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主文
１大分税務署長が平成１６年７月９日付けでした原告の平成１４年４月１日
から平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分及び過少申告
加算税の賦課決定処分のうち，所得金額１億３１２５万９４６２円，納付す
べき税額３８６７万５０００円及び過少申告加算税額１８７万６０００円を
それぞれ超える部分を取り消す。
２原告のその余の請求を棄却する。
３訴訟費用はこれを５分し，その３を原告の，その余を被告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
大分税務署長が平成１６年７月９日付けでした原告の平成１４年４月１日か
ら平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分及び過少申告加算
税の賦課決定処分のうち，所得金額７１３３万４４６２円，納付すべき税額２
１９９万４４００円及び過少申告加算税２０万７０００円をそれぞれ超える部
分を取り消す。
第２事案の概要
本件は，原告の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年
度（以下「平成１５年３月期」という）における役員報酬及び役員退職給与。
に，それぞれ法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下
「法」という）３４条１項及び３６条に規定する不相当に高額な部分があっ。
たとして，大分税務署長（以下「処分行政庁」という）が行った法人税の更。
正処分（以下「本件更正処分」という）及び過少申告加算税の賦課決定処分。
（以下「本件加算税賦課決定処分」といい，本件更正処分と併せて「本件更正
処分等」という）について，原告が，被告に対し，その一部の取消しを求め。
る事案である。
１前提事実（証拠を挙示しない事実は争いがない）。
()当事者等1
原告は，昭和４１年６月２０日に設立された一般貨物自動車運送業及び不
動産賃貸業等を営む法人である。原告の平成１５年３月期末の資本金は１０
００万円であり，原告は法２条９号に規定する普通法人で，かつ，同条１０
号に規定する同族会社に該当する法人である。
Ａは，昭和３５年ころ，個人で運送業を始め，昭和４１年に原告を設立し
た時に取締役に就任し，昭和４３年５月１１日から平成１４年▲月▲日まで
の間，原告の代表取締役であった。Ａは，平成▲年▲月ころ入院し，入院先
での検査の結果，同年▲月▲日過ぎころには○であることが判明し（原告代
表者６５項，同年▲月下旬に一旦退院したものの，同年▲月上旬に再入院）
し，同年▲月▲日死亡した（甲８，原告代表者，一部につき争いがない。。）
()Ａに対する役員報酬2
原告は，Ａの役員報酬額について，昭和６０年ころから平成１１年３月ま
での間，月額１５０万円としていたが，同年４月以降，月額１２０万円に引
き下げ（甲８，乙１７，原告代表者，さらに，平成１３年４月以降は月額）
８８万円に引き下げていたが，平成１４年４月以降，月額１５０万円に増額
し，同年４月から８月までの５か月間の役員報酬７５０万円を平成１５年３
月期の損金の額に算入した。
また，原告は，平成１４年１月から３月までの間のＡの役員報酬額につい
ても遡って１５０万円に増額し，その合計４５０万円と支払済みの総額２６
４万円との差額１８６万円を平成１４年３月期（原告の平成１３年４月１日
から平成１４年３月３１日までの事業年度）の損金の額に算入した。
()Ａに対する役員退職給与3
原告は，Ａが死亡により代表取締役から退いたことから，Ａの死亡により
受領した受取死亡保険金合計２億７２００万円（平成１５年３月期に雑収入
として計上）を原資として，役員退職慰労金規程（甲３）により算出した
（ただし，勤続年数を３７年とするところを３８年で計算している）退職。
慰労金２億６１００万円（支給名目には退職慰労金１億９９５０万円のほか，
功労金５９８５万円及び特別功労金１６５万円が含まれる）及び弔慰金９。
００万円の合計２億７０００万円を支給することとし，これを平成１５年３
月期に死亡退職金として損金算入した。
なお，上記規程には，退職慰労金は，当該役位の最終報酬月額にその在任
年数及び支給倍率（取締役社長の場合は３．５）を乗じて算定する（３条）
こととし，また，特に功績顕著と認められる役員に対し上記算定額の３０％
の範囲内で功労金を支給する（５条）とともに，会社創立再建等格別の時期
に具体的功労があり，功績顕著と認められる者について同範囲内で特別功労
金を支給することがあり（６条，役員の死亡が業務上の死亡ではないとき）
は，死亡退職金とは別に直前の月間役員報酬の半年分を弔慰金として支給す
ることができる（８条）旨規定されている（甲３。）
()確定申告4
原告は，平成１４年３月期及び平成１５年３月期の法人税確定申告書を法
定申告期限までに提出した。
平成１５年３月期の確定申告では，原告の所得金額を６２６４万９４６２
円（①）とした。なお，法６８条の規定に基づいて控除すべき所得税額は６
万２６２１円であり，既に納付の確定した法人税額は１９９１万４６００円
である（甲１。）
()繰越欠損金5
原告は，処分行政庁の調査における指摘に基づき，平成１４年３月期の欠
損金額１６６８万２４５５円を１４８２万２４５５円とする修正申告をした。
そのため，平成１５年３月期の確定申告書に繰越欠損金の当期控除額として
記載した１６６８万２４５５円との差額１８６万円（②）が当期控除過大額
として平成１５年３月期の所得金額に加算される。
()本件更正処分等（甲１，一部につき争いがない）6。
処分行政庁は，平成１６年７月９日付けで原告の平成１５年３月期の法人
税について，以下のとおり本件更正処分等をした。
まず，Ａの役員報酬として相当であると認められる金額の月額（以下「適
正役員報酬月額」という）は１２０万円であり，これを超過する３０万円。
の５か月分１５０万円（③）が，法３４条１項に規定する不相当に高額な部
分の金額に当たるとした。なお，比準報酬月額は１１１万３４２８円（比較
法人は大分税務署管内の別紙別表１（ただし，同表の「類似法人」を「比較
法人」に改める）に係る１２社）であるが，適正役員報酬月額は，Ａの増。
額前の１２０万円であるとした。
また，Ａの弔慰金９００万円のうち，適正役員報酬月額の６か月分７２０
万円を弔慰金として損金算入を認め，これを上回る１８０万円及び退職慰労
金２億６１００万円の合計２億６２８０万円をＡに対する役員退職給与と認
定した。
その上で，Ａの役員退職給与として相当であると認められる金額は１億５
５４０万円（適正役員報酬月額１２０万円×勤続年数３７年×功績倍率３．
５）であり，これを上回る１億０７４０万円（④）が，法３６条に規定する
不相当に高額な部分に当たるとした。なお，比較法人（熊本国税局管内の別
紙別表２に係る甲，乙の２社）の平均功績倍率は，３．０９４であるが，原
告が主張している功績倍率３．５と近似値であるとして３．５を採用した。
その結果，処分行政庁は，原告の平成１５年３月期の所得金額を１億７３
４０万９４６２円（①∼④の合計，納付すべき税額を５１３２万円（差引）
納付すべき税額は３１４０万５４００円）とする本件更正処分及び過少申告
加算税を３７１万１０００円とする本件加算税賦課決定処分を行った。
()不服申立て（甲２，一部につき争いがない）7。
原告は，本件更正処分等を不服として，平成１６年８月２７日，審査請求
をし，国税不服審判所長は，平成１８年３月２２日，原告の所得金額は２億
３６７０万９４６２円であり，本件更正処分の額１億７３４０万９４６２円
はその範囲内にあるから，同処分は適法であるとして審査請求を棄却する旨
の裁決をした。
なお，同所長は，１３６万６０５６円（比較法人は処分行政庁と同一であ
るが，不動産収入等の副業を含めた総売上額で計算した。被告も当初この主
張をしていたが，採用数値に誤りがあったとして，現主張に訂正した）の。
比準報酬月額を超える１５０万円の役員報酬について直ちに不相当に高額で
あるとの判断をせず，処分行政庁の主張を排斥するとともに，弔慰金９００
万円の損金算入を認める一方，退職給与については平均功績倍率を１．６
（比較法人は，福岡県に所在する法人を含め，処分行政庁がいったん抽出し
た６法人に４法人を加えたものから６法人を抽出した）とした。。
２関連法令等の定め
本件関連法令及び弔慰金等の取扱いを定めた相続税法基本通達の要旨は，別
紙「関連法令等」記載のとおりである（乙５。法人税法施行令（以下「法施行
令」という）については，平成１８年政令第１２５号による改正前のもの，。
以下も同じ。。）
第３争点及び争点に関する当事者の主張
１Ａの役員報酬に法３４条に規定する不相当に高額な部分があるか
（被告の主張）
()Ａの役員報酬月額を増額したことに合理的理由がないこと1
Ａの役員報酬は，平成１４年１月分以降，月額８８万円から１５０万円に
増額されているが，平成１４年３月期の売上金額や売上総利益が前期（平成
１３年３月期）より大幅に減少しており，業績とは無関係に報酬増額がなさ
れたこと，Ａは同年▲月から入退院を繰り返しており，報酬増額前と同様な
職務を行うことが困難な状況であったこと，不動産収入は減少した運送収入
を補うには至っていないこと，Ａが代表取締役を務める関連会社である株式
会社Ｂ（以下「関連会社」という）と同時に報酬増額がなされたこと，Ａ。
の役員報酬増額について取締役会で決議された事実及び時期が疑わしいこと，
Ａ以外の役員報酬及び従業員給与は，横ばい又は減少していたにもかかわら
ず，Ａの報酬のみが突出して増額されていることなどからすれば，その増額
に合理的理由はない。
()適正役員報酬月額が１３６万７６９０円であること2
大分税務署管内の法人から，原告と同種の事業を営む法人で，その事業規
模が類似し，外注比率や使用人最高給与額等の点で比較法人として相当でな
いものを除外する等して１２法人を比較法人として抽出した上で，比較法人
の代表取締役報酬金額の平均額に，売上金額，売上総利益率，使用人最高給
与額及び個人換算所得金額（同族会社を個人事業者として捉えた場合の所得
金額）の４項目（以下「比準４項目」という）による原告と比較法人の平。
均額との比準割合を加重した金額を１２か月で除した額（以下「比準報酬月
額」という）は，１３６万７６９０円である（計算内容は別紙別表１参。
照。）
比較法人は，客観的な基準に基づいて機械的に抽出されており，また，比
準４項目を用いた比準報酬月額の算出は，法３４条１項及び法施行令６９条
１号に基づく合理的なものである。
()したがって，適正役員報酬月額は１３６万７６９０円であり，Ａの役員3
報酬のうち，上記金額を超える部分は不相当に高額な部分に当たる。
（原告の主張）
()Ａの役員報酬月額を増額したことに合理的理由があること1
Ａの役員報酬の減額は取引先の減少，社内のリストラによる経営責任の明
確化のためであり，その後，不動産収入が安定して売上が増加したため，平
成１４年２月から３月上旬ころ，Ａの病気とは無関係に，好調な決算内容を
勘案して，一時的な減額以前の報酬月額に戻したものであり，他の取締役は，
Ａの報酬を減額した際も減額がないため報酬額を改定していない。したがっ
て，Ａの報酬を月額１５０万円に増額したことには合理的理由がある。
()適正役員報酬月額を算定するに足りる基礎事実が存在しないこと2
比較法人の抽出においては，売上金額のみに着目して倍半基準（原告の０．
５倍以上，２倍以下）を適用したこと，原告の売上の約２割を占める不動産
業を抽出条件にしていないこと，売上利益率との相関関係が不明な外注比率
を考慮した選別をしたこと，調査に時間を要する事項（使用人最高給与額
等）に把握できないものがあった法人を除外したこと，被告による法人の業
種管理が不十分で，抽出方法が確立されていないことなど，抽出方法が恣意
的で不合理である。
また，抽出された法人の数値の正確性は十分担保されていない。
以上に加え，比準４項目と役員報酬との相関関係の有無・程度が明らかで
ないこと，原告に比べ遙かに小規模の比較法人が大半の抽出結果をそのまま
用いたこと，被告側の度重なる主張の変遷などからすれば，適正役員報酬月
額を算定するに足りる基礎事実が存在しない。
なお，被告は，当初，Ａの最終報酬月額のみならず適正役員報酬月額が１
５０万円であることを認めていたのであるから，主張を変更することは自白
の撤回に当たる。
()したがって，適正役員報酬月額は１５０万円であり，Ａの役員報酬に不3
相当に高額な部分はない。
２Ａの役員退職給与に法３６条に規定する不相当に高額な部分があるか
（被告の主張）
()比較法人の平均功績倍率が２．３であること1
熊本国税局管内（種子島及び大島の各税務署管内を除く）の法人から，。
原告と同業種で，事業規模を端的に表す売上金額が同規模で，平成１２年４
月１日から平成１５年３月３１日までの間に事業年度が終了する期間に，業
務上の死亡以外の死亡退職により代表取締役に対して退職金が支給された６
法人を抽出し，さらに，原告と６法人の役員退職給与支給年度の前３事業年
度における比較項目（売上金額，申告所得金額，総資産価額及び純資産価
額）の平均値を比較し，全ての比較項目で倍半基準外となる１法人（別紙別
表３の丙）を類似性が低いものとして除き，残る５法人を比較法人として，
その功績倍率（役員退職給与の額（功労金等を含む）を，最終報酬月額に。
勤務年数を乗じた額で除して得る倍率）の平均値を算出すると２．３（２．
２８）である（各法人の具体的数値は別紙別表２ないし４参照。）
比較法人は，客観的な基準に基づいて機械的に抽出されており，また，平
均功績倍率の算出は，法３６条及び法施行令７２条に基づく合理的なもので
ある。
なお，原告は，Ａの創業者としての功績を強調するが，これは，一般に勤
続年数の長短及び最終報酬月額に反映されている。
()原告の役員退職給与の算出根拠に合理性がないこと2
Ａに対する退職慰労金（功労金及び特別功労金（以下「功労金等」とい
う）を含む）の原資はＡの死亡保険金であることや役員退職慰労金規程。。
の書面が平成１４年３月に作成された疑いがあることからすれば，退職慰労
金の支給額は，退職慰労金規程に基づいて算出したものではなく，受取死亡
保険金に見合う退職慰労金を支給することで，できるだけ法人税及び相続税
が少なくなるように算出されたことが疑われる。
また，原告の挙げる独立行政法人，特殊法人及び認可法人（以下「独立行
政法人等」という）には業種や事業規模について原告との類似性はなく，。
これら法人の退職金支給率をもって原告の役員退職給与算出に合理性がある
ことにはならない。
()弔慰金及び功労金等の損金算入について3
ア弔慰金
弔慰金の相当な額については，相続税法基本通達３−２０の取扱いに準
じて判断するのが合理的であり，当該通達によれば，Ａの適正役員報酬月
額１３６万７６９０円の６か月分である８２０万６１４０円が相当な額で
あり，これを超える７９万３８６０円は，退職給与として取り扱われるべ
きである。
イ功労金等
役員の退職により支給される一切の給与は退職給与であり，功労金等も
法３６条の退職給与に該当する。また，Ａに対する退職慰労金（功労金等
を含む）の総額は受取死亡保険金とほぼ同額であり，功労金等は恣意的。
に算出したものである。仮に功労金等が過去からの貢献に対する報酬であ
り，役員報酬を低額に抑えて会社に留保した利益から支出したものであれ
ば，法３５条４項の役員賞与に該当し，全額損金不算入となる。
()したがって，Ａに対する役員退職給与の適正額は，適正役員報酬月額１4
３６万７６９０円に勤続年数３７年及び比較法人の平均功績倍率２．３を乗
じた１億１６３９万０４１９円であり，これを超える部分は不相当に高額な
部分に当たる。
（原告の主張）
()比較法人の平均功績倍率が適正に算出されたとはいえないこと1
比較法人の抽出過程では，各法人の原資料や退職給与規程を確認せず，調
査過程で数値が変遷するなど，その調査方法が杜撰であり，正確な数値が得
られているとはいえない。
また，抽出された法人から比較法人を選別した理由も，弔慰金以外の支給
額では死亡退職と差異のない普通退職事例や再調査もせず退職事由不明の事
例を除いたり，原告より純資産額が１０分の１程度の法人を比較法人とする
など合理性を欠いている。加えて，被告側の功績倍率に関する主張も大きく
変遷している。
したがって，被告の算定した平均功績倍率が適正な数値とはいえない。
()原告の採用した功績倍率が適正であること2
独立行政法人等の退職金支給率は，一般の法人の実態と乖離しないよう所
轄官庁の監督が及ぶものであるところ，Ａの死亡した平成▲年当時，１００
分の２８（１年単位の功績倍率に引き直すと３．３６）であった。
加えて，民間企業は経営環境の変化等のリスクにさらされており，独立行
政法人等の代表者よりも退職金支給率が高額であって然るべきであり，創業
者兼代表取締役の場合には，原告の役員退職慰労金規程で定める３．５の功
績倍率が社会通念上受け入れられていたことは明らかである。
()弔慰金及び功労金等の損金算入について3
ア弔慰金
Ａの適正な最終報酬月額は１５０万円であって，その６か月分９００万
円が弔慰金として相当な額であり，全額損金算入を認めるべきである。
イ功労金等
功労金等は，法人税法上の退職給与に該当するものだが，これらは，Ａ
には，役員としての在職中の顕著な功績のほか，会社創業者として会社発
展の功績があることや役員報酬を本来よりも低額に抑えて会社に利益を留
保することで会社経営を軌道に乗せるなど役員退職金のみでは評価し尽く
されない会社創業者の貢献に対する報酬である。
したがって，前記功績倍率によって算定した役員退職金とは別に，その
３０％を限度として支給する功労金等の規程は合理的であり，Ａに支給さ
れた功労金等は損金算入されるべきである。
()したがって，Ａに対する役員退職給与については，勤続年数３７年を３4
８年と誤って算出した点を除けば適正であって，当初損金算入した２億７０
００万円のうち２億６３１７万５０００円（勤続年数３７年で算出した退職
慰労金及び功労金等並びに弔慰金の合計額）との差額６８２万５０００円が
損金算入されずに所得金額に加算されることになる。
３損金算入を認めないことにより算出される原告の所得金額等
（被告の主張）
前記被告の主張により計算すると，原告の平成１５年３月期の所得金額は２
億１０５７万４４５３円，納付すべき税額は６２４６万９５００円（差引納付
すべき法人税額は４２５５万４９００円，賦課されるべき過少申告加算税額）
は５３８万３５００円となり（別紙計算書１参照，本件更正処分等はいずれ）
も上記範囲内であるから適法である。
（原告の主張）
前記原告の主張により計算すると，原告の平成１５年３月期の所得金額は７
１３３万４４６２円（当初の申告所得額の６２６４万９４６２円（前記①）＋
繰越欠損金の当期控除過大額の１８６万円（前記②）＋上記２の原告の主張
()の６８２万５０００円，納付すべき税額は２１９９万４４００円（差引4）
納付すべき税額は２０７万９８００円，賦課されるべき過少申告加算税額は）
２０万７０００円となり，これを超える部分の本件更正処分等はいずれも違法
である。
第４当裁判所の判断
１争点１（Ａの役員報酬に法３４条に規定する不相当に高額な部分があるか）
について検討する。
()Ａの役員報酬月額を増額したことについて1
アＡの役員報酬は，平成１１年３月までの１５年近くにわたり，月額１５
０万円であったのが，同年４月以降，月額１２０万円に，さらに，平成１
３年４月以降，月額８８万円に引き下げられていたところ，平成１４年４
月以降，月額１５０万円に増額され，同年１月分から遡って１５０万円に
増額されたことは前記第２の１()のとおりである。2
この点，被告は，原告の平成１４年３月期の業績が前期（平成１３年３
月期）より悪化していることからすれば報酬増額に理由がない旨主張する
ところ，確かに，平成１３年３月期と平成１４年３月期とを比較すると，
売上金額は約５億８千万円から約３億６千万円に，売上総利益は約１億６
千万円から約１億３千万円に減少するなど事業規模の縮小が認められる
（甲２，弁論の全趣旨。）
しかしながら，平成１３年４月にＡの役員報酬が月額８８万円に減額さ
れた理由は，食中毒事件関係での大口取引先との取引終了による売上減少
とそれに伴うリストラにより従業員を削減したことの責任を明確にするた
めであったところ，遅くとも平成１４年３月期末ころには従業員削減等の
リストラは終了したこと，購入した賃貸用不動産による売上の増加額は平
成１４年３月期だけでも約４千万円に上ったこと，平成１５年３月期も安
定した不動産収入及び運送収入の増加が見込まれていたこと及び実際に平
成１５年３月期の売上高や売上総利益は増加し，申告所得も６千万円を超
え，役員報酬を１２０万円に下げた平成１１年４月ころより約３千万円増
加するとともに，営業利益及び経常利益も前期の赤字から３千万円を超す
黒字へと改善されていること（甲２，８，乙１９，２７，原告代表者２３
∼２６，９３∼１１８項，弁論の全趣旨）からすれば，前期の成績を参考
としつつ来期の利益の推移も予想して役員報酬を決定していた原告（原告
代表者１６∼１９項）において，経営責任明確化のための報酬減額を解消
して，直前の月額１２０万円に戻すのみならず，平成１１年３月以前の１
５年近くにわたって維持されていた月額１５０万円の報酬へ増額したとし
ても，業績の点からは必ずしも不合理であるということはできない。
イまた，Ａは，平成▲年▲月ころ入院してから同年▲月まで入退院を繰り
返しており（前記第２の１()，入院前と同様の職務を行うことが困難1）
な状況であったことは窺われ，この点から被告はＡの職務実績と無関係の
増額を不合理であると主張する。
しかしながら，Ａは，平成▲年にも，▲月から▲月まで○の手術のため
入院し，その後も入退院を繰り返していたが，当時，Ａの病気療養を理由
にした報酬の減額はなされていないこと（乙１９，原告代表者２２∼２４，
７２∼７９項）からして，元々原告においては，Ａの報酬額は，もっぱら
会社の業績を参考にして決められていたことが窺われるし，また，Ａが○
であることが判明したのは，○との検査結果が出た平成▲年▲月▲日過ぎ
ころよりさらに後の○手術が実施された後のことであり（乙１９，報酬）
増額の時点（原告代表者は，１３３項で２月の終わりから３月上旬くらい
には決めた旨供述するところ，遅くとも○であることが判明する以前に既
に決定されていたものと認められる）で，Ａの職務復帰の可能性がない。
ことが明らかであったということはできない。
したがって，被告の上記主張は採用できない。
ウさらに，被告は，関連会社と同時に報酬増額がなされたことを不合理と
主張するが，関連会社とは業種や業績，増額理由も異なっており（甲９，
原告代表者１３９∼１４３項，仮に関連会社における増額が不合理であ）
ったとしても，原告における増額までも直ちに不合理といえるものではな
い。
また，被告は，報酬増額についての取締役会決議及びその時期について
疑義がある旨主張するが，前記アのとおり，業績に基づく増額として一応
理由があることからすれば，取締役会の決議態様やその時期をもって直ち
に増額自体を不合理ということはできない。
なお，他の役員の報酬は改定されない中でＡの報酬のみが増額されてい
るが，原告の業績が悪化した間も従業員給与や他の役員の報酬に大した変
動もなく，Ａの報酬のみが原告の業績を強く反映して突出して減少してい
たこと（乙１７，１９，原告代表者２８，２９項）からすれば，業績の好
転見込みを反映してＡのみが報酬を増額されたとしても不合理ということ
はできない。
エ以上からすれば，平成１４年にＡの役員報酬月額が増額されたことにつ
いて合理的理由がないということはできない。
()比較法人の抽出過程及び抽出結果に基づく比準報酬月額算出の合理性に2
ついて
ア証拠（甲１，２，乙１６（全枝番を含む。以下書証について同様の場合
は枝番を省略する，１７，証人Ｃ５０∼７９，１６３∼１８６，３２。）
４∼３３６項等）によれば，処分行政庁においては，比準報酬月額を算出
するに当たって，大分税務署管内で原告と同業種である一般貨物自動車運
送業を営む法人から，平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日の間
に終了する事業年度（なお，乙１６の１２については平成１３年３月期と
の記載があるが，１５年３月期の誤記と解される）の売上金額が，原告。
の平成１５年３月期の売上金額の倍半基準に該当する２４法人を抽出し，
そのうち売上総利益率を把握できなかった４法人を除外し，残る２０法人
（乙１６の１∼２０）に対し使用人最高給与額を照会・調査し，さらに，
外注比率（売上金額に占める外注費・傭車料の割合）が２０％以上のもの
（原告は２．８１％，代表者報酬が使用人最高給与額を下回っているも）
の及び個人換算所得がマイナスとなっているものをいずれも比較法人とし
て相当ではないとして除外し，また，照会後も使用人最高給与額を把握で
きなかったものを除外した結果，１２法人（乙１６の１∼１２）を比較法
人として抽出したことが認められる。
また，比較法人の代表取締役報酬の平均に，比準４項目における原告と
比較法人の平均値との比準割合を加重した金額を１２か月で除して，比準
報酬月額を算出すると，１３６万７６９０円であることが認められる（別
紙別表１参照。なお，前記のとおり，この比較法人は処分行政庁が抽出）
したものと同一であるが，運送業以外の売上金も計上して売上金を修正し
たものである。
そして，上記２４法人の抽出は税務署内の管理システムを用いて機械的
に抽出したものであり，１２法人に絞った後の計算については，調査を担
当したＣ国税調査官だけでなく同僚も確認しており，算出結果の正確性は
担保されているものといえる（乙１７，証人Ｃ５２∼５４，８９，９０，
２８１項。）
イ以上の比較法人の抽出過程及び比準報酬月額の算出について，原告は，
抽出方法が恣意的で不合理なものであるとして縷々主張するが，①「事
業規模が類似するもの（法施行令６９条１号）を検索するにあたり，売」
上金額に着目することが不合理とはいえないこと，②原告が運送業を主
としていることは明らかであり，同業種の法人として不動産業ではなく運
送業を抽出条件とするのも合理的であること，③外注比率が高い法人は，
もっぱら自社車両で営業する原告とは営業形態が異なることは容易に予想
され，また，個人換算所得がマイナスの法人と原告とでは「収益の状況」
（同号）が大きく異なるといえ，これらを除外することも一応理由がある
こと，④他の法人に対し協力依頼をしても必ずしも回答が得られるとは
限らず（証人Ｃ３２４∼３３６項，利益率や使用人最高給与額が把握で）
きない法人について除外するのもやむを得ないこと，⑤結果的に売上金
額が原告を下回る法人が多数であったとしても（別紙別表１，倍半基準）
自体は類似規模の法人を抽出する基準として一定の合理性があるといえ，
その範囲内であれば事業規模が一応類似するといえることからすれば，原
告の主張する他の諸事情を考慮してもなお，上記抽出方法自体が直ちに不
合理であるということはできない。
ウそして，比準報酬月額算出に当たって，比較法人の代表取締役報酬の平
均額を基にして，比準４項目（売上金額，売上総利益率，使用人最高給与
額及び個人換算所得金額）を用いたことについても，法施行令６９条１号
で規定する「役員に対する報酬の支給の状況「事業規模「収益」及」，」，
び「使用人に対する給料の支給の状況」並びに実質的な所得金額による法
人間の比較を踏まえたものといえ，合理性を有する算出方法といえる。
したがって，比較法人の抽出過程及び抽出結果に基づく比準報酬月額算
出の合理性は認められる。
()適正役員報酬月額の判断3
処分行政庁において抽出した比較法人１２社の係数を基に比準報酬月額を
算出すると１３６万７６９０円であり，被告はこれをもって適正役員報酬月
額である旨主張するところ（なお，原告は，被告のこの主張は自白の撤回，
に当たると主張するが，被告は最終報酬月額が１５０万円であることを認め
ていたにすぎない（第１回弁論準備手続調書）から，前提を欠くものであ
る）前記()のとおり，比較法人の抽出過程及び抽出結果に基づく比準報。2
酬月額の算出自体には合理性が認められ，上記金額は適正役員報酬月額を判
断するに当たって重要な資料になるものというべきである。
しかしながら，上記計算で用いられた比準４項目については，法３４条１
項及び法施行令６９条１号で明示的に定められているわけではなく，比準項
目として何を選択するのかによって計算結果もある程度変動し得る。
また，原告が指摘するように，比準４項目と役員報酬との相関関係が項目
毎にどの程度あるのかは必ずしも明らかではなく，例えば法人の所得金額な
いしその実質的な所得金額といえる個人換算所得が報酬に影響しやすいこと
は十分考えられるが，計算上の比重としては他の比準項目と同じ４分の１の
割合で計算されている。
さらに，被告も認めるように退職役員の最終報酬月額は創業者としての功
績等，当該役員の法人に対するそれまでの功績がもっとも表れていると考え
られるところ，本件で適正役員報酬月額が問題となっているのはＡの最終報
酬月額であり，単純にある時期の法人の業績のみを参考にして算出される平
均的な役員報酬の水準を上回ることは十分考えられる。
以上からすれば，実際の報酬額が比準報酬月額をわずかでも超えたからと
言って直ちに不相当というべきではなく，比準報酬月額を基本としつつ，実
際の報酬額との差額の程度や，最終報酬月額であれば従前の功績も含まれて
いること等の事情も踏まえて適正役員報酬月額を判断すべきである（ちなみ
に，国税不服審判所長も，前記のとおり，１３６万６０５６円の比準報酬月
額を超える１５０万円について直ちに不相当に高額であるとの判断をせず，
処分行政庁の主張を排斥しているものである。。）
そして，Ａの役員報酬月額１５０万円は，比準報酬月額からわずか１割程
度高いだけであること及び創業者として原告に対するＡの功績があることは
明らかであること（被告自身も，上記のとおり創業者としての功績は役員報
酬月額に反映される旨主張しているところである）に加え，前記()のと。1
おり，平成１４年に増額された役員報酬月額は平成１１年３月以前の１５年
近くにわたって維持されていた金額に戻ったにすぎず，増額されたことにつ
いて不合理ということはできないことも考慮すると，月額１５０万円をもっ
て直ちに不相当ということはできず，他に適正役員報酬月額が１５０万円を
下回ることを基礎づける事情を認めることはできない。
()以上からすれば，Ａの役員報酬に法３４条１項に規定する不相当に高額4
な部分があるということはできず，被告の主張は採用できない。
２争点２（Ａの役員退職給与に法３６条に規定する不相当に高額な部分がある
か）について
()比較法人の平均功績倍率算出の合理性1
ア証拠（甲１，乙１１∼１５，１７，証人Ｃ９５∼１０４，１８７∼２０
９，２７５∼２８０，２９４∼２９９，３５７∼３６０項等）及び弁論の
全趣旨によれば，処分行政庁においては，比較法人の平均功績倍率を算出
するに当たって，十分な事例を把握するために熊本国税局管内の離島に所
在する種子島及び大島の各税務署を除く３４税務署管内の法人から，原告
と同じ道路貨物運送業を営み，平成１２年４月１日から平成１５年３月３
１日までの間に終了する事業年度の売上金額が１億５０００万円以上で１
２億円以下の６９０法人を把握し，各税務署長に対し，上記期間に役員退
職給与が支給された事例の調査依頼を行い（乙１１，４３件の回答があ）
ったが，そのうち代表取締役の退職給与支給事例は１７件であったこと
（乙１２，１７件中，勤続年数が短期間のもの（３年ないし１６年）及）
び退職事由が死亡退職ではないもの（普通退職又はその他）９件を除外し
たこと，残る８件のうち所轄税務署管内の２法人を除く６法人について該
当税務署に対する再調査を依頼した（乙１３）結果，退職事由が普通退職
のもの及び退職給与支給が平成１５年１０月期であったものが判明した
（乙１４の５，６）ため，これらを除外することとし，さらに６法人（別
紙別表２）が抽出されたこと（乙１２の１∼６，１４の１∼４）が認めら
れる（処分行政庁は，このうち２法人について比較法人として採用してい
る。。）
原告と上記６法人の役員退職給与支給年度の前３事業年度における比較
項目（売上金額，申告所得金額，総資産価額及び純資産価額）の平均値を
比較すると，１法人（乙１４の１，別紙別表２の丙）が全ての比較項目で
倍半基準外となり，これを除外して残る５法人を比較法人として，その平
均功績倍率を算出すると２．２８（小数点以下第２位を四捨五入して計算
すると２．３）であることが認められる（別紙別表３及び４参照。）
そして，比較法人の抽出過程では，数値の正確性を期するために，上記
のとおり，該当税務署長に対する再調査を実施するとともに，比較法人の
資料作成はＣ国税調査官に加えて他の調査官も確認しており（弁論の全趣
旨，算出された平均功績倍率の数値の正確性は担保されているものとい）
える。
イ以上のような平均功績倍率の算出について，原告は数値の正確性に欠け，
比較法人の抽出方法も合理性を欠き，適正な数値ではない旨主張するが，
①適正な役員退職給与額を判断すべく広範囲かつ多数の法人の資料を検
索・抽出するためには，各法人の原資料や退職給与規程まで確認できなく
ともやむを得ないし，②調査過程で数値が変遷したとしても，再調査に
よって正確な数値が明らかになったものと考えられ，③比較法人の抽出
条件として退職事由を含ませ，死亡退職以外の退職給与支給事例を除いた
点については，法施行令７２条が「退職の事情」を考慮要素としているこ
とに照らせば，不合理とはいえないこと，④比較法人の中には純資産額
が原告の１０分の１程度の法人も存在するが，そもそも比較項目全ての点
で倍半基準を充たす比較法人が存在していないように（別紙別表３，厳）
密に類似性を求めては比較法人抽出を不可能にするものといえるし，原告
と「事業規模が類似するもの（同条）として比較項目のいずれかで倍半」
基準を充たす法人を比較法人とすること自体は一定の合理性があること，
他方で，比較法人全般に偏りがあるなど役員退職給与の相当な額を算定す
る資料としての価値が低下するような事情がある場合，別途，相当な額を
判断する際に考慮すれば足りることからすれば，被告の用いた比較法人の
抽出方法及び平均功績倍率の算出自体が直ちに不合理であるということは
できない。
ウそして，５法人を比較法人として，その平均功績倍率を算出したことは，
法施行令７２条で役員退職給与の相当な額を算定する際に考慮するものと
して規定する「退職の事情」及び「同種の事業を営む法人でその事業規模
が類似するものの役員に対する退職給与の支給の状況」を踏まえたものと
いえ，合理性を有する算出方法といえる。
したがって，比較法人の抽出及び抽出結果に基づく平均功績倍率算出自
体の合理性は認められる。
()原告の功績倍率算出根拠について2
ア原告は，独立行政法人等の役員の退職金支給率から，功績倍率３．５が
適正である旨主張する。
もっとも，原告においては，Ａの役員退職給与として，退職慰労金１億
９９５０万円のほか，功労金５９８５万円及び特別功労金１６５万円が支
給されている（前記第２の１()）にもかかわらず，功労金等を除外して3
功績倍率の主張をしているから，原告の主張は，つまるところ，功労金等
を含めた役員退職給与の支給が適正であること，すなわち功績倍率４．６
（勤続年数３７年で算出した退職慰労金及び功労金等の合計額２億５４１
７万５０００円を最終報酬月額１５０万円及び勤続年数３７年で除したも
の，小数点以下第２位は四捨五入）が適正であると主張するに等しいもの
である。しかし，このような功績倍率４．６が独立行政法人等に採用され
ていたと認めるに足りる証拠はない。
イ次に，功労金等を含めた意味で，適正な功績倍率が３．５倍であるかど
うかについて検討するに，確かに，独立行政法人等の役員の退職金支給に
関しては，功績倍率として計算すると，平成１４年度から平成１５年１２
月までの間は３．３６，平成１６年１月以降は１．５（業績勘案率により
最大３．０）であることが認められ（甲６，７，法人の性質上，これら）
の数値が，民間企業一般の功績倍率からそれ程かけ離れたものではないと
考えられる。
しかしながら，上記事実のみをもって，法人の創業者兼代表取締役の場
合には３．５の功績倍率が通例であると認めるには足りないし，独立行政
法人等と原告との間には，何らの類似性もなく，仮に法人一般において３
倍程度の功績倍率が採られることが多いとしても，そのことをもって直ち
に原告において功績倍率３．５で退職給与を支給することが相当であると
評価することはできない。
()役員退職給与の適正額について3
ア一般に，平均功績倍率法は，特段の事情がない限り，当該退職役員の当
該法人に対する功績はその退職時の報酬に反映されていると考え，同種比
較法人の役員に対する退職給与の支給の状況を平均功績倍率として把握し，
比較法人の平均功績倍率に当該退職役員の最終報酬月額及び勤続年数を乗
じて役員退職給与の適正額を算定する方法であり，適正に算出された平均
功績倍率を用いる限り，その判断方法は客観的かつ合理的であり，法施行
令７２条の趣旨に合致するものということができるところ，前記()及び1
()によれば，比較法人の平均功績倍率２．３は適正に算出されたことが2
認められ，他方，原告と同業種・類似規模の法人はもとより，法人一般に
おいて功績倍率３．５ないし４．６が一般に採用されていると認めるに足
りる証拠はない。
そうすると，功績倍率２．３を超える部分に相当する役員退職給与額に
ついては不相当に高額な部分になるという被告の主張にも相応の根拠がな
いとはいえない。
イしかしながら，本件については，特有の事情として，以下の点を指摘す
ることができる。
まず，原告と比較法人の業績を比較すると，売上金額こそ概ね倍半基準
の範囲内だが，申告所得金額，総資産価額及び純資産価額のいずれの点で
も原告が大きく上回るなど（別紙別表３，原告は同業種・類似規模の法）
人に比して経営内容が良好である（甲８，原告代表者７∼１２項）ところ，
平均功績倍率は，原告より全般に業績の劣る比較法人の平均値にすぎない。
次に，本件のように比較法人数が少ないと，法人抽出の範囲・方法によ
り法人数がわずかに異なるだけで平均値は容易に変動してしまう。実際に，
前記のとおり，処分行政庁では比較法人中の２法人のみを算定基礎とした
ことにより平均功績倍率が３．０９４となったほか，国税不服審判所長に
よる裁決では福岡県の法人からも抽出して被告とは一部構成を異にする６
法人を算定基礎としたことにより平均功績倍率が１．６となっている。ま
た，当該業界における功績倍率の平均値をより客観的に求める観点からす
れば，原告を加えて平均値を計算することも考えられるが，この場合，被
告主張の比較法人に原告を加えるだけで２．３から２．７へ増加すること
になる。
また，被告が採用した比較法人５社の功績倍率は，高いものから４．０
０，２．８１，２．１９，１．４５，０．９１となっている（別紙別表２，
３）ところ，１．４５，０．９１と低額に過ぎる一部の法人が存在するこ
とで平均値が不相当に引き下げられている（前記の独立行政法人等の役員
の退職金支給率が原告主張の功績倍率の相当性を直ちに基礎付けることは
できないとしても，これとの対比からも上記功績倍率が低額過ぎることは
明らかであるし，後記のとおり，処分行政庁はこれらの法人を比較法人か
ら除外している）し，また，これらは平均功績倍率である２．３の周辺。
に集中しているわけではなく，相応のばらつきを見せている。このような
功績倍率の分布状況から考えても，平均功績倍率である２．３を超えれば，
直ちに不相当に高額であるとするには疑問の余地がある。
さらに，後記のように創業者として多大な功労のあったＡのような創業
者の功労等，報酬額に相当の影響を及ぼすと考えられる事情は平均値算出
過程で基本的に考慮されていない（証人Ｃ。なお，被告は，創業者として
の功績は，一般に勤続年数の長短及び最終報酬月額に反映されているとも
主張するが，そうであるとしても，功績倍率の相当性を検討するに当たり，
創業者としての功績を全く考慮しないでよいことにはならないというべき
である。。）
このような事情を考慮すれば，少なくとも本件においては，比較法人の
平均功績倍率が役員退職給与の相当額を判断する際の重要な資料になると
しても，平均功績倍率を用いて算出される金額をもって直ちに相当・不相
当の基準とするのは相当ではなく（なお，前記のとおり，処分行政庁も，
原告の採用した功績倍率が平均功績倍率を上回ったからといって，直ちに
不相当に高額であるとは判断していない，比較法人の平均功績倍率に。）
加え，その功績倍率の分布状況，平均値算出過程では十分考慮されないが
役員退職給与額に相当の影響を及ぼし得る原告やＡの事情をも考慮して不
相当に高額な部分の有無及び金額を判断するのが相当である。
そして，このように解することは，比較法人の功績倍率の分布状況も同
業種・類似規模の法人の支給状況の要素と考えられるうえ，退職給与とし
て相当な額の判断基準として，業務に従事した期間，退職の事情のほか，
上記法人の支給状況等を考慮するように定め，これらの列挙事項以外の事
情を考慮することについても否定するものではない，法３６条及び法施行
令７２条の趣旨に反するものではない。
ウそこで，これを本件について検討するに，Ａは，個人で運送業を始めた
数年後に原告を設立した創業者であり，昭和４３年から平成▲年の死亡退
職に至るまでの間，代表取締役を務めて原告における営業活動を一手に引
き受けていたこと，原告の利益率は同業種・類似規模の法人の中では突出
して高く（別紙別表１によれば，売上総利益率は１２比較法人の平均の２
倍以上である，Ａの退職前１０年くらいの間は原告に毎年平均して４。）
５００万円程度の所得を計上させるなど，原告を収益性の高い法人に発展
させたこと，平成１３年ころから大口取引先との取引終了により原告の売
上高は減少し，平成１４年３月期には経常利益で赤字を計上するものの，
リストラや不動産業による安定収入の確保等により翌期には経常利益等を
回復させたことが認められ（甲２，８，乙２７，原告代表者７∼１２，２
２∼２６，８０∼８２，９３∼１１８項，以上によれば，創業者として）
好業績の法人である原告を維持発展させたＡの功績は極めて大きいものと
いえるところ，このような事情は，創業者であること等を比較法人の抽出
条件とはしない平均功績倍率の算出過程では考慮されるものではないが，
役員退職給与額に相当の影響を及ぼし得る事情と考えられる。
また，処分行政庁においては，２法人のみを比較法人として平均功績倍
率を３．０９４と算出し，原告の採用していた功績倍率３．５を近似値と
して相当としているところ，２法人（別紙別表２及び３の甲及び乙）を抽
出する過程で，欠損が多額であった１法人（同己）及び功績倍率のあまり
の低さから本来あるはずの退職給与が支給されていないと思われる３法人
（同丙，丁，戊）を除外したこと（証人Ｃ１０４∼１０９，２１４∼２１
６項）については，上記のような原告と他の同業種・類似規模の法人との
業績の差異及びＡの創業者としての功績を踏まえれば，その判断に相応の
合理性があるものといえる。
以上の点に加え，前記イの諸事情も合わせ考慮すれば，３．５を超えな
い範囲の功績倍率による役員退職給与については，直ちに不相当と評価す
ることはできないものというべきであり，他に上記範囲の功績倍率による
役員退職給与が不相当と評価すべき事情を認めることはできない。
一方で，功績倍率のうち３．５を超える部分に係る役員退職給与につい
ては，比較法人の平均功績倍率２．３を大きく超えていること，比較法人
の功績倍率の分布状況を見ても，５社中４社は功績倍率が３．０未満にと
どまっており，最高値である４．０はそれら４社と比べて突出して高いこ
となどからすると，原告及びＡに特有の上記事情を考慮してもなお，不相
当に高額といわざるを得ない。
()弔慰金及び功労金等の損金算入について4
ア弔慰金
前記１のとおり，Ａの最終報酬月額１５０万円に不相当に高額な部分は
なく，相続税法基本通達３−２０の取扱いに準じて判断すると，その６か
月分９００万円が弔慰金として相当な額となり，全額損金算入が認められ
る。
イ功労金等
功労金等も，Ａの退職により支給された給与であるから，法３６条の退
職給与に該当するところ，前記()のとおり，Ａに支給された役員退職給3
与のうち，比較法人の平均功績倍率及びＡの創業者としての功績等固有の
事情を踏まえて，功績倍率３．５で算出される範囲内の役員退職給与であ
れば相当であると認められるものの，これを超えた部分については名目の
如何にかかわらず，過大な役員退職給与として損金算入を認めることはで
きないのであって，退職慰労金とは別に支給しても合理的であるとの原告
の主張（前記()のとおり実質的に功績倍率４．６が適正と主張するもの2
といえる）は採用できない。。
()不相当に高額な部分について5
以上によれば，Ａの役員退職給与のうち相当であると認められる金額は，
適正役員報酬月額１５０万円に勤続年数３７年（なお，Ａは，創業後２年近
く経って代表取締役に就任しているが，勤続年数を３７年とすることについ
ては被告も争うものではない）及び功績倍率３．５を乗じた１億９４２５。
万円であり，これを超える部分は不相当に高額な部分に当たる。
３損金算入を認めないことにより算出される原告の所得金額等
前記１及び２を前提に計算すると，原告の平成１５年３月期の所得金額は，
当初６２６４万９４６２円であったが，死亡退職金として損金算入していた２
億７０００万円（弔慰金を控除すると２億６１００万円）のうち６６７５万円
が損金算入されずに所得金額に加算され，また，繰越欠損金の当期控除過大額
１８６万円が所得金額に加算される（前記第２の１()）結果，１億３１２５5
万９４６２円となり，納付すべき法人税額は３８６７万５０００円（差引納付
すべき法人税額は１８７６万０４００円，賦課されるべき過少申告加算税額）
は１８７万６０００円となり（別紙計算書２参照，これを超える部分の本件）
更正処分等はいずれも違法である。
４結論
以上のとおり，原告の請求は，本件更正処分等のうち所得金額１億３１２５
万９４６２円，納付すべき税額３８６７万５０００円及び過少申告加算税額１
８７万６０００円をそれぞれ超える部分の取消しを求める限度で理由があるか
らこれを認容し，その余は理由がないので棄却することとし，主文のとおり判
決する。
大分地方裁判所民事第１部
裁判長裁判官金光健二
松川充康裁判官
力元慶雄裁判官

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