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平成２７年９月２９日判決言渡
平成２５年（行ウ）第８２２号法人税更正処分等取消請求事件
主文
１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
処分行政庁が，平成２４年５月３０日付けで原告に対してした原告
の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度に係
る法人税の更正処分のうち，所得金額５６億２３１０万４７５８円，
納付すべき税額１６億０１８４万２３００円を超える部分及び過少申
告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２事案の概要
本件は，原告が，タイ王国（以下「タイ」という。）に所在する原
告の関連法人であるＡＬｉｍｉｔｅｄ（以下「Ａ」という。）が平
成１９年３月に発行した新株（以下「本件株式」という。）を額面価
額で引き受け，その払込金額を本件株式の取得価額に計上して平成１
８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度（以下「平成
１９年３月期」という。）の法人税の確定申告をしたところ，処分行
政庁が，本件株式は法人税法施行令（平成１９年政令第８３号による
改正前のもの。以下同じ。）１１９条１項４号に規定する有価証券（以
下「有利発行有価証券」という。）に該当し，本件株式の取得価額は
その取得のために通常要する価額となるから，当該価額と払込価額と
の差額は受贈益（以下「本件受贈益」という。）として益金の額に算
入すべきであるなどとして法人税の増額更正処分（以下「本件増額更
正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件
賦課決定処分」といい，本件増額更正処分と併せて「本件増額更正処
分等」という。）をしたのに対し，原告が本件株式は有利発行有価証
券に該当しないなどとして，本件更正処分及び過少申告加算税の賦課
決定処分の一部の取消しを求める事案である。
１関係法令等の定めの概要
(1)法人税法（平成２０年法律第２３号による改正前のもの。以下断
りがない限り同じ。）
ア内国法人の各事業年度の所得の金額は，当該事業年度の益金の
額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする（２２条１
項）。
イ内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益
金の額に算入すべき金額は，別段の定めがあるものを除き，資産
の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償に
よる資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当
該事業年度の収益の額とする（２２条２項）。
ウ内国法人が有価証券の譲渡をした場合には，その譲渡に係る譲
渡利益額（その有価証券の譲渡に係る対価の額がその有価証券の
譲渡に係る原価の額を超える場合におけるその超える部分の金額
をいう。）又は譲渡損失額（その有価証券の譲渡に係る原価の額
がその有価証券の譲渡に係る対価の額を超える場合におけるその
超える部分の金額をいう。）は，その譲渡に係る契約をした日の
属する事業年度の所得の金額の計算上，益金の額又は損金の額に
算入する（６１条の２第１項）。
エ有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の基礎となる取得価
額の算出の方法，有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方
法の種類，その算出の方法の選定の手続その他前各項の規定の適
用に関し必要な事項は，政令で定める（６１条の２第２３項）。
(2)法人税法施行令
内国法人が有価証券の取得をした場合には，その取得価額は，次
の各号に掲げる有価証券の区分に応じ当該各号に定める金額とする
（１１９条１項）。
４号有価証券と引換えに払込みをした金銭の額及び給付をした金
銭以外の資産の価額の合計額が払い込むべき金銭の額又は給付
すべき金銭以外の資産の価額を定める時におけるその有価証券
の取得のために通常要する価額に比して有利な金額である場合
における当該払込み又は当該給付（以下この号において「払込
み等」という。）により取得をした有価証券（新たな払込み等
をせずに取得をした有価証券を含むものとし，法人の株主等が
当該株主等として金銭その他の資産の払込み等又は株式等無償
交付により取得をした当該法人の株式又は新株予約権（当該法
人の他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場合
における当該株式又は新株予約権に限る。）等所定のものを除
く。）その取得の時におけるその有価証券の取得のために通
常要する価額
(3)法人税基本通達（平成２０年課法２０－５による改正前のもの。
以下同じ。）
ア法人税法施行令１１９条１項４号に規定する「払い込むべき金
銭の額又は給付すべき金銭以外の資産の価額を定める時におけ
るその有価証券の取得のために通常要する価額に比して有利な
金額」とは，当該株式の払込み又は給付の金額（以下法人税基
本通達２－３－７において「払込金額等」という。）を決定す
る日の現況における当該発行法人の株式の価額に比して社会通
念上相当と認められる価額を下回る価額をいうものとする（２
－３－７）。
（注）１社会通念上相当と認められる価額を下回るかどうかは，
当該株式の価額と払込金額等の差額が当該株式の価額の
おおむね１０パーセント相当額以上であるかどうかによ
り判定する。
２払込金額等を決定する日の現況における当該株式の価
額とは，決定日の価額のみをいうのではなく，決定日前
１月間の平均株価等，払込金額等を決定するための基礎
として相当と認められる価額をいう。
イ法人税法施行令１１９条１項４号に規定する「他の株主等に損
害を及ぼすおそれがないと認められる場合」とは，株主等である
法人が有する株式の内容及び数に応じて株式又は新株予約権が平
等に与えられ，かつ，その株主等とその内容の異なる株式を有す
る株主等との間においても経済的な衡平が維持される場合をいう
ことに留意する（２－３－８）。
（注）他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場
合に該当するか否かについては，例えば，新株予約権無償
割当てにつき会社法３２２条の種類株主総会の決議があっ
たか否かのみをもって判定するのではなく，その発行法人
の各種類の株式の内容，当該新株予約権無償割当ての状況
などを総合的に勘案して判定する必要がある。
ウ法人税法施行令１１９条１項４号に規定する有価証券の取得の
時におけるその有価証券の取得のために通常要する価額は，次に
掲げる場合の区分に応じ，それぞれ次による（２－３－９）。
(ア)新株が法人税法施行令１１９条の１３第１号から第３号ま
でに掲げる有価証券（以下「上場有価証券等」という。）であ
る場合その新株の払込み又は給付に係る期日（払込み又は給
付の期間を定めたものにあっては，その払込み又は給付をした
日。以下法人税基本通達２－３－９において「払込期日」とい
う。）における当該新株の法人税基本通達４－１－４本文前段
に定める価額（(1)）
(イ)旧株は上場有価証券等であるが，新株は上場有価証券等で
ない場合新株の払込期日における旧株の法人税基本通達４－
１－４本文前段に定める価額を基準として当該新株につき合理
的に計算される価額（(2)）
(ウ)(ア)及び(イ)以外の場合その新株又は出資の払込期日に
おいて当該新株につき法人税基本通達４－１－５及び４－１－
６に準じて合理的に計算される当該払込期日の価額（(3)）
エ上場有価証券等以外の株式について法人税法２５条３項の規定
を適用する場合において，再生計画認可の決定があった時の当該
株式の価額は，次の区分に応じ，次による（４－１－５）。
(ア)売買実例のあるもの当該再生計画認可の決定があった日
前６月間において売買の行われたもののうち適正と認められる
ものの価額（(1)）
(イ)公開途上にある株式で，当該株式の上場に際して株式の公
募又は売出し（以下法人税基本通達４－１－５において「公募
等」という。）が行われるもの（(ア)に該当するものを除く。）
金融商品取引所の内規によって行われる入札により決定され
る入札後の公募等の価格等を参酌して通常取引されると認めら
れる価額（(2)）
(ウ)売買実例のないものでその株式を発行する法人と事業の種
類，規模，収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があ
るもの（(イ)に該当するものを除く。）当該価額に比準して
推定した価額（(3)）
(エ)(ア)から(ウ)までに該当しないもの当該再生計画認可の
決定があった日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行
法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を
参酌して通常取引されると認められる価額（(4)）
オ法人が，上場有価証券等以外の株式（法人税基本通達４－１－
５の(1)及び(2)に該当するものを除く。）について法人税法２５
条３項の規定を適用する場合において，再生計画認可の決定があ
った時における当該株式の価額につき昭和３９年４月２５日付け
直資５６，直審（資）１７「財産評価基本通達」（以下「財産評
価通達」という。）の１７８から１８９－７までの例によって算
定した価額によっているときは，課税上弊害がない限り，次によ
ることを条件としてこれを認める（４－１－６）。（以下略）
２前提事実（争いのない事実，顕著な事実及び掲記の証拠により容易
に認められる事実）
(1)当事者等
ア原告は，鉄鋼，鉄鋼原料，非鉄金属，機械，溶接材料等の国内
取引及び輸出入業等を目的とする内国法人である。
イＡは，タイにおいて，原告を中核とするＢグループの製品の販
売や資材の供給等の輸出入や国内販売等を行うため，タイ国民商
法典に基づき，昭和６３年５月２４日，１株当たりの発行価額１
０００タイバーツ（以下「バーツ」という。），株式数２５００
株の非公開会社として設立された法人である。
(2)Ａ設立後の増資の概要
ア平成４年の増資
(ア)Ａは，平成４年８月，増資を行い（以下「平成４年増資」
という。），既存株主に対して，株式１万株を１株当たり額面
価額１０００バーツで発行することを決定した。
(イ)原告は，平成４年８月，Ａの上記株式２９００株を引き受
け，Ａに対して，当該株式の払込価額として，１株当たり１０
００バーツとして合計２９０万バーツを支払った。
(ウ)この増資によりＡの発行済総株式数は１万２５００株とな
った。
イ平成１９年の増資
(ア)タイ国民商法典によれば，株式会社の増資は特別決議事項
とされ（１２２０条），特別決議を要する場合は，一定期間内
に株主総会を連続２回開催して各総会で決議をすることが必要
であるところ（１１９４条），平成１９年２月１９日及び同年
３月１６日に開催されたＡの臨時株主総会において，普通株式
２８万７５００株（本件株式）を１株当たり額面価額１０００
バーツで発行することとされ，本件株式の当初の払込価額は１
株当たり額面の２５パーセントである２５０バーツとすること
が決定された。なお，タイ国民商法典では，「金銭により支払
われるべき株式について株式募集書に従い規定された額の１０
０分の２５を下回らない範囲で払い込ませるものとする。」（１
１１０条２項）と規定されている。（甲３，乙６）
(イ)Ａは，同社の各株主が保有する株式数に応じて本件株式２
８万７５００株の引受けの募集を行ったところ，原告以外の株
主に割り当てられた新株は，引受けがなかった（甲３，１１～
１４）。
(ウ)原告は，平成１９年３月２７日，本件株式２８万７５００
株を全て引き受け，Ａに対して，払込価額として上記２５パー
セント分に相当する７１８７万５０００バーツを支払い，Ａの
普通株式２８万７５００株を取得した（以下「本件増資」とい
う。）。なお，原告は，本件株式について，上記支払額以上の
払込みをしていない。
(エ)この増資により，Ａの発行済総株式数は３０万株となった。
(3)Ａの株主の変遷
アＡの株主の変遷は，別紙２記載のとおりであり，原告は，Ａ設
立時から平成４年増資までの間は，Ａの発行済株式２５００株の
うち，７２５株（全株式の２９パーセント）を自己名義で保有し，
原告の従業員２名の名義（別紙２の②「Ｃ」及び③「Ｄ」名義）
で保有していた株式を併せると，１２２５株（全株式の４９パー
セント）を保有していた。
イ原告は，平成４年増資から本件増資までの間は，Ａの発行済株
式１万２５００株のうち，３６２５株（全株式の２９パーセント）
を自己名義で保有し，原告の従業員の名義（別紙２の③「Ｄ」，
⑨「Ｅ」，⑩「Ｆ」，⑭「Ｇ」名義）で保有していた株式を併せ
ると，６１２５株（全株式の４９パーセント）を保有していた。
ウ原告は，本件増資の結果，Ａの発行済株式３０万株のうち，２
９万１１２５株（全株式の９７．０パーセント）を保有すること
となった（原告の従業員の名義（別紙２の⑩「Ｆ」，⑭「Ｇ」名
義）で保有していた株式を併せると，２９万３６２５株（全株式
の約９７．９パーセント）を保有することとなった。）。
エなお，タイでは，外国人事業法等により，タイ人及びタイ法人
以外の企業が発行済株式数の５０パーセント以上を保有している
企業は，参入できる業種が制限されていたが，平成１１年に同法
が改正され，平成１２年から，タイ人及びタイ法人以外の企業が
発行済株式数の５０パーセント以上を保有している企業であって
も，資本金を一定額以上とすれば，参入できる業種が制限されな
いこととなったものである。
(4)本件処分に至る経緯
本件更正処分等の経緯等は，別表１のとおりであり，その具体的
な経緯は以下のとおりである。
ア原告は，平成１９年６月２８日，平成１９年３月期の法人税に
ついて，本件株式２８万７５００株の取得価格を上記(2)イ(ウ)
の払込価額７１８７万５０００バーツとし，所得金額５６億２４
４１万９４３３円，納付すべき税額１６億０２２５万００００円
として青色申告により確定申告した。
イ西税務署長（平成２１年９月２４日に原告が本店所在地を移転
する前の所轄税務署長）は，平成２１年６月２９日付けで，原告
に対し，平成１９年３月期の法人税について，所得金額５６億２
３１０万４３３３円，納付すべき税額１６億０１８４万２３００
円とする減額更正処分（以下「本件減額更正処分」という。）を
行った。
ウ東税務署長は，平成２４年５月３０日付けで，原告に対し，平
成１９年３月期の法人税について，本件株式は有利発行有価証券
に該当し，本件株式の所得価額はその取得のために通常要する価
額となるから，当該価額と払込価額との差額は本件受贈益として
益金の額に算入すべきであるなどとして，所得金額７０億２７５
０万７７５８円，納付すべき税額２０億２３１６万７７００円と
する本件増額更正処分及び過少申告加算税４２０９万１０００円
の本件賦課決定処分を行った。
エ原告は，平成２４年７月２７日，国税通則法７５条４項１号に
基づき，本件増額更正処分等の一部を不服として，国税不服審判
所長に対して審査請求をしたが，国税不服審判所長は，平成２５
年７月２２日付けで，原告の上記審査請求を棄却する旨の裁決を
した。
オ原告は，平成２５年１２月２５日，本件増額更正処分等の一部
取消しを求めて，本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
３税額等に関する当事者の主張
被告が本件訴訟において主張する本件増額更正処分等の根拠及び計
算は別紙３課税の根拠及び計算記載のとおりであるところ，原告は，
後記４の争点に関する部分を除き，その計算の基礎となる金額及び計
算方法を明らかに争わない。
４争点
本件株式は有利発行有価証券に該当するか否か。
５争点に関する当事者の主張の要旨
（被告の主張の要旨）
(1)法人税法上，株式引受けの場面に限定して株式の時価の算定につ
いて定めた規定は存在しないが，有価証券の譲渡損益を計算する場
合の時価の算定方法に関する６１条の２が存在することから，当該
規定によって株式引受けに係る株式の時価を計算するのが合理的で
ある。法人税法６１条の２は，内国法人が有価証券の譲渡をした場
合に，その譲渡に係る譲渡利益額又は譲渡損失額について，当該事
業年度の所得の金額の計算上，益金の額又は損金の額に算入するこ
とを定めるところ，同条２３項は，有価証券の１単位当たりの帳簿
価額の算出の基礎となる取得価額の算出方法等について必要な事項
は政令で定める旨規定し，これを受けた法人税法施行令１１９条が
有価証券の取得価額の算定方法を定めている。そして，法人税法施
行令１１９条１項４号は，有価証券と引換えに払込みをした金銭の
額の合計額が，その取得の時におけるその有価証券の取得のために
通常要する価額に比して有利な金額である場合（以下「有利発行」
という。）における当該払込みにより取得をした有価証券（有利発
行有価証券。ただし，「他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと
認められる場合」等は除かれる（同号参照）。）は，その取得の時
におけるその有価証券の取得のために通常要する価額をもって取得
価額とするとしている。
すなわち，法人税法は，有利発行有価証券における取得のために
通常要する価額（時価）と払込価額との差額については，原則とし
て，当該有価証券の譲渡時に課税するのではなく，その取得時に課
税することとする一方で，有利発行有価証券と認められない有価証
券については，譲渡時に課税することとする規定も置いている。そ
して，法人税基本通達２－３－７は，「通常要する価額に比して有
利な金額」とは，「当該株式の払込み又は給付の金額を決定する日
の現況における当該発行法人の株式の価額に比して社会通念上相当
と認められる価額を下回る価額をいう」ものとし，具体的には，当
該株式の発行価額を決定する日の現況における当該株式の価額と発
行価額との差額が当該株式の価額のおおむね１０パーセント相当額
以上であるか否かによって判定することとしている。
(2)有価証券と引換えに払込みをした金銭の額の合計額が，払い込む
べき金銭の額を定める時における当該有価証券の取得のために通常
要する価額に比して有利な金額であっても，他の株主等に損害を及
ぼすおそれがないと認められる場合，すなわち，株主等である法人
が有する株式の内容及び数に応じて株式又は新株予約権が平等に与
えられ，かつ，その株主等とその内容の異なる株式を有する株主等
との間において経済的な公平が維持される場合（法人税基本通達２
－３－８）には，時価と払込価額の差額による利益と既保有株式の
希薄化による損失（持分の経済的価値の減少）が等しいと考えられ
ることから，当該差額に関して有価証券の取得時に課税されること
はない（法人税法施行令１１９条１項４号）。
(3)上記(1)でみた有利発行有価証券の取得の時におけるその有価証
券の取得のために通常要する価額については，法人税基本通達２－
３－９がその算定方法を定めており，算定対象の有価証券を，①新
株が上場有価証券等の場合，②旧株は上場有価証券等であるが，新
株は上場有価証券等でない場合，③①及び②以外の場合に区別して，
それぞれに応じて算定方法が定められている。そして，③の場合に
ついては，その新株又は出資の払込期日において当該新株につき法
人税基本通達４－１－５及び４－１－６に準じて合理的に計算され
る当該払込期日の価額を有価証券の取得の時におけるその有価証券
の取得のために通常要する価額とすることとしている。
このうち，法人税基本通達４－１－５は，上場有価証券等以外の
株式について法人税法２５条３項の規定を適用する場合において，
売買実例や類似法人がある場合には，それらを参考に価額を算定す
べきであるなどとするものの，売買実例もなく，類似法人も存在し
ない場合には，「当該再生計画認可の決定があった日又は同日に最
も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における
１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる
価額」とすることとしている（法人税基本通達４－１－５(4)）。ま
た，法人税基本通達４－１－６は，法人税基本通達４－１－５の原
則的算定方法の特例として，国税庁長官の発出した昭和３９年４月
２５日付け直資５６，直審（資）１７「財産評価基本通達」（以下
「財産評価通達」という。）の定める方法を用いて価額を算定する
方法を認めるものである。
以上によれば，株式引受けに係る株式の時価の算定は，有価証券
の譲渡損益の計算に関する法人税法６１条の２の定めるところに準
じて算定するのが合理的であり，具体的には，法人税基本通達２－
３－９，４－１－５及び４－１－６によって算定するのが合理的で
ある。
(4)ア本件株式については，平成１９年３月１６日に開催されたＡの
臨時株主総会において，普通株式２８万７５００株を１株当たり
１０００バーツで発行することとされ，本件株式に係る当初の払
込価額は１株当たり額面の２５パーセントである２５０バーツと
することとされた。原告は，平成１９年３月２７日，Ａに払込価
額７１８７万５０００バーツを支払い，Ａの普通株式２８万７５
００株を取得した。
タイ国民商法典では，「金銭により支払われるべき株式につい
て株式募集書に従い規定された額の１００分の２５を下回らない
範囲で払い込ませるものとする。」（１１１０条２項）と規定さ
れている。そして，「総会において別段の定めがないとき，取締
役は株主に対し，未払込部分の株式の金額の全てについて，いつ
でも催告をすることができる。」（同１１２０条）と規定されて
いるが，Ａから催告があるまで原告は残りの７５パーセント分を
支払う必要はなく，現に本件増額更正処分時において残りの７５
パーセント分は払い込まれていない。
なお，Ａは非公開会社として設立された法人であり，Ａの株式
は，株式市場に上場されておらず，売買された実例も認められな
い。また，Ａは，タイにおいて設立された法人であり，我が国に
おいて事業の種類，規模，収益の状況等が類似する法人は認めら
れない。
イ本件株式については，上場されておらず，売買された実例も認
められない上に，Ａについては類似法人も認められないのである
から，本件株式の取得に通常要する価額は法人税基本通達４－１
－５(4)を準用して算定すべきことになる。すなわち，本件株式の
払込み又は給付の金額を決定する日（発行価額決定日）に最も近
接した時期に作成された財務諸表の数値を用いて算定することに
なる。
平成２４年３月２６日付け「弊社現地法人の資産に関する確認
書」と題する書面によれば，Ａの財務諸表に記載される資産及び
負債においては，簿価と時価に著しい開差は認められないことか
ら，Ａの財務諸表に記載された簿価をもって１株当たりの純資産
額を算定すれば，これをもって本件株式の取得に通常要する価額
（時価）とみて差し支えないものと考えられる。
タイ国民商法典１２２０条が「株式会社は株主総会の特別決議
によって新株式発行による増資を行うことができる。」と規定し
ているところ，本件株式の発行がＡの臨時株主総会で決定されて
いることからすれば，本件株式の払込み又は給付の金額を決定す
る日（発行価額決定日）は，その開催日である平成１９年３月１
６日となる。
そうすると，本件株式の払込み又は給付の金額を決定する日（発
行価額決定日）の現況における当該発行法人の株式の価額につい
ては，Ａの財務諸表のうち，本件株式の発行を決定した平成１９
年３月１６日の前で最も近接した時期に作成されたものと認めら
れるＡの平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年
度（以下「平成１８年１２月期」という。）の財務諸表を基にし
て，Ａ株式の１株当たりの純資産価額の算定を行うのが相当であ
る。すなわち，Ａ株式の１株当たりの純資産価額は，Ａの純資産
価額４億０５７７万３４５８バーツを発行済株式総数１万２５０
０株で割ると，３万２４６１バーツと算定され，これが本件株式
の払込みの金額を決定した日の現況におけるＡの株式の１株当た
りの価額と認められる。
ウ本件株式の払込みの金額を決定した日の現況におけるＡの株式
の価額１株当たり３万２４６１バーツと，払込価額２５０バーツ
との差額３万２２１１バーツは，１株当たりの純資産価額３万２
４６１バーツの９９．２３パーセントとなり，１０パーセント相
当額以上である。したがって，本件株式は，その有価証券の取得
のために通常要する価額に比して有利な金額で発行されたものと
認められる。
エ本件増資前の原告の持株割合は，原告の従業員名義の株式を含
めたとしても４９パーセントであったが，本件増資により発行さ
れた本件株式を原告が全て引き受けたことから，原告の保有割合
は原告の従業員名義の株式を含めて約９７．９パーセントに至っ
た。そして，本件増資により発行された株式を原告が全て引き受
ける際に，原告から他の株主に対して金銭等の経済的な利益が給
付された事実は認められない。このような事情を踏まえると，本
件株式の発行は，株主等である法人が有する株式の内容及び数に
応じて平等にされたものといえず，原告以外の株主においては，
本件株式の発行によりＡにおける株式の保有割合が低下して，そ
の資産価値は希薄化されるものであるから，原告と原告以外の株
主においては経済的な衡平が維持されるとはいえない。したがっ
て，本件株式については，他の株主等に損害を及ぼすおそれがな
いとは認められない。以上のとおり，本件株式は，払込価額が取
得のために通常要する価額に比して有利な金額と認められ，発行
について他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場
合に該当しないから，有利発行有価証券と認められる。
(5)原告の主張に対する反論
アタイ国民商法典では，会社設立の際に，創立総会で決定すれば，
優先株を発行することができ（１１０８条），また，記名株式で，
かつ，付属定款に別段の規定を置けば，譲渡制限を設けることも
できる（１１２９条）。Ａでは，付属定款（甲４）において，発
行する全ての株式が記名普通株式であると定められているととも
に（１条），全ての株式に譲渡制限が付され（４条），また，議
決権も「株式１券につき決議権１個」と規定されている（２４条）。
このようにＡにおいて発行する株式は，いずれも同じ内容のもの
とされている。原告は，原告と他の株主との間の契約や取決めを
踏まえれば，原告と原告以外の株主が有するＡ株式は，法人税基
本通達２－３－８にいう内容の異なる株式に該当する旨主張する
が，そもそも，株主間の契約や取決めは，当該株主間における債
権的な効力のみを有するものであり，会社や第三者に対して，そ
の効力を対抗できるものではないから，内容の異なる株式に当た
るか否かを判断するに当たり，考慮すべきでない。また，法人税
法施行令１１９条１項４号が「他の株主等に損害を及ぼすおそれ
がないと認められる場合」に有利発行に当たらないとした趣旨は，
時価と払込価額の差額による利益と既保有株式の希薄化による損
失が等しいといえる場合には有利発行ということはできないと考
えられるからであるところ，株主間の契約や取決めがあったとし
ても，会社との関係においては，株式の内容に異同はなく，新株
発行等によって議決権に代表される支配率の低下や利益配当請求
権の希薄化が認められるのであるから，権利の内容に差異がある
か否かを判断するに当たっては，当該株主間の契約や取決めを考
慮する必要はないというべきである。また，株主間の契約の内容
を考慮しても，原告以外の株主が議決権を行使できないことを定
めた明示的な規定は存在しないし，利益配当請求権それ自体が放
棄されているものではなく，原告と原告以外の株主においてＡ株
式の譲渡の難易に差があったとしても，それは原告のＡに対する
支配関係を前提にしたものであって，事実上のものにすぎないか
ら，原告が有する株式と原告以外の株主が有する株式とでその内
容に差異はない。なお，原告が平成２０年４月１４日に原告以外
の株主からＡ株式を取得した際には，平成１９年１２月末現在の
Ａの財務諸表の純資産価額を用いてＡ株式の１株当たりの時価を
算定し，Ａ株式を購入しており，株主間の契約は必ずしも約定ど
おりに履行されていない。
イ他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場合に有
利発行有価証券として扱わないのは，時価と払込価額の差額によ
る利益と既保有株式の希薄化による損失が等しいと考えられると
ころにあるから，他の株主が新株引受けを希望しなかったために
一部の株主にのみ新株が発行されたような場合であっても，結果
として持分割合が変化し，１株当たりの経済的価値も下がること
により，新株を引き受けた株主には，既保有株式の希薄化による
損失よりも時価と払込価額の差額による利益が発生することにな
るのであるから，このような場合にも有利発行有価証券として扱
うのは当然である。
（原告の主張の要旨）
(1)ア法人税法施行令１１９条１項４号は，有利発行有価証券の取得
価額は，その取得の時におけるその有価証券の取得のために通常
要する価額をその取得価額とする旨規定しているが，当該法人の
他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場合には，
その適用を除外する旨規定している。すなわち，ある種類の株式
の株主全員に対してその株式の保有株数に比例して新たな同内容
の種類株式が発行されるような場合であって，かつ，それによっ
て，他の内容の異なる株式の株主との衡平を害しないのであれば，
同号の定める有利な金額による有価証券の取得には当たらない
（法人税基本通達２－３－８）。そして，同号及び法人税基本通
達２－３－８が，他の株主等に損害を及ぼすおそれがあるか否か
について，複数の異なる株主グループ間の利害関係に影響を与え
るか否かを判断基準にしていることに照らせば，当該株式に関す
る株主の権利の内容や権利行使の可否・条件等に差異がある場合
には，法形式にとらわれることなく，内容の異なる株式として取
り扱う必要がある。また，法人税は，経済的実質を重視する税で
あるから，他の「内容の異なる」株式との衡平を考慮するに際し
ては，経済的な衡平を重視すべきであり，決議内容に影響を与え
ることができないような少数株主の議決権は原告として勘案すべ
きではない。
イこれを本件についてみると，原告が本件増資前に有していたＡ
の株式は，付属定款（甲４）の４条において譲渡制限が付されて
いることを除けば，その権利内容等に関して特記すべき取扱いは
設けられていなかった。他方，原告以外の株主が本件増資前に有
していたＡの株式は，付属定款（甲４）の４条において譲渡制限
が付されており，タイの場合には我が国の会社法１４０条以下に
相当する規定がないため，取締役会の譲渡承認が得られない限り，
株式を第三者に譲渡することは絶対的に禁止されていた。取締役
会は，実質的な親会社である原告の意向に従うので，同様に譲渡
制限が付されていても，原告は，保有していた株式を譲渡するの
は自由であるのに対して，原告以外の株主は，原告の認める範囲
内でしか保有していた株式を譲渡することは不可能であった。
また，原告以外の株主は，原告との間で契約を締結し，Ａが清
算手続等に入った場合など一定の場合には，原告によりその保有
するＡの株式を取得価額で買い取ることが保証されていた。これ
により，原告以外の株主は，Ａの財務状況の悪化のリスクを負担
しない仕組みとなっており，将来，その保有する株式を額面金額
で処分することが予定されていた。
さらに，原告以外の株主は，配当受領権について，株主間契約
により，Ａの業績に関係なく，保有株式の取得金額に対して一定
の支払を受けるという経済的な実質が確保され，その代わりに，
その他の利益配当等の一切の受領権を放棄することとされていた。
以上のとおり，原告が有する株式と原告以外の株主が有する株
式とでは，譲渡制限，取得価額による買取保証及び配当受領権に
おいて内容を異にしており，両者は，内容の異なる株式に該当す
る。なお，原告が有する株式と原告以外の株主が有する株式との
内容の異なる理由がタイ国民商法典上の種類株式ではなく株主間
契約によるのは，タイ国事業規制法やタイ国民商法典の種類株式
規定が乏しいため，これらの法が予定する種類株式の発行によっ
ては求める種類株式の実態を実現することができないという事情
があったためである。
ウ原告以外の株主は，保有するＡの株式を額面金額を超える価額
で第三者に譲渡することはできず，配当受領権もＡの業績にかか
わらず一定の金額を受け取るという取決めになっていたのである
から，本件増資により，何ら損害が生じるおそれがない。すなわ
ち，本件増資の払込金額の増減にかかわらず，原告以外の株主が
Ａから毎年受け取る金額には変動がなく，また，将来株式を譲渡
する際，譲渡益を得る見込みが最初からないのであるから，その
期待権が損なわれることもない。そして，利益配当請求権は，放
棄されていたのであるから，その希薄化が具体的な経済的損失と
して現れることもない。さらに，本件においては，実質的にＡを
支配していた原告の意向に反して原告以外の株主が株式を譲渡す
ることは不可能であったから，原告の意向に反して第三者が存在
するという事態は起こりえない。
以上によれば，原告以外の株主が本件増資によって損害が生ず
ることはないのであるから，原告以外の株主から原告に移転する
「経済的利益」は存在しない。したがって，原告には受贈益が存
在せず，本件株式は，有利発行有価証券に該当しない。
(2)仮に原告が有する株式と原告以外の株主が有する株式とで内容
を異にせず，同種の株式であったとしても，本件増資は，「他の株
主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場合」に該当する。
すなわち，法人税基本通達２－３－８は，「他の株主等に損害を及
ぼすおそれがないと認められる場合」とは，株主等である法人が有
する株式の内容及び数に応じて株式又は新株予約権が平等に与えら
れ，かつ，その株主等とその内容の異なる株式を有する株主等との
間においても経済的な衡平が維持される場合をいうとしているとこ
ろ，ここに「株主等である法人が有する株式の内容及び数に応じて
株式又は新株予約権が平等に与えられ」というのは，株主が，保有
する株式数に応じて新株又は新株予約権を引き受ける権利を平等に
割り当てられ，それを行使して新株又は新株予約権を取得した場合
を指し，新株発行の場合に，他の株主が実際に割り当てられた権利
を行使して株式を取得することまでを要求するものではない。本件
において，本件増資の過程で，原告のみならず全株主に対してその
保有していたＡ株式の数に応じて，同種の新株を額面金額で引き受
ける権利が付与されたが，原告以外の株主は，その新株の引受けを
拒絶した結果，原告のみが新株を引き受けるという結果になったも
のである。
したがって，本件増資は，「株主等である法人が有する株式の内
容及び数に応じて株式又は新株予約権が平等に与えられ」た場合に
該当するから，原告の本件株式の引受けは，「他の株主等に損害を
及ぼすおそれがないと認められる場合」に該当し，本件株式は，有
利発行有価証券に該当しない。
(3)法人税法施行令１１９条１項４号は，有価証券と引換えに払込み
をした金銭の額及び給付をした金銭以外の資産の価額の合計額が
「その取得の時におけるその有価証券の取得のために通常要する価
額」（以下「判定の時価」という。）に比して有利な金額である場
合における当該払込み又は当該給付により取得をした有価証券の取
得価額は，「その取得の時におけるその有価証券の取得のために通
常要する価額」（以下「計算の時価」という。）とする旨規定して
いるところ，判定の時価は，新株発行が有利発行に当たるか否かの
判定のために用いられるものであるのに対して，計算の時価は，有
利発行に当たることが確定した後，課税するべき取得金額を算定す
るために用いられるものである。判定の時価の解釈に関しては，法
人税基本通達２－３－７が，当該株式の払込み又は給付の金額を決
定する日の現況における当該発行法人の株式の価額に比して社会通
念上相当と認められる価額を下回る価額をいうものとする旨規定し
ているが，その算定方法は何ら示していない。これに対して，計算
の時価に関しては，法人税基本通達２－３－９が具体的な算定方法
を示している。このように同一の文言の２つの時価が異なる機能を
果たしているのは，有利発行であるか否かの判定は，その取引の当
事者間の諸事情を踏まえて判断すべきであるのに対して，その判定
の結果が有利発行であるとなった場合には，財産評価通達に定めら
れている方法等に基づいて疑義のない金額を取得価額と受贈益の額
を算出するという趣旨に基づくものである。このように「判定の時
価」と「計算の時価」は役割が異なるのであるから，「計算の時価」
の算定方法について規定した法人税基本通達２－３－９に従って算
定された金額について，「判定の時価」について規定した法人税基
本通達２－３－７の１０パーセント基準を当てはめるのは妥当でな
い。
(4)法人税法施行令１１９条１項４号にいう「その取得の時における
その有価証券の取得のために通常要する価額」には，「判定の時価」
と「計算の時価」の２つがあり，「判定の時価」は，その取引の当
事者間の諸事情を踏まえて判断すべきであるところ，被告は，本件
増資の際の諸事情，株主間の関係等の事情について何ら主張立証を
していないから，本件増資が有利発行に当たることの立証ができて
いない。
第３当裁判所の判断
１本件増額更正処分に至る認定判断過程と原告の主張
(1)法人税法２２条２項は，内国法人の無償による資産の譲受けに係
る収益の額を，当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事
業年度の益金の額に算入すべき金額とする旨定めているが，新株の
発行を適正な価額より低い価額で引き受けた場合においても，その
取得価額と適正な価額との差額については，無償による資産の譲受
けに係るものとして収益の額を構成するものといえる。本件では，
本件株式の有利発行により原告に上記収益の額があったとして，本
件増額更正処分がされたものである。
(2)ア処分行政庁は，上記収益の額を判断する際に必要となる，本件
株式の取得のために通常要する価額につき，以下のような方法と
認定事実に基づき，これを算定している。
イ処分行政庁は，法人が株式を引き受けた場合の収益の額を算定
するに際して株式の価額の算定方法について定めた規定は存在し
ないが，有価証券の譲渡損益の算定方法について定めた法人税法
６１条の２が存在することから，同規定によって株式引受けに係
る株式の時価を算定するのが合理的であるとした上，同条２３項
が，有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の基礎となる取得
価額の算出方法等について必要な事項は政令で定める旨規定し，
これを受けた法人税法施行令１１９条１項４号が，有利発行有価
証券は，その所得の時におけるその有価証券の取得のために通常
要する価額をもって取得価額とするとしていることを踏まえ，本
件株式の取得のために通常要する価額を算定することとした。
上記算定の方法については，法人税基本通達２－３－９（通常
要する価額に比して有利な金額で新株等が発行された場合におけ
る有価証券の価額）が，算定対象の有価証券を，①新株が上場有
価証券等の場合，②旧株は上場有価証券等であるが，新株は上場
有価証券等でない場合，③①及び②以外の場合に区別して，それ
ぞれに応じて算定方法を定めており，③の場合については，その
新株又は出資の払込期日において当該新株につき法人税基本通達
４－１－５（上場有価証券等以外の株式の価額）及び４－１－６
（上場有価証券等以外の株式の価額の特例）に準じて合理的に計
算される当該払込期日の価額を有価証券の取得の時におけるその
有価証券の取得のために通常要する価額とすることとしている。
このうち，法人税基本通達４－１－５は，直接的には，上場有
価証券等以外の株式について資産評定による評価益の益金算入に
係る法人税法２５条３項の規定を適用する場合における，民事再
生法の規定による再生計画認可の決定があった時の当該株式の価
額の原則的な算定方法について規定したものであるところ，売買
実例や類似法人がある場合には，それらを参考に価額を算定すべ
きであるものの，売買実例もなく，類似法人も存在しない場合に
は，当該再生計画認可の決定があった日又は同日に最も近い日に
おけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当た
りの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額と
する（４－１－５(4)）。また，法人税基本通達４－１－６は，一
定の条件の下に，財産評価通達の定める方法を用いて価額を算定
する方法を認めるものである。
処分行政庁は，本件株式が，上場されておらず，売買された実
例も認められない上，Ａは，タイにおいて設立された法人であり，
我が国において事業の種類，規模，収益の状況等が類似する法人
も存在しないから，本件株式の取得の時におけるその取得のため
に通常要する価額の算定方法については，上記法人税基本通達４
－１－５(4)を準用し，本件株式の発行価額決定日に最も近接した
時期に作成された財務諸表の数値を用いるのが合理的であるとし
た。
そして，処分行政庁は，本件株式の発行価額決定日は，本件株
式の発行が決定されたＡの臨時株主総会の開催日である平成１９
年３月１６日であるから，Ａの財務諸表のうち，本件株式の発行
を決定した同日の前で最も近接した時期に作成されたものと認め
られるＡの平成１８年１２月期の財務諸表を基にして，Ａ株式の
１株当たりの純資産価額の算定を行うのが相当であるとした上，
平成１８年１２月期の財務諸表（乙７）上，Ａ株式の１株当たり
の純資産価額は，Ａの純資産価額４億０５７７万３４５８バーツ
を本件株式の発行価額決定日時点における発行済株式総数１万２
５００株で割った３万２４６１バーツと算定されるから，これが
発行価額決定日時点の現況におけるＡの株式の１株当たりの価額
と認めたものである。
ウ以上の認定判断の前提となる法令の適用に誤りがあるとはいえ
ず，また，算定に用いた通達の内容は合理的なものであり，算定
の前提となる事実関係の認定についても，前記「前提事実」に照
らして誤りがあるとはいえない。したがって，処分行政庁による，
本件株式の取得のために通常要する価額の算定に瑕疵があるとは
いえない。
(3)ア処分行政庁が，上記算定を踏まえつつ本件株式を有利発行有
価証券に該当するとした根拠と，これに対する原告の主張は，次
のとおりである。
イ有利発行有価証券該当性について，法人税基本通達２－３－７
は，当該新株の発行価額を決定する日の現況における当該発行法
人の株式の価額に比して社会通念上相当と認められる価額を下回
る価額で発行されているか否かで判定するものとし，社会通念上
相当と認められる価額を下回るかどうかの判定は，当該株式の価
額と発行価額との差額が当該株式の価額のおおむね１０パーセン
ト相当額以上であるか否かによって判定する旨定めている。
ところで，本件では，Ａの臨時株主総会において，普通株式２
８万７５００株（本件株式）を１株当たり額面価額１０００バー
ツで発行することとされ，本件株式の当初の払込価額は１株当た
り額面の２５パーセントである２５０バーツとすることが決定さ
れ，原告は，平成１９年３月２７日，Ａに払込価額７１８７万５
０００バーツ（１株当たり２５０バーツ）を支払い，Ａの普通株
式２８万７５００株を取得している。
処分行政庁は，上記(2)イのとおり算出した本件株式の取得に通
常要する価額である３万２４６１バーツと，本件株式１株当たり
の払込価額である２５０バーツとを比較し，その差額が本件株式
の価額の１０パーセント相当額以上であり，本件株式を有利発行
有価証券に該当するとして，本件増額更正処分をしたものである。
ウ処分行政庁が本件株式を有利発行有価証券に該当するとした
ことにつき，原告は，処分行政庁が上記のように本件株式の取得
に通常要する価額と本件株式の払込価額を比較して本件株式を有
利発行有価証券に該当するとしたことを誤りであると主張する
（前記「原告の主張の要旨」(3)）。
また，法人税法施行令１１９条１項４号が，有価証券と引換え
に払込みをした金銭の額の合計額が，払い込むべき金銭の額を定
める時における当該有価証券の取得のために通常要する価額に比
して有利な金額であっても，他の株主等に損害を及ぼすおそれが
ないと認められる場合には，有利発行有価証券としない旨定め，
法人税基本通達２－３－８が，「他の株主等に損害を及ぼすおそ
れがないと認められる場合」とは，株主等である法人が有する株
式の内容及び数に応じて株式又は新株予約権が平等に与えられ，
かつ，その株主等とその内容の異なる株式を有する株主等との間
においても経済的な公平が維持される場合をいう旨定めていると
ころ，原告は，これらの定めによれば，本件の事情の下では，本
件株式が有利発行有価証券に該当するとはいえないとも主張する
（前記「原告の主張の要旨」(1)(2)）。
エそこで，以下では，①本件株式の取得に通常要する価額として
算定された価額と本件株式の払込価額を比較して本件株式を有利
発行有価証券に該当するとしたことの適否，②法人税法施行令１
１９条１項４号及び法人税基本通達２－３－８の定めに照らして
本件株式を有利発行有価証券でないとすべき事情の有無について，
順次検討する。
２本件株式の取得に通常要する価額として算定された価額と本件株
式の払込価額を比較して本件株式を有利発行有価証券に該当するとし
たことの適否
原告は，新株発行が有利発行に当たるかどうかを判定するために用
いられる「判定の時価」と，有利発行と認められる場合における受贈
益の額を算出するために用いられる「計算の時価」は，役割が異なる
から，「計算の時価」の算定方法について規定した法人税基本通達２
－３－９に従って算定された金額について，「判定の時価」について
規定した法人税基本通達２－３－７の１０パーセント基準を当てはめ
るのは妥当でなく，「判定の時価」は，その取引の当事者間の諸事情
を踏まえて判断すべきである旨主張するので，以下検討する。
法人税基本通達２－３－７は，その本文において，法人税法施行令
１１９条１項４号に規定する「払い込むべき金銭の額又は給付すべき
金銭以外の資産の価額を定める時における有価証券の取得のために通
常要する価額に比して有利な金額」とは払込金額等を決定する日の現
況における当該発行法人の株式の価額に比して社会通念上相当と認め
られる価額を下回る価額をいうものとし，その注２において，払込金
額等を決定する日の現況における当該株式の価額とは，決定日の価額
のみをいうのではなく，決定日前１か月間の平均株価等，払込金額等
を決定するための基礎として相当と認められる価額をいうとしている。
これは，上場株式の場合，平均株価のほか，最近における株価の変動
が著しく異常な要素が入っている場合には，その異常性を排除した通
常安定株価を算定してこれを基礎とした上で，払込金額等を決定する
日の現況における当該株式の価額を算定し，これを有利発行の判断の
基礎とすることを認める趣旨と解されるところであり，その定めは合
理的なものといえる。この点，本件株式については，先にも見たとお
り，その発行価額決定日に最も近接した時期に作成された財務諸表の
数値を用いて算出された１株当たりの純資産価額により，払込金額等
を決定する日の現況における当該株式の価額を算定したといえるので
あるが，本件株式が，上場されておらず，売買実例もないことに照ら
すと，上記注２が挙げるような諸事情を勘案する必要性があるとはい
えず，上記算定の手法は合理的なものというべきである。
また，法人税基本通達２－３－７は，その注１において，社会通念
上相当と認められる価額を下回るかどうかは，当該株式の価額と払込
金額等の差額が当該株式の価額のおおむね１０パーセント相当額以上
であるかどうかにより判定するとしているが，これは，株式の証券取
引所への新規上場の場合における払込金額等をも考慮したものと解さ
れるところであり，その定めは合理的なものといえる。本件株式につ
いても，上記のとおり算出された株式の価額と払込金額との差額が同
価額の１０パーセント相当額以上（計算によれば９９パーセント超）
であることから，処分行政庁においては，有利発行有価証券に該当す
ると判断したのであり，その判断過程は合理的なものといえる。
以上検討したところによれば，処分行政庁が，本件株式を有利発行
有価証券に該当すると判断したことについて瑕疵はないというべきで
ある。なお，原告は，法人税基本通達２－３－７と２－３－９の書き
ぶりに違いがあり，前者は「判定の時価」についての具体的な算定方
法を示していないから，取引の当事者間の諸事情を踏まえて有利発行
有価証券該当性を判断すべきである旨主張するが，前者の定めの趣旨
は既にみたとおりであって，その定めが当事者間の諸事情を参酌すべ
きであるとの趣旨に出たものということはできず，原告の上記主張は
採用できない。
３法人税法施行令１１９条１項４号及び法人税基本通達２－３－８
の定めに照らして本件株式を有利発行有価証券でないとすべき事情の
有無
(1)法人税法施行令１１９条１項４号は，有価証券と引換えに払込み
をした金銭の額の合計額が，払い込むべき金銭の額を定める時にお
ける当該有価証券の取得のために通常要する価額に比して有利な金
額であっても，他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められ
る場合には，有利発行有価証券としない旨定め，法人税基本通達２
－３－８は，「他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められ
る場合」とは，株主等である法人が有する株式の内容及び数に応じ
て株式又は新株予約権が平等に与えられ，かつ，その株主等とその
内容の異なる株式を有する株主等との間においても経済的な衡平が
維持される場合をいう旨定めている。
この点，原告は，原告以外の株主が有する株式は，株主間契約に
よって，原告が有する株式との関係で，上記通達にいう内容の異な
る株式となっており，同契約が適用される結果，本件増資は原告以
外の株主に損害を及ぼすおそれがないから，本件株式は有利発行有
価証券に該当しない旨主張するので，以下，検討する。
アまず，法人税法施行令１１９条１項４号が定められるに至る経
緯についてみると，平成１８年政令第１２５号による改正前にお
いては，法人税法施行令１１９条１項３号が，「有利な発行価額
で新株その他これに準ずるものが発行された場合における当該発
行に係る払込みにより取得をした有価証券（株主等として取得を
したものを除く。）」につき，その有価証券の当該払込みに係る
期日における価額をもって取得価額とする旨定めていたものであ
る。同号が，「株主等として取得をしたもの」を有利発行有価証
券から除く旨定めたのは，それが株主等として取得をしたもので
あって，他の株主に対しても株式が平等に与えられている場合に
は，株主間の経済的な衡平が図られており，そのような場合，時
価と払込価額の差額による利益と既存保有株式の希薄化による損
失が等しいと考えられることから，有利発行有価証券に当たるも
のとはしないこととしたものと解される。その後，上記改正によ
り，有利発行に係る定めは１１９条１項４号に規定されることと
なり，上記「株主等として取得をしたものを除く」に代えて「他
の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場合」には有
利発行有価証券に当たらない旨が定められたのであるが，規定内
容がこのように変更されたのは，会社法の制定による種類株式の
多様化に伴い，従前の「株主等として取得したものを除く」の内
容を，より明確化する趣旨に出たものであって，株主間の平等に
着目した上記の考え方を変更するものではなかったと解される。
このことは，上記改正に係る解説（甲１７）の内容から明らかで
あるし，また，法人税基本通達２－３－８が上記のとおり定めて
おり，その中で株主間の経済的な衡平の維持に着目していること
などからも裏付けられるところである。
イ上記改正経緯に照らせば，上記通達にいう内容の異なる株式と
は，種類株式のことを指すものと解される。そして，タイ国民商
法典（乙６）においては，普通株式のほか優先株式も発行するこ
とができるところ（１１０８条），Ａでは，付属定款（甲４）に
おいて，発行する全ての株式が記名普通株式であると定められ（１
条），全ての株式に譲渡制限が付され（４条），議決権も「株式
１株につき決議権１個」と規定されている（２４条）。したがっ
て，Ａの発行する株式は，原告の有する株式も原告以外の株主が
有する株式もいずれも譲渡制限が付され，株式１株につき決議権
１個が与えられた記名普通株式である。そうすると，原告以外の
株主の有する株式が内容の異なる株式に当たるとはいえない。
この点，原告は，原告以外の株主が有する株式は，株主間の契
約により，Ａが清算手続等に入った場合など一定の場合には原告
が取得価額により買い取ることが保証されており，Ａの業績に関
係なく原告から一定の支払を受けるとして経済的実質が確保され，
その代わり配当受領権を放棄するとされている上，Ａの実質的な
親会社である原告の意向に反した第三者への譲渡も制限されてお
り，原告の有する株式と内容を異にするものである旨主張する。
しかしながら，原告が上記主張の根拠とするのは，株主間契約
であって，当該契約は，Ａと株主との権利義務関係を拘束するも
のではないし，まして，株式の内容自体を変えるものではない。
また，原告以外の株主が原告の意向に反した第三者へその株式を
譲渡することはできないという制限も，事実上の制約にすぎない。
原告が主張する上記差異が存在するとはいっても，それは原告が
Ａの実質的な親会社である場合に限り事実上存在するものにすぎ
ないし，さらにいえば親会社たる原告の意向いかんによって変動
し得る流動的なものといわざるを得ない。すなわち，株主間契約
とは別に，Ａが原告の意向を受けて株主間合意と実質的に異なる
内容で原告以外の株主との間で株式の買取りをしたり，利益配当
をしたりすることが不可能と認めるべき事情はなく，事実，原告
は，原告以外の株主であるＨ・カンパニー・リミテッド及びＩ株
式会社との間で，それぞれ，その保有するＡ株式を額面額で買い
取る旨約定していた（甲８，９）にもかかわらず，平成１９年１
２月末現在のＡの財務諸表の純資産価額を用いてＡ株式の１株当
たりの時価を算定し，Ｈ及びＩ株式会社から，この時価で購入し
ているのである（甲１９，乙８）。
そうすると，仮に原告が主張するように同種株式であっても事
情のいかんによれば内容の異なる株式に当たる余地があるとの見
解に立ったとしても，上記のとおり，原告が挙げる株主間契約に
よる差異は，株式の内容とは直接関係しない株主同士の個別契約
によるものであって，それにより生じる差異は事実上のものであ
り，かつ流動的なものにすぎないのであるから，これらの事情が
あることをもって，原告以外の株主の株式が原告の株式と内容の
異なる株式に当たるということはできない。
ウ付言するに，原告の主張は，原告以外の株主の利益が株主間契
約によって保護されており，本件増資によっても保護された利益
を失うことはないのであるから，原告以外の株主に損害を及ぼす
おそれがないという趣旨のものと解される。しかしながら，上記
アでみたとおり，法人税法施行令１１９条１項４号にいう「他の
株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場合」は，株主
間の経済的な衡平が維持されているか否かに着目して解釈される
べきところ，本件増資によって，原告が得る株主としての権利は
増資前に比して格段に大きなものになるという利益を得るのに対
し，原告以外の株主はかかる利益を何ら得るところがないのであ
るから，「他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる
場合」に当たらないのは明らかというべきであり，かかる観点か
らすれば，原告以外の株主の株式が内容の異なる株式に当たるか
否かについて論じるまでもなく，原告の主張は採用できないもの
といえるところである。
(2)また，原告は，仮に原告が有する株式と原告以外の株主が有する
株式が同種の株式であったとしても，本件増資に際し，原告のみな
らず全株主に対してその保有していたＡ株式の数に応じて同種の新
株を額面金額で引き受ける権利が付与されたにもかかわらず，原告
以外の株主が自らその新株の引受けを拒絶した結果，原告のみが新
株を引き受けることになったものであるから，本件増資は，法人税
基本通達２－３－８が有利発行に当たらない場合として定める「株
主等である法人が有する株式の内容及び数に応じて株式又は新株予
約権が平等に与えられ」た場合に該当する旨主張する。
しかしながら，法人税法施行令１１９条１項４号にいう「他の株
主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場合」は，株主間の
経済的な衡平が維持されているか否かに着目して解釈されるべきで
あり，本件増資によって，原告とそれ以外の株主との間で経済的な
衡平が維持されない状態になったのは，上記(1)ウで述べたとおりで
あり，かかる状態が生じたことは原告以外の株主にも新株予約権が
与えられたことによって左右されず，したがって，本件株式が有利
発行有価証券に当たるという結論も左右されないものというべきで
ある。
なお，法人税基本通達２－３－８は，「株主等である法人が有す
る株式の内容及び数に応じて株式又は新株予約権が平等に与えられ」
た場合は，有利発行有価証券に当たらない旨を定めるが，これは株
式だけでなく新株予約権も有価証券（法人税法２条２１号，金融商
品取引法２条１項９号）に当たり，その取得価額を定めるにつき法
人税法施行令１１９条１項４号の適用が問題となる場合があること
から，その場合の解釈について定めたものと解される。したがって，
上記通達にいう「新株予約権が平等に与えられ」た場合とは，有価
証券たる新株予約権の取得価額を算定するに当たって有利発行有価
証券に当たらないものとして扱う場合を定める趣旨のものであり，
それを超えて，新株予約権が平等に与えられてさえいれば，これに
基づく株式の引受けの有無が区々であったために株主間において経
済的な衡平が維持されない状況に至った場合であっても，当該株式
を有利発行有価証券としないとする趣旨のものとは解されない。発
行された株式が有利発行有価証券に当たるかどうかは，当該株式が
平等に与えられたかどうかを踏まえて判断すべきものと解するのが
相当である。
また，原告は，株主全員に新株予約権が与えられた場合でも，実
際には，一部に失権株主が生じることがあるが，かかる場合に，引
受けをした株主の株式につき有利発行有価証券とは取り扱わないの
が課税実務の運用であった旨主張する。原告が主張する運用がいか
なる事案についていかなる認定判断に基づく運用例を踏まえたもの
かは主張上も証拠上も明らかではないが，失権株主がごく僅かであ
るなど特別な事情があるといえる場合にいかに判断すべきかは格別
として，本件では，本件増資前には発行済み株式の５１パーセント
を有していた他の株主が一切新株予約権を行使せず，他方，発行済
み株式の２９パーセント（原告の従業員名義のものを加えても４９
パーセント）しか有しなかった原告において，株式の価額よりも著
しく低い引受価額によりこれを全て行使したことによって，原告が
発行済み株式の９７．０パーセント（原告の従業員名義のものを加
えると９７．７パーセント）以上を有するに至ったものであり，本
件増資により，それまでの両者間の株主としての経済的な衡平が維
持されなくなったのは明らかであるから，これが有利発行有価証券
に当たるとする上記判断は左右されないものというべきである。
４本件増額更正処分等の適法性について
以上を前提として，本件増額更正処分等についてみると，被告が本
訴において主張する別紙３課税の根拠及び計算記載の根拠はいずれも
相当であり，かつ，その根拠に基づいて算定した原告の平成１９年３
月期の法人税に係る所得金額，納付すべき税額は，同別紙の記載のと
おりであると認められ，別表１記載の本件増額更正処分等における所
得金額，納付すべき税額と一致するから，本件増額更正処分等は，適
法というべきである。
第４結論
よって，原告の請求は理由がないからこれを棄却することとして，
主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官小林宏司
裁判官桃崎剛
裁判官武見敬太郎
（別紙３）
課税の根拠及び計算
１本件増額更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張する原告の平成１９年３月期の法人税
に係る所得金額，納付すべき税額は，次のとおりである(別表２参照)。
(1)所得金額(別表２の④欄)７０億２７５０万７７５８円
上記金額は，次のアの金額にイ及びウの金額を加算した金額である。
ア減額更正処分後所得金額(同①欄)５６億２３１０万４３３３円
上記金額は，原告の平成１９年３月期の法人税に対する本件減額
更正処分による所得金額である。
イ受贈益の計上漏れ額(同②欄)１４億０４４０万３０００円
上記金額は，原告が平成１９年３月期においてＡから引き受けた
本件株式が法人税法施行令１１９条１項４号に掲げる有価証券に該
当することから，本件株式の払込期日における価額と原告の払込金
額との差額は，受贈益の計上漏れと認められ，原告の所得金額に加
算すべき金額である。
ウ受取配当等の益金不算入過大額(同③欄)４２５円
原告は，平成１９年３月期の確定申告における受取配当金の益金
不算入額の計算において，｢当期末現在額の純資産の帳簿価額｣に貸
借対照表の純資産から控除している自己株式５５０万７１０１円
を加算しているが，自己株式は法人税法２条２１号に掲げる有価証
券に該当しないことから｢総資産の帳簿価額｣に加算する必要がな
い。上記金額は，当該自己株式について｢純資産の帳簿価額｣から除
いて計算した受取配当等の益金不算入額９５６０万６１０９円と，
申告に際して益金不算入額とした金額９５６０万６５３４円との
差額４２５円であり，原告の所得金額に加算すべき金額である。
⑵所得金額に対する法人税額(同⑥欄)２１億０８２５万２１００円
上記金額は，上記(1)の所得金額(ただし，国税通則法１１８条
１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の
もの。同⑤欄)に，法人税法６６条(平成１８年法律第１０号によ
る改正前のもの。)の規定する税率(平成１８年法律１０号による
廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及
び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項１号の規定を
適用した後のもの。)を乗じて算出した金額である。
⑶法人税額から控除される所得税額等の額(同⑩欄)
８５０８万４３２８円
上記金額は，法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所
得税の額３０１６万３８８０円(同⑦欄)と法人税法６９条に規定する
法人税額から控除される外国税額５０７７万０３７８円(同⑧欄。平成
１９年３月期において，自己株式は法人税法２条２１号に掲げる有価
証券に該当しないことから，当期末現在の純資産価額から当該自己株
式の金額５５０万７１０１円を減算し，純資産価額を４０３３億２４
１０万２８６８円として国外の当期利益から減算する共通の利子を再
計算し，本件所得金額及び所得に対する法人税額により当期に控除で
きる外国法人税額を再計算した額である。なお，本件減額更正処分時
の法人税額から控除される外国税額は５０７７万４９５０円であり，
差額は４５７２円となる。)及び租税特別措置法(平成１９年法律第６
号による改正前のもの。)４２条の６第２項に規定する法人税額から控
除される特別控除額４１５万００７０円(同⑨欄)の合計額である。
(4)納付すべき法人税額(同⑪欄)２０億２３１６万７７００円
上記金額は，上記⑵の金額から上記⑶の金額を差し引いた金額(国税
通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てたも
の。)である。
(5)既に納付の確定した法人税額(同⑫欄)
１６億０１８４万２３００円
上記金額は，本件減額更正処分により確定した納付すべき法人税額
である。
(6)差引納付すべき法人税額(同⑬欄)４億２１３２万５４００円
上記金額は，上記(4)の金額から上記(5)の金額を差し引いた金額で
あり，平成１９年３月期の本件増額更正処分により原告が新たに納付
すべき金額である。
２本件増額更正処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する原告の平成１９年３月期の法人税
に係る所得の金額，納付すべき税額は，それぞれ，上記１のとおりで
あるところ，本件増額更正処分における所得の金額，納付すべき税額
(別表１「課税の経緯」の「増額更正処分等」欄)は，いずれも上記１
の各金額と同額である。
３本件賦課決定処分の根拠
上記２のとおり，本件増額更正処分は適法であるところ，原告は，平
成１９年３月期の法人税について，納付すべき税額を過少に申告してい
たものであり，納付すべき税額を過少に申告していたことについて国税
通則法６５条４項に規定する｢正当な理由｣は存在しない。
したがって，本件増額更正処分に伴い課される過少申告加算税の額は，
国税通則法６５条１項に基づき，原告が本件増額更正処分により新たに
納付すべきこととなった法人税額４億２１３２万５４００円(同⑬欄)
から当初の申告税額に達するまでの部分に対応する税額４０万７７０
０円(同⑭欄)を差し引いた金額である過少申告加算税対象額４億２０
９１万円(ただし，国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の
端数を切り捨てた後のもの。)に１００分の１０の割合を乗じた金額４
２０９万１０００円である。
４本件賦課決定処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する原告の平成１９年３月期の法人税
に係る過少申告加算税の額は，上記３のとおりであるところ，本件賦課
決定処分により原告に賦課された過少申告加算税の額(別表１「増額更
正処分等」欄の「過少申告加算税の額」欄)は，上記２の金額と同額で
あるから，本件賦課決定処分は適法である。

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