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○　主文
本件控訴を棄却する。
控訴費用は控訴人の負担とする。
○　事実
控訴代理人は「原判決を取消す。被控訴人が昭和四七年五月三一日付をもつてなし
た控訴人の昭和四三年四月一日から昭和四四年三月三一日までの事業年度の法人事
業税に関する更正処分並びに被控訴人が昭和四七年八月一〇日付をもつてなした控
訴人の昭和四五年四月一日から昭和四六年三月三一日までの事業年度の法人事業税
に関する更正処分を取消す。訴訟費用は第一、二審とも被控訴人の負担とする。」
との判決を求め、被控訴代理人は控訴棄却の判決を求めた。
当事者双方の事実に関する陳述及び証拠の提出、援用、認否は、次のとおり付加す
るほかは原判決事実摘示のとおりである。（但し、原判決の二枚目表一行目と四行
目に「法人税」とあるのをいずれも「法人事業税」と、同六枚目裏未行目に「所属
金額」とあるのを「所得金額」とそれぞれ訂正し、同八枚目表九行目に「訴状」と
あるのを削除する。）
控訴代理人は、
昭和三八年四月二二日付東京都主税局長通達第五〇八一号において、公益法人等及
び人格のない社団等（以下両者をあわせて公益法人等という）で医療保健業を行う
ものにつき、地方税法第七二条の一四、第一項但書により算定した法人事業税の課
税標準が法人税の所得をこえ、または欠損金に満たないようなものがあるときは、
同法第七二条の三九の規定による更正決定分として処理すべきものとされている
が、右通達は、同法第七二条の一四、第一項但書を形式的文言どおりに適用する
と、同本文を適用したときより不利益となる場合を生じ、法人事業税のうえで社会
保険診療分の所得につき優遇措置を定めた右但書の立法趣旨に反することになるの
で、右但書に関する従来の解釈を変更し、これを合理的に解釈適用しようとしたも
のであるから、右通達の趣旨は当然医療法人にも及ぼされるべきものである。
と陳述し、証拠として、甲第一号証（写）、第二号証の一、二、第三、第四号証、
第五号証の一、二、第六号証を提出し、当審証人Ａの証言を援用し、後記乙号証の
成立をいずれも認めると述べた。
被控訴代理人は、
地方税法により法人事業税が創設された当初においては、公益法人等が行う医療保
健業に対しては法人事業税が課せられなかつたので、医療保健業を行う公益法人等
は医療法人より優遇されていたが、昭和三二年の地方税法施行令の改正により公益
法人等が行う医療保健業に対しても法人事業税が課せられるようになつたところ、
公益法人等には地方税法第七二条の一四、第一項但書が適用されないため、公益法
人等が行う医療保健業については自由診療分の所得のみならず、社会保険診療分の
所得についても課税されることになり、従来とは逆に公益法人等が医療法人より重
い税負担を負うことになつた。しかし、医療法人に対し社会保険診療分の所得につ
いて法人事業税を課さないこととした前記地方税法第七二条の一四、第一項但書の
立法趣旨は、公益法人等が行う医療保健業についてもあてはまることなので、昭和
三二年一二月二一日付東京都主税局課税部長通達第九九九七号により公益法人等が
行う医療保健業に対しても右但書を適用し、医療法人と同様に取扱うものと定めら
れ、その後控訴人の主張する東京都主税局長通達第五〇八一号により第九九九七号
通達が修正され、公益法人等が行う医療保健業につき区分計算後の課税標準が法人
税の所得をこえ、または欠損金に満たないようなものがあるときは、同法第七二条
の三九の規定による更正決定分として法人税の課税標準に合わせることと定めら
れ、その後右第五〇八一号通達の趣旨は昭和四五年五月一日同局長通達第五〇〇号
に引継がれて今日に至つているものである。以上のとおり、第五〇八一号通達及び
第五〇〇号通達はいずれも公益法人等が行う医療保健業の法人事業税の課税標準の
算定に関する取扱いを定めたものであつて、公益法人等が行う医療保健業と医療法
人とでは、法人事業税創設の当初より課税標準の算定につき異る取扱いがなされて
いたのであるから、右第五〇八一号通達及び第五〇〇号通達により、公益法人等が
行う医療保健業につき医療法人と異る取扱いがなされることもなんら違法ではな
く、右各通達が地方税法第七二条の一四、第一項但書に関する従来の解釈を変更し
たものでないことはもとより、右通達の趣旨を医療法人に及ぼすべきものというこ
ともできない。
と陳述し、証拠として、原審で提出した乙第二号証の一ないし三を撤回して同号証
の一ないし四を提出し、更に同第六及び第七号証の各一ないし三、第八、第九号証
を提出し、当審証人Ｂの証言を援用し、前記甲号証の成立及び甲第一号証の原本の
存在をいずれも認めると述べた。
○　理由
当裁判所は、被控訴人がなした本件各更正処分は適法であつて、右更正処分の取消
を求める控訴人の請求は棄却すべきものであると判断するが、その理由は、次のと
おり付加するほかは原判決の理由説示と同一であるから、これを引用する。
控訴人の主張する昭和三八年四月二二日付東京都主税局長通達第五〇八一号（右通
達の存在については当事者間に争いがない。）の趣旨について検討するに、成立に
争いのない乙第二号証の一ないし四、第六及び第七号証の各一ないし三並びに当審
証人Ｂの証言によれば、地方税法により法人事業税が創設された当初においては、
公益法人等が行う医療保健業に対しては法人事業税が課せられていなかつたが、昭
和三二年同法施行令の改正によつて課税されるようになつたものであるところ、公
益法人等には同法第七二条の一四、第一項但書が適用されないため、公益法人等が
行う医療保健業については自由診療分の所得のみならず、社会保険診療分の所得に
ついても法人事業税が課せられることになり、医療法人より税負担が重くなつたの
みならず、医療法人に対し社会保険診療分の所得について法人事業税を課さないこ
ととした右但書の規定の立法趣旨は公益法人等が行う医療保健業にも当然あてはま
るものと考えられ、昭和三二年一二月二一日付東京都主税局課税部長通達九九九七
号により、公益法人等が行う医療保健業についても社会保険診療分については医療
法人と同様に取扱い、この場合の課税標準の算定については同法第七二条の四一の
規定によることと定められたが、公益法人等につき医療法人と同様の区分計算をし
た後の法人事業税の課税標準が同法第七二条の一四、第一項本文を適用した場合に
比して不利益となるときは現行法上問題があるため、前記の昭和三八年四月二二日
付東京都主税局長通達第五〇八一号によつて第九九九七号通達を修正し、公益法人
等で医療保健業を行うものにつき、区分計算後の法人事業税の課税標準が法人税の
所得をこえ、または欠損金に満たないようなものがあるときは、同法第七二条の三
九の規定による更正決定分として取扱うことと定められたものであり、その後右第
五〇八一号通達の趣旨は昭和四五年五月一日東京都主税局長通達第五〇〇号に引継
がれていることが認められる。
右認定によれば、第五〇八一号通達及びその趣旨を引継いだ第五〇〇号通達は、い
ずれも公益法人等が行う医療保健業についての法人事業税の課税標準の算定に関す
る取扱いを定めたものであつて、地方税法第七二条の一四、第一項但書の解釈に関
するものではないのみならず、地方税法の上で公益法人等とでは法人事業税の課税
標準の算定に関する規定を異にする医療法人に対し右通達の趣旨を及ぼすべきもの
ということもできない。原本の存在及びその成立に争いのない甲第一号証中これと
異る趣旨の見解は当裁判所の採用しないところであり、他に医療法人について第五
〇八一号通達と同様の取扱いをなすべきものとする控訴人の主張を肯認すべき根拠
とするに足る資料は存在しない。
よつて、原判決は相当であるから、民事訴訟法第三八四条第一項により本件控訴を
棄却することとし、控訴費用の負担につき同法第九五条、第八九条を適用し、主文
のとおり判決する。
（裁判官　岡本元夫　輪湖公寛　後藤文彦）
(原裁判等の表示)
○　主文
原告の請求を棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
○　事実
第一　当事者の申立
一　原告
被告が昭和四七年五月三一日付をもつてした原告の昭和四三年四月一日から昭和四
四年三月三一日までの事業年度（以下第一三期という。）の法人税に関する更正処
分並びに被告が昭和四七年八月一〇日付をもつてした原告の昭和四五年四月一日か
ら昭和四六年三月三一日までの事業年度（以下第一五期という。）の法人税に関す
る更正処分（以下右両処分を併せて本件更正処分という。）を取り消す。
訴訟費用は被告の負担とする。
二　被告
主文と同旨
第二　当事者の主張
一　原告の請求原因
１　原告は、病院・診療所を開設している医療法人財団であるが、原告は、昭和四
四年五月三一日第一三期の法人事業税について、課税標準を欠損金四、九六〇、一
一六円、税額を〇円とする確定申告をし、また、昭和四六年五月三一日第一五期の
法人事業税について課税標準を欠損金二、一〇八、二九五円、税額を〇円とする確
定申告をしたところ、被告は、第一三期の確定申告に対し昭和四七年五月三一日付
をもつて右課税標準を欠損金二、二四〇、七七八円とする更正処分をし、また、第
一五期の確定申告に対し昭和四七年八月一〇日付をもつて右課税標準を欠損金四八
三、〇〇九円とする更正処分をした。
２　原告は、本件更正処分に対し昭和四七年七月二七日及び同年一〇月九日に東京
都知事に対し審査請求をしたが、同知事は、
昭和四八年五月三〇日付で右請求をいずれも棄却する裁決をし、その裁決書謄本を
同年六月一一日原告に送達してきた。
３　被告の本件更正処分は、地方税法七二条の一四第一項但し書に、健康保険法等
の規定に基づく「医療につき支払を受けた金額は、益金の額に算入せず、また、当
該給付又は助産若しくは医療に係る経費は、損金の額に算入しない。」と定めてあ
ることを根拠にして、原告の右両事業年度の所得金額の算定につき原告の事業によ
つて生じた総益金及び総損金を社会保険診療等から生じた益金及び損金とそれ以外
の医療保健業としての診療（以下自由診療という。）等から生じた益金及び損金と
に区分して計算すべきものと解し、原告の総欠損金額から社会保険分の欠損金額を
控除して自由診療等から生じた欠損金額のみを当該事業年度の欠損金額として算出
した。すなわち、被告は、原告の第一三期分につき総欠損金額四九、八二二、四六
〇円から社会保険分欠損金額四七、五八一、六八二円を控除し、残額二、二四〇、
七七八円のみを同期分の欠損金とし、また、第一五期分につき総欠損金額二、一〇
八、二九五円から社会保険分の欠損金一、六二五、二八六円を控除し、残額四八
三、〇〇九円のみを同期分の欠損金とした。
４　しかしながら、被告の本件更正処分は地方税法七二条の一四第一項但し書の解
釈適用を誤つたものであつて違法である。
（一）　地方税法七二条の一四第一項本文は、法人の事業税の課税標準につき「当
該各事業年度の法人税の課税標準である所得の計算の例によつて算定する。」と定
め、これが法人事業税の課税標準算定の原則となつている。これに対し、同条項但
し書の立法趣旨は、社会保険診療報酬の低単価を税制面からカバーして、社会保険
診療を保護育成しようとする政策的配慮から、医療にたずさわる法人で社会保険診
療により所得（利益）のあつた場合に、その所得を事業税の課税標準から除外する
ことにより、社会保険診療にたずさわる法人の税負担の軽減をはかろうとするもの
と解される。したがつて、それは具体的な納税者である医療法人に対し右優遇措置
を講じようとするものであつて単に抽象的な社会保険診療等の保護育成をはかろう
とするものではないのである。けだし、そのように解するのであれば、端的に社会
保険診療等の非課税規定を設ければ十分なはずである。例えば、事業税法七二条の
四第二項は「道府県は、
左の各号に掲げる事業に対しては、事業税を課することができない」と規定してい
る。
（二）　前記法条項の本文と但し書の関係は、本文により医療法人等の全事業の益
金と損失とを法の定めるところにしたがつて算出し、その損益を通算して所得を算
出するという原則を生かしたうえで、但し書の修正を加えることになるのである。
したがつて、医療法人に対しては、その総所得のうち社会保険診療等による所得以
外の自由診療による所得に対してのみ事業税が課せられるのであつて、右法条項の
但し書の規定は社会保険診療等により所得をあげた医療法人に対してのみその優遇
措置として適用され、欠損となつた医療法人に対しては同項本文が適用され、「各
事業年度の所得は、各事業年度の益金の額から損金の額を控除した金額による」も
のと解すべきである。
右但し書を被告のように解すると、次のような極めて不合理な事態を招来すること
になる。すなわち、医療法人等の当該事業年度の総所得金額が赤字の場合は、法人
税は課税されないのであるが、総所得金額が赤字であつてもそのなかに社会保険診
療等による赤字額が含まれている場合は、その赤字額が総所得金額の赤字額から除
外されて総所得金額の赤字額は減少し、場合によつては総所得金額が黒字に転じ、
法人税は課せられないのに法人事業税のみが課せられるということになる。それで
は、医療法人等につき、右但し書の立法趣旨が前記のように事業税に関しては法人
税の場合よりさらに税負担軽減の優遇措置を講じようとするにあることとも矛盾し
て、まことに不合理というべきである。
５　ところで、本件更正処分はいずれも税額を零とするものであつて、その点では
原告になんらの損失もないが、地方税法施行令二一条により繰越欠損金の算入が認
められているので、本件更正処分により欠損金の減縮がなされると、将来原告が負
担すべき税額に影響を及ぼすことが明らかである。
６　以上の次第で、原告の前記各年度分の課税標準となる所得は原告の確定申告書
記載の欠損金額が正当であつて、被告の本件更正処分は違法であるからその取消し
を求める。（ただし、地方税法七二条の一四第一項の解釈につき被告主張の見解が
正当であるときは本件更正処分の数額の点は争わない。）
二　被告の認否と主張
１　請求原因１ないし３の事実は認めるが、同４、５は争う。
２　被告の主張
（一）　法人事業税の課税標準である各事業年度の所属金額（以下これを所得金額
という。）は、原則としてその事業年度の法人税の所得金額の計算の例により算定
することとされているが（地方税法七二条の一四第一項本文）、医療法人の法人事
業税の所得金額の算定においては、社会保険診療等にかかる給付、助産または医療
について支払いを受けた金額は総益金に算入せず、またその給付、助産または医療
にかかる経費は総損金に算入しないと定められている（同法七二条の一四第一項但
し書）。
（二）　この同法七二条の一四第一項但し書の立法趣旨は、社会保険診療等の保護
育成を図り、また、社会保険診療等にかかる医療報酬の単価が低く決定されていた
ことの見返りを図ることであると考えられるが、この規定により、医療法人の社会
保険診療等にかかる所得は、法人事業税の課税対象から除外されることになる。
よつて、医療法人が社会保険診療等と自由診療との両方を行なつている場合の当該
医療法人の所得金額を算定するには、まず同法七二条の一四第一項但し書により、
社会保険診療等にかかる所得を除外しなければならない。しかるのちに、同法七二
条の一四第一項本文前段により、各事業年度の益金の額から損金の額を減じること
により、所得金額を算定することとなる。
ところで、当該医療法人に医療保健業以外の所得が存しないかぎり、ここでいう益
金及び損金は自由診療に基づく益金及び自由診療に基づく損金をさすことになる。
（三）　被告は同法七二条の一四第一項を以上のように解して原告の法人事業税第
一三期および第一五期の所得金額（両期とも欠損）を算定し、これに基づき本件処
分を行なつたものであり、適法な処分である。
（四）　ところで、原告は、訴状請求の原因第４項によれば、医療法人に法人事業
税を課税するにあたり、当該医療法人の社会保険診療等に基づく益金が、これにと
もなう損金よりも多い場合にのみ同法七二条の一四第一項但し書が適用されるもの
であり、もし社会保険診療等に基づく益金がこれにともなう損金よりも少ない場
合、すなわち、欠損金の生じるような場合には、同法七二条の一四第一項本文が適
用されるべきであると主張しているもののようである。このような考え方に従え
ば、社会保険診療等につき欠損金の生じるような医療法人の法人事業税の所得金額
は、
自由診療等に基づく益金からこれにともなう損金を減じ、さらに、社会保険診療等
についての欠損金額を減じた残りの金額ということになる。しかしながら、このよ
うな原告の主張は、同法七二条の一四第一項但し書の文言に明らかに反するもので
ある。
よつて、原告の同法七二条の一四第一項についての主張は理由がない。
第三　証拠（省略）
○　理由
一　請求原因１ないし３の事実は当事者間に争いがない。
二　本件の争点は、要するに、地方税法七二条の一四第一項の本文と但し書の解釈
をめぐる問題であるが、原告は、医療法人に対する法人事業税の課税にあたり、同
法七二条の一四第一項但し書が適用されるのは、当該医療法人の社会保険診療等に
基づく益金が損金をこえる場合に限られ、当該法人に社会保険診療等の欠損金が生
じた場合には同項本文が適用されるべきであると主張し、被告は、右但し書の趣旨
は、社会保険診療等にかかる給付、助産または医療について支払を受けた金額は総
益金に算入せず、他方、その経費も総損金に算入されないとの意味であつて、社会
保険診療等に欠損金が生じた場合でも同様に解すべきであると主張するので、この
点について検討する。
社会保険診療等の保護育成を図るために、医療法人に対しては租税特別措置法六七
条一項により、法人税法上の特例として、各事業年度において社会保険診療等にか
かる給付、または医療もしくは助産につき支払を受けるべき金額がある場合には、
当該事業年度の所得金額の計算上、当該給付または医療もしくは助産にかかる経費
として損金の額に算入する金額は、当該支払を受けるべき金額の百分の七二に相当
する金額とすることが定められている。
他方、法人事業税の課税標準である各事業年度の所得金額は、原則としてその事業
年度の法人税の所得金額の計算の例により算定することと規定されているが（地方
税法七二条の一四第一項本文）、さらに、同項但し書により、医療法人の法人事業
税の所得金額の算定においては、社会保険診療等にかかる給付、助産または医療に
ついて支払を受けた金額は総益金に算入せず、また、その給付、助産または医療に
かかる経費は総損金に算入しないものと定められている。
そこで、
成立に争いのない乙第一ないし第五号証の各一ないし三に証人Ｃの証言を総合して
認めることのできる立法当時参議院における政府委員の立法趣旨説明並びに行政実
務を参酌しながら右但し書の法意を考えてみるに、これは次のように解するのが相
当である。
すなわち、地方税法七二条の一四第一項但し書の趣旨とするところは、社会保険診
療等については医療報酬の単価が社会的要請から低くおさえられていることの見返
りとして考慮されたものであり、ひいてはこれにより社会保険診療等の保護育成に
資することを目的とするものと解される。したがつて、医療法人が社会保険診療等
とそれ以外の自由診療との両方を行なつている場合、当該医療法人の所得金額を算
定するには、前記但し書の規定を適用して社会保険診療等の経費は損金にみない
し、また、支払を受けた金額は利益金とみないことになるので、結局、総所得金額
または総欠損金額から社会保険診療等の所得（社会保険診療等の収入金額から社会
保険診療等の経費を控除してえた金額）を差し引き、しかるのちに同法七二条の一
四第一項本文前段の規定により当該事業年度の益金の額から損金の額を控除してそ
の所得金額を算定すべきこととなる。
もつとも、右但し書の規定をこのように解すると、原告主張のように、医療法人等
の当該事業年度の総所得金額が赤字のため法人税は課税されないのに、総所得金額
中に社会保険診療等による赤字額が含まれている場合は、その赤字額は総所得金額
の赤字額から控除される結果、総所得金額の赤字額が減少し、そのために総所得金
額が黒字に転じ、法人事業税が課せられるという事態が生じることも考えられない
わけではないが、そのようなことは現行法の解釈上やむをえないことであり、これ
がために法令上の明文もないのに原告主張のように解釈することは困難であり、証
人Ｄの証言中原告の右主張に添う部分は採用できないし、他に右結論を動かすに足
りる資料もない。
三　被告の本件更正処分は当裁判所の右見解と同旨の立場から地方税法七二条の一
四第一項但し書を適用したものであつて、この解釈を前提とする具体的な計算関係
は原告も争わないから、本件更正処分は適法であつて、これにつき原告主張の違法
はない。
四　よつて、本件更正処分の取消しを求める原告の本件請求は理由がないこと明ら
かであるからこれを棄却し、
訴訟費用の負担につき民事訴訟法八九条を適用して主文のとおり判決する。

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