戻る

判決言渡平成２０年２月１３日
平成１８年（行ケ）第１０４９０号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成２０年２月６日
判決
原告ザ・レジェンツ・オブ・ザ・ユニバー
シティ・オブ・カリフォルニア
訴訟代理人弁理士中村静男
同渋谷健
同森島なるみ
被告特許庁長官
肥塚雅博
指定代理人冨永みどり
同鵜飼健
同徳永英男
同内山進
主文
１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
３この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０
日と定める。
事実及び理由
第１請求
特許庁が不服２００１−９１９１号事件について平成１８年６月２０日にし
た審決を取り消す。
第２事案の概要
本件は，米国法人である原告が国際特許出願の方法により名称を「クローン
化グルタミン酸デカルボキシラーゼ」（CLONEDGLUTAMICACIDDECARBOXYLASE
）とする発明につき特許出願をしたところ，拒絶査定を受けたので，これを不
服として審判請求をしたが，特許庁から請求不成立の審決を受けたので，その
取消しを求めた事案である。
争点は，請求項１∼１１から
る本願のうちその１項及び６項である本願発
明１及び６が，下記引用例１∼３に記載された発明との関係で進歩性（特許法
２９条２項）を有しているかどうかである。
①引用例１：ＢandＣ「CharacterizationoftheProteinPurifiedwith
MonoclonalAntibodiestoGlutamicAcidDecarboxylase」The
JournalofNeuroscience,Vol.8,No.6,1988p.2123-2130（以
下，この発明を「引用発明１」という。）
②引用例２：Ｄほか「Identificationofthe64Kautoantigenin
insulin-dependentdiabetesastheGABA-synthesizingenzyme
glutamicaciddecarboxylase」Nature,
Vol.347,1990.Sep.13,p.151-156（以下，この発明を「引用発
明２」という。）
③引用例３：Ｅほか「64000Mrautoantibodiesaspredictorsof
insulin-dependentdiabetes」THELANCET,Vol.335,1990
Jun.,p.1357-1360（以下，この発明を「引用発明３」とい
う。）
第３当事者の主張
１請求の原因
(1)特許庁における手続の経緯
原告は，上記名称の発明（発明者：Ａ外２名）につき，１９９０年（平成
２年）９月２１日の優先権（米国）を主張して，１９９１年（平成３年）９
月２３日に国際特許出願（ＰＣＴ／ＵＳ９１／０６８７２，ＷＯ９２／０５
４４６。以下「本願」という。）をし（特願平３−５１８２５９号），平成
４年５月２０日に特許法１８４条の４に基づき日本国特許庁に翻訳文を提出
した（国内公表〈特表平５−５０３２２０号〉は平成５年６月３日。甲１１
はそこに記載された明細書。請求項の数３８）。
その後，原告は，平成１２年４月１０日付けで明細書を補正した（以下
「本件補正」という。請求項の数１１。甲１２）が，平成１３年２月２６日
拒絶査定を受けたので，平成１３年６月４日付けで不服の審判請求を行っ
た。
特許庁は，上記請求を不服２００１−９１９１号事件として審理した上，
平成１８年６月２０日，「本件審判の請求は，成り立たない」との審決を
し，その謄本は平成１８年６月３０日原告に送達された。
(2)発明の内容
本件補正後の特許請求の範囲は，上記のとおり請求項１∼１１から成り，
そのうち請求項１及び６は下記のとおりである（以下，請求項１の発明を
「本願発明１」，請求項６の発明を「本願発明６」という。これらを総称し
て「本願発明」ということがある。）。
記
「【請求項１】以下の（ａ）−（ｃ）のいずれかから選択されるタンパク
質をコードするｃＤＮＡ：
（ａ）図２に示すアミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｂ）図３に示すアミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｃ）図２又は図３に示すアミノ酸配列において１もしくは数個のアミノ
酸が欠失，置換もしくは付加されたアミノ酸配列からなる（ａ）もしくは
（ｂ）由来のタンパク質であって，かつグルタミン酸デカルボキシラーゼ
活性を有するタンパク質。
【請求項６】図２又は図３に示すアミノ酸配列からなるＧＡＤに対す６５
る自己抗体のためのエピトープを少なくとも１個有する，アミノ酸配列を
有するポリペプチドをコードするｃＤＮＡ配列から本質的になるｃＤＮＡ
配列。」
なお，図２は別紙１（図２Ａ∼２Ｃ）のとおりであり，図３は別紙２（図
３Ａ∼３Ｄ）のとおりである。
(3)審決の内容
ア審決の内容は，別紙審決写しのとおりである。その理由の要点は，
本願発明１及び６は，引用例１∼３に記載された発明に基づいて容易に
発明することができたから，特許法２９条２項により特許を受けることが
できない，というものである。
イなお，審決は，本願発明１に含まれる「図２に示すアミノ酸配列からな
るタンパク質をコードするｃＤＮＡ」と引用発明１との一致点及び相違点
を次のとおり認定している。
〈一致点〉
いずれもラット由来のＧＡＤに関連するタンパク質に関する発明である
点
〈相違点〉
本願発明１は，ＧＡＤ活性が確認された「図２に示すアミノ酸配列から
なるタンパク質」をコードするｃＤＮＡであるのに対し，引用発明１に
は，ラットＧＡＤ関連タンパク質については，その部分アミノ酸配列が記
載されているものの，ＧＡＤ活性を有することについて示唆されるに留ま
り，そのようなＧＡＤ関連タンパク質をコードするｃＤＮＡについては記
載されていない点
ウまた，審決は，本願発明６と引用発明１との一致点及び相違点を次のと
おり認定している。
〈一致点〉
いずれもラット由来のＧＡＤに関連するタンパク質に関する発明である
点
〈相違点〉
本願発明６は「図２又は図３に示すアミノ酸配列からなるＧＡＤ６５に
対する自己抗体のためのエピトープを少なくとも１個有する，アミノ酸配
列を有するポリペプチドをコードするｃＤＮＡ配列から本質的になるｃＤ
ＮＡ配列」であるのに対し，引用発明１には，そのようなｃＤＮＡが記載
されていない点
(4)審決の取消事由
しかしながら，審決の認定判断には，次のとおり誤りがあるから，違法
として取り消されるべきである。
ア取消事由１（引用発明１は引用発明としての適格性を欠く）
引用例１（甲１）の表２（Table２）に記載のラットＧＡＤのアミノ酸
配列９７個のうち，９６個が正しいものであったことは認める。
しかし，これらの９６個のアミノ酸は連続していないというよりもむし
ろ，間に散らばった不確定のアミノ酸によって，そしてメチオニンの位置
での臭化シアン開裂による配列の中断によって，より小さいストレッチに
分けられていることに注意すべきである。
引用例１のラットＧＡＤ部分アミノ酸配列の最も長いストレッチの中に
は，ネコＧＡＤアミノ酸配列と同じ配列を有する長いストレッチがあ６７
る。ＧＡＤと異なる遺伝子を見つけようとするならば，これらの領域を６７
プローブとして用いることは避けなければならない。ネコＧＡＤと異な６７
る残りのアミノ酸配列領域は非常に短く，必要になるであろうプローブに
おいて必要な縮退が特に与えられた核酸プローブを設計するためには最適
とはいえない。さらに，アミノ酸の違いが，種の違いのみによるものか否
かは本願優先日（１９９０年［平成２年］９月２１日）当時知られていな
かったのであり，配列の違いは単なる誤りであるかもしれなかった。ラッ
トＧＡＤの全アミノ酸配列の決定を報告したＬほか「RatBrain６７
GlutamicAcidDecarboxylaseSequenceDeducedfromaClonedcDNA」
JournalofNeurochemistryVol.54,No.2,1990,P.703-705（甲７）に
も，ラットＧＡＤのアミノ酸配列と引用例１に開示された５９ｋＤａラ６７
ットＧＡＤ部分アミノ酸配列との「諸相違はタンパク質配列決定に内在す
る可能性が大きい」（７０４頁右欄５行∼６行，訳文は原告準備書面(2)
の１頁及び原告の平成１８年２月２７日付け上申書８頁による）という記
載があり，配列決定におけるアーティファクトによって不一致となってい
るのではないかと示唆されているように，引用例１に開示された５９ｋＤ
ａのラットＧＡＤ部分アミノ酸配列自体が信頼できるものであるとの確証
は，本願優先日当時の当業者には無かった。
したがって，引用発明１は引用発明としての適格性を欠いている。
イ取消理由２（本願発明１及び６は引用発明１から容易に発明することが
できたものではない）
(ア)本願発明１について
審決は，「ラット脳由来のｃＤＮＡライブラリーを構築し，ラットの
５９ｋＤタンパク質の部分アミノ酸配列とネコＧＡＤのアミノ酸配列間
で保存された領域（記載事項（ａ３））を基に縮重プライマーを調製
し，該ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングすることにより，ラット
脳由来のＧＡＤをコードするｃＤＮＡをクローニングすることは，当業
者が容易に想到し得ることである。また，これにより得られたｃＤＮＡ
がＧＡＤの全長をコードするものでなかった場合でも，さらに，本願優
先日前における周知技術であった５’末端側又は３’末端側のＤＮＡ配
列を決定するＲＡＣＥ法等の手法を適用して，全長ｃＤＮＡを得るこ
と，及び，常法によりその配列を解析し，コードするアミノ酸配列を特
定すること及び，それがコードするＧＡＤ関連タンパク質がＧＡＤ活性
を有することを確認することは，当業者にとって格別な困難性を有する
ものとも認められない。」と判断している（６頁５行∼１７行）。
しかし，この判断は，本願優先日（１９９０年［平成２年］９月２１
日）当時の技術水準に照らすと，次のとおり誤りであり，本願発明１は
引用発明１から容易に発明することができたものではない。
ａ引用例１の発表より後に，本願発明者らによって解明されたこと
であるが，ＧＡＤにはその分子量によって区別され得るＧＡＤ及び６５
ＧＡＤが存在し，これらはそれぞれ別の遺伝子によってコードされ６７
ている（本願明細書［甲１１］６頁１７行∼最終行）。引用例１に開
示されたラットの５９ｋＤタンパク質がラットＧＡＤであり，これ６５
と対比して並べられているネコＧＡＤがネコＧＡＤであることも引６７
用例１の発表後に明らかになった事実である。
ところが，１９８０年代の半ばから終わりには，ＧＡＤが単一の遺
伝子によってコードされているのか，又は１より多い遺伝子によって
コードされているのかという問題については答えが出ないままであっ
た。少なくとも二つの理由，すなわち，当時の文献の水準及び１より
多い遺伝子の存在を支持するデータが継続して欠如していたことか
ら，この問題に答えることは困難であった。
本願発明者らは，単一ＧＡＤ遺伝子仮説を支持するか又は否定する
実験データを得るために，低及び高緊縮条件を用いて多数の実験を行
った。本願発明者らは，≦３０％ミスマッチ，ハイブリダイゼーショ
ン（サザンブロット及びスクリーニング）で，高緊縮と低緊縮とを比
較し，第２の遺伝子の証拠は無いことを繰り返し見い出した。これら
のデータから，本願発明者らは，第２のＧＡＤ遺伝子が存在するな
ら，それは，７０％未満の同一性であり，低緊縮ハイブリダイゼーシ
ョンを用いて検出又は単離することはできないと結論付けた。
したがって，引用例１に報告されたラットペプチド配列（部分アミ
ノ酸配列）が実際のところ何を示しているのか当時は不明だったので
ある。
ＢとＣが１９８７年７月に引用例１を発表してから，１９９１年に
本願発明者らが論文でＧＡＤとＧＡＤのクローニングを報告する６７６５
まで４年が経過している。４年間は非常に長い期間である。ラットＧ
ＡＤｃＤＮＡを特定することが当業者に容易であったならば，引用６５
例１を発表したＢとＣが彼ら自身でＧＡＤとＧＡＤをクローニン６７６５
グする実験を行ったであろう。
本願発明者らが１９８９年に発表した論文においても，ヒト及びラ
ットのＧＡＤは，ただ一つの遺伝子であると記載されている（甲８の
１［Ｆ,ＧandＡ｢TWOFORMSOFGLUTAMATEDECARBOXYLASE(GAD),WITH
DIFFERENTN-TERMINALSEQUENCES,HAVEDISTINCTINTRANEURONAL
DISTRIBUTIONS｣SOCIETYFORNEUROSCIENCE
ABSTRACTS,VOLUME15,1989,P.487］及び甲８の２［Ｇ,
Ｈ,ＦandＡ｢IMMUNOCYTOCHEMICALSTUDIESUSINGANEWANTISERUM
AGAINSTBACTERIALLYPRODUCEDFELINE
GLUTAMATEDECARBOXYLASE｣SOCIETYFORNEUROSCIENCEABSTRACTS,
VOLUME15,1989,P.488］）。
本願発明者らは，１９９０年に，二つのＧＡＤ遺伝子に関する論文
を，雑誌「SCIENCE」に投稿したところ，５９ｋＤ及び６３ｋＤのＧ
ＡＤタンパク質は，二つの遺伝子の存在によるものではなく，異なる
スプライシングによって説明されると「SCIENCE」がまだ考えていた
ために，最初は掲載を拒絶された（甲１３［本願発明者の一人である
Ｉの宣誓書］）。
Ｊらは，マウスにおいて第２のＧＡＤ遺伝子を見い出していたが，
それは偽遺伝子であった（甲６［Ｊほか「SequencesHomologousto
GlutamicAcidDecarboxylasecDNAArePresentonMouseChromosomes
2and10」GENOMICS6,1990,P.115-122］）。このことは，引用例１
に関して大きな疑問を投げかけるものであった。引用例１に開示され
たラットＧＡＤ部分アミノ酸配列は本当に機能性遺伝子を示している
のか，又は単にＪによるマウスで見い出されたものの，ラットにおけ
る同等物ではないかという疑問であった。
Ｌらの研究（甲７［Ｌほか「RatBrainGlutamicAcid
DecarboxylaseSequenceDeducedfromaClonedcDNA」Journalof
NeurochemistryVol.54,No.2,1990,P.703-705］）は，彼らの研究に
よって得られたラットＧＡＤクローンが，引用例１によって報告され
たものとよく一致し，違いは技術的な問題であることを示唆してい
る。しかし，当時Ｌらは理解していなかったが，Ｌらがクローニング
していたのはラットＧＡＤだったのである。甲７によってラットＧ６７
ＡＤの全アミノ酸配列が解明されたからといって，甲７の著者も述６７
べているとおり，引用例１の部分アミノ酸配列決定に誤り（アーティ
ファクト）があったかもしれないという認識が当業者にはあったので
あるから，「５９ｋＤａのラットＧＡＤは，ネコＧＡＤのオーソログ
ではなく，異なる型であること」が，本願優先日前に明らかであった
とはいえない。
本願優先日の周辺に公表された，ＧＡＤに関する論文は，いずれも
ＧＡＤには全く言及していない（甲１５∼１９）。また，糖尿病関６５
連団体（diabetescommunity）の研究室は，初期に研究室を解散し
た。
ｂ引用例１（甲１）には，「５９ｋＤaタンパク質は，高い程度で，
ネコＧＡＤ（Ｆら，1986；Ｋら，1987）に対するｃＤＮＡによってコ
ードされたタンパク質の推定されたアミノ酸配列と配列相同性を有し
ている。従って，これらのタンパク質は，共通の祖先からラット及び
ネコのへの進化の間に分岐した単一遺伝子の生成物であるか，又は両
方の種で見出される遺伝子の密接に関係するセットのメンバーである
かのいずれかである。」旨の記載がある（２１２９頁左欄２８行∼４
２行，訳文は原告準備書面(1)の９頁による）。このように，引用例
１は，ＧＡＤは１個又は２個の遺伝子によってコードされていると，
二つの選択肢があることを述べている。しかし，引用例１が報告した
データからは，これら二つの可能性のいずれであるかを決定すること
はできなかった。引用例１は，引用例１で報告したデータを考慮すれ
ば，どのようにしてこれが解明できるのかについては述べていなかっ
た。
ｃその後すぐに，本願発明者らは，単一ＧＡＤ遺伝子仮説を試験する
別の方法がないだろうかと考え始めた。
本願発明者らが直面した問題は次のとおりであった。すなわち，報
告されているネコｃＤＮＡとラットタンパク質の間の違いは「実在」
なのか，又はこれらの違いは，単にラット又はネコの種の違いとペプ
チド配列決定における誤りの総和なのだろうか，さらに，これをどの
ように検証することができるだろうかということであった。
再度の第２のＧＡＤ遺伝子を明らかにするための低緊縮ハイブリダ
イゼーション実験は，繰り返し失敗に終わったので，本願発明者ら
は，観察された違いが第２のＧＡＤ遺伝子を示しているのか否かを直
接試験できる別の何かを試さなければならないことを認識した。
そこで，本願発明者らは，縮退プライマーをＰＣＲに用いて同じ種
の中の関連する遺伝子をクローニングすることを考えた。しかし，こ
の実験には，次のような困難があった。
第１に，この実験を成功させるためには，ポリメラーゼ鎖延長のた
め，ｃＤＮＡにアニーリングさせられるだけの，十分な濃度の正しい
オリゴヌクレオチド，又は正しいものに近いオリゴヌクレオチドが必
要であった。しかし，この実験のために用いるプライマーはかなり縮
退していたために，増幅された生成物を生産することができなかっ
た。
第２に，本願発明者らは，ネコＧＡＤのラット同等物のゲノム構造
又は潜在的な第２のＧＡＤ遺伝子のゲノム構造を知らなかった。
もし，いくつかの大きなイントロンがあったなら，ＰＣＲ生成物の
長さは効率的に増幅できないほどに大きくなるため，否定的な結果を
もたらしたであろう。
また，１９８０年代終わりには，配列決定分析の前にＰＣＲ生成物
をクローニングする必要があったので，得られた任意のＰＣＲ生成物
をどうやってクローニングするかという問題もあった。設計されたプ
ライマーに内在する制限部位が目的とするｃＤＮＡに内在していて，
クローニングのために選択した酵素が，想定される第２ＧＡＤ遺伝子
の内部に存在する特異的な配列を切断してしまえば，想定される第２
の遺伝子は排除されることになる。
第３に，一旦増幅が起きれば，縮退は非常に広範に及ぶため「キナ
ーゼ化された（kinased）」オリゴヌクレオチドスクリーニングによ
る陽性シグナルを得ることはできないので，引用例１の配列を肯定的
に選択する方法（ＧＡＤと異なる領域を同定し，そしてこの異なる６７
領域を含むｃＤＮＡをクローニングするためのＰＣＲプライマーを設
計するために，引用例１に開示されたラットＧＡＤ部分アミノ酸配列
を用いること）はなかった。
転写率，又はＧＡＤ及びＧＡＤをコード化するｍＲＮＡの安定６５６７
性の違いによって，タイプの異なるノイズが生じ得る。ＧＡＤとＧ６７
ＡＤの発現濃度が大きく異なっていたり，安定性が異なっている場６５
合には，ゲル電気泳動によるノイズ除去は役に立たない。それらのノ
イズ集団（theirprevalence）における種類の違いは簡単に１００∼
１０００倍になったであろう。１９９０年代の初期には，単一遺伝子
の配列決定はいまだ非常に困難で費用のかかる仕事であった。そのこ
ろは，単一遺伝子の配列決定は，大学院生の卒業論文が大部分を占め
ており，せいぜい１０∼２０個のクローンを配列決定したものであっ
た。この時点で，ＧＡＤの存在が否定的であったならば，より多く６５
のｃＤＮＡクローンの配列決定を続けるために必要な時間，費用及び
努力を費やすことが正しいと判断することは難しかった。
そこで，本願発明者らは，引用例１のラットＧＡＤ部分アミノ酸配
列とネコＧＡＤアミノ酸配列の間で異なっている領域をプローブと６７
して用いるのではなく，ネコＧＡＤアミノ酸配列と類似の引用例１６７
のラットＧＡＤ部分アミノ酸配列の領域に対応する，ネコＧＡＤ由６７
来の配列をプローブとして用い，ネコオーソログにハイブリダイズし
ないものはすべて第２ＧＡＤを示すという考えを持って，「否定的選
択（negativeselection）」により，ネコＧＡＤ同等物をスクリーニ
ングした。多くの「的はずれの」ＰＣＲ由来の増幅産物があるので，
このような否定的選択は難しいことが周知である。
しかし，上記の考え（否定的選択）の何度かの繰り返し試行の後，
本願発明者らは，二つの異なる配列集団を同定することに成功した
（本願明細書［甲１１］記載の実施例１は，否定的選択そのものでは
ないが肯定的選択も使用していない。複合的な方法を用いたものであ
る。）。
しかし，まだ，これらの二つの同定された配列集団のうちのいずれ
かが発現された偽遺伝子である可能性があった。本願発明者らは，続
いて，ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングし，ネコＧＡＤ及びラ
ットＧＡＤ（上記同定された二つの配列集団のうちのネコＧＡＤと密
接に配列されたもの）とは全く異なる配列に対する全長のクローンを
得た。この新たな配列は，ラットＧＡＤ（上記同定された２つの配列
集団のうちのネコＧＡＤと密接に配列されたもの）に対するヌクレオ
チド配列と６５％類似であった。
次に，本願発明者らは，第２のＧＡＤ遺伝子を確かにクローニング
したことを証明する必要があった。本願発明者らが同定した新たな配
列と引用例１の間の配列アラインメントを観察しても，本願発明者ら
が第２のＧＡＤ遺伝子をクローニングしたか否かを検討することには
ならないからである。そこで，本願発明者らは，下記の実験を行っ
た。
①上記で得られた新たなラットｃＤＮＡによるサザンブロットを行
った。これは，ネコＧＡＤプローブによって認識されない，全体と
して異なるセットのバンドを明らかにした。これにより，新たなラ
ットｃＤＮＡが上記同定された二つの配列集団のうちのネコＧＡＤ
と密接に配列されたものの遺伝子から誘導されたものでなく，異な
る遺伝子から誘導されたことが証明された。
②新たなラットｃＤＮＡを用いたノーザンブロットによって，ネコ
ＧＡＤのプローブによって以前には認識されなかった別のバンドを
検出した。これは，サザンブロットからの結論と辻褄の合うもので
あった。
③新たなラットｃＤＮＡを用いた全長のタンパク質発現によって，
化学量論量のグルタミン酸塩をＧＡＢＡに変換するタンパク質を生
産した。したがって，本願発明者らは，ラットＧＡＤをコードする
第２のＧＡＤ遺伝子をクローニングした。その分子量の計算値は，
∼６万５０００であったので，本願発明者らはそれをＧＡＤと命６５
名した。
ｄ以上のとおり，本願発明者らによって用いられたラットＧＡＤ（ラ
ットＧＡＤ）を単離する方法は，決して自明なものではなく，創意６５
に富んだものであった。引用例１の配列はこのクローンを同定するの
に，用いなかったし，用いることができなかったのである。
本願発明者らは，２００７年（平成１９年）６月２５日に，PubMed
を用いて期間を区切った文献検索を行ったところ，「low+
hybridization+cloning」に関する１９８５年から１９９０年の時間
枠での検索によって，４１１件の論文がヒットした。しかし，
「degenerate+primer+PCR+cloning」に関する１９８５年から１
９９０年の時間枠でのPubMed検索では，たった４件の論文しかヒット
せず，これは前者と比べて１００倍少ない。また，「mixed+
primer」でPubMed検索をすると，１９８５年１月１日から１９９０年
９月２１日の時間枠では，２６件の論文がヒットしたが，この中に
は，本願発明者らが採用した方法に関するものは１件もなく，「本願
優先日時点でのｃＤＮＡのクローニングに関する周知技術」が存在し
たことを示すものもなかった。このことは，本願優先日当時におい
て，縮退プライマーＰＣＲクローニングの「周知技術」を用いて本願
発明をすることが容易であるということがいかに不合理であるかを証
明している。
本願発明者らが，ラットＧＡＤｃＤＮＡのクローニングを完了し６５
たのは，本願の図４のラットＧＡＤとヒトＧＡＤのアミノ酸配列６５６５
の比較を行った日付「１９９０年８月２２日」（本願の図４Ａ［甲１
１］には，「１９９２年８月２２日」と記載されているが，本願の基
となっている国際出願の国際公開公報ＷＯ９２／０５４４６号［甲２
３］のＦFIG.4Aには「ＡＵＧＵＳＴ２２，１９９０」（１９９０年
８月２２日）と記載されているから，上記の「１９９２年８月２２
日」がタイプミスであることは明らかである。）より前であり，実際
には１９８９年の６月∼８月の時間枠で行った実験によってである。
クローニングの技術は，１９９１年付近を境に大きく変わっており，
１９９１年以前は，縮退ＰＣＲ研究は極端に難しかった。本願発明に
おける決定的なＰＣＲを含む実験は１９９１年より十分前に始められ
ていたのである。
ｅ審決が，ＲＡＣＥ法等を用いて，部分アミノ酸配列からＧＡＤの６５
５’末端を得ることができたと推測しているなら，正確ではない。な
ぜなら，ＲＡＣＥ法では，一つの特異的なプライマーしか使用せず，
それ以外のプライマーは非特異的（すなわち，Ｇの鎖）であるため，
目的とする５’末端を検出し，続いてクローニングするためには，目
的とする遺伝子に特異的なネスト化されたプライマーが必要であると
ころ，本願発明の場合には，多数の縮退プライマーを用いることにな
り，ＲＡＣＥ法による解析は不可能であったからである。
ｆなお，被告は，「本願発明をすることが容易である」ということが
何を意味するかを明らかにしていない。分子生物学者であれば，「容
易である」とは，縮退ＰＣＲクローニングによってどうやって関連遺
伝子をクローニングするかに関する詳細な標準操作手順書が書けるこ
とにあると定義するであろう。標準操作手順書とは，公開論文の単な
る「材料及び方法」の項程度のものでないことは明らかである。標準
操作手順書は，全ての機能性の問題，又は「バグ（bugs）」を除去す
るために，多くの研究者によって十分に開発され試験されたプロトコ
ール（protocol：実験計画書）である。このようなプロトコールが作
成できる段階でのみ，その操作が「容易である」と考えられる。しか
るところ，縮退プライマーＰＣＲを用いて遺伝子をクローニングする
ためのそのような詳細なプロトコールは１９９０年又はそれ以前には
無かったのである。
被告は，縮退の「通常」の程度が何かを述べていない。「通常」と
いう語句は，その技術が非常に頻繁に用いられており，公表論文又は
周知の事実のいずれかによって「通常」の範囲が存在することを意味
する。本願発明者らは，１９９０年又はその付近でＰＣＲクローニン
グにおけるプライマーの縮退に関する「通常」の程度の定義を見い出
すことはできなかった。
ｇまた，被告は，後記３(2)ア(ア)のとおり，乙１０（GREGORIOGILほ
か「MultipalGenesencodenuclearfactor1-likeproteinsthat
bindtothepromoterfor3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzymeA
reductase」ProceedingsoftheNationalAcademyofScienceofthe
UnitedStatesofAmerica,Vol.85,1988,p.8963-8967）及び乙１１
（CHENGCHILEEほか「GenerationofcDNAProbesDirectedbyAmino
AcidSequence:CloningofUrateOxidase」Science,Vol.239,1988,
p.1288-1291）に基づく主張をするが，次のとおり，これらの証拠に
よって本願発明１が容易になし得たとすることはできない。
(ａ)乙１０及び１１は，ｃＤＮＡをクローニングするＲＴ−ＰＣＲ
の一般的な方法を記載している。これらの乙号証と本願発明１の異
なる点は，乙号証では曖昧でないアミノ酸配列の非常に長いストレ
ッチを有する高度に精製されたペプチドを用いた（乙１１の
「Fig.1」の(B)及び乙１０の「Fig.1」参照）のに対し，本願発明
１では，ＧＡＤと異なる引用例１の配列の領域は非常に短く，Ｇ６７
ＡＤを直接にクローニングするのに使用することが難しかった。６５
本願発明者らは引用例１のラットＧＡＤ部分アミノ酸配列中のネコ
ＧＡＤ（ネコＧＡＤ）と一致している，より長いストレッチを用６７
いた。そして，本願発明者らは得られたＧＡＤではないｃＤＮＡ６７
に対するクローンをスクリーニングした。
(ｂ)乙１０及び１１における縮退のレベルは非常に低い。
乙１１では，センス及びアンチセンスプライマーは，いずれも３
２種のプライマーの混合物であった。乙１０に関しては，センスプ
ライマーは，８種のプライマーの混合物であり，アンチセンスは１
２種のプライマーの混合物であった。乙１０及び１１では，縮退の
レベルが非常に低いので，完全に相補的な配列の有効濃度は非縮退
プライマーを用いたＰＣＲを完成させるのと実質的に同等であろ
う。本願発明１はこのようなケースではなかった。本願発明１で
は，センスプライマーが６１４４種類のプライマーの混合物であ
り，アンチセンスプライマーが４０９６種類のプライマーの混合物
であった。明らかに，本願発明１における縮退のレベルは，実験の
成功からはかけ離れている程に高かったのである。
(ｃ)生じるＰＣＲ生成物の予想される長さが分かっているなら，実
験の不確実性は非常に小さい。乙１０及び１１では，生じるＰＣＲ
生成物の長さが，塩基対のレベルまで正確に分かっていた。これに
対し，本願発明１はこのようなケースではなかった。引用例１の部
分アミノ酸配列は，ＣＮＢｒ（臭化シアン）断片であり，したがっ
て，本願発明１で用いたのは，ネコＧＡＤ（ネコＧＡＤ）から演６７
繹されたアミノ酸配列と一致しているアミノ酸配列の断片であった
（甲１のTable２参照）。具体的に言えば，本願発明１において用
いた二つの縮退プライマーは，隣接していないアミノ酸配列から得
られたものであり，前方のプライマーは，ヌクレオチド７１１でネ
コｃＤＮＡと一致している断片から，そして他方は，ヌクレオチド
１７１３でネコｃＤＮＡと一致している異なる断片から得た。した
がって，本願発明者らは，「第２の」ＧＡＤの二つのプライマーの
間のヌクレオチドの長さを知らなかった。本願発明者らが知ってい
たのは，当時存在していたＧＡＤ（後にＧＡＤと呼ばれるように６７
なった）の長さだけだった。本願発明者らは乙１０及び１１が享受
した確実性を享受できなかった。
(ｄ)プライマーの縮退及び配列類似性を有する他のｃＤＮＡ（例え
ば，関連するデカルボキシラーゼ類）を原因とする大抵の場合のよ
うに，本願発明者らが複数の増幅されたバンドを得たなら，どのバ
ンドを調べるべきだったのか。不純物である他のデカルボキシラー
ゼ類だけでなく，ＧＡＤの複数のスプライス形態が存在し（現在６５
では，ＧＡＤ及びＧＡＤの複数のスプライス形態が存在するこ６５６７
とが知られている），それによって多数の異なるＰＣＲ生成物が生
成されたらどうなるか。もしＧＡＤの転写物のＧＡＤの転写物６５６７
に対する割合が１：１０００であったらどうなったのか。これらの
疑問があることからすると，被告の主張は，あまりにも簡単に割り
切り過ぎている。
(ｅ)以上に，単一のＧＡＤ遺伝子であると信じられていたという重
要な事実と相まって，乙１０及び１１によって本願発明１をなすこ
とが容易であったということはできない。
(イ)本願発明６について
上記のとおり，引用例１に示されたラット部分アミノ酸配列から全長
のラットＧＡＤを得ることは容易ではなかった。その上，任意のその６５
ような部分アミノ酸配列中の６∼１０個のアミノ酸の一続きのつながり
（stretch）を，簡単に選択しても，抗体に対するエピトープが存在す
ることは保証されないであろう。
引用例１においては，タンパク質を精製するためにＧＡＤ−１抗体が
使用されているが，ＧＡＤ−１抗体はPEVKEK領域の外側のエピトープを
認識する。また，ＧＡＤ−１抗体が，ＧＡＤ及びＧＡＤからなるヘ６５６７
テロ二量体のうちの一方の形態に完全に特異的であるのか，又はＧＡＤ
の複合形態又は関連するタンパク質（例えば，ＧＡＤと配列が類似して
いる，ＤＯＰＡデカルボキシラーゼ及び芳香族酸デカルボキシラーゼ等
の他のデカルボキシラーゼ類）をも認識するのかについては本願優先日
当時知られていなかった。
したがって，本願発明６は，当業者が引用発明１から容易に発明をす
ることができたものではない。
ウ取消事由３（本願発明１及び６の格別の効果の看過）
(ア)ＧＡＤとＧＡＤは，異なる酵素的動力学，細胞内分布を有して６７６５
おり，特にＧＡＤはＩ型糖尿病における自己免疫応答の主たる標的で６５
ある点でＧＡＤとは異なっている。現在，組換えＧＡＤは，Ｉ型糖６７６５
尿病の前糖尿病状態である自己抗体を検出するため及び（ＧＡＤを発６５
現する）インスリン生産性細胞に対する免疫学的耐性を誘導するために
設計された免疫治療のために用いられている。これに対し，ＧＡＤは６７
自己免疫応答の主たる標的ではなく，それ故，免疫学的耐性を誘導した
り，Ｉ型糖尿病を導く自己免疫を予防することに関しては有用ではな
い。
(イ)ＧＡＤｃＤＮＡの格別の効果は，次のとおり，本願明細書（甲１６５
１）に記載されている。
実施例２の「Ｂ」は，ＧＡＤとＧＡＤが二つの別個の遺伝子によ６７６５
ってコード化されていることを示している。実施例２の「Ｅ」は，ＧＡ
ＤのｍＲＮＡ及びＧＡＤのｍＲＮＡの発現がニューロンのクラスに６５６７
よって異なることを示している。実施例２の「Ｃ」では，ＧＡＤｃＤ６５
ＮＡが酵素的に活性なＧＡＤをコード化しており，そしてその酵素的に
活性なＧＡＤが，グルタミン酸塩をＧＡＢＡ及びＣＯに変換する効６５２
６７果を示し，外因性のピリドキサールリン酸（ＰＬＰ）に対してＧＡＤ
とは異なった反応を示している。実施例の「Ｆ」では，ＧＡＤとは異６７
なる無細胞系分布を有することを示している。
実施例３は，ＧＡＤとＧＡＤとの免疫学的挙動の違いを明らかに６５６７
している点で特に重要である。実施例３のＢには，「更に別の実験（結
果を示さず）では，ＩＤＤＭの危険がある患者２人（ＤＡ，ＤＣ）から
の血清は，組み換え法で生産されたＳ−ＧＡＤを免疫沈降させる３５
６５
が，一方組み換え法で生産されたＳ−ＧＡＤは，患者ＤＡの血清の３５
６７
みによって認識された（そしてこれはＳ−ＧＡＤよりも弱い）こと３５
６５
を示した。」（本願明細書［甲１１］３１頁６行∼９行）と記載されて
いる。このＧＡＤとＧＡＤの間の違いは，実施例３の最後に強調さ６５６７
れており，ＧＡＤがＩＤＤＭを予測するための診断ツールとしてどれ６５
だけ有用性が高いかが述べられている。すなわち，「実際に症状がでる
前に医師がＩＤＤＭを診断できるということは，疑いもなくインシュリ
ン治療が必要となるまでの時間がおおいに伸びる結果となる。このよう
な免疫アッセイの感度は，膵臓のβ−細胞に存在するＧＡＤ形を表すヒ
ト由来の組み換えＧＡＤを用いて改良されるであろう。」（本願明細６５
書［甲１１］３３頁２０行∼２３行）ということである。
(ウ)本願明細書中には示されていないが，その後の検討によって，Ｉ型
糖尿病患者の自己免疫応答は，主にＧＡＤに向けられていることが確６５
認されている。
(エ)したがって，ＧＡＤではなく，ＧＡＤに対する自己抗体に関す６７６５
る検査はＩ型糖尿病の前診断（prediagnosing）及びＩ型糖尿病とＩＩ
型糖尿病とを区別するのに有用である。ＧＡＤに対する自己抗体を検６５
出するキットについては，本願明細書（甲１１）８頁末行∼１０頁下２
行に記載されており，そのようなキットは現在欧州及び米国で商業的に
販売されている。
さらに，本願明細書（甲１１）１０頁末行∼１３頁１０行には，ＧＡ
Ｄがどのように治療的に与えられ，自己反応性免疫応答を刺激又は６５
ブロックできるかが記載されている。ＧＡＤではなく，ＧＡＤが６７６５
６７６５自己免疫の標的であるため，臨床試験は，ＧＡＤではなくＧＡＤ
を用いている。
(オ)審決は，引用例２（甲２）における相対分子量６４０００（６４
Ｋ）の膵島β細胞自己抗原，及び引用例３（甲３）における６４０００
Ｍｒ（６４ＫＡ）の膵島細胞タンパク質（以下，これらをまとめて「６
４Ｋ自己抗原」と呼ぶ）がＧＡＤであることを当然の前提として本願６５
発明の効果を判断している。しかし，本願優先日前においては６４Ｋ自
己抗原が２種類存在することが知られているＧＡＤのうちのいずれであ
るのかは明らかではなかった。本願発明によってＧＡＤの全アミノ酸６５
配列が明らかになって初めてＧＡＤと同じものであることが確認で６５
き，さらに，２種類存在することが知られていたＧＡＤのうち，ＧＡＤ
ではなくＧＡＤこそがＩＤＤＭ診断の指標として有用であることが６７６５
明らかになったのである。
(カ)審決は，後知恵によって本願発明の効果を認定したものであり，以
上のような本願発明１及び６の格別の効果を看過している違法がある。
２請求原因に対する認否
請求原因(1)ないし(3)の各事実は認めるが，(4)は争う。
３被告の反論
(1)取消事由１に対し
ア引用例１に記載される三つの断片ごとに分けて，引用例１のラットＧＡ
Ｄのアミノ酸配列と，それに対応する本願発明１のラットＧＡＤのアミ６５
ノ酸配列を相同な領域が対応するように並べて比較してみると，下記の
(i)∼(iii)のとおりである。ここでは，引用例１において空白になってい
る位置は，１アミノ酸分の空白「」をあけて記載する。
(i)断片１
引用例１のラットGADVLAADLTSTANTNTYEIAPVFVLLEYVW
本願のラットGADGLAADWLTSTANTNMFTYEIAPVFVLLEYV65
(ii)断片２
GMM引用例１のラットREIIGWPGGSDGIFSPGGAISNYAMLIARYKMFPEVKEKGGAD
本願ラットGADREIIGWPGGSGDGIFSPGGAISNMYAMLIARYKMFPEVKEKGM65
(iii)断片３
引用例１のラットGADSRLSKVAPVIKARMEYGTTVYQPGDKNFFRMMSLV
本願のラットSRLSKVAPVIKARMMEYGTTMVSYQPLGDKVNFFRGAD65
イ上記アの比較によると，引用例１において決定された９７個のアミノ酸
残基のうち，本願発明１のラットＧＡＤと明らかに異なっているアミノ６５
酸は，「断片１」の一番最初のアミノ酸が引用例１では，「Ｖ」である
が，本願では「Ｇ」である，この１個のみである。
これについては，原告が提出した本願発明者が発表した文献である甲５
（ＩandＡ「TheStructualandFunctionalHeterogeneityofGlutamic
AcidDecarboxylase:AReview｣NeurochemicalResearch,Vol.16,No.3,
1991,p.215-226）においても，引用例１に記載されたアミノ酸９７個のう
ち９６個がラットＧＡＤと一致していることが記載されており（２２０６５
頁左欄１１行∼１７行），引用例１のラットＧＡＤと本願のラットＧＡＤ
のアミノ酸配列が１個だけ異なるということは，本願発明者自身も認め６５
ていることである。
そして，アミノ酸配列決定技術において，この程度の決定の誤りは，よ
くあることであるし，この１アミノ酸の違いは解析対象となったラットの
個体間の差によるものである可能性もある。また，引用例１（甲１）の表
２（Table２）をみると，唯一の相違であった１番目のアミノ酸を含む最
初の領域は，ネコとラットにおいて連続して保存性が高い領域ではないか
ら，１番目のアミノ酸を含む領域の配列から縮退プライマーを作製するこ
とは，通常，当業者は行わないことである。したがって，この部分のアミ
ノ酸の相違は，引用例１に基づく本願発明１の容易性に影響を与えないも
のである。
ウ上記アの比較によると，引用例１のラットＧＡＤのアミノ酸配列におい
て，空白で示された位置（上記比較では，「」で示した。）は，すべて
本願のラットＧＡＤにおいてそれに対応する数のアミノ酸が存在するこ６５
とから，引用例１のアミノ酸配列における空白の数は，すべて正確であ
る。
エ本願の実施例１において，ＧＡＤクローニングのためのプライマー設計
の基となるネコ及びラットＧＡＤの共通配列についての記載において，引
用例１を参照文献として挙げられていること（甲１１［明細書］の１３頁
下３行∼１４頁２行）からすると，出願人自身も引用例１に記載された配
列を本願発明１のｃＤＮＡのクローニングに用いたことは明らかである。
オ以上のことからすると，引用例１は引用発明として適格性を欠くもので
はなく，引用例１を主引例として本願発明１の進歩性を判断した審決の認
定及び判断に誤りはない。
(2)取消事由２に対し
ア本願発明１について
(ア)引用例１の記載に基づいて本願優先日（１９９０年［平成２年］９
月２１日）当時の周知技術を用いてラットＧＡＤをコードするｃＤＮＡ
をクローニングすることができる
ａ本願優先日（１９９０年［平成２年］９月２１日）当時におけるｃ
ＤＮＡのクローニングに関する周知技術を立証するために，乙８（鈴
木信太郎「混合プライマーを用いたＰＣＲ法の応用」実験医学Vol.8,
No.9（増刊）１０３２頁∼１０３６頁［１９９０年６月発行］）及び
乙９（結城惇「新しいクローニング法：ＰＣＲとＩＰＣＲ」Cell
Science,Vol.6,No.5,３７０頁∼３７６頁［１９９０年８月発行］）
を提出する。
乙８には，相同な蛋白質のｃＤＮＡをクローニングする方法とし
て，既知のアミノ酸配列を比較検討して，１組の良く保存されている
アミノ酸配列に対応するすべての可能なヌクレオチド配列を含むプラ
イマーを用いて，ｍＲＮＡより合成したｃＤＮＡをＰＣＲ法により増
幅し，増幅したＤＮＡをベクターにサブクローニングし，増幅したＤ
ＮＡをプローブとしたスクリーニングを行うことにより，目的のクロ
ーンを得て，得られたクローンのシークエンシングを行い，ヌクレオ
チド配列及びアミノ酸配列を決定すること，及び，得られたＤＮＡ
は，スクリーニング用プローブとして使用できることが記載されてい
る。
乙９には，タンパク質のアミノ酸配列をもとにクローンを得る方法
として，アミノ酸配列から推定される多数のオリゴヌクレオチドの混
合物をＰＣＲの系に加えて，ｃＤＮＡライブラリーの中に探索してい
る特定のクローンが入っているかどうかを検定し，もし探索している
塩基配列が増幅されたら，この増幅産物をプローブとして使い，クロ
ーンを拾い出すことにより，ｃＤＮＡのクローニングができることが
記載されている。
乙８及び９に記載されるように，同じ機能を有する複数のタンパク
質において，該タンパク質間において保存されたアミノ酸配列が得ら
れた場合，同様の機能を有する新たなタンパク質をコードするｃＤＮ
Ａを得ることを目的として，その保存アミノ酸配列を基に縮退プライ
マー，すなわち，該アミノ酸配列をコードすることが可能なすべての
ヌクレオチド配列を含む混合プライマーを調製し，それを用いて，対
象となる組織等から調製したｃＤＮＡをＰＣＲ法により増幅し，増幅
したＤＮＡをプローブとして，ｃＤＮＡライブラリー等をスクリーニ
ングすることにより，目的のタンパク質のｃＤＮＡを得ることは，本
願優先日当時における周知技術であった。
さらに，この周知技術を用いて，目的タンパク質のｃＤＮＡを得た
周知例として，乙１０（GREGORIOGILほか「Multipalgenesencode
nuclearfactor1-likeproteinsthatbindtothepromoterfor
3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzymeAreductase」Proceedingsof
theNationalAcademyofScienceoftheUnitedStatesofAmerica,
Vol.85,1988,p.8963-8967）及び乙１１（CHENGCHILEEほか
「GenerationofcDNAProbesDirectedbyAminoAcidSequence:
CloningofUrateOxidase」Science,Vol.239,1988,p.1288-1291）を
提出する。
乙１０には，レダクターゼプロモーター因子タンパク質Ａ及びＢに
おいて一致するアミノ酸配列を基に作製された縮退プライマーを用い
て，ｃＤＮＡを鋳型としてＰＣＲ法により増幅し，増幅されたＤＮＡ
をプローブとして，ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングして，レ
ダクターゼプロモーター因子タンパク質ＢのｃＤＮＡをクローニング
したことが記載されている。
乙１１には，ブタ尿酸オキシダーゼのアミノ酸配列を基に作製した
縮退プライマーを用いて，ｃＤＮＡを鋳型としてＰＣＲ法により増幅
し，増幅されたＤＮＡをプローブとして，ｃＤＮＡライブラリーをス
クリーニングして，尿酸オキシダーゼのｃＤＮＡをクローニングした
ことが記載されている。
ｂ引用例１（甲１）には，表２に示したラットとネコＧＡＤの比較に
おいて，「比較的長い一致した配列が存在し，１２アミノ酸残基のも
のが１つ，１０アミノ酸残基のものが１つ，８アミノ酸残基のものが
１つ，５アミノ酸残基のものが１つであった」ことが記載されている
（２１２６頁右欄２５行∼２７行，訳文［乙１］１頁）。
通常，縮退プライマーの設計の基となるアミノ酸配列は，５∼７残
基である（乙８の１０３３頁左欄２行）から，引用例１に記載された
保存アミノ酸配列は，プライマーを作製するために十分な長さの領域
を少なくとも四つ開示しているものである。ＰＣＲ法は，部分配列に
基づいてプライマー対を設計すれば，各プライマー間のＤＮＡ配列が
どのようなものであるかにかかわらず，プライマー対間のＤＮＡ配列
を増幅できるのであるから，未知のギャップがあるか否かは，目的の
配列が得られるか否かと無関係である。
このようにＧＡＤについてラットとネコの種間において５アミノ酸
以上の長さをもって保存されたアミノ酸配列を開示する引用例１の記
載に接した当業者は，上記の本願優先日当時の周知技術を適用して，
すなわち，両者で一致した配列を基に，ＧＡＤをクローニングするた
めの縮退プライマーを作製して，ラット脳由来のｃＤＮＡを対象にし
てＰＣＲ法によりＧＡＤｃＤＮＡ断片を増幅し，得られたｃＤＮＡ断
片をプローブとして，ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングして，
ラットＧＡＤのｃＤＮＡを得ることを容易に想到するものである。
本願の実施例１におけるラットＧＡＤｃＤＮＡのクローニング手６５
法は，このような周知技術を採用したにすぎないものであって，本願
明細書をみても，ラットＧＡＤｃＤＮＡのクローニングのための格６５
別な工夫が示されているわけでもない。
したがって，本願優先日当時の技術水準では，引用例１に記載され
ているような部分的なアミノ酸配列であって，しかもその中にいくつ
かの未知のギャップを含むものを手がかりに全長のアミノ酸配列を得
ることはできないとする原告の主張は失当であり，引用例１の記載に
基づいて，本願優先日当時の周知技術を用いてラットＧＡＤをコード
するｃＤＮＡをクローニングすることは，当業者が容易に想到し得る
ことであるとした審決の判断に誤りはない。
(イ)引用例１に記載されたラットＧＡＤをコードするｃＤＮＡを得よう
とすることには以下に述べるように動機付けがあり，ＰＣＲ法を用いる
ことによって容易に引用例１に記載されたラットＧＡＤをコードするｃ
ＤＮＡを得ることができた
ａＧＡＤの由来となる遺伝子の数とは無関係に引用例１に記載された
ラットＧＡＤをコードするｃＤＮＡを得ようとする動機付けがある
(ａ)本願優先日前の技術的状況
本願優先日前のＧＡＤに関する技術的状況については，甲５に記
載されているように，複数の研究グループが，哺乳類の脳から精製
されたＧＡＤは，電気泳動により大小二つのバンドに分かれること
を確認していることから，哺乳類の脳には，分子量が異なる大小二
つの型のＧＡＤが存在していることは明らかになっていた（甲５の
２１７頁右欄下１３行∼下１行）。これらは後に，その分子量か
ら，「ＧＡＤ」と「ＧＡＤ」と命名されるものである。６７６５
１９８６年に，ネコの脳由来の一つのＧＡＤ（以下，これを「ネ
コＧＡＤ」という。）を，本願発明者であるＡらが，抗体スクリー
ニング法を用いてクローニングした（甲５の２１８頁左欄下１行∼
右欄２行）。この「ネコＧＡＤ」のｃＤＮＡ配列及び推定アミノ酸
配列は，乙２（Ｋ,ＦandＡ｢GlutamicAcidDecarboxylase
cDNA:NucleotideSequenceEncodinganEnzymaticallyActive
FusionProtein｣TheJournalofNeuroscience,Vol.7,No.9,1987,
p.2768-2772）において発表された。このＡらが得た「ネコＧＡ
Ｄ」は，後にその推定分子量から大きい方の型である「ＧＡＤ」６７
と呼ばれることになるものである（甲５の２１９頁左欄下２３行∼
１６行）。
１９８７年に，Ｌらの研究グループは，ラット脳由来のＧＡＤｃ
ＤＮＡを抗体スクリーニング法によりクローニングした（甲５の２
１９頁左欄１行∼３行）。このラット脳由来のＧＡＤｃＤＮＡ配列
は，１９９０年２月に発行された甲７において発表された。また，
別のグループは，Ａらの「ネコＧＡＤ」ｃＤＮＡをプローブとし
て，マウス由来のＧＡＤｃＤＮＡをクローニングした（甲５の２１
９頁左欄３行∼５行）。このマウス由来のＧＡＤｃＤＮＡ配列は，
１９９０年３月に発行された乙１２（Ｊ｢Molecularほか
Identificationofthe62kdFormofGlutamicAcid
DecarboxylasefromtheMouse｣EuropianJournalof
Neuroscience,Vol.2,No.3,1990,p.190-202）において発表され
た。
そして，上記の「ネコＧＡＤ」，ラット及びマウス由来のＧＡＤ
は，同一性が９０％以上と高いものであって，共通のＧＡＤ遺伝子
を祖先とするもの，すなわち，オーソログであって，二つの型のう
ち，推定分子量が６万７０００の大きい方であるＧＡＤをコードす
るものである（甲５の２１９頁左欄６行∼１２行）。
このように，二つの型が存在するＧＡＤのうち，一方の型のＧＡ
ＤのｃＤＮＡ，すなわち，後に「ＧＡＤ」と命名される型のｃＤ６７
ＮＡは，本願優先日前には，ネコ，ラット及びマウス等の複数の種
において既にＤＮＡ配列及びアミノ酸配列の決定がなされていた。
そして，二つの型のＧＡＤの由来となる遺伝子の数は，単一であ
るのか，それとも複数であるのかという学術的な議論もまた当業者
の関心事項であった。
(ｂ)引用例１の記載事項
引用例１（甲１）は，「ネコＧＡＤ」のｃＤＮＡがクローニング
された後の１９８８年に発行された。
引用例１について審決が記載事項（ａ１）として認定した箇所に
は，次の事項が記載されている。
「ＧＡＤ−１免疫親和性カラムは，ラット脳ホモジネートの細胞質
分画からＧＡＤ活性を濃縮された画分を得るために使用された。最
も濃縮された画分は，ニワトリ脳からのものと区別がつかない一連
のタンパク質を含んでいた。最も顕著なバンドは明らかに５９ｋＤ
ａの分子量を有するものであった。他のバンドとして，６３ｋＤａ
と５５ｋＤａを中心とする一連の約３つのバンドが存在した。ラッ
ト脳の膜分画からの精製は，似た図を示す。５９ｋＤａと６３ｋＤ
ａタンパク質は明瞭に存在し，より少ない量で低分子量成分が存在
した。ＨＰＬＣにより自然な形のままでこれらのバンドを分離する
すべての試みは失敗した。５９ｋＤａタンパク質は，予備的ＳＤＳ
−ＰＡＧＥによって単離され，臭化シアンによる切断により断片化
された。配列分析によると，このタンパク質はネコのＧＡＤｃＤＮ
Ａ（Ｆetal.,1986;Ｋetal.,1987）（被告注：「ネコＧＡＤ」
のｃＤＮＡ）と強い相同性を有していることを示し，これは，酵素
的に活性なＧＡＤをコードしていることを示している。」（２１２
９頁左欄１５行∼３１行，訳文［乙１］１頁∼２頁）
また，引用例１には，下記の事項が記載されている。
「Ａ氏と共同研究者は，ネコＧＡＤのｃＤＮＡをクローニング
し，配列決定をした（Ｆetal.,1986;Ｋetal.,
1987）。５９ｋＤａタンパク質とネコＧＡＤｃＤＮＡの関係を理解
するために，５９ｋＤａタンパク質を予備的ＳＤＳ−ＰＡＧＥによ
り精製した。第４図は，この精製工程を経て得られた精製５９ｋＤ
ａタンパク質を示す。このタンパク質のＮ末端は，ブロックされて
いることがわかったため，アミノ酸配列を決定するために，このタ
ンパク質は臭化シアンにより切断され，切断されたペプチドは逆相
ＨＰＬＣにより分離された。１２ペプチドのピークを配列決定し
た。これらのうち，４つは，完全に又は部分的に重複するものであ
ったが，８つはユニークな配列を有していた。ネコｃＤＮＡから推
定されるタンパク質配列と，ラット５９ｋＤａタンパク質からの配
列の間には，強い相同性があることがすぐに明らかになった。推定
ネコ配列とともに得られた該タンパク質配列を比較したデータを表
２に示す。配列決定されたすべてのペプチドは，少なくとも部分的
に相同性を有するものである。配列決定されたペプチドは，長さで
計９７個のアミノ酸残基である。それらを推定ネコ配列の３つの隣
接したセクションと共に比較した。比較した配列において，９７ア
ミノ酸のうち６８個が一致した。さらに，比較的長い一致した配列
が存在し，１２アミノ酸残基のものが１つ，１０アミノ酸残基のも
のが１つ，８アミノ酸残基のものが１つ，５アミノ酸残基のものが
１つであった。２９個の一致しないアミノ酸残基のうち，１７個
は，単一の塩基置換によりできる可能性があるものであった。」
（２１２６頁右欄６行∼２９行，訳文［乙１］１頁）
上記記載によると，引用例１は，ラット脳からＧＡＤを精製する
と現れる６３ｋＤａと５９ｋＤａの大小２つのバンドのうち，小さ
い方である５９ｋＤａタンパク質の一部のアミノ酸配列を決定し，
上記のＡらによる「ネコＧＡＤ」のアミノ酸配列と比較したとこ
ろ，「ネコＧＡＤ」アミノ酸配列と一部一致する配列を有するもの
の，異なる配列をも含むものであって，９７個のうち，２９個のア
ミノ酸残基は，「ネコＧＡＤ」ｃＤＮＡとは異なるものであったこ
とが記載されている。甲５によると，両者の相同性は７０％である
（２１９頁左欄下１行∼右欄８行）。
そして，引用例１の著者は，既知の「ネコＧＡＤ」と５９ｋＤａ
のラットＧＡＤアミノ酸配列に差が生じる原因について，引用例１
において下記のように考察している。
「５９ｋＤａラットタンパク質とネコタンパク質間の相同性は，３
つの可能な方法によって説明することができる。最初は，これら
は，ネコとラットの両方において，ＧＡＤをコードする一つの遺伝
子であって，２つのタンパク質の相違の全ては，進化の多様性によ
るものであるという仮定である。２つめの可能性は，それぞれの種
は単一の遺伝子をもっており，選択的スプライシングのパターンで
いくつかのｍＲＮＡが生じるというものであって，したがって，ネ
コｃＤＮＡとラット５９ｋＤａタンパク質は，単一遺伝子の選択的
スプライシングの経路を示すものであるというものである。最後
は，ＧＡＤ又はＧＡＤ様タンパク質は複数の遺伝子が存在して，ネ
コｃＤＮＡとラット５９ｋＤａタンパク質は，関連性はあるが，異
なる遺伝子の産物であるというものである。これらの選択肢の中か
ら一つを選ぶには，該免疫精製したタンパク質および対応するｃＤ
ＮＡのさらなる解析が必要である。」（２１２９頁左欄３１行∼４
４行，訳文［乙１］２頁）
以上の記載事項を整理すると，引用例１の著者は，
①５９ｋＤａのラットＧＡＤは，「ネコＧＡＤ」と祖先を共通に
するオーソログ（同じ型）であって，「ネコＧＡＤ」とのアミノ
酸配列の相違は進化の多様性によるものである。
②５９ｋＤａのラットＧＡＤは，「ネコＧＡＤ」の型とは異なる
もう一方の型のタンパク質である。その場合は，二つのＧＡＤの
由来となる遺伝子は，
α単一遺伝子であって，二つのＧＡＤは，選択的スプライシン
グにより生じるものである。
β別々の遺伝子であって，二つの型のＧＡＤはそれぞれの遺伝
子から生じるものである。
という三つの仮説をたてている。
しかし，本願優先日（１９９０年［平成２年］９月２１日）前に
６７は，既に，ラットにおける「ネコＧＡＤ」の型に相当するＧＡＤ
型は，Ｌらによりクローニングされ，甲７において発表されたか
ら，ネコとラット由来のそれらの相同性は，９５％と高いものであ
ることは，わかっていた。したがって，引用例１に記載の５９ｋＤ
ａのラットＧＡＤは，「ネコＧＡＤ」のオーソログではなく，異な
る型であること，すなわち，上記①の可能性がないことは本願優先
日前には既に判明していたのである。
そして，上記②の場合には，上記②αの場合でも，上記②βの場
合でも，次のとおり，二つの型のＧＡＤにそれぞれ対応した，二つ
の異なるｍＲＮＡが生じている。
α単一遺伝子由来である場合（上記②αの場合）
遺伝子は一つで，そこからｍＲＮＡが転写された後，選択的ス
プライシングが起きて，２種類のｍＲＮＡが生じ，それぞれが，
タンパク質へと翻訳され，２種類のＧＡＤが生じる。
β二つの遺伝子由来である場合（上記②βの場合）
二つの型のＧＡＤに対する遺伝子がそれぞれに存在し，この二
つの遺伝子がそれぞれｍＲＮＡへと転写されて２種類のｍＲＮＡ
が生じ，それぞれがタンパク質へと翻訳され，２種類のＧＡＤが
生じる。
(ｃ)本願優先日当時，ＧＡＤの由来となる遺伝子が単一の遺伝子で
あるか，二つの別の遺伝子であるかのいずれであっても，二つの型
のＧＡＤに対応するｍＲＮＡが二つ存在することは，上記(ｂ)で述
べたとおりである。
したがって，ＧＡＤの由来となる遺伝子の数に関する議論はさて
おき，当業者であれば，一方の型のｃＤＮＡが取得されているので
あれば，もう一方の型についても，そのｃＤＮＡを得て，ＤＮＡ配
列を決定しようとすることは，自然な発想である。
そして，両者の型のＧＡＤのｃＤＮＡが得られれば，それらをプ
ローブとして用いたサザンブロット法（ゲノム遺伝子断片を対象と
した核酸プローブによる検出方法であって，ゲノム上の遺伝子の数
を調べることができる方法，乙１３［松橋通生，大坪栄一監訳「ワ
トソン・組換えＤＮＡ」８１頁∼８２頁（昭和６３年３月２５日第
３刷発行）丸善株式会社］）などの周知技術により，自ずと単一遺
伝子であるのか，二つの遺伝子であるのかという学術的な問題の結
論を得ることができるのである。
さらに，上記(ｂ)のとおり，引用例１には，この問題の結論を得
るために，記載されたラットＧＡＤに対応するｃＤＮＡを得ること
が示唆されている（２１２９頁左欄４１行∼４４行）。
以上のように，どちらの仮説が真であるかにかかわらず，当業者
であれば，まずは，引用例１に記載のラットＧＡＤのｃＤＮＡを得
ようと発想するのであって，ＧＡＤは単一の遺伝子由来であると考
えられていたという原告の主張は，引用例１に記載のラットＧＡＤ
のｃＤＮＡを得ようとする自然な技術の流れを妨げるものではな
い。
(ｄ)原告は，Ｊらにより偽遺伝子の存在が報告されていたから，引
用例１で示されたものも偽遺伝子の産物である可能性があったと主
張する。
しかし，甲６（Ｊほか「SequencesHomologoustoGlutamicAcid
DecarboxylasecDNAArePresentonMouseChromosomes2and10」
GENOMICS6,1990,P.115-122）で偽遺伝子として推定されているＭ
ＧＡＤ８Ａは，ゲノム配列から得られたものであり，イントロンを
欠く等の理由で「processedpseudogene」（プロセッシングされた
偽遺伝子）と判断されている（１１７頁右欄５行∼１０行）。しか
し，「processedpseudogene」は，ｍＲＮＡが逆転写によりｃＤＮ
Ａ化し，ゲノムに再挿入されて生じるものと考えられており，一般
にプロモーター配列を失うため，転写活性を失うものである（乙１
４［松原謙一，中村桂子，三浦謹一郎監訳「ワトソン・遺伝子の分
子生物学第４版」６６２頁∼６６３頁（１９８８年９月１０日発
行）株式会社トッパン］）。したがって，引用例１に記載された，
ｍＲＮＡへ転写され，さらにタンパク質へと翻訳されているラット
ＧＡＤが偽遺伝子の産物であるとは，当業者であれば考えないもの
である。また，原告は，引用例１のタンパク質が偽遺伝子の産物で
あるという合理的な根拠を示したわけでもなく，Ｊらの報告した遺
伝子が偽遺伝子であったという１例があったからといって，当業者
が引用例１に記載されたアミノ酸配列をＧＡＤｃＤＮＡのクローニ
ングに利用することを妨げるものではない。
また，原告は，ラットのＧＡＤｃＤＮＡをクローニングした甲６７
７（Ｌほか「RatBrainGlutamicAcidDecarboxylaseSequence
DeducedfromaClonedcDNA」JournalofNeurochemistryVol.54,
No.2,1990,P.703-705）をあげ，甲７においてクローニングされた
ラットＧＡＤのアミノ酸配列と引用例１のアミノ酸配列が異なる理
由として，引用例１はアミノ酸配列決定を誤ったものであることを
示唆している旨主張している。
しかし，甲７をみると，Ｌらが決定したラットＧＡＤアミノ酸配
列と，引用例１の配列との違いについて，「アミノ酸の配列決定に
内在する可能性が大きい（withthedifferencesmostlikelybeing
inherentinproteinsequencing.）」（７０４頁左欄下４行∼右欄
６行）と，アミノ酸配列決定が誤りがあったかもしれないことを示
唆しているにすぎないものであって，引用例１に記載されたアミノ
酸配列が誤りであることを示す合理的な根拠を示したものではない
から，引用例１に記載されたアミノ酸配列をＧＡＤｃＤＮＡのクロ
ーニングに利用することを妨げるほどの事情があったということは
できない。
なお，甲７でＬらが得たラットＧＡＤは，Ａらによる「ネコＧＡ
Ｄ」と９５％と高い同一性を有するものであって（７０３頁左欄要
約［Abstract］７行∼９行），当業者はＬらが得たラットＧＡＤは
「ネコＧＡＤ」と同じ型であることは容易に予測できることであ
る。そして，実際にＬらのラットＧＡＤは，ＧＡＤ型であって，６７
引用例１の５９ｋＤａのラットＧＡＤとは異なる型であったのだか
ら，両者のアミノ酸配列が相違するのは当然のことであって，結
局，甲７における示唆の方が間違っていたのである。
さらに，原告は，引用例１には，どのようにして，ＧＡＤの由来
となる遺伝子が単一の遺伝子であるか，二つの別の遺伝子であるか
を解明できるのかについて記載されていないと主張しているが，引
用例１には，ラットＧＡＤのｃＤＮＡをクローニングすることが必
要であることが記載されている。そして，引用例１に記載されたＧ
ＡＤｃＤＮＡを得る手法は当業者が容易に想到することであって，
得られたｃＤＮＡを用いて，周知の技術により遺伝子の由来に関す
る二つの仮説を解明することもまた容易であることについては，下
記のｂにおいて詳しく述べるとおりである。
ｂ本願優先日当時の周知技術を考慮すれば，ＰＣＲ法を用いることに
よって容易に引用例１に記載されたラットＧＡＤをコードするｃＤＮ
Ａを得ることができた
(ａ)本願の縮退プライマーの縮退の程度は，通常の範囲である
原告は，「プライマーはかなり縮退していた」と主張しているの
で，実際にそうであるかについて検討する。
本願明細書（甲１１）において，２セットの縮退プライマーの設
計の基となったアミノ酸配列は，センス側が「YEIAPVFV」及び，ア
ンチセンス側が「FPEVKEKG」である（甲１１の１３頁下３行∼１４
２行及び図１）。
本願明細書には用いた縮退プライマーの数については記載されて
いないので，プライマーの設計の基となったアミノ酸配列に基づい
て，計算してみると，以下のとおりである。
センスプライマーYEIAPVFV
2×2×3×4×4×4×2×4＝3×2＝6144個１１
アンチセンスプライマーFPEVKEKG
2×4×2×4×2×2×2×4＝2＝2048個１１
これらの数は，ＰＣＲによる増幅が不可能となるほど縮退してい
るものではない。
前記乙８には，縮退プライマーに含まれるオリゴヌクレオチドの
数に関して，「プライマーに含まれるオリゴヌクレオチド配列の組
み合わせの数であるが，Gouldらは２の組み合わせを含んでいる１８
プライマーも働いたとしているし，われわれの経験でも２な１３∼１４
ら十分働くようである，従って，２０ｂ（７アミノ酸）前後のプラ
イマーを用いる限り，組み合わせの数はほとんど問題にはならない
ものと考えられる。」と記載されている（１０３２頁右欄２１行∼
２７行）。
したがって，本願の縮退プライマーは，ＰＣＲによる増幅が行え
ない程に縮退したものではなく，ＰＣＲ法の適用に疑問をもたせる
ような事情はない。
(ｂ)ｃＤＮＡのクローニングにおいて，イントロンの存在は，無関
係である
原告は，「いくつかの大きなイントロンがあったなら，否定的な
結果をもたらしたであろう」と主張する。
しかし，あるタンパク質のｃＤＮＡのクローニングを目的として
いる場合，ＰＣＲ法により増幅する対象として，目的の細胞や組織
由来のｃＤＮＡを用いることは当然であって，イントロンを含むゲ
ノムＤＮＡを対象とすることは考えられない（乙８の１０３３頁右
欄下１０行∼下８行及び図１，前記乙９の３７２頁左欄２１行∼２
５行）。
ｃＤＮＡは，遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体からイントロ
ンの部分が切断されて生成した成熟ｍＲＮＡに相補的な配列のこと
であって，イントロンが既に除去されたものであるから，ｃＤＮＡ
をＰＣＲ増幅の鋳型とした場合に，原告の主張するような問題は存
在しない。
したがって，原告の主張は当を得ないものである。
(ｃ)縮退プライマーの５’末端における制限酵素の選択は当業者に
とって通常の創作能力の発揮である
原告は，「クローニングのために選択した酵素が，想定される第
２ＧＡＤ遺伝子の内部に存在する特異的な配列を切断してしまえ
ば，想定される第２の遺伝子は排除されることになる。」と主張す
る。
本願優先日（１９９０年［平成２年］９月２１日）当時，プライ
マーの設計時にプライマーの５’末端に出現頻度の低い制限酵素認
識配列を入れておき，このプライマーにより増幅を行った後，該制
限酵素認識配列を切断する制限酵素により当該末端を整えてＰＣＲ
生成物をベクターにクローニングすることは周知技術であった（乙
８の１０３３頁左欄１１行∼１３行及び図１，乙９の３７３頁左欄
２１行∼３３行及び図２，乙１５［猪子英俊「ＰＣＲ法の発展とそ
の医学応用」Biotherapy,Vol.4,No.6（１９９０年６月発行）１１
０３頁∼１１１３頁］の１１０９頁左欄「５．塩基配列」）。この
際，当該制限酵素処理により，ＰＣＲ生成物が途中で切断されてし
まう場合には，他の制限酵素認識部位の付加を試してみればよいの
であって，このようなプライマーに付加すべき制限酵素認識配列の
選択は，当業者にとって通常の創作能力の発揮の範囲である。
本願明細書（甲１１）の実施例をみると，用いたプライマーは末
端に「ＳｓｔＩ及びＨｉｎｄⅢ（５’末端オリゴ）ＳｓｔＩ及びＳ
ｓｔⅡ（３’末端オリゴ）」の制限酵素認識配列を付加したもので
あって，ＰＣＲ生成物を「ＨｉｎｄⅢ／ＳｓｔＩ」制限酵素で消化
されたベクターにクローニングすることが記載されていることから
（１４頁２行∼１１行），本願の実施例の方法はこの周知技術を用
いたものである。本願明細書の実施例において使用された制限酵素
「ＳｓｔＩ」，「ＳｓｔⅡ」及び「ＨｉｎｄⅢ」は，当該技術分野
において一般的に用いられている制限酵素であって，当業者であれ
ば，これらの制限酵素を選択することは，普通に行うことである。
そして，本願明細書をみても，これらの制限酵素の選択に格別の困
難があったということも確認できない。
したがって，原告の上記主張は，失当である。
(ｄ)ＰＣＲ増幅されたＰＣＲ生成物から容易にＧＡＤｃＤＮＡを６５
得ることができた
乙１６（MICHAELSTRATHMANNほか「DiversityoftheG-protein
family:Sequencesfromfiveadditionalαsubunitsinthe
mouse」ProceedingsoftheNationalAcademyofScienceofthe
UnitedStatesofAmerica,Vol.86,1989,p.7407-7409）には，縮
退プライマーを用いて，ｃＤＮＡをＰＣＲ法により増幅し，得られ
たＰＣＲ生成物をベクターにクローニングしてから，すべてのクロ
ーンの塩基配列決定を行うことにより新たなＧタンパク質のメンバ
ーを五つ見い出したことが記載されている。
乙１７（ANDREWF.WILKS｢Twoputativeprotein-tyrosinekinases
identifiedbyapplicationofthepolymerasechainreaction｣
ProceedingsoftheNationalAcademyofScienceoftheUnited
StatesofAmerica,Vol.86,1989,p.1603-1607）には，縮退プライ
マーを用いて，ｃＤＮＡをＰＣＲ法により増幅し，得られたＰＣＲ
生成物をベクターにクローニングしてから，すべてのクローンの塩
基配列決定を行うことにより，新たなチロシンキナーゼファミリー
のメンバーを二つ見い出したことが記載されている。
乙１６及び１７に記載されるように，ＰＣＲ生成物をベクターに
クローニングした後，複数のクローンから目的のものを選択すると
いう手間をかけずに，すべてのクローンの塩基配列決定を行うこと
は，本願優先日前における周知技術であった。
この周知技術を考慮すれば，本願の場合も，当業者は，ＰＣＲ生
成物をベクターにクローニングした後に，すべてのクローンの塩基
配列決定を行うことを容易に発想するものである。そうすれば，乙
１６及び１７と同様に，ＰＣＲ生成物に含まれる二つの型のＧＡＤ
ｃＤＮＡのうち，既知の型とは異なるＤＮＡ配列からなるＧＡＤｃ
ＤＮＡ，すなわち，ＧＡＤｃＤＮＡ配列を有するＰＣＲ生成物を６５
容易に見つけることができる。
そして，そのようにして得られたＧＡＤｃＤＮＡ配列を有する６５
ｃＤＮＡ断片を，ＧＡＤｃＤＮＡをクローニングするためのプロ６５
ーブとして用いて，ラット脳関連のｃＤＮＡライブラリーをスクリ
ーニングし，ＧＡＤｃＤＮＡを得ることは，当業者が容易に想到６５
し得ることである。
(ｅ)原告が主張する「否定的選択」を用いることも容易である
原告は，多くの「的はずれの」ＰＣＲ由来の増幅産物があるの
で，ネコオーソログにハイブリダイズしないものはすべて第２のＧ
ＡＤを示すという考えを持って「否定的選択」をすることは難しい
ことが周知である旨主張する。
しかし，ＰＣＲ生成物を電気泳動にかけて，予想される大きさの
バンドを分離し，ＤＮＡを抽出することは，本願優先日前における
周知技術であった（乙８の１０３４頁右欄１１行∼１３行，乙９の
３７３頁右欄下１行∼３７４頁左欄６行）。
ＰＣＲ法において，プライマー−ダイマーによる的はずれな生成
物ができることは，あたりまえのことで，そのような生成物は極端
に短いから，上記周知技術であるＰＣＲ増幅後に行う電気泳動によ
り簡単に排除できるものである。
したがって，的はずれな生成物ができることは，「否定的選択」
が困難であることの根拠にはならない。
そして，電気泳動により，そのような明らかに目的物ではない副
産物を除いたＰＣＲ生成物は，二つの型のＧＡＤである可能性が非
常に高いものに候補が絞られている状況である。
この場合，すでに一方の型のＧＡＤ（ＧＡＤ）のｃＤＮＡ配列６７
は知られていたわけであるから，当業者であれば，既知のＧＡＤｃ
ＤＮＡとハイブリダイズする陽性コロニーは，それと同じ型であっ
て，ハイブリダイズしない陰性コロニーは，もう一方の型のＧＡＤ
であることは容易に予測できることである。とすれば，ＧＡＤｃ６７
ＤＮＡをクローニングしようとすれば，陽性コロニーから得られた
ｃＤＮＡ配列を使用し，引用例１に記載された５９ｋＤａのラット
ＧＡＤｃＤＮＡをクローニングしようとすれば，陰性コロニーから
得られたｃＤＮＡ配列を使用することは当然のことであり，このよ
うにハイブリダイズしない陰性コロニーを選択することにより，引
用例１に記載されたＧＡＤのｃＤＮＡクローンの候補を絞ろうとす
ることは，当業者が容易に想到することである。
以上のとおり原告が主張する「否定的選択」は，困難性のある
手法ではない（乙１８［松橋通生，大坪栄一監訳「ワトソン・組換
えＤＮＡ」７４頁∼７６頁（昭和６３年３月２５日第３刷発行）丸
善株式会社］）。
(ｆ)ノーザンブロット法及びサザンブロット法により本願発明１の
ラットＧＡＤは「ネコＧＡＤ」とは異なる遺伝子から誘導された６５
ことを証明すること及びタンパク質を発現させてその酵素活性を確
認することは容易である
ラットＧＡＤｃＤＮＡが得られれば，それと既知のＧＡＤｃ６５６７
ＤＮＡを用いて，サザンブロット法などの周知技術（乙１３）によ
り，それらの由来となる遺伝子の数を決定することは，当業者が容
易になし得ることである。その結果，二つのＧＡＤの由来となる遺
伝子の数に関する学術的な議論が解明できて，二つの遺伝子由来で
あることが証明されたことは，ラットＧＡＤｃＤＮＡという物質６５
自体に係る発明の効果として，評価できることではない。
また，酵素活性を確認した点については，ＧＡＤｃＤＮＡが得６５
られたのであれば，それを発現させて，その機能を確認すること
は，当業者が普通に行うことである。その結果，引用例１における
ラット脳由来の５９ｋＤａタンパク質は酵素的に活性なＧＡＤであ
るという示唆のとおり，ラットＧＡＤがＧＡＤ酵素活性を有する６５
ことが確認されたにすぎず，これをもって格別の効果ということは
できない。
(ウ)得られたｃＤＮＡがＧＡＤの全長をコードするものでなかった場合
でも，ＲＡＣＥ法等の手法を適用して，全長ｃＤＮＡを得ることができ
る
前記乙１５には，一方の端の塩基配列が不明の時，ターミナルデオキ
シヌクレオチジルトランスフェラーゼによるｄＡ又はｄＧの３’末端へ
の付加により，この人工的なアンカープライマーと既知のプライマーと
の組み合わせでＰＣＲ反応を行い，塩基配列が不明な領域を含む特異的
な遺伝子の増幅を行うことができることが記載されている（１１０５頁
右欄「３．AnchoredＰＣＲ」及び図４）。
乙１９（MICHAELA.FROHMANほか「Rapidproductionoffull-length
cDNAsfromraretranscripts:Amplificationusingasingle
gene-specificoligonucleotideprimer」ProceedingsoftheNational
AcademyofScienceoftheUnitedStatesofAmerica,Vol.85,1988,
p.8998-9002）は，本願明細書（甲１１）において，ＧＡＤの残りの６５
５’末端をクローニングするために行った「アンカー（anchored）ＰＣ
Ｒ」の参照文献として記載された文献であって（１５頁１０行∼１３
行），完全長ｃＤＮＡクローンを得るための効率的なクローニング法で
あるＲＡＣＥ法が記載されている。
乙１５及び１９に記載されるように，本願優先日前において，目的の
ｃＤＮＡの全長が得られなかった場合は，「アンカーＰＣＲ」法（ＲＡ
ＣＥ法も含む）により，５’末端側又は３’末端側の未知のｃＤＮＡ配
列を決定することは，周知技術である。
審決は，「また，これにより得られたｃＤＮＡがＧＡＤの全長をコー
ドするものでなかった場合でも，さらに，本願優先日前における周知技
術であった５’末端側又は３’末端側のＤＮＡ配列を決定するＲＡＣＥ
法等の手法を適用して，全長ｃＤＮＡを得ること…は，当業者にとって
格別な困難性を有するものとも認められない。」（６頁１１行∼１７
行）と判断しているが，これは，ＲＡＣＥ法に用いるプライマーとし
て，縮退プライマーを用いることを述べたものではなく，ＰＣＲ法を適
用したクローニングにより得たｃＤＮＡが全長でなかった場合には，Ｒ
ＡＣＥ法などの周知の方法により，５’末端や３’末端のＤＮＡ配列を
得ることも容易にできることを述べたものである。
イ本願発明６について
本願発明６は，「エピトープを少なくとも１個有する，アミノ酸配列を
有するポリペプチドをコードするｃＤＮＡ配列」というものであるから，
エピトープのみをコードするｃＤＮＡ配列に係るものでなく，エピトープ
を「有する」アミノ酸配列を有するポリペプチド，すなわち，全体のアミ
ノ酸配列のうちにエピトープに相当する配列を最低一つ含んでいるポリペ
プチドをコードするｃＤＮＡに係るものである。
原告は，「引用例１に示されたラット部分アミノ酸配列から全長のラッ
トＧＡＤを得ることは容易ではなかった。」と主張するが，上記アで述６５
べたとおり，本願発明１のラットＧＡＤの全長をコードするｃＤＮＡ６５
は，当業者が容易に取得することができたのであるから，原告のこの主張
は誤りである。また，エピトープはたかだか，６∼１０アミノ酸残基の長
さであって，本願発明６は，そのような６∼１０アミノ酸配列を有するポ
リペプチドをコードするｃＤＮＡを対象としているのであるから，そのよ
うなｃＤＮＡを得るためには，上記ア(ウ)で述べたような完全長を得るた
めにＲＡＣＥ法などの周知技術を適用するまでもなく，ＰＣＲ法により増
幅した断片をプローブとして，ＧＡＤｃＤＮＡのある程度の長さの配列６５
を得れば，その中にはエピトープをコードする配列が含まれる蓋然性は非
常に高いものであって，完全長ｃＤＮＡと比べると，より容易に取得でき
るものである。
また，原告の「任意の部分アミノ酸配列中の６∼１０個のアミノ酸の一
続きのつながりを，簡単に選択しても，抗体に対するエピトープが存在す
ることは保証されないであろう。」との主張は，その意味が不明確である
が，クローニングしたラットＧＡＤの完全長ｃＤＮＡがコードするアミ６５
ノ酸配列から任意の６∼１０個のアミノ酸を選択してもエピトープが存在
するかどうか保証されないことを意味しているのであれば，本願発明６
は，エピトープのみをコードするＤＮＡに係るものではないから，そのよ
うな主張は当を得ないものである。上記したように，ＧＡＤの完全長ｃ６５
ＤＮＡは容易に取得できるものであって，その中には必ずエピトープが含
まれるものである。
さらに，原告は，「引用例１によって提供されたラット部分アミノ酸配
列にはアミノ酸自体の誤り及びギャップの誤りがあったから，選択された
６∼１０個のアミノ酸の一続きのつながり自体が正しいものであるという
保証すら無かった。」と主張する。この主張が，引用例１に記載されたア
ミノ酸配列から，任意に選択された６∼１０個のアミノ酸配列に，自己抗
体に対するエピトープが存在するかどうか保証されないこと，すなわち，
引用例１のアミノ酸配列がエピトープを含むかどうかわからないことを主
張しているのであれば，引用例１の部分アミノ酸配列は，自己抗体に対す
るエピトープを含むものである。すなわち，本願出願後に原告により出願
された特願平４−１５８１９５号は，平成１４年５月２日付で拒絶査定が
なされ，これに対して不服審判請求がなされ，不服２００２−１５２３９
号として特許庁における審理に付されたが，その審理の際，原告自身が平
成１８年１０月２日付で提出した回答書（乙２２）において，ＧＡＤに６５
おける，特定の自己抗体に対するエピトープの一つがＰＥＶＫＥＫアミノ
酸配列であることを主張している（２頁下７行∼下５行及び４頁８行∼２
４行）。このＰＥＶＫＥＫアミノ酸配列は，まさに，引用例１に記載され
たラットＧＡＤアミノ酸配列のうち，二つめのペプチド断片の３７番∼４
２番のアミノ酸配列に相当するものである。
したがって，本願発明６の自己抗体のためのエピトープを有するアミノ
酸配列をコードするｃＤＮＡは，引用例１の記載に基づいて容易に調製で
きるものである。
(3)取消事由３に対し
ア本願発明１の効果である，ＧＡＤがＩＤＤＭ診断の指標となること及６５
びＩＤＤＭ予知マーカーとなることについては，引用例２及び引用例３の
記載事項に基づいて，当業者が容易に予測できるものである。その理由
は，審決６頁下４行∼７頁２３行記載のとおりである。
イまた，原告は，ＧＡＤｃＤＮＡは，組換えＧＡＤを生産することが６５６５
できるという効果を主張する。
しかし，あるタンパク質をコードするｃＤＮＡを得ようとする主たる目
的の一つは，当該タンパク質を遺伝子工学技術により大量に産生するため
であることは，当該技術分野における技術常識であることを考慮すれば，
原告の主張する効果は，当然のことであって，格別な効果と評価できるよ
うなものではない。
ウ原告は，本願明細書中には示されていないが，その後の検討によって，
Ｉ型糖尿病患者の自己免疫応答は，主にＧＡＤに向けられていることが６５
確認されている旨を主張している。
しかし，出願時の明細書に記載されておらず，その後に明らかになった
知見は，出願時点において発明者がなした技術的貢献であるとはいえ
ず，それに基づき本願発明の顕著な効果を主張することは，進歩性の規
定の趣旨からみて，許されないというべきである。
(4)なお，審決では，引用例１の記載に基づいて，プライマーによるＰＣＲ
増幅による手法でＧＡＤｃＤＮＡのクローニングは容易であることを述べ６５
たが，他の周知の手法により，引用例１に記載された事項に基づいて，ＧＡ
ＤｃＤＮＡをクローニングすることも，次のとおり容易である。６５
ア引用例１（甲１）には，５９ｋＤａのラットＧＡＤに特異的に結合する
抗体であるＧＡＤ−６抗体が記載されている（２１２６頁右欄下８行，右
欄下２行∼下１行及び第５図［Fig.５］）。
ところで，本願優先日前には，ｃＤＮＡの発現ライブラリーを抗体を用
いてスクリーニングすることにより，所望のｃＤＮＡを取得するという抗
体スクリーニング法は周知技術であった（乙２３［松橋通生，大坪栄一監
訳「ワトソン・組換えＤＮＡ」８６頁∼８７頁（昭和６３年３月２５日第
３刷）丸善株式会社］）。
そして，ＧＡＤにおいても，Ａらによる「ネコＧＡＤ」及び甲７のラッ
トＧＡＤは抗体スクリーニング法によりクローニングがなされたもので６７
ある。
引用例１において，５９ｋＤａのラットＧＡＤに特異的に結合すること
ができるＧＡＤ−６抗体の記載に接した当業者であれば，上記周知技術を
考慮して，このＧＡＤ−６抗体を用いて，ラット脳由来のｃＤＮＡの発現
ライブラリーを抗体スクリーニングを行うことにより，５９ｋＤａのラッ
トＧＡＤをコードするｃＤＮＡを取得することを容易に想到するものであ
る。
イまた，本願明細書（甲１１）には，「真核性ＧＡＤポリペプチドをコ６５
ードする特異的ＤＮＡ配列の作製は各種の方法を用いて実施できる。」
（４頁１１行∼１２行）と記載されており，その具体的な方法の一つとし
て，「ＧＡＤに対する抗体を用いて，少なくとも１個のエピトープを有６５
するＧＡＤペプチドに対して，ｃＤＮＡライブラリーを間接的にスクリ６５
ーニングすることができる（ＢandＣ,J.Neurosci.,8:2123,1988）。」
（５頁２２行∼２４行）と記載されている。ここで引用された「ＢandＣ
,J.Neurosci.,8:2123,1988」とは，まさしく引用例１のことである。こ
のように，本願発明者自身も，引用例１に記載された抗体を用いて，抗体
スクリーニング法によりＧＡＤをクローニングすることができるという６５
認識があった。
ウしたがって，本願発明１のラットＧＡＤのｃＤＮＡは，引用例１に記６５
載された抗体を用いた抗体スクリーニングによっても，容易に得られるも
のである。
第４当裁判所の判断
１請求原因(1)（特許庁における手続の経緯），(2)（発明の内容），(3)（審
決の内容）の各事実は，当事者間に争いがない。
２本願発明の意義について
(1)本願の本件補正後の「特許請求の範囲」請求項１には，前記第３の１
(2)の記載があるほか，本願明細書（甲１１）には次の記載がある。
ア背景技術
「インシュリン−依存性真性糖尿病（insulin-dependentdiabetes
mellitus：ＩＤＤＭ；Ｉ型糖尿病）は，最も普遍的な代謝性疾患の一つで
ある。アメリカ合衆国では，ＩＤＤＭはおよそ３００から４００人に１人
の割合で見られ，疫学的研究によると，この疾患は増加していることを示
唆している。この疾患は膵臓のインシュリン生産性β−細胞の自己免疫破
壊の結果生じる。更に特定すれば，この疾患の始まる前段階は，リンパ球
が膵臓の（ランゲルハンス）島細胞に浸潤し，β−細胞を選択的に破壊す
る，”インスリティス”という状態を特徴とする。典型的なＩＤＤＭの過
血糖症は，インシュリン−生産性β−細胞の少なくとも８０％がうしなわ
れた後に，初めて現れる。残りのβ−細胞は引きつづく数年間に破壊され
る。
インシュリン治療によって大半のＩＤＤＭ患者は普通の生活を送ること
ができるが，この補充は不完全なものであって，代謝恒常性を完全に元に
戻すものではない。従って，目，腎臓，心臓，及びその他の器官の機能低
下に至る深刻な合併症が，インシュリン治療を受けているＩＤＤＭ患者に
は多い。このために，β−細胞破壊の開始時と，実際にインシュリン補充
が必要となる時（即ち，β−細胞の８０％が破壊されたとき）との開の潜
伏期間を伸ばすこと（例えば，免疫抑制剤の投与によって）が極めて望ま
しい。従って，β−細胞破壊の開始を決定する診断テストがあれば，医者
が潜伏期間を伸ばすための免疫抑制剤を投与することができ
（Silversteinetal.,NewEnglandJournalofMedicine,319:599-604,
1988），それによってインシュリン補充による副作用の開始を遅らせるこ
とができる。
ＩＤＤＭ患者の多くは，６４ｋＤ分子（Baekkeskovetat.,J.Clin.
Invest.79:926-934,1987;Atkinsonetal.,Lancet,335:1357-1360,
1990），島細胞細胞質（ＩＣＡ）分子又は島細胞表面（ＩＣＳＡ）分子
（Bottazzoetal.,Lancet,1:668-672,1980），或いはインシュリン
（Palmeretal.,Science,222:1137-1139,1983;Atkinsonetat.,Diabetes,
35:894-898,1986）に対する抗体を含む血清を有している。Atkinsonとそ
の共同研究者ら（Atkinsonetal.,Lancet,335:1357-1360,1990）は，ヒト
血清中における６４ｋＤ分子に対する抗体の存在が，ＩＤＤＭ症状が実際
に起きる始まりについての，最も初期でかつ最も信頼できる指標であるこ
とを示した。
最近になって，Baekkeskovとその共同研究者らは，６４ｋＤ分子と，グ
ルタミン酸デカルボキシラーゼ（ＧＡＤ）とは幾つかの共通の抗原エピト
ープを有しており，従ってこれらは同じものであるか，或いは非常によく
似た分子である，ということを確立した。この同定は重要な発見ではある
が，ＧＡＤの分子生物学に関する知識が未知である限りは，この情報をＩ
ＤＤＭ予知の診断法として用いることは極めて厄介であり，かつ限定され
ている。結果として，大量の６４ｋＤ分子，又は６４ｋＤ分子と抗原的に
実質的に同一なＧＡＤ分子をクローニングし，次いで量産することができ
れば，ＩＤＤＭ予知のための診断キットの開発が可能となろう。本発明
は，かかる結果を達成するための手段を提供する。」（１頁下１３行∼２
頁下３行）
イ発明の要約
「本発明は，組み換えＤＮＡ手法を用いて真核性ＧＡＤポリペプチド６５
の生産が可能であり，かつＧＡＤポリペプチドを自己免疫疾患の患者の６５
診断及び治療に用い得るという知見に基づいてなされた。特定すれば，ク
ローン化真核性ＧＡＤポリペプチドを，インシュリン依存性真性糖尿病６５
（ＩＤＤＭ）を有する患者，或いは有する危険性のある患者の診断に用い
ることに関する。
本発明の主な利点は，天然の真核性ＧＡＤポリペプチドをその他の真６５
核性非ＧＡＤポリペプチドから分離する際に，その単離に関して生じる６５
問題を回避しつつ，天然源から精製したものに対応する真核性ＧＡＤポ６５
リペプチドの容易な生産源を当業界に提供することである。その他の真核
性非−ＧＡＤポリペプチドが存在しないことは，ＧＡＤポリペプチド６５６５
と特異的に反応する抗体のみを検出する試験システムの開発が可能となる
ので，重要である。
宿主細胞中にある真核性ＧＡＤポリペプチドを提供する他の利点は，６５
そうすることによって天然源から現在実際に得られているよりも，はるか
に大量のポリペプチドを得ることが可能となることである。その結果，本
発明のポリペプチドを用いてＩＤＤＭのような自己免疫疾患を有する患者
をより正確に分類することが可能となるばかりでなく，診断システムに使
用するための商業的に使用可能な量のＧＡＤポリペプチドを提供するこ６５
とも可能となる。」（２頁下１行∼３頁１６行）
ウ発明の詳細な説明
(ア)「本発明者による研究により，ＧＡＤとＧＡＤとは別々の遺伝６５６７
子でコードされ，例えば，共通のゲノム性配列が転写後，又は翻訳後に
修飾されることによって生産されるのではないことが明白に確立され
た。ＧＡＤとＧＡＤとが別々の遺伝子によってコードされることを６５６７
示す証拠には以下のものが含まれる：（ａ）ＧＡＤ及びＧＡＤｃＤ６５６７
ＮＡの間の正確に一致する部分の最大の連続した配列は，たった１７ヌ
クレオチドの長さである，（ｂ）ＧＡＤ及びＧＡＤからのｃＤＮＡ６５６７
は，低い緊縮調節（stringencycondition）下で（２．０ｘＳＳＣ，
０．０１％ＳＤＳ，２３℃）お互いにクロスハイブリダイゼーションし
ないし，またお互いのｍＲＮＡともクロスハイブリダイゼーションしな
６５６７６７い，そして（ｃ）ＧＡＤ及びＧＡＤｃＤＮＡは，それぞれＧＡＤ
及びＧＡＤをコードする単離したゲノム性クローンとクロスハイブリ６５
ダイゼーションしない。」（６頁１７行∼下１行）
「本発明のｃＤＮＡ配列は本質的に全てのヒト又はラットＧＡＤ分６５
子をコードするものであるので，これからｃＤＮＡの小さいポリペプチ
ド断片，又はヒト又はラットＧＡＤに対する自己抗体のための少なく６５
とも１個のエピトープをコードする対応するｃＤＮＡ配列を調製し，サ
ブクローニングし，そして発現させることは今や日常的なことである。
次いでクローン化ポリペプチド上にこのようなエピトープが存在するこ
とを，例えばＧＡＤに対する自己抗体を有する患者からの血清を用い６５
て確認できる。このような小さいペプチドの例としては，ＧＡＤのＮ６５
−末端からの最初の約１００アミノ酸がある…。このアミノ酸配列には
本質的にＧＡＤが欠けている。」（８頁１９行∼下２行）６７
「キットを使用するに当たって使用者がしなければならないことは，
測定可能であるが，未知の量の検出されるべきＧＡＤに対する自己抗６５
体を含む，あらかじめ測定した量の検出用サンプルと，第１の容器中に
存在するあらかじめ測定した量の担体結合したＧＡＤと，第２の容器６５
中に存在するあらかじめ測定した量の検出可能な標識化第２抗体とを容
器に加えることである。若しくは，検出不能な標識化ＧＡＤを容器に６５
付けて提供し，これにサンプルと，検出可能な標識化第２抗体とを加え
ることもできる。適当な時間インキュベーションした後，免疫複合体が
形成され，これを上澄み液から分離し，免疫複合体又は上澄み液を，放
射能カウントするか，又は酵素基質を加えて発色させるなどによって検
出する。」（１０頁１５行∼２３行）
「本発明の組み換えＧＡＤポリペプチドは，ＧＡＤに対する自己６５６５
免疫応答を有する患者の治療に用いることもできる。このような治療
は，例えば，組み換えＧＡＤポリペプチドを投与することによって実６５
施できる。このような投与には非標識化又は標識化ＧＡＤポリペプチ６５
ドを用いることができる。非標識化ＧＡＤポリペプチドを用いるのが６５
有利な場合には，例えば，免疫応答を刺激するには小さすぎるが，自己
免疫応答の継続を束縛したりブロックしたりするには十分大きい断片の
形でＧＡＤポリペプチドを投与する。例えば，ＧＡＤをエピトープ６５６５
−サイズのペプチド（典型的には５−１２アミノ酸の長さ）に酵素的に
消化して，自己免疫疾患を有する患者の体液中，又は免疫細胞の表面上
に存在するＦａｂ結合部分に結合させる。
或いは，本発明の組み換えＧＡＤポリペプチドは，治療剤で標識し６５
て投与することができる。これらの治療剤は本発明のＧＡＤポリペプ６５
チドと直接又は間接にカップリングさせることができる。間接的カップ
リングの一例はスペーサ一部分を用いることである。このスペーサ一部
分は可溶性又は不溶性であることができ（Dieneretal.,Science，
231:148,1986），ターゲット部分でＧＡＤポリペプチドから医薬の放６５
出をできるように選択される。免疫治療用に本発明のＧＡＤポリペプ６５
チドとカップリングすることができる治療剤の例としては，医薬，放射
性同位体，レクチン，及び毒素がある。
本発明のＧＡＤポリペプチドと結合することができる医薬には，マ６５
イトマイシンＣ，ダウノルビシン，及びビンブラスチンのような古典的
に医薬と呼ばれていたものを含む。」（１０頁下１行∼１１頁２０行）
(イ)実施例１（「ＧＡＤのクローニング及び発現」「Ａ．組み換えＤ６５
ＮＡ手法」）
「ＧＡＤ及びＧＡＤに特異的なｃＤＮＡプローブを得るために，６５６７
Chirgwinetal.,Biochemistry，18:5294,1979の方法を用いて，成熟ラ
ットの脳から，グアニジンインチオシアネート−セシウムグラジエント
によって，全ＲＮＡを抽出した。BethesdaResearchLaboratories
(BRL)による実験書を用いて，ポリ（Ａ）ＲＮＡをオリゴｄＴセルロー
ス上で精製した。ポリｄ（Ｎ）−ｍｅｒｓ（Pharmacia）をプライマー６
として用いた以外は，指示された条件を用いて，ＭＭＬＶ−逆転写酵素
（ＢＲＬ）を用いて一本鎖合成を行った。このｃＤＮＡ−ＲＮＡ混合物
を６５℃で１５分間加熱して不活性化して，−２０℃に貯蔵した。ＰＣ
Ｒのためには，サンプルの１／５０を反応物１００μｌに加えた。ネコ
（ｃＤＮＡから）（Ｋetal.,J.Neurosci.,7:2768,1987）及びラット
（ペプチドから）（ＢandＣ，J.Neuroscio,8:
2123.1988）ＧＡＤ（図１）の下線を施した共通のアミノ酸配列をコー
ドするために変性（degenerate）オリゴヌクレオチドを合成した
（AppliedBiosystems）。各変性オリゴヌクレオチドの５’末端配列
は，ＳｓｔⅠ及びＨｉｎｄⅢ（５’末端オリゴ）又はＳｓｔⅠ及びＳｓ
ｔⅡ（３’末端オリゴ）のいずれかによって認識されるＤＮＡ配列の１
本鎖を含む。これらのプライマーを用いて，Gouldetal.,Proc.Nat1.
Acad.Sci.,USA,86:1934,1989に記載されたように，生じたｃＤＮＡ鋳型
のポリメラーゼ鎖反応によって選択的増幅を行った。ＰＣＲ産物をＨｉ
ｎｄⅢ／ＳｓｔⅠで二重消化されたBluescriptＳＫベクター
（Stratagene）にサブクローニングし，ＤＨ５（ＢＲＬ）に形質転換し
て，標準法（Maniatisetal.,Mo1ecularCloning:ALaboratory
Manual，Co1dSpringHaborLaboratory,Co1dSpringHabor，NY，1989）
によってプレートした。
ネコＧＡＤに特異的な５’−Ｐ末端標識化オリゴヌクレオチドで６７
３２
コロニーハイブリダイゼーションを行った（Ｋetal.,
J.Neurosci.,7:2768,1987）。ニトロセルロースフィルターを５０℃で
１５分洗浄した以外は，文献（Wallaceetal.,inGuidetoMo1ecular
CloningTechniques;Bergeretal.,Eds.inMethodsofEnzymology;
Abelsonetal.,Eds.AcademicPress,Inc.SanDiego，432-442,1987）
記載のようにして，オリゴヌクレオチドの末端標識，ハイブリダイゼー
ション条件，及び洗浄条件を実施した。ハイブリダイゼーションで陽性
及び陰性であったコロニーを個々に取り上げて，Terrific液体培地中で
一夜成長させた（Tartofetal.,Focus，9:12,1987）。煮沸法
（Maniatisetal.,Mo1ecularCloning:ALaboratoryManual，Co1d
SpringHaborLaboratory,Co1dSpringHabor,NY,1989）を用いてＤＮＡ
を単離し，０．２ＮＮａＯＨで鋳型を変性し，SephacrylＳ４００ス
パンカラム（Pharmacia）で精製した。変性された二本鎖鋳型の配列決
定は，Ｔ７−シークエンスキット（Pharmacia）を用いて，鎖−末端法
（Sangeretal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,74:5463,1977）によって行っ
た。
図１に示すように，ＰＣＲで生じたラットＧＡＤ及びＧＡＤｃＤ６５６７
ＮＡをプローブとして用いて，標準的手法（Maniatisetal.,Mo1ecular
Cloning:ALaboratoryManual，Co1dSpringHaborLaboratory，Co1d
SpringHabor,NY,1989）によって，S.Heinemann（SalkInstitute）から
供与されたラムダＺＡＰ（Stratagene）ラット海馬ライブラリーをスク
リーニングした。２４００ヌクレオチドのＧＡＤｃＤＮＡ（最大クロ６５
ーン）を単離して，Stratageneに記載するよう”ザッピング
（zapping）”によってサブクローニングした。手元に既にあった３．
６７６７２ｋｂのラットＧＡＤｃＤＮＡクローンよりも小さいラットＧＡＤ
６５ｃＤＮＡを得たら，より大きなｃＤＮＡの配列決定を行った。ＧＡＤ
及びＧＡＤについて両方の方向にＥｘｏⅢ削除（Henikoff，Gene，６７
28:351,1984）を行って，鋳型を調製し，上記のようにして配列決定を
行った。ライブラリースクリーニングにおいて単離された元のｃＤＮＡ
クローン中には現れていなかったＧＡＤ及びＧＡＤｍＲＮＡの残り６５６７
の５’末端をクローニングするために，アンカー（anchored）ＰＣＲを
行った（Frohmanetal.,Proc，Natl.Acad.Sci.USA,85:8998,
1988）。これらのクローンの配列決定を行ったところ，ＧＡＤ又はＧ６５
ＡＤｍＲＮＡのいずれも，フレーム中に元のｃＤＮＡクローンの開始６７
コドンであると以前に同定されたものと共に，更に別の開始コドン（Ａ
ＵＧ）をなんら含んでいないことが明らかとなった。」（１３頁１５行
∼１５頁１７行）
(ウ)実施例２（「クローン化ＧＡＤの特徴」）６５
「Ａ．ノーザンブロットハイブリダイゼーション」には，ノーザンブ
ロットハイブリダイゼーションによってＧＡＤ及びＧＡＤｃＤＮＡ６７６５
は２個の異なるｍＲＮＡに由来することを確認したことが記載されてい
る。（１５頁下９行∼１６頁１１行）
「Ｂ．ＧＡＤ及びＧＡＤのゲノム性ハイブリダイゼーション」に６７６５
は，ＧＡＤ及びＧＡＤが別々の遺伝子に由来する可能性を調べるた６７６５
めに，ＧＡＤ及びＧＡＤの両方のｃＤＮＡを，ゲノム性ＤＮＡを含６７６５
むＤＮＡプロットとハイブリダイゼーションしたところ，異なるサイズ
のゲノム断片とハイブリダイズしたこと，ＧＡＤとＧＡＤｃＤＮＡ６５６７
との同一のヌクレオチド配列のうち最大の連続した配列は，たった１７
６７６５ヌクレオチド塩基の長さであること，したがって，ＧＡＤとＧＡＤ
とは２個の異なる遺伝子によってコードされていることが記載されてい
る（１６頁１２行∼１７頁８行）。
「Ｃ．ＧＡＤ及びＧＡＤの酵素的比較」には，ＧＡＤ及びＧＡ６７６５６７
Ｄの活性におけるＰＬＰ（ピリドキサールリン酸）の効果を比較する６５
研究を行ったところ，「…ＧＡＤ又はＧＡＤを含むバクテリア溶菌６５６７
物は［１−Ｃ］−グルタミン酸と，ＧＡＢＡ及びＣＯとの変換を１４１４
２
触媒する。ＰＬＰは，ＧＡＤよりもＧＡＤの酵素活性を刺激する。６７６５
このより大きな刺激は多分，Ｍａｒｔｉｎ及びその共同研究者
（Martin,Ce11.Mo1.Neurobiol.,7:237,1987）が提唱した不活化サイク
ルを通して，ＧＡＤがより速く循環することを示している。このより６５
速い循環は，ｉｎｖｉｖｏで存在するａｐｏ−ＧＡＤのプールに，Ｇ
ＡＤがより貢献していることを示している（Milleretal.,Brain６５
Res.Bull.,5(Suppl.2):89,1980）。従って，ｉｎｖｉｖｏではＰＬＰ
は，ＧＡＤ活性よりもＧＡＤ活性をより制御していると考えられ６７６５
る。」（１９頁下１５行∼下７行）と記載されている。
「Ｄ．ＧＡＤ及びＧＡＤの免疫学的同定」には，「ラット脳中の６５６７
ＧＡＤの低分子量及び高分子量形は，それぞれＧＡＤ及びＧＡＤｃ６５６７
ＤＮＡの産物と，抗原的にまた大きさ的に同じものである。その結果，
ラット脳中の２つのＧＡＤは，ＧＡＤとＧＡＤである。このデータ６５６７
から，既に報告されているタピア（Tapia）によるＰＬＰ−依存性ＧＡ
Ｄと，ＰＬＰ−非依存性ＧＡＤ（Bayonetal.,J.Neurochem.,29:519,
1977）は，それぞれＧＡＤ及びＧＡＤと分子的に同じものである，６５６７
と結論付けることができる。」（２１頁４行∼９行）と記載されてい
る。
「Ｅ．脳組織中のＲＮＡにおけるＧＡＤ及びＧＡＤの分布」に６５６７
は，その場での（ｉｎｓｉｔｕ）ハイブリダイゼーションを用いて，
小脳のＲＮＡにおけるＧＡＤ及びＧＡＤの分布を決定するための実６５６７
験を行ったところ，「全ての神経性細胞タイプにおいて，ＧＡＤｍＲ６７
ＮＡレベルの方が大きい。ｉｎｓｉｔｕでのハイブリダイゼーション
における観察は，小脳中の非依存性ＧＡＤ活性に対するＰＬＰの依存率
は，試験した脳領域中で最も低いものの一つである，という従来の知見
（Nitsch,J.Neurochem.,34:822,1980;Denneretal,
J.Neurochem.,44:957,1985;Itohetal.,Neurochem.Res.6:
1283,1981）と一致している。更に，表２に示すように，ＧＡＤｍＲ６７
ＮＡに対する量は，プルキニエ＞ゴルジⅡ＞籠＞星細胞の順であり，一
方ＧＡＤに対する量は，ゴルジⅡ＞プルキニエ＞籠＞星細胞の順であ６５
る。このようにＧＡＤ及びＧＡＤｍＲＮＡの発現はニューロンのク６５６７
ラスによって異なる。つまり，全ＧＡＤ活性に対するそれぞれの貢献度
が，いかにＧＡＢＡ生産が制御されているかに影響している。」（２３
頁下１１行∼下１行）と記載されている。
「Ｆ．ＧＡＤ及びＧＡＤの無細胞系配置」には，ＧＡＤ及びＧ６５６７６５
ＡＤの分布をＳ及びシナプトソーム無細胞分画において評価したと６７２
ころ，「…どちらの分画にも等量のＧＡＤが存在することを示してい６７
る。Ｓ分画は神経膠（及びその他の非ニューロン性）の細胞質ゾルタ２
ンパク質と，ニューロン細胞とを含んでいるので，ＧＡＤの濃度は，６７
神経末端よりもニューロン細胞体部における方が大きいに違いない。こ
れとは対照的に，ＧＡＤの濃度はＳよりもシナプトソームにおける６５２
方が大きい。これらの無細胞分画実験は，ＧＡＤとは対照的に，神経６５
末端よりもニューロンの細胞体部において，はるかに大きいＧＡＤ分６７
画が存在することを示唆している。従って，免疫組織化学的研究におけ
るのと同様に，無細胞分画化は，ＧＡＤ及びＧＡＤが異なる無細胞６５６７
分布を有していることを示している。」（２４頁下６行∼２５頁３行）
と記載されている。
(エ)実施例３（「臨床標本中のＧＡＤ自己抗体の検出」）
「…ＩＤＤＭの危険があるか，或いはＩＤＤＭ患者の（５例のうち）
４例の血清は，コントロール患者の血清よりも，有意に大量のヒト脳抽
出物の酵素的に活性なＧＡＤと結合している。更に，患者のうちの１人
からの血清は前−ＩＤＤＭ時期に採取されており，従ってＧＡＤに対す
る自己抗体はＩＤＤＭ症状の発病前に存在していたことになる…。
更に別の実験（結果を示さず）では，ＩＤＤＭの危険がある患者２人
６５（ＤＡ，ＤＣ）からの血清は，組み換え法で生産されたＳ−ＧＡＤ３５
を免疫沈降させるが，一方組み換え法で生産されたＳ−ＧＡＤは，３５
６７
６５患者ＤＡの血清のみによって認識された（そしてこれはＳ−ＧＡＤ３５
よりも弱い）ことを示した。またそれ以後の研究で，神経病の合併症を
有するＩＤＤＭ患者の血清中には，ＧＡＤよりもＧＡＤ自己抗体の６５６７
力価が大きいことが見いだされた（ここでは示さず）。
患者ＤＡの血清を用いる別の研究において，ヒト膵臓小島細胞で生産
される特異的ポリペプチドを認識する抗体の存在が示された。結合ポリ
ペプチドの電気泳動分析によって，他の研究者によって以前にヒトＩＤ
ＤＭ（Baekkeskovetal.,Nature,298:167-169,1982）及び動物モデル
（Baekkeskovetal.,Science，224:1348-1350,1984;Atkinsonet
al.,Diabetes，37:1587-1590,1988）で示されたような，６４ｋＤの成
分に対する自己抗体の存在が明らかとなった。ＧＡＤを認識するが，６５
ＧＡＤは認識しない，ＧＡＤ−６モノクローナルで，或いはバクテリ６７
アで生産されるＧＡＤでこれらの血清をあらかじめ吸着させると，６６５
４ｋＤの膵臓ポリペプチドを血清が認識する能力が失われる。従って６
４ｋＤの自己抗原に対する自己抗体によって認識されるエピトープがＧ
ＡＤ中に存在し，このことは該自己抗原がＧＡＤであることを示唆６５６５
している。ＧＡＤの予測される値を調査するために，ＩＤＤＭの臨床６５
的発現の発病前の患者から血清を採取して，このＧＡＤに対する自己６５
抗体を調べた。」（３１頁１行∼下１行）
「…１２標本中の９標本（７５％）はＳ−ＧＡＤと免疫反応性で３５
６５
あった。更に，２人の患者（ＪＡ及びＶＣ）はこの条件下でＧＡＤと６７
免疫反応性であったが，ＧＡＤとは免疫反応性でなかった。従って，６５
組み合わせると，これらの患者の血清の１２例中，１１例（９１％）に
ＧＡＤ及びＧＡＤに対する自己抗体が存在した。このことは，ＧＡ６５６７
Ｄに対する自己抗体はＧＡＤに対する自己抗体よりも一般的である６５６７
が，アッセイにおいて両方の組み換えＧＡＤ（ＧＡＤ及びＧＡＤ）６５６７
を用いると，ＩＤＤＭをより広く予測できるようになることを示唆して
いる。これらの血清についての以前の試験（Atkinsonetal.,Langet，
335:1357-1360,1990）は，１２例のうちの１１例，又は９２％がヒト膵
臓小島細胞からのＳ−６４ｋＤ分子と免疫反応性であることを示して３５
いる。６４ｋＤ分子に対する検出可能な自己抗体を含むが，ＧＡＤに６５
対する自己抗体は含んでいない血清は，６４ｋＤ分子にとって最低の力
価（又は”１”）を含む血清であった。従って，ここで得られた誤りの
ネガティブはこのアッセイの感度が低いために起きたことである。更
に，このアッセイは，６４Ｋに対してネガティブな１人の患者（ＢＲ）
においてＩＤＤＭを予測している。
これらの結果は，ヒト膵臓のβ−細胞中に同定された６４ｋＤ分子
は，ラットＧＡＤとサイズ及び抗原性が同一であることを示してい６５
る。更に，ＩＤＤＭ発病前の患者から採取した血清は，ＧＡＤに対す６５
る自己抗体を含んでいる。結論として，ＧＡＤ組み換え分子は，ＩＤ６５
ＤＭ予測の診断手段として非常に有用である。実際に症状がでる前に医
師がＩＤＤＭを診断できるということは，疑いもなくインシュリン治療
が必要となるまでの時間がおおいに伸びる結果となる。このような免疫
アッセイの感度は，膵臓のβ−細胞に存在するＧＡＤ形を表すヒト由来
の組み換えＧＡＤを用いて改良されるであろう。」（３３頁１行∼下６５
３行）
(2)以上の(1)の記載によると，本願発明１について，①血清中における６４
ｋＤ分子に対する抗体の存在が，インシュリン−依存性真性糖尿病（ＩＤＤ
Ｍ，Ｉ型糖尿病）の症状が実際に起きる始まりについての，最も初期でかつ
最も信頼できる指標であるところ，６４ｋＤ分子とグルタミン酸デカルボキ
シラーゼ（ＧＡＤ）とは，いくつかの共通の抗原エピトープを有しており，
これらは同じものであるかあるいは非常によく似た分子であるので，ＧＡＤ
分子をクローニングし，次いで量産することができれば，ＩＤＤＭ予知のた
めの診断キットの開発が可能になること，②本願発明１は，「（ａ）『ラッ
トＧＡＤのアミノ酸配列（別紙１）からなるタンパク質』，（ｂ）『ヒト６５
ＧＡＤのアミノ酸配列（別紙２）からなるタンパク質』，又は，（ｃ）『６５
（ａ）もしくは（ｂ）のアミノ酸配列において１もしくは数個のアミノ酸が
欠失，置換もしくは付加された（ａ）もしくは（ｂ）由来のタンパク質でか
つＧＡＤ活性を有するタンパク質』をコードするｃＤＮＡ」というものであ
るところ，この発明は，ＧＡＤとＧＡＤとが別々の遺伝子でコードされ６５６７
ていることを見い出し，ラットとヒトのＧＡＤのＤＮＡ配列及び対応する６５
アミノ酸配列を特定したものであること，③ＧＡＤポリペプチドは，ＩＤ６５
ＤＭ予知のための診断のみならず，ＩＤＤＭの治療に用いることもできるこ
と，以上の事実が認められる。
３取消事由１（引用発明１は引用発明としての適格性を欠く）について
(1)引用例１（ＢandＣ「CharacterizationoftheProteinPurifiedwith
MonoclonalAntibodiestoGlutamicAcidDecarboxylase［グルタミン酸デカ
ルボキシラーゼに対するモノクローナル抗体により精製されたタンパク質の
特徴付け］」TheJournalofNeuroscience,Vol.8,No.6,1988
p.2123-2130，甲１）には，次の記載がある。
ア「ＧＡＤが重要な機能を有することは以前からわかっていたが，この酵
素の構造や細胞内での分布に関する主要な疑問点はまだ解明されていな
い。ＧＡＤは，最初に出発材料としてマウス脳を使用して，Robertsとそ
の共同研究者によって幅広く精製された（Wuetal.,1973）。ほとんどの
精製された分画のＳＤＳ−ＰＡＧＥは，１５から１１８ｋＤａの範囲の分
子量を有する７つのタンパク質バンドを含んでいた（Wu1976）。これらの
データに基づいて，ＧＡＤは，１５ｋＤａタンパク質のホモマルチマーか
らなることが提案された。その後，ＧＡＤは，ラットの脳からWuとその共
同研究者によって精製された。最も広く精製された物質は，４０と８０ｋ
Ｄａのポリペプチドで構成されていた（Denneretal.,1987）マウスから
精製されたそれらと，これらのタンパク質との関係は，研究されていな
い。Spinketal.(1985)は，ブタ脳から精製されたＧＡＤは，６０ｋＤａ
の単一のポリペプチドであることを提唱した。最近，Legayet
al.(1987a,b)は，５９と６３ｋＤａのタンパク質を沈殿させる，ラット脳
ＧＡＤのモノクローナル抗体について述べている。このように，文献によ
って提唱されているＧＡＤ構造には，大きな不一致がある。」（２１２３
頁右欄３行∼２２行，訳は審決３頁７行∼２１行）
イ「ＧＡＤの構造が解明できることを期待して，我々はＧＡＤ−１モノク
ローナル抗体で認識されたタンパク質について研究した。５９ｋＤａタン
パク質は，精製され，部分的に配列決定された。」（２１２４頁左欄１行
∼３行，訳は審決２頁下２行∼３頁１行）
ウ「Ａ氏と共同研究者は，ネコＧＡＤのｃＤＮＡをクローニングし，配列
決定をした（Ｆetal.,1986;Ｋetal.,1987）。５９ｋＤａタンパク質
とネコＧＡＤｃＤＮＡの関係を理解するために，５９ｋＤａタンパク質を
予備的ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより精製した。第４図は，この精製工程を経て
得られた精製５９ｋＤａタンパク質を示す。このタンパク質のＮ末端は，
ブロックされていることがわかったため，アミノ酸配列を決定するため
に，このタンパク質は化シアンにより切断され，切断されたペプチドは

逆相ＨＰＬＣにより分離された。１２ペプチドのピークを配列決定した。
これらのうち，４つは，完全に又は部分的に重複するものであったが，８
つはユニークな配列を有していた。ネコｃＤＮＡから推定されるタンパク
質配列と，ラット５９ｋＤａタンパク質からの配列の間には，強い相同性
があることがすぐに明らかになった。推定ネコ配列とともに得られた該タ
ンパク質配列を比較したデータを表２に示す。配列決定されたすべてのペ
プチドは，少なくとも部分的に相同性を有するものである。配列決定され
たペプチドは，長さで計９７個のアミノ酸残基である。それらを推定ネコ
配列の３つの隣接したセクションと共に比較した。比較した配列におい
て，９７アミノ酸のうち６８個が一致した。さらに，比較的長い一致した
配列が存在し，１２アミノ酸残基のものが一つ，１０アミノ酸残基のもの
が一つ，８アミノ酸残基のものが一つ，５アミノ酸残基のものが一つであ
った。２９個の一致しないアミノ酸残基のうち，１７個は，単一の塩基置
換によりできる可能性があるものであった。」（２１２６頁右欄６行∼２
９行，訳は乙１の１頁５行∼２１行）
エTable２（表２）には，ネコＧＡＤｃＤＮＡから推定されるＧＡＤアミ
ノ酸配列とラット５９ｋＤａタンパク質の部分アミノ酸配列との比較が記
載されており，両者において保存されているアミノ酸は，実線により囲ま
れている。Table２（表２）の脚注には，「Ｋetal.（1987）」，「ネコ
ｃＤＮＡ配列のブレークは，最初のアミノ酸の最初の塩基の番号を付した
垂直線により示した。」及び「タンパク質配列における空白の位置は，ペ
プチド配列決定において，それらの位置のシグナルが欠失（absence）し
ていたことによるものである。」（訳は乙１の１頁２３行∼２４行及び２
６行∼２７行）の記載があり，Table２（表２）には，上記「最初のアミ
ノ酸の最初の塩基の番号を付した垂直線」が３本記載され，その番号とは
「７１１」，「８１４」，「１７１３」である。
オTable２（表２）において，ネコＧＡＤアミノ酸配列とラット５９ｋＤ
ａタンパク質の部分アミノ酸配列において，実線により囲まれた，５アミ
ノ酸以上の長さで保存されている配列は，次のとおりである。
(ア)ネコｃＤＮＡの塩基番号「７１１」で始まる領域で，６アミノ酸
の次に「ＬＴＳＴＡＮＴＮ」（８アミノ酸残基），さらに２アミノ酸
の次に「ＴＹＥＩＡＰＶＦＶＬ」（１０アミノ酸残基）
(イ)ネコｃＤＮＡの塩基番号「８１４」で始まる領域で，１２アミノ
酸の次に「ＤＧＩＦＳＰＧＧＡＩＳＮ」（１２アミノ酸残基），さら
に１１アミノ酸の次に「ＦＰＥＶＫ」（５アミノ酸残基）
(ウ)ネコｃＤＮＡの塩基番号「１７１３」で始まる領域にはない。
上記３つの領域で，他に，実線により囲まれた，４アミノ酸残基が重複
する箇所が１，３アミノ酸残基が重複する箇所が５，２アミノ酸残基が重
複する箇所が３，１アミノ酸残基が重複する箇所が８ある。合計の重複
は，８＋１０＋１２＋５＋４＋１５＋６＋８＝６８アミノ酸残基である。
カ「ＧＡＤ−１免疫親和性カラムは，ラット脳ホモジネートの細胞質分画
からＧＡＤ活性を濃縮された画分を得るために使用された。最も濃縮され
た画分は，ニワトリ脳からのものと区別がつかない一連のタンパク質を含
んでいた。最も顕著なバンドは明らかに５９ｋＤａの分子量を有するもの
であった。他のバンドとして，６３ｋＤａと，５５ｋＤａを中心とする一
連の約３つのバンドが存在した。ラット脳の膜分画からの精製は，似た図
を示す。５９ｋＤａと６３ｋＤａタンパク質は明瞭に存在し，より少ない
量で低分子量成分が存在した。ＨＰＬＣにより自然な形のままでこれらの
バンドを分離するすべての試みは失敗した。５９ｋＤａタンパク質は，予
備的ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって単離され，臭化シアンによる切断により断
片化された。配列分析によると，このタンパク質はネコのＧＡＤｃＤＮＡ
（Ｆetal.,1986;Ｋetal.,1987）と強い相同性を有していることを示
し，これは，酵素的に活性なＧＡＤをコードしていることを示してい
る。」「５９ｋＤａラットタンパク質とネコタンパク質間の相同性は，３
つの可能な方法によって説明することができる。最初は，これらは，ネコ
とラットの両方において，ＧＡＤをコードする一つの遺伝子であって，２
つのタンパク質の相違の全ては，進化の多様性によるものであるという仮
定である。２つめの可能性は，それぞれの種は単一の遺伝子をもってお
り，選択的スプライシングのパターンでいくつかのｍＲＮＡが生じるとい
うものであって，したがって，ネコｃＤＮＡとラット５９ｋＤａタンパク
質は，単一遺伝子の選択的スプライシングの経路を示すものであるという
ものである。最後は，ＧＡＤ又はＧＡＤ様タンパク質は複数の遺伝子が存
在して，ネコｃＤＮＡとラット５９ｋＤａタンパク質は，関連性はある
が，異なる遺伝子の産物であるというものである。これらの選択肢の中か
ら一つを選ぶには，該免疫精製したタンパク質および対応するｃＤＮＡの
さらなる解析が必要である。」（２１２９頁左欄１５行∼４４行，訳は乙
１の１頁下７行∼２頁下１行）
「Ｋetal.(1987)によると，ネコＧＡＤｃＤＮＡは，６６ｋＤａのタ
ンパク質をコードする。われわれの抗体を使って免疫沈殿させた５９ｋＤ
ａの相同体と，予想されている分子量の間に矛盾があるのは，種の違いや
タンパク質がゲル上で異常な移動を示すこと，又は，生合成の際のタンパ
ク質分解で除去された配列が存在していることによるものであろう。」
（２１２９頁左欄４４∼５０行，訳は審決２頁下９行∼下５行）
(2)以上の(1)の記載と乙２（Ｋ,ＦandＡ「GlutamicAcidDecarboxylase
cDNA:NucleotideSequenceEncodinganEnzymaticallyActiveFusion
Protein［グルタミン酸デカルボキシラーゼのｃＤＮＡ：酵素的に活性な融
合タンパク質をコードする核酸配列］」TheJournalofNeuroscience,
Vol.7,No.9,1987,p.2768-2772）によると，引用例１（甲１）は，ラット脳
ホモジネート又はラット脳の膜分画から，ＧＡＤに対するモノクローナル抗
体ＧＡＤ−１の免疫親和性カラムを用いて，ＧＡＤ活性を有するタンパク質
を集め，これが，顕著なバンドとして５９ｋＤaのもの，他のバンドとして
６３ｋＤａのものを含むことを確認し，この５９ｋＤａタンパク質を部分的
に配列決定し，既に上記乙２によって配列が知られていたネコＧＡＤｃＤＮ
Ａから導かれるアミノ酸配列と比較したもので，比較した三つのセクション
の計９７個のアミノ酸のうち，６８個が一致し，この中には，１２アミノ酸
残基，１０アミノ酸残基，８アミノ酸残基，５アミノ酸残基といった，一致
した比較的長い配列があることを見い出し，両者に強い相同性があると結論
付けたものである。そして，この相同性について引用例１（甲１）は，三つ
の可能性，すなわち，①ネコとラットの両方において，ＧＡＤをコードする
一つの遺伝子であって，二つのタンパク質の相違は，進化の多様性によるも
のである，②それぞれの種は単一の遺伝子をもっており，選択的スプライシ
ングのパターンでいくつかのｍＲＮＡが生じた，③ネコｃＤＮＡとラット５
９ｋＤａタンパク質は，関連性はあるが，異なる遺伝子の産物である，とい
う可能性を挙げ，この解明のために，免疫精製したタンパク質及び対応する
ｃＤＮＡのさらなる解析が必要であると述べている。
引用例１（甲１）は，以上のとおり，ラット５９ｋＤａＧＡＤの部分的な
アミノ酸配列を特定して，それを既知のネコＧＡＤｃＤＮＡから導かれるア
ミノ酸配列と比較し，それらは，異なる遺伝子の産物である可能性があると
述べているから，当業者（その発明の属する技術の分野における通常の知識
を有する者）に対し，ラット５９ｋＤａＧＡＤ全体のアミノ酸配列及び対応
するｃＤＮＡを解析する動機付けとなるということができる。本願明細書
（甲１１）には，前記２(1)ウ(ア)のとおり，「ネコ（ｃＤＮＡから）（Ｋ
etal.,J.Neurosci.,7:2768,1987）及びラット（ペプチドから）（Ｂand
Ｃ，J.Neuroscio,8:2123.1988）ＧＡＤ（図１）の下線を施した共通のアミ
ノ酸配列をコードするために変性（degenerate）オリゴヌクレオチドを合成
した（AppliedBiosystems）。」との記載があるところ，ここで「Ｋet
al.,J.Neurosci.,7:2768,1987」は，引用例１に引用されている乙２に当た
り，「ＢandＣ，J.Neuroscio,
8:2123.1988」は引用例１に当たるから，本願発明の発明者も引用例１に基
づいてプライマーを設計している。
そして，引用例１（甲１）の上記記載から周知技術を用いてラット５９ｋ
ＤａＧＡＤ全体のアミノ酸配列及び対応するｃＤＮＡを解析することができ
たことは，後記４で判断するとおりである。原告は，ＧＡＤと異なる遺伝６７
子を見つけようとするならば，ラット５９ｋＤａＧＡＤアミノ酸配列とネコ
ＧＡＤアミノ酸配列が同じ配列である部分をプローブとして用いることは６７
避けなければならないが，ラット５９ｋＤａＧＡＤにおいてネコＧＡＤと６７
異なるアミノ酸配列領域は非常に短いと主張する。しかし，後記４のとお
り，ＰＣＲ法を用いれば，引用例１（甲１）の上記記載から周知技術を用い
てラット５９ｋＤａＧＡＤ全体のアミノ酸配列及び対応するｃＤＮＡを解析
することができたと認められるのであって，ラット５９ｋＤａＧＡＤにおい
てネコＧＡＤと異なるアミノ酸配列領域が短いことは，この認定を左右す６７
るものではない。
なお，甲７（Ｌほか「RatBrainGlutamicAcidDecarboxylaseSequence
DeducedfromaClonedcDNA［クローン化したｃＤＮＡから演繹されたラット
脳グルタミン酸デカルボキシラーゼ配列］」JournalofNeurochemistry
Vol.54,No.2,1990,P.703-705）は，引用例１（甲１）に記載のラット５９
ｋＤａＧＡＤの部分アミノ酸配列と甲７が特定したラットＧＡＤのアミノ酸
配列の違いについて「諸相違はタンパク質配列決定に内在する可能性が大き
い」（７０４頁右欄５行∼右欄６行，訳は平成１９年２月２７日付け原告上
申書８頁下７行∼下６行）と記載されている。しかし，甲７には，上記記載
以上に引用例１に記載されたアミノ酸配列が誤りであることを示す合理的な
根拠が示されているものではなく，かえって，甲７によると，甲７が特定し
たラットＧＡＤのアミノ酸配列は，乙２に記載されたネコＧＡＤのアミノ酸
配列とはかなり似ているが，引用例１（甲１）に記載されたラット５９ｋＤ
ａＧＡＤアミノ酸配列とは異なるところが多くあり，このことは，ラット５
９ｋＤａＧＡＤは，ラットＧＡＤやネコＧＡＤとは異なる遺伝子の産物であ
る可能性を想起させるものである。また，甲７には，「現在は，脳ＧＡＤに
対するｃＤＮＡクローンと配列データが利用可能なので，Legay等（1986）
が報告した，６０及び６３ｋＤのＧＡＤ２種の起原と意味を明らかにするこ
とや，Spink等（1985）が特徴を明らかにした動力学的に異なるＧＡＤの３
つの形態を研究することに役立つであろう。」（７０５頁左欄下１４∼下９
行，訳は上記上申書８頁下４行∼下１行）との記載もあって，複数種あると
されるＧＡＤの相互の関係は未解明であるとされているのであり，上記のと
おり本願発明の発明者が引用例１に基づいてプライマーを設計していること
をも考慮すると，甲７の上記記載は，引用例１（甲１）はラット５９ｋＤａ
ＧＡＤ全体のアミノ酸配列及び対応するｃＤＮＡを解析する動機付けとなる
との上記認定を左右するに足りるものということはできない。
したがって，引用発明１は引用発明としての適格性を欠いているとの原告
の主張は理由がない。
４取消事由２（本願発明１及び６は引用発明１から容易に発明することができ
たものではない）について
(1)本願優先日（１９９０年［平成２年］９月２１日）当時の技術水準
ア乙８（鈴木信太郎「混合プライマーを用いたＰＣＲ法の応用」実験医学
Vol.8,No.9（増刊）１０３２頁∼１０３６頁［１９９０年６月発行］）に
は，次の記載がある。
(ア)「いろいろな研究を進めていく過程において，既知の蛋白質に相同
な蛋白質のｃＤＮＡを必要とすることがしばしば起こる。このため，こ
れまでにいくつかの方法が考案され用いられてきたが，いずれも一長一
短があった。これに対し，最近一組の良く保存されているアミノ酸配列
に対応したプライマーを用いるＰＣＲ法が盛んに利用されるようになっ
てきた。この方法の最大の特色は，アミノ酸配列に対応するすべての可
能なヌクレオチド配列を含むプライマーを用いる点にある。従って，原
理的には用いるアミノ酸配列に誤りがないかぎり目的のｃＤＮＡを必ず
増幅できることとなり，非常に強力な方法であるといえる。」（１０３
２頁左欄下７行∼右欄５行）
(イ)プライマーの作製
「初めにプライマーに関する注意点を二，三述べておきたい。通常Ｐ
ＣＲ用のプライマーとしては２０ｂ前後のオリゴヌクレオチドが多く用
いられているが，条件を適当に選べば１５∼１７ｂの短いオリゴヌクレ
オチドでも十分使用可能である。プライマーとして最も大事な点は３’
末端付近の配列が正確なことである。これに対し，５’末端付近のミス
マッチは多少許される。このため，アミノ酸配列に多少あいまいな点の
ある場合は，この部分を５’末端付近においた長めのプライマーを用い
ると良い。そうすれば，たとえアミノ酸配列に誤りがあったとしても，
うまく働いてくれることが期待できる。２つのプライマーの３’末端に
相補的構造があるとプライマーダイマーが作られるので避けねばならな
い。次に，プライマーに含まれるオリゴヌクレオチド配列の組み合わせ
の数であるが，Gouldらは２の組み合わせを含んでいるプライマーも１８
働いたとしているし，われわれの経験でも２なら十分働くようで１３∼１４
ある。従って，２０ｂ（７アミノ酸）前後のプライマーを用いる限り，
組み合わせの数はほとんど問題にはならないものと考えられる。
本法を用いるにはまず既知のアミノ酸配列を比較検討することによ
り，良く保存されている部位または良く保存されていることが十分期待
できる部位から，先に述べた点を考慮しながら次のようなアミノ酸配列
を選び出す。
（ａ）アミノ酸５∼７残基の配列で，プライマーの３’末端に対応する
アミノ酸配列に誤りを含んでいる可能性が低いこと。この時，１つの部
位に複数のアミノ酸を対応させても良い…。
（ｂ）２つの配列間の距離は現在のＰＣＲ法の能力から考えて，アミノ
酸約３００残基以下が望ましい（最大でも１０００残基以下）。
次に，コドン表をもとに，得られたアミノ酸配列に対応する混合プラ
イマーのヌクレオチド配列を決定する。この時，プライマーの５’末端
に出現頻度の低い制限酵素のリンカー配列を加えておくと，サブクロー
ニングの際の手間を省くことができる。」（１０３２頁右欄８行∼１０
３３頁左欄１３行）
(ウ)鋳型ＤＮＡの調製
「鋳型ＤＮＡはｍＲＮＡより合成したＤＮＡを用いるのが一般的であ
る。もちろん，ｃＤＮＡライブラリーより調製したＤＮＡを流用するこ
とも可能である。」（１０３３頁右欄下１０行∼下８行）
(エ)ＰＣＲ
「われわれはＰＣＲを次のような標準的条件下で，市販の自動反応装
置を用いて行っている。」（１０３４頁左欄３行∼４行）として，標準
的条件が記載されている。
「ここで述べた条件は増幅するＤＮＡの長さがおよそ１ｋｂ以下であ
る場合を対象としたものであるが，もし，これ以上の長いＤＮＡを増幅
したい場合はＤＮＡの合成時間を延ばしたり，ヌクレオチド濃度を増や
したりといろいろ実験条件を変更する必要がでてくる。しかし，現在の
ＰＣＲの技術では２ｋｂ以上の長いＤＮＡを効率よく増幅することは一
般的にいって容易ではないので，初心者は避けた方が無難であろう。」
（１０３４頁右欄２行∼９行）
(オ)サブクローニング
「このようにして増幅したＤＮＡ標品はアガロース電気泳動にかけて
予想される大きさのバンドを分離し，ＤＮＡを抽出する。用いるアガロ
ースは通常の市販品で十分である。また，ＤＮＡの抽出法は一般に用い
られているいずれの方法でも良い。
次に，得られたＤＮＡを制限酵素で処理した後，フェノールで処理，
エタノール沈殿でＤＮＡを回収，それぞれのベクターにサブクローニン
グする。
ここで多くの人が経験する大きな問題は，増幅したＤＮＡをうまくベ
クターにサブクローニングできないことである。…一般に，目的とする
ＤＮＡは増幅した標品中に比較的多量に含まれていることが期待でき
る。従って，増幅したＤＮＡをプローブとしたプラークハイブリダイゼ
イションによるスクリーニングを行うことが効果的である。なお，サブ
クローニングの方法して，リンカーを用いるよりブラントエンドを用い
た方が効率が良いという研究者がいることから，問題の生じた場合はこ
の方法を試みられるのもよかろう。また，用いるアガロースによっては
制限酵素がうまく働かないこともあるので，特別のアガロースを用いた
り，電気泳動と酵素処理の順序を入れ替えることも効果的であるかもし
れない。われわれは主にＭ１３ファージベクターを用いているが，ｐＧ
ＥＭ等のプラスミドベクターを用いても良い。」（１０３４頁右欄１１
行∼１０３５頁左欄１４行）
(カ)結果の検討および問題点
「最後に，常法に従って得られたクローンのシークエンシングを行
い，ヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を決めて既知のアミノ酸配列
と比較し，相同性を検討する。この際，プライマー配列を指標にして結
果を解析するのが便利であるが，しばしばこの配列が欠損しているので
注意すること…。
このようにして得たＤＮＡの多くは非常に短いものであるが，
Northernやスクリーニング用プローブとして十分使用できる。目的に応
じて使用されたい。
本法を応用する上で最大の問題は，目的とするｍＲＮＡの含量がほか
の相同なｍＲＮＡに較べてかなり低い場合，または，たまたま関連のな
いＤＮＡが比較的大量に増幅されるような場合，増幅したＤＮＡ中にお
ける目的とするＤＮＡの含量はかなり低くなっているため，このような
クローンの分離が難しいことにある。本法は多くの組み合わせの数を含
む混合プライマーを用いているので，このような例はしばしば起こるよ
うである。…
ここで述べた方法はかなり平均的なもので，必ず一定の結果が期待で
きるという無難な方法といえる。」（１０３５頁左欄下３行∼１０３６
頁左欄２行）
(キ)その他への応用
「本法は原理から明らかなように，一般のｃＤＮＡクローニングにも
応用が可能である。もし，近接した２つのアミノ酸配列が判明している
のであれば直接本法を流用できる。また，１つのアミノ酸配列だけがわ
かっている場合でもいくつかの方法が考えられる。もしそれがＣ末端付
近にあるのであれば，ｍＲＮＡ３’末端のｐｏｌｙＡに対応したオリゴ
ｄＴを一方のプライマーとして用いることにより応用できる。同様に，
Ｎ末端付近のアミノ酸配列が判明している場合は，ｃＤＮＡの３’末端
に人工的にｄＧ鎖等を付加することにより，本法の応用が可能となる
（anchoredＰＣＲ）。」（１０３６頁左欄８行∼１８行）
イ乙９（結城惇「新しいクローニング法：ＰＣＲとＩＰＣＲ」Cell
Science,Vol.6,No.5,３７０頁∼３７６頁［１９９０年８月発行］）に
は，次の記載がある。
(ア)「ＰＣＲはクローニングを単純で，しかも短時間で行われるように
しただけではない。１個の細胞に相当するＤＮＡさえあれば，ゲノム当
り１コピーの遺伝子を増幅できるという，従来のクローニングではなし
得なかった遺伝子操作を可能にした。
しかし，ＰＣＲで増幅できるＤＮＡの長さは２ｋｂまでで，通常１ｋ
ｂ以下の領域を指定して増幅する。」（３７０頁右欄２２行∼２９行）
(イ)ＰＣＲとＩＰＣＲ
「ＰＣＲは，２０ｂｐ以上の塩基配列の判明している二ヶ所の間を増
幅する方法…である…。
ＰＣＲ法では，二本鎖ＤＮＡの＋鎖に対応するプライマーと−鎖に対
応するプライマーとの間をＤＮＡポリメラーゼで合成させる。」（３７
１頁左欄４行∼１０行）
「ＰＣＲでＤＮＡ断片を増幅するためには，２つのプライマーに対応
する，鋳型ＤＮＡ上の２ケ所の塩基配列が判明していることが必要にな
る。」（３７１頁右欄１０行∼１２行）
(ウ)タンパク質のアミノ酸配列をもとにクローンを得る方法
「…アミノ酸に対応する遺伝コードは，１つでないため，アミノ酸配
列から推定されるメッセンジャーＲＮＡの塩基配列は多数にのぼる．こ
の中１つの塩基配列のみがクローン化しようとする遺伝子と対応する
が，アミノ酸配列から推定される多数のオリゴヌクレオチドの混合物を
ＰＣＲの系に加えると，この中鋳型ＤＮＡと完全に一致するオリゴヌク
レオチドがプライマーとして最も有効に作用する。ＰＣＲでもＩＰＣＲ
でも２本のプライマーを使用するので，このプライマー効率は倍化さ
れ，目的とするＤＮＡ断片が優先的に増幅される。アミノ酸配列は最低
５つのアミノ酸の配列がわかれば，この方法によってｃＤＮＡのクロー
ニングができる。
５つのアミノ酸から推定される，塩基配列は，１００をこえる。この
混合物をプライマーとしてＤＮＡ増幅系に加えるので，プライマーが相
補的な塩基配列を正しく認識するのに最適な温度条件を設定することが
とくに重要となる。
ｃＤＮＡライブラリーの中に探索している特定のクローンが入ってい
るかどうかを上記の方法で検定し，もし探索している塩基配列が増幅さ
れたらこの増幅産物をプローブとして使い，クローンを拾い出す。
λｇｔ１１ライブラリーをスクリーニングする場合，１０ケ程度ま１２
でのファージ粒子を１００μｌのＰＣＲ反応液中で検定できるので，１
０に１ケの独立クローンがあるとして，１クローン当り１０ケまでの６６
鋳型ＤＮＡを反応液中に入れることができる。
増幅されたＤＮＡ断片には，非特異的な断片も含まれているので，さ
らにベクターに組み込んで純化する。ベクターに組み込む前に，ゲル電
気泳動でＤＮＡを分画したほうが純化しやすい。」（３７２頁左欄３行
∼右欄１行）
(エ)試験管内で増幅したＤＮＡ断片のベクターへの組み込み
「…増幅したＤＮＡ断片がベクターへ組み込まれる方向を特定するた
めに，制限酵素認識配列を５’末端につけた合成ポリペプチドをプライ
マーとしてＤＮＡの増幅を行うこともできる。増幅されたＤＮＡ断片は
対応する制限酵素で両端を切断し，ベクターに組み込む。この時，プラ
イマーの制限酵素認識配列の５’側にＧＧあるいはＣＴＣをつけると…
制限酵素による切断が効率的に行われる。プライマーの５’側の制限酵
素認識配列とＧＧないしはＣＴＣは鋳型ＤＮＡと一致しなくても増幅反
応を阻害しないが，３’側は鋳型ＤＮＡと完全に相補性を持つようにプ
ライマーの配置を決めることは重要である。」（３７３頁左欄２１行∼
３３行）
(オ)増幅過程での複製の誤り
「クローニングに関連する増幅反応のエラーは，
(1)プライマーが鋳型ＤＮＡを誤って認識して，ねらいとする領域以
外の部分を増幅してしまうこと，
(2)ＤＮＡの複製過程で，誤った塩基を取り込むこと，の２つがあげ
られる。
(1)は，特異性の高いプライマーを選択し，ＰＣＲサイクルでのプラ
イマーのアニーリングの温度を最適条件に調節して解決する。また，プ
ライマーアニーリングとＤＮＡ合成の時間は必要最小限にして，誤った
プライミングによるＤＮＡ合成を抑制する。また，プライマーの量とＤ
ＮＡ合成酵素の量も少なく抑えることが，誤りを抑制するポイントとな
る。…
ｃＤＮＡの場合にはタンパク質の分子量とアミノ酸配列から，増幅産
物の長さが推定出来るので，増幅されたＤＮＡ断片の長さを電気泳動で
正確に判定することで，上記のような誤認は避けることができるが，さ
らにサザーン法で，２つのプライマー間の配列が増幅産物上に含まれて
いることを確認する。」（３７３頁右欄１８行∼３７４頁左欄６行）
ウ乙１５（猪子英俊「ＰＣＲ法の発展とその医学応用」Biotherapy,
Vol.4,No.6［１９９０年６月発行］１１０３頁∼１１１３頁）には，次の
記載がある。
(ア)「…ＰＣＲ（polymerasechainreaction）法は，目的とする遺伝子
領域を標的として１００万倍以上増幅させることができる。」（１１０
３頁左欄４行∼７行）。
(イ)ＰＣＲ法の原理とその発展例
ａStandardＰＣＲ
「StandardＰＣＲ法は，図１のように注目している標的遺伝子領域
の両端の塩基配列に相当するオリゴヌクレオチド（１７∼２３塩基）
を合成し，ＤＮＡポリメラーゼのプライマーとして使用する。２つの
プライマーは，ＤＮＡ二本鎖の互いに異なる鎖に相当する塩基配列か
ら合成するが，検索したいＤＮＡ配列の変異あるいは遺伝的多型性領
域が両プライマー間に位置するように工夫する。図１に示したように
遺伝子ＤＮＡと２つのプライマーを混ぜた後，まず９５℃で１分間熱
処理によりＤＮＡ二本鎖を一本鎖に分離，変性させる。続いて，５５
∼６２℃で２分間プライマーと鋳型となる遺伝子ＤＮＡのアニーリン
グを行い，プライマーをＤＮＡ上の標的遺伝子領域に結合させる。そ
の後，７２℃で２分間ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ…により，プライマ
ーからのＤＮＡの伸長，合成を行い，これで１サイクルを終了する。
ここまでの操作で標的遺伝子は２倍増幅されるはずである（図２）。
このサイクルを２０∼３５回繰り返すことにより，約１００万倍標的
遺伝子は増幅される。ここで耐熱性のＴａｑＤＮＡポリメラーゼを用
いるという卓抜なアイデアにより，従来の大腸菌ＤＮＡポリメラーゼ
ＩKlenowフラグメントを用いた場合には１サイクル，すなわち９５
℃の変性と５５∼６０℃のアニーリングごとに失活するKlenowフラグ
メントを補給するという面倒な操作が不要となり，自動機械化が可能
となった。増幅できる遺伝子領域の大きさは，いまのところ最長３∼
５ｋｂまで可能であるが，２００∼３００ｂｐ前後が最も効率よく増
幅されるようである。」（１１０４頁左欄１１行∼１１０５頁左欄８
行）
ｂNestedＰＣＲ
「StandardＰＣＲ法で，特に長い領域を増幅した場合にみられる現
象であるが，mispriｍingによる非特異的な増幅バンドが検出される
場合，すなわち特異的なバンドのみを増幅させるために１回目のＰＣ
Ｒ反応の後，増幅される領域内に相当する別の新しい両方のプライマ
ー，あるいは片一方のみを新しいプライマーに代えて２回目のＰＣＲ
反応を行う（図３）。この方法はnestedＰＣＲと呼ばれ，５’末端ｃ
ＤＮＡの増幅，塩基配列の決定，制限酵素による切断…などの特異的
にな領域のみの増幅が要請されるような場合に有用な方法である。」
（１１０５頁左欄１０行∼右欄４行）
ｃAnchoredＰＣＲ
「増幅したい領域のプライマーとして用いるべき一方の端の塩基配
列が不明の時，ターミナルデオキシヌクレオチジルトランスフェラー
ゼ（ＴｄＴ）によるｄＡまたはｄＧの３’末端への付加，あるいはＴ
４ＤＮＡリガーゼによるオリゴマーの付加など人工的塩基配列を賦与
した後，この人工的なAnchorプライマーと既知のプライマーとの組み
合わせでＰＣＲ反応を行い，特異的な遺伝子増幅を行う（図４）。特
に３’末端が一本鎖の場合には（たとえば一本鎖ｃＤＮＡが適当な制
限酵素で３’突出物を作製した場合），ＴｄＴによるｄＡ（ｄＧ）の
付加反応のほうが簡単に行える利点がある。」（１１０５頁右欄６行
∼１１０６頁左欄１行）
(ウ)ＰＣＲ反応産物の解析
「ＰＣＲ反応後増幅ＤＮＡについて直接塩基配列を決定するか…，Ｍ
１３あるいはｐＵＣベクターなどにサブクローニング後常法に従って塩
基配列を決定する。後者の場合あらかじめプライマーに適当な制限酵素
部位を導入しておけばサブクローンの操作が簡便化される…。」（１１
０９頁左欄下２１行∼下１５行）
(エ)基礎医学への応用
「…ＰＣＲ反応により１００万倍に増幅されたＤＮＡはクローニング
３２
の必要がなく，直接塩基配列の決定が可能である。すなわち，増幅後
Ｐで標識したプライマーと大腸菌ＤＮＡポリメラーゼIKlenowフラグメ
ント，逆転写酵素，Ｔ７ＤＮＡポリメラーゼまたはＴａｑＤＮＡポリメ
ラーゼを用いたDideoxy（Sanger）法により，シングルコピーの遺伝子
であってもＤＮＡ配列を決定できる。しかし…このdirect-sequencing
はしばしば非特異的なバンドなどを生じることがあるので，Ｍ１３やｐ
ＵＣベクターなどにサブクローンする…」（１１１０頁右欄下４行∼１
１１１頁左欄８行）
エ乙１８（松橋通生，大坪栄一監訳「ワトソン・組換えＤＮＡ」７４頁∼
７６頁［昭和６３年３月２５日第３刷発行］丸善株式会社）には，次の記
載がある。
「ある特定のｃＤＮＡプラスミドをもつ大腸菌の同定．ｐＢＲ３２２を
ベクターとして作製したｃＤＮＡライブラリーを大腸菌に形質転換法で入
れる。生じたコロニーはレプリカしたニトロセルロースフィルター上に移
すことができる。まず，ニトロセルロースの膜を大腸菌のコロニーに接し
て寒天プレートの上におく。フィルターをはがすときコロニーの中の細胞
の大多数はプレートに残るが，いくらかはフィルター上へ移行する。した
がって，フィルター上のパターンとプレート上のコロニーパターンは等し
い。次いで，ニトロセルロースをＮａＯＨで処理し，菌体を溶菌するとと
もにＤＮＡを変性する。フィルターを真空オーブンで乾熱し，ＤＮＡをニ
トロセルロースフィルターに結合させる。精製したｃＤＮＡあるいはｍＲ
ＮＡのプローブをＰで標識しフィルターとハイブリダイズさせる。プロ３２
ーブと相同な配列を含む組換えプラスミドをもつコロニーがそれとハイブ
リッドを形成し，オートラジオグラフィーで解析すると目印の標識を与え
る。レプリカのフィルター上で標識の現れたコロニーの位置をマスタープ
レートと比較し，コロニーを釣り上げ，増殖させる。」（７６頁の「図６
・７」の説明部分）
オまた，ＰＣＲ法の適用例については，次のようなものがある。
(ア)乙１０（GREGORIOGILほか「Multipalgenesencodenuclearfactor
1-likeproteinsthatbindtothepromoterfor3-hydroxy-3
-methylglutaryl-coenzymeAreductase［３−ヒドロキシ−３−メチル
グルタリル−コエンザイムＡレダクターゼのプロモーターに結合する核
因子１様蛋白質をコードする多重遺伝子］」Proceedingsofthe
NationalAcademyofScienceoftheUnitedStatesofAmerica,Vol.85,
1988,p.8963-8967）には，レダクターゼプロモーター因子タンパク質Ａ
及びＢにおいて一致するアミノ酸配列を基に作製された縮退プライマー
を用いて，ｃＤＮＡを鋳型としてＰＣＲ法により増幅し，増幅されたＤ
ＮＡをプローブとして，ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングして，
レダクターゼプロモーター因子タンパク質ＢのｃＤＮＡをクローニング
したことが記載されている。
(イ)乙１１（CHENGCHILEEほか「GenerationofcDNAProbesDirected
byAminoAcidSequence:CloningofUrateOxidase［アミノ酸配列で導
かれたｃＤＮＡプローブの作成：尿酸オキシダーゼのクローニング］」
Science,Vol.239,1988,p.1288-1291）には，ブタ尿酸オキシダーゼの
アミノ酸配列を基に作製した縮退プライマーを用いて，ｃＤＮＡを鋳型
としてＰＣＲ法により増幅し，増幅されたＤＮＡをプローブとして，ｃ
ＤＮＡライブラリーをスクリーニングして，尿酸オキシダーゼのｃＤＮ
Ａをクローニングしたことが記載されている。
(ウ)乙１６（MICHAELSTRATHMANNほか「DiversityoftheG-protein
family:Sequencesfromfiveadditionalαsubunitsinthemouse［Ｇ
蛋白質ファミリーの多様性：マウスの５つのさらなるαサブユニットの
配列］」ProceedingsoftheNationalAcademyofScienceofthe
UnitedStatesofAmerica,Vol.86,1989,p.7407-7409）には，縮退プ
ライマーを用いて，ｃＤＮＡをＰＣＲ法により増幅し，得られたＰＣＲ
生成物をベクターにクローニングしてから，すべてのクローンの塩基配
列決定を行うことにより新たなグアニンヌクレオチド結合調節タンパク
質（Ｇタンパク質）のメンバーを五つ見い出したことが記載されてい
る。
(エ)乙１７（ANDREWF.WILKS「Twoputativeprotein-tyrosinekinases
identifiedbyapplicationofthepolymerasechainreaction［ポリメ
ラーゼ連鎖反応の適用により同定された２つの推定されるタンパク質チ
ロシンキナーゼ］」ProceedingsoftheNationalAcademyofScienceof
theUnitedStatesofAmerica,Vol.86,1989,p.1603-1607）には，縮退
プライマーを用いて，ｃＤＮＡをＰＣＲ法により増幅し，得られたＰＣ
Ｒ生成物をベクターにクローニングしてから，すべてのクローンの塩基
配列決定を行うことにより，新たなタンパク質チロシンキナーゼ（ＰＴ
Ｋ）ファミリーのメンバーを二つ見い出したことが記載されている。
カ以上のア∼オの記載によると，本願優先日（１９９０年［平成２年］
９月２１日）当時，①既知のタンパク質のアミノ酸配列をもとに，５∼
７アミノ酸残基の二つの配列を選び，コドン表をもとにそのアミノ酸配
列に対応するすべての可能なプライマーのヌクレオチドを決定し，この
すべての可能なプライマーの混合物を用いて，ｍＲＮＡから調製したｃ
ＤＮＡを鋳型ＤＮＡとして，目的のｃＤＮＡを増幅させ，このようにし
て増幅したＤＮＡを適宜分離してベクターにサブクローニングし，これ
を増幅させたＤＮＡをプローブとしてスクリーニングして，目的のｃＤ
ＮＡを得る方法は，「ＰＣＲ法」の応用ないし変性として，一般的に用
いられていた周知の方法であること，②ＰＣＲ法により十分な量のＤＮ
Ａが得られれば，これの塩基配列を決定することも，通常のことであっ
たこと，③また，ＰＣＲ法によって増幅したＤＮＡをベクターにサブク
ローニングした後，すべてのクローンの塩基配列決定をすることも行わ
れていたこと，④増幅したい領域のプライマーとして用いるべき一方の
端の塩基配列が不明の時には，AnchoredＰＣＲ法が用いられること，⑤
クローニングの方法としてコロニーハイブリダイゼーションが周知の方
法であったこと，以上の事実が認められる。
(2)前記２(1)ウ(イ)の本願明細書（甲１１）の記載によると，本願発明１に
おいて，ＧＡＤ（引用例１記載のラット５９ｋＤａＧＡＤ）のアミノ酸配６５
列及び対応するｃＤＮＡを解析した手法は，①成熟ラットの脳から全ＲＮＡ
を抽出し，逆転写酵素を用いて一本鎖合成を行う，②引用例１（甲１）に引
用されている乙２記載のネコＧＡＤのアミノ酸配列と引用例１（甲１）記載
のラット５９ｋＤａＧＡＤのアミノ酸配列が共通する部分のアミノ酸配列を
コードするオリゴヌクレオチドを合成し，末端に「５ｓｔⅠ及びＨｉｎｄ
Ⅲ」（５’末端オリゴ）又は「ＳｓｔⅠ及びＳｓｔⅡ」（３’末端オリゴ）
の制限酵素認識配列を付加し，これをプライマーとして，ＰＣＲ法を行い，
その結果得られた産物をベクターにサブクローニングし形質転換する，③乙
２記載のネコＧＡＤに特異的な５’−Ｐ末端標識化オリゴヌクレオチドで３２
コロニーハイブリダイゼーションを行い，ハイブリダイゼーションで陽性及
び陰性であったコロニーを個々に取り上げて，液体培地中で一夜成長させ，
ＤＮＡを単離し，配列決定を行う，④ＰＣＲ法で生じたラットの２種類のＧ
ＡＤｃＤＮＡをプローブとして用いて，ラムダＺＡＰラット海馬ライブラリ
ーをスクリーニングし，サブクローニングした後，配列決定を行う，⑤５’
末端をクローニングするために，アンカー（anchored）ＰＣＲを行う，とい
６５うものであると認められる。そうすると，本願発明１において，ＧＡＤ
（引用例１記載のラット５９ｋＤａＧＡＤ）のアミノ酸配列及び対応するｃ
ＤＮＡを解析した手法は，上記(1)で認定した一般的に用いられていた方法
によったもので，当業者が容易に想到することができる程度のものであると
認められる。
また，前記２(1)ウ(ウ)の本願明細書（甲１１）に記載されているとお
り，ＧＡＤ及びＧＡＤｃＤＮＡが２個の異なるｍＲＮＡに由来すること６７６５
を確認することが行われているが，このうち，ノーザンブロットについて
は，上記(1)ア(カ)に記載があるなど，本願優先日（１９９０年［平成２年
］９月２１日）当時周知の方法であったと認められ，その他，ＧＡＤ及び６７
ＧＡＤｃＤＮＡが２個の異なるｍＲＮＡに由来することを確認することに６５
ついて困難な点があったとは認められない。
(3)原告の主張に対する補足的判断
ア原告は，引用例１（甲１）からは，本願発明１のＧＡＤｃＤＮＡの取６５
得は容易でなかったとして，①本願優先日（１９９０年［平成２年］９月
２１日）当時，ＧＡＤの由来となる遺伝子の数が未解明であったこと，②
本願発明者らが１９８９年に発表した論文においても，ヒト及びラットの
ＧＡＤは，ただ一つの遺伝子であると記載されていること（甲８の１・
２），③本願発明者らは，１９９０年に，二つのＧＡＤ遺伝子に関する論
文を，雑誌「SCIENCE」に投稿したところ，最初は掲載を拒絶されたこと
（甲１３），④Ｊらは，マウスにおいて第２のＧＡＤ遺伝子を見い出して
いたが，それは偽遺伝子であったこと（甲６），⑤Ｌらの研究（甲７）
は，彼らの研究によって得られたラットＧＡＤクローンが，引用例１によ
って報告されたものとよく一致し，違いは技術的な問題であることを示唆
していること，⑥１９８７年７月に引用例１が発表されてから，１９９１
年に本願発明者らが論文でＧＡＤとＧＡＤのクローニングを報告する６７６５
までには４年が経過していることを主張する。
しかし，上記①については，引用例１（甲１）が，当業者に対し，ラッ
ト５９ｋＤａＧＡＤ全体のアミノ酸配列及び対応するｃＤＮＡを解析する
動機付けとなることは，前記３（取消事由１）で判断したとおりであり，
かつ，引用例１に周知技術を適用して，ラット５９ｋＤａＧＡＤ全体のア
ミノ酸配列及び対応するｃＤＮＡを解析することができたことは，上記
(2)のとおりであって，ＧＡＤの由来となる遺伝子の数が未解明であった
ことは，これらの認定を左右するものではない。
上記②については，甲８の１（Ｆ,ＧandＡ「TWOFORMSOFGLUTAMATE
DECARBOXYLASE(GAD),WITHDIFFERENTN-TERMINALSEQUENCES,HAVEDISTINCT
INTRANEURONALDISTRIBUTIONS［Ｎ−末端配列が異なるグルタミン酸塩デカ
ルボキシラーゼ（ＧＡＤ）の２つの形態は，異なるニューロン内分布を有
する］」SOCIETYFORNEUROSCIENCE
ABSTRACTS,VOLUME15,1989,P.487］」及び甲８の２（Ｇ,
Ｈ,ＦandＡ「IMMUNOCYTOCHEMICALSTUDIESUSINGANEWANTISERUM
AGAINSTBACTERIALLYPRODUCEDFELINEGLUTAMATEDECARBOXYLASE［細菌に
よって製造されたネコグルタミン酸塩デカルボキシラーゼに対する新たな
抗血清を用いた免疫細胞化学的研究］」SOCIETYFORNEUROSCIENCE
ABSTRACTS,VOLUME15,1989,P.488）は，いずれも本願発明者を共著者に含
んでいるところ，甲８の１には「ヒト及びラットのゲノムは，ただ１つの
ＧＡＤ遺伝子を含む…」（４８７頁右欄下１４行，訳は原告平成１９年２
月２７日付け上申書９頁７行）などと記載され，甲８の２には，「これら
の知見は，大きい方のＧＡＤポリペプチドが細胞体中に存在し，そしてそ
れは小さい方の形態に変換されて，軸索末端に濃縮されるという仮説を支
持している。」（４８８頁２３行∼２６行，訳は上記上申書１０頁１行∼
３行）と記載されている。しかし，本願発明者らが後に発表した甲５（Ｉ
andＡ「TheStructualandFunctionalHeterogeneityofGlutamicAcid
Decarboxylase:AReview」NeurochemicalResearch,Vol.16,No.3,1991,
p.215-226）や甲１３（本願発明の発明者の一人であるＩの宣誓書）の記
載に照らすと，本願発明者らが，１９８９年当時，ヒト及びラットのＧＡ
Ｄはただ一つの遺伝子であることについて確証を有していたわけではない
と認められるのであるから，甲８の１・２の記載も，前記３及び上記(2)
の認定を左右するものではない。
上記③については，甲１３には，ＧＡＤ遺伝子が単一のものである旨の
論文を掲載を雑誌に拒否されたことが記載されている（３頁下１３行∼下
６行，訳は上記上申書［甲１３に関するもの］４頁１８行∼２５行）もの
の，上記③に沿う事実の記載はなく，この事実を認めることはできない。
上記④については，甲６（Ｊほか「SequencesHomologoustoGlutamic
AcidDecarboxylasecDNAArePresentonMouseChromosomes2and10［グ
ルタミン酸デカルボキシラーゼｃＤＮＡと相同な配列がマウスの染色体２
及び１０に存在する］」GENOMICS6,1990,P.115-122）には，マウスにお
いて，第２のＧＡＤ遺伝子を見い出したが，それは偽遺伝子であったこと
が記載されている。しかし，それは，同論文の著者らが見い出した遺伝子
が偽遺伝子であったというにとどまるから，やはり前記３及び上記(2)の
認定を左右するものではない。
上記⑤については，甲７は，前記３(2)で判示したとおりであって，前
記３及び上記(2)の認定を左右するものではない。
上記⑥については，１９８７年７月に引用例１が発表されてから本願優
先日（１９９０年［平成２年］９月２１日）までは，３年余りであるが，
そのような期間があるからといって直ちに本願発明１の進歩性を認めるこ
とはできない。
イ原告は，縮退プライマーをＰＣＲに用いて同じ種の中の関連する遺伝子
をクローニングする実験について，①実験のために用いるプライマーはか
なり縮退していたために，増幅された生成物を生産することができなかっ
た，②本願発明者らは，ネコＧＡＤのラット同等物のゲノム構造又は潜在
的な第２のＧＡＤ遺伝子のゲノム構造を知らなかったから，もし，いくつ
かの大きなイントロンがあったなら，ＰＣＲ生成物の長さは効率的に増幅
できないほどに大きくなるため，否定的な結果をもたらした，③設計され
たプライマーに内在する制限部位が目的とするｃＤＮＡに内在していて，
クローニングのために選択した酵素が，想定される第２ＧＡＤ遺伝子の内
部に存在する特異的な配列を切断してしまえば，想定される第２の遺伝子
は排除されることになる，④引用例１の配列を肯定的に選択する方法はな
かった，⑤１９９０年代の初期には，単一遺伝子の配列決定はいまだ非常
に困難で費用のかかる仕事であった，と主張する。
上記①については，本願発明の実施例（甲１１の図１）のように，引用
例１（甲１）の表２に示された，一致した比較的長い配列から，１０アミ
ノ酸残基の部分から８アミノ酸の部分を選び，５アミノ酸残基の部分に３
アミノ酸残基をつなげて８アミノ酸の部分を選んだ場合でも，被告が主張
１１１１
するとおり，それぞれ，６１４４個（３×２個）と２０４８個（２
個）であり，上記(1)ア(イ)記載の「２」個よりも十分小さいから，１３∼１４
縮退ＰＣＲクローニングの適用が困難なほど縮退が大きいということはな
い。
上記②については，ＰＣＲ法において，鋳型ＤＮＡは，ｍＲＮＡより合
成したＤＮＡ又はｃＤＮＡライブラリーより調製したＤＮＡを用いる（上
記(1)ア(ウ)）から，イントロンは既に除去されており，イントロンは問
題にならない。また，ネコＧＡＤのラット同等物のゲノム構造又は潜在的
な第２のＧＡＤ遺伝子のゲノム構造を知らないと，ＰＣＲ法によってラッ
ト５９ｋＤａＧＡＤ全体のアミノ酸配列及び対応するｃＤＮＡを特定する
ことができないとも認められない。
上記③については，制限酵素認識配列を末端に付加して使用すること
は，ＰＣＲ法において周知の技術であった（上記(1)ア(イ)，イ(エ)，ウ(
エ)）のであり，クローニングのために選択した酵素が，想定される第２
ＧＡＤ遺伝子の内部に存在する特異的な配列を切断するのであれば，適宜
他の制限酵素認識配列を試すなどすればよいと考えられるから，この点
も，ＰＣＲ法を用いることができない理由にはならない。
上記④については，上記(2)の本願明細書（甲１１）の実施例記載の方
法は，否定的選択と肯定的選択を組み合わせて用いており，肯定的選択を
用いることができなかったとはいえない。
上記⑤については，本願発明に費用や時間がかかることがあったとして
も，そのことは直ちに本願発明の進歩性を基礎付けるものではない。
ウ原告は，①本願発明者らは，PubMedを用いて期間を区切った文献検索を
行ったところ，「degenerate+primer+PCR+cloning」に関する１９８
５年から１９９０年の時間枠でのPubMed検索では，たった４件の論文しか
ヒットせず，「mixed+primer」でPubMed検索をすると，１９８５年１月
１日から１９９０年９月２１日の時間枠では，２６件の論文がヒットした
が，この中には，本願発明者らが採用した方法に関するものは１件もな
い，②クローニングの技術は，１９９１年付近を境に大きく変わってお
り，１９９１年以前は，縮退ＰＣＲ研究は極端に難しかった，③縮退プラ
イマーＰＣＲを用いて遺伝子をクローニングするための詳細なプロトコー
ルは１９９０年又はそれ以前には無かった，④本願発明者らは，１９９０
年又はその付近でＰＣＲクローニングにおけるプライマーの縮退に関する
「通常」の程度の定義を見い出すことはできなかった，と主張する。
しかし，本願優先日（１９９０年［平成２年］９月２１日）当時，ＰＣ
Ｒ法がその応用ないし変性も含めて周知技術であったことは，上記(1)認
定のとおりであって，原告の上記の各主張は，この認定を左右するもので
はない。学術的な意味でのプロトコールや「定義」の存否と特許法におけ
る進歩性の判断とは異なるものである。
エ原告は，上記(1)エ(ア)(イ)の乙１０及び１１と本願発明１の異なる点
６５について主張するが，上記(2)のとおり，本願発明１において，ＧＡＤ
（引用例１記載のラット５９ｋＤａＧＡＤ）のアミノ酸配列及び対応する
ｃＤＮＡを解析した手法は，一般的に用いられていた周知な方法によった
もので，当業者が容易に想到することができる程度のものであると認めら
れるのであり，乙１０及び１１と本願発明１の違いは，この認定を左右す
るものではない。
(4)したがって，本願発明１は引用発明１から容易に発明することができたも
のということができる。
５取消事由３（本願発明１及び６の格別の効果の看過）について
(1)引用例２（Ｄほか「Identificationofthe64Kautoantigenin
insulin-dependentdiabetesastheGABA-synthesizingenzymeglutamic
aciddecarboxylase」Nature,Vol.347,1990.Sep.13,p.151-156，甲２）に
は，次の記載がある。
相対分子量６４０００（６４Ｋ）の膵島β細胞自己抗原は，インシュリ「
ン依存糖尿病（ＩＤＤＭ）の進行に関係する自己抗体の主要な標的であり，
抑制神経伝達物質であるＧＡＢＡ（γ−アミノ酪酸）の生合成酵素であるグ
ルタミン酸デカルボキシラーゼとして同定された。」（１５１頁左欄１行∼
８行，訳は審決３頁下１２行∼下９行）
「珍しいが深刻な神経疾患であるスティッフマン症候群（ＳＭＳ）のほと
んどの患者は，ＧＡＢＡ分泌ニューロンに対する自己抗体を有している。グ
ルタミン酸からＧＡＢＡを合成する酵素であるグルタミン酸デカルボキシラ
ーゼ（ＧＡＤ）は，主な自己抗原である。驚いたことに，ＧＡＢＡ分泌ニュ
ーロンに対する自己抗体に陽性であるほとんどすべての患者は，膵島細胞質
抗原にも陽性であることが，膵臓部位の免疫蛍光によって示され，そしてか
なりの割合でＩＤＤＭを有している。ＧＡＤは選択的に中枢神経系のＧＡＢ
Ａ分泌ニューロンにおいて発現している。ニューロン以外では，ＧＡＤは膵
臓β細胞において高いレベルで見つかっている。脳には，少なくとも２つの
ＧＡＤアイソマーがあり，ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動によりそ
れらの移動性に差があることが解析されている。それらの分子量は，５９−
６６Ｋであるといわれている。
ＩＤＤＭは，ＳＭＳと頻繁に関連する自己免疫疾患であり，ＧＡＤと６４
Ｋ自己抗原の性質のいくつかは似ていることから，我々は，それらは同じタ
ンパク質であると仮定した。ここで，我々は，ＩＤＤＭの６４Ｋ自己抗原は
膵臓β細胞におけるＧＡＤと同じであることを示す。」（１５１頁右欄１４
行∼１５２頁左欄８行，訳は審決３頁下７行∼４頁９行）
「我々はまず，ラット脳ＧＡＤに対する羊の抗血清であるＳ３血清と，Ｇ
ＡＤ抗体に陽性なＳＭＳ患者からの血清は，ラット膵島からの６４Ｋ自己抗
原を免疫沈降するかどうか評価した。我々は，部分的に６４Ｋ抗原に富ん
だ，［３５Ｓ］メチオニン標識ラット膵島分画を使用した。ＧＡＤ抗体に陽
性の血清（抗ＧＡＤ血清）は，ＩＤＤＭ血清によって免疫沈降される６４Ｋ
α／β自己抗原と同じＳＤＳ−ＰＡＧＥにおける移動性を有する［３５Ｓ］
メチオニン標識タンパク質のダブレットを免疫沈降した。抗６４Ｋ血清と抗
ＧＡＤ血清によって認識されるタンパク質が同じものであるかどうか評価す
るため，抗ＧＡＤ血清によって免疫沈降の結果生じた上清は，抗６４ＫＩＤ
ＤＭ血清によって再び沈降させた。同様に，抗６４ＫＩＤＤＭ血清によっ
て免疫沈降の結果生じた上清を，再び抗ＧＡＤ血清で沈降させた。その結
果，抗ＧＡＤ血清と抗６４ｋ血清はそれぞれ，定量的に，血清の他のグルー
プによって認識されるタンパク質を除去した。抗ＧＡＤ血清と抗６４Ｋ血清
は，完全な交差反応性を示し，６４Ｋタンパク質はラット膵島のＧＡＤと同
じタンパク質であることが強く示唆される。」（１５２頁左欄１０行∼右欄
１行，訳は審決４頁１１行∼２５行）
「抗ＧＡＤ血清と抗６４ＫＩＤＤＭ血清は，ラット膵島由来の同じタン
パク質を認識する。」（１５２頁Fig.１［図１］注釈１行∼２行，訳は審決
４頁下９行∼下８行）
「抗６４Ｋ抗体は，脳と膵島由来のＧＡＤを免疫沈降する。」（１５３頁
Fig.２［図２］１行，訳は審決４頁下７行）
(2)引用例３（Ｅほか「64000Mrautoantibodiesaspredictorsof
insulin-dependentdiabetes」THELANCET,Vol.335,1990Jun.,
p.1357-1360，甲３）には，次の記載がある。
「インシュリン依存性糖尿病の進行に関連して，６４，０００Ｍｒ（６４
ＫＡ）の膵島細胞タンパク質の自己抗体の存在を検査をした。…ＩＤＤの臨
床的発症前の７５ヶ月の２８患者を詳細に調べたところ２３人において６４
ＫＡは同定された。これらの２３人の６４ＫＡ陽性プレ糖尿病被験者のう
ち，５人はＩＣＡに陰性であり，１０人はＩＡＡを欠乏している。６４ＫＡ
は，３４才以前に糖尿病になる人々において，最もその前兆となるものであ
る。数人において，６４ＫＡは他の自己抗体が出現する前に同定された。こ
れらの発見は，６４ＫＡは，早期にそして有益なＩＤＤの予測マーカーであ
るかもしれないことを示唆している。」（１３５７頁左欄１行∼２０行，訳
は審決４頁下４行∼５頁５行）
(3)上記(1)(2)の記載によると，将来，糖尿病を発病する患者は，ＧＡＤで
ある分子量６４Ｋの膵島β細胞自己抗原又は膵島細胞タンパク質に対する，
自己抗体をもっているということができるから，ＧＡＤを用意できれば，患
者が自己抗体をもっているかどうかを容易に検査できることは，当業者に自
明である。
引用例１（甲１）には，ネコＧＡＤとラットＧＡＤについて記載されてい
るものの，ヒトＧＡＤについては，記載されていない。したがって，引用例
１から出発してアミノ酸配列及び対応するｃＤＮＡが解析されたラットＧＡ
Ｄが，直ちにヒトの診断に有用かどうかは，必ずしも自明ではない。しか
し，引用例１に記載されたラット５９ｋＤａＧＡＤも，ＧＡＤ（グルタミン
酸デカルボキシラーゼ）であることに変わりはないから，引用例１から出発
してアミノ酸配列及び対応するｃＤＮＡが解析されたラットＧＡＤが，ヒト
のＩＤＤＭの診断又は予知に使用できることは，当業者が予測できる範囲の
事項と認められる。また，前記２(2)のとおり，本願明細書（甲１１）に
は，本願発明のＧＡＤポリペプチドをＩＤＤＭの治療に用いることも記載６５
されているが，これについても格別の効果とは認められない。
(4)原告は，ＧＡＤとＧＡＤは，異なる酵素的動力学，細胞内分布を有６７６５
しており，特にＧＡＤはＩ型糖尿病における自己免疫応答の主たる標的で６５
ある点でＧＡＤとは異なっている，と主張する。６７
前記２(1)ウ(ウ)(エ)のとおり，本願明細書（甲１１）においては，ＧＡ
ＤとＧＡＤが二つの別個の遺伝子によってコード化されていることを初６７６５
６７６５６５めとして，ＧＡＤとＧＡＤの違いについて記載され，最後に，ＧＡＤ
がＩＤＤＭを予測するための診断ツールとして有用性が高いことが述べられ
ている。しかし，ＧＡＤがＩＤＤＭを予測するための診断ツールとして有用
であることは，上記のとおり，引用例２（甲２）及び引用例３（甲３）で述
べられていたのであり，本願明細書（甲１１）に記載されている効果をもっ
て顕著な効果ということはできない。
なお，本願出願後の後の検討によって，Ｉ型糖尿病患者の自己免疫応答
は，主にＧＡＤに向けられていることが確認されたとしても，そのこと６５
は，本願明細書（甲１１）には記載されていないから，これを考慮すること
ができない。
(5)したがって，本願発明１に格別な効果があるとは認められない。
６結論
以上のとおり，本願発明１についての原告主張の取消事由はいずれも理由が
ないから，本願発明６について判断するまでもなく，原告の請求は理由がな
い。
よって，原告の請求を棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官中野哲弘
裁判官森義之
裁判官澁谷勝海
（別紙省略）

戻る