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主文
１麹町税務署長が原告に対して平成２１年４月２８日付けでした原告の同１６
年４月１日から同１７年３月３１日までの事業年度に係る法人税額等の更正処
分のうち，所得金額５９７億０５６２万９５６０円及び納付すべき税額マイナ
ス７５億１３８９万７６６１円を超える部分を取り消す。
２麹町税務署長が原告に対して平成１８年５月３１日付けでした過少申告加算
税賦課決定処分のうち１億６３７７万円を超える部分を取り消す。
３原告のその余の請求をいずれも棄却する。
４訴訟費用は，これを１００分し，その１を被告の負担とし，その余を原告の
負担とする。
事実及び理由
第１請求
１麹町税務署長が原告に対して平成２１年４月２８日付けでした原告の同１６
年４月１日から同１７年３月３１日までの事業年度に係る法人税額等の更正処
分のうち，所得金額４７６億４３７０万３３２０円を超える部分及び還付され
るべき税額１１１億５６２７万４０６６円を下回る部分を取り消す。
２麹町税務署長が原告に対して平成１８年５月３１日付けでした過少申告加算
税賦課決定処分のうち８８万５０００円を超える部分を取り消す。
第２事案の概要
本件は，総合商社であり，Ｐ１株式会社（以下「Ｐ１」という。）が製造する
自動車の完成品や組立部品の輸出及び海外での販売事業等を行っている原告が，
タイ王国（以下「タイ」という。）において上記販売事業を行う関連会社である
タイ法人２社が発行した株式を額面価額で引き受け，これらを基に平成１６年４
月１日から同１７年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」とい
う。）の法人税の確定申告をしたのに対し，麹町税務署長が，上記各株式が法人
税法施行令（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。以下同じ。）１１
９条１項３号所定の有利発行の有価証券に当たり，その引受価額と時価との差額
相当分の利益が生じていたなどとして，法人税の更正処分及び過少申告加算税の
賦課決定処分をし，さらに，上記更正処分における所得金額及び納付すべき税額
を増額する再更正処分をしたことから，原告が，上記過少申告加算税賦課決定処
分及び上記再更正処分の各一部の取消しを求めている事案である。
１関係法令の定め
(1)法人税法２２条
ア１項
内国法人の各事業年度の所得の金額は，当該事業年度の益金の額から当
該事業年度の損金の額を控除した金額とする。
イ２項
内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に
算入すべき金額は，別段の定めがあるものを除き，資産の販売，有償又は
無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償による資産の譲受けその他の
取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。
ウ３項（略）
エ４項
第２項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は，
一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従つて計算されるものとす
る。
オ５項（略）
(2)法人税法６１条の２（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下
同じ）
ア１項から９項まで（略）
イ１０項
有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の基礎となる取得価額の算出
の方法，有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の種類，その算
出の方法の選定の手続その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は，政
令で定める。
(3)法人税法１３０条
ア１項
税務署長は，内国法人の提出した青色申告書又は連結確定申告書等（連
結中間申告書，連結確定申告書又はこれらの申告書に係る修正申告書をい
う。以下この条において同じ。）に係る法人税の課税標準又は欠損金額若
しくは連結欠損金額の更正をする場合には，その内国法人の帳簿書類（当
該連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は連結欠損金額の更正をす
る場合にあつては，連結子法人の帳簿書類を含む。）を調査し，その調査
により当該青色申告書又は連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は
欠損金額若しくは連結欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限
り，これをすることができる。ただし，当該青色申告書又は連結確定申告
書等及びこれらに添付された書類に記載された事項によつて，当該課税標
準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の計算がこの法律の規定に従つてい
ないことその他その計算に誤りがあることが明らかである場合は，その帳
簿書類を調査しないでその更正をすることを妨げない。
イ２項
税務署長は，内国法人の提出した青色申告書又は連結確定申告書等に係
る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の更正をする場合
には，その更正に係る国税通則法第２８条第２項（更正通知書の記載事
項）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない。
(4)法人税法施行令１１９条１項
内国法人が有価証券の取得をした場合には，その取得価額は，次の各号に
掲げる有価証券の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
１号（略）
２号金銭の払込みにより取得をした有価証券（次号に掲げる有価証券に該
当するものを除く。）その払い込んだ金額（その金銭の払込みによる
取得のために要した費用がある場合には，その費用の額を加算した金
額）
３号有利な発行価額で新株その他これに準ずるものが発行された場合にお
ける当該発行に係る払込みにより取得をした有価証券（株主等として取
得をしたものを除く。）その有価証券の当該払込みに係る期日におけ
る価額
４号から８号まで（略）
２前提事実
本件の前提となる事実は，次のとおりである。なお，証拠若しくは弁論の全
趣旨により容易に認めることのできる事実又は当裁判所に顕著な事実は，その
旨付記しており，それ以外の事実は，当事者間に争いがない。
(1)当事者等について
ア原告は，貿易取引や事業投資等の多岐にわたるビジネスを行う総合商社
である。原告の社内には７つの営業グループが存在するところ，そのうち
機械グループにおけるＰ１８事業本部においては，Ｐ１製の完成品及び組
立部品の輸出のほか，投資事業先を通じ，海外における自動車の製造及び
販売等の事業を行っており，その中には，タイにおいて自動車の製造及び
販売等を行うことを目的とする事業（以下「本件事業」という。）がある。
（甲１，８，弁論の全趣旨）
イ原告が，本件事業を行うための投資事業先の法人としては，いずれもタ
イを本店所在地とする外国法人であるＰ２COMPANYLIMITED（以下「Ｐ２
社」という。），Ｐ３COMPANYLIMITED（以下「Ｐ３社」という。）及び
Ｐ４COMPANYLIMITED（以下「Ｐ４社」という。）（以下併せて「本件各
社」という。）があり，いずれも平成１９年１２月当時，原告の連結決算
上の連結子会社であった。また，本件各社の持株会社として，同１０年１
０月にタイを本店所在地とする外国法人であるＰ５COMPANYLIMITED（以
下「Ｐ５社」といい，本件各社と併せて「本件各子会社」という。）が原
告の１００％子会社として設立されたが，同１７年３月９日に清算事務を
結了した。（甲２から６まで，８，弁論の全趣旨）
(2)新株発行に至る経緯について
アＰ２社は，平成９年７月のタイバーツ（以下「バーツ」という。）の下
落の影響を受けて売上げが低迷し，同年９月期及び同１０年９月期には多
額の損失を計上した。原告は，Ｐ２社への緊急支援を実施するため，同年
１０月にＰ５社を設立し，同社を通じてＰ２社に対し，低金利の融資を実
施した。しかし，Ｐ２社は，同１１年９月末時点で債務超過となることが
予想されたため，原告は，上記融資を出資に切り替える旨の決定をし，同
年１２月ころ，これを実行した。なお，その際，原告の１００％子会社で
あるＰ５社がＰ２社に対して直接増資をすると，Ｐ２社についてタイ人及
びタイ法人以外の企業が発行済株式数の５０％以上を保有している状態
（外資ステータス）が生じ，タイの外国人事業法による規制を受けるよう
になることから，これを避けるため，そのころ新設されたＰ３社及び既存
のＰ４社を経由してＰ２社に対する増資を実施した。
その後，Ｐ２社の業績が回復したことから，原告は，平成１４年１２月
から同１５年１０月初めまでにかけて，同社の登録資本金の一部を有償で
減資するなどして，出資形態を一部変更した。その結果，同月７日時点で
の原告及び本件各子会社の資本関係は別紙１（資本関係図）記載１のとお
りとなった。（甲８，１０から１２，弁論の全趣旨）
イ(ｱ)原告は，平成１５年１０月７日に開催された原告の社長室会（以下
「本件社長室会」という。）において，Ｐ２社の出資形態の変更を行う
ことを内容とする決定（以下「本件決定」という。）をした。本件決定
の具体的な内容は次のとおりである。（甲８，１３，１４，弁論の全趣
旨）
ａＰ２社への緊急支援のために設立したＰ５社を清算して６０億バー
ツを償還し，原告から本件各社に対し，合計２７億９９００万バーツ
の出資をする。（これにより，Ｐ２社減資金相当額の３２億１００万
バーツを原告に環流させる。）
ｂ株式の増減資については，すべて額面価額である１株１０００バー
ツで行う。
ｃＰ２社について，タイ人及びタイ法人が発行済株式数の５０％超を
保有している状態（内資ステータス）を維持するために，Ｐ３社とＰ
４社との間の株式持合の維持を継続する。ただし，受取配当課税を少
なくするため，Ｐ４社が保有するＰ３社株式を優先株式化する。
(ｲ)本件決定においては，別紙２（増減資等スケジュール）記載１のとお
り，本件各子会社の増減資等に係る手順（以下「当初スケジュール」と
いう。）が決められた。
なお，本件決定時の為替レートはＰ５社への出資時よりもバーツ比で
円高になっていたことから，Ｐ５社の清算によって６０億バーツを償還
したとしても，円ベースの出資金の回収は困難になっていた。そのため，
当初スケジュールにおいては，上記の不足分である約３６億円を回収す
るために，平成１６年３月末及び同１７年３月末に，それぞれＰ２社の
剰余金を原告に配当することが予定されていた。（甲１３，１４，弁論
の全趣旨）
ウ本件決定に従い，Ｐ５社は平成１５年１０月１７日開催の株主総会にお
いて，Ｐ２社は同月２１日開催の株主総会において，また，Ｐ３社は同日
開催の株主総会において，それぞれ減資を行う旨の決議をした。
しかし，上記各決議に基づいて減資を実行する前に，タイの課税当局に
よる「減資資金を受け取る際，減資による入金額と減資を行う法人の剰余
金に対する持分のどちらか低い方に３０％のキャピタルゲイン税を課税す
る。」とのルーリングがあることが判明した。そこで，原告は，平成１６
年４月２２日，ポートフォリオ・マネージメント委員会において，当初ス
ケジュールについて，①本件各子会社が減資に先立ち剰余金を払い出す手
順を加え，②本件各子会社に対する増減資の順序を入れ替える内容の変更
を加えることを決定した。この変更後の増減資等に係る手順（以下「修正
後スケジュール」という。）は，別紙２（増減資等スケジュール）記載２
のとおりである。なお，修正後スケジュールにおいては，同年３月末及び
同１７年３月末のＰ２社の剰余金配当は予定されておらず，同１６年９月
末の同社の剰余金配当が予定されていた。（甲１５から１９まで，弁論の
全趣旨）
(3)増減資及び清算の実行について
ア原告及び本件各子会社においては，修正後スケジュールに沿って，次の
①から⑤までのとおり（各増減資の金額等は修正後スケジュールのとお
り），本件各子会社の増資及び減資並びに清算が実施された。次の①から
④までの各増減資後における原告及び本件各子会社の資本関係は，別紙１
（資本関係図）記載２から６までのとおりである。
①平成１６年４月２８日付けでＰ３社，Ｐ４及びＰ５社の減資
②平成１６年４月３０日付けでＰ３社及びＰ４社の増資
③平成１６年９月１３日付けでＰ３社及びＰ４社の減資
④平成１６年１２月１６日付けでＰ２社の減資，同月２０日付けでＰ２
社の増資
⑤平成１７年３月９日付けでＰ５社の清算
イ前記ア②の増資については，平成１６年３月２６日にＰ３社の同年第１
回臨時株主総会が開かれ，Ｐ３社の普通株式９４万５０００株（以下「本
件Ｐ３社株」という。）が額面価額１０００バーツで発行されることが可
決され，また，同日にＰ４社の同年第１回臨時株主総会が開かれ，Ｐ４社
の普通株式４８万２０００株（以下「本件Ｐ４社株」という。）が額面価
額１０００バーツで発行されることが可決され，いずれの株式についても，
同年４月３０日に原告が額面価額で引き受けることにより，増資が実施さ
れた。
また，前記ア④の増資については，同年１１月２２日にＰ２社の同年第
５回臨時株主総会が開かれ，Ｐ２社の普通株式１３７万２０００株（以下
「本件Ｐ２社株」といい，本件Ｐ３社株及び本件Ｐ４社株と併せて「本件
各株式」という。）が額面価額１０００バーツで発行されることが可決さ
れ，同年１２月２０日に原告が額面価額で引き受けることにより，増資が
実施された。（甲２６，２８，２９，３０，３７，３８，弁論の全趣旨）
(4)原告は，麹町税務署長に対し，本件事業年度の法人税について，法人税法
７５条の２第１項の規定により延長された提出期限内である平成１７年６月
３０日に，別紙３「確定申告」欄のとおり記載した青色の確定申告書（以下
「本件確定申告書」という。）を提出した。（甲８，弁論の全趣旨）
(5)原告の本件事業年度の法人税に係る平成１８年５月３１日付け更正処分及
び過少申告加算税賦課決定処分（以下，上記更正処分を「本件更正処分」，
上記過少申告加算税賦課決定処分を「本件賦課決定処分」という。）並びに
上記各処分に対する不服申立ての経緯は，別紙４（本件各処分等の経緯）の
とおりである。（甲７，８，弁論の全趣旨）
(6)原告は，平成１９年１２月１４日，本件訴えを提起した。（当裁判所に顕
著な事実）
(7)麹町税務署長は，別紙４（本件各処分等の経緯）のとおり，平成２１年４
月２８日付けで，本件更正処分における所得金額及び納付すべき税額を増額
する更正処分（以下「本件再更正処分」といい，本件賦課決定処分と併せて
「本件各処分」という。）並びに重加算税賦課決定処分をした。（甲１０
３）
３被告が主張する原告の税額等
被告が本件訴訟において主張する原告の所得金額及び納付すべき税額等は，
以下の(1)から(6)までとおりである（別紙５「被告主張額」参照）。
本件における争点は，本件各株式の取得に関して利益が生じており，当該利
益を本件確定申告において所得金額に計上すべきであったか否かであり（後記
(1)イ(ｱ)），この点に関連する部分を除き，原告は，その余の被告主張の課税
の根拠及び計算関係を争っていない。
(1)所得金額６２７億５２０６万２３６０円
上記金額は，次のアの金額にイの金額を加算し，ウの金額を控除した金額
である。
ア確定申告における所得金額４７１億８８１８万９１１３円
上記金額は，本件確定申告書に記載された所得金額である。
イ所得金額に加算すべき金額１５７億４３７２万４７１１円
上記金額は，次の(ｱ)から(ｹ)までの金額の合計額である。
(ｱ)有価証券の取得に係る利益の計上漏れ金額
１５１億０８３５万９０４０円
上記金額は，本件各株式の取得に係る利益の計上漏れ金額である。
(ｲ)仕入過大計上額４億６６１１万３０７８円
上記金額は，原告がＰ６株式会社から仕入れたエチレングリコールの
一部の仕入価額が仮価額で算定され，確定価額に比し過大に損金の額に
算入されていたため，仮価額で算定された仕入価額から確定価額で算定
した仕入価額を差し引いて求めた金額である。
(ｳ)事業税の損金算入過大額２１６０万５４００円
上記金額は，麹町税務署長が原告に対して平成１７年６月１４日付け
で行った法人税の更正処分において既に損金の額に算入されている事業
税であり，本件事業年度における損金の額に算入されるべきではないも
のである。
(ｴ)営業費のうち損金の額に算入されない額８７１万６５１９円
上記金額は，Ｐ７株式会社に対する業務委託費に係る消費税及び地方
消費税（以下「消費税等」という。）に相当する合計額であるところ，
原告は消費税等の経理処理について税抜経理方式を選択していることか
ら，当該金額は損金の額に算入されない。
(ｵ)減価償却費のうち損金の額に算入されない額６５万３６８１円
上記金額は，ソフトウエアに係る減価償却費の計算において，その取
得価額に消費税等相当額として含まれ，損金の額に算入されているもの
であるところ，原告は，消費税等の経理処理について税抜経理方式を選
択しているから，当該取得価額のうち，消費税等相当額は損金の額に算
入されない。
(ｶ)為替差益計上漏れ額４２万３２７２円
上記金額は，前記(ｲ)の仕入価額が過大に計上されていたこと，及び
後記ウ(ｱ)の売上金額が過大に計上されていたことに伴って，外貨建債
権債務の金額が増減することにより生ずる為替差益３１５万０２５４円
と為替差損２７２万６９８２円の差額であり，益金の額に算入すべき金
額である。
(ｷ)一括評価金銭債権に係る貸倒引当金の繰入限度超過額
６２万２０７１円
上記金額は，一括評価金銭債権に係る貸倒引当金の当期繰入限度額に
ついて，前記(ｶ)の為替差損により減少する売掛金及び後記ウ(ｱ)の売上
金額が過大に計上されていたことにより減少する売掛金を含めた上で再
計算したことにより増加した一括評価金銭債権に係る貸倒引当金の繰入
限度超過額である。
(ｸ)国外関連者に対する寄附金の損金不算入額
１億３７２２万８４４６円
上記金額は，原告が豚肉の輸入の対価として国外関連者であるＰ８に
対し支払った金額のうち，原告が当該国外関連者に取引金額を水増しし
たインボイスを作成させ，真実の仕入金額であるかのように仮装して損
金の額に算入した金額であり，当該水増し金額は法人税法３７条７項に
規定する寄附金の額に該当し，租税特別措置法６６条の４第３項の規定
により損金の額に算入されないものである。
(ｹ)雑益計上漏れ３２０４円
上記金額は，原告の平成１６年４月１日から同１７年３月３１日まで
の各課税期間に係る消費税等の更正処分に伴い生じた還付消費税額等２
２０万４３０４円と法人経理上の還付消費税額等２２０万１１００円と
の差額であり，益金の額に算入すべきものである。
ウ所得金額から減算すべき金額１億７９８５万１４６４円
上記金額は，次の(ｱ)から(ｳ)までの金額の合計額である。
(ｱ)売上過大計上額１億２５３２万５８２９円
上記金額は，エチレングリコールの一部の売上金額が仮価額で算定さ
れ，適正価額に比し過大に計上されていたため，仮価額で算定された売
上金額から適正価額で算定した売上価額を差し引いて求めた金額である。
(ｲ)事業税の損金算入認容額５２０８万９１００円
上記金額は，次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ本件更正処分に伴い増加した事業税の額３０万５９００円
上記金額は，本件更正処分に伴い増加した事業税の額であり，損金
の額に算入されるものである。
ｂ本件再更正処分に伴い増加した事業税の額５１７８万３２００円
上記金額は，本件再更正処分に伴い増加した事業税の額であり，損
金の額に算入されるものである。
(ｳ)控除対象外国法人税額の益金算入過大額２４３万６５３５円
上記金額は，外国子会社の外国法人税額の計算における年分誤りによ
り益金の額に過大に算入された控除対象外国法人税額の額である。
(2)課税所得金額に対する法人税額１８８億２５６１万８６００円
上記金額は，前記(1)の課税所得金額（国税通則法１１８条１項の規定に
基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に法人税法６６条１
項（平成１８年法律第１０号改正前のもの（経済社会の変化等に対応して早
急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項の規
定を適用した後のもの。）。以下同じ。）に規定する税率を乗じて計算した
金額である。
(3)法人税額の特別控除額３億８８２０万２２５０円
上記金額は，法人税額から控除される特別控除額（試験研究費の総額等に
係る法人税額の特別控除額及び情報通信機器等を取得した場合等の法人税額
の特別控除額）の金額であり，本件確定申告書に記載された金額と同額であ
る。
(4)法人税額から控除される所得税額等２５８億７３９０万１３５１円
上記金額は，次のア及びイの金額の合計額である。
ア法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税額等の金額
９３億０３２９万７８６６円
上記金額は，本件確定申告書に記載された金額と同額である。
イ法人税法６９条に規定する法人税額から控除される外国税額の再計算後
の金額１６５億７０６０万３４８５円
上記金額は，原告の本件事業年度の課税所得金額及び課税所得金額に対
する法人税額が増加したことに伴って再計算した法人税額から控除される
外国法人税の額である。
(5)納付すべき税額等△９６億１９４４万２９０１円
上記金額は，次のア及びイの金額の合計額である。
ア納付すべき税額（法人税額から控除される所得税額等の金額のうち控除
しきれなかった額）△７４億３６４８万５００１円
上記金額は，前記(2)の課税所得金額に対する法人税額１８８億２５６
１万８６００円から前記(3)の法人税額の特別控除額３億８８２０万２２
５０円を控除し，さらに，前記(4)の法人税額から控除される所得税額等
の額２５８億７３９０万１３５１円を控除した結果，控除しきれなかった
金額である。
イ中間申告分の法人税額△２１億８２９５万７９００円
上記金額は，本件確定申告書に記載された金額である。
(6)本件再更正処分の適法性
前記(1)及び(5)のとおり，被告が本訴において主張する原告の本件事業年
度の法人税に係る課税所得金額及び納付すべき税額等は，６２７億５２０６
万２３６０円及び△９６億１９４４万２９０１円であるところ，本件再更正
処分における課税所得金額５９８億６９３６万１５２０円（別紙５「本件再
更正処分の金額」欄・順号１６）及び納付すべき法人税額等△９６億９１９
４万３６０１円（同順号２３）は，上記の各金額の範囲内であるから，本件
再更正処分は適法である。
(7)本件賦課決定処分の根拠及び適法性
本件賦課決定処分により，原告が納付すべき過少申告加算税の額は，１億
６４２６万１０００円（ただし，平成１９年６月１４日付け裁決（以下「本
件裁決」という。）により一部取り消された後の金額）であるところ，当該
金額は，本件更正処分によって原告が新たに納付することとなった法人税額
１６億４２６１万４３００円（ただし，本件裁決により一部取り消された後
の金額について，国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を
切り捨てた後の金額。別紙５「本件更正処分の金額」欄・順号２５）に対し
て１００分の１０の割合（国税通則法６５条１項に規定する割合）を乗じて
算出した金額と同額である。
４争点
(1)本件Ｐ４社株の取得に係る被告の主張が処分理由の差し替えであっても許
されるか。
(2)新株の発行における株式の時価と払込価額との差額が法人税法２２条２項
の「益金の額」を構成するか。
(3)本件各株式の時価と払込価額の差額が原告の「益金の額」を構成するか。
５争点に対する当事者の主張の要旨
(1)争点(1)（本件Ｐ４社株の取得に係る受贈益の主張が処分理由の差し替え
であっても許されるか。）について
（被告の主張）
ア青色申告制度において理由付記が要求されるのは，主として，帳簿記載
を無視して更正されることがないという納税者に対する保障の実効性を担
保することにあり，理由の差し替えを認めないことによって，上記目的が
よりよく達成できることは否定し得ないものの，更正理由を帳簿との関係
において具体的に開示すべきものとし，これに関する瑕疵の治癒は認めら
れないとすることのみによってもそれなりに達成され，課税庁の恣意的判
し
断を抑制し不服申立てに便宜を与えることになるのであって，理由付記が
要求される論理的帰結として理由の差し替えが認められないということに
なるわけではない。
また，白色申告においても，異議申立てに対する棄却決定には理由付記
が要求され（国税通則法８４条４項，５項），審査請求に対する裁決にも
同様に理由付記が要求されるところ（同法１０１条１項，８４条４項，５
項），これは青色申告同様，行政庁の判断の慎重や合理性を担保してその
恣意性を抑制するとともに，その理由を相手方に知らせて不服の申立てに
便宜を与えるとの趣旨である。そして，最高裁判所の判例は，白色申告に
対する更正処分について，異議決定又は裁決に付記された理由に拘束力を
一貫して認めていない（最高裁昭和４８年（行ツ）第９４号同４９年４月
１８日第一小法廷判決・訟務月報２０巻１１号１７５頁等）ところ，この
点について青色申告と白色申告を区別する理由は認められない。
以上によれば，青色申告に対する更正処分の取消訴訟において，基本的
事実の同一性が認められる場合でなければ更正処分等に付記された理由以
外の主張は許されないとはいうべきではなく，更正処分等で問題とされて
いなかった本件Ｐ４社株に係る益金についての主張であっても，これを本
件訴訟において行うことは可能である。
イ仮に，青色申告に対する更正処分に係る訴訟において，一定の場合に理
由の差し替えが許されないとしても，本件の主な争点は，①本件各株式の
引受けにおいて，本件各株式の時価と払込金額の差額を法人税法２２条２
項の「益金の額」に算入できるか，②本件各株式の発行は有利発行といえ
るかどうかであり，いずれも法律解釈に関わる法律論であって，それは本
件各株式に共通している。そうであれば，本件Ｐ４社株に係る受贈益の主
張が追加されたとしても，その主張が認められるかどうかは，上記各争点
に対する判断によって決せられるのであるから，前記主張の追加が原告に
特段の不利益を生じさせるものとはいえない。
したがって，本件Ｐ４社株の取得に係る受贈益の主張の追加は，理由の
差し替えの枠外の問題として許されるというべきである。
（原告の主張）
被告は，本件Ｐ４社株の発行価額が「有利な発行価額」に当たるとして，
その取得に係る受贈益の主張をするところ，この主張は，本件更正処分の通
知書の付記理由には記載されておらず，本件訴え提起後に初めて被告がした
ものであって，いわゆる理由の差し替えに当たる。
青色申告に対する更正処分の取消訴訟において，当該更正処分を維持する
ために更正通知書に付記されていない理由を主張することは原則として許さ
れず，課税庁による理由の差し替えが許されるのは，基本的な課税要件事実
の同一性がある場合に限られると解すべきであるが，本件更正処分及び本件
再更正処分の各通知書に記載されている本件Ｐ３社株及び本件Ｐ２社株の発
行と本件Ｐ４社株の発行とは，対象となる株式及びその発行会社が全く異な
っており，両者の間には基本的課税要件事実の同一性があるということはで
きない。
したがって，本件Ｐ４社株の取得に係る受贈益の主張は許されないという
べきである。
(2)争点(2)（新株の発行における株式の時価と払込価額との差額が法人税法
２２条２項の「益金の額」を構成するか。）について
（被告の主張）
ア法人税法２２条２項にいう「益金」及び「取引」の意義
法人税法は，課税所得金額の基礎となるべき「当該事業年度の益金の
額」（法人税法２２条１項）について，各法人の個別の取引ごとに税法上
の益金であるかどうかの判断を行ってそれを集計するという考え方を採ら
ず，益金という総体的概念を設けた上，個別の金額について「各事業年度
の所得の金額の計算上，益金の額に算入しない。」などと規定し（同法２
３条，２５条，２６条等），益金の額から個別的に不算入額を除外すると
いう考え方を採っている。これによれば，同法２２条２項の「益金」とは
包括的な概念であり，取引によって生じた収益はすべて益金を構成すると
いうべきである。
ところで，同法２２条２項は「資産の販売，有償又は無償による資産の
譲渡又は役務の提供，無償による資産の譲受け」と規定して取引の種類を
列挙するが，これは単なる例示にすぎないというべきであり，同条項の文
言に示されているように，資本等取引以外の取引において生じた収益はす
べて益金を構成するというべきである。そして，一般に企業会計では収益
と認識されない「無償による資産の譲受け」に係る収益をも益金としてい
るから，同条項にいう「収益」とは，企業会計で認識される収益とは異な
り，所得の増加原因となる一切の価値増加をいうものと解される。
そうすると，以上のように，包括的概念である「益金」の発生源である
「取引」を法律行為に限定して狭く解すべき理由はない。したがって，同
条項にいう「取引」とは，法人の所得を構成する純資産の増加を認識し，
又は測定すべき一切の場合を意味する抽象的概念にすぎず，換言すれば，
法人税法の解釈適用上，純資産の増加を認識し，又は測定して収益を計上
すべき場合に「取引」があると考えるべきである。
イ新株の発行は「取引」であり，時価と払込価額の差額部分が「益金の
額」に当たること
株式を時価よりも低額で取得したことは，当該時価と取得価額との差額
部分について，株式の価値の一部を無償で取得したことにほかならず，当
該部分について取得者たる法人に経済的価値が流入したのであるから，時
価と払込価額との差額部分が「益金の額」を構成することは明らかである
し，時価よりも低額で株式を取得することが，当該法人の純資産の増加を
認識し，又は測定すべき場合として，「取引」に当たることも明らかであ
る。
（原告の主張）
ア法人税法２２条２項の「取引」該当性について
(ｱ)新株発行の場面においては，旧株主と新株主との間には何らの法律関
係又は法律行為が存在しないため，その間に「取引」の存在を認めるこ
とは例外的でなければならない。この点，最高裁平成１６年（行ヒ）第
１２８号同１８年１月２４日第三小法廷判決・裁判集民事２１９号２８
５頁（以下「最高裁平成１８年判決」という。）は，法人税法２２条２
項にいう「取引」の意義について，「関係者間の意思の合致に基づいて
生じた法的及び経済的な結果を把握する概念」であるとした原判決の判
断を維持した上で，株式の有利発行の場合には，①旧株主が当該資産価
値を支配し，処分することができる立場にあり，②当該資産価値の移転
が旧株主の支配の及ばない外的要因によって生じたものではなく，③当
該資産価値の移転につき，旧株主の意図と新株主の了解があり，かつ，
当該合意が実現したものと評価できる場合に，旧株主と新株主との間に，
株式に表章された資産価値を移転させるという「意思の合致」が存し，
同条項にいう「取引」の存在が認められると判示している。これによれ
ば，新株発行の場面においては，既存株主が保有する株式に含み益があ
ることを認識し，それを移転することを意図していたような場合に，初
めて，旧株主と新株主との間に「取引」が存在したということができる。
(ｲ)原告は，もっぱら正当な事業目的の下，本件各株式の発行を決定した
ものであり，本件各社の既存株式に表章されていた資産価値（含み益）
を認識し，それを自らに移転させる意図はなく，そのことは旧株主であ
ったＰ５社，Ｐ３社及びＰ４社においても同様であった。したがって，
本件各株式の発行に関し，法人税法２２条２項にいう「取引」の存在を
認めることはできない。
イ法人税法２２条２項の「無償による資産の譲受け」該当性について
被告は，本件各株式の取得価額と時価との差額が法人税法２２条２項に
いう「無償による資産の譲受け」に当たると主張するが，「無償による資
産の譲受け」は「取引」の例示であるから，本件各株式の発行に関して同
条項の「取引」が認められない以上，本件各株式の引受けが「無償による
資産の譲受け」に当たらないことは明らかである。
また，原告は，本件各株式の引受に当たり，１株当たり１０００バーツ
の対価を支払っており，この点について対価性を欠いていると評価するこ
とはできないから，本件各株式の引受が「無償による資産の譲受け」に当
たるということはできない。
ウ法人税法２２条４項に違反していること
法人税法２２条４項は，同条２項に規定する収益の額は，「一般に公正
妥当と認められる会計処理の基準」に従って計算されるべきことを定めて
いるところ，公正妥当な会計処理基準である「企業会計原則」は，有価証
券の貸借対照表価額について，原則として，購入代価に，証券会社へ支払
う仲介手数料等の付随費用を加算して取得原価を算定する旨を定めている
（企業会計原則・第三・五・Ｂ）。これによれば，有価証券の有償取得の
場合には，購入代金等に相当する金額を払い込んで同額の有価証券を貸借
対照表に計上するのであるから，収益の計上を予定していない。したがっ
て，本件各株式の引受けに関して収益の計上を求める本件各処分は，同条
４項に反し，違法である。
(3)争点(3)（本件各株式の時価と払込価額の差額が原告の「益金の額」を構
成するか。）について
（被告の主張）
ア株式価額の算定方法について
(ｱ)株式引受けに係る株式価額の算定方法については，株式譲渡損益の計
算に関する規定を用いるのが合理的であるところ，法人税法６１条の２
第１０項を受けた法人税法施行令１１９条１項３号は，有利な発行価額
で新株が発行された場合について，「その有価証券の当該払込みに係る
期日における価額」をもって，当該有価証券の取得価額である旨規定し
ている。
そして，発行された有価証券の価額が「有利な発行価額」に当たるか
否か，すなわち有価証券の発行が有利発行に当たるか否かについては，
当該有価証券の「発行価額を決定する日の現況における当該発行法人の
有価証券の価額」（以下「発行価額決定日の時価」ともいう。）に比し
て社会通念上相当と認められる価額を下回る価額で発行されているか否
かで判定するものとされ（法人税基本通達（平成１７年課法２−１４に
よる改正前のもの。以下同じ。）２−３−７），具体的には，発行価額
決定日の時価と発行価額との差額が当該株式の価額のおおむね１０％相
当額以上であるか否かによって判定することとされている（同通達２−
３−７（注）１）。
(ｲ)株式の発行価額決定日の時価について，その具体的な算定方法を定め
た通達はないものの，法人税基本通達２−３−９は，非上場株式に係る
「当該有価証券の当該払込みに係る期日における価額」（取得価額）に
ついて「その新株又は出資の払込期日において当該新株につき法人税基
本通達９−１−１３及び９−１−１４に準じて合理的に計算される当該
払込期日の価額」としているから，発行価額決定日の時価についても法
人税基本通達９−１−１３及び９−１−１４に準じて合理的に算出する
のが相当である。そして，法人税基本通達９−１−１３(4)は，本件各
株式のように売買実例もなく，類似法人も存在しない場合について，
「当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行
法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して
通常取引されると認められる価額とする」と定めているところ，上記
「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価
額」を算定するに当たっては，財産評価基本通達の定める非上場株式の
評価方法が，相続又は贈与における財産評価手法として一般的に合理性
を有し，課税実務上も定着しているから，これを本件のような法人課税
上の株式評価の場面においても準用するのが相当である（法人税基本通
達９−１−１４参照）。
(ｳ)以上によれば，本件各株式の取得に関し「益金」が発生しているかど
うか，その「益金の額」がいくらであるかについては，①本件各株式の
発行価額決定日の時価を当該法人の純資産価額等を基に算定し，②①に
より算定された価額から発行価額（払込価額）を差し引いた金額が，①
により算定された価額の１０％以上であるかどうかによって当該価額が
「有利な発行価額」に当たるかどうかを判定し，③「有利な発行価額」
に当たると判定された場合には，本件各株式の払込みが行われた期日に
おける本件各株式の価額を当該法人の純資産価額等を基に算定し，④③
で算定された金額と払込価額の差額部分が法人税法２２条２項にいう
「益金」であって，また「益金の額」となる。
イ本件各株式の発行価額は「有利な発行価額」であり，本件各株式の払込
価額と払込期日における時価の差額が「益金の額」に当たること
(ｱ)タイの民商法典１２２０条は，「非公開株式会社は株主総会の特別決
議によって新株式発行による増資を行なうことができる。」と規定して
おり，本件各社の定款においても増減資は株主総会の特別決議により行
うとされ，実際にも本件各株式の発行はそれぞれ本件各社の臨時株主総
会決議に基づいて行われているから，本件各株式の発行価額を決定した
日は，上記各臨時株主総会の決議が行われた日というべきである。
また，法人税基本通達２−３−７の(注)２は，「当該新株の発行価額
を決定する日の現況における」当該株式の価額の算定に当たって，決定
日のみならず，その前の一定期間の状況等を加味して決定することとし
ている上，考慮すべき期間は決定日から１箇月程度という近接した期間
を設定しているのであるから，できるだけ当該株式の発行決定日に近い
状況を加味して適正な価額を算定すべきである。そして，本件各社には
四半期ごとに作成される財務諸表が存在することからすれば，発行価額
の決定日に最も近接した時期の四半期決算書の数値も用いて算定するの
が相当である。
(ｲ)本件各社の各株主総会開催日を本件各株式の発行価額の決定日とした
上，その前後に最も近接して作成された財務諸表（確定決算書のみなら
ず，四半期決算書によるものを含む。）に基づき，本件各株式の１株当
たりの純資産価額を算定した結果は，別紙６のとおりである。これによ
れば，各株主総会開催日の前後に最も近接して作成された財務諸表のい
ずれを用いたとしても，本件各株式の発行価額決定日の時価から発行価
額（払込価額）を差し引いた差額は，判定の基準である発行価額決定日
の時価の１０％を大幅に超える割合となるから，本件各株式の発行価額
はいずれも「有利な発行価額」に当たるといえる。
また，本件各株式の払込期日における時価を発行会社の純資産価額に
基づいて算定した結果は，別紙６の各払込期日欄記載のとおりであり，
同別紙のとおり，払込期日における価額と払込価額との間に差額が認め
られるから，当該差額部分が法人税法２２条２項の「益金の額」を構成
することとなる。
（原告の主張）
ア本件各株式の発行が有利発行に当たらないこと
(ｱ)株式価額の算定方式について
株式が発行された場合，当該株式については，①発行価額決定日の時
価，②発行価額決定日の時価に比して「社会通念上相当と認められる価
額」（以下「公正な発行価額」ともいう。），及び③「株式と引換えに
払込みをした金銭の額」（以下，単に「発行価額」ともいう。）の３つ
の価額が存在するところ，発行された株式の価額が法人税法施行令１１
９条１項３号にいう「有利な発行価額」に当たるか否かは，上記③の発
行価額が，同②の公正な発行価額を下回るか否かによって判断される。
この点，仮に１株当たりの純資産価額により株式を評価する方式（以下
「純資産価額方式」という。）によって，発行価額決定日の時価を算出
するとしても，本件各株式のように非上場株式で譲渡制限が付されてい
る株式については，その発行価額の決定に当たって影響を及ぼす会社の
経営状況等の諸般の客観的事情に則して謙抑的に判断すべきであり，こ
れと同様に公正な発行価額についても謙抑的に判断すべきであって，譲
渡等の困難性を価額の減額修正要因として考慮する必要があるというべ
きである。
そして，発行価額決定日の時価の算定に当たっては，タイのボラティ
リティ（株価等の価格変動性）等を考慮すれば，いまだ確定してない中
間決算や四半期決算の経営管理資料の数字を用いるべきではなく，直近
の期末確定決算書の数字に基づいて判断すべきである。なお，被告も主
張するように，発行価額決定日の時価については，法人税基本通達９−
１−１３に準じて合理的に算定することが相当であるところ，同通達は，
(ａ)「当該新株の発行価額の決定日」又は(ｂ)「同日に最も近い日にお
けるその株式の発行法人の事業年度終了の時」における１株当たりの純
資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額によるべきであ
ると定めているから（法人税基本通達９−１−１３(4)参照），原告が，
本件各株式の発行価額決定日の時価の算定について，上記(ｂ)の方式を
選択して本件各株式の発行を決定した本件社長室会開催日（平成１５年
１０月７日）の直近の決算期である同１４年１２月期の確定決算書の数
字に基づいて算定したことは適法である。これに対し，麹町税務署長が，
本件各株式の発行価額の決定日の直前四半期末における純資産価額を基
準として，当該新株発行が有利発行に当たると判断して更正処分を行う
ことは，国税庁長官が公表した法人税基本通達による取扱いを否定する
ものであって，信義則上，許されないというべきである。
(ｲ)本件各株式の発行価額は「有利な発行価額」に当たらないこと
ａ本件各株式の発行価額決定日の時価を，平成１４年１２月末におけ
る本件各社の純資産価額の数値に基づいて機械的に算定するといずれ
も１０００バーツ未満になるところ，本件では，①本件各株式の発行
価額を決定した同１５年１０月７日においてＰ２社の剰余金を最終的
に原告に配当することが計画されていたこと，②タイ民事商事法典上，
新株発行は額面発行が原則であり，本件各株式の発行会社には，額面
超過額による新株発行を可能とする定款の定めがなかったこと，③タ
イにおける額面超過額の取扱いが不明確であったこと，④本件各社の
定款には株式の譲渡制限の定めがあったこと，⑤Ｐ２社の取締役会が
株式譲渡を承認しない場合の買取価格につき，あらかじめ定款の定め
により株式の処分価額が著しく低く定められる危険性があったこと，
⑥同年１０月７日当時，本件各社の業績が悪化する可能性があったこ
と，⑦Ｐ２社の株式が同年３月にＰ９外４名に対して１株当たり１０
００バーツで譲渡されたという売買実例があることなどの諸事情が，
本件各株式の時価を更に引き下げる要因になる。したがって，本件各
株式の発行価額決定日の時価が，１株１０００バーツ以下であること
は明らかである。
ｂ前記のとおり，本件各株式のように，非上場株式で譲渡制限が付さ
れている株式の場合には，その発行価額決定日の時価については謙抑
的に判断すべきであるところ，「有利な発行価額」に当たるか否かを
決する基準となる公正な発行価額については，上場株式で自由な譲渡
が可能となっている株式の場合と比較して更に低下するというべきで
あり，前記ａで算定された価額を３割ないし４割減価した価額と考え
ることも可能である。
そうすると，本件各株式の公正な発行価額が１０００バーツ未満と
なることは明らかであるから，本件各株式の発行価額（１株１０００
バーツ）がこれを下回ることはなく，本件各株式の発行価額が「有利
な発行価額」に当たらないことは，明らかである。
ｃなお，被告の主張のとおり，本件各株式の発行価額を決定した日で
ある本件社長室会の日（平成１５年１０月７日）の直前四半期末にお
ける純資産価額に基づいて，本件各株式の発行価額決定日の時価を算
定するとしても，非上場株式であり譲渡制限が付されている本件各株
式の公正な発行価額は，上記のように算定された価額を３割ないし４
割程度減価した価額となるはずであり，１株当たり１０００バーツ未
満となるか同水準であると考えられる。そして，前記ａの②及び③の
事情を考慮すれば，本件各株式を１株１０００バーツ以上の価額で発
行することは社会通念上不可能であるから，このことを考慮すれば，
公正な発行価額が１株１０００バーツを超えることは考えられない。
イその他の本件各株式の価額の算定において考慮すべき事項について
(ｱ)既存株式の希薄化を考慮する必要があること
時価を下回る価額で新株が発行された場合には，当該新株を引き受け
た者が当該新株に表章された当該発行会社の資産価値を取得する一方，
その発行会社の既存の株主は，所有する株式の価値の下落による経済的
損失（希薄化損失）を被るということができる。
そうすると，原告が本件Ｐ３社株及び本件Ｐ４社株を引き受けたこと
により，被告の主張を前提とすれば，原告には，当該株式の時価と払込
価額の差額に相当する資産価値の増加が認められる一方，上記各株式を
保有するＰ５社の株式について希薄化損失が生ずるというべきである。
また，原告が本件Ｐ２社株を引き受けたことにより，原告には，当該株
式の時価と払込価額の差額に相当する資産価値の増加が認められる一方，
本件Ｐ２社株を保有するＰ３社の株式について希薄化損失が生ずるとい
うべきである。
そして，上記の各希薄化損失を考慮すれば，原告については，本件Ｐ
３社株及び本件Ｐ４社株を引き受けたことによる資産価値の増加は認め
られず，本件Ｐ２社株を引き受けたことによっては，７億４１１５万０
８００バーツ（１９億７８８７万２６３６円）の資産価値の増加しか認
められない。
以上によれば，本件各処分は，原告への益金算入額を約１００億円以
上も過大に計上したものであって，違法である。
(ｲ)同一の資産価値の二重評価は許されないこと
被告は，本件Ｐ３社株及び本件Ｐ４社株の引受けの際にも，本件Ｐ２
社株の引受けの際にも，本件Ｐ２社株の含み益（平成１６年４月３０日
時点のＰ２社含み益の４５．８％）相当額を益金計上（純資産価額の増
加）の基礎としているが，これは同一資産価値の二重評価である。
また，その前提となる株式の評価方法にしても，原告が直接保有した
株式と間接保有した株式との価額を同一視するもので，妥当でない。す
なわち，仮に，純資産価額方式を用いるとしても，株式を通じて間接保
有する資産に関しては，少なくとも法人税相当額を控除すべきであるか
ら，これを控除していない被告の益金算入額は過大である。
第３当裁判所の判断
１争点(1)（本件Ｐ４社株の取得に係る受贈益の主張が処分理由の差し替えで
あっても許されるか。）について
(1)法人税法１３０条２項は，税務署長は，内国法人の提出した青色申告書等
に係る法人税の課税標準等の更正をする場合には，その更正に係る国税通則
法２８条２項（更正通知書の記載事項）に規定する更正通知書にその更正の
理由を付記しなければならないと規定するところ，法人税法１３０条１項が，
青色申告に係る所得金額等の計算については，それが法定の帳簿による正当
な記載に基づくものである以上，その帳簿の記載を無視して更正されること
がない旨を納税者に保障していることを考慮すると，同条２項が付記すべき
ものとしている理由は，単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけでは
なく，そのような更正をした根拠を帳簿書類以上に信憑力のある資料を摘示
して具体的に明らかにするものであることを要すると解するのが相当である
（最高裁昭和３６年（オ）第８４号同３８年５月３１日第二小法廷判
決・民集１７巻４号６１７頁参照）。
一般に，法が行政処分に理由を付記すべきものとしているのは，処分庁の
判断の慎重さ及び合理性を担保してその恣意を抑制するとともに，処分の理
由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨であると解されるが，
法人税法１３０条２項が，白色申告と区別して青色申告の場合についてのみ，
上記のように詳細な理由の付記を求めているのは，上記趣旨に加えて，同条
１項の青色の申告書による提出の承認を受けた内国法人に対し，帳簿書類を
備え付けてこれに所得金額に係る取引を記録し，かつ，その帳簿書類を保存
し，さらに，青色申告書に貸借対照表，損益計算書その他所得金額又は純損
失の金額の計算に関する明細書を添付させるという義務を課している代償と
しての趣旨を含むものというべきであり，青色申告者に対し，特に処分の具
体的根拠を明らかにすることによって不服申立ての便宜を図り，その手続的
な権利を保障するという租税優遇措置の１つであるということができる。そ
して，法人税の更正処分について不服のある者は，課税庁に対する異議申立
て及び国税不服審判所に対する審査請求という二重の不服申立ての前置を要
求されているところ，特に，青色申告者の国税不服審査においては，実務上，
争点主義の精神を生かした運営（争点主義的運営）が定着しており，処分庁
が更正通知書に付記した理由と基本的な課税要件事実を異にする更正理由を
新たに主張することはされていないのであって（当裁判所に顕著な事実），
仮に，訴訟の段階で無条件に処分理由の差し替えを許せば，法人税法が，青
色申告者に対して特に不服申立ての便宜を図り，その手続的な権利を保障し
ようとした趣旨を没却するものといわざるを得ない。
以上によれば，青色申告の場合における更正処分の取消訴訟においては，
原則として，更正通知書に付記されていない理由を主張することは許されな
いというべきであり，例外的に，更正理由書の付記理由と訴訟において被告
が主張する理由との間に，基本的な課税要件事実の同一性があり，原告の手
続的権利に格別の支障がないと認められる場合には，理由の差し替えを許容
することができるというべきである。
(2)本件訴訟において，被告は，本件Ｐ３社株及び本件Ｐ２社株（以下「本件
２社株」といい，Ｐ３社及びＰ２社を併せて「本件２社」という。）に加え
て，本件Ｐ４社株の取得に係る受贈益についても，本件各処分の根拠として
主張しているところ，本件更正通知書に付記された理由においては，本件２
社株の発行価額が法人税法施行令１１９条１項３号にいう「有利な発行価
額」に当たるとしてその取得に係る受贈益がある旨が記載されているにすぎ
ず，本件Ｐ４社株の取得に係る受贈益については記載されていない（甲７）。
確かに，本件Ｐ４社株の発行は，原告が出資するＰ２社が行うタイにおけ
る本件事業について，Ｐ２社の出資形態の変更を行うことを目的とした本件
各子会社の増減資の一環として行われたものであり，本件２社株の発行と全
く関連しないものではない。しかしながら，本件Ｐ４社株の発行は，本件２
社とは異なる法人であるＰ４社の臨時株主総会で決定されたものである上，
本件Ｐ４社株が「有利な価額」で発行されたものであるか否かについては，
後述のように，Ｐ４社の純資産価額に基づいて算定される必要があるという
べきであって，本件２社株の発行が「有利な価額」でされたか否かという点
との間には，直接的な関係を認めることはできず，基本的な課税要件事実に
同一性があるということはできない。仮に，本件Ｐ４社株の発行について理
由の差し替えを認めるとすると，原告に対し，本件Ｐ４社株の取得に係る利
益という課税要件事実について，不服申立て段階において争う機会を失わせ
るものといわざるを得ず，原告の手続的権利に格別の支障を生じさせること
となるというべきである。
以上によれば，本件Ｐ４社株の取得に係る利益に関する被告の主張は，理
由の差し替えとして，許容することができないものというべきである。
２争点(2)（新株の発行において，株式の時価と払込価額との差額が法人税法
２２条２項の「益金の額」を構成するか。）について
(1)法人税法２２条２項は，内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該
事業年度の益金の額に算入すべき金額は，別段の定めがあるものを除き，資
産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償による資産
の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の
額とすると規定しているところ，適正な額より低い対価をもってする資産の
譲受けの場合も，当該資産の譲受けに係る対価の額と上記資産の譲受時にお
ける適正な価額との差額が，無償による資産の譲受けに係るものとして，収
益の額を構成するものと解するのが相当である。
そして，新株の発行を適正な価額より低い価額で引き受けた場合において
も，その取得価額と適正な価額との差額については，無償による資産の譲受
けに係るものとして，収益の額を構成するということができる。
(2)原告は，最高裁平成１８年判決を引用し，旧株主から新株主への資産価値
の移転が問題となる新株引受けにおいては，原則として旧株主と新株主との
間に「取引」の存在を認めることはできず，旧株主と新株主との間で株式に
表章された資産価値（含み益）を移転させるという「関係者間の意思の合
致」が認められる場合に限り，法人税法２２条２項が適用されるとした上，
そのような要件が認められない本件各株式の引受けについては同条項が適用
されない旨主張する。
しかしながら，本件においては，原告が，その子会社から新株を引き受け
たものであるところ，原告の取得価額が株式の適正な価額より低額であった
ことから，原告について利益が生じているか否かが問題となっているのであ
って，株式を引き受けていない旧株主と新株主との間における資産価値の移
転が問題とされているものではなく，最高裁平成１８年判決とは事案を異に
するというべきである。本件のように，新株を発行した会社と当該新株を引
き受けた者との間に「取引」が存在するということができるのは明らかであ
って，原告の上記主張は到底採用することはできない。
(3)また，原告は，企業会計原則においては，新株の取得価額（払込価額）と
適正な価額との差額を収益として計上することを予定していないから，本件
各処分は法人税法２２条４項に反すると主張する。
しかしながら，法人税法２２条４項は，その文言に照らせば，同条２項に
規定する「収益の額」について，一般に公正妥当と認められる会計処理の基
準に従って計算すべきことを注意的に規定したものにすぎないというべきで
あって，同項にいう「益金」を企業会計原則において収益として計上する範
囲に限定したものと解するのは相当ではない。そして，同項は，前記のとお
り「資産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償によ
る資産の譲受け」と規定して取引の種類を列挙するものの，これは単なる例
示にすぎないというべきであり，同項の規定の文言に示されているように，
資本等取引以外の取引において生じた収益はすべて益金を構成するというべ
きである。すなわち，同項にいう「益金」とは，資本等取引を除く取引によ
って生じた収益をすべて包含する包括的概念であるから，一般に公正妥当と
認められる会計処理の基準が収益の額として算入することを求めているもの
のみが「益金」に当たるというものではないというべきである。したがって，
原告の上記主張を採用することはできない。
(4)以上によれば，新株の発行について，法人税法２２条２項の適用がないと
いう原告の主張には理由がなく，新株の時価と払込価額との差額部分は，同
項にいう「益金の額」を構成するということができる。
３争点(3)（本件各株式の時価と払込価額の差額が原告の「益金の額」を構成
するか。）について
(1)有価証券の価額の算定方法について
法人税基本通達９−１−１３(4)は，法人税法３３条２項の規定を適用し
て非上場株式で気配相場のないものについて評価損を計上する場合に，当該
株式に売買実例がなく，その公開の途上になく，その発行法人と事業の種類，
規模，収益の状況等が類似する法人がないときは，事業年度終了の時におけ
る当該株式の価額は，当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日における
その株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等
を参酌して通常取引されると認められる価額による旨を定めている。
もっとも，このような一般的かつ抽象的な評価方法の定めのみに基づいて
株式の価額を算定することは困難であり，他方，財産評価基本通達の定める
非上場株式の評価方法は，相続又は贈与における財産評価手法として一般的
に合理性を有し，課税実務上も定着しているものであるから，これと著しく
異なる評価方法を法人税の課税において導入すると，混乱を招くこととなる。
このような観点から，法人税基本通達９−１−１４は，財産評価基本通達の
定める非上場株式の評価方法を，原則として法人税課税においても是認する
ことを明らかにするとともに，この評価方法を無条件で法人税課税において
採用することには弊害があることから，１株当たりの純資産価額の計算に当
たって株式の発行会社の有する土地を相続税路線価ではなく時価で評価する
などの条件を付して採用することとしている。したがって，財産評価基本通
達１８５が定める１株当たりの純資産価額の算定方式を法人税課税において
そのまま採用すると，相続税や贈与税との性質の違いにより課税上の弊害が
生ずる場合には，これを解消するために修正を加えるべきであるが，このよ
うな修正をした上で財産評価基本通達所定の１株当たりの純資産価額の算定
方式にのっとって算定された価額は，一般に通常の取引における当事者の合
理的意思に合致するものとして，法人税基本通達９−１−１３(4)にいう
「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」
に当たるというべきである。そして，このように解される同通達９−１−１
３(4)及び９−１−１４の内容は，法人の収益の額を算定する前提として株
式の価額を評価する際においても，合理性を有するものとして妥当するとい
うべきである（最高裁平成１８年判決参照）。
(2)取得した株式の価額の算定方法
ア法人の収益の額を算定する前提として，株式の価額を算定する場合にお
いても，株式譲渡損益の計算に関する規定を用いるのが合理的であるとこ
ろ，法人税法６１条の２第１０項を受けた法人税法施行令１１９条１項３
号は，有利な発行価額で新株が発行された場合について「その有価証券の
当該払込みに係る期日における価額」をもって，当該有価証券の取得価額
であると規定している。そして，発行された有価証券の価額が「有利な発
行価額」に当たるか否かについて，法人税基本通達２−３−７は，当該有
価証券の発行価額を「決定する日の現況における当該発行法人の有価証券
の価額」（発行価額決定日の時価）に比して社会通念上相当と認められる
価額を下回る価額で発行されているか否かで判定するものと定めており，
法人税基本通達２−３−７（注）１によれば，当該株式の時価と発行価額
との差額が当該株式の価額のおおむね１０％相当額以上であるか否かによ
って判定することと定めているところ，上記通達の定めは，発行された株
式の価額が「有利な発行価額」に当たるか否かについての判定方法として
合理性を有するものとして妥当するということができる。
そして，タイの民商法典１２２０条が「非公開株式会社は株主総会の特
別決議によって新株式発行による増資を行なうことができる。」と規定し
ており（乙２３），Ｐ３社及びＰ２社の各付属定款においても増減資は株
主総会の特別決議により行うとされ（甲７６，７７），実際にも本件２社
株の発行は本件２社の臨時株主総会の決議という手続を経て行われている
ということができる（甲２６，３７）から，本件２社株の発行価額を決定
した日は，上記各臨時株主総会の決議が行われた日というべきである。
また，発行価額決定日の時価の算定に当たっては，同日に最も近接した
時期に作成された財務諸表の数値を用いるのが合理的であるということが
できるから，期末に作成された確定決算書よりも近接された時期に作成さ
れた四半期決算書等の財務諸表がある場合には，当該財務諸表がその当時
の帳票類に基づいていて，その正確性に特段の疑いがない限り，当該四半
期決算書等の数値に基づいて時価を算定するのが相当である。
イ(ｱ)この点について，原告は，本件２社株の発行価額を決定した日は，本
件社長室会の日（平成１５年１０月７日）であると主張する。しかし，
本件２社が本件社長室会の決定した方針に従って本件２社株を発行して
いるとしても，前記アのとおり，タイ法人である本件２社は，タイの法
律上，株主総会の特別決議を経なければ株式を発行することができない
から，本件２社の株主総会の特別決議がなければ本件２社株を発行する
ことは不可能であったといわざるを得ない。そして，前記アのとおり，
本件２社の各付属定款においても増減資は株主総会の特別決議により行
うとされ，実際にも本件２社株の発行はそれぞれ会社の臨時株主総会の
決議を経て行われている。したがって，発行価額の決定日についても，
上記各臨時株主総会決議の日であるというべきであって，原告の上記主
張は採用できない。
(ｲ)原告は，タイのボラティリティ等を考慮すれば，株式の時価を算定す
るに当たっては，未確定の四半期決算資料ではなく，直近の期末確定決
算書の数字を用いることに合理性があるなどと主張する。
しかしながら，前記アのとおり，新株の時価を算定するに当たり，当
該株式の発行された時期に近い財務諸表を用いて計算した価額が最も信
用できる価額であるというべきである。そして，四半期ごとに作成され
る財務諸表であっても，通常，その当時の帳票類に基づいて作成された
ものであって，その正確性も担保されているというべきであるから（な
お，原告は，本件２社の四半期決算書等の財務諸表について，正確性に
特段の疑いがある旨を主張をするものではない。），確定決算書である
か否かに拘泥する必要はなく，仮に，タイがボラティリティの高い国で
あるというのであれば，経済情勢の変動等の影響を正確に反映させる必
要があるというべきであり，むしろより近い時期の財務諸表の数値を用
いるのが相当であるというべきである。
また，原告は，法人税基本通達９−１−１３(4)によれば，有利発行
か否かの判定に当たっては，「当該新株の発行価額の決定日」又は「同
決定日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時」
における１株当たりの純資産価額を参酌すべきことになり，事業年度末
に作成される確定決算書を用いないのは同通達に反するなどと主張する。
しかしながら，法人税基本通達９−１−１３は，法人税法３３条２項
の規定を適用して非上場株式で気配相場のないものについて評価損を計
上する場合に係る解釈通達であって，前記のとおり，「当該事業年度終
了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終
了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると
認められる価額」と定めているものである。発行された新株が有利発行
に当たるか否かを判定する場合について，その新株の時価を算定する解
釈通達は定められていないため，上記通達を準用するのが相当であるが
（法人税基本通達２−３−９(3)参照），法人税基本通達９−１−１３
(4)の「当該事業年度終了の日」を「当該新株の発行価額の決定日」に
読み替えて適用するということが特に定められているものではないから，
「当該新株の発行価額の決定日に最も近い日におけるその株式の発行法
人の事業年度終了の時」における１株当たりの純資産価額を参酌すべき
であるという原告の主張は採用することができず，四半期決算資料を用
いたことが上記通達に違反するということはないというべきである。
なお，仮に，原告の主張に従い，本件２社株の発行価額を決定した日
が本件社長室会の日であると解した上，その日の時価について直近の確
定決算書を用いて算定するとすると，本件２社株の発行価額が「有利な
発行価額」に当たるか否かについて，上記各株式が発行された日（平成
１６年４月３０日及び同年１２月２０日）よりも１年以上も前である，
平成１４年１２月期の確定決算書を用いることになるところ，そのよう
な算定方法がより合理的なものということはできない。
以上によれば，原告の上記各主張については，到底採用することはで
きない。
(3)本件２社株の発行価額が「有利な発行価額」に当たるかについて
ア本件Ｐ３社株について
本件Ｐ３社株の発行は，平成１６年３月２６日に開催されたＰ３社の同
年第１回臨時株主総会において，Ｐ３社の普通株式９４万５０００株及び
優先株式９８万４０００株を，それぞれ，１株当たり１０００バーツで発
行することが可決されたことに基づくものであり（甲２６），原告は，同
年４月３０日，支払対価としてＰ３社に９億４５００万バーツを払い込ん
で，Ｐ３社の普通株式９４万５０００株を取得している（甲２８）。
そこで，Ｐ３社及び同社が保有する株式の発行会社（当該発行会社が保
有する株式の発行会社を含む。）の財務諸表のうち，Ｐ３社の株主総会が
本件Ｐ３社株の発行の承認を行った平成１６年３月２６日の前で最も近い
日を基準に作成されたものと認められる同１５年１月１日から同年１２月
３１日までの事業年度（以下「平成１５年１２月期」という。）の財務諸
表を基にＰ３社株式の１株あたりの純資産価額の算定を行うと，１６８１
バーツと算定することができる（乙１の１。具体的な算定方法については，
別紙７及び８参照）。
そうすると，発行価額１０００バーツとの差額６８１バーツは，１株あ
たりの純資産価額１６８１バーツの４０．５１％となり，当該株式の時価
と発行価額との差額が当該株式の時価のおおむね１０％相当額を大きく上
回るものであるということができる。
イ本件Ｐ２社株について
本件Ｐ２社株の発行は，平成１６年１１月２２日に開催されたＰ２社の
同年第５回臨時株主総会において，Ｐ２社の普通株式１３７万２０００株
を１株当たり１０００バーツで発行することが可決されたことに基づくも
のであり（甲３７），原告は，同年１２月２０日，支払対価としてＰ２社
に１３億７２００万バーツを払い込み，Ｐ２社の普通株式１３７万２００
０株を取得している（甲３８）。
そこで，Ｐ２社及び同社が保有する株式の発行会社の財務諸表のうち，
Ｐ２社の株主総会が本件Ｐ２社株の発行の承認を行った平成１６年１１月
２２日の前で最も近い日を基準に作成されたものと認められる同年１月１
日から同年９月３０日までの期間の財務諸表（以下「平成１６年９月末現
在の財務諸表」という。）を基にＰ２社株式の１株あたりの純資産価額の
算定を行うと，３２６６バーツと算定される（乙３の５。具体的な算定方
法については，別紙９及び１０参照）。
そして，発行価額１０００バーツとの差額２２６６バーツは，１株あた
りの純資産価額３２６６バーツの６９．３８％となり，当該株式の時価と
発行価額との差額が当該株式の時価のおおむね１０％相当額を大きく上回
るものであるということができる。
ウ以上によれば，本件２社株の発行価額は，いずれも，法人税法施行令１
１９条１項３号にいう「有利な発行価額」に当たるということができる。
(4)本件２社株の取得による「益金の額」について
前記(3)のとおり，本件２社株の発行価額はいずれも「有利な発行価額」
に当たることから，原告の払込金額と上記各株式の「払込みに係る期日にお
ける価額」の差額は，上記各株式の取得により発生する「益金の額」となる。
そして，本件２社株の取得により原告の益金の額に算入される収益の額は，
以下のとおり，合計１２０億６１９２万６２４０円となる。
ア本件Ｐ３社株について
本件Ｐ３社株の取得に係る払込日である平成１６年４月３０日の現況に
おけるＰ３社株式の１株当たりの価額の算定は，Ｐ３社及び同社が保有す
る株式の発行会社（当該発行会社が保有する株式の発行会社を含む。）の
財務諸表のうち，同日の前で最も近い日を基準に作成されたものと認めら
れる同年３月末現在の財務諸表に基づき，１株当たりの純資産価額を算定
することによって行うのが相当である。
そこで，同年３月末現在の財務諸表に基づいて，同年４月３０日におけ
る本件Ｐ３株式の１株あたりの純資産価額を算定すると，２４４２バーツ
になる（乙１の２。具体的な算定方法については，別紙７及び８参照）。
したがって，本件Ｐ３社株の取得に係る原告の益金の額に算入される金
額は，上記金額２４４２バーツと発行価額１０００バーツとの差額１４４
２バーツに，原告が取得した株式数（９４万５０００株）を乗じて算定さ
れた金額１３億６２６９万バーツを同日の電信売買相場の仲値（１バーツ
＝２．７６円）で円換算した３７億６１０２万４４００円となる（弁論の
全趣旨）。
イ本件Ｐ２社株について
本件Ｐ２社株に係る払込日である平成１６年１２月２０日の現況におけ
るＰ２社株式の１株当たりの価額の算定は，Ｐ２社及び同社が保有する株
式の発行会社の財務諸表のうち，同日の前で最も近い日を基準に作成され
たものと認められる同年９月末現在の財務諸表に基づき，１株当たりの純
資産価額を算定することによって行うのが相当である。
そこで，平成１６年９月末現在の財務諸表を基に，同年１２月２０日に
おける本件Ｐ２株式の１株当たりの価額を算定すると，３２６６バーツと
なる（乙３の５。具体的な算定方法については，別紙９及び１０参照）。
したがって，本件Ｐ２社株の取得に係る原告の益金の額に算入される金
額は，上記金額３２６６バーツと発行価額１０００バーツとの差額２２６
６バーツに，原告が引き受けた株式数（１３７万２０００株）を乗じて算
定された金額３１億０８９５万２０００バーツを同日の電信売買相場の仲
値（１バーツ＝２．６７円）で円換算した８３億００９０万１８４０円と
なる（弁論の全趣旨）。
(5)原告のその他の主張について
ア原告は，①本件各株式の発行価額決定日である本件社長室会（平成１５
年１０月７日開催）においてＰ２社の剰余金を最終的に原告に配当するこ
とが計画されていたこと，②タイ民事商事法典上，新株発行は額面発行が
原則であり，本件各社には，額面超過額による新株発行を可能とする定款
の定めがなかったこと，③タイにおける額面超過額の取扱いが不明確であ
ったこと，④本件各社の定款には株式の譲渡制限の定めがあったこと，⑤
Ｐ２社の取締役会が株式譲渡を承認しない場合の買取価格につき，あらか
じめ定款の定めにより株式の処分価額が著しく低く定められる危険性があ
ったこと，⑥本件社長室会の当時，本件各社の業績が悪化する可能性があ
ったこと，⑦Ｐ２社の株式が平成１５年３月にＰ９ほか４名に対して１株
当たり１０００バーツで譲渡されたという売買実例があることなどの諸事
情が，本件２社株の時価を更に引き下げる要因になるなどと主張する。
しかし，原告の上記各主張は，以下のとおりすべて採用することができ
ない。
(ｱ)前記①の主張（Ｐ２社の剰余金が配当予定）について
まず，本件Ｐ２社株の発行が有利発行に当たるか否か及びその「益金
の額」ついては，前記(3)イ及び(4)イのとおりＰ２社の平成１６年９月
末現在の財務諸表を算定根拠としているところ，Ｐ２社は，同年９月７
日及び同月８日に２８億５５１０万９０７１．５２バーツを中間配当と
して支出している（乙１７）のであるから，上記各中間配当については，
いずれも上記各財務諸表に反映されているということができる。したが
って，前記のとおり算定した本件Ｐ２社株の１株当たりの価額は，純資
産価額から株主への配当金を控除したものであるということができる。
次に，本件Ｐ３社株については，その発行が有利発行に当たるか否か
については，前記(3)アのとおりＰ３社の平成１５年１２月期の財務諸
表を算定根拠としており，その「益金の額」については，前記(4)アの
とおり同年３月末現在の財務諸表を算定根拠としているから，いずれに
おいてもＰ２社が同年９月７日及び同月８日に支出した中間配当を考慮
していないということができる。しかし，Ｐ３社が保有するＰ２社株式
について，将来，剰余金の配当が予定されているということは，それに
応じて配当に見合う利益をＰ３社が享受できるということであるから，
Ｐ３社の純資産額に基づいて同社の株式価額を算定するに当たって，Ｐ
２社の将来の配当予定を考慮して，これを減価することは相当ではない
というべきである。
なお，原告の前記①の主張は，本件２社株の発行価額決定日について，
本件社長室会の開催日であることを前提とした上で，同日後に実施され
たＰ２社の配当を，本件２社株の発行価額決定日の時価の算定について
考慮すべきであるとの主張であると解されるが，本件２社株の発行価額
の決定日は，前記のとおり，本件２社の臨時株主総会日であると解すべ
きであるから，原告の主張はその前提においても失当である。
以上によれば，原告の前記①の主張は採用できない。
(ｲ)前記②及び③の主張（タイにおける額面発行の原則等）について
原告の前記②の主張は，タイの法律上，新株の発行においては額面額
発行が予定されており，本件２社株についても，これに基づいて額面額
で発行されていることを指摘するにすぎず，本件２社株の額面価額（１
株１０００バーツ）が，それぞれの時価であったことを裏付ける事情で
あるということはできない。
(ｳ)前記④及び⑤の主張（株式の譲渡制限等）について
本件２社株は，いずれも，親会社である原告に対して発行されたもの
であるところ，本件２社が原告の連結決算上の連結子会社であって，原
告や社長室会の意向に沿って行動することが予想されるものであるから，
本件２社株の取得者である原告が当該株式を譲渡する場合に本件２社の
取締役会の承認が得られないということはおよそ考え難い。したがって，
本件２社の定款上，株式の譲渡制限の定め等があるとしても，原告との
関係では特にこれを考慮する必要はないというべきであって，これを本
件２社株の時価を算出するに当たって，特段の減額要因として考慮する
ことは相当ではない。
(ｴ)前記⑥の主張（業績悪化の可能性）について
前提事実によれば，平成９年７月，バーツの下落に伴いＰ２社の売上
げが低下し，同年及び同１０年においては多額の損失を計上するように
なり，同１１年には債務超過になるなど，厳しい経営が続いていたもの
であるが，同１４年ころまでにはＰ２社の業績が回復していたことが認
められる。また，本件社長室会に提出された申立書には，平成１５年前
半には累積損失の解消を実現したとの記載があり，同年には，Ｐ２社等
の業績が好調であることから，３２億バーツ全額を原告等に還流するこ
とができると判断したなどとの記載があることが認められる（甲１３）。
以上の事実によれば，本件社長室会当時，本件２社の業績が悪化する
可能性が具体的なものとしてあったと認めることはできない。
(ｵ)前記⑦の主張（Ｐ２株の額面による売買実例）について
証拠（甲７０の１から５まで）によれば，Ｐ３社は，平成１５年３月
２１日，Ｐ９に対しＰ２社株式１４万４０００株を，Ｐ１０に対し同４
万８０００株を，Ｐ１１に対し同１万６０００株を，Ｐ１２に対し同１
万６０００株を，また，Ｐ１３に対し同１万６０００株を，いずれも額
面価額（１株１０００バーツ）で譲渡したことが認められる。
しかしながら，証拠（甲７０の１から５まで，乙１４から１６）及び
弁論の全趣旨によれば，上記各譲受人は，Ｐ２社創設時からのパートナ
ーとして密接な関係にあるＰ１４家，Ｐ１５家又はＰ１６家の者であり
（なお，上記３家は，「三社友」と呼ばれている。），Ｐ９はＰ２社の
会長として，また，Ｐ１０はＰ２社の役員として，それぞれ原告のホー
ムページ上で紹介されていること，上記各譲渡は，Ｐ２社に対して，Ｐ
１７による出資参画が懸念されていた状況下において，Ｐ１７のＰ２社
の経営への影響力を排除する目的でされたものであること，上記取得に
係る資金についてはＰ３社が上記各譲受人に融資し，その返済をＰ２社
株の配当により行うものとされ，上記各譲受人は実質的には何らの出捐
をしていないことなどの事実が認められる。以上の事実によれば，上記
各Ｐ２社株式の譲渡については，いずれも上記各譲受人に有利な価額で
譲渡されたものであると推認することができるというべきであり，少な
くとも，１株１０００バーツという額面価額が，客観的な交換価値とし
て不特定多数の独立した当事者間の自由な取引において通常成立する時
価であると認めることはできない。
イ原告は，新株主が既存株式を保有等する場合には，既存株式に希薄化損
失が生ずるから，その額を控除すべきであると主張する。
しかしながら，原告の主張する希薄化損失とは，本件２社株の発行によ
り，同各株式の発行会社の既存株主であるＰ５社，Ｐ４社，Ｐ３社及び原
告が保有する既存の株式の価値が減少し，その結果，原告が保有する本件
各子会社の株式の価値が減少したこと，すなわち含み益が減少したことを
いうものであると解される。この点，法人税法は，原則として実現した利
益のみが所得であるという考え方（実現原則）を採用し，未実現の利益を
課税の対象から除外しており（法人税法２５条１項），法人の保有資産に
内在する含み益の増減は課税上考慮しないこととしているから，これを課
税上考慮することはできない。
ウ原告は，本件Ｐ３社株の引受けの際にも，本件Ｐ２社株の引受けの際に
も，本件Ｐ２社株の含み益相当額を益金計上（純資産価額の増加）の基礎
としていることが，同一資産価値の二重評価である旨主張する。
しかしながら，平成１６年４月３０日の本件Ｐ３社株及び本件Ｐ４社株
の引受けに関して課税対象となっているのは，当該各株式の引受けによっ
て実現した利益であるところ，その利益が時価と発行価額（払込価額）と
の差額と同額であり，時価の算定において純資産価額評価法を採用してい
ることから，Ｐ３社が保有するＰ２社株式の含み益も純資産を構成する要
素として「計算の対象」となっているのである。他方，同年１２月２０日
の本件Ｐ２社株の引受けに関して課税対象となっているのは，当該株式の
引受けによって実現した利益であり，同年４月３０日の株式引受けに関し
て課税されたものとは別個の株式である。すなわち，同年４月３０日の本
件Ｐ３社株及び本件Ｐ４社株並びに同年１２月２０日の本件Ｐ２社株の引
受けの際，いずれにおいてもＰ２社株式の含み益が計算されているが，こ
れは同一の利益を二重に評価して課税しているわけではなく，課税対象は，
それぞれにおいて実現した利益であって別個であり，単に，利益額の計算
に当たって，純資産価額評価法を採用し，いずれの会社もＰ２社株式の含
み益を保有しているために，Ｐ２社株式の含み益という同一項目が計算さ
れているにすぎない。したがって，原告の主張には理由がない。
また，原告は，株式の評価を純資産価額方式で行う場合は，法人税額相
当額を控除すべきである旨主張する。相続税の分野における株式の評価に
ついては，個人が直接資産を保有する場合と，会社を通じて間接的に保有
する場合（当該会社が解散して当該資産が直接個人に帰属する場合）との
均衡を保つため，会社が清算した際の法人税額控除額を算定し，それを資
産価値から控除することとされている。これに対し，法人税課税における
株式の評価については，会社が継続的に事業活動を行うことを前提として，
当該会社の正味資産の価額を参酌して算出した通常取引される価額を算定
するものであるから，必ずしも，上記の趣旨が妥当するということはでき
ないというべきである。そして，このような考え方に基づいて，平成１２
年課法２−７による改正により，法人税課税における１株当たりの純資産
価額の評価に当たり法人税額等相当額を控除しないこととされるに至った
ものであるところ（法人税法基本通達９−１−１４(3)），平成１７年当
時においては，法人税課税における株式の評価については法人税額等相当
額を控除しないという取扱いが課税実務上定着していたものということが
でき，そのような取扱いについて合理性を認めることができるというべき
である。したがって，原告の上記主張は採用することができない。
４所得金額及び納付すべき法人税額並びに過少申告加算税額について
以上に述べたところに従い，原告会社の所得金額及び納付すべき法人税額並
びに過少申告加算税額を算定すると，次のとおりとなる。
(1)所得金額５９７億０５６２万９５６０円
上記金額は，次のアの金額にイの金額を加算し，ウの金額を控除した金額
である。
ア確定申告における所得金額４７１億８８１８万９１１３円
イ所得金額に加算すべき金額１２６億９７２９万１９１１円
上記金額は，次の(ｱ)から(ｹ)までの金額の合計額である。
(ｱ)有価証券の取得に係る利益の計上漏れ金額
１２０億６１９２万６２４０円
上記金額は本件２社株の取得に係る利益の計上漏れである。
(ｲ)仕入過大計上額４億６６１１万３０７８円
(ｳ)事業税の損金算入過大額２１６０万５４００円
(ｴ)営業費のうち損金の額に算入されない額８７１万６５１９円
(ｵ)減価償却費のうち損金の額に算入されない額６５万３６８１円
(ｶ)為替差益計上漏れ額４２万３２７２円
(ｷ)一括評価金銭債権に係る貸倒引当金の繰入限度超過額
６２万２０７１円
(ｸ)国外関連者に対する寄附金の損金不算入額
１億３７２２万８４４６円
(ｹ)雑益計上漏れ３２０４円
ウ所得金額から減算すべき金額１億７９８５万１４６４円
上記金額は，次の(ｱ)から(ｳ)までの金額の合計額である。
(ｱ)売上過大計上額１億２５３２万５８２９円
(ｲ)事業税の損金算入認容額５２０８万９１００円
上記金額は，次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ本件更正処分に伴い増加した事業税の額３０万５９００円
ｂ本件再更正処分に伴い増加した事業税の額５１７８万３２００円
(ｳ)控除対象外国法人税額の益金算入過大額２４３万６５３５円
(2)所得金額に対する法人税額１７９億１１６８万８７００円
上記金額は，前記(1)の所得金額（国税通則法１１８条１項の規定に基づ
き１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に法人税法６６条１項に
規定する税率を乗じて計算した金額である。
(3)法人税額の特別控除額３億８８２０万２２５０円
上記金額は，本件確定申告書に記載された金額と同額である。
(4)法人税額から控除される所得税額等２５０億３７３８万４１１１円
上記金額は，次のア及びイの金額の合計額である。
ア法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税額等の金額
９３億０３２９万７８６６円
イ法人税法６９条に規定する法人税額から控除される外国税額の再計算後
の金額１５７億３４０８万６２４５円
(5)納付すべき税額等△９６億９６８５万５５６１円
上記金額は，次のア及びイの金額の合計額である。
ア納付すべき税額（法人税額から控除される所得税額等の金額のうち控除
しきれなかった額）△７５億１３８９万７６６１円
上記金額は，前記(2)の所得金額に対する法人税額１７９億１１６８万
８７００円から前記(3)の法人税額の特別控除額３億８８０２万２２５０
円を控除し，さらに，前記(4)の法人税額から控除される所得金額２５０
億３７３８万４１１１円を控除した結果，控除しきれなかった金額である。
イ中間申告分の法人税額△２１億８２９５万７９００円
上記金額は，本件確定申告書に記載された金額である。
(6)過少申告加算税額
有価証券の取得に係る利益の計上漏れ金額は，本件更正処分（本件裁決に
より一部取り消された後の金額）において加算された金額である（別紙５順
号２参照）ところ，その正しい金額は，前記(1)イ(ｱ)のとおり１２０億６１
９２万６２４０円であるため，本件更正処分の付帯税である過少申告加算税
については，上記金額に基づいて本件更正処分によって新たに納付すること
になる法人税額を再計算をした上で，過少申告加算税額を算出する必要があ
る。
そして，上記金額に基づいて本件更正処分によって新たに納付することに
なる法人税額を再計算すると，以下のとおり１６億３７７０万２４１４円と
なるから，これに対して１００分の１０の割合（国税通則法６５条１項に規
定する割合）を乗じて算出した金額（ただし，国税通則法１１８条３項の規
定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額）は，１億６３７７万円と
なる。
ア有価証券の取得に係る利益の計上漏れ金額は，前記のとおり，１２０億
６１９２万６２４０円であるところ，本件更正処分においては，１２２億
２５６５万８２００円（本件裁決により一部取り消された後の金額）であ
ったから，その差額１億６３７３万１９６０円が過大に更正されたことと
なる。
イ本件更正処分に係る所得金額（本件裁決により一部取り消された後の金
額）は，５９７億８３９１万３０７０円から，前記アの差額を差し引いた
５９６億２０１８万１１１０円となる。
ウ本件更正処分に係る所得金額に対する法人税額（本件裁決により一部取
り消された後の金額）は，前記イの金額の１０００円未満の端数を切り捨
てた金額に３０％の法人税率を乗じた１７８億８６０５万４３００円とな
る。
エ法人税額の特別控除額は，本件確定申告書の３億８８２０万２２５０円
である。
オ法人税額から控除される所得税額等は，本件確定申告書の９３億０３２
９万７８６６円となる。
カ法人税額から控除される外国税額は，前記アの所得金額の変動による法
人税額を基に再計算すると，１５７億４８０６万６８４５円となる。
キ納付すべき税額は，前記ウからエないしカを控除したマイナス７５億５
３５１万２６６１円となる。
ク納付すべき税額から中間申告分の法人税額２１億８２９５万７９００円
（別紙３⑧参照）を控除した額は，マイナス９７億３６４７万０５６１円
となり，本件確定申告書に記載された差引納付すべき又は減少する法人税
額（別紙３⑨参照）マイナス１１３億７４１７万２９７５円との差額は，
１６億３７７０万２４１４円となる。
第４結論
よって，原告の請求は，主文第１項及び第２項の限度で理由があるからその限
度でこれを認容し，その余はいずれも理由がないから棄却することとし，訴訟費
用の負担につき行政事件訴訟法７条，民訴法６１条，６４条本文を適用して，主
文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
杉原則彦裁判長裁判官
波多江真史裁判官
家原尚秀裁判官

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