戻る

主文
１本件訴えのうち別紙当事者等目録２記載の原告らによるものをい
ずれも却下する。
２その余の原告らの請求をいずれも棄却する。
３訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１請求
処分行政庁（国土交通大臣）が平成１７年１２月１９日付けで沖縄県に対
してした空港設置許可処分（同日付け国空管第○号）を取り消す。
第２事案の概要
本件は，沖縄県（以下，単に「県」ということがある。）が沖縄県石垣市
に設置しようとする公共の用に供する飛行場（以下「本件空港」という。）
の敷地の一部に土地を共有する者などから成る原告らが，処分行政庁が平成
１７年１２月１９日付け国空管第○号をもって県に対してした本件空港の設
置を許可する旨の処分（以下「本件許可処分」という。）につき，航空法
（平成２０年法律第７５号による改正前のもの。以下同じ。）又は環境影響
評価法（同年法律第７５号による改正前のもの。以下「評価法」という。）
の規定に違反する瑕疵があるなどとして，その取消しをそれぞれ求める事案
である。なお，本件訴状には，形式上，アオサンゴ及びヤエヤマコキクガシ
ラコウモリが原告であるかのような記載があるが，原告らが平成１８年８月
１４日に提出した補正書により，この記載は本件訴えの原告を表示するもの
ではないことが明らかにされた。
１関係する法令の定め
別紙関係する法令の定めに記載のとおり（以下，同別紙で定義した略語を
本文中においても使用する。）
２前提事実
(1)本件空港は，県が，現在の石垣空港（以下「現空港」という。）の代替
として，次のとおりの内容で設置しようとするものである。（乙３）
ア名称新石垣空港
イ位置石垣市（別紙飛行場位置図のとおり）
ウ標点
位置石垣市α１×－××
北緯▲度▲分▲秒
東経▲度▲分▲秒
（別紙標点位置図のとおり）
標高３１．００ｍ
エ種類陸上飛行場
オ等級Ｃ級
カ滑走路の強度単車輪荷重３１．５ｔ
舗装体の設計強度ＬＡ－１２
キ計器着陸又は夜間着陸計器着陸（ＣＡＴⅠ）及び夜間着陸に供する。
ク利用を予定する航空機の種類及び形式ボーイング７６７型旅客機等
ケ処分行政庁の指定を受けようとする
進入区域の長さ３０００ｍ
進入表面のこう配５０分の１
水平表面の半径３０００ｍ
転移表面のこう配７分の１
コ飛行場の施設の概要
飛行場の敷地面積１４１万９６１５㎡
着陸帯
長さ２１２０ｍ
幅３００ｍ
滑走路
長さ２０００ｍ
幅４５ｍ
舗装の種類アスファルトコンクリート舗装
方位
真方位Ｎ▲度▲分▲秒Ｅ
磁方位Ｎ▲度▲分▲秒Ｅ
誘導路
長さ２３１８ｍ（６９０ｍ＋１６２８ｍ）
幅２３ｍ，２６．５ｍ，３０ｍ
舗装の種類アスファルトコンクリート舗装
エプロン
面積７万５１４５㎡
舗装の種類セメントコンクリート舗装
バース数中型ジェット機（Ｂ－７６７等）用３バース
小型ジェット機（Ｂ－７３７等）用４バース
プロペラ機（ＤＨＣ－８等）用１バース
サ設置予定の航空保安施設の概要
航空灯火（飛行場設置者が設置するもの）
飛行場灯台，進入灯，進入角指示灯等
航空保安無線施設（処分行政庁が設置するもの）
ＶＯＲ／ＤＭＥ，ＩＬＳ等
シ供用開始予定期日平成２５年３月７日
(2)ア別紙当事者等目録１記載の原告ら（以下「第１原告ら」という。）は，
次の２筆の土地（以下「本件共有地」という。）のいずれかの共有者で
ある。本件共有地は，いずれも本件空港の敷地内に所在している。
(ア)所在石垣市α２
地番×番１４６
地目原野
地積７８０㎡
(イ)所在石垣市α２
地番×番１４７
地目原野
地積７７６㎡
イ本件訴状において，第１原告らは，自らについて，石垣市α３（以下，
単に「α３」ということがある。）にある世界的に貴重なサンゴ礁（以
下「α３サンゴ礁」という。）や希少な野生動植物を次の世代に残した
いと願う者が本件空港の敷地内の土地の共有地主となって，自らの土地
は空港用地としては提供せず，県が石垣市に新しく設置を計画する空港
（以下「新空港」という。）の位置をα４岳南側の陸上とする案（以下
「α４岳陸上案」という。）の見直しを県に求めていく運動（以下「α
３トラスト運動」という。）に参加しており，本件空港の建設をストッ
プし，かけがえのない地球の財産であるα３サンゴ礁と絶滅危惧種であ
る小型コウモリ類（以下，単に「コウモリ類」という。）など希少な野
生生物を次の世代に残したいと願い，本件訴訟の原告となった者たちで
あると主張している。また，別紙当事者等目録２記載の原告ら（以下
「第２原告ら」という。）は，自らについて，α３サンゴ礁の生態系
（以下「α３サンゴ礁生態系」という。）に愛着を持ち，県にα４岳陸
上案を撤回させ，かけがえのない地球の財産である陸海一体となったα
３サンゴ礁生態系を次の世代に残したいと願い，本件訴訟の原告となっ
た者たちであると主張している。（顕著な事実）
(3)アα３の海には，北半球最大最古のアオサンゴ群落を始め，巨大な塊状
のハマサンゴ（マイクロアトール），国内有数の規模を誇るユビエダハ
マサンゴの群落等が生育するα３サンゴ礁生態系が形成されており，そ
の海域には世界最大のサンゴ礁といわれるオーストラリアのグレートバ
リアリーフに匹敵するサンゴが生育しているともいわれている。また，
α３サンゴ礁には，３００種類以上が確認されている魚類を始め，貝類，
エビ類，カニ類，イカ類そしてウニやナマコ，更には海草，海藻など様
々な生物が生育しており，生物多様性に富んだ豊かな海域となっている。
α３の住民は，この海を「魚湧く海」，「海の畑」，「命継ぎの海」と
表現して，先祖代々利用してきた。
沖縄の海では昭和４７年の復帰前後からオニヒトデが大発生し，その
食害によってほとんどのサンゴ礁が壊滅的な状態になった。オニヒトデ
は沖縄本島を西海岸から反時計回りに１周した後，昭和５５年頃まで八
重山地域の海に移動した。その爆発的な異常発生によって八重山地域で
もほぼ全海域でオニヒトデの食害を受け，大半のサンゴが死滅した。し
かし，ほぼ唯一，オニヒトデの食害を受けなかったのがα３サンゴ礁で
ある。α３ではオニヒトデの発生はなく沖縄の本来の海が奇跡的に残さ
れた。
イ県が平成１７年９月９日から同年１０月１１日までの間，評価法２７
条の規定に基づき縦覧に供した評価書（補正後のもの。乙２３。以下
「本件補正書」という。）によれば，本件空港予定地周辺の海域におい
ては，岸に沿ってリーフ（礁）が発達し，その内側に種々のサンゴが帯
状に分布してサンゴ礁を形成しており，比較的広い範囲で被度５０％以
上のサンゴ群集が見られる。同予定地の南側を西方面から東方面に流れ
てこの海域に流れ込むα５川河口の南側にあるα３の海域には約１００
ｈａの枝状コモンサンゴやユビエダハマサンゴを主とするサンゴ群集が
分布するほか，北半球で最大といわれるアオサンゴの大群落も見られ，
貴重なサンゴ礁生態系を形成している。また，サンゴ礁の岸側には，ア
マモ類で構成される海草藻場が帯状に分布しており，本件空港予定地周
辺海域の海域生物は，サンゴ礁，海草藻場が提供する多様な生息基盤を
利用して生息している。この海域において１０００種を大幅に超える海
域生物が確認されている。アオサンゴは，水産庁レッドデータブックに
おいて「減少」とされている。（乙２３の６－１２－３３０・３３１・
３３６頁）
ウ本件補正書によれば，本件空港予定地周辺にある五つの洞窟（本件補
正書６－１２－１７４頁の図によって洞口の位置が示されているＡない
しＥ洞窟。以下，洞窟の名称は，同図並びに本件補正書６－１２－１５
７ないし１６５，１７８及び１７９頁の表及び図によって示されるとこ
ろによる。）には，小型コウモリ類に属するヤエヤマコキクガシラコウ
モリ（以下「コキクガシラ」ということがある。），カグラコウモリ
（以下「カグラ」ということがある。），リュウキュウユビナガコウモ
リ（以下「ユビナガ」ということがある。）が生息している。コキクガ
シラは，宮古島以北のコキクガシラコウモリ類と系統が異なる石垣島と
α６島に生息する固有種であり，沖縄県危急種（絶滅の危険が増大して
いるもの）に指定されている。カグラは，東洋区系のカグラコウモリ類
の北限に生息し，中国南西部からインド，タイ，マレー半島にかけて分
布するヒマラヤカグラコウモリ群のうちで，最も小型で原始的な形質を
持つ遺存種（かつては広く分布していたが，その後環境の変化などで衰
退，分布を縮小し，現在では限られた場所に残るのみとなった種）とさ
れ，個体間で身体が接触しないように２０ないし３０ｃｍの間隔を空け
て懸垂する日本では唯一の種で，八重山諸島の固有種であり，環境省希
少種，沖縄県絶滅危惧種（絶滅の危機に瀕しているもの）に指定されて
いる。ユビナガは，八重山諸島のものが沖縄島のものよりやや大きいな
ど，各島しょでの遺伝的分化が進んでいると予想されるが，その全貌の
解明はこれからの研究に委ねられる段階にあるという種であり，沖縄県
危急種に指定されている。（乙２３の６－１２－１５４・１５５・１７
２頁，用語解説－１３頁）
(4)ア新空港を設置する事業（以下「新空港設置事業」という。）を計画し
ていた県は，平成１１年６月２２日に設置されたＰ１委員会の検討を経
て，平成１２年４月，新空港の設置位置として，α３の北方にあるα４
岳の南側陸上とするα４岳陸上案を採用することを決めた。
イ県は，平成１４年１２月１２日，本件空港を設置する事業（α４岳陸
上案に基づいて新空港設置事業を具体化するもの。評価法２条３項所定
の第二種事業に当たる。以下「本件事業」という。）の概要等の評価法
４条１項所定の事項を処分行政庁に届け出るとともに，同条６項に基づ
き，処分行政庁の判定を受けることなく，評価法の規定による環境影響
評価の手続を行うこととした。（乙２４）
ウ県は，平成１４年１２月，本件事業に係る環境影響評価を行う方法に
ついて評価法５条１項所定の事項を記載した環境影響評価方法書（乙１
３。以下「本件方法書」という。）を作成し，同月１６日，評価法６条
１項に基づき県知事（以下，単に「知事」という。）及び石垣市長宛て
にこれを送付し，評価法７条に基づき，同月２４日，これを公告すると
ともに，同日から平成１５年１月２９日までの間，県土木建築部新石垣
空港建設対策室等において縦覧に供した。（乙１３，２４）
エ県は，本件方法書の縦覧期間満了の日の翌日である平成１５年１月３
０日から起算して２週間を経過する日である同年２月１２日までの間，
評価法８条１項に基づき，本件方法書に対する意見書の提出を受け付け
るとともに，同期間が経過した後，これを取りまとめ，評価法９条に基
づき，同月２８日，知事及び石垣市長宛てに意見の概要を記載した書類
（乙１４）を送付した。（乙１４，２４）
オ上記エの書類の送付を受けた知事は，評価法１０条に基づき，平成１
５年５月２９日，本件方法書について環境の保全の見地からの意見を書
面（乙１５）により述べた。
カ県は，評価法１１条１項に基づき，本件事業に係る環境影響評価の項
目並びに調査，予測及び評価の手法を選定し，評価法１２条に基づき，
本件事業に係る環境影響評価を行った。
キ県は，上記カの環境影響評価の結果について環境の保全の見地からの
意見を聴くための準備として，評価法１４条１項に基づき，平成１６年
３月，環境影響評価準備書（乙１６。以下「本件準備書」という。）を
作成し，評価法１５条に基づき，同月２６日，知事及び石垣市長宛てに
これを送付し，評価法１６条に基づき，同月３０日，これを公告すると
ともに，同日から同年４月３０日までの間，県土木建築部新石垣空港建
設対策室等において縦覧に供した。（乙１６，２４）
ク県は，評価法１７条１項に基づき，上記縦覧期間内である平成１６年
４月２１日に，石垣市内にある石垣市民会館において，説明会を開催し
た。（乙２４）
ケ県は，評価法１８条１項に基づき，上記縦覧期間満了の日の翌日であ
る平成１６年５月１日から起算して２週間を経過する日である同月１４
日までの間，本件準備書に対する意見書の提出を受け付けるとともに，
同期間経過後，提出された意見を取りまとめ，評価法１９条に基づき，
同年５月３１日，知事及び石垣市長宛てに意見の概要及び当該意見につ
いての事業者の見解を記載した書類（乙１７）を送付した。（乙１７）
この書類の送付を受けた知事は，評価法２０条に基づき，事業者であ
る県に対し，同年９月２８日，本件準備書について環境の保全の見地か
らの意見を書面（乙１８）により述べた。（乙１８）
コ知事は，平成２０年法律第７５号による改正前の空港整備法５条１項
の規定により，平成１７年１月２５日付け文書にて，県が石垣市に本件
空港を設置しこれを管理することについて，石垣市長と協議をし，石垣
市長は，同年２月４日，石垣市議会の議決を経た上で，同日付け文書を
もって，知事に対し，このことにつき同意する旨通知した。また，県議
会は，同年３月２９日，同項の規定による本件空港の設置管理者を県と
することを議決した。（乙３）
サ県は，評価法２１条１項に基づき，平成１７年２月，環境影響評価書
（乙１９。以下「本件評価書」という。）を作成し，評価法２２条１項
１号に基づき，同月２８日，航空法３８条１項の許可権者である処分行
政庁宛てにこれを送付した。（乙１９，２４）
シ処分行政庁は，評価法２２条２項１号に基づき，平成１７年３月２日，
本件評価書の写しを環境大臣宛てに送付し意見を求めた。（乙２４）
スこれに対し，環境大臣は，評価法２３条に基づき，平成１７年４月１
５日，処分行政庁に対し，本件評価書についての環境の保全の見地から
の意見を書面（乙２０）により述べた。（乙２０，２４）
セ処分行政庁は，評価法２４条に基づき，上記スの環境大臣の意見の内
容を勘案した上で，平成１７年５月２７日，県に対し，本件評価書につ
いての環境の保全の見地からの意見（以下「本件国交大臣意見」とい
う。）を書面（乙２１。以下「本件国交大臣意見書」という。）により
述べた。（乙２１，２４）
ソ県は，評価法２５条１項２号に基づき，本件評価書の記載事項に検討
を加えて，本件評価書について補正を行い，同条３項に基づき，平成１
７年９月８日，処分行政庁に対し，補正後の環境影響評価書（本件補正
書）を送付し，また，評価法２６条２項に基づき，同日，知事及び石垣
市長宛てに，本件補正書，これを要約した書類（以下「本件要約書」と
いう。）及び本件国交大臣意見書を送付した。さらに，県は，評価法２
７条に基づき，同月９日，所要の事項を公告するとともに，同日から同
年１０月１１日までの間，県土木建築部新石垣空港建設対策室等におい
て，本件補正書，本件要約書及び本件国交大臣意見書を縦覧に供した。
（乙２３，２４）
タ処分行政庁は，評価法２６条１項１号に基づき，平成１７年９月１３
日，環境大臣宛てに，県から送付を受けた本件補正書の写しを送付した。
（乙２４）
チ県は，航空法３８条２項に基づき，平成１７年９月１２日付けで，本
件空港を公共の用に供する旨その他の航空法施行規則７６条１項所定の
事項を記載し（ただし，同項４号との関係では所定の事項が記載された
か否かに争いがある。），同条２項所定の添付書類を添付した申請書
（乙３。以下「本件申請書」という。）を処分行政庁宛てに提出して，
本件空港の設置の許可の申請（以下「本件申請」という。）をした。
（乙３，４）
ツ処分行政庁は，本件申請を受け，平成１７年１０月１７日付けで，制
限表面等，航空法３８条３項及び航空法施行規則７８条１項所定の事項
を同年国土交通省告示第○号（乙４）として告示するとともに，県八重
山支庁等において当該告示を掲示した。（乙４，２５）
テ処分行政庁は，航空法３９条２項に基づき，平成１７年１１月１０日，
本件空港の設置に関し，県八重山支庁において，公聴会を開催した。
（乙５，１０）
ト処分行政庁は，航空法３８条１項に基づき，平成１７年１２月１９日
付けで本件空港の設置を許可する旨の本件許可処分（乙６）をし，航空
法４０条に基づき，平成１８年１月１０日付け同年国土交通省告示第○
号（乙７）をもって，本件空港の位置，範囲等を告示し，県八重山支庁
等において当該告示を掲示した。（乙６，７，２５）
(5)県は，本件事業において，本件補正書に記載された本件事業に関する環
境保全措置等（本件主務省令１４条１項に規定する環境保全措置のほか，
本件主務省令１７条所定の事後調査及びその結果により環境影響の程度が
著しいことが明らかとなった場合の対応その他の環境の保全のために行う
一切の対応をいう。以下同じ。）の全てを実施する計画である。上記環境
保全措置等の中で，県は，工事中の雨水等について，本件空港本体部分の
周辺に設ける浸透ゾーンにより地下に浸透させて処理することなどを計画
している。浸透ゾーンは，三つ設けられる計画であり，そのうちの二つ
（浸透ゾーンⅠ及びⅢ）は本件空港本体部分の北東側に，一つ（浸透ゾー
ンⅡ）は南西側に設けられる（計画上の具体的な位置は別紙一般平面図の
とおりである。）。また，滑走路等を整備するために盛土をする部分には，
ドレーン層等を設けて，供用後の雨水をドレーン層から地下に浸透させ，
地下水保全対策とする計画である（盛土部分の断面は，別紙標準断面図の
とおりである。）。（乙３，２３）
(6)原告らは，平成１８年６月１７日，本件訴訟を提起した。（顕著な事
実）
(7)上記(2)ア(イ)の土地（所在石垣市α２，地番×番１４７，地目原野，地
積７７６㎡の土地。以下「１４７共有地」という。）を共有する原告Ｐ２，
原告Ｐ３，原告Ｐ４及び亡Ｐ５（平成▲年▲月▲日死亡により原告Ｐ６が
訴訟承継）は，第２原告らに対し，α３の自然環境破壊につながる開発の
阻止を図り，ひいてはα３サンゴ礁生態系や空港建設予定地のα７洞窟群
生態系等の自然環境を保全し，それによってもたらされる有形無形の福利
を第２原告らに享受せしめることを信託の目的として，上記原告Ｐ２ら
（以下「原告Ｐ２ら」という。）が所有する財産について，次のアからク
までの事項に基づいて，管理，処分又はその他必要な行為を原告Ｐ２らが
自ら行う旨を通知する旨を記載し，郵便認証司が郵便法５８条１号に規定
する内容証明の取扱いに係る認証（同号の規定に従って記載された確定日
付は平成２１年５月１８日である。民法施行法５条１項６号参照）をした
同日付け書面（内容証明郵便物）を，原告Ｐ７に対し送付し，この書面は
同月１９日に同原告に到達した（以下，この書面による信託を「本件自己
信託」という。）。（甲１３０の１・２）
ア信託の目的
α３の自然環境破壊につながる開発の阻止を図り，ひいてはα３サン
ゴ礁生態系や本件空港建設予定地にあるα７洞窟群生態系等の自然環境
を保全し，それによってもたらされる有形無形の福利を第２原告らに享
受せしめること。
イ信託する財産
１４７共有地
ウ自己信託をする者の氏名
原告Ｐ２，原告Ｐ３，原告Ｐ４及び亡Ｐ５
エ受益者の氏名
第２原告ら
オ信託財産に属する財産の管理又は処分の方法
(ア)１４７共有地について，受託者は区画・形質の変更を行わない。
(イ)受託者は，第２原告ら以外の第三者に対して，１４７共有地の持
分を譲渡，貸与しない。
カ信託行為の期限
期限は定めない。
キ信託の終了事由
(ア)本件許可処分が取り消されたとき
(イ)１４７共有地について権利取得裁決がされ，１４７共有地の所有
権が移転したとき
ク１４７共有地が収用された場合の土地補償金の分配方法
収用による土地補償金は，当該権利取得裁決時の所有者に帰属するも
のとする。
３本件許可処分の根拠及び適法性に関する当事者の主張
本件許可処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は別紙本件許可処分の
根拠及び適法性に関する被告の主張記載のとおりであるところ，後記４の争
点に関する部分を除き，本件許可処分が飛行場設置許可の要件を充足してい
ることについて当事者間に争いはない。
４争点
（本案前）
(1)第２原告らの原告適格の有無
（本案）
(2)航空法との関係での本件許可処分の適法性
ア航空法３８条２項及び３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６
条１項４号の要件充足の有無
イ１号要件（航空法３９条１項１号の要件）のうちの４号基準（航空法
施行規則７９条１項４号が定める基準）の充足の有無
ウ２号要件（航空法３９条１項２号の要件）充足の有無
エ５号要件（航空法３９条１項５号の要件）充足の有無
(3)評価法３３条１項の審査との関係での本件許可処分の適法性
ア評価法３３条１項の審査及びこれについての司法審査の在り方
イ本件許可処分の適法性
(ア)環境影響評価の手続の適否
(イ)環境影響評価の内容の適否
ａα３のサンゴ類ないしα３サンゴ礁生態系の保全
ｂ本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全
５争点に関する当事者の主張
別紙争点に関する当事者の主張に記載のとおり（以下，同別紙で定義した略
語を本文中においても使用する。）
第３当裁判所の判断
１第２原告らの原告適格の有無（争点(1)）について
(1)行政事件訴訟法９条は，取消訴訟の原告適格について規定するが，同条
１項にいう当該処分の取消しを求めるにつき「法律上の利益を有する者」
とは，当該処分により自己の権利若しくは法律上保護された利益を侵害さ
れ，又は必然的に侵害されるおそれのある者をいうのであり，当該処分を
定めた行政法規が，不特定多数者の具体的利益を専ら一般的公益の中に吸
収解消させるにとどめず，それが帰属する個々人の個別的利益としてもこ
れを保護すべきものとする趣旨を含むと解される場合には，このような利
益もここにいう法律上保護された利益に当たり，当該処分によりこれを侵
害され又は必然的に侵害されるおそれのある者は，当該処分の取消訴訟に
おける原告適格を有するものというべきである。そして，当該処分の相手
方以外の者について上記の法律上保護された利益の有無を判断するに当た
っては，当該処分の根拠となる法令の規定の文言のみによることなく，当
該法令の趣旨及び目的並びに当該処分において考慮されるべき利益の内容
及び性質を考慮し，この場合において，当該法令の趣旨及び目的を考慮す
るに当たっては，当該法令と目的を共通にする関係法令があるときはその
趣旨及び目的をも参酌し，当該利益の内容及び性質を考慮するに当たって
は，当該処分がその根拠となる法令に違反してされた場合に害されること
となる利益の内容及び性質並びにこれが害される態様及び程度をも勘案す
べきものである（同条２項参照。以上につき，最高裁平成１６年（行ヒ）
第１１４号同１７年１２月７日大法廷判決・民集５９巻１０号２６４５頁
参照）。これに対し，第２原告らは，公益・私益区別論は改正行政事件訴
訟法の下ではもはや合理性を失っており，個別保護要件を理由に原告適格
の範囲を絞り込むことは立法趣旨に反するなどとるる主張するが（別紙争
点に関する当事者の主張１（第２原告ら）(1)参照），以上に説示したとこ
ろに照らし，この説示と異なる趣旨をいう限りにおいては，採用すること
ができない。
そこで，以上の観点を踏まえて，本件許可処分の相手方以外の者である
第２原告らが本件許可処分の取消しを求める原告適格を有するか否かにつ
き検討する。
(2)ア航空法３９条１項２号は，当該飛行場の設置によって他人の利益を著
しく害することとならないものであることを飛行場設置許可の要件とし
ている（２号要件）。これは，当該飛行場の設置によって著しく害され
ることから「他人の利益」を保護しようとするものであることは明らか
である。
この点，被告は，同号の規定は主として制限表面等による私権制限の対
象となる私人の財産権に対し配慮すべきことを定めたものであるという。
しかし，物件の制限等について定める航空法４９条等の規定に照らし，
同法３９条１項２号は，同法４９条による私権制限の対象となる財産権
を保護する趣旨を含むものと解すべきことはそのとおりであるとしても，
「他人の利益」には，例えば，設置しようとする当該飛行場周辺に居住
する者が航空機の騒音によって障害を受けないという利益が含まれると
解する余地は十分にあるといえること（最高裁昭和５７年（行ツ）第４
６号平成元年２月１７日第二小法廷判決・民集４３巻２号５６頁参照），
「他人の利益」には何らの限定も付されていないことに照らし，航空法
３９条１項２号の規定の趣旨を被告がいうように限定的に解すべきもの
とは解されない。
思うに，航空法３９条１項２号は，飛行場が公共の利益に強く関わる公
共施設である反面，広大な敷地を必要とし，また，飛行機が航行する施
設であるといったことから，その設置によって私的利益が受忍すべき限
度を超えて侵害される事態が生じるおそれをはらんでいることに鑑み，
「航空機を運航して営む事業の適正かつ合理的な運営を確保」するため
（同法１条参照），著しく害されることから「他人の利益」を保護する
こととし，他人の利益を著しく害することとなるときには飛行場設置許
可をしないものとして，そうした事態の発生を防止する趣旨であると解
される。そして，「他人の利益」とは，これが法律をもって保護しよう
とする対象とされ，かつ，「他人の」ものであることに鑑みれば，飛行
場の設置によって害され得るもので，当該飛行場を設置しようとする者
以外の特定の個々人に帰属する法律上保護された私的利益をいうものと
解される。
そうすると，この「他人の利益」に当たるといえれば，前記(1)の観点
からみた法律上保護された利益にも当たるということができる。
なお，航空法３９条２項は，処分行政庁が飛行場の設置の許可の審査を
行う場合には，公聴会を開き，当該飛行場の設置に関し利害関係を有す
る者に当該飛行場の設置に関する意見を述べる機会を与えなければなら
ない旨を定めており，この公聴会の制度は，同条１項２号の審査に資す
ることを一つの目的としているものと解される。しかし，航空法施行規
則８０条は，同法３９条２項の規定による利害関係を有する者とは同規
則８０条各号に列記されたものをいうとしているところ，同条各号に列
記された者には，飛行場の区域等に私権を有する者のほかに，当該区域
を管轄区域とする地方公共団体や飛行場を利用する者（同条２号の規定
に照らしてもこの「飛行場」とは設置の許可の対象とされる当該飛行場
を指すものと解されるが，当該飛行場はいまだ設置されておらず，「利
用する者」には何らの限定も付されていないことに照らしても，当該飛
行場を利用する意思を有する者であれば，これに該当するものと解され
る。）も含まれることに鑑みても，航空法３９条２項の規定は，結局，
法律上保護されたものか事実上のものかにかかわらず，さらに，私的利
益であると公益であるとにかかわらず，広く当該飛行場の設置に関し利
害関係を有する者の意見を聴き，飛行場の設置の許可の審査に資するも
のにしようとする趣旨と解されるから，同項の「利害関係を有する者」
に当たるからといって，法律上保護された利益を有する者であるという
ことはできないというべきである。
イ(ア)第２原告らは，環境基本法，生物の多様性に関する条約，絶滅のお
それのある野生動植物の種の保存に関する法律，評価法及び新・生物
多様性国家戦略との整合性の観点から，航空法３９条１項２号の「他
人の利益」には，第２原告らの環境的利益，特にコキクガシラやアオ
サンゴのような貴重な野生生物を生存させていくという生物多様性を
確保することによる利益が含まれるなどと主張しており，この主張の
趣旨は，上掲の法律等の趣旨及び目的をも参酌すると，貴重な野生生
物を生存させていくという生物多様性を確保する環境的利益が公益を
超えて第２原告らの個別的利益としても法律上保護されており，これ
が「他人の利益」に当たるというものであると解される。
(イ)ところで，環境基本法は，環境の保全は，環境を健全で恵み豊かな
ものとして維持することが人間の健康で文化的な生活に欠くことので
きないものであること及び生態系が微妙な均衡を保つことによって成
り立っており人類の存続の基盤である限りある環境が，人間の活動に
よる環境への負荷によって損なわれるおそれが生じてきていることに
鑑み，現在及び将来の世代の人間が健全で恵み豊かな環境の恵沢を享
受するとともに人類の存続の基盤である環境が将来にわたって維持さ
れるように適切に行われなければならないことを環境保全の基本理念
の一つとした上で，環境基本法第２章に定める環境の保全に関する施
策の策定及び実施は，基本理念にのっとり，①人の健康が保護され，
及び生活環境が保全され，並びに自然環境が適正に保全されるよう，
大気，水，土壌その他の環境の自然的構成要素が良好な状態に保持さ
れること，②生態系の多様性の確保，野生生物の種の保存その他の
生物の多様性の確保が図られるとともに，森林，農地，水辺地等にお
ける多様な自然環境が地域の自然的社会的条件に応じて体系的に保全
されること，③人と自然との豊かな触れ合いが保たれることの確保
を旨として行われなければならないとし，その環境の保全に関する施
策の一貫として環境影響評価の推進のため必要な措置を講ずることを
定めている（１条，３条，６条，１４条，２０条参照）。
また，評価法は，環境基本法２０条が環境影響評価の推進のため必要
な措置を講ずることを国に義務付けたことを受け，土地の形状の変更，
工作物の新設等の事業を行う事業者がその事業の実施に当たりあらか
じめ環境影響評価を行うことが環境の保全上極めて重要であることに
鑑み，環境影響評価について国等の責務を明らかにするとともに，規
模が大きく環境影響の程度が著しいものとなるおそれがある事業につ
いて環境影響評価が適切かつ円滑に行われるための手続その他所要の
事項を定め，その手続等によって行われた環境影響評価の結果をその
事業に係る環境の保全のための措置その他のその事業の内容に関する
決定に反映させるための措置を採ること等により，その事業において
環境配慮がされることを確保し，もって現在及び将来の国民の健康で
文化的な生活の確保に資することを目的として（評価法１条参照），
制定されたものである。
そして，野生動植物は，生態系の重要な構成要素であるだけでなく，
自然環境の重要な一部として人類の豊かな生活に欠かすことのできな
いものであること（絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関す
る法律１条参照）に照らしても，環境基本法や評価法が，人間の健康
で文化的な生活に欠くことのできない環境を健全で恵み豊かなものと
して維持し，現在及び将来の世代の人間がその恵沢を享受するととも
に，人類の存続の基盤である環境が将来にわたって維持されるように
することを一般的公益として保護しようとしており，その内容として
野生生物の多様性が確保されるようにすることが含まれることは明ら
かである。
(ウ)しかし，生態系の多様性が確保されること，あるいは，野生生物の
種の保存その他の生物の多様性の確保が図られることといっても，そ
のことから直ちに保護対象としての具体的な内容やその主体の範囲，
保護の態様等を明確にすることはできず，このことは，コキクガシラ
やアオサンゴのような貴重な野生生物を生存させていくという生物多
様性を確保することと言ってみたところで同様である。そして，そう
した野生生物の多様性が確保されるといった利益は，その性質を考え
ても，どのような場合にこれが侵害されたというのか一義的に明確で
ないばかりか，侵害されたとしても直ちに特定の者に著しい生活妨害
や健康被害を生じさせるものではなく，また，その価値を評価するか
どうかは多分に主観的な要素に係っていて，その利益が誰に帰属する
のかを客観的に確定することも困難である（第２原告らの主張する上
記のような環境は，人類の生存の基盤として人類が共にその保全に意
を用いるべきものであることからすれば，人類一般がその利益の帰属
主体であるというほかないともみられる。）。こうしたことに照らせ
ば，前記(1)に掲げた観点に鑑みても，ある行政法規がこうした利益を
一般的公益として保護することを超えて個々人の個別的利益として保
護する趣旨を含むというためには，当該行政法規及びその関連法令に
おいて，個々人の個別的なものとして保護されるべき利益の具体的な
内容や主体の範囲，保護の態様等を画す趣旨を明確に読み取ることが
できることが必要であるというべきである。
(エ)この点に関して，第２原告らは，評価法１条の規定する「現在及び
将来の国民の健康で文化的な生活」の内容には，個体としてのヒトが
自然と触れて得られる人間性の回復や保健休養としての効用等の人間
に対して環境が与える有形，無形の福利を享受することという具体的
な利益が含まれ，また，評価法は，免許等の審査において，有意見者
の意見は，その居住地域を問わず，事業に対する賛成，反対，その他
提案事項等も含め尊重すべきことを要求しており，これらの者の利益
が害されないように要請しているなどとした上で，飛行場設置許可に
より影響を受ける自然に触れることにより人間性の回復や保健休養と
しての効用等を享受し，あるいは，これを享受する蓋然性があった者
で，当該飛行場設置許可が当該自然に与える影響についての有意見者
について，第２原告らが主張する環境的利益が認められるとの趣旨を
主張している。
しかし，評価法１条の「現在及び将来の国民の健康で文化的な生活」
の内容について第２原告らが主張するように解することができるとし
ても，個体としてのヒトが自然と触れて得られる人間性の回復や保健
休養としての効用等の人間に対して環境が与える有形，無形の福利を
享受するという利益の内容はぼう漠としており，いかなる自然が保護
の対象とされているのか，この利益がどの範囲の者に認められるのか
といったことはおよそ明確とはいえない。そもそも，第２原告らの主
張によれば，評価法は，将来の国民といういまだ具体的な利益の主体
性を備えていない者に具体的な利益を認めたという背理を認めること
になるともいえるのであって，その主張をにわかに採用することはで
きない。
また，評価法は，その定める手続において，方法書及び準備書につい
て有意見者に意見書の提出権を認め（８条１項，１８条１項），提出
された意見の概要を都道府県知事に送付すること（９条）などそれら
の意見の取扱いについて定めているが，こうして提出された意見の内
容に関しては，都道府県知事が意見を述べたり，事業者が環境影響評
価の項目等の選定及び評価書の作成をしたりする過程でこれに配意し，
また，事業者がこれについての見解を示すことを定めるものの（１０
条３項，１１条１項，１４条１項４号，１９条，２０条２項，２１条
１項。なお，１４条１項２号及び２１条２項２号により，有意見者の
意見の概要は準備書及び評価書に記載される。），それ以上の有意見
者の意見の取扱いについては特段の定めを置いていない。第２原告ら
は，評価書作成過程において，有意見者の意見が最重要視されている
などと主張しているが（別紙争点に関する当事者の主張１（第２原告
ら）(3)ア(ウ)），評価書を作成する過程で事業者が直接に考慮する意
見が有意見者の意見と都道府県知事の意見のみであり，かつ，後者の
意見は前者の意見又はその概要に配意して出されるものであって，そ
の意味で前者の意見につき配意される場面が多いとしても，そのこと
は，有意見者の意見は多数に上ることも想定されその中には多様な内
容が含まれ得ることから，都道府県知事等が意見を形成する上でも有
意な場合があり得ることに鑑みたまでのものと解され，この関係から，
評価法が有意見者の意見を特に尊重すべきことを定めているものとい
うことはできず，他に有意見者の意見を特に尊重すべきことを定めた
規定は見当たらない。評価法が有意見者に対し方法書及び準備書に対
する意見を述べることを認めたのは，後に詳述するように（後記６(1)
ア参照），地方公共団体や一般の人々を含めてその間に広く分散した
形で保有されている環境情報を的確かつ効率的に収集し事業者が行う
環境影響評価に役立てるためであると解され（このことは，評価法が
制定された際の国会審議（乙４９）における立法担当者の説明からも
明らかである。なお，評価法１４条１項４号，２１条２項４号は有意
見者等の意見に対する事業者の見解を準備書及び評価書に記載するこ
ととしているが，これは，事業者が有意見者等の意見につき勘案・配
意することを確保するためであると解され，準備書及び評価書に記載
されるのは有意見者の意見ではなくその概要にとどまること（評価法
１４条１項２号，２１条２項２号）に鑑みても，事業者が個々の有意
見者の意見に対して応答すべきことを定めたものとは考えられない。
したがって，Ｐ８・Ｐ９意見書（甲１６４の１）が説くような事業者
の説明責任を認めることは困難である。），有意見者に対し，当該事
業に関する社会的意思決定に参加する権利を認めたものとは解し得な
い（そもそも事業に関する意思決定を行うのは事業者である。）。ま
してや，評価法が有意見者に対し方法書及び準備書に対する意見を述
べることを認めたことから，評価法３３条の審査において有意見者の
意見を，事業に対する賛成，反対，その他提案事項等も含めて尊重す
べきことが要求されているとか，評価法が有意見者の実体的な利益が
害されないように要請しているとかの結論を導くことはできない（第
２原告らの主張によれば，場合によっては，相反する意見をいずれも
尊重すべきことになるが，そもそもそのようなことができるのかは疑
問である。また，手続上一定の立場が認められているからといって，
直ちに，その者の実体的な利益を尊重すべきことにはならないという
べきであって，第２原告らの主張には論理の飛躍があるといわざるを
得ない。）。
さらに，第２原告らは，環境基本法１条，３条，６条，７条及び１４
条は，生態系の多様性を確保するという利益を含む法的利益を対象と
した環境権を有することを確認しているなどというが（別紙争点に関
する当事者の主張４（原告ら）(1)参照），これらの規定に照らしても，
生態系の多様性の確保等に関し，個々人の個別的なものとして保護さ
れるべき利益の具体的な内容や主体の範囲，保護の態様等を画す趣旨
を明確に読み取ることは不可能であり，環境基本法が個々人の個別的，
具体的な権利として第２原告ら主張のような環境権を認めたというこ
とはできない（なお，第２原告らは，憲法１３条及び２５条にも言及
しているが，これらの憲法規定から直ちに第２原告ら主張のような個
別的具体的な権利を導くことは困難である。）。
そして，評価法及び環境基本法のほか，第２原告らが引用する絶滅の
おそれのある野生動植物の種の保存に関する法律，生物の多様性に関
する条約の規定には，野生生物の多様性が確保されることに関して，
他に，個々人の個別的な利益として保護されるべきものの具体的な内
容や主体の範囲，保護の態様等を画す趣旨を明確に読み取ることがで
きるものは見当たらず，その他この趣旨を明確に読み取ることができ
る関連法令の規定も見当たらない（なお，第２原告らは，新・生物多
様性国家戦略を引用するが，これは法令に当たらない。）。
(オ)結局，前記(ア)に掲げた法令及びその関連法令によって，飛行場設
置許可により影響を受ける自然に触れることにより人間性の回復や保
健休養としての効用等を享受し，あるいは，これを享受する蓋然性が
あった者で，当該飛行場設置許可が当該自然に与える影響についての
有意見者について，個々人の個別的利益として第２原告らが主張する
ような環境的利益が認められるということはできないし，上記の法令
の中に貴重な野生生物を生存させていくという生物多様性を確保する
ことの利益を個々人の個別的利益として保護する趣旨を含む規定が存
在するとも認められない。
(カ)そして，他に，第２原告らが主張するような環境的利益を前記アで
みたような「他人の利益」として保護する趣旨の法令は見当たらない。
ウまた，航空法３９条１項２号の規定を離れて検討しても，航空法は，国
際民間航空条約の規定並びに同条約の附属書として採択された標準，方
式及び手続に準拠して，航空機の航行の安全及び航空機の航行に起因す
る障害の防止を図るための方法を定め，並びに航空機を運航して営む事
業の適正かつ合理的な運営を確保してその利用者の利便の増進を図るこ
とにより，航空の発達を図り，もって公共の福祉を増進することを目的
とするものであって（１条参照），貴重な野生生物の保護あるいは生態
系の多様性の確保を目的としたものではない。航空法及び航空法施行令
等のその関連法令には，騒音のほか，航空機の装備する発動機の排出物
から環境を保護する趣旨であると解し得る規定が存するものの（航空法
１０条４項２号及び３号，航空法施行規則１２条の２等。なお，国際民
間航空条約第１６附属書参照），貴重な野生生物を生存させていくとい
う生物多様性あるいは生態系の多様性を確保することによる利益を個別
具体的な利益として保護する趣旨であると解し得る規定は見当たらない。
これに対し，第２原告らは種々の主張をしているが（別紙争点に関する
当事者の主張４（原告ら）(2)参照），以上に説示したところに照らし，
いずれも失当である。
エさらに，評価法３３条は，対象事業に係る免許等を行う者が当該免許等
の審査に際し当該対象事業につき，環境配慮がされるものであるかどう
かの審査（環境配慮審査）をすることを定め（１項），当該免許等に係
る規定に定める基準に関する審査と環境配慮審査の結果を併せて判断す
るものとしており（２項），飛行場設置許可申請に関する航空法３９条
１項所定の審査は，この「当該免許等に係る規定に定める審査」に含ま
れる（環境影響評価法施行令１４条，別表第四参照）。したがって，前
提事実によれば対象事業に係るものであることが認められる本件許可処
分については，評価法もその処分の根拠となる法令に当たるということ
ができる。
しかし，評価法及びその関係法令によって，第２原告らが主張するよう
な環境的利益あるいは貴重な野生生物を生存させていくという生物多様
性を確保することの利益が個々人の個別的利益として保護されていると
いうことができないことは，既に説示したところから明らかである（一
般的公益として保護しようとしていることは前述のとおりである。）。
オ結局のところ，飛行場設置許可により影響を受ける自然に触れること
により人間性の回復や保健休養としての効用等を享受し，あるいは，こ
れを享受する蓋然性があった者で，当該飛行場設置許可が当該自然に与
える影響についての有意見者について，個々人の個別的利益として第２
原告らが主張するような環境的利益が認められるということはできない
し，航空法及びその関連法令（評価法及びその関連法令を含む。）が貴
重な野生生物を生存させていくという生物多様性を確保することの利益
を個々人の個別的利益として保護する趣旨を含むものであるとは認めら
れず，この利益が航空法３９条１項２号の「他人の利益」に含まれるも
のと解することもできない。第２原告らが主張する環境的利益は，一般
的公益として保護されるが，その中に吸収され解消されるにとどまるも
のといわざるを得ない。
(3)ア次に，第２原告らは，本件自己信託によって，所有者（共有者）の使
用処分権が制限され，その限度で第２原告らが消極的に１４７共有地の
使用権を得たといえ，１４７共有地の共有者の権利と同等か又はそれ以
上といってよいくらいに本件空港の敷地に対して密接な利害関係を持つ
立場となった，本件自己信託による第２原告らの受益権は，対価なく土
地を使用できる権利という点で使用貸借による権利（航空法施行規則８
０条２項）に類似し，第２原告らは「土地に関する権利を有する者」
（同項）に該当するなどと主張している。
そして，航空法４９条等の規定に照らし，同法３９条１項２号の規定が
同法４９条による私権制限の対象となる財産権を保護する趣旨を含むも
のと解されることは既に説示したとおりであり（同法３９条１項２号の
「他人の利益」には，同法４９条による私権制限の対象となる財産権が
含まれるものと解される。），本件許可処分に基づきこの私権制限を受
ける対象となる財産権を有する者は，本件許可処分の取消しを求めるに
つき「法律上の利益を有する者」（行政事件訴訟法９条１項）に該当す
るものと解される（前提事実のとおり本件空港の敷地内に所在する本件
共有地を共有する第１原告らは，この私権制限の対象とされる所有権
（共有持分権）を有する者として，本件訴訟の原告適格を有するものと
認められる。）。
イこの点，確かに，１４７共有地の共有者である原告Ｐ２らが本件自己信
託をしたことは前提事実のとおりであり，本件自己信託により，第２原
告らは，１４７共有地を信託財産とする受益権を取得したものと認めら
れる。
しかし，前提事実によれば，①本件自己信託は，α３の自然環境破壊
につながる開発の阻止を図り，ひいてはα３サンゴ礁生態系や本件空港
建設予定地にあるα７洞窟群生態系等の自然環境を保全し，それによっ
てもたらされる有形無形の福利を第２原告らに享受せしめることを目的
としており，本件自己信託においては，②信託財産に属する財産の管
理又は処分の方法として，本件土地について，受託者は区画・形質の変
更を行わないことと，受託者は第２原告ら以外の第三者に対して本件土
地の持分を譲渡，貸与しないことが定められ，また，③信託の終了事
由として，１４７共有地につき権利取得裁決がされてその所有権が移転
することのほか，本件許可処分が取り消されることが定められている。
さらに，１４７共有地が収用された場合の土地補償金は，当該権利取得
裁決時の所有者に帰属するものとするとされていることに鑑みても，第
２原告らが本件自己信託によって取得した受益権は，α３の自然環境破
壊につながる開発を阻止して，α３サンゴ礁生態系や本件空港予定地に
あるα７洞窟群生態系等の自然環境を保全し，それによってもたらされ
る有形無形の福利を第２原告らが享受し続けられるようにするため，１
４７共有地の共有者である原告Ｐ２らに対し，同人らが，自ら１４７共
有地の区画・形質の変更をしたり，第２原告ら以外の第三者に対し１４
７共有地の持分を譲渡又は貸与したりしないことを求める不作為請求権
と，せいぜい，原告Ｐ２らが本件自己信託の定めに違反する行為をする
場合における当該行為の差止め請求権（信託法４４条１項）等の上記不
作為請求権を確保するために同法の規定に基づいて取得する権利までで
あると認められる（同法２条７項参照）。
そうすると，第２原告らが本件自己信託によって取得した受益権が航空
法４９条１項による制限（一定の高さの建造物，植物その他の物件を設
置し，植栽し，又は留置することの制限）によって規制される関係に立
つとはおよそ認められない（第２原告らが本件自己信託によって取得し
た受益権は，第２原告らが１４７共有地を使用することを認めるもので
はないから，消極的に１４７共有地の使用権を得たなどという第２原告
らの前記主張が失当であることは明らかである。）。
そして，原告Ｐ２らに対する前記のような内容の不作為請求権を主な内
容とする第２原告らの本件自己信託による受益権が本件許可処分によっ
て侵害されるというべき根拠は，他に見当たらない。
(4)以上によれば，第２原告らの主張に基づいて第２原告らが本件許可処分
の取消しを求めるにつき「法律上の利益を有する者」に当たるということ
はできず，他に，第２原告らがこれに当たるというべき事情も見当たらな
い以上，第２原告らに本件訴訟の原告適格を認めることはできない。
２航空法３８条２項及び３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項
４号の要件充足の有無（争点(2)ア）について
(1)原告ら（第２原告らを除く。以下同じ。）は，県が本件申請書において
本件共有地について１名分を除き所有者の氏名及び住所を記載しなかった
として，そのことが航空法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項４号
に違反するなどと主張している。
ところで，航空法施行規則７６条１項４号が申請書に飛行場予定地の所有
者の氏名及び住所の記載を求めたのは，飛行場予定地を特定する資料とす
るためであると解される（さらに，同規則７８条１項によれば，飛行場予
定地の所有者の氏名及び住所が航空法３８条３項による公示及び掲示の対
象事項に含まれるから，飛行場予定地の所有者の氏名及び住所を申請書に
記載させることが公示及び掲示をする上で事実上便宜にかなうことも考慮
されているものとも考えられる。）。原告らは，申請書における飛行場予
定地の所有者の氏名及び住所の記載は，航空法３９条２項で定められてい
る公聴会で公述の申出をした者が当該区域内に私法上の権利を有している
か否かを処分行政庁が確認するのに不可欠なものであるなどというが，そ
のような確認を処分行政庁が行うとしても（そもそも，同項の公聴会にお
いて意見を述べる機会を与えられる「当該飛行場の設置に関し利害関係を
有する者」には既に説示したとおり飛行場を利用する者も含まれること
（航空法施行規則８０条５号）に照らして，公聴会を開くに際して，公述
を求める者が当該区域内に私権を有しているかどうかを処分行政庁が厳密
に確認するということ自体に疑問がないではない。），申請書に記載があ
るか否かによって当該者が当該区域内に私権を有しているか否かを確定で
きるわけではないことに鑑みれば，原告らの上記主張を肯定することはで
きない。
本件申請書をみると，原告らが提出した甲第１６２号証によっても，本件
共有地のそれぞれの土地について，共有者のうち１名の氏名及び住所が記
載されたほかに，その余の共有者の人数が記載されていることに加え，当
該土地の所在及び地番の記載によって本件共有地が空港予定地に含まれる
ことが特定されているから，本件申請書が航空法３８条２項及び航空法施
行規則７６条１項４号に違反しているということはできない（なお，原告
らは，本件共有地の共有者だけその全員の氏名及び住所の記載がされなか
ったことは明らかに差別的な取扱いであるなどというが，以上に説示した
ところから明らかなように，空港予定地の所有者の氏名及び住所の記載は
空港予定地を特定するためのものである以上に特別の意味はないのであっ
て，氏名及び住所の記載がないことによって本件共有地の共有者が何らか
の不利益を受けることがあるとは認められず，この主張は失当である。）。
そして，他に要件該当性を疑わせる特段の事情はうかがわれないから，本
件申請書は，航空法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項４号の要件
を満たしているものと認められる。
(2)原告らは，本件申請に関して，航空法３８条３項並びに航空法施行規則
７８条１項及び７６条１項４号に基づく告示及び掲示において，飛行場予
定地並びにその所有者の氏名及び住所の告示及び掲示に瑕疵があると主張
している。
航空法３８条３項は，処分行政庁に対し，飛行場の設置の許可の申請があ
ったときに，飛行場の位置及び範囲，公共の用に供するかどうかの別，着
陸帯，進入区域，進入表面，転移表面，水平表面，供用開始の予定期日そ
の他国土交通省令で定める事項を告示するとともに，現地においてこれを
掲示することを義務付けている。また，航空法施行規則７８条１項は，当
該国土交通省令で定める事項として，同規則７６条１項１号から５号まで，
８号及び９号に掲げる事項を定め，同項４号は，飛行場予定地又は予定水
面並びにそれらの所有者の氏名及び住所を掲げている。航空法３９条２項
が同条１項の審査を行う場合には公聴会を開き，飛行場の設置に関し利害
関係を有する者に当該飛行場の設置に関する意見を述べる機会を与えなけ
ればならないとしていることに鑑みれば，同法３８条３項がこのような告
示及び掲示を定めているのは，飛行場の設置に関し利害関係を有する者に，
飛行場の設置の許可の申請があったこと及びその申請の概要を告知し，公
聴会において当該飛行場の設置に関する意見を述べる機会を保障しようと
する趣旨であると解される。
ところで，前提事実に加え，証拠（乙３，４，１１）及び弁論の全趣旨に
よれば，本件申請書には，本件空港予定地の土地全３６０筆のうち被告及
び県が所有する６５筆を除く２９５筆中２８９筆について，その所有者
（共有者を含む。以下同じ。）から知事宛ての「新石垣空港整備事業用地
として，適正な価格で譲渡することに同意します。」等との記載のある同
意書（以下「譲渡同意書」という。）の写しが添付され，その余の６筆は，
所有者が行方不明であるか所有者の相続人が不存在であるため当該土地の
県に対する売渡しを承諾する意思の有無を確認することができない４筆
（うち３筆は同一人の所有である。）と本件共有地であったこと（１４７
共有地の共有者は，全員が１４６共有地の共有者でもある。なお，１４６
共有地の共有者の一部（９名）は，譲渡同意書を提出しており，その余の
者（６００名以上）及び１４７共有地の共有者全員については，本件申請
書の添付書類上，県に対するその共有持分権の売渡しを承諾する意思がな
いことが確認されたとされている。），処分行政庁は，本件申請を受けて，
平成１７年１０月１７日付けで，制限表面等，航空法３８条３項及び航空
法施行規則７８条１項所定の事項を同年国土交通省告示第○号（乙４）と
して告示するとともに，県八重山支庁等において当該告示を掲示したこと，
当該告示及び掲示には，飛行場の予定地として「沖縄県石垣市α２××番ほ
か三百五十九筆」，飛行場の予定地の所有者の氏名及び住所として「Ｐ１
０株式会社（沖縄県石垣市α８×番地一）ほか七百四十七名」と記載されて
いるほか，「（飛行場の予定地並びにその所有者の氏名及び住所の詳細に
ついては，沖縄県庁において縦覧に供する。）」と記載され，さらに，標
点の位置の記載や地図等によって飛行場の範囲，着陸帯，進入区域，進入
表面，水平表面，転移表面が表示されていること（これらの表示に用いら
れている地図等を対比すれば，この飛行場の範囲は，着陸帯，進入区域並
びに水平表面及び転移表面の投影面内の区域によって覆い尽くされている
ことが明らかである。）が認められる。そして，上記のとおり，１４６共
有地は多数の者によって共有されており，その共有者の多くにつき共有持
分権の売渡しを承諾する意思がないことが確認されたとされていること，
本件空港予定地で他に多数の者によって共有されている土地は見当たらな
いことに鑑みれば，１４６共有地は，α４岳陸上案予定地の土地を取得し
空港建設のためには同土地を売却しないというα３トラスト運動の対象地
であって，その共有者は全員がα３トラスト運動の参加者であると推認さ
れる。他方，航空法施行規則８０条は，航空法３９条２項の規定による利
害関係を有する者に，飛行場の区域，進入区域又は転移表面，水平表面等
の投影面内の区域の土地又は建物について所有権などによる権利その他土
地建物に関する権利を有する者や，飛行場を利用する者が含まれる旨規定
している。
以上によれば，本件空港予定地（被告及び県が所有するものを除く。）の
所有者のほぼ全員が，本件申請の当時には，その所有地（共有地を含む。
以下同じ。）が本件空港予定地に含まれることを知っていたと認められ
（多くの所有者は，知事宛てに譲渡同意書を提出していることに照らし，
その所有地が本件空港予定地に含まれることを知っていたはずである。ま
た，本件共有地の共有者（１４６共有地の共有者の中には１４７共有地の
共有者全員が含まれる。）は，α３トラスト運動の参加者であって，本件
共有地が本件空港予定地に含まれることを当然に知っていたはずであ
る。），その所有地が本件空港予定地に含まれることを知っていたことが
確認できないのは，既に所有名義人が死亡しており相続人が存在しない１
筆分を除けば，行方不明のため県に対する当該土地の売渡しを承諾する意
思の有無を確認することができない３筆の土地の所有者Ｐ１１のみにすぎ
ない。そして，上記告示・掲示には，１名分を除いて飛行場の予定地の所
有者の氏名及び住所の記載が省略されていたものの，飛行場の予定地が石
垣市α２××番ほか３５９筆であることが示され，飛行場の範囲，着陸帯，
進入区域，進入表面，水平表面，転移表面が図示されていること等とあい
まって，当該飛行場の範囲内に土地を所有する者等にとって，自らが航空
法３９条２項所定の利害関係者に該当することを認識することが可能な情
報が一応含まれているものと認められる。さらに，飛行場の予定地並びに
その所有者の氏名及び住所の詳細については，県庁において縦覧に供する
ことも告示，掲示されており，その詳細を確認する方法が示されているこ
とに鑑みても，前記のような航空法３８条３項の告示・掲示の趣旨に照ら
し，飛行場の予定地の所有者の氏名及び住所の記載が１名分を除いて省略
されていたからといって，本件の告示・掲示に航空法３８条３項並びに航
空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号に違反する瑕疵があると認め
ることはできない。
(3)そして，他に特段の事情も認められない以上，本件申請に関し，航空法
３８条２項及び３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号
の要件は充足されているというべきである。
３１号要件のうちの４号基準の充足の有無（争点(2)イ）について
(1)原告らは，①本件空港の滑走路直下に洞窟ないし空洞が存在し，それ
らが崩壊することなどにより本件空港の滑走路が陥没ないし崩壊するおそ
れがあること，②本件空港の滑走路において強い乱気流が発生するおそ
れがあること，③本件空港の滑走路が津波により水没するおそれがある
ことを理由に，本件許可処分が航空法３９条１項１号及び航空法施行規則
７９条１項４号に違反した違法なものであるとして種々の主張をしている。
(2)ア航空法３８条１項は，処分行政庁以外の者が飛行場を設置しようとす
るときは処分行政庁の許可を受けなければならないと定め，同法３９条
１項１号は，当該飛行場の位置，構造等の設置の計画が国土交通省令で
定める基準に適合するものであることを飛行場設置許可の要件としてい
る。そして，航空法施行規則７９条１項４号は，陸上飛行場にあっては，
滑走路，誘導路及びエプロン（以下「滑走路等」ということがある。）
が，これらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航
に十分耐えるだけの強度（以下「十分な強度」という。）を有するもの
であることを航空法３９条１項１号の基準の一つとする。他方，航空法
４２条は，飛行場の設置者は，当該許可に係る施設の工事が完成したと
きは，遅滞なく処分行政庁の検査を受けなければならず（１項），処分
行政庁は，この検査の結果当該施設が申請書に記載した設置の計画に適
合していると認めるときはこれを合格としなければならないこと（２
項），飛行場の設置者は，同条１項の検査の合格があったときは遅滞な
く供用開始の期日を定めてこれを処分行政庁に届け出なければならず
（３項），この規定により届け出た供用開始の期日以後でなければ当該
施設を供用してはならないこと（４項）を定めている。
これらによれば，航空法は，第１段階として，飛行場を設置しようと
する者に飛行場設置許可を受けることを義務付け，飛行場設置許可申請
の審査において，飛行場の施設の設置の計画が国土交通省令で定める基
準に適合するものであることを基準として審査することを定めるととも
に，第２段階として，設置許可を受けた飛行場の施設の工事が完成した
ときに，当該施設が申請書に記載された設置の計画に適合するものであ
るかどうかを審査することとし，この審査に合格した後に飛行場の設置
者が定めて処分行政庁に届け出た供用開始の期日より前に当該施設を供
用することを禁じている。このように，第１段階の飛行場設置許可申請
の審査の段階では，施設の設置の計画が基準に適合するものであるかに
ついて審査して，基準に適合しない計画による飛行場の施設の設置工事
が行われることを防ぐとともに，第２段階の完成検査の審査の段階では，
完成した施設がその設置の計画に適合するものであるかについて審査す
ることにより，設置の計画に適合せず，ひいては基準に適合しない施設
が供用されることを防ぐことによって，航空機の航行の安全及び航空機
の航行に起因する障害の防止（航空法１条参照）を図ろうとしているも
のと解される。
航空法施行規則７６条１項５号は，飛行場の設置の許可の申請書の記
載事項として「滑走路の強度」を掲げているが，その記載は，例えば，
本件でいえば「単車輪荷重３１．５ｔ，舗装体の設計強度ＬＡ－１２」
といったものであり，第１段階の飛行場設置許可申請の審査における４
号基準についての審査は，このように申請書に記載された設置が計画さ
れている滑走路の強度が，使用することが予想される航空機の予想され
る回数の運航に照らして，十分な強度を有するものであるかどうか等に
ついて審査するものである。
イ他方，航空法施行規則の一部を改正する省令（平成２０年国土交通省令
第５４号）が平成２０年７月１日に施行されたことにより（同省令附則
１項参照），自然災害等に対する安全を担保するため，航空法施行規則
の定める空港の設置基準に，滑走路等の自重，地震動，水圧，波浪等に
よる損傷等が当該施設の機能を損なわず，継続して使用することに影響
を及ぼさないことを追加する内容の改正が行われた（甲１１５，１１６
参照）。このことに照らしても，「滑走路，誘導路及びエプロンがこれ
らを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐
えるだけの強度を有するものであること。」（航空法施行規則７９条１
項４号）とは，航空機の運航による外力，すなわち航空機の荷重による
外力が繰り返し加わることに対する滑走路等の属性としての強さの程度
について，予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけ
のものを求める趣旨であると解される。
(3)ア以上によれば，原告らの前記主張のうち，②本件空港の滑走路にお
いて強い乱気流が発生するおそれがあることをいうものはもとより，③
本件空港の滑走路が津波により水没するおそれがあることをいうものも，
４号基準とは何ら関係しないというべきであって，いずれも失当である
（乱気流の発生が航空機の荷重による外力に対する滑走路の属性として
の強さの程度に何ら関係しないことはいうまでもないことであるし，津
波による滑走路の水没は，これにより滑走路等が損傷を受けることをい
うものであるとしても，前記のように航空法施行規則が改正された経過
に照らし，当該改正前の規定に基づく基準である４号基準とは関係しな
いことが明らかである。）。
イまた，原告らの前記主張のうち，①本件空港の滑走路直下に洞窟な
いし空洞が存在し，それらが崩壊することなどにより本件空港の滑走路
等が陥没ないし崩壊するおそれがあることをいうものは，これが実際に
設置される滑走路等が強度不足となるおそれがあることをいうものであ
れば，実際に設置される滑走路，誘導路及びエプロンが計画された当該
強度を有するものであるかどうかは第２段階の完成検査の際の審査事項
であることに照らし，失当であるといわざるを得ない（滑走路直下の洞
窟等の崩落のおそれの有無は，今後第２段階の完成検査の際に慎重に審
査されるべきものということができる。）。
ウこれに対し，原告らは，４号基準においては滑走路等の直下の地盤の
強度も当然に問題となり，飛行場設置許可処分がされた当時の計画が実
現した場合における滑走路等の直下の客観的強度（補強等がある場合は
それを含めた強度）と飛行場における航空機滑走の頻度，滑走する航空
機等の荷重，滑走路等の建造物の構造との相関関係によって，その適合
性が判断されると主張している。
確かに，滑走路等が十分な強度を有することを基準として定める航空
法施行規則７９条１項４号の「滑走路，誘導路及びエプロン」にはそれ
らの基礎地盤が当然に含まれ，４号基準に関する審査において滑走路等
が基礎地盤の点を含めて十分な強度を有することが審査の対象となるも
のと解することができる（航空法施行規則の一部を改正する省令（平成
２０年国土交通省令第５４号）による同号の改正は，その趣旨を明確に
するものであると解される。また，同様の観点から，航空法施行規則７
６条１項５号に基づいて飛行場の設置の許可の申請書に記載される「滑
走路の強度」は，基礎地盤の点も含めて設置を計画する滑走路の強度を
記載することが求められているものと解される。）が，それは，基礎地
盤を含めた滑走路等の計画される強度がその基準を満たすかどうか（十
分な強度を有することを予定する計画となっているかどうか）を審査す
るものであるというべきである。
これに対し，原告らの上記主張が，滑走路等の設置の計画と滑走路等
の直下の地盤の客観的強度とを対比，区別して考えるというものである
とすれば，その場合，滑走路等の直下の地盤の強度が明らかにならなけ
れば４号基準の審査をすることができないはずであるが，飛行場の設置
の許可の申請書の記載事項及び添付書類等について定める航空法施行規
則７６条及び７７条の規定に照らしても滑走路等の直下の地盤の強度に
ついての記載又は資料の添付を求める趣旨の規定は見当たらないことに
鑑みても，航空法及び航空法施行規則はそのような対比，区別を予定す
るものではないと解さざるを得ない（本件申請書についてみても，本件
空港の滑走路等の直下の地盤の強度を明らかにする記載も，これを明ら
かにする添付資料も存しない（なお，原告らは，本件申請書の記載事項
及び添付書類について，争点(2)アに関するものの他には特段の主張をし
ておらず，争点(2)アに関わるもの以外の記載事項及び添付書類に不足が
ないことにつき当事者間に争いはないものと認められる。）。）。
結局，平成２０年国土交通省令第５４号による改正前の航空法施行規
則において，４号基準は，設置を計画する滑走路等が基礎地盤の点も含
めて十分な強度を有するものであることを求めるものであるというべき
であるが，この場合の滑走路等（基礎地盤も含む。以下同じ。）の設置
の計画とは，具体的には，設置しようとする滑走路等が有すべき性能と
しての強度そのものについての計画を指すものと解される（飛行場の設
置の許可の申請書の記載事項を定める航空法施行規則７６条１項５号は
「滑走路の強度」とするのみであって，「滑走路の強度を実現するため
の構造等の計画」などとの定めは置いていないこと，飛行場の設置の許
可の申請時における滑走路等の直下の地盤の強度について，これを滑走
路それ自体等の強度と区別して申請書の記載事項とし又はこれを明らか
にする資料を添付書類とする航空法及び航空法施行規則等の関連法令の
規定は見当たらないことに加え，飛行場の設置の許可を受けた者（飛行
場の設置者）は当該施設について国土交通省令で定める航空の安全のた
め特に重要な変更を加えようとするときは国土交通大臣の許可を受けな
ければならないとされ（航空法４３条１項），この規定による許可を受
けなければならない重要な変更の一つとして，滑走路，着陸帯，誘導路
又はエプロンの強度の変更が定められている一方で（航空法施行規則８
５条１号参照），飛行場の設置の許可を受けた者がその許可を受けた際
に有していた滑走路等の構造等をどのようなものとするかについての具
体的な計画（設計図書等）を変更することについては国土交通大臣の許
可を必要としていないこと（飛行場設置許可の申請書に記載すべき飛行
場の施設の概要（同規則７６条１項８号参照）や，申請書に添付すべき
飛行場の工事設計図書又は仕様書（同条２項３号参照）につき，設置許
可を受けた後に変更があった場合にも，その変更の許可は必要とされて
いない。）に鑑みれば，強度に関する滑走路等の設置の計画とは，例え
ば単車輪荷重３１．５ｔに耐えられる滑走路等にすることといった滑走
路等が有すべき性能の計画を意味するものと解さざるを得ない。）。原
告らの前記主張が，上記のような性能の計画を離れて，飛行場の設置の
許可の申請時点において設計図書等に基づき一応想定されている工事方
法等によって施工がされた場合（補強がある場合にはこれに補強が施さ
れた後）における実際の強度を専ら問題とするものであれば，失当であ
るというべきである。
(4)そして，前提事実に加え，証拠（乙３，８）及び弁論の全趣旨によれば，
①本件申請書において，本件空港の滑走路の単車輪荷重は３１．５ｔ，
舗装体の設計強度はＬＡ－１２，滑走路の舗装の種類はアスファルトコン
クリート舗装，誘導路の舗装の種類はアスファルトコンクリート舗装，エ
プロンの舗装の種類はセメントコンクリート舗装，滑走路端部中央帯は下
層路盤（粒状材修正ＣＢＲ≧３０）厚さ１４０ｍｍ，上層路盤（アスフ
ァルト安定処理材）厚さ１３０ｍｍ，基層厚さ３０ｍｍが２層及び表層５
０ｍｍ，平行・末端誘導路は下層路盤（粒状材修正ＣＢＲ≧３０）厚さ
１４０ｍｍ，上層路盤（アスファルト安定処理材）厚さ１３０ｍｍ，基層
厚さ７０ｍｍ及び表層７０ｍｍ，エプロンは上層路盤（粒状材修正ＣＢ
Ｒ≧４５）厚さ１５０ｍｍ及びコンクリート３６０ｍｍなどとする計画で
あることが示されていること（なお，単車輪荷重３１．５ｔは，沖縄県空
港の設置及び管理に関する条例５条１項本文の規定により，宮古空港及び
久米島空港（これらの空港は，Ｂ７６７等の中型ジェット機が就航するの
に対応した滑走路を有している。）について，単車輪荷重がそれ以上とな
る場合には，空港の施設を使用してはならないとされている航空機の単車
輪荷重と同じである。），②本件申請書上，本件空港の利用を予定する
航空機の種類及び形式はＢ７６７－３００，Ｂ７３７－４００，ＤＨＣ－
８及びＢＮ－２Ｂ型旅客機，平成２８年度の年間旅客数は合計２２３８千
人，機材別ピーク日便数は中型ジェット（Ｂ７６７－３００）が１４便，
小型ジェット（Ｂ７３７－４００）が３８便，プロペラ機１（ＤＨＣ－
８）が２便，プロペラ機（ＢＮ－２Ｂ）が２便の合計５６便，平成３３年
度の年間旅客数は合計２５９７千人，機材別ピーク日便数は中型ジェット
（Ｂ７６７－３００）が１６便，小型ジェット（Ｂ７３７－４００）が４
４便，プロペラ機１（ＤＨＣ－８）が２便，プロペラ機（ＢＮ－２Ｂ）が
２便の合計６４便などとされていること，③国土交通省航空局監修の航
空土木施設設計基準（乙８）によれば，滑走路等の基本施設及びそれに付
帯する施設の舗装の設計荷重は，設計の対象となる舗装上の設計年数にわ
たる推計交通（通常は１０年を標準とする。）を基に，設計荷重の区分の
いずれかの中から選ぶことを標準とし，また，設計反復作用回数は，設計
の対象となる舗装上の設計年数にわたる交通量と交通分布から求める方法
等により算定し，設計反復作用の回数の区分のいずれかを選ぶことを標準
とするなどとされた上，解説において，設計荷重としては，アスファルト
舗装の場合，対象機材の中で最も厚い舗装厚を必要とする荷重区分を選ぶ
のが一般的などとされていること，④同基準における設計荷重の区分Ｌ
Ａ－１２は，Ｂ７６７を対象機種としていることが認められる。また，原
告らは，本件申請書に示された上記のような滑走路等の設置の計画それ自
体の４号基準への適合性に関しては特段の問題点を指摘していない。
以上によれば，本件空港の滑走路は，本件空港の利用を予定する航空機の
うち単車輪荷重が最も大きいと認められるＢ７６７－３００の荷重に耐え
られる単車輪荷重に対応するものとして計画されており，また，滑走路等
の基本施設及びそれに付帯する施設の舗装は，航空土木施設設計基準に基
づき最も厚い舗装厚等を必要とするＢ７６７－３００に対応した設計荷重
の区分ＬＡ－１２により推計交通に応じた設計反復作用回数の区分を選択
して計画されているものであって，これらの計画は，基礎地盤を含めてそ
うした計画の実現を企図するものであると認められる。
(5)これらによれば，本件空港において設置が計画されている滑走路等は十
分な強度を有するものと認められる（原告らの前記(3)ウに摘示した主張が，
前述したような設計図書等に基づき想定されている工事方法等によって施
工された場合の実際の強度を問題とするのではなく，基礎地盤を含めた滑
走路等の設置の計画を問題にしており，当該計画が十分な強度を有しない
ことをいうものであるとしても，本件空港における滑走路等の強度の計画
は以上に説示したとおりであり，十分な強度を有するものと認められるの
であって，原告らの上記主張は失当であるといわざるを得ない。また，こ
の判断は，原告らが前記①の主張に関連して様々に主張するところ及び本
件空港予定地の地盤等に関して提出した種々の証拠のいずれによっても左
右されない。）。
なお，航空法が飛行場の設置に関して前記のような２段階の審査を予定し
ている趣旨等に鑑みたとしても，飛行場設置許可の申請書及びその添付書
面から当該性能の計画におよそ実現可能性がないことが明らかであるとき
には，それを４号基準の審査というかどうかはともかく，当該飛行場設置
許可をすることができず，これに反してされた飛行場設置許可処分は不適
法であると解する余地はあるが，高度に発達した現代の土木技術の水準に
鑑みて，そのことが認められるのは特別の事情がある例外的な場合に限ら
れるというべきであり，本件申請書及びその添付書面（乙３）に照らし，
本件許可処分についてはこのような事情を認めることができない（むしろ，
本件許可処分後の調査により空洞に崩落する可能性がある箇所があること
が判明したことを受けて平成１９年７月に行われた第１０回Ｐ１２委員会
において，空洞対策工法として，場所に応じてアーチ（直接基礎）工法又
はスラブ（直接基礎）工法が最適であるとされた経過（甲１１）等に照ら
しても，当該性能の計画は十分に実現可能性があるというべきである。）。
以上によれば，本件申請における本件空港の位置，構造等の設置の計画は
４号基準に適合しており，この点に関する１号要件を充足するものとした
処分行政庁の判断に違法はないというべきである。
４２号要件充足の有無（争点(2)ウ）について
(1)航空法３９条１項２号は当該飛行場の設置によって他人の利益を著しく
害することとならないものであることを飛行場設置許可の要件としている
ところ（２号要件），同号の趣旨が飛行場の設置によって私的利益が受忍
すべき限度を超えて侵害される事態の発生を防止しようとするものであっ
て，この「他人の利益」とは，飛行場の設置によって害され得るもので，
当該飛行場を設置しようとする者以外の特定の個々人に帰属する法律上保
護された私的利益をいうものであると解されることは既に説示したとおり
である（なお，「他人」の利益である以上，自然物それ自体の利益を観念
することができたとしてもこれが含まれないことはいうまでもないことで
ある。）。この点，原告らは，航空法３９条１項２号の「他人の利益」に
は，原告らの環境的利益，特に，コキクガシラ及びアオサンゴのような貴
重な野生生物を生存させていくという生物多様性を確保することによる利
益が当然に含まれるなどというが，この主張が失当であることも既に説示
したとおりである。
また，上記のような２号要件の趣旨に照らせば，他人の利益を著しく害す
ることとならないものであるかどうかは，当該飛行場の公共性の有無やそ
の程度，当該飛行場の設置によって侵害される他人の利益の性質及び内容，
その侵害の態様及び程度，侵害に対する補償措置の有無やその内容等を総
合的に考慮してこれを判断すべきものと解され，その判断は処分行政庁の
合理的な裁量に委ねられているものと考えられる。
そうすると，２号要件の充足を認めた処分行政庁の判断が違法となるのは，
その判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用があるというべき事情が認められ
る場合に限られるというべきである。
(2)原告らは，上記の環境的利益が侵害されると主張するばかりであり（こ
の主張が失当であることは，上述したところから明らかである。），他に
処分行政庁の判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用があることを示す事情を
何ら主張立証していない。他方，本件空港予定地の土地（被告及び県が所
有するものを除く。）全２９５筆中２８９筆について，その所有者から知
事に対し譲渡同意書が提出されていることは，既に説示したとおりである。
また，前提事実に加え証拠（乙３，１０）及び弁論の全趣旨によれば，本
件空港予定地やその周辺には畑や牧草地，荒地，山林等が広がっており，
航空機騒音の被害を及ぼす人口密集地等は付近に存しないこと（Ｐ１委員
会の資料上，α４岳陸上案により新空港を設置した場合に航空機騒音の及
ぶ対象は，畜舎１５件（ＷＥＣＰＮＬ７５が１件，同７０が１４件），養
鶏場１件（ＷＥＣＰＮＬ７５），倉庫５件（ＷＥＣＰＮＬ７５が２件，同
７０が３件），肉用牛センター１件（ＷＥＣＰＮＬ７５）のほかに，民家
が５件（ＷＥＣＰＮＬ７０）の合計２７件であるとされている。），本件
空港の制限表面の上に出る高さの物件は，α４岳及び原野を除くと，樹木
合計１７３本，電柱合計９本，樹林合計１１件及びサイロ２本（それらの
所有者は合計１１人）のみであること，平成１７年１１月１０日に石垣市
に所在する県八重山支庁において開催された本件空港設置許可に係る公聴
会においては，公述の申込みをした１６人全員が公述したところ（一部代
読等がある。），県を代表した公述人を除く１５人の公述人の中には，本
件空港の設置により自ら又は第三者の利益が害される旨を訴えた者は一人
もなく，α３の住民の自治組織である公民館の館長を含めたその全員が本
件空港の設置に賛成する趣旨の公述をしたことが認められる。
以上によれば，むしろ，処分行政庁が本件空港の設置によって他人の利益
を著しく害することとならないと認めたことには相当な理由があるという
ことができ，その判断が裁量権の範囲の逸脱又は濫用に出たものであると
はおよそ認めることができない。
よって，本件申請が２号要件を充足するものと認めた処分行政庁の判断に
違法はないというべきである。
５５号要件充足の有無（争点(2)エ）について
(1)５号要件は，申請者が飛行場の敷地について所有権その他の使用の権原
を有するか，又はこれを確実に取得することができると認められることを
要件としている。確実に取得することができると認められることとは，取
得しようとすれば取得の結果が確実に実現することになるという客観的な
見込みが存在することをいうものと解される。
この点，原告らは，航空法が土地収用法の制定後に制定された法律であり，
立法者が土地収用法が存在することを前提にあえて権原を確実に取得する
ことができると認められるとの要件を規定したことなどを理由に，原則と
して，土地収用法による手続ではない任意取得の方法により取得しようと
すれば取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することが申
請時までに証明されなければならないなどと主張している。
しかし，５号要件が定められた趣旨は，次のように考えられる。すなわち，
飛行場の設置は相当な規模の敷地を必要とするものであり，その設置のた
めの工事も相当な規模のものとなるところ，敷地全部の使用権原を確実に
取得できる見込みもないのに設置工事に着手することを認めた場合，相当
な費用のほか社会的コスト（工事に伴い発生する様々な支障を関係する地
域社会が受忍することを含む。）を掛けることになるのに，使用権原の一
部でも取得できなければ飛行場の設置そのものが不能となってしまうが，
このような事態は社会経済的にみて望ましいものとはいえない。また，特
に，公共の用に供する飛行場については，一旦その設置許可がされた場合
には航空法４９条による制限が課され，また，当該飛行場が供用されるか
どうかはその利用者の利害に強く関係することになる。このように，一旦
飛行場設置許可がされるとそのことに起因して種々の公共の利益に関わる
問題を胚胎する状況となることに鑑み，飛行場を設置しようとする者が敷
地の使用権原を取得できない結果飛行場の設置をすることが不能となる事
態が生じないように，敷地使用の権原を現に有さず，かつ，これを確実に
取得することができるとは認められない場合には飛行場の設置を認めない
こととするものであると解される。このような５号要件が定められた趣旨
に照らしても，飛行場を設置しようとする者が敷地使用の権原を取得する
方法のいかんは，何ら問われるものではない（多くの敷地について任意取
得の見込みがほとんどない場合には，確実に取得することができると認め
られるとはいい難いことにはなるが，部分的に任意取得ができず，土地収
用法による収用の方法が想定されるというにとどまる場合には，常に５号
要件を欠くということはできない。）。
そして，土地収用法３条１２号は，航空法による飛行場で公共の用に供す
るものを同法の適用対象事業として明示する一方，航空法３９条１項５号
は，同法が原告らの主張のとおり土地収用法制定後に制定されたにもかか
わらず，土地収用法により土地を収用する方法を敷地使用の権原を取得す
る方法から除外してはおらず，同号につき，土地を収用する方法を除外す
る趣旨は認められない。
そうすると，敷地使用の権原を取得する方法を原告らの主張するような任
意買収等の交渉によることに限定して解する必要性は認められず，また，
その相当性もないというべきである（原告らは，土地収用法による収用に
よれば敷地の取得が当然に可能となるにもかかわらず，あえて５号要件が
定められたとして上記の主張をしているようであるが，土地収用法による
収用は同法所定の要件を満たさなければ不可能であることや収用手続によ
ることの相当性等も考慮されるべきであることに鑑みれば，この主張はそ
もそも前提を誤っており理由がないというべきである。なお，原告らが引
用するＰ１３運輸大臣（当時）の地域振興連絡協議会に対する文書による
回答，運輸省航空局が成田空港問題円卓会議に提出した「基本的な考え
方」及びＰ１４運輸省航空局飛行場部計画課長（当時）の静岡空港建設反
対運動をしている団体の質問に対する平成６年１０月２４日の回答は，運
用上の対応方針を示したものにとどまり，いずれも法令には当たらないこ
とが明らかであって，以上の判断を何ら左右しない。）。
(2)以上によれば，使用の権原を確実に取得することができると認められる
ためには，前記のとおり，これを取得しようとすればその取得が確実に実
現することになるという見込みが存在するといえることが必要であり，そ
のためには，売買契約を締結することによって所有権を譲り受けるといっ
た方法のほか，土地収用法による収用をする方法も含めて，使用の権原を
取得するために採ることができる現実的な方法があり，その方法を採った
場合に権原取得の目的を達することが実際に期待できるといえる合理的な
根拠の存在が認められることが必要であるというべきである。そこで，こ
の観点から，本件申請について検討する。
ア前記２において認定した事実に加え，証拠（乙３，１１）及び弁論の
全趣旨によれば，①本件申請書及びその添付書類上，本件事業の総事
業費は４２０億円（国直轄事業費合計３３億０３００万円を除くと３８
６億９７００万円であり，うち沖縄振興開発特別措置法による国庫補助
対象事業（国庫の補助の割合が１０分の９）が３４１億９７００万円
（うち国庫補助の額３０７億７７３０万円），県単独事業が４５億円）
であり，平成１７年度からの８か年計画で，同年度に５億２０５０万円
（うち国庫補助対象事業３億２０５０万円，県単独事業２億円），平成
１８年度に６１億０７３７万６０００円（うち国庫補助対象事業４８億
０６００万円，県単独事業１３億０１３７万６０００円），平成１９年
度に５９億７５０１万５０００円（うち国庫補助対象事業４９億２１０
０万円，県単独事業１０億５４０１万５０００円），平成２０年度に５
１億９３３２万２０００円（うち国庫補助対象事業４９億２６００万円，
県単独事業２億３２３２万２０００円），平成２１年度に５０億９８４
６万１０００円（うち国庫補助対象事業４８億６３００万円，県単独事
業１億１１４６万１０００円），平成２２年度に６８億５７９９万１０
００円（うち国庫補助対象事業６３億８４００万円，県単独事業１億７
１９９万１０００円），平成２３年度に８１億０８７２万９０００円
（うち国庫補助対象事業５８億２４５０万円，県単独事業７億３６２２
万９０００円），平成２４年度に４１億３８６０万６０００円（うち国
庫補助対象事業２１億５２００万円，県単独事業６億９２６０万６００
０円）の支出を見込んでおり，うち県が負担すべき総額７９億１９７０
万円は一般県費をもって充てる旨，及び設置による土地の調達は，民有
地等買収を要するものは買収し，普通財産である国有財産については国
有財産法，空港整備法等の規定に基づき取得を行う旨が記載されている
こと，②県議会は，平成１６年７月２２日に「新石垣空港の早期事業
化に関する要請決議」を，同年１１月２９日に「新石垣空港整備事業の
平成１７年度事業化に関する要請決議」をそれぞれ全会一致で議決した
こと，③平成１７年度県一般会計予算（歳出予算総額５８５９億３３
００万円，うち土木費９６１億９１７３万円）は平成１７年第１回県議
会の平成１７年３月２９日の会議において原案どおり可決されたこと，
④本件空港の敷地に供する土地（土地の一部である場合を含む。以下
同じ。）３６０筆面積合計１４２万０４４２㎡のうち，行方不明であっ
たり既に死亡している上に相続人が不存在であったりしてその所有者の
県に対する売渡しを承諾する意思の有無を確認することができない土地
４筆面積合計３８２９㎡と本件共有地２筆（α３トラスト運動の参加者
６３２名が共有する１４６共有地と，原告Ｐ２らが共有する１４７共有
地）面積合計１５５６㎡を除いたもの３５４筆面積合計１４１万５０５
７㎡は，被告又は県の所有であるか，石垣市を含めその所有者（共有の
場合共有者全員）が譲渡同意書を提出した土地で占められていること，
⑤１４６共有地の共有者で譲渡同意書を提出している者が９名いるこ
と，⑥知事は，本件申請に際して，国土交通省航空局長宛てに，残る
同意を得ていない共有地権者に対して，今後ともねばり強く説得に当た
り，事業への理解と協力を求めていくこと等により，県の責任において
当該土地を取得する旨を確約し，また，相続人が不存在の１名及び不在
者１名についても，民法上の手続等を通じて事業執行に支障のないよう
県の責任において当該土地を取得することを確約する旨記載された確約
書（乙１１）を提出していることが認められる。
イこれらによれば，上記３５４筆の土地面積合計１４１万５０５７㎡に
ついて，県が既に所有しているもののほかは，国有財産法，空港整備法
等の規定に基づいて取得を行う方法や，売渡しを受ける方法を現に採る
ことができ，この方法を採ることによってそれらの所有権を取得するこ
とが相当程度の確実性をもって期待できるというべきである（特に，被
告及び石垣市が所有するものについては確実に取得することができると
認められる。）。また，所有者が行方不明であったり既に死亡しており
その相続人が不存在であったりする４筆の土地面積合計３８２９㎡につ
いては，不在者の財産の管理人や相続財産の管理人の選任を請求するな
どの手続をした上で，当該管理人から売渡しを受ける方法を現に採るこ
とができ，この方法を採ることによってそれらの所有権を取得すること
ができる可能性は十分にあるというべきである。さらに，原告らは，本
件共有地の共有者のうち少なくとも約３００名が処分行政庁に対して内
容証明郵便により自ら所有する土地を本件空港建設用地に提供しない旨
の意思を表示したなどと主張しているが，そうした事情があったとして
も，他方においてα３トラスト運動の参加者の中にも１４６共有地につ
いて譲渡同意書を提出した者が複数名いることに照らせば，県がねばり
強く説得に当たり，事業への理解と協力を求めていくこと等により，そ
の共有持分権の売渡しを受けるに至る可能性を否定することはできない。
ウさらに，売渡しを受ける方法によったのでは本件空港の敷地の一部を
取得できない事態に至ったとしても，その場合には，土地収用法による
土地の収用によりこれを取得することが考えられ，この方法を採ること
ができれば，権原取得の目的を達することが確実に期待できるといえる
から，問題は，土地の収用が使用の権原を取得するために採ることがで
きる現実的な方法であるといえる合理的な根拠があるということができ
るかどうかである。そして，土地収用法１６条及び４７条の２第１項の
規定によれば，起業者は，土地の収用をしようとするときは，事業の認
定を受けなければならない一方，事業の認定を受けた事業について収用
の裁決の申請をすれば，原則として収用の裁決を受けることができる。
そうすると，県は，本件事業につき事業の認定を受けることができると
いえれば，土地の収用が使用の権原を取得するために採ることができる
現実的な方法であるといえる合理的な根拠があるということができる。
(3)そこで，県が本件事業につき事業の認定を受けることができるといえる
か，本件事業につき土地収用法２０条の定める事業の認定の要件が認めら
れるかどうかについて検討する必要がある。もっとも，この検討をするに
は，同条３号の要件との関係で，本件事業を実施することにより環境的利
益が損なわれるかどうかといった点についても検討を加える必要が生じる。
そのため，土地収用法２０条の定める事業の認定の要件が認められるかど
うかについて検討する前に，便宜上，本件事業の環境的利益に関わる争点
である争点(3)についてまず検討することとする。
６評価法３３条１項の審査及びこれについての司法審査の在り方（争点(3)
ア）について
(1)ア評価法は，環境影響評価について，土地の形状の変更，工作物の新設
等の事業を行う事業者がその事業の実施に当たりあらかじめその事業に
係る環境への影響について自ら適正に調査，予測又は評価を行い，その
結果に基づき，その事業に係る環境の保全について適正に配慮すること
と規定する環境基本法２０条の規定を受けて制定されたものであり，土
地の形状の変更，工作物の新設等の事業を行う事業者がその事業の実施
に当たりあらかじめ環境影響評価を行うことが環境の保全上極めて重要
であることに鑑み，環境影響評価について国等の責務を明らかにすると
ともに，規模が大きく環境影響の程度が著しいものとなるおそれがある
事業について環境影響評価が適切かつ円滑に行われるための手続その他
所要の事項を定め，その手続等によって行われた環境影響評価の結果を
その事業に係る環境の保全のための措置その他のその事業の内容に関す
る決定に反映させるための措置を採ること等により，その事業に係る環
境の保全について適正な配慮がされることを確保し，もって現在及び将
来の国民の健康で文化的な生活の確保に資することを目的としている
（評価法１条）。そして，評価法は，環境影響評価につき，事業の実施
が環境に及ぼす影響について環境の構成要素に係る項目ごとに調査，予
測及び評価を行うとともに，これらを行う過程においてその事業に係る
環境の保全のための措置を検討し，この措置が講じられた場合における
環境影響を総合的に評価することと定義している（２条１項）。
さらに，評価法は，このように環境影響評価を当該事業の実施主体で
ある事業者が自ら行うものであることを前提とした上で（なお，評価法
１２条参照），事業者に対し，①環境影響評価の実施に先立って，対
象事業の目的及び内容，環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価
の手法等を記載した方法書（評価法５条１項，本件主務省令２条１項な
いし４項）を作成して，それについて有意見者及び対象事業に係る環境
影響を受ける範囲であると認められる地域を管轄する都道府県知事から
の意見（この都道府県知事からの意見には実質上当該地域を管轄する市
町村長からの意見も含まれ得る。）を受けるための手続を行い（５条な
いし１０条），②提出された意見につき勘案・配意して，方法書に記
載した環境影響評価の項目等に検討を加えた上で，本件主務省令５条な
いし１２条に定めるところにより環境影響評価の項目並びに調査，予測
及び評価の手法を選定した上で（評価法１１条），それらに基づいて，
本件主務省令１４条ないし１７条に定めるところにより，事業の実施が
環境に及ぼす影響について環境の構成要素に係る項目ごとに調査，予測
及び評価を行うとともに，これらを行う過程においてその事業に係る環
境の保全のための措置を検討し，この措置が講じられた場合における環
境影響を総合的に評価するものである環境影響評価を実施し（評価法１
２条），③方法書についての上記の意見又はその概要，この意見につ
いての事業者の見解のほか，環境影響評価の項目並びに調査，予測及び
評価の手法，環境の保全のための措置を含む環境影響評価の結果等を記
載した準備書（評価法１４条１項，本件主務省令１８条）を作成して，
これについて有意見者及び関係都道府県知事からの意見（関係都道府県
知事からの意見には実質上関係市町村長からの意見も含まれ得る。）を
受けるための手続を行い（１４条ないし２０条），④上記の意見につ
き勘案・配意して準備書の記載事項について検討を加え，当該事項の修
正を必要とすると認めるときは必要に応じて改めて環境影響評価を実施
するなどした上で，準備書に記載すべき事項のほか，準備書についての
上記の意見又はその概要及びこの意見についての事業者の見解を記載し
た評価書（評価法２１条２項，本件主務省令１９条）を作成して，免許
等を行う者からの意見（免許等を行う者からの意見には環境大臣からの
意見も含まれ得る。）を受けるための手続を行い（２１条ないし２４
条），⑤免許等を行う者等の意見（２４条意見）を勘案して，評価書
の記載事項に検討を加え，当該事項の修正を必要とすると認めるときは
必要に応じて修正部分について改めて環境影響評価を行うなどした上で，
本件主務省令２０条の定めるところにより評価書の補正をし，その上で
免許等を行う者等に確定評価書（補正後の評価書）を送付するとともに，
関係都道府県知事等に確定評価書，これを要約した書面及び評価法２４
条の書面（２４条意見が記載されたもの。以下「２４条書面」とい
う。）を送付し，また，評価書を作成した旨等の公告や確定評価書及び
２４条書面（以下「確定評価書等」という。）等の縦覧をすること（２
５条ないし２７条）を義務付けている（以下，事業者自らが行う環境影
響評価に加え，環境影響評価をめぐり事業者が外部から意見を受けるた
めの手続を含む以上のような評価法の定める一連の手続の全体を「外部
手続を含む環境影響評価手続」という。）。
イこのように，評価法が，①方法書の手続，②環境影響評価の実施，③準
備書の手続，④評価書の手続，⑤評価書の再検討及び確定の手続という
段階を踏む外部手続を含む環境影響評価手続を定め，方法書，準備書及
び評価書のそれぞれについて，その段階に応じて有意見者，関係する都
道府県知事等又は免許等を行う者等（以下，これらの者を「外部者」と
いうことがある。）からの意見を受けることとしたのは，環境影響評価
が，事業者がその事業の実施に当たりあらかじめその事業に係る環境へ
の影響について自ら適正に調査，予測又は評価を行い，その結果に基づ
き，その事業に係る環境配慮をするものであって，そのために有益な情
報は事業者が自ら収集するのが基本であるものの，そうした環境情報は
地方公共団体等や一般の人々の間に広く分散して保有されており，これ
を的確かつ効率的に収集するための仕組みが必要とされることによるも
のと解される。そして，評価法が用意した環境情報を的確かつ効率的に
収集する仕組みが機能するには，外部手続を含む環境影響評価手続が適
切に進められることが必要であることに鑑みれば，外部者からの意見に
は手続の進行に関するものも含まれ，評価法は，事業者が外部者からの
意見について配意・勘案してそれを手続の自律的かつ適切な進行に役立
てることをも想定しているものと解される。
また，外部手続を含む環境影響評価手続によって最終的に作成される
確定評価書等には，環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手
法，環境保全措置等を含む環境影響評価の結果に加え，方法書及び準備
書について外部者から提出された意見又はその概要，それらの意見につ
いての事業者の見解，２４条意見等が記載されていることに照らせば，
確定評価書等は，外部手続を含む環境影響評価手続の最終成果物であっ
て，当該事業による環境への影響を調査，予測及び評価するとともに，
環境保全措置が講じられた場合の環境影響を総合的に評価した結果の集
大成であり，環境情報を集積し，これによって環境保全措置の検討を含
む環境影響評価及びその再検討を行い，その内容を確定させた過程（外
部手続を含む環境影響評価手続の過程）及びその結果の集約物であると
いうことができ，以上のことを逆にいえば，外部手続を含む環境影響評
価手続は，このような内容の確定評価書等を作成するための手続である
ともいうことができる。
ウさらに，評価法は，事業者に対し，評価法２７条の規定による公告を行
うまで，対象事業を実施してはならないとして（３１条），外部手続を
含む環境影響評価手続が確実に履践されることを担保し，その上で，対
象事業に係る免許等を行う者に，確定評価書等に基づき，当該対象事業
につき，環境配慮がされるものであるかどうかの審査（環境配慮審査）
をすることを求め（３３条１項），当該規定に定める当該基準に関する
審査（以下「免許等基準審査」という。）と環境配慮審査の結果を併せ
て判断するものとし，免許等基準審査に適合している場合であっても，
当該判断に基づき，当該免許等を拒否する処分を行い，又は当該免許等
に必要な条件を付することができるものとする（同条２項１号）などし
ている。
これは，確定評価書等が外部手続を含む環境影響評価手続の最終成果物
であって，外部手続を含む環境影響評価手続は確定評価書等を作成する
ための手続であるともいえること，確定評価書等が，当該対象事業によ
る環境への影響を調査，予測及び評価するとともに，環境保全措置が講
じられた場合の環境影響を総合的に評価した結果の集大成であり，環境
情報を集積し，これによって環境保全措置の検討を含む環境影響評価及
びその再検討等を行い，その内容を確定させる過程（外部手続を含む環
境影響評価手続の過程）及びその結果の集約物であることから，確定評
価書等に基づいて，当該対象事業が環境配慮をするものであるかどうか
を審査し，免許等基準審査の結果のみによれば当該免許等をすべき場合
であっても，免許等基準審査の結果と環境配慮審査の結果を併せて判断
して当該免許等を拒否する処分等をすることができることとして，外部
手続を含む環境影響評価手続の実効性を担保し，そのことをもって環境
影響評価が適切かつ円滑に行われ，かつ，その結果が環境保全措置その
他の当該対象事業の内容に関する決定に反映されるなどの環境配慮の確
保に結び付けられるようにしているものであると解される。更に敷えん
すれば，環境配慮審査は，上記のとおり，確定評価書等に基づいて，す
なわち確定評価書等の内容を判断材料として，当該対象事業が環境配慮
をするものであるかどうかを審査するものであるが，そのためには，前
提として確定評価書の内容が環境配慮をするものとなっているかどうか
を確認した上，確定評価書において検討された事項等に照らして審査判
断をしていくことになる。その結果，外部手続を含む環境影響評価手続
の結果（確定評価書に記載された環境影響評価の結果）が環境配慮をす
るものであり（不合理なものではなく），かつ，当該結果に照らして環
境保全措置等を含む当該対象事業の内容が環境配慮をするものであると
いえれば，当該対象事業において環境配慮がされるものであるといえる
ことになる。評価法は，このような観点から，外部手続を含む環境影響
評価手続の過程及び結果の集約物である確定評価書等に基づき当該対象
事業について環境配慮審査をすることとし，もって，当該対象事業につ
き環境配慮がされることを確保しようとするものであると考えられる。
評価法３３条２項各号の文言に照らし，例えば，同項１号の場合に当該
免許等を行う者は，免許等基準審査の結果適合性が認められる場合にお
いて，環境配慮審査の結果では適合性が認められないときには，当該免
許等を拒否する処分又は当該免許等に必要な条件を付することができる
ものの，必ず当該免許等を拒否する処分等をしなければならないとされ
ているわけではなく，当該免許等を付与する処分をすることも可能であ
る（原告らは，環境配慮は絶対的な考慮要素であるなどと主張しており，
その趣旨は，環境配慮審査適合性が認められないときは必ず免許等を拒
否する処分をしなければならないというものであると解されるが，評価
法及びその関連法令にそのように解し得る根拠は見当たらず，失当とい
わざるを得ない。）。しかし，評価法が対象事業において環境配慮がさ
れることを確保し，もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の
確保に資することを目的としていること（１条），環境配慮審査が外部
手続を含む環境影響評価手続の実効性を担保するために行われるもので
あることに加え，当該免許等に必要な条件を付することもできるとされ
ていることに鑑みれば，当該対象事業につき，環境配慮がされるもので
あるとはいえないにもかかわらず，必要な条件を付することもなく当該
免許等を付与することができるのは例外的な場合に限られるというべき
であり，免許等基準審査適合性が明白に認められることに加え，免許等
基準審査の結果と環境配慮審査の結果を併せて判断したところ環境配慮
審査適合性が認められなくても当該免許等を付与すべきやむにやまれざ
る事情が認められる場合であることを要するものと解される。
他方，免許等基準審査適合性に加え，環境配慮審査適合性が認められる
場合に，当該免許等を行う者は，当該免許等を付与する処分をすること
になるが，環境配慮審査は，環境の保全についての適正な配慮（環境配
慮）がされるものであるかどうかの審査であって，包括的な概念である
「環境」につき，その構成要素に変動をもたらす程度の規模内容を持つ
土地の形状の変更等の事業である対象事業（評価法２条２項ないし４項
参照）が行われ，その意味で「環境」の構成要素の一部は必ず変動する
ことを前提に，当該変動の後前を通じて「環境」が「保全」されること，
すなわち一定の状態のままに保持されることを問題とするものであるこ
とに鑑みれば，環境配慮審査は，全体としては変動がある中で「保全」
されるべき対象を取捨選択することの当否の判断を必然的に含む審査で
あるが，この当否を判断する際によるべき基準について直接定めた法令
の規定は見当たらないから，その判断を当該免許等を行う者の合理的な
裁量に委ねられたものと解さざるを得ない。また，保全のための手段方
法は当然に一つではなく，保全についての「配慮」の内容や程度は多種
多様にあり得るところ，そのような中で何をもって「適正な配慮」とす
るのかの判断も当然に含む審査であるところ，この判断においてよるべ
き基準を定めた法令の規定も見当たらないから，この点も当該免許等を
行う者の合理的な裁量に委ねられたものと解すべきであって，環境配慮
審査において当該免許等を行う者には合理的な範囲での裁量権が認めら
れているといわざるを得ない。
そして，この環境配慮審査は，前記のとおり，確定評価書等に基づく審
査であり，具体的には，確定評価書等に基づいて環境保全措置等を含む
当該対象事業の内容が環境配慮をするものであるといえるかどうかを審
査するものであるが，そのためには，外部手続を含む環境影響評価手続
の結果が環境配慮をするものであると認められるかどうか（不合理なも
のでないかどうか）を検討する必要があり，そのためには，これを検証
する限度で，当該結果に至る外部手続を含む環境影響評価手続の過程を
検討する必要があるから，結局，確定評価書等に基づき，事業者が行っ
た環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法の選定や，それ
らに基づいて行われた環境の構成要素に係る項目ごとの調査，予測及び
評価，それらを行う過程における環境保全措置の検討，当該措置が講じ
られた場合における環境影響の評価，さらに，これらの事項の再検討等，
環境影響評価の結果の確定（外部手続を含む環境影響評価手続の結果の
確定でもある。）に至るまでの過程につき，確定評価書等に集約された
外部者からの意見をも含めた環境情報に照らして，外部手続を含む環境
影響評価手続の各過程を検討することが必要となる。当該免許等を行う
者は，このような検討によって，外部手続を含む環境影響評価手続の結
果が環境配慮をするものであり，かつ，その結果に照らして，環境保全
措置を含む当該対象事業の内容が環境配慮をするものであると認められ
る場合に，環境配慮審査適合性を認めることになる。
(2)ア以上によれば，免許等を行う者が環境配慮審査適合性を認めて当該免
許等を付与した判断が違法であるというためには，少なくとも，確定評
価書等に基づき当該対象事業につき環境配慮がされるものであるとした
その判断が事実の基礎を欠き又は社会通念上著しく妥当性を欠くことが
明らかであるなど，免許等を行う者に付与された裁量権の範囲を逸脱し
又はこれを濫用したものであることが明らかであることを要するものと
解される（このことが認められる場合でも，さらに，免許等を行う者に
は，環境配慮審査適合性が認められない場合にも当該免許等を付与する
ことができる前記のような裁量権があるから，当該判断が違法であると
いうためには，この点からの別段の考慮も必要となる。）。また，この
場合，外部手続を含む環境影響評価手続が適正に実施されているかどう
かは司法審査の直接の対象ではないが，当該対象事業につき環境配慮が
されるものであるかどうか（環境配慮審査適合性）を審査するには，外
部手続を含む環境影響評価手続の結果（環境影響評価の結果）が環境配
慮の観点から合理的であるかどうかを審査する必要があり，そのために
は当該結果が確定されるに至るまでの外部手続を含む環境影響評価手続
の過程について検討する必要があるから，この過程の検討も以上のよう
な観点から司法審査の内容に含まれることになる（環境影響評価手続の
過程において手続上の瑕疵のために環境影響評価を左右する重要な環境
情報が収集されずそのまま環境影響評価の結果が確定された場合等には，
免許等を行う者による環境配慮審査適合性が認められるとの判断が違法
とされる余地があるものと解される。）。
原告らは，合理的理由なくして２３条意見に沿わない環境配慮審査の結
果，許認可等処分がされたときはその判断は違法となるというが，環境
配慮審査は確定評価書及び２４条意見に基づいて行われるものであって，
これが２３条意見に基づくべきことを求める評価法又はその関連法令の
規定は見当たらないことに鑑みても，この主張をそのまま採ることはで
きない。
また，原告らは，合理的理由を示すことなく２４条意見に対応しなかっ
た場合にされた許認可等処分は当然に違法となるというが，評価法及び
その関連法令に２４条意見に従うべきことや２４条意見に従わない場合
にはその合理的理由を示すべきことを事業者に義務付ける趣旨の規定は
見当たらないこと，２４条意見は，環境保全の見地からより望ましい環
境配慮の在り方を含めて幅広く述べられ得るものであり，環境配慮上必
要不可欠な事由に限って述べられるものではないことに鑑みても，上記
の主張には理由がないというべきである。
イ加えて，これまでに検討したところによれば，外部手続を含む環境影響
評価手続は，事業者が，外部者からの環境情報を取り入れて，環境影響
評価の実施及びその結果の見直し等を行い，これを確定する手続である
ということができ，そこでは，外部者からの環境情報は，評価法所定の
手続にのっとって収集・確定され，それらにつき勘案・配意して，環境
影響評価の項目や手法の選定が行われた上で環境影響評価が実施され，
また，その結果の見直し・再検討が行われた上で，環境影響評価の結果
が確定される。そして，環境配慮審査は，このようにして確定された確
定評価書等に基づいて対象事業につき環境配慮がされるものであるかど
うかを審査するものであり，その一環として，上記の手続の過程につい
ても環境配慮の観点からその合理性を検討するものであるということが
できる。これらのことに鑑みれば，環境配慮審査についての司法審査も，
こうした手続の過程及び結果の集大成である確定評価書等に基づいて行
うべきことは制度上当然の要請であると考えられる。もとより，①確定
評価書等に現れた事実でなくても，②公知の事実や③公知とまではいえ
ないにしても処分行政庁として知り又は当然知り得た事実（争いのない
科学的知見を含む。）であれば，①の事実と共に環境配慮審査の基礎に
なるとしても，これら①ないし③の事実以外の事実（以下「確定評価書
等外の事実」という。）はいわば手続外の情報であるから，環境配慮審
査において確定評価書等外の事実が考慮されていないとしても，そのこ
とから免許等を行う者の環境配慮審査適合性が認められるとの判断に裁
量権の範囲の逸脱又は濫用が認められるとはいえないというべきである
（同様の観点に加え，前述のとおり，外部者からの意見には手続の進行
に関するものも含まれ，評価法は，事業者が外部者からの意見について
配意・勘案してそれを手続の自律的かつ適切な進行に役立てることを想
定しているものと解されることに鑑みれば，環境影響評価手続の過程に
手続上の瑕疵があることが確定評価書等に現れていない場合には，当該
瑕疵があることを免許等を行う者が考慮していないとしてもそのことを
もって裁量権の範囲の逸脱又は濫用を認めることはできないというべき
である。ただし，評価法の定める外部者からの意見を受ける手続が履践
されておらず，そのため外部者が手続上の瑕疵があることにつき意見を
提出することができなかったなど，評価法の定める根幹的手続が実施さ
れずそのため重要な環境情報が収集されなかった場合には，評価法の予
定する評価書に基づく環境配慮審査が行われたものということはできな
いというべきであり，確定評価書等にそのことが現れているか否かにか
かわらず，その点が免許等の違法を来すものと解される。）。
７評価法３３条との関係での本件許可処分の適法性（争点(3)イ）について
そこで，次に，前記６の観点から原告らの主張を順次検討する。
(1)環境影響評価手続違反を理由とする本件許可処分の違法性について
原告らが主張する事由は，それに沿う事実が必ずしも確定評価書等に現れ
ていない点をおくとしても，次のようにいうことができる。
ア方法書段階での手続違反について
原告らは，本件方法書の公告縦覧が行われたのが本件事業の基本計画未
発表の時点であり，本件事業がどの場所に，自然環境のどの要素に，ど
の程度の影響を与えるかを判断する材料を与えられなかったなどと主張
している。しかし，事業の基本計画が発表された後でなければ方法書の
公告縦覧の手続をしてはならない旨の法令の規定は見当たらない。そし
て，評価法５条１項２号によれば，方法書に対象事業の内容を記載しな
ければならず，さらに，本件主務省令２条１項によれば，方法書に対象
事業の内容を記載するに当たっては，事業の種類，事業が実施されるべ
き区域の位置，事業の規模，事業に係る飛行場の利用を予定する航空機
の種類，事業の内容に関する事項（既に決定されている内容に係るもの
に限る。）であって，その変更により環境影響が変化することとなるも
のを記載しなければならないとしているところ，本件方法書がこれらの
規定により要求されている内容を備えていなかったとは認められない。
また，原告らは，本件方法書には本件空港建設によって設置される航空
障害灯や進入灯の記載がないと主張しているが，本件方法書が作成され
た時点で，航空障害灯や進入灯の設置の計画が既に決定されていたこと
を認めるに足りる証拠はない。
さらに，原告らは，本件方法書は，これから実施する環境影響評価の方
法をどうするかという点が主体のものではなく，大半は既に実施された
調査の結果をまとめたものであり，県は，実質上，本件方法書の縦覧前
に住民等の意見を聴取することもなく評価法１２条の調査に着手し，ほ
とんどの調査を終えていたなどと主張している。しかし，対象事業が実
施されるべき区域及びその周囲の概況が方法書の記載事項とされている
こと（評価法５条１項３号）に照らしても，評価法は，当該区域及びそ
の周囲について既に把握している調査結果を方法書に記載することをむ
しろ求めているものと解すべきであって，本件方法書に既に実施された
調査結果を記載することを特に異とすべき理由はなく，このことはその
分量にかかわらない。また，評価法は，事業者が方法書につき外部者か
らの意見を受けた上で，環境影響評価の項目及び調査等の手法を選定し，
それらに基づいて環境影響評価を実施することを予定しているが（１１
条１項及び１２条１項参照），このことから，環境影響評価の項目及び
調査等の選定がされ環境影響評価を実施する段階に至るまで全ての調査
を禁じる趣旨であるとまで解することはできないし，他にその趣旨の規
定は見当たらない。選定された調査の手法とあらかじめの調査の内容が
合致しなければ，事業者としては選定された調査の手法に基づく調査を
改めてすることになり手戻りが生じることにはなるが，評価法１１条１
項による環境影響評価の項目及び調査等の手法の選定の前に行われるか
後に行われるかによって特定の調査対象に対する特定の調査の手法によ
る調査の内容及び結果が左右されるとは考え難いことに照らしても，評
価法は，手戻りの可能性があることを前提にあらかじめ特定の調査をす
ることを許容しているものと解さざるを得ない。
結局，原告らの主張によっても，本件方法書の手続にこれを違法とする
ような瑕疵があるとは認められない。
イ準備書段階での手続違反について
(ア)原告らは，本件準備書には，平成１５年度コウモリ類調査委託業務
報告書の記載よりもコウモリの生息数や洞窟の利用頻度が少なく記載
され，本件評価書で平成１５年度コウモリ類調査委託業務報告書の記
載に戻されている部分が極めて多数あるが，本件準備書でこれらの点
が正しく記載されていれば，コウモリ類が本件事業の影響を受ける洞
窟を生活の本拠としていることを外部者が認識して，外部者から様々
な意見が提出され，ＡないしＥ洞窟に破壊等の影響を与えることを回
避するために計画地の変更や計画地内における施設の配置変更，洞窟
への影響をより低くするための保全措置を行う等修正が必要と判断さ
れる可能性が十分にあったと主張している。
しかし，新石垣空港につき，昭和５１年の計画策定以来，建設位置が
環境保全上や農政上の課題で変更され，２０数年にわたり事業実施に
至らなかった経緯があり，本件事業予定地やそこでの施設の配置につ
いては，そうした経緯を踏まえて，Ｐ１委員会やＰ１５会議を経て決
定されたという経緯があること（本件準備書・本件評価書・本件補正
書の各参考資料－１～９頁）に照らして，県によって計画地又は施設
の配置が変更される可能性があったとは到底認められない。また，本
件補正書に記載されたコウモリ類のための環境保全措置等の内容（７
－６３～６５・６８～７３頁，８－９・１０・１４頁参照）は，後記
(3)で説示するとおり相応に適切なものと認められることに照らし，さ
らに，原告らがそれ以上に採り得る措置（事業予定地又は施設の配置
の変更を除く。）があることについての具体的な主張を何もしていな
いことを考え併せても，それ以上の保全措置があるとは認め難く，原
告ら主張の点をもって本件補正書に記載されたコウモリ類のための環
境保全措置等の内容に変更があり得たと認めることはできない。
(イ)原告らは，本件準備書に環境保全措置を講じるという前提を記載せ
ずに「Ａ洞窟やＤ洞窟がコウモリ類に利用されなくなる可能性は低い
と考えられる。」とのコウモリ類に与える影響は小さいという評価だ
けが記載されているのは不当であるなどと主張している。
しかし，原告らが指摘する本件準備書の記載（６－１２－２４１頁）
は，「環境保全措置」の項（６．１２．１．３の１）(1)）中にあり，
当該記載の前後にある記載を見るだけでも，環境保全措置として講じ
る内容が示されておりその中に原告ら主張の前提に当たる記載がある
ことは明白であるから（６－１２－２４０頁の末尾には，「工事の実
施中及び供用後において次に示す環境保全措置を講じコウモリ類の個
体群の存続を図る。」との記載があり，この「次に示す環境保全措
置」の内容として，６－１２－２４１頁には，「Ａ洞窟及びＤ洞窟は
洞口の周囲の樹林が温存されなければ・・・コウモリ類がねぐらを利
用しなくなる可能性が高いため洞口周辺の樹林を維持する。」などの
記載がある。），評価だけが記載されているなどとは到底いえず，こ
の主張は前提を欠いているといわざるを得ない。
(ウ)原告らは，本件準備書において，絶滅危惧種コウモリ類に関する一
部のデータが解析中として記載されていない上，投稿中で学術的な評
価を経ていない未発表の「論文」が評価の根拠として引用されていた
とした上で，そのため，本件準備書には，評価法１４条１項７号イが
求める「調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果」が記載されて
いるとはいえず，また，解析中のデータが記載されていれば絶滅危惧
種小型コウモリに対する影響に関する意見が寄せられた可能性があり，
この意見に基づき絶滅危惧種小型コウモリに関する環境保全措置が見
直される可能性が十分にあったと主張している。
しかし，有意見者には，専門家も含まれることが明らかであるから，
評価の根拠として不適当な「論文」が引用されていれば，それに対す
る環境の保全の見地からの意見が提出されることが期待できることに
鑑みても，投稿中の「論文」を引用すること自体をもって直ちに手続
上の瑕疵があるとすることはできないというべきである。また，本件
準備書の第６章には「調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果」
が記載されており，その内容は，生態系に関するもののみでも２６６
頁に及んでおり，その中にはコウモリ類に関するものも含まれている
ことが明らかであって，コキクガシラについて平成１５年冬期の目視
若しくは出洞個体数の一部に解析中で具体的な数値が提示されていな
いものがあるとの一事（６－１２－１６８頁参照）をもって，本件準
備書に評価法１４条１項７号イが求める「調査の結果の概要並びに予
測及び評価の結果」が記載されていないなどということはできない。
さらに，前記(ア)において説示したところに照らし，当該数値が提示
されていれば絶滅危惧種小型コウモリに関する環境保全措置が見直さ
れる可能性が十分にあったなどということは困難である。
ウ代替案が検討されていないことについて
原告らは，計画段階において複数の候補地があり，しかも，その段階で
の環境保全上の検討が不十分であり，環境影響評価手続開始時点におい
ても他の候補地への変更が現実的な選択肢として残されており，候補地
を選択するに当たって環境保全上の観点が特に重視されるような場合，
環境影響評価手続を行う事業者は，事業計画地の適否を再検討しなけれ
ばならない義務を負うなどと主張している。
しかし，環境影響評価を行うに当たって事業計画地についての代替案を
検討すべきこと，あるいは前提としている事業計画地の適否を再検討す
べきことを定める法令の規定は見当たらない（環境保全措置に関する指
針を定める本件主務省令１５条は，環境保全措置の検討を行ったときは，
環境保全措置についての複数の案の比較検討，実行可能なより良い技術
が取り入られているかどうかの検討その他の適切な検討を通じて検討結
果の検証をしなければならない旨を定めているが，これは，環境保全措
置の検討結果の検証をするための適切な検討の例示として環境保全措置
についての複数の案の比較検討を挙げているだけであって，事業計画地
について代替案を検討すべきことを定めたものではないことは明らかで
ある。そして，一般的な場合を前提とするにせよ，特定の場合に限定し
てにせよ，事業計画地について代替案の検討又は一旦定められたものの
適否の再検討を義務付ける法令の規定は他に見当たらない。）。なお，
Ｐ８・Ｐ９意見書（甲１６４の１）は，「環境影響評価法（平成九年法
律第八十一号）第四条第九項の規定により主務大臣及び国土交通大臣が
定めるべき基準並びに同法第十一条第三項及び第十二条第二項の規定に
より主務大臣が定めるべき指針に関する基本的事項」（平成９年環境庁
告示第８７号）第二の五(3)アを引いて，環境保全措置についての代替案
検討義務があることについて論じているが，そこで論じられているのは
環境保全措置（環境影響の回避・低減に係る評価）についての複数案の
検討であり，同告示も，「建造物の構造・配置のあり方，環境保全設備，
工事の方法等を含む幅広い環境保全対策を対象として，複数の案を時系
列に沿って又は並行的に比較検討すること，実行可能なより良い技術が
とり入れられているか否かについて検討すること等の方法により，対象
事業の実施により選定項目に係る環境要素に及ぶおそれのある影響が回
避され，又は低減されているものであるか否かについて評価されるもの
とすること」と定めているにとどまり，事業計画地の選定等はこの評価
の対象に含まれていない（そもそも，この告示は，評価法４条１０項及
び１３条に基づき，評価法４条９項又は１１条３項若しくは１２条２項
の規定により主務大臣が定めるべき基準又は指針に関する基本的事項を
定めるものにすぎず，事業者を名宛て人として拘束するものではないか
ら，事業者に当該義務があることの根拠とすることはできない。また，
同告示において「複数の案を時系列に沿って又は並行的に比較検討する
こと」は，環境影響の回避・低減に係る評価の方法の一例として例示さ
れているものにすぎず，その方法を必ず採るべき趣旨は定められていな
い。）。したがって，上記意見書の上記論述は原告らの前記主張とは直
接関係しないものであるといわざるを得ない。また，上記意見書におい
て「立地について代替案（複数案）が存在する場合，事業者の提案して
いる案の必要性・合理性を検討する作業が不可欠である。」と論述する
部分については，その法的根拠が示されておらず，「立地に係る代替案
の環境影響評価における検討は，現行法上は義務とまではいえない。」
との記述もあることからして，評価法上それが要求されるものと認める
べきことの論拠とすることはできない。
以上のとおり，原告らの主張には理由がないといわざるを得ない。
エ説明責任が果たされていないこと
原告らは，本件補正書に記載された事業者の本件方法書及び本件準備
書に対する住民意見に対する見解の中には，住民意見に対する回答にな
っていないものがあり，また，幾つもの住民意見を無理やり一つの項目
にまとめて見解を示す方法を採っているため，事業者の見解が示されて
いない意見があるから，説明責任の不履行があるなどと主張している。
しかし，既に説示したところから明らかなように，評価法が準備書及
び評価書に外部者の意見についての事業者の見解を記載することとした
のは，環境影響評価の項目等の検討・選定をし（準備書の場合。評価法
１１条１項参照），又は準備書の記載事項の検討・修正をする（評価書
の場合。評価法２１条１項参照）に当たって事業者が外部者の意見につ
き勘案・配意することを確実にさせるためであると解される（原告らが
主張するような説明責任を事業者に課したものであると解するべき根拠
となる規定は見当たらない。）。したがって，外部者の意見を受けて事
業者がこれにつき勘案・配意したことが確認できる程度に事業者の見解
が示されていれば足り，外部者の意見に対する事業者の回答を示したり，
外部者の意見全てに網羅的に見解を示したりするまでの必要はないとい
うべきである。そして，原告らが指摘する個別の事情（別紙争点に関す
る当事者の主張６（原告ら）(2)エ参照）をもってしても，県が外部者の
意見につき勘案・配意しなかったと認めることはできないから，原告ら
主張の点から手続上の何らかの瑕疵があるということはできない。
オ２４条意見に対応していないこと
評価書における事業者の対応が２４条意見に必ずしも従ったものでなか
ったとしても，当然に環境配慮がされないものと判断されるものではな
く，合理的理由がなく２４条意見に対応しなかった場合にされた許認可
処分が当然に違法となる旨の原告らの主張を採用することができないこ
とは，前記６(2)アに説示したとおりである。
この点をおくとしても，以下のとおり，２４条意見に対応していないこ
とを理由とする原告らの主張は，いずれも採用することができない
（(ケ)については，後記(2)のとおり，結論において採用することができ
ない。）。
(ア)原告らは，本件国交大臣意見１が本件国交大臣意見２以下とは別個
の取組を求めていることを前提として，本件補正書が本件国交大臣意
見１に対応していないと主張している。
しかし，本件国交大臣意見１は「小型コウモリ類が出産・ほ育の場と
して利用しているＡ洞窟及びＤ洞窟については，その保全に万全を期
すること。」というまでにすぎず（乙２１），これとは別途，本件国
交大臣意見２以下の意見が付されているからといって，直ちに本件国
交大臣意見１が本件国交大臣意見２以下で求めるものに対する取組と
は別個独立の取組を求める趣旨であると解することはできない（その
ような趣旨の意見であれば，そのことが明示されたはずである。）。
よって，原告らの上記主張は前提を欠く。
(イ)原告らは，本件国交大臣意見２が工事期間中にコウモリ類の利用が
なくなってしまった空洞や滑走路の直下に残された空洞にいかにして
コウモリ類を戻ってこさせるかという方策を要求しているのに，本件
補正書はこれに対応していないなどと主張している。
しかし，本件国交大臣意見２は「本事業の実施に伴い消失するとして
いるＢ洞窟，Ｃ洞窟及びＥ洞窟については，できる限り小型コウモリ
類が継続してこれらの洞窟を利用できるよう，実態，機能等について
専門家の指導・助言を得た上で，可能な限り保全すること。また，検
討の過程及び講じる措置を評価書に記載すること。」というものであ
り（乙２１），それらの洞窟を可能な限りコウモリ類が利用できる状
態で（利用するようにではない。）保全することを求める趣旨である
ことは明らかである。
そうすると，本件国交大臣意見２が一旦コウモリ類の利用がなくなっ
てしまったところにコウモリ類を戻ってこさせる方策までを求める趣
旨であるとは認められないから，原告らの上記主張は前提を欠く。
(ウ)原告らは，コウモリ類の生態を調査する場合に，通常は複数年に
わたる調査，最低でも１年を通じた調査が不可欠であるのに，平成１
７年５月及び６月の時期のみの追加調査だけをしても，本件国交大臣
意見３に対応したことにはならないなどと主張している。
しかし，本件国交大臣意見３（乙２１）は，事業実施区域及びその
周辺でＡないしＥ洞窟以外に確認されている洞窟について，コウモリ
類の利用につき追加調査を行い，その結果利用が確認された場合には，
その洞窟をコウモリ類が利用できる状態で可能な限り保全することを
求めるものと解されるところ，本件補正書（６－１２－１８１頁）に
よれば，事業実施区域及びその周辺でＡないしＥ洞窟以外に確認され
ている１１の洞窟のうち９つは，コウモリ類の利用の有無にかかわら
ず保全されることが認められる（原告らは，コウモリ類が継続利用す
るようにするための方策がなければ，本件国交大臣意見３の求める保
全とはいえない旨主張しているが，本件国交大臣意見３は，本件国交
大臣意見２について説示したところと同様，洞窟をコウモリ類が利用
できる状態で可能な限り保全することを求めるまでであると認められ
るから，洞口から飛行場の外へボックスカルバートで結ばれる計画で
ある洞窟番号②及び④の洞窟についても，本件国交大臣意見３にいう
とおりの保全がされるものというべきである。）。そして，消失する
残り二つの洞窟は，奥行きが約４ｍ又は約２ｍと極めて規模の小さい
人工洞であること（しかも，本件補正書（６－１２－１８０頁）によ
れば，平成１４年に行われた調査の際にも，それらの洞窟をコウモリ
類が利用していることは確認されていない。）に鑑みても，重要な洞
窟とは到底認められないから，以上によれば，本件補正書は，事業実
施区域及びその周辺でＡないしＥ洞窟以外に確認されている洞窟につ
き，コウモリ類が利用するものであるか否かにかかわらず，重要性が
認められないものを除いてその全てをコウモリ類が利用できる状態で
保全するものといえる。そうすると，本件補正書は，本件国交大臣意
見３に対応していないとは認め難い。
(エ)原告らは，本件国交大臣意見４で要求されている浸透方法につい
ての再検討は行われておらず，また，ドレーン層から流入した赤土を
含む雨水がＡ洞窟奥部に影響を与えることを回避するための方策は一
切採られていないから，本件補正書は本件国交大臣意見４に全く対応
していないに等しいなどと主張している。
しかしながら，本件補正書（６－１２－２５６～２５８頁）によれ
ば，①ドレーン層近傍の地下水位の変化とＡ洞窟との関係について，
Ｐ１２委員会を開催し，次のとおりドレーン層の位置，浸透方法及び
影響等について検討を行ったこと，②ドレーン層はＡ洞窟の奥部よ
り海側にあり，地下水の下流側に位置し，地下水・浸透水等は透水性
の異なる地層境界や透水性の大きいところを流動していくことから，
ドレーン層に浸透した雨水はフィルター層を通じ，面的に地下浸透が
促され，線的にドレーン層が設置されたとしても，その一帯にほぼ現
況と同様に徐々に浸透するものと考えられ，また，ドレーン層設置に
よる地下水位の変化の予測では，一部に若干の水位低下が見られるも
のの，Ａ洞窟側の着陸帯直下付近では，現況とほぼ同様な水位を示し
ており，地下水位の変化は見られないこと，③検討の結果，ドレー
ン層の設置がコキクガシラが出産・ほ育に利用しているＡ洞窟の奥部
に影響を及ぼすことはないと考えられるが，より万全な対策として，
洞窟への影響をより確実に回避するため，Ａ洞窟の範囲に相当する部
分についてドレーン層を更に下流側に移動する措置を講じることとし
たことが認められる。これらによれば，浸透方法についての検討等を
した上で，Ａ洞窟奥部の地下水に影響を与えないためにより万全な対
策が検討され，これが講じられることとされたというべきである。こ
れに対し，原告らは，本件国交大臣意見４がＡ洞窟奥部への影響を懸
念して適切な措置を講じることを指示した以上，県は，Ａ洞窟奥部へ
の影響があり得ることを前提として適切な措置を講じなければならな
かったなどというが，仮にそうであるとしても，上記のとおり，ドレ
ーン層の設置がＡ洞窟の奥部に影響を与える可能性を考慮して，より
万全な対策が検討され，上記のような措置を講じることとされている
のであって，本件補正書及び本件国交大臣意見（以下「本件補正書
等」という。）によっても，これが適切な措置でないというべき事情
は認められない（原告らは，ドレーン層を１０ｍ下流に動かしたとこ
ろで，Ａ洞窟内に赤土を含む雨水が流入することに変わりはないなど
というが，本件補正書等にその裏付けは見当たらない。）。
そうすると，本件補正書が本件国交大臣意見４に対応していないと
いうことはできない。
(オ)原告らは，本件補正書において本件国交大臣意見５への対応とし
て記載されたところは，本件評価書に記載されていたところと基本的
に何らの変わりもないものであり，新たな対応ではなく，また，その
対応では本件国交大臣意見５が求めるコウモリ類の生息継続を達成で
きない可能性があるなどと主張している。
しかし，本件国交大臣意見５は「小型コウモリ類が生息する洞窟の
周辺において樹林，草地等の改変を行う場合には，移動経路及び餌場
を確保すること。また，移動経路及び餌場が出来る限り早く確保され
るよう樹林，草地等の改変の工程を工夫すること。これらの検討の過
程及び講じる措置を評価書に記載すること。」というものである（乙
２１）。本件事業がコウモリ類が生息する洞窟の周辺において樹林，
草地等の改変を行うものであることは明らかであるのに，「この改変
を行う場合には」としていることに鑑みても，本件国交大臣意見５は，
本件評価書に記載された措置に加えて新たな措置を求める趣旨ではな
く，本件評価書に記載された措置にはかかわらず，そのような場合に
移動経路及び餌場を確保するという対応を求めるものであると解され
る。したがって，新たな対応でないとしても，そのことから本件国交
大臣意見５への対応に当たらないということはできない。また，本件
国交大臣意見５がコウモリ類の生息継続を達成すること自体を直接求
めているわけではないことは，上記記載に照らして明白であるが，そ
の点をおくとしても，原告らがいうように，本件補正書に記載された
措置によったのではコウモリ類が緑地の利用を放棄し，生息し続けら
れなくなると認めるに足りる根拠は少なくとも本件補正書等には見当
たらない。さらに，上記のとおり，本件国交大臣意見５が本件評価書
に記載された措置以上の措置を求める趣旨であるとは認められず，本
件補正書に記載された措置により創出される緑地面積では「餌場を確
保すること」にならないと認めるに足りる根拠も見当たらない。
そうすると，本件補正書が本件国交大臣意見５に対応していないと
いうことはできない。
(カ)原告らは，本件補正書で本件国交大臣意見６への対応とするとこ
ろは，本件国交大臣意見５に対する対応と全く同じものと，既に本件
評価書に記載されている新たな措置とはいえないものとを併せたもの
でしかなく，本件国交大臣意見６への対応とはいえないなどと主張し
ている。
しかし，本件国交大臣意見６は「本事業の実施に当たっては，専門
家の指導・助言を得た上で，工事の施工方法，時期等を検討し，これ
ら小型コウモリ類の生息環境に急激な変化を与えないように配慮する
こと。特に，工事中の騒音・振動に対する環境保全措置については，
小型コウモリ類の出産・ほ育の時期における工事を避けることも含め，
適切な措置を講じること。また，これらの検討の過程及び講じる措置
を評価書に記載すること。」とするものであるところ（乙２１），こ
れが，本件国交大臣意見のうちのその余の意見に対する対応とは切り
離した別個独立の対応を求める趣旨であるとは認められない。また，
本件補正書は，専門家の技術的な助言・指導を得た上で，出産・ほ育
の時期（５月ないし８月）及び冬期の休眠時期（１２月ないし３月）
は，Ａ洞窟最奥部及びＤ洞窟から半径４０ｍ以内での振動ローラと同
等の振動を出す作業及び半径１００ｍの範囲での大型ブレーカと同等
の騒音・振動を出す作業を避けること（７－６５頁）に加え，新たに，
Ａ及びＤ洞窟を対象として，工事の実施により建設機械の稼働による
騒音・振動レベルが最大となる３年次ないし５年次（なお，１年次は
大規模な土工事は行われず，２年次及び６年次はＡ及びＤ洞窟から相
当程度離れた位置でしか土工事は行われない（６－１－１０・１１
頁）。）の出産・ほ育時期及び冬期の冬眠時期にＡ及びＤ洞窟の洞口
及び洞内において騒音・振動レベルを測定する事後調査を行い，その
結果環境影響の程度が著しいことが明らかになった場合には，洞窟付
近での作業を一旦休止し，専門家の指導・助言を得た上で適切な措置
を講じることとしている（８－９～１１頁）。
これらによれば，環境保全措置に加えて事後調査及びその結果によ
り環境影響の程度が著しいことが明らかとなった場合の対応の方針に
よる対処という形ではあるが，本件国交大臣意見６を踏まえた対応が
図られているということができる（上記の事後調査等の措置につき，
本件補正書には，本件国交大臣意見６に対する対応である旨の記載は
ないが，評価法及び本件主務省令等の関係法令を精査しても，２４条
意見への対応であることが補正書で明示されなければ２４条意見への
対応に当たらないと解すべき根拠は認められない。なお，原告らが論
じている確定評価書等外の事実に基づく主張は，その点を考慮してい
なくとも処分行政庁の裁量権の範囲の逸脱又は濫用を帰結するもので
はない。）。本件補正書が本件国交大臣意見６に対応していないとい
うことはできない。
(キ)原告らは，本件補正書は，本件国交大臣意見９の内容に対し，抽象
的なレベルで従うとの趣旨を述べるものにとどまり，具体的な対応内
容は示されていない，本件国交大臣意見９は，検討することを要求し
ているのではなく整備することを要求しているのに，この点に関する
本件補正書の記載は，整備は困難である可能性があるが検討するとい
うだけのものであって，本件国交大臣意見９に対応したとは評価でき
ないなどと主張している。
しかし，本件国交大臣意見９は「人工洞窟については，専門家の指導
・助言を得た上で，補正評価書の公告後のできる限り早い段階で設置
すること。また，小型コウモリ類の習性を踏まえ，他の洞窟の形状及
び気温・湿度等の生息条件，周辺の地形・地質や植生などの立地条件
等を考慮しつつ，適切なものを整備すること。」というものであって
（乙２１），要するに，本件補正書の公告後のできる限り早い段階で，
コウモリ類の習性を踏まえ，他の洞窟の形状等を考慮しつつ，適切な
ものを設置整備することを求めるにとどまり，それ以上に，どのよう
な内容の人工洞窟を設置整備するのが相当かの検討経過や具体的な設
置整備の内容を評価書に示すことまでは求めていない。そして，本件
補正書には，上記のとおり設置整備することを実施する旨の記載があ
ること（７－７１頁）に照らせば，本件補正書が本件国交大臣意見９
に対応していることは明らかである。また，原告らは，県には適切な
人工洞窟を整備することができないかのような主張もしているが，そ
のことを認めるに足りる証拠はない。
よって，本件補正書が本件国交大臣意見９に対応していないというこ
とはできない。
(ク)原告らは，本件補正書には，事業実施区域や事業者が取得する地域
の周辺の洞窟の保全や採餌場所としての林地に該当するいかなる区域
において，潜在的なものも含めいかなる形態の土地利用について，い
かなる権限を有するいかなる機関の部署に対して，いかなる土地利用
上の配慮を要請したのか具体的な記載が全くないから，本件国交大臣
意見１０への対応としては不十分であると主張している。
しかし，本件国交大臣意見１０は，「小型コウモリ類の保全について
は，事業実施区域や事業者が取得する地域の周辺の洞窟の保全や採餌
場としての林地の保全等周辺の土地利用が極めて重要であり，小型コ
ウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が図られるよう，小
型コウモリ類の保全，保全に関する情報の提供，石垣市や県等の関係
機関への要請などを行うこと。また，その旨を評価書に記載するこ
と。」というものであり（乙２１），要するに，当該情報の提供，関
係機関への要請などを行う措置を採ることとして，その旨を評価書に
記載することを求めるにとどまるものである。本件補正書を作成する
前の時点で，実際に関係機関に要請することまでを求めるものではな
いことが明らかであるから，原告らが指摘するような記載がないとし
ても，そのことをもって本件国交大臣意見１０への対応が不十分であ
るということはできない（原告らは，少なくとも県が想定している情
報提供や要請がコウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が
図られるという目的達成に十分なものであるかどうかを判断できるだ
けの具体的な記載は不可欠であるというが，本件国交大臣意見１０の
上記文言からそこまでの記載を求める趣旨を読み取ることはできな
い。）。
(ケ)原告らは本件国交大臣意見１１は，事業実施区域全体への降雨の海
域への浸出の主要な経路である地下川（洞窟内を流れる地下水の流
れ）の走り方（経路）及びそこの流量を，事業実施区域及びその周辺
区域全体にわたって調査し，把握することを要求していることが明ら
かといえるのに，本件補正書はこれに対応していないと主張している。
しかし，本件国交大臣意見１１は「事業実施区域及びその周辺区域へ
の降雨及び流入水が，α５川に流入し，又は海域に浸出する経路及び
その量について把握し，その結果を評価書に記載すること。」という
ものであり（乙２１），その文言上，事業実施区域及びその周辺区域
への降雨及び流入水がα５川に流入し，又は海域に浸出するに至る過
程でたどる道すじと，α５川への流入量及び海域への浸出量について
把握し，評価書に記載することを求めたものであって，この海域への
浸出量は総量の意味であると解され，また，特定事項の調査を求める
旨の明示もない以上，地下川（洞窟内を流れる地下水の流れ）の走り
方（経路）及びそこの流量を調査すべきことまでを求めたものと解す
ることはできない。
ところで，本件補正書では，事業実施区域及びその周辺区域への降雨
及び表流水の流動について，新石垣空港地下水調査結果に基づき，α
４岳南地下水流域及びその他３流域について水収支を算出し，その結
果を６－６－２５及び２６頁に追記したことをもって，本件国交大臣
意見１１に対する対応であるとしている（１３－７頁）。そして，６
－６－２６頁には，上記の水収支に加えて，表流水の向きが示された
図面が付されており，α５川左岸地下水流域（西側）及び同流域（東
側）についてはその向きのほとんど，又は多くがα５川に向かってい
るから，水収支によるこれらの流域の地表流出量とあいまって，α５
川に流入する道すじと流入量のおおよそが把握できるものとなってい
る。
他方，本件事業予定地及びその付近の地下水の状況等（６－６－４～
７頁），地形（６－７－３頁），地質（６－７－１３～１８頁），海
岸部の浸出水の存在（６－６－２２・２３頁）等に照らし，上記４流
域の地下水流出の相当部分は海域への浸出によっていると考えるのが
合理的であるから，水収支による地下水流出量によって海域への浸出
量は相当程度把握できるものというべきである。また，地下水流出は
地表からの浸透によるところ，付近に分布する不透水層であるトムル
層，透水層である琉球石灰岩等（６－６－３３頁の表参照）の分布状
況は把握されており（６－６－７頁），前記４流域それぞれの地層割
合も把握されているから（６－６－２６頁），海域に浸出するに至る
過程の道すじのうちいわば入口の段階については一応把握されている
ということができる。しかし，本件補正書には，海域に浸出するに至
る過程でたどるその後の道すじに関する記載は見当たらないから，こ
の点において，本件補正書の本件国交大臣意見１１に対する対応は不
十分であるといわざるを得ない。
もっとも，事業者に対し２４条意見に対して必ず対応すべきことを義
務付ける評価法又は関連法令の規定は見当たらず，確定評価書におい
て２４条意見に対応していない場合であっても，そのことから直ちに
環境配慮審査適合性が否定されるということはできないことは既に説
示したとおりである。２４条意見に対応しない結果，外部手続を含む
環境影響評価手続の結果（環境影響評価の結果）の合理性が損なわれ
ることが明らかであるといった場合には，環境配慮審査適合性を認め
た免許等を行う者の判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用が認められる
余地が認められ，上記のような本件国交大臣意見１１に対する不十分
な対応についてもこのような観点から検討すべきであると解されるが，
この点については，後記(2)において，α３のサンゴ類ないしα３サン
ゴ礁生態系の保全に関する原告らの主張を検討する中で，検討するこ
ととする。
(2)α３のサンゴ類ないしα３サンゴ礁生態系の保全に関する本件許可処分
の違法性について
ア原告らは，サンゴ類ないしサンゴ礁生態系の保全に関し，本件補正書の
赤土等流出防止対策を問題として，種々の主張をしているので，これら
について検討する。本件補正書は，次のような赤土等流出防止対策を採
ることとしている（２－９・１０頁（以下，単に特定の頁を示す場合は
本件補正書の該当頁を示すものである。））。
(ア)基本方針
ａ赤土等の流出防止対策に当たっては，濁水の発生から工事区域外へ
の流出に至る一連の流出過程に応じた対策を実施する。
ｂ赤土等の流出防止対策は，県の赤土等流出防止条例や赤土等の対策
に関わる技術基準・指針に準拠するだけでなく，本件空港の地域特
性，自然特性を十分に考慮した対策を実施する。
ｃ工事に当たっては，施工や環境の専門家から成る「Ｐ１６委員会」
（仮称）を設置し，工事の状況について評価・提言を受けるととも
に，提言を踏まえた対策案を検討し，実施する。
ｄ工事中においては，赤土等の流出防止対策が所要の機能を発揮して
いることを確認するためのモニタリング調査を実施するとともに，
現場状況に応じた適切な施工を行うため，情報化施工（施工段階に
おける進ちょく状況，施工範囲，裸地面積等の情報を逐次把握し，
予測される台風等の降雨による影響を予測し，迅速な赤土流出防止
対策を行う。）及び観測施工（施工中における海岸周辺の地下水状
況の観測を通し，予測結果との比較を行いながら，施工による影響
を把握するとともに，環境保全のための措置を講じながら施工を行
う。）を実施する。
ｅ空港供用後に当たっては，これらの赤土等の流出防止対策による効
果を適切に評価するため，「Ｐ１７委員会」（仮称）を設置し，逐
次報告を行う。
ｆ空港供用後に不測の問題が発生した場合には，Ｐ１７委員会におい
て協議を行い，必要な対処策を実施する。
(イ)赤土等流出防止対策
工事中の赤土等流出防止対策は，「赤土等流出防止対策技術指針
（案）（平成７年，沖縄県土木建築部）」に基づき，赤土等の流出を
防止することを基本として，各種の現場状況に応じ適切な発生源対策
を実施する。発生源対策によって抑制された濁水については，地下浸
透方式や機械処理方式の濁水処理対策を実施する。発生源対策及び濁
水処理対策は次のとおりである。
ａ発生源対策
・降雨が多い時期（梅雨時期等）には盛土工事・切土工事を集中さ
せないように工事工程を調整する。
・広域的な掘削エリアの出現を極力避ける施工を実施する。そのた
めに施工エリアを分割し，エリアごとに施工することで裸地面積
を抑え，裸地部の浸食と土砂の流出を抑える。
・裸地の状態の出現期間を短縮するような施工を実施する。
・長期間放置される掘削面に対しては，流出抑制工を実施し，赤土
等の流出を抑制する。
・盛立面，掘削面においては，それぞれのエリアの中で雨水を処理
するものとし，隣接エリアへの濁水の流出を極力抑えるものとす
る。
・事業実施区域外からの雨水の侵入を避けるため，事業実施区域外
周に排水路を設置する。
ｂ濁水処理対策
・工事区域内の抑制された濁水の処理については，浸透ゾーンを利
用した地下浸透方式を主とするが，地質等の状況により実施でき
ない場合は，機械処理方式を併用する。
・機械処理方式の施設規模を設定するための降雨は，１０年確率降
雨を対象とする。
・機械処理方式（凝集処理を検討しているが，その凝集剤の種類等
については，環境への負荷を考慮して選定する。）を適用する場
合の排水基準は，生活環境の保全に関する環境基準（河川の水産
１級）を準用し，浮遊物質（ＳＳ）濃度を２５ｍｇ／ｌ以下とす
る。
そして，本件補正書によれば，工事工程の１年次は試験盛土，７年次は
建築工事を中心とし，土工事が行われる２年次から６年次は，６－１－
１０及び１１頁の記載（特に，「年次毎の土工展開（その１）」及び
「年次毎の土工展開（その２）」と題する図面）のとおり，年次ごとに
施工エリアを決めて進め，広域的な掘削エリアが出現するのを極力避け
るという年次ごとの土工展開がされる（もっとも，以下に示すものを含
め，これらの計画は概略のものであり，詳細設計の際に変動することが
あり得る。）。また，これらの図面と６－７－１３ないし１８頁の記載
（特に，ボーリング地点及び地質図並びに推定地形断面図）とを対比す
ると，２年次及び４年次ないし６年次の工程は主として難透水層で本件
事業実施区域の基盤岩であるトムル層から切土をしこれを透水層である
琉球石灰岩上に盛土するものであり（ただし，２年次には，浸透ゾーン
Ⅰ及びⅢを作るために主に琉球石灰岩及び沖積層を切土する部分もあ
る。），３年次の工程は主として琉球石灰岩を（一部では琉球石灰岩の
下層にあるトムル層までを）切土して琉球石灰岩及び沖積層上に盛土す
るものであることが明らかである。６－１－２１頁の記載によれば，切
土区域の面積は琉球石灰岩が１２．０ｈａ，トムル層が５２．８ｈａで
ある。
具体的な工事中の赤土等流出防止対策は，６－１－１２ないし４６頁に
記載されている。地下浸透方式の濁水処理対策を実施する区域について
は，事前に工事区域内にろ過処理施設を設けて，濁水濃度の低減を図り，
濁水のＳＳ濃度を沖縄県赤土等流出防止条例の排出基準濃度である２０
０ｍｇ／ｌ以下まで低下させて浸透処理する。具体的には，発生源対策
（表土保護工）や流出抑制工を行い，続いて場内仮設調整池において自
然沈降によりＳＳ濃度をある程度低減し，当該処理水をコルゲート管等
により浸透ゾーンの直前に設置するろ過沈殿処理施設に導入する。年次
ごとの場内仮設調整池，ろ過沈殿処理施設等配置や排水の流れは６－１
－３４ないし３６頁の図面に示されている。切土・盛土工事は，表土を
除去した後に行われ，表土を除去した後に工事区域には高濃度の濁水の
発生原因となる赤土等はなく，岩だけとなり，濁水の原因となるのは岩
盤の切土の切削時や盛土の転圧時に発生する石粉だけとなる（６－１－
２１頁）。浸透ゾーンを利用した赤土等流出防止対策は，久米島空港建
設工事等で施工された実績がある（１１－２・５頁）。
本件補正書によれば，浸透ゾーンは，ほぼ北東から南西に細長く設けら
れる本件空港の北東側に二つ（浸透ゾーンⅠ及びⅢ），南西側に一つ
（浸透ゾーンⅡ）が設けられる（より具体的な位置については，６－１
－１９頁の図面参照）。６－１－５０ないし５２頁のとおり，浸透ゾー
ンⅠは，空港海側法尻の細長い部分（南西から北東に延びている）の琉
球石灰岩，沖積層及び名蔵れき層面を利用するもので，琉球石灰岩分布
ゾーン（最も南西側）から名蔵れき層分布ゾーン（中間部分）までは傾
斜地形となっており貯水ポケットを確保することが困難であるため，沖
積層ゾーン（最も北東側）にフラット面を設けて必要容量を確保する。
また，浸透ゾーンⅢは，浸透ゾーンⅠの北側の付け替え農道と空港本体
に囲まれた部分で，浸透面には沖積層とトムル層が分布する。さらに，
浸透ゾーンⅡは，空港山側の切土面のうち北側に広く分布する琉球石灰
岩を利用するものである。琉球石灰岩は南西側に行くほど分布が浅くな
り，その下に名蔵れき層，トムル層が分布している。なお，浸透ゾーン
の設置に当たっては，浸透した水が直接洞窟に入り込まないよう設置位
置を検討する。浸透ゾーンと洞窟の位置関係は，６－１－５５頁の図面
のとおりである（もっとも，前記のとおり，そこに示されている計画は
概略のものであり，詳細設計の際には変動があり得る。）。
本件補正書によれば，実験の結果，石灰岩の上面に砂を敷設した場合，
浸透機能を維持する上での効果が高いことが明らかになったため，浸透
ゾーンには厚さ１０ｃｍ以上の砂を敷設する。また，室内実験による浸
透試験により導いた浸透係数に基づき，浸透ゾーンⅠの浸透面積は４万
５６００㎡（琉球石灰岩１万６８００㎡，名蔵れき層６５００㎡，沖積
層２万２３００㎡），浸透ゾーンⅡのそれは２万０９００㎡（琉球石灰
岩１万４０００㎡，名蔵れき層３１００㎡，トムル層３８００㎡），浸
透ゾーンⅢのそれは６３００㎡（沖積層１８００㎡，トムル層４５００
㎡）とするが，実施に当たっては，工事着手前に現地において面的な浸
透試験を実施し，検証することとし，必要に応じて対策を講ずることと
する（６－１－２３～２７頁）。浸透ゾーンの効果（ろ過機能）につい
ての室内実験（ＳＳ濃度２００ｍｇ／ｌの濁水を用いた浸透試験におい
て，供試体下面より流出する水を採取して濃度を測定）によると，沖積
砂層（沖積層の砂）直径１０．６ｃｍ，厚さ１００ｃｍの供試体の場合
がろ過率９８．０％（流出水のＳＳ濃度が４ｍｇ／ｌ），琉球石灰岩直
径５ｃｍ，厚さ１０ｃｍ及びその上面に厚さ１０ｃｍの砂を載せた供試
体の場合がろ過率は９７．０ないし９７．５％（流出水のＳＳ濃度が５
ないし６ｍｇ／ｌ）であったことから，いずれも濁水のろ過機能があり，
現地の層厚を考えるとより高い効果が期待できると考えられるとされて
いる（６－１－２３～２８頁）。６－７－１５ないし１８頁の地質図及
び推定地層断面図（その１～３）によれば，各浸透ゾーンの琉球石灰岩，
名蔵れき層又は沖積層は１０数ｍから２０ｍ以上の厚さを有しているも
のと認められる。
本件補正書によれば，浸透ゾーン等の施設の維持管理については，沖縄
県土木建築部「赤土等流出防止対策技術指針（案）」に基づき計画する
こととし，詳細については各現場条件に応じた管理マニュアル等を作成
し，適切に行うものとするとされている。そして，浸透ゾーンの浸透能
を計画どおりに維持していくための浸透ゾーンの管理を行うほか，降雨
前の集水施設について，点検簿を整備し，浸透ゾーンの各構成部分につ
き点検し，必要に応じて維持管理補修を行うことや，場内仮設調整池及
びろ過沈殿処理施設の点検，ろ過沈殿処理施設と浸透ゾーンを結ぶ導水
管等の管理を行い，加えて，降雨中は，浸透ゾーン，場内仮設調整池，
ろ過沈殿処理施設，場内の導水路や沈殿池等をパトロールし，浸透ゾー
ンやろ過沈殿処理施設の濁水の濁度を監視するとともに，各施設が機能
しているか監視し，その結果を記録して緊急時対応などに活用し，また，
必要に応じて適切な対応を採るとされている（６－１－４４・４５頁）。
また，地下水に対する環境監視として，水位のほかに，ＳＳ濃度を調査
し，また，浸透ゾーンの設置後の初期段階において，大雨により浸透ゾ
ーンに濁水の流入があった場合，地下水の濁りについて観測を実施し，
その結果環境影響の程度に著しい変化が認められる場合は，浸透ゾーン
への濁水の流入を一時中断した上で，工事区域内の調整池等の容量を増
やし，濁水を貯留，濁水の前処理の強化，浸透ゾーンの底面への敷き砂
の補強などの適切な赤土等流出防止対策を，専門家から指導・助言を得
た上で講じるとされている（８－１２頁）。
さらに，本件補正書は，難透水性の区域については，工事区域で発生し
た濁水を南側仮設調整池に貯留し，機械処理方式の濁水処理対策を実施
する。南側仮設調整池は，空港南側の付け替え国道と空港本体に囲まれ
た部分でα５川側に流出する雨水排水処理を行うとしている。その概要
は６－１－４０ないし４２頁に示されたとおりであり，使用を計画する
凝集剤は，無機凝集剤，有機高分子凝集剤のうち，実験等により本件事
業実施区域の土質条件に適合し，環境への負荷が小さい種類，使用量な
どを総合的に検討して決定し，凝集剤の決定に当たっては，生物への毒
性実験等を参考にするとしている。また，工事中，機械処理設備は，降
雨終了後にα５川が平常流量に戻った時点で稼働させるほか（平常時），
降雨が連続し，南側仮設調整池の貯留能力を超えるおそれのある場合に
稼働させるとしている（６－５－４０頁）。
本件補正書によれば，赤土等流出防止対策の実施を前提として検討した
結果，機械処理水の混合後の河川のＳＳ濃度は，平常時においては生活
環境の保全に関する環境基準（河川の水産１級）の２５ｍｇ／ｌ以下に
対して約半分の１３．１ｍｇ／ｌであり，降雨時においては希釈される
効果がみられるとされている（６－５－４０～４４頁）。
本件補正書では，南側仮設調整池及び機械処理施設の維持管理について
は，沖縄県土木建築部「赤土等流出防止対策技術指針（案）」に基づき
計画することとし，詳細については各現場条件に応じた管理マニュアル
等を作成し，適切に行うものとするとされ，降雨前の集水施設の点検，
降雨時の監視は浸透ゾーンの場合に準じて行い，また，プラント設備に
ついては，機械処理施設の稼働中は処理水のＳＳ濃度が目標値を満足し
ているか常時記録し，必要に応じて適切な措置を行うほか，処理に必要
な薬剤などは常時確保し，また，台風等により電源の供給が不能となる
事態を考慮して，動力は発電機を用い，緊急時に対応するよう十分に備
えるとされている（６－１－４６頁）。
イ以上のような赤土等流出防止対策に対して，原告らは，次のように種々
の主張をしているが，以下に説示するとおり，いずれも採用することが
できない。
(ア)原告らは，本件補正書の工事期間中の赤土等流出防止対策は，台風
や豪雨の場合でも，赤土の微粒子は，事業予定地の浸透ゾーンの地盤
ないしその他の琉球石灰岩層に浸透し，時間が経過しても目詰まりは
起こさず，浸透能力が低下することはないという仮定を前提としてい
るが，その担保はなく，これがそのとおり実現されると考えることに
は多大なリスクを伴う，濁水を地下浸透させるという手法を採る以上，
工事期間を通じて浸透能力が維持されるか，目詰まりを起こして能力
が低下しないかは通常危惧される問題であり，その科学的根拠が立証
されないとしても，それが生じた場合の重大なリスクを考慮し，慎重
な予防措置として対策を講じることが必要であるなどと主張している。
しかし，前記のとおり，浸透ゾーンの浸透能力を維持するため，浸透
ゾーンには厚さ１０ｃｍ以上の砂を敷設され，また，浸透ゾーンの浸
透能を計画どおりに維持していくための浸透ゾーンの管理が行われる
ほか，降雨前の点検，降雨中の監視がされ，必要に応じて適切な対応
が採られるというのであるから，相応の対策は講じられるものである
というべきである。
(イ)原告らは，α９地域は豊富な地下水流によって既に浸食を受けてい
る地帯であり，琉球石灰岩は均質性に欠けるモザイク状の地質であっ
て，直接洞窟地下川に濁水が流れ込むような切れ目が地表にあれば，
ろ過機能は働かない，本件補正書は，工事により発生した濁水を水路
を通じてろ過沈殿池，浸透ゾーンに集めることを計画しているが，そ
の途中には，石灰岩層の表面の亀裂や土で覆われている部分の無数の
割れ目や穴があるし，仮に，浸透ゾーンではろ過機能が効果を生じた
としても，全ての濁水を浸透ゾーンへ導くことは不可能であり，工事
による濁水が洞口や地表に無数にある切れ目から洞窟内（地下川）に
流れ込む危険があるなどと主張している。
しかし，本件補正書等に照らしても，浸透ゾーンの琉球石灰岩に直接
洞窟に濁水が流れ込むような切れ目があることは認められない。むし
ろ，前記のとおり，本件補正書によれば，浸透ゾーンの設置に当たっ
ては，浸透した水が直接洞窟に入り込まないよう設置位置を検討する
というのであり，また，更に詳細設計によって具体的な位置の確定が
行われるのであるから，その際にはそうした切れ目等の有無の確認が
行われるものと考えられる。さらに，浸透ゾーンには厚さ１０ｃｍ以
上の砂が敷設されるのであって，仮に原告らが主張するような切れ目
があるとすればその作業中にもその存在が判明するものと考えられる。
他方，浸透ゾーンに至るまでの濁水の流路については，そもそも，主
要な土工事が行われる２年次から６年次までのうち，２年次及び４年
次ないし６年次の工程は主として難透水層で本件事業実施区域の基盤
岩であるトムル層から切土をしこれを琉球石灰岩上に盛土するもので
あることは前記のとおりであり，この場合，盛土面は，表土保護工と
して転圧締固等が施される（６－１－１３頁）。３年次の工程では主
として琉球石灰岩を切土して琉球石灰岩等に盛土するが，この場合で
も，施工の現場においては，切土面についてのシート被覆工を含む発
生源対策（表土保護工）等が行われ（６－１－１２・１３頁），また，
「赤土等流出防止対策技術指針（案）（平成７年，沖縄県土木建築
部）」（乙３４）によれば，流出抑制工として施工される場内仮設水
路は，必要に応じてシート等で被覆されるのであるし，場内の導水路
等は前記のとおり降雨前の点検や降雨中の監視の対象とされ，必要に
応じて適切な対応が採られることに鑑みても，万が一，琉球石灰岩に
亀裂や割れ目，穴があり，そこから濁水が洞窟内（地下川）に流れ込
むというような事態が生じれば，それが発見され適切な対応が採られ
るものと考えられる。さらに，地下水への環境監視として，ＳＳ濃度
を調査し，また，浸透ゾーンの設置後の初期段階において，大雨によ
り浸透ゾーンに濁水の流入があった場合，地下水の濁りについて観測
を実施して，その結果環境影響の程度に著しい変化が認められる場合
は，浸透ゾーンへの濁水の流入を一時中断した上で，工事区域内の調
整池等の容量を増やし，濁水を貯留，濁水の前処理の強化，浸透ゾー
ンの底面への敷き砂の補強などの適切な赤土等流出防止対策を，専門
家から指導・助言を得た上で講じることとされている。以上によれば，
むしろ本件補正書に示された浸透ゾーンによる赤土等流出防止対策の
有効性は一応認められるといえ，原告らの上記主張をもって本件補正
書の浸透処理方式に瑕疵があり十分に機能しないものであると認める
ことはできない。
(ウ)原告らは，事業実施区域の海岸には，海岸全体から均等に水が流出
しているのではなく，特定の箇所から集中的に地下水が湧き出す海岸
湧水帯が存在し，さらに，増水時には水圧が高まり，湧水帯よりも沖
合の海底から地下水が湧き出す可能性もある，琉球石灰岩層の地下洞
窟を通った地下水は，パイピング空洞を通って，この海岸湧水帯及び
海中から湧出するなどと主張している。
しかし，前記(イ)のとおり，本件補正書に示された浸透ゾーンによる
赤土等流出防止対策の有効性が一応認められる以上，この主張を前提
としても本件補正書の浸透処理方式に瑕疵があるということはできな
い。
(エ)原告らは，Ｐ１８が実施している赤土等堆積状況の調査の結果，平
成２０年冬（３月）の調査（甲８２）では，本件空港建設工事現場に
近いα５川河口沖合３００ｍほどのポイント（Ｅ２）の赤土堆積度が
最も高いランク８を記録するとともに，α５川河口より北側の３か所
（Ｅ点ないしＧ点）すなわち本件空港建設工事現場前面あるいは近傍
の海域では，いずれも海岸側直近よりも沖合側で高い堆積度が記録さ
れるという過去と比較して顕著な違いが認められ，また，平成１９年
秋以降の調査では，赤土の堆積量が，かつてはα５川河口部のＥ地点
の数値が高かったのと比較して，本件空港建設現場前面のＧ地点・Ｆ
地点で多くなる傾向が認められており，これらのことは赤土が直接海
中から湧き出したものであることを示すなどと主張している。しかし，
これらは，本件許可処分後の確定評価書等外の事実であって，その点
を考慮していないとしても処分行政庁の裁量権の範囲の逸脱又は濫用
を帰結することはないといわざるを得ない。また，この点をおくとし
ても，Ｐ１８の平成２０年春の赤土等堆積状況の調査（原告らの指摘
する平成２０年冬（３月）調査の次の機会の調査）では，α５川河口
より北側の３か所（Ｅ点ないしＧ点）はいずれも海岸側直近から沖合
の方に行くに連れて堆積度の値が低くなったことが認められ（乙３
８），必ずしも原告らの主張に沿う結果となっていない。さらに，Ｐ
１８の赤土等堆積状況の調査は平成１２年夏から行われているから
（甲２９），過去との比較を論じるのであれば平成１２年夏以降の調
査結果の全てを検討する必要があるというべきところ，平成１７年春
より前の調査結果は見当たらないことに照らしても，過去と比較して
原告らが主張するような違いや変化が顕著となっており，それが本件
空港建設工事による赤土が直接海中から湧き出していることを示すも
のであるとはにわかに認めることはできない。
さらに，原告らは，Ｐ１９委員会調査報告書（甲１２８）を引いて，
平成２０年６月７日の大雨の時に現地調査をしていたＰ１９委員会に
よって，海岸湧水帯付近の砂浜を掘り下げると濁水が湧き出している
こと，海岸湧水帯周辺が他の地点と比較しても濁りが著しく，水深３
０ｃｍ以深は全く視認できない状況であったことが確認されており，
このことも，正に地下の水路を通って濁水が直接海岸・海中に湧き出
していることを裏付けるものであるなどと主張している。しかし，こ
れが本件許可処分後の確定評価書等外の事実である点はおくとしても，
上記報告書中の「海岸湧水調査報告」は，誰のものかも明らかにされ
ない形で主観的な観察結果が示されたものにすぎず（証人Ｐ２０も，
何度か一緒にＰ１９委員会の調査を行った人物が調査した結果である
と供述するにとどまる。），湧水等の濁度等も明らかでなく，その記
載内容にどれほどの正確性があるものであるかについてさえにわかに
確認することができないこと（なお，甲第９０及び第９１号証の写真
も，誰が撮影したものであるかさえ不明であり，撮影地点，濁水の濁
度等も明らかでない。），濁水の流入・浸出の経路等は確認されてい
るわけではなく，他の可能性もあることに照らしても，この報告内容
等から直ちに本件空港設置工事による赤土が地下水路を通って直接海
中等に湧き出しているとの事実を認定することはできない。
加えて，本件補正書が，後記(ケ)でも説示するとおりのモニタリン
グ調査などの事後調査や環境監視等を行い，これに基づく対策を実施
することを予定していることを考慮すれば，これらの点が本件補正書
の予定する赤土等流出防止対策を不当とすべき事由になると認めるこ
とはできない。
(オ)原告らは，本件の事業実施区域は，大量の地下水が集中し，その結
果，多くの地下川・地下洞窟が密集しているという特殊性がある上，
その地下には，浸食に弱く，地下水流に浸食された洞窟ができやすい
性質のα７と呼ばれる琉球石灰岩層が広がっているところ，このよう
な場所に事業用地から生じた濁水を集中させ，自然の浸透より大量の
濁水を流し込むという計画を立てる以上，地下水の流れの経路すなわ
ち地下河川の状況を調査することは必須であるのに，本件補正書は，
地下水の流れの調査すら行っていないなどと主張している。
しかし，前記(イ)のとおり，本件補正書に示された赤土等流出防止対
策の有効性は一応認められ，地下水への環境監視をし，浸透ゾーンに
濁水の流入があり，環境影響の程度に著しい変化が認められるような
場合は適切な赤土等流出防止対策を講じるなどの事後的対策も採られ
るというのであるから，原告らの主張するような調査がされていない
ために本件補正書の赤土等流出防止対策が不十分であるということは
できない。また，同様の理由で，本件補正書が前記(1)オ(ケ)のとおり
本件国交大臣意見１１に十分に対応していないこと（事業実施区域及
びその周辺区域への降雨及び流入水の海域に浸出するに至る過程の入
口の段階以降の把握をしていないこと）についても，そのために本件
補正書の赤土等流出防止対策が不十分なものにとどまっているという
関係があるとはいえない。これらの点から本件許可処分について処分
行政庁の裁量権の範囲の逸脱又は濫用が帰結されると認めることはで
きないというべきである。
(カ)原告らは，本件補正書で浸透ゾーンの容量等を定める際の基礎とな
った浸透係数には誤りがあり，この誤りは，浸透ゾーンで確保する容
量の誤りをもたらし，想定内の雨量でも濁水が浸透ゾーンからあふれ
出るという結果を生じさせるものである，こうした浸透係数の誤りは，
琉球石灰岩のわずか１０ｃｍ径の１サンプルのみだけの実験結果によ
り，しかも，琉球石灰岩とともに浸透ゾーンの地盤を構成する名蔵れ
き層については実験を行わずに導き出されたことからも十分に予測可
能であり，このように誤った浸透係数に基づき算定された容量の浸透
ゾーンによる対策で赤土流出防止が図られていると判断したことには，
明らかな裁量判断の誤りがあるなどと主張している。
しかし，本件補正書では，浸透ゾーンの容量等を算定する基礎となる
浸透係数につき，実施に当たっては，工事着手前に現地において面的
な浸透試験を実施し，本件補正書の検討結果を検証し，必要に応じて
対策を講ずることとしていることは前記のとおりであり，その結果，
本件補正書において示された浸透係数が見直されたとしても，そのこ
とは本件補正書において想定済みのことであるということができ，こ
れをもって本件補正書の浸透係数に誤りがあるということはできない。
実施設計をする場合の基礎とする浸透係数につき，室内実験による結
果に基づくよりも，実際に工事を行う現場の地質に基づいて導く方が
合理的であるが，他方，このような場合に，環境影響評価の段階にお
いて，あらかじめ現場の表土を取り除いて（さらには，浸透ゾーンを
設置する部分に至るまで切土をして）実験をすることまで求めること
は現実的でない。本件補正書の記載によっても，この点に関する対応
についての基本的な考え方・方針は十分に提示されているということ
ができ，また，実施段階で更に検討することも明示されている。そし
て，工事に当たっては，施工や環境の専門家から成る「Ｐ１６委員
会」（仮称）を設置し，工事の状況について評価・提言を受けるとと
もに，提言を踏まえた対策案を検討し，実施することとされているこ
とに鑑みても，本件補正書のこうした対応方法は合理的なものである
というべきである。本件補正書において浸透係数，ひいては浸透ゾー
ンの容量等が最終的なものとして提示されていない点をもって，本件
補正書の赤土等流出防止対策の検討が不十分であるということはでき
ない（なお，原告らは，実施設計段階におけるサンプルによる実験結
果は，実際の浸透面の１万７２３２分の１あるいは１６万２４２０分
の１の面積によるものでしかないことを指摘して，その結果による浸
透係数も信用に値するものでないなどと主張しているが，本件許可処
分後の事情である点はおくとしても，そのことからにわかに当該実験
方法が不当であると認めることはできず，他にこの実験結果によった
のでは浸透ゾーンから濁水があふれ出すことを認めるに足りる証拠は
ない。）。
(キ)原告らは，本件補正書では浸透ゾーンないし調整池の設置規模を策
定するに当たり，１日当たりの雨量を基に１０年確率規模の数値（日
雨量２５９．４ｍｍ／日）を基準にしているが，このことは石垣島の
地域的特性である局所的集中豪雨を過小評価するものであるなどと主
張している。
しかし，本件補正書においては，浸透ゾーン等の規模を検討するに当
たり，長期降雨強度による容量と短期降雨強度による容量をそれぞれ
算定し，その比較により容量の上回る短期降雨強度により規模を定め
ており，この場合の短期降雨強度は短時間降雨資料により県河川課が
作成した「石垣島における短時間確率降雨曲線」により算定したもの
であって，原告らが主張するような１０年確率規模の日降雨量のみに
よったものではない（６－１－１４～１７頁参照）。さらに，本件補
正書においては，１０年確率規模による工事中の所要規模の検討のほ
かに，５０年確率規模による空港供用後の所要規模の検討も行い，結
局，５０年確率規模の短期降雨強度に基づいた検討結果により浸透ゾ
ーン等の規模を定めているのであって（６－１－１６・４９・５０頁
参照），原告らの上記主張は前提を誤っているといわざるを得ない。
そして，所要規模の検討においては安全率が考慮されていること，浸
透ゾーンの容量を超える場合の対応として場内に仮設調整池を設ける
とされていること（６－１－１６頁参照）も併せ考慮すれば，本件補
正書の浸透ゾーン等の規模の検討が石垣島の地域的特性を過小評価す
る不当なものであると認めることはできない。
(ク)原告らは，本件補正書の記載は，凝集剤を使用した機械処理方式を
採用するということ以上には何も述べていないに等しく，凝集剤の配
合や，その凝集効果，環境負荷等について全く検討されていない，機
械処理方式には作業ミスあるいは機械の作動不良等が生じる可能性が
あるのに，それらの場合の対応が何もないか，抽象的な記載があるの
みで，必要なマニュアル等の検討も欠いているなどと主張している。
しかし，本件補正書は，前記のとおり，工事中の赤土等流出防止対策
につき「赤土等流出防止対策技術指針（案）」に基づくことを基本と
しており，同指針（案）（乙３４）は，自然沈殿方式による排水基準
を満足することができないおそれのある場合は，薬剤等を用いて強制
的に沈殿させるものとし，使用する薬剤は無公害のものを用いるとと
もに，放流水はｐｈ調整を行うことなどとした上で，凝集剤による濁
水処理フロー，凝集剤の種類と機能等についての技術指針を示してい
る。また，本件補正書は，前記のとおり，機械処理方式の場合の凝集
剤の種類等については，環境への負荷を考慮して選定するとし，具体
的には，使用を計画する凝集剤は，生物への毒性実験等を参考に，無
機凝集剤，有機高分子凝集剤のうち，実験等により本件事業実施区域
の土質条件に適合し，環境への負荷が小さい種類，使用量などを総合
的に検討して決定するとしているほか，工事に当たっては，施工や環
境の専門家から成る「Ｐ１６委員会」（仮称）を設置し，工事の状況
について評価・提言を受けるとともに，提言を踏まえた対策案を検討
し，実施するとしている。以上によれば，凝集剤を使用した機械処理
方式の技術は相当に確立されているものと認められるところ，本件補
正書において，凝集剤の選定に当たっての方針等が提示されており，
また，必要に応じて「Ｐ１６委員会」（仮称）から提言を受けること
ができることに鑑みても，凝集剤の配合等が具体的に示されていない
ことをもって直ちに，機械処理方式による赤土等流出防止対策が検討
されていないに等しいとも，環境への配慮がされていないともいうこ
とはできない。
また，前記のとおり，機械処理設備は，平常時においては，降雨が終
わった後にα５川が平常流量に戻るまで稼働しないとされている（降
雨時に稼働させるのは，降雨が連続し，南側仮設調整池の貯留能力を
超えるおそれが生じた場合だけである。）。さらに，本件補正書は，
南側仮設調整池及び機械処理施設の維持管理については，県土木建築
部「赤土等流出防止対策技術指針（案）」に基づき計画することとし，
詳細については各現場条件に応じた管理マニュアル等を作成し，適切
に行うものとすること，降雨前の集水施設の点検，降雨時の監視は浸
透ゾーンの場合に準じて行い，加えて，プラント設備については，機
械処理施設の稼働中は処理水のＳＳ濃度が目標値を満足しているか常
時記録し，必要に応じて適切な措置を行うこと，処理に必要な薬剤な
どは常時確保し，台風等により電源の供給が不能となる事態を考慮し
て，動力は発電機を用い，緊急時に対応するよう十分に備えることを
記載していることは前記のとおりである。さらに，「赤土等流出防止
対策技術指針（案）」（乙３４）では，機械処理方式（凝集沈殿方
式）の濁水処理フローシートにおいて，凝集沈殿地で処理された処理
水につき排水基準を確認した上で，基準を満たさない処理水は再度調
整池に戻され，再びプラント設備において処理されるものとすること
が示されている。以上によれば，処理水が基準を満たさない場合や機
械の作動不良の場合への対応を含め，機械処理設備の管理方法の大枠
は本件補正書において示されており，その上で，詳細につき各現場条
件に応じた管理マニュアル等を作成し，適切に行うこととされている
のであって，一応の維持管理方法が検討され，その結果が記載されて
いるということができ（したがって，本件補正書において，このこと
に関する本件国交大臣意見１３への対応もされているというべきであ
る。），この関係から機械処理方式に赤土流出防止対策として欠陥が
あるとは認めることができない。
(ケ)原告らは，環境保全のための最後の安全装置として事後調査ないし
は環境監視が必要であるのに，本件補正書は，判断の誤りや作業ミス
はないとして，事後の調査ないし監視は不要と断じているなどと主張
している。
しかし，本件補正書は，前記のとおり，赤土等流出防止対策の基本方
針として，工事に当たっては，施工や環境の専門家から成る「Ｐ１６
委員会」（仮称）を設置し，工事の状況について評価・提言を受ける
とともに，提言を踏まえた対策案を検討し，実施すること，工事中に
おいては，赤土等の流出防止対策が所要の機能を発揮していることを
確認するためのモニタリング調査を実施すること，空港供用後には，
これらの赤土等の流出防止対策による効果を適切に評価するため，
「Ｐ１７委員会」（仮称）を設置し，逐次報告を行い，不測の問題が
発生した場合には，Ｐ１７委員会において協議を行って必要な対処策
を実施すること，浸透ゾーンや集水施設，機械処理設備等の降雨前の
点検，降雨中の監視等を行い，浸透ゾーン等の濁水の濁度の監視，地
下水のＳＳ濃度の調査等，機械処理施設稼働中における処理水のＳＳ
濃度の常時記録化などを行うことを記載しているのであり，これらに
よれば，本件補正書が事後の調査ないし監視は不要と断じているわけ
でないことは明白であるから，原告らの上記主張は明らかに失当であ
る。
(3)本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全に関する本件許可処
分の違法性について
ア次に，原告らは，本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全に
関し種々の主張をしているので，これらについて検討する。本件補正書
は，コウモリ類に係る環境影響評価の結果について次のように記載して
いる（９－２９・３０頁）。
(ア)事業実施区域及びその周辺の洞窟でコウモリ類の生息が観察された。
利用時期は洞窟や種によって異なり，通年にわたる利用も観察された
が，一時的若しくは稀な利用も観察された。利用形態は出産・ほ育や
冬期の休眠場所，この他の時期の昼間の休息場所としての利用が観察
された。事業実施区域周辺のＡないしＥ洞窟の利用状況及び集団遺伝
学的分析の結果から，石垣島のカグラの個体群にとってＡ及びＤ洞窟
は，冬期の休眠場所として島の南東部に存在するコロニーの中では非
常に重要であることが示唆された。また，コキクガシラの個体群にと
って，Ａ洞窟は島の南東部の個体群では中心的な出産・ほ育場所であ
ることが示唆された。ユビナガはＡ洞窟を利用しているが，出産・ほ
育場所や冬期の集団での休眠場所としての利用は確認されず，また，
個体数の変動が大きかった。ＡないしＥ洞窟以外に確認された１１か
所の洞窟等については，平成１７年５月及び６月の調査で，事業実施
区域内の４洞窟ではコウモリ類が確認されなかった。事業実施区域及
びその周辺においてコウモリ類の採餌活動が確認された場所は，コキ
クガシラ，カグラでは樹林の林内や林縁，ユビナガでは樹林の上空や
林縁が多かった。採餌活動時間帯における環境別の利用状況をみても，
コキクガシラとカグラは樹林地を多く利用している。事業実施区域内
の樹林はＡ，Ｃ及びＤ洞窟に生息するコキクガシラやカグラが採餌場
所として利用していることが確認され，特に両種の採餌場所として樹
林の重要性が高いことが示唆された。
(イ)本件事業の工事実施による環境影響について，石垣島全体がコウモ
リ類の生息地であり，コウモリ類の個体数を将来とも衰退させること
なく，維持するためには事業実施区域周辺のみにとどまらず，石垣島
全体で考慮していく視点が重要であることから，長期的な視野で，環
境保全配慮として，①Ｂ，Ｃ及びＤ洞窟の保全対策，②人工洞の設置，
③水みちとなるボックスカルバートの工夫，④α８ダムのトンネルを
より有効に活用するための工夫を行う。なお，環境保全配慮の検討・
実施に当たっては，専門家の指導・助言を得ながら，適切に講ずるも
のとする。
(ウ)以上によっても，造成等の施工による一時的な影響として，①ねぐ
らの消失，②ねぐら周辺における生息環境の変化に伴う生息状況の変
化，③樹林の消失による生息状況の変化，④建設機械の稼働による生
息状況の変化，⑤生態系の基盤環境，生態系の機能と構造の変化に伴
う影響がある。
このうち，①ねぐらの消失について，消失するねぐらを利用するコウ
モリ類の個体への影響をみると，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を現在利用してい
るコウモリ類は，他事例において洞窟間における移動が確認されてい
ること，これまでの調査の結果，標識調査で事業実施区域周辺の５洞
窟間では移動事例が多く確認され，５洞窟とその他の石垣島の洞窟の
間でも移動が確認されていること，集団遺伝学的分析のうち遺伝子交
流集団の分析結果では，分析に用いた全てのコロニーは約９８％の確
率で一つの個体群とみなすことができることから，Ａ及びＤ洞窟を含
むその他の洞窟に移動できるものと考えられ，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を利
用する個体が消失するおそれはないと予測される。他方，Ｂ，Ｃ及び
Ｅ洞窟の３か所のねぐらの消失によって，コウモリ類にとってねぐら
の多様性が低下し，選択肢が減るという変化がある。Ｃ及びＥ洞窟の
利用頻度が高いことと個体数割合の面から考えて，コキクガシラの個
体群に生息状況に大きな変化があると予測される。一方，カグラの個
体群にとって，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟は平均個体数や確認頻度，石垣島内
の個体群の中での個体数割合という面からみて比較的重要性は低いと
考えられる。このため，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟が利用できなくなることに
よる石垣島のカグラ個体群の生息状況の変化は小さいと予測される。
また，ユビナガにとって，Ｃ洞窟が利用できなくなる点は，石垣島の
個体群の中での個体数割合という面からみて比較的重要性は低いと考
えられる。このため，Ｃ洞窟が利用できなくなることによる石垣島の
ユビナガ個体群の生息状況の変化は小さいと予測される。カグラ及び
ユビナガについて，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を利用する個体数は少ないこと
から，これらの洞窟がなくなることによってＢ，Ｃ及びＥ洞窟以外の
ねぐらの個体数が激変することはなく，受入可能であると考えられる。
コキクガシラについては，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟で通年あるいは冬期の休
眠時期に観察された個体数は，移動先として考えられる洞窟において
観察されている個体数の変動幅の範囲内であることから，移動先のね
ぐら及び餌場の環境収容力の範囲内であると考えられ，移動先のねぐ
らの個体数が増加しても長期的な影響は少ないと考えられる。
②ねぐら周辺における生息環境の変化に伴う生息状況の変化について，
ねぐらとして利用できる洞窟は，Ａ及びＤ洞窟である。周辺の土地利
用及び植生の変化に伴う洞窟内の環境変化の一つとして，一般的に地
下水量の減少に伴う洞内の乾燥化が懸念されるが，Ａ及びＤ洞窟は事
業実施区域外の上流側に位置していること，Ａ及びＤ洞窟の洞口周辺
の樹林は伐採しないことから，Ａ及びＤ洞窟内の地下水は変化しない
と考えられ，洞内の乾燥化は生じないものと予測される。また，Ａ及
びＤ洞窟の洞口付近は改変されないことから，洞窟へのコウモリ類の
出入りについては支障は起きないものと予測される。
③樹林の消失による生息状況の変化について，土地の改変により，事
業実施区域の樹林が約３０ｈａ消失し，採餌活動を行う場が消失する
こととなる。また，樹林の消失によって，洞窟から北東の餌場（海岸
林）へ移動するルートである北東ルート及びＡ洞窟から南の餌場（海
岸林）へ移動するルートである南ルートが分断される。さらに，その
途中にあるコウモリ類の採餌場所が減少し，コウモリ類のうち特に樹
林環境を移動経路として利用するコキクガシラ及びカグラについて，
Ａ洞窟やＤ洞窟をねぐらとする個体の生息環境が変化すると予測され
る。コウモリ類にとっての主要な餌場であるα１０山方面の樹林やそ
の餌場へ移動するルートは改変されない。
④建設機械の稼働による生息状況の変化について，騒音・振動の調査
結果，作業場所直下の地表から約３ｍの深さの洞奥部では，発生源か
ら約７ｍの距離で騒音は最大約８７．６ｄｂ（Ａ），振動は最大６０．
５ｄｂであった。このとき，洞窟内のカグラについては一斉に飛び立
つというような顕著な反応は観察されなかった。また，建設機械稼働
日と非稼働日についてカグラの行動を観察し検定にかけた結果，建設
作業騒音及び振動によってカグラの行動が活発になるという結果は得
られなかった。このことから建設機械による作業騒音・振動は，この
調査では特にカグラの行動に顕著な影響を与えていないと判断された。
しかしながら，騒音・振動の発生時に可聴音が聞こえることがあった
ことから，警戒音が含まれている可能性が考えられた。また，出洞個
体数は，建設機械稼働日と翌日で大きな変化はみられなかったものの，
建設機械稼働日の出洞開始時間は翌日に比べて約３０分遅かった。騒
音・振動に長時間さらされたときの影響を考慮すると，Ａ洞窟では，
出産・ほ育の時期にＡ洞窟の最奥部直上付近において建設作業を実施
すると，コキクガシラの出産・ほ育に利用されないおそれがあると予
測される。また，Ｄ洞窟では，出産・ほ育の時期や冬期の休眠の時期
にＤ洞窟付近で建設作業を行うと，カグラの出産・ほ育や冬期の休眠
に利用されないおそれがあると予測される。
⑤生態系の基盤環境，生態系の機能と構造の変化に伴う影響の程度に
ついて，生態系の基盤環境の変化の予測結果によると，コウモリ類が
ねぐらとして利用している５か所の洞窟のうち３か所の洞窟が消失し，
採餌場所の一部としての二次林環境がある「段丘－樹林地（亜高木
林）」の改変の程度は中程度である。コウモリ類に利用されている３
か所のねぐら（Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟）が失われ，採餌場所の一部として
の二次林が失われ，主要な餌場までの移動経路の一部の二次林が分断
されることになるものと予測される。しかし，ねぐら及び出産，ほ育
の場として利用されている２か所の重要な洞窟（Ａ及びＤ洞窟）は残
存し，失われる３か所の洞窟を利用するコウモリ類は，これらの残存
する２洞窟を含む事業実施区域周辺の他の洞窟に移動できるものと予
測されている。一方，主要な採餌場としての「段丘－樹林地」，「砂
丘－海岸林」の改変はほとんどないが，採餌場所の一部としての二次
林が失われ，また，主要な採餌場への移動経路の一部の二次林が分断
されることにより，特殊性を指標するコウモリ類の餌環境が変化する
ことが予測される。
(エ)以上に対し，①Ａ及びＤ洞窟周辺の土地を取得し，Ａ及びＤ洞窟
周辺の環境が改変されないよう維持すること，②Ａ及びＤ洞窟周辺
の餌場への移動経路の樹林を補完し，ねぐらと餌場とを連絡すること
によりねぐらの向上を図ること，③事業によって事業実施区域北東
部の樹林，事業実施区域南西部のゴルフ場内の樹林といった餌場が減
少することによる影響を低減するため，採餌場所となり得る緑地を早
期に創出すること，④事業によって分断されるねぐらから採餌場所
に至る移動経路が分断される影響を低減するため，「事業によって減
少する採餌場所の創出」に併せて，事業実施区域の北東側の樹林に至
る移動経路を早期に創出すること，⑤出産・ほ育及び冬期の休眠時
期の工事中の騒音・振動の影響を低減すること（Ａ洞窟の最奥部は着
陸帯端部の直下に当たり，出産・ほ育の時期にコキクガシラの幼獣の
コロニーが観察されている。出産・ほ育の時期以外の多くの時期には
コウモリ類は着陸帯端部から直線距離で１００ｍ以上離れた場所を利
用していた。また，Ｄ洞窟は浸透ゾーンⅡから最短で約４０ｍの距離
であることから，建設機械の同時期稼働台数の調整や専門家の意見を
踏まえて工事を実施する。）を，環境保全措置として行う。
(オ)また，個体群の存続について環境保全措置の効果に係る知見が不十
分であることから，①餌昆虫等調査，②生息状況及び利用状況，並び
に建設機械の稼働及び航空機の離発着に伴う騒音・振動レベル，③洞
内環境（温度，湿度），④移動状況の事後調査を行うとともに，工事
の実施及び施設の供用後に，生息状況及び利用状況の環境監視を行う。
(カ)なお，本件補正書には，本件空港の存在又は供用による環境影響に
対する環境保全配慮としても前記(イ)の措置を採ること，本件空港の
存在又は供用による環境影響評価の結果として，航空機の運航に伴う
騒音・振動による生息状況の変化について，航空機騒音の周波数分析
では，中心周波数１Ｈｚないし１００ｋＨｚの範囲について調査を行
った結果，コウモリ類がエコロケーション（反響定位。鼻や口から出
した超音波の反響をとらえることによって周囲の状況を把握するこ
と）に使用する超音波の周波数帯が含まれる中心周波数２０ｋＨｚ以
上の範囲では音圧レベルは約４１ないし５９ｄＢで推移する傾向にあ
ったこと，現空港の滑走路北側端から約２５０ｍの飛行経路直下にあ
るコキクガシラの生息が確認されている洞窟において航空機の着陸及
び離陸時の騒音・振動の調査を行ったところ，着陸及び離陸時に通過
したときの騒音は洞口で９５．９ないし９８．４ｄＢ（Ａ）であり，
洞内では洞口から奥に進むに連れて騒音の値は小さくなり，縦穴を下
りた中間地点及び最奥部では暗騒音と変わらなかったこと，他方，振
動は，洞口では同機種の離陸時及び着陸時に３３．５ないし３５．７
ｄＢであり，洞内の最奥部では暗振動と変わらなかったこと，コキク
ガシラが出産・ほ育場所として利用するＡ洞窟やカグラが出産・ほ育
場所及び冬期の休眠場所として利用するＤ洞窟では，航空機の離発着
に伴う騒音や振動は伝搬しないことから，航空機の離発着に伴う騒音
・振動に起因してＡ及びＤ洞窟を利用するコウモリ類の生息状況が変
化することはないと予測されることなどが記載されている。
イ以上のような本件補正書に対して，原告らは，次のように種々の主張を
しているが，以下に説示するとおり，いずれも採用することができない。
(ア)原告らは，本件補正書の洞窟保全策は，物理的な空間（空洞）を空
港の地下に残すことにはなるが，温度や湿度，そして，空気の流れな
ど洞内の微気象は激変することが予測され，また，そうして保全され
た洞窟のコウモリ類による利用は，工事中の建設機械の稼動や供用後
の航空機の離発着に伴う騒音・振動等により困難であるから，絶滅危
惧種コウモリ類の保護には何の役にも立たない，コウモリ類は，環境
変動や人為的なアクシデント等によってねぐらを変えていると予想さ
れ，利用している洞窟が複数存在することでかろうじて現在の個体数
が維持されているといわれているから，相互利用できる洞窟が減って
しまえば，選択幅が減少し，環境収容力は低下してしまって，それら
を利用する地域個体群は減少することが予測され，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟
の消失により，コウモリ類の生存にとってかけがえのないα７地域洞
窟群の一体性は完全に損なわれ，その影響は決して小さいとはいえな
いなどと主張している。
しかし，本件補正書７－６８頁及び１３－５頁の記載によれば，原告
らが指摘する本件補正書の洞窟保全策は，本件国交大臣意見２への対
応として，前記アの記載では消失するとしているＢ，Ｃ及びＥ洞窟に
ついてもできる限りコウモリ類が継続してそれらを利用できるよう，
専門家の指導・助言を受けて検討した結果であると認められる。そし
て，その洞窟保全策により，Ｂ洞窟の洞口は閉鎖され，新たに洞口が
設けられ，Ｃ洞窟の洞口側約半分は覆土され，洞奥側にトンネルが設
けられた上で，新たに洞口が創出されるなどの変更が加えられること
になるものの，新たな洞口は採餌場所や移動経路とのつながりに配慮
して設けられるのであり，実施に向けては，更に専門家の指導・助言
を得た上で具体的な形状等を決定するとされていること（７－６８～
７０頁参照）に照らしても，他に特段の事情も認められない以上，こ
の洞窟保全策が単に物理的な空間（空洞）を空港の地下に残すことに
なるだけのもので，およそコウモリ類の継続利用にはつながらないも
のであるとは認めることができない。
また，保全された洞窟は，工事中の建設機械の稼動や供用後の航空機
の離発着に伴う騒音・振動等によりコウモリ類により利用されること
はないとの点については，本件補正書等を精査してもこれを認めるに
足りる根拠は見当たらない（６－１２－２６０頁以下の建設機械の稼
働による生息状況の変化についての記載及び６－１２－３０８頁以下
の航空機の運航に伴う騒音・振動による生息状況の変化についての記
載はもとより，外部者からの意見によっても，このことは認められな
い。）。
さらに，本件補正書６－１２－１５７，１６３ないし１６７，２４４
及び２５１ないし２５３頁の記載によれば，コウモリ類がねぐらを変
えていることが認められ，また，利用できる洞窟が減ればねぐらの選
択幅が減少するものと考えられるが，このことが直ちに個体数の減少
につながるとまでいえる根拠は本件補正書等に見当たらない。
一方，例えば，Ａ洞窟についていえば，コキクガシラが最大約２２０
０個体，カグラが最大約２３０個体，ユビナガが最大１０００個体通
年利用していることなどや，集団遺伝学的分析の結果から，石垣島の
カグラの個体群にとってＡ洞窟やＤ洞窟は，冬期の休眠場所として島
の南東部に存在するコロニーの中では非常に重要であることが示唆さ
れており，また，コキクガシラの個体群にとって，Ａ洞窟は島の南東
部の個体群では中心的な出産・ほ育場所であることが示唆されている
とされ，特にコキクガシラとカグラについては，ＡないしＥ洞窟のう
ちの特定の洞窟から他の洞窟に移動することが，これらのうちのどれ
かの洞窟からこれら以外の他の洞窟に移動するよりも多いことが認め
られる（本件補正書６－１２－１５６・１７２・１７３・２５２・２
５３頁）。しかし，他方において，コウモリ類は，本件事業予定地か
ら相当距離のある洞窟にも移動していることが認められ（同６－１２
－１６３～５頁），また，その移動の状況は，ＡないしＥ洞窟相互間
のものとこれらの洞窟からそれ以外の洞窟へのものとの間で，格段の
違いがあるとまではみえず，他にコウモリ類が本件事業予定地及びそ
の周辺のみで完結的に生息していることを認めるに足りる根拠は見当
たらない。さらに，本件事業予定地及びその周辺にある洞窟の一つで
も欠ければコウモリ類が直ちに絶滅あるいは激減するといった関係に
あることを認めるに足りる根拠も本件補正書等には見当たらないので
あって，原告らが主張するα７地域洞窟群の一体性が，このような完
結的，一体的な関係にあることを意味するものであるならば，そのよ
うな一体性を認めることはできないというべきである。
この点に関連して，本件補正書では，石垣島全体がコウモリ類の生息
地であり，コウモリ類の個体数を将来とも衰退させることなく，維持
するためには事業実施区域周辺のみにとどまらず，石垣島全体で考慮
していく視点が重要であるとしていることに対し，原告らは，これは，
本件補正書の環境保全措置で足りると強弁するため，コウモリ類は石
垣島で単一の地域個体群を成しているから石垣島の一部（α９地域）
からコウモリが消失しても地域個体群が絶滅したことにはならないと
言おうとしているものであるなどと主張している。しかし，本件補正
書は，コキクガシラにつき石垣島全体で一つの個体群を形成している
と考えられるとしつつも，更に二つの個体群に分けた場合，Ａ洞窟は
より大きなグループに入り個体群間の移動が頻繁に行われたと考えら
れたとし，また，カグラについても，島全体で一つの個体群を形成し
ていると考えられるとしつつも，更に三つの個体群に分けるとＤ洞窟
は南東部のコロニーに含まれたとしているのであって（６－１２－１
５６頁），コウモリ類が石垣島で単一の地域個体群を成していると断
定しているわけではない。また，本件事業予定地及びその周辺に生息
するコウモリ類が本件事業予定地から相当距離のある洞窟にも移動し
ていることが認められ，その移動先には，出産・ほ育に利用された洞
窟や冬期に１００個体以上の集団で利用された洞窟も存在すること
（本件補正書６－１２－１６３～１６５頁参照。ただし，ユビナガの
出産・ほ育に利用された洞窟は除く。）に照らし，本件事業予定地及
びその周辺に生息するコウモリ類のねぐらの選択肢が本件事業予定地
及びその周辺に存在する洞窟に限られるという理由はなく，このこと
はコウモリ類が石垣島全体で一つの個体群を形成しているかどうかに
かかわらない。そして，移動先のねぐら及び餌場の条件が移動してき
た個体数を受け入れることができるとされていること（同６－１２－
２５１・２５２頁），本件事業予定地及びその周辺にある洞窟の一つ
でも欠ければコウモリ類が直ちに絶滅あるいは激減するといった関係
にあるという意味でのα７地域洞窟群の一体性が認められないことを
併せ考慮すれば，本件補正書が，コウモリ類の個体数を将来とも衰退
させることなく維持するためには，事業実施区域周辺のみにとどまら
ず石垣島全体で考慮していく視点が重要であるとしている点には一応
の合理性が認められるというべきである（よって，原告らの上記主張
は失当である。なお，原告らは，「地域個体群」と明確に枠決めがさ
れるかどうかにかかわらず，地域的な遺伝的変異が喪失すると，その
総和としての地域個体群，さらに，その総和としての種の絶滅確率が
加速度的に高まってしまうなどというが，α７地域洞窟群のコウモリ
類の地域的な遺伝的変異が喪失することを認めるに足りる根拠は見当
たらない。）。
(イ)原告らは，人工洞の設置について，作った直後の人工洞にはコウモ
リ類は入らないから，生息場所を奪った後の保全対策にはならないな
どと主張している。
しかし，作った直後の人工洞にはコウモリ類が入らないとしても，ま
た，コウモリ類に利用されやすい代替施設を創設する技術はまだ確立
されておらず，コウモリ類をそこに誘導する技術も同様であるとして
も，他方において，人工洞をコウモリ類が利用している事例が相当程
度あることが認められること（本件補正書６－１２－１５７・１７８
頁参照）に照らせば，相応の条件が整えばコウモリ類が利用すること
が期待できるというべきであって，これが前記のように専門家の指導
・助言を得ながら講じられるものであることを併せ考慮すれば，ねぐ
らの選択肢を増やすための保全対策としての有効性を否定することは
できないというべきである（なお，原告らは，平成２１年度には人工
洞に入洞しているコウモリがほとんどいない状態であったというが，
確定評価書等外の事実である点をおくとしても，人工洞の設置が長期
的な視野での環境保全配慮であって，本件空港の存在又は供用による
環境影響に対するものでもあることに照らして，以上に説示したとこ
ろは左右されない。）。
(ウ)原告らは，わずか１日だけ建設機械各１台だけを使って実際とかけ
離れた条件の下で比較的鈍感とされるカグラだけが生息する洞窟にお
いて行われた調査のデータに基づき考えられた出産・ほ育及び冬期の
休眠時期の工事中の騒音・振動の影響の低減の措置（前記ア(エ)⑤）
が適切かつ有効なものでないことは明らかであるなどと主張している。
しかし，実際の場合と全く同様の条件を設定して調査をすることは実
際上不可能であり，また，そのような調査をしない限り適切かつ有効
な措置を導くことができないとは考え難い。しかも，本件補正書は，
上記の措置に加え，Ａ及びＤ洞窟を対象として，工事の実施により建
設機械の稼働による騒音・振動レベルが最大となる３年次ないし５年
次の出産・ほ育時期及び冬期の冬眠時期にＡ及びＤ洞窟の洞口及び洞
内において騒音・振動レベルを測定する事後調査を行い，その結果環
境影響の程度が著しいことが明らかになった場合には，洞窟付近での
作業を一旦休止し，専門家の指導・助言を得た上で適切な措置を講じ
ることとしていることは前記(1)オ(カ)のとおりである。これらによれ
ば，原告らの主張を踏まえても，本件補正書の採用した工事中の騒音
・振動に対する措置の有効性を否定することはできないというべきで
ある。
なお，原告らは，Ｐ１９委員会の報告書（甲４）に基づき上記のよう
な主張をしているが，これは確定評価書等外の事実であり処分行政庁
がこの点を考慮していないとしても裁量権の範囲の逸脱又は濫用を帰
結することはないといわざるを得ない。また，原告らは，Ｐ２１意見
書（甲１２２の資料６）や証人Ｐ２１の供述に基づき，平成１６年１
月から平成２１年１月にかけてコウモリ類の個体数は減少傾向を示し
ている状態になっているというが，このことが確定評価書等外の事実
であり，かつ，本件許可処分後の事情であることはおくとしても，上
記資料に示された平成２０年１月における県の調査結果とＰ１８のそ
れとの間に大幅な違いがあることに照らしても二つの調査結果を同列
に扱って傾向をみることに妥当性があるのか疑問があること，他方，
証人Ｐ２２は，コウモリ類の生息状況について有意な減少は認められ
ていないと供述しており，平成１８年度から平成２０年度までのＰ１
６調査業務委託（その４）報告書（乙４４～４５）にその裏付けがあ
ると認められることなどに鑑みれば，コウモリ類の個体数が減少傾向
であるとにわかに認めることはできない。
(エ)原告らは，現空港近くのコキクガシラの生息する洞窟で行われた騒
音・振動測定結果に基づき，航空機の離発着に伴う騒音・振動が残存
するＡ及びＤ洞窟を利用するコウモリ類の生息状況を変化させること
はないとした本件補正書の結論は，その調査，予測及び評価の手法そ
のものに重大な瑕疵があり，到底適切なものではないなどと主張して
いる。
しかし，本件補正書６－１２－３０８ないし３１２頁によれば，当該
騒音・振動測定は，現空港の滑走路北側端から約２５０ｍの飛行経路
直下にある洞窟の洞口や洞内において，航空機の離着陸時の騒音・振
動を調査した結果に基づき，航空機の離着陸時のＡ及びＤ洞窟におけ
る騒音・振動の状況を予測した結果（６－１２－３０８頁）に基づく
ものであり，相応に合理的な内容であると認められる（原告らは，本
件補正書が光が届かないから音も伝播しないという不合理な前提で予
測しているというが，本件補正書は，現空港近くの洞窟での調査にお
いて，洞内の屈曲により洞口が見通せない位置ではほぼ暗騒音に近い
状態となったという結果に基づき，Ａ及びＤ洞窟においても，洞内の
屈曲により洞口からの光が届かず当然洞口を見通すこともできない位
置で同様の状態になるものと予測したものであることが明らかであっ
て，原告らが主張するような前提に立つものとは認められない。また，
原告らは，現空港近くの当該洞窟はＡ洞窟やＤ洞窟とは全く異なり，
洞口から急に落ち込む音の入り込みにくい構造をしているなどという
が，６－１２－３１０頁の記載に照らしても，これがＡ及びＤ洞窟に
ついての予測をする前提とはできないほど全く異なる形状であるとは
認められない。さらに，原告らは，繁殖集団への影響について何も検
証されていないというが，本件補正書は，コウモリ類がねぐらとして
実際に使用している洞窟内の場所は航空機の離発着の際にも暗騒音・
暗振動の状態にあることを予測し，その点から生息状況に影響がない
としているのであり，このことは当該場所を使用するのが繁殖集団で
あるかどうかにかかわらないというべきである。）。そして，コウモ
リ類が洞内で生息するだけではなく出洞することを考慮に入れても，
現空港近くの当該洞窟をコウモリ類が利用している実態があることに
照らせば（６－１２－３０８頁参照），航空機の離発着に伴う騒音・
振動を原因として，現にねぐらとしており，洞窟内のねぐらとして使
用する場所では暗騒音・暗振動の状態がある洞窟の利用をコウモリ類
が放棄することはないものとの予測が一応でき，少なくとも，航空機
の離発着の際の騒音・振動から，コウモリ類がＡ及びＤ洞窟の利用を
放棄する蓋然性が高いということはできない。そして，本件補正書は，
事後調査として，Ａ及びＤ洞窟の洞口及び洞内において航空機の離発
着に伴う騒音・振動レベルの測定を行い，その結果環境影響の程度が
著しいことが明らかになった場合には，専門家の指導・助言を得た上
で，遮音壁の設置や植林を行う等の適切な措置を講じることとしてい
ること（８－９・１１頁）を加味すれば，本件補正書は，航空機の離
発着に伴う騒音・振動によるコウモリ類に対する影響に関して，相応
に適切な対応を採ることとしているということができる（なお，８－
１４頁は，Ａ及びＤ洞窟につき事後調査（著しい変化が認められた場
合の対応を含む。）として行うのと同様の措置を，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟
について環境監視として行うこととしている。）。
(オ)原告らは，本件補正書が採用する採餌場所となる緑地と移動経路の
創出のための樹木を植栽する環境保全措置は，創出される移動経路が
１ルートのみで，また，創出される樹林面積は消失するそれの３分の
１にも満たないから，餌量不足が生じ，個体群の維持に重大な影響が
生じるおそれがあるなどと主張している。
確かに，本件事業の実施に伴う土地の改変により，事業実施区域の樹
林が約３０ｈａ消失するのに対し（本件補正書６－１２－２５９頁参
照），緑地の創出範囲は消失面積に対応するほどの広さはなく（同７
－６４頁参照），また，本件事業予定地の東側にある海岸林への移動
経路が２ルートあったものが１ルートになるものと認められる（同６
－１２－１９０頁，７－６４頁参照）。しかし，本件事業の実施によ
ってＡ及びＤ洞窟の洞口から北西方面のα１１山，α１０山方向の樹
林が消失することはないものと認められるから（同６－１２－２４２
頁），上記の緑地の創出の環境保全措置のうち，Ａ及びＤ洞窟の洞口
からα１１山，α１０山方向の樹林とを結ぶ国道周辺の樹林を連続さ
せるものは，純粋に樹林を増加させるものであって，本件補正書６－
１２－１８２・１９２頁及び７－６４頁の図をみても主要な採餌場所
の一つであることが明らかなα１１山，α１０山方向に至る移動経路
は一部に狭あいな部分があった従来と比較して明らかに充実し，コウ
モリ類が移動しやすいものとなり，また，それ自体がＡ及びＤ洞窟に
より近い場所に採餌場所を提供するものとなることが期待できる（同
６－１２－２４２頁，７－６４頁参照）。そして，創出される緑地に
植栽される樹木は，コウモリ類の餌となる昆虫類の生息が見込める樹
種とされ，緑地創出範囲及びその周辺につき餌昆虫等調査の事後調査
をして環境影響の程度が著しいことが明らかになった場合には，Ｐ５
６委員会（仮称）の指導・助言を受けて，環境影響の回避・低減措置
の強化や改善を図るとされていること（同６－１２－３１８・３１９
頁，７－６３頁，８－１０・１１頁）に鑑みれば，面積比で考えた場
合，消失する樹林以上の餌昆虫が供給されることも期待できる。さら
に，北西方面のα１１山，α１０山の更に先には，採餌環境としては
石垣島内では比較的条件のよいα１２岳やα１３岳を中心とした樹林
が広がっており（同６－１２－１６５・２５１頁参照），実際にもα
１２岳樹林が採餌場所として利用されていること（同６－１２－１８
２頁のグラフ参照）に照らして，本件事業予定地周辺に生息するコウ
モリ類に餌量不足が生じ，その個体群の維持に重大な影響が生ずると
は考え難いというべきである。加えて，本件補正書では，事後調査又
は環境監視として，上記の餌昆虫等調査に加え，ＡないしＥ洞窟にお
けるコウモリ類の生息状況及び利用状況の調査を行い，その結果は事
後調査結果などの検討・検証のために設置するＰ５６委員会（仮称）
に報告し，指導・助言を受け，また，環境影響の程度が著しいことが
明らかになった場合，環境影響の回避・低減措置の強化や改善を図る
などとされていること（８－９～１４頁参照）に鑑みれば，本件補正
書のコウモリ類の餌量確保に関する措置は相応に適切なものであると
いうべきである。
(カ)原告らは，Ａ洞窟はユビナガの出産・ほ育場所でもあり，県は，そ
の可能性を示す調査結果を把握していながら，その事実を黙殺し，意
図的に事実を隠ぺいしようとした疑いもあるなどと主張している。
確かに，平成１４年度新石垣空港コウモリ類調査業務（その２）報告
書（甲３）には，原告らも指摘するとおりユビナガの幼獣が捕獲され
た旨の記載はあるが（甲３の７－９，１０頁），その捕獲はＡ洞窟洞
口であって洞内ではなく，別の機会に入洞して確認調査をした際には
幼獣は観察できなかったことから，幼獣が他の洞窟から移動してきた
可能性を排除できないこと（甲３の７－１３頁参照）や，原告らも主
張するとおりＡ洞窟内にユビナガの出産・ほ育コロニーが確認できて
いないことから，本件補正書では，Ａ洞窟について出産・ほ育場所と
しての利用は確認されなかった（６－１２－１７２頁）としたものと
考えられ，こうしたことをもって，事実を黙殺したとか，意図的に事
実を隠ぺいしたとかいうことはできない。
また，前記のとおり，Ａ洞窟は本件事業が実施された場合でも引き続
き利用できるのであり，また，これまでに説示したところに照らして
本件補正書のコウモリ類に関する保全策の有効性は否定できないとい
うことができ，このことはＡ洞窟がユビナガの出産・ほ育場所であっ
たとしても左右されないというべきである。
原告らの上記主張は，結論において失当といわざるを得ない。
(キ)原告らは，予備的工事着手後，Ａ及びＤ洞窟自体並びに事業実施区
域周辺（全体）のコウモリ類の生息数が激減し，事業実施区域周辺
（全体）の個体数も減少してきており，このことは，本件補正書に重
大な瑕疵があり，コウモリ類の保全に適切な配慮がされていないこと
を証明しているなどとして，種々の主張をしている。
しかし，これらの主張はいずれも，確定評価書等外の事実によるもの
である。また，この点をおくとしても，本件補正書がコウモリ類の個
体数を将来とも衰退させることなく維持するためには，事業実施区域
周辺のみにとどまらず石垣島全体で考慮していく視点が重要であると
している点に一応の合理性が認められること，原告らの提示する証拠
（甲１２２の資料６，証人Ｐ２１）によってコウモリ類の個体数が減
少傾向であると認めることができないこと（なお，そもそもこれらの
証拠は石垣島全体についてのものではない。）は既に説示したとおり
であり，他に石垣島のコウモリ類が減少していることを認めるに足り
る証拠は見当たらないことに鑑みれば，原告らの上記主張は失当であ
るといわざるを得ない（原告らが個々の洞窟のコウモリ類の生息数等
につき種々論じているところは，これを前提としても，石垣島全体の
状況が明らかとはならないから，以上の判断を左右しない。）。
(ク)原告らは，県の調査方法に問題があったため，不適切な調査しかさ
れずＡ洞窟がユビナガの出産・ほ育洞であることを確認できないまま
環境影響評価が行われた，Ｐ１９委員会の平成１９年６月の調査等に
よりこのことが確認されたものの，いまだＡ洞窟内にあるはずのユビ
ナガの出産・ほ育コロニーの場所は確認されていないが，このままで
は，本件補正書に保全措置として記載されているコウモリ類の出産・
ほ育期及び冬季の休眠期における大型ブレーカの稼動制限区域が確定
できず，工事による洞窟破壊の危惧も払しょくできないなどと主張し
ている。
しかし，ほ乳動物学の専門家を含むＰ２３委員会の指導・助言を得て
作成された本件方法書に，目撃法による現地調査を行い，夜間踏査中
は，飛翔するコウモリを確認するためにバットディテクターを携帯す
ることなどが示され（４－２３・２４頁，４－４５頁），本件準備書
には，調査の手法として，洞窟探査を実施し，コウモリ類の生息及び
洞窟の利用状況を個体数と観察内容から把握することが示され，洞窟
内で懸下しているコウモリ類に赤色光スポットライトを照射し，目視
あるいは双眼鏡使用により生息頭数の実数を数える方法を採った旨が
示されていること（５－６７頁，６－１２－５頁）に加え，本件方法
書及び本件準備書に対する外部者からの意見において原告らが主張す
るようなコウモリ類の調査方法を採るべき旨あるいは本件方法書等で
示された調査方法は不適切である旨を述べたものは見当たらないこと
に照らし，その調査方法が不適切であったと認めることはできない
（なお，原告らは，Ｐ２４委員会において，周年の調査を主張する委
員などがいたにもかかわらず，論議はうやむやなものとなって，県の
主導により，あえて不適切，不十分な調査が行われた，同委員会は県
の早期事業推進の圧力に抗し得ない状況にあったなどと主張している
が，原告らの提示する証拠（甲５２，５３）を検討しても，同委員会
自身が周年の調査を行う必要がないと判断してそのような調査までは
しないこととしたことが明らかであって，県によって同委員会の議論
がゆがめられたといった経緯があることは認められず，その他原告ら
が主張するところは明確な根拠もなく主観的な疑念を述べるものにす
ぎない。さらに，同委員会にはコウモリ研究や保護の専門家が２人い
るということに照らしても，同委員会が早期事業推進の圧力に抗する
ことができず，不当な指導・助言をしたと認めることは到底できな
い。）。
また，原告らが確定評価書等外の事実であるＰ１９委員会の平成１９
年６月の調査等に基づき論じている点は，処分行政庁の裁量権の範囲
の逸脱又は濫用を帰結しない。この点をおくとしても，証人Ｐ２２は，
例えば妊娠している雌がいたとしても出産をする際には他の洞窟に行
く可能性があり，そうした例があることなどを示した上で，出産・ほ
育洞であると認めるためには当該洞窟内で幼獣が確認できる必要があ
る旨供述しており，この供述内容そのものに不合理な点は認められな
い。他方，Ｐ２１意見書（甲１２２）には，Ａ洞窟からユビナガの授
乳中の雌が出洞したことを確認したことやＣ洞窟洞口でＡ洞窟から移
動したと思われる妊娠しているユビナガの雌を捕獲したことのほか，
ユビナガの生態観察結果からすると出産に際して多くの個体が集まり
出産雌のそばでコロニーを形成して出産するという習性があるところ，
平成１８年６月の出産期にＡ洞窟から１０００頭を超えるユビナガが
出洞するのを確認したことから，Ａ洞窟はユビナガの出産・ほ育洞窟
であると推認される旨記載があり，証人Ｐ２１も同旨の供述をしてい
る。しかし，同証人は，ユビナガの上記の習性について記載した論文
を挙げることができず（同証人が多くのコウモリが集まってコロニー
を形成していればその洞窟は出産・ほ育洞であることについて記載の
ある論文として挙げたものは，自らが意見書（甲１２２）でユビナガ
と別種で，生態も異なっているとする本州のユビナガコウモリに関す
る論文である。），また，石垣島のユビナガの習性については誰も研
究していないと供述していることに照らし，Ｐ２１意見書（甲１２
２）や証人Ｐ２１供述を根拠に証人Ｐ２２の上記供述を排斥すること
は困難である（なお，「Ａ洞におけるリュウキュウユビナガコウモリ
の授乳雌についてのアンケート結果の報告」と題する書面（甲１３
４）には，コウモリの調査研究を行っている者１０名から授乳雌が出
洞した洞窟を出産・ほ育洞窟と判断することが妥当であるとのアンケ
ート回答が寄せられたなどとの記載がある。しかし，事柄の性質に鑑
みれば多数者の判断が必ずしも妥当であるといえる問題ではそもそも
ない上，それらの回答者の回答内容をみても，明確な理由を示してい
ない者がいたり，また，Ｐ１９委員会の調査結果（甲４６）により示
された事実以外の事実を前提として回答している者が複数認められた
りする（例えば，捕食のために出洞したとの事実は認められていない
のにこれを前提として回答した者がいたり，授乳痕跡までは認められ
ていないのにこれが認められたとの事実を前提に回答した者がいたり
している。）ことに照らしても，このようなアンケート結果から証人
Ｐ２２の前記供述を弾劾することはできないというべきである。また，
Ｐ２１意見書（甲２１２）は，特に新事実を付加する内容ではなく，
以上に説示したところを左右するものではない。）。そして，Ｐ１９
委員会の調査によってもＡ洞窟内でユビナガの出産・ほ育コロニーは
発見されていないというのであるから，そのような状況の下で，Ａ洞
窟がユビナガの出産・ほ育洞窟であるとはにわかに認められないとい
わざるを得ず，そうすると，原告らの前記主張は前提を欠いている。
(ケ)原告らは，県が温度，湿度の記録を除き洞窟内の空気の流れなどの
洞内環境調査をしなかったことに問題があり，そのため，Ａ洞窟に存
在する未知の洞口の存在を発見できず，その結果，本件補正書ではＡ
洞窟の最奥部を出産・ほ育場所としているコキクガシラについて十分
な配慮がされていないとの趣旨の主張をしている。
しかし，ほ乳動物学の専門家を含むＰ２３委員会の指導・助言を得て
作成された本件準備書に，洞窟内の環境の調査として，なぜコウモリ
類がその洞窟を利用するかを知る一助として温度変化，湿度変化など
を一年を通して把握する旨が記載されていること（５－６７頁），Ｐ
２３委員会の指導・助言を受けて環境影響評価の手続が進められたこ
と（本件補正書４－２４頁），本件準備書には，洞窟内のコウモリ類
がコロニーを形成していた場所に環境測定器を設置し，温度を測定す
るとともに，入洞時に湿度を測定した旨が記載されたものの（６－１
２－６頁），それ以外の洞内環境調査についての記載はないところ，
本件準備書に対する外部者からの意見において原告らが主張するよう
な洞内環境調査を実施すべきである旨を述べたものは見当たらないこ
とに照らし，そのような洞内環境調査を実施しなかったことが不適切
であったと認めることはできない。
また，未知の洞口（Ｄ１洞窟付近の亀裂洞口）の発見など，原告らが
Ｐ１９委員会の調査結果等として論じているところは，確定評価書等
外の事実によるものであるが，この点をおくとしても，Ｐ１９委員会
が発見したという未知の洞口がＡ洞窟とつながっていることを客観的
に裏付ける証拠は見当たらない（Ｐ１９委員会の報告書（甲４，４６
及び６３）を精査しても，そうした裏付けは示されていない。）。そ
うすると，結局上記Ｄ１洞窟付近の亀裂洞口がＡ洞窟の洞口であると
認めることはできないから，原告らの前記主張は前提を欠いていると
いわざるを得ない。
(コ)原告らは，Ａ１洞窟について，県が目視調査をしただけで，洞口で
のバットディテクターによるカウント調査をしないという極めて不適
切な調査方法を採ったため，ほぼ周年を通じて少数ではあるがコキク
ガシラがねぐら場所として利用していることを把握できず，誤ってコ
ウモリ類の利用は困難であると結論付けたなどと主張している。
しかし，これまでに説示したところに加え，Ａ１洞窟は事業実施区域
内にあってその洞口は盛土により覆われることとなるが，洞口から飛
行場外まで水みち確保のため結ばれるボックスカルバートについてコ
ウモリ類がＡ１洞窟への新たな出入り口として利用できるよう配慮さ
れること（本件補正書６－１２－１７７～１８１頁，７－７０・７１
頁），こうした洞窟保全策はＰ２４委員会で検討を行い，基本的な理
解が得られていること（同７－６８頁）に鑑みれば，上記主張をもっ
てしても，本件補正書は相応の配慮をしているものというべきである。
(サ)原告らは，平成１９年８月２３日に至って，水流があり洞窟延長
は３００ｍ（歩行可能範囲は１１０ｍ，狭さく部分は１９０ｍ，うち
事業地内９５ｍ）で，洞内には６ないし７ｍのホールもあり，Ｃ洞窟
とつながっていると考えられているという大規模な洞窟が見付かった
ことは，県の洞窟探索調査が極めて不十分だったことを意味している
などと主張している。
しかし，当該洞窟が発見されたことは本件許可処分後の確定評価書
等外の事実である。また，本件準備書に，地質の調査として，４５地
点で地質ボーリング調査を，２１地点で電気探査を行うことなどや，
コウモリ類の生態系調査としてではあるが，事業実施区域周辺での洞
窟探査を実施することが示され（５－４４・６７頁），調査地域の地
形や地質及び既存洞窟の水脈を参考に，事業実施区域を中心に踏査し，
洞窟を探索したことが記載されていること（６－１２－５頁参照），
本件補正書では，洞窟の分布調査の結果が記載されていること（６－
７－５～１８頁），本件準備書に対する外部者からの意見において洞
窟探索調査の方法が相当ではないことを指摘したり，別途の探索調査
方法を提案したり，場所を特定して未発見の洞窟が存在することを指
摘したりするものは見当たらないことに照らしても，県が行った探索
調査が洞窟探査調査の方法として不相当であったということはできな
い。
そして，本件補正書において，新たに洞窟が見付かった場合はコウ
モリ類の利用状況を調査し，利用が確認された場合はコウモリ類が継
続してそれらの洞窟を利用できるよう専門家の指導・助言を得た上で
可能な限り保全を図るとされていることなどのこれまでに説示したと
ころによれば，上記主張を前提としても，本件補正書は相応の配慮を
しているものというべきである。
(シ)原告らは，平成１８年以降に至って，Ｐ１９委員会がＤ洞窟など
においてコウモリ類以外の好洞窟性動物等を複数種発見したことは，
県の調査が不十分である証拠であるなどと主張している。
しかし，そうした発見は本件許可処分後の確定評価書等外の事実で
ある。そして，本件準備書は，事業実施区域周辺の地域特性及び資料
調査から把握した動物相を踏まえ，「自然環境保全基礎調査（環境
庁）」などに準拠するなどして，洞窟性生物調査を見付け採り法，目
撃法により実施する旨を記載しており（５－５０頁。なお，本件方法
書４－４５・４６頁参照），また，ＡないしＥ洞窟（５洞窟）にて，
洞窟生物につき，洞窟地表面や壁面，鍾乳石上で活動する個体につい
て目視観察及び見付け採りにより種名・個体数，確認地点を記録し，
種名不詳の個体のみ最低限の採取を行い液浸標本を作製し室内での種
同定を行ったこと，洞窟踏査は洞内に生息するコウモリ類への影響を
考慮し，時期や時間等に配慮し，なお，通常踏査の可能な範囲の踏査
を行い，調査員の立入りが困難な小穴内は行っていないこと，さらに，
調査洞窟の開口部周辺の地形や植生，周辺地域の環境特性，及び温湿
度，相対照度の記録を行ったこと，温湿度と照度は天候のよい晴れた
日中に各洞窟の開口部と近隣のゴルフ場コースで同時測定を行い，開
口部の温湿度，日照条件の概要の把握を行ったこと（温湿度は１洞窟
当たり１地点，照度は１洞窟当たり３地点で実施し，各項目とも３回
測定した。）を記載していること（６－９－４・７），本件準備書に
対する外部者からの意見において，洞窟性生物調査の場所や方法とし
て別異のものを提案したり他にも把握されていない洞窟性動物が存在
することを具体的に摘示したりするものは見当たらないことに照らし
ても，県が行った洞窟性生物調査が適切なものでなかったということ
はできない。
また，本件補正書は，重要な生物が新たに確認された場合は，専門
家の指導，助言を得た上で，必要な調査を実施し，Ｐ５６委員会（仮
称）に諮り，適切な措置を講じることとするとしていること（８－４
頁）に鑑みれば，本件補正書が保全措置を一切示していないというこ
とはできず，むしろ，本件補正書は，相応の配慮をしているものとい
うべきである。
(4)まとめ
結局，本件事業に係る外部手続を含む環境影響評価手続の結果（環境影響
評価の結果）につき環境配慮がされるものであると判断することに裁量権
の範囲の逸脱又は濫用があると認めることはできず，また，前提事実のと
おり，県が本件補正書に記載された本件事業に関する環境保全措置等の全
てを本件事業において実施する計画であることを併せて考慮すれば，本件
事業につき環境配慮審査適合性を認めた処分行政庁の判断に裁量権の範囲
の逸脱又は濫用があるとは認められない。そうすると，環境配慮審査との
関係では本件許可処分は適法である。
そして，これまでに検討したところによれば，本件事業において実施する
ことが予定されている赤土等流出防止対策やコウモリ類の保全のための措
置は，事業者である県により実行可能な範囲内で本件事業に係る環境影響
をできる限り回避又は低減するものであると一応認められ，他に特段の主
張立証がないことに鑑みても，本件事業において実施することが予定され
ているその余の環境保全措置等と相まって，本件事業の実施が本件事業予
定地周辺に及ぼす環境影響の程度は小さいものとなることが十分に期待で
きるというべきである。
８５号要件の充足の有無（争点(2)エ）について（承前）
(1)次に，前記５(3)での検討に引き継いで，本件事業につき土地収用法２０
条の定める事業の認定の要件が認められるかどうかを検討する。
(2)前提事実並びに前記４及び５において認定した事実に加え，証拠（甲５
４～５６，６７の２，乙２，３，１０，１１，２３，３０）及び弁論の全
趣旨によれば，次の事実が認められる。
ア本件事業によって設置される本件空港は，公共の用に供されるもので
ある。本件空港予定地の土地は，石垣市α１４又はα３に所在する。
イ本件空港予定地の土地（合計３６０筆，面積合計１４２万０４４２
㎡）の現況は，公衆用道路のほか，ゴルフ場（総面積４７万４７４５．
０２㎡），牧草地（総面積２９万２２５０．６４㎡），畑（総面積２４
万３１０４．８㎡），牧場（総面積１８万５８３８．６２㎡），牧草地
・畑（総面積５万５０５４．３３㎡），荒地（１万９０２３．３６㎡），
田（総面積９８６２．６２㎡）等であり，そのうち本件共有地（２筆，
面積合計１５５６㎡，現況はいずれも牧場），行方不明のＰ１１が所有
する土地（３筆，所在はいずれも石垣市α２，地番は×番ないし×番，地
積は順に１９７８㎡，１１２０㎡，７１５㎡，現況はいずれも荒地）及
び所有者Ｐ２５が既に死亡しており相続人が不存在の土地（１筆，所在
石垣市α１５，地番×番，地積１６㎡，現況は公衆用道路）を除いた３
５４筆面積合計１４１万５０５７㎡は，被告又は県の所有であるか，そ
の所有者（共有の場合共有者全員）が譲渡同意書を提出した土地によっ
て占められている。
また，本件空港予定地の周辺には畑や牧草地，荒地，山林等が広がっ
ており，付近に航空機騒音の被害を及ぼす人口密集地等は存しない。
ウ沖縄県は，東西約１０００ｋｍ，南北約４００ｋｍの広大な海域に３
９の有人離島を含む１６０余の島々が点在する島しょ県である。このよ
うな地理的特性から，沖縄県においては離島間の交通手段として空路が
極めて重要な役割を担っている。
特に，石垣島を含む３２の島しょ（うち１１が有人島）から成る八重
山地域は，沖縄県の南西部，日本の最西南端に位置し，沖縄本島から石
垣島までの距離で４１０ｋｍ程離れており，地域と那覇，東京，大阪等
の地域外との間の移動，特に人の移動はほとんど空路に頼っている状況
にある。八重山地域は，石垣市，沖縄県八重山郡α１６町（以下，単に
「α１６町」という。）及びα１７町（以下，単に「α１７町」とい
う。）の１市２町によって構成され，地域内人口は５万２０００人で，
石垣島を中心に交通アクセスが作られ（石垣島と地域内のα１６島，α
６島等とは海路によって結ばれているほか，α１７島（海路は週２便し
かない。）等には空路も設けられている。なお，周辺離島との海路のほ
か，隣接地域の宮古島（週３便）や台湾（週２便）への海路も設けられ
ている。），地域の産業経済活動，生活圏域が形成されている。
地域の産業別就業者状況は，第３次産業，第２次産業，第１次産業の
順であり，第３次産業の割合が６０％強となっている。日本の最西南端
に位置し，α１８湾やα６国立公園に代表される亜熱帯の豊かな自然，
独特の文化や芸能，農水産の特産品等が人気を呼んでいて，観光業が地
域の主導産業に成長している。平成１６年の観光客の入域は７１万人，
観光収入は４９９億円余であり，観光関連雇用は７３００人と推計され
ている。各種調査やアンケートによれば，八重山地域は，行ってみたい
観光地，行ってよかった観光地，ダイビング人気スポット日本一など，
常に国内トップクラスを占め続けている（もっとも，県内の観光客シェ
アは１３％程度であり，需要に十分応えられていない状況にある。）。
また，農業については，経営農地面積が８１６０ｈａ余で，県全体の２
０％を占め，作目もサトウキビ，水稲，パインアップル，肉用牛等多品
目にわたり，特に亜熱帯海洋性気候の有利性を活かしたパインアップル，
マンゴー，ドラゴンフルーツ，パッションフルーツ等があり，今後はパ
パイヤが期待されている。漁業においては，カツオ，マグロ，アカジン，
アカマチ等の鮮魚類のほか，近年は養殖クルマエビ等が県内や本土の消
費地に出荷されている。
エ現空港は，昭和１８年に旧日本軍により建設された海軍α１９予備飛
行場の跡地を民間商業航空路の開設に伴い昭和３０年に整備，建設した
ものである。昭和３１年から民間航空会社が運航を開始し，昭和４０年
にはアスファルト舗装が実施され，昭和４３年には滑走路の延長ととも
にＹＳ－１１型機が就航し，沖縄が日本に復帰した昭和４７年から３か
年で滑走路が延長整備され，昭和４８年には第３種空港として指定され
た。その後，増大する航空需要に対応するためジェット化が課題となっ
たが，滑走路を延長することが困難であったため，新空港を早期に整備
して移転することを条件として現空港周辺住民の理解を得ることで暫定
的に，昭和５４年から１５００ｍの滑走路のまま小型ジェット機（Ｂ－
７３７型機）を就航させている。
現空港は，現在，那覇，宮古等の県内路線の他，東京，大阪等の本土
路線が就航する八重山地域の基幹空港となっており，平成１６年度の利
用実績は，乗降客数約１７９万人，貨物取扱量約１万１０００ｔで，全
国に５５ある第３種空港の中でいずれも第１位と非常に利用度の高い空
港である。
しかし，滑走路が短いため，航空機の着陸時における急ブレーキの衝
撃はかなり大きく，利用者から不安な声が上がっている上，昭和５７年
には機体のオーバーランによる大破炎上事故（重軽傷者発生），平成９
年にはタイヤバーストによる空港全面閉鎖事故が発生しており，航空乗
務員から滑走路延長の要請がされている。また，短い滑走路の下で安全
航行を確保するため，貨客の重量制限をせざるを得ないほか，中型ジェ
ット機を利用できないためコンテナ・大型貨物の輸送が不可能となって
おり，乗客数の増減によって貨物の積載量を調整したり，本土便も宮古
や那覇で給油をしたり，本土への貨物を那覇空港で積み替える作業が必
要となったりして，時間，コストを要するという問題が生じている。さ
らに，果樹等の生鮮物品の出荷最盛期と観光シーズンが重なるため，積
み残しや滞貨が生じるなど，八重山圏の産業振興の大きな制約となって
いる。さらにまた，視界不良時の発着を可能にするための計器着陸装置
が設置されていないため，しばしば欠航が発生し，また，多くの発着便
を扱うための平行誘導路が整備されていないという問題点も指摘されて
いる。加えて，市街地に位置するため，航空機騒音が生活環境や教育環
境に悪影響を及ぼしており，周辺住民は，現空港の拡張に反対し，新空
港の早期建設を求める旨の要請を関係機関に幾度となく行っており，石
垣市は，現空港の小型ジェット機就航につき新空港の移設をする前提で
周辺住民と合意をした上での暫定措置として受け入れた経緯がある。
オ県は，昭和５１年度に石垣空港基本計画調査を実施し，α３海上案，
α２０案，現空港の拡張整備案を挙げた上で，昭和５３年度に基本設計
を実施し，候補地の比較検討を行った結果，昭和５４年５月，α３海上
案を採用することを庁議決定した。県は，昭和５５年１２月，運輸大臣
に対し新空港の設置許可を申請し，昭和５７年３月，この設置許可を受
けて事業に着手したが，α３の住民の強固な反対運動に遭い，また，国
際的な自然保護団体が事業の見直しを求める決議をしたことなどもあり，
平成元年４月，建設位置をα３海上案からα４岳東案に変更した。しか
し，反対運動が継続されるなどしたこともあり，県は，平成３年２月に
建設位置の再検討に着手し，平成４年にはα３海上案・α４岳東案とも
撤回した。その後，県は，平成１０年４月にα２１案を決定したが，地
元の強い反対にあい，事業は進展しなかった。
そのような中，県は，平成１１年６月２２日，従来の事業実施に至ら
なかった経緯等を踏まえ，望ましい建設位置の決定に資するため，学識
経験者，地元関係機関の代表者及び地元選出の県会議員の合計３６名で
構成するＰ１委員会を設置し，全会一致の原則の下，望ましい建設位置
を八重山地域の合意の下で選定することにした。建設候補地については，
石垣島の地形条件から，それまでに蓄積されたデータを基に，空港建設
が可能な場所として，α４岳東案，α４岳陸上案，α２１案，α２０案
の４つを対象とすることとした（各案の位置関係は，本件補正書の参考
資料－２頁の図－２(2)のとおりである。）。現空港拡張案については，
滑走路の北側に文化財保護法により指定されたα２２遺跡があり，南側
に既成市街地が広がっており，これらの撤去，移転は現実的でないこと，
現空港のジェット化について一時暫定的な措置として周辺住民の理解を
得ていたものであり，航空機騒音により既に住環境がかなりの程度悪化
していること（環境基準値ＷＥＣＰＡＬ７０を当てはめた場合，基準値
を超える住居，施設の数は５２７に及んでいる。）等により地元の合意
を得られる可能性がないこと，視界不良時の発着を可能にするための計
器着陸装置を設置し，就航率の向上を図るためには空港の幅をおよそ２
倍に広げる必要があり，さらに，平行誘導路を整備するためには更に拡
幅が必要となるため，単に滑走路を５００ｍ延長するだけでは安定した
航空輸送を確保することができないことなどから，対象から外された。
Ｐ１委員会は，学識部会４回，地元部会２回，全体会８回，合計１４
回の会議を開き，候補地の選定に当たっては，空港計画としての妥当性，
環境保全上，農政上の課題を中心に２４項目のデータから比較検討をし
て，その中で環境保全上の影響が最も大きいα４岳東案，農政上の課題
が最も大きいα２１案を除外し，残り２案の比較検討をした。α４岳陸
上案には，α３海域の生態系への影響が懸念されること，α４岳の一部
が切除され，周辺の自然景観を損なうおそれがあることなどの問題点が
指摘される一方，α２０案には，ラムサール条約登録の動きもあるα２
３湿地に隣接すること，周辺にカンムリワシの生息の可能性があること，
地域のシンボルであるα２４が切除され，滑走路北側の設置のため鳥獣
保護区内の海域の埋め立てが必要となること，土工量が膨大となること，
漁業権との競合が生じること，土地改良済みの優良農地が含まれること
などの問題点が指摘された上で，委員長を除く３５名の委員の評価の集
計をしたところ，α４岳陸上案を支持する者が３１名であった。さらに，
再審議を行い，α４岳陸上案を支持しない者の意見を求めた結果，Ｐ１
８委員会代表の委員がα４岳陸上案の選定に反対したが，最終的には，
α４岳陸上案の選定を尊重するとし，α３海域の自然環境に負荷を与え
ないよう，位置の調整や工法等を検討するという条件を付すことにして，
平成１２年３月，最終的にα４岳陸上案が選定された。これを受け，県
は，α４岳陸上案によることを決定した。
さらに，具体的な位置を検討するため，平成１２年９月５日，地元の
代表者で構成するＰ１５会議が設置され，α４岳陸上案を基にした合計
７案が検討され，航空機騒音の観点から飛行経路が集落の間を抜ける，
α４岳をできるだけ削らない，海域からできるだけ離す，優良農地をで
きるだけ残す，土工量のバランスをよくする，小型コウモリ類の生息が
確認された洞窟から離すなどの周辺への考慮をして，原案から約１８０
ｍ南側に移動した案が選ばれた。その上で，地元からの要望，将来の土
地利用計画，優良農地，α４岳の切削等についての配慮をした審議を経
て，ターミナルを当初の建設予定位置であった西側から東側に移した案
で地元合意が得られた。そして，α４岳の切削量をできるだけ少なくす
ることや土工量のバランスに配慮して，本件空港の形状が決定された。
カ県議会は，県が本件空港を設置し，管理することを議決しており，空
港整備法５条１項による関係地方公共団体との協議も完了しており，関
係地方公共団体である石垣市は，石垣市議会の議決を経た上で，県が本
件空港を設置，管理することに同意している。また，本件事業は８か年
計画とされ，その総事業費４２０億円のうち，３４０億８０３０万円が
国費により，残り７９億１９７０万円を県が負担するものとされ，８か
年のうち県の負担が最大となる平成１８年度でも県の負担総額はせいぜ
い１８億円程度である。このうち平成１７年度分２億５２０５万円を含
むと認められる平成１７年度県一般会計予算（歳出予算総額５８５９億
３３００万円，うち土木費９６１億９１７３万円）は平成１７年第１回
県議会の平成１７年３月２９日の会議において原案どおり可決されてい
る。さらに，県は，本件空港の供用開始期日までに石垣市に新石垣空港
管理事務所を設置し，管理事務所に管理要員１０名を配置して，航空法
施行規則９２条に規定される保安上の基準に適合するよう管理する（管
理の詳細は，国土交通省作成のガイドラインに基づき作成する飛行場手
引き書による）計画である。県は，既に１２の空港を設置，管理してお
り，その中には，滑走路の規模が本件空港と同等又はそれ以上と認めら
れる下地島空港，久米島空港及び宮古空港が含まれる。
キ本件事業の環境影響評価法に基づく手続は実施済みであるほか，α５
川上の架橋架設・場内排水取付，国有財産（里道）廃止，潮害防備保安
林の解除，森林区域の開発行為の許可等の本件空港設置事業を実施する
上で必要な関係行政機関との諸法令手続等について，県からの協議に対
し平成１７年２月までに全ての関係行政機関から回答があり，その中に
は特段の支障があることを指摘するものはない。
ク県議会（平成１６年１１月２９日），石垣市議会（同年３月８日全会
一致），α１６町議会（同月１２日）及びα１７町議会（同日）が本件
空港の早期設置を要請する旨等の決議をしたほか，沖縄県市議会議長会
及び九州市議会議長会も本件空港の早期建設を要請する決議をした。ま
た，Ｐ２６連合会が新空港早期建設に関する要請決議をしたほか，Ｐ２
７協議会，Ｐ２８協議会，Ｐ２９協議会などの２３団体より構成される
Ｐ３０会は，石垣市民の６６％に当たる３万０２３５名（有権者である
石垣市民の７５％に当たる２万４４４２名）の本件空港早期建設の署名
を集めた上で，現空港周辺のα１９，α８，α２５及びα２６の各地区
の公民館に加えてα３の公民館（具体的には，各公民館の公民館長）と
もども，平成１４年１１月６日，処分行政庁に対し，本件空港の早期建
設につき要請をした。さらに，Ｐ３０会は，平成１６年には，１万人意
見広告運動を展開し，本件空港の早期建設を訴えたほか，新石垣空港早
期建設郡民総決起大会を開催し，本件空港の早期建設に関する要請を決
議した。加えて，航空会社３社が関係機関に対し新石垣空港整備事業の
早期着工を要請している。
他方，空港建設に反対しＰ３１会（在石垣），Ｐ３２会（在那覇），
Ｐ３３会（在東京）及びＰ３４会（在大阪）は，平成１３年６月３日に，
Ｐ３５ネットワークを結成し，本件空港の建設に反対している（そうし
た運動の一環として行われているα３トラスト運動には，本件申請時に
６３０名程度の参加者があり，そのうち２２名が石垣市に住所を有し，
うち１６名がα３に住所を有している。）。また，Ｐ３６ネットワーク，
財団法人Ｐ３７協会，財団法人Ｐ３８研究センター，Ｐ３９連合，財団
法人Ｐ４０，Ｐ４１会，Ｐ４２（発行者Ｐ４３ほか），Ｐ４４グループ
及びＰ４５会が，本件空港建設について環境保全に関する意見を示して
いる。
平成１７年１１月１０日に石垣市に所在する県八重山支庁において開
催された本件空港設置許可に係る公聴会においては，公述の申込みをし
た１６人全員が公述したところ，県を代表した公述人を除く１５人の公
述人の中には，本件空港の設置により自ら又は第三者の利益が害される
旨を訴えた者は一人もなく，α３の住民の自治組織である公民館の館長
を含めたその全員が本件空港の設置に賛成する趣旨の公述をした。また，
α３の住民である原告Ｐ４６，元原告Ｐ５らの陳述書（甲５４～５６）
においても，α３の住民の反対運動により計画見直しを勝ち取ったα３
海上案やα４岳東案のときと比べると，本件空港予定地の地元といえる
α３の住民の中で本件空港の設置について表立って反対する者は少なく
なった，前回のようには反対運動が盛り上がらなかったなどとされてい
る。
ケ本件申請書においては，路線別に過去の輸送実績と経済指標との相関
分析により求めることを基本とした上で，東京を始めとする本土路線に
ついて分析に必要とされる十分なデータがないこと，那覇路線は，過去
の実績に那覇を出発地・到着地とする旅客と，本土を出発地・到着地と
し那覇を経由する旅客の双方が混在しており，那覇路線のみを対象とし
て分析することは適切でないと考えられることから，本土路線及び那覇
路線の需要予測については，一旦「那覇路線＋本土路線」という形で相
関分析による予測を行い，その後，旅客流動の実体（本土からの旅客と
那覇からの旅客の割合）や本土における地域別将来人口を考慮して地域
別・地域間需要を算定し，これらを路線別に集約して各路線の需要を予
測するという手法による検討により，平成２８年度の旅客需要を２２３
万８０００人，航空貨物の需要を１万２５００ｔと，平成３３年度の旅
客需要を２５９万７０００人，航空貨物の需要を１万３７３６ｔと予測
した上で，この予測を基礎として，本件空港の必要計画規模として，エ
プロンのバース数を８，面積を７万５１４５㎡と，旅客ターミナル延べ
床面積を１万８２００㎡と，貨物ターミナル地区用地面積を７３５０㎡
と，駐車場を１万９６００㎡と，給油施設用地面積を７６５０㎡として
いる（なお，最も広さを必要とする着陸帯の面積（６３万６０００㎡）
は，空港土木施設設計基準により滑走路の長さに応じて定められている
ため，この旅客需要とは直ちに関係しない。）。
コ国際民間航空条約第１４附属書（ＩＣＡＯＡＮＮＥＸ１４飛行場
第１巻第３章３．１）では，飛行場の滑走路の本数及び方位を決めるに
当たっては，当該飛行場の使用が予想される飛行機について，飛行場の
予想就航率を９５％以上とすることを基準とすべきであることを勧告し
ており，この勧告の適用において，横風成分が滑走路長１５００ｍ以上
の飛行場の場合で３７ｋｍ／ｈ（２０ｋｔ）を超えるとき（横風限界２
０ｋｔ），通常の環境では，飛行機の離着陸が不可能となると想定すべ
きであるとしている。本件空港の横風限界２０ｋｔの場合のウィンドカ
バレッジは，通年が９８．３０％，冬季が９９．８４％，春季が９９．
９２％，夏季が９９．６１％，秋季が９７．６９％であり，本件空港の
予想就航率は上記基準を満足していると認められる。
(3)以上の事実によれば，本件空港は，土地収用法３条１２号に規定する航
空法による飛行場で公共の用に供するものに当たるから，本件事業は，同
法２０条１号の要件を満たす。
(4)次に，土地収用法２０条２号は，起業者が事業を遂行する充分な意思と
能力を有する者であることを要件としており，意思の点については法令上
必要な意思決定がされているかどうか，能力の点については法的，経済的，
企業的観点から客観的にこの能力があるかどうかという観点から検討すべ
きものと解される（もっとも，この場合の法的能力があるかどうかは本件
許可処分が適法であるかどうかによることになることに鑑みれば，ここで
は法的能力の有無の点は問題とはならない。）。
この点，前記(2)の事実によれば，本件事業の起業者である県が法令上必
要とする県議会の議決を経た意思決定をしていることは明らかである。ま
た，県が経済的，企業的観点から本件事業を遂行する能力を有することも
明らかであるというべきであり，本件事業は，同条２号の要件も満たす。
(5)さらに，土地収用法２０条３号は「事業計画が土地の適正且つ合理的な
利用に寄与するものであること。」を規定しているところ，「公共の利益
の増進と私有財産との調整を図り，もって国土の適正且つ合理的な利用に
寄与する」という同法の目的（１条参照）に照らすと，この要件は，その
土地がその事業の用に供されることによって得られる公共の利益とその土
地がその事業の用に供されることによって失われる公共的又は私的利益と
を比較衡量し，前者が後者に優越すると認められる場合にその存在が認め
られるものと解すべきである。そして，この要件の存否についての具体的
な判断は，事業認定に係る事業計画の内容，事業計画の達成によってもた
らされるべき公共の利益，事業計画において収用の対象とされる土地の状
況等諸要素の比較衡量に基づく総合判断として行われるベきものと解され
る。
そこで，この観点から検討すると，前記(2)の事実によれば，次のように
いうことができる。
ア本件事業は，島しょ県である沖縄の南西部，日本の最西南端部に位置
する離島地域である八重山地域の交通の中心にある石垣島に中型ジェッ
ト機が就航可能な２０００ｍ滑走路を有する空港を設置しようとするも
のである。地域外との交通，特に人の移動はほとんど空路に頼らざるを
得ない八重山地域において，空港は電気，水道にも比すべき極めて基礎
的な社会基盤といえる。特に，現空港は，第３種空港の中で乗降客数，
貨物取扱量とも全国第１位という極めて利用度の高い空港であるという
のに，小型ジェット機の運航上貨客の重量制限をしなければならない１
５００ｍ滑走路しかなく，また，計器着陸装置や平行誘導路がないこと
から，円滑で効率的な航空輸送に支障を来す事態が生じている。その上，
航空機の着陸時における急ブレーキの衝撃はかなり大きく，利用者から
不安な声が上がっているほか，現に機体の滑走路オーバーランによる人
身事故も発生しているなど，交通の安全・安心の面からも万全とはいえ
ない状況にある。さらに，貨客の重量制限をしなければならず，また，
現に生鮮品の積み残し・滞貨が生じていることに照らしても，現空港の
ままでは様々な航空需要に応じ切れていない状態にあることは明らかで
あって，地域の主導産業である観光業や地域を特徴付ける産業といえる
農漁業の振興という観点からも，早急な空港整備が要請される状況にあ
る。
イ空港整備については，昭和５１年度に石垣空港基本計画調査が行われ
るなど，比較的早い段階から検討され，昭和５４年４月にはα３海上案
の採用決定（昭和５７年３月には同案に基づく空港設置許可）があった
ものの，建設予定地周辺の住民の強固な反対があり，また，環境保全上
の問題があって，結局計画は見直しに至った。その後も何度か建設位置
の決定があったものの，その都度，建設予定地周辺の住民の反対があり，
また，環境保全上や農政上の問題等があって，空港整備は進展しなかっ
た経緯がある。
他方，本件空港の設置位置は，望ましい位置を八重山地域の住民の合
意の下で選定するために，地元関係機関の代表者等から構成されたＰ１
委員会，Ｐ１５会議における審議検討を経て決定されたものであり，石
垣市議会が全会一致で本件空港の早期設置を要請する旨等の決議をした
こと，石垣市の有権者の４分の３が本件空港の早期建設を求める署名を
していること，α３の自治組織であるα３公民館の館長が処分行政庁に
対する本件空港早期建設の要請行動に加わったことなど前記認定の諸事
情があることに鑑みても，本件空港予定地の地元であるα３を含め，八
重山地域の住民の大半は，本件事業に賛成しているものと認められる。
その意味で，本件事業の実施には八重山地域住民の社会的合意があり，
離島住民にとって生命線ともいうべき極めて基礎的な社会基盤である本
件空港を現実のものとするよう求める地域住民の声は非常に大きいとい
うべきである。
ウまた，新空港の設置位置の決定においては，昭和５１年度に行われた
石垣空港基本計画調査以降に蓄積されたデータを基に，空港建設が可能
な４か所を対象として，空港計画の妥当性，環境保全上，農政上の課題
を中心に２４項目のデータから比較検討がされ，環境保全上の影響が最
も大きいα４岳東案，農政上の課題が最も大きいα２１案が除外され，
残された２案につき，問題点の検討がされた上で，Ｐ１委員会によって
α４岳陸上案が選定され，その結果に基づき同案によることが決定され
た。さらに，Ｐ１５会議において，航空機騒音の観点から飛行経路が集
落の間を抜ける，α４岳をできるだけ削らない，海域からできるだけ離
す，優良農地をできるだけ残す，土工量のバランスをよくする，コウモ
リ類の生息が確認された洞窟から離すなどの周辺への考慮をして，原案
から約１８０ｍ南側に移動した案が選ばれ，この案を基本に，地元から
の要望，将来の土地利用計画，優良農地，α４岳の切削量をできるだけ
減らすことなどに配慮して，ターミナルの位置などが定められ，新空港
の設置位置やその形状が決定され，本件空港設置の事業計画に至った。
これに対し，原告らは，Ｐ１委員会の環境保全の観点からの審議は，
過去に何らの環境調査も行われていないα４岳陸上案について，α４岳
東案及びα２１案のデータをほぼ機械的に足し合わせたデータしかなく，
環境影響評価実施以降その保全が重要な議論の対象になっているコウモ
リ類やカンムリワシのことは一切記載されていない不十分な資料に基づ
いてされたずさんなものであるなどという。しかし，Ｐ１委員会の設置
に至るまでの新空港の設置位置をめぐる経過に照らしても，新空港を建
設することが可能な場所の現実的な選択肢として考えられるのは上記の
４か所のみであったというべきところ，このうちからまずα４岳東案と
α２１案が除外されたことは，当該案が環境保全上又は農政上の課題が
重大であることに加え，一旦設置位置と決定されたものの付近住民の反
対等のため計画が進まなかった従来の経緯に照らしても妥当といえる。
また，α２０案は，土地改良済みの優良農地を含んだ場所を計画地とし，
滑走路北側の設置のため鳥獣保護区内の海域を埋め立てるというもので
あり，ラムサール条約登録の動きもあるα２３湿地に隣接することや土
工量が膨大になることに鑑みても，α４岳東案に類似した問題点がある
というべきであって，原告らが指摘する点を踏まえ，原告らがいうよう
に自然環境保全上の観点を重視したとしても，α２０案がα４岳陸上案
よりも新空港の設置位置として合理的なものであったとは認め難い。
また，現空港拡張案は，Ｐ１委員会の検討の対象から外されているが，
航空需要の大きい離島の基幹空港として整備するには，単に滑走路の延
長のみでは足りず，その場合空港の幅を２倍を超える規模で拡張する必
要があると考えられるところ，現空港の周囲の状態（滑走路の北側には
文化財保護法により指定された遺跡があり，南側に既成市街地が広がっ
ている。），周辺住民との関係（航空機騒音により既に住環境がかなり
の程度悪化しており，ジェット化に際しても一時暫定的な措置として周
辺住民の理解を得た。）等の前記の事情に照らして，これが現実的な選
択肢として採り得ないとの判断は合理的でやむを得ないものであるとい
うべきであり，仮に，形式的にＰ１委員会の検討の対象とされたところ
で，結果としてこの案が選定されることがあり得ないことは明白である。
新空港の設置位置をめぐる従来の経過や，Ｐ１委員会の検討の内容，
本件空港を設置することに八重山地域住民の社会的合意があると認めら
れること等に照らして，他に特段の事情の主張立証もない以上，新空港
の設置位置が本件空港のとおりと定められたことは，その選定過程及び
選定結果ともに合理的であるというべきである（原告らは，Ｐ１委員会
の決定は，あくまでも全員一致とするというルールを踏みにじり，多数
の意見で自然環境に配慮すべきであるという意見を押しつぶしたもので
あり，十分な議論がなされたものとはいい難いなどというが，α４岳陸
上案の選定に反対した委員も，最終的には，α４岳陸上案の選定を尊重
するとし，α３海域の自然環境に負荷を与えないよう，位置の調整や工
法等を検討するという条件を付すことにして，最終的にα４岳陸上案が
選定されたことは前記のとおりであり，この選定結果に基づく本件空港
の設置について八重山地域住民の社会的合意があると認められることに
照らしても，Ｐ１委員会の選定過程が不合理なものであったということ
はできない。なお，国及び地方公共団体に対し，沖縄における住民の生
活の利便性の向上及び産業の振興を図るため，航空を含んだ交通の総合
的かつ安定的な確保及びその充実に特別の配慮をすることを義務付けて
いる沖縄振興特別措置法９１条の規定に照らし，新空港の設置が「住民
の生活の利便性の向上及び産業の振興を図るため」の方策であることが
明らかであることに鑑みても，県が新空港の設置位置の選定に当たって
地元である八重山地域の住民の合意を重視したことはもっともなことで
あるというべきである。）。
エ本件空港の予想就航率は，国際民間航空条約第１４附属書において勧
告されている基準を満足している。
オ特に前記(2)エの事実によれば，２０００ｍの滑走路を設けることとし
た本件空港の事業計画は相当というべきである。なお，原告らは，近隣
にα１７空港，宮古空港といった２０００ｍ級の飛行場が多く存在して
いること，石垣島の観光資源はサンゴ礁などの自然環境であるところ，
近年の急速なリゾート開発により，近い将来石垣島の自然環境が破壊さ
れ，観光資源が失われるおそれが大きいことなどからすれば，県の航空
需要予想は明らかに過大であるなどというが，そもそも，空路を除けば
石垣島とは週数便の海路によって結ばれているだけのα１７島や宮古島
に２０００ｍ滑走路を有するα１７空港や宮古空港があることと，八重
山地域の交通の中心である石垣島の航空需要がどのように関係するとい
うのか原告らの主張はにわかに理解できないし，その主張の裏付けとな
るような証拠も見当たらない。そして，他に特段の事情も認められない
以上，県の航空旅客及び航空貨物の予測の合理性を否定することはでき
ない。
以上によれば，本件空港の規模は適正であるというべきである。
カ本件事業を実施する上で必要な関係行政機関との諸法令手続によって
計画が変更されるものを除き，本件空港予定地につき，本件事業と相反
する土地利用の計画の存在は認められない。そして，それらの手続を行
う上で特段の支障があることは認められないから，当該計画の変更も滞
りなく実施されることが期待できる。
キ前記第２の３並びに前記第３の２ないし４及び７によれば，５号要件
を除き，本件申請につきこれを許可すべき要件が認められる。
ク本件事業予定地の土地の現況は，ゴルフ場，牧場，畑，牧草地等であ
り，社会経済的効用としての観点からみた場合，本件事業予定地の土地
それ自体がこれらの用途に用いられることによる利益と比較して，本件
事業の実施によってもたらされる利益は明らかに大きいものというべき
である。
また，本件事業予定地の土地の大多数（筆数比によれば９８．３％以
上，面積比によれば９９．６％以上）は，被告又は県の所有地であるか，
その所有者（共有の場合共有者全員）が譲渡同意書を提出した土地によ
って占められており，譲渡同意書を提出した者は，その所有地が本件空
港の敷地とされることを基本的に了解しているものと認められる。さら
に，本件事業予定地付近に航空機騒音の被害を及ぼす人口密集地等は存
しないこと，本件空港設置許可に係る公聴会において，本件空港の設置
により自ら又は第三者の利益が害される旨を訴えた者は一人もなく，公
述人全員が本件空港の設置に賛成する趣旨の公述をしたこと，前記４の
とおり処分行政庁が本件空港の設置によって他人の利益を著しく害する
こととならないと認めたことは相当であることを併せ考慮すれば，本件
事業の実施によって私的な利益が大きく害されることはないというべき
である。
他方，原告らは，本件事業が実施され，更に本件空港が供用されるこ
とにより，本件事業予定地周辺にあるα９地域やα３海域の自然環境が
破壊され，殊にコキクガシラ，アオサンゴなどが死滅してしまうと主張
している。しかし，本件事業において実施することが予定されている環
境保全措置等によって，本件事業の実施が本件事業予定地周辺に及ぼす
環境影響の程度は小さいものとなることが十分に期待できることは前記
７において説示したとおりであり，これらの環境保全措置等が実施され
たとしても，本件事業の実施の結果，本件事業予定地及びその周辺のα
９地域やα３海域の自然環境が破壊され，コキクガシラ，アオサンゴな
どの野生生物が死滅してしまうことの証明はない（なお，原告らは，平
成１９年８月１日よりα３が海中公園に指定された趣旨から考えても，
その環境は現状のまま保護・保全が図られるべきであるなどというが，
本件許可処分の違法性判断に当たって本件許可処分後の事情を考慮に入
れることはできないといわざるを得ない。）。そして，原告らは，他に
本件事業の実施によって害される公共の利益があることについて特段の
主張立証をしておらず，本件全証拠によってもそうした公共の利益があ
るとは認められない。
ケなお，原告らは，本件事業予定地に関して，次のように主張している
が，いずれも失当である。
(ア)原告らは，本件空港の滑走路予定地直下に洞窟ないし空洞が存在し，
それらが崩壊することなどにより本件空港の滑走路が陥没ないし崩壊
するおそれがあるから，本件事業予定地は空港としての適地性を欠い
ているという。
確かに，証拠（甲１１等）によれば，本件空港の滑走路予定地直下に
洞窟が存在することが認められる。しかし，何らの対応もせずに滑走
路を設けた場合にはこれが崩壊するおそれがあるとしても，現代の土
木技術の水準（被告は，本件空港設置予定地のように地下に空洞が存
在する土地の強度を確保するための工法として，例えば，地下空洞の
規模が比較的大きい場合や空洞の形状や浸食状況等から充てん材料に
よる空洞内への充てんが難しい場合には，開削工法により地下空洞部
の上部及び不安定な地盤部を掘削除去し，空洞部を全て土砂等で埋戻
し，転圧を行うことにより地盤の所要強度を確保する方法が，また，
地下空洞が比較的小さい場合や開削工法が条件により採用できない場
合には，空洞外部から，けい砂，セメントミルクやモルタル等の充て
ん材料を充てんし，地下空洞内部を全て埋めることにより地盤の所要
強度を確保する充てん工法がそれぞれ確立されていると主張しており，
原告らは，この点につき争っていない。さらに，第１０回石垣空港建
設工法検討委員会においては，空洞対策工法として，①上載荷重を受
ける工法である構造物工（構造物としては，コンクリート版（ＲＣ），
コンクリート版（ＰＣ），ボックス構造（ＲＣ），アーチ構造（Ｒ
Ｃ）その他が，基礎形式としては，直接基礎と杭基礎がその具体例で
ある。），②上載荷重を軽減する工法である軽量盛土工（ＦＣＢ（気
泡混合処理軽量土工），ＳＧＭ（軽量混合処理土工），ＥＰＳ（発泡
スチロール土木工法）がその具体例である。），③空洞上部の土質強
度を増加させる工法である地盤改良工（高圧噴射かくはん工法，ジェ
ット切削＋モルタル充てん，恒久グラウト注入がその具体例であ
る。），④空洞内部から補強する工法である補強工（ロックボルト，
内壁補強がその具体例である。）が検討された上で，①及び②が選定
され，さらに，ボックスカルバート（直接基礎）工法（ボックスカル
バートを構築し，これにより盛土・上載荷重を支持し直接基礎から地
盤に荷重伝達する方法），アーチ（直接基礎）工法（コンクリートア
ーチにより，盛土・上載荷重を支持し直接基礎から地盤に荷重伝達す
る方法），アーチカルバート（直接基礎）工法（アーチカルバートを
構築し，コンクリートアーチにより，盛土・上載荷重を支持し直接基
礎から地盤に荷重伝達する方法）及びスラブ（直接基礎）工法（スラ
ブ（板状の構造物）を構築し，これにより盛土，上載荷重を支持し直
接基礎から地盤に荷重を伝達する方法）が検討され，その結果，場所
に応じてアーチ（直接基礎）工法又はスラブ（直接基礎）工法が最適
であるとされている（甲１１，弁論の全趣旨）。）によれば，十分に
対応可能であるというべきであり，この点についての対応が不可能で
あって，本件事業予定地がおよそ空港としての適地性を欠くとみるべ
き根拠は見当たらない（原告らは，本件許可処分後に県が採用した対
策が不十分であることを主張しているところ，それが本件許可処分後
の事情である点はおくとしても，その主張をもってしても現代の土木
技術では上記の崩落のおそれについて対応ができないということはで
きず，他に対応が不可能であることを認めるに足りる証拠はない。）。
(イ)原告らは，乱気流発生のため，本件事業予定地は空港としての適地
性を欠いているという。
しかし，原告らがその証拠として提示する新石垣空港における乱気流
気象調査（沖縄県委託業務）に対する検証結果報告書（甲７）及び
「新石垣空港乱気流問題強い乱気流の発生で危険な空港」と題する
書面（甲８）においても，乱気流が航空機の運航に影響を及ぼす可能
性もあるというにとどまり，また，この結論が同書面それ自体におい
て不十分であるとする観測結果に基づいたものであることに照らして
も，この結論を直ちに採ることはできず，他に乱気流が航空機の運航
に重大な影響を及ぼすことを認めるに足りる証拠はないから，乱気流
発生のため本件事業予定地には空港用地としての適地性がないと認め
ることはできない。
(ウ)原告らは，滑走路が津波で水没するため，本件事業予定地は空港と
しての適地性を欠いているという。
しかし，本件における証拠関係から本件空港の滑走路が想定される津
波で水没することを認めることはできない（甲第７２号証，乙第４３
号証によっても，このことは認められず，他にこのことを認めるに足
りる証拠はない。）。なお，一般論として，想定外の規模の地震によ
る津波が発生し本件空港の滑走路が水没する可能性があり得ることは
否定できない（したがって，本件空港の供用に当たり，そのような事
態に備えるための対策を講じることは，十分に検討されてしかるべき
であるということができる。）としても，そのことを理由に本件事業
予定地が空港としての適地性を欠くということはできない。
以上によれば，本件事業予定地が本件事業の用に供されることによって失
われる利益と比較して，本件事業予定地が本件事業の用に供されることに
よって得られる利益は明らかに大きいというべきであるから，本件事業は，
土地収用法２０条３号の要件を満たす。
(6)さらに，土地収用法２０条４号は「土地を収用し，又は使用する公益上
の必要があるものであること。」を規定しているところ，事業計画自体の
公益性は同条３号における検討事項であることに照らし，これは，同条１
号ないし３号の要件が認められ，収用等の方法によることの相当性がある
場合において，さらに，収用等の方法を採ることの必要性があり，それが
公益上も是認されることを要件とするものと解される。
この点，５号要件の充足の有無を検討するために土地収用法２０条４号の
要件について検討している以上，収用等の方法を採る必要がある場合であ
ることは当然の前提となっている。また，同条３号の要件が認められる以
上，工事の完成が余りにも遠い将来のことであるといった特段の事情がな
ければ，収用等の方法を採る必要があることが公益上も是認されるという
べきところ，本件においてそのような特段の事情は認められない。原告ら
は，成田空港のような第１種空港とは公益的必要性において比すべきもの
のない第３種空港である本件空港のために，強固な反対意思を示している
第１原告を含めた地権者に対して土地収用制度を利用するほどの公益的必
要性があるとは到底認められないというが，以上に説示したところに照ら
し失当といわざるを得ない。
よって，本件事業は土地収用法２０条４号の要件を満たす。
(7)以上によれば，本件事業につき，土地収用法２０条の定める事業の認定
の要件が認められるから，県は，事業の認定を受けることが可能である。
よって，県にとって土地の収用が使用の権原を取得するために採ることが
できる現実的な方法であるといえる合理的な根拠があるということができ
る。
そうすると，本件空港の敷地の大部分について，県が既に所有しているも
ののほかは，国有財産法，空港整備法等の規定に基づいて取得を行う方法
や，売渡しを受ける方法を現に採ることができ，この方法を採ることによ
ってそれらの所有権を取得することが相当程度の確実性をもって期待でき
（特に，被告及び石垣市の所有するものについては確実に取得することが
できる。），その余についても売渡しを受ける方法によってその所有権を
取得できる可能性があるということができ，さらに，この方法によったの
では所有権を取得することができないものについては，土地の収用によっ
てこれをすることが可能であるから，県は，本件空港の敷地について，所
有権を有するか又はこれを確実に取得することができると認められる。
よって，本件申請が５号要件を充足するものとした処分行政庁の判断に違
法はないというべきである。
９本件許可処分の適法性について
本件の争点に関する部分を除き，本件許可処分が飛行場設置許可の要件を充
足していることについて当事者間に争いはなく，本件の争点に関してはこれ
までに説示したとおりであるから，本件許可処分は適法ということができる。
第５結論
以上の次第で，第２原告らの本件訴えはいずれも不適法であるから却下し，
その余の原告ら（第１原告ら）の請求はいずれも理由がないから棄却するこ
ととし，訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条，民訴法６１条，６５
条を適用して，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官川神裕
裁判官小海隆則
裁判官須賀康太郎
(別紙）
関係する法令の定め
１航空法
(1)飛行場又は航空保安施設の設置（３８条）
ア国土交通大臣以外の者は，飛行場又は政令で定める航空保安施設を設置
しようとするときは，国土交通大臣の許可を受けなければならない。（１
項）
イ上記アの許可の申請をしようとする者は，当該施設について，位置，構
造等の設置の計画，管理の計画，工事完成の予定期日その他国土交通省令
で定める事項及び飛行場にあっては公共の用に供するかどうかの別を記載
した申請書を提出しなければならない。（２項）
ウ国土交通大臣は，飛行場の設置の許可の申請があったときは，飛行場の
位置及び範囲，公共の用に供するかどうかの別，着陸帯，進入区域，進
入表面，転移表面，水平表面，供用開始の予定期日その他国土交通省
令で定める事項を告示するとともに，現地においてこれを掲示しなけ
ればならない。（３項）
(2)申請の審査（３９条）
ア国土交通大臣は，前記(1)アの許可の申請があったときは，その申請が次
の(ア)ないし(オ)に適合しているかどうかを審査しなければならない。
（１項）
(ア)当該飛行場又は航空保安施設の位置，構造等の設置の計画が国土交
通省令で定める基準に適合するものであること。（１号）
(イ)当該飛行場又は航空保安施設の設置によって，他人の利益を著しく
害することとならないものであること。（２号）
(ウ)当該飛行場又は航空保安施設の管理の計画が航空法４７条１項の保
安上の基準に適合するものであること。（３号）
(エ)申請者が当該飛行場又は航空保安施設を設置し，及びこれを管理す
るに足りる能力を有すること。（４号）
(オ)飛行場にあっては，申請者が，その敷地について所有権その他の使
用の権原を有するか，又はこれを確実に取得することができると認めら
れること。（５号）
イ国土交通大臣は，飛行場の設置の許可に係る上記アの審査を行う場合には，
公聴会を開き，当該飛行場の設置に関し利害関係を有する者に当該飛行場
の設置に関する意見を述べる機会を与えなければならない。（２項）
(3)公共用飛行場の告示等（４０条前段）
国土交通大臣は，公共の用に供する飛行場について設置の許可をしたとき
は，当該飛行場の位置及び範囲，着陸帯，進入区域，進入表面，転移表面，
水平表面並びに供用開始の予定期日を告示するとともに，現地においてこれ
を掲示しなければならない。
２航空法施行規則（平成２０年国土交通省令第４４号による改正前のもの。以下
同じ。）
(1)設置の許可申請（７６条）
ア航空法３８条２項の規定（前記１(1)イ）により，飛行場の設置の許可を
申請しようとする者は，次に掲げる事項を記載した飛行場設置許可申請書
３通を国土交通大臣に提出するものとする。（１項）
(ア)設置の目的（公共の用に供するかどうかの別を附記すること。）
（１号）
(イ)氏名及び住所（２号）
(ウ)飛行場の名称及び位置並びに標点の位置（標高を含む。以下同
じ。）（３号）
(エ)飛行場予定地又は予定水面並びにそれらの所有者の氏名及び住所
（４号）
(オ)飛行場の種類，着陸帯の等級及び滑走路の強度又は着陸帯の深さ
（５号）
(カ)計器着陸又は夜間着陸の用に供する飛行場にあっては，その旨（６
号）
(キ)飛行場の利用を予定する航空機の種類及び型式（７号）
(ク)国土交通大臣の指定を受けようとする進入区域の長さ，進入表面の
勾配，水平表面の半径の長さ又は転移表面の勾配（７号の２）
(ケ)飛行場の施設の概要（８号）
(コ)設置予定の航空保安施設の概要（９号）
(サ)設置に要する費用（１０号）
(シ)工事の着手及び完成の予定期日（１１号）
(ス)管理の計画（管理に要する費用を附記すること。）（１２号）
(セ)予定する飛行場の進入表面，転移表面若しくは水平表面の上に出る
高さの物件又はこれらの表面に著しく近接した物件がある場合には，次
に掲げる事項（１３号）
ａ当該物件の位置及び種類（イ）
ｂ当該物件の進入表面，転移表面若しくは水平表面の上に出る高さ又
はこれらの表面への近接の程度（ロ）
ｃ当該物件の所有者その他の権原を有する者の氏名及び住所（ハ）
ｄ当該物件を除去するかどうかの別（ニ）
ｅ当該物件の除去に要する費用（ホ）
ｆ当該物件の除去に係る工事の着手及び完了の予定期日（ヘ）
イ前記アの申請書には，次に掲げる書類及び図面を添付するものとする。
（２項）
(ア)次に掲げる事項の調達方法を記載した書類（１号）
ａ設置に要する費用，土地，水面及び物件（イ）
ｂ前記ア(セ)の物件の除去に要する費用（ロ）
(イ)管理に要する費用の内訳及びその調達方法を記載した書類（２号）
(ウ)申請者が，飛行場の敷地について所有権その他の使用の権原を有す
るか又はこれを確実に取得することができることを証明する書類（２号
の２）
(エ)飛行場の工事設計図書，仕様書及び工事予算書（３号）
(オ)実測図（４号）
(カ)公共の用に供する飛行場にあっては，風向風速図（飛行場の予定地
若しくは予定水面又はその付近の場所における風向及び風速を，陸上飛
行場及び水上飛行場にあっては３年以上，ヘリポートにあっては１年以
上の資料に基づいて作成すること。）（５号）
(キ)公共の用に供する飛行場にあっては，飛行場の予定地若しくは予定
水面又はその付近の場所における気温を記載した書類（国土交通大臣が
定める基準に従い，５年以上の資料に基づいて作成すること。）（５号
の２）
(ク)公共の用に供する飛行場にあっては，１年間に利用することが予想
される航空機の種類，型式及び数並びにその算出の基礎を記載した書類
（６号）
(ケ)削除（７号）
(コ)地方公共団体にあっては，設置に関する意思の決定を証する書類
（８号）
(サ)（略）（９号以下）
(2)実測図（７７条）
上記(1)イ(オ)の実測図は，次のとおりとする。
ア平面図縮尺は，５千分の１以上とし，次に掲げる事項を明示するものと
する。（１号）
(ア)縮尺及び方位（イ）
(イ)飛行場の敷地の境界線（ロ）
(ウ)飛行場の周辺百メートル以上にわたる区域内の地形及び市町村名
（ハ）
(エ)予定する飛行場の施設の位置（ニ）
(オ)主要道路、市街及び交通機関と連絡するための道路（ホ）
イ着陸帯縦断面図縮尺は、横を５千分の１以上、縦を５百分の１以上と
し、次に掲げる事項を明示するものとする。（２号）
(ア)測点番号、測点間距離（百メートルとすること。）及び逓加距離
（イ）
(イ)測点ごとの中心線の地面、施工基面、盛土の高さ及び切土の深さ
（ニ）
ウ着陸帯横断面図滑走路の両端及び中央の３箇所における着陸帯の横断
面図とし，且つ，縮尺は横を千分の１以上及び縦を５０分の１以上とし，
次に掲げる事項を明示するものとする。（３号）
(ア)測点番号及び測点間距離（イ）
(イ)測点ごとの地面，施工基面，盛土の高さ及び切土の深さ（ロ）
エ附近図縮尺１万分の１の図面（縮尺１万分の１の図面がない場合は，
縮尺２万５千分の１又は５万分の１の図面とする。）に前記(1)ア(セ)の物
件及び予定する飛行場の進入表面，転移表面及び水平表面の投影面を明示
し，並びに当該物件の存する地域についての縮尺５千分の１以上の図面に
前記(1)ア(セ)ａ及びｂに掲げる事項を明示するものとする。（４号）
(3)設置許可等の申請の告示（７８条１項）
航空法３８条３項の規定（前記１(1)ウ）により，飛行場の設置の許可の申
請があった場合において告示し，及び掲示しなければならない事項は，同条
同項に掲げる事項並びに前記(1)ア(ア)から(オ)まで，(ケ)及び(コ)に掲げる
事項とする。
(4)設置基準（７９条）
ア航空法３９条１項１号（前記１(2)ア(ア)）の基準は，次のとおりとする。
（１項）
(ア)飛行場の周辺にある建造物，植物その他の物件であって，国土交通大
臣が航空機の離陸又は着陸に支障があると認めるものがないこと。ただ
し，当該飛行場の工事完成の予定期日までに，当該物件を確実に除去で
きると認められる場合は，この限りでない。（１号）
(イ)滞空旋回圏（飛行場に着陸せんとする航空機の滞空旋回のために安全
最小限と認められる飛行場上空の所定の空域をいう。以下同じ。）が既
存の飛行場に設定された滞空旋回圏と重ならないものであること。（２
号）
(ウ)陸上飛行場にあっては，特別の理由があると認められる場合を除き，
着陸帯の等級別に，次に掲げる規格に適合した滑走路，着陸帯及び誘導
路を有するものであること。（３号）
（着陸帯の等級Ｃについての規格は次のとおりである。）
ａ滑走路
幅４５ｍ以上
最大縦断こう配
滑走路の末端から滑走路の長さの四分の一以下の距離にある部分
０．８％
上記部分以外の部分１％
最大横断こう配１．５％
ｂ着陸帯
長さ滑走路の長辺を両短辺の側にそれぞれ６０ｍに延長して得た
もの
滑走路の縦方向の中心線から着陸帯の長辺までの距離
計器用１５０ｍ以上
非計器用７５ｍ以上
非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分の最大縦断こう
配１．７５％
最大横断こう配
非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分２．５％
上記部分以外の部分５％
ｃ誘導路
幅２３ｍ以上
最大縦断こう配１．５％
最大横断こう配１．５％
ｄ誘導路縁と固定障害物との間隔３０ｍ以上
(エ)陸上飛行場及び陸上ヘリポートにあっては，滑走路，誘導路及びエプ
ロンがこれらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運
航に十分耐えるだけの強度を有するものであること。（４号）
(オ)陸上飛行場及び陸上ヘリポートにあっては，滑走路及び誘導路が，こ
れらの上を航行する航空機の航行の安全のため，相互の間の十分な距離
並びに接続点における適当な角度及び形状を有するものであること。
（５号）
(カ)陸上飛行場及び陸上ヘリポートにあっては，滑走路及び誘導路の両側
並びにエプロンの縁に適当な幅，強度及び表面を有するショルダーを設
けること。（５号の２）
(キ)所定の区分により，飛行場標識施設（所定の様式による。）を有する
ものであること。ただし，舗装されていない滑走路又は誘導路で滑走路
標識又は誘導路標識を設けることが困難なものについては省略してもよ
い。（９号）
(5)利害関係人（８０条）
航空法３９条２項の規定（前記１(2)イ）による利害関係を有する者とは，
次に掲げる者をいう。
ア許可の申請者（１号）
イ飛行場の区域，進入区域又は転移表面，水平表面，延長進入表面，円錐表
面若しくは外側水平表面の投影面内の区域の土地又は建物について所有権，
地上権，永小作権，地役権，採石権，質権，抵当権，使用貸借又は賃貸借
による権利その他土地又は建物に関する権利を有する者（２号）
ウ上記イの区域内に鉱業権，温泉を利用する権利，漁業権，入漁権又は流
水，海水その他の水を利用する権利を有する者（３号）
エ上記イの区域を管理する地方公共団体（４号）
オ飛行場を利用する者（５号）
３評価法
(1)目的（１条）
評価法は，土地の形状の変更，工作物の新設等の事業を行う事業者がその
事業の実施に当たりあらかじめ環境影響評価を行うことが環境の保全上極め
て重要であることに鑑み，環境影響評価について国等の責務を明らかにする
とともに，規模が大きく環境影響の程度が著しいものとなるおそれがある事
業について環境影響評価が適切かつ円滑に行われるための手続その他所要の
事項を定め，その手続等によって行われた環境影響評価の結果をその事業に
係る環境の保全のための措置その他のその事業の内容に関する決定に反映さ
せるための措置をとること等により，その事業に係る環境の保全について適
正な配慮がなされることを確保し，もって現在及び将来の国民の健康で文化
的な生活の確保に資することを目的とする。
(2)定義（２条）
ア評価法において「環境影響評価」とは，事業（特定の目的のために行わ
れる一連の土地の形状の変更（これと併せて行うしゅんせつを含む。）並
びに工作物の新設及び増改築をいう。以下同じ。）の実施が環境に及ぼす
影響（当該事業の実施後の土地又は工作物において行われることが予定さ
れる事業活動その他の人の活動が当該事業の目的に含まれる場合には，こ
れらの活動に伴って生ずる影響を含む。以下単に「環境影響」という。）
について環境の構成要素に係る項目ごとに調査，予測及び評価を行うとと
もに，これらを行う過程においてその事業に係る環境の保全のための措置
を検討し，この措置が講じられた場合における環境影響を総合的に評価す
ることをいう。（１項）
イこの法律において「第一種事業」とは，次に掲げる要件を満たしている
事業であって，規模（形状が変更される部分の土地の面積，新設される工
作物の大きさその他の数値で表される事業の規模をいう。後記ウにおいて
同じ。）が大きく，環境影響の程度が著しいものとなるおそれがあるもの
として政令で定めるものをいう。（２項）
(ア)次に掲げる事業の種類のいずれかに該当する一の事業であること。
（１号）
ａ（略）（イないしハ）
ｂ空港整備法２条１項に規定する空港その他の飛行場及びその施設の設
置又は変更の事業（ニ）
ｃ（略）（ホ以下）
(イ)次のいずれかに該当する事業であること（２号）。
ａ法律の規定であって政令で定めるものにより，その実施に際し，免許，
特許，許可，認可，承認若しくは同意又は届出（当該届出に係る法律
において，当該届出に関し，当該届出を受理した日から起算して一定
の期間内に，その変更について勧告又は命令をすることができること
が規定されているものに限る。）が必要とされる事業（イ）
ｂ（略）（ロ以下）
ウ評価法において「第二種事業」とは，前記イ(ア)及び(イ)に掲げる要件を
満たしている事業であって，第一種事業に準ずる規模（その規模に係る数
値の第一種事業の規模に係る数値に対する比が政令で定める数値以上であ
るものに限る。）を有するもののうち，環境影響の程度が著しいものとな
るおそれがあるかどうかの判定（以下単に「判定」という。）を評価法４
条１項各号に定める者が同条の規定により行う必要があるものとして政令
で定めるものをいう。（３項）
エ評価法において「対象事業」とは，第一種事業又は評価法４条３項１号の
措置がとられた第二種事業をいう。（４項）
オ評価法において「事業者」とは，対象事業を実施しようとする者をいう。
（５項）
(3)国等の責務（３条）
国，地方公共団体，事業者及び国民は，事業の実施前における環境影響評
価の重要性を深く認識して，評価法の規定による環境影響評価その他の手続
が適切かつ円滑に行われ，事業の実施による環境への負荷をできる限り回避
し，又は低減することその他の環境の保全についての配慮が適正になされる
ようにそれぞれの立場で努めなければならない。
(4)第二種事業に係る判定（４条）
ア（略）（１項ないし５項）
イ第二種事業を実施しようとする者は，評価法４条１項の規定にかかわら
ず，判定を受けることなく評価法（同条を除く。）の規定による環境影響
評価その他の手続を行うことができる。この場合において，当該第二種事
業を実施しようとする者は，同項４号又は５号に定める主任の大臣以外の
者にあっては評価法（同条を除く。）の規定による環境影響評価その他の
手続を行うこととした旨を同項各号に掲げる第二種事業の区分に応じ当該
各号に定める者に書面により通知し，これらの主任の大臣にあってはその
旨の書面を作成するものとする。（６項）
ウ（略）（７項，８項）
(5)方法書の作成（５条１項）
事業者は，対象事業に係る環境影響評価を行う方法（調査，予測及び評価
に係るものに限る。）について，主務省令で定めるところにより，次に掲げ
る事項を記載した環境影響評価方法書（以下「方法書」という。）を作成し
なければならない。
ア事業者の氏名及び住所（法人にあってはその名称，代表者の氏名及び主
たる事務所の所在地）（１号）
イ対象事業の目的及び内容（２号）
ウ対象事業が実施されるべき区域（以下「対象事業実施区域」という。）
及びその周囲の概況（３号）
エ対象事業に係る環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法
（当該手法が決定されていない場合にあっては，対象事業に係る環境影響
評価の項目）（４号）
(6)方法書の送付等（６条１項）
事業者は，方法書を作成したときは，主務省令で定めるところにより，対
象事業に係る環境影響を受ける範囲であると認められる地域を管轄する都道
府県知事及び市町村長（特別区の区長を含む。以下同じ。）に対し，方法書
を送付しなければならない。
(7)方法書についての公告及び縦覧（７条）
事業者は，方法書を作成したときは，環境影響評価の項目並びに調査，予
測及び評価の手法について環境の保全の見地からの意見を求めるため，環境
省令で定めるところにより，方法書を作成した旨その他環境省令で定める事
項を公告し，上記(6)に規定する地域内において，方法書を公告の日から起算
して一月間縦覧に供しなければならない。
(8)方法書についての意見書の提出（８条１項）
方法書について環境の保全の見地からの意見を有する者は，上記(7)の公告
の日から，上記(7)の縦覧期間満了の日の翌日から起算して２週間を経過する
日までの間に，事業者に対し，意見書の提出により，これを述べることがで
きる。
(9)方法書についての意見の概要の送付（９条）
事業者は，上記(8)の期間を経過した後，上記(6)に規定する地域を管轄す
る都道府県知事及び当該地域を管轄する市町村長に対し，上記(8)の規定によ
り述べられた意見の概要を記載した書類を送付しなければならない。
(10)方法書についての都道府県知事等の意見（１０条）
ア上記(9)に規定する都道府県知事は，上記(9)の書類の送付を受けたとき
は，政令で定める期間内に，事業者に対し，方法書について環境の保全の
見地からの意見を書面により述べるものとする。（１項）
イ上記アの場合において，当該都道府県知事は，期間を指定して，方法書
について上記(9)に規定する市町村長の環境の保全の見地からの意見を求め
るものとする。（２項）
(11)環境影響評価の項目等の選定（１１条）
ア事業者は，上記(10)アの意見が述べられたときはこれを勘案するととも
に，上記(8)の意見に配意して前記(5)エに掲げる事項に検討を加え，主務
省令で定めるところにより，対象事業に係る環境影響評価の項目並びに調
査，予測及び評価の手法を選定しなければならない。（１項）
イ上記アの主務省令は，環境基本法１４条各号に掲げる事項の確保を旨と
して，既に得られている科学的知見に基づき，対象事業に係る環境影響評
価を適切に行うために必要であると認められる環境影響評価の項目並びに
当該項目に係る調査，予測及び評価を合理的に行うための手法を選定する
ための指針につき主務大臣（主務大臣が内閣府の外局の長であるときは、
内閣総理大臣）が環境大臣に協議して定めるものとする。（３項）
(12)環境影響評価の実施（１２条）
ア事業者は，上記(11)アの規定により選定した項目及び手法に基づいて，
主務省令で定めるところにより，対象事業に係る環境影響評価を行わなけ
ればならない。（１項）
イ上記(11)イの規定は、上記アの主務省令について準用する。この場合に
おいて、上記(11)イ中「環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査、
予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針」とあるの
は、「環境の保全のための措置に関する指針」と読み替えるものとする。
（２項）
(13)準備書の作成（１４条１項）
事業者は，上記(12)の規定により対象事業に係る環境影響評価を行った後，
当該環境影響評価の結果について環境の保全の見地からの意見を聴くための
準備として，主務省令で定めるところにより，当該結果に係る次に掲げる事
項を記載した環境影響評価準備書（以下「準備書」という。）を作成しなけ
ればならない。
ア前記(5)アからウまでに掲げる事項（１号）
イ前記(8)の意見の概要（２号）
ウ前記(10)アの都道府県知事の意見（３号）
エ上記イ及びウの意見についての事業者の見解（４号）
オ環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法（５号）
カ評価法１１条２項の助言がある場合には，その内容（６号）
キ環境影響評価の結果のうち，次に掲げるもの（７号）
(ア)調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果を環境影響評価の項目
ごとにとりまとめたもの（環境影響評価を行ったにもかかわらず環境影
響の内容及び程度が明らかとならなかった項目に係るものを含む。）
（イ）
(イ)環境の保全のための措置（当該措置を講ずることとするに至った検
討の状況を含む。）（ロ）
(ウ)上記(イ)に掲げる措置が将来判明すべき環境の状況に応じて講ずる
ものである場合には，当該環境の状況の把握のための措置（ハ）
(エ)対象事業に係る環境影響の総合的な評価（ニ）
ク環境影響評価の全部又は一部を他の者に委託して行った場合には，その
者の氏名及び住所（法人にあってはその名称，代表者の氏名及び主たる事
務所の所在地）（８号）
(14)準備書の送付等（１５条）
事業者は，準備書を作成したときは，前記(6)の主務省令で定めるところに
より，対象事業に係る環境影響を受ける範囲であると認められる地域（前記
(8)及び(10)アの意見並びに前記(12)アの規定により行った環境影響評価の結
果に鑑み前記(6)の地域に追加すべきものと認められる地域を含む。以下「関
係地域」という。）を管轄する都道府県知事（以下「関係都道府県知事」と
いう。）及び関係地域を管轄する市町村長（以下「関係市町村長」とい
う。）に対し，準備書及びこれを要約した書類（後記(15)及び(16)において
「要約書」という。）を送付しなければならない。
(15)準備書についての公告及び縦覧（１６条）
事業者は，上記(14)の規定による送付を行った後，準備書に係る環境影響
評価の結果について環境の保全の見地からの意見を求めるため，環境省令で
定めるところにより，準備書を作成した旨その他環境省令で定める事項を公
告し，関係地域内において，準備書及び要約書を公告の日から起算して一月
間縦覧に供しなければならない。
(16)説明会の開催等（１７条）
ア事業者は，環境省令で定めるところにより，上記(15)の縦覧期間内に，
関係地域内において，準備書の記載事項を周知させるための説明会（以下
「説明会」という。）を開催しなければならない。この場合において，関
係地域内に説明会を開催する適当な場所がないときは，関係地域以外の地
域において開催することができる。（１項）
イ事業者は，説明会を開催するときは，その開催を予定する日時及び場所
を定め，環境省令で定めるところにより，これらを説明会の開催を予定す
る日の一週間前までに公告しなければならない。（２項）
(17)準備書についての意見書の提出（１８条１項）
準備書について環境の保全の見地からの意見を有する者は，上記(15)の公
告の日から，同条の縦覧期間満了の日の翌日から起算して２週間を経過する
日までの間に，事業者に対し，意見書の提出により，これを述べることがで
きる。
(18)準備書についての意見の概要等の送付（１９条）
事業者は，上記(17)の期間を経過した後，関係都道府県知事及び関係市町
村長に対し，上記(17)の規定により述べられた意見の概要及び当該意見につ
いての事業者の見解を記載した書類を送付しなければならない。
(19)準備書についての関係都道府県知事等の意見（２０条１項）
関係都道府県知事は，上記(18)の書類の送付を受けたときは，政令で定め
る期間内に，事業者に対し，準備書について環境の保全の見地からの意見を
書面により述べるものとする。
(20)評価書の作成（２１条）
ア事業者は，上記(19)の意見が述べられたときはこれを勘案するとともに，
前記(17)の意見に配意して準備書の記載事項について検討を加え，当該事
項の修正を必要とすると認めるとき（当該修正後の事業が対象事業に該当
するときに限る。）は，次の各号に掲げる当該修正の区分に応じ当該各号
に定める措置をとらなければならない。（１項）
(ア)前記(5)イに掲げる事項の修正（事業規模の縮小，政令で定める軽微
な修正その他の政令で定める修正に該当するものを除く。）前記(5)か
ら後記(26)までの規定による環境影響評価その他の手続を経ること。
（１号）
(イ)前記(5)ア又は前記(13)イからエまで，カ若しくはクに掲げる事項の
修正（上記(ア)に該当する場合を除く。）後記イ及び後記(21)から後
記(26)までの規定による環境影響評価その他の手続を行うこと。（２
号）
(ウ)上記(ア)又は(イ)に掲げるもの以外のもの前記(11)ア及び(12)ア
の主務省令で定めるところにより当該修正に係る部分について対象事業
に係る環境影響評価を行うこと。（３号）
イ事業者は，上記ア(ア)に該当する場合を除き，上記ア(ウ)の規定による
環境影響評価を行った場合には当該環境影響評価及び準備書に係る環境影
響評価の結果に，上記ア(ウ)の規定による環境影響評価を行わなかった場
合には準備書に係る環境影響評価の結果に係る次に掲げる事項を記載した
環境影響評価書（以下後記(25)までにおいて「評価書」という。）を，主
務省令で定めるところにより作成しなければならない。（２項）
(ア)前記(13)に掲げる事項（１号）
(イ)前記(17)の意見の概要（２号）
(ウ)前記(19)の関係都道府県知事の意見（３号）
(エ)上記(イ)及び(ウ)の意見についての事業者の見解（４号）
(21)免許を行う者等への送付（２２条）
ア事業者は，評価書を作成したときは，速やかに，次の(ア)及び(イ)に掲
げる評価書の区分に応じ当該(ア)又は(イ)に定める者にこれを送付しなけ
ればならない。（１項）
(ア)前記(2)イ(イ)ａに該当する対象事業（免許等に係るものに限る。）
に係る評価書当該免許等を行う者（１号）
(イ)（略）（２号ないし６号）
イ上記ア(ア)又は(イ)に定める者（環境大臣を除く。）が次の(ア)又は(イ)
に掲げる者であるときは，その者は，評価書の送付を受けた後，速やかに，
当該(ア)又は(イ)に定める措置をとらなければならない。（２項）
(ア)内閣総理大臣若しくは各省大臣又は委員会の長である国務大臣（後
記(25)アにおいて「内閣総理大臣等」という。）環境大臣に当該評価
書の写しを送付して意見を求めること（１号）。
(イ)（略）（２号）
(22)環境大臣の意見（２３条前段）
環境大臣は，上記(21)イ(ア)又は(イ)の措置がとられたときは，必要に応
じ，政令で定める期間内に，当該(ア)又は(イ)に掲げる者に対し，評価書に
ついて環境の保全の見地からの意見を書面により述べることができる。
(23)免許等を行う者等の意見（２４条）
上記(21)イ(ア)又は(イ)に定める者は，上記(21)アの規定による送付を受
けたときは，必要に応じ，政令で定める期間内に，事業者に対し，評価書に
ついて環境の保全の見地からの意見を書面により述べることができる。この
場合において，上記(22)の規定による環境大臣の意見があるときは，これを
勘案しなければならない。
(24)評価書の再検討及び補正（２５条）
ア事業者は，上記(23)の意見が述べられたときはこれを勘案して，評価書
の記載事項に検討を加え，当該事項の修正を必要とすると認めるとき（当
該修正後の事業が対象事業に該当するときに限る。）は，次の(ア)，(イ)
又は(ウ)に掲げる当該修正の区分に応じ当該(ア)，(イ)又は(ウ)に定める
措置をとらなければならない。（１項）
(ア)前記(5)イに掲げる事項の修正（事業規模の縮小，政令で定める軽微
な修正その他の政令で定める修正に該当するものを除く。）前記(5)か
ら後記(26)までの規定による環境影響評価その他の手続を経ること。
（１号）
(イ)前記(5)ア，前記(13)イからエまで，カ若しくはク又は前記(20)イ
(イ)から(エ)までに掲げる事項の修正（上記(ア)に該当する場合を除
く。）評価書について所要の補正をすること。（２号）
(ウ)上記(ア)又は(イ)に掲げるもの以外のもの前記(11)ア及び(12)ア
の主務省令で定めるところにより当該修正に係る部分について対象事業
に係る環境影響評価を行うこと。（３号）
イ事業者は，上記ア(ウ)の規定による環境影響評価を行った場合には，当
該環境影響評価及び評価書に係る環境影響評価の結果に基づき，主務省令
で定めるところにより評価書の補正をしなければならない。（２項）
ウ事業者は，上記ア(ア)に該当する場合を除き，上記ア(イ)又はイの規定
による補正後の評価書の送付（補正を必要としないと認めるときは，その
旨の通知）を，前記(21)ア(ア)又は(イ)に掲げる評価書の区分に応じ当該
(ア)又は(イ)に定める者に対してしなければならない。（３項）
(25)環境大臣等への評価書の送付（２６条）
ア前記(21)ア(ア)又は(イ)に定める者（環境大臣を除く。）が次の(ア)又
は(イ)に掲げる者であるときは，その者は，上記(24)ウの規定による送付
又は通知を受けた後，当該(ア)又は(イ)に定める措置をとらなければなら
ない。
(ア)内閣総理大臣等環境大臣に上記(24)ウの規定による送付を受けた
補正後の評価書の写しを送付し，又は上記(24)ウの規定による通知を受
けた旨を通知すること。（１号）
(イ)（略）（２号）
イ事業者は，前記(24)ウの規定による送付又は通知をしたときは，速やか
に，関係都道府県知事及び関係市町村長に評価書（前記(24)ア(イ)又はイ
の規定による評価書の補正をしたときは，当該補正後の評価書。後記(26)，
(28)及び(29)において同じ。），これを要約した書類（後記(26)において
「要約書」という。）及び前記(23)の書面を送付しなければならない。
(26)評価書の公告及び縦覧（２７条）
事業者は，前記(24)ウの規定による送付又は通知をしたときは，環境省令
で定めるところにより，評価書を作成した旨その他環境省令で定める事項を
公告し，関係地域内において，評価書，要約書及び前記(23)の書面を公告の
日から起算して１月間縦覧に供しなければならない。
(27)対象事業の実施の制限（３１条１項）
事業者は，上記(26)の規定による公告を行うまでは，対象事業（前記(20)
ア，(24)ア又は評価法２８条の規定による修正があった場合において当該修
正後の事業が対象事業に該当するときは，当該修正後の事業）を実施しては
ならない。
(28)免許等に係る環境の保全の配慮についての審査等（３３条）
ア対象事業に係る免許等を行う者は，当該免許等の審査に際し，評価書の
記載事項及び(23)の書面に基づいて，当該対象事業につき，環境の保全に
ついての適正な配慮がなされるものであるかどうかを審査しなければなら
ない。（１項）
イ上記アの場合においては，次の(ア)又は(イ)に掲げる当該免許等（後記ウ
に規定するものを除く。）の区分に応じ，当該(ア)又は(イ)に定めるとこ
ろによる。（２項）
(ア)一定の基準に該当している場合には免許等を行うものとする旨の法律
の規定であって政令で定めるものに係る免許等当該免許等を行う者は，
当該免許等に係る当該規定にかかわらず，当該規定に定める当該基準に
関する審査と前項の規定による環境の保全に関する審査の結果を併せて
判断するものとし，当該基準に該当している場合であっても，当該判断
に基づき，当該免許等を拒否する処分を行い，又は当該免許等に必要な
条件を付することができるものとする。（１号）
(イ)（略）（２号，３号）
ウ対象事業に係る免許等であって対象事業の実施において環境の保全につ
いての適正な配慮がされるものでなければ当該免許等を行わないものとする
旨の法律の規定があるものを行う者は，評価書の記載事項及び(23)の書面に
基づいて，当該法律の規定による環境の保全に関する審査を行うものとする。
（３項）
(29)事業者の環境の保全の配慮等（３８条）
事業者は，評価書に記載されているところにより，環境の保全についての適
正な配慮をして当該対象事業を実施するようにしなければならない。
４環境影響評価法施行令（平成１７年政令第３７５号による改正前のもの。以下
同じ。）
(1)免許等に係る法律の規定（３条）
評価法２条２項２号イ（前記３(2)イ(イ)ａ）の法律の規定であって政令で
定めるものは，後記(5)別表第一の第一欄に掲げる事業の種類（第二欄及び第
三欄に掲げる事業の種類の細分を含む。）ごとにそれぞれ同表の第四欄に掲
げるとおりとする。
(2)第二種事業の規模に係る数値の比（５条）
評価法２条３項（前記３(2)ウ）の政令で定める数値は，０．７５とする。
(3)第二種事業（６条本文）
評価法２条３項（前記３(2)ウ）の政令で定める事業は，後記(5)の表の第一
欄に掲げる事業の種類ごとにそれぞれ同表の第三欄に掲げる要件に該当する
一の事業とする。
(4)環境の保全の配慮についての審査等に係る法律の規定（１４条）
評価法３３条２項各号（前記３(28)イ(ア)又は(イ)）の法律の規定であって
政令で定めるものは，後記(6)に掲げるとおりとする。
(5)別表第一（１条，３条，６条関係）（抄）
事業の種類第一種事業の要件第二種事業の要件法律の規定
四評価法２条２
項１号ニに掲げる
事業の種類
イ飛行場及びそ
の施設の設置の事
業（長さが２５０
０ｍ以上である滑
走路を設けるもの
に限る。）
飛行場及びその施
設の設置の事業（
長さが１８７５ｍ
以上２５００ｍ未
満である滑走路を
設けるものに限る
ものとし，この項
のイの第二欄に掲
げる要件に該当す
るものを除く。）
事業主体が国以外
の者である場合に
つき，航空法３８
条１項
(6)別表第四（１４条関係）（抄）
一評価法３３条２項１号の法律の規定
であって政令で定めるもの
・・・（略）・・・航空法３９条１項
・・・（略）・・・
５飛行場及びその施設の設置又は変更の事業に係る環境影響評価の項目並びに当
該項目に係る調査，予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指
針，環境の保全のための措置に関する指針等を定める省令（平成１０年運輸省令
第３６号。平成１８年国土交通省令第２０号による改正前のもの。以下「本件主
務省令」という。）
(1)方法書の作成（２条）
ア環境影響評価法施行令別表第一の四の項のイ，ロ又はハの第二欄又は第三
欄に掲げる要件に該当する対象事業（以下「対象飛行場設置等事業」とい
う。）に係る事業者（以下単に「事業者」という。）は，対象飛行場設置
等事業に係る方法書に評価法５条１項２号（前記３(5)イ）に規定する対象
事業の内容を記載するに当たっては，次に掲げる事項を記載しなければな
らない。（１項）
(ア)対象飛行場設置等事業の種類（設置の事業又は変更の事業の別及び
変更の事業にあっては滑走路の新設を伴う事業又は滑走路の延長を伴う
事業の別。次の(3)ア(ア)ａにおいて同じ。）（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業が実施されるべき区域（以下「対象飛行場設
置等事業実施区域」という。）の位置（２号）
(ウ)対象飛行場設置等事業の規模（設置の事業又は滑走路の新設を伴う
変更の事業にあっては滑走路の長さ，滑走路の延長を伴う変更の事業に
あっては延長前及び延長後の滑走路の長さ。次の(3)ア(ア)ｃにおいて同
じ。）（３号）
(エ)対象飛行場設置等事業に係る飛行場の利用を予定する航空機の種類
（４号）
(オ)上記(ア)から(エ)までに掲げるもののほか，対象飛行場設置等事業
の内容に関する事項（既に決定されている内容に係るものに限る。）で
あって，その変更により環境影響が変化することとなるもの（５号）
イ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る方法書に評価法５条１項３号
（前記３(5)ウ）に掲げる事項を記載するに当たっては，入手可能な最新の
文献その他の資料により把握した結果（当該資料の出典を含む。）を次の
(3)ア(イ)に掲げる事項の区分に応じて記載しなければならない。（２項）
ウ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る方法書に上記ア(イ)に掲げる事
項及び上記イの規定により把握した結果を記載するに当たっては，その概
要を適切な縮尺の平面図上に明らかにしなければならない。（３項）
エ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る方法書に評価法５条１項４号
（前記３(5)エ）に掲げる事項を記載するに当たっては，当該環境影響評価
の項目並びに調査，予測及び評価の手法を選定した理由（次の(4)アに規定
する標準項目を選定しなかった場合にあっては，その理由を含む。）を明
らかにしなければならない。（４項）
(2)環境影響評価の項目等の選定に関する指針（４条）
対象飛行場設置等事業に係る評価法１１条３項（前記３(11)イ）の規定によ
る環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査，予測及び評価を合理的に
行うための手法を選定するための指針については，次の(3)から(10)までに定
めるところによる。
(3)事業特性及び地域特性の把握（５条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の項目並びに調査，
予測及び評価の手法を選定するに当たっては，当該選定を行うに必要と認
める範囲内で，当該選定に影響を及ぼす対象飛行場設置等事業の内容（以
下「事業特性」という。）並びに対象飛行場設置等事業実施区域及びその
周囲の自然的社会的状況（以下「地域特性」という。）に関し，次に掲げ
る情報を把握しなければならない。（１項）
(ア)事業特性に関する情報（１号）
ａ対象飛行場設置等事業の種類（イ）
ｂ対象飛行場設置等事業実施区域の位置（ロ）
ｃ対象飛行場設置等事業の規模（ハ）
ｄ対象飛行場設置等事業に係る区域の面積（ニ）
ｅ対象飛行場設置等事業に係る飛行場の利用を予定する航空機の種類
（ホ）
ｆ対象飛行場設置等事業の工事計画の概要（ヘ）
ｇその他の対象飛行場設置等事業に関する事項（ト）
(イ)地域特性に関する情報（２号）
ａ自然的状況（イ）
①気象，大気質，騒音，振動その他の大気に係る環境（次の(4)ウ
(ア)ａにおいて「大気環境」という。）の状況（環境基準の確保の
状況を含む。）（(1)）
②水象，水質，水底の底質その他の水に係る環境（次の(4)ウ(ア)ｂ
において「水環境」という。）の状況（環境基準の確保の状況を含
む。）（(2)）
③土壌及び地盤の状況（環境基準の確保の状況を含む。）（(3)）
④地形及び地質の状況（(4)）
⑤動植物の生息又は生育，植生及び生態系の状況（(5)）
⑥景観及び人と自然との触れ合いの活動の状況（(6)）
ｂ社会的状況（ロ）
①人口及び産業の状況（(1)）
②土地利用の状況（(2)）
③河川，湖沼及び海域の利用並びに地下水の利用の状況（(3)）
④交通の状況（(4)）
⑤学校，病院その他の環境の保全についての配慮が特に必要な施設
の配置の状況及び住宅の配置の概況（(5)）
⑥下水道の整備の状況（(6)）
⑦環境の保全を目的として法令等により指定された地域その他の対
象及び当該対象に係る規制の内容その他の状況（(7)）
⑧その他の事項（(8)）
イ事業者は，前記(3)ア(イ)に掲げる情報を入手可能な最新の文献その他の
資料により把握するものとする。この場合において，事業者は，当該資料
の出典を明らかにできるよう整理するとともに，必要に応じ，関係する地
方公共団体，専門家その他の当該情報に関する知見を有する者から聴取し，
又は現地の状況を確認するよう努めるものとする。（２項）
(4)環境影響評価の項目の選定（６条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の項目を選定するに
当たっては，本件主務省令別表第一に掲げる一般的な事業の内容によって
行われる対象飛行場設置等事業に伴う環境影響を及ぼすおそれがある要因
（以下「影響要因」という。）について同表においてその影響を受けるお
それがあるとされる環境要素に係る項目（以下「標準項目」という。）に
対して，必要に応じ，項目の削除又は追加を行うことにより選定しなけれ
ばならない。（１項）
イ事業者は，上記アの規定による選定に当たっては，対象飛行場設置等事
業に伴う影響要因が当該影響要因により影響を受けるおそれがある環境要
素に及ぼす影響の重大性について客観的かつ科学的に検討しなければなら
ない。この場合において，事業者は，事業特性に応じて，次に掲げる影響
要因を，物質の排出，土地の形状の変更，工作物の設置その他の環境影響
の態様を踏まえて適切に区分し，当該区分された影響要因ごとに検討する
ものとする。（２項）
(ア)対象飛行場設置等事業に係る工事の実施（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業に係る工事が完了した後の土地又は工作物の
存在及び当該土地又は工作物において行われることが予定される事業活
動その他の人の活動であって対象飛行場設置等事業の目的に含まれるも
の（２号）
ウ上記イの規定による検討は，次に掲げる環境要素を，法令等による規制
又は目標の有無及び環境に及ぼすおそれがある影響の重大性を考慮して適
切に区分し，当該区分された環境要素ごとに行うものとする。（３項）
(ア)環境の自然的構成要素の良好な状態の保持を旨として調査，予測及
び評価されるべき環境要素（次の(エ)に掲げるものを除く。）（１号）
ａ大気環境（イ）
①大気質（(1)）
②騒音（(2)）
③振動（(3)）
④悪臭（(4)）
⑤上記①から④までに掲げるもののほか，大気環境に係る環境要素
（(5)）
ｂ水環境（ロ）
①水質（地下水の水質を除く。）（(1)）
②水底の底質（(2)）
③地下水の水質及び水位（(3)）
④上記①から③までに掲げるもののほか，水環境に係る環境要素
（(4)）
ｃ土壌に係る環境その他の環境（上記ａ及びｂに掲げるものを除
く。）（ハ）
①地形及び地質（(1)）
②地盤（(2)）
③土壌（(3)）
④その他の環境要素（(4)）
(イ)生物の多様性の確保及び自然環境の体系的保全を旨として調査，予
測及び評価されるべき環境要素（次の(エ)に掲げるものを除く。）（２
号）
ａ動物（イ）
ｂ植物（ロ）
ｃ生態系（ハ）
(ウ)人と自然との豊かな触れ合いの確保を旨として調査，予測及び評価
されるべき環境要素（次の(エ)に掲げるものを除く。）（３号）
ａ景観（イ）
ｂ人と自然との触れ合いの活動の場（ロ）
(エ)環境への負荷の量の程度により予測及び評価されるべき環境要素
（４号）
ａ廃棄物等（廃棄物及び副産物をいう。次の(5)カにおいて同じ。）
（イ）
ｂ温室効果ガス等（排出又は使用が地球環境の保全上の支障の原因と
なるおそれがある物をいう。次の(5)カにおいて同じ。）（ロ）
エ上記アの規定による項目の削除は，次に掲げる項目について行うものとす
る。（４項）
(ア)標準項目に関する環境影響がないこと又は環境影響の程度が極めて
小さいことが明らかである場合における当該標準項目（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業実施区域又はその周囲に，標準項目に関する
環境影響を受ける地域その他の対象が相当期間存在しないことが明らか
である場合における当該標準項目（２号）
オ上記アの規定による項目の追加は，次に掲げる項目について行うものとす
る。（５項）
(ア)事業特性により，標準項目以外の項目（以下この項において「標準
外項目」という。）に関する環境影響が相当程度となるおそれがある場
合における当該標準外項目（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業実施区域又はその周囲に，次に掲げる地域そ
の他の対象が存在し，かつ，事業特性が次のａ，ｂ又はｃに規定する標
準外項目に関する環境要素に係る環境影響を及ぼすおそれがあるもので
ある場合における当該標準外項目（２号）
ａ標準外項目に関する環境要素に係る環境影響を受けやすい地域その
他の対象（イ）
ｂ標準外項目に関する環境要素に係る環境の保全を目的として法令等
により指定された地域その他の対象（ロ）
ｃ標準外項目に関する環境要素に係る環境が既に著しく悪化し，又は
著しく悪化するおそれがある地域（ハ）
カ事業者は，上記アの規定により項目の削除及び追加を行うに当たって
は，前記(3)の規定により把握した事業特性及び地域特性に関する情報を
踏まえ，必要に応じ専門家その他の環境影響に関する知見を有する者の
助言を受けて行わなければならない。（６項）
キ事業者は，環境影響評価の手法を選定し，又は環境影響評価を行う過
程において項目の選定に係る新たな事情が生じた場合にあっては，必要
に応じ上記アの規定により選定した項目（以下「選定項目」という。）
の見直しを行わなければならない。（７項）
ク事業者は，前記アの規定による項目の選定を行ったときは，選定の結
果を一覧できるよう整理するとともに，選定項目として選定した理由及
び同項の規定により項目の削除を行った場合にあってはその理由を明ら
かにできるよう整理しなければならない。（８項）
(5)調査，予測及び評価の手法（７条）
対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の調査，予測及び評価の手法は，
事業者が，次に掲げる事項を踏まえ，選定項目ごとに次の(6)から(10)までに
定めるところにより選定するものとする。
ア前記(4)ウ(ア)に掲げる環境要素に係る選定項目については，汚染物質の
濃度その他の指標により測られる環境要素の汚染又は環境要素の状況の変
化（当該環境要素に係る物質の量的な変化を含む。）の程度及び広がりに
関し，これらが人の健康，生活環境又は自然環境に及ぼす環境影響を把握
できること。（１号）
イ前記(4)ウ(イ)ａ及びｂに掲げる環境要素に係る選定項目については，陸
生及び水生の動植物に関し，生息種又は生育種及び植生の調査を通じて抽
出される学術上又は希少性の観点から重要な種の分布状況，生息状況又は
生育状況及び学術上又は希少性の観点から重要な群落の分布状況並びに動
物の集団繁殖地その他の注目すべき生息地の分布状況について調査し，こ
れらに対する環境影響の程度を把握できること。（２号）
ウ前記(4)ウ(イ)ｃに掲げる環境要素に係る選定項目については，地域を特
徴づける生態系に関し，上記イの調査結果その他の調査結果により概括的
に把握される生態系の特性に応じて，上位性（生態系の上位に位置する性
質をいう。），典型性（地域の生態系の特徴を典型的に現す性質をい
う。）及び特殊性（特殊な環境であることを示す指標となる性質をい
う。）の視点から注目される動植物の種又は生物群集を複数抽出し，これ
らの生態，他の動植物との関係又は生息環境若しくは生育環境を調査し，
これらに対する環境影響その他の生態系への環境影響の程度を適切に把握
できること。（３号）
エ前記(4)ウ(ウ)ａに掲げる環境要素に係る選定項目については，景観に関
し，眺望の状況及び景観資源の分布状況を調査し，これらに対する環境影
響の程度を把握できること。（４号）
オ前記(4)ウ(ウ)ｂに掲げる環境要素に係る選定項目については，人と自然
との触れ合いの活動に関し，野外レクリエーションを通じた人と自然との
触れ合いの活動及び日常的な人と自然との触れ合いの活動が一般的に行わ
れる施設又は場の状況を調査し，これらに対する環境影響の程度を把握で
きること。（５号）
カ前記(4)ウ(エ)に掲げる環境要素に係る選定項目については，廃棄物等及
び温室効果ガス等に関し，それらの発生量その他の環境への負荷の量の程
度を把握できること。（６号）
(6)標準手法（８条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の調査及び予測の手
法（標準項目に係るものに限る。）を選定するに当たっては，各標準項目
ごとに本件主務省令別表第二に掲げる標準的な調査及び予測の手法（以下
この項において「標準手法」という。）を基準として選定しなければなら
ない。この場合において，事業者は，次のイに定めるところにより必要に
応じ標準手法より簡略化された調査若しくは予測の手法（次のイにおいて
「簡略化手法」という。）を選定し，又は次のウに定めるところにより必
要に応じ標準手法より詳細な調査若しくは予測の手法（次のウにおいて
「重点化手法」という。）を選定するものとする。（１項）
イ簡略化手法は，次の(ア)から(エ)までのいずれかに該当すると認められ
る場合に選定するものとする。（２項）
(ア)当該標準項目に関する環境影響の程度が小さいことが明らかである
こと。（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業実施区域又はその周囲に，当該標準項目に関
する環境影響を受ける地域その他の対象が相当期間存在しないことが想
定されること。（２号）
(ウ)類似の事例により当該標準項目に関する環境影響の程度が明らかで
あること。（３号）
(エ)当該標準項目に係る予測及び評価において必要とされる情報が，標
準的な調査の手法より簡易な方法で収集できることが明らかであること。
（４号）
ウ重点化手法は，次の各号のいずれかに該当すると認められる場合に選定
するものとする。（３項）
(ア)事業特性により，当該標準項目に関する環境影響の程度が著しいも
のとなるおそれがあること。（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業実施区域又はその周囲に，次に掲げる地域そ
の他の対象が存在し，かつ，事業特性が次のａ，ｂ又はｃに規定する標
準項目に関する環境要素に係る相当程度の環境影響を及ぼすおそれがあ
るものであること。（２号）
ａ当該標準項目に関する環境要素に係る環境影響を受けやすい地域そ
の他の対象
ｂ当該標準項目に関する環境要素に係る環境の保全を目的として法令
等により指定された地域その他の対象
ｃ当該標準項目に関する環境要素に係る環境が既に著しく悪化し，又
は著しく悪化するおそれがある地域
(7)調査の手法（９条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の調査の手法を選定
するに当たっては，前記(6)に定めるところによるほか，次の(ア)から(オ)
までに掲げる調査の手法に関する事項について，それぞれ当該(ア)，(イ)，
(ウ)，(エ)又は(オ)に定めるものを，選定項目について適切に予測及び評
価を行うために必要な範囲内で，当該選定項目の特性，事業特性及び地域
特性を勘案し，当該選定項目に係る予測及び評価において必要とされる水
準が確保されるよう選定しなければならない。（１項）
(ア)調査すべき情報選定項目に係る環境要素の現状に関する情報又は
気象，水象その他の自然的状況若しくは人口，産業，土地利用，水域利
用その他の社会的状況に関する情報（１号）
(イ)調査の基本的な手法国又は関係する地方公共団体が有する文献そ
の他の資料の入手，専門家からの科学的知見の聴取，現地調査その他の
方法により調査すべき情報を収集し，その結果を整理し，及び解析する
手法（２号）
(ウ)調査の対象とする地域（以下「調査地域」という。）対象飛行場
設置等事業の実施により選定項目に関する環境要素に係る環境影響を受
けるおそれがある地域又は土地の形状が変更される区域及びその周辺の
区域その他の調査に適切な範囲であると認められる地域（３号）
(エ)調査に当たり一定の地点に関する情報を重点的に収集することとす
る場合における当該地点調査すべき情報の内容及び特に環境影響を受
けるおそれがある対象の状況を踏まえ，地域を代表する地点その他の調
査に適切かつ効果的であると認められる地点（４号）
(オ)調査に係る期間，時期又は時間帯調査すべき情報の内容を踏まえ，
調査に適切かつ効果的であると認められる期間，時期又は時間帯（５
号）
イ上記ア(イ)に規定する調査の基本的な手法のうち，情報の収集，整理又
は解析について法令等により定められた手法がある環境要素に係る選定項
目に係るものについては，当該法令等により定められた手法を踏まえ，適
切な調査の手法を選定するものとする。（２項）
ウ上記ア(オ)に規定する調査に係る期間のうち，季節による変動を把握す
る必要がある調査の対象に係るものについては，これを適切に把握できる
よう調査に係る期間を選定するものとする。（３項）
エ事業者は，上記アの規定により調査の手法を選定するに当たっては，調
査の実施に伴う環境への影響を回避し，又は低減するため，できる限り環
境への影響が小さい手法を選定するよう留意しなければならない。（４
項）
オ事業者は，上記アの規定により調査の手法を選定するに当たっては，調
査により得られる情報が記載されていた文献名，当該情報を得るために行
われた調査の前提条件，調査地域の設定の根拠，調査の日時その他の当該
情報の出自及びその妥当性を明らかにできるようにしなければならない。
この場合において，希少な動植物の生息又は生育に関する情報については，
必要に応じ，公開に当たって種及び場所を特定できないようにすることそ
の他の希少な動植物の保護のために必要な配慮を行うものとする。（５
項）
カ事業者は，上記アの規定により調査の手法を選定するに当たっては，長
期間の観測結果が存在しており，かつ，現地調査を行う場合にあっては，
当該観測結果と現地調査により得られた結果とを比較できるようにしなけ
ればならない。（６項）
(8)予測の手法（１０条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の予測の手法を選定
するに当たっては，上記(6)に定めるところによるほか，次の(ア)から(エ)
までに掲げる予測の手法に関する事項について，それぞれ当該(ア)，(イ)，
(ウ)又は(エ)に定めるものを，当該選定項目の特性，事業特性及び地域特
性を勘案し，当該選定項目に係る評価において必要とされる水準が確保さ
れるよう選定しなければならない。（１項）
(ア)予測の基本的な手法環境の状況の変化又は環境への負荷の量を，
理論に基づく計算，模型による実験，事例の引用又は解析その他の手法
により，定量的に把握する手法（１号）
(イ)予測の対象とする地域（次のエにおいて「予測地域」という。）
調査地域のうちから適切に選定された地域（２号）
(ウ)予測に当たり一定の地点に関する環境の状況の変化を重点的に把握
することとする場合における当該地点選定項目の特性に応じて保全す
べき対象の状況を踏まえ，地域を代表する地点，特に環境影響を受ける
おそれがある地点，保全すべき対象への環境影響を的確に把握できる地
点その他の予測に適切かつ効果的な地点（３号）
(エ)予測の対象とする時期，期間又は時間帯供用開始後定常状態にな
る時期，工事の実施による環境影響が最大になる時期その他の予測に適
切かつ効果的な時期，期間又は時間帯（４号）
イ上記ア(ア)に規定する予測の基本的な手法については，定量的な把握が
困難な場合にあっては，定性的に把握する手法を選定するものとする。
（２項）
ウ上記ア(エ)に規定する予測の対象とする時期については，供用開始後定
常状態に至るまでに長期間を要する場合又は予測の前提条件が予測の対象
となる期間内で大きく変化する場合にあっては，必要に応じ上記ア(エ)に
規定する時期での予測に加え中間的な時期での予測を行うものとする。
（３項）
エ事業者は，上記アの規定により予測の手法を選定するに当たっては，予
測の基本的な手法の特徴及びその適用範囲，予測地域の設定の根拠，予測
の前提となる条件，予測で用いた原単位及び係数その他の予測に関する事
項について，選定項目の特性，事業特性及び地域特性に照らし，それぞれ
その内容及び妥当性を明らかにできるようにしなければならない。（４
項）
オ事業者は，上記アの規定により予測の手法を選定するに当たっては，対
象飛行場設置等事業以外の事業活動その他の地域の環境を変化させる要因
によりもたらされる当該地域の将来の環境の状況（将来の環境の状況の推
定が困難な場合及び現在の環境の状況を勘案することがより適切な場合に
あっては，現在の環境の状況）を勘案して予測が行われるようにしなけれ
ばならない。この場合において，将来の環境の状況は，関係する地方公共
団体が有する情報を収集して推定するとともに，将来の環境の状況の推定
に当たって，国又は関係する地方公共団体が実施する環境の保全に関する
施策の効果を見込むときは，当該施策の内容を明らかにできるよう整理す
るものとする。（５項）
カ事業者は，上記アの規定により予測の手法を選定するに当たっては，対
象飛行場設置等事業において新規の手法を用いる場合その他の環境影響の
予測に関する知見が十分に蓄積されていない場合において，予測の不確実
性の程度及び不確実性に係る環境影響の程度を勘案して必要と認めるとき
は，当該不確実性の内容を明らかにできるようにしなければならない。
（６項）
(9)評価の手法（１１条）
事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の評価の手法を選定す
るに当たっては，次に掲げる事項に留意しなければならない。
ア調査及び予測の結果並びに次の(12)アの規定による検討を行った場合に
おいてはその結果を踏まえ，対象飛行場設置等事業の実施により当該選定
項目に係る環境要素に及ぶおそれがある影響が，事業者により実行可能な
範囲内でできる限り回避され，又は低減されており，必要に応じその他の
方法により環境の保全についての配慮が適正になされているかどうかを評
価する手法であること。（１号）
イ国又は関係する地方公共団体が実施する環境の保全に関する施策によっ
て，選定項目に係る環境要素に関して基準又は目標が示されている場合に
は，当該基準又は目標と調査及び予測の結果との間に整合が図られている
かどうかを評価する手法であること。（２号）
ウ事業者以外の者が行う環境の保全のための措置の効果を見込む場合には，
当該措置の内容を明らかにできるようにすること。（３号）
(10)手法選定に当たっての留意事項（１２条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の調査，予測及び評
価の手法（以下この条において「手法」という。）を選定するに当たって
は，前記(3)の規定により把握した事業特性及び地域特性に関する情報を踏
まえ，必要に応じ専門家その他の環境影響に関する知見を有する者の助言
を受けて選定しなければならない。（１項）
イ事業者は，環境影響評価を行う過程において手法の選定に係る新たな事
情が生じたときは，必要に応じ手法の見直しを行わなければならない。
（２項）
ウ事業者は，手法の選定を行ったときは，選定された手法及び選定の理由
を明らかにできるよう整理しなければならない。（３項）
(11)環境保全措置に関する指針（１３条）
対象飛行場設置等事業に係る評価法１２条２項（前記３(12)イ）に規定する
環境の保全のための措置に関する指針については，次の(12)から(15)までに
定めるところによる。
(12)環境保全措置の検討（１４条）
ア事業者は，環境影響がないと判断される場合及び環境影響の程度が極めて
小さいと判断される場合以外の場合にあっては，事業者により実行可能な
範囲内で選定項目に係る環境影響をできる限り回避し，又は低減すること，
必要に応じ損なわれる環境の有する価値を代償すること及び当該環境影響
に係る環境要素に関して国又は関係する地方公共団体が実施する環境の保
全に関する施策によって示されている基準又は目標の達成に努めることを
目的として環境の保全のための措置（以下「環境保全措置」という。）を
検討しなければならない。（１項）
イ事業者は，前項の規定による検討に当たっては，環境影響を回避し，又
は低減させる措置を検討し，その結果を踏まえ，必要に応じ，損なわれる
環境の有する価値を代償するための措置（次の(14)エ及びオにおいて「代
償措置」という。）を検討しなければならない。（２項）
(13)検討結果の検証（１５条）
事業者は，上記(12)アの規定による検討を行ったときは，環境保全措置につ
いての複数の案の比較検討，実行可能なより良い技術が取り入れられている
かどうかの検討その他の適切な検討を通じて，事業者により実行可能な範囲
内で対象飛行場設置等事業に係る環境影響ができる限り回避され，又は低減
されているかどうかを検証しなければならない。
(14)検討結果の整理（１６条）
事業者は，前記(12)アの規定による検討を行ったときは，次に掲げる事項を
明らかにできるよう整理しなければならない。
ア環境保全措置の実施主体，方法その他の環境保全措置の実施の内容（１
号）
イ環境保全措置の効果及び当該環境保全措置を講じた後の環境の状況の変
化並びに必要に応じ当該環境保全措置の効果の不確実性の程度（２号）
ウ環境保全措置の実施に伴い生ずるおそれがある環境への影響（３号）
エ代償措置にあっては，環境影響を回避し，又は低減させることが困難で
ある理由（４号）
オ代償措置にあっては，損なわれる環境及び環境保全措置により創出され
る環境に関し，それぞれの位置並びに損なわれ又は創出される当該環境に
係る環境要素の種類及び内容（５号）
(15)事後調査（１７条）
ア事業者は，予測の不確実性の程度が大きい選定項目について環境保全措置
を講ずることとする場合又は効果に係る知見が不十分な環境保全措置を講
ずることとする場合において，環境影響の程度が著しいものとなるおそれ
があるときは，対象飛行場設置等事業に係る工事の実施中及び土地又は工
作物の供用開始後において環境の状況を把握するための調査（以下この条
において「事後調査」という。）を行わなければならない。（１項）
イ事業者は，事後調査の項目及び手法の選定に当たっては，次に掲げる事
項に留意しなければならない。（２項）
(ア)事後調査の必要性，事業特性及び地域特性に応じ適切な項目を選定
すること。（１号）
(イ)事後調査を行う項目の特性，事業特性及び地域特性に応じ適切な手
法を選定するとともに，事後調査の結果と環境影響評価の結果との比較
検討が可能となるようにすること。（２号）
(ウ)事後調査の実施に伴う環境への影響を回避し，又は低減するため，
できる限り環境への影響が小さい手法を選定すること。（３号）
ウ事業者は，事後調査の項目及び手法の選定に当たっては，次に掲げる事
項をできる限り明らかにするよう努めなければならない。（３項）
(ア)事後調査を行うこととした理由（１号）
(イ)事後調査の項目及び手法（２号）
(ウ)事後調査の結果により環境影響の程度が著しいことが明らかとなっ
た場合の対応の方針（３号）
(エ)事後調査の結果の公表の方法（４号）
(オ)関係する地方公共団体その他の事業者以外の者（以下この号におい
て「関係地方公共団体等」という。）が把握する環境の状況に関する情
報を活用しようとする場合における当該関係地方公共団体等との協力又
は当該関係地方公共団体等への要請の方法及び内容（５号）
(カ)事業者以外の者が事後調査の実施主体となる場合にあっては，当該
実施主体の氏名（法人にあっては，その名称）並びに当該実施主体との
協力又は当該実施主体への要請の方法及び内容（６号）
(キ)上記(ア)から(カ)までに掲げるもののほか，事後調査の実施に関し
必要な事項（７号）
(16)準備書の作成（１８条）
ア事業者は，評価法１４条１項（前記３(13)）の規定により対象飛行場設置
等事業に係る準備書に評価法５条１項２号（前記３(5)イ）に規定する対象
事業の内容を記載するに当たっては，次に掲げる事項を記載しなければな
らない。
(ア)前記(1)ア(ア)から(ウ)までに掲げる事項（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業の工事計画の概要（２号）
(ウ)対象飛行場設置等事業に係る飛行場及びその施設の区域の位置（３
号）
(エ)対象飛行場設置等事業に係る飛行場の利用を予定する航空機の種類
及び数（４号）
(オ)上記(ア)から(エ)までに掲げるもののほか，対象飛行場設置等事業
の内容に関する事項（既に決定されている内容に係るものに限る。）で
あって，その変更により環境影響が変化することとなるもの（５号）
イ前記(1)イからエまでの規定は，評価法１４条の規定により事業者が対象
飛行場設置等事業に係る準備書を作成する場合について準用する。この場
合において，前記(1)イ中「その他の資料」とあるのは，「その他の資料及
び次の(3)イの規定による聴取又は確認」と，前記(1)ウ中「上記イ」とあ
るのは「次の(16)イにおいて準用する上記イ並びに次の(16)ア(イ)」と，
前記(1)エ中「５条１項４号（前記３(5)エ）」とあるのは「１４条１項５
号（前記３(13)オ）」と読み替えるものとする。（２項）
ウ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る準備書に評価法１４条１項７号
イ（前記３(13)キ(ア)）に掲げる事項を記載するに当たっては，前記(7)オ
並びに(8)エ及びカにおいて明らかにできるようにしなければならないとさ
れた事項，前記(7)カにおいて比較できるようにしなければならないとされ
た事項，前記(8)オにおいて明らかにできるように整理するものとされた事
項並びに前記(9)ウにおいて明らかにできるようにすることに留意しなけれ
ばならないとされた事項の概要を併せて記載しなければならない。（３
項）
エ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る準備書に評価法１４条１項７号
ロ（前記３(13)キ(イ)）に掲げる事項を記載するに当たっては，前記(12)
の規定による検討の状況，前記(13)の規定による検証の結果及び前記(14)
アからオまでに掲げる事項を記載しなければならない。（４項）
オ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る準備書に評価法１４条１項７号
ハ（前記３(13)キ(ウ)）に掲げる事項を記載するに当たっては，前記(15)
ウの規定により明らかにされた事項を記載しなければならない。（５項）
カ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る準備書に評価法１４条１項７号
ニ（前記３(13)キ(エ)）に掲げる事項を記載するに当たっては，前記３
(13)キ(ア)から(ウ)までに掲げる事項の概要を一覧できるようとりまとめ
て記載しなければならない。
(17)評価書の作成（１９条）
ア上記(16)の規定は，評価法２１条２項（前記３(20)イ）の規定により事業
者が対象飛行場設置等事業に係る評価書を作成する場合について準用する。
（１項）
イ事業者は，評価２１条２項の規定により対象飛行場設置等事業に係る評
価書を作成するに当たっては，対象飛行場設置等事業に係る準備書に記載
した事項との相違を明らかにしなければならない。（２項）
(18)評価書の補正（２０条）
事業者は，評価法２５条２項（前記３(24)イ）の規定により対象飛行場設置
等事業に係る評価書の補正をするに当たっては，補正前の対象飛行場設置等
事業に係る評価書に記載した事項との相違を明らかにしなければならない。
（別紙）
本件許可処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
第１航空法所定の手続的要件の充足について
前提事実のとおり，本件許可処分は，飛行場設置許可申請書の提出，航空
法３８条３項の告示等，同法３９条２項の公聴会の開催，同法４０条の告示
等の手続を経て行われたもので，航空法の定める手続的要件を充足している。
第２航空法所定の実体的要件の充足について
処分行政庁は，次に述べるとおり，本件申請が航空法３９条１項各号の要
件を充足すると判断した。
１航空法３９条１項１号の要件（以下「１号要件」という。）の適合性
処分行政庁は，本件申請の内容が航空法施行規則７９条１項各号に定め
る基準（なお，同規則に数値基準の定めがない場合は，空港土木施設設計
基準（乙８）に従うこととした。）に適合しており，１号要件を充足する
と判断した。同項各号が定める基準（以下，同項各号が定める基準につい
て，それぞれ「１号基準」，「２号基準」のように当該基準の号番号に対
応させて略称する。）のうち，陸上飛行場に係る要件は，１号ないし５号，
５号の２，９号である。
(1)１号基準について
ア１号基準の内容
航空法施行規則７９条１項１号は，「飛行場の周辺にある建造物，植
物その他の物件であって，国土交通大臣が航空機の離陸又は着陸に支障
があると認めるものがないこと。ただし，当該飛行場の工事完成の予定
期日までに，当該物件を確実に除去できると認められる場合は，この限
りではない。」と規定する。ここに「航空機の離陸又は着陸に支障があ
る」とは，航空法４９条において禁止されている制限表面を突出した物
件が存在し，航空機の離陸又は着陸に支障を生じさせる状態をいい，こ
れに抵触した場合は，飛行場の工事完成の予定期日までに当該物件を除
去できるという見込みが存在するか否か等を検討することになる。
制限表面とは，進入表面，転移表面及び水平表面を総称したものであ
る。このうち，進入表面とは，航空機（垂直に離着陸することができる
特殊なものを除く。）が，飛行場から離陸し，又は飛行場に着陸するた
めには，ある角度をもって，飛行場からの上昇又は飛行場への進入をす
ることを要するものであり，飛行場からの上昇又は飛行場への進入のた
め必要な障害物件のない空間が必要であることから設けられた勾配を有
する想像上の平面であり，着陸帯（航空法２条５項）の短辺に接続し，
かつ，水平面に対し上方へ５０分の１以上で国土交通省令で定める勾配
を有する平面であって，その投影面が進入区域（同条６項）と一致する
ものをいう（同条７項）。また，転移表面とは，航空機の離着陸，特に
着陸に際し，滑走路の中心線から逸脱した進入又は進入復行がなされる
場合に，航空機の運航の安全を図るために設けられたものであり，進入
表面の斜辺及び着陸帯の長辺を含む平面であって上方及び外方に傾斜す
る特定の平面であり，その範囲は，航空法２条９項で定められている。
さらに，水平表面とは，航空機が飛行場への離着陸に際し，飛行場及び
その周辺の上空を低空で旋回飛行しなければならない場合があることか
ら，この場合の航空機の安全を図るためのものであり，飛行場の標点の
垂直上方４５ｍの点を含む水平面のうち，この点を中心として４０００
ｍ以下で国土交通省令で定める長さの半径で描いた円周で囲まれた部分
をいう（航空法２条８項）。
イ１号基準に適合していること
(ア)本件空港は，滑走路の長さを２０００ｍとする陸上飛行場である
ことから，「着陸帯の等級」はＣであるところ（航空法施行規則７５
条２項），この場合における進入表面については４０分の１の勾配
（同規則２条２号），水平表面の半径については３０００ｍとなる
（同規則３条１号）。
(イ)本件申請書（添付書類を含む。以下同じ。）によれば，本件空港
の制限表面の上に出る物件又はこれに著しく近接した物件として，ア
ンテナ，電柱，樹木，地形等が存在することが認められる。
これらの物件のうち，水平表面を超過する１４物件については，障
害灯の設置による対応が予定されており，これによって航空機の離陸
又は着陸に対する支障はないと認められた。
また，進入表面を超過する２７物件及び転移表面を超過する２１物
件については，飛行場の工事完成の予定期日までに除去するとされて
いた。このうち，電柱等については，その設置者である県において確
実に除去し得ると認められた。さらに，樹木及び地形で除去が必要と
されている部分についても，設置者において任意で土地等を取得した
上，伐採又は切土をすることが可能であることに加え，本件許可処分
の告示後，設置者は，航空法４９条３項に基づき，制限表面の上に出
る物件の除去をその所有者に対し求めることができること，本件空港
の設置事業が土地収用法の収用適格事業であり（土地収用法２条，３
条１２号），法的には土地収用法７条の適用も可能であること等から，
地形についても，本件空港の工事完成の予定期日までに，確実に除去
できると判断した。
以上の点を踏まえ総合的に判断し，処分行政庁は，本件申請は１号
基準に適合するものと認めたものであり，その判断に不合理な点がな
いことは明らかである。
(2)２号基準について
ア２号基準の内容
航空法施行規則７９条１項２号は，「滞空旋回圏（飛行場に着陸せん
とする航空機の滞空旋回のために安全最小限と認められる飛行場上空の
所定の空域をいう。・・・）が，既存の飛行場に設定された滞空旋回圏
と重ならないこと。」と規定する。
処分行政庁は，航空機が着陸態勢に入ろうとする段階及び着陸態勢に
入ってから着陸するまでの段階にあっては，その飛行態様は不安定な状
態にあり，他の航空機との交錯はできる限り避ける必要があるため，他
の飛行場との滞空旋回圏が重ならないか否かを専門的技術的観点から判
断することとしている。
イ２号基準に適合していること
本件空港の供用を開始した場合，現空港は廃港となるため，従来の滞
空旋回圏は消滅することとなる。また，石垣市内には現空港以外の空港
は存しないため，本件空港の滞空旋回圏は，既存の飛行場に設定された
滞空旋回圏と重ならないということができる。そこで，処分行政庁は，
本件空港に着陸する航空機の安全は確保されると判断し，本件申請は２
号基準に適合するものと認めたものであり，その判断に不合理な点がな
いことは明らかである。
(3)３号基準について
ア３号基準の内容
航空法施行規則７９条１項３号は，「陸上飛行場にあっては，特別の
理由があると認められる場合を除き，着陸帯の等級別に，左の表に掲げ
る規格に適合した滑走路，着陸帯及び誘導路を有するものであるこ
と。」と規定する。
イ３号基準に適合していること
(ア)本件空港は，前記のとおり，着陸帯の等級をＣとするものである
（航空法施行規則７５条２項）。
そこで，本件空港の滑走路，着陸帯及び誘導路の規格については，
航空法施行規則７９条１項３号に掲げる表の着陸帯の等級「Ｃ」欄の
規格を有するものであることが必要である。
(イ)滑走路
滑走路については，幅につき４５ｍ以上であること，最大縦断こう
配につき，①滑走路の末端から滑走路の長さの４分の１以下の距離
にある部分では０．８％を超えないこと，②①以外の部分では１％
を超えないこと，③最大横断こう配につき１．５％を超えないこと
となる規格を有する必要がある。
これを本件申請についてみると，本件申請書によれば，滑走路の幅
については４５ｍとされていることが認められた。また，滑走路の縦
断こう配については，滑走路末端から滑走路の長さの４分の１の距離
では最大でも０．７％，これ以外の部分では最大でも０．８％とされ
ており，基準値を超えていないことが認められた。さらに，滑走路の
横断こう配については，最大でも１．３％とされており，基準値を超
えていないことが認められた。
(ウ)着陸帯
次に，着陸帯については，その長さにつき「滑走路の長辺を両短辺
の側にそれぞれ６０ｍに延長して得たもの」（滑走路長に１２０ｍを
加えた長さ），滑走路の縦方向の中心線から着陸帯の長辺までの距離
につき，計器用（精密進入を行う着陸帯）として１５０ｍ以上である
こと，非計器用（精密進入を行わない着陸帯）として７５ｍ以上であ
ること，非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分（滑走路
の長さが１２８０ｍ以上の着陸帯については，滑走路の中心線から７
５ｍ以内の範囲）の最大縦断こう配につき，１．７５％を超えないこ
と，最大横断こう配につき，①非計器用の着陸帯として必要な最小
の区域内の部分では２．５％を超えないこと，②①以外の部分では
５％を超えないことという規格を有する必要がある。
これを本件申請についてみると，本件申請書によれば，着陸帯の長
さについては，長さ２０００ｍの滑走路の両端（過走帯）に６０ｍず
つを加えた２１２０ｍとされていることが認められた。また，滑走路
の縦方向の中心線から着陸帯の長辺までの距離については，１５０ｍ
とされており（着陸帯の幅員は３００ｍとされている。），精密進入
を行う着陸帯として必要な着陸帯の幅があると認められた。さらに，
非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分の最大縦断こう配
については，１．５％とされており，基準値である１．７５％を超え
ていないことが認められた。加えて，着陸帯の横断こう配については，
最大でも２．４４％とされており，非計器用の着陸帯として必要な最
小の区域内の部分もそれ以外の部分のいずれの部分についても，基準
値を超えていないことが認められた。
(エ)誘導路
さらに，誘導路については，その幅につき２３ｍ以上であること，
最大縦断こう配につき１．５％を超えないこと，最大横断こう配につ
き１．５％を超えないこととなる規格を有する必要がある。
本件申請書によれば，誘導路の幅については，２３ないし３０ｍと
されていることが認められた。また，誘導路の縦断こう配については，
最大でも１．３％とされており，基準値を超えていないことが認めら
れた。さらに，誘導路の横断こう配については，最大でも１．３％と
されており，基準値を超えていないことが認められた。
(オ)誘導路縁と固定障害物との間隔
加えて，誘導路縁と固定障害物との間隔については，３０ｍ以上と
なる規格を有する必要がある。
これを本件申請についてみると，本件申請書によれば，最も狭いと
ころでも，３３．２５ｍの間隔が確保されていることが認められた。
また，処分行政庁は，事業者である県に対し，将来においても，誘導
路縁から３０ｍ未満の箇所には固定障害物を設置しない旨の確約を得
た。
(カ)小括
このように，本件空港の滑走路，着陸帯及び誘導路は，いずれも航
空法施行規則７９条１項３号に掲げる表の規格に適合することが認め
られたことから，処分行政庁は，本件申請は３号基準に適合するもの
と判断したものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかで
ある。
(4)４号基準について
ア４号基準の内容
航空法施行規則７９条１項４号は，「陸上飛行場・・・にあっては，
滑走路，誘導路及びエプロンがこれらを使用することが予想される航空
機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものである
こと。」と規定する。
この点について，処分行政庁は，空港土木施設設計基準（乙８の３．
７．３「設計荷重および設計反復作用回数の決定」）に従い判断するこ
ととした。すなわち，基本施設及びそれに附帯する施設の舗装の設計荷
重は，設計の対象となる舗装上の設計年数（通常１０年を標準とす
る。）にわたる推定交通に基づき，就航対象機材ごとにその区分を決定
し，就航対象機材の中で最も厚い舗装を必要とする設計荷重区分を選択
することとした。
イ４号基準に適合していること
本件申請書によれば，本件空港の利用を予定する航空機の種類及び形
式については，ボーイング７６７型旅客機等とされ，滑走路の強度につ
いては，単車輪荷重３１．５ｔ，舗装体の設計強度ＬＡ－１２とされて
いること，滑走路及び誘導路についてはアスファルトコンクリート舗装
され，エプロンについてはセメントコンクリート舗装されることが認め
られた。
上記のＬＡ－１２という設計荷重は，本件空港で就航予定の航空機の
うち最も厚い舗装を要するボーイング７６７型機に対応するものである。
したがって，処分行政庁は，本件空港で計画されている滑走路等は，こ
れを使用する航空機の予想される運航回数に十分耐えるだけの強度を有
するものであると認め，本件申請は４号基準に適合するものと判断した
ものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(5)５号基準について
ア５号基準の内容
航空法施行規則７９条１項５号は，「陸上飛行場・・・にあっては，
滑走路及び誘導路が，これらの上を航行する航空機の航行の安全のため，
相互の間の十分な距離並びに接続点における適当な角度及び形状を有す
るものであること。」と規定する。
この点につき，処分行政庁は，空港土木施設設計基準に従い判断する
こととした。同基準（乙８の３．５．５「誘導路と滑走路およびその他
の誘導路等との間隔」）によれば，滑走路と平行誘導路との中心線間隔
は１８４ｍ以上にしなければならないとされている。また，取付誘導路
は滑走路に対して直角に取付けられ，平行誘導路は滑走路と平行に滑走
路の全長にわたって設置されることとされている（乙８の３．５．１）。
イ５号基準に適合していること
本件申請書によれば，本件空港の滑走路と平行誘導路との中心線間の
間隔は１８４ｍとされており，相互間には十分な距離が確保されている
こと，滑走路と誘導路の接続点においても適当な角度（直角）及び形状
を有することが認められた。
したがって，処分行政庁は，本件申請は５号基準に適合するものと判
断したものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(6)５号の２基準の審査
ア５号の２基準の内容
航空法施行規則７９条１項５号の２は，「陸上飛行場・・・にあって
は，滑走路及び誘導路の両側並びにエプロンの縁に適当な幅，強度及び
表面を有するショルダーを設けること。」と規定する。
この点につき，処分行政庁は，温暖地域における滑走路長１５００ｍ
以上２１５０ｍ未満の滑走路を有する飛行場については，滑走路及び過
走帯のショルダーの幅は７．５ｍ（空港土木施設設計基準３．２．７），
誘導路及びエプロンのショルダーの幅は５．０ｍ（空港土木施設設計基
準３．５．２及び３．６．４(4)）を標準とすることとした。
イ５号の２基準に適合していること
本件申請書によれば，本件空港の滑走路及び過走帯の縁には幅７．５
ｍのアスファルト舗装したショルダーが設けられること，誘導路の両側
及びエプロンの縁には幅５．０ｍのアスファルト舗装したショルダーが
設けられることが認められたことから，処分行政庁は，本件空港の滑走
路及び誘導路の両側並びにエプロンの縁に適当な幅，強度及び表面を有
するショルダーが設けられるものと認めた。
したがって，処分行政庁は，本件申請は５号の２基準に適合するもの
と判断したものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかであ
る。
(7)９号基準の審査
ア９号基準の内容
航空法施行規則７９条１項９号は，「次の表の区分により，飛行場標
識施設（・・・）を有するものであること。ただし，舗装されていない
滑走路又は誘導路で滑走路標識又は誘導路標識を設けることが困難なも
のについては省略してもよい。」と規定する。
この点，処分行政庁は，空港土木施設設計基準（乙８の３．８．２～
５）に従い判断することとした。
イ９号基準に適合していること
本件申請書によれば，本件空港には飛行場名標識，滑走路標識（指示
標識，滑走路中心線標識，滑走路末端標識，滑走路中央標識，接地点標
識，接地帯標識，滑走路標識），過走帯標識，誘導路標識（誘導路中心
標識，停止位置標識，誘導路縁標識）が，それぞれ空港土木施設設計基
準の規格で適切な位置に設けられることとなっていること，また，風向
指示器も適切な位置に設置されることが認められた。
したがって，処分行政庁は，本件申請は９号基準に適合するものと判
断したものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(8)小括
以上のとおり，本件申請は，航空法施行規則７９条１項各号が定める基
準のうち，陸上飛行場に係る同項１号ないし５号，５号の２及び９号の各
基準にいずれも適合するものであることが認められたことから，処分行政
庁は，本件申請が１号要件に適合するものと判断したものであり，その判
断に違法な点がないことは明らかである。
２航空法３９条１項２号の要件（以下「２号要件」という。）の適合性
(1)２号要件の内容
航空法３９条１項２号は，申請に係る飛行場の設置によって，他人の利
益を著しく害することとならないものであることを要件としている。
この要件は，飛行場周辺地域住民の利益を一般的公益として配慮するほ
か，主として，航空法４９条により制限表面による私権制限の対象となる
私人の財産権に対し配慮すべきことを定めた規定である。そして，当該飛
行場の設置が私人の財産権等に対する著しい侵害となっていないかを審査
する目的で，同条２項において公聴会の開催が義務付けられているものと
解されることから，処分行政庁は，公聴会における公述内容等を踏まえて
総合勘案した上で，飛行場の設置によって他人の利益を著しく害すること
とならないかどうかを判断することとしている。
(2)２号要件に適合していること
本件申請書によれば，飛行場敷地部分の多くは山林や畑であることが認
められる上，その大部分の所有者からは，その土地を本件空港の設置者に
売り渡す旨の同意が得られていること，制限表面による制約が及ぶ区域内
には人口・建物が密集する市街地はなく，集落地域の建物もおおむね低層
建築物であることが認められた。
また，平成１７年１１月１０日に石垣市で開催した公聴会においても，
制限表面の設定によって建築物の高さが制限されることについて特段異論
を述べる者はなく，飛行場の建設による自らの具体的な私法上の利益侵害
を訴える趣旨の発言も一切なかった。
以上の点などを踏まえ，処分行政庁は，本件空港の設置によって，他人
の利益を著しく害することとならないと判断し，本件申請が２号要件に適
合するものと認めたものであり，その判断に裁量権の逸脱・濫用がないこ
とは明らかである。
３航空法３９条１項３号の要件（以下「３号要件」という。）の適合性
(1)３号要件の内容
航空法３９条１項３号は，申請に係る飛行場の管理の計画が同法４７条
１項の保安上の基準に合致するものであることを要件としている。
上記管理計画に関する保安上の基準については，航空法４７条１項の委
任を受けた航空法施行規則９２条１号ないし１５号において，施設の維持，
点検，清掃，禁止行為の掲示，標識灯の設置，消火設備，救難設備，気象
観測設備，飛行場手引書等に関する詳細な規定を設けている。
(2)３号要件に適合していること
本件申請書によれば，本件空港については，県において，新石垣空港管
理事務所（職員１０名）を設置し，管理計画に基づいて沖縄県空港の設置
及び管理に関する条例（昭和４７年沖縄県条例第２０号）に基づいて本件
空港を適切に管理するものとしていること，所定の飛行場手引書（セイフ
ティ編，セキュリティ編）を作成し，上記事務所内に備え付けるとしてい
ること，上記飛行場手引書には，航空法施行規則９２条３号，５号ないし
７号，９号，１２号ないし１４号の各規定を実行するものと認めるに足り
る記載があったこと，制札等構造図及び配置図には同条４号を満たす記載
があったことなどから，処分行政庁は，同規則９２条各号の要件を充足し
ており，本件申請は３号要件に適合するものと判断したものであって，そ
の判断に不合理な点がないことは明らかである。
４航空法３９条１項４号の要件（以下「４号要件」という。）の適合性
(1)４号要件の内容
航空法３９条１項４号は，申請者が当該飛行場を設置し，及びこれを管
理するに足りる能力を有していることを要件としている。
この点につき，処分行政庁は，申請者が当該飛行場を設置し，管理する
ために必要な資金調達能力，技術力及び経営能力等を有しているか否かに
よって判断することとしている。
(2)４号要件に適合していること
申請者である県は，現空港のほかに１１空港の設置管理を行っており，
現空港の管理体制の下で管理上の問題は生じていない上，本件空港につい
ても職員を適切に配置して管理する体制を整備していく旨を確認すること
ができたため，処分行政庁は，県が本件空港を設置し，管理するに足りる
能力を有していると判断したものである。
なお，資金調達についてみると，設置費用は沖縄振興特別措置法に基づ
き９０％を国が負担するとともに，県も適切に予算措置を行う予定であり，
また，管理費用は本件空港の使用料及び県の予算で確保することとなるも
のの，申請者が地方公共団体であることから，処分行政庁は，資金調達に
ついて問題があるとは考えられないと判断した。
以上の点を踏まえ，処分行政庁は，本件申請は４号要件に適合するもの
と認めたものであり，その判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用がないこと
は明らかである。
５航空法３９条１項５号の要件（以下「５号要件」という。）の適合性
(1)５号要件の内容
航空法３９条１項５号は，「飛行場にあっては，申請者が，その敷地に
ついて所有権その他の使用の権原を有するか，又はこれを確実に取得する
ことができると認められること。」と規定する。
ここに「確実に取得することが認められる」とは，取得しようとすれば，
取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することをいう。具
体的には，処分行政庁は，①飛行場用地の大半について，現に所有権を
有する者から売り渡し等の同意を得ていること，②未同意用地について
は，申請者による交渉の継続等により確実に取得することができるという
見込みが存在すること等の事情を総合勘案して判断することとしている。
(2)５号要件に適合していること
処分行政庁は，本件空港の建設予定地のうち，敷地面積の９９．６％に
ついてはその地権者から用地取得の同意が得られていたこと，同意が得ら
れていない用地のうち，０．３％は所在不明者２名が所有し，残り０．１
％は空港建設に反対する６５４名が共有している状況であること，同意の
得られていない地権者については県が今後ともねばり強く説得に当たり，
事業への理解と協力を求めていくこと等により，県の責任において当該土
地を取得する旨を確約していること，仮に同意が得られなかった場合でも，
空港建設事業の公共性に基づき土地収用法の適用が可能であること等の諸
事情を総合勘案し，申請者である県が本件空港の敷地について使用権原を
取得することが確実であると判断した。
以上の点を踏まえ，処分行政庁は，本件申請は５号要件に適合するもの
と認めたものであり，その判断に裁量権の逸脱・濫用がないことは明らか
である。
６小括
以上のとおり，処分行政庁は，本件申請につき所要の審査をし，航空法３
９条１項各号の要件に適合するものであると判断したものであり，この判断
に何ら裁量権の逸脱，濫用があったと認め得る事情は存しない。したがって，
本件許可処分は航空法所定の実体的要件を充足していることが明らかである。
第３評価法３３条１項の審査及び同条２項の「判断」として本件許可処分を行っ
たことに何ら違法はないこと
１処分行政庁は，評価法所要の手続を履践していること
評価書作成までの一連の手続が適正に実施されているか否かは評価法３３条
１項の審査の直接の対象ではないが，本件において事業者である県が行った環
境影響評価の手続の詳細については，前提事実のとおりであり，その手続に何
ら瑕疵が見当たらないことは明らかである。
このうち，処分行政庁が関与すべき手続については，前提事実のとおり，環
境大臣に対する評価書の送付及び求意見をし，処分行政庁としての意見を述べ，
補正後の評価書の受領及び環境大臣への送付をした。したがって，処分行政庁
は，評価法所定の手続を適切に履践しており，この点において何ら違法がない
ことは明らかである。
２環境の保全の配慮についての審査等に何ら違法はないこと
(1)処分行政庁は，本件補正書の記載事項及び本件国交大臣意見に基づき，
主として，主務省令の別表第一（６条関係）に掲げる標準項目及び主務省令
６条１項により必要に応じて追加した選定項目，すなわち，大気環境（大気
質（窒素酸化物，粉じん等，浮遊粒子状物質），騒音（建設作業騒音，道路
交通騒音，航空機騒音），振動（建設作業振動，道路交通振動）），水環境
（水質（土砂による水の濁り，水の汚れ），地下水），土壌に係る環境・そ
の他の環境（地形及び地質），陸上植物（重要な種及び群落），陸上動物
（重要な種及び注目すべき生息地），水生生物（河川，海域），生態系（陸
域生態系（地域を特徴付ける生態系），海域生態系（地域を特徴付ける生態
系）），景観（主要な眺望点及び景観資源並びに主要な眺望景観），人と自
然との触れ合いの活動の場（主要な人と自然との触れ合いの活動の場），廃
棄物等（建設工事に伴う副産物，飛行場の施設の供用に伴う廃棄物）の各項
目に着目し，本件事業において，環境の保全についての適正な配慮がなされ
るものであるかどうかを審査したものであり（評価法３３条１項），その詳
細は，別紙「『新石垣空港整備事業に係る環境影響評価』の観点からの設置
許可審査」記載のとおりである。
(2)このように，本件補正書によれば，本件事業の実施が環境に及ぼす影響
を予測・評価した結果は，環境保全措置等を実施することによって，環境
影響は回避ないし低減されており，また，必要に応じ，損なわれる環境の
有する価値が代償されていることから，全体としては，事業実施区域周辺
に及ぼす環境影響の程度は小さいものと判断されていること，また，本件
国交大臣意見において指摘した２４項目についても，いずれも適切な対応
がされるものと認められたことから，処分行政庁は，本件事業につき，環
境の保全についての適正な配慮がされるものと判断したものである。この
ような処分行政庁の判断は，合理的な基準に基づき，評価法所定の所要の
審査を行った結果であって，何ら違法がないことは明らかである。
３本件許可処分は評価法３３条２項所定の「併せて判断」したものとして何ら
裁量権の逸脱・濫用はないこと
評価法３３条２項各号の「併せて判断する」とは，同条１項の審査の結果
（環境保全上の支障を防止する利益）と免許等の審査の結果（免許等を付与す
ることによる法益）とを比較考量し，総合的に判断する趣旨であると解されて
おり，その判断が違法となるのは，環境への配慮を全く怠ったといえるような
例外的な場合に限定される。ところが，本件空港の設置は高度の必要性が認め
られるものである上，本件事業は環境の保全についての適正な配慮がされるも
のと判断されたのであるから，処分行政庁が本件申請に対し許可を付与したこ
とに裁量権の範囲の逸脱又は濫用がないことは明らかである。
第４まとめ
以上のとおり，本件許可処分は適法である。
（別紙）
争点に関する当事者の主張
１争点(1)（第２原告らの原告適格の有無）について
（被告）
(1)ア本件許可処分は，知事を名宛て人とするものであり，原告らは，本件
許可処分の名宛て人以外の第三者である。このような原告らに本件許可処
分の取消しを求める原告適格が認められるためには，行政事件訴訟法９条
１項にいう当該処分の取消しを求めるにつき｢法律上の利益を有する者｣に
該当する必要がある。
そこで，原告らが原告適格を基礎付けるものとして主張する利益をみ
ると，第１原告らは，本件許可処分により本件空港の「敷地」（航空法
３９条１項５号）内に有する土地所有権が侵害されることを主張してい
る。
他方，第２原告らは，「陸海一体となったα３サンゴ礁生態系」に愛
着を持ち，県にα４岳陸上案を撤回させ，かけがえのない地球の財産で
ある「陸海一体となったα３サンゴ礁生態系」を次の世代へ残したいと
願い，原告となったといい，ある特定の自然環境（α３サンゴ礁生態
系）を保全する利益が侵害されることを主張している。しかし，そのよ
うな利益は一般公益というほかなく，第２原告ら個々人の個別的利益と
はいい難い上，次のとおり，航空法のみならず，その関係法令を参酌し
ても，ある特定の自然環境を保全する利益を個々人の個別的な利益とし
て法的に保護する趣旨，目的を含むものと解することはできないから，
第２原告らが本件許可処分の取消しを求める原告適格を有しないことは
明らかである。
イ航空法３９条１項２号の「他人の利益を著しく害することとならな
い」との規定は，主として，航空法に基づく制限表面等による私権制限
の対象となる私人の財産権に対し配慮すべきことを定めたものであって，
第２原告らが主張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的利
益としても保護する趣旨の規定と解することはできない。そして，航空
法の他の規定をみても，同法が第２原告らが主張するような自然環境に
関する利益に対する侵害の防止を図ることを目的とすることをうかがわ
せるような規定は存在しない。そうすると，航空法の公共用飛行場の設
置に関する規制が第２原告らが主張するような自然環境に関する利益を
個々人の個別的な利益として法的に保障する趣旨，目的を含むと解する
根拠は同法には見当たらないというほかない。
ウ評価法は，３３条の規定（いわゆる横断条項）によって，人の健康又
は生活環境に係る被害が生じることや，広く公共のために確保されるこ
とが不可欠な自然の恵沢が確保されないことといった支障の生ずるおそ
れがないようにし，また，その手続規定を通じて，地域住民に限らず，
広い範囲にわたって環境情報を収集することを趣旨，目的としていると
いうことはできる。
しかし，このうち，広く公共のために自然の恵沢を確保したり，ある
いは，地域住民に限らず広い範囲にわたって環境情報を収集したりする
といったことは，一般公益の確保を趣旨，目的とすることが明らかであ
って，個々人の個別的利益を保護することを趣旨，目的とするものとい
うことはできない。人の健康に係る被害という支障の生ずるおそれがな
いようにするという趣旨，目的を斟酌することで原告適格を基礎付ける
余地はあるが，第２原告らは，そのような主張をするものでもない。評
価法の諸規定をみても，評価法は，飛行場の設置許可に際し，横断条項
や，その手続規定を通じて，第２原告らが主張するような自然環境に関
する利益を，公益にとどまらず，個別具体的な利益として法的に保護す
べきとする趣旨及び目的までをも含むものでないことは明らかである。
そうすると，評価法の趣旨及び目的を参酌したとしても，航空法が第２
原告らの主張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的利益と
して保護しているということはできない。
エ評価法は，平成５年に制定，施行された環境基本法において，国の環
境配慮義務（１９条）とともに，環境影響評価について規定され，国は
その推進のため，必要な措置を講じること（２０条）とされていたこと
などを受けたものである。この点，環境基本法は，環境の恵沢の享受と
継承等（３条），環境への負担の少ない持続的発展が可能な社会の構築
等（４条）及び国際的協調による地球環境保全の積極的推進（５条）と
いう三つの基本理念を掲げ，これらを達成するため，国（６条），地方
公共団体（７条），事業者（８条），国民（９条）の責務等を定めてい
る。こうした環境基本法をみても，第２原告らが主張するような自然環
境に関する利益が公益を超えて法的に保護されていると解し得る規定は
見当たらない。
オ自然環境は，一般的にはこれを保護することに価値があるとしても，
具体的な場面においては，個々人の自然環境に対する考え方や利害の内
容，程度は多種多様であり，自然環境の保全の必要性，保護の程度，保
護の態様等を決するには，関係する多数の者の利害や意見の調整を要す
るものである。ある個人が最も望ましいと考える自然環境を他の者は必
ずしも最適とは考えず，また，ある自然環境の保護行為が利害関係人の
財産権，活動の自由，開発利益の享受等を制約するといった事態が生じ
得るのであって，自然環境に対する侵害の有無をめぐる問題は，利害や
意見の調整が広範かつ複雑なものである。
また，自然環境に関する利益を享受する立場にあるという地位を想定
しても，これは国民が広く有する極めて一般的な立場にすぎないという
べきであり，直ちに，そのような利益を個々人の個別的な利益と解する
ことはできない。
したがって，第２原告らが侵害されると主張する利益の内容，性質，
態様及び程度を勘案するとしても，第２原告らの主張するような自然環
境に関する利益が，個々人の個別的利益として保護されているというこ
とはできない。
(2)以上からすると，航空法及び評価法は，飛行場の設置許可に関する規定
を通じて，第２原告らが主張するような自然環境に関する利益を個々人の
個別的な利益として法的に保護すべきとする趣旨及び目的を含むものと解
することはできず，第２原告らが主張する利益は，専ら一般的公益の中に
吸収解消されるにとどまるものというべきである。
よって，第２原告らが主張するような自然環境に関する利益は，法律上
保護された利益に該当しないから，第２原告らは，本件許可処分の取消し
を求めるにつき｢法律上の利益を有する者｣に該当しないというべきである。
(3)第２原告らは，第１原告らの一部が，第２原告らを受益者とし，１４７
共有地の共有持分を自ら受託者として管理する旨の本件自己信託をしたか
ら，第２原告らは本件自己信託の受益者として「法律上の利益を有する
者」（行政事件訴訟法９条１項）に該当するなどと主張している。
しかし，本件自己信託は，被告が本件答弁書において第２原告らに原告
適格がないことを主張した後に施行された信託法３条３号で自己信託が認
められたことから，平成２１年５月１８日付けで成立したものであるとこ
ろ，本件自己信託の目的が，第２原告らが従前から本件訴訟において主張
していた利益と同様のものであることに加え，本件訴訟の訴訟物と同じ本
件許可処分が取り消されたときが信託の終了事由とされていることからす
ると，本件自己信託は，本件訴訟と強く関連付けられた信託行為であり，
第１原告らが第２原告らと共同して本件訴訟を追行している中で，本件自
己信託をする実質的な必要性が見いだせない上，土地収用の補償金が本件
自己信託の受託者に帰属するとされているなど本件自己信託の受益者が具
体的な利益を得られるようにされておらず，また，対抗要件としての信託
の登記をした形跡さえない。これらの事情を考慮すれば，本件自己信託は，
本来原告適格のない第２原告らに受益権を形式的に付与することによって
原告適格に関する主張を補充することを目的としたいわば便法であると認
められるのであって，訴訟信託を禁止した信託法１０条が典型的に想定し
た場面ではないにせよ，本来，原告として実体審理を受けられる立場にな
い者について，その地位を付与することを意図した信託という意味で，同
条の趣旨に照らして無効であるというべきである。
また，本件自己信託が有効であるとしても，本件自己信託により，本件
自己信託の受託者である第１原告らは，受益者である第２原告らに対し，
本件自己信託の目的に反して１４７共有地の区画・形質の変更を行わない
という債務及びこの目的に反して１４７共有地の持分を受益者たる第２原
告ら以外の第三者に譲渡，貸与しないという債務を負い（原告らが主張す
るような，第２原告らが対価なく１４７共有地を使用できるという受益権
は生じない。），第２原告らは，受託者たる第１原告らに対し，同じ内容
の請求権を有することになる。しかし，その権利は，あくまでも，受託者
に対する債権であって，ある特定の自然環境を保全する利益，あるいは自
然環境に関する利益を享受する立場にあるという地位といったものは個々
人の個別的利益とはいい難い上，航空法及びその関連法令がそうした利益
を個々人の個別的な利益として法的に保護する趣旨，目的を含むものと解
することができないことに照らしても，これが航空法その他の関係法令に
より保護された利益であるということはできず，第２原告らが行政事件訴
訟法９条１項の法律上保護された利益を有するということはできない。
（第２原告ら）
(1)ア法令の規定から，その規定の趣旨がある利益を「一般的公益」として
保護する趣旨なのか個々人の「個別的利益」としても保護する趣旨なの
かを読み取ることは，一般的に非常に困難であり，このことは，裁判所
の判断の安定性を損ない，あるいはその客観性に対する国民の信頼を損
なうものといえる。行政事件訴訟法９条１項の「法律上の利益を有する
者」の解釈として，原告の主張する利益を「一般的公益」と「個別的利
益」に概念上区分し，処分の根拠法令や関連法令がどちらの意味で原告
の利益を把握しているかということを各法令ごとに解明するという方法
論（以下「公益・私益区別論」という。）は，判断基準としての安定性
を欠いている。
また，今日においては，「国民相互間の多様な利益の調整」の機能を果
たすことが行政の一大領域として非常に重要になってきており，それに
対応して行政の活動領域は広範化かつ複雑多様化した。そのため，その
特徴を「公益の実現」の一言で把握することはほとんど不可能であり，
公益・私益を殊更に区別することで行政処分のチェックの在り方の決定
的な違いを導き出すことに合理性を見いだすことは困難になっている。
むしろ，根拠法令ないし関連法令によって処分に際して考慮されるべ
き利益であることを把握することが可能である限り，処分の名宛て人の
利益のみならず，処分に際して考慮されるべき第三者の利益についても，
それが適切に保護されているか否かにつきチェックするシステムが確保
されるべきであり，この観点から第三者の原告適格は広く認められるべ
きである。
イそもそも平成１６年の行政事件訴訟法改正は，国民の利益調整が複雑多
様化している現代行政にふさわしい行政事件訴訟制度とするための見直
しの考え方として，法律の形式・規定振りや行政実務の運用等にとらわ
れずに法律の趣旨・目的や処分において考慮されるべき利益の内容・性
質等を考慮するなど，原告適格が実質的に広く認められるために必要な
考慮事項を規定するものとしている。そして，原告適格の拡大に関して，
改正行政事件訴訟法９条２項は，同条１項の原告適格の規定における
「法律上の利益」の解釈の際の配慮事項を定める形式で，原告適格が認
められる範囲を拡張した。
そして，同条２項には，個別保護要件を原告適格判断の不可欠の前提
とはしないことを明らかにするために，｢根拠となる法令の規定の文言の
みによることなく｣との文言が挿入された。行政事件訴訟法改正前と同様
に個別的利益があれば当然に原告適格があるが，改正前と異なり個別的
利益がないから原告適格がないということにはならないのである。要す
るに，たとえ規定の文言からはその利益が保護されていることが明らか
ではない場合でも，規定の文言だけでなくその利益の実質を見ながら原
告適格を判断していくべきであり，そういう意味で，改正行政事件訴訟
法９条２項の下では個別的利益という概念は重要ではなくなっている。
さらに，同項の規定は，原告適格の範囲の絞込みに個別保護要件の観
念を使うことを前提とはしていないのであり，したがって，個別保護要
件を理由に原告適格の範囲を絞り込むことは，立法趣旨に反することに
なる。改正行政事件訴訟法下においては，もはや公益・私益区別論を主
張する意味はない。
(2)後記４において詳しく主張するとおり，環境基本法，生物の多様性に関
する条約，絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律，評価
法及び新・生物多様性国家戦略との整合性の観点から，航空法３９条１項
２号の「他人の利益」には，原告らの環境的利益，特にコキクガシラやア
オサンゴのような貴重な野生生物を生存させていくという生物多様性を確
保することによる利益が含まれる。
(3)ア(ア)評価法は「事業に係る環境の保全について適正な配慮がなされる
ことを確保し，もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の
確保に資すること」を目的とし（１条），この目的を達成するため
「対象事業に係る免許等を行う者は，当該免許等の審査に際し，評
価書の記載事項及び第２４条の書面に基づいて，当該対象事業につ
き，環境の保全についての適正な配慮がなされるものであるかどう
かを審査しなければなら」ず（３３条１項），たとえ免許等の要件
を規定する法の要件を満たしている場合であっても，環境の保全に
ついての適正な配慮（以下「環境配慮」という。）がされていない
と認められる場合には，当該免許等を拒否する処分を行い，又は当
該免許等に必要な条件を付することができると規定されている（同
条２項１号）。対象事業の免許等の要件は事業者が満たすべきもの
であるから，評価法は，上記審査によって事業者がその負担におい
て環境配慮を行うことを要求していることになる。
環境配慮は，「現在及び将来の国民の健康で文化的な生活」とい
う利益を保護するために必要となるものである（評価法１条）。こ
こにいう「現在及び将来の国民の健康で文化的な生活」という利益
を具体化するに当たっては，評価法が環境基本法２０条を受けて制
定されたものであり，評価法は環境基本法の下に位置するのである
から，法体系上，環境基本法の趣旨を反映することが必要となる。
そして，環境基本法３条は「環境の保全は，環境を健全で恵み豊か
なものとして維持することが人間の健康で文化的な生活に欠くこと
のできないものであること及び生態系が微妙な均衡を保つことによ
って成り立っており，人類の存続の基盤である限りある環境が，人
間の活動による環境への負荷によって損なわれるおそれが生じてき
ていることにかんがみ，現在及び将来の世代の人間が健全で恵み豊
かな環境の恵沢を享受するとともに人類の存続の基盤である環境が
将来にわたって維持されるように適切に行われなければならない」
と規定している。同条の規定する「人間」とは個体としての「ヒ
ト」を意味し，「人類」とは「ヒト」という種全体の集団を意味す
る。また，「健全で恵み豊かな環境」とは自然と触れて得られる人
間性の回復や保健休養としての効用等の恵沢が豊かに存在している
状態の環境をいい，「環境の恵沢」とは人間に対して環境が与える
有形，無形の福利を意味する。
以上より，「現在及び将来の国民の健康で文化的な生活」の内容
には「ヒトという種全体の存続」という極めて抽象的な利益の他に，
「個体としてのヒトが，自然と触れて得られる人間性の回復や保健
休養としての効用等の人間に対して環境が与える有形，無形の福利
を享受すること」という具体的な利益が含まれることになり，評価
法は，環境配慮を確保することによりこのような利益を保護しよう
としていることになる。
(イ)対象事業に係る免許等を行う者が行う環境配慮がされているか否
かの審査（以下「環境配慮審査」という。）は，評価書の記載に基
づいてされるのであるが（評価法３３条１項），評価法は，環境配
慮の実現については事業者による事業のセルフコントロールを基礎
としており，評価書はそのような事業者によるセルフコントロール
の成果物である。そして，評価書に対する外部意見の反映につき，
環境影響評価における意見提出手続は，地域の環境情報を収集する
ことが主たる目的となるとされてはいるが，他方で，意見には環境
の保全上の理由を述べた上で反対あるいは賛成の意を表する意見も
想定されており，準備書の記載事項を周知させるための説明会（評
価法１７条１項）が実質的に意見交換の場として機能することは十
分に想定され得るところであるし，評価法６０条は条例により公聴
会等を開催することをも想定していると解されることからすれば，
評価法は，外部意見については，単なる情報収集にとどまらず，意
見提出者の事業に対する賛否，変更等の意見を評価書に反映させる
ことまで想定していると解される。
評価法は，環境配慮の実現のためには，事業者による事業のセル
フコントロールを基礎としつつも，その成果物たる評価書を媒介と
して外部の意見提出者を対象事業に係る免許等の審査に関与させる
ことにより，意見提出者の意思を対象事業の免許等の審査に反映さ
せるという構造を採っている。
(ウ)方法書については環境の保全の見地からの意見を有する者（以下
「有意見者」という。）が意見を述べることができ（評価法８条１
項。以下，この意見を「８条意見」という。），対象事業に係る環
境影響を受ける範囲であると認められる地域を管轄する都道府県知
事も意見を述べることになるが（評価法１０条１項。以下，この意
見を「１０条意見」という。），１０条意見は，８条意見の送付を
受けた上で出される市町村長の意見（評価法９条）を勘案するとと
もに，８条意見の概要に配意することとされている（評価法１０条
３項）。また，事業者が環境影響評価を実施するに当たっては，１
０条意見を勘案するとともに，８条意見に配意して，対象事業に係
る環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法を選定する
（評価法１１条１項）。そして，準備書については有意見者が意見
を述べることができ（評価法１８条１項。以下，この意見を「１８
条意見」という。），関係都道府県知事も意見を述べることとなる
が（評価法２０条１項。以下，この意見を「２０条意見」とい
う。），２０条意見は，１８条意見の送付を受けた上で出される市
町村長の意見（評価法１９条）を勘案するとともに，１８条意見の
概要及び１８条意見についての事業者の見解に配意することとされ
ている（評価法２０条２項）。さらに，事業者が評価書を作成する
に当たっては，２０条意見を勘案するとともに，１８条意見に配意
することとなる（評価法２１条）。なお，評価書に対しては，環境
大臣が意見を述べることができ（評価法２３条。以下，この意見を
「２３条意見」という。），免許等を行う者等も２３条意見を勘案
した上で意見を述べることができ（評価法２４条。以下，この意見
を「２４条意見」という。），事業者は２４条意見を勘案して評価
書を補正することとなる（評価法２５条）。
以上のように，評価書の作成過程において事業者が直接に考慮す
る意見は有意見者の意見と都道府県知事の意見であり，市町村長の
意見及び環境大臣の意見は事業者が間接的に考慮するにすぎず，ま
た，免許等を行う者等の意見は評価書を補正する際に勘案されるも
のである。しかも，都道府県知事の意見は，有意見者の意見の送付
を受けた上で出される市町村長の意見を勘案するとともに，有意見
者の意見の概要に配意して出されるものである。よって，評価書作
成過程において，有意見者の意見は，他の意見と比較しても，最重
要視されているといえる。なお，事業者が意見を考慮する際，有意
見者の意見には配意し，都道府県知事や免許等を行う者等の意見に
ついては勘案するとして「配意」と「勘案」が使い分けられている
が，これは行政主体から提出される意見は，それぞれの行政分野に
おいて責任を有する立場から述べられるものであり，意見を受ける
側において十分慎重に受け止め，事業計画に反映することを検討す
る必要があるものであるのに対し，国民一般の意見は，様々な立場
からの多様な方向性を持った幅広いものであることから，意見を受
け取る側は，それぞれに意を配りつつ，その中から有用な環境情報
を事業計画に反映させていくなどの対応を採ることとなるという，
意見を受け取る側の受け止め方の違いから，それぞれの取扱いにつ
いて適切な用語を当てはめたものである。これは，すなわち有意見
者の意見は賛否両方向にわたり様々であってその全てを反映するこ
とは性質上困難であることに配慮したものであって，有意見者の意
見を都道府県知事や免許等を行う者等の意見と比較して軽視する趣
旨を含むものではない。
このように，評価法は，免許等の審査において有意見者の意見を
事業に対する賛成，反対，その他提案事項等も含め尊重すべきこと
を要求していると解されるのであるから，これらの者の利益が害さ
れないようにすることは，評価法の要請である。
(エ)評価法７条は方法書の公告，縦覧について，評価法１６条は準備
書の公告，縦覧について規定する。方法書の公告は，環境影響評価の
項目並びに調査，予測及び評価の手法について環境の保全の見地から
の意見を求めるためにされるものであり，公告事項としては，方法書
の縦覧の場所，期間及び時間，方法書について環境の保全の見地から
の意見を書面により提出することができる旨等が挙げられている（環
境影響評価法施行規則３条５号，６号）。そして，公告の方法につい
ては，官報への掲載，地方公共団体の広報誌への掲載，日刊新聞紙へ
の掲載という方法が定められており（同規則１条），公告内容の伝達
対象を地域的に限定することは予定されていない。準備書の公告は
「準備書に係る環境影響評価の結果について環境の保全の見地からの
意見を求めるため」にされるものであり，公告事項としては，準備書
の縦覧の場所，期間及び時間，準備書について環境の保全の見地から
の意見を書面により提出することができる旨等が挙げられている（同
規則７条１項５号，６号）。そして，公告の方法は方法書の場合と同
様であり（同規則５条），公告内容の伝達対象を地域的に限定するこ
とは予定されていない。準備書及び方法書が縦覧に供されるのは対象
事業に係る環境影響を受ける範囲であると認められる地域ないし関係
地域内においてであるが（評価法１６条，１５条，７条，６条１項），
上記公告は，その方法及び内容からすれば，同地域外の者に対しても
縦覧の機会を与えるという趣旨を含むと解されるから，評価法が方法
書及び準備書を縦覧しこれに対して意見を述べることを期待する者の
範囲については，地域的限定を予定していないというべきである。他
方，評価法８条１項は，方法書についての有意見者に限り，方法書に
対する意見を述べることを認めている。８条意見はあくまで「環境の
保全の見地からの意見」であり，事業に対する単なる反対あるいは賛
成とのみ記した意見は事業者及び都道府県知事が配慮すべき対象とは
ならないとされる。また評価法１８条１項は準備書についての有意見
者に限り，準備書に対する意見を述べることを認めており，１８条意
見の意義も８条意見と同様に解釈される。
以上により，評価法が法的保護を与えることを想定するのは，全
国民のうち，居住地域は問わないが，方法書あるいは準備書に対し
て環境の保全の見地からの意見を有する者（有意見者）であるとい
うことになる。
(オ)以上によれば，「個体としてのヒトが，自然と触れて得られる人
間性の回復や保健休養としての効用等の人間に対して環境が与える
有形，無形の福利を享受する」という利益を有する者のうち有意見
者に当たるものが行政事件訴訟法９条１項にいう「法律上の利益を
有する者」に該当すると解される。
イ本件許可処分により影響を受ける自然は広範にわたるが，その代表的
なものとしてα３サンゴ礁や本件空港予定地及びその周辺の洞窟群（α
７地域洞窟群。）等が挙げられる。よって，これらと触れることにより
人間性の回復や保健休養としての効用等を享受し，あるいはこれを享受
する蓋然性があった者は，「個体としてのヒトが，自然と触れて得られ
る人間性の回復や保健休養としての効用等の人間に対して環境が与える
有形，無形の福利を享受する」という利益を具体的に有する者といえる。
よって，これらの者のうち，現在，本件許可処分がα３サンゴ礁やα７
地域洞窟群等の自然に与え得る影響について環境の保全の見地からの意
見を有している者は，評価法所定の有意見者に該当するといえる。
したがって，α３サンゴ礁やα７地域洞窟群等，本件許可処分により
影響を受ける自然と触れ合い，あるいは触れ合う蓋然性があった者のう
ち，現在，本件許可処分がα３サンゴ礁やα７地域洞窟群等の自然に与
え得る影響について環境の保全の見地からの意見を有している者は，本
件訴訟の原告適格を有するというべきである。
ウ第２原告らは，α３トラスト運動に積極的に関わり，かつ，昭和５８
年に発足しα３サンゴ礁やα７地域洞窟群等の自然保護活動を行ってき
たＰ３３会の会員である。第２原告らは，評価法上の環境保全利益を有
する者であって，有意見者に該当する。本件許可処分によりα３サンゴ
礁やα７地域洞窟群等の自然に悪影響が及んだ場合，第２原告らの利益
侵害の程度は著しい。
(4)アさらに，第２原告らは，本件自己信託の受益者である。
イ本件自己信託の効果として，委託者兼受託者は，本件自己信託の目的
を達成するため１４７共有地の区画・形質の変更等に関する制限を受け，
受益者である第２原告らに対してこの制限に反しない利用・処分を行な
う義務を負い（信託法２９条），また，受益者の利益に反する行為の制
限も受ける（同法３２条）。一方，受益者たる第２原告らは，委託者兼
受託者に対して，委託者兼受託者が目的に反する１４７共有地の利用・
処分をしないよう監督する権利を持つ（同法２条６項，７項）。また，
受益者は，受託者が信託行為に違反する行為をするおそれがあり，かつ，
信託財産に著しい損害を生ずるおそれがある場合，受託者に対してその
行為の差止めの請求もできる（同法４４条１項）。
このように，受益者は，委託者兼受託者の１４７共有地の処分権行使
について密接な関係を有し，１４７共有地の所有権は委託者兼受託者に
あるものの，むしろ，自己信託関係の設定によって受益者こそが１４７
共有地の利用・処分に直接的な利害関係を持つ者となったと評価するこ
とができる。第２原告らは，本件自己信託がされたことによって，所有
者（共有者）の使用処分権を制限し，その限度で消極的に１４７共有地
の使用権を得たといえるのであるから，所有者（共有者）の権利と同等
か又はそれ以上といってよいくらいに本件空港の敷地に対して密接な利
害関係を持つ立場となったといえる。そして，第２原告らの受益権は，
対価なく土地を使用できる権利という点で使用貸借による権利（航空法
施行規則８０第２項）に類似するものであるから，第２原告らは「土地
に関する権利を有する者」（同項）に該当することが明らかである。
ウ以上のことから，第２原告らも航空法３９条２項の「利害関係を有する
者」に該当するのであり，法律上の利益を有する者（行政事件訴訟法９
条）として本件処分の原告適格が認められる。
２争点(2)ア（航空法３８条２項及び３項並びに航空法施行規則７８条１項及
び７６条１項４号の要件充足の有無）について
（被告）
(1)本件許可処分は，航空法３８条の申請書の提出，同条３項の告示等，同
法３９条２項の公聴会の開催，同法４０条の告示等の手続を経て行われたも
ので，同法の定める手続的要件を充足している。
(2)原告らは，所有者の氏名及び住所の告示及び現地における掲示（航空法
３８条３項，航空法施行規則７８条１項，７６条１項４号）において，処分
行政庁が本件共有地については共有者のうち１名の氏名及び住所しか示さな
かったことが航空法３８条３項に違反するという。
しかし，同項に規定する告示及び掲示は，飛行場の設置に関して利害関
係を有する者に対し，飛行場の設置の申請があった旨を知らせ，公聴会に
おいて意見を述べる機会を得させるためのものであるところ，本件におい
ては，一部の共有者の氏名及び住所を省略したという事実はあるものの，
当該氏名を省略された共有者は，「Ｐ３３会が中心となって再びα４岳陸
上案予定地の土地を取得，空港建設のためには同土地を売却しないとい
う」，「α３トラスト運動に参加している共有地主」であり，Ｐ３３会等
は，公聴会の前に記者会見を行い，公聴会の日時・場所を認識した上で公
聴会不参加（ボイコット）を表明していることから（乙３２），公聴会に
おいて意見を述べる機会が与えられたのに，これを放棄したことが明らか
である。したがって，α３トラスト運動に参加している共有者について，
氏名及び住所の記載を省略したとしても，公聴会において意見を述べる機
会を与えるという航空法３８条３項の趣旨は損なわれていないのであるか
ら，その手続に違法は認められないというべきである。
（原告ら）
(1)航空法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項４号によれば，飛行場
の設置許可の申請者は，飛行場予定地又は予定水面及びそれらの所有者の
氏名及び住所を記載した申請書を処分行政庁に提出しなければならない。
申請書における飛行場予定地等の所有者の氏名及び住所の記載は，航空法
３９条２項で定められている公聴会で公述の申出をした者が当該区域内に
私法上の権利を有しているか否かを処分行政庁が確認する（公述人の選定
をする場合等）には不可欠なものであり，この記載は，公聴会において意
見を述べる機会を与えるという手続保障と密接に関連したものである。
しかるに，県は，平成１７年９月１２日，本件申請を処分行政庁にした
際，本件空港の事業用地の譲渡で地権者から同意が得られていない本件共
有地について，１名分を除き，所有者の氏名及び住所を本件申請書に記載
しなかった。他方，同空港の事業用地の譲渡で地権者から同意が得られた
他の土地については，共有者が４名より多い場合でも，共有者全員の氏名
及び住所が本件申請書に記載されている。
そうすると，同意をしなかった土地の共有者に対する取扱いは，手続保
障の欠落である上，明らかに差別的であるから，航空法上の重大な瑕疵で
あるというべきである。そして，処分行政庁は，本件申請書の記載が航空
法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項４号に違反した違法なもので
あり，かつ，その違法の程度が重大である。これを看過した本件許可処分
は，航空法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項４号に照らし，違法
である。
(2)航空法３８条３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号
によれば，飛行場の設置許可の申請者は，飛行場の設置の許可の申請があ
った場合において，飛行場予定地又は予定水面及びそれらの所有者の氏名
及び住所を告示し，かつ現地において掲示しなければならない。「飛行場
予定地等の所有者の氏名及び住所」の告示及び掲示は，飛行場の設置に関
して利害関係を有する者に対し，飛行場の設置を知らせ，自らの土地が飛
行場の区域内に存しているかどうかを確認させ，もって，公聴会において
意見を述べる機会を与えるという手続保障の観点から要求されているもの
である(甲１８)。
しかるに，県は，本件申請があった際，本件空港の事業用地の譲渡で地
権者から同意が得られていない本件共有地について，１名分を除き，所有
者の氏名及び住所を告示し，現地で掲示することを怠った（甲９）。他方，
本件空港の事業用地の譲渡で地権者から同意が得られた他の土地について
は，共有者が４名より多い場合でも，共有者全員の氏名及び住所を省略す
ることはなかった。このことは，共有者全員の氏名及び住所を告示及び掲
示することが手続保障の観点から不可欠なものであり，航空法３８条３項
並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号により当然要求され
ていることの証左である。
そうすると，同意をしなかった土地の共有者に対する取扱いは，手続保
障の欠落である上，明らかに差別的であるから，航空法上の重大な瑕疵で
あるというべきである。そして，処分行政庁は，告示及び掲示の懈怠が航
空法３８条３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号に違
反した違法なものであり，かつ，その違法の程度が重大であったにもかか
わらず，これを看過して，本件許可処分をした。このような本件許可処分
は，航空法３８条３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４
号に照らし，違法である。
(3)確かに，Ｐ３３会を含む５団体が平成１７年１１月７日に公聴会ボイコ
ットを表明している。しかし，α３トラスト運動に参加している共有地主
全員がこれらの５団体のいずれかに属しているわけではないから，α３ト
ラスト運動に参加している共有地主の中にはボイコットとは無関係である
者も少なからず存在する。また，航空法３８条２項及び３項は個人に対し
手続保障をする趣旨であるから，手続保障の放棄を理由に住所・氏名の記
載を省略するのであれば，個人名を掲げてボイコットの意思を表明した者
でなければならない。仮に，団体名義でのボイコットを理由とする省略を
認めるとしても，少なくとも極めて強固に意思統一されている団体であっ
て，団体名で表明した意思を全構成員個人の意思と同視してよい場合でな
ければならないはずであるが，例えば，上記５団体の構成員の多くが団体
名で表明したボイコットの意思を知ったのは公聴会終了後に発行されたＰ
３３会の会報によってであったことなどからすれば，上記５団体が強固に
意思統一されている団体であるとは到底いえないし，被告がその点を根拠
をもって認定した旨主張立証しているわけでもない。そして，県がα３ト
ラスト運動のメンバーに対して，公聴会への参加を放棄する意思があるか
否かについて個別に確認した事実も存在しないから，個人に対する手続保
障を省略する根拠に欠けていたことは明らかである。
３争点(2)イ（１号要件のうちの４号基準の充足の有無）について
（被告）
(1)航空法３９条１項１号は，「当該飛行場・・・の位置，構造等の設置の
計画が国土交通省令で定める基準に適合するものであること」と規定すると
ころ，これは，飛行場を航空機が安全に離着陸できるものとするためには，
処分行政庁の専門的技術的知見に基づく総合的判断が必要であることから，
下位の国土交通省令で基準を定め，この基準に適合することを求めるもので
ある。この規定を受けて，航空法施行規則７９条１項各号が定められている
が，この基準自体も裁量的判断の余地を残すものである。航空法３９条１項
１号の要件の充足の有無の判断には処分行政庁の専門的技術的な合理的判断
に委ねられた部分があり，処分行政庁の行った判断が著しく不合理な場合に
限り，違法となると解すべきである（行政事件訴訟法３０条）。
(2)ア航空法施行規則７９条１項４号は，「陸上飛行場・・・にあっては，
滑走路，誘導路及びエプロンがこれらを使用することが予想される航空機
の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであるこ
と。」と規定する。この点について，処分行政庁は，設計基準（乙８）３．
７．３「設計荷重及び設計反復作用回数の決定」に従い，基本施設及びそ
れに附帯する施設の舗装の設計荷重につき，設計の対象となる舗装上の設
計年数（通常１０年を標準とする。）にわたる推定交通に基づき，就航対
象機材ごとにその区分を決定し，就航対象機材の中で最も厚い舗装を必要
とする設計荷重区分を選択することとした。
本件申請書（乙３）によれば，本件空港の利用を予定する航空機の種
類及び形式についてはＢ７６７型旅客機等とされ，滑走路の強度につい
ては単車輪荷重３１．５ｔ，舗装体の設計強度ＬＡ－１２とされている
こと，滑走路及び誘導路についてはアスファルトコンクリート舗装され，
エプロンについてはセメントコンクリート舗装されることが認められた。
このＬＡ－１２という設計荷重は，本件空港で就航予定の航空機のうち
最も厚い舗装を要するＢ７６７型機に対応するものである（乙８の３－
５５頁）。
したがって，処分行政庁は，本件申請書（乙３）によって，本件空港
で計画されている滑走路等はこれを使用する航空機の予想される運航回
数に十分耐えるだけの強度を有するものであると認め，本件申請は航空
法施行規則７９条１項４号に適合するものと判断したものであり，その
判断は上記規定に適合するもので不合理な点がないことは明らかである。
イ本件空港敷地内の地盤の概況は，滑走路建設長２０００ｍのうち，約
２分の１の範囲において琉球石灰岩台地であり，この区域においては調
査により洞窟の存在が確認されている（乙３５の資料２添付の「図－１．
１．１計画地周辺の水文地質図」）。そして，県は，深さ２０ｍ以内
に琉球石灰岩が分布していることを確認していたため，地盤性状を把握
するための地質調査で一般的に用いられている電気探査（電流の流れに
くさの分布状況から地盤性状を把握するもの。電流が流れにくい空洞な
どは電流がそれを避けるように流れるのを利用して洞窟の有無，その形
状を調べるという調査方法）によって２０ｍの深さまで探査を行い，さ
らに，空洞が存在する可能性が高い箇所では，ボーリング孔に小型カメ
ラを挿入して空洞内部を詳細に調べるボアホールカメラ撮影による観測
を行い，空洞の位置，形状等を推定している（乙３４の資料２添付の
「図４－１－４空洞分布概念図」）。その結果，断面１（甲１４６の
１枚目下部の図面でいう解析断面①のこと）においては，重機荷重及び
航空機荷重に対して，名蔵れき層を含めた地盤の安全率は１以上となり，
安全であることが確認され，断面２（甲１４６の１枚目下部の図面でい
う解析断面②のこと）においても，施工時の重機荷重，盛土荷重及び航
空機荷重に対して，応力・変形上問題がないことが確認されている（乙
２８の２頁）。
また，県は，上記の電気探査等のほか，平成１６年７月から，Ｐ４７協
会による洞窟群実態把握，洞窟の測量を行い，その結果，Ｅ洞窟につい
ては当初の電気探査で推定した位置ではなく，滑走路方向に蛇行しなが
ら発達していること，Ｅ洞窟の一部区間において，Ｅ洞窟下半に名蔵れ
き層が出現していることを確認したことを受けて，更なる調査を実施し
ている。すなわち，県は，上記調査結果を踏まえ，名蔵れき層は，琉球
石灰岩と比較して弾性係数が小さいため，Ｅ洞窟下半が名蔵れき層で構
成されていた場合，盛土及び航空機荷重に対し，洞窟の安定性が確保で
きない可能性があるとして，Ｅ洞窟下半が名蔵れき層で構成されていた
場合を想定した２次元弾塑性ＦＥＭ解析（滑走路下に存在する空洞につ
いて，空洞調査から得られた空洞の断面図を基に，空洞を構成する琉球
石灰岩を細分化し，空港建設のための盛土荷重，工事に使用する建設機
械荷重，空港供用後における航空機荷重が上に載った場合に琉球石灰岩
の中に生じる力（応力）をコンピュータープログラムにより算出し，室
内試験等から得られた琉球石灰岩の強さと比べる解析のこと）を実施し，
洞窟の安定性を確認することとして調査を行い（甲１４６の１枚目），
盛土，建設機械及び航空機による力が琉球石灰岩あるいは名蔵れき層の
強さを上回る箇所が発生するか否かを判定した結果，荷重による力より
も琉球石灰岩あるいは名蔵れき層の強さが上回り，荷重の影響による空
洞崩壊はないものとしている。
したがって，この地盤の上に飛行場を設置すること自体が危険なもので
あったということはできない。もっとも，飛行場設置のための広大な用
地の造成工事においては，滑走路，誘導路，エプロン等に悪影響を与え
る軟弱地盤等が部分的に存在することは当然ながら想定される。しかし，
部分的な補強は，現代における土木技術水準により十分対応することが
可能であり，地盤の部分的な箇所の強度に関しては，工事に入った段階
で，十分な調査を行い対策を検討することが予定されているものという
べきである。飛行場の敷地内は広大である上，設置許可の段階において
用地買収が完了していない場合もあり得るから，設置許可の時点までに
地盤の部分的な強度の詳細について調査を終えられるものではなく（そ
のような調査を要求すれば，調査時間，労力，コストは極めて莫大なも
のとなる。），そもそも航空法もそのようなことを要求していない。本
件許可処分は，本件空港設置場所の地盤全体については，特にぜい弱な
ものであるとはいえないものであることを前提として，地盤の個別箇所
については，工事を進めていく中で，随時地盤の強度等を十分調査し，
個々の地盤の強度に見合う対策を講ずることとしてされたものである。
原告らの問題とする個々の地盤の部分的強度に対する対策は本件許可処
分当時の計画なのであって，工事に入った段階における更なる対策を予
定しているのであるから，本件許可処分の時点において処分要件が客観
的に充足されていないなどという原告らの主張は明らかに失当である。
ウ原告らは，本件空港建設予定地の地下に広がる琉球石灰岩は，さんご
礁が隆起しただけで全く圧密を受けていない新しい石灰岩である上，地
下水による浸食の結果，相当空洞化しているのであり，たとえ琉球石灰
岩の空洞を埋めたとしても，本件空港建設の際の浸透ゾーンの設置によ
って増量するであろう地下水によって，強度の低い琉球石灰岩は浸食を
受け，その結果，本件空港建設予定地地下の琉球石灰岩内の空洞が再び
発生，拡大し，ついには滑走路予定地を含む本件空港建設予定地が陥没
するに至るおそれがあるため，本件空港の滑走路は十分な強度を有して
いないなどとして，本件許可処分は航空法３９条１項１号及び航空法施
行規則７９条１項４号の要件を満たしていないという。
しかし，本件空港予定地の琉球石灰岩の「浸食」の速さについては，
平成１７年８月７日の第１５回Ｐ２３委員会において，宮古島を含む石
灰岩が雨水により溶出する速度について，専門家の委員から「１０００
年で１ｍｍよりも早くはないと言える」（乙２６）と報告されていると
ころであるから，原告らの上記主張は事実を誇張したものにすぎず，前
提を欠き，理由がないというべきである。
また，処分行政庁は，本件空港敷地内に未発見の洞窟があり得ること
を想定し，それでもなお現在の土木技術水準をもって補強等を実施すれ
ば，本件空港の滑走路及び誘導路等について，航空機の想定される運行
状況に十分耐え得るだけの強度を確保し得ると判断したのであって，本
件空港敷地内に新たな洞窟が発見された場合にも，「設置許可処分当時
の計画」に従って本件空港を建設すると判断したものではないから，本
件許可処分当時の計画によっては完成時の本件空港滑走路及び誘導路等
の地下の地盤が十分な強度を有しているとはいえないなどという原告ら
の主張は前提を誤るものである。
そもそも，飛行場の設置工事は広大な土地を造成する必要のある事業
であることから，飛行場設置に係る計画策定に当たり，処分行政庁は，
航空機の安全運航に万全を期する上で必要となる航空路，空域，制限表
面及び空港施設計画等の観点で空港の設置場所によって検討すべき事項
について，設置の許可申請前の整備計画策定段階及び予算要求段階であ
らかじめ申請者に対して調整や指導を行っているところである。空港整
備法９条１項の規定により，地方公共団体が第３種空港を設置する場合，
その滑走路等の新設又は空港用地の造成若しくは整備の工事を施行する
場合には，その工事に要する費用は被告及び当該地方公共団体がそれぞ
れその１００分の５０（県においては，沖縄振興特別措置法及び沖縄振
興特別措置法施行令により被告が１００分の９０）を負担することとさ
れている。このため，当該地方公共団体は，事業年度ごとに，補助金等
交付申請及び空港工事協議を処分行政庁に対して行い，これを受けて，
処分行政庁は，補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律６条の
規定に基づき，当該工事計画について，土圧，地盤沈下の可能性等，地
盤に係る設計基準を含む空港土木施設設計基準への適合性を審査した上
で，交付決定及び空港工事の同意を行うことになっている。本件空港に
おいても，設置許可申請者となる県が，平成１４年度に本件空港の整備
基本計画（案）を作成するに当たり，国土交通省に対し空港施設計画等
の事前調整を実施しており，地盤に関する事項についても，処分行政庁
は，赤土等流出防止対策及び施工計画を策定するに当たっての助言，指
導を得るため，地盤工学等の専門家をメンバーとするＰ１２委員会（乙
２７）を設置した旨の報告を受けていた。また，県が国土交通省に本件
空港整備の新規事業採択要望を行った平成１６年度には，全体の空港整
備計画の内容について審査を行い，地下空洞の影響については，Ｐ１２
委員会において重機荷重，盛土荷重及び航空機荷重に対し安定性の検討
がされ，いずれの荷重に対しても安定性が確保されていると評価したこ
と（甲１５）について確認を行った。飛行場の設置工事に当たっては，
毎年度，こうした手続が行われており，この過程において県は，滑走路
や誘導路の舗装強度等を確保するため，地盤特性に係る詳細な検証を行
い，必要に応じ構造物の設置に要求される地盤強度の確保のための対策
工事を実施しているところである。
さらに，本件空港設置予定地のように地下に空洞が存在する土地の強
度を確保するための工法として，例えば地下空洞の規模が比較的大きい
場合や空洞の形状や浸食状況等から充てん材料による空洞内への充てん
が難しい場合には，開削工法により地下空洞部の上部及び不安定な地盤
部を掘削除去し，空洞部を全て土砂等で埋め戻し，転圧を行うことによ
り地盤の所要強度を確保する方法が，また，地下空洞が比較的小さい場
合や開削工法が条件により採用できない場合には，空洞外部から，けい
砂，セメントミルクやモルタル等の充てん材料を充てんし，地下空洞内
部を全て埋めることにより地盤の所要強度を確保する充てん工法がそれ
ぞれ確立されているのであって，原告らの主張は，現代の土木技術の水
準を無視したものというほかない。なお，原告らは，飛行場設置許可処
分時において滑走路予定地の地盤の強度が不足していることがその瑕疵
であるかのような主張をしているが，飛行場設置許可処分時の状態では
強度に問題がある地盤であっても，現代における土木技術水準により強
度を補強することにより航空法施行規則７９条１項４号を満たす滑走路
等を構築することが可能ということであれば，同号に違反する瑕疵はな
いのであって，原告らの上記主張は失当である。
エ原告らは，第１０回Ｐ１２委員会において，本件空港の滑走路の真下
に位置することとなるＥ洞窟の崩落の危険性が指摘されたことから，航
空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号の要件を客観的
に欠くと主張している。
しかし，本件申請書によって，本件空港で計画されている滑走路等は，
これを使用する航空機の予想される運行回数に十分耐えるだけの強度を
有するものであると認められる。しかも，次のとおり，滑走路の真下に
位置することとなる洞窟の対策も講じた上で，滑走路等を構築するので
あるから，滑走路等の地盤に関しても問題を認めることはできない。す
なわち，第１０回Ｐ１２委員会では，滑走路の真下に位置するＥ洞窟を
含めた洞窟の崩壊の危険性の評価を行い，これを踏まえて，問題の認め
られなかったＡ１洞窟も対策範囲に含めた最適対策工法が検討され，Ａ
１及びＥ洞窟のうち一部（ゾーン０１ないし０８）については，アーチ
工法が最も適切な構造形式であり，Ｅ洞窟の他の部分（ゾーン０９ない
し１２）についてはスラブ工法が最も適切な構造形式であると結論付け
られた（甲１１）。県は，こうした検討委員会の検討を踏まえて，滑走
路の真下に位置する洞窟に存在する危険性を回避する工法によって滑走
路を設置するのであって，設置される滑走路等がこれらを使用すること
が予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を
有するものであることは明らかである。
(3)原告らは，本件空港滑走路予定地における乱気流発生の可能性を指摘し，
本件空港の滑走路が航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強
度を有するものとはいえず，航空法３９条１項１号に違反するという。
しかしながら，そもそも，航空法施行規則７９条１項４号は，滑走路舗装
体の強度についての基準を規定するものであり，一時的な自然現象である乱
気流による風向や風速の影響を審査するものではない。飛行場の設置許可申
請時においては，同規則７６条２項５号により風向風速図を申請書に添付す
ることが義務付けられているが，これは，飛行場の予想就航率を確認するた
めのものである。また，この点をおくとしても，県は，平成１３年１月上旬
から同年４月中旬までの３か月間の「乱気流調査」（乙２９）を行ったが，
航空機の運航上問題となるような乱気流は見られなかった。
なお，処分行政庁は，設置の許可の申請に当たっては，国際民間航空条
約第１４附属書（ＩＣＡＯＡｎｎｅｘ１４）飛行場第Ⅰ巻飛行場設計及
び運用（乙３０）において予想就航率は９５％以上とすべきとの勧告がさ
れていることを踏まえ，風向と風速に基づく予想就航率を確認していると
ころであり，本件空港の設置許可の申請に当たっても，予想就航率が９５
％以上であることを確認している。また，乱気流や横風にあおられるよう
な気象条件下においては，飛行場の運用上，航空機の空港への離着陸は行
われていない。
(4)原告らは，本件許可処分が地震により滑走路が水没するおそれがあるこ
とを看過した違法なものであると主張している。
しかし，そもそも，航空法施行規則７９条１項４号は，滑走路，誘導路及
びエプロン舗装体の強度についての基準を規定するものであり，突発的な自
然現象である津波による影響について審査するものではないから，原告らの
主張は失当である。また，仮に，原告らが指摘する「沖縄県津波・高潮被害
想定調査業務委託（宮古・八重山諸島沿岸域）報告書（概要板）」（甲７
２）で予測された津波高さを基に滑走路設置位置付近の遡上高を読み取り，
想定遡上高と計画滑走路高を比較しても（乙４３），約０．４ｍ（同Ｎｏ．
１２＋４０地点）から４．６ｍ（同Ｎｏ．１９地点）滑走路の方が高い位置
にあることから，滑走路が水没することはない。なお，付言すると，そもそ
も津波が遡上している状況下においては，飛行場の一般的な運用上，航空機
の空港への離着陸は行われていないし，本件空港においても同様である。
また，原告らは，航空法施行規則７６条１項３号が飛行場の標高を含め
た標点の位置を申請書に記載することを義務付けており，この記載には津
波により航空機の離着陸に支障が生じることがなく，滑走路を使用するこ
とが予想される航空機の予想される回数の運行に十分耐えるだけの強度を
滑走路が有していると認められるか否かを確認するという意味もあるなど
という。しかし，同号が標高を含む標点の位置を申請書に記載するよう求
めているのは，その位置が滑走路位置及び制限表面の基点となるからであ
って，突発的な自然現象である津波による影響を審査するためにその記載
を求めているものではない。
（原告ら）
(1)処分行政庁は，次のとおり，本件空港の滑走路直下に洞窟ないし空洞が
存在し，それらが崩壊することなどにより本件空港の滑走路が陥没ないし
崩壊するおそれがあるのに，そうした滑走路陥没ないし崩壊のおそれを看
過して本件許可処分をした。したがって，本件許可処分は，航空法３９条
１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号に違反した違法なものである。
ア航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号の文理解釈
からすれば，「陸上飛行場の滑走路及び誘導路等が，滑走路及び誘導路
を支える地盤に関する点も含め，想定される利用頻度で同飛行場を滑走
する航空機の荷重等に十分耐えるだけの強度を有すること」が飛行場設
置許可をするための必要条件としての審査基準となっていることは自明
の理である。実際，平成２０年の航空法施行規則の改正により，「空港
等の種類，着陸帯の等級及び滑走路（陸上空港等及び陸上ヘリポートに
あっては，基礎地盤を含む。）の強度又は着陸帯の深さ」が申請書記載
事項とされ（同規則７６条５号），「陸上空港等及び陸上ヘリポートに
あっては，滑走路，誘導路及びエプロン（いずれも基礎地盤を含む。第
７号及び第８５条第１号において同じ。）並びにこれらの強度に影響を
及ぼす地下の工作物がこれらを使用することが予想される航空機の予想
される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであること」
（同規則７９条４号）が航空法３９条１項１号を充足するための要件と
して明示されることとなったが（甲１１３，１１４，１１５参照），こ
の改正は，従来から基礎地盤等の強度が審査の対象となっていた点を明
確化するためのものであると国土交通省自らが説明している（甲１１
６）。
そして，「陸上飛行場の滑走路及び誘導路等が，滑走路及び誘導路を
支える地盤に関する点も含め，想定される利用頻度で同飛行場を滑走す
る航空機の荷重に十分耐えるだけの強度を有すること」という審査基準
を満たすか否かについては，必然的に当該地盤との関係での飛行場にお
ける航空機滑走の頻度，滑走する航空機の荷重，滑走路及び誘導路等の
建造物の構造を考慮した上で個別具体的に判断することになり，設置許
可処分当時の計画が実現した場合における滑走路及び誘導路等の直下の
地盤の客観的強度（補強等がある場合はそれを含めた強度）と飛行場に
おける航空機滑走の頻度，滑走する航空機等の荷重，滑走路及び誘導路
等の建造物の構造との相関関係により決せられる。
イ(ア)平成１６年に行われた実測調査において，本件空港の滑走路の地
下を横断して西に向かって伸びているとされていたＥ洞窟が，滑走路
の地下をおおむね滑走路に沿って南に向かって延びていることが判明
した。これを受け，県は，平成１６年１２月，処分行政庁に対し，Ｅ
洞窟の安定性を確保できないリスクがあることを伝えていた。しかし，
処分行政庁は，安定性を確保できずにＥ洞窟が崩壊し，その上にある
本件空港の滑走路が陥没するおそれを看過して，本件許可処分をした。
そして，本件許可処分当時，Ｅ洞窟には崩壊のおそれがあり，本件空
港の滑走路の強度は客観的に不足していた。そうすると，本件許可処
分は違法以外の何物でもなく，また，この瑕疵の治癒を認める余地も
ない。
平成１９年７月２３日に開催された第１０回Ｐ１２委員会において，
Ｅ洞窟のうち滑走路の真下付近に位置する断面１７Ｅ－２及び１８Ｅ
－２の部分については，既に現状（初期段階）から危険な状態にあり，
本件空港建設のためにＥ洞窟のうち断面１７Ｅ－２及び１８Ｅ－２の
部分の上を重機が通るとＥ洞窟が崩壊する可能性が生じることが明ら
かとなった（甲１１の１２頁）。さらに，盛土をして滑走路を整備し，
実際に航空機を運用させた場合，断面１７Ｅ－２及び１８Ｅ－２の部
分でＥ洞窟が崩壊する可能性が高いことが明らかになった（甲１１の
１２頁）。また，同委員会において，Ｅ洞窟のうち断面１７Ｅ－１に
ついても，滑走路建設のために盛土をした段階でＥ洞窟が崩壊する可
能性が生じ，実際に航空機を運用させると，Ｅ洞窟が崩壊する可能性
が高いことが明らかとなった（甲１１の１２頁）。さらに，同委員会
は，石垣島地方で地震が発生した場合，断面１７Ｅ－１，１７Ｅ－２
及び１８Ｅ－１の部分で，Ｅ洞窟が崩壊する可能性があることも明ら
かにした（甲１１の１４頁）。そして，同委員会は，このＥ洞窟崩壊
が空港機能への影響を与えることを認めた（甲１１の１１頁）。Ｅ洞
窟の崩壊は，同委員会が空港機能への影響を与えるとしていることか
ら，その真上にある滑走路の陥没をも当然意味する。
したがって，平成１７年１２月１９日の本件許可処分当時を含めた
平成１９年７月２３日に至るまでの計画が実現した場合の滑走路及び
誘導路等の直下の地盤の客観的強度と飛行場における航空機滑走の頻
度，滑走する航空機等の荷重，滑走路及び誘導路等の建造物の構造と
の相関関係から判断すると，本件許可処分当時の計画によっては完成
時（計画実現時）の本件空港滑走路及び誘導路等の直下の地盤が十分
な強度を有しているとはいえず，したがって，本件空港の滑走路及び
誘導路等が航空機の想定される運航状況に十分耐えるだけの強度を欠
いていることは明らかである。
そして，県は，同委員会において「空洞の崩壊の可能性がある箇所
があることが確認され，・・・空洞崩壊対策工事を行うことにつき了
承が得られたことから」，「現在，対策工事を施工するための実施設
計を進めているところであり，今後，設計が完了次第，対策工事を実
施する予定である｣としているのであり（被告準備書面(３)３１頁），
被告も，第１０回Ｐ１２委員会の内容を踏まえ，空洞の崩壊の可能性
がある箇所が確認されたことを認めている（同）。この空洞対策工事
は決して軽微な補充工事ではないことからすれば，これらのことは，
本件空港の設置許可申請者である県が本件許可処分時において航空法
３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号の要件が客観的に
満たされていなかったことを認め，被告も本件許可処分時においてこ
の要件が客観的に満たされていなかったことを認めたことになる。行
政処分の要件の存否は，行政処分時を基準として判断されるのである
から，同時点において処分要件が客観的に充足されていなければ，行
政処分主体の過失の有無にかかわらず，当該行政処分には違法の瑕疵
があり，取消事由が存することとなる。そうである以上，本件許可処
分に取消事由があることは明らかである。
さらに，本件許可処分後の第１０回Ｐ１２委員会以降，本件許可処
分当時のプランニングが変更され，Ａ１洞窟及びＥ洞窟の一部区間
（ゾーン０１ないし０８）の上にアーチ状の構造物を設置し，Ｅ洞窟
の一部区間（ゾーン０９ないし１２）の上に平板状の構造物を設置す
ることとなり（甲１１の１９ないし２３頁），平成２２年７月に開催
された第５回Ｐ４８委員会において，更にこのプランニングが変更さ
れ，従来の変更に加えてＣ１洞窟にボックスカルバートを設置し，Ｅ
洞窟の上流部に耐圧管を設置することとなった（甲２２０の資料３・
１－７ないし９頁）。このように複数回にわたるプランニング変更も，
本件許可処分当時の計画がずさんであり，根本的な瑕疵を含んでいた
ことを示すものである。
(イ)被告は，たとえ崩壊の可能性がある洞窟が滑走路の下に存在するな
どの理由により滑走路の強度が不足していたとしても，現代の土木技
術の水準に従って事後的に補強をすれば強度に問題がなくなる見込み
であり，実際に滑走路の真下に位置することとなるＥ洞窟の上に構造
物を置くという対策も講じた上で滑走路等を構築するのであるから，
滑走路等の地盤に関しても問題を認めることができず，本件許可処分
は航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号には違反
しないと主張し，本件許可処分後の平成１９年７月２３日以降に出さ
れた本件空港の滑走路の強度を確保する対策にも言及し，その主張の
根拠としている。この被告の主張は，処分行政庁が本件許可処分をし
た時点において，滑走路の強度が客観的に不足しているという本件許
可処分に関する取消事由（瑕疵）が存在するとしても，事後的にその
瑕疵が治癒され得るから，本件許可処分の効力には問題がないという
趣旨の主張であると思われる。
しかし，本件における滑走路の強度が不足しているという瑕疵は，
飛行場における滑走路の重要性に鑑みれば，到底軽微な瑕疵とはいえ
ない。加えて，この瑕疵は，形式的，手続的要件の欠落ではなく，航
空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条４号が定める滑走路の
強度という実質的要件の欠落であるから，本件において，瑕疵の治癒
を観念する余地はない。また，本件で不備のある処分に該当するのは，
本件許可処分であり，この処分をしたのは処分行政庁である。他方，
不備を治癒する予定の機関は県であって処分行政庁ではない。この点
からも本件で瑕疵の治癒を認める余地はない。
(ウ)仮に，Ｅ洞窟の上に構造物を置き，本件空港の滑走路の強度を確保
する対策が本件許可処分の違法性の判断と関係するとしても，そのよ
うな対策ではＥ洞窟の崩壊を防止することができないから，このよう
な対策は意味がない。
被告の主張するような構造物をＥ洞窟の上に設置した場合，Ｅ洞窟
の天板に強い圧力が掛かる上（甲１９５），Ｅ洞窟の乾燥が進む（甲
１９３の３頁）。また，県は，Ｅ洞窟の支流に浸透ゾーンⅡの水を流
すことにし，Ｅ洞窟の吐水口の穴も大きくした（甲２００の１ないし
２頁）。これにより，空気がＥ洞窟内を流れるので，Ｅ洞窟内の乾燥
に拍車が掛かる（甲１９９の３頁）。そのため，琉球石灰岩のはく離
現象が進行する（甲１９３の３ないし４頁，甲１９９の３頁）。こう
したはく離現象によりＥ洞窟の天井が崩落し，それに伴い水流が変化
したり（甲１９３の４頁），大雨等で増水したりする等の事態が発生
することによってＥ洞窟の名蔵れき層部分が削られれば，Ｅ洞窟は拡
がり，構造物の幅を超え，盛土の圧力によってＥ洞窟が崩壊し，滑走
路が陥没する（甲２００の１頁，６頁）。また，構造物の基礎が損壊
し，構造物自体が崩れ，これによっても滑走路が陥没する（甲１９６
の１頁）。そのため，たとえ被告の主張するような構造物をＥ洞窟の
上に設置したとしても，Ｅ洞窟は崩壊し，その上にある本件空港の滑
走路は陥没するのである。実際，平成２２年７月２２日から２３日に
行われたＥ洞窟の調査において，Ｅ洞窟の乾燥が進み，はく離現象が
多発していることが明らかになっており（甲２０３の１頁，４ないし
５頁），こうした陥没のおそれは現実のものとなっている。加えて，
本件許可処分後の第１０回Ｐ１２委員会以降，プランニング変更が複
数回されていることも，本件許可処分以降に出された対策によれば大
丈夫であるという根拠が乏しいことを示している。
ウ浸透ゾーンⅡには周辺の雨水が流れ込む（甲１９７の３頁）。そして，
浸透ゾーンⅡ内の吸い込み穴はＡ洞窟やＢ１洞窟につながっており（甲
１８９の４頁，同１９０の３０頁），浸透ゾーンⅡに流れ込んだ水はＢ
１洞窟やＡ洞窟とつながったＡ１洞窟にも流れ込む。Ａ１洞窟は本件空
港の滑走路の下を走っており，その吐水口は同滑走路の下にあるため，
浸透ゾーンⅡに流れ込んだ水は，地下水として本件空港の滑走路の直下
に溜まり，そこから粘土を巻き込んで流れることになり，本件空港の滑
走路の直下で粘土が削られた分の空間が生じ，結果として同滑走路は陥
没する（甲２００の２頁）。また，増水時には，Ｂ１洞窟は海抜２６ｍ
の高さまで冠水する（甲１９４の１頁）。そして，Ｂ１洞窟は琉球石灰
岩でできているところ，琉球石灰岩は透水性が高いため，冠水時にはＢ
１洞窟周辺の土壌に高い水圧を掛けることになる（甲１８７の２頁，同
２２４の１頁）。その結果，土壌が滑走路を支え切れなくなり，滑走路
は崩壊する（甲１９３の５頁，同１９４の１頁，同１９６の１８頁，同
２００の２頁，７頁，同２２４の１頁）。
このように，浸透ゾーンⅡからの水がＡ１洞窟を経由して滑走路の直
下を流れて土壌を削ったり，Ｂ１洞窟が冠水し，水圧が掛かったりする
ために滑走路が崩壊する危険があるにもかかわらず，処分行政庁は，こ
うした危険を看過し，本件許可処分をした。
エ本件空港設置に当たり，排水処理にドレーンが三つ使用されている。
しかるに，そのうちの一つは，本件空港付近のケイブシステムを流れる
水の出口（吐出口）と重なっており，増水時には大量の水が流れる。そ
のため，このドレーンに流れる水が周囲に漏れ出し，周辺の土壌を崩す
可能性が高い（甲１９３の３頁）。また，残りの二つのドレーンは盛土
内に設置されることになるが，浸透ゾーンＩに近いところに設置されて
いるため，ドレーンに土が詰まった場合には，水の力により滑走路が破
壊される可能性が高い（同）。
このように，不適切なドレーンの設置により，滑走路が崩壊する危険
があるにもかかわらず，処分行政庁はこうした危険性を看過し，本件許
可処分をした。
オ(ア)本件空港の滑走路直下には未知の空洞がある可能性が高く，このよ
うな未知の洞窟には，本件空港の設置に伴い，滑走路を整備するため
の盛土や航空機の着陸による圧力が掛かる。そのため，これらの未知
の洞窟は，将来的に崩壊する可能性があり，そうした崩壊は，本件空
港の滑走路の陥没につながる（証人Ｐ２０尋問調書３２頁）。
また，本件空港の滑走路周辺には，そこに降った雨水のみならず，
内陸部の石灰岩ではない地域の雨水も集まり，地下川となって流れ込
んでくる（証人Ｐ２０尋問調書８頁，３５頁）。さらに，本件空港建
設中，赤土を含んだ雨水等を浸透ゾーンに集めてから地下に集中的に
浸透させる計画であるが，この浸透ゾーンは本件空港建設予定地地下
の琉球石灰岩の真上にも存在する(乙２３の６－１－３４ないし３６頁，
７－１３ないし１８頁)。その結果，本件空港の滑走路付近の地下川の
水量は，浸透ゾーン設置時以前に比べ多くなるのは自明のことである。
そうすると，盛土や航空機の着陸による圧力が直接引き起こす陥没と
は別に，琉球石灰岩の中にできた空洞が土壌で埋まっている，又は琉
球石灰岩の表面が厚く土壌で覆われているときに，地下水の働きで土
壌が流され，土壌中に空洞ができ，その上の土壌が空洞中に崩壊する
という形での陥没も本件空港の滑走路下で起こり得，こうした陥没も，
本件空港の滑走路の陥没につながる（証人Ｐ２０尋問調書３３頁，甲
２０４，甲２０５，甲２１１の２頁）。
しかし，県は，本件事業実施区域のカルスト台地の特徴を全く踏ま
えないまま，つまり地下川の影響や未知の空洞が存在する可能性を全
く考慮しないまま，何らの対策も講じることなく本件申請を行った。
そして，処分行政庁は，現存すると考えられる未知の空洞により滑走
路が陥没する危険性を看過し，本件許可処分をした。
(イ)本件空港の滑走路直下付近には，主要な地下川が３本ないし５本あ
るが，それ以外に，未知の支流が相当数ある。そして，県は，これら
の地下川を把握しておらず，現在の地下空洞探査技術では，小さな流
路まで正確な位置を全て把握することは不可能である（甲２１１の１，
２頁）。
そして，これらの地下川の流路は，①地震等何らかの原因によっ
て空洞の天井が崩壊したり，土砂が流入したりするなどして地下川の
流れがせき止められ，これまでのように流れることができなくなる，
②流入する地下水の流量が増えて，現在の空洞だけでは排出するこ
とができなくなる，③地下水位が上昇し，あふれた水が高い位置に
ある空洞に流れ込む，④地下水位が下がり，高い位置にある空洞か
ら低い位置にある空洞に流れが移るといったことで変化し，特に，地
下水面勾配が急になる場合には，地下川による空洞の床への侵食が強
くなって谷が形成されるが，その谷が別の空洞に連結すると一気に流
れが変わることがある（甲２１１の２，３頁）。
このような変化の結果，水が流れなくなってそれまで水に満たされ
ていた空洞が空になると，その上の地盤は水による支えを失って落盤
することがあり，また，新しく水が流れ始めた空洞では，地下川の物
理的浸食によって空洞が拡大する可能性があって，空洞の規模が大き
くなるとそれを作っている物質の強度を超えた場合に落盤する。この
ような落盤は，地盤の強度，侵食の強さによるが，短ければ１年以下
で起こることもあり得る（甲２１１・３頁）。そして，こうした落盤
は，当然に本件空港の滑走路が陥没することを意味する。本件空港の
滑走路の下に地下川が流れている限り，将来にわたって本件空港の滑
走路の安全性が担保されることはなく，支流なども含め地下川の正確
な把握は困難であるから，こうした落盤などを完全に食い止めること
は不可能である。本件空港の滑走路が十分な強度を有するようにする
ことには元来無理があるのであり，県も，空洞に対して人工的に対処
することの困難性を認めている（甲２１９の１８頁）。
しかるに，県は，このような地層の実態や将来的に滑走路が陥没す
る危険性を考慮せず，本件申請を行い，処分行政庁は，そうした危険
性を看過して，本件許可処分をした。
カ被告は，第１５回Ｐ２３委員会議事録（乙２６）を根拠に，本件空港建
設予定地の琉球石灰岩の浸食の速さは１０００年で１ｍｍ未満であると
いう理由を挙げて，本件許可処分が航空法３９条１項１号及び航空法施
行規則７９条１項４号には違反しないと主張している。
しかし，同委員会において検討され，１０００年で１ｍｍ未満の速度
と結論付けられている浸食は，雨水に溶けた二酸化炭素と琉球石灰岩と
の化学反応により生じる浸食のことを指している。他方，原告らの主張
する浸食は，そのような化学反応により生じる浸食のみならず，地下水
の流れによる水圧で琉球石灰岩が物理的に削られることにより生じる浸
食のことも含んでいる。そして，本件空港建設予定地の琉球石灰岩に対
しては，地下水に含まれる二酸化炭素と琉球石灰岩の化学反応により生
じる侵食に加えて，原告らの指摘した物理的な侵食が生じるのであるか
ら，１０００年で１ｍｍ未満という数値よりも相当程度早いペースで進
むことが明らかであり，実際の本件空港建設予定地の琉球石灰岩の浸食
の速さは１０００年で１００ｍｍ程度と推定される（証人Ｐ２０尋問調
書３５頁）。さらに，１０００年当たりの浸食のスピードは，石灰岩全
体の浸食についてのものである一方，実際の浸食は，全体的に起こるの
ではなく，地下水が流れるところで集中的に起きるため，全体に関する
１０００年当たりの浸食スピードは余り参考にならない（同調書３６
頁）。被告の上記主張は失当である。
(2)本件許可処分は，滑走路において強い乱気流が発生するおそれがあるこ
とを看過しており，航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項
４号に違反した違法なものである。
ア被告は，航空法施行規則７９条１項４号は滑走路舗装体の強度につい
ての基準を規定するものであって，一時的な自然現象である乱気流によ
る風向や風速の影響を審査するものではないという理由により，滑走路
予定地における強い乱気流発生のおそれにより航空法３９条１項１号及
び航空法施行規則７９条１項４号違反の問題が生じることはないという。
しかし，被告も認めるとおり，航空法施行規則７６条２項５号により，
風向風速図を申請書に添付することが義務付けられている。この風向風
速図の添付には，飛行場の予想就航率を確認するという意味のみならず，
強い乱気流により航空機の離着陸に支障が生じることがなく，滑走路を
使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐える
だけの強度を滑走路が有していると認められるか否かを確認するという
意味もある。
したがって，処分行政庁が強い乱気流発生の十分な可能性を看過し，
飛行場設置許可処分をした場合，当然，航空法３９条１項１号及び航空
法施行規則７９条１項４号に違反することになる。
イ県は，平成１３年１月から４月にかけて，本件空港の滑走路予定地周
辺において，風向風速を観測し，高度別の１０分平均風向，風速に加え，
毎１０分間の風速の変動度合（１０分風速標準偏差）を記録した(甲７)。
また，航空機が離着陸に支障を来す規模の乱気流が発生するか否かを判
断するために算定突風速度を算出する必要があるが，県は，その算出に
用いられるピークファクターが２.０１以上３.２８以下であると算定し
た(甲７)。算定突風速度は，ピークファクターに１０分風速標準偏差を
掛けたものであり，この数値が１０.６７以上になると，アメリカ航空宇
宙局（ＮＡＳＡ）の乱気流階級にいう「強」と評価され，航空機の離着
陸に支障を来すものとされる(甲７，８，乙２９)。
本件空港には，α４岳からの吹き下ろしの風が吹き付け，乱気流を滑
走路に生じさせるおそれがあることに鑑みれば，どのような乱気流が生
じても本件空港における航空機の離着陸に支障を来すことはないといえ
るか否かを確かめるためには，県が算出した１０分風速標準偏差を基に，
地形に由来する要素による補正を掛け，その上で，ピークファクターの
最大値である３.２８を使用して算定突風速度を算定する必要がある（な
お，昭和４１年３月５日富士山風下で発生したＢＯＡＣ９１１機の墜落
事故に代表されるように，山岳波の影響は大惨事に直結するものである
から，山岳により発生する乱気流の影響に関しては特に慎重な調査が要
求されることは言をまたない）。こうした方法によりＰ４９研究会が算
定したところ，本件空港滑走路予定地においては，算定突風速度が最大
で１０.７１ないし１２.８２を記録した。すなわち，本件空港滑走路予
定地では，アメリカ航空宇宙局（ＮＡＳＡ）の乱気流階級にいう「強」
と評価される乱気流が発生して，航空機の離着陸に支障を来す可能性が
十分にある。
これに対し，県は，平成１３年１月から４月にかけて行われた上記の
観測（乙２９）により算出したデータを基に，本件空港滑走路予定地で
は，上記の乱気流階級にいう「強」と評価される乱気流は発生せず，航
空機の離着陸に支障を来すことはないと主張している。しかし，県は，
ピークファクターを３.０に設置して算定突風速度を算定しており，考え
られる乱気流全てを想定してはいない(甲７，８)。また，県の主張の根
拠となっている算定突風速度は，本件空港周辺の地形の影響による補正
を掛けないで算出したものであるから，正確性に乏しい(甲７，８)。さ
らに，風況は年による変動が大きいため一般的には３ないし５年間，理
想的には１０年間程度の観測が必要であるにもかかわらず，県はわずか
３か月間の観測を行ったにすぎないのであるから，この点でも基礎デー
タの信用性は乏しい。その上，県は，台風の影響等により１年のうちで
最も強風下での運行を余儀なくされる夏のデータではなく，冬から春に
かけて得られたデータを根拠に算定突風速度を算定しているため，算定
突風速度は過小に算定されている(甲８)。
ウ以上より，処分行政庁は，航空機の離着陸に支障を来す乱気流の可能
性を看過し，本件許可処分をしたということができる。乱気流で航空機
の離着陸に支障を来す滑走路は，もはや滑走路を使用することが予想さ
れる航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するも
のとはいえない。したがって，本件空港は，航空法施行規則７９条１項
４号の要件を満たさず，その結果，航空法３９条１項１号の要件も満た
していないというべきである。
なお，乱気流や横風が発生するタイミングは予測不可能であり，例え
ば，平成２０年３月１日，ドイツのハンブルク空港で，着陸しようとし
たＰ５０航空機が強風にあおられ，墜落の危機に陥るというアクシデン
トが発生している(甲７１)。したがって，乱気流や横風にあおられるよ
うな気象条件下においては，飛行場の運用上航空機の空港への離着陸は
行われていないとの被告主張は失当である。
(3)本件許可処分は，滑走路が津波により水没するおそれがあることを看過
しており，滑走路が運航に必要な強度を有するとはいえないから，航空法
３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号に違反した違法なもの
である。
ア県の「県津波・高潮被害想定（宮古・八重山諸島沿岸域）検討委員
会」は，平成１９年１０月１５日，石垣島南方沖でＭ８クラスの地震が
発生した場合，石垣市α２７付近で２５ｍを超える津波が発生する可能
性があるという調査結果を発表した（甲１６）。また，県土木建築部海
岸防災課が作成した「沖縄県津波・高潮被害想定調査業務委託（宮古・
八重山諸島沿岸域）報告書（概要版）」によれば，石垣島周辺で発生す
る地震により，本件空港建設予定地に近いα３で２４ｍ，α２８で３３.
５ｍの津波が発生するとされている（甲７２の３９頁）。さらに，明和
８年（１７７１年）４月２４日に発生した「明和の大津波」は，本件空
港建設予定地付近では高さ３０ｍ以上であった（甲１７）。そうすると，
本件空港が供用された場合，津波により滑走路が水没する可能性が十分
にあり，地震が石垣島周辺で起きた場合には，その直後に本件空港付近
で津波が発生するから，航空機の離着陸に関する対策を講じる時間的余
裕はない。
このように水没のおそれがある滑走路は，もはや滑走路を使用するこ
とが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度
を有するものとはいえない。したがって，本件空港は，航空法施行規則
７９条１項４号の要件を満たさず，その結果，航空法３９条１項１号の
要件も満たしていない。
イこの点につき，被告は，航空法施行規則７９条１項４号は津波による
影響について審査するものではないという。しかし，航空法施行規則７
６条１項３号は，飛行場の標高を含めた標点の位置を申請書に記載する
ことを義務付けている。この記載には，津波により航空機の離着陸に支
障が生じることがなく，滑走路を使用することが予想される航空機の予
想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を滑走路が有していると認
められるか否かを確認するという意味もある。
また，平成２０年の航空法施行規則改正により，本件空港のような陸
上空港の新設又は改良において，津波のような変動波浪による損傷が滑
走路等の機能を損なわず，継続して使用することに影響を及ぼさないこ
とが航空法３９条１項１号を充足するための要件とされることとなった
（航空法施行規則７９条７号）。この改正は，「陸上飛行場の滑走路及
び誘導路等が，津波による影響を受けないという点で，これらを使用す
ることが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの
強度を有するものであること」が同改正以前から航空法３９条１項１号
及び航空法施行規則７９条１項４号における飛行場設置許可をするため
の審査基準となっていたものの，津波に対する安全性を確保する航空法
の趣旨を明確にするために，同規則７９条７号を大幅に変更するという
形でされたものである（甲１１５）。
ウさらに，被告は，想定される津波の高さよりも本件空港の滑走路の高
さが少なくとも０.４ｍ高いと主張する。しかし，仮に被告の主張が正し
いとしても，０.４ｍの差は予測の誤差の範囲内というべきわずかな差に
過ぎない。被告の主張は失当である。
４争点(2)ウ（２号要件充足の有無）について
（被告）
(1)航空法３９条１項２号は，「当該飛行場・・・の設置によって，他人の
利益を著しく害することとならないものであること。」と規定するところ，
「他人の利益」の内容について航空法は具体的な規定を置いておらず，「著
しく害する」という規範的かつ抽象的な文言が採用されていること，２号要
件の判断に当たっては，設置される飛行場の公共性の有無及びその程度とそ
の設置によって侵害される他人の利益の侵害の程度，その侵害に対する補償
措置等の内容を比較考量して行うべきものであることなどからすれば，２号
要件を充足するか否かの審査に関する処分行政庁の判断は，その政策的な裁
量的判断に委ねられているものと解すべきである。
したがって，２号要件の判断についても，処分行政庁のした判断が裁量
権を逸脱又は濫用したものである場合に限り，違法になると解すべきであ
る（行政事件訴訟法３０条）。
(2)ア申請に係る飛行場の設置によって，他人の利益を著しく害することと
ならないものであることとの航空法３９条１項２号の要件は，飛行場周
辺地域住民の利益を一般的公益として配慮するほか，主として，航空法
４９条により制限表面による私権制限の対象となる私人の財産権に対し
配慮すべきことを定めた規定である。したがって，同号は，原告らが主
張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的利益として保護す
る趣旨の規定ではない。そして，当該飛行場の設置が私人の財産権等に
対する著しい侵害となっていないかを審査する目的で，同条２項におい
て公聴会の開催が義務付けられているものと解されることから，処分行
政庁は，公聴会における公述内容等を踏まえて総合勘案した上で，飛行
場の設置によって他人の利益を著しく害することとならないかどうかを
判断することとしている。
イ本件申請書及びその添付書類（乙３）によれば，飛行場敷地部分の多
くは山林や畑であることが認められる上，その大部分の所有者からは，
その土地を本件空港の設置者に売り渡す旨の同意が得られていること，
制限表面による制約が及ぶ区域内には人口や建物が密集する市街地はな
く，集落地域の建物もおおむね低層建築物であることが認められた。ま
た，平成１７年１１月１０日に石垣市で開催した公聴会においても，制
限表面の設定によって建築物の高さが制限されることについて特段異論
を述べる者はなく，飛行場の建設による自らの具体的な私法上の利益侵
害を訴える趣旨の発言も一切なかった（乙１０）。なお，この要件が原
告らの主張する自然環境に関する利益を個々人の個別具体的な利益とし
て保護する趣旨をも含むものとは解されないことは前述したとおりであ
る。
以上の点などを踏まえ，処分行政庁は，本件空港の設置によって，他
人の利益を著しく害することとならないと判断し，本件申請が２号要件
に適合するものと認めたものであり，その判断に裁量権の逸脱又は濫用
がないことは明らかである。
(3)原告らは，航空法３９条１項２号にいう「他人の利益」には，コキクガ
シラのような絶滅の危機に瀕している野生生物やアオサンゴのように世界
的にも類を見ない大群落を形成している野生生物を生存させていく生物多
様性を確保することによる利益が含まれるとの解釈を前提として，本件許
可処分が同号に違反するものであると主張している。
しかしながら，同号は，飛行場周辺地域住民の利益を一般的公益として配
慮するほか，主として，同法４９条により制限表面による私権制限の対象
となる私人の財産権に対し配慮すべきことを定めた規定である。したがっ
て，原告らが主張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的利益
として保護する趣旨の規定ではないから，原告らの上記主張は，その前提
を欠く。そして，原告らの主張は自己の法律上の利益に関係のない違法を
主張するものとして失当である（行政事件訴訟法１０条１項）。
また，野生生物は，所有権等の権利主体たる人格を有しないことからも，
航空法３９条１項２号の「他人の利益」にはこれら野生生物の利益は含まれ
ないことは明らかであって，この点においても，原告らの上記主張は失当で
ある。
なお，本件補正書によれば，野生生物の生育環境を保全するために必要
な措置等につき適正な配慮がされており，本件空港の設置により原告らの
指摘する野生生物の生態系に対する影響は，事業者において実行可能な範
囲内でできる限り回避ないし低減されていると認められるのであるから
（乙２の８頁参照），いずれにしても原告らの上記主張は理由がないとい
うべきである。
（原告ら）
(1)平成５年に施行された環境基本法の目的は，環境の保全について，基本
理念を定め，並びに国，地方公共団体，事業者及び国民の責務を明らかに
するとともに，環境の保全に関する施策の基本となる事項を定めることに
より，環境の保全に関する施策を総合的かつ計画的に推進し，もって現在
及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に寄与するとともに人類の福
祉に貢献することである（１条参照）。そして，この目的を受けて，同法
３条は「環境の保全は，環境を健全で恵み豊かなものとして維持すること
が人間の健康で文化的な生活に欠くことのできないものであること及び生
態系が微妙な均衡を保つことによって成り立っており人類の存続の基盤で
ある限りある環境が，人間の活動による環境への負荷によって損なわれる
おそれが生じてきていることにかんがみ，現在及び将来の世代の人間が健
全で恵み豊かな環境の恵沢を享受するとともに人類の存続の基盤である環
境が将来にわたって維持されるように適切に行われなければならない。」
と定めている。同条は，良好な環境の享受が人類の存続の基盤であること
を明示しており，憲法１３条又は２５条により認められる環境権を最も明
確に具体化したものである。このような環境基本法の目的及び認識を受け，
同法６条及び７条は，被告及び地方公共団体に対し，環境の保全に関する
基本的かつ総合的な施策を策定し，実施する責務を負わせている。そして，
同法１４条は，環境の保全に関する基本的施策の実施については，「生態
系の多様性の確保，野生生物の種の保存その他の生物の多様性の確保が図
られるとともに，森林，農地，水辺地等における多様な自然環境が地域の
自然的社会的条件に応じて体系的に保全されること」などの確保を旨とし
て行われなければならないとしている。したがって，環境基本法１条，３
条，６条，７条及び１４条は，生態系の多様性を確保するという利益を含
む法的利益を対象とした環境権を有することを確認しているものというべ
きである。
次に，平成５年に締約され，また，発効した生物の多様性に関する条約
は，生物の多様性の保全及びその構成要素の持続可能な利用の実現を重要
な目的としている（１条参照）。また，同条約６条(ｂ)は，締約国に対し，
生物の多様性の保全及び持続可能な利用について，可能な限り，かつ，適
当な場合には，関連のある部門別の又は部門にまたがる計画及び政策にこ
れを組み入れることを求めている。さらに，同条約８条は，締約国に対し，
生態系及び自然の生息地の保護並びに存続可能な種の個体群の自然の生息
環境における維持を促進すること及び保護地域における保護を補強するた
め，保護地域に隣接する地域における開発が環境上適正かつ持続可能なも
のとなることを促進することを求めている。加えて，同条約１０条は，締
約国に対し，生物資源の保全及び持続可能な利用についての考慮を自国の
意思決定に組み入れることを求めている。被告は，これらの規定により，
飛行場設置のような開発行為において，生態系の多様性の確保を可能な限
り考慮しなければならないのである。
また，平成５年に施行された絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存
に関する法律は，野生動植物が，生態系の重要な構成要素であるだけでな
く，自然環境の重要な一部として人類の豊かな生活に欠かすことのできな
いものであることに鑑み，絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存を図
ることにより良好な自然環境を保全し，もって現在及び将来の国民の健康
で文化的な生活の確保に寄与することを目的としている(１条参照)。すな
わち，絶滅のおそれのある野生動植物の保存により，生態系の多様性の確
保を図っているのである。
そして，環境基本法２０条を受けて，評価法が制定され，評価法３３条
以下により，対象事業に係る免許，許可等を行う者は，当該免許，許可等
の可否の判断に際し，環境配慮審査をしなければならないものとし，その
審査の結果を免許，許可等に反映させるものとしている。この審査におい
ては，環境基本法の規定に鑑み，生態系の多様性を確保するという利益へ
の適正な配慮がされているかも吟味されることになる。
さらに，環境庁（現在の環境省）は，平成７年，生物多様性国家戦略を
策定し，平成１４年にその改定を行っている。そして，改定された新・生
物多様性国家戦略は，「人間生存の基盤である環境は，生物の多様性と自
然の物質循環を基礎とする生態系が健全に維持されることにより成り立
つ」，「生物多様性を尊重することは，適正な土地利用を行うことを通じ
て，トータルで長期的な安全性，効率性を保証する」，「生物多様性は，
社会，経済，科学，教育，芸術，レクリエーションなど様々な観点から人
間にとって有用な価値を持つ」，「生物多様性は人間生活を豊穣なものと
し豊かな文化を形成するための根源となる」などと述べ，生物多様性の多
元的な価値を説いている。
これらの環境基本法，生物の多様性に関する条約，絶滅のおそれのある
野生動植物の種の保存に関する法律，評価法及び新・生物多様性国家戦略
との整合性という観点から，航空法３９条１項２号の「他人の利益」には，
原告らの環境的利益，特に，コキクガシラ及びアオサンゴのような貴重な
野生生物を生存させていくという生物多様性を確保することによる利益が
当然に含まれるというべきである。
(2)この点につき，被告は，航空法の規定などに照らし，「他人の利益」に
は，私人の財産権は入るが原告らの環境的利益は入らないと主張している。
しかし，次の理由によりこの主張は失当である。
まず，航空法は，航空機の航行の安全及び航空機の航行に起因する障害
の防止を図るための方法を定め，並びに航空機を運航して営む事業の適正
かつ合理的な運営を確保して輸送の安全を確保するとともにその利用者の
利便の増進を図ることにより，航空の発達を図り，もって公共の福祉を増
進することを目的としている（１条）。この「航空機の航行に起因する障
害の防止」には，上記のように環境基本法，生物の多様性に関する条約，
新・生物多様性国家戦略等が定められ，環境的利益が重視されるようにな
った現在では，「生態系の多様性を確保するという環境的利益が侵害され
ることを防止すること」も当然含まれるものと解される。
次に，航空法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項によれば，飛行
場の位置，構造等の設置の計画，管理の計画等を飛行場設置許可申請書に
記載することが義務付けられ，さらに，同規則７６条２項によれば，飛行
場の工事設計図書等を申請書に添付することが求められている。これらの
事項は，飛行場の設置予定地及びその周辺にどのような環境的影響が生じ，
もって，原告らの環境的利益がどの程度影響を受けるかを判断するために
必要な事項である。したがって，これらの規定は，環境的利益を考慮する
ことを義務付けているのである。なお，同様の議論は，飛行場の設置許可
申請があった場合の告示・掲示事項(航空法３８条３項，航空法施行規則７
８条１項)にも妥当する。
さらに，航空法３９条２項においては，飛行場を利用する者も公聴会に
おいて意見を述べることができるとされている。原告らは，いずれも石垣
島とのつながりを有するから，飛行場を利用する者に十分該当し得る。そ
して，環境基本法，評価法等が整備され，環境に対する関心が高まった現
在において，当該飛行場が環境的利益を侵害していないかについて飛行場
を利用する者が関心を抱き，意見を述べることは至極当然のことである。
したがって，同項を根拠に航空法が環境的利益を考慮していないと解する
ことは妥当でない。
加えて，航空法４３条は，飛行場について特に重要な変更を加える場合
に，環境的利益についての判断を慎重に行うという意味で処分行政庁の許
可を再度受けなければならないとする一方，飛行場の範囲，進入表面，移
転表面又は水平表面に変更を生じない場合には，飛行場による環境的利益
への影響の変化が類型的に小さいので，飛行場の設置許可申請があった場
合の告示・掲示事項や公聴会についての規定を準用しなかったと解するこ
とは十分可能である。したがって，同条を根拠に，航空法が環境的利益を
考慮していないと解することも妥当でない。
以上より，航空法３９条１項２号にいう「他人の利益」は，原告らの環
境的利益，特にコキクガシラ，アオサンゴなどの野生生物を生存させてい
くという生物多様性を確保することによる利益を含むものというべきであ
る。
(3)飛行場の設置が他人の利益を著しく害するか否かの判断に当たっては，
設置される飛行場の公共性の有無の程度，その侵害に対する補償措置等の
内容を比較考量して行うべきものである（静岡地裁平成１２年１２月２２
日判決・訟務月報４８巻９号２１６７頁）。そして，前述のように，環境
的利益，特に生物多様性を確保することによる利益が重視されていること
からすれば，この比較考量に当たっては，環境的利益への侵害も十分考慮
すべきである。
環境的利益，特に生物多様性を確保することによる利益は，一度失われ
ると二度と回復できないものである。そのため，諸外国では広く環境的利
益への影響を考慮する際に予防原則（環境保全についての政策の決定に当
たり，具体的な環境への影響が発生しておらず，その原因と思われる行為
との因果関係を科学的に証明できない場合でも，予防的に規制していくと
いう原則）が採用されている。我が国においても，平成４年に採択した生
物多様性条約が「生物の多様性の著しい減少または喪失のおそれがある場
合には，科学的な確実性が十分にないことをもって，そのようなおそれを
回避しまたは最小にするための措置をとることを延期する理由とすべきで
ないことに留意」（前文）することを日本政府に求めていることや，平成
１２年の第２次環境基本計画及び平成１８年の第３次環境基本計画におい
て予防的な方策を講じることが決定されたことを踏まえ，予防原則が採用
されるに至っている。
したがって，処分行政庁による飛行場の設置が他人の利益を著しく害す
るか否かの判断についての裁量は，環境的利益による予防原則による制約
を受けるものと解するべきである。
既にα３におけるアオサンゴ生態系は危機的状況にあるところ，本件空
港の建設による大量の赤土の流出や供用後の地下水脈の変更等により，ア
オサンゴ生態系が破壊され，アオサンゴの生息が不可能になる。また，本
件空港の建設ないし供用によるごう音，振動等により，本件空港建設予定
地付近に生息しているコキクガシラなどのコウモリ類の生存が不可能にな
り，種としての絶滅がもたらされる。そして，このようなアオサンゴ，コ
キクガシラなどの死滅は，原告らの生態系の多様性の維持による環境的利
益を大きく侵害するものである。
そうすると，本件空港に公共性が認められることや処分行政庁に一定程
度の裁量があることを考慮しても，原告らの受ける回復不可能な環境的利
益の侵害に鑑みれば，本件空港の設置は，他人の利益を「著しく害する」
ものであるというべきである。
５争点(2)エ（５号要件充足の有無）について
（被告）
(1)航空法３９条１項５号は，「飛行場にあっては，申請者が，その敷地に
ついて所有権その他の使用の権原を有するか，又はこれを確実に取得するこ
とができると認められること。」と規定している。この規定は，飛行場設置
事業の確実性に関するものであるところ，同号所定の「確実に取得すること
ができる」とは，取得しようとすれば，取得が確実に実現することになると
いう見込みが存在することをいう。そして，取得の実現性については，取得
のための法的手段（契約，収用等）の有無及び法的手段による目的達成の能
否が考慮される。このような判断は，将来の予測に係る事項を含んでおり，
その性質上，政策的又は専門的技術的判断を伴うものであるから，その要件
適合性については，性質上，処分行政庁の裁量が認められると解すべきであ
る。
したがって，処分行政庁のした判断が裁量権を逸脱・濫用した場合に限
り，違法となると解すべきであり（行政事件訴訟法３０条），これを争う
原告らにおいて，裁量権の逸脱・濫用があったことを基礎付ける事実を主
張立証すべきである。
(2)処分行政庁は，取得しようとすれば取得が確実に実現することとなると
いう見込みが存在することについて，具体的には，①飛行場用地の大半
について，現に所有権を有する者から売り渡し等の同意を得ていること，
②未同意用地については，申請者による交渉の継続等により確実に取得
することができるという見込みが存在すること等の事情を総合勘案して判
断することとしている。
そして，処分行政庁は，本件空港の建設予定地のうち，敷地面積の９９．
６％についてはその地権者から用地取得の同意が得られていたこと（乙３
のⅡ－２頁），同意が得られていない用地のうち，０．３％は所在不明者
２名が所有し，残り０．１％は空港建設に反対する６５４名が共有してい
る状況であること，同意の得られていない地権者については，県が今後と
もねばり強く説得に当たり，事業への理解と協力を求めていくこと等によ
り，県の責任において当該土地を取得する旨を確約していること（乙１
１），仮に同意が得られなかった場合でも，空港建設事業の公共性に基づ
き，土地収用法の適用が可能であること等の諸事情を総合勘案し，申請者
である県が，本件空港の敷地について，使用権原を取得することが確実で
あると判断した。
以上の点を踏まえ，処分行政庁は，本件申請は航空法３９条１項
５号の要件に適合するものと認めたものであり，その判断に裁量権の逸脱
又は濫用がないことは明らかである。
(3)原告らは，本件空港の計画区域内の土地の所有者である原告らの多数が，
その土地を本件空港の建設用地に提供しない旨の強硬かつ明白な意思を内
容証明郵便で表示していたにもかかわらず，処分行政庁は，これを看過し
て本件許可処分を行ったものであるとして，航空法３９条１項５号に違反
する旨主張している。
しかしながら，同号の要件該当性の判断については，その性質上，処分行
政庁の裁量が認められ，処分行政庁のした判断がその裁量権を逸脱又は濫用
した場合に限り，違法となると解すべきであるところ，その裁量権の逸脱又
は濫用が認められないことは既に主張したとおりであって，原告らのこの主
張には理由がない。
（原告ら）
(1)航空法３９条１項５号にいう用地取得の確実性は，取得しようとすれば
取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することを意味する
ところ，航空法施行規則７６条２項２号の２において，空港設置許可書に
所有者等の同意書の添付が求められていることからすれば，この用地取得
の確実性は申請時までに証明されなければならない。そして，航空法は，
土地収用法の制定後に制定された法律であるから，立法者は，土地収用法
が存在することを前提に，あえて５号要件につき（所有権その他の使用権
原を）確実に取得することができると認められることと規定したことに鑑
みれば，航空法３９条１項５号の趣旨は，飛行場の設置においては，土地
収用法の手続によらず，任意買収等の交渉により確実に土地の所有権その
他の使用権原を取得できることが認められなければならないことにあると
解すべきである。
また，いわゆる成田空港問題に関する平成３年５月以降の運輸省の対応
方針等に鑑みても，用地取得の確実性があるといえるためには，原則とし
て，土地収用法による手続ではない任意取得の方法により，取得しようと
すれば取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することが申
請時までに証明されなければならないものというべきである。そして，こ
の例外が認められるとすれば，①海面埋め立てが主で陸上の地権者が元
来少数である空港で右地権者らが条件闘争に転じて交渉のテーブルに着い
ている場合，②事実上の同意を得ているものの，相続手続未了のためい
まだ正式の地権者といえないために形式上は未同意地権者とせざるを得な
い者が少数存在する場合，及び③同意を得たくとも居所不明で同意の取
り付けようがない未同意地権者が１人，２人存在する場合のいずれかに該
当するか，これらと同視できる特段の事情がある場合に限られるものとい
うべきである（静岡空港建設反対運動をしていた団体の質問に対する平成
６年１０月２４日の運輸省航空局飛行場部計画課長の回答参照）。
しかるに，本件空港の建設予定地に関しては，本件許可処分の時点で，
相続人の不存在及び不在といった理由で未同意地権者が２名存在したのみ
ならず，本件空港建設予定地内にある１５５６㎡の土地を６５４名の地主
が共有しており，そのほぼ全員が未同意地権者となっていた。その上，こ
れら未同意地権者のうち，少なくとも約３００名が，平成１７年８月から
１２月頃にかけて，処分行政庁に対し，「新石垣空港建設用地の不提供に
関する通知」と題する内容証明郵便により，自ら所有する土地を本件空港
建設用地に提供しない旨の意思を表示し，その意思表示は，同年８月から
１２月にかけて処分行政庁に到達している。本件では，土地収用法による
手続ではない任意取得の方法により，取得しようとすれば取得が確実に実
現することとなるという見込みが存在することが申請時までに証明された
とは到底認められず，かつ，証明が不要となる例外的事情があるとも認め
られないから，５号要件は充足されていない。
(2)本件における任意取得の状況，任意取得に応じない者の数，その意思と
強固さの程度は上述のとおりである。また，自らの環境的利益，特にコキ
クガシラ，アオサンゴなどの野生生物を生存させていくという生物多様性
を確保することによる利益を守るという任意取得に応じない者の反対理由
は合理的である。他方，現在の予定地に本件空港を建設する必要性は，代
替案の検討もされていない以上，十分に示されたとはいえない。また，県
の一連の対応と具体的対策は，本件空港設置の申請に至る経緯に照らせば
ずさんである。
したがって，本件許可処分は，処分行政庁の有する裁量を著しく逸脱し
ており，航空法３９条１項５号に違反した違法なものである。
(3)仮に，５号要件にいう用地取得の確実性の判断において土地収用法によ
る取得を考慮するとしても，本件の場合，次のとおり，土地収用法２０条
３号及び４号を満たしていないから，５号要件は充足していない。
アまず，土地収用法２０条３号は，土地収用のための事業認定を受ける
ための要件として，「事業計画が土地の適正且つ合理的な利用に寄与す
るものであること」を挙げている。この要件は，当該土地が当該事業の
用に供されることによって得られる公共の利益と，その土地が事業の用
に供されることによって失われる公共的又は私的利益とを比較考量し，
前者が後者に優越すると認められる場合に満たされるものと解される
（東京高裁昭和４８年７月１３日判決（日光太郎杉事件控訴審判決）・
行裁集２４巻６・７号５３３頁参照）。
事業認定は，当該事業に必要な土地に着目して行われる処分であり，
まず当該土地が当該事業にとって適正なものであることを要する（適地
性）。しかるに，本件では，滑走路が陥没ないし崩壊するおそれがあり，
滑走路付近において強い乱気流が発生するおそれがあり，かつ滑走路が
津波で水没するおそれがあるため，滑走路が構造上十分な強度を有して
いないから，本件空港建設予定地は，空港としての適地性を欠いている。
また，県は，新空港の利用客数の予想を平成３３年には現在よりも４
０％以上も多い２６０万人と予想し，貨物の取扱量も同年には現在より
も２５％も多い１万３７００ｔと予想しており，本件許可処分はこれら
の予想を前提としている。しかし，近隣にα１７空港，宮古空港といっ
た２０００ｍ級の飛行場が多く存在していること，石垣島の観光資源は
さんご礁などの自然環境であるところ，近年の急速なリゾート開発によ
り，近い将来石垣島の自然環境が破壊され，観光資源が失われるおそれ
が大きいことなどからすれば，県の上記需要予想は明らかに過大である。
これに対し，自然環境は一旦破壊されれば再生は不可能である。すな
わち，原告らの環境的利益，特にコキクガシラ，アオサンゴなどの野生
生物を生存させていくという生物多様性を確保することによる利益は，
失われてしまうと回復不可能である。また，平成１９年８月１日よりα
３が海中公園に指定された趣旨から考えても，その環境は現状のまま保
護・保全が図られるべきことは当然である。
以上からすれば，本件における比較考量において，本件空港建設予定
地が事業の用に供されることによって得られるべき公共の利益は，その
土地が事業の用に供されることによって失われる環境的利益に優越する
とは到底認められず，本件は，土地収用法２０条３号の要件を満たさな
い。
イ次に，土地収用法２０条４号は，土地収用のための事業認定を受ける
ための要件として，「土地を収用し，又は使用する公益上の必要がある
ものであること」を挙げている。この要件は，当該事業に当該土地を強
制的に収用する程の公益的必要性が認められるか否かによって判断され
る。
成田空港についてでさえ，地主らの激しい反対運動を前に，一旦申し
立てた千葉県収用委員会への収用裁決申請が取り下げられた歴史的経緯
からすれば，成田空港のような第１種空港とは公益的必要性において比
すべきもののない第３種空港である本件空港のために，強固な反対意思
を示している第１原告らを含めた地権者に対して土地収用制度を利用す
るほどの公益的必要性があるとは到底認められない。したがって，本件
は，土地収用法２０条４号の要件も満たさない。
そうすると，土地収用法２０条３号及び４号の要件を満たさない以上，
仮に航空法３９条１項５号にいう用地取得の確実性の判断において土地
収用法による取得を考慮するとしても，本件は，５号要件を満たしてい
ない。それにもかかわらずされた本件許可処分が処分行政庁の裁量権の
範囲を逸脱しており違法であることは既に述べたとおりである。
６争点(3)（評価法３３条１項の審査との関係での本件許可処分の適法性）に
ついて
（原告ら）
(1)評価法３３条１項の審査及びこれについての司法審査の在り方について
ア評価法３３条１項の審査に基づく許認可等処分が違法になる場合
評価法３３条２項の許認可等処分は，裁量権の範囲の逸脱又は濫用が
ある場合を除いて司法審査が及ばないという意味での裁量処分（行政事
件訴訟法３０条参照）には当たらない。許認可等処分は，次のような場
合には，評価法３３条違反となる。
(ア)環境配慮という絶対的考慮要素を欠いた場合
評価法制定の経緯からすれば，環境配慮という要素の相対化が認め
られるのは，環境保全上全く支障のない場合又はせいぜい環境保全上
極めて軽微な支障が生ずる可能性を完全には否定し切れないというレ
ベル未満の支障が生ずるにすぎない場合に限られるというべきであり，
このレベルを超えて環境保全上の支障が生ずる可能性が少しでもある
ような場合には，環境配慮がされているとは到底いえず，絶対的な考
慮要素を欠く場合に該当し，他の要素いかんにかかわらず，直ちに許
認可等処分を行わない措置をとらなければならないというべきである。
この点，事業者としては，許認可等処分までの一連の環境影響評価
手続において多様な環境情報に接し，さらに，許認可権者等から直接
意見を得て，環境保全についての適正な配慮を十分に行う機会が与え
られていたのであるから，上記のように解釈しても，事業の決定・実
施にとって何ら過大な制約を与えるものではない。
このように，環境保全上の支障を極めて軽微な支障が生ずる可能性
を完全には否定し切れないというレベル未満にまで抑えられるだけの
環境配慮がされていることは，絶対的な考慮要素として他の考慮要素
との相対的な比較衡量が許されない。よって，これを欠く場合には他
の要素いかんにかかわらず行政裁量は一切認められず，これを欠くに
もかかわらず許認可等処分がされた場合には，当該処分は常に違法と
なる。
(イ)判断過程において考慮すべきでない事項を考慮し，考慮すべき事項
を考慮せず，又は考慮要素の認識や評価を誤って許認可等処分をした
場合
許認可等権者が許認可等処分をするに至る過程において，考慮すべき
でない事項を考慮し，考慮すべき事項を考慮せず，又は考慮要素の認
識や評価を誤った場合には，当該判断は結果いかんにかかわらず違法
となるのであるが（前掲東京高判昭和４８年７月１３日判決参照），
この判断は，評価法３３条の審査の意義・性質により，特に科学的か
つ客観的にされる必要がある。
環境影響評価制度における審査のプロセスは，準備書等の環境情報
について十分なデータ，分析等が記載されているかどうか，環境保全
についての適切な配慮がなされるものであるかどうかについて科学的
かつ客観的な検討を加え，その妥当性を判断するプロセスであるから，
評価法３３条の審査においては，許認可等権者は評価書に記載された
情報を科学的かつ客観的な見地から取捨選択・評価し，環境保全への
適正な配慮がされているか否かを審査しなければならないのである。
したがって，評価法３３条の審査が，考慮すべきでない事項を考慮
し，考慮すべき事項を考慮せず，又は考慮要素の認識や評価を誤った
場合に該当するか否かを判断するに当たっては，情報の取捨選択や情
報の評価が科学的かつ客観的な観点からされているか，科学的根拠に
基づかない予測，許認可等権者の主観等及び事業者の判断等に影響を
受けていないかという点から検討する必要がある。
(ウ)恣意的な環境影響評価手続に対し抑止効果を欠いた処分がされた場
合
環境影響評価手続は一次的には事業者によるセルフコントロールと
してされるわけであるが，評価法は，環境影響評価手続を事業者によ
るセルフコントロールに掛からせることにより，同手続が恣意に流れ
る危険があることを承知した上で，そうした事態を予防するための措
置として，制裁措置を設けるのではなく，横断条項を置くことによる
抑止効果で対応しようとしている。立法者自身，評価法は，許認可等
権者によるチェックがなおざりになってしまうと環境影響評価手続の
実効性を担保できず，骨抜きになってしまう可能性がある構造になっ
ていることを承知していた。よって，横断条項は正に評価法の核とな
る条項であって，許認可等権者による審査は事業者に骨抜きの環境影
響評価手続を行わせることのないよう厳しいものとならねばならない
のである。評価法の存在意義は正にそこに掛かってくるのである。
したがって，評価法３３条の審査は，たとえ当該事業により現実に
環境保全上の問題が生じることはないと判断される場合や，当該事業
が適切な環境保全措置を行っていると判断される場合であっても，環
境影響評価手続が事業者の恣意的判断に基づいて行われた疑いがあれ
ば，許認可等処分をしてはならないし，また，事後的に環境影響評価
手続が事業者によって恣意的に行われた疑いが生じた場合には，現実
に環境保全上の支障が生じたか否かにかかわらず，許認可等処分は取
り消されなければならない。それが評価法の趣旨である。このような
運用が定着して初めて，事業者に対する抑止効果が生じ，セルフコン
トロールを基本とする環境影響評価手続が事業者の恣意に流れること
を予防でき，評価法の規定する環境影響評価手続が実効性あるものと
なる。
このように，環境影響評価手続に恣意が含まれているおそれがある
にもかかわらず許認可等処分がされた場合には，その判断は違法とな
る。
(エ)第三者的視点による補完機能を欠く処分がされた場合
評価法は，３３条に基づき許認可等が拒否されるという抑止効果に
よって，セルフコントロールを基本とする環境影響評価手続の適正を
保とうとしている。しかし，評価法３３条の審査を行う主体は，当該
事業の許認可等権者である。いうまでもなく，許認可等権者は，当該
事業の主務官庁の長等であるから，当該事業に強い利害関係を有する
ものである。事業者が環境影響評価手続を行い，当該事業の許認可等
権者がこれを審査するというのでは，結局，事業の内容のみから許認
可等を判断するという既存の枠組みを脱することができず，環境保全
の観点からの公正な審査は期待できない。そうなると，評価法３３条
の審査による抑止効果も期待できないことになるから，結局，評価法
は骨抜きになってしまう。
そこで，評価法３３条の審査は許認可等権者以外の第三者が行うべ
きではないかという問題意識が当然生じるが，立法者は，同条の審査
が許認可等権者によりされるのみでは不十分であることを承知の上で，
これを環境保全措置に精通した環境大臣（評価法制定時には環境庁長
官）の意見により補うことを予定している。このように，２３条意見
は，評価法の核を成す評価法３３条の審査に致命的に欠けている第三
者的視点を補完するという決定的に重要な役割を果たすものである。
そして，２３条意見は，環境の保全に関する行政を総合的に推進する
ことを任務とし，関係行政機関の環境保全に関する事務を総合調整す
る環境大臣の意見であって，許認可等権者が意見を述べるに当たって
相当の重みを持って受けとめられることが予定されているから，許認
可等権者が評価法３３条の審査を行う際には，２３条意見に沿った審
査がされなければならない。
したがって，合理的理由なくして２３条意見に沿わない審査がされ，
許認可等処分がされた場合には，その判断は違法になるといわなけれ
ばならない。
(オ)事後のフォローアップ機能を欠く処分がされた場合
評価法３８条１項は「事業者は，評価書に記載されているところに
より，環境の保全についての適正な配慮をして当該対象事業を実施す
るようにしなければならない。」と規定している。この規定は，事業
を実施しようとする者が，実施に取り掛かる際の心構えを規定するも
のであるが，この心構えをもって事業実施に取り掛からなかった証左
とみなされる程度に事業の着手後に事業内容を大幅に変更するような
場合にはこの規定に対する違反が問われることとなり，もって事業開
始後に環境保全措置が適切に講じられるようフォローアップを図って
いる。
しかし，評価書の記載は事業者自身によりされるものであるから，
事業者が「評価書に記載されているところにより」フォローアップを
行うというのでは，結局事業者による自作自演に終始し，事業者の恣
意を規制することができない。そのため，評価法３３条２項は「当該
免許等に必要な条件を付することができる」と規定し，許認可等処分
をする場合であっても，条件を付して事業者を拘束することによって
フォローアップを図っているのである。
以上のとおり，評価法３３条は，評価法３８条と併せて事業開始後
に適切な環境保全措置が実施されることを担保するという機能があり，
この機能に信頼を寄せているからこそ，フォローアップの不履行に対
する指導，勧告，罰則等はあえて規定されていないのであるから，付
すべき条件を付すことなく許認可等処分をするという判断がされた場
合には，その判断は違法となる。
(カ)評価書の記載事項の判断過程に誤りがある場合に（たとえ記載内容
に誤りがなくても）これを是正せずに許認可等処分がされた場合
評価法３３条１項は，許認可等権者は「評価書の記載・・・に基づ
いて」環境配慮がされるものであるかどうかを「審査しなければなら
ない」と明確に規定しており，評価書に基づく審査を行うことを許認
可等権者に対して明文で義務付けている。そして，同項が評価書に基
づいて審査を行うことを要求したのは，環境影響評価の手続の最終成
果物たる評価書の内容を免許等に反映させることが必要であるからで
あるから，同条の「評価書」とは，評価法にのっとり作成された最終
成果物であって，必要となる環境情報の全てを的確にカバーしている
ものを指す。
したがって，最終成果物である評価書が，必要となる環境情報の全
てを的確にカバーできていないおそれがある場合には，そのような評
価書は評価法３３条の「評価書」とはいえないのであるから，そのよ
うな評価書に基づいて審査がされた場合には評価法３３条の「審査」
がされたとはいえない。
評価書の作成過程に過誤等がある場合，許認可等権者がどのような
判断をしようとも，その判断は裁量権を逸脱した違法なものとなるの
であり，ここにいう過誤等として，結論に全く影響を与え得ないよう
な軽微な過誤等は除外するにしても，「看過し難い過誤」に限定する
理由はない。
(キ)評価書の記載内容に誤りがあるのにこれを是正せずに許認可等処分
がされた場合
許認可等権者は，評価書の記載に基づいて環境配慮審査をするので
あるから，評価書の内容に事実と異なる記載がある場合には，許認可
等権者の判断には事実誤認があることになる。そして，事実誤認が裁
量の逸脱，濫用に該当することは確立した判例法理であるから，評価
書の内容に誤りがある場合には，たとえ環境影響評価手続が適正にさ
れていようとも，また，現実に環境保全上の支障が生じたか否かにか
かわらず，そのような評価書に基づいてされた許認可等処分は事実誤
認に基づくものとして裁量を逸脱し，違法となる。
(ク)環境影響評価の手続違反を看過して処分がされた場合
評価法３３条の審査においては，環境影響評価の過程及び手続の瑕
疵も審査の対象となり，これを看過してされた許認可等処分は違法と
なる（甲１６４の１参照）。同条の明文では手続的瑕疵に触れていな
いが，手続的瑕疵の存在は補正後の評価書（以下「確定評価書」とい
う。）の記載から認識できるので，確定評価書が審査の対象となって
いれば手続的瑕疵の審査に支障はない。
例えば，評価法はベスト追求型かつ住民の参加権を確保した環境影
響評価制度を規定しているので，事業者には評価に関連する具体的な
根拠を説明することが求められるため，この説明がされていないにも
かかわらずされた許認可等処分は，違法性の承継ないし手続違反の看
過として違法となる。また，立地に関して複数案の検討が行われてき
た経緯がある場合に環境影響評価において立地の代替案の比較検討が
行われなかったにもかかわらずこれを是正することなくされた処分も，
違法となる。
(ケ)合理的理由を示すことなく２４条意見に対応しなかった場合
事業者は，２４条意見に対応して評価書を補正しなければならないこ
とが原則であり，２４条意見に対応しないことが許容されるのは，２
４条意見に従わない方がより環境保全に資すると事業者が合理的理由
を示して判断した場合に限られる。よって，合理的理由を示すことな
く２４条意見に対応しなかった場合には，環境影響の大きさその他の
事項を考えるまでもなく，許認可等処分は直ちに違法になる。
(コ)なお，手続違反は当該手続が設けられた趣旨が没却される点や行政
処分の内容に影響を与え得る点を考慮して取消事由とされるのであっ
て，行政処分の主体が手続違反を犯した点に対する制裁的意味合いを
持つものではない。よって，手続違反を犯した主体が何者であるかに
かかわらず，評価法３３条１項の審査を経てされる行政処分の内容に
影響を与え得るような手続違反がある場合はもちろん，行政処分の内
容に影響を与えないような手続違反であっても当該手続違反が当該手
続の趣旨に反する重大なものである場合には，当該手続違反を根拠と
して行政処分が取り消されなければならない。手続違反を犯したのが
県で，行政処分をしたのが処分行政庁であるという点は一切関係ない。
また，取消訴訟に処分性が要求される趣旨は，処分性を訴訟要件とす
ることで濫訴を回避するという点にあり，決して処分性のない行政行
為については違法を容認するという趣旨ではない。そして，行政処分
は突如としてされるわけではなく，処分性のない多くの行政行為の積
み重ねの末にされるものである。そうとすれば，行政処分の前に存在
した行政行為の違法は後に控える行政処分に対する取消訴訟によって
是正するというのが処分性によって取消訴訟の対象を絞った行政事件
訴訟法の趣旨であると考えられる。そして，評価法もこれと整合的に
解釈すべきであるから，評価書作成過程における手続違反はそれ自体
の有効性を訴訟で争うことが困難である以上，後に控える許認可等処
分に対する取消訴訟によって是正することを予定しているというべき
である。よって，評価書ないし確定評価書作成過程における手続違反
は，違法性を帯びた評価書ないし確定評価書に基づく評価法３３条１
項の審査の結果された許認可等処分に対する取消訴訟によって是正す
ることが評価法の考え方であるというべきである。
イ(ア)被告は，評価法３３条２項の審査が違法となるのは環境への配慮を
全く怠ったといえるような例外的な場合に限られるというが，被告の
主張する行政裁量の範囲は，評価法制定前の事案において妥当した行
政裁量の範囲よりも更に広い行政裁量を説くものであって，評価法が
制定された意義を無視するものである。
(イ)後述するように，事業者のセルフコントロールは事業者にベスト追
求の責任と負担を負わせる趣旨であり，事業者の判断を尊重する趣旨
ではない。評価法３３条の審査において，許認可等権者は，事業者の
判断に対して「科学的かつ客観的」に検討を加えなければならないの
であって，審査においてその基準を外れる事業者の判断を尊重する余
地などはない。
また，評価法は，事業の経済的効果や社会的影響など環境影響以外
の面も含めた「総合的な見地から」広く一般に周知して事業の可否に
関わる総合的な判断をするための制度ではなく，あくまで環境影響に
焦点を絞った評価を目的としており，許認可等処分をするに当たって，
許認可等権者に対し，上記基準を逸脱した情報の取捨選択ないし情報
の評価を禁じている。許認可等権者の審査は，環境保全の見地のみな
らず他の要素も含めた総合的な見地からされるとしても，環境保全上
軽微でない支障が生ずる可能性がある場合には絶対的に許認可等処分
をしてはならないし，そうでない場合であってもまた，不合理な比較
衡量がされた結果許認可等処分がされれば，その処分は違法となる。
なお，環境影響評価制度は，個々の事業に係る政府の意思決定そのも
のに一般の人々が参加するための制度ではなく，環境に配慮した合理
的な意思決定のための情報の交流促進を目的としており，市民の意見
表明の機会は，住民投票のように市民が直接意思決定を行う制度では
ないものの，情報交流の促進を通じて市民の参加権を確保するという
側面を有する（甲１６４の１参照）。
以上のことに鑑みれば，評価法３３条２項の審査が違法となるのは
環境への配慮を全く怠ったといえるような例外的な場合に限られると
の被告の主張は理由がない。
(ウ)被告は，免許等の付与は，環境保全上の支障を防止する法益と免許
等を付与することによる法益を比較衡量し，総合的に判断するもので
あるという。
しかし，評価法は，公共性の高低に関係なく平等に環境影響評価の
実施及び横断条項の適用を規定しているのであるから，公共性が高い
場合には環境影響評価が形骸化するような解釈が評価法の趣旨に反す
ることは明らかである。横断条項の審査においては，環境保全上の支
障が一定程度以上に抑えられているという絶対的考慮要素を満たした
場合に初めて，免許等を付与することによる法益と比較衡量し，総合
的に判断することが許されるのであって，環境保全上の支障が一定程
度以上生ずる場合には，この法益がいかに大きくても，これと比較衡
量をして免許等を付与することは許されない。評価法の「併せて判断
する」という文言は，環境保全上の支障を一定程度以上に抑えるとい
う絶対的考慮要素が満たされていることを前提として，それでもなお
環境保全上の支障がゼロではない場合に，環境保全上の支障と免許等
を付与することにより得られる法益を比較衡量し，総合判断により免
許等を行わない処分をすることが可能であることを示すものである。
(エ)被告は，環境影響評価制度が一義的には事業者の自主性に委ねられ
ていることや，環境基本法の趣旨からしても環境への負荷の低減と社
会の発展の両立を指向し，その比較衡量を行わなければならないこと
をも，比較衡量・総合判断の根拠として挙げている。
しかし，前者については，環境影響評価制度が事業者のセルフコン
トロールを基本としていることは，事業者の判断を尊重する趣旨では
なく，事業者にベスト追及の責任を負わせた趣旨である。つまり，事
業者がベスト追求の責任を果たさず，事業者の判断では環境保全上の
支障が十分に抑えられない場合には，むしろ積極的に許認可等処分を
行わないことが望まれるのであって，事業者のセルフコントロールで
あることを環境保全上の支障が生じる場合であっても許認可等処分を
することができる根拠として挙げることは誤りである。また，環境基
本法４条は，社会の発展を図るとは規定しておらず，持続的に発展で
きる社会を目指す旨を規定している。持続的に発展できる社会とは，
環境に負荷を与えない社会のことであって，環境基本法の趣旨は，社
会を発展させるとしても環境に負荷を与えないようにすべきであると
いうものであって，環境を保全するとしても社会の発展を阻害しない
ようにすべきであるという趣旨ではない。
(オ)被告は，環境影響評価制度が事業者のセルフコントロールを基本と
しており，評価法３３条は，セルフコントロールでは不十分な場合に
備えて国が環境保全上の支障が生じないことを確保するための手段と
して定められたものであるとし，評価法３３条の審査においては，環
境保全上の支障の有無のみが審査対象となり，手続的瑕疵は直接の審
査対象とはならないという。
しかし，事業者のセルフコントロールは，事業者の判断を尊重する
ための制度ではなく，事業者にベスト追及の責任を負わせるための制
度であるから，事業者のセルフコントロールを根拠に，国の審査の範
囲を狭く解することは誤りである。むしろ，被告は，事業者がベスト
追及型の環境環境影響評価を適切に行っているかどうかを積極的にチ
ェックする必要がある。そして，評価法は，環境影響評価の結果が適
切なものとなるよう所定の手続を要求しているのであるから，所定の
手続が適切に行われなかった場合には，環境影響評価の結果が適切で
ないものとなるおそれが生じる。つまり，評価法所定の手続が実施さ
れていない場合には，ベスト追求型の環境影響評価が適切にされたと
はいい難い。
したがって，評価法が事業者のセルフコントロールを基本としてい
ることは手続的瑕疵が評価法３３条の審査の対象から外れることの根
拠とはなり得ないし，むしろ，事業者にベスト追求型の環境影響評価
を適切に行わせるために，同条の審査は所定の手続が適切に行われた
か否かも審査する場でなければならない。
(カ)また，被告は，事業者が行う環境影響評価はそれ自体行政処分では
なく，処分行政庁が行う許認可処分そのものの手続でもないから，行
政処分になぞらえて評価法で定める手続違反が直ちに取消事由となる
ことはないという。
しかし，事業者が行う環境影響評価が行政処分でないからこそ後に
続く許認可等処分においてその違法性を争う余地を残す必要があるの
であるし，環境影響評価が処分行政庁が行う許認可等処分そのものの
手続でなくても，違法性承継の根拠は違反者に対する制裁ではなく，
手続違反の事実それ自体にあるので，根拠法や手続主体が異なる手続
であっても先行・後続関係にある一連の手続であれば先行行為（環境
影響評価手続）の違法性を後続行為（許認可処分）が引き継ぐのであ
る。
(キ)被告は，意見表明の機会は「環境保全の見地からの意見」を一定期
間書面で述べることができるということ以上でも以下でもなく，評価
法が市民の参加権の確保を趣旨としているということはできないとい
う。
しかし，市民の意見表明が情報収集の手段であるということは，意
見表明の一つの機能にすぎない。市民が述べる意見は，環境情報の提
供を通して，環境影響が大きいから事業はやめてもらいたい，この環
境情報に配慮した事業にしてもらいたいといった事業の賛否まで含み
得るものである。市民からの環境情報の収集は，客観的な環境情報を
収集するだけでなく，市民が主観的にその環境情報をどれだけ重視し
ているかという市民の意見を収集することでもある。そして，提供さ
れた市民意見に対する事業者の応答義務を定めたことによって，環境
情報に対する市民の考え方や事業に対する市民の意見，及びそれらに
対する事業者の対応が，評価書上で明らかにされることになる。その
結果，評価書に基づいて行われる許認可手続においても，市民が当該
環境情報をどれだけ重視しているか，市民が事業実施に対してどのよ
うな意見を持っているかという要素も考慮されることになる。
よって，市民の意見表明は，単なる客観的な情報提供にとどまるも
のではなく，環境情報に対する市民の意見，事業の実施に対する市民
の意見を許認可等に反映させるための制度であり，市民の参加権を確
保する趣旨であると考えるべきである。
(ク)被告は，評価法が２４条意見における指摘に従ってそれに沿う措置
を必ず講じるように求めているものではなく，事業者による検討の結
果，その指摘に係る事項の修正を必要と考えないという判断を許容す
るものであるという。
しかし，評価法が事業者のセルフコントロールを基本とした趣旨は，
①事業を行おうとする者が自らの責任と負担で事業の実施に伴う環
境への影響について配慮することが適当であること，②事業者が事
業計画を作成する段階で環境影響についての調査，予測，評価を一体
として行うことにより，その結果を事業計画や環境保全対策の検討，
施工・供用時の環境配慮等に反映できることの２点にある。つまり，
評価法は，事業者に一定の基準をクリアさせることを要求し，かつ，
それで足りるという制度は採用せず，事業者自身の負担と責任で最善
の環境配慮を検討し，それを適切に事業に反映させる制度を採用した
のである。すなわち，評価法は，事業者のセルフコントロールを基本
とすることによって，基準クリア型ではなくベスト追求型の環境影響
評価を要求しているということである（甲１６４の１参照）。
事業者のセルフコントロールは，事業者にベスト追求型の環境影響
評価を要求するための制度であって，事業者に環境配慮を行うか否か，
及び行う場合にどのように行うか等に関する裁量を付与したり，事業
者の判断を尊重したりするための制度ではない。よって，事業者のセ
ルフコントロールであることが，事業者が大臣意見に従わなくてもよ
いことの理由になるかのような被告の主張は誤りである。
(ケ)被告は，事業者には２４条意見に従わない自由があるかのように主
張する。
しかし，事業者の自主的判断に委ねられているといっても，事業者
の自主的判断がベスト追求に沿わないものであれば，許認可等を行わ
ない処分や許認可等に条件を付すことで是正されなければならない。
事業者にベスト追求の責任が課せられている以上，事業者が２４条意
見に従わないことが許容されるのは，事業者が２４条意見に従わない
方がベスト追求型の環境影響評価に資すると判断した場合のみと考え
るべきである。
(2)環境影響評価手続違反を理由とする本件許可処分の違法性について
ア方法書段階での手続違反があること
本来，方法書（スコーピング）は，事業特性や地域特性を考慮しながら
環境影響評価の項目及び手法の案を記載して住民等からの意見を聴取す
るためのものである。そして，事業者は，それらの意見を踏まえて具体
的な環境影響評価の項目及び手法を決定し，その後に調査に入るなど環
境影響評価の手続を進めていき，住民等の意見を反映して計画の見直し
を図るという重要な意義を有する。スコーピングが不備であると，環境
影響評価により調査予測すべき項目が欠けている場合やその項目が適切
に選定されていないような場合が必然的に起こる。これらの場合には，
それに不可欠な項目等についての十分な調査等がされない限り適法な評
価書とはいえないことになる。そして，その瑕疵を看過してされた事業
許可は違法となってしまう。このように，スコーピングの不備が必然的
に違法状態を生起する以上，その不備自体が違法と評価されるべきであ
る。
このように，方法書の手続の目的は，地域や事業の特性に応じて創意
工夫のされた環境影響評価を可能にすること，及び事業の内容をより柔
軟に変更できる計画の早期段階において，地方公共団体や住民，専門家
等の意見を聴取することで，より良い環境配慮を事業計画に効果的・効
率的に組み込むことを可能にすることにある。この目的を達成するため
に，事業者は，方法書の公告縦覧をし，現実に事業計画地付近で生活を
している住民や事業計画地に関心を有する住民から，例えば事業計画地
及びその周辺に存在する貴重な動植物の生息地，湧き水や景勝地等の保
護すべきポイントの情報を収集し，方法書手続時点の事業計画（案）を
これらの情報に配慮して変更していくという作業を行うことになる。
そうすると，方法書の手続が意味を持つためには，最低限，①方法
書が公告縦覧に供される時点において，住民に対して計画の概要が明ら
かにされていること，②特に，環境に対して与える影響が大きいと思
われる設備等についてはその有無・内容・設置場所等が明らかにされて
いること，③公告縦覧により住民から入手した情報に基づいて評価法
１２条の調査が行われることが必要である。①②が満たされなければ住
民が情報を提供することができないし，③が満たされなければたとえ有
力な情報を入手できてもそれが環境影響評価に反映されず，無意味だか
らである。
ところが，本件方法書の公告縦覧が行われたのは基本計画未発表の時
点であったから，住民は，本件事業がどの場所に，自然環境のどの要素
に，どの程度の影響を与えるかを判断する材料を与えられていなかった。
そのため，どれほど有力な環境情報を保有している住民であっても，同
事業に当該環境情報が関連性を持つのか否か，持つとしてもその程度は
いかほどのものかを判断することができず，その結果，およそ環境情報
を収集することが期待できない公告縦覧手続となってしまった（前記①
の点の欠如）。この点，被告は，方法書の縦覧（作成）に先立って，本
件空港基本計画案が確定していなければならないわけではないと主張す
るが，「確定」かどうかは別として，方法書が，事業特性や地域特性を
考慮しながら環境影響評価の項目及び手法の案について住民等が意見を
述べるための手続である以上，住民等が相当の意見形成をすることがで
きる程度に具体性のある事業情報が公告縦覧されていることが評価法の
趣旨と解される。
また，本件方法書には本件空港建設によって設置される航空障害灯や
進入灯の記載がなく，県は，その公告公衆縦覧後に開かれたＰ２３委員
会で初めてその設置を明らかにした。このことは非常に大きな問題であ
る。なぜなら，それらの設置工事及び完成後の設備が夜間に発する光が
野生生物の生態に大きな影響を与える可能性があり，それゆえ環境影響
評価における重要な評価項目の一つとされているところ，障害灯や進入
灯の設置位置，設置向き及び構造等が不明であれば，地形等の背景的要
因による複合的影響も含めどの場所に生息するどのような種にどの程度
の影響を与えるおそれがあるか，また影響を最小化する方法は何かにつ
いて大まかな予測を行うことはおろか，どのような情報を出せばよいか
も判断する余地がないからである（前記②の点の欠如）。被告は，方法
書の段階では航空障害灯の位置・形状等が決定されていなかったため，
本件主務省令２条１項５号に照らし，その記載は必要はなかったと主張
しているが，少なくとも本件空港建設予定地が決定されており，そこに
航空障害灯を設置すべき高地になっている部分が存在することは明らか
であり，そのため進入灯を設置する必要があることは空港を設置しよう
とする事業者にとっては常識というべき事柄であって，位置や形状が決
まっていなかったから，記載がなくても問題ないという弁解は子どもだ
ましにすぎない。むしろ，県の担当者は，本件方法書を準備する段階で
これらを設置すべき場所やその形状が分かっていたはずであるが，航空
障害灯の設置が想定される場所は，近くに，絶滅のおそれのある野生動
植物の種の保存に関する法律により国内希少野生動植物種に指定されて
いる特別天然記念物で絶滅危惧１Ａ類のカンムリワシの営巣木が確認さ
れているなど貴重な野生生物の宝庫であることが発覚することをおそれ
て意図的に航空障害灯の位置・形状等の決定時期を遅らせたことが合理
的に推認できる。
以上のような状況で行われた公告縦覧手続では，住民から有力な環境
情報を収集できないことは当然である。県のやり方からは，方法書の公
告縦覧手続により地域住民から有力な環境情報を提供してもらい事業に
役立てようという意識が微塵も感じられない。
その上，県の作成した本件方法書は，これから実施する環境影響評価
の方法をどうするかという点が主体のものではなく，大半は既に実施さ
れた調査の結果をまとめたものであった。県は，実質上，本件方法書の
縦覧前に住民等の意見を聴取することもなく評価法１２条の調査に着手
し，ほとんどの調査を終えていた（被告は，県が方法書の縦覧前に行っ
た調査は，評価法に基づく調査に先立って，本件主務省令５条１項２号
に掲げる「地域特性」を把握する必要があったために，任意に行ったも
のであるというが，調査の大部分が本件方法書の公告縦覧前に行われた
という事実に変わりはないから，方法書手続違反の存在という観点から
はこのような反論は無意味である。）。県は，上記のような無意味な公
告縦覧手続でさえ，同条の調査の後に行ったのであり，本来であれば方
法書に基づいてこの調査は行われなければならないのであるから，この
ような順序の逆転は方法書の存在意義を無に帰し，環境影響評価制度を
骨抜きにして，事業を既成事実化するものである。
以上のとおり，本件方法書の手続は，方法書手続の意義を完全に没却す
るものであることは明らかである。方法書の手続は，環境影響評価手続
における調査対象事項を過不足ないものにするために評価法により採用
されたものであり，調査対象の決定は環境影響評価手続全体の範囲を決
定付ける。方法書の手続に不備があると，その後どれほど慎重な手続が
行われたとしても重要な点を見落としていたということになりかねず，
環境影響評価手続全体を無に帰すおそれがある。このように重要な方法
書の手続を省略したといっても過言でないほど形骸化した手続を行った
県の違反は，極めて重大である。
イ準備書段階での手続違反があること
準備書に不備があったために，対象事業の目的及び内容，調査等の項
目及び手法，環境影響評価の結果，環境保全対策等に修正を加える必要
があることを示唆する「環境の保全の見地からの意見」が出される機会
が失われた場合，そのような意見に基づき準備書を修正するという評価
法が予定する中心的な手続が無に帰することになるから，その違法性は
非常に重大であり，取消事由となることが明らかな違法であるといわな
ければならない。
(ア)平成１５年度コウモリ類調査委託業務報告書，本件準備書及び本件
評価書を対比すると，本件準備書には，平成１５年度コウモリ類調査
委託業務報告書の記載よりもコウモリの生息数や洞窟の利用頻度が少
なく記載され，本件評価書で平成１５年度コウモリ類調査委託業務報
告書の記載に戻されている部分が極めて多数ある（数値等の変わり方
は様々であるが，特に，空港建設予定地及びその周辺のＡないしＥ洞
窟については，平成１５年度報告書よりも本件準備書の方が数値が小
さい，あるいは利用頻度が少ない方向で数値等が変えられており，本
件評価書では平成１５年度報告書と同様の数値等に戻されている部分
が多数目につく。）。特に，ＡないしＥ洞窟の利用頻度について，コ
ウモリ類調査委託業務報告書及び本件評価書では通年にわたり利用と
されているにもかかわらず，本件準備書では一時的に利用とされてい
ることは重大である。
ＡないしＥ洞窟は本件事業で破壊される等の影響を受ける洞窟であ
る。これらの洞窟が一時的にしか利用されていないという記載を見れ
ばこれらの洞窟はコウモリ類の生活の本拠ではないと推測されるが，
通年にわたり利用されているという記載を見ればこれらの洞窟がコウ
モリ類の生活の本拠であると推測される。
本件準備書を見た関係都道府県知事，関係市町村長及び有意見者は，
コウモリ類が本件事業の影響を受ける洞窟を生活の本拠としているこ
とを知れば，洞窟にどれだけの影響があればコウモリの生活本拠とし
て成立し得なくなるのか，生活の本拠を失うことがコウモリ類にどの
ような影響を与えるか，他に生活の本拠とし得る洞窟が石垣島内に存
在するか，存在するとしても当該洞窟をすみかとしていた別のコウモ
リとの関係や餌の量等からして現実的であるのかといった点から様々
な意見が寄せられることが期待でき，これらの意見に基づき検討すれ
ば，ＡないしＥ洞窟に破壊等の影響を与えることを回避するために計
画地の変更や計画地内における施設の配置変更，洞窟への影響をより
低くするための保全措置を行う等修正が必要と判断される可能性が十
分にあった。他方，ＡないしＥ洞窟が一時的に利用されるにすぎない
と認識されれば，コウモリ類が生活の本拠を失うという視点からの意
見が出されることは期待できない。
そうすると，ＡないしＥ洞窟がコウモリ類の生活の本拠であるにも
かかわらずそうでないと誤認させるような不備は，対象事業の目的及
び内容，調査等の項目及び手法，環境影響評価の結果，環境保全対策
等に修正を加える必要性があることを示唆する意見が出される機会を
失わせるほどの重大な不備である。
(イ)「新石垣空港コウモリ類調査業務（その２）報告書」（平成１５年
３月県土木建築部作成）においては，「新空港の建設によって，Ａ洞
窟とＤ洞窟（カグラコウモリ）のコロニーが脅かされることは明らか
である。」と記載されているのに対して，本件準備書では「Ａ洞窟や
Ｄ洞窟がコウモリ類に利用されなくなる可能性は低いと考えられ
る。」と正反対の評価が記載されていた。
この点，被告は，両評価は前提条件が異なるから特段おかしなこと
ではない旨を主張しているところ，その趣旨は，主に環境保全措置を
講じることを前提としているか否かが異なるということのようである。
つまり，被告の主張は，本件事業はコウモリ類に悪影響を与えるもの
であるが，環境保全措置を講じることによりその悪影響は回避できる
というものである。
しかし，被告がいう環境保全措置及びその効果こそ，正に準備書に
記載されなければならない事柄である。つまり，準備書を作成し，こ
れを市町村長，都道府県知事に送付するとともに公告し縦覧に供する
手続は，多くの視点からの意見を募ることで準備書段階で暫定的に定
められている環境保全措置の不備をできる限り洗い出し，最適のもの
へ近付けていくことをも目的とする手続である。そこでは当然，準備
書段階において暫定的に予定されている環境保全措置及び事業者が予
測する当該措置の効力に対する検証的意見も期待されている。よって，
少なくとも環境保全措置がなければコウモリ類に無視できない影響を
与えることが予想される本件のような場合においては，環境保全措置
を講じるという前提を記載せずに，コウモリ類に与える影響は小さい
という評価だけを準備書に記載することは無意味である。記載すべき
は，その段階で事業者が予定している環境保全措置がどのようなもの
であり，事業者はその措置を採ることによって当該措置がない場合と
比べてどのような効果を期待しているのかという点であり，この点に
ついて検証を受けるべく，関係都道府県知事，関係市町村長に送付す
るとともに公告し縦覧に供しなければならないのである。したがって，
仮に，被告のいうとおり，準備書段階において，県が環境保全措置を
採ることによってコウモリ類調査報告書と正反対の評価になると考え
ていたのであれば，想定していた当該措置の詳細を記述し，さらに，
その措置を採らなければ本件事業はコウモリ類に悪影響を与えるもの
であるが，当該措置を採ることによりそれは回避できることを明確に
記載しなければならなかった。そうすることによって，初めて当該環
境保全措置に対する検証的意見が出されることを期待できるからであ
る。
本件準備書のように，コウモリ類に与える影響は少ないという県の
評価のみが記載されていると，本件事業は元々コウモリ類に大した影
響を与えない事業であるとの誤解を招くことは当然である。そして，
本件準備書にはコウモリ類調査報告書とは評価が異なるという事実す
ら記載されていないにもかかわらず，その点を指摘されると「前提条
件が異なる」などと弁解をするところをみると，本件事業は環境保全
措置を講じなければコウモリ類に悪影響を与えるものであるという事
実を隠そうとしたものと疑われても仕方がないであろう。以上の次第
で，上記不備がなければ環境保全措置の妥当性及び効果に関する様々
な意見が寄せられた結果，環境保全措置が見直される可能性は十分に
あったのであるから，上記不備が対象事業の目的及び内容，調査等の
項目や手法，環境影響評価の結果，環境保全対策等に修正を加える必
要性を示唆する意見が出される機会を奪うほどの不備であることは明
らかである。
(ウ)本件準備書には，絶滅危惧種コウモリ類に関する一部のデータが解
析中として記載されていない上，投稿中で学術的な評価を経ていない
未発表の「論文」が評価の根拠として引用されるなどしていた。解析
中として記載されなかったデータが存在する場合，準備書を見た者は，
そこに記載されている環境影響の予測が正しいかどうか判断できない
から，この点に関する意見を差し控えざるを得ないし，解析結果を加
味した場合に準備書の記載にそごが生じるかどうかという点も判断し
ようがない。しかも，沖縄の復帰以後激減し，環境省レッドデータブ
ックの絶滅危惧１Ｂ類に指定されていたコキクガシラなどコウモリ類
の保護が最大の焦点になっていたにもかかわらず，これら絶滅危惧種
コウモリ類に関する一部のデータが解析中として記載されていなかっ
たことは，後に修正すれば足りるという性質のものではない。準備書
として一応の体裁は整えられているように見えるとしても，焦点とな
っている最も重要な部分において未完成の状態のまま公告され縦覧に
供された事実は消えないのであり，本件準備書には，評価法１４条１
項７号イが求めているその時点での真正かつ適正であるべき「調査の
結果の概要並びに予測及び評価の結果」が記載されているとはいえな
い。
この点，被告は，他のデータに基づき環境影響の予測・評価は十分に
でき，実際，解析結果のデータを加味しても当初の予測判断に誤りは
認められなかったという。しかし，被告の主張は，県が他のデータで
十分であると判断したというものであり，解析結果を加味しても予測
判断に誤りはないと判断したのも県である。被告の主張は，当該事業
の環境影響評価に，関係自治体，環境保全の見地から意見を有する者
を参加させ，その検証にさらすという評価法の趣旨に真っ向から反す
る主張であるというほかない。
解析中のデータが絶滅危惧種コウモリ類に関わるものであったこと
に照らし，上記不備がなければ絶滅危惧種コウモリ類に対する影響に
関する意見が寄せられた可能性があり，この意見に基づき絶滅危惧種
コウモリ類に関する環境保全措置が見直される可能性が十分にあった。
よって，上記不備が対象事業の目的及び内容，調査等の項目や手法，
環境影響評価の結果，環境保全措置等に修正を加える必要性を示唆す
る意見が出される機会を奪うほどの不備であることは明らかである。
ウ代替案が検討されていないこと
本件方法書第２章８頁では，「（５）新石垣空港建設位置の選定」
の項目で，代替案を検討した経緯を記載している。しかし，方法書のこ
の箇所での位置選定に関する経緯の検討は，平成１３年８月に設置され
たＰ１委員会においてされた議論の概略が示されたのみの極めて不十分
なものであり実質を伴っていない（しかも，このＰ１委員会での決定は，
全員一致というルールを踏みにじり，自然環境に配慮すべきであるとい
う意見を多数の意見で押しつぶしたものであり，十分な議論がされた結
果ともいい難い。）。そして，本件の環境影響評価手続では，他に代替
案の検討はされていない。
この点，被告は，代替案を検討するかどうかは事業者の判断に委ねら
れるべきものであり，当該検討が行われなかった場合には，もとより代
替案の検討結果が評価書に記載されることはないと主張する。確かに，
環境保全措置を決定する過程で常に代替案の検討が必要となるわけでは
ないし，代替案検討の必要性の判断は環境影響評価手続の主体である事
業者が行うことが原則であることは，被告の主張するとおりである。
しかし，新石垣空港設置事業に関しては，長年にわたり複数の事業計
画地が検討されてきた経緯があり，α４岳陸上案以外にも複数の有力候
補地が存在した。しかも，環境影響評価手続開始時においては，一応α
４岳陸上案がＰ１委員会によって決定されていたものの，その決定経緯
は極めてずさんなものであり，α４岳陸上案を建設地とする合理的な根
拠は存在しなかった。すなわち，α４岳陸上案については過去に何らの
環境調査も行われていない唯一の候補地であったため，Ｐ１委員会の審
議の中では，公益委員を含めて数人の委員から，α４岳陸上案の調査を
してから比較検討するべきであるとの意見が出ていたにもかかわらず，
県は，調査には時間が掛かる等の理由を述べ，決まってから調査すると
してこれらの委員の提言を受け入れなかった。そのため，環境保全の観
点から候補地の比較検討を行う際，同委員会に県が提供した資料（甲７
３の自然環境の改変（環境保全上の課題）比較一覧表）においては，α
４岳陸上案の自然環境に関するデータは，同案の比較的近くに位置する
α４岳東案及びα２１案のデータをほぼ機械的に足し合わせたデータで
しかなく，環境影響評価実施以降その保全が重要な議論の対象になって
いるコウモリ類やカンムリワシのことは一切記載されていなかった。こ
のようなずさんな資料に基づいて，環境保全の観点からの審議は行われ，
さらに，選定委員の一人である自然保護団体の職員が，環境保全の観点
からα４岳陸上案に反対したにもかかわらず，委員会発足当初からの原
則であった全会一致による位置選定というルールを強引に突破して，α
４岳陸上案が強行的に選定された。このような経緯をそんたくすれば，
事業地の変更が現実的な選択肢であったことはもちろん，むしろ，環境
影響評価の結果を踏まえて初めてα４岳陸上案の妥当性を検討し得ると
いうべき状況であったのである。
また，過去２度のα３における新石垣空港建設事業が国際的にまで広
がったサンゴ礁保全運動によって白紙撤回をせざるを得ない状況に追い
込まれた経緯を踏まえ，しかも，α４岳陸上案がそのα３海域至近の陸
上部に空港を建設するというものであることを考慮すれば，事業地を選
択する際の視点として，自然環境保全上の観点は特別に重視されなけれ
ばならないものであることは論を待たない。しかも，事業計画地の変更
という選択肢が自然環境に与える影響を最も大きく左右する環境保全措
置の一つとして位置付けられる。
このように，計画段階において複数の候補地があり，しかも，その段
階での環境保全上の検討が不十分であり，環境影響評価手続開始時点に
おいても他の候補地への変更が現実的な選択肢として残されており，候
補地を選択するに当たって環境保全上の観点が特に重視されるような場
合，環境影響評価手続を行う事業者は，事業計画地の適否を再検討しな
ければならない義務を負うというべきであり，環境影響評価手続がこれ
に違反することは，許認可等処分の取消事由となるほど重大な違法であ
るというべきである。このことは，事業計画地の変更という環境保全措
置の特殊性からしても裏付けられる。すなわち，いかなる環境保全措置
を講じるかが原則として事業者の判断に委ねられるのは，事業者が手抜
きの環境保全措置の検討を行ったとしても評価法３３条１項の審査によ
って許認可等がされないという形で是正され得るからである。しかし，
事業計画地の変更という環境保全措置に関しては，それが環境影響評価
手続において検討され，その結果が評価書ないし確定評価書に記載され
ていなければ，評価法３３条１項の審査が行われる際には当該事業計画
地が既成の前提として扱われてしまい，許認可等権者が事業計画地の変
更という環境保全措置の適否を審査することなく許認可等が行われてし
まう可能性が高い。このように，事業計画地の変更という環境保全措置
は，他の環境保全措置とは性質を異にするものであり，このことからし
ても，事業計画地の変更という環境保全措置を検討するか否かを決める
際の事業者の裁量は，他の環境保全措置と比べて相当程度狭いと考えな
ければならない。
本件評価書は，評価法２１条２項１号，１４条１項７号ロ括弧書きに
反するものである。また，本件においては，事業計画地の変更という環
境保全措置の検討すなわち代替案の検討を行うことが事業者の義務であ
ったというべきであり，それにもかかわらず環境影響評価手続において
代替案の検討がされなかったことには本件許可処分の取消事由となる重
大な違法がある。
エ説明責任が果たされていないこと
本件補正書の４－１頁以下に記載されている方法書に対する住民意見
の概要とこれに対する事業者の見解，及び１１－１頁以下に記載されて
いる準備書に対する住民意見の概要とこれに対する事業者の見解におい
て，事業者の見解が住民意見に対する回答になっていないものがあり，
これが看過されたまま許可が出された点は説明責任不履行による違法事
由となる。
また，本件補正書における本件方法書及び本件準備書に対する住民意
見への事業者の見解は，一つ一つの住民意見に対して述べられたもので
はなく，いくつもの住民意見を無理やり一つの項目にまとめ，それらに
共通する意見やあるいは一部の意見を恣意的に選択して表明する方法で
述べられている。そのため，次のように，事業者の見解が明らかにされ
ていない住民意見（意見の一部も含む。）も多く，これも当然のことな
がら説明責任不履行による違法事由となる。この点，被告は，意見を一
括したり要約したり，環境の保全の見地からの意見と捉えられないもの
について対応しないことは問題ないという。しかし，原告らが主張して
いるのは，環境の保全の見地からの意見について一括ないし要約の仕方
が不適当であるということであって，一括ないし要約それ自体を否定し
ているわけではない。
(ア)本件補正書の４－１８頁の最上列では，立地を検討するに当たって
現空港拡張案を候補に入れないのはおかしい旨の指摘がされているが，
この点に関する事業者の見解は「現空港の滑走路延長ができない理由
は準備書に記載しています。」というものである。当該住民意見の趣
旨は，それぞれ長所と短所がある案を比較検討するに当たって，現空
港拡張案だけ最初から検討に値しないとして比較の対象にすら含めな
いのはおかしいとして，現空港拡張案を候補に入れなかった点を問う
趣旨であるのに，事業者の見解は現空港拡張案の短所を指摘するのみ
であって，比較の対象に含めない理由にはなっておらず，住民意見に
対する回答にはなっていない。
この点，被告は，環境影響評価実施前の位置選定経緯とともに，現
空港の滑走路延長が種々の事情から不可能ないし極めて困難であると
いう趣旨を示しているから，回答はされているという。しかし，この
住民意見は，環境影響評価実施前の位置選定経緯とは別に，環境影響
評価手続において代替案として検討してもらいたいという趣旨と解さ
れるから，環境影響評価実施前の位置選定経緯を示しても回答になら
ない。また，この住民意見は，客観的に見れば極めて合理的と思われ
る現空港拡張案をなぜ検討対象から外すのかというもっともな疑問を
提示する趣旨と解されるから，単に現空港拡張案のデメリットを指摘
するだけでは不十分である。現空港拡張案を検討対象からすら外すと
いう不自然な選択に対して現実に疑問が寄せられているのであるから，
県は現空港拡張案を検討対象に加えるべきであったし，少なくとも，
環境影響評価実施前の位置選定経緯よりも進んだ比較検討結果を示す
必要があったというべきである。
(イ)本件補正書の４－２２頁の下から３番目の列には，基本計画が発表
されないうちに環境影響評価手続に入るのは順序が逆ではないかとの
意見があるが，これに対する事業者の見解は一切ない。
(ウ)本件補正書の１１‐５頁最上列及び次の列には，赤土が地下浸透で
はろ過されず地下水脈あるいは地下の空洞を通って海へ流入するおそ
れがあるとの意見の中に，「地下水系ルートさえ把握していない」と
いう指摘があるにもかかわらず，それに関する事業者の見解は一切な
い。この点，被告は，県が濁水浸透ろ過に関する見解を述べているの
で足りるというが，地下水系ルートを把握していないことに対する疑
問が呈されているのであるから，県は，地下水系ルートを把握する必
要はないと考えたのか，把握することが望ましいが把握しなくても問
題ないと考えたのか，それとも把握できなかったのかという点につい
て，理由とともに回答を示す必要があったというべきである。
(エ)本件補正書の１１－３３頁の最下列では，コウモリ類の餌場確保に
ついて，関係機関に要請するだけでは関係機関の協力が得られない可
能性があるから不確実である，周辺緑地の公有地化等，緑地を確実に
担保する手段とその面積を明記する必要があるとの住民意見に対して，
「事業実施区域周辺の餌場となりうる場所については緑地の確保を関
係機関に要請してまいります。」との事業者の見解を記載するのみで
あり，実質的な回答が全くない。
オ２４条意見に対応していないこと
(ア)本件国交大臣意見の第１項（以下，本件国交大臣意見の項目番号
により，その第１項を「本件国交大臣意見１」，その第２項を「本件
国交大臣意見２」というように呼称する。）は，「小型コウモリ類が
出産・ほ育の場として利用しているＡ洞窟及びＤ洞窟については，そ
の保全に万全を期すること。」とする。これは，本件工事によって，
Ｂ，Ｃ，Ｅの各洞窟を元のままの状態で保全しないことにした結果と
して，この地域でのコウモリ類の生息を確保するためには，残された
Ａ及びＤ洞窟の保全が不可避となることに鑑み出された意見であり，
Ａ及びＤ洞窟がこの地域に生息するコウモリ類の出産・ほ育の場所で
あり続けることができるよう確実な措置を採ることを求めるものであ
る（本件国交大臣意見１には抽象的な表現が用いられているが，あえ
て本件国交大臣意見２以下とは別個に付されているのであるから，本
件国交大臣意見２以下とは別個の取り組みを指示していると解するの
が当然であり，２４条意見が「環境の保全上の支障の防止」のレベル
にとどまらず，より高い「環境の保全」のレベルを確保する観点から
事業者の自主的な取組を促進するために述べられるものであることか
らしても，本件国交大臣意見１は，本件国交大臣意見２以下と別個に，
より高い環境保全への取り組みを指示していると解すべきである。）。
これに対し，県は，本件補正書に，Ａ，Ｄ洞窟について，コウモリ
類の採餌場所への移動経路及び洞口環境並びに周辺環境の保全に万全
を期すために，Ａ，Ｄ洞口周辺の土地を取得することを追記した旨
（６－１２－２５６頁，３１７－３１８頁，７－６３頁），Ａ洞窟の
奥部より海側の上部に設置するドレーン層は，Ａ洞窟の奥部には影響
を及ぼすことはないと考えられるが，Ａ洞窟奥部への影響をより確実
に回避するため，ドレーン層を更に下流側に移動して，より万全な対
策を講じることを追記した旨を記載した（６－１２－２５６～２５８
頁）。
しかし，Ａ及びＤ洞窟洞口周辺環境の保全のための土地の取得は，
本件評価書にも，土地の取得を前提として「ゴルフ場残地を利用し
て」という表現で記載されており（乙１９の７－５８頁），本件国交
大臣意見を受けての対応として新たに記載されたものではない。また，
Ａ洞窟奥部の上部に設置するドレーン層を下流側に移動をすることは，
本件国交大臣意見４で求められたものであり，本件国交大臣意見２以
下の他に独自の更なる対応（措置）を求める本件国交大臣意見１への
対応ではない。県は，本件国交大臣意見１に何ら対応していないとい
うべきである。本件国交大臣意見１の指摘に対応せずに本件事業を遂
行すれば，Ａ及びＤ洞窟においてコウモリ類の保全を図ることは困難
になる。Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の改変によるコウモリ類への悪影響は，少
なくとも残存するＡ及びＤ洞窟の最大限の潜在能力によって低減する
ことが必須であるから，そのＡ及びＤ洞窟においてコウモリ類の保全
が困難になれば，コウモリ類の絶滅の危険は飛躍的に高まる。
(イ)本件国交大臣意見２は，本件事業の実施に伴い消失するとしている
Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟については，できる限りコウモリ類が継続してこれ
らの洞窟を利用できるよう，実態，機能等について専門家の指導・助
言を得た上で，可能な限り保全し，また，検討の過程及び講じる措置
を評価書に記載することとする。これは，消失するＢ，Ｃ及びＥ洞窟
の残存する空間を小型コウモリが利用できるように保全，工夫するこ
とを求めるものである。
これに対し，本件補正書では，「Ｂ，Ｃ，Ｅ洞窟は，地下水の水み
ちであり，地下の空洞として残存することから，Ｂ洞窟は新たな洞口
を創設する。Ｃ洞窟はトンネルを設け，敷地外に創出する緑地に新た
な洞口を創設する。Ｅ洞窟は洞口部に溢水の受け皿枡を設置し，ボッ
クスカルバートで導水することから，コウモリ類の利用に配慮して，
ボックスカルバート内の工夫，洞口付近への樹林の植栽等を行う。ま
た実施に向けては，さらに専門家の指導助言を得た上で，具体的な形
状等を決定することを追記した。」とする（７－６８～７１頁）。こ
れらは，地下に空洞として残存するこれらの洞窟を空港敷地外までト
ンネルなどでつなげて新たな洞口や緑地を創設するというものである。
しかし，本件評価書にも記載されているとおり，工事中は事業地の
植生が完全にはぎ取られた状態になっており，従前の状況と全く異な
った状態が現出しており，当然ながらコウモリ類の利用は期待できな
い。そのため，本件空港の供用後においても，一旦利用できない状態
になって空洞のみが残っている場所に再びコウモリ類が戻って来るか
は極めて疑わしい。特に，Ｅ洞窟については航空機が着陸する滑走路
の直下に当たるため，一層疑問である。要するに，空洞に出入りでき
るようにするというだけでは，コウモリ類の継続利用は期待できない
のである。本件国交大臣意見２はコウモリ類の継続利用を要求するも
のであるから，空洞に出入りできることは当然の前提として，工事期
間中にコウモリ類の利用がなくなってしまった空洞や，滑走路の直下
に残された空洞に，いかにしてコウモリ類を戻ってこさせるかという
方策を要求しているのに，本件補正書では，その前提部分だけを記載
しているに過ぎず，本件国交大臣意見２に対応したとは到底いえない。
被告は，本件国交大臣意見２はコウモリ類を戻ってこさせる方策ま
で検討するよう求めているものではないというが，本件国交大臣意見
２はＢ，Ｃ及びＥ洞窟についてコウモリ類の継続利用を確保すること
を要求しているのであるから，まずは工事の影響によってコウモリ類
が移動しない方策が重要であるが，工事の影響によってコウモリ類が
移動してしまった場合には，戻ってこさせる方策が継続利用確保の方
策となる。また，被告は，乙第４６号証や証人Ｐ２２の証言を根拠に，
工事によってコウモリ類が減少したり戻ってこなくなったりすること
はないともいうが，今後の工事進行に伴うコウモリ類への影響を予測
することは極めて困難であり（甲４参照），このような楽観的な予測
を根拠に対策を採らないとすることはできず，コウモリ類が減少した
り戻ってこなくなったりする場合を想定して対策を講じなければなら
ない。
(ウ)本件国交大臣意見３は，「事業実施区域及びその周辺で，Ａ～Ｅ
洞窟以外に確認されている洞窟については，コウモリ類の利用につい
て，追加調査を行うこと。調査の結果，コウモリ類の利用が確認され
た場合は，できる限りコウモリ類が継続してこれらの洞窟を利用でき
るよう，専門家の指導・助言を得た上で，可能な限り保全すること。
また，検討の過程及び講じる措置を評価書に記載すること。」とする。
これは，事業用地内の洞窟の周辺は植生が消失させられ，コウモリ類
が生息し得ない環境になるため，事業地外の洞窟からコウモリ類が発
見された場合には，その洞窟におけるコウモリ類の生息状況の調査，
それに基づく保全措置が極めて重要なものとなるから，事業実施区域
及びその周辺で確認されているＡないしＥ洞窟以外の洞窟のコウモリ
類の利用についての追加調査を求め，コウモリ類が確認されれば継続
して利用できるように保全することを求めるものである。
これに対し，本件補正書では，「事業実施区域及びその周辺で，Ａ
～Ｅ洞窟以外に確認されている１１洞窟について，平成１７年５月，
６月に小型コウモリ類の利用状況調査を実施した。調査の結果，数個
体が確認された⑨，⑩洞窟は，事業実施区域外であり，事業により改
変されることはない。事業実施区域内の②，④洞窟の空間は残存し，
引き続き水みちとなるようボックスカルバートで飛行場の外側に導水
する計画であるが，ボックスカルバートについては小型コウモリ類が
洞窟への新たな出入り口として利用できるよう配慮することを追記し
た。」としている（６－１２－１７７～１８１頁，７－７０～７１
頁）。要するに，県は，事業実施区域及びその周辺の１１洞窟につい
て，平成１７年５月及び６月だけ追加調査を行ったということである。
しかし，コウモリ類の生態を調査する場合に，平成１７年５月及び
６月の時期の調査だけでは，各洞窟のコウモリ類の利用を調査したこ
とにならない。コウモリ類は，季節に応じて利用する洞窟を変えるた
め，通常は複数年にわたる調査，最低でも１年を通じた調査が不可欠
である。国土交通省の外郭団体がまとめた「コウモリ類の調査の手引
き(2)，(3)」をみても，複数年かつ通年の調査が必要であることが指
摘されている（甲５１の１０，１１頁）。県は，自らの事業日程に合
わせてこのような短期間の形だけの調査を行ったにすぎない。県は，
この調査結果等に基づき１１洞窟についてコウモリ類が集団で継続し
て利用する洞窟でないと結論付けているが，全く科学的なものとは評
価できない（甲１２２の６頁，証人Ｐ２１）。県の対応は，本件国交
大臣意見３への対応には全くなっていない。さらに，「洞窟の空間は
残存し，引き続き水みちとなるようボックスカルバートで飛行場の外
側に導水する計画である」とする点については，前述の本件国交大臣
意見２で指摘したのと同様，空間に出入口を付けるだけではコウモリ
類の継続利用は期待できず，出入口を付けた上でどう継続利用を促す
かという本題に触れていない点で，やはり本件国交大臣意見への対応
とは評価できない。
被告は，最低でも１年間の調査が必要であると指摘した甲第５０号
証及び第５１号証の記載は，唯一絶対の調査方法を記載したものでは
ないという。しかし，被告は，わずか２か月間の調査が妥当であった
根拠を何一つ挙げることができていない。仮に，甲第５０号証及び第
５１号証の記載が被告主張のようであったとしても，例外を一切認め
ない趣旨ではないという程度のことであって，原則として１年以上の
調査が必要であることは明らかであり，わずか２か月間の調査で１年
以上の調査の代替となり得るという特別事情がない以上，十分な調査
であったと考える根拠はない。また，被告は，環境保全措置は事業者
の自主的判断に委ねられるべきものであると主張しているが，事業者
の自主的判断が行われることは事業者の判断を尊重する趣旨ではなく，
事業者にベスト追求の責任と負担を負わせたものであることは既に述
べたとおりである。
(エ)本件国交大臣意見４は，「ヤエヤマコキクガシラコウモリが出産・ほ
育を行うＡ洞窟奧部の上部にドレーン層が設置される場合は，Ａ洞窟
奥部の地下水に影響を及ぼすことがないよう，ドレーン層の位置，浸
透方法についてさらに検討を行い，それらの見直しを含めた追切な措
置を講じること。また，検討の過程及び講じる措置を評価書に記載す
ること。」とする。これは，現状のままではドレーン層がＡ洞窟奥部
の地下水に悪影響を及ぼすから，ドレーン層の位置と浸透方法を再検
討して，ドレーン層がＡ洞窟奥部の地下水に影響を及ぼすことがない
ようにすることを求めるものである。
これに対し本件補正書では，「Ａ洞窟の奥部より海側の上部に設置
するドレーン層が地下水へ及ぼす影響を検討したところ，Ａ洞窟の奥
部には影響を及ぼすことはないと考えられるが，Ａ洞窟奥部への影響
をより確実に回避するため，ドレーン層をさらに下流側に移動して，
より万金な対策を講じることを追記した。」（６－１２－２５６～２
５８頁）としている。これは，Ａ洞窟奥部の上部に設置するドレーン
層を下流側に移動（１０ｍ）するというものである。
しかし，本件国交大臣意見４で要求されている浸透方法についての再
検討は行われていない。この点で，県が本件国交大臣意見に対応して
いないことは明らかである。また，ドレーン層を１０ｍ下流に動かし
たところでＡ洞窟の上部にドレーン層があることは変わらず，ドレー
ン層を通じてＡ洞窟内に赤土を含む雨水が流入することにも変わりは
ない。それにもかかわらず，ドレーン層から流入した赤土を含む雨水
がＡ洞窟奥部に影響を与えることを回避するための方策は一切採られ
ていない。Ａ洞窟奥部に影響を与えないことが本件国交大臣意見４の
趣旨であるから，県の対応は，本件国交大臣意見４に全く対応してい
ないに等しい。
この点，被告は，ドレーン層の設置がコキクガシラが出産・ほ育に利
用しているＡ洞窟の奥部に影響を及ぼすことはないという見解を前提
として，洞窟への影響をより確実に回避するため，ドレーン層の位置
を下流側に移動させたものであるから，対策として十分である旨主張
している。しかし，本件国交大臣意見４がＡ洞窟奥部への影響を懸念
して適切な措置を講じることを指示した以上，県は，Ａ洞窟奥部への
影響はあり得ることを前提として適切な措置を講じなければならなか
った。既に述べたとおり，事業者が２４条意見に従わない判断をする
ことができるのは，従わない方がより環境保全に資すると判断した場
合のみであるから，Ａ洞窟の奥部に影響を及ぼすことはないという独
自の判断を根拠に本件国交大臣意見４の要求を軽減して対応すること
は許されない。
(オ)本件国交大臣意見５は，「小型コウモリ類が生息する洞窟の周辺に
おいて樹林，草地等の改変を行う場合には，移動経路及び餌場を確保
すること。また，移動経路及び餌場が出来る限り早く確保されるよう
樹林，草地等の改変の工程を工夫すること。これらの検討の過程及び
講じる措置を評価書に記載すること。」とする。要するに，コウモリ
類の移動経路，餌場の確保と樹林，草地等の改変の工程の工夫をする
ことによって，コウモリ類が継続して生息できるようにすることを求
めるものである。
これに対し本件補正書では，「小型コウモリ類の移動経路及び餌場
として事業実施区域西側及び北側に約５０ｍ幅の緑地を創出すること，
また，Ａ，Ｄ洞窟の洞口周辺から国道周辺の樹林に至る範囲に緑地を
創出することを追記した。」（６－１２－３１８～３１９頁，７－１
６３頁），「事業による土地改変は段階的に実施し，樹林の伐採は，
全体をー度に行わず，２～４年次に段階的に行うこと，また採餌場所，
移動経路となる緑地を早期に創出することを追記した。」（６－１２
－３１８・３１９頁，７－６３頁）とする。これは，移動経路，餌場
として５０ｍ幅の緑地を創出し，また，土地改変の段階的実施と緑地
を早期に創出するということである。
しかし，これらの記載はいずれも本件評価書（乙１９の６－１２－
３１０頁）に記載されていたところと基本的に何らの変わりもないも
のであり，新たな対応ではなく，この点で，県は，本件国交大臣意見
５に対応していない。また，いくら事業による土地改変は段階的に実
施し，樹林の伐採は全体をー度に行わず，２ないし４年次に段階的に
行うとしても，結果として，空港予定地になる前はコウモリ類の餌場
となっていた広大な低木の茂み，草地の部分の植生は全てはぎ取られ
ることになる。その周囲にいくら緑地が形成されるとしても，植栽に
は一定の期間が必要であり，その間コウモリ類が利用できない期間が
発生する。また，採餌場所，移動経路となる緑地を早期に創出するに
しても限度があり，前記のコウモリ類が利用できない期間の存在のた
めに，コウモリ類が利用を放棄する可能性がある。この点で，県の対
応では本件国交大臣意見５が求めるコウモリ類の生息継続を達成でき
ない可能性があり，県の対応は，内容面でも本件国交大臣意見５への
対応として不十分である。
以上に対し，被告は，樹林の伐採を工区ごとに段階的に行うこと，
緑地の創出に当たっては早期に植栽を行うこと等の措置で本件国交大
臣意見５に対応したというが，本件国交大臣意見５は，本件評価書に
記載されていた移動経路と餌場に加えて，更に移動経路と餌場を設け
ることを要求している。しかるに，本件補正書には本件評価書に記載
されていた移動経路と餌場の確保のことしか記載されていないので，
本件国交大臣意見５に対応したとはいえない。また，被告は，本件国
交大臣意見５は消失面積と同程度の緑地面積を創出することまでは要
求していないと主張するが，仮にそうであっても，本件国交大臣意見
５が消失面積のわずか３分の１程度に過ぎない創出緑地面積を不十分
であると考えて移動経路及び餌場を確保することを要求したのである
から，少なくとも消失面積の３分の１よりも相当程度多くの緑地面積
を創出するよう要求していることは明らかであり，そのような対応が
本件大臣意見５に応えるものでないことは明らかである。
(カ)本件国交大臣意見６は，「本事業の実施に当たっては，専門家の指
導・助言を得た上で，工事の施工方法，時期等を検討し，これら小型
コウモリ類の生息環境に急激な変化を与えないように配慮すること。
特に，工事中の騒音・振動に対する環境保全措置については，小型コ
ウモリ類の出産・ほ育の時期における工事を避けることも含め，適切
な措置を講じること。また，これらの検討の過程及び講じる措置を評
価書に記載すること。」とする。これは，工事中の騒音・振動につい
て，コウモリ類の出産・ほ育時期の工事を避けるなどの適切な措置を
求めるものである。
これに対し本件補正書では，「事業による土地改変は段階的に実施
し，採餌場所への移動経路が分断されないように配慮して，樹林の伐
採は，全体を一度に行わず，２～４年次に段階的に行うことを追記し
た。」（６－１２－３１８・３１９頁，７－６３頁），「出産・ほ育
の時期（５月～８月）及び冬期の休眠時期（１２月～３月）は，Ａ洞
窟最奥部及びＤ洞窟から半径４０ｍ以内での振動ローラと同等の振動
を出す作業及び半径１００ｍの範囲での大型ブレーカと同等の騒音・
振動を出す作業を避けることを記載した。」（６－１２－２６７・３
２０頁，７－６５頁）とする。これは，出産・ほ育時期（５～８月）
及び冬期の休眠時期（１２～３月）については振動ローラ（Ａ洞窟奥
部，Ｄ洞窟から半径４０ｍ），大型ブレーカ（Ａ洞窟奥部，Ｄ洞窟か
ら半径１００ｍ）等の作業を避けるというものである。
しかし，その前半部分は本件国交大臣意見５に対する対応と全く同
じであり，既に述べたことと同様に，本件国交大臣意見６に対する対
応とはいえない。また，後半部分は本件評価書に記載された内容（乙
１９の７－６０頁）と全く同じであり，新たな対応ではない。しかも，
本件国交大臣意見６は，コウモリ類に配慮した工事を行うことを要求
しているのであるから，出産・ほ育期には，コウモリ類に影響を与え
得る大型重機の使用を全面的に中断しなければ意味がない。しかし，
県は，「振動ローラと同等の振動を出す作業」「大型ブレーカと同等
の騒音・振動を出す作業」に限定して中断をすると記載しており，裏
を返せば，県はこれ以外の大型重機の使用はたとえ出産・ほ育期であ
っても継続するというであるから，その内容面からいっても，本件国
交大臣意見６への対応にはなっていない（実際，原告ら代理人らが平
成１９年６月に本件空港工事現場を視察した際に，出産・ほ育時期で
あるにもかかわらず，大型重機であるバックホーを使用して工事が行
われていた。この件に関する県の弁解は，バックホーは大型ブレーカ
とは違うので問題ないというものであった。原告ら代理人らは，改善
を申し入れたが，対応がされた形跡はない。）。県の対応は，単に一
部の大型重機を使用しないということをもってコウモリ類に配慮した
かのようなポーズをとっただけのものであって，工事に必要な大型重
機があれば，たとえコウモリ類に影響があろうとも構わず使用すると
いうものであるから，本件国交大臣意見６に対する対応にはなってい
ない。出産・ほ育期に空港建設工事を行うことの影響は重大であり，
本件評価書及び本件補正書でも指摘している秋吉台の例を見ても，コ
ウモリ類がその場所での出産・ほ育を放棄しかねないものである。現
に本件空港予定地及びその周辺の地域（以下「α９地域」ということ
がある。）においてコウモリ類の数が減少している傾向を示している
ことは，工事がこの地域のコウモリ類の生息に深刻な影響を与えてい
る結果と評価できる。
以上に対し，被告は，事業者は大臣意見を勘案して修正を必要とす
ると認めるときに措置を採ればよいのであるから修正措置を採らなか
ったことが評価法違反になるわけではないと主張するが，既に述べた
とおり，事業者が２４条意見に対応しない判断をすることができるの
は２４条意見に従わない方がより環境保全に資すると判断した場合の
みであるし，その場合には判断の根拠を示す必要があるから，県に本
件国交大臣意見６に従うか否かに関し広い裁量があるかのような被告
の主張は失当である。
また，被告は，原告らが本件空港予定地でコウモリ類に深刻な影響
を与えていると主張したことに対し，有意な減少はないとするが，コ
ウモリ類が減少している傾向を示していることは，県の調査結果やＰ
１９委員会の調査結果から統計処理して変動する数値の傾向を明らか
にしたデータ（甲１２２の資料６）を見ると，冬眠期のコキクガシラ
とカグラの減少傾向は明らかというべきてあり，長期的な傾向からす
ると，平成１６年１月から平成２１年１月までの間にいずれも約半数
程度に減少してきていることがうかがえる。
さらに，被告は，出産・ほ育時期（５～８月）及び冬期の休眠時期
（１２～３月）については振動ローラ，大型ブレーカ等の作業を避け
るという措置の根拠となる調査について，カグラが集団で生息するＮ
ｏ．３９の洞窟で調査を行ったことについて，出産・ほ育期に行った
ものではないこと，及びカグラ以外のコウモリの調査はできていない
ことを自認しているのであって，少なくとも出産期における影響の計
測について科学的検討の結果実施されたものではなく，また，カグラ
以外のコウモリへの影響がどうなるかについては何らの調査もされて
いないのであるから，前記の措置で足りるとの根拠は皆無である。む
しろ，前述のように，コウモリ類が工事中において減少傾向を示して
いることは，前記の措置では不十分なものであったことを示している
といえる。
なお，被告は，α６島のα２９について，洞窟の直上を県道が通り，
車両の往来が頻繁であると主張するが，大型重機が地面を掘削するこ
とにより生じる振動，騒音と，都市部とは比較にならないほどわずか
な交通量による振動，騒音を同列に比較することはできない。このよ
うな県の採った方法が科学的であるというためには，Ｎｏ．３９の洞
窟を調査時に現実に発生した振動・騒音とα２９の直上の県道を通過
する車両によって生じる振動・騒音を比較すべきであるが，このよう
なデータも明らかにされていない。
(キ)本件国交大臣意見９は，「人工洞窟については，専門家の指導・助
言を得た上で，補正評価書の公告後のできる限り早い段階で設置する
こと。また，小型コウモリ類の習性を踏まえ，他の洞窟の形状及び気
温・温度等の生息条件，周辺の地形・地質や植生などの立地条件等を
考慮しつつ，適切なものを整備すること。」とする。これに対し本件
補正書では，「人工洞の設置にあたっては，小型コウモリ類が生息し
ている既存の人工洞の形状，洞内環境を参考に，形状，規模，土盛り
厚等について検討し，専門家の指導・助言を得た上で具体的な形状，
規模を決定すること，またできる限り早い段階で設置することを追記
した。」とする（７－７１頁）。
しかし，この記載は，本件国交大臣意見９の内容に対し，抽象的なレ
ベルで従うとの趣旨を述べるものにとどまり，具体的な対応内容は示
されていない（このようなことになった理由は，県による調査不備に
よって，どのようにすれば人工洞にコウモリ類が生息することになる
かという点についての実証的なデータが欠如しているためである。実
際，県は，本件補正書において，小型コウモリ類は人工洞の設置直後
から利用するとは限らないことを自認している。）。本件国交大臣意
見９は，検討することを要求しているのではなく，整備することを要
求しているのに，どのようにすれば適切な整備ができるのかが分から
ず，そもそも人工洞を適切なものに整備することなどできない可能性
もあることを認めているような状況であって，県の対応は，到底本件
国交大臣意見９に対応したものとはいえない。
これに対し，被告は，本件国交大臣意見９は人工洞について「適切
なものを整備すること」を求めているのであって，人工洞の形状や気
温，湿度等について具体的な検討結果を評価書に記載することを求め
ているものではないから，具体的な検討結果の記載がなくても問題な
いという。しかし，本件国交大臣意見９は，現実に適切な人工洞を整
備することを要求しているのに，県は，本件補正書において「小型コ
ウモリ類は，人工洞の設置直後から利用するとは限らない」と記載し
た上，どのようにすれば適切な人工洞の設置が可能であるかの道筋は
一切示せていない。つまり，県の対応は，整備は困難である可能性が
あるが，検討するというだけのものであり，到底，本件国交大臣意見
９に対応したとは評価できない。
(ク)本件国交大臣意見１０は，「小型コウモリ類の保全については，事
業実施区域や事業者が取得する地域の周辺の洞窟の保全や採餌場とし
ての林地の保全等周辺の土地利用が極めて重要であり，小型コウモリ
類の生息に影響を与えないような土地利用が図られるよう，小型コウ
モリ類の保全，保全に関する情報の提供，石垣市や県等の関係機関へ
の要請などを行うこと。また，その旨を評価書に記載すること。」と
する。
これに対し本件補正書は，「本事業において実施された小型コウモ
リ類の調査結果，事後調査結果の情報を石垣市や県等の関係機関へ提
供し，小型コウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が図ら
れるよう要請などを行うことを追記した。」としている（ｐ７－７
３）。
しかし，事業実施区域や事業者が取得する地域の周辺の洞窟の保全
や採餌場所としての林地に該当するいかなる区域において，潜在的な
ものも含めいかなる形態の土地利用について，いかなる権限を有する
いかなる機関の部署に対して，いかなる土地利用上の配慮を要請した
のか，具体的な記載が全くない。このような記載では，本件国交大臣
意見１０に対応したと評価することはできない。
この点，被告は，単に「情報提供及び要請を行う」旨記載すれば本
件国交大臣意見１０への対応として足りるというが，少なくとも県が
想定している情報提供や要請がコウモリ類の生息に影響を与えないよ
うな土地利用が図られるという目的達成に十分なものであるかどうか
を判断できるだけの具体的な記載は不可欠であると考えるべきである。
県の対応では不十分である。
(ケ)本件国交大臣意見１１は，「事業実施区域及びその周辺区域への降
雨及び流入水が，α５川に流入し，又は，海域に浸出する経路及びそ
の量について把握し，その結果を評価書に記載すること」というもの
である。本件空港の建設では，工事で流出する赤土によるα３サンゴ
礁への影響が最重要課題となっており，本件国交大臣意見１１も，赤
土汚染との関連で事業者に対し付けられた意見であることは明らかと
いえる。また，本件国交大臣意見１１は「事業実施区域及びその周辺
区域への降雨及び流入水が」となっており，事業実施区域への降雨の
みならず，流入する水も調査評価の対象になっている。加えて，Ａ洞
窟の最上流部は，事業実施区域外の川の水が流れ込んでおり，その水
が流れる経路及び量を把握せよというのであるから，本件国交大臣意
見１１が洞窟，つまり地下川の調査も求める趣旨であることは明らか
である。さらに，事業実施区域全体への降雨の多くは，地下浸透して
海域に浸出していることは県も認めているところであるから（県は，
降雨量のうち地下水として流出する量を４９．６％と試算している
（乙２３の６－６－２５頁）。），本件国交大臣意見１１は，その主
要な経路である地下川の走り方（経路）及びそこの流量を，事業実施
区域及びその周辺区域全体にわたって調査し，把握することを要求し
ていることが明らかといえる。浸透した地下水がどのような経路をた
どり，どれだけの水量があるのかは，赤土等流出防止対策を検討する
大前提である。その意味でも，地下川の経路及び水量を調査せよとい
うのは至極自然なことである。
これに対し本件補正書は，「事業実施区域及びその周辺区域への降
雨及び表流水の流動について，新石垣空港地下水調査結果に基づき，
α４岳南地下水流域及びその他３流域について水収支を算出し，その
結果を追記した。」（６－６－２５～２６頁）としている。
本件補正書の記述上，県が経路の調査評価の対象とする「水」を勝
手に「表流水」に限定し，県自身が降雨全体の約半分と試算した地下
浸透した水が流れる経路を調査対象としなかったことは明らかである。
また，県は，本件補正書で水収支を明らかにしたというが，赤土の海
域への浸出を防止する上では，地下水量が変わらないことよりも，地
下水がどのような性質の場所をどのように流れているか，それに応じ
てどの地点でどのような対策を講じるかの方がより重要であることは
論理的に明らかであり，本件国交大臣意見１１と本件補正書の記述を
単純に比較するだけでも，県の対応が本件国交大臣意見１１の趣旨に
沿わず，これに全く応えていないことが明白となる。地下水が流れる
経路を把握しないまま工事を続行した場合には，浸透ゾーンの設置箇
所を誤って海域に相当量の赤土を浸出させ，あるいは，供用後も，必
然的に生じる地下洞窟河川の水量がやはり海域に相当量の赤土を浸出
させ，さらにコウモリの生息環境に重大な影響を与えることが危惧さ
れる。地下川調査をしていないことの違法は重大である。
この点，被告は，県はα４岳南地下水流域における蒸発散量，地表
流出量及び地下水流出量といった水収支を算出し，そのデータに基づ
いてその他の三流域（α５川左岸地下水流域（西側），同地下水流域
（東側）及びα４岳北地下水流域）の水収支を推定しているのであり，
これが本件国交大臣意見１１に対応するものであることは明らかであ
り，原告らがいう「地下川」がどのようなものを指しているのか定か
ではなく，原告ら独自の想定物を前提に調査の不備をいうものにほか
ならないという。しかし，「地下川」が洞窟内を流れる地下水の流れ
を意味することは明らかである。本件補正書にも，Ａケイブシステム
（Ａ，Ｄ，Ａ１，Ａ２及びＤ１洞窟），Ｂ，Ｃ，Ｅケイブシステムに
水流の存在があることが記載されている（６－７－５頁）。また，本
件補正書は，「経路」について全く触れていないことに照らしても，
県が本件国交大臣意見１１に対応しなかったことは明らかである。県
が地下川の入口（Ｃ１洞窟・Ｂ洞窟）の真上に浸透ゾーンを設置して
しまうというミスをしたのは，正に本件国交大臣意見１１が求めた事
項に対応しなかった結果であり，このような事象が生じていることか
らも本件国交大臣意見１１への対応を欠いていることが明らかである。
(3)α３のサンゴ類ないしα３サンゴ礁生態系の保全に関する本件許可処分
の違法性について
ア(ア)α３サンゴ礁は健全な姿を何とか保ち続けてきたが，変わらぬオニ
ヒトデや赤土流出の脅威に加え，地球温暖化をも背景とする白化現象
（造礁サンゴが共生藻を失って，透明なサンゴ組織を通して白い骨格
が透けて見え，白くなる現象）や，ホワイト･シンドローム（特に卓状
ミドリイシ類に多くみられ，サンゴの組織が白い帯状に壊死しながら
広がっていくことが知られていている。病変部の拡大は速く，一般的
に数か月から１年ほどで直径２ｍの卓状ミドリイシが死滅するといわ
れている。）などの病気，大型の台風など，様々の恐ろしい脅威にさ
らされ続け，これらの複合的な影響によってますます深刻な危機を迎
えている。
(イ)赤土とは，県の面積の約５５％に分布している国頭マージという土
のことである。ジャーガルと呼ばれる灰色系の土壌等も含めて赤土と
呼び，これらによる濁水流出による環境汚染を赤土汚染と称すること
もある（甲２３）。国頭マージは，土壌粒子が小さく，水はけの悪い
土である。晴天が続くと乾燥して地面にひび割れを起こし，そこへ大
量の雨が降ると流水の道ができて，土が侵食されていく。沖縄の雨は，
落ちながら土を掘って溶かすというほど強烈である。土砂降りのレベ
ルすなわち２０ないし３０ｍｍの雨が沖縄では１年間に２０ないし３
０回発生する（甲２５）。そのような特性とも相まって，国頭マージ
は，Ｖ字型に土がえぐられていく侵食を生じる。山地地帯には川があ
るので，この川を通って浸食された土がサンゴ礁の海へと流出する。
樹木が土を覆っている自然の条件の下では，土は流れないが，人為的
に植生の被覆がはがされ地肌がむきだしにされてしまうと，雨の影響
をまともに受けて侵食が生じる（甲２７の１８２頁以下）。
海に流れ出た赤土は，サンゴを始めとする様々な生き物たちに打撃
を与える。まずは，懸濁の問題である。赤土自体に毒性などはないが，
粒子が細かいため，一度水に混ざるとなかなか沈殿せず，長時間にわ
たって水を濁らせてしまう。すると，雨が止んだ後も日光がさえぎら
れ，サンゴは体内に共生している藻類による光合成ができなくなって，
栄養不足になり，死んでしまうことがある。次に，堆積の問題である。
サンゴが直接赤土を被った場合，サンゴの呼吸を妨げたり，サンゴの
幼生が成長するためにはある時期に岩盤やサンゴ自体の骨格（造礁サ
ンゴは石灰質の石の骨格を作る。）などに付着しなければならないが，
その確率を低下させる。
海草の成長スピードは造礁サンゴの成長よりも速いのであるが，牧
草地から排出される糞尿等の栄養物質を含む赤土流入によって海草が
生育し，さらに，流入する赤土が海草に引っかかって溜まり海草が一
層繁茂するというプロセスが進行しており，繁茂した海草が浅い部分
の造礁サンゴを覆ってしまう結果，サンゴに光が届かなくなり，成長
が止まる現象が起きていると指摘されている。また，底質中懸濁物質
含量（ＳＰＳＳ）が３０ｋｇ／㎥を超えると，枝状のサンゴの出現頻
度が減少し，大きな群体は消える。４００ｋｇ／㎥を超えると，濁っ
た海に塊状のサンゴが点在するだけになり，漁業や観光などの資源は
失われるという。
本件事業実施区域とα３地区の中間に位置するα５川は，土地改良
事業が着手されるまでは赤く濁ることはなかった。１９７０年代に沖
縄のサンゴ類がことごとく死滅する中でα３のサンゴが健全に生き延
びていた理由の一つとして，α５川からは赤土がほとんど流出してい
なかったからだといわれてきた。現に，昭和６３年４月末の大雨の際，
赤土が一気に海へ流れ出した結果，α５川河口からα３０と呼ばれる
場所の近くに広がっていた枝サンゴの群落がほとんど死滅してしまっ
た。その上α３サンゴ礁の広域にわたって赤土が堆積することにもな
った。この地域は斜面が多いので地形的にも土壌の性質からみても土
の流出しやすい条件がそろっている。また，この土地改良地区には排
水溝が網の目のように走り，その全てが最終的にはα５川とつながる
ようになっている。防止対策が不備な工事現場や農地から流れ出す赤
土が，全てα５川に集中する。本来であれば，自然の湿地帯の存在に
よって沈砂地の機能を果たすはずのα５川は，排水路工事のため，下
流の一部分を除いてコンクリート張りにされ，直線化されてしまって
いる。そのため，α５川に排出された赤土はそのまま海に流入するこ
とになる。
平成７年に沖縄県赤土等流出防止条例（平成６年沖縄県条例第３６
号）が施行されたことを受け，県内の開発事業に伴う赤土流出量は３
分の１に減少したが，しかし，条例による濁水濃度の規制値である２
００ｍｇ／ｌは，なお高水準である。そして，大きな発生源と考えら
れる農業用地からの流出量は，ほぼ横ばいのままである。α５川流域
では，これまでにも流出防止対策事業が実施されてきたが，実際の対
策は，これらの事業に同意した農家が所有するわずかな農地などにと
どまり，十分な防止対策は確立されていない。環境省の平成１４年度
の報告を見ても，「赤土に代表されるシルトの堆積については，本年
度の調査では昨年と比較して若干の改善が見られた。ただし，これは
台風による礁池の洗浄効果などの気象条件に拠るところが大きく，今
のところ赤土流出対策の効果であるとは考えにくい。また，調査時期
の相違から本調査の結果には反映されていないが，α５川周辺海域で
は昨年に引き続き大量降雨に伴う赤土流出によりサンゴ類に被害が発
生しているなど，陸域からのシルトの流入が依然として深刻な海域汚
染を引き起こしていることは間違いない。」としている。また，平成
１６年１０月時点において，近年の保全対策事業は，現状では海域の
赤土堆積量の減少につながっておらず，特に，α５川河口周辺におい
ては，夏から秋にかけての集中的な降雨による人為的な汚染が恒常的
に起き，生物群集に何らかの負の影響を与えている可能性がある，α
５川河口周辺域の状況から，流域レベルでの流出防止対策を早急に推
進する必要があるという指摘もある。さらに，環境省が平成１６年１
１月から平成１７年２月までに石垣島周辺で行った調査結果でも，シ
ルトの堆積状況及び底質中懸濁物質含量（ＳＰＳＳ）は，全体として
は前年よりも改善傾向になっていたものの，これは平成１６年に台風
が多く石垣島周辺に接近して底質の洗浄効果が高まったためと考えら
れるとされている。
(ウ)このように，サンゴは，深刻かつ多様な脅威にさらされており，そ
れらの脅威は，それぞれ複合的・相乗的に悪影響を与えている。その
中でも，赤土汚染は長きにわたってサンゴに悪影響を与え続けている
主要な人為的要因である。赤土問題が極めて深刻な状態にあることを
改めて認識し，今まで以上に対策を急ぐ必要がある。また，近年極め
て深刻な影響をもたらす脅威として白化現象が注目されている。白化
現象は，地球温暖化を背景とする高水温化を主因としつつ，赤土汚染
などのストレスが複合的な原因として作用している可能性があるが，
現状ではメカニズムの詳細がまだ分かっておらず，即効性のある対策
は当面は望めない。このような中では，特定種優先型のサンゴ群集の
保全対策を強化し，陸域の開発行為などに起因する赤土の流入を抑制
するなどの自然環境の保全が一層重要である。
本件事業によって現状よりも赤土流出が増加するとすれば，それは
赤土汚染，白化現象，オニヒトデ，病気等によって，既に深刻な脅威
にさらされている本件事業予定地付近のα３の貴重なサンゴに対する
致命的な脅威となるおそれがある。また，サンゴが白化現象のように
影響が甚大であり，将来にわたってほぼ確実に継続し，かつ，現状で
は有効な対策が全く採れない脅威にさらされている状況では，その他
の回避し得る脅威を少しでも取り除いていくこと以外にサンゴを保全
する対策はない。その意味で，現状の赤土流出を少しでも抑制するこ
とが必要であり，まして新たな流出源を加えることなどはぜひ回避さ
れなければならない。
イ本件補正書は，工事中に発生する赤土等が海に流出する経路として，α
５川を想定しており，地下浸透後の地下水を経由しての赤土流出の危険
性を全く考慮していない。そのため排水計画においても，浸透ゾーンを
通じての地下浸透といわば地表の対策しか行っておらず，地下浸透後に
ついては，地下水の流れの調査すら行っておらず，全く対策が講じられ
ていない。
しかし，本件事業予定地の地下には，α７と呼ばれる琉球石灰岩層が
広がっている。琉球石灰岩，特にα７の琉球石灰岩は，浸食に弱く，地
下水流に浸食されて洞窟ができやすい性質であることに加え，海岸に向
かって背面（本件事業予定地の西側）が山に囲まれたボウル上の地形の
底の部分に当たり，周囲に降った雨が集中する地帯であることから，大
量の地下水が集中し，その結果多くの地下川・地下洞窟が密集している
という特殊性がある。
本件事業予定地の浸透ゾーンⅡが設置される付近だけでも，コキクガ
シラらが生息するＡないしＥ洞窟が存在しているとされたが，環境影響
評価後にＣ１洞窟を始め，評価書作成時には未発見の洞窟が多数発見さ
れている。こういった洞窟では，地下水や流れ込んだ雨水によって，地
下川（地下河）を形成しているところも多く存在する。地下川には，雨
天時には洞窟全体が完全水没するほど，水流がある（Ｂ洞窟やＡ１洞窟
の天井でもベルホール（洞窟の天井に形成される半円状のくぼみ）が確
認されている。）。そのため，事業地付近の海岸では，豊富に地下水が
湧き出している。この湧出地点は，浸透ゾーンⅠ及びⅢと数百ｍしか離
れていない。このような地点に事業用地から生じた濁水を集中させ，自
然の浸透より大量の濁水を流し込むという計画を立てる以上，地下水の
流れの経路すなわち地下川の状況を調査することは必須である。
琉球石灰岩で洞窟が多数存在する地帯（カルスト地域）において，地
下水系，特に地下川を調査することは，極めて初歩的かつ基本的な事柄
である。しかし，本件の環境影響評価では，そのような極めて基本的な
調査事項である地下水流・地下川については全く調査をしていない。こ
こに評価法上の重大な瑕疵がある。さらに，地下川が存在する以上，地
下を通しての海域への赤土流出についても対策を講じる必要があるが，
環境影響評価ではこの対策が全く講じられておらず，サンゴ礁保全のた
めに万全を期すべき赤土対策にも重大かつ明白な欠陥が存在する。
ウろ過は，水分にとけ込んだ粒子が他の物質に付着することよって水中の
粒が取り除かれることによって起こる現象である。他方，α９地域の琉
球石灰岩層は，圧密を受けておらずすき間だらけのため透水性はあるが，
水中の物質を付着することはない。したがって，琉球石灰岩層では，こ
の「吸着」によるろ過能力はほとんどない。また，本件補正書の工事期
間中の赤土等流出防止対策は，台風や豪雨の場合でも，赤土の微粒子は，
事業予定地の浸透ゾーンの地盤ないしその他の琉球石灰岩層に浸透し，
時間が経過しても目詰まりは起こさず，浸透能力が低下することはない
という仮定を前提としている。しかし，その担保はなく，これがそのと
おり実現されると考えることには多大なリスクを伴うものである。濁水
を地下浸透させるという手法を採る以上，工事期間を通じて浸透能力が
維持されるか，目詰まりを起こして能力が低下しないかは通常危惧され
る問題であり，その科学的根拠が立証されないとしても，それが生じた
場合の重大なリスクを考慮し，慎重な予防措置として対策を講じること
が必要である。だからこそ，本件国交大臣意見１２でもその検討が求め
られている。
以上に対し，被告は，浸透ゾーンのろ過方式は，吸着によるものではな
く，緩速ろ過方式であり，そのため目詰まりの危険はないという。しか
し，県の透水実験でも，濁水の注入量の増加に従い，透水係数が徐々に
低下する傾向が確認されている（乙２３の６－１－２４頁）。これは，
濁水による目詰まりが生じていることを示すものにほかならない。その
ため，県も不十分ながらも，浸透ゾーン上に赤土が堆積している場合に
は，その除去等の対策を講じるとしている。このような目詰まり対策を
講じておきながら，緩速ろ過であるから目詰まりの危険はないというの
は矛盾している。また，α９地域は，豊富な地下水流によって既に浸食
を受けている地帯であり，さらに，琉球石灰岩は，元々，ある部分では
密度があったとしても，他の部分では空げきにサンゴの破片等が詰まっ
ているだけの部分もあるという均質性に欠けるモザイク状の地質である。
直接洞窟地下川に濁水が流れ込むような切れ目が地表にあれば，緩速ろ
過は全く機能しない。目視できる程度の大きさ（濁水を流すには十分す
ぎる大きさである。）の切れ目には，琉球石灰岩片を敷き詰めるという
が，緩速ろ過が機能し得る程度の細かさの破片を敷き詰めれば，それは
流出する危険が高く，反対に，流出しないような大きさの破片を敷き詰
めれば，緩速ろ過は機能せず，石と石のすき間を濁水が流れるだけであ
る。そして，濁水はすき間が多いところに集中する。浸透ゾーン全体に
わたって水流を限界流速以下に落とすことで懸濁物質（水中に懸濁する
浮遊物質の総称。以下「ＳＳ」ということがある。）を沈殿させるとい
う機能が確保されることの保証は全くない（被告は，本件補正書の赤土
防止対策が浸食による空間を含めて琉球石灰層群には大小の空げきが１
０％から１３％存在していることを前提にしたものであるなどと主張し
ている。しかし，ここで問題となっているのは，琉球石灰岩の切れ目の
有無であって，空げき率とは無関係である。）。琉球石灰岩の表層から
流入した水がそういった亀裂に至る前に琉球石灰岩のろ過機能によって
ろ過されることも十分に考えられるという被告の主張は，希望的観測に
すぎず，環境に与える影響を「評価」し「対策」を講ずべしとする評価
法の趣旨に反するものである。
エさらに，現実の工事による濁水が洞窟内に流れ込む要因として最も考え
られるのは，洞口及び無数に存在する石灰岩の小さなすき間や切れ目か
ら洞窟内に濁水が流れ込むことである。本件補正書の赤土等流出防止対
策では，工事により発生した濁水は，水路を通じてろ過沈殿池，浸透ゾ
ーンに集めることが計画されているが，その途中で石灰岩層の表面の亀
裂や土で覆われている部分には無数の割れ目や穴が空いており，目視で
きる程度の亀裂ですら無数にあることが予測されるから，本件事業実施
区域全体を補足するという対応は非現実的であって，全ての濁水を浸透
ゾーンへ導くことは不可能である。被告は，このような切れ目の存在は
確認されてないというが，琉球大学Ｐ５１教授の平成２２年３月２３日
付け意見書（乙４８）の１５頁では，「工事現場において，雨水が仮設
調整池からろ過沈殿池を通って浸透ゾーンに流れる過程において，一部
の雨水が地表面から浸透することは否定できない。」としている。Ｐ１
９委員会の調査でも，洞窟内の地下川の上流の流量に比べ，下流の流量
の方が多いという結果が出ており（甲６３の表５・６），これは，他の
洞窟を流れる水(支流)が合流したり，あるいは，地表からの水が流れ込
んだりしている証拠である。本件補正書においても，降雨がＤ洞窟から
Ａ洞窟へ流入することが報告されている（乙２３の６－７－５頁）。そ
して，地表の切れ目から地下川に流れ込む濁水は，ろ過沈殿処理をされ
る前の高濃度の濁水である。台風あるいは局地的な集中豪雨で地盤が叩
かれて生じた高濃度の濁水が前処理を経ないまま直接地下川に流れ込む
ことになる。被告は，細かい砕石を入れるなどして対応すると反論して
いるが，その有効性は，細かい砕石が水流などによって流出する可能性
が高く疑問であるし，そもそも，無数に存在する切れ目を全て補足する
ことは不可能である。
また，大雨などで洞窟内に流入した赤土を含んだ濁水は，洞窟内の地下
川を下流の海域に向かって流れることになるが，ここではろ過されない
ことは明らかである。なお，本件補正書は，この洞窟内の地下川につい
て，Ａ－Ａ１－Ａ２洞窟の地下水系と，Ｂ－Ｃ－Ｅ洞窟の地下水系の２
水系を予測した（乙２３の６－７－５頁）。しかし，Ｐ１９委員会の色
素追跡調査により，Ｂ洞窟地下水系は，Ｃ－Ｅ洞窟地下水系とは別の水
系を成していることが明らかになり（甲６３），県も，その後の調査で
は，Ｂ洞窟地下水系とＣ－Ｅ洞窟地下水系が別の地下水系であることを
認めざるを得なくなった。このことは，環境影響評価時の県の調査不足
を根拠付けるものでもある。
オ琉球石灰岩層の地下洞窟を通った地下水は，パイピング空洞を通って，
海岸湧水帯及び海中から湧出する。パイピング現象による水みちの存在
は，次のとおり，海岸湧水帯の存在，名蔵れき層に地下水が作用して形
成されたＥ洞窟の存在，砂取り場の空洞等から根拠付けられる。しかし，
本件補正書は，パイピング現象について全く考慮していないため，何ら
の調査も対策も施そうとしていない。パイピング現象の存在を見過ごし
た本件補正書には，重大な欠陥があるといわざるを得ない。
(ア)事業実施区域の海岸には，海岸全体から均等に水が流出しているの
ではなく，特定の箇所から集中的に地下水が湧き出す海岸湧水帯が存
在する（甲第１４０号証の末尾の写真によっても，この海岸湧水帯を
確認することができる。また，Ｐ１９委員会の調査でも，海浜の波打
ち際，平均海水面付近に，砂の中から水が湧き出す直径１０ないし２
０ｃｍの湧水孔が幅約８０ｍの区間に６０か所ほど存在していること
が確認されている（甲６３）。）。この湧水帯は，Ａ１洞窟及びＥ洞
窟の末端から海岸に向かう最短コース上に位置し，Ａ１洞窟及びＥ洞
窟から海岸湧水帯の間をつなぐ特定の水みちが存在することを裏付け
ている（この点については，被告側は，何ら反論できてない。）。
(イ)さらに，増水時には水圧が高まり，湧水帯よりも沖合の海底から地
下水が湧き出す可能性もある。α３０の地形がリーフの切れ目から湧
水帯に向かい深い谷状の地形が刻まれているのは，淡水の湧出のため
にサンゴの成長が阻害されたためである。地元の人やダイバーからも，
α３０付近で冷たい水が湧き出しているということを聞いている（証
人Ｐ２０尋問調書２０頁）。また，サンゴ礁学会の調査でも，海岸よ
りも沖合の方が低い塩分濃度が観測されている（甲１４１の１１頁）。
これは，陸水ではなく，海中での地下水（淡水）の湧き出しを示すも
のである（同調書２２頁）。このα３０と海岸湧水帯の直線上の先に
は，Ａ及びＥ洞窟が存在している。したがって，この水みちは，海岸
湧水帯の先の海中に達している。
(ウ)この水みちは，Ａ１洞窟及びＥ洞窟から海岸までの名蔵層及び沖積
層を通ることになる。この名蔵層及び沖積層に洞窟地下川の水が均等
に浸透するのであれば，土砂の吸着作用によってろ過される。しかし，
海岸湧水帯がある以上，洞窟地下川の水が，被告が主張するように均
等に名蔵層及び沖積層へ浸透しているとは考え難い。そうなっていれ
ば，海岸の特定の箇所のみから地下水が大量に湧出するという現象は
生じないからである。
この名蔵層及び沖積層には，Ａ１洞窟及びＥ洞窟から海岸湧水帯に
向かって最短距離を進む，パイピング現象によって形成された水みち
が存在し，洞窟地下川の水は，そこを通って海岸から湧き出している。
Ｐ１９委員会報告書（甲６３）に添付されている図７の写真は，工事
によりなくなってしまったが，砂取場の壁面部分にあった空洞の写真
である。この砂取場は，やはり，Ａ１洞窟及びＥ洞窟と海岸湧水帯を
結ぶ中間点にある（甲１４０の末尾添付図面）。この砂取場には，こ
のような空洞が多数形成されていたが，その形状，位置関係などから
して，明らかに水流によって作られたパイピングによる空洞であり，
この辺りにパイピング洞窟が形成される条件が整っていることを根拠
付けるものである。
(エ)被告は，本件空港事業地域と海岸を結ぶ沖積層の動水勾配が限界動
水勾配を下回っているからパイピング現象は理論上生じないという。
しかし，被告の試算は，水が引力以外の圧力を受けずに均等に浸透
するという条件の下，傾斜のみによる水圧のことしか考慮されておら
ず，その上流に当たる洞窟地下川の存在を看過している。α９地域の
場合は，沖積層の上流に洞窟地下川が存在し，特に大雨時には水面が
天井に達するほどの大量の水が流れ込む。地上の川であればはんらん
するが，洞窟内の閉じられた空間の場合は，地下水は逃げ場をなくし
非常に高い水圧が生じ，この圧力をもって，沖積層に水流がぶつかる
ことになる。動物の巣穴などの小さな穴や切れ目があると，そこに水
圧が集中し，傾斜がなくとも十分にパイピング現象を起こすだけの水
圧（浸透流）が生じる（なお，洞窟内において増水により天井まで水
がたまるような状況になると，水はその洞口からあふれ出すことにな
るから，空洞が分布する地域の地形上からも，パイピング現象を引き
起こすような非常に高い圧力が洞窟全体に掛かることはないとの意見
があるが，α９地域では，大雨のとき，通常の地下水面よりＡ１洞窟
で３ｍ，Ｅ洞窟では２．５ｍの高さにある洞口から水が噴き出してい
る（甲１７６）。水面から３ｍ，２．５ｍの高さにまで水が噴き出す
ということは，相当高圧の水圧が掛かっていることを意味しており，
上記意見は，現地の状況を殊更に無視するものといえる。）。限界動
水勾配に達していないからパイピング現象が生じないという被告の主
張は，大雨の際には洞窟を水没させるほどの水量がある洞窟地下川の
存在を見過ごしたもので，本件事業実施区域の実態からかけ離れた主
張である。
(オ)本件事業実施区域の勾配であっても，現実にパイピング現象が生じ
ていることは，Ｅ洞窟の存在によっても明らかである。被告は，Ｅ洞
窟について，琉球石灰岩層と名蔵れき層の境界に存在し，琉球石灰岩
層が地表側，名蔵れき層が地中側に位置するのであるから，先に琉球
石灰岩層に溶出等によって空洞が形成され，その空洞を流れる地下水
の影響によって，名蔵れき層中の砂れき分が浸食や吸い出しを受けて
形成された物であって，パイピングによる空洞ではないと主張してい
る。しかし，琉球石灰岩層と名蔵れき層の境界に洞窟が存在する地点
は，Ｅ洞窟全体の一部分に過ぎず，Ｅ洞窟の大半は，名蔵れき層を貫
通する形で存在している。Ｐ１９委員会報告書（甲６３）添付の図６
（写真）をみても，天井まで名蔵れき層に覆われていることが明らか
である。Ｃ洞窟とＥ洞窟をつなぐ空洞も名蔵れき層中をパイプ状に貫
通しており，空洞に石灰岩は全く露出していない。
名蔵れき層は，半固結の砂れき層で一応は固まっているが，スコッ
プなどで容易に掘り進むことができる程度の堅さであり，しかも，石
灰岩のように水には溶けない。したがって，名蔵れき層中の空洞は，
水圧によるパイピング現象で掘り進められ形成された洞窟であること
が明らかである（乙第４８号証も，Ｅ洞窟がパイピング洞窟であるこ
とを何ら否定しておらず，むしろ，このことを裏付けるものであ
る。）。
カ財団法人Ｐ１８（以下「Ｐ１８」という。）は，平成２０年４月，α
３に設置している「Ｐ５２」が同年３月に実施した赤土等堆積状況の調
査で，本件空港建設工事現場に近いα５川河口沖合３００ｍほどのポイ
ント（Ｅ２）で，赤土堆積度が最も高いランク８を記録したことを発表
した（甲８２）。ここでいうランク８は，「立っているだけで足がめり
込む。見た目は泥そのもの」という程度に赤土等が堆積している状態で
ある。サンゴが健康に生育できる限界はランク４～５であり，ランク５
を超える場合は，人為的な原因によるものとされている。また，同年冬
の堆積状況は，ランク８という高い濁度が確認されたこと以外に，過去
と比較して顕著な違いが現れている。それは，通常であれば，赤土等は，
河川等の陸水に混じって海に流入するものであるから，当然，海岸に近
いところが濁度が高く，沖合に行くにしたがって濁度が下がるという関
係にあるのに，α５川河口より北側の３か所（Ｅ点ないしＧ点），すな
わち本件空港建設工事現場前面あるいは近傍の海域では，いずれも海岸
側直近よりも沖合側で高い濁度が確認されているということである。こ
れは，赤土が直接海中から湧き出したものであることを示すものである。
さらに，赤土の堆積状況に変化が生じた平成１９年秋以降の調査では，
赤土の堆積量が，本件空港建設現場前面のＧ地点・Ｆ地点で多くなる傾
向が認められる（甲２０８）。かつては，α５川河口部のＥ地点の数値
が高かったのと比較して，明らかな変化である。これも，工事により発
生した赤土を含む濁水が海中から直接湧出していることを裏付けるデー
タである。
また，平成２０年６月７日の大雨の時に現地調査をしていたＰ１９委
員会によって，海岸湧水帯付近の砂浜を掘り下げると，濁水が湧き出し
ていること，α５川河口から流入した赤土とは別に，海岸湧水帯周辺は，
他の地点と比較しても濁りが著しく，水深３０ｃｍ以深は全く視認でき
ない状況であったことが確認されている（甲１２８）。このことも，正
に地下の水路を通って濁水が直接海岸・海中に湧き出していることを裏
付けるものである。
キ本件評価書では，濁水処理を行う浸透ゾーンの容量を確定するため，室
内での浸透実験により透水係数を導き出し，その数値に基づき，要浸透
面積，容量及び有効水深を定めた（乙２３の６－１－２３頁）。そして，
実施設計段階で改めて，浸透実験を実施したところ，浸透係数が変更さ
れ，これに伴い，各浸透ゾーンの容量の拡大あるいは浸透係数の高い位
置への浸透ゾーンの位置変更が行われることになった（甲２８号証）。
このように変更した根拠は，現地で大型浸透試験（サンプルの直径は６
０ｃｍ）をした結果，全地点において，室内実験値よりも低い透水係数
値しか得られなかったため，必要容量，有効水深の変更あるいは透水性
の高い位置への変更が迫られた（甲４３）。この浸透係数の変化は，室
内実験で直径１０ｃｍのサンプルから６０ｃｍ径のサンプルでの実験に
変更しただけで生じたというものであり，本件補正書の室内実験結果が
いかに信ぴょう性のないものであるかを端的に示すものである。
浸透係数の計算の誤りは，いうまでもなく，浸透ゾーンで確保する容
量の誤りをもたらす。したがって，本件補正書の浸透係数で実施した場
合には，想定内の雨量でも，濁水が浸透ゾーンからあふれ出したはずで
ある。浸透係数に信ぴょう性がないことは，各浸透ゾーンの浸透係数が
各地点の琉球石灰岩のサンプル一つだけの実験結果で導き出されていた
ことからも十分に予測可能であった。浸透ゾーンの浸透係数を算定する
には，少なくとも，相当の数のサンプルでの実験結果によらなければな
らないことは明らかである。しかも，本件補正書では，琉球石灰岩とと
もに浸透ゾーンの地盤を構成する名蔵れき層については，何ら実験を行
わずに，琉球石灰岩と同様な傾向と想定している（乙２３の６－１－２
７頁）。琉球石灰岩層はモザイク状の不均質な地層であり，サンプルが
採れるような固い部分があるかと思えば，その１ｍぐらい横には，サン
ゴの砂れきが詰まっているだけの部分もある（証人Ｐ２０尋問調書６
頁）。このサンプル調査は，浸透ゾーン全体の岩盤を調査したとは到底
いい難いものである。
したがって，わずか１０ｃｍ径の１サンプルのみで得られた結果に基
づく浸透係数，これに基づき算定された容積での赤土防止対策で赤土流
出防止が図られていると判断したことは，明らかに裁量判断の誤りであ
る。さらに，６０ｃｍ径のサンプルによる実験結果も，わずか０．２８
２６㎡の浸透面積での数値を示すものでしかない。実際の浸透ゾーンの
面積は，この１万７２３２倍あるいは１６万２４２０倍である。実験値
のわずかな誤差であっても，実際に浸透ゾーンを設置し濁水処理を開始
した場合には，面積の拡大により致命的な誤りをもたらす。また，実際
の浸透ゾーン内の地質では，同じ地質でも一定ではなく，浸透しにくい
部分もあることは明らかである。実施設計段階での浸透実験が，どの程
度のサンプルを採取して行われたものであるかは不明であるが，ここで
出された数値も信用に値するものでないこと，ひいては濁水があふれ出
る危険性が払しょくされていないことが明らかである。
この点，被告は，本件補正書では，県が工事前に現地において面的な
浸透実験を実施して検証し，必要に応じて対策を講ずることとし，その
とおり実行したのであるから，本件許可処分に誤りはないという。しか
し，本件補正書に適切に対応する旨記載され，何らかの対応を採りさえ
すれば，その内容のいかんを問わずに環境配慮がされたものと判断する
のであれば，環境影響評価を実施する意味は全くないに等しいものにな
る。
ク(ア)本件補正書では，浸透ゾーンないし調整池の設置規模を策定するに
当たり，１日当たりの雨量を基に１０年確率規模の数値（日雨量２５
９．４ｍｍ／日）を基準にしている。そして，この基準で９９．９５
％をカバーし，非カバー日数は２日のみとしている（乙２３の６－１
－１４）。しかし，この雨量を１時間雨量に換算すると，８４．４ｍ
ｍ／時である。石垣島α１８では，平成１２年１１月１２日に１時間
雨量１２７ｍｍの猛烈な集中豪雨を記録している。平成１９月１０月
６日には１００ｍｍ／時，平成１８年４月２６日には８６ｍｍ／時と
上記基準を上回る集中豪雨を記録している（甲４４）。
石垣島は，夏から秋に掛けて台風の接近が多く，集中豪雨による環
境汚染や赤土流出がα５川河口周辺でのハマサンゴ類の大量へい死の
原因と指摘されていること，夏から秋に掛けての集中豪雨による恒常
的な赤土堆積などの報告があることからも，局所的な集中豪雨は石垣
島の地域的特性であるというべきであり，これを視野に入れた環境影
響評価が行われなければならない（甲２８）。１日雨量を基準にして
いることは，石垣島の地域的特性である局所的集中豪雨を過小評価す
るものである。
この点，被告は，浸透ゾーンないし調整池の規模の策定に当たり参
考となる降雨量データは，浸透ゾーンに継続して流入する濁水処理に
必要な浸透ゾーン容量を算定するためのものであるから，日雨量を用
いることが相当であるし，平成１２年１１月１２日の集中豪雨も想定
する日雨量を超えていないというものである。
しかし，日降雨量を基準にすると，当該雨量が２４時間，一定のペ
ースで降り続けることを前提に容量を策定することになるが，本件補
正書で基準にされた１０年確率の日雨量２５９．４ｍｍの１時間当た
り雨量は１０．８ｍｍにすぎない。この規模で策定された容量では，
平成１２年１１月１２日の集中豪雨の規模（１時間当たり１２７ｍ
ｍ）の集中豪雨に対応できるかは明らかに疑問といわざるを得ない。
１時間当たりでいけば，想定の１２倍もの雨量が流入することになる
からである。２年に１度の規模の１時間当たり雨量ですら５８．８ｍ
ｍで，県が想定している１時間当たり雨量の５．４倍に達している。
また，平成１４年１０月２９日から３０日にかけての豪雨時の雨量
は，現空港で，降り始めの午後４時からの２５時間の雨量が４３６ｍ
ｍであり，上記の日雨量を上回っているが，この規模の豪雨が工事期
間中に事業実施区域内に降ることはないという確証は，何一つ存在し
ない。
(イ)本件補正書は，国道を挟んで南側の地域には難透水性のトムル層が
広がっているため，工事区域内で発生した濁水を一定量貯留し，規定
の水質までの処理をした後に，機械処理方式を施し，ＳＳ濃度を２５
ｍｇ／ｌ以下にしてα５川に排水するとしている。しかし，この関係
について，本件補正書では，次の点について検討，記載されておらず，
赤土等流出防止対策として万全であることを認めることはできない。
ａ機械処理方式で使用する凝集剤について，本件補正書には，「使
用を計画する凝集剤は，無機凝集剤，有機高分子凝集剤のうち，実
験等により本事業実施区域の土質条件に適合し，環境への負荷が小
さい種類，使用量などを総合的に検討して決定する。凝集剤の決定
にあたっては，生物への毒性実験等を参考にする。」とあるのみで
ある。
しかし，これでは，凝集剤を使用した機械処理方式を採用すると
いうこと以上には何も述べていないに等しいし，その凝集効果や環
境負荷について全く検討されていない。凝集剤の配合は，同じ地質
でも異なり，配合を間違えると全く凝集効果が得られない。したが
って，凝集効果による赤土等流出防止対策が図られているとは，到
底認めることはできない。
また，凝集剤の決定に当たっては，環境負荷が小さい種類，使用
量を総合的に検討するとのことであるが，例えば，ここで毒性の有
無を確認する際の基準となる生物が何であるのかも，全く検討され
ていない。すなわち，凝集剤自体によるα５川あるいは海域に生息
する動植物への悪影響の危険が全く考慮されていない。
ｂまた，機械処理方式は，凝集剤の混合，プラント設備（機械）の作
動など，人の手や機械を介しての処理方式である以上，作業ミスあ
るいは機械の作動不良等が生じる可能性がある。
したがって，処理水のＳＳ濃度が２５ｍｇ／ｌを超えた場合の対
応策が必要であるところ，ここでも「必要に応じ適切な措置を行
う。」，「処理に必要な薬剤などは常に確保しておくこととす
る。」とするのみである。機械の作動不良についても「プラント設
備の動力は，台風等による供給不能を考慮し発電機を用い，緊急時
に対応するよう十分に備える。」と述べるにとどまり，機械自体の
作動不良に対しては，何ら対策が採られていない（乙２３の６－１
－４６頁）。また，この点に関しては，本件国交大臣意見１３に
「機械処理設備の管理方法についても検討を行うこと。これらの結
果を評価書に記載すること」との意見が示されており，この場合の
「管理方法」は，上記事態への対応策も含まれているところ，本件
補正書の記載はこれに全く対応していないに等しい。
処理水のＳＳ濃度が２５ｍｇ／ｌを超えた場合の排水の停止など
の対応や，機械にトラブルが生じたため，処理ができない間も調整
池に流入し続ける濁水の処理等，当然に予想される事態への対応策
についてのマニュアル等が検討される必要があるところ，これを欠
いている以上，機械処理方式についても赤土等流出防止対策として
欠陥があることは明らかである。
ｃ以上に対し，被告は，県が機械処理方式で用いる凝集剤は，無機
凝集剤・有機高分子凝集剤のうち，実験等により土質に適合し，環
境への負荷が小さいものを選択する，県は，凝集剤の選定に当たっ
ては，生物への毒性実験を参考にする，工事実施中は，ＳＳ濃度が
目標値の２５ｍｇ／ｌ以下を満足しているか常時記録し，必要に応
じて適切な措置を行う等と述べているという。しかし，環境への負
荷をどの程度の負荷まで許容することとするか，必要に応じた適切
な措置の具体的内容，発電機にトラブルが生じた際のバックアップ
について，何一つ明らかにされていない。
ところで，ＳＳ濃度は土壌の種類(懸濁物質の組成)やｐＨ，初期
濁度，無機凝集剤や有機高分子凝集剤の種類，添加量及びその割合
などで変化し，条件によってはこの数値を達成できない場合もある。
本来は環境影響評価の過程において，現地の濁水試料を用いて，ジ
ャーテストやシリンダーテストを行って適切な措置を明確にすべき
であった。そのようなテストを繰り返していても様々な条件が逐次
変化する実際の工事現場で，この数値を安定的に達成することは難
しいのである。処分行政庁は，何ら資料・情報もないまま，事業主
体が「適切に対応する」との一言で環境上の問題がないと判断した
のと等しく，裁量権の逸脱があることは明らかである。
(ウ)本件補正書は，総合評価として，赤土等流出防止対策は，環境保全
措置として有効であると判断されることから，事後調査の必要はない
とまとめている（乙２３の９－８頁）。
しかし，本件補正書の赤土等流出防止対策は，上記のとおり，防止
対策としては種々の欠陥を有している。また，仮に本件補正書に記載
してあるような効果があることを前提にしたとしても，防止対策を採
る上で，人為的なミスや機械のトラブルが生じる可能性がある。これ
によって赤土等が流出する事態が生じた場合に，その被害の拡大を発
見し，新たな対策を検討し，環境被害の拡大を食い止める契機になる
のが，事後調査ないしは環境監視である。いわば，環境保全のための
最後の安全装置である。
本件補正書の赤土防止対策は，神ならぬ人の計算値によって策定さ
れ，人の所為によって実施されるものである。それにもかかわらず，
本件補正書は，判断の誤りや作業ミスはないとして，事後の調査ない
し監視は不要と断じており，その態度はごう慢ですらある。これをも
って環境上の問題はないと判断した本件許可処分に裁量権の逸脱があ
ることは明らかである。
ケ以上のとおり，本件補正書の赤土等流出防止対策が不十分なものである
ことは明らかであり，α３のサンゴ礁は，今や待ったなしの危機の状態
にある。このような状態の下で，このような欠陥だらけの赤土等流出防
止対策を講じるのでは，赤土汚染によって，α３のサンゴ礁に壊滅的な
被害を与えることになるのは必定である。
本件補正書は，調査の不足，事実評価の誤り等により影響評価を著し
く誤っており，誤った環境影響評価に基づいてされた本件許可処分は，
環境保全上の支障が生ずるか否かにかかわらず，違法となること（瑕疵
ある評価書に基づく判断ゆえの違法）は既に主張したとおりであるが，
さらに，本件評価書に記載された赤土等流出防止対策によっても赤土の
流出という環境保全上の重大な支障を防止することができないのである
から，処分行政庁は，環境配慮を欠く場合であるのに，環境配慮がされ
るという誤った判断をしたものであって，その裁量を逸脱した違法があ
る。また，赤土が流出した場合の被害拡大の防止，あるいは，所期の対
策が想定どおり機能しているかを確認するための事後調査や環境監視を
行わないとして，その検証可能性や実効性確認の手段も欠いている点か
らも本件補正書は不十分であり，この点からも本件許可処分が裁量を逸
脱したものであることが明らかである。
(4)本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全に関する本件許可処
分の違法性について
ア(ア)石垣島に生息している３種のコウモリ類のうち，カグラコウモリ
（Hipposiderosturpis）は，環境省のレッドデータブックで絶滅危惧
１Ｂ類（近い将来における絶滅の危険性が高い種）に記載されている。
八重山諸島（α６島，石垣島，α１７島，α３１島）の固有種である
が，α３１島では既に絶滅している可能性がある。またα１７島でも
それに近い可能性がある。石垣島でも繁殖洞が観光鍾乳洞化され，ま
た様々な開発事業によるねぐらとしての洞窟の破壊や餌場としての森
林の減少などによって，近年個体数が激減しているといわれている。
本種は，亜熱帯に生息する南方系の種でありながら冬眠しており，特
異な生理的適応をしているなど，学術上非常に重要な位置付けを有し
ている。
また，ヤエヤマコキクガシラコウモリ（Rhinolophusperditus）は，
環境省のレッドデータブックで絶滅危惧１Ｂ類に登載されている，八
重山諸島（α６島，石垣島，α１６島，α３２島）の固有種である。
石垣島では他の２種のコウモリ類と同様，繁殖洞の観光化や種々の開
発による洞窟･森林の破壊などによって個体数の減少が著しい。本件事
業に係る環境影響評価の詳細な調査でも，調査した島内の１００以上
の洞窟のうち繁殖洞は５洞しか確認されていない。本種は，南方系の
ものとして日本列島へ北上してきた種と考えられているが，地理的に
隣接している台湾や沖縄本島のコキクガシラコウモリと体のサイズや
音声（ＣＦ音）において不連続性を示している。またα６島産のもの
がインド洋のアンダマン諸島に生息するアンダマンキクガシラコウモ
リに近いとして，α６島産のものをイリオモテキクガシラコウモリと
して別種とする見解もある。このように，本種は，地理的な分布とそ
の歴史的な背景の問題を含め，分類学的に未解決な問題を残すなど学
術上非常に重要な位置付けを有している。
さらに，リュウキュウユビナガコウモリ（Miniopterusfuscus）は，
奄美大島以南の南西諸島（奄美大島，α３３島，α３４島，沖縄島，
久米島，石垣島，α６島）に分布する固有種である。環境省のレッド
データブックの絶滅危惧１Ｂ類に登載されている。沖縄島では南部の
繁殖集団が数年前から姿を消し，久米島では全く見られなくなったと
いう情報がある。石垣島ではかつては数か所の大集団が知られていた
が，他の２種と同様，森林伐採などによる餌場の急激な減少や様々な
開発事業による洞窟の消失などによって，個体数は急激に少なくなっ
ていると推測されている。本件事業に係る環境影響評価の詳細な調査
でも，石垣島全体で１８００頭程度しか確認されていない上，出産･ほ
育洞窟は確認されなかった（Ｐ１９委員会によるその後の調査で，本
件事業実施区域内のＡ洞窟が本種の石垣島内で唯一の出産･ほ育洞窟で
ある可能性が高いと推測されている。）。本種は，各島しょで遺伝的
分化が進んでいると予想されており，中国福建省産の個体が同種かど
うかも問題になっている。また，本種は，高速飛行に障害のないまっ
すぐな洞窟と，天井が高く人によるこう乱のない出産･ほ育洞を必要と
する。
(イ)本件補正書によれば，石垣島には，平成１６年１月現在でカグラ８
９００頭，コキクガシラ６７００頭及びユビナガ１８００頭，合わせ
て１万７４００頭のコウモリ類が生息するとされる。一方，本件事業
実施区域及びその周辺のα７地域洞窟群に生息する個体数は，カグラ
最大数約４０００頭，コキクガシラ３０００頭，ユビナガ１０００頭
（ビデオ撮影法では１４００頭がカウントされたこともある。）であ
る。これらを合計すれば８０００頭となり，全島の４ないし５割を占
めていて，石垣島のコガタコウモリ類の最大の生息地域となっている。
特に，ユビナガの個体数は約６割と高い値を示している。
石垣島は，島としての最大幅が約３５ｋｍしかないため，森林が連
続していて飛翔移動が容易な環境であれば，島全体に生息する各種の
コウモリをそれぞれ１つの個体群として扱うことが可能で，季節的移
動に加えて，幼獣の分散を考慮すると長い時間経過の中で，移動交流
とランダムな交配が行われ，比較的均質な遺伝構成になっていたと予
想される。しかし，今日，人為的な影響で移動経路の多くが分断され
ている状態にあり，α９地域とその周辺地域も分断されていると考え
られる。県の標識再捕獲による調査結果では，ＡないしＥ洞窟のコキ
クガシラの最大移動距離は７．８ｋｍ，カグラで約１０．８ｋｍ，ユ
ビナガコウモリで約２２ｋｍである（乙４５）。こうしたことから，
島内部で個体群の分化が進行している可能性がある。カグラについて
は，県による遺伝的解析から，遺伝的な距離と地理的な距離の間に相
関がみられ，３つの個体群に分けられている。西部，北部，α９地域
を中心とする南東部の３個体群で，特に北部と他の地域のコロニー間
でわずかではあるが遺伝的な分化がみられている。したがって，α９
地域の個体が消滅すれば，それを含む南東部の個体群は消滅（激減）
する可能性がある。また，今後，各個体群が小さくなれば，近交弱勢
（交配可能な集団が小さくなるほど，致死的遺伝子が発現する可能性
が高まること）の負の連鎖に落ち込むおそれも予測され，絶滅へつな
がる可能性も否定できないと指摘されている。また，コキクガシラで
は，カグラほど遺伝的な解析が行われていないが，カグラと同様に２
つの個体群に分けられる。さらに，ユビナガについては，全く遺伝的
な解析がされていない。しかし，本種の場合には繁殖場所（出産・ほ
育場所）が発見されておらず，Ｐ１９委員会の推測どおりにＡ洞窟が
唯一の繁殖場所であれば，Ａ洞窟が繁殖場所として放棄された場合，
個体数の激減を免れず，絶滅につながる可能性がある。
(ウ)県の探索調査によれば，α９地域には主要とされるＡないしＥ洞窟
のほかに，Ａ１洞窟，Ａ２洞窟，Ｄ１洞窟等，合わせて少なくとも１
８洞窟が散在している。石垣島内には多数の洞窟が存在しているが，
コウモリ類が利用している洞窟はその１ないし４割程度に過ぎない。
ましてや，コウモリ類の生存にとって極めて重要な出産･ほ育場所に利
用されている洞窟や冬季の休眠場所（１００頭以上）になっている洞
窟は更に少ない。
しかし，このα７地域洞窟群の中には，少なくとも出産・ほ育洞窟が
３か所，同様に冬季の休眠洞窟が４か所も存在している。α９地域に
はこれら出産･ほ育洞窟や冬季の休眠洞窟を含め，多様な洞窟が散在し，
また洞内に多様な環境が創出されていることによって，絶滅危惧種コ
ウモリ類の各種数千頭にも及ぶ個体群が冬季，夏季を通じて同じ洞窟
を利用するか，洞窟間を移動しながら共存している。日常の利用個体
数が少ないからといってその洞窟が重要でないともいえない。そのよ
うな洞窟でも，環境変動などが起きたときの避難場所となり，そのよ
うな事態において個体群の生存を確保する重要な条件となり得るから
である。ゴルフ場の設置や本件空港整備により生息環境が劣化した状
況でも，ごく狭いこのα９地域に洞窟性コウモリ類総数８０００頭が
存在することは驚異的なことである。これは，比較的狭い地域に集中
して存在する多様な自然洞窟群がコウモリ類各種で微妙に違うねぐら
となる場所の選択を許容し，また，洞窟周辺地域が採餌場所を提供し，
洞窟と採餌場所への移動経路もかろうじて確保されているからである。
α９地域の小型コウモリの保全を考える上では，こうしたα７地域洞
窟群の一体性を考慮しなければならない。
(エ)このように，コウモリ類は，石垣島の生物多様性ないし生態系の重
要な構成要素となっており，かつ，学術的に重要な意義を有するもの
である一方，既に絶滅のおそれに瀕している。α７地域洞窟群はコウ
モリ類の生息場所，とりわけ越冬・繁殖場所としての重要性が高く，
石垣島南東部の各個体群の中心的な位置を占める場所であるといえる。
本件事業の実施によって，コウモリ類がα７地域洞窟群を利用できな
くなれば，石垣島南東部の個体群の激減あるいは消滅は免れない。そ
して，そのような事態になれば，石垣島南東部の個体群の遺伝的形質
が消失することになり，石垣島全体における各種の遺伝的多様性保全
の観点から影響が非常に大きいと考えられる。
イ本件事業が実施されれば，α９地域に散在する洞窟は，破壊され，ある
いは空港の下深くに消失し，直接的な改変を受けない洞窟であっても，
工事中の建設機械の稼動による騒音や航空機の運行によるごう音によっ
て，コウモリ類の生息環境が著しく悪化する。また，カグラやコキクガ
シラは，樹林内を移動経路として利用し，開けた空間を飛翔しないとこ
ろ，今ある樹林の大半は伐採されることから，コウモリ類の餌場が減少
するとともに，その餌場へのルートも分断され，コウモリ類に取り返し
のつかない深刻な影響を与える。
これに対して，県の環境影響評価は，次のようにいくつもの点で誤って
おり，いずれもコウモリ類の生息環境の悪化を解消，低減できるもので
はない。本件事業の実施によって，コウモリ類各個体群が甚大な悪影響
を受けることは明らかというほかない。
(ア)県が環境影響評価の過程でコウモリ類の主要な利用洞窟として継続
的な調査をしてきたＡないしＥ洞窟は，わずか４０ｍ離れるＤ洞窟を
除いて，全て本件事業実施区域内に存在する。また，本件評価書の縦
覧の際に初めて明らかになったＡ１洞窟及びＡ２洞窟も本件事業実施
区域内の洞窟である。
本件補正書によれば，これらの洞窟のうちＡ，Ａ１，Ａ２及びＥ洞窟
は盛土部分に当たり，滑走路の直下など空港の下になってしまい，Ａ
洞窟を除き洞口が閉塞される。また，Ｂ及びＣ洞窟は切土部分に存在
するため洞口や洞窟の天井部分が大きく破壊される。Ａ洞窟はその最
奥部（コキクガシラの出産・ほ育場所になっている。）が事業実施区
域端部の着陸帯の下になるが，洞口は事業実施区域外にあるためその
まま盛土される。Ｅ洞窟は現在の洞口からボックスカルバートで盛土
区域外まで導き，導水とともに浸透ゾーンⅠに開口させる。その開口
部周辺に樹林帯を設置するとともに，このトンネル内に一定間隔でホ
ールを設けコウモリ類の利用に配慮するとしている。さらに，Ａ１及
びＡ２洞窟はそれぞれをトンネルで結んで，Ｅ洞窟のトンネルと合流
させるとしている。Ｂ洞窟は破壊し，拡大した洞口を閉鎖する一方，
コウモリ類の利用を可能にするため新たに別の洞口を創設し，その周
辺に植栽するとしている。Ｃ洞窟については，破壊された天井部分を
コンクリート板で覆い，浸透ゾーンⅡの地下を通してその外側までト
ンネルを伸ばし新しい洞口を設置，洞口付近は植林するとしている。
県は，Ａ及びＤ洞窟が従来どおり残存するので，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を
利用できなくなってもコウモリ類は，Ａ洞窟，Ｄ洞窟等に移動できる
として，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の消失の影響は小さいと予測している。ま
た，移動先のねぐらや餌場への影響についても，それぞれの環境収容
力の範囲内であるとして環境保全措置を講じる必要はないという。
しかし，これらの洞窟保全策は，物理的な空間（空洞）を空港の地
下に残すことにはなるが，温度や湿度，そして，空気の流れなど洞内
の微気象は激変することが予測される。また，工事中の建設機械の稼
動や供用後の航空機の離発着に伴う騒音・振動等によりコウモリ類の
利用は困難であり，絶滅危惧種コウモリ類の保護には何の役にも立た
ない。コウモリ類は，環境変動や人為的なアクシデント等によってね
ぐらを変えていると予想され，利用している洞窟が複数存在すること
でかろうじて現在の個体数が維持されているといわれている。したが
って，相互利用できる洞窟が減ってしまえば，選択幅が減少し，環境
収容力は低下してしまって，それらを利用する地域個体群は減少する
ことが予測される。Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の消失により，コウモリ類の生
存にとってかけがえのないα７地域洞窟群の一体性は完全に損なわれ，
その影響は決して小さいとはいえない。
(イ)県は，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の消失によるねぐらの多様性が低下し選択
肢が減ることを補うためなどの目的から，環境保全配慮として人工洞
の設置を行うとしている。そして，被告は，人工洞窟の設置はコウモ
リ類の緊急避難場所としての意味があり，戦時中に構築された人工洞
窟を石垣島のコウモリ類が利用しているという実態があるという。
しかし，この人工洞の設置について，Ｐ１９委員会は，その報告書
で，コウモリ類に利用されやすい代替施設を創設する技術はまだ確立
されておらず，コウモリ類をそこに誘導する技術も同様であるとして，
その効果について重大な疑問を呈している。作った直後の人工洞窟に
はコウモリは入らないから，生息場所を奪った後の保全対策にはなら
ないというべきであり，実際にも，平成２１年度には，人工洞窟には
入洞しているコウモリがほとんどいない状態であった（証人Ｐ２１，
甲２１２の１１・１２頁）。
(ウ)県は，建設機械の稼動に伴う騒音及び振動の発生による環境影響の
ための環境保全措置として，出産・ほ育期（５月ないし８月）と冬期
の休眠期（１２月ないし３月）には，大型ブレーカや振動ローラなど
は，Ａ洞窟やＤ洞窟から一定の距離以内（大型ブレーカ等においては
Ａ洞窟及びＤ洞窟から半径１００ｍ以内，また振動ローラ等において
は同様に各洞窟から半径４０ｍ以内）を避けて作業を行うとしている。
しかし，実際の工事は長期間にわたり，そして，多い時には何百台
もの多種の建設機械が同時に稼動し，様々な騒音をまき散らす複合的
な騒音状況を呈するのに，この保全策は，県がＡ洞窟やＤ洞窟とは全
く異なる構造及び形質の別の洞窟で行った騒音･振動試験のデータに基
づき，単純に騒音源からの距離によって予測し決められたもので，洞
窟構造などの差異は一切考慮されていない上，この試験はわずか１日
だけしか行われておらず，しかも，上記建設機械各１台だけを使って
行われたものである。このように実際とかけ離れた条件の下で行われ
た調査データに基づき考えられた保全措置が適切かつ有効なものでな
いことは明らかである。さらに，試験調査された洞窟に生息していた
のは，比較的鈍感とされるカグラであり，よりデリケートなコキクガ
シラにそのまま当てはめることもできない。この保全措置は，科学的
根拠や前例が全くなく，建設機械の稼動に伴って発生する騒音や振動
によるコウモリ類への影響を低減できるとは到底いえないものである。
平成１７年にα９地域のコウモリ類生息実態調査をしたＰ１９委員
会は，その報告書（甲４）の中で，単に出産・ほ育や冬眠時期を避け
れば工事の影響を回避できると速断することはできないこと，調査の
結果，Ａ洞窟につながる未知の洞窟の存在などが明らかになったから，
それらの存在の有無や位置をまず確認しなければ，Ａ洞窟の広がりを
確定することができず，工事の騒音に対する適切な影響の回避（洞窟
と稼動重機の距離確保など）を策定することはできないことを指摘し
ている。しかし，このような指摘を受けていたにもかかわらず，県は，
工事を続けてきており，その結果，平成１６年１月から平成２１年１
月にかけて，コウモリ類の個体数は減少傾向を示している状態になっ
ている（甲１２２の資料６，証人Ｐ２１１３・１４頁）。
(エ)県は，現空港の北側から約２５０ｍの飛行経路直下にあるコキクガ
シラ（繁殖集団ではない。）の生息する洞窟で騒音・振動測定を行っ
た。そして，その結果に基づき，航空機の離発着に伴う騒音・振動が
残存するＡ及びＤ洞窟を利用するコウモリ類の生息状況を変化させる
ことはないと予測，評価し，環境保全措置を一切考えなかった。
しかし，現空港近くのその洞窟は，Ａ洞窟やＤ洞窟とは全く異なり，
洞口から急に落ち込む音の入り込みにくい構造をしている。また，県
は，光が届かないから音も伝播しないという前提でＡ洞窟やＤ洞窟へ
の騒音等の影響を予測しているが，これも大きな誤りである。光は洞
窟内では反射しないので屈曲部があればさえぎられるが，音（音波）
は洞窟内で反射するため屈曲部があるからといってさえぎられるとは
限らず，光が届かないから騒音も伝播せず，影響がないと短絡的に結
論を出せるものではない。洞窟内の音の伝播は，洞口からの距離だけ
ではなく，各洞窟の内部構造によっても変わってくるものであり，そ
れらの調査をすることもなく結論を出した県の予測・評価は適切なも
のとはいえない。そして，そもそも，現空港近くの当該洞窟の現空港
供用前のコウモリ類の生息状況は不明であるから，当該洞窟をコキク
ガシラが現在利用しているという事実があったとしても，また，当該
洞窟内の中間地点や奥部の騒音レベルがいかに小さいものであったと
しても，それだけで生息状況に変化がなく，コウモリ類への影響はな
いとはいい切れないのである。
また，県は，Ａ洞窟やＤ洞窟がコウモリ類にとって極めて重要な出
産・ほ育洞窟であることを知りながら，繁殖集団への影響については
何の検証もしていない。県が行った航空機の騒音・振動がコウモリ類
に及ぼす影響についての予測・評価は，このような重要な観点が抜け
落ちていることからも，不十分，不適切といわざるを得ない。
以上のように，県の予測，評価は，手法そのものに重大な瑕疵があ
り，そのような手法に基づいて出された結論は到底適切なものとはな
らない。
(オ)本件補足書は，本件事業の実施に伴って，事業実施区域の樹林が約
３０ｈａ消失し，Ａ及びＤ洞窟から餌場への２つの移動経路が分断さ
れる。これについて県は，Ａ及びＤ洞窟をねぐらとする各個体の餌条
件が変化するため，環境影響の程度が極めて小さいとはいえないとし
て採餌場所となる緑地と移動経路の創出のために，樹木を植栽する環
境保全措置を行うとしている。
しかし，創出される移動経路は北東側の海岸林への１ルートのみで
あり，また，新たに創出される樹林は，本件補正書の図面で見る限り，
移動経路部分を含めても消失する樹林の３分の１にも満たない１０ｈ
ａ未満しかないと思われる。これでは，α９地域に生息するコウモリ
類の餌量不足が生じ，個体群の維持に重大な影響が生ずるおそれがあ
る。それにもかかわらず，県は，当該環境保全措置の効果として餌場
の消失及び移動経路の分断が低減されるとして，本件補正書に現況と
の変化は極めて小さいなどと記載している。これは看過できない重大
な問題である。
ウ被告は，石垣島に生息するコウモリ類の個体数を維持するためには本
件事業実施区域周辺だけでなく，石垣島全体という視点が重要であると
いい，県は，コウモリ類が石垣島全体で一つの個体群を形成していると
の分析を踏まえて，本件空港設置工事に伴うコウモリ類への影響を回避
ないし低減するための保全対策を採っているのであるから，本件事業が
コウモリ類を絶滅に追いやるものとはいえない，本件事業実施区域内の
洞窟への影響のみを分断して個別に取り上げ，県のコウモリ類の保全措
置を批判するのは当を得たものではないと主張している。
この点，県は，本件事業実施区域において採り得る保全措置の効果が
小さいあるいはないかもしれないと意識しており，Ａ及びＤ洞窟を始め
とするα７地域洞窟群において生息するコウモリ類への本件事業の影響
を十分に回避しようとすれば，本件事業実施区域自体を変更せざるを得
ないことを認識する一方，本件事業実施区域について代替案は検討しな
いとの方針を有していた。そこで，上記保全措置で足りると強弁するた
め，環境影響評価の対象であるα７地域洞窟群に生息するコウモリ類を
保全する必要性を過小評価し，コウモリ類は石垣島で単一の地域個体群
を成しているから，石垣島の一部（α９地域）からコウモリが消失して
も，地域個体群が絶滅したことにはならないといおうとしているのであ
る。
しかし，コウモリ類が石垣島全体で単一の地域個体群を成していると
の論理は，次の点から失当である。
(ア)被告は，３種のコウモリ類がそれぞれ単一の地域個体群とする根
拠として集団遺伝学的分析を挙げるが，集団遺伝学的分析の結果その
ものからそのように断ずることは困難と考えられる。そもそも，分布
する範囲の狭い野生動物は，一つの地域グループである地域個体群を
成すとみられやすいが，その種に固有な生態に基づく何らかの障壁が
存在し，移動ないし遺伝的な交流が困難となって，複数の地域個体群
を形成しているとみるのが相当であることがある。（調査の範囲内
で）石垣島に生息するコキクガシラについて４段階でグループ分けし
たところ，各段階によって２から５の遺伝的変異の認められるグルー
プが見いだされたとの報告がある（甲２，３）。しかし，集団遺伝学
的分析によって判明することは，一定の範囲においても現在も行き来
しているかどうかということではなく，過去から現在までの間に，一
定の範囲で交流があったかどうかということに過ぎない（証人Ｐ２２
尋問調書４２頁）。したがって，遺伝子調査は，石垣島で一個体であ
るとする根拠たり得ない。
また，被告は，α９地域における洞窟に生息する個体数に変動が認
められ，このことは他地域との交流状況を強く推測させる事実である
という。しかし，カグラやユビナガについて標識調査で移動が認めら
れるとしても，それから，標識調査を行っていないコキクガシラにつ
いても移動が認められるとするのは根拠が薄弱であって，単なる推測
にすぎない。また，標識調査によって移動が確認されたとしても，直
ちに石垣島全体で一つの個体群とまではいえず，交流の規模，程度が
問題となるはずであるが，県の示すデータは交流があるかないかとい
えばあるという程度のものにすぎないから（「平成２０年度Ｈ２０
新石垣空港モニタリング調査業務委託（その４）」（乙４７）の９９
ないし１０３頁を見ても，α９地域内で移動しているコウモリの個体
数に比べ，それ以外の洞窟に移動しているコウモリはわずかであ
る。），石垣島全体で一つの個体群であるということはできない。
(イ)地球上には，１０００万から一億以上の種が存在しているといわ
れている。種は，生物を分類する単位であり，更に亜種に分類される。
種・亜種に属する生物は，遺伝的な交流の在り方に応じた地域個体群
として存在し，種個体群の内部を見ると，個体ごとの遺伝的な変異が
見られる。この遺伝的な変異に富んでいることが種や個体群の多様性
の前提となっており，逆に種地域個体群の外部を見ると，異なる種の
個体群が集まって多様な生物群集を形成している。これと地形や気象，
土壌，水，大気，陽光など無機物質とが系を織りなして形成している
のが生態系である。これらの種，遺伝子及び生態系の多様性は，適応
進化（遺伝物質であるＤＮＡに頻繁に起こる化学的な変化である突然
変異に，捕食関係，競争関係など生物間の相互作用などによる自然淘
汰が働いてもたらされる。）と，遺伝的な交流を妨げる効果である隔
離が加わって起こる種分化によって形成されてきた。人間の生存は，
地球上の安定したエネルギーの流れ，栄養塩類や水を含む物質循環，
そして，多様な生物間の相互作用に支えられている。前２者の物理的
な作用にしても，生物の働きによって調節されている。他の惑星と異
なり，極めて複雑で精密な生物圏の働きによって，地球表面には揺ら
ぎのある物理的不均衡状態，つまり生物による動的平衡状態が生み出
され，維持されているのである。その結果として，私たちを取りまく
大気，水，土壌と多様な生物からなる自然環境が成立し，様々な経済
的生産活動が可能となる。そこで，生物多様性に関する条約２条は，
生物学的多様性ないし生物多様性について，全ての生物（陸上生態系，
海洋その他の水界生態系，これらが複合した生態系その他生息又は生
育の場のいかんを問わない。）の間の変異性をいうものとし，種内の
多様性，種間の多様性及び生態系の多様性を含むと定義し，その保全
を図ることとしている。
このように，おおまかには遺伝子，種及び生態系間の各階層のレベ
ルで，それぞれ多様性が保全されなければならないが，種の内部では
その地域グループである地域個体群間の変異，各個体群の内部では更
に狭い地域ごとの変異が見られる。そのような変異が地域個体群，そ
して，種の多様性を生み出す基礎となっているのであり，「地域個体
群」と明確に枠決められるかどうかにかかわらず，地域的な遺伝的変
異が喪失すると，その総和としての地域個体群，さらに，その総和と
しての種の絶滅確率が加速度的に高まってしまう。母数が少なくなれ
ばなるほど，偶然などの確率変動性による影響は大きくなり，更に負
の連鎖に陥りやすいためである。
(ウ)仮に，３種のコウモリ類全てが石垣島で単一個体群だと仮定した
としても（石垣島全体で見た場合でも），既に主張したα７地域洞窟
群の一体性を考慮すれば，α７地域洞窟群はそれら地域個体群の保全
に不可欠な環境条件となっているから，Ａ洞窟とＤ洞窟が保全される
からといって石垣島全体でのコウモリ類への深刻な打撃のおそれを否
定することはできず，本件事業の実施はその絶滅をもたらすおそれが
ある。
エ(ア)Ｐ１９委員会のＰ２１・Ｐ５３により，平成１９年６月９日，Ａ
洞窟から出洞してきた授乳中のユビナガの雌を捕獲した事実が明らか
にされ，これによってＡ洞窟が石垣島において未発見であったユビナ
ガの出産・ほ育場所であることが確認された（甲４，４６，２１２）。
Ａ洞窟がコキクガシラ及びカグラに続き，ユビナガの出産・ほ育場所
であることが確認されたことにより，Ａ洞窟が石垣島に生息するコウ
モリ類にとって更に重要でかけがえのない洞窟であることが明らかに
なった。
ところで，２００２年度（平成１４年度）新石垣空港モニタリング
調査業務委託報告書には，Ａ洞窟で，平成１４年７月２３日に幼獣メ
ス４頭，オス１１頭，同月２５日にメス１頭，オス３頭を捕獲し標識
を装着したとの記載がある（甲３の７－１０頁表－５．１．７．１
（３））。７月下旬はいまだほ育期であって，その時期にＡ洞へと幼
獣が飛翔するのを捕獲したというのは，Ａ洞窟がそれら幼獣の出産・
ほ育洞であったことを意味するものであり，Ａ洞窟を出産・ほ育洞と
認定しなければならないはずである。α９地域にユビナガの出産・ほ
育洞がある可能性は否定できず，Ａ洞窟がその可能性が高いことが県
による調査の中にもあるのである。
ところが，本件補正書は，この事実を黙殺して，「ａ）Ａ洞窟リ
ュウキュウユビナガコウモリ」の項で「通年利用と判断できる（最大
約１０００個体）。出産・ほ育場所としての利用は確認されなかっ
た。」としており（乙２３の６－１２－１７２頁），また，甲３の７
－９頁には，幼獣が捕獲されたことを前提とする記載はあるものの，
注意深く読み取り，かつ，ユビナガの生態に詳しくなければ，事実が
分からないような記載となっている。これは「他洞窟から移入してき
たと見られる幼獣」とすることによって，意図的に事実を隠蔽しよう
としたものとも読める。
(イ)被告は，Ａ洞窟の洞口付近で授乳中のユビナガの雌を捕獲したとし
ても，Ａ洞窟から出てきたものかどうか分からないとし，この事実か
らはＡ洞窟が出産・ほ育洞であるとは断定できないと主張している。
しかし，Ｐ１９委員会のＰ２１らは，Ａ洞窟の洞口からの飛翔個体
を追視し，洞口上の林内でそれを捕らえているのである。
(ウ)被告は，乙第３３号証を引用した上で，乳頭の裸出のあるメスが出
産・ほ育洞以外の洞窟で捕獲されていることから，乳頭の裸出のある
メスの存在と出産・ほ育洞であることとは関連性が薄いと主張してい
る。
しかし，同号証の１２頁の記載からは，少なくとも２個体のうちの１
個体は，出産・ほ育洞で見付かっており，乳頭の発達したコウモリの
いる洞窟は，５０％の確率で出産・ほ育洞であったとみることができ
る。また，同記載は，乳頭が発達した個体で１年目，２年目に見付か
ったものの総数が７個体であり，そのうち１個体を除く６個体は出産
・ほ育洞で見つかったことを示唆している。同号証の記載から，乳頭
の発達した個体が出産・ほ育洞以外の洞窟で発見される方が一般的で
あるという結論を導くのはその趣旨を誤解しており，むしろ，乳頭の
発達した個体が出産・ほ育洞で発見されるのが一般的であるといえる
のである。
(エ)被告は，ユビナガに関する甲第２１２号証の記載につき，種々の
理由を付けてその信用性に疑問を呈しているが，同記載は具体的かつ
詳細なものであり，信用できるものである。また，被告の主張は過重
な立証を要求するもの，あるいは，ユビナガの生態を知らない議論で
あって，いずれも失当である。
オ(ア)本件補正書は，Ａ及びＤ洞窟のねぐらの保全あるいは事業実施区域
周辺の重要な種の個体群の存続を環境保全上の基本的考えとして（乙
２３の６－１２－３１７・３２０頁），種々の環境保全措置を行うこ
とによって事業実施におけるコウモリ類への影響は小さいとしている。
しかし，予備的工事着手後，そのＡ及びＤ洞窟自体並びに事業実施区
域周辺（全体）のコウモリ類の生息数が激減し，事業実施区域周辺
（全体）の個体数も減少してきている。予備的工事後のコウモリ類に
関する調査結果（現在のコウモリ類の生息状況）が本件補正書の重大
な瑕疵を証明しているわけであり，コウモリ類保護への適切な配慮が
されていないことのあかしとなっている。
被告は，石垣島に生息するコウモリ類について，平成２０年度までは
有意な減少は生じておらず，コウモリ類の個体数が激減しているとの
原告らの主張は誤りであるという。しかし，コウモリ類の個体数につ
いて，変動を考慮した上で，全般的な傾向を統計処理したところ，減
少していることは明らかというべきである（甲１２２の資料６，証人
Ｐ２１１３・１４頁）。コウモリの個体数に経年変化があるとしても，
最大の数字で比較すれば，減少傾向にあるといえる。特に，本件空港
の工事に着手する前（平成１６年１月）と比較して，Ｂ，Ｃ及びＥ洞
窟の状況を改変し従前のような利用ができない状態にする前の段階
（平成２１年１月段階）でも，統計処理した値で見ると，平成１６年
１月から平成２１年１月までの間に，２分の１ないし３分の１程度の
減少があり，これを全般的な傾向からみて激減と評価することは妥当
というべきである。
なお，県のコウモリ類の個体数に関するデータは，最大個体数とい
う，証人Ｐ２２自身が説明することが不能な概念によって（証人Ｐ２
２尋問調書１３・４０頁），計測した個体数で表示されている。しか
し，県の使用する数字が実際のコウモリの生息数を表しているものか
どうかは疑問がある（甲２１２の４～６頁）。
(イ)県は，平成１８年１０月末頃から最短距離で４０ｍとＤ洞窟に近い
浸透ゾーンⅡの試験盛土工事（掘削工事）を開始した。県によると，
平成２１年１１月末以降の休眠時期は，本件補正書（６－１２－２６
７・３２０頁，７－６５頁）に記載されているとおりであり，Ｄ洞窟
から１００ｍ以内では騒音・振動の大きい大型ブレーカによる掘削工
事はしていないとのことである。
しかし，県のコウモリ類に係る事後調査（甲４５の１０・１２頁）に
よれば，Ｄ洞窟のコウモリ類の生息数は，平成１９年１月及び同年３
月の調査とも平成１４年ないし平成１７年度調査における同時期の個
体数に比べて著しく減少している（ユビナガは０頭で不変）。また，
Ｐ１９委員会が平成１９年６月の出産・ほ育期に行った調査でも，Ｄ
洞窟のカグラの個体数は７０頭，これは平成１８年度の同時期（２０
０頭）に比べて激減，加えて県が平成１４年ないし平成１８年に行っ
た同時期の個体数の記録（１５０～４００頭）を見てもはるかに下回
っており，Ｐ１９委員会報告書は，明らかに工事等の人為的な影響に
よるものと考えられるとしている（甲４６の４頁）。
(ウ)Ｃ洞窟についてみると，カグラは，Ｄ洞窟での調査による生息妨害
を受けた平成１４年度以外はＣ洞窟を全く利用していなかった。しか
し，平成１９年１月には８５０頭，同年３月にも６４０頭が利用し，
平成１４年度と同程度の生息数になっている。他方，コキクガシラは，
１月ないし３月には通常数百頭が利用しているが，平成１９年１月に
はわずか２頭，同年３月に入っても１６０頭しか利用しておらず，カ
グラの侵入によってより弱小なコキクガシラが別の場所に追い出され
たという事態になっている（甲４５の１０・１２頁）。
(エ)さらに，Ｐ１９委員会報告書によれば，平成１９年６月におけるＡ
洞窟のユビナガの個体数は８１頭で，平成１８年の同時期（１０００
頭）に比べて激減していた。ユビナガの個体数は，県が平成１４年な
いし平成１８年に行った同時期の個体数の調査結果と比べても下回っ
ており，とても経年変動の範囲とみることはできない，明らかに工事
等の人為的な影響が現れていると判断せざるを得ない（甲４６の３
頁）。なお，Ａ洞窟は，掘削工事現場から最短で７５ｍ，また，人工
洞設置工事の現場から最短で３０ｍ程度しか離れていない。
(オ)α７地域洞窟群全体における各種個体数の総計（平成１９年６月）
も，Ｐ１９委員会報告書によれば，前年同期に比べていずれも減少し
ている。カグラは３３０頭が２３０頭に，コキクガシラは１５８０頭
が１０３０頭に，ユビナガは１０３０頭が８０頭にそれぞれ大幅に減
っている。個体数減少の主因は工事及び工事による周辺環境の劣化，
採餌場所の消失等の影響が大きいと考えられるとされている（甲４６
の５頁）。
(カ)以上のとおり，既にこれまでの予備的工事でさえ，そのＡ及びＤ洞
窟のコウモリ類に重大な影響が出ている。また，α７地域洞窟群全体
における各種個体数も同様である。この事実に鑑みれば，本件補正書
の前提となる調査ないしその結果に対する評価に重大な瑕疵があった
ことは明らかというほかはない。Ｐ１９委員会は，本件補正書につい
て既に破たんしていると指摘し（甲４６の４頁），Ａ洞窟とＤ洞窟が
保全されれば，α９地域の個体群が維持できるとする短絡的な発想は
払しょくすべきで，α７地域洞窟群の重要性を再評価する必要がある
としている（甲４６の５頁）。
カ本件の環境影響評価は，次のとおり，不適切，不十分な調査に基づいて
進められたものである。
(ア)Ｐ１９委員会は，平成１９年６月，調査を実施し，夜間にＡ洞窟
から出洞してきたユビナガのほ育中の雌を捕獲し，これによって，Ａ
洞窟がそれまで石垣島において未発見のユビナガの出産・ほ育洞であ
ることを確認したこと（甲４６の１～３頁）は既に主張したとおりで
ある。
Ａ洞窟がユビナガの出産・ほ育洞窟であることがそれまで分からな
かったのは県の調査方法に問題があったからである。Ａ洞窟のように
構造が複雑な鍾乳洞の場合，洞内で調査できる範囲は非常に限られて
おり，そのような場合，出洞してきた成獣ユビナガを捕獲しその繁殖
状態を調べる方法がその洞窟が出産・ほ育洞であるかどうかを見分け
る最も適切で正確な方法であり，調査圧にも配慮した極めて一般的な
やり方である。しかし，県は，とおり一遍に出産・ほ育期の捕獲調査
はコウモリ類への影響が大きいとして，あくまで幼獣を視認で確認す
る調査法にこだわった（甲４６の３頁）。調査圧と調査の結果得られ
る重要事項のバランスを考えないこの不適切な調査方法のため，コウ
モリ類にとって極めて重要な出産・ほ育洞窟を確認できないまま，環
境影響評価を行ったのである。
他方，Ｐ１９委員会の平成１８年の調査及びこれまでの県の調査で
も，Ａ洞窟内の人の入れる場所ではユビナガの出産・ほ育コロニーは
確認されていない。したがって，ユビナガの出産・ほ育は，Ａ洞窟内
の人の入れない未知のねぐらで行われていると推測されている。自然
洞は人が通れないくらいの狭い坑道であっても，その洞奥は広大な空
洞が広がり，コウモリ類数千頭のコロニーが形成されていることもし
ばしばある（甲４６の３頁）。Ａ洞窟は県がこれまで明らかにしてき
た以上の広がりを持つ洞窟であり，この場所がどこにあるかを確認し
なければ，本件補正書に保全措置として記載されているコウモリ類の
出産・ほ育期及び冬季の休眠期における大型ブレーカの稼動制限区域
が確定できず，工事による洞窟破壊の危惧も払しょくできないのであ
る。
(イ)Ｐ１９委員会は，平成１９年の調査で，Ａ洞窟にはこれまで明ら
かになっている本件空港予定地から最も離れている西側の３つの洞口
のほかに，洞内環境調査の結果から別の未知の洞口が存在しているこ
とを推測した。そして，その場所として予定地内に掛かるＡ洞窟奥部
に近く，Ａ洞窟との連続性が示唆されているＤ１洞窟又はその周辺が
考えられると指摘していた（甲４６の６～７頁）。Ｐ１９委員会は，
その後平成１９年の調査でその洞口亀裂をＤ１洞窟付近で発見し，そ
こからコキクガシラ１５０頭が出洞するのを確認した。その際発見さ
れたＤ１洞周辺の亀裂は１か所のみであったが，洞窟環境の調査結果
では複数あると予想されている（甲４６の３～４頁）。
Ｄ１洞窟は空港建設によって盛土される区域に隣接している。こう
した亀裂が盛土によって閉鎖されることになれば，空気の流れが変わ
り，Ａ洞窟における洞内微気候の変化（好適な生息環境の破壊）は避
けられない。また，Ａ洞窟の中央プール手前（甲４６の図１）より奥
は，水面と天井とのすき間が非常に狭い部分が数か所あり，特に５な
いし６月（出産・ほ育時期）の増水時にはそれらの部分が少なくとも
数日は閉鎖してしまうことが考えられる。このような増水時の場合，
亀裂が閉鎖されれば洞奥部（コキクガシラの出産場所）から洞外への
移動経路も消失してしまい，出産・ほ育に利用しているコキクガシラ
には極めて重大な影響を与えることが予測され，出産・ほ育場所やね
ぐら場所の放棄につながるおそれが強い。さらに，洞窟亀裂が閉鎖さ
れないとすれば工事中の騒音や振動がＡ洞窟内の洞奥部に直接進入し
てくることになり，いずれにしても洞内環境の悪化は避けられない。
県は，これまで数年にわたってコウモリ類の生態調査をしているも
のの，洞窟内の空気の流れなど洞内環境調査はほとんどしておらず
（温度，湿度の記録のみ），新たな洞口を発見することはできなかっ
た。
(ウ)県は，本件国交大臣意見３に基づいて，Ａ１洞窟を平成１７年５月
と同年６月に目視確認による調査方法で実施し，水没するためコウモ
リ類の利用は困難であると報告した。
しかし，Ｐ１９委員会の調査では，平成１８年の冬季（２月），夏
季（６月）及び秋季（９月）並びに平成１９年の夏季（６月）に，い
ずれも数頭から１６頭のコキクガシラがＡ１洞窟で確認されている
（甲４，甲４６）。また，Ｐ１９委員会は，平成１８年９月及び平成
２２年６月にはＡ１洞窟の最奥部まで入洞し，コキクガシラの生息と
グアノを目視観察し，Ａ１洞窟には増水時でも水没しない場所がある
ことを発見した。これによって，Ａ１洞窟はほぼ周年を通じて，少数
ではあるがコキクガシラがねぐら場所として利用していることが確認
された（甲４，甲４６）。Ａ１洞窟は増水時には途中までしか入洞で
きず，洞内調査は難しいが，洞口でのバットディテクター（コウモリ
の出す超音波を人の耳で聞こえる可聴音に変換する装置で，周波数に
よってその種別を明らかにできる。）によるカウント調査によりで利
用個体数を確認できるにもかかわらず，県は，同調査もせずに目視調
査だけでいとも簡単に，コウモリ類の利用は困難であると結論付けた。
これは，極めて不適切な調査方法による誤った結論であり，そのよう
な調査に基づいてＡ１洞窟の評価を行うことは，非科学的とのそしり
を免れない。
(エ)県は，平成１９年８月２３日に，浸透ゾーンⅡの掘削中に新たな洞
窟が見付かったと発表した。水流があり洞窟延長は３００ｍ（歩行可
能範囲は１１０ｍ，狭さく部分は１９０ｍ，うち事業地内９５ｍ）で，
洞内には６ないし７ｍのホールもあり，Ｃ洞窟とつながっていると考
えられており，コキクガシラ７０頭とカグラのものと思われるふんが
洞内で確認されているという（甲１２）。しかし，既に開口部は掘削
で大きく破壊されており，工事前にはこの洞窟をどの種のコウモリが
どれくらいの数，どのように利用していたかを知る由もない。
これほど大きな洞窟が今頃になって発見されたのは，洞窟探索調査
が極めて不十分だったことを意味している。洞口が破壊された後でも
この新洞窟を７０頭ものコキクガシラが利用している事実から鑑みれ
ば，この洞窟はＡないしＥ洞窟に並ぶ，予定地周辺地域では極めて重
要な洞窟であった可能性がある。
(オ)Ｐ１９委員会は，コウモリ類を除く洞窟内動物でも新種と思われ
る好洞窟性動物を発見した（甲４７の１・３頁）。
平成１８年及び平成１９年の調査でＤ洞窟のコウモリ類のグアノ
（ふん）中から，ケシガムシ属の一種が発見された。本件補正書資料
編の洞窟性生物出現種リストには記載・報告されていないものである。
洞窟内のコウモリのグアノ中に見られるケシガムシ属の種として，ド
ウクツケシガムシがあり，世界で唯一，熊本県の一洞窟に生息してい
ることが報告されている。熊本県により準絶滅危惧種に指定されてい
るが，近年は生息が確認されておらず，絶滅が非常に心配されている。
Ｄ洞窟で発見されたケシガムシ属の一種は，このドウクツケシガムシ
と発見環境が類似しており，未記載種（新種）の可能性が高いと専門
家は指摘している。
このほかにも，Ｐ１９委員会の調査によって，好洞窟性のトカラコ
ミズギワゴミムシがＡ１，Ｃ及びＥ洞窟の洞内で初めて確認された。
県の調査が不十分なあかしである。また，真洞窟性で準絶滅危惧種
（石垣島固有種）に指定されているムモンアメイロウマについては，
本件補正書の中ではその保全措置について一切示されておらず，不十
分極まりないといえる。
(カ)以上のとおり，コウモリ類及び洞窟内動物に関する県の環境影響評
価は，その基本となるべき調査そのものが極めて不適切，不十分であ
った。そのため，Ｐ１９委員会の平成１８年ないし平成１９年の４回
の調査だけでも，県の調査では明らかにできなかった環境影響評価を
進める上では看過することはできない重大な事実が新たに発見されて
いる。これらの重大な事実に配慮することなしに（できないままに）
進められた環境影響評価は，当然のことながら環境の保全に適切に配
慮されたものにはなり得ない。
キ「コウモリ類調査の手引き（１）」（甲１３５）の編集に関わっている
Ｐ５４（ＮＰＯ法人）は，県の環境影響評価におけるコウモリ類調査を
当初より随意契約で実施してきているコンサルタントであり（甲２，
３），自ら編集した手引きを知らないわけはない。また，県がコウモリ
類に関する専門的な助言を得るために設置した「Ｐ２４委員会」でも周
年の調査を主張する委員などがいたにもかかわらず（甲５２の９頁），
その後の同委員会における調査回数等についての論議はうやむやになっ
てしまった（甲５３）。すなわち，事業主体である県の主導により，あ
えて不適切，不十分な調査が行われたことになる。
また，Ｐ５４の代表（理事長）であるＰ５５氏は，この「Ｐ２４委員
会」の委員である。同氏は，奈良教育大学教授でありコウモリ類の専門
家（分類学）ではあっても，県とともに環境影響評価手続を進める団体
の代表であるため，第三者的立場の専門家等で構成されるべき委員会に
加わるのは極めて公正さを欠くとして，Ｐ３３会やＰ４５会は，同氏の
解任を求めている（県は，公正さを損ねるものではなく委員にふさわし
い専門性と資質を有しているとしており，同氏は，今も委員のままであ
る。）。
そして，「Ｐ２４委員会」は，Ｐ５５氏を含め５人で構成されている
が，コウモリの研究や保護の専門家は，同氏を含めた２人だけであり，
その人選に強い疑問の声が上がっている。「Ｐ２４委員会」が，県によ
る早期事業推進の圧力に抗し得ない状況にあったことは容易に推測され
る。
ク以上のとおり，工事の実施後，既にコウモリ類への影響が現実的に発生
していること，Ｐ１９委員会の調査によって県の不適切，不十分な調査
が明らかになり，環境影響評価を進める上で欠かせなかった重大な事実
がいくつも確認されてきていること，そして，県が環境影響評価書に対
する本件国交大臣意見に適切に対応していないことなど，コウモリ類に
関する県の環境影響評価は，環境の保全について適正な配慮がされたも
のとは到底いえない。
それにもかかわらず，処分行政庁が本件許可処分をしたことには，事
実誤認，裁量権の逸脱があるから，評価法３３条に違反し，違法となる
ことは明らかである。
（被告）
処分行政庁は，前記第２の３のとおり，本件補正書の記載事項及び本件国
交大臣意見に基づき，主として，本件主務省令の別表第一（６条関係）に掲
げる標準項目及び本件主務省令６条１項により必要に応じて追加した選定項
目に着目し，本件事業において「環境の保全についての適正な配慮がされる
ものであるかどうか」を審査した。
本件補正書によれば，本件事業の実施が環境に及ぼす影響を予測・評価し
た結果は，環境保全措置等を実施することによって，環境影響は回避ないし
低減されており，また，必要に応じ，損なわれる環境の有する価値が代償さ
れていることから，全体としては，事業実施区域周辺に及ぼす環境影響の程
度は小さいものと判断されていること（９－１ないし９－３５頁），また，
本件国交大臣意見において指摘した２４項目についても，いずれも適切な対
応がされるものと認められたことから，処分行政庁は，本件事業につき，環
境配慮がされるものと判断した。
この処分行政庁の判断は，合理的な基準に基づき，評価法所定の所要の審査
を行った結果である。本件空港の設置は高度の必要性が認められるものである
上，本件事業は環境配慮がされるものと判断されたのであるから，処分行政庁
が本件許可処分をしたことに裁量権の逸脱又は濫用がないことは明らかである。
(1)評価法３３条１項の審査及びこれについての司法審査の在り方について
ア本件事業は，「第二種事業」（評価法２条３項，環境影響評価法施行
令６条，別表第一の四イ第三欄）に該当することから，処分行政庁は，
航空法３９条に基づく本件許可処分の審査に際し，環境配慮審査の結果
を併せて判断することとなる（評価法３３条１項，２項１号）。すなわ
ち，処分行政庁は，飛行場設置許可の申請があったときは，その申請内
容について，申請書及びこれに添付された書類や図面の記載内容等に基
づき，また，航空法３９条２項に基づく公聴会の結果を踏まえて，同条
１項各号の定める要件に適合するか否かを判断する。そして，申請内容
が同項所定の要件を全て満たしていると判断した場合には，評価法３３
条１項の審査の結果（環境保全上の支障を防止する法益）と航空法３９
条１項各号の審査の結果（飛行場設置許可をすることによる法益）を比
較考量し，評価法３３条２項に基づき，当該申請に係る飛行場の設置を
許可するか否か，許可に必要な条件を付するか否かを判断する。
そして，環境の保全に適正な配慮をして事業を実施するという場合，
その配慮の仕方としては様々な方法が考えられるところであり，特に事
業や環境保全措置の代替案がある場合にいずれを選択するかは事業者の
自主的な判断に委ねられるべきものである。また，事業の可否は，当該
事業を必要とする公共性，社会性やその雇用効果，経済効果なども考慮
の上，更には時として政治的判断も加えられ，正に総合的見地から決せ
られるものである。そのため，主要諸国においても，環境影響評価は，
主に環境を配慮した合理的な意思決定のための情報の交流を促進する手
段として位置付けられ，個々の事業に係る政府の意思決定そのものに一
般の人々が参加するための制度とはされていない。評価法は，こうした
主要諸国の状況等にも鑑み，中央環境審議会答申において，我が国にお
いても同様の考え方に立つのが適当であるとされたことを受けて立案さ
れたものであり，事業に係る意思決定に反映させるべき環境情報の形成
を図る観点から環境影響評価制度を規定したものであるとされている。
そうすると，このような環境情報を得た上で許認可等処分を行うか否か
は，結局，許認可等権者が上記の総合的見地から行う裁量的判断に委ね
られているというほかなく，その裁量は広範なものであるから，評価法
３３条２項に基づく上記の判断が違法となるのは，環境保全への考慮を
全く怠ったと考えられるような例外的な場合に限られるのである。
イ(ア)原告らは，環境の保全は許認可等処分をするための絶対的な考慮要
素であって，他の考慮要素との相対的な比較衡量は許されないなどと
いう。
しかし，評価法３３条１項は，「対象事業に係る免許等を行う者は，
当該免許等の審査に際し，評価書の記載事項及び第２４条の書面に基づ
いて，当該対象事業につき，環境の保全についての適正な配慮がなされ
るものであるかどうかを審査しなければならない。」とし，同条２項は
「前項の場合においては」として，本件許可処分のように「一定の基準
に該当している場合に免許等を行うものとする旨の法律の規定であって
政令で定めるものに係る免許等」の場合には，当該免許等に係る当該規
定に定める「当該基準に関する審査と前項の規定による環境の保全に関
する審査の結果を併せて判断」するものとしている（同条２項１号）。
そして，この「併せて判断する」とは，同条１項の環境の保全について
の審査の結果と免許等の審査の結果をつきあわせる趣旨であり，同項の
審査の結果（環境保全上の支障を防止する法益）と免許等の審査の結果
（免許等を付与することによる法益）と比較衡量し，総合的に判断する
意であるとされている。原告らの上記主張によると，同条に基づく審査
は絶対的な考慮要素を欠くか否かが基本となるようであり，「併せて判
断する」ことができるのは，環境保全上極めて軽微な支障が生ずる可能
性を完全には否定し切れないというレベル未満の支障が生ずる場合とい
う，正に極限的な場合のみということになる。しかしながら，同条１項
が，当該免許等の審査に際し，当該対象事業につき環境保全についての
適正な配慮がされるものかどうかを審査することを要求し，その場合に
おいて，「併せて判断する」と規定したことからすれば，原告らが主張
するような極限的な状況の場合のみ「併せて判断する」ことを要求して
いるものと考えることは到底できない。また，評価法において「当該免
許等に係る法律の規定に反しない限りにおいて」という制約が課せられ
ていないことから，原告らが主張するような「基準」が当然に導かれる
わけでもない。
(イ)原告らは，環境影響評価制度が基準クリア型ではなくベスト追求
型を志向するものであり，評価法３３条２項に基づく許認可等処分は
行政事件訴訟法３０条の裁量処分には該当しないなどという。
しかし，評価法は，環境基本法２０条が「国は，土地の形状の変更，
工作物の新設その他これらに類する事業を行う事業者が，その事業の
実施に当たりあらかじめその事業に係る環境への影響について自ら適
正に調査，予測又は評価を行い，その結果に基づき，その事業に係る
環境の保全について適正に配慮することを推進するため，必要な措置
を講ずるものとする。」と規定したことに基づき制定されたものであ
り，環境基本法は，「環境への負荷の少ない健全な経済の発展を図り
ながら持続的に発展することができる社会が構築されることを旨と」
するとして（４条），環境への負荷の低減と社会の発展の両立ないし
統合を図っているのであって，環境の保全を絶対視して社会の発展を
阻害してでも環境の保全を優先することまでを求めているものではな
い。また，環境影響評価制度は，環境基本法２０条の規定からも明ら
かなように，事業者において自主的に環境保全上の適正な配慮がされ
ることを期するといういわばセルフコントロールの考え方を基礎とし
ており，評価法３３条の横断条項は，事業者におけるセルフコントロ
ールが不十分である場合に環境の保全上支障が生じないようにするた
めの手段である。
評価法３３条２項の「併せて判断」については，上記のとおり，環
境影響評価制度が一義的には事業者の自主性に委ねられていることや，
環境への負荷の低減と社会の発展の両立を指向し，その比較衡量を行
わなければならないことからすれば，やはり許認可等権者の広範な裁
量に委ねられていると解さざるを得ないのであって，例えば，環境配
慮がされていない場合でも，許認可等を拒否する処分がされることも
あれば，比較衡量の結果，許認可等を行う処分がされることもあるの
である。
ウ手続の瑕疵により重要な環境情報が見落とされ，その情報への配慮を
欠くこととなった結果，環境保全上の支障が生じるおそれがある場合は，
手続の適否も免許等に影響を及ぼすこととなる場合も全くないというこ
とはできない。しかし，それが飛行場設置許可処分の違法事由となるた
めには，そのような場合に該当するか否かの判断も評価法３３条１項の
審査の一環としてされるものであるから，結局，この点についても確定
評価書及び２４条意見に基づいて判断せざるを得ないのであって，確定
評価書及び２４条意見に基づいて判断した結果，手続の瑕疵により重要
な環境情報が見落とされており，その情報への配慮を欠く結果，環境保
全上の支障が生じるおそれがあるということができる場合でなければな
らないし，その結果，当該処分が環境への配慮を全く怠ったということ
ができるような場合に該当するということができなければならない。
したがって，最終成果物たる後の評価書の存在を無視して，方法書や
準備書，評価書の段階における手続の瑕疵を主張し，それをもって直ち
に本件許可処分の違法性を基礎付けようとする原告らの主張は，それ自
体失当である。
エ(ア)原告らは，評価書から存在を認識し得る手続的違法については，当
然に許認可等処分の違法性を基礎付け得るなどという。
しかし，評価法は，上記のとおり，事業者に一定の手続を履践させ
ることによって，事業者において自主的に環境保全上の適正な配慮が
されることを期するというセルフコントロールの考え方を基礎として
おり，まず，事業者が環境影響評価の意義を十分に理解し，評価法に
規定する手続を実施することにより，事業計画の策定において環境保
全上の適正な配慮がなされることが期待されるものであり，評価法３
３条の規定は，セルフコントロールのみによっては，例えば事業者が
重要な環境情報を見落とした結果，重大な環境の保全上の支障を招く
おそれのある事業計画が策定されてしまうといったケースも生じ得る
ことから，そのようなケースに対応するため，国としても環境の保全
上の支障が生じないことを確保する手段として定められたものである。
評価法のこのような趣旨に鑑みれば，評価書作成までの一連の手続
が適正に実施されているか否かは審査の直接の対象ではないが，手続
の瑕疵により重要な環境情報が見落とされ，その情報への配慮を欠く
結果，環境保全上の支障が生じるおそれがある場合等には，手続の適
否も免許等に反映されることとなる。しかし，原告らが主張するよう
に，手続的な瑕疵があれば直ちに，環境保全上の支障の有無に関係な
く，当該事業を許可することが違法となるものではない。なお，原告
らは，行政処分を引き合いにして，評価法で定める「手続違反が取消
事由となる」と主張するが，事業者が行う環境影響評価はそれ自体行
政処分ではなく，また，処分行政庁が行う許可処分そのものの手続で
もないから，行政処分になぞらえて評価法で定める手続違反が直ちに
取消事由となるとの原告らの主張は明らかに失当である。
(イ)原告らは，事業者が説明責任を果たしていないことを看過して許
可処分が出された場合には，当該許可処分は，評価法３３条に反して
違法となるなどという。
しかし，原告らが主張する「説明責任」の根拠となる規定は存在し
ない（仮に，評価法２１条２項の規定が原告らのいう「説明責任」に
関する規定となると解したとしても，事業者の見解に不備があるとい
うだけでこれが記載された評価書に対する審査を経てされた許可処分
が違法となることの根拠となる規定は存在しない。）。この点をおく
としても，原告らの主張は具体性に欠ける上，事業者が評価法２１条
２項の規定に基づき評価法１８条１項の意見の概要を記載するに当た
って，例えば同種の意見が複数寄せられた場合には一括することや，
長文の意見書が寄せられた場合には内容を要約すること等の対応を採
ることは可能であり，また，事業の可否のみを表明する意見など環境
の保全の見地からの意見と捉えられないものについては，特段対応す
べき義務は生じないのであって，県が一つ一つの住民意見に対して事
業者の見解を述べていないとしても何らの問題もない。
さらに，原告らは，県が見解を述べているにもかかわらず，回答が
ないなどとしている（例えば，原告らは，「現空港を代替案として検
討してほしい。」旨の意見に対する県の回答は，住民の意見に対する
回答になっていないなどというが，その回答の前に空港の位置選定に
関する経緯が記載されているのを無視しているし，そもそも，上記回
答は，現空港の滑走路延長が種々の事情から不可能ないし極めて困難
であるという趣旨の回答であると考えられるのであり，当該意見に対
する一つの回答となっている。）。また，原告らが事業者の見解の不
備であると主張する点は，非常にささいなものであり，立場によって
どのようにでも解釈できるような内容にすぎない。事業者の見解に不
備があった場合，それがどのようにささいなものであっても評価法２
１条２項違反であり，そのような不備のある評価書に対する審査を経
てされた許可処分は違法であるというような帰結には何らの合理性も
ない。
(ウ)環境影響評価の目的は，環境への負荷の低減と社会の発展の両立
であり，仮に手続上の瑕疵があるとしても，必ずしも環境影響評価の
目的自体が阻害されるわけではないことからすれば，手続上の瑕疵に
ついても，環境への負荷の低減と社会の発展との比較衡量の中で考慮
されれば足りるものである。行政事件訴訟法３０条により，その比較
衡量における裁量権の逸脱又は濫用の存否が司法審査の対象になるに
すぎないのであって，評価書作成までの一連の手続が適正に実施され
ているか否かは審査の直接の対象ではないというべきである。
オ原告らが依拠する平成２２年３月１４日付けＰ８及びＰ９意見書（甲
１６４の１。以下「Ｐ８・Ｐ９意見書」ということがある。）に記載さ
れた意見には，次のとおり種々の点で問題がある。
(ア)Ｐ８・Ｐ９意見書では，「適正な配慮」について，評価法１１条
３項を引いて環境基本法１４条に定める事項の確保を旨とするもので
あるという。しかし，評価法１１条３項は，事業者が対象事業に係る
環境影響評価の項目等を選定するに当たり従うべきものとされる本件
主務省令を定めるにつき，環境基本法１４条各号に掲げる事項の確保
を旨とするというものであって，「適正な配慮」の中身について規定
したものではない。
(イ)Ｐ８・Ｐ９意見書は，適正な配慮は，単に法令の基準を遵守する
こと（基準クリア型）で足りるわけではなく，可能な限り環境負荷を
低減し，最善の措置を採るべきこと（ベスト追求型）を意味し，まず
は環境影響の回避策を採るよう努め，それが不可能なときに低減策を
採り，低減策でも不十分な場合に代替措置を検討することが要請され
ているという。
しかし，「環境影響評価法第４条第９項の規定により主務大臣及び建
設大臣が定めるべき基準並びに環境影響評価法第１１条第３項及び第
１２条第２項の規定により主務大臣が定めるべき指針に関する基本的
事項を定める件」（平成９年環境庁告示第８７号）における「環境影
響評価の項目並びに当該項目に係る調査，予測及び評価を合理的に行
うための手法を選定するための指針」に関する基本的事項の中で（第
二の一(6)），「評価は，調査及び予測の結果を踏まえ，対象事業の実
施により選定項目に係る環境要素に及ぶおそれのある影響が，事業者
により実行可能な範囲内で回避され，又は低減されているものである
か否かについての事業者の見解を明らかにすることにより行うものと
する。」と定められており，環境への影響回避，低減措置は，「その
技術的な実行可能性に加え，措置の効果の程度，他の項目への影響の
程度，事業目的との関係性等」との兼ね合いで実行可能な範囲内で採
ることとされている。
したがって，Ｐ８・Ｐ９意見書が「ベスト追求型」について，極限ま
で回避，低減措置を採ることが求められているという趣旨でいうのだ
とすれば，その理解は失当である。
(ウ)Ｐ８・Ｐ９意見書は，評価法２１条２項の規定の趣旨は，市民の意
見に高い位置付けを与え，市民の参加権を確保することを明確にする
ものであるという。
この「市民の参加権」の具体的内容は定かではないが，評価法が範囲
を限定せずに一般の市民が意見を述べることができることとしたのは
（８条，１８条），一般の市民の意見を通じて環境情報を収集し，こ
れを事業内容に適切に反映させるためであり，一般の市民が当該事業
の環境影響評価に「参加する権利」があるとしても，その内容は，方
法書や準備書について，「環境保全の見地からの意見」を一定の期間
に書面によって述べることができるというものであって，それ以上で
もそれ以下でもない。
(エ)Ｐ８・Ｐ９意見書は，「事業者の説明責任」なるものについて述べ
ており，この責任の根拠は市民の参加権であると考えられる。しかし，
評価法２１条２項の規定が「市民の参加権」を保障した規定であると
解することができないのは上記のとおりであって，この責任の根拠そ
のものに問題がある。
カ原告らは，空港設置場所について代替案の検討をせずにされた環境影響
評価は評価法に違反するという。しかし，「環境の保全のための措置
（当該措置を講ずることとするに至った検討の状況を含む。）」を記載
するよう求める評価法１４条１項７号ロの規定は，代替案の検討の状況
を必ず記載しなければならないことまで要求しているものではない。
原告らは，事業地に関する代替案として現に複数の候補地が存在すると
いう場合には，評価法は，環境影響評価において立地に関する代替案の比
較検討をすることを義務付けているという（甲１６４の１・７ないし８頁
も同旨）。しかし，事業地に関する代替案として現に複数の候補地が存在
する場合に，なぜ事業者が立地に関する代替案について環境影価として比
較検討することが義務付けられるのか，その根拠は明らかではない。原告
らの主張は失当である。
(2)環境影響評価手続の適法性について
ア処分行政庁による評価法３３条１項の審査は，確定評価書及び２４条
意見に基づいてされるのであり（同項の「評価書の記載事項及び第２４条
の書面」とは，本件の場合，本件補正書及び本件国交大臣意見を指す。），
評価書作成までの一連の手続が適正に実施されているか否かは評価法３３
条１項の審査の直接の対象ではないが，本件において事業者である県が行
った環境影響評価手続に何ら瑕疵が見当たらないことは明らかである。
このうち，処分行政庁が関与すべき手続として，処分行政庁は，環境大
臣に対する評価書の送付及び求意見をし，処分行政庁としての意見を述べ，
確定評価書の受領及び環境大臣への送付をした。処分行政庁は，評価法所
定の手続を適切に履践しており，この点において何ら違法がないことは明
らかである。
イ(ア)評価法には，環境影響評価に着手すべき時期に関する明文の規定
は存在せず，評価法においては，環境影響評価の結果を事業計画や環
境保全対策に反映させることを予定していることからすれば，事業計
画が固まる前に環境影響評価を行うことが求められるというべきであ
り，事業者としてある程度具体的な事業計画を想定できる時期であっ
て，その変更が可能な時期に開始されるよう個別の事業ごとに適切に
検討されることが期待されているというべきである。したがって，本
件方法書の縦覧（作成）に先立って，本件空港の基本計画案が確定し
ていなければならないわけではない。
(イ)原告らは，公告，縦覧された本件方法書に設置される航空障害灯や
進入灯の記載がないなどとと主張している。
しかしながら，方法書の記載事項については，評価法５条において，
「第２条第２項第１号イからワまでに掲げる事業の種類ごとに主務省
令で定めるところ」によるとされ，本件主務省令２条１項５号は既に
決定されている内容に係る対象飛行場設置事業の内容に関する事項に
限り記載すれば足りるとしている。本件においては，方法書の段階で
は航空障害灯の位置・形状等が決定されていなかったのである。なお，
事業者である県は，その後，航空障害灯の位置や形状等が決まった段
階でＰ２３委員会に報告し，調査方法等の助言の下で適正に環境影響
評価準備書にそれらの記載を行っている。
(ウ)また，原告らは，本件方法書の大半が既に行った調査の結果であり，
方法書の縦覧前に住民等の意見を聴取することもなく調査に着手し，
ほとんどの調査を終えていたことは，評価法の手順を適正に経たもの
とはいえず，明らかに評価法違反であるという。
しかしながら，県が本件方法書の縦覧前に行った調査は，評価法に
基づく調査に先立って，本件主務省令５条１項２号に掲げられる「地
域特性」を把握する必要があったために，任意に行ったものである。
他方，本件方法書作成後に行った調査は，評価法１２条に基づくもの
であり，両調査はその法的位置付けが全く異なっている。
ウ(ア)原告らは，本件準備書について，①コウモリ類の生息数など多
数の調査データが改ざんされて記載されたこと，②県が実施したコ
ウモリ類の調査報告書と全く逆の評価が記述されたこと，③コウモ
リに関する一部のデータが解析中として記載されていない上，投稿中
で学術的な評価を経ていない未発表の「論文」が評価の根拠として引
用されるなど準備書として未完成の状態のまま公告され，縦覧に供さ
れたことから，本件準備書には，評価法１４条１項７号イが求めてい
るその時点での真正かつ適正であるべき「調査の結果の概要並びに予
測及び評価の結果」が記載されているとはいえないなどと主張してい
る。
しかしながら，本件準備書にはその作成に至るまでの調査結果に基
づき評価法１４条１項７号イに規定する「調査の結果の概要並びに予測
及び評価の結果を環境影響評価の項目ごとにとりまとめた」内容が適切
に記載されていたというべきであり，原告らの主張は，次のとおり誤解
又は曲解に基づくものであって，失当である。
ａまず，上記①の点であるが，コウモリ類の調査結果の数値の誤記
等が一部存在したが，これは数値等の改ざんではないから，原告ら
の曲解にすぎない。なお，本件評価書は，調査結果を詳細に整理・
解析するなどして正確に分かりやすく記載されており，当該数値の
変更は予測結果に影響を与えるものではない。
ｂまた，上記②の点であるが，本件準備書は，平成１５年度までの
調査結果を取りまとめて環境影響の予測を行い，環境保全措置を行
うことも前提として評価を加えたものであり，コウモリ類調査報告
書とは，その前提条件を異にするものであるから，これらを単純に
比較するのは誤りである。
ｃさらに，上記③の点であるが，確かに，ごく一部のデータにつき
解析中ではあったが，県は，平成１３年５月から平成１６年１月ま
での調査結果等に基づき予測・評価が可能であると判断し，平成１
６年３月に本件準備書を作成したのである。そして，その後の調査
結果を加味しても，当初の予測判断に誤りは認められなかった。な
お，研究論文については，論文中に述べられている事実関係につい
て引用しているものであり，同論文が未発表であるか否かは準備書
の評価とは直接関係がない。
(イ)原告らは，評価法１４条１項７号及び同号を引用する評価法２１
条２項１号により，準備書及び評価書には，環境保全のための措置
（当該措置を講ずることとするに至った検討の状況を含む。）を記載
しなければならず，この規定の括弧書は代替案の検討を求めるものと
解した上で，本件準備書及び本件評価書には代替案の検討の状況が記
載されておらず，違法であると主張している。
しかしながら，評価法１４条１項７号にいう「環境の保全のための
措置」とは，事業位置の変更，基本的構造の変更から，工期の変更，
運用条件の変更まで含んだ幅広い概念であり，また，同号にいう
「（当該措置を講ずることとするに至った検討の状況を含む。）」と
は，評価の方策としての複数案の比較検討や実行可能なより良い技術
を導入したものであるか否かの検討の結果を記載する旨を明示したも
のと解されている。すなわち，評価法１４条１項７号及び２１条２項
は，事業者が講じることとした環境保全措置及び当該措置を講じるこ
ととするに至るまでの検討の状況について準備書ないし評価書に記載
することを義務付けているものであるが，必ず代替案の検討の状況を
記載しなければならないことまでをも規定しているものではない。
評価法は，環境影響評価が適切かつ円滑に行われるための手続（１
条）を定めたものであり，環境保全措置は事業者の創意工夫によって
自由に検討し得るものである。原告らがいかなる代替案を検討すべき
であると主張するのかは必ずしも判然としないが，仮にその代替案が
施設の位置，構造等を変更した設計を指すものであるとしても，その
ような代替案を検討するかどうかは事業者の判断に委ねられるべきも
のであり，当該検討が行われなかった場合にはもとより代替案の検討
結果が評価書に記載されることはない。
したがって，あたかも代替案の検討が評価法上の事業者の義務であ
るかのような原告らの主張は失当である。
エ原告らは，２４条意見を反映していない場合には，環境影響の大きさ
その他の事項を考えるまでもなく，許認可等処分は直ちに違法になると
いう。
しかし，評価法は，当該事業について免許等を行う者は，必要に応じ，
評価書について環境の保全の見地からの意見を書面により述べることがで
きると規定し（２４条），事業者は，同条の「意見が述べられたときはこ
れを勘案し，評価書の記載事項に検討を加え，当該事項の修正を必要とす
ると認めるとき」に，各号の修正区分に応じた措置を採ることとすると規
定する（２５条１項）。この規定からも明らかなとおり，免許等を行う者
の意見（２４条意見）が述べられた場合，事業者は，その意見を勘案し，
まず評価書の記載事項に検討を加え当該事項の修正を必要とするかどうか
を判断すること，修正が必要であると判断する場合に評価法に規定する措
置を講じることを要求しているのであって，評価法に規定する措置を講じ
るかどうかの判断は事業者に委ねられている。評価法は，２４条意見につ
いて，その指摘に従ってそれに沿う措置を必ず講じるよう求めているもの
ではなく，例えば免許等を行う者が環境保全措置等として必要と考えて指
摘した事項であっても，事業者による検討の結果，その指摘に係る事項の
修正を必要と考えないという判断を許容するものであるから，免許等を行
う者が考えるところの評価書の不備・不足等が修正・補完されていないか
らといって，事業者が２４条意見に対応したといえないということになる
わけではない（すなわち，２４条意見に対応したといえるか否かは，評価
書の不備・不足等が修正・補完されているか否かという観点からみなけれ
ばならないことになるわけではない。）。このように，２４条意見に対し
て，原告らのいう「対応」がないからといって，評価法２５条の規定に反
するものではなく，ましてそのことから本件許可処分が違法となるなどと
いうことはできない。
さらに，この点はおくとしても，県は，次のとおり，本件国交大臣意
見を勘案して，本件評価書の記載事項に検討を加えた上，修正が必要で
ある事項について評価法２５条１項の規定に基づく措置を講じているの
であり，また，修正の必要を認めない事項についても，本件国交大臣意
見を踏まえて相応の措置を講じているのであって，本件国交大臣意見に
対する県の本件補正書における対応に不十分な点はない。
(ア)本件国交大臣意見１は，それ以外の本件国交大臣意見が追加調査
事項や検討事項をある程度明示してその結果や検討の過程などを評価
書に記載するよう求めるものであるのに対し（ただし，本件国交大臣
意見９及び２３は評価書への記載を求めていない。），明らかに，概
括的かつ注意的な記載となっている。また，本件国交大臣意見１には，
本件国交大臣意見２以下とは対応を別にするようには何らの明示もさ
れていない。本件国交大臣意見１のこのような体裁及び記載内容をみ
る限り，本件国交大臣意見１は，事業者である県が環境保全措置を講
じるに当たってその措置に万全を期するよう総括的に求めたものとみ
るほかないものである。少なくとも，原告らがいうように，本件国交
大臣意見１が本件国交大臣意見２以下の他に独自の更なる対応（措
置）を求めているというように解することはできない。
この点をおくとしても，本件補正書には，ゴルフ場残地の利用だけで
なく新たな土地を取得することが記載されているのであり，表現の修
正にとどまるわけではないし，Ａ洞窟の奥部より海側の上部に設置す
るドレーン層を更に下流側に移動してより万全な対策を講じることを
追記した点は，本件国交大臣意見４のほか，本件国交大臣意見１を踏
まえてされたものであって，県は，本件国交大臣意見１に十分対応し
ている。なお，原告らは，本件国交大臣意見１の指摘に対応せずに本
件事業を遂行すれば，Ａ及びＤ洞窟においてもコウモリ類の保全を図
ること，すなわちα９地域の個体群の保全は困難になるというが，何
を根拠としてどのような経緯でコウモリ類の保全が困難というのか全
く不明である。
(イ)本件国交大臣意見２を受けて，県は，本件空港の供用後に引き続き
コウモリ類の利用が可能となるよう，Ｂ洞窟であれば，コウモリ類が
出入りするためには，洞口周辺が，樹木に覆われ，洞口に日光が差し
込まないようにすることが必要であることを踏まえ，工事によって洞
口を閉ざす必然性まではないものの，当該洞口は閉鎖し，採餌場所や
移動経路として創出する緑地に新たに洞口を設けるとして（本件補正
書７－６９頁），Ｃ洞窟についても，浸透ゾーンⅡの地下部を利用し
てトンネルを設け，敷地外に創出する樹林となる緑地に新しい洞口を
創出する（同７－７０頁），Ｅ洞窟については，ボックスカルバート
端にはコウモリ類が利用できるよう樹林を植栽し，ボックスカルバー
ト内にはコウモリ類に配慮し，一定間隔で天井部にホールを設ける
（同頁）といった措置を講じることとして，可能な限りの保全措置を
講じることとしている。
これに対して，原告らは，本件国交大臣意見２は，いかにしてコウ
モリ類を戻ってこさせるかという方策を要求しているなどというが，
本件国交大臣意見２は，消失するとされるＢ，Ｃ及びＥ洞窟の可能な
限りの保全を求めているのであって，原告らがいうような方策までを
検討するよう求めているものではないことは明らかである。
(ウ)本件国交大臣意見３に対し，本件補正書は，事業実施区域及びその
周辺で，ＡないしＥ洞窟以外に確認されている１１洞窟について，平
成１７年５月及び６月にコウモリ類の利用状況調査を実施したなどと
した。この点について，原告らは，コウモリ類の生態を把握するため
には，複数年にわたる調査，最低でも１年を通じた調査が不可欠であ
るとして，県の対応は，本件国交大臣意見３への対応に全くなってい
ないという。
しかし，原告らがその主張の根拠とする甲第５０号証（ⅵ頁）及び第
５１号証（２０頁）の記載は，そこに記載された調査方法を唯一絶対
のものとする趣旨のものではなく，原告らの主張は独自の見解を述べ
たものにすぎない。そもそも，環境の保全に適正な配慮をして事業を
実施するという場合，その配慮の仕方としては様々な方法が考えられ
るところであり，特に事業や環境保全措置の代替案がある場合にいず
れを選択するかは事業者の自主的な判断に委ねられるべきものであり，
この点，県は，事業実施区域及びその周辺の洞窟について，平成１４
度及び平成１５年度に実施した調査結果や本件国交大臣意見が出され
た後の調査結果，洞窟状況を総合的に判断して，コウモリ類が集団で
継続的に利用する洞窟ではないと判断したものである。また，Ｐ２４
委員会において，既に調査を行ってコウモリ類の生息が確認できない
洞窟について調査を繰り返すことは不要である旨の意見が出たことか
ら（証人Ｐ２２尋問調書３５・３６頁），上記の対応となったのであ
り，本件国交大臣意見３に対応していないとの非難は当たらない。な
お，原告らは，平成１７年内に事業認可を受け，同年末の平成１８度
政府予算案に事業費の計上を実現するためには形だけの短期間の調査
を行うしかなかったと主張するが，何ら根拠のない主張である。
(エ)本件国交大臣意見４について，原告らは，要求されている浸透方法
についての再検討が行われていないなどという。
しかし，本件補正書（６－１２－２５６頁）によると，「ドレーン層
近傍の地下水位の変化とＡ洞窟との関係について，Ｐ１２委員会を開
催し，ドレーン層の位置，浸透方法及び影響等について検討を行っ
た。」とし，「地下水・浸透水等は，透水性の異なる地層境界や透水
性の大きい所を移動していく。このことから，ドレーン層に浸透した
雨水は，フィルター層を通じ，面的に地下浸透が促され，線的にドレ
ーン層が設置されたとしても，その一体にほぼ現況と同様に徐々に浸
透するものと考えられる。」として浸透方法についても言及されてい
るのであって，原告らの主張は事実誤認によるものというほかない。
県は，上記検討の結果，ドレーン層の設置がコキクガシラが出産・ほ
育に利用しているＡ洞窟の奥部に影響を及ぼすことはないと考えると
して，当該事項の修正を必要とするとは認めないこととしたが，本件
国交大臣意見１及び４を踏まえ，洞窟への影響をより確実に回避する
ため，Ａ洞窟の範囲に相当する部分について，当該ドレーン層を更に
下流側へ移動して，より万全な対策を講じることとしている。このよ
うに，県は，本件国交大臣意見４に対応している。
(オ)本件国交大臣意見５に対し，本件補正書は，「小型コウモリ類の移
動経路及び餌場として事業実施区域西側及び北側に約５０ｍ幅の緑地
を創出すること，また，Ａ，Ｄ洞窟の洞口周辺から国道周辺の樹林に
至る範囲に緑地を創出することを追記した。」，「事業による土地改
変は段階的に実施し，樹林の伐採は，全体を一度に行わず，２～４年
次に段階的に行うこと，また採餌場所，移動経路となる緑地を早期に
創出することを追記した。」としている（１３－５，６－１２－３１
８ないし３１９，７－６３頁）。
この点，原告らは，これらの記載は本件評価書に記載済みで新たな対
応はないなどという。しかし，県は，本件国交大臣意見５のうち「移
動経路及び餌場を確保する」という点については，環境保全措置とし
て「事業によって減少する採餌場所の創出」及び「事業によってねぐ
らから採餌場に至る移動経路の創出」という措置を講ずることとして
いることから（乙１９の６－１２－３１０，７－５８頁），そのうち
「移動経路及び餌場ができる限り早く確保されるよう樹林，草地等の
改変の工程を工夫すること」という意見を勘案し，本件評価書の記載
に検討を加え，樹林の伐採を工区ごとに段階的に行うこと，コウモリ
類の移動経路を改変する時期を踏まえ，緑地の創出に当たっては早期
に植栽を行うこと等の措置を講じることしたのであり（６－１２－３
１８，７－６３頁），本件国交大臣意見５を受けて，評価法２５条１
項３号に基づく措置を講じている。
また，原告らは，本件国交大臣意見５は，少なくとも消失面積と同程
度の緑地面積を創出することを改めて求めたものであると主張する。
しかし，本件国交大臣意見５の内容に照らし，この主張は論理の飛躍
でしかなく，また，処分行政庁が消失面積と同程度の緑地面積を創出
することを求めようとするのであれば，端的にそれを求めれば足りる
のに，本件国交大臣意見にはそのような内容は含まれていない。原告
らの主張はその前提を欠いており，失当である。
(カ)本件国交大臣意見６に対し，本件補正書は，「事業による土地改変
は段階的に実施し，採餌場所への移動経路が分断されないように配慮
して，樹林への伐採は，全体を一度に行わず，２～４年次に段階的に
行うことを追記した。」としている（１３－６，６－１２－３１８な
いし３１９，７－６３頁）。これに対し，原告らは，本件国交大臣意
見５に対する対応と全く同じであり，本件国交大臣意見６に対する対
応とはいえないなどというが，一つの対策が複数の本件国交大臣意見
への対応となることも当然考えられるのあって，本件国交大臣意見５
に対応する措置が同時に同意見６に対応することにはならないといっ
た不合理な結論が導かれる理由はない。
また，本件国交大臣意見６に対し本件補正書が「出産・哺育の時期
（５月～８月）及び冬期の休眠時期（１２月～３月）は，Ａ洞窟最奥
部及びＤ洞窟から半径４０ｍ以内での振動ローラと同等の振動を出す
作業及び半径１００ｍの範囲での大型ブレーカと同等の騒音・振動を
出す作業を避けることを記載した。」ともしていること（１３－６，
６－１２－２６７，３２０，７－６５頁）に対し，原告らは，本件評
価書に記載された内容と全く同じで，新たな対応ではないという。し
かし，評価法２５条１項は免許等を行う者の意見を勘案して評価書の
記載事項に検討を加えることを求めるものの，修正の措置を必ず講じ
ることを要求しておらず，当該事項の修正を必要とすると認めるとき
に同項各号に定める措置をとらなければならないと規定するのみであ
るから，補正前の評価書と同様の内容であるからといって，同項に反
するということになるわけではない。
さらに，原告らは，この県の対応が何ら科学的根拠のないものであっ
て，コウモリ類が騒音や振動に敏感な出産・ほ育期に特に配慮した工
事を求めた本件国交大臣意見６に対応していないのは明らかであり，
その結果，現に本件地域においてコウモリ類の数が減少している傾向
を示しているなどという。しかし，まず，本件空港予定地周辺におけ
るコウモリ類の生息状況について有意な減少は認められていない。ま
た，科学的根拠がないとの点については，出産・ほ育時期において不
用意に調査を行うことによって予期し得ない影響を与える可能性を否
定できない以上，出産・ほ育時期に調査を行うことには困難を伴うこ
と，α９地域に所在する洞窟と可能な限り同質，同形状の自然洞窟で
あること，洞内に調査器機（ビデオカメラ）を設置することが可能な
空間があること，コウモリ類が集団で生息していること，建設機械を
稼働させるに適した場所があること等の観点を踏まえた調査を行った
上，α６島のα２９の例（そこでは洞窟の直上を県道が通り，車両の
往来が頻繁であるにもかかわらず，３種のコウモリ類は１年を通じて
生息している状況が観察されている。）から，カグラの状況を他の２
種のコウモリにも基本的に当てはめることが可能であると判断した結
果であり，科学的根拠がないとの批判は当たらない。もっとも，騒音
や振動の伝搬状況は，洞窟の形状等によっても影響されることが考え
られるし，コウモリ類の種類ごとに騒音や振動によって受ける影響の
度合等は異なることも考えられ，上記の調査による環境保全措置の効
果に係る知見が十分であるとする根拠も見当たらないため，県は，事
後においても引き続き調査を行うこと，環境影響の程度が著しいこと
が明らかとなった場合の方針についても，本件補正書に記載している
（８－９～１１頁）。
(キ)本件国交大臣意見９に対し，本件補正書は，「人工洞の設置にあた
っては，小型コウモリ類が生息している既存の人工洞の形状，洞内環
境を参考に，形状，規模，土盛り厚等について検討し，専門家の指導
・助言を得た上で具体的な形状，規模を決定すること，またできる限
り早い段階で設置することを追記した。」としている（１３－６，７
－７１頁）。この点，原告らは，本件補正書には具体的な対応内容は
示されていないなどという。
しかし，本件国交大臣意見９は，その記載振りからも明らかなとおり，
人工洞について「適切なものを整備すること。」を求めているのであ
り，人工洞窟の形状や気温，湿度等について具体的な検討結果を評価
書に記載することを求めているものではない。本件国交大臣意見９は，
本件評価書（７－６４頁）において，「事業実施区域周辺の小型コウ
モリ類３種が棲み分けられるような人工洞窟を設置する。小型コウモ
リ類は，人工洞の設置直後から利用するとは限らないため，可能な限
り早期に設置することとする。」と記載されていることに対して，そ
のような環境保全措置を是としつつ，「補正評価書の公告後のできる
限り早い段階で設置すること。」及び他の洞窟の形状等を考慮して
「適切なものを整備すること。」の意見を述べたにすぎない。原告ら
は，「整備すること。」に特別の意味があるかのような主張をするが，
本件国交大臣意見９は，人工洞を設置するのであれば早期かつ適切な
ものを整備することを求めたにすぎない。そして，県は，人工洞の設
置に関する事項の修正を必要とするとは認めないものの，本件国交大
臣意見９を踏まえ，本件補正書７－７１頁のとおりに追記したもので
ある。
したがって，県は，人工洞の具体的な設置状況等を示してはいないが，
上記意見を尊重して人工洞を設置していく旨表明しているのであるか
ら，必ずしも本件国交大臣意見に対応していないとか，対応が不十分
であるとはいえない。
(ク)本件国交大臣意見１０に対し，本件補正書は，「本事業において実
施された小型コウモリ類の調査結果，事後調査結果の情報を石垣市や
県等の関係機関へ提供し，小型コウモリ類の生息に影響を与えないよ
うな土地利用が図られるよう要請などを行うことを追記した。」とし
ている（１３－６，７－７３頁）。この点について，原告らは，具体
的な記載が全くなく，このような記載では，本件国交大臣意見１０に
対応したと評価することはできないなどという。
しかし，県は，本件国交大臣意見１０を受け，本件補正書（７－７３
頁）において，同意見に沿うよう石垣市などの関係機関に対する情報
提供及び要請を行う旨記載し，同意見に対応している。本件国交大臣
意見１０が原告らの主張するような点まで本件補正書に記載すること
を求めているものと到底解することはできない。
(ケ)本件国交大臣意見１１に対し，本件補正書は，「事業実施区域及び
その周辺区域への降雨及び表流水の流動について，新石垣空港地下水
調査結果に基づき，α４岳南地下水流域及びその他３流域について水
収支を算出し，その結果を追記した。」としている（１３－７，６－
６－２５ないし２６頁）。この点について，原告らは，本件国交大臣
意見１１が地下川の調査も求める趣旨であることは明らかである，赤
土流出対策との関連で付けられた意見であり，地下川の経路及び水量
を調査せよというのは至極自然なことであるのに，地下浸透した水が
流れる経路や経路ごとの水量について全く対応していないのは，本件
国交大臣意見１１を無視した対応というしかないという。
しかし，本件補正書（６－６－２５・２６頁）は，α４岳南地下水流
域における蒸発散量，地表流出量及び地下水流出量といった水収支を
算出し，そのデータに基づいてその他の三流域（α５川左岸地下水流
域（西側），同地下水流域（東側）及びα４岳北地下水流域）の水収
支を推定しているのであり，これが本件国交大臣意見１１に対応する
ものであることは明らかである。原告らは，「地下川の経路及び水
量」について調査していないなどとするが，そもそも原告らがいう
「地下川」がどのようなものを指しているのか定かではなく，原告ら
が独自の想定物を前提にそれへの調査の不備をいうものにほかならな
い。本件国交大臣意見１１が「地下川の調査を求める趣旨」と解する
ことはできないし，「地下川」なるものを調査していなくても本件国
交大臣意見１１に対応していないことにはならない。
(3)α３のサンゴ類ないしα３サンゴ礁生態系の保全について
ア本件補正書は，本件事業の実施（工事）中は，①土工事は，年度ごと
に施行エリアを分割し，裸地面積を小さくし，土砂の流出を抑える発生
源対策を講じることとしている上，②工事区域内で発生する濁水につ
いては，基本として浸透池，調整池において地下浸透処理をすることと
し，さらに，③調整池の浸透能力を越える濁水については，機械処理
方式により処理してα５川に放流することとし，加えて，④工事中は，
Ｐ４８委員会（仮称）を設置し，赤土等流出防止対策が所要の機能を発
揮していることを確認していくこととし，複数の方法を組み合わせて，
α５川流域からの赤土等（濁水）の流出によるα３のサンゴ礁生態系へ
の影響を回避あるいは低減するための保全対策を採っている。
イ原告らは，県の赤土等流出防止対策に対して，赤土等流出防止対策と
して濁水を地下浸透させる方式を採用している以上，その濁水がどこに，
どのような経路をたどって排出されるかを確認するのは当然であるにも
かかわらず，県は，その検討を全くしていないなどと主張している。
しかしながら，原告らのこの主張は，濁水が直接海域に流出すること
を前提としているところ，このような前提の科学的根拠は何ら証明され
ていない。
また，この点をおくとしても，本件補正書では，赤土等流出防止対策
として，本件事業実施区域の流域区分を勘案した上で，あらかじめ発生
源対策，場内仮設調整池及びろ過沈殿処理施設を組み合わせることによ
り（６－１－２９頁），浸透ゾーンに流入する濁水のＳＳ濃度を県条例
の排出基準である２００ｍｇ／ｌ以下に低減することとした上，さらに，
琉球石灰岩層に設置する浸透ゾーンには，厚さ１０ｃｍ以上の砂を敷設
することにより浸透能を十分発揮できる措置を講じているから，県条例
の排出基準を満たす濁水が浸透ゾーンにおいて更に濁度を低減されて排
出されるのであって，浸透ゾーンからの排出水が県条例の排出基準を下
回っていることは明らかである。
さらに，本件補正書は，事業実施に当たっては，地下水の濁りについて
モニタリングの調査結果を踏まえ，環境の影響の程度に著しい変化が認め
られる場合には，浸透ゾーンへの濁水の流入を一時中断した上で，工事区
域内の調整池等の容量を増やし，濁水の貯留，浸透ゾーンで処理する濁水
の前処理の強化など適切な赤土等流出防止対策を講じるとしていることか
ら（８－１２頁），浸透ゾーンを通過した濁水がどのような経路をたどっ
て排出させるかの事前の検討が必要とする原告らの主張は当を得たもので
はない。なお，本件補正書は，浸透ゾーンの設置に当たっては，浸透した
水が直接洞窟に入り込まないよう設置位置を検討することとして（６－１
－５５頁），新たな洞窟が発見されこれを保全する場合においても，浸透
した水が直接洞窟に入り込まないよう専門家の指導・助言を得た上で対策
を講じることとしている。
ウ原告らは，本件空港設置予定地の琉球石灰岩は，元々，全く圧密を受
けていない密度の低い石灰岩であり，既に地下水の浸食を受けている，
この浸食は自然の流量・流速を超えた水流(水圧)によって引き起こされ
るものであるという。
しかしながら，そもそも，石灰岩は，主成分である炭酸カルシウムが，
雨水に含まれる二酸化炭素によって溶け出し，再結晶することで岩盤と
して形成されるものであり，圧力を受けることで岩盤として形成される
砂岩等とは形成過程が異なるものである。また，琉球石灰岩中の空洞は，
地下水の水流（水圧）によって引き起こされる浸食ではなく，二酸化炭
素を含む雨水及び地下水による溶出が主な要因である。なお，溶出の進
行は極めて遅く，また，雨水及び地下水に接触している部分のみで進行
するものである。
エ(ア)本件空港建設地に分布する地層（本件補正書６－７－１５頁にお
いて「Ｒｌ」とされているもの）は，主に石灰岩と石灰質未固結堆積
物からなる琉球層群と総称される地層である。琉球層群は，氷河期と
間氷期の繰り返しによる海水準面の昇降により，固結した琉球石灰岩
と，サンゴ片，貝殻片，砂れき等の堆積物から成る未固結な層が交互
に堆積して形成されたと考えられる。そして，石灰岩は，サンゴの死
骸等が炭酸カルシウムの溶出により結合して形成されるものであるが，
琉球石灰岩は，地質年代が約１００万年前と新しいため，固結して硬
くなった部分と，未固結で圧縮強度もさほど高くない部分があり，そ
のため，琉球石灰岩には空げきが充てんされていない部分が残り，多
孔質な部分が存在する。また，石灰質未固結堆積物の層も，粒子が固
結していないため，空げきが存在する。琉球層群は，沖積砂れき層と
同様の性質を持ち，沖積砂れき層の空げき率が１０ないし１５％であ
ることからすると，おおむね同程度の空げき率であると考えられる
（１０ないし１３％であるといわれている。）。そして，そのすき間
はモザイク状に発達する。
琉球層群に接した水は，琉球層群にある空げきを通って浸透するとこ
ろ，その経路がモザイク状に形成されているため直線的に浸透すること
ができず，その浸透路長（流路）が長いものとなる。そして流路が長く
なると流速が遅くなり，流速が遅くなると，最終的に限界流速に至り，
懸濁粒子は運搬されずに沈殿し，地下に浸透する濁水がろ過される。例
えば，直径０．０１ｍｍの粒子の限界流速は，秒速１．０２ｃｍであり，
これを下回る流速は，直径０．０１ｍｍの粒子を運搬する能力を欠くこ
ととなる。一方，現地の琉球石灰岩層の透水係数は秒速０．０１ｃｍで
しかないところ，仮に動水勾配を１（高さの長さに対する比が１：１の
ことである。本地域の鍾乳洞が位置する場所から海岸線に至る地下水の
動水勾配は０．０１（高さの長さに対する比が１：１００のことであ
る。）ないし０．００５である。）としても，琉球石灰岩内における地
下水の流速（流速＝透水係数×動水勾配）は秒速０．０１ｃｍでしかな
い。したがって，本地域の鍾乳洞が位置する場所から海岸線に至る地下
水の動水勾配を前提とすると，琉球石灰岩内における地下水の流速は極
めて低速であり，その運搬能力は直径０．０１ｍｍをはるかに下回る粒
子しか運搬することができない程度のものである。なお，琉球層群の透
水係数が秒速０．０１ｃｍであるということは，１時間当たり雨量３６
０ｍｍの大雨が降っても雨水は琉球層群に浸透し，最終的には赤土の限
界流速に達する能力があるということであり，大雨時でも浸透ゾーンの
機能が保たれる（乙４８）。
浸透ゾーンは，この琉球層群の性質を活かし，濁水を地下に浸透させ，
その流速を赤土の持つ限界流速以下に抑えて粒子をろ過する緩速ろ過と
呼ばれる方式を採っているものであり，むしろ地層中に一定程度の空げ
きがあるからこそ濁水がろ過されるのである（空げきがなければそもそ
も水が浸透しない。）。また，琉球層群の透水性から，一部の濁水は浸
透ゾーンに流入する前に地表面からも浸透するが，ここでも上述した琉
球層群のろ過機能により地下水として浸透する過程においてろ過される
（乙４８の１４・１５頁）。この点，原告らは，濁水のろ過機能は，ほ
んの数ｃｍ程度の空洞が生じることで失われるなどと，あたかも空洞が
あれば一律にろ過されないかのような主張をするが，堆積学や地質学の
基本原理に対する理解を欠く主張である。さらに，原告らは，本件空港
予定地の琉球石灰岩が浸食されており，ろ過機能について琉球石灰岩一
般と同様の機能を有しないというが，北はα３５島から沖縄島本島南部，
南は宮古島まで数多く建設されている地下ダムにおいて，その建設後に
実施された揚水試験の結果，主要な帯水層である琉球石灰岩の有効貯留
率（有効空げき率）はおおむね１０％ないし１３％の範囲内に収まって
おり，この空げきには，浸食による空間も含まれている。琉球層群のろ
過機能は，浸食等があることを前提にするものである（乙４８）。
なお，浸透ゾーンのろ過機能は，フィルターで懸濁微粒子を吸着する
といったものではなく，吸着に限界があるということはない。琉球層
群の空げきをセメントミルク等で人工的に埋めること，すなわち人工
的に目詰まりを起こすこと自体困難である以上，自然に目詰まりを起
こすことはより一層困難であると考えられるし，実際，河床・河川敷
の下に分布している沖積砂れき層の空げきが河川の氾濫等により上流
から運搬されてきた土粒子により充てんされ，目詰まりを起こして地
下水の流れが遮断されることもなく，運用後約３０年経過した地下ダ
ムが目詰まりを起こして地下水が貯留不可能になったこともない（乙
５２）。自然に浸透する濁水によって琉球石灰岩層の空げきが埋まる
ようなことはおよそ考えられない。
(イ)浸透ゾーンのろ過の仕組みは上記のとおりであるが，県は，濁水を
確実にろ過するため，次の方策を講じるとしている。
ａまず，浸透ゾーンにおいては，浸透機能を維持するため，石灰岩の
上面にフィルター層として砂を１０ｃｍ以上敷設する。この砂は，
琉球石灰岩を破砕した粒径１／１６ないし２ｍｍの砂であり，透水
係数は同じく秒速０．０１ｍｍである。したがって，濁水がフィル
ター層として敷設された砂を浸透する過程においてもろ過現象が生
じていることとなる。なお，浸透ゾーンの底面は，ほぼ水平で，敷
設された砂の限界動水勾配以下になるよう設計されており，濁水が
流れ込むことによって浸透ゾーンからフィルター層に使用する砂が
流出することはない（乙２３の６－１－２７頁，乙４８の１５～１
７頁）。
ｂまた，本件補正書では，浸透ゾーンに流れ込む濁水についても，土
工事を年次ごとに施工エリアを限定して，大規模な土工自体を実施
しないようにするほか，表土保護工や流出抑制工を施すなどの赤土
等発生源対策を講じた上，発生した濁水についても，浸透ゾーンに
直接流入させるのではなく，まず場内仮設調整池に流入させて赤土
を自然沈降させ，次いでろ過沈殿処理施設に流入させて更にろ過処
理を施した上で浸透ゾーンに流入させるといった他の方法を組み合
わせて全体としてろ過機能の向上を図る（６－１－１０～１３頁）。
(ウ)Ｐ２０教授は，意見書（甲１４０）及び証人尋問において，浸透ゾ
ーンのろ過機能に疑問を呈する旨の意見を述べている。
ａＰ２０教授は，浸透ゾーンに集中的に濁水を流し込むことで，琉球
石灰岩のすき間に詰まっている土砂が流出してしまい，ろ過が全く
されないことは十分に考えられることであると述べている。しかし，
前記のとおり，浸透ゾーンに浸透した濁水は琉球層群の中で限界流
速以下となるのであるから，地層内の土砂を押し出すことはあり得
ないのであって（乙４８の１８・１９頁），濁水の流水によって琉
球石灰岩のすき間に詰まっている土砂が流出することはあり得ない
（同様の理由で，目視できる亀裂に琉球石灰岩を敷き詰めても，敷
き詰めた琉球石灰岩が水流によって流出することはない。）。
ｂＰ２０教授は，琉球石灰岩の割れ目に浸透した濁水について，部
分的にはろ過されることもあると思われるが，全体としてはすき間
の多い部分を水が流れるから，余りろ過されることはないという。
しかし，前記のとおり，モザイク状に発達した空げきを濁水が流れ
る過程で限界流速以下となり，濁水を構成する赤土は運搬されず沈
殿するのであって，十分にろ過能力を有する。さらに，Ｐ２０教授
は，琉球石灰岩の中に長さ約５ないし１５ｍの亀裂が５ないし１０
ｍ間隔で存在する可能性があり，こうした亀裂を濁水がろ過されず
に通過し，洞窟に達するというが，地質調査においてこのような亀
裂を生じさせるような断層等の地殻変動の痕跡は認められていない
上，現在進められている琉球石灰岩の掘削工事においてもこのよう
な亀裂は発見されていないことから，Ｐ２０教授が述べるような亀
裂が存在する可能性はない（乙４８の１９・２０頁）。仮に，亀裂
が存在しているとしても，琉球石灰岩の表層から流入した水がそう
いった亀裂に至る前に琉球石灰岩のろ過機能によってろ過されるこ
とも十分考えられるし（その場合，原告らのいう地下川に雨水が流
入する前に懸濁粒子はろ過されていることとなる。），地下川等に
ついてもその傾斜が緩ければ水流が限界流速以下に達するのであっ
て，必ずしも当然に限界流速以上の水流が生じるとはいえない。
オ原告らは，地下川を通じて濁水が直接海中に湧出する危険が極めて高
いという。
しかしながら，「湧出」とは地下浸透した水が湧き出ることをいうの
であり，沖積層や琉球石灰岩に浸透能があることは明らかである（乙２
３の６－１－２３・２４頁）から，「地下川を通じて濁水が直接海中
に」流入することと「湧出」することとは相容れず，原告らの上記主張
は失当である。
仮に，原告らの上記主張が処理前の濁水が地下川に直接流れ込むこと
を前提とするのであれば，本件補正書は，「土工事に伴い，降雨時には
濁水が発生する。この濁水は，浸透ゾーンに導入して地下浸透させて処
理する計画である。しかし，濁水に含まれる土粒子が浸透ゾーンの浸透
能を低下させることが室内実験により確認されていることから，浸透ゾ
ーンの機能を十分に発揮させるために流入する濁水のＳＳ濃度を低下さ
せるため・・・，発生源対策を行い，続いて場内仮設調整池において自
然沈降によりＳＳ濃度をある程度低減し，当該処理水をコルゲート管等
により浸透ゾーンの直前に設置するろ過沈殿処理施設に導入する。これ
らの手法を組み合わせることにより，浸透ゾーンに流入する濁水のＳＳ
濃度を２００ｍｇ／ｌ以下とする」としており（６－１－２９頁），濁
水は，県条例の排出基準を満たす濁度まで処理された上，浸透ゾーンに
おいて更に濁度を低減された上，地下浸透されるのであって，処理前の
濁水が地下川に直接流れ込むことはないのであるから，原告らの上記主
張は前提を誤るものである。なお，海域に直接連続する地下川の存在に
ついては，確認されていない。
カ原告らは，Ｅ洞窟流末付近等で床に浸透した濁水は，パイピングによ
る空洞を通して濁水のまま海岸湧水帯又は海域へ流出するなどと主張し
ている。
(ア)しかし，前記のとおり，本件空港建設事業地内で生じた濁水は浸
透ゾーンを含め琉球層群内を浸透する過程でろ過されることから，そ
もそも工事現場で発生した濁水がろ過されないまま洞窟に達すること
はない。
(イ)また，原告らのいうパイピング現象とは，砂れき，砂，粘土など
の未固結の土壌で生じ，浸透力によって土粒子が流出し，地盤内にパ
イプ状の水みちができる現象であり，未固結の地層で，周囲から地下
水が集まり水圧が高まる場所に集中しやすいというものであるところ，
Ｅ洞窟は，琉球石灰岩と名蔵れき層の境界に位置するものであり，琉
球石灰岩が地表側，名蔵れき層が地中側に位置するのであるから（乙
２３の６－７－５・６頁，６－７－１５～１８頁），先に琉球石灰岩
層に溶出等によって空洞が形成され，その空洞を流れる地下水の影響
によって，名蔵れき層中の砂れき分が浸食や吸い出しを受けて形成さ
れたものであると認められ（乙２３の６－７－５・６頁参照），砂れ
き，砂，粘土など未固結の土壌で生じるパイピング現象による水みち
が形成されたものではない。また，原告ら主張の砂採取場跡地周辺の
くぼ地についても，パイピング現象によるものとは確認されていない。
(ウ)そもそも，パイピング現象が生じるためには，今後施工する工事
等において未固結の地層に周囲から地下水が集まる等地下水に水位差
が生じ，土粒子の流出が起きる程度の水圧が必要となるが，今後施行
する工事においてこうした現場条件が発生するおそれはない。また，
パイピングが生じるのは土粒子が地下水の浸透流で動くからであり，
土粒子が動くほどの流速が土中で生じなければパイピングは生じない。
そこで，現地の動水勾配と土粒子が動き出す限界動水勾配を比較し，
限界動水勾配を現地の動水勾配が上回るかを確認することなどによっ
て，パイピング発生の可能性が判断できると考えられる。しかし，本
件事業実施区域地下と海岸を結ぶ沖積層の動水勾配は，パイピングが
生じる限界動水勾配を下回っている上，沖積層中の地下水の実流速も
砂れきが運搬される限界流速に満たないことから，そもそもパイピン
グ現象が生じる可能性はない（乙４８の２１・２２頁）。
これに対し，Ｐ２０教授は，α９地域では，洞窟の中を地下水が流
れるので，増水したときは水が逃げ場がなくなって，洞窟内の地下水
の水圧が非常に高まり，その先にある沖積層に流れ出した水の水圧も
限定的に非常に高まることになり，そこにパイピング空洞が形成され
ることは可能であると考えられるという。しかし，Ａ１洞窟及びＥ洞
窟の下流側には吐出洞口が存在し，仮に洞窟の天井まで水が貯まるよ
うな状況になったとしても，水の逃げ場は存在するから，パイピング
現象を引き起こすような水圧が洞窟の壁面に掛かることはない（乙４
８の２２頁）。
(エ)Ｐ２０教授は，ほかにもパイピング現象について次のように述べ
ている。しかし，それらの意見は科学的根拠に乏しいものといわざる
を得ない。
ａＰ２０教授は，大雨が降った場合にはパイビング現象で海岸湧水
帯に水が湧き出るが，そうでない場合にはパイプは形成されず，砂
の間を浸透していき，海岸近くで合流して水が湧き出るという。し
かし，そうであれば，通常の場合に海岸湧水帯で見られる湧水は，
パイピング現象によるものではなく，砂の間を浸透してろ過された
水が湧き出しているものといえる。そして，大雨の際にこれと異な
る湧水の状況が確認されているわけでもなく，大雨の際にパイピン
グ現象により水が湧き出すとの供述には根拠がない（甲第１２８号
証２１頁，２５頁の図１１によれば，大雨の後，７０ｃｍ掘り下げ
て水の湧出を確認したとされているだけであり，掘り下げなくとも
自然に水が湧き出してくるような状況すら確認されていない。）。
ｂＰ２０教授は，Ｅ洞窟の洞口付近から海より，海岸林との間にあ
って掘削された場所には，直径１ｍ近いパイピングによる空洞が多
数形成されていたとして，これを本件事業実施区域周辺でパイピン
グ現象が生じる根拠としている。しかし，仮にそれらの空洞がパイ
ピング現象による洞口だとすると，現実にはあり得ない動水勾配に
よってできたものということになる。また，パイピング洞だとする
空洞は地表から２ないし３ｍ下にあるところ，仮に地表から２ない
し３ｍ下にパイピングが形成されるには，２ないし３ｍの厚さの砂
れきが重さで崩れずにパイプの形状が損なわれないことが必要であ
るところ，粘着性がほとんどない砂れき層が崩れないはずはない。
Ｐ２０教授が指摘する空洞がパイピング現象によるものだというに
は，不可能なことを前提にしなければならない（乙４８の２２・２
３頁）。
ｃＰ２０教授は，Ｅ洞窟について，水圧によるパイピング現象で掘
り進められ形成された洞窟であると考えられるという。しかし，琉
球層群中の未固結な層は，石灰岩層に比べて弱いため地下水の浸食
を受けやすく，短期間で洞窟となりやすいところ，Ｅ洞窟は，琉球
石灰岩の下の未固結な層が浸食されてできたものであり，パイピン
グ現象によってできたものではない（乙４８の２３頁）。この点，
Ｐ２０教授は，Ｅ洞窟の天井の一部が管状になっていることを捉え
てＥ洞窟をパイピング洞窟であると主張しているにすぎず，根拠が
余りに薄弱である。
以上のとおり，本件空港周辺においてパイピング現象が生じるこ
とはなく，赤土を含んだ濁水が海中に流入することはない。
キ(ア)原告らは，Ｐ１８が平成２０年冬期（３月）に実施した赤土等堆
積状況の調査において，α５川河口より北側３か所の地点で，いずれ
も海岸側直近より沖合側で高い濁度が確認されているなどとして，α
９地域の地下水の大半が地下川を通じて海中で湧出しているとするＰ
１９委員会報告書（甲６３）の予測が裏付けられたという。
しかしながら，同報告書やＰ１８の調査結果では，海中に赤土を含
んだ濁水が湧出しているとの事実自体は確認されていない。また，上
記平成２０年冬期の調査結果がある一方で，Ｐ１８による平成２０年
春の調査結果（乙３８）によると，原告らが指摘する箇所であるＧ，
Ｆ及びＥの各地点の底質中懸濁物質含量（ＳＰＳＳ）は，Ｇ地点で６
・５・３，Ｆ地点で７・６・４，Ｅ地点は６・６・３であり（数字の
配列は，左から順に陸側から沖側に向かう地点のランクである。），
陸側と沖側の中間地点の数値は，同年冬期の調査結果と比べて低下し
ている上（Ｆ地点は同じ。），海岸に近い地点よりも中間地点で高い
数値を示していた現象も解消されている。原告らは，α９地域の地下
水の大半（８４％程度）が地下川を通じて海中で湧出しており，その
際地下水とともに赤土が流出していると主張しているが，もし原告ら
の主張するような事態となっているのであれば，平成２０年冬期の調
査時から同年春の調査時というごく短期間のうちに地下水系が変化す
るとは考えられないのであるから，３地点全てにおける海底の底質中
懸濁物質含量（ＳＰＳＳ）が変化したことを合理的に説明できない。
むしろ，このような短期間のうちに，３地点のいずれについても，海
岸より沖合の方で高い数値が記録されるという現象が解消されたとい
う事実からは，原告らの主張が憶測に基づくものであることが明らか
である。
したがって，Ｐ１８の平成２０年冬期の調査結果が，α９地域の地
下水の大半が地下川を通じて海中で湧出していることの根拠となるか
のような主張は失当である。
(イ)原告らは，赤土を含んだ濁水が湧き出していることも確認されて
いるとして，赤土を含んだ濁水がろ過機能のない地下洞窟やパイピン
グによる洞窟を通って流出する可能性を裏付けるものであると主張し
ている。
しかし，原告らがその証拠として提示する甲第９０号証及び第９１
号証の写真がどの地点を撮影したものであるかは不明である上，仮に
撮影場所が本件空港設置工事場所付近の海岸湧水帯であったとしても，
「湧水」の濁度若しくはＳＳ濃度の測定値が不明であって，上記主張
はおよそ科学的根拠に基づくものとはいえない。
ク原告らは，本件補正書に記載された浸透係数について，実施設計段階
で改めて浸透実験を実施したところ，浸透係数が変更され，これに伴い
各浸透ゾーンの容量の拡大ないし浸透係数の高い位置への浸透ゾーンの
位置変更が行われることになったとし，わずか１０ｃｍ径の１サンプル
のみで得られた結果に基づく浸透係数，これに基づき算定された容積で
の赤土防止対策で赤土流出防止が図られていると判断したことは，明ら
かに裁量判断の誤りであるという。
しかしながら，県は，本件補正書（６－１－２７頁）において，浸透
ゾーンの評価について，「実施に当たっては，工事着手前に現地におい
て面的な浸透試験を実施し，検証することとし，必要に応じて対策を講
ずることとする。」としていたところであり，そのとおり実行したので
あるから，判断に何ら誤りはなく，原告らの上記批判は当を得ないもの
である。
ケ原告らは，本件空港建設予定地に分布する琉球石灰岩（大浜層）は，
１５ないし７万年前の港川石灰岩に対比されることが明らかであるなど
と主張し，これを那覇石灰岩と対比する乙第４８号証が不正確であると
いう。
しかしながら，本件空港建設予定地西側にある底原ダムの基礎地質は，
琉球石灰岩の下部に名蔵れき層，ブネラ粘土層に相当する地層が約９０ｍ
の厚さに堆積しているものであるところ，この琉球石灰岩の厚さは，他の
琉球列島の琉球石灰岩の最大厚さとよく一致している上，そのうち宮古諸
島伊良部島では，上記地層に対応する約１００万年前までと決定されてい
ることから，石垣島の琉球層群のほとんどは１３０万年前から４０万年前
の地層といえるのであって（乙５３の６頁），この琉球石灰岩を那覇石灰
岩と対比したことに何ら誤りはなく，港川石灰岩と対比することは誤りで
ある。少なくとも，「新石垣空港建設地を含む石垣島全域に分布する琉球
石灰岩である『大浜層』の堆積年代は，同時期に堆積した『名蔵層』（括
弧内省略）から算出するナンノプランクトン化石，石灰質ナンノ化石の年
代ならびにサンゴ化石の年代から，『後期更新世』と推定」されているこ
と（甲２０２）が明らかに正確で正しいということはできない。
コ(ア)原告らは，浸透ゾーンないし調整池の設置規模の策定について，
１日雨量を基準にしていることは，石垣島の地域的特性である局所的
集中豪雨を過小評価するものであるという。
しかしながら，浸透ゾーンないし調整池の設置規模の策定に当たり
参考となる降水量データとしては，浸透ゾーンに継続して流入する濁
水処理に必要な浸透ゾーン容量を算定する必要があることから，原告
らの主張する１時間雨量ではなく，日雨量を用いることが相当である。
なお，県は，浸透ゾーンの容量算定に当たり，日雨量として「２５９．
４ｍｍ」の数値を用いたものであるが，原告らの指摘する平成１２年
１１月１２日の石垣島α１８地区の日降雨量は１８３ｍｍであること
から，原告らの指摘する局所的集中豪雨の記録日の降雨量を前提とし
ても，県が想定した浸透ゾーンないし調整池の設置規模の策定は適切
である。
(イ)原告らは，県によって策定された容量で，平成１２年１１月と同
じ規模（１時間当たり１２７ｍｍ）の集中豪雨に対応できるかは明ら
かに疑問といわざるを得ない，１時間当たりでいけば，想定の１２倍
もの雨量が流入することになるからである，この規模の集中豪雨が工
事期間中に事業実施区域内に降ることはないという確証は何一つ存在
しないなどという。
しかしながら，浸透ゾーンないし調整池の設置規模の策定に当たり
基本となる降水量データは，浸透ゾーンに継続して流入する濁水処理
に必要な浸透ゾーン容量を算定するために必要となるものであって，
短時間の集中豪雨も想定した上で，降雨の継続時間は２４時間を原則
としていることから，原告らの主張する１時間雨量ではなく，日雨量
を用いることが適切である。なお，原告らは，日雨量について，当該
雨量が２４時間一定のペースで降り続けることを前提とした雨量と理
解しているようであるが，本件補正書（６－１－１５頁）に記載され
ている１時間雨量及び日雨量とは，降雨強度式を用いて算定した確率
雨量を示すものであるから，これは誤解である。また，原告らは，想
定の１２倍もの雨量が流入すると主張するが，本件補正書（６－１－
１５頁）のとおり，２００年に１度の確率規模の１時間雨量１２５．
８ｍｍの場合でも日雨量（２４時間）では４０２．９ｍｍと算定され
ているにとどまるから，この点でも原告らには誤解がある。
県は，本件補正書（６－１－１５頁）に記載されているとおり，本
件空港の最寄りの観測所である石垣島地方気象台の３１年間の降雨デ
ータに基づき降雨量を算出しており，同データには台風時等の降雨が
全て含まれている。しかも，計画規模として設定した１０年確率規模
の降雨に対する日降雨量のカバー率は総降雨日数４２９４日に対し９
９．９５％となっており，極めて高いカバー率となっている。
したがって，浸透ゾーン及び調整池の設置規模の算定に用いた降雨
強度は適切である。
サ原告らは，機械処理方式で使用を計画する凝集剤について，凝集剤を
使用した機械処理方式を採用するということ以上には何も述べていない
に等しく，その凝集効果や環境負荷について全く検討されていないと主
張し，また，ＳＳ濃度が２５ｍｇ／ｌを超えた場合の対応策についても，
処理水が２５ｍｇ／ｌを超えた場合の排水の停止などの対応や，機械に
トラブルが生じたため，処理ができない間も調整池に流入し続ける濁水
の処理等，当然に予測される事態への対応策について，マニュアル等が
検討される必要があるところ，これを欠いている以上，機械処理方式に
ついても赤土等流出防止対策として欠陥があることは明らかであるとい
う。
しかしながら，本件補正書は，複数の方法を組み合わせて，α５川流
域からの赤土等（濁水）の流出によるα３海域のサンゴ礁の生態系への
影響を回避ないし低減するための保全対策を採っているのであり，機械
処理方式の採用はそのうちの一方法にすぎない。しかも，県は，機械処
理方式で用いる凝集剤について，「使用を計画する凝集剤は，無機凝集
剤，有機高分子凝集剤のうち，実験等により本事業実施区域の土質条件
に適合し，環境への負荷が小さい種類，使用量などを総合的に検討して
決定する。凝集剤の決定にあたっては，生物への毒性実験等を参考にす
る。」と明確に表明し（６－１－４２頁），機械処理施設の維持管理に
ついても，「機械処理施設の稼働中は処理水の放流は，処理水のＳＳ濃
度が目標値の２５ｍｇ／ｌ以下を満足しているか常時記録し，必要に応
じ適切な措置を行う。」，「プラント設備の動力は，台風等による電源
の供給不能を考慮し発電機を用い，緊急時に対応するよう十分に備え
る。」と明確に表明している（６－１－４６頁）のであるから，原告ら
の上記主張には根拠がない。
シ原告らは，本件補正書の赤土防止対策が神ならぬ人の計算値によって
策定され，人の所為によって実施されるものであるにもかかわらず，本
件補正書は，判断の誤りや作業ミスはないとして，事後の調査ないし監
視は不要と断じているなどいう。
しかしながら，原告らが引用する「土砂による水の濁りに係る環境影響
評価の結果の概要」（乙２３の９－７・８頁）及び「水の汚れに係る環境
影響評価の結果の概要」（同９－９・１０頁）の各「事後調査及び環境監
視」欄の「環境保全措置として有効であると判断されることから事後調査
の必要はないと判断した。」との記載は，本件事業に起因する水の濁りや
水の汚れの原因となる赤土等流出防止対策の基本方針として，工事に当た
っては，施工や環境の専門家からなる「Ｐ１６委員会」（仮称）を設置し，
工事の状況について評価・提言を受けるとともに，提言を踏まえた対策案
を検討し実施し，工事中においては，赤土等の流出防止対策が所要の機能
を発揮していることを確認するためのモニタリング調査を実施するととも
に，現場状況に応じた適切な施工を行うため，情報化施工（施工段階にお
ける進捗状況，施工範囲，裸地面積等の情報を逐次把握し，予測される台
風等の降雨による影響を予測し，迅速な赤土等流出防止対策を行うこと）
及び観測施工（施工中における海岸周辺の地下水状況の観測を通し，予測
結果との比較を行いながら，施工による影響を把握するとともに，環境保
全のための処置を講じながら施工を行うこと）を実施するとされているこ
と（同２－９頁），地下水については，ＳＳ濃度の調査等の環境監視が実
施されること（同９－１１頁）を前提とするものであり，原告らのいうよ
うな判断の誤りや，作業ミスはないとして，事後の調査ないし監視は不要
と断じた趣旨のものではない。なお，上記モニタリング調査については，
平成１８年度から実施されている。
(4)本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全について
ア原告らは，本件空港の建設によって予定地内及びその至近のコウモリ
類の利用する主要な５洞窟のうち３洞窟は破壊されたり，洞口が付け替
えられたり，著しい改変を受け，残りの２洞窟も工事中の建設機械の稼
働及び供用後の航空機の騒音振動で洞内環境は激変する，コウモリ類の
生存にとってかけがえのないα７地域洞窟群の一体性は，本件事業によ
って完全に消失してしまうから，絶滅危惧種コウモリ類の生息に取り返
しのつかない重大な影響を与えるのは自明のことであるなどという。
しかしながら，県は，本件事業に伴い，①採餌場所や移動経路とし
ての幅約５０ｍの緑地（グリーンベルト）を創出し，②出産・ほ育の
時期（５月ないし８月）や休眠時期（１２月ないし３月）は，工事の実
施を一部制限して，工事に伴う騒音・振動の影響を低減することとして
いる。さらに，県は，本件事業に伴い，コウモリ類については，石垣島
全体がコウモリ類の生息地であり，コウモリ類の個体数を将来とも衰退
させることなく維持するためには，事業実施区域周辺のみにとどまらず
石垣島全体で考慮していく視点が重要であるとの見地に立って，長期的
な視野での環境保全配慮として，③コウモリ類が利用可能な人工洞窟
を設置すること，④洞窟周辺の用地を取得して周辺環境の保全を図る
こと，⑤一部改変される洞窟については，コウモリ類が利用可能とな
るよう新たに洞口を設けることなどの対策を行うこととし，さらに，こ
れらの環境保全措置の効果に係る知見が不十分であることを踏まえ，⑥
工事中及び供用後において，事後調査結果により環境影響の程度が著し
いことが明らかになった場合には，専門家の指導・助言を得た上で，し
ゃ音壁の設置や植林を行うなど，環境影響の回避・低減措置の強化改善
を図ることとしている。
現在Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟に生息しているコウモリ類は，Ａ及びＤ洞窟を含
むその他の洞窟に移動し，生息できるものと考えられ，環境収容力の範囲
内であり，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の消失の影響は小さいと予測される。コウモ
リ類の移動先として可能性が高いのは，現在，既に移動が確認されている
洞窟であるところ，標識調査の結果，コキクガシラ，カグラ及びユビナガ
の３種とも，Ａ，Ｃ，Ｄ及びＥ洞窟相互の間で，また，Ａ，Ｃ及びＤ洞窟
と石垣島内の他の洞窟との間で移動していることが確認されている（乙２
３の６－１２－１５６・１６３ないし１６７・２５２・２５３頁）。そし
て，次のとおり，移動先のねぐら及び餌場の条件は移動してきた個体数を
受け入れることが可能であると考えられる。
(ア)カグラについては，Ｂ及びＥ洞窟では，通年で平均個体数は１個
体以下，Ｃ洞窟では，通年で平均個体数は約３個体であり（乙２３の
６－１２－２４７・２４８頁），少ないことから，これらの洞窟がな
くなることによって，これら洞窟以外のねぐらの個体数が激変するこ
とはなく，受け入れ可能と考えられる（同６－１２－２５１頁）。
(イ)ユビナガについては，Ｂ及びＥ洞窟では利用そのものが確認され
ておらず，Ｃ洞窟では通年で平均個体数が約１個体以下であり（乙２
３の６－１２－２４９頁），少ないことから，これら洞窟がなくなる
ことによって，これら洞窟以外のねぐらの個体数が激変することはな
く，受け入れ可能と考えられる（同６－１２－２５１頁）。
(ウ)コキクガシラについては，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を通年で合計最大約
４７０個体が利用しており，冬期の休眠場所としては合計最大約３２
０個体が利用している（乙２３の６－１２－２５１及び２５４頁）。
一方，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟以外の洞窟のうち，通年利用の移動先とし
て考えられるのは，現在利用が確認されているＡ，Ｎｏ．２８，Ｎｏ．
６２及びＮｏ．３８－２の洞窟であるところ，それぞれの洞窟で約１
０ないし１９２０個体の変動が確認されている（同６－１２－２５４
頁）。また，冬期の休眠場所の移動先として考えられるのは，同じく
Ａ，Ｎｏ．２８，Ｎｏ．６２及びＮｏ．３８－２であるところ，それ
ぞれの洞窟で０ないし約５１０個体の変動が確認されている（同６－
１２－２５５頁）。
したがって，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟で確認された合計個体数は，想定さ
れる移動先の洞窟で確認されている個体数の変動の幅の範囲内である
ことから，移動先のねぐら及び餌場の環境収容力の範囲内であると考
えられる。
このように県は，コウモリ類が石垣島全体で１つの個体群を形成し
ているとの分析を踏まえて，本件空港設置工事に伴うコウモリ類への
影響を回避ないし低減するための保全対策を採っているのであるから，
本件航空設置事業がコウモリ類を絶滅に追いやるものであるとはいえ
ない。本件事業実施区域内の洞窟への影響のみを分断して個別に取り
上げ，県のコウモリ類の保全対策を批判するのは当を得たものとはい
えない。原告らは，Ａ及びＤ洞窟のコウモリ類の生息数が，予備的工
事着手後激減，事業実施区域周辺（全体）の個体数も減少してきてい
るというが，以上の観点から失当である。
イ原告らは，人工洞の設置は非科学的な措置であるなどという。しかし，
これは，コウモリ類の緊急避難場所等としてのねぐらの選択肢を増やす
ために実行可能な範囲内で提案された保全対策であり，石垣島のコウモ
リ類が戦時中に構築された人工洞を利用しているという実態を踏まえて，
その設置を決めたものである（乙１９の７－６４頁，同２３の６－１２
－５７頁，同３１）。そして，本件国交大臣意見を踏まえて，コウモリ
類が生息している既存の人工洞の形状，洞内，洞口環境を参考に，形状，
規模，盛土厚等について検討し，更に専門家の指導・助言を得た上で，
具体的な形状，規模を決定するとしている（乙２３の７－７１頁）。
現段階で，コウモリ類による人工洞の利用はごくまれであるが，それ
は，設置から３年足らずの期間が経過したにすぎないからであって，今
後，洞内外の環境が整うことによって利用されるであろうことは，コウ
モリ類が人工洞を実際に利用していることからも明らかである。
ウ原告らは，工事に伴う騒音・振動によるコウモリ類への影響に対する
県の検討について，実際は，工事は長期間にわたり，そして多いときに
は何百台もの多種の建設機械が同時に稼働し，様々な騒音を撒き散らす
複合的な騒音状況を呈するのであり，このように実態とかけ離れた条件
の下で行われた調査データに基づき考えられた保全措置が適切かつ有効
でないことは明らかであるという。
しかし，県は，上記のとおり，一定の時期には工事の実施を一部制限
するなどの環境保全措置を講ずるとともに，事後調査結果により環境影
響の程度が著しいことが明らかになった場合には専門家の指導・助言を
受けて環境影響の回避・提言措置の強化改善を図ることとしている。原
告らの主張する「実態」と同一条件を再現するためには，空港建設工事
に着工する以外に方法はないところ，本件許可処分前の調査として係る
方法が相当でないことは明らかである。
また，原告らは，Ａ洞窟やＤ洞窟とは全く異なる構造や形質の別の洞
窟で行った騒音・振動試験であるというが，そもそも，同じ構造の洞窟
が存在するとは考えられないし，洞窟は石灰岩が溶食されて形成される
のであるから，形質が全く異なる洞窟も考え難い。県の調査は，本件空
港建設事業実施前の時点で，空港建設予定地のゴルフ場において工事と
全く同一の作業を実施することが不可能であるという制約の中で，建設
機械のうち，作業に伴って発生する騒音・振動が大きい大型ブレーカ及
び振動ローラを用い，Ａ及びＤ洞窟で確認されたカグラが利用していた
Ｎｏ．３９洞窟において，作業時に発生する騒音・振動レベルやこれら
に対するカグラの反応について確認するために実施されたものであり，
Ａ及びＤ洞窟における建設機械の騒音・振動レベルを予測するに当たっ
ては，距離減衰の近似式を用いて算出したものであり，合理性が認めら
れる。
さらに，原告らは，本件補正書では光が届かないから音も伝播しないと
いう前提でＡ洞窟やＤ洞窟への騒音等の影響を予測しているが，大きな誤
りであるという。しかし，県は，現空港の滑走路北側端から約２５０ｍの
飛行経路直下にあるコキクガシラの生息が確認されているＮｏ．７７洞窟
において航空機の離着陸時の騒音・振動の調査を実施した結果，離着陸の
ため飛行機が通過した時の騒音は，洞口では９５．９ないし９８．４ｄＢ
(Ａ)であったが，洞口から洞奥に進むにつれて騒音の値は小さくなり，洞
口が見通せる約１３ｍ奥の洞内では７３．０ないし７３．８ｄＢ(Ａ)，洞
口が見通せない約２３ｍ奥の洞内では２８．３ないし２８．７ｄＢ(Ａ)と
なって，暗騒音の２８．２ｄＢ(Ａ)に近い値を示し，洞口を見通せない屈
曲部では騒音の値が小さくなることが判明したこと（乙２３の６－１２－
３０８頁）に基づいて判断したのであり，その判断は合理的である。
エ原告らは，県がコウモリ類の採餌場所となる緑地と移動経路の創出の
ために樹木を植栽する環境保全措置を講じるとしていることについて，
α９地域に生息するコウモリ類の餌量不足が生じ，個体群の維持に重大
な影響が出るおそれがあるという。
しかし，県は，コウモリ類の環境保全措置等として，Ａ及びＤ洞窟の
保全を図るため洞窟周辺の土地を取得し，また，採餌場所及び移動経路
となる緑地帯の創出，出産・ほ育時期及び休眠時期における工事の抑制，
Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の保全対策，人工洞の設置等の各種環境保全対策を実
施する一環として樹木の植栽措置を講じているのであり，そのうち樹林
の植栽措置のみを取り上げ環境保全措置の効果を議論することは当を得
ない。また，本件事業により，採餌場所の一部としての二次林や主要な
採餌場所への移動経路の一部の二次林は伐採されることとなるが，主要
な採餌場所である山地林，海岸林はほとんど伐採されない。さらに，事
業周辺洞窟からのコウモリの移動が確認された洞窟周辺には，α１２岳
やα１３岳を中心とした樹林が広がっており，餌場環境としては，条件
のよい場所であると考えられることから（乙２３の６－１２－２５１
頁），直ちに餌不足が生じたり，個体群の維持に重大な影響が出るとは
考え難い。県が各種保全対策の一つとして実施する緑地帯の創出は，ゴ
ルフ場内の採餌場所が減少することによる影響を低減させ，主要な採餌
場所に至る移動経路が分断される影響を低減させるものであり，その効
果として，当該措置を講じた後の環境の状況は，現況との変化は極めて
小さいと判断される。
オ原告らは，予備工事着手後コウモリの生息数が激減しているとし，県
は，Ａ及びＤ洞窟の保全をコウモリ類の保護のとりでにしてきたが，既
にこれまでの予備的工事でさえそのＡ及びＤ洞窟のコウモリ類に重大な
影響が出ているなどという。
しかし，コキクガシラ，カグラ及びユビナガの平成２０年度までにおけ
るそれぞれの個体数（出産・ほ育期，移動期及び越冬期のそれぞれの時
期における個体数）について，有意な減少は認められていない（乙４６
の２３～３３頁，証人Ｐ２２尋問調書１２・１３頁）。少なくとも，原
告らが主張するようにコウモリの生息数が激減している状況をうかがう
ことはできないのであって，α９地域におけるコウモリの生息数が「激
減」していることを前提とする原告らの主張は失当である。
カ原告らは，①Ａ洞窟が石垣島唯一のユビナガの出産・ほ育洞窟であ
ること，②Ａ洞窟に通じる亀裂があること，③Ａ１洞窟のコウモリ
類による利用の事実があること，④未知の重要な洞窟が存在している
こと，⑤新種を含む好洞窟性動物が存在することを挙げて，県の環境
影響評価は，不適切，不十分な調査に基づいて進められたものであると
いう。
しかしながら，次のとおり，原告らのこれらの主張はいずれも理由が
ない。また，そもそも，原告らの上記主張は，本件申請に関しても，評
価法３３条２項１号によって審査された結果，環境保全上支障があるも
のと判断されるときは，評価法に定められている要件を欠くものとして，
許可処分を行ってはならないことになるとの独自の見解を前提とするも
のであり，その前提において失当である。
(ア)原告らは，Ｐ１９委員会の調査により，Ａ洞窟が石垣島に唯一存
在するユビナガの出産・ほ育洞窟であることが確認されたという。
しかし，Ａ洞窟内においてユビナガの幼獣の存在は確認されておら
ず，Ａ洞窟がユビナガの出産・ほ育洞窟であることを示す「直接的な
証拠」は存在しない。当該洞窟が出産・ほ育洞かどうかはその洞窟内
で幼獣を現認する方法が確実であり（証人Ｐ２２尋問調書１５・１６
・５４頁），この点は，ユビナガについて，授乳期の６月に出産・ほ
育洞ではない洞窟で，乳頭，乳房が裸出し発達している雌が捕獲され
た事例があること（乙３３）からも明らかである。洞窟の洞口付近で
授乳中のユビナガの雌を捕獲したとしても，捕獲したというユビナガ
が当該洞窟から出洞したかどうか確定できないければ，直ちに当該窟
内にほ育集団を形成しているはずであるということはできないし，仮
に当該洞窟から出洞したとしても，出産時に移動する可能性を踏まえ
れば，当該洞窟が出産・ほ育洞であると直ちにいうことはできない。
甲第４号証によると，平成１８年６月２３日のＡ洞窟の調査において，
出洞するコウモリの数をバットディテクターで計測したところ，ユビ
ナガ合計１０００個体が出洞したというが，バットディテクターとは，
コウモリが発信する超音波を探知する機械であり，人間の耳では聞く
ことが生理的に不可能な周波数の音を人間の耳に聞こえる周波数に変
換するものであって，これによって数を計測することは不可能ではな
いが正確な数を計測することはできない（証人Ｐ２２尋問調書１８・
１９頁）。しかも，甲第４号証には，１０００個体という数及び出洞
した洞口が記載されているだけであり，１０００個体のユビナガが出
洞した時刻，出洞に要した時間等は何ら記載されておらず，その正確
性を示す基本的な資料も存在しない。この記載に見合うほどの数のユ
ビナガの出洞を確認したという事実があったとしても，そのとき出洞
したユビナガの雌雄の比率は不明であるし，仮に，その多くが妊娠し
ている雌であるとしても，出産時に移動する可能性も考えられるので
ある。
(イ)原告らは，Ｐ１９委員会がＡ洞窟にはこれまで明らかになってい
る本件空港予定地から最も離れている西側の３つの洞口のほかに別の
未知の洞口が存在していることを推測していたところ，その洞口亀裂
をＤ１洞窟付近で発見し，そこからコキクガシラ１５０頭が出洞する
のを確認した，こうした亀裂が盛土によって閉鎖されることになれば，
空気の流れが変わりＡ洞窟における洞内微気候の変化（好適な生息環
境の破壊）は避けられないとして，県の調査が不適切，不十分であっ
たと主張している。
しかしながら，原告らの上記主張は，原告らが発見したという洞口
亀裂がＡ洞窟に通じていることが前提となっているところ，この前提
は推測にとどまり，確認されていないのであるから，原告らの上記主
張は憶測を述べたものといわざるを得ない。
(ウ)原告らは，Ａ１洞窟について，ほぼ周年を通じて少数ではあるが
コキクガシラのねぐら場所として利用されていることが確認されたと
し，調査時に水没しておりコウモリ類の利用が確認されなかった旨の
県による調査結果（乙２３の６－１２－１８０頁）について，不適切
な調査方法による誤った結論であると主張している。
しかしながら，仮に，原告らの主張する数頭ないし１６頭のコキク
ガシラによるＡ１洞窟の利用が認められたとしても，コキクガシラ
（成獣のみ）は，現在までに生息場所が確認されただけでも石垣島全
体で５１６８ないし５９９９頭程度生息していることが認められ，そ
のうち，Ａ洞窟を利用するコキクガシラ（成獣のみ）は１３００ない
し１４２０頭程度いると認められる（乙２３の６－１２－１５６ない
し１６２頁）。このように，原告らの主張を前提としてもなお，石垣
島全体を生息地とするコウモリ類にとってＡ１洞窟の重要性が高いと
はいい難く，原告らの上記主張は当を得ないものである。
なお，県は，Ａ１洞窟における調査において，平成１４年７月７日
にカグラ１個体を確認したのを最後に，平成１７年５月３０日，同年
１０月９日，平成１８年７月４日，平成１９年１月１８日，同月２０
日，同年６月７日，同年７月１６日の調査では，コウモリ類を確認で
きなかった（そのうち，平成１９年１月１８日，同月２０日の調査で
は目視調査のみならず，バットディテクターを用いて調査を実施し
た。）。また，平成１７年５月２５日，同年６月２２日，平成１８年
１月１４日，同年６月３日，同年１１月２３日に調査に赴いた時には，
洞口が水没し入洞が不可能であった。こうした調査結果に基づき，県
は，Ａ１洞窟について，コウモリ類の継続的な利用は困難であると判
断しているものであるから，その判断に不合理な点はない。
(エ)原告らは，浸透ゾーンⅡの掘削中に新たな洞窟が見付かったが，
これほど大きな洞窟が今頃になって発見されたのは，洞窟探索調査が
極めて不十分だったことを意味していると主張している。
しかしながら，県は，将来新たな洞窟が発見される可能性を想定し
た上，本件補正書（８－１１頁）において，「新たな・・・洞窟が見
つかった場合は，小型コウモリ類の利用状況を調査し，利用が確認さ
れた場合は，小型コウモリ類が継続してこれらの洞窟を利用できるよ
う，専門家の指導・助言を得た上で，可能な限り保全をはかる。」と
していたのであるから，新たな洞窟が発見されたからといって直ちに
県の調査が不十分であったことにはならないし，新洞窟発見の事実が
従前の環境影響評価に影響を及ぼすものでもない。
なお，本件補正書は，上記洞窟について，コウモリ類の現在利用状
況の調査を実施しているところであり，今後，専門家の指導・助言を
得た上で，コウモリ類が継続して洞窟を利用できるよう可能な限り保
全対策を講じることとしている。
(オ)原告らは，Ｄ洞窟のコウモリのグアノ（糞）中から，ケシガムシ
属の一種が発見され，好洞窟性のトカラコミズギワゴミムシがＡ１洞
窟，Ｃ洞窟，Ｅ洞窟の洞内で初めて確認されたほか，真洞窟性で準絶
滅危惧種（石垣島固有種）に指定されているムモンアメイロウマにつ
いては，環境影響評価書の中ではその保全措置について一切示されて
おらず，不十分極まりないといえるとし，これらのことをもって，県
の調査が不十分なあかしであると主張している。
ａしかしながら，原告らの主張する「ケシガムシ属の一種」につい
ては，環境保全措置の対象となり得る未記載種（新種，重要な種）
に該当するのかにわかに特定し難いものである上，県は，将来重要
な生物が新たに確認される可能性を想定した上，本件補正書（８－
４頁）において，「今後，重要な生物が新たに確認された場合は，
専門家の指導，助言を得た上で，必要な調査を実施し，Ｐ５６委員
会（仮称）に諮り，適切な措置を講じることとする。」としている
のであるから，新たな生物が発見されたからといって直ちに県の調
査が不十分であったことにはならないし，新たな生物発見の事実が
従前の環境影響評価に影響を及ぼすものでもない。
ｂ次に，「トカラコミズギワゴミムシ」については，環境省レッド
リスト，沖縄県レッドデータブック若しくは絶滅のおそれのある野
生生物の種の保存に関する法律により保護される種，又は天然記念
物等に選定されておらず，本件補正書にいう「重要な種」の選定基
準に該当しないことから，環境保全措置等の検討の対象とはならな
いものである。
ｃさらに，「ムモンアメイロウマ」は，県が平成１３年度ないし平
成１５年度に実施した新石垣空港洞窟性生物調査において，「カマ
ドウマの一種(Ａｔａｃｈｙｃｉｎｅｓ属の一種)」としてＡ，Ｂ，
Ｃ，Ｄ，Ｅ洞窟で生息を確認しており，本件補正書においては旧名
の「カマドウマの一種(Ａｔａｃｈｙｃｉｎｅｓ属の一種)」として
記載されている（乙１９の資－２２１頁）。
なお，「ムモンアメイロウマ」は，平成１７年３月に刊行された
「改訂・レッドデータおきなわ」で準絶滅危惧種に選定されたこと
から，これに伴い県は，他の希少種と同様の保全対策を講じること
としたものである。
このように，県は，コウモリ類を除く洞窟内動物についても，他
の希少種と同様に，事業実施に伴う環境影響の回避・低減措置の強
化改善を図ることとしているのであるから，県の貴重動物の調査や
保全対策を批判する原告らの上記主張は，当を得たものとはいえな
い。
キ原告らは，石垣島における３種のコウモリ類がそれぞれ単一の地域個
体群であると断ずる根拠が示されていないなどという。
(ア)しかし，県が実施した集団遺伝学的分析の解析結果によれば，コ
ウモリ類が石垣島全体で１つの個体群を形成しているということがで
きる（乙１９の資－４５０ないし４５３頁，乙２３の６－１２－１５
６・２４４・２４５頁）。
(イ)また，カグラ及びユビナガについては，標識装着調査という直接的
な調査方法によって洞窟間の行き来が実際に確認されている（乙２３
の６－１２－１６３～１６９頁，同４４の資料９３・９４，同４５の
資料９２～９６，同４６の資料１１３～１１６，証人Ｐ２２）。コキ
クガシラについては，標識装着調査による確認をすることはできなか
ったものの，時期（出産・ほ育期（夏期），移動期（秋期）及び越冬
期（冬期））によって，α９地域における洞窟に生息する個体数に変
動が認められるのであり（乙４６の２３・２４頁，証人Ｐ２２尋問調
書１０～１２頁），このことは，他地域との交流状況を強く推測させ
る事実である。