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平成２３年１０月１１日判決言渡同日原本領収裁判所書記官
平成２１年(行ケ)第１０４２０号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成２３年９月２９日
判決
原告栄研化学株式会社
訴訟代理人弁護士永島孝明
安國忠彦
明石幸二郎
浅村昌弘
弁理士磯田志郎
白洲一新
桂田健志
被告株式会社ダナフォーム
訴訟代理人弁護士山上和則
弁理士辻丸光一郎
中山ゆみ
吉田玲子
伊佐治創
被告独立行政法人理化学研究所
訴訟代理人弁護士熊倉禎男
渡辺光
小和田敦子
弁理士滝澤敏雄
新谷雅史
主文
原告の請求を棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１原告の求めた判決
特許庁が無効２００８－８００２９３号事件について平成２１年１１月２５日に
した審決を取り消す。
第２事案の概要
本件は，被告らが特許権者である特許の無効審判請求について，特許庁がした請
求不成立の審決の取消訴訟である。争点は，本件発明の進歩性の有無並びに特許法
３６条６項１号（サポート要件）違反及び同条４項１号（実施可能要件）違反の有
無である。以下において「被告」というときは，被告らを総称するものとする。
１特許庁における手続の経緯
被告は，発明の名称を「核酸の増幅法およびこれを利用した変異核酸の検出法」
とする本件特許第３８９７８０５号（平成１６年１２月２４日出願，平成１５年１
２月２５日優先権主張（日本），平成１６年１０月２８日優先権主張（日本），平成
１９年１月５日設定登録）の特許権者であるが，原告は，平成２０年１２月２６日，
本件特許の請求項１～１３及び請求項１６～２７に記載された発明について，無効
審判の請求をした（無効２００８－８００２９３号）。
特許庁は，上記請求につき，平成２１年１１月２５日，「本件審判の請求は，成
り立たない。」との審決をし，その謄本は，同年１２月７日，原告に送達された。
２本件発明の要旨
本件特許の特許請求の範囲の請求項１及び３に係る本件発明１及び３の要旨は，
以下のとおりである（取消事由と関連しないため，請求項２，４～１３及び１６～
２７についての記載は，省略しておく。）。
【請求項１】
「標的核酸配列を増幅しうる少なくとも二種のプライマーを含んでなるプライマー
セットであって，前記プライマーセットに含まれる第一のプライマーが，標的核酸
配列の３′末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ′）を３′末端
部分に含んでなり，かつ前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５′側に
存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ′）を前記
配列（Ａｃ′）の５′側に含んでなるものであり，前記プライマーセットに含まれ
る第二のプライマーが，前記標的核酸配列の相補配列の３′末端部分の配列（Ｃ）
にハイブリダイズする配列（Ｃｃ′）を３′末端部分に含んでなり，かつ相互にハ
イブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）を前
記配列（Ｃｃ′）の５′側に含んでなるものである，プライマーセット。」
【請求項３】
「前記第一のプライマーにおいて，前記配列（Ａｃ′）と前記配列（Ｂ′）との間
に介在配列が存在しない場合には，前記配列（Ａｃ′）の塩基数をＸとし，標的核
酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹと
したときに，（Ｘ－Ｙ）／Ｘが－１．００～１．００の範囲にあり，プライマー中に
おいて前記配列（Ａｃ′）と前記配列（Ｂ′）との間に介在配列が存在する場合に
は，ＸおよびＹを前記の通りとし，該介在配列の塩基数をＹ′としたときに，｛Ｘ－
（Ｙ－Ｙ′）｝／Ｘが－１．００～１．００の範囲にある，請求項１または２に記載
のプライマーセット。」
３審判で原告が主張した無効理由及びそれらに対する審決の判断
(1)無効理由１
本件特許の請求項１～１３及び請求項１６～２７に記載された発明は，以下の引
用例１に記載された引用発明１に，引用例２～引用例１０に記載された各引用発明
を適用することにより当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特
許法２９条２項の規定により特許を受けることができないものであり，その特許は
同法１２３条１項２号に該当し，無効にすべきものである。
引用例１：特許第３３１３３５８号公報（甲１）
引用例２：特開２０００－３７１９４号公報（甲２）
引用例３：国際公開第９６／０１３２７号（甲３）
引用例４：国際公開第０２／２４９０２号（甲４）
引用例５：EMBL/GenBank/DDBJデータベースにあるAccessionNo.Z72478のHepatitis
BvirusのＤＮＡ配列（1996年5月15日公表）（甲５）
引用例６：国際公開第０１／３４８３８号（甲６）
引用例７：Loop-mediatedisothermalamplificationofDNA(TsugunoriNotomietc.Nucleic
AcidsResearch2000,vol.28,No.12,e63)（甲７）
引用例８：NucleicAcidsResearchVol.17,No.7,2503-2516(1989)（甲８）
引用例９：PCR最前線（蛋白質・核酸・酵素Vol.41,No.5,p428）（甲９）
引用例１０：特開２００２－３４５４９９号公報（甲１０）
(2)無効理由２
本件特許の請求項３～１３及び請求項１６～２７に記載された発明が，明細書の
サポート要件に適合するということはできず，発明の詳細な説明の記載は，当業者
が発明を実施できる程度に明確かつ十分に記載したものでなく，特許法３６条６項
１号及び同条４項の規定を満たすとはいえないから，請求項３～１３及び１６～２
７に係る特許は，特許法１２３条１項４号に該当し，無効とすべきものである。
(3)審決の判断
（無効理由１について）
本件発明１と引用発明１とを対比すると，両者は，「標的核酸配列を増幅しうる
少なくとも二種のプライマーを含んでなるプライマーセットであって，前記プライ
マーセットに含まれる第一のプライマーが，標的核酸配列の３′末端部分の配列
（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ′）を３′末端部分に含んでなり，かつ前
記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５′側に存在する配列（Ｂ）の相補
配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ′）を前記配列（Ａｃ′）の５′側に
含んでなるものであり，前記プライマーセットに含まれる第二のプライマーが，前
記標的核酸配列の相補配列の３′末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列
（Ｃｃ′）を３′末端部分に含んでなるものである，プライマーセット」である点
で一致する。
引用例１には，標的核酸配列の相補配列の３′末端部分の配列（Ｃ）にハイブリ
ダイズする配列（Ｃｃ′）を３′末端部分に含んでなり，かつ相互にハイブリダイ
ズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）を前記配列（Ｃ
ｃ′）の５′側に含んでなるものである，本件発明１の「第二のプライマー」に相
当する「リバースプライマー」については記載も示唆もない点で，引用発明１は本
件発明１と相違する。
引用発明３の「Ｐ１及びＰ２プライマー」は，「標的核酸配列の相補配列の３′
末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ′）を３′末端部分に含ん
でなり，かつ相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配
列（Ｄ－Ｄｃ′）を前記配列（Ｃｃ′）の５′側に含んでなるもの」であるから，
本件発明１における「第二プライマー」に相当する。
しかし，引用例１には引用例３に記載されたプライマーについて重大な問題点が
あるとの記載が存在するために，引用発明３のプライマーを引用発明１に適用する
ことは容易になし得たこととはいえない。また，引用例２及び引用例４～１０には，
本件発明１の発明特定事項である，「標的核酸配列の相補配列の３′末端部分の配
列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ′）を３′末端部分に含んでなり，かつ
相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ－Ｄ
ｃ′）を前記配列（Ｃｃ′）の５′側に含んでなる」プライマーについては記載も
示唆もないから，本件発明１が，引用発明１～１０に基づいて当業者が容易に発明
をすることができたものとはいえない。
本件発明２～１３及び１６～２７についても，本件発明１と同様の発明特定事項
を有するものであるから，これらの発明が，引用発明１～１０に基づいて当業者が
容易に発明をすることができたとはいえない。
（無効理由２について）
本件特許の請求項３～１３及び１６～２７の記載が，明細書のサポート要件に適
合せず，特許法３６条６項１号の規定を満たさないとも，当業者が本件明細書の開
示から請求項３～１３及び１６～２７に係る発明を容易に実施できず，同条４項１
号の規定を満たさないともいうことはできないから，本件特許は同法１２３条１項
４号に該当し無効にすべきものであるとはいえない。
第３原告主張の審決取消事由
１取消事由１（本件発明の誤認に基づく容易想到性判断の誤り）
審決は，引用発明１に本件発明１における「第一のプライマー」に相当するター
ンバックプライマー（ＴＰ）が開示されているとしながら，引用発明１のループプ
ライマー（ＬＰ）が，本件発明１の折返しプライマーを含む「第二のプライマー」
に該当しないとして，相違点と認定し，本件発明１が，引用発明１に基づいて当業
者が容易に発明をすることができたということはできないと判断した。
しかし，以下に述べるとおり，本件発明１の折返しプライマーは，引用発明１の
ループプライマーを含むものであるから，審決は，本件発明１の折返しプライマー
の解釈を誤り，本件発明１と引用発明１の相違点を誤認したものである。したがっ
て，本件発明１が，引用発明１に基づいて当業者が容易に発明をすることができた
ことは明らかである。
(1)審決は，本件発明の折返しプライマーと引用発明１のループプライマーと
を対比し，「引用例１に記載された［プライマー内に位置する領域Ｘ１ｃにアニール
する領域Ｘ１］－［塩基対結合が可能な状態にあるループ形成配列］－［領域Ｘ１
ｃ］なる部分は相互にハイブリダイズする２つの核酸配列の間に［塩基対結合が可
能な状態にあるループ形成配列］が介在しているものであって，当該［塩基対結合
が可能な状態にあるループ形成配列］は単にループが形成されるだけではなく，核
酸の増幅起点とするために塩基対結合が可能な状態にあることを目的として特別に
設計されている配列からなるものであるから，請求項１の発明特定事項である「Ｄ」
と「Ｄｃ′」とが折返すために，「Ｄ」と「Ｄｃ′」の両者の構造が結ばれているよ
うに表記される「折返し配列」の構成の一部をなす「－」（ハイフン）に該当すると
はいえず，相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列
（Ｄ－Ｄｃ′）とは，折返すために必要となる以上の何らかの機能を生じさせる配
列特異性を有する介在配列を含むようなものは該当しない。」（１７頁３６行～１８
頁９行）と判断した。
しかし，本件発明１は，「折返すために必要となる以上の何らかの機能を生じさせ
る配列特異性を有する介在配列を含むようなもの」を明示的に除外しておらず，審
決の限定的な解釈は，請求項の記載に基づかないばかりか，明細書の記載内容を曲
解するものである。すなわち，本件発明１は，「相互にハイブリダイズする２つの核
酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）」と規定しており，折返し配列（Ｄ
－Ｄｃ′）が「相互にハイブリダイズする２つの核酸配列「Ｄ」及び「Ｄｃ′」を
同一鎖上に含む」ものであることは請求項に明記されており，この要件を具備すれ
ば本件発明１の折返し配列に該当するのである。また，甲１７（本件特許公報）の
図２から明らかなように，折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）の配列（Ｄ）と配列（Ｄｃ′）
との間にはハイブリダイズしていない領域（以下「連結領域」という。）が存在して
いる。さらに，本件明細書（甲１７）では，折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）について，
「折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）のヌクレオチド配列はいかなる配列であってもよく，
特に限定されるものではない」（段落【００３６】）と明記されているのである。な
お，折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）における「－」（ハイフン）については，明細書に何
ら定義されていない。したがって，本件発明１の折返し配列は，「標的核酸配列にハ
イブリダイズする機能を有するもの」も排除しておらず，何らかの機能を生じさせ
る配列特異性を有する配列も包含されることが容易に把握できるのである。
(2)一方，引用例１には，核酸増幅方法に使用されるプライマーの組合せと
して，鋳型となる核酸の領域Ｆ２ｃにアニールし相補鎖合成の起点となる領域Ｆ２
及び鋳型となる核酸の領域Ｆ２ｃよりも５′側に位置する領域Ｆ１ｃと実質的に同
一の領域Ｆ１ｃを備えた「ターンバックプライマー」（ＴＰ）と，当該ターンバック
プライマーから合成された第１の相補鎖（図５の（Ａ））を鋳型として核酸合成を行
うことが可能な「リバースプライマー」（第１の相補鎖の領域Ｒ１ｃに相補的な領域
Ｒ１を備えたプライマー）とを使用することによって，リバースプライマーから合
成された第２の相補鎖（図５の（Ｂ））の３′末端に，領域Ｆ１－領域Ｆ２ｃ－領域
Ｆ１ｃという構成を設けることが開示されている。この第２の相補鎖（図５の（Ｂ））
の領域Ｆ１－領域Ｆ２ｃ－領域Ｆ１ｃという構成は，領域Ｆ１が同一鎖上の領域Ｆ
１ｃにアニールすることによってループ構造が形成され，３′末端の領域Ｆ１から
自己を鋳型とした伸長反応をさせるとともに，別のターンバックプライマーの領域
Ｆ２がループ構造内の領域Ｆ２ｃにアニールすることで更なる相補鎖を合成させる
ことを可能とするものである。
(3)引用発明１と本件発明１とを対比すると，前記のとおり，引用発明１のタ
ーンバックプライマーは，本件発明１の「第一のプライマー」と一致し，引用発明
１のリバースプライマーは，「領域Ｒ１」が本件発明の「配列（Ｃｃ′）」に相当す
るから，「前記標的核酸配列の相補配列の３′末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイ
ズする配列（Ｃｃ′）を３′末端部分に含んでなる」点において，本件発明1の「第
二のプライマー」に相当する。
また，引用発明１には，他の実施形態として，予めプライマー内でループを構成
する「プライマー内に位置する領域Ｘ１ｃにアニールする領域Ｘ１」及び「領域Ｘ
１ｃ」を備えた「ループプライマー」が開示されており，このループプライマーは，
「鋳型に相補的な配列」も有しており，「相互にハイブリダイズする２つの核酸配列
を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）を前記配列（Ｃｃ′）の５′側に含ん
でなる」ものであるから，本件発明1の「第二のプライマー」に相当する。
(4)引用例１においては，本件発明1の「第一のプライマー」と「第二のプラ
イマー」とをプライマーセットとすることを明記していないが，引用例１には，リ
バースプライマーとして，引用発明１のターンバックプライマーから合成された第
１の相補鎖（図５の（Ａ））を鋳型として核酸合成を行うことが可能な任意のリバー
スプライマーを使用できること，及び，引用発明１の第１プライマーとは異なる構
造のプライマー（非対称なプライマー）を使用できることが開示されている。そし
て，引用発明１のターンバックプライマーとループプライマーとは，ターンバック
プライマーがその３′末端から伸長した伸長配列に領域Ｆ１ｃがアニールしてルー
プ構造を形成するのに対し，ループプライマーが予めプライマー内で領域Ｘ１と領
域Ｘ１ｃとがアニールしてループ構造を形成している点で異なるが，いずれのプラ
イマーも，合成される標的核酸の３′末端にループ構造を形成させ，ループ構造の
３′末端から自己を鋳型とした自己伸長反応及びループ構造内に領域Ｆ２ｃを設
け，別のプライマーのアニール及び伸長反応を可能とし，核酸を増幅させる点にお
いて同一の機能を有するものである。
そうすると，引用発明１において，ターンバックプライマーとセットとされる任
意のリバースプライマーとして，対称な構造のターンバックプライマーではなく，
引用発明１のループプライマーを採用し，引用発明１のターンバックプライマーと
引用発明１のループプライマーとをプライマーセットとして使用することは，当業
者にとって容易に想到し得る事項である。
したがって，本件発明１は，引用発明１に基づいて当業者が容易に想到できたも
のである。
２取消事由２（引用発明１と引用発明３に基づく容易想到性判断の誤り）
(1)審決は，引用発明３に記載されたプライマーは本件発明１における「第二
プライマー」に相当すると認定した上で，引用発明３のプライマーを引用発明１に
適用することの容易想到性について，「引用例１には，引用例１及び引用例３に記載
された発明に接した当業者といえども，それら発明同士を組み合わせることが想定
され得ない程度に引用例３に記載されたプライマーにかかる欠点を列挙した記載が
存在するため，引用例３に記載されたプライマーを，引用例１に記載された発明に
直ちに適用できるとはいえない。」（２４頁２５行～２９行）と判断したが，以下に
述べるとおり，この判断は，引用発明１と引用発明３との容易想到性の判断の前提
において，引用発明１の記載の評価を誤るものである。
(2)まず，審決は，引用例１には，「引用例３で用いられるプライマー自身がル
ープ構造を作っていることについては，プライマーダイマー形成にともなう非特異
的な合成反応の可能性を指摘して，これは重大な問題点といえると結論づけている」
（２４頁２１行～２４行）と判断しているが，既に述べたように，引用発明１には，
予めプライマー内でループを構成するループプライマーも開示されている。引用発
明１のループプライマーと引用発明３のプライマーとは，いずれも合成された標的
核酸の３′末端にループ構造を形成させ，ループ構造の３′末端から自己を鋳型と
した自己伸長反応させる機能を有する点で共通するのである。また，引用発明１に
おいて採用されたループプライマーにおいても，引用発明３のプライマーと同様に
プライマーダイマー形成に伴う非特異的な合成反応が生じる可能性はあり，この点
についても同じである。
また，引用発明１では，ＳＤＡ法において利用されるプライマーやＮＡＳＢＡ法
において利用されるプライマーをリバースプライマーとして使用することも記載さ
れており，リバースプライマーとして，引用発明１のプライマーとは異なる非対称
な構造の公知の核酸増幅方法で使用されていたプライマーを使用できることが開示
されている。この点，引用発明３のプライマーは，相補鎖合成を生じるものである
から，引用発明１のリバースプライマーとして引用発明３のプライマーを採用する
動機付けが存在する。
さらに，引用発明３の「少なくとも１つの逆方向反復配列を含む部分（５′）」は，
その後，相補的な合成鎖を合成することによって，３′末端に逆方向反復配列のヘ
アピン構造を設けることができ，このヘアピン構造から自己を鋳型とした相補鎖を
伸長させてＤＮＡ分子のサイズを増大させることができる機能を持つ。この機能は，
引用発明１のターンバックプライマー又はループプライマーによって合成された標
的核酸の３′末端にループ構造を形成させ，ループ構造の３′末端から自己を鋳型
とした自己伸長反応させる機能と共通するから，この機能の共通性は，引用発明１
のリバースプライマーとして引用発明３のプライマーを採用する強い動機付けとな
る。
なお，引用発明１のターンバックプライマー又はループプライマーは，ループ構
造内に領域Ｆ２ｃを設け，別のプライマーのアニール及び伸長反応できるのに対し，
引用発明３のプライマーでは，この機能を有していないが，このような機能の不一
致は引用発明３のプライマーを引用発明１に適用する阻害事由となるものではない。
なぜなら，引用発明１においては，第１プライマーのリバースプライマーとして，
図５（Ａ）においてＲ１で示されるようなループを形成しない従来のプライマーを
使用することも開示されており，この従来のプライマーを使用した場合には，上記
各反応を示さないからである。つまり，引用発明１においては，少なくとも合成さ
れた標的核酸の３′末端にループ構造を形成させることができれば足りるのであり，
標的核酸の５′末端にループ構造を形成させることは必須ではないのである。
このように，引用発明１において，任意のリバースプライマーとして，引用発明
３に開示された標的配列と特異的にハイブリダイズできる部分（３′），及び少なく
とも１つの逆方向反復配列を含む部分（５′）からなるプライマーを使用すること
は，当業者にとって容易に想到し得る事項にすぎない。
加えて，引用発明２にも，第１の初期プライマーとは異なる非対称な構造の標準
的なプライマーを第２の初期プライマーとして使用することについて開示されてお
り（段落【０１２９】～【０１３１】及び図２），一対のプライマーを非対称な構造
として，相違点１に係る構成とすることは当業者にとって格別困難性のないもので
あった。
３取消事由３（サポート要件違反及び実施可能要件違反に関する判断の誤り）
審決は，本件発明３に記載されている「－１．００≦（Ｘ－Ｙ）／Ｘ≦１．００」
との条件について，「本件発明３ないし１３，及び，本件発明１６ないし２７におい
て塩基数Ｘと塩基数Ｙとを選択し，効率的に標的核酸を増幅できるプライマーを製
造し，使用することができないとの特段の根拠も見いだせない」（４１頁８行～１１
行）との認定を前提として，「請求項３ないし１３，及び，１６ないし２７の記載が，
明細書のサポート要件に適合せず，特許法３６条６項１号の規定を満たさないとも，
当業者が本件明細書の開示から請求項３ないし１３，及び，１６ないし２７に係る
発明を容易に実施できず，特許法３６条４項１号の規定を満たさないともいうこと
はできない。」（４４頁１９行～２３行）と結論付けている。
しかし，上記条件は，少なくとも一部において，プライマーを製造し，使用する
ことができないことから，明細書のサポート要件に適合せず，また，特許法３６条
４項１号の規定を満たさないことは明らかである。
なぜなら，被告は，本訴と同一の当事者間における審決取消訴訟（平成２１年（行
ケ）第１０１０７号事件，以下「別件訴訟」という。）において，第一のプライマー
のＸ及びＹの条件として「－１≦（Ｘ－Ｙ）／Ｘ≦０．７５，３０≦Ｘ＋Ｙ≦５０」
という条件を満たさない場合には「反応が進行しない」と主張しており，本件条件
は，被告の主張する上記条件の範囲外のものを含むものであるから，被告自身が，
本件発明３の中に反応が進行しない条件が含まれることを認めている。
第４被告の反論
１取消事由１に対し
引用例１の記載（２５欄２５行～２８行）からみて，引用発明１のループプライ
マーの「塩基対結合が可能な状態にあるループ形成配列」（以下「ループ形成配列」
という。）は，他のプライマーのアニーリングサイトになるという機能を持つのに対
し，本件発明１のＦＰの「折返し配列」は，以下のとおり，他のプライマーのアニ
ーリングサイトになるという機能を持たないから，両者が相違すると認定した審決
は正当である。
すなわち，審決がいう「折り返すために必要となる以上の何らかの機能」とは，
「他のプライマーのアニーリングサイトになるという機能」を意味することは明
らかであるところ，請求項１及び本件明細書では，「他のプライマーのアニーリン
グサイトになるという機能」を明示的に除外して記載している。例えば，請求項
１及び明細書（段落【００３７】），【図３ａ】及び【図３ｂ】では，ターンバック
プライマーの伸長鎖の端部においてループが形成される場合は「ステムループ構
造」と，「ステムループ構造」から伸長鎖が形成された場合は「ヘアピン」とそれ
ぞれ表現し，この「ステムループ構造」及び「ヘアピン」のループ部分は，他の
プライマーのアニーリングサイトとなる機能を持つ。一方，本件発明のＦＰの折
り返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）は，他のプライマーのアニールサイトになるという機
能を持たないことから，このことを明確にするために，「折り返し配列」という語
句を用い，「ステムループ構造」及び「ヘアピン」と区別している。
また，ＦＰの折り返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）に対し，仮に他のプライマーがアニ
ール可能とすると，バックグラウンドの指数関数的な上昇が生じ，特異的核酸増
幅という本件発明の効果を奏することができなくなるから，この点においても，
「折返し配列」は，「ステムループ構造」及び「ヘアピン」とは明確に区別されて
いる。
なお，原告は，引用例１には，リバースプライマーとして，ＴＰ以外に，ＰＣ
Ｒ法のプライマー，ループプライマー，ＳＤＡ法のプライマー及びＮＡＳＢＡ法
のプライマーの記載がある旨を主張するが，ＴＰ以外のプライマーの記載は，す
べて技術的に問題があり，本件発明の進歩性の否定のための当業者に対する示唆
になり得ない。
２取消事由２に対し
(1)原告は，引用発明１では，合成された標的核酸の３′末端側にループ構造
を形成すればよいから，プライマーセットの他方にＴＰを使用すれば，リバースプ
ライマーとして引用発明３のプライマーを使用することは，引用発明１の技術的思
想を阻害するものではない旨を主張するが，引用発明１の特許権者である原告は，
引用発明３を引用例1の「背景技術」であげて，その欠点を指摘し，かつ，引用発
明３の欠点（ループを持つプライマーのプライマーダイマーの生成）を解決するこ
とを前提として，引用発明１をなしたのである。
したがって，原告が特許権者である引用発明１では，引用発明３を含む公知の核
酸合成反応原理では達成することが困難な高い特異性を実現するために，非特異的
反応であるプライマーダイマーを生じるループ構造を持った引用発明３のプライマ
ーの適用は除外されている。
(2)引用発明１のループプライマーは，前述のように，ループに他のプライマ
ーがアニール可能であるのに対し，引用発明３のプライマーは，この機能を有して
いない点で明確に異なる。しかも，引用発明１には，本件発明の特徴であるＴＰ（第
１のプライマー）及びＦＰ（第２のプライマー）を組み合わせることや，本件発明
の特徴により奏される有利な効果について，記載も示唆もない。
なお，原告が指摘する引用発明２の標準的なプライマーとは，いわゆるＰＣＲ法
で使用するプライマーである（図２）ところ，ＴＰとＰＣＲ法で使用するプライマ
ーを組み合わせて使用した場合，伸長鎖が次の増幅ステップの鋳型になるという指
数関数的な増幅を実現するためには，引用発明１においてＰＣＲのリバースプライ
マーを用いたときと同様に熱変性が必要となり，この点で等温増幅法を前提とする
本件発明の先行技術となり得ない。
３取消事由３に対し
別件訴訟においては，本件とは別の特許（特許第３８６７９２６号）が対象とな
っており，当該特許は，アウタープライマーを用いることなくＴＰのみを用いた場
合に，中間体形成反応を起こすための技術に関するものであるから，特別な数式に
よりＴＰの構成を規定している。一方，本件発明は，ＴＰ及びＦＰを組み合わせて
使用することにより，等温増幅，プライマー設計の容易性，特異的な核酸増幅（バ
ックグラウンドの上昇防止）及び効率的な核酸増幅（短時間での核酸増幅）という
効果を奏するものであって，ＴＰのみで中間体形成反応を起こすことを目的として
いない。例えば，中間体形成反応が起こるための手段として，ＴＰのみを用いる方
法のほかに，アウタープライマーを使用する方法を例として挙げている（段落【０
０７２】）。
そうすると，本件条件のうち，上記特許において示された条件よりも広い部分で
あっても，当業者であれば，必要に応じて，例えば，アウタープライマーを使用す
ることにより，本件発明の効果が得られることは十分に理解可能である。
したがって，本件発明に，サポート要件違反及び実施可能要件違反はない。
第５当裁判所の判断
１取消事由１（本件発明の誤認に基づく容易想到性判断の誤り）について
(1)原告は，審決が，引用発明１に本件発明１における「第一のプライマー」
に相当するターンバックプライマー（ＴＰ）が開示されているとしながら，引用発
明１の「［プライマー内に位置する領域Ｘ１ｃにアニールする領域Ｘ１］－［塩基対
結合が可能な状態にあるループ形成配列］－［領域Ｘ１ｃ］なる部分は相互にハイ
ブリダイズする２つの核酸配列の間に［塩基対結合が可能な状態にあるループ形成
配列］が介在しているものであって，当該［塩基対結合が可能な状態にあるループ
形成配列］は単にループが形成されるだけではなく，核酸の増幅起点とするために
塩基対結合が可能な状態にあることを目的として特別に設計されている配列からな
るものであるから，請求項１の発明特定事項である「Ｄ」と「Ｄｃ′」とが折返す
ために，「Ｄ」と「Ｄｃ′」の両者の構造が結ばれているように表記される「折返し
配列」の構成の一部をなす「－」（ハイフン）に該当するとはいえず，相互にハイブ
リダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）とは，折
返すために必要となる以上の何らかの機能を生じさせる配列特異性を有する介在配
列を含むようなものは該当しない。」と判断したことについて，本件発明１は，「折
返すために必要となる以上の何らかの機能を生じさせる配列特異性を有する介在配
列を含むようなもの」を明示的に除外していないから誤りであると主張する。
そこで，検討するに，本件発明の第２プライマー（ＦＰ）に含まれる折返し配列
（Ｄ－Ｄｃ′）に関して，本件明細書には，「また，前記折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）
の長さは，好ましくは２～１０００ヌクレオチド，より好ましくは２～１００ヌク
レオチド，さらに好ましくは４～６０ヌクレオチド，さらに好ましくは６～４０ヌ
クレオチドであり，折返し配列の内部におけるハイブリダイゼーションによって形
成される塩基対のヌクレオチド数は，好ましくは２～５００ｂｐ，より好ましくは
２～５０ｂｐ，さらに好ましくは２～３０ｂｐ，さらに好ましくは３～２０ｂｐで
ある。折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）のヌクレオチド配列はいかなる配列であってもよ
く，特に限定されるものではないが，好ましくは標的核酸配列にハイブリダイズし
ない配列とされる。」（段落【００３６】）と記載されている。
この記載によれば，まず，折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）の長さが「好ましくは」，「よ
り好ましくは」とされる場合のヌクレオチド数は，「２～１０００ヌクレオチド」，
「２～１００ヌクレオチド」とされるところ，これに対する折返し配列の内部にお
けるハイブリダイゼーションによって形成される塩基対数のヌクレオチド数は，「２
～５００ｂｐ」，「２～５０ｂｐ」とされており，塩基対数のヌクレオチド数の下限
値は，ハイブリダイゼーションが形成される前のヌクレオチド数の下限値２の２分
の１ではないが，上限値は，いずれも２分の１となっている。
また，「さらに好ましい」とされる場合のヌクレオチド数「４～６０」，「６～４０」
に対して，ハイブリダイゼーションによって形成される塩基対数は，「２～３０ｂｐ」，
「３～２０ｂｐ」とされており，塩基対数のヌクレオチド数の下限値及び上限値と
もに，ハイブリダイゼーションが形成される前のヌクレオチド数の２分の１となっ
ている
核酸配列における塩基対数は，相対する２つのヌクレオチドから形成されるもの
であるから，塩基対数がヌクレオチド数の２分の１である上記記載によれば，本件
発明１において，折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）の配列のすべてが塩基対となっている
ことが開示されており，折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）の「－（ハイフン）」の部分には，
ハイブリダイゼーションによる塩基対を形成せずループ状態を維持するような配列
は存在しないものと認められる。
(2)原告は，甲１７（本件特許公報）の図２を根拠に，折返し配列（Ｄ－Ｄ
ｃ′）の配列（Ｄ）と配列（Ｄｃ′）との間にはハイブリダイズしていない連結領
域が存在していると主張する。
しかし，折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）の長さとして本件明細書に記載されたヌクレ
オチド数及びハイブリダイゼーションにより形成される塩基対数のヌクレオチド数
からみて，ハイブリダイゼーションにより塩基対を形成せずループ状態を維持する
ような配列が存在しないことは前記のとおりであり，図２に示された配列も，折返
し部分の対向する塩基の組合せがいずれもＡ－Ｔであり，すべてが塩基対となる配
列であるから，ハイブリダイズ可能な配列を示している。図２では，折返しの部分
（Ｄ－Ｄｃ′）にハイブリダイズしていないいくつかの塩基の形状が見られるが，こ
れは，ポリヌクレオチドであるプライマー分子が折り返す際に，折れ曲がる部分で
は分子の立体構造が原因となり完全にはハイブリダイズできないことを表現してい
ると推測され，ループの形成を表現したものではない（図２に示される１６塩基配
列程度の短い折返し配列だけに着目すると，折り返し部分の円弧形状が強調され，
あたかもループを形成しているかのような印象を与える。）から，原告の主張は採
用することができない。
また，原告は，本件明細書では，折返し配列（Ｄ－Ｄｃ′）について，「折返し配
列（Ｄ－Ｄｃ′）のヌクレオチド配列はいかなる配列であってもよく，特に限定さ
れるものではない」と明記されていると主張するところ，当該記載は，折返し配列
における塩基の長さやその組合せが特に限定されていない旨を示したものと解し得
るのであって，ハイブリダイズしない連結領域が存在することを開示するものと認
めることはできないから，原告の上記主張も採用することができない。
(3)原告は，引用発明１に開示された「塩基対結合が可能な状態にあるルー
プ形成配列」，すなわち，配列内で塩基対を形成しないループ状の配列が，本件発
明１の第２プライマーに相当することを前提として，引用発明１に基づいて本件発
明1の進歩性を否定するところ，本件発明１の第２プライマーには，前記のとおり
配列内で塩基対を形成しないループ状の配列が存在せず，本件発明１とは相違す
るものであるから，その余の点について検討するまでもなく，原告の主張は採用
できない。
２取消事由２（引用発明１と引用発明３に基づく容易想到性判断の誤り）につ
いて
(1)審決は，引用発明１には，本件発明１の「第二のプライマー」に相当する
「リバースプライマー」については記載も示唆もないとする一方，引用発明３に記
載された「Ｐ１及びＰ２プライマー」は，本件発明１における「第二プライマー」
に相当すると認定した。そして，審決は，引用発明３の当該プライマーを引用発明
１に適用することの容易想到性について，「引用例１には，引用例１及び引用例３に
記載された発明に接した当業者といえども，それら発明同士を組み合わせることが
想定され得ない程度に引用例３に記載されたプライマーにかかる欠点を列挙した記
載が存在するため，引用例３に記載されたプライマーを，引用例１に記載された発
明に直ちに適用できるとはいえない。」と判断した。
原告は，審決の上記判断が，引用発明１の記載の評価を誤るものであると主張す
る。
しかし，引用例１には，引用発明３に記載されたプライマーに関して，「3′-OHの
供給という課題に対しては，3′末端に同一鎖上の塩基配列に相補的な配列を持たせ，
末端でヘアピンループを形成させる方法が公知である(Gene71,29-40,1988)。このよ
うなヘアピンループからは，自身を鋳型とした相補鎖合成が行われ，相補的な塩基
配列で構成された１本鎖の核酸を生成する。たとえばPCT/FR95/00891（甲３）で
は，相補的な塩基配列を連結した末端部分で同一鎖上にアニールする構造を実現し
ている。しかしこの方法では，末端が相補鎖との塩基対結合(basepairing)を解消し
て改めて同一鎖上で塩基対結合を構成するステップが必須である。このステップは
塩基対結合を伴う相補的な塩基配列同士の末端における微妙な平衡状態に依存して
進むとされている。すなわち，相補鎖との塩基対結合と，同一鎖上での塩基対結合
との間で維持される平衡状態を利用し，同一鎖上の塩基配列とアニールしたものの
みが相補鎖合成の起点となる。したがって，高度な反応効率を達成するためには，
厳密な反応条件の設定が求められるものと考えられる。更にこの先行技術において
は，プライマー自身がループ構造を作っている。そのためプライマーダイマーがい
ったん生成すると，標的塩基配列の有無にかかわらず自動的に増幅反応が開始され
非特異的な合成産物を形成してしまう。これは重大な問題点といえる。」（６欄９行
～２６行）と記載されており，引用発明１には，引用発明３のプライマーを使用す
る方法では，高度な反応効率を達成するために厳密な反応条件の設定が求められる
ことと，非特異的な合成産物を形成してしまうという問題点が指摘されているので
あるから，当業者は，そのようなプライマーを引用発明１に採用することは断念す
るものといわなければならない。
(2)この点について，原告は，引用例１における「本発明によるオリゴヌクレ
オチドを１種類，そしてこのオリゴヌクレオチドをプライマーとして合成された相
補鎖を鋳型として核酸合成を行うことが可能な任意のリバースプライマーを用いた
基本的な構成によって，図６に示すような複数の核酸合成生成物を得ることができ
る。」との記載（１６欄４１行～４６行）と図５及び図６を根拠に，引用発明１では，
フォワードプライマーとしてターンバックプライマーを使用すれば，リバースプラ
イマーとしては任意のプライマーが採用でき，引用発明３のプライマーを引用発明
１に採用できると主張する。
そこで，検討するに，引用発明１において中心となる核酸の増幅方法は，フォワ
ードプライマーとリバースプライマーの両者にターンバックプライマーを使用する
方法であって，このプライマーを使用することにより等温反応条件の下でも核酸の
合成と増幅を達成することができることが，発明の作用効果の一つであると認めら
れる（７欄６行～１５行，３２行～９欄３２行，図１～図３）。
そして，引用例１では，上記の任意のリバースプライマーを用いた旨の記載（１
６欄４１行～４６行）に続いて，「図６からわかるとおり，(D)が本発明において合
成の目的となっている１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸である。
他方の生成物(E)は，加熱変性などの処理によって１本鎖とすれば再び(D)を生成す
るための鋳型となる。また２本鎖状態にある核酸である生成物(D)は，もしも加熱
変性などによって１本鎖にされた場合，もとの２本鎖とはならずに高い確率で同一
鎖内部でのアニールが起きる。」と記載されており，この増幅方法は，加熱変性など
の処理を行うから等温増幅反応ではない。そうすると，図６に示される反応は，引
用発明１において中心的となるフォワードプライマーとリバースプライマーの両者
にターンバックプライマーを使用し，等温反応条件の下でも核酸の合成と増幅を達
成するという方法とは異なり，一方にターンバックプライマーを使用し，他方に別
の機能を有するプライマーを使用して加熱条件を加えるような，応用的な増幅方法
の提供を開示するものと考えられる。また，例えば，引用例１の２５欄３６行～２
６欄８行には，等温増幅反応ではない図６に基づき，リバースプライマーに制限酵
素認識領域やＲＮＡポリメラーゼのプロモーターの配列を含有させる場合の方法が
記載されており，これらの方法も，等温増幅反応ではないが，高い特異性を実現で
きる合成方法の応用的な方法と考えられる。
以上のとおり，引用発明１において中心となる核酸の増幅方法は，フォワードプ
ライマーとリバースプライマーの両者にターンバックプライマーを使用し，等温反
応条件の下でも核酸の合成と増幅を達成するものであるのに対し，図６に基づいて
説明される方法は，一方にターンバックプライマーを使用し，他方に別の機能を有
するプライマーを使用して，加熱条件等の下にその両者の機能を利用するような，
応用的な増幅方法であるから，両者は技術的な解決課題を異にするものといわなけ
ればならない。
そうすると，引用例１においてリバースプライマーとしてターンバックプライマ
ー以外の「任意のリバースプライマー」を使用できることが開示されているからと
いって，広範囲なプライマーの使用が可能となるわけではなく，ターンバックプラ
イマーの使用に代えて，加熱条件等を用いたり，制限酵素認識領域やＲＮＡポリメ
ラーゼのプロモーターの配列を含有させたプライマーを用いることなどの特定の条
件が前提となる。特に，原告が主張するように，引用発明３のプライマーが引用発
明１のターンバックプライマーと共通する機能を有するとするならば，引用発明１
のフォワードプライマーであるターンバックプライマーと機能が共通するプライマ
ーをリバースプライマーとしても使用することとなるから，このような方法は，引
用発明１における応用的な増幅方法として採用し得るものではない。
(3)原告は，引用発明１では，リバースプライマーとして，引用発明１のプラ
イマーとは異なる非対称な構造の公知の核酸増幅方法で使用されていたことや，引
用発明２に，第１の初期プライマーとは異なる非対称な構造の標準的なプライマー
を第２の初期プライマーとして使用することが開示されていたことを理由に，一対
のプライマーを非対称な構造として，相違点１に係る構成とすることは当業者にと
って格別困難性のないものであったと主張する。
しかし，第１のプライマーとは異なる非対称な構造の第２のプライマーを開示す
る公知例があるからといって，そのようなプライマーの組合せ全般が容易となるも
のでないことは明らかである上，原告の指摘する公知例において等温増幅反応が行
われていたことは示されていない。
したがって，これらを根拠として，引用発明１において中心となる等温増幅を前
提とする核酸の増幅方法において引用発明３のプライマーを採用し得るものではな
いから，原告の主張は採用できない。
(4)以上のとおり，当業者が，引用例１における「任意のリバースプライマー」
等の記載を根拠として引用発明３のプライマーを引用発明１に採用するものではな
く，前記(1)の引用発明３に対する否定的評価も考慮すれば，引用発明３のプライマ
ーを引用発明１に採用することは困難といわなければならない。
３取消事由３（サポート要件違反及び実施可能要件違反に関する判断の誤り）
について
原告は，本件発明３が明細書のサポート要件（特許法３６条６項１号）及び実施
可能要件（同条４項１号）に違反すると主張し，その理由として，被告が，別件訴
訟において，第一のプライマーのＸ及びＹの条件として「－１≦（Ｘ－Ｙ）／Ｘ≦
０．７５，３０≦Ｘ＋Ｙ≦５０」という条件を満たさない場合には「反応が進行し
ない」と主張したことを根拠に，本件発明３の規定する本件条件は，被告の主張す
る上記条件の範囲外のものを含むから，本件発明３の中に反応が進行しない条件が
含まれていると述べる。
しかし，別件訴訟において対象とされる被告が特許権者である特許は，アウター
プライマーを用いることなくターンバックプライマーのみを用いた場合であっても
核酸増幅反応が生じるよう，数式等を組み合わせてターンバックプライマーの構成
を規定するものである。一方，本件発明３は，ターンバックプライマー及びフォー
ルディングプライマーを組み合わせて使用するものであるが，等温で効率的な核酸
増幅反応を起こすために，アウタープライマーを使用することを排除するものでは
ない。
そうすると，本件発明３に規定されるターンバックプライマーに関する本件条件
のうち，別件特許において示された条件を満たさない範囲の部分であっても，アウ
タープライマーを使用することにより，核酸増幅反応が生じるものと推認されるか
ら，原告の主張を採用することはできない。
第６結論
以上のとおり，原告の主張する取消事由には，いずれも理由がない。
よって，原告の請求を棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官
塩月秀平
裁判官
清水節
裁判官
古谷健二郎

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