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主文
１原判決のうち，平成１２年分の所得税に係る過少申
告加算税賦課決定の取消請求に関する部分を破棄す
る。
２前項の部分につき，被上告人の控訴を棄却する。
３上告人のその余の上告を棄却する。
４控訴費用及び上告費用は，これを５分し，その２を
被上告人の負担とし，その余を上告人の負担とす
る。
理由
上告代理人鳥飼重和ほかの上告受理申立て理由（ただし，排除されたものを除
く。）について
１本件は，上告人が従業員として勤務していた会社の親会社である米国法人か
ら付与されたストックオプションを行使して得た権利行使益について，これが所得
税法２８条１項所定の給与所得に当たるとして被上告人が上告人に対してした平成
１２年分の所得税に係る課税処分等が争われている事案である。
２原審の適法に確定した事実関係等の概要は，次のとおりである。
(1)上告人は，Ａ株式会社の従業員として勤務していた者であるが，同社在勤
中，同社の発行済み株式の約７３％を有する米国法人のＢ社から，そのストックオ
プション制度に基づきストックオプションを付与された。そして，上告人は，これ
を行使し，平成１２年に合計４８２８万５４１３円の権利行使益（以下「本件権利
行使益」という。）を得た。
(2)上告人は，平成１３年３月１３日，平成１２年分の所得税について，本件
権利行使益が一時所得に当たるとして確定申告（以下「本件申告」という。）をし
た。これに対し，被上告人は，同１４年３月１２日付けで，本件権利行使益が給与
所得に当たるとして増額更正をするとともに，過少申告加算税賦課決定（以下「本
件賦課決定」という。）をした。
(3)我が国においては，平成７年１１月の特定新規事業実施円滑化臨時措置法
の改正により，特定の株式未公開会社においてストックオプション制度を導入する
ことが可能となり，その後，平成９年５月の商法の改正により，付与の対象が自社
の取締役又は使用人に限定されてはいたものの，すべての株式会社においてストッ
クオプション制度を利用するための法整備が行われ，これらの法律の改正を受け
て，ストックオプションに係る課税上の取扱いに関しても，租税特別措置法や所得
税法施行令の改正が行われたが，外国法人から付与されたストックオプションに係
る課税上の取扱いに関しては，現在に至るまで法令上特別の定めは置かれていな
い。
(4)外国法人である親会社が日本法人である子会社の従業員等に付与したスト
ックオプションの権利行使益については，平成１０年より前は，一時所得として課
税されることが多く，東京国税局直税部長らが監修する「回答事例による所得税質
疑応答集」においても，平成６年版までは，一時所得として課税される旨記載され
ていた。
しかしながら，平成１０年分の所得税の確定申告の時期以降は，上記権利行使益
を給与所得とする統一的な取扱いがされるに至り，上記応答集の平成１０年版にお
いても，市場価額と行使価額との差額が給与所得として課税される旨記載されるよ
うになった。もっとも，そのころに至っても，上記権利行使益の課税上の取扱いが
所得税基本通達その他の通達において明記されることはなく，これが明記されたの
は，平成１４年６月２４日付け課個２−５ほかによる所得税基本通達２３∼３５共
−６の改正によってであった。
３原審は，上記事実関係等の下において，要旨次のとおり判断し，本件賦課決
定のうち過少申告加算税額１万円を超える部分（以下「本件係争部分」という。）
に係る取消請求を棄却すべきものとした。
上告人が本件申告において本件権利行使益を一時所得として申告をしたことによ
り，これが給与所得に当たるものとしては税額の計算の基礎とされていなかったこ
とについて，国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認めることはで
きない。
４しかしながら，原審の上記判断は是認することができない。その理由は，次
のとおりである。
過少申告加算税は，過少申告による納税義務違反の事実があれば，原則としてそ
の違反者に対して課されるものであり，これによって，当初から適正に申告し納税
した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに，過少申告による
納税義務違反の発生を防止し，適正な申告納税の実現を図り，もって納税の実を挙
げようとする行政上の措置である。この趣旨に照らせば，過少申告があっても例外
的に過少申告加算税が課されない場合として国税通則法６５条４項が定めた「正当
な理由があると認められる」場合とは，真に納税者の責めに帰することのできない
客観的な事情があり，上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者
に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが
相当である（最高裁平成１７年（行ヒ）第９号同１８年４月２０日第一小法廷判決
・民集６０巻４号１６１１頁，最高裁平成１６年（行ヒ）第８６号，第８７号同１
８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁参照）。
前記事実関係等によれば，課税庁は，外国法人である親会社から日本法人である
子会社の従業員等に付与されたストックオプションに係る課税上の所得区分に関し
て，かつてはこれを一時所得として取り扱っており，課税庁の職員が監修等をした
公刊物でもその旨の見解が述べられていたが，平成１０年分の所得税の確定申告の
時期以降，その取扱いを変更し，給与所得として統一的に取り扱うようになったも
のである。この所得区分に関する所得税法の解釈問題については，一時所得とする
見解にも相応の論拠があり，最高裁平成１６年（行ヒ）第１４１号同１７年１月２
５日第三小法廷判決・民集５９巻１号６４頁によってこれを給与所得とする当審の
判断が示されるまでは，下級審の裁判例においてその判断が分かれていたのであ
る。このような問題について，課税庁が従来の取扱いを変更しようとする場合に
は，法令の改正によることが望ましく，仮に法令の改正によらないとしても，通達
を発するなどして変更後の取扱いを納税者に周知させ，これが定着するよう必要な
措置を講ずべきものである。ところが，前記事実関係等によれば，課税庁は，上記
のとおり課税上の取扱いを変更したにもかかわらず，その変更をした時点では通達
によりこれを明示することなく，平成１４年６月の所得税基本通達の改正によって
初めて変更後の取扱いを通達に明記したというのである。そうすると，少なくとも
それまでの間は，納税者において，外国法人である親会社から日本法人である子会
社の従業員等に付与されたストックオプションの権利行使益が一時所得に当たるも
のと解し，その見解に従って上記権利行使益を一時所得として申告したとしても，
それをもって納税者の主観的な事情に基づく単なる法律解釈の誤りにすぎないもの
ということはできない。
以上のような事情の下においては，本件申告において，上告人が本件権利行使益
を一時所得として申告し，本件権利行使益が給与所得に当たるものとしては税額の
計算の基礎とされていなかったことについて，真に上告人の責めに帰することので
きない客観的な事情があり，過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお上告人に過少
申告加算税を賦課することは不当又は酷になるというのが相当であるから，国税通
則法６５条４項にいう「正当な理由」があるものというべきである。
５そうすると，本件賦課決定のうち本件係争部分は違法であることになるか
ら，これが適法であるとした原審の判断には，判決に影響を及ぼすことが明らかな
法令の違反がある。論旨はこの趣旨をいうものとして理由があり，原判決のうち同
部分の取消請求に関する部分は破棄を免れない。そして，同部分につき本件賦課決
定の取消請求を認容した第１審判決は正当であるから，同部分につき被上告人の控
訴を棄却すべきである。
なお，その余の請求に関する上告については，上告受理申立て理由が上告受理の
決定において排除されたので，棄却することとする。
よって，裁判官全員一致の意見で，主文のとおり判決する。
(裁判長裁判官今井功裁判官津野修裁判官中川了滋裁判官
古田佑紀）

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