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平成２６年８月２８日判決言渡
平成２３年(行ウ)第１６４号法人税更正処分等取消請求事件
主文
１処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした
原告の平成９年４月１日から平成１０年３月３１日までの事
業年度の法人税の更正（ただし，平成１９年７月９日付け異議
決定による一部取消し後のもの）のうち納付すべき税額４８３
億７４８６万３５００円を超える部分及び過少申告加算税賦
課決定（ただし，上記異議決定による一部取消し後のもの）を
取り消す。
２処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした
原告の平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの
事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額４６９億４８
７４万６８００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定
を取り消す。
３処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした
原告の平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの
事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額マイナス（還付
金の額に相当する税額）１６億１７０６万４５０６円を下回る
部分及び過少申告加算税賦課決定のうち過少申告加算税の税
額１４１９万１０００円を超える部分を取り消す。
４処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした
原告の平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの
事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額６６億５６１
７万７０００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定の
うち過少申告加算税の税額８９万２０００円を超える部分を
取り消す。
５処分行政庁が原告に対し平成１８年３月２８日付けでした
原告の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの
事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額８８億８０２
２万８７００円を超える部分及び平成１６年６月２９日付け
でした過少申告加算税賦課決定（ただし，平成１７年４月２７
日付け変更決定による一部取消し後のもの）のうち過少申告加
算税の税額３４６６万１０００円を超える部分を取り消す。
６訴訟費用は，被告の負担とする。
事実及び理由
第１当事者の求めた裁判
１請求の趣旨
(1)主文第１項ないし第４項同旨（以下，いずれも処分行政庁が原告に対し平
成１６年６月２９日付けでした，①原告の平成９年４月１日から平成１０
年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし，平成１９年７月９日
付け異議決定による一部取消し後のもの）を「本件更正１」と，その更正に
係る過少申告加算税賦課決定（ただし，上記異議決定による一部取消し後の
もの）を「本件賦課決定１」と，②原告の平成１０年４月１日から平成１
１年３月３１日までの事業年度の法人税の更正を「本件更正２」と，その更
正に係る過少申告加算税賦課決定を「本件賦課決定２」と，③原告の平成
１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度の法人税の更正を
「本件更正３」と，その更正に係る過少申告加算税賦課決定を「本件賦課決
定３」と，④原告の平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの
事業年度の法人税の更正を「本件更正４」と，その更正に係る過少申告加算
税賦課決定を「本件賦課決定４」と，それぞれいう。また，本件更正１と本
件賦課決定１を併せて「本件更正等１」と，本件更正２と本件賦課決定２を
併せて「本件更正等２」と，本件更正３と本件賦課決定３を併せて「本件更
正等３」と，本件更正４と本件賦課決定４を併せて「本件更正等４」と，そ
れぞれいう。）
(2)次のア又はイの選択的併合
ア処分行政庁が原告に対し平成１６年６月２９日付けでした原告の平成１
４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正
（ただし，平成１７年４月２７日付け更正による一部取消し後のもの。以
下「本件更正５-１」という。）のうち納付すべき税額８７億８８９３万３
９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定（ただし，同日付け変
更決定による一部取消し後のもの。以下「本件賦課決定５」といい，本件
更正５-１と併せて「本件更正等５-１」という。）のうち過少申告加算税
の税額３４６６万１０００円を超える部分を取り消す。
イ主文第５項同旨（以下，処分行政庁が原告に対し平成１８年３月２８日
付けでした，原告の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの
事業年度の法人税の更正を「本件更正５-２」という。また，本件更正１な
いし４並びに本件更正５-１及び本件更正５-２を併せて「本件各更正」と，
本件賦課決定１ないし５を併せて「本件各賦課決定」と，本件更正等１な
いし４並びに本件更正等５-１及び本件更正５-２を併せて「本件各更正等」
と，それぞれいう。）
２請求の趣旨に対する答弁
(1)本件各訴えのうち本件更正５-１及び本件更正５-２の各一部取消しを求
めるものを却下する。
(2)原告のその余の請求をいずれも棄却する。
第２事案の概要
本件は，自動二輪車，四輪車の製造及び販売を主たる事業とする内国法人で
ある原告が，その間接子会社であり，ブラジル連邦共和国（以下「ブラジル」
という。）アマゾナス州に設置されたマナウス自由貿易地域（以下「マナウス
フリーゾーン」という。）で自動二輪車の製造及び販売事業を行っている外国
法人であるＰ１Ltda.（以下「Ｐ１社」という。）及びその子会社との間で，
自動二輪車の部品等の販売及び技術支援の役務提供取引（以下「本件国外関連
取引」という。）を行い，それにより支払を受けた対価の額を収益の額に算入
して，平成１０年３月期（平成９年４月１日から平成１０年３月３１日までの
事業年度をいう。以下，他の事業年度についても同じ。），平成１１年３月期，
平成１３年３月期，平成１４年３月期及び平成１５年３月期（以下，これらの
事業年度を併せて「本件各事業年度」という。）の法人税の確定申告をしたと
ころ，処分行政庁から，上記の支払を受けた対価の額が租税特別措置法（平成
１０年３月期，平成１１年３月期及び平成１３年３月期については平成１３年
法律第７号による改正前のもの，平成１４年３月期については平成１４年法律
第７９号による改正前のもの，平成１５年３月期については平成１８年法律第
１０号による改正前のもの。以下，これらの改正前のものを包括して「措置法」
という。）６６条の４第２項１号ニ及び２号ロ，租税特別措置法施行令（平成
１０年３月期，平成１１年３月期及び平成１３年３月期については平成１３年
政令第１４１号による改正前のもの，平成１４年３月期及び平成１５年３月期
については平成１６年政令第１０５号による改正前のもの。以下，これらの改
正前のものを包括して「措置法施行令」という。）３９条の１２第８項に定め
る方法（以下「利益分割法」という。）により算定した独立企業間価格（以下
「本件独立企業間価格」という。）に満たないことを理由に，措置法６６条の
４第１項の国外関連者との取引に係る課税の特例（以下，この特例に基づく税
制度を「移転価格税制」という。）の規定により，本件国外関連取引が本件独
立企業間価格で行われたものとみなし，本件各事業年度の所得金額に本件独立
企業間価格と本件国外関連取引の対価の額との差額を加算すべきであるとして，
本件各更正等を受けたため，処分行政庁の所属する国を被告として，本件各更
正等の一部又は全部の取消しを求める事案である。
原告は，Ｐ１社及びその子会社はマナウスフリーゾーンで事業活動を行うこ
とによる税制上の利益（以下「マナウス税恩典利益」といい，その基礎となる
税制度を「マナウス税恩典」という。）を享受して多額の利益を得ているが，
それはＰ１社及びその子会社が事業活動を行う市場の条件に基づくものである
からＰ１社及びその子会社に帰属すべきものであり，それが原告とＰ１社及び
その子会社に配分されるべきものであることを前提としてされた処分行政庁に
よる本件独立企業間価格の算定は違法であるなどと主張している。
なお，本件の当事者等及び本件国外関連取引の概要は，別図（Ｐ２㈱取引関
係図）のとおりである。また，本判決の本文及び各別紙において定める用語の
うち主要なものは，別紙１（略語一覧）のとおりであり，各別紙において定め
る用語の意義は，以下の本文においても同一であるものとする。
１法令等の定め
本件に関係する法令等の定めは，別紙２（関係法令等の定め）のとおりであ
る（なお，措置法及び措置法施行令については，便宜上，平成１５年３月３１
日現在のものを掲記する。）。
２前提事実（証拠等を掲げていない事実は，当事者間に争いのない事実である。
なお，以下，書証については，枝番を含むものとする。）
(1)当事者等
ア原告は，自動二輪車，四輪車，汎用製品の製造，販売等を主たる事業と
する内国法人である。
イＰ１社は，１９７５年（昭和５０年）にブラジルで設立された外国法人
であり，後述するマナウスフリーゾーンで自動二輪車を製造し，主として
ブラジル国内向けに販売しているものである（以下，Ｐ１社が製造し販売
する自動二輪車を「本件製品」ということがある。）。Ｐ１社を設立し，
その発行済株式の総数の９９％超を保有しているＰ３Ltda.（旧商号Ｐ４
Ltda.。以下「Ｐ３社」という。）は，１９７１年（昭和４６年）にブラジ
ルで設立された外国法人であり，原告は，その発行済株式の総数の９９％
超を保有している。したがって，原告は，Ｐ１社の発行済株式の総数の９
９％超を間接に保有していることになる。（乙１６，１７，１９，２８）
ウＰ１社は，１９８５年（昭和６０年）にブラジルで設立された自動二輪
車の部品の製造を主たる事業とする外国法人であるＰ５Ltda.（以下「Ｐ
５社」という。）及び１９９２年（平成４年）にブラジルで設立された自
動二輪車の製造設備の調整及び補修並びに金型の製作及び補修を主たる事
業とする外国法人であるＰ６Ltda.（以下「Ｐ６社」という。）という二
つの連結子会社を有している（以下，Ｐ１社と，Ｐ５社及びＰ６社の２社
を併せて「Ｐ１社等」という。）。Ｐ５社は，Ｐ１社がマナウスフリーゾ
ーンに有する工場の敷地内において，Ｐ１社が製造する自動二輪車の部品
を製造し，Ｐ１社に販売しており，Ｐ６社は，同敷地内において，Ｐ１社
及びＰ５社が使用する製造設備の調整及び補修並びに金型の製作及び補修
をしている。Ｐ１社は，Ｐ５社及びＰ６社の各発行済株式の総数の９９％
超を保有しており，したがって，原告は，Ｐ３社及びＰ１社を通じて，Ｐ
５社及びＰ６社の各発行済株式の総数の９９％超を間接に保有しているこ
とになる。（乙１６，１７，１９，２８）
エ株式会社Ｐ７（以下「Ｐ７社」という。）は，昭和３５年に原告の研究
開発部門を分離して設立された内国法人であり，原告の委託を受けて技術
や商品の研究開発を行っているものである。Ｐ７社は，我が国に自動二輪
車製品全般の開発を行う事業所としてＰ８を，ブラジルに自動二輪車の市
場調査等を行う海外駐在事務所としてＰ９を，それぞれ設置している。（乙
１８）
Ｐ１０Ltda.（以下「Ｐ１０社」という。）は，Ｐ３社が１９８１年（昭
和５６年）にブラジルで設立した外国法人であり，ブラジル特有の販売形
態であるコンソルシオ販売の管理運営，あっせん等の業務を行っているも
のである。コンソルシオ販売は，ブラジルにおいてハイパーインフレーシ
ョン等を背景に金融機関から融資を受けることができない低所得者向けに
発達した特有の販売形態であり，ある商品の購入希望者が講（コンソルシ
オ）を構成し，金員を出し合い，購入可能な数の商品を購入し，抽選で当
たった参加者から順次商品の引渡しを受けるというものである。（乙１６）
(2)マナウス税恩典利益
法人がマナウスフリーゾーンで事業活動を行うことにより享受する税制上
の利益であるマナウス税恩典利益の概要は，次のとおりである。（弁論の全
趣旨）
アマナウス税恩典は，ブラジルの連邦又はアマゾナス州の法令の規定によ
り，マナウスフリーゾーンに進出する企業に対し，マナウス自由貿易地域
監督庁（以下「ＳＵＦＲＡＭＡ」という。）等の承認によって与えられる
各種租税の減免措置である。
ブラジル連邦政府は，１９５７年（昭和３２年）６月，法律第３１７３
号により，アマゾン地域に自由貿易地域を指定し，１９６６年（昭和４１
年）１２月，アマゾン地域を開発し，経済的に統合することを宣言し，ア
マゾン地域の開発を重要な国家プロジェクトと位置付けた。ブラジル連邦
政府は，１９６７年（昭和４２年）２月，大統領令第２８８号（以下「税
恩典大統領令」という。）により，自由貿易地域に進出した企業に対する
税制上の優遇措置（税恩典）を拡大した。その期限は，当初，１９９７年
（平成９年）までとされていたが，１９８８年（昭和６３年）制定のブラ
ジル連邦憲法にマナウスフリーゾーンの設置が明記された後，２０１３年
（平成２５年）までその存続期間が延長され，さらに，２０２３年（平成
３５年）まで再延長された。マナウスフリーゾーンは，ブラジル連邦憲法
上設置が定められている唯一の自由貿易地域である。
連邦の税恩典に加えて，１９８９年（平成元年）制定のアマゾナス州法
第１９３９号（以下「１９８９年州法」という。）により，商品流通サー
ビス税（以下「ＩＣＭＳ」という。）に関するアマゾナス州の税恩典も定
められている。１９９６年（平成８年）制定のLeiHanan（以下「ハナン
法」という。）により，認可企業は，１９８９年州法による税恩典を受け
るためには「雇用を創出し，人件費の割合が製品の最終コストの少なくと
も１０％に相当する」必要があるものとされた（なお，上記の人件費の割
合は，その後の州法改正により１０％から１.５％に改められた。）。ハナ
ン法は，恩典付与の要件として「雇用人数の維持」や「新規雇用の創出」，
一定の「給与水準」の維持を定めている。
イマナウス税恩典による減免の対象は，輸入税，工業製品税，法人所得税
（以上，連邦税），ＩＣＭＳ（州税），法人売上げに対する社会負担金及
び社会統合基金（連邦の負担金）であるところ，これらのうち営業利益に
重大な影響を及ぼすのは，輸入税とＩＣＭＳである。
(ア)輸入税は，商品や生産物の輸入に課される連邦税であり，我が国の
関税に相当する。輸入税の納税義務は，輸入品の通関申告時に発生し，
その課税標準額は，輸入品の価格に運賃と保険料を加えた外貨額を国内
通貨に換算した金額である。
マナウスフリーゾーンで工場を建設し輸入税の軽減を受けようとする
者は，ＳＵＦＲＡＭＡから輸入税の軽減を受けようとする工業プロジェ
クトに係る認可を受けなければならず，１９９１年（平成３年）以降は，
基本製造工程（以下「ＰＰＢ」という。）基準を満たすことがその認可
の要件とされている。ＰＰＢ基準には，マナウスフリーゾーンで製造業
を行うに当たり最低限履行すべき基本製造工程が定められており，オー
トバイ及びスクーターについては，１９９３年（平成５年）大統領令第
７８３号の規定により，グループＡの工程（プレス，鋳造，機械加工，
塗装，プラスチック注入）から少なくとも２項目を，グループＢの工程
（燃料タンクの溶接と腐食防止処理，車台の溶接と腐食防止処理，リア
フォークの溶接と腐食防止処理，サイドスタンド，センタースタンド及
びフットレストの溶接と腐食防止処理）から少なくとも２項目を，それ
ぞれ選択して実施し，さらに，グループＣの工程（エンジンの組立て，
最終組立て，最終検査，梱包）を実施することが求められている。
輸入税の軽減に係る認可を受けた企業は，部品等を輸入するに当たり，
輸入税の納付猶予を受けることができる。そして，この納付猶予に係る
輸入税は，当該部品等を用いて製造した製品をマナウスフリーゾーン外
に移出する時に，納付すべきこととなるが，その税額の８８％が軽減さ
れる。
(イ)ＩＣＭＳは，主に商品，製品及び生産物の流通に課される州税であ
り，付加価値税の一種である。ＩＣＭＳの課税方式としては，累積排除
型の多段階課税が採用されている。多段階課税とは，物やサービスの製
造，卸，小売など流通の各段階で各事業者の売上げに課税していく制度
であり，累積排除型とは，各事業者がその売上げに対する税額からその
仕入れに含まれた税額を控除した額を納付し，課税が累積することを排
除する制度である。ＩＣＭＳにおいては，販売業者の売上げに係る税額
から仕入額に含まれる税額を控除した額が納付すべき税額となる。
マナウスフリーゾーンでＩＣＭＳの減免（以下「ＩＣＭＳ税減免」と
いう。ＩＣＭＳ税減免は，後述のＩＣＭＳみなし仕入税額控除，ＩＣＭ
Ｓ税額免除及びＩＣＭＳ税軽減から成る。）を受けようとする者は，ア
マゾナス州政府からＩＣＭＳ税減免に係る認可を受けなければならず，
アマゾナス州における人件費が製造コストの一定の割合以上を占めるこ
となどがその要件とされている。マナウスフリーゾーンで工場を建設し
輸入税の軽減を受けようとする者は，ＳＵＦＲＡＭＡから工業プロジェ
クトに係る認可を受けなければならず，ＰＰＢ基準を満たすことがその
認可の要件とされていることは，上記(ア)のとおりであり，ＳＵＦＲＡ
ＭＡから工業プロジェクトに係る認可を受けなければ，工場の建設及び
稼動をすることができず，労働者を雇用することができないため，アマ
ゾナス州における人件費が製造コストの一定の割合以上を占めることと
いうＩＣＭＳ税減免に係る認可の要件を満たすことができない。アマゾ
ナス州法上，ＩＣＭＳ税減免の要件としてＰＰＢ基準を満たすことが規
定されているわけではないものの，実際には，ＰＰＢ基準を満たさなけ
れば，ＩＣＭＳ税減免を受けることができない。
アマゾナス州以外の州からの部品，原材料の購入がマナウスフリーゾ
ーンでの製造のためのものである場合，ＩＣＭＳは課されないため，Ｉ
ＣＭＳ税減免に係る認可を受けた企業がアマゾナス州以外の州から購入
した部品等の価格にはＩＣＭＳが含まれていないが，ＩＣＭＳ税減免に
係る認可を受けた企業は，その価格に通常課されるＩＣＭＳが含まれる
ものとみなして仕入税額控除（以下「ＩＣＭＳみなし仕入税額控除」と
いう。）を受けることができる。また，ＩＣＭＳ税減免に係る認可を受
けた企業は，アマゾナス州政府と合意した生産販売数量基準を満たせば，
基準数量を超過した製品に係る取引について税額免除（以下「ＩＣＭＳ
税額免除」という。）を受けることができ，基準数量未満の製品に係る
取引についても税率軽減（以下「ＩＣＭＳ税軽減」という。）を受ける
ことができる。なお，アマゾナス州の税恩典利益を享受するには，州政
府に対し，中小企業奨励金（ＦＭＰＥ），観光・地方開発事業基金（Ｆ
ＴＩ），アマゾナス州立大学奨励金（ＵＥＡ）といった拠出金を負担し
なければならない。
ウブラジルの会計基準上，輸入税は売上原価となるところ，輸入税の軽減
を受ける場合，製品を域外に移出するまでその税額が確定しないため，Ｐ
１社等は，上記イ(ア)のとおり納付猶予を受けた後の輸入税の納付時に，
これを販売費として会計処理をしていた。
ブラジルの会計基準上，ＩＣＭＳは総売上げの控除項目となるところ，
ＩＣＭＳみなし仕入税額控除は，売上原価の低減項目となり，ＩＣＭＳ税
額免除及びＩＣＭＳ税軽減は，総売上げの控除項目として処理される。な
お，Ｐ１社等は，アマゾナス州政府に対する拠出金を総売上げの控除項目
として処理していた。
(3)本件国外関連取引
原告は，本件各事業年度において，次のとおり，Ｐ１社に対し完成自動二
輪車，組立部品及び補修部品を販売し，Ｐ１社及びＰ５社に対し製造設備及
び金型を販売し，Ｐ１社等の事業活動を支援するためＰ１社等の工場等に技
術者又はコンサルタントを派遣する役務の提供をし，それらの対価の支払を
受けた。なお，本件国外関連取引の中に，原告の有する重要な無形資産の使
用に係る取引が含まれるか否かについては，後記のとおり，当事者間に争い
がある。
ア完成自動二輪車の販売取引
原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社に対し，完成自動二輪車を販
売し，その対価の支払を受けた。
イ自動二輪車の部品の販売取引
原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社に対し，自動二輪車のエンジ
ン及び車体の製造に必要なドリブンギア，クランクシャフト，シリンダー
ヘッド等の組立部品並びに自動二輪車の修理に必要な補修部品を販売し，
その対価の支払を受けた。
ウ自動二輪車の製造設備等の販売取引
原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社及びＰ５社に対し，自動二輪
車若しくはその部品又は金型の製造に必要な鋳造設備，成型プレス設備等
の製造設備及び金型を販売し，その対価の支払を受けた。
エ技術支援の役務提供取引
原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社等の要請を受けて，Ｐ１社等
の事業活動を支援するため，Ｐ１社等の工場に技術者を派遣して技術指導
の役務の提供をし，その対価の支払を受けた。
(4)課税処分の経緯
本件における課税処分の経緯は，別紙３（課税処分の経緯）及び別表１の
１ないし５のとおりである。
(5)本件各訴えの提起
原告は，平成２３年３月１１日，本件各訴えを提起した。（顕著な事実）
３課税処分の根拠
本件において被告が主張する課税処分の根拠は，別紙４（課税処分の根拠）
及び別表２の１ないし８のとおりである。
４争点
(1)本案前の争点
本件の本案前の争点は，本件更正５-１及び本件更正５-２の各取消しの訴
えの適否（争点１）であり，具体的には，①本件更正５-１の取消しの訴え
の利益の有無（本件更正５-１は本件更正５-２に吸収されて消滅したか否か。
争点１-１），②本件更正５-２の取消しの訴えは国税通則法１１５条１項
の不服申立て前置の規定及び行政事件訴訟法１４条１項の出訴期間の規定に
違反するか否か（国税通則法１１５条１項３号の「決定又は裁決を経ないこ
とにつき正当な理由があるとき」及び行政事件訴訟法１４条１項ただし書の
「正当な理由があるとき」に該当するか否か。争点１-２）である。
(2)本案の争点
本件の本案の争点は，本件各更正等の適否であり，具体的には，処分行政
庁が措置法６６条の４第２項１号ニ及び２号ロ，措置法施行令３９条の１２
第８項に定める利益分割法の一つである残余利益分割法を用いてした本件独
立企業間価格の算定の適否（争点２）である。この争点は，次のとおり細分
化することができる。
ア独立企業間価格の算定方法の選択の適否（争点２-１）
処分行政庁が，独立企業間価格の算定方法として，基本三法の適用可能
性がないことを理由に，措置法６６条の４第２項１号ニ及び２号ロ，措置
法施行令３９条の１２第８項に定める利益分割法を選択し，本件独立企業
間価格を算定したことの適否
イ独立企業間価格の算定単位の設定の適否（争点２-２）
処分行政庁が，原告とＰ１社等との間の完成自動二輪車の取引，自動二
輪車の部品の取引，自動二輪車の製造設備等の取引及び技術支援の役務提
供取引から成る本件国外関連取引を一の取引として，本件独立企業間価格
を算定したことの適否
ウ基本的利益の算定の適否（争点２-３）
(ア)処分行政庁が，マナウス税恩典利益を享受するＰ１社等の比較対象
法人として，マナウスフリーゾーン外で事業活動を行いマナウス税恩典
利益を享受していないブラジル側比較対象企業を選定し，マナウス税恩
典利益の享受の有無について差異調整を行わずに，本件独立企業間価格
を算定したことの適否
(イ)処分行政庁がしたＰ１社等の比較対象法人のその余の除外基準の設
定及び選定の適否，並びに，処分行政庁がＰ１社等とブラジル側比較対
象企業との差異調整を行わずに本件独立企業間価格を算定したことの適
否
(ウ)処分行政庁が基本的利益の算定における利益指標として総費用営業
利益率を選定したことの適否
エ残余利益の分割の適否（争点２-４）
処分行政庁がした残余利益の分割要因（ブラジル側分割要因及び日本側
分割要因）の算定の適否
５当事者の主張の要旨
当事者の主張は別紙５（当事者の主張）のとおりであり，その要旨は次のと
おりである。
(1)本件更正５-１及び本件更正５-２の各取消しの訴えの適否（争点１）につ
いて
（被告の主張）
ア本件更正５-１の取消しの訴えの不適法性（争点１-１）
処分行政庁は，平成１５年３月期について，本件更正５-１の後に増額再
更正である本件更正５-２をしたのであり，本件更正５-１は，本件更正５-
２に吸収され，独立して取消訴訟の対象とする意義を失ったものである。
したがって，本件各訴えのうち本件更正５-１の一部取消しを求めるものは，
訴えの利益を欠き，不適法である。
イ本件更正５-２の取消しの訴えの不適法性（争点１-２）
本件各訴えのうち本件更正５-２の一部取消しを求めるものは，国税通則
法１１５条１項の不服申立て前置を欠くものであり，そのことにつき同項
３号の「正当な理由」があるということはできない。また，その訴えは，
行政事件訴訟法１４条１項の出訴期間を経過して提起されたものであり，
そのことにつき同項ただし書の「正当な理由」があるということはできな
い。したがって，本件各訴えのうち本件更正５-２の一部取消しを求めるも
のは，不適法である。
（原告の主張）
ア本件更正５-１の取消しの訴えの適法性（争点１-１）
本件更正５-２がされたからといって，本件更正５-１の一部取消しを求
める訴えの利益は失われるものではない。したがって，その訴えは，不適
法ではない。
イ本件更正５-２の取消しの訴えの適法性（争点１-２）
本件各訴えのうち本件更正５-２の一部取消しを求めるものは，不服申立
て前置を欠くことにつき国税通則法１１５条１項３号の「正当な理由」が
あるし，また，行政事件訴訟法１４条の出訴期間を経過して提起されたこ
とについても「正当な理由」がある。したがって，その訴えは，不適法で
はない。
(2)本件各更正等（本件独立企業間価格の算定）の適否（争点２）について
（被告の主張）
ア本件各更正等の適法性
本件各更正は，原告が国外関連者であるＰ１社等との間で本件国外関連
取引を行い支払を受けた対価の額が措置法通達６６の４(4)-５の残余利益
分割法を用いて算定した本件独立企業間価格に満たないことから，措置法
６６条の４第１項の規定を適用してされたものであるところ，同項の規定
により，本件国外関連取引が本件独立企業間価格で行われたものとみなし
て，原告の本件各事業年度の所得の金額を計算すると，原告の本件各事業
年度の納付すべき税額は別紙４（課税処分の根拠）のとおりであり，これ
らの金額はいずれも本件各更正における納付すべき税額を上回るから，本
件各更正はいずれも適法である。また，原告の本件各事業年度の法人税の
過少申加算税の額は別紙４のとおりであり，これらの金額はいずれも本件
各賦課決定における過少申加算税の額と同額であるから，本件各賦課決定
はいずれも適法である。
イ移転価格税制
移転価格税制は，法人が国外関連者（特殊の関係のある外国法人）との
間で行った国外関連取引につき，支払を受ける対価の額（移転価格）が非
関連者間で行われる取引において成立する価格（独立企業間価格）に満た
ない場合，又は支払う対価の額（移転価格）が独立企業間価格を超える場
合（いずれも我が国の課税所得が減少する場合）に，当該国外関連取引が
独立企業間価格で行われたものとみなして，課税所得を計算するものであ
る（措置法６６条の４第１項）。
(ア)独立企業間価格
独立企業間価格は，支配従属関係のない独立した企業の間において当
該国外関連取引と取引条件その他の事情が同一又は類似の状況の下で取
引が行われた場合に成立するであろう対価の額であり，その額は，措置
法６６条の４第２項に定める方法により算定される。すなわち，独立企
業間価格は，独立価格比準法，再販売価格基準法若しくは原価基準法と
いう基本三法又はこれらの方法に準ずる方法その他政令で定める方法の
いずれかにより算定される（ただし，基本三法に準ずる方法その他政令
で定める方法は，基本三法を用いることができない場合に限り，用いる
ことができる。）。措置法施行令３９条の１２第８項に定める利益分割
法は，その他政令で定める方法の一つである。
(イ)残余利益分割法
残余利益分割法は，措置法施行令３９条の１２第８項に定める利益分
割法（国外関連取引に係る棚卸資産の法人又は国外関連者による購入，
製造，販売その他の行為に係る所得が，当該棚卸資産に係るこれらの行
為のためにこれらの者が支出した費用の額，使用した固定資産の価額そ
の他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要
因に応じて当該法人及び当該国外関連者に帰属するものとして計算した
金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法）の一つであって，
利益分割法の適用に当たり，法人又は国外関連者が重要な無形資産を有
する場合に，分割対象利益のうち重要な無形資産を有しない非関連者間
取引において通常得られる利益（基本的利益）に相当する金額を当該法
人及び国外関連者にそれぞれ配分し，当該配分した金額の残額（残余利
益）を当該法人又は国外関連者の有する当該重要な無形資産の価値に応
じて合理的に配分する方法により独立企業間価格を算定するものである
（措置法通達６６の４(4)-５）。法人又は国外関連者が重要な無形資産
を有しており，それが貢献して生み出された利益がある場合には，その
貢献による利益を区分しないまま人件費等の費用の額，投下資本等の額
等を分割要因として分割対象利益を配分すると，法人又は国外関連者の
有する重要な無形資産の貢献により獲得した利益があるにもかかわらず，
その貢献度が分割対象利益の配分に反映されないため，必ずしも合理的
な配分ということができない。残余利益分割法は，第１段階で重要な無
形資産を有しない非関連者間取引において通常得られる利益に相当する
金額（基本的利益）を配分し，第２段階で配分した金額の残額（残余利
益）を当該重要な無形資産の価値に応じて合理的に配分することにより，
重要な無形資産の貢献を分割要因に反映することができる点で合理的な
算定方法である。残余利益分割法の適用に当たり，当該重要な無形資産
の価値による配分を当該重要な無形資産の開発のために支出した費用等
の額により行っている場合には，合理的な配分として認められる（措置
法通達６６の４(4)-５の注）。
ウ本件国外関連取引
(ア)本件国外関連取引の概要
本件国外関連取引は，原告とＰ１社等との間の完成自動二輪車の販売
取引，自動二輪車の部品の販売取引，自動二輪車の製造設備の販売取引，
技術支援の役務提供取引に加えて，重要な無形資産の使用に係る取引か
ら成るものであるところ，ここに技術支援の役務提供取引及び重要な無
形資産の使用に係る取引とは，原告が，Ｐ１社等の要請を受けて，Ｐ１
社等の現調化，新機種製造管理計画等を支援するため，Ｐ１社等に対し，
Ｐ１社等の工場に原告又は設備メーカーの技術者を派遣して技術指導の
役務を提供するとともに，それにより，Ｐ１社等に対し，自動二輪車の
製造及び販売に関する技術情報，部品及び製造設備の供給メーカー網を
含む量産体制の確立及び生産体質の改革に関するノウハウを提供し，Ｐ
１社等がこれらの情報を使用して本件製品を製造及び販売し，原告の商
標，ブランド等の市場に関する無形資産を使用することを許諾するもの
である。そして，原告とＰ１社等は，ブラジルにおいてはロイヤルティ
の支払に関する規制が行われていることを踏まえて，ロイヤルティの収
受を行っていなかった。
(イ)本件国外関連取引に係る重要な無形資産
本件国外関連取引においては，Ｐ１社の販売シェアの獲得，原告の研
究開発活動，Ｐ８及びＰ９の市場調査，原告のＰ１社等に対する技術者
派遣による技術支援，原告のＰ１社等に対する技術援助の委託，Ｐ１社
等の生産体制の確立，Ｐ１社の販売網という，原告及びＰ１社等の各自
の企業活動により，原告については，①知的財産権及びデザイン，図
面，基準，設計書その他自動二輪車の製造及び販売に関する技術情報，
②部品及び製造設備の供給メーカー網を含む量産体制の確立及び生産
体質の改革に関するノウハウ，③本件製品及び原告のブランドが，Ｐ
１社等については，④ブラジル向け製品を具現化するための量産体制
の確立と生産体質の改革に関する製造設備及び工作工程の設計改良のノ
ウハウ，⑤コスト削減を実現するための内製化及び現調化の推進に関
するブラジル固有のノウハウ，⑥本件製品のイメージを普及させるた
めのノウハウが，それぞれ形成，維持又は発展され，これらが原告及び
Ｐ１社等の有する重要な無形資産として本件国外関連取引による利益の
源泉となった。
エ本件独立企業間価格
(ア)独立企業間価格の算定方法の選択（争点２-１）
処分行政庁は，本件国外関連取引について合理的な調査を尽くしたが，
本件国外関連取引を個別の取引とみても，一の取引とみても，比較可能
性が担保された比較対象取引を把握することができず，基本三法を用い
ることができなかった。そこで，その他政令で定める方法の適用を検討
すると，利益分割法のうち残余利益分割法の適用が最適である。すなわ
ち，原告及びＰ１社等は，上記ウ(イ)の無形資産を総合的に活用するこ
とにより，ブラジルの自動二輪車市場において圧倒的な販売シェアを有
するに至っているのであり，原告及びＰ１社等の有する重要な無形資産
が利益の獲得に寄与している点に着目すると，本件国外関連取引につい
ては，利益分割法のうち重要な無形資産の価値に応じて残余利益を合理
的に配分する残余利益分割法を適用して独立企業間価格を算定すること
が最適である。
(イ)独立企業間価格の算定単位の設定（争点２-２）
独立企業間価格の算定は，原則として個別の取引ごとに行われるが，
複数の取引を個別的に評価するよりも一の取引とみて評価する方が合理
的である場合には，例外的に複数の取引を一の取引とみて独立企業間価
格を算定することができる（措置法通達６６の４(3)-１）。本件国外関
連取引は，Ｐ１社等の自動二輪車の製造及び販売に係る一体の取引であ
り，相互に重要な無形資産が寄与しているから，無形資産の寄与する範
囲で一体とみて残余利益分割法を適用するのが合理的である。また，原
告がＰ１社等に輸出する自動二輪車の部品等は，それ自体が市場で評価
されるものではなく，Ｐ１社等が製造した自動二輪車を販売して初めて
市場で評価されるものであるから，本件国外関連取引を，原告及びＰ１
社等のブラジルにおける自動二輪車の製造及び販売事業とみて，原告と
Ｐ１社等は，その業務を分担しているものにすぎないとすることには，
合理性がある。したがって，本件国外関連取引は，各取引を個別的に評
価するよりも一の取引とみて評価する方が合理的であり，一の取引とみ
て本件独立企業間価格を算定することができる。
(ウ)本件国外関連取引に係る分割対象利益の算出
利益分割法は，国外関連取引に係る棚卸資産の法人又は国外関連者に
よる購入，製造，販売その他の行為に係る所得が，当該棚卸資産に係る
これらの行為のためにこれらの者が支出した費用の額，使用した固定資
産の価額その他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測する
に足りる要因に応じて当該法人及び当該国外関連者に帰属するものとし
て計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法であり，
分割対象利益は，国外関連取引に係る棚卸資産の販売等により法人及び
国外関連者に生じた営業利益の合計額である（措置法通達６６の４(4)-
１）から，利益分割法を用いて本件独立企業間価格を算定するに当たり，
分割対象利益は，本件各事業年度及びＰ１社各事業年度（本件各事業年
度に対応するＰ１社等の各事業年度）ごとの本件国外関連取引に係る原
告及びＰ１社等の営業利益の合計額となる。本件国外関連取引に係る原
告の本件各事業年度の営業利益の額は，原告のＰ１社等に対する売上高
から当該売上高に係る売上原価，販売費及び一般管理費その他の営業費
用，委託研究費を控除した金額である（別表２の１「原告の営業利益の
算出」）。Ｐ１社等のＰ１社各事業年度の営業利益の額は，売上高から
売上原価，販売費及び一般管理費を控除した金額に，営業外費用として
会計処理されている売掛金及び買掛金に係る為替差損益を加算し，又は
減算し，これにより算出された金額を電信売買相場の仲値の年中平均値
によって円に換算した金額である（別表２の３「Ｐ１社の営業利益の算
出」）。
(エ)本件国外関連取引に係る基本的利益の算定（争点２-３）
ａ基本的利益の算定方法
残余利益分割法は，法人又は国外関連者が重要な無形資産を有する
場合に，分割対象利益のうち，重要な無形資産を有しない非関連者間
取引において通常得られる利益（基本的利益）に相当する金額を法人
及び国外関連者に配分し，残額（残余利益）を法人又は国外関連者の
有する重要な無形資産の価値に応じて合理的に配分することにより，
独立企業間価格を算定するものであるところ，基本的利益の額は，国
外関連取引の事業と同種で，市場，事業規模等が類似する法人（重要
な無形資産を有する法人を除く。）の事業用資産又は売上高に対する
営業利益の割合等で示される利益指標に基づいて計算する。すなわち，
基本的利益は，まず，検証対象法人と類似する重要な無形資産を有し
ない法人（比較対象法人）を選定し，次に，その事業用資産又は売上
高に対する営業利益の割合等で示される利益指標を算出し，その利益
指標に基づいて算定するものである。原告及びＰ１社等の本件各事業
年度又はＰ１社各事業年度の基本的利益の額は，次のｂのとおり，本
件国外関連取引に係る原告の事業と比較可能な日本企業及びＰ１社等
の事業と比較可能なブラジル企業を選定し，次のｃのとおり算定した
金額である。
ｂ比較対象法人の選定
原告の基本的利益の算定の基礎となる原告の比較対象法人として，
原告の事業と同種の日本企業を抽出し，公開情報に基づき，①年売
上高が５０億円以下の企業であること，②売上高に対する研究開発
費の割合が３％を超える企業であること，③資本関係が２０％以上
の関係会社との取引が２０％以上を占める企業であること，④３年
以上連続した財務情報を入手することができないか又は現在稼動して
いない企業であること，⑤製造機能が５０％未満の企業であること
という条件のいずれかに該当する企業を除外して，３９社を選定した。
また，Ｐ１社等の基本的利益の算定の基礎となるＰ１社等の比較対
象法人として，Ｐ１社等の事業と同種のブラジル企業を抽出し，公開
情報に基づき，①二輪車又は四輪車に関連しない事業が５０％以上
の企業であること，②年売上高が２５００万ドル以下の企業である
こと，③３年以上連続した財務情報を入手することができない企業
であること，④アフターマーケット向けの製品に係る売上高が５
０％以上の企業であること，⑤関連会社との取引が売上げ又は総費
用の５０％以上の企業であること，⑥営業利益率がマイナスで債務
超過の状態にあることから継続性に問題がある企業であることという
条件のいずれかに該当する企業を除外して，８社を選定した。
ｃ基本的利益の算定
原告の基本的利益について，日本側比較対象企業の本件各事業年度
に最も近接する事業年度ごとの総費用営業利益率（総費用に対する営
業利益の割合）を算出し，その中位値を日本側基本的利益率とする。
そして，本件国外関連取引に係る原告の本件各事業年度の総費用，そ
の他の営業費用，委託研究費の額から原告が重要な無形資産の開発の
ために支出した費用等の額を控除し，この控除後の金額に日本側基本
的利益率を乗ずると，原告の基本的利益の額は，別表２の４「原告の
基本的利益及びＰ１社の基本的利益の算定」の原告欄記載の金額とな
る。
また，Ｐ１社等の基本的利益について，ブラジル側比較対象企業の
Ｐ１社各事業年度に最も近接する事業年度ごとの総費用営業利益率を
算出し，その中位値をブラジル側基本的利益率とする。そして，Ｐ１
社等のＰ１社各事業年度の総費用の額からＰ１社等が重要な無形資産
の開発のために支出した費用等の額を控除し，この控除後の金額にブ
ラジル側基本的利益率を乗ずると，Ｐ１社等の基本的利益の額は，別
表２の４「原告の基本的利益及びＰ１社の基本的利益の算定」のＰ１
社欄記載の金額となる。
(オ)本件国外関連取引に係る残余利益の分割（争点２-４）
ａ残余利益の算定
残余利益の額は，分割対象利益のうち基本的利益に相当する金額を
法人及び国外関連者に配分した残額である。したがって，本件国外関
連取引における残余利益の額は，本件各事業年度及びＰ１社各事業年
度ごとに，上記(ウ)で算出した分割対象利益の額から上記(エ)で算定
した原告の基本的利益の額及びＰ１社等の基本的利益の額を控除した
額となる（別表２の５「残余利益の算定」）。
ｂ残余利益の分割比率の算出方法
残余利益の分割は，法人又は国外関連者の有する重要な無形資産の
価値に応じて合理的に行うものであり，重要な無形資産の価値による
配分を当該重要な無形資産の開発のために支出した費用等の額により
行っている場合には，合理的な配分として認められるところ，法人又
は国外関連者の有する重要な無形資産の価値については，当該無形資
産の法的な所有関係のみならず，それを形成，維持又は発展させるた
めの活動において法人又は国外関連者の行った貢献の程度をも勘案す
る必要がある。
ｃ分割比率の算出の基礎となる原告の支出額
本件各事業年度ごとに，上記ａの残余利益の額を，原告又はＰ１社
等の有する重要な無形資産の価値に応じて合理的に配分するため，原
告又はＰ１社等が重要な無形資産の開発のために支出した費用等の額
についてみると，原告が支出した額は，本件国外関連取引に係る原告
の本件各事業年度の総費用，その他の営業費用，委託研究費の額のう
ち，①ブラジル向け研究開発費（イネの遺伝子研究費用等及びＰ１
１の開発費を含む。），②ブラジル向けプロジェクト費用及び技術
指導料（Ｐ１２社向けプロジェクト費用及び技術者派遣による技術支
援の費用を含む。），③提携部品メーカーへの支払ロイヤルティの
合計額である。
ｄ分割比率の算出の基礎となるＰ１社等の支出額
Ｐ１社各事業年度ごとに，上記ａの残余利益の額を，原告又はＰ１
社等の有する重要な無形資産の価値に応じて合理的に配分するため，
原告又はＰ１社等が重要な無形資産の開発のために支出した費用等の
額についてみると，Ｐ１社等が支出した額は，Ｐ１社等のＰ１社各事
業年度の総費用の額のうち，①新機種導入時の量産体制確立の費用，
②生産性向上の費用，③新規ディーラー開拓及びディーラー育成
の費用，④広告宣伝費の合計額である。
ｅ原告に配分すべき残余利益の額
上記ｃ及びｄの原告及びＰ１社等がそれぞれ重要な無形資産の開発
のために支出した費用に基づいて上記ａの残余利益を配分すると，原
告に配分すべき残余利益の額は，上記ａの残余利益の額に，原告とＰ
１社等の上記ｃ及びｄの各支出の合計額に占める原告の上記ｃの支出
額の割合を乗じた金額となる（別表２の６「残余利益の分割比率の算
出」及び同７「原告に配分すべき残余利益の額の計算」）。
(カ)本件国外関連取引に係る所得移転額
ａ独立企業間価格の算定
本件独立企業間価格は，本件各事業年度ごとに，本件国外関連取引
の対価の額に，上記(エ)ｃの原告の基本的利益の額と上記(オ)ｅの原
告に配分すべき残余利益の額との合計額から上記(ウ)の原告の営業利
益の額を控除した後の金額を加えた金額である（別表２の８「独立企
業間価格の算定と所得移転額の計算」）。
ｂ所得移転額の計算
本件国外関連取引に係るＰ１社等への所得移転額は，本件独立企業
間価格から本件国外関連取引の対価の額を差し引いた金額であり，別
表２の８「独立企業間価格の算定と所得移転額の計算」に記載のとお
り，平成１０年３月期について７５億８４１４万５０１２円，平成１
１年３月期について６９億２８６３万３８６０円，平成１３年３月期
について３２億１７１７万３０６６円，平成１４年３月期について４
９億３５５４万７１３４円，平成１５年３月期について３７億８９８
３万８３０４円である。
（原告の主張）
ア本件各更正等の違法性
次のイないしオのとおり，本件各更正等は，独立企業間価格の算定方法
の選択，独立企業間価格の算定単位の設定，残余利益分割法の適用におけ
る基本的利益の算定，残余利益の分割にそれぞれ瑕疵がある違法なもので
あるから，取り消されるべきである。
イ独立企業間価格の算定方法の選択の瑕疵（争点２-１）
措置法施行令３９条の１２第８項に定める利益分割法は措置法６６条の
４第２項１号イないしハ及び２号イに定める基本三法を用いることができ
ない場合に限り用いることができるものであるから，基本三法の適用可能
性について合理的な調査を尽くすことなく利益分割法を用いて独立企業間
価格の算定をすることは許されない。ところが，処分行政庁は，基本三法
の適用可能性について合理的な調査を尽くさないまま，基本三法の適用可
能性がないとし，利益分割法を用いて本件独立企業間価格の算定をしたの
であって，処分行政庁による独立企業間価格の算定方法の選択には瑕疵が
ある。
ウ独立企業間価格の算定単位の設定の瑕疵（争点２-２）
本件国外関連取引は，原告とＰ１社，原告とＰ５社，原告とＰ６社の間
のそれぞれ別個の取引から成り，また，これらの取引は，いずれも完成自
動二輪車の販売取引，自動二輪車の部品の販売取引，自動二輪車の製造設
備の販売取引，技術支援の役務提供取引という複数の種類の取引から成る
ところ，これらを一括して独立企業間価格の算定をすることに合理性はな
いから，本件独立企業間価格は，原告とＰ１社，原告とＰ５社，原告とＰ
６社のそれぞれの間のそれぞれの種類の取引ごとに算定しなければならな
い。ところが，処分行政庁は，複数の種類の取引を一の取引として本件独
立企業間価格の算定をしただけではなく，原告とＰ１社，原告とＰ５社，
原告とＰ６社の間のそれぞれ別個の取引を一の取引として本件独立企業間
価格の算定をしたのであって，処分行政庁による独立企業間価格の算定単
位の設定には瑕疵がある。
エ基本的利益の算定の瑕疵（争点２-３）
措置法通達６６の４(4)-５に定める残余利益分割法の基本的利益の算定
に当たっては，当該国外関連取引の事業と同種で，市場，事業規模等が類
似する法人（重要な無形資産を有する法人を除く。）を比較対象法人とし
て選定し，その事業用資産又は売上高に対する営業利益の割合等で示され
る利益指標に基づいて基本的利益を計算する。ところが，次のとおり，処
分行政庁は，Ｐ１社等の比較対象法人を選定するために用いる除外基準と
してマナウスフリーゾーン外で事業活動を行いマナウス税恩典利益を享受
していない法人を除外する基準を設けることなく，Ｐ１社等の比較対象法
人としてＰ１社等との比較可能性を欠くブラジル側比較対象企業を選定す
る等してブラジル側基本的利益の算定をしたのであって，処分行政庁によ
るブラジル側基本的利益の算定には瑕疵がある。
(ア)マナウス税恩典利益
Ｐ１社等は，マナウスフリーゾーンで事業活動を行い，ブラジル連邦
憲法を始めとするブラジル連邦法及びアマゾナス州法の下でマナウス税
恩典利益を享受しているものであり，その額は，本件各事業年度におい
て合計約５５０億円に上る。Ｐ１社等の営業利益は，Ｐ１社等がマナウ
ス税恩典利益を享受することにより，その額だけ増加しているところ，
その額は，本件各事業年度のＰ１社等の営業利益の６０％以上を占める。
マナウス税恩典利益を除外すると，Ｐ１社等の営業利益は４０％以下に
落ち込み，営業利益率も低下する。
マナウス税恩典利益は，マナウスフリーゾーンというブラジル連邦憲
法で保障された特殊な市場に基因するものであり，マナウスフリーゾー
ンで事業活動を行う認可企業に付与される政府助成金や補助金といった
政府の介入の実質を有し，その享受の有無がＰ１社等及びブラジル側比
較対象企業の営業利益ひいては営業利益率に客観的に明らかで重大な影
響を及ぼすから，マナウスフリーゾーン外で事業活動を行いマナウス税
恩典利益を享受していない企業は，マナウスフリーゾーンで事業活動を
行いマナウス税恩典利益を享受しているＰ１社等との比較可能性を欠く。
(イ)Ｐ１社等の比較対象法人の選定の瑕疵
処分行政庁は，Ｐ１社等の比較対象法人を選定するために用いる除外
基準として，マナウスフリーゾーン外で事業活動を行いマナウス税恩典
利益を享受していない法人を除外する基準を設けることなく，Ｐ１社等
の比較対象法人として，マナウスフリーゾーンから遠く離れたブラジル
南部の工業地帯で事業活動を行いマナウス税恩典利益を享受していない
ブラジル側比較対象企業を選定し，かつ，マナウス税恩典利益の享受の
有無についてＰ１社等とブラジル側比較対象企業との差異調整をするこ
となく，ブラジル側比較対象企業の総費用営業利益率の中位値をブラジ
ル側基本的利益率としてブラジル側基本的利益の算定をしているが，マ
ナウスフリーゾーン外で事業活動を行いマナウス税恩典利益を享受して
いない企業は，マナウスフリーゾーンで事業活動を行いマナウス税恩典
利益を享受しているＰ１社等との比較可能性を欠くことは，上記(ア)の
とおりであり，Ｐ１社等の比較対象法人の選定に当たっては，マナウス
税恩典利益の享受の有無をＰ１社等との比較可能性の判断における重要
な要素として考慮し，マナウスフリーゾーン外で事業活動を行いマナウ
ス税恩典利益を享受していない法人を除外する基準を設けなければなら
ず，また，そのような企業をＰ１社等の比較対象法人として選定するの
であれば，マナウス税恩典利益の享受の有無についてＰ１社等とブラジ
ル側比較対象企業との間の適切な差異調整をしなければならなかった。
処分行政庁がしたブラジル側基本的利益の算定には瑕疵がある。
(ウ)基本的利益の算定のその余の瑕疵
ａＰ１社等の比較対象法人の除外基準の設定及び選定の瑕疵
処分行政庁がＰ１社等の比較対象法人を選定するために用いた除外
基準は，杜撰かつ不合理である。その基準には，重要な無形資産を有
する法人を除外するための項目も，マナウスフリーゾーンと人件費水
準が異なる市場で事業活動を行う法人，国外で事業活動を行う法人や
輸出割合が大きい法人を除外するための項目も，設定されていない。
事業規模が異なる法人，事業の種類や取扱製品が異なる法人を除外す
るための項目は，設定されているものの，いずれも，不合理に緩やか
であり，Ｐ１社等との比較可能性を欠く企業を除外することができな
い。処分行政庁がしたＰ１社等の比較対象法人の除外基準の設定には
瑕疵がある。
処分行政庁がＰ１社等の比較対象法人として実際に選定したブラジ
ル側比較対象企業は，Ｐ１社等と人件費水準，販売市場，事業規模，
事業内容等が異なり，Ｐ１社等との比較可能性を欠いており，処分行
政庁によるＰ１社等の比較対象法人の選定には瑕疵がある。
ｂ差異調整の懈怠
Ｐ１社等とブラジル側比較対象企業との間には，人件費水準の差異，
販売市場の差異，事業規模の差異，事業内容の差異等多くの差異が存
在し，総費用営業利益率に客観的に明らかで重大な影響を及ぼしてい
るにもかかわらず，処分行政庁はこれらについて差異調整をしていな
い。
ｃ利益指標の選定の瑕疵
処分行政庁は総費用営業利益率をＰ１社等の利益指標としているが，
その基礎となった総費用の中には本件国外関連取引の対価が含まれて
いるのであって，処分行政庁による利益指標の選定には瑕疵がある。
オ残余利益の分割の瑕疵（争点２-４）
残余利益の分割は，残余利益を当該法人又は国外関連者の有する重要な
無形資産の価値に応じて合理的に配分する方法により行わなければならな
いところ，処分行政庁がした残余利益の分割には，Ｐ１社等の有する重要
な無形資産であるコンソルシオ販売網に係るブラジル側分割要因を選定し
ておらず，残余利益の発生に寄与した程度を合理的に推測するに足りる要
因に応じて分割したということができない等の瑕疵がある。
第３当裁判所の判断
１本件更正５-１及び本件更正５-２の各取消しの訴えの適否（争点１）につい
て
原告は，本件更正５-１の一部取消しを求める請求と本件更正５-２の一部取
消しを求める請求を選択的に併合しているところ，後記のとおり，本件更正５-
２の一部取消しを求める請求は全て認容すべきものであるから，本件更正５-
１の一部取消しを求める訴えの利益の有無（争点１-１）については判断せず，
本件更正５-２の一部取消しを求める訴えが不服申立て前置の規定及び出訴期
間の規定に違反するものであるか否か（争点１-２）についてのみ判断する。
(1)判断の要約
前提事実(4)及び(5)のとおり，原告は，本件更正５-２があったことを知っ
た日の翌日から起算して２月以内に，処分行政庁に対し，本件更正５-２に対
する異議申立てをしていないため，本件更正５-２に対する審査請求について
の裁決を経ておらず，また，本件更正５-２の一部取消しを求める訴えを含む
本件各訴えは，本件更正５-２があったことを知った日から６か月を経過した
後に提起されているが，本件においては，次の(2)のとおり，本件更正５-２
に対する審査請求についての裁決を経ないことにつき正当な理由（国税通則
法１１５条１項３号）があり，また，次の(3)のとおり，本件各訴えのうち本
件更正５-２の一部取消しを求めるものが出訴期間の経過を理由として不適
法とされることはないというべきである。
(2)国税通則法１１５条１項３号の「正当な理由」について
ア国税に関する法律に基づく処分で税務署長がしたものに不服がある者は，
その処分があったことを知った日（処分に係る通知を受けた場合には，そ
の受けた日）の翌日から起算して２月以内に，その処分をした税務署長に
対する異議申立てをすることができ（国税通則法７５条１項１号，７７条
１項），この異議申立てについての決定があった場合において，当該異議
申立てをした者が当該決定を経た後の処分になお不服があるときは，その
者は，異議決定書の謄本の送達があった日の翌日から起算して１月以内に，
国税不服審判所長に対して審査請求をすることができる（同法７５条３項，
７７条２項）ところ，国税に関する法律に基づく処分で不服申立てをする
ことができるものの取消しを求める訴えは，異議申立てをすることができ
る処分（審査請求をすることもできるもの（異議申立てについての決定を
経た後審査請求をすることができるものを含む。）を除く。）にあっては
異議申立てについての決定を，審査請求をすることができる処分にあって
は審査請求についての裁決をそれぞれ経た後でなければ，提起することが
できない（同法１１５条１項本文）が，異議申立てについての決定又は審
査請求についての裁決を経ることにより生ずる著しい損害を避けるため緊
急の必要があるとき，その他その決定又は裁決を経ないことにつき正当な
理由があるときは，この限りでない（同項３号）。
国税通則法が国税に関する法律に基づく処分について特別な行政上の不
服申立ての手続を設け，これを経た後でなければその取消しの訴えを提起
することを許さないものとした趣旨は，国税に関する法律に基づく処分が
大量かつ回帰的なものであり，当初の処分が必ずしも十分な資料と調査に
基づいてされていない場合があることに鑑み，訴えの提起に先立って行政
庁に再検討の機会を与え，行政内部における自律的な解決を期待するとと
もに，納税者がその結果になお不服がある場合に初めて裁判所の判断を受
けることができるものとして，裁判所の負担の軽減を図ろうとする目的に
出たものであり，他方で，納税者に対しても，訴えの提起に先立って事案
を熟知し事実関係の究明に適する地位にある行政庁に不服申立てをさせ，
簡易かつ迅速な救済を受ける機会を与えたものであると解される。
国税通則法２４条ないし２６条に定める更正，決定及び再更正は，課税
要件の充足によって同法１５条２項各号に定める時（法人税の場合には事
業年度の終了の時）に成立している納税義務の内容，すなわち，その国税
についての納付すべき税額を確定する行為であるところ，再更正のうちの
いわゆる増額再更正は，税務署長が，更正又は決定をした後，その更正又
は決定をした課税標準等又は税額等が過少であることを知ったときに，そ
の調査により，当該更正又は決定に係る課税標準等又は税額等を更正する
ものであり（同法２６条），当該納税者の納付すべき税額の計算の基礎と
なる課税要件事実を全面的に見直して納付すべき税額を確定するものであ
るから，増額再更正は，当初の更正又は決定に係る税額を含む総額として
の税額を確定するものであり，当初の更正又は決定は，増額再更正の処分
内容として増額再更正に吸収されて一体となり，その外形が消滅すると解
するのが相当である（吸収説。最高裁昭和２７年(オ)第１０５８号同３２
年９月１９日第一小法廷判決・民集１１巻９号１６０８頁，最高裁昭和３
９年(行ツ)第５２号同４２年９月１９日第三小法廷判決・民集２１巻７号
１８２８頁，最高裁昭和５３年(行ツ)第５５号同５５年１１月２０日第一
小法廷判決・裁判集民事１３１号１３５頁参照）。したがって，当初の更
正がされ，これに対する異議申立てがされた後に，増額再更正がされ，そ
の後，当初の更正についての異議決定を経て，当初の更正に対する審査請
求がされた場合，増額再更正は，当初の更正とは別個の処分であるから，
当初の更正に対する審査請求の対象となっていたということはできないが，
増額再更正は，当初の更正に係る税額を含む総額としての税額を確定する
ものであるから，増額再更正のうち当初の更正に係る税額に係る部分は，
当初の更正とその目的及び効果を同一にするものであり，増額再更正は，
当初の更正と相互に密接な関連を有するということができる（当初の更正
の取消しの訴えを提起した者が，その訴訟の係属している間にされた増額
再更正の取消しを求めようとするときには，同法１１５条１項２号の規定
により，改めて審査請求についての裁決を経ることなく訴えを提起するこ
とができるのは，このことを前提としているというべきである。）。そう
すると，増額再更正の取消しの訴えが，増額再更正の固有の違法事由を主
張してその取消しを求めるものではなく，当初の更正に対する審査請求に
おいて主張した当初の更正の違法事由と同じ違法事由を主張して増額再更
正の取消しを求めるものであるときは，当初の更正について適法な審査請
求をし，この審査請求についての裁決を経たことをもって，増額再更正に
ついて審査請求をし，裁決を経たのと実質的に同視することができ，増額
再更正について改めて不服申立てを経ることを要しないというべきであっ
て，上記の場合に，増額再更正の取消しの訴えを提起するに当たり，改め
て審査請求についての裁決を経ないことにつき正当な理由があると解する
のが相当である。これを実質的にみても，増額再更正と当初の更正との間
に上記のとおりの関係があることによれば，当初の更正に対する異議申立
て及び審査請求がされたことにより，増額再更正のうち当初の更正に係る
税額に係る部分についても，行政庁に再検討の機会が与えられるとともに，
納税者に対しても行政庁による簡易かつ迅速な救済を受ける機会が与えら
れたということができるのであって，国税に関する法律に基づく処分の取
消しの訴えの提起について不服申立て前置を定めた国税通則法の趣旨にも
とるところはない上，上記の場合に，増額再更正の取消しの訴えを提起す
るに当たり，改めて審査請求についての裁決を経なければならないとする
ときには，行政庁に対しても，納税者に対しても，無益な手続を踏ませ，
手続経済に反するとともに，納税者の救済を受ける権利を侵害することに
なるというべきである。
イこれを本件についてみると，処分行政庁は，原告の平成１５年３月期の
法人税について，原告に対し，平成１６年６月２９日に本件更正等５-１を
し，平成１７年４月２７日に減額再更正及び減額変更決定をした後，平成
１８年３月２８日に増額再々更正である本件更正５-２及び過少申告加算
税の賦課決定をしたところ，原告は，平成１６年８月２７日，国税通則法
７５条２項１号の規定に基づいて，東京国税局長に対し，本件更正等５-
１の一部取消しを求める異議申立てをし，東京国税局長による平成１９年
７月９日付け異議決定を経て，同年８月９日，国税不服審判所長に対し，
本件更正等５-１の一部取消しを求める審査請求をし，国税不服審判所長に
よる平成２２年９月９日付け本件裁決を経たものであり，かつ，本件更正
５-２の取消しの訴えは，本件更正５-２の固有の違法事由を主張してその
取消しを求めるものではなく，本件更正５-１に対する審査請求において主
張した本件更正５-１の違法事由と同じ本件国外関連取引に対する移転価
格税制の適用の違法を主張して本件更正５-２の取消しを求めるものであ
るから，原告が，本件更正５-１について審査請求をし，本件裁決を経たこ
とをもって，本件更正５-２について審査請求をし，裁決を経たのと実質的
に同視し，原告は，本件更正５-２について改めて不服申立てを経ることを
要しないということができる。
したがって，原告が本件更正５-２の一部取消しを求める訴えを提起する
に当たり，改めて審査請求についての裁決を経ないことについては，正当
な理由があるというべきである。
ウ被告は，二つの処分がある場合に，一つの処分についてのみ不服申立て
をし，他の処分について不服申立てをしないことに「正当な理由」がある
ときとは，司法審査に先立ち不服申立てを経由させることにつき合理的理
由がない場合，すなわち，各処分が実質的に同一である場合や，各処分が
その理由を共通にし，不服申立てにおいて攻撃される点も専ら共通である
場合であり，かつ，それに対する行政庁の基本的な判断が一つの処分に対
する不服申立てにおいて既に示されており変更の余地がないような場合に
限られると主張する。
しかし，国税通則法７５条５項は，異議申立てをしている者は，異議申
立てをした日の翌日から起算して３月を経過しても異議申立てについての
決定がないときは，当該異議申立てに係る処分について，決定を経ないで，
国税不服審判所長に対して審査請求をすることができると定め，また，同
法１１５条１項１号は，国税に関する法律に基づく処分で審査請求をする
ことができるものの取消しを求める訴えであっても，審査請求がされた日
の翌日から起算して３月を経過しても裁決がないときは，審査請求につい
ての裁決を経た後でなくても，提起することができる旨を定めている。こ
れらの規定によれば，同法が国税に関する法律に基づく処分について特別
な行政上の不服申立ての手続を設け，これを経た後でなければその取消し
の訴えを提起することを許さないものとした趣旨が，訴えの提起に先立っ
て行政庁に再検討の機会を与え，行政内部における自律的な解決を期待す
るという限度を超え，納税者の迅速な救済を受ける権利を劣後させてまで
も，行政庁に納税者の不服申立てに対する判断を示させようとしたもので
あると解することはできないのであって，被告が主張するように，二つの
処分がある場合に，一つの処分についてのみ不服申立てをし，他の処分に
ついて不服申立てをしないことに同項３号の「正当な理由」があるときと
は，行政庁の基本的な判断が一つの処分に対する不服申立てにおいて既に
示されており変更の余地がないような場合に限られるということはできな
い。被告の主張は採用することができない。
(3)行政事件訴訟法１４条の出訴期間の遵守について
ア取消訴訟は，処分若しくは裁決があったことを知った日から６か月を経
過したとき又は処分若しくは裁決の日から１年を経過したときは，提起す
ることができず（行政事件訴訟法１４条１項本文及び２項本文），また，
処分又は裁決につき審査請求をすることができる場合において，審査請求
があったときは，処分又は裁決に係る取消訴訟は，その審査請求をした者
については，これに対する裁決があったことを知った日から６か月を経過
したとき又は当該裁決の日から１年を経過したときは，提起することがで
きない（同条３項本文）が，正当な理由があるときは，この限りでない（同
条各項ただし書）。
当初の更正がされ，これに対する異議申立てがされた後に，増額再更正
がされ，その後，当初の更正についての異議決定を経て，当初の更正に対
する審査請求がされた場合，増額再更正は，当初の更正とは別個の処分で
あるから，当初の更正に対する審査請求の対象となっていたということは
できないが，増額再更正の取消しの訴えが，増額再更正の固有の違法事由
を主張してその取消しを求めるものではなく，当初の更正に対する審査請
求において主張した当初の更正の違法事由と同じ違法事由を主張して増額
再更正の取消しを求めるものであるときは，当初の更正について適法な審
査請求をし，この審査請求についての裁決を経たことをもって，増額再更
正について審査請求をし，裁決を経たのと実質的に同視することができる
ことは，上記(2)アのとおりであるから，この場合，増額再更正の取消しの
訴えは，それが当初の更正についての審査請求に対する裁決があったこと
を知った日から６か月を経過して提起されたものであるか，又は当該裁決
の日から１年を経過して提起されたものである場合には格別，そうでない
限りは，出訴期間の経過を理由として不適法とされることはないというべ
きである。
イこれを本件についてみると，処分行政庁は，原告の平成１５年３月期の
法人税について，原告に対し，平成１６年６月２９日に本件更正等５-１を
し，平成１７年４月２７日に減額再更正及び減額変更決定をした後，平成
１８年３月２８日に増額再々更正である本件更正５-２及び過少申告加算
税の賦課決定をしたところ，原告は，平成１６年８月２７日，国税通則法
７５条２項１号の規定に基づいて，東京国税局長に対し，本件更正等５-
１の一部取消しを求める異議申立てをし，東京国税局長による平成１９年
７月９日付け異議決定を経て，同年８月９日，国税不服審判所長に対し，
本件更正等５-１の一部取消しを求める審査請求をし，国税不服審判所長に
よる平成２２年９月９日付け本件裁決を経て，同月１６日に本件裁決があ
ったことを知ったものである。そして，原告は，同日から６か月以内であ
る平成２３年３月１１日，本件更正５-１に対する審査請求において主張し
た本件国外関連取引に対する移転価格税制の適用の違法を主張して本件更
正５-２の一部取消しを求める訴えを提起したのであるから，同訴えは，出
訴期間の経過を理由として不適法とされることはないというべきである。
２独立企業間価格について
(1)移転価格税制について
内国法人の各事業年度の所得の金額は，当該事業年度の益金の額から当該
事業年度の損金の額を控除した金額であるとされる（法人税法２２条１項）
ところ，法人が，昭和６１年４月１日以後に開始する各事業年度において，
当該法人に係る国外関連者（外国法人で，当該法人との間にいずれか一方の
法人が他方の法人の発行済株式の総数の１００分の５０以上を直接又は間接
に保有する関係など特殊の関係のあるもの）との間で資産の販売，資産の購
入，役務の提供その他の取引を行った場合に，当該取引（国外関連取引）に
つき，当該法人が当該国外関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価
格（当該取引が特殊の関係にない者（非関連者）の間で同様の状況の下で行
われた場合に成立するであろう合意に係る価格）に満たないとき，又は当該
法人が当該国外関連者に支払う対価の額が独立企業間価格を超えるときは，
当該法人の当該事業年度の所得に係る法人税法その他法人税に関する法令の
規定の適用については，当該国外関連取引は，独立企業間価格で行われたも
のとみなされる（措置法６６条の４第１項）。この場合における国外関連取
引の対価の額と当該国外関連取引に係る独立企業間価格との差額は，法人の
各事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入されない（同条４項）。
特殊の関係のある企業の間における資産の販売，役務の提供，特許又は商
標の使用許諾，ノウハウの提供，資金の貸付けその他の取引の対価の額を一
般に移転価格と呼ぶところ，上記取引の当事者たる企業が，それぞれ，異な
る国で事業活動を行い，別個の課税管轄に属する場合において，移転価格が
独立企業間価格と異なる額に設定されるときには，本来一方の企業の所得と
なるべきであった経済的利益が他方の企業に移転され，移転元となった企業
がその課税管轄に属する国の課税権が侵害されるという問題が生ずる。この
移転価格の問題は，国際的な経済交流の発展に伴い，企業の多国籍化が進み，
そのグループ内取引が増大したことによって，各国の共通の関心事となり，
米国を始めとする諸外国において移転価格税制が整備されたほか，ＯＥＣＤ
（経済協力開発機構）においても租税委員会を中心に検討が行われた。ＯＥ
ＣＤは，１９７９年（昭和５４年）５月１６日，「移転価格と多国籍企業」
と題する租税委員会の報告書を公表するとともに，加盟各国の政府に対し，
独立企業間価格の算定に当たり同報告書の内容を考慮に入れるべきことを求
める理事会勧告をしたところ，上記報告書は，税務当局がその権限の及ぶ地
域外の特殊関係企業と取引を行う企業に対する課税をするに当たり独立企業
間価格に基づいて所得の計算をすることは一般に認められているところであ
り，特殊関係企業間の取引に関するＯＥＣＤモデル租税条約９条１項もこれ
を前提とするものであるとした上，独立企業間価格によるアプローチは同報
告書の底流を成す考え方であるとしている。また，上記モデル条約の規定は，
「(ａ)一方の締約国の企業が他方の締約国の企業の経営，支配若しくは資本
に直接若しくは間接に参加している場合又は(ｂ)同一の者が一方の締約国
の企業及び他方の締約国の企業の経営，支配若しくは資本に直接若しくは間
接に参加している場合であって，そのいずれの場合においても，商業上又は
資金上の関係において，双方の企業の間に，独立の企業の間に設けられる条
件と異なる条件が設けられ又は課されているときは，その条件がないとした
ならば一方の企業の利得となったとみられる利得であってその条件のために
当該一方の企業の利得とならなかったものに対しては，これを当該一方の企
業の利得に算入して租税を課することができる」と定めている。上記報告書
の記載及び上記モデル条約の規定は，いずれも独立企業原則（特殊関係企業
間の取引に，独立企業間の取引に設けられる条件と異なる条件が設けられ，
それにより自国企業の利益が減少している場合には，その条件が設けられて
いなければ当該自国企業の利益となるはずであった利益を合算して当該自国
企業に課税することができるとする原則）を明らかにしたものである。この
ような流れを受けて，我が国においても移転価格の問題が議論されるように
なり，移転価格税制の導入を検討するものとした昭和５６年の衆議院大蔵委
員会の附帯決議及び法人が海外の特殊関係企業と取引を行った場合の課税所
得の計算に関する規定を整備することが適当であるとした昭和６０年１２月
１９日の税制調査会「昭和６１年度の税制改正に関する答申」を経て，昭和
６１年法律第１３号による措置法の改正により，「国外関連者との取引に係
る課税の特例」として，法人間の取引に限り，かつ，国際取引に限って，移
転価格税制が制定された。
このように，措置法６６条の４第１項の移転価格税制の規定は，移転価格
の問題を放置することには適正かつ公平な課税の見地から問題があること，
及び，諸外国においては既に移転価格税制が整備されていることに鑑みて，
我が国においても，諸外国と共通の基盤に立って，特殊の関係のある企業の
間の取引を通じた所得の海外移転に対処し，各国家の課税権の適切な調整を
図り，もって適正な国際課税を実現するために規定されたものである。そう
すると，我が国の移転価格税制の規定の解釈適用に当たっては，我が国の移
転価格税制が独立企業原則という諸外国の移転価格税制と共通の基礎に立脚
するものであることに配慮しなければならないのであって，具体的には，我
が国の移転価格税制と諸外国の移転価格税制との間の整合性を確保するため，
独立企業原則の見地から独立企業間価格の算定に当たり考慮すべき事項及び
採り得る手段について記載しているＯＥＣＤ租税委員会の上記報告書及び同
報告書の各章を１９９５年（平成７年）以降順次改訂したものである「多国
籍企業と税務当局のための移転価格の算定に関する指針」（移転価格ガイド
ライン）の記載を踏まえてしなければならないというべきである。なお，移
転価格の問題は多国籍企業による租税回避の問題であることも少なくはない
が，独立企業原則は，特定の額の対価を支払うという当事者間の契約上の義
務や租税の負担を軽減しようという当事者の意図の有無にかかわらず，現実
の対価の額を独立企業間価格に修正するものであるから，移転価格税制が租
税回避の防止に用いられることはあるものの，法人が租税回避の目的をもっ
て移転価格を設定したことは移転価格税制の適用要件とはならない。
(2)独立企業間価格の算定方法について
措置法６６条の４第１項に規定する独立企業間価格とは，当該国外関連取
引が特殊の関係にない者（非関連者）の間で同様の状況の下で行われた場合
に成立するであろう合意に係る価格をいうことは，上記(1)のとおりであると
ころ，同条２項の規定は，上記(1)のＯＥＣＤ租税委員会の報告書を踏まえ，
次のとおり，国外関連取引の類型ごとに，独立企業間価格の算定方法を定め
ている。すなわち，①国外関連取引が棚卸資産の販売又は購入である場合
については，ⅰ独立価格比準法（特殊の関係にない売手と買手が，国外関
連取引に係る棚卸資産と同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階，取
引数量その他が同様の状況の下で売買した取引の対価の額（当該同種の棚卸
資産を当該国外関連取引と取引段階，取引数量その他に差異のある状況の下
で売買した取引がある場合において，その差異により生じる対価の額の差を
調整できるときは，その調整を行った後の対価の額を含む。）に相当する金
額をもって独立企業間価格とする方法。同項１号イ），ⅱ再販売価格基準
法（国外関連取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係にない者に対して当該
棚卸資産を販売した対価の額（再販売価格）から通常の利潤の額（当該再販
売価格に政令で定める通常の利益率を乗じて計算した金額）を控除して計算
した金額をもって独立企業間価格とする方法。同号ロ），ⅲ原価基準法（国
外関連取引に係る棚卸資産の売手の購入，製造その他の行為による取得の原
価の額に通常の利潤の額（当該原価の額に政令で定める通常の利益率を乗じ
て計算した金額）を加算して計算した金額をもって独立企業間価格とする方
法。同号ハ），及び，ⅳこれらの方法（基本三法）に準ずる方法その他政
令で定める方法（同号ニ）という四つの方法を規定しており（ただし，基本
三法に準ずる方法その他政令で定める方法は，基本三法を用いることができ
ない場合に限り，用いることができるものとしている。同号括弧書き），ま
た，②国外関連取引が棚卸資産の販売又は購入以外の取引である場合につ
いては，ⅴ基本三法と同等の方法（同項２号イ），及び，ⅵ基本三法に
準ずる方法その他政令で定める方法と同等の方法（同号ロ）を規定している
（ただし，基本三法に準ずる方法その他政令で定める方法と同等の方法は，
基本三法と同等の方法を用いることができない場合に限り，用いることがで
きるものとしている。同号括弧書き）。
そこで，次に，これらの独立企業間価格の算定方法に関し本件で問題とな
る点について検討する。
ア独立価格比準法
独立価格比準法（これと同等の方法を含む。以下同じ。）は，国外関連
取引に係る棚卸資産と同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階，取
引数量その他が同様の状況の下で売買した非関連者間取引の対価の額に直
接比準し，その対価の額に相当する金額をもって独立企業間価格とする算
定方法である（措置法６６条の４第２項１号イ）。したがって，ある非関
連者間取引をもって，当該事案においてその対価の額が独立企業間価格を
超え又はこれに満たないものであるか否かの検証の対象とされている国外
関連取引（以下「検証対象取引」ともいう。）との比較対象取引とするた
めには，当該非関連者間取引が，①検証対象取引に係る棚卸資産と同種
の棚卸資産を，②検証対象取引と取引段階，取引数量その他が同様の状
況の下で売買した取引であることが，その要件となる。そして，上記①の
比較対象取引に係る棚卸資産が検証対象取引に係る棚卸資産と同種のもの
であるというためには，比較対象取引に係る棚卸資産と検証対象取引に係
る棚卸資産とがその性状，構造，機能等の面において同種のものである必
要があるところ，その同種性の有無は，比較対象取引に係る棚卸資産と検
証対象取引に係る棚卸資産との間の性状，構造，機能等の差異がそれらの
棚卸資産の間に対価の額の差異を生じさせる差異であるか否かによって判
定すべきものであり，また，上記②の比較対象取引が検証対象取引と同様
の状況の下で売買した取引であるか否かは，取引段階が当該棚卸資産の製
造から消費者による購入までの間のどの段階に属するか（小売であるか卸
売であるか等），取引数量が価格に影響を与える場合には取引数量，季節
要因により又は一般的な経済市況の変化により価格が変動する場合には取
引時期，棚卸資産の引渡条件が積地条件か揚地条件か，支払条件，当該市
場の地理的位置，経済や社会の構造，消費者の消費性向，政府の規制など
の市場の条件，特許権，商標権等の使用許諾，ノウハウの提供の有無等の
諸般の事情を総合的に考慮して判定すべきものである（以上につき，措置
法通達６６の４(2)-２，３参照）。
もっとも，比較対象取引が検証対象取引に係る棚卸資産と同種の棚卸資
産を当該検証対象取引と取引段階，取引数量その他に差異のある状況の下
で売買した取引である場合においても，その差異により生じる対価の額の
差を調整することができるときは，その調整（差異調整）を行った後の対
価の額に相当する金額をもって独立企業間価格とすることができる（措置
法６６条の４第２項１号イ括弧書き）が，そのような差異調整を行うこと
ができない場合には，当該比較対象取引の対価の額に比準して独立企業間
価格を算定することはできないこととなる。
イ再販売価格基準法
再販売価格基準法（これと同等の方法を含む。以下同じ。）は，国外関
連取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を非関連者から購入した
者（再販売者）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売し
た取引に係る売上総利益率（当該再販売者の売上総利益の額，すなわち，
当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額から当該
比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計額を控除した金額の当該収
入金額の合計額に対する割合）を通常の利益率として（措置法施行令３９
条の１２第６項。ただし，同項ただし書の規定により，比較対象取引と，
当該国外関連取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を非関連者に対し
て販売した取引とが再販売者（売手）の果たす機能その他において差異が
ないことを必要とする。），この売上総利益に係る利益率に基づいて算定
された価格，すなわち，国外関連取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係
にない者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額（再販売価格）から通
常の利潤の額（当該再販売価格に上記通常の利益率を乗じて計算した金額）
を控除して計算した金額をもって独立企業間価格とする算定方法である
（措置法６６条の４第２項１号ロ）。したがって，ある非関連者間取引を
もって比較対象取引とするためには，①当該非関連者間取引が，検証対
象取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を非関連者から購入した
者（再販売者）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売し
た取引であり，②当該非関連者間取引と，当該検証対象取引に係る棚卸
資産の買手が当該棚卸資産を非関連者に対して販売した取引とが再販売者
（売手）の果たす機能その他において差異がないことが，その要件となる
ところ，再販売価格基準法は，再販売取引に係る通常の利益率が，当該取
引に係る棚卸資産の種類そのものよりも，むしろ再販売者（売手）の果た
す機能（及び負担するリスク）と密接に関係することに着目し，主として
再販売者（売手）の果たす機能の類似性に基づいて独立企業間価格の算定
をするものであるため，再販売価格基準法については，独立価格比準法の
ように比較対象取引に係る棚卸資産と検証対象取引に係る棚卸資産との間
の厳密な類似性（同種性）は必要とならず，単なる類似性で足りる（上記
①）一方で，比較対象取引と検証対象取引に係る棚卸資産の買手がした再
販売取引とが再販売者（売手）の果たす機能，負担するリスクその他にお
いて差異がないことが必要となる（上記②）。そして，上記①の棚卸資産
の類似性の有無は，比較対象取引に係る棚卸資産と検証対象取引に係る棚
卸資産との間の性状，構造，機能等の差異が比較対象取引と検証対象取引
に係る棚卸資産の買手がした再販売取引との間に再販売者（売手）の通常
の利益率の差異を生じさせる差異であるか否かによって判定すべきもので
あり，また，上記②の比較対象取引と検証対象取引に係る棚卸資産の買手
がした再販売取引とが再販売者（売手）の果たす機能その他において差異
がないか否かは，それぞれの再販売者（売手）の果たす機能，負担するリ
スクのほか，それらが機能を果たしている市場の条件，特許権，商標権等
の使用許諾，ノウハウの提供の有無等の諸般の事情を総合的に考慮して判
定すべきものである（以上につき，措置法通達６６の４(2)-２，３参照）。
したがって，類似の棚卸資産の卸売業者であっても，地理的な市場が異な
れば，その利益率には階差が生ずると考えることができるし，また，特許
権，商標の使用許諾やノウハウの提供をしている卸売業者とそれをしてい
ない卸売業者とでも，その利益率には階差が生ずると考えることができる。
もっとも，比較対象取引と検証対象取引に係る棚卸資産の買手がした再
販売取引とが再販売者（売手）の果たす機能その他において差異がある場
合においても，その差異により生じる割合の差につき適切な調整（差異調
整）を行うことができるときには，必要な差異調整を加えた後の割合をも
って通常の利益率とすることができる（措置法施行令３９条の１２第６項
ただし書）が，そのような差異調整を行うことができない場合には，当該
比較対象取引の利益率に比準して独立企業間価格を算定することはできな
いこととなる。
ウ原価基準法
原価基準法（これと同等の方法を含む。以下同じ。）は，国外関連取引
に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を非関連者から購入するなどし
て取得した者（販売者）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対し
て販売した取引に係る売上総利益の総原価に対する割合（当該販売者の売
上総利益の額，すなわち，当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による
収入金額の合計額から当該比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計
額を控除した金額の当該原価の額の合計額に対する割合）を通常の利益率
として（措置法施行令３９条の１２第７項。ただし，同項ただし書の規定
により，比較対象取引と，当該国外関連取引とが売手の果たす機能その他
において差異がないことを必要とする。），この売上総利益に係る利益率
に基づいて算定された価格，すなわち，国外関連取引に係る棚卸資産の売
手の取得原価の額に通常の利潤の額（当該原価の額に上記通常の利益率を
乗じて計算した金額）を加算して計算した金額をもって独立企業間価格と
する算定方法である（措置法６６条の４第２項１号ハ）。したがって，あ
る非関連者間取引をもって比較対象取引とするためには，①当該非関連
者間取引が，検証対象取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を非
関連者から購入するなどして取得した者（販売者）が当該同種又は類似の
棚卸資産を非関連者に対して販売した取引であり，②当該非関連者間取
引と，当該検証対象取引とが販売者（売手）の果たす機能その他において
差異がないことが，その要件となるところ，原価基準法は，検証対象取引
に係る通常の利益率が，当該取引に係る棚卸資産の種類そのものよりも，
むしろ販売者（売手）の果たす機能（及び負担するリスク）と密接に関係
することに着目し，主として販売者（売手）の果たす機能の類似性に基づ
いて独立企業間価格の算定をするものであるため，原価基準法についても，
独立価格比準法のように比較対象取引に係る棚卸資産と検証対象取引に係
る棚卸資産との間の厳密な類似性（同種性）は必要とならず，単なる類似
性で足りる（上記①）一方で，比較対象取引と検証対象取引とが販売者（売
手）の果たす機能，負担するリスクその他において差異がないことが必要
となる（上記②）。そして，上記①の棚卸資産の類似性の有無は，比較対
象取引に係る棚卸資産と検証対象取引に係る棚卸資産との間の性状，構造，
機能等の差異が比較対象取引と検証対象取引との間に販売者（売手）の通
常の利益率の差異を生じさせる差異であるか否かによって判定すべきもの
であり，また，上記②の比較対象取引と検証対象取引とが販売者（売手）
の果たす機能その他において差異がないか否かは，それぞれの販売者（売
手）の果たす機能，負担するリスクのほか，それらが機能を果たしている
市場の条件，特許権，商標権等の使用許諾，ノウハウの提供の有無等の諸
般の事情を総合的に考慮して判定すべきものである（以上につき，措置法
通達６６の４(2)-２，３参照）。
もっとも，比較対象取引と検証対象取引とが販売者（売手）の果たす機
能その他において差異がある場合においても，その差異により生じる割合
の差につき適切な調整（差異調整）を行うことができるときには，必要な
差異調整を加えた後の割合をもって通常の利益率とすることができる（措
置法施行令３９条の１２第７項ただし書）が，そのような差異調整を行う
ことができない場合には，当該比較対象取引の利益率に比準して独立企業
間価格を算定することはできないこととなる。
エその他の方法
(ア)措置法６６条の４第２項の規定は，上記アないしウの方法のほかに，
これらの方法（基本三法）に準ずる方法その他政令で定める方法（これ
らと同等の方法を含む。以下同じ。）を規定している（措置法６６条の
４第２項１号ニ及び２号ロ）。これらの方法は，基本三法を用いること
ができない場合に限り，用いることができるものである（基本三法優先
の原則。同項１号括弧書き及び２号括弧書き）ところ，課税処分の取消
訴訟においては，被告（国）が所得の存在について主張立証責任を負う
のであるから，基本三法を用いることができないことについても，被告
（国）が主張立証責任を負うものと解すべきであるが，被告（国）にお
いて，処分行政庁が合理的な調査を尽くしたにもかかわらず基本三法を
用いることができなかった旨を主張立証した場合には，基本三法を用い
ることができないことが事実上推定され，原告（納税者）において，こ
の推定を覆すに足りる主張立証をする必要が生ずるというべきである。
(イ)上記(ア)のその他の方法のうち，基本三法に準ずる方法は，基本三
法の考え方から乖離せず，かつ，当該取引の内容に適合する合理的な方
法であると解すべきである。
また，上記(ア)のその他の方法のうち，政令で定める方法として，措
置法施行令は，昭和６１年法律第１３号による移転価格税制の制定当時，
利益分割法を規定していた（３９条の１２第８項）。この方法は，国外
関連取引に係る棚卸資産の法人又は当該法人に係る国外関連者による購
入，製造，販売その他の行為に係る所得が，当該棚卸資産に係るこれら
の行為のためにこれらの者が支出した費用の額，使用した固定資産の価
額その他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足り
る要因に応じて当該法人及び当該国外関連者に帰属するものとして計算
した金額をもって独立企業間価格とする算定方法（寄与度利益分割法）
である。そして，我が国の移転価格税制の規定の解釈適用に当たっては，
我が国の移転価格税制が独立企業原則という諸外国の移転価格税制と共
通の基礎に立脚するものであることに配慮しなければならないことは，
上記(1)のとおりであって，措置法６６条の４第２項の規定は独立企業原
則を反映しているものというべきであるから，同項１号ニ及び２号ロの
規定による政令への委任も独立企業原則に沿った独立企業間価格の算定
方法を定めることを命じているものと解されるのであり，そのような委
任に基づいて定められた措置法施行令３９条の１２第８項の規定の解釈
及び適用も独立企業原則に従って行われる必要があるというべきである。
上記(1)の１９７９年（昭和５４年）のＯＥＣＤ租税委員会の報告書に
ついては，１９９３年（平成５年）から，同委員会において全面的な見
直し作業が行われ，１９９５年（平成７年）以降順次「多国籍企業と税
務当局のための移転価格の算定に関するガイドライン」（移転価格ガイ
ドライン）として公表された。上記の見直し作業は，米国が１９９３年
（平成５年）１月に財務省規則を改正し，独立企業間価格の算定方法と
して伝統的手法（基本三法）及び利益分割法のほかに利益比準法を新た
に採用したことを契機として行われたものであり，独立企業間価格の算
定方法として，我が国が採用していた利益分割法（寄与度利益分割法），
米国が主張した残余利益分割法を採用したほか，利益比準法を企業単位
から取引単位に修正した取引単位営業利益法を採用している。
我が国は，１９９５年（平成７年）の移転価格ガイドラインの公表に
伴い，措置法施行令３９条の１２第８項の改正をすることはせず，平成
１２年９月８日課法２-１３による措置法通達の改正により，利益分割法
の意義（６６の４(4)-１）を明らかにするとともに，その中に比較利益
分割法（６６の４(4)-４）及び残余利益分割法（６６の４(4)-５）が含
まれるという課税当局の解釈を明らかにし，平成１３年６月１日には事
務運営指針を発出した。また，我が国は，平成１５年１１月６日に締結
した「所得に対する租税に関する二重課税の回避及び脱税の防止のため
の日本国政府とアメリカ合衆国政府との間の条約」（平成１６年条約第
２号）の交換公文第３項において，移転価格ガイドラインに従って企業
の移転価格の調査を行うものとすると規定されたことを踏まえて，平成
１６年政令第１０５号による措置法施行令の改正により，措置法６６条
の４第２項１号ニ及び２号ロの政令で定める方法として，新たに取引単
位営業利益法を追加した（３９条の１２第８項２号及び３号）。再販売
価格基準法及び原価基準法は，売上総利益をベースにして原価の額又は
売上金額を算出する方法であるところ，これに対して，取引単位営業利
益法は，営業利益をベースにして原価の額又は売上金額を算出する方法
である。
オ平成２３年法律第８２号による措置法改正等について
措置法６６条の４第２項の規定は，平成２３年法律第８２号により改正
された。同改正前は，基本三法優先の原則により，基本三法に準ずる方法
その他政令で定める方法は，基本三法を用いることができない場合に限り，
用いることができるものとされていた（上記エ(ア)）ところ，同改正によ
り，基本三法優先の原則は廃止され，独立企業間価格とは，同項各号に定
める方法のうち，当該国外関連取引の内容及び当該国外関連取引の当事者
が果たす機能その他の事情を勘案して，当該国外関連取引が独立の事業者
の間で通常の取引の条件に従って行われるとした場合に当該国外関連取引
につき支払われるべき対価の額を算定するための最も適切な方法により算
定した金額をいうものとされた（同項柱書き）。基本三法優先の原則は，
移転価格ガイドラインを踏まえて設けられたものであるところ，上記改正
は，移転価格ガイドラインが，基本三法優先の原則は移転価格税制の適用
の実情に合わなくなったという理由により，２０１０年（平成２２年）に
改訂され，基本三法優先の原則が廃止されるとともに，当該事案の状況に
応じて独立企業原則に一致した最も適切な方法を見出すことを目指すこと
とされたことに対応して，行われたものである。
そして，このような措置法の改正に伴い，上記のような独立企業間価格
の算定方法の選択の仕組みの下では，法令において，利用可能な算定方法
を一覧することができ，それらの内容が明確化されていることが望ましい
ため，措置法施行令３９条の１２第８項の規定が平成２３年政令第１９９
号により改正され，寄与度利益分割法（同項１号ロ）のほか，比較利益分
割法及び残余利益分割法の意義が法令上明らかにされる（同項１号イ及び
ハ）とともに，取引単位営業利益法の意義も法令上明らかにされた（同項
２号及び３号）。上記改正による残余利益分割法の規定は，それまで措置
法通達６６の４(4)-５によって明らかにされていた措置法施行令３９条の
１２第８項の課税当局の解釈を確認した規定であり，新たな方法を創設し
た規定ではないと解される。
(3)残余利益分割法について
ア措置法施行令３９条の１２第８項と残余利益分割法について
平成１６年政令第１０５号による改正前の措置法施行令３９条の１２第
８項が，措置法６６条の４第２項１号ニに規定する政令で定める方法とし
て，国外関連取引に係る棚卸資産の法人又は当該法人に係る国外関連者に
よる購入，製造，販売その他の行為に係る所得が，当該棚卸資産に係るこ
れらの行為のためにこれらの者が支出した費用の額，使用した固定資産の
価額その他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足り
る要因に応じて当該法人及び当該国外関連者に帰属するものとして計算し
た金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法（利益分割法）を
定めていたことは，上記(2)エ(イ)のとおりであるところ，この規定を受け
て定められた平成１６年１２月２０日課法２-１４による改正前の措置法
通達６６の４(4)-１は，利益分割法の意義について，原則として，国外関
連取引に係る棚卸資産の販売等により法人及び国外関連者に生じた営業利
益の合計額（分割対象利益）を措置法施行令３９条の１２第８項に規定す
る要因により分割する方法をいうものとして，利益分割法における分割の
対象となる利益が営業利益であることを明らかにしていた。そして，平成
２３年１０月２７日課法２-１３による改正前の措置法通達６６の４(4)-
５は，利益分割法の一つである残余利益分割法について，利益分割法の適
用に当たり，法人又は国外関連者が重要な無形資産を有する場合には，分
割対象利益のうち重要な無形資産を有しない非関連者間取引において通常
得られる利益に相当する金額を当該法人及び国外関連者それぞれに配分し，
当該配分した金額の残額を当該法人又は国外関連者の有する当該重要な無
形資産の価値に応じて合理的に配分する方法により独立企業間価格を算定
することができるとして，その意義を明らかにした上，その注において，
当該重要な無形資産の価値による配分を当該重要な無形資産の開発のため
に支出した費用等の額により行っている場合には，合理的な配分として，
これを認めるとしていた。
上記のとおり，措置法施行令３９条の１２第８項は，利益分割法を，国
外関連取引に係る法人又は国外関連者の所得をこれらの者がその所得の発
生に寄与した程度を推測するに足りる要因に応じて分割した金額をもって
独立企業間価格とする方法として定めていたところ，残余利益分割法は，
法人又は国外関連者が重要な無形資産を有する場合に，国外関連取引に係
る法人又は国外関連者の所得（分割対象利益）の金額を重要な無形資産を
有しない非関連者間取引において通常得られる利益（基本的利益）に相当
する金額と残額（残余利益の金額）とに区分し，そのそれぞれをこれらの
者がその所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因に応じて，す
なわち，基本的利益に相当する金額については当該法人及び国外関連者そ
れぞれに，残余利益の金額については当該法人又は国外関連者の有する当
該重要な無形資産の価値に応じて合理的に，分割した金額をもって独立企
業間価格とする方法であるということができるのであって，残余利益分割
法は，上記(2)オの平成２３年政令第１９９号による措置法施行令３９条の
１２第８項の改正により明確化される以前から同項に規定されていたもの
と解することができる。したがって，平成２３年政令第１９９号による措
置法施行令改正前において，残余利益分割法を用いることが租税法律主義
（憲法８４条）に違反することにはならない。
イ残余利益分割法の適用要件及び算定方法について
(ア)残余利益分割法は，企業間の取引における無形資産の重要性が高ま
っている現況にあって，従来の利益分割法によっては必ずしも合理的に
分割対象利益を配分することができない事例が増加してきたこと（特に，
商標やブランド等のいわゆる「市場に関する無形資産」がその市場の消
費者に深く受け入れられ，その貢献により多額の利益を生み出している
場合には，人件費等の費用の額，投下資本の額等（措置法通達６６の４
(4)-２）を分割要因として分割対象利益を配分するのでは国外関連取引
の当事者が当該分割対象利益の発生に寄与した程度を推測するにふさわ
しいものを用いた合理的な配分ということはできないこと）から，１９
９５年（平成７年）に公表された移転価格ガイドラインに採用され，我
が国においても，このことを踏まえて，上記措置法通達の定めにより，
措置法施行令で定める利益分割法に含まれることが明らかにされたもの
である。残余利益分割法は，法人又は国外関連者が重要な無形資産を有
する場合に適用され，第１段階として，国外関連取引に係る棚卸資産の
販売等により法人及び国外関連者に生じた営業利益の合計額（分割対象
利益）のうち重要な無形資産を有しない非関連者間取引において通常得
られる利益（基本的利益）に相当する金額を法人及び国外関連者に配分
し，第２段階として，配分した金額の残額（残余利益）を法人又は国外
関連者の有する重要な無形資産の価値に応じて合理的に分割するという，
２段階に分けて独立企業間価格の算定をすることを特徴とする。
(イ)そこで，まず，基本的利益の算定（配分）についてみるに，基本的
利益，すなわち，重要な無形資産を有しない非関連者間取引において通
常得られる利益に相当する金額とは，例えば，当該国外関連取引の事業
と同種の事業を営み，市場，事業規模等が類似する法人（重要な無形資
産を有する法人を除く。）の事業用資産又は売上高に対する営業利益の
割合等で示される利益指標に基づいて算定されるものである（事務運営
指針３-３）ところ，この場合において，ある非関連者たる法人を比較対
象法人として選定するためには，当該法人が当該国外関連取引（検証対
象取引）の事業と同種の事業を営み，市場，事業規模等が類似するもの
であり，かつ，重要な無形資産を有する法人ではないことが，その要件
となるところ，このような基本的利益の算定方法は，比較対象法人の事
業用資産又は売上高に対する営業利益の割合等で示される利益指標に比
準して基本的利益の算定をしようとするものであるため，独立価格比準
法のように棚卸資産の厳密な類似性（同種性）は必要とならず，単なる
類似性で足りる（①）一方で，比較対象法人と検証対象法人とがその果
たす機能，負担するリスクその他において差異がないことが必要となる
（②）。ここで，上記①の棚卸資産の類似性の有無は，比較対象法人に
よる取引に係る棚卸資産と検証対象法人による取引に係る棚卸資産との
間の性状，構造，機能等の差異が比較対象法人と検証対象法人との間に
その事業用資産又は売上高に対する営業利益の割合等の差異を生じさせ
る差異であるか否かによって判定すべきものであり，また，上記②の比
較対象法人と検証対象法人とがその果たす機能，負担するリスクその他
において差異がないか否かは，それぞれの法人の果たす機能，負担する
リスクのほか，それらが機能を果たしている市場の条件，特許権，商標
権等の使用許諾，ノウハウの提供の有無等の諸般の事情を総合的に考慮
して判定すべきものであることは，再販売価格基準法及び原価基準法と
同様である。
もっとも，比較対象法人と検証対象法人とがその果たす機能その他に
おいてその事業用資産又は売上高に対する営業利益の割合等の差異を生
じさせる差異がある場合においても，当該差異につき適切な調整を行う
ことができるときには，その差異により生じる割合の差につき必要な調
整（差異調整）を加えた後の割合をもって上記事業用資産又は売上高に
対する営業利益の割合等としてこれに基づき基本的利益の算定をするこ
とができるが，そのような差異調整をすることができないときには，当
該比較対象法人の事業用資産又は売上高に対する営業利益の割合等に基
づいて基本的利益の算定をすることはできないと解される。
(ウ)次に，残余利益の分割についてみるに，残余利益とは，分割対象利
益のうち基本的利益（重要な無形資産を有しない非関連者間取引におい
て通常得られる利益）に相当する金額を当該法人及び国外関連者それぞ
れに配分した金額の残額をいうものであり，法人又は国外関連者の有す
る重要な無形資産の価値に応じて合理的に配分されるべきものであるこ
とは，上記(ア)のとおりである（措置法通達６６の４(4)-５）ところ，
ここに重要な無形資産の価値というのは，措置法施行令３９条の１２第
８項にいう「当該棚卸資産に係るこれらの行為のためにこれらの者が支
出した費用の額，使用した固定資産の価額その他これらの者が当該所得
の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」のことであり，上記の
重要な無形資産の価値による配分については，それを当該重要な無形資
産の開発のために支出した費用等の額により行っている場合には，合理
的な配分として，これを認めることができるものと解される（措置法通
達６６の４(4)-５の注参照）。
３認定事実
前提事実に加えて，後掲の証拠及び弁論の全趣旨によれば，次の事実を認め
ることができる。
(1)マナウスフリーゾーンとマナウス税恩典利益
アマナウスフリーゾーンの設定と税恩典の整備
ブラジル連邦政府は，アマゾン地域の中心都市であるマナウスの振興を
図るため，１９５７年（昭和３２年）法律第３１７３号によりマナウスフ
リーゾーンを設定し，１９６７年（昭和４２年）大統領令第２８８号（税
恩典大統領令）により税恩典の整備を行った。税優遇措置の期間は，税恩
典大統領令では１９９７年（平成９年）までの３０年間と定められていた
が，１９８８年（昭和６３年）に制定されたブラジル連邦憲法により２０
１３年（平成２５年）まで延長され，その後の憲法改正により，２０２３
年（平成３５年）まで再延長された。（甲２６，３０ないし３２，１６２，
乙７７，９９）
イ現調規制とＰＰＢ基準
マナウスフリーゾーンに進出し事業活動を行う法人の全てがマナウス税
恩典利益を享受することができるわけではなく，マナウスフリーゾーンで
工場を建設しマナウス税恩典利益（輸入税の軽減）を享受しようとする者
は，マナウス自由貿易地域監督庁（ＳＵＦＲＡＭＡ）から，税恩典を享受
しようとする工業プロジェクトに係る認可を取得する必要があり，この認
可を取得するとマナウスフリーゾーンで工場を建設することが認められる。
ＳＵＦＲＡＭＡの認可を取得するためには，進出企業に対して部品等につ
き一定の現調率を達成することを求める現調規制（現地調達規制）を満た
さなければならないものとされていたところ，現調規制は，ブラジル連邦
政府が１９９０年代に従来の国内産業の保護育成のための工業製品の輸入
制限から輸入自由化に産業政策を転換したことに伴い，１９９１年（平成
３年）法律第８３８７号により，現調規制よりも達成が容易なＰＰＢ（基
本製造工程）基準に切り替えられた。ＰＰＢ基準は，進出企業がマナウス
フリーゾーンで事業活動を行うに当たり最低限履行すべき基本製造工程に
ついて定めているものであり，１９９３年（平成５年）大統領令第７８３
号は，「オートバイ及びスクーター」に関する基本製造工程として，グル
ープＡ「プレス，鋳造，加工，塗装，プラスチック注入」，グループＢ「燃
料タンクの溶接と腐食防止処理，車体の溶接と腐食防止処理，リアフォー
クの溶接と腐食防止処理，サイドスタンド，センタースタンド及びステッ
プの溶接と腐食防止処理」，グループＣ「エンジンの組立て，最終組立て，
最終検査，梱包」を定め，オートバイ及びスクーターのメーカーは，同指
令の公示日から起算して１８か月以内にグループＡに定められた工程のう
ちの少なくとも２項目及びグループＢに定められた工程のうちの少なくと
も２項目を実行し，直ちにグループＣに定められた工程を実行しなければ
ならないものとしているが，各工程の内容や技術水準に関する具体的基準
は示されていない。（甲２６，３０ないし３２，４０，４１，１６２，乙
７６ないし７８，９９）
ウアマゾナス州の税恩典
連邦の税恩典とは別に，アマゾナス州政府は，マナウスフリーゾーンへ
の産業の誘致と雇用の創出を図るため，１９８９年（平成元年）州法によ
り，ＩＣＭＳに関する税恩典を整備している。１９８９年州法による税恩
典利益は，アマゾナス州の開発に対して基本的な重要性を有する企業に付
与されるものであるところ，１９９６年（平成８年）アマゾナス州法第２
３９０号（ハナン法）により，アマゾナス州の開発に対して基本的な重要
性を有する企業であると州政府に認められ，ＩＣＭＳ税減免に係る認可を
取得するためには，雇用を創出し人件費の割合が製品の最終原価の少なく
とも１０％に相当することを要するものとされ，その人件費の割合は，１
９９６年（平成８年）アマゾナス州法第２４３０号により，１０％から１.
５％に改正された。マナウスフリーゾーンで工場を建設するためにはＳＵ
ＦＲＡＭＡから工業プロジェクトに係る認可を取得する必要があり，この
認可を取得するためには上記工業プロジェクトがＰＰＢ基準を満たす必要
があることは，上記イのとおりであるから，進出企業は，上記工業プロジ
ェクトについてＰＰＢ基準を満たし，ＳＵＦＵＲＡＭＡから認可を取得し
ない限り，工場を建設し稼働させることができず，労働者を雇用すること
もできないため，雇用を創出し人件費の割合が製品の最終原価の少なくと
も１.５％に相当するという要件を満たすことができないこととなる。この
ように，アマゾナス州の税恩典を享受しようとする場合，ＰＰＢ基準を満
たし，ＳＵＦＲＡＭＡから工業プロジェクトに係る認可を取得しなければ，
ＩＣＭＳ税減免に係る認可も取得することができないという関係がある。
（甲３３，３４，乙７７，７８）
エマナウス税恩典の内容
マナウス税恩典による減免の対象税目等は，輸入税，工業製品税，法人
所得税（以上，連邦税），ＩＣＭＳ（州税），社会統合基金及び社会保険
融資負担金（連邦の負担金）であるところ，これらのうち進出企業の営業
利益に大きな影響を及ぼすのは，輸入税とＩＣＭＳである。
輸入税は，ブラジルに輸入される商品や生産物に課される連邦税であり，
我が国の関税に相当し，輸入品の通関申告時に発生する。その課税標準は，
輸入品価格に運賃と保険料を加えた外貨額を国内通貨に換算した金額（購
入金額）であり，ＮＣＭ（南米共同市場（メルコスール）の域内共通商品
分類番号）に基づいて商品分類が行われ，税率が設定されている。マナウ
ス税恩典による輸入税の軽減は，次のとおりである。すなわち，マナウス
フリーゾーンでの生産に用いる部品は輸入税の納付猶予を受けて輸入する
ことができ，それを用いて製造した製品をマナウスフリーゾーン外に移出
（販売）するときに輸入税を納付するところ，その際には輸入税の税額の
８８％が軽減される。ブラジルの企業会計上，輸入税は売上原価を構成し，
輸入税の軽減は，政府助成金と同様に売上原価の低減項目として費用を減
少させ，売上総利益ひいては営業利益を増加させる。輸入税の軽減を受け
る場合，その税額は製品のマナウスフリーゾーン外への移出まで確定しな
いため，Ｐ１社等は，軽減後の輸入税（本来の税額の１２％に相当する額）
をその納付時に販売費として会計処理していた。
ＩＣＭＳは，商品の移出や輸入等に課される州税であり，我が国の消費
税（地方消費税）に相当する。ＩＣＭＳについては，我が国の消費税と同
様に，多段階課税・累積排除型の制度が採用されているため，販売業者の
売上げに係る税額から仕入額に含まれる税額を控除したものが納付すべき
税額となる。その税率は，州により異なり，対象商品によっても異なる。
アマゾナス州の税恩典によるＩＣＭＳ税減免は，次のとおりである。すな
わち，ハナン法により，マナウスフリーゾーンでの生産に用いる部品，原
材料の域外の供給者からの移入（購入）については，ＩＣＭＳが免除され
るところ，そのことと関わりなく，それらを用いて製造した製品をマナウ
スフリーゾーン外に移出（販売）するときには，それらの購入代金に通常
課されるＩＣＭＳが含まれているものとみなしてＩＣＭＳみなし仕入税額
控除を受けることができる。また，アマゾナス州政府と合意した数量を超
えて製造及び販売をした製品に係る取引についてはＩＣＭＳ税額免除を受
けることができ，その対象外の取引についてもＩＣＭＳ税軽減を受けるこ
とができる。ブラジルの企業会計上，ＩＣＭＳみなし仕入税額控除は，政
府助成金と同様に売上原価の低減項目として費用を減少させ，売上総利益
ひいては営業利益を増加させる。ＩＣＭＳ税額免除及びＩＣＭＳ税軽減は，
総売上げの控除項目であるＩＣＭＳ費用額の低減項目として純売上げを増
加させ，売上総利益ひいては営業利益を増加させる。ＩＣＭＳに関する税
恩典利益を享受するためには，州政府に対し，ＩＣＭＳ税軽減額の６％に
相当する中小企業奨励金（ＦＭＰＥ），ＩＣＭＳみなし仕入税額控除額の
１％及び輸入品のＦＯＢ価格の２％に相当する観光・地方開発事業基金（Ｆ
ＴＩ），ＩＣＭＳみなし仕入税額控除額の１０％に相当するアマゾナス州
立大学奨励金（ＵＥＡ）を負担しなければならないところ，Ｐ１社等は，
これらの拠出金について総売上げの控除項目の中で費用処理をしていた。
（甲３７，４５ないし４７，１６２，乙７７，９９）
(2)ブラジルの自動二輪車市場と原告及びＰ１社
ア原告がマナウスフリーゾーンで現地生産を開始した経緯
原告は，１９６８年（昭和４３年）にブラジルで完成自動二輪車の輸入
が解禁されたのを受けて，１９７１年（昭和４６年）に現在のＰ３社を設
立し，ブラジル向けの完成自動二輪車の輸出を開始した。原告は，ブラジ
ル政府が外貨不足を理由として完成自動二輪車の輸入を再度禁止すること
を懸念し，ブラジルで自動二輪車の現地生産を行うことにし，１９７５年
（昭和５０年）にＰ１社を設立した。原告は，東南アジア向けに開発され
ていたＰ１３をブラジルで製造し販売することを決定し，Ｐ１社は，１９
７６年（昭和５１年）にマナウスフリーゾーンでＰ１３等の自動二輪車の
製造を開始した。原告は，当初，サンパウロ周辺で自動二輪車の現地生産
を行うことを検討し，用地も取得したが，同地域では既に自動車産業が集
積していたため，ブラジル政府から現調率，雇用，投資額等について厳し
い条件を課せられ，サンパウロ周辺で自動二輪車の現地生産を行うことを
断念した。原告は，マナウスで原告の製品の輸入販売業を営んでいた会社
から，マナウスフリーゾーンで自動二輪車の現地生産を行うことを勧めら
れ，マナウス税恩典利益を享受することにより費用を低減することができ
ること，現調率等の条件がより緩やかであることなどから，マナウスフリ
ーゾーンで自動二輪車の現地生産を行うことにした。なお，原告の競争事
業者であるＰ１４は，１９７４年（昭和４９年）にサンパウロ州で自動二
輪車の製造を開始したが，１９８５年（昭和６０年）以降，製造機能を順
次マナウスフリーゾーンに移転した。（甲２６，２９，乙２８，３４，８
８）
イＰ１社によるマナウス税恩典認可の取得
Ｐ１社は，１９７５年（昭和５０年）に，ＳＵＦＲＡＭＡから，マナウ
スフリーゾーンで「Ｐ１５」ブランドの自動二輪車を製造するための工業
を導入することを目的とするプロジェクトに係る認可を取得し，同プロジ
ェクトの完遂義務を課せられた。Ｐ１社は，１９９０年（平成２年）に，
アマゾナス州政府から，「１２５ＣＣオートバイ」等の製造についてＩＣ
ＭＳ税減免に係る認可を取得した。Ｐ５社及びＰ６社も，それぞれマナウ
ス税恩典について認可を受けている。（甲３８，３９，４２，４３，４４）
ウＰ１社設立後の事業の状況とブラジル経済の混乱による業績の悪化
Ｐ１社が現地生産を開始した１９７６年（昭和５１年）当時，ブラジル
の自動二輪車市場の販売台数は数千台にすぎず，Ｐ１社の販売台数も２２
００台にすぎなかった。ブラジルでは，早くから欧米系の四輪車メーカー
が進出し，四輪車の販売を行っており，Ｐ１社が現地生産を開始した当時，
高所得者には四輪車が普及していた。ブラジルの自動二輪車市場では，我
が国や欧米諸国のような大型機種，高性能機種に対する需要がほとんどな
く，四輪車を購入することができない低所得者向けの実用車が中心であり，
自動二輪車の性能（先進性や数値性能）ではなく，悪路での耐久性，修理
の容易さを含む経済性が重視されていたところ，Ｐ１３に搭載されていた
エンジンは，その開発当時既に旧式化していたＯＨＶ（オーバーヘッドバ
ルブ）型エンジンではあったものの，より新しいエンジン型式であるＯＨ
Ｃ（オーバーヘッドカムシャフト）型エンジンに比べて機構が単純である
ため，耐久性やメンテナンス性に優れており，Ｐ１３は，ブラジルの自動
二輪車市場において求められる基本性能を優に満たすものであった。Ｐ１
社等は，原告から供与された技術情報，ノウハウ等を用いて，Ｐ１３等の
自動二輪車に改良を加え，その量産体制を確立するとともに，生産体質を
改善し，その販売台数を順調に伸ばし，１９８１年（昭和５６年）には販
売台数が１０万台を超え，１９８３年（昭和５８年）には販売台数が約１
７万台，販売シェアが約８０％に達した。しかし，ブラジル経済は，１９
８５年（昭和６０年）以降，ハイパーインフレーションの発生とブラジル
政府によるその収束策の失敗のために混乱状態に陥り，ブラジルの自動二
輪車市場は低迷し，Ｐ１社の販売台数も大幅に減少した。Ｐ１社は，１９
８０年代後半，原告の指示により，インフレ分をディーラー向けの販売価
格に上乗せする価格政策を採用しており，低所得者を主たる購買層とする
Ｐ１３の小売価格は低所得者が容易に購入することができないものとなっ
ていた。Ｐ１社は，１９８９年（昭和６１年）には，Ｐ１３にマイナーチ
ェンジを加えたＰ１６を発売したが，販売台数は増加しなかった。Ｐ１社
等の業績は，原告がブラジルでの自動二輪車の製造及び販売事業から撤退
することを検討するほどに悪化し，原告は，現在のＰ３社が果たしていた
ディーラーへの卸売機能をＰ１社に移管し，Ｐ１社が直接ディーラーに卸
売をするようにすることで販売機能に係るコストの圧縮を図ったが，効果
はなかった。（甲２６，２７，２９，２０６，２０９，乙２７，２８，３
４，８８ないし９０，１２５，１３８，１３９）
エＰ１７元工場長らによるＰ１８工場の再建
Ｐ１７元工場長は，昭和３５年に原告に入社した後，主として施設部門
の仕事に携わり，１９８０年（昭和５５年）から１年半，技術者としてＰ
１社に出向した。Ｐ１７元工場長は，その後，原告の自動二輪車生産部門
課長，Ｐ１９本社生産企画部主任技師等を務め，Ｐ２０長を経て（この間，
製造機能の海外移転のために稼働率が低下していた同製作所の再建を経験
した。），１９９２年（平成４年）にＰ１社の副社長兼工場長としてブラ
ジルに赴任し，２００１年（平成１３年）まで勤務した。Ｐ１７元工場長
の赴任の目的は，業績の悪化していたＰ１社等のＰ１８工場を建て直し，
Ｐ１社等の経営的自立を果たすというものであった。その当時，ブラジル
のハイパーインフレーションの下で，マナウスフリーゾーンの製造業全体
が深刻な打撃を受けていたところ，Ｐ１７前工場長は，原告からＰ１社に
出向した他の現地駐在員と共に，従業員の削減，工場の操業停止，コスト
及び在庫の管理，価格政策の変更，従業員の意識改革，コンソルシオ販売
の積極的活用等の工場再建策を実行した。（甲２０６，２０９，２２９）
オブラジル経済の安定とＰ１社の販売台数の増加
ブラジル経済は，１９９４年（平成６年）のレアルプランの導入を契機
にハイパーインフレーションが収束したことにより安定した。Ｐ１社等は，
ブラジル市場における自動二輪車に対する需要に見合うＰ１３等の低所得
者向けの実用モデルに集中し，同年，Ｐ２１を上市した。同機種は，前機
種であるＰ１６の外観を変更しただけのものであり，その基本技術は，１
９７６年（昭和５１年）の自動二輪車の生産開始当時のものと大きく変わ
るものではないが，Ｐ１社等は，製造コストの低減によって得た余力によ
り，１９９３年（平成５年）の価格改定でディーラー向け販売価格を大幅
に引き下げ，低所得者であってもコンソルシオ販売を利用することにより
無理なく購入することができる程度の小売価格を設定し，その後の物価の
上昇を反映させることなく基本的に据え置いたため，Ｐ１社がＰ１３を販
売することにより長年にわたって培ってきたＰ１５ブランドに対する市場
の信頼も相俟って，Ｐ１社の販売台数は急速に増加し，１９９７年（平成
９年）には販売シェアが９０％を超えた。Ｐ１社の販売台数中に占めるＰ
１０社のコンソルシオ販売の割合は，１９９７年（平成９年）の１３.９％
から，１９９８年（平成１０年）に２０.８％，１９９９年（平成１１年）
に２８.４％，２０００年（平成１２年）に３０.１％，２００１年（平成
１３年）に３０.７％，２００２年（平成１４年）に３２.４％，２００３
年（平成１５年）に３４.４％と上昇した。なお，Ｐ１社は，自動二輪車の
大部分を国内のディーラーに販売しており，本件各事業年度の輸出割合は
約４％から約１０％であった。（甲８，２６ないし２８，２０６，２０９
ないし２１１，乙１９，２８，３４，８８ないし９０，１２５，１３８，
１３９）
カＰ１０社によるコンソルシオ販売
ブラジルでは，総人口に占める低所得者の割合が高いところ，ハイパー
インフレーションとそれに対応するための金融引締策などの不安定な経済
状況の下では，低所得者は，自動二輪車のような高額商品を購入するに当
たり金融機関から借入れを受けることが困難であった。コンソルシオ販売
は，このような事情を背景として金融機関から融資を受けることができな
い低所得者向けに発達した特有の販売形態であり，ある商品の購入希望者
が講（コンソルシオ）を構成し，毎月，掛金を出し合い，購入可能な数の
商品を購入し，抽選で当たった参加者から順次商品の引渡しを受ける仕組
みである。コンソルシオ販売は，所得水準の高いブラジル南東部，南部よ
りも，所得水準の低いブラジル北部，北東部で重要性が高い。Ｐ１０社は，
Ｐ３社の子会社であり，コンソルシオの組成並びにその管理及び運営を業
としている。Ｐ１社は，その販促資料中に同じ企業グループに属するＰ１
０社についての説明を加えたり，共同マーケティングを行う，情報管理シ
ステムへのＰ１０社の組込みを行うなどの協力を行い，販売拡張を図って
おり，Ｐ１社等の出身者がＰ１０社の取締役となるなど人的関係も深かっ
た。Ｐ１社のディーラーは，Ｐ１０社から，コンソルシオ販売を委託され，
コンソルシオ販売員をその販売に従事させており，Ｐ１０社は，コンソル
シオ販売員の教育訓練等のほかに，販売・マーケティング資料を配布する
などすることにより，コンソルシオ販売員を援助し，また，ディーラーコ
ミッションを支払うことにより，Ｐ１社のディーラーを支援している。Ｐ
１社のディーラーは１９９７年（平成９年）の３７８店から２００２年（平
成１４年）には５６３店となっており，Ｐ１社の販売網は，多数のディー
ラー及び各ディーラーが雇用し又は委託契約を締結しているコンソルシオ
販売員によるコンソルシオ販売網によりブラジルの大部分をカバーしてい
る。（甲２６，１２３，１２４）
キ部品の内製化
Ｐ１社がマナウスフリーゾーンで現地生産を開始した当時，現地の部品
メーカーで原告の品質基準を満たすことができる技術を有するものはほと
んど存在せず，マナウスフリーゾーンへの日系の自動二輪車の部品メーカ
ーの進出も進まなかった。そこで，Ｐ１社は，現調率規制をクリアーする
ため，原告から自動二輪車の製造設備を購入し，また，原告に技術者の派
遣を要請し，原告又は原告の委託を受けた部品メーカーから派遣された技
術者による技術支援を受けて，部品の内製化及び現調化を推進し，その後，
Ｐ１社の販売台数が増加し，日系の自動二輪車の部品メーカーがマナウス
フリーゾーンに進出するようになると，Ｐ１社等がそれを支援し，内製部
品が現調部品に切り替えられることもあった。本件各事業年度には，Ｐ１
社の主要機種であるＰ１３の現調率は約９０％に達しており，Ｐ１社等全
体でみても，Ｐ１社が製造に使用する部品の約８０％が現調化されており，
そのうちの３０％が内製部品，５０％が現調部品であり，残りの２０％が
原告から購入する組立部品であった。Ｐ１社は，販売量が少ない大型機種
及び製造に高度な技術を要する高性能機種については，自ら製造すること
なく，原告から完成自動二輪車を購入し，販売している。（甲２６，２７，
２９，乙２８，３４，８８）
クＰ７社による研究開発
(ア)原告は，その研究開発部門を分離して設立したＰ７社に委託して研
究開発を行っているところ，Ｐ７社は，将来の製品の技術の基盤となる
新技術の開発のための基礎研究を行うとともに，商品開発の具現化に向
けた「○」（技術要素の基本的な耐久性，信頼性，性能等を，長期的に
研究評価し，創造的で革新的な技術として完成させることを目的として
行われる研究）及び「○」（社会のニーズや顧客の期待に応える商品づ
くりをすることを目的として行われる開発行為）と呼ばれる研究開発を
展開している。（乙１８）
(イ)Ｐ７社の国内事業所の一つであるＰ８は，原告が製造する自動二輪
車の研究開発を行っており，一つ一つの部品から完成車までの全てに関
与している。Ｐ８は，原則として図面を作成し，最終的に，全ての図面，
仕様書を確認し，誰が作っても必ず同一の機能，性能，耐久性を持った
製品（完成車）を作ることができるようにしている。原告は，毎期発生
するＰ８に対する委託研究費を，一定の基準で世界各地域に配賦してい
るところ，Ｐ１社の製品については，後記ケのＰ１１の研究開発が行わ
れるまで，新たな技術の開発を必要とするエンジンの変更は行われたこ
とがないが，外観の変更等を中心とするマイナーチェンジの際などに，
それによって発生する不具合のチェックや，製品の強度の確認等が実施
されていた。また，ブラジルでは，ＤＩＮ規格（ドイツ工業規格）が用
いられているため，我が国のＪＩＳ規格による図面を使用することがで
きないことから，Ｐ１社等は，Ｐ８から提供された図面をポルトガル語
に翻訳し，日本の材料を現地調達する材料に置き換え，素材図，小組図，
メーカー図を反映し，仕様変更したブラジル向け図面（原告及びＰ１社
等の中では「ＢＲＡＺＩＬ」の「Ｒ」をとって「Ｒ図」と呼ばれている。）
を作成することにより，内製化や現調化を可能にしてきたところ，Ｐ８
は，Ｒ図についても市場に出して問題がないか否かの最終確認を行って
いた。（甲８，乙１３３）
(ウ)Ｐ７社のブラジルにおける海外駐在事務所であるＰ９は，本件製品
に対する市場の評価やニーズを把握するため，市場調査やその結果の分
析を行い，それによって得られた本件製品の価格や仕様に関する顧客の
ニーズや製品の開発のタイミング等に関するデータから，商品開発の基
本コンセプトをまとめ，Ｐ８に提案している。Ｐ１社等は，新機種導入
時に量産化のために行う準備を「量産化イベント」と呼んでおり，この
準備は，第１段階（ＰＰ１）段取確認，第２段階（ＰＰ２）量産確認，
第３段階（ＰＰ３）最終品質確認から成るものであるところ，Ｐ９は，
この量産化イベントも行っているが，Ｐ９の主要な業務は市場調査であ
り，Ｐ９のローカルスタッフがグループインタビューなどにより掘り下
げた顧客の意見が上記のとおり本件製品の企画開発に生かされる。（乙
３５，１３３）
(エ)Ｐ８は，Ｐ９から調査結果の報告及び商品開発の提案を受け，Ｐ９と
意見交換をしながら，Ｐ９のスケッチ及びフレーム構造の変更提案に基づ
く検討を行い，設計図を作成し，クレイモデル及びテスト車の製作を行っ
ている。Ｐ１社等は，製造の観点からＰ８と合同で検討を行い，Ｐ９は，
先行モデルを作成する。Ｐ８は，先行モデルの図面を作成してＰ１社等に
提供し，テスト車を製作してＰ９と共同でテストを行っている。（乙３４）
ケブラジルの自動二輪車市場の近時の動向
ブラジル政府は，１９９０年（平成２年）に，国内産業の保護育成のた
めの輸入制限から貿易の自由化に産業政策を転換し，１９９４年（平成６
年）に，マナウスフリーゾーンの現調規制を改正し，マナウス税恩典利益
を享受するためにはＰＰＢ基準を満たした上で生産プロジェクトの申請を
することが必要となった。ＰＰＢ基準による現調規制はこれを満たすこと
が容易であるため，２０００年（平成１２年）以降，Ｐ２２などの中国系
の自動二輪車メーカーが，マナウスフリーゾーンに進出し，組立部品の輸
入及びノックダウン生産を行い，低い販売価格を設定することにより，一
時的に販売台数を伸ばしたが，その後，その販売台数は低迷している。他
方で，Ｐ１４が，２０００年（平成１２年）に，基本性能でＰ２１よりも
優れたＰ２３の販売を開始し，販売シェアを高め，Ｐ１社の販売シェアが
低下したことや，排気ガス規制が強化されたことを受けて，原告及びＰ１
社等は，Ｐ１３のフルモデルチェンジを行う必要があると判断し，原告が
進展国向けの次世代実用モデルエンジンとして開発した１５０ｃｃＯＨＣ
エンジンを搭載するＰ１１を２００４年（平成１６年）に上市した。（甲
２６，１２８，１６５ないし１７０，乙２８，３４，１０１）
(3)ブラジルにおけるＰ１社製品の販売シェア等
Ｐ１社の１９７６年（昭和５１年）から２００３年（平成１５年）までの
間のブラジルにおける自動二輪車（本件製品）の生産台数及び販売シェアは，
次のとおりである（各行の末尾の括弧内の数値は年間インフレ率である。）。
（乙２６，２７）
76年2,200台（19.9％）現地生産開始，Ｐ１３発売
77年26,791台（75.1％）（41％）
78年29,022台（76.5％）（40％）
79年47,100台（71.0％）（67％）
80年70,523台（61.3％）（85％）
81年103,403台（74.4％）Ｐ１０社設立（Ｐ３社）（91％）
82年149,049台（70.3％）（95％）
83年169,691台（79.2％）（164％）
84年116,848台（82.4％）（179％）
85年104,939台（85.4％）（228％）
86年103,614台（69.5％）Ｐ５社設立（68％）
87年118,239台（71.1％）（367％）
88年123,912台（74.9％）（892％）
89年126,658台（75.4％）Ｐ１６発売（1637％）
90年107,070台（75.9％）輸入自由化（1639％）
91年92,204台（79.1％）（459％）
92年67,632台（77.7％）Ｐ６社設立（1129％）
93年64,313台（76.8％）現調率規制がＰＰＢ基準に変更（2491％）
94年111,105台（84.0％）レアルプラン実施（866％）
Ｐ２１発売
95年180,734台（86.0％）（23.2％）
96年256,255台（88.5％）（9.1％）
97年381,182台（90.7％）（4.7％）
98年435,659台（91.3％）（2.5％）
99年436,467台（92.2％）（8.4％）
00年562,528台（88.6％）（5.3％）
01年658,094台（88.1％）（9.4％）
02年742,306台（86.2％）（14.7％）
03年817,925台（86.0％）
(4)原告とＰ１社との技術支援に関する合意の成立等
ア原告とＰ１社との技術支援に関する合意の成立
原告は，１９８８年（昭和６３年）６月，Ｐ１社との間で，次のとおり
の内容の製造ライセンス及び技術支援に関する合意をした。（乙２２）
(ア)原告は，自動二輪車及びその部品の製造及び販売を業とし，これら
の製品に関する工業所有権，製造及び組立てに係る情報とノウハウ，品
質基準，マーケティングの手法を有している。Ｐ１社は，ブラジルにお
いて本件製品の製造，組立て，マーケティング及び販売を行おうとする
ものである。この目的を達成するため，原告とＰ１社は，製造ライセン
ス及び技術支援に関する合意をする（前文）。
(イ)原告は，Ｐ１社に対し，Ｐ１３等の本件製品の製造，組立て及び販
売，その部品の製造，その製造設備の製造又は設置，本件製品及びその
部品のアフターサービスの提供のため，原告の有する情報（①本件製
品又はその部品の製造，②本件製品又はその部品の製造に使用される
Ｐ１社の工場の建設及び運営，③本件製品又はその部品の製造，組立
て，試験，検査，保守，修理又はアフターサービスに必要な製造設備の
設置及び運転に関する設計，図面，基準，仕様その他全てのデータ，情
報及び知識をいう。１条５号）及び工業所有権（本件製品，その部品又
はその製造設備の生産又は販売に関する特許，商標，意匠，著作権その
他法令に定める工業財産権をいう。同条７号）をブラジルにおいて使用
することを許諾する（２条１項）。
(ウ)原告は，Ｐ１社に対し，①技術情報の提供と開示，それに関する
助言の提供をすること，②原告の技術者又は原告が指定した他社の技
術者をＰ１社の工場等に派遣し，Ｐ１社の従業員に技術指導を行うこと，
③原告の工場又は原告が指定した他社の工場にＰ１社の従業員を受け
入れ，その技術研修を行うことにより，技術支援を行う（５条）。
(エ)Ｐ１社は，原告に対し，本合意による情報及び工業所有権の使用許
諾の対価として，ブラジル連邦共和国法に基づき原告へのロイヤルティ
の海外送金が許可された日以降の本合意期間中，ロイヤルティを支払う
（１２条）。
イブラジルにおけるロイヤルティの支払規制の改正
ブラジルでは，１９６２年（昭和３７年）法律第４１３１号の規定によ
り，国外関連者に対するロイヤルティの支払が制限されているが，１９９
１年（平成３年）法律第８３８３号の規定により，ブラジル工業所有権院
（以下「ＩＮＰＩ」という。）の承認を受けた契約に基づくものである場
合には国外関連者に対するロイヤルティの支払が例外的に認められること
となった。原告は，Ｐ１社等を通じてブラジルの弁護士に相談した結果，
国外関連者に対するロイヤルティの支払に係る契約についてＩＮＰＩの承
認を受けるためには当該技術，商標等が１９９２年（平成４年）１月以降
にブラジルに導入されたものであることを必要とする上，ブラジル特許・
商標局は当該技術が最新のものであることを求めていることを知り，Ｐ１
社等からロイヤルティを収受することについてＩＮＰＩの承認を受ける見
込みはないと判断し，ＩＮＰＩに対する承認申請を断念するとともに，上
記製造ライセンス及び技術支援に関する合意の更新を拒絶した。そのため，
その合意は１９９４年（平成６年）５月３１日をもって終了したが，Ｐ１
社等は，その後も，従前と変わることなく，原告から購入した完成自動二
輪車の販売，Ｐ１３等の自動二輪車の製造及び販売，部品の製造，製造設
備の設置等を行っており，原告は，そのことに異議を述べず，技術者の派
遣や現地駐在員の出向により技術支援を継続していた。（乙２３ないし２
５，２８）
ウ原告とＰ１社との技術者派遣に関する合意の成立
原告は，１９９８年（平成１０年）１０月，Ｐ１社との間で，Ｐ１社の
支援のため，原告の生産技術及びノウハウの移転並びに製造設備の据付や
事業計画の遂行のための打合せ，アドバイス等と実作業の外注委託を目的
として，次のとおりの内容の技術者派遣及びコンサルタント派遣に関する
合意をした。（乙２９，３０，３２）
(ア)技術者派遣に関する合意は，原告が自社の技術者を継続的にＰ１社
に派遣する基本的条件について取り決める。原告がＰ１社の要請に応ず
る場合，原告は，Ｐ１社が製造する自動二輪車及びその製造に使用する
製造設備に関して，①自動二輪車の製造を開始するに当たって必要と
なる技術支援，②製造設備の運転に必要となる技術支援，③上記①
及び②に関連するＰ１社の人員の研修を自社の技術者に実施させる目的
で，自社の技術者をＰ１社に派遣するものとする（１条）。
(イ)コンサルタント派遣に関する合意は，原告が自社のコンサルタント
を継続的にＰ１社に派遣する基本的条件について取り決める。原告がＰ
１社の要請に応ずる場合，原告は，Ｐ１社が製造する自動二輪車及びそ
の製造に使用する製造設備に関して，①自動二輪車，その発売時期等
に関するコンサルティング，②自動二輪車の製造及び製造設備の据付
の開始に係る調査，③製造設備の据付及び管理，④Ｐ１社の事業に
関する市場調査を自社のコンサルタントに実施させる目的で，自社のコ
ンサルタントをＰ１社に派遣するものとする（１条）。
(ウ)Ｐ１社が原告からの技術者又はコンサルタントの派遣を希望する場
合には，原告にその旨を書面で要請するものとする。原告がＰ１社の要
請に応ずる旨の決定をした場合には，Ｐ１社にその旨を書面で通知する
ものとし，原告は，本合意の条件に従ってＰ１社に自社の技術者又はコ
ンサルタントを派遣するものとする（３条）。
(エ)本合意に基づく原告の技術者又はコンサルタントの派遣の対価とし
て，Ｐ１社は，原告に対し，派遣された技術者又はコンサルタント一人
について日当８万５０００円を支払うものとする（５条）。
エ原告のＰ１社等に対する技術者の派遣
原告は，本件各事業年度において，上記ウの技術者派遣及びコンサルタ
ント派遣に関する合意に基づいて，Ｐ１社等の要請により，後記(5)のとお
り，Ｐ２０及びＰ２４の各技術者等をＰ１社等に派遣し，Ｐ１社等から，
技術者又はコンサルタント一人について日当８万５０００円の対価の支払
を受けた。（乙３１）
オ原告とＰ１社との技術協力に関する合意の成立とロイヤルティの支払
(ア)Ｐ１社の販売シェアは，１９９９年（平成１１年）には９２.２％に
達したが，Ｐ１４がＰ１３の対抗機種であるＰ２３の販売を開始した２
０００年（平成１２年）以降は徐々に低下した。原告は，Ｐ２３に対抗
する機種の製造及び販売のため，Ｐ１社等に高度な技術を供与し，Ｐ１
社等は，２００４年（平成１６年）に，原告が進展国向けの次世代実用
モデルエンジンとして開発した１５０ｃｃＯＨＣエンジンを搭載するＰ
１１を上市したところ，この技術供与に伴い，原告は，２００３年（平
成１５年）１２月，Ｐ１社との間で，技術協力に関する合意をした。（乙
３３）
(イ)Ｐ１社は，２００４年（平成１６年）１月，ＩＮＰＩに対し，Ｐ１
１に関連する技術の供与に係るロイヤルティの支払の承認申請をし，２
００５年（平成１７年）１月，ＩＮＰＩから承認を受け，原告に対しロ
イヤルティを支払っている。なお，原告とＰ１社は，Ｐ１１の後続機種
についても，上記オの合意とほぼ同様の技術協力に関する合意をし，Ｐ
１社は，ＩＮＰＩから承認を受け，原告に対しロイヤルティを支払って
いる。（乙３４）
カ原告と部品メーカーとの技術援助契約の締結
原告は，原告の自動二輪車の部品を製造するＰ２５及びＰ２６との間で，
Ｐ２５については昭和６２年４月２０日付けで，Ｐ２６については平成１
１年５月１８日付けで，Ｐ１社の自動二輪車の製造に関する技術援助契約
を締結し，本件各事業年度において，同契約に基づいて，Ｐ１社等の要請
により，後記(5)のとおり，提携部品メーカーの技術者等をＰ１社等に派遣
した。（乙３６）
キ原告と設備メーカーとの技術援助契約の締結
Ｐ１社等は，製造設備を購入する場合，設備メーカーから直接供給を受
けるのではなく，原告を介して供給を受けることが多く，そのときは，原
告と設備メーカーとの間の売買契約と，原告とＰ１社等との間の売買契約
とが，それぞれ締結されるところ，設備メーカーは，それに伴い原告との
間で締結する技術援助契約に基づいて，その技術者をＰ１社等に派遣し，
製造設備の据付，検査及び調整，試運転等を行わせ，原告は，設備メーカ
ーに対し，その対価を支払った上，Ｐ１社等から，技術者一人一日当たり
８万５０００円の対価の支払を受けた。原告が本件各事業年度において設
備メーカーとの間の技術援助契約に基づいてしたＰ１社等の要請による設
備メーカーの技術者の派遣は，後記(5)のとおりである。（甲１２９，１９
１，乙１３２）
(5)原告の技術支援
原告は，海外の生産拠点の自立化を進めるとともに，自らは核となる製品
技術，技術情報の開発や海外の生産拠点の支援業務を行うというグローバル
戦略を採用しており，Ｐ１社等については，原告のＰ２０が新機種導入の支
援を，Ｐ２４が生産ラインの生産体質の向上等の支援を，それぞれ担当する
ものとしている。原告が本件各事業年度においてＰ１社等の要請に応じＰ１
社等に対して行った技術者派遣等の支援業務は，次のとおりである。（乙３
４，１３２，１３４）
ア新機種導入支援
原告は，Ｐ１社等から，経験者及びノウハウ不足を補うための技術者派
遣の要請を受け，Ｐ２０海外生産支援室による人選を経て，原告の技術者
を派遣した。
イ生産ラインの現調化推進支援
原告は，Ｐ１社等から，技術者派遣の要請を受け，Ｐ２０は，Ｐ１社等
が現地調達しようと提案する備品が，図面の規格を満たしているか，材料
の成分が適合しているか，耐久性を有するかという観点から適合性を検討
し，又はテスト方法を提案し，適合証明書を発行した。
ウ生産体質改革支援
原告は，Ｐ１社等から，技術者派遣の要請を受け，Ｐ２４は，Ｐ１社等
に対して生産工程ごとにその担当者を派遣し，計画台数生産のための問題
点を洗い出し，Ｐ１社等に改善策を提案した。
Ｐ１社等は，Ｐ２４の提案する改善策を実行するため，原告に，設備メ
ーカーの推薦と，適切な製造設備の選択及びその発注を依頼した。原告は，
設備メーカーとの間で，製造設備の売買契約を締結した。Ｐ１社等は，原
告との間で，原告の購入原価に一定の額を上乗せした価格で製造設備を購
入する売買契約を締結した。
Ｐ１社等は，新規導入設備が分解された状態で工場に到着した後，原告
に対し，その据付，試運転に必要な作業を行う設備メーカーの技術者の派
遣を要請した。原告は，設備メーカーに対し，新たに導入した製造設備の
据付，試運転の支援のためにその技術者をＰ１社等に派遣することを委託
する技術者派遣委託契約を締結した。Ｐ１社等は，原告に対し，製造設備
の据付，試運転等のためにその技術者をＰ１社等に派遣することを委託し
た。派遣された設備メーカーの技術者は，新規導入設備の据付，試運転支
援をした。
エ原告の提携部品メーカーに対する技術支援の委託
原告は，Ｐ１社等の要請を受けて，提携部品メーカーに対し，Ｐ１社等
への技術支援を委託し，提携部品メーカーは，Ｐ１社等に対し，その技術
者を派遣して技術指導を行った。原告は，提携部品メーカーに対し，技術
援助の対価としてロイヤルティの支払をした。
(6)本件国外関連取引
原告は，本件各事業年度において，次のアないしエのとおり，Ｐ１社に対
し完成自動二輪車，自動二輪車の組立部品及び補修部品並びに金型を販売し，
Ｐ１社及びＰ５社に対し自動二輪車の製造設備等を販売し，Ｐ１社の事業活
動を支援するためＰ１社等の工場等に技術者又はコンサルタントを派遣する
などの役務の提供をし，それにより対価の支払を受けた。また，これらの取
引には，次のオのとおり，無形資産の使用に係る取引が随伴していた。（乙
１９，２１）
ア完成自動二輪車の販売取引
原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社に対し，完成自動二輪車を販
売し，その対価を各事業年度の収益の額に計上した。この取引は，技術的，
販売数量的にみてＰ１社で製造する合理性がない大型機種や高性能機種を
輸出したものであり，その取引数量は年間数百台から千数百台にすぎなか
った。その販売価格は原価基準法により原告の製造原価に一定の係数を乗
じた金額として定められており，平成１４年３月期の取引額は約２億円で
あった。
イ自動二輪車の部品の販売取引
原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社に対し，自動二輪車のエンジ
ン及び車体の製造に必要なドリブンギア，クランクシャフト，シリンダー
ヘッド等の組立部品並びに自動二輪車の修理のための補修部品を販売し，
その対価を各事業年度の収益の額に計上した。この取引は，Ｐ１社が自動
二輪車の製造に用いる組立部品及び自動二輪車の販売に附随して販売する
補修部品を輸出したものであり，本件国外関連取引の主要部分を構成する。
その販売価格は原価基準法により原告の売上原価に係数１.５３４を乗じ
た金額として定められており，平成１４年３月期の取引額は約１９４億円
であった。部品の大部分は，原告が内製したものではなく，部品メーカー
から供給を受けたものであり，Ｐ１３の場合，エンジンの外製部品が１８
０種類，内製部品が零種類，車体の外製部品が５８種類，内製部品が零種
類であった。
ウ自動二輪車の製造設備等の販売取引
原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社及びＰ５社に対し，自動二輪
車の製造又はその部品若しくは金型の製造のために必要な鋳造設備，成型
プレス設備等の製造設備及び金型を販売し，その対価を各事業年度の収益
の額に計上した。この取引は，Ｐ１社又はＰ５社が用いる製造設備を原告
が設備メーカーから購入してＰ１社又はＰ５社に転売したものであり，Ｐ
１社又はＰ５社の要請を受けて臨時的に行われたものである。その販売価
格は原価基準法により原告の売上原価に一定の係数を乗じた金額として定
められており，平成１４年３月期の取引額は約１９億円であった。
エ技術支援の役務提供取引
原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社等の要請を受けて，Ｐ１社等
の支援のため，技術者又はコンサルタントをＰ１社等の工場等に派遣し，
その対価の支払を受けた。この取引は，原告がＰ１社等の新機種導入時の
量産体制の確立，生産体質の改革，部品の内製化，製造設備の設置及び運
転開始等の支援のため原告の技術者を派遣し又は部品メーカー若しくは設
備メーカーに委託してその技術者を派遣し技術指導等の役務提供をしたも
のであり，Ｐ１社等の要請を受けて臨時的に行われたものである。原告は，
Ｐ１社等から技術者派遣料を収受しており，平成１４年３月期の取引額は
約３億円であった。
オ無形資産の使用に係る取引
原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社等に対し，自動二輪車の製造
及び販売に関する技術情報，部品及び製造設備の供給メーカー網を含む量
産体制の確立及び生産体質の改革に関するノウハウを供与し，原告の商標，
ブランド等の市場に関する無形資産の使用を許諾していた。本件各事業年
度において，原告とＰ１社との間の製造ライセンス及び技術支援に関する
合意は既に終了していたが，これは，同合意に定められていたＰ１社の原
告に対するロイヤルティの支払が社会観念上実現することができないこと
から，同合意を終了させたものであり，Ｐ１社等は，同合意の終了後も，
従前と変わることなく，原告から購入した完成自動二輪車の販売，Ｐ１３
等の自動二輪車の製造及び販売，部品の製造，製造設備の設置等を行って
おり，原告は，そのことに異議を述べず，技術者の派遣や現地駐在員の出
向により技術支援を継続していた。
(7)本件調査担当者による調査
本件調査担当者は，本件国外関連取引について，独立企業間価格を算定す
るため，次のとおり，調査を実施した。（乙１２２）
ア情報収集先法人の抽出
本件調査担当者は，本件各更正等に当たり，本件国外関連取引に係る比
較対象取引の有無を検討するため，ブラジル市場の状況や原告及びＰ１社
等が行う事業の実態について広く情報を収集することとし，有名国内自動
二輪車メーカー３社の中からインターネット等により収集した企業情報等
によりブラジルで自動二輪車の製造販売を行っている可能性のある２社を
情報収集の対象とした（なお，残りの１社については，ブラジルでは自動
二輪車の販売のみを行い，製造を行っていなかったため，情報収集の対象
とはしなかった。）。本件調査担当者は，これ以外にも，ブラジルにおけ
る自動二輪車の製造及び販売事業に関する情報の収集が見込まれる企業と
して，自動二輪車の部品メーカーが考えられたことから，株式会社Ｐ２７
発行の「○」や同社発行の「○」等により，「二輪車部品の製造」の分野
から５社を，「ベアリング又は自動車部品の製造」の分野から自動二輪車
の製造に関与している２社を抽出し，さらに，原告の取引先のうちブラジ
ルへの進出が確認された１社を抽出した。そして，本件調査担当者は，遠
隔地に所在する３社を情報収集対象外とし，合計７社に対する情報収集を
措置法６６条の４第９項の規定に基づいて実施した。
イ情報収集
本件調査担当者は，上記７社に対し，事前に照会書面を送付した上，実
際に臨場して情報収集を行った。本件調査担当者が収集した情報の内容は，
情報収集先各社がブラジルの法人と行っている取引の内容，ブラジル又は
南米への進出（事業展開）の経緯，国外関連者及び非関連者ごとの取引金
額（組立部品等の売上金額及びロイヤルティ収入金額），モデル別生産台
数，国内販売台数，ブラジル又は南米の自動二輪車市場の特色（マーケッ
ト動向，顧客層，価格帯，人気クラス，人気ブランド等）と関連事業戦略，
ブラジルでの自動二輪車の製造販売市場における原告の同業他社（ライバ
ル企業）の状況，ブラジル及び南米の自動二輪車市場の情報全般である。
本件調査担当者は，情報収集の過程で，ブラジルでの自動二輪車市場に参
入している企業に係る情報源として，ブラジルの自動二輪車業界団体であ
るＰ２８のウェブサイトを把握しており，これも活用して，ブラジルで自
動二輪車の製造及び販売事業を行う企業の製品別販売数量及び製造数量に
関する情報（乙４９）も入手した。本件調査担当者は，Ｐ１社等の事業と
関連して原告との間で無形資産の使用に係る取引を行う自動二輪車の部品
メーカー１社に対する反面調査を実施した。本件調査担当者は，原告から
独立企業間価格の算定に必要な資料等の提示又は提出が遅滞なくされなか
ったことから，措置法６６条の４第９項の規定に基づいて，同業他社から
の情報収集を実施した。具体的には，本件調査担当者は，原告に対し，平
成１５年７月３１日付けでブラジルにおけるロイヤルティの支払規制に係
る説明資料の提出を求め，また，同年８月２５日付けでブラジル自動二輪
車の製造及び販売事業に係る説明資料の提出を求めたが，ＩＮＰＩに対す
る申請内容，交渉等の経緯に関する資料，Ｐ１社等が第三者に支払ってい
るロイヤルティ等の状況（相手先，契約内容，契約期間，支払金額）等に
関する資料について遅滞なく提示又は提出がなく，ブラジル側の情報等が
得られなかったため，上記規定に基づいて，同年１０月１６日，原告に対
し，ブラジルに関する情報がすみやかに出てこないため，ロイヤルティ料
率等の現地規制の概要，同業他社及び部品メーカー等のマーケット情報に
ついて，同業他社からの情報収集をすることを説明した上，同業他社から
の情報収集を実施した。
ウ調査の結果
本件調査担当者は，Ｐ２８のウェブサイトから取得したブラジルで自動
二輪車の製造及び販売を行う企業の製品別販売数量及び製造数量に関する
情報や，上記書面照会及び原告の同業他社への臨場調査等で得られた情報
を基に，棚卸資産が同種のものであること，比較対象取引の市場がブラジ
ルであること等の条件により，基本三法の適用可能性の有無，すなわち，
本件国外関連取引に係る比較対象取引の有無について検討を行ったところ，
ブラジルで自動二輪車の製造及び販売を行っている企業の製品別販売数量
及び製造数量においては，Ｐ１社が圧倒的な販売シェアを有し，第２位の
Ｐ１４を大きく引き離しており，本件各事業年度において，ブラジルの自
動二輪車市場はＰ１社及びＰ１４による寡占状態にあった。Ｐ１社及びＰ
１４以外のブラジルの自動二輪車メーカーの取引は，いずれもその無形資
産の供与，品質及び販売数量からみて本件国外関連取引との比較可能性を
有するものということができず，唯一本件国外関連取引との比較可能性を
有すると思われたＰ１４の取引は，関連者間取引のみが行われていること
が確認され，比較対象取引とすることができなかった。本件調査担当者は，
本件国外関連取引を個別の取引に分けて比較可能なブラジル向け非関連者
間取引の有無を検討することとし，そのうちの棚卸資産の販売取引との比
較可能性を確保するためには比較対象取引に係る棚卸資産にも同程度の無
形資産の価値が含まれている必要があると考え，本件国外関連取引と比較
可能な棚卸資産の販売取引として，本件製品と比較可能な製品を構成する
自動二輪車の部品に係るブラジル向け非関連者間取引，及び，本件製品と
比較可能な製品を製造することができる製造設備に係るブラジル向け非関
連者間取引の有無を検討したが，その存在を把握することはできなかった。
情報収集先の自動二輪車の部品メーカー５社は自動二輪車の製造及び販売
を行うものではないところ，本件調査担当者は，これらについても，部品
の販売取引，製造設備の販売取引，役務提供取引及び無形資産の使用に係
る取引の内容について聴取し，比較可能なブラジル向け非関連者間取引の
有無を検討したが，その存在を把握することはできなかった。本件調査担
当者は，本件国外関連取引のうちの役務提供取引がＰ１社等に原告の有す
る技術情報，ノウハウを活用させるために行われたものであることを踏ま
えて，それと比較可能なブラジル向け非関連者間取引の有無を検討したが，
その存在を把握することはできず，本件国外関連取引のうちの無形資産の
使用に係る取引についても，比較可能なブラジル向け非関連者間取引の存
在を把握することができなかった。本件調査担当者は，このような外部比
較対象取引に係る検討のほか，内部比較対象取引に係る検討をもしたとこ
ろ，ブラジルで自動二輪車の製造及び販売を行う企業の中には，Ｐ１社等
以外に，原告から部品等の供給，役務の提供，無形資産の供与を受けてい
るものはなく，比較可能な内部取引の存在を把握することはできなかった。
なお，本件調査担当者は，原告とＰ１２社との取引については，コロンビ
アとブラジルとでは市場が異なり，比較可能性がないことから，比較対象
取引として採用しなかった。このように，本件各事業年度のブラジルの自
動二輪車市場において，Ｐ１社及びＰ１４によって市場が寡占され，他社
の参入が困難な状況になっていたため，本件調査担当者は，無形資産の供
与，品質及び販売数量の面で比較可能な水準にある自動二輪車に関する取
引を見出すことができず，さらに，部品，製造設備の販売取引及び役務提
供取引に無形資産の使用に係る取引が伴っているため，本件調査担当者は，
完成自動二輪車の販売取引，自動二輪車の部品の販売取引，役務提供取引
及び無形資産の使用に係る取引のそれぞれについて，比較可能な非関連者
間取引を見出すことができなかった。
４独立企業間価格の算定方法の選択の適否（争点２-１）及び算定単位の設定の
適否（争点２-２）について
(1)基本三法の適用可能性の有無について
ア基本三法に準ずる方法その他政令で定める方法は，基本三法を用いるこ
とができない場合に限り，用いることができるものである（基本三法優先
の原則。措置法６６条の４第２項１号括弧書き及び２号括弧書き）ところ，
基本三法を用いることができないことについては，被告（国）が主張立証
責任を負うが，被告（国）において，処分行政庁が合理的な調査を尽くし
たにもかかわらず基本三法を用いることができなかった旨を主張立証した
場合には，基本三法を用いることができないことが事実上推定され，原告
（納税者）において，この推定を覆すに足りる主張立証をする必要が生ず
ることは，上記２(2)エ(ア)のとおりである。
イまず，基本三法の適用可能性の有無の判断に当たり本件国外関連取引を
どのような単位でみるかについて検討するに，基本三法の適用可能性の有
無の判断は，基本三法を適用して独立企業間価格の算定をすることができ
るか否かについての判断であるから，基本三法の適用可能性の有無の判断
に当たり国外関連取引をどのような単位でみるかは，独立企業間価格の算
定に当たり当該国外関連取引をどのような単位でみるかという問題にほか
ならない。そして，独立企業間価格の算定に当たり国外関連取引をどのよ
うな単位でみるかという点について明示的に規定した法令の定めはないと
ころ，措置法通達６６の４(3)-１は，独立企業間価格の算定は，原則とし
て，個別の取引ごとに行うのであるが，例えば，次に掲げる場合には，こ
れらの取引を一の取引として独立企業間価格を算定することができるとし
た上，国外関連取引について，同一の製品グループに属する取引，同一の
事業セグメントに属する取引等を考慮して価格設定が行われており，独立
企業間価格についてもこれらの単位で算定することが合理的であると認め
られる場合，及び，国外関連取引について，生産用部品の販売取引と当該
生産用部品に係る製造ノウハウの使用許諾取引等が一体として行われてお
り，独立企業間価格についても一体として算定することが合理的であると
認められる場合を掲げている。独立企業間価格とは，当該国外関連取引が
特殊の関係にない者（非関連者）の間で同様の状況の下で行われた場合に
成立するであろう合意に係る価格をいうものであるところ，棚卸資産の販
売価格の設定は，個別の取引ごとに行われるのが通常であるから，独立企
業間価格の算定は，原則として，個別の取引ごとに行うべきものである。
しかし，措置法通達６６の４(3)-１が掲げるように，複数の取引のそれぞ
れに係る棚卸資産の販売価格の設定が，各取引ごとに独立して行われるの
ではなく，それぞれの取引の関連性を考慮して行われるような場合や，複
数の取引が，その目的，取引内容，取引数量等からみて，一体として行わ
れているような場合には，複数の取引を一の取引として独立企業間価格の
算定を行うことが合理的である。したがって，このような場合には，独立
企業間価格の算定は複数の取引を一の取引として行うのが相当であり，こ
のことは取引の当事者が複数の国外関連者に跨がっている場合においても
異なるものではないというべきである。
これを本件についてみると，上記３(6)の認定事実によれば，本件国外関
連取引のうち，①完成自動二輪車の販売取引は，Ｐ１社の自動二輪車の
販売機能を高めるため，自動二輪車の部品の販売取引に附随して行われた
取引，②自動二輪車の部品の販売取引のうち，組立部品の販売取引はＰ
１社に自動二輪車の製造機能を果たさせるため，補修部品の販売取引はＰ
１社に自動二輪車の販売機能を果たさせるため，それぞれ行われた取引で
あると解され，また，③自動二輪車の製造設備等の販売取引は，Ｐ１社
及びＰ５社に自動二輪車又はその部品の製造機能を果たさせるため，自動
二輪車の部品の販売取引に附随して行われた取引，④技術支援の役務提
供取引は，Ｐ１社等に自動二輪車の製造機能等を果たさせ又はその機能を
高めるため，自動二輪車の部品の販売取引に附随して行われた取引，⑤無
形資産の使用に係る取引は，Ｐ１社等に自動二輪車の製造機能等を果たさ
せ，その機能を高め又はＰ１社に自動二輪車の販売機能を果たさせるため，
自動二輪車の部品の販売取引に附随して行われた取引であると解されるの
であって，さらに，⑥Ｐ５社及びＰ６社は，いずれも，Ｐ１社の子会社
であり，かつ，Ｐ１社の自動二輪車の製造機能を補完する機能を果たして
いるものであることをも併せ考えると，本件国外関連取引は，原告とＰ１
社との間の自動二輪車の組立部品の販売取引を主要部分として，付随的に，
原告とＰ１社等との間の完成自動二輪車の販売取引，自動二輪車の補修部
品の販売取引，自動二輪車の製造設備等の販売取引，技術支援の役務提供
取引及び無形資産の使用に係る取引を組み合わせて構成され，Ｐ５社及び
Ｐ６社との取引を含めて一体として行われたものであるということができ
る。
そうすると，本件国外関連取引については，Ｐ５社及びＰ６社との取引
を含めて一の取引とみて独立企業間価格を算定するのが相当である。
ウそこで，本件国外関連取引を一の取引とみて基本三法を適用して独立企
業間価格を算定することができるか否かについて検討するに，上記３(7)
の認定事実によれば，本件調査担当者は，ウェブサイト及び書籍の閲覧に
よる公開情報の調査，原告に対する資料の提示又は提出の求め及び措置法
６６条の４第９項の規定に基づく原告の同業他社からの情報収集を行い，
合理的な調査を尽くしたが，それにもかかわらず，本件国外関連取引を一
の取引とみても，個別の取引とみても，これと比較可能な比較対象取引を
把握することができず，本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定に
ついて基本三法を用いることができなかったと認めることができる。そう
であるとすると，本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定について
は，基本三法を用いることができないことが事実上推定され，かつ，この
推定を覆すに足りる事情は，本件全証拠によってもこれを認めることがで
きない。
したがって，本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定については，
基本三法を用いることができないということができるから，措置法６６条
の４第２項１号ニ及び２号ロに定める基本三法に準ずる方法その他政令で
定める方法を用いることができるというべきである。
(2)残余利益分割法の選定等について
次に，本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定については，措置法
６６条の４第２項１号ニ及び２号ロに定める基本三法に準ずる方法その他政
令で定める方法のうち，いずれの算定方法を用いるのが相当であるかについ
て検討するに，残余利益分割法は，法人又は国外関連者が重要な無形資産を
有する場合に適用されるものであることは，上記２(3)イ(ア)のとおりである
ところ，①Ｐ１社各事業年度中，Ｐ１社がブラジルの自動二輪車市場にお
いて約９０％にも及ぶ極めて高い販売シェアを有していたことは，上記３(3)
のとおりであり，その間，Ｐ１社等は多額の営業利益を得ていたことに加え
て，②原告は，本件各事業年度において，Ｐ１社等に対し，自動二輪車の
製造及び販売に関する技術情報，部品及び製造設備の供給メーカー網を含む
量産体制の確立及び生産体質の改革に関するノウハウを供与し，原告の商標，
ブランド等の市場に関する無形資産の使用を許諾していたこと（上記３(6)
オ），及び，③Ｐ１社等も，原告から供与された技術情報，ノウハウ等を
用いて，Ｐ１３等の自動二輪車に改良を加え，その量産体制を確立するとと
もに，生産体質を改善する過程で，自動二輪車の製造に関する独自の技術，
ノウハウを形成し，維持，発展させ，原告の商標，ブランド等の市場に関す
る無形資産を使用して，事業活動を行っていたのであって（上記３(2)ウ及び
オ），Ｐ１社の販売網は，数百店を超える数多くのディーラー及び各ディー
ラーが雇用し又は委託契約を締結しているコンソルシオ販売員によるコンソ
ルシオ販売網によりブラジルの大部分をカバーしていたこと（上記３(2)カ）
をも併せ考えると，原告及びＰ１社等は，本件各事業年度において，いずれ
も，重要な無形資産を有し，その貢献により重要な無形資産を有しない非関
連者間取引において通常得られる利益（基本的利益）を超える利益（超過利
益）を得ていたと認めることができる。
したがって，本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定については，
基本三法に準ずる方法その他政令で定める方法のうち，残余利益分割法を用
いて行うのが最も適切であるというべきである。そして，上記(1)イによれば，
残余利益分割法を適用するに当たっては，Ｐ５社及びＰ６社との取引を含め
て本件国外関連取引を一の取引とみて独立企業間価格を算定するのが相当で
ある。
５基本的利益の算定の適否（争点２-３）について
(1)基本的利益の算定方法について
基本的利益，すなわち，重要な無形資産を有しない非関連者間取引におい
て通常得られる利益に相当する金額は，例えば，当該国外関連取引（検証対
象取引）の事業と同種の事業を営み，市場，事業規模等が類似する法人（重
要な無形資産を有する法人を除く。）の事業用資産又は売上高に対する営業
利益の割合等で示される利益指標に基づいて算定されるものであり（事務運
営指針３-３），そのようにして基本的利益の算定をする場合において，ある
非関連者たる法人を比較対象法人として選定するためには，当該法人が当該
国外関連取引の事業と同種の事業を営み，市場，事業規模等が類似するもの
であり（比較可能性），かつ，重要な無形資産を有する法人ではないことが，
その要件となることは，上記２(3)イ(イ)のとおりである。
(2)Ｐ１社等の比較対象法人の選定について
処分行政庁は，①Ｐ１社等の事業と同種の事業を営み，市場，事業規模
等が類似する法人で重要な無形資産を有しないものとして，市販のデータベ
ースであるＰ２９社の「○」，Ｐ３０社の「○」及びＰ３１株式会社の「○」
に掲載されているブラジル企業のうち米国標準産業分類コードが３７１３，
３７１４及び３７５１である二輪及び四輪車並びにその関係製品を製造して
いるものの中から，公開情報等に基づいて，次のアないしカの条件のいずれ
かに該当する企業を除外し，財務情報を確認した上，８社（Ｐ３２，Ｐ３３，
Ｐ３４，Ｐ３５，Ｐ３６，Ｐ３７，Ｐ３８，Ｐ３９）を選定し（乙８５，１
２７），②それらのＰ１社各事業年度に最も近接する事業年度ごとの総費
用営業利益率（金利負担の差異調整後のもの）の中位値をブラジル側基本的
利益率として（乙８４，８５），Ｐ１社等のＰ１社各事業年度の総費用（売
上原価に販売費及び一般管理費，営業外費用として会計処理されている売掛
金及び買掛金に係る為替差損益を加えたもの）の額からＰ１社等が支出した
重要な無形資産の価値の指標となる費用の額を控除した金額に乗ずることに
より，別表２の４「原告の基本的利益及びＰ１社の基本的利益の算定」のＰ
１社欄記載の金額のブラジル側基本的利益の算定をしているところ，原告は，
処分行政庁がしたブラジル側基本的利益の算定のうちＰ１社等の比較対象法
人の選定の違法を主張する。そこで，Ｐ１社等の比較対象法人の選定の適否
について，次の(3)で検討することとする。
ア二輪車又は四輪車に関連しない事業が５０％以上である企業であること。
イ年売上高が２５００万ドル以下の企業であること。
ウ３年以上連続したデータが入手できない企業であること。
エアフターマーケット向け製品の売上高が５０％以上である企業であるこ
と。
オ関連会社との取引が売上げ又は総費用の５０％以上である企業であるこ
と。
カ営業利益率がマイナス，かつ，債務超過という状況等から継続性に問題
がある企業であること。
(3)マナウス税恩典利益の享受の有無と比較可能性について
ア原告は，処分行政庁がＰ１社等の比較対象法人を選定するために用いる
除外基準として設定した基準の中に「マナウスフリーゾーン外で事業活動
を行いマナウス税恩典利益を享受していない企業であること」という基準
がなく，Ｐ１社等の比較対象法人として，マナウスフリーゾーン外で事業
活動を行いマナウス税恩典利益を享受していないブラジル側比較対象企業
が選定されていることについて，マナウス税恩典利益を享受していないブ
ラジル側比較対象企業は検証対象法人であるＰ１社等との比較可能性を有
するものではないのであって，その点に関し適切な差異調整を行うことな
くしてされた本件各更正等は違法であると主張する。
イそこで，検討するに，残余利益分割法の適用上，比較対象法人の事業用
資産又は売上高に対する営業利益の割合等で示される利益指標に基づいて
基本的利益の算定をする場合においては，比較対象法人が事業活動を行う
市場と検証対象法人が事業活動を行う市場とが類似するものであること
（市場の類似性）を必要とするところ，一般に，政府の規制や介入は，そ
れが行われている市場における棚卸資産の価格や法人の利益に影響を及ぼ
し得る性質を有し，それが行われている市場の条件を構成するということ
ができるから，検証対象法人が市場において事業活動を行うに当たりその
利益に政府の規制や介入の影響を受けている場合には，そのような影響を
検証対象法人と同様に受けている法人を比較対象法人として選定するので
なければ，比較対象法人が事業活動を行う市場と検証対象法人が事業活動
を行う市場とが類似するものであるということはできず，当該比較対象法
人は検証対象法人との比較可能性を有するものではないこととなると解さ
れる（移転価格ガイドラインのパラグラフ１.５５は，「価格統制（場合に
よっては価格の切下げ），金利統制，役務の提供や経営管理料に対する支
払統制，使用料の支払に対する統制，特定の部門に対する助成金，為替管
理，反ダンピング課税又は為替相場政策などの政府介入を考慮して独立企
業間価格の調整を行うべきだと納税者が主張する環境がある。原則として，
これらの政府の介入は，特定の国の市場の条件として扱われるべきであり，
通常ならば，その市場における当該納税者の移転価格を評価する場合に考
慮に入れるべきである。そこで問題となるのは，これらの条件に照らした
上で，関連当事者間で行われた取引が，独立企業間で行われる取引と矛盾
しないかという点である」としており，改訂移転価格ガイドラインのパラ
グラフ１.７３にも，これと同旨の記載がある。また，措置法通達６６の４
(2)-３は，「措置法６６条の４の規定の適用上，比較対象取引に該当する
か否かについては，例えば，次に掲げる諸要素の類似性に基づき判断する
ことに留意する」とした上，その(11)で「政府の規制」を掲げており，平
成２３年１０月２７日課法２-１３による改正後の措置法通達６６の４
(3)-３の注２にも，これと同旨の定めがある。さらに，参考事例集の事例
２０は，国外関連者（Ｓ社）が事業活動を行うＸ国の市場において，政府
の価格規制により製品Ａの市場価格が国際的な水準からみて相当程度高く
維持されており，業界平均の利益水準が世界平均よりも高くなっていると
いう事例を掲げて，市場の特殊性による価格水準は，同じ市場で事業を行
う者が同様に影響を受けるものと考えられ，残余利益分割法の適用上，市
場の特殊性（政府の価格規制等）による価格への影響については，同様の
影響を受けていると考えられるＸ国の法人を選定してＳ社の基本的利益を
計算する過程で反映されることになるとしている。）。なお，同一の国内
であっても，政府の規制や介入がある特定の地域における棚卸資産の価格
やある特定の地域で事業活動を行う法人の利益にのみ影響を及ぼす場合に
は，当該特定の地域とその他の地域とでは市場の条件が異なることとなる
のであって，当該特定の地域とその他の地域はそれぞれ別個の市場である
と解するのが相当である。
ウこれをマナウス税恩典利益の享受についてみると，マナウス税恩典利益
は，それを享受する法人の輸入税及びＩＣＭＳの負担を軽減し，その売上
原価を低減させることなどにより，政府助成金や補助金と同様に当該法人
の利益を増加させる性質を有している。すなわち，上記３(1)エのとおり，
ブラジルの企業会計上，輸入税は売上原価を構成するところ，輸入税の軽
減は，政府助成金や補助金と同様に売上原価の低減項目として費用を減少
させ，売上総利益ひいては営業利益を増加させ，また，ＩＣＭＳみなし仕
入税額控除は，政府助成金や補助金と同様に売上原価の低減項目として費
用を減少させ，売上総利益ひいては営業利益を増加させるし，ＩＣＭＳ税
額免除及びＩＣＭＳ税軽減は，総売上げの控除項目であるＩＣＭＳ費用額
の低減項目として純売上げを増加させ，売上総利益ひいては営業利益を増
加させる。そうすると，マナウス税恩典利益は，それを享受する法人の営
業利益に影響を及ぼす性質を有し，政府助成金や補助金といった政府の介
入の実質を有するものとして，マナウスフリーゾーンという市場の条件を
構成するということができるのであって，検証対象法人がマナウスフリー
ゾーンで事業活動を行いマナウス税恩典利益を享受している場合には，マ
ナウスフリーゾーンで事業活動を行い検証対象法人と同様にマナウス税恩
典利益を享受している法人を比較対象法人として選定するのでなければ，
比較対象法人が事業活動を行う市場と検証対象法人が事業活動を行う市場
とが類似するものであるということはできず，当該比較対象法人は検証対
象法人との比較可能性を有するものではないこととなるというべきである。
本件の場合，Ｐ１社等は，マナウスフリーゾーンで事業活動を行い，マ
ナウス税恩典利益を享受しており，Ｐ１社等がＰ１社各事業年度中に享受
したマナウス税恩典利益は，それを享受するためにアマゾナス州政府に対
しＦＭＰＥ等の拠出金を負担しなければならなかったことを考慮しても，
Ｐ１社各事業年度のＰ１社の営業利益の合計額である１３億７６０８万９
０００レアルの約５９％に相当する８億０６９２万７０００レアル（輸入
税の軽減額２億９２９３万６０００レアル，ＩＣＭＳみなし仕入税額控除
額１億８９５８万３０００レアル，ＩＣＭＳ税額免除額１億３１９３万８
０００レアル，ＩＣＭＳ税軽減額２億３０５９万９０００レアルの合計額
から，ＦＭＰＥ８４３万６０００レアル，ＦＴＩ２４９２万７０００レア
ル，ＵＥＡ４７６万６０００レアルを控除した残額）に上っているのであ
って（甲４５，５２，１３３），マナウス税恩典利益の享受がＰ１社等の
営業利益に大きな影響を及ぼしたことは客観的に明らかである。しかるに，
処分行政庁がＰ１社等の比較対象法人を選定するために用いる除外基準と
して設定した基準の中に「マナウスフリーゾーン外で事業活動を行いマナ
ウス税恩典利益を享受していない企業であること」という基準はなく，Ｐ
１社等の比較対象法人として選定されたブラジル側比較対象企業は，いず
れも，マナウスフリーゾーン外のサンパウロ州ほかのブラジル南部の工業
地帯で事業活動を行い，マナウス税恩典利益を享受していない（この事実
は弁論の全趣旨により認められる。）。したがって，ブラジル側比較対象
企業が事業活動を行う市場とＰ１社等が事業活動を行う市場とが類似する
ものであるということはできず，ブラジル側比較対象企業は，Ｐ１社等と
の比較可能性を有するものではないというべきである。
エ以上と異なる被告の主張は，次のとおり，いずれも採用することができ
ない。
(ア)被告は，重要な無形資産を有しない法人がマナウス税恩典利益を享
受したとしても，その効果は限定的なものにとどまるから，マナウス税
恩典利益の享受の有無は比較対象法人の比較可能性に重大な影響を及ぼ
す有意な差異ではないと主張する。
しかし，マナウス税恩典による輸入税の軽減及びＩＣＭＳみなし仕入
税額控除の額は当該法人がマナウスフリーゾーンでの生産に用いるため
に購入した部品，原材料の購入金額を，ＩＣＭＳ税額免除及びＩＣＭＳ
税軽減の額は当該法人がマナウスフリーゾーンで生産し販売した製品の
売上金額を，それぞれ基礎として一定の税率を乗じて計算されるもので
あるから（上記３(1)エ），マナウス税恩典利益を享受する法人は，重要
な無形資産を有しているか否かにかかわらず，その事業規模に応じた税
恩典を受けられるものであり，また，営業利益率という総費用や売上高
に対する営業利益の割合という割合的な数値を問題とする限りにおいて
は，マナウス税恩典利益を享受する法人は，事業規模の大小にかかわら
ず，そのような税恩典利益を享受できない場合と比較して，より高い営
業利益率を得られることは明らかであって，マナウス税恩典利益の享受
の有無は，比較対象法人の比較可能性に重大な影響を及ぼすものである
というべきである。
なお，被告は，一般に，政府から助成金の交付を受けた法人は，供給
を増やす行動を取り，その結果，販売価格が下落し，助成金の便益が消
費者に移転する現象がみられるとし，マナウス税恩典利益を享受する法
人は，必ずしもその全てを収益に計上するものではなく，その一部を価
格政策に活用するといった現象が起こり得ると主張するが，マナウス税
恩典利益を享受している法人にそのような現象が起こっていることを客
観的に裏付ける証拠はなく，被告の主張するところは，マナウス税恩典
利益の享受の有無は比較対象法人の比較可能性に重大な影響を及ぼすも
のであるという上記の判断を左右するものではない。
また，被告は，マナウスフリーゾーンで事業活動を行うことには，消
費地及び部品調達基地として重要なブラジル南部との距離が長いことに
よる輸送費や保険料の増加というマイナスの効果があり，そのマイナス
の効果を補って営業利益を得るためには，相当程度の事業規模を要する
こととなるから，重要な無形資産を有することなく基本的な機能のみを
果たす法人は，マナウス税恩典利益を享受しても高い営業利益率を得る
ことはできないと主張するが，輸送費や保険料といった費用の額は，そ
の性質上，当該法人の事業規模の大きさに従ってその大きさが決定され
るものであり，事業規模が小さければ，それに応じてこれらの費用も小
さくなると考えられることからすれば，被告の主張は直ちに採用するこ
とはできない。
(イ)被告は，Ｐ１社等の製造工程は，原告及びＰ１社等の有する重要な
無形資産の寄与なくしては構築することができなかったものであり，Ｐ
１社等がマナウス税恩典の認可要件であるＰＰＢ基準を満たす製造工程
を備えるに当たり，原告及びＰ１社等の有する重要な無形資産が寄与し
たことによれば，Ｐ１社等がマナウス税恩典利益の享受によって得た利
益は，原告及びＰ１社等の有する重要な無形資産の貢献によって初めて
得られたものであり，原告及びＰ１社等の有する重要な無形資産の貢献
と極めて密接な関係にあるから，マナウス税恩典利益の享受の有無は，
基本的利益の算定において市場の条件として考慮されるべきではないと
主張する。
そこで，検討するに，マナウスフリーゾーンで工場を建設しマナウス
税恩典利益のうち輸入税の軽減を受けようとする者は，マナウス自由貿
易地域監督庁（ＳＵＦＲＡＭＡ）から，税恩典を享受しようとする工業
プロジェクトに係る認可を取得する必要があり，この認可を取得するた
めには，進出企業がマナウスフリーゾーンで事業活動を行うに当たり最
低限履行すべき基本製造工程を定めるＰＰＢ（基本製造工程）基準を達
成する必要があること，アマゾナス州政府からＩＣＭＳ税減免に係る認
可を取得するためには，雇用を創出し人件費の割合が製品の最終原価の
少なくとも１.５％に相当することを要するところ，進出企業は，ＳＵＦ
ＵＲＡＭＡから当該工業プロジェクトに係る認可を取得しない限り，工
場を建設し稼働させることができず，労働者を雇用することもできない
ため，上記のＩＣＭＳ税減免に係る認可の要件を満たすことができない
こととなることは，上記３(1)イ及びウのとおりである。したがって，進
出企業がマナウス税恩典利益を享受するためには，税恩典を享受しよう
とする工業プロジェクトについてＰＢＢ基準を満たす必要があるという
ことになる。
しかし，ＰＰＢ基準は，進出企業がマナウスフリーゾーンで事業活動
を行うに当たり最低限履行すべき基本製造工程について定めているもの
であるところ，これを本件で問題になる「オートバイ及びスクーター」
に関するＰＰＢ基準についてみると，グループＡ「プレス，鋳造，加工，
塗装，プラスチック注入」，グループＢ「燃料タンクの溶接と腐食防止
処理，車体の溶接と腐食防止処理，リアフォークの溶接と腐食防止処理，
サイドスタンド，センタースタンド及びステップの溶接と腐食防止処理」，
グループＣ「エンジンの組立て，最終組立て，最終検査，梱包」と定め
た上，オートバイ及びスクーターのメーカーは，グループＡに定められ
た工程のうちの少なくとも２項目及びグループＢに定められた工程のう
ちの少なくとも２項目を実行し，グループＣに定められた工程を実行し
なければならないものとしているにすぎず，各工程の内容や技術水準に
関する具体的基準は示されていないのであって（上記３(1)イ），このこ
とによれば，ＰＰＢ基準は，基本的活動のみを行い重要な無形資産を有
しない法人であっても有しているような基本的な技術，ノウハウのみで
満たすことができるものであり，重要な無形資産の貢献がなければ満た
すことができないものではないということができる。
そうすると，Ｐ１社等がマナウス税恩典利益の享受によって得た利益
は，原告及びＰ１社等の有する重要な無形資産の貢献によって初めて得
られたものであるとか，原告及びＰ１社等の有する重要な無形資産の貢
献と極めて密接な関係にあるということはできない。被告の主張は採用
することができない。
(ウ)被告は，本件製品がブラジルの自動二輪車市場において圧倒的な販
売シェアを獲得し，Ｐ１社等が競争上優位な地位を築くことができたの
は，原告及びＰ１社等の有する重要な無形資産の貢献があったからであ
り，Ｐ１社等が事業規模を拡大し，多額の超過利益を得ている主な要因
は，原告及びＰ１社等の有する重要な無形資産の貢献にあるとした上，
マナウス税恩典利益は，原告及びＰ１社等の有する重要な無形資産の寄
与と一体的な関係にあるから，残余利益として認識し，原告及びＰ１社
等がそれぞれ有する重要な無形資産の寄与の程度に応じて分割するの
が合理的であると主張する。
しかし，残余利益分割法は，法人又は国外関連者が重要な無形資産を
有する場合に，分割対象利益のうち重要な無形資産を有しない非関連者
間取引において通常得られる利益（基本的利益）に相当する金額を当該
法人及び国外関連者それぞれに配分し，当該配分した金額の残額（残余
利益）を当該法人又は国外関連者の有する重要な無形資産の価値に応じ
て合理的に配分する方法により独立企業間価格を算定するものである。
このように，法人又は国外関連者の有する重要な無形資産の寄与によっ
て得られた超過利益が存在する可能性がある場合について，無形資産の
寄与によって得られた利益自体を直接算出して配分するのではなく，基
本的利益をまず算出して配分し，分割対象利益から基本的利益を控除し
た残額を法人又は国外関連者の有する重要な無形資産の寄与によって得
られた超過利益と認識して，それを重要な無形資産の価値に応じて合理
的に配分する算定方法が採用されているのは，技術，ノウハウ，ブラン
ド等の無形資産は，それが法人の利益に寄与したといえる場合であって
も，その範囲及び程度がどのようなものであるかを正確に判断すること
が極めて困難であるためであると解される。そして，このことは，原告
又はＰ１社等の有する無形資産についても当てはまるのであって，Ｐ１
社等が事業規模を拡大するに当たり，原告及びＰ１社等の有する無形資
産が寄与したということはできるとしても，そうであるからといって，
マナウス税恩典利益を基本的利益の算定において考慮せずに，これを残
余利益として認識し，本件国外関連取引に係る独立企業間価格を算定す
るのは，残余利益分割法の適用を誤るものというべきである。被告の主
張は採用することができない。
(エ)被告のその余の主張についても，これまで説示したところに照らし，
いずれも採用することができない。
(4)小括
以上のとおり，ブラジル側比較対象企業は，マナウス税恩典利益を享受し
ていないという点でＰ１社等との比較可能性を有するものではないから，処
分行政庁が，上記の差異につき何らの調整も行わずにブラジル側基本的利益
を算定した上，本件独立企業間価格を算定したことには誤りがあるというべ
きである。そして，上記の差異は，市場の特殊性という営業利益に大きく関
わる基本的な差異であるため，そもそも，これにつき適切な差異調整を行う
ことができるのか否かは不明であり，いずれにしても，本件の証拠関係の下
では，原告が本件国外関連取引により支払を受けた対価の額が独立企業間価
格に満たないものであることにつき立証があったとは認められないから，本
件国外関連取引に措置法６６条の４第１項を適用して移転価格税制の課税を
行うことはできないというべきである。
６本件各更正等の適否について
(1)本件各更正について
本件国外関連取引に移転価格税制の課税を行わないことを前提として，原
告の本件各事業年度の法人税の税額の計算をすると，別紙６（原告の法人税
の税額）のとおり，平成１０年３月期の納付すべき税額は４８３億７４８６
万３５００円，平成１１年３月期の納付すべき税額は４６９億４８７４万６
８００円，平成１３年３月期の納付すべき税額はマイナス（還付金の額に相
当する税額）１６億１７０６万４５０６円，平成１４年３月期の納付すべき
税額は６６億５６０５万２１００円，平成１５年３月期の納付すべき税額は
８８億６４１９万３１００円となる（なお，別紙６の税額計算の前提となる
事実は，当事者間に争いのない事実及び弁論の全趣旨により認められる事実
である。）。
そうすると，本件各更正のうち上記の各納付すべき税額を超える部分は違
法である。
(2)本件各賦課決定について
上記(1)によれば，平成１０年３月期及び平成１１年３月期の法人税につい
ては，それぞれ，本件更正１及び２により新たに納付すべき税額はなかった
ことになるから，本件賦課決定１及び２については，その全てが違法となる。
また，平成１３年３月期，平成１４年３月期及び平成１５年３月期の法人
税については，それぞれ，本件更正３及び４並びに本件更正５－１（ただし，
いずれも上記(1)のとおり違法とされる部分を除く。）により新たに納付すべ
きこととなる税額（ただし，国税通則法６５条４項の「正当な理由」がある
と認められる事実に係る分を除く。）に基づき原告が納付すべき過少申告加
算税の税額を計算すると，別紙６（原告の法人税の税額）のとおり，平成１
３年３月期について１４１９万１０００円，平成１４年３月期について８６
万１０００円，平成１５年３月期について３３０４万４０００円となるから，
本件賦課決定３ないし５のうち上記の各納付すべき過少申告加算税の税額を
超える部分は違法である。
第４結論
よって，原告の請求はいずれも理由があるから（ただし，本件更正５-１の一
部取消しを求める請求については，これと選択的に併合された本件更正５－２
の一部取消しを求める請求を全部を認容することから，判決の対象にはならな
い。），これらを認容することとし，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官増田稔
裁判官内野俊夫及び裁判官日暮直子は異動のため署名押印をすることがで
きない。
裁判長裁判官増田稔

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