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平成２５年６月２０日判決言渡
平成２４年(行ウ)第２４３号更正をすべき理由がない旨の通知処分取消請求事件
主文
１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
渋谷税務署長が原告の平成２１年分所得税の更正の請求に対して平成２３年
５月３１日付けでした更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知
処分」という。）を取り消す。
第２事案の概要
本件は，亡Ａから相続により取得した不動産の譲渡に係る所得を分離長期譲
渡所得の金額に計上し平成２１年分所得税の確定申告をした原告が，上記譲渡
に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加益に相当する部分については
所得税法（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）９条１項
１５号の規定（以下「本件非課税規定」という。）により所得税を課されない
ことを理由に，渋谷税務署長に対し，平成２１年分所得税の更正の請求をした
ところ，渋谷税務署長から，平成２３年５月３１日付けで，更正をすべき理由
がない旨の本件通知処分を受けたため，上記理由と同様の主張をし，渋谷税務
署長の所属する国を被告として，本件通知処分の取消しを求める事案である。
１法令の定め
本件に関係する法令の定めは，別紙１(関係法令の定め)のとおりである。な
お，別紙の中で定めた用語の意義は，以下の本文中においても同一であるもの
とする。
２前提事実（顕著な事実，争いのない事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨
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により容易に認められる事実）
(1)当事者等
ア原告は，亡ＡとＢとの間の子である。原告は，所得税法１６条２項の規
定により，その営む事業に係る事業場の所在地である渋谷区を納税地とし
ている。
イ亡Ａは，平成▲年▲月▲日に死亡し，原告は，渋谷区α×番地１ほか所
在の区分所有建物及びその敷地の地上権（以下「本件建物等」という。）
の亡Ａの共有持分を相続により取得した。その結果，原告とＢは，本件建
物等を原告が持分６分の５，Ｂが持分６分の１の割合で共有することとな
った。（乙１）
(2)本件建物等の譲渡
原告及びＢは，平成２１年７月３１日，Ｃに対し，代金２１００万円（原
告の持分に相当する金額は１７５０万円）で本件建物等を譲渡（以下，この
譲渡を「本件譲渡」という。）した。（甲２）
(3)課税処分の経緯
本件における課税処分の経緯は，別紙２(課税処分の経緯)及び別表のとお
りである。
３争点
本件の争点は，本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加益に
相当する部分については本件非課税規定により所得税を課されないか否かで
ある。
４当事者の主張
(1)被告の主張
次のとおり，本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加益に
相当する部分については本件非課税規定の適用はなく，この増加益に相当す
る部分は所得税を課されるものである。なお，以下では，最高裁平成１３年
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(行ヒ)第２７６号同１７年２月１日第三小法廷判決・裁判集民事２１６号２
７９頁を「平成１７年最判」といい，最高裁平成２０年(行ヒ)第１６号同２
２年７月６日第三小法廷判決・民集６４巻５号１２７７頁を「平成２２年最
判」という。
ア所得税法は被相続人の保有期間中の増加益を所得税の課税対象とするこ
とを予定しているものであること
所得税法は，被相続人の保有期間中の増加益を所得税の課税対象とする
ことを予定し，取得価額の引継ぎの規定（６０条１項１号）を設けている
のであり，被相続人の保有期間中の増加益については本件非課税規定の適
用はない。
(ア)被相続人の保有期間中の増加益に対する所得税の課税に係る所得税
法の規定等
譲渡所得とは，資産の譲渡による所得をいい（所得税法３３条１項），
譲渡所得に対する課税は，資産の値上がりにより所有者に帰属する増加
益を所得として，資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会に，
これを清算して課税する趣旨のものである。譲渡所得の金額は，その年
中の総収入金額から資産の取得費及び譲渡費用の額の合計額等を控除
した金額とされ（同条３項），資産の取得費は，別段の定めがあるもの
を除き，資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額
とされている（同法３８条１項）。そして，同法６０条１項１号は，居
住者が，贈与，相続（限定承認に係るものを除く。）又は遺贈（包括遺
贈のうち限定承認に係るものを除く。）により取得した資産を譲渡した
場合における譲渡所得の金額の計算については，その者が引き続きこれ
を所有していたものとみなすと規定し，「取得価額の引継ぎ」の方法に
より，相続時には被相続人の保有期間中の増加益に対する課税を繰り延
べ，相続人が相続により取得した資産を譲渡した段階で所得税の課税対
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象とするものとしている。
(イ)被相続人の保有期間中の増加益に対する所得税の課税に係る所得税
法の改正経緯
昭和２４年にされたシャウプ勧告は，資産の増加益に対する課税につ
いて，課税理論上，１年以内の増加益には毎年課税すべきであるが，実
際には困難であるから，資産が売却されたときに課税するとした上，納
税者による課税の無制限延期を防止するため，資産が贈与又は相続によ
り処分された場合にも贈与者又は被相続人の所得として課税するとし
た。これを受けて，旧所得税法は，昭和２５年法律第７１号による改正
により，相続による資産の取得があった場合について，相続時にその時
の価額により資産の譲渡がされたものとみなして被相続人に課税する
「みなし譲渡課税」を導入する（５条の２）とともに，相続人が相続に
より取得した資産を譲渡した場合の資産の取得費について，相続人が相
続時にその時の価額により取得したものとみなすとした（１０条４項）。
しかし，この課税方法については種々の批判があったことから，昭和２
７年法律第５３号による改正により，みなし譲渡課税は廃止され，現在
のように，取得価額の引継ぎにより，相続時には被相続人の保有期間中
の増加益に対する課税を繰り延べ，相続人が相続により取得した資産を
譲渡した段階で所得税の課税対象とするものとされた。
また，その一方で，旧所得税法には，昭和２５年改正前から，相続に
より取得する所得を非課税所得とする本件非課税規定と同様の規定が
既に置かれていた（６条２項１号）。
(ウ)所得税法の改正経緯と被相続人の保有期間中の増加益に対する所得
税の課税
旧所得税法には，相続により取得する所得を非課税所得とする本件非
課税規定と同様の規定が置かれていた（上記(イ)）にもかかわらず，上
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記(イ)のような改正がされたことからすれば，本件非課税規定が被相続
人の保有期間中の増加益を非課税とするものではなく，同増加益を所得
税の課税対象とすることを予定していることは明らかである。
(エ)平成１７年最判の判示と被相続人の保有期間中の増加益に対する所
得税の課税
平成１７年最判は，譲渡所得に対する課税の趣旨によれば，贈与，相
続又は遺贈であっても，その時の価額に相当する金額により資産の譲渡
があったものとみなして課税すべきであるが，所得税法６０条１項１号
所定の贈与等にあっては，その時点では資産の増加益が具体的に顕在化
せず，納税者の納得を得難いため，課税を留保し，受贈者等が資産を譲
渡し増加益が顕在化したときに，清算して課税することとしたものであ
って，上記規定の本旨は増加益に対する課税の繰延べにあると判示して
いる。そして，上記「贈与等」に相続が含まれることによれば，相続時
には被相続人の保有期間中の増加益に対する課税を繰り延べ，相続人が
相続により取得した資産を譲渡した段階で所得税の課税対象とするも
のとしているということができるのであり，このことからも，本件非課
税規定が被相続人の保有期間中の増加益を非課税とするものではなく，
同増加益を所得税の課税対象とすることを予定していることは明らか
である。
(オ)最高裁判決研究会の報告
内閣府が設置する税制調査会の議論の前提として行われた租税法の専
門家による研究会である最高裁判決研究会は，平成２２年１０月２２日，
平成２２年最判の射程及び関連する論点についての報告書を取りまと
め，同年１１月９日に開催された平成２２年度第８回税制調査会に提出
したところ，同報告書は，「土地，株式等を相続した場合，相続税はそ
の時価（被相続人の取得費＋相続時までの増加益）について課税される。
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被相続人の取得費は所得税法６０条１項１号により相続人に引き継が
れることとされており，相続以後に相続人が土地等を譲渡した場合には，
取得費からの増加益に対して譲渡所得税が課される。この増加益には，
被相続人の保有期間中の増加益も含まれているが，上記規定は，これに
対して所得税を課すことを予定しているということができる。」と指摘
している。
イみなし相続財産である年金受給権のうち有期定期金債権に当たるものに
本件非課税規定の適用があるとした平成２２年最判によるも本件非課税
規定の適用があるということはできないこと
(ア)平成２２年最判の判示
原告が引用する平成２２年最判は，本件非課税規定の趣旨は，相続税
又は贈与税の課税対象となる経済的価値に対しては所得税を課さない
こととして，同一の経済的価値に対する相続税又は贈与税と所得税との
二重課税を排除したものであるとした上，相続税法（平成１５年法律第
８号による改正前のもの。以下同じ。）３条１項１号の規定によって相
続により取得したものとみなされる生命保険契約の保険金で年金の方
法により支払われるもののうち有期定期金債権に当たるものについて，
同年金の各支給額は，その金額を同法２４条１項１号の規定により被相
続人の死亡時の現在価値に引き直した金額である当該年金受給権の価
額に相当する限度で，相続税の課税対象となった経済的価値と同一のも
のであるということができ，本件非課税規定により所得税を課されない
としたものである。
(イ)相続税の課税対象となる経済的価値との同一性を欠くこと
相続人が相続により財産を取得したことによる経済的利得は，本来相
続人の所得として所得税の課税対象となるものであるが，この経済的利
得は相続税の課税対象でもあるため，相続税と所得税との二重課税を排
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除する観点から本件非課税規定が適用され，所得税は非課税となる。こ
れに対して，譲渡所得に対する課税は，資産の値上がりにより所有者に
帰属する増加益を所得として，資産が所有者の支配を離れて他に移転す
るのを機会に，これを清算して課税する趣旨のものであって，譲渡所得
税の課税対象は，相続人が相続により財産を取得したことによる経済的
利得ではなく，資産の値上がりによる増加益であるから，相続税の課税
対象となる経済的価値との同一性を欠き，相続税と所得税との二重課税
の問題は生じない。したがって，平成２２年最判によるも，被相続人の
保有期間中の増加益について本件非課税規定の適用があるということ
はできない。
ウ以上によれば，本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加
益に相当する部分については本件非課税規定の適用はなく，この増加益に
相当する部分は所得税を課されるものである。
(2)原告の主張
次のとおり，本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加益に
相当する部分の経済的価値は，既に相続税の課税対象となっているものであ
るから，この増加益に相当する部分については，本件非課税規定により所得
税を課されないものである。
ア所得税法における非課税規定と計算規定の位置付け
所得税は，人の担税力を増加させる経済的利得すなわち所得の全てに課
されるものであるが，所得の中には，その性質や担税力，政策的見地から
みて所得税の課税対象とすることが適当でないものがある。所得税法９条
１項各号は，このような所得を非課税所得とするものであるところ，非課
税規定は，それぞれの趣旨こそ異なるものの，それが同法第１編（総則）
第３章（課税所得の範囲）に置かれていることや，その文言からすると，
いずれも所得に該当するものの中から所得税を課さないものを選別する
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規定であるということができる。
また，所得の金額の計算は，所得の範囲を画定するものであり，譲渡所
得の金額は，その年中の総収入金額から資産の取得費及び譲渡費用の額の
合計額等を控除した金額とされているところ，所得税法６０条１項１号は，
相続人が相続により取得した資産を譲渡した場合における譲渡所得の金
額の計算について，被相続人の取得時の資産の価額を資産の取得費とする
旨を定めたものであり，その規定の位置及び文言からみて，資産の取得費
の特例を定める計算規定であることは明らかである。そして，非課税規定
が所得に該当するものの中から所得税を課さないものを選別する規定で
あることは，上記のとおりであるから，計算規定に従って計算した結果，
所得に該当するものであったとしても，そのことをもって非課税規定の適
用が排除されるということはできないのであり，上記規定が本件非課税規
定の特別の定めとしてその適用を排除し二重課税を認めたものであると
いうことはできない。
イ本件非課税規定の趣旨
平成２２年最判は，本件非課税規定にいう「相続，遺贈又は個人からの
贈与により取得するもの」とは，相続等により取得した財産そのものを指
すのではなく，当該財産の取得によりその者に帰属する所得を指すものと
解されるとした上，当該財産の取得によりその者に帰属する所得とは，当
該財産の取得の時における価額に相当する経済的価値にほかならず，これ
は相続税又は贈与税の課税対象となるものであるから，本件非課税規定の
趣旨は，相続税又は贈与税の課税対象となる経済的価値に対しては所得税
を課さないこととして，同一の経済的価値に対する相続税又は贈与税と所
得税との二重課税を排除したものであると判示している。相続税法は，相
続税を，人が死亡した場合にその遺産を対象として課税する遺産税として
ではなく，人が相続により取得した財産を対象として課税する遺産取得税
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として構成しており（２条），相続による資産の取得は，人の担税力を増
加させる経済的利得として所得に該当するものであるから，相続税は，所
得を課税対象とするものにほかならない。このような制度の下において，
同一の経済的価値に対する相続税又は贈与税と所得税との二重課税が排
除されるべきものであることは当然であり，本件非課税規定は，この当然
の理を確認した規定である。
そして，本件非課税規定は，所得税法の総則中の規定であり，相続によ
り取得した資産の譲渡に係る譲渡所得についてその適用を排除する理由
はないから，そのような譲渡所得についても適用され得るものであるとこ
ろ，平成２２年最判によれば，ある経済的価値が相続税又は贈与税の課税
対象となる場合には，同一の経済的価値に対する二重課税を排除するため，
その経済的価値については本件非課税規定により所得税を課されないも
のというべきである。
ウ相続税の課税対象となる経済的価値との同一性があること
これを被相続人の保有期間中の増加益についてみると，相続人が相続に
より取得した資産を譲渡した場合，譲渡所得の金額の計算においては，所
得税法６０条１項１号の規定により被相続人の取得価額が引き継がれる
ため，譲渡所得の金額は，被相続人による取得時の価額と相続人による譲
渡時の時価との差額，すなわち，被相続人の保有期間中の増加益と相続人
の保有期間中の増加益との合計額であることとなる。そして，相続税は，
被相続人が財産を取得した時における当該財産の価額を課税標準とする
ものではなく，相続人が相続により財産を取得した時における当該財産の
時価を課税標準とするものである（相続税法２２条）ところ，相続時にお
ける財産の時価は，被相続人による取得時の価額と被相続人の保有期間中
の増加益から構成されるものであり，相続により取得した資産の譲渡に係
る譲渡所得のうち被相続人の保有期間中の増加益に相当する部分の経済
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的価値は，既に相続税の課税対象となっているものであるから，同一の経
済的価値に対する二重課税を排除するため，この増加益に相当する部分に
ついては，本件非課税規定により所得税を課されないものである。
エ以上によれば，本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加
益に相当する部分の経済的価値は，既に相続税の課税対象となっているも
のであるから，この増加益に相当する部分については，本件非課税規定に
より所得税を課されないものである。
第３当裁判所の判断
１本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加益に相当する部分と
本件非課税規定について
(1)本件非課税規定について
ア本件非課税規定の趣旨について
本件非課税規定（平成２２年法律第６号による改正前の所得税法９条１
項１５号。現行の同項１６号に相当する。）は，相続，遺贈又は個人から
の贈与により取得する所得（相続税法の規定により相続，遺贈又は個人か
らの贈与により取得したものとみなされるものを含む。以下同じ。）につ
いては，所得税を課さないと規定する。所得税の課税物件である所得とは，
個人が収入等の形で新たに取得する経済的価値，すなわち，人の担税力を
増加させる経済的利得をいうところ，所得税法においては，所得を構成す
る経済的利得の範囲について，人の担税力を増加させる経済的利得はその
源泉のいかんにかかわらず全て所得を構成するものとする包括的所得概
念が採用されているため，相続人等が被相続人等から相続等により取得す
る所得（同法９条１項１５号は，相続等により「取得するもの」と規定す
るが，同項柱書きの規定によれば，これは，相続等により取得する財産そ
のものではなく，当該財産の取得によりその者に帰属する所得であると解
される。）は，本来相続人等の所得を構成し，所得税の課税対象となるも
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のである。しかし，その一方で，相続人等が被相続人等から相続等により
取得した財産（相続税法２２条の規定によれば，これは当該財産の取得の
時における価額に相当する経済的価値であると解される。）は，相続財産
（同法２条１項）又は贈与財産（同法２条の２第１項）を構成し，相続税
又は贈与税の課税対象となるものであるため，相続人等が被相続人等から
相続等により取得する所得に所得税を課すときには，実質的には同一の経
済的価値に対する相続税又は贈与税と所得税との二重課税が行われるこ
ととなるのであって，本件非課税規定は，このような二重課税を排除する
趣旨から，「相続，遺贈又は個人からの贈与により取得するもの」を非課
税所得として所得税の課税対象から除外し，相続税又は贈与税の課税対象
となる経済的価値に対しては所得税を課さないこととしたものであると
解される（平成２２年最判参照）。
イ本件非課税規定の適用について
相続人が被相続人から相続により財産を取得した場合の本件非課税規定
の適用は，次のとおりである。すなわち，当該財産の相続により相続人に
帰属する所得は，本来所得税の課税対象となるものであるが，当該財産の
相続開始の時における価額に相当する経済的価値が相続税の課税対象と
なるため，当該財産の相続により相続人に帰属する所得に所得税を課すと
きには，実質的には同一の経済的価値に対する相続税と所得税との二重課
税が行われることとなる。そこで，当該財産の相続により相続人に帰属す
る所得については，本件非課税規定の適用により，「相続，遺贈又は個人
からの贈与により取得するもの」として所得税の課税対象から除外し，相
続税に加えて所得税を課すことはしないものとされる。
(2)本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加益に相当する部
分については本件非課税規定により所得税を課されないか否かについて
ア譲渡所得に対する所得税の課税対象について
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譲渡所得とは，資産の譲渡による所得をいう（所得税法３３条１項）と
ころ，譲渡所得の本質は，資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属
する増加益（キャピタル・ゲイン）であり，譲渡所得に対する課税は，年々
に蓄積された増加益を所得として，その資産が所有者の支配を離れて他に
移転するのを機会にこれを清算して課税する趣旨のものである（最高裁昭
和４１年(行ツ)第１０２号同４７年１２月２６日第三小法廷判決・民集２
６巻１０号２０８３頁，最高裁昭和４７年(行ツ)第４号同５０年５月２７
日第三小法廷判決・民集２９巻５号６４１頁参照）。そして，需給関係の
変動その他所有者の意思によらない外部的条件の変化に基因する資産の
値上がり益である増加益は，それが抽象的に発生しているにとどまる限り
は，それを捕捉し評価して課税することが困難であることから，未実現の
経済的利得として所得税の課税対象とされていないのであり，譲渡所得に
対する課税においては，保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増
加益を所得として，原則的に，その資産の譲渡によりそれが実現したとき
に所得税の課税対象としているものであるということができる（最高裁平
成１５年(行ヒ)第２１７号同１８年４月２０日第一小法廷判決・裁判集民
事２２０号１４１号参照）。
イ相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得に対する所得税の課税対
象について
所得税法６０条１項１号は，居住者が贈与，相続（限定承認に係るもの
を除く。以下同じ。）又は遺贈（包括遺贈のうち限定承認に係るものを除
く。以下同じ。）により取得した資産を譲渡した場合における譲渡所得の
金額の計算については，その者が引き続きこれを所有していたものとみな
すと規定している。上記アの譲渡所得に対する課税の趣旨からすれば，贈
与，相続又は遺贈であっても，当該資産についてその時における価額に相
当する金額により譲渡があったものとみなし，贈与者，被相続人又は遺贈
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者に譲渡所得があったものとして課税すべきであるが，上記の贈与等にあ
っては，その時点では資産の増加益が具体的に顕在化しないため，その時
点における課税について納税者の納得を得難いことから，上記規定は，そ
の課税を留保し，その後，受贈者等が資産を譲渡し，その増加益が具体的
に顕在化した時点において，これを清算して課税することとしたものであ
り（平成１７年最判参照），受贈者等が贈与者等の保有期間中も当該資産
を所有していたものとみなし，受贈者等に贈与者等の取得価額及び取得時
期を引き継がせることにより，贈与等の時点においては，贈与者等の保有
期間中の増加益に対する所得税の課税を繰り延べ，その後，受贈者等が資
産を譲渡したときに，贈与者等の保有期間中の増加益と受贈者等の保有期
間中の増加益とを合わせて当該資産の譲渡に係る譲渡所得とし，受贈者等
に課税することとしている。そして，このことと，上記アとを併せ考える
と，相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得に対する課税において
は，被相続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益と相
続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益とを所得と
して，その資産の譲渡によりそれが実現したときに所得税の課税対象とし
ているものであるということができる。
ウ相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得のうち被相続人の保有期
間中の増加益に相当する部分と本件非課税規定について
原告は，相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得のうち被相続人
の保有期間中の増加益に相当する部分については本件非課税規定により
所得税を課されない旨を主張する。
確かに，相続人が被相続人から相続により取得した資産を譲渡した場合，
当該資産の譲渡により相続人に帰属する所得は，被相続人の保有期間中に
抽象的に発生し蓄積された資産の増加益と相続人の保有期間中に抽象的
に発生し蓄積された資産の増加益とによって構成される（上記イ）ところ，
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相続税の課税対象となる当該資産の相続開始の時における価額に相当す
る経済的価値の中には，被相続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積され
た資産の増加益が未実現のまま含まれているということができるが，相続
税の課税対象が，相続人が相続により取得した財産の経済的価値であるの
に対して，上記譲渡所得に対する所得税の課税対象となる被相続人の保有
期間中の増加益は，被相続人の保有期間中にその意思によらない外部的条
件の変化に基因する資産の値上がり益として抽象的に発生し蓄積された
資産の増加益（被相続人がその資産を譲渡していれば被相続人に帰属すべ
き所得）が相続人によるその資産の譲渡により実現したものであるから，
当該資産の譲渡により相続人に帰属する所得に所得税を課したとしても，
実質的に同一の経済的価値に対する相続税と所得税との二重課税が行わ
れることとなるとまでいうことはできない。
また，相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得については，所得
税法６０条１項１号の規定が置かれており，同規定が，取得価額の引継ぎ
の方法により，相続時においては，被相続人の保有期間中の増加益に対す
る所得税の課税を繰り延べ，その後，相続人が相続により取得した資産を
譲渡したときに，被相続人の保有期間中の増加益と相続人の保有期間中の
増加益とを合わせて当該資産の譲渡に係る譲渡所得とし，相続人に課税す
るものとしていること（上記イ）によれば，所得税法は，被相続人の保有
期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益について，相続人が相続
により取得した財産の経済的価値が相続人に対する相続税の課税対象と
なることとは別に，相続人に対する所得税の課税対象となることを予定し
ているものであるということができる。
そうすると，相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得のうち被相
続人の保有期間中の増加益に相当する部分については，本件非課税規定の
適用により所得税の課税対象から除外し所得税を課さないものとするこ
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とはできないこととなる。
エしたがって，本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加益
に相当する部分については本件非課税規定の適用はなく，この増加益に相
当する部分は所得税を課されるものである。
(3)原告のその余の主張について
原告は，所得税法６０条１項１号は所得の範囲を画定する計算規定であり，
本件非課税規定は所得に該当するものの中から所得税を課さないものを選
別する規定であるから，同号に従って計算した結果，所得に該当するもので
あったとしても，そのことをもって本件非課税規定の適用が排除されるとい
うことはできない旨を主張する。
しかし，仮に，計算規定及び非課税規定の一般的な性質ないし両規定の一
般的な関係として，原告が主張するような性質ないし関係があるということ
ができるものとしても，個別の計算規定及び非課税規定がどのような性質を
有し，また，両規定がどのような関係にあるかは，上記の一般的な性質ない
し関係のみから直ちに決定されるものではなく，当該規定の文言や当該法令
等の中における位置付けをも併せ考えて決定されなければならないもので
ある。そして，このような見地からすると，所得税法は，被相続人の保有期
間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益について，相続人が相続によ
り取得した財産の経済的価値が相続人に対する相続税の課税対象となるこ
ととは別に，相続人に対する所得税の課税対象となることを予定しているも
のであるということができることは，上記(2)ウのとおりである。これを敷
衍すると，被相続人の保有期間中の増加益は，本来被相続人の所得であるか
ら，相続人が相続により当該資産を取得したからといって，当然に相続人に
対する所得税の課税対象となるものではないのであり，同法６０条１項１号
の規定は，取得価額の引継ぎの方法により，相続時においては，被相続人の
保有期間中の増加益に対する所得税の課税を繰り延べ，その後，相続人が相
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続により取得した資産を譲渡したときに，被相続人の保有期間中の増加益を
含む譲渡所得に係る所得税を相続人に課税することを明確に定めた規定で
あると解するほかないところ，仮に被相続人の保有期間中の増加益について
本件非課税規定の適用があるものとするならば，同法はおよそ適用の余地の
ない定めをあえて設けていることとなるのであり，同法が６０条１項１号の
規定と本件非課税規定をそのようなものとして定めているとは考え難いと
いうべきである。
２本件通知処分の適法性
上記１によれば，原告の更正の請求には理由がないということができる。そ
して，原告は，上記１で検討した点のほかに本件通知処分の違法を主張してい
ないところ，本件通知処分から，その余の違法をうかがうこともできない。し
たがって，本件通知処分は適法である。
第４結論
よって，原告の請求は理由がないから，これを棄却することとし，訴訟費用
の負担につき行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して，主文のとお
り判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官川神裕
裁判官内野俊夫
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裁判官佐野義孝
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（別紙１）
関係法令の定め
１所得税法（平成２２年法律第６号による改正前のもの）の定め
(1)９条（非課税所得）
次に掲げる所得については，所得税を課さない。（１項）
ア（１号ないし１４号は省略）
イ相続，遺贈又は個人からの贈与により取得するもの（相続税法の規定に
より相続，遺贈又は個人からの贈与により取得したものとみなされるもの
を含む。）（１５号）
ウ（１６号及び１７号は省略）
(2)３３条（譲渡所得）
ア譲渡所得とは，資産の譲渡（括弧内は省略）による所得をいう。（１項）
イ譲渡所得の金額は，次の各号に掲げる所得につき，それぞれその年中の
当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及
びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し，その残額の合計額
（括弧内は省略）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする。（３
項）
(ア)資産の譲渡（括弧内は省略）でその資産の取得の日以後５年以内に
されたものによる所得（政令で定めるものを除く。）（１号）
(イ)資産の譲渡による所得で前号に掲げる所得以外のもの（２号）
(3)３８条（譲渡所得の金額の計算上控除する取得費）
譲渡所得の金額の計算上控除する資産の取得費は，別段の定めがあるもの
を除き，その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額
とする。（１項）
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(4)５９条（贈与等の場合の譲渡所得等の特例）
次に掲げる事由により居住者の有する山林（事業所得の基因となるものを
除く。）又は譲渡所得の基因となる資産の移転があった場合には，その者の
山林所得の金額，譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算については，その
事由が生じた時に，その時における価額に相当する金額により，これらの資
産の譲渡があったものとみなす。（１項）
ア贈与（法人に対するものに限る。）又は相続（限定承認に係るものに限
る。）若しくは遺贈（法人に対するもの及び個人に対する包括遺贈のうち
限定承認に係るものに限る。）（１号）
イ（２号は省略）
(5)６０条（贈与等により取得した資産の取得費等）
居住者が次に掲げる事由により取得した前条１項に規定する資産を譲渡し
た場合における事業所得の金額，山林所得の金額，譲渡所得の金額又は雑所
得の金額の計算については，その者が引き続きこれを所有していたものとみ
なす。（１項）
ア贈与，相続（限定承認に係るものを除く。）又は遺贈（包括遺贈のうち
限定承認に係るものを除く。）（１号）
イ（２号は省略）
２国税通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）の定め
２３条（更正の請求）
(1)納税申告書を提出した者は，次の各号の一に該当する場合には，当該申告
書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り，税務署長に対し，その申
告に係る課税標準等又は税額等（括弧内は省略）につき更正をすべき旨の請
求をすることができる。（１項）
ア当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する
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法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことに
より，当該申告書の提出により納付すべき税額（括弧内は省略）が過大で
あるとき。（１号）
イ（２号及び３号は省略）
(2)税務署長は，更正の請求があった場合には，その請求に係る課税標準等又
は税額等について調査し，更正をし，又は更正をすべき理由がない旨をその
請求をした者に通知する。（４項）
－21－
（別紙２）
課税処分の経緯
１所得税の申告
原告は，平成２２年３月１２日，渋谷税務署長に対し，総所得金額を６９８
万６９４９円，分離長期譲渡所得の金額を１４１６万１８４６円，上場株式等
の譲渡所得の金額を２１６万４８８２円，納付すべき税額を１６４万０９００
円とする平成２１年分所得税の確定申告をした。（乙２）
原告が上記確定申告に係る申告書に添付した「譲渡所得の内訳書（確定申告
書付表兼計算明細書）」には，本件譲渡について，①譲渡（売却）した土地
建物を本件建物等の共有持分６分の５，売買契約日及び引渡日を平成２１年７
月３１日，買主をＣ，譲渡価額を１７５０万円，②譲渡（売却）した土地建
物の購入先を財団法人Ｄ，購入年月日を昭和４１年３月１９日，取得費を２８
２万１２３７円，③譲渡（売却）のための費用を５１万６９１７円，④譲
渡所得金額を１４１６万１８４６円，区分を長期とする記載がある。
２更正の請求
原告は，平成２３年３月２日，渋谷税務署長に対し，分離長期譲渡所得の金
額を零円，還付金の額に相当する税額を４８万３１９５円とする平成２１年分
所得税の更正の請求をした。（甲３）
この更正の請求は，本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加
益に相当する部分については本件非課税規定により所得税を課されないこと
を理由とするものである。なお，原告は，亡Ａの相続に係る相続税の修正申告
において，上記相続により取得した本件建物等の亡Ａの共有持分の相続税評価
額を２０３４万７６７５円としていたところ，本件譲渡の代金２１００万円の
うち原告の持分に相当する金額は１７５０万円であり，この金額は上記相続税
評価額を下回るものであるため，原告は，本件譲渡に係る譲渡所得の金額の全
－22－
てが非課税所得となるとしていた。
３本件通知処分
渋谷税務署長は，平成２３年５月３１日，原告に対し，上記２の所得税の更
正の請求に対してその更正をすべき理由がない旨の本件通知処分をした。（甲
４）
４異議申立て及び異議決定
原告は，平成２３年６月２９日，渋谷税務署長に対し，本件通知処分の取消
しを求める異議申立てをしたところ，渋谷税務署長は，同年８月２９日，異議
申立てを棄却する決定をした。（甲５，６）
５審査請求及び審査裁決
原告は，平成２３年９月１４日，国税不服審判所長に対し，本件通知処分の
取消しを求める審査請求をしたところ，国税不服審判所長は，平成２４年３月
２日，審査請求を棄却する裁決をした。（甲７，８）
６本件訴えの提起
原告は，平成２４年４月１８日に本件訴えを提起した。（顕著な事実）
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（別表）
（単位円）
区分年月日総所得金額
分離長期譲渡
所得金額
上場株式等の
譲渡所得金額
納付すべき税
額
確定申告22.3.126,986,94914,161,8462,164,8821,640,900
更正の請求23.3.26,986,94902,164,882△483,195
本件通知処分23.5.31更正をすべき理由がない旨の通知
異議申立て23.6.296,986,94902,164,882△483,195
異議決定23.8.29棄却
審査請求23.9.146,986,94902,164,882△483,195
審査裁決24.3.2棄却
＊納付すべき税額欄の「△」は還付金の額に相当する税額を表す。

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