不明であると，本願発明の範囲自体が不特定なものとなるため，ここでは，配
列(b)の「配列番号1のＤＮＡ配列の変異体」とは，本願明細書の実施例６のもの
と，これに準じたものをいうものと一応解した上で，菌株Ａ３のＤＮＡポリメラー
ゼのＤＮＡ配列と配列(b)の異同について検討する。
　前記(1)(ｳ)②に認定したところによれば，菌株Ａ３のＤＮＡの塩基のＧ
＋Ｃの含有量は４０モル％であり，この値は菌株ＮＳ-Ｃのそれの３８モル％と異な
るものであることが認められ，また，菌株Ａ３のＤＮＡと菌株ＮＳ-ＣのＤＮＡとの
「ＤＮＡの相同性（％）」は，ハイブリダイズが起こりにくい条件下で「８６」又
は「８９」であることからすれば，菌株Ａ３と菌株ＮＳ-Ｃとは，本願明細書の実施
例６に記載された，四つの塩基対が異なっているだけの上記変異体あるいはこれに
準じたものであるとは到底いえず，菌株Ａ３のＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡは，菌
株ＮＳ-Ｃの変異体であるということはできない。
　したがって，配列(b)は菌株Ａ３のＤＮＡポリメラーゼの配列と同じであ
るということはできない。
(ｲ)配列(c)について
　配列(c)は，「活性化熱安定性ＤＮＡポリメラーゼをコードする配列番号
１のフラグメント」であり，菌株ＮＳ-ＣのＤＮＡの配列(a)の部分配列であると認
められる。
　菌株Ａ３のＤＮＡポリメラーゼの配列は，菌株ＮＳ-ＣのＤＮＡポリメラ
ーゼの配列(a)とは同一ではなく，一部相違するものであることは前記のとおりであ
るから，その部分配列である配列(c)は，菌株Ａ３のＤＮＡポリメラーゼの配列と，
同一であるということはできない。
(ｳ)配列(d)及び配列(e)について
　配列(d)及び配列(e)は共にピロコッカス属に属する古細菌のＤＮＡポリ
メラーゼをコードするＤＮＡ配列であると認められる（甲２）。
　ピロコッカス属とサーモコッカス属は属が異なるものである。そして，
前記のとおり「１９８４年以降微生物の分類学分野では・・・homology値７０％を
境にして高い値なら同種，低い値を示せば別種と判断する」（甲４２）のであるか
ら，ピロコッカス属に属する古細菌は，サーモコッカス属リトラリス種と菌株Ａ３
とよりもさらにＤＮＡの相同性は低いものと認められ，それらのＤＮＡポリメラー
ゼのＤＮＡの類似性も菌株ＮＳ-Ｃと菌株Ａ３におけるより低いと認められる（乙１
２文献の表１において菌株ＮＳ-Ｃ又は菌株Ａ３とピロコッカス・フリオサ
ス（Pyrococcus　furiosus）の間のＤＮＡの相同性（％）は５以下であることが記
載されている(乙１２訳文４頁)。）。
　このように，サーモコッカス属リトラリス種の菌株ＮＳ-ＣのＤＮＡポリ
メラーゼの配列(a)と菌株Ａ３のＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡ配列とは相違するので
あるから，それよりも異なると認められる配列(d)及び配列(e)と菌株Ａ３のＤＮＡ
ポリメラーゼのＤＮＡ配列とが同じであるということはない。
(ｴ)以上のとおり，本願発明のＤＮＡから除かれる配列(b)～配列(e)は少な
くとも菌株Ａ３のＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡ配列と同じであるということはでき
ない。
(3)まとめ
　以上のとおり，審決が，「本願発明には，当該「ただし」以下で除かれた
ＤＮＡと極めて類似性の高い天然に存在するＤＮＡ(いわゆる「ストリンジェントな
条件でハイブリダイズするＤＮＡ」)については依然として包含され」と認定判断し
たことに誤りはない。
　そして，引用文献１には，サーモコッカス属リトラリス種の菌株ＮＳ-Ｃか
らそのＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡを取得してその配列を決定する過程が実施例と
して詳細に記載され，その５８３７塩基からなるＤＮＡ配列が記載されているので
あり（乙１），このＤＮＡ配列は本願発明の配列(a)と同じものであり，菌株ＮＳ-
Ｃは寄託され入手可能なものである（乙１【００１３】）。
　また，配列(a')を有していると認められる古細菌，例えば菌株Ａ３は，本
願優先日当時，寄託され入手可能に存在することは前記のとおりであるから，当業
者は，このような古細菌に対して，引用文献１に記載された方法で取得した配列(a)
を「そのままニックトランスレーション法などで全面的に標識し，当該標識プロー
ブによるハイブリダイゼーション法」などを適用することで，配列(a')を容易に取
得できるものと認められる。
　よって，審決の「上記引用文献１の配列情報に基づき，Ｔ．litoralis以外
の同属もしくは類似古細菌に由来する類似耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ遺伝子をクロ
ーニングすることについては，何らの困難性を見出すことはできない。」(３頁２１
～２３行)との判断に誤りはない。
２　取消事由２(引用発明のＤＮＡ配列における介在配列の認定の誤り)について
　原告は，引用文献１の菌株ＮＳ-ＣのＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡの配列情報
（配列(a)）には，介在配列IVS1及びIVS2が存在し，介在配列IVS2の領域も明確では
なく，介在配列の存在に起因するプローブ作成などに困難性があるから，引用文献
１の配列情報に基づき本願発明の配列(a')～配列(e')を容易に取得することができ
るものではない，と主張する。
　確かに引用文献１の配列(a)には二つ以上の介在配列があることが認められる
（乙１【００９２】～【００９３】，【０１０５】）。
　しかし，引用発明の配列(a)と菌株Ａ３のＤＮＡポリメラーゼのＤＮＡ配列と
は，介在配列が存在するままの配列(a)から設計したプローブによってハイブリダイ
ズすることができるほどに類似しており，それで取得することができるものである
ことは前記のとおりである。
　したがって，引用発明の配列(a)に介在配列IVS1及びIVS2が存在することは配
列(a')の取得に何ら影響しないことは明らかであり，配列(a)におけるIVS1及び
IVS2の位置を確認する必要もこれを除去する必要もないのである。原告の上記主張
は，その余の点について判断するまでもなく理由がないことが明らかである。
３　取消事由３(審判における手続上の瑕疵)について
　原告は，審決が，審査過程における面接時に提出した資料（甲１４）を審理
の対象とすることなくされたものであるから，その手続きに重大な瑕疵があり，審
理不尽であるなどと主張している。
　しかし，出願人と審査官との面接は，審査官の本願発明の技術的理解の一助
とするべく，出願人が技術説明などを行うものであって，そもそも特許法で規定さ
れているものではなく，出願人の希望に応じて事実上任意になされる手続であるか
ら，その面接において提出された書類が，出願書類として正式に出願記録に綴じら
れるべきものであるということはできない。
　しかも，本件審判の請求（平成１５年３月１０日）後の前置審査を経て，審
判合議体に移管された後に，本件の審判合議体は，審決に先立ち原告に対して審尋
（同年８月１２日）を行って回答書を求めて意見を申し述べる機会を与えており，
その際に，同合議体は，審決と同趣旨の内容の審尋書を発送し，これに対する意見
を求めていることが認められる（乙１０）。
　このように，原告は，審尋に対する回答書提出時において，必要な資料を正
式に提出し，その資料に基づいて主張をすることができたのであるから，審判合議
体が甲１４の内容を審理の対象としなかったことを審理不尽ということはできな
い。
　また，甲１４の添付資料の一部であった甲１２表については，その内容を検
討したとしても，審決の結論を左右するものではないことは前示のとおりである。
　以上のとおりであるから，本件審判における手続については審決の結論に影
響するような手続違背は存在しない。
４　原告は，被告の平成１７年１月２５日付け準備書面第２回における主張の一
部について，時機に後れた攻撃防御方法であるから，民訴法１５７条１項に基づき
却下を求める，と主張する。しかし，被告が提出した準備書面第２回のうち，原告
が時機に遅れた攻撃防御方法であるとして特定したものは，いずれも「第４　被告
の反論の骨子」の欄に被告の反論として記載する必要のない補充的な主張であり，
これらの主張は，いずれも訴訟の完結を遅延させるものということはできないもの
である。よって，原告の上記申立も理由がない。
５　結論
　以上に検討したところによれば，原告の主張する取消事由にはいずれも理由
がなく，その他，審決には，これを取り消すべき誤りは見当たらない。
　よって，原告の本訴請求を棄却することとし，訴訟費用の負担並びに上告及
び上告受理の申立てのための付加期間の付与について，行政事件訴訟法７条，民事
訴訟法６１条，９６条２項を適用して，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第３部
　　　裁判長裁判官　　　　　佐　　藤　　久　　夫
　　　裁判官　　　　　若　　林　　辰　　繁
裁判官設樂隆一は，転補のため，署名押印することができない。
　　　裁判長裁判官　　　　　佐　　藤　　久　　夫

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