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主文
原判決を破棄する。
本件を東京高等裁判所に差し戻す。
理由
上告人の上告受理申立て理由について
１原審の確定した事実関係等の概要は，次のとおりである。
(1)土地改良法４２条２項は，土地改良区の組合員が，組合員たる資格に係る
権利の目的たる土地の全部又は一部についてその資格を喪失した場合において，同
条１項の承継又は同法３条２項の規定による交替がないときは，その者及び土地改
良区は，その土地の全部又は一部につきその者の有するその土地改良区の事業に関
する権利義務について必要な決済をしなければならない旨定めている。三条土地改
良区は，この規定を受けて，その地区内の農地の転用に伴う権利義務の決済等につ
いて定めるため，地区除外等処理規程（以下「本件処理規程」という。）を制定し
ている。本件処理規程によれば，三条土地改良区の組合員は，その地区内の土地に
つき農地法４条１項又は５条１項の規定による許可の申請を行う場合には，同土地
改良区に対し，転用許可の申請をする旨の通知をするとともに，地区除外の申請を
しなければならず，同土地改良区は，地区除外の申請がされたときは，除外すべき
土地に係る決済金の額を所定の決済金算定基準により確定し，速やかにその決済を
するものとされている。そして，上記決済金算定基準においては，決済金の額は，
三条土地改良区が当該組合員から徴収すべき金銭の額と同土地改良区が当該組合員
に対し支払うべき金銭の額との差額とされ，決済の範囲については，平成９年当
時，別紙のとおり定められていた。
また，三条土地改良区は，土地改良施設を他の目的に使用させるときの取扱い等
について定めるため，施設等使用規程（以下「本件使用規程」という。）を制定し
ている。本件使用規程によれば，三条土地改良区に関係する区域内において開発行
為を行おうとする者は，同土地改良区から土地改良施設を使用することにつき許可
を受けなければならず，同土地改良区の理事長は，上記の許可の申請があったとき
は，開発行為による農地及び土地改良施設への影響を検討し，三条土地改良区施設
等使用負担金徴収規程（以下「本件徴収規程」という。）に基づいて定める施設等
使用負担金を一時金として徴収の上，土地改良施設の使用を承諾することができる
ものとされている。そして，本件徴収規程は，施設等使用負担金として，①協力
金（従来の土地改良施設等の補修及び整備を図るための協力金），②特別排水負
担金（転用に伴う単位排水量の増加分に対する負担金），③分区負担金（分区会
計のうち用排水施設を管理するものについての転用に伴う単位排水量の増加分に対
する負担金）を徴収するものと定めている。
(2)上告人は，三条土地改良区内に存する農地であった本件土地について，農
地以外のものに転用するため権利を移転したいとして，平成９年８月１１日に農地
法（平成１０年法律第５６号による改正前のもの。以下同じ。）５条の規定による
許可の申請をし，同年１０月２１日にその許可を受けた。
(3)上告人は，平成９年８月１１日，上記(2)の許可の申請をするに当たり，三
条土地改良区に対し，次のアないしエ記載の金員の合計１１３万６１７１円（以下
「本件決済金等」という。）を支払った。本件決済金等のうち，アの決済金（以下
「本件決済金」という。）は本件処理規程に基づき徴収されたものであり，イの協
力金，ウの特別排水負担金及びエの分区（井栗区）負担金（以下，これらを併せて
「本件協力金等」という。）は本件使用規程及び本件徴収規程に基づき徴収された
ものである。
ア決済金６４万６４３５円
イ協力金７万０８９０円
ウ特別排水負担金３９万６９８４円
エ分区（井栗区）負担金２万１８６２円
(4)上告人は，平成１０年３月２２日，株式会社Ａとの間で，農地法等による
許可を停止条件として本件土地を代金４６５４万円で売り渡す旨の売買契約（以下
「本件売買契約」という。）を締結した。そして，本件土地について，登記原因を
同月２３日売買とする上告人から上記会社への所有権移転登記がされた。
(5)上告人は，平成１０年分の所得税の申告において，長期譲渡所得の金額の
計算上，本件決済金等を所得税法３３条３項にいう「資産の譲渡に要した費用」
（以下「譲渡費用」という。）として収入金額から控除した。
(6)被上告人は，本件決済金等を譲渡費用とすることを否認し，平成１２年７
月６日，上告人の平成１０年分の所得税につき増額更正（以下「本件更正」とい
う。）及び過少申告加算税賦課決定（以下「本件賦課決定」といい，本件更正と併
せて「本件更正等」という。）をした。
２本件は，上告人が，本件決済金等は本件土地の譲渡費用に当たるとして，本
件更正のうち申告額を超える部分及び本件賦課決定の取消しを求めた事案である。
３原審は，前記事実関係等の下において，要旨次のとおり判断し，本件更正等
に違法はないとして上告人の請求を棄却すべきものとした。
本件決済金は，本件土地の転用による組合員資格の喪失に伴い三条土地改良区と
の間でその事業に関する権利義務につき一時に決済が必要となった清算金にすぎ
ず，その支払が農地法５条の転用移転の許可自体の法律上の手続に不可欠なものと
なっているわけではない。また，本件協力金等は，転用された土地につき三条土地
改良区内の土地改良施設を将来にわたって使用するための負担金にすぎない。本件
決済金等は，本件土地の譲渡を実現するために直接必要な支出として実質的関連性
があるものではなく，譲渡に際しての増加益のために必要な支出として合理的関連
性があるものでもないから，本件土地の譲渡費用に当たらない。
４しかしながら，原審の上記判断は是認することができない。その理由は，次
のとおりである。
譲渡所得に対する課税は，資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属する増
加益を所得として，その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会に，こ
れを清算して課税する趣旨のものである（最高裁昭和４１年（行ツ）第１０２号同
４７年１２月２６日第三小法廷判決・民集２６巻１０号２０８３頁，最高裁昭和４
７年（行ツ）第４号同５０年５月２７日第三小法廷判決・民集２９巻５号６４１頁
参照）。しかしながら，所得税法上，抽象的に発生している資産の増加益そのもの
が課税の対象となっているわけではなく，原則として，資産の譲渡により実現した
所得が課税の対象となっているものである。そうであるとすれば，資産の譲渡に当
たって支出された費用が所得税法３３条３項にいう譲渡費用に当たるかどうかは，
一般的，抽象的に当該資産を譲渡するために当該費用が必要であるかどうかによっ
て判断するのではなく，現実に行われた資産の譲渡を前提として，客観的に見てそ
の譲渡を実現するために当該費用が必要であったかどうかによって判断すべきもの
である。
前記事実関係等によれば，本件売買契約は農地法等による許可を停止条件として
いたというのであるから，本件売買契約においては，本件土地を農地以外の用途に
使用することができる土地として売り渡すことが契約の内容となっていたものであ
る。そして，前記事実関係等によれば，上告人が本件土地を転用目的で譲渡する場
合には土地改良法４２条２項及びこれを受けて制定された本件処理規程により本件
決済金の支払をしなければならなかったのであるから，本件決済金は，客観的に見
て本件売買契約に基づく本件土地の譲渡を実現するために必要であった費用に当た
り，本件土地の譲渡費用に当たるというべきである。ただし，前記事実関係等によ
れば，転用目的での農地の譲渡に伴う決済に当たり三条土地改良区が組合員から徴
収すべき金銭の中には決済年度以前の年度に係る賦課金等の未納入金が含まれてい
るところ，仮に本件決済金の中に本件土地を転用目的で譲渡するか否かにかかわら
ず決済の時点で既に支払義務が発生していた賦課金等の未納入金が含まれていた場
合には，本件決済金のうち上記未納入金に係る部分は本件土地の譲渡費用に当たら
ないというべきである。
また，前記事実関係等によれば，三条土地改良区の組合員がその地区内の農地を
転用目的で譲渡するに当たり本件使用規程及び本件徴収規程に基づく施設等使用負
担金を支払った場合には転用された土地のために土地改良施設を将来にわたり使用
することができることになるのであるから，上記の施設等使用負担金の支払は当該
土地の譲渡価額の増額をもたらすものということができる。そうであるとすれば，
上告人が上記の施設等使用負担金として支払った本件協力金等は，本件土地の譲渡
費用に当たるというべきである。
５以上と異なる原審の判断には，判決に影響を及ぼすことが明らかな法令の違
反があるというべきである。論旨は理由があり，原判決は破棄を免れない。そし
て，本件については，本件決済金の中に本件土地を転用目的で譲渡するか否かにか
かわらず決済の時点で既に支払義務が発生していた賦課金等の未納入金が含まれて
いたのかどうかについて審理させるため，原審に差し戻すのが相当である。
よって，裁判官全員一致の意見で，主文のとおり判決する。
(裁判長裁判官泉徳治裁判官横尾和子裁判官甲斐中辰夫裁判官
島田仁郎裁判官才口千晴)
(別紙）
１三条土地改良区が徴収すべき金銭の額
(1)賦課金等
決済年度以前の年度に係る賦課金等の決済時点における未納入金額
(2)償還金及び年賦支払金
三条土地改良区の借入金に係る償還金及び同土地改良区が負担する国営土地改良
事業（決済年度の前年度以降に完了したものに限る。）の負担金に係る年賦支払金
で決済年度の翌年度以降のものにつき定款の定めるところにより算定する当該土地
の負担相当額
(3)土地改良区営土地改良事業に係る事業費
ア維持管理事業以外の事業に係るもの
決済時点において三条土地改良区が行う土地改良事業（維持管理事業を除く。）
に係る事業費のうち決済年度の翌年度以降の自己負担分につき定款の定めるところ
により算定する当該土地の負担相当額（転用に伴い事業費が減額される場合にあっ
ては，自己負担分のうち当該減額に対応する額を当該算定額から控除して得た額）
イ維持管理事業に係るもの
決済時点において三条土地改良区が行う土地改良事業（維持管理事業に限る。）
に係る維持管理費のうち決済年度の翌年度以降の自己負担分につき定款の定めると
ころにより算定する当該土地の２０年分の額（転用に伴い事業費が減額される場合
にあっては，自己負担分のうち当該減額に対応する額を当該算定額から控除して得
た額）
(4)国営又は県営土地改良事業に係る負担金又は分担金
ア維持管理事業以外の事業に係るもの
決済時点において国又は県が行う土地改良事業（維持管理事業を除く。）に係る
事業費のうち決済年度の翌年度以降において三条土地改良区が負担し，又は分担す
べき額につき定款の定めるところにより算定する当該土地の負担相当額（転用に伴
い事業費が減額される場合にあっては，同土地改良区が負担し，又は分担すべき額
のうち当該減額に対応する額を当該算定額から控除して得た額）
イ維持管理事業に係るもの
決済時点において国又は県が行う土地改良事業（維持管理事業に限る。）に係る
維持管理費のうち決済年度の翌年度以降において三条土地改良区が負担し，又は分
担すべき額につき定款の定めるところにより算定する当該土地の２０年分の額（転
用に伴い事業費が減額される場合にあっては，同土地改良区が負担し，又は分担す
べき額のうち当該減額に対応する額を当該算定額から控除して得た額）
(5)県営圃場整備事業本成寺地区内のパイプ移設維持管理費に係るもの
（本件土地は井栗地区内に存在するため，この項目は本件土地とは関係がな
い。）
(6)経費に係るもの
各事業に共通する三条土地改良区の運営に要する経費に係る経常費で決済年度の
翌年度以降のものにつき定款の定めるところにより算定する当該土地の２０年分の
額
２三条土地改良区が支払うべき金銭の額
過誤納賦課金その他三条土地改良区が当該組合員に対して支払うべきものとして
定款，規約若しくは規程又は総代会の議決により定められた金銭の額のうち当該土
地に係るもの

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