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令和２年３月２４日判決言渡
平成２８年（行ウ）第５８９号法人税更正処分取消請求事件
主文
１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。5
事実及び理由
第１請求
処分行政庁が平成２７年６月２９日付けでした原告の平成２４年４月１日か
ら平成２５年３月３１日までの事業年度（以下「平成２５年３月期」といい，
他の事業年度についても同様の要領で平成２３年４月１日から平成２４年３月10
３１日までの事業年度を「平成２４年３月期」などという。）の法人税の更正
処分（以下「本件更正処分」という。）のうち翌期へ繰り越す欠損金額が４億
０２４３万０６９１円を超える（欠損金額が減少する方向をいう。以下，欠損
金額を比較する際において同じ。）部分を取り消す。
第２事案の概要15
本件は，肉用牛の飼育，肥育及び販売事業等を行う株式会社である原告が，
平成２４年１２月２５日に原告の取締役を退任したＢ１（以下「本件元取締役」
という。）に対して平成２５年３月１日に支給した退任慰労金及び特別功労金
（以下，総称して「本件役員退職給与」という。）の額の全額を，平成２５年
３月期の法人税の所得の金額の計算上，損金の額に算入して確定申告をしたと20
ころ，処分行政庁から，本件役員退職給与には法人税法３４条２項に規定する
「不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額」（以下「不相当に高額
な部分の金額」ということがある。）が存在し，当該金額は損金の額に算入さ
れないとして本件更正処分を受けたため，被告が主張する本件役員退職給与に
係る不相当に高額な部分の金額の算定過程は合理性を欠き，本件役員退職給与25
に係る不相当に高額な部分の金額の立証がないなどと主張して，本件更正処分
の一部の取消しを求める事案である。
１関係法令の定め
(1)法人税法３４条（役員給与の損金不算入）２項の定め
法人税法３４条２項は，内国法人がその役員に対して支給する給与（同条
１項又は同条３項の規定の適用があるものを除く。）の額のうち不相当に高5
額な部分の金額として政令で定める金額は，その内国法人の各事業年度の所
得の金額の計算上，損金の額に算入しない旨を定めている。
(2)法人税法施行令７０条（過大な役員給与の額）２号の定め
法人税法施行令７０条柱書きは，法人税法３４条２項に規定する政令で定
める金額は，同施行令７０条各号に掲げる金額の合計額とする旨を定め，同10
条２号（平成２９年政令第１０６号による改正前のもの。以下同じ。）は，
「内国法人が各事業年度においてその退職した役員に対して支給した退職給
与の額が，当該役員のその内国法人の業務に従事した期間，その退職の事情，
その内国法人と同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するものの役員
に対する退職給与の支給の状況等に照らし，その退職した役員に対する退職15
給与として相当であると認められる金額を超える場合におけるその超える部
分の金額」を掲げている。
２前提事実（証拠等を掲記した事実のほかは，いずれも，当事者間に争いがな
いか，当事者が争うことを明らかにしない事実である。）
(1)原告等20
ア原告は，昭和６２年４月２５日に有限会社として設立され，平成２１年
６月１７日に株式会社に移行した，肉用牛の飼育，肥育及び販売事業を主
たる事業として行う株式会社である。（甲１０２，乙１，３６）
イ株式会社Ｂ２（以下「Ｂ２」という。）は，昭和５４年８月２４日に有
限会社として設立され，平成２１年６月１７日に株式会社に移行した，搾25
乳事業，肉用牛の繁殖，哺育育成及び販売事業等を行う株式会社であり，
設立から平成２４年１２月２５日まで，本件元取締役がその代表取締役を
務めていた。（甲１０２，乙１８，１９，３６，３７，弁論の全趣旨）
ウ原告の代表者であるＢ３（以下「原告代表者」という。）は，本件元取
締役の子である。
(2)本件元取締役による原告の取締役への就任及び退任等5
ア本件元取締役は，原告の設立と同時に原告の代表取締役に就任し，以後
継続して代表取締役を務めていたが，平成８年３月９日，原告の取締役を
辞任し（以下，これによる取締役及び代表取締役の退任を「平成８年の退
任」という。），原告代表者が，同日，原告の代表取締役に就任し，現在
に至っている。10
イ本件元取締役は，平成１５年１１月１３日，原告の取締役に就任し（以
下「平成１５年の就任」という。以下，平成８年の退任の後から平成１５
年の就任までの間の本件元取締役が原告の取締役に就いていなかった期間
を指して「本件役員退任期間」という。），以後継続して取締役を務めて
いたが，平成２４年１２月２５日，辞任した（以下，これによる取締役の15
退任を「平成２４年の退任」という。）。
(3)平成２４年の退任時における本件元取締役の報酬の額等
ア原告は，遅くとも平成１９年４月以降，本件元取締役に対し，役員報酬
として月額２５万円を支給していた。
イ原告は，平成２５年１月１１日，本件元取締役に対し，平成２４年６月20
から同年１２月までの役員報酬として合計５２５万円（月額７５万円）を
追加支給した（以下，同追加支給による本件元取締役の役員報酬の遡及的
な増額を指して「本件遡及増額」という。）。
(4)本件役員退職給与の支給
原告は，平成２５年３月１日，本件元取締役に対し，本件役員退職給与と25
して合計２億７０００万円（内訳は，退任慰労金２億円，特別功労金７００
０万円である。）を支給した。
なお，本件役員退職給与のうち退任慰労金は，いわゆる功績倍率法により，
本件元取締役の最終月額報酬額を１００万円，勤続年数を２５年，功績倍率
（役員退職給与の額を，その退職役員の最終月額報酬額に勤続年数を乗じた
額で除して得た倍率をいう。以下同じ。）を８倍とし，これらを乗じて算定5
されたものであった。
(5)本件更正処分に至る経緯，本件更正処分に対する原告の不服申立て等
原告がした平成２５年３月期の法人税の確定申告（以下「本件確定申告」
という。）の内容，本件更正処分の内容及び本件更正処分に対する原告の不
服申立ての経過は，いずれも別表１記載のとおりである。10
原告は，本件確定申告において，所得の金額の計算上，本件役員退職給与
２億７０００万円の全額を損金の額に算入したが，処分行政庁は，本件更正
処分において，本件役員退職給与につき，法人税法施行令７０条２号に規定
する「その退職した役員に対する退職給与として相当であると認められる金
額」（以下「役員退職給与適正額」ということがある。）に該当する金額（以15
下「本件役員退職給与適正額」という。）は，６２５０万０６７２円であり，
本件役員退職給与のうち本件役員退職給与適正額を超える２億０７４９万９
３２８円は，不相当に高額な部分の金額に該当し損金の額に算入されない旨
の判断をし，同金額を所得の金額に加算した（なお，本件更正処分において
は，他の理由による所得の金額の加算もされたが，原告は，この点について20
は争っていない。）。
(6)本件訴えの提起
原告は，平成２８年１２月２２日，本件訴えを提起した。（当裁判所に顕
著な事実）
(7)役員退職給与適正額の算定方法25
役員退職給与適正額の算定方法には，一般に，以下に挙げる平均功績倍率
法，１年当たり平均額法及び最高功績倍率法がある。
ア平均功績倍率法
平均功績倍率法は，①退職役員に役員退職給与を支給した当該法人と同
種の事業を営み，かつ，その事業規模が類似する法人（以下「同業類似法
人」という。）の役員退職給与の支給事例における功績倍率の平均値（以5
下「平均功績倍率」という。）に，当該退職役員の②最終月額報酬額及び
③勤続年数を乗じて役員退職給与適正額を算定する方法である。
イ１年当たり平均額法
１年当たり平均額法は，①同業類似法人の役員退職給与の支給事例にお
ける役員退職給与の額をその退職役員の勤続年数で除して得た額（以下「１10
年当たり役員退職給与額」という。）の平均額に，②当該退職役員の勤続
年数を乗じて役員退職給与適正額を算定する方法である。
ウ最高功績倍率法
最高功績倍率法は，①同業類似法人の役員退職給与の支給事例における
功績倍率の最高値（以下「最高功績倍率」という。）に，当該退職役員の15
②最終月額報酬額及び③勤続年数を乗じて役員退職給与適正額を算定す
る方法である。
(8)関東信越国税局長による同業類似法人の抽出等
ア関東信越国税局長は，平成２９年４月６日付けで同局管内の各税務署長
に対して発出した指示文書（乙１１）及び同日付けで関東信越国税局に隣20
接する国税局である仙台国税局，東京国税局，金沢国税局及び名古屋国税
局（以下，総称して「隣接局」という。）の各局長に対して発出した各依
頼文書（乙１２の１～４）により，以下の抽出基準（以下，総称して「本
件各抽出基準」という。）を満たす同業類似法人における役員退職給与の
支給事例について，報告の指示又は回答の依頼をした（以下「本件指示等」25
という。また，本件各抽出基準と支給事例を関東信越国税局及び隣接局の
管内から抽出することとした抽出方法とを総称して「本件各抽出基準等」
という。）。
(ア)日本標準産業分類における大分類「Ａ－農業，林業」中，中分類「０
１－農業」中，小分類「０１２畜産農業」（なお，小分類「０１２
畜産農業」の中には，細分類「０１２２肉用牛生産業」，細分類「０5
１２３養豚業」，細分類「０１２４養鶏業」等が存在する。甲６５，
乙３０。以下，日本標準産業分類における上記の各分類を指して，単に
「畜産農業」，「肉用牛生産業」などということがある。）を基幹の事
業としていること
(イ)平成２３年１０月１日から平成２６年９月３０日までの間に終了す10
る事業年度において，売上金額が８億６３３３万５５７６円（原告の平
成２５年３月期の損益計算書上の売上高（１７億２６６７万１１５２円）
の２分の１の額である。）以上３４億５３３４万２３０４円（同売上高
の２倍の額である。）以下である事業年度（以下「調査対象事業年度」
という。）があり（いわゆる売上金額の倍半基準），かつ，所得金額（翌15
期へ繰り越す欠損金又は災害損失金等の当期控除前の金額。以下，別紙
１「本件更正処分の根拠及び適法性」及び別紙３「当裁判所が認定する
原告の平成２５年３月期の法人税に係る翌期へ繰り越す欠損金額等」を
除いて同じ。）が欠損でないこと
(ウ)調査対象事業年度において，代表取締役及び取締役（非常勤の者を20
除く。以下，総称して「代表取締役等」という。）に対して退職給与の
支給があり，かつ，その支給原因が普通退職（死亡退職を除く。以下同
じ。）であること
(エ)調査対象事業年度について，国税通則法所定の不服申立て又は行政
事件訴訟法に基づく訴訟が係属中でないこと25
イ本件指示等に対して，税務署長等から，１３法人における合計１６件の
役員退職給与の支給事例について報告及び回答があった（以下，総称して
「本件各報告等」という。）が，これらのうち，取締役又は監査役に役員
退職給与を支給した同業類似法人９法人（以下，総称して「本件同業類似
法人」という。）における支給事例１０件の詳細は，別表２記載のとおり
である（以下，同別表の各支給事例を総称して「本件各支給事例」といい，5
順号欄の番号を用いて「本件支給事例１」，「本件支給事例２」などとい
う。）。
なお，本件支給事例２及び本件支給事例１０は，いずれも監査役に対す
る支給事例であり，本件支給事例５及び本件支給事例６は，同一の法人に
おける支給事例である。10
３本件更正処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件更正処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は，後記５に掲げるほか，
別紙１記載のとおりである。
４争点
本件の争点は，本件役員退職給与における不相当に高額な部分の金額の有無15
及びその額であり，具体的には，被告が主張する本件役員退職給与適正額の算
定（以下「本件算定」という。）の合理性の有無が争われている。
５争点に関する当事者の主張の要旨
争点に関する当事者の主張の要旨は，別紙２「争点に関する当事者の主張の
要旨」記載のとおりである（同別紙で定義する略称等は，以下においても用い20
るものとする。）。
第３当裁判所の判断
１検討の順序等
本件においては，本件役員退職給与適正額について，被告が，本件同業類似
法人における取締役又は監査役に対する役員退職給与の支給事例である本件各25
支給事例の１年当たり役員退職給与額の平均額１５０万７８９７円及び本件元
取締役の勤続年数１０年の各数値を用いて，１年当たり平均額法により，１５
０７万８９７０円と主張する（本件算定）のに対し，原告が，別紙２の第２記
載のとおり，①本件同業類似法人の抽出の合理性等（同１及び２），②本件役
員退職給与適正額の算定に用いるべき支給事例の適格性（同３，４及び６），
③本件元取締役の勤続年数（同５）及び④１年当たり平均額法を用いることの5
合理性（同７及び８）の各点から，本件算定の合理性を争っている。
役員退職給与適正額の算定に当たっては，複数の方法が考えられるものの，
そのいずれを選択するかにかかわらず，同業類似法人の役員退職給与の支給事
例が適切に抽出及び選択され，かつ，役員の勤続年数が適正に認定及び評価さ
れることが前提となるものであるから，まず，上記①ないし③の点から検討を10
加えるものとし，中でも，本件元取締役と退職の事情又は役職を異にする役員
に対する支給事例を用いることの適否は，当該支給事例それ自体から，その適
否を判断し得るものであり，かつ，その適否がその後の検討の前提ともなるこ
とから，これをまず検討することとする。
その上で，本件においては，本件算定の合理性を争う上記の原告の主張に沿15
って判断を加えることが，事案の理解に資するものと考えられるから，これに
沿って順次検討を加えることとする。
２本件元取締役と退職の事情又は役職を異にする役員に対する支給事例が存在
する旨の原告の主張について
原告は，本件支給事例８は解任された取締役に対する役員退職給与の支給事20
例であり，本件支給事例２及び本件支給事例１０はいずれも監査役に対する退
職給与の支給事例であるから，これらはいずれも本件役員退職給与適正額の算
定の基礎とすることができない旨主張する。
前提事実(8)及び証拠（甲３４，３５，乙１４の４）によれば，本件支給事例
８は，Ｂ４の取締役であったＢ５に対する退職給与の支給事例であり，当該支25
給に係る同人の取締役の退職は，Ｂ４による解任を原因とするものであったこ
とがうかがわれ，本件においてはこれに反する積極的な証拠はない。法人税法
施行令７０条２号は，役員退職給与適正額の算定に当たって「退職の事情」を
考慮すべきことを明文で定めており，本件のような辞任（会社法３３０条，民
法６５１条１項）の場合と株主総会による決議を要する解任（会社法３３９条
１項）の場合とでは，退職の事情が異なると認められる上，一般に，解任手続5
が採られた場合に，役員退職給与が支給されないか又は役員退職給与の額が支
給規程の定めにより算出された額よりも減額されることがあることは，当裁判
所に顕著である。
また，本件支給事例２及び本件支給事例１０はいずれも監査役に対する退職
給与の支給事例である（前提事実(8)）が，取締役と監査役とではその職務内容10
に明らかな相違があることに照らし，仮に，同程度の最終月額報酬額や勤務年
数の者であったとしても，一般に，取締役と監査役とで支給される役員退職給
与の額が異なることがあることも，当裁判所に顕著である（このことは，本件
支給事例２に係る法人において，同一の事業年度での役員退職給与の支払につ
き，ほぼ同じ勤続年数であるとされているにもかかわらず，代表取締役に対す15
るものと監査役に対するもの（本件支給事例２）とで，その金額に３倍を超え
る差が生じていること（乙１３の３）からも，うかがわれるところである。）。
以上によれば，本件役員退職給与適正額の算定に当たって，本件支給事例２，
本件支給事例８及び本件支給事例１０を用いることは合理性を欠くというべき
である。これに反する被告の主張は採用することができない。20
３本件各抽出基準等の合理性に関する原告の主張について
(1)小分類「畜産農業」を基幹の事業としていることに係る基準に関連する原
告の主張について
ア原告は，小分類「畜産農業」のうち，細分類「養豚業」及び細分類「養
鶏業」と，原告が営む細分類「肉用牛生産業」とは，その事業の特質等を25
大きく異にする以上，小分類「畜産農業」を営む法人であることを抽出基
準としなければ原告の同業類似法人を得られないなどの特段の事情がない
限り，細分類「肉用牛生産業」を営む法人であることを抽出基準とすべき
である旨主張した上で，本件においては，肉用牛課税特例の適用によって
所得金額が欠損となる法人を抽出対象に含めたり，関東信越国税局及び隣
接局以外の国税局の管内を抽出対象地域に含めたりすれば，肉用牛生産業5
を営む法人であることを抽出基準としても，原告の同業類似法人を得られ
る可能性が高く，上記の特段の事情は認められないため，小分類「畜産農
業」を基幹の事業としていることに係る基準を含む本件各抽出基準等は合
理的なものとはいえない旨主張する。
イ法人税法施行令７０条２号は，同業類似法人について，「その内国法人10
と同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するもの」とのみ規定して
おり，「同種の事業を営む法人」を抽出するに当たって，産業分類上の同
種性を厳格に確保しなければならないと解すべき法令上の根拠は見当たら
ない。また，法人間における業種，業態等の相違の程度が，各法人におけ
る役員退職給与の支給額にいかなる差異をもたらすかについては，その性15
質上，一般的かつ明確な基準を設けることは困難であるといわざるを得な
い上，役員退職給与適正額の算定に当たっては，同業類似法人の役員退職
給与の支給事例が複数抽出された上で，その功績倍率の平均値又は１年当
たり役員退職給与額の平均額の形で用いられることにより，同業類似法人
間の業種，業態等の相違による役員退職給与の支給額に対する影響が平準20
化される結果，当該法人と同業類似法人との間の業種，業態等の相違によ
る影響も相対的に緩和されるということができる（平均功績倍率法及び１
年当たり平均額法。後記７(2)参照。他方，最高功績倍率法及び１年当たり
最高額法は，複数抽出された支給事例のうち最高功績倍率又は１年当たり
役員退職給与額の最高額という特定の一つのものを用いるものであるが，25
納税者に最も有利という意味で保守的な手法であるから，当該法人と当該
支給事例に係る法人との間の業種，業態等の相違による影響を考慮すべき
要請は後退するものといえる。）。そして，事業規模等の他の条件との兼
ね合いや，十分な数の同業類似法人及び支給事例を確保すべき必要性等に
も照らし，ある事業につき，当該法人の事業との間に，社会通念上，業種
の共通性が相応にあるということができれば，その事業を営む法人は，「同5
種の事業」を営むものとして同業類似法人となり得るものと解するのが相
当である。
ウ本件についてみると，原告は，肉用牛生産業に該当する肉用牛の飼育，
肥育及び販売事業を主たる事業として行う株式会社である（前提事実(1)
ア）。10
他方，本件各支給事例のうち，前記２において判断を示した本件支給事
例２，本件支給事例８及び本件支給事例１０を除いた各支給事例について
みると，前提事実(8)及び証拠（甲１５ないし１７，２２ないし３３，３６
ないし３９，乙１４の１・２・４）によれば，①本件支給事例１は，養豚
業を主たる事業とするＢ６牧場の取締役であったＢ７に対する退職給与15
の支給事例，②本件支給事例３は，養豚業を主たる事業とするＢ８の取締
役であったＢ９に対する退職給与の支給事例，③本件支給事例４は，養鶏
業を主たる事業とするＢ１０の取締役であったＢ１１に対する退職給与
の支給事例，④本件支給事例５及び６は，養鶏業を主たる事業とするＢ１
２の取締役であったＢ１３及びＢ１４に対する退職給与の各支給事例，⑤20
本件支給事例７は，養鶏業を主たる事業とするＢ１５の取締役であったＢ
１６に対する退職給与の支給事例，⑥本件支給事例９は，養鶏業を主たる
事業とするＢ１７の取締役であったＢ１８に対する退職給与の支給事例
であるとそれぞれうかがわれ，本件においては，これに反する積極的な証
拠はない（以下，本件支給事例１，３，４，５，６，７及び９を総称して25
「裁判所選定支給事例」といい，裁判所選定支給事例に係るＢ６牧場，Ｂ
８，Ｂ１０，Ｂ１２，Ｂ１５及びＢ１７を総称して「裁判所選定法人」と
いう。）。
そうすると，裁判所選定法人が主たる事業とするものとうかがわれる養
豚業及び養鶏業と，原告が主たる事業とする肉用牛生産業とを比較すると，
共に日本標準産業分類において小分類「畜産農業」の下に位置付けられて5
いるとおり，いずれも，家畜（人間が生活に役立てるために飼育する動物）
を飼養・飼育して必要な物資を得る事業として，社会通念上，業種の共通
性があるということができる。
エところで，前記アに原告が指摘するところの，本件各抽出基準等のうち
所得金額が欠損でないことに係る基準や抽出対象地域の設定の点について10
みると，原告は，平成２５年３月期の申告所得金額につき欠損でなく，関
東信越国税局の真岡税務署の管内に本店を置く株式会社であること（当事
者の間に争いがない）を踏まえれば，本件各抽出基準等のうち所得金額が
欠損でないことに係る基準については，相対的に優良な法人を抽出しよう
とする基準として合理性を肯定することができ，抽出対象地域が関東信越15
国税局及び隣接局の管内とされたことについても，原告の本店所在地との
間の地理的条件の類似性に配慮したものとして，一般的な合理性を肯定す
ることができる。
そして，関東信越国税局及び隣接局の管内の法人のうち所得金額が欠損
でないものを抽出することによっては，適切な同業類似法人及び支給事例20
を十分に集積することができなかった場合には，抽出対象地域を拡大し，
又は所得金額に係る基準を緩める等して，これらを更に収集する必要が生
じ得ることはともかく，本件においては，相応の数の適切な同業類似法人
及び支給事例を抽出及び収集することができている（詳細は，後に順に検
討する。）以上，これらを更に収集する必要は認め難い。25
オ原告は，①肉用牛生産業と養鶏業及び養豚業との間に，総資産回転率に
約２倍又は２倍以上に上る差がある，②肉用牛生産業と養豚業との間には
経常利益率に１０倍以上の違いがある，③肉用牛生産業と養鶏業及び養豚
業との間には，キャッシュ・コンバージョン・サイクルに約３００日又は
約１年の違いがあるなどとして，肉用牛生産業と養鶏業及び養豚業とが「同
種の事業」とはいえない旨主張する。5
しかし，原告が上記に指摘する各種の経営指標は，いずれも全ての事業
に共通して用いられる財務又は金融に関するものであって，事業間で当該
経営指標の数値が類似しているとしても，そのことをもって直ちに，当該
各事業が「同種の事業」であることを意味しないから，事業の同種性を判
断する指標として適切なものとはいえない。10
この点をおくとしても，本件全証拠によっても，原告が上記に指摘する
各種の経営指標の数値の差異が，役員退職給与の支給額に有意な影響を具
体的に及ぼしていると認めるに足りる事情は見当たらない（原告も，その
ような事情を具体的に主張立証していないところである。）から，原告が
上記主張するところは，肉用牛生産業と養鶏業及び養豚業との間に一定の15
差異がある旨のものにとどまり，これをもって事業の同種性がないとはい
えない。
カ以上によれば，裁判所選定法人は，原告が主たる事業とする肉用牛生産
業と，法人税法施行令７０条２号にいう「同種の事業」を営むものとして，
原告の同業類似法人となり得るものというべきであるから，本件各抽出基20
準等のうち，小分類「畜産農業」を基幹の事業としていることに係る部分，
所得金額が欠損でないことに係る部分及び抽出対象地域を関東信越国税局
及び隣接局の管内とした部分は，相応の合理性を有するものであると認め
られる。
これに反する原告の前記アの主張は，採用することができない。25
(2)本件各抽出基準等のうちその余のものの一般的な合理性について
本件各抽出基準等のうち，前記(1)に説示したもの以外のもの（①売上金額
の倍半基準，②役員退職給与の支給原因が普通退職であること及び③不服申
立て又は訴訟が係属中でないこと）については，いずれも，その内容に照ら
し合理性を肯定することができ，原告も，これらについて合理性を争ってい5
ない。
(3)小括
したがって，本件各抽出基準等は，本件の事実関係の下においては，相応
の合理性を有するものであると認められる。
４本件指示等に対する調査が適切に行われたものとは認められない旨の原告の10
主張について
(1)ア原告は，本件各報告等における本件各支給事例に係る勤続年数の記載
には使用人として勤務した期間も含まれているから，税務署長等により本
件同業類似法人における退職役員の勤続年数の調査が適切に行われたと認
めることはできず，そのような調査に基づき算定された金額を，本件役員15
退職給与適正額と認めることはできない旨主張し，具体的には，裁判所選
定支給事例のうち本件支給事例７及び９について，本件各報告等における
勤続年数が実際のものと異なる旨主張する。
イ(ア)裁判所選定支給事例のうち本件支給事例７についてみると，これは，
Ｂ１５の取締役であったＢ１６に対する退職給与の支給事例であるとう20
かがわれ，本件においては，これに反する積極的な証拠はない（前記３
(1)ウ）が，本件各報告等において，同人の勤続年数は５２年とされてい
る一方，証拠（甲３２）によれば，Ｂ１５の商業登記簿において，同人
は，平成４年１１月２７日に取締役に就任し，平成２５年１０月３０日
に取締役を辞任した旨記録されていることが認められる。25
また，裁判所選定支給事例のうち本件支給事例９についてみると，こ
れは，Ｂ１７の取締役であったＢ１８に対する退職給与の支給事例であ
るとうかがわれ，本件においては，これに反する積極的な証拠はない（前
記３(1)ウ）が，本件各報告等において，同人の勤続年数は２４年とされ
ている一方，証拠（甲３７）によれば，Ｂ１７の商業登記簿において，
同人は，平成１２年５月２５日に取締役に就任し，平成２６年３月２５5
日に取締役を辞任した旨記録されていることが認められる。
(イ)役員退職給与適正額の算定において考慮されるべき退職役員の法人
に対する功績は，当該退職役員の役員としての地位に基づく活動により
生じるものであるから，役員退職給与適正額の算定において用いられる
べき当該退職役員の勤続年数は，原則として，役員の在任期間と一致す10
るものであるが，法人の使用人（職制上使用人としての地位のみを有す
る者に限る。）以外の者でその法人の経営に従事しているものが法人税
法上の役員に該当すること（同法２条１５号，同法施行令７条１号）に
鑑みれば，役員の在任期間の他に，その者の法人内における地位や行う
職務等からみて，その者が他の役員と同様に実質的に法人の経営に従事15
している期間があった場合には，当該期間も通算し勤続年数を算定しな
ければならないというべきである。
(ウ)この点，証拠（甲３０ないし３３，３６ないし３９）によれば，Ｂ
１５及びＢ１７は，それぞれ同族経営による会社であるとうかがわれ，
これらの取締役であったＢ１６及びＢ１８が，それぞれ取締役就任以前20
から，当該法人を経営する一族に属する者として実質的に法人の経営に
従事していた可能性は認め得るものの，Ｂ１６が昭和３７年頃から，Ｂ
１８が平成２年又は平成３年頃から，それぞれ実質的に法人の経営に従
事していたと認めるに足りる的確な証拠はない。
そうすると，平均功績倍率法，１年当たり平均額法等に用いるに当た25
って，本件支給事例７及び９の勤続年数を，それぞれ５２年，２４年と
することは，役員退職給与の支給を受けた取締役につき職制上使用人と
しての地位のみを有する使用人として就業していたにすぎない可能性の
ある期間についても，実質的に法人の経営に従事した期間であったもの
として取り扱い，１年当たり役員退職給与額を算定する点で，合理的な
理由なく原告に不利な取扱いをすることとなる可能性を排除することが5
できないから，合理性を欠くというべきである。もっとも，それぞれ，
前記(ア)に認定した商業登記簿の記載から認定できる取締役の在任期間
である２１年，１４年とする限りでは，職制上使用人としての地位のみ
を有する使用人としての退職給与の支給である可能性がある部分も含め
て役員退職給与として取り扱い，１年当たり役員退職給与額を算定する10
という意味で，原告に有利な取扱いをすることになるから，その限度で
なお，原告の同業類似法人における役員退職給与の支給事例としての合
理性を認めることができるというべきである。
(エ)他方，裁判所選定支給事例のうち本件支給事例７及び９以外のもの
については，原告は，本件各報告等における勤続年数を具体的に争って15
おらず，証拠（甲１６，１７，２３，２４，２６，２７，２９）及び弁
論の全趣旨によれば，前記(イ)の説示を踏まえた各事例の退職取締役の
勤続年数は，いずれも本件各報告等におけるものであったと認めること
ができる。
(2)原告は，本件指示等に対して，土浦税務署長及び名古屋国税局長（小牧税20
務署長）が監査役に対して退職給与の支給があった法人（本件支給事例２に
係る法人及び本件支給事例１０に係る法人）を抽出し，松本税務署長が代表
理事に対して退職給与の支給があった法人を抽出しているが，本件抽出基準
によって監査役や代表理事に対して退職給与の支給があった法人を抽出すべ
きであると一義的に判断することは不可能であるから，当該法人を抽出すべ25
きであるか否かは，各税務署長及び各国税局長の裁量に委ねられていたとい
うことになり，このような抽出過程には恣意が介在する余地があるとして，
本件指示等に対する税務署長等による調査が適切に行われたと認めることは
できず，このような調査により導かれた金額を，本件役員退職給与適正額と
認めることはできない旨主張する。
前提事実(8)及び証拠（乙１３の３・５５，１４の４）によれば，本件指示5
等に対し，土浦税務署長及び名古屋国税局長（小牧税務署長）が監査役に対
して退職給与の支給があった法人（本件支給事例２に係る法人及び本件支給
事例１０に係る法人）を抽出したこと，及び松本税務署長が代表理事に対し
て退職給与の支給があった法人を抽出したことが認められ，これら監査役又
は代表理事に対する役員退職給与の支給事例の抽出は，代表取締役等に対す10
る支給事例を抽出すべき旨を定めた本件各抽出基準の定めに沿ったものとは
いえない。しかし，監査役及び代表理事は，いずれも，法人税法２条１５号
に規定する役員に該当するものであること等を踏まえると，上記の各抽出が
存在することをもって，原告が主張するように，監査役又は代表理事に対す
る支給事例を抽出すべきであるか否かが各税務署長等の裁量に委ねられてい15
るとか，抽出過程に恣意が介在する余地があるなどと認めることはできず，
これを本件同業類似法人の抽出過程に恣意が介在したことをうかがわせる事
情ということもできない。
なお，原告は，本件指示等に対し，実際には農事組合法人の理事に対する
退職給与の支給事例が存在するにもかかわらず，当該支給事例が抽出されな20
かった可能性があることを指摘するが，本件全証拠によっても，当該支給事
例が存在する具体的な可能性はうかがわれず，単なる抽象的な可能性の指摘
にとどまる上，そもそも，農事組合法人の理事に対する退職給与の支給事例
は，本件各抽出基準による抽出対象には含まれないものであるから，原告の
上記指摘は，本件指示等に対する税務署長等による調査の適切性の判断に影25
響を及ぼすものとはいえない。
したがって，原告の上記主張を採用することはできない。
５原告主張除外法人が原告と「その事業規模が類似するもの」と認められない
旨の原告の主張について
(1)ア原告は，少なくとも総資産額が原告の総資産額の２分の１を大幅に下
回る法人を，原告と法人税法施行令７０条２号にいう「その事業規模が類5
似するもの」と認めることができないとした上で，本件支給事例３に係る
法人を除く裁判所選定法人については，総資産額が原告の総資産額の２分
の１を大幅に下回ることが推認されるから，原告と「その事業規模が類似
するもの」と認めることはできず，原告の同業類似法人ということはでき
ない旨主張する。10
イしかし，原告による本件支給事例３に係る法人を除く裁判所選定法人の
総資産額の推定（別表４参照）は，本件支給事例３に係る法人を除く裁判
所選定法人の各売上金額を，養鶏業又は養豚業の別に応じ一定のサンプル
における平均値として求められた総資産回転率で除した結果であるにすぎ
ず，上記の総資産回転率とされる数値が当該法人のものではなく，一定の15
サンプルにおける平均値であること等に照らし，上記の推定の正確性には
疑問がある（原告自身，原告の総資産額と売上金額を前提とした場合の原
告における総資産回転率が，肉用牛生産業における総資産回転率の平均値
とされる数値から相当にかい離することを自認しているところである。さ
らにいえば，原告が養鶏業の総資産回転率を示すものとして依拠するサン20
プルは，採卵鶏経営を行う法人のものであり（甲４４），肉用鶏（ブロイ
ラー）経営を行う法人を含んでないから，サンプルとしての適切性すら欠
くといわざるを得ない。また，被告が本件同業類似法人の推定等に関する
原告の主張に対する認否を明らかにしないこと等の原告が指摘する被告の
訴訟追行の態度によっても，原告の推定の正確性に疑問があるとの上記の25
認定は左右されない。）から，原告の主張は，その前提を欠くものという
べきである。
この点をおくとしても，本件全証拠によっても，法人間の総資産額の差
異が，当該各法人における役員退職給与の支給額に有意な影響を及ぼす旨
の知見又は経験則は見当たらない。また，総資産額が，売上げから生じた
利益が集積して増加する側面を有するものであって，ある事業年度におけ5
る事業活動の規模を直ちに示すものではなく，当該法人の事業年度におけ
る事業活動の規模を端的に示す指標である売上金額と重ねて考慮しなけ
れば，「事業規模が類似するもの」の抽出において直ちに合理性を欠くこ
とになるとは解し難い。
ウしたがって，仮に，本件支給事例３に係る法人を除く裁判所選定法人の10
総資産額に係る原告の主張を前提としたとしても，裁判所選定法人が原告
と「事業規模が類似するもの」であることを左右しないというべきである
から，原告の上記主張を採用することはできない。
なお，仮に，原告が主張するとおり，原告と裁判所選定法人との間で，
業種の相違に起因して，総資産回転率，経常利益率及びキャッシュ・コン15
バージョン・サイクルに相応の差異が存在することを前提としたとしても，
これらの経営指標は，総資産額と同様，事業活動の規模を端的に示すもの
ではなく，売上金額と重ねて「事業規模が類似するもの」の抽出において
考慮すべき事情とはいえず，かつ，前記３(1)オに説示したとおり，役員退
職給与の支給額に有意な影響を具体的に及ぼしていると認めるに足りる事20
情が見当たらないことに照らすと，やはり，裁判所選定法人が原告と「事
業規模が類似するもの」であることを左右しない。
(2)ア原告は，農業会計指針や農業法人標準勘定科目の定め等によれば，農業
法人において，農畜産物の販売数量に基づき交付される補填金・交付金が
売上高として計上されるべきことは，一般に公正妥当と認められる会計処25
理の基準又は企業会計の慣行の内容となっているところ，自身の平成２５
年３月期の損益計算書においては，一般に公正妥当と認められる会計処理
の基準・慣行によれば農業法人において売上高として計上されるべき，農
畜産物の販売数量に基づき交付される補填金・交付金に該当する本件マル
緊収入及び本件風評被害賠償金が，いずれも売上高として計上されていな
かったため，これらを売上高として計上して売上金額の倍半基準を再設定5
すると，本件支給事例５及び本件支給事例６に係る法人，本件支給事例７
に係る法人並びに本件支給事例９に係る法人は，売上金額の倍半基準を満
たさないから，これらの法人を原告と「その事業規模が類似するもの」と
認めることはできない旨主張する。
イ一般に公正妥当と認められる会計処理の基準又は企業会計の慣行の内容10
を成すと認められる企業会計原則（乙５１）は，売上高について，損益計
算書のうち，当該企業の営業活動から生ずる費用及び収益を記載して営業
利益を計算する営業損益計算の区分に記載するものとした上で，実現主義
の原則に従い，商品等の販売又は役務の給付によって実現したものに限る
旨等を定めているにとどまっており，農業法人における農畜産物の販売数15
量に基づき交付される補填金・交付金について，当該補填金・交付金が当
該企業の営業活動から生じたもの（営業損益計算の区分に記載すべきもの）
であるか否かを一義的に明らかにするものとはいい難い。
そうすると，上記の企業会計原則の定めをもって直ちに，農業法人にお
いて，農畜産物の販売数量に基づき交付される補填金・交付金が売上高と20
して計上されるべきことが，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準
又は企業会計の慣行の内容となっているとは認め難い。
その上で，①農業会計指針及び農業法人標準勘定科目は，いずれも，飽
くまで公益社団法人日本農業法人協会が作成及び公表したもの（農業会計
指針については，一般社団法人全国農業経営コンサルタント協会と共同し25
て作成及び公表したもの）にすぎず，その内容が直ちに，一般に公正妥当
と認められる会計処理の基準又は企業会計の慣行の内容を形成している
とは認め難いこと，②農業会計指針が，平成２５年３月期又は本件各支給
事例があった当該法人の事業年度よりも後の平成２６年５月１９日に制
定されたものであること（甲１００），③農業法人標準勘定科目について
も，公益社団法人日本農業法人協会らが，平成２５年３月期又は本件各支5
給事例があった当該法人の事業年度よりも後の平成２６年５月１９日付
けで，農業会計指針を公表した際に発表したプレスリリースにおいて，
「（農業法人標準勘定科目が）農業法人における会計規範として定着して
きています。」と述べられるにとどまっていること（甲１１６），④原告
自身，税理士の関与の上で作成した平成２５年３月期の損益計算書におい10
て，農畜産物の販売数量に基づき交付される補填金・交付金に該当するこ
とが明らかである本件マル緊収入を売上高に含めていなかったこと（甲１
１０，乙２，５２）を踏まえれば，全国農業経営改善支援センター・都道
府県経営改善支援センター編集「平成１７年版青色申告から経営改善につ
なぐ勘定科目別農業簿記マニュアル」（甲１１８）に価格補填収入を売上15
高の区分に記載すべき旨の記載があることを踏まえても，平成２５年３月
期又は本件各支給事例があった当該法人の事業年度当時，農業法人におい
て，本件マル緊収入のような農畜産物の販売数量に基づき交付される補填
金・交付金が売上高として計上されるべきことが，一般に公正妥当と認め
られる会計処理の基準又は企業会計の慣行の内容となっていたとまでは20
認め難い。
ウ本件風評被害賠償金については，その中に，本件原発事故に伴う営業損
害として算定された金額や，肉牛の出荷が延長されたことに伴う経費に相
当する金額が含まれており（甲１０１の２・３，弁論の全趣旨），これら
は，その性質上，農畜産物の販売数量に基づき交付される補填金・交付金25
と認めることはできないから，本件風評被害賠償金が売上高として計上さ
れるべきことが，平成２５年３月期又は本件各支給事例があった当該法人
の事業年度当時，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準又は企業会
計の慣行の内容となっていたとは認められない。
エしたがって，原告の前記アの主張は採用することができず，原告の平成
２５年３月期の売上高を本件マル緊収入及び本件風評被害賠償金を含めず5
に１７億２６６７万１１５２円と把握した上で，これに基づき売上高の倍
半基準を設定して本件同業類似法人を抽出した本件算定が合理性を欠くも
のであるとはいえない。
６本件元取締役の勤続年数及び本件元取締役が実質的に原告の代表取締役とし
ての職責を果たしていた旨の原告の主張について10
(1)原告の主張
原告は，①本件元取締役は，本件役員退任期間において，実質的に原告の
経営に従事していたといえ，「業務に従事した期間」は，本件役員退任期間
を含む昭和６２年４月２５日から平成２４年１２月２５日までの２６年であ
る旨主張するとともに，②本件元取締役は，平成８年の退任の後においても，15
平成２４年の退任に至るまで，原告の事業運営に関わる最終意思決定権を有
し，実質的に原告の代表取締役としての職責を果たしていたから，取締役に
対する退職給与の支給事例を基に算定された金額を本件役員退職給与適正額
と認めることはできない旨主張する。
(2)認定事実20
前提事実，証拠（甲７の１，８の１，１１ないし１４，５２，５３，５５
ないし６４，９１，９２，９５，１０４，乙３，１７，４９，証人本件元取
締役）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実（以下「認定事実」という。）
を認めることができる。
ア(ア)Ｂ１９は，昭和６２年４月２５日に原告が設立されて以来，原告の25
取締役に就いていたが，平成８年頃，帳簿上の在庫と実態をそごさせる
等の職務遂行上の複数の問題を生じさせ，原告の取引先からも，Ｂ１９
の職務遂行に問題がある旨の指摘がされた。本件元取締役は，当該状況
の解決策として，自身を含む当時の原告の取締役が全員辞任する方針を
固め，他の取締役と共に自身も原告の取締役を辞任した（平成８年の退
任）。5
平成８年の退任に当たって，本件元取締役に退職給与は支給されなか
った。
(イ)平成８年の退任に伴い，原告代表者が原告の代表取締役に就任し，
以後現在に至るまで原告の代表取締役を務めている。
イ(ア)原告は，本件役員退任期間において，いわゆるメインバンクである10
Ｂ２０銀行から継続的に融資を受けていた。
本件元取締役は，原告がＢ２０銀行から融資を受けるに際して，同銀
行の担当者に対し当該融資の資金使途や事業計画について説明をしたり，
同担当者との間で融資条件に関する交渉をしたりした。また，本件役員
退任期間において毎年，原告は同銀行の担当者に対し決算報告を行って15
いたが，その説明は本件元取締役が行っていた。
(イ)原告は，本件役員退任期間において，Ｂ２１協同組合及びＢ２２金
融公庫から融資を受けることもあり，本件元取締役は，原告が当該融資
を受けるに際して，当該金融機関の担当者に対し当該融資の資金使途や
事業計画について説明をしたり，同担当者との間で融資条件に関する交20
渉をしたりした。
ウ(ア)原告は，平成８年６月にＢ２３農場を購入し，平成１２年２月にＢ
２４牧場を購入し，平成１３年９月頃にＢ２５牧場を新設稼働させた。
本件元取締役は，上記の各購入及び新設稼働を行う旨の意思決定を行
った上で，売主との交渉や新設する建物の設計及び建築の発注を行うな25
どした。
(イ)原告は，平成１２年８月３１日付け及び平成１３年５月１日付けで
Ｂ２０銀行からＢ２５牧場の運転資金に係る借入れをするに際し，それ
ぞれ同日付けでＢ２６との間で保証委託契約を締結し，Ｂ２６は，各保
証委託契約に基づき各借入れに係る保証をした。
本件元取締役は，Ｂ２６の担当者との間で，上記の各保証委託契約の5
契約条件に関する交渉を行い，それらの中で，Ｂ２６に対し，Ｂ２５牧
場においてＢ２６の配合飼料を使用することを確約する旨の発言をする
などした。
エ本件元取締役は，本件役員退任期間において，原告の税務申告業務に関
与していた税理士から，原告の決算書や申告書の内容について説明を受け10
た上で，当該税理士に対し質問をしたり，原告の経理担当者を呼んで経理
処理について確認をしたり，原告の決算書や申告書の修正の指示や承認を
したりした。
オ本件元取締役は，本件役員退任期間において，原告の年度の予算を作成
したほか，月次で予算と実績との差異を比較するなどし，必要に応じ原告15
代表者や原告の従業員に対し改善の指示をした。
カ(ア)Ｂ２及び原告は，遅くとも平成８年以降，Ｂ２が子牛の繁殖及び一
定の月齢までの哺育育成を行った後，原告が出荷販売に適する月齢にな
るまで肥育し出荷販売するなど，肉用牛の繁殖，哺育育成，肥育及び販
売に関し一体的な事業活動を行っている。20
(イ)Ｂ２は，平成１５年１１月４日付けの原告（当時有限会社）の社員
総会において承認された増資により，総出資口数６００口のうち４００
口を有する原告の社員となり，後の平成２５年３月３１日時点では発行
済株式総数１０００株中９９７株を有する原告の株主となっていたが，
少なくとも平成８年３月９日（本件役員退任期間の始期）から上記の増25
資までの間において，原告の社員であったことはなかった。
また，本件元取締役は，本件役員退任期間において，原告の社員又は
株主であったことはなかった。
(ウ)本件各稟議書は，いずれも同様の様式の書面であり，上部の決裁者
欄には「決議Ｂ１」欄及び「決議Ｂ３」欄が設けられ，いずれの欄
にも「Ｂ２８」名（ただし，両者の印影は異なる。）の押印がされてい5
る。
本件各稟議書には，「起案部門」欄が存在し，「デイリー部」，「ビ
ーフ部」，「飼料原料部」，「環境事業部」，「生産管理部」，「企画
管理部」及び「Ｂ２９」が，それぞれチェック用の「□」と共に不動文
字で記載されている。10
(3)本件元取締役の勤続年数について
ア前記４(1)イ(イ)に説示したとおり，役員退職給与適正額の算定における
平均功績倍率法，１年当たり平均額法等において用いられるべき退職役員
の勤続年数は，原則として，役員の在任期間と一致するものであるが，そ
の法人内における地位や行う職務等からみて，その者が他の役員と同様に15
実質的に法人の経営に従事している期間があった場合には，当該期間も通
算し勤続年数を算定すべきである。
イ(ア)認定事実イないしオの各事実によれば，本件元取締役は，本件役員
退任期間において，①継続して原告内部における決算書や申告書の修正
の指示や承認を行い，原告の税務申告業務に関与していた税理士とのや20
り取りや，原告のメインバンクであるＢ２０銀行との間で原告が受ける
融資に関する交渉及び毎年の決算報告の説明を行うなど，原告の経理面
の重要な業務に関する行為を行っていたほか，②継続的に，原告の年度
の予算を作成し，実績と比較等した上で原告代表者や原告の従業員に対
し改善の指示をするなど，原告の予算管理に係る行為も行っていたもの25
であり，さらに，③Ｂ２３農場及びＢ２４牧場の各購入並びにＢ２５牧
場の新設稼働という三度にわたる原告の事業拡大の場面において，それ
ぞれ，購入等の意思決定を行うとともに，資金の借入れの実現のため交
渉等を行っており，原告の重要な経営判断やその実務処理に実質的に参
与したといえる。
そうすると，本件元取締役は，本件役員退任期間において，上記①及5
び②のとおり，継続的に，原告の経理や予算管理に係る業務を担ってい
たということができ，さらに，本件役員退任期間の中では散発的に行わ
れたものではあるものの，上記③にみたとおり本件元取締役が原告の重
要な経営判断やその実務処理に実質的に参与したことがあったことも併
せ勘案すれば，本件元取締役は，本件役員退任期間において，継続して，10
実質的に原告の経営に従事していたと認めるのが相当であり，本件役員
退職給与適正額の算定における平均功績倍率法，１年当たり平均額法等
において用いられるべき本件元取締役の勤続年数には本件役員退任期間
も通算されるべきである。
(イ)ａ被告は，認定事実イないしオの各事実に係る本件元取締役の行為15
につき，いずれも役員でなければできないものではなく，経理・財務
を担当する使用人であっても可能である旨や，本件元取締役の原告に
おける地位，肩書，業務，報酬又は給与の有無等の業務関与態様の詳
細が不明であり，結局のところ，Ｂ２の代表取締役又はＢ２７におい
て会長と呼ばれていた立場で行われたと評価され得るにすぎないもの20
である旨を主張する。
しかし，認定事実イないしオに認定した各事実に係る本件元取締役
の行為は，その内容に照らし，原告固有の業務に関連するものも含ま
れており，これらにより実現する利益が専ら原告を除くＢ２を含むＢ
２７の原告を除く各社のみに帰属するものとはいえない以上，原告の25
経営に従事したとの評価を基礎付け得るというべきである上，本件役
員退任期間において本件元取締役が代表取締役を務めるＢ２及び本件
元取締役個人が，いずれも原告の社員の地位を有していなかったこと
（認定事実カ(イ)）を踏まえれば，認定事実イないしオの各事実に係
る本件元取締役の行為は，本件元取締役が，設立以来平成８年の退任
に至るまで自身が代表取締役として原告の経営を行ってきたことや原5
告代表者が自身の子であること等を背景に，原告を含むＢ２７の一体
的な発展を企図し一個人として原告の経営に実質的に関与したことを
示すものといえる。
したがって，被告の上記主張はいずれも前記(ア)の評価を覆すもの
とはいえない。10
ｂ被告は，仮に，本件役員退任期間において本件元取締役が原告の経
営に従事していたとすれば，原告は，その実態に即して，平成１５年
の就任以前にも，本件元取締役の取締役就任登記を行っていたはずで
ある旨主張するが，一般的に，被告が主張するような経験則があると
は認められないから，被告の上記主張は，その前提を欠き，採用する15
ことができない。
ウ(ア)次に，本件役員退職給与適正額の算定における平均功績倍率法，１
年当たり平均額法等において用いられるべき本件元取締役の勤続年数に，
昭和６２年４月２５日から平成８年の退任までの期間も通算されるべき
かについて検討する。20
認定事実ア(ア)のとおり，本件元取締役の平成８年の退任は，当時，
Ｂ１９が原告の取締役としての職務遂行上複数の問題を生じさせ，原告
の取引先からＢ１９の職務遂行に問題がある旨の指摘がされるに至った
中で，当該状況の解決策として，自身を含む当時の原告の取締役が全員
辞任する方針の下，行われたものであった。取締役が全員辞任するとい25
う解決策が採られた点をみても，Ｂ１９が生じさせたという複数の問題
は相応に重大なものであったとうかがわれ（この点について，本件元取
締役は，陳述書（甲９５）にて「重要な問題」と表現し，証人尋問にお
いては，刑事事件にもなり得るものであった旨証言している（１９頁）。），
本件元取締役が，証人尋問において，自身にも一定の責任を負うべき事
情があった旨の証言をしていること（２，１８頁）も踏まえれば，平成5
８年の退任は，本件元取締役にも上記の問題の発生に関する一定の責任
が存在することを前提に，その責任を取る趣旨を含め行われたと評価さ
れるべきものといえる（なお，本件元取締役は，証人尋問において，Ｂ
１９以外の取締役も職務遂行上の問題を生じさせており，それらも不問
とする趣旨もあったことをうかがわせる証言もしている（１５～１６10
頁）。）。
そして，平成８年の退任に当たって本件元取締役に退職給与は支給さ
れなかった。
以上にみた平成８年の退任の経過等に鑑みれば，平成８年の退任に当
たり本件元取締役に退職給与が支給されなかったのは，本件元取締役の15
原告に対する平成８年の退任までの間の功績を前提としてもなお，上記
の一定の責任の存在により，本件元取締役に対して支給すべき役員退職
給与が存在しない（零円である）との評価を前提としたものであるとみ
るのが相当であるから，平成８年の退任までの間の本件元取締役の原告
に対する功績については，平成８年の退任の際に既に評価し尽されて清20
算されたものと認められる。
したがって，本件役員退職給与適正額の算定において，平成８年の退
任までの間の勤続年数を考慮することはできないというべきである。
(イ)原告は，本件元取締役が平成８年の退任の際に退職給与の支給を受
けなかったのは，①そもそも平成８年の退任が他の取締役を辞任させる25
ための方便としてされた形式的なものであったためである旨，②本件元
取締役が自らの報酬よりも原告の内部留保を厚くして金融機関の信用を
付けることを優先したことによるためである旨主張し，本件元取締役は
これらに沿う証言をする。
ａしかし，上記①については，前記(ア)において挙げた本件元取締役
の証言と必ずしも整合しないものである上，仮に，本件元取締役自身5
に何らの責任もないのであれば，たとえ形式的にであれ，取締役を辞
任する合理的な理由がないことになるところ，本件元取締役は，この
点につき，合理的な説明をしない（１６～２０頁）。また，仮に，本
件元取締役が，形式的に取締役を辞任したというのであれば，他の取
締役が辞任した後，速やかに，再度，原告の代表取締役に就任するの10
が自然である（本件元取締役は，一貫して，対外的にも対内的にも，
自身が実質的な原告の代表者であった旨を証言しているところであ
る。）が，実際には，平成１５年の就任までの間，７年以上にわたっ
て，取締役に就任することはなく，また，平成１５年の就任において
も，代表権を有さない取締役に就任したのみであり，客観的な事実の15
経過自体，本件元取締役が形式的に取締役を辞任したとされることと
は必ずしも整合しないにもかかわらず，この点についても，本件元取
締役は，合理的な説明をしない（１２～１３頁）。
そうすると，原告の上記①の主張は，本件元取締役の証言とも，客
観的な事実の経過とも整合せず，かつ，そのことにつき，合理的な説20
明もないものであるから，前記(ア)の認定及び評価を覆すには足りず，
採用することができない。
ｂ上記②については，本件元取締役が，平成８年の退任の当時，主観
的に，上記②に沿う意図を有していたとしても，当該意図と，本件元
取締役の原告に対する平成８年の退任までの間の功績を前提としても25
なお，一定の責任の存在により，本件元取締役に対して支給すべき役
員退職給与が存在しない（零円である）との評価がされることとは，
何ら矛盾するものではないから，上記の本件元取締役の意図は，前記
(ア)の判断を左右するものではない。
エ以上によれば，本件役員退職給与適正額の算定における平均功績倍率法，
１年当たり平均額法等において用いられるべき本件元取締役の勤続年数は5
１７年（平成８年３月９日から平成２４年１２月２５日。以下，同期間を
「本件評価期間」という。１年未満切上げ。）とすべきであり，これを１
０年とした本件算定は，その限度で合理性を欠くというべきである。
(4)本件元取締役が実質的に原告の代表取締役としての職責を果たしていた
旨の原告の主張について10
ア認定事実ア(イ)及び証拠（甲９５，証人本件元取締役）によれば，本件
評価期間を通じて，原告代表者が原告の代表取締役の地位にあり，平成８
年３月９日の就任の当初から，少なくとも原告の生産現場に係る業務を行
っていたことが認められる。また，本件元取締役は，陳述書（甲９５）に
おいて「平成２４年１２月に取締役を退任するまでの間には，少しずつ，15
後継者であるＢ３（原告代表者）に経営面の業務も任せるようにしていき
ました」と述べており，本件評価期間を通じて，次第に原告代表者の担当
する業務が増大し，それに伴い本件元取締役の担当する業務が減少したこ
とがうかがわれる。
そして，本件元取締役が，本件評価期間を通じて，認定事実エに係る行20
為を継続的に行っていたことはうかがわれるものの（甲９３），平成１５
年の就任から平成２４年の退任までの間に行っていた原告の業務に関す
るその余の具体的な内容を認めるに足りる的確な証拠はないから，本件の
証拠関係の下においては，本件元取締役が，平成１５年の就任から平成２
４年の退任までの間，原告においていかなる業務を行っていたのかを的確25
に認定することはできないというべきである。
これらの事情に加え，①本件元取締役が，Ｂ２の原告に対する平成１５
年１１月の増資の後から平成２４年の退任までの間は，原告の親会社であ
るＢ２の代表取締役という立場において原告の経営に実質的に関与する
ことが可能であった（前提事実⑴イ及び認定事実カ）から，当該期間にお
いて本件元取締役が原告の業務を行ったことがあったとしても，それは当5
該立場に基づくものであったとしても説明することが可能であること，②
認定事実イないしオの各事実に係る本件元取締役の行為は，認定事実エに
係る行為を除き，本件役員退任期間におけるものである上，いずれも，そ
の性質上，代表権を有する取締役でないと行い得ないものとはいい難いこ
と，③本件元取締役が，平成１７年頃まで，原告から何らの報酬の支払も10
受けていなかったこと（証人本件元取締役・１４～１５頁），④原告代表
者が，平成８年３月９日の原告の代表取締役への就任当初の時点で，既に
成人した一定の能力を有する者であり，かつ，本件元取締役の平成８年の
退任から現在に至るまで，原告の代表権を有する唯一の者であって（当事
者の間に争いがない），原告から，継続的に報酬の支払を受けていたこと15
（証人本件元取締役・１４頁），⑤本件元取締役が，平成８年の退任から
平成１５年の就任までの間は，原告の役員としての地位を有さず，平成１
５年の就任から平成２４年の退任までの間は，法形式上及び登記上，原告
の取締役の地位にとどまっていたことも併せ考えれば，本件元取締役が，
本件評価期間を通じて，原告において代表取締役と同等の業務に従事して20
いたとまでは認められないというべきである。
したがって，本件元取締役の勤続年数を本件評価期間に係る１７年（１
年未満切上げ）とする本件役員退職給与適正額の算定において，取締役に
対する退職給与の支給事例を用いることは，相応の合理性を有するものと
認められる。25
イ原告は，本件元取締役が，①役員報酬の金額のみではなく，２億７００
０万円という多額な退職給与の金額についてまでも，実質的に一存で決定
をすることができる立場にあった旨，②原告における配当金の支払，定款
の目的変更登記等について会長として最終決裁をしていた旨を指摘して，
本件元取締役が，原告の事業運営に関わる最終意思決定権を有し，実質的
に原告の代表取締役としての職責を果たしていた旨主張する。5
しかし，上記①及び②は，いずれも，前記アにおいて説示したとおり，
本件元取締役が，原告の親会社であるＢ２の代表取締役の立場に基づき行
ったものとしても説明することが可能である（なお，本件役員退職給与が
支給された当時，Ｂ２は，原告の発行済株式総数１０００株中９９７株を
有しており，完全親会社と同視し得るものであった。）から，原告の上記10
主張は前記アの判断を覆すものとはいえない。
７本件役員退職給与適正額の算定方法について
(1)はじめに
これまでの検討によれば，本件各抽出基準等に基づいて抽出された裁判所
選定支給事例は，いずれも本件役員退職給与適正額の算定に用いる支給事例15
としての適格性を有するものと認められる。
その上で，原告は，本件役員退職給与適正額の算定について，功績倍率を
用いた算定方法によることが原告にとって有利となる限りこれによるべきで
ある旨や，最高功績倍率法又は１年当たり平均額法における１年当たり役員
退職給与額の平均額に代えてその最高額を用いる方法（以下「１年当たり最20
高額法」という。）により算定すべきである旨を主張しているから，以下に
おいては，役員退職給与適正額の算定方法の個々の合理性について検討した
上で，本件役員退職給与適正額の算定に用いるべき方法について検討を加え
ることとする。
(2)役員退職給与適正額の算定方法の個々の合理性について25
ア(ア)前提事実(7)のとおり，役員退職給与適正額の算定方法には，一般に，
平均功績倍率法，１年当たり平均額法及び最高功績倍率法があるほか，
原告が提示する１年当たり最高額法も考えられる。
(イ)平均功績倍率法は，同業類似法人の役員退職給与の支給事例におけ
る平均功績倍率に，当該退職役員の最終月額報酬額及び勤続年数を乗じ
て算定する方法である。最終月額報酬額は，通常，当該退職役員の在職5
期間中における報酬額の最高額を示すものであるとともに，特段の事情
がある場合を除き，当該退職役員の在職期間中における法人に対する功
績の程度を最も良く反映しているものといえ，勤続年数は，法人税法施
行令７０条２号が明文で規定する「当該役員のその内国法人の業務に従
事した期間」に相当する。功績倍率は，役員退職給与額が当該退職役員10
の最終月額報酬額に勤続年数を乗じた金額に対し，いかなる倍率になっ
ているかを示す数値であり，当該退職役員の法人に対する功績や法人の
退職給与支払能力など，最終月額報酬額及び勤続年数以外の役員退職給
与の額に影響を及ぼす一切の事情を総合評価した係数であるということ
ができ，同業類似法人における功績倍率の平均値である平均功績倍率は，15
同業類似法人間に通常存在する諸要素の差異やその個々の特殊性が捨象
された，より平準化された数値ということができる。このような最終月
額報酬額，勤続年数及び平均功績倍率を用いて役員退職給与適正額を算
定する平均功績倍率法は，その同業類似法人の抽出が合理的に行われる
限り，法人税法３４条２項及び同法施行令７０条２号の趣旨に最も合致20
する合理的な方法というべきである。
１年当たり平均額法は，同業類似法人の役員退職給与の支給事例にお
ける１年当たり役員退職給与額の平均額に，当該退職役員の勤続年数を
乗じて算定する方法である。当該退職役員の在職期間中における法人に
対する功績の程度を反映しているものというべき最終月額報酬額を用い25
ないため，その合理性において平均功績倍率法に劣る面があることは否
めないものの，平均功績倍率法と同様，①勤続年数は，法人税法施行令
７０条２号が明文で規定する「当該役員のその内国法人の業務に従事し
た期間」に相当すること，②同業類似法人における１年当たり役員退職
給与額の平均額は，同業類似法人間に通常存在する諸要素の差異やその
個々の特殊性が捨象された，より平準化された数値ということができる5
ことからすれば，最終月額報酬額が当該退職役員の在職期間中における
法人に対する功績の程度を反映しているとはいえないなど，功績倍率を
用いた方法によることが不合理であると認められる特段の事情がある場
合には，このような１年当たり役員退職給与額の平均額及び勤続年数を
用いて役員退職給与適正額を算定する１年当たり平均額法もまた，その10
同業類似法人の抽出が合理的に行われる限り，法人税法３４条２項及び
同法施行令７０条２号の趣旨に合致する合理的な方法となり得るという
べきである。
(ウ)他方，前記(イ)のとおり，平均功績倍率法及び１年当たり平均額法
の合理性が，同業類似法人間に通常存在する諸要素の差異やその個々の15
特殊性が捨象された，より平準化された数値である，同業類似法人にお
ける平均功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の平均値を用いる点に
基づくものであることからすれば，これらを用いない最高功績倍率法及
び１年当たり最高額法は，平均功績倍率法及び１年当たり平均額法と比
べて，その合理性において劣るものといわざるを得ず，当該退職役員の20
役員退職給与適正額の算定に当たり平均功績倍率又は１年当たり平均額
を用いることが適切を欠くと認められる特段の事情がない限り，その合
理性を肯定し得ないというべきである。
イこれに対し，原告は，平均功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の平
均額により役員退職給与適正額を算定することとした場合，同業類似法人25
の平均的な退職給与の額を超える部分が不相当に高額な部分の金額である
ということになるが，そのような解釈は，「不相当に高額」という法人税
法３４条２項の文言にも合致しない上，役員に対する退職給与のうち，隠
れた利益処分としての性質を有する部分について損金算入を認めないこと
とした同項の趣旨にも合致しないから，役員退職給与適正額は，最高功績
倍率法又は１年当たり最高額法を用いて算定すべきである旨主張する。5
しかし，法人税法施行令７０条２号は，法人税法３４条２項に規定する
「不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額」につき，「その退
職した役員に対する退職給与として相当であると認められる金額（役員退
職給与適正額）を超える場合におけるその超える部分の金額」を定めてい
るのであるが，平均功績倍率法又は１年当たり平均額法における役員退職10
給与適正額の算定においては，同業類似法人間に通常存在する諸要素の差
異やその個々の特殊性が捨象された，より平準化された数値である，平均
功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の平均額のみならず，当該退職役
員又は当該法人に係る事情である，最終月額報酬額や当該退職役員の勤続
年数も併せ考慮されているのであるから，これらにより求められた金額を15
「その退職した役員に対する退職給与として相当であると認められる金
額」とし，これを超える部分を「不相当に高額な部分の金額」と解するこ
とが，法人税法３４条２項の文言や，役員に対する退職給与のうち隠れた
利益処分としての性質を有する部分について損金算入を認めないことと
した同項の趣旨に合致しないものとはいえない。20
そして，最高功績倍率法及び１年当たり最高額法の算定過程には，用い
られる役員退職給与の支給事例に係る同業類似法人間に通常存在する諸
要素の差異やその個々の特殊性が捨象される過程が存在せず，平均功績倍
率法及び１年当たり平均額法と比較して合理性において劣ることは前記
アに説示したとおりである。25
したがって，原告の上記主張を採用することはできない。
(3)功績倍率を用いた方法によることが不合理であると認められる特段の事
情の有無等について
ア前提事実(3)のとおり，本件元取締役は，遅くとも平成１９年４月以降，
役員報酬として月額２５万円の支給を受けていたが，平成２４年の退任の
後である平成２５年１月１１日に，役員報酬の遡及的な追加支給がされ，5
その最終月額報酬額は，月額２５万円の４倍に上る月額１００万円とされ
たものである（本件遡及増額）。そして，原告は，本件遡及増額につき，
会社法３６１条１項の趣旨に反しない旨を主張するのみで，本件元取締役
の役員報酬を，上記の時期に，上記のとおり大幅に増額する必要があった
合理的な理由を何ら主張せず，本件において，これを認めるに足りる証拠10
もない（なお，原告の経理担当者は，本件遡及増額の理由は分からない旨
を供述等している（乙１５）ところである。）。
このような事情に鑑みれば，本件元取締役の最終月額報酬額である１０
０万円は，専ら本件役員退職給与の額の算定根拠を整える目的で決定及び
支給されたものといわざるを得ない（前提事実(4)のとおり，本件役員退職15
給与のうち退任慰労金は，最終月額報酬額が１００万円であることを基礎
に勤続年数及び功績倍率を乗じて算定されたものである。）。
したがって，本件役員退職給与適正額の算定については，功績倍率を用
いた方法によることが不合理であると認められる特段の事情があるとい
え，１年当たり平均額法又は１年当たり最高額法が法人税法３４条２項及20
び同法施行令７０条２号の趣旨に合致する合理的な方法となるというべ
きである。
イ原告は，本件元取締役の原告に対する功績は，これまでの功績という点
において原告代表者の功績を上回ることは明らかであり，本件元取締役の
直近事業年度に果たしていた役割をみても，原告代表者の役割と遜色ない25
ものであったから，原告が原告代表者に対し平成２１年３月期ないし平成
２４年３月期においては月額１００万円，平成２５年３月期においては月
額１２０万円の役員報酬を支給していた点に照らし，本件元取締役の最終
月額報酬額である１００万円は，その功績の程度を反映したものであると
いえるため，功績倍率を用いた算定方法によることが原告にとって有利と
なる限り，これによるべきである旨主張する。5
しかし，前記６，とりわけ同(4)に説示したところによれば，本件全証拠
によっても，本件評価期間を通算したときの，本件元取締役の原告の役員
（取締役）としての地位に基づく原告に対する功績が，原告代表者の原告
に対する功績を上回る又は同程度であるとまでは認めるに足りない上，原
告の上記主張は，遅くとも平成１９年４月から平成２４年の退任に至るま10
で支給されていた本件元取締役の役員報酬が月額２５万円にとどまるも
のであったことと整合せず，かつ，本件遡及増額については，前記アのと
おり，その合理性を裏付ける事情は見当たらない。
したがって，原告の上記主張は前提を欠くものであり，採用することは
できない。15
(4)本件役員退職給与適正額の算定に当たり１年当たり平均額を用いること
が適切を欠くと認められる特段の事情の有無等について
原告は，①原告が，平成２５年３月期以前の５事業年度の平均で２億７６
３６万１０００円もの純利益（純利益率１９．０％）を上げる高収益企業で
あるとともに，平成２５年３月期末において２６億８９０５万円（利益剰余20
金比率５２．６％）もの利益剰余金を有する健全企業であり，一般に高収益
を上げることが困難である肉用牛生産業において，原告をこのような高収益
かつ健全な企業に成長させたのは，本件元取締役の功績に他ならず，②(a)本
件同業類似法人は，いずれも総資産額が原告に比して相当に少なく，その平
均額は，原告の総資産額の３分の１以下であると推認されること，(b)本件各25
支給事例は，取締役（又は監査役）に対する役員退職給与の支給事例である
こと，(c)本件同業類似法人に原告のような高収益かつ健全な企業があるとは
認められない（仮に，本件同業類似法人にそのような企業が含まれていると
すれば，本件同業類似法人の財政状態及び収益状況を把握している被告にお
いて，その旨の主張がされるはずである。）ことに鑑みると，本件元取締役
には，本件同業類似法人の取締役（又は監査役）に通常存する事情を超える5
特殊な事情があることは明らかであるとして，本件各支給事例を基に本件役
員退職給与適正額を算定する場合には，１年当たり最高額法によるべきであ
る旨主張する。
しかし，これまでに説示したところによれば，上記①のうち本件元取締役
の功績を主張する点は，平成２５年３月期における原告の収益性等の全てが10
本件元取締役の本件評価期間における原告の役員としての地位に基づく功績
のみによって実現したものと評価し得ない点でその前提を異にし（なお，本
件元取締役は，平成２４年１２月２５日付けでＢ２の代表取締役を退任した
後，多額の役員退職給与（２億９９２０万円）の支給を受けている（乙３７）。），
上記②は，裁判所選定支給事例を用いた本件役員退職給与適正額の算定に当15
たり特段考慮されるべきものといえないか，又は認めるに足りる証拠がない
かのいずれかである。
そして，これまでに判示したところに基づき，本件役員退職給与適正額の
算定に用いることについて合理性を認めることができる裁判所選定支給事例
における１年当たり役員退職給与額を算定すると，別表５記載のとおりとな20
るところ，原告が上記①に主張する平成２５年３月期における原告の収益性
等を踏まえたとしても，とりわけ高額な１年当たり役員退職給与額を示して
いる本件支給事例３を含む裁判所選定支給事例の１年当たり役員退職給与額
の平均額に本件元取締役の勤続年数を乗じ算定された金額については，少な
くとも本件役員退職給与適正額として過少であるとはいえず（本件支給事例25
３の１年当たり役員退職給与額（５２９万４１１８円）は，裁判所選定支給
事例のうち２番目に高額なもの（本件支給事例９の２１４万２８５８円）の
約２．５倍，最も安価なもの（本件支給事例５の６６万６０００円）の約８
倍に上るものであり，１年当たり役員退職給与額の平均額である１９２万２
５２８円は，裁判所選定支給事例個々の１年当たり役員退職給与額と比較す
ると，上から３番目に位置付けられるものである。），本件役員退職給与適5
正額の算定に当たり，１年当たり平均額を用いることが適切を欠くと認めら
れる特段の事情があるとはいえないから，１年当たり最高額法の合理性を肯
定することはできない。原告の上記主張は採用することができない。
８まとめ
以上によれば，本件算定は，①１年当たり役員退職給与額の平均額の算定に10
当たって本件支給事例２，８及び１０を用いている点（前記２参照），②本件
支給事例７の勤続年数を２１年とすべきところを５２年とし，本件支給事例９
の勤続年数を１４年とすべきところを２４年としている点（前記４(1)参照）及
び③本件元取締役の勤続年数を１７年とすべきところを１０年としている点
（前記６(3)参照）について，合理性を欠くものの，その他の算定過程はいずれ15
も合理性を肯定できるから，別表５記載の各１年当たり役員退職給与額の平均
額を基に，本件元取締役の勤続年数を１７年として１年当たり平均額により算
定した額を，本件役員退職給与適正額と認めることができる。
これを計算すると，１年当たり役員退職給与額の平均額及び本件役員退職給
与適正額は，それぞれ，１９２万２５２８円（１円未満切上げ），３２６８万20
２９７６円となり，本件役員退職給与の額２億７０００万円のうち，上記の本
件役員退職給与適正額を超える２億３７３１万７０２４円が不相当に高額な部
分の金額となる。
そして，弁論の全趣旨によれば，当裁判所が認定する原告の平成２５年３月
期の法人税に係る翌期へ繰り越す欠損金額等は，別紙３のとおりであり，翌期25
へ繰り越す欠損金額（１億６５１１万３６６７円）は本件更正処分における翌
期へ繰り越す欠損金額１億９４９３万１３６３円を超えるから，本件更正処分
は適法である。
９結論
よって，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部5
裁判長裁判官鎌野真敬
裁判官福渡裕貴
裁判官獅子野裕介15
（別紙省略）
（別表１省略）
（別表２省略）
（別表３省略）
（別表４省略）20
（別表５省略）
（別表６省略）
（別紙１）
本件更正処分の根拠及び適法性
第１本件更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張する原告の平成２５年３月期の法人税に係る所
得金額等は，以下のとおりである（別表３も参照）。5
１所得金額（別表３・順号⑨）
０円
上記金額は，以下の(1)の金額に(2)ないし(4)の金額を加算し，(5)及び(6)の
金額を減算した金額である。
(1)申告所得金額（別表３・順号①）10
０円
上記金額は，本件確定申告に係る申告書に記載された所得金額と同額であ
る。
(2)役員退職給与の損金不算入額（別表３・順号②）
２億５４９２万１０３０円15
上記金額は，別紙２の第１・３に述べるとおり，本件役員退職給与の額２
億７０００万円のうち，本件役員退職給与適正額１５０７万８９７０円を超
える金額であり，不相当に高額な部分の金額として，法人税法３４条２項の
規定により損金の額に算入されない金額である。
(3)農業生産法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例の損金不算入額（別20
表３・順号③）
６１０万３３１４円
上記金額は，租税特別措置法６７条の３（平成２６年法律第１０号による
改正前のもの）の規定を適用するとして損金の額に算入した肉用牛の売却に
よる利益の額に相当する金額のうち，損失が生じた売却の取引分を含めずに25
計算したことにより過大となった利益の額５３６万６０８６円と，同条１項
に規定する免税対象飼育牛に該当しない肉用牛の売却による利益の額７３万
７２２８円の合計額であり，原告の益金の額に算入されるべき金額である。
(4)役員給与の損金不算入額（別表３・順号④）
５２５万円
上記金額は,原告が，本件元取締役の退任後に，本件元取締役の平成２４年5
６月から同年１２月までの役員報酬として追加支給し，損金の額に算入した
金額であるが，当該追加支給は，法人税法施行令６９条１項（平成２８年政
令第１４６号による改正前のもの。以下同じ。）１号イないしハに掲げる改
定とは認められず，法人税法３４条１項（平成２６年法律第１０号による改
正前のもの）に規定する給与には該当しないため，同条２項の規定により，10
損金の額に算入されない金額である。
(5)農業生産法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例の損金算入額（別
表３・順号⑥）
１２８万４７９４円
上記金額は，租税特別措置法６７条の３（平成２６年法律第１０号による15
改正前のもの）の規定に基づき，肉用牛の売却による利益の額に相当する金
額として，当期の損金の額に算入される金額である。
(6)繰越欠損金の損金算入増加額（別表３・順号⑦）
２億６４９８万９５５０円
上記金額は，原告が，前期から繰り越した欠損金額であり，本件更正処分20
により，所得金額が増加したことに伴い，当期の損金の額に算入される金額
である。
２翌期へ繰り越す欠損金額（別表３・順号⑩）
１億４７５０万９６６１円
上記金額は，以下の(1)の金額から(2)の金額及び前記１(6)の金額（繰越欠損25
金の損金算入増加額）を減算した金額であり，法人税法５７条１項（平成２７
年法律第９号による改正前のもの）の規定により，翌期以降の事業年度におい
て損金の額に算入されることとなる欠損金額である。
(1)原告の平成２４年３月期の法人税に係る翌期へ繰り越す欠損金額
５億９２１９万３１８２円
上記金額は，処分行政庁が平成２７年６月２９日付けでした原告の平成２5
４年３月期の法人税の更正処分により更正された，原告の平成２４年３月期
の法人税に係る翌期へ繰り越す欠損金額である。
(2)申告に係る平成２５年３月期の繰越欠損金の控除額
１億７９６９万３９７１円
上記金額は，本件確定申告に係る申告書に記載された「繰越欠損金の当期10
控除額」と同額である。
第２本件更正処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する原告の平成２５年３月期における翌期へ繰
り越す欠損金額は，１億４７５０万９６６１円（前記第１・２）であり，この
金額は，本件更正処分における翌期へ繰り越す欠損金額１億９４９３万１３６15
３円を超えるから，本件更正処分は適法である。
以上
（別紙２）
争点に関する当事者の主張の要旨
当事者の主張内容に鑑み，まず，本件算定の詳細及び本件算定の合理性に関する
被告の総論的な主張を記載した上で（後記第１），その余の当事者の主張につき，5
原告の主張から先に記載する（後記第２及び第３）。
第１本件算定の詳細及び本件算定の合理性に関する被告の総論的な主張
１役員退職給与適正額の算定方法について
役員退職給与適正額の算定方法については，一般に，平均功績倍率法，１年
当たり平均額法及び最高功績倍率法がある。10
功績倍率は，当該退職役員の法人に対する功績や法人の退職給与支払能力な
ど，最終月額報酬額（通常，当該退職役員の在職期間中における報酬の最高額
を示すものであるとともに，当該退職役員の在職期間中における法人に対する
功績の程度を最も良く反映しているものといえる。）及び勤続年数（法人税法
施行令７０条２号に規定する「当該役員のその内国法人の業務に従事した期間」15
に相当する。）以外の役員退職給与の額に影響を及ぼす一切の事情を総合評価
した係数であるといえ，同業類似法人における功績倍率の平均値（平均功績倍
率）を算定することにより，同業類似法人間に通常存在する諸要素の差異やそ
の個々の特殊性が捨象され，より平準化された数値が得られるものといえる。
そうすると，同業類似法人の抽出が合理的に行われる限り，平均功績倍率法は，20
法人税法３４条２項及び同法施行令７０条２号の趣旨に最も合致する合理的
な方法というべきである。他方，１年当たり平均額法は，最終月額報酬額を用
いないため，その合理性において平均功績倍率法に劣る面があることは否定し
難いが，退職の直前に当該退職役員の報酬が大幅に引き下げられるなど，平均
功績倍率法を用いることが不合理であると認められる特段の事情がある場合25
には，１年当たり平均額法もまた，同業類似法人の抽出が合理的に行われる限
り，同法３４条２項及び同法施行令７０条２号の趣旨に合致する合理的な方法
というべきである。
なお，最高功績倍率法は，抽出された同業類似法人の中に不相当に過大な退
職給与を支給した法人があった場合に明らかに不合理な結論を招くこととな
るから，功績倍率の平均値を用いることにより，同業類似法人間に通常存在す5
る諸要素の差異やその個々の特殊性が捨象され，より平準化された数値を得る
ことができるとはいえない場合，すなわち，同業類似法人の抽出基準が必ずし
も十分ではない場合や，同業類似法人の抽出件数が僅少であり，かつ，当該法
人とその最高値を示す同業類似法人とが極めて類似していると認められる場
合などに限られるというべきである。また，仮に，１年当たり役員退職給与額10
の最高額を用いる方法が採用される場合があり得るとしても，これと同様の場
合に限られるというべきである。
２本件役員退職給与適正額（本件算定）について
(1)本件各抽出基準等の合理性について
本件各抽出基準等は，①抽出対象地域について，原告の所在地である栃木15
県と経済事情が類似する地域である関東信越国税局及び隣接局の管内を対
象とし，②事業の類似性を判断する要素である業種について，原告と同種の
事業である日本標準産業分類における大分類「Ａ－農業，林業」の中分類「０
１－農業」の小分類「０１２－畜産農業」とし，③事業規模の類似性を判断
する要素である売上金額について，原告の平成２５年３月期の売上金額の２20
分の１から２倍の範囲内（売上金額の倍半基準）とし，④代表取締役等に対
し退職給与の支給があり，かつ，その退任理由を本件元取締役と同じく普通
退職としており，業種の同一性，規模等の近似性等のいずれの点においても，
同業者の類似性の基礎的要素を欠くものではなく，合理的なものである。
また，本件指示等に基づく各税務署長及び各国税局長の同業類似法人の抽25
出方法は，本件各抽出基準の全てを満たす法人を機械的に抽出するというも
のであり，その抽出過程に恣意が介在する余地はなく，合理性は十分に確保
されている。
(2)算定方法について
ア原告は，取締役会の決議に基づき，本件元取締役に対し役員報酬として
月額２５万円を支給していたが，会社法所定の手続である株主総会及び取5
締役会の決議を経ることなく，本件元取締役の取締役退任後である平成２
５年１月１１日，本件元取締役に対し平成２４年６月から同年１２月まで
の役員報酬として合計５２５万円（月額７５万円）を追加支給したことに
より，当該期間の役員報酬を月額１００万円とした（本件遡及増額）。こ
のような経緯に照らせば，本件元取締役の最終月額報酬額である１００万10
円は，本件元取締役の在職期間中における報酬の最高額を示すものとは認
められず，本件元取締役の在職期間中における法人に対する功績の程度を
最も良く反映しているものともいえない。
したがって，本件においては，前記(1)に述べた平均功績倍率法を用いる
ことが不合理であると認められる特段の事情があり，本件役員退職給与適15
正額を算定するに当たっては，１年当たり平均額法を用いることが合理的
である。
イ本件役員退職給与は，本件元取締役が，平成８年に取締役を退任した（平
成８年の退任）後，平成１５年に改めて取締役に就任し（平成１５年の就
任），再度退任するに当たって支払われた役員退職給与であるから，本件20
役員退職給与適正額の算定は，取締役の支給事例によることが相当である。
(3)本件役員退職給与適正額
以上によれば，本件役員退職給与適正額は，１年当たり平均額法により，
(a)本件各支給事例の１年当たり役員退職給与額の平均額１５０万７８９７
円に，(b)本件元取締役の原告における勤続年数である１０年（平成１５年１25
１月１３日から平成２４年１２月２５日に退任するまでの年数。１年未満切
上げ。）を乗じて算定するのが相当であり，１５０７万８９７０円となる。
３本件役員退職給与における不相当に高額な部分の金額
したがって，本件役員退職給与における不相当に高額な部分の金額は，本件
役員退職給与の額である２億７０００万円のうち，本件役員退職給与適正額１
５０７万８９７０円を超える２億５４９２万１０３０円である。5
第２原告の主張
１本件各抽出基準等が合理的なものといえないこと
(1)原告の主張の骨子
ア同業類似法人の抽出においては，業種，業態，規模（売上金額，総資産
額（期末資産合計額）及び従業員数が参照される。），収益状況等ができ10
る限り当該法人と類似するものであることが望ましいとされており，この
点については，原告と被告との間に争いはない。
本件同業類似法人は，いずれも細分類「養鶏業」又は細分類「養豚業」
を営むものであるが，後記(2)に述べるとおり，小分類「畜産農業」のうち，
細分類「養鶏業」及び細分類「養豚業」と，原告が営む細分類「肉用牛生15
産業」とは，その事業の特質等を大きく異にする以上，小分類「畜産農業」
を営む法人であることを抽出基準としなければ原告の同業類似法人を得ら
れないなどの特段の事情がない限り，細分類「肉用牛生産業」を営む法人
であることを抽出基準とすべきである。
本件では，後記(3)に述べるとおり，租税特別措置法６７条の３（平成２20
８年法律第１５号による改正前のもの又は平成２６年法律第１０号による
改正前のもの。以下，別紙３を除いて同じ。）が定める肉用牛の売却に係
る所得の課税の特例（以下「肉用牛課税特例」という。）の適用によって
所得金額が欠損となる法人を抽出対象に含める抽出基準としたり，関東信
越国税局及び隣接局以外の国税局管内を抽出対象地域に含めたりすること25
によって，肉用牛生産業を営む法人であることを抽出基準とした場合であ
っても，原告の同業類似法人が抽出される可能性が十分にあり，これらの
抽出基準等を用いないことについて合理性は認められないから，本件にお
いて，上記の特段の事情を認めることはできない。
したがって，本件各抽出基準等は，業種，業態，規模，収益状況等がで
きる限り当該法人と類似する法人を抽出することが可能となるような条件5
であるとは認められず，合理的なものとはいえない。
イ被告は，推計課税（所得税法１５６条，法人税法１３１条参照）におい
ては，同業類似法人の類似性はかなり厳格なものが要求されるものの，こ
れと比較して退職給与の過大性の判断基準となる同業類似法人の類似性に
ついて考えると，退職給与の支給額が業種によって著しく差があるとは，10
一般的，かつ，経験則上も認められないから，同業類似法人の業種につい
ては，推計課税における類似性ほどの厳格なものは必要ないなどと主張す
る。
しかし，推計課税は，不誠実な納税者に対する制裁的な課税という側面
もある上に，納税者が訴訟等において実額反証をすることも認められてい15
る。これに対し，役員給与が不相当に高額である場合の課税は，納税者の
不誠実な対応により実額課税をすることができない場合に認められた概算
課税ではなく，納税者が訴訟等において実額反証をする余地もないのであ
るから，推計課税の場合においてすら同業類似法人の類似性はかなり厳格
なものが要求されるのであるとすれば，役員給与が不相当に高額であるか20
否かを判断するための同種の事業を営む法人の業種の類似性についても，
当然にかなり厳格なものが要求されるものと解すべきである。
したがって，被告の上記主張には理由がない。
(2)畜産農業を営む法人であることを抽出基準としなければ原告の同業類似
法人を得られないなどの特段の事情がない限り，肉用牛生産業を営む法人で25
あることを抽出基準とすべきであること
ア養鶏業及び養豚業と肉用牛生産業とを比較した検討
以下のとおり，畜産農業のうち，養鶏業及び養豚業と原告が営む肉用牛
生産業とは，その事業の特質等を大きく異にする。そうすると，畜産農業
を営む法人であることという抽出条件は，売上金額の倍半基準と併用する
と，業態，規模，収益状況等が原告と類似する法人を抽出することが困難5
な条件であるから，少なくとも，畜産農業を営む法人であることを抽出基
準としなければ原告の同業類似法人を得られないなどの特段の事情がない
限り，肉用牛生産業を営む法人を対象とする抽出基準が用いられなければ
ならない。
(ア)養鶏業との比較について10
肉用牛生産業の総資産回転率（総資本回転率ともいい，売上高÷総資
産によって算定される値である。）は０．５７回であるのに対して，養
鶏業の総資産回転率は１．２５回である。
また，肉用牛生産業のキャッシュ・コンバージョン・サイクル（売上
債権回転期間（日数）＋棚卸資産回転期間（日数）－仕入債務回転期間15
（日数）によって算定される値であり，事業活動のサイクルにおいて，
正味どれだけの現金を事業に張り付ける必要があるかを示す指標であ
る。）は３４８．７日であるのに対して，養鶏業のキャッシュ・コンバ
ージョン・サイクルは，マイナス７．５日である。
(イ)養豚業との比較について20
肉用牛生産業の総資産回転率は０．５７回であるのに対して，養豚業
の総資産回転率は１．１２回である。
また，肉用牛生産業の売上高経常利益率（以下「経常利益率」という。）
は２％であるのに対して，養豚業の経常利益率は僅か０．１８％である。
さらに，肉用牛生産業のキャッシュ・コンバージョン・サイクルは３25
４８．７日であるのに対して，養鶏業のキャッシュ・コンバージョン・
サイクルは，５１．１日である。
(ウ)前記各比較の意義
前記(ア)及び(イ)のとおり，養鶏業及び養豚業と肉用牛生産業とには，
総資産回転率に約２倍又は２倍以上にも上る差があるから，養鶏業や養
豚業を含む畜産農業を営む法人であることという抽出基準は，売上金額5
の倍半基準と併用すると，総資産額が原告と類似する法人を抽出するこ
とが困難な条件であるということになる。
また，肉用牛生産業と養豚業には，経常利益率に１０倍以上の違いが
あるから，畜産農業を営む法人であることという抽出基準は，売上金額
の倍半基準と併用すると，収益状況が原告と類似する法人を抽出するこ10
とが困難な条件であるということになる。
さらに，肉用牛生産業と養鶏業及び養豚業には，キャッシュ・コンバ
ージョン・サイクルに約３００日又は約１年の違いがあるから，畜産農
業を営む法人であることという抽出基準は，売上金額の倍半基準と併用
すると，原告と必要とされる運転資金の金額に著しい違いのある法人が15
抽出される基準であるということになるが，必要とされる運転資金の金
額の違いというのは，業態の違いの最たるものであるから，そのような
基準というのは，業態が原告と類似する法人を抽出することが困難な条
件であるということになる。
イ被告の主張に対する反論20
(ア)被告は，過去の多くの裁判例（札幌地裁昭和５８年５月２７日判決・
行裁集３４巻５号９３０頁，名古屋地裁平成２年５月２５日判決・判タ
７３８号８９頁，大分地裁平成２１年２月２６日判決・税資２５９号順
号１１１４７及び東京地裁平成２９年１０月１３日判決・税資２６７号
順号１３０７６）において，日本標準産業分類における大分類又は中分25
類により同業類似法人を抽出することが認められており，業種の類似性
の基準として小分類「畜産農業」を用いることは，これらと比較してよ
り類似性を求める基準を用いるものであって，合理性を有することは明
らかである旨主張する。
しかし，被告が指摘する裁判例は，いずれも，同業類似法人を抽出す
るための条件として日本標準産業分類の大分類又は中分類の分類項目を5
用いれば十分であってそれ以上に類似性を求める必要はない旨の判断を
したものではない。
また，日本標準産業分類の分類項目の設定に当たっては，事業所の数，
従業者の数，生産額，販売額等が考慮されているため，これらが極めて
少ない大分類「農業・林業」の分類項目は，他の業種の分類項目に比べ10
ると，かなり大まかに設定されていることになる。そうすると，小分類
「畜産農業」を営む法人であるという抽出基準は，必ずしも，被告が指
摘する裁判例の事案において用いられた抽出基準と比較してより類似性
を求める基準であるとはいえない。
したがって，被告の上記主張には理由がない。15
(イ)被告は，前記アに述べた総資産回転率等の各指標の差異が，役員退
職給与の額にいかなる影響を及ぼすのか，また，どのような関連性を有
しているのかについて，何ら具体的に明らかにしていない旨主張する。
しかし，総資産回転率や経常利益率に大きな違いがあれば，同程度の
売上高を上げるための総資産額や経常利益の額に大きな違いがあること20
になるが，総資産額や経常利益の額が役員退職給与の額に影響を及ぼす
ことは，法人税法施行令７０条２号が「事業規模が類似する（法人）」
の役員に対する退職給与の支給状況を考慮することを求めていることか
らも明らかであるから，少なくとも売上高が同程度の法人間においては，
総資産回転率や経常利益率と役員退職給与の額との間にも強い関連性を25
認めることができる。
また，キャッシュ・コンバージョン・サイクルについても，その値に
１年近くの違いがあれば，同程度の売上高を増加させるために必要とな
る経営能力や期間の違いにも著しい違いを生じさせることになり，同程
度の売上高を増加させるために必要となる経営能力や期間の違いは，当
然に役員退職給与の額にも影響するはずであるから，少なくとも売上高5
が同程度の法人間においては，キャッシュ・コンバージョン・サイクル
と役員退職給与の額との間にも少なからぬ関連性があるといえる。
したがって，被告の上記主張には理由がない。
(ウ)被告は，同じ肉用牛生産業を営む法人であっても，前記アに述べた
総資産回転率等の各指標の数値には幅があり，しかも，養鶏業及び養豚10
業の対応する指標の数値の幅はほぼそれに重なるほか，経常利益率と同
じ収益性分析の指標の一つである売上総利益率によれば養豚業又は養鶏
業よりも肉用牛生産業の方が劣るなど，財務指標を全体としてみれば，
いずれの業種においてもさほど大きな違いはない旨主張する。
しかし，後記第３の１(4)イのとおり，被告は，北海道の酪農業の経常15
利益率が２．８％であるのに対して，都府県の酪農業の経常利益率が５．
２％であり，約１．８倍の違いがあることを根拠として，北海道を抽出
対象地域に含めないことが合理的である旨の主張をしているが，肉用牛
生産業と養豚業の経常利益率に１０倍以上の違いがあるにもかかわらず，
「全体としてみれば…さほど大きな違いがない」旨述べる被告の主張は，20
自らの主張とも整合しない。また，肉用牛生産業の方が養鶏業及び養豚
業よりも経常利益率が高いにもかかわらず，売上総利益率が低いという
ことは，肉用牛生産業と養鶏業及び養豚業の収益構造が大きく異なるこ
とを意味し，両者の事業の特質が異なることを裏付けるものであって，
経常利益率は高いが売上総利益率は低いから「全体としてみれば…さほ25
ど大きな違いがない」といえるものでもない。
したがって，被告の上記主張には理由がない。
(3)畜産農業を営む法人であることを抽出基準としなければ原告の同業類似
法人を得られないなどの特段の事情はないこと
原告が提出した証拠によれば，本件支給事例１に係る法人は，養豚業を主
たる事業とする有限会社Ｂ６牧場（以下「Ｂ６牧場」という。），本件支給5
事例２に係る法人は，養鶏業を主たる事業とする有限会社Ｂ３０農場（以下
「Ｂ３０農場」という。），本件支給事例３に係る法人は，養豚業を主たる
事業とする有限会社Ｂ８（以下「Ｂ８」という。），本件支給事例４に係る
法人は，養鶏業を主たる事業とする有限会社Ｂ１０（以下「Ｂ１０」という。），
本件支給事例５及び本件支給事例６に係る法人は，養鶏業を主たる事業とす10
る有限会社Ｂ１２（以下「Ｂ１２」という。），本件支給事例７に係る法人
は，養鶏業を主たる事業とする有限会社Ｂ１５（以下「Ｂ１５」という。），
本件支給事例８に係る法人は，養鶏業を主たる事業とするＢ４株式会社（以
下「Ｂ４」という。），本件支給事例９に係る法人は，養鶏業を主たる事業
とする有限会社Ｂ１７（以下「Ｂ１７」という。），本件支給事例１０に係15
る法人は，養鶏業を主たる事業とする株式会社Ｂ３１であるとそれぞれ推認
されるから，仮に，本件指示等において肉用牛生産業を営む法人であること
を抽出基準としたとすれば，本件同業類似法人はいずれも抽出されなかった
ことになる。
しかし，以下のとおり，合理的な理由なく抽出対象を限定している他の抽20
出基準等（所得金額が欠損でないこととする抽出基準及び関東信越国税局及
び隣接局の管内を抽出対象地域としたこと）の内容を変えることにより，肉
用牛生産業を営む法人であることを抽出基準としても，原告の同業類似法人
を得られる蓋然性は高いから，畜産農業を営む法人であることを抽出基準と
しなければ原告の同業類似法人を得られないなどの特段の事情はない。25
ア肉用牛課税特例の適用によって所得金額が欠損となる法人を抽出対象か
ら除外すべき合理的な理由がないこと
本件各抽出基準は，所得金額が欠損でないこととする基準を含んでおり，
当該基準を設けた理由について，被告は，所得金額が欠損である法人は，
一般的に経営状態が良好な法人であるとはいえず，役員に対して退職給与
が支給されたとしても，その額が低く抑えられている可能性がある旨等を5
主張する。
しかし，原告と同様に肉用牛生産業を主たる事業としている法人は，肉
用牛課税特例の適用を受けた場合には，肉用牛の売却取引について，肉用
牛の売却による利益の額に相当する額を損金の額に算入することができる。
肉用牛の売却による利益の額が大きければ大きいほど損金の額に算入する10
ことができる金額も大きくなるため，肉用牛課税特例の適用によって所得
金額が欠損となる法人は，むしろ，一般的に経営状態は良好な法人である
といえる（現に，原告は，平成２５年３月期より前の４事業年度にわたっ
て，肉用牛課税特例の適用を受け所得が欠損となっていたが，経営状態は
極めて良好であった。）。15
したがって，肉用牛課税特例の適用によって所得金額が欠損となる法人
を抽出対象から除外すべき合理的な理由がないことは明らかである。
イ肉用牛課税特例の適用によって所得金額が欠損となる法人を抽出対象に
含めれば，肉用牛生産業を営む法人であることを抽出基準としても，原告
の同業類似法人を得られる可能性が高いこと20
租税特別措置の適用実態調査の結果に関する報告書（平成２３年度ない
し平成２５年度に係るもの。甲７３の１～３）によれば，肉用牛課税特例
の適用を受けた農林水産業を営む法人は，平成２３年度ないし平成２５年
度において，それぞれ９０３社から１０６８社であるのに対し，平成２７
年の農林業センサス報告書（甲９４）によれば，農産物販売金額のうち肉25
用牛の販売金額が最も多い法人経営体は１２６０社にすぎず，そのような
法人経営体と肉用牛生産業を営む法人は，ほぼ重なり合うものと考えられ
ることから，肉用牛生産業を営む法人のうち相当に高い割合の法人が肉用
牛課税特例の適用を受けていることは明らかである。
そして，平成２３年度ないし平成２５年度の肉用牛課税特例の適用を受
けた農林水産業を営む法人の７４．９％から７７．５％もの法人の所得金5
額が０円又は欠損であり，そのような所得金額が０円又は欠損である法人
による肉用牛課税特例の適用金額の平均が，１９９８万５９０２円から２
０２０万２６６４円にも及ぶことからすると，それらの法人の多くは，肉
用牛課税特例の適用を受けたことによって所得金額が欠損となった法人で
あると推認される。10
したがって，肉用牛生産業を営む法人の中には，所得金額が欠損である
が，肉用牛課税特例の適用を受けなければ所得金額が欠損でない法人が相
当にあるものと推認されることから，肉用牛課税特例の適用によって所得
金額が欠損となる法人を抽出の対象に含めれば，肉用牛生産業を営む法人
であることを抽出基準としても，原告の同業類似法人を得られる可能性は15
高い。
ウ関東信越国税局及び隣接局の管内を抽出対象地域とすべき合理的な理由
がないこと
被告は，原告の同業類似法人の抽出につき，関東信越国税局及び隣接局
の管内に納税地がある法人を対象とした理由について，同業類似法人の立20
地条件の類似性を確保するとともに，地域的な条件において同一であるこ
とを担保するためである旨主張する。
しかし，隣接局の管内の地域は，関東信越国税局の管内の地域と隣接し
ているものの，その他の国税局の管内の地域と比べて，関東信越国税局の
管内の地域と立地条件や地域的な条件に特に類似性があるわけではない25
から，関東信越国税局及び隣接局の管内を抽出対象地域としても，当該抽
出対象地域に係る条件を設けない場合に比べて，立地条件の類似性が確保
されることにはならないし，地域的な条件において同一であることが担保
されることにもならない。
したがって，関東信越国税局及び隣接局の管内を抽出対象地域とすべき
合理的な理由があるとはいえない。5
エ関東信越国税局及び隣接局以外の国税局の管内を抽出対象地域に含めれ
ば，肉用牛生産業を営む法人であることを抽出基準としても，原告の同業
類似法人を得られる可能性が高いこと
(ア)平成２５年の畜産統計（甲５１）によれば，日本全国の肉用牛の総
飼養頭数が２００頭以上である肉用牛の飼養者（２１９０戸）のうち，10
札幌国税局の管内の飼養者（４１０戸）及び熊本国税局の管内の飼養者
（５９５戸）が４５．９％を占めているのに対して，関東信越国税局及
び隣接局の管内の各飼養者を合計しても３２．７％を占めるにとどまる。
このような肉用牛の総飼養頭数が多い飼養者の札幌国税局及び熊本国税
局の管内への集中の傾向は，総飼養頭数が多くなればなるほど強まるも15
のと考えられるから，肉用牛の総飼養頭数が約４０００頭である原告と
「事業規模が類似するもの」に該当する肉用牛の飼養者（肉用牛生産業
を営む法人）は，その大半が札幌国税局及び熊本国税局の管内の法人で
あると推認される。
そうすると，札幌国税局及び熊本国税局の管内を始めとする，関東信20
越国税局及び隣接局以外の国税局の管内を抽出対象地域に含めれば，肉
用牛生産業を営む法人であることを抽出基準としても，原告の同業類似
法人を得られる可能性は高い。
(イ)被告は，①札幌国税局の管轄にある北海道については，北海道の酪
農業と都府県の酪農業とで，ほとんどの項目において異なる財務指標が25
示されていることや，牧草・放牧・採草費が，北海道において突出して
自給されていることなどを，②熊本国税局の管轄にある南九州について
は，温暖な気候や畜産に活用可能な土地の豊富さという環境要因と，食
肉センターや飼料サイロ・飼料工場といった畜産業クラスター（集合体）
が同エリアに存在するという経済要因とが相まって，国内の他地域にな
い規模で生産及び処理が行われていることなどを挙げて，札幌国税局及5
び熊本国税局の管内は，関東信越国税局及び隣接局の管内とは異なる特
質があり，これらを抽出範囲に含めることは，経済事情の差異を全くな
いがしろにするものであって，抽出方法として合理性に疑問がある旨主
張する。
しかし，そもそも，法人税法施行令７０条２号は，「その内国法人と10
同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するもの」と規定するのみ
で，納税地の近接性等については何ら規定していないから，抽出対象地
域に係る条件は，専ら役員退職給与の適正額を算定すべき法人とできる
限り業種，業態，規模，収益状況等の類似性が認められる法人を抽出す
るために定められるものである。したがって，抽出対象地域に係る条件15
が合理的であるかどうかは，そのような抽出基準を定めることによって，
役員退職給与適正額を算定すべき法人とできる限り事業の類似性が認め
られる法人を抽出することになるか否かという観点によって判断される
べきである。
その上で北海道についてみると，北海道の酪農業と都府県の酪農業の20
財務指標の比較によっては，北海道の肉用牛生産業と都府県の肉用牛生
産業にどのような違いがあるかを理解することはできない。むしろ，被
告が依拠する日本政策金融公庫作成の「平成２５年度高収益畜産経営の
要因分析調査」（甲４４，乙３８。以下「畜産経営分析調査」という。）
が，酪農業とは異なり，肉用牛生産業について北海道と都府県を区別し25
て決算データ等を分析していないことからすれば，酪農業のような違い
はないことが推認される。また，１頭当たりの牧草・放牧・採草費の金
額については，北海道と他の地域に大きな違いがあることがうかがわれ
るものの，利益率（１頭当たりの粗収益）をみると，北海道は他の地域
に比べて少し低め（全国比で９０．５％）であり，この程度の違いが，
北海道を抽出対象地域から除外すべき理由とはならない。5
南九州についてみると，被告が主張するような環境要因及び経済要因
が，南九州の肉用牛生産業と他の地域の肉用牛生産業にどのような違い
をもたらしているのかは明らかではないものの，仮に，違いをもたらし
ているとしても，その違いは，養鶏業又は養豚業と肉用牛生産業の違い
に比べるとごく僅かなものであると考えられる。むしろ，南九州を含む10
九州の利益率（１頭当たりの粗収益）は他の地域と同等（全国比で９９．
３％）である上，国内の他地域にない規模で生産が行われているのであ
るとすると，南九州の肉用牛生産業を営む法人の中には，原告と事業規
模が類似する法人が多いことも想定される。
以上によれば，少なくとも，肉用牛生産業を営む法人であることを抽15
出基準とするよりも，関東信越国税局及び隣接局の管内を抽出対象地域
とすることを優先させるべき合理的な理由がないことは明らかである。
２本件指示等に対する調査が適切に行われたものとは認められないこと
(1)本件各報告等における退職役員の勤続年数は，退職所得の源泉徴収票に記
載された勤続年数欄の記載を基にしたものであり，このことに争いはないと20
考えられるが，同欄の記載は，役員として業務に従事した期間だけではなく，
使用人として勤務した期間も含まれる（所得税法３０条３項１号，同法施行
令６９条１項１号）ことから，同欄を基にした本件各報告等の勤続年数には，
役員として業務に従事した期間だけではなく，使用人として勤務した期間も
含まれていることになる。25
実際に，前記１(3)に述べたとおり，本件支給事例２に係る法人は，Ｂ３０
農場と推認されるから，本件支給事例２は，Ｂ３０農場の監査役であったＢ
３２に対する退職給与の支給事例であるが，同人が監査役に就任したのは，
平成７年５月１０日であるから，その在任期間は，１９年であるにもかかわ
らず，土浦税務署長の調査結果では，勤続年数が４６年とされている。また，
本件支給事例７に係る法人は，Ｂ１５と推認されるから，本件支給事例７は，5
Ｂ１５の取締役であったＢ１６に対する退職給与の支給事例であるが，同人
が取締役に就任したのは，平成４年１１月２７日であるから，その在任期間
は２１年であるにもかかわらず，名古屋国税局長（豊橋税務署長）の調査結
果では，勤続年数が５２年とされている。さらに，本件支給事例９に係る法
人は，Ｂ１７と推認されるから，本件支給事例９は，Ｂ１７の取締役であっ10
たＢ１８に対する退職給与の支給事例であるが，同人が取締役に就任したの
は，平成１２年５月２５日であるから，その在任期間は，１４年であるにも
かかわらず，名古屋国税局長（半田税務署長）の調査結果では，勤続年数が
２４年とされている。
役員退職給与適正額を算定するために考慮されるべき「業務に従事した期15
間」が，役員として業務に従事した期間を意味することは明らかであるから，
本件各報告等の勤続年数は，役員退職給与適正額を算定するために考慮され
るべき業務に従事した期間ではないことになる。
したがって，税務署長等により本件同業類似法人における退職役員の勤続
年数の調査が適切に行われたと認めることはできず，そのような調査に基づ20
き算定された金額を，本件役員退職給与適正額と認めることはできない。
(2)また，前記(1)に述べたところからすれば，少なくとも，土浦税務署長及
び名古屋国税局長（豊橋税務署長・半田税務署長）の調査は，役員の勤続年
数の点において正確に行われていなかったという他なく，このことからすれ
ば，他の各税務署長及び各国税局長の調査の正確性についても疑問を呈さざ25
るを得ない。さらに，本件指示等に対して土浦税務署長及び名古屋国税局長
（小牧税務署長）は，監査役に対して退職給与の支給があった法人（本件支
給事例２に係る法人及び本件支給事例１０に係る法人）を抽出し，松本税務
署長は，代表理事に対して退職給与の支給があった法人を抽出しているが，
本件抽出基準によって監査役や代表理事に対して退職給与の支給があった法
人を抽出すべきであると一義的に判断することは不可能であるから，当該法5
人を抽出すべきであるか否かは，各税務署長及び各国税局長の裁量に委ねら
れていたということになり，このような抽出過程には恣意が介在する余地が
ある（これにより，例えば，実際には農事組合法人の理事に対する退職給与
の支給事例が存在するにもかかわらず，報告書の作成者等の恣意的な判断に
よって，そのような支給事例が抽出されなかった可能性がある。）。10
したがって，本件指示等に対する税務署長等による調査が適切に行われた
と認めることはできず，このような調査により導かれた金額を，本件役員退
職給与適正額と認めることはできない。
３本件支給事例２，本件支給事例８及び本件支給事例１０は，本件元取締役と
退職の事情又は役職を異にする役員に対する支給事例であること15
前記１(3)に述べたとおり，本件支給事例８に係る法人は，Ｂ４と推認される
から，本件支給事例８は，Ｂ４の取締役であったＢ５に対する退職給与の支給
事例であるところ，同人は取締役を解任されたものである。そして，解任とい
う退職の事情は，退職給与の支給額に影響を及ぼす典型的かつ類型的な事情で
ある。20
また，本件支給事例２及び本件支給事例１０は，いずれも監査役に対する退
職給与の支給事例である。
したがって，前記１及び２の主張が認められなかったとしても，本件支給事
例２，本件支給事例８及び本件支給事例１０は，本件役員退職給与適正額の算
定の基礎とすることはできない。25
４本件支給事例１に係る法人，本件支給事例２に係る法人，本件支給事例５及
び本件支給事例６に係る法人，本件支給事例７に係る法人，本件支給事例８に
係る法人，本件支給事例９に係る法人並びに本件支給事例１０に係る法人（以
下，総称して「原告主張除外法人」という。）は，原告と「その事業規模が類
似するもの」とは認められないこと
(1)ア法人税法施行令７０条２号は，「その内国法人と…その事業規模が類似5
するものの役員に対する退職給与の支給の状況」を考慮すべきことを求め
ているが，総資産額が法人の事業規模の実態を直せつに示すものとして重
視すべき指標であることは，過去の裁判例において繰り返し判示され，ま
た，過去の同種事件において被告が主張してきたとおりである。また，役
員退職給与が，中長期的な役員在任期間における功労報奨的性格を有する10
ものであることからすると，その額の相当性を判断するために「その事業
規模が類似するもの」を選定するに当たっては，売上金額のように，専ら
当該事業年度における事業規模を示す指標の類似性だけでなく，総資産額
のように，中長期的な期間にわたって形成された事業規模を示す指標の類
似性についても考慮する必要がある。15
したがって，少なくとも，総資産額が原告の総資産額の２分の１を大幅
に下回る法人を，原告と「その事業規模が類似するもの」と認めることが
できないことは明らかである。
イ本件同業類似法人の推定総資産額は，その当該法人の売上金額，（推定
される）業種及び総資産回転率により，別表４のとおりと推認されるとこ20
ろ，これに対して，原告の平成２５年３月期末における総資産額は，５１
億１１３８万６１２０円であるため，本件同業類似法人は，いずれも総資
産額が原告に比して相当に少ないことが推認される。特に，原告主張除外
法人については，総資産額が原告の総資産額の２分の１を大幅に下回るこ
とが推認される。25
この点，被告は，およそ合理的な理由がないにもかかわらず，本件同業
類似法人の総資産額を明らかにすることを拒否しており，被告がこのよう
な対応をとっているのは，本件同業類似法人の総資産額が，上記に推認し
た金額に近似しており，これを明らかにすることが専ら被告に不利となる
からであると理解せざるを得ない。
したがって，原告主張除外法人については，原告と「その事業規模が類5
似するもの」と認めることはできない。
ウ被告は，原告は，Ｂ２７の法人，原告代表者及び本件元取締役というい
わば原告の身内に対する多額の債権（合計１３億４５０７万２７７９円）
を有しており，これらは容易に回収して現金化でき，その他所持している
現預金と合わせることで，少なくとも平成２５年３月期の長期借入金２０10
億８０８２万５０００円を返済することが可能であったにもかかわらず，
それをしていないために，総資産額が経営実態に比して不相当に高額にな
っている（したがって，総資産回転率も不相当に低くなっている。）とい
う原告特有の事情があるから，同程度の総資産額を有する法人を抽出しよ
うとした場合には，売上高等の他の条件を満たさない結果になることが明15
らかであるとして，本件において総資産額による比較は妥当ではない旨主
張する。
しかし，特に肉用牛生産業を営む法人においては，キャッシュ・コンバ
ージョン・サイクルが極めて長期である一方で，疫病や天災等によって壊
滅的なダメージを受けるリスクもあることから，手元流動性を犠牲にして20
まで低金利の借入金の繰上返済を選択するなどおよそ考えられない。この
点をおくとしても，原告の金融機関からの借入金について，繰上返済をす
る場合には金融機関に対して損害金を支払われなければならないことと
されているから，このような損害金を支払ってまで借入金の繰上返済をす
るはずはない。また，原告のＢ２や株式会社Ｂ３３に対する債権は，これ25
らの法人の事業上の必要性から貸付け等をしたものであるから，「身内に
対する債権」であったとしても，容易に回収して現金化し借入金の返済に
充てることが可能なものではない。
原告の平成２２年３月期から平成２４年３月期の総資産回転率の平均
が同業者の平均と比較して低いことは，一般に，売上高利益率が高い場合
には総資産回転率は低くなる傾向があり，原告の経常利益率が同業者の平5
均よりもはるかに高いことからすれば，むしろ自然なことである。また，
原告の総資産経常利益率が同業者の平均よりもはるかに高いことも踏ま
えれば，原告の総資産回転率が同業者の平均と比べて低いとしても，原告
の資本の利用効率が悪いわけでも，原告の総資産額が経営実態に比して不
相当に高額となっているわけでもない。10
したがって，被告の上記主張には理由がない。
(2)仮に，前記(1)ウにみた「身内に対する債権」によって原告の総資産額が
経営実態に比して不相当に高額になっている旨の被告の主張を前提とした
としても，原告の平成２５年３月期末における総資産額は，被告が指摘する
「身内に対する債権」の金額（１３億４５０７万２７７９円）を除外しても，15
３７億６６３１万３３４１円であるため，本件支給事例１に係る法人，本件
支給事例５及び本件支給事例６に係る法人，本件支給事例７に係る法人，本
件支給事例９に係る法人並びに本件支給事例１０に係る法人の総資産額は，
この２分の１すら大幅に下回ることが推認され，原告と「その事業規模が類
似するもの」であると認めることはできない。20
(3)ア原告の平成２５年３月期の損益計算書には，営業外収入として「マル緊
収入」１億４４５７万２２００円（以下「本件マル緊収入」という。）が
計上されるとともに，特別利益として「風評被害賠償金」４億７４７５万
６７３６円（以下「本件風評被害賠償金」という。）が計上されている。
本件マル緊収入は，肉用牛肥育経営安定特別対策事業による肥育牛の価格25
補填収入であって，一般社団法人全国農業経営コンサルタント協会及び公
益社団法人日本農業法人協会作成の「農業の会計に関する指針」（甲１０
０。以下「農業会計指針」という。）によれば，農畜産物の販売数量に基
づき交付される補填金・交付金（農畜産物の販売によって実現するもの。）
として，売上高として計上されるべきものである。本件風評被害賠償金は，
東日本大震災に伴う福島第一原子力発電所の事故（以下「本件原発事故」5
という。）の影響により，肉用牛の適正な出荷が行われなかったこと等に
よる営業損害の賠償金（その金額は，原発事故農畜産物損害賠償対策栃木
県協議会が設定した算出方式（甲１０１の１～４）に基づき算出されたも
の。）であって，本件原発事故がなければ当然に原告の売上高として計上
されていたはずのものであること等によれば，やはり売上高として計上さ10
れるべきものである。
したがって，原告の平成２５年３月期の本来の売上高は，２３億４６０
０万００８８円であり，本件支給事例５及び本件支給事例６に係る法人，
本件支給事例７に係る法人並びに本件支給事例９に係る法人の売上金額
は，原告の売上金額の２分の１を下回っている。15
したがって，事業規模に関する抽出基準として売上金額の倍半基準のみ
で十分であるとする被告の主張を前提としたとしても，本件支給事例５及
び本件支給事例６に係る法人，本件支給事例７に係る法人並びに本件支給
事例９に係る法人について，原告と「その事業規模が類似するもの」であ
ると認めることはできない。20
イ(ア)被告は，①企業会計原則上，企業の営業活動以外の原因から生ずる
ものである補填金や損害賠償金の収益は，営業損益計算以外の区分で記
載すべきとされているとした上で，②本件マル緊収入については，農業
会計指針に基づけば売上高に計上することも許容されるものの，農業会
計指針は画一的な会計処理の方法を定めたものではないから，必ずしも25
売上高に計上されるべきものではない旨，③本件風評被害賠償金につい
ては，肉用牛の評価額が低下したことの補償のほか，原発事故という企
業の営業活動以外の原因から生じた損害に対する補償を含むものであっ
て，長期間にわたって毎期継続的に生じるものではないことから，上記
①の企業会計原則の定めによれば，農業会計指針に基づいても，売上高
として計上されるべきものとはいえない旨主張する。5
しかし，企業会計原則は，どのような収益が営業活動から生ずる収益
に該当するかについては明らかにしておらず，むしろ，農畜産物の販売
数量に基づき交付される補填金・交付金が，農畜産物の販売により実現
するものであり，農業法人が農畜産物の販売を主な営業活動としている
法人であることからすれば，それは，営業活動から生ずる収益，すなわ10
ち営業収益（売上高）に計上すべきことになる。
また，農業会計指針が制定される前に農業法人における会計規範とし
て定着していた「農業法人標準勘定科目」（甲１１７。以下「農業法人
標準勘定科目」という。）においても，価格補填収入が売上高に計上す
べきものとされていたこと等によれば，本件マル緊収入が該当するとこ15
ろの農畜産物の販売数量に基づき交付される補填金・交付金を営業収益
（売上高）に計上すべきであるという取扱いについては，農業会計指針
が制定される前から一般に公正妥当と認められる会計処理の基準・慣行
によって要請されていたものと認められる。
さらに，本件風評被害賠償金については，確かに営業損害額を含んで20
いるものの，基本的には肉用牛の価格下落分を補填するためのものであ
る上，営業損害額も含め，事前に定められた算定方法により算定される
評価額と販売額の差額として機械的に算定されるものであることからす
れば，農畜産物の販売によって実現するものであることはもちろん，実
質的には，本件マル緊収入と同様の農畜産物の販売数量に基づき交付さ25
れる補填金・交付金にも該当するものと認められる。仮に，会計上の取
扱いとしては営業収益（売上高）に計上すべきものといえないとしても，
上記に述べた実質的に農畜産物の販売によって実現するものであるとい
う性質や，本件原発事故がなかったとすれば原告の営業収益（売上高）
に計上されていたはずの金額を補填するものであること，また，実際に
も継続的に原告の収益に計上されているものであることからすれば，原5
告の事業規模を計る上では営業収益（売上高）と同視すべきものである。
(イ)被告は，同業類似法人の抽出については，規模，収益状況等ができ
るだけ当該法人と類似するものであることが望ましいものの，その類似
性は厳密なものでなくともその意義が失われるものとはいえず，売上高
を基準に抽出することを考えた場合には，対象法人自らが作成した損益10
計算書記載の売上高金額によらざるを得ず，当該金額の記載の妥当性等
まで判断することは困難であるから，当該売上高記載の金額以外の要素
を検討した上での類似性を求めることは妥当でない旨主張する。
しかし，原告の決算書を確認すれば，多額のマル緊収入及び風評被害
賠償金が継続的に営業外収入に計上されていることは明らかであり，こ15
れらの性質を理解すれば，売上高に計上すべきものであるか，又は原告
の事業規模を計る上では売上高と同視すべきものであることは，容易に
理解することができる。また，本件マル緊収入及び本件風評被害賠償金
を加算した原告の本来の売上高（２３億４６００万００８８円）に基づ
く倍半基準と，損益計算書上の売上高（１７億２６６７万１１５２円）20
に基づく倍半基準とでは，その上限が１２億３８６５万７８７２円も異
なる上に，両基準が重なる範囲も本来の売上高に基づく倍半基準の３分
の２程度にすぎないから，そのような抽出基準によって原告と事業規模
が類似するものを抽出することが不合理であることは明らかである。
(ウ)以上によれば，前記(ア)及び(イ)にみた被告の主張をもって，本件25
支給事例５及び本件支給事例６に係る法人，本件支給事例７に係る法人
並びに本件支給事例９に係る法人を同業類似法人とすることの合理性
は失われない旨を述べる被告の主張には理由がない。
５本件元取締役が原告の「業務に従事した期間」は２６年であること
(1)形式的には役員に就任していない者であっても，実質的に法人の経営に
従事している者については，法人税法２条（平成２６年法律第１０号による5
改正前のもの。以下同じ。）１５号に規定する「役員」とみなされることに
なる（法人税法施行令７条参照）から，同施行令７０条２号に規定する「業
務に従事した期間」には，実質的に法人の経営に従事していることにより「役
員」とみなされる期間も当然に含むものと解される。
(2)本件元取締役は，以下のとおり，本件役員退任期間において，原告の経営10
管理，経理に関する決裁及び判断，決算書及び税務申告書の承認，事業投資
の意思決定，事業投資に必要な資金調達等を行っていたものであり，これら
は，役員でなければできない行為に他ならず，特定の一時的業務ともいえな
いから，本件元取締役がこれらをしていたことをもって，本件元取締役は，
実質的に原告の経営に従事していたといえる。15
そうすると，法人税法施行令７０条２号に規定する「業務に従事した期間」
は，本件役員退任期間を含む昭和６２年４月２５日から平成２４年１２月２
５日までの２６年（１年未満切上げ）である。
ア本件元取締役は，本件役員退任期間も，Ｂ２０銀行，Ｂ２１協同組合及
びＢ２２金融公庫から融資を受けるため，これらの金融機関に対する資金20
の使途や事業計画の説明や，これらの金融機関との間の融資条件の交渉を
行っていた（Ｂ２０銀行に対しては決算報告も行っていた。）。
また，本件元取締役は，本件役員退任期間において，Ｂ２６株式会社（以
下「Ｂ２６」という。）に対し，原告がＢ２０銀行からＢ２５牧場（原告
が平成１３年９月頃に栃木県芳賀郡市貝町（住所省略）に新設した牧場の25
こと。以下同じ。）の運転資金に係る借入れをするための保証をしてもら
いたい旨の依頼をした上で，Ｂ２６との間の保証委託契約の締結に向けた
交渉を担当した。
イ本件元取締役は，平成８年６月の栃木県芳賀郡市貝町（住所省略）に所
在する農場（以下「Ｂ２３農場」という。）の購入，平成１２年２月の同
郡茂木町（住所省略）に所在する牧場（以下「Ｂ２４牧場」という。）の5
購入，平成１３年９月頃のＢ２５牧場の新設稼働等，本件役員退任期間に
おける原告の事業の拡大を主導し，これらに関する対外的な交渉や資金調
達等を全て担った。
ウ本件元取締役は，本件役員退任期間において，原告の税務申告業務に関
与していた税理士から，原告の決算書や税務申告書の内容について説明を10
受け，当該税理士に対し質問をしたり，経理担当者を呼んで経理処理につ
いて確認をしたり，原告の決算書や税務申告書の修正の指示や承認をした
りしており，原告においてこれらを担っていたのは，専ら本件元取締役で
あった。
エ本件元取締役は，本件役員退任期間において，日常的な原告の業務とし15
て，年度の予算を作成し，月次レベルで予算と実績との差異を比較し，そ
の差異の原因を分析及び特定し，改善策を考えて改善を指示する業務を行
うなど，原告の経営面の業務を担当していた。
オ前記アないしエの事実は，①平成８年の退任の際，後任として原告の代
表取締役に就任した原告代表者が，当時２５歳と若く，社会人としての経20
験も僅か３年（畜産業の経験は２年）しかなかった上，同時に原告の取締
役に就任したＢ３４（原告代表者の妻）も，原告代表者と同年齢であり，
肉用牛生産業の経験が一切なかったこと，②本件元取締役が，平成８年の
退任の直後に，原告に対しＢ２３農場の取得資金として９０００万円もの
貸付けをしていること等からも裏付けられている。25
(3)ア被告は，前記(2)に述べた本件元取締役の行為の存在を前提としたとし
ても，これらは，Ｂ２の代表取締役又はＢ２を中心とした原告を含む関連
会社のグループ（以下「Ｂ２７」という。）において会長と呼ばれていた
立場で行われたにすぎず，本件元取締役がＢ２又はＢ２７において「業務
に従事した」旨の評価を基礎付けるにすぎない旨主張する。
しかし，前記(2)に述べた本件元取締役の行為は，いずれも原告の業務の5
執行であって，原告の親会社の業務の執行ではないことは明らかであり，
Ｂ２７の会長が，その会長としての地位に基づき，前記(2)に述べた原告の
業務の執行を行っているとすれば，そのような会長こそ，法人税法施行令
７条１号に規定する「使用人以外の者でその経営に従事しているもの」の
典型例である。10
また，そもそも，原告における平成１５年１１月の増資以前において，
Ｂ２は，原告の親会社ではなかったことはもちろん，原告の社員ですらな
かった。
したがって，被告の上記主張には理由がない。
イ被告は，本件元取締役は，平成８年の退任の当時，他の退任取締役と同15
様に，取引先等から指摘を受けた問題の責任を取り，又は責任を不問にさ
れる代わりに退職給与を受領せずに退任したものといえ，この時点で，本
件元取締役が原告の創業者であることや創業時から平成８年の退任までの
期間において代表者として業務に従事したことの功績に係る退職給与は，
既に清算されたと考えるべきであるから，本件役員退職給与適正額の算定20
に係る「業務に従事した期間」として，平成８年の退任以前の期間は含め
るべきでない旨主張する。
しかし，本件元取締役が平成８年の退任の際に退職給与の支給を受けな
かったのは，そもそも，平成８年の退任が他の取締役を退任させるための
方便としてされた形式的なものであったことに加え，本件元取締役が自ら25
の報酬よりも原告の内部留保を厚くして金融機関の信用を付けることを
優先したことによるものにすぎない。
したがって，本件元取締役が平成８年の退任の際に退職給与の支給を受
けなかったことをもって，本件元取締役が平成８年まで原告の代表取締役
として業務に従事したことの功績に係る退職給与が既に清算されている
と評価すべきものではないから，被告の上記主張には理由がない。5
６本件元取締役が実質的に原告の代表取締役としての職責を果たしていたこと
(1)前記５に述べたとおり，本件元取締役は，平成８年の退任の後においても，
引き続き原告の経営面の業務を担当し，重要な経営事項は全て判断するなど，
平成２４年の退任に至るまで，原告の事業運営に関わる最終意思決定権を有
し，実質的に原告の代表取締役としての職責を果たしていた。10
このことは，本件元取締役が，①役員報酬の金額のみではなく，２億７０
００万円という多額な退職給与の金額についてまでも，実質的に一存で決定
をすることができる立場にあったこと（この点は，被告も主張するとおりで
ある。）や，②原告における配当金の支払，定款の目的変更登記，保険契約
の更新，保守点検契約の締結，送水モーターの購入，運転免許の取得，スロ15
ード包装の発注，堆肥袋の購入，堆肥包装袋の購入等について会長として最
終決裁をしていたことにも照らし，明らかである。
したがって，取締役に対する退職給与の支給事例を基に算定された金額を，
本件役員退職給与適正額と認めることはできない。
なお，処分行政庁は，本件更正処分に当たり，代表取締役に対する退職給20
与の支給事例を基礎として本件役員退職給与適正額を算定していた。
(2)被告は，①本件元取締役がその一存で本件遡及増額及び本件役員退職給
与の支給を決定した事実は，飽くまで，本件元取締役が原告の親会社である
Ｂ２の代表取締役又はＢ２７会長としての立場を有することからそれらの決
定ができたことを示すものにすぎず，②本件元取締役が会長として最終決裁25
をしていたことの立証のため原告が提出した各稟議書（甲５５ないし６４。
以下，総称して「本件各稟議書」という。）も，原告及びＢ２において兼用
されているものであって，本件元取締役がＢ２７における会長としての立場
において決裁をしていたことを示すものにすぎないから，これらはいずれも，
本件元取締役がＢ２７の子会社の一つである原告の代表取締役の職責として
の個別的かつ内部的な最終意思決定権を有していたことを示すものではない5
旨主張する。
しかし，完全親会社の代表取締役であればともかく，単なる親会社の代表
取締役には子会社の役員報酬の増額や役員退職金の支給を決定する法的な権
限はなく，企業グループの会長にも当該企業グループ内の個別の法人の役員
報酬の増額や役員退職金の支給を決定する法的権限はない。そして，前記⑴10
に述べた役員報酬の増額や役員退職金の支給の決定は，法人の組織形態やキ
ャッシュフローにも大きな影響を与える決定であって，法人の事業運営に関
わる決定そのものである。
また，確かに，本件元取締役が最終決裁をした本件各稟議書の用紙は，原
告及びＢ２において兼用されているものであるが，本件各稟議書の内容は，15
いずれも原告の事業運営上の個別的かつ内部的な事項であるから，本件元取
締役がこのような事項について会長として最終決裁をしていたことは，本件
元取締役が原告の事業運営に関わる最終意思決定権を有していたことを裏付
けるものといえる。
したがって，被告の上記主張に理由はない。20
７功績倍率を用いた算定方法によることが原告にとって有利となる限り，これ
によるべきであること
被告は，本件元取締役の最終月額報酬額である１００万円は，本件元取締役
の在職期間中における報酬の最高額を示すものとは認められず，本件元取締役
の在職期間中における法人に対する功績の程度を最も良く反映しているもの25
ともいえない旨主張する。
しかし，前記５及び６に述べたところからすれば，本件元取締役の原告に対
する功績は，これまでの功績という点において，原告代表者の功績を上回るこ
とは明らかであるし，本件元取締役の直近事業年度に果たしていた役割をみて
も，原告代表者の役割と遜色ないものであった。
そして，原告は，原告代表者に対し，平成２１年３月期ないし平成２４年３5
月期においては月額１００万円，平成２５年３月期においては月額１２０万円
の役員報酬を支給していたのであるから，本件遡及増額後の本件元取締役の最
終月額報酬額（月額１００万円）は，これらの原告代表者の役員報酬の額と比
較しても合理的なものであった。
したがって，本件元取締役の最終月額報酬額である１００万円は，本件元取10
締役の原告に対する功績からすれば少額にすぎると思われるが，その功績の程
度を反映したものであるとはいえるため，功績倍率を用いた算定方法によるこ
とが原告にとって有利となる限り，これによるべきである。
なお，本件遡及増額は，原告の株主全員の承諾を得て行われたものであり，
取締役報酬のお手盛りによって会社や株主に損失を与えることを防止するこ15
とを目的としている会社法３６１条１項の趣旨に反するところがないため，同
項の株主総会の決議があったものと取り扱うのが相当である。また，本件遡及
増額は，原告の取締役全員の承諾を得たものである（原告は取締役会設置会社
ではない。）。したがって，本件遡及増額が株主総会及び取締役会の決議を経
ることなく行われた旨を指摘する被告の主張は，前提において誤っている。20
８本件役員退職給与適正額の算定に当たって，最高功績倍率又は１年当たり役
員退職給与額の最高額を用いるべきであること
(1)同業類似法人の平均的な退職給与の額を超える部分が不相当に高額な部
分の金額であるとは認められないこと
ア平均功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の平均額により役員退職給25
与適正額を算定することとした場合には，同業類似法人の平均的な退職給
与の額を超える部分が不相当に高額な部分の金額であるということになる
が，そのような解釈は，「不相当に高額」という法人税法３４条２項の文
言に合致しない上，役員に対する退職給与のうち，隠れた利益処分として
の性質を有する部分について損金算入を認めないこととした同項の趣旨に
も合致しない。5
したがって，役員退職給与適正額は，最高功績倍率又は１年当たり役員
退職給与額の最高額を用いて算定すべきである。
イ被告は，最高功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の最高額を用いる
場合，抽出した同業類似法人の中に不相当に過大な退職給与を支給してい
るものがあったときに不合理な結論となり，これを避けるために異常に多10
額なものは除外するにしても，その対象や範囲が不明確となり，恣意の入
り込む余地が生じる上，本来，適正な役員退職給与を算定すべき客観的な
基準の中に，適正な役員退職給与はかくあるべきという主観的価値判断を
内在させることになり矛盾するという問題が生じることとなるから，１年
当たり役員退職給与額の最高額などの最高値を用いるのは，限定的な場合15
に限るのが相当である旨主張する。
しかし，仮に，同業類似法人の中に異常に多額な退職給与を支給してい
る法人があったとすれば，速やかに更正処分等が行われるべきであるから，
いまだにそれらが行われていないということは，通常は，当該法人は，そ
のような法人ではないと考えるべきであるし，同業類似法人の事業規模，20
収益状況，役員の勤続年数等を勘案した上で，統計上の外れ値（異常値）
に該当するものを除外することとすれば，異常に多額な退職給与を支給し
ている法人を客観的な基準によって除外することも可能なはずである。
他方で，平均功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の平均額を用いる
方法は，特殊な事情があると認められる場合には，そのような事情を別途25
に考慮することを予定しているはずであり，そのような特殊な事情の有無
の判断は，まさに主観的価値判断に他ならないから，むしろ，平均功績倍
率又は１年当たり役員退職給与額の平均額を用いる方法こそ，適正な役員
退職給与はかくあるべきという主観的価値判断を内在させていることに
なる。
したがって，被告の上記主張には理由がない。5
(2)本件各抽出基準等が，原告の同業類似法人を抽出するための条件として
必ずしも十分ではないこと
前記１に述べたとおり，本件各抽出基準等は，原告の同業類似法人を抽出
するための基準等として合理的であるとは認められないから，本件における
役員退職給与適正額の算定は，本件各支給事例を基に算定されるべきではな10
いが，仮に，本件各支給事例を基に算定するとすれば，同業類似法人の抽出
基準が必ずしも十分ではない場合に該当することは明らかである。そうする
と，同業類似法人間に通常存在する諸要素の差異やその個々の特殊性が捨象
され，より平準化された数値を得ることができるとはいえない場合，すなわ
ち，同業類似法人の抽出基準が必ずしも十分ではない場合や，同業類似法人15
の抽出件数が僅少であり，かつ，当該法人とその最高値を示す同業類似法人
とが極めて類似していると認められる場合などに限り，最高功績倍率法を用
いることが許される旨の被告の主張を前提としても，本件は，最高功績倍率
又は１年当たり役員退職給与額の最高額を用いる方法によるべきである。
(3)本件元取締役には，本件類似法人の役員に通常存する事情を超える特殊20
な事情が認められること
原告は，本件元取締役が退任した平成２５年３月期以前の５事業年度の平
均で２億７６３６万１０００円もの純利益（純利益率１９．０％）を上げる
高収益企業であるとともに，平成２５年３月期末において２６億８９０５万
円（利益剰余金比率５２．６％）もの利益剰余金を有する健全企業である。25
一般に高収益を上げることが困難である肉用牛生産業において，原告をこの
ような高収益かつ健全な企業に成長させたのは創業者であるとともに，前記
６に述べたとおり，実質的に原告の代表取締役の職責を果たしていた本件元
取締役の功績に他ならない。
そして，これまでに述べたとおり，①本件同業類似法人は，いずれも総資
産額が原告に比して相当に少なく，その平均額は，原告の総資産額の３分の5
１以下であると推認されること，②本件各支給事例は，取締役（又は監査役）
に対する役員退職給与の支給事例であること，③本件同業類似法人に原告の
ような高収益かつ健全な企業があるとは認められない（仮に，本件同業類似
法人にそのような企業が含まれているとすれば，本件同業類似法人の財政状
態及び収益状況を把握している被告において，その旨の主張がされるはずで10
ある。）ことに鑑みると，本件元取締役には，本件同業類似法人の取締役（又
は監査役）に通常存する事情を超える特殊な事情があることは明らかである。
したがって，仮に，最高功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の最高額
を用いる方法により役員退職給与適正額を算定するのが，同業類似法人の役
員に通常存する事情を超える特殊な事情がある場合に限られるとしても，本15
件各支給事例を基に本件役員退職給与適正額を算定する場合には，当該特殊
な事情があるものとして，最高功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の最
高額を用いる方法によるべきことになる。
９原告の主張のまとめ
(1)以上のとおり，①本件各抽出基準等が原告の同業類似法人を抽出するた20
めの基準等として合理的なものとは認められないこと，②本件指示等に対す
る税務署長等による調査が適切に行われたものとは認められないこと，③本
件元取締役が実質的に原告の代表取締役としての職責を果たしていたこと，
④本件算定が，功績倍率を用いた算定方法によることが原告にとって有利と
なるか否かの検討なく，１年当たり役員退職給与額を用いた算定方法によっ25
ていることからすれば，本件各支給事例を基にして１年当たり平均額法によ
り算定された金額を，本件役員退職給与適正額と認めることはできない。
したがって，本件更正処分は，本文第１記載のとおり取り消されるべきで
ある。
(2)仮に，本件各支給事例を基にして本件役員退職給与適正額を算定すると
しても，前記８に述べたとおり，少なくとも本件においては，本件各支給事5
例の最高功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の最高額を用いて算定すべ
きであり，本件各支給事例の１年当たり役員退職給与額の最高額は，５２９
万４１１８円である。そして，前記５に述べたとおり，本件元取締役が原告
の役員として「業務に従事した期間」は２６年であるから，本件役員退職給
与適正額は，少なくとも１億３７６４万７０６８円を下回るものではない。10
したがって，本件更正処分は，翌期へ繰り越す欠損金額が２億７００７万
７７５９円を超える部分について取り消されるべきである。
(3)仮に，本件各支給事例の平均功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の
平均額を用いて本件役員退職給与適正額を算定するとしても，前記３及び４
に述べたとおり，原告主張除外法人は，その総資産額が原告の総資産額を大15
幅に下回っており，かつ，本件支給事例２，本件支給事例８及び本件支給事
例１０は，本件元取締役と退職の事情又は役職を異にする者に対する支給事
例であるから，残る本件支給事例３及び本件支給事例４の平均功績倍率又は
１年当たり役員退職給与額の平均額を用いるべきことになる。その１年当た
り役員退職給与額の平均額は３５３万２０５９円であり，本件元取締役が原20
告の役員として「業務に従事した期間」は２６年であるから，本件役員退職
給与適正額は，少なくとも９１８３万３５３４円を下回るものではない。
したがって，本件更正処分は，翌期へ繰り越す欠損金額が２億２４２６万
４２２４円を超える部分について取り消されるべきである。
第３被告の主張
１本件各抽出基準等が合理的なものとはいえない旨の原告の主張について
(1)総論的な反論
原告は，本件同業類似法人以外の法人についても，本件役員退職給与と比
較すべき支給事例を有する法人があるのではないかという憶測に基づき，抽5
出基準等を提示して，その抽出基準等を満たす法人の有無及び当該法人の役
員退職給与の支給事例を提示するよう求めている。しかし，それに逐次対応
し，抽出基準等に即した同業類似法人を適時抽出しなければならないとなる
と，抽出基準が多岐にわたり，それら全ての検討を要するとなれば法人税法
施行令７０条２号の執行は事実上不可能なものとならざるを得ないが，それ10
が同号の趣旨に反することになることは明らかである。
裁判例において，類似法人の抽出については，報酬額の比較のための資料
である以上，業種，業態，規模，収益状況等ができるだけ当該法人と類似す
るものであることが望ましいものの，その報酬額は，客観的に相当な金額を
算定するための一資料として用いられるにすぎないものであるから，その類15
似性は厳密なものでなくともその意義が失われるものではないなどと判示さ
れているように，同業類似法人における業種，業態，規模，収益状況等の類
似性は，必ずしも厳密な類似性を求められているものではない。
(2)畜産農業を基幹の事業としていることに係る基準について
ア(ア)被告が本件同業類似法人を抽出するに当たって業種の基準とした日20
本標準産業分類は，統計の正確性と客観性を保持し，統計の相互比較性
と利用の向上を図ることを目的として設定された統計基準であるから，
同業類似法人の業種の同一性を確保する上で，十分な合理性，客観性を
有している。
そして，法人税法施行令７０条２号が「その内国法人と同種の事業を25
営む法人」と規定し，「同種の事業を営む」こと以上の要件を付してい
ないことに照らせば，業種等についてはできる限り当該法人と類似する
ものであることが望ましいものの，同業類似法人の抽出に当たって厳密
な類似性は求められないというべきであるから，小分類「畜産農業」に
属する法人を抽出基準としたことは合理的である。
(イ)ところで，推計課税においては，同業類似法人の類似性はかなり厳5
格なものが要求されるものの，これと比較して退職給与の過大性の判断
基準となる同業類似法人の類似性について考えると，退職給与の支給額
が業種によって著しく差があるとは，一般的に，かつ，経験則上も認め
られないから，同業類似法人の業種については，推計課税における類似
性ほどの厳格なものは必要ないと解される。10
(ウ)また，過去の多くの裁判例において，日本標準産業分類における大
分類又は中分類により同業類似法人を抽出することが認められており，
業種の類似性の基準として小分類「畜産農業」を用いることは，上記の
とおり合理的であると判示された大分類又は中分類よりも更に細分化し
た基準，つまり，より類似性を求める基準を用いるものであるから，こ15
れが合理性を有することは明らかである。
イ原告は，総資産回転率，キャッシュ・コンバージョン・サイクル等の各
指標の数値の差異を指摘して，畜産農業のうち，養鶏業及び養豚業と原告
が営む肉用牛生産業とは，その事業の特質等を大きく異にするため，畜産
農業を営む法人であることという抽出条件は，売上金額の倍半基準と併用20
すると，業態，規模，収益状況等が原告と類似する法人を抽出することが
困難な条件である旨主張する。
しかし，原告は，上記の各指標における数値の差異が，役員退職給与の
額にいかなる影響を及ぼすのか，また，どのような関連性を有しているの
かについて，何ら具体的に明らかにしていない。また，同じ肉用牛生産業25
を営む法人であっても，上記の各指標における数値には幅があり，しかも，
養鶏業及び養豚業の対応する指標の数値の幅はほぼそれに重なるほか，あ
る収益性分析指標によれば養豚業又は養鶏業よりも肉用牛生産業の方が
劣るなど，財務指標を全体としてみれば，いずれの業種においてもさほど
大きな違いはない。
この点をおくとしても，原告の主張は，結局のところ，法人税法施行令5
７０条２号に規定する「同種の事業」について，より厳密性を求めるもの
であるが，これにより個々の諸条件の厳格性を追求すれば，そもそも同業
類似法人の支給事例が抽出できない可能性がある上に，原告の主張する上
記各指標の差異は，業種の特殊性のみによるものとはいえず，同業類似法
人間に通常存在する諸要素の差異やその個々の特殊性といえるのであっ10
て，同業類似法人間の平均値を算定して平準化された数値を出すことによ
り捨象されるものと考えられるから，かかる原告の主張には理由がない。
(3)所得金額が欠損でないことに係る基準について
ア本件各抽出基準のうち所得金額が欠損でない法人としたのは，原告の平
成２５年３月期の申告所得金額が欠損ではないためであるから，合理的で15
ある。
また，所得金額が欠損である法人は，一般的に経営状態が良好な法人で
あるとはいえず，役員に対して退職給与を支払っていたとしても，その額
が低く抑えられている可能性もあることからすれば，所得金額が欠損であ
る法人を除外することは，本件役員退職給与適正額を算定するに当たり原20
告にとって不利となる条件ではない。
イ原告は，肉用牛生産業を営む法人の中には，所得金額が欠損であるが，
肉用牛課税特例の適用を受けなければ所得金額が欠損でない法人が相当に
あると推認されるとともに，肉用牛課税特例の適用によって所得金額が欠
損となる法人を抽出対象から除外すべき合理的な理由はないなどと主張す25
る。
しかし，肉用牛課税特例は，租税特別措置法６７条の３第１項に規定す
る実体的要件だけではなく，確定申告書等への同項の規定の損金算入に関
する申告の記載や明細書及び肉用牛売却証明書類の添付という手続的要
件を充足した場合に限ってその適用が認められるものであるから，肉用牛
生産業を主たる事業とする法人であれば肉用牛課税特例を必ず適用する5
とはいえず，まして所得金額が欠損になる傾向にあるとはいえない。また，
肉用牛課税特例を受ける場合でも，その売却価格や適用される合計頭数に
は上限があり，原告は当該特例の適用後も欠損となっていないことに鑑み
れば，当該特例の適用により欠損となる法人と原告とは，おのずから規模
が異なるものといえる。10
したがって，原告の上記主張には理由がない。
(4)抽出対象地域について
ア同業類似法人を抽出するに当たりどの地域を抽出対象地域とするかにつ
いては，役員退職給与適正額を算定すべき法人とできる限り事業の類似性
が認められる法人を抽出すべきと考えられるものの，仮に「同種の事業を15
営む法人でその事業規模が類似する」法人が集中する地域が特定されると
しても，地域における経済的事情の類似性が全く考慮されない結果が導き
出されることは相当ではないから，役員退職給与適正額を算定すべき法人
の所在地と近接し，経済事情の類似する地域を抽出対象地域とするのが相
当である。20
この点については，例えば，裁判例において「製造業における製造コス
トや設備費，人件費等は，地域によって異なるのが一般的であり，同一国
税局管内や近接した国税局管内という比較的近接した地域においては，製
造コスト等に類似性が認められるものが多いと考えられ」ると判示されて
いることを踏まえれば，調査対象地域を広げてまで中分類よりも細かい業25
種・業態の類似性又は同一性を有する法人を抽出することまでは求められ
ていないというべきである。
本件において，被告（処分行政庁）は，抽出対象地域を，順次，原告の
本店所在地である真岡税務署管内から，栃木県内，関東信越国税局の管内，
隣接局の管内にまで拡大した結果，小分類「畜産農業」に該当する同業類
似法人における役員退職給与の支給事例を１０事例抽出したのであるか5
ら，これ以上経済事情の差異を無視してまで抽出対象地域を広げる必要性
はなく，逆に抽出範囲を広げると，各地域の経済事情の差異に起因してそ
の合理性に疑義が生じるといえる。
したがって，法人税法施行令７０条２号の趣旨に照らしても，抽出対象
地域を関東信越国税局及び隣接局の管内としたことは合理的であり，他の10
地域に同業類似法人を求めて範囲を拡大しなかったとしても，その意義が
失われることはない。
イ原告が主張する札幌国税局及び熊本国税局の管内は，以下のとおり，関
東信越国税局及び隣接局の管内とは異なる特質があり，これらを抽出範囲
に含めるのは，経済事情の差異を全くないがしろにするものであって，抽15
出基準としての合理性に疑問がある。
(ア)札幌国税局の管轄にある北海道についてみると，土地に恵まれた北
海道と土地の制約がある都府県とでは，経営規模やコストの点において
大きく異なっている。すなわち，畜産経営分析調査は，酪農経営につい
て，北海道だけを他の都府県と区別し，独立して決算データ等を分析し20
ており，これによれば，北海道の酪農業と都府県の酪農業は，ほとんど
の項目において異なる財務指標を示しており，特に売上高経常利益率に
おいては，都府県（５．２％）は，北海道（２．８％）に比べ約１．８
倍大きい。また，農林水産省生産局畜産部作成の「畜産・酪農をめぐる
情勢・平成３０年１１月」（乙３９）によれば，土地に恵まれた北海道25
では飼料の自給基盤が確保されているため，実搾乳量１００キログラム
当たりの飼料費は，北海道では４０９６円であるのに対して，都府県で
は５０４９円と，１０００円ほども差が生じている。さらに，農林水産
省の「畜産物生産費統計（平成２５年度）」（乙４０）によれば，牧草・
放牧・採草費は，北海道において突出して自給されていることが分かる。
(イ)熊本国税局の管轄にある南九州についてみると，その温暖な気候や5
畜産に活用可能な土地の豊富さという環境要因と，食肉センターや飼料
サイロ・飼料工場といった畜産業クラスター（集合体）が同エリアに存
在するという経済要因とが相まって，国内の他地域にない規模で生産及
び処理が行われている一方，大消費地である首都圏への地理的な遠さの
ため輸送コストがかさむ要素もあり，関東信越国税局及び隣接局の管内10
とは経済事情が異なっている。
２本件指示等に対する調査が適切に行われたものとは認められない旨の原告の
主張について
(1)原告は，本件各報告等における退職役員の勤続年数は，退職所得の源泉徴
収票に記載された勤続年数欄の記載を基にしたものであり，当該勤続年数は，15
役員退職給与適正額を算定するために考慮されるべき業務に従事した期間で
はない旨主張する。
しかし，法人税法上の役員については，登記上の役員と必ずしも一致する
ものではないから，退職所得の源泉徴収票上の勤続年数は，登記簿から導き
出される役員就任年数と異なる年数が記載される可能性があるとしても，そ20
れをもって，退職所得の源泉徴収票に記載された勤続年数が，当該退職役員
の「業務に従事した期間」とかい離した年数であるということはできない。
また，当該退職給与額と退職所得の源泉徴収票に記載された支払金額が一致
するのであれば，当該役員退職給与額は，退職所得の源泉徴収票に記載され
た勤続年数に基づき，その支給がされたものと認められることからも，当該25
勤続年数が，当該退職役員の「業務に従事した期間」と乖離した年数である
ということはできない。
さらに，同業類似法人の選定においては，広範囲かつ多数の法人の資料を
検索及び抽出する必要があるから，個々の法人役員の実際の勤続年数まで確
認できなくとも，そのことをもって，本件同業類似法人が原告の同業類似法
人として不適当であるなどということは妥当ではない。5
したがって，原告の上記主張には理由がない。
(2)原告は，本件指示等に対して土浦税務署長及び名古屋国税局長（小牧税務
署長）が，監査役に対して退職給与の支給があった法人（本件支給事例２に
係る法人及び本件支給事例１０に係る法人）を抽出し，松本税務署長が，代
表理事に対して退職給与の支給があった法人を抽出していることを指摘して，10
本件の抽出過程には恣意が介在する余地があるなどと主張する。
しかし，同業類似法人における支給事例を抽出するに当たって，その基準
である代表取締役等を含む概念である法人税法２条１５号に規定する役員に
該当する「監査役」又は「代表理事」に対する支給事例が含まれていたとし
ても，広く該当法人が抽出されて報告等がされたにすぎず，かかる点をもっ15
て，恣意的な判断による抽出が行われたなどとする結論が導き出せるもので
はないから，原告の上記主張には理由がない。
３本件元取締役と退職の事情又は役職を異にする役員に対する支給事例が存在
する旨の原告の主張について
原告は，本件支給事例８は，解任された取締役に対する退職給与の支給事例20
であるとして，これを本件役員退職給与適正額の算定の基礎とすることはでき
ない旨主張する。
しかし，原告が上記主張する解任の事実を前提としたとしても，会社法３３
９条１項の規定によれば，株主総会は，その普通決議で，いつでも，理由を問
わず，役員及び会計監査人を解任することができることとされており，当該解25
任の理由も様々であることからすれば，直ちに，解任による退職が本件元取締
役と退職事情を明らかに異にしているとはいえず，また，必ずしもその事情が
退職給与の額に影響するなどとも考えられない。
したがって，原告の上記主張には理由がない。
４原告主張除外法人が原告と「その事業規模が類似するもの」と認められない
旨の原告の主張について5
(1)ア原告は，原告主張除外法人につき，総資産額が原告の総資産額の２分の
１を大幅に下回ることが推認されるとした上で，少なくともこのような総
資産額が原告の総資産額の２分の１を大幅に下回る法人を原告と「その事
業規模が類似するもの」と認めることはできない旨主張する。
イしかし，同業類似法人における事業規模の類似性を確保するため，売上10
金額の倍半基準により同業類似法人を抽出することは，事業規模の類似す
る同業者を抽出する基準として優れた合理性を有するものとして一般に
承認されているものであり，また，同業類似法人の抽出が役員報酬や役員
退職給与の適正額を算定する一つの資料，指標を得るための手段にすぎな
いことに鑑みれば，類似法人の範囲を事業規模の点から一定の範囲内に絞15
るために使用される倍半基準の適用においては，事業規模に関する指標で
ある売上金額のみに適用することで十分というべきである。むしろ，総資
産額といった，事業規模を計る他の指標においても倍半基準を満たすなど
の厳密な類似性を求めるとすれば，同業類似法人の抽出は事実上不可能と
なり，法人税法施行令７０条２号の趣旨に反することになる。20
ウその上，原告は，Ｂ２７の法人，原告代表者及び本件元取締役というい
わば原告の身内に対する多額の債権（合計１３億４５０７万２７７９円）
を有しているが，これらは容易に回収して現金化できるものであり，その
他所持している現預金と合わせることで，少なくとも平成２５年３月期の
長期借入金２０億８０８２万５０００円を返済することが可能であった25
にもかかわらず，それをしていないために，総資産額が経営実態に比して
不相当に高額になっている（したがって，総資産回転率も不相当に低くな
っている。）という原告特有の事情がある。この点は，上記の債権の現金
化及び長期借入金の返済をしたと仮定した場合に計算される原告の総資
産額（３０億３０５６万１１２０円）に基づき計算される総資産回転率（約
０．５７回）が，原告が提出した畜産経営分析調査から計算される肉用牛5
生産法人の総資産回転率（約０．６回）とほぼ同じ値であることからも裏
付けられる。
したがって，同程度の総資産額を有する法人を抽出しようとした場合に
は，売上高等の他の条件を満たさない結果になることが明らかであること
にも照らせば，少なくとも本件においては総資産額による比較は妥当では10
ない。
エ以上によれば，原告の前記アの主張は失当である。
(2)原告は，原告の平成２５年３月期の損益計算書には，本件マル緊収入１億
４４５７万２２００円が営業外収入として，本件風評被害賠償金４億７４７
５万６７３６円が特別利益としてそれぞれ計上されており，これらはいずれ15
も売上高として計上されるべきものであるから，平成２５年３月期の損益計
算書に計上された売上高（１７億２６６７万１１５２円）は，原告の平成２
５年３月期の本来の売上高（２３億４６００万００８８円）に比して６億１
９３２万８９３６円も過少に計上されたものであるとして，本件支給事例５
及び本件支給事例６に係る法人，本件支給事例７に係る法人並びに本件支給20
事例９に係る法人の売上金額は，原告の売上金額の２分の１を下回っており，
当該各法人はいずれも原告と「その事業規模が類似するもの」であると認め
ることはできない旨主張する。
しかし，本件マル緊収入及び本件風評被害賠償金の具体的内容や性質，支
払の主体，金額の内訳等は客観的に明らかではなく，原告の上記主張はその25
根拠を欠く。
この点をおくとしても，①企業会計原則上，企業の営業活動以外の原因か
ら生ずるものである補填金や損害賠償金の収益は，営業損益計算以外の区分
で記載すべきとされており，②本件マル緊収入については，農業会計指針に
基づけば売上高に計上することも許容されるものの，農業会計指針は画一的
な会計処理の方法を定めたものではないから，必ずしも売上高に計上される5
べきものではなく，③本件風評被害賠償金については，肉用牛の評価額が低
下したことの補償のほか，原発事故という企業の営業活動以外の原因から生
じた損害に対する補償を含むものであって，長期間にわたって毎期継続的に
生じるものではないことから，上記①の企業会計原則の定めによれば，農業
会計指針に基づいても，売上高として計上されるべきものとはいえない。原10
告の平成２５年３月期の損益計算書に，本件マル緊収入が営業外収入として，
本件風評被害賠償金が特別利益としてそれぞれ計上されていたことは，これ
らを売上高として計上することが定着した取扱いでなかったことを端的に
示すものである。
また，前記(1)に述べたとおり，同業類似法人の抽出については，規模，収15
益状況等ができるだけ当該法人と類似するものであることが望ましいもの
の，その類似性は厳密なものでなくともその意義が失われるものとはいえず，
売上高を基準に抽出することを考えた場合には，対象法人自らが作成した損
益計算書記載の売上高金額によらざるを得ず，当該金額の記載の妥当性等ま
で判断することは困難であることも踏まえれば，当該売上高記載の金額以外20
の要素を検討した上での類似性を求めることは妥当でない。
以上によれば，原告の上記主張は，本件支給事例５及び本件支給事例６に
係る法人，本件支給事例７に係る法人並びに本件支給事例９に係る法人を同
業類似法人とすることの合理性を失わせるものではなく，理由がない。
５本件元取締役が原告の「業務に従事した期間」は１０年であること25
以下のとおり，本件元取締役が本件役員退任期間において実質的に原告の経
営に従事していた事実は認められないとともに，本件役員退職給与適正額の計
算上，平成８年の退任以前の期間を考慮すべきではないから，本件元取締役の
原告の「業務に従事した期間」は，平成１５年の就任より後の１０年にとどま
る。
(1)本件元取締役が本件役員退任期間において実質的に原告の経営に従事し5
ていた事実は認められないこと
ア原告は，要旨，本件元取締役が，本件役員退任期間において，①原告が
Ｂ２０銀行等から融資を受けるため，当該金融機関に対し資金の使途や事
業計画の説明をしたり，融資条件の交渉を行ったりしていたこと，②Ｂ２
６に対し原告がＢ２０銀行から借入れをするための保証をしてもらいたい10
旨の依頼をし，Ｂ２６との間の保証委託契約の締結に向けた交渉を担当し
たこと，③農場や牧場の購入等という原告の事業の拡大を主導し，これら
に関する対外的な交渉や資金調達等を全て担ったこと，④原告の税務申告
業務に関与していた税理士から原告の決算書や税務申告書の内容について
説明を受けるなどした上で，原告の決算書や税務申告書の修正の指示や承15
認をし，原告においてこれらを担っていたのは専ら本件元取締役であった
こと，⑤原告の年度の予算を作成し，月次レベルで予算と実績との差異を
比較して改善を指示する業務を行っていたこと等を指摘した上で，本件元
取締役は，本件役員退任期間において実質的に原告の経営に従事していた
旨主張する。20
イしかし，本件元取締役が原告の経営に従事していたことについて客観的
な裏付けはなく，立証されたとはいえない。
この点をおくとしても，入出金の管理，財務諸表の作成，取引先の与信
管理，税理士との折衝及び資金調達に関する折衝などは，一般的に，経理・
財務の担当の業務の範囲内であり，原告が主張する融資交渉なども，役員25
でなければできないものではなく，経理・財務を担当する使用人であって
も可能であるから，本件元取締役が上記のような行為を行っていたとして
も，これが直ちに本件元取締役が原告の経営に従事していた事実を明らか
にするものとはいえない。
さらに，本件元取締役は，本件役員退任期間において，原告の役員とし
ての地位を有しておらず，そもそも，原告には業務分掌に係る具体的な定5
めがなく，本件元取締役の当時の原告における地位，肩書，業務，報酬又
は給与の有無等の業務関与態様の詳細は不明であるから，原告が指摘する
本件元取締役が行ったという業務を，本件元取締役がどのような立場で行
ったのかは明らかではない。
結局のところ，原告が指摘する本件元取締役の行為は，Ｂ２の代表取締10
役又はＢ２７において会長と呼ばれていた立場で行われたにすぎない。す
なわち，原告は，Ｂ２７の一員として，Ｂ２と共に乳肉複合経営を行って
おり，Ｂ２は，酪農と繁殖・哺育育成，原告は，肉牛の肥育・出荷をそれ
ぞれ担当することにより，乳用種から出生した子牛を肥育出荷まで一貫管
理すると言った一体的な事業運営をしている。原告が指摘する本件元取締15
役の行為は，Ｂ２７としての一体的な事業運営として，飽くまで原告の親
会社であるＢ２の代表取締役の立場で関与していたものである。したがっ
て，原告が指摘する本件元取締役の行為は，本件元取締役が，Ｂ２又はＢ
２７において「業務に従事した」旨の評価を基礎付けるにすぎない（なお，
本件元取締役は，平成２４年１２月２５日付けでＢ２の代表取締役を退任20
し，退任慰労金２億９９２０万円の支給を受けている。）。この点は，Ｂ
２が原告の親会社となったのが平成１５年１１月以降であるという事実
によっても変わりはない。
ウ前記イに述べたとおり，原告は本件元取締役が本件役員退任期間におい
て「実質的に原告の経営に従事していた」事実を立証できていないところ，25
さらに，原告は，本件役員退任期間において，原告の役員の氏名変更や住
所変更の都度，間を置かずに登記を行っており，登記制度について理解が
あると考えられ，仮に，本件元取締役が実質的な取締役として業務に従事
していたとすると，原告は，その実態に即して，平成１５年の就任以前に
も，本件元取締役の取締役就任登記を行っていたはずであるにもかかわら
ず，これを行っていないことからしても，本件元取締役が本件役員退任期5
間において「実質的に原告の経営に従事していた」事実がないことは明ら
かである。
(2)本件役員退職給与適正額の算定に係る「業務に従事した期間」として平成
８年の退任以前の期間を含めるべきでないこと
平成８年の退任に当たり，本件元取締役は，原告の取引先等から原告の役10
員に問題がある旨の指摘を受け，自身が取締役を退任するとともに当時の原
告の全役員を退任させたのであり，その退任の理由等を取引先等の外部の者
にも説明した上で，原告の経営から身を引いたと考えられる。そして，本件
取締役には，平成８年の退任に係る役員退職給与は支給されなかった。
このような経過を踏まえると，本件元取締役は，平成８年の退任の当時，15
他の退任取締役と同様に，取引先等から指摘を受けた問題の責任を取り，又
は責任を不問にされる代わりに退職給与を受領せずに退任したものといえ，
この時点で，本件元取締役が，原告の創業者であることや，創業時から平成
８年の退任までの期間において代表者として業務に従事したことの功績に係
る退職給与は，既に清算されたと考えるべきである。20
そうすると，本件役員退職給与適正額の算定に係る「業務に従事した期間」
として，平成８年の退任以前の期間は含めるべきでない。
６本件元取締役が実質的に原告の代表取締役としての職責を果たしていた旨の
原告の主張について
(1)原告は，本件元取締役は，平成８年の退任の後においても，引き続き原告25
の経営面の業務を担当し，重要な経営事項は全て判断するなど，平成２４年
の退任に至るまで，原告の事業運営に関わる最終意思決定権を有し，実質的
に原告の代表取締役としての職責を果たしていた旨主張する。
しかし，かかる事実を認めるに足りる事実について，何ら具体的な主張及
び立証はされていない。
むしろ，役員報酬は，通常，役員の職務行為の対価であるところ，本件元5
取締役の退任時から遡って６事業年度（平成２０年３月期ないし平成２５年
３月期）をみても，当該各事業年度における本件元取締役の役員報酬額は，
原告代表者はおろか他の取締役と比較しても低額であったことからすれば，
本件元取締役が実質的な代表取締役としての職責を果たしていたとは認めら
れない。10
また，前記５(1)ウに述べたように，取締役の氏名や住所の変更等登記が必
要な事項について適時登記を行っている原告において，本件元取締役の平成
８年の退任以降，取締役としてすら登記を行わず，かつ，平成１５年の就任
に際して取締役として登記を行い，それぞれ，原告における本件元取締役の
役割が代表取締役でないことを自ら対外的かつ積極的に明らかにしていたこ15
とからみても，本件元取締役の原告における役割は取締役としての職責を超
えないか，あるいは原告と一体運営される関係にあるＢ２の代表取締役又は
Ｂ２７の会長としての職責の範囲内のものと評価される行為であったと考え
るべきである。
(2)原告は，本件元取締役が実質的に原告の代表取締役としての職責を果た20
していた旨を根拠付ける事実として，本件元取締役が，①本件遡及増額及び
本件役員退職給与の支給について，実質的に一存で決定をすることができる
立場にあったことや，②原告における配当金の支払，定款の目的変更登記等
について，会長として最終決裁をしていたことを指摘する。
しかし，本件元取締役がその一存で本件遡及増額及び本件役員退職給与の25
支給を決定した事実は，飽くまで，本件元取締役が原告の親会社であるＢ２
の代表取締役又はＢ２７の会長としての立場を有することからそれらの決
定ができたことを示すものにすぎず，そのことが，原告の事業運営に関わる
最終意思決定権を有していたとはいえないことは明らかであり，また，本件
元取締役が原告の実質的な代表取締役としての職責を果たしていたとの評
価が導かれる関係にないことも明らかである。5
また，原告が指摘する本件元取締役が会長として最終決裁をしていたとす
る本件各稟議書は，原告及びＢ２において兼用されているものであって，本
件元取締役がＢ２７における会長としての立場において決裁をしていたこ
とを示すものであり，原告における最終意思決定を明らかにしたものか又は
Ｂ２７における最終意思決定を明らかにしたものかの区別がされていない10
から，Ｂ２７の子会社の一つである原告の代表取締役の職責としての個別的
かつ内部的な最終意思決定権を有していたことを示すものではない。
７功績倍率を用いた算定方法によることが原告にとって有利となる限り，これ
によるべきである旨の原告の主張について
原告は，本件元取締役の最終月額報酬額である１００万円は，本件元取締役15
の原告に対する功績からすれば少額にすぎると思われるが，その功績の程度を
反映したものであるとはいえるため，功績倍率を用いた算定方法によることが
原告にとって有利となる限り，これによるべきである旨主張する。
しかし，前記第１・２(2)アのとおり，本件遡及増額が会社法所定の手続であ
る株主総会及び取締役会の決議を経ることなくされたものであることに加え，20
原告の株主であるＢ３５が，本件役員退職給与を支給する旨の決議がされたと
される株主総会に出席していない旨供述しているなど本件役員退職給与の支
給手続自体にも疑義があること，原告の経理担当者のほか，原告代表者やＢ３
５がいずれも本件役員退職給与の額の算定の詳細を知らない旨供述しており，
その額は本件元取締役の一存により決定されたものであること，本件遡及増額25
は本件元取締役の指示により本件役員退職給与の額を支給するためにされた
ものであると評価できること等にも照らせば，本件においては，本件元取締役
の最終月額報酬額が功績の程度を最も良く反映しているものとはいえないと
いう功績倍率法によることが不合理であると認められる特段の事情があるこ
とは明らかである。
したがって，原告の上記主張には理由がない。5
８本件役員退職給与適正額の算定に当たって，最高功績倍率又は１年当たり役
員退職給与額の最高額を用いるべき旨の原告の主張について
(1)原告は，平均功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の平均額により役
員退職給与適正額を算定することとした場合には，同業類似法人の平均的な
退職給与の額を超える部分が不相当に高額な部分の金額であるということに10
なるが，そのような解釈は，「不相当に高額」という法人税法３４条２項の
文言に合致しないなどとして，役員退職給与適正額は，最高功績倍率又は１
年当たり役員退職給与額の最高額を用いて算定すべき旨主張する。
しかし，最高功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の最高額を用いる場
合，抽出した同業類似法人の中に不相当に過大な退職給与を支給しているも15
のがあったときに不合理な結論となり，これを避けるために異常に多額なも
のは除外するにしても，その対象や範囲が不明確となり，恣意の入り込む余
地が生じる上，本来，適正な役員退職給与を算定すべき客観的な基準の中に，
適正な役員退職給与はかくあるべきという主観的価値判断を内在させるこ
とになり矛盾するという問題が生じることとなるから，１年当たり役員退職20
給与額の最高額などの最高値を用いるのは，前記第１・１のとおり，限定的
な場合に限るのが相当であり，役員退職給与適正額につき，直ちに最高功績
倍率又は１年当たり役員退職給与額の最高額を用いて算定すべきことには
ならない。
(2)原告は，本件元取締役には，原告の創業者であり，かつ，原告を高収益か25
つ健全な企業に成長させたという功績があるほか，本件同業類似法人の総資
産額の平均額が原告の総資産額の３分の１以下と推認されることなどの特
別な事情があるから，本件元取締役には，本件同業類似法人の取締役（又は
監査役）に通常存する事情を超える特殊な事情があり，本件役員退職給与適
正額の算定に当たって，最高功績倍率又は１年当たり役員退職給与額の最高
額を用いるべき旨主張する。5
しかし，前記第１・１のとおり，最高功績倍率法又は１年当たり役員退職
給与額の最高額を用いる方法が採用されるべき特段の事情が存する場合が
あるとしても，同業類似法人の抽出基準が必ずしも十分ではない場合や，同
業類似法人の抽出件数が僅少であり，かつ，当該法人とその最高値を示す同
業類似法人とが極めて類似していると認められる場合などに限られるので10
あり，原告が上記主張するのが，これらに該当する旨をいうものではないの
は明らかである（なお，原告は，別途，本件が上記「同業類似法人の抽出基
準が必ずしも十分ではない場合」に該当する旨も主張しているが，前記１に
述べたところからすれば，本件同業類似法人の選定に係る抽出基準等は合理
的かつ十分であるから，原告の上記主張は前提を欠く。）。15
また，退職役員及び法人に存する個別事情であっても，法人税法施行令７
０条２号に例示されている業務に従事した期間及び退職の事情以外の種々
の事情については，原則として，同業類似法人の役員に対する退職給与の支
給の状況として把握されるべきものであり，同業類似法人の抽出が合理的に
行われてもなお，同業類似法人の役員に対する退職給与の支給の状況として20
把握されたとはいい難いほどの極めて特殊な事情があると認められる場合
に限り，これを別途考慮すれば足りるというべきである。そして，本件では，
原告の平成２５年３月期の売上金額の倍半基準の範囲内の法人を抽出して，
その１年当たり役員退職給与額と本件元取締役の役員退職給与額を比較し
ているのであり，平均値を算出すれば，抽出した同業類似法人間に存在する25
諸要素の差異等が捨象され，より平準化された数値が得られるのであって，
原告が上記主張する，原告を高収益かつ健全な企業に成長させた功績（この
点，前記５(2)に述べた点を踏まえれば，上記の検討において，本件元取締役
が原告の創業者であることや，平成８年の退任までの間の代表取締役として
の功績について考慮することは不合理である。）といった要素も含めた諸要
素の差異等も，その平準化された範囲内に含まれるから，原告が上記主張す5
る事情をもってしても，同業類似法人の役員に対する退職給与の支給の状況
として把握されたとはいい難いほどの極めて特殊な事情があるとは認めら
れない。
したがって，原告の上記主張には理由がない。
以上10
（別紙３）
当裁判所が認定する原告の平成２５年３月期の法人税に係る
翌期へ繰り越す欠損金額等
１所得金額（別表６・順号⑨）5
０円
上記金額は，以下の(1)の金額に(2)ないし(4)の金額を加算し，(5)及び(6)の
金額を減算した金額である。
(1)申告所得金額（別表６・順号①）
０円10
上記金額は，本件確定申告に係る申告書に記載された所得金額と同額であ
る。
(2)役員退職給与の損金不算入額（別表６・順号②）
２億３７３１万７０２４円
上記金額は，本件役員退職給与の額２億７０００万円のうち，本件役員退15
職給与適正額３２６８万２９７６円を超える金額であり，不相当に高額な部
分の金額として，法人税法３４条２項の規定により損金の額に算入されない
金額である。
(3)農業生産法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例の損金不算入額（別
表６・順号③）20
６１０万３３１４円
上記金額は，租税特別措置法６７条の３（平成２６年法律第１０号による
改正前のもの）の規定を適用するとして損金の額に算入した肉用牛の売却に
よる利益の額に相当する金額のうち，損失が生じた売却の取引分を含めずに
計算したことにより過大となった利益の額５３６万６０８６円と，同条１項25
に規定する免税対象飼育牛に該当しない肉用牛の売却による利益の額７３万
７２２８円の合計額であり，原告の益金の額に算入されるべき金額である。
(4)役員給与の損金不算入額（別表６・順号④）
５２５万円
上記金額は,原告が，本件元取締役の退任後に，本件元取締役の平成２４年
６月から同年１２月までの役員報酬として追加支給し，損金の額に算入した5
金額であるが，当該追加支給は，法人税法施行令６９条１項１号イないしハ
に掲げる改定とは認められず，法人税法３４条１項（平成２６年法律第１０
号による改正前のもの）に規定する給与には該当しないため，同条２項の規
定により，損金の額に算入されない金額である。
(5)農業生産法人の肉用牛の売却に係る所得の課税の特例の損金算入額（別10
表６・順号⑥）
１２８万４７９４円
上記金額は，租税特別措置法６７条の３（平成２６年法律第１０号による
改正前のもの）の規定に基づき，肉用牛の売却による利益の額に相当する金
額として，当期の損金の額に算入される金額である。15
(6)繰越欠損金の損金算入増加額（別表６・順号⑦）
２億４７３８万５５４４円
上記金額は，原告が，前期から繰り越した欠損金額であり，本件更正処分
により，所得金額が増加したことに伴い，当期の損金の額に算入される金額
である。20
２翌期へ繰り越す欠損金額（別表６・順号⑩）
１億６５１１万３６６７円
上記金額は，以下の(1)の金額から(2)の金額及び前記１(6)の金額（繰越欠損
金の損金算入増加額）を減算した金額であり，法人税法５７条１項（平成２７
年法律第９号による改正前のもの）の規定により，翌期以降の事業年度におい25
て損金の額に算入されることとなる欠損金額である。
(1)原告の平成２４年３月期の法人税に係る翌期へ繰り越す欠損金額
５億９２１９万３１８２円
上記金額は，処分行政庁が平成２７年６月２９日付けでした原告の平成２
４年３月期の法人税の更正処分により更正された，原告の平成２４年３月期
の法人税に係る翌期へ繰り越す欠損金額である。5
(2)申告に係る平成２５年３月期の繰越欠損金の控除額
１億７９６９万３９７１円
上記金額は，本件確定申告に係る申告書に記載された「繰越欠損金の当期
控除額」と同額である。
以上10

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