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平成２５年１１月１２日判決言渡
平成２４年（行ケ）第１０３７７号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成２５年１０月２９日
判決
原告栄研化学株式会社
訴訟代理人弁護士永島孝明
安國忠彦
浅村昌弘
弁理士磯田志郎
浅村皓
池田幸弘
井上慎一
被告独立行政法人理化学研究所
訴訟代理人弁護士熊倉禎男
渡辺光
弁理士滝澤敏雄
被告株式会社ダナフォーム
訴訟代理人弁護士山上和則
弁理士辻丸光一郎
中山ゆみ
伊佐治創
主文
原告の請求を棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１原告の求めた判決
特許庁が無効２０１１－８００２６１号事件について平成２４年９月２４日にし
た審決を取り消す。
第２事案の概要
本件は，特許無効審判請求を不成立とする審決の取消訴訟である。争点は，容易
想到性の有無である。
１特許庁における手続の経緯
被告らは，名称を「核酸の増幅法およびこれを利用した変異核酸の検出法」とす
る発明の特許権者である（特許３８９７８０５号，平成１６年１２月２４日特許出
願，優先権主張番号：特願２００３－４３１００３号，平成１５年１２月２５日優
先権主張（日本），平成１６年１０月２８日優先権主張（日本），平成１９年１月５
日設定登録・甲１１）。
原告は，平成２３年１２月２２日，請求項１～１３及び請求項１６～２７につい
て無効審判請求（無効２０１１－８００２６１号）をしたが，特許庁は，平成２４
年９月２４日，「本件審判の請求は，成り立たない。」との審決をし，その謄本は同
年１０月４日，原告に送達された。
２本件発明の要旨
本件明細書（甲１１）によれば，本件特許の請求項１～１３及び請求項１６～２
７に係る発明は，以下のとおりである（取消事由と関連しないため，請求項２～１
３，１６～２７についての記載は省略する。それぞれの発明は，請求項の番号に対
応して，「本件発明１」，「本件発明２」等と表記する。）。以下において「被告」とい
うときは，被告らを総称するものとする。また，請求項１記載の「第１のプライマ
ー」をターンバックプライマーを意味する「ＴＰ」，「第２のプライマー」をフォー
ルディングプライマーを意味する「ＦＰ」ともいう。
【請求項１】
標的核酸配列を増幅しうる少なくとも二種のプライマーを含んでなるプライマー
セットであって，
前記プライマーセットに含まれる第１のプライマーが，標的核酸配列の３’末端
部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ’）を３’末端部分に含んでなり，
かつ前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５’側に存在する配列（Ｂ）
の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ’）を前記配列（Ａｃ’）の５’
側に含んでなるものであり，
前記プライマーセットに含まれる第２のプライマーが，前記標的核酸配列の相補
配列の３’末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ’）を３’末端部
分に含んでなり，かつ相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む
折返し配列（Ｄ－Ｄｃ’）を前記配列（Ｃｃ’）の５’側に含んでなるものである，
プライマーセット。
３原告が主張する無効理由
本件特許の請求項１～１３及び請求項１６～２７に記載された発明は，以下の刊
行物１に記載された引用発明１に，刊行物２～刊行物１０（以下，「引用発明２」～
「引用発明１０」という。）に記載された各引用発明を適用することにより，当業者
が容易に発明をすることができたものである。
刊行物１：C.R.Acad.Sci.Paris.Sciencedelavie/LifeSciences，1998，321，909-914
（甲１。枝番号による書証を含む。以下同じ。）
刊行物２：特開２０００－３７１９４号公報（甲２）
刊行物３：国際公開第０２／２４９０２号（甲３）
刊行物４：国際公開第９６／０１３２７号（甲４）
刊行物５：EMBL/GenBank/DDBJデータベースにあるAccessionNo.Z72478のHepatitis
BvirusのＤＮＡ配列（1996年5月15日公表）（甲５）
刊行物６：国際公開第０１／３４８３８号（甲６）
刊行物７：NucleicAcidsResearchVol.17，No.7，2503-2516(1989)（甲７）
刊行物８：「ＰＣＲ法最前線－基礎技術から応用まで」（抜粋）（共立出版株式会社，１
９９７年６月１５日，４２５頁～４２８頁）（甲８）
刊行物９：特開２００２－３４５４９９号公報（甲９）
刊行物１０：国際公開第０１／７７３１７号（甲１０）
４審決の理由の要点
(1)引用発明１について
刊行物１には，以下の引用発明１が記載されている。
標的核酸配列を増幅しうる二種のプライマーを含んでなるプライマーセットであ
って，
プライマーＬａｂｉ１は，ＨＩＶウイルスのＧＡＧ遺伝子の配列に特異的にハイ
ブリダイズする２６ヌクレオチドの部分及びプライマーの５’側に位置するヘアピ
ンを形成できる５０ヌクレオチドのパリンドローム部分から構成されており，
第２のプライマーであるＬａｂｉ２は，Ｌａｂｉ１と同様に構成されており，２
８塩基のＨＩＶ特異的部分が６０塩基離れた配列と相補的であり，かつ逆方向を向
いているものである，プライマーセット。
(2)引用発明２について
刊行物２の請求項１２に記載の引用発明２は，以下のとおりである。
「特定の核酸配列についての第１の初期プライマー」及び「特定の核酸配列の相補
体に対する続く初期プライマー」は，共に以下の２つのセグメント「（Ａ）第１のセ
グメントであって，（ｉ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり，
そして（ｉｉ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る，セグメント，及び，（Ｂ）
第２のセグメントであって，（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり，そ
して（ｉｉ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり，（ｉｉｉ）該第
２のセグメントの相補的配列に結合し得，そして（ｉｖ）第２のプライマー伸長が
生成されて第１のプライマー伸長を置換するように，均衡又は限定サイクリング条
件下で，続く第２のプライマー又は核酸構築物の第１のセグメントの，該特定の核
酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る，セグメント」を含むものであって，
これらはそれぞれＴＰであるから，引用発明２は，ＴＰ-ＴＰプライマーセットであ
る。
(3)本件発明１と引用発明１との一致点及び相違点は，以下のとおりである。
【一致点】
標的核酸配列を増幅しうる少なくとも二種のプライマーを含んでなるプライマー
セットであって，前記プライマーセットに含まれる第２のプライマーが，ＦＰであ
るプライマーセットである点。
【相違点】
第１のプライマーが，本件発明１ではＴＰであるのに対して，引用発明１ではＦ
Ｐである点。
(4)相違点に関する審決の判断は，以下のとおりである。
引用発明１の核酸増幅において，ＦＰ-ＦＰプライマーセットに代えて，引用発明
２の増幅効率の良いＴＰ-ＴＰプライマーセットをそのまま採用することは，当業者
が容易に想到することであるといえるとしても，様々な問題点が存在するＦＰ-ＦＰ
プライマーセットにおいて，一方のＦＰのみをＴＰに代え，もう一方のプライマー
にＦＰをそのまま残すということは，技術的に不自然なことであり，そのような置
き換えが動機付けられることはなく，当業者が想到しないことである。
さらに，引用発明１のＦＰによる反応が進行するためには，標的核酸にハイブリ
ダイズしたＦＰが伸長することにより形成された二本鎖が開き，図１ｈに示される
ヘアピン構造の形成が可能な反応条件を設定する必要がある。一方，引用発明２の
ＴＰによる増幅反応が進行するためには，ＴＰが標的核酸にハイブリダイズして伸
長することにより形成された二本鎖と，鎖内ステムループ構造が平衡となる反応条
件を設定する必要がある。
このように，ＦＰとＴＰは，構成が異なるプライマーであり，それを用いた増幅
反応が進行する原理も異なるものであって，それぞれ厳密な反応条件の設定を必要
とするものであるから，引用発明１に引用発明２を適用する際に，ＦＰとＴＰを組
み合わせてプライマーセットとすることは，当業者であれば回避しようとするもの
であって，ＴＰ-ＴＰプライマーセットそのものを採択するものであるといえる。
そして，本件発明１のプライマーセットは，標的核酸を特異的かつ効率的に等温
増幅することができるとともに，一塩基変異を効果的に検出できる（段落【０１４
５】）という格別顕著な効果を奏するものである。
したがって，本件発明１は，引用発明１に引用発明２のプライマーを適用するこ
とにより容易になし得たとはいえない。
また，本件発明２～１３及び１６～２７についても，本件発明１と同様に，「標的
核酸配列を増幅しうる少なくとも二種のプライマーを含んでなるプライマーセット
であって，前記プライマーセットに含まれる第１のプライマーが，標的核酸配列の
３’末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ’）を３’末端部分に含ん
でなり，かつ前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５’側に存在する配列
（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ’）を前記配列（Ａｃ’）
の５’側に含んでなるものであり，前記プライマーセットに含まれる第２のプライマ
ーが，前記標的核酸配列の相補配列の３’末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズ
する配列（Ｃｃ’）を３’末端部分に含んでなり，かつ相互にハイブリダイズする２
つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ－Ｄｃ’）を前記配列（Ｃｃ’）の５’
側に含んでなるものである，プライマーセット。」を発明特定事項とするものである
から，本件発明２～１３及び１６～２７が，引用発明１～１０に基づいて，当業者
が容易に発明をすることができたということはできない。
第３原告主張の審決取消事由
１動機付けに関する認定判断の誤り
(1)ＴＰ－ＴＰプライマーセットの増幅効率
審決は，引用発明１のＦＰ－ＦＰプライマーセットにおいて片方のＦＰのみを引
用発明２のＴＰに代えることに動機付けがないことの理由として，引用発明２のＴ
Ｐ－ＴＰプライマーセットを使用すると，ＴＰが結合でき新規な核酸鎖の合成基点
となるループ構造が多く形成されるため，ＴＰ－標準プライマーセットと比べて優
れた増幅効率を示すことを挙げたが，以下のとおり誤りである。
ア刊行物２には，ＴＰ－ＴＰプライマーセットによる増幅反応のみならず，
ＴＰ－標準プライマーセット（請求項１及び図１，２）やＴＰ単独による増幅反応
（請求項１及び図１）が，独立した発明として記載されているから，増幅反応に使
用するのに，同じプライマー同士からなる対称プライマーセットである必要はなく，
ＴＰ－標準プライマーセットのような非対称プライマーセットであっても増幅を達
成できることが開示されているといえる。したがって，引用発明２は，ＴＰとＴＰ
以外のプライマーを組み合わせることの動機付けを提供するものである。
イＴＰを用いた増幅反応において，刊行物２の図２④や図３④のような，
新規な合成基点となるループ構造を含む形態は，安定ではなく，ループ構造を含ま
ない二本鎖の形態との平衡状態にある。すなわち，新規な合成基点となるループ構
造は，常に形成されているわけではないのだから，条件によっては形成されること
があるループ構造の数のみから単純に増幅効率を推測することはできない。実際，
刊行物２の実施例１においては，ＴＰ－ＴＰプライマーセットを使用した増幅反応
と，ＴＰ－標準プライマーセットを使用した増幅反応が行われたが，図１７Ａの実
験結果が示すとおり，両反応の増幅効率（レーン１とレーン６）に差はないことが
明らかとなっている。
(2)ＦＰ－ＦＰプライマーセットの様々な問題点
審決は，引用発明１のＦＰ－ＦＰプライマーセットにおいて片方のＦＰのみを引
用発明２のＴＰに代えることに動機付けがないことの理由として，引用発明１のＦ
Ｐ－ＦＰプライマーセットには様々な問題点が存在することを挙げたが，以下のと
おり，そのような問題点は存在しない。
ア審決が，引用発明１のＦＰ－ＦＰプライマーセットに様々な問題点が存
在すると認定した根拠は，引用文献としては採用されていない甲２３（特許第３３
１３３５８号公報）に，同じく引用文献として採用されていない刊行物４について
の問題点が記載されており，刊行物４と引用発明１の原理が同一であることである。
しかし，刊行物１は刊行物４の優先権主張日又は国際出願日から約３～４年後に
発行された文献であり，両者の記載内容は異なる。審決は，刊行物１の記載を精査
せず，本件の引用文献とは無関係な甲２３に刊行物１よりも古い刊行物４に関する
問題点が記載されていることに基づいて，刊行物１にも同様の問題点が依然として
存在すると認定し，刊行物２との組合せを否定するものであって，不当である。
イ刊行物１には，審決が刊行物４について指摘した問題点が存在しないこ
とが明らかにされている。すなわち，審決は，刊行物４について，末端が相補鎖と
の塩基対結合を解消して改めて同一鎖上で塩基対結合を構成するステップが存在す
ることから厳密な反応条件の設定が必要であるという問題点を指摘したが，刊行物
１では，温度条件を変えて増幅反応を行うことで反応条件を検討し，最適温度，反
応条件を具体的に確定することに成功しているのだから，当業者であれば，その記
載に基づき条件を適宜設定することが可能である。そして，刊行物２も刊行物１と
同様のステップを有するから，反応条件の設定は両者を組み合わせるに当たって何
ら問題とはならない。
また，審決は，刊行物４について，プライマーダイマーが生成され，非特異的な
産物が合成されるという問題点も指摘したが，従来からプライマーの配列を適切に
設計してプライマー間で相補的な配列を含まないようにすることで，当該問題点は
回避されていた。刊行物１においては，増幅実験結果を示す図２に非特異的な産物
が表れていないことから，プライマーダイマーの問題が解決されていることがわか
る。しかも，刊行物１のＦＰはダイマーを形成しても，非特異的反応は生じず，増
幅反応には影響を与えない。
ウ以上のとおり，引用発明１には，審決が認定した問題点は存在しないの
だから，それを前提として，引用発明１と引用発明２を組み合わせる動機付けがな
いとした審決の判断は誤りである。
(3)引用発明１に引用発明２を適用する動機付け
引用発明１は，等温遺伝子増幅法の提供を課題とするが，熱変性を２回要してお
り，完全な等温増幅反応ではないため，依然として等温増幅という課題が内在する。
そして，２回の熱変性のうち，２回目はプライマーによる増幅反応の生成物を鋳型
から解離する工程であるから，より完全な等温増幅反応を提供するためには，少な
くとも２回目の熱変性工程を排除することが必要である。一方，刊行物２には，Ｔ
Ｐを採用することにより，プライマーによる増幅反応生成物を熱変性なしに鋳型か
ら解離する方法が開示されている。しかも，引用発明１のＦＰと引用発明２のＴＰ
とは，いずれも増幅反応においてヘアピン構造を提供するという共通の機能を果た
すものであるのだから，両者を組み合わせることには動機付けがある。
したがって，引用発明１のＦＰと引用発明２のＴＰを組み合わせることに動機付
けがないとした審決の判断は誤りである。
２阻害事由に関する認定判断の誤り
刊行物１にも，刊行物２にも，それぞれの反応条件が実験により具体的に記載さ
れている。そして，両者の反応条件に大差がないことが明らかである。また，引用
発明１のＦＰの場合の二本鎖とヘアピン構造との平衡と，引用発明２のＴＰの場合
の二本鎖とループ構造との平衡では，反応機構に大差はなく，これらの組合せが阻
害される事情は存在しない。
したがって，引用発明１のＦＰと引用発明２のＴＰがそれぞれ厳密な反応条件の
設定を必要とすることは，それらを組み合わせる阻害要因になる旨判断した審決の
判断は誤りである。
３顕著な効果に関する認定判断の誤り
(1)審決は，本件発明１のＴＰ－ＦＰプライマーセットの効果に関して，「標
的核酸を特異的かつ効率的に等温増幅することができると共に，一塩基変異を効果
的に検出できる」と，顕著性を認めた。
しかし，本件明細書には，審決が認めたとおりの上記事項が記載されているにす
ぎず，審決が顕著性を認めた根拠は不明である。そして，引用発明１も，引用発明
２も，標的核酸を特異的かつ効率的に等温増幅するプライマーセットに関するもの
であって，一塩基変異の検出にも使用できるのだから，本件発明１の効果は，引用
発明１及び引用発明２が当然具備している効果にすぎず，顕著ということはできな
い。
(2)被告は，本件発明の優れた効果として，等温増幅，特異的核酸増幅，プラ
イマー設計の容易性，及び効率的な核酸増幅を主張するが，以下のとおり，いずれ
も理由がない。
ア等温増幅
引用発明１や引用発明２も等温増幅方法であるから，本件発明１が等温増幅方法
であることは，刊行物記載の発明と比較して優れた効果ではない。
イ特異的核酸増幅
刊行物１の図２には，引用発明１の増幅方法により，ＨＩＶゲノムについて特異
的な増幅が生じたことが記載されているし，刊行物２にも非特異的増幅が生じてい
ないことが記載されているのだから，本件発明１の増幅の特異性は，引用発明１に
対する優れた効果とはいえない。
被告は，本件発明１が一塩基多型（ＳＮＰｓ）検出において優れた効果を発揮す
ることを主張するが，ＳＮＰｓを検出するためには，本件発明１の発明特定事項に
加え，プライマーにミスマッチを導入する必要があるのだから，本件発明１の効果
として参酌すべきものではない。また，本件発明の発明者らによる学術論文である
甲２２には，ＴＰ－ＴＰプライマーセットとＴＰ－ＦＰプライマーセットによりＳ
ＮＰｓを検出したところ，同等の効果であったことが示されている上，ＴＰ－ＦＰ
プライマーセットもバックグラウンドの指数関数的な増幅を起こす可能性が記載さ
れている。したがって，被告の上記主張は失当である。
ウプライマー設計の容易性
被告は，本件発明１のプライマー設計の容易性について，ＬＡＭＰ法と比較して
顕著性を主張するが，ＬＡＭＰ法は引用発明１及び引用発明２とは異なるので，比
較の対象とすべきでない。また，プライマー本数とアニーリングサイト数は，ＴＰ
及びＦＰの組合せから自明な効果にすぎない。
エ効率的な核酸増幅
被告が主張する，効率的な核酸増幅は，本件明細書に記載された効果ではない。
また，刊行物２には，ＴＰ－ＴＰプライマーセットとＴＰ－標準プライマーセット
では増幅効率に差がないという結果が示されているのだから，ＴＰ－ＦＰプライマ
ーセットでも，少なくともＴＰ－標準プライマーセットと同等の増幅効率が達成さ
れると予想し得るところであり，本件発明１の効果は，引用発明１及び引用発明２
と比較して顕著とはいえない。
第４被告の反論
１動機付けに関する認定判断の誤りに対して
(1)ＴＰ－ＴＰプライマーセットの増幅効率
ア刊行物２において，ＴＰ－標準プライマーセットによる増幅反応は例示
的に記載されているだけで，その利点や推奨に関する記載はない。むしろ，図２及
び３のとおり，ＴＰ－ＴＰプライマーセットは，ＴＰ－標準プライマーセットより
増幅のための合成起点の数が多いため，ＴＰ－標準プライマーセットがＴＰ－ＴＰ
プライマーセットよりも増幅効率の点で劣ることは，当業者に明らかであるから，
ＴＰとＴＰ以外のプライマーを組み合わせることには阻害要因がある。まして，Ｔ
Ｐを標準プライマーではなくＦＰと組み合わせることで，等温増幅効果など特有の
効果が表れることについて，一切の記載も示唆もなく，当業者が容易に想到し得な
いことである。
イ原告の指摘するループ構造の不安定性の問題は，ＴＰ－ＴＰプライマー
セットとＴＰ－標準プライマーセットとで同じであるのだから，両者の増幅効率の
比較に影響を与えることはない。
また，原告は，刊行物２の図１７Ａから，ＴＰ－ＴＰプライマーセットを使用し
た増幅反応とＴＰ－標準プライマーセットを使用した増幅反応とは，増幅効率の点
で差がない旨主張する。しかし，原告は，図１７Ａの写真において特定のバンドを
比較して説明しているわけではない。そもそも，図１～２に記載されたＴＰ－標準
プライマーセットによる増幅原理によれば，複数の増幅ユニットが長く連なった長
鎖ＤＮＡ産物は合成されず，１つの増幅ユニットからなる単一長さの短鎖ＤＮＡが
合成されるはずである。それにもかかわらず，図１７Ａには，いろいろな長さのラ
ダーパターンが表れており，これらは非特異的増幅産物と考えられるので，比較に
値するものではない。
(2)ＦＰ－ＦＰプライマーセットの様々な問題点
ア厳密な反応条件の設定の問題
審決が指摘した厳密な反応条件の設定は，二本鎖の増幅反応中間体の末端が，分
子間の塩基対結合を解消して分子内の塩基対結合をすることにより折り返して，３’
末端が自己を鋳型にして伸長する反応の条件設定をいうところ，この反応は，引用
発明１の基本的なメカニズムであるため，この反応を起こすための厳密な反応条件
を設定する必要があるという問題は，全く別の異なる増幅メカニズムを採用しない
限り，解消しない。原告は，引用発明１にはこの問題が存在しないと主張するが，
存在しないのではなく，厳密な反応条件の設定を実施した結果である。
また，引用発明１の折り返し反応は，３’末端の折り返しによる自己伸長反応で
あり，引用発明２のループを形成する反応は，ループに新たなプライマー（ＴＰ）
がハイブリダイズして合成起点を提供する場を形成する反応であり，両者は，増幅
反応の基本的メカニズムにおいて異なる反応であるから，引用発明１と引用発明２
とは，反応が共通する旨の原告の主張は，失当である。
イプライマーダイマーの問題
ＦＰは，それ自身がループ構造を形成するため，原理的にプライマーダイマーが
生じやすいという構造的な原因がある。したがって，プライマーの配列を適切に設
計したとしても，この問題を回避できるわけではない。
(3)引用発明１に引用発明２を適用する動機付け
刊行物１には，熱変性の排除という課題について記載も示唆もなく，ＦＰ－ＦＰ
プライマーセットによる増幅反応が完成された等温増幅方法として記載されている。
しかも，原告が特に熱変性を排除する必要を指摘する２回目の熱変性工程について，
刊行物１には，問題とならない旨の記載があり，２回の熱変性を全く問題視してい
ない。したがって，原告の主張は失当である。
２阻害事由に関する認定判断の誤りに対して
原告が引用発明１と引用発明２との間で大差ないと指摘する反応条件は温度のみ
であり，その他の反応条件（例えば，酵素，ｐＨ，イオン強度等）に関しては大差
があるのかどうか明らかにしていないところ，仮に，温度のみ共通にしたとしても，
他の条件が異なれば反応条件には大差があることになる。しかも，刊行物１には最
適温度が８０℃であるＦＰ－ＦＰプライマーセットが例示されているが，そのよう
な温度では，刊行物２の反応で使用するＢｓｔＤＮＡポリメラーゼは失活する。ま
た，反応機構については，引用発明１と引用発明２とは，分子内で相補的な二本鎖
を形成する点で共通するが，引用発明２のＴＰでは，ループを介して遠くの領域同
士で二本鎖が形成されるのに対して，引用発明１のＦＰでは，ループを介さずに近
い領域同士で二本鎖が形成され，この相違により，平衡は，前者の方が後者よりも
二本鎖側に偏っている。したがって，原告の上記主張は失当である。
３顕著な効果に関する認定判断の誤りに対して
本件発明１は，以下のとおり，ＴＰとＦＰを組み合わせたことにより，顕著な効
果を奏するものであり，顕著な効果を認めた審決の判断に誤りはない。
(1)等温増幅
本件発明１は，等温条件下で連続して標的核酸を合成することが可能であり，サ
ーマルサイクラー等の特別の装置を必要とせず，温度調整に要する時間も必要ない
ため，短時間で増幅産物を得ることが可能である。ＴＰ－ＴＰプライマーセットを
用いた等温増幅法であるＬＡＭＰ法及びＥｎｚｏ法よりも，プライマー設計の容易
性及び効率的な核酸増幅（短時間での核酸増幅）という効果を同時に達成できる点
で優れている。
(2)特異的核酸増幅
本件発明１は，高い特異的増幅が可能であり，特に，一塩基多型（ＳＮＰｓ），特
定の核酸配列中の配列の欠失又は挿入の有無を高精度で，かつ，増幅の有無による
検出が可能である。これは，２つのＴＰを用いるＬＡＭＰ法及びＥｎｚｏ法では，
バックグラウンド（非特異的反応産物）の指数関数的増幅が起こるのに対して，Ｔ
Ｐ及びＦＰを用いる本件発明１では，起こることはない。
(3)プライマー設計の容易性
従来のＬＡＭＰ法及びＥｎｚｏ法では，それぞれ，４本のプライマーが標的核酸
の６箇所に，２本のプライマーが４箇所に，アニールするのに対して，本件発明１
では，２本のプライマーが３箇所にアニールするのみであるから，プライマーの設
計が容易である。
また，一塩基多型等の変異を検出する場合，ＴＰ－ＴＰプライマーセットを用い
ると，プライマーの５’末端に検出サイトが位置するようにデザインすることが一
般的であるが，バックグラウンドの上昇を抑えるために制約がある。それに対して，
本件発明１では，ＴＰとＦＰを組み合わせて使用するため，バックグラウンドの上
昇は無視できる程度のものとなるため，プライマー設計が容易である。
(4)効率的な核酸増幅
本件発明１のプライマーセットでは，反応の律速が，ＦＰ側ではなく，ＴＰ側に
あることから，効率よく作用するＴＰが１つあれば，効率的な核酸増幅が可能であ
る。それに対して，従来のＬＡＭＰ法及びＥｎｚｏ法では，２つのＴＰのうち，効
率の悪いＴＰが律速となるため，増幅速度が遅くなる。
第５当裁判所の判断
１本件発明１について
本件明細書（甲１１）によれば，本件発明１につき以下のことが認められる。
本件発明１は，鎖置換反応を利用した核酸の増幅法において，標的核酸が増幅さ
れた場合にのみステム－ループ形成可能なプライマーを特定の条件を満たすように
設計し，このプライマーと５’末端部分に折返し配列を有するプライマーとを組み
合わせて用いることにより，標的核酸を特異的かつ効率的に増幅しうるプライマー
セット，及びこれを用いた核酸増幅法を提供することを目的とするものである。（段
落【００２０】～【００２１】）
本件発明１によれば，ＤＮＡ又はＲＮＡを鋳型として，等温条件下で連続して標
的核酸を合成することが可能となる。したがって，本件発明１によるプライマーセ
ット及びそれを用いた核酸増幅法は，温度管理のためのサーマルサイクラー等の特
別な装置を必要とせず，また，温度調整に要する時間も必要ないため，短時間で増
幅産物を得ることが可能となる。さらに，本件発明１によるプライマーセットは，
高度に特異的な核酸増幅を可能とするため，これを用いることにより，遺伝子中に
おける変異，特に一塩基変異の有無，特定の核酸配列中における配列の欠失又は挿
入の有無などを，増幅産物の検出によって判定することが可能となる。（段落【００
２４】）
本件発明１の第１のプライマー（ＴＰ）及び第２のプライマー（ＦＰ）による核
酸増幅反応の具体的な作用機序は，以下のとおりである（図３参照）。まず，第１の
プライマーが標的核酸のセンス鎖にハイブリダイズし，該プライマーの伸長反応が
起きる（図３(a)）。次いで，伸長鎖（－）上においてステム－ループ構造が形成さ
れ，これにより一本鎖となった標的核酸センス鎖上の配列（A）に新たな第１のプ
ライマーがハイブリダイズし（図３(b)），該プライマーの伸長反応が起きて，先に
合成された伸長鎖（－）が脱離する。次に，脱離した伸長鎖（－）上の配列（C）
に第２のプライマーがハイブリダイズし（図３(c)），該プライマーの伸長反応が起
き，伸長鎖（＋）が合成される（図３(d)）。生成した伸長鎖（＋）の３’末端と伸
長鎖（－）の５’末端ではステム－ループ構造が形成され（図３(e)），遊離型の３’
末端である伸長鎖（＋）のループ先端から伸長反応が起こると同時に，前記伸長鎖
（－）が脱離する（図３(f)）。ループ先端からの前記伸長反応により，伸長鎖（＋）
の３’側に配列（A）及び配列（Bc）を介して伸長鎖（－）が結合したヘアピン型
の二本鎖核酸が生成され，その配列（A）及び配列（Bc）に第１のプライマーがハ
イブリダイズし（図３(g)），その伸長反応により伸長鎖（－）が生成される（図３(h)
及び(i)）。また，前記ヘアピン型二本鎖核酸の３’末端に存在する折返し配列によっ
て遊離型の３’末端が提供され（図３(h)），そこからの伸長反応により（図３(i)），
両端に折返し配列を有し，第１及び第２のプライマーに由来する配列を介して伸長
鎖（＋）と伸長鎖（－）とを交互に含む一本鎖核酸が生成される（図３(j)）。この一
本鎖核酸では，その３’末端に存在する折返し配列により遊離型の３’末端（相補
鎖合成起点）が提供されるため（図３(k)），同様の伸長反応が繰り返され，１回の
伸長反応当たり２倍の鎖長となる（図３(l)及び(m)）。また，図３(i)において脱離し
た第１のプライマーからの伸長鎖（－）では，その３’末端に存在する折返し配列
により遊離型の３’末端（相補鎖合成起点）が提供されるため（図３(n)），そこか
らの伸長反応により，両端にステム－ループ構造が形成され，プライマーに由来す
る配列を介して伸長鎖（＋）と伸長鎖（－）とを交互に含む一本鎖核酸が生成する
（図３(o)）。この一本鎖核酸においても，３’末端におけるループ形成によって相
補鎖合成起点が順次提供されるため，そこからの伸長反応が次々に起こる。このよ
うにして自動的に延長される一本鎖核酸には，第１のプライマー及び第２のプライ
マーに由来する配列が伸長鎖（＋）と伸長鎖（－）との間に含まれているため，各
プライマーがハイブリダイズして伸長反応を起こすことが可能であり，これにより
標的核酸のセンス鎖及びアンチセンス鎖が顕著に増幅される。
第１のプライマー及び第２のプライマーにより標的核酸が増幅された場合には，
上記のように，増幅産物は標的核酸配列とその相補配列とを交互に有するものとな
る。その増幅産物の３’末端には折返し配列又はループ構造が存在し，これにより
提供される相補鎖合成起点から次々に伸長反応が起こっている。（段落【００３７】
～【００４０】）
【図３ａ】
【図３ｂ】
２引用発明について
(1)引用発明１について
刊行物１（甲１の１。翻訳は甲１の２）は，１９９８年（平成１０年）に発表さ
れた「等温遺伝子増幅方法」と題する学術文献であるところ，当該文献には，引用
発明１について以下の記載がある。
「ここでは，プログラム可能な熱（サーマル）サイクラーの助けを借りずに実施
でき，ＨＩＶウイルスの検出に応用される遺伝子増幅技術を記述する。」
「遺伝子増幅技術の発明は，生物学の多くの研究領域を激変させてきた［1-3］。
ここ数年，定温で実施できる方法を開発すべく多くの努力が払われてきた［4-10］。
この目的で，我々は，ＤＮＡポリメラーゼに対する基質として役立つ特殊なプライ
マー対を試してきた。これらのプライマーは，標的ＤＮＡの特異的部分ならびにこ
のプライマーを「ヘアピン」状の構造に適合させることのできるパリンドローム（回
文）配列を含む部分を有する。それら特異的部分は，数百塩基対の長さの標的ＤＮ
Ａ領域にわたる。
予想される反応を図１に詳細に示す。プライマー類及びＤＮＡポリメラーゼの存
在下で標的ＤＮＡを短時間加熱し（図１ａ），ついで，試験管を約６０℃の湯浴中に
３分間置く。それらプライマーは標的ＤＮＡとハイブリダイズし，ＤＮＡポリメラ
ーゼがそれらプライマーからの新しい鎖の伸長を開始する（図１ｂ及び１ｃ）。２度
目にはごく短時間，最後には１００℃に加熱する（図１ｄ及び１ｅ）。新しく合成さ
れた鎖は解離し，今度は新しいプライマーの標的としての役割を果たし，新しい鎖
が合成される。
図１反応の詳細
この段階から，反応は定温で行なわれる（この温度はプライマー類の配列に依存
する）。
プライマーが新しく合成された鎖に固定され，新しい鎖が重合される（図１ｇ）。
ヘアピン領域に到達すると，酵素は対応する鎖をパリンドローム領域へ移動させ，
重合を続ける。
ある温度で，形成されたＤＮＡの線形形態と２つのヘアピンが形成された形態と
の間に平衡が生じる（この平衡は広い温度範囲内で起こるが，多少ともいずれか一
方の形態の方へずれる）。
約５０℃から，極めて速やかにこの平衡に到達する（図１ｈ）。２つのヘアピン領
域のうちの一方は遊離の３’末端をもつ：それは，ＤＮＡポリメラーゼに対するプ
ライマーの役割を果たすことができる。そのポリメラーゼが，新しい鎖を合成し，
相補鎖を移動させて，これが離れるようにする（図１ｉ）。
この鎖に新しいプライマーが固定され，サイクルが再開する。
この間に，最初の鎖の上での合成が終了し，線状形態と２つのヘアピンをもつ形
態との間に平衡が樹立される（図１ｊ）：２つのヘアピンのうちの一方は再び当該酵
素に対するプライマーの役割を果たし，新しい鎖が合成されて，古い鎖を移動させ
る（図１ｋ）。各サイクル当り，合成されたＤＮＡのサイズが２倍になる。」
「２．１試薬
…プライマーＬａｂｉ１及びＬａｂｉ２：各０．５ｍＭ…」
「２．３遺伝子増大反応に最適な温度を調べる装置
我々は，先験的には，ある与えられたプライマー対にとっての最適の反応温度が
どの程度であるかを知らない。一方では，図１ｈに示した平衡が生じるのに十分な
だけ温度が高いこと，すなわちその温度で二本鎖が開きうること，また，十分に当
安定なヘアピン構造の形成が可能なことが必要である。他方では，その温度で標的
ＤＮＡにそれらのプライマーがハイブリダイズできる必要がある。…我々の知る限
り，与えられたプライマー対の反応の最適温度を予測するための十分に性能のよい
コンピュータープログラムは存在していない。それゆえ，我々は，この温度を実験
的に求めることを可能にする装置を構築した。…その装置は，２００μｌの微小試
験管を収容するための穴をあけた加熱台からなる。６つの末端の１つにはんだ付け
した正の温度係数をもつ抵抗によって，この台に沿って温度勾配を生じさせる。…
３．結果
ＨＩＶゲノムを含有するプラスミド［19，20］計１０４
コピーを，温度勾配のあ
る前記台上で，温度が４５℃から８８℃まで段階的に変化するウェルの中でインキ
ュベートした。２時間後に，２％アガロースゲルにかける。結果を表１にまとめた：
【表１】
…この反応のための最適温度は５３℃である。…
他のプライマー対類では，最適反応温度が異なる：プライマーａｔｔｏ１及びａ
ｔｔｏ２では，最適温度が８０℃である。…
４．考察
…我々は非耐熱性のＤＮＡポリメラーゼ酵素を用いなかったが，これの使用は可能
である：ＰＣＲ手法において酵素を破壊するのは，１００℃で３分間の反復処理だ
からである。我々が提示している手法では，試験管を１００℃に加熱するのは２回
だけであり，しかも数秒間である：それ程の短い処理は，耐熱性でないＤＮＡポリ
メラーゼを用いても，重要な酵素活性を残存させる。反応試験管中にそれをより大
量に導入すれば十分である。非耐熱性酵素のコストが低いことから考えて，そのこ
とは問題とはならない。加熱工程の後に酵素を追加することができる。」
(2)引用発明２について
刊行物２（甲２）には，次の記載がある。
「【請求項１２】特定の核酸配列を非直線的に増幅するためのプロセスであって，
以下の工程：
該特定の核酸配列，
該特定の核酸配列ついての第１の初期プライマーまたは核酸構築物であって，該
第１の初期プライマーまたは核酸構築物が，以下の２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって，（ｉ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質的
に相補的であり，そして（ｉｉ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る，セグ
メント，および，
（Ｂ）第２のセグメントであって，（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一で
あり，そして（ｉｉ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり，（ｉｉ
ｉ）該第２のセグメントの相補的配列に結合し得，そして（ｉｖ）第２のプライマ
ー伸長が生成されて第１のプライマー伸長を置換するように，均衡または限定サイ
クリング条件下で，続く第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの，
該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る，セグメント，を含む；な
らびに，
該特定の核酸配列の相補体に対する続く初期プライマーまたは核酸構築物であっ
て，該続く初期プライマーまたは該核酸構築物が，以下の２つのセグメント，
（Ａ）第１のセグメントであって，（ｉ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質的
に相補的であり，そして（ｉｉ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る，セグ
メント，および，
（Ｂ）第２のセグメントであって，（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一で
あり，（ｉｉ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり，（ｉｉｉ）該
第２のセグメントの相補的配列に結合し得，そして（ｉｖ）第２のプライマー伸長
が生成され，そして第１のプライマー伸長を置換するように，均衡または限定サイ
クリング条件下で，続くプライマーの第１のセグメントの，該特定の核酸配列の該
第１の部分への結合を提供し得る，セグメント，を含む：ならびに基質，緩衝液，
およびテンプレート依存性重合化酵素；を提供する工程：ならびに均衡または限定
サイクリング条件下で，該基質，緩衝液，またはテンプレート依存性重合化酵素の
存在下で，該特定の核酸配列および該新規プライマーまたは核酸構築物をインキュ
ベートし；それにより，該特定の核酸配列を非線形に増幅する，工程，を包含する，
プロセス。」（請求項１２）
「本発明は，特定の核酸配列を直線的に増幅するためのプロセスを提供する。こ
のプロセスは，以下の工程：該特定の核酸配列，初期プライマーまたは核酸構築物
であって，以下の２つのセグメント：（Ａ）第１のセグメントであって，（ｉ）該特
定の核酸配列に第１の部分に実質的に相補的であり，そして（ｉｉ）テンプレート
依存性の第１の伸長をし得る，セグメント，および（Ｂ）第２のセグメントであっ
て，（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり，（ｉｉ）該特定の核酸配列
の第２の部分に実質的に同一であり，（ｉｉｉ）該第２のセグメントの相補的な配列
に結合し得，そして（ｉｖ）第２のプライマー伸長が生成され，そして第１のプラ
イマー伸長を置換するように，均衡（ｉｓｏｓｔａｔｉｃ）または限定サイクリン
グ条件下で，第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの，続く該特
定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る，セグメントを含む，初期プラ
イマーまたは核酸構築物；ならびに，基質，緩衝液，およびテンプレート依存性重
合化酵素；を提供する工程；ならびに，均衡または限定サイクリング条件下で該基
質，緩衝液，およびテンプレート依存性重合化酵素の存在下で，該特定の核酸配列
および該新規プライマーまたは核酸構築物をインキュベートし；それにより，該特
定の核酸配列を直線的に増幅する工程，を包含する。」（段落【００１４】）
「この産物は，図１に例示される，連続する一連の以下の工程によって，形成さ
れ得る。新規のプライマーまたは核酸構築物のテンプレート依存性伸長は，この新
規のプライマーまたは核酸構築物の第２セグメントを含む配列に相補的である伸長
部分配列において生成する。これらの自己相補性領域は，テンプレートに結合した
ままであり得るか，または自己相補性構造を形成し得る。二次構造の形成は，テン
プレートからの，伸長した新規のプライマーの第１セグメントの全てまたは一部の
除去を提供し得る。このことは，別の初期プライマーが，テンプレートからの新規
の第１伸長プライマーの除去の前に，テンプレート配列に結合することを可能にす
る。テンプレート上の第２プライマーの伸長は，テンプレートからの第１伸長プラ
イマーの置換を導き得る。このことは，伸長プライマーの分離が，別の結合および
伸長反応のためのテンプレートの使用の前に常に起こる先行技術とは対照的である。
これらの手段によって，単一のテンプレートは，均衡条件下で，２つ以上の初期事
象を提供し得る。さらに，この方法は，全ての温度が伸長産物およびそのテンプレ
ートのＴｍのものを下回る，限定サイクル条件下で使用され得る。連続するプロセ
スにおいて，新規の第２伸長プライマーにおける二次構造の形成は，新規の第３プ
ライマーの結合および続く伸長を提供し得る。このようにして，変性条件の非存在
下において，本発明の新規のプロセスは，核酸テンプレートの単鎖からの多重プラ
イミング，伸長，および遊離事象を提供し得る。さらに，これらの工程の全ては，
均衡条件下で，同時および連続的に起こり得る。」（段落【０１０４】）
「非直線的増幅産物は，均衡または限定条件下で，連続した一連の以下の工程によ
って，新規のプライマーおよび標準的なプライマーによって合成され得る。新規の
プライマーは標的鎖に結合し，そして新規の単一プライマーとの直線的増幅につい
て以前に記載されるのと，同じ一連の伸長，二次構造形成，プライマー結合部位の
再生，第２結合，第２伸長，およびテンプレートからの第１伸長プライマーの分離
が存在する。新規の伸長プライマーは，他方の新規のプライマーの連続する結合お
よび伸長によって置換されるので，これらの１本鎖産物は標準的なプライマーに結
合し得，そしてそれらを伸長させて，完全な２本鎖アンプリコンを作製し得る。こ
の潜在的な一連の事象を，図２に示す。得られる２本鎖構造は一方の鎖において新
規のプライマーについてのプライマー結合部位に相補的な配列と，および他方の鎖
において新規のプライマーについてのプライマー結合部位に同一の配列と隣接する
各鎖自己相補配列を含む。この結果として，各鎖は，アンプリコンの一方の末端で，
ステムループ構造を形成し得る。次いで，１本鎖ループ構造におけるプライマー結
合部位の露出は，図１において以前に示した同じプロセスによって，さらなる一連
のプライマー結合および置換反応をもたらし，それにより均衡または限定サイクル
条件下で，目的の配列の非直線的増幅の生成を可能にする。」（段落【０１３１】）
【図３】一対の新規のプライマーによる非直線的増幅を例示する模式図である。」
（段落【０２２４】【図面の簡単な説明】【図３】）
「…一方のプライマーが標準的なプライマーであり，そして他方が新規のプライマ
ーである場合，テンプレート依存性結合および伸長の最終産物は，一方の末端にお
いて，各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子であり得る。両方のプライマーが
新規のプライマーである場合，テンプレート依存性結合および伸長の最終産物は，
各末端において，各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子であり得る。…」（段落
【０１３０】）
「本発明において，上記のように，線状２本鎖分子のセグメントの，鎖内ステムル
ープ構造への転移は，プライマー開始事象を，伸長プライマーのそのテンプレート
からの分離の前に起こることを可能にし得る。これらの２つの構造の間の平衡は，
多数の要因に依存する。第１に，首尾良いプライマー結合のために，標的に結合す
る初期プライマーのセグメントは，反応に使用される温度で，安定なプライミング
が可能であるように適切な長さおよび塩基組成でなければならない。第２に，初期
プライマーの伸長後に自己ハイブリダイゼーションに関与するプライマーのセグメ
ントは，適切な長さおよび塩基組成でなければならず，その結果伸長されたプライ
マーのテンプレートからの部分解離は，十分に安定な二次構造の形成（すなわち，
ステムループ構造のステム）を可能にし得る。」（段落【０１０７】）
「これらの反応に適切な温度は，伸長プライマーのそのテンプレートからの分離に
必要な温度を下回る。均衡反応において，単一の温度が，結合，伸長，および二次
構造形成に使用され得る。」（段落【０１０８】）
３容易想到性の判断について
(1)原告は，引用発明１は，等温核酸増幅法の提供を課題とするところ，加熱
工程を２回要することから，より完全な等温反応にするという課題が内在する，特
に２回目の加熱工程はプライマーによる増幅反応生成物を鋳型から解離する工程で
あるから，加熱工程に代えて，熱変性なしに鋳型から増幅反応生成物を解離するこ
とのできる引用発明２のＴＰを採用しようとする動機がある，また，刊行物２は，
ＴＰ－ＴＰプライマーセットによる増幅反応のみならず，ＴＰ－標準プライマーセ
ットやＴＰ単独による増幅反応を，独立した発明として開示するから，ＴＰとＴＰ
以外のプライマーを組み合わせることの動機付けを提供するものである旨主張する。
前記２(1)のとおり，引用発明１は，プログラム可能な熱サイクラーを使用せずに
ＨＩＶウイルスの検出ができる遺伝子増幅方法であって，標的ＤＮＡの特異的部分
及びこのプライマーを「ヘアピン」状の構造に適合させることのできるパリンドロ
ーム（回文）配列を含む部分を有するＦＰを２つセットで用いることを特徴とする
方法を開示するものである。
ところで，目的遺伝子の核酸増幅は，主に，耐熱性ＤＮＡポリメラーゼを利用し
た酵素的方法（ＰＣＲ法）が用いられているところ，鋳型となる二本鎖核酸の一本
鎖核酸への解離（変性），一本鎖核酸へのプライマーのアニーリング，プライマーか
らの相補鎖合成(伸長)の各段階からなる反応を繰り返すことにより，ＤＮＡ又はＲ
ＮＡから目的遺伝子の増幅を行うこととなる。このそれぞれの反応にはそれぞれに
適した温度があり，そのため各反応に適合する温度条件に繰り返し調整する必要が
あり（甲４，１１），また，高温での数分間の加熱により酵素が破壊されることから，
定温で実施できる遺伝子増幅技術の開発がなされてきた（甲１）。
引用発明１の方法によれば，図１のとおり，３’末端にＤＮＡポリメラーゼに対
するプライマーの役割を果たすヘアピン構造を導入することができるＦＰをセット
で用いることにより，核酸増幅反応の前段階において，鋳型核酸（標的ＤＮＡ）を
一本鎖にする工程と鋳型核酸からＦＰによる反応生成物を解離する工程という２回
のみ加熱すれば，その後の核酸増幅反応自体は等温で自律的連続的に進行する。す
なわち，標的ＤＮＡを２本鎖から１本鎖に解離する際と，前記の図１ｄの段階で生
成された鎖を解離させる際には，いったん１００℃で数秒間の加熱を要するものの，
その後は，形成されたＤＮＡの線形形態と２つのヘアピン構造が形成された形態と
の間に平衡が生じ，３’末端が新しい鎖を形成して，鎖を解離させることにより，
加熱を要することなく解離が進み，定温での反応が継続することになる。
このように，引用発明１においては，ＤＮＡポリメラーゼに対する加熱が行われ
るものの，前記２(1)のとおり，刊行物１に，２回の数秒間ほどの短い熱処理は，耐
熱性でないポリメラーゼを用いても，重要な酵素活性を残存させ，安価な非耐熱性
ポリメラーゼを大量導入することもできると記載されており，また，本件発明１の
優先権主張日当時，既にＰＣＲ法が実用化されていたことからして，耐熱性ＤＮＡ
ポリメラーゼも容易に入手できる状態にあったことが明らかであることに鑑みれば，
引用発明１においてその加熱工程を更に減らそうとする技術的要請があるとは認め
られない。また，１回目の加熱は，鋳型となる核酸を鋳型として利用できるように
一本鎖にするための工程であって，いずれの核酸増幅反応においても通常行われる
ものであり，これをも等温化して，引用発明１を完全な等温反応にできるわけでは
ないことに照らすと，当業者が，引用発明１のうち２回目の加熱工程を等温化する
ことに格別の技術的意義を見出すものと解することはできない。
そうすると，引用発明１においては，２回の加熱工程は，増幅反応の前処理であ
って，プログラムや繰返しが不要な単発的な処理にすぎないものということができ，
核酸増幅反応自体を等温反応とし，プログラム可能な熱サイクラーを不要とするこ
とが達成されているといえる。したがって，引用発明１には更に等温化を進めると
いう課題が内在するとはいえない。
また，仮に，引用発明１において２回目の加熱工程をなくすという課題が内在す
ると評価したとしても，加熱せずに鋳型核酸からＦＰによる増幅反応生成物を解離
させる手段としては，引用発明２のＴＰを用いること以外に，標準プライマーやア
ルカリ変性などのより一般的な手段が既に存在する。そして，刊行物１及び２のい
ずれについても，引用発明１のプライマーセットの一方のＦＰをＴＰに置換するこ
とについての示唆はない上，そもそも引用発明１は，ＦＰ－ＦＰのプライマーを対
として用いることで，定温反応を進めるという点に特徴を有するものであるから，
格別の示唆がない限り，当業者が一方のＦＰをＦＰ以外のものとするとの技術思想
に容易に思い到ることはないと解される。加えて，引用発明２のＴＰは，標的核酸
にハイブリダイズする領域を２箇所（本件発明１でいう「標的核酸配列の３’末端
部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ’）」と「標的核酸配列において
前記配列（Ａ）よりも５’側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）」）必要とす
るため設計の自由度が低い上，平衡状態を利用して増幅反応を行うことから，その
配列に応じて狭い範囲の反応最適温度を設定する必要があるため，標的核酸にハイ
ブリダイズする領域が１箇所である標準プライマーや，配列に依存しない化学的処
理であるアルカリ変性と比較して使用には相当の技術的困難性が伴うものである。
したがって，引用発明１において等温反応をより完成させるという課題が見出せた
としても，その解決のためにあえて引用発明２のＴＰを採用することが容易とは考
えられない。
以上からすれば，引用発明１において，一方のＦＰを引用発明２のＴＰに置換す
ることについての課題や動機は存在しないというべきであり，したがって，当業者
が本件発明１に係る構成を想到することが容易であったということはできない。
(2)審決は，ＴＰ－ＴＰプライマーセットは増幅効率がよく，引用発明２をそ
のまま採用することがあっても，引用発明１のＦＰ－ＦＰプライマーセットには反
応条件の点やプライマーダイマー等の様々な問題点があることから，一方のＦＰに
代え，もう一方のプライマーにＦＰをそのまま残すということは技術的に不自然で
あることを理由の一つとして，引用発明１のＦＰを引用発明２のＴＰに置換する動
機付けを否定した。
アこれに対し，原告は，ＴＰを用いた増幅反応において，新規な合成基点
となるループ構造を含む形態は安定ではなく，常に形成されているわけではないの
だから，条件によっては形成されることがあるループ構造の数のみから単純に増幅
効率を推測することはできない旨主張する。
しかし，ループ構造が不安定であることは，ＴＰ－ＴＰプライマーセットにおい
てもＴＰ－標準プライマーセットにおいても同様であるのだから，不安定性は，両
者のループ構造数の比較に影響を与えるものとはいえず，新規な核酸鎖の合成基点
となるＴＰが結合できるループ構造が多く形成される方が，良い増幅効率を示すも
のと推測できる。もっとも，引用発明２のプライマーセットの増幅効率が良好であ
るとしても，この点は，ＦＰ－ＦＰプライマーの一方をＴＰに置換する動機付けに
おいて，直接的な影響を及ぼす事項と見ることはできない。
イまた，審決の引用発明１の問題点の摘示について，原告は，審決がこれ
らの問題を認定した根拠は，引用発明１と同様の原理の増幅反応を開示するものの，
刊行物１よりも３年以上前に出願（優先権主張）がなされた刊行物４（甲４）に記
載の核酸増幅法についての問題点を指摘する特許第３３１３３５８号公報（甲２３）
の記載であるから不当である旨主張する。
確かに，審決が引用発明１の問題点を指摘するに当たり基礎とした甲２３の文献
は，甲２３の出願日である平成１１年１１月８日当時の技術水準からみた刊行物４
（平成７年７月４日出願）記載の核酸増幅法の問題点を認識させるものであって，
刊行物１に記載された事項及び本件発明１の出願時における技術常識を基礎とする
ものではない。そして，核酸増幅技術が急速に進展していることは，当業者にとっ
て明らかであり，このことを考慮すると，甲２３に記載の問題点は，本件発明１の
出願時（平成１６年１２月２４日）の技術常識を参酌して刊行物１（平成１０年９
月２８日受理）の記載内容から把握できる事項とは異なっている可能性もあること
から，その判断手法は適切さを欠いたものといわざるを得ない。
さらに，原告の指摘するとおり，引用発明１において審決の指摘するプライマー
ダイマーの問題点が存在するということはできず，この点においても審決の判断は
誤りを含むものである。すなわち，ＦＰは，それ自身がループ構造をとれるように，
相互にハイブリダイズする２つの配列を同一鎖上に含むものであるから，同一鎖上
でなく他分子の配列同士がハイブリダイズしてプライマーダイマーを形成する可能
性が高いことは，その構造上避けることのできない問題である。しかし，そのよう
にして生じたプライマーダイマーの両端にはそれぞれ３’末端が突出しているので，
ＤＮＡポリメラーゼによる伸長は生じず，プライマーダイマーの生成によってプラ
イマーが本来の目的以外のために消費されるという問題はあっても，非特異的増幅
の問題が生じるものではない。審決が指摘した甲２３の記載は，ＤＮＡポリメラー
ゼによる伸長が生じ得るプライマーダイマーが生成した後の非特異的増幅を問題視
するものであるが，ＦＰから生じる可能性の高いプライマーダイマーは，前記のと
おりＤＮＡポリメラーゼによる伸長が生じないものであって，伸長が生じ得るプラ
イマーダイマーが生成しやすい事情は見出せない。したがって，プライマーダイマ
ーの生成による非特異的増幅の問題は，甲２３に記載されていたとしても，当業者
が本願出願時の技術常識を参酌して刊行物１から導き出せるものとは認めることが
できない。
加えて，原告は，反応条件の問題について，刊行物１には反応最適温度の設定方
法が記載されているから，上記問題は解消している旨主張しているところ，前記２
(1)のとおり，刊行物１には，温度勾配を生じさせた加熱台に複数の微小試験管を収
容してなる装置を用いて，特定のＦＰ－ＦＰプライマーセットを用いた核酸増幅反
応の最適温度を決定したことが記載されているのだから，当業者であれば，これら
の記載に基づいて，任意のＦＰ－ＦＰプライマーセットに応じた最適温度を適宜決
定することができるといえる（もっとも，ＴＰ及びＦＰのいずれも，アニーリング
により形成した鎖の解離に平衡状態を利用するものである以上，最適温度の設定が
標準プライマーと比較して厳密さが求められることは前記のとおりである。）。した
がって，刊行物１からは，審決が認定したような問題点を導き出すことはない。
ウそうすると，審決は，その判断手法において適切さを欠き，上記の問題
点の判断においても誤りを含むものである。しかしながら，ＦＰ－ＦＰのプライマ
ーセットを開示した刊行物１に，審決が指摘するような問題がないとしても，引用
発明１と引用発明２との組合せにより本件発明の進歩性を否定するには，引用発明
１のＦＰの一方をＴＰに置換する動機付けがなければならないことはいうまでもな
く，前記(1)において判断したとおり，引用発明１のＦＰのプライマーセットの片方
を刊行物２記載のＴＰに置換することに動機付けが見出せない以上，両者の組合せ
を当業者が容易になし得たこととはいえないのだから，審決における上記の誤り等
は，審決の結論に影響を及ぼすものではない。
４本件発明１を構成することが引用発明１及び引用発明２に基づいて容易にな
し得たといえない以上，両発明を組み合わせることに阻害事由があるか否か，ある
いは，本件発明１が両発明から予想されないような顕著な効果があるか否かの点に
ついて判断するまでもなく，本件発明１に進歩性を認めた審決の判断に誤りはない。
５本件発明２～１３及び１６～２７は，いずれも本件発明１のプライマーセッ
トを発明特定事項として含むものであるから，それらが進歩性を有するとした審決
の結論に誤りはない。
第６結論
以上によれば，原告主張の取消事由には理由がない。
よって，原告の請求を棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官
清水節
裁判官
中村恭
裁判官
中武由紀

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