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平成２４年１０月３１日判決言渡同日原本受領裁判所書記官
平成２３年（行ケ）第１０２７６号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成２４年９月２６日
判決
原告株式会社ダナフォーム
同訴訟代理人弁護士山上和則
藤川義人
同弁理士辻丸光一郎
中山ゆみ
吉田玲子
伊佐治創
被告栄研化学株式会社
同訴訟代理人弁護士永島孝明
安國忠彦
明石幸二郎
朝吹英太
浅村昌弘
同訴訟復代理人弁護士安友雄一郎
同弁理士磯田志郎
浅村
池田幸弘
主文
原告の請求を棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
特許庁が無効２０１０－８００１９８号事件について平成２３年７月２５日にし
た審決を取り消す。
第２事案の概要
本件は，原告が，後記１のとおりの手続において，被告の後記２の本件発明に係
る特許に対する原告の特許無効審判の請求について，特許庁が同請求は成り立たな
いとした別紙審決書（写し）の本件審決（その理由の要旨は後記３のとおり）には，
後記４のとおりの取消事由があると主張して，その取消しを求める事案である。
１特許庁における手続の経緯
(1)被告は，平成１１年１１月８日，発明の名称を「核酸の合成方法」とする
特許出願（特願２０００－５８１２４８号。国内優先権主張日：平成１０年１１月
９日（特願平１０－３１７４７６号））をし，平成１４年４月１２日，その一部を
新たな出願とした特願２００２－１１０５０５号を特許出願し，平成１９年４月２
３日，さらにその一部を新たな出願とした特願２００７－１１３５２３号を特許出
願した。そして，同出願については，平成１９年９月２０日の出願公開を経て，平
成２０年６月１３日，設定の登録（特許第４１３９４２４号）を受けた。以下，こ
の特許を「本件特許」といい，本件特許に係る明細書（甲２４）を「本件明細書」
という。
(2)原告は，平成２２年１０月２５日，本件特許に係る発明の全てである請求
項１ないし４に係る発明（以下，請求項の番号に応じて「本件発明１」ないし「本
件発明４」といい，これらを併せて「本件発明」という。）について特許無効審判
を請求し，無効２０１０－８００１９８号事件として係属した。
(3)特許庁は，平成２３年７月２５日，「本件審判の請求は，成り立たない。」
旨の本件審決をし，その謄本は，同年８月４日，原告に送達された。
２特許請求の範囲の記載
本件発明に係る特許請求の範囲の記載は，次のとおりである。なお，「／」は，
本文中の改行箇所を示す。
【請求項１】領域Ｆ３ｃ，領域Ｆ２ｃ，および領域Ｆ１ｃを３′側からこの順で含
む鋳型核酸と以下の要素を含む反応液を混合し，実質的に等温で反応させることを
特徴とする，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成方法。／
ⅰ）前記Ｆ２ｃに相補的な塩基配列を持つ領域の５′側に前記Ｆ１ｃと同一の塩基
配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチド／ⅱ）ⅰ）のオリゴヌクレオチ
ドをプライマーとして合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃに相補的な塩基
配列を含むオリゴヌクレオチド／ⅲ）前記Ｆ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴ
ヌクレオチド／ⅳ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマーとして合成された相補
鎖における任意の領域Ｒ２ｃの３′側に位置する任意の領域Ｒ３ｃに相補的な塩基
配列を持つオリゴヌクレオチド／ⅴ）鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡ
ポリメラーゼ，および／ⅵ）要素ⅴ）の基質となるヌクレオチド
【請求項２】ⅱ）のオリゴヌクレオチドが，ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマ
ーとして合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃとその５′側に位置する領域
Ｒ１ｃに対し，前記Ｒ２ｃと相補な塩基配列を持つ領域の５′側に前記Ｒ１ｃと同
じ塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチドで構成されるプライマー
である請求項１に記載の方法
【請求項３】以下のオリゴヌクレオチドで構成されるプライマーを含む，１本鎖上
に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成用プライマーセット。／領域Ｆ
３ｃ，領域Ｆ２ｃ，および領域Ｆ１ｃを３′側からこの順で含む鋳型核酸に対し，
／ⅰ）前記Ｆ２ｃに相補的な塩基配列を持つ領域の５′側に前記Ｆ１ｃと同一の塩
基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチド／ⅱ）ⅰ）のオリゴヌクレオ
チドをプライマーとして合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃに相補的な塩
基配列を含むオリゴヌクレオチド／ⅲ）前記Ｆ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリ
ゴヌクレオチド／ⅳ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマーとして合成された相
補鎖における任意の領域Ｒ２ｃの３′側に位置する任意の領域Ｒ３ｃに相補的な塩
基配列を持つオリゴヌクレオチド
【請求項４】ⅱ）のオリゴヌクレオチドが，ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマ
ーとして合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃとその５′側に位置する領域
Ｒ１ｃに対し，前記Ｒ２ｃと相補的な塩基配列を持つ領域の５′側に前記Ｒ１ｃと
同じ塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチドで構成されるプライマ
ーである請求項３に記載のプライマーセット
３本件審決の理由の要旨
(1)本件審決の理由は，要するに，①本件発明１及び３は発明の詳細な説明に
記載されたものであり，当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分
に記載されているから，本件特許が平成１４年法律第２４号による改正前の特許法
（以下「法」という。）３６条６項１号（いわゆるサポート要件）及び同条４項
（いわゆる実施可能要件）に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされ
たものとはいえず，②本件発明は後記アないしオの引用例１ないし５に記載の発明
に基づいて当業者が容易に発明できないから本件特許が特許法２９条２項に違反し
てされたものとはいえず，③後記カの先願明細書に記載の発明は本件発明と同一で
はないから本件特許が同法２９条の２に違反してされたものとはいえない，という
ものである。
ア引用例１：THEJOURNALOFBIOLOGICALCHEMISTRYVol.266,No.21,pp.
14031-14038（平成３年（１９９１年）刊行。甲１の１・２）
イ引用例２：DNAREPLICATIONSECONDEDITION,ARTHURKORNBERG,TANIAA.
BAKER,W.H.FREEMANANDCOMPANY,pp.700-703,pp.713-716,pp.492-493&
pp.504（平成４年（１９９２年）刊行。甲２の１～４）
ウ引用例３：国際公開第９６／０１３２７（平成８年公開。甲３の１・２）
エ引用例４：国際公開第９７／０４１３１（平成９年公開。甲４の１・２）
オ引用例５：特開平７－２８９２９８号公報（甲５）
カ先願明細書：特開２０００－３７１９４号公報（本件優先権主張日よりも前
である平成１０年６月２４日が優先権主張日であり，本件出願公開日よりも前であ
る平成１２年２月８日に出願公開された特願平１１－１７９０５６号の願書に最初
に添付された明細書及び図面。甲６の１）
(2)本件審決が認定した引用例１ないし５に記載の発明（以下「引用発明１」
ないし「引用発明５」という。）及び本件発明１とこれらの各引用発明との相違点
（以下「相違点１」という。）は，次のとおりである（本件発明１とこれらの各引
用発明との一致点については，明確な認定の記載がない。）。
ア引用発明１：ｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存する，Ｔ４ホロ酵
素を用いたスナップバックＤＮＡ増幅機構を開発することを課題とするものであり，
その増幅機構は図８に記述され，Ｔ４ホロ酵素がスナップバック機構により中央に
ヘアピンを有する長い２本鎖ＤＮＡが合成され，これに二重鎖ＤＮＡに相同な直鎖
ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入し，該直鎖ｓｓＤＮＡが
プライマーとして伸長し鎖置換相補鎖合成を行うというもの
イ引用発明２：種々のウイルスの生体内におけるＤＮＡ複製機構を明らかにす
ることを課題とするものであり，例えば，アデノ随伴ウイルスの増幅機構は，図１
９－６に詳述されているが，３′末端と５′末端の双方にループが形成された１本
鎖核酸（鋳型）において，その３′末端から自己を鋳型とする相補鎖合成が開始さ
れ，２本鎖の複製型が一旦形成され，その親鎖の３′末端の反対側でニックが生じ，
ニックからの伸長反応の結果，ヘアピン構造への転移が生じ，末端ヘアピンの再構
成によって，どちらかの末端に３′末端が形成され，当該末端からの自己を鋳型と
する相補鎖合成によって，次の新しい鋳型が提供されるというもの
ウ引用発明３：ヘアピン構造を形成し得るプライマーを使用し，核酸を等温増
幅する方法の提供を課題とするものであり，２本鎖ＤＮＡの末端にあるパリンドロ
ーム配列は動的平衡によってヘアピン構造を形成し，折り曲げられた末端はプライ
マーとして機能し，自己を鋳型とする相補鎖合成を行って，核酸の伸長反応が継続
的に生じるというもの
エ引用発明４：単一のプライマーを用いて，ヘアピン構造を有する核酸を増幅
することを課題とするものであり，その詳細は，図１７に示されるとおり，標的ポ
リヌクレオチドの領域Ａに相補的な配列と，標的ポリヌクレオチドの領域Ｂと同一
の配列を有するプライマーを標的ポリオヌクレオチドにハイブリダイズさせ，３′
末端からの伸長反応によって伸長生成物を生じさせ，これを熱変性によって鎖分離
し，該伸長生成物が５′末端にヘアピン構造を形成した後に，プライマー（Ｄ）を
ハイブリダイズさせ，該生成物を非直線的に増幅するというもの
オ引用発明５：好熱性のポリメラーゼおよび制限エンドヌクレアーゼの両方が
効率的に機能する等温鎖置換増幅法（好熱ＳＤＡ）の反応条件を提供することであ
り，その解決手段は，特定の好熱性のポリメラーゼや制限エンドヌクレアーゼを用
いることであり，好熱ＳＤＡを行う前段階として，制限エンドヌクレアーゼ認識／
開裂部位を含む標的核酸を増幅するために，２つのＳＤＡ増幅プライマーと，２つ
のバンパープライマー（ＯＰ（アウタープライマー）に相当）を用いるというもの
カ相違点１：本件発明１には，３′末端側に位置するループ部分にプライマー
をアニールさせる工程があるのに対し，引用発明１ないし５には，いずれもこの工
程がない点
(3)本件審決が認定した本件発明１と先願明細書に記載の発明との一致点及び
相違点（以下「相違点２」という。）は，次のとおりである（先願明細書に記載の
発明自体については，明確な認定の記載がない。）。
ア一致点：領域Ｆ２ｃ，および領域Ｆ１ｃを３′側からこの順で含む鋳型核酸
と以下の要素を含む反応液を混合し，実質的に等温で反応させることを特徴とする，
１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成用方法。／ⅰ）前記Ｆ
２ｃに相補的な塩基配列を持つ領域の５′側に前記Ｆ１ｃと同一の塩基配列を持つ
領域を連結して含むオリゴヌクレオチド／ⅱ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライ
マーとして合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃに相補的な塩基配列を含む
オリゴヌクレオチド／ⅴ）鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラー
ゼ，および／ⅵ）要素ⅴ）の基質となるヌクレオチド
イ相違点２：本件発明１では，さらに，該鋳型核酸において，領域Ｆ２ｃの
３′側に領域Ｆ３ｃが含まれており，ＯＰとして「ⅲ）前記Ｆ３ｃに相補的な塩基
配列を持つオリゴヌクレオチド，ⅳ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマーとし
て合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃの３′側に位置する任意の領域Ｒ３
ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド」を用いているのに対し，先願明
細書に記載の発明について，先願明細書にはこのような領域Ｆ３ｃや前記ⅲ）及び
ⅳ）のオリゴヌクレオチド（ＯＰ）を用いることが記載されていない点
４取消事由
(1)実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り（取消事由１）
(2)引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り（取消事由２）
ア引用発明１についての認定の誤り
イ相違点１に係る判断の誤り
(3)拡大先願に係る認定・判断の誤り（取消事由３）
第３当事者の主張
１取消事由１（実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，本件発明１及び３について，本件明細書によればわずかな程
度の加熱変性などの処理が許容されているところ，加熱変性を利用すれば相当程度
効率のよい核酸の合成が行われると認められるから，２つのＴＰが必須のものでは
ないとする。
(2)しかしながら，本件発明１及び３ではリバースプライマーとしてＰＣＲプ
ライマーが用いられており，２つのＴＰ（ターンバックプライマー）が使用されて
いないから，本件明細書の図６（Ｄ）及び（Ｅ）のような核酸ができあがり，加熱
変性を利用しなければそれ以上の合成反応を進めることができないところ，本件明
細書の図６（Ｄ）及び（Ｅ）の核酸が合成された以上，等温増幅用の酵素であるＢ
ｓｔ酵素を利用する場合，加熱変性により酵素が失活するので，１サイクルごとに
加熱変性を繰り返し，かつ，酵素を再添加しなければ合成が進まない。そして，こ
のような加熱変性による合成は，等温増幅とはいえないし，ＰＣＲ法のほうがプラ
イマーの設計も簡便で使いやすい。すなわち，本件発明１及び３において，一対の
ＴＰを用いず，ＴＰ及びＰＣＲプライマーを用いた場合，単一の酵素で特異性が高
い等温増幅の提供という本件発明の課題を解決できないばかりか，本件出願当時の
周知技術であるＰＣＲ法よりも劣った核酸合成方法になる。
さらに，本件出願の親出願に当たる発明の公開公報には，そこに記載の図６の方
法が等温増幅反応ではない旨が明記されている（甲４４）。
したがって，等温増幅を提供することを課題とする本件発明１及び３では，２つ
（一対）のＴＰが必須である。
このように，フォワードとリバースのうち少なくとも一方にＴＰを用いた増幅反
応は，熱変性を必要とし，特異性も高いとはいえず，煩雑な酵素の添加工程を必要
とし，しかも，本件明細書には当該増幅反応が本当に起きることを示す実証データ
の記載がないから，フォワードとリバースのうち少なくとも一方にＴＰを用いた増
幅反応を含む点で，本件発明１及び３は，サポート要件及び実施可能要件に違反す
る。
(3)以上のとおり，本件発明１及び３において２つのＴＰは，必須であり，こ
れに反する本件審決の判断は，誤りである。
〔被告の主張〕
(1)本件発明１は，工程ａ）ないしｄ）を含む「１本鎖上に相補的な塩基配列
が交互に連結された核酸」の「合成方法」であるところ，本件明細書の図５（Ｂ）
に記載の核酸を使用する場合，図６に記載の工程を経て図６（Ｄ）に記載の産物を
合成する旨が明記されており，当該産物（図６（Ｄ））が，本件発明１が目的とす
る核酸である（本件明細書【００３７】）から，本件発明１及び３は，実施可能要
件及びサポート要件を満たすものである。
(2)原告は，加熱変性を利用しなければそれ以上の増幅反応を継続することが
できない旨を主張するが，本件発明１及び３は，本件明細書の図６（Ｄ）の産物か
らそれ以上の増幅反応を継続することを対象としていないばかりか，本件明細書は，
当該産物から加熱変性を利用して更なる増幅を行う場合にも「たいへん効率的な反
応となる」旨（【００３７】）のほか，当該産物からＳＤＡ法を利用した増幅が可能
になることや，転写も行われることを記載している（【００６４】【００６５】）か
ら，加熱変性は，必須のものではない。
このように，本件発明１及び３の合成方法において２つのＴＰは，必須ではない
から，原告の主張には理由がない。
２取消事由２（引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，①引用発明１が解決課題及び課題解決手段において，本件発
明１とは全く異なる発明であり，引用例１ないし５にはループ部分にプライマーを
アニールさせることも記載されておらず，②したがって，引用例１ないし５に記載
された発明をどのように組み合わせたとしても，本件発明は当業者が容易に発明で
きないものというべきであるとする。
(2)しかしながら，前記(1)①についてみると，引用例１は，ウイルスの遺伝子
の複製機能に関する学術論文であるが，そこには，等温での増幅方法を提供すると
いう本件発明１と共通の課題を明確に記載しており，かつ，ステムループ構造を
「ヘアピン構造」（甲２７）と呼び，プライマーを「直鎖ｓｓＤＮＡ」と呼んでい
る（引用例１のFig.８の説明）。そして，本件明細書は，「アニール」を「核酸が
ワトソン－クリックの法則に基づく塩基対結合によって２本鎖構造を形成すること
を意味する。」と定義していることから，ここにいう「アニール」は，酵素の作用
によるものも含む全ての水素結合を介した２本鎖の形成を意味する。
以上によれば，引用例１におけるヘアピン構造に直鎖ｓｓＤＮＡが侵入してＤル
ープを形成するということは，プライマーがループにアニールすることを意味する
ことが明らかである。このように，引用例１には，ループ部分にプライマーをアニ
ールさせることが記載されている。
(3)前記(1)②についてみると，まず，本件審決は，引用例１のステップ５では，
酵素（ｕｖｓＸタンパク質）を用いて反応を起こしているから，酵素を用いなけれ
ば引用例１に記載された鋳型にフリーループを形成するはずがない（阻害要因）と
当業者が考えるであろうとする。
しかしながら，酵素を用いなくても，平衡反応（呼吸）により２本鎖が１本鎖に
なり得ることや，そのようにして形成されたループにプライマーがアニールし得る
ことは，いずれも周知である（引用例２，甲３８～４３）。したがって，引用例１
においてフリーループを形成して，酵素（ｕｖｓＸタンパク質）を用いないように
しても，Fig.８ステップ５の反応は起こり得るし，引用例１にも，その旨の記載が
ある（Fig.１）。したがって，引用例１には上記阻害要因はない。
次に，本件発明のポイントは，①ループの３′末端からの自己伸長反応及び②ル
ープにアニールしたプライマーの伸長反応の２つの構成要件の組合せであるところ，
①は，周知技術であり（引用例２，３，甲３１～３６，４４），②については，前
記(2)に記載のとおり，引用例１に記載がある。そして，引用例１には，②のルー
プにアニールしたプライマーの伸長反応が等温増幅反応のモデルになるという教示
があり，この教示に従って①の３′末端から自己伸長反応するループに②を組み合
わせて本件発明１の等温増幅法を想到することは，当業者には容易であるというべ
きである。
(4)本件審決は，①引用例１ないし５にはいずれも３′末端側に位置するルー
プ部分にプライマーがアニールすることが記載されておらず，したがって，②引用
例１ないし５に記載された発明をどのように組み合わせたとしても，本件発明１な
いし４を当業者が容易に発明できないものというべきであるとする。
しかしながら，前記のとおり，引用例１にはループにプライマーがアニールする
ことについて記載がある。
また，本件審決は，引用発明５においてＯＰを用いても増幅が連続して続くとい
ったものではなく，数倍に増幅される程度にすぎないものであり（引用例５の図
１），引用発明４が熱変性を利用して単一のプライマーにより非直線的に増幅しよ
うとするものであるから，当業者が引用例４の図１７Ｃに記載のプライマーＤにＯ
Ｐを組み合わせようとするはずがないばかりか，引用発明５のＯＰを引用発明４に
記載のＴＰにすると，次の増幅に用いられなくなることが明らかであるとする。
しかしながら，引用発明４は，一対のＰＣＲプライマーの中の１つのプライマー
のみを用いることを目的としており，この目的は，ＯＰとは無関係であるから，Ｏ
Ｐの使用は，引用発明４の技術的思想には反しない。また，引用例４には本件発明
１と同じＴＰが記載されており，ＴＰと１つのＰＣＲプライマーを用いて増幅中間
体を合成した場合，その後の増幅反応に熱変性を用い得るとの記載があるほか，Ｔ
Ｐがターンバックすることにより，３′末端側にステムループが形成され，そこに
ＴＰがアニールすることや，熱変性を用いれば，引用例４の図１７にも記載されて
いるＴＰ伸長鎖の３′側のステムループ構造が破壊され，ステムループのループ
３′末端からの自己を鋳型とした自己伸長反応というＴＰの機能が損なわれること
は，いずれも当業者が容易に理解できることである。したがって，当業者は，引用
発明４のＴＰを用いた増幅反応を実現するためには熱変性が逆効果であることを容
易に理解可能であり，むしろ，引用発明４のＴＰの機能を等温増幅反応に使用する
と考えるのが自然であって，引用発明４と引用発明５と組み合わせることに阻害要
因はない。
なお，遺伝子の増幅方法であるＰＣＲ法は，生体内の細胞分裂において起こって
いるところ，生体内での複製反応では，２本鎖のＤＮＡを分離して１本鎖にする際
に，生体に害を及ぼさないように複雑なプロセスを要するが，人工的に実施する場
合には，このような考慮を要しないため，試験管内で簡単に再現することが可能で
ある。むしろ，引用例１のFig.８の説明には，同図の反応が試験管での増幅方法
のモデルとなることが明確に記載されているから，引用例１の増幅機構が生体内で
の反応であることを根拠とする被告の主張は，失当である。
また，前記１〔原告の主張〕(2)に記載のとおり，本件発明１及び３は，熱変性
が必要であって，「単一の酵素で特異性が高い等温増幅の提供」という本件発明の
課題を解決できないばかりか，本件特許出願当時の周知技術であるＰＣＲ法よりも
劣った核酸合成方法になるから，産業の発達に寄与するという特許法１条の目的に
反するので，同法２９条２項所定の進歩性がないというべきである。
(5)以上のとおり，本件審決は，引用発明１の認定を誤り，相違点１の判断を
誤っているから，取り消されるべきである。
〔被告の主張〕
(1)本件発明１の合成方法では，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループ
を形成し得る核酸が形成される（本件明細書の図２（７）及び図５（Ｂ））が，引
用発明１では，そのようなループが形成されない。引用例１のFig.８は，単に折
り返しを有する２本鎖を図示しているにすぎない。
(2)本件発明の反応では，塩基対結合可能なループにプライマーをアニールさ
せることが必要になるが，引用例１のFig.８の工程１から２は，２本鎖であるヘ
アピン構造に対し，組換え酵素（リコンナーゼ）により，２本鎖ヘアピン生成物や
２本鎖の二量体中間体の切断，プロセシング，対合（組換え），合成及び解離とい
う各反応を経て直鎖ｓｓＤＮＡを導入しているにすぎず，塩基対結合可能な領域を
有するループが存在しないことが明白であり，塩基対結合が可能となるループにプ
ライマーをアニールさせることとは明らかに異なる。
(3)そもそも，引用例１は，人工的な核酸増幅方法に関するものではなく，単
に生体内におけるＴ４バクテリオファージの相同遺伝子組換え機構を観察して報告
したものであって，特定の標的核酸を増幅させる核酸増幅反応に関するものではな
いばかりか，Ｔ４－ホロ酵素やｕｖｓＸタンパク質等の生体内に存在する物質の関
与を必須とするものであるから，核酸の増幅方法への応用の可能性は，極めて抽象
的なものである。
以上のように，引用発明１は，解決課題及び課題解決手段において，特に工程
Ｃ）において，本件発明と比較自体が困難なほどに相違した発明であって，引用例
２及び３に適用できるものでもない。
(4)原告は，ループ３′末端からの自己伸長反応が周知技術である旨（引用例
２，３，甲３１～３６，４４）を主張するが，引用例２に記載されているのは，ア
デノ随伴ウイルスの生体内での反応機構のモデルにすぎず，本件発明１の合成方法
において生じるループ構造へのプライマーのアニールについては記載がないし，引
用例３に記載されているのは，いわゆるヘアピン構造を有するプライマー及びその
プライマー由来の折り返し構造であって（乙１），塩基対結合が可能な領域を有す
るループではない。
また，原告は，ループにプライマーがアニールすることが周知技術である旨（甲
３８～４３）を主張するが，これらの証拠に記載の技術は，いずれも引用例１ない
し３に適用し得る周知技術とは到底認められないものばかりである。
(5)さらに，引用例１には，核酸におけるループの形成やループへのプライマ
ーのアニールが記載されていないから，これを引用例２ないし５の記載とどのよう
に組み合わせても本件発明には到達できない。
また，引用発明４は，従来のＰＣＲにおいて２つのプライマーが必要であったこ
とを課題として，単一のプライマーによって増幅を行うためにポリヌクレオチドヘ
アピンと単一のプライマーＤとを使用したものであるから，これに加えて引用発明
５のプライマーをさらに使用することは，引用発明４の目的に反するものであり，
当業者にとって明白な阻害事由になる。そもそも，引用例４には，等温条件下で増
幅を進めるための手段や，どのようにＯＰを使用すればよいかについても，記載も
示唆もない。
したがって，引用例４及び５を組み合わせることは，困難である。
なお，前記のとおり本件発明の実施に加熱変性は不要である。
(6)以上に加えて，引用例１は，本件発明１ないし４とは解決課題及び解決手
段が異なり，先行技術文献とはならないし，引用例４に記載の発明は，プライマー
数を減らすことを解決課題とする発明であるから，仮に引用例５にＯＰが記載され
ているとしても，これを引用発明４に採用することには阻害事由が存在する。
(7)以上のとおり，原告の主張に理由はなく，本件発明の進歩性を肯定した本
件審決の認定・判断は，至極正当である。
３取消事由３（拡大先願に係る認定・判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，①先願明細書に記載の発明について，先願明細書には本件発
明１の領域Ｆ３ｃやⅲ）及びⅳ）のオリゴヌクレオチド（ＯＰ）を用いることが記
載されていない，②甲１３に記載された内容によって，先願明細書に記載の発明の
内容が補われるものではないから，先願明細書によりＯＰが記載されているに等し
いとはいえない，③ＯＰを用いると直線的増幅ができなくなるから，ＯＰの使用が
先願明細書の課題に反するものであって，課題解決の微差ではない，④被告が別件
訴訟で本件発明と先願明細書に記載の発明とが同一であると認めているとしても，
そのこと自体が本件特許が無効であるか否かの判断を左右しないとする。
(2)しかしながら，前記(1)①についてみると，本件発明の特許請求の範囲の記
載において，ＯＰは，領域Ｆ２ｃ又はＲ２ｃの３′末端側にアニールするオリゴヌ
クレオチドであること以外には，一切の規定がないところ，先願明細書の図１３及
び１４に記載のプライマーは，いずれもこれらの要件を満たしている。むしろ，先
願明細書の分割出願（孫出願）である甲１２には，本件発明のＯＰが記載されてい
ることは，先願明細書にＯＰが記載されていることを裏付けるものである。
また，被告は，先願明細書にはＯＰの記載がない旨を主張するが，等温増幅を実
現させるためには，等温条件下でテンプレートからプライマー伸長鎖をはがして１
本鎖にし，次のプライマーのためのテンプレートにする必要があるところ，そのた
めの技術としてＤＮＡポリメラーゼ及びＯＰを用いた技術は，従前から知られてい
た（甲５，１３）。そして，先願明細書は，従来技術としてＯＰを用いたＳＤＡ法
に関する記載があり（【０００６】【０１３９】），図１ないし３では，ＴＰがテンプ
レートにハイブリダイズして伸長した後，ターンバックしてステムループを形成す
ることで，上記の１本鎖を形成し（すなわち，ＴＰがＯＰを同じ役割を果たしてい
る。），図１３では，２つのプライマーを結合させて一方のプライマーをＯＰとして
機能させている。すなわち，図１３①②のプライマーにおいて，一方の３′末端の
配列ｃ′ｄ′は，鋳型核酸の配列ｃｄ（領域Ｆ２ｃ）に相補的な塩基配列Ｆ２に該
当し，ｃ′ｄ′の５′末端側配列ａｂ（領域Ｆ１ｃ）と同一の塩基配列を持つ領域
であり，これらを併せたものがＴＰに該当する一方，プライマーの他方の３′末端
の配列ｇ′ｈ′は，鋳型核酸の配列ｇｈ（領域Ｆ３ｃ）と相補的な塩基配列を持ち，
これがＯＰに該当する。そして，図１３③のとおり，ＴＰ及びＯＰのそれぞれから
鎖伸長反応が起き，図１３④のとおり，ＴＰの伸長鎖が鋳型から分離して１本鎖に
なる。このように，先願明細書には，ＯＰについての記載があるといえる。
(3)前記(1)②についてみると，特許法２９条の２の先願明細書に記載されてい
る発明の技術内容を理解するに当たり，周知技術を参酌することは，可能であるば
かりか，先願明細書は，甲１３を参考として援用する旨を明記しているから，先願
明細書に記載の発明を理解するために甲１３を参照し得ることは，当然である。ま
た，先願明細書に記載の発明は，等温での鎖置換型核酸増幅法（ＳＤＡ法）である
ところ，先願明細書は，ＳＤＡ法について援用する旨を明記している（【０００
６】）から，甲１３によって何を補うべきかは，明らかである。
そして，甲１３のＦＩＧ－１は，ＯＰについて記載しているから，先願明細書に
は，ＯＰを用いたＳＤＡ法について記載している。
よって，先願明細書には，ＯＰが記載されていることになる。
(4)前記(1)③についてみると，先願明細書に記載の発明は，先願明細書の図３
④の核酸（以下「ダンベル型中間体」ともいう。）と一対のＴＰとを用いた非直線
的増幅反応（指数関数的増幅反応）をも課題としており（甲２５，２６参照），先
願明細書には，フォワード及びリバースの双方にＴＰを用いて等温で増幅反応させ
ることについて記載がある（【００２５】）一方で，本件発明は，ＴＰ（プライマー
ＦＡ及びＲＡ）の伸長鎖をＯＰ（プライマーＦ３及びＲ３）の伸長鎖で置換して剥
がすことで合成したダンベル型中間体と一対のＴＰとから，指数関数的増幅（非直
線的増幅）をすることができるものである（本件明細書の図１～３）から，両発明
のダンベル型中間体は，いずれもＴＰの伸長鎖によって形成されており，その機能
も増幅反応も，いずれも同じである。すなわち，先願明細書に記載の発明及び本件
発明１において，非直線的な等温増幅反応で重要なのは，一対のＴＰを使用するこ
とであって，ＯＰは，ＴＰ伸長鎖を鋳型ＤＮＡから剥離する際に働くという等温増
幅反応の開始を補助するだけであって，本質的部分ではない（なお，先願明細書に
おけるダンベル型中間体は，２本鎖として，本件発明のダンベル型中間体は，１本
鎖として，それぞれ記載されているが，これは，表現上の相違であって実質的な相
違ではなく，両者は，「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」で
あるという点で同一の構造である。）。このように，本件発明のＯＰ（プライマーＦ
３及びＲ３）は，非直線的増幅用のダンベル中間体を得るためのものであるが，先
願明細書に記載の発明のように用いなくても先願明細書に記載の発明の課題である
非直線的増幅はできるから，ＯＰを用いることは，課題解決のための微差にすぎな
い。
(5)前記(1)④についてみると，被告は，他の訴訟事件における準備書面及び技
術説明資料（甲８～１１）において，いずれも先願明細書に本件発明と同一の発明
が記載されていることを自認している。したがって，被告は，信義則に基づき，先
願明細書に記載の発明と本件発明の同一性を本件審判及び本件訴訟においては争え
ないというべきである。
(6)以上のとおり，本件発明と先願明細書に記載の発明との間に相違点２は存
在せず，本件審決は，先願明細書に記載の発明の認定を誤っているから，取り消さ
れるべきである。
〔被告の主張〕
(1)先願明細書に記載の発明の技術的思想は，ＴＰである「第１のセグメント
Ｂ′及び第２のセグメントＣを含む第１の初期プライマー（核酸構築物）」，ＴＰで
ある「第１のセグメントＦ及び第２のセグメントＥ′を含む続く初期プライマー
（核酸構築物）」，基質，緩衝液及びテンプレート依存性重合化酵素を提供する工程
と，該特定の核酸配列及び該新規プライマー（核酸構築物）をインキュベートし，
該特定の核酸配列を非線形に増幅する工程と，を包含する増幅方法であって（先願
明細書の図１～３），各末端において，各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子
（図３④のダンベル型中間体）を得ることを目的とするものである（【０１３０】）。
(2)本件発明１は，フォワード側のプライマー及びそのＯＰであるオリゴヌク
レオチドⅰ）及びⅲ）並びにリバース側のプライマー及びそのＯＰであるオリゴヌ
クレオチドⅱ）及びⅳ）との４種のプライマーを含む反応液を反応させることを特
徴とする核酸の合成方法に関する発明である。
他方，先願明細書の図１３及び１４に記載されているプライマーは，３′末端を
２つ有する特殊なプライマーであって，プライマーの中央において５′末端が連結
されており，それを中心に３′末端である矢印が２本出ている構造を有するもので
あって，図１３及び１４は，このような特殊な構造を有するプライマーに由来する
伸長生成物が鋳型核酸から分離されて，順次その特殊な構造により伸長していく一
連の反応を示すものであり，ＯＰを含む反応液を反応させることを含む核酸の合成
方法を開示するものではないし，原告がＯＰとして主張する部分がＯＰとしての機
能を果たすものでもない。
しかも，先願明細書の増幅方法では，動的平衡によりループを形成してプライマ
ー結合部位を再生し，新たな初期プライマーをアニールさせ，その伸長により先の
伸長プライマーを分離することを特徴とするものであり，プライマー伸長生成物の
鋳型からの分離（直線的増幅）が繰り返されるのである。そのため，仮に，初期プ
ライマーの鋳型からの分離方法としてＯＰを使用すると，鋳型とＯＰ伸長生成物と
の２本鎖構造が形成され，上記プライマー結合部位を再生するという機構が生じな
くなるのであるから，先願明細書の増幅方法は，ＯＰを使用する分離方法とは相容
れない特徴を持つものである。
(3)本件訴訟の争点は，あくまでも先願明細書にＯＰが記載されているか否か
であるところ，先願明細書にはその記載がないのであるから，孫出願に当たる甲１
２の記載は関係がないし，甲１２の請求項１６及び１７がＯＰを意味するものであ
るとしても，それは，新規事項の追加を看過した過誤登録に該当するから，甲１２
によって先願明細書にＯＰの記載があることの裏付けとはならない。むしろ，甲１
２の請求項９，１６及び１７は，新規事項であるとして拒絶理由通知がされていた
が，請求項９がＯＰではないことを明らかにする補正により，請求項１６及び１７
の違法も解消されて特許査定がされている（甲１９～２３）ばかりか，請求項１６
及び１７を追加する補正の根拠となった甲１２【０１３０】【０１３２】及び図２
には，いずれもＯＰが一切記載されていないから，甲１２は，原告の主張を裏付け
るものではない。
(4)甲１３は，参考として援用されているのであり，それによって先願明細書
に記載の発明の内容が補われるものではないし，先願明細書が甲１３を引用してい
る部分は，先願明細書に記載の発明とは異なる増幅方法であるＳＤＡ法のバリエー
ションの記載部分であるから，仮に甲１３にＯＰが記載されているとしても，それ
はＳＤＡ法におけるＯＰの使用であって，先願明細書に記載の発明の増幅方法を補
充するものではない。
(5)先願明細書に記載の発明は，ＯＰを用いない増幅方法であり，ＴＰ伸長物
の鋳型からの分離は，動的平衡に依存する不安定なものである一方，本件発明の合
成方法は，ＯＰを利用することにより，不安定な動的平衡に依存せずに確実にＴＰ
伸長生成物を鋳型から分離させることができるものである。このように，ＯＰの使
用の有無は，増幅方法の安定性にも大きく影響するから，ＯＰの使用の有無は，微
差などではあり得ない。
先願明細書の図３に記載の工程は，図３④（ダンベル型中間体）を最終産物とす
るものであって，本件発明１により合成される「１本鎖状に相補的な塩基配列が交
互に連結された核酸」とは明らかに相違するから，非直線的増幅であって共通であ
るとはいえない。
さらに，先願明細書の図１７Ａ及びＢは，いずれも不鮮明であり，いずれのバン
ドが先願明細書に記載の発明の最終産物であるダンベル型中間体に対応するもので
あるかも記載されていない（Ｂでは，バンド同士の密着により，どのようなバンド
が生じているかは，判別不能である。）から，これらの図から段階的な分子量の増
大を読み取ろうとする見解（甲２５，２６）は，本件発明１に基づく後知恵にすぎ
ない。
(6)別件の訴訟事件は，本件特許とは無関係な別件特許の進歩性が争われたも
のであって，先願明細書に対する特許法２９条の２の適用とは無関係であるばかり
か，被告の主張に矛盾抵触はない。
(7)以上のとおり，先願明細書に本件発明が記載されていないとする本件審決
の認定は正当であり，原告の主張には理由がない。
第４当裁判所の判断
１本件発明について
(1)本件明細書の記載について
本件発明は，前記第２の２に記載のとおりであるところ，本件明細書には，おお
むね次の記載がある。
ア本件発明は，核酸の増幅方法として有用な，特定の塩基配列で構成される核
酸を合成する方法に関する（【０００１】）。
イ核酸の塩基配列の相補性に基づく分析方法は，遺伝的な特徴を直接に分析す
ることが可能なため，遺伝的疾患等には非常に有力な手段であるが（【０００２】），
試料中に存在する目的の遺伝子量が少ない場合の検出は，一般に容易ではなく，標
的遺伝子そのもの等を増幅することが必要となる。ＰＣＲ法は，invitroにおけ
る核酸の増幅技術として，現在最も一般的な方法であるが，実施のために特別な温
度調節装置が必要であるし（【０００３】），１塩基多型（ＳＮＰｓ）の解析では，
誤って混入した核酸を鋳型として相補鎖合成が行われた場合，誤った結果を与える
原因となるので，ＰＣＲ法をＳＮＰｓの検出に利用するには，特異性の改善が必要
とされている（【０００４】）。ＬＣＲ法も，合成した相補鎖と鋳型との分離に温度
制御が必要であり（【０００５】），ＳＤＡ法は，温度制御を省略できるが（【０００
６】），鎖置換型のＤＮＡポリメラーゼに加えて，ニックをもたらす制限酵素を組み
合わせる必要があり，コストアップの要因となっているほか，一方の鎖には酵素消
化に耐性を持つように基質としてｄＮＴＰ誘導体を利用しなければならないので，
増幅産物の応用が制限される（【０００７】）。さらに，ＮＡＳＢＡ法は，複雑な温
度制御を不要とするが，複数の酵素の組合せが必須であり，コストの面で不利であ
るし，複数の酵素反応を行わせるための条件設定が複雑なので，一般的な分析方法
として普及させることは，難しい。このように，公知の核酸増幅反応においては，
複雑な温度制御の問題点や複数の酵素が必要となることといった課題が残されてい
る（【０００８】）。
ウ本件発明の課題は，新規な原理に基づき，低コストで効率的に配列に依存し
た核酸の合成を実現することができる方法，すなわち，単一の酵素を用い，しかも，
等温反応条件の下でも核酸の合成と増幅を達成することができる方法の提供である。
さらに，本件発明は，公知の核酸合成反応原理では達成することが困難な高い特異
性を実現することができる核酸の合成方法及びこの合成方法を応用した核酸の増幅
方法の提供を課題とする（【００１４】）。
エ本件発明の発明者らは，鎖置換型の相補鎖合成を触媒するポリメラーゼの利
用が，複雑な温度制御に依存しない核酸合成に有用であることに着目し（【００１
５】），従来技術とは異なる角度から合成起点となる３′－ＯＨの供給について検討
した結果，特殊な構造を持ったオリゴヌクレオチドを利用することによって，付加
的な酵素反応に頼らずとも３′－ＯＨの供給が可能となることを見出し，本件発明
を完成した（【００１６】）。
オ本件発明が合成の目的としている１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結
された核酸とは，１本鎖上に互いに相補的な塩基配列を隣り合わせに連結した核酸
を意味する。さらに，本件発明は，相補的な塩基配列の間にループを形成するため
の塩基配列を含まなければならないが，これをループ形成配列と呼ぶ。本件発明に
よって合成される核酸は，実質的に，上記ループ形成配列によって連結された互い
に相補的な塩基配列で構成される（【００２５】）。すなわち，本件発明における１
本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結した核酸とは，同一鎖上でアニールするこ
とが可能な相補的な塩基配列を含み，そのアニール生成物は，折れ曲がったヒンジ
部分に塩基対結合を伴わないループを構成する１本鎖核酸と定義することもできる
（【００２６】）。
カ本件発明の特徴となっている，３′末端に同一鎖上の一部領域Ｆ１ｃにアニ
ールすることができる領域Ｆ１を備え，この領域Ｆ１が同一鎖上の領域Ｆ１ｃにア
ニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成する
ことができる核酸は，様々な方法によって得ることができる。最も望ましい態様に
おいては，少なくとも，特定の塩基配列を持つ核酸の領域Ｘ２ｃに相補的な塩基配
列を持つ領域Ｘ２及び当該領域Ｘ２ｃの５′末端側に位置する領域Ｘ１ｃと実質的
に同じ塩基配列を持つ領域Ｘ１ｃとで構成され，領域Ｘ２の５′末端側に領域Ｘ１
ｃが連結されたオリゴヌクレオチドを利用した，相補鎖合成反応に基づいてその構
造を与えることができる（【００３２】）。
本件発明に基づくオリゴヌクレオチドとしては，３′末端側から領域Ｆ２－Ｆ１
ｃを備えるＦＡと，同じく領域Ｒ２－Ｒ１ｃを備えるＲＡとがあるが（【００５３】
【００５４】），まず，鋳型となる核酸（３′末端側からＦ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ－
鋳型領域－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３）の領域Ｆ２ｃに対してＦＡの領域Ｆ２をアニールさ
せ，これを合成起点として相補鎖合成を行う。次に，３′末端側から領域Ｆ３を有
するアウタープライマーを鋳型となる核酸の領域Ｆ３ｃにアニールさせ，鎖置換型
の相補鎖合成をＤＮＡポリメラーゼで行うことにより，ＦＡから合成した相補鎖は，
置換され，塩基対結合が可能な状態となる（【００５５】図１）。そして，リバース
プライマーとしてのＲＡの領域Ｒ２が，塩基対結合が可能となったＦＡの領域Ｒ２
ｃにアニールして相補鎖合成が，ＦＡの５′側末端である領域Ｆ１ｃに至る部分ま
で行われる。この相補鎖合成反応に続いて，やはり置換型のアウタープライマーＲ
３がアニールし，鎖置換を伴って相補鎖合成を行うことにより，ＲＡを合成起点と
して合成された相補鎖が置換される。このとき置換される相補鎖は，ＲＡを５′末
端側に持ち，ＦＡに相補的な配列が３′末端に位置する（【００５６】図２）。
なお，鋳型とすべき核酸が２本鎖である場合には，少なくともオリゴヌクレオチ
ドがアニールする領域を塩基対結合が可能な状態とする必要があり，そのためには，
一般に加熱変性が行われるが，これは，反応開始前の前処理として一度だけ行えば
よい（【００６３】）。
キ本件発明において，３′末端側から領域Ｆ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを，５′末
端側から領域Ｒ３－Ｒ２を備える鋳型となる核酸の領域Ｆ２ｃに対して，３′末端
側から領域Ｆ２－Ｆ１ｃを備えるＦＡオリゴヌクレオチドをアニールして，鋳型と
なる核酸の５′末端側に向かう相補鎖合成の起点とし，次に，鋳型となる核酸の領
域Ｆ３ｃに対して，３′末端側に領域Ｆ３を備えるオリゴヌクレオチドをアニール
して，ＦＡオリゴヌクレオチドにより形成された相補鎖を置換し，ＦＡオリゴヌク
レオチドを１本鎖（Ａ）とした上で，更に当該ＦＡオリゴヌクレオチドの３′末端
側の領域Ｒ２ｃに対応する領域Ｒ１から相補鎖合成を行うと，合成された核酸は，
３′末端側から領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを持つことになる。この核酸をさらにア
ウタープライマーによりＲ３を起点とする相補鎖合成によって置換して１本鎖とし，
３′末端が塩基対結合が可能な状態となると，３′末端側の領域Ｆ１は，同一鎖上
のＦ１ｃにアニールし，自己を鋳型とした伸長反応が進む（Ｂ）。そして，上記
３′末端側に位置する領域Ｆ２ｃを塩基対結合を伴わないループとして残す。この
ループには上記ＦＡオリゴヌクレオチドの領域Ｆ２がアニールし，これを合成起点
とする相補鎖合成が行われる（Ｂ）。このとき，先に合成された自身を鋳型とする
相補鎖合成反応の生成物が，鎖置換反応によって置換され塩基対結合が可能な状態
となる（【００４５】図５）。上記ＦＡオリゴヌクレオチドを１種類及びこれをプラ
イマーとして合成された相補鎖を鋳型として核酸合成を行うことが可能な任意のリ
バースプライマーを用いた基本的な構成によって，複数の核酸合成生成物を得るこ
とができる。すなわち，上記ＦＡオリゴヌクレオチドにより置換された鋳型となる
核酸の３′末端にある領域Ｒ１ｃに対して，３′末端側に領域Ｒ１を備えるＲＡオ
リゴヌクレオチドをアニールさせ，ＦＡオリゴヌクレオチドを置換することで，合
成の目的となっている１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸（Ｄ）
が生じる。他方，上記置換によって１本鎖となったＦＡオリゴヌクレオチドにより
形成された相補鎖にＲＡオリゴヌクレオチドがアニールし，相補鎖合成が行われる
ことによって２本鎖となった生成物（Ｅ）は，加熱変性などの処理によって１本鎖
とすれば，再び（Ｄ）を生成するための鋳型となる。また，（Ｄ）は，加熱変性な
どによって１本鎖にされた場合，もとの２本鎖とはならずに高い確率で同一鎖内部
でのアニールが起こり，上記（Ｂ）の状態に戻るので，更にそれぞれが１分子ずつ
の（Ｄ）及び（Ｅ）を与える。これらの工程を繰り返すことによって，１本鎖上に
相補的な塩基配列が交互に連結された核酸を次々に合成していくことが可能である。
１サイクルで生成される鋳型と生成物が指数的に増えていくので，たいへん効率的
な反応となる（【００４６】図６）。ところで上記（Ａ）の状態を実現するためには，
はじめに合成された相補鎖を少なくともリバースプライマーがアニールする部分に
おいて塩基対結合が可能な状態にしなければならない。このステップは，任意の方
法によって達成できる。すなわち，最初の鋳型に対してＦＡオリゴヌクレオチドが
アニールする領域Ｆ２ｃよりも更に鋳型上で３′末端側の領域Ｆ３ｃにアニールす
るアウタープライマー（Ｆ３）を別に用意し，これを合成起点として鎖置換型の相
補鎖合成を触媒するポリメラーゼによって相補鎖合成を行えば，上記領域Ｆ２ｃを
合成起点として合成された相補鎖は，置換され，やがて領域Ｒ２がアニールすべき
領域Ｒ２ｃを塩基対結合が可能な状態とする。鎖置換反応を利用することによって，
ここまでの反応を等温条件下で進行させることができる（【００４７】図５）。
ク本件発明において，１本鎖核酸の３′末端側には，同一鎖上の領域Ｆ１ｃに
相補的な領域Ｆ１が存在するので，当該領域Ｆ１と領域Ｆ１ｃとは，速やかにアニ
ールして相補鎖合成が始まるが，その際，領域Ｆ２ｃが塩基対結合が可能な状態で
維持されたループを形成する。そして，上記領域Ｆ２ｃに相補的な塩基配列を持つ
本件発明のオリゴヌクレオチドＦＡは，上記ループ部分にアニールして，相補鎖合
成の起点となり，先に開始した領域Ｆ１からの相補鎖合成の反応生成物を置換しな
がら進む結果，自身を鋳型として合成された相補鎖は，再び３′末端において塩基
対結合が可能な状態となる。この３′末端は，同一鎖上の領域Ｒ１ｃにアニールし
得る領域Ｒ１を備えており，やはり同一分子内の速やかな反応により，両者は，優
先的にアニールする。このようにして，本件発明による１本鎖上に相補的な塩基配
列が交互に連結された核酸は，次々と相補鎖合成と置換とを継続し，その３′末端
Ｒ１を起点とする伸長を続けることになるが，当該３′末端Ｒ１の同一鎖へのアニ
ールによって形成されるループには常に領域Ｒ２ｃが含まれることから，以降の反
応で３′末端のループ部分にアニールするのは，常に領域Ｒ２を備えたオリゴヌク
レオチドＲＡとなる（【００５７】）。一方，自分自身を鋳型として伸長を継続する
１本鎖の核酸に対して，そのループ部分（領域Ｆ２ｃ）にアニールするオリゴヌク
レオチドを合成起点として相補鎖合成される核酸（ＦＡ）に着目すると，ここでも，
本件発明による１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成が進行
している。そして，この核酸の合成によって置換された核酸が（領域Ｒ２ｃを含む
ループを経て）相補鎖合成を開始すると，やがてその反応は，かつて合成起点であ
ったループ部分（領域Ｆ２ｃ）に達して再び置換が始まる。こうして，ループ部分
（領域Ｆ２ｃ）から合成を開始した核酸も，置換され，その結果，同一鎖上にアニ
ールすることができる３′末端Ｒ１を得て，当該３′末端Ｒ１は，同一鎖の領域Ｒ
１ｃにアニールして，次の相補鎖合成を開始する（【００５８】）。このように，本
件発明においては，１つの核酸の伸長に伴って，これとは別に伸長を開始する新た
な核酸を供給し続ける反応が進行し，更に，鎖の伸長に伴い，末端のみならず，同
一鎖上に複数のループ形成配列がもたらされる。これらのループ形成配列は，鎖置
換反応により塩基対形成可能な状態となると，オリゴヌクレオチドがアニールし，
新たな核酸の生成反応の起点となる。末端のみならず，鎖の途中からの合成反応も
組み合わされることにより，更に効率のよい増幅反応が達成されるのである。以上
のようにリバースプライマーとして本件発明に基づくオリゴヌクレオチドＲＡを組
み合わせることによって，伸長とそれに伴う新たな核酸の生成が起きる。さらに，
本件発明においては，この新たに生成した核酸自身が伸長し，それに付随する更に
新たな核酸の生成をもたらすが，一連の反応は，理論的には永久に継続し，極めて
効率的な核酸の増幅を達成することができるし，本件発明の反応は，等温条件のも
とで行うことができる（【００５９】）。
ケ本件発明の方法により蓄積する反応生成物は，領域Ｆ１－Ｒ１間の塩基配列
とその相補配列が交互に連結された構造を持つ。ただし，繰り返し単位となってい
る配列の両端には，領域Ｆ２－Ｆ１（領域Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ）又は領域Ｒ２－Ｒ１
（領域Ｒ２ｃ－Ｒ１ｃ）の塩基配列で構成される領域が連続している。これは，本
件発明に基づく増幅反応が，オリゴヌクレオチドを合成起点として領域Ｆ２又はＲ
２から開始し，続いて自身の３′末端を合成起点とする領域Ｆ１又はＲ１からの相
補鎖合成反応によって伸長するという原理のもとに進行しているためである（【０
０６０】）。
コ一連の反応は，鋳型となる１本鎖の核酸に対して，４種類のヌクレオチド
（ＦＡ，ＲＡ，アウタープライマーＦ３及びアウタープライマーＲ３），鎖置換型
の相補鎖合成を行うＤＮＡポリメラーゼ及びＤＮＡポリメラーゼの基質となるヌク
レオチドを加え，ＦＡ及びＲＡを構成する塩基配列が相補的な塩基配列に対して安
定な塩基対結合を形成することができ，かつ，酵素活性を維持し得る温度でインキ
ュベートするだけで進行する（【００６２】）。したがって，ＰＣＲ法のような温度
サイクルは必要ない（【００６３】）。
サ本件発明による核酸の合成方法を支えているのは，鎖置換型の相補鎖合成反
応を触媒するＤＮＡポリメラーゼであるが，そのようなものとして知られているポ
リメラーゼ（１１種類の既存のポリメラーゼを列挙。【００７６】）のうち，Ｂｓｔ
ＤＮＡポリメラーゼ等は，ある程度の耐熱性を持ち，触媒活性も高いことから特に
望ましい酵素である。本件発明の反応は，望ましい態様においては等温で実施する
ことができるが，融解温度の調整などのために必ずしも酵素の安定性に相応しい温
度条件を利用できるとは限らないから，酵素が耐熱性であることは，望ましい条件
の一つである。また，等温反応が可能とはいえ，最初の鋳型となる核酸の提供のた
めにも加熱変性は行われる可能性があり，その点においても耐熱性酵素の利用は，
アッセイプロトコールの選択の幅を広げる（【００７７】）。
シ本件発明による核酸の合成方法又は増幅方法に必要な各種の試薬類は，あら
かじめパッケージングしてキットとして供給することができる。具体的には，本件
発明のために，相補鎖合成のプライマーとして，あるいは置換用のアウタープライ
マーとして必要な各種のオリゴヌクレオチド，相補鎖合成の基質となるｄＮＴＰ，
鎖置換型の相補鎖合成を行うＤＮＡポリメラーゼ，酵素反応に好適な条件を与える
緩衝液，更に必要に応じて合成反応生成物の検出のために必要な試薬類で構成され
るキットが提供される。特に，本件発明の望ましい態様においては，反応途中で試
薬の添加が不要なことから，１回の反応に必要な試薬を反応容器に分注した状態で
供給することにより，サンプルの添加のみで反応を開始できる状態とすることがで
きる。発光シグナルや蛍光シグナルを利用して反応生成物の検出を反応容器のまま
で行えるようなシステムとすれば，反応後の容器の開封を全面的に廃止することが
できる（【００８０】）。
ス本件発明の特徴は，ごく単純な試薬構成で容易に達成できることにある。例
えば，本件発明によるオリゴヌクレオチドは，特殊な構造を持つとはいえ，それは，
塩基配列の選択の問題であって，物質としては単なるオリゴヌクレオチドである。
また，望ましい態様においては，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリ
メラーゼのみで反応を進めることができるなど，全ての酵素反応を単一の酵素によ
って行うことができる。したがって，本件発明による核酸合成方法は，コストの点
においても有利である。このように，本件発明の合成方法及びそのためのオリゴヌ
クレオチドは，操作性（温度制御不要），合成効率の向上，経済性そして高い特異
性という，複数の困難な課題を同時に解決する新たな原理を提供する（【００２
４】）。
(2)本件発明の構成及び合成反応について
ア本件発明を構成するオリゴヌクレオチド（プライマー）等について
本件発明１における鋳型核酸は，ⅱ）において「ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプ
ライマーとして合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃ」とされているので，
領域Ｒ２ｃに相補的な領域Ｒ２を有しており，また，ⅳ）において，「ⅰ）のオリ
ゴヌクレオチドをプライマーとして合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃの
３′末端側に位置する任意の領域Ｒ３ｃ」とされているので，鋳型核酸は，領域Ｒ
３ｃに相補的な領域Ｒ３を領域Ｒ２の５′末端側に有していることが理解できる。
したがって，鋳型核酸は，３′末端側から順に領域Ｆ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを有す
るとともに，５′末端側から順に領域Ｒ３－Ｒ２を含むものといえる。しかし，本
件発明２においては，「ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマーとして合成された
相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃとその５′末端側に位置する領域Ｒ１ｃ」と特定
されているので，本件発明２の鋳型核酸は，５′末端側から順に領域Ｒ３－Ｒ２－
Ｒ１を有するものである。
また，ⅰ）のオリゴヌクレオチドは，「前記Ｆ２ｃに相補的な塩基配列を持つ領
域の５′末端側に前記Ｆ１ｃと同一の塩基配列を持つ領域を連結して含む」ものな
ので，３′末端が領域Ｆ２であり，５′末端が領域Ｆ１ｃであるプライマーである。
ⅱ）のオリゴヌクレオチドは，「領域Ｒ２ｃに相補的な塩基配列を含む」ものな
ので，３′末端が領域Ｒ２であるプライマーであるが，当該領域Ｒ２よりも５′末
端側の塩基配列は，特定されていないから，当該部分には任意の領域が存在するこ
とが可能である。しかし，本件発明２においては，「（ⅱ）のオリゴヌクレオチドが
…前記Ｒ２ｃと相補的な塩基配列を持つ領域の５′末端側に前記Ｒ１ｃと同じ塩基
配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチドで構成されるプライマー」と特
定されているので，本件発明２のⅱ）のオリゴヌクレオチドは，３′末端が領域Ｒ
２であり，その５′末端側に領域Ｒ１ｃを有するものである。
ⅲ）のオリゴヌクレオチドは，「Ｆ３ｃに相補的な塩基配列を持つ」ものなので，
３′末端が領域Ｆ３であるプライマーである。
ⅳ）のオリゴヌクレオチドは，「領域Ｒ３ｃに相補的な塩基配列を持つ」ものな
ので，３′末端が領域Ｒ３であるプライマーである。
そして，本件発明３及び４は，それぞれ，本件発明１及び２で掲げられた核酸等
を備えたプライマーセットである。
イ本件発明の合成反応について
本件発明１は，前記アに記載のオリゴヌクレオチド（プライマー）等を「混合し，
実質的に等温で反応させることを特徴とする，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互
に連結された核酸の合成方法」であるが，その特許請求の範囲の記載からは，上記
オリゴヌクレオチド（プライマー）等がどのような合成反応により上記「１本鎖上
に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」を合成するに至るのかは，一義的に
明確とはいえない。
そこで，前記(1)に記載の本件明細書の記載を参酌し，併せて，本件出願日当時
の当業者の技術常識であったと認められる，①１本鎖の核酸の特定の領域の塩基配
列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを，当該領域にアニールさせて
２本鎖とすることができること，②ＤＮＡポリメラーゼの機能によって，部分的に
２本鎖となった鋳型核酸の３′末端が鋳型核酸の１本鎖となっている部分に対して
相補鎖合成を行うということ（引用例２参照），③特定のＤＮＡポリメラーゼが触
媒となって，他の核酸にアニールしたオリゴヌクレオチドの３′末端が塩基対結合
の置換による相補鎖合成反応を示すこと（前記(1)イ及びサ参照）を考慮すると，
本件発明１は，次の合成反応を想定しており，後記(オ)及び(キ)の反応により，
「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」が得られるものと認めら
れる（なお，本件発明の特許請求の範囲の記載との対比から，本件明細書の上記部
分並びに図５及び６における「Ｒ１」及び「Ｒ１ｃ」は，いずれも「Ｒ２」及び
「Ｒ２ｃ」の誤記であると認める。）。
(ア)反応１：鋳型核酸にⅰ）のオリゴヌクレオチドがアニールし，鋳型核酸と
それに相補的な塩基配列を有する核酸の２本鎖が得られる。
(イ)反応２：前記反応１で得られた２本鎖の末端で１本鎖となっている鋳型核
酸の領域Ｆ３ｃにⅲ）のオリゴヌクレオチドがアニールし，先に合成された相補鎖
を置換しながら相補鎖合成が進行する結果，ⅰ）のオリゴヌクレオチドが１本鎖と
なる。
(ウ)反応３：前記反応２で得られた１本鎖核酸の領域Ｒ２ｃにⅱ）のオリゴヌ
クレオチドがアニールし，当該１本鎖の核酸の領域Ｒ２ｃの５′末端側の塩基配列
に対する相補鎖が合成され，当該核酸とそれに相補的な塩基配列を有する核酸の２
本鎖が得られる。
(エ)反応４：前記反応３で得られた２本鎖の末端で１本鎖となっている領域Ｒ
３ｃにⅳ）のオリゴヌクレオチドがアニールし，先に合成された相補鎖を置換しな
がら相補鎖合成が進行する結果，ⅱ）のオリゴヌクレオチドが１本鎖となる。
(オ)反応５：前記反応４で得られた１本鎖は，３′末端側から順に領域Ｆ１－
Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを有するので，当該領域Ｆ１と領域Ｆ１ｃとがアニールしてループ
を形成し，次いで，当該３′末端から当該１本鎖の核酸の領域Ｆ１ｃの５′末端側
の塩基配列に対する相補鎖が合成される結果，当該塩基配列とそれに相補的な塩基
配列が１本鎖上に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃのループを介して交互に連結した核酸
（「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」）が得られる。
(カ)反応６：前記反応５で得られた核酸のループ部分の領域Ｆ２ｃにⅰ）のオ
リゴヌクレオチドがアニールし，当該核酸の塩基対結合を置換しながら，当該核酸
の領域Ｆ１ｃの５′末端側の塩基配列に対する相補鎖が合成される。
(キ)反応７：前記反応６の相補鎖合成反応によって塩基対結合が可能となった
前記核酸の領域Ｒ２ｃにⅱ）のオリゴヌクレオチドがアニールし，当該核酸の５′
末端側の塩基配列に対する相補鎖が合成され，その際，前記反応６で形成された２
本鎖が置換される結果，当該核酸及びこれを鋳型とした相補鎖からなる２本鎖の核
酸が得られるが，これらの２本鎖は，それぞれ，特定の塩基配列とそれに相補的な
塩基配列が１本鎖状に，３′末端側から順に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ（鋳型とな
った核酸）又は領域Ｆ１－Ｆ２－Ｆ１ｃ（ⅱ）のオリゴヌクレオチド）を介して交
互に連結した核酸（「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」）であ
る。
(ク)反応８：前記反応７によって置換されて１本鎖となった核酸の領域Ｒ２ｃ
にⅱ）のオリゴヌクレオチドがアニールし，当該核酸の領域Ｒ２ｃの５′末端側の
塩基配列に対する相補鎖が合成され，当該核酸及びこれを鋳型とした相補鎖からな
る２本鎖の核酸が得られる。
(3)本件発明の課題，課題解決手段及び作用効果について
以上のとおり，本件発明の特許請求の範囲の記載及び本件明細書の記載によれば，
本件発明は，核酸の合成に当たり，従来技術では，複雑な温度調節又は複数の酵素
の組合せが必要であったという課題を解決するため，本件発明の構成，特に，３′
末端側から領域Ｆ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを備える鋳型となる核酸を基にして，これ
に特定の領域を備えたオリゴヌクレオチド及び鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒す
るＤＮＡポリメラーゼ等を混合することで，当該オリゴヌクレオチドの反応により，
１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸を，等温条件かつ単一の酵素
を利用するだけで合成させることを可能とし，これによって操作性，合成効率の向
上，経済性及び高い特異性を実現するという作用効果を有するほか，上記核酸を合
成するプライマーセットを実現するものであるといえる。
２取消事由１（実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り）について
(1)実施可能要件について
ア本件特許は，平成１１年１１月８日出願に係るものであるから，法３６条４
項が適用されるところ，同項には，「発明の詳細な説明は，…その発明の属する技
術の分野における通常の知識を有する者がその実施をすることができる程度に明確
かつ十分に，記載しなければならない。」と規定している。
特許制度は，発明を公開する代償として，一定期間発明者に当該発明の実施につ
き独占的な権利を付与するものであるから，明細書には，当該発明の技術的内容を
一般に開示する内容を記載しなければならない。法３６条４項が上記のとおり規定
する趣旨は，明細書の発明の詳細な説明に，当業者が容易にその実施をすることが
できる程度に発明の構成等が記載されていない場合には，発明が公開されていない
ことに帰し，発明者に対して特許法の規定する独占的権利を付与する前提を欠くこ
とになるからであると解される。
そして，物の発明における発明の実施とは，その物を生産，使用等をする行為を
いうから（特許法２条３項１号），物の発明については，明細書にその物を製造す
る方法についての具体的な記載が必要であり，方法の発明における発明の実施とは，
その方法の使用をする行為をいうから（同法２条３項２号），方法の発明について
は，明細書にその発明の使用を可能とする具体的な記載が必要であるが，そのよう
な記載がなくても明細書及び図面の記載並びに出願当時の技術常識に基づき当業者
がその物を製造し又はその方法を使用することができるのであれば，上記の実施可
能要件を満たすということができる。
イ本件発明１は，前記１(2)イに説示のとおり，本件明細書の記載及び本件出
願日当時の当業者の技術常識に従えば，前記１(2)イ(ア)ないし(ク)に記載の反応
１ないし８が生じ，その結果，反応５及び７において「１本鎖上に相補的な塩基配
列が交互に連結された核酸」が合成されるものと認められる。
したがって，本件発明１は，いずれも本件明細書及び本件出願日当時の技術常識
に照らして当業者が使用可能であると認められる。
ウ本件発明３は，本件発明１の方法を実施するためのプライマーセットである
が，前記イに説示のとおり，本件発明１は，実施可能であるから，当業者は，本件
明細書及び本件出願日当時の技術常識に照らして本件発明３のプライマーセットを
製造することができたものと認められる。
エよって，本件発明１及び３は，いずれも本件明細書の記載及び本件出願日当
時の技術常識に照らして当業者が使用又は製造可能なものであるといえる。
(2)サポート要件について
ア本件特許は，平成１１年１１月８日出願に係るものであるから，法３６条６
項１号が適用されるところ，同号には，特許請求の範囲の記載は，「特許を受けよ
うとする発明が発明の詳細な説明に記載したものであること」でなければならない
旨が規定されている（サポート要件）。
特許制度は，発明を公開させることを前提に，当該発明に特許を付与して，一定
期間その発明を業として独占的，排他的に実施することを保障し，もって，発明を
奨励し，産業の発達に寄与することを趣旨とするものである。そして，ある発明に
ついて特許を受けようとする者が願書に添付すべき明細書は，本来，当該発明の技
術内容を一般に開示するとともに，特許権として成立した後にその効力の及ぶ範囲
（特許発明の技術的範囲）を明らかにするという役割を有するものであるから，特
許請求の範囲に発明として記載して特許を受けるためには，明細書の発明の詳細な
説明に，当該発明の課題が解決できることを当業者において認識できるように記載
しなければならないというべきである。法３６条６項１号の規定する明細書のサポ
ート要件が，特許請求の範囲の記載を上記規定のように限定したのは，発明の詳細
な説明に記載していない発明を特許請求の範囲に記載すると，公開されていない発
明について独占的，排他的な権利が発生することになり，一般公衆からその自由利
用の利益を奪い，ひいては産業の発達を阻害するおそれを生じ，上記の特許制度の
趣旨に反することになるからである。
そして，特許請求の範囲の記載が，明細書のサポート要件に適合するか否かは，
特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し，特許請求の範囲に記
載された発明が，発明の詳細な説明に記載された発明で，発明の詳細な説明の記載
により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲内のものであるか否
か，あるいは，その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該
発明の課題を解決できると認識できる範囲内のものであるか否かを検討して判断す
べきものである。
イこれを本件発明についてみると，本件明細書は，前記１(1)キに記載のとお
り，本件発明１における核酸の合成反応及び技術的思想に関する詳細な説明を記載
しており，本件発明３については，以上に加えて前記１(1)シに，それぞれその構
成及びその技術的意義に関する詳細な説明を記載しており，これらの記載は，いず
れも当業者が本件発明の課題を解決できると認識できるものであると認められる。
(3)原告の主張について
ア原告は，本件発明１で１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸
を作るに当たり，一対のＴＰを用いない限り加熱変性が必要であることから，本件
発明１及び３が実施可能要件又はサポート要件に違反する旨を主張するもののよう
である。
しかしながら，加熱変性を用いる上記核酸の製造それ自体は，本件発明の特許請
求の範囲には属していないばかりか，本件明細書は，前記１(1)キに記載のとおり，
一対のＴＰ及び加熱変性をいずれも用いることなく当該核酸を合成する反応につい
て具体的に記載している。したがって，一対のＴＰを用い，あるいは加熱変性を用
いることにより上記核酸を合成できるからといって，本件発明１及び３が実施不可
能となり，あるいは本件明細書に記載されたものでなくなるというものではない。
したがって，原告の上記主張は，採用できない。
イ原告は，本件発明１の反応が起きていることを示す実証データが必須である
のに，本件明細書には当該実証データが記載されていない旨を主張する。
しかしながら，前記(1)に説示のとおり，本件発明１の各構成は，いずれも本件
明細書の記載及び本件出願日当時の技術常識に照らして当業者が使用又は製造可能
なものであるから，当業者は，本件発明１で生じている反応を理解することが可能
であり，かつ，本件明細書には，本件発明１で特定される領域を含むプライマーと
ＤＮＡポリメラーゼを使用した相補鎖合成反応について実施例として記載されてい
る（【００８７】以下）。
したがって，原告の上記主張は，失当であり，採用できない。
(4)小括
よって，本件発明１及び３は，いずれも実施可能要件及びサポート要件を満たす
ものというべきである。
３取消事由２（引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り）について
(1)引用例１の記載について
本件審決が認定した引用発明１は，前記第２の３(2)アに記載のとおりであると
ころ，引用例１は，「THEJOURNALOFBIOLOGICALCHEMISTRYVol.266,No.21,pp.
14031-14038」に掲載された「Ｔ４バクテリオファージ由来ｕｖｓＸリコンビナー
ゼによるスナップバックＤＮＡ合成における増幅反応」と題する学術論文であり，
そこには，おおむね次の記載がある。
ア観察に基づき，スナップバックＤＮＡ合成における増幅に関して，次のモデ
ルを提案する。
(ア)工程１：Ｔ４ホロ酵素が，スナップバック機構により，直鎖ｓｓＤＮＡ鋳
型を複製する。この反応の生成物は，長い２本鎖のヘアピンであり，それは，出発
物質である直鎖ｓｓＤＮＡに対して相同である。
(イ)工程２：ｕｖｓＸタンパク質が，直鎖ｓｓＤＮＡ分子と工程１における２
本鎖ヘアピン化合物との間の結合を触媒する。ｕｖｓＸタンパク質によって触媒さ
れるＤＮＡ分岐点移動の，５′から３′への方向性（ｓｓＤＮＡへの侵入に関す
る）により，当該３′末端は，Ｄ－ループ構造に組み込まれ，そこで，ＤＮＡ複製
を開始できる状態を保つ（脚注６：ヘアピン構造領域におけるループ部分の２重鎖
は，直鎖状ｓｓＤＮＡと非相同的であり，このため，３′末端の対合が困難になっ
ている。）。
(ウ)工程３及び４：このように開始されるＤＮＡ合成により，Ｄ－ループ中間
体を，ダイマー長の直鎖２本鎖に分解し，当該直鎖２本鎖は，複製開始ＤＮＡ合成
における鋳型としてもよい。
(エ)工程５及び６：ｕｖｓＸタンパク質が直鎖ｓｓＤＮＡ分子（出発物質）と
２本鎖の二量体中間体の相同性タンパク質との間のシナプシスを触媒し，ＤＮＡ合
成を開始する。「（ＤＮＡ）バブル移動」機構によるこの鋳型の複製によって，内部
相補的であり，急速に復元するダイマー長の直鎖ｓｓＤＮＡ分子が生じる。
(オ)工程７：この生成物の復元によって，工程１と同一のヘアピン構造が形成
される。そして，これらの生成物は，新たなＤＮＡ合成に用いてもよく，それによ
って，これらの生成物は，増幅される。
イ前記アの方法は，Ｔ４ｕｖｓＸタンパク質の複製開始活性に基づく，当該タ
ンパク質によるスナップバックＤＮＡ合成の増幅モデルであり，ｕｖｓＸタンパク
質が触媒する，直線ｓｓＤＮＡプライマー／テンプレート（鋳型）と，スナップバ
ック複製のｄｓＤＮＡ産物との再結合が，スナップバック産物と同じ配列を持つ２
倍の長さの２重鎖を産生するＤＮＡ合成を開始する。このテンプレート（鋳型）に
おける再結合で開始されたＤＮＡ合成は，スナップバック産物の産生を増幅させる。
ウこのスナップバックのＤＮＡ合成反応は，比較的シンプルな，試験管内シス
テムにおいて，高い精度のＤＮＡポリメラーゼを用いて実施されるＤＮＡの等温増
幅プロセスの一例である。
エｕｖｓＸタンパク質の非存在下でも，３種のテンプレート（鋳型）の全てに
おいて，ごくわずかながらＤＮＡ合成が起こった。
(2)引用例１に記載の発明及び本件発明１との相違点の各認定について
ア前記(1)の引用例１の記載によれば，そこには，「Ｔ４ホロ酵素がスナップバ
ック機構により中央にヘアピン構造を有する長い２本鎖ＤＮＡを合成し，これに当
該２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって
侵入し，当該直鎖ｓｓＤＮＡがプライマーとして機能して鎖置換型の相補鎖合成を
行うことによる，ｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存する，Ｔ４ホロ酵素
を用いたスナップバックＤＮＡ増幅機構」が記載されており，引用例１に記載の発
明は，本件発明１とは，鋳型となる核酸から新たな核酸を合成する方法である点で
一致するものと認められる。
なお，本件審決による引用発明１の認定は，引用例１に記載の発明の構成の一部
を課題として認定し，あるいは引用例１に記載の図８をそのまま引用するものであ
って，引用例１に記載の発明の構成を必ずしも具体的に示しておらず，本件発明と
の対比をすべき発明を認定するものとしては，措辞が不適切であるが，そのことは，
直ちに本件審決を取り消すべき違法を生ずるものではない。
イこの点に関して，原告は，引用例１におけるヘアピン構造が本件発明の反応
に現れるループ部分に相当し，同じく直鎖ｓｓＤＮＡがプライマー（オリゴヌクレ
オチド）に相当するから，本件審決による引用発明の認定には誤りがある旨を主張
する。
しかしながら，前記１(2)イ(オ)及び(カ)に記載のとおり，本件発明１の反応５
で現れる核酸のループ部分（ループ形成配列）は，３′末端に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－
Ｆ１ｃの塩基配列で構成されるものである一方，引用例１に記載の発明のヘアピン
構造は，Ｔ４ホロ酵素のスナップバック機構により生ずるものであるばかりか，前
記(1)ア(イ)に記載のとおり，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造領域に
おけるループ部分の２重鎖は，直鎖状ｓｓＤＮＡと非相同的であり，このため，
３′末端の対合が困難になっているとされていることからも明らかなように，本件
発明１の反応５で現れるループ形成配列における領域Ｆ２ｃに相当する部分を欠く
ものである。
また，本件発明１の反応６においてアニールするⅰ）のオリゴヌクレオチドは，
前記１(2)アに説示のとおり，３′末端に領域Ｆ２を備えており，当該領域Ｆ２部
分が上記ループ部分の領域Ｆ２ｃにアニールするというものであり，かつ，当該オ
リゴヌクレオチドの構成及びそれに基づくアニールの方法は，いずれも反応６以下
を実現させる上で不可欠の構成である一方，引用例１に記載の発明は，既存の２本
鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存し
て侵入するというものであって，アニールされる直鎖ｓｓＤＮＡの構成及びアニー
ル（侵入）の方法が，いずれも本件発明１とは相違するというほかない。
したがって，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，本件発明１の反応
５で現れるループ部分に相当するということはできず，かつ，引用例１に記載の発
明における直鎖ｓｓＤＮＡによる侵入は，本件発明１の反応６で用いられるⅰ）の
オリゴヌクレオチドによるアニールに相当するということができないから，両者の
核酸合成は，「本件発明１においては，ループ部分の領域Ｆ２ｃにⅰ）のオリゴヌ
クレオチドの３′末端に備わる領域Ｆ２がアニールし，当該３′末端を合成起点と
して相補鎖が合成されることが想定されているのに対して，引用例１に記載の発明
では，鋳型と相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入
し，当該直鎖ｓｓＤＮＡがプライマーとして機能して相補鎖合成が行われる」点で
実質的に相違するというべきである（以下「相違点Ａ」という。）。
(3)引用例１に記載の発明に基づく本件発明１の容易想到性について
ア引用例１に記載の発明と本件発明１とでは，鋳型となる核酸から新たな核酸
を合成する方法である点で一致し，技術分野が同一であるといえる。他方，本件発
明１と引用例１に記載の発明との間には，少なくとも前記(2)イに認定の相違点Ａ
が存在する。
イそこで，相違点Ａについてみると，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に
記載の発明におけるヘアピン構造は，Ｔ４ホロ酵素のスナップバック機構により生
ずるものであって，本件発明のループ形成配列における領域Ｆ２ｃに相当する部分
を欠くものであるから，構成として自己完結しているものであって，引用例１には，
鋳型となる核酸から新たな核酸を合成するに当たって，本件発明１の相違点Ａに係
る構成を採用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，技術分野
を同じくする他の文献にも，この点に関する示唆ないし動機付けは見当たらない。
また，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記載の発明は，既存の２本鎖ＤＮ
Ａに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存して侵入
するというものであって，相補鎖の置換を開始するための方法としては，本件発明
１における塩基対結合の相補性を利用したアニールと全く異なる原理に基づくもの
であるから，引用例１には，鋳型となる核酸から新たな核酸を合成するに当たって，
引用例１に記載の発明の相違点Ａに係る構成に代えて，本件発明１の相違点Ａに係
る構成を採用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，技術分野
を同じくする他の文献にも，この点に関する示唆ないし動機付けは見当たらない。
(4)原告の主張について
ア原告は，平衡反応（呼吸）により２本鎖が１本鎖になり得ることが周知であ
り（引用例２），そのようにして形成されたループにプライマーがアニールし得る
ことも周知であるから，引用例１に記載の発明においても，ｕｖｓＸタンパク質を
用いなくてもＤＮＡの増幅が可能であり，引用例１には，その旨の記載もある（前
記(1)エ）と主張する。
そこで検討すると，引用例２は，「DNAREPLICATIONSECONDEDITION（ＤＮＡ複
製第２版）」という学術書であって，そこには，２本鎖の核酸の末端部分における
現象であって，末端領域の塩基配列と，これに相補的な塩基配列の領域が内側に存
在するという特殊な塩基配列を有する場合の現象として，平衡反応（呼吸）につい
ての記載がある。しかしながら，引用例１にいうＤ－ループは，２本鎖を形成した
核酸の中央部分に位置するものであり，かつ，上記平衡反応（呼吸）が生じている
場合にみられるような特殊な塩基配列を有しているか否かは明らかではないばかり
か，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，前記(3)イに説示のとおり，
構成として自己完結しているものであって，引用例１には，ＤＮＡの増幅に当たっ
て，引用例１に記載の発明に対して引用例２に記載の上記現象を適用させるに足り
る示唆ないし動機付けが見当たらない。また，引用例１には，前記(1)エに記載の
とおり，ｕｖｓＸタンパク質の非存在下でもごく僅かながらＤＮＡ合成が起こった
旨の記載があるものの，当該ＤＮＡ合成の発生がごく僅かであることに加えて，引
用例１には，当該ＤＮＡ合成が発生した理由ないし作用機序については何ら触れる
ところがないから，単にごく僅かのＤＮＡが発生したという現象を確認できるにと
どまり，これをもって，引用例２に記載の技術を適用させるに足りる示唆ないし動
機付けがあると認めるには足りない。むしろ，引用例１は，もっぱらｕｖｓＸタン
パク質の使用を前提としたＤＮＡ増幅反応について論じた学術論文であるから，当
業者は，引用例１の上記記載に基づいて，ｕｖｓＸタンパク質を使用せずに引用例
１に記載の発明を実施することを動機付けられるものではない。
したがって，原告の上記主張は，いずれも採用できない。
イまた，原告は，本件発明１のポイントが，①ループの３′末端からの自己伸
長反応と，②引用例１に記載のループにアニールしたプライマーの伸長反応の２つ
の構成要件の組合せであるが，①及び②が，いずれも周知技術であって，引用例１
には，②が等温増幅反応のモデルになるという教示がある（前記(1)ウ）から，両
者を組み合わせることが容易である旨を主張する。
しかしながら，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記載の発明は，既存の２
本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存
して侵入するというものであって，相補鎖の置換を開始するための方法としては本
件発明１における塩基対結合の相補性を利用したアニールとは全く異なる原理に基
づくものであるから，上記②にいうループにアニールしたプライマー（オリゴヌク
レオチド）の伸長反応が記載されているとはいえない。
したがって，原告の上記主張は，前提を欠くものであって，採用できない。
ウ原告は，本件発明が１サイクルごとに加熱変性を用いなければ増幅が進行し
ない部分を含んでいることを前提として，引用発明４及び５を組み合わせることに
阻害要因がなく，また，ＰＣＲ法より劣った合成方法であるとして，本件発明が進
歩性を欠く旨を主張する。
しかしながら，本件発明１は，「実質的に等温増幅で反応させる」ものであり，
加熱変性を用いる方法は，本件発明の特許請求の範囲には属していないから，原告
の上記主張は，前提を欠くものである。
したがって，原告の上記主張は，採用できない。
(5)小括
よって，本件優先権主張日当時の当業者は，引用例１に記載の発明に基づき，本
件発明１の相違点Ａに係る構成を容易に想到することができなかったものというほ
かない。
また，本件発明２は，本件発明１を引用する発明であるところ，本件発明１の相
違点Ａに係る構成は，上記のとおり，引用例１に基づいて当業者が容易に想到する
ことができなかったものであるから，本件発明２も，同じく容易に想到することが
できなかったものというべきである。
本件発明３は，本件発明１の１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核
酸の合成方法で使用するものであるが，引用例１に基づいて本件発明１及び２をい
ずれも当業者が容易に想到することができなかった以上，本件発明３も，同じく容
易に想到することができなかったものである。また，本件発明４は，本件発明３を
引用する発明であるところ，引用例１に基づいて本件発明３を当業者が容易に想到
することができなかった以上，同じく容易に想到することができなかったものとい
うべきである。
４取消事由３（拡大先願に係る認定・判断の誤り）について
(1)先願明細書の記載について
先願明細書（甲６の１）は，「核酸を増幅するため，核酸配列のための終結後標
識プロセス，および減少した熱力学安定性を有する核酸を生成するための新規の方
法」という名称の発明について記載された明細書及び図面であるが，そこには，別
紙図１ないし３のほか，おおむね次の記載がある。
ア「特定の核酸配列を非直線的に増幅するためのプロセスであって，以下の工
程：
該特定の核酸配列，
該特定の核酸配列についての第１の初期プライマーまたは核酸構築物であって，
該第１の初期プライマーまたは核酸構築物が，以下の２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって，（ⅰ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質
的に相補的であり，そして（ⅱ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る，セグ
メント，および，
（Ｂ）第２のセグメントであって，（ⅰ）該第１のセグメントに実質的に非同一
であり，そして（ⅱ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり，
（ⅲ）該第２のセグメントの相補的配列に結合し得，そして（ⅳ）第２のプライマ
ー伸長が生成されて第１のプライマー伸長を置換するように，均衡または限定サイ
クリング条件下で，続く第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの，
該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る，セグメント，を含む；な
らびに，
該特定の核酸配列の相補体に対する続く初期プライマーまたは核酸構築物であっ
て，該続く初期プライマーまたは該核酸構築物が，以下の２つのセグメント，
（Ａ）第１のセグメントであって，（ⅰ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質
的に相補的であり，そして（ⅱ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る，セグ
メント，および，
（Ｂ）第２のセグメントであって，（ⅰ）該第１のセグメントに実質的に非同一
であり，（ⅱ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり，（ⅲ）該第２
のセグメントの相補的配列に結合し得，そして（ⅳ）第２のプライマー伸長が生成
され，そして第１のプライマー伸長を置換するように，均衡または限定サイクリン
グ条件下で，続くプライマーの第１のセグメントの，該特定の核酸配列の該第１の
部分への結合を提供し得る，セグメント，を含む：ならびに基質，緩衝液，および
テンプレート依存性重合化酵素；を提供する工程：ならびに，
均衡または限定サイクリング条件下で，該基質，緩衝液，またはテンプレート依
存性重合化酵素の存在下で，該特定の核酸配列および該新規プライマーまたは核酸
構築物をインキュベートし；それにより，該特定の核酸配列を非線形に増幅する，
工程，を包含する，プロセス。」（【請求項１２】）
イ本発明は，組換え核酸技術の分野に関し，より詳細には，核酸増幅，核酸配
列決定のための終結後標識及び減少した熱力学安定性を有する核酸の生成のための
プロセスに関する（【０００１】）。
本発明では，「均衡条件」とは，実質的に定常な温度及び／又は化学条件をいい
（【００８１】），「限定サイクル条件」とは，使用される最高温度が，そのテンプレ
ートから伸長プライマーを分離するのに必要な温度以下である一連の温度をいい
（【００８２】），「初期プライマー」とは，伸長されていないプライマー又はプライ
マー構築物をいい（【００８６】），「標準的なプライマー」とは，伸長後に合成され
る配列での二次構造形成に実質的に関与しないプライマーをいう（【００８７】）。
ウ本発明は，特定の核酸配列を非直線的に増幅するプロセスを提供する。この
プロセスにおいては，増幅されることが求められている目的の特定の核酸配列，第
１初期プライマー（以下「第１プライマー」という。），後続の初期プライマー（以
下「第２プライマー」という。），基質，緩衝液及びテンプレート依存性ポリマー化
酵素が提供される。第１プライマー及び第２プライマーは，いずれも，（ⅰ）特定
の核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり，（ⅱ）テンプレート依存性第１
伸長が可能であると特徴付けられる第１セグメントのほか，（ⅰ）第１セグメント
と実質的に同一でない，（ⅱ）特定の核酸配列の第２部分と実質的に同一である，
（ⅲ）第２セグメントの相補配列に結合し得る，（ⅳ）均衡又は限定サイクル条件
下で，第１プライマー又は第２プライマーの第１セグメントの，特定の核酸配列の
第１部分への続く結合を提供し得る，という４つの特徴を備える第２セグメントを
含む。このような条件下及び方法において，先に伸長したプライマーを置換するた
めに，次のプライマー伸長を生成する。このプロセスを行うために，特定の核酸配
列及び新規のプライマーが，基質，緩衝液及びテンプレート依存性ポリマー化酵素
の存在下で，均衡又は限定サイクル条件下で，インキュベートされることにより，
目的の特定の核酸配列が非直線的に増幅される（【００７４】【０１１２】【０１１
３】）。
エ本発明の特定の局面において，新規のプライマーは，少なくとも，テンプレ
ートに結合し得，そして伸長のためにそれを使用し得る第１セグメント，及び目的
の標的の配列に実質的に同一であり，第１セグメントの伸長配列との自己ハイブリ
ダイゼーションによって形成される二次構造の形成を可能にする第２セグメントの，
２つのセグメントを含む（【００９４】）。本発明における新規のプライマーのテン
プレート依存性伸長は，自己ハイブリダイゼーションによって形成されるステムル
ープ構造及び新規のプライマーを含む配列に同一又は相補的でない伸長配列を有す
る産物を作製し得る（【０１０３】）。この産物は，図１に例示され，そこにおける
二次構造の形成は，テンプレートからの，伸長した新規のプライマーの第１セグメ
ントの全て又は一部の除去を提供し得る（【０１０４】）。
オ前記のとおり，新規のプライマーの結合及び伸長は，均衡又は限定サイクル
条件下で，複数のプライマー結合及び伸長事象についてのテンプレートの使用を可
能にし得る。新規の結合及び伸長事象は，以前にそのテンプレートに対して伸長し
ている核酸鎖の分離を可能にするため，変性事象に必要ではない第２プライマーの
結合についてのテンプレートとして使用され得る１本鎖核酸鎖の生成を生じる。テ
ンプレート依存性結合及び伸長の最終産物は，一方のプライマーが標準的なプライ
マーであり，他方が新規のプライマーである場合，一方の末端が各鎖のステムルー
プ構造を含む２本鎖分子であり得，両方のプライマーが新規のプライマーである場
合，各末端において各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子（図３④）であり得
る（【０１３０】）。非直線的増幅産物は，均衡又は限定サイクル条件下で，連続し
た一連の以下の工程によって，新規のプライマー及び標準的なプライマーによって
合成され得る。まず，図１の直線的増幅があり，テンプレートから第１伸長プライ
マーが分離する。新規のプライマーは，他方の新規のプライマーの連続する結合及
び伸長によって置換されるので，これらの１本鎖産物は，標準的なプライマーに結
合し得，そしてそれらを伸長させて，完全な２本鎖アンプリコンを作製し得る。こ
の潜在的な一連の事象を，図２に示す。次いで，１本鎖ループ構造におけるプライ
マー結合部位の露出は，図１において以前に示した同じプロセスによって，更なる
一連のプライマー結合及び置換反応をもたらす（【０１３１】）。非直線的増幅産物
は，また，均衡又は限定サイクル条件下で，２つの第１セグメント及び１つの第２
セグメントを含む新規の核酸構築物によって合成され得る。第１セグメントの各々
には，核酸の鎖又はその相補体に相補的であり，第２セグメントは，第１セグメン
トの１つの伸長後に，二次構造を形成し得る。この構築物は，一対の相補的な潜在
的ステムループ構造を有する産物を作製し得る。この産物は，連続する一連の以下
の工程によって形成され得る。まず，図１の直線的増幅があり，テンプレートから
第１伸長プライマーが分離する。さらに，この合成の産物は，一連の結合及び伸長
工程のためのテンプレートとして，新規のプライマーでの非直線的増幅について上
（図２）に記載されているような他方の第１セグメントによって使用され得る。こ
れらの工程が作製し得る潜在的な一連の異なる形態の一つが，図３である（【０１
３３】）。
カ図１は，新規のプライマーによる直線的増幅を示す模式図である。図２は，
新規のプライマー及び標準的なプライマーによる非直線的増幅を示す模式図である。
図３は，一対の新規のプライマーによる非直線的増幅を例示する模式図である。図
１７は，ＰＣＲによって作製される標的の等温増幅のゲルアッセイを示す電気泳動
写真である。
(2)「二次構造」の意義について
先願明細書にいう「二次構造」とは，前記(1)エ及び図１の記載によれば，ステ
ムループ構造と同義であり，図１③ないし⑤，図２①及び③ないし⑤並びに図３①，
③及び④において，領域Ｃ－Ｂ′－Ｃ′，領域Ｃ－Ｂ－Ｃ′，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′
及び領域Ｅ－Ｆ－Ｅ′により形成されるループ部分を意味するものと認められる。
(3)先願明細書に記載の発明（先願発明）について
ア前記(1)ア，ウ及びオに記載のとおり，先願明細書には，「該特定の核酸配列
についての第１の初期プライマーまたは核酸構築物」（第１プライマー）及び「該
特定の核酸配列の相補体に対する続く初期プライマーまたは核酸構築物」（第２プ
ライマー）を使用した特定の核酸配列を非直線的に増幅する方法が記載されている。
先願明細書及び図面の記載によれば，第１プライマーは，第１のセグメントとし
て鋳型核酸のある領域に相補的な配列を当該プライマーの３′末端に有し，第２の
セグメントとして鋳型核酸中の当該領域よりも５′末端側にある領域と実質的に同
一であり，かつ，第１のセグメントの配列とは実質的に非同一である配列を有する
ものと認められ，第２プライマーは，第１のセグメントとして特定の核酸配列の相
補体，すなわち，第１プライマーによる伸長物のある領域に相補的な配列を３′末
端に有し，第２のセグメントとして当該第１プライマーによる伸長物中の当該領域
よりも５′末端側にある領域と実質的に同一であり，かつ，第１のセグメントの配
列とは実質的に非同一である配列を有するものと認められる。そして，上記増幅方
法は，前記(1)ア及びオ（【請求項１２】【０１３３】）に記載のとおり，第１プライ
マーを用いた直線的な増幅工程（図１）に，第２プライマーを加えた非直線的な増
幅工程（図３）を組み合わせたものである。
イそして，本件優先権主張日当時の当業者は，先願明細書の記載から，先願明
細書【請求項１２】【０１３３】及び図１ないし３に記載の前記増幅方法として，
次の方法を読み取ることができたものと認められる。
まず，図１に記載の前記直線的な増幅工程は，①３′末端側から領域ＡないしＧ
を有する鋳型核酸と，３′末端に第１のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｂに相補
的な塩基配列Ｂ′を有し，５′末端に第２のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｃと
同一の塩基配列Ｃを有する第１プライマーを準備し，第１プライマーを鋳型核酸に
アニールさせる（図１①），②第１プライマーにより鋳型核酸の塩基配列に対する
相補鎖が合成され，２本鎖の核酸が得られる（図１②），③第１プライマーの５′
末端側にある領域Ｃ及びＣ′が自己ハイブリダイゼーションを生じ，二次構造（ス
テムループ構造）が形成されると同時に，鋳型核酸に１本鎖の部分が再生される
（図１③），④第１プライマーを上記③の鋳型核酸に再生された１本鎖の部分にア
ニールさせる（図１④），⑤上記④の２番目の第１プライマーが，５′末端側に二
次構造を有する１番目の第１プライマーを置換する，という工程からなる。
次に，図２及び３に記載の前記非直線的な増幅工程は，⑥３′末端に第１セグメ
ントとして，上記⑤で置換されて分離された５′末端側に二次構造を有する１番目
の第１プライマーの伸長物の領域Ｆ′に相補的な塩基配列Ｆを有し，５′末端に第
２のセグメントとして当該第１プライマーの伸長物の領域Ｅ′と同一の塩基配列
Ｅ′を有する第２プライマーを準備し，これを当該第１プライマーにアニールさせ
る（図３①），⑦第２プライマーにより上記第１プライマーの塩基配列に対する相
補鎖が合成され，２本鎖の核酸が得られる（図３②），⑧上記⑦で得られた２本鎖
核酸中の自己ハイブリダイゼーション可能な領域で自己ハイブリダイゼーションが
生じ，二次構造（ステムループ構造）が形成される（図３③），⑨上記⑧で形成さ
れた二次構造のループ部分のうち，領域Ｂを含むものに第１プライマーをアニール
させる（図２④参照），⑩上記⑨でアニールした第１プライマーからの相補鎖合成
及び置換により，各末端において各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子（図３
④。ダンベル型中間体）が得られるほか，上記⑥で用いられた５′末端側に二次構
造を有する１番目の第１プライマーの伸長物が分離されて得られる，という工程か
らなる。
したがって，上記⑥ないし⑩の反応を繰り返すことで，ダンベル型中間体を非直
線的に増幅することが可能となる。
ウ以上のとおり，当業者は，先願明細書の記載に基づき，前記増幅方法を，前
記イに説示したものとして理解することが可能であったものと認められるから，先
願明細書【請求項１２】【０１３３】及び図１ないし３には，次の発明が記載され
ているものと認められる。
先願発明：３′末端側から領域ＡないしＧを有する鋳型核酸，３′末端に第１の
セグメントとして鋳型核酸の領域Ｂに相補的な塩基配列Ｂ′を有し，５′末端に第
２のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｃと同一の塩基配列Ｃを有する第１プライマ
ー及び３′末端に第１のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｆと同一の塩基配列Ｆを
有し，５′末端に第２のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｅに相補的な塩基配列
Ｅ′を有する第２プライマー，テンプレート依存性ポリマー化酵素及び基質となる
ヌクレオチドを準備し，均衡又は限定サイクリング条件下で，これらの要素を混合
して，ダンベル型中間体を非直線的に増幅する方法であり，上記の要素を含み以下
の工程を含む方法。
工程１：上記鋳型核酸に第１プライマーをアニールさせ，第１プライマーを伸長
させて鋳型核酸の塩基配列に対する相補鎖を合成し，当該相補鎖の５′末端におい
てステムループ構造を形成させ，鋳型核酸中の第１プライマーに１本鎖の結合部位
を再生する工程
工程２：上記工程１で再生された鋳型核酸中の第１プライマーの１本鎖の結合部
位に２番目の第１プライマーをアニールさせ，当該プライマーを伸長させることに
より，上記工程１で合成された５′末端においてステムループ構造を有する１本鎖
分子を鋳型核酸から分離する工程
工程３：上記工程２で鋳型核酸から分離された５′末端においてステムループ構
造を有する１本鎖核酸に第２プライマーをアニールさせ，第２プライマーを伸長さ
せて２本鎖核酸を合成し，得られた核酸にステムループ構造を形成させる工程
工程４：上記工程３で形成されたループのうち，領域Ｂを有するループに第１プ
ライマーをアニールさせ，当該プライマーを伸長させることにより，ダンベル型中
間体及び５′末端においてステムループ構造を有する１本鎖の核酸を得る工程
(4)本件発明１と先願発明との対比について
ア本件発明１において鋳型となる核酸は，３′末端側から順に領域Ｆ３ｃ－Ｆ
２ｃ－Ｆ１ｃを備えるほか，領域Ｒ２及びＲ３を備えるのに対して，先願発明の鋳
型核酸は，３′末端側から順に領域Ａ－Ｂ－Ｃを備えるほか，領域Ｆ及びＧを備え
るものである。そして，本件発明１の領域Ｆ３ｃは，先願発明の領域Ａに，本件発
明１の領域Ｆ２ｃは，先願発明の領域Ｂに，本件発明１の領域Ｆ１ｃは，先願発明
の領域Ｃに，本件発明１の領域Ｒ２は，先願発明の領域Ｆに，本件発明１の領域Ｒ
３は，先願発明の領域Ｇに，それぞれ相当するので，先願発明の鋳型核酸は，本件
発明１の鋳型となる核酸と一致する。
イ次に，本件発明１の酵素は，「鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡ
ポリメラーゼ」であるが，先願発明におけるテンプレート依存性ポリマー化酵素は，
その名称及び鎖置換型の相補鎖合成反応を進行させていることから，本件発明１の
酵素と一致する。
ウ本件発明１のⅰ）のオリゴヌクレオチドは，その塩基配列における鋳型核酸
との関係から，先願発明の第１プライマーに相当する。また，本件発明１のⅱ）の
オリゴヌクレオチドは，その領域Ｒ２の５′末端側が特定されていないので，ここ
に任意の領域が存在することも可能であるから，先願発明の第２プライマーを包含
する。
エ本件発明１は，「実質的に等温で反応させることを特徴とする」ものである
が，先願発明は，均衡または限定サイクリング条件下で行われるものであって，こ
れは，前記(1)イに記載のとおり，鋳型と伸長プライマーとを分離するのに必要な
温度以下の定常の温度であるから，本件発明１の反応条件を包含する。
オしかしながら，先願発明では，核酸の増幅に当たって本件発明のⅲ）の「Ｆ
３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド」に相当するプライマー（Ｏ
Ｐ）及びⅳ）の「ⅰ）のオリゴヌクレオチドを合成起点として合成された相補鎖に
おける任意の領域Ｒ２ｃの３′側に位置する領域Ｒ３ｃに相補的な塩基配列を持つ
オリゴヌクレオチド」に相当するプライマー（ＯＰ）を使用していない。
したがって，本件発明１は，先願明細書に記載された発明ではない。
(5)原告の主張について
ア原告は，先願明細書の図１３及び１４に記載のプライマーが本件発明１の
ⅲ）及びⅳ）の各オリゴヌクレオチド（ＯＰ）に該当する旨を主張する。
そこで検討すると，先願明細書の図１３①には，３′末端側からから領域ｃ’
ｄ’ｂａｃ’を有するプライマーと，３’末端側から領域ｇ’ｈ’ｆｅｇ’を有す
るプライマーとが，両者の５’末端同士で結合した２つの３’末端を有するプライ
マーが記載されており，図１３②には，このプライマーが，５’末端側から領域ａ
ないしｈを有する鋳型核酸にアニールした図が記載されている。そして，図１３③
では，相補鎖合成が進行した図が示され，図１３④では，伸長した鎖が鋳型から分
離された図が示されている。しかしながら，分離された鎖を示す図１３④には，領
域ｆ’ｅ’しか示されておらず，それに引き続くべき領域ｄ′以下が記載されてい
ないことに照らすと，これらの図において，上記プライマーのうち領域ｇ’ｈ’か
らの伸長は，これらの領域が合成された後に鋳型の領域ｅに対する相補鎖（領域
ｅ′）が合成された時点で停止しており，当該プライマーからの別の伸長鎖を鋳型
から分離させているものとは認められない。したがって，図１３には，先の工程で
合成された相補鎖を鋳型から分離するという機能を有するＯＰが記載されているも
のとは認められない。図１４についても，相補鎖合成が途中で停止しており，図１
３の場合と同様に，ＯＰが記載されているということはできない。
したがって，原告の上記主張を採用することはできない。
イ原告は，先願明細書に記載の発明がＯＰを用いた非直線的増幅をも課題とす
るものである旨を主張する。
しかしながら，先願発明の工程２において，第１プライマーに代えて領域Ａにア
ニールするプライマー（ＯＰ）を使用した場合，当該プライマーから伸びた鎖は，
その５’末端にステムループを形成することができる領域を有していないためルー
プを形成することができず，鋳型核酸において，プライマーが結合できる部位が再
生されなくなる。したがって，先願発明において上記プライマー（ＯＰ）を使用し
た場合には，第１プライマーを使用して５’末端においてステムループ構造を有す
る一本鎖分子を得る工程で直線的増幅ができなくなるのであり，これを前提とする
非直線的増幅も実現できなくなる。
したがって，原告の上記主張は，その前提を欠くものとして採用できない。
ウ原告は，先願明細書には，従来技術としてＯＰを用いたＳＤＡ法に関する記
載が存在する旨を主張する。
しかしながら，先願明細書では，ＳＤＡ法は，特殊な制限酵素や改変ヌクレオチ
ドを使用する従来例として記載されているのみであって（前記１(1)イ），ＯＰにつ
いての言及はない。また，前記イに説示のとおり，先願発明では，ＯＰを使用した
場合に，第１プライマーを使用した直線的増幅ができなくなるので，たとえ，ＳＤ
Ａ法がＯＰを使用するものであるとしても，先願発明では，ＯＰを使用することが
記載されているに等しいということはできない。
したがって，原告の上記主張は，採用できない。
(6)小括
以上のとおり，本件発明１は，先願明細書に記載された発明ではない。
本件発明２は，本件発明１に更に他の構成を付加したものであるところ，本件発
明１は，上記のとおり，先願明細書に記載された発明ではないから，本件発明２も，
先願明細書に記載された発明とはいえない。
本件発明３は，本件発明１の核酸の合成方法で使用する核酸合成用のプライマー
セットについての発明であるところ，本件発明１は，上記のとおり，先願明細書に
記載された発明ではないから，本件発明３は，先願明細書に記載された発明とはい
えない。
本件発明４は，本件発明３を引用する発明であるところ，上記のとおり，本件発
明３は，先願明細書に記載された発明ではないから，本件発明４は，先願明細書に
記載された発明とはいえない。
よって，本件発明１ないし４は，先願明細書に記載された発明とはいえないか
ら，本件審決の拡大先願に関する認定・判断に誤りは認められない。
５結論
以上の次第で，原告主張の取消事由にはいずれも理由がないから，原告の請求は
棄却されるべきものである。
知的財産高等裁判所第４部
裁判長裁判官土肥章大
裁判官井上泰人
裁判官荒井章光
別紙
１図１
２図２
３図３

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