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平成３０年４月２６日判決言渡
平成２９年(行ケ)第１００１０号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成３０年３月８日
判決
原告アルベルト－ルートヴィヒス－
ウニヴェルズィテートフライブルク
同訴訟代理人弁理士庄司隆
同訴訟代理人弁護士庄司寛
同訴訟代理人弁理士資延由利子
大杉卓也
曽我亜紀
被告特許庁長官
同指定代理人板谷玲子
中島庸子
長井啓子
尾崎淳史
主文
１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
３この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０日
と定める。
事実及び理由
第１請求
特許庁が不服２０１４－２２３００号事件について平成２８年９月５日にした
審決を取り消す。
第２前提となる事実（争いがない）
１特許庁における手続の経緯等
原告は，平成２２年３月５日，発明の名称を「分子のアレイから複製又は派
生物を作製するための装置及び方法とその応用」とする特許出願（特願２０１
１－５５２４６７号。パリ条約による優先権主張：平成２１年３月６日ドイ
ツ。以下「本願」という。）をした。
原告は，本願につき，平成２６年６月２５日付けで拒絶査定を受けたことか
ら，同年１１月４日，拒絶査定不服審判を請求した（不服２０１４－２２３０
０号）ところ，平成２８年１月２７日付けで拒絶理由通知を受け，同年７月２
８日付け手続補正書により特許請求の範囲を補正（以下「本件補正」という。
本件補正後の請求項の数は１５。）した。
特許庁は，平成２８年９月５日，「本件審判の請求は，成り立たない。」と
の審決をし（出訴期間として９０日を附加。），同月１５日，その謄本が原告
に送達された。
原告は，平成２９年１月１３日，審決の取消しを求めて，本件訴訟を提起し
た。
２特許請求の範囲の記載
本願に係る発明（以下「本願発明」という。）は，本件補正後の特許請求の
範囲請求項１から１５記載の事項により特定されるところ，その請求項１の記
載は，次のとおりである（以下，本件補正後の請求項１に係る発明を「本願発
明１」といい，また，本願に係る明細書及び図面を併せて「本願明細書」とい
う。）。
「ＤＮＡ，ｃＤＮＡ，修飾ＤＮＡ，ＲＮＡ，ｍＲＮＡ，ｔＲＮＡ，もしくはｓ
ｉＲＮＡからなる群から選択される生体分子または合成的に生成された化学分
子（１６；３２；５０）のアレイの複製又は派生物を作製する方法であって，
前記アレイは，分離した分子（１６；３２；５０）サンプルの空間配置を含み，
前記方法は，
サンプルごとに，他のサンプルの有効領域（２４；３５；５４）と分離して
いる，少なくとも一つの空間的に制限された有効領域（２４；３５；５４’）
をつくるステップであって，
前記有効領域（２４；３５；５４）は，他のサンプルの有効領域と分離する
機能を有するものであり，前記有効領域（２４；３５；５４’）は，空間的に
制限された増幅薬領域を含むものであり，結合アダプタ（２２；３８；６２）
又は結合特性を供給されたキャリア（２０；３４；６０）の表面と接し，空間
的に塞がれたキャビティ，電場又は磁場，疎水性／親水性の領域，流体および
気体間の界面，および／または，粘性の異なるレベルの液体間の界面によって
形成されるものである，前記ステップ，
前記有効領域（２４；３５；５４’）において，増幅薬によって，前記分子
（１６；３２；５０）を増幅することによって，複製（１８；３２；６４）を
つくるステップ，又は，前記有効領域（２４；３５；５４’）において，前記
分子の派生物をつくるステップであって，前記派生物はＤＮＡ，ｃＤＮＡ，Ｒ
ＮＡ，もしくはタンパク質からなる群から選択されるものであり，かつ，ＲＮ
ＡはＤＮＡから転写されるものであり，および／またはタンパク質はＲＮＡの
生化学情報によって産生されるものであり，
前記キャリア上の前記サンプルの前記複製又は派生物の空間配置が，前記ア
レイの前記サンプルの前記空間配置に対応するように，前記結合アダプタ又は
前記結合特性（２２；３８；６２）によって，前記キャリア（２０；３４；６
０）と，前記サンプルの前記複製又は派生物（１８；３２；６４）を結合する
ステップであって，前記複製又は派生物を前記キャリアに結合する工程は，前
記増幅または派生物の作製と同時に実行されること，および，
前記アレイから前記サンプルの前記複製又は派生物（１８；３２；６４）を
含んでいる前記キャリア（２０；３４；６０）を取り除くステップ，
を含むこと，を特徴とする，方法。」
３審決の理由
審決の理由は，別紙審決書（写し）記載のとおりである。その要旨は，本願
発明１は，特開２００１－１８３号公報（公開日：平成１３年１月９日。甲１。
以下「引用例１」という。）に記載された発明（以下「引用発明」という。）
に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法２
９条２項により特許を受けることができない，というものである。
４審決が認定した引用発明並びに本願発明と引用発明との一致点及び相違点
(1)引用発明の内容
「ＤＮＡチップを作製する方法であって，
母体となる基板上にＤＮＡを含ませた多孔質状のセル（たとえばスポンジ）
を配置し，各セル間にセル分離用の隔壁を設け，当該基板上であらかじめ用
意された複数のＤＮＡをＰＣＲ法により増幅するステップと，
この増幅されたＤＮＡを各セルの相互位置を保持したまま直接接触により
他の基板へ転写するステップと，
コピーした基板を元のマザー基板から離し，取り外すステップ
を備えたことを特徴とする方法。」
(2)引用発明と対比する本願発明
本願発明１は，各構成要素に関し複数の選択肢を有することから，審決は，
引用発明と対比する発明として，各構成要素を次のように選択した「本願発
明１’」を特定した。
「ＤＮＡから選択される生体分子または合成的に生成された化学分子のアレ
イの複製を作製する方法であって，
前記アレイは，分離した分子サンプルの空間配置を含み，
前記方法は，
サンプルごとに，他のサンプルの有効領域と分離している，少なくとも一
つの空間的に制限された有効領域をつくるステップであって，
前記有効領域は，他のサンプルの有効領域と分離する機能を有するもので
あり，前記有効領域は，空間的に制限された増幅薬領域を含むものであり，
結合特性を供給されたキャリアの表面と接し，空間的に塞がれたキャビティ
によって形成されるものである，前記ステップ，
前記有効領域において，増幅薬によって，前記分子を増幅することによっ
て，複製をつくるステップ，
前記キャリア上の前記サンプルの前記複製の空間配置が，前記アレイの前
記サンプルの前記空間配置に対応するように，前記結合特性によって，前記
キャリアと，前記サンプルの前記複製を結合するステップであって，前記複
製を前記キャリアに結合する工程は，前記増幅の作製と同時に実行されるこ
と，および，
前記アレイから前記サンプルの前記複製を含んでいる前記キャリアを取り
除くステップ，
を含むこと，を特徴とする，方法。」
(3)本願発明１’と引用発明との一致点
「ＤＮＡから選択される生体分子または合成的に生成された化学分子のアレ
イの複製を作製する方法であって，
前記アレイは，分離した分子サンプルの空間配置を含み，
前記方法は，
増幅薬によって，前記分子を増幅することによって，複製をつくるステッ
プ，
前記キャリア上の前記サンプルの前記複製の空間配置が，前記アレイの前
記サンプルの前記空間配置に対応するように，前記結合特性によって，前記
キャリアと，前記サンプルの前記複製を結合するステップ，および，
前記アレイから前記サンプルの前記複製を含んでいる前記キャリアを取り
除くステップ，
を含むこと，を特徴とする，方法。」
(4)本願発明１’と引用発明との相違点
ア相違点１
本願発明１’は，「前記複製を前記キャリアに結合する工程は，前記増
幅の作製と同時に実行されること」が特定されているのに対して，引用発
明はかかる特定を有しない点。
イ相違点２
本願発明１’は，「サンプルごとに，他のサンプルの有効領域と分離し
ている，少なくとも一つの空間的に制限された有効領域をつくるステップ
であって，前記有効領域は，他のサンプルの有効領域と分離する機能を有
するものであり，前記有効領域は，空間的に制限された増幅薬領域を含む
ものであり，結合特性を供給されたキャリアの表面と接し，空間的に塞が
れたキャビティによって形成されるものである，前記ステップ」を含むの
に対して，引用発明は有効領域をつくるステップについての特定を有しな
い点。
第３原告主張の取消事由
１取消事由１（相違点１の容易想到性についての判断の誤り）
相違点１の容易想到性についての審決の判断には，次のとおり，誤りがある。
(1)ＤＮＡの増幅とキャリアへの結合とを「同時」に行うことの意味
本願発明１においては，ＤＮＡを増幅する工程と複製されたＤＮＡをキャ
リアに結合する工程とを同時に行う。
すなわち，本願発明１の「前記複製又は派生物を前記キャリアに結合する
工程は，前記増幅または派生物の作成と同時に実行される」という特徴は，
ＤＮＡの増幅とキャリアへの結合とが，並行して同時に行われることを意味
する。本願明細書の段落【００６０】～【００６５】，【００９４】，図１
ａ～１ｄ及び図６ａ～６ｄには，このＤＮＡの増幅とキャリアへの結合とが
同時に実行される工程が説明されている。より具体的には，本願発明１では，
キャリアに固定された結合アダプタ１０８がＤＮＡ増幅のためのプライマー
として働くことから，ＤＮＡの増幅と共有結合によるキャリアへの結合とが
同時に行われることになる。
これに対し，引用発明では，①最初にＤＮＡを増幅する工程，②次に
その複製されたＤＮＡを基板（本願発明のキャリアに相当。）に転写（結合）
する工程，と，２つの工程を連続して行っており，この点で本願発明１と大
きく異なる。
(2)引用例１からは，次のとおり，ＤＮＡの増幅とキャリアへの結合とを同時
に実行する構成を導出できない。
ア引用例１の記載は，ＤＮＡの増幅とキャリアへの結合とが同時に行われ
ることを意味しないこと
(ア)審決が認定したとおり，引用例１の請求項２には，母体となる基板と
転写基板（キャリア）の結合状態においてＰＣＲを行っても良いことが
記載されている。しかし，この記載は，ＤＮＡの増幅とキャリアへの結
合とが同時に行われることを意味するものではない。
そもそも，引用例１の記載全体を見ても，ＤＮＡの増幅とキャリアへ
の転写（結合）とを同時に行うことについては開示も示唆もない。ＰＣ
Ｒに関しても，引用例１は，単に「ＰＣＲは母体となる基板と転写基板
を結合した状態で行うようにし」ても良いことを開示しているにすぎな
い。
(イ)むしろ，引用例１の記載からすると，引用発明においては，ＤＮＡの
増幅とキャリアへの転写を同時に行うことが予定されていないというべ
きである。
まず，引用例１には，母体となる基板とキャリアを結合した状態での
ＰＣＲに関し，何ら具体的な記載がないし，キャリア上にあるべき結合
アダプタ（増幅時にプライマーとして機能する）やキャプチャ分子，キ
ャリアに結合される増幅システムについても何ら開示がない。
この点，引用例１には，ＤＮＡをキャリアへ転写することが「直接接
触」により達成され，その手段は，基板背面からの加圧又は加熱により
転写を促進するように構成されたことを特徴とすると記載されていると
ころ，このことは，ＤＮＡの増幅とキャリアへの転写が同時に実行され
ないことを明確に示すものである。すなわち，キャリア背面からの加熱
はＰＣＲを妨げることとなるから，ＰＣＲ後に熱泳動より転写（結合）
が行われる，すなわち増幅と結合とが同時に行われるものではないと考
えるべきである。
また，増幅されたＤＮＡを，圧力を利用して転写（結合）させるとし
ても，引用例１には，転写（結合）工程の間に，どのようにＰＣＲ混合
物から所望の分子を精製するかが明らかにされていない。精製されてい
ないＰＣＲ混合物を転写しても，せいぜい低純度のＤＮＡマイクロアレ
イが作製できるにとどまる。
結局のところ，引用例１には，ＤＮＡマイクロアレイを作製するとい
う課題が解決できるような記載がされていない。すなわち，引用例１に
係る特許出願当時，当業者は，引用例１の記載からＤＮＡマイクロアレ
イを作成できなかったというべきである。
イ引用例１において，ＤＮＡの増幅とキャリアへの結合の２つの工程は同
時に実行され得ないこと
被告は，引用例１において，母体となる基板とキャリアを結合した状態
でＰＣＲを行えば，増幅工程及び結合工程の２つの工程が同時に実行され
ると主張するが，そもそもこの主張自体に根拠がない上，次のとおり，実
現性に乏しいというべきである。
被告が主張するように，増幅されたＤＮＡをキャリアへ固定する方法と
して静電効果を利用することが可能であったとしても，ＰＣＲ混合物由来
の非精製ＤＮＡを使用する静電結合は実現が困難である。
すなわち，母体となる基板上に，プライマーと標的核酸を含む反応混合
物が存在する状態で，この基板とキャリアを結合すると，母体となる基板
上にある増幅されたＤＮＡのみならず，ＰＣＲ増幅に使用される前のプラ
イマーや標的核酸を含む全てのＤＮＡが，キャリアに非特異的かつ無指向
性に拡散して結合する。その結果，母体となる基板上からプライマー及び
標的核酸が枯渇し，以後，ＤＮＡの複製が産生されない状態となる。
また，小分子ＤＮＡであるプライマーは，他の分子よりも速く拡散する
から，効率的かつ過剰にキャリアに結合して表面を覆い，その表面に付与
された正電荷の働きを遮断してしまうため，増幅されたＤＮＡはキャリア
に転写（結合）できなくなる。
このように，静電表面の存在下でＰＣＲ反応が阻害されることは，技術
常識である。
(3)本願発明１は，引用例１から予測できない優れた効果を奏すること
本願明細書の段落【００９４】及び図６ａ～６ｄに記載されているとおり，
複製物又は誘導体をキャリアに結合させる工程が増幅と同時に行われる場合，
固定された結合アダプタが増幅のためのプライマーとして働く，あるいは，
派生物は，固定されたキャプチャ分子を介して，又はそれらを作成するため
に使用されるシステムとそれらが連結したままであるから，複製物又は派生
物がキャリアと共有結合することは，当業者の技術常識から明らかである。
これに対し，引用例１には，本願発明１が備える結合アダプタ又は結合特
性を供給されたキャリアに関する開示も示唆もないところ，引用例１に記載
されている転写手段は，単なる直接接触や，基板背面からの加圧又は加熱と
いったものであるから，引用発明におけるＤＮＡの転写基板への結合は，非
共有結合によるものであることが明らかである。
このように，本願発明１におけるキャリア表面の結合アダプタ及び結合特
性に関する特徴も，引用発明と異なるものである。すなわち，本願発明にお
いては，増幅されたＤＮＡなどの複製物と基板とが安定した共有結合によっ
て結合できるという，引用例１からは予測できない優れた効果を奏するもの
である。
２取消事由２（相違点２の容易想到性についての判断の誤り）
(1)審決は，相違点２に係る構成も，当業者が容易に想到できると判断したが，
次のとおり，この判断には誤りがある。
(2)引用例１には，本願発明１’の特徴である「空間的に塞がれたキャビティ」
のような空間的に制限された有効領域について開示も示唆もない。
引用例１には「セル」との記載があるが，引用例１全体の記載に照らせば，
この「セル」は，スポンジのような多孔質基材で形成されたものであって，
母体となる基板上に配置されているものである。
また，引用例１記載の装置においては，ＰＣＲ実行時に各セル間にセル分
離用の隔壁が設けられているが，この隔壁は，ＰＣＲ実行時にのみ設けられ
るいわゆる消耗品であり，本願発明にいう空間的に制限された有効領域とは
全く異なる。そして，引用例１においては，セル分離用の隔壁は，セル相互
の間に位置するものとして示されており，セルはセル分離用隔壁から独立し
た構造として明確に特定されているから，当該隔壁はセルの一部ではないこ
とが理解できる。
(3)さらに，本願発明１’において，キャリアに結合特性が供給されているの
は，アレイの有効領域が接する表面部分に限定されている。しかし，引用例
１には，キャリアにおける結合特性を供給された表面について何ら記載がな
く，この特徴を導き出すことはできない。
引用例１において，仮に，キャリアに結合特性が供給されていたとしても，
それはキャリアの表面全体に供給されるものと考えられる。そうすると，引
用例１に記載されている構成では，たとえ多孔質状のセルを用いたとしても，
開放系アレイの場合も，閉鎖系アレイの場合も，キャビティごとの浸透圧・
蒸気圧の差異や，毛細管力などによって生ずるＰＣＲ混合物の溢出等により，
異なるサンプルＤＮＡ同士のコンタミネーションが引き起こされ，位置情報
を保持した正確なマイクロアレイを複製することはできない。
なお，本願発明１’においては，上記のとおり，空間的に限定された有効
領域に接するキャリアの表面上のみに結合特性が付与されていることから，
コンタミネーションが引き起こされることはない。
(4)したがって，引用例１に基づいて，本願発明１’の特徴である「空間的に
制限された有効領域」の構成を導き出すことはできない。
第４被告の反論
１取消事由１（相違点１の容易想到性についての判断の誤り）について
(1)ＤＮＡの増幅とキャリアへの結合とを「同時」に行うことの意味
審決が認定した本願発明１’は，本願発明１のキャリアについて，「結合
アダプタを供給されたキャリア」と「結合特性を供給されたキャリア」の選
択肢のうち，後者を選択した場合に当たる。そして，本願発明１’において
キャリアに結合されるのは，増幅されたＤＮＡであることが明らかであると
ころ，本願明細書には，当該キャリアが「結合特性を供給されたキャリア」
である場合に，増幅と結合の２つの工程が同時に実行されることについての
具体的な記載はない。
ここで，本願発明１’において，キャリアに供給される結合特性として静
電気（本願明細書段落【００４６】参照）を用いることが開示されていると
ころ，この場合には，増幅工程において生成したＤＮＡは静電気力によって
結合特性を供給されたキャリアに結合することになる。このとき，増幅工程
では次々と増幅反応が進行して新しいＤＮＡが生成するが，生成したＤＮＡ
のキャリアへの結合は，新しいＤＮＡの生成が進行する間中，すなわち，増
幅工程の間中起こっているといえる。
すなわち，「前記複製を前記キャリアに結合する工程は，前記増幅と同時
に実行されること」とは，本願発明１’の場合，ＤＮＡの増幅工程及びキャ
リアへの結合工程の２つの工程が同時に進行することを意味すると理解され
る。
(2)引用例１に基づいて，ＤＮＡの増幅とキャリアへの結合とを同時に実行す
る構成を容易に想到できること
ア引用例１の請求項２記載の態様である，母体となる基板とキャリアとが
結合した状態においてＰＣＲを実行すれば，母体となる基板上にある増幅
されたＤＮＡは，結合した状態にあるキャリアと直接接触することになり，
その結果，増幅されたＤＮＡはキャリアに転写され，キャリアに結合され
ることになるから，増幅工程及びキャリアへの結合工程の２つの工程が同
時に実行されることになる。
すなわち，引用発明において，引用例１の請求項２記載の態様を選択し，
２つの工程が同時に実行されることを特定することは，当業者が容易に想
到できることである。
イここで，本願優先日当時，ＤＮＡチップの作成方法に関し，増幅液中の
ＰＣＲ増幅されたＤＮＡをキャリアに固定させる技術として静電結合を用
いることは周知であった。
そうすると，当業者は，引用発明においても，ＤＮＡがキャリアに結合
するメカニズムにつき，周知技術と同様に，増幅されたＤＮＡとキャリア
とが静電的に結合するものと認識する。
ウＰＣＲによる増幅反応と，キャリア背面からの加熱とを同時に行うと，
ＰＣＲによる増幅反応を妨げることは技術常識であるから，引用例１に原
告が指摘する記載があったとしても，当業者は，転写の促進のための手段
にすぎない加熱を行わず，直接接触による転写を実行するといえる。
また，仮に，原告が主張するように，プライマーがキャリアに結合・固
定化されるとしても，ＰＣＲ増幅反応に関与するプライマーがほとんど全
て無くなってしまうとはいえない。
(3)本願発明１の効果について
「固相プライマー」のような「結合アダプタ」を用いる態様は，審決が認
定した本願発明１’とは異なるものであるから，原告が主張する効果は，本
願発明１’のものではない。また，結合アダプタが「固相プローブ」である
場合，「固相プローブ」はキャリアと共有結合するが，増幅産物は固相プロ
ーブにハイブリダイズ，すなわち水素結合するから，増幅産物がキャリアと
共有結合するという原告の主張と整合しない。
２取消事由２（相違点２の容易想到性についての判断の誤り）について
(1)引用発明のセル分離用隔壁が，各セルに含まれるＤＮＡが混ざり合わない
ようにするためのものであることは，技術的に明らかである。ＰＣＲ後に転
写を行うという，増幅と転写とを別工程とする態様の場合には，転写工程に
おいてセル分離用隔壁は必要がないから，引用例１の段落【００１７】に記
載されているように，ＰＣＲ後に当該隔壁を除去するのが望ましいかもしれ
ない。
しかし，引用例１の請求項２に示されている「ＰＣＲは母体となる基板と
転写基板を結合した状態で行う」態様の場合には，当該隔壁を除去する必要
はなく，むしろ，同時に実行される増幅工程及び転写工程のたびに当該隔壁
の設置と除去を繰り返すことが煩雑で実際的でないことは，当業者に明らか
である。すなわち，この場合に当該隔壁を常置することは，技術的に必然で
ある。
その上で，審決は，母体となる基板上に複数のＤＮＡを含む複数のセル（セ
ルがＰＣＲ増幅薬も含むことは明らかである。）が配置され，各セル間にセ
ル分離用隔壁が設けられ，母体となる基板と転写基板が結合した状態とすれ
ば，母体となる基板，セル分離用の隔壁及びキャリアの三者で囲まれた閉鎖
系の空間が形成されることについて自明であると判断したものである。
(2)原告は，ＰＣＲ混合物の溢出によるコンタミネーションが生じることを問
題とするが，引用発明においては，多孔質状のセル（たとえばスポンジ）に
増幅液を含浸させた状態でＰＣＲ反応を行うものであるから，ＰＣＲ混合物
の溢出によるコンタミネーションの問題は生じないと考えられる。
なお，本願明細書の記載からは，原告が主張するような，キャリア表面の
有効領域に接する表面上のみに結合特性が供給されていることは導き出せな
い。
第５当裁判所の判断
１本願発明について
(1)本願明細書（公表特許公報。甲２の１）には，概ね以下の記載がある。
ア技術分野及び背景技術
本発明は，生体分子又は化学的に生成された分子などの，分子のアレイ
から複製又は派生物を作製するための方法及び装置に関する。そして，特
に，例えばＤＮＡマイクロアレイ，ＲＮＡマイクロアレイ又はタンパク質
マイクロアレイなどの，前記分子および／またはそれから派生した分子の
マイクロアレイの複製又は派生物を作製するのに適するような方法及び装
置に関する。そして，一次配列，その複製またはその派生物に関する反応
と関連したＤＮＡ配列を特定するためのアレイの応用に関する。（【００
０１】）
マイクロアレイは，個々の位置の表面上の又はその中の多くの異なる生
体分子の配置を指すものと理解される。前記位置は，スポットとも呼ばれ
て，一般的に，１０μｍから約１０００μｍにわたる直径を有する。生体
分子の一つまたはいくつかの同一の個体群が，スポット内に存在する。し
かしながら，ある意図的な重複を除いて，さまざまなスポットは，異なる
生体分子を示す。生体分子は，表面に析出しうるか，表面の層の中に存在
しうるか，キャビティ内に存在しうるか，または，粒子上又はその中に固
定された方法で存在しうる。そして，粒子がアレイとして配置されること
は可能である。（【０００２】）
イ発明が解決しようとする課題，及び課題を解決するための手段
本発明の目的は，時間及び費用の消費がほとんどなく分子のアレイから
複製又は派生物を作製することを可能にする方法及び装置と，対応する複
製又は派生物とこの種の複製又は派生物のための応用を提供することであ
る。（【００３３】）
例えば適切な増幅手段（例えばＰＣＲ，等温増幅，ＮＡＳＢＡ）や表面
との結合アダプタまたは結合特性のマッチング（例えば，プライマー，ス
トレプトアビジン／ビオチン，抗原抗体，ポリヒスチジン／ニッケル複合
体，静電気／力または磁気特性）などの適切な複製方法は，当業者にとっ
て明らかであり，本願明細書においてされる更なる説明は必要ではない。
（【００４６】）
ウ発明を実施するための形態
(ア)図１ａから図１ｄに関して，発明の方法の実施形態について，以下に
述べる。ここで，一次アレイは，シークエンサチップ１０の形で存在す
る。シークエンサチップ１０は，複数のマイクロキャビティ１２を含む。
マイクロキャビティ１２を含んでいるシークエンサチップ１０の断面の
模式的な平面図は，図２（判決注：省略。以下同じ。）に示される。マ
イクロキャビティは，例えば，図２に示されているように，４４μｍま
たは２９μｍの直径を有しうる。（【００６０】）
キャビティ１２の各々は，そこに配置された粒子１４を有する。そし
て，前記粒子１４の各々は，個々のＤＮＡ鎖１６の何百万もの複製を運
ぶ。それらに取り入れられたＤＮＡ鎖１６を含んでいる粒子１４を有す
るキャビティ１２を含んでいるシークエンサチップ１０の模式的な断面
表現は，図３（判決注：省略。以下同じ。）に示される。これまで，シ
ークエンサチップは，シークエンシング工程後，廃棄されており，従っ
て，シークエンシング工程の「老廃物」であった。（【００６１】）
図１から図３において表された実施形態において，このチップは，複
製を作製するための一次アレイとして使用される。そのＤＮＡは，キャ
ビティ１２からすっかりコピーされることになる。この目的のために，
キャビティは，最初に増幅薬，例えばＰＣＲ混合物で満たされる。その
後，図１ｂに示されているように，キャビティ１２をシールし，図式的
に図１ｂのスポット２２として示され，増幅薬にマッチする結合アダプ
タを運ぶキャリア２０は置かれる。一旦キャビティ１２が蓋２０によっ
て塞がれると，空間的に制限された増幅薬領域２４がこうして各サンプ
ル，すなわち，それに拘束されたＤＮＡ鎖１６を有する粒子１４ごとに
作られ，そして増幅薬領域２４は，他のサンプルの増幅薬領域２４から
分離される。結合アダプタ２２は，これらの増幅薬領域２４に接する。
例えば，結合アダプタ２２は，ＰＣＲ混合物とマッチングするプライマ
ーである。前記プライマーは，ＤＮＡポリメラーゼのための結合部位で
ある。図１ｂは，生化学的複製が粒子のＤＮＡでできているポリメラー
ゼ・ステップの後の状態を示す。これらの複製は，図１ｂの破線１８と
して描写される。例えば，プライマーの選択によって，増幅薬として使
用される酵素の混合物が，このステップで，相補的ＤＮＡ，すなわち，
ネガティブコピーを生成する。（【００６２】）
その後，作られたＤＮＡの複製１８は，粒子１４から解放される。そ
して，それは，例えば，シークエンサチップを加熱し，こうしてそこに
配置されたキャビティを加熱することによって実行されうる。その後で，
解放された複製１８は，結合アダプタ２２に加わる。そして，それは，
例えば，シークエンサチップを冷やすことによって促進されうる。結合
アダプタ２２に加わり，そして，こうしてキャリア２０に加わる複製１
８の結果物は，図１ｃにおいて表される。キャリア２０に複製を複製す
るこのステップにおいて，位置情報またはレジストレーションは保持さ
れる。というのも，空間的に制限された増幅薬領域２４が，サンプルご
とに供給されるからであり，そして，増幅薬２４が互いに分離している
からである。（【００６３】）
その後，それに拘束されたＤＮＡ複製１８を有するキャリア２０は，
シークエンサチップ１０から取り除かれて，シークエンサチップ１０の
キャビティ１２の範囲内に配置されたＤＮＡ粒子１４，１６の複製を表
す。ＤＮＡ鎖１６を含んでいる粒子１４は，キャビティ１２の範囲内に
残っており，その結果，前記キャビティは，再び新しいキャリアを用い
た新しい複製工程のための一次アレイとして役立ちうる。この方法で，
基本的に多くの複製が作られうる。それに拘束したＤＮＡ複製１８を有
するキャリア２０は，例えば，ＤＮＡへのタンパク質の，ＤＮＡへのＲ
ＮＡの，さらにはＲＮＡのＲＮＡへの結合の検出において，トランスク
リプトーム（transcriptome）解析のバイオチップとして使用されうる。
（【００６４】）
複製工程後に，更なる複製サイクルのための一次アレイ（シークエン
サチップ１０）を再度準備するために，キャビティ内の増幅薬，例えば
ＰＣＲ混合物は，交換されうる又は取り除かれうる。コンタミネーショ
ンを回避するために，（特別なＤＮＡ生成物を消化するウラシルＤＮＡ
グリコシラーゼ（uracil－N－glycosylase）のような）酵素も含みうる
洗浄ステップは，ＰＣＲ生成物を取り除いて，従って，オリジナルマス
タを汚染することなく多くの複製を可能にする。（【００６５】）
(イ)本発明の実施形態において，空間的に制限された増幅薬領域の形で制
限された有効領域は，固体構造物によってつくられるが，本発明の別の
実施形態において，粘性の異なるレベルの液体間の界面は，空間的に制
限された有効領域をつくることに貢献する。（【００５６】）
本発明によれば，空間的に制限された有効領域が，複製されるアレイ
のサンプルごとに，すなわち，複製又は派生物がつくられることになっ
ている。有効領域の空間的作製は，さまざまな方法で実行されうる。本
発明の実施形態において，空間的に塞がれたキャビティは，サンプルご
とに供給される。実施形態において，特定の方向への拡散を容易にする
空間区分は，供給され，例えば柱又は溝の配置など，他の方向への拡散
を防ぐ。実施形態において，ヒドロゲル，エーロゲルまたはポリマー面
のような，特定の方向への拡散を好む又は抑止する多孔材，拡散を定め
ている材料または分子構造は，使用されうる。実施形態において，例え
ばポリマー分岐，デンドリマー，粒子アレイ，フィルタ膜，脂質膜（球
形又は平面）などの，秩序ある又は無秩序な，ナノ又は分子構造は，空
間的に制限された有効領域を実施するために使用されうる。（【００７
３】）
実施形態において，拡散（電気泳動，光学ピンセット，磁気泳動，弾
性表面波，熱泳動，…）の優先方向または拡散隔膜も作り，それにより
空間的分離を構築する電場又は磁場などの物理場は，空間的に制限され
た有効領域をつくるために使用されうる。例えば，磁性流体および「硬
化」磁場は，使用されうる，または個々の領域を分離するレーザー光グ
リッドは使用されうる。（【００７４】）
実施形態において，例えば電場，チャージ，ｐＨの変化，光による非
活性化／活性化，圧力などによって，空間的に制限された有効領域をつ
くるために，活性化および／または非活性化が，有効領域の中で，また
は，外側で生じうる。例えば，ポリメラーゼの光活性化または光による
活性ヌクレオチドの生成は，制限された領域の中で実行されうる。そし
て，反応は暗い領域においては起こらない。（【００７５】）
更なる実施形態において，空間的に制限された有効領域に特定の物理
効果を供給する表面構造は使用されうる。例えば，疎水性／親水性の領
域（例えば油および水）またはポリマーは，電場によって特定の領域に
おいて増加しうる及び硬化しうる，そして，こうして空間的に制限され
た有効領域を定めうる状況において言及されうる。（【００７６】）
空間的に制限された有効領域が三次元構造によって定められる更なる
実施形態は，ここで，図６ａから図６ｄに関して説明される。図６ａに
示されているように，アレイの一部である分子のサンプル１００は，ア
レイ基板１０４のエレベーション１０２に配置される。エレベーション
１０２間に，凹部１０３は，アレイ基板１０４内に形成される。図６ｂ
に示されているように，固相プライマーの形で結合アダプタ１０８を含
んでいるキャリア１０６は，アレイ基板１０４の近くに位置付けられる。
アレイ基板１０４の，および，キャリア１０６の空間的近接のため，エ
レベーション１０２の，および，キャリア１０６の向かい合った表面と
の間に，エレベーション１０２の領域において，空間的に制限された有
効領域は生ずる。対照的に，凹部１０２の，そして，キャリア１０６の
向かい合った表面との間の間隔は，ここで有効領域は形成しないように，
十分に大きい。（【００７７】）
有効領域において，固相プライマーとサンプル１００間の接点はハイ
ブリッドすることを可能にする。その結果，図６ｃに示されているよう
に，増幅は開始しうる。矢印１１２によって図６ｃに示すように，増幅
のための材料は，加えて，凹部から供給されうる。このように，キャリ
ア１０６に拘束されたサンプル１００の複製１１４は生成され，そして，
こうしてサンプル１００によって形成されたアレイの複製は作製される。
（【００７８】）
図６ｃにおいて表された状態から始まり，アレイ基板１０４およびキ
ャリア１０６は，ここで分離され，サンプル１００がアレイ基板１０４
で残ったままであり，複製１１４がキャリア１０６によって除去される。
更なる複製は，それから，アレイ基板１０４に位置づけされたアレイで，
または，キャリア１０６に位置付けされた複製で作られる。（【００７
９】）
図６ａから図６ｄに関して説明された実施形態において，増幅および
キャリアへの転写が，基本的に同時に起こる。転写及び増幅が互いに別々
に起こる場合，別の実施形態において，１つのステップが大きい表面領
域にわたって実行され，他方が，空間的に定められた方法で実行されう
る。（【００８０】）
図６ａから図６ｄに関して説明された実施形態において，空間的に制
限された有効領域は，このように，プライマーがあることによってだけ
でなく，説明された構造によってつくられる。これに関連して，その反
応はブリッジ増幅に対応する。その表面は，互いに物理的接点をもたら
される。空間的近接のため，ＤＮＡが他の表面へ複製されることを特徴
とする「有効領域」は，エレベーション，すなわち段のピークで形をな
す。その後，前記ピークは取り除かれさえしうる。というのも，その増
幅は，いわば，それ自身の有効領域を定める典型的ブリッジ増幅だから
である。しかし，反応の始まりは，空間有効領域の初期条件によってし
か起こらない。この反応は，エッジまたはピークの増幅と呼ばれうる。
空間的なエッジまたはピークは，反応のきっかけとなる。エッジの隣の
空間は，反応に必要な材料を供給する。（【００８１】）
別の実施形態において，複製されるアレイは，図６ａから図６ｄまで
の偏りにおいて，平面基板に配置されうるが，エレベーションはアレイ
が複製されるキャリアに形成される。さらにまた，あるいは，エレベー
ションは，アレイ基板に，そして，キャリアに形成されうる。（【００
８２】）
本発明の実施形態において，複製又は派生物をキャリアと結びつける
プロセスはまた，増幅と同時に実行されうる，または，固定された結合
アダプタが増幅のためのプライマーとして働くという点で増幅の一部で
ありうる。（【００９４】）
(ウ)図１ａ～図１ｄ
(エ)図６ａ～図６ｄ
(2)上記（1）によれば，本願発明の概要は，次のとおりと認められる。
ア本願発明は，生体分子又は化学的に生成された分子（例えばＤＮＡ）な
どの，分子のアレイから複製又は派生物を作製するための方法及び装置に
関する。マイクロアレイは，個々の位置（スポットとも呼ばれ，１０μｍ
から約１０００μｍの直径を有する。）の表面上の又はその中の多くの異
なる生体分子の配置を指す。スポット内には，異なる生体分子の一つ又は
いくつかの同一の個体群が存在する。（【０００１】，【０００２】）
イ本願発明の目的は，時間及び費用の消費がほとんどなく分子のアレイか
ら複製又は派生物を作製することを可能にする方法及び装置と，対応する
複製又は派生物とこの種の複製又は派生物のための応用を提供することで
ある。適切な増幅手段（例えばＰＣＲ）や表面との結合アダプタ又は結合
特性のマッチングなどの適切な複製方法は，当業者にとって明らかである。
（【００３３】，【００４６】）
ウ本願発明によれば，空間的に制限された有効領域が，複製されるアレイ
のサンプルごとに作られる。有効領域の空間的作製は，固体構造物，粘性
の異なる液体間の界面，多孔材，分子構造，電場又は磁場などの物理場な
ど，さまざまな方法で実行される。（【００７３】～【００７６】）
エ図１ａ～１ｄ及び図６ａ～６ｄ等に示された実施形態においては，ＤＮ
Ａの増幅及びキャリアへの転写が，基本的に「同時に」実行される。（【０
０６０】～【００６５】，【００７７】～【００８２】）
２引用発明について
(1)引用例１には，概ね，以下の記載がある。
ア請求項
(ア)ＤＮＡチップを作製する装置において，母体となる基板上にあらかじ
め用意された複数のＤＮＡをＰＣＲ法により増幅する手段と，この増幅
されたＤＮＡを各セルの相互位置を保持したまま直接接触により他の基
板へ転写する手段を備えたことを特徴とするＤＮＡチップ作製装置。（【請
求項１】）
(イ)前記ＰＣＲ法により増幅する手段は，前記母体となる基板の第１次コ
ピーである転写基板上で，または前記母体となる基板と転写基板の結合
状態においてＰＣＲを行うようにしたことを特徴とする請求項１記載の
ＤＮＡチップ作製装置。（【請求項２】）
(ウ)前記母体となる基板または母体となる基板よりＤＮＡが転写された他
の基板は，各セルが多孔質基材で形成されたことを特徴とする請求項１
記載のＤＮＡチップ作製装置。（【請求項３】）
(エ)前記ＰＣＲの実行時にのみ各セル間にセル分離用の隔壁を設けておく
ことを特徴とする請求項１記載のＤＮＡチップ作製装置。（【請求項５】）
イ従来の技術
ＤＮＡチップは一般的に１～１０ｃｍ2
の大きさで，この領域に数千～数
十万種のＤＮＡを整列したものである。ＤＮＡチップの作製方式としては，
ポリメラーゼの連鎖反応（ＰＣＲ）などにより調製したｃＤＮＡ断片をア
レイヤーのピンを利用してスライドガラスやシリコン等の基板に付着させ
る方法と，半導体技術を応用してガラス基板上で同時に多数のＤＮＡを合
成する方式がよく知られている。（【０００２】）
ウ発明が解決しようとする課題
しかしながら，ピンによる付着方式では製作に時間がかかり，また，半
導体技術を応用した方式では大規模な工場が必要であるという課題があっ
た。（【０００３】）
本発明の目的は，上記の課題を解決するもので，短時間で簡単にＤＮＡ
チップを量産することができるＤＮＡチップ作製装置を実現することにあ
る。（【０００４】）
エ課題を解決するための手段
このような目的を達成するために，請求項１の発明では，ＤＮＡチップ
を作製する装置において，母体となる基板上にあらかじめ用意された複数
のＤＮＡをＰＣＲ法により増幅する手段と，この増幅されたＤＮＡを各セ
ルの相互位置を保持したまま直接接触により他の基板へ転写する手段を備
えたことを特徴とする。（【０００５】）
このように転写方式により簡単・短時間にＤＮＡチップを大量に作製す
ることができる。転写により母体となる基板側のＤＮＡが減ったときは基
板を交換することなくＰＣＲ法により容易に増幅することができる。（【０
００６】）
この場合，請求項２のように，ＰＣＲ法による増幅は，前記母体となる
基板の第１次コピーである転写基板上で，または前記母体となる基板と転
写基板の結合情態（判決注：原文のまま）において行うようにすることが
できる。（【０００７】）
また，請求項５のように，前記ＰＣＲの実行時にのみ各セル間にセル分
離用の隔壁を設けておくこともできる。これにより隣接ＤＮＡの分離が完
璧になる。（【００１０】）
オ発明の実施の形態
(ア)本発明では次のような原理に基づいてＤＮＡチップを量産する。図１
の（ａ）に示すように母体となるＤＮＡチップ１上でＰＣＲによりＤＮ
Ａを増幅し，各セルの相互位置を保持したまま同図（ｂ）に示すように
これを別の基板２に直接接触させて転写する。（【００１２】）
次に基板２をマザーとして同様にＤＮＡ増幅・転写を行う。これを繰
り返し行い，同図（ｃ）のように，ねずみ算的に大量の複製を作製する。
あるいは，１つのマザー基板（ＤＮＡチップ１）からＤＮＡ増幅・転写
を行い，大量の複製を作製することもできる。なお，ＰＣＲは母体とな
る基板と転写基板を結合した状態で行うようにしてもよい。（【００１
３】）
マザー基板１上のセルは，転写される基板（コピー基板という）２と
同じ大きさではなく大容量とし，図２に示すように，多孔質状のセル（た
とえばスポンジ）３を複数個整列し，そこにＤＮＡを含ませる。コピー
基板を押し付ける力を制御して一度の転写で写す量を制御できるように
する。なお，転写により減少したマザー基板側のＤＮＡはＰＣＲにより
増幅して補うようにする。（【００１４】）
マザー基板でＰＣＲを行う際，図５に示すようにセル（ＤＮＡスポッ
ト）の間にセル分離用隔壁４を形成してもよい。この隔壁は，機械的な
除去，または光やガスなどを用いて化学的に除去することができる物質
で形成し，ＰＣＲ後は除去するのが望ましい。（【００１７】）
台１１上の所定位置にＤＮＡチップのマザー基板１を載置し，駆動機
構部１４を作動させて，保持部１３に保持されたコピー基板２をマザー
基板１に押し付けて密着させる。駆動機構部１４はこの押し付け圧を制
御することができる。（【００２０】）
コピー基板２への転写後は駆動機構部１４を作動させて保持部１３を
上方に移動させ，コピー基板２をマザー基板１から離し，取り外す。マ
ザー基板１はそのまま残しておく。複数回の転写により減少したマザー
基板側のＤＮＡは，恒温槽１０の温度を上げ下げしてＰＣＲ反応により
増幅して補う。増幅後は所定の温度に下げておく。（【００２１】）
このような動作を繰り返すことによりＤＮＡチップを容易に量産する
ことができる。（【００２２】）
(イ)図１
（ウ）図２
（エ）図５
３取消事由１（相違点１の容易想到性についての判断の誤り）について
(1)審決における本願発明１’と引用発明との一致点及び相違点の認定につい
ては，当事者間に争いがない。
(2)本願発明におけるＤＮＡの増幅工程とキャリアへの結合工程とが「同時に」
行われることの技術的意義について
ア原告は，相違点１の容易想到性についての判断の前提として，本願発明
１においては，増幅されたＤＮＡをキャリアに結合する工程とＤＮＡを増
幅する工程とを同時に行うのに対し，引用発明においては，最初にＤＮＡ
を増幅する工程，次にその複製されたＤＮＡをキャリア（転写基板）に転
写（結合）する工程，と２つの工程を連続して行っており，この点で大き
く異なると主張する。
イところで，原告は，本願発明１において，本願明細書記載の図１ａ～１
ｄ及びその説明箇所である段落【００６０】～【００６５】に示されてい
る態様も，増幅されたＤＮＡをキャリアに結合する工程とＤＮＡの増幅と
が同時に行われる実施形態であると主張する。この態様は，本願明細書の
当該段落に記載されているとおり，①ＤＮＡ鎖１６を有する粒子１４が
配置された，一次アレイ（シークエンサチップ１０）のキャビティ１２（す
なわち，空間的に制限された増幅薬領域２４）内で，ＰＣＲ反応によって
ＤＮＡの複製１８が生成される，②加熱によって解放されたＤＮＡの複
製１８がキャリア２０上の結合アダプタ２２に加わる，③ＤＮＡ複製１
８を有するキャリア２０は取り除かれ，解析用のバイオチップとして使用
されるというものである。
この原告の主張を前提とすると，本願発明及び本願明細書においては，
少なくとも，ＰＣＲ反応によるＤＮＡ複製物１８の生成と，それに続くキ
ャリア２０への結合が並行して一つの工程（ＤＮＡの増幅開始からキャリ
アへの結合までの一連の工程）として行われる態様を，「同時に」という
用語で表現していると解される。
ウこれに対し，被告は，本願発明における「前記複製を前記キャリアに結
合する工程は，前記増幅と同時に実行されること」とは，ＤＮＡの増幅工
程及びキャリアへの結合工程の２つの工程が同時に進行することを意味す
ると理解すべきであるとした上で，引用例１の請求項２に記載されている，
母体となる基板と転写基板とが結合した状態でＰＣＲによる増幅を行う態
様は，ＤＮＡの増幅工程及びキャリアへの結合工程の２つの工程が「同時
に」実行されるものであると主張する。
エそうすると，本願発明及び本願明細書において，ＤＮＡの増幅反応とキ
ャリアへの結合が「同時に」行われるとは，両工程が並行して一つの工程
として実行されていることと解すべきであることについて，実質的に当事
者間に争いがないし，その解釈は，本願明細書の記載に照らしても合理的
というべきである。
(3)引用発明における増幅されたＤＮＡを基板へ結合させる機序について
ア本願発明１’は，キャリアに供給した「結合特性」（例えば，静電気／
力又は磁気特性。本願明細書段落【００４６】）によって増幅されたＤＮ
Ａをキャリアに結合する態様を抽出している。
この点に関連して，原告は，引用例１には，ＤＮＡの増幅と同時に，増
幅されたＤＮＡをどのようにキャリアへ結合させるのかについて具体的な
記載がないと主張する。
イそこで，引用例１における，増幅されたＤＮＡをキャリアへ結合させる
機序について検討する。
(ア)原告が主張するとおり，引用例１には，増幅されたＤＮＡをキャリア
へ結合させることに関し，「直接接触により他の基板へ転写する」（【請
求項１】）との記載があるものの，その具体的な機序については何ら記
載がない。
しかし，特開２００２－１２２６１０号公報（乙１）には，従来技術
として，ＰＣＲ産物などのＤＮＡ断片試料を，ポリ陽イオン（ポリリシ
ン，ポリエチレンイミン等）で表面処理した固相担体表面に点着し，Ｄ
ＮＡ断片試料の荷電を利用して固相担体に静電結合させて固定するとの
技術的事項（段落【０００５】）が記載されている。また，特開２００
４－１９８４０６号公報（段落【０００５】。乙２），特開２００５－
７７３３６号公報（【０００７】。乙３）にも同様の技術的事項が記載
されている。これらの記載内容に照らせば，本願の優先日当時，ＰＣＲ
反応によって増幅したＤＮＡを，基板等の担体に固定させてＤＮＡマイ
クロアレイを作成する技術として，ＤＮＡ断片の荷電を利用し，正の電
荷を有するように表面処理した固相担体表面に静電結合させることは，
周知の技術であったと認められる。そして，ＰＣＲ増幅液とキャリアと
が接触した状態で，増幅されたＤＮＡをキャリアに結合する引用発明に
おいても，その結合を静電作用によって実現できることは，本願の優先
日当時における技術常識であるといえる。
(イ)原告の主張について
原告は，静電表面処理がされたキャリアと接触した状態でＰＣＲ反応
を行うと，反応混合物中のプライマー及び標的核酸がキャリアに結合し
てしまい，ＰＣＲ反応に必要なプライマー等の枯渇により，ＤＮＡの複
製が産生されなくなるとか，プライマーがキャリア表面，すなわち正電
荷を帯びた表面を覆ってしまい，増幅されたＤＮＡはキャリアに結合で
きなくなるから，静電表面の存在下でＰＣＲ反応が阻害されることは技
術常識であると主張する。
しかし，原告が主張するように，プライマーが優先的にキャリアに静
電結合し，当該キャリアの表面を覆う現象が生じるとしても，増幅され
たＤＮＡがキャリアへ結合することが完全に妨げられてしまうほどに，
プライマーによる被覆が生じるとか，反応混合物中のプライマーが枯渇
してしまうと認めるに足りる具体的な証拠はない。そうすると，プライ
マーが優先的にキャリアに静電結合してその表面を覆ったり，未精製の
ＰＣＲ混合物がそのままキャリアに結合する，反応混合物中のプライマ
ーが減少するなどの結果，キャリアに結合するＤＮＡの量が少なくなっ
たとしても，具体的用途，解析対象等によってはＤＮＡマイクロアレイ
として利用可能な程度のＤＮＡ結合量が得られることは否定できないと
いうべきである。
かえって，特開２００５－１９５４６５号公報（乙５）には，プライ
マーを基板上に静電的に固定化し，増幅対象ＤＮＡの相補的なＤＮＡを
伸長するという構成が開示されている（【請求項１】及び【請求項１２】）
ことからすると，当業者において，静電表面の存在が，直ちにＰＣＲ反
応を阻害する要因になると理解されていたということはできない。
(ウ)以上によれば，当業者は，引用例１における母体となる基板と転写基
板とが結合した状態でＰＣＲ法による増幅が行われる態様において，増
幅されたＤＮＡを転写基板へ結合させる機序に関し，本願の優先日当時
における技術常識であった，ＤＮＡ断片の荷電を利用した静電結合によ
りこれを実現できると理解すると認められる。
(4）検討
ア上記(2)のとおり，相違点１において，増幅されたＤＮＡをキャリアに結
合する工程が増幅と「同時に」実行されるとは，両者が並行して一つの工
程として行われていることと解される。そして，引用発明において，引用
例１の請求項２記載の「母体となる基板と転写基板の結合状態においてＰ
ＣＲを行う」ことによってＤＮＡチップを作成する態様を採用した場合に
は，一つの工程としてＤＮＡの増幅と転写基板への結合が並行して行われ
るものと認められるから，これはＤＮＡの増幅工程と結合工程とが「同時
に」実行されるものというべきである。
また，引用例１には，増幅されたＤＮＡを基板に結合させる具体的な機
序については記載がないものの，上記(3)において検討したとおり，引用例
１に接した当業者であれば，引用発明において，増幅されたＤＮＡの転写
基板への結合が，例えば，静電的に実現され得ることは，出願時の技術常
識から明らかであると認められる。
イそうすると，引用発明において，母体となる基板と転写基板の結合状態
においてＰＣＲを行うことにより，増幅されたＤＮＡをキャリアに結合す
る工程が増幅と「同時に」実行される態様とすることは，当業者が容易に
想到できるというべきである。また，上記(3)アに説示したとおり，本願発
明１’における増幅されたＤＮＡとキャリアとの結合は，共有結合による
ものではないから，増幅されたＤＮＡなどの複製物と基板との結合におい
て，引用例１からは予測できない優れた効果があるということもできない。
ウしたがって，審決の相違点１についての判断に誤りがあるとはいえない
から，原告主張の取消事由１は理由がない。
４取消事由２（相違点２の容易想到性についての判断の誤り）について
(1)原告は，相違点２に関し，引用例１には，空間的に制限された有効領域に
ついて開示も示唆もされていないし，また，引用例１における「セル」は，
スポンジのような多孔質基材で形成されており，セル分離用の隔壁は，セル
相互の間に位置するセルから独立した構造であって，ＰＣＲ実行時にのみ設
けられる消耗品であるから（請求項５，段落【００１７】），本願発明にお
ける空間的に制限された有効領域とは異なるものであると主張する。
(2)上記１(1)ウ(イ)において認定したとおり，本願明細書の段落【００５６】，
【００７３】～【００７６】には，「空間的に制限された有効領域」に関し，
種々の機構が記載されているところ，本願発明１’は，そのうち空間的に制
限された有効領域が固体構造物によって形成された態様である「空間的に塞
がれたキャビティ」が形成された構成を選択したものである。
ここで，引用発明は，「各セル間にセル分離用の隔壁を設け，当該基板（判
決注：母体となる基板）上であらかじめ用意された複数のＤＮＡをＰＣＲ法
により増幅」し，「増幅されたＤＮＡを各セルの相互位置を保持したまま直
接接触により他の基板へ転写する」ものである。このセル分離用の隔壁は，
各セルに含まれるＤＮＡが混ざり合わないようにするためのものであること
は明らかであるところ，これらの記載に接した当業者であれば，引用例１の
請求項２記載の「母体となる基板と転写基板の結合状態においてＰＣＲを行
う」態様においては，母体となる基板，セル分離用の隔壁，及びキャリア（転
写基板）の三者で囲まれた閉鎖空間，すなわち，「他のサンプルと分離する
機能を有する」「有効領域」が形成されることを理解できる。
そして，母体となる基板，セル分離用の隔壁，及びキャリアの三者で囲ま
れた上記閉鎖空間はまさに「空間的に塞がれたキャビティ」と同等の機能を
有するものであるから，引用発明において，「結合特性を供給されたキャリ
アの表面と接し，空間的に塞がれたキャビティによって形成される」「有効
領域」を設けることによって本願発明１’とすることは当業者が容易に想到
できるものである。また，引用例１において上記閉鎖空間を形成することに
よって，各セルに含まれる複数のＤＮＡが互いに混ざり合うことなく複製さ
れるとの効果についても当業者が容易に予測できる。
したがって，審決における相違点２についての判断に誤りはなく，原告の
取消事由２についての主張は理由がない。
(3)原告の主張について
ア原告は，引用例１の請求項５及び段落【００１７】の記載によれば，セ
ル分離用の隔壁はＰＣＲの実行時のみに設けられる消耗品であり，本願発
明の空間的に制限された有効領域とは全く異なると主張する。
しかし，引用発明においては，少なくともＰＣＲ実行時に設けられるセ
ル分離用の隔壁によって，本願発明１’に係る「空間的に制限された有効
領域」が形成されることは上記のとおりであり，この点において本願発明
１’に係る構造と相違するものとはいえない。
イまた，原告は，本願発明１’において，キャリアに結合特性が供給され
ているのは，アレイの有効領域が接する表面部分に限定されているところ，
この特徴は引用例１から導き出せないと主張する。
しかし，本願発明１’におけるキャリア表面に供給される結合特性につ
いては，「前記有効領域は，空間的に制限された増幅薬領域を含むもので
あり，結合特性を供給されたキャリアの表面と接し，空間的に塞がれたキ
ャビティによって形成される」と特定されているにとどまり，「有効領域
が接する表面部分のみに結合特性が付与されている」との構成を読み取る
ことはできない。
なお，本願発明１’においては，「前記キャリア上の前記サンプルの前
記複製の空間配置が，前記アレイの前記サンプルの前記空間配置に対応す
るように，前記結合特性によって，前記キャリアと，前記サンプルの前記
複製を結合する」との特定がされているものの，これは，単に，有効領域
の空間配置に対応してキャリア表面に複製が結合することを特定している
にすぎないと解するのが相当であるから，有効領域に接するキャリア表面
部分にのみ結合特性が供給されていることの根拠になるものとはいえない。
ウしたがって，この点についての原告の主張は，いずれも採用することは
できない。
５結論
以上によれば，原告が主張する取消事由はいずれも理由がなく，審決に取り
消すべき違法はない。
よって，原告の請求を棄却することとし，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第３部
裁判長裁判官
鶴岡稔彦
裁判官
杉浦正樹
裁判官
間明宏充

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