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平成２７年１２月１５日判決言渡
平成２６年（行ウ）第４８６号小石川植物園周辺道路整備工事公金支出差止等請
求事件
主文
１本件訴えのうち，次の部分をいずれも却下する。
(1)被告文京区長に対し，小石川植物園西側道路整備工事に係る支出負
担行為の差止めを求める部分のうち，文京区とＡ株式会社との間で平
成２６年８月２１日に締結された同工事の一部に係る工事請負契約の
締結の差止めを求める部分
(2)被告文京区長に対し，小石川植物園西側道路整備工事に係る地方自
治法２３２条の４第１項に規定する支出の差止めを求める部分
(3)被告文京区長に対し，国立大学法人東京大学との間で，小石川植物
園周辺道路整備工事に関する平成２１年１２月２２日付け「小石川植
物園と区道の整備に関する基本協定書」に基づく年度協定のうち，平
成２８年度分以降のものを締結することの差止めを求める部分
２原告らのその余の請求をいずれも棄却する。
３訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１請求
１被告文京区長は，小石川植物園西側道路整備工事に係る公金の支出（支出命
令を除く。）をしてはならない。
２被告文京区土木部管理課長は，小石川植物園西側道路整備工事に係る公金の
支出命令をしてはならない。
３被告文京区長は，国立大学法人東京大学との間で，小石川植物園周辺道路整
備工事に関する平成２１年１２月２２日付け「小石川植物園と区道の整備に関
する基本協定書」による基本協定に基づく年度協定のうち，平成２８年度分以
降のものを締結してはならない。
第２事案の概要
本件は，東京都文京区の住民である原告らが，同区内にある東京大学大学院
理学系研究科附属植物園（以下「小石川植物園」という。）の周辺道路につい
て同区が行っている整備工事（以下「本件周辺道路整備工事」という。）は，
同植物園の環境に与える影響について何ら配慮することなく実施されており，
環境基本法等の法令の趣旨・目的に鑑み，文京区が負う環境配慮義務に違反す
るなどとして，被告文京区長（以下「被告区長」という。）に対し，未だ工事
の完成していない同植物園の西側道路の整備工事（以下「本件西側道路整備工
事」という。）に係る公金の支出（支出命令を除く。）の差止め（請求１）を
求め，被告文京区土木部管理課長（以下「被告管理課長」という。）に対し，
同工事に係る公金の支出命令の差止め（請求２）を求めるとともに，被告区長
に対し，文京区が国立大学法人東京大学（以下「東京大学」という。）との間
で締結した「小石川植物園と区道の整備に関する基本協定書」による基本協定
（以下「本件基本協定」という。）に基づき締結するものとされている年度協
定（以下「本件年度協定」という。）のうち，平成２８年度分以降のものの締
結の差止め（請求３）を求める住民訴訟である。
１前提事実（争いのない事実，顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨
により容易に認められる事実）
(1)当事者
ア原告らは，文京区の住民である。
イ被告区長は，文京区の執行機関である。
ウ被告管理課長は，本件西側道路整備工事に係る公金の支出命令について，
被告区長の委任を受けた者である（文京区会計事務規則（昭和３９年文京
区規則第９号。乙４２）６条１項，別表，文京区役所組織条例（昭和４７
年文京区条例第３号。乙４３）２条土木部の項１号）。
(2)小石川植物園の概要
ア小石川植物園は，植物学の教育・研究等を目的とする東京大学大学院理
学系研究科附属植物園として，東京都文京区α－×－１に設置されている。
イ小石川植物園は，江戸幕府の「御薬園」に始まる日本最古の植物園であ
り，平成２４年９月１９日に国の名勝及び史跡（文化財保護法１０９条１
項）に指定された。４０００種の植物が配置され，世界的に見ても優れた
研究植物園である（甲１）。
(3)本件周辺道路整備工事の経緯等
ア本件周辺道路整備工事の概要
本件周辺道路整備工事は，文京区が，小石川植物園の周辺道路（以下「本
件周辺道路」という。）を拡幅し，拡幅部に設置されている既存の塀を撤
去して新たにフェンスを設置するものであり，これに伴い，本件周辺道路
に隣接する小石川植物園の一部の用地が道路用地として提供され，用地上
の樹木の撤去等の工事を行うものである。
イ本件基本協定の締結（甲６）
文京区と東京大学は，平成２１年１２月２２日，「小石川植物園と区道
の整備に関する基本協定書」による基本協定（本件基本協定）を締結した。
本件基本協定において，東京大学は小石川植物園の一部の用地を無償で
道路法の適用を受ける道路とすることを承諾し，文京区は樹木等や既存の
塀の撤去，フェンスの設置等の工事を行うものとされ，工事の種類に応じ
た費用負担について取り決められたほか，この協定に基づく各年度の工事
の内容，範囲，費用等については，協議の上，年度協定等を締結するもの
とされた。
ウ本件年度協定の締結等
(ア)文京区と東京大学は，平成２３年６月２０日，本件周辺道路整備工
事（第１期）（樹木の移植・剪定等を行うもの。以下「第１期工事」と
いう。）の工事内容，範囲等を定める「小石川植物園と区道の整備に関
する平成２３年度協定書」（乙４４）による年度協定（以下「平成２３
年度協定」という。）を締結した。
(イ)文京区長は，平成２３年７月１３日，道路法１８条１項後段に基づ
き，特別区道文第２９０号（西側道路の一部）及び同第８９４号（西側
道路の一部及び南側道路）について，東京大学から特別区道路線区域の
編入願及び承諾書の提出を受けた上，同植物園の敷地の一部を編入する
内容で区域を変更する旨の決定をした（乙２０から２２まで）。
(ウ)文京区は，平成２３年７月２９日，株式会社Ｂとの間で，第１期工
事に係る工事請負契約を締結した。
(エ)平成２４年４月２０日，第１期工事が竣工した（弁論の全趣旨）。
(オ)東京大学の設置した小石川植物園植生調査委員会（委員長Ｃ東京
大学大学院理学系研究科教授（平成１９年４月から平成２３年３月まで
及び平成２５年４月以降，小石川植物園の園長の職にある（乙３６）。
以下「Ｃ園長」という。）。以下「調査委員会」という。）は，平成２
４年９月２９日に植物調査を実施した上で，平成２５年１月１８日付け
で「小石川植物園塀改修にかかわる植物調査について（中間報告）」（甲
２２）を作成した。
(カ)文京区と東京大学は，平成２５年３月２２日，本件周辺道路整備工
事（第２期）（南側道路部分について，道路の舗装等を行うもの。以下
「第２期工事」という。）の工事内容，範囲等を定める「小石川植物園
と区道の整備に関する平成２５年度協定書」（乙３０）による年度協定
（以下「平成２５年度協定」という。）を締結した。
(キ)文京区は，平成２５年３月２５日，Ａ株式会社との間で，第２期工
事に係る工事請負契約を締結した。
(ク)調査委員会は，平成２５年４月２２日及び同年８月６日に植物調査
を実施した上で，平成２５年１１月１５日付けで，本件周辺道路整備工
事が行われても植物園に必須な植物が失われる危険性はない旨記載され
た「小石川植物園塀改修にかかわる植物調査について（最終報告）」（甲
２７の２枚目以下）を作成した。
(ケ)平成２５年１２月１２日，第２期工事が竣工した（弁論の全趣旨）。
エ本件西側道路整備工事に係る状況
(ア)文京区と東京大学は，平成２６年３月１４日，本件周辺道路整備工
事（第３期）（西側道路部分について，擁壁の設置等を行うものであり，
本件西側道路整備工事の一部である。以下「第３期工事」という。）の
工事内容，範囲等を定める「小石川植物園と区道の整備に関する平成２
６年度及び平成２７年度協定書」（乙３１）による年度協定（以下「平
成２６・２７年度協定」）を締結した。
(イ)文京区は，平成２６年８月２１日，Ａ株式会社との間で，工期を同
月２２日から平成２８年２月１９日までとして，第３期工事に係る工事
請負契約（以下「本件工事請負契約」という。）を締結した。同株式会
社は，平成２６年１１月２５日，第３期工事に着工した。（乙３２の１
ないし３２の１１，弁論の全趣旨）
(4)監査請求及び本訴の提起
ア監査請求
原告らは，平成２６年７月１１日，文京区監査委員に対し，第１記載の
各請求を含む措置を求める住民監査請求をしたところ，同年９月４日付け
で原告らの監査請求をいずれも却下又は棄却する監査結果（第１記載の各
請求に係る部分についてはいずれも棄却）が示され，同監査結果は，その
ころ，原告らに通知された（甲３５，弁論の全趣旨）。
イ訴訟提起等
原告らは，平成２６年１０月３日，被告区長を被告として本件訴訟を提
起したが，平成２７年１０月２９日，行政事件訴訟法１５条１項に基づき，
本件西側道路整備工事に係る公金の支出の差止めを求める請求のうち，支
出命令の差止めを求める部分について，被告を被告管理課長に変更するこ
との許可を求める旨の申立てをし，当裁判所は，同月３０日，これを許可
した（顕著な事実）。
２争点
(1)請求１に係る訴えの適法性（被告適格）
(2)請求３に係る訴えの適法性（平成２８年度以降の本件年度協定の締結が財
務会計上の行為に当たるか否か。）
(3)本件西側道路整備工事に係る公金の支出及び平成２８年度以降の本件年
度協定の締結の適法性
３争点に関する当事者の主張の要旨
(1)争点(1)（請求１に係る訴えの適法性（被告適格））について
（被告区長の主張の要旨）
地方自治法上，公金の支出権限は会計管理者に属しているところ，文京区
においても，文京区会計管理者がその権限を有しており，文京区長にその権
限はない。
よって，請求１に係る訴えは，権限のない者を被告とする点で不適法であ
る。
（原告らの主張の要旨）
請求１において差止めを求める「支出」には支出負担行為を含む趣旨であ
る。
(2)争点(2)（請求３に係る訴えの適法性（平成２８年度以降の本件年度協定
の締結が財務会計上の行為に当たるか否か。））について
（被告区長の主張の要旨）
地方自治法２４２条の２第１項に定める住民訴訟の対象とされる財務会計
上の行為とは，財産的価値の維持，保全を図る財務的処理を直接の目的とす
るものに限るとされており，財務会計上の行為である「契約の締結」とは，
地方公共団体の公金又は財産の財産的価値の維持，保全を直接の目的とし，
その締結自体によって直接地方公共団体に対し損害を与え，又は与える客観
的可能性を有するものをいうと解される。
しかるに，原告らが締結の差止めを求める本件年度協定の性質は，当該年
度における本件基本協定の細目を定めるものにすぎない。また，本件年度協
定では，当該年度に施行する工事の内容を決めることを主たる目的とし，本
件周辺道路整備工事に要する費用については，本件基本協定において文京区
と東京大学との間で費用負担の定めがなされているので，本件年度協定では，
かかる費用の支払方法が定められるにとどまる。したがって，本件年度協定
の締結が，文京区の公金又は財産の財産的価値の維持，保全を直接の目的と
しているということはできない。
さらに，本件基本協定に定める工事費用は，東京大学に対してではなく，
工事請負業者に対して支出されるものであり，本件年度協定の締結によって
直接工事代金の支出がされるわけではないから，その締結自体によって直接
文京区に損害を与え，又は与える客観的可能性を有するということもできな
い。
したがって，平成２８年度以降の年度協定の締結は財務会計上の行為には
当たらないから，請求３に係る訴えは不適法な訴えである。
（原告らの主張の要旨）
本件年度協定は，当該年度にどのような工事を行うかを具体的に定め，か
つ，本件基本協定の費用負担の定めと相まって，文京区が当該年度に行われ
る工事について発生する費用のどこまでを負担するのか，逆に言えば，東京
大学に対して費用負担を求めることができる範囲はどこまでかを，当該年度
について具体的に定めるものであるから，本件年度協定の締結は財務会計上
の行為である。
被告らは，本件基本協定に定める工事費用の支出は，当該各工事契約の履
行によりなされるものであって，本件年度協定の締結によって，直接工事代
金の支出がなされるわけではないと主張するが，本件周辺道路整備工事に係
る公金の支出の合法性は工事請負契約のみに依拠するものではなく，本件年
度協定に基づくものでなければならない。
(3)争点(3)（本件西側道路整備工事に係る公金の支出及び平成２８年度以降
の本件年度協定の締結の適法性）について
（原告らの主張の要旨）
ア文京区の環境配慮義務の根拠及び内容
(ア)環境基本法は，環境の保全について，生態系の微妙な均衡の下に成
り立っている限りある環境の現在及び将来世代による享受とこの将来に
わたっての維持を基本理念として（３条），地方公共団体について，上
記基本理念にのっとり，国の施策に準じた施策及びその他のその地方公
共団体の区域の自然的社会的条件に応じた施策を策定し，及び実施する
責務を課している。また，自然環境保全法は，地方公共団体等に対して，
上記の基本理念にのっとり自然環境の適切な保全が図られるよう努める
義務を定めている（２条）。
(イ)文京区が平成１１年３月に制定した文京区環境基本計画は，まず，
文京区の自然環境の特性として，歴史的経緯から小石川植物園などのま
とまった緑地が残されていることを指摘しており，実際に小石川植物園
は，文京区内の最大の緑地帯である。その上で，同計画は，「大きな緑
を核とし，小さな緑を増やし，つなげる」ことを個別目標の冒頭に挙げ，
「緑の核」である小石川植物園を含む緑を守るために，行政の役割とし
て「まとまった緑地や斜面緑地・貴重な樹木を保全する」ことを規定し，
さらに，各種事業の推進に当たっては「緑の保全・創出に努める」とし
ている。
また，文京区みどりの保護条例（昭和５０年文京区条例第５３号）は，
みどり（樹木及び樹林並びに草花）の保護と育成を通じて，豊かな自然
環境を確保することを目的とし（１条），都市における自然の重要性を
認識し，区民及び事業者とともに，あらゆる施策を通じて，みどりの保
護と育成に努めることを区長の責務とし（３条），さらに何人も区内の
樹木及び樹林を保存するために積極的に努力しなければならないと定め
ている（８条）。
(ウ)さらに，環境基本法や東京都環境基本条例（平成６年東京都条例第
９２号）は，それぞれ国や都が実施する環境に著しい影響を及ぼすおそ
れのある事業について，環境の保全に適切な配慮がなされるよう事前の
評価のための措置を求め，また同様の施策の実施を文京区に対しても求
めている（環境基本法２０条，４条，東京都環境基本条例１１条，５条）。
(エ)これらの法令の趣旨目的に鑑みれば，文京区は，その実施する事業
が環境，とりわけ植生や生態系に重大な影響を及ぼすおそれがある場合
には，当該事業の実施決定前に当該事業が環境に与える影響について，
適切な評価を行い，影響を最小化するための検討を行う義務を有してい
る。仮に，当該事業が環境影響評価法ないし東京都環境影響評価条例（昭
和５５年東京都条例第９６号）の対象事業でないとしても，当該事業に
よる植生や生態系への影響のおそれの程度に応じた配慮が必要とされる
ところである。
(オ)小石川植物園は，植物の多様性の保全を通じて植物学の研究・教育
に貢献してきた施設であり，その希少種を保護し，生態系を維持するこ
とにより植物の多様性を確保することは，日本の植物学の教育・研究の
発展と，これを通じた生態系・生物多様性の保護を図る上で極めて重要
である。したがって，このような小石川植物園の植生の伐採を伴う本件
周辺道路整備工事の実施に当たっては，文京区は，実施決定前に，工事
によって生じる小石川植物園の植生や生態系への影響を評価し，影響を
最小化する方策を検討する義務（環境配慮義務）を有していた。
イ文京区による環境配慮義務違反
(ア)文京区は，上記環境配慮義務を一切果たさず，本件周辺道路整備工
事の実施を決定し，これまで第１期工事及び第２期工事を実施している。
すなわち，文京区は，本件基本協定の締結によって，東京大学に対し，
小石川植物園の一部をコミュニティ道路として整備する義務を負ったの
であるから，これによって本件周辺道路整備工事の実施は決定したもの
ということができる。したがって，文京区は，本件基本協定の締結前に，
工事によって生じる小石川植物園の植生や生態系への影響を評価し，影
響を最小化する方策を検討する義務を有していた。
ところが，文京区白身が認めているように，文京区は，本件基本協定
の締結までに，工事が小石川植物園の植生や生態系に与える影響につい
て，何の調査も行っていないのみならず，その後も現在に至るまで，工
事の影響について何ら検討を行っていない。その結果として，本件周辺
道路整備工事は通常の土木公園工事と位置付けられ，本件年度協定には
小石川植物園の植生や生態系に与える影響等に配慮した条項はなく，入
札業者の選定に当たっても移植等を行う技術の有無等について何ら条件
が付されていないなど，本件周辺道路整備工事を実施するに当たって，
小石川植物園に対する植生への影響を一切考慮していない。
したがって，本件基本協定の締結及びこれに基づく本件周辺道路整備
工事の実施は，上記環境配慮義務に違反するものであり，違法・不当で
ある。
(イ)また，既存の塀等の建替えが必要であったとしても，そのために道
路拡幅工事を実施する必然性は全くないにもかかわらず，文京区は，既
存の塀の建替えを東京大学に求めるに当たって，道路拡幅工事を所与の
条件としたのであって，それ自体，違法・不当であるといわざるを得な
い。
(ウ)なお，本件周辺道路整備工事については，その植物に対する影響に
ついて，一定の調査が行われているが，文京区ではなく東京大学が実施
したものであり，これを文京区による上記環境配慮義務の履行とみるこ
とはできない。
また，上記調査は，その中間報告の発表までに既に相当の樹木が伐採
されており，本来事業の実施決定前に行われるべき影響調査としては，
およそ意味をなさない。
ウ東京大学による調査について
(ア)東京大学による調査は，セットバック部分に限定して，当該場所で
自生していた植物に対する影響を検討したものであり，以下の２点を全
く考慮せず，調査自体としても極めて不十分なものである。
(イ)第１に，小石川植物園全体への影響を考慮していない点である。小
石川植物園は，江戸時代から続くその長い歴史の中で地形にほとんど手
を入れないことで，健全な生態系を育んできたが，これは多様な植物，
動物，微生物の間のおびただしい関係によってつくられているものであ
り，その保全は，生物多様性の維持に大きく依存している。
そのため，文京区が施工する本件周辺道路整備工事によって，１２０
０平方メートル以上もの敷地が道路用地にされる上，実際には，拡幅部
分よりも更に広い範囲で掘削工事が行われている本件では，過去に小石
川植物園が経験したことのない生物的因子の広範かつ急激な変化が生じ
ることで，植物園全体の植生に多大な影響が生じるおそれがある。
また，小石川植物園の南側・西側の外延をなす当該敷地は，樹木や下
草等によって，内部の環境を守る，バッファーゾーンとしての役割も果
たしてきたが，これらが失われることで，日照条件や通風，温度，湿度
等の非生物的因子にも大きな変化をもたらすことになる。
このように，小石川植物園への影響を考える上では，植物の多様性が
確保されるかという視点こそが最も重要なのであり，セットバック部分
に希少な樹木がなければ問題がないなどという判断は到底あり得ない｡
小石川植物園は，都市特有の環境や生物多様性の影響を受けて存在し
ている以上，そのような地域固有の小石川植物園の価値は，哺乳類，鳥
類，昆虫，両生爬虫類，魚類など生態系に関与としている生物層を調査
して初めて判断できるものであり，植物調査のみでは不十分である。
(ウ)第２に，セットバック部分周辺に存在する樹木，特にマンサクなど
希少種への悪影響である。水分や栄養素等を吸収し，倒木しないように
樹木を支える役割を担う樹木の根の広がる範囲は，一般に「樹冠」の範
囲（枝振り）とほぼ同じだと考えられており，実際には更なる広がりを
持っているとも言われている。セットバック部分を掘削等すれば，その
周辺部分の根も傷めることになるから，周辺部分に存在する樹木等への
影響の検討は不可欠だといえる。特に，本件では，第３期工事で予定す
るセットバックの周辺部分に限っても，「Sycopsissinensis（マンサク
科）」のように中国が原産で，国内には数本しか存在しない希少な研究
樹木や準絶滅危惧種の「アテツマンサク」，化石植物で有名な第３期植
物群のコレクションであり，世界三大紅葉木といわれるニッサボクなど
が現存する。
しかるに，文京区は，影響が及ぶ樹木リストを作成するに当たって，
樹木の位置だけを記載し，樹冠の範囲を記載せず，上記のような希少な
樹木・草花への影響の検討から意図的に目を反らし，不十分な調査をし
てきたものである。
被告らは，擁壁線形を根系の形にできるだけ合わせるようにしたと主
張するが，樹木において水や栄養分の吸収は根の先端部分が担っており，
どこまで根の先端があるか調査をしていない以上，樹木の生育に対して
配慮をしたとはいえない。
エ小括
以上のとおり，文京区による本件基本協定の締結及びこれに基づく本件
周辺道路整備工事の実施は，上記環境配慮義務に違反するものであって，
違法・不当な行為である。
したがって，上記工事のための第３期工事に対する公金の支出は直ちに
中止しなければならない。また，上記支出に当たっては，事前に東京大学
との間で本件基本協定に基づく本件年度協定が締結されることになるが，
かかる年度協定の締結もしてはならない。
（被告らの主張の要旨）
ア原告らの主張する環境配慮義務はないこと
原告らは，文京区は，本件周辺道路整備工事の実施決定前に，同工事に
よって生じる小石川植物園の植生や生態系への影響を評価し，影響を最小
化する方策を検討する義務（環境配慮義務）を有していたと主張するが，
そのような義務を定める規定はないのみならず，原告らの掲げる環境基本
法等の法令等の趣旨からも，直ちにそのような法的義務を導き出すことが
できないから，文京区には，原告らの主張する環境配慮義務はない。
また，本件工事の規模及び内容に照らせば，環境影響評価法及び東京都
環境影響評価条例に基づく環境影響評価の法的義務が生じないことは明ら
かであり，本件周辺道路整備工事に際して，一般的な意味での植生調査を
超えて，環境調査ないし環境アセスメント（環境影響評価）が必要である
かのような原告らの主張は失当である。
イ環境に配慮していること
上記の点を措いたとしても，文京区は，環境に何らの配慮もしておらず，
何らの検討もしていないということはない。
(ア)すなわち，植物学の教育・研究等を目的とした専門性の高い学術研
究機関である小石川植物園は，東京大学がその敷地及び立木等を所有し，
設置，管理しているのであるから，本件周辺道路整備工事が小石川植物
園の植生や生態系に影響を与えるのか否か，施工範囲内に植生する植物
はいかなる措置を講ずるべきかについて，専門的・学術的見地からも，
またその権限の有無からも，責任ある判断ができるのは，東京大学をお
いて他にない。文京区は，かかる東京大学と協議を重ね，その意向に沿
って，本件基本協定の締結等，本件周辺道路整備工事の実施に当たって
きたのであるから，文京区は，小石川植物園の植生や生態系に与える影
響について，何らの配慮・検討もしていないと非難されるべきいわれは
ないというべきである。
本件基本協定の締結後，文京区は，小石川植物園内の樹木等につき立
木調査を行い，樹木リストの案を作成した。同案は，東京大学が上記判
断をなすに当たっての叩き台というべきもので，東京大学からこれに対
する修正意見が示されるなどして，最終的に東京大学がした（植生や生
態系に与える影響についての）判断に従って本件周辺道路整備工事は実
施されている。
なお，Ｃ園長は，平成１９年に東京大学の本部から植物園の敷地のセ
ットバックについて報告を受け，セットバックの幅が極端に広くなけれ
ば，セットバックが植物園の本質的な価値にまで影響を与えるとは思え
ないとして，敷地の提供もやむを得ないとの判断をしている。
さらにいえば，実際の工事においても，文京区，東京大学及び施工業
者の３者による定例会を通じ，東京大学の意見等を踏まえるなどして進
めており（第３期工事もそのようにして進めていく予定である｡），文京
区は，東京大学の判断を踏まえ，東京大学と共同して，本件周辺道路整
備工事を進めてきたのである。
(イ)文京区は，東京大学との協議やその要望を踏まえ，従前の計画を変
更し，園内の樹木の根系の形を考慮し擁壁線形を，想定される根系の形
にできるだけ合わせるようにするなどの配慮を行い，本件年度協定を締
結した。
(ウ)原告らは，本件年度協定の締結に関する協議が，文京区と東京大学
の本部との間でなされており，小石川植物園の植生や生態系に与える影
響等ヘの配慮が一切されていないと主張するが，文京区の協議の相手方
は法人としての東京大学であり，本件年度協定の締結に当たり，文京区
が小石川植物園の職員の関与を確保すべき義務はない。
これを措いたとしても，文京区は，第１期工事の施工の際，東京大学
の樹木管理担当者の現場立会いを要求し，その意見を反映して工種の変
更がなされており，植物園の職員の意見を聴きながら工事を進めてきた。
(エ)原告らは，文京区が，小石川植物園の植生や生態系に与える影響等
に配慮しなかった結果，移植した植物の多くが枯死している状況にある
というが，そもそもセットバック部分及びその周辺部には，小石川植物
園の本質的価値を保つ上で保存が必須な樹木はないのであるから，仮に
移植した植物が枯死したとしても，小石川植物園の本質的価値には影響
がない。
(オ)よって，文京区が，環境に何らの配慮もしておらず，何らの検討も
していないということはできないのみならず，事実に反する主張である
といわざるを得ない。
ウ文京区都市マスタープランとの関係
文京区が平成８年７月に定めた「文京区都市マスタープラン」は，文京
区内の道路について，「体系的な生活道路の整備」，「安全でゆとりのあ
る道路環境の整備」を課題としており，かかる課題を克服するためには，
道路の拡幅は当然その一手法というべきところ，同マスタープランでは，
小石川植物園の西側地区について，生活道路の整備の促進が掲げられてい
ることから，当然に，同地区の道路の拡幅は，同マスタープランによって
想定されているということができる。
エ工事代金支払義務の履行に何ら違法がないこと
なお，仮に文京区に環境配慮義務違反があり，本件工事請負契約に違法
があるとしても，直ちに同契約が無効ということにはならないから，文京
区は，同契約に基づき，Ａ株式会社に対し，工事代金支払義務を負うこと
となる。
よって，その支払の差止めには理由がない。
オ結語
以上のとおり，そもそも文京区には原告らの主張する環境配慮義務など
ないばかりか，原告らが守るべきとする小石川植物園の植生等について，
文京区は，東京大学との協議を踏まえ，本件基本協定の締結ないし実際の
工事に至っており，小石川植物園の環境に十分配慮しているのであるから，
文京区による本件基本協定の締結及びこれに基づく本件周辺道路整備工事
の実施が違法な行為ということはできない。
第３当裁判所の判断
１認定事実
前提事実，争いのない事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば，次
の事実が認められる。
(1)本件基本協定の締結に至る経緯
ア平成８年版文京区都市マスタープラン
文京区は，平成８年，都市計画法１８条の２第１項に定める「市町村の
都市計画に関する基本的な方針」として，文京区都市マスタープラン（乙
１。以下「平成８年マスタープラン」という。）を定めた。
平成８年マスタープラン中「緑と水の整備方針」においては，緑地，公
園と史跡などの歴史・文化的資源や神田川を有機的に結び付け，住民がそ
こで憩うことのできる緑と水のネットワークの形成を進めるとし，小石川
植物園など池泉のある特徴的な庭園の自然環境の保全を推進するとした上
で，小石川植物園を緑の核として，西側道路及び南側道路を緑と水のネッ
トワークと位置付けるなどして，将来の都市構造の骨格としてネットワー
クの形成を図るとともに，史跡を巡るルートとの連携により，個性を十分
に発揮したまちづくりを推進するものとしている（４２頁から４５頁まで）。
また，平成８年マスタープラン中「地域別整備方針」においては，小石
川植物園の西側地区は，印刷・製本業の事業所が集積しており，住工共存
市街地としての環境改善を図るため，生活道路の整備を促進することとす
るほか，西側道路は上記緑と水のネットワークとして，小石川植物園の塀
をフェンス等の開放感のある形態で整備することにより，一体感のある整
備を図るなどとしている（８１頁，８３頁）。
イ西側道路の状況
西側道路沿いには印刷・製本業の工場が集積しており，日常的に，大型
トラック（８トン車）などの貨物車・作業車等の通行・駐停車が多く，フ
ォークリフト等を用いた路上での作業が見受けられる。自転車の通行も多
く，貨物車等の駐停車がある状況では，自動車がその横を通過するのに僅
かなスペースしか生じない場所もある。（乙１１，１２，１９の２・９頁，
１２頁）
西側道路の歩道は幅員１メートル程度と狭く，車いすのすれ違いが困難
で，傘を差すと人がすれ違うことができない程度である。ガードレールが
設置されている箇所もあるが，連続していない。（甲２２添付の写真，甲
３６・１４頁以下，乙２３，３７）
(2)本件基本協定の締結
文京区は，かねてより東京大学との間で，小石川植物園の既存の塀の改修
について，本件周辺道路の整備と併せて協議を重ねていたところ，既存の塀
を基本的には文京区の費用で改修し，小石川植物園の敷地をおおむね１メー
トルセットバックする内容で合意し，平成２１年１２月２２日，「小石川植
物園と区道の整備に関する基本協定書」による基本協定（本件基本協定）を
締結した（前提事実(3)イ，乙３から７まで，弁論の全趣旨）。本件基本協定
には次のとおりの定めがある（甲６。甲は東京大学を，乙は文京区をそれぞ
れ示す。以下同じ。）。
ア目的（１条）
この協定は，平成８年マスタープランに基づき小石川植物園の塀及び当
該塀付近の区道を整備するに当たり，甲及び乙の役割その他必要な事項を
定めることを目的とする。
イ区道編入部分（２条）
甲は，まちづくりに寄与するため，植物園の一部の用地を無償で道路法
の適用を受ける道路とすることを承諾するものとする（１項）。
前項の規定により道路法の適用を受けることとなる用地（以下「拡幅部」
という｡）の対象部分の概要は，以下のとおりとする。なお，拡幅部の面積
等の詳細については，乙が今後実施する基本設計を行う際，甲と乙が協議
の上定める（２項）。
①区間１
拡幅対象箇所α×～×番（西側道路）
道路延長約７１０メートル
拡幅後の平均道路幅員７．５メートル
②区間２
拡幅対象箇所α×～×番（南側道路）
道路延長約１８０メートル
拡幅後の平均道路幅員７．０メートル
前項の規定により拡幅部の面積等が決定したときは，甲は，拡幅部の特
別区道路線区域の編入願及び無償使用承諾書を速やかに乙に提出し，乙は，
工事着工までに，道路法１８条に基づき拡幅部を道路区域に編入するもの
とする（３項）。
ウ整備内容（３条）
乙は，拡幅部を既存区道部と併せて，植物園と一体的な歩行者空間とし
て整備を行うものとする（１項）。
道路の拡幅に伴う樹木，施設等の撤去については，乙が行うものとする
（２項）。
道路の拡幅に伴う植物園内の樹木等の移植又は施設等の移設については，
乙が今後実施する基本設計を行う際，甲と乙が協議の上定める（３項）。
乙は，拡幅部における植物園の既存の塀を撤去し，フェンスとする（４
項）。
前項の規定により新設するフェンス（以下「新設フェンス」という。）
の仕様については，甲と乙が協議の上定める（５項）。
エ年度協定等の締結（４条）
甲と乙は，この協定に基づき，各年度の工事の内容，範囲，費用等につ
いて協議し，年度協定等を締結するものとする。
オ工事の設計及び施行（５条）
工事の設計及び施行は，年度協定等に基づき乙が行うものとし，甲は必
要に応じて乙に協力するものとする。
カ費用負担（６条）
甲と乙の費用負担は，次のとおりとする。
(ア)新設フェンスについては，乙は，新設フェンスを基本協定書別紙に
定める鋼製フェンスの仕様で設置した場合に要すると見込まれる費用の
額を上限として負担し，これを超える部分については，甲がその費用を
負担するものとする。
(イ)新設フェンスの詳細な費用負担については，３条５項の規定により
仕様が決定した後，上記(ア)の規定に基づき定める。
(ウ)３条２項及び４項に規定する樹木，施設等及び既存の塀の撤去に要
する費用は乙がこれを負担し，同条３項に規定する植物園内の樹木等の
移植又は施設等の移設に要する費用については，甲及び乙がそれぞれ２
分の１を負担する。
(エ)その他道路整備に要する費用については，乙が負担するものとする。
キ工事費等の支払（７条）
工事費等の支払方法は，年度協定において定めるものする。
ク工事費等の清算（８条）
乙は，前条の規定による工事費等について，年度ごとに清算し，清算額
について甲に通知するものとする。
(3)第１期工事の竣工までの経緯
ア文京区は，平成２２年４月１日，株式会社Ｄとの間で，委託期間を同日
から平成２３年３月３１日までと定める本件周辺道路の基本設計の委託契
約を締結した（甲１３）。
イ文京区は，平成２２年５月頃，小石川植物園内の立木調査を行った後，
東京大学との協議の上，樹木の伐採又は移植の別，移植する樹木の移植場
所等について方針を決定した。この協議には東京大学施設企画課等の職員
が参加しており，Ｃ園長は協議に参加していなかったが，逐一報告や相談
を受けていた。（乙８，９，３６）
ウ文京区は，平成２２年９月及び１０月，地元町会に対して説明会を開催
したところ，沿道住民からは，主として車道幅員を確保すべきであるとの
意見が出された（乙１１から１４まで）。
エ文京区は，平成２２年１０月，沿道住民に対して本件周辺道路の基本計
画の原案についてアンケート調査を行ったところ，西側道路沿いについて
は，回答した約３６パーセントの者のうち，７４．１パーセントの者が「大
変良い」又は「良い」と評価し，１８．５パーセントの者が「良くない」
又は「大変良くない」と評価した。「大変良い」又は「良い」と評価した
者の中には，その理由として，現在は歩道が非常に狭く，平日の昼間は小
石川植物園への来園者，自転車，トラック等が入り乱れて非常に危険であ
ったためとするものがあった。一方，「良くない」又は「大変良くない」
と評価した者の中には，その理由として，必要性が低いと感じるとするも
のや，植栽帯はいらないのでその分歩道を広くしてほしいとするものがあ
った。（乙１５）
オ平成２３年１月２６日のβ・γ地区コミュニティ・ゾーン整備協議会に
おいては，小石川植物園の樹木を少しでも守るべきであり，他の方法を考
えるべきとの意見が出たが，道路の幅員を確保すべきとする反対意見も出
た（乙１７）。同年３月１６日の地元説明会では，小石川植物園の樹木を
守るべきとの意見が多数出た（乙１８）。
カ文京区は，平成２３年３月，新たに文京区都市マスタープラン（以下「平
成２３年マスタープラン」という。）を定め，その「地域別の方針」にお
いて，広大な緑空間であり，東アジアの植物研究の世界的センターとして
機能している小石川植物園の魅力を生かし，西側道路及び南側道路につい
ては園内の緑と一体化した歩行空間の整備を進めるものとしている（乙
２・７６頁，７７頁）。
キ文京区は，平成２３年３月３１日，本件周辺道路の基本計画（以下「本
件基本計画」という。乙１９の１，１９の２）を策定した。
本件基本計画においては，基本的考え方として，西側道路については貨
物車・作業車等の通行が多く，路上作業も多いことから，これらの産業活
動に配慮した道路整備が必要と考えられ，これらの作業に支障のないよう
車道の幅を確保することに留意して検討を進めたとされるほか，道路を小
石川植物園側に拡幅するに当たり，園内の樹木への影響を最小限に抑える
ことが求められるともされている（乙１９の２・１１頁，１２頁）。
西側道路における車道幅員は４．０ないし５．５メートル（従前より狭
くはしていない。乙２４），歩道幅員については，道路構造令の最低歩道
幅員を考慮し，標準歩道幅員を１．５ないし２メートル，最大３メートル
とした（乙１９の２・１３頁）。
西側道路沿いにおける小石川植物園の敷地のセットバックの幅は０ない
し２メートル程度，平均１．３メートルとされ（乙１８・１１頁），本件
基本計画中の園内の樹木リストにおいては，調査樹木３５０本のうち，部
分的に剪定し，又は転倒防止のための支柱を設置するものは１１９本，移
植するものは６５本，伐採するものは８２本とされた（乙１９の２・３２
頁）。
擁壁については，園内の樹木の保護のため，０．５から１メートル程度
部分的に擁壁を道路側に出す配慮がされた（乙１９の２・１６頁，９７頁
から１０１頁まで）。また，複数の擁壁工法が検討され，西側道路におい
ては，園内の樹木への影響が最も大きい工法は排除され，最も影響の少な
い工法は他案よりも施工費が約２ないし３倍高いため排除され，残った樹
木への影響が同程度の２案のうちから，より経済的であるＬ型擁壁（最小
厚）による工法案が採用された（乙１９の２・４１頁，４６頁）。
ク東京大学は，文京区と協議の上，平成２３年６月１６日，文京区に対し，
区道の拡幅部の面積，新設フェンスの形状，上記キのとおりの樹木の取扱
い等について異存がない旨回答した（甲１５，弁論の全趣旨）。
ケ文京区と東京大学は，平成２３年６月２０日，第１期工事の工事内容，
範囲等を定める平成２３年度協定を締結した（前提事実(3)ウ(ア)）。なお，
同協定の締結は，文京区土木部長の専決による（乙３８，弁論の全趣旨）。
同協定には次のとおりの定めがある（乙４４）。
(ア)工事内容等（１条）
工事の内容，範囲，費用等の内訳は，以下のとおりとする。
ａ費用負担の内訳（工事費等（概算金額））
樹木移植費一式７５０万円
フェンス工２００メートル０円（グレードアップなし）
擁壁工一式０円（グレードアップなし）
ｂ工事の内容，範囲
万年塀１８０メートル，防護柵１１４メートル等の撤去工
埋蔵文化財発掘調査
仮復旧舗装工等の仮設工
自然石擁壁（フェンスを含む。）工等の街築工（以上，南側道路側）
樹木の剪定，伐採・伐根，移植工等（西側及び南側道路全面）
(イ)工事費等の支払（２条）
本件基本協定７条の工事費等の支払方法は，７５０万円の完了清算払
いとする。請求書は，支払期限の３０日前までに東京大学へ提出するも
のとする。
(ウ)施行基準等（３条）
本件基本協定３条２項及び４項に規定する整備に当たり，乙は，文京
区工事施行規程（昭和５５年４月文京区訓令甲第１０号）に基づき工事
を施行する。
(エ)設計協議（４条）
乙は，設計に必要な事項について甲と協議の上，設計するものとする
（１項）。
乙は，設計終了後，速やかに設計図書について甲に説明するものとす
る（２項）。
乙は，設計内容を変更する必要があるときは，前２項に準じて処理す
るものとする（３項）。
甲又は乙は，フェンス，擁壁その他の主要な構造物の基本構造を変更
する必要があるときは，平成２３年９月末日までに，甲と乙が協議の上
決定するものとする（４項）。
(オ)検査の立会い等（５条）
乙は，完了検査をするときは，関係図書を添えて甲に立会いを依頼す
るものとする（１項）。
前項の規定にかかわらず，甲及び乙は，必要があると認めたときは，
工事に係る資料の提出若しくは報告を求め，又は係員の立会いを求める
ことができる（２項）。
(カ)構造物の引継ぎ（６条）
乙は，この協定書の別添内訳書の工事件名ごとに完了検査を行うもの
とし，完了検査後，関係図書を添えて速やかに構造物を甲に引き継ぐも
のとする。なお，引き継いだ構造物は，甲が維持管理を行う。
(キ)清算（７条）
乙は，工事が完了したときは，速やかに工事費等の清算を行い，甲に
請求する。
コ東京大学は，平成２３年６月２３日，文京区に対し，小石川植物園の敷
地面積１６万１５８８平方メートルのうち１２７７．８０平方メートルに
つき，特別区道路線区域の編入願及び無償使用承諾書を提出した。
文京区長は，平成２３年７月１３日，道路法１８条１項後段に基づき，
特別区道文第２９０号（西側道路の一部）及び同第８９４号（西側道路の
一部及び南側道路）に上記編入願及び承諾書に係る同植物園の敷地部分を
編入する内容で区域を変更する旨決定し，告示した。これにより，道路敷
地の幅員は，特別区道文第２９０号（西側道路の一部）において６．３２
メートルから７．６１メートルに，同第８９４号（西側道路の一部及び南
側道路）において５．６１メートルから７．２７メートルにそれぞれ拡幅
された。
（以上につき，前提事実(3)ウ(イ)，争いのない事実，乙２０から２２まで）
サ文京区は，平成２３年７月２９日，株式会社Ｂとの間で，第１期工事に
係る工事請負契約を締結した（前提事実(3)ウ(ウ)）。Ｂは，東京大学の樹
木管理担当者の立会いの下，剪定，移植等について本件基本計画を変更し
つつ植栽工を施工した（乙２５の２から２５の５まで）。
シ文京区は，平成２３年８月１０日，地元各町会の連名で，①西側道路に
ついてはガードレールで区切られた歩道が連続しておらず，歩行者や車い
すがすれ違えるようにし，安全な道路となるよう早期に整備を完了させる
こと，②西側道路は印刷製本業が多く並んでおり，できるだけ幅の広い車
道とし，地元に配慮すること等について要望を受けた（乙２３）。
ス平成２４年４月２０日，第１期工事が竣工した（前提事実(3)ウ(エ)）。
(4)第２期工事竣工までの経緯
ア文京区と東京大学は，平成２４年３月２８日，南側道路部分について，
道路の舗装等を行う第２期工事の工事内容，範囲等を定める「小石川植物
園と区道の整備に関する平成２４年度協定書」（甲１９）による年度協定
（以下「平成２４年度協定書」という。）を締結した。なお，同協定の締
結は，文京区土木部長の専決による（乙３８，弁論の全趣旨）。
イ小石川植物園は，平成２４年９月１９日，国の名勝及び史跡（文化財保
護法１０９条１項）に指定され，第２期工事は中止された（前提事実(2)
イ，甲２０）。
ウ東京大学は，文化財保護法１２５条１項に基づく現状変更等の許可を申
請するに当たり，文化庁から事実上の要請を受けたため，調査委員会（委
員長Ｃ園長）を設置した。調査委員会は，平成２４年９月２９日に植物
調査を実施した上で，平成２５年１月１８日付けで中間報告を取りまとめ
た。（前提事実(3)ウ(オ)，弁論の全趣旨）
中間報告においては，工事により植生に影響を受けると想定される範囲
の地域で発見された植物はいずれも植物園内の他地域に自生し，又は栽培
されているとみられ，特に系統保存すべき植物はほとんどないとされた（甲
２２）。
エ文京区は，平成２４年１１月２日，当初の想定より樹木の根系が広いこ
とがあるとする東京大学の依頼を受け，西側道路の整備に当たっては，樹
木の生育に支障がないよう，擁壁の位置を一部道路側に変更した（乙２６）。
オ東京大学は，平成２５年３月１８日，文化庁長官に対し，名勝及び史跡
である小石川植物園について，文化財保護法１２５条１項に基づく現状変
更等の許可を申請し，同年６月２１日に条件付き許可を受けた後，同年８
月２日にこの許可が取り消された上で再度条件付き許可を受けた。この条
件は，工事に際しては文京区教育委員会委員（文化財担当）の立会いを求
め，重要な遺構などが検出された場合には，設計変更等により，その保存
を図ることなどを求めるものである。（甲２３から２５まで）
カ文京区と東京大学は，平成２５年３月２２日，平成２４年度協定を合意
解除し，第２期工事について，改めて平成２５年度協定を締結した（前提
事実(3)ウ(カ)）。なお，同協定の締結は，文京区土木部長の専決による（乙
３８，弁論の全趣旨）。同協定には次のとおりの定めがある（乙３０）。
(ア)工事内容等（１条）
工事の内容，範囲等は，以下のとおりとする。
車道舗装工，歩道舗装工，側溝，境石等の街築工，交通安全施設工，
下水施設工（南側道路側）
(イ)施行基準等（２条）
基本協定書３条１項に規定する整備に当たり，乙は，文京区工事施行
規程に基づき工事を施行する。
(ウ)設計協議（３条）
乙は，設計に必要な事項について甲と協議の上，設計するものとする
（１項）。
乙は，設計終了後，速やかに設計図書について甲に説明するものとす
る（２項）。
乙は，設計内容を変更する必要があるときは，前２項に準じて処理す
るものとする（３項）。
(エ)立会い等（４条）
甲及び乙は，必要があると認めたときは，工事に係る資料の提出若し
くは報告を求め，又は係員の立会いを求めることができる。
キ文京区は，平成２５年３月２５日，Ａ株式会社との間で，第２期工事に
係る工事請負契約を締結した（前提事実(3)ウ(キ)）。
ク調査委員会は，平成２５年４月２２日及び同年８月６日に植物調査を実
施した上で，平成２５年１１月１５日付けで最終報告を取りまとめた（前
提事実(3)ウ(ク)）。最終報告においては，中間報告同様，工事により植生
に影響を受けると想定される範囲の地域で発見された植物はいずれも植物
園内の他地域に自生し，又は栽培されているものであり，工事が行われて
も植物園に必須な植物が失われる危険性はないとされた（甲２７）。
ケ平成２５年１２月１２日，第２期工事が竣工した（弁論の全趣旨）。
(5)本件西側道路整備工事に係る状況
ア文京区と東京大学は，平成２６年３月１４日，第３期工事の工事内容，
範囲等を定める平成２６・２７年度協定を締結した（前提事実(3)エ(ア)）。
なお，同協定の締結は，文京区土木部長の専決による（乙３８，弁論の全
趣旨）。同協定には次のとおりの定めがある（乙３１）。
(ア)工事内容等（１条）
万年塀４８９．１メートル，防護柵３９３．２メートル等の撤去工
仮囲い設置・撤去の仮設工
Ｌ型擁壁工（擁壁上部に取り付けるフェンスは別途工事），排水工，
付帯施設設置工，仮復旧舗装工（以上，西側道路側）
(イ)施行基準等（２条）
本件基本協定３条２項及び４項に規定する整備に当たり，乙は，文京
区工事施行規程に基づき工事を施行する。
(ウ)設計協議（３条）
乙は，設計に必要な事項について甲と協議の上，設計するものとする
（１項）。
乙は，設計終了後，速やかに設計図書について甲に説明するものとす
る（２項）。
乙は，設計内容を変更する必要があるときは，前２項に準じて処理す
るものとする（３項）。
(エ)検査の立会い等（４条）
乙は，完了検査をするときは，関係図書を添えて甲に立会いを依頼す
るものとする（１項）。
前項の規定にかかわらず，甲及び乙は，必要があると認めたときは，
工事に係る資料の提出若しくは報告を求め，又は係員の立会いを求める
ことができる（２項）。
(オ)構造物の引継ぎ（５条）
乙は，年度ごとに完了検査を行うものとし，完了検査後，関係図書を
添えて速やかに構造物を甲に引き継ぐものとする。なお，引き継いだ構
造物は，甲が維持管理を行う。
イ文京区は，平成２６年８月２１日，Ａ株式会社との間で，工期を同月２
２日から平成２８年２月１９日までとして，第３期工事に係る工事請負契
約（本件工事請負契約）を締結した。同株式会社は，平成２６年１１月２
５日，第３期工事に着工した。（前提事実(3)エ(イ)）
２本案前の争点等について
(1)争点(1)（請求１に係る訴えの適法性（被告適格））について
被告らは，本件西側道路整備工事に係る公金の支出（支出命令を除く。）
の差止めについて，被告文京区長を被告とすることはできない旨主張すると
ころ，地方自治法２４２条の２第１項１号の規定による差止請求は，「当該
執行機関又は職員」が違法な財務会計上の行為を行うことを防止するため，
その事前の差止めを請求するものであるから，同号にいう「当該執行機関又
は職員」とは，その性質上，差止めの対象となる財務会計上の行為を行う権
限を有する者をいうと解すべきである。
ところで，地方自治法２４２条１項に規定する公金の支出（以下「広義の
支出」という。）は，具体的には，支出負担行為（支出の原因となるべき契
約その他の行為）及び支出命令がされた上で，地方自治法２３２条の４第１
項に規定する支出（以下「狭義の支出」という。）がされることによって行
われるものである（地方自治法２３２条の３，２３２条の４第１項）。これ
らのうち支出負担行為及び支出命令は当該地方公共団体の長の権限に属する
（地方自治法１４９条６号，２３２条の４第１項）のに対し，狭義の支出は
会計管理者の権限に属する（地方自治法２３２条の４）。
原告らが請求１において差止めを求めるのは，広義の支出のうち，支出命
令を除いた支出負担行為及び狭義の支出であると解されるところ，狭義の支
出については，上記のとおり，被告区長には権限がないから，請求１のうち，
本件西側道路整備工事に係る狭義の支出の差止めを求める部分に係る訴えに
ついては，地方自治法２４２条の２第１項１号の「当該執行機関又は職員」
以外の者を被告としていることとなり，不適法である。
一方，本件西側道路整備工事に係る支出負担行為については，被告区長が
権限を有しており（地方自治法１４９条２号），委任等によりその権限を委
譲し，又は今後委譲することを示す証拠もないから，請求１のうち，本件西
側道路整備工事に係る支出負担行為の差止めを求める部分に係る訴えについ
ては，地方自治法２４２条の２第１項１号の「当該執行機関又は職員」を被
告としており，後記(2)において不適法とされる部分を除き，適法である。
(2)請求１に係る訴えの適法性（訴えの利益）について
地方自治法２４２条の２第１項１号の規定による差止請求の訴えは，その
性質上，差止めの対象となる行為が完了した場合には，訴えの利益を欠き，
不適法となると解される。
本件においては，前提事実(3)エ(イ)のとおり，本件西側道路整備工事のう
ち，第３期工事に係る部分については，本件口頭弁論終結日である平成２７
年１２月３日に先立つ平成２６年８月２１日に，既に本件工事請負契約が締
結されており，支出負担行為を了しているから，請求１に係る訴えのうち，
本件工事請負契約の締結の差止めを求める部分に係る訴えについては，訴え
の利益を欠き，不適法である。
(3)争点(2)（請求３に係る訴えの適法性（平成２８年度以降の本件年度協定
の締結が財務会計上の行為に当たるか否か。））について
ア原告らは，本件年度協定のうち，平成２８年度分以降のものを締結する
ことは財務会計上の行為に当たるとして，その差止めを求めている。
そこで検討するに，地方自治法２４２条の２に定める住民訴訟の対象と
されるのは同法２４２条１項に定める事項，すなわち公金の支出，財産の
取得・管理・処分，契約の締結・履行，債務その他の義務の負担，公金の
賦課・徴収を怠る事実，財産の管理を怠る事実に限られるのであり，これ
らの財務会計上の行為又は怠る事実以外のものを対象とする訴えは，住民
訴訟の類型に該当しない不適法なものというべきである（最高裁昭和４９
年（行ツ）第９０号同５１年３月３０日第三小法廷判決・集民１１７号３
３７頁，最高裁昭和６２年（行ツ）第２２号平成２年４月１２日第一小法
廷判決・民集４４巻３号４３１頁参照）。
本件において，原告らが本件周辺道路整備工事に係る公金の支出の差止
めを求めているものであることに照らすと，原告らは，公金の支出に係る
手続の一つとして，平成２８年度分以降の本件年度協定の締結を差し止め
ることを求めているものと解される。そして，公金の支出（広義の支出）
に関する財務会計上の行為は，支出負担行為（地方自治法２３２条の３），
支出命令及び狭義の支出（同法２３２条の４第１項）から成るものである
ところ，本件年度協定が，支出命令や支出に当たらないことは明らかであ
るから，それが支出負担行為に当たるかどうかが問題になるものというべ
きである。そして，支出負担行為は，普通地方公共団体の支出の原因とな
るべき契約その他の行為とされており（地方自治法２３２条の３），支出
命令を受けた会計管理者において，当該支出負担行為が法令又は予算に違
反していないこと及び当該支出負担行為に係る債務が確定していることを
確認して支出を行うこと（同法２３２条の４第２項）に照らして，予算執
行の第一段階の行為といえるものであるから，具体的には，請負契約のよ
うに予算の具体的支出を要する債務を負担する行為や，補助金の交付決定
のような行為等がこれに当たるものと解するのが相当である。
イ本件についてこれをみると，本件年度協定は，本件基本協定４条に基づ
き，各年度の工事の内容，範囲，費用等について協議し，締結されるもの
である。
そして，原告らが締結の差止めを求める平成２８年度以降の本件年度協
定の内容がどのようなものとなるかは今後具体化するものと解されるので，
予想される内容を明らかにするために，平成２３年度協定，平成２５年協
定及び平成２６・２７年度協定（以下「従前の年度協定」という。）につ
いてみると，そこで定められているのは，工事内容及び範囲，施行基準等，
設計協議，工事の立会い並びに構造物の引継ぎといった事項にとどまって
いる（認定事実(3)ケ，(4)カ，(5)ア）。このうち，平成２３年度協定にお
いては，費用負担の内訳，工事費等の支払方法及び清算の時期についても
定められてはいるが，これは基本協定書６条において樹木の移植等に要す
る費用の負担割合が定められていたことから，第１期工事の費用負担を概
算で定めたものと解されるところであって，具体的な債務の負担は工事業
者との間での契約締結を待つべき関係にあり，当該協定自体が文京区に何
らかの債権を取得させ，又は債務を負担させるものではない。そうすると，
従前の年度協定は，予算の具体的支出を要する債務を負担する内容のある
ものとはいえず，支出負担行為に当たるとはいえない。
以上の事情に照らすと，平成２８年度以降の本件年度協定も，従前の年
度協定同様，文京区土木部長の専決の下，工事内容及び範囲，施行，設計
等に係る事項について主として定めることになると見込まれるところであ
り，これと異なる内容のものになるであろうと認めるだけの事情はない。
そうすると，平成２８年度以降の本件年度協定が，予算の具体的支出を要
する債務を負担する内容のものになるであろうとはいえず，支出負担行為
に当たるとはいえない。
なお，原告らが，平成２８年度以降の本件年度協定の締結が，地方自治
法２４２条１項に規定する「契約の締結」に当たると主張するものと解し
たとしても，住民訴訟が，住民に対して地方公共団体の執行機関又は職員
による違法な財務会計上の行為又は怠る事実の予防又は是正を裁判所に請
求する権能を与え，もって地方財務行政の適正な運営を確保することを目
的としたものであることからすれば，当該契約は，財務的処理を直接の目
的としてされるものでなければならないものと解される。そして，本件年
度協定自体が文京区に何らかの債権を取得させ，又は債務を負担させる内
容のものになるであろうとはいえないなどの上記の事情に照らせば，本件
年度協定の締結は，財務的処理を直接の目的にするものとはいえず，上記
「契約の締結」には当たらない。このように解したとしても，本件年度協
定を踏まえて締結される工事業者との間での契約が財務会計上の行為に該
当し，別途当該契約の差止めを求めることが可能である以上，住民訴訟制
度の趣旨を損なうことにはならない。
以上より，請求３に係る訴えは，財務会計上の行為又は怠る事実以外の
ものを対象とするものであり，不適法である。
３本案の争点（争点(3)（本件西側道路整備工事に係る公金の支出の適法性））
について
(1)本案の判断を示すべき事項について
上記２における本案前の争点等に係る検討を踏まえると，本件においては，
①被告区長が本件西側道路整備工事に係る支出負担行為（ただし，第３期工
事に係るものを除く。）をすることの適法性，②被告管理課長が本件西側道
路整備工事に係る支出命令（第３期工事に係るものを含む。）をすることの
適法性について判断が求められることになるところ，原告らの主張は，本件
基本協定は文京区が環境配慮義務を果たさないまま締結した違法なもので
あるから，かかる原因行為に基づいて行われる上記①及び②の財務会計上の
行為も違法になるというものを基本としつつ，補足的に第３期工事の固有の
違法性をも主張するものと解される。この点，原因行為の違法がいかなる場
合に財務会計上の行為の違法をもたらすかは問題となるところであるし（最
高裁平成１７年（行ヒ）第３０４号同２０年１月１８日第二小法廷判決・民
集６２巻１号１頁，最高裁平成２２年（行ヒ）第１７５号同２３年１２月２
日第二小法廷判決・集民２３８号２３７頁参照），また，本訴提起時におい
て既に樹木の伐採等を行った第１期工事が完了するなどしている状況下に
おいてその後の工事に係る財務会計上の行為の差止めを求めることにより
いかなる利益が保護されることになるのか疑問がないではないが，これらに
ついての検討は措くとして，以下では，まず，(2)及び(3)において，原因行
為とされる本件基本協定を締結したことに違法事由があるかどうかを中心
に検討することとし，次に(4)において，第３期工事の固有の違法性の有無
につき補足的に検討することとする。
(2)文京区の裁量権について
ア本件基本協定締結の違法性判断における判断の視点は，次のとおりとな
るものと解される。
すなわち，地方公共団体は，住民の福祉の増進を図ることを基本として
地域における行政を自主的かつ総合的に実施する役割を広く担い（地方自
治法１条の２第１項），都市計画に関する基本的な方針（いわゆる市町村
マスタープラン。都市計画法１８条の２第１項）を定めるなどして都市の
整備，開発その他都市計画の適切な遂行に努める責務を負うほか（都市計
画法３条１項），安全かつ円滑な交通を確保することができるよう特別区
道の管理を行う道路管理者（道路法１６条１項，２９条，地方自治法２８
３条２項，２８１条２項）でもある。加えて，地方公共団体は，文化財の
保存が適切に行われるよう努める任務を負い（文化財保護法３条），かつ，
環境の保全を図るため，その区域の自然的社会的条件に応じた施策を策定
し，実施する責務その他自然環境を保全する責務を負うほか（環境基本法
７条，自然環境保全法２条，東京都環境基本条例５条（乙３３）），文京
区においては，被告区長が，都市における自然の重要性を認識し，あらゆ
る施策を通じて，樹木等の保護と育成に努める責務を負っている（文京区
みどりの保護条例３条（乙３４））。
そうすると，道路の整備工事をどの範囲でどのように施行するかといっ
た事柄に関する判断に当たっては，上記のような様々な責務等を負い，そ
れぞれの利害得失等について総合的な調整を行う文京区に，政策的ないし
技術的な見地からの広範な裁量が認められるものというべきである。した
がって，本件基本協定の締結に係る文京区の判断については，それが交通
の安全・円滑，景観の維持・改善等を含む都市の整備，文化財の保存，周
辺の環境の保全・樹木等の保護等の見地から上記のような事柄に係る諸般
の事情を総合的に勘案した裁量権の行使として合理性を有するか否かを検
討するのが相当であり，その判断が社会通念に照らし著しく妥当性を欠く
ものと認められる場合に限り，裁量権の範囲を逸脱し，又はこれを濫用し
たもの（以下「裁量逸脱等」という。）として違法となると解するのが相
当である。
イこれに対し，原告らは，文京区が，本件基本協定によって文京区が本件
周辺道路整備工事実施の義務を負う前に，工事によって生じる小石川植物
園の植生や生態系への影響を評価し，影響を最小化する方策を検討する義
務（環境配慮義務）を負うべきものと主張する。
そこで検討すると，本件周辺道路整備工事は，環境影響評価法２条２項
及び環境影響評価法施行令１条，別表第１並びに東京都環境影響評価条例
２条５号，別表（乙４５）及び東京都環境影響評価条例施行規則（昭和５
６年東京都規則第１３４号。乙４６）３条，別表第１所定の環境影響評価
の対象となる事業（以下「環境影響評価対象事業」という。）ではないも
のと認められるところであり，このような環境影響評価対象事業とならな
い程度の規模の道路の整備工事は，そもそもその規模から環境影響の程度
が著しいとはいえないために同事業とされていないのであるから，同事業
に対するものと同様の環境影響評価等を事前に行うことが求められている
とはいえない。
なるほど，小石川植物園は，学術上貴重な樹木等を収集栽培し，国の名
勝及び史跡として貴重な歴史的価値を有し，平成８年マスタープラン等の
上でも緑の核として位置付けられている（乙１）のであるから，整備工事
を計画・実施するに当たって，その環境の保全を無視してよいとは考えら
れないが，小石川植物園における自然環境の保全や樹木等の保護に係る事
情は，上記イにおいて見たとおり，文京区の裁量権に基づく判断において
考慮される事情の一つと理解すべきものであるし，本件基本協定に基づく
工事についていかなる方法で環境への影響を評価するかについても，文京
区の合理的裁量に委ねられているものと解するのが相当である。そして，
本件では，本件周辺道路整備工事が小石川植物園内の環境に与える影響が
争点とされているものであるところ，同植物園は，東京大学が，植物学の
教育・研究等を目的として，その専門的知見に基づき管理してきている施
設なのであるから，同大学が，かかる目的をも踏まえつつ，上記影響につ
いていかなる判断をしているかは，上記工事を計画・実施する文京区の判
断に裁量逸脱等があるかどうかを検討するに当たって，重要な事情として
参酌されるべきものと解される。
(3)本件基本協定の締結に係る裁量逸脱等の有無について
ア原告らは，文京区が，本件基本協定の締結前に，工事によって生じる小
石川植物園の植生や生態系への影響を評価し，影響を最小化する方策を検
討する義務を有していたにもかかわらず，何らこの点についての調査検討
を行っていないのは環境配慮義務に違反するものであると主張するが，い
かなる方法で環境への影響を評価するかは，文京区の合理的裁量に委ねら
れているものというべきであることは既に述べたとおりである。
そこで，本件の事情の下で，文京区に上記の点において裁量逸脱等があ
るかどうかについて検討すると，文京区は，前記認定事実のとおり，本件
基本協定の締結前から，小石川植物園が所属する東京大学との間で協議を
重ねてきており，同協議の結果，東京大学は，同植物園内の環境の保全等
の観点に照らしても本件基本協定を締結することに差し支えがないものと
判断した上で，文京区との間で同協定を締結したものといえる。そして，
本件基本協定締結後に行われた３回の現地調査を踏まえた東京大学の調査
委員会（東京大学内外の研究者５名で構成）の検討結果によっても，工事
により植生に影響を受けると想定される範囲の地域で発見された植物はい
ずれも植物園内の他地域に自生し，又は栽培されているものであり，工事
が行われても植物園に必須な植物が失われる危険性はないとされたもので
あることに照らすと（認定事実(4)ク。甲２７），東京大学の本件基本協定
締結当初の判断に疑問を差し挟むべき事情があるとはいえない。本件基本
協定において道路用地として提供されるのは小石川植物園の周縁部分の一
部の土地であることが予定されていたものであり，実際にも，本件周辺道
路整備工事が小石川植物園の敷地面積１６万１５８８平方メートルのうち，
約０．８パーセントに当たる１２７７．８０平方メートルの本件周辺道路
沿いの敷地部分のみを道路として利用するものにとどまっていることに照
らしても，上記判断内容は首肯し得るものである。このような事情に照ら
すと，本件基本協定に従ってその後の工事を行った場合に小石川植物園の
環境の保全等が図れなくなるというだけの事情があるとはいえないし，ま
た，文京区が，工事による環境への影響について自ら調査を行わなかった
ことについても相応の理由があったといえるところであるから，文京区が
本件基本協定を締結したことについて裁量逸脱等があったとはいえない。
なお，本件基本協定締結後の状況についてみても，文京区は，東京大学
と協議を重ね，その意見を聴いて工事の内容，範囲等を定め，第１期工事
においては東京大学の樹木管理担当者の立会いの下で工事を実施してきて
おり，本件周辺道路整備工事の実施当初から樹木保護のため，０．５から
１メートル程度部分的に擁壁を道路側に出す配慮を行い，樹木保護の見地
も踏まえて擁壁工法を検討している（認定事実(3)キ）ほか，第３期工事に
おいて設置する擁壁の位置について，東京大学の要望を受け，樹木の根系
を傷つけ，その生育に支障が生じないよう，擁壁の位置を一部道路側に変
更しており（認定事実(4)エ），東京大学の意見等を受けて擁壁の位置につ
いて一定の配慮をしている。したがって，本件基本協定締結後の状況をも
って，同協定締結に裁量逸脱等があるということはできないし，また，同
協定を前提とする工事契約締結等について裁量逸脱等があるということも
できない。
イこの点に関し，原告らは，本件基本協定に基づく工事によって大規模な
生物的因子の広範かつ急激な変化が生じることで，植物園全体の植生に多
大な影響が生じるおそれがあるほか，バッファーゾーンが失われることで，
日照条件や通風，温度，湿度等の非生物的因子にも大きな変化をもたらす
ことになるのであり，工事対象部分の形状及び面積の多寡のみによって，
直ちに小石川植物園の中央部に影響が及ぶか否かを判断できない上，植物
の生育環境を構成する土壌調査，植物群や林床植物を含む調査，植生を介
して成立している動物・微生物調査などの植生調査，擁壁等の成分が雨水
により土壌に流出する影響についての調査が工事前に必要であったのにそ
れがされなかったと主張し，これに沿う証拠として，一級造園施工管理技
士であるＥ，東京営林局等に勤務経験のあるＦ及び環境省認定環境カウン
セラー等であるＧの各意見書（甲３８，３９，４３）等を提出する。
そこで検討すると，小石川植物園のＣ園長は，その陳述書（乙３６）に
おいて，小石川植物園には，生きた植物を栽培する場及び研究・教育の場
としての二つの場としての機能や活動があり，これらの機能・活動を保つ
ことが小石川植物園の本質的価値であるとした上，本件周辺道路整備工事
によるセットバック部分に存在していた樹木について，同種樹木を別途栽
培しており，伐採や移植後の枯死があったとしても必要な種の滅失はなく，
また，セットバック部分の形状や面積に照らしても，同工事により動植物
園の中央部に影響が及ぶとも考えられないなどとして，同工事が小石川植
物園の本質的価値にまで影響を与えるとは考えられない旨述べており，ま
た，将来への影響については，セットバックが植生に及ぼす影響が全くな
いということはないが，それがどこまで及ぶのか，良い影響なのか，悪い
影響なのかは一概にいえず，将来どのような影響があるのかは，確立され
た調査方法がなく，これを正確に予測することは不可能であるとしつつ，
仮に，将来，環境の変化が生じた場合には，小石川植物園が長い歴史の中
で培ってきたノウハウや経験をもって，新しい環境を活かした植生配置と
植栽を行うことにより，植物園の価値をさらに高めるよう努力することに
なるが，これまでも，時代の要請や環境の変化に向き合い，その時々の条
件を活かしながら，貴重な植物の栽培をしてきたことから，何らかの影響
が出たとしても，必ずや適切に対処できるものと考える旨述べている。
上記見解は，Ｃ園長の小石川植物園における研究者としての長年の勤務
経験を背景とするものと解されるところであり，また，既に見た東京大学
の調査委員会における外部研究者を交えての検討結果とも一致するもので
あって，小石川植物園の性格や管理体制，本件周辺道路整備工事の規模と
内容，同工事が環境影響評価対象事業となる規模のものではないこと等の
諸事情に照らしても，十分に首肯し得るものである。上記各意見書，その
他原告らの主張立証するところによっても，本件周辺道路整備工事によっ
て，小石川植物園が上記機能・活動を保つことが困難になるおそれがある
とか，長年にわたり専門的知見に基づいて小石川植物園を管理してきた東
京大学による対応が不可能となるほどの環境変化が生じるおそれがあると
認めるだけの事情があるとはいえない。したがって，原告らの主張するよ
うな調査がされなかったからといって，それにより本件基本協定の締結が
違法になるとはいい難い。
ウ原告らは，本件周辺道路について道路の拡幅は予定されておらず，都市
計画上は必要性が認められてこなかったなどとも主張する。これは，かか
る必要性が存在しなかった以上，その存在を前提として本件周辺道路整備
工事を行うことが裁量逸脱等に当たることをいう趣旨のものと解される。
しかしながら，上記認定事実のとおり，従前より，西側道路は，貨物車・
作業車等の通行・駐停車が多く，フォークリフト等を用いた路上での作業
が見受けられ，車道幅員を減少させることについては沿道住民から強い反
対意見がある一方で，歩道幅員は狭く，ガードレールも連続していないな
ど，歩行者にとって必ずしも安全といえない状況にあり，沿道住民からそ
の拡幅を求める意見もあったのである。このような道路状況や住民の意見
を踏まえ，本件基本計画においては，車道幅員を減少させない一方で，従
前１メートル程度であった歩道幅員について，道路構造令の最低歩道幅員
（歩行者の交通量が多い道路について３．５メートル，それ以外の道路に
ついて２メートル。道路構造令１１条３項）を考慮し，標準歩道幅員を１．
５ないし２メートル，最大３メートルに拡幅することとされ，このために
小石川植物園の敷地のセットバックの幅は０ないし２メートル程度，平均
１．３メートルとされたものである（認定事実(3)キ）。また，文京区は，
その後も地元各町会から早期の歩道整備の完了等について要望を受けてい
た（認定事実(3)シ）。以上に照らせば，被告区長の交通の安全・円滑の見
地からの考慮が合理性を欠いていたものということはできない。
また，平成８年マスタープランにおいては，小石川植物園の西側地区は，
印刷・製本業の事業所が集積しており，住工共存市街地としての環境改善
を図るため，生活道路の整備を促進することとするとされている（認定事
実(1)ア）ほか，平成２３年マスタープランにおいては，広大な緑空間であ
り，東アジアの植物研究の世界的センターとして機能している小石川植物
園の魅力を生かし，西側道路及び南側道路については園内の緑と一体化し
た歩行空間の整備を進めるとされており（認定事実(3)カ），生活道路ない
し歩行空間の整備に必要な限りで道路の拡幅を行うことが都市の整備の見
地から不当であるということはできない。
したがって，本件周辺道路について道路の拡幅の必要性が存在しなかっ
たとはいえないから，その不存在を理由として，本件周辺道路整備工事を
行うことが裁量逸脱等に当たるということはできない。
(4)第３期工事に関する原告らの主張について
ア本件基本協定締結に係る違法事由とは別に，原告らは，現在行われつつ
ある第３期工事についても違法事由があることを主張しているものと解
されるので，以下この点について検討する。
イ原告らは，セットバック部分の外にある樹木であっても，その樹冠の範
囲と同程度かそれ以上にその根が広がっているものであるから，その根系
調査が必要であったのであり，現に，セットバック部分の外の境界近くに
あり，園内では他に１本しかない希少種である「SycopsissinensisOliv.」
というマンサク科の植物（以下「本件植物」という。）の根が掘削工事（既
に開始されている第３期工事の一部であると考えられる。）により切られ，
危険な状態にあるなどと主張する。
しかしながら，Ｃ園長の陳述書（乙３６）においては，本件植物は一定
の価値のある樹木とはされず，セットバック部分及びその周辺部には，植
物園の本質的価値を保つ上で保存が必要な樹木は特になかったと考えると
されている一方で，本件植物を含むセットバック部分の外の境界近くの樹
木中に，第３期工事の必要性に替えても特に保護すべきことが明らかな貴
重な植物が存することを認めるべき証拠は見当たらないから，原告らの上
記主張は採用できない。
ウまた，原告らは，第１期工事に係る樹木リスト上，セットバック部分等
には希少種が合計６１本あったにもかかわらず，入札業者の選定や工事の
施工方法等について十分な配慮がされていないし，また，希少種ですら移
植後に枯死させていることからすれば，第３期工事においても，同様の事
象を発生させる危険がある旨を主張する。
しかしながら，既に見たとおり，本件周辺道路整備工事によるセットバ
ック部分に存在していた樹木については，同種樹木が別途栽培されている
ところ，文京区の作成した樹木リスト（甲１５）に希少種として記載され
た上記６１本は，希少の範囲を広めに捉えたものであって，小石川植物園
が積極的に収集・保存する野生植物と同義であるとは解されないし（弁論
の全趣旨），前記(3)イで見たとおり，同工事の施工方法等について配慮が
されていないともいえない。また，第１期工事の内容は樹木の伐採，移植
等であって，本件工事請負契約によって行われる第３期工事は，第１期工
事とは異なる施工業者による既存の塀の撤去，擁壁の設置等であるから，
仮に第１期工事において施工上の問題があったとしても，それが当然に第
３期工事においても施工上の問題等を生じさせるものと推認することはで
きないのであって，これらの事情に照らすと，原告らの上記主張は採用で
きない。
(5)小括
以上検討してきたところによれば，本件基本協定を締結したことについて
文京区に裁量逸脱等の違法があったといえないから，その違法を原因として
後続する支出負担行為や支出命令などの財務会計上の行為が違法になるとも
いえない。また，第３期工事について，同工事に係る支出命令を差し止める
べき固有の違法性があるともいえない。そうすると，原告らの請求は理由が
ないものというべきである。
第４結論
以上のとおり，本件訴えのうち，被告区長に対し，①本件西側道路整備工事
に係る支出負担行為の差止めを求める部分のうち，本件工事請負契約の締結の
差止めを求める部分，②本件西側道路整備工事に係る狭義の支出の差止めを求
める部分及び③東京大学との間で，平成２８年度分以降の本件年度協定を締結
することの差止めを求める部分はいずれも不適法であるから却下し，原告らの
その余の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，主文のとおり判決
する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官小林宏司
裁判官桃崎剛
裁判官武見敬太郎

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