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平成２４年１０月３１日判決言渡同日原本受領裁判所書記官
平成２３年（行ケ）第１０２７５号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成２４年９月２６日
判決
原告株式会社ダナフォーム
同訴訟代理人弁護士山上和則
藤川義人
同弁理士辻丸光一郎
中山ゆみ
吉田玲子
伊佐治創
被告栄研化学株式会社
同訴訟代理人弁護士永島孝明
安國忠彦
明石幸二郎
朝吹英太
浅村昌弘
同訴訟復代理人弁護士安友雄一郎
同弁理士磯田志郎
浅村
池田幸弘
主文
１特許庁が無効２０１０－８００１９７号事件につ
いて平成２３年７月２５日にした審決のうち，特許
第３９７４４４１号の請求項１及び２に係る発明に
ついての審判請求は成り立たないとの部分を取り消
す。
２原告のその余の請求を棄却する。
３訴訟費用はこれを５分し，その４を原告の，その
余を被告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
特許庁が無効２０１０－８００１９７号事件について平成２３年７月２５日にし
た審決を取り消す。
第２事案の概要
本件は，原告が，後記１のとおりの手続において，被告の後記２の本件発明に係
る特許に対する原告の特許無効審判の請求について，特許庁が同請求は成り立たな
いとした別紙審決書（写し）の本件審決（その理由の要旨は後記３のとおり）には，
後記４のとおりの取消事由があると主張して，その取消しを求める事案である。
１特許庁における手続の経緯
(1)被告は，平成１１年１１月８日，発明の名称を「核酸の合成方法」とする
特許出願（特願２０００－５８１２４８号。国内優先権主張日：平成１０年１１月
９日（特願平１０－３１７４７６））をし，平成１４年４月１２日，その一部を新
たな出願とした特願２００２－１１０５０５号を特許出願した。そして，同出願に
ついては，同年１１月１９日の出願公開を経て，平成１９年６月２２日，設定の登
録（特許第３９７４４４１号）を受けた。以下，この特許を「本件特許」といい，
本件特許に係る明細書（甲３６）を「本件明細書」という。
(2)原告は，平成２２年１０月２５日，本件特許に係る発明の全てである請求
項１ないし１０に係る発明（以下，請求項の番号に応じて「本件発明１」ないし
「本件発明１０」といい，これらを併せて「本件発明」という。）について特許無
効審判を請求し，無効２０１０－８００１９７号事件として係属した。
(3)特許庁は，平成２３年７月２５日，「本件審判の請求は，成り立たない。」
旨の本件審決をし，その謄本は，同年８月４日，原告に送達された。
２特許請求の範囲の記載
本件発明に係る特許請求の範囲の記載は，次のとおりである。なお，「／」は，
【請求項５】の不等式内のものを除き，本文中の改行箇所を示す。
【請求項１】以下の工程を含む１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核
酸の合成方法。／ａ）同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１
を３′末端に備え，この領域Ｆ１がＦ１ｃにアニールすることによって，塩基対結
合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸を与える工程，／
ｂ）Ｆ１ｃにアニールしたＦ１の３′末端を合成起点として相補鎖合成を行う工程，
／ｃ）領域Ｆ２ｃに相補的な配列からなるＦ２を３′末端に含むオリゴヌクレオチ
ドをアニールさせ，これを合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメ
ラーゼによる相補鎖合成を行って，工程ｂ）で合成された相補鎖を置換する工程，
／ｄ）工程ｃ）で置換され塩基対結合が可能となった相補鎖における任意の領域に
相補的な配列を３′末端に含むポリヌクレオチドをアニールさせ，その３′末端を
合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を
行って，工程ｃ）で合成された相補鎖を置換する工程
【請求項２】工程ｄ）において，合成起点が領域Ｒ１ｃにアニールすることができ
る同一鎖上の３′末端に存在する領域Ｒ１であり，Ｒ１がＲ１ｃにアニールするこ
とによって塩基対結合が可能な領域Ｒ２ｃを含むループが形成される請求項１に記
載の方法
【請求項３】工程ａ）における核酸が，以下の工程によって提供される第２の核酸
である請求項１に記載の方法。／ⅰ）前記Ｆ２ｃに相補的な塩基配列Ｆ２を持つ領
域の５′側に前記Ｆ１ｃと同一の塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレ
オチドの領域Ｆ２を鋳型となる核酸の領域Ｆ２ｃにアニールさせる工程，／ⅱ）オ
リゴヌクレオチドのＦ２を合成起点とし，鋳型に相補的な塩基配列を持つ第１の核
酸を合成する工程，／ⅲ）前記Ｆ２ｃの更に３′側の任意の領域Ｆ３ｃにアニール
するオリゴヌクレオチドＦ３を合成起点とする鎖置換相補鎖合成を行うことにより，
工程ⅱ）で合成された第１の核酸の任意の領域を塩基対結合が可能な状態とする工
程，／ⅳ）工程ⅲ）における第１の核酸の塩基対結合を可能とした領域に相補的な
塩基配列を持つオリゴヌクレオチドをアニールさせ，それを合成起点として第２の
核酸を合成し，前記合成起点より更に３′側の任意の領域Ｒ３ｃにアニールするオ
リゴヌクレオチドＲ３を合成起点とした鎖置換相補鎖合成を行うことにより，その
３′末端のＦ１を塩基対結合が可能な状態とする工程
【請求項４】工程ⅲ）の塩基結合を可能とする領域がＲ２ｃであり，前記Ｒ２ｃの
５′側に存在する領域をＲ１ｃとしたとき，工程ⅳ）におけるオリゴヌクレオチド
が，前記Ｒ２ｃに相補的な塩基配列Ｒ２を持つ領域の５′側に前記Ｒ１ｃと同一の
塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチドである請求項３に記載の方
法
【請求項５】反応に用いる各オリゴヌクレオチドと鋳型におけるその相補領域との
融解温度が，同じストリンジェンシーの下で次の関係にある請求項４に記載の方法。
／（Ｆ３ｃ／Ｆ３およびＲ３ｃ／Ｒ３）≦（Ｆ２ｃ／Ｆ２およびＲ２ｃ／Ｒ２）≦
（Ｆ１ｃ／Ｆ１およびＲ１ｃ／Ｒ１）
【請求項６】鋳型となる核酸がＲＮＡであり，工程ⅱ）における相補鎖合成を逆転
写酵素活性を持つ酵素で行う請求項３～５のいずれかに記載の方法
【請求項７】次の工程を繰り返すことによる１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に
連結された核酸の増幅方法。／Ａ）請求項４に記載の方法によって３′末端と５′
末端において，それぞれ末端領域に相補的な塩基配列からなる領域を同一鎖上に備
え，この互いに相補的な塩基配列がアニールしたときに両者の間に塩基対結合が可
能となるループが形成される鋳型を提供する工程，／Ｂ）同一鎖にアニールさせた
前記鋳型の３′末端を合成起点として相補鎖合成を行う工程，／Ｃ）前記ループの
うち３′末端側に位置するループ内に相補的な塩基配列を３′末端に含むオリゴヌ
クレオチドを，ループ部分にアニールさせ，これを合成起点として鎖置換相補鎖合
成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，工程Ｂ）で合成された
相補鎖を置換してその３′末端を塩基対結合が可能な状態とする工程，および／
Ｄ）工程Ｃ）において３′末端を塩基対結合が可能な状態とした鎖を工程Ａ）にお
ける新たな鋳型とする工程
【請求項８】以下の要素を含む，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された
核酸の合成用キット。／領域Ｆ３ｃ，領域Ｆ２ｃ，および領域Ｆ１ｃを３′側から
この順で含む鋳型核酸に対し，／ⅰ）前記Ｆ２ｃに相補的な塩基配列Ｆ２を持つ領
域の５′側に前記Ｆ１ｃと同一の塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレ
オチド，／ⅱ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマーとして合成された相補鎖に
おける任意の領域Ｒ２ｃに相補的な塩基配列を含むオリゴヌクレオチド，／ⅲ）前
記Ｆ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド，／ⅳ）ⅰ）のオリゴヌク
レオチドを合成起点として合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃの３′側に
位置する領域Ｒ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド，／ⅴ）鎖置換
型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼ，および／ⅵ）要素ⅴ）の基質
となるヌクレオチド
【請求項９】ⅱ）のオリゴヌクレオチドが，ⅰ）のオリゴヌクレオチドを合成起点
として合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃとその５′側に位置する領域Ｒ
１ｃに対し，前記Ｒ２ｃに相補的な塩基配列Ｒ２を持つ領域の５′側に前記Ｒ１ｃ
と同じ塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチドである請求項８に記
載のキット
【請求項１０】請求項８または９に記載のキットに，更に付加的に核酸合成反応の
生成物を検出するための検出剤を含む，標的塩基配列の検出用キット
３本件審決の理由の要旨
(1)本件審決の理由は，要するに，①本件発明１ないし３，６，８及び１０
（以下「本件発明１等」という。）は発明の詳細な説明に記載されたものであり，
当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているから，
本件特許が平成１４年法律第２４号による改正前の特許法（以下「法」という。）
３６条６項１号（いわゆるサポート要件）及び同条４項（いわゆる実施可能要件）
に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものとはいえず，②本件
発明１ないし７は後記アないしエの引用例１ないし４に記載の発明に基づいて，本
件発明８ないし１０は引用例１ないし４及び後記オの引用例５に記載の発明に基づ
いて，いずれも当業者が容易に発明することができたものではないから本件特許が
特許法２９条２項に違反してされたものとはいえず，③後記カの先願明細書に記載
の発明は本件発明と同一ではないから本件特許が同法２９条の２に違反してされた
ものとはいえない，というものである。
ア引用例１：THEJOURNALOFBIOLOGICALCHEMISTRYVol.266,No.21,pp.
14031-14038（平成３年（１９９１年）刊行。甲１の１・２）
イ引用例２：DNAREPLICATIONSECONDEDITION,ARTHURKORNBERG,TANIAA.
BAKER,W.H.FREEMANANDCOMPANY,pp.700-703,pp.713-716,pp.492-493&
pp.504（平成４年（１９９２年）刊行。甲２の１～４）
ウ引用例３：国際公開第９６／０１３２７号（平成８年公開。甲３の１・２）
エ引用例４：国際公開第９７／０４１３１号（平成９年公開。甲４の１・２）
オ引用例５：特開平７－２８９２９８号公報（甲５）
カ先願明細書：特開２０００－３７１９４号公報（本件優先権主張日よりも前
である平成１０年６月２４日が優先権主張日であり，本件出願公開日よりも前であ
る平成１２年２月８日に出願公開された特願平１１－１７９０５６号の願書に最初
に添付された明細書及び図面。甲８の１）
(2)本件審決が認定した引用例１ないし５に記載の発明（以下「引用発明１」
ないし「引用発明５」という。），本件発明１と引用発明１ないし４との相違点（以
下「相違点１」という。）及び本件発明８と引用発明５との相違点（以下「相違点
２」という。）は，次のとおりである（本件発明１とこれらの各引用発明との一致
点については，明確な認定の記載がない。）。
ア引用発明１：ｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存する，Ｔ４ホロ酵
素を用いたスナップバックＤＮＡ増幅機構を開発することを課題とするものであり，
その増幅機構は図８に記述され，Ｔ４ホロ酵素がスナップバック機構により中央に
ヘアピンを有する長い２本鎖ＤＮＡが合成され，これに二重鎖ＤＮＡに相同な直鎖
ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入し，該直鎖ｓｓＤＮＡが
プライマーとして伸長し鎖置換相補鎖合成を行うというもの
イ引用発明２：種々のウイルスの生体内におけるＤＮＡ複製機構を明らかにす
ることを課題とするものであり，例えば，アデノ随伴ウイルスの増幅機構は，図１
９－６に詳述されているが，３′末端と５′末端の双方にループが形成された１本
鎖核酸（鋳型）において，その３′末端から自己を鋳型とする相補鎖合成が開始さ
れ，２本鎖の複製型が一旦形成され，その親鎖の３′末端の反対側でニックが生じ，
ニックからの伸長反応の結果，ヘアピン構造への転移が生じ，末端ヘアピンの再構
成によって，どちらかの末端に３′末端が形成され，当該末端からの自己を鋳型と
する相補鎖合成によって，次の新しい鋳型が提供されるというもの
ウ引用発明３：ヘアピン構造を形成し得るプライマーを使用し，核酸を等温増
幅する方法の提供を課題とするものであり，２本鎖ＤＮＡの末端にあるパリンドロ
ーム配列は動的平衡によってヘアピン構造を形成し，折り曲げられた末端はプライ
マーとして機能し，自己を鋳型とする相補鎖合成を行って，核酸の伸長反応が継続
的に生じるというもの
エ引用発明４：単一のプライマーを用いて，ヘアピン構造を有する核酸を増幅
することを課題とするものであり，その詳細は，図１７に示されるとおり，標的ポ
リヌクレオチドの領域Ａに相補的な配列と，標的ポリオヌクレオチドの領域Ｂと同
一の配列を有するプライマー（ＴＰ）を標的ポリヌクレオチドにハイブリダイズさ
せ，３′末端からの伸長反応によって伸長生成物を生じさせ，これを熱変性によっ
て鎖分離し，該伸長生成物が５′末端にヘアピン構造を形成した後に，ＰＣＲプラ
イマー（Ｄ）をハイブリダイズさせ，該生成物を増幅するというもの
オ引用発明５：好熱性のポリメラーゼおよび制限エンドヌクレアーゼの両方が
効率的に機能する等温鎖置換増幅法（好熱ＳＤＡ）の反応条件を提供することであ
り，その解決手段は，特定の好熱性のポリメラーゼや制限エンドヌクレアーゼを用
いることであり，好熱ＳＤＡを行う前段階として，制限エンドヌクレアーゼ認識／
開裂部位を含む標的核酸を増幅するために，２つのＳＤＡ増幅プライマーと，２つ
のバンパープライマー（ＯＰ（アウタープライマー）に相当）を用いるというもの
カ相違点１：本件発明１には，３′末端側に位置するループ部分にプライマー
をアニールさせる工程（工程ｃ））があるのに対し，引用発明１ないし４には，い
ずれもこの工程がない点
キ相違点２：本件発明８には，３′末端側に位置するループ部分にプライマー
をアニールさせる工程（工程ｃ））があるのに対し，引用発明５には，この工程が
ない点
(3)本件審決が認定した本件発明１と先願明細書に記載の発明との一致点及び
相違点（以下「相違点３」という。）は，次のとおりである（先願明細書に記載の
発明自体については，明確な認定の記載がない。）。
ア一致点：ａ）同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を
３′末端に備え，この領域Ｆ１がＦ１ｃにアニールすることによって，塩基対結合
が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸を与える工程を含む，
１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成方法
イ相違点３：本件発明１では，さらに，「ｂ）Ｆ１ｃにアニールしたＦ１の
３′末端を合成起点として相補鎖合成を行う工程，ｃ）領域Ｆ２ｃに相補的な配列
からなるＦ２を３′末端に含むオリゴヌクレオチドをアニールさせ，これを合成起
点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，
工程ｂ）で合成された相補鎖を置換する工程，ｄ）工程ｃ）で置換された塩基対結
合が可能となった相補鎖における任意の領域に相補的な配列を３′末端に含むポリ
ヌクレオチドをアニールさせ，その３′末端を合成起点として鎖置換相補鎖合成反
応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，工程ｃ）で合成された相補
鎖を置換する工程」を含んでいるのに対し，先願明細書に記載の発明について，先
願明細書には工程ｂ）ないしｄ）（特に，工程ｂ））を含むことが明記されていない
点
(4)本件審決が認定した本件発明８と先願明細書に記載の発明との一致点及び
相違点（以下「相違点４」という。）は，次のとおりである（先願明細書に記載の
発明自体については，明確な認定の記載がない。）。
ア一致点：以下の要素を含む，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結され
た核酸の合成用キット。／領域Ｆ２ｃ，および領域Ｆ１ｃを３′側からこの順で含
む鋳型核酸に対し，／ⅰ）前記Ｆ２ｃに相補的な塩基配列Ｆ２を持つ領域の５′側
に前記Ｆ１ｃと同一の塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチド／
ⅱ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマーとして合成された相補鎖における任意
の領域Ｒ２ｃに相補的な塩基配列を含むオリゴヌクレオチド／ⅴ）鎖置換型の相補
鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼ，および／ⅵ）要素ⅴ）の基質となるヌ
クレオチド
イ相違点４：本件発明８では，さらに，該鋳型核酸において，領域Ｆ２ｃの
３′末端側に領域Ｆ３ｃが含まれており，ＯＰとして「ⅲ）前記Ｆ３ｃに相補的な
塩基配列を持つオリゴヌクレオチド，ⅳ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドを合成起点と
して合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃの３′側に位置する領域Ｒ３ｃに
相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド」を含んでいるのに対し，先願明細書
に記載の発明について，先願明細書にはこのような領域Ｆ３ｃや前記ⅲ）及びⅳ）
のオリゴヌクレオチド（ＯＰ）を含むことが記載されていない点
４取消事由
(1)実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り（取消事由１）
(2)引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り（取消事由２）
ア引用発明１についての認定の誤り
イ相違点１及び２に係る判断の誤り
(3)拡大先願に係る認定・判断の誤り（取消事由３）
第３当事者の主張
１取消事由１（実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，本件発明１等ではリバースプライマーとしてＰＣＲプライマ
ーが用いられており，２つのＴＰ（ターンバックプライマー）が使用されていない
から，本件明細書の図６（Ｄ）及び（Ｅ）のような核酸ができあがり，加熱変性を
利用しなければそれ以上の合成反応を進めることができないところ，①加熱変性を
利用すれば相当程度効率のよい核酸の合成が行われると認められるから，２つのＴ
Ｐが必須のものではなく，また，②本件発明では２つのＯＰ（アウタープライマ
ー）が鋳型の合成のために使用されており（本件明細書の図１～３），工程ａ）に
おける核酸がいったん合成されればその後の増幅反応が２つのＯＰを使用しなくて
も進行するから，２つのＯＰが必須のものではないとする。
(2)しかしながら，前記(1)①についてみると，本件明細書の図６（Ｄ）及び
（Ｅ）の核酸が合成された以上，等温増幅用の酵素であるＢｓｔ酵素を利用する場
合，加熱変性により酵素が失活するので，１サイクルごとに加熱変性を繰り返し，
かつ，酵素を再添加しなければ合成が進まない。そして，このような加熱変性によ
る合成は，等温増幅とはいえないし，ＰＣＲ法のほうがプライマーの設計も簡便で
使いやすい。すなわち，本件発明１等において，一対のＴＰを用いず，ＴＰ及びＰ
ＣＲプライマーを用いた場合，単一の酵素で特異性が高い等温増幅の提供という本
件発明の課題を解決できないばかりか，本件出願当時の周知技術であるＰＣＲ法よ
りも劣った核酸合成方法になる。
さらに，本件出願の親出願に当たる発明の公開公報には，そこに記載の図６の方
法が等温増幅反応ではない旨が明記されている（甲４４）。
したがって，等温増幅を提供することを課題とする本件発明１等では，２つ（一
対）のＴＰが必須である。
次に，前記(1)②についてみると，本件発明１等の工程ａ）の鋳型核酸の製造方
法については，２つのＯＰを用いた方法以外に本件明細書には記載がない。したが
って，当業者は，これ以外の上記鋳型核酸の製造方法の記載がない限り，これを容
易に実施できないのであり，本件発明１等の特許請求の範囲の記載は，本件明細書
のサポートを超えたものとなっている。また，本件発明１等は，いわゆるＬＡＭＰ
法と呼ばれる等温増幅法であるが，ＬＡＭＰ法は，２つのＴＰと２つのＯＰとを必
須としている（甲４０～４２）。
このように，フォワードとリバースのうち少なくとも一方にＴＰを用いた増幅反
応は，熱変性を必要とし，特異性も高いとはいえず，煩雑な酵素の添加工程を必要
とするから，フォワードとリバースのうち少なくとも一方にＴＰを用いた増幅反応
を含む点で，本件発明１は，サポート要件及び実施可能要件に違反する。
しかも，本件明細書には，本件発明１の反応が起きていることを示す実証データ
が必要であるのに，本件発明１の増幅反応が本当に起きることを示す実証データの
記載がない。
(3)以上のとおり，本件発明１等において２つのＴＰ及びＯＰは，必須であり，
これに反する本件審決の判断は，誤りである。
〔被告の主張〕
(1)本件発明１は，工程ａ）ないしｄ）を含む「１本鎖上に相補的な塩基配列
が交互に連結された核酸」の「合成方法」であるところ，本件明細書の図５（Ｂ）
に記載の核酸を使用する場合，図６に記載の工程を経て図６（Ｄ）に記載の産物を
合成する旨が明記されており，当該産物（図６（Ｄ））が，本件発明１が目的とす
る核酸である（本件明細書【００３７】）から，本件発明１は，実施可能要件及び
サポート要件を満たすものである。
(2)原告は，加熱変性を利用しなければそれ以上の増幅反応を継続することが
できない旨を主張するが，本件発明１は，本件明細書の図６（Ｄ）の産物からそれ
以上の増幅反応を継続することを対象としていないばかりか，本件明細書は，当該
産物から加熱変性を利用して更なる増幅を行う場合にも「たいへん効率的な反応と
なる」旨（【００３７】）のほか，当該産物からＳＤＡ法を利用した増幅が可能にな
ることや，転写も行われることを記載している（【００６４】【００６５】）から，
加熱変性は，必須のものではなく，実施可能要件及びサポート要件とは無関係であ
る。
このように，本件発明１の合成方法において２つのＴＰは，必須ではないし，こ
のことは，本件発明２，３，６，８及び１０についても同様であるから，原告の主
張には理由がない。
(3)本件発明１は，工程ａ）の鋳型の合成方法に関するものではなく，工程
ａ）において提供される鋳型を出発物質として，工程ａ）ないしｄ）を繰り返すこ
とによって，「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」を増幅する
方法である。かかる本件発明１の増幅方法においては，２つのＯＰは，必須の構成
要件ではないから，請求項に記載する必要はなく，現に，本件明細書の図２(7)か
ら図３に例示された増幅機構においてもＯＰを使用していない。
本件明細書にも，「本発明の特徴となっている，３′末端に同一鎖上の一部Ｆ１
ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を備え，この領域Ｆ１が同一鎖上のＦ１ｃ
にアニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成
することができる核酸は，様々な方法によって得ることができる。」との記載があ
るとおり，核酸の合成方法は，限定されていない。
よって，本件発明１等が２つのＯＰを必須とするものではないと認定した本件審
決には何らの認定・判断の誤りもなく，本件特許は，法３６条４項及び同条６項１
号に違反するものではない。
２取消事由２（引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，①引用発明１が解決課題及び課題解決手段において，特に工
程ｃ）において，本件発明１とは全く異なる発明であり，引用例１ないし４にはル
ープ部分にプライマーをアニールさせることも記載されておらず，したがって，②
引用例１ないし４に記載された発明をどのように組み合わせたとしても，本件発明
１ないし７は当業者が容易に発明できないものというべきであるとする。
(2)しかしながら，前記(1)①についてみると，引用例１は，ウイルスの遺伝子
の複製機能に関する学術論文であるが，そこには，等温での増幅方法を提供すると
いう本件発明１と共通の課題を明確に記載しており，かつ，ステムループ構造を
「ヘアピン構造」（甲２５）と呼び，プライマーを「直鎖ｓｓＤＮＡ」と呼んでい
る（引用例１のFig.８の説明）。そして，本件明細書は，「アニール」を「核酸が
ワトソン－クリックの法則に基づく塩基対結合によって２本鎖構造を形成すること
を意味する。」と定義していることから，ここにいう「アニール」は，酵素の作用
によるものも含む全ての結合を介した２本鎖の形成を意味する。
以上によれば，引用例１におけるヘアピン構造に直鎖ｓｓＤＮＡが侵入してＤル
ープを形成するということは，プライマーがループにアニールすることを意味する
ことが明らかである。このように，引用例１には，ループ部分にプライマーをアニ
ールさせることが記載されている。
(3)前記(1)②についてみると，まず，本件審決は，引用例１のステップ５では，
酵素（ｕｖｓＸタンパク質）を用いて反応を起こしているから，酵素を用いなけれ
ば引用例１に記載された鋳型にフリーループを形成するはずがない（阻害要因）と
当業者が考えるであろうとする。
しかしながら，酵素を用いなくても，平衡反応（呼吸）により２本鎖が１本鎖に
なり得ることや，そのようにして形成されたループにプライマーがアニールし得る
ことは，いずれも周知である（引用例２，甲５４～５９）。したがって，引用例１
においてフリーループを形成して，酵素（ｕｖｓＸタンパク質）を用いないように
しても，Fig.８ステップ５の反応は起こり得るし，引用例１にも，その旨の記載が
ある（Fig.１）。したがって，引用例１には上記阻害要因はない。
次に，本件発明のポイントは，①ループの３′末端からの自己伸長反応及び②ル
ープにアニールしたプライマーの伸長反応の２つの構成要件の組合せであるところ，
①は，周知技術であり（引用例２，３，甲４７～５２，６０），②については，前
記(2)に記載のとおり，引用例１に記載がある。そして，引用例１には，②のルー
プにアニールしたプライマーの伸長反応が等温増幅反応のモデルになるという教示
があり，この教示に従って①の３′末端から自己伸長反応するループに②を組み合
わせて本件発明１の等温増幅法を想到することは，当業者には容易であるというべ
きである。
(4)本件審決は，①引用例１ないし５にはいずれも３′末端側に位置するルー
プ部分にプライマーがアニールすることが記載されておらず，したがって，②引用
例１ないし５に記載された発明をどのように組み合わせたとしても，本件発明８な
いし１０を当業者が容易に発明できないものというべきであるとする。
しかしながら，前記のとおり，引用例１にはループにプライマーがアニールする
ことについて記載がある。
また，本件審決は，引用発明５においてＯＰを用いても増幅が連続して続くとい
ったものではなく，数倍に増幅される程度にすぎないものであり（引用例５図１），
引用発明４が熱変性を利用して単一のプライマーにより非直線的に増幅しようとす
るものであるから，当業者が引用例４の図１７Ｃに記載のプライマーＤにＯＰを組
み合わせようとするはずがないばかりか，引用発明５のＯＰを引用発明４に記載の
ＴＰにすると，次の増幅に用いられなくなることが明らかであるとする。
しかしながら，前記１〔原告の主張〕(2)に記載のとおり，本件発明８ないし１
０は，１サイクルごとに加熱変性を用いなければ増幅が進行しない部分を含んでお
り，その部分では，加熱変性で２倍に増幅される程度にすぎないから，引用発明５
と引用発明４とを組み合わせることに阻害要因はない。
なお，遺伝子の増幅方法であるＰＣＲ法は，生体内の細胞分裂において起こって
いるところ，生体内での複製反応では，２本鎖のＤＮＡを分離して１本鎖にする際
に，生体に害を及ぼさないように複雑なプロセスを要するが，人工的に実施する場
合には，このような考慮を要しないため，試験管内で簡単に再現することが可能で
ある。むしろ，引用例１のFig.８の説明には，同図の反応が試験管での増幅方法
のモデルとなることが明確に記載されているから，引用例１の増幅機構が生体内で
の反応であることを根拠とする被告の主張は，失当である。
また，前記１〔原告の主張〕(2)に記載のとおり，本件発明１等は，熱変性が必
要であって，「単一の酵素で特異性が高い等温増幅の提供」という本件発明の課題
を解決できないばかりか，本件特許出願当時の周知技術であるＰＣＲ法よりも劣っ
た核酸合成方法になるから，産業の発達に寄与するという特許法１条の目的に反す
るので，同法２９条２項所定の進歩性がないというべきである。
(5)以上のとおり，本件審決は，引用発明１の認定を誤り，相違点１及び２の
判断を誤っているから，取り消されるべきである。
〔被告の主張〕
(1)本件発明１では，工程ａ）において，「同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニールす
ることができる領域Ｆ１を３′末端に備え，この領域Ｆ１がＦ１ｃにアニールする
ことによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができ
る核酸」を提供することが必要となるが，引用発明１では，そのようなループが形
成されない。引用例１のFig.８は，単に折り返しを有する２本鎖を図示されてい
るにすぎない。
(2)本件発明１の工程ｃ）では，「領域Ｆ２ｃに相補的な配列からなるＦ２を
３′末端に含むオリゴヌクレオチドをアニールさせ」ることが必要になるが，引用
例１のFig.８の工程１から２は，２本鎖であるヘアピン構造に対し，組換え酵素
（リコンナーゼ）により，２本鎖ヘアピン生成物や２本鎖の二量体中間体の切断，
プロセシング，対合（組換え），合成及び解離という各反応を経て直鎖ｓｓＤＮＡ
を導入しているにすぎず，塩基対結合可能な領域を有するループが存在しないこと
が明白であり，塩基対結合が可能となるループにプライマーをアニールさせること
とは明らかに異なる。
(3)そもそも，引用例１は，人工的な核酸増幅方法に関するものではなく，単
に生体内におけるＴ４バクテリオファージの相同遺伝子組換え機構を観察して報告
したものであって，特定の標的核酸を増幅させる核酸増幅反応に関するものではな
いばかりか，Ｔ４－ホロ酵素やｕｖｓＸタンパク質等の生体内に存在する物質の関
与を必須とするものであるから，核酸の増幅方法への応用の可能性は，極めて抽象
的なものである。
以上のように，引用発明１は，解決課題及び課題解決手段において，特に工程
Ｃ）において，本件発明と比較自体が困難なほどに相違した発明であって，引用例
２及び３に適用できるものでもない。
(4)原告は，ループ３′末端からの自己伸長反応が周知技術である旨（引用例
２，３，甲４７～５２，６０）を主張するが，引用例２に記載されているのは，ア
デノ随伴ウイルスの生体内での反応機構のモデルにすぎず，本件発明１とは解決課
題及び解決手段が全く異なるし，引用例３の図５は，いわゆるヘアピン構造を有す
るプライマー及びそのプライマー由来の折り返し構造であって塩基対結合が可能な
領域を有するループではない（本件明細書【００１２】）。したがって，本件発明１
におけるループ構造からの自己伸長反応（工程Ｂ））は，公知でも周知でもない。
原告が援用するその余の証拠も，いずれも異なるウイルス等の複製機構に関するも
のなどであって，周知技術を認定する根拠たり得るものではない。
また，原告は，ループにプライマーがアニールすることが周知技術である旨（甲
５４～５９）を主張するが，これらの証拠に記載の技術は，いずれも引用例１ない
し３に適用し得る周知技術とは到底認められないものばかりである。
(5)さらに，引用例１には，核酸におけるループの形成やループへのプライマ
ーのアニールが記載されていないから，これを引用例２ないし５の記載とどのよう
に組み合わせても本件発明８ないし１０には到達できない。
また，引用発明４は，従来のＰＣＲにおいて２つのプライマーが必要であったこ
とを課題として，単一のプライマーによって増幅を行うためにポリヌクレオチドヘ
アピンと単一のプライマーＤとを使用したものであるから，これに加えて引用発明
５のプライマーをさらに使用することは，引用発明４の目的に反するものであり，
当業者にとって明白な阻害事由になる。そもそも，引用例４には，等温条件下で増
幅を進めるための手段や，どのようにＯＰを使用すればよいかについても，記載も
示唆もない。
したがって，引用例４及び５を組み合わせることは，困難である。
なお，前記のとおり本件発明の実施に加熱変性は不要である。
(6)以上に加えて，引用例１は，本件発明８ないし１０とは解決課題及び解決
手段が異なり，先行技術文献とはならないし，引用例４に記載の発明は，プライマ
ー数を減らすことを解決課題とする発明であるから，仮に引用例５にＯＰが記載さ
れているとしても，これを引用発明４に採用することには阻害事由が存在する。
(7)以上のとおり，原告の主張に理由はなく，本件発明の進歩性を肯定した本
件審決の認定・判断は，至極正当である。
３取消事由３（拡大先願に係る認定・判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，相違点３として，先願明細書に記載の発明について，先願明
細書には工程ｂ）ないしｄ）（特に，工程ｂ））を備えることが明記されておらず，
これらを繰り返して核酸を増幅することが記載されていない点を認定し，その理由
として，①先願明細書の実施例１の記載から本件発明１の反応が読み取れないこと，
②先願明細書の実施例２の記載から本件発明１の反応が読み取れないこと，③先願
明細書の記載（【０１０６】【０１０７】【０１５９】【０１８３】）の解釈，④被告
が別件訴訟で本件発明と先願明細書に記載の発明とが同一であると認めているとし
ても，そのこと自体が本件特許が無効であるか否かの判断を左右しないことを挙げ
ている。
(2)前記(1)①についてみると，先願明細書の実施例１は，２つのＴＰを用いた
ＰＣＲ産物，すなわち先願明細書の図３④に記載の核酸（以下「ダンベル型中間
体」ともいう。）を提供する工程である（本件発明１の工程ａ）に該当する。）。先
願明細書には，本件明細書の図２及び３の「ループが形成される鋳型」に相当する
ものに対してＴＰがアニールした結果，本件発明１の工程ｂ）ないしｄ）が起きて
いる旨の記載があるところ（【０１８３】），本件審決は，当該反応が起きている可
能性を認めているにもかかわらず，先願明細書の図１７が不鮮明であること及び時
間経過に伴って分子量の増大を示すための図１７Ａ及びＢの２つの電気泳動のゲル
が異なることを挙げて，引用例４の実施例１の記載からは当該反応を読み取ること
ができないとする。
しかしながら，先願明細書には，ダンベル型中間体が増幅産物の最終生成物とい
う記載はない（【０１３０】参照）から，先願明細書に記載の発明の技術的思想は，
図３④のダンベル型中間体を得ることにあるのではなく，これを核にしたＴＰによ
る等温増幅反応である。そして，先願明細書の図１７Ａ及びＢには，ゲル濃度の相
違を考慮したとしても，時間の経過に従った分子量の段階的増大が生じていること
を示す複数のバンドが確認できるし（甲３８，３９），仮に，当該図１７Ａが不鮮
明であるとしても，中間体の二次構造にはステムループ構造が双方の末端にある場
合，片方の末端にある場合及び当該構造がない場合の３種類に限られる一方，当該
図１７Ａには３個以上の複数のバンドが確認できる以上，分子量の増大すなわち
３′末端からの自己伸長反応が起きていることは，明らかである（甲５３）。
また，本件発明の実施例と先願明細書の実施例１とでは，ＯＰの使用の有無を除
き反応条件が実質的に同一であって，かつ，ＯＰは，ダンベル型中間体の形成のみ
に関与してこれからの増幅反応には関与しないから，両者で同一の反応が起きてい
ることは，明らかである（甲３８，３９）。
さらに，先願明細書によれば，先願明細書の実施例１の後段の反応は，一対のＴ
Ｐを用いた反応であるから（【００２５】），当該反応では本件発明１の実施例と同
じ非直線的増幅反応（指数関数的増幅反応）が起きているといえる（甲３８）。
よって，先願明細書の実施例１からは，本件発明１の自己伸長反応を読み取るこ
とができる（甲２４，４２，４３）。
なお，先願明細書の図９④⑤の配列ａ′ｂ′は，本件発明の３′末端の「Ｆ１」
に，ａｂは，本件発明の「Ｆ１ｃ」に，ｘ′ｙ′ｃ′ｄ′は，本件発明のＦ２ｃに，
それぞれ該当するから，そこには，本件発明と同一の自己伸長反応（工程ｂ））が
記載されているということができ，このことは，先願明細書が図９について「自己
伸長を例示する模式図」と記載していることからも明らかである。また，図９のプ
ライマーは，配列ｃ′ｄ′が先願明細書の請求項１に記載の「第１のセグメント」
に，配列ａｂが「第２のセグメント」に，それぞれ該当するから，先願明細書の実
施例１のプライマーと同じであるから，ここでも自己伸長反応が起こることが明ら
かである。
(3)前記(1)②についてみると，先願明細書の実施例１は，２つのＴＰと２つの
ＯＰを用いているのに対し，実施例２は，２つのＴＰのみを用いている点が相違す
るが，当該ＴＰは，本件発明のＯＰと同じ機能をするものであり，反応条件も本件
明細書の実施例１と同様であるところ，本件審決は，先願明細書の実施例２が本件
明細書の実施例１と同様の工程の反応が生じる可能性を指摘しつつも，反応条件が
全く同じではないために，本件発明１と同じ工程の反応が起きているとまでいえな
いとする。
しかしながら，本件審決も認定するとおり，先願明細書の実施例２の反応条件は，
実質的に本件明細書の実施例１とも先願明細書の実施例１とも同じであるから，本
件発明１と同じ反応が起きていないと判断すべき理由はない（甲３８）。しかも，
先願明細書には，フォワードとリバースの双方にＴＰを用いた等温増幅反応では非
直線的増幅反応（指数関数的増幅反応）が起きることが明記されているから（【０
０２５】），同じくフォワードとリバースにＴＰを用いた先願明細書の実施例２の増
幅反応においては，本件発明１と同じ増幅反応が起きているといえる。
よって，先願明細書の実施例２からは，本件発明１の反応を読み取ることができ
る。
(4)前記(1)③についてみると，本件審決は，先願明細書からは３′末端のステ
ムループ構造からの自己伸長反応が起こり，次いで，ループにＴＰがハイブリダイ
ズし，鎖置換相補鎖合成反応が起きることを読み取ることができず（【０１０６】
【０１０７】【０１８３】等），副反応により高分子量産物の複雑な多様性を形成し
得，有害であることが記載されている（【０１５９】）とする。
しかしながら，先願明細書の【０１８３】の「アンプリコン」は，実施例１の前
段の反応で得られたＰＣＲ産物を意味しており（【０１８０】），【０１８３】の記載
は，当該ＰＣＲ産物（ダンベル型中間体。ダンベル型中間体であるアンプリコンは，
サイズが小さい１７０ｂｐのものである。）を鋳型核酸としてＴＰを用いて等温増
幅を行った結果であって，その実証データは，電気泳動の結果，分子量の異なる複
数のバンドの存在を示している（先願明細書の図１７Ａ及びＢ）。そして，先願明
細書の【０１８３】には，これらの複数のバンドの存在から導き出される時間経過
に伴う分子量サイズの段階的増大の理由が，「おそらく，アンプリコンをプライマ
ーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」旨の記載が
あり，ここで，アンプリコンの「二次構造」は，ステムループを意味し，かつ，
「プライマー」とは，ポリメラーゼが合成を開始する「テンプレート」にアニール
して，その３′末端から伸長反応を起こすものを意味するから，当該記載のうち，
「アンプリコンをプライマー…として機能させる二次構造」とは，増幅産物（アン
プリコン）の３′末端側のループの３′末端からの自己をテンプレートとして伸長
反応を意味することが明らかである。
さらに，上記記載のうち，「アンプリコンを…テンプレートとして機能させる二
次構造」とは，増幅産物（アンプリコン）の３′末端側のループにプライマーがア
ニールして伸長反応が起きることを意味するか，又は３′末端からの自己伸長反応
そのものを意味する。
以上のとおり，先願明細書の【０１８３】には，本件発明１における①ループの
３′末端からの自己伸長反応及び②ループにアニールしたプライマーからの伸長反
応の２つの反応が起きていることが記載されている。
次に，先願明細書の【０１０６】及び【０１０７】は，引用例２を引用して「呼
吸」という現象を説明しており，そこでは，先願明細書の図２の②から③へと変化
する現象，すなわち３′末端にステムループが形成される現象が起これば，その
３′末端のステムループ構造から自己伸長反応が起きることは，著名な教科書であ
る引用例２のFigure１９－６にも記載されているとおり，当業者には自明である。
さらに，３′末端のステムループ構造からの自己伸長反応については，先願明細
書の図９④⑤や図２④等に記載がある。
また，先願明細書の【０１５９】には，電気泳動の複数のバンド形成が副反応で
あるという記載はなく，また，先願明細書の実施例１及び２にも，電気泳動の複数
のバンドで確認できる増幅反応が副反応であるという記載はないから，両者は，無
関係である。そして，先願明細書には，電気泳動の複数のバンドの形成自体が有害
である旨の記載はない。
(5)前記(1)④についてみると，被告は，他の訴訟事件における準備書面及び技
術説明資料（甲１０～１９）において，いずれも先願明細書に本件発明と同一の発
明が記載されていることを自認している。したがって，被告は，信義則に基づき，
先願明細書に記載の発明と本件発明の同一性を本件審判及び本件訴訟においては争
えないというべきである。
(6)むしろ，本件明細書には，「ヘアピンループを形成させて自身を鋳型
（template）とする相補鎖合成反応の報告は多い」（【００２１】），「３′末端に同
一鎖上の塩基配列に相補的な配列を持たせ，末端でヘアピンループを形成させる方
法が公知である（Gene71,29-40,1988）。このようなヘアピンループからは，自身
を鋳型とした相補鎖合成が行われ，相補的な塩基配列で構成された１本鎖の核酸を
生成する。たとえばPCT/FR95/00891では，相補的な塩基配列を連結した末端部分
で同一鎖上にアニールする構造を実現している。」（【００１０】）との記載があり，
ここで引用されている文献（甲３等）の発行は，先願明細書の優先権主張日よりも
はるかに前である。したがって，本件明細書の記載から，ループ３′末端からの自
己伸長反応は，周知技術であった。
なお，本件明細書の図２及び３並びに先願明細書の図３には，いずれもダンベル
型中間体が記載されており，本件明細書で１本鎖として記載されている部分が先願
明細書において２本鎖として記載されているのは，表現上の相違にすぎず，実質的
な相違ではない。そして，これらのダンベル型中間体は，いずれもＴＰ伸長鎖によ
って形成されているから，その機能も同じであることは，明らかである。そして，
ダンベル型中間体が同じであるのであれば，ダンベル型中間体及び一対のＴＰ（フ
ォワード及びリバースにＴＰを用いること）を用いた増幅反応も同じであると考え
るのが科学的に正しい認定であるというべきである。
(7)本件審決は，相違点４として，先願明細書に記載の発明の鋳型核酸におい
て領域Ｆ２ｃの３′末端側に領域Ｆ３ｃが含まれておらず，また，ＯＰとして，本
件発明８のⅲ）及びⅳ）のオリゴヌクレオチド（ＯＰ）を含むことが記載されてい
ない点を認定した。
しかしながら，本件発明の特許請求の範囲の記載において，ＯＰは，領域Ｆ２ｃ
又はＲ２ｃの３′末端側にアニールするオリゴヌクレオチドであること以外には，
一切の規定がないところ，先願明細書の図１３及び１４に記載のプライマーは，い
ずれもこれらの要件を満たしている。
また，本件審決は，先願明細書に記載の発明が動的平衡を利用して二次構造を形
成し，これにより新たなプライマー結合部位を再生して，テンプレートからの伸長
生成物の置換及び分離を行って直線的増幅をしており，ＯＰが使用されていないか
ら，ＯＰを用いることが先願明細書に記載の発明の課題に反するとする。
しかしながら，先願明細書に記載の発明は，ＯＰを用いた非直線的増幅（指数関
数的増幅）をも課題としていることが明らかである（【００２５】）。
なお，被告が先願明細書に本件発明と同一の発明が記載されていることを自認し
ていることは，前記(5)に記載のとおりである。
また，被告は，先願明細書にはＯＰの記載がない旨を主張するが，等温増幅を実
現させるためには，等温条件下でテンプレートからプライマー伸長鎖をはがして１
本鎖にし，次のプライマーのためのテンプレートにする必要があるところ，そのた
めの技術としてＤＮＡポリメラーゼ及びＯＰを用いた技術は，従前から知られてい
た（甲５）。そして，先願明細書には，従来技術としてＯＰを用いたＳＤＡ法に関
する記載があり（【０００６】【０１３９】），図１ないし３では，ＴＰがテンプレー
トにハイブリダイズして伸長した後，ターンバックしてステムループを形成するこ
とで，上記の１本鎖を形成し（すなわち，ＴＰがＯＰを同じ役割を果たしている。），
図１３では，２つのプライマーを結合させて一方のプライマーをＯＰとして機能さ
せている。このように，先願明細書には，ＯＰについての記載があるといえる。
(8)以上のとおり，本件発明（特に，本件発明１）は，先願明細書の実施例に
おいて起きている反応の一部である，ダンベル型中間体及び一対のＴＰからの核酸
増幅反応を取り出して反応機構を説明したものにすぎず，新たな用途を提供するも
のでもない。このように，本件発明と先願明細書に記載の発明との間に相違点３及
び４は存在せず，本件審決は，先願明細書に記載の発明の認定を誤っているから，
取り消されるべきである。
〔被告の主張〕
(1)先願明細書に記載の発明の技術的思想は，ＴＰである「第１のセグメント
Ｂ′及び第２のセグメントＣを含む第１の初期プライマー（核酸構築物）」，ＴＰで
ある「第１のセグメントＦ及び第２のセグメントＥ′を含む続く初期プライマー
（核酸構築物）」，基質，緩衝液及びテンプレート依存性重合化酵素を提供する工程
と，該特定の核酸配列及び該新規プライマー（核酸構築物）をインキュベートし，
該特定の核酸配列を非線形に増幅する工程と，を包含する増幅方法であって（先願
明細書の図１～３），各末端において，各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子
（図３④のダンベル型中間体）を得ることを目的とするものである（【０１３０】）。
(2)原告は，先願明細書の実施例１の図１７Ａ（３０分インキュベーション）
及びＢ（１８０分インキュベーション）に現れているバンド移動度の違いから，イ
ンキュベーション時間が長いほど分子量の大きなバンドが出現しており，これが
「自己伸長反応」が起こったことを示すものであるから，そこには本件発明１の工
程ｂ）ないしｄ）が記載されている旨を主張する。
しかしながら，図１７Ａ及びＢは，電気泳動によって分子量の低い産物のバンド
がより下方に移動する一方，より分子量の高い産物のバンドがより上方に留まるこ
とを示しているといえるが，両者は，異なる組成のアガロースゲルを使用しており
（先願明細書【０１８２】），Ｂで用いられたゲル濃度の高いものは，よりサイズの
小さいＤＮＡ長の分離に適しているから（甲３５），Ｂの移動度の方が小さいのは
当然であって，Ａとの違いから「自己伸長反応」の発生を読み取ることはできない。
次に，上記のような移動度の小さいアガロースゲルは，低分子量の増幅産物のバ
ンドをより判別しやすくする目的で使用されるのであるから，先願明細書の実施例
１は，分子量の大きな増幅産物を全く想定しておらず，現に，先願明細書は，図１
７について，増幅産物の増量について記載するのみで（【０１８３】），その分子量
の大小については何ら言及していない。
また，先願明細書の図１７Ａ及びＢでは，標的が存在しないコントロールにおい
ても増幅産物が生じており（【０１８３】），実施例１において複数のバンドが生じ
る原因は，分子量が異なる産物が複数存在するというだけではなく，産物が二次構
造を形成しているかどうかもその原因となるのであるから（甲２４），図１７Ａ及
びＢは，「自己伸長反応」を示すものとはいえない。
さらに，図１７Ａ及びＢは，いずれも不鮮明であり，いずれのバンドが先願明細
書に記載の発明の最終産物であるダンベル型中間体に対応するものであるかも記載
されていない（Ｂでは，バンド同士の密着により，どのようなバンドが生じている
かは，判別不能である。）から，これらの図から段階的な分子量の増大やダンベル
中間体の整数倍の伸長反応を読み取ろうとする見解（甲３７，３８）は，本件発明
１に基づく後知恵にすぎない。
以上のとおり，先願明細書には，本件発明１の工程ｂ）ないしｄ）を備えている
ことが明記されておらず，また，「自己伸長反応」の記載がないから本件発明１の
「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」との構成を開示するもの
ではない。
(3)原告は，先願明細書の実施例２の反応条件から，実施例１と同様の反応が
生じているから本件発明１の反応を読み取ることができる旨を主張する。
しかしながら，先願明細書の実施例２には，実施例１の記載以上の記載が存在し
ないから，「自己伸長反応」を含む増幅反応に係る発明が記載されていると解する
余地はない。むしろ，実施例１の実験は，そのタイトルが「ＰＣＲ産物の等温増
幅」であることから明らかなとおり，ＰＣＲで得られたダンベル型産物を等温でコ
ピーすることを目的としていることが明らかである。
(4)先願明細書【０１８３】の「この複数のバンドは，おそらく，アンプリコ
ンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得
る」との記載は，先願明細書の作成者が複数のバンドができた原因を抽象的に複数
推測しているにすぎないことが明らかであり，先願明細書【０１８０】に記載のと
おり，単に二次構造が一方又は両方のいずれかの末端上で形成されることを原因と
して移動度が変化し，複数のバンドが形成された可能性を示唆しているにすぎない
（現に，ダンベル型中間体は，分子間でアニールして二次構造を形成することもあ
る。）から，原告の主張に係るようなループ部の自己伸長を意味するものとはいえ
ず，特許法２９条の２が求める同一の発明を記載したものとは到底いえない。
また，原告は，先願明細書【０１５９】の「副反応」による高分子量産物が有害
であるとの本件審決の認定を争っているが，前記(1)に記載のとおり，先願明細書
に記載の発明は，ダンベル型中間体を得ることを目的とするものであるからそれ以
外の産物を生じる反応は，「副産物」に該当するのであって，現に，複数のバンド
がどのような産物に相当するのかの分析はされていない（【０１８３】）。
さらに，原告は，引用例２を参照すれば先願明細書【０１０６】【０１０７】の
「呼吸」から「自己伸長反応」を読み取れる旨を主張するが，引用例２は，アデノ
随伴ウイルスの生体内での予想されるモデルに関するものであり，特許法２９条の
２の適用に当たって参酌し得るような周知技術ではない。そして，先願明細書の図
９④⑤は，原告が主張の根拠とする実施例１等の反応とは，プライマーの構造自体
及び反応機構が異なる別反応であるから，ここに「自己伸長反応」が記載されてい
るということはできない。
(5)別件の訴訟事件は，本件特許とは無関係な別件特許の進歩性が争われたも
のであって，先願明細書に対する特許法２９条の２の適用とは無関係であるし，被
告の主張に矛盾抵触はない。
(6)原告は，被告が本件明細書の記載により「自己伸長反応」が周知であるこ
とを自認しており，引用例３にも同旨の記載がある旨を主張する。
しかしながら，原告が援用する本件明細書の記載部分は，ループの３′末端から
の自己伸長に関するものではなく，むしろ，他の部分ではヘアピンループを相補鎖
合成に利用している点において新規である点を明記している。また，引用例３の図
５ｉの記載も，ループからの自己伸長反応に関するものではない。そして，他に自
己伸長反応が周知であるとする証拠はない。
(7)なお，先願明細書の出願人は，出願経過において「自己伸長反応」に関す
る記載を付加したところ，これが当初明細書に記載されていない新規事項であると
指摘されたために，当該出願を取り下げている。このように，先願明細書に「自己
伸長反応」が記載されていないことは，明らかである。
(8)本件発明８は，プライマーであるオリゴヌクレオチドⅰ）及びⅲ）並びに
ＯＰであるオリゴヌクレオチドⅱ）及びⅳ）との４種のプライマーを含む核酸合成
用キットに関する発明である。
他方，先願明細書の図１３及び１４に記載されているプライマーは，３′末端を
２つ有する特殊なプライマーであって，プライマーの中央において５′末端が連結
されており，それを中心に３′末端である矢印が２本出ている構造を有するもので
あって，図１３及び１４は，このような特殊な構造を有するプライマーに由来する
伸長生成物が鋳型核酸から分離されて，順次その特殊な構造により伸長していく一
連の反応を示すものであり，ＯＰを含む特定の核酸を合成するキットを開示するも
のではないし，原告がＯＰとして主張する部分がＯＰとしての機能を果たすもので
もない。
しかも，先願明細書の増幅方法では，動的平衡によりループを形成してプライマ
ー結合部位を再生し，新たな初期プライマーをアニールさせ，その伸長により先の
伸長プライマーを分離することを特徴とするものであり，プライマー伸長生成物の
鋳型からの分離（直線的増幅）が繰り返されるのである。そのため，仮に，初期プ
ライマーの鋳型からの分離方法としてＯＰを使用すると，鋳型とＯＰ伸長生成物と
の２本鎖構造が形成され，上記プライマー結合部位を再生するという機構が生じな
くなるのであるから，先願明細書の増幅方法は，ＯＰを使用する分離方法とは相容
れない特徴を持つものである。
(9)以上のとおり，先願明細書には，本件発明１ないし１０が記載されていな
いというべく，これと同旨の本件審決の認定は，正当である。
第４当裁判所の判断
１本件発明について
(1)本件明細書の記載について
本件発明は，前記第２の２に記載のとおりであるところ，本件明細書には，おお
むね次の記載がある。
ア本件発明は，核酸の増幅方法として有用な，特定の塩基配列で構成される核
酸を合成する方法に関する（【０００１】）。
イ核酸の塩基配列の相補性に基づく分析方法は，遺伝的な特徴を直接に分析す
ることが可能なため，遺伝的疾患等には非常に有力な手段であるが（【０００２】），
試料中に存在する目的の遺伝子量が少ない場合の検出は，一般に容易ではなく，標
的遺伝子そのもの等を増幅することが必要となる。ＰＣＲ法は，invitroにおけ
る核酸の増幅技術として，現在最も一般的な方法であるが，実施のために特別な温
度調節装置が必要であるし（【０００３】），１塩基多型（ＳＮＰｓ）の解析では，
誤って混入した核酸を鋳型として相補鎖合成が行われた場合，誤った結果を与える
原因となるので，ＰＣＲ法をＳＮＰｓの検出に利用するには，特異性の改善が必要
とされている（【０００４】）。ＬＣＲ法も，合成した相補鎖と鋳型との分離に温度
制御が必要であり（【０００５】），ＳＤＡ法は，温度制御を省略できるが（【０００
６】），鎖置換型のＤＮＡポリメラーゼに加えて，ニックをもたらす制限酵素を組み
合わせる必要があり，コストアップの要因となっているほか，一方の鎖には酵素消
化に耐性を持つように基質としてｄＮＴＰ誘導体を利用しなければならないので，
増幅産物の応用が制限される（【０００７】）。さらに，ＮＡＳＢＡ法は，複雑な温
度制御を不要とするが，複数の酵素の組合せが必須であり，コストの面で不利であ
るし，複数の酵素反応を行わせるための条件設定が複雑なので，一般的な分析方法
として普及させることは，難しい。このように，公知の核酸増幅反応においては，
複雑な温度制御の問題点や複数の酵素が必要となることといった課題が残されてい
る（【０００８】）。
ウ本件発明の課題は，新規な原理に基づき，低コストで効率的に配列に依存し
た核酸の合成を実現することができる方法，すなわち，単一の酵素を用い，しかも，
等温反応条件の下でも核酸の合成と増幅を達成することができる方法の提供である。
さらに，本件発明は，公知の核酸合成反応原理では達成することが困難な高い特異
性を実現することができる核酸の合成方法及びこの合成方法を応用した核酸の増幅
方法の提供を課題とする（【００１３】）。
エ本件発明の発明者らは，鎖置換型の相補鎖合成を触媒するポリメラーゼの利
用が，複雑な温度制御に依存しない核酸合成に有用であることに着目し（【００１
４】），従来技術とは異なる角度から合成起点となる３′－ＯＨの供給について検討
した結果，特殊な構造を持ったオリゴヌクレオチドを利用することによって，付加
的な酵素反応に頼らずとも３′－ＯＨの供給が可能となることを見出し，本件発明
を完成した（【００１５】）。
オ本件発明が合成の目的としている１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結
された核酸とは，１本鎖上に互いに相補的な塩基配列を隣り合わせに連結した核酸
を意味する。さらに，本件発明は，相補的な塩基配列の間にループを形成するため
の塩基配列を含まなければならないが，これをループ形成配列と呼ぶ。本件発明に
よって合成される核酸は，実質的に，上記ループ形成配列によって連結された互い
に相補的な塩基配列で構成される（【００１６】）。すなわち，本件発明における１
本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結した核酸とは，同一鎖上でアニールするこ
とが可能な相補的な塩基配列を含み，そのアニール生成物は，折れ曲がったヒンジ
部分に塩基対結合を伴わないループを構成する１本鎖核酸と定義することもできる
（【００１７】）。
カ本件発明の特徴となっている，３′末端に同一鎖上の一部領域Ｆ１ｃにアニ
ールすることができる領域Ｆ１を備え，この領域Ｆ１が同一鎖上の領域Ｆ１ｃにア
ニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成する
ことができる核酸は，様々な方法によって得ることができる。最も望ましい態様に
おいては，少なくとも，特定の塩基配列を持つ核酸の領域Ｘ２ｃに相補的な塩基配
列を持つ領域Ｘ２及び当該領域Ｘ２ｃの５′末端側に位置する領域Ｘ１ｃと実質的
に同じ塩基配列を持つ領域Ｘ１ｃとで構成され，領域Ｘ２の５′末端側に領域Ｘ１
ｃが連結されたオリゴヌクレオチドを利用した，相補鎖合成反応に基づいてその構
造を与えることができる（【００２３】）。
本件発明に基づくオリゴヌクレオチドとしては，３′末端側から領域Ｆ２－Ｆ１
ｃを備えるＦＡと，同じく領域Ｒ２－Ｒ１ｃを備えるＲＡとがあるが（【００４４】
【００４５】），まず，鋳型となる核酸（３′末端側からＦ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ－
鋳型領域－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３）の領域Ｆ２ｃに対してＦＡの領域Ｆ２をアニールさ
せ，これを合成起点として相補鎖合成を行う。次に，３′末端側から領域Ｆ３を有
するアウタープライマーを鋳型となる核酸の領域Ｆ３ｃにアニールさせ，鎖置換型
の相補鎖合成をＤＮＡポリメラーゼで行うことにより，ＦＡから合成した相補鎖は，
置換され，塩基対結合が可能な状態となる（【００４６】図１）。そして，リバース
プライマーとしてのＲＡの領域Ｒ２が，塩基対結合が可能となったＦＡの領域Ｒ２
ｃにアニールして相補鎖合成が，ＦＡの５′側末端である領域Ｆ１ｃに至る部分ま
で行われる。この相補鎖合成反応に続いて，やはり置換型のアウタープライマーＲ
３がアニールし，鎖置換を伴って相補鎖合成を行うことにより，ＲＡを合成起点と
して合成された相補鎖が置換される。このとき置換される相補鎖は，ＲＡを５′末
端側に持ち，ＦＡに相補的な配列が３′末端に位置する（【００４７】図２）。
なお，鋳型とすべき核酸が２本鎖である場合には，少なくともオリゴヌクレオチ
ドがアニールする領域を塩基対結合が可能な状態とする必要があり，そのためには，
一般に加熱変性が行われるが，これは，反応開始前の前処理として一度だけ行えば
よい（【００５４】）。
キ本件発明において，３′末端側から領域Ｆ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを，５′末
端側から領域Ｒ３－Ｒ２を備える鋳型となる核酸の領域Ｆ２ｃに対して，３′末端
側から領域Ｆ２－Ｆ１ｃを備えるＦＡオリゴヌクレオチドをアニールして，鋳型と
なる核酸の５′末端側に向かう相補鎖合成の起点とし，次に，鋳型となる核酸の領
域Ｆ３ｃに対して，３′末端側に領域Ｆ３を備えるオリゴヌクレオチドをアニール
して，ＦＡオリゴヌクレオチドにより形成された相補鎖を置換し，ＦＡオリゴヌク
レオチドを１本鎖（Ａ）とした上で，更に当該ＦＡオリゴヌクレオチドの３′末端
側の領域Ｒ１ｃに対応する領域Ｒ１から相補鎖合成を行うと，合成された核酸は，
３′末端側から領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを持つことになる。この核酸をさらにア
ウタープライマーによりＲ２を起点とする相補鎖合成によって置換して１本鎖とし，
３′末端が塩基対結合が可能な状態となると，３′末端側の領域Ｆ１は，同一鎖上
のＦ１ｃにアニールし，自己を鋳型とした伸長反応が進む（Ｂ）。そして，上記
３′末端側に位置する領域Ｆ２ｃを塩基対結合を伴わないループとして残す。この
ループには上記ＦＡオリゴヌクレオチドの領域Ｆ２がアニールし，これを合成起点
とする相補鎖合成が行われる（Ｂ）。このとき，先に合成された自身を鋳型とする
相補鎖合成反応の生成物が，鎖置換反応によって置換され塩基対結合が可能な状態
となる（【００３６】図５）。上記ＦＡオリゴヌクレオチドを１種類及びこれをプラ
イマーとして合成された相補鎖を鋳型として核酸合成を行うことが可能な任意のリ
バースプライマーを用いた基本的な構成によって，複数の核酸合成生成物を得るこ
とができる。すなわち，上記ＦＡオリゴヌクレオチドにより置換された鋳型となる
核酸の３′末端にある領域Ｒ１ｃに対して，３′末端側に領域Ｒ１を備えるＲＡオ
リゴヌクレオチドをアニールさせ，ＦＡオリゴヌクレオチドを置換することで，合
成の目的となっている１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸（Ｄ）
が生じる。他方，上記置換によって１本鎖となったＦＡオリゴヌクレオチドにより
形成された相補鎖にＲＡオリゴヌクレオチドがアニールし，相補鎖合成が行われる
ことによって２本鎖となった生成物（Ｅ）は，加熱変性などの処理によって１本鎖
とすれば，再び（Ｄ）を生成するための鋳型となる。また，（Ｄ）は，加熱変性な
どによって１本鎖にされた場合，もとの２本鎖とはならずに高い確率で同一鎖内部
でのアニールが起こり，上記（Ｂ）の状態に戻るので，更にそれぞれが１分子ずつ
の（Ｄ）及び（Ｅ）を与える。これらの工程を繰り返すことによって，１本鎖上に
相補的な塩基配列が交互に連結された核酸を次々に合成していくことが可能である。
１サイクルで生成される鋳型と生成物が指数的に増えていくので，たいへん効率的
な反応となる（【００３７】図６）。ところで上記（Ａ）の状態を実現するためには，
はじめに合成された相補鎖を少なくともリバースプライマーがアニールする部分に
おいて塩基対結合が可能な状態にしなければならない。このステップは，任意の方
法によって達成できる。すなわち，最初の鋳型に対してＦＡオリゴヌクレオチドが
アニールする領域Ｆ２ｃよりも更に鋳型上で３′末端側の領域Ｆ３ｃにアニールす
るアウタープライマー（Ｆ３）を別に用意し，これを合成起点として鎖置換型の相
補鎖合成を触媒するポリメラーゼによって相補鎖合成を行えば，上記領域Ｆ２ｃを
合成起点として合成された相補鎖は，置換され，やがて領域Ｒ２がアニールすべき
領域Ｒ２ｃを塩基対結合が可能な状態とする。鎖置換反応を利用することによって，
ここまでの反応を等温条件下で進行させることができる（【００３８】図５）。
クアウタープライマーを利用する場合には，領域Ｆ２ｃからの合成よりも後に
アウタープライマー（Ｆ３）からの合成が開始される必要があるが，アウタープラ
イマーの融解温度（Ｔｍ）をインナープライマーの領域Ｆ１又はＲ１のＴｍより低
くなるように設定することによって合成のタイミングをコントロールすることもで
きる。すなわち，（アウタープライマーＦ３：Ｆ３ｃ）≦（Ｆ２ｃ／Ｆ２）≦Ｆ１
ｃ／Ｆ１）又は（アウタープライマー／鋳型における３′末端側の領域）≦（Ｆ２
ｃ又はＲ２ｃ：Ｆ２又はＲ２）≦（Ｆ１ｃ又はＲ１ｃ：Ｆ１又はＲ１）である。な
お，ここで（Ｆ２ｃ／Ｆ２）≦（Ｆ１ｃ／Ｆ１）としたのは，Ｆ２がループ部分に
アニールするよりも先にＦ１ｃ／Ｆ１間のアニールを行わせるためである。Ｆ１ｃ
／Ｆ１間のアニールは，分子内の反応なので優先的に進む可能性が高い。しかし，
より望ましい反応条件を与えるためにＴｍを考慮することには意義がある。同様の
条件は，リバースプライマーの設計においても考慮すべきであることは，いうまで
もない。このような関係とすることにより，確率的に理想的な反応条件を達成する
ことができる。Ｔｍは，他の条件が一定であればアニールする相補鎖の長さと塩基
対結合を構成する塩基の組合せによって理論的に算出することができるから，当業
者は，本件明細書の開示に基づいて望ましい条件を容易に導くことができる（【０
０３９】）。領域Ｆ２ｃを持つ鋳型核酸がＲＮＡの場合には，異なる方法により前記
（Ａ）の状態を実現することもできる。例えば，このＲＮＡ鎖を分解してしまえば，
Ｒ１は，塩基対結合が可能な状態となる。すなわち，領域Ｆ２をＲＮＡの領域Ｆ２
ｃにアニールさせ，逆転写酵素によってＤＮＡとして相補鎖合成を行う。次いで，
鋳型となったＲＮＡをアルカリ変性やＤＮＡ／ＲＮＡ２本鎖のＲＮＡに作用するリ
ボヌクレアーゼによる酵素処理によって分解すれば，領域Ｆ２から合成したＤＮＡ
は，１本鎖となる。ＤＮＡ／ＲＮＡ２本鎖のＲＮＡを選択的に分解する酵素には，
ＲＮａｓｅＨや，一部の逆転写酵素が備えているリボヌクレアーゼ活性を利用する
ことができる。こうして塩基対結合を可能とした領域Ｒ１ｃにリバースプライマー
をアニールさせることができるから，領域Ｒ１ｃを塩基結合可能な状態とするため
のアウタープライマーが不要となる（【００４１】）。あるいは，逆転写酵素が備え
ている鎖置換活性を利用して，先に述べたアウタープライマーによる鎖置換を行う
こともできるが，この場合は，逆転写酵素のみで反応系を構成することができる。
すなわち，ＲＮＡを鋳型として，その領域Ｆ２ｃにアニールする領域Ｆ２からの相
補鎖合成，更にその３′末端側に位置する領域Ｆ３ｃにアニールするアウタープラ
イマーＦ３を合成起点とする相補鎖合成と置換とが，逆転写酵素で可能となる。逆
転写酵素がＤＮＡを鋳型とする相補鎖合成反応を行うものであれば，置換された相
補鎖を鋳型としてその領域Ｒ１ｃにアニールする領域Ｒ１を合成起点とする相補鎖
合成，そして３′末端側に位置する領域Ｒ３ｃにアニールする領域Ｒ３を合成起点
とする相補鎖合成と置換反応をも含めて全ての相補鎖合成反応が逆転写酵素によっ
て進行する。あるいは，先に述べた鎖置換活性を持ったＤＮＡポリメラーゼと組み
合わせて用いてもよい。以上のように，ＲＮＡを鋳型として第１の１本鎖核酸を得
るという態様は，本件発明における望ましい態様を構成する。逆に，鎖置換活性を
有し，逆転写酵素活性を併せ持つＢｃａＤＮＡポリメラーゼのようなＤＮＡポリメ
ラーゼを利用しても，同様にＲＮＡからの第１の１本鎖核酸の合成のみならず，以
降のＤＮＡを鋳型とする反応も同一の酵素によって行うことができる（【００４
２】）。以上のような反応系は，リバースプライマーとして特定の構造を持つものを
利用することによって，本件発明に固有の様々なバリエーションをもたらす。すな
わち，領域Ｆ２をプライマーとして合成される相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃ及
びＲ１ｃを備えるオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとして利用することに
より，ループの形成とこのループ部分からの相補鎖合成及び置換という一連の反応
が，フォワード側とリバース側の両方で起きるようになる結果，本件発明による１
本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成方法の合成効率が飛躍的
に向上するとともに，一連の反応を等温で実施可能とする（【００４３】）。
ケ本件発明において，１本鎖核酸の３′末端側には，同一鎖上の領域Ｆ１ｃに
相補的な領域Ｆ１が存在するので，当該領域Ｆ１と領域Ｆ１ｃとは，速やかにアニ
ールして相補鎖合成が始まるが，その際，領域Ｆ２ｃが塩基対結合が可能な状態で
維持されたループを形成する。そして，上記領域Ｆ２ｃに相補的な塩基配列を持つ
本件発明のオリゴヌクレオチドＦＡは，上記ループ部分にアニールして，相補鎖合
成の起点となり，先に開始した領域Ｆ１からの相補鎖合成の反応生成物を置換しな
がら進む結果，自身を鋳型として合成された相補鎖は，再び３′末端において塩基
対結合が可能な状態となる。この３′末端は，同一鎖上の領域Ｒ１ｃにアニールし
得る領域Ｒ１を備えており，やはり同一分子内の速やかな反応により，両者は，優
先的にアニールする。このようにして，本件発明による１本鎖上に相補的な塩基配
列が交互に連結された核酸は，次々と相補鎖合成と置換とを継続し，その３′末端
Ｒ１を起点とする伸長を続けることになるが，当該３′末端Ｒ１の同一鎖へのアニ
ールによって形成されるループには常に領域Ｒ２ｃが含まれることから，以降の反
応で３′末端のループ部分にアニールするのは，常に領域Ｒ２を備えたオリゴヌク
レオチドＲＡとなる（【００４８】）。一方，自分自身を鋳型として伸長を継続する
１本鎖の核酸に対して，そのループ部分（領域Ｆ２ｃ）にアニールするオリゴヌク
レオチドを合成起点として相補鎖合成される核酸（ＦＡ）に着目すると，ここでも，
本件発明による１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成が進行
している。そして，この核酸の合成によって置換された核酸が（領域Ｒ２ｃを含む
ループを経て）相補鎖合成を開始すると，やがてその反応は，かつて合成起点であ
ったループ部分（領域Ｆ２ｃ）に達して再び置換が始まる。こうして，ループ部分
（領域Ｆ２ｃ）から合成を開始した核酸も，置換され，その結果，同一鎖上にアニ
ールすることができる３′末端Ｒ１を得て，当該３′末端Ｒ１は，同一鎖の領域Ｒ
１ｃにアニールして，次の相補鎖合成を開始する（【００４９】）。このように，本
件発明においては，１つの核酸の伸長に伴って，これとは別に伸長を開始する新た
な核酸を供給し続ける反応が進行し，更に，鎖の伸長に伴い，末端のみならず，同
一鎖上に複数のループ形成配列がもたらされる。これらのループ形成配列は，鎖置
換反応により塩基対形成可能な状態となると，オリゴヌクレオチドがアニールし，
新たな核酸の生成反応の起点となる。末端のみならず，鎖の途中からの合成反応も
組み合わされることにより，更に効率のよい増幅反応が達成されるのである。以上
のようにリバースプライマーとして本件発明に基づくオリゴヌクレオチドＲＡを組
み合わせることによって，伸長とそれに伴う新たな核酸の生成が起きる。さらに，
本件発明においては，この新たに生成した核酸自身が伸長し，それに付随する更に
新たな核酸の生成をもたらすが，一連の反応は，理論的には永久に継続し，極めて
効率的な核酸の増幅を達成することができるし，本件発明の反応は，等温条件のも
とで行うことができる（【００５０】）。
コ本件発明の方法により蓄積する反応生成物は，領域Ｆ１－Ｒ１間の塩基配列
とその相補配列が交互に連結された構造を持つ。ただし，繰り返し単位となってい
る配列の両端には，領域Ｆ２－Ｆ１（領域Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ）又は領域Ｒ２－Ｒ１
（領域Ｒ２ｃ－Ｒ１ｃ）の塩基配列で構成される領域が連続している。これは，本
件発明に基づく増幅反応が，オリゴヌクレオチドを合成起点として領域Ｆ２又はＲ
２から開始し，続いて自身の３′末端を合成起点とする領域Ｆ１又はＲ１からの相
補鎖合成反応によって伸長するという原理のもとに進行しているためである（【０
０５１】）。
サ一連の反応は，鋳型となる１本鎖の核酸に対して，４種類のヌクレオチド
（ＦＡ，ＲＡ，アウタープライマーＦ３及びアウタープライマーＲ３），鎖置換型
の相補鎖合成を行うＤＮＡポリメラーゼ及びＤＮＡポリメラーゼの基質となるヌク
レオチドを加え，ＦＡ及びＲＡを構成する塩基配列が相補的な塩基配列に対して安
定な塩基対結合を形成することができ，かつ，酵素活性を維持し得る温度でインキ
ュベートするだけで進行する（【００５３】）。したがって，ＰＣＲ法のような温度
サイクルは必要ない（【００５４】）。
シ本件発明による核酸の合成方法を支えているのは，鎖置換型の相補鎖合成反
応を触媒するＤＮＡポリメラーゼであるが，そのようなものとして知られているポ
リメラーゼ（１１種類の既存のポリメラーゼを列挙。【００６７】）のうち，Ｂｓｔ
ＤＮＡポリメラーゼ等は，ある程度の耐熱性を持ち，触媒活性も高いことから特に
望ましい酵素である。本件発明の反応は，望ましい態様においては等温で実施する
ことができるが，融解温度の調整などのために必ずしも酵素の安定性に相応しい温
度条件を利用できるとは限らないから，酵素が耐熱性であることは，望ましい条件
の一つである。また，等温反応が可能とはいえ，最初の鋳型となる核酸の提供のた
めにも加熱変性は行われる可能性があり，その点においても耐熱性酵素の利用は，
アッセイプロトコールの選択の幅を広げる（【００６８】）。
ス本件発明による核酸の合成方法又は増幅方法に必要な各種の試薬類は，あら
かじめパッケージングしてキットとして供給することができる。具体的には，本件
発明のために，相補鎖合成のプライマーとして，あるいは置換用のアウタープライ
マーとして必要な各種のオリゴヌクレオチド，相補鎖合成の基質となるｄＮＴＰ，
鎖置換型の相補鎖合成を行うＤＮＡポリメラーゼ，酵素反応に好適な条件を与える
緩衝液，更に必要に応じて合成反応生成物の検出のために必要な試薬類で構成され
るキットが提供される。特に，本件発明の望ましい態様においては，反応途中で試
薬の添加が不要なことから，１回の反応に必要な試薬を反応容器に分注した状態で
供給することにより，サンプルの添加のみで反応を開始できる状態とすることがで
きる。発光シグナルや蛍光シグナルを利用して反応生成物の検出を反応容器のまま
で行えるようなシステムとすれば，反応後の容器の開封を全面的に廃止することが
できる（【００７１】）。
セ本件発明の特徴は，ごく単純な試薬構成で容易に達成できることにある。例
えば，本件発明によるオリゴヌクレオチドは，特殊な構造を持つとはいえ，それは，
塩基配列の選択の問題であって，物質としては単なるオリゴヌクレオチドである。
また，望ましい態様においては，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリ
メラーゼのみで反応を進めることができるなど，全ての酵素反応を単一の酵素によ
って行うことができる。したがって，本件発明による核酸合成方法は，コストの点
においても有利である。このように，本件発明の合成方法及びそのためのオリゴヌ
クレオチドは，操作性（温度制御不要），合成効率の向上，経済性そして高い特異
性という，複数の困難な課題を同時に解決する新たな原理を提供する（【０１１
２】）。
(2)本件発明の課題，課題解決手段及び作用効果について
以上の本件明細書の記載によれば，本件発明は，核酸の合成に当たり，従来技術
では，複雑な温度調節又は複数の酵素の組合せが必要であったという課題を解決す
るため，本件発明の構成，特に，３′末端側から領域Ｆ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを備
える鋳型となる核酸を基にして，３′末端（第１の３′末端）に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ
－Ｆ１ｃの塩基配列で構成される領域（ループ形成配列）を有する核酸を提供し，
当該第１の３′末端がこれを鋳型として相補鎖合成を行う一方で，当該合成起点と
なったループ内の塩基配列部分（Ｆ２ｃ）に別の３′末端（第２の３′末端）を含
むオリゴヌクレオチドの相補的な塩基配列部分（Ｆ２）をアニールさせることで，
これを第２の合成起点として相補鎖合成を行い，その際，鎖置換相補鎖合成反応を
触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成により，第１の３′末端から合成され相補
鎖を１本鎖に置換し，さらに，当該置換により１本鎖となった第１の３′末端側の
任意の領域に対して相補的な塩基配列を３′末端側に備えるオリゴヌクレオチドを
アニールさせることで，これを第３の合成起点として相補鎖合成を行い，その際，
第３の３′末端が第２の３′末端を含むオリゴヌクレオチドと鋳型核酸との相補鎖
を置換することで，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸を，等温
条件かつ単一の酵素を利用するだけで合成させることを可能とし，これによって操
作性，合成効率の向上，経済性及び高い特異性を実現するという作用効果を有する
ものであるほか，上記３′末端（第１の３′末端）に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃの
塩基配列で構成される領域（ループ形成配列）を有する核酸を合成するキットにつ
いてのものであるといえる。
２取消事由１（実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り）について
(1)実施可能要件について
ア本件特許は，平成１１年１１月８日出願に係るものであるから，法３６条４
項が適用されるところ，同項には，「発明の詳細な説明は，…その発明の属する技
術の分野における通常の知識を有する者がその実施をすることができる程度に明確
かつ十分に，記載しなければならない。」と規定している。
特許制度は，発明を公開する代償として，一定期間発明者に当該発明の実施につ
き独占的な権利を付与するものであるから，明細書には，当該発明の技術的内容を
一般に開示する内容を記載しなければならない。法３６条４項が上記のとおり規定
する趣旨は，明細書の発明の詳細な説明に，当業者が容易にその実施をすることが
できる程度に発明の構成等が記載されていない場合には，発明が公開されていない
ことに帰し，発明者に対して特許法の規定する独占的権利を付与する前提を欠くこ
とになるからであると解される。
そして，物の発明における発明の実施とは，その物を生産，使用等をする行為を
いうから（特許法２条３項１号），物の発明については，明細書にその物を製造す
る方法についての具体的な記載が必要であり，方法の発明における発明の実施とは，
その方法の使用をする行為をいうから（同法２条３項２号），方法の発明について
は，明細書にその発明の使用を可能とする具体的な記載が必要であるが，そのよう
な記載がなくても明細書及び図面の記載並びに出願当時の技術常識に基づき当業者
がその物を製造し又はその方法を使用することができるのであれば，上記の実施可
能要件を満たすということができる。
イ本件発明１ないし６についてみると，本件明細書には，前記１(1)カ及びキ
に記載のとおり，本件発明１の工程ａ）の鋳型を提供する方法について，後記のと
おり本件発明３の方法を含めて，具体例を挙げつつ，様々な方法が可能である旨の
記載があり，かつ，そこに記載の具体例は，いずれも一般的な技術に基づくもので
あるから，本件出願日当時の技術常識に照らして，当業者が使用可能であると認め
られる。
次に，本件発明１の工程ｂ），工程ｄ）のうち相補鎖合成を行うこと及び本件発
明３の工程ⅱ）それ自体は，ＤＮＡポリメラーゼの機能によって，部分的に２本鎖
となった鋳型核酸の３′末端が鋳型核酸の１本鎖となっている部分に対して相補鎖
合成を行うということであって，本件出願日当時の当該分野における技術常識にほ
かならない（引用例２参照）。
本件発明１の工程ｃ）のうち，既存の核酸のループ形成配列（領域Ｆ２ｃ）と相
補的な塩基配列（領域Ｆ２）を有するオリゴヌクレオチドをループ部分にアニール
させることそれ自体は，ループ部分に塩基対結合を生じていない塩基配列が存在す
れば発生し得ることであるし，当該工程ｄ）のうちポリヌクレオチドをアニールさ
せること並びに本件発明３の工程ⅰ），ⅲ）及びⅳ）のうちオリゴヌクレオチドを
アニールさせることそれ自体も，アニールさせる部分がループ部分でないだけであ
るから，これらもまた，本件出願日当時の当業者の技術常識であったものと認めら
れる。また，上記工程ｃ）及びｄ）並びにⅲ）及びⅳ）のうち，特定のＤＮＡポリ
メラーゼが触媒となって，他の核酸にアニールしたオリゴヌクレオチドの３′末端
（プライマー）が塩基対結合の置換による相補鎖合成反応を示すことは，本件明細
書でも多数の既存のＤＮＡポリメラーゼが鎖置換型ポリメラーゼとして紹介されて
いること（前記１(1)イ及びシ）から，やはり本件出願日当時の当業者の技術常識
であったものと認められる。
以上に加えて，本件発明２及び４ないし６は，いずれも，本件発明１又は３に他
の構成が追加されたものであるが，これらの追加された各構成は，前記１(1)に記
載の本件明細書の記載によれば，いずれも既存ないし既知の技術に立脚するものと
認められ，当該各構成を使用することが本件発明２及び４ないし６の場合において
不可能であると認めるに足りる証拠もないから，いずれも，本件明細書の記載及び
本件出願日当時の技術常識に照らして当業者が使用可能であるものといえる。
ウ本件発明８ないし１０は，本件発明３及び４の方法を実施するためのキット
であるが，前記イに説示のとおり，本件発明３及び４が実施可能であることに加え
て，本件明細書の記載（前記１(1)ス。【００７１】）によれば，当該キットを構成
する部材等は，いずれも本件出願日当時の技術常識により製造ないし調達が可能な
ものであると認められるから，当業者は，本件明細書の記載及び本件出願日当時の
技術常識に照らして本件発明８ないし１０のキットを製造することができたものと
認められる。
エよって，本件発明１等は，いずれも本件明細書の記載及び本件出願日当時の
技術常識に照らして当業者が使用又は製造可能なものであるといえる。
(2)サポート要件について
ア本件特許は，平成１１年１１月８日出願に係るものであるから，法３６条６
項１号が適用されるところ，同号には，特許請求の範囲の記載は，「特許を受けよ
うとする発明が発明の詳細な説明に記載したものであること」でなければならない
旨が規定されている（サポート要件）。
特許制度は，発明を公開させることを前提に，当該発明に特許を付与して，一定
期間その発明を業として独占的，排他的に実施することを保障し，もって，発明を
奨励し，産業の発達に寄与することを趣旨とするものである。そして，ある発明に
ついて特許を受けようとする者が願書に添付すべき明細書は，本来，当該発明の技
術内容を一般に開示するとともに，特許権として成立した後にその効力の及ぶ範囲
（特許発明の技術的範囲）を明らかにするという役割を有するものであるから，特
許請求の範囲に発明として記載して特許を受けるためには，明細書の発明の詳細な
説明に，当該発明の課題が解決できることを当業者において認識できるように記載
しなければならないというべきである。法３６条６項１号の規定する明細書のサポ
ート要件が，特許請求の範囲の記載を上記規定のように限定したのは，発明の詳細
な説明に記載していない発明を特許請求の範囲に記載すると，公開されていない発
明について独占的，排他的な権利が発生することになり，一般公衆からその自由利
用の利益を奪い，ひいては産業の発達を阻害するおそれを生じ，上記の特許制度の
趣旨に反することになるからである。
そして，特許請求の範囲の記載が，明細書のサポート要件に適合するか否かは，
特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し，特許請求の範囲に記
載された発明が，発明の詳細な説明に記載された発明で，発明の詳細な説明の記載
により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲内のものであるか否
か，あるいは，その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該
発明の課題を解決できると認識できる範囲内のものであるか否かを検討して判断す
べきものである。
イこれを本件発明についてみると，本件明細書は，前記１(1)カ及びキに記載
のとおり，本件発明１の工程ａ）の鋳型核酸の製造方法（本件発明３による製造方
法を含む。）について記載した上で，本件発明１及び２については，前記１(1)キ，
ケ及びコに，本件発明３ないし６については，前記１(1)キ及びクにその作用機序
及び技術的思想に関する詳細な説明を記載しており，本件発明８ないし１０につい
ては，以上に加えて前記１(1)スに，それぞれその構成及びその技術的意義に関す
る詳細な説明を記載しており，これらの記載は，いずれも当業者が本件発明の課題
を解決できると認識できるものであると認められる。
(3)原告の主張について
ア原告は，本件明細書には本件発明１の工程ａ）の鋳型核酸の製造方法として
２つのＯＰを用いた方法以外には記載がないから，当業者がこれを実施できず，ま
た，本件発明１等のＬＡＭＰ法では２つのＯＰ及びＴＰが必須である旨を主張する。
しかしながら，本件明細書には，原告も自認するとおり，上記工程ａ）の鋳型核
酸の製造方法が記載されている（前記１(1)カ及びキ）から，この点を問題として
実施可能要件又はサポート要件違反を指摘する主張は，そもそも失当である。また，
本件発明がそれ自体実施可能であり，本件明細書に記載のものであることは，前記
(1)及び(2)に説示のとおりであるところ，本件発明１の特許請求の範囲には，原告
主張に係る２つのＯＰ又はＴＰについての記載はないものの，上記工程ａ）の一つ
の方法である本件発明３の特許請求の範囲には，２つのＯＰについての記載がある
ばかりか，当該工程ａ）は，本件明細書の記載（前記１(1)カ）によれば，それ以
外の方法でもそれ自体実施可能であるとされているから，本件発明がＬＡＭＰ法で
あるか否かや，ＬＡＭＰ法において２つのＯＰ及びＴＰが必要であるか否かは，実
施可能要件及びサポート要件とは関係がないものというほかなく，これらの要件に
関する前記判断を左右するものではない。
よって，原告の上記主張は，採用できない。
イ原告は，本件発明１における工程ａ）の鋳型核酸を作るに当たり，一対のＴ
Ｐを用いない限り加熱変性が必要であることから，本件発明１等が実施可能要件又
はサポート要件に違反する旨を主張するもののようである。
しかしながら，本件明細書は，前記(1)カ及びシに記載のとおり，本件発明１に
おける工程ａ）の鋳型核酸を作るに当たり，加熱変性を用いることについて記載し
ているものの，当該鋳型核酸の製造方法は，これに限られるものではなく（本件発
明３参照），加熱変性を用いる当該鋳型核酸の製造それ自体は，本件発明の特許請
求の範囲には属していない。したがって，本件発明１等の方法以前の段階で加熱変
性が実施される場合があり得るからといって，本件発明１等が実施不可能となり，
あるいは本件明細書に記載されたものでなくなるというものではない。
したがって，原告の上記主張は，採用できない。
ウ原告は，本件発明１の反応が起きていることを示す実証データが必須である
のに，本件明細書には当該実証データが記載されていない旨を主張する。
しかしながら，前記(1)に説示のとおり，本件発明１は，本件明細書の記載及び
本件出願日当時の技術常識に照らして当業者が使用又は製造可能なものであるから，
当業者は，本件発明１で生じている反応を理解することが可能であり，かつ，本件
明細書には，本件発明１で特定される領域を含むプライマーとＤＮＡポリメラーゼ
を使用した相補鎖合成反応について実施例として記載されている（【００７８】以
下）。
したがって，原告の上記主張は，失当であり，採用できない。
(4)小括
よって，本件発明１等は，いずれも実施可能要件及びサポート要件を満たすもの
というべきである。
３取消事由２（引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り）について
(1)引用例１の記載について
本件審決が認定した引用発明１は，前記第２の３(2)アに記載のとおりであると
ころ，引用例１は，「THEJOURNALOFBIOLOGICALCHEMISTRYVol.266,No.21,pp.
14031-14038」に掲載された「Ｔ４バクテリオファージ由来ｕｖｓＸリコンビナー
ゼによるスナップバックＤＮＡ合成における増幅反応」と題する学術論文であり，
そこには，おおむね次の記載がある。
ア観察に基づき，スナップバックＤＮＡ合成における増幅に関して，次のモデ
ルを提案する。
(ア)工程１：Ｔ４ホロ酵素が，スナップバック機構により，直鎖ｓｓＤＮＡ鋳
型を複製する。この反応の生成物は，長い２本鎖のヘアピンであり，それは，出発
物質である直鎖ｓｓＤＮＡに対して相同である。
(イ)工程２：ｕｖｓＸタンパク質が，直鎖ｓｓＤＮＡ分子と工程１における２
本鎖ヘアピン化合物との間の結合を触媒する。ｕｖｓＸタンパク質によって触媒さ
れるＤＮＡ分岐点移動の，５′から３′への方向性（ｓｓＤＮＡへの侵入に関す
る）により，当該３′末端は，Ｄ－ループ構造に組み込まれ，そこで，ＤＮＡ複製
を開始できる状態を保つ（脚注６：ヘアピン構造領域におけるループ部分の２重鎖
は，直鎖状ｓｓＤＮＡと非相同的であり，このため，３′末端の対合が困難になっ
ている。）。
(ウ)工程３及び４：このように開始されるＤＮＡ合成により，Ｄ－ループ中間
体を，ダイマー長の直鎖２本鎖に分解し，当該直鎖２本鎖は，複製開始ＤＮＡ合成
における鋳型としてもよい。
(エ)工程５及び６：ｕｖｓＸタンパク質が直鎖ｓｓＤＮＡ分子（出発物質）と
２本鎖の二量体中間体の相同性タンパク質との間のシナプシスを触媒し，ＤＮＡ合
成を開始する。「（ＤＮＡ）バブル移動」機構によるこの鋳型の複製によって，内部
相補的であり，急速に復元するダイマー長の直鎖ｓｓＤＮＡ分子が生じる。
(オ)工程７：この生成物の復元によって，工程１と同一のヘアピン構造が形成
される。そして，これらの生成物は，新たなＤＮＡ合成に用いてもよく，それによ
って，これらの生成物は，増幅される。
イ前記アの方法は，Ｔ４ｕｖｓＸタンパク質の複製開始活性に基づく，当該タ
ンパク質によるスナップバックＤＮＡ合成の増幅モデルであり，ｕｖｓＸタンパク
質が触媒する，直線ｓｓＤＮＡプライマー／テンプレート（鋳型）と，スナップバ
ック複製のｄｓＤＮＡ産物との再結合が，スナップバック産物と同じ配列を持つ２
倍の長さの２重鎖を産生するＤＮＡ合成を開始する。このテンプレート（鋳型）に
おける再結合で開始されたＤＮＡ合成は，スナップバック産物の産生を増幅させる。
ウこのスナップバックのＤＮＡ合成反応は，比較的シンプルな，試験管内シス
テムにおいて，高い精度のＤＮＡポリメラーゼを用いて実施されるＤＮＡの等温増
幅プロセスの一例である。
エｕｖｓＸタンパク質の非存在下でも，３種のテンプレート（鋳型）の全てに
おいて，ごくわずかながらＤＮＡ合成が起こった。
(2)引用例１に記載の発明及び本件発明１との相違点の各認定について
ア前記(1)の引用例１の記載によれば，そこには，「Ｔ４ホロ酵素がスナップバ
ック機構により中央にヘアピン構造を有する長い２本鎖ＤＮＡを合成し，これに当
該２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって
侵入し，当該直鎖ｓｓＤＮＡがプライマーとして機能して鎖置換型の相補鎖合成を
行うことによる，ｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存する，Ｔ４ホロ酵素
を用いたスナップバックＤＮＡ増幅機構」が記載されており，引用例１に記載の発
明は，本件発明１とは，鋳型となる核酸から新たな核酸を合成する方法である点で
一致するものと認められる。
なお，本件審決による引用発明１の認定は，引用例１に記載の発明の構成の一部
を課題として認定し，あるいは引用例１に記載の図８をそのまま引用するものであ
って，引用例１に記載の発明の構成を必ずしも具体的に示しておらず，本件発明と
の対比をすべき発明を認定するものとしては，措辞が不適切であるが，そのことは，
直ちに本件審決を取り消すべき違法を生ずるものではない。
イこの点に関して，原告は，引用例１におけるヘアピン構造が本件発明１のル
ープ部分に相当し，同じく直鎖ｓｓＤＮＡがプライマー（オリゴヌクレオチド）に
相当するから，本件審決による引用発明の認定には誤りがある旨を主張する。
しかしながら，本件発明１の工程ａ）で提供される鋳型となる核酸のループ部分
（ループ形成配列）は，前記１(2)に説示のとおり，３′末端に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ
－Ｆ１ｃの塩基配列で構成されるものであり，かつ，当該領域は，本件発明１にお
ける工程ｃ）以下を実現させる上で不可欠の構成である一方，引用例１に記載の発
明のヘアピン構造は，Ｔ４ホロ酵素のスナップバック機構により生ずるものである
ばかりか，前記(1)ア(イ)に記載のとおり，引用例１に記載の発明におけるヘアピ
ン構造領域におけるループ部分の２重鎖は，直鎖状ｓｓＤＮＡと非相同的であり，
このため，３′末端の対合が困難になっているとされていることからも明らかなよ
うに，本件発明１のループ形成配列における領域Ｆ２ｃに相当する部分を欠くもの
である。
したがって，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，本件発明１のルー
プ部分に相当するということはできず，むしろ，本件発明１のループ部分には領域
Ｆ２ｃが存在すること，すなわち，本件発明１が「同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニー
ルすることができる領域Ｆ１を３′末端に備え，この領域Ｆ１がＦ１ｃにアニール
することによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することが
できる核酸を与える工程（工程ａ））」との構成を有する一方，引用例１に記載の発
明にはこれが存在しないことは，両者の実質的な相違点であるというべきである
（以下「相違点Ａ」という。）。
また，本件発明１においてアニールされるオリゴヌクレオチドは，前記１(2)に
説示のとおり，３′末端側のループ内の領域Ｆ２ｃ部分に相補的な塩基配列部分
（領域Ｆ２）を含むもので，当該領域Ｆ２部分が当該領域Ｆ２ｃ部分にアニールす
るというものであり，かつ，当該オリゴヌクレオチドの構成及びそれに基づくアニ
ールの方法は，いずれも工程ｃ）以下を実現させる上で不可欠の構成である一方，
引用例１に記載の発明は，既存の２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸ
リコンビナーゼの組換え反応に依存して侵入するというものであって，アニールさ
れる直鎖ｓｓＤＮＡの構成及びアニール（侵入）の方法が，いずれも本件発明１と
は相違するというほかない。
したがって，引用例１に記載の発明における直鎖ｓｓＤＮＡは，本件発明１のオ
リゴヌクレオチドに相当するということはできず，むしろ，本件発明１が上記のよ
うなオリゴヌクレオチド，すなわち，「領域Ｆ２ｃに相補的な配列からなるＦ２を
３′末端に含むオリゴヌクレオチドをアニールさせ（工程ｃ））」るとの構成を有す
る一方，引用例１に記載の発明が「当該２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕ
ｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入」するとの構成を有することは，両者の
実質的な相違点であるというべきである（以下「相違点Ｂ」という。）。
(3)引用例１に記載の発明に基づく本件発明１の容易想到性について
ア引用例１に記載の発明と本件発明１とでは，鋳型となる核酸から新たな核酸
を合成する方法である点で一致し，技術分野が同一であるといえる。他方，本件発
明１と引用例１に記載の発明との間には，少なくとも前記(2)イに認定の相違点Ａ
及びＢが存在する。
イそこで，相違点Ａについてみると，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に
記載の発明におけるヘアピン構造は，Ｔ４ホロ酵素のスナップバック機構により生
ずるものであって，本件発明のループ形成配列における領域Ｆ２ｃに相当する部分
を欠くものであるから，構成として自己完結しているものであって，引用例１には，
鋳型となる核酸から新たな核酸を合成するに当たって，本件発明１の相違点Ａに係
る構成を採用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，技術分野
を同じくする他の文献にも，この点に関する示唆ないし動機付けは見当たらない。
ウ次に，相違点Ｂについてみると，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記
載の発明は，既存の２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナー
ゼの組換え反応に依存して侵入するというものであって，相補鎖の置換を開始する
ための方法としては，本件発明１における塩基対結合の相補性を利用したアニール
と全く異なる原理に基づくものであるから，引用例１には，鋳型となる核酸から新
たな核酸を合成するに当たって，引用例１に記載の発明の相違点Ｂに係る構成に代
えて，本件発明１の相違点Ａに係る構成を前提とした本件発明１の相違点Ｂに係る
構成を採用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，技術分野を
同じくする他の文献にも，この点に関する示唆ないし動機付けは見当たらない。
(4)原告の主張について
ア原告は，平衡反応（呼吸）により２本鎖が１本鎖になり得ることが周知であ
り（引用例２），そのようにして形成されたループにプライマーがアニールし得る
ことも周知であるから，引用例１に記載の発明においても，ｕｖｓＸタンパク質を
用いなくてもＤＮＡの増幅が可能であり，引用例１には，その旨の記載もある（前
記(1)エ）と主張する。
そこで検討すると，引用例２は，「DNAREPLICATIONSECONDEDITION（ＤＮＡ複
製第２版）」という学術書であって，そこには，２本鎖の核酸の末端部分における
現象であって，末端領域の塩基配列と，これに相補的な塩基配列の領域が内側に存
在するという特殊な塩基配列を有する場合の現象として，平衡反応（呼吸）につい
ての記載がある。しかしながら，引用例１にいうＤ－ループは，２本鎖を形成した
核酸の中央部分に位置するものであり，かつ，上記平衡反応（呼吸）が生じている
場合にみられるような特殊な塩基配列を有しているか否かは明らかではないばかり
か，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，前記(3)イに説示のとおり，
構成として自己完結しているものであって，引用例１には，ＤＮＡの増幅に当たっ
て，引用例１に記載の発明に対して引用例２に記載の上記現象を適用させるに足り
る示唆ないし動機付けが見当たらない。また，引用例１には，前記(1)エに記載の
とおり，ｕｖｓＸタンパク質の非存在下でもごく僅かながらＤＮＡ合成が起こった
旨の記載があるものの，当該ＤＮＡ合成の発生がごく僅かであることに加えて，引
用例１には，当該ＤＮＡ合成が発生した理由ないし作用機序については何ら触れる
ところがないから，単にごく僅かのＤＮＡが発生したという現象を確認できるにと
どまり，これをもって，引用例２に記載の技術を適用させるに足りる示唆ないし動
機付けがあると認めるには足りない。むしろ，引用例１は，もっぱらｕｖｓＸタン
パク質の使用を前提としたＤＮＡ増幅反応について論じた学術論文であるから，当
業者は，引用例１の上記記載に基づいて，ｕｖｓＸタンパク質を使用せずに引用例
１に記載の発明を実施することを動機付けられるものではない。
したがって，原告の上記主張は，いずれも採用できない。
イまた，原告は，本件発明１のポイントが，①ループの３′末端からの自己伸
長反応と，②引用例１に記載のループにアニールしたプライマーの伸長反応の２つ
の構成要件の組合せであるが，①及び②が，いずれも周知技術であって，引用例１
には，②が等温増幅反応のモデルになるという教示がある（前記(1)ウ）から，両
者を組み合わせることが容易である旨を主張する。
しかしながら，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記載の発明は，既存の２
本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存
して侵入するというものであって，相補鎖の置換を開始するための方法としては本
件発明１における塩基対結合の相補性を利用したアニールとは全く異なる原理に基
づくものであるから，上記②にいうループにアニールしたプライマー（オリゴヌク
レオチド）の伸長反応が記載されているとはいえない。
したがって，原告の上記主張は，前提を欠くものであって，採用できない。
ウ原告は，本件発明が１サイクルごとに加熱変性を用いなければ増幅が進行し
ない部分を含んでいることを前提として，引用発明４及び５を組み合わせることに
阻害要因がなく，また，ＰＣＲ法より劣った合成方法であるとして，本件発明が進
歩性を欠く旨を主張する。
しかしながら，前記２(3)イに説示のとおり，加熱変性を用いる鋳型核酸の製造
それ自体は，本件発明の特許請求の範囲には属していないから，原告の上記主張は，
前提を欠くものである。
したがって，原告の上記主張は，採用できない。
(5)小括
よって，本件優先権主張日当時の当業者は，引用例１に記載の発明に基づき，本
件発明１の相違点Ａ及びＢに係る構成を容易に想到することができなかったものと
いうほかない。
また，本件発明２は，本件発明１を引用する発明であり，本件発明３ないし７は，
本件発明１の相違点Ａに係る構成を特定したものであるところ，本件発明１の相違
点Ａに係る構成は，上記のとおり，引用例１に基づいて当業者が容易に想到するこ
とができなかったものであるから，本件発明２ないし７も，同じく容易に想到する
ことができなかったものというべきである。
本件発明８は，本件発明１の鋳型となる核酸の提供方法として特定された本件発
明３に使用するキットであり，また，本件発明１の１本鎖上に相補的な塩基配列が
交互に連結された核酸の合成方法で使用するものであるが，引用例１に基づいて本
件発明１及び３をいずれも当業者が容易に想到することができなかった以上，本件
発明８も，同じく容易に想到することができなかったものである。また，本件発明
９及び１０は，本件発明８を引用する発明であるところ，引用例１に基づいて本件
発明８を当業者が容易に想到することができなかった以上，同じく容易に想到する
ことができなかったものというべきである。
４取消事由３（拡大先願に係る認定・判断の誤り）について
(1)先願明細書の記載について
先願明細書（甲８の１）は，「核酸を増幅するため，核酸配列のための終結後標
識プロセス，および減少した熱力学安定性を有する核酸を生成するための新規の方
法」という名称の発明について記載された明細書及び図面であるが，そこには，別
紙図１ないし３のほか，おおむね次の記載がある。なお，後記カ(ア)の下線は，当
裁判所が便宜上付したものである。
ア「特定の核酸配列を非直線的に増幅するためのプロセスであって，以下の工
程：
該特定の核酸配列，
該特定の核酸配列についての第１の初期プライマーまたは核酸構築物であって，
該第１の初期プライマーまたは核酸構築物が，以下の２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって，（ⅰ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質
的に相補的であり，そして（ⅱ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る，セグ
メント，および，
（Ｂ）第２のセグメントであって，（ⅰ）該第１のセグメントに実質的に非同一
であり，そして（ⅱ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり，
（ⅲ）該第２のセグメントの相補的配列に結合し得，そして（ⅳ）第２のプライマ
ー伸長が生成されて第１のプライマー伸長を置換するように，均衡または限定サイ
クリング条件下で，続く第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの，
該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る，セグメント，を含む；な
らびに，
該特定の核酸配列の相補体に対する続く初期プライマーまたは核酸構築物であっ
て，該続く初期プライマーまたは該核酸構築物が，以下の２つのセグメント，
（Ａ）第１のセグメントであって，（ⅰ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質
的に相補的であり，そして（ⅱ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る，セグ
メント，および，
（Ｂ）第２のセグメントであって，（ⅰ）該第１のセグメントに実質的に非同一
であり，（ⅱ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり，（ⅲ）該第２
のセグメントの相補的配列に結合し得，そして（ⅳ）第２のプライマー伸長が生成
され，そして第１のプライマー伸長を置換するように，均衡または限定サイクリン
グ条件下で，続くプライマーの第１のセグメントの，該特定の核酸配列の該第１の
部分への結合を提供し得る，セグメント，を含む：ならびに基質，緩衝液，および
テンプレート依存性重合化酵素；を提供する工程：ならびに，
均衡または限定サイクリング条件下で，該基質，緩衝液，またはテンプレート依
存性重合化酵素の存在下で，該特定の核酸配列および該新規プライマーまたは核酸
構築物をインキュベートし；それにより，該特定の核酸配列を非線形に増幅する，
工程，を包含する，プロセス。」（【請求項１２】）
イ本発明は，組換え核酸技術の分野に関し，より詳細には，核酸増幅，核酸配
列決定のための終結後標識及び減少した熱力学安定性を有する核酸の生成のための
プロセスに関する（【０００１】）。
本発明では，「均衡条件」とは，実質的に定常な温度及び／又は化学条件をいい
（【００８１】），「限定サイクル条件」とは，使用される最高温度が，そのテンプレ
ートから伸長プライマーを分離するのに必要な温度以下である一連の温度をいい
（【００８２】），「初期プライマー」とは，伸長されていないプライマー又はプライ
マー構築物をいい（【００８６】），「標準的なプライマー」とは，伸長後に合成され
る配列での二次構造形成に実質的に関与しないプライマーをいう（【００８７】）。
ウ本発明は，特定の核酸配列を非直線的に増幅するプロセスを提供する。この
プロセスにおいては，増幅されることが求められている目的の特定の核酸配列，第
１初期プライマー（以下「第１プライマー」という。），後続の初期プライマー（以
下「第２プライマー」という。），基質，緩衝液及びテンプレート依存性ポリマー化
酵素が提供される。第１プライマー及び第２プライマーは，いずれも，（ⅰ）特定
の核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり，（ⅱ）テンプレート依存性第１
伸長が可能であると特徴付けられる第１セグメントのほか，（ⅰ）第１セグメント
と実質的に同一でない，（ⅱ）特定の核酸配列の第２部分と実質的に同一である，
（ⅲ）第２セグメントの相補配列に結合し得る，（ⅳ）均衡又は限定サイクル条件
下で，第１プライマー又は第２プライマーの第１セグメントの，特定の核酸配列の
第１部分への続く結合を提供し得る，という４つの特徴を備える第２セグメントを
含む。このような条件下及び方法において，先に伸長したプライマーを置換するた
めに，次のプライマー伸長を生成する。このプロセスを行うために，特定の核酸配
列及び新規のプライマーが，基質，緩衝液及びテンプレート依存性ポリマー化酵素
の存在下で，均衡又は限定サイクル条件下で，インキュベートされることにより，
目的の特定の核酸配列が非直線的に増幅される（【００７４】【０１１２】【０１１
３】）。
エ本発明の特定の局面において，新規のプライマーは，少なくとも，テンプレ
ートに結合し得，そして伸長のためにそれを使用し得る第１セグメント，及び目的
の標的の配列に実質的に同一であり，第１セグメントの伸長配列との自己ハイブリ
ダイゼーションによって形成される二次構造の形成を可能にする第２セグメントの，
２つのセグメントを含む（【００９４】）。本発明における新規のプライマーのテン
プレート依存性伸長は，自己ハイブリダイゼーションによって形成されるステムル
ープ構造及び新規のプライマーを含む配列に同一又は相補的でない伸長配列を有す
る産物を作製し得る（【０１０３】）。この産物は，図１に例示され，そこにおける
二次構造の形成は，テンプレートからの，伸長した新規のプライマーの第１セグメ
ントの全て又は一部の除去を提供し得る（【０１０４】）。
オ前記のとおり，新規のプライマーの結合及び伸長は，均衡又は限定サイクル
条件下で，複数のプライマー結合及び伸長事象についてのテンプレートの使用を可
能にし得る。新規の結合及び伸長事象は，以前にそのテンプレートに対して伸長し
ている核酸鎖の分離を可能にするため，変性事象に必要ではない第２プライマーの
結合についてのテンプレートとして使用され得る１本鎖核酸鎖の生成を生じる。テ
ンプレート依存性結合及び伸長の最終産物は，一方のプライマーが標準的なプライ
マーであり，他方が新規のプライマーである場合，一方の末端が各鎖のステムルー
プ構造を含む２本鎖分子であり得，両方のプライマーが新規のプライマーである場
合，各末端において各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子（図３④）であり得
る（【０１３０】）。非直線的増幅産物は，均衡又は限定サイクル条件下で，連続し
た一連の以下の工程によって，新規のプライマー及び標準的なプライマーによって
合成され得る。まず，図１の直線的増幅があり，テンプレートから第１伸長プライ
マーが分離する。新規のプライマーは，他方の新規のプライマーの連続する結合及
び伸長によって置換されるので，これらの１本鎖産物は，標準的なプライマーに結
合し得，そしてそれらを伸長させて，完全な２本鎖アンプリコンを作製し得る。こ
の潜在的な一連の事象を，図２に示す。次いで，１本鎖ループ構造におけるプライ
マー結合部位の露出は，図１において以前に示した同じプロセスによって，更なる
一連のプライマー結合及び置換反応をもたらす（【０１３１】）。非直線的増幅産物
は，また，均衡又は限定サイクル条件下で，２つの第１セグメント及び１つの第２
セグメントを含む新規の核酸構築物によって合成され得る。第１セグメントの各々
には，核酸の鎖又はその相補体に相補的であり，第２セグメントは，第１セグメン
トの１つの伸長後に，二次構造を形成し得る。この構築物は，一対の相補的な潜在
的ステムループ構造を有する産物を作製し得る。この産物は，連続する一連の以下
の工程によって形成され得る。まず，図１の直線的増幅があり，テンプレートから
第１伸長プライマーが分離する。さらに，この合成の産物は，一連の結合及び伸長
工程のためのテンプレートとして，新規のプライマーでの非直線的増幅について上
（図２）に記載されているような他方の第１セグメントによって使用され得る。こ
れらの工程が作製し得る潜在的な一連の異なる形態の一つが，図３である（【０１
３３】）。
カ実施例１：５３℃及び６３℃でのＢｓｔポリメラーゼによるＰＣＲ産物の等
温増幅
(ア)ＨＢＶプラスミドＤＮＡのＰＣＲ増幅
ＨＢＶマイクロタイタープレートアッセイからのＨＢＶポジティブコントロール
を，ＰＣＲによる増幅のための標的として使用した。製造業者によると，このＤＮ
Ａは，８０ｐｇ／ｕｌである。１ｕｌのＨＢＶ標的，１×ＰＥ緩衝液，４ｍＭのＭ
ｇＣｌ２，２５０ｕｍのｄＮＴＰ，６単位のアンプリサーム及び１０ピコモルのＨ
ＢＶオリゴプライマーＦＣ及びＲＣからなる５０ｕｌのＰＣＲ反応を実施した。
ＦＣ配列＝５′－ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＡＴ
ＧＡＴＡＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＴＴＴ－３′
ＲＣ配列＝５′－ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡ
ＣＣＡＧＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ－３′（【０１７８】）
この実施例において，ＦＣプライマーの３′末端における２９塩基及びＲＣプラ
イマーの３′末端における３０塩基は，テンプレートとしてＨＢＶ標的ＤＮＡを使
用して伸長し得る第１セグメントである。ＦＣ及びＲＣプライマーの５′末端にお
ける３０塩基は，テンプレートしてＨＢＶＤＮＡを使用して，プライマーの伸長
によって合成された最初の３０塩基に相補的な第２のセグメントである。ＨＢＶ配
列に基づいて予想されたＰＣＲ産物は，長さが２１１ｂｐであるべきである。ステ
ムループ構造は，それぞれ，第２のセグメント及びその相補体により与えられる３
０塩基のステム並びにＦＣ及びＲＣの第１のセグメントにより与えられる２９及び
３０塩基対のループを伴って，この生成物のそれぞれの末端において起こり得る
（【０１７９】）。
(イ)ＰＣＲ産物の分析
増幅は，０．５ｕｇ／ｍｌの臭化エチジウムの存在下で，０．５×ＴＢＥ緩衝液
を用いて流した４％Ｍｅｔａｐｈｏｒアガロースゲル中の１０ｕｌのサンプルのゲ
ル電気泳動によってアッセイした。ＵＶ照射下で，３つのバンドが出現し，それら
は，ＤＮＡサイズマーカーによる判定で，長さがおよそ２１０，１８０及び１７０
ｂｐであった。２１０ｂｐに対応するバンドは，予想された線状ＰＣＲ産物であり，
そしておそらく他の２つのバンドは，同じサイズのアンプリコンに対応しており，
ここで，二次構造が一方又は両方のいずれかの末端上で形成され，それによってそ
れらの効果的な移動度が変化している（【０１８０】）。
(ウ)ＰＣＲ産物の等温増幅
前記のＰＣＲ産物の種々の希釈物５ｕｌは，１×ＴｈｅｒｍｏＰｏｌ緩衝液，２
００ｕＭのｄＮＴＰ，２０ピコモルの正方向及び逆方向プライマー，８単位のＢｓ
ｔポリメラーゼからなる１００ｕｌの反応混合物中で使用された。正方向プライマ
ーは，ＦＣ又はＬＦＣのどちらかであり，逆方向プライマーは，ＲＣ又はＬＲＣの
どちらかであった。ＦＣ及びＲＣプライマーの配列は，前記のとおりであり，ＬＦ
Ｃ及びＬＲＣプライマーは，ＦＣ及びＲＣプライマーだけの第１のセグメントに対
応する次のような配列を有している。
ＬＦＣ＝５′－ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＴＴＴ－３′
ＬＲＣ＝５′－ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ－３′（【０１８
１】）
(エ)インキュベーションは，３０分，１８０分又は終夜のインキュベーション
であった。反応温度は，５３℃又は６３℃のどちらかであった。３０分反応したも
のは，２％アガロースゲルを用いてゲル電気泳動で分析し，１８０分反応したもの
は，４％Ｍｅｔａｐｈｏｒアガロースを用いて分析した（【０１８２】）。
(オ)「この分析結果を図１７に示す。３０分インキュベーションの後に取り出
したサンプルの最初の組の中で，ＰＣＲ産物の１０－２
希釈物だけが５３℃でいく
らかの合成を示すが，６３℃からの反応物は，１０－２
，１０－３
および１０－４
希釈
物で合成を示している。これらのデータは，合成量は加えた標的ＤＮＡの量に依存
するということを示している。１８０分の合成の後に取り出されたサンプルの組で
は，実質的により多くの合成が行われている。これらの反応の生成物は，分離した
パターンを形成する一連のバンドである。これは，通常ＰＣＲでみられる単一の分
離したバンド，またはＰＣＲ増幅の後でＬＣおよびＲＣプライマーを用いて以前に
みられた２つもしくは３つのバンドと対照をなしている。この複数のバンドは，お
そらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造
の存在に起因し得るか，またはストランドスイッチングの徴候であり得る。５３℃
で３時間インキュベーションした後，標的が少しもないようなコントロールでさえ，
実質的な合成の証拠を示している。しかし，標的テンプレートを有するすべての５
３℃の反応物にみられる，単一の標的依存性パターンが存在し，そして標的なしの
コントロールに存在するパターンは実質的に異なることが留意され得る。これはお
そらく標的が合成を開始した経路が異なっていることに起因する。６３℃でインキ
ュベーションしたものは，全てのテンプレート希釈物で実質的な合成を示し，そし
て同じパターンが５３℃の反応によって生成されることを証明する。しかし，本実
施例においては，６３℃では，標的非依存性増幅の証拠はない。１０－５
の希釈で
さえ実質的な量の合成があるということは，この系が実質的な増幅をし得ることを
示している。終夜のインキュベーションもまたゲルによって分析され，そして３時
間インキュベーションと同じパターンおよび同じ量を示した（データ表示なし）。」
（【０１８３】）
キ図１は，新規のプライマーによる直線的増幅を示す模式図である。図２は，
新規のプライマー及び標準的なプライマーによる非直線的増幅を示す模式図である。
図３は，一対の新規のプライマーによる非直線的増幅を例示する模式図である。図
１７は，ＰＣＲによって作製される標的の等温増幅のゲルアッセイを示す電気泳動
写真である。
(2)「二次構造」の意義について
先願明細書にいう「二次構造」とは，前記(1)エ及び図１の記載によれば，ステ
ムループ構造と同義であり，図１③ないし⑤，図２①及び③ないし⑤並びに図３①，
③及び④において，領域Ｃ－Ｂ′－Ｃ′，領域Ｃ－Ｂ－Ｃ′，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′
及び領域Ｅ－Ｆ－Ｅ′により形成されるループ部分を意味するものと認められる。
(3)本件発明３ないし１０と先願明細書【請求項１２】【０１３３】及び図１な
いし３に記載の発明との同一性について
ア先願明細書【請求項１２】【０１３３】及び図１ないし３に記載の発明（先
願発明１）について
(ア)前記(1)ア，ウ及びオに記載のとおり，先願明細書には，「該特定の核酸配
列についての第１の初期プライマーまたは核酸構築物」（第１プライマー）及び
「該特定の核酸配列の相補体に対する続く初期プライマーまたは核酸構築物」（第
２プライマー）を使用した特定の核酸配列を非直線的に増幅する方法が記載されて
いる。
先願明細書及び図面の記載によれば，第１プライマーは，第１のセグメントとし
て鋳型核酸のある領域に相補的な配列を当該プライマーの３′末端に有し，第２の
セグメントとして鋳型核酸中の当該領域よりも５′末端側にある領域と実質的に同
一であり，かつ，第１のセグメントの配列とは実質的に非同一である配列を有する
ものと認められ，第２プライマーは，第１のセグメントとして特定の核酸配列の相
補体，すなわち，第１プライマーによる伸長物のある領域に相補的な配列を３′末
端に有し，第２のセグメントとして当該第１プライマーによる伸長物中の当該領域
よりも５′末端側にある領域と実質的に同一であり，かつ，第１のセグメントの配
列とは実質的に非同一である配列を有するものと認められる。そして，上記増幅方
法は，前記(1)ア及びオ（【請求項１２】【０１３３】）に記載のとおり，第１プライ
マーを用いた直線的な増幅工程（図１）に，第２プライマーを加えた非直線的な増
幅工程（図３）を組み合わせたものである。
(イ)そして，本件優先権主張日当時の当業者は，先願明細書の記載から，先願
明細書【請求項１２】【０１３３】及び図１ないし３に記載の前記増幅方法として，
次の方法を読み取ることができたものと認められる。
まず，図１に記載の前記直線的な増幅工程は，①３′末端側から領域ＡないしＧ
を有する鋳型核酸と，３′末端に第１のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｂに相補
的な塩基配列Ｂ′を有し，５′末端に第２のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｃと
同一の塩基配列Ｃを有する第１プライマーを準備し，第１プライマーを鋳型核酸に
アニールさせる（図１①），②第１プライマーにより鋳型核酸の塩基配列に対する
相補鎖が合成され，２本鎖の核酸が得られる（図１②），③第１プライマーの５′
末端側にある領域Ｃ及びＣ′が自己ハイブリダイゼーションを生じ，二次構造（ス
テムループ構造）が形成されると同時に，鋳型核酸に１本鎖の部分が再生される
（図１③），④第１プライマーを上記③の鋳型核酸に再生された１本鎖の部分にア
ニールさせる（図１④），⑤上記④の２番目の第１プライマーが，５′末端側に二
次構造を有する１番目の第１プライマーを置換する，という工程からなる。
次に，図２及び３に記載の前記非直線的な増幅工程は，⑥３′末端に第１セグメ
ントとして，上記⑤で置換されて分離された５′末端側に二次構造を有する１番目
の第１プライマーの伸長物の領域Ｆ′に相補的な塩基配列Ｆを有し，５′末端に第
２のセグメントとして当該第１プライマーの伸長物の領域Ｅ′と同一の塩基配列
Ｅ′を有する第２プライマーを準備し，これを当該第１プライマーにアニールさせ
る（図３①），⑦第２プライマーにより上記第１プライマーの塩基配列に対する相
補鎖が合成され，２本鎖の核酸が得られる（図３②），⑧上記⑦で得られた２本鎖
核酸中の自己ハイブリダイゼーション可能な領域で自己ハイブリダイゼーションが
生じ，二次構造（ステムループ構造）が形成される（図３③），⑨上記⑧で形成さ
れた二次構造のループ部分のうち，領域Ｂを含むものに第１プライマーをアニール
させる（図２④参照），⑩上記⑨でアニールした第１プライマーからの相補鎖合成
及び置換により，ダンベル型中間体（図３④）が得られるほか，上記⑥で用いられ
た５′末端側に二次構造を有する１番目の第１プライマーの伸長物が分離されて得
られる，という工程からなる。
したがって，上記⑥ないし⑩の反応を繰り返すことで，ダンベル型中間体を非直
線的に増幅することが可能となる。
(ウ)以上のとおり，当業者は，先願明細書の記載に基づき，前記増幅方法を，
前記(イ)に説示したものとして理解することが可能であったものと認められるから，
先願明細書【請求項１２】【０１３３】及び図１ないし３には，次の発明が記載さ
れているものと認められる。
先願発明１：３′末端側から領域ＡないしＧを有する鋳型核酸，３′末端に第１
のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｂに相補的な塩基配列Ｂ′を有し，５′末端に
第２のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｃと同一の塩基配列Ｃを有する第１プライ
マー及び３′末端に第１のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｆと同一の塩基配列Ｆ
を有し，５′末端に第２のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｅに相補的な塩基配列
Ｅ′を有する第２プライマー，テンプレート依存性ポリマー化酵素及び基質となる
ヌクレオチドを準備し，これらの要素を混合して，ダンベル型中間体を非直線的に
増幅する方法であり，上記の各要素を含み以下の工程を含む方法において使用する
キット。
工程１：上記鋳型核酸に第１プライマーをアニールさせ，第１プライマーを伸長
させて鋳型核酸の塩基配列に対する相補鎖を合成し，当該相補鎖の５′末端におい
てステムループ構造を形成させ，鋳型核酸中の第１プライマーに１本鎖の結合部位
を再生する工程
工程２：上記工程１で再生された鋳型核酸中の第１プライマーの１本鎖の結合部
位に２番目の第１プライマーをアニールさせ，当該プライマーを伸長させることに
より，上記工程１で合成された５′末端においてステムループ構造を有する１本鎖
分子を鋳型核酸から分離する工程
工程３：上記工程２で鋳型核酸から分離された５′末端においてステムループ構
造を有する１本鎖核酸に第２プライマーをアニールさせ，第２プライマーを伸長さ
せて２本鎖核酸を合成し，得られた核酸にステムループ構造を形成させる工程
工程４：上記工程３で形成されたループのうち，領域Ｂを有するループに第１プ
ライマーをアニールさせ，当該プライマーを伸長させることにより，ダンベル型中
間体及び５′末端においてステムループ構造を有する１本鎖の核酸を得る工程
イ本件発明８と先願発明１との対比について
(ア)本件発明８の鋳型核酸は，３′末端側から順に領域Ｆ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１
ｃを備えるほか，領域Ｒ２及びＲ３を備えるのに対して，先願発明１の鋳型核酸は，
３′末端側から順に領域Ａ－Ｂ－Ｃを備えるほか，領域Ｆ及びＧを備えるものであ
る。そして，本件発明８の領域Ｆ３ｃは，先願発明１の領域Ａに，本件発明８の領
域Ｆ２ｃは，先願発明１の領域Ｂに，本件発明８の領域Ｆ１ｃは，先願発明１の領
域Ｃに，本件発明８の領域Ｒ２は，先願発明１の領域Ｆに，本件発明８の領域Ｒ３
は，先願発明１の領域Ｇに，それぞれ相当するので，先願発明１の鋳型核酸は，本
件発明８の鋳型核酸と一致する。
(イ)次に，本件発明８の酵素は，「鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラ
ーゼ」であるが，先願発明１におけるテンプレート依存性ポリマー化酵素は，その
名称及び鎖置換型の相補鎖合成反応を進行させていることから，本件発明８の酵素
と一致する。
(ウ)本件発明８のⅰ）のオリゴヌクレオチドは，その塩基配列における鋳型核
酸との関係から，先願発明１の第１プライマーに相当する。また，本件発明８の
ⅱ）のオリゴヌクレオチドは，その領域Ｒ２の５′末端側が特定されていないので，
ここに任意の領域が存在することも可能であるから，先願発明１の第２プライマー
を包含する。
(エ)しかしながら，先願発明１では，核酸の増幅に当たって本件発明８のⅲ）
の「Ｆ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド」に相当するプライマー
（ＯＰ）及びⅳ）の「ⅰ）のオリゴヌクレオチドを合成起点として合成された相補
鎖における任意の領域Ｒ２ｃの３′側に位置する領域Ｒ３ｃに相補的な塩基配列を
持つオリゴヌクレオチド」に相当するプライマー（ＯＰ）を使用していない。
したがって，本件発明８は，先願明細書に記載された発明ではない。
ウ本件発明９及び１０について
本件発明９及び１０は，本件発明８に更に他の構成を付加したものであるところ，
本件発明８は，前記イに説示のとおり，先願明細書に記載された発明ではないから，
本件発明９及び１０も，先願明細書に記載された発明とはいえない。
エ本件発明３ないし７について
本件発明３ないし７は，いずれも，鋳型核酸にプライマーを適用し，末端に塩基
対結合が可能な領域を含むループを形成することができる核酸を与える工程を特許
請求の範囲とするものである。
しかるところ，本件発明３及び８の各特許請求の範囲の記載並びに本件明細書の
記載（前記１(1)キ及びサ）によれば，本件発明３のオリゴヌクレオチドＦ３は，
本件発明８のⅲ）のオリゴヌクレオチドに，本件発明３のオリゴヌクレオチドＲ３
は，本件発明８のⅳ）のオリゴヌクレオチドに，それぞれ相当するものと認められ
る。
他方で，前記イ(エ)に説示のとおり，先願発明１は，上記ⅲ）及びⅳ）の各オリ
ゴヌクレオチドを使用していないから，本件発明３は，先願明細書に記載された発
明とはいえない。
また，本件発明４ないし７は，いずれも本件発明３に更に他の構成を付加したも
のであるところ，本件発明３は，上記のとおり，先願明細書に記載された発明では
ないから，本件発明４ないし７も，先願明細書に記載された発明とはいえない。
オ原告の主張について
(ア)原告は，先願明細書の図１３及び１４に記載のプライマーが本件発明８の
ⅲ）及びⅳ）の各オリゴヌクレオチド（ＯＰ）に該当する旨を主張する。
そこで検討すると，先願明細書の図１３①には，３′末端側からから領域ｃ’
ｄ’ｂａｃ’を有するプライマーと，３’末端側から領域ｇ’ｈ’ｆｅｇ’を有す
るプライマーとが，両者の５’末端同士で結合した２つの３’末端を有するプライ
マーが記載されており，図１３②には，このプライマーが，５’末端側から領域ａ
ないしｈを有する鋳型核酸にアニールした図が記載されている。そして，図１３③
では，相補鎖合成が進行した図が示され，図１３④では，伸長した鎖が鋳型から分
離された図が示されている。しかしながら，分離された鎖を示す図１３④には，領
域ｆ’ｅ’しか示されておらず，それに引き続くべき領域ｄ′以下が記載されてい
ないことに照らすと，これらの図において，上記プライマーのうち領域ｇ’ｈ’か
らの伸長は，これらの領域が合成された後に鋳型の領域ｅに対する相補鎖（領域
ｅ′）が合成された時点で停止しており，当該プライマーからの別の伸長鎖を鋳型
から分離させているものとは認められない。したがって，図１３には，先の工程で
合成された相補鎖を鋳型から分離するという機能を有するＯＰが記載されているも
のとは認められない。図１４についても，相補鎖合成が途中で停止しており，図１
３の場合と同様に，ＯＰが記載されているということはできない。
したがって，原告の上記主張を採用することはできない。
(イ)原告は，先願明細書に記載の発明がＯＰを用いた非直線的増幅をも課題と
するものである旨を主張する。
しかしながら，先願発明１の工程２において，第１プライマーに代えて領域Ａに
アニールするプライマー（ＯＰ）を使用した場合，当該プライマーから伸びた鎖
は，その５’末端にステムループを形成することができる領域を有していないため
ループを形成することができず，鋳型核酸において，プライマーが結合できる部位
が再生されなくなる。したがって，先願発明１において上記プライマー（ＯＰ）を
使用した場合には，第１プライマーを使用して５’末端においてステムループ構造
を有する一本鎖分子を得る工程で直線的増幅ができなくなるのであり，これを前提
とする非直線的増幅も実現できなくなる。
したがって，原告の上記主張は，その前提を欠くものとして採用できない。
(ウ)原告は，先願明細書には，従来技術としてＯＰを用いたＳＤＡ法に関する
記載が存在する旨を主張する。
しかしながら，先願明細書では，ＳＤＡ法は，特殊な制限酵素や改変ヌクレオチ
ドを使用する従来例として記載されているのみであって（前記１(1)イ），ＯＰにつ
いての言及はない。また，前記(イ)に説示のとおり，先願発明１では，ＯＰを使用
した場合に，第１プライマーを使用した直線的増幅ができなくなるので，たとえ，
ＳＤＡ法がＯＰを使用するものであるとしても，先願発明１では，ＯＰを使用する
ことが記載されているに等しいということはできない。
したがって，原告の上記主張は，採用できない。
カ小括
以上のとおり，本件発明３ないし１０は，先願発明１とは同一ではないから，本
件審決の拡大先願に関する認定・判断に誤りは認められない。
(4)本件発明１及び２と先願明細書【０１８３】に記載の発明との同一性につ
いて
ア等温増幅に使用されたＦＣプライマー及びＲＣプライマーの構成について
先願明細書【０１７９】（前記(1)カ(ア)）に記載のＦＣプライマー及びＲＣプラ
イマーの塩基配列は，いずれも同【０１７８】（前記(1)カ(ア)）に記載されており，
それによれば，これらの塩基数は，ＦＣプライマーが４９塩基であり，ＲＣプライ
マーが５０塩基であると認められる一方，同【０１７９】には，ＦＣプライマーの
第１セグメントが２９塩基で，第２セグメントが３０塩基である旨及びＲＣプライ
マーの第１セグメントが３０塩基で，第２セグメントが３０塩基である旨が記載さ
れており，両者の塩基数の記載は，一致していない。むしろ，先願明細書【０１８
１】（前記(1)カ(ウ)）には，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーの第１セグメント
に対応する配列として，塩基数が１９のＬＦＣプライマー及び塩基数が２０のＬＲ
Ｃプライマーの塩基配列が記載されていることに照らすと，ＦＣプライマーの第１
セグメントの塩基数は１９であり，ＲＣプライマーの第１セグメントの塩基数は２
０であると認められる。したがって，前記(1)カ(ア)の下線部分のうち，「２９」は
「１９」の，「３０」は「２０」の誤記であり，ＰＣＲ産物の等温増幅に使用され
たＦＣプライマーは，３′末端側の１９塩基対（第１セグメント）及びこれに連続
する３０塩基対（第２セグメント）からなる一方，ＲＣプライマーは，３′末端側
の２０塩基対（第１セグメント）及びこれに連続する３０塩基対（第２セグメン
ト）からなるものと認められる。
また，ここで，第１セグメントは，前記(1)カ(ア)（【０１７９】）に記載のとお
り，テンプレート（鋳型）としてＨＢＶ標的ＤＮＡ（ＨＢＶプラスミドＤＮＡ）を
使用して伸長し得るものとして設計されているから，これと相補的な塩基配列と塩
基対結合（アニール）を生じた場合，ＤＮＡポリメラーゼが触媒となって，ＦＣプ
ライマー及びＲＣプライマーは，いずれも第１セグメントに隣接する３′末端を合
成起点として相補鎖合成反応を開始することになる。他方，第２セグメントは，前
記(1)カ(ア)（【０１７９】）に記載のとおり，ＦＣプライマー又はＲＣプライマー
の上記相補鎖合成反応によって合成された最初の３０塩基に相補的に設計されてい
るから，第１セグメント及び第２セグメントは，第２セグメント及びその相補体に
より与えられる３０塩基対のステム並びに第１セグメント（ＦＣプライマーの場合
１９塩基，ＲＣプライマーの場合２０塩基）からなるループを発生させ，これによ
り生成物に１個のステムループ構造（二次構造）を生じさせることになる旨が記載
されているといえる。
さらに，上記ＦＣプライマーは，前記(1)カ(ウ)（【０１８１】）に記載のとおり，
正方向プライマーであるから，その「第１セグメント」は，図１①の太い矢印に記
載された領域Ｂ′に対応する一方，上記ＲＣプライマーは，前記(1)カ(ウ)（【０１
８１】）に記載のとおり，逆方向プライマーであるから，その「第１セグメント」
は，図３①の下側の矢印に記載された領域Ｆに対応するものと認められる。また，
これらのプライマーの各「第２セグメント」は，同じく領域Ｃ（ＦＣプライマー）
及びＥ′（ＲＣプライマー）にそれぞれ対応するものであり，これらのプライマー
の３′末端の相補鎖合成反応により生成するステムループ構造は，例えば，図１③
の領域Ｃ－Ｂ′－Ｃ′（ＦＣプライマー）及び図３④の領域Ｅ－Ｆ－Ｅ′（ＲＣプ
ライマー）により形成されるループ部分に対応するものと認められる。
イ先願明細書【０１８３】に記載の増幅反応について
(ア)先願明細書の記載について
先願明細書には，前記(1)カ(ウ)及び(エ)（【０１８１】【０１８２】）に記載のと
おり，ＨＢＶプラスミドＤＮＡの２１１ｂｐのＰＣＲ産物を，直前のＰＣＲで使用
したＦＣプライマー及びＲＣプライマーと同じプライマー及びＢｓｔポリメラーゼ
を使用して，５３℃及び６３℃で３０分，１８０分又は終夜のインキュベーション
を実施した旨の記載があるが，このインキュベーションについて「ＰＣＲ産物の等
温増幅」という標題が付されているから，当業者は，先願明細書から，当該インキ
ュベーションにより当該ＰＣＲ産物を鋳型とする等温増幅が行われた旨を記載して
いることを読み取ることができる。
次に，上記インキュベーションによる等温増幅の結果について，先願明細書には，
「これらの反応の生成物は，分離したパターンを形成する一連のバンドである。こ
れは，通常ＰＣＲでみられる単一の分離したバンド，またはＰＣＲ増幅の後でＬＣ
及びＲＣプライマーを用いて以前にみられた２つもしくは３つのバンドと対照をな
している。」との記載がある（前記(1)カ(オ)。【０１８３】）ところ，「ＰＣＲ産物
の等温増幅」という標題の実験の結果が，それまでにみられた「バンドと対照をな
している。」と記載されていることに照らすと，当業者は，上記記載部分から，Ｐ
ＣＲ産物の等温増幅により，これに先立つＰＣＲ増幅（前記(1)カ(ア)。【０１７
８】【０１７９】）及びこれによる産物の分析結果（前記(1)カ(イ)。【０１８０】）
とは異なる独自の等温増幅反応が生じていることを読み取ることができるものとい
える。
そして，上記独自の等温増幅反応が発生した理由について，先願明細書には，
「この複数のバンドは，おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレート
として機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記載がある（前記(1)カ(オ)。
【０１８３】）ところ，ここにいう「アンプリコン」とは，ＰＣＲ産物にほかなら
ず，「二次構造」とは，前記(2)に説示のとおり，ステムループ構造を意味するもの
であるから，ここにいう「二次構造」（ステムループ構造）を有する「アンプリコ
ン」（ＰＣＲ産物）とは，前記(1)カ(イ)（【０１８０】）の記載に図１ないし３を参
照すると，ＰＣＲ産物である①２１０ｂｐに対応するバンドで示される線状産物，
②１８０ｂｐに対応するバンドで示される，一方の末端上で二次構造（ステムルー
プ構造）が形成された産物，③１７０ｂｐに対応するバンドで示される両方の末端
上で二次構造（ステムループ構造）が形成された産物（図３④。ダンベル型中間
体）のうち，②及び③（ダンベル型中間体）を意味するものといえる。したがって，
これらのＰＣＲ産物のうちダンベル型中間体に着目すると，上記記載部分は，「ダ
ンベル型中間体をプライマー及びテンプレート（鋳型）として機能させるステムル
ープ構造の存在」，すなわち，ステムループ構造が存在することによって，ＰＣＲ
産物であるダンベル型中間体それ自体が，相補鎖合成により核酸を合成するプライ
マーであると同時にその鋳型になるという増幅反応を発生させており，これが，上
記独自の等温増幅反応の理由であると説明しているものと理解することができる。
(イ)先願明細書の記載から理解される増幅反応の作用機序について
先願明細書に記載の等温増幅反応の鋳型とされたＰＣＲ産物には，前記(ア)に説
示のとおり，両方の末端上で二次構造（ステムループ構造）が形成された産物（図
３④。ダンベル型中間体）が含まれている。
他方，上記等温増幅の際に使用されたＦＣプライマー及びＲＣプライマーは，前
記アに説示のとおり，第１セグメント（領域Ｂ′又はＦ）が鋳型の相補的な塩基配
列（領域Ｂ又はＦ′）と塩基対結合（アニール）を発生させ，第２セグメント（領
域Ｃ又はＥ′）が３′末端の相補鎖合成反応によって合成された最初の３０塩基
（領域Ｃ′又はＥ）に相補的になるように設計されているものである。
さらに，Ｂｓｔポリメラーゼが鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリ
メラーゼであることや，ＤＮＡポリメラーゼの機能によって，部分的に２本鎖とな
った鋳型核酸の３′末端が鋳型核酸の１本鎖となっている部分に対して相補鎖合成
を行うということは，前記１(1)シ及び２(1)イに説示のとおり，いずれも本件出願
日当時，当業者の技術常識であったものと認められるが，同時に，本件優先権主張
日当時においても，当業者の技術常識であったものと認められる。
したがって，鋳型となる核酸としてダンベル型中間体に着目した場合，先願明細
書の「アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の
存在に起因し得る」との前記記載，すなわちステムループ構造が存在することによ
って，ＰＣＲ産物であるダンベル型中間体それ自体が，相補鎖合成により核酸を合
成するプライマーであると同時にその鋳型になるという増幅反応を発生させており，
これが，上記独自の等温増幅反応の理由であるとの記載部分について，当業者は，
上記技術常識及び先願明細書の記載から，次の増幅反応が発生していることを読み
取ることが可能であるというべきである。
①Ｂｓｔポリメラーゼは，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメ
ラーゼであるから，鋳型であるダンベル型中間体を構成する鎖の各３′末端（例え
ば，図３④の下側の鎖の領域Ｃ′）を合成起点として，ダンベル型中間体を構成す
る２本の鎖の塩基対結合部分を置換しながら相補鎖合成を行うことになる。
②次に，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーは，いずれも鋳型と塩基対結合
（アニール）を発生させる第１セグメントを備えているところ，ダンベル型中間体
の下側の鎖を鋳型とする場合を例にとると，ＦＣプライマーの第１セグメント（領
域Ｂ′）は，鋳型となる鎖のうち，塩基対結合を生じていないループ部分（図３④
の下側の鎖の領域Ｂ）と塩基対結合（アニール）を発生させる。そして，前記のと
おり，Ｂｓｔポリメラーゼは，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するから，ＦＣプ
ライマーの３′末端は，ダンベル型中間体のステム部分及びそれに引き続く塩基対
結合を置換しながら相補鎖合成を開始する。
③ダンベル型中間体の下側の鎖の３′末端は，塩基対結合の置換により相補鎖
を合成して当該鎖の５′側末端まで到達するが，次いで，ＦＣプライマーの３′末
端は，当該相補鎖を５′末端に至るまで置換して相補鎖合成を行うから，ダンベル
型中間体の下側の鎖の３′末端が合成してきた塩基配列は，１本鎖となり，その結
果，当該鎖は，３′末端に引き続く部分に新たなステムループ構造（３′末端側か
ら，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′となる。）を形成した上で，再び自らを鋳型として３′末
端から塩基対結合の置換による相補鎖合成を開始する。他方，ＲＣプライマーは，
上記新たなステムループ構造のループ部分（領域Ｆ′）に対してアニールできる領
域（領域Ｆ）を第１セグメントに備えているから，当該ループ部分に塩基対結合
（アニール）を発生させ，先にＦＣプライマーが行ったのと同じ塩基対結合の置換
による相補鎖合成を行うことになる。こうして，ダンベル型中間体は，そのうち１
本の鎖の３′末端が，Ｂｓｔポリメラーゼの触媒により塩基対結合の置換による相
補鎖合成を行うことに加えて，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーが相次いでアニ
ールを繰り返すことで，それ自身がプライマーであると同時にテンプレート（鋳
型）である増幅反応を繰り返す結果，１本鎖上に鋳型核酸の塩基配列が交互に連結
された核酸が得られることになる。
ウ先願明細書【０１８３】に記載の発明（先願発明２）について
以上のとおり，先願明細書には，ＰＣＲ増幅に引き続くインキュベーションによ
り「等温増幅」が発生した旨が記載されており，それが先行するＰＣＲ増幅とは異
なる独自の増幅反応であって，その理由について「おそらく，アンプリコンをプラ
イマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記
載があるが，当該記載は，ステムループ構造が存在することによって，ＰＣＲ産物
（ダンベル型中間体を含む。）それ自体が，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーと
相俟って，塩基対結合の置換による相補鎖合成を繰り返し，核酸を合成するプライ
マーであると同時にその鋳型になるという増幅反応を発生させているとの趣旨に理
解することができる。そして，ここでみられる塩基対結合の置換による相補鎖合成
反応は，３′末端からの自己伸長反応と呼んで差し支えない。
このように，当業者は，先願明細書の記載及び本件優先権主張日当時の技術常識
に基づき，上記増幅反応の作用機序を，前記イ(イ)に説示したものとして理解する
ことが可能であったものと認められるから，先願明細書【０１８３】には，次の発
明が記載されているものと認められる。
先願発明２：３′末端側から領域Ｂ′－Ｃという構造を有するＦＣプライマー，
３′末端側から領域Ｆ－Ｅ′という構造を有するＲＣプライマー及びＢｓｔポリメ
ラーゼを使用する等温増幅反応であって，
工程１：両方の末端にステムループ構造を有する核酸であって，３′末端側から
順に領域Ｃ′－Ｂ－Ｃ－Ｄ－Ｅ－Ｆ－Ｅ′を有する核酸（ダンベル型中間体の下側
の鎖）を鋳型として，
工程２：その３′末端からの自己伸長反応により，塩基対結合を可能とする領域
Ｂを備えるループを有し，その余の部分が互いに相補的な配列で塩基対結合した核
酸を得，
工程３：このループにＦＣプライマーをアニールさせ，自己伸長反応を行うと同
時に，上記工程２の自己伸長反応によって合成された相補的な塩基配列を置換し，
その結果，上記工程２の自己伸長反応によって合成された鎖の３′末端に，塩基対
結合を可能とする領域Ｆ′を備える新たなステムループ構造が形成され，
工程４：上記工程３で新たに形成された３′末端のステムループ構造からの自己
伸長反応により，塩基対結合を可能とする領域Ｆ′を備えるループを有し，その余
の部分が互いに相補的な配列で塩基対結合した核酸を得ると同時に，上記工程３の
ＦＣプライマーの自己伸長反応により合成された相補的な塩基配列を置換し，３′
末端から順に，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′－Ｄ′－Ｃ′－Ｂ′－Ｃである核酸を得，
工程５：上記工程４の塩基対結合を可能とする領域Ｆ′を備えるループを有する
核酸に，ＲＣプライマーをアニールさせ，伸長反応を行うと同時に，上記工程４の
自己伸長反応によって合成された相補的な塩基配列を置換し，その結果，上記工程
４の自己伸長反応によって合成された鎖の３′末端に，塩基対結合を可能とする領
域Ｆを備える新たなステムループ構造が形成され，
工程６：これら一連の，ステムループ構造の３′末端からの自己伸長反応と，そ
の際に形成されるループへのプライマー結合に伴う自己伸長反応を繰り返すことに
よって，鋳型の領域Ｄとその相補的配列を有する領域Ｄ′が交互に１本鎖の核酸上
に延伸する方法
エ本件発明１と先願発明２との対比について
(ア)本件発明１及び先願発明２の目的物及び材料について
①本件発明１及び先願発明２の方法発明における目的物は，いずれも鋳型の有
する領域と当該領域に相補的な配列を有する領域が交互に１本鎖の核酸上に連結し
た核酸である点で一致する。なお，本件発明１では，この目的物が得られることを
もって，核酸の合成方法と表現しているが，両者の方法発明における目的物は相違
しないから，本件発明１が「合成」という表現を使用しているからといって，本件
発明１における目的物と先願発明２における目的物とが相違するということにはな
らない。
②次に，本件発明１の酵素は，「鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラー
ゼ」であるが，前記１(1)シに記載のとおり，当該ＤＮＡポリメラーゼは，Ｂｓｔ
ポリメラーゼを含む一方，先願発明２の酵素は，Ｂｓｔポリメラーゼであるから，
両者の酵素は，一致する。
③また，本件発明２で「工程ｄ）において，合成起点が領域Ｒ１ｃにアニール
することができる同一鎖上の３′末端に存在する領域Ｒ１であり」と特定されてい
るので，本件発明１の鋳型核酸が３′末端側から順に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを
備えており，５′末端側から順に領域Ｒ１ｃ－Ｒ２－Ｒ１を備えることは，排除さ
れていない一方，先願発明２の鋳型核酸は，３′末端側から順に領域Ｃ′－Ｂ－Ｃ
－Ｄ－Ｅ－Ｆ－Ｅ′を有するものである。そして，本件発明１の領域Ｆ１は，先願
発明２の領域Ｃ′に，本件発明１の領域Ｆ２ｃは，先願発明２の領域Ｂに，本件発
明１の領域Ｆ１ｃは，先願発明２の領域Ｃに，それぞれ相当するので，先願発明２
の鋳型核酸は，本件発明１の鋳型核酸に包含される。
④さらに，本件発明１のプライマーは，「領域Ｆ２ｃに相補的な配列からなる
Ｆ２を３′末端に含むオリゴヌクレオチド」であるが，この領域Ｆ２は，本件発明
１の鋳型核酸の３′末端から２番目の領域Ｆ２ｃに相補的な領域である。他方，先
願発明２のＦＣプライマーの３′末端は，領域Ｂ′であるところ，この領域は，先
願発明２の鋳型核酸の３′末端から２番目の領域Ｂに相補的な領域である。そして，
本件発明１では，プライマー中の領域Ｆ２の５′末端側の領域が特定されていない
ので，先願発明２のＦＣプライマーは，本件発明１のプライマーと一致する。また，
本件発明１の鋳型核酸は，３′末端側の領域Ｆ１と領域Ｆ１ｃがアニールすること
により，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループが形成されるところ，先願発
明２においても，３′末端側の領域Ｃ′とＣが結合して，領域Ｂを有するループが
形成されるものであって，この点でも両者は一致する。
⑤以上のとおり，本件発明１と先願発明２とでは，その目的物及び材料の点で
一致している。
(イ)本件発明１及び先願発明２の工程について
①本件発明１の工程ａ）は，鋳型を与える工程であるところ，先願発明２の鋳
型核酸は，前記(ア)③に説示のとおり，本件発明１の鋳型核酸に包含される。
②本件発明１の工程ｂ）は，工程ａ）で与えられた鋳型核酸の３′末端からの
自己伸長反応であり，この工程は，先願発明２の工程２と一致する。
③本件発明１の工程ｃ）は，鋳型核酸のループにオリゴヌクレオチド（プライ
マー）がアニールし，その３′末端を合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒
するポリメラーゼにより相補鎖合成を行うものであり，その際，工程ｂ）で合成さ
れた相補鎖を置換しながら相補鎖合成が進行し，その結果，工程ｂ）で合成された
相補鎖の３′末端が塩基対結合可能な状態となるという工程であるところ，本件発
明１と先願発明２とでは，前記(ア)②及び④に説示のとおり，使用するポリメラー
ゼ及びプライマーが一致するほか，本件発明１の工程ｃ）のうち，プライマーのア
ニールと鎖置換型の相補鎖合成及び工程ｂ）で合成された相補鎖の３′末端を塩基
対結合可能な状態とする点は，いずれも先願発明２の工程３に包含される。
④本件発明１の工程ｄ）は，工程ｃ）の置換により塩基対結合可能な状態とな
った鋳型と相補的な１本鎖の任意の領域と相補的な塩基配列を有するポリオヌクレ
オチドが当該領域にアニールし，そこを合成起点とした相補鎖合成が生じるもので
あるところ，本件発明１では，鋳型核酸が５′末端側から順に領域Ｒ１ｃ－Ｒ２－
Ｒ１を備え，あるいは上記相補的な塩基配列を有するポリオヌクレオチドが自己伸
長によって鋳型核酸から合成されることは，いずれも排除されていない。そして，
工程ｄ）における上記「任意の領域」を鋳型核酸の領域Ｒ１に相補的な領域Ｒ１ｃ
とするならば，上記ポリオヌクレオチドは，３′末端側に領域Ｒ１を備え，これが
当該領域Ｒ１ｃとアニールし，そこを合成起点とした相補鎖合成が生じ，その際，
工程ｃ）でアニールしたプライマーの伸長反応で合成された相補鎖が置換されるが，
この工程は，先願発明２の工程４に包含される。
⑤以上のとおり，本件発明１が特許請求の範囲に特定して記載した各工程は，
先願発明２における各工程と一致する。
オ被告の主張について
(ア)被告は，先願明細書に記載の発明が，ダンベル型中間体を得ることを目的
とするものであって，現に，複数のバンドがどのような産物に相当するのかについ
ての分析がされていない旨を主張する。
しかしながら，前記イ(ア)に説示のとおり，先願明細書に記載のＰＣＲ産物には
ダンベル型中間体が含まれるところ，先願明細書には，「通常ＰＣＲでみられる単
一の分離したバンド，またはＰＣＲ増幅の後でＬＣおよびＲＣプライマーを用いて
以前にみられた２つもしくは３つのバンドと対照をなしている。」との記載があり
（前記(1)カ(オ)。【０１８３】），当業者は，当該記載から，ＰＣＲ産物の等温増幅
により，これに先立つＰＣＲ増幅及びこれによる産物の分析結果とは異なる独自の
等温増幅反応が生じていることを読み取ることができるから，先願明細書に記載の
発明がダンベル型中間体を得ることを目的とするとはいえず，また，先願明細書に
は，複数のバンドがＰＣＲ増幅の結果とは異なるものであることが明記されている
といえる。
したがって，被告の上記主張は，採用できない。
(イ)被告は，先願明細書の図１７Ａ及びＢでは，使用されているゲルの条件が
異なるから反応時間の経過から自己伸長反応を読み取ることができないし，先願明
細書が分子量の大きな産物を想定していない旨を主張する。
しかしながら，先願明細書に記載の等温増幅によって鋳型の領域Ｄとその相補的
配列を有する領域Ｄ′が交互に１本鎖の核酸上に延伸された様々な分子量を有する
核酸が得られていると理解できることは，等温増幅の時間が経過することにより分
子量の大きな産物が得られたことを根拠とするものではないから，時間の経過によ
り分子量の大きな産物が生じたことが確認できないからといって，自己伸長反応が
読み取れないということにはならない。また，電気泳動の条件から，先願明細書の
作成者が分子量の大きな産物を想定していなかったということはできるとしても，
そのことは，当業者が先願明細書の記載から先願発明１及び２を読み取ることの妨
げになるものではない。
したがって，被告の上記主張は，採用できない。
(ウ)被告は，先願明細書の図１７Ａ及びＢが不鮮明であり，いずれのバンドが
ダンベル型中間体に対応するものであるのかについての記載がなく，また，１８０
分後の産物についてのゲルによる分析では標的が存在しないコントロールにおいて
も増幅する産物が含まれることが示されている旨を主張する。
そこで検討すると，先願明細書の図１７Ａ及びＢは，確かに不鮮明であるが，先
願明細書には，前記(1)カ(オ)（【０１８３】）に記載のとおり，「これらの反応の生
成物は，分離したパターンを形成する一連のバンドである。」との記載があるから，
先願明細書の作成者は，図１７Ａ及びＢから「分離したパターンを形成する一連の
バンド」を読み取ったものと理解することができる。加えて，先願明細書にはそれ
に引き続いて，「この複数のバンドは，おそらく，アンプリコンをプライマーおよ
びテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記載があり，
先願明細書の作成者が，当該一連のバンドが形成された理由について説明している
のであるから，当業者は，これらの記載から，先願明細書に記載の等温増幅の作用
機序を読み取ることができるというべきであって，このことは，図１７Ａ及びＢが
不鮮明であり，先願明細書がバンドの同定をしておらず，また，５３℃で１８０分
間反応させた系で標的が存在しないコントロールで増幅産物が確認されたからとい
って，左右されるものではない。
したがって，被告の上記主張は，採用できない。
(エ)被告は，先願明細書にはそこに記載の等温増幅が自己伸長反応とは記載さ
れておらず，当該等温増幅の理由が抽象的な推測や可能性として記載されているに
すぎないから，そこから自己伸長反応を含む増幅方法に係る発明を認定できない旨
を主張する。
しかしながら，先願明細書では，「自己伸長反応」という用語が使用されていな
いものの，「アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる」と
いう記載が存在し，これが自己伸長反応を含む増幅反応を意味するものとして理解
可能であることは，前記イに説示のとおりである。また，先願明細書には，「おそ
らく…起因し得る」という確定的ではない表現が使用されているものの，先願明細
書に記載の等温増幅で生じている反応がステムループ構造に起因する自己伸長反応
である旨を説明したものと理解することそれ自体には，誤りを見いだせない。
したがって，被告の上記主張は，採用できない。
カ小括
以上のとおり，平成１０年１１月９日が優先権主張日であり，平成１４年４月１
２日に出願公開された本件発明１は，平成１０年６月２４日が優先権主張日であり，
平成１２年２月８日に出願公開された特願平１１－１７９０５６号の願書に最初に
添付された明細書及び図面である先願明細書（甲８の１）に記載された先願発明２
と同一の発明である。そして，本件発明と先願発明２の発明をした者は，同一では
なく，また，本件発明と先願発明２の出願人も，同一ではないから，本件発明１は，
特許法２９条の２の規定により，特許を受けることができないものであるというべ
きである。
よって，これと判断を異にする本件審決のうち本件発明１に係る部分は，拡大先
願に係る認定・判断を誤るものであって，取消しを免れない。
また，本件発明２は，本件発明１に他の構成を付加したものであるところ，本件
審決は，本件発明１が先願明細書に記載の発明とは同一ではないとの認定・判断を
前提として，本件発明２が先願明細書に記載の発明とは同一ではないとしている。
しかしながら，本件審決による本件発明１についての拡大先願に係る認定・判断
が上記のとおり誤りである以上，本件発明２に係る部分についての上記認定・判断
も，誤りであるというべきであって，本件審決のうち当該部分も，取消しを免れな
い。
５結論
以上の次第であるから，原告主張の取消事由のうち，取消事由３の本件発明１及
び２に関する部分には理由があるから，本件審決のうちこれらの発明に係る部分を
取り消すこととし，原告主張のその余の取消事由にはいずれも理由がないから，原
告のその余の請求を棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第４部
裁判長裁判官土肥章大
裁判官井上泰人
裁判官荒井章光
別紙
１図１
２図２
３図３

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