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令和２年７月１４日判決言渡
平成３０年（行ウ）第４０２号，同第４３５号～同第４３８号補助金交付決定一
部取消及び返還命令取消請求事件（以下，順に「第１事件」ないし「第５事件」と
いう。）
主文5
１文部科学大臣が原告に対して平成３０年３月２３日付けでした別
紙１処分目録記載１～５の科学研究費補助金交付決定一部取消決定
及び返還命令をいずれも取り消す。
２訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由10
第１請求
主文１項と同旨
第２事案の概要等
１事案の概要
本件は，国立大学法人Ａ大学（以下「Ａ大学」という。）大学院Ｂ研究科15
の教授であった原告が，文部科学大臣による科学研究費補助金（以下「科研
費」という。）の交付決定を受け，これに基づく科研費を受領していたとこ
ろ，文部科学大臣が，補助条件違反（取扱規程１０条違反）を理由としてそ
の一部を取り消す旨の決定及びこれを原因とする科研費の返還命令をしたこ
とから，これらの取消しを求める事案である。20
２関連法令等の定め
本件に関連する法令等の定めは，別紙２関連法令等の定めのとおりである
（なお，同別紙における略語は，本文においても用いることがある。）。
３判断の前提となる事実
以下の各事実については，当事者間に争いがないか，掲記の各証拠又は弁25
論の全趣旨により，容易に認められる。
(1)原告
原告は，平成１５年４月１日から平成２４年６月２８日までの間，Ａ大学
大学院Ｂ研究科教授の職にあり，Ｃセンターの研究室を主宰していた者であ
る（乙１，弁論の全趣旨）。
(2)本件各交付決定及び本件各科研費の交付5
文部科学大臣は，研究代表者である原告が交付の申請をした別紙３補助金
一覧表記載１～５の各「補助金」欄の科研費（以下「本件各科研費」とい
う。）について，同表記載１～５の各「交付決定」欄の「日付」欄の日に
「交付金額」欄の金額につき交付を決定し（各決定の文書番号は「番号」欄
記載のとおり。以下「本件各交付決定」という。），本件各科研費は，同表10
記載１～５の各「交付日」欄の日に研究機関であるＡ大学に交付された（甲
１～１０，乙１３，弁論の全趣旨）。
(3)本件各取消決定等
文部科学大臣は，平成３０年３月２３日，本件各科研費について，別紙３
補助金一覧表記載１～５の各「一部取消決定」欄の「取消金額」欄の金額に15
つき「取消理由」欄の理由で取り消す旨を決定するとともに（各決定の文書
番号は「番号」欄記載のとおり。以下「本件各取消決定」という。），各
「返還命令」欄の「返還金額」欄及び「加算金額」欄の金額につき「納付期
限」欄の日までに支払うよう命じた（各命令の文書番号は「番号」欄記載の
とおり。以下「本件各返還命令」といい，本件各取消決定と併せて「本件各20
取消決定等」という。甲１～１０，乙１３）。
(4)本件訴訟に至る経緯
原告は，平成３０年５月２２日，文部科学大臣に対し，本件各取消決定等
について審査請求をした。
原告は，同年９月２１日，本件訴訟を提起した（顕著な事実）。25
４争点
(1)本件各取消決定等に裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用した違法がある
か（争点１）
(2)本件各取消決定等に手続的瑕疵があるか（争点２）
(3)本件各交付決定に係る取消権及び補助金返還請求権が時効により消滅して
いるか（争点３）5
第３争点に関する当事者の主張
１争点１（本件各取消決定等に裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用した違法
があるか）について
（被告の主張）
(1)本件各取消決定等に裁量権の範囲の逸脱又は濫用はないこと10
ア文部科学大臣による科研費交付決定を受けた補助事業者が科研費交付決
定に付された補助条件に違反した場合，科研費交付決定の一部又は全部を
取り消すか否かについては，文部科学大臣の合理的裁量が認められると解
され，その裁量権の範囲の逸脱又は濫用がない限り，その取消処分が違法
とされることはない。また，科研費が交付された後に，適正化法１７条１15
項に基づく交付決定取消処分がされた場合には，返還命令をすべきこと及
び同法１９条１項所定の加算金が付されることについて，文部科学大臣の
裁量はなく，したがって，同法１７条１項に基づく交付決定取消処分が無
効であるか取り消されない限り，同法１８条１項に基づく返還命令が取り
消される余地はない。20
イＡ大学が作成した平成３０年２月２６日付け「国立大学法人Ａ大学大学
院Ｂ研究科元教授の研究費不正使用に関する調査報告書」（以下「本件大
学報告書」という。）には，関係者の聴き取り調査や書面調査のほか原告
に係る収賄被告事件（以下「別件刑事事件」という。）の第一審判決等を
踏まえ，原告が，年度ごとの執行残額を使い切るため，自身の主宰する研25
究室の関係者に指示するなどして，旧知の取引業者に架空の発注をして預
け金を形成していたこと（より具体的には，原告が取引業者と共謀して，
実際には納品されていない物品に係る架空の請求書をＡ大学に提出させ，
これに基づき，科研費を管理するＡ大学に取引業者に対する代金の支払を
させ，これを取引業者が預け金としてプールした上で，翌年度以降に取り
崩して使用していたこと。），預け金の使途は，研究目的のほか，私的な5
目的に使用していたことが疑われるものの，それを裏付ける資料がないこ
と等から，本件大学報告書作成時点で，私的流用を認定するのは困難であ
ること等が記載されている。
文部科学大臣は，本件大学報告書に基づき，本件各交付決定に基づき交
付された本件各科研費の一部（別紙３補助金一覧表記載の「取消金額」欄10
の金額）について，原告が，取引業者との共謀により預け金を形成し，本
件各交付決定の対象とされた補助事業である科学研究等に必要な経費以外
に使用したものと認め，いずれも取扱規程１０条に違反することから，本
件各補助条件（本件各補助条件１－１に加え，本件各補助条件２－１，平
成１７年度補助条件２－６・平成１８年度補助条件２－６・平成１９年度15
補助条件２－９）に違反するとして，適正化法１７条１項に基づき，本件
各交付決定の一部（別紙３補助金一覧表記載の「取消金額」欄の金額に係
る部分）を取り消す旨の本件各取消決定をしたものであり，本件各取消決
定等に裁量権の範囲の逸脱又は濫用はない。
(2)原告の主張について20
ア原告は，科研費の交付時期が年度当初ではないため，年度当初から科研
費を受領するまでの間に，金銭の支出ができない空白期間が生じ，研究の
継続が困難となるため，株式会社Ｄ（以下「Ｄ」という。）の管理の下で
預け金を形成したのはやむを得ない措置であったと主張する。
しかし，本件各補助条件及び本件各機関使用ルールでは，年度当初の４25
月から研究を開始し，契約を締結することが運用上可能とされている。ま
た，科研費が実際に交付されるまでの間に発生する補助事業に係る経費の
処理については，
①研究代表者が研究機関に購入依頼をする際，研究機関の会計規則等に
基づき研究機関の予算から立て替えて支出し，科研費が交付された後に
精算する。5
②研究代表者が研究機関に購入依頼をする際，研究機関から研究代表者
や所属部局等に配分された予算や企業等からの寄附金から支出し，交付
後，補助事業に係る費用を科研費に振り替える。
③取引業者の了解の下，研究機関から取引業者への支払を科研費が交付
される時期以降とする。10
等の方法が考えられ，年度当初から科研費を受領するまでの間に補助事業
の研究を継続するため，預け金の形成が必要不可欠であるなどとはいえな
い。
実際に，原告は，平成１７年度から平成１９年度の各年度の年度当初か
ら科研費を受領するまでの間，預け金を形成しなくとも，Ａ大学の立替制15
度を利用することが可能であった。また，Ｄは，原告がＡ大学の教授に着
任する約１０年も前から原告が研究に用いる物品を原告の所属していた研
究機関に販売し，原告がＡ大学の教授に就任するに当たって原告のために
αに営業所まで立ち上げており，原告は，Ｄの経営上，非常に重要な人物
であったといえる。そして，Ｄは原告からの求めに応じて預け金の形成を20
していたことからすると，Ｄが，年度当初から原告に本件各科研費が支払
われる６月末頃までの間，その年の４月及び５月の売上に係る支払を，本
来の翌月払ではなく，１，２か月程度延長して７月とする程度の要求を拒
否するとは考え難く，原告がＤに要求さえすれば，研究に必要な物品の代
金の支払時期を先延ばしにすることは十分に可能であったといえる。25
以上のとおり，原告は，預け金の形成をしなくとも，年度当初から研究
に必要な物品を購入し，研究を実施することは可能だったといえる。
イ原告は，Ｄの下で形成した預け金をすべて研究のために使用し，研究の
成果を上げていたとして，取扱規程１０条及び本件各補助条件違反の責任
が軽減されるかのような主張をする。
しかし，科研費は，会計年度につきいわゆる単年度主義に基づく助成金5
であり，単年度で使い切れなかった未使用の科研費が存在したのであれ
ば，本来，適正化法１５条による額の確定をして国に返還しなければなら
ず，翌年度以降の研究活動資金は別途手続を踏んで調達すべきである。し
たがって，預け金の形成は，たとえその後に研究のために使用されたとし
ても，不正支出であるといわざるを得ない。また，そもそも，上記アのと10
おり，年度当初から科研費を受け取るまでの間の研究を継続するために原
告が預け金を形成する必要があったとはいえないのであるから，研究成果
が上がったことは，預け金の形成と何ら関係がないというべきである。
したがって，原告が主張する事情は，取扱規程１０条及び本件各補助条
件違反の責任を何ら軽減するものとはいえず，文部科学大臣の裁量権の範15
囲の逸脱又は濫用を基礎付けるものということはできない。
ウ原告は，預け金の形成について，早期の是正措置命令等により容易に目
的を達成し得たのであり，会計年度終了時及び研究完了時の実績報告の際
に文部科学省から何ら指摘を受けることがなかったにもかかわらず，交付
決定から１０年以上が経って突如として本件各取消決定がされたことが不20
当であると主張する。
しかしながら，原告は，Ｄと共謀して，虚偽の会計書類を用いてＡ大学
にＤに対する科研費の支払をさせ，秘密裏にＤの下で預け金を形成したの
であり，文部科学大臣は，取扱規程１０条違反及び本件各補助条件違反の
事実を本件大学報告書によって把握したのであるから，文部科学大臣がそ25
の提出を受ける以前にこれらの事実に関する処分又は措置を採ることが可
能であったとはいえず，原告の主張には理由がない。
エ原告は，本件各取消決定等が本件大学報告書のみに依拠しており，文部
科学大臣がその内容を精査しなかったことは考慮不尽であって，本件各取
消決定等は違法であるなどと主張するが，本件大学報告書におけるＡ大学
の認定手法は合理的であることに加え，交付決定権者である処分行政庁に5
は強制力を伴う調査権限は付与されておらず，一方で，本件大学報告書を
作成したＡ大学は，科研費の管理を実施し，取引業者との購入契約の名義
人本人で，なおかつ，原告に係る不正に関係する教職員をよく把握してお
り，原告の不正経理関係の実態解明を目的として，第三者委員をもメンバ
ーとする調査委員会を立ち上げてまで幅広に証拠収集を実施して本件大学10
報告書を作成しており，その証拠資料には，捜査機関が捜査権限を行使し
て収集した捜査資料も含まれている。したがって，文部科学大臣が，本件
大学報告書を事実認定に当たって信用性の高い資料として位置付けたこと
は不合理ではなく，これを踏まえて，原告による預け金の形成が本件各補
助条件（取扱規程１０条）に違反すると判断し，預け金相当額について本15
件各取消決定をしたことについて，裁量権の範囲の逸脱又は濫用として問
擬されることはない。
(3)小括
したがって，本件各取消決定等は，文部科学大臣の裁量権の範囲を逸脱又
は濫用したものとはいえず，本件各取消決定等はいずれも適法である。20
（原告の主張）
(1)考慮不尽の違法があること
本件各取消決定等は，その影響の甚大さに鑑みれば，吟味を重ねて精査さ
れた証拠に基づき，丁寧な事実認定をした上で慎重に行われる必要があり，
事実認定においては，処分行政庁自身がその権限と責任において事実関係を25
調査し，判断の基礎となる証拠を収集すべきである。
しかしながら，本件各取消決定等は，原告に直接事情を説明する機会を与
えることなく，Ａ大学が作成した本件大学報告書のみに依拠してされたもの
であるところ，本件大学報告書が文部科学大臣に提出されたのは同年３月１
日で，本件各取消決定等は同月２３日にされており，文部科学大臣が本件大
学報告書を精査した経過はうかがわれない。5
補助金の管理主体である研究機関には，補助金に係る問題が生じた場合，
自らの管理責任を免れるためその責任を研究者に押し付ける動機が十分に存
在し，研究者と研究機関は対立関係に立つといえる。特に，本件では，本件
各取消決定等の当時，Ａ大学は，原告を相手方として，不法行為に基づく損
害賠償請求訴訟（以下「別件訴訟」という。）を提起していたのであるか10
ら，その対立関係は顕現化していた。
このように，本件各取消決定等は，その内容の重大さにもかかわらず，明
示的に対立関係にある一方当事者の報告書のみに依拠し，内容を十分に精査
することもなくされたものであって，考慮不尽の違法がある。
(2)比例原則に違反する違法があること15
ア本件各科研費を使用した研究は，著名な科学雑誌に論文発表され，文部
科学省，学会や社会から高く評価され，その基礎研究成果が臨床応用され
つつある。また，原告は，これを含めて多数の研究を行い，その成果を論
文にまとめて発表し，多数の科学雑誌に論文が掲載され，社会的にも極め
て高い評価を得ている。20
イこれに対し，原告による預け金は，年度内使用という会計ルールに反す
るものであったにせよ，そのすべてが研究のために使用され，取扱規程１
０条に違反するものでもなく，その制裁はあまりに過大である。
原告が預け金をしたのは，科研費の交付が年度開始後すぐにされるこ
とはなく少なくとも数か月以上遅れる上（Ａ大学における事務手続を経て25
実際に原告の手元で使用可能となるのは７月中旬以降であった。），研究
機関内の事務手続のため，その執行も３月初旬から中旬までに使い切るよ
うに指示されていたが，特に，動物や試薬，酵素を扱う研究では，研究を
中断すると動物が育ちすぎて実験に適さなくなったり，試薬や酵素の有効
期限が切れてしまったりするため，実験を中断できないというやむを得な
い事情があったためである（原告は，平成１７年当時，Ｄに対する預け金5
は３０００万円程度と認識していたのであり，さらに預け金をしなけれ
ば，３月から７月までの期間に実験を中断せざるを得ないと考えてい
た。）。このような事情から，多くの大学で研究者が預け金の対応をして
おり，原告が所属していたＥセンター（当時）及びＡ大学においても，他
の研究者が預け金に関与していた。また，原告は，平成１９年，文部科学10
省が科研費の繰越制度を拡充し，その積極的な利用を推奨している旨を当
時の研究課長が研究科会議で通知したのを聞き，基盤研究（Ｓ）の直接経
費３０００万円を繰り越すこととして，同年末にその旨をＦ准教授に伝え
ており，その後は預け金をしていない。
被告は，Ａ大学の立替制度の利用やＤへの支払時期の先延ばしが可能15
であったと主張するが，立替制度は，交付内定を受けた額について４月よ
り前に申込みをする必要があるところ，本件各科研費については，内定通
知を受けるのが４月から６月であったことから，その申込みをすることは
できなかったし，支払時期の先延ばしについても，一般的な商取引で支払
を数か月程度延ばすことは容易ではなく，内定段階では確実に交付が受け20
られるか，交付時期がいつになるかも分からず，安易にそのような方法が
とれる状況ではなかった。
ウこのような状況で，本件各交付決定から１０年以上も経った後に高額の
加算金を付してされた本件各取消決定等については，比例原則に反する違
法がある。25
２争点２（本件各取消決定等に手続的瑕疵があるか）について
（被告の主張）
(1)弁明の機会が付与されていないことについて
原告は，本件各取消決定等に至る過程で弁明の機会が付与されなかった旨
主張し，あたかもこのような手続違反が，本件各取消決定等の取消事由を構
成するかのような主張をする。5
しかしながら，適正化法２４条の２は，行政手続法１３条の適用を除外し
ていることから，弁明の機会付与の欠如をいう原告の主張は失当である。ま
た，本件大学報告書は，Ａ大学で作成されたもので，そこでの弁明手続の不
十分さをもって，適正化法１７条１項に基づく取消処分の手続の違法と同視
することはできないが，この点を措くとしても，原告はＡ大学が実施しよう10
としたヒアリングに非協力的であったし，さらに，Ａ大学が別件訴訟を提起
した後に，Ａ大学の訴訟代理人で，Ａ大学に設置された調査委員会の委員で
もある弁護士から原告の訴訟代理人弁護士に対してヒアリングの打診がされ
ていることからすると，弁明の機会自体は設けられていたといえる。
(2)本件各取消決定につき理由の提示が不十分であることについて15
原告は，本件各取消決定の通知書には，本件各交付決定のうちどの部分を
取り消すのかという点や，その個別具体的な取消理由が明示されていないと
して，適正化法２１条の２に違反する旨主張する。
しかしながら，本件各取消決定の通知書には，取り消す部分の金額が明示
されており，取消理由については，いずれも「補助条件違反（科学研究費補20
助金取扱規程〔昭和４０年３月３０日文部省告示第１１０号〕第１０条違
反）」と明記されている。このような記載からすれば，文部科学大臣は，そ
の取り消す部分として記載された金額について，原告が「科学研究等に必要
な経費にのみ使用」（取扱規程１０条）しておらず，取扱規程１０条に違反
するものと認めて，本件各補助条件違反を理由に取り消したことが明らかで25
あり，また，本件各取消決定の通知書には，本件各補助条件の適用規定につ
いての記載がないものの，取扱規程１０条違反が，同規程を含む法令等の遵
守を定める本件各補助条件１－１違反に該当することはその規定ぶりから明
らかである。
(3)本件各取消決定の不服申立てについて誤教示がされたことについて
原告は，本件各取消決定の不服申立てについて誤教示がされたと主張する5
ところ，確かに，本件各取消決定の不服申立期間は，正しくは「処分があっ
たことを知った日の翌日から起算して３月以内」であり，本件各取消決定の
通知書の記載には誤記がある。しかしながら，不服申立期間の誤教示は，不
服申立手続の中で救済されるべきものであり，それ自体が処分の取消事由と
なるものではない。加えて，本件各取消決定の通知書の記載は，法定の不服10
申立期間より短い期間を誤って教示したものであるから，これによって不服
申立ての機会を損なうことは考えられず，現に，原告は，不服申立期間内
に，文部科学省に対して審査請求の申立てをしている。
したがって，不服申立てについて誤教示がされたことを理由として本件各
取消決定を取り消すべきであるとはいえない。15
(4)原告に対する通知がされていないことについて
原告は，本件各取消決定の通知書及び本件各返還命令に係る命令書がＡ大
学を通じて交付されたことについて，到底適正とはいえないと主張する。
しかしながら，本件各機関使用ルールは，研究機関の行う事務として，文
部科学省からの交付内定通知の受理及び研究者への通知，文部科学省からの20
交付決定通知の受理及び研究者への伝達を定めているところ，科研費の交付
決定取消処分の通知に関して，適正化法１７条４項が交付決定通知について
定める適正化法８条を準用していることからすると，交付決定取消処分の通
知について本件各機関使用ルールを準用し，研究機関を通じて研究代表者に
通知することが適切でないとはいえない。また，本件各補助条件及び本件各25
機関使用ルールでは，科研費について必要な諸手続は研究機関を通じて行う
ものとされていることから，文部科学省は，研究代表者等の補助事業者個人
の自宅等の連絡先は把握していないことが通常であり，研究機関であるＡ大
学を通じて原告に本件各取消決定等の通知をすることは合理的かつ適切な方
法である。
(5)小括5
以上のとおり，本件各取消決定等について，これらを取り消すべき手続的
瑕疵があるとはいえない。
（原告の主張）
(1)弁明の機会が付与されていないこと
本件各取消決定等に先立ち，原告には弁明の機会が与えられず，また，本10
件大学報告書の作成過程でも，別件訴訟のＡ大学の代理人弁護士から原告の
代理人弁護士に対し，電話で，原告の話を聞くのが難しいことについて確認
されたのみで，正式なヒアリングの要請はなかった。
適正化法２４条の２は行政手続法１３条を適用除外としているが，行政手
続は行政目的に応じて多種多様であることから，行政処分の相手方に事前の15
告知，弁解，防御の機会を与えるかどうかは，行政処分により制限を受ける
権利利益の内容，性質，制限の程度，行政処分により達成しようとする公益
の内容，程度，緊急性等を総合衡量して決定されるべきものであり（最高裁
平成４年７月１日大法廷判決・民集４６巻５号４３７頁参照），あらゆる態
様の補助金交付決定取消処分，補助金返還命令において，相手方への事前の20
告知，弁解，防御の機会を一切与えないことを正当化する趣旨とは解されな
い。本件各取消決定等のように，名宛人に対する影響が重大で，緊急性がな
い処分については，憲法３１条に基づく適正手続の保障として事前の告知，
弁解，防御の機会を与えられるべきであり，一切の事前手続を経ることなく
本件各取消決定等がされたことについて，手続的な瑕疵があるといわざるを25
得ない。
(2)本件各取消決定につき理由の提示が不十分であること
本件各取消決定の通知書には，本件各交付決定のうち取り消される部分及
びその具体的理由が全く記載されていない。本件各科研費は，年度をまたい
で使用されていたものであるが，取引業者と具体的なやり取りをしたのは同
じ研究室のＦ准教授であって，原告は包括的な指示をしたのみであったし，5
原告は，本件大学報告書の根拠とされた資料や他の研究者の供述内容の開示
も受けていないため，取消しの対象とされた金額を検証することができな
い。
このように，本件各取消決定の理由は，原告にとって不服申立てをするた
めの手掛かりにならず，また，処分庁の判断の慎重と合理性を担保してその10
恣意を抑制する機能も果たしておらず，適正化法２１条の２が要求する理由
の提示として不十分である。
(3)本件各取消決定の不服申立てについて誤教示がされたこと
本件各取消決定については，行政不服審査法８２条１項，同法１８条１項
に基づき，不服申立ての教示がされなければならないにもかかわらず，平成15
２６年法律第６８号による廃止前の行政不服審査法に基づく誤った教示がさ
れている。原告にとって重大な影響を及ぼす処分であるにもかかわらず，こ
のような誤教示がされたことは極めて不当である。
(4)原告に対する通知がされていないこと
本件各取消決定は，適正化法１７条４項が準用する適正化法８条に基づ20
き，速やかに補助金等の「交付の申請をした者」に通知されなければなら
ず，本件各返還命令についても同様と考えられるところ，本件各交付決定の
「交付の申請をした者」は取扱規程５条１号で研究者の代表者と規定され，
原告がこれに当たる。それにもかかわらず，本件各取消決定等の通知書は，
当時原告が既に在籍していなかったＡ大学に送付されている（なお，原告25
は，平成３０年４月９日になって，別件訴訟の代理人弁護士を通じてこれを
受け取ったのであり，その時点で，指定された納付期限〔同月１１日〕も迫
っていた。）。
このように，文部科学大臣は，本件各取消決定等について速やかに原告に
通知すべきであるのを怠ったものである。
(5)小括5
以上のとおり，本件各取消決定等には，手続的な瑕疵があることから，取
り消されるべきである。
３争点３（本件各交付決定に係る取消権及び補助金返還請求権についての消滅
時効の成否）について
（原告の主張）10
(1)科研費の交付を受けた者は，科学研究等を完了したとき，及び補助金の
交付決定に係る国の会計年度が終了したときに，実績報告書を文部科学大
臣に提出するものとされており（取扱規程１１条），慣例上，会計年度終
了時の実績報告書は，交付を受けた年の翌年の４月に提出されていた。ま
た，文部科学大臣は，研究完了時の実績報告書の提出を受けた場合，その15
審査及び必要に応じて行う調査によって，当該科学研究等の成果が補助金
交付決定の内容及びこれに附した条件に適合すると認めたときは，交付す
べき補助金の額を確定し，補助金の交付を受けた者に通知することとされ
ているところ（取扱規程１２条），会計年度終了時に提出される実績報告
書についても，通常の実務として審査，調査が行われており，本件でも同20
様であった。
このように，文部科学大臣は，本件各科研費を交付した会計年度の終了時
及び研究完了時の実績報告書の提出を受け，本件各交付決定の内容及びこれ
に附した条件に適合するかどうかを審査，調査していたのであるから，その
時点で，これに適合しない場合には取り消すことが可能であったといえる。25
したがって，本件各交付決定については，会計年度の終了時の実績報告書
の提出（平成１７年度分につき平成１８年４月，平成１８年度分につき平成
１９年４月，平成１９年度分につき平成２０年４月）から５年間が経過した
ことにより，本件各交付決定に係る取消処分及び補助金返還命令を行う権限
は失効したと解すべきである。なお，取扱規程１４条において，補助金の収
支に関する帳簿の保管期間が補助金の交付を受けた年度終了後５年間と定め5
られていることからも，上記のとおり解すべきである。
(2)また，本件各科研費の問題に関しては，平成２４年５月２６日に捜査機関
によるＡ大学の捜索が行われ，文部科学大臣は遅くとも同日までにこのこと
を認識し，この時点で取消権を行使し得たというべきである。
仮に，文部科学大臣としては，Ａ大学における調査を指示しており，その10
報告がされない段階での取消権の行使は困難であったとしても，遅くとも平
成２４年９月には，Ａ大学は一連の預け金の詳細を把握して文部科学大臣に
報告していたといえ，仮にそうでなかったとしても，文部科学大臣はＡ大学
に報告を求めることによって詳細を把握し得たことからすると，文部科学大
臣は，遅くとも同月中には，本件各交付決定を取り消すことが可能であった15
というべきである。
(3)したがって，本件各取消決定等がされた時点では，本件各交付決定の取消
権を行使し得たときから既に５年が経過していたのであり，本件各交付決定
に係る取消権及び補助金返還請求権については，時効によって消滅したとい
える。20
（被告の主張）
(1)適正化法１７条には，取消権の消滅時効あるいは除斥期間の規定は置かれ
ていない。また，次のとおり，原告が主張する時点では，いまだ交付決定取
消権を行使し得る状況にあったとはいえず，これらの時点に時効の起算点を
求めることは，強制力を伴う調査権限のない処分行政庁に根拠のないまま，25
補助事業者に対する返還義務を課する処分を行うことを強いる結果を招来す
ることになりかねず，認められない。
ア原告は，取扱規程１１条所定の実績報告書の提出があったときに，本件
各交付決定の取消しが可能であったと主張する。
しかしながら，取扱規程１１条の実績報告は飽くまで書面による報告で
ある以上，それをもとにした審査も書面審査が原則であり，基本的には，5
研究実績報告書をもとに補助条件に合致しているか否かが審査されること
になる。本件各科研費の実績報告書には，Ｄの管理の下で預け金が形成さ
れていた事実に関しては何の記載もされておらず，それをうかがわせるよ
うな記載もないのであり，実績報告書の提出をもって，文部科学大臣にお
いて，原告が預け金を形成していた事実を認識し得る状況にあったなどと10
は到底いえず，原告がＤと共謀して預け金を形成していたこと等を踏まえ
ると，仮に調査が実施されたとしても，預け金を形成していた事実を確認
することは困難であったといわざるを得ない。
イ原告は，東京地方検察庁特別捜査部（以下「東京地検特捜部」又は「東
京地検」という。）がＡ大学において捜索を実施した平成２４年５月２６15
日には，文部科学大臣は原告が預け金を形成していた事実を認識していた
として，本件各交付決定の取消しが可能であったと主張する。
しかしながら，上記捜索は，業務上横領の被疑事実についてのものであ
るし，その結果の詳細を文部科学大臣が認識できるとはいえず，上記捜索
が実施されたことをもって，原告が預け金を形成していた事実を認識した20
とはいえない。
ウ原告は，Ａ大学が，原告が預け金を形成していた事実の全容を平成２７
年９月７日までに把握したとし，これが逐次文部科学大臣に伝えられたは
ずであり，仮にそうでなかったとしても，文部科学大臣が積極的に調査す
れば把握できたはずであるとして，同月３０日には，本件各交付決定の取25
消しが可能であったと主張する。
しかしながら，上記主張は，Ａ大学に所属する関係者への事情聴取を前
提に，Ａ大学ひいては文部科学大臣の認識を推論するものであるところ，
このような推論自体に無理がある。現に，Ａ大学としては，原告に対して
別件訴訟を提起した平成２７年４月３日の時点においても，原告がＤの管
理の下で形成していた預け金の全容について把握できていないとしてい5
る。また，本件大学報告書においても，原告による預け金の形成について
は，当該報告書の作成・提出日である平成３０年２月２６日時点で原告の
不正経理と認定できるものを特定し，その金額の認定は，東京地検特捜部
が作成し，平成２６年４月に提供を受けた平成１７年度から平成２０年度
における預け金の状況を示す書類をもとに行ったというのであり，このよ10
うな預け金の形成やその金額の認定作業の経緯を踏まえると，Ａ大学が，
平成２４年９月の段階で預け金の形成に係る事実の全容を把握していたな
どとは到底いえない。
(2)したがって，遅くとも平成２４年９月３０日までには，文部科学大臣に
おいて，本件各交付決定を取り消すことができた旨の原告の主張には理由15
がなく，文部科学大臣が本件各交付決定を取り消すことができたのは，本
件大学報告書の提出を受けた平成３０年３月１日である。
第４当裁判所の判断
１認定事実
掲記の各証拠又は弁論の全趣旨によれば，次の各事実が認められる。20
(1)原告による預け金の形成について
ア原告は，平成１５年４月にＡ大学大学院Ｂ研究科教授に着任する以前，
Ｅセンターに勤務していたところ，その当時から，Ｄと共謀して，実際に
は納品されていない物品に係る架空の請求書を研究機関に提出し，これに
基づき，競争的資金を管理する研究機関にＤに対する支払をさせ，Ｄが預25
け金としてプールした上で，これを翌年度以降に取り崩して使用していた
（乙１・６頁，原告２０，２１頁）。
イ原告は，平成１５年４月にＡ大学Ｂ研究科教授に着任したが，Ｄは，同
年７月にα市内に営業所を開設し，原告は，引き続きＤに預け金を形成し
ていた。原告は，同じ研究室に所属するＦ准教授に対し，資金ごとの執行
残額を示した上でＤの営業部長に連絡して処理するように指示し，これに5
基づき，ＤＮＡチップ等や研究室で用いる消耗品等を架空に納品したこと
にした請求書によって，Ａ大学からＤに支払をさせ，執行残額がなくなる
よう処理がされていた（甲３７・３頁，乙１・６頁，原告５頁）。
ウ原告による預け金は，ＤＮＡチップの納入費用，実験補助者の継続雇用
の費用，他の必要な研究資材の代金に充てられたほか，研究に必要不可欠10
であるものの補助金の使途としては認められにくいもの（コンピューター
などの購入，実験機器の保守・修理費，大型機器格納倉庫の賃料等）にも
充てられたりしていた（甲３７・３頁，原告３，４頁）。
エ原告は，平成１７年７月から平成２３年７月までの間，合計１億６６１
３万４６８９円の預け金を形成した（甲２５，甲３７・４頁）。15
(2)本件各科研費に係る預け金の形成
原告は，本件各科研費のうち，別紙３補助金一覧表記載の「取消金額」欄
の金額について，Ｄに預け金を形成した（弁論の全趣旨。以下，この預け金
を「本件各科研費に係る預け金」という。）。
(3)科研費の年度内使用のルールについて20
ア我が国の会計制度は単年度主義に基づいており（財政法４２条参照），
科研費の交付についても各研究者の研究計画のうち会計年度ごとに必要な
補助金の助成が行われている（甲３７・３頁）。このことを前提として，
本件各補助条件において，補助事業に係る物品の納品，役務の提供等は，
補助事業を行う年度の３月３１日までに終了しなければならず，これに係25
る支出は，実績報告書の提出期限までに行わなければならない旨規定され
（平成１７年度補助条件２－６，平成１８年度補助条件２－６，平成１９
年度補助条件２－９），本件各機関使用ルールでも同様の規定が設けられ
ていた（本件各機関使用ルール３－３）。
もっとも，平成１５年度から，科研費による研究のうち，交付決定時に
は予想し得なかったやむを得ない事由に基づき年度内に補助事業が完了し5
ない見込みのあるものについては，文部科学大臣を通じて財務大臣へ繰越
承認要求を行い，財務大臣の承認を得た上，当該経費を翌年度に繰り越し
て使用できることとされており（以下「本件繰越制度」という。平成１７
年度補助条件２－３，平成１８年度補助条件２－３，平成１９年度補助条
件２－６参照），平成１８年４月１日には，その留意事項等が改正された10
（乙１８）。
イまた，年度当初については，本件各補助条件において，新たに採択され
た研究課題については内定通知受領後直ちに，また，前年度から継続する
研究課題（「特定領域研究」の研究領域の設定時において，予め研究機関
開始年度の翌年度から実施することとされていた研究課題を含む。）につ15
いては４月１日から，それぞれ研究を開始し，必要な契約等を行うことが
できるが，必要な経費は，直接経費受領後に支出し，又は研究機関等が立
て替えて直接経費受領後に精算しなければならない旨規定され（平成１７
年度補助条件２－２，平成１８年度補助条件２－２，平成１９年度補助条
件２－４），本件各機関使用ルールでも，研究代表者が，交付された直接20
経費の使用を速やかに開始できるよう，各研究機関において必要な事務を
迅速に行うこととされ，経費の支出について本件各補助条件と同様の規定
が設けられていた（本件各機関使用ルール３－１）。
Ａ大学では，平成１７年４月１日に「国立大学法人Ａ大学における研究
資金の交付前使用に係る立替に関する要領」が制定され，そこでは，科研25
費を含む補助金の研究代表者等として研究等を遂行する場合に，補助金を
受領する日までの間，当該研究等の実施に必要な資金を，その管理者であ
るＡ大学が立て替えることができるものとされ，その必要な手続等が定め
られていた（甲４２，４４の１・２，乙１９。以下「本件立替制度」とい
う。）。
(4)原告による預け金の形成の終了について5
原告は，平成１９年に，本件繰越制度の話を聞き，独立行政法人日本学術
振興会により交付決定を受けた平成１９年度科学研究費助成事業（科学研究
費補助金〔基盤研究（Ｓ）〕）について，初年度の交付研究費のうち３００
０万円を次年度に繰り越すこととした（甲３７・５頁）。
また，原告は，同年末，Ｆ准教授に，上記の旨を伝えると共に，今後は，10
ＤＮＡチップの先物買い等をする必要がなくなったと伝え，その後の研究費
について，できる限り公的資金を最優先に年度内に使うように伝えた（甲３
７・５頁，原告１２頁）。
これを受けて，Ｆ准教授は，平成２０年５月以降，原告による預け金の形
成のための処理をしていない（甲３７・５頁，原告１２，１３頁）。15
(5)原告による預け金が判明した経緯
ア東京地検特捜部は，Ｄの民事再生手続の中で原告による預け金が判明し
たことを契機として，平成２４年５月２６日，原告に対する業務上横領被
疑事件について，Ａ大学等の捜索を行った（乙１）。
イＡ大学は，強制捜査を発端として原告が競争的資金等を不正に使用して20
いた疑いがあることが判明したとして，同年６月４日，Ｂ研究科ゲノム分
野強制捜査に関する調査委員会，同年７月２日，Ｂ研究科の競争的資金等
に係る会計処理に関する調査委員会，同月３日，Ｂ研究科不正経理（疑
惑）調査委員会をそれぞれ設置し，原告が在籍したすべての期間において
執行したすべての経費を対象とする調査を実施することとした（乙１・25
１，２頁）。
ウ文部科学大臣は，同年６月２９日，東京地検が原告による不正経理の疑
いについて捜査をしていることを承知しており，Ａ大学に事実関係を確認
している旨述べ，同年７月３日，Ａ大学大学院Ｂ研究科において調査委員
会を立ち上げて調査が行われており，文部科学省は調査結果を報告するよ
うに求めている旨述べた（甲２６の１・２）。5
エ東京地検特捜部は，同月３１日，収賄容疑で原告を逮捕した（甲３６別
紙）。
オ東京地検は，同年８月２１日及び同年９月１１日，収賄被告事件で原告
を東京地方裁判所に起訴した（別件刑事事件。甲３６別紙）。
カ東京地方裁判所は，平成２６年２月１７日，別件刑事事件について，懲10
役２年の有罪判決をした（甲３６別紙）。
キ東京高等裁判所は，平成２７年２月２６日，別件刑事事件について，第
一審判決を破棄し，懲役１年８月の有罪判決をした（甲３６別紙）。
クＡ大学は，平成２７年４月３日，原告を相手方として，原告がＤに預け
金を形成するためにＡ大学に架空取引の代金名目で支出をさせたことにつ15
き，不法行為に基づく損害賠償金１億５１９５万６６１０円の支払等を求
める民事訴訟を，京都地方裁判所に提起した（別件訴訟。甲１７，乙２
１）。
ケ最高裁判所は，平成２８年８月３０日，別件刑事事件について，原告の
上告を棄却する旨の判決をした（甲３６別紙）。20
コ東京地検特捜部は，同年１０月７日，Ａ大学に対し，押収資料を還付し
た（甲３６別紙）。
サＡ大学は，平成３０年２月２６日，文部科学大臣に対し，本件大学報告
書を提出し，同年３月１日，文部科学大臣は本件大学報告書を受領した
（甲１９，乙１）。25
２争点１（本件各取消決定等に裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用した違法
があるか）について
(1)本件各取消決定について
ア文部科学大臣による科研費交付決定を受けた補助事業者が，当該交付
決定に付された補助条件その他法令又はこれに基づく文部科学大臣の処
分に違反した場合に，当該交付決定の一部又は全部を取り消すか否かに5
ついては，適正化法１７条１項の文言によると，文部科学大臣の合理的
裁量が認められており，当該交付決定の一部又は全部を取り消す旨の決
定が違法とされるのは，当該裁量権の範囲の逸脱又は濫用があった場合
に限られると解される（行政事件訴訟法３０条）。
イ本件各交付決定については，取扱規程１０条において，補助金の交付を10
受けた者は，補助金を科学研究等に必要な経費にのみ使用しなければなら
ない旨規定されており，また，科研費交付決定を受けた補助事業者が適正
化法１１条（平成１９年度につき，適正化法７条及び１１条）の規定によ
り従うべき本件各補助条件として，①研究代表者は，補助事業の遂行に当
たり，適正化法，同法施行令及び取扱規程（平成１９年度補助条件につ15
き，さらに当該補助条件）の規定を含む，関係する法令等の規定を遵守し
なければならないこと（本件各補助条件１－１），②研究代表者は，直接
経費（補助事業の遂行に必要な経費及び研究成果の取りまとめに必要な経
費）の公正かつ効率的な使用に努めなければならないこと（平成１９年度
補助条件につき，さらに，他の用途への使用及びこの補助条件に違反する20
使用をしてはならないこと。本件各補助条件２－１），③補助事業に係る
物品の納品，役務の提供等は，補助事業を行う年度の３月３１日までに終
了しなければならず，これに係る支出は，実績報告書の提出期限までに行
わなければならないこと（平成１７年度補助条件，平成１８年度補助条件
２－６，平成１９年度補助条件２－９）が定められている。25
前提事実(2)のとおり，原告は，本件各科研費に係る預け金を形成して
おり，かかる金額については，当該年度の３月３１日までに物品の納品，
役務の提供等がされていない。したがって，原告による本件各科研費に係
る預け金の形成は，本件各補助条件１－１，同２－１，平成１７年度補助
条件２－６，平成１８年度補助条件２－６，平成１９年度補助条件２－９5
に違反するとともに，取扱規程１０条にも違反するものといえる。そし
て，本件各補助条件において，研究代表者は，補助事業の遂行に当たり，
適正化法，同法施行令及び取扱規程（平成１９年度補助条件につき，さら
に当該補助条件）の規定を含む，関係する法令等の規定を遵守しなければ
ならないとされるとともに，補助金が国民から徴収された税金等でまかな10
われるものであることに留意し，補助金の交付の目的に従って誠実に補助
事業を行うように努めなければならないとされていることに照らすと（本
件各補助条件１－１，１－２），原告による本件各科研費に係る預け金の
形成の違法性の程度は軽微とはいえないというべきである。
ウ原告は，預け金を形成したことについて，特に，動物や試薬，酵素を扱15
う研究では研究を中断できないという事情があり，やむを得ない措置であ
った旨主張する。
しかしながら，認定事実(1)のとおり，原告は，平成１５年４月にＡ大
学Ｂ研究科教授に着任する以前からＤにおいて預け金を形成し，当該預け
金は，補助金の使途としては認められにくいもの（コンピューターなどの20
購入，実験機器の保守・修理費，大型機器格納倉庫の賃料等）にも充てら
れており，本件各科研費に係る預け金の形成もこのような一連の預け金の
一環としてされているところ，これらがやむを得ない措置といえないこと
は明らかである。また，科研費は，会計年度ごとに必要な補助金の助成が
行われているところ，学術研究は，必ずしも当初の研究計画どおりに遂行25
されない場合もあり，年度ごとの助成方式になじまない面があるとの指摘
もあったことが認められるものの（甲２９・３頁），当該学術研究につい
て，交付決定時には予想し得なかったやむを得ない事由に基づき年度内に
補助事業が完了しない見込みのあるものについては，本件繰越制度が設け
られていたほか，年度当初については，平成１７年４月１日以降，Ａ大学
において本件立替制度が設けられていたというのであり，原告としては，5
これらの制度の利用を検討することも可能であったといえる（原告は，本
件立替制度を利用することはできなかったと主張するが，これを具体的に
認めるに足りる証拠はない。）。
したがって，原告による預け金の形成がやむを得ない措置であったとい
うことはできない。10
エ原告は，預け金はそのすべてが研究のために使用されたことからする
と，本件各取消決定は制裁としてあまりにも過大であり，比例原則に違反
すると主張する。
しかしながら，上記イのとおり，本件各補助条件の規定に照らすと，原
告による本件各科研費に係る預け金の形成の違法性の程度は軽微とはいえ15
ないというべきであり，また，認定事実(1)ウのとおり，本件各科研費の
一部を含む預け金は，補助金の使途として認められにくいものにも使用さ
れていたというのであり，このことからしてもその違法性が軽微であると
いうことはできず，預け金をしたと認められる金額を対象として，交付決
定取消処分をすることが，過大な制裁であるということはできない。な20
お，原告は，早期の是正措置命令等によって目的を達成し得たとも主張す
るが，文部科学大臣が補助事業等の成果の報告を受けた時点において，原
告による預け金の形成が判明したということはできず，かかる主張は失当
というべきである。
オ原告は，本件各取消決定は，明示的に対立関係にある一方当事者の報告
書のみに依拠し，内容を十分に精査することなくされたものであって，考
慮不尽の違法があると主張する。
しかしながら，Ａ大学は，研究機関として，本件各科研費を研究者に代
わって管理することとされ（本件各機関使用ルール２－１），補助金の不5
正な使用が明らかになった場合（不正な使用が行われた疑いのある場合を
含む）には，速やかに調査を実施し，その結果を文部科学省に報告するこ
ととされていたのであり（平成１７年度機関使用ルール，平成１８年度機
関使用ルール４－３，平成１９年度機関使用ルール４－７），このことか
らすると，文部科学大臣が，Ａ大学に調査の上で報告を求めたことについ10
て違法があるとはいえない。そして，原告は，本件大学報告書の内容の誤
りについて具体的に指摘しているわけではなく，また，本件大学報告書で
認定された本件各科研費に係る預け金の額等を争っていないことからする
と，文部科学大臣が，本件大学報告書に基づき本件各取消決定をしたこと
が不適切であったということはできない。15
カ以上によると，本件各交付決定については，本件各補助条件１－１，同
２－１，平成１７年度補助条件２－６，平成１８年度補助条件２－６，平
成１９年度補助条件２－９に違反するとともに，取扱規程１０条にも違反
することが認められ，その違法性の程度も軽微とはいえないのであり，本
件各交付決定のうち，原告による預け金の形成が認められた部分を取り消20
すこととした本件各取消決定について，文部科学大臣の裁量権の範囲の逸
脱又は濫用はないといえる。
(2)本件各返還命令について
ア適正化法１８条１項は，各省各庁の長は，補助金等の交付の決定を取り
消した場合において，補助事業等の当該取消に係る部分に関し，すでに補25
助金等が交付されているときは，期限を定めて，その返還を命じなければ
ならない旨規定し，適正化法１９条１項は，補助事業者等は，適正化法１
７条１項の規定又はこれに準ずる他の法律の規定による処分に関し，補助
金等の返還を命ぜられたときは，政令で定めるところにより，その命令に
係る補助金等の受領の日から納付の日までの日数に応じ，当該補助金等の
額（その一部を納付した場合におけるその後の期間については，既納額を5
控除した額）につき年１０．９５パーセントの割合で計算した加算金を国
に納付しなければならない旨規定している。このような規定によると，各
省各庁の長が適法な補助金交付決定の取消処分をした場合で，既に補助金
が交付されている場合には，期限を定めてその返還を命じ，また，補助事
業者等は加算金と併せて納付しなければならないのであり，返還命令につ10
いて各省各庁の長に裁量はないといえる。
イ本件各取消決定について文部科学大臣の裁量権の範囲の逸脱又は濫用は
ないことは上記(1)のとおりであって，この点を理由として本件各返還命
令が違法とはいえない。
３争点２（本件各取消決定等に手続的瑕疵があるといえるか）について15
(1)本件各取消決定の理由の提示について
ア行政手続法１４条１項本文が，不利益処分をする場合に同時にその理由
を名宛人に示さなければならないとしているのは，名宛人に直接に義務を
課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み，行政庁の判
断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに，処分の理由を20
名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解され，
同項本文に基づいてどの程度の理由を提示すべきかは，上記のような同項
本文の趣旨に照らし，当該処分の根拠法令の規定内容，当該処分に係る処
分基準の存否及び内容並びに公表の有無，当該処分の性質及び内容，当該
処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきであ25
ると解されるところ（最高裁平成２３年６月７日第三小法廷判決・民集６
５巻４号２０８１頁参照），このことは，同項と同趣旨と解される適正化
法２１条の２に基づく理由の提示においても当てはまるといえる。
適正化法１７条１項は，補助事業者等が，補助金等の他の用途への使用
をし，その他補助事業等に関して補助金等の交付の決定の内容又はこれに
附した条件その他法令又はこれに基づく各省各庁の長の処分に違反したと5
きは，補助金等の交付の決定の全部又は一部を取り消すことができる旨定
めているところ，このように同項の処分要件が広範に規定されていること
等に鑑みると，その理由の提示としては，補助金等の交付に係る決定内
容，条件，法令又は処分を前提にいかなる違反行為があったかが示される
必要があるといえ，理由の提示の程度としては，いかなる事実関係に基づ10
き，いかなる違反があったかについて，名宛人がその記載自体から了知し
得るものでなければならないというべきである。
イ前記２(1)のとおり，本件各取消決定の理由は，原告による本件各科研
費に係る預け金の形成について，本件各補助条件１－１，同２－１，平成
１７年度補助条件２－６，平成１８年度補助条件２－６，平成１９年度補15
助条件２－９に違反するとともに取扱規程１０条にも違反することにあ
る。
しかしながら，本件各取消決定の通知書には，本件各取消決定が適正化
法１７条１項の規定に基づくことが明示されるとともに，取消金額として
別紙３補助金一覧表記載の「取消金額」欄の額が記載され，取消理由とし20
て「補助条件違反（「科学研究費補助金取扱規程（昭和４０年３月３０日
文部省告示第１１０号）」第１０条違反）」と記載されているのみであっ
て，ここからは，原告が，本件各補助条件に違反し，また，補助金を科学
研究等に必要な経費のみに使用しなかったこと（取扱規程１０条違反）が
読み取れるものの，本件各補助条件には，直接経費の使用に関して，使用25
の制限，合算使用の制限，納品等及び支出の期限等に関する規定が設けら
れていること等を踏まえると（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補
助条件２－４～２－６，平成１９年度補助条件２－７～２－９参照），上
記記載のみからいかなる事実関係に基づき，いかなる違反があったかにつ
いて，原告がその記載自体から了知することは困難であるといえる。
ウ被告は，本件各取消決定の通知書には，取り消す部分の金額を明示して5
いる旨指摘しており，これにより補助条件違反ないし取扱規程１０条違反
があった金額が明らかになっているとはいえるものの，処分の原因となる
事実関係等が具体的に示されているといえないことは，上記イのとおりで
ある。
被告は，取扱規程１０条違反は，本件各補助条件１－１違反に該当する10
ことが明らかであると主張するが，本件各補助条件１－１は，平成１７年
度補助条件及び平成１８年度補助条件２－４～２－６，平成１９年度補助
条件２－７～２－９等と異なり，その文言も抽象的なものにとどまること
からすると，これをもって，処分の原因となる事実関係等が具体的に示さ
れているともいえない。15
エ以上によると，本件各取消決定における理由の提示は，適正化法２１条
の２の要請を満たすものということはできず，本件各取消決定は，同条の
定める理由の提示を欠いた違法な処分として取り消されるべきである。
(2)小括
以上によると，本件各取消決定は，その余の手続的瑕疵について判断する20
までもなく，適正化法２１条の２の定める理由の提示を欠いた違法な処分と
して取り消されるべきである。そして，本件各取消決定が取り消されるべき
である以上，これを前提としてされた本件各返還命令も違法であって取り消
されるべきである。
４争点３（本件各交付決定に係る取消権及び補助金返還請求権に係る消滅時効25
の成否）について
(1)原告は，本件各交付決定について，会計年度の終了時の実績報告書の提出
（平成１７年度分につき平成１８年４月，平成１８年度分につき平成１９年
４月，平成１９年度分につき平成２０年４月），又は，Ａ大学の捜索が行わ
れた平成２４年５月２６日，遅くともＡ大学が一連の預け金の詳細を把握し
た平成２４年９月には，文部科学大臣は，本件各交付決定に係る取消権及び5
補助金返還請求権を行使することができたと主張して，これらの時から５年
を経過したことにより，これらの権限は時効消滅したと主張する。
(2)しかしながら，そもそも補助金交付決定の取消権の消滅時効について定
めた規定はなく，補助金交付決定の取消決定が，不当に長期間経過後にさ
れた場合にこれが違法となるかはともかく，直ちに消滅時効の問題になる10
と解することは困難といえる。
この点を措いて，原告が主張する各時点において，文部科学大臣が，本
件各交付決定に係る取消権を行使することができたかどうかを検討すると
しても，本件各交付決定については，会計年度の終了時である平成１８年
４月３日，平成１９年４月２３日，平成２０年５月２日に実績報告書が提15
出されたことが認められるものの（乙１４の１～５），実績報告書に預け
金に関する記載がされるわけではなく，これによって，文部科学大臣が原
告による預け金を把握できたと認めることはできない。また，平成２４年
５月２６日に，原告に対する業務上横領被疑事件についてＡ大学等の捜索
が行われているが，文部科学大臣はその捜査内容を知り得る立場にないこ20
とからすると，これによって，文部科学大臣が原告による預け金を把握で
きたと認めることもできない。さらに，東京地検特捜部は，同年９月まで
にＦ准教授に対する事情聴取を実施し，その中で，平成１７年度から平成
２０年度の原告によるＤに対する預け金の額について，合計１億４４５万
４９３８円とする捜査資料が示されていたことが認められる（甲２８の１25
～４）。しかしながら，この時点においても，Ａ大学が，原告による預け
金の額を把握していたことを認めるに足りる証拠はなく，文部科学大臣
が，Ａ大学から報告を受けていたと認めることもできない。したがって，
原告が主張する各時点において，文部科学大臣が，本件各交付決定に係る
取消権を行使することができたということはできない。
(3)以上によると，本件各交付決定に係る取消権が時効によって消滅したと5
いうことはできない。
第５結論
以上のとおり，本件各取消決定等は違法な処分として取り消されるべきであ
る。したがって，原告の請求にはいずれも理由があることから認容することと
し，主文のとおり判決する。10
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官鎌野真敬15
裁判官網田圭亮
裁判官野村昌也
（別紙３省略）
（別紙１）
処分目録
１平成１７年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号
〇）5
２平成１７年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号
〇）
３平成１８年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号
〇）
４平成１８年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号10
〇）
５平成１９年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号
〇）
（別紙２）
関連法令等の定め
１補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（以下「適正化法」とい
う。）5
(1)２条（定義）
ア１項
この法律において「補助金等」とは，国が国以外の者に対して交付する次
に掲げるものをいう。
一補助金10
二～四略
イ２項
この法律において「補助事業等」とは，補助金等の交付の対象となる事務
又は事業をいう。
ウ３項15
この法律において「補助事業者等」とは，補助事業等を行う者をいう。
(2)６条（補助金等の交付の決定）１項
各省各庁の長は，補助金等の交付の申請があったときは，当該申請に係る書
類等の審査及び必要に応じて行う現地調査等により，当該申請に係る補助金
等の交付が法令及び予算で定めるところに違反しないかどうか，補助事業等20
の目的及び内容が適正であるかどうか，金額の算定に誤りがないかどうか等
を調査し，補助金等を交付すべきものと認めたときは，すみやかに補助金等
の交付の決定（契約の承諾の決定を含む。以下同じ。）をしなければならな
い。
(3)７条（補助金等の交付の条件）１項25
各省各庁の長は，補助金等の交付の決定をする場合において，法令及び予
算で定める補助金等の交付の目的を達成するため必要があるときは，次に掲
げる事項につき条件を附するものとする。
一略
二補助事業等を行うため締結する契約に関する事項その他補助事業等に要5
する経費の使用方法に関する事項
三～五略
(4)８条（決定の通知）
各省各庁の長は，補助金等の交付の決定をしたときは，すみやかにその決
定の内容及びこれに条件を附した場合にはその条件を補助金等の交付の申請10
をした者に通知しなければならない。
(5)１１条（補助事業等及び間接補助事業等の遂行）１項
補助事業者等は，法令の定め並びに補助金等の交付の決定の内容及びこれ
に附した条件その他法令に基づく各省各庁の長の処分に従い，善良な管理者
の注意をもって補助事業等を行わなければならず，いやしくも補助金等の他15
の用途への使用（括弧内省略）をしてはならない。
(6)１４条（実績報告）
補助事業者等は，各省各庁の長の定めるところにより，補助事業等が完了
したとき（括弧内省略）は，補助事業等の成果を記載した補助事業等実績報
告書に各省各庁の長の定める書類を添えて各省各庁の長に報告しなければな20
らない。補助金等の交付の決定に係る国の会計年度が終了した場合も，また
同様とする。
(7)１５条（補助金等の額の確定等）
各省各庁の長は，補助事業等の完了又は廃止に係る補助事業等の成果の報
告を受けた場合においては，報告書等の書類の審査及び必要に応じて行う現25
地調査等により，その報告に係る補助事業等の成果が補助金等の交付の決定
の内容及びこれに附した条件に適合するものであるかどうかを調査し，適合
すると認めたときは，交付すべき補助金等の額を確定し，当該補助事業者等
に通知しなければならない。
(8)１６条（是正のための措置）１項
各省各庁の長は，補助事業等の完了又は廃止に係る補助事業等の成果の報5
告を受けた場合において，その報告に係る補助事業等の成果が補助金等の交
付の決定の内容及びこれに附した条件に適合しないと認めるときは，当該補
助事業等につき，これに適合させるための措置をとるべきことを当該補助事
業者等に対して命ずることができる。
(9)１７条（決定の取消）10
ア１項
各省各庁の長は，補助事業者等が，補助金等の他の用途への使用をし，そ
の他補助事業等に関して補助金等の交付の決定の内容又はこれに附した条件
その他法令又はこれに基づく各省各庁の長の処分に違反したときは，補助金
等の交付の決定の全部又は一部を取り消すことができる。15
イ３項
適正化法１７条１項（中略）の規定は，補助事業等について交付すべき補
助金等の額の確定があった後においても適用があるものとする。
ウ４項
適正化法８条の規定は，適正化法１７条１項（中略）による取消しをした20
場合について準用する。
(10)１８条（補助金等の返還）１項
各省各庁の長は，補助金等の交付の決定を取り消した場合において，補助
事業等の当該取消に係る部分に関し，すでに補助金等が交付されているとき
は，期限を定めて，その返還を命じなければならない。25
(11)１９条（加算金及び延滞金）１項
補助事業者等は，適正化法１７条１項の規定又はこれに準ずる他の法律の
規定による処分に関し，補助金等の返還を命ぜられたときは，政令で定める
ところにより，その命令に係る補助金等の受領の日から納付の日までの日数
に応じ，当該補助金等の額（その一部を納付した場合におけるその後の期間
については，既納額を控除した額）につき年１０．９５パーセントの割合で5
計算した加算金を国に納付しなければならない。
(12)２１条の２（理由の提示）
各省各庁の長は，補助金等の交付の決定の取消し，補助事業等の遂行若し
くは一時停止の命令又は補助事業等の是正のための措置の命令をするとき
は，当該補助事業者等に対してその理由を示さなければならない。10
(13)２４条の２（行政手続法の適用除外）
補助金等の交付に関する各省各庁の長の処分については，行政手続法（平
成５年法律第８８号）第２章及び第３章の規定は，適用しない。
２科学研究費補助金取扱規程（昭和４０年文部省告示第１１０号。平成３０年文15
部科学省告示第５４号による改正前のもの。乙５。以下「取扱規程」という。）
(1)１条（趣旨）
科学研究費補助金の取扱いについては，適正化法及び補助金等に係る予算の
執行の適正化に関する法律施行令（昭和３０年政令第２５５号。以下「適正
化法施行令」という。）に定めるもののほか，この規程の定めるところによ20
る。
(2)２条（定義）１項
この規程において「研究機関」とは，学術研究を行う機関であって，次に
掲げるものをいう。
一大学（以下略）25
二～四（略）
(3)３条（科学研究費補助金の交付の対象）１項
科学研究費補助金は，次の各号に掲げる事業に交付するものとする。
一学術上重要な基礎的研究（応用的研究のうち基礎的段階にある研究を含
む。）であって，研究機関に，当該研究機関の研究活動を行うことを職務
に含む者として所属し，かつ，当該研究機関の研究活動に実際に従事して5
いる研究者（括弧内省略）が一人で行う事業若しくは二人以上の研究者が
同一の研究課題について共同して行う事業（研究者の所属する研究機関の
活動として行うものであり，かつ，研究機関において科学研究費補助金の
管理を行うものに限る。）（中略）（以下「科学研究」という。）
二，三（略）10
(4)５条（補助金の交付申請者）
取扱規程３条１項１号（中略）に係る科学研究費補助金（同条２項に係るも
のを除く。以下「補助金」という。）の交付の申請をすることができる者
は，次のとおりとする。
一科学研究に係る補助金にあっては，科学研究を行う研究者の代表者15
二（略）
(5)６条（計画調書）１項
補助金の交付の申請をしようとする者は，あらかじめ科学研究又は研究成
果の公開（以下「科学研究等」という。）に関する計画調書を別に定める様
式により文部科学大臣に提出するものとする。20
(6)７条（交付の決定）１項
文部科学大臣は，取扱規程６条１項の計画調書に基づいて，補助金を交付し
ようとする者及び交付しようとする予定額（以下「交付予定額」という。）
を定め，その者に対し，あらかじめ交付予定額を通知するものとする。
(7)８条25
ア１項
取扱規程７条１項の通知を受けた者が補助金の交付の申請をしようとする
ときは，文部科学大臣の指示する時期までに，別に定める様式による交付申
請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
イ２項
文部科学大臣は，取扱規程８条１項の交付申請書に基づいて，交付の決定5
（以下「科研費交付決定」という。）を行ない，その決定の内容及びこれに
条件を附した場合にはその条件を補助金の交付の申請をした者に通知するも
のとする。
(8)１０条（補助金の使用制限）
補助金の交付を受けた者は，補助金を科学研究等に必要な経費にのみ使用10
しなければならない。
(9)１１条（実績報告書）１項
補助金の交付を受けた者は，科学研究等を完了したときは，すみやかに別
に定める様式による実績報告書を文部科学大臣に提出しなければならない。
補助金の交付の決定に係る国の会計年度が終了した場合も，また同様とす15
る。
(10)１２条（補助金の額の確定）
文部科学大臣は，取扱規程１１条１項前段の規定による実績報告書の提出
を受けた場合においては，その実績報告書の審査及び必要に応じて行う調査
により，科学研究等の成果が補助金の交付の決定の内容及びこれに附した条20
件に適合すると認めたときは，交付すべき補助金の額を確定し，補助金の交
付を受けた者に通知するものとする。
(11)１４条（帳簿等の整理保管）
補助金の交付を受けた者は，補助金の収支に関する帳簿を備え，領収証書等
関係書類を整理し，並びにこれらの帳簿及び書類を補助金の交付を受けた年25
度終了後５年間保管しておかなければならない。
(12)２０条（その他）
取扱規程に定めるもののほか，補助金の取扱いに関し必要な事項は，そのつ
ど文部科学大臣が定めるものとする。
３文科省研究者使用ルール（補助条件）（平成１７年度ないし平成１９年度のも5
の。乙６～８。以下，平成１７年度のものを「平成１７年度補助条件」，平成１
８年度のものを「平成１８年度補助条件」，平成１９年度のものを「平成１９年
度補助条件」といい，これらを併せて「本件各補助条件」という。）
(1)前文
科学研究費補助金（括弧内省略）の交付を受けて補助事業を行う補助事業10
者（研究代表者及び研究分担者）が，適正化法１１条（引用者注：平成１９
年度補助条件につき，適正化法７条及び１１条）の規定により従うべき補助
条件は，次のとおりとする。
(2)総則
ア１－１（法令等の遵守）15
研究代表者（中略）は，補助事業の遂行に当たり，適正化法，同法施行令
及び取扱規程（引用者注：平成１９年度補助条件につき，適正化法，同法施
行令，取扱規程及びこの補助条件）の規定を含む，関係する法令等の規定を
遵守しなければならない。
イ１－２（補助事業者の責務）20
研究代表者（中略）は，補助金が国民から徴収された税金等でまかなわれ
るものであることに留意し，補助金の交付の目的に従って誠実に補助事業を
行うように努めなければならない。
ウ１－４（研究機関による補助金の管理等）
研究代表者（中略）は，所属する取扱規程２条に規定する研究機関（以下25
「研究機関」という。）に（引用者注：平成１９年度補助条件につき，文部
科学省が別に定める「科学研究費補助金の使用について各研究機関が行うべ
き事務等」に従って）補助金の管理を行わせるとともに，この補助条件に定
める諸手続を当該研究機関を通じて行わなければならない。（以下略）
(3)直接経費の使用
ア２－１（直接経費の公正かつ効率的な使用）5
研究代表者（中略）は，直接経費（補助事業の遂行に必要な経費及び研究
成果の取りまとめに必要な経費）の公正かつ効率的な使用に努めなければな
らない（引用者注：平成１９年度補助条件につき，さらに，他の用途への使
用及びこの補助条件に違反する使用をしてはならない。）。
イ２－２（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－４（平10
成１９年度補助条件）（研究・契約等の開始）
新たに採択された研究課題については内定通知受領後直ちに，また，前年
度から継続する研究課題（「特定領域研究」の研究領域の設定時において，
予め研究期間開始年度の翌年度から実施することとされていた研究課題を含
む。）については４月１日から，それぞれ研究を開始し，必要な契約等を行15
うことができるが，必要な経費は，直接経費受領後に支出し，又は研究機関
等が立て替えて直接経費受領後に精算しなければならない。
ウ２－５（直接経費の年度内使用）（平成１９年度補助条件）
直接経費は，研究課題の研究期間が複数年度にわたるものであっても，２
－６に規定する場合を除き，補助事業を行う年度を越えて使用することはで20
きない。
エ２－３（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－６（平
成１９年度補助条件）（翌年度における直接経費の使用）
研究代表者は，当該年度の補助事業が，交付決定時には予想し得なかった
やむを得ない事由（引用者注：平成１９年度補助条件につき，交付決定時25
には予想し得なかった要因による，研究に際しての事前の調査，研究方式
の決定の困難，計画に関する諸条件，気象の関係，資材の入手難その他の
やむを得ない事由）に基づき，補助事業が予定の期間内に完了しない見込
みとなった場合に，補助事業の期間を延長するとともに，補助金の全部又
は一部を翌年度に使用することを希望する場合には，平成１８年３月３日
（引用者注：平成１８年度補助条件につき平成１９年３月２日，平成１９5
年度補助条件につき平成２０年３月３日）までに，（中略）申請を行い，
必要な手続を経なければならない。
オ２－４（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－７（平
成１９年度補助条件）（使用の制限）
直接経費は，次の経費として使用してはならない。10
①建物等の施設に関する経費（直接経費により購入した物品を導入するこ
とにより必要となる軽微な据付費等のための経費を除く。）
②机，いす，複写機等，研究機関で通常備えるべき物品を購入するための
経費
③補助事業遂行中に発生した事故・災害の処理のための経費15
④その他，間接経費を使用することが適切な経費
カ２－５（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－８（平
成１９年度補助条件）（合算使用の制限）
直接経費は，次の場合を除き，他の経費と合算して使用してはならない。
①補助事業に係る用務と他の用務とを合わせて１回の出張をする場合にお20
いて，直接経費と他の経費との使用区分を明らかにした上で直接経費を使
用する場合
②独立性のある物品を購入する場合において，同時に購入する当該物品の
附属品（補助事業の遂行に必要なもの）の購入経費として直接経費を使用
する場合25
③直接経費の未使用額が１万円未満となった場合において，これに他の経
費を加えて補助事業のために使用する場合
キ２－６（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－９（平
成１９年度補助条件）（納品等及び支出の期限）
補助事業に係る物品の納品，役務の提供等は，補助事業を行う年度の３月5
３１日までに終了しなければならず，これに係る支出は，実績報告書の提出
期限までに行わなければならない。
(4)実績の報告６－１（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・
５－１（平成１９年度補助条件）（実績報告書の提出期限）
研究代表者は，補助事業の完了又は廃止の後，３０日以内又は平成１８年10
４月２５日（引用者注：平成１８年度補助条件につき，平成１９年４月２５
日）のいずれか早い日までに（引用者注：平成１９年度補助条件につき，平
成２０年５月３１日まで〔補助事業を廃止した場合には，当該廃止の後３０
日以内〕に），（中略）文部科学大臣に実績報告を行わなければならない。
（以下略）15
４科学研究費補助金の使用について各研究機関が行うべき事務等（平成１７年度
ないし平成１９年度のもの。乙９～１１。以下，平成１７年度のものを「平成１
７年度機関使用ルール」，平成１８年度のものを「平成１８年度機関使用ルー
ル」，平成１９年度のものを「平成１９年度機関使用ルール」といい，これらを20
併せて「本件各機関使用ルール」という。）
(1)前文（平成１９年度機関使用ルール）
平成１９年度における科学研究費補助金の使用について各研究機関が行うべ
き事務等は次のとおりとする。なお，本規程に定めのない事項については，
「研究機関における公的研究資金の管理・監査のガイドライン」等を踏ま25
え，各研究機関が定める規程等に従って適切に行うものとする。
(2)研究者との関係に関する定め
ア前文
雇用契約，就業規則，勤務規則，個別契約等により，研究者が交付を受け
る補助金（直接経費：補助事業の遂行に必要な経費及び研究成果の取りま
とめに必要な経費，間接経費：補助事業の実施に伴う研究機関の管理等に5
必要な経費）について，（引用者注：平成１９年度機関使用ルールにつ
き，本規程に従って）研究機関が次の事務を行うことを定めること。
イ２－１
研究者に代わり，補助金（直接経費）を管理すること。
(3)研究機関が行う事務の内容10
ア前文
補助金に係る事務を，以下の各項に従い適切に行うこと。
イ３－１（使用の開始）
研究代表者（中略）が，交付された直接経費の使用を速やかに開始できる
よう，必要な事務を迅速に行うこと。（新規の研究課題については内定通15
知受領後直ちに，また，継続の研究課題〔「特定領域研究」の研究領域の
設定時において，予め研究期間開始年度の翌年度から実施することとされ
ていた研究課題を含む。〕については４月１日から，それぞれ研究を開始
し，必要な契約等を行って差し支えない。必要な経費は，直接経費受領後
に支出し，又は研究機関等が立て替えて直接経費受領後に精算するこ20
と。）
ウ３－２（保管）
直接経費は，適切な名義者の銀行口座に預金する等により（引用者注：平
成１９年度につき，適切な名義者により，補助金専用の銀行口座を設
け），適正に保管すること。25
エ３－３（支出の期限）
補助事業に係る物品の納品，役務の提供等を，補助事業を行う年度の３月
３１日までに終了し，これに係る支出を実績報告書の提出期限（平成１８
年４月２５日）（引用者注：平成１８年度機関使用ルールにつき，平成１
９年４月２５日，平成１９年度機関使用ルールにつき，平成２０年５月３
１日）までに行うこと。5
オ３－７（平成１７年度機関使用ルール及び平成１８年度機関使用ルー
ル）・３－１５（平成１９年度機関使用ルール）（応募・交付申請に係る手
続）
次の手続を行うこと。
①公募要領の内容の周知10
②応募書類の取りまとめ及び文部科学省又は日本学術振興会への提出
③文部科学省からの交付内定通知の受理及び研究者への通知
④交付申請書類の取りまとめ及び文部科学省への提出
⑤文部科学省からの交付決定通知書の受理及び研究者への伝達
⑥文部科学省から送金される補助金の受領15
カ３－９（平成１７年度機関使用ルール及び平成１８年度機関使用ルー
ル）・３－１７（平成１９年度機関使用ルール）（実績報告に係る手続）
次の手続を行うこと。
①実績報告書の提出
各補助事業について，その完了又は廃止の後，３０日以内または平成１20
８年４月２５日（引用者注：平成１８年度機関使用ルールにつき，平成１
９年４月２５日）のいずれか早い日までに（引用者注：平成１９年度機関
使用ルールにつき，平成２０年５月３１日まで〔補助事業を廃止した場合
には，当該廃止の後３０日以内〕に），各研究代表者が作成する（中略）
実績報告書（中略）（引用者注：平成１８年度機関使用ルール及び平成１25
９年度機関使用ルールにつき，これに加えて，研究分担者に分担金を配分
した研究代表者が作成する〔中略〕研究組織登録票〔中略〕）を取りまと
め，（中略）文部科学省に提出すること。
②翌年度における補助金の使用を行った場合の実績報告書の提出
補助事業の期間が延長されるとともに，翌年度において補助金の使用が
行われた場合には，研究代表者が補助事業を開始した年度の終了時におい5
て作成する（中略）実績報告書（中略）を文部科学省に提出すること。
(4)適正な使用の確保
ア４－１（経費管理・監査体制の整備）（平成１９年度）
「研究機関における公的研究費の管理・監査のガイドライン（実施基
準）」（平成１９年２月１５日文部科学大臣決定）を踏まえ，経費管理・10
監査体制を整備すること。
イ４－３（平成１７年度機関使用ルール及び平成１８年度機関使用ルー
ル）・４－７（平成１９年度機関使用ルール）（不正な使用に係る調査の
実施）
補助金の不正な使用が明らかになった場合（不正な使用が行われた疑いの15
ある場合を含む）には，速やかに調査を実施し，その結果を文部科学省に
報告すること。
以上

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