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主文
１原告の請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は，原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
１処分行政庁が原告に対し平成１９年４月２５日付けでした原告の平成１５年
４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度（以下「平成１５年度」と
いう）の法人税の更正処分のうち，原告が平成１７年５月３０日付けでした。
更正の請求に基づいて処分行政庁が同年６月２９日付けでした更正処分に係る
翌期へ繰り越す欠損金額３２億１７１５万８４１７円を下回る部分（ただし，
平成２０年２月４日付け再更正処分により一部取り消された後のもの）を取り
消す。
２処分行政庁が原告に対し平成１９年４月２５日付けでした原告の平成１６年
４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度（以下「平成１６年度」と
いう）の法人税の更正処分のうち，所得金額０円を超える部分及び翌期へ繰。
り越す欠損金額４億８４７２万６７２２円を下回る部分（ただし，平成２０年
２月４日付け再更正処分により一部取り消された後のもの）並びに同事業年度
の法人税に係る平成１９年４月２５日付け過少申告加算税賦課決定処分（ただ
し，平成２０年２月４日付け変更賦課決定処分により一部取り消された後のも
の）を取り消す。
３処分行政庁が原告に対し平成１９年４月２５日付けでした原告の平成１７年
４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度（以下「平成１７年度」と
いう）の法人税の更正処分のうち，所得金額０円を超える部分及び翌期へ繰。
り越す欠損金額７３２５万８１３３円を下回る部分（ただし，平成２０年２月
４日付け再更正処分により一部取り消された後のもの）並びに同事業年度の法
人税に係る平成１９年４月２５日付け過少申告加算税賦課決定処分（ただし，
平成２０年２月４日付け変更賦課決定処分により一部取り消された後のもの）
を取り消す。
第２事案の概要
本件は，処分行政庁が，有料老人ホーム（老人福祉法２９条１項所定のもの）
を運営する原告に対し原告の平成１５年度平成１６年度及び平成１７年度以，，（
下「本件各事業年度」という）の各確定申告（ただし，更正の請求による一部。
更正後のもの（後記２(3)アの本件各確定申告）において，入居者から入居又）
は入居契約の更新に際して受領する金員（以下「入居一時金」という）の税務。
処理に誤りがあり，所得の金額が過少に又は欠損金額が過大に申告されていると
して，本件各事業年度の法人税の各更正処分並びに平成１６年度及び平成１７年
度の過少申告加算税の各賦課決定処分（同イの本件各当初更正処分等）をしたと
ころ，原告が，原告の税務処理に誤りはなく，上記各処分（ただし，いずれも再
更正処分又は変更賦課決定処分（同ウの本件各再更正処分等）による一部取消し
後のもの）には処分行政庁の税務処理の誤り及び理由付記の不備の違法があると
主張して，当該各処分（同ウの本件各更正処分等）の取消しを求めている事案で
ある。
１関係法令の定め
(1)各事業年度の所得の金額の計算（法人税法２２条）
ア内国法人の各事業年度の所得の金額は，当該事業年度の益金の額から当
該事業年度の損金の額を控除した金額とする（１項。）
イ上記アの計算上，当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は，別段の
定めがあるものを除き，資産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は
役務の提供，無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引（法人の
資本金等の額の増加又は減少を生ずる取引及び法人が行う利益又は剰余金
の分配をいう。以下同じ）以外のものに係る当該事業年度の収益の額と。
する（２項。）
ウ上記アの計算上，当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は，別段の
定めがあるものを除き，①当該事業年度の収益に係る売上原価，完成工事
原価その他これらに準ずる原価の額，②上記①のほか，当該事業年度の
販売費，一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了
の日までに債務の確定しないものを除く）の額及び③当該事業年度の損。
失の額で資本等取引以外の取引に係るものとする（３項。）
エ上記イの額及び同ウ①ないし③の額は，一般に公正妥当と認められる会
計処理の基準に従って計算されるものとする（４項。）
(2)青色申告書に係る更正（法人税法１３０条）
ア税務署長は，内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準又
は欠損金額の更正をする場合には，その内国法人の帳簿書類を調査し，そ
の調査により当該青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の計算
，。，に誤りがあると認められる場合に限りこれをすることができるただし
当該青色申告書及びこれに添付された書類に記載された事項によって，当
該課税標準又は欠損金額の計算が法人税法の規定に従っていないことその
他その計算に誤りがあることが明らかである場合は，その帳簿書類を調査
しないでその更正をすることを妨げない（１項。）
イ税務署長は，内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準又
は欠損金額の更正をする場合には，その更正に係る国税通則法２８条２項
（更正通知書の記載事項）に規定する更正通知書にその更正の理由を付
記しなければならない（２項。）
２前提事実（争いのない事実，顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨
により容易に認められる事実等）
(1)当事者
ア原告は，昭和４８年１２月１日，厚生大臣の許可を得て設立された財団
法人であり（甲２，全国７か所で有料老人ホーム（老人福祉法２９条１）
項所定のもの）を運営している。
イ原告は，本件各事業年度の法人税に関して，青色申告の承認（法人税法
１２２条参照）を受けた内国法人（同法２条３号）に該当する。
(2)入居契約の内容
原告が，原告の運営する有料老人ホームの入居者との間で交わす入居契約
（以下「本件各入居契約」という）には，以下の３種類がある。。
ア終身の入居を予定する契約（以下「本件終身入居契約」という。乙１）
，，，，，同契約は以下のとおり入居者が原告に対し入居一時金を支払い
原告が，入居者に対し，原則として入居者の死亡まで，施設を利用させ，
介護等の役務を提供することを主たる内容とする契約である。
(ア)入居者は，入居一時金として「会員費（以下「本件終身入居金」，」
という）を支払って（１６条，１７条，終身にわたり専用住居及び。）
共用利用施設を利用する権利を取得し（７条，原告は，入居者の介護）
（９条１項，健康相談及び健康診査（８条，生活全般の相談・助言））
（１０条）を行うなどの役務を提供する。
(イ)入居者は，毎月「管理費」を支払い（１８条，また，食事に関，）
する一切の費用並びに専用住居内における水道，電気，給湯，冷暖房の
使用料及び電話料を負担する（１９条。）
(ウ)本件終身入居契約は，①入居者が死亡したとき，②入居者が解約を
申し出たとき，又は③入居者が同契約の条項に違反したときなど一定の
事由に基づき原告が契約を解除したときに，終了する（２条，６条。）
(エ)上記(ウ)により，本件終身入居契約が入居日から５年以内に終了し
たときは，原告は，入居者に対し，本件終身入居金の一部の「返済」と
して，契約書別表に定める額（月単位で計算した入居期間に応じて逓減
する額）を返金する（２３条１項及び別表。以下，この条項を「中途終
了返済条項」という。。）
(オ)本件終身入居契約が，入居日から３か月以内に，入居者の解約の申
出又は入居者の死亡により終了した場合であって，専用住居が明け渡さ
れたときは，上記(エ)にかかわらず，原告は，入居者に対し，本件終身
入居金の一部の「返済」として，本件終身入居金から，①専用住居の明
渡しまでの日割りの施設利用料相当額，②日割り計算に基づく前記(イ)
の費用及び③専用住居の原状回復のための費用を除いた全額を無利息で
（。，「」。）返金する２３条２項以下この条項を短期解約返済条項という
(カ)ただし，本件終身入居契約の中には，中途終了返済条項に基づき本
件終身入居金の一部額が返金される入居後「５年」の期間（以下「返済
保証期間」という）を「１０年」と定めるものがあり（以下，この場。
合を含めて，当該条項を「中途終了返済条項」といい，当該期間を「返
済保証期間」という，また，短期解約返済条項の定めがないものも。）
ある（乙２の２３条参照。）
イ契約期間を１年とする契約のうち後記ウ以外の契約（以下「本件短期入
居契約」という。乙３）
，，，，，同契約は以下のとおり入居者が原告に対し入居一時金を支払い
原告は，入居者に対し，原則として１年間，施設を利用させ，介護等の役
務を提供することを主たる内容とする契約である。
(ア)入居者は，入居一時金として「施設利用料（以下「本件短期入，」
居金」という。ただし，乙第４号証のように，これを「年間入居金」と
称する契約書もある）を支払って（１０条，１年間，専用住居及び。）
共用利用施設を利用する権利を取得し（５条，原告は，入居者の介護）
（１４条１項，健康相談及び健康診査（６条，生活全般の相談・助））
言（７条）を行うなどの役務を提供する。
(イ)入居者は，毎月「管理費」を支払い（１１条，また，食事に関，）
する一切の費用並びに専用住居内における水道，電気，暖房，給湯の使
用料及び電話料を負担する（１２条。）
(ウ)本件短期入居契約の有効期間は，契約締結後１年間である（２条１
項本文。ただし，本件短期入居契約の中には，入居者が「年間入居），
金（乙４の１０条３項）を支払うことにより，契約を更新することが」
できることを定める契約もある（乙４の２条３項。）。）
(エ)上記(ウ)にかかわらず，本件短期入居契約は，①入居者が死亡した
とき，②入居者が解約を申し出たとき，又は③入居者が同契約の条項に
違反したときなど一定の事由に基づき原告が契約を解除したときに，終
了する（２条１項ただし書，３条。）
(オ)上記(エ)により，本件短期入居契約が有効期間内に終了した場合で
あっても原告は入居者に対し本件短期入居金を一切返済しない１，，，（
５条。）
(カ)ただし，本件短期入居契約の中には，本件短期入居契約が，入居日
から３か月以内に入居者による解約の申出又は入居者の死亡により終了
した場合で，専用住居が明け渡されたときは，上記(オ)にかかわらず，
原告は，本件終身入居金から，①専用住居の明渡しまでの日割りの施設
利用料相当額，②日割り計算に基づく前記(イ)の費用，③専用住居の原
状回復のための費用及び④その他当該入居者の負う債務を除いた全額を
無利息で返済する旨の定めがあるものもある（乙４の１６条２項参照。
以下，この場合を含めて，当該条項を「短期解約返済条項」という。。）
ウ契約期間を１年とする契約のうち「Ａ」と称する施設に係る契約（以下
「本件Ａ入居契約」という。乙５）
，，，，，同契約は以下のとおり入居者が原告に対し入居一時金を支払い
原告が，入居者に対し，原則として１年間「Ａ」と称する施設を利用さ，
せ，介護等の役務を提供することを主たる内容とする契約であり，入居者
は，１年後，改めて入居一時金のうち「施設利用料」を支払い，契約を更
新することができる。
(ア)入居者は，入居一時金として「施設利用料」及び「介護に対する，
費用（以下，それぞれ「本件Ａ施設利用料」及び「本件Ａ介護費用」」
といい，これらを併せて｢本件Ａ入居金｣という）を支払って（１１条。
１項，１２条，１年間，専用住居及び共用利用施設を使用する権利を）
取得し（６条，原告は，入居者の介護（１６条１項，健康相談及び））
健康診査（７条，生活全般の相談・助言（８条）を行うなどの役務を）
提供する。
(イ)入居者は，毎月の費用として「管理費」を支払い（１３条，ま，）
た，食事に関する一切の費用並びに専用住居内における水道，電気，暖
房，給湯の使用料及び電話料を負担する（１４条。）
(ウ)本件短期入居契約の有効期間は，契約締結後１年間であるが（２条
１項本文，入居者は，本件Ａ施設利用料を支払うことにより，同契約）
を更新することができる（同条３項，１１条３項。）
(エ)上記(ウ)にかかわらず，本件短期入居契約は，入居者が死亡したと
き，入居者が解約を申し出たとき，又は入居者が他の者と生活と健康に
重大な影響を及ぼすようなことがあるときなど一定の事由に基づき（３
条，原告が契約を解除したときに終了する（２条１項ただし書。））
(オ)上記(エ)により，本件Ａ入居契約が有効期間内に終了した場合であ
っても，原告は，本件Ａ施設利用料を返済しないが（１１条２項，本）
件Ａ介護費用については，契約締結日から５年以内に契約が終了したと
きであれば，その一部の「返済」として，契約書別表に定める額（月単
位で計算した入居期間に応じて逓減する額）を返金する（１８条１項及
び別表。以下，この場合を含めて，当該条項を「中途終了返済条項」と
いい，当該期間を「返済保証期間」という。。）
(カ)本件Ａ入居契約が，契約締結日から３か月以内に，入居者の解約の
申出又は入居者の死亡により終了した場合であって，専用住居が明け渡
されたときは，上記(オ)にかかわらず，原告は，本件Ａ入居金の一部の
「返済」として，同入居金から，①専用住居の明渡しまでの日割りの施
設利用料相当額，②日割り計算に基づく前記(イ)の費用，③専用住居の
原状回復のための費用を除いた全額を無利息で返金する（１８条２項。
以下，この場合を含めて，当該条項を「短期解約返済条項」という）。
(キ)ただし，本件Ａ入居契約の中には，中途終了返済条項に基づき本件
Ａ介護費用の一部額が返金される「５年」の期間を「１０年」と定める
ものがあり（以下，この場合を含めて，当該期間を「返済保証期間」と
いう，また，短期解約返済条項の定めがないものもある（乙６の１。）
８条参照。）
(3)更正処分等の経緯
ア原告は，本件各入居契約に基づき受領した入居一時金について，(ア)本
件終身入居金及び本件Ａ介護費用のうち，①原告主張の「返済保証金」相
当額及び「入居者基金」相当額は，原告の益金に当たらず，②それ以外の
部分は，一定の計算に基づき分割した額が，入居者の平均居住年数，平均
（「」。）余命等を勘案して原告の定める一定の年限以下想定入居期間という
内の各事業年度の益金として計上されるべきであり，他方，(イ)本件短期
入居金及び本件Ａ施設利用料は，①その全額が，原告の益金であり，②当
該契約の日の属する事業年度の益金として計上されるべきであるとの見解
に基づき，本件各事業年度の法人税の各確定申告をし，また，平成１５年
度の確定申告については，更正の請求をし，当該更正の請求の内容のとお
りの平成１７年６月２９日付け減額更正処分（別紙１において「平成１５
年度減額更正処分」という）を得た（以下，同更正処分による一部更正。
後の上記各確定申告を「本件各確定申告」という。。）
，，，イ処分行政庁は平成１９年４月２５日付けで本件各確定申告について
①収入すべき金額は，入居一時金全額であり，②その入居一時金のうち，
返金しないことが確定した額が，その返金しないことが確定した時期の属
する事業年度の収入すべき金額になるとすべきであるとして，本件各事業
年度に属する入居一時金に係る収入を再計算し，その結果を踏まえ，③当
該事業年度の課税売上割合及び特定収入割合が変動することに伴う繰延消
費税額等の再計算，④前事業年度の法人税額等が変動することに伴う次事
業年度に繰り越される欠損金額の再計算等を行い，これらの再計算の結果
に基づき，法人税の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分（以
下「本件各当初更正処分等」という）をするとともに（甲３ないし５，。）
，（「」。）上記①ないし③により消費税及び地方消費税以下消費税等という
の額も変動するとして，同日付で，本件各事業年度に係る消費税等の各更
正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各消費税当初更
正処分等」という）をした（甲１２ないし甲１４。。）
ウ処分行政庁は，平成１９年１１月２０日付けで，本件各消費税当初更正
処分等による消費税等の増額部分及びそれに伴い賦課された過少申告加算
税の額をそれぞれ０とする消費税等の各更正処分並びに過少申告加算税の
各変更賦課決定処分（以下「本件各消費税再更正処分等」という）をす。
るとともに（甲１５ないし１７，法人税についても，平成２０年２月４）
日付けで，本件各確定申告の額を上記イ③の再計算に係る額と更正するほ
か，本件各当初更正処分等の違算等を減額修正するなどする各再更正処分
及び過少申告加算税の各変更賦課決定処分（以下「本件各再更正処分等」
といい，本件各再更正処分等により一部取り消された後の本件各当初更正
処分等を「本件各更正処分等」という）をした（甲１９ないし２１。。）
(4)不服申立て及び本件訴訟
ア原告は，本件各再更正処分等に先立つ平成１９年６月１２日，本件各当
初更正処分等について，国税不服審判所に審査請求をし（甲６の１，そ）
の翌日から３月を経過しても裁決がされなかったため，同年１０月４日，
本件訴訟を提起した（顕著な事実。）
イ国税不服審判所は，本件各再更正処分等を経た後，平成２１年１２月９
日，上記審査請求のうち，本件各当初更正処分等のうち本件各再更正処分
等により一部取り消された部分に係る審査請求を却下するとともに，その
余の審査請求を棄却し，国税通則法１１５条２項に基づき，当該裁決書の
謄本を当裁判所に送付した（顕著な事実。）
ウ本件訴訟において被告が主張する課税の根拠及び計算は，別紙１「課税
の根拠及び計算」のとおりであり，本件各更正処分等に関する経緯は，別
紙２「本件各事業年度の法人税に関する経緯」のとおりである。
３争点
(1)原告の益金となるべき金員の範囲
(2)入居一時金の収益の帰属すべき事業年度
(3)理由付記の不備の違法の有無
４争点に関する当事者の主張の要旨
(1)争点(1)（原告の益金となるべき金員の範囲）について
（原告の主張の要旨）
ア返済保証金部分について
(ア)入居一時金（本件終身入居金及び本件Ａ介護費用）のうち，返済保
証金相当額は益金とならない。すなわち，入居者が返済保証期間内に退
去し又は死亡した場合，中途終了返済条項に基づき，本件終身入居金又
は本件Ａ介護費用の一部額が返金されるところ，原告は，本件終身入居
金及び本件Ａ介護費用の一部を返済保証金勘定にプールし，その返金の
原資とするという制度設計を採っていたのであり，当該勘定は，負債勘
定に相当するものであるからである。
(イ)なお，契約上，結果として長命となった入居者であっても，本件終
身入居金及び本件Ａ介護費用については，追加負担を求められないので
あるから，結果として短命であった入居者に対して，その一部を返金し
なければならないとする制度上の必然性はない。中途終了返済条項は，
想定外に短命であった入居者を例外的に救済するためのものとして設定
されたものであり，その意味で，返済保証金は「掛け捨ての保険料」，
に近い性質を有するものである。
イ入居者基金部分について
(ア)入居一時金（本件終身入居金）のうち，入居者基金に対する拠出金
相当額は益金とならない。すなわち，原告は，本件終身入居金の返金債
務の保全措置として，社団法人Ｂ（以下「Ｂ」という）の入居者基金。
制度を利用しており，本件終身入居金の額も，その拠出金を支出するこ
とを勘案して決定されているところ，当該拠出金相当額は，短期暫定的
に受領するにすぎないとみるべきであるから，仮受金という負債勘定で
処理するのが妥当であるからである。
(イ)被告は，入居者基金制度において，入居者に当該拠出金を賦課する
ことは許されないとされている以上，仮受金勘定のような預り金勘定で
処理することは許されないと主張する。しかし，原告は，短期解約返済
条項に基づき，当該拠出金相当額を含め，本件終身入居金の全額を返金
しなければならなくなる場合に備え，当該条項が適用される３か月間の
暫定的な勘定という意味で，仮受金勘定という流動負債勘定を利用して
いるにすぎず，入居者から当該金員を預かっているわけではないから，
被告の上記主張は失当である。
ウ仮受消費税部分について
(ア)仮に，入居一時金の収益計上時期について，被告主張の見解を採る
としても，処分行政庁が本件各更正処分等において本件各確定申告より
増額した収益（以下「本件増額収益部分」という）には，仮受消費税。
部分も含まれているところ，当該部分は益金に当たらない。
，，，(イ)被告は本件各消費税再更正等処分により当該仮受消費税部分は
消費税等として徴収されないことになったのであるから，当該部分は原
告の雑益になると主張する。しかし，課税庁は，消費税等について，何
度でも更正処分をすることができるのであるから，その主張の前提自体
が疑問であり，また，消費税法と法人税法の体系上，そのような処理が
許されるとも考え難い。
(ウ)実際，本件増額収益部分が，消費税等の課税対象であるか否かは，
原告の課税売上割合に影響し，それによって，本件各事業年度における
原告の法人税の額も増減するはずである。
エ前事業年度分として申告済みの益金部分について
(ア)また，平成１５年度に係る本件増額収益部分の中には，原告が，平
成１４年度の法人税の確定申告において，当該事業年度における益金と
して申告した部分が含まれている。平成１４年度の法人税については，
期間の徒過により，改めて更正処分をすることができないところ，この
ような重複課税は許されないというべきである。
，，，(イ)被告は所得の計算は事業年度ごとにすれば足りる旨主張するが
更正処分とは，納税義務の確認行為であるところ，当該重複部分の所得
について，原告は，既に納税義務を果たしているのであるから，当該重
複部分について，更に納税義務が生ずる余地はないというべきであり，
本件各再更正等処分は，少なくとも当該部分について，違法であるとい
わざるを得ない。
（被告の主張の要旨）
ア返済保証金部分について
入居一時金は，原告のいう返済保証金相当額を含め，中途終了返済条項
及び短期解約返済条項の適用がない限り，それを返金する必要がないもの
なのであるから，中途終了返済条項及び短期解約返済条項の適用がなくな
った時点で，益金として計上すべきである。
イ入居者基金部分について
入居者基金の拠出金は，その負担を利用者に賦課してはならないもので
あり，当該拠出は原告の費用を構成するのであるから，原告が，その拠出
のため受領する金員は，原告の収益を構成し，したがって，それを仮受金
勘定のような預り金勘定で処理することは許されない。原告は，入居一時
金の一部を独自に区分し，入居者基金の拠出金とするための勘定としてい
るにすぎないといわざるを得ないのであって，当該部分も，原告の益金を
構成する。
ウ仮受消費税部分について
処分行政庁は，本件増額収益部分について，消費税等の課税対象となる
部分を特定することができなかったため，本件増額収益部分に対応する仮
受消費税については，本件各消費税再更正処分等によって，これを消費税
等として徴収しないこととした。そうすると，当該仮受消費税部分は，も
はや負債ではなく，したがって，原告の益金を構成するとみなさざるを得
ない。また，そのように解しても，課税上，原告に不利益は生じない。
エ前事業年度分として申告済みの益金部分について
所得の計算は，事業年度ごとにすべきところ，平成１５年度の所得を計
算するに当たり，平成１４年度の法人税の計算過程は考慮されるべきもの
ではないから，平成１４年度の法人税の計算過程において，益金とされた
部分であっても，平成１５年度の益金となることが妨げられるものではな
い。
(2)争点(2)（入居一時金の収益の帰属すべき事業年度）について
（原告の主張の要旨）
ア入居一時金の収益のうち，原告が契約の属する日の事業年度の益金とし
て計上していなかった部分（以下「本件終身前受金」という）は，終身。
にわたる役務の提供義務等に対応する収益であるから，収益の計上時期に
関する以下の会計・税務上の諸原則に照らし，その収益を想定入居期間で
按分した各部分が，その想定入居期間内の各事業年度に帰属する益金にな
ると考えるべきである。
(ア)実現主義
企業会計では，収益の計上時期について，実現主義によることが正当
であるとされているところ，本件終身前受金の収益が実現するのは，そ
れに対応する役務を完了した時である。しかるところ，本件終身前受金
，（，に対応する役務は入居者が生存する限り提供しなければならずなお
入居者は，本件終身前受金以外にも，毎月の管理費等を支払うが，それ
に対応する役務は限定されたものである，その役務の不履行に対し。）
ては，損害賠償義務が発生するのであるから，本件終身前受金について
は，その役務を提供すべき期間を擬制した想定入居期間ごとに，その期
間で按分した額が収益として実現していくと考えるのが，実現主義に照
らし，妥当な会計処理というべきである。
(イ)権利確定主義
税法上は，収益の計上時期について，権利確定主義の観点が用いられ
ることがあるが，権利の確定とは，権利の発生と同義ではなく，権利実
現の可能性が増大したことをいうところ，権利が確定したというには，
反対給付である資産の譲渡や役務の提供が必要である。この点，被告が
いうように，返済保証期間が経過すれば，契約上，本件終身前受金を返
金する必要はなくなるが，原告が反対給付である役務の提供を怠れば，
これに対する損害賠償債務が発生するのであるから，返済保証期間の経
過だけでは，権利実現の可能性が増大したという意味での権利の確定は
ないといわざるを得ない。本件終身前受金の収益が確定するのは，反対
給付である役務を完了した時というべきであるから，権利確定主義の観
点からみても，想定入居期間に基づく原告の主張する会計処理は適切で
ある。
(ウ)費用収益対応の原則
企業会計上，費用収益対応の原則という観点も重要である。本件終身
前受金は前受収益であるから，この原則によれば，当該収益と役務を提
供すべき期間に生じた費用とを対応させて収益計上しなければならない
，，ところ当該収益を想定入居期間で按分する原告の主張する会計処理は
同原則に照らしても適当である。被告の主張によれば，当該収益の全額
を返済保証期間内に収益計上しなければならないところ，返済保証期間
は，入居者の入居期間，すなわち役務の提供期間より短いのが通常であ
るから，それでは費用と収益とが対応せず，その対応の原則に照らして
。，，，不適当である被告は費用収益対応の原則とは収益を先に確定させ
それに費用を対応させる原則であるというが，独自の見解であるといわ
ざるを得ず，また，いずれにせよ，被告の主張する会計処理は，収益と
費用が対応しておらず，原告の主張する会計処理は，収益と費用が対応
するのであるから，被告の主張は失当である。被告のいうように，返済
保証金期間内に収益を計上するのであれば，その収益に対応する将来の
費用をあらかじめ見積り計上しなければ（法人税法基本通達（昭和４４
）），年５月１日付け直資(法)２５(例規)国税庁長官通達２−２−１参照
費用収益対応の原則に反する。
(エ)管理支配基準
被告は，管理支配基準を援用し，返済保証期間の経過をもって，入居
一時金収益の全額に対する管理支配が生じ，したがって，同期間内に収
益を計上すべきであるとするが，同基準は，権利確定主義によると著し
い不都合が生じてしまう場合の例外的な基準であり，本件に適用すべき
ものではない。また，その点を措くとしても，管理支配の認定に当たっ
ては，反対給付の履行の有無という観点が重要であるところ，これまで
述べてきたとおり，本件終身前受金の反対給付は，想定入居期間内の役
務であり，それより短い返済保証期間の経過をもって，すべての収益に
対する管理支配を認定することはできないのであるから，被告の主張は
失当である。
イそもそも，原告の上記会計・税務処理基準は，主務官庁の通知が，有料
老人ホームの「損益計画」について「一時金の…償却期間は平均余命を，
勘案し決められていること」とするのに準拠し，監査法人からも監査適正
意見を受けているのであるから，法人税法２２条４項の「一般に公正妥当
と認められる会計処理の基準」に該当することが明らかである。しかも，
原告は，昭和５８年に京橋税務署の担当官からこれを許容する旨の意見も
確認した上で，当該会計・税務処理を３０年以上にわたり続けてきたので
あり「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」に求められる継続，
性の原則も満たしている。被告は，原告の会計・税務処理につき，客観的
規範性を欠くなどとして種々の指摘をするが，想定入居期間の計算は恣意
性を排除した合理的・科学的なものである。むしろ，被告が基準とする返
済保証期間こそ，入居契約の本質的な事項ではなく，私人間の契約によっ
て恣意的に設定することができるものであって，監査法人も，被告の主張
する会計処理では，適正監査証明を出すことができないとしている。
ウまた，仮に，被告のいうように，入居一時金の収益が，返還しないこと
が確定した部分ごとに，当該返還しないことが確定した事業年度に収益計
，，，上すべきものであるとすればその考え方は中途終了返済条項に限らず
短期解約返済条項に関しても適用されるべきところ，処分行政庁は，短期
解約返済条項の定めがある入居契約について，入居後３か月以内に事業年
度が変わった場合でも，当該条項によって返還しないことが確定した部分
（日割りの施設利用料や原状回復費用等相当額）を前事業年度の収益に計
上しておらず，明らかに「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」
から逸脱している。被告は，短期解約返済条項は，中途終了返済条項とは
異なり，実際に当該条項が適用された場合にのみ考慮すれば足りる性質の
，，特約であると主張するが短期解約返済条項と中途終了返済条項との間に
被告のいうような性質の相違があるとは解し難い。
（被告の主張の要旨）
ア収益の計上時期に関する以下の会計・税務上の諸原則に照らせば，入居
一時金の収益は，返還しないことが確定した部分ごとに，当該返還しない
ことが確定した事業年度の益金となると考えるべきである。
(ア)権利確定主義
法人税法２２条４項にいう「一般に公正妥当と認められる会計処理の
基準」とは，必ずしも企業会計原則などの会計上の原則とは一致しない
ところ，収益の計上時期については，権利確定主義が「一般に公正妥当
と認められる会計処理の基準」であるとされる。そして，権利確定主義
にいう権利確定の時期は，私法上の法律関係に即して判断されるべきも
のであり，本件各入居契約については，原告が役務を提供すべき期間が
不確定である一方，入居者が個々の役務ごとに個別に費用を負担する場
合もあるという特殊性を有するため，入居一時金を役務提供期間に按分
等する方法によって権利確定の時期を決めるのは不可能である。他方，
契約等において，受領した金員の返還を要しなくなった場合に，当該金
員について，権利確定主義にいう権利の確定があったとする考え方もあ
るところ，中途終了返済条項は，一定の期間の経過にとともに，入居一
時金のうち一定の部分の返還を要しなくなると定めるものである。した
がって，入居一時金については，その返還されないことが確定した事業
年度において，その返還されないことが確定した部分ごとに，権利確定
主義にいう権利の確定があると考えるのが相当である。原告は，反対債
，，務の不履行等があった場合に損害賠償義務が生ずる余地があるとして
返済保証期間の経過のみでは権利が確定したということはできないと主
張するが，損害賠償義務の金額は，それが実際に発生するまで不確定で
あり，それを基礎に収益計上すべき額を計算することは不可能なのであ
るから，そのような事情を考慮することはできない。
(イ)管理支配基準
また，収益の計上時期の認定には，権利確定主義ではなく，管理支配
基準が用いられる場合もあるが（ただし，両者は必ずしも別の概念では
ない，本件各入居契約の入居一時金は，その返還されないことが確。）
，，，定したときにその返還されないことが確定した部分について原告が
自由に事業資金に充てる等することができ，したがって，管理支配して
，。いるということができるから前記の基準は管理支配基準にも適合する
原告は，管理支配しているというためには，反対給付の履行が必要であ
るというが，収益を有効に取得している以上，反対給付の履行までは不
要であると考えるのが相当である。
(ウ)実現主義
確かに，企業会計原則では，収益の計上時期について，実現主義が採
られている。しかし，本件各入居契約は，役務の履行にかかわらず，返
済保証期間を過ぎれば，入居一時金の返還を要しなくなるという特徴が
ある契約であるから，原告のいうような通常の実現主義の基準によるこ
とは不適当である。なお，原告は，原告の主張する会計処理が，権利確
定主義にも適合するとも主張するが，同主張は，結局のところ，原告の
主張する会計処理が，実現主義に合致するというに異ならないというべ
きところ，本件各入居契約について，実現主義によることができないこ
とは，上記のとおりである。
(エ)費用収益対応の原則
原告は，費用収益対応の原則を援用し，想定入居期間内に発生する費
用に入居一時金の収益を対応させなければならないと主張するが，同原
則は，確定した収益に費用を対応させるものであって，その逆ではない
のであるから，失当である。また，この点を措くとしても，本件各入居
契約において，入居者の退去時期は不確定であり，原告の主張する会計
処理によっても，費用と収益とは対応しない。もとより，被告の主張す
る会計処理によっても，収益と費用とは必ずしも対応しないが，本件各
入居契約の特性上，収益と費用とが対応しない会計処理となるのもいた
し方がないというべきである。
イ原告は，原告の主張する会計処理が，主務官庁の通知に準拠したもので
あるとして，法人税法２２条４項にいう「一般に公正妥当と認められる会
」，，「」計処理の基準に合致するとも主張するが原告は同通知の償却年数
という語の解釈を誤っている上，そもそも，同通知は会計処理について定
めたものではないのであるから，失当である。そして，想定入居期間の算
定が，その計算の性質上，恣意性を排除し得ないものであることからすれ
ば，原告の主張する会計処理は，客観的規範性を欠き「一般に公正妥当，
と認められる会計処理の基準」に合致するということはできないものとい
わざるを得ない。なお，監査法人の適正意見があるからといって当然に公
正妥当な会計処理ということはできないのは論を待たず，継続性の原則が
誤った会計処理を継続することを認めるものではないことも当然である。
他方，被告の主張する会計処理は，Ｂが発行する「Ｃ」においても採用さ
れている会計方式であり，しかも，契約条項どおりの税務処理をするもの
なのであるから，被告の主張する会計処理こそが「一般に公正妥当と認，
められる会計処理の基準」に合致するものであるというべきである。
ウ原告は，被告の主張する会計処理について，中途終了返済条項の取扱い
と短期解約返済条項の取扱いとが一貫していないと主張するが，中途終了
返済条項において，原告は，入居者の死亡等を停止条件とする入居一時金
の一部額の返還債務を負い，その返還額は，一定期間の経過ごとに逓減す
るから，当該一定期間の経過ごとに，当該逓減部分の返還債務が消滅し，
その都度，当該部分を収益計上する必要があるのに対し，短期解約返済条
項は，中途終了返済条項の特約として，入居者の死亡等の事由が契約後３
か月以内に発生した場合に，入居一時金の全額を返済するというものであ
って，一定期間の経過ごとに一定部分の返還債務が消滅するという性質の
ものではないから，当該事由が発生せずに当該期間が経過し，当該特約の
不適用が確定した場合に初めて，当該特約の不適用によって返還を免れた
額を収益計上すれば足りるものである。確かに，短期解約返済条項が適用
された場合，原告は，入居金一時金を返還する一方，日割りの施設利用料
等の実費相当額を受け取ることになるが，当該実費相当額の債権は，短期
解約返済条項が実際に適用された場合に初めて発生するものであり，日々
の経過によって発生が確定していくものではないから，日々の経過ごとに
当該債権を収益計上することはできない。そして，本件各更正等処分は，
短期解約返済条項が実際に適用された場合について，当該実費相当額を正
しく収益計上しているのであって，この点に，一貫性を欠くとされるよう
な事情はなく，原告の主張は失当である。
(3)争点(3)（理由付記の不備の違法の有無）について
（原告の主張の要旨）
本件各更正処分等は，青色申告の承認を受けた者に対し，帳簿書類の記載
の否認を伴わない更正をするものであるから，その理由付記においては，処
分庁の判断過程が省略されることなく具体的に記載される必要があるとこ
ろ，当該各処分の更正通知書には，本件各入居契約の内容に関する事実（当
，，該事業年度において当該部分が入居者に返済されないことが確定すること
あるいは返済が不要になること）が記載され，それによって受領した入居一
時金の一部が収益に当たるという結論が記載されているのみで，その事実か
ら結論に至る理由付けが記載されていないのであるから，上記の基準を満た
，。す理由付記はされておらず取り消されるべき違法があるというべきである
（被告の主張の要旨）
本件各更正処分等は，青色申告の承認を受けた者に対し，帳簿書類の記載
の否認を伴わない更正をするものであるから，その理由付記においては，処
分行政庁の判断過程が省略されることなく具体的に記載されていれば足りる
ところ，同処分の更正通知書には，本件各入居契約の入居一時金は，その返
済されないことが確定すること，あるいは返済が不要になることにより，当
，，該事業年度の益金の額になるということが記載されておりその計算明細も
当該通知書の別紙として添付されていたのであるから，上記基準に照らし，
また，処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣
旨・目的に照らしても，十分な理由付記というべく，この点について，何ら
取り消されるべき違法はない。
第３当裁判所の判断
１争点(1)（原告の益金となるべき金員の範囲）について
(1)返済保証金部分について
ア原告は，入居一時金のうち，中途終了返済条項の適用がある部分（本件
終身入居金及び本件Ａ介護費用）の一部は，いわば「掛け捨ての保険料」
として，中途終了返済条項の適用があった際の返済金の財源としてプール
するものであるから，原告の益金の範囲に含まれないと主張する。
イしかしながら，入居契約における中途終了返済条項の定めは，前記前提
事実(2)のとおり，返済保証期間内に解約した入居者に対し，当該入居者
から受領した入居一時金の一部額を返還すると定めているのであり，原告
が主張するような内容，すなわち，原告が，個々の入居者から返済保証金
相当額を預かり，返済保証期間内に解約する入居者が発生した場合に，そ
の預り金全体から返済保証金相当額の支出事務を代行するなどといった内
容の定めとはなっていない。そして，中途終了返済条項の定めによれば，
原告は，少なくとも返済保証期間の経過後は，個々の入居者に対し，原告
のいう返済保証金勘定に対応した債務を負っているわけではないのである
から，返済保証期間の経過後も，それを負債として処理することは許され
ず，当該勘定部分も含め，益金として計上すべきものというべきである。
ウもとより，有料老人ホームの資金計画を立てる上では，入居一時金とし
て受領した金員のうち，中途終了返済条項の対象となる額を返還する可能
性のある金員として考えるのではなく，実際に中途終了返済条項が適用さ
れて返還しなければならなくなるであろう額を見積もり，その額に相当す
る割合部分を当該返還義務の引当てとして考えることにも一応の合理性が
あるということはできようが，税務上，そのような引当てをしたことをも
って，当該部分を負債勘定として処理することは，実質的に，税法に定め
のない引当金の損金算入を認めるに等しく，許されないといわざるを得な
（，，「」，いなお原告は当該部分が掛け捨ての保険料に相当するというが
保険期間を経過した保険料収入は，税法上，租税特別措置法５７条の５な
どの特別の規定が定める限度においてのみ，将来の保険金支払債務の引当
てとして，損金算入が認められるにとどまる）。
エ以上のとおり，原告が入居一時金として受領した金員は，原告が返済保
証金勘定に区分した部分を含め，少なくとも返済保証期間の経過後は，原
告の益金の範囲に含まれるとするのが相当である。
(2)入居者基金部分について
ア原告は，入居者基金制度が適用される入居契約（本件終身入居契約）に
係る入居一時金（本件終身入居金）には，当該基金に拠出する拠出金相当
額が含まれているところ，当該拠出金相当額は，短期暫定的に受領するも
のにすぎないから，原告の益金の範囲に含まれないと主張する。
イしかしながら，短期暫定的に受領する金員であるからといって，それを
負債勘定に計上すべき論理必然性はなく，所論は，売上金を直ちに仕入れ
に用いるから当該売上金が益金を構成しないというに等しいものといわざ
るを得ず，失当である。実際，乙第１，第２号証（本件終身入居契約の契
約書）によっても，本件終身入居契約上，本件終身入居金のうち，入居者
基金の拠出金部分を区別するような定めがあったとは認められず，他方，
乙第１３号証（入居者基金制度の説明書類）によれば，原告が当該拠出金
の負担を入居者に賦課することは禁じられていることが認められるとこ
ろ，原告自身，当該拠出金相当額を入居者から預かっているわけではない
ことは認めているのであるから，それは原告の売上げの一部を構成するも
のであり，したがって，益金の範囲に含まれるべきものである。
ウ原告は，短期解約返済条項に基づき本件終身入居金の全額を返金する場
合に備え，当該拠出金相当額を含め，本件終身入居金を負債として取り扱
う必要があると主張する。しかしながら，短期解約返済条項によって，当
該金員を返金する可能性があるのであれば，本件各更正処分等の処理のよ
うに，当該条項が適用される可能性のある期間（契約後３か月経過前）に
限り，当該金員を負債として処理すれば足り，その適用可能性がなくなっ
た時点（契約後３か月経過後）以降，当該金員のうち返金する可能性のな
くなった部分を収益計上すべきことに変わりはないのであるから（なお，
当該拠出金相当額が実際にＢに入居者基金として拠出されれば，その時点
で当該拠出金を改めて損金算入することになる，原告主張の点は，益。）
金の計上時期に係る問題にすぎず，益金の範囲に関する上記イの判断を左
右するものではない。
エ以上のとおり，原告の主張はいずれも理由がなく，原告が入居一時金と
して受領した金員は，原告が返済保証金勘定に区分した部分を含め，原告
の益金の範囲に含まれるものと解するのが相当である。
(3)仮受消費税部分について
ア原告は，本件増額収益部分には，これに対応する仮受消費税部分も含ま
れているところ，当該部分は，原告の益金を構成しないと主張する。
，，，イ(ア)しかしながら仮受消費税とは資産の譲渡等の対価の額について
｢消費税等の額｣と「当該消費税等に係る取引の対価の額」とを区分して
経理する方式（税抜経理方式。平成元年３月１日付け直法２−１国税庁
長官通達１(7)）による場合に（原告はこの方式を採用していた，資。）
産の譲渡等の対価の額のうち，消費税等として課税されることになる部
分（消費税等の額）を区分するための勘定にすぎず，本件のように，「」
「消費税等の額」に当たるとして，仮受消費税勘定に区分した額が，後
に消費税として課税されないことになったのであれば，結果として，そ
の区分を誤ったことになるから，当該課税されないことになった額は，
単なる資産の譲渡等の対価の額として，仮受消費税勘定から収益勘定に
振り替えられるべきものであり，したがって，益金を構成するといわざ
るを得ない。このことは，消費税等の額と当該消費税等に係る取引の対
価の額とを区分しないで経理する方式（税込経理方式。同通達１(8)）
によるのであれば，資産の譲渡等の対価の額の全額が収益勘定に区分さ
れ，そのうち実際に消費税等として課税された額が，公租公課として損
金算入されることと対比しても明らかである。
(イ)確かに，本件において，当該仮受消費税に係る収益が，消費税等の
非課税対象となり得るか否かは必ずしも明らかではないが，法人税額の
計算において，損金として算入されるべき消費税等の額（あるいは，仮
受消費税として法人税の課税標準から除かれるべき額）は，現に申告・
決定等のされた消費税等の額であるというべきであるから，現に当該収
益が，消費税等として課税されない以上，法人税額の計算においては，
収益として扱えば足りることになる（原告は，処分行政庁が，将来，再
度の消費税等更正処分により，当該仮受消費税部分につき，消費税等と
して課税する可能性を指摘するが，現時点において実際に消費税等とし
て課税されていない以上，上記の結論が左右されるものではない。。）
ウ(ア)なお，原告は，本件増額収益部分のうち，消費税等の課税対象であ
る部分の範囲は「課税売上割合」の値を通じて，法人税の課税標準に，
影響を与えるとも指摘する。確かに，甲第３ないし第５号証（本件各当
初更正処分等）及び第１９ないし第２１号証（本件各再更正処分等）に
よれば，本件各再更正処分等は「課税売上割合」の値について，本件，
各確定申告の値を用い，本件増額収益部分が新たな売上げとして計上さ
れたことを考慮していないことが認められるところ「課税売上割合」，
が正確に計算されないことは，①公租公課として損金算入される消費税
等の額の算定（消費税法３０条２項等）の際の一基準となる「課税売上
割合（同条２項，６項）及び②仕入代金の一部として損金算入される」
控除対象外消費税等の損金算入限度額の算定（法人税法施行令１３９条
の４）の際の一基準となる「課税売上割合に準ずる割合（同条１項，」
同法施行規則２８条１項なおこの概念は消費税法３０条３項の課。，，「
税売上割合に準ずる割合」の概念とは異なる）の値の変動を通じて，。
法人税の課税標準に影響を与える可能性があるから，その点を検討する
余地はあり得るといえる。
(イ)しかしながら，上記(ア)①について，消費税法は，事業者が，消費
税等の課税対象である売上げのために要する仕入れについて，仕入れ先
に消費税等相当額（仮払消費税）を支払った場合に，当該消費税等相当
額が，当該事業者が納付すべき当該売上げに係る消費税等と重複するこ
とから，当該支払済みの消費税等相当額を当該事業者が納付すべき消費
税等の額から控除し得ること（仕入税額控除）を前提として，その控除
する額を計算する際の基準として（同法３０条２項等，当該事業者が）
当該課税期間中に国内において行った資産の譲渡等の対価の額の合計額
のうちに課税資産の譲渡等の対価の額の合計額の占める割合として政令
で定めるところにより計算した割合を「課税売上割合」として用いてい
るところ（同条６項，本件増額収益部分を収益漏れとして計上する場）
合において，①原告が納付すべき消費税等の額を計算するのであれば，
当該部分は，現に消費税等の課税対象とされていない以上，上記の重複
を排除する趣旨からすれば，それを消費税の課税対象ではない売上げと
して扱い「課税売上割合」を再計算すべきであるが，②法人税の額を，
計算するにすぎないときは，前記イ(イ)のとおり，現に消費税等として
課税された税額を前提とすれば足り，改めて前記の控除額を計算し，原
告が納付すべき消費税等の額を計算する必要はないのであるから，この
点について「課税売上割合」の値を再計算して考慮する必要はないと，
いうべきである。
(ウ)また，前記(ア)②について，上記(イ)の仮受消費税のうち，消費税
等の課税対象でない売上げのために要する仕入れに係る消費税等相当額
であるなどとされ，上記(イ)の仕入税額控除をすることができない部分
（控除対象外消費税等）は，もともと仕入代金の一部であるから，当該
仕入れの性質ごとにそれぞれ税務処理されるべきものである（(ａ)資産
に係るものは，償却費として，(ｂ)たな卸資産に係るものは，売上原価
として，(ｃ)経費に係るものは，損金として，それぞれ処理される）。
ところ，法人税法施行令は，上記(ａ)の簡易な処理として，資産に係る
控除対象外消費税等については一括して５年以上の期間で償却処理する
ことを認め（同令１３９条の４第３項，第４項，さらに，同条１項の）
｢課税売上割合に準ずる割合｣が８０％以上である場合などには，当該事
業年度に当該控除対象外消費税等の全額を損金処理することを認めるも
のである（同条１項，同法施行規則２８条１項，消費税法施行令４８条
１項。そして「課税売上割合に準ずる割合」が８０％以上である場），
合に，当該控除対象外消費税等の全額を損金算入することができるとさ
れる趣旨は，そのように消費税等の課税対象でない売上げの割合が２０
％未満と小さい場合には控除対象外消費税等の額も相対的に少額である
と考えられることにあると解されるから，①当該「課税売上割合に準ず
る割合」の計算の基礎は，その控除対象外消費税等の額を算定する際に
用いた「課税売上割合」の計算の基礎と同様に解するのが相当であり，
したがって，上記(イ)において「課税売上割合」の再計算を要しない以
上「課税売上割合に準ずる割合」を再計算する必要はないものといえ，
るし，②また，仮に，当該「課税売上割合に準ずる割合」を再計算する
としても，上記(イ)①のとおり，その「課税売上割合」の計算は，本件
増額収益部分を消費税等の課税対象ではないものとして算定すべきであ
る以上「課税売上割合に準ずる割合」も，これと同様に解するのが相，
当であり，その場合に，その値が本件各確定申告における値よりも低く
なることは明らかであって，そのことは，控除対象外消費税等の損金算
入限度額を低下させる方向にしか働かないから，これを再計算しなくて
も，原告に不利益はないものといえるので，原告が指摘する点は，いず
れにしても，本件各更正処分等の違法を基礎付けるものではないという
べきである。
エ以上のとおりであるから，原告の主張はいずれも理由がなく，本件増額
収益部分に含まれる仮受消費税相当額は，原告の益金の範囲に含まれるも
のと解するのが相当である。
(4)前事業年度分に計上した益金部分について
ア原告は，本件増額収益部分のうち，平成１５年度に係るものの中には，
原告が，平成１４年度の法人税の確定申告において，当該事業年度の益金
として申告したものが含まれているところ，当該益金は，本件事業年度の
益金の範囲に含まれないと主張する。
イしかしながら，法人税の課税標準は，各事業年度の所得の金額であり，
各事業年度の所得の金額は，当該事業年度の益金の額から当該事業年度の
損金の額を控除した金額なのであるから(法人税法２２条１項)，平成１５
年度の益金となるべき額である以上，当該益金に相当する額が，誤って平
成１４年度の法人税の課税標準に加算されていたとしても，当該益金に相
当する額を本来の事業年度である平成１５年度の益金に加算することは妨
げられないといわざるを得ず，このことは，同法８０条の２が，法人税額
等の更正等に伴い当該事業年度以降の事業年度の所得額等が変動する場合
等における更正の請求について，それを特例として認めていることなどか
らも明らかであるということができる。
ウ原告は，更正処分が納税義務の確認行為にすぎない以上，平成１４年度
の法人税の納付により，既に納税義務を果たした部分について，重複して
納税義務を確認することは許されないと主張する。しかしながら，法人税
の納税義務は，何ら特別な行為がされなくても，各事業年度ごとに成立す
（），，るものであるが国税通則法１５条２項３号その義務の具体的内容は
申告・更正等の公法上の確認行為によって確定するものであるところ（同
条１項，原告の確定申告によって，平成１４年度の法人税の納税義務の）
具体的内容は，原告のいう重複部分の益金に係る法人税額を含めて確定し
，，，たというべきであるから原告が当該納税義務を果たしたからといって
平成１５年度の法人税の納税義務の消長に何ら影響するものではなく，原
告の主張は前提を欠いており，理由がない。
エ以上のとおりであるから，原告の主張は理由がなく，平成１４年度の確
定申告において，益金として計上された部分であっても，本件各事業年度
に帰属すべき益金である以上，本件各事業年度における原告の益金の範囲
に含まれると解するのが相当である。
(5)小括
以上によれば処分行政庁が原告の入居一時金に係る収益のうち上記(1)，，
ないし(4)の各部分を本件各事業年度の原告の益金に含まれるものとして本
件各更正処分等をしたことについて，違法はないというべきである（原告の
その余の主張も，この判断を左右するに足りるものとは認められない。。）
２争点(2)（入居一時金の収益の帰属すべき事業年度）について
(1)収益計上時期の一般的基準
法人税法上，内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の
益金の額に算入すべき金額は，別段の定めがあるものを除き，資本等取引以
外の取引に係る収益の額とするものとされ（同法２２条２項，当該事業年）
度の収益の額は，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算
すべきものとされている（同条４項。したがって，ある収益をどの事業年）
度に計上すべきかは，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従うべ
きであり，これによれば，収益は，その実現があった時，すなわち，その収
入の原因となる権利（収入すべき権利と同義。以下同じ）が確定したとき。
の属する年度の益金に計上すべきであり（最高裁平成４年（行ツ）第４５号
同５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９号５２７８頁参照，ま）
た，その収入の原因となる権利が確定する時期は，それぞれの権利の特質を
考慮し決定されるべきである（最高裁昭和５０年（行ツ）第１２３号同５３
年２月２４日第二小法廷判決・民集３２巻１号４３頁参照。）
(2)本件終身入居金の収益計上時期
ア本件終身入居金は，月々の管理費，食費，水道光熱費等に係る部分を除
き，入居者に対し，終身にわたり，原告の施設を利用させ，介護を提供す
ること等の役務に対する対価としての機能を有する一方，当該役務を提供
すべき期間は，入居者の死亡，当事者の解約の申出等の不確定な事情によ
って定まり，また，当該契約がこれらの事情によって中途で終了し，当該
役務を提供すべき義務が将来に向かって消滅した場合でも，短期解約返済
条項の適用があるときを除き，中途終了返済条項の定める額以外の額は，
その返還を要しないという点に特徴がある。そうすると，本件終身入居金
は，一定期間の役務の提供ごとに，それと具体的な対応関係をもって発生
する対価からなるものではなく，上記役務を終身にわたって受け得る地位
に対応する対価であり，いわば賃貸借契約における返還を要しない保証金
等に類するというべきである（法人税法基本通達２−１−４１(乙９参照)
は，当該保証金等は，返還を要しないこととなった日の属する事業年度の
益金の額に算入されるとする。また，最高裁昭和５５年(行ツ)第２６号同
５６年１０月８日第一小法廷判決・訟務月報２８巻１号１６３頁も，賃貸
借契約の保証金のうち，契約上，契約終了時に返還を要しないこととされ
る「償却費」は，その預託を受けた時の属する年の収入となるとする。。）
もとより，返済保証期間内に解約された場合には，中途終了返済条項の定
めにより，本件終身入居金の一部額の返還を要することになるが，その額
は，上記役務を提供すべき期間の残存期間に対応するものではなく，この
観点からも，本件終身入居金が，役務の一定期間の提供ごとに，それと具
体的な対応関係をもって発生する対価からなるものとみることはできな
い。
イこのような本件終身入居金に係る権利の特質に照らせば，本件終身入居
金の収入の原因となる権利が確定する時期は，上記役務の提供の有無等に
かかわりなく決せられるべきところ，本件終身入居契約の定めによれば，
本件終身入居金は，返済保証期間内に解約されたときは，中途終了返済条
項の定めに基づき，当該期間内で逓減する一部額の返還を要し（ただし，
短期解約返済条項の定めがある契約が，契約後３か月以内に解約されたと
きは，日割りの施設利用料等の精算を要するものの，その全額の返還を要
する，返済保証期間の経過後に解約されたときは，その全額の返還を。）
要しないことになるのであるから，その収入の原因となる権利は，期間の
経過により，その返還を要しないことが確定した額ごとに，その返還を要
しないことが確定した時に実現し，権利として確定するものと解するのが
相当である。
ウ具体的には，返済保証期間を含む各事業年度において，当該事業年度末
に解約等があったと仮定した場合の本件終身入居金の返金額（ただし，当
該事業年度内に実際に解約等がされた場合には，実際の返金額とする）。
と当該事業年度の前の事業年度末に解約等があったと仮定した場合の本件
終身入居金の返金額（ただし，当該事業年度の前の事業年度末に契約が未
締結の場合には，本件終身入居金の全額とする）との差額が，当該事業。
年度において返還を要しないことが確定した額であるから，当該額を当該
（，，事業年度の益金として計上すべきことになるなお上記の計算において
短期解約返済条項の適用がある場合には，本件終身入居金の返金額は，後
記(6)にも説示するとおり，その全額であると考えるべきことになる。。）
(3)本件短期入居金の収益計上時期
ア本件短期入居金は，月々の管理費，食費，水道光熱費等に係る部分を除
き，入居者に対し，１年間，原告の施設を利用させる等の役務の対価とし
ての機能を有する一方，当該契約は，入居者の死亡，当事者の解約の申出
等の不確定な事情によっても終了するから，実際に当該１年間の役務提供
，，がされるかは定かでなく当該契約がこれらの事情によって中途で終了し
当該役務を提供すべき義務が将来に向かって消滅した場合でも，短期解約
返済条項の適用があるときを除き，その返還を要しないという点に特徴が
ある。そうすると，本件短期入居金は，一定期間の役務の提供ごとに，そ
れと具体的な対応関係をもって発生する対価からなるものではなく，１年
間，施設の利用及び介護の提供を受け得る等の地位に対応する対価であっ
て，本件終身入居金と同様の性質を有するものであるというべきである。
イこのような本件短期入居金に係る権利の特質に照らせば，本件短期入居
金の収入の原因となる権利が確定する時期は，上記役務の提供の有無等に
かかわりなく決せられるべきところ，本件短期入居契約の定めによれば，
本件短期入居金は，短期解約返済条項の定めがあり，契約後３か月以内に
解約された場合には，短期解約返済条項の定めに基づき，日割りの施設利
用料等の精算を要するものの，その全額の返還を要し，短期解約返済条項
の適用がない場合には，その全額の返還を要しないことになるものである
から，その収入の原因となる権利は，期間の経過により，その返還を要し
ないことが確定した時に実現し，権利として確定すると解するのが相当で
ある。
ウ具体的には，本件短期入居金は，①短期解約返済条項の定めがある契約
の場合には，契約後３か月を経過したときに，その返還をしないことが確
定するから，契約後３か月を経過した日の属する事業年度に，その全額を
益金として計上すべきことになり，②短期解約返済条項の定めがない契約
の場合には，契約時に，その返還をしないことが確定するから，契約の日
の属する事業年度に，その全額を益金として計上すべきことになる。
(4)本件Ａ入居金の収益計上時期
，，ア本件Ａ入居金は本件Ａ施設利用料及び本件Ａ介護費用からなるところ
①本件Ａ施設利用料については，月々の管理費，食費，水道光熱費等に係
る部分及び後述の介護に係る部分を除き，入居者に対し，１年間，原告の
施設を利用させること等の対価としての機能を有し，入居者が，追加で本
件Ａ施設利用料を支払えば，１年間，当該契約を更新することができる一
方，当該契約は，入居者の死亡，当事者の解約の申出等の不確定な事情に
よっても終了するから，実際に当該１年間の施設利用がされるかは定かで
なく，当該契約がこれらの事情によって中途で終了し，当該役務を提供す
べき義務が将来に向かって消滅した場合でも，短期解約返済条項の適用が
あるときを除き，その返還を要しないという点に特徴があり，②本件Ａ介
護費用については，入居者に対し，介護の提供等をする役務に対する対価
としての機能を有する一方，当該役務を提供すべき期間は，追加の費用の
支払を要することなく，入居者の申出によって延長され，また，入居者の
死亡，当事者の解約の申出等の不確定な事情によって終了し，当該役務を
提供すべき義務が将来に向かって消滅した場合でも，短期解約返済条項の
適用があるときを除き，中途終了返済条項の定める額以外の額は，その返
還を要しないという点に特徴がある。そうすると，本件Ａ短期入居金は，
本件Ａ施設利用料及び本件Ａ介護費用のいずれも，一定期間の役務の提供
ごとに，それと具体的な対応関係をもって発生する対価からなるものでは
なく，上記①及び②の各条件の下に，施設の利用及び介護の提供を受け得
る等の地位に対応する対価であって，結局，本件終身入居金と同様の性質
を有するものであるというべきである。
イこのような本件Ａ入居金に係る権利の特質に照らせば，本件Ａ入居金の
収入の原因となる権利が確定する時期は，上記役務の提供の有無等にかか
わりなく決せられるべきところ，本件Ａ入居契約は，個々の契約の具体的
な定めに従い，本件Ａ入居金のうち施設利用料については，契約後３か月
以内に解約されたときは，短期解約返済条項の定めにより，その全額の返
還を要し，当該条項の適用がない場合は，その全額の返還を要しないこと
になり，本件Ａ介護費用については，契約後３か月以内に解約されたとき
は，短期解約返済条項の定めにより，その全額の返還を要し，当該条項の
適用がない場合で，返済保証期間内に解約されたときは，中途終了返済条
項の定めにより，当該期間内で逓減する一部額の返還を要し，そのいずれ
でもない場合は，その全額の返還を要しないことになるとするものである
から，その収入の原因となる権利は，期間の経過により，個々の契約の具
体的な定めにより，その返還を要しないことが確定した額ごとに，その返
還を要しないことが確定した時に実現し，権利として確定すると解するの
が相当である。
ウ具体的には，本件Ａ入居金のうち，①本件Ａ施設利用料は，本件短期入
居金と同様に考えられるから，それと同様（前記(2)ウ参照）に処理し，
②本件Ａ介護費用は，本件終身入居金と同様に考えられるから，それと同
様（前記(1)ウ参照）に処理すべきことになる。
(5)本件終身前受金に関する原告の主張について
ア(ア)原告は，入居一時金のうち，本件終身前受金（ただし，争点(1)に
関する前記１の判断を踏まえ，以下，前記１において原告の益金に含ま
れるとした部分のうち，終身にわたる役務に対する対価に相当する部分
を含むものを指すものとする）の収益計上時期について，返済保証期。
間の経過までの間に全額を収益計上する前記(2)及び(4)の基準以下返（「
済保証期間基準」という）を採ることを争い，返済保証期間の経過後。
であっても，原告は，入居者が生存する限り役務を提供しなければなら
ず，当該役務の提供を怠れば損害賠償義務を負うから，実現主義の観点
から，本件終身前受金の収益は当該役務の提供義務を履行するまで実現
しないとして，想定入居期間内の一定期間の経過ごとに，本件終身前受
金のうち当該一定期間に対応する額を収益計上すべきであると主張する
（以下，この主張に係る基準を「想定入居期間基準」という。。）
(イ)しかしながら，前記(2)及び(4)で説示したところによれば，入居一
時金のうち，本件終身前受金部分についても，その返還を要しないこと
が確定した額ごとに，その返還を要しないことが確定した時に，その収
入の原因となる権利が実現すると考えられるのであるから，返済保証期
間基準は，企業会計原則にいう実現主義と何ら矛盾するものではなく，
これに適合するものということができる。これに対し，想定入居期間基
準は，一定の役務の提供ごとに，それに対応する対価が，収入の原因と
なる権利として実現するという考え方によるものと解されるが前記(2)，
及び(4)で説示したとおり，本件終身前受金は，一定期間の役務の提供
ごとに，それと具体的な対応関係をもって発生する対価からなるもので
，，。はないのであるからその前提を欠いており採用することができない
(ウ)もとより，返済保証期間の経過後であっても，役務提供義務の不
履行によって，原告が損害賠償義務を負うことはあり得ると考えられ
るが，そのような場合には，本件終身前受金の全部又は一部が返還さ
れるのではなく，入居者に生じた損害の額が賠償されることになるの
であり，また，仮に，その場合において，本件終身前受金相当額の賠
償を要することがあるとしても，そのような事態は，原告の債務不履
行という新たな事由の発生によるものであるから，原告が損害賠償義
務を負うことがあり得ることをもって，本件終身前受金等が，収入の
原因となる権利として確定していないということはできないというべ
（，，きであるなお前掲最高裁昭和５６年１０月８日第一小法廷判決は
前記のとおり，賃貸借契約の保証金のうち，契約上，契約終了時に返
還を要しないこととされる「償却費」は，その預託を受けた時の属す
，，，る年の収入となるとしたものであるが同判決は当該賃貸借契約に
賃貸人が，賃借人の債務不履行以外の理由によって賃貸借契約を解除
した場合には，保証金の全額を返還する必要があるとの定めが付され
ており，賃貸人の債務不履行等に基づく契約の解除がされた場合には
償却費相当額の返還債務が新たに発生することが予定されている事案
（その原審・東京高裁昭和５４年１２月１１日判決・訟務月報２８巻
１号１６７頁参照）において，上記の結論を判示したものである。。）
イ(ア)また，原告は，いわゆる費用収益対応の原則の観点からも，想定入
居期間基準は根拠付けられ，役務を提供すべき期間に生ずる費用と本件
終身前受金による収益とを対応させるには，当該収益を想定入居期間に
按分等して計上する必要があると主張する。
(イ)しかしながら，本件終身前受金は，一定期間の役務の提供ごとに，
それと具体的な対応関係をもって発生する対価からなるものでないこと
は既に説示したとおりであって，原告の上記主張は前提を欠くといわざ
るを得ない。そもそも，費用収益対応の原則といっても，法人税額の計
算においては，法人税法２２条４項の公正妥当と認められる会計基準と
して，同条２項及び３項の文言を前提に考慮され得るものにすぎないと
ころ，同項は，売上原価等のように，収益との対応関係が明確な類型の
費用については，当該収益と同じ事業年度の損金として計上するものと
して，当該収益に対し，当該費用を対応させる一方（１号，一般管理）
費等のように，収益との対応関係が不明確な類型の費用については，当
該費用の発生した事業年度の損金として計上するものとして，その発生
し又は確定した時期に対し，その計上する時期を対応させ（２号，そ）
の限度において，費用収益対応の原則を具体化しているものと解される
ところ，これらの定めによれば，一定の事業年度に費用が発生するから
といって，当該費用に対し，それ以前の事業年度に確定すべき収益を繰
り延べて対応させることは，当該各号のいずれの規定にも適合せず，許
されないものというべきである。
(ウ)原告は，返済保証期間基準の下で収益と費用とを対応させるために
は，その計上した収益について，当該収益に対応する将来の役務提供費
用を見積り計上すべきことになるはずであるとも指摘する。しかしなが
ら，この指摘が前提を欠くことは，上記(イ)と同様であり，また，そも
そも，原告も認めるように，本件各入居契約は，その契約の性質上，本
件終身前受金に対応する役務の提供期間が不確定であり，収益に対応す
る役務原価の額を適正に見越すことはできないといわざるを得ないか
ら，この点からも，原告の当該主張を採用することはできない。
ウ(ア)原告は，被告の主張する権利確定主義の観点について，権利確定主
義によるとしても，原告が，返済保証期間の経過後も，反対給付である
役務の不履行によって，損害賠償債務を負う可能性がある以上，本件終
身前受金に係る権利が確定したということはできず，その権利が確定す
るのは，それに対応する役務を完了したときであるとして，想定入居期
間基準を採るべきであると主張する。
(イ)しかしながら，本件終身前受金が，その返還を要しないことが確定
した額ごとに，その返還を要しないことが確定した時に実現し，権利と
して確定すると解されることは，前記(2)及び(4)並びに前記ア(イ)にお
いて既に説示したとおりであり，原告の上記主張は，原告が，役務提供
義務の不履行により損害賠償債務を負う可能性があることを理由に，本
件終身前受金が，一定期間の当該役務と具体的な対応関係を有すること
を前提とするものであるところ，その主張が前提を欠くことも，前記ア
(ウ)において既に説示したとおりである。
エ(ア)また，原告は，被告の主張する管理支配基準の観点について，①管
理支配基準は，権利確定主義によると著しい不都合が生じてしまう場合
の例外的な基準であるから，本件に用いるべきではなく，②また，仮に
同基準によるとしても，収益を管理支配したというには，反対給付の履
行等を前提にすべきところ，返済保証期間の経過後も，原告は，反対給
付である役務を履行していないとして，想定入居期間基準を採るべきで
あると主張する。
(イ)しかしながら，(ａ)返済保証期間基準は，前記(1)のとおり，収入
の原因となる権利が確定する時期を基準として収益を計上するものであ
り，権利確定主義に合致するというべきであって，殊更に権利確定主義
によらずに管理支配基準を用いたものではないから，上記(ア)①の主張
，，，，はその前提を欠き(ｂ)また管理支配という側面からみても原告は
返済保証期間の経過後，その返還を要しなくなった金員について，何ら
の拘束なく自らの事業に使用することができ，当該金員を管理支配して
いるというべきであるから，返済保証基準は，管理支配基準にも合致す
るということができるのであって，同②の主張もこれを採用することは
できない。この点に関する原告の主張は，本件終身前受金が，一定期間
の役務の提供ごとに，それと具体的な対応関係をもって発生する対価か
らなるものであり，役務の提供が，反対給付の履行等に当たることを前
提とするものであるところ，既に説示したとおり，その所論は採用する
ことができず，その主張は前提を欠くものである。
オ(ア)さらに，原告は，想定入居期間基準は，主務官庁の通知に準拠した
ものであるなどとして，法人税法２２条４項の「一般に公正妥当と認め
られる会計処理の基準」に該当すると主張する。
確かに，甲第２２及び第３６号証並びに乙第８号証によれば，平成１
４年７月１８日付け厚生労働省老人保健局長通知「有料老人ホームの設
置運営標準指導指針について」及び６府県の同様の指針が「一時金…，
の償却年数は平均余命を勘案し決め」るべきなどと定めており（以下，
この指針を「償却期間指針」という，その趣旨が，本件終身入居金。）
「」，のような一時金を複数の事業年度に配分して収益計上するに当たり
その複数の事業年度にわたる期間（償却期間）の長さは，入居者の平均
余命を勘案して決めるべきことを求めたものであることは認めることが
できる。しかし，①償却期間指針は，平均余命を基準に償却期間を決め
ることを求めるものにとどまり，その償却期間が，本件でいう返済保証
期間と一致する必要がないことまでをいうものではないところ，②甲第
３６号証及び乙第８号証によれば，上記通知は，同時に，上記の「一時
金」について「一定期間内に死亡又は退去したときの入居月数に応じ，
た返還金の算定方式を明らかにするよう求めていることが認められ以」（
下，この指針を「返済金指針」という「償却期間」と上記「一定期。），
間」との概念の関係について検討を要するが，乙第８号証によれば，償
却期間指針は，資金収支計画及び損益計画に係る項目に記載されている
のに対し，返却金指針は，入居者の支払う利用料等の取扱いに係る項目
に記載されていることが認められ，その文脈に徴すれば，前者は，資金
収支計画及び損益計画の観点から，償却期間の経過後，収入がないのに
支出が生ずる期間が長期にわたるなどして資金繰りが困難になることの
ないようにすることを目的にしたものであるのに対し，後者は，入居者
保護の観点から，中途解約の場合の返済額を「明らか」にすること，そ
の返済額の計算は「入居月数」に応じた月割計算にすべきことに重点，
を置いたものであると解するのが自然であり，このことによれば，同通
知において「償却期間」と上記「一定期間」とが異なる概念を指す意図
，，，で用いられているとはにわかに解し難く③現に乙第９号証によれば
Ｂが発行する「Ｃ」には「受入れた入居金のうち返還を要しなくなっ，
た部分をその年の収益額として計上する」として，上記通知にいう「償
却期間」を返済保証期間と一致させるべきである旨の記載がされている
ことが認められること，④想定入居期間基準を採用する原告以外の有料
老人ホームの存在をうかがわせる証拠もないことなどからすれば，想定
入居期間基準が，法人税法２２条４項の「一般に公正妥当と認められる
」。会計処理の基準に適合するとみることはできないといわざるを得ない
また，甲第２３及び第２４号証によれば，原告が想定入居期間基準を採
用していることが，厚生労働省及び各府県の検査においては問題とされ
ていなかったことは認められるが，厚生労働省の指導指針については，
その趣旨が上記のようなものであり，各府県の指導指針については，本
件全証拠（特に甲第２２号証）によっても，返済金指針に相当する指針
が定められていたのか否かが明らかでないところ，その余の主張立証を
考慮しても，厚生労働省及び各府県の検査が，返済保証期間と「償却期
間」との不一致に着目した上であえて当該取扱いを是認したものであっ
たとまでは認め難く，この点の事情も，上記の結論を左右するものでは
ないというべきである。
(イ)原告は，想定入居期間基準による会計処理について，原告が，監査
法人から適正意見を受けており，また，これを税務上の会計処理として
用いることにつき，税務署の担当官からこれを許容する意見を確認した
上，それを３０年以上にわたり続けてきたという事情も主張するが，そ
のことのみをもって，当該会計処理が税務上の会計処理として税法上適
法であるということはできず，上記のとおり客観的には税法上違法と評
価される税務上の会計処理を継続していたからといって（また，それが
税務署によってそれまで看過されていたからといって，企業会計原則）
にいう継続性の原則を満たすということもできない。原告は，返済保証
期間基準によると，中途終了返済条項の定めによって，返済保証期間が
変わり，恣意的な収益計上時期を定めることができるとも主張するが，
恣意的な会計処理をするための仮装の契約である等の事情のない限り，
税務上の会計処理をするに当たり，私法上の契約内容に沿うべきことは
当然であって，この点の主張も採用することができない（なお，仮に，
本件終身前受金が想定入居期間における役務の単純な対価であるとすれ
ば，当該役務の提供期間よりも短い返済保証期間を定める本件終身入居
契約等は，消費者契約法の観点から，その適法性・有効性に疑義の生ず
るところであり，これを同法との関係で瑕疵のない適法かつ有効な契約
と解する以上，本件終身前受金が想定入居期間における役務の単純な対
価であるとは解し難いというべきである。。）
カ以上のとおり，原告の主張を考慮しても，本件終身前受金の収益計上時
期については，返済保証期間基準を採るのが相当であって，想定入居期間
基準を採用することはできない。原告が，本件終身前受金につき，想定入
居期間基準によって費用と収益とを可及的に対応させようとするのであれ
ば，想定入居期間と返済保証期間とを一致させるように契約条項を定めれ
ば足りるのであり，そのような定めをしないまま収益の繰延べをすること
が許容されるべき理由はないというべきである。
(6)短期解約返済条項に関する原告の主張について
ア原告は，仮に，返済保証期間基準を採るとしても，短期解約返済条項の
適用がある契約の場合，入居一時金から日割りの施設利用料等を控除した
額が返還されるのであるから，短期解約返済条項の定めがある契約におい
ては，契約後３か月間，日々，当該日割りの施設利用料等が，その返還を
要しない額として確定するものとして，これを収益計上すべきであると主
張する。
イしかしながら，中途終了返済条項は，返済保証期間内の解約に際し，原
告が返金すべき入居一時金の額を定めるものであり，その額が，期間の経
過によって逓減することから，当該条項によって，収益として確定する額
，，が決まると解することができる規定であるのに対し短期解約返済条項は
当該条項の定めがなければ，たとえ契約の日に解約がされた場合であって
も，入居一時金の一部又は全部が返還されなくなるところ，契約後３か月
内という短期で解約された場合には，その全額を返還するものとして（乙
８の５枚目・９(1)ウの第２段落参照，いわば一種のクーリング・オフ）
（原告準備書面（第６回）の別紙冒頭参照）を定めた規定と解すべきもの
である。確かに，短期解約返済条項の定めに基づく実際の返金額は，当該
全額から，日割りの施設利用料相当額等を控除した額となるが，既に説示
したとおり，そもそも，本件各入居契約による入居一時金は，日々の施設
利用等と具体的な対応関係を有する対価ではないこと，また，短期解約返
済条項の定めによれば，日割りの施設利用料相当額の控除と同時に，日割
りの管理費など，本来，入居一時金によって補てんされるものではないこ
とが明らかな費目も控除されることになることに照らせば，当該控除に係
る定めは，中途終了返済条項のように，入居一時金の一定額を返還しない
という趣旨ではなく解約がされた場合に一定の他の債権債務を精算相，，（
殺）するという趣旨に解すべきものであり，原告が日割りの施設利用料相
当額等の債権を取得するとか，現に解約されなかった場合にまで入居一時
金のうち日割りの施設利用料相当額等が返還されなくなるというものでは
ないというべきであるから，短期解約返済条項によって，当該日割りの施
設利用料相当額等が，日々，確定しているとみることはできない。
ウしたがって，入居一時金のうち，返還しないことが確定する額の計算に
おいては，前記(2)ウ，(3)ウ及び(4)ウのとおり，短期解約返済条項の適
用がある場合には，解約に伴う入居一時金の返金額は全額であるとして，
その額を算定すれば足り，実際に短期解約返済条項に基づく解約がされた
場合には，当該解約の日の属する事業年度に，当該条項に基づく日割りの
施設利用料等を収益計上することになる。
(7)小括
以上によれば，上記(2)ないし(4)に説示した各種の入居一時金に係る収益
計上時期に関する基準は，いずれも被告主張の基準と一致するものであると
ころ，処分行政庁が，それらの入居一時金につき，当該基準を適用して，本
件各事業年度にそれぞれ計上すべき収益の額を認定し，これに基づき，本件
各更正処分等をしたことについて，違法はないというべきである（原告のそ
の余の主張も，この判断を左右するに足りるものとは認められない。。）
３争点(3)（理由付記の不備の違法の有無）について
(1)原告は，青色申告の承認を受けた者であったところ，法人税法１３０条
２項が青色申告に係る法人税について更正をする場合には更正通知書に更正
の理由を付記すべきものとしているのは，法が，青色申告制度を採用し，青
色申告に係る所得の計算については，それが法定の帳簿組織による正当な記
載に基づくものである以上，その帳簿の記載を無視して更正されることがな
いことを納税者に保障した趣旨にかんがみ，処分行政庁の判断の慎重，合理
性を担保してその恣意を抑制するとともに，更正の理由を相手方に知らせて
不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであり，したがって，
帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合において更正通知書に付記す
，，べき理由としては単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけではなく
そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示す
ることによって具体的に明示することを要するが，帳簿書類の記載自体を否
認することなしに更正をする場合においては，当該更正は納税者による帳簿
の記載を覆すものではないから，更正通知書記載の更正の理由が，そのよう
な更正をした根拠について帳簿記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示する
ものでないとしても，更正の根拠を前記の処分行政庁の恣意抑制及び不服申
立ての便宜という理由付記制度の趣旨・目的を充足する程度に具体的に明示
するものである限り，法の要求する更正理由の付記として欠けるところはな
いと解するのが相当である（最高裁昭和５６年（行ツ）第３６号同６０年４
月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁参照。）
(2)これを本件についてみるに，本件各当初更正処分等が，帳簿書類の記載
自体を否認することなしに更正をする場合に当たることに争いはなく，甲第
３ないし第５号証によれば，本件各事業年度に収益計上されるべき入居一時
金の額について，本件各当初更正処分等の更正通知書には，入居一時金のう
ち，①「返済保証金」及び「入居者基金」は，契約から３か月を経過した日
に入居者に返済されないことが確定するため，当該事業年度内に契約から３
か月を経過した日が含まれる契約に係る部分が，当該事業年度の益金に含ま
れる旨，②「終身契約の会員費」及び「短期契約の介護費」のうち上記①以
外の部分は，期間の経過に応じて入居者への返済金額が逓減することから，
当該事業年度に入居者への返済が不要となる部分が，当該事業年度の益金に
なる旨，③「短期契約を更新する場合の施設利用料」は，契約更新の時に入
居者に返済されないことが確定するため，当該事業年度に更新された契約に
係る部分が，当該事業年度の益金に含まれる旨が記載されていることが認め
られるところ，これらの記載からは，返金しないことが確定した金員は，そ
の返金しないことが確定したときの収益となるとの基準の下に，処分行政庁
がその基準を本件各入居契約の入居一時金の各部分に当てはめていること
が，当該記載自体によって了知し得るものというべきである。そうすると，
当該記載は，当該更正における処分行政庁の判断過程を，その判断の基準及
び方法を了知し得る程度に記載したものということができ，処分行政庁は，
上記のような内容の理由を記載することによって，本件の各更正における自
らの判断過程（益金を計上すべき事業年度の判断基準及び当該基準を本件各
入居契約の入居一時金に適用する方法・結果等）を逐一検証することができ
るのであるから，その判断の慎重，合理性の担保による処分行政庁の恣意抑
制という理由付記制度の趣旨・目的との関係において欠けるところはないと
いうべきであり，また，不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨・目的
との関係においても，原告において処分行政庁の判断の当否（前記基準及び
当該基準の適用の方法・結果等の当否）を検討するのに必要な処分行政庁の
当該判断過程を了知し得るものということができるのであって，上記①ない
し③の各事項を内容とする更正通知書の記載は，法人税法１３０条２項の要
求する更正理由の付記として欠けるところはなく，この点に違法はないとい
うべきである。
(3)原告は，前記各更正通知書の記載につき，入居一時金のうち一定の部分
の返還しないことが確定する旨の摘示は，契約内容を単に事実として記載し
ただけであり，当該部分が当該事業年度の益金となるという結論に対する理
由付けにはならないと主張する。しかしながら，契約内容のうち特定の事項
を摘示し，それを一定の事実に適用した場合の契約上の効果（返還しないこ
との確定）をもって当該部分が益金となる理由として記載する以上，処分行
政庁が，当該部分を返還しないことが確定するという契約上の効果を益金と
なることのメルクマールと考えていることは容易に看取されるのであり，し
かも，複数の部分について，いずれも同様の契約上の効果を招来する事実関
係が理由として記載されているのであるから，それらの事実関係に共通の契
約上の効果としての一般的な要件（返還しないことの確定）が，処分行政庁
の判断の根拠となる理由付けであることは容易に了知し得る事柄であったと
いうべきであって，処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由
付記制度の趣旨・目的に照らせば，上記(2)①ないし③の事項を内容とする
各更生通知書の記載をもって，当該趣旨・目的の達成のために必要な更正理
由の付記として欠けるところはないと解するのが相当であり，原告の上記主
張は採用することができない。
(4)甲第７，第８号証並びに第９号証の１及び２（原告の税務当局に対する
嘆願書）によれば，本件当初各更正処分等に先立ち，原告と税務当局との間
で半年以上にわたる折衝があり，原告が，税務当局担当官の「調査結果の税
法通達及び判例に基づく説明」等に納得せず，前記厚生労働省老人保健局長
通知に基づく会計処理をしていると反論するなど，両者の議論は平行線をた
どっていたことが認められ，この経緯からすれば，処分行政庁としても，上
記(2)①ないし③の事項を内容とする理由の記載によって，直ちに原告が納
得するものではないことは予見し得たということはできるものの，処分行政
庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という前記理由付記制度の趣旨・目的に
照らせば，更正処分における理由の記載は，それ自体において処分行政庁の
判断過程が理解され得るものであれば足り，それ以上に相手方を納得させる
ものであるまでの必要はないというべきであり，まして，本件のように，事
前の折衝でも約半年余にわたり議論の対立が続いていた状況の下では，直ち
に相手方を納得させる理由を記載することは困難というべきであるから，上
記事情を勘案しても，前記理由付記の適法性が左右されるものではないとい
うべきである。
(5)なお，本件各更正処分等が，帳簿書類の記載自体を否認して更正をする
場合に当たるとみるとしても，上記(3)に説示したとおり具体的な契約内容
を摘示した各更正通知書の記載によれば，事案の性質上，当該各処分が，本
件各入居契約の契約書の内容に基づいて上記の更正等をしたものであること
は客観的に明らかであったというべきであるから，当該各処分は，その理由
付記において，更正の根拠となる帳簿記載以上に信ぴょう力のある資料を摘
示したものということができ，処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜
という前記理由付記制度の趣旨・目的に照らし，法人税法１３０条２項の要
求する更正理由の付記として欠けるところはないものと解するのが相当であ
る。
(6)以上によれば，本件各更正処分等の理由付記に所論の理由不備はなく，
この点に違法はないというべきである。
４本件各更正処分等の適法性
(1)そして，甲第３ないし第５号証（本件各当初更正処分等の更正通知書）
及び第１９ないし第２１号証（本件各再更正処分等の更正通知書）並びに弁
論の全趣旨によれば争点(2)について前記２で説示した基準に従い争点(1)，，
について前記１で説示した益金を含む原告の益金を本件各事業年度の収益と
して計上し，原告の法人税に係る計算をすると，①その所得金額は，別紙１
「課税の根拠及び計算」の第１の１(1)，２(1)及び３(1)記載の各金額を下
回らず，その翌期に繰り越す欠損金の額は，同１(2)記載の金額を超えない
こと，また，②その納付すべき税額は，同２(3)及び同３(3)記載の各金額を
超えないこと，③その過少申告加算税の額は，同別紙１の第２の１及び２記
載の各金額を超えないことがそれぞれ認められ，同別紙１の第１及び第２の
上記各項記載の各金額は，別紙２「本件各事業年度の法人税に関する経緯」
の第１ないし第３の各表の本件各更正処分等に対応する欄（本件各再更正「
処分等」欄及び「審査裁決」欄）記載の各金額とそれぞれ一致するから，争
点(3)について前記３で説示したとおり，本件各更正処分等に所論の手続上
の違法もない以上，本件各更正処分等は，いずれも適法というべきである。
(2)なお，原告は，その準備書面（第６回）において，本件各更正処分等に
おける法人税額の計算が，被告主張の計算方法によって一貫されていないこ
と等を指摘し，本件各更正処分等がずさんであると主張するところ，同主張
は，上記(1)の認定を争うものと解する余地もあるので，念のため，この点
について付言するに，以下のとおり，同主張は，上記(1)の認定を妨げず，
本件各更正処分等の適法性を左右するものではないというべきである。
ア原告は，被告がその準備書面(６)において実際に短期解約返済条項の適
用がされたと主張する入居者以外にも，本件各更正処分等において，同条
項の適用があったとして処理されている入居者（原告準備書面（第６回）
別紙の２）がいることを指摘する。しかしながら，乙第２１号証（原告が
部屋番号等を特定して指摘する入居者の入居契約書）によれば，当該入居
者に係る入居契約について，短期解約返済条項は付されていなかったこと
が認められるところ，確かに，甲第１９号証及び弁論の全趣旨によれば，
当該入居者は，入居契約の解約に伴い，短期解約返済条項の定めがあった
のと同様の計算による返還金を受領していることが認められるものの，甲
第１９号証及び乙第２１号証によれば，当該契約に係る入居一時金につい
ては，本件各更正処分等において，その返還金を除いた残額のみが，その
入居時及び解約時を含む事業年度の収益として計上されていることが認め
られるのであるから，この点は，上記(1)の判断を妨げるものではなく，
本件各更正処分等の適法性を左右するものではない。
イ原告は，本件各更正処分等において短期解約返済条項の適用があったと
される入居者以外にも，実際には短期解約返済条項の適用がされていた入
居者（原告準備書面（第６回）別紙の３）がいるとも指摘する。しかしな
がら，甲第１９及び第２１号証（当該入居者に係る収益が計上されるべき
各事業年度の本件再更正処分等の更正通知書）によれば，当該入居者に係
る収益は，そもそも，本件各更正処分等の基礎とされていないことが認め
られ，その収益が当該各事業年度の収益として計上されていないことにつ
いて，原告に不利はないと認めるべきであるから，この点も，上記(1)の
判断を妨げるものではなく，本件各更正処分等の適法性を左右するもので
はない。
ウ原告は，短期解約返済条項に関する被告の主張によれば，契約後３か月
を経過した日の属する平成１５年度に計上されるべき収益が，平成１４
年度に計上されており，被告の課税の計算に誤りがあると主張する。原告
の当該主張は，平成１５年度の収益が，本来よりも少なく計上されている
というものであり，他方で，その結果，本来よりも多額の収益が計上され
たものとされる平成１４年度は，本件各更正処分等の対象事業年度に含ま
れていない以上，当該主張は，本件各更正処分等の違法を基礎付けるもの
ではないというべきであるところ，その点を措くとしても，甲第１９号証
及び第３４号証の２によれば，当該収益に係る入居者の入居契約には，短
期解約返済条項の定めがなかったことが認められるのであって，原告の当
該主張は，いずれにしても，その前提を欠き，採用することができない。
(3)原告のその余の主張も，本件各更正処分等の適法性に関する前示の認定
・判断を左右するに足りるものとは認められない。
５結論
よって，原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，訴訟費用
の負担について，行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して，主文の
とおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官岩井伸晃
裁判官小海隆則
裁判官吉野俊太郎
（別紙１）
課税の根拠及び計算
第１法人税
１平成１５年度
(1)課税所得金額０円
上記金額は，次のアの金額にイの金額を加算し，ウの金額を控除した金額
である。
ア当初の確定申告（減額更正後のもの）における課税所得金額０円
上記金額は，日本橋税務署長がした平成１５年度減額更正処分における
更正通知書に記載された課税所得金額である。
イ所得金額に加算すべき収益の金額１０億２８７３万９７５２円
上記金額は，原告が入居一時金として受領した金員のうち，平成１６年
年度に返還を要しないこととなった金額の合計４０億７６１０万７６５２
円（消費税及び地方消費税３５３３万９３９６円を除く）と，原告が平。
成１６年６月２９日に日本橋税務署長に対し提出した平成１５年度の法人
税の確定申告書添付の課税事業損益計算書に記載された入居金収益の金額
３０億４７３６万７９００円との差額である。
ウ所得金額から減算すべき収益の金額１０億２８７３万９７５２円
上記金額は，次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額である。
(ア)有料老人ホーム入居者基金制度加入料３８６０万円
，，（「」。）「」上記金額は原告が社団法人Ｂ以下ＢというのＤ制度
に加入するため，平成１５年度にＢに対して支払った金員の合計額であ
る。
(イ)損金の額に算入される繰越欠損金９億９０１３万９７５２円
上記金額は，当期の損金の額に算入される前期から繰り越された欠損
金額である。
(2)翌期へ繰り越す欠損金額２２億３９１１万４８４１円
上記金額は，翌期以降の事業年度において損金の額に算入される欠損金額
である。
２平成１６年度
(1)課税所得金額１５億３８８１万４３１７円
上記金額は，次のアの金額にイの金額を加算し，ウの金額を控除した金額
である。
ア当初の確定申告における課税所得金０円
上記金額は，原告が平成１７年６月２７日に日本橋税務署長に提出した
平成１６年度の法人税の確定申告書（以下「平成１６年度確定申告書」と
いう）に記載された課税所得金額である。。
イ所得金額に加算すべき収益の金額１５億７９８５万４３１７円
上記金額は，次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額である。
(ア)入居一時金収益の計上漏れ１０億８６５３万７４６３円
上記金額は，原告が入居一時金として受領した金員のうち，平成１６
年度に返還を要しないこととなった金額の合計４５億１５４２万
（。），５０３２円消費税及び地方消費税３９２２万０００１円を除くと
平成１６年度確定申告書添付の課税事業損益計算書に記載された入居金
収益の金額３４億２８８８万７５６９円との差額である。
(イ)欠損金額の当期控除額過大４億９３３１万６８５４円
上記金額は，当期の損金の額に算入される前期から繰り越された欠損
金額２２億３９１１万４８４１円と，平成１６年度確定申告書において
原告が損金の額に算入した欠損金額２７億３２４３万１６９５円との差
額である。
ウ所得金額から減算すべき収益の金額４１０４万円
上記金額は，原告が，前記「Ｄ制度」に加入するため，平成１６年度に
Ｂに対して支払った金員の合計額である。
(2)課税所得金額に対する法人税額３億３８５３万９０８０円
上記金額は，前記(1)の課税所得金額について，国税通則法（ただし，平
成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ）１１８条１項の規。
定により千円未満の端数金額を切り捨て，法人税法６６条３項（ただし，同
改正前のもの）及び同廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき
所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１１年法律第８号。た
だし，平成１８年法律第１０号による廃止前のもの）１６条１項の規定によ
る税率２２％を乗じて計算した金額である
(3)納付すべき法人税額３億３８５３万９０００円
上記金額は，上記(2)の法人税額について，国税通則法１１９条１項の規
定により百円未満の端数金額を切り捨てた後のものである。
(4)既に納付の確定した本税額０円
，。上記金額は平成１６年度確定申告書における納付すべき法人税額である
(5)差引納付すべき法人税額３億３８５３万９０００円
上記金額は，前記(3)の金額から上記(4)の金額を差し引いた金額である。
３平成１７年度
(1)課税所得金額１７億１４３８万０５６６円
上記金額は，次のアの金額にイの金額を加算し，ウの金額を控除した金額
である。
ア当初の確定申告における課税所得金額０円
上記金額は，原告が平成１８年６月２３日に日本橋税務署長に提出した
平成１７年度の法人税の確定申告書（以下「平成１７年度確定申告書」と
いう）に記載された課税所得金額である。。
イ所得金額に加算すべき収益の金額１９億４３６３万５８６６円
上記金額は，次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額である。
(ア)入居一時金収益の計上漏れ１５億３２１６万７２７７円
上記金額は，原告が入居一時金として受領した金員のうち，平成１７
年度に返還を要しないこととなった金額の合計４８億３０９４万
（。），３５２５円消費税及び地方消費税３１５１万７３８７円を除くと
平成１７年度確定申告書添付の課税事業損益計算書に記載された入居金
収益の金額３２億９８７７万６２４８円との差額である。
(イ)欠損金額の当期控除額過大４億１１４６万８５８９円
上記金額は，平成１７年度確定申告書において原告が損金の額に算入
した欠損金額である。
ウ所得金額から減算すべき収益の金額２億２９２５万５３００円
上記金額は，次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額である。
(ア)Ｄ制度加入料４１７１万円
上記金額は，原告が，前記「Ｄ制度」に加入するため，平成１７年度
にＢに対して支払った金員の合計額である。
(イ)事業税相当額１億８７５４万５３００円
上記金額は，本件当初更正等処分により増額した平成１６年度の所得
額１９億５３５９万７８１４円について，地方税法２０条の４の２第１
項に基づき千円未満の端数を切り捨て，同法７２条の２４の７に規定す
る標準税率９．６％を乗じ，同法２０条の４の２第３項に基づき百円未
満の端数を切り捨てた額である（なお，上記金額は，当該所得のうち，
８００万円以下の部分に適用される税率を考慮せず，また，本件再更正
処分等による所得額の減額を考慮していないため，本来の額より過大に
算定されているが，損金に算入する額なので，そのことによって課税処
分の適法性は左右されないというべきである。。）
(2)課税所得金額に対する法人税額３億７７１６万３６００円
上記金額は，前記(1)の課税所得金額について，前記２(2)と同様の計算を
して得た額である
(3)納付すべき法人税額３億７７１６万３６００円
上記金額は，上記(2)の金額である。
(4)既に納付の確定した本税額０円
，。上記金額は平成１７年度確定申告書における納付すべき法人税額である
(5)差引納付すべき法人税額３億７７１６万３６００円
上記金額は，前記(3)の金額から上記(4)の金額を差し引いた金額である。
第２過少申告加算税
１平成１６年度５０７５万４５００円
上記金額は，次の(1)及び(2)の各金額の合計額である。
(1)国税通則法６５条１項による算定額３３８５万３０００円
上記金額は，前記２(5)の金額について，国税通則法１１８条３項に基づ
き１万円未満の端数金額を切り捨て，同法６５条１項に規定する割合１０％
を乗じて得た額である。
(2)国税通則法６５条２項による加算額１６９０万１５００円
上記金額は，国税通則法６５条２項の規定に基づき，前記２(5)の金額の
うち，５０万円を超える部分の額について，同法１１８条３項に基づき１万
円未満の端数金額を切り捨てた額３億３８０３万円に対し，同法６５条２項
に規定する５％の割合を乗じて得た額である。
２平成１７年度５６５４万９０００円
上記金額は，次の(1)及び(2)の各金額の合計額である。
(1)国税通則法６５条１項による算定額３７７１万６０００円
上記金額は，前記３(5)の金額について，国税通則法１１８条３項に基づ
き１万円未満の端数金額を切り捨て，同法６５条１項に規定する割合１０％
を乗じて得た額である。
(2)国税通則法６５条２項による加算額１８８３万３０００円
上記金額は，国税通則法６５条２項の規定に基づき，前記３(5)の金額の
うち，５０万円を超える部分の額について，同法１１８条３項に基づき１万
円未満の端数金額を切り捨てた額３億７６６６万円に対し，同法６５条２項
に規定する５％の割合を乗じて得た額である。
以上
（別紙２）
本件各事業年度の法人税に関する経緯
第１平成１５年度の法人税に関する経緯
区分年月日所得金額納付すべき翌期へ繰り越す過少申告加算
法人税額欠損金額税
本件各確定申告平成16年6月29日0円0円19億3729万7799円
更正の請求平成17年5月30日0円0円32億1715万8417円
平成１５年度更正処分平成17年6月29日0円0円32億1715万8417円
本件各当初更正処分等平成19年4月25日0円0円20億2896万5657円
審査請求平成19年6月12日0円0円32億1715万8417円
本件各再更正処分等平成20年2月4日0円0円22億3911万4841円
審査裁決平成21年12月9日0円0円22億3911万4841円
第２平成１６年度の法人税に関する経緯
区分年月日所得金額納付すべき翌期へ繰り越す過少申告加算税
法人税額欠損金額
本件各確定申告平成17年6月27日0円0円4億8472万6722円
本件各当初更正処分等平成19年4月25日19億5359万7814円4億2979万1300円0円6444万3500円
審査請求平成19年6月12日0円0円4億8472万6722円0円
本件各再更正処分等平成20年2月4日15億3881万4317円3億3853万9000円0円5075万4500円
審査裁決平成21年12月9日15億3881万4317円3億3853万9000円0円5075万4500円
第３平成１７年度の法人税に関する経緯
区分年月日所得金額納付すべき翌期へ繰り越す過少申告加算税
法人税額欠損金額
本件各確定申告平成18年6月23日0円0円7325万8133円
本件各当初更正処分等平成19年4月25日18億3336万6089円4億0334万0500円0円6047万6000円
審査請求平成19年6月12日0円0円7325万8133円0円
本件各再更正処分等平成20年2月4日17億1438万0566円3億7716万3600円0円5654万9000円
審査裁決平成21年12月9日17億1438万0566円3億7716万3600円0円5654万9000円

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